lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 111 111111 1111111111111111 222222222222222222222222222222222 1111 1 1111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11 55555555555555555555555 11111111111 111111111 22222222222222222
lowQualScore : 00 2 1 111 6666 2 33 555555 33 5555 0000000000000000 888888888888888888888888888888888 2 66 2 55555555555 66666 55555 1 22 2 9999 2 777777 4444 2 5 2 2 2 5 8 3 4 0 0 0 777 1 0000 5 0000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 44 3 8 33 2 3 2 2 0 444 0 2 5 88888888888888888888888 3 88888888888 5555 0 77 7 333333333 5555 33 3 6 8888 66666666666666666 44 6 44 0 44 4
lowQualScore : .. . . ... .... . .. ...... .. .... ................ ................................. . .. . ........... ..... ..... . .. . .... . ...... .... . . . . . . . . . . . . ... . .... . .... ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. . . .. . . . . . ... . . . ....................... . ........... .... . .. . ......... .... .. . . .... ................. .. . .. . .. .
lowQualScore : 22 9 1 444 1111 7 77 333333 77 7777 4444444444444444 222222222222222222222222222222222 2 88 0 77777777777 00000 00000 9 66 9 2222 0 888888 7777 2 4 5 7 5 5 6 6 4 6 9 0 222 2 6666 1 6666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 11 6 1 44 6 3 5 5 6 444 4 5 9 66666666666666666666666 1 22222222222 8888 9 55 7 777777777 7777 77 8 1 9999 22222222222222222 22 3 22 7 66 1
consensus : AATGTTA-NTAAT-TAAGTGA--TTT----CA-TATT--GGCCCA----GTT--ATTG----GT---CCAA-----GGATTGTCATATTGGCCCA-TG----AAG-GCCG--TA-GGCC-C-GGG-CN-A-ATATGAC-T---GTCC-GAG----GAC----CAA-T--AACTGGG---CC-AATA------TG----AAATCACTTAATCA-ATAA-CAATTTTATTAATTAAC-TGC-TTCTAAT-ACC-GGGTC----AATTTTCA----ATTA------TTTT-AT-T-TATGTAAGTTAATA-AAATAAAAGT-AA-GTTA---------G---ACA--AG-TA-G-TTTTGT--ATTT-TATTTT-T----GA--T-TGTA-TATGAGATATATAGAACTG-GTCT--GTTCTAGACGT--GTAAG---GTA-GCAT-----AC-ATGTT---NTATA----TATA---ATNA----G----TGT-CA-T----CACCT--------------CAACATT-AC-A----TGAA----TC----TT-AT-A-CCG-ATT-NTTTGATT-A-A---T---GANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAA-GTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCC---TT--GTTTTTTTT----CGTATT-GGCC----------GAGTTC-GGTTCGTATTG-GCCGAGTT-------CGCG----TCAT--ATGACGTNATA--ATTT-C-T-CTCG--------ATA--ACAAGGCCAA--TACAATA--AAGTTAATC
Reference ( gi|2 ) : AATATTA-GTAAT-TAAGTGG--TTT----CA-TATT--GGCCGA----GTT--ATTG----GT---TCAA-----GAATTGTCATATTGGCCCA-TG---CAAG-GCTG--TA-GGCCAC-AGG-CT-A-ATATGAC-T---GTTC-GAG----AAC----CAA-T--AATTGGG---AC-AATA------TG----AAATCACTTAATCA-ATGA-CAATTTTACTAATTGAC-TGC-TTTTAAT-ACT-GGGTC----AACTTTCA----ATTA------TTTT-AT-T-TATGCAAGTTTGTA-AAATAAAAGT-AA-GTTA---------G---ACA--AG-TA-G-TTTTGT--ATTT-TATTGT-T----GA--T-TGTA-CATGAGATATACAGAATTG-GTTTCCGTTCTAGATGT--GTAAGCTGGTA-ACA------AC-ATGCT---CTGTA----TATA---ATAA----G----TGT-CAGTG---CACTT--------------TAACATT-AT-A----TGAA----TC-----T-AT-A-CCG-ATT-TTTTAATT-A-A---T---GATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAA-TTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACC---TT--GTTTTTTTT--C-CGAATT-GGCC----------GAGTTT-GGTTCATATTG-GCCGAGTT-------CACG----TCAT--ATGATGTGATA--ATTT-C-T-CTCA--------ATA--ACAAGGTCAA--TACAGTA--AAATTAATC
gi|1 : AATGTTA-TTAAT-TTAATGA--TTA----CA-TATT--GGCCCA----ATTCGAT------GT---CCAA-----GGAATGCCATA----CTTA-CA---CAAG-GTCA--TA-GGCCGT-GGGGTT-A-ATAAGGC-T---GTCG-AAG----GAT----TAA-T--GACTTGG--------TA------TGTAACAAATCACTTAATCA-ATAA-CAATTTTATTGATTAAT-TGC-TTCTAATAACC-GGACC----AATCTTC-----ATTG------TTTTAAA-T-TATG-AAGTAAGTT-AAATA----T-AA-ATT----------G---ACA--TGATC-A-TTTTAT--ATTT-GACTGT-A----TA--C-TCTA-TATGAGATATATAGAACTG-A--------------GT--GTAA----GTA-GCATACTTTAT-ATGTT---TTA-A----TATA---ATTG----G----TTT-GAGTT---TACTC--------------GAATACTAAT-A----TAGA----TC-----G-AT-A-
gi|17 : ATATTT-ATAAAATAAATAG--T------CA-CATT--GGCCTA----GTT--ATTGCCTTGT---T-AATCTTCGAACAGTCAAATTTGCCCA--------AC-GCTT--TC-GTCCAC-AGG-CA-A-ATATAA--TAAAGCTT---G----GAC----AGA-T--AACTGTG---CA-AATAT-----TG----AAA-CACTTCATTA-ATAA-C---TTTACTtgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|5 : tgTGTTA-TTCAT-CAAGTGA--TTT----TA-TATT--GGCCCC----GTT--ATTG----GTCC-TCAG-----ACA--GCCATATTGGC
gi|1 : attactacttctggttgtttgaacaatcattaaatcaaaactaatgataaaaagaagacaatgtagcattgaggctgacgctattgaatgtattaattcaaatatataatgttaaagtgcaatatatataacatgtagtatgtcttacatgtctagaacaaaaaccagttctaaacatctcttgtacaatcaaaaatgtaacacacaactacttatctatattcatttcattaacttacataaataaaataactgaaaatctacccagtattaaaagcagttaataaagtTGTTA-TTGAT-TAAGTGA--TTTGTTACA-TA------CCAA----GTC--ATTA----ATCCTTCGA-----CA---GCCTTATTAACCC-------CACG-GCC---TATGACCTT-GTG-TA-A-GTATGGC-A---TTCC-TTG----GAC------A-TCGAATTGGG---CC-AATA------TG----TAATCATTAAATTA-ATAA-CA
gi|29 : aaATTATGTGAT-AATGTGA--TTT----CT-TATT--G-TCGA----GTT--ATTG----GT---CCTA-----AGATTGTCGTATTGACCCA-Tattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|9 : ataacgttattgTTA-TTAAT-TGAATTG--ATT----TA-TATT--GTCCCC----GAC--ATGT----GT---CCAA-----GGATTGTCAAATTGACC-A-------AAG-ACCA--TT-GGTTAC-GGT-TC-A-ATGTGGC-----G----GAG----GAC----CAG-A--AACTGGG---CT-GAAA------TG----TAATCACGAAAT---ATGC-AAATTGTATCTATTAAC-TGA-TTCCAAT-AAC-GGGTC----AATTTCCA----ATTAATTATTTTTT-AT-TATATATA---TTAAACAAATAAAAAA-AA-GATATCCATAAACG---ACAGCAT-TA-A-TATTATCCATTT-TATTTT-TTTAAGA--C-TG------GAAATATA
gi|17 : acgTTA-TTAAT-GAAGTG---TTT----CAATATT--TGCACA----GTT--ATCT----GT---CCAA-----GCTTTATTATATTTGCCTG-TG------G-AC-G--AA-AGCGTT-GGG-CA-A-ATTTGAC-T---GTTC-GAAGATTAACAAGGCAA-T--AACTAGG---CC-AATG------TG----A
gi|19 : tgatatttataaaataaatagTTA-ATAAT-TAATCGA--TTT----CG-TTTTTCACCCAA----GT---ATTG----AT---TCCC-----TTATTGTCACATTGTCCGA-AG---TAAATGTTGAAGA-GGC--C-AGG-TG-A-ATACGAT-T----TCC-GAG----AAC----AAA-T--AAGTGAA---TC-AATA------ctttact
gi|10 : taacagTA-TTAAT-TA--TGGAATTT----CA-TACT--GGCCT-----GTT--ATTG----TC---TGAA-----GGATTTTCATATT----------------------------------GG-CT-A-ATATGAC-T---TTCC-AAG----AGC----CTA-T--AATTGAA---TT-AATATAATTGTG----AAATCAC--A--CA-ATGA-CAATTTTATCAAT--ACTTGC-TAACAGT-AAT-CAGACCCCTAATTTTTATCATATTA------TTTC-ATCT-TAT-----T---TA-AAAC---AGTAAA-ATTG---------G---------G-TAGG-TTTTGT--ATTT-TGTT-T-T----GAATT-TATA--ATGTGCAATACAAAAaaaa
gi|24 : tgataatattataaggaTA-GTAA---AAGTA---TTT----CA-TAGT--GGCCCA----AGT--ATTG----GT---GCAA-----GGACTGTCATATTGG-TCA-------AAG-GTCA--TG-GACAGC-AGA-CT---GTTTGA--T---GTCC-GAG----GAC----TCA-T--AA
gi|28 : -GTTAT-TAAGTGA--TTT----CA-TATT--AGT-GAATTAGTT--ATTG----GT---CCAA-----GAAATGTCATA-TGTCCGA-T---------GCTG--TA-TGCCc
gi|30 : taatTAAT-AAGATGA--TTT----CA-TATT--GGCCCA----GTT--ATTG----GT---
gi|16 : gtaaatttataaaattgcaatAAT-TAAATGA--TTT----CA-TATT--AGCCCA----GTT--AACG----TT---CCCA-----GGACAACCATATTG-------------AG-TTTC--T-----------G-CC-A-ATATGAC-A---ATCC-ATG----AAC----CAA-T--AACTGGG----C-AATA------actcgggcaacatatatt
gi|13 : tAC-TAATTGA--TTT----CA-TATT--GGCCTA----GTT--ATTG----GT---CTGG-----GTA-TGTCATATAGG--CA-T-----------TG-------------GG-CC-A-ATATGAC-T---GTCC-GAG----GAgatgccaatgtaatagtacagtactttaaccaagccaatgttcagtaattgtgtatgc
gi|16 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaactaatactataatgttattaattaagtaataaaataattgaaaattgacccagttactagaaacagttaattaataaaattgtcgttc-TATT--GCCC-A----GTT--ATTG----GT---TCAT-----GGATTGTCATATTGGC---------------------A-G------AAA-CTCA-ATATGGT-T---GTCCTGGG----AAC-----GT-T--AACTGGG---CT-AATA------TG----AAATCATTTAATTG-ATGC-CAA-TGTAATAGTACAG-TAC--TTTA---ACC-AAGCC----AATGTTCA----GTAA--------TT-GT-G-TATGC
gi|25 : tATTTTGATATTTGCCAT-TG------G-TCTT--T--GGCCGC-CGG-GA-A-ATATGGC-T---GTCT-GAG----GAC----CAA-T--AA--------------A------TG----A---CCTTT-------TAA-CGATTTTATTAATTGAC-TGT-TTT
gi|13 : GTCATATTGGCCCAATG---C------------------------CT-A--TATGACAT---ACCC--AG----A-C----CAA-T--AACTAGG---CC-AATA------TG----AAATCAATTAGTGA-ACGA-CAATTTTATTAATTAAC-TGT-TTCTAGTAACT-GGGTC----AATTTTCA----ATTA------TTTT-A--T-TACTTAA-TTAATA-ACATTATAGT-A---TTA---------GTTTACA--TG-AA-------AT--ATCCATGTTGTCC----AA--T-TATA-CAT-ATATATACACAA
gi|18 : aaaatatattttgttctttacaattacgTATTGACTCAATGACACAAG-ACTG--------------G-CA-A-ATATGAC-T---GCCC-GAA----GAC----TAATT--AATAGAC---CC-AA-A------CA----AAACTACTTAATGA-ATCC-CAATTATATCAATTtgtccgagga
gi|23 : acgttattaatagagccattgcatacggatctaat-GGTCATGAGG-GT-AGATATGAC-T---GTCT-GAG----GAC----CAA-T--AATTGGGCTTAC--ATA------T-------ATTACTTCATTA-ATGA-TAATGTTATTAATTAAC-a
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagttGA-CC-A-ATATGAC-A---GTCC-TTG----CAC----CAA-T--ACTTGGG---CC-ACTA------TG----AAAT-ACTTc
gi|29 : tagtaaGG-TC-A-ATACGAC-A---ATCT-TAG----GAC----CAA-T--AACTCG----AC-AATA------AG----AAATCACATTATCACATAATCAATaaaggtcatggacagcagactgtttgatgtccgaggactcataac
gi|5 : ataacgttG-CC-A-ATATGGC-T---GTCT-GAG----GAC----CAA-T--AACGGGG---CC-AATA------TA----AAATCACTTGATGA-ATAA-CAACTTTATTAA----C-TGC-TTTTAAT-ACT-GGGTA----GATTTTCA----GTTA------TTTT-AT-T-TATGTAAGTTAATG-AAATGAA--T-A----TA---------G---ATA--AG-TA-G-TTGTGT--GTTA-CATTTT-T----GA--T-TGTA-CAAGAGATGTTTAGAACTG-GTTTTTGTTCTAGACAT--GTAAG---ACATACT------AC-ATGTT---ATATA----TAT------------------------TG---CACTT--------------TAACATT-AT-ATATTTGAA----TT-----A-AT-A-Ccat
gi|30 : attactacttctggttgtttgaacaatcattaaatcaaaactaatgataaaaagaagacaatgtagcattgaggctgacgctattgaat-ATATG-T-T---GCCC-GAG----TAC----CAA-T--AACTGGG---CC-AATA------TG----AAATCATCTTATTA-ATTG-CAATTTTATAAATTTAC-
gi|28 : -ATATGAC-A---TTTC-TTG----GAC----CAA-T--AACTAATTC-ACTAATA------TG----AAATCACTTAATatt
gi|34 : taatgtt----AAC----TAA-T--AATTAGG---AA-AATA------TA----AAATAACTTAATCA-ATAA-CAgtccgatgctgtatgcc
gi|6 : AG-T--AATTGTG---TC-AGTA------T-----AAATATCTTAATTA-ATCA-AAATTTAATTGATTAAC-TGTGTCTTAAG-A-T-AGGAC----ACGTTTAA----ACTG-----------AG-T-T---CAGATATTTA-ATATAAAAAG-AA----A---------G---ATA--AA-TA-A-TCGCTT--ATCT-AATTTT-G----GA--TATG-A-TATGCGATCTATATAACTGTGTCT---TTTTACGTGTACGCAAGCAAGTA-ACAT-----ATTATTTTTCACTGTAATTTCACA---ATAACACAG----TA---ATTGA--CATAT--------------CAACACT-AC-A-----GTACTT-TC-----TTATTA-TC--ATT-AGTTGATTTA-A---G---GAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAA-GTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|3 : caTTTATCA-ATAA-CTATTTTATTTATTTAC-TGC-TTCTAAT-AATAAAGTG----AACTTGAA----GTTAT-----TTTT-AT-T--------GCTAATG-AAAT---GGT-AAGGCTA---------A---ATA--AC-TA-GTTTTTGT--A-TT-TATTTT-T----GA--T-TATATTATAAGATATATAGAACTG-G-----GTTCTTGACGT--ATCAG-------GCA------AC-ATGC-------TA----TATA---ATAA----GGTTTTGTGCACTATATCACTTAAACTATGTAATGATAACATCAATAA----TGAAAACCTCGACATT-AC-A-CTGCATTCTTTTGACC-ACAAGTT---GATTGA-ATGAA----CA-ACAACCAGAA-ATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCC---TA--GTTTTTTGT-------ATA-GGCC----------GAGT----------------CC--GTT---------------TCAA--ATGAAGTCATA--ATTT-T-C-CTCA--------ATA--ACAAGGCCAA--TACGATG--AAGTTAAT
gi|7 : A----TATATTCATTA----G----TGC-CA-------ACCT--------------TAACATT-AC-AA---TGAT----TTGTTTTT-ATCA-CCA-ATT-GATT---T-A-A---G---GAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAA-ATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAGTTCAGTTCGTATTGGC-CGAGTTCAGCTCGTATAATCAGAGTTC-AGTTCATATTG-ACTGAGTT-------CTCA----TCAT--ATGACGTCATA--TTTT-T-TCCTCG--------ATT--ACAAGGCCAA--TGCAGAA--AAGTTAATtaaaaat
gi|12 : tataataggtttcagtgcacttgaacattcatatgaatcgA----G----TGT-CA-------ACCT--------------CAACATT-AC-A-------A----TG-----T-AT-ATCCT-ATC------ATG-A-A---TTTGGATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAA-GACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCC---GT--GCTTCTTTT--C--GTATT-GTCC----------TAATTC-GGTTCGTATTG-GCCGACTT-------CGCG----TCAT--ATGACGTGATC--ATTT-C-C-CTCG--------GTA--ACAAGGCCTA--TGCAtaata
gi|8 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttatA----G----TGT-CA-------ACCT--------------CAACATT-AT-A-----AAG----TCTTCTTT-TT-A-TCA-A-C-ATTTAATT-A-AT--T---CAACGACTCTAGGTT-TAAATAACC---A-TT-GTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGC
gi|15 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacCG-AGT-TTTGATTT-A-A---T---GATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAA-GAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TATTTTG-CC---TT--G--------------AATT-------------------TT---TTCATATTT-GCCGAGTT-------CGCG----TCAT--ATGACATGATAACATTT-C-T-CT----------GTA--ACAACGCCAA---ACAATA--ACAGTAATtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|11 : TTCACTT-A-C---T---GATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAA-GTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCC---TT--ATTTTAT------CGTATT-GACC----------GAGTTT-ACGTCACAT-------A-----------ACG----TCAT--ATtgataa
gi|1 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcgaatacattgaatagtgtcaacctctgcattacaatgccttctttttatcacaagTGATT-A-A---A---GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTA-TCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC-------GATATCATA--T-CGTATT-GGCT----------GAATTA-GGTTCGT-TTGAGCCCAGTA-------CACG----TCAT--ATAATGTCAAA--ATAT-T-T-CATG--------ATA--ACATGACCAA--TACAGTGATAAGTTAATtttacatccatcacatggctacaatcaagtttattattaaa
gi|32 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaaTGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAA-ATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGtaataa
gi|20 : gGGTT-CAAACAACCGGAA-ATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGGTC---AC--ATCAGTTCT------AATT-GGCC----------GAGTTC-AGTT--TGTT---C--AGTT-------CCCA----TCAT--A-----------------------------------------AGGCTAA--TACAGTA--AAGTTAATg
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAA-GTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCC---TA--GTCTt
gi|4 : aAACAACAGGAA-GTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-C-----------------------TT-------ATT-GGCC----------TTGTTT-A-TTCATATTA-CCTTAGTT-------CGCG----TCAT--ATGATGGCATT--TTTT-CTT-CTCATTTTCTCTATA--ACAAGG-CAA--TACAATA--AAGTCAATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|14 : acaatttatagttttggttctatatgagatgtttattgcatttttacatgtaaggcatcatactatataaacatattgtatgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaacctctacattgcaatgccttctttctatcataagttgatccaatgaacAACAACAGGAA-ATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATC---GT--ATATATTT------AAATT-GGTC----------TAAATC-GGTTCTCATTT-GTTTAGTTTCGAAGACACGAAATTCATTAATTACAT-ATA--ATTTAC-T----A--------ATATTATAAACTTTATTTACAG-A--AAATTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|33 : gagttttgactgtCTAAAG-TT-GTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGAC---TT--GTTTTtaagcg
gi|31 : atacTG-TA-TTGAAC---CAGTT-CAATT-CATATTAGCC---
gi|21 : cttctttttca-TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATC---TC--GTTTTTT------CGTTTT-GATC----------CAGTCT-GGTT-GTATTT-GCC---------------------TAT--ATCTCGTGATA-----T-C---CTAG--------ATG--ACAATGCTAA--TACAATA--TATTTAAgacttcatgttgtaaggtgatcatttccctc
gi|31 : TTCTTTTT--CATGTATT-GAAC----------CAGTTC-AATTCATATTA-GCCGACTT-------CATG----T--T--GTAAGGTGATC--ATTT-C-C-CTC
gi|8 : c-CGTATT-GGCT----------CAGTTCCGGTTCATAGTG-GCTGAGTC-------AGCG----TTAT--TTGACAATACA--ATTC-G-A-C-----------ATA--ACAAGGCTAA--TACAATA--AATTTA
gi|26 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtTT-GTTC----------AAGTTT-GGTCCATATTG-GTCAAGCT-------TGTG----TCAT--ATTATATGAGT--ATTA-A-T-CTTG--------ATG--ACAAGACTAT--TACCACA--TAATTAATtaaa
gi|22 : GTTC-GGTTCGTATTG-GCCTAGTC-------TGCG----TCAT--ATGATGTCAT---ATTT-T-T-CTCT--------ATA--ACAAGGTCAA--AACAATA--AAGTTCATtg
gi|27 : attcaaacaaccggaagtagtcgtattTTC-GATTCGTATTA-GCCGAGTT-------CGTG----CCGT--ATGACGTGGTA--CTTT-C-C-CTGA--------ATA--ACAAGGCCAA--TACAACA--AAGCTAATCtaataat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 2222 111111 33333 3333333333333333333333 11111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 333333333333333333333333 22222222222222222222 111111111111
lowQualScore : 1 4 4 3333333 4 7 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 7 2 0 44 4 2222 0 1 777 9999 4 777777 5 88 5 00000 11 9999999999999999999999 0 11111 888 77 0 33333 5 8888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 3 4 0 33 33 2 2 2 1 444 2 33 000000000000000000000000 11111111111111111111 2 4 2 9999 888888888888 33 33 44 3
lowQualScore : . . . ....... . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . .... . . ... .... . ...... . .. . ..... .. ...................... . ..... ... .. . ..... . .... ............................................................................................................................................................................................................................... . . . . .. .. . . . . ... . .. ........................ .................... . . . .... ............ .. .. .. .
lowQualScore : 1 9 0 0000000 0 3 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 1 7 2 11 4 8888 9 4 888 4444 4 222222 0 44 0 55555 11 4444444444444444444444 4 11111 333 99 3 77777 7 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 6 5 4 11 33 9 4 4 4 111 4 55 000000000000000000000000 77777777777777777777 7 4 0 1111 222222222222 66 99 22 1
consensus : AACGTTATTAATT-A-------A-GTGATTTCA-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-ACTGCTTCT-AATA---ACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TATGTAAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTTTGT--ATTTTATTTTT----GAT-TGTA-TATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTAACATAC-----ATGT---TNT--------------------AT--ATAT---AA---TT----A---GT------G---T----CA------T---CA-CCTCAAC---------ATTAC-------AAT-G-A-A----TC----TTAT----ACCG-ATTA--T------------T------TGATT-AATG-ANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTGTTTTTTT-T-CGTATTGGCC-AGTTC-GGTTCGTA--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------T-CTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AATGTTANTAATT-A-------A-GTGATTTCA-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTAATTA-ACTGCTTCT-AAT----ACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TATGTAAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTTTGT--ATTTTATTTTT----GAT-TGTA-TATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTAGCATAC-----ATGT---TNT--------------------AT--ATAT---AA---TN----A---GT------G---T----CA------T---CA-CCTCAAC---------ATTAC-------A-T-G-A-A----TC----TTAT----ACCG-ATTN--T------------T------TGATT-AATG-ANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTGTTTTTTT-T-CGTATTGGCCGAGTTC-GGTTCGTA--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------T-CTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AATGTTATTAATT-T-------A-ATGATTACA-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-ATTGCTTCT-AATA---ACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TATG-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTTTAT--ATTTGACTGTA----TAC-TCTA-TATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTAGCATACTTTATATGT---TTT--------------------A---ATAT---AA---TT----G---GT------
gi|1 : T--------------------AT--GTTT---AA----A----A---GT------G---T----C-----------CA-CCTCAAT---------ATCAC-------ACT-G--------TC----TT-------CTT-ATTA--T------------CACGAAATGATT-AAAG-AGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-CGTATTGGCTGAATTA-GGTTCGT---------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------T-CATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgaTATTAATT-A-------T-GGAATTTCA-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACT--TGCT-AACAGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT-----TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTTTGT--ATTTTGTTTTG----AAT-T-TA-TAtaataa
gi|11 : tgataatattataagga--------------------AT--ACATTG-AA---T-----A---GT------G---T----CA-----------A-CCTCTGC---------ATTAC-------AAT-G-C-C----TTCTTTTTAT----CACA-A--G--T------------T------CACTT-ACTG-ATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTATTT---------TA----------------TCGTA--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------C-ATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcga----A---GT------G---T----CA-----------A-CCTCAAC---------ATTAC-------AAT-GTATA----TC----CTAT----CATG-A--A--T------------T------TG-------G-ATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTGCTTCTTT-T-CGTATTGTCCTAATTC-GGTTCGTA--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------C-CTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttatGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-ACTGTTTCT-AGTA---ACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-A--T-TACTTAA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTATATATTT----AAATTGGTCTAAATC-GGTTCTCA--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt--T------------T------TGATTTAATG-ATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTGAATTTTT-T-CATATT-------T-----------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------T-CT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAGTACTT-T-A------ACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAAGTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAATATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATATCAgtgtatgc
gi|18 : ACGTTATTAATA-G-------A-GCCATTGCA-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : GTTAATAATT-A-------A-TCGATTTCGTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : taacaAATATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTCA-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-ACTGCTTTT-AAT----ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TATGCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTTTGT--ATTTTATTGTT----GAT-TGTA-CATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTAACA-AC-----ATGC---TCT--------------------GT--ATAT---AA---TA----A---GT------G---T----CAG-----TG--CA-CTTTAAC---------ATTAT-------A-T-G-A-A----TC-----TAT----ACCG-ATTT--T------------T------TAATT-AATG-ATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTGTTTTTTT-TCCGAATTGGCCGAGTTT-GGTTCATA--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------T-CTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGGTCACATCAGTTC-T-A--ATTGGCCGAGTTC-AGTTTGT--------------------------TC-AGTTCCCATCAT----------------------------------------AAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCGTTTTTT----CGTTTTGATCCAGTCT-GGTT-GTA--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA-----TC-----------CTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAGTCT
gi|22 : a-T-CGTATTG------TTC-GGTTCGTA--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------T-CTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-ACtaataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagttTAGTAA---A-------A-GT-ATTTCA-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : ATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----CCTTT------TAACGATTTTATTAATTG-ACTGTTT
gi|26 : TTGTTCAAGTTT-GGTCCATA--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------T-CTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : TTC-GATTCGTA--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------C-CTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcAATGTTA----TT-A-------A-GTGATTTCA-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : tAACGTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTCT-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-ACTGCTTCT-AATA---ATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T--------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTTTGT--A-TTTATTTTT----GAT-TATATTATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA----AC-----ATGC---TAT--------------------AT--A-AT---AAGGTTT----T---GT------G---CACTATA------T---CA-CTTAAACTATGTAATGATAACATCAATAA-T-G-A-AAACCTCGACATTAC----ACTGCATTC--TTTTGACCACAAGT------TGATTGAATG-AAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAGTTTTTT--------------------------GTA--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------C-CTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-ACtaaaaat
gi|31 : G-TA-TTGAAC---CAGTT-CAATT-CATATTAGCCatt
gi|32 : cttctttttcatGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGGgacttcatgttgtaaggtgatcatttccctc
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTGTTTT
gi|4 : atA-CCTCTAC---------ATTGC-------AAT-G--------CC----TTCT----TTCT-ATCA--TAAG---------T------TGATCCAATG-AAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTGTTT-------------------------ATTCATA--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTT-CTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaatttatagttttggttctatatgagatgtttattgcatttttacatgtaaggcatcatactatataaacatattgtatgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----CTGCTTTT-AAT----ACTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TATGTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTGTGT--GTTACATTTTT----GAT-TGTA-CAAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---GACATACTAC-----ATGT---TATATATATTGCACTTTAACATTAT--ATATTTGAA---TT----A---AT------ACATT----CAATAGCGT---CAGCCTCAAT---------GCTAC-------A-TTG--------TC----TTCTTTTTATC--ATTAGTT------------T------TGATTTAATG-A------TT--GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-ACTGTGTCTTAAG----ATAGGA-C---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT-----TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCGCTT--ATCTAATTTTG----GATATG-A-TATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTAACATATT----ATTT---TTC--------------------AC---TGT---AA---TTTCACA---ATAACACAG---T----AA------TTGACA-TATCAAC---------ACTAC-------A---G-T-ACTT-TC----TTATT---ATC--ATTA--G------------T------TGATTTAAGG-AGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caAACATTC-----ATATGAATCG--------------------AT--ATATT--CA---TT----A---GT------G---C----CA-----------A-CCTTAAC---------ATTAC-------AAT-G-A-T----TTGTTTTTATC---ACCA-ATTG--A------------T------T---T-AAGG-AGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG-TTCAGT-T-CGTATTGGCCGAGTTC-AGCTCGTATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATA--TTTTT---------TCCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttg---TGT--------------------ATTGATGT---GA---TC----AACAGT------G---T----CA-----------A-CCTCAAC---------ATTAT-------A---A-A-G----TC----TTCTTTTTATCA-AC-A--T------------T------TAATT-AATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCtaata
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaataTTG-T-CGTATTGGCTCAGTTCCGGTTCATA--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT---------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaACGTTATTAATTGA-------A-TTGATTT-A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-ACTGATTCC-AAT----AACGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATATATA--TTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TATTATCCATTTTATTTTTTTAAGAC-TG------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 1111 22222 3333333333333333333333333333333 111 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 66 777 8888 4 555555 4 2222 66666 66 6666666666666666666666666666666 111 888 66 66 5555 8 44 7777 2 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 3 4 0 33 33 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 7777 55555555555 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ..... .. ............................... ... ... .. .. .... . .. .... . . ....................................................................................................................................................................................................................................... . . . . .. .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... ........... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 44 000 5555 0 555555 4 9999 33333 11 3333333333333333333333333333333 000 888 99 11 6666 9 88 6666 5 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 6 5 4 11 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 3333 22222222222 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TATG-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-ACAT---------AC-----AT-GT---TNT--------------------ATAT-AT---AA---TT----AGT------G---T----CA------T---CA-CCT--------------CAACATT-ACAATG-A-A----TC----TTAT----ACCG-ATT------------A----T---T------TGATTTAATG-ANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------C-CTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TATGTAAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-ACAT---------AC-----AT-GT---TNT--------------------ATAT-AT---AA---TT----AGT------G---T----CA------T---CA-CCT--------------CAACATT-ACAATG-A-A----TC----TTAT----ACCG-ATT------------A----T---T------TGATT-AATG-ANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------T-CTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TATG-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTT---TAT--ATTTGAC--TGTA----TAC-TCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-GCAT---------ACTTTATAT-GT---TTT--------------------A-AT-AT---AA---TT----GGT------
gi|1 : TA-ATAT---------AG-----ATCGA---TAT--------------------GTTT-A----AA---------AGT------G---T----C-----------CA-CCT--------------CAATATC-ACACTG--------TC----TT-------CTT-ATT------------A----T---CACGAAATGATT-AAAG-AGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------T-CATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatacTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT-----TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTT---TGT--ATTTTGT--TTTG----AAT-T-TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataagga--------------------ATAC-ATTG-AA---T-----AGT------G---T----CA-----------A-CCT--------------CTGCATT-ACAATG--------CC----TTCT----TTTT-ATC------------ACAAGT---T------CACTT-ACTG-ATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------C-ATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcgaT----AGT------G---T----CA-----------A-CCT--------------CAACATT-ACAATGTATA----TC----CTAT----CATG-A--------------A----T---T------TG-------G-ATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------C-CTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-A--T-TACTTAA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt----T---T------TGATTTAATG-ATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------T-CT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AATA-CTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TATGCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TGTT----GAT-TGTA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-ACA----------AC-----AT-GC---TCT--------------------GTAT-AT---AA---TA----AGT------G---T----CAG-----TG--CA-CTT--------------TAACATT-AT-ATG-A-A----TC-----TAT----ACCG-ATT------------T----T---T------TAATT-AATG-ATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------T-CTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------C-C---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA-----TC-----------CTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------T-CTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------T-CTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------C-CTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T--------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTT---TGT--A-TTTAT--TTTT----GAT-TATATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA--------------AC-----AT-GC---TAT--------------------ATA--AT---AAGGTTT----TGT------G---CACTATA------T---CA-CTTAAACTATGTAATGATAACATCAATAATG-A-AAACCTCGACATTAC----ACTGCATTCTTTTGACCACAA----G---T------TGATTGAATG-AAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------C-CTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------C-CTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atTTTATAGTTTT----GGT-TCTA-T--ATGAGATGTTTA----TT-G--CAT---TTTT--ACATGTA-------A---GGCA-TCATACTATATAAAC-----AT-AT---TGT--------------------AT
gi|4 : acaaA-CCT--------------CTACATT-GCAATG--------CC----TTCT----TTCT-ATC------------A----TAAGT------TGATCCAATG-AAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTT-CTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAATgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaacctctacattgcaatgccttctttctatcataagttgatccaatgaacaacaacaggaagtagtggtacttggtccagttccagttcttattggccttgtttattcatattaccttagttcgcgtcatatgatggcattttttcttctcattttctctataacaaggcaatacaataaagtcaattaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|5 : acaatttatagttttggttctatatgagatgtttattgcatttttacatgtaaggcatcatactatataaacatattgtatgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TATGTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTG---TGT--GTTACAT--TTTT----GAT-TGTA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---GACATAC-T---------AC-----AT-GT---TATATATATTGCACTTTAACATTATAT-ATTTGAA---TT----AAT------ACATT----CAATAGCGT---CAGCCT--------------CAATGCT-ACATTG--------TC----TTCTTTTTATC--ATT------------AGT--T---T------TGATTTAATG-A------TT--GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT-----TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCG---CTT--ATCTAAT--TTTG----GATATG-A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-ACAT---------ATT----AT-TT---TTC--------------------AC-T-GT---AA---TTTCACAATAACACAG---T----AA------TTGACA-TAT--------------CAACACT-ACAGT----ACTT-TC----TTATT---ATC--ATT------------A----G---T------TGATTTAAGG-AGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-ACAT---------TC-----AT-ATGAATCG--------------------ATAT-ATT--CA---TT----AGT------G---C----CA-----------A-CCT--------------TAACATT-ACAATG-A-T----TTGTTTTTATC---ACCA-ATT-----------------------------GATTTAAGG-AGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATA--TTTTT---------TCCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGGAAATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AG-TAGG-TTTCAGTGC--ATTCTAC--ATTTAA--AATATGTA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : TA-AAAT---------AT-----GT-AT---TG---------------------ATGTGAT---CA---AC----AGT------G---T----CA-----------A-CCT--------------CAACATT-ATAA---A-G----TC----TTCTTTTTATCA-AC-------------A----T---T------TAATT-AATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacattTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT---------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATATATA--TTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TAT---TATCCATTTTAT--TTTTTTAAGAC-TG--------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 333333 3333333333333333333333333333333 111 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 11 777 8888 4 555555 4 7777 111111 66 6666666666666666666666666666666 111 888 66 66 5555 8 44 7777 2 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 2 4 0 33 33 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ...... .. ............................... ... ... .. .. .... . .. .... . . .................................................................................................................................................................................................................................... . . . . .. .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 55 000 5555 0 555555 4 4444 111111 11 3333333333333333333333333333333 000 888 99 11 6666 9 88 6666 5 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 0 5 4 11 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-ACAT---------AC-----AT-GT---TNT--------------------ATAT-AT---AA---TT----AGT------G---T----CA------T---CA-CCT--------------CAACATT-ACAATGA-----TC----TTAT----A-CCN-ATT------------A--T---T------TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-ACAT---------AC-----AT-GT---TNT--------------------ATAT-AT---AA---TT----AGT------G---T----CA------T---CA-CCT--------------CAACATT-ACAATGAA----TC----TTAT----A-CCG-ATT------------A--T---T------TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TAT-G-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTT---TAT--ATTTGAC--TGTA----TAC-TCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-GCAT---------ACTTTATAT-GT---TTT--------------------A-AT-AT---AA---TT----GGT------
gi|1 : TA-ATAT---------AG-----ATCGA---TAT--------------------GTTT-A----AA---------AGT------G---T----C-----------CA-CCT--------------CAATATC-ACACTG------TC----TT--------CTT-ATT------------A--T---CACGAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatacTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT------TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTT---TGT--ATTTTGT--TTTG----AAT-T-TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataagga--------------------ATAC-ATTG-AA---T-----AGT------G---T----CA-----------A-CCT--------------CTGCATT-ACAATG------CC----TTCT----T-TTT-ATC------------A--CAAGT------TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcgaT----AGT------G---T----CA-----------A-CCT--------------CAACATT-ACAATG-------------TAT----ATCCT-ATC------------A--T-----------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-ACT-T-AA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt--T---T------TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-GCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TGTT----GAT-TGTA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-ACA----------AC-----AT-GC---TCT--------------------GTAT-AT---AA---TA----AGT------G---T----CAG-----TG--CA-CTT--------------TAACATT-AT-ATGAA----TC-----TAT----A-CCG-ATT------------T--T---T------TAA--TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T---------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTT---TGT--A-TTTAT--TTTT----GAT-TATATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA--------------AC-----AT-GC---TAT--------------------ATA--AT---AAGGTTT----TGT------G---CACTATA------T---CA-CTTAAACTATGTAATGATAACATCAATAATGAAAACCTCGACATTAC----A-CTGCATTCTTTTGACCACAA--G---T------TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atTTTATAGTTTT----GGT-TCTA-T--ATGAGATGTTTA----TT-G--CAT---TTTT--ACATGTA-------A---GGCA-TCATACTATATAAAC-----AT-AT---TGT--------------------AT
gi|4 : acaaA-CCT--------------CTACATT-GCAATG------CC----TTCT----T-TCT-ATC------------A--TAAGT------TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAATgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaacctctacattgcaatgccttctttctatcataagttgatccaatgaacaacaacaggaagtagtggtacttggtccagttccagttcttattggccttgtttattcatattaccttagttcgcgtcatatgatggcattttttcttctcattttctctataacaaggcaatacaataaagtcaattaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|5 : acaatttatagttttggttctatatgagatgtttattgcatttttacatgtaaggcatcatactatataaacatattgtatgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TAT-GTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTG---TGT--GTTACAT--TTTT----GAT-TGTA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---GACATAC-T---------AC-----AT-GT---TATATATATTGCACTTTAACATTATAT-ATTTGAA---TT----AAT------ACATT----CAATAGCGT---CAGCCT--------------CAATGCT-ACATTG------TC----TTCTTTTTA-TC--ATT------------AGTT---T------TGA-TTTAATGA------TT--GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCG---CTT--ATCTAAT--TTTG----GATATG-A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-ACAT---------ATT----AT-TT---TTC--------------------AC-T-GT---AA---TTTCACAATAACACAG---T----AA------TTGACA-TAT--------------CAACACT-ACAGT--ACTT-TC----TTATT---A-TC--ATT------------A--G---T------TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-ACAT---------TC-----AT-ATGAATCG--------------------ATAT-ATT--CA---TT----AGT------G---C----CA-----------A-CCT--------------TAACATT-ACAATGAT----TTGTTTTTATC---A-CCA-ATT---------------------------GA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGG-AAATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AG-TAGG-TTTCAGTGC--ATTCTAC--ATTTAA--AATATGTA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : TA-AAAT---------AT-----GT-AT---TG---------------------ATGTGAT---CA---AC----AGT------G---T----CA-----------A-CCT--------------CAACATT-ATAA--AG----TC----TTCTTTTTA-TCA-AC-------------A--T---T------TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacattTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATAT---ATATTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TAT---TATCCATTTTAT--TTTTTTAAGAC-TG--------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 333333 3333333333333333333333333333333 1 11111 1 11 4444444444 333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 11 777 8888 4 111111 8 7777 111111 66 6666666666666666666666666666666 0 888 5 66 5 77777 0 44 11 5555555555 666 444444444444 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222222 3 2 4 0 33 33 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ...... .. ............................... . ... . .. . ..... . .. .. .......... ... ............ . ............................................................................................................... ......................................... . . . . .. .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 55 000 5555 0 555555 9 4444 111111 11 3333333333333333333333333333333 0 888 0 99 2 88888 0 66 99 6666666666 666 222222222222 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66666666666666666666666666666666666666666 6 0 5 4 11 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAAG-TTA---------GACA--AG-TA-GTTT---T-GT--ATTTTATTTTT----GAT-TGTAT--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-ACATACT-----AT---GT---TNT--------------------AT-----AT-AT------AATT----AGT------G---T--------CA------T---CA----------CCTCAACATTACAATG--T--CT-----TNT----A-CCNATTA--T---T------TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAAG-TTA---------GACA--AG-TA-GTTT---T-GT--ATTTTATTTTT----GAT-TGTAT--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-ACATAC------AT---GT---TNT--------------------AT-----AT-AT------AATT----AGT------G---T--------CA------T---CA----------CCTCAACATTACAATG-AT--CT-----TAT----A-CCNATTA--T---T------TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TAT-G-AAGTAAGTTAAATA----TAAA-TT----------GACA--TGATC-ATTT---T-AT--ATTTGACTGTA----TAC-TCTAT--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-GCATACTTTAT-AT---GT---TTT--------------------A------AT-AT------AATT----GGT------
gi|1 : TA-ATATAG------ATC--GA---TAT--------------------GT-----TT-A-------AA------AGT------G---T--------C-----------CA----------CCTCAATATCACACTG--T--CT-----T--------CTTATTA--T---CACGAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatacTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT------TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGGTTT---T-GT--ATTTTGTTTTG----AAT-T-TAT--Ataataa
gi|11 : tgataatattataagga--------------------AT-----AC-ATTG----AAT-----AGT------G---T--------CA-----------A----------CCTCTGCATTACAATG--C--CT-----TCT----T-TTTATCA--CAAGT------TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcgaT----AGT------G---T--------CA-----------A----------CCTCAACATTACAATG------------TAT----ATCCTATCA--T-----------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-ACT-T-AA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt--T---T------TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-GCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAAG-TTA---------GACA--AG-TA-GTTT---T-GT--ATTTTATTGTT----GAT-TGTAC--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-ACA-AC------AT---GC---TCT--------------------GT-----AT-AT------AATA----AGT------G---T--------CAG-----TG--CA----------CTTTAACATTAT-ATG-AA--TC-----TAT----A-CCGATTT--T---T------TAA--TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-A------TTTTTAT-T---------GCTAATGAAATG---GTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTT---TTGT--ATTT-ATTTTT----GAT-TATATT-ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA-ACATGCTATATAATAAGGT---TTT--------------------GTGCACTAT-ATCACTTAAACT----A-T------G---TAATGATAACA------T---CAATAATGAAAACCTCGACATTACACTGCATT-CT-----TTT----G-ACCACAA--G---T------TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atA----------CCTCTACATTGCAATG--C--CT-----TCT----T-TCTATCA--TAAGT------TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaatttatagttttggttctatatgagatgtttattgcatttttacatgtaaggcatcatactatataaacatattgtatgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TAT-GTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-GTTG---T-GT--GTTACATTTTT----GAT-TGTAC--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---GACATAC-TAC------AT---GT---TATATATATTGCACTTTAACATTAT-----AT-ATTTG---AATT----AAT------ACATT--------CAATAGCGT---CAG---------CCTCAATGCTACATTG--T--CT-----TCTTTTTA-TC-ATTAGTT---T------TGA-TTTAATGA------TT--GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-ATCG---C-TT--ATCTAATTTTG----GATATG-AT--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-ACATATT-----AT---TT---TTC--------------------AC------T-GT------AATTTCACAATAACACAG---T--------AA------TTGACA----------TATCAACACTACAGTA-CTTTCT-----TATT---A-TC-ATTA--G---T------TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-ACATTC------AT---ATGAATCG--------------------AT-----AT-ATT-----CATT----AGT------G---C--------CA-----------A----------CCTTAACATTACAATG-AT--TTGTTTTTATC---A-CCAATT---------------GA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGG-AAATTAAC-GAAT-AAGGTAGG-CTA----------AT---AG-TAGGTTTCAGT-GC--ATTCTACATTTAA--AATATGTATTGATGTGATtaata
gi|8 : TA-AAATAT------GT---AT---TG---------------------AT-----GTGAT------CAAC----AGT------G---T--------CA-----------A----------CCTCAACATTATAAAG--T--CT-----TCTTTTTA-TCAAC-A--T---T------TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacattTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATAT---ATATTAAACAAATAAAAAAAAG-ATATCCATAAACGACAGCAT-TA-ATAT---T-ATCCATTTTATTTTTTTAAGAC-TG-------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 333333 3333333333333333333333333333333 111 11111 1 4444444444 333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 55555555555555555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 11 777 8888 4 555555 4 7777 111111 66 6666666666666666666666666666666 111 888 66 77777 0 44 9999 5555555555 666 444444444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 999 1 11111111111111111111111111 3 2 4 0 33 33 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ...... .. ............................... ... ... .. ..... . .. .... .......... ... ............ ................................................................................................................. . ... . .......................... . . . . .. .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 55 000 5555 0 555555 4 4444 111111 11 3333333333333333333333333333333 000 888 99 88888 0 66 6666 6666666666 666 222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 555 0 99999999999999999999999999 6 0 5 4 11 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTATTTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTAACATAC----TA--T--------GT-TTT--------------------A-----TATATT-----AATT----AGT------G---T--------CA------T---C----------A-CCTCAACATTACAATG---TCTTCT----A-TCTATCA--T---T------TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTATTTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTAACATAC----TA--T--------GT-TNT--------------------A-----TATAT------AATT----AGT------G---T--------CA------T---C----------A-CCTCAACATTACAATG---TCTTNT----A-CCNATTA--T---T------TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TAT-G-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTT---TAT--ATTTGACTGTA----TAC-TCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTAGCATACTTTATA--T--------GT-TTT--------------------A------ATAT------AATT----GGT------
gi|1 : ----AGT------G---T--------C-----------C----------A-CCTCAATATCACACTG---TCTTCT--------TATTA--T---CACGAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT------TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTT---TGT--ATTTTGTTTTG----AAT-T-TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataagga--------------------A-----TACATTG----AAT-----AGT------G---T--------CA---------------------A-CCTCTGCATTACAATG---CCTTCT----T-TTTATCA--CAAGT------TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcgaT----AGT------G---T--------CA---------------------A-CCTCAACATTACAATG---T---AT----ATCCTATCA--T-----------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-ACT-T-AA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt--T---T------TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-GCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTATTGTT----GAT-TGTA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTAACA-AC-----A--T--------GC-TCT--------------------G-----TATAT------AATA----AGT------G---T--------CAG-----TG--C----------A-CTTTAACATTAT-ATGAA-TC-TAT----A-CCGATTT--T---T------TAA--TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T---------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTT---TGT--A-TTTATTTTT----GAT-TATATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCAACATGC----TA--TATAATAAGGT-TTT--------------------GTGCACTATATCACTTAAACT----A-T------G---TAATGATAACA------T---CAATAATGAAAA-CCTCGACATTACACTGCATTCTTTT----G-ACCACAA--G---T------TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : at----------A-CCTCTACATTGCAATG---CCTTCT----T-TCTATCA--TAAGT------TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaatttatagttttggttctatatgagatgtttattgcatttttacatgtaaggcatcatactatataaacatattgtatgcatgtgtttacatttaaaatatgtatggaaatcgccaataatataaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TAT-GTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTG---TGT--GTTACATTTTT----GAT-TGTA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---G---ACATAC----TACAT--------GT-TATATATATTGCACTTTAACATTA-----TATATTTG---AATT----AAT------ACATT--------CAATAGCGT---C----------AGCCTCAATGCTACATTG---TCTTCTTTTTA-TC-ATTAGTT---T------TGA-TTTAATGA------TT--GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCG---CTT--ATCTAATTTTG----GATATG-A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTAACATAT----TA--T--------TT-TTC--------------------A-----C-TGT------AATTTCACAATAACACAG---T--------AA------TTGAC----------A-TATCAACACTACAGTACTTTCTTATT---A-TC-ATTA--G---T------TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caAACATTCA---TA--T--------GAATCG--------------------A-----TATATT-----CATT----AGT------G---C--------CA---------------------A-CCTTAACATTACAATG---ATTTGT----T-TTTATCA--CCAAT------TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGG-AAATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AG-TAGG-TTTCAGTGC--ATTCTACATTTAA--AATATGTA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : ----AGT------G---T--------CA---------------------A-CCTCAACATTATAAAG---TCTTCTTTTTA-TCAAC-A--T---T------TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATAT---ATATTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TAT---TATCCATTTTATTTTTTTAAGAC-TG--------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 333333 3333333333333333333333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 1111 4444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 11 777 8888 4 555555 4 7777 111111 66 6666666666666666666666666666666 111 888 66 66 5555 8 44 7777 2 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 222 4 9999 2222222222222 3 2 4 0 1 11 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ...... .. ............................... ... ... .. .. .... . .. .... . . ................................................................................................................................................................................. . ... . .... ............. . . . . . .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 55 000 5555 0 555555 4 4444 111111 11 3333333333333333333333333333333 000 888 99 11 6666 9 88 6666 5 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 0 8888 2222222222222 6 0 5 4 8 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACAATG---TCT-TCT-NTCTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACAATG---TCT-TCT-ATCTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TAT-G-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTT---TAT--ATTTGAC--TGTA----TAC-TCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-------------GCATACTTTAT------A--T--------GT-T--------------------TTA------AT-A---T---AAT----TG----GT
gi|1 : A-----TAT-G--TT---TAA----AA----GTG---T--------C------------C-------------A-CCTCAATATCACACTG---TCT-TCTTAT-TATCA-----C---GAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT------TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTT---TGT--ATTTTGT--TTTG----AAT-T-TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataaggaA-----TAC-A--TT---GAA----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCTGCATTACAATG---CCT-TCT-TTTTATCA-----CAAGT---TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcga----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTACAATG---TATATC----CTATCA-----T--------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-ACT-T-AA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt-----T---T---TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-GCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TGTT----GAT-TGTA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-------------ACA-AC-----------A--T--------GC-T--------------------CTG-----TAT-A---T---AAT----AA----GTG---T--------C---AG-----TGC-------------A-CTTTAACATTAT-ATGAA-TC--TAT-ACCGATTT-----T---T---TAA--TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T---------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTT---TGT--A-TTTAT--TTTT----GAT-TATATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA-------------ACATGC----T------A--TATAATAAGGT-T--------------------TTGTGCACTAT-A--TC---ACT----TAAACTATG---TAATGATAAC---A------T-CAATAATGAAA---A-CCTCGACATTACACTGCATTCT-TTT-GACCACAA-----G---T---TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atTTTATAGTTTT----GGT-TCTA-T--ATGAGATGTTTA----TT-G--CAT---TTTTA--CATGTA-------A---GGCATCATACTATATAAACATAT----TGTATGCA--T--------GTGT--------------------TTA-----CAT-T--TA---AAA----TAT---GTA---T--------GGAAA------T-CGCCAATAATATAAA-CCTCTACATTGCAATG---CCT-TCT-TTCTATCA-----TAAGT---TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TAT-GTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTG---TGT--GTTACAT--TTTT----GAT-TGTA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---G----------------ACATAC----T------ACAT--------GT-TATATATATTGCACTTTAACATTA-----TAT-A--TTTG-AAT----TA----ATACATT--------C---AATAGCGT-C-------------AGCCTCAATGCTACATTG---TCT-TCT-TTTTATCATTAGTT---T---TGA-TTTAATGA-----TT---GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCG---CTT--ATCTAAT--TTTG----GATATG-A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-------------ACATAT----T------A--T--------TT-T--------------------TCAC----TGT-AATTTCACAATAACACA----GTAA--T--------T---G------A-C-------------A-TATCAACACTACAGTA---CTT-TCTTAT-TATCA-----T---TAGTTGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-----TAT-A--TT---CAT----TA----GTG---C--------C---A----------------------A-CCTTAACATTACAATG---ATT-TGT-TTTTATCA-----CCAAT---TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttgaacattcatatgaatcg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGG-AAATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AG-TAGG-TTTCAGTGC--ATTCTAC--ATTTAA--AATATGTA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : ----T------A--T--------GTAT--------------------TGA-----TGTGA--TC---AAC-----A----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTATAAAG---TCT-TCT-TTTTATCAACA--T---T---TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaaTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATAT---ATATTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TAT---TATCCATTTTAT--TTTTTTAAGAC-TG--------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 333333 3333333333333333333333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 11 777 8888 4 555555 4 7777 111111 66 6666666666666666666666666666666 111 888 66 66 5555 8 44 7777 2 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55 4 333 7777777777777 3 2 4 0 1 11 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ...... .. ............................... ... ... .. .. .... . .. .... . . ................................................................................................................................................................................. . .. . ... ............. . . . . . .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 55 000 5555 0 555555 4 4444 111111 11 3333333333333333333333333333333 000 888 99 11 6666 9 88 6666 5 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 55 0 777 7777777777777 6 0 5 4 8 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACAATG--CCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACAATG--TCT-TCTNTCTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TAT-G-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTT---TAT--ATTTGAC--TGTA----TAC-TCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-------------GCATACTTTAT------A--T--------GT-T--------------------TTA------AT-A---T---AAT----TG----GT
gi|1 : A-----TAT-G--TT---TAA----AA----GTG---T--------C------------C-------------A-CCTCAATATCACACTG--TCT-TCTTATTATCA-----C---GAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT------TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTT---TGT--ATTTTGT--TTTG----AAT-T-TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataaggaA-----TAC-A--TT---GAA----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCTGCATTACAATG--CCT-TCTTTTTATCA-----CAAGT---TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcga----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTACAATG--TATATC---CTATCA-----T--------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-ACT-T-AA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt-----T---T---TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-GCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TGTT----GAT-TGTA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-------------ACA-AC-----------A--T--------GC-T--------------------CTG-----TAT-A---T---AAT----AA----GTG---T--------C---AG-----TGC-------------A-CTTTAACATTAT-ATGAATC--TATACCGATTT-----T---T---TAA--TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T---------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTT---TGT--A-TTTAT--TTTT----GAT-TATATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA-------------ACATGC----T------A--TATAATAAGGT-T--------------------TTGTGCACTAT-A--TC---ACT----TAAACTATG---TAATGATAAC---A------T-CAATAATGAAA---A-CCTCGACATTACACTG--CAT-TCTTTTGACCA-----CAAGT---TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atTTTATAGTTTT----GGT-TCTA-T--ATGAGATGTTTA----TT-G--CAT---TTTTA--CATGTA-------A---GGCATCATACTATATAAACATAT----TGTATGCA--T--------GTGT--------------------TTA-----CAT-T--TA---AAA----TAT---GTA---T--------GGAAA------T-CGCCAATAATATAAA-CCTCTACATTGCAATG--CCT-TCTTTCTATCA-----TAAGT---TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TAT-GTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTG---TGT--GTTACAT--TTTT----GAT-TGTA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---G----------------ACATAC----T------ACAT--------GT-TATATATATTGCACTTTAACATTA-----TAT-A--TTTG-AAT----TA----ATACATT--------C---AATAGCGT-C-------------AGCCTCAATGCTACATTG--TCT-TCTTTTTATCATTAGTT---T---TGA-TTTAATGA-----TT---GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCG---CTT--ATCTAAT--TTTG----GATATG-A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-------------ACATAT----T------A--T--------TT-T--------------------TCAC----TGT-AATTTCACAATAACACA----GTAA--T--------T---G------A-C-------------A-TATCAACACTACAGTA--CTT-TCTTATTATCA-----T---TAGTTGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-----TAT-A--TT---CAT----TA----GTG---C--------C---A----------------------A-CCTTAACATTACAATG--ATT-TGTTTTTATCA-----CCAAT---TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttgaacattcatatgaatcg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGG-AAATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AG-TAGG-TTTCAGTGC--ATTCTAC--ATTTAA--AATATGTA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : ----T------A--T--------GTAT--------------------TGA-----TGTGA--TC---AAC-----A----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTATAAAG--TCT-TCTTTTTATCAACA--T---T---TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaaTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATAT---ATATTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TAT---TATCCATTTTAT--TTTTTTAAGAC-TG--------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 333333 3333333333333333333333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 5555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 11 777 8888 4 555555 4 7777 111111 66 6666666666666666666666666666666 111 888 66 66 5555 8 44 7777 2 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 3333333 4 1 4444444444444 3 2 4 0 1 11 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ...... .. ............................... ... ... .. .. .... . .. .... . . ................................................................................................................................................................................. . ....... . . ............. . . . . . .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 55 000 5555 0 555555 4 4444 111111 11 3333333333333333333333333333333 000 888 99 11 6666 9 88 6666 5 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0000000 0 1 4444444444444 6 0 5 4 8 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TAT-G-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTT---TAT--ATTTGAC--TGTA----TAC-TCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-------------GCATACTTTAT------A--T--------GT-T--------------------TTA------AT-A---T---AAT----TG----GT
gi|1 : A-----TAT-G--TT---TAA----AA----GTG---T--------C------------C-------------A-CCTCAATATCACA-------CTGTCT-TCTTATTATCA-----C---GAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT------TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTT---TGT--ATTTTGT--TTTG----AAT-T-TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataaggaA-----TAC-A--TT---GAA----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCTGCATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----CAAGT---TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcga----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTACA-------ATGTATATCCT---ATCA-----T--------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-ACT-T-AA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt-----T---T---TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-GCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TGTT----GAT-TGTA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-------------ACA-AC-----------A--T--------GC-T--------------------CTG-----TAT-A---T---AAT----AA----GTG---T--------C---AG-----TGC-------------A-CTTTAACATTATATGAATCTATACCG-ATTTTTTA--A------------------TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T---------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTT---TGT--A-TTTAT--TTTT----GAT-TATATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA-------------ACATGC----T------A--TATAATAAGGT-T--------------------TTGTGCACTAT-A--TC---ACT----TAAACTATG---TAATGATAAC---A------T-CAATAATGAAA---A-CCTCGACATTACA-------CTGCAT-TCTTTTGACCA-----CAAGT---TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atTTTATAGTTTT----GGT-TCTA-T--ATGAGATGTTTA----TT-G--CAT---TTTTA--CATGTA-------A---GGCATCATACTATATAAACATAT----TGTATGCA--T--------GTGT--------------------TTA-----CAT-T--TA---AAA----TAT---GTA---T--------GGAAA------T-CGCCAATAATATAAA-CCTCTACATTGCA-------ATGCCT-TCTTTCTATCA-----TAAGT---TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TAT-GTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTG---TGT--GTTACAT--TTTT----GAT-TGTA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---G----------------ACATAC----T------ACAT--------GT-TATATATATTGCACTTTAACATTA-----TAT-A--TTTG-AAT----TA----ATACATT--------C---AATAGCGT-C-------------AGCCTCAATGCTACA-------TTGTCT-TCTTTTTATCATTAGTT---T---TGA-TTTAATGA-----TT---GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCG---CTT--ATCTAAT--TTTG----GATATG-A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-------------ACATAT----T------A--T--------TT-T--------------------TCAC----TGT-AATTTCACAATAACACA----GTAA--T--------T---G------A-C-------------A-TATCAACACTACA-------GTACTT-TCTTATTATCA-----T---TAGTTGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-----TAT-A--TT---CAT----TA----GTG---C--------C---A----------------------A-CCTTAACATTACA-------ATGATT-TGTTTTTATCA-----CCAAT---TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttgaacattcatatgaatcg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGG-AAATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AG-TAGG-TTTCAGTGC--ATTCTAC--ATTTAA--AATATGTA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : ----T------A--T--------GTAT--------------------TGA-----TGTGA--TC---AAC-----A----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTATA-------AAGTCT-TCTTTTTATCAACA--T---T---TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaaTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATAT---ATATTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TAT---TATCCATTTTAT--TTTTTTAAGAC-TG--------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 999999999999999999999999999999999 11111111 111111 333333 3333333333333333333333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 5555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 4 3 4 666 55 3 888888888888888888888888888888888 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 11 777 8888 4 555555 4 7777 111111 66 6666666666666666666666666666666 111 888 66 66 5555 8 44 7777 2 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 3333333 4 1 4444444444444 3 2 4 0 1 11 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ... .. . ................................. . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... .. ... .... . ...... . .... ...... .. ............................... ... ... .. .. .... . .. .... . . ................................................................................................................................................................................. . ....... . . ............. . . . . . .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 0 6 3 444 00 6 222222222222222222222222222222222 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 55 000 5555 0 555555 4 4444 111111 11 3333333333333333333333333333333 000 888 99 11 6666 9 88 6666 5 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0000000 0 1 4444444444444 6 0 5 4 8 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTAC-A-TATTGGC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACACA------AGGTCATAG-GC-C--GTGGGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTAAA-T-TAT-G-AAGTAAGTTAAATA----TAA-ATT----------GACA--TGATC-A-TTT---TAT--ATTTGAC--TGTA----TAC-TCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-------------GCATACTTTAT------A--T--------GT-T--------------------TTA------AT-A---T---AAT----TG----GT
gi|1 : A-----TAT-G--TT---TAA----AA----GTG---T--------C------------C-------------A-CCTCAATATCACA-------CTGTCT-TCTTATTATCA-----C---GAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgTATTAATT-A-------T-GGAATTTC-A-TACTGGC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC--------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTC-ATCT-TAT------TTAAAACAGTAAAA------TTG---------G------G-TAGG-TTT---TGT--ATTTTGT--TTTG----AAT-T-TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataaggaA-----TAC-A--TT---GAA----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCTGCATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----CAAGT---TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcga----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTACA-------ATGTATATCCT---ATCA-----T--------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCCCA-------------AT-GC-C--T--------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-ACT-T-AA-TTAATAACATTATAGTA---TTA---------G
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt-----T---T---TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG-C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGC---------AG-----AA-AC-T--C-------AATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAA-TATTTGC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCCTG--TG-GA---CGAAA-GCGT--T--GGGCAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGC-A-TACGGAT---CTAATT--ATTGACTC-AA------------TGACACA--AG-A----------------C--TGGCAAATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTC-GTTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCCGAAGTA-AATGTTGAAGAGG-C--C--AGGTGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTC-A-TATTGGC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCA--TGCAAGGCTGTAG-GC-CA-C--AGGCTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-GCAAGTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TGTT----GAT-TGTA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-------------ACA-AC-----------A--T--------GC-T--------------------CTG-----TAT-A---T---AAT----AA----GTG---T--------C---AG-----TGC-------------A-CTTTAACATTATATGAATCTATACCG-ATTTTTTA--A------------------TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtag--GGGTAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTC-A-TAGTGGC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-----A-AAGGTCATGG-ACAG--C--AGACT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A--TT---GGTCTTTG-GC-CGCC--GGG-AAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTAGTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATA-TGTCCGA--T-----GCTGTAT-GC-C--aattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTC-T-TATTG-T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACCCA--T
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-AT-----TTTT-AT-T---------GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--AC-TA-GTTTT---TGT--A-TTTAT--TTTT----GAT-TATATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA-------------ACATGC----T------A--TATAATAAGGT-T--------------------TTGTGCACTAT-A--TC---ACT----TAAACTATG---TAATGATAAC---A------T-CAATAATGAAA---A-CCTCGACATTACA-------CTGCAT-TCTTTTGACCA-----CAAGT---TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAAT
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atTTTATAGTTTT----GGT-TCTA-T--ATGAGATGTTTA----TT-G--CAT---TTTTA--CATGTA-------A---GGCATCATACTATATAAACATAT----TGTATGCA--T--------GTGT--------------------TTA-----CAT-T--TA---AAA----TAT---GTA---T--------GGAAA------T-CGCCAATAATATAAA-CCTCTACATTGCA-------ATGCCT-TCTTTCTATCA-----TAAGT---TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaaGCCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTT-AT-T-TAT-GTAAGTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AG-TA-G-TTG---TGT--GTTACAT--TTTT----GAT-TGTA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---G----------------ACATAC----T------ACAT--------GT-TATATATATTGCACTTTAACATTA-----TAT-A--TTTG-AAT----TA----ATACATT--------C---AATAGCGT-C-------------AGCCTCAATGCTACA-------TTGTCT-TCTTTTTATCATTAGTT---T---TGA-TTTAATGA-----TT---GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTC-AG-A-TAT------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AA-TA-A-TCG---CTT--ATCTAAT--TTTG----GATATG-A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-------------ACATAT----T------A--T--------TT-T--------------------TCAC----TGT-AATTTCACAATAACACA----GTAA--T--------T---G------A-C-------------A-TATCAACACTACA-------GTACTT-TCTTATTATCA-----T---TAGTTGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-----TAT-A--TT---CAT----TA----GTG---C--------C---A----------------------A-CCTTAACATTACA-------ATGATT-TGTTTTTATCA-----CCAAT---TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttgaacattcatatgaatcg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTA-A----TATGG-AAATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AG-TAGG-TTTCAGTGC--ATTCTAC--ATTTAA--AATATGTA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : ----T------A--T--------GTAT--------------------TGA-----TGTGA--TC---AAC-----A----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTATA-------AAGTCT-TCTTTTTATCAACA--T---T---TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaaTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT--A-TATTGTC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-----A-AAGACCATTG-GT-TA-C--GGTTCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAA-CGGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTT-AT-TATAT---ATATTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCAT-TA-A-TAT---TATCCATTTTAT--TTTTTTAAGAC-TG--------GAAATATAtaaa
blockSeqs : A G TGTGATA T A T G GAA . G CGAAGTAAATGTTGAAGAGGCCAGGTG A TAACAAGG TAATTG G CT A C G AC T A TAA AT CCT TCAT G ATTATT . TCT GCAAG AC AAAAAAAAGATATCCATAAACGACAGCAT GG CAG CC AG TTAA A GT TTG G T CATTTTTACATGTAAGGCATCATACTATATAAACATATTGTATGCATGTGTTTACATTTAAAATATGTATGGAAATCGCCAATAATATAA G TGAATCT A T TTAGTTT A T T G TG T A C A . A TT . CAGTTCGTATTGGCCGAGTTCAGCTCGTATAATCAGAGTTCAGTTCATA . C AACA CTTCTCATTT CC CA . C
blockSeqs : . . . . . . G . . . CCATGCAAGGCTGTAGGCCACAGGCT . . . G . A G G A . C . AC . . . T . TTA GTAAG AA AAAAGTAAGTTAGACAAG GT . . . AA A AT TT G . GTTCTTGACGTATCAGGCAACATGCTATATAATAAGGTTTTGTGCACTATATCACTTAAACTATGTAATGATAACATCAATAATGAAA . . . T CAAGT . T T C AG . . . G . . GT . TTTTTCATGTATTGAACCAGTTCAATTCATA . G ATT A CG . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . CTGTGGACGAAAGCGTTGGGCA . . . G . A T G A . T . AC . . . . . TT GGAAA AA GGTAAGGCTAAATAAC GG . . . . . CT T G . TTTTTGTTCTAGACATGTAAGACATACTACATGTTATATATATTGCACTTTAACATTATATATTTGAATTAATACATTCAATAGCGTC . . . T CAAGT . T T T GT . . . G . . GT . TTTTTCCGAATTGGCCGAGTTTGGTTCATA . G AT C CA . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . CAAAGGTCATGGACAGCAGACT . . . G . T A C G . C . AC . . . . . TT TAA GA AAAAAGAAAGATAAA G . . . . . GT C T . TCTTTTTACGTGTACGCAAGCAAGTAACATATTATTTTTCACTGTAATTTCACAATAACACAGTAATTGAC . . . T TAAGT . T T C AG . . . A . . TT . CTTTTCGTATTGTCCTAATTCGGTTCGTA . G CA C AG . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . CATTGGTCTTTGGCCGCCGGGA . . . A . A G G A . T . AT . . . . . TT ATA GA AAGGTAGGCTAATAG G . . . . . GT T . . . . . T TTAGT . T A C AG . . . A . . TT . ATTTAAATTGGTCTAAATCGGTTCTCA . G AA C CT . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . CAAAGACCATTGGTTACGGTTC . . . G . A C G G . C . AC . . . . . TT G CA GAATATAGATAAG A . . . . . T C . . . A CCAAT . T A C AA . . . A . . TC . TTTCGTTTTGATCCAGTCTGGTTGTA . C CA C TG . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . ACAAGACTGGCA . . . G . C T A T . C . C . . . . . GA . A AAAATTGGG A . . . . . G T . . . T ACATT . G G C AG . . . G . . TA . TCACATCAGTTCTAA . G TA T GA . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . CCAATGCCT . . . G . T T T T . . . A . . . . . . . G . . . G . . . . T TT . G G C AG . . . A . . TA . TTTTTCATATTT . G AC T CA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGAAACTC . . . A . T C A A . . . . . . . . . . . T . T A . . . . . A . . TT . TATCGTA . C AA A CT . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . G . G T C A . . . . . . . . . . A . . TT . ATTCATA . G CA C CG . . .
blockSeqs : . . . . . A G G . . . . . . . G . . GA . TTTGTA . C TT T CG . . .
blockSeqs : . . . . . A T . . . . . A . . . . . C AA C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . T A T . .
blockSeqs : . . G . . . . A .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** CAAAGGCCTGGCNGCGGGCN************* G**** AA**** AAAAGTAAGCTAGATAAG************* *** TT **
originalCons : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCCA--TG-AAGGCCGTAG-GC-C--C--GGGCNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TAT-G-AAGTTAATAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AG-TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
finalCons : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTC-A-TATTGGC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCCAAAGGCCTGGCNGCGGGCN-------------AATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTT-AT-T-TATAA----TTAATAAAATAAAAGTAAGCTAGATAAG-------------TA-G-TTT---TGT--ATTTTAT--TTTT----GAT-TGTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 8888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111 333333333333333 11 1111 22222222222222222222222222222 1111 11111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 5555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 4 3333333 4 3 888888 55 3 1 7777777777777777777777777777777777777777 2 00000000 0 0 888888 66666 44 2 3 1 0 44 3 1 777 0 4 777 8888 4 111111 999999999999999 11 9 4444 77777777777777777777777777777 88888 66 5555 8 77777777777777 2 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 3333333 4 1 4444444444444 3 2 4 0 1 11 2 2 2 1 444 2 44 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 3 9999 1111111111 22 33 44 3
lowQualScore : . . ....... . . ...... .. . . ........................................ . ........ . . ...... ..... .. . . . . .. . . ... . . ... .... . ...... ............... .. . .... ............................. ..... .. .... . .............. . . ................................................................................................................................................................................. . ....... . . ............. . . . . . .. . . . . ... . .. . ........................................................ . . . .... .......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 0 0000000 0 6 666666 00 6 1 7777777777777777777777777777777777777777 9 44444444 9 6 222222 77777 22 9 8 4 2 11 3 9 000 8 8 000 5555 0 555555 111111111111111 33 1 9999 55555555555555555555555555555 55555 11 6666 9 77777777777777 5 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0000000 0 1 4444444444444 6 0 5 4 8 33 9 5 5 1 444 5 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 6 9999 0000000000 88 99 22 1
consensus : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTCA-TATTG-GC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCC-G---AAG-----GCC--T--G--G-CNG-CG---GG-CNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTTAT-T-TA--T---A-GTTAATAAAATAAAAGTAA-GCTA---------GATA--AGTA-G-TTT----TG--T--ATTTTAT--TTTT----GAT-TG-------TA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
Reference ( family-310 ) : AAC-GTTATTAATT-A-------A-GTGATTTCA-TATTG-GC---CCAGTT--ATTGGTCC-AAGGATTGTCATATTGGCC-A---AAG-----GCC--T--G--G-CNG-CG---GG-CNAATATGAC-TGTCCGAGGAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCACTTAATNAATGACAATTTTATTAATTA-AC-TGCTTCT---AATAACCGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTTAT-T-TA--T---A-ATTAATAAAATAAAAGTAA-GCTA---------GATA--AGTA-G-TTT----TG--T--ATTTTAT--TTTT----GAT-TG-------TA-T--ATGAGATATATAGAACTG-G--TCT--GTTCTAGACGTGTA-------A---GGTA-------------ACATAC----T------A--T--------GT-T--------------------TTA-----TAT-A--TT---AAT----TA----GTG---T--------C---A------T-C-------------A-CCTCAACATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----T---T---TGA-TTTAATGANCGACTTTAGGTT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTGGCC---CAGTTCCGGTT-CATATTGGCCTTG-TTTTTTTT-C--GTATTGG-C-C-AGTTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCGCGTCATATGACGTNATA--ATTTC---------CCTCGA--TAACAAGGCCAATACAATA--A-AGTTAATC
gi|1 : AAT-GTTATTAATT-T-------A-ATGATTACA-TATTG-GC---CCAATTCGAT--GTCC-AAGGAATGCCATACTTACA-C---AAG-----GTCA-TA-G--G-CCG-TG---GGGTTAATAAGGC-TGTCGAAGGAT--------TAATGACTTGG----TA------TGTAACA--AATCACTTAATCAATAACAATTTTATTGATTA-AT-TGCTTCT---AATAACCGGACC---AATCTTC-----ATT-G------TTTTA------------A-ATT-AT------GAAGTAA-GTTA---------AATA----TA-A-ATTGACATGATC--ATTTTAT--ATTT----GAC-TGTATACTCTA-T--ATGAGATATATAGAACTG-A----------------GTGTA-------A----GTA-------------GCATACTTTAT------A--T--------GT-T--------------------TTA------AT-A---T---AAT----TG----GT
gi|1 : A-----TAT-G--TT---TAA----AA----GTG---T--------C------------C-------------A-CCTCAATATCACA-------CTGTCT-TCTTATTATCA-----C---GAAATGA-TTAAA-GAGTGAGAATATGTT-CAAACAACCGGAAATTATCA-TA-TTTGCCGGTTAGTTCCGGGT-AATATTAGCC--GATATCATAT-C--GTATTGG-C-TGAATTA-GGTTCGT----------------------TTGAGCCCAGTACACGTCATATAATGTCAAA--ATATT---------TCATGA--TAACATGACCAATACAGTGATA-AGTTAATttgagtttactcgaatactaatatagatcgatatgtttaaaagtgtccacctcaatatcacactgtcttcttattatcacgaaatgattaaagagtgagaatatgttcaaacaaccggaaattatcatatttgccggttagttccgggtaatattagccgatatcatatcgtattggctgaattaggttcgtttgagcccagtacacgtcatataatgtcaaaatatttcatgataacatgaccaatacagtgataagttaattaataa
gi|10 : aatgttattaatttaatgattacatattggcccaattcgatgtccaaggaatgccatacttacacaaggtcataggccgtggggttaataaggctgtcgaaggattaatgacttggtatgtaacaaatcacttaatcaataacaattttattgattaattgcttctaataaccggaccaatcttcattgttttaaattatgaagtaagttaaatataaattgacatgatcattttatatttgactgtatactctatatgagatatatagaactgagtgtaagtagcatactttatatgttttaatataattggtttgagtttactcgaatactaatatagatcgTATTAATT-A-------T-GGAATTTCA-TACTG-GC---CT-GTT--ATTG-TCTGAAGGATTTTCATATTGGC----------------------------------------TAATATGAC-TTTCCAAGAGC--------CTATAATTGAATTAATATAATTGTG----A--AATCAC--A--CAATGACAATTTTATCAAT---ACTTGCTAAC---AGTAATCAGACCCCTAATTTTTATCATATT-A------TTTCATCT-TA--T------TTAAAACAGTAAAATTGG-G-TA---------G----------G-TTT----TG--T--ATTTTGT--TTTG----AAT-T--------TA-T--Ataataa
gi|11 : tgataatattataaggaA-----TAC-A--TT---GAA----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCTGCATTACA-------ATGCCT-TCTTTTTATCA-----CAAGT---TCA-CTTACTGATCGAGTTTTGGTTTCAAAAGACCGGAAGTAGGTG-TA-TTGATC---CTATTCCAGTT-AATACTAGCCTTA-TTT----------TA------------------TCGT-A--------------------TTG-ACCGAGTTTACGTCACATAACGTCATA--TTTTA---------CATCCA--TCACATGGC---TACAATC--A-AGTTTATatgtgcaatacaaaa
gi|12 : acacttttacacacacctttatgtttgaaatatgaatcga----TA----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTACA-------ATGTATATCCT---ATCA-----T--------GAATTTG--GATTGACTTTAGGCT-CAAATAACCGGAAGACGTTG-TG-TTGGCC---AAGTTCCGATT-CATATTGGCCGTG-CTTCTTTT-C--GTATTGT-C-CTAATTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCGACTTCGCGTCATATGACGTGATC--ATTTC---------CCTCGG--TAACAAGGCCTATGCAtattaaa
gi|13 : aaaggtttcagtgtacttaaacataacatgaatcgataacttttaGGACAGTCATATTGGCC-C---AAT-----GCC--T----------------------ATATGACATACCCA--GAC--------CAATAACTAGGCCAATA------TG----A--AATCAATTAGTGAACGACAATTTTATTAATTA-AC-TGTTTCT---AGTAACTGGGTC---AATTTTCA----ATT-A------TTTTA--T-TACTT---A-ATTAATAACATTATAGTA
gi|14 : aaaatatattttgttctttacaattacgttgtgtatatatatgtataattggacaacatggatatttcatgtaaactaaAACAACAGGAAATAATCG-TG-TTGGCA---CAGTTCCGGTT-CATATTGATCGTA-TATATTT-----AAATTGGTC-T-AAATC-GGTTCTC-A--------------------TTT-GTTTAGTTgagga
gi|15 : gagttttgactgt-----T---T---TGA-TTTAATGATCGATTTTGTGGT-CAAACAACAGGAAGAAGTTG-TA-TTGACC---CAGTCCTGGTT-TAT-TTTGCCTTG-AATTTTTT-C--ATATT---------T------------------------------------GCCGAGTTCGCGTCATATGACATGATAACATTTC---------TCT--G--TAACAACGCCAA-ACAATA--ACAG-TAATtcgaagacacgaaattcattaattacatataatttactaatattataaactttatttacagaaaatttaagcg
gi|16 : cgagt-TATTG--C---CCAGTT--ATTGGTTC-ATGGATTGTCATATTGGCA-G---AAA-------C--T--------------------CAATATGGT-TGTCCTGGGAA--------CGTTAACTGGGCTAATA------TG----A--AATCATTTAATTGATGCCAATGTAAT--AGTACAG-TACTT-------TAACCAAGCC---AATGTTCA----GTA-A------TTtgataa
gi|17 : tAAA-GTTATTAATG-A-------A-GTG-TTTCAATATTT-GC---ACAGTT--ATCTGTCC-AAGCTTTATTATATTTGCC-T---GTG-----GAC-----G--A-AAG-CGTTGGG-CAAATTTGAC-TGTTCGAAGATTAACAAGGCAATAACTAGGCCAATG------TG----ACTATTTATTTTATAAATgtgtatgc
gi|18 : tgatAC-GTTATTAATA-G-------A-GCCATTGCA-TACGG-AT---CTAATT--ATTGACTC-AATGA-------------C-A---CAA-----GAC--T--G--G-CA------------AATATGAC-TGCCCGAAGAC--------TAATTAATAGACCCAAA------CA----A--AACTACTTAATGAATCCCAATTATATCAATTA-act
gi|19 : AACAGTTAATAATT-A-------A-TCGATTTCG-TTTTTCAC---CCAAGT--ATTGATTC-CCTTATTGTCACATTGTCC-G---AAGTAAATG-T--T--GAAG-AGGCCA---GG-TGAATACGAT-T-TCCGAGAAC--------AAATAAGTGAATCAATA------
gi|2 : tAAT-ATTAGTAATT-A-------A-GTGGTTTCA-TATTG-GC---CGAGTT--ATTGGTTC-AAGAATTGTCATATTGGCCCATGCAAG-----GCTG-TA-G--G-CCA-CA---GG-CTAATATGAC-TGTTCGAGAAC--------CAATAATTGGGACAATA------TG----A--AATCACTTAATCAATGACAATTTTACTAATTG-AC-TGCTTTT---AAT-ACTGGGTC---AACTTTCA----ATT-A------TTTTAT-T-TA--TGCAA-GTTTGTAAAATAAAAGTAA-GTTA---------GACA--AGTA-G-TTT----TG--T--ATTTTAT--TGTT----GAT-TG-------TA-C--ATGAGATATACAGAATTG-GTTTCC--GTTCTAGATGTGTA-------AGCTGGTA-------------ACA-AC-----------A--T--------GC-T--------------------CTG-----TAT-A---T---AAT----AA----GTG---T--------C---AG-----TGC-------------A-CTTTAACATTATATGAATCTATACCG-ATTTTTTA--A------------------TTAATGATTGACATTAGGTT-CAAACAACTGGAATTAGTTG-TA-TTGACC---CAGTTCCAGTT-CATATTGACCTTG-TTTTTTTTCC--GAATTGG-C-CGAGTTT-GGTTCAT-A--------------------TTG-GCCGAGTTCACGTCATATGATGTGATA--ATTTC---------TCTCAA--TAACAAGGTCAATACAGTA--A-AATTAATCaaaa
gi|20 : GGTT-CAAACAACCGGAAATAGTCG-TA-TCGACC---TATTTCCAGTT-CATAATGG-------------T-C--ACAT------C-AGTTC-------TAA--------------------TTG-GCCGAGTTCA-GTT------TGT--TC--AGTTC---------CC---A--TCATAAGGCTAATACAGTA--A-AGTTAAT
gi|21 : -TA-TTTGCC---CTGTTCCGGTT-TATGTTGATCTCG-TTTTTT---C--GTTTTGATC-C-AGTCT-GGTT-GT-A--------------------TTT-GCC----------TATATCTCGTGATA------T---------CCTAGA--TGACAATGCTAATACAATA--T-ATTTAAt
gi|22 : TT-CAAACAACCGGAAGTAGTCG-TA-TTG----------TTCGGTT-CGTATTGGCCTAG-TCT
gi|22 : aT-C--GTATTG--------TTC-GGTTCGT-A--------------------TTG-GCCTAGTCTGCGTCATATGATGTCAT---ATTTT---------TCTCTA--TAACAAGGTCAAAACAATA--A-AGTTCATgcgtcatatgatgtcatatttttctctataacaaggtcaaaacaataaagttcattaataat
gi|23 : attcaaacaaccggaagtagG---GG-TAGATATGAC-TGTCTGAGGAC--------CAATAATTGGGCTTACA------T-----A--TATTACTTCATTAATGATAATGTTATTAATTA-AC-taataat
gi|24 : ataaatcatatgacaacttccagtt-A-------A-GT-ATTTCA-TAGTG-GC---CCAAGT--ATTGGTGC-AAGGACTGTCATATTGGTC-A---AAG-----GTCA-T--G--GACAG-CA---GA-CT-GTTTGA--TGTCCGAGGAC--------TCATAACtcatgaccc
gi|25 : tagtaaATTTTGATATTTGCC-A---TTG-----GTC--TTTG--G-CCG-CC---GG-GAAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAA----------A------TG----A-----C-CTT--TTA---ACGATTTTATTAATTG-AC-TGTTT
gi|26 : -AGTTT-GGTCCAT-A--------------------TTG-GTCAAGCTTGTGTCATATTATATGAGT--ATTAA---------TCTTGA--TGACAAGACTATTACCACA--T-AATTAATt
gi|27 : ttgttcaTTC-GATTCGT-A--------------------TTA-GCCGAGTTCGTGCCGTATGACGTGGTA--CTTTC---------CCTGAA--TAACAAGGCCAATACAACA--A-AGCTAATCtg
gi|28 : attcATT-A-------A-GTGATTTCA-TATTA-GTGAATTAGTT--ATTGGTCC-AAGAAATGTCATATaattat
gi|29 : taatgttAAC-GTTATTGATT-ATGTGATAATGTGATTTCT-TATTG--T---CGAGTT--ATTGGTCC-TAAGATTGTCGTATTGACC-gtccgatgctgtatgcc
gi|3 : atTTTATCAATAACTATTTTATTTATTT-AC-TGCTTCT---AATAATAAAGTG---AACTTGAA----GTT-A------TT---T-T-TA--T---T-GCTAATGAAAT---GGTAAGGCTA---------AATA--ACTA-GTTTT----TG--T--A-TTTAT--TTTT----GAT-TA-------TATT--ATAAGATATATAGAACTG-G-------GTTCTTGACGTATC-------A---GGCA-------------ACATGC----T------A--TATAATAAGGT-T--------------------TTGTGCACTAT-A--TC---ACT----TAAACTATG---TAATGATAAC---A------T-CAATAATGAAA---A-CCTCGACATTACA-------CTGCAT-TCTTTTGACCA-----CAAGT---TGA-TTGAATGAAC--------------AACAACCAGAAATA-TAGATA-TTGACC---TAGTTCCGGTA-CATATTGGCCTAG-TTTTTT-----------------------------GT-A--------------------TAG-GCCGAGTCCGTTTCAAATGAAGTCATA--ATTTT---------CCTCAA--TAACAAGGCCAATACGATG--A-AGTTAATcat
gi|30 : ATATG-T-TGCCCGAGTAC--------CAATAACTGGGCCAATA------TG----A--AATCATCTTATTAATTGCAATTTTATAAATTT-AC-taaaaat
gi|31 : -TTCTTTTT-CATGTATTGAAC-C-AGTTC-AATTCAT-A--------------------TTA-GCCGACTTCATGT--TGTAAGGTGATC--ATTTC---------CCTCatt
gi|32 : cGACTTTAGGTT-CAAACTACCAGAAATAGTCA-AA-TTAACC---CTGTTCCGGTT-CATATTGG
gi|33 : gtACCTAAAGTTGTCG-TA-TTGACC---TAGTTCTAGTT-TATATTGGACTTG-TTTT
gi|4 : atTTTATAGTTTT----GGT-TC-------TA-T--ATGAGATGTTTA----TT-G--CAT---TTTTA--CATGTA-------A---GGCATCATACTATATAAACATAT----TGTATGCA--T--------GTGT--------------------TTA-----CAT-T--TA---AAA----TAT---GTA---T--------GGAAA------T-CGCCAATAATATAAA-CCTCTACATTGCA-------ATGCCT-TCTTTCTATCA-----TAAGT---TGA-TCCAATGAAC--------------AACAACAGGAAGTAGTGG-TACTTGGTC---CAGTTCCAGTT-CTTATTGGCCTTG-TTT----------------------------ATTCAT-A--------------------TTA-CCTTAGTTCGCGTCATATGATGGCATT--TTTTCTTCTCATTTTCTCTA--TAACAAGG-CAATACAATA--A-AGTCAAT
gi|5 : acaaG-CCAATATGGC-TGTCTGAGGAC--------CAATAACGGGGCCAATA------TA----A--AATCACTTGATGAATAACAACTTTATTAA-----C-TGCTTTT---AATA-CTGGGTA---GATTTTCA----GTT-A------TTTTAT-T-TA--TGTAA-GTTAATGAAATGAA--TA----TA---------GATA--AGTA-G-TTG----TG--T--GTTACAT--TTTT----GAT-TG-------TA-C--AAGAGATGTTTAGAACTG-G--TTTTTGTTCTAGACATGTA-------A---G----------------ACATAC----T------ACAT--------GT-TATATATATTGCACTTTAACATTA-----TAT-A--TTTG-AAT----TA----ATACATT--------C---AATAGCGT-C-------------AGCCTCAATGCTACA-------TTGTCT-TCTTTTTATCATTAGTT---T---TGA-TTTAATGA-----TT---GTT-CAAACAACCAGAAGTAGTtaataattacggatattatttagaaaacatatattttatagaggtcaacgtcaattttcctaaaac
gi|6 : attAGTAATTGTGTCAGTA------T-----A--AATATCTTAATTAATCAAAATTTAATTGATTA-AC-TGTGTCTTAAGATA----GGAC---ACGTTTAA----ACTGA------GTTCAG-A-TA--T------TTAATA---TAAAAAGAA----A---------GATA--AATA-A-TCG----CT--T--ATCTAAT--TTTG----GATATG--------A-T--ATGCGATCTATATAACTGTG--TCT---TTTTA--CGTGTACGCAAGCA---AGTA-------------ACATAT----T------A--T--------TT-T--------------------TCAC----TGT-AATTTCACAATAACACA----GTAA--T--------T---G------A-C-------------A-TATCAACACTACA-------GTACTT-TCTTATTATCA-----T---TAGTTGA-TTTAAGGAGCGACTTTAAGTT-CACACAACCAGAAGTGGTCA-CA-CTGACC---CAATTCCAGTTACAAATT
gi|7 : caA-----TAT-A--TT---CAT----TA----GTG---C--------C---A----------------------A-CCTTAACATTACA-------ATGATT-TGTTTTTATCA-----CCAAT---TGA-TTTAAGGAGCGACTTTAGGTC-CAAACAACAGAAAATTGTCG-TA-TTGGCC---TAATTCCGGTT-CTTATTTACCGAG--TTCAGTT-C--GTATTGG-C-CGAGTTC-AGCTCGT-ATAATCAGAGTTCAGTTCATATTG-ACTGAGTTCTCATCATATGACGTCATAT-TTTTT---------CCTCGA--TTACAAGGCCAATGCAGAA--A-AGTTAAT
gi|8 : tataataggtttcagtgcacttgaacattcatatgaatcg---AATAACCATGTT---AATTTTCA----ATT-A------TTTAA----TA--TGGAA-ATTAAC-GAAT-AAGGTAG-GCTA----------AT---AGTAGG-TTTCAG-TG--C--ATTCTAC--ATTTAA--AATATG-------TA-TTGATGTGATtaata
gi|8 : ----T------A--T--------GTAT--------------------TGA-----TGTGA--TC---AAC-----A----GTG---T--------C---A----------------------A-CCTCAACATTATA-------AAGTCT-TCTTTTTATCAACA--T---T---TAA-TTAATTCAACGACTCTAGGTT-TAAATAACCA----TTGTCG-TA-TTGGCT---CAGTTCCGGTT-CATAGTGGCcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccattgtcgtattggctcagttccggttcatagtggctgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|8 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaaTTGT-C--GTATTGG-CTC-AGTTCCGGTTCAT-A--------------------GTG-GCTGAGTCAGCGTTATTTGACAATACA--ATT--------------CGACATAACAAGGCTAATACAATA--A-ATTTAtgagtcagcgttatttgacaatacaattcgacataacaaggctaatacaataaatttataaa
gi|9 : aataaccatgttaattttcaattatttaatatggaaattaacgaataaggtaggctaatagtaggtttcagtgcattctacatttaaaatatgtattgatgtgatcaacagtgtcaacctcaacattataaagtcttctttttatcaacatttaattaattcaacgactctaggtttaaataaccaAC-GTTATTAATTGA-------A-TTGATTT-A-TATTG-TC---CCCGAC--ATGTGTCC-AAGGATTGTCAAATTGACC-A---AAG-----ACCATT--G--G-TTA-CG---GT-TCAATGTGGC--G---GAGGAC--------CAGAAACTGGGCTGAAA------TG----T--AATCACGAAAT--ATGCAAATTGTATCTATTA-AC-TGATTCC---AATAAC-GGGTC---AATTTCCA----ATT-AATTATTTTTTAT-TATA--T---ATATTAAACAAATAAAAAAAA-GATATCCATAAACGACAGCATTA-A-TAT----TA--TCCATTTTAT--TTTTTTAAGAC-TG---------------GAAATATAtaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AACTAATAATTAGGAAAATATAAAATAACTTAATCAATAACA
Unaligned ( gi|35 ): TGGTACTGACTACTATTGGTCGATGTCAGTCTCGAAAACA