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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCATTTTCGAAA-GTC-ACCA-AATTTTTTTCTT--CTATTT--CTATTGCACAATTAACA-CTATAAAACCAAAACCTCT--ATTCTGGAAATT--ACAAATTTCAGCAAT-TT--TT-GTGTATTTTTAAACATTA--ATTTACCTCTATAAACTGG--------AGCTA---------CTTGATAACTTCTTGAAT-TTTTGACATTACACAAGGTAGTGCCAAAGCAGTTG-ATAGCTTG--AGGCAT-----------aactgtcatgtacttaagagatcaatatcagctgatagggaagattctttttcagataatactgaaatatttccttccatagtgcccttaaaatgatgatacttggaaattctttacatttttgttaatacaaacatcaaggctgaatctccatttgttcataacatgtaatattgaacttattggaaattcagagatatttacattgaaacgcattaaatgtaacatggtaaataccatctcattttcccattaatgtcctggctattgcgtgaaggcataaaattgatccagaaatcagataaggtaaaaacaagctaaaacctctttaaactggaaacctgtctaaactgaacattttgtttgcttccaaagttgtccagttta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaACCTCAATAAACCGG--------AATAC---------CTTAATATCCTCTTGA-T-TTTTGACATTACACAAGGTAGTATCATATCAATTGCGTAA-TTGCAAGA--------------TCG---------A--------CTGCCACCTTTTA-TCAAATGTCATTGTGACGTCTAAATTGTGACAATCACCAACAGTAATATAAATTGGGGTTTGATTAGAAAGTTACGATGATAGaaaagagtttttgcatttaacttattacatgt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGCGATATATGTAATTTTTACAGATTTTCTGAAAATAAAGGATGCACAGTGTGCTTGATTTAAATATACCC---GT-TGAAACGCGTTCGATTGCTGTAACTTACATAAcgatatatgtaatttttacagattttctgaaaataaaggatgcacagtgtgcttgatttaaatatacccgttgaaacgcgttcgattgctgtaacttacataatgaatgccatgtacttcagggatccttttcagatgatataaatactattgccttacgtagtgcaatttaaacggttttacttggaaaacataagctgatatggaagattccttttcagataatattgaaactatttccttccgttatgtacttaaatacttgggaaatgtttacacttttgttaatacaaacaccaaggatgtatgttgaacatattgaaaattcagagaattttacattgaaacttttttcatgtagcattgtaagcccattttgtgctcccattattgtcctggttattgtgtgaaggcataaaataaatcaggaaaccagaatatataaaaacaagctaaaatctctattaacgggaaacctctataaaccgaactttttgctcggtctagatgttgtccagtttacagaggttgcactgtagtatg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acctcaataaaccggaataccttaatatcctcttgatttttgacattacacaaggtagtatcatatcaattgcgtaattgcaagatcgactgccaccttttatcaaatgtcattgtgacgtctaaattgtgacaatcaccaacagtaatataaattggggtttgattagaaagttacgatgatTC-AAAGATTTTCTTAAAATAACGGATTTGCAGTGTGTTTGCTTTAAATTAATCCGTAAA-ACAAAT---TTTAA-TTCTAGAATATACACAAgaatgccatgtacttcagggatccttttcagatgatataaatactattgccttacgtagtgcaatttaaacggttttacttggaaaacataagctgatatggaagattccttttcagataatattgaaactatttccttccgttatgtacttaaatacttgggaaatgtttacacttttgttaatacaaacaccaaggatgtatgttgaacatattgaaaattcagagaattttacattgaaacttttttcatgtagcattgtaagcccattttgtgctcccattattgtcctggttattgtgtgaaggcataaaataaatcaggaaaccagaatatataaaaacaagctaaaatctctattaacgggaaacctctataaaccgaactttttgctcggtctagatgttgtccagtttacagaggttgcactgtagtatg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GATGCACAGTGTGCATAATTTAAATAAATTC---AA-GGAAATGCGTTCAATTTCTATGATATACATAGtgctgttgtgtattaatcaagatca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGCTTGATTTAAATAAAATC---AT-AGAAAAAAAATCAATTTCTATATTATACATAAtacaaatcaaacattaagttaaattattcttcgcttcgttttactgcagtaacttcttgccaatcaaaccagagatagccagatatcatatttcttta
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGAATTGCGTTTGATTGTGTAATGTACATGATAACTGTCATGTACTTCAGAGATCAATATCAGCTGATAGGGAAGATTCCTTTTTCAGATAATATTGAAAATTTTTCTTTCTGTAGTGCACTTAAATACTTGGAAAATGTTTACACGTTTGTTAATACAAACATCAAGGAAATTCAGAGAATTTGACATTGAAACTTATTACATGTATTATTCATTGTAAAGACCTTCTTATTCTCCCATTATTGTCCTGGCTGTTAAAAAGTTGTGTGAAGGCATAAAATAAATCAGGAAACCAAAGTAAGTAAAGACAAGCTAAAAGTTCTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTGAAAATTCAAAGATTTTTACATTGAAACGTATAACTTGTAGATTTAGCATTGTAGCATTCTCCCATTATTGTCTGGTTACTGTCAGAAAGCATAAAATTGATCAGAAAAGCATATCAAGTAAAAAAACAGCTAAAACCTCTATAAACCAGAAACTTCTCTAAACTGAACTTTTCATTCGGTCTGGAGGTTGCCCAGCTTATAGAGGTTGCACTGTATATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTTGCAGTTAATGTCAATGTTCAAAGAAAGGATTTTGATTTATATATCTTAGATGAACAGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATAGTTTAAAGCCTTGCATTCTTGGTGCTGATCAGCGGTGACAGTATGCAGTGA






Alignments
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttGATGCACAGTGTGCATAATTTAAATAAATTCAAGGAAATGCGTTCAATTTCTATGATATACATAGT
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                actttTC-AAAGATTTTCTTAAAATAACGGATTTGCAGTGTGTTTGCTTTAAATTAATCCGTA-AAACAAATTTTAATTCTAGAATATACACAAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAACTTTCTTACAATACCATGTTAGTGTAATGTGATG----TTAAAAGCCCATATT---GTGACCTAGCGTATTGTATA-CAGT--GAAACCTCTG-TAAGC-CGATATAAACCGG-AAT-ACTTTATAAATCGTGCACTTTC-ACAGTTCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TACCGTGGAACAAACCTCTGTAAA-CCGG-AATCTGTCTATTCCAGAAAT-GGACTGATTTCAGC-A--TG---T-TGAGTAATTTTGTA-CATGAATTTAGCTCCAGAAACCGG--------AATAACCTATTAAT---CT------CTTCTTGA-T-TTTTGACAGTACACAAGATAGTGTCATATCAAATG-ATAGTTTGAGGCATAGTTGCAAGATTCGACTGTCACCTTTGTATCAAATGCCATGGTGTTGTTTAAATTCTAAAAATCATCAACAGTAATATAAATTGGGGTTTGATTAGCAAGTCAAGAGGAC--GTTTAATTGTTG-C-AAACAAATGGAATACATTTACTA----AGGGATAAATGTAAGTTT-AAAAAGTTCCTTAAAATAAAGGATGCACAGTATGCTTGATTTAAATAAATTCATGGAAACGTGTTCAATTTCTATAATGTACATAAtgctgttgtgtattaatcaagatca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --TGTAAACCGG-A-C-ACTTTATAAACCATGCACTTTCAAAAGTCCAGAAAATGTTT--CTTCTTTTTTCTC---TATAGTAGAATAAATCTCTGTAAA-CCAG-AACCTTTCTTTTCTGGAAACTGGACGGATTTCGTCAA--TTA--T-TGTGCAATTTTGTA-CATTAATTTACTGCCATATATT-T--------AAT--------------CT------ATTCTTGA-T-TTTTTATATTACACAAGGTAGTGTCATATCAATTG-AAATCTTAAGGCATAATTGCAAAATTTTGCTGTCACATTT--ATCAAATGTCTTCGT-TTA-CTAAAATGTGACAATCTCCTACATTAGTGCAA----------------------AAGATGACAGGT--ATTTGTTGCC-AA-CAAATGAAATAAATTGATTA----AGGGATACATACATTTTT-AAAGATTATCTGAATACAAAGGATACACAAAGTGCTTGATTTAAATAAATCAGTAGACACGCAATCAATTATTATAATGTACATAATagactgtcacgtactttagagatcaaaattagctgataggcaagatcccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtatatatgctggtagggaagattccgtttattgaaaatatttctttcctaatgcacttaaatacttgaaaaacgttaacacttttattaatataagtatcaagtctagatctgcatctgaacgtatccatgtaaattgaacttgttgaaaattcagatatatcacaacatacttccagcaatgaagtttggttgaaatacaaaataatacggtttgtttatggacacatgggtacattttattcatattgatcagcgtttatttatcataatgagtagtatgtatagaatataattggttattttaattacggtaaaactattcttcgctacataaagcttcgttttattgcaataaattctttactaggcaatcaaaccacagatacccaaatataatattactcgtagtgagaattgtctcgttttacagagaattccattgttcaaagaaagaattttgatttgtatttctgagatgaatggaagttaggatatttcaaaacgagatttcgcgagattttgcatgaataagcaagtgctcatcacatcgcatcagttgctcttgcttctttatataagtcattgtgtagatgaaacaaaccagaaagta
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgtaaaccggacactttataaaccatgcactttcaaaagtccagaaaatgtttcttcttttttctctatagtagaataaatctctgtaaaccagaacctttcttttctggaaactggacggatttcgtcaattattgtgcaattttgtacattaatttactgccatatatttaatctattcttgattttttatattacacaaggtagtgtcatatcaattgaaatcttaaggcataattgcaaaattttgctgtcacatttatcaaatgtcttcgtttactaaaatgtgacaatctcctacattagtgcaaaagatgacaggtatttgttgccaacaaatgaaataaattgattaagggatacatacatttttaaagattatctgaatacaaaggatacacaaagtgcttgatttaaataaatcagtagacacgcaatcaattattataatgtacataataactgtcatgtacttaagagatcaatatcagctgatagggaagattctttttcagataatactgaaatatttccttccatagtgcccttaaaatgatgatacttggaaattctttacatttttgttaatacaaacatcaaggctgaatctccatttgttcataacatgtaatattgaacttattggaaattcagagatatttacattgaaacgcattaaatgtaacatggtaaataccatctcattttcccattaatgtcctggctattgcgtgaaggcataaaattgatccagaaatcagataaggtaaaaacaagctaACCTCAATAAACCGG--------AATAC------------CTTAATATCCTCTTGA-T-TTTTGACATTACACAAGGTAGTATCATATCAATTGCGTAATT----GCAAGATCG-A--------CTGCCACCTTTTA-TCAAATGTCATTGTGACGTCTAAATTGTGACAATCACCAACAGTAATATAAATTGGGGTTTGATTAGAAAGTTACGATGATA-GC--GATaactgaacattttgtttgcttccaaagttgtccagttta
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2390 )     : TGTGTNATTGGTCAAGAACATCATGTACATNTATTAAAGCAAAGCATAGTGAANTTCGAAGAAATATTGGTTTACCACAGTTCTTACAACATGAACTGTTTTCTGTTNTTCTTGTTCCGNTCTAAAGATCTGGTACGGCCTATGACCTTTCTAAACACATNNTCTCGGNCATATTCTAGAGTNAGGAGTAATTAACAGTCAAGCGATNGCCANGAACTTGTCCAAGACAAAAGTAGACAAA---AATGTGATCTAAAACC-G-TGA-CATCTGTGTGGATATNTTTACTGTCGTTATGACACGG----------CA----------AAATAGTATATCCAGCTTTTCCGTC-AATATGGT--TC-TTT-GCCCTCAAATTG--AAAATAATTCATC--GA---TCT---T--------A-A------------AT---------GTTTTGTCCGA-TGTCTTNATGACTANATT-GGAACATG--AATGCAG-AA-TTATAGCA---GGAGAATTCGCTGCGA-------------T-GACGC-G-TGTGATCTTTCTTACAGCAAACCA-A-GA--GAAACAGGTACATT--TGT--ATCTTAATTTCG-TGATT-------TACACGCATTCAAGTGAACATGTGTTGTGACAGTGGATCAGTTAGTTATTTAAAGAAATCAACATAGCAATTACGTAACAATCATGCTGATCGCTAAGTTAAATGATTTAGAACGGNCCATAGGTCAAGTGTATTTCCTGGCAGTTGATAACATATACAATGCAAAGTTAGTAAATTGTAATACAAATCAAGTGNACATGATCTAATTTATGAAAAGGAGACTATCCA-AAAGGCATG-T-TTAACATTCTTACAATACCATGTTAATGTAATGTGATG----TGCAAAGCCCATATT---ACACAACNTATCGTATAGCAGA-AGAAACC---G-GACACTC--TATAAACCGG-A-T-ACTCTATAAACCGTGCACTTTCGAAAGTCCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TATCGTAGAATAAACCTCTGTAAA-CCGG-AACCTCTCTATTCCGGAAACCGGACGGATTTCAGCA--TT---T-TGTGTATTTTTGTA-CATTAATTTACCTCCATAAACCGGAA-T-------------A----------C-------T------CTTCTTGA-T-TTTTGACATTACACAAGGTAGTGTCATATCAANTGATAGCTTGAGGCATAATTGCAAGA-TTT--CTGCCACCTTTTAATCAAATGCCATNGTGTTGTCTAAATTGTGACAATCACCAACAGTAATGTAAATTGGGGTTTGATTAGCAAGTTAAGANGACAG--------GTAATTGTTG-C-AACAAATGAAATAAA-TT-ACTA----AGGGATACATGTAAGTTT-AAAGATTTTCTGAAAATAAAGGATGCACAGTGTGCTTGATTTAAATAAATCCGTGGAAACGCGTTCGATTTCTATAATGTACATAAT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAACT---G-GACACTC--TGTAAACCGG-A-T-ACTTTATAAACCATGCACTTTTGAAAGTCCCAATAATATTT--C--CCTCAT---CAGATATC--AGGTTAAATCCCTACAAA-CTGGAAACCTCtacaaatcaaacattaagttaaattattcttcgcttcgttttactgcagtaacttcttgccaatcaaaccagagatagccagatatcatatttcttta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actttTC-AAAGATTTTCTTAAAATAACGGATTTGCAGTGTGTTTGCTTTAAATTAATCCGT-AAAACAAATTTTAATTCTAGAATATACACAAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAACTTTCTTACAATACCATGTTAGTGTAATGTGATG----TTAAAAGCCCATATTGTGACCTAGCGTATTGTATA-CAG--TGAAACCTCTG-TAAGC-CGATATAAACCGGAA-T-ACTTTATAAATCGTGCACTTTC-ACAGTTCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TACCGTGGAACAAACCTCTGTAAA-CCGG-AATCTGTCTATTCCAGAAA-TGGACTGATTTCAGCA--TG---T-TGAGTAATTTTGTA-CATGAATTTAGCTCCAGAAACCGGAA-T-------------AACCTATTAATC-------T------CTTCTTGA-T-TTTTGACAGTACACAAGATAGTGTCATATCAAATGATAGTTTGAGGCATAGTTGCAAGA-TTCGACTGTCACCTTTGTATCAAATGCCATGGTGTTGTTTAAATTCTAAAAATCATCAACAGTAATATAAATTGGGGTTTGATTAGCAAGTCAAGAGGACGT--------TTAATTGTTG-CAAACAAATGGAATACATTT-ACTA----AGGGATAAATGTAAGTTT-AAAAAGTTCCTTAAAATAAAGGATGCACAGTATGCTTGATTTAAATAAATTCATGGAAACGTGTTCAATTTCTATAATGTACATAAtgctgttgtgtattaatcaagatca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --TGTAAACCGG-A-C-ACTTTATAAACCATGCACTTTCAAAAGTCCAGAAAATGTTT--CTTCTTTTTTCTC---TATAGTAGAATAAATCTCTGTAAA-CCAG-AACCTTTCTTTTCTGGAAACTGGACGGATTTCGTCAA-TTA--T-TGTGCAATTTTGTA-CATTAATTTACTGCCATATATTT-AA-T------------------------C-------T------ATTCTTGA-T-TTTTTATATTACACAAGGTAGTGTCATATCAATTGAAATCTTAAGGCATAATTGCAAAA-TTTTGCTGTCACATTT--ATCAAATGTCTTCGT-TTA-CTAAAATGTGACAATCTCCTACATTAGTGCAA----------------------AAGATGACAG--------GTATTTGTTGCC-AACAAATGAAATAAA-TTGATTA----AGGGATACATACATTTTT-AAAGATTATCTGAATACAAAGGATACACAAAGTGCTTGATTTAAATAAATCAGTAGACACGCAATCAATTATTATAATGTACATAATagactgtcacgtactttagagatcaaaattagctgataggcaagatcccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtatatatgctggtagggaagattccgtttattgaaaatatttctttcctaatgcacttaaatacttgaaaaacgttaacacttttattaatataagtatcaagtctagatctgcatctgaacgtatccatgtaaattgaacttgttgaaaattcagatatatcacaacatacttccagcaatgaagtttggttgaaatacaaaataatacggtttgtttatggacacatgggtacattttattcatattgatcagcgtttatttatcataatgagtagtatgtatagaatataattggttattttaattacggtaaaactattcttcgctacataaagcttcgttttattgcaataaattctttactaggcaatcaaaccacagatacccaaatataatattactcgtagtgagaattgtctcgttttacagagaattccattgttcaaagaaagaattttgatttgtatttctgagatgaatggaagttaggatatttcaaaacgagatttcgcgagattttgcatgaataagcaagtgctcatcacatcgcatcagttgctcttgcttctttatataagtcattgtgtagatgaaacaaaccagaaagta
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            acctcaataaaccggaataccttaatatcctcttgatttttgacattacacaaggtagtatcatatcaattgcgtaattgcaagatcgactgccaccttttatcaaatgtcattgtgacgtctaaattgtgacaatcaccaacagtaatataaattggggtttgattagaAAACC---G-GACACTC--TATAAACCGG-A-TTGTTTTATAAACTGTGCACTTTCAAAAGTCTAGAAAATGATC--CTTCTTTTAAA-C---TATTGTAGAATAAGCCTCTGTAAA-CTGG-AACTTCTATATTCCGGAAACCGGACGAATTTCA-TA--------------ATTTTTGTA-CATTGATTTACCTTTATAAACCGGAA-T-------------AATTTAAT---G-------T------CTTCTTGG-TATTGTTACATTACACAAGGTAGTGTCATATTAATTGATAGCTTGAAGCATAATTGCAAGA-TTTCCCCGCCACCTTTT-ATC-AAT-------TGTTGTCTAAATTGTGACAATAACCAACAG----GT-AATT---GTT-----------TTAA----ACA-----------AATTG----------AAT-AAATAAA-TT---TA----AGGGATACGTGTAAGTTT-AAAGATTTTCTGAAAATAAATGATGCACTGTTTTCTTGATTT----------GT------GCGTTTGATTTCTATAATGTACATAATgaatgccatgtacttcagggatccttttcagatgatataaatactattgccttacgtagtgcaatttaaacggttttacttggaaaacataagctgatatggaagattccttttcagataatattgaaactatttccttccgttatgtacttaaatacttgggaaatgtttacacttttgttaatacaaacaccaaggatgtatgttgaacatattgaaaattcagagaattttacattgaaacttttttcatgtagcattgtaagcccattttgtgctcccattattgtcctggttattgtgtgaaggcataaaataaatcaggaaaccagaatatataaaaacaagctaaaatctctattaacgggaaacctctataaaccgaactttttgctcggtctagatgttgtccagtttacagaggttgcactgtagtatg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgtTGCTTGATTTAAATAAAATCATAGAAAAAAAATCAATTTCTATATTATACATAATacctgtcaggtacttcagaaatcaatataagtcgtaaaggaagattccttatcagataatattgaaacagttactatattcttccgttaaacactttaaatggttatacttggaaaatataaattgatagggaagattcctttccagataatattaaaaatatttccatccgtagtgcactaaaatacttgggaaatgttaacacttttgttgatacaaacatcaagtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                    ttGAATTT-TCCAAGACAAAAGTAGACCAA---AA-GTGATTTAAAATTTG-TGA-AATC-GTGTGGTTATATTTACTGTCGCTATGACACGGCACCAGAAATCA----------AAATAGCATATCCAGCTTTTCCATCTAATATGGT--TC-TTTAGCTCTCAAAATGAAAAAAAAAATCATT--GA---TCT---TACTAAAAAA-A------------ATGTAAAACACGTTTTGTCTGA-TATCTTGATGACTTTATT-GGAACATG--AATACAGAAA-TTATCAC--------AATTCGCTGTGA-------------TGGACGCGG-TGTTACCTTTCTTACAGCAAACCA-AGGA--GAAACAGGTACGTTAGTGT--ATCTTAATTCTG-TGATT-------TACACACATTCAAGTGAACATGTGTTGTGACAGTGGATCAGTT-GTT-TT--AAGAAATCAACATAGCAATTA-ACAACAATCATGCTATTCGCTAAGTTAAATGATTTAGAACGGCCCATAGGTTAAATGTATTTCCTGGCAGTTGATAATATATACAATGCAAAATCCGTAAATTGTAAAACAAACCAAGTTTACATGATCTAATTTATGAATAGGAGACTATCCA-AAAGGTATGTT-TTGATATTCTTACAATGCAATaactgtcacatactttagagatcaaaattagatgatagggaagataccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtcaactctaaatggttatacttggaaaatataggctggtagggaagattccttttcagataatattgaaaatatttccttctgtagtgcacttaaatacttggaaaatatttacatttaagttaatacaaacatcaagtctggatctacatatccgtgtaaattgaacttactgaaaaagacagaacaacataaattatacatgtgcatttttaagatatatcaaaacatacttccagccatggagtttggttgaaatacaaaattatgctgtttttttatggatacatgggtacatgttaatcagatttatcaacgtaacaatgtattatgtatagaatatatttaattattttaattaaggttagctcttcttctgtacatgttttactgcattaactgctttaatattttgtcaatcaaaacacagatagcctaatatcataatactt
gi|8                          : TGTGTCATTGGTCAAGAACATCATGTACATTTATTAAAGTAAAGCATAGTGAAATTCGAAGAAATATTGGTTTACCACAATTCTTACAACATGAACTGTTTTCTGTTATTTTTGTTCCGATCTAAAGATCTGGTACGGCCTATGACCTTTCTAAACACATGCTCTCAGTCATATTCTAGAGTAAGGAGTAATTAACAGTCAAGTGATTGCCATGAACTTGTCTAAGGCAA----AGACATACCTAATGTGATCC-AAGCC-GTTGA-CAACT-TGTGGATATTTTTACTGTCGTTATGATACGG----------CACCAGTTATCGAAATAGTATATCCAGCTTTCCCATCAAATATGGT--TCTTTT-GCCCTCATATTT--GAAACAATTCTTCATGA---TCTAACT--------A-AAAAATAGAAAACAT---------ATTTTGTTCAA-TATCTTCATGACTAAATC-TGAACATG--TATGCAGTAA-TTACAACT---AGAGAGTTTGCTGTG--------------------------------------CAGCAA--------A--GAAACAGATACATT--AAT--ATCTTATTTTCG-TAATT-------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atacaaatgtaattAGTTATTTAAAGAAATCAACATAACAATTACATAACAATCATGCTGATCACTccg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaaacACATA-ACAATACAAAGTAAGTAAATGGTAATACAAATAAAGTGAACATGATCTAATTTATGAAAAGGAGACTATCCATAAAGGCATG-TCTTAACTTTCTTACAATACAATTTTACTGTAATGTGATG----TGCAAAGCCC---------CA-AACCTATCTTATAACATACAGAAACC---G-GA--------ATAGATC-----T-ACTC-GTAAACCGCACACTTTGAAAAGTCCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---T---TATTGTAGAATAAACCTCTATCAA-CCGG-AACCTCTCTATTCCAGAAAACTGATGG-----------------------ATTTTTCTA-CATTTATTTA-TTCCATAAACCGGAA-T-------------AACATAAT---C-------T------GTTTTTGG-T-TTTTTACATTACACAGGGTAGTGTC--ATCAAATGATAGGTTtgggtcacataacaatacaaagtaagtaaatggtaatacaaataaagtgaacatgatctaatttatgaaaaggagactatccataaaggcatgtcttaactttcttacaatacaattttactgtaatgtgatgtgcaaagccccaaacctatcttataacatacagaaaccggaatagatctactcgtaaaccgcacactttgaaaagtccagaaaatgttccttctttttttattgtagaataaacctctatcaaccggaacctctctattccagaaaactgatggatttttctacatttatttattccataaaccggaataacataatctgtttttggttttttacattacacagggtagtgtcatcaaatgataggttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGAATTGCGTTTGATTGTGTAATGTACATGATAACTGTCATGTACTTCAGAGATCAATATCAGCTGATAGGGAAGATTCCTTTTTCAGATAATATTGAAAATTTTTCTTTCTGTAGTGCACTTAAATACTTGGAAAATGTTTACACGTTTGTTAATACAAACATCAAGGAAATTCAGAGAATTTGACATTGAAACTTATTACATGTATTATTCATTGTAAAGACCTTCTTATTCTCCCATTATTGTCCTGGCTGTTAAAAAGTTGTGTGAAGGCATAAAATAAATCAGGAAACCAAAGTAAGTAAAGACAAGCTAAAAGTTCTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTGAAAATTCAAAGATTTTTACATTGAAACGTATAACTTGTAGATTTAGCATTGTAGCATTCTCCCATTATTGTCTGGTTACTGTCAGAAAGCATAAAATTGATCAGAAAAGCATATCAAGTAAAAAAACAGCTAAAACCTCTATAAACCAGAAACTTCTCTAAACTGAACTTTTCATTCGGTCTGGAGGTTGCCCAGCTTATAGAGGTTGCACTGTATATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTTGCAGTTAATGTCAATGTTCAAAGAAAGGATTTTGATTTATATATCTTAGATGAACAGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATAGTTTAAAGCCTTGCATTCTTGGTGCTGATCAGCGGTGACAGTATGCAGTGA






Alignments
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttGATGCACAGTGTGCATAATTTAAATAAATTCAAGGAAATGCGTTCAATTTCTATGATATACATAGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAACT---G-GACACTC--TGTAAACCGG-A-T-ACTTTATAAACCATGCACTTTTGAAAGTCCCAATAATATTT--C--CCTCAT---CAGATATC--AGGTTAAATCCCTACAAA-CTGGAAACCTCtacaaatcaaacattaagttaaattattcttcgcttcgttttactgcagtaacttcttgccaatcaaaccagagatagccagatatcatatttcttta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           actttTC-AAAGATTTTCTTAAAATAACGGATTTGCAGTGTGTTTGCTTTAAATTAATCCGT-AAAACAAATTTTAATTCTAGAATATACACAAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAACTTTCTTACAATACCATGTTAGTGTAATGTGATG----TTAAAAGCCCATATTGTGACCTAGCGTATTGTATA-CAGT--GAAACCTCTG-TAAGC-CGATATAAACCGG-AAT-ACTTTATAAATCGTGCACTTTC-ACAGTTCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TACCGTGGAACAAACCTCTGTAAA-CCGG-AATCTGTCTATTCCAGAAAT-GGACTGATTTCAGCA--TG---T-TGAGTAATTTTGTA-CATGAATTTAGCTCCAGAAACCGGAA-TA-----A--CCTATTAAT-------CTCTTCTTGA-T-TTTTGACAGTACACAAGATAGTGTCATATCAAATGATAGTTTGAGGCATAGTTGCAAGA-TTCGACTGTCACCTTTGT-ATCAAATGCCATGGTGTTGTTTAAATTCTAAAAATCATCAACAGTAATATAAATTGGGGTTTGATTAGCAAGTCAAGAGGACGT--------TTAATTGTTGCAAACAAATGGAATACATTTACTA----AGGGATAAATGTAAGTTT-AAAAAGTTCCTTAAAATAAAGGATGCACAGTATGCTTGATTTAAATAAATTCATGGAAACGTGTTCAATTTCTATAATGTACATAAtgctgttgtgtattaatcaagatca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --TGTAAACCGG-A-C-ACTTTATAAACCATGCACTTTCAAAAGTCCAGAAAATGTTT--CTTCTTTTTTCTC---TATAGTAGAATAAATCTCTGTAAA-CCAG-AACCTTTCTTTTCTGGAAACTGGACGGATTTCGTCAA-TTA--T-TGTGCAATTTTGTA-CATTAATTTACTGCCATATATT-----TA-----A--T---------------CTATTCTTGA-T-TTTTTATATTACACAAGGTAGTGTCATATCAATTGAAATCTTAAGGCATAATTGCAAAA-TTTTGCTGTCACA-TT-T-ATCAAATGTCTTCGT-TTA-CTAAAATGTGACAATCTCCTACATTAGTGCAA----------------------AAGATGACAG--------GTATTTGTTGCCAACAAATGAAATAAATTGATTA----AGGGATACATACATTTTT-AAAGATTATCTGAATACAAAGGATACACAAAGTGCTTGATTTAAATAAATCAGTAGACACGCAATCAATTATTATAATGTACATAATagactgtcacgtactttagagatcaaaattagctgataggcaagatcccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtatatatgctggtagggaagattccgtttattgaaaatatttctttcctaatgcacttaaatacttgaaaaacgttaacacttttattaatataagtatcaagtctagatctgcatctgaacgtatccatgtaaattgaacttgttgaaaattcagatatatcacaacatacttccagcaatgaagtttggttgaaatacaaaataatacggtttgtttatggacacatgggtacattttattcatattgatcagcgtttatttatcataatgagtagtatgtatagaatataattggttattttaattacggtaaaactattcttcgctacataaagcttcgttttattgcaataaattctttactaggcaatcaaaccacagatacccaaatataatattactcgtagtgagaattgtctcgttttacagagaattccattgttcaaagaaagaattttgatttgtatttctgagatgaatggaagttaggatatttcaaaacgagatttcgcgagattttgcatgaataagcaagtgctcatcacatcgcatcagttgctcttgcttctttatataagtcattgtgtagatgaaacaaaccagaaagta
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2390 )     : TGTGTNATTGGTCAAGAACATCATGTACATNTATTAAAGCAAAGCATAGTGAANTTCGAAGAAATATTGGTTTACCACAGTTCTTACAACATGAACTGTTTTCTGTTNTTCTTGTTCCGNTCTAAAGATCTGGTACGGCCTATGACCTTTCTAAACACATNNTCTCGGNCATATTCTAGAGTNAGGAGTAATTAACAGTCAAGCGATNGCCANGAACTTGTCCAAGACAAAAGTAGACAAA---AATGTGATCTAAAACC-G-TGA-CATCTGTGTGGATATNTTTACTGTCGTTATGACACGG----------CA----------AAATAGTATATCCAGCTTTTCCGTC-AATATGGT--TC-TTT-GCCCTCAAATTG--AAAATAATTCATC--GA---TCT---T--------A-A------------AT---------GTTTTGTCCGA-TGTCTTNATGACTANATT-GGAACATG--AATGCAG-AA-TTATCGCA---GGAGAATTCGCTGCGA-------------T-GACGC-G-TGTGATCTTTCTTACAGCAAACCA-A-GA--GAAACAGGTACATT--TGT--ATCTTAATTTCG-TGATT-------TACACGCATTCAAGTGAACATGTGTTGTGACAGTGGATCAGTTAGTTATTTAAAGAAATCAACATAGCAATTACATAACAATCATGCTGATCGCTAAGTTAAATGATTTAGAACGGNCCATAGGTCAAGTGTATTTCCTGGCAGTTGATAACATATACAATGCAAAGTTAGTAAATTGTAATACAAATCAAGTGNACATGATCTAATTTATGAAAAGGAGACTATCCA-AAAGGCATG-T-TTAACATTCTTACAATACCATGTTAATGTAATGTGATG----TGCAAAGCCCATATTGTGACACAACNTATCGTATAGCAGA-AGAAACC---G-GACACTC--TATAAACCGG-A-T-ACTCTATAAACCGTGCACTTTCGAAAGTCCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TATCGTAGAATAAACCTCTGTAAA-CCGG-AACCTCTCTATTCCGGAAACCGGACGGATTTCAGCA--TT---T-TGTGTATTTTTGTA-CATTAATTTACCTCCATAAACCGGAA-TAA----T-------T-AATCTCTTCTTGA-T-TTTTGACATTACACAAGGTAGTGTCATATCAANTGATAGCTTGAGGCATAATTGCAAGA-TTT--CTGCCACCTTT-T-ATCAAATGCCATNGTGTTGTCTAAATTGTGACAATCACCAACAGTAATGTAAATTGGGGTTTGATTAGCAAGTTAAGANGACAG--------GTAATTGTTGCAAACAAATGAAATAAATT-ACTA----AGGGATACATGTAAGTTT-AAAGATTTTCTGAAAATAAAGGATGCACAGTGTGCTTGATTTAAATAAATCCGTGGAAACGCGTTCGATTTCTATAATGTACATAAT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAACT---G-GACACTC--TGTAAACCGG-A-T-ACTTTATAAACCATGCACTTTTGAAAGTCCCAATAATATTT--C--CCTCAT---CAGATATC--AGGTTAAATCCCTACAAA-CTGGAAACCTCtacaaatcaaacattaagttaaattattcttcgcttcgttttactgcagtaacttcttgccaatcaaaccagagatagccagatatcatatttcttta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actttTC-AAAGATTTTCTTAAAATAACGGATTTGCAGTGTGTTTGCTTTAAATTAATCCGT-AAAACAAATTTTAATTCTAGAATATACACAAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAACTTTCTTACAATACCATGTTAGTGTAATGTGATG----TTAAAAGCCCATATTGTGACCTAGCGTATTGTATA-CAGT--GAAACCTCTG-TAAGC-CGATATAAACCGG-AAT-ACTTTATAAATCGTGCACTTTC-ACAGTTCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TACCGTGGAACAAACCTCTGTAAA-CCGG-AATCTGTCTATTCCAGAAAT-GGACTGATTTCAGCA--TG---T-TGAGTAATTTTGTA-CATGAATTTAGCTCCAGAAACCGGAA-TAACCTAT-------T-AATCTCTTCTTGA-T-TTTTGACAGTACACAAGATAGTGTCATATCAAATGATAGTTTGAGGCATAGTTGCAAGA-TTCGACTGTCACCTTTGT-ATCAAATGCCATGGTGTTGTTTAAATTCTAAAAATCATCAACAGTAATATAAATTGGGGTTTGATTAGCAAGTCAAGAGGACGT--------TTAATTGTTGCAAACAAATGGAATACATTTACTA----AGGGATAAATGTAAGTTT-AAAAAGTTCCTTAAAATAAAGGATGCACAGTATGCTTGATTTAAATAAATTCATGGAAACGTGTTCAATTTCTATAATGTACATAAtgctgttgtgtattaatcaagatca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --TGTAAACCGG-A-C-ACTTTATAAACCATGCACTTTCAAAAGTCCAGAAAATGTTT--CTTCTTTTTTCTC---TATAGTAGAATAAATCTCTGTAAA-CCAG-AACCTTTCTTTTCTGGAAACTGGACGGATTTCGTCAA-TTA--T-TGTGCAATTTTGTA-CATTAATTTACTGCCATA---------TAT----T-------T-AATCTATTCTTGA-T-TTTTTATATTACACAAGGTAGTGTCATATCAATTGAAATCTTAAGGCATAATTGCAAAA-TTTTGCTGTCACA-TT-T-ATCAAATGTCTTCGT-TTA-CTAAAATGTGACAATCTCCTACATTAGTGCAA----------------------AAGATGACAG--------GTATTTGTTGCCAACAAATGAAATAAATTGATTA----AGGGATACATACATTTTT-AAAGATTATCTGAATACAAAGGATACACAAAGTGCTTGATTTAAATAAATCAGTAGACACGCAATCAATTATTATAATGTACATAATagactgtcacgtactttagagatcaaaattagctgataggcaagatcccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtatatatgctggtagggaagattccgtttattgaaaatatttctttcctaatgcacttaaatacttgaaaaacgttaacacttttattaatataagtatcaagtctagatctgcatctgaacgtatccatgtaaattgaacttgttgaaaattcagatatatcacaacatacttccagcaatgaagtttggttgaaatacaaaataatacggtttgtttatggacacatgggtacattttattcatattgatcagcgtttatttatcataatgagtagtatgtatagaatataattggttattttaattacggtaaaactattcttcgctacataaagcttcgttttattgcaataaattctttactaggcaatcaaaccacagatacccaaatataatattactcgtagtgagaattgtctcgttttacagagaattccattgttcaaagaaagaattttgatttgtatttctgagatgaatggaagttaggatatttcaaaacgagatttcgcgagattttgcatgaataagcaagtgctcatcacatcgcatcagttgctcttgcttctttatataagtcattgtgtagatgaaacaaaccagaaagta
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                    ttGAATTT-TCCAAGACAAAAGTAGACCAA---AA-GTGATTTAAAATTTG-TGA-AATC-GTGTGGTTATATTTACTGTCGCTATGACACGGCACCAGAAATCA----------AAATAGCATATCCAGCTTTTCCATCTAATATGGT--TC-TTTAGCTCTCAAAATGAAAAAAAAAATCATT--GA---TCT---TACTAAAAAA-A------------ATGTAAAACACGTTTTGTCTGA-TATCTTGATGACTTTATT-GGAACATG--AATACAGAAA-TTATCAC--------AATTCGCTGTGA-------------TGGACGCGG-TGTTACCTTTCTTACAGCAAACCA-AGGA--GAAACAGGTACGTTAGTGT--ATCTTAATTCTG-TGATT-------TACACACATTCAAGTGAACATGTGTTGTGACAGTGGATCAGTT-GTT-TT--AAGAAATCAACATAGCAATTA-ACAACAATCATGCTATTCGCTAAGTTAAATGATTTAGAACGGCCCATAGGTTAAATGTATTTCCTGGCAGTTGATAATATATACAATGCAAAATCCGTAAATTGTAAAACAAACCAAGTTTACATGATCTAATTTATGAATAGGAGACTATCCA-AAAGGTATGTT-TTGATATTCTTACAATGCAATaactgtcacatactttagagatcaaaattagatgatagggaagataccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtcaactctaaatggttatacttggaaaatataggctggtagggaagattccttttcagataatattgaaaatatttccttctgtagtgcacttaaatacttggaaaatatttacatttaagttaatacaaacatcaagtctggatctacatatccgtgtaaattgaacttactgaaaaagacagaacaacataaattatacatgtgcatttttaagatatatcaaaacatacttccagccatggagtttggttgaaatacaaaattatgctgtttttttatggatacatgggtacatgttaatcagatttatcaacgtaacaatgtattatgtatagaatatatttaattattttaattaaggttagctcttcttctgtacatgttttactgcattaactgctttaatattttgtcaatcaaaacacagatagcctaatatcataatactt
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttGATGCACAGTGTGCATAATTTAAATAAATTCAAGGAAATGCGTTCAATTTCTATGATATACATAGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAACT---G-GACACTC--TGTAAACCGG-A-T-ACTTTATAAACCATGCACTTTTGAAAGTCCCAATAATATTT--C--CCTCAT---CAGATATC--AGGTTAAATCCCTACAAA-CTGGAAACCTCtacaaatcaaacattaagttaaattattcttcgcttcgttttactgcagtaacttcttgccaatcaaaccagagatagccagatatcatatttcttta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actttTC-AAAGATTTTCTTAAAATAACGGATTTGCAGTGTGTTTGCTTTAAATTAATCCGT-AAAACAAATTTTAATTCTAGAATATACACAAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAACTTTCTTACAATACCATGTTAGTGTAATGTGATG----TTAAAAGCCCATATTGTGACCTAGCGTATTGTATA-CAGT--GAAACCTCTG-TAAGC-CGATATAAACCGG-AAT-ACTTTATAAATCGTGCACTTTC-ACAGTTCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TACCGTGGAACAAACCTCTGTAAA-CCGG-AATCTGTCTATTCCAGAAAT-GGACTGATTTCAGCA--TG---T-TGAGTAATTTTGTA-CATGAATTTAGCTCCAGAAACCGGAA-TAACCTAT-------T-AATCTCTTCTTGA-T-TTTTGACAGTACACAAGATAGTGTCATATCAAATGATAGTTTGAGGCATAGTTGCAAGA-TTCGACTGTCACCTTTGT-ATCAAATGCCATGGTGTTGTTTAAATTCTAAAAATCATCAACAGTAATATAAATTGGGGTTTGATTAGCAAGTCAAGAGGACGT--------TTAATTGTTGCAAACAAATGGAATACATTTACTA----AGGGATAAATGTAAGTTT-AAAAAGTTCCTTAAAATAAAGGATGCACAGTATGCTTGATTTAAATAAATTCATGGAAACGTGTTCAATTTCTATAATGTACATAAtgctgttgtgtattaatcaagatca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --TGTAAACCGG-A-C-ACTTTATAAACCATGCACTTTCAAAAGTCCAGAAAATGTTT--CTTCTTTTTTCTC---TATAGTAGAATAAATCTCTGTAAA-CCAG-AACCTTTCTTTTCTGGAAACTGGACGGATTTCGTCAA-TTA--T-TGTGCAATTTTGTA-CATTAATTTACTGCCATA---------TAT----T-------T-AATCTATTCTTGA-T-TTTTTATATTACACAAGGTAGTGTCATATCAATTGAAATCTTAAGGCATAATTGCAAAA-TTTTGCTGTCACA-TT-T-ATCAAATGTCTTCGT-TTA-CTAAAATGTGACAATCTCCTACATTAGTGCAA----------------------AAGATGACAG--------GTATTTGTTGCCAACAAATGAAATAAATTGATTA----AGGGATACATACATTTTT-AAAGATTATCTGAATACAAAGGATACACAAAGTGCTTGATTTAAATAAATCAGTAGACACGCAATCAATTATTATAATGTACATAATagactgtcacgtactttagagatcaaaattagctgataggcaagatcccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtatatatgctggtagggaagattccgtttattgaaaatatttctttcctaatgcacttaaatacttgaaaaacgttaacacttttattaatataagtatcaagtctagatctgcatctgaacgtatccatgtaaattgaacttgttgaaaattcagatatatcacaacatacttccagcaatgaagtttggttgaaatacaaaataatacggtttgtttatggacacatgggtacattttattcatattgatcagcgtttatttatcataatgagtagtatgtatagaatataattggttattttaattacggtaaaactattcttcgctacataaagcttcgttttattgcaataaattctttactaggcaatcaaaccacagatacccaaatataatattactcgtagtgagaattgtctcgttttacagagaattccattgttcaaagaaagaattttgatttgtatttctgagatgaatggaagttaggatatttcaaaacgagatttcgcgagattttgcatgaataagcaagtgctcatcacatcgcatcagttgctcttgcttctttatataagtcattgtgtagatgaaacaaaccagaaagta
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gi|8                          : TGTGTCATTGGTCAAGAACATCATGTACATTTATTAAAGTAAAGCATAGTGAAATTCGAAGAAATATTGGTTTACCACAATTCTTACAACATGAACTGTTTTCTGTTATTTTTGTTCCGATCTAAAGATCTGGTACGGCCTATGACCTTTCTAAACACATGCTCTCAGTCATATTCTAGAGTAAGGAGTAATTAACAGTCAAGTGATTGCCATGAACTTGTCTAAGGCAA----AGACATACCTAATGTGATCC-AAGCC-GTTGA-CAACT-TGTGGATATTTTTACTGTCGTTATGATACGG----------CACCAGTTATCGAAATAGTATATCCAGCTTTCCCATCAAATATGGT--TCTTTT-GCCCTCATATTT--GAAACAATTCTTCATGA---TCTAACT--------A-AAAAATAGAAAACAT---------ATTTTGTTCAA-TATCTTCATGACTAAATC-TGAACATG--TATGCAGTAA-TTACAACT---AGAGAGTTTGCTGTG--------------------------------------CAGCAA--------A--GAAACAGATACATT--AAT--ATCTTATTTTCG-TAATT-------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atacaaatgtaattAGTTATTTAAAGAAATCAACATAACAATTACATAACAATCATGCTGATCACTccg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaaacACATA-ACAATACAAAGTAAGTAAATGGTAATACAAATAAAGTGAACATGATCTAATTTATGAAAAGGAGACTATCCATAAAGGCATG-TCTTAACTTTCTTACAATACAATTTTACTGTAATGTGATG----TGCAAAGCCC---------CA-AACCTATCTTATAACATACAGAAACC---G-GA--------ATAGATC-----T-ACTC-GTAAACCGCACACTTTGAAAAGTCCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---T---TATTGTAGAATAAACCTCTATCAA-CCGG-AACCTCTCTATTCCAGAAAACTGATGG-----------------------ATTTTTCTA-CATTTATTTA-TTCCATAAACCGGAA-TAA----CA------T-AATCTGTTTTTGG-T-TTTTTACATTACACAGGGTAGTGTC--ATCAAATGATAGGTTtgggtcacataacaatacaaagtaagtaaatggtaatacaaataaagtgaacatgatctaatttatgaaaaggagactatccataaaggcatgtcttaactttcttacaatacaattttactgtaatgtgatgtgcaaagccccaaacctatcttataacatacagaaaccggaatagatctactcgtaaaccgcacactttgaaaagtccagaaaatgttccttctttttttattgtagaataaacctctatcaaccggaacctctctattccagaaaactgatggatttttctacatttatttattccataaaccggaataacataatctgtttttggttttttacattacacagggtagtgtcatcaaatgataggttt


blockSeqs                     :      CAT                      T                      A                                                     A           A                             T          GC      T             A                        T    T      G          A          CCT  T T     A     TG    .    G  G       A                     CACCAGAAATCAA                                  T        CA  T   A            AA    T  T     AT  ATT   TACTAAAAAAAATGTAAAACACG                          G      C T     A   A        TTG   C  AAA     A  AG               A ATGAGCCATTAGTCTGACGTGT     G TT             A   AATT                 AGTGT        AT    T     GCTCCGA                                           A   A  T                    T C                    TAAGTTAA              C                                      T            T        G                T                                 T         TA      A                                TACT          ATATTGTGA  C   T    A    ACATACA      TCT T  CA CGA           AA  T                      G                  TT         CAGA      T                    A    A                   CTG     A     GTATTTTCT       T         C    A                     C  ACTTACTGG     T             A A                                T                     C    G  CGA           G .   A    C A G                                          G     TGATTAGCAA       G    GCGATATAT                   G         ACGATGAT                   T                                                  T   G           A           A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .          .          .    . T     .     GT    .    T  G       T                     CACCAGTTATCGA                                  A        .   .   .            .     A  A     .   .     AACTAAAAAATAGAAAACATA                            .      G T     T   G        A     C  TAA     C  TA               T ATGGACGCGG                 T CC             A   AGGA                 TAT          TT    .     .                                                 .   .  .                    T .                                                                                 T            C        G                T                                 .         TT      T                                .             TTA        T   G    G    CAGT         .   .  CA TC            AA  .                      A                  .          TCTC      A                    .    A                   CTG     T     GCAATTTT        T         .    A                     .  ACCTAT        .             . .                                A                     C    .  TTG           . .   A    T T C                                          G     TGATTAGAAA       T    T                           G         TACTA                      .                                                  C   G           T           A
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGAATTGCGTTTGATTGTGTAATGTACATGATAACTGTCATGTACTTCAGAGATCAATATCAGCTGATAGGGAAGATTCCTTTTTCAGATAATATTGAAAATTTTTCTTTCTGTAGTGCACTTAAATACTTGGAAAATGTTTACACGTTTGTTAATACAAACATCAAGGAAATTCAGAGAATTTGACATTGAAACTTATTACATGTATTATTCATTGTAAAGACCTTCTTATTCTCCCATTATTGTCCTGGCTGTTAAAAAGTTGTGTGAAGGCATAAAATAAATCAGGAAACCAAAGTAAGTAAAGACAAGCTAAAAGTTCTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTGAAAATTCAAAGATTTTTACATTGAAACGTATAACTTGTAGATTTAGCATTGTAGCATTCTCCCATTATTGTCTGGTTACTGTCAGAAAGCATAAAATTGATCAGAAAAGCATATCAAGTAAAAAAACAGCTAAAACCTCTATAAACCAGAAACTTCTCTAAACTGAACTTTTCATTCGGTCTGGAGGTTGCCCAGCTTATAGAGGTTGCACTGTATATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTTGCAGTTAATGTCAATGTTCAAAGAAAGGATTTTGATTTATATATCTTAGATGAACAGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATAGTTTAAAGCCTTGCATTCTTGGTGCTGATCAGCGGTGACAGTATGCAGTGA






Alignments
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttGATGCACAGTGTGCATAATTTAAATAAATTCAAGGAAATGCGTTCAATTTCTATGATATACATAGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAACT---G-GACACTC--TGTAAACCGGA-TACTTTATAAACCATGCACTTTTGAAAGTCCCAATAATATTT--C--CCTCAT---CAGATATC--AGGTTAAATCCCTACAAA-CTGGAAACCTCtacaaatcaaacattaagttaaattattcttcgcttcgttttactgcagtaacttcttgccaatcaaaccagagatagccagatatcatatttcttta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           actttTCAAAGATTTTCTTAAAATAACGGATTTGCAGTGTGTTTGCTTTAAATTAATCCGT-AAAACAAATTTTAATTCTAGAATATACACAAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAACTTTCTTACAATACCATGTTAGTGTAATGTGATG----TTAAAAGCCCATATTGTGACCTAGCGTATTGTATA-CAGT--GAAACCTCTG-TAAGC-CGATATAAACCGGAATACTTTATAAATCGTGCACTTTC-ACAGTTCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---C---TACCGTGGAACAAACCTCTGTAAA-CCGG-AATCTGTCTATTCCAGAAAT-GGACTGATTTCAGCA--TG---T-TGAGTAATTTTGTA-CATGAATTTAGCTCCAGAAACCGGAA-TAACCTAT-T-AAT------CTCTTCTTGA-T-TTTTGACAGTACACAAGATAGTGTCATATCAAATGATAGTTTGAGGCATAGTTGCAAGA--TTCGA-CTGTCACCTTTGT-ATCAAATGCCATGGTGTTGTTTAAATTCTAAAAATCATCAACAGTAATATAAATTGGGG-TTTGATTAGCAAGTCAAGAGGACGTTTAATTGTTGCAAACAAATGGAATACATTTACTAAGGGATAAATGTAA-GTTTAAAAAGTTCCTTAAAATAAAGGATGCACAGTATGCTTGATTTAAATAAATTCATGGAAACGTGTTCAATTTCTATAATGTACATAAtgctgttgtgtattaatcaagatca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --TGTAAACCGGA-CACTTTATAAACCATGCACTTTCAAAAGTCCAGAAAATGTTT--CTTCTTTTTTCTC---TATAGTAGAATAAATCTCTGTAAA-CCAG-AACCTTTCTTTTCTGGAAACTGGACGGATTTCGTCAA-TTA--T-TGTGCAATTTTGTA-CATTAATTTACTGCCATA---------TAT----T-T-AAT------CTATTCTTGA-T-TTTTTATATTACACAAGGTAGTGTCATATCAATTGAAATCTTAAGGCATAATTGCAAAA--TTTTG-CTGTCACA-TT-T-ATCAAATGTCTTCGT-TTA-CTAAAATGTGACAATCTCCTACATTAGTGCAA-----------------------AAGATGACAGGTATTTGTTGCCAACAAATGAAATAAATTGATTAAGGGATACATACAT-TTTTAAAGATTATCTGAATACAAAGGATACACAAAGTGCTTGATTTAAATAAATCAGTAGACACGCAATCAATTATTATAATGTACATAATagactgtcacgtactttagagatcaaaattagctgataggcaagatcccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtatatatgctggtagggaagattccgtttattgaaaatatttctttcctaatgcacttaaatacttgaaaaacgttaacacttttattaatataagtatcaagtctagatctgcatctgaacgtatccatgtaaattgaacttgttgaaaattcagatatatcacaacatacttccagcaatgaagtttggttgaaatacaaaataatacggtttgtttatggacacatgggtacattttattcatattgatcagcgtttatttatcataatgagtagtatgtatagaatataattggttattttaattacggtaaaactattcttcgctacataaagcttcgttttattgcaataaattctttactaggcaatcaaaccacagatacccaaatataatattactcgtagtgagaattgtctcgttttacagagaattccattgttcaaagaaagaattttgatttgtatttctgagatgaatggaagttaggatatttcaaaacgagatttcgcgagattttgcatgaataagcaagtgctcatcacatcgcatcagttgctcttgcttctttatataagtcattgtgtagatgaaacaaaccagaaagta
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgtaaaccggacactttataaaccatgcactttcaaaagtccagaaaatgtttcttcttttttctctatagtagaataaatctctgtaaaccagaacctttcttttctggaaactggacggatttcgtcaattattgtgcaattttgtacattaatttactgccatatatttaatctattcttgattttttatattacacaaggtagtgtcatatcaattgaaatcttaaggcataattgcaaaattttgctgtcacatttatcaaatgtcttcgtttactaaaatgtgacaatctcctacattagtgcaaaagatgacaggtatttgttgccaacaaatgaaataaattgattaagggatacatacatttttaaagattatctgaatacaaaggatacacaaagtgcttgatttaaataaatcagtagacacgcaatcaattattataatgtacataataactgtcatgtacttaagagatcaatatcagctgatagggaagattctttttcagataatactgaaatatttccttccatagtgcccttaaaatgatgatacttggaaattctttacatttttgttaatacaaacatcaaggctgaatctccatttgttcataacatgtaatattgaacttattggaaattcagagatatttacattgaaacgcattaaatgtaacatggtaaataccatctcattttcccattaatgtcctggctattgcgtgaaggcataaaattgatccagaaatcagataaggtaaaaacaagctaACCTCAATAAACCGGAA-TACC---T-T-AAT------ATCCTCTTGA-T-TTTTGACATTACACAAGGTAGTATCATATCAATTG-----------CGTAATTGCAAGA--T--CGACTGCCACCTTT-T-ATCAAATGTCATTGTGACGTCTAAATTGTGACAATCACCAACAGTAATATAAATTGGGGTTT----------GATTAGA--------AA--GTTAC-----GATG--ATA----------GCGATATATGTAATTTTTACAGATTTTCTGAAAATAAAGGATGCACAGTGTGCTTGATTTAAATATACCCGTTGAAACGCGTTCGATTGCTGTAACTTACATAATaactgaacattttgtttgcttccaaagttgtccagttta
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acctcaataaaccggaataccttaatatcctcttgatttttgacattacacaaggtagtatcatatcaattgcgtaattgcaagatcgactgccaccttttatcaaatgtcattgtgacgtctaaattgtgacaatcaccaacagtaatataaattggggtttgattagaaagttacgatgatagcgatatatgtaatttttacagattttctgaaaataaaggatgcacagtgtgcttgatttaaatatacccgttgaaacgcgttcgattgctgtaacttacataatgaatgccatgtacttcagggatccttttcagatgatataaatactattgccttacgtagtgcaatttaaacggttttacttggaaaacataagctgatatggaagattccttttcagataatattgaaactatttccttccgttatgtacttaaatacttgggaaatgtttacacttttgttaatacaaacaccaaggatgtatgttgaacatattgaaaattcagagaattttacattgaaacttttttcatgtagcattgtaagcccattttgtgctcccattattgtcctggttattgtgtgaaggcataaaataaatcaggaaaccagaatatataaaaacaagctaaaatAAACC---G-GACACTC--TATAAACCGGATTGTTTTATAAACTGTGCACTTTCAAAAGTCTAGAAAATGATC--CTTCTTTTAAA-C---TATTGTAGAATAAGCCTCTGTAAA-CTGG-AACTTCTATATTCCGGAAACCGGACGAATTTCA--------------TA-ATTTTTGTA-CATTGATTTACCTTTATAAACCGGAA-TAA----T-TTAAT------GTCTTCTTGG-TATTGTTACATTACACAAGGTAGTGTCATATTAATTGATAGCTTGAAGCATAATTGCAAGA--TTTCC-CCGCCACCTTT-T-ATC-AAT-------TGTTGTCTAAATTGTGACAATAACCAACAG----GT-AATT---G-TT-----------TTAA----ACA---AATTG---------AAT-AAATAAATT---TAAGGGATACGTGTAA-GTTTAAAGATTTTCTGAAAATAAATGATGCACTGTTTTCTTGATTT----------GT------GCGTTTGATTTCTATAATGTACATAATttgctcggtctagatgttgtccagtttacagaggttgcactgtagtatg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgtTGCTTGATTTAAATAAAATCATAGAAAAAAAATCAATTTCTATATTATACATAATacctgtcaggtacttcagaaatcaatataagtcgtaaaggaagattccttatcagataatattgaaacagttactatattcttccgttaaacactttaaatggttatacttggaaaatataaattgatagggaagattcctttccagataatattaaaaatatttccatccgtagtgcactaaaatacttgggaaatgttaacacttttgttgatacaaacatcaagtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                    ttGAATTT-TCCAAGACAAAAGTAGACCAA---AA-GTGATTTAAAATTTG-TGA-AATC-GTGTGGTTATATTTACTGTCGCTATGACACGGCACCAGAAATCA----------AAATAGCATATCCAGCTTTTCCATCTAATATGGT--TC-TTTAGCTCTCAAAATGAAAAAAAAAATCATT--GA---TCT---TACTAAAAAA-A------------ATGTAAAACACGTTTTGTCTGA-TATCTTGATGACTTTATT-GGAACATG--AATACAGAAA-TTATCAC--------AATTCGCTGTGA-------------TGGACGCGG-TGTTACCTTTCTTACAGCAAACCA-AGGA--GAAACAGGTACGTTAGTGT--ATCTTAATTCTG-TGATT-------TACACACATTCAAGTGAACATGTGTTGTGACAGTGGATCAGTT-GTT-TT--AAGAAATCAACATAGCAATTA-ACAACAATCATGCTATTCGCTAAGTTAAATGATTTAGAACGGCCCATAGGTTAAATGTATTTCCTGGCAGTTGATAATATATACAATGCAAAATCCGTAAATTGTAAAACAAACCAAGTTTACATGATCTAATTTATGAATAGGAGACTATCCA-AAAGGTATGTT-TTGATATTCTTACAATGCAATaactgtcacatactttagagatcaaaattagatgatagggaagataccttttcagataacattgaaactatttcattccgtagtcaactctaaatggttatacttggaaaatataggctggtagggaagattccttttcagataatattgaaaatatttccttctgtagtgcacttaaatacttggaaaatatttacatttaagttaatacaaacatcaagtctggatctacatatccgtgtaaattgaacttactgaaaaagacagaacaacataaattatacatgtgcatttttaagatatatcaaaacatacttccagccatggagtttggttgaaatacaaaattatgctgtttttttatggatacatgggtacatgttaatcagatttatcaacgtaacaatgtattatgtatagaatatatttaattattttaattaaggttagctcttcttctgtacatgttttactgcattaactgctttaatattttgtcaatcaaaacacagatagcctaatatcataatactt
gi|8                          : TGTGTCATTGGTCAAGAACATCATGTACATTTATTAAAGTAAAGCATAGTGAAATTCGAAGAAATATTGGTTTACCACAATTCTTACAACATGAACTGTTTTCTGTTATTTTTGTTCCGATCTAAAGATCTGGTACGGCCTATGACCTTTCTAAACACATGCTCTCAGTCATATTCTAGAGTAAGGAGTAATTAACAGTCAAGTGATTGCCATGAACTTGTCTAAGGCAA----AGACATACCTAATGTGATCC-AAGCC-GTTGA-CAACT-TGTGGATATTTTTACTGTCGTTATGATACGG----------CACCAGTTATCGAAATAGTATATCCAGCTTTCCCATCAAATATGGT--TCTTTT-GCCCTCATATTT--GAAACAATTCTTCATGA---TCTAACT--------A-AAAAATAGAAAACAT---------ATTTTGTTCAA-TATCTTCATGACTAAATC-TGAACATG--TATGCAGTAA-TTACAACT---AGAGAGTTTGCTGTG--------------------------------------CAGCAA--------A--GAAACAGATACATT--AAT--ATCTTATTTTCG-TAATT-------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atacaaatgtaattAGTTATTTAAAGAAATCAACATAACAATTACATAACAATCATGCTGATCACTccg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaaacACATA-ACAATACAAAGTAAGTAAATGGTAATACAAATAAAGTGAACATGATCTAATTTATGAAAAGGAGACTATCCATAAAGGCATG-TCTTAACTTTCTTACAATACAATTTTACTGTAATGTGATG----TGCAAAGCCC---------CA-AACCTATCTTATAACATACAGAAACC---G-GA--------ATAGATC----TACTC-GTAAACCGCACACTTTGAAAAGTCCAGAAAATGTTC--CTTCTTTTT---T---TATTGTAGAATAAACCTCTATCAA-CCGG-AACCTCTCTATTCCAGAAAACTGATGG-----------------------ATTTTTCTA-CATTTATTTA-TTCCATAAACCGGAA-TAA----CAT-AAT------CTGTTTTTGG-T-TTTTTACATTACACAGGGTAGTGTC--ATCAAATGATAGGTTtgggtcacataacaatacaaagtaagtaaatggtaatacaaataaagtgaacatgatctaatttatgaaaaggagactatccataaaggcatgtcttaactttcttacaatacaattttactgtaatgtgatgtgcaaagccccaaacctatcttataacatacagaaaccggaatagatctactcgtaaaccgcacactttgaaaagtccagaaaatgttccttctttttttattgtagaataaacctctatcaaccggaacctctctattccagaaaactgatggatttttctacatttatttattccataaaccggaataacataatctgtttttggttttttacattacacagggtagtgtcatcaaatgataggttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGAATTGCGTTTGATTGTGTAATGTACATGATAACTGTCATGTACTTCAGAGATCAATATCAGCTGATAGGGAAGATTCCTTTTTCAGATAATATTGAAAATTTTTCTTTCTGTAGTGCACTTAAATACTTGGAAAATGTTTACACGTTTGTTAATACAAACATCAAGGAAATTCAGAGAATTTGACATTGAAACTTATTACATGTATTATTCATTGTAAAGACCTTCTTATTCTCCCATTATTGTCCTGGCTGTTAAAAAGTTGTGTGAAGGCATAAAATAAATCAGGAAACCAAAGTAAGTAAAGACAAGCTAAAAGTTCTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTGAAAATTCAAAGATTTTTACATTGAAACGTATAACTTGTAGATTTAGCATTGTAGCATTCTCCCATTATTGTCTGGTTACTGTCAGAAAGCATAAAATTGATCAGAAAAGCATATCAAGTAAAAAAACAGCTAAAACCTCTATAAACCAGAAACTTCTCTAAACTGAACTTTTCATTCGGTCTGGAGGTTGCCCAGCTTATAGAGGTTGCACTGTATATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTTGCAGTTAATGTCAATGTTCAAAGAAAGGATTTTGATTTATATATCTTAGATGAACAGA
Unaligned ( gi|20 ): TAATAGTTTAAAGCCTTGCATTCTTGGTGCTGATCAGCGGTGACAGTATGCAGTGA