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Reference ( gi|5 )            :                                               AGGTGTTC--GTTT--C-AGTGAAA-T----AT---C-ATT---TT------T-----TA-TTTC---A-T-T-G-AG---T---GA-A----CAC--T----G--A-------G-----------G-----------C-------------G---------A-------A--------A--A------A----GC-------CA----CG-------------A----GT---G-------AG--C-ATGTCA-A-T---TTC-----AGTG--TT--C--TCATG---TG--AA-----A-T----T---AAAT--T--GA-T---A-TT-TCA-CT-T-----A-AAT-C-AA-C-----A-----C-TT-T-------T--CT----TT------------T-------------C-----AGT-GG----A-----GTT---A--T--CGT-TT-------TTAT---AATT-TCAC-T-A--T--T--TTA-AACAGCGAAACTAC---C--AAATAC-A--TT---TGT-AGAA---ATATAT------GATGGCACAGAATCGATAAAAATGATATGTGAATAAA
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gi|4                          :                                             ataatTGTTT--GTCT--T--GTGAAT-T----AT---C-ACT---TT------T------A-TTTC---A-T-T-G-AG---T---GA-A----CCG--T----G--AAGT----G-----------G-----------CATGGGTAACGAGAG---------G-------A--------A--A------T----GC-------CA----CA-------------G----GT---G-------TG--C-ACACCA-A-T---TTC-----AGTG--TT--------TG---TG------------------------------------A-TT-TCA-CTGG-----A-AAG-A-AA-CA----A-----T-TT-T-------T--AT----TT------------T-------------T-----AAT-
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gi|22                         :                                           caatattTGTTG--GTG---C-AGTGTAA-T----CT---C--TT---TT------T-----TA-TTTC---A-T-T-T-AG---T---GA-T----CAC--T----G--A-------A-----------G-----------T-------------GTTATGTCAAG-------A--------A--A------A----GCGTGGA--CG----CG-------------A----GT---AAACATATAG--C-ATACCA-A-T---TTC-----AGTA--TT--T--TAGAG---CG--AA------------T---AG----T--GA-T---A-TG-CGA-CT-G-----A-AAT-A-AG-C-----A-----T-AT-T-------T--TT----
gi|35                         :                                                  TGTTG--GTTT--T-AGTGAAA-T----AT---C-A-----AT------T-----CA-ATTC---A-C-T---CG---T---GA-A----CAC--T----G--A-------
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gi|7                          :                                                  TGTTG--GTTT--T-GATGAAA-T----AA---C-ATT---TC------A------A-TTTC---A-C-T-G-CA---T---GA-T----CAC--T----G--A-------AAAGGTGTGGTCG-----------C-------------G---------A-------G--------T--G------ATGCGGC-------CAGTTATA-------------A----AT---G-------AG--C-ATGCCA-A-T---TTT-----GGT---TT--A--TTAAGAG-TG--AACAACAA-T----T---A--T--T--GA-T---C-TT-TTG-TG-G-----A-AAT-C-GA-C-----A-----AATT-T-------TGATT----TT------------TAAAAGGAAA----C-----AAT-AA----A-----ATG---C--C--CAT-TT---------AT---AATT-TCAC-T-A--T--TGGTTGCAATAGTGAAATTAT---A--AAATAT-A--attttggtttatattttat
gi|26                         :                                  caaataaagaaacattTGTTT--GTTT--C-AATGAA--T----AT---C-AAT---TA------T------A-TTTC---A-C-T-G--G---T---GA-G----CAC--T----G--
gi|49                         :                                   ttgacatgctacgtcTGTTG--GTTT--C-AGTGAAA------AT-----ATTG--TT------T-----TA-ATCC---A-C-T-G-AG---T---GA-A----CAC--T----G--A-------A-----------G-----------tttttattttttgttattgaaaacagtgaaatgatctgttatagttttattattttaaacatgaaattt
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gi|9                          :                                       tatatagaataacTTG--GTTT--C-AGTAAAA-T----AT---C-ATT---TT------T------A-TTTA---A-T-C-G-AG---C---GA-G----CAT--T----A--A-------A-----------G-----------T-------------G---------A-------C--------A--A------A----GC-------CG----CG-------------A----GT---G-------AA--C-ATGCCA-A-T---TTA-----AATA--TG--C--GCAAC---TA--AG-----A-T----T---GTAT--T--GA-T---G-TT-TCA-TA-T-----C-AAC-A-AA-C-----A-----C-TTGT-------T--CTATTATT------------TTATGATTGAAAA-C-----GGT-GA----A-----A-----A--T---GC-AT-------TTAT---AATT-TCAA-T-A--T--T--TT--AACAGTGAACTTTC---C--AAA-ACTA--TT---TGtgg
gi|1                          :                                                   tTTG--GTTT--C-AGTGAAA-T----ATATAT-ATG---TG------TGTGTGTA-TTACTATA-T-C-G-A---------A-A----TAT--C----G--A-------A-----------------------T-------------G---------A-------G--------A--A------------C-------TATAGTCG-------------G----AT---G--------G--T-ATGTCA-A-T---GTC-----ACTG--TT--C----ATGAG-TG--AA-----A-T----T---CAAT--T--CA-C---A-TT-TCA-CC-A-----A-AAC-C-AT-CG----A-----A-TT-T-------T--GT----TTATAATTTATGACT-------------CCAAACAGT-GA----A-----ATT---A--C--CAT-TC---------AC---AATT-TCAC-T-A--T--T--CCA-AACAGTGAAATTAC---A--AACTAC-gttaaagtaactacattt
gi|18                         :                                                    TTA--GTTT--C-TGTGAAA-C----AT---T-ATT---TT------T-----AA-CT-C---A-C-C-A-A----C---GA-T----TAC-------G--A-------G-----------------------------------------------A-------A--------ACTA------A----AC-------CA----CG-------------A----GT---G-------AA--C-ATTACA-A-----TTC-----AA-A--TT--T--TCACG---AG--AG-----A-T----------AT------G-T---A-TT-T----T-T----------------C-----G-----T-TT-TA------T--TT----TA------------T-------------G-----AGT-GATAACA-----GTC---A--A--CG------------TAT---CATT-TCAA-T-A--A--T--TCA-AG-AGTGAAATTcactgacaactatttgtaattcatcaccaagtgcaaaacaagaaattatatttaatgtttaagtaccagtttata
gi|27                         :                                                    cTT--GTTTG-C-AGTGAAA-T----AT---C-A-A---AT------A-----CA-TTTC---A-C-T---CG---T---GA-A----CAC--T----G--A-------
gi|13                         : tttgtattgcatcgagtgtacacagatcgggtatgacatgggcatgtcgaatTT--GTTA--T-AGTGAAA-T----AT---T--TT---TT------T-----TA-TTTC---A-T-C-G-AT---T---GA-G----AAA--T----T--A-------C-----------G-----------T-------------------------------------------------------GC-------TA----TG-----------------------G-------AG--C-ACGACA-C-G---TAC------GTG--TT--T--AAAAG---TG--GA-----A-T----T---TATT--T--TA-C---A-TT-TAA-TT-G-----A-AAT-T-TA-C-----------C-TT-T-------T--TTA---TT------------TGCAAA--------C-----AAT-AAC---A-----GTT------T--CAT-TG-------TTAT-----TT-TCAT-A-A--T--C--TTA-AAGAATGGAATTAT---C--AAAAAT-A--Tctgataatattaatgttttaaacagtaaaa
gi|23                         :                                               atagtcgg--GTTT--C-ATTAAAA-A----AT---C-ATT---TT------T------A-TTTG---A-T-C-G-AG---T---GA-G----CAC--T----G--A-------A-----------GTGGTATGGTCAC-------------G---------A-------GTCAT----G--A------A----GT-------GA----CA-------------A----GT---G-------AG----GTGCCA-A-T---TTC-----CGTG--TC--C--GCATG---TG--CA-----G-T-----------T--T--GA-T---A-TT-TTA-CC-G-----A-AAT-T-AATC-----A-----T-TT-T-------T--AT----TT------------
gi|8                          :                                                     ta--GTTT--C-AGTGACC-T----AT---T-ATT---T--------------A-TATA---A-C-T-G-AG---T---GA-G----AACCGT----G--A-------A-----------G-----------T-------------G---------GTATGATCA--------A--G------A----GC-------CA-----G-------------A-----------------AG--C-GTGCCA-G-T---TTT-----AGTG--TT--C--AAAAG---TG--AC-----A-T----T----TAT--A--GA-T---A-TT-TCA-CT-G-----A-AAC-C-AA-T-----AAAAATA-TT-T-------G--AT----GA------------TGGAAAAA------C-----AGT-GA----A-----ATT------T--CA--AT-------TTAT---AATA-T--C-T-AGCT--T--TAA-AACAGTGAACTTAC---C--AAACATAA--TTAACTG--AGAA---ATcat
gi|29                         :                                                aaatgtg--GTTT--A-AGTGAAT-T----AG---C--TT---TT------T-----TA-TTTT---A-T-T-A-AG---T---GA-A----TAA--T----G--A---------------------------------------------G---------A-------A-----------------------------------------------------------------------------ATGCCC-A-T---TTC-----AGTA--TT--C--ACAAA---CG--AA-----ATT----T---AAAT--T--GA-T---A-TT-TTA-CA-CAAAAAA-AAA-C-AA-C-----A-----TATT-T-------T--CT----ctctatatt
gi|20                         :                                                          TTT--C-AATGAAA-T----GA---C-ATT---TT------TA----TA-TTTC---T-T-C-G-AG---T---GA-G----CAC--T----T--G-------C-----------T-----------C-------------G---------G-------A--------A--GT-----A----GCATGGTCACA----CGTGTTGGAACCATAA----GA---G-------AG--C-ATGCCA-A-A---TTC-----A----------------G---TG--AA-----A-T----A---TGAT--T--AG-T---G-TT-TCA-CT-G-----A-AAT-A-AA-C-----A-----A-TT-T-------T--c
gi|48                         :                                                 aattgatgaTTT--C-AGTGAAA-A----GT---C-A-T---TT------T-----CA-TTTC---G-T-C-G-AG---T---GA-T----CAT--T----A--A-------ggtttatattttat
gi|34                         :                                                          TTT--C-AGGGAAAAT----GT---C-ATG---TT------T------A-TATA---A-T-T-G-AG---T---GA-A----TAC--T----attggtaaag
gi|31                         :                                                 taattgatgaTT--C-AGTGAAA-T----AT---C--TT---TT------T-----TA-TTTT---G-T-T-A-AA---T---GA-C----CCC--T----G--ACTTGGTTA-----------G-----------C-------------T---------A-------ATGAGTGGTG--A------G----GC-------CA----CA-------------A----GG---G-------TG--C-ATGTCA-ATT---TTC-----AGTG--TT--ttgtatgtagtggtacagacacgtgtgtgcaatgaagagtgaacatgtc
gi|41                         :                                         gaaaataataattgatgggT--C-AGTGAAA-A----AT-----ATT---TT------T-----TA-TTTA---A-T-T-T-AG---T---T-------TAT--T----GTCA-------G-----------GAT---------C-------------A---------A-------C--------T--A------A----GC-------CA----CG-------------A----GT---G-------AG--C-ATG-CA-A-
gi|12                         :                                                                    tgAA-T----AT---C-AAT---TT------A------A-TTTC---A-T-T-T--G---T---GA-A----AAC--T----G--A-------------------------------------------------------A-------A--------C--A------G----GCATTCT--CA----CG-------------A----GT---G-------CC--T-GTGTCA-C-T---TT------AGTG--CTTAC--TCA-A---TA--AA-----A-T----A---AAA
gi|45                         :                                                                        at----AT---C-ATG---TT------T------A-TTTC---A-T-T-A-AG---T---GG-G----CAC--T----T--G-------T-----------G-----------T-------------T---------A-------A--------A--T------G----AC-------CA----TG-------------A----GT---gcgataagattacgtttttgtatattttatatgtgaaaacagtgaaattatcatctataatacaatattttttaagttaaattatcaaaaattacttcactgaaaaatccctctatatttc
gi|12                         :                                                                                       T---TT------T-----TA-TTTT---A-T-T-G-AG---T---AA-G----CAC--T----A--A-------A-----------G-----------T-------------G---------A-------C--------A--C------A----GG-------CA----CT-------------C----GT---G-------AG--A-ATGCCT-G-T---TTC-----AGTT--TT--C--ACAAA---TG--AA-----A-T----T---AAAT--T--GA-T---A-TT-GCG-AT-A-----A-GAT-T--A-C-----G-----T-TT-T-------T--GTATA-TT------------TTATATGTGAAAA-C-----AGT-GA----A-----ATT---A--T--CA---T-------CTAT---AA-T-ACAA-T-A--T--T--TTT-TA-AGTTAAATTAT---C--AAAagtgaaatcatgaatat
gi|27                         :                                                                                      aT---TT------G-----TA-TTGC---A-T-C-G-AG---T---GT-A----CAC--A----G--A-------T-----------------------C-------------G---------G-------G--------T--A------T----GA-------CA-------------------------T---G-------GG--C-ATGTCG-A-A---TTC-----AGTG--TT--C--ACGAG---TG--AA-----A-T----G---TATT--T--GA-T---A-TT-TCA-CT-G-----C-AAA-C-AA-C-----aattacttcactgaaaaatccctctatatttc
gi|3                          :                                                                                            T------T-----TA-TTTC---A-T-T-G-AG---T---GA-G----CAC--T----A--A-------A-----------G-----------T-------------G---------GTC-----A--------C--A------A----GT-------TG----TG-------------AACCCAT---G-------AG--C-ATGTCA-A-T------------GTG---------TCATG---GGTTGA-----A-T----T---TAAT--T--AATT---A-TTCTCAGC--------A-AATCC-AA-C-----A-----A-TT-T--------------------------------------------------A-----------------T---A---------TT-------TTAT---ACTTATCAC-TGA----------A-AACAGTGAAATAAA---A--AAAAAT-A--TT---TTT-AAAtgataatattaatgttttaaacagtaaaa
gi|15                         :                                                                                                            gTTC---A-C-T-G-AG---T---GA-A----CAT--C----G--A-------A-----------G-----------T-------------G--------------------------G--A------A----TC-------CA----CG-------------A----GT---G-------AG--CAATGTCA-A-T---TTC-----ATTA--TT--A--TTCTG---TT--AAAT---A-T----T---TCATGAT--GA-T---A-CT-CCA-CT-G-----A-TAC-T-AA-C-----A-----G-TT-T-------T--TTATTATT------------T-------------CATG--AGTAAA----A-----ATT---A--TGCCAT-TT-------GGAT-----TT-TCAT-T----T--T--TT--AGCAGTAACATTAT---T--AAATAT-A--cagtgaaattatcaaaattattcataattattttttttaattcaccaaaaggcataagcataaaaaaattatactaaagacagtttaaaagttta
gi|32                         :                                                                                                                                             AC--T----G--T-------G-----------G-----------T-------------G---------A-------A--------A---------------C-------CT----GG-------------A----GT---A-------AG--C-TTGCCA-G-C---T-------AAAG--TT--T--TCATGAG-TG--AC-----A-T----C---TAAT--T--GA-T---A-TT-TCA----------------------------------------------T--CT----TT------------TAA-----------C-----AGT-GA----A-----CTT---A--C--CAT-TT---------AT---AATT-TCAT-T-AG-T--T--TTA-AAatccattgatgaatt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                 t-------A--------G--A------A----GT-------CC----CG-------------A----GC---G-------AG--C-ATGCCA-A-T---ATC-----AATG------------TG---TG--AA-----A-T----G---TAAT--T--GA-T---A-TT-TGA-CT-G-----A-AAC-T-AA-CCATGTA-----T-TT-T-------T--GTTTA-TT------------T-------------C-----A-T-G-----------ATTAAAA--G--CAA-TG-------AAAT---AA---CCAT-T-A--TGAT--TAA-AACAGTGAAATTAT---C--TAATATAA--TT---TAT-TGA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                   gcactgaagtgaactggtatgtcacgagtgtc-------CA----TA-------------A----GT---G-------AG--C-ATAACA-A-T---TTC-----AAAG--TT--C--ACAAA---CA--AA-----A-T----T---TAGT--T--CA-TTACA-TT-TCA-CA-G-----A-AAC-C-AA-CA----A-----C-TT-T-------T--CT----TTA-----------T-------------C-----A-----------------T---A--A--CAC-CCAACCAAATTAT----ATT-GCACAT-A---------TA-AATATCTAAACTACATGC--AAAT-C-A--TC---TAT-ACAA---ATGTAtgaatctctatactgcattaaaaacaagaaatacaat
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                           A----TG-------------G----GC---G-------AG--C-ATGCAA-A-T---TTC-----AGTT--TT--CA-TCA-G---TG--AA-----A-T----T---TCAT--T--TA-T---A-TG-TCA-CT-
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                      gagagtgctaaaatgacatggttataca-------------A----GTA--G-------AG--C-ATGCCA-A-T---TCC-----AGTG--TT--C--TCGAA---TG--GA-----A-T----T---TAAC--A--GA-T---A-TT-TCA-ga
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     T---G-------A---C-ATGCTA-C-G---TCC-----AGTG--CT--CA-CCA-G---TG--AA-----A-T----A---TAAT--T--GA-T---A-TT--CA-TT-G-----A-AAC-A-AA-C-----A-----T-TT-T-------T--AT----TT------------TTTGTTATTGAAAAC-----AGT-GA----A-----ATG---A--T--C---TG-------TTAT---AGTT-TTAT-T-A--T--T--TTA-AACA-TGAAATTatgtaattttttattttataatcgaaagcagtgatattatca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    tT---G-------AG--G-ATGCCCTA-T---TTT-----AATC--TT--C--ACAAG---TG--AC-----A-T----T---TAAT--T--GA-T---A-TT-TCA--T-T-----A-AAG-C-AACC-----A-----G-TT-T-------T--TA----TT------------T-------------t
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  G--T-ATACCA-A-T---TTC-----AGTT--TT--A--ACAAG---TG--AT-----A-T----T---AGAT--T--GA-T---A-CC-TC--CT-T-----GCAAT-C-AA-T-------------TT-TATCTATAT--CT----TA------------TGACTGAAAA----C-----AGG-GA----A-----AAT---A--C--CAT-TT-------ATAT-----TT-TCAC-A-A--T--G--TTA-AACAGTGACATTAC---C--AAATatatattatatgaatgaaaacagtaaaaaaaatccaattatgatttaactttttttaacactgatcagaatagttaactgagcaactaaacaattcacca
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -ATGCCA-A-T---GTC-----AGTG--TT--C--ACGAG---TG--AA-------T----T---GAAT--T--GA-T---A-TT-TCA-CT-A-----A-AAC-C-AA-C-----A-----T-TT-gtaattcaccggtaatattcatataat
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9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-312 )      :                                       AGTTGTTNGTTTC-AGTGAAA-TAT---CATT-TT------T------------TATT-TC---ATC-GAGTGAA----CAC------T------G----A-------A-----------G------------CG---------A-------A--------A---------------A------A----GC-----CA----CGA----GT-G-------AGC-ATGCCA-A-TTTCAGT----GT-TCNCAAG--TGA-----A--A-T----TNAA-T--T--GA-T---A-TT-TCAC-----T-G-AAACCAA-C-----A-----N------T-T------T--T-NT----TT------------T-----------------C-----A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCAC-T-A--T--T--T-TA-AA-CAGTGA-AATTAC---CA--AAT-A-----------T-A--TT---TGT-AGA--A---AT-----NT------ATTCAACAGANAGCACAAAATTCATCAAAA--ATATG
gi|1                          :                                            TTGGTTTC-AGTGAAA-TATATATATG-TG------TGTGTG-------TATT-ACTATATC-GA---AA----TAT------C------G----A-------AT----------G------------AG---------A-------ACT------A---------------T------A----GT-----C------GG----AT-G--------GT-ATGTCA-A-TGTCACT----GT-TCATGAG--TGA-----A--A-T----TCAA-T--T--CA-C---A-TT-TCAC-----C-A-AAACCAT-CG----A-----A------T-T------T--T-GT----TTATAATTTATGACT-----------------CCAAACA---G--T-GA----A-ATT---A--C--CA------------T-TC--AC---AATTTCAC-T-A--T--T--C-CA-AA-CAGTGA-AATTAC---AA--ACT-ACCACTGACAACT-A--TT---TGT-A-----------------------ATTCATCACCAAGTGCAAAA
gi|10                         :                                       AATTGCTGGTTTC-AGC-AAA-TAT---TGTT-TT------G-------------ATT-TC---ATCAGAG---A----TAT------T--------------------------------------------CG-------------------------------------------------------C-----CA----TGA----GT-G-------AGC-AGGCCA-A-TTT--GC----GT-TCTTAAG--TCA-----G--A-T----TTAT-T--T--GA-T---A-TTAACGC-----T-G-AAATCAA-C-----A-----A------T-T------T--T-ATGA--TTAAAA--------TAACAA------------C-----A---G--C-AA----A-ATT----------G------------T-TCAAATGGAAATT--A----A--T--T--T-GA-AA-CAGTAA-AGTTAT---CA--AA--A-----------G-A--TTCA-TGG-AGA--A---AT-----CT-------T------GAT-------AATTCATCAAAA--ATATGcaagaaattatatttaatgtttaagtaccagtttata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                        -------A--------G---------------A------A----GT-----CC----CGA----GC-G-------AGC-ATGCCA-A-TATCAAT----GT-------G--TGA-----A--A-T----GTAA-T--T--GA-T---A-TT-TGAC-----T-G-AAACTAA-CCATGTA-----T------T-T------T--T-GTTTA-TT------------T-----------------C-----A------T-G-------ATTAAAA--G--CA------------A-TGAAAT---AA--CCAT-T-A--TGAT--T-AA-AA-CAGTGA-AATTAT---CT--AAT-A-----------TAA--TT---TAT-TGATGA---AT-----CT------
gi|12                         :                                      gcactgaagtgaactggtatgtcacgagtgtcT-TT------T------------TATT-TT---ATT-GAGTAAG----CAC------T------A----A-------A-----------G------------TG---------A-------C--------A---------------C------A----GG-----CA----CTC----GT-G-------AGA-ATGCCT-G-TTTCAGT----TT-TCACAAA--TGA-----A--A-T----TAAA-T--T--GA-T---A-TT-GCGA-----T-A-AGATT-A-C-----G-----T------T-T------T--T-GTATA-TT------------TTATATGTGAAAA-----C-----A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CA---------------TCTAT---AA-TACAA-T-A--T--T--T-TT-TA--AGTTA-AATTAT---CA--AAA-A-----------T-ctatactgcattaaaaacaagaaatacaat
gi|13                         :                                      aAGTCGGTTGTTAT-AGTGAAA-TAT---T-TT-TT------T------------TATT-TC---ATC-GATTGAG----AAA------T------T----A-------C-----------G------------T-------------------------------------------------------GC-----TA----TG--------G-------AGC-ACGACA-C-GTAC-GT----GT-TTAAAAG--TGG-----A--A-T----TTAT-T--T--TA-C---A-TT-TAAT-----T-G-AAATTTA-C-----C-----T------T-T------T--T-TA----TT------------TGCAAA------------C-----A---A--T-AA----C-AGT---T--T--CA------------T-TGTTAT-----TTTCAT-A-A--T--C--T-TA-AA-GAATGG-AATTAT---CA--AAA-A-----------T-A--Ttacttcactgaaaaatccctctatatttc
gi|14                         :                                     atAATTGTTTGTTAA-AGTGAAA-TAT---CATT-TT------T------------C-TT-TC---ACA-AAGTGAC----CAC------T------A----G-------A-----------G------------TA---------G-------C--------A---------------T------T----GT-----CA----CAA-------C-------AGCAAAGCC--A-TGTCAGTAACAGT-TTTAAAG--TGA-----A--A-TACAATTAA-T--T--GA-T---A--T-TCAC-----T-G-ACGCC---T-----A-----T------T-T------T--T-TC----TT------------A-----------------C-----AC--T--T-GA----A-AT-------T--CC------------T-TTATAC---AATTTCAT-T-A--T--T--T-T--AA-TAGTAA-AATT
gi|15                         :                                                                                              atT-TC---ACT-GAGTGAA----CAT------C------G----A-------A-----------G------------TG--------------------------G---------------A------A----TC-----CA----CGA----GT-G-------AGCAATGTCA-A-TTTCATT----AT-TATTCTG--TTA-----AATA-T----TTCA-TGAT--GA-T---A-CT-CCAC-----T-G-ATACTAA-C-----A-----G------T-T------T--T-TTATTATT------------T-----------------CATG--A---G--TAAA----A-ATT---A--TGCCA------------T-TTGGAT-----TTTCAT-T----T--T--T-T--AG-CAGTAA-CATTAT---TA--AAT-A-----------T-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CAAGCATGA-----A--A-T----T-AA-T--T--GA-T---A-GT-TCAC-----T-A-AAACCAC-C-----A-----A------T-T------T--T-CA----TT------------T---------------------------A--T-GA-------TT---A--A--AG------------A-TGGTAA---AATT--AC-C-A--T--T--TATA-AA-C--TGA-AATTAT---TAAGAAT-A-------------A--TTAACTG--AGT--A---TTCTTTGTT------ATTAATCACAAAGCATAAAATatccattgatgaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                 tgcactgcagtggtatggtcagtagtggcaaagccatgaaT-G-------AGG-ATGCCCTA-TTTTAAT----CT-TCACAAG--TGA-----C--A-T----TTAA-T--T--GA-T---A-TT-TCAT-----T-A-AAGCAAC-C-----A-----G------T-T------T--T-TA----TT------------T-----------------
gi|18                         :                                            TTAGTTTC-TGTGAAA-CAT---TATT-TT------T------------AACT--C---ACC-AA-CGAT----TAC-------------G----A---------------------------------G---------A-------A--------ACT-------------A------A----AC-----CA----CGA----GT-G-------AAC-ATTACA-A-TTCAAAT----TT-TCACGAG--AGA-----T--A-T----GT-A-T--T-----------TT-TC-------------------------------G------T-T------T--T-AT----TTTA----------T-----------------G-----A---G--T-GATAACA-GTC---A--A--CG-----------------TAT---CATTTCAA-T-A--A--T--T-CA-AG--AGTGA-AATTatatattatatgaatgaaaacagtaaaaaaaatccaattatgatttaactttttttaacactgatcagaatagttaactgagcaactaaacaattcacca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   cGT-ATACCA-A-TTTCAGT----TT-TAACAAG--TGA-----T--A-T----TAGA-T--T--GA-T---A-CC-TCCT-----T-G-CAATCAA-TTTT--A-----T------C-T------A--T-AT----CT------------TATGACTGAAAA------C-----A---G--G-GA----A-AAT---A--C--CA------------T-TTATAT-----TTTCAC-A-A--T--G--T-TA-AA-CAGTGA-CATTAC---CA--AAT-G-----------T-A--AT---T
gi|2                          :                                       AATTGTTTGTTTTTAGTGAAA-TAT---CATT-TT------T------------CATT-TC---ATC-AGGTGAA----CAT------T------GGTATG-------A-----------T------------CA---------A-------G--------A---------------ATGGCCCA----GC-----CA----CAA----GT-G-------ATC-ATGCGA-A-CTTAAGT----GT-TTATGAT--TGA-----A--A-T------AG-T--TTCGT-T---C-TT-TCAC-----A-G-AAGCCAT-C-----A-----A------T-T------T--G-TA----TT------------T-----------------C-----ATAGA--T-AA----ATACC---A--T--TG------------T-TTT-------ATTTCAC-TAA--T--T--T-TG-A---AGTAA-AATTAT---TA--AAA-A-----------T-AGTTT---TCTGAGA--AGTCAT-----TT------ATTCAACAGAGAGCACAAAATcaccggtaatattcatataat
gi|20                         :                          gtaaatggagataAATTGATGATTTC-AATGAAA-TGA---CATT-TT------TA-----------TATT-TC---TTC-GAGTGAG----CAC------TTGCTCGG----A-------A-----------G------------TA---------G-------C--------ATGGTCACACGTGTTGG------A----AC-----CA----TAA----GA-G-------AGC-ATGCCA-A-ATTCAGT----G-------------A-----A--A-T----ATGA-T--T--AG-T---G-TT-TCAC-----T-G-AAATAAA-C-----A-----A------T-T------T--T-GG----TT------------T-----------------aagata
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                      -----CA----TAA----GT-G-------AGC-ATAACA-A-TTTCAAA----GT-TCACAAA--CAA-----A--A-T----TTAG-T--T--CA-TTACA-TT-TCAC-----A-G-AAACCAA-C-----A-----A------C-T------T--T-TC----TT------------TATCATAACACC------C-----A---A--C-CA----A-ATT---A--T----------------------------ATTGCACAT-A----------TA-AA-TATCTA-AACTACATGCA--AAT-------------C-A--TC---TAT-ACA--A---AT-----GT------Aatattttat
gi|22                         :                                          TGTTGGTG-C-AGTGTAA-TCT---C-TT-TT------T------------TATT-TC---ATT-TAGTGAT----CAC------T------G----A-------A-----------G------------TGTTATGTCAAG-------A--------A---------------A------A----GCGTGGACG----CGA----GT-AAACATATAGC-ATACCA-A-TTTCAGT----AT-TTTAGAG--CG------A--A-T-------A-G--T--GA-T---A-TG-CGAC-----T-G-AAATAAG-C-----A-----T------A-T------T--T-TT----
gi|23                         :                                             TAGTTTC-ATTAAAA-AAT---CATT-TT------T-------------ATT-TG---ATC-GAGTGAG----CAC------T------G----A-------A-----------GTGGTATGGTCA-CG---------A-------GTCAT----G---------------A------A----GT-----GA----CAA----GT-G-------AG--GTGCCA-A-TTTCCGT----GT-CCGCATG--TGC-----A--G-T---------T--T--GA-T---A-TT-TTAC-----C-G-AAATTAATC-----A-----T------T-T------T--T-AT----TT------------
gi|24                         :                                       AATTGTTCATTTC-GGTGAAA-TAT----ATT-TTA-----T------------AATT-TC---ATT-GAGAGAG----CAC------T------A----A-------A-----------G------------TG---------G-------T--------T---------------T------G----GT-----CT----TAA----CT-G-------AGC-ATGCAT-A-TTCTAGT----GT-TCACAAG--TAA-----A--A-T----ATAA-T--T--GA-T---A-TT-TCAC-----T-GAAAAACAA-C-----A-----C------C-T------T--T-TT----AT------------T-----------------cat
gi|25                         :                                        aaaatTGGTTTC-AATGAAC-TAT---CAAT-GT------TACACGGGAATGGTATTGTC---A-C-GAGCG-----------------------------------------------G------------CG---------A-------A--------A----------------------------C-----GA----CCA----GT-A-------GGC-ATACCA-A-CTTTAGT----GT-TCGCGAA--GGC-----A--A-T----TTAA-T--T--GA-T---ATTT-TCAC-----C-G-AAGCCAA-
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                        tatatagaataacgttcT-G-------A-C-ATGCTA-C-GTCCAGT----GC-TCACCAG--TGA-----A--A-T----ATAA-T--T--GA-T---A-TT--CAT-----T-G-AAACAAA-C-----A-----T------T-T------T--T-AT----TT------------TTTGTTATTGAAAA----C-----A---G--T-GA----A-ATG---A--T--C---------------TGTTAT---AGTTTTAT-T-A--T--T--T-TA-AA-CA-TGA-AATTtgg
gi|27                         :                                                                     tT-TT------G------------TATT-GC---ATC-GAGTGTA----CAC------A------G------------A-----------T------------CG---------G-------G--------T---------------A------T----GA-----CA------------T-G-------GGC-ATGTCG-A-ATTCAGT----GT-TCACGAG--TGA-----A--A-T----GTAT-T--T--GA-T---A-TT-TCAC-----T-G-CAAACAA-CTGAT-A-----A------TAT------TAAT-GT----TT------------TAAA--------------C-----A---G--T-AA----A-At
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      T----GT-TCATAGT--TGA-----C--A-T----CTAACT--T--GC-T---A-TT-CCAC-----T-G-AAACGAG-C-----A-----AGCTTGGT-T------T--T-AT----TT------------TATCATT-----------CTAA--A---GGTT-GA----A-ATT---A--C--CG------------A-CT--AT---AATTTCAC-T-T--T--C--T-TA-AATCAATGATAAT
gi|29                         :                                               GTTTA-AGTGAAT-TAG---C-TT-TT------T------------TATT-TT---ATT-AAGTGAA----TAA------T------G----A---------------------------------G---------A-------A--------A---------------------------------------------------------------TGCCC-A-TTTCAGT----AT-TCACAAA--CGA-----A--ATT----TAAA-T--T--GA-T---A-TT-TTACACAAAA-A-AAAACAA-C-----AT----A------T-T------T--T-CT----
gi|3                          :                                                                         T------T------------TATT-TC---ATT-GAGTGAG----CAC------T------A----A-------A-----------G------------TG---------GTC-----A--------C---------------A------A----GT-----TG----TGAACCCAT-G-------AGC-ATGTCA-A-T----GT----G--TCATGGG--TTG-----A--A-T----TTAA-T--T--AATT---A-TTCTCAG-----C-A-AATCCAA-C-----A-----A------T-T------TA-T-AT----TT------------TATACTTATCACTGAAAAC-----A---G--T-GA----A-ATA---A-------------------------AA---AA---AAA-T-AT-T--T--T-TA-AA-CAGTGA-AATTAT---CA--AAA-T-----------T-A--TT---CAT-AAT--T---AT-----TTTTTTTAATTCACCAAAAGGCATAAG---CATAAAAA--c
gi|30                         :                                      gAGTTGTTGGTTTC-AGAGAAA-TATAT-CCTT-TT------T------------TATT-TA---TTC-GAGTAAG----TAC------C------A----A-------AATGGTATA---G------------CG---------A-------C--------A---------------A-----------GC-----CA----TGC----GT-G-------GGC-GCATCA-A-TTTCAGT----GG-TCATGAG--TGattatactaaagacagtttaaaagttta
gi|31                         :                                    aatAATTGATGGGTTC-AGTGAAA-TAT---C-TT-TT------T------------TATT-TT---GTT-AAATGAC----CCC------T------G----ACTTGGTTA-----------G------------CT---------A-------ATGAGTGGTG---------------A------G----GC-----CA----CAA----GG-G-------TGC-ATGTCA-ATTTTCAGT----GT-Tgcat
gi|32                         :                                                                                                              gaaaataatAC------T------G----T-------G-----------G------------TG---------A-------A--------A----------------------------C-----CT----GGA----GT-A-------AGC-TTGCCA-G-CTAAAGT----TT-TCATGAG--TGA-----C--A-T----CTAA-T--T--GA-T---A-TT-TCA-------------------------------------------------T-CT----TT------------TAA---------------C-----A---G--T-GA----A-CTT---A--C--CA---------------TTTAT---AATTTCAT-T-AG-T--T--T-TA-AA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  t-T----TAAA-T--T--GA-T---A-TT-TAAG-----T-G-AAGCCAA-C-----A-----A------C-T------T--T-TT----
gi|34                         : ctgaagtggtttgtccaaaagtggcaaaaggcgaagttAATTGATGATTTC-AGGGAAAATGT---CATG-TT------T-------------ATA-TA---ATT-GAGTGAA----TACTTTGTAT------G----T-------A-----------G------------TG---------G-------T--------A---------------C------A----GA-----CA----CGT----GT-G-------TGC-Aatctttattttatgactgaaaatgatgaaataa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     t-ATGCCA-A-TGTCAGT----GT-TCACGAG--TGA-----A----T----TGAA-T--T--GA-T---A-TT-TCAC-----T-A-AAACCAA-C-----A-----T------T-TA-----T--T-AT----AT------------T-----------------T-----ATT-A--T-AA----G-ATT---A--atgaagagtgaacatgtc
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                gaaA----GTAG-------AGC-ATGCCA-A-TTCCAGT----GT-TCTCGAA--TGG-----A--A-T----TTAA-C--A--GA-T---A-TT-TCAA-----T-G-TAAT----------------T------T-T------T--T-AT----TT------------TATAATCGAAAG------C-----A---G--T-GA----T-ATT---A--T--Caaaacagcaaaatta
gi|37                         :                                         TTGTTATTTTC-GGTGAAA-TAT---CA-T-TT------T------------TATT-TC---ATC-GAATAAA----CAT------T------G----A-------AATGTT------G------------TG---------A-------ACTT-----A---------------A------A----GC-----GA----TGG----GT-G-------ACC-A---CA-A-ATTCa
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                      caatatA----TGG----GC-G-------AGC-ATGCAA-A-TTTCAGT----TT-TCATCAG--TGA-----A--A-T----TTCA-T--T--TA-T---A-TG-TCAC-----T-G-A
gi|4                          :           gagagtgctaaaatgacatggttatacaAATTGTTTGTCTT--GTGAAT-TAT---CACT-TT------T-------------ATT-TC---ATT-GAGTGAA----CCG------T------G----A-------A-----------GTGGCATGGGTAACG---------AGAGG---A--------A---------------A------T----GC-----CA----CAG----GT-G-------TGC-ACACCA-A-TTTCAGT----GT-TT----G--TG----------------------------------A-TT-TCAC-----TGG-AAAGAAA-CA----A-----T------T-T------T--T-AT----TT------------TTAATTTA----------C-----A---GT-T-AA----A-ACT---A--G--CAAAAAAAACATTTT-TTTTAT---AATTT-A----------------------AGTGA-AATTTT---CA--AATAA-----------C-A--TT---T
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                         t-G-------AGC-ATACCA-A-TGTCGGT----GT-CCGCTGG--TGC-----C--A-T----CTTA-T--C--GG-T---A-TT-TCAT-----T-G-AAACAAA-T-----C-----T------A-T------T--T-CA----TT------------T-----------------C-----A---catttaaaacctttatatttcatgaaaacaaatacgaaatttaaa
gi|41                         :                                                  TC-AGTGAAA-AAT----ATT-TT------T------------TATT-TA---ATT-TAGTTTATTGTCA--------------G----G-------A-----------T------------CA---------A-------C--------T---------------A------A----GC-----CA----CGA----GT-G-------AGC-ATGCcgattg
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                tgTCAGT----AT-G-GCGAG--TGA-----A--A-T----ATAA-T--T--GA-T---A-TT-CCAC-----T-G-AAAaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTAGA----GC-TCACATG--TGA-----A--A-C----TTAA-T--T--GT-T---A-TT-TCAC-----T-G-AAACAAA-C-----AG----C------T-T------T--T-CT----TT------------T-----------------T-----A---tatttgttgatattaatgattgaaaacaataa
gi|44                         :                             tgtcagtgagAGTTGTTTGTTTC-GGTGAAA-TAT---CATT-TTTATTTCT------------TATT-TC---ACT-AAGTGGG----CAC------T------G----A-------A-----------G------------TG---------A-------A--------
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                        aa-G-------AGC-GTGCAC-A-TTGGAAT----GT-TCACACG--TGA-----A--A-T----CTAA-T--A--AA-T---A-TT-GTAC-----T-G-AAA
gi|48                         :                                                TTTC-AGTGAAA-AGT---CATT-TT------C-------------ATT-TC---GTC-GAGTGAT----CAT------T------A----A-------A-----------T------------TG---------G-------T--------A---------------A------A----G
gi|49                         :                                          TGTTGGTTTC-AGTGAAA--AT----ATTGTT------T------------TAAT-CC---ACT-GAGTGAA----CAC------T------G----A-------A-----------G------------
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gi|6                          :                                          TGCTGGCTTC-AGTGAGG-TAT---AATT-TT-------------------------C---GTT-GAGTAAA----CAC------T------AT---A-------A-----------G------------TG---------G-------T--------ATGATG----------A------T----GT-----CGTCT-CG-----GT-G-------AGC-AGGTAC-G-TTCAAAC----GT-TCACAAG--TGA-----A--C-T----TAAA-T--T--AC-C---A-TT-TTCC-----T-C-AAACCAA-C-----A-----A------T-G------T--T-GT----TT----------------------------------------G--T----------TT---ATTT--CA------------TGCTTTAT---GAGTTCTC-A-A--T--T--T----AA-CATCGA-AATTAC---CG--AAA-A-----------T-A---C---TG--AGA--A---AT-----CTCCATA-GTTCAACAGAAAACATAAAA-TAATTAAAA--tgaataaa
gi|7                          :                               aaatattatcTTGTTGGTTTT-GATGAAA-TAA---CATT-TC------A-------------ATT-TC---ACT-GCATGAT----CAC------T------G----A-------AAAGGTGTGGTCG------------CG---------A-------G--------T---------------G------ATGCGGC-----CAGTTATAA----AT-G-------AGC-ATGCCA-A-TTTTGGT----TTATTAAGAG--TGAACAACA--A-T----T--A-T--T--GA-T---C-TT-TTGT-----G-G-AAATCGA-CA----A-----A------T-T------T--TGAT----TT------------TTAAAAGGAAA-------C-----A---A--T-AA----A-ATG---C--C--CA---------------TTTAT---AATTTCAC-T-A--T--TGGT-TGCAA-TAGTGA-AATTAT---AA--AAT-A-----------T-A--taaa
gi|8                          :                              caaataaagaaacatTGGTTTC-AGTGACC-TAT---TATT-T---------------------ATA-TA---ACT-GAGTGAG----AACCG----T------G----A-------A-----------G------------TG---------GTATGATCA--------A---------------G------A----GC-----CA-----GA---------------AGC-GTGCCA-G-TTTTAGT----GT-TCAAAAG--TGA-----C--A-T----TT-A-T--A--GA-T---A-TT-TCAC-----T-G-AAACCAA-T-----AAAAATA------T-T------T--G-AT----GA------------TGGAAAAA----------C-----A---G--T-GA----A-ATT------T--CA--------------ATTTAT---AATAT--C-T-AGCT--T--T-AA-AA-CAGTGA-ACTTAC---CA--AAC-A-----------TAA--TTAACTG--AGA--A---AT-----CT------
gi|9                          :                                       aaatgTTGGTTTC-AGTAAAA-TAT---CATT-TT------T-------------ATT-TA---ATC-GAGCGAG----CAT------T------A----A-------A-----------G------------TG---------A-------C--------A---------------A------A----GC-----CG----CGA----GT-G-------AAC-ATGCCA-A-TTTAAAT----AT-GCGCAAC--TAA-----G--A-T----TGTA-T--T--GA-T---G-TT-TCAT-----A-T-CAACAAA-C-----A-----C------T-TGTTCTAT--T-AT----TT------------TATGATTGAAAA------C-----G---G--T-GA----A-A-----A--T---G------------C-ATTTAT---AATTTCAA-T-A--T--T--T-T--AA-CAGTGA-ACTTTC---CA--AAA-C-----------T-A--TT---TGctatatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|45 ): ATCATGTTTATTTCATTAAGTGGGCACTTGTGTTAAATGACCATGAGTAGTGAAATCATGAATAT
Unaligned ( gi|46 ): TATGTTTAAAAACAGCGAAAATACTATTTATATTTTCATTAATTTTTAACAGTGATATTATAAA
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consensus                     :                             AATTGTTGGTTTC-AGTGAAA-TAT---CATT-T---T-T------TATTTC---ATCGAGTGAGCAC--T------G----A---------------A-----------G------------CG---------G---NA---------------A------A----GC-----C-A----CG--A----GT---------------G-------AG--CA-TGCCA-A-TTTCAGTGT-TCA--CGAG--TGAA-----AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-C-----A-----N------T-T------T--TN--T----TT----T-----------------C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-TA-AA-CAGTGA-AATTATCA--AA-N-A-----------T-A--TT---TGT-AGA--AA--TC-----T------A---TTCANCA--GA--AAGCACAAAATTNATAAAAA--ATATG
Reference ( family-312 )      :                             AATTGTTGGTTTC-AGTGAAA-TAT---CATT-T---T-T------TATTTC---ATCGAGTGAGCAC--T------G----A---------------A-----------G------------CG---------A---NA---------------A------A----GC-----C-A----CG--A----GT---------------G-------AG--CA-TGCCA-A-TTTCAGTGT-TCA--CGAG--TGAA-----AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-C-----A-----N------T-T------T--TN--T----TT----T-----------------C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-TA-AA-CAGTGA-AATTATCA--AA-T-A-----------T-A--TT---TGT-AGA--AA--TC-----T------A---TTCANCA--GA--AAGCACAAAATTNATNAAAA--ATATG
gi|1                          :                                  TTGGTTTC-AGTGAAA-TATATATATG-T---G-TGTGTG-TATTACTATATCGA---AATAT--C------G----A---------------A------------------------TG---------A---GA---------------ACTAT--A----GT-----C-------G--G----AT---------------G--------G--TA-TGTCA-A-TGTCACTGT-TCA--TGAG--TGAA-----AT----TC--AA-T--TCA-C---ATT-TCAC-----C-A-AAACCAT-CG----A-----A------T-T------T--TG--T----TTA---TAATTTATGACTCCAAA-C---A---G--T-GA----A-ATT---A--C--CA---------------TTCAC---AATTTCACT-A--T--T--C-CA-AA-CAGTGA-AATTA-CA--AACT-ACCACTGACAACT-A--TT---TGT-A----------------------A---TTCATCA--CC--AAGTGCAAAA
gi|10                         :                             AATTGCTGGTTTC-AGC-AAA-TAT---TGTT-T---T-G-------ATTTC---ATC-AGAGA-TAT--T----------------------------------------------------CG-------------------------------------------C-----C-A----TG--A----GT---------------G-------AG--CA-GGCCA-A-TTT--GCGT-TCT--TAAG--TCAG-----AT----TT--AT-T--TGA-T---ATTAACGC-----T-G-AAATCAA-C-----A-----A------T-T------T--TA--TGA--TTAAAATAACAA------------C---A---G--C-AA----A-ATT----------G------------T-TCAAATGGAAATT--A---A--T--T--T-GA-AA-CAGTAA-AGTTATCA--AA---A-----------G-A--TTCA-TGG-AGA--AA--TC-----TTGATA-A---TTCATCA--AA--AAcaagaaattatatttaatgtttaagtaccagtttata
gi|11                         :                                                                                                                                                                         ---------------A------A----GT-----C-C----CG--A----GC---------------G-------AG--CA-TGCCA-A-TATCAATGT---------G--TGAA-----AT----GT--AA-T--TGA-T---ATT-TGAC-----T-G-AAACTAA-CCATGTA-----T------T-T------T--TG--TTTA-TT----T-----------------C---A------T-G-------ATTAAAA--G--CA------------A-TGAAAT---AA--CCATT-A--TGAT--T-AA-AA-CAGTGA-AATTATCT--AA-T-A-----------TAA--TT---TAT-TGATGAATCTC-----T------A---TACTGCATTAA--AAACAAGAAATtatg
gi|12                         :                          gcactgaagtgaactggtatgtcacgagtgtcagT-T---T-T------TATTTT---ATTGAGTAAGCAC--T------A----A---------------A-----------G------------TG---------A---CA---------------C------A----GG-----C-A----CT--C----GT---------------G-------AG--AA-TGCCT-G-TTTCAGTTT-TCA--CAAA--TGAA-----AT----TA--AA-T--TGA-T---ATT-GCGA-----T-A-AGATT-A-C-----G-----T------T-T------T--TG--TATA-TT----TTATATGTGAAAA-----C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CA---------------TCTAT---AA-TACAAT-A--T--T--T-TT-TA--AGTTA-AATTATCA--AA-A-A-----------T-acaat
gi|13                         :                                aGTTG-TTAT-AGTGAAA-TAT---T-TT-T---T-T------TATTTC---ATCGATTGAGAAA--T------T----A---------------C-----------G------------TG-------------------------------------------C-----T-A----TG------------------------G-------AG--CA-CGACA-C-GTAC-GTGT-TTA--AAAG--TGGA-----AT----TT--AT-T--TTA-C---ATT-TAAT-----T-G-AAATTTA-C-----C-----T------T-T------T--TT--A----TT----TGCAAA------------C---A---A--T-AA----C-AGT---T--T--CA------------T-TGTTAT-----TTTCATA-A--T--C--T-TA-AA-GAATGG-AATTATCA--AA-A-A-----------T-A--Ttacttcactgaaaaatccctctatatttc
gi|14                         :                      atagtcgAATTGTTTGTTAA-AGTGAAA-TAT---CATT-T---T-T------C-TTTC---ACAAAGTGACCAC--T------A----G---------------A-----------G------------TA---------G---CA---------------T------T----GT-----C-A----CAACA----GC---------------A-------AAGCCA-TGTCA-G-TAACAGTTT-TAA----AG--TGAA-----ATACAATT--AA-T--TGA-T---A-T-TCAC-----T-G-ACGCC---T-----A-----T------T-T------T--TT--C----TT----A-----------------C---AC--T--T-GA----A-AT-------T--CC------------T-TTATAC---AATTTCATT-A--T--T--T-T--AA-TAGTAA-AATT
gi|15                         :                                                                            atTTC---ACTGAGTGAACAT--C------G----A---------------A-----------G------------TG---------G--------------------A------A----TC-----C-A----CG--A----GT---------------G-------AG--CAATGTCA-A-TTTCATTAT-T-ATTCTGT--TAAAT----AT----TT--CA-TGATGA-T---ACT-CCAC-----T-G-ATACTAA-C-----A-----G------T-T------T--TT--TATTATT----T-----------------CATGA---G--TAAA----A-ATT---A--TGCCA------------T-TTGGAT-----TTTCATT----T--T--T-T--AG-CAGTAA-CATTATTA--AA-T-A-----------T-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               A--CAAGCATGAA-----AT----T---AA-T--TGA-T---AGT-TCAC-----T-A-AAACCAC-C-----A-----A------T-T------T--TC--A----TT----T-------------------------A--T-G-------ATT---A--A--AG------------A-TGGTAA---AATT--ACC-A--T--T--TATA-AA-C--TGA-AATTATTAAGAA-T-A-------------A--TTAACTG--AGT--AT--TCTTTGTT------A---TTAATCA--CA--AAGCATAAAATatccattgatgaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                     tgcactgcagtggtatggtcagtagtggcaaagccatgaT---------------G-------AG--GA-TGCCCTA-TTTTAATCT-TCA--CAAG--TGAC-----AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAT-----T-A-AAGCAAC-C-----A-----G------T-T------T--TT--A----TT----T-----------------
gi|18                         :                                  TTAGTTTC-TGTGAAA-CAT---TATT-T---T-T------AACT-C---ACCAA-CGATTAC---------G----A-----------------------------------------G---------A---AACT-------------A------A----AC-----C-A----CG--A----GT---------------G-------AA--CA-TTACA-A-TTCAAATTT-TCA--CGAG--AGAT-----AT----GT---A-T--T--------TT-TC-------------------------------G------T-T------T--TA--T----TTTA--T-----------------G---A---G--T-GATAACA-GTC---A--A--CG-----------------TAT---CATTTCAAT-A--A--T--T-CA-AG--AGTGA-AATTatatattatatgaatgaaaacagtaaaaaaaatccaattatgatttaactttttttaacactgatcagaatagttaactgagcaactaaacaattcacca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    cG--TA-TACCA-A-TTTCAGTTT-TAA--CAAG--TGAT-----AT----TA--GA-T--TGA-T---ACC-TCCT-----T-G-CAATCAA-TTTT--A-----T------C-T------A--TA--T----CT----TATGACTGAAAA------C---A---G--G-GA----A-AAT---A--C--CA------------T-TTATAT-----TTTCACA-A--T--G--T-TA-AA-CAGTGA-CATTACCA--AA-T-G-----------T-A--AT---T
gi|2                          :                             AATTGTTTGTTTTTAGTGAAA-TAT---CATT-T---T-T------CATTTC---ATCAGGTGAACAT--T------GGTATG---------------A-----------T------------CA---------A---GA---------------ATGGCCCA----GC-----C-A----CA--A----GT---------------G-------AT--CA-TGCGA-A-CTTAAGTGT-TTA--TGAT--TGAA-----ATAG--TT-----T--CGT-T---CTT-TCAC-----A-G-AAGCCAT-C-----A-----A------T-T------T--GT--A----TT----T-----------------C---ATAGA--T-AA----ATACC---A--T--TG------------T-TTT-------ATTTCACTAA--T--T--T-TG-A---AGTAA-AATTATTA--AA-A-A-----------T-AGTTT---TCTGAGA--AG--TCATT--T------A---TTCAACA--GA--GAGCACAAAATcaccggtaatattcatataat
gi|20                         :                gtaaatggagataAATTGATGATTTC-AATGAAA-TGA---CATT-T---T-TA-----TATTTC---TTCGAGTGAGCAC--TTGCTCGG----A---------------A-----------G------------TA---------G---CATGGTCACACGTGTTGG------A----AC-----C-A----TA--A----GA---------------G-------AG--CA-TGCCA-A-ATTC-------------AG--TGAA-----AT----AT--GA-T--TAG-T---GTT-TCAC-----T-G-AAATAAA-C-----A-----A------T-T------T--TG--G----TT----T-----------------aagata
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                      -----C-A----TA--A----GT---------------G-------AG--CA-TAACA-A-TTTCAAAGT-TCA--CAAA--CAAA-----AT----TT--AG-T--TCA-TTACATT-TCAC-----A-G-AAACCAA-C-----A-----A------C-T------T--TT--C----TT----T-----------------atattttat
gi|22                         :                                TGTTGGTG-C-AGTGTAA-TCT---C-TT-T---T-T------TATTTC---ATTTAGTGATCAC--T------G----A---------------A-----------G------------TGTTATGTCAAG---AA---------------A------A----GCGTGGAC-G----CG--A----GT---------------AAACATATAG--CA-TACCA-A-TTTCAGTAT-TTT--AGAG--CGAA------------T--AG----TGA-T---ATG-CGAC-----T-G-AAATAAG-C-----A-----T------A-T------T--TT--T----atcataacacccaaccaaattatattgcacatataaatatctaaactacatgcaaatcatctatacaaatgta
gi|23                         :                                   TAGTTTC-ATTAAAA-AAT---CATT-T---T-T-------ATTTG---ATCGAGTGAGCAC--T------G----A---------------A-----------G------------TG---------G---TA---------------T------G----GT-----C-A----CG--A----GTCATGAAGTGACAAGTG-------AG---G-TGCCA-A-TTTCCGTGT-CCG--CATG--TGCA-----GT----TT---------GA-T---ATT-TTAC-----C-G-AAATTAATC-----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----
gi|24                         :                             AATTGTTCATTTC-GGTGAAA-TAT----ATT-T---TAT------AATTTC---ATTGAGAGAGCAC--T------A----A---------------A-----------G------------TG---------G---TT---------------T------G----GT-----C-T----TA--A----CT---------------G-------AG--CA-TGCAT-A-TTCTAGTGT-TCA--CAAG--TAAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-GAAAAACAA-C-----A-----C------C-T------T--TT--T----AT----T-----------------cat
gi|25                         :                             aaaatTTGGCTTC-GGTGAAAATAT---CAAT-TAAAT-T------GCCTTC--------GCGAACAC--T------A----A---------------A-----------G------------TT---------G---GT---------------A------T----GC-----CTA----CT--G----GTCGTTTCGCC------G-------CT--CG-TGACA-A-TACCA---T-TCC--CGTG--T--A-----AC---------A-T--TGA-T---AGT-TCAT-----T-G-AAACCA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                           tatatagaataacgttcT---------------G-------A---CA-TGCTA-C-GTCCAGTGC-TCA--CCAG--TGAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT--CAT-----T-G-AAACAAA-C-----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----TTTGTTATTGAAAA----C---A---G--T-GA----A-ATG---A--T--C---------------TGTTAT---AGTTTTATT-A--T--T--T-TA-AA-CA-TGA-AATTtgg
gi|27                         :                                                           tT-T---T-G------TATTGC---ATCGAGTGTACAC--A------G--------------------A-----------T------------CG---------G---GT---------------A------T----GA-----C-A--------------T---------------G-------GG--CA-TGTCG-A-ATTCAGTGT-TCA--CGAG--TGAA-----AT----GT--AT-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-CAAACAA-CTGAT-A-----A------TAT------TAATG--T----TT----TAAA--------------C---A---G--T-AA----A-At
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         TGT-TCA--TAGT--TGAC-----AT----CT--AACT--TGC-T---ATT-CCAC-----T-G-AAACGAG-C-----A-----AGCTTGGT-T------T--TA--T----TT----TATCATT-----------CTAAA---GGTT-GA----A-ATT---A--C--CG------------A-CT--AT---AATTTCACT-T--T--C--T-TA-AATCAATGATAAT
gi|29                         :                                     GTTTA-AGTGAAT-TAG---C-TT-T---T-T------TATTTT---ATTAAGTGAATAA--T------G----A-----------------------------------------G---------A---AA----------------------------------------------------------------------------------TGCCC-A-TTTCAGTAT-TCA--CAAA--CGAA-----AT----TTA-AA-T--TGA-T---ATT-TTACACAAAA-A-AAAACAA-C-----AT----A------T-T------T--TC--T----
gi|3                          :                                                               ---T-T------TATTTC---ATTGAGTGAGCAC--T------A----A---------------A-----------G------------TG---------GT--CAC--------------A------A----GT-----T-G----TG--AACCCAT---------------G-------AG--CA-TGTCA-A-T----GTG--TCA--TGGG--TTGA-----AT----TT--AA-T--TAATT---ATTCTCAG-----C-A-AATCCAA-C-----A-----A------T-T------TA-TA--T----TT----TATACTTATCACTGAAAAC---A---G--T-GA----A-ATA---A-------------------------AA---AA---AAAT-AT-T--T--T-TA-AA-CAGTGA-AATTATCA--AA-A-T-----------T-A--TT---CAT-AAT--TA--TT-----TTTTTTAA---TTCACCA--AA--AGGCATAAG---CATAAAAA--c
gi|30                         :                            gAGTTGTTGGTTTC-AGAGAAA-TATAT-CCTT-T---T-T------TATTTA---TTCGAGTAAGTAC--C------A----A---------------AATGGTATA---G------------CG---------A---CA---------------A-----------GC-----C-A----TG--C----GT---------------G-------GG--CG-CATCA-A-TTTCAGTGG-TCA--TGAG--TGattatactaaagacagtttaaaagttta
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AACCCAT-C-----A-----A------T-TA-----T--TA--T----TT----T-----------------C---gcat
gi|31                         :                             AATTGATGGGTTC-AGTGAAA-TAT---C-TT-T---T-T------TATTTT---GTTAAATGACCCC--T------G----ACTTGGTTAGCTAATGA-----------G------------TG---------G---TG---------------A------G----GC-----C-A----CA--A----GG---------------G-------TG--CA-TGTCA-ATTTTCAGTGT-Tttttttattttgttaaatgacccctgacttggttagctaatgagtggtgaggccacaagggtgcatgtcaattttcagtgtt
gi|32                         :                                                                                                                       gaaaataat-----------G------------TG---------G---TG---------------A------A----AC-----C-T----GG--A----GT---------------A-------AG--CT-TGCCA-G-CTAAAGTTT-TCA--TGAG--TGAC-----AT----CT--AA-T--TGA-T---ATT-TCA-------------------------------------------------TC--T----TT----TAA---------------C---A---G--T-GA----A-CTT---A--C--CA---------------TTTAT---AATTTCATT-AG-T--T--T-TA-AA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 tactG--CGAA-----GT----TTTAAA-T--TGA-T---ATT-TAAG-----T-G-AAGCCAA-C-----A-----A------C-T------T--TT--T----
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gi|37                         :                               TTGTTATTTTC-GGTGAAA-TAT---CA-T-T---T-T------TATTTC---ATCGAATAAACAT--T------G----A---------------AATGTT------G------------TG---------AACTTA---------------A------A----GC-----G-A----TG--G----GT---------------G-------AC--CA----CA-A-ATTCa
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gi|4                          : gagagtgctaaaatgacatggttatacaAATTGTTTGTCTT--GTGAAT-TAT---CACT-T---T-T-------ATTTC---ATTGAGTGAACCG--T------G----A---------------A-----------GTGGCATGGGTAACG---------A---GAGG-------------A------AAT--GC-----C-A----CA--G----GT---------------G-------TG--CA-CACCA-A-TTTCAGTGT-TT------G--TG-------------------------------ATT-TCAC-----TGG-AAAGAAA-CA----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----TTAATTTA----------C---A---GT-T-AA----A-ACT---A--G--CAAAAAAAACATTTT-TTTTAT---AATTT-A---------------------AGTGA-AATTTTCA--AA-TAA-----------C-A--TTTCATTT-A-A--AA--CCTT---T------ATATTTCATGA--AAACAAATACGAAATTTA
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gi|41                         :                                        TC-AGTGAAA-AAT----ATT-T---T-T------TATTTA---ATTTAGTT--TAT--T------GTC--A---------------G-----------GAT----------CA---------A---CT---------------A------A----GC-----C-A----CG--A----GT---------------G-------AG--CA-TGCcgattg
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTCAGTAT-G-G--CGAG--TGAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT-CCAC-----T-G-AAAaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTAGAGC-TCA--CATG--TGAA-----AC----TT--AA-T--TGT-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACAAA-C-----AG----C------T-T------T--TC--T----TT----T-----------------T---A---tatttgttgatattaatgattgaaaacaataa
gi|44                         :                   tgtcagtgagAGTTGTTTGTTTC-GGTGAAA-TAT---CATT-T---T-TATTTCTTATTTC---ACTAAGTGGGCAC--T------G----A---------------A-----------G------------TG---------A---
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gi|48                         :                                      TTTC-AGTGAAA-AGT---CATT-T---T-C-------ATTTC---GTCGAGTGATCAT--T------A----A---------------A-----------T------------TG---------G---TA---------------A------A----G
gi|49                         :                                TGTTGGTTTC-AGTGAAA--AT----ATTGT---T-T------TAATCC---ACTGAGTGAACAC--T------G----A---------------A-----------G------------
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gi|7                          :                     aaatattatcTTGTTGGTTTT-GATGAAA-TAA---CATT-T---C-A-------ATTTC---ACTGCATGATCAC--T------G----A---------------AAAGGTGTGGTCG------------CG---------A---GT---------------G------ATGCGGC-----C-AGTTATA--A----AT---------------G-------AG--CA-TGCCA-A-TTTTGGTTTATTA--AGAG--TGAACAACAAT----T----A-T--TGA-T---CTT-TTGT-----G-G-AAATCGA-C-----A-----AA-----T-T------T--TGATT----TT----TAAAAGGAAA--------C---A---A--T-AA----A-ATG---C--C--CA------------T-TT--AT---AATTTCACT-A--T--TGGT-TGCAA-TAGTGA-AATTATAA--AA-T-A-----------T-A--taaa
gi|8                          :                    caaataaagaaacatTGGTTTC-AGTGACC-TAT---TATT-T-------------ATATA---ACTGAGTGAGAACCGT------G----A---------------A-----------G------------TG---------G---TA---------------T------G----AT-----C-A----AG--A----GCCAG------------A-------AG--CG-TGCCA-G-TTTTAGTGT-TCA--AAAG--TGAC-----AT----TT---A-T--AGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-T-----AAAAATA------T-T------T--GA--T----GA----TGGAAAAA----------C---A---G--T-GA----A-ATT------T--CA--------------ATTTAT---AATAT--CT-AGCT--T--T-AA-AA-CAGTGA-ACTTACCA--AA-C-A-----------TAA--TTAACTG--AGA--AA--TC-----T------
gi|9                          :                             aaatgTTGGTTTC-AGTAAAA-TAT---CATT-T---T-T-------ATTTA---ATCGAGCGAGCAT--T------A----A---------------A-----------G------------TG---------A---CA---------------A------A----GC-----C-G----CG--A----GT---------------G-------AA--CA-TGCCA-A-TTTAAATAT-GCG--CAAC--TAAG-----AT----TG--TA-T--TGA-T---GTT-TCAT-----A-T-CAACAAA-C-----A-----C------T-TGTTCTAT--TA--T----TT----TATGATTGAAAA------C---G---G--T-GA----A-A-----A--T---G------------C-ATTTAT---AATTTCAAT-A--T--T--T-T--AA-CAGTGA-ACTTTCCA--AA-A-C-----------T-A--TT---TGctatatt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                             AATTGTTGGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---T------T-TATTTC-----ATCGAGTGAGCAC--T------G--------A---------------AG--TG---------G------TA---------------AA-----------GC-----C-A---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CA-T-GCCA-A-TTTCAGTGT-TCA--CGAGTGA-----A-AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-C-----A-----N------T-T------T--T-NT----TT----T-----------------C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-NA-----------T-A--TT---TGT-AGA--AA--TC-----T------A---TTCANCA--GA--AAGCACAAAATTNATAAAAA--ATATG
Reference ( family-312 )      :                             AATTGTTGGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---T------T-TATTTC-----ATCGAGTGAGCAC--T------G--------A---------------AG--CG---------G------NA---------------AA-----------GC-----C-A---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CA-T-GCCA-A-TTTCAGTGT-TCA--CGAGTGA-----A-AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-C-----A-----N------T-T------T--T-NT----TT----T-----------------C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-NA-----------T-A--TT---TGT-AGA--AA--TC-----T------A---TTCANCA--GA--AAGCACAAAATTNATAAAAA--ATATG
gi|1                          :                                  TTGGTTTC-AGTGAAA-TATATATATGTGTGTGTGTAT-T---A------C-TATATCGAAATATCGAATGAGAAC--T------A--------T---------------AG--T------------------------------------------------------------CG--G----AT---------------G---------------------------G--TA-T-GTCA-A-TGTCACTGT-TCA--TGAGTGA-----A-AT----TC--AA-T--TCA-C---ATT-TCAC-----C-A-AAACCAT-CG----A-----A------T-T------T--T-GT----TTA---TAATTTATGACTCCAAA-C---A---G--T-GA----A-ATT---A--C--CA---------------TTCAC---AATTTCACT-A--T--T--C-C-A-AA-CAGTGA-AATTA-CAAACTACCACTGACAACT-A--TT---TGT-A----------------------A---TTCATCA--CC--AAGTGCAAA----ACAAGAA--AT
gi|10                         :                             AATTGCTGGTTTC-AGC-AAA-TAT---TGT-----------T-T---T------G--ATTTC-----ATC-AGAGA-TAT--T-----------------------------------CG-----------------------------------------------C-----C-A---TG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CA-G-GCCA-A-TTT--GCGT-TCT--TAAGTCA-----G-AT----TT--AT-T--TGA-T---ATTAACGC-----T-G-AAATCAA-C-----A-----A------T-T------T--T-ATGA--TTAAAATAACAA------------C---A---G--C-AA----A-ATT----------G------------T-TCAAATGGAAATT--A---A--T--T--T-G-A-AA-CAGTAA-AGTTATCAAA--A-----------G-A--TTCA-TGG-AGA--AA--TC-----TTGATA-A---TTCATCA--AA--AAtatatttaatgtttaagtaccagtttata
gi|11                         :                                                                                                                                                                        ---------------AA-----------GT-----C-C---CG--A----GC---------------G-------A-------------------G--CA-T-GCCA-A-TATCAATGT---------GTGA-----A-AT----GT--AA-T--TGA-T---ATT-TGAC-----T-G-AAACTAA-CCATGTA-----T------T-T------T--T-GTTTA-TT----T-----------------C---A------T-G-------ATTAAAA--G--CA------------A-TGAAAT---AA--CCATT-A--TGAT--T-A-A-AA-CAGTGA-AATTATCTAA-TA-----------TAA--TT---TAT-TGATGAATCTC-----T------A---TACTGCATTAA--AAACAAGAAATtatg
gi|12                         :                          gcactgaagtgaactggtatgtcacgagtgtcag-----------T-T---T------T-TATTTT-----ATTGAGTAAGCAC--T------A--------A---------------AG--TG---------A------CA---------------CA-----------GG-----C-A---CT--C----GT---------------G-------A-------------------G--AA-T-GCCT-G-TTTCAGTTT-TCA--CAAATGA-----A-AT----TA--AA-T--TGA-T---ATT-GCGA-----T-A-AGATT-A-C-----G-----T------T-T------T--T-GTATA-TT----TTATATGTGAAAA-----C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CA---------------TCTAT---AA-TACAAT-A--T--T--T-T-T-TA--AGTTA-AATTATCAAA-AA-----------T-acaat
gi|13                         :                                aGTTG-TTAT-AGTGAAA-TAT---T-T-----------T-T---T------T-TATTTC-----ATCGATTGAGAAA--T------T--------A---------------CG--TG-----------------------------------------------C-----T-A---TG------------------------G-------A-------------------G--CA-C-GACA-C-GTAC-GTGT-TTA--AAAGTGG-----A-AT----TT--AT-T--TTA-C---ATT-TAAT-----T-G-AAATTTA-C-----C-----T------T-T------T--T-TA----TT----TGCAAA------------C---A---A--T-AA----C-AGT---T--T--CA------------T-TGTTAT-----TTTCATA-A--T--C--T-T-A-AA-GAATGG-AATTATCAAA-AA-----------T-A--Ttacttcactgaaaaatccctctatatttc
gi|14                         :                      atagtcgAATTGTTTGTTAA-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---T------T-C-TTTC-----ACAAAGTGACCAC--T------A--------G---------------AG--TA---------G------CA---------------TT-----------GT-----C-A---CAACA----GC---------------A-------A-------------------AGCCA-T-GTCA-G-TAACAGTTT-TAA----AGTGA-----A-ATACAATT--AA-T--TGA-T---A-T-TCAC-----T-G-ACGCC---T-----A-----T------T-T------T--T-TC----TT----A-----------------C---AC--T--T-GA----A-AT-------T--CC------------T-TTATAC---AATTTCATT-A--T--T--T-T---AA-TAGTAA-AATT
gi|15                         :                                                                                       atTTC-----ACTGAGTGAACAT--C------G--------A---------------AG--TG---------G-----------------------AA-----------TC-----C-A---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CAAT-GTCA-A-TTTCATTAT-T-ATTCTGTTAA-----ATAT----TT--CA-TGATGA-T---ACT-CCAC-----T-G-ATACTAA-C-----A-----G------T-T------T--T-TTATTATT----T-----------------CATGA---G--TAAA----A-ATT---A--TGCCA------------T-TTGGAT-----TTTCATT----T--T--T-T---AG-CAGTAA-CATTATTAAA-TA-----------T-A--
gi|16                         :                                                                                                          GCAC--T------G--------C---------------AG--TG---------G------TA---------------TG-----------GT-----C-A---GT--A----GT---------------G---------------------------G--CA-AAGCCA---------TGA-ACA--AGCATGA-----A-AT----T---AA-T--TGA-T---AGT-TCAC-----T-A-AAACCAC-C-----A-----A------T-T------T--T-CA----TT----T-------------------------A--T-G-------ATT---A--A--AG------------A-TGGTAA---AATT--ACC-A--T--T--TAT-A-AA-C--TGA-AATTATTAAG-AA-----------TAA--TTAACTG--AGT--AT--TCTTTGTT------A---TTAATCA--CA--AAGCATAAAATatccattgatgaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          tT---------------G-------A-------------------G--GA-T-GCCCTA-TTTTAATCT-TCA--CAAGTGA-----C-AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAT-----T-A-AAGCAAC-C-----A-----G------T-T------T--T-TA----TT----T-----------------
gi|18                         :                                  TTAGTTTC-TGTGAAA-CAT---TAT-----------T-T---T------T-AACT-C-----ACCAA-CGATTAC--GA-----G--------A---------------AA--C-----------------TA---------------AA------------C-----C-A---CG--A----GT---------------G-------A-------------------A--CA-T-TACA-A-TTCAAATTT-TCA--CGAGAGA-----T-AT----GT---A-T--T--------TT-TC-------------------------------G------T-T------T--T-AT----TTTA--T-----------------G---A---G--T-GATAACA-GTC---A--A--CG-----------------TAT---CATTTCAAT-A--A--T--T-C-A-AG--AGTGA-AATTatatattatatgaatgaaaacagtaaaaaaaatccaattatgatttaactttttttaacactgatcagaatagttaactgagcaactaaacaattcacca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                   c-------------------G--TA-T-ACCA-A-TTTCAGTTT-TAA--CAAGTGA-----T-AT----TA--GA-T--TGA-T---ACC-TCCT-----T-G-CAATCAA-TTTT--A-----T------C-T------A--T-AT----CT----TATGACTGAAAA------C---A---G--G-GA----A-AAT---A--C--CA------------T-TTATAT-----TTTCACA-A--T--G--T-T-A-AA-CAGTGA-CATTACCAAA-TG-----------T-A--AT---T
gi|2                          :                             AATTGTTTGTTTTTAGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---T------T-CATTTC-----ATCAGGTGAACAT--T------GGTATGATCA---------------AGAATG---------G------CC---------------CA-----------GC-----C-A---CA--A----GT---------------G-------A-------------------T--CA-T-GCGA-A-CTTAAGTGT-TTA--TGATTGA-----A-ATAG--TT-----T--CGT-T---CTT-TCAC-----A-G-AAGCCAT-C-----A-----A------T-T------T--G-TA----TT----T-----------------C---ATAGA--T-AA----ATACC---A--T--TG------------T-TTT-------ATTTCACTAA--T--T--T-T-G-A---AGTAA-AATTATTAAA-AA-----------T-AGTTT---TCTGAGA--AG--TCATT--T------A---TTCAACA--GA--GAGCACAAAATcaccggtaatattcatataat
gi|20                         :                gtaaatggagataAATTGATGATTTC-AATGAAA-TGA---CAT-----------T-T---T------TATATTTC-----TTCGAGTGAGCAC--TTGCTCGG--------A---------------AG--TA---------G------CATGGTCACACGTGTTGGA-----------AC-----C-A---TA--A----GA---------------G-------A-------------------G--CA-T-GCCA-A-ATTC-------------AGTGA-----A-AT----AT--GA-T--TAG-T---GTT-TCAC-----T-G-AAATAAA-C-----A-----A------T-T------T--T-GG----TT----T-----------------aagata
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                      -----C-A---TA--A----GT---------------G-------A-------------------G--CA-T-AACA-A-TTTCAAAGT-TCA--CAAACAA-----A-AT----TT--AG-T--TCA-TTACATT-TCAC-----A-G-AAACCAA-C-----A-----A------C-T------T--T-TC----TT----T-----------------atattttat
gi|22                         :                                TGTTGGTG-C-AGTGTAA-TCT---C-T-----------T-T---T------T-TATTTC-----ATTTAGTGATCAC--T------G--------A---------------AG--TGTTATGTCAAG------AA---------------AA-----------GCGTGGAC-G---CG--A----GT---------------AAACATATA-------------------G--CA-T-ACCA-A-TTTCAGTAT-TTT--AGAGCGA-----A--------T--AG----TGA-T---ATG-CGAC-----T-G-AAATAAG-C-----A-----T------A-T------T--T-TT----atcataacacccaaccaaattatattgcacatataaatatctaaactacatgcaaatcatctatacaaatgta
gi|23                         :                                   TAGTTTC-ATTAAAA-AAT---CAT-----------T-T---T------T--ATTTG-----ATCGAGTGAGCAC--T------G--------A---------------AG--TG---------G------TA---------------TG-----------GT-----C-A---CG--A----GTCATGAAGTGACAAGTG-------A-------------------G---G-T-GCCA-A-TTTCCGTGT-CCG--CATGTGC-----A-GT----TT---------GA-T---ATT-TTAC-----C-G-AAATTAATC-----A-----T------T-T------T--T-AT----TT----
gi|24                         :                             AATTGTTCATTTC-GGTGAAA-TAT----AT-----------T-T---TA-----T-AATTTC-----ATTGAGAGAGCAC--T------A--------A---------------AG--TG---------G------TT---------------TG-----------GT-----C-T---TA--A----CT---------------G-------A-------------------G--CA-T-GCAT-A-TTCTAGTGT-TCA--CAAGTAA-----A-AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-GAAAAACAA-C-----A-----C------C-T------T--T-TT----AT----T-----------------cat
gi|25                         :                             aaaatTTGGCTTC-GGTGAAAATAT---CAA-----------T-TAAAT------T-GCCTTC----------GCGAACAC--T------A--------A---------------AG--TT---------G------GT---------------AT-----------GC-----CTA---CT--G----GTCGTTTCGCC------G-------C-------------------T--CG-T-GACA-A-TACCA---T-TCC--CGTGT-------A-AC---------A-T--TGA-T---AGT-TCAT-----T-G-AAACCA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                          tatatagaataacgttcT---------------G-------A----------------------CA-T-GCTA-C-GTCCAGTGC-TCA--CCAGTGA-----A-AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT--CAT-----T-G-AAACAAA-C-----A-----T------T-T------T--T-AT----TT----TTTGTTATTGAAAA----C---A---G--T-GA----A-ATG---A--T--C---------------TGTTAT---AGTTTTATT-A--T--T--T-T-A-AA-CA-TGA-AATTtgg
gi|27                         :                                                           t-----------T-T---T------G-TATTGC-----ATCGAGTGTACAC--A------G--------A----------------T--CG---------G------GT---------------AT-----------GA-----C-A-------------T---------------G-------G-------------------G--CA-T-GTCG-A-ATTCAGTGT-TCA--CGAGTGA-----A-AT----GT--AT-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-CAAACAA-CTGAT-A-----A------TAT------TAAT-GT----TT----TAAA--------------C---A---G--T-AA----A-At
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGT-TCA--TAGTTGA-----C-AT----CT--AACT--TGC-T---ATT-CCAC-----T-G-AAACGAG-C-----A-----AGCTTGGT-T------T--T-AT----TT----TATCATT-----------CTAAA---GGTT-GA----A-ATT---A--C--CG------------A-CT--AT---AATTTCACT-T--T--C--T-T-A-AATCAATGATAAT
gi|29                         :                                     GTTTA-AGTGAAT-TAG---C-T-----------T-T---T------T-TATTTT-----ATTAAGTGAATAA--T------G--------A------------------------------G------AA---------------A-------------------------------------------------------------------------------------T-GCCC-A-TTTCAGTAT-TCA--CAAACGA-----A-AT----TTA-AA-T--TGA-T---ATT-TTACACAAAA-A-AAAACAA-C-----AT----A------T-T------T--T-CT----
gi|3                          :                                                                          ---T------T-TATTTC-----ATTGAGTGAGCAC--T------A--------A---------------AG--TG---------GT-----CAC--------------AA-----------GT-----T-G---TG--AACCCAT---------------G-------A-------------------G--CA-T-GTCA-A-T----GTG--TCA--TGGGTTG-----A-AT----TT--AA-T--TAATT---ATTCTCAG-----C-A-AATCCAA-C-----A-----A------T-T------TA-T-AT----TT----TATACTTATCACTGAAAAC---A---G--T-GA----A-ATA---A-------------------------AA---AA---AAAT-A--T--T--T-TTA-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-AT-----------T-A--TT---CAT-AAT--TA--TT-----TTTTTTAA---TTCACCA--AA--AGGCATAAG---CATAAAAA--c
gi|30                         :                            gAGTTGTTGGTTTC-AGAGAAA-TATAT-CCT-----------T-T---T------T-TATTTA-----TTCGAGTAAGTAC--C------A--------A---------------AA--TG---------G------TATAGCGAC--------AA-----------GC-----C-A---TG--C----GT---------------G-------G-------------------G--CG-C-ATCA-A-TTTCAGTGG-TCA--TGAGTGattatactaaagacagtttaaaagttta
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AACCCAT-C-----A-----A------T-TA-----T--T-AT----TT----T-----------------C---gcat
gi|31                         :                             AATTGATGGGTTC-AGTGAAA-TAT---C-T-----------T-T---T------T-TATTTT-----GTTAAATGACCCC--T------G--------ACTTGGTTAGCTAATGAG--TG---------G------TG---------------AG-----------GC-----C-A---CA--A----GG---------------G-------T-------------------G--CA-T-GTCA-ATTTTCAGTGT-Tttttttattttgttaaatgacccctgacttggttagctaatgagtggtgaggccacaagggtgcatgtcaattttcagtgtt
gi|32                         :                                                                                                                                        gaaaataatG--TG---------G------TG---------------AA-----------AC-----C-T---GG--A----GT---------------A-------A-------------------G--CT-T-GCCA-G-CTAAAGTTT-TCA--TGAGTGA-----C-AT----CT--AA-T--TGA-T---ATT-TCA-------------------------------------------------T-CT----TT----TAA---------------C---A---G--T-GA----A-CTT---A--C--CA---------------TTTAT---AATTTCATT-AG-T--T--T-T-A-AA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tactGCGA-----A-GT----TTTAAA-T--TGA-T---ATT-TAAG-----T-G-AAGCCAA-C-----A-----A------C-T------T--T-TT----
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                             ctgaagtggtttgtccaaaagtggcaaaagA-T-GCCA-A-TGTCAGTGT-TCA--CGAGTGA-----A--T----TG--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-A-AAACCAA-C-----A-----T------T-TA-----T--T-AT----AT----T-----------------T---ATT-A--T-AA----G-ATT---A--atctttattttatgactgaaaatgatgaaataa
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                gaa--A----GTA--------------G-------A-------------------G--CA-T-GCCA-A-TTCCAGTGT-TCT--CGAATGG-----A-AT----TT--AA-C--AGA-T---ATT-TCAA-----T-G-TAAT----------------T------T-T------T--T-AT----TT----TATAATCGAAAG------C---A---G--T-GA----T-ATT---A--T--Caaaacagcaaaatta
gi|37                         :                               TTGTTATTTTC-GGTGAAA-TAT---CA------------T-T---T------T-TATTTC-----ATCGAATAAACAT--T------G--------A---------------AA--TGTT-------GTGAACTTA---------------AA-----------GC-----G-A---TG--G----GT---------------G-------A-------------------C--CA-----CA-A-ATTCa
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                      caatat-A---TG--G----GC---------------G-------A-------------------G--CA-T-GCAA-A-TTTCAGTTT-TCA--TCAGTGA-----A-AT----TT--CA-T--TTA-T---ATG-TCAC-----T-G-A
gi|4                          : gagagtgctaaaatgacatggttatacaAATTGTTTGTCTT--GTGAAT-TAT---CAC-----------T-T---T------T--ATTTC-----ATTGAGTGAACCG--T------G--------A---------------AG--TG---------G------CATGGGT----------AACGAGAGGAAATGC-----C-A---CA--G----GT---------------G-------T-------------------G--CA-C-ACCA-A-TTTCAGTGT-TT------GTG--------------------------------ATT-TCAC-----TGG-AAAGAAA-CA----A-----T------T-T------T--T-AT----TT----TTAATTTA----------C---A---GT-T-AA----A-ACT---A--G--CAAAAAAAACATTTT-TTTTAT---AATTT-A----------------------AGTGA-AATTTTCAAATAA-----------C-A--TTTCATTT-A-A--AA--CCTT---T------ATATTTCATGA--AAACAAATACGAAATTTA
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                           t---------------G-------A-------------------G--CA-T-ACCA-A-TGTCGGTGT-CCG--CTGGTGC-----C-AT----CT--TA-T--CGG-T---ATT-TCAT-----T-G-AAACAAA-T-----C-----T------A-T------T--T-CA----TT----T-----------------C---A---aa
gi|41                         :                                        TC-AGTGAAA-AAT----AT-----------T-T---T------T-TATTTA-----ATTTAGTT--TAT--T------GTC------A---------------GGATCA---------A------CT---------------AA-----------GC-----C-A---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CA-T-GCcgattg
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgTCAGTAT-G-G--CGAGTGA-----A-AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT-CCAC-----T-G-AAAaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTAGAGC-TCA--CATGTGA-----A-AC----TT--AA-T--TGT-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACAAA-C-----AG----C------T-T------T--T-CT----TT----T-----------------T---A---tatttgttgatattaatgattgaaaacaataa
gi|44                         :                   tgtcagtgagAGTTGTTTGTTTC-GGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TTATTTCT-TATTTC-----ACTAAGTGGGCAC--T------G--------A---------------AG--TG---------
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                          aa---------------G-------A-------------------G--CG-T-GCAC-A-TTGGAATGT-TCA--CACGTGA-----A-AT----CT--AA-T--AAA-T---ATT-GTAC-----T-G-AAAaa
gi|48                         :                                      TTTC-AGTGAAA-AGT---CAT-----------T-T---T------C--ATTTC-----GTCGAGTGATCAT--T------A--------A---------------AT--TG---------G------TA---------------AA-----------G
gi|49                         :                                TGTTGGTTTC-AGTGAAA--AT----AT-----------TGT---T------T-TAATCC-----ACTGAGTGAACAC--T------G--------A---------------AG--
gi|5                          :                                TGTTCGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---T------T-TATTTC-----ATTGAGTGAACAC--T------G--------A---------------GG--CG---------A------AA---------------AA-----------GC-----C-A---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CA-T-GTCA-A-TTTCAGTGT-TCT--CATGTGA-----A-AT----TA--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-T-AAATCAA-C-----A-----C------T-T------T--T-CT----TT----T-----------------C---A---G--T-GG----A-GTT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGCGA-AACTACCAAA-TA-----------C-A--TT---TGT-AGA--AA--TA-----T------A---T--------GA--TGGCACAGAATCGATAAAAATGATATG
gi|6                          :                             aggTGCTGGCTTC-AGTGAGG-TAT---AAT-----------T-T---T-------------C-----GTTGAGTAAACAC--T------AT-------A---------------AG--TG---------G------TATGATG----------AT-----------GT-----C-GTCTCG-------GT---------------G-------A-------------------G--CA-G-GTAC-G-TTCAAACGT-TCA--CAAGTGA-----A-CT----TA--AA-T--TAC-C---ATT-TTCC-----T-C-AAACCAA-C-----A-----A------T-G------T--T-GT----TT------------------------------G--T----------TT---ATTT--CA------------TGCTTTAT---GAGTTCTCA-A--T--T--T-----AA-CATCGA-AATTACCGAA-AA-----------T-A---C---TG--AGA--AA--TC-----TCCATA-G---TTCAACA--GA--AAACATAAAA-TAATTAAAA--tgaataaa
gi|7                          :                     aaatattatcTTGTTGGTTTT-GATGAAA-TAA---CAT-----------T-T---C------A--ATTTC-----ACTGCATGATCAC--T------G--------A---------------AA--AG---------G------TG---------------TG-----------GT-----C-G---CG--A----GT---------------G-------ATGCGGCCAGTTATAAATGAG--CA-T-GCCA-A-TTTTGGTTTATTA--AGAGTGAACAACA-AT----T----A-T--TGA-T---CTT-TTGT-----G-G-AAATCGA-CA----A-----A------T-T------T--TGAT----TT----TTAAAAGGAAA-------C---A---A--T-AA----A-ATG---C--C--CA---------------TTTAT---AATTTCACT-A--T--TGGT-T-GCAA-TAGTGA-AATTATAAAA-TA-----------T-A--taaa
gi|8                          :                    caaataaagaaacatTGGTTTC-AGTGACC-TAT---TAT-----------T-T-------------ATATA-----ACTGAGTGAGAACCGT------G--------A---------------AG--TG---------G------TA---------------TG-----------AT-----C-A---AG--A----GCCAG------------A-------A-------------------G--CG-T-GCCA-G-TTTTAGTGT-TCA--AAAGTGA-----C-AT----TT---A-T--AGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-T-----AAAAATA------T-T------T--G-AT----GA----TGGAAAAA----------C---A---G--T-GA----A-ATT------T--CA--------------ATTTAT---AATAT--CT-AGCT--T--T-A-A-AA-CAGTGA-ACTTACCAAA-CA-----------TAA--TTAACTG--AGA--AA--TC-----T------
gi|9                          :                             aaatgTTGGTTTC-AGTAAAA-TAT---CAT-----------T-T---T------T--ATTTA-----ATCGAGCGAGCAT--T------A--------A---------------AG--TG---------A------CA---------------AA-----------GC-----C-G---CG--A----GT---------------G-------A-------------------A--CA-T-GCCA-A-TTTAAATAT-GCG--CAACTAA-----G-AT----TG--TA-T--TGA-T---GTT-TCAT-----A-T-CAACAAA-C-----A-----C------T-TGTTCTAT--T-AT----TT----TATGATTGAAAA------C---G---G--T-GA----A-A-----A--T---G------------C-ATTTAT---AATTTCAAT-A--T--T--T-T---AA-CAGTGA-ACTTTCCAAA-AC-----------T-A--TT---TGctatatt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|38 ): TTGGTTTATTTTATGACTGAAAATAGGGAAAGTACCATTTATAATTTCTCTGATTTGAACTACAAAAATAAAGTCACTGAGAAATCTC
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lowQualScore                  :                                            5       1   666   66666666666 4 333  5555555 3    22222  4    22222 88 8   77 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  00000  111  3333333  3333333333333333333333333333333333333333333 44 0  1    1 1         0   4444      77777  777777777 1 44   0 888   1    66666 0 0    2  1 444444444444444444 1 666666 77 666 0000  6666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  3333      1 9 55 66 66 22222  33     0          5555555555555555555555555555555555555555555555555555555    6  888 11         8888       88     
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Reference ( family-312 )      :                               AATTGTTGGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGAGT-----G--AGCAC--T------G--------A---------------AG--T-----G----G------T-----A-------A----------A-----------GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-TTTCAGTGT-TCA--CGAGTGAA-----AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-C-----A-----N------T-T------T--TN--T----TT----T-----------------C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-NA-----------T-A--TT---TGT-AGA--AA--TC-----T------A---TTCANCA--GA--AAGCACAAAATTNATAAAAA--ATATG
gi|1                          :                                    TTGGTTTC-AGTGAAA-TATATATATGTGTGTGTGTAT-T---AC------TA-TATCGAAATATCGAAT-----G--AGAAC--T------A--------T---------------AG--T------------------------------------------------------------------CG--G----AT---------------G---------------------------G--T-AT-GTCA-A-TGTCACTGT-TCA--TGAGTGAA-----AT----TC--AA-T--TCA-C---ATT-TCAC-----C-A-AAACCAT-CG----A-----A------T-T------T--TG--T----TTA---TAATTTATGACTCCAAA-C---A---G--T-GA----A-ATT---A--C--CA---------------TTCAC---AATTTCACT-A--T--T--C-C-A-AA-CAGTGA-AATTA-CAAACTACCACTGACAACT-A--TT---TGT-A----------------------A---TTCATCA--CC--AAGTGCAAA----ACAAGAA--AT
gi|10                         :                               AATTGCTGGTTTC-AGC-AAA-TAT---TGT-----------T-T---TG-------A-TTTC-----ATC-AGA-----G--A-TAT--T------C-----------------------------------------------------------------------------------GC-----CA---TG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AG-GCCA-A-TTT--GCGT-TCT--TAAGTCAG-----AT----TT--AT-T--TGA-T---ATTAACGC-----T-G-AAATCAA-C-----A-----A------T-T------T--TA--TGA--TTAAAATAACAA------------C---A---G--C-AA----A-ATT----------G------------T-TCAAATGGAAATT--A---A--T--T--T-G-A-AA-CAGTAA-AGTTATCAAA--A-----------G-A--TTCA-TGG-AGA--AA--TC-----TTGATA-A---TTCATCA--AA--AAtatatttaatgtttaagtaccagtttata
gi|11                         :                                                                                                                                          ---------------AG--T-----G----T------C-----AG------A----------A-----------GT-----CC---CG--A----GC---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-TATCAATGT---------GTGAA-----AT----GT--AA-T--TGA-T---ATT-TGAC-----T-G-AAACTAA-CCATGTA-----T------T-T------T--TG--TTTA-TT----T-----------------C---A------T-G-------ATTAAAA--G--CA------------A-TGAAAT---AA--CCATT-A--TGAT--T-A-A-AA-CAGTGA-AATTATCTAA-TA-----------TAA--TT---TAT-TGATGAATCTC-----T------A---TACTGCATTAA--AAACAAGAAATtatg
gi|12                         :                                    gcactgaagtgaactggtatgtcacg-----------T-T---TT------TA-TTTT-----ATTGAGT-----A--AGCAC--T------A--------A---------------AG--T-----G----A------C-----A-------C----------A-----------GG-----CA---CT--C----GT---------------G-------A-------------------G--A-AT-GCCT-G-TTTCAGTTT-TCA--CAAATGAA-----AT----TA--AA-T--TGA-T---ATT-GCGA-----T-A-AGATT-A-C-----G-----T------T-T------T--TG--TATA-TT----TTATATGTGAAAA-----C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CA---------------TCTAT---AA-TACAAT-A--T--T--T-T-T-TA--AGTTA-AATTATCAAA-AA-----------T-acaat
gi|13                         :                                  aGTTG-TTAT-AGTGAAA-TAT---T-T-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGATT-----G--AGAAA--T------T--------A---------------CG--T-----G-------------------------------------------------C-----TA---TG------------------------G-------A-------------------G--C-AC-GACA-C-GTAC-GTGT-TTA--AAAGTGGA-----AT----TT--AT-T--TTA-C---ATT-TAAT-----T-G-AAATTTA-C-----C-----T------T-T------T--TT--A----TT----TGCAAA------------C---A---A--T-AA----C-AGT---T--T--CA------------T-TGTTAT-----TTTCATA-A--T--C--T-T-A-AA-GAATGG-AATTATCAAA-AA-----------T-A--Ttacttcactgaaaaatccctctatatttc
gi|14                         :                        atagtcgAATTGTTTGTTAA-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------C--TTTC-----ACAAAGT-----G--ACCAC--T------A--------G---------------AG--T-----A----G------C-----A-------T----------T-----------GT-----CA---CAACA----GC---------------A-------A-------------------AGCC-AT-GTCA-G-TAACAGTTT-TAA----AGTGAA-----ATACAATT--AA-T--TGA-T---A-T-TCAC-----T-G-ACGCC---T-----A-----T------T-T------T--TT--C----TT----A-----------------C---AC--T--T-GA----A-AT-------T--CC------------T-TTATAC---AATTTCATT-A--T--T--T-T---AA-TAGTAA-AATT
gi|15                         :                                                                                         atTTC-----ACTGAGT-----G--AACAT--C------G--------A---------------AG--T-----G----G--------------------A----------A-----------TC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CAAT-GTCA-A-TTTCATTAT-T-ATTCTGTTAAAT----AT----TT--CA-TGATGA-T---ACT-CCAC-----T-G-ATACTAA-C-----A-----G------T-T------T--TT--TATTATT----T-----------------CATGA---G--TAAA----A-ATT---A--TGCCA------------T-TTGGAT-----TTTCATT----T--T--T-T---AG-CAGTAA-CATTATTAAA-TA-----------T-A--
gi|16                         :                                                                                                                   GCAC--T------G--------C---------------AG--T-----G----G------T-----A-------T----------G-----------GT-----CA---GT--A----GT---------------G---------------------------G--C-AAAGCCA---------TGA-ACA--AGCATGAA-----AT----T---AA-T--TGA-T---AGT-TCAC-----T-A-AAACCAC-C-----A-----A------T-T------T--TC--A----TT----T-------------------------A--T-GA-------TT---A--A--AG------------A-TGGTAA---AATT--ACC-A--T--T--TAT-A-AA-C--TGA-AATTATTAAG-AA-----------TAA--TTAACTG--AGT--AT--TCTTTGTT------A---TTAATCA--CA--AAGCATAAAATatccattgatgaatt
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gi|18                         :                                    TTAGTTTC-TGTGAAA-CAT---TAT-----------T-T---TT------AA-CT-C-----ACCAA-C-----G--ATTAC--GA-----G--------A---------------AA--C-----------------T-----A-------A----------A------------C-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------A--C-AT-TACA-A-TTCAAATTT-TCA--CGAGAGAT-----AT----GT---A-T--T--------TT-TC-------------------------------G------T-T------T--TA--T----TTTA--T-----------------G---A---G--T-GATAACA-GTC---A--A--CG-----------------TAT---CATTTCAAT-A--A--T--T-C-A-AG--AGTGA-AATTatatattatatgaatgaaaacagtaaaaaaaatccaattatgatttaactttttttaacactgatcagaatagttaactgagcaactaaacaattcacca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  c-------------------G--T-AT-ACCA-A-TTTCAGTTT-TAA--CAAGTGAT-----AT----TA--GA-T--TGA-T---ACC-TCCT-----T-G-CAATCAA-TTTT--A-----T------C-T------A--TA--T----CT----TATGACTGAAAA------C---A---G--G-GA----A-AAT---A--C--CA------------T-TTATAT-----TTTCACA-A--T--G--T-T-A-AA-CAGTGA-CATTACCAAA-TG-----------T-A--AT---T
gi|2                          :                               AATTGTTTGTTTTTAGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------CA-TTTC-----ATCAGGT-----G--AACAT--T------GGTATGATCA---------------AGAAT-----G----G------C-----C-------C----------A-----------GC-----CA---CA--A----GT---------------G-------A-------------------T--C-AT-GCGA-A-CTTAAGTGT-TTA--TGATTGAA-----ATAG--TT-----T--CGT-T---CTT-TCAC-----A-G-AAGCCAT-C-----A-----A------T-T------T--GT--A----TT----T-----------------C---ATAGA--T-AA----ATACC---A--T--TG------------T-TTT-------ATTTCACTAA--T--T--T-T-G-A---AGTAA-AATTATTAAA-AA-----------T-AGTTT---TCTGAGA--AG--TCATT--T------A---TTCAACA--GA--GAGCACAAAATcaccggtaatattcatataat
gi|20                         :                  gtaaatggagataAATTGATGATTTC-AATGAAA-TGA---CAT-----------T-T---TTA-----TA-TTTC-----TTCGAGT-----G--AGCAC--TTGCTCGG--------A---------------AG--TAGCATG----G------T-----C-------ACACGTGTTGGA-----------AC-----CA---TA--A----GA---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-ATTCAGTG-------------AA-----AT----AT--GA-T--TAG-T---GTT-TCAC-----T-G-AAATAAA-C-----A-----A------T-T------T--TG--G----TT----T-----------------aagata
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                      -----CA---TA--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-AACA-A-TTTCAAAGT-TCA--CAAACAAA-----AT----TT--AG-T--TCA-TTACATT-TCAC-----A-G-AAACCAA-C-----A-----A------C-T------T--TT--C----TT----T-----------------atattttat
gi|22                         :                                  TGTTGGTG-C-AGTGTAA-TCT---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATTTAGT-----G--ATCAC--T------G--------A---------------AG--T-----GTTATG------TCAAGAA-------A----------A-----------GCGTGGACG---CG--A----GT---------------AAACATATA-------------------G--C-AT-ACCA-A-TTTCAGTAT-TTT--AGAGCGAA------------T--AG----TGA-T---ATG-CGAC-----T-G-AAATAAG-C-----A-----T------A-T------T--TT--T----atcataacacccaaccaaattatattgcacatataaatatctaaactacatgcaaatcatctatacaaatgta
gi|23                         :                                     TAGTTTC-ATTAAAA-AAT---CAT-----------T-T---TT-------A-TTTG-----ATCGAGT-----G--AGCAC--T------G--------A---------------AG--T-----G----G------T-----A-------T----------G-----------GT-----CA---CG--A----GTCATGAAGTGACAAGTG-------A-------------------G----GT-GCCA-A-TTTCCGTGT-CCG--CATGTGCA-----GT----TT---------GA-T---ATT-TTAC-----C-G-AAATTAATC-----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----
gi|24                         :                               AATTGTTCATTTC-GGTGAAA-TAT----AT-----------T-T---TA------TAATTTC-----ATTGAGA-----G--AGCAC--T------A--------A---------------AG--T-----G----G------T-----T-------T----------G-----------GT-----CT---TA--A----CT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCAT-A-TTCTAGTGT-TCA--CAAGTAAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-GAAAAACAA-C-----A-----C------C-T------T--TT--T----AT----T-----------------cat
gi|25                         :                               aaaatTTGGCTTC-GGTGAAAATAT---CAA-----------T-TAAATT------GC-CTTC----------GC-----G--AACAC--T------A--------A---------------AG--TT----G----G------T-----A-------T----------G-----------CC-----TA---CT--G----GTCGTTTCGCC------G-------C-------------------T--C-GT-GACA-A-TACCA---T-TCC--CGTGT--A-----AC---------A-T--TGA-T---AGT-TCAT-----T-G-AAACCA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                         tatatagaataacgttcT---------------G-------A----------------------C-AT-GCTA-C-GTCCAGTGC-TCA--CCAGTGAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT--CAT-----T-G-AAACAAA-C-----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----TTTGTTATTGAAAA----C---A---G--T-GA----A-ATG---A--T--C---------------TGTTAT---AGTTTTATT-A--T--T--T-T-A-AA-CA-TGA-AATTtgg
gi|27                         :                                                             t-----------T-T---TG------TA-TTGC-----ATCGAGT-----G--TACAC--A------G--------A---------------TC--G-----G----G------T--------------------------------------------A---TG--AC---AT---------------G-------G-------------------G--C-AT-GTCG-A-ATTCAGTGT-TCA--CGAGTGAA-----AT----GT--AT-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-CAAACAA-CTGAT-A-----A------TAT------TAATG--T----TT----TAAA--------------C---A---G--T-AA----A-At
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGT-TCA--TAGTTGAC-----AT----CT--AACT--TGC-T---ATT-CCAC-----T-G-AAACGAG-C-----A-----AGCTTGGT-T------T--TA--T----TT----TATCATT-----------CTAAA---GGTT-GA----A-ATT---A--C--CG------------A-CT--AT---AATTTCACT-T--T--C--T-T-A-AATCAATGATAAT
gi|29                         :                                       GTTTA-AGTGAAT-TAG---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTT-----ATTAAGT-----G--AATAA--T------G--------A----------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-------A-------------------A----AT-GCCC-A-TTTCAGTAT-TCA--CAAACGAA-----AT----TTA-AA-T--TGA-T---ATT-TTACACAAAA-A-AAAACAA-C-----AT----A------T-T------T--TC--T----
gi|3                          :                                                                            ---TT------TA-TTTC-----ATTGAGT-----G--AGCAC--T------A--------A---------------AG--T-----G----G------TC----AC------A----------A-----------GT-----TG---TG--AACCCAT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GTCA-A-T----GTG--TCA--TGGGTTGA-----AT----TT--AA-T--TAATT---ATTCTCAG-----C-A-AATCCAA-C-----A-----A------T-T------TA-TA--T----TT----TATACTTATCACTGAAAAC---A---G--T-GA----A-ATA---A-------------------------AA---AA---AAAT-A--T--T--T-TTA-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-AT-----------T-A--TT---CAT-AAT--TA--TT-----TTTTTTAA---TTCACCA--AA--AGGCATAAG---CATAAAAA--c
gi|30                         :                              gAGTTGTTGGTTTC-AGAGAAA-TATAT-CCT-----------T-T---TT------TA-TTTA-----TTCGAGT-----A--AGTAC--C------A--------A---------------AA--T-----G----G------T-----ATAGCGACA----------A-----------GC-----CA---TG--C----GT---------------G-------G-------------------G--C-GC-ATCA-A-TTTCAGTGG-TCA--TGAGTGattatactaaagacagtttaaaagttta
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AACCCAT-C-----A-----A------T-TA-----T--TA--T----TT----T-----------------C---gcat
gi|31                         :                               AATTGATGGGTTC-AGTGAAA-TAT---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTT-----GTTAAAT-----G--ACCCC--T------G--------ACTTGGTTAGCTAATGAG--T-----G----G------T-----G-------A----------G-----------GC-----CA---CA--A----GG---------------G-------T-------------------G--C-AT-GTCA-ATTTTCAGTGT-Tttttttattttgttaaatgacccctgacttggttagctaatgagtggtgaggccacaagggtgcatgtcaattttcagtgtt
gi|32                         :                                                                                                                                                 gaaaataatG--T-----G----G------T-----G-------A----------A-----------AC-----CT---GG--A----GT---------------A-------A-------------------G--C-TT-GCCA-G-CTAAAGTTT-TCA--TGAGTGAC-----AT----CT--AA-T--TGA-T---ATT-TCA-------------------------------------------------TC--T----TT----TAA---------------C---A---G--T-GA----A-CTT---A--C--CA---------------TTTAT---AATTTCATT-AG-T--T--T-T-A-AA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tactGCGAA-----GT----TTTAAA-T--TGA-T---ATT-TAAG-----T-G-AAGCCAA-C-----A-----A------C-T------T--TT--T----
gi|34                         : ctgaagtggtttgtccaaaagtggcaaaagAATTGATGATTTC-AGGGAAAATGT---CAT-----------G-T---TT-------A-TATA-----ATTGAGT-----G--AATAC--TTTGTATG--------T---------------AG--T-----G----G------T-----A-------C----------A-----------GA-----CA---CG--T----GT---------------G-------T-------------------G--C-Aatctttattttatgactgaaaatgatgaaataa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         t-AT-GCCA-A-TGTCAGTGT-TCA--CGAGTGAA------T----TG--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-A-AAACCAA-C-----A-----T------T-TA-----T--TA--T----AT----T-----------------T---ATT-A--T-AA----G-ATT---A--atgaagagtgaacatgtc
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                               gaa--A----GTA--------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-TTCCAGTGT-TCT--CGAATGGA-----AT----TT--AA-C--AGA-T---ATT-TCAA-----T-G-TAAT----------------T------T-T------T--TA--T----TT----TATAATCGAAAG------C---A---G--T-GA----T-ATT---A--T--Caaaacagcaaaatta
gi|37                         :                                 TTGTTATTTTC-GGTGAAA-TAT---CA------------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGAAT-----A--AACAT--T------G--------A---------------AA--T-----GTT--GTGAACTT-----A-------A----------A-----------GC-----GA---TG--G----GT---------------G-------A-------------------C--C-A----CA-A-ATTCa
gi|39                         :                                                                                                                 caatat--T------G--------A---------------CA--T-----G----G------T-----T-------A----------T-----------AC-----AA---TG--G----GC---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCAA-A-TTTCAGTTT-TCA--TCAGTGAA-----AT----TT--CA-T--TTA-T---ATG-TCAC-----T-G-A
gi|4                          :                  gagagtgctaaaaAATTGTTTGTCTT--GTGAAT-TAT---CAC-----------T-T---TT-------A-TTTC-----ATTGAGT-----G--AACCG--T------G--------A---------------AG--T-----G----G------C-----ATGGGT--A----------ACGAGAGGAAATGC-----CA---CA--G----GT---------------G-------T-------------------G--C-AC-ACCA-A-TTTCAGTGT-TT------GTG-------------------------------ATT-TCAC-----TGG-AAAGAAA-CA----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----TTAATTTA----------C---A---GT-T-AA----A-ACT---A--G--CAAAAAAAACATTTT-TTTTAT---AATTT-A----------------------AGTGA-AATTTTCAAATAA-----------C-A--TTTCATTT-A-A--AA--CCTT---T------ATATTTCATGA--AAACAAATACGAAATTTA
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                          t---------------G-------A-------------------G--C-AT-ACCA-A-TGTCGGTGT-CCG--CTGGTGCC-----AT----CT--TA-T--CGG-T---ATT-TCAT-----T-G-AAACAAA-T-----C-----T------A-T------T--TC--A----TT----T-----------------C---A---aa
gi|41                         :                                          TC-AGTGAAA-AAT----AT-----------T-T---TT------TA-TTTA-----ATTTAGTTTATTGTCAGGA---T------C--------A---------------AC--T-------------------------------A----------A-----------GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCcgattg
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgTCAGTAT-G-G--CGAGTGAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT-CCAC-----T-G-AAAaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTAGAGC-TCA--CATGTGAA-----AC----TT--AA-T--TGT-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACAAA-C-----AG----C------T-T------T--TC--T----TT----T-----------------T---A---tatttgttgatattaatgattgaaaacaataa
gi|44                         :                     tgtcagtgagAGTTGTTTGTTTC-GGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TTATTTCTTA-TTTC-----ACTAAGT-----G--GGCAC--T------G--------A---------------AG--T-----G----
gi|45                         :                                                    aaAT---CAT-----------G-T---TT-------A-TTTC-----ATTAAGT-----G--GGCAC--T------T-------------------------G--T-----G----T------T-----A-------A----------ATG---------AC-----CA---TG--A----GT---------------aa
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                           ---------------G-------A-------------------G--C-GT-GCAC-A-TTGGAATGT-TCA--CACGTGAA-----AT----CT--AA-T--AAA-T---ATT-GTAC-----T-G-AAAagtgaaatcatgaatat
gi|48                         :                                        TTTC-AGTGAAA-AGT---CAT-----------T-T---TC-------A-TTTC-----GTCGAGT-----G--ATCAT--T------A--------A---------------AT--T-----G----G------T-----A-------A----------A-----------G
gi|49                         :                                  TGTTGGTTTC-AGTGAAA--AT----AT-----------TGT---TT------TA-ATCC-----ACTGAGT-----G--AACAC--T------G--------A---------------AG--
gi|5                          :                                  TGTTCGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATTGAGT-----G--AACAC--T------G--------A---------------GG--C-----G----A------A-----A-------A----------A-----------GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GTCA-A-TTTCAGTGT-TCT--CATGTGAA-----AT----TA--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-T-AAATCAA-C-----A-----C------T-T------T--TC--T----TT----T-----------------C---A---G--T-GG----A-GTT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGCGA-AACTACCAAA-TA-----------C-A--TT---TGT-AGA--AA--TA-----T------A---T--------GA--TGGCACAGAATCGATAAAAATGATATG
gi|6                          :                               aggTGCTGGCTTC-AGTGAGG-TAT---AAT-----------T-T---T-------------C-----GTTGAGT-----A--AACAC--T------AT-------A---------------AG--T-----G----G------T-----ATGATG--A----------T-----------GT-----CGTCTCG-------GT---------------G-------A-------------------G--C-AG-GTAC-G-TTCAAACGT-TCA--CAAGTGAA-----CT----TA--AA-T--TAC-C---ATT-TTCC-----T-C-AAACCAA-C-----A-----A------T-G------T--TG--T----TT------------------------------G--T----------TT---ATTT--CA------------TGCTTTAT---GAGTTCTCA-A--T--T--T-----AA-CATCGA-AATTACCGAA-AA-----------T-A---C---TG--AGA--AA--TC-----TCCATA-G---TTCAACA--GA--AAACATAAAA-TAATTAAAA--tgaataaa
gi|7                          :                       aaatattatcTTGTTGGTTTT-GATGAAA-TAA---CAT-----------T-T---CA-------A-TTTC-----ACTGCAT-----G--ATCAC--T------G--------A---------------AA--A-----G----G------T-----G-------T----------G-----------GT-----CG---CG--A----GT---------------G-------ATGCGGCCAGTTATAAATGAG--C-AT-GCCA-A-TTTTGGTTTATTA--AGAGTGAACAACAAT----T----A-T--TGA-T---CTT-TTGT-----G-G-AAATCGA-C-----A-----AA-----T-T------T--TGATT----TT----TAAAAGGAAA--------C---A---A--T-AA----A-ATG---C--C--CA------------T-TT--AT---AATTTCACT-A--T--TGGT-T-GCAA-TAGTGA-AATTATAAAA-TA-----------T-A--taaa
gi|8                          :                      caaataaagaaacatTGGTTTC-AGTGACC-TAT---TAT-----------T-T------------A-TATA-----ACTGAGT-----G--AGAACCGT------G--------A---------------AG--T-----G----G------T-----A-------T----------G-----------AT-----CA---AG--A----GCCAG------------A-------A-------------------G--C-GT-GCCA-G-TTTTAGTGT-TCA--AAAGTGAC-----AT----TT---A-T--AGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-T-----AAAAATA------T-T------T--GA--T----GA----TGGAAAAA----------C---A---G--T-GA----A-ATT------T--CA--------------ATTTAT---AATAT--CT-AGCT--T--T-A-A-AA-CAGTGA-ACTTACCAAA-CA-----------TAA--TTAACTG--AGA--AA--TC-----T------
gi|9                          :                               aaatgTTGGTTTC-AGTAAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT-------A-TTTA-----ATCGAGC-----G--AGCAT--T------A--------A---------------AG--T-----G----A------C-----A-------A----------A-----------GC-----CG---CG--A----GT---------------G-------A-------------------A--C-AT-GCCA-A-TTTAAATAT-GCG--CAACTAAG-----AT----TG--TA-T--TGA-T---GTT-TCAT-----A-T-CAACAAA-C-----A-----C------T-TGTTCTAT--TA--T----TT----TATGATTGAAAA------C---G---G--T-GA----A-A-----A--T---G------------C-ATTTAT---AATTTCAAT-A--T--T--T-T---AA-CAGTGA-ACTTTCCAAA-AC-----------T-A--TT---TGctatatt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|38 ): TTGGTTTATTTTATGACTGAAAATAGGGAAAGTACCATTTATAATTTCTCTGATTTGAACTACAAAAATAAAGTCACTGAGAAATCTC
Unaligned ( gi|46 ): TATGTTTAAAAACAGCGAAAATACTATTTATATTTTCATTAATTTTTAACAGTGATATTATAAA
Unaligned ( gi|50 ): GAAAGCATACGATTATAACTAATATACACAATCTGACAAATAAGTT






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Reference ( family-312 )      :                               AATTGTTGGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGAGT-----G--AGCAC--T------G--------A---------------AG--T-----G----G------T-----A-------A----------A-----------GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-TTTCAGTGT-TCA--CGAGTGAA-----AT----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-C-----A-----N------T-T------T--TN--T----TT----T-----------------C---A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-NA-----------T-A--TT---TGT-AGA--AA--TC-----T------A---TTCANCA--GA--AAGCACAAAATTNATAAAAA--ATATG
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gi|25                         :                               aaaatTTGGCTTC-GGTGAAAATAT---CAA-----------T-TAAATT------GC-CTTC----------GC-----G--AACAC--T------A--------A---------------AG--TT----G----G------T-----A-------T----------G-----------CC-----TA---CT--G----GTCGTTTCGCC------G-------C-------------------T--C-GT-GACA-A-TACCA---T-TCC--CGTGT--A-----AC---------A-T--TGA-T---AGT-TCAT-----T-G-AAACCA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                         tatatagaataacgttcT---------------G-------A----------------------C-AT-GCTA-C-GTCCAGTGC-TCA--CCAGTGAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT--CAT-----T-G-AAACAAA-C-----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----TTTGTTATTGAAAA----C---A---G--T-GA----A-ATG---A--T--C---------------TGTTAT---AGTTTTATT-A--T--T--T-T-A-AA-CA-TGA-AATTtgg
gi|27                         :                                                             t-----------T-T---TG------TA-TTGC-----ATCGAGT-----G--TACAC--A------G--------A---------------TC--G-----G----G------T--------------------------------------------A---TG--AC---AT---------------G-------G-------------------G--C-AT-GTCG-A-ATTCAGTGT-TCA--CGAGTGAA-----AT----GT--AT-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-G-CAAACAA-CTGAT-A-----A------TAT------TAATG--T----TT----TAAA--------------C---A---G--T-AA----A-At
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGT-TCA--TAGTTGAC-----AT----CT--AACT--TGC-T---ATT-CCAC-----T-G-AAACGAG-C-----A-----AGCTTGGT-T------T--TA--T----TT----TATCATT-----------CTAAA---GGTT-GA----A-ATT---A--C--CG------------A-CT--AT---AATTTCACT-T--T--C--T-T-A-AATCAATGATAAT
gi|29                         :                                       GTTTA-AGTGAAT-TAG---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTT-----ATTAAGT-----G--AATAA--T------G--------A----------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-------A-------------------A----AT-GCCC-A-TTTCAGTAT-TCA--CAAACGAA-----AT----TTA-AA-T--TGA-T---ATT-TTACACAAAA-A-AAAACAA-C-----AT----A------T-T------T--TC--T----
gi|3                          :                                                                            ---TT------TA-TTTC-----ATTGAGT-----G--AGCAC--T------A--------A---------------AG--T-----G----G------TC----AC------A----------A-----------GT-----TG---TG--AACCCAT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GTCA-A-T----GTG--TCA--TGGGTTGA-----AT----TT--AA-T--TAATT---ATTCTCAG-----C-A-AATCCAA-C-----A-----A------T-T------TA-TA--T----TT----TATACTTATCACTGAAAAC---A---G--T-GA----A-ATA---A-------------------------AA---AA---AAAT-A--T--T--T-TTA-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-AT-----------T-A--TT---CAT-AAT--TA--TT-----TTTTTTAA---TTCACCA--AA--AGGCATAAG---CATAAAAA--c
gi|30                         :                              gAGTTGTTGGTTTC-AGAGAAA-TATAT-CCT-----------T-T---TT------TA-TTTA-----TTCGAGT-----A--AGTAC--C------A--------A---------------AA--T-----G----G------T-----ATAGCGACA----------A-----------GC-----CA---TG--C----GT---------------G-------G-------------------G--C-GC-ATCA-A-TTTCAGTGG-TCA--TGAGTGattatactaaagacagtttaaaagttta
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AACCCAT-C-----A-----A------T-TA-----T--TA--T----TT----T-----------------C---gcat
gi|31                         :                               AATTGATGGGTTC-AGTGAAA-TAT---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTT-----GTTAAAT-----G--ACCCC--T------G--------ACTTGGTTAGCTAATGAG--T-----G----G------T-----G-------A----------G-----------GC-----CA---CA--A----GG---------------G-------T-------------------G--C-AT-GTCA-ATTTTCAGTGT-Tttttttattttgttaaatgacccctgacttggttagctaatgagtggtgaggccacaagggtgcatgtcaattttcagtgtt
gi|32                         :                                                                                                                                                 gaaaataatG--T-----G----G------T-----G-------A----------A-----------AC-----CT---GG--A----GT---------------A-------A-------------------G--C-TT-GCCA-G-CTAAAGTTT-TCA--TGAGTGAC-----AT----CT--AA-T--TGA-T---ATT-TCA-------------------------------------------------TC--T----TT----TAA---------------C---A---G--T-GA----A-CTT---A--C--CA---------------TTTAT---AATTTCATT-AG-T--T--T-T-A-AA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tactGCGAA-----GT----TTTAAA-T--TGA-T---ATT-TAAG-----T-G-AAGCCAA-C-----A-----A------C-T------T--TT--T----
gi|34                         : ctgaagtggtttgtccaaaagtggcaaaagAATTGATGATTTC-AGGGAAAATGT---CAT-----------G-T---TT-------A-TATA-----ATTGAGT-----G--AATAC--TTTGTATG--------T---------------AG--T-----G----G------T-----A-------C----------A-----------GA-----CA---CG--T----GT---------------G-------T-------------------G--C-Aatctttattttatgactgaaaatgatgaaataa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         t-AT-GCCA-A-TGTCAGTGT-TCA--CGAGTGAA------T----TG--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-A-AAACCAA-C-----A-----T------T-TA-----T--TA--T----AT----T-----------------T---ATT-A--T-AA----G-ATT---A--atgaagagtgaacatgtc
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                               gaa--A----GTA--------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-TTCCAGTGT-TCT--CGAATGGA-----AT----TT--AA-C--AGA-T---ATT-TCAA-----T-G-TAAT----------------T------T-T------T--TA--T----TT----TATAATCGAAAG------C---A---G--T-GA----T-ATT---A--T--Caaaacagcaaaatta
gi|37                         :                                 TTGTTATTTTC-GGTGAAA-TAT---CA------------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGAAT-----A--AACAT--T------G--------A---------------AA--T-----GTT--GTGAACTT-----A-------A----------A-----------GC-----GA---TG--G----GT---------------G-------A-------------------C--C-A----CA-A-ATTCa
gi|39                         :                                                                                                                 caatat--T------G--------A---------------CA--T-----G----G------T-----T-------A----------T-----------AC-----AA---TG--G----GC---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCAA-A-TTTCAGTTT-TCA--TCAGTGAA-----AT----TT--CA-T--TTA-T---ATG-TCAC-----T-G-A
gi|4                          :                  gagagtgctaaaaAATTGTTTGTCTT--GTGAAT-TAT---CAC-----------T-T---TT-------A-TTTC-----ATTGAGT-----G--AACCG--T------G--------A---------------AG--T-----G----G------C-----ATGGGT--A----------ACGAGAGGAAATGC-----CA---CA--G----GT---------------G-------T-------------------G--C-AC-ACCA-A-TTTCAGTGT-TT------GTG-------------------------------ATT-TCAC-----TGG-AAAGAAA-CA----A-----T------T-T------T--TA--T----TT----TTAATTTA----------C---A---GT-T-AA----A-ACT---A--G--CAAAAAAAACATTTT-TTTTAT---AATTT-A----------------------AGTGA-AATTTTCAAATAA-----------C-A--TTTCATTT-A-A--AA--CCTT---T------ATATTTCATGA--AAACAAATACGAAATTTA
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                          t---------------G-------A-------------------G--C-AT-ACCA-A-TGTCGGTGT-CCG--CTGGTGCC-----AT----CT--TA-T--CGG-T---ATT-TCAT-----T-G-AAACAAA-T-----C-----T------A-T------T--TC--A----TT----T-----------------C---A---aa
gi|41                         :                                          TC-AGTGAAA-AAT----AT-----------T-T---TT------TA-TTTA-----ATTTAGTTTATTGTCAGGA---T------C--------A---------------AC--T-------------------------------A----------A-----------GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCcgattg
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgTCAGTAT-G-G--CGAGTGAA-----AT----AT--AA-T--TGA-T---ATT-CCAC-----T-G-AAAaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTAGAGC-TCA--CATGTGAA-----AC----TT--AA-T--TGT-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACAAA-C-----AG----C------T-T------T--TC--T----TT----T-----------------T---A---tatttgttgatattaatgattgaaaacaataa
gi|44                         :                     tgtcagtgagAGTTGTTTGTTTC-GGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TTATTTCTTA-TTTC-----ACTAAGT-----G--GGCAC--T------G--------A---------------AG--T-----G----
gi|45                         :                                                    aaAT---CAT-----------G-T---TT-------A-TTTC-----ATTAAGT-----G--GGCAC--T------T-------------------------G--T-----G----T------T-----A-------A----------ATG---------AC-----CA---TG--A----GT---------------aa
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                           ---------------G-------A-------------------G--C-GT-GCAC-A-TTGGAATGT-TCA--CACGTGAA-----AT----CT--AA-T--AAA-T---ATT-GTAC-----T-G-AAAagtgaaatcatgaatat
gi|48                         :                                        TTTC-AGTGAAA-AGT---CAT-----------T-T---TC-------A-TTTC-----GTCGAGT-----G--ATCAT--T------A--------A---------------AT--T-----G----G------T-----A-------A----------A-----------G
gi|49                         :                                  TGTTGGTTTC-AGTGAAA--AT----AT-----------TGT---TT------TA-ATCC-----ACTGAGT-----G--AACAC--T------G--------A---------------AG--
gi|5                          :                                  TGTTCGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATTGAGT-----G--AACAC--T------G--------A---------------GG--C-----G----A------A-----A-------A----------A-----------GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GTCA-A-TTTCAGTGT-TCT--CATGTGAA-----AT----TA--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----T-T-AAATCAA-C-----A-----C------T-T------T--TC--T----TT----T-----------------C---A---G--T-GG----A-GTT---A--T--CG------------T-TTTTAT---AATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGCGA-AACTACCAAA-TA-----------C-A--TT---TGT-AGA--AA--TA-----T------A---T--------GA--TGGCACAGAATCGATAAAAATGATATG
gi|6                          :                               aggTGCTGGCTTC-AGTGAGG-TAT---AAT-----------T-T---T-------------C-----GTTGAGT-----A--AACAC--T------AT-------A---------------AG--T-----G----G------T-----ATGATG--A----------T-----------GT-----CGTCTCG-------GT---------------G-------A-------------------G--C-AG-GTAC-G-TTCAAACGT-TCA--CAAGTGAA-----CT----TA--AA-T--TAC-C---ATT-TTCC-----T-C-AAACCAA-C-----A-----A------T-G------T--TG--T----TT------------------------------G--T----------TT---ATTT--CA------------TGCTTTAT---GAGTTCTCA-A--T--T--T-----AA-CATCGA-AATTACCGAA-AA-----------T-A---C---TG--AGA--AA--TC-----TCCATA-G---TTCAACA--GA--AAACATAAAA-TAATTAAAA--tgaataaa
gi|7                          :                       aaatattatcTTGTTGGTTTT-GATGAAA-TAA---CAT-----------T-T---CA-------A-TTTC-----ACTGCAT-----G--ATCAC--T------G--------A---------------AA--A-----G----G------T-----G-------T----------G-----------GT-----CG---CG--A----GT---------------G-------ATGCGGCCAGTTATAAATGAG--C-AT-GCCA-A-TTTTGGTTTATTA--AGAGTGAACAACAAT----T----A-T--TGA-T---CTT-TTGT-----G-G-AAATCGA-C-----A-----AA-----T-T------T--TGATT----TT----TAAAAGGAAA--------C---A---A--T-AA----A-ATG---C--C--CA------------T-TT--AT---AATTTCACT-A--T--TGGT-T-GCAA-TAGTGA-AATTATAAAA-TA-----------T-A--taaa
gi|8                          :                      caaataaagaaacatTGGTTTC-AGTGACC-TAT---TAT-----------T-T------------A-TATA-----ACTGAGT-----G--AGAACCGT------G--------A---------------AG--T-----G----G------T-----A-------T----------G-----------AT-----CA---AG--A----GCCAG------------A-------A-------------------G--C-GT-GCCA-G-TTTTAGTGT-TCA--AAAGTGAC-----AT----TT---A-T--AGA-T---ATT-TCAC-----T-G-AAACCAA-T-----AAAAATA------T-T------T--GA--T----GA----TGGAAAAA----------C---A---G--T-GA----A-ATT------T--CA--------------ATTTAT---AATAT--CT-AGCT--T--T-A-A-AA-CAGTGA-ACTTACCAAA-CA-----------TAA--TTAACTG--AGA--AA--TC-----T------
gi|9                          :                               aaatgTTGGTTTC-AGTAAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT-------A-TTTA-----ATCGAGC-----G--AGCAT--T------A--------A---------------AG--T-----G----A------C-----A-------A----------A-----------GC-----CG---CG--A----GT---------------G-------A-------------------A--C-AT-GCCA-A-TTTAAATAT-GCG--CAACTAAG-----AT----TG--TA-T--TGA-T---GTT-TCAT-----A-T-CAACAAA-C-----A-----C------T-TGTTCTAT--TA--T----TT----TATGATTGAAAA------C---G---G--T-GA----A-A-----A--T---G------------C-ATTTAT---AATTTCAAT-A--T--T--T-T---AA-CAGTGA-ACTTTCCAAA-AC-----------T-A--TT---TGctatatt


blockSeqs                     :                                            T       A   AT    .           G AAA  ATTTCTT A    .           TTATT TC G   CG TGCTCGGAAGTAGCATGGTCACACGTGTTGGA                                                            GTGGA  TCT  AACCC    GATGCGGCCAGTTATAAATGA                       GC A  A    T T         A   TTCT      CAACA  ACAATTA   C GA   T TAC   A    ACAAA G A    C  T AAGCTTGG           A GTTCTA AA GAT ATTA  AAAA TAATTTACAGTTAAAACTAGCAAAAAAAACATTTTTTTT                                 GGAA      T A GC GA GG ATA    TC     T          AATAATTAACTGAGTATTCTTTGTTA                                 T  TTA AC         ATTT       TG
blockSeqs                     :                                            .       A   .     .           . .    AT      .    .           .     .  G   .  GAAGTGGCATGGGTAACGAGAGGAAAT                                                                 .      .    ACA      CATGAAGTGACAAGTGA                           .  .  .    . .         .   TA        T      TTTAA     . .    . .     C    .     . .    T  . CATGTAT            . A      A  A   TTA   TA   ATGACTGAAAACAGGGAAAATACCATTTAT                                          A         A . G  .  .  TTA    C      .          TAACATTTCATTTAAAACCTTTATAT                                 G  A   .          ATCG       . 
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  C   .  GACTTGGTTAGCTAATGAGTGGTGAG                                                                  .      .    AC       CGTTTCGCCGC                                 .  .  .    . .         .   CA        .      AGTT      . .    . .     .    .     . .    T  . AAAAATA            . A      .  G   ATA   .    TTGTTATTGAAAACAGTGAAATGATCTGTT                                          A         T . .  .  .  TGC    C      .          AGATTCATGGAGAAATCTTGATAA                                   T  C   .          ATA        . 
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  A   .  GGTATGATCAAGAATGGCCCA                                                                       .      .    A        AAACATATA                                   .  .  .    . .         .   AA        .      TTAA      . .    . .     .    .     . .    T  . TGATAA             . .      .  G   GA    .    TATATGTGAAAACAGTGAAATTATCATCT                                           A         T . .  .  .  GA     G      .          AATAGTTTTCTGAGAAGTCATTTA                                   A  G   .          C            
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    C       .    .           .     .  G   .  GAAGTGTTATGTCAAGAAAA                                                                        .      .    A        CAGAA                                       .  .  .    . .         .   AG        .      TTA       . .    . .     .    .     . .    C  . TTTAT              . .      .  T   .     .    ATCATTCTAAAGGTTGAAATTACCGACT                                            A         T . .  .  .  AA     T      .          ATTATTCATAATTATTTTTTTTAA                                   C  A   .                       
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    A       .    .           .     .  T   .  GAAATGTTGTGAACTTAAA                                                                         .      .    C        AGA                                         .  .  .    . .         .   CA        .      GTA       . .    . .     .    .     . .    T  . ATA                . .      .  T   .     .    ATACTTATCACTGAAAACAGTGAAATAA                                            C         C . .  .  .  TT     C      .          TATAATTTATTGATGAATCTCTA                                    T  A   .                       
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    C       .    .           .     .  A   .  AAAATGGTATAGCGACAA                                                                          .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CG        .      TAA       . .    . .     .    .     . .    C  . AAT                . .      .  T   .     .    ATGATTGAAAACGGTGAAAATGCATTT                                             A         A . .  .  .  TA     C      .          AATACTGAGAAATCTCCATAG                                      A  G   .                       
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  G   .  TTGTATGTAGTGGTACA                                                                           .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TTA       . .    . .     .    .     . .    A  . AGC                . .      .  C   .     .    AAAAGGAAACAATAAAATGCCCATTT                                              A         C . .  .  .  CA     C      .          TACATTTGTAGAAATATA                                         .  G   .                       
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  T   .  ATAAGTGGTATGATGAT                                                                           .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   TG        .      TTC       . .    . .     .    .     . .    C  . AAA                . .      .  T   .     .    CATGAGTAAAAATTATGCCATTTGG                                               A         C . .  .  .  TA     C      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    G       .    .           .     .  G   .  AAAGTGGTCACAA                                                                               .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TTA       . .    . .     .    .     . .    C  . AA                 . .      .  A   .     .    GCAAACAATAACAGTTTCATTGTT                                                A         T . .  .  .  TG     C      .                                                                                                    
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blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  A   .  AAAGTGACACA                                                                                 .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      ATG       . .    . .     .    .     . .    C  . CT                 . .      .  T   .     .    CATAGATAAATACCATTGTTTT                                                  A         A . .  .  .  TA     C      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  A   .  AGAGTAGCATT                                                                                 .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TTA       . .    . .     .    .     . .    A  . AT                 . .      .  G   .     .    AACAACAGCAAAATTGTTCAA                                                   G         T . .  .  .  TA     T      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  A   .  GCAGTGGTATG                                                                                 .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CG        .      ATA       . .    . .     .    .     . .    T  . AG                 . .      .  T   .     .    CATGATTAAAAGCAATGAA                                                     A         C . .  .  .  TA     C      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  G   .  GAAGTGGTATG                                                                                 .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CC        .      ATA       . .    . .     .    .     . .    C  . AA                 . .      .  T   .     .    GAGTGATAACAGTCAACGT                                                     A         C . .  .  .  AA     C      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  G   .  AAAGTGGTTTG                                                                                 .      .    G        GA                                          .  .  .    . .         .   CG        .      GTA       . .    . .     .    .     . .    C  . AG                 . .      .  A   .     .    AACAGTGAACTTACCATTT                                                     A         C . .  .  .  T      .      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  C   .  GACATGGTTAT                                                                                 .      .    C        GA                                          .  .  .    . .         .   TA        .      CTA       . .    . .     .    .     . .    A  . AA                 . .      .  T   .     .    CAGTGGAGTTATCGTTTTT                                                     .         C . .  .  .  T      .      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  A   .  TGTGTTAAATG                                                                                 .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TTA       . .    . .     .    .     . .    C  . AA                 . .      .  A   .     .    CACTTGAAATTCCTTTAT                                                      .         A . .  .  .  T      .      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    T       .    .           .     .  A   .  AAATTGGTAAA                                                                                 .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   TG        .      CTA       . .    . .     .    .     . .    G  . AA                 . .      .  G   .     .    GTTTATTTCATGCTTT                                                        .         . . .  .  .  .      .      .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    .       .    .           .     .  A   .  GAGGCGAAAAA                                                                                 .      .    T        GG                                          .  .  .    . .         .   TG        .      TGA       . .    . .     .    .     . .    C  . AT                 . .      .  A   .     .    ATGATTAAAGATGGT                                                         .         . . .  .  .  .                                                                                                                  
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blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    .       .    .           .     .  T   .  AGAAACTAAA                                                                                  .      .    G        GT                                          .  .  .    . .         .   TC        .      ATA       . .    . .     .    .     . .    C  . AA                 . .      .  C   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                            .       .   .     .           . .    .       .    .           .     .  A   .  GAAGTGGAA                                                                                   .      .    A        AA                                          .  .  .    . .         .   CT        .      TTA       . .    . .     .    .     . .    A  . AA                 . .      .  T   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                        .     .           . .    .       .    .           .     .  A   .  GATCGGGT                                                                                    .      .    A        GT                                          .  .  .    . .         .   CG        .      CTA       . .    . .     .    .     . .    A  . AA                 . .      .  A   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                              .           . .    .       .    .           .     .  A   .  CAACTAA                                                                                     .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TAA       . .    . .     .    .     . .    A  . AT                 . .      .  A   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                              .           . .    .       .    .           .     .  T   .  TACGTG                                                                                      .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TAA       . .    . .     .    .     . .    C  . CT                 . .      .  A   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                            .    .       .    .           .     .  G   .  GA                                                                                          .      .    A        GT                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TGT       . .    . .     .    .     . .    C  . AC                 . .      .  C   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                              .           .     .  G   .  C                                                                                           .      .    A        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TA        . .    . .     .    .     . .    C  . AA                 . .      .  C   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                   .   .                                                                                              .      .    .        GA                                          .  .  .    . .         .   AG        .      GT        . .    . .     .    .     . .    C  . AC                 . .      .  C   .     .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                       .                                                                                              .      .    .        GA                                          .  .  .    . .         .   AA        .      TA        . .    . .     .    .     . .    A  . G                  . .      .  G   .                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                  .        GA                                          .  .  .    . .         .   CA        .      TT        . .    . .     .    .     . .    .  . T                  . .      .  A   .                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           GA                                          .  .  .    . .         .   .         .      TT        . .    . .     .    .     . .    .  . .                  . .      .  A   .                                                                                                                                                                                                                            
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-312 )      :                               AATTGTTGGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGAGT-----G--AGCAC--T------G--------A---------------AG-----T-G----G------T-----A---------------A----------A--GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-TTTCAGTGT-T--------CA--C--GAGTGAA-----A----T----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----TG-AAACCA---------A-C-----A------N-T-T------T--TN--T----T-----T----T-----------------C-------A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CGT-TTTTAT---A--ATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-NA-----------T-A--TT---TGT-AGA--AA--TC-----T------ATTCANCA--GAAAGCACAAAAT-NATAAAAA--ATATG
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gi|12                         :                                    gcactgaagtgaactggtatgtcacg-----------T-T---TT------TA-TTTT-----ATTGAGT-----A--AGCAC--T------A--------A---------------AG-----T-G----A------C-----A---------------C----------A--GG-----CA---CT--C----GT---------------G-------A-------------------G--A-AT-GCCT-G-TTTCAGTTT-T--------CA--C--AAATGAA-----A----T----TA--AA-T--TGA-T---ATT-GCGA-----TA-AGATT----------A-C-----G------T-T-T------T--TG--TATA-T-----T----TTATATGTGAAAA-----C-------A---G--T-GA----A-ATT---A--T--CA---TCTAT---A--A-TACAAT-A--T--T--T-T-T-TA--AGTTA-AATTATCAAA-AA-----------T-acaat
gi|13                         :                                  aGTTG-TTAT-AGTGAAA-TAT---T-T-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGATT-----G--AGAAA--T------T--------A---------------CG-----T-G------------------------------------------------C-----TA---TG------------------------G-------A-------------------G--C-AC-GACA-C-GTAC-GTGT-T--------TA--A--AAGTGGA-----A----T----TT--AT-T--TTA-C---ATT-TAAT-----TG-AAATTT---------A-C-----C------T-T-T------T--TT--A----T-----T----TGCAAA------------C-------A---A--T-AA----C-AGT---T--T--CAT-TGTTAT-------TTTCATA-A--T--C--T-T-A-AA-GAATGG-AATTATCAAA-AA-----------T-A--Ttacttcactgaaaaatccctctatatttc
gi|14                         :                        atagtcgAATTGTTTGTTAA-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------C--TTTC-----ACAAAGT-----G--ACCAC--T------A--------G---------------AG-----T-A----G------C-----A---------------T----------T--GT-----CA---CAACA----GC---------------A-------A-------------------AGCC-AT-GTCA-G-TAACAGTTT-T--------AA------AGTGAA-----A----TACAATT--AA-T--TGA-T---A-T-TCAC-----TG-ACGCC------------T-----A------T-T-T------T--TT--C----T-----T----A-----------------C-------AC--T--T-GA----A-AT-------T--CCT-TTATAC---A--ATTTCATT-A--T--T--T-T---AA-TAGTAA-AATT
gi|15                         :                                                                                         atTTC-----ACTGAGT-----G--AACAT--C------G--------A---------------AG-----T-G----G----------------------------A----------A--TC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--CAAT-GTCA-A-TTTCATTAT-T---------ATTC--TGTTAAAT----A----T----TT--CA-TGATGA-T---ACT-CCAC-----TG-ATACTA---------A-C-----A------G-T-T------T--TT--TATTAT-----T----T-----------------CATG----A---G--TAAA----A-ATT---A--TGCCAT-TTGGAT-------TTTCATT----T--T--T-T---AG-CAGTAA-CATTATTAAA-TA-----------T-A--
gi|16                         :                                                                                                                   GCAC--T------G--------C---------------AG-----T-G----G------T-----A---------------T----------G--GT-----CA---GT--A----GT---------------G---------------------------G--C-AAAGCCA---------TGA-A--------CA--A--GCATGAA-----A----T----T---AA-T--TGA-T---AGT-TCAC-----TA-AAACCA---------C-C-----A------A-T-T------T--TC--A----T-----T----T-----------------------------A--T-G-------ATT---A--A--AGA-TGGTAA---A--ATT--ACC-A--T--T--TAT-A-AA-C--TGA-AATTATTAAG-AA-----------TAA--TTAACTG--AGT--AT--TCTTTGTT------ATTAATCA--CAAAGCATAAAAT-atccattgatgaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                       tT---------------G-------A-------------------G--G-AT-GCCCTA-TTTTAATCT-T--------CA--C--AAGTGAC-----A----T----TT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAT-----TA-AAGCAA---------C-C-----A------G-T-T------T--TT--A----T-----T----T-----------------
gi|18                         :                                    TTAGTTTC-TGTGAAA-CAT---TAT-----------T-T---TT------AA-CT-C-----ACCAA-C-----G--ATTAC--GA-----G--------A---------------AA-----C-------------T-----A---------------A----------A---C-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------A--C-AT-TACA-A-TTCAAATTT-T--------CA--C--GAGAGAT-----A----T----GT---A-T--T--------TT-TC----------------------------------------G-T-T------T--TA--T----T-----TTA--T-----------------G-------A---G--T-GATAACA-GTC---A--A--CG-----TAT---C--ATTTCAAT-A--A--T--T-C-A-AG--AGTGA-AATTatatattatatgaatgaaaacagtaaaaaaaatccaattatgatttaactttttttaacactgatcagaatagttaactgagcaactaaacaattcacca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                c-------------------G--T-AT-ACCA-A-TTTCAGTTT-T--------AA--C--AAGTGAT-----A----T----TA--GA-T--TGA-T---ACC-TCCT-----TG-CAATCA---------A-TTTT--A------T-C-T------A--TA--T----C-----T----TATGACTGAAAA------C-------A---G--G-GA----A-AAT---A--C--CAT-TTATAT-------TTTCACA-A--T--G--T-T-A-AA-CAGTGA-CATTACCAAA-TG-----------T-A--AT---T
gi|2                          :                               AATTGTTTGTTTTTAGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------CA-TTTC-----ATCAGGT-----G--AACAT--T------GGTATGATCA---------------AGAA---T-G----G------C-----C---------------C----------A--GC-----CA---CA--A----GT---------------G-------A-------------------T--C-AT-GCGA-A-CTTAAGTGT-T--------TA--T--GATTGAA-----A----TAG--TT-----T--CGT-T---CTT-TCAC-----AG-AAGCCA---------T-C-----A------A-T-T------T--GT--A----T-----T----T-----------------C-------ATAGA--T-AA----ATACC---A--T--TGT-TTT---------ATTTCACTAA--T--T--T-T-G-A---AGTAA-AATTATTAAA-AA-----------T-AGTTT---TCTGAGA--AG--TCATT--T------ATTCAACA--GAGAGCACAAAAT-AAcaccggtaatattcatataat
gi|20                         :                  gtaaatggagataAATTGATGATTTC-AATGAAA-TGA---CAT-----------T-T---TTA-----TA-TTTC-----TTCGAGT-----G--AGCAC--TTGCTCGG--------A---------------AGTAGCAT-G----G------T-----C---------------ACACGTGTTGGA--AC-----CA---TA--A----GA---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-ATTC-----------------------AGTGAA-----A----T----AT--GA-T--TAG-T---GTT-TCAC-----TG-AAATAA---------A-C-----A------A-T-T------T--TG--G----T-----T----T-----------------gata
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                    -----CA---TA--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-AACA-A-TTTCAAAGT-T--------CA--C--AAACAAA-----A----T----TT--AG-T--TCA-TTACATT-TCAC-----AG-AAACCA---------A-C-----A------A-C-T------T--TT--C----T-----T----T-----------------atattttat
gi|22                         :                                  TGTTGGTG-C-AGTGTAA-TCT---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATTTAGT-----G--ATCAC--T------G--------A---------------AG-----T-GTTATG------TCAAGAA---------------A----------A--GCGTGGACG---CG--A----GT---------------AAACATATA-------------------G--C-AT-ACCA-A-TTTCAGTAT-T--------TT--A--GAGCGAA----------------T--AG----TGA-T---ATG-CGAC-----TG-AAATAA---------G-C-----A------T-A-T------T--TT--T----atcataacacccaaccaaattatattgcacatataaatatctaaactacatgcaaatcatctatacaaatgta
gi|23                         :                                     TAGTTTC-ATTAAAA-AAT---CAT-----------T-T---TT-------A-TTTG-----ATCGAGT-----G--AGCAC--T------G--------A---------------AG-----T-G----G------T-----A---------------T----------G--GT-----CA---CG--A----GTCATGAAGTGACAAGTG-------A-------------------G----GT-GCCA-A-TTTCCGTGT-C--------CG--C--ATGTGCA-----G----T----TT---------GA-T---ATT-TTAC-----CG-AAATTA---------ATC-----A------T-T-T------T--TA--T----T-----T----
gi|24                         :                               AATTGTTCATTTC-GGTGAAA-TAT----AT-----------T-T---TA------TAATTTC-----ATTGAGA-----G--AGCAC--T------A--------A---------------AG-----T-G----G------T-----T---------------T----------G--GT-----CT---TA--A----CT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCAT-A-TTCTAGTGT-T--------CA--C--AAGTAAA-----A----T----AT--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----TGAAAAACA---------A-C-----A------C-C-T------T--TT--T----A-----T----T-----------------cat
gi|25                         :                               aaaatTTGGCTTC-GGTGAAAATAT---CAA-----------T-TAAATT------GC-CTTC----------GC-----G--AACAC--T------A--------A---------------AG-----TTG----G------T-----A---------------T----------G--CC-----TA---CT--G----GTCGTTTCGCC------G-------C-------------------T--C-GT-GACA-A-TACCA---T-T--------CC--C--GTGT--A-----A----C---------A-T--TGA-T---AGT-TCAT-----TG-AAACCA---------
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                       tatatagaataacgttcT---------------G-------A----------------------C-AT-GCTA-C-GTCCAGTGC-T--------CA--C--CAGTGAA-----A----T----AT--AA-T--TGA-T---ATT--CAT-----TG-AAACAA---------A-C-----A------T-T-T------T--TA--T----T-----T----TTTGTTATTGAAAA----C-------A---G--T-GA----A-ATG---A--T--C---TGTTAT---A--GTTTTATT-A--T--T--T-T-A-AA-CA-TGA-AATTtgg
gi|27                         :                                                             t-----------T-T---TG------TA-TTGC-----ATCGAGT-----G--TACAC--A------G--------A---------------TC-----G-G----G------T-------------------------------------------A---TG--AC---AT---------------G-------G-------------------G--C-AT-GTCG-A-ATTCAGTGT-T--------CA--C--GAGTGAA-----A----T----GT--AT-T--TGA-T---ATT-TCAC-----TG-CAAACA---------A-CTGAT-A------A-TAT------TAATG--T----T-----T----TAAA--------------C-------A---G--T-AA----A-At
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGT-T--------CA--T--AGTTGAC-----A----T----CT--AACT--TGC-T---ATT-CCAC-----TG-AAACGA---------G-C-----AAGCTTGG-T-T------T--TA--T----T-----TTA--T-----------------CATTCTAAA---GGTT-GA----A-ATT---A--C--CG---ACTAT---A--ATTTCACT-T--T--C--T-T-A-AATCAATGATAAT
gi|29                         :                                       GTTTA-AGTGAAT-TAG---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTT-----ATTAAGT-----G--AATAA--T------G--------A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-------A-------------------A----AT-GCCC-A-TTTCAGTAT-T--------CA--C--AAACGAA-----A----T----TTA-AA-T--TGA-T---ATT-TTACACAAAAA-AAAACA---------A-C-----AT-----A-T-T------T--TC--T----
gi|3                          :                                                                            ---TT------TA-TTTC-----ATTGAGT-----G--AGCAC--T------A--------A---------------AG-----T-G----G------TC----AC--------------A----------A--GT-----TG---TG--AACCCAT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GTCA-A-T----GTG--T--------CA--T--GGGTTGA-----A----T----TT--AA-T--TAATT---ATTCTCAG-----CA-AATCCA---------A-C-----A------A-T-T------TA-TA--T----T-----T----TATACTTATCACTGAAAAC-------A---G--T-GA----A-ATA---A-------------AA---A--A---AAAT-A--T--T--T-TTA-AA-CAGTGA-AATTATCAAA-AT-----------T-A--TT---CAT-AAT--TA--TT-----TTTTTTAATTCACCA--AAAGGCATAAG---CATAAAAA--c
gi|30                         :                              gAGTTGTTGGTTTC-AGAGAAA-TATAT-CCT-----------T-T---TT------TA-TTTA-----TTCGAGT-----A--AGTAC--C------A--------A---------------AA-----T-G----G------T-----ATAGCGAC--------A----------A--GC-----CA---TG--C----GT---------------G-------G-------------------G--C-GC-ATCA-A-TTTCAGTGG-T--------CA--T--GAGTGattatactaaagacagtttaaaagttta
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aatGA-T---ATT-TCAC-----TG-AACCCA---------T-C-----A------A-T-TA-----T--TA--T----T-----T----T-----------------C-------gcat
gi|31                         :                               AATTGATGGGTTC-AGTGAAA-TAT---C-T-----------T-T---TT------TA-TTTT-----GTTAAAT-----G--ACCCC--T------G--------ACTTGGTTAGCTAATGAG-----T-G----G------T-----G---------------A----------G--GC-----CA---CA--A----GG---------------G-------T-------------------G--C-AT-GTCA-ATTTTCAGTGT-T--------ttttttattttgttaaatgacccctgacttggttagctaatgagtggtgaggccacaagggtgcatgtcaattttcagtgtt
gi|32                         :                                                                                                                                                 gaaaataatG-----T-G----G------T-----G---------------A----------A--AC-----CT---GG--A----GT---------------A-------A-------------------G--C-TT-GCCA-G-CTAAAGTTT-T--------CA--T--GAGTGAC-----A----T----CT--AA-T--TGA-T---ATT-TCA-----------------------------------------------------TC--T----T-----T----TAA---------------C-------A---G--T-GA----A-CTT---A--C--CA---TTTAT---A--ATTTCATT-AG-T--T--T-T-A-AA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tactGCGAA-----G----T----TTTAAA-T--TGA-T---ATT-TAAG-----TG-AAGCCA---------A-C-----A------A-C-T------T--TT--T----
gi|34                         : ctgaagtggtttgtccaaaagtggcaaaagAATTGATGATTTC-AGGGAAAATGT---CAT-----------G-T---TT-------A-TATA-----ATTGAGT-----G--AATAC--TTTGTATG--------T---------------AG-----T-G----G------T-----A---------------C----------A--GA-----CA---CG--T----GT---------------G-------T-------------------G--C-Aatctttattttatgactgaaaatgatgaaataa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       t-AT-GCCA-A-TGTCAGTGT-T--------CA--C--GAGTGAA----------T----TG--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----TA-AAACCA---------A-C-----A------T-T-TA-----T--TA--T----A-----T----T-----------------T-------ATT-A--T-AA----G-ATT---A--atgaagagtgaacatgtc
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                             gaa--A----GTA--------------G-------A-------------------G--C-AT-GCCA-A-TTCCAGTGT-T--------CT--C--GAATGGA-----A----T----TT--AA-C--AGA-T---ATT-TCAA-----TG-TAAT--------------------------T-T-T------T--TA--T----T-----T----TATAATCGAAAG------C-------A---G--T-GA----T-ATT---A--T--Caaaacagcaaaatta
gi|37                         :                                 TTGTTATTTTC-GGTGAAA-TAT---CA------------T-T---TT------TA-TTTC-----ATCGAAT-----A--AACAT--T------G--------A---------------AA-----T-GTT--GTGAACTT-----A---------------A----------A--GC-----GA---TG--G----GT---------------G-------A-------------------C--C-A----CA-A-ATTCa
gi|39                         :                                                                                                                 caatat--T------G--------A---------------CA-----T-G----G------T-----T---------------A----------T--AC-----AA---TG--G----GC---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCAA-A-TTTCAGTTT-T--------CA--T--CAGTGAA-----A----T----TT--CA-T--TTA-T---ATG-TCAC-----TG-A
gi|4                          :                  gagagtgctaaaaAATTGTTTGTCTT--GTGAAT-TAT---CAC-----------T-T---TT-------A-TTTC-----ATTGAGT-----G--AACCG--T------G--------A---------------AG-----T-G----G------C-----ATGGGTAACGAGAGGAA----------AT-GC-----CA---CA--G----GT---------------G-------T-------------------G--C-AC-ACCA-A-TTTCAGTGT-TTGTGATTTCA--CTGGAAAGAA-----ACAATT----TT--TA-T--TTT-T---AAT-TTACAGT--TA-AAACTAGCAAAAAAAA-C-----A------T-T-T------T--TT--T----TATAATT----T-----------------A-------A---G--T-GA----A-ATT---T--T--CA-----AAT---AACATTTCA---------T--T-T-A-AA-
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                        t---------------G-------A-------------------G--C-AT-ACCA-A-TGTCGGTGT-C--------CG--C--TGGTGCC-----A----T----CT--TA-T--CGG-T---ATT-TCAT-----TG-AAACAA---------A-T-----C------T-A-T------T--TC--A----T-----T----T-----------------C-------A---acctttatatttcatgaaaacaaatacgaaatttaaa
gi|41                         :                                          TC-AGTGAAA-AAT----AT-----------T-T---TT------TA-TTTA-----ATTTAGTTTATTGTCAGGA---T------C--------A---------------AC-----T-----------------------------------A----------A--GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GCcgattg
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTCAGTAT-G---------G--C--GAGTGAA-----A----T----AT--AA-T--TGA-T---ATT-CCAC-----TG-AAAaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTAGAGC-T--------CA--C--ATGTGAA-----A----C----TT--AA-T--TGT-T---ATT-TCAC-----TG-AAACAA---------A-C-----AG-----C-T-T------T--TC--T----T-----T----T-----------------T-------A---tatttgttgatattaatgattgaaaacaataa
gi|44                         :                     tgtcagtgagAGTTGTTTGTTTC-GGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TTATTTCTTA-TTTC-----ACTAAGT-----G--GGCAC--T------G--------A---------------AG-----T-G----
gi|45                         :                                                    aaAT---CAT-----------G-T---TT-------A-TTTC-----ATTAAGT-----G--GGCAC--T------T-------------------------G-----T-G----T------T-----A---------------A----------ATGAC-----CA---TG--A----GT---------------aa
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                         ---------------G-------A-------------------G--C-GT-GCAC-A-TTGGAATGT-T--------CA--C--ACGTGAA-----A----T----CT--AA-T--AAA-T---ATT-GTAC-----TG-AAAagtgaaatcatgaatat
gi|48                         :                                        TTTC-AGTGAAA-AGT---CAT-----------T-T---TC-------A-TTTC-----GTCGAGT-----G--ATCAT--T------A--------A---------------AT-----T-G----G------T-----A---------------A----------A--G
gi|49                         :                                  TGTTGGTTTC-AGTGAAA--AT----AT-----------TGT---TT------TA-ATCC-----ACTGAGT-----G--AACAC--T------G--------A---------------AG-----
gi|5                          :                                  TGTTCGTTTC-AGTGAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT------TA-TTTC-----ATTGAGT-----G--AACAC--T------G--------A---------------GG-----C-G----A------A-----A---------------A----------A--GC-----CA---CG--A----GT---------------G-------A-------------------G--C-AT-GTCA-A-TTTCAGTGT-T--------CT--C--ATGTGAA-----A----T----TA--AA-T--TGA-T---ATT-TCAC-----TT-AAATCA---------A-C-----A------C-T-T------T--TC--T----T-----T----T-----------------C-------A---G--T-GG----A-GTT---A--T--CGT-TTTTAT---A--ATTTCACT-A--T--T--T-T-A-AA-CAGCGA-AACTACCAAA-TA-----------C-A--TT---TGT-AGA--AA--TA-----T------AT--------GATGGCACAGAATCGATAAAAATGATATG
gi|6                          :                               aggTGCTGGCTTC-AGTGAGG-TAT---AAT-----------T-T---T-------------C-----GTTGAGT-----A--AACAC--T------AT-------A---------------AG-----T-G----G------T-----ATGATG----------A----------T--GT-----CGTCTCG-------GT---------------G-------A-------------------G--C-AG-GTAC-G-TTCAAACGT-T--------CA--C--AAGTGAA-----C----T----TA--AA-T--TAC-C---ATT-TTCC-----TC-AAACCA---------A-C-----A------A-T-G------T--TG--T----T-----T----------------------------------G--T----------TT---ATTT--CATGCTTTAT---G--AGTTCTCA-A--T--T--T-----AA-CATCGA-AATTACCGAA-AA-----------T-A---C---TG--AGA--AA--TC-----TCCATA-GTTCAACA--GAAAACATAAAAT-AATTAAAA--tgaataaa
gi|7                          :                       aaatattatcTTGTTGGTTTT-GATGAAA-TAA---CAT-----------T-T---CA-------A-TTTC-----ACTGCAT-----G--ATCAC--T------G--------A---------------AA-----A-G----G------T-----G---------------T----------G--GT-----CG---CG--A----GT---------------G-------ATGCGGCCAGTTATAAATGAG--C-AT-GCCA-A-TTTTGGTTTAT--------TA--A--GAGTGAACAACAA----T----T----A-T--TGA-T---CTT-TTGT-----GG-AAATCG---------A-C-----A------AAT-T------T--TGATT----T-----T----TAAAAGGAAA--------C-------A---A--T-AA----A-ATG---C--C--CAT-TT--AT---A--ATTTCACT-A--T--TGGT-T-GCAA-TAGTGA-AATTATAAAA-TA-----------T-A--taaa
gi|8                          :                      caaataaagaaacatTGGTTTC-AGTGACC-TAT---TAT-----------T-T------------A-TATA-----ACTGAGT-----G--AGAACCGT------G--------A---------------AG-----T-G----G------T-----A---------------T----------G--AT-----CA---AG--A----GCCAG------------A-------A-------------------G--C-GT-GCCA-G-TTTTAGTGT-T--------CA--A--AAGTGAC-----A----T----TT---A-T--AGA-T---ATT-TCAC-----TG-AAACCA---------A-T-----AAAAAT-A-T-T------T--GA--T----G-----A----TGGAAAAA----------C-------A---G--T-GA----A-ATT------T--CA--ATTTAT---A--ATAT--CT-AGCT--T--T-A-A-AA-CAGTGA-ACTTACCAAA-CA-----------TAA--TTAACTG--AGA--AA--TC-----T------
gi|9                          :                               aaatgTTGGTTTC-AGTAAAA-TAT---CAT-----------T-T---TT-------A-TTTA-----ATCGAGC-----G--AGCAT--T------A--------A---------------AG-----T-G----A------C-----A---------------A----------A--GC-----CG---CG--A----GT---------------G-------A-------------------A--C-AT-GCCA-A-TTTAAATAT-G--------CG--C--AACTAAG-----A----T----TG--TA-T--TGA-T---GTT-TCAT-----AT-CAACAA---------A-C-----A------C-T-TGTTCTAT--TA--T----T-----T----TATGATTGAAAA------C-------G---G--T-GA----A-A-----A--T---GC-ATTTAT---A--ATTTCAAT-A--T--T--T-T---AA-CAGTGA-ACTTTCCAAA-AC-----------T-A--TT---TGctatatt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|38 ): TTGGTTTATTTTATGACTGAAAATAGGGAAAGTACCATTTATAATTTCTCTGATTTGAACTACAAAAATAAAGTCACTGAGAAATCTC
Unaligned ( gi|46 ): TATGTTTAAAAACAGCGAAAATACTATTTATATTTTCATTAATTTTTAACAGTGATATTATAAA
Unaligned ( gi|50 ): GAAAGCATACGATTATAACTAATATACACAATCTGACAAATAAGTT