lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 4444444444444444444 11 333 222 33333333333333 22 111 2 22 2 22222222222222 666666666 888888888888888 22 1 11 2222222 22222 6666666666666666666666666666666 11 555555555555555555 1 22 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333 4444444444444444444 333 1 22222 222222222222 222222222 5555555555555555555555555 111 222222222 111 111 11 33333333 222 1111 33333333333333333333333333333333333333333 11 1 11 11 6666666666666666666666 44444444 222 333333333 44444444 33333333333333333333333333333333333 3333 1
lowQualScore : 6 777 0000000000000000000 6 6 22 666 999 66666666666666 55 111 6 4 7 77 8 33333333333333 222222222 8 7 888888888888888 7 22 3 2 44 5555555 55 88888 2 7777777777777777777777777777777 8 11 111111111111111111 3 0 33 2 00 222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2222222222 8 2 2 2 9 8 8888888888888888888 1 6 6666 3 4 222 2 1 8 2 1 1 33333 000000000000 7 111111111 1 88 1 9 2222222222222222222222222 0 777 999999999 888 888 8 0 999 5 1 444 11 8 3 33333333 999 99 2 7777 55555555555555555555555555555555555555555 0 33 1 2 00 88 2 3 5555555555555555555555 2 0 44444444 6 6 333 666666666 2 77777777 66 2 2 77777777777777777777777777777777777 6 1111 6 5 6 6
lowQualScore : . ... ................... . . .. ... ... .............. .. ... . . . .. . .............. ......... . . ............... . .. . . .. ....... .. ..... . ............................... . .. .................. . . .. . .. ................................................... . .......... . . . . . . ................... . . .... . . ... . . . . . . ..... ............ . ......... . .. . . ......................... . ... ......... ... ... . . ... . . ... .. . . ........ ... .. . .... ......................................... . .. . . .. .. . . ...................... . . ........ . . ... ......... . ........ .. . . ................................... . .... . . . .
lowQualScore : 0 000 0000000000000000000 0 0 00 000 000 00000000000000 55 000 0 0 5 55 5 00000000000000 555555555 3 0 333333333333333 3 33 7 0 33 3333333 00 00000 5 5555555555555555555555555555555 0 00 222222222222222222 2 0 44 5 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4444444444 0 8 2 8 6 2 0000000000000000000 4 7 8888 5 4 222 8 0 4 2 8 4 44444 555555555555 3 777777777 6 00 0 2 6666666666666666666666666 6 111 000000000 444 666 0 6 444 8 0 000 00 0 2 00000000 222 22 5 0000 55555555555555555555555555555555555555555 2 88 5 5 00 55 5 0 5555555555555555555555 5 7 00000000 7 7 333 000000000 5 00000000 55 5 5 00000000000000000000000000000000000 0 0000 0 0 0 0
consensus : NNAGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGANGTNCCGNCAGGANTGGAGGGCGGCNNNCGTNGCCCCTTACCTTTCAAGAAGGGAGACCGNNACNNANCATCNNATAGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACGT-CGT--GCTTGCAAGG-TANTGGAGCAC-ATCGTCCATAGCNACGT----NATGNAGCACCTTGACAGGCACAACATCCTCACCGACN----GCCAGCA-TGG--TTTCCG-----N--G-CCAGACGCTNCTGCGAGACTCAACTCCTCACCACCGTCCAGGAAAT--CGCCCGTCA-AC---TAC-GAACCA-AGGAAACAGA-CAGNTNGATGTTATACTNCTGGACTTCGGTA-AAGCCTTTGACAAAGTCCCNC--------A-CC----AA-CGCCT-GCTACA-CAAGCTNGACCATTATGGCGTCAGGGGCGACATCCTGAGNTGGAT--ACA-G--TCNTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGATGG--A-GTCAAC-T-CATCAGAAGCAGGC----GTC-GTTNCCGGCG-TACCCC-AAGGAANN-GTNCTAG---GAC--CT-CTNCT-------NTTCCTGATCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----AT---CTCCNANATCNGAGA------CTCTTTGCAGACG--ACGGNCCCNTCNACCGGNANATCANGGACGCTGATGGACTACTNNGCCAAGCTACAGNAAGACCTGGACN-CGTTACAGCAA---TGGGAG-AT--AACTGGNAGATGGNCTTTAACCNNGACGAGTGCGAGGTTNTGNGNATCTGNACGTAACAANAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGG
Reference ( gi|1 ) : GGAACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCGCAAACATTGTACCT--CTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACATCAGT-TACTTGCAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGTCCACAGTAACAT----AATGCAGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACA----ACCAACA-TGG--TTTCCA-----C--G-CCAAACGCTCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCCAGGGAAT--CACTAGTCA-AC---TAC-GAAC---AGGAAA-AGACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA-AGGCTTTCGACAAGGTCCCCC--------A-TC----AA-CGCCT-GCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGCAACACCCTTCGCTGGAT--ACA-G--TCTTTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG--A-ATCAGC-T-CATCAGAAGCAGAT----GTT-GTTTCAGGTG-TATCCC-AGGGAACG-GTACTAG---GAC--CT-CTCCT-------TTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCC----CA------G---A----AT---CTACAACATCAGAGACACA-CCTCTTTGCAGATG--ACGGTCTTCTTTACCGTCACATCAAGGACCCTGATGA--TGCCCTG--AAGCTACAGCAGGACCTAGATT-CCTTACAGGAA---TGGGAGGAT--AGATGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGGCCACCTACAATACACTGGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACCTAACCACTGACATTAACTGGCTGGAACAGGTACAAAGACAGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTTCAACATGATAATCAACCTAGGATGGGATTCACTCGCACATAGGAGAACCAA
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGGGAGGCATCCGTAGTCCCT--CTTTTCAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCCAA------CTACAGAACAGTGTCCTTGACGTCCAT-AACGTGCAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGTGTATAGCAATGT----CATGCAGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACA----TCCAGCA-TGG--TTTCCG-----CAAG-C--GACGCTCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCCAGGAAAT--CGCC-TCCA-AC----AC--AGCCAAAGGGAA-A---CAGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA-AAGCTTTTGACAAAGTCCCTC--------A-TG----TA-CGGCT-ACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGCAACATCAAGAGATGGAT--ACA-G--TCATTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGC
gi|8 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcAGAT-TCCCGAC-G-AGTGGAAAACAGCTAACGTTGC-CCTTACCTT-CAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATATATGCTTGCAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCGCCATAGCTACAT----CATGAAGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACT----GCCAGCA-TGGCTTTTTTA-----A--GAACACATCCTGCTGTGAGTCTaag
gi|11 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccACCTGTTTCA---------GT--GCT-GAAAGG-TGCTTGAACATTATCGTC---AGTTACATCATCGATGAAGCATCTTGACAGAAACAACATCCTC----ACACACTGCCAACA-TGG--ATTTCG-----G--G-CAAGGCGTAGCTGTGAGAGTCAACTTCTCAC
gi|3 : ccctcAACAT----AATGCGACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACT----GCCAGCACTGG--TT--CAGAAGAC--G-ACGAA-GCT---GCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGATGAG-----CTTGTCAGAT---CACTGGACCATAGGCA-----TCAGCATGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA-AAGCATTTGACTGTGTACCGC--------A--C----AGTCGCCT-GCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGCCATATCCTGAACTGGATTGA-A-G--GCTT-CCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG--G-G-CAAC----ATCC-AAGCAGGC----ACCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC--AT-ATTCT-------TTTCCTAATCTTCATC--AACGACATAC----CACTACAGG---T----GT---CTTCCAAATCA-AGA------CTATTTGCAGACA--ACtttggtacacgaactgacatcgtctttagacaagaccaagcaacatgacctagccatcctcgacttcagtaaggcgtttgaccgc
gi|10 : gaACA-CGG--TTTCAG-----A--T-CTAGACACTCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACACAC--AA---CATTC-TCA-ATATGTAT-GA-T---AGGAAACACAGCAA-----TATTGGACTTC-AG-------TA-AAGCCTTTGATACCATCCCAC--------ACTC----AA-AAC-T-ACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGACGCCATACGTAGATGGGT--ACA-G--GCATTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG--ACATCA-C-T-CCTCAtgcgtggtatacagggaaatcaactctgaacaggactgtctaaccctacaggatgacctgaacaagctagcaaattgggagaaatgctggggtatgagcttccatcaaga
gi|4 : CCCAACTCATCGTCACCCTCGAGGACATAGCATCAGGC---C---T-C--AAC---AGTAAACAG--CAGCTGGATGTTATACTCCT---TTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCA-CCCACGAA-CGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGACAAGACCTTGGAGTGGAT---CA-GAATCTT-CCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAGGCCA-ATCTTCCT-CATCAG
gi|6 : -AGACCAAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA-AGGCCTTCGGCAAAGTTTCAC--------A-CC----AG-CATCT-TCTCTA-CAAGCtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|15 : ctgcaagcaatgttcaacggagagttaactcgaccctaccatcttagacatcgcagctgggattgacgaggg-GCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGAGATACCCTTGGGTGGAT--CCA-A--CAATTCAT---CAGCT-ACAcctgccactacaggatcaacggtaacctgatttaatagatacagagcttcctggttgatagaaccctacaggtactggttgaaagtcgtgcctctccaatcgcccctgtcatcattggagtgccacaaggtacagttctcatcccactgttgttccttctgtatatcaacaacatgccatggagtcttgtctataaacagactattcacagatgacggcctgctacacaggagaatcctcaga
gi|9 : GCTGGAT---CAGG--TCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG-----T--GC-TATATCTG-ACCAGGTACCAGTA-GCTAGCGGAG-TATCCC-AGGTAAAT-GTACTAG---GCA--CT-GTACT-------GTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTAC----CA------G---
gi|7 : ggaaacaccaagaT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG--A-GTCAAA-T-CCTCACAGGCCCAT----GTC-ATCTCTGACG-TACTCC-AAGTCACA-GTATTAGCTAGGC--CT-CTGCT-------CTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCC----CA------G---A----AT---CAACCTCATCTGACAC-CAGACTCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACATCAAGGACGTTGATGG--TATTGAG--AAACTACAGCAAGATTTG---T-CGACACTGGAAGTTTAGTA--ATCAACATGGGAAATGAA-TTTAATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGgctgtgttctatccaagacaagactttcctgatgactgcattatctacagagagattcaatcacagtcagattgctctgtcctgcaaaattttttccaagagttggcaaattgggaagtaacgtggggtatggacttctacccaga
gi|14 : GAT----GTC-TTTTCTGGAA-TACCCC-AAAGATGA-GTCCTAG---GAC--CT-CTCCT-------ATTTTCGATCTATATA--AACGATCTCacgaacactttcagaggtagtagata
gi|5 : CAAGTG-TACCAT-AGAGCACT-GTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTG-C-TCTACATCAACAATTTCCAGGACA------GGGTA----AT---TTCCA-CATCTCGG-------CTCTTTGCTGATG--ACAGCCTCATCAACCGGAAGATCACG--TCC--ATAAACTACTCTGCCAAGCTACAGGAAGACCTGAACA-AATTACAGCAA---TGGGAGCAC--AACTGG
gi|16 : tcctcaccctccaagatctcaccacttgaatagatgcaggtcaacagatagacactgtactccttgatttcagcaatgccttcgattaagtccccaatgaatgactgttgttcaagcaggggcccaatattgagctggatttagagcttcctgacaggtagaagccagcaggtcctggttgaaggccacatgttaacctccgctcctgtctctaTTATA--AATGATCAAC----CA------G---ACTGTATTCACTCCAAGACCAGA--------CTTTTTGCAGATG--ACatatgatgatgtccttca
gi|4 : GGACCTAGACCACCTTA-AGCAA---TGGGAAGAT--GACTGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAAT---AAC----CAATAAGtgcattaacaaca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTCAAAAAAGGAGACTATCACCTACCAGAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACATCGGTCCTGAGCAAGGCTTGAAAACATCGTCTGCCATCACATATTCTGTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAATGGCTTC
Unaligned ( gi|13 ): CTACCAGACTGTGTTCACTCCAATATCAGACGTTTTGCCTATGACTGCATTATCTACAGTGAGATTCAATCACAGCGATGTCCTGCAAAAAAAGACCTCAAAGAGTTGGCAAAGTGGGAAGCAACATGGGGTAT
Alignments
lowQualScore : 2 1 33 11 555555555 3333333333333333 11 111 1111 1111 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222222222 111 11111 222222222 555555555555555555555555555555555555555555 11 111 11111 11111 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444 111 111 33333333333333333333333333333 111111 44444444444444 11 22222222222 2222 222222
lowQualScore : 2 2 2 2 4 2 3 4 55 4 77 1 77 3 1 3 6 333 1 0 6 00 33 2 6 22 22 1 666666666 0 0 0 2 5555555555555555 11 1 6 8 444 3 8 3 1 4444 77 0 3 2 1111 22 5 5555555 22 00 8 5 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 1 6 3 888 2 0 1 7777777777777777 5 5 3 55 666 33 6 2 2 000 2 777 1 4 9 4 77777 000000000 44 55 11 22 1 1 888888888888888888888888888888888888888888 5 1 1 7 11 5 77 22 1 1 000 44444 1 44444 1 88 0 66 1 2222 55555555555555555555555555555555555555555555555 000 3 888 1 000 22 5 1 1 6 44444444444444444444444444444 0 1 999999 99 00000000000000 88 22222222222 1 6 66 5 22 77 77 1 1 1 1 4444 1 888888 4 4 2
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. . .. . . . . ... . . . .. .. . . .. .. . ......... . . . . ................ .. . . . ... . . . . .... .. . . . .... .. . ....... .. .. . . . ........................................................... . . . . . ... . . . ................ . . . .. ... .. . . . ... . ... . . . . ..... ......... .. .. .. .. . . .......................................... . . . . .. . .. .. . . ... ..... . ..... . .. . .. . .... ............................................... ... . ... . ... .. . . . . ............................. . . ...... .. .............. .. ........... . . .. . .. .. .. . . . . .... . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 0 5 0 0 00 0 77 0 77 7 0 3 7 000 0 7 7 77 22 0 5 00 00 0 888888888 2 2 2 0 9999999999999999 88 0 4 0 000 2 8 3 0 2222 77 7 3 2 0000 00 7 8888888 44 66 5 0 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 0 0 5 1 888 2 3 0 1111111111111111 3 0 9 44 111 66 5 5 2 000 5 888 0 4 1 4 99999 999999999 00 66 77 00 0 0 888888888888888888888888888888888888888888 7 7 0 6 00 7 33 00 0 6 000 33333 0 33333 0 99 5 99 0 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999 000 7 999 0 777 00 2 0 0 7 66666666666666666666666666666 8 0 222222 22 55555555555555 33 22222222222 0 4 00 8 00 33 33 0 0 0 0 0000 0 000000 0 0 5
consensus : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCT--CCTTT-CAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT---C-A--TG-CTT--GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGGTTTCCGN--GCCAGACGCTCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-ANGAN-----ATCGCCT-TCA-A--CTAC-GA---ACC-A-AGGAAACA-G----AC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGTCCCNC--------AC-C----AACGNCT-GCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGA-TACA-G--NCNTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGANGG----A-GTC--AA-----C-TCATCAG-AGCAGGC----G-TCGTTNCNGGN-GTA-CCCCAGGG-AACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----AT---CT--NCNACATCNNA-----GA-----C---TCTTCGCAGATGAC--GGCCTTNTCTACNGGNANA-TCAAGGACGCTGA--TGGACTGCTCTGCCAAGCTACAGCAAGA------CCTG--GACA-C-----GTTACAGCAA--TGGGA-G-ATAA--C-TGGGANATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Reference ( family-2172 ) : NNAGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGANGTNCCGNCAGGANTGGAGG-GCGGCNNNCGTNGCCCCTTACCTTT-CAAGAAGGGAGACCGNNACNNANCATCNNATAGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACGT---C-G--TG-CTT--GCAAGG-TANTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACGTNAT----G-NAGCACCTTGACAGGCACAACATCCTCACCGACNGCCAGCA-TGGTTTCCGN--GCCAGACGCTNCTGCGAGACTCAACTCCTCACCACCGTCC-AGGAA-----ATCGCCCGTCA-A--CTAC-GA---ACC-A-AGGAAACA-G----AC-AGNTNGATGTTATACTNCTGGACTTCGGTA---AAGCCTTTGACAAAGTCCCNC--------AC-C----AACGCCT-GCTACA-CAAGCTNGACCATTATGGCGTCAGGGGC--GACATCCTGA---GNTGGA-TACA-G--TCNTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGATGG----A-GTC--AA-----C-TCATCAGAAGCAGGC----G-TCGTTNCCGGC-GTA-CCCCAAGG-AANNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGATCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----AT---CT--CCNANATCNGA-----GA-----C---TCTTTGCAGACGAC--GGNCCCNTCNACCGGNANA-TCANGGACGCTGA--TGGACTACTNNGCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GACN-C-----GTTACAGCAA--TGGGA-G-ATAA--C-TGGNAGATGGNCTTTAACCNNGACGAGTGCGAGGTTNTGNGNATCTGNACGTAACAANAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGG
gi|1 : AACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCG-CAAACATTGTACCT---CTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACAT---C-AGTTA-CTT--GCAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGT---CCACAGTAACATAAT----G-CAGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACAACCAACA-TGGTTTCCAC--GCCAAACGCTCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCC-AGGGA-----ATCACTAGTCA-A--CTAC-GA---AC----AGGAAA-A-G----ACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA---AGGCTTTCGACAAGGTCCCCC--------AT-C----AACGCCT-GCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGC--AACACCCTTC---GCTGGA-TACA-G--TCTTTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG----A-ATC--AG-----C-TCATCAGAAGCAGAT----G-TTGTTTCAGGT-GTA-TCCCAGGG-AACGGTACTAG---GAC-----CTCTCC-----TTTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCC----CA------G---A----AT---CT--ACAACATCAGA-----GACACACC---TCTTTGCAGATGAC--GGTCTTCTTTACCGTCACA-TCAAGGACCCTGA--TGA--TGCCCTG--AAGCTACAGCAGGA------CCTA--GATT-C-----CTTACAGGAA--TGGGAGG-ATAG--A-TGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGG
gi|10 : ggCA-CGGTTTCAGA--TCTAGACACTCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACAC-ACAAC-----ATT---C-TCA-A---TAT-GT---ATG-ATAGGAAACA-------C-AGC----------AATATTGGACTTCAGTA---AAGCCTTTGATACCATCCCAC--------ACTC----AA-AACT-ACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGAC--GCCATACGTA---GATGGG-TACA-G--GCATTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG----ACATC---A-----C-TCCTCAccacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaaccactgacattaactggctggaacaggtacaaagacaggcagctcgctttgtaatgcgcaactactgggagaggaccccaggatgtgtgttcaacatgataatcaacctaggatgggattcactcgcacataggagaaccaa
gi|11 : a-G--TG-CT---GAAAGG-TGCTTGAACATTATCGT---C---AGTTACATCATCGATG-AAGCATCTTGACAGAAACAACATCCTCACACACTGCCAACA-TGGATTTCGG--GCAAGGCGTAGCTGTGAGAGTCAACTTCTCACTTTGGTAC-ACGAACTGACATCGTCTTTAG-A--CAA---G---ACC-A-A-GCAACATG----AC---CTA---GCCA---TCCTCGACTTCAGTA---AGGCGTTTGAC
gi|12 : ccctcacctgtttcaTTT-CAAAAAAGGAGACTATCACCTACCA------GAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACAT---C-G--GT-CCTGAGCAAGG---CTTGAAAAC-ATCGTCTGCCATCAC-ATATTCT----GTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAA-TGGCTTCcgc
gi|14 : ----G-TCTTTTCTGGA-ATA-CCCCAAAG-ATGAGTCCTAG---GAC-----CTCTCC-----TATTTTCGATCTATATA--AACGATCT
gi|15 : gat-GCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGA--GATACCCTTG---GGTGGA-TCCA-A--CAATTCAT---CAGCT-ACAc
gi|16 : TTATA--AATGATCAAC----CA------G---ACTGTATTCACT--CCAAGACC--A-----GA-----C---TTTTTGCAGATGAC--
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGG-GAGGCATCCGTAGTCCCT--CTTTT-CAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCC------AACTACAGAACAGTGTCCTTGACGT---CCA--TAACGT--GCAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGT---GTATAGCAATGTCAT----G-CAGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACATCCAGCA-TGGTTTCCGCAAGC--GACGCTCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCC-AGGAA-----ATCGCCT-CCA-A--C-AC--A---GCCAA-AGGGAA--------AC-AGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA---AAGCTTTTGACAAAGTCCCTC--------AT-G----TACGGCT-ACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGC--AACATCAAGA---GATGGA-TACA-G--TCATTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGCAAGtgcattaacaaca
gi|3 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcACATAAT----G-CGACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACTGCCAGCACTGGTTCAGAA--GAC-GACGAAGCTGCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGATGA---------GCTTGTCAGA--TCACTGG---ACC-ATAGGCATCA-G-----C-A---TGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA---AAGCATTTGACTGTGTACCGC--------AC-A----GTCGCCT-GCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGC--CATATCCTGA---ACTGGATTGAA-G--GC-TTCCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG----G-G-C--AA--------CATC-CAAGCAGGC----ACCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC-----ATATTC-----TTTTCCTAATCTTCATC--AACGACATAC----CACTACAGG---T----GT---CT--TCCAAATCA-A-----GA-----C---TATTTGCAGACAAC--TGCGTGGTATACAGGGAAA-TCA---ACTCTGAACAGGACTGTCTAACC---CTACAGGATGA------CCTG--AACA-A-----GCT--AGCAAATTGGGA-G-A-AATGC-TGGGGTATGAGCTTCCATCAAGA
gi|4 : gaaCCCAACTCATCGTCACCCTCG-AGGAC-----ATAGC--ATCA-GGCCT-C--A---AC----AGTAAACA-G-----C-AGCTGGATGTTATACTCCT-----TTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCAC-CCACGAACGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGAC--AAGACCTTGG---AGTGGA-T-CA-GAATC-TTCCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAG-------GCC--AATCTTCC-TCATCAG
gi|4 : GA------CCTA--GACCAC-----CTTA-AGCAA--TGGGAAG-ATGA--C-TGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAATtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|5 : cccaactcatcgtcaccctcgaggacatagcatcaggcctcaacagtaaacagcagctggatgttatactcctttgttatacaagcttttgataaagtcccccccccccccacccacgaacgtcttgctgccaaacttcatcattatggtgtcagagacaagaccttggagtggatcagaatcttcctcgctgaccaatcacaacaggtcgtccttgaaggccaatcttcctcatcagtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgTCCTCACC--C-TCC-AAGAT-----CTCACC------A--CT-T-GA---AT-----AGATGCA-GGTCAAC-AGATAGACACTGTACTCCTTGATTTCAGCA---ATGCCTTCGATTAAGTCCCCA--------AT-G----AATGACT-GTTGTT-CAAGC-----------------AGGGGCCCAATAT--TGA---GCTGGA-TTTA-G--AGCTTCCTGA-CAGGT-A--GAAGCCAGCAGGTCCTGGTTGAAGGCCACATGTT--AA-----CCTC--C----GCTCCT----G-TCTCTACAAGT-GTA-CCATAGAG-CACTGTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTGCTCTACATC--AACAATTTCCAGGACA------GGGTA----AT---TT--CC-ACATCTCG-----G------C---TCTTTGCTGATGAC--AGCCTCATCAACCGGAAGA-TCA----CGTCCA--TAAACTACTCTGCCAAGCTACAGGAAGA------CCTG--AACA-A-----ATTACAGCAA--TGGGA-GCACAA--C-TGGaaccaataag
gi|6 : GAGAGTTAACTCGACCCTACCATCT-TAGAC-----ATCGC-----A-G--CTGG-GATTGACG-A-GGGAGAC--------C-AAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA---AGGCCTTCGGCAAAGTTTCAC--------AC-C----AGCATCT-TCTCTA-CAAGCCCTGCCACTACAGGATCAACGGT--AAC---CTGATTTAATAGA-TACA-G--AGCTTCCT----GGTTGATAGAACCCTACAGGTACTGGTTGA--A----A-GTCGTGC-----C-TCTCCAATCGCCCCT----G-TCATCATTGGA-GTG-CCACAAGG-TACAGTTCTCA---TCC-----CACTGT-----TGTTCCT--TCTGTATATCAACAACATGC----CATG----G---A----GT---CTTGTCTATA-AACA-----GA-----C---TATTCACAGATGAC--GGCCTGCTACACAGGAGAA-TCatatgatgatgtccttca
gi|7 : ctgcaagcaatgttcaacgT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG----A-GTC--AA-----A-TCCTCA----CAGGCCCATG-TCATCTCTGAC-GTA-CTCCAAGT-CACAGTATTAGCTAGGC-----CTCTGC-----TCTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCC----CA------G---A----AT---CA--ACCTCATCTGACACCAGA-----C---TCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACA-TCAAGGACGTTGA--TGG--TATTGAG--AAACTACAGCAAGA------TTTGTCGACA-CTGGAAGTT-TAGTAA--T--------CAA--CATGGGAAATGAA-TTTAATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGctcaga
gi|8 : AGAT-TCCCGAC--GAGTGGAAA-ACAGCTAACGTTGCCC-TTACCTT--CAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATAT-A--TG-CTT--GCAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCG---CCATAGCTACATCAT----G-AAGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACTGCCAGCA-TGGCTTacgaacactttcagaggtagtagata
gi|9 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccGA---GCTGGA-T-CAGG--TCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG----T-GCT--A---------TATCTG-ACCAGGTACCAG-TAGCTAGCGGA-GTA-TCCCAGGT-AAATGTACTAG---GCA-----CTGTAC-----TGTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTAC----CA------G---G----CT---GT--GTTCTATCCAA-----GA-----CAAGACTTTCCTGATGAC--TGCATTATCTACAGAGAGATTCAATCACAGTCA----GATTGCTCTGTC---CT---GCAAAATTTTTTCCAA--GA---------GTT--GGCAAATTGGGA-A-GTAA--CGTGGGGTATGGACTTCTACCCAGAttttaagaacacatcctgctgtgagtct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTACCAGACTGTGTTCACTCCAATATCAGACGTTTTGCCTATGACTGCATTATCTACAGTGAGATTCAATCACAGCGATGTCCTGCAAAAAAAGACCTCAAAGAGTTGGCAAAGTGGGAAGCAACATGGGGTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 555555555 33333333333 11 11 1111 1111 1111111 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222222222 1111 222222222 66666666666666666666666666666666666666 111 11111 11111 1111 44444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1 222 444444444444444444444 111111 44444444444444 22 22222222222 2222 222222
lowQualScore : 2 1 1 1 1 1 1 1 33 1 6 1 6 3 6 1 3 6 0 1 1 1 1 222222222 0 0 0 33333333333 0 11 11 6 8 7777 8 1 4444 77 1 2222 77 5 5555555 1 00 8 5 333333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 6 3 888 1 2 0 1 7777777777777777 1 5 3 55 666 33 1 1 6 2 2 66 3 0 777 1 4 9 5555 000000000 44 55 11 22 1 1 1 33333333333333333333333333333333333333 5 1 1 1 66 77 1 11 1 1 000 44444 1 44444 1 66 0 66 1 0000 66666666666666666666666666666666666666666666 22222 888 0 2 0 111 2 1 1 22 1 1 000 77 666666666666666666666 3 2 666666 888 00000000000000 33 33333333333 1 5 1 44 1 4444 888888 1 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ......... . . . ........... . .. .. . . .... . . .... .. . .... .. . ....... . .. . . ...... . .............................................................. . . . ... . . . . ................ . . . .. ... .. . . . . . .. . . ... . . . .... ......... .. .. .. .. . . . ...................................... . . . . .. .. . .. . . ... ..... . ..... . .. . .. . .... ............................................ ..... ... . . . ... . . . .. . . ... .. ..................... . . ...... ... .............. .. ........... . . . .. . .... ...... . . .
lowQualScore : 5 0 0 0 0 0 0 0 55 0 7 0 7 3 7 0 3 7 7 0 0 0 0 000000000 2 2 2 44444444444 8 00 88 4 0 2222 8 0 2222 77 0 7777 33 7 8888888 4 66 5 0 555555 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 5 1 888 1 2 3 0 1111111111111111 0 0 9 44 111 66 1 1 5 5 2 11 7 1 888 0 4 1 3333 999999999 00 66 77 00 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000 7 7 0 0 77 99 6 77 0 6 000 33333 0 33333 0 00 5 99 0 6666 11111111111111111111111111111111111111111111 55555 888 2 0 5 444 5 0 0 77 0 4 777 33 888888888888888888888 2 5 444444 333 33333333333333 66 33333333333 0 0 0 33 0 0000 000000 0 0 0
consensus : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT---C-AG-TG-CTTG--CAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGTC---CATAGCNACATCAT----GC-AGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGGTTTCCG--AGCCAGACGCTCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-CTCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGAAACA-G----AC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGTCCCNC--------AC-C----AACGNCT-GCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGA-TACAGN-CCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCNGA-NCAGGC-C--G-TCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----AT-------CT--NCNACATC-GA-----GA-----C---TCTTTGCAGATGAC--NGCNTTNTCTACAGGGAGA-TCAA--ACGNCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGGA-G-ACAA--C-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Reference ( family-2172 ) : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCCTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT---C-A--TG-CTTG--CAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGTC---CATAGCNACATCAT----GC-AGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGGTTTCCG--NGCCAGACGCTCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGANATCGC------C-TTCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGAAACA-G----AC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGTCCCNC--------AC-C----AACGNCT-GCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGA-TACAGN-CNTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGANGG----A-GTC--AA-----CTCATCAGA-GCAGGC----G-TCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----AT-------CT--NCNACATCNNA-----GA-----C---TCTTCGCAGATGAC--GGCCTTNTCTACNGGNANA-TCAAGGACGCTGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGCAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTACAGCAA--TGGGA-G-ATAA--C-TGGGANATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
gi|1 : AACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCG-CAAACATTGTACCTCTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACAT---C-AGTTA-CTTG--CAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGTC---CACAGTAACATAAT----GC-AGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACAACCAACA-TGGTTTCCA--CGCCAAACGCTCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCC-A-----GGGAATCAC------TAGTCA-ACTAC-GA---AC----AGGAAA-A-G----ACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA---AGGCTTTCGACAAGGTCCCCC--------AT-C----AACGCCT-GCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGC--AACACCCTTC---GCTGGA-TACAGT-CTTTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG----A-ATC--AG-----CTCATCAGAAGCAGAT----G-TTGTTTCAGG-TGTATCCC--AGGGAACGGTACTAG---GAC-----CTCTCC-----TTTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCC----CA------G---A----AT-------CT--ACAACATCAGA-----GACACACC---TCTTTGCAGATGAC--GGTCTTCTTTACCGTCACA-TCAAGGACCCTGA--TGA---TGCCCT-G--AAGCTACAGCAGGA------CCTA--GAT-TC-----CTTACAGGAA--TGGGAGG-ATAG--A-TGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGG
gi|10 : ggCA-CGGTTTCAG--ATCTAGACACTCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACAC-A-----CAACATT----------CTCA-A-TAT-GT---ATG-ATAGGAAACA-------C-AGC----------AATATTGGACTTCAGTA---AAGCCTTTGATACCATCCCAC--------ACTC----AA-AACT-ACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGAC--GCCATACGTA---GATGGG-TACAGG-CATTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG----ACATC---A-----CTCCTCAccacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaaccactgacattaactggctggaacaggtacaaagacaggcagctcgctttgtaatgcgcaactactgggagaggaccccaggatgtgtgttcaacatgataatcaacctaggatgggattcactcgcacataggagaaccaa
gi|11 : aT---C-AG-TG-CT-G--AAAGG-TGCTTGAACATTATCGTC------AGTTACATCATCGATGA-AGCATCTTGACAGAAACAACATCCTCACACACTGCCAACA-TGGATTTCG--GGCAAGGCGTAGCTGTGAGAGTCAACTTCTCACTTTGGTAC-ACGAACTGACATCGT------C-TTTA-G--AC-AAG--ACC-A-A-GCAACATG----AC---CTA---GCCA---TCCTCGACTTCAGTA---AGGCGTTTGAC
gi|12 : ccctcacctgttTTTCAAAAAAGGAGACTATCACCTACCA------GAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACAT---C-G--GT-CCTGAGCAAGG---CTTGAAAAC-ATCGTCTGCCATCAC-ATATTCT----GTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAA-TGGCTTCcgc
gi|13 : CTAC----CA------G---A----CTGTGTTCACT--CCAATATC--A-----GA-----C---GTTTTGCCTATGAC--TGCATTATCTACAGTGAGATTCAATCACAGCGA--TGT-CCTG-------CAA-----AAAAAGA------CCTC--AAA-GA-----GTT--GGCAAAGTGGGA-A-GCAA--CATGGGGTAT
gi|14 : ----G-TCTTTTCTGG-AATACCCC--AAAGATGAGTCCTAG---GAC-----CTCTCC-----TATTTTCGATCTATATA--AACGATCT
gi|15 : gat-GCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGA--GATACCCTTG---GGTGGA-TCCAAC-AATTCAT---CAGCT-ACAc
gi|16 : TTATA--AATGATCAAC----CA------G---ACTGTATTCA----CT--CCAAGACC--A-----GA-----C---TTTTTGCAGATGAC--TGCATT
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGG-GAGGCATCCGTAGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCC------AACTACAGAACAGTGTCCTTGACGT---CCA--TAACGTG--CAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGTG---TATAGCAATGTCAT----GC-AGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACATCCAGCA-TGGTTTCCGCAAGC--GACGCTCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCC-A-----GGAAATCGC------C-TCCA-AC-AC--A---GCCAA-AGGGAA--------AC-AGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA---AAGCTTTTGACAAAGTCCCTC--------AT-G----TACGGCT-ACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGC--AACATCAAGA---GATGGA-TACAGT-CATTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGCAAGaacaaca
gi|3 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcACATAAT----GC-GACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACTGCCAGCACTGGTTCAGA--AGAC-GACGAAGCTGCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGA-----TGAGCTTG----------TCAGATCACTGG---ACC-ATAGGCATCA-G-----C-A---TGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA---AAGCATTTGACTGTGTACCGC--------AC-A----GTCGCCT-GCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGC--CATATCCTGA---ACTGGATTGAAGG-C-TTCCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG----G-G-C--AA-------CATCCAA-GCAGGC----ACCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC-----ATATTC-----TTTTCCTAATCTTCATC--AACGACATAC----CACTACAGG---T----GT-------CT--TCCAAATC-AA-----GA-----C---TATTTGCAGACAAC--TGCGTGGTATACAGGGAAA-TCA---ACTCTGAACAGG-ACTG-TCTAACC---CTACAGGATGA------CCTG--AAC-AA-----GCT--AGCAAATTGGGA-G-A-AATGC-TGGGGTATGAGCTTCCATCAAGA
gi|4 : gaaCCCAACTCATCGTCACCCTCG-A-----GGACATAGCATCAGGC-CTCA-AC---------------AGTAAACA-G-----C-AGCTGGATGTTATACTCCT-----TTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCAC-CCACGAACGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGAC--AAGACCTTGG---AGTGGA-T-CAGAATCTTCCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAG-------GCC--AATCTTCCTCATCAG
gi|4 : GA------CCTA--GACCAC-----CTTA-AGCAA--TGGGAAG-ATGA--C-TGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAATtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|5 : cccaactcatcgtcaccctcgaggacatagcatcaggcctcaacagtaaacagcagctggatgttatactcctttgttatacaagcttttgataaagtcccccccccccccacccacgaacgtcttgctgccaaacttcatcattatggtgtcagagacaagaccttggagtggatcagaatcttcctcgctgaccaatcacaacaggtcgtccttgaaggccaatcttcctcatcagtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgTCCTCACC--C-TCC-A-----AGATCTCAC------C------ACT-T-GA---AT-----AGATGCA-GGTCAAC-AGATAGACACTGTACTCCTTGATTTCAGCA---ATGCCTTCGATTAAGTCCCCA--------AT-G----AATGACT-GTTGTT-CAAGC-----------------AGGGGCCCAATAT--TGA---GCTGGA-TTTAGA-GCTTCCTGA-CAGGT-A--GAAGCCAGCAGGTCCTGGTTGAAGGCCACATGTT--AA-----CC--TCCGC-TC---CT---G-TCTCTACAAG-TGTACCAT--AGAGCACTGTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTGCTCTACATC--AACAATTTCCAGGACA------GGGTA----AT--------T--TCCACATCTCG-----G------C---TCTTTGCTGATGAC--AGCCTCATCAACCGGAAGA-TCA----CGTCCA--TAA-ACTACTCT-GCCAAGCTACAGGAAGA------CCTG--AAC-AA-----ATTACAGCAA--TGGGA-GCACAA--C-T-GGATATGAaaccaataag
gi|6 : GAGAGTTAACTCGACCCTACCATCT-T-----AGACATCGC-----------A-GCTGG-GATTGACG-A-GGGAGAC--------C-AAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA---AGGCCTTCGGCAAAGTTTCAC--------AC-C----AGCATCT-TCTCTA-CAAGCCCTGCCACTACAGGATCAACGGT--AA---CCTGATTTAATAGA-TACAGA-GCTTCCT----GGTTGATAGAACCCTACAGGTACTGGTTGAA------A-GTCGTGC-----CTC-TCCAA-TC--GCCCCTG-TCATCATTGG-AGTGCCAC--AAGGTACAGTTCTCA---TCC-----CACTGT-----TGTTCCT--TCTGTATATCAACAACATGC----CATG----G---A----GT-------CTTGTCTATA-AACA-----GA-----C---TATTCACAGATGAC--GGCCTGCTACACAGGAGAA-TCtgatgtccttca
gi|7 : ctgcaagcaatgttcaacgT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG----A-GTC--AA-----ATCCTCA----CAGGCCCATG-TCATCTCTGA-CGTACTCC--AAGTCACAGTATTAGCTAGGC-----CTCTGC-----TCTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCC----CA------G---A----AT-------CA--ACCTCATCTGACACCAGA-----C---TCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACA-TCAAGGACGTTGA--TGGTATTGA----G--AAACTACAGCAAGA------TTTGTCGAC-ACTGGAAGTT-TAGTAA--T--------CAA--CATGGGAAATGAA-TTTAATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGctcaga
gi|8 : AGAT-TCCCGAC-G-AGTGGAAA-ACAGCTAACGTTGCCCTTACCTTCAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATAT-A--TG-CTTG--CAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCGC---CATAGCTACATCAT----GA-AGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACTGCCAGCA-TGGCTTacgaacactttcagaggtagtagata
gi|9 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccGGA--AACACCAAGA---GCTGGA-T-CAGGTCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG----T-GCT--A--------TATCTGA-CCAGGTACCAG-TAGCTAGCGG-AGTATCCC--AGGTAAATGTACTAG---GCA-----CTGTAC-----TGTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTAC----CA------G---G----CT-------GT--GTTCTATCCAA-----GA-----CAAGACTTTCCTGATGAC--TGCATTATCTACAGAGAGATTCAATCACAGTCA----G-ATTGCTCT-GTC---CT---GCAAAATTTTTTCCAA--GA---------GTT--GGCAAATTGGGA-A-GTAA--CGTGGGGTATGGACTTCTACCCAGAttttaagaacacatcctgctgtgagtct
Alignments
lowQualScore : 1 1 555555555 111 11 11 111 1111 1111111 111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111111 1 11111 222222222 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111 11111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 555555555555555555555555555555 111111 33333333333333 1 1 2222 222222
lowQualScore : 2 1 1 1 1 1 1 1 33 1 6 1 6 3 6 1 3 6 1 1 1 1 222222222 0 0 0 8 8 777 33 11 6 8 444 3 8 1 4444 77 1 2222 77 5 77 1 9999999 6 00 8 5 333333 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 3 3 888 1 2 0 00000000 1 888888 1 5 3 55 666 33 1 1 6 2 2 66 3 0 777 1 0 22222 000000000 44 55 11 22 1 1 0 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 77 1 11 1 1 000 44444 1 44444 1 66 0 66 1 0000 0000000000000000000000000000000000000000000000 22222 888 0 0 777 1 1 0 33 1 5 5 222222222222222222222222222222 3 1 666666 888 88888888888888 7 7 99999 0 5 7 1 44 44 1 4444 888888 1 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . ......... . . . . . ... .. .. . . ... . . . .... .. . .... .. . .. . ....... . .. . . ...... . . .......................................................... .. . . ... . . . ........ . ...... . . . .. ... .. . . . . . .. . . ... . . ..... ......... .. .. .. .. . . . ........................................ . . . .. .. . .. . . ... ..... . ..... . .. . .. . .... .............................................. ..... ... . . ... . . . .. . . . .............................. . . ...... ... .............. . . ..... . . . . .. .. . .... ...... . . .
lowQualScore : 5 0 0 0 0 0 0 0 55 0 7 0 7 3 7 0 3 7 0 0 0 0 000000000 2 2 2 0 0 444 66 88 4 0 000 2 8 0 2222 77 0 7777 33 7 99 0 8888888 7 66 5 0 555555 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 4 1 888 1 2 3 77777777 0 666666 0 7 9 44 111 66 1 1 5 5 2 11 7 1 888 0 3 99999 999999999 00 66 77 00 0 0 8 5555555555555555555555555555555555555555 7 0 0 77 99 6 77 0 6 000 33333 0 33333 0 00 5 99 0 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444 55555 888 2 5 999 0 0 2 44 7 7 7 888888888888888888888888888888 2 0 444444 333 33333333333333 1 1 77777 4 7 1 9 22 33 0 0000 000000 0 0 0
consensus : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACAG-N-NCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----AT-------C-------T--CCNACAT-C--AGA-----C---TCTTTGCAGATGACN--GCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Reference ( family-2172 ) : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGAAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACAG-N-CCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCNG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----AT-------C-------T--NCNACAT-C-GAGA-----C---TCTTTGCAGATGACN--GCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGNCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
gi|1 : AACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCG-CAAACATTGTACCTCTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACAT-CA-GTTA-CTT-GCAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGT---CCACAGTAACATAAT----G-CAGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACAACCAACA-TGG--TTTCCA--CGCCAAACGC-TCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCC-A-----GGGAATCAC------T-AGTCA-ACTAC-GA---AC----AGGAAA-A-GACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA---AGGCTTTCGACAAGGT--------CCCCCAT-C----AACGCC-TGCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGC--AACACCCTTC---GCTGGATACAG-T-CTTTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG----A-ATC--AG-----CTCATCAGAAGCAGA---T---GTTGTTTCAGG-TGTATCCC--AGGGAACGGTACTAG---GAC-----CTCTCC-----TTTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCC----CA------G---A----AT-------C-------T--ACAACAT-CAGAGACACACC---TCTTTGCAGATGACG--GTCTTCTTTACCGTCACA-T-CAAGGACCCTGA--TGA---TGCCCT-G--AAGCTACAGCAGGA------CCTA--GAT-TC-----CTTACAG-GAA-TGGG-AGG-ATA-GA-TGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGG
gi|10 : ggCA-CGG--TTTCAG--ATCTAGACAC-TCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACAC-A-----CAACAT---------T-C-TCA-A-TAT-GT---ATG-ATAGGAAAC---AC-AGC----------AATATTGGACTTCAGTA---AAGCCTTTGATACCAT--------CCCACACTC----AA-AAC-TACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGAC--GCCATACGTA---GATGGGTACAG-G-CATTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG----ACATC---A-----CTCCTCccacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaaccactgacattaactggctggaacaggtacaaagacaggcagctcgctttgtaatgcgcaactactgggagaggaccccaggatgtgtgttcaacatgataatcaacctaggatgggattcactcgcacataggagaaccaa
gi|11 : aT-CA-GT-G-CT--GAAAGG-TGCTTGAACATTATCGT---C---AGTTACATCATCGATG-AAGCATCTTGACAGAAACAACATCCTCACACACTGCCAACA-TGG--ATTTCG--GGCAAGGCGT-AGCTGTGAGAGTCAACTTCTCACTTTGGTAC-ACGAACTGACATCGT------C-T-TTA-G--AC-AAG--ACC-A-A-GCAACATGAC---CTA---GCCA---TCCTCGACTTCAGTA---AGGCGTTTGACa
gi|12 : ccctcacctgttTTTCAAAAAAGGAGACTATCACCTACCA------GAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACAT-CG-GT-C-CTGAGCAAGG---CTTGAAAAC-ATCGTCTGCCATCAC-ATATTCT----GTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAA-TGG--CTTCcgc
gi|13 : CTAC----CA------G---A----CTGTGTTCAC-------T--CCAATAT-C--AGA-----C---GTTTTGCCTATGACT--GCATTATCTACAGTGAGA-TTCAATCACAGCGA--TGT-CCTGC-------AA-----AAAAAGA------CCTC--AAA-GA-----GTT--GGCAAAGTGGG-A-A-GCA-ACATGGGGTAT
gi|14 : ---GTCTTTTCTGG-AATACCCC--AAAGATGAGTCCTAG---GAC-----CTCTCC-----TATTTTCGATCTATATA--AACGATCT
gi|15 : gatGCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGA--GATACCCTTG---GGTGGATCCAA-C-AATTCAT---CAGCT-ACAc
gi|16 : TTATA--AATGATCAAC----CA------G---ACTGTATTCA----C-------T--CCAAGAC-C--AGA-----C---TTTTTGCAGATGACT--GCATTAACAACA
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGG-GAGGCATCCGTAGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCC------AACTACAGAACAGTGTCCTTGACGT-CC-AT-AACGT-GCAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGT---GTATAGCAATGTCAT----G-CAGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACATCCAGCA-TGG--TTTCCGCAAGC--GACGC-TCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCC-A-----GGAAATCGC------C-T-CCA-AC-AC--A---GCCAA-AGGGAA----AC-AGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA---AAGCTTTTGACAAAGT--------CCCTCAT-G----TACGGC-TACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGC--AACATCAAGA---GATGGATACAG-T-CATTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGCAAG
gi|3 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcACATAAT----G-CGACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACTGCCAGCACTGG--TTCAGA--AGAC-GACGA-AGCTGCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGA-----TGAGCTTG-----------TCAGATCACTGG---ACC-ATAGGCATCA-G-C-A---TGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA---AAGCATTTGACTGTGT--------ACCGCAC-A----GTCGCC-TGCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGC--CATATCCTGA---ACTGGATTGAA-G-GCTTCCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG----G-G-C--AA-------CATCCA-AGCAGG--CA---CCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC-----ATATTC-----TTTTCCTAATCTTCATC--AACGACATAC----CACTACAGG---T----GT-------C-------T--TCCAAAT-C-AAGA-----C---TATTTGCAGACAACT--GCGTGGTATACAGGGAAA-T-C-A--ACTCTGAACAGG-ACTG-TCTAACC---CTACAGGATGA------CCTG--AAC-AA-----GCT--AGCAAATTGGG-A-G-AAATGC-TGGGGTATGAGCTTCCATCAAGA
gi|4 : gaaCCCAACTCATCGTCACCCTCG-A-----GGACATAGCATCAGGC-C-TCA-AC---------------AGTAAACA-G-C-AGCTGGATGTTATACTC-----CTTTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCAC-CCACGAACGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGAC--AAGACCTTGG---AGTGGAT-CAGAA-TCTTCCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAG-------GCC--AATCTTCCTCATCAG-TCC-----CC---GTC
gi|4 : GA------CCTA--GACCAC-----CTTA-AGC-AA-TGGGAA-G-ATG-AC-TGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|5 : cccaactcatcgtcaccctcgaggacatagcatcaggcctcaacagtaaacagcagctggatgttatactcctttgttatacaagcttttgataaagtcccccccccccccacccacgaacgtcttgctgccaaacttcatcattatggtgtcagagacaagaccttggagtggatcagaatcttcctcgctgaccaatcacaacaggtcgtccttgaaggccaatcttcctcatcagtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgTCCTCACC--C-TCC-A-----AGATCTCAC------CAC-TTG-AATA--GA---TGC-A-GGTCAACA-GA-----TAGACACTGTACTCCTTGATTTCAGCA---ATGCCTTCGATTAAGT--------CCCCAAT-G----AATGAC-TGTTGTT-CAAGC-----------------AGGGGCCCAATAT--TGA---GCTGGATTTAG-A-GCTTCCTGA-CAGGT-A--GAAGCCAGCAGGTCCTGGTTGAAGGCCACATGTT--AA-----CC--TCCG-CTC-----CT---GTCTCTACAAG-TGTACCAT--AGAGCACTGTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTGCTCTACATC--AACAATTTCCAGGACA------GGGTA----AT---------------T--TCCACAT-C-TCGG-----C---TCTTTGCTGATGACA--GCCTCATCAACCGGAAGA-T-CA----CGTCCA--TAA-ACTACTCT-GCCAAGCTACAGGAAGA------CCTG--AAC-AA-----ATTACAGC-AA-TGGG-A-GCACA-AC-T-GGATATGAaaccaataag
gi|6 : GAGAGTTAACTCGACCCTACCATCT-T-----AGACATCGC------------A-GCTGG-GATTGACG-A-GGGAGAC----C-AAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA---AGGCCTTCGGCAAAGT--------TTCACAC-C----AGCATC-TTCTCTA-CAAGCCCTGCCACTACAGGATCAACGGT--AA---CCTGATTTAATAGATACAG-A-GCTTCCT----GGTTGATAGAACCCTACAGGTACTGGTTGAA------A-GTCGTGC-----CTC-TCCA-ATC--G--CCCCTGTCATCATTGG-AGTGCCAC--AAGGTACAGTTCTCA---TCC-----CACTGT-----TGTTCCT--TCTGTATATCAACAACATGC----CATG----G---A----GT-------C-------TTGTCTATAA-A-CAGA-----C---TATTCACAGATGACG--GCCTGCTACACAGGAGAA-T-Ctgatgtccttca
gi|7 : ctgcaagcaatgttcaacgT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG----A-GTC--AA-----ATCCTCA----CAGG--CCCATGTCATCTCTGA-CGTACTCC--AAGTCACAGTATTAGCTAGGC-----CTCTGC-----TCTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCC----CA------G---A----AT-------CAACCTCAT--CTGACAC-C--AGA-----C---TCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACA-T-CAAGGACGTTGA--TGGTATTGA----G--AAACTACAGCAAGA------TTTGTCGAC-ACTGGAAGTTT-AGTAA--T---------CA-ACATGGGAAATGAATTT-AATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGctcaga
gi|8 : AGAT-TCCCGAC-G-AGTGGAAA-ACAGCTAACGTTGCCCTTACCTTCAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATATAT-G-CTT-GCAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCG---CCATAGCTACATCAT----G-AAGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACTGCCAGCA-TGGCTTTTTTA--AG---AACACATCCTGCacgaacactttcagaggtagtagata
gi|9 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccGGA--AACACCAAGA---GCTGGAT-CAG-GTCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG----T-GCT--A--------TATCTG-ACCAGGTACCA--GTAGCTAGCGG-AGTATCCC--AGGTAAATGTACTAG---GCA-----CTGTAC-----TGTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTAC----CA------G---G----CT-------G-------T--GTTCTATCC-AAGA-----CAAGACTTTCCTGATGACT--GCATTATCTACAGAGAGATT-CAA--TCACAGT--CAG-ATTGCTCT-GTC---CT---GCAAAATTTTTTCCAA--GA---------GTT--GGCAAATTGGG-A-A-GTA-ACGTGGGGTATGGACTTCTACCCAGAtgtgagtct
Alignments
lowQualScore : 1 1 555555555 111 11 11 111 1111 1111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111111 1 222222222 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111 11111 1111 7777777777777777777777777777777777777 1 1111111 555555555555555555555555555555 111111 33333333333333 1 1 2222 222222
lowQualScore : 2 1 1 1 1 1 1 1 33 1 6 1 6 3 6 1 3 6 1 1 1 1 222222222 0 0 0 8 8 777 33 11 6 8 444 3 8 1 4444 77 1 2222 77 5 77 1 9999999 6 00 8 5 333333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 3 3 888 1 2 0 00000000 1 888888 1 5 3 55 666 33 1 1 6 2 2 66 3 0 777 1 0 4 6666 000000000 44 55 11 22 1 1 0 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 77 1 11 1 1 000 44444 1 44444 1 66 0 66 1 0000 1111111111111111111111111111111111111 66 5 88 0 6666666 0 0 777 1 1 0 33 1 5 5 111111111111111111111111111111 3 1 666666 888 88888888888888 7 7 99999 0 5 7 1 44 44 1 4444 888888 1 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . ......... . . . . . ... .. .. . . ... . . . .... .. . .... .. . .. . ....... . .. . . ...... . ........................................................... .. . . ... . . . ........ . ...... . . . .. ... .. . . . . . .. . . ... . . . .... ......... .. .. .. .. . . . ........................................ . . . .. .. . .. . . ... ..... . ..... . .. . .. . .... ..................................... .. . .. . ....... . . ... . . . .. . . . .............................. . . ...... ... .............. . . ..... . . . . .. .. . .... ...... . . .
lowQualScore : 5 0 0 0 0 0 0 0 55 0 7 0 7 3 7 0 3 7 0 0 0 0 000000000 2 2 2 0 0 444 66 88 4 0 000 2 8 0 2222 77 0 7777 33 7 99 0 8888888 7 66 5 0 555555 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 4 1 888 1 2 3 77777777 0 666666 0 7 9 44 111 66 1 1 5 5 2 11 7 1 888 0 3 4 6666 999999999 00 66 77 00 0 0 8 5555555555555555555555555555555555555555 7 0 0 77 99 6 77 0 6 000 33333 0 33333 0 00 5 99 0 6666 1111111111111111111111111111111111111 99 9 44 0 2222222 2 5 999 0 0 2 44 7 7 7 333333333333333333333333333333 2 0 444444 333 33333333333333 1 1 77777 4 7 1 9 22 33 0 0000 000000 0 0 0
consensus : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----A-----T-------C-------T--CCAAN-ACC-AGA-------CTCTTTGCAGATGACN--GCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Reference ( family-2172 ) : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----A-----T-------C-------T--CCNAC-ATC-AGA-------CTCTTTGCAGATGACN--GCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
gi|1 : AACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCG-CAAACATTGTACCTCTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACAT-CA-GTTA-CTT-GCAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGT---CCACAGTAACATAAT----G-CAGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACAACCAACA-TGG--TTTCCA--CGCCAAACGC-TCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCC-A-----GGGAATCAC------T-AGTCA-ACTAC-GA---AC----AGGAAA-A-GACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA---AGGCTTTCGACAAGGT--------CCCCCAT-C----AACGCC-TGCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGC--AACACCCTTC---GCTGGATACA-G-TCTTTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG----A-ATC--AG-----CTCATCAGAAGCAGA---T---GTTGTTTCAGG-TGTATCCC--AGGGAACGGTACTAG---GAC-----CTCTCC-----TTTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCC----CA------G---A----A-----T-------C-------T--ACAAC-ATC-AGAGACACACCTCTTTGCAGATGACG--GTCTTCTTTACCGTCACA-T-CAAGGACCCTGA--TGA---TGCCCT-G--AAGCTACAGCAGGA------CCTA--GAT-TC-----CTTACAG-GAA-TGGG-AGG-ATA-GA-TGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGG
gi|10 : ggCA-CGG--TTTCAG--ATCTAGACAC-TCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACAC-A-----CAACATT----------C-TCA-A-TAT-GT---ATG-ATAGGAAACA---C-AGC----------AATATTGGACTTCAGTA---AAGCCTTTGATACCAT--------CCCACACTC----AA-AAC-TACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGAC--GCCATACGTA---GATGGGTACA-G-GCATTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG----ACATC---A-----CTCCTCccacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaaccactgacattaactggctggaacaggtacaaagacaggcagctcgctttgtaatgcgcaactactgggagaggaccccaggatgtgtgttcaacatgataatcaacctaggatgggattcactcgcacataggagaaccaa
gi|11 : aT-CA-GT-G-CT--GAAAGG-TGCTTGAACATTATCGT---C---AGTTACATCATCGATG-AAGCATCTTGACAGAAACAACATCCTCACACACTGCCAACA-TGG--ATTTCG--GGCAAGGCGT-AGCTGTGAGAGTCAACTTCTCACTTTGGTAC-ACGAACTGACATCGT------C-T-TTA-G--AC-AAG--ACC-A-A-GCAACATGAC---CTA---GCCA---TCCTCGACTTCAGTA---AGGCGTTTGACa
gi|12 : ccctcacctgttTTTCAAAAAAGGAGACTATCACCTACCA------GAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACAT-CG-GT-C-CTGAGCAAGG---CTTGAAAAC-ATCGTCTGCCATCAC-ATATTCT----GTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAA-TGG--CTTCcgc
gi|13 : CTAC----CA------G---A----C-----TGTGTTCAC-------T--CCAAT-ATC-AGA-------CGTTTTGCCTATGACT--GCATTATCTACAGTGAGA-TTCAATCACAGCGA--TGT-CCTGC-------AA-----AAAAAGA------CCTC--AAA-GA-----GTT--GGCAAAGTGGG-A-A-GCA-ACATGGGGTAT
gi|14 : ---GTCTTTTCTGG-AATACCCC--AAAGATGAGTCCTAG---GAC-----CTCTCC-----TATTTTCGATCTATATA--AACGATCT
gi|15 : gatGCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGA--GATACCCTTG---GGTGGATCCA-A-CAATTCAT---CAGCT-ACAc
gi|16 : TTATA--AATGATCAAC----CA------G---ACTGTA-----TTCA----C-------T--CCAAG-ACC-AGA-------CTTTTTGCAGATGACT--GCATTAACAACA
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGG-GAGGCATCCGTAGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCC------AACTACAGAACAGTGTCCTTGACGT-CC-AT-AACGT-GCAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGT---GTATAGCAATGTCAT----G-CAGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACATCCAGCA-TGG--TTTCCGCAAGC--GACGC-TCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCC-A-----GGAAATCGC------C-T-CCA-AC-AC--A---GCCAA-AGGGAA----AC-AGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA---AAGCTTTTGACAAAGT--------CCCTCAT-G----TACGGC-TACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGC--AACATCAAGA---GATGGATACA-G-TCATTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGCAAG
gi|3 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcACATAAT----G-CGACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACTGCCAGCACTGG--TTCAGA--AGAC-GACGA-AGCTGCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGA-----TGAGCTTG-----------TCAGATCACTGG---ACC-ATAGGCATCA-G-C-A---TGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA---AAGCATTTGACTGTGT--------ACCGCAC-A----GTCGCC-TGCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGC--CATATCCTGA---ACTGGATTGA-A-GGCTTCCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG----G-G-C--AA-------CATCCA-AGCAGG--CA---CCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC-----ATATTC-----TTTTCCTAATCTTCATC--AACGACATAC----CACTACAGG---T----G-----T-------C-------T--TCCAA-ATCAAGA-------CTATTTGCAGACAACT--GCGTGGTATACAGGGAAA-T-C-A--ACTCTGAACAGG-ACTG-TCTAACC---CTACAGGATGA------CCTG--AAC-AA-----GCT--AGCAAATTGGG-A-G-AAATGC-TGGGGTATGAGCTTCCATCAAGA
gi|4 : gaaCCCAACTCATCGTCACCCTCG-A-----GGACATAGCATCAGGC-C-TCA-AC---------------AGTAAACA-G-C-AGCTGGATGTTATACTC-----CTTTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCAC-CCACGAACGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGAC--AAGACCTTGG---AGTGGAT-CA-GAATCTTCCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAG-------GCC--AATCTTCCTCATCAG-TCC-----CC---GTC
gi|4 : GA------CCTA--GACCAC-----CTTA-AGC-AA-TGGGAA-G-ATG-AC-TGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|5 : cccaactcatcgtcaccctcgaggacatagcatcaggcctcaacagtaaacagcagctggatgttatactcctttgttatacaagcttttgataaagtcccccccccccccacccacgaacgtcttgctgccaaacttcatcattatggtgtcagagacaagaccttggagtggatcagaatcttcctcgctgaccaatcacaacaggtcgtccttgaaggccaatcttcctcatcagtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgTCCTCACC--C-TCC-A-----AGATCTCAC------CAC-TTG-AATA--GA---TGC-A-GGTCAACA-GA-----TAGACACTGTACTCCTTGATTTCAGCA---ATGCCTTCGATTAAGT--------CCCCAAT-G----AATGAC-TGTTGTT-CAAGC-----------------AGGGGCCCAATAT--TGA---GCTGGATTTA-G-AGCTTCCTGA-CAGGT-A--GAAGCCAGCAGGTCCTGGTTGAAGGCCACATGTT--AA-----CC--TCCG-CTC-----CT---GTCTCTACAAG-TGTACCAT--AGAGCACTGTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTGCTCTACATC--AACAATTTCCAGGACA------GGGTA----A-----T-------T-------T--CC-AC-ATCTCGG-------CTCTTTGCTGATGACA--GCCTCATCAACCGGAAGA-T-CA----CGTCCA--TAA-ACTACTCT-GCCAAGCTACAGGAAGA------CCTG--AAC-AA-----ATTACAGC-AA-TGGG-A-GCACA-AC-T-GGATATGAaaccaataag
gi|6 : GAGAGTTAACTCGACCCTACCATCT-T-----AGACATCGC------------A-GCTGG-GATTGACG-A-GGGAGAC----C-AAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA---AGGCCTTCGGCAAAGT--------TTCACAC-C----AGCATC-TTCTCTA-CAAGCCCTGCCACTACAGGATCAACGGT--AA---CCTGATTTAATAGATACA-G-AGCTTCCT----GGTTGATAGAACCCTACAGGTACTGGTTGAA------A-GTCGTGC-----CTC-TCCA-ATC--G--CCCCTGTCATCATTGG-AGTGCCAC--AAGGTACAGTTCTCA---TCC-----CACTGT-----TGTTCCT--TCTGTATATCAACAACATGC----CATG----G---A----G-----T-------C-------TTGTCTATAAAC-AGA-------CTATTCACAGATGACG--GCCTGCTACACAGGAGAA-T-Ctgatgtccttca
gi|7 : ctgcaagcaatgttcaacgT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG----A-GTC--AA-----ATCCTC----ACAGG--CCCATGTCATCTCTGA-CGTACTCC--AAGTCACAGTATTAGCTAGGC-----CTCTGC-----TCTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCC----CA------G---A----A-----T-------CAACCTCAT--CTGAC-ACC-AGA-------CTCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACA-T-CAAGGACGTTGA--TGGTATTGA----G--AAACTACAGCAAGA------TTTGTCGAC-ACTGGAAGTTT-AGTAA--T---------CA-ACATGGGAAATGAATTT-AATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGctcaga
gi|8 : AGAT-TCCCGAC-G-AGTGGAAA-ACAGCTAACGTTGCCCTTACCTTCAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATATAT-G-CTT-GCAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCG---CCATAGCTACATCAT----G-AAGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACTGCCAGCA-TGGCTTTTTTA--AG---AACACATCCTGCacgaacactttcagaggtagtagata
gi|9 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccGGA--AACACCAAGA---GCTGGAT-CAGG-TCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG----T-GCT--A--------TATCTG-ACCAGGTACCA--GTAGCTAGCGG-AGTATCCC--AGGTAAATGTACTAG---GCA-----CTGTAC-----TGTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTAC----CA------G---G----CTGTGTT-------CTA-----T--CCAAG-ACA-AGA---------CTTTCCTGATGACT--GCATTATCTACAGAGAGATT-CAA--TCACAGT--CAG-ATTGCTCT-GTC---CT---GCAAAATTTTTTCCAA--GA---------GTT--GGCAAATTGGG-A-A-GTA-ACGTGGGGTATGGACTTCTACCCAGAtgtgagtct
Alignments
lowQualScore : 1 1 555555555 111 11 11 111 1111 1111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111111 1 222222222 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111 11111 1111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 555555555555555555555555555555 111111 33333333333333 1 1 1 2222 222222
lowQualScore : 2 1 1 1 1 1 1 1 33 1 6 1 6 3 6 1 3 6 1 1 1 1 222222222 0 0 0 8 8 777 33 11 6 8 444 3 8 1 4444 77 1 2222 77 5 77 1 9999999 6 00 8 5 333333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 3 3 888 1 2 0 00000000 1 888888 1 5 3 55 666 33 1 1 6 2 2 66 3 0 777 1 0 4 6666 000000000 44 55 11 22 1 1 0 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 77 1 11 1 1 000 44444 1 44444 1 66 0 66 1 0000 4444444444444444444444444444444444444 1 6666666 0 0 66 1 1 1 0 33 1 5 5 111111111111111111111111111111 3 1 666666 888 88888888888888 4 7 99999 0 5 7 1 5 1 44 1 4444 888888 1 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . ......... . . . . . ... .. .. . . ... . . . .... .. . .... .. . .. . ....... . .. . . ...... . ........................................................... .. . . ... . . . ........ . ...... . . . .. ... .. . . . . . .. . . ... . . . .... ......... .. .. .. .. . . . ........................................ . . . .. .. . .. . . ... ..... . ..... . .. . .. . .... ..................................... . ....... . . .. . . . . .. . . . .............................. . . ...... ... .............. . . ..... . . . . . . .. . .... ...... . . .
lowQualScore : 5 0 0 0 0 0 0 0 55 0 7 0 7 3 7 0 3 7 0 0 0 0 000000000 2 2 2 0 0 444 66 88 4 0 000 2 8 0 2222 77 0 7777 33 7 99 0 8888888 7 66 5 0 555555 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 4 1 888 1 2 3 77777777 0 666666 0 7 9 44 111 66 1 1 5 5 2 11 7 1 888 0 3 4 6666 999999999 00 66 77 00 0 0 8 5555555555555555555555555555555555555555 7 0 0 77 99 6 77 0 6 000 33333 0 33333 0 00 5 99 0 6666 9999999999999999999999999999999999999 0 2222222 2 5 99 0 0 0 2 44 7 7 7 333333333333333333333333333333 2 0 444444 333 33333333333333 1 1 77777 4 7 1 9 0 0 33 0 0000 000000 0 0 0
consensus : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----A-----T-------C-------TCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATG--ACNGCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Reference ( family-2172 ) : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----A-----T-------C-------TCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATG--ACNGCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
gi|1 : AACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCG-CAAACATTGTACCTCTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACAT-CA-GTTA-CTT-GCAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGT---CCACAGTAACATAAT----G-CAGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACAACCAACA-TGG--TTTCCA--CGCCAAACGC-TCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCC-A-----GGGAATCAC------T-AGTCA-ACTAC-GA---AC----AGGAAA-A-GACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA---AGGCTTTCGACAAGGT--------CCCCCAT-C----AACGCC-TGCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGC--AACACCCTTC---GCTGGATACA-G-TCTTTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG----A-ATC--AG-----CTCATCAGAAGCAGA---T---GTTGTTTCAGG-TGTATCCC--AGGGAACGGTACTAG---GAC-----CTCTCC-----TTTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCC----CA------G---A----A-----T-------C-------TACAACATCAGAGACACACCTCTTTGCAGATG--ACGGTCTTCTTTACCGTCACA-T-CAAGGACCCTGA--TGA---TGCCCT-G--AAGCTACAGCAGGA------CCTA--GAT-TC-----CTTACAG-GAA-TGGG-AGG-ATA-GA-TGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGG
gi|10 : ggCA-CGG--TTTCAG--ATCTAGACAC-TCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACAC-A-----CAACATT----------C-TCA-A-TAT-GT---ATG-ATAGGAAACA---C-AGC----------AATATTGGACTTCAGTA---AAGCCTTTGATACCAT--------CCCACACTC----AA-AAC-TACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGAC--GCCATACGTA---GATGGGTACA-G-GCATTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG----ACATC---A-----CTCCTCccacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaaccactgacattaactggctggaacaggtacaaagacaggcagctcgctttgtaatgcgcaactactgggagaggaccccaggatgtgtgttcaacatgataatcaacctaggatgggattcactcgcacataggagaaccaa
gi|11 : aT-CA-GT-G-CT--GAAAGG-TGCTTGAACATTATCGT---C---AGTTACATCATCGATG-AAGCATCTTGACAGAAACAACATCCTCACACACTGCCAACA-TGG--ATTTCG--GGCAAGGCGT-AGCTGTGAGAGTCAACTTCTCACTTTGGTAC-ACGAACTGACATCGT------C-T-TTA-G--AC-AAG--ACC-A-A-GCAACATGAC---CTA---GCCA---TCCTCGACTTCAGTA---AGGCGTTTGACa
gi|12 : ccctcacctgttTTTCAAAAAAGGAGACTATCACCTACCA------GAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACAT-CG-GT-C-CTGAGCAAGG---CTTGAAAAC-ATCGTCTGCCATCAC-ATATTCT----GTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAA-TGG--CTTCcgc
gi|13 : CTAC----CA------G---A----C-----TGTGTTCAC-------TCCAATATCAGA-------CGTTTTGCCTATG--ACTGCATTATCTACAGTGAGA-TTCAATCACAGCGA--TGT-CCTGC-------AA-----AAAAAGA------CCTC--AAA-GA-----GTT--GGCAAAGTGGG-A-A-GCA-ACATGGGGTAT
gi|14 : ---GTCTTTTCTGG-AATACCCC--AAAGATGAGTCCTAG---GAC-----CTCTCC-----TATTTTCGATCTATATA--AACGATCT
gi|15 : gatGCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGA--GATACCCTTG---GGTGGATCCA-A-CAATTCAT---CAGCT-ACAc
gi|16 : TTATA--AATGATCAAC----CA------G---ACTGTA-----TTCA----C-------TCCAAGACCAGA-------CTTTTTGCAGATG--ACTGCATTAACAACA
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGG-GAGGCATCCGTAGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCC------AACTACAGAACAGTGTCCTTGACGT-CC-AT-AACGT-GCAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGT---GTATAGCAATGTCAT----G-CAGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACATCCAGCA-TGG--TTTCCGCAAGC--GACGC-TCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCC-A-----GGAAATCGC------C-T-CCA-AC-AC--A---GCCAA-AGGGAA----AC-AGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA---AAGCTTTTGACAAAGT--------CCCTCAT-G----TACGGC-TACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGC--AACATCAAGA---GATGGATACA-G-TCATTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGCAAG
gi|3 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcACATAAT----G-CGACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACTGCCAGCACTGG--TTCAGA--AGAC-GACGA-AGCTGCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGA-----TGAGCTTG-----------TCAGATCACTGG---ACC-ATAGGCATCA-G-C-A---TGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA---AAGCATTTGACTGTGT--------ACCGCAC-A----GTCGCC-TGCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGC--CATATCCTGA---ACTGGATTGA-A-GGCTTCCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG----G-G-C--AA-------CATCCA-AGCAGG--CA---CCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC-----ATATTC-----TTTTCCTAATCTTCATC--AACGACATAC----CACTACAGG---T----G-----T-------CT------TCCAAATCAAGA-------CTATTTGCAGACA--ACTGCGTGGTATACAGGGAAA-T-C-A--ACTCTGAACAGG-ACTG-TCTAACC---CTACAGGATGA------CCTG--AAC-AA-----GCT--AGCAAATTGGG-A-G-AAATGC-TGGGGTATGAGCTTCCATCAAGA
gi|4 : gaaCCCAACTCATCGTCACCCTCG-A-----GGACATAGCATCAGGC-C-TCA-AC---------------AGTAAACA-G-C-AGCTGGATGTTATACTC-----CTTTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCAC-CCACGAACGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGAC--AAGACCTTGG---AGTGGAT-CA-GAATCTTCCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAG-------GCC--AATCTTCCTCATCAG-TCC-----CC---GTC
gi|4 : GA------CCTA--GACCAC-----CTTA-AGC-AA-TGGGAA-G-ATG-AC-TGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|5 : cccaactcatcgtcaccctcgaggacatagcatcaggcctcaacagtaaacagcagctggatgttatactcctttgttatacaagcttttgataaagtcccccccccccccacccacgaacgtcttgctgccaaacttcatcattatggtgtcagagacaagaccttggagtggatcagaatcttcctcgctgaccaatcacaacaggtcgtccttgaaggccaatcttcctcatcagtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgTCCTCACC--C-TCC-A-----AGATCTCAC------CAC-TTG-AATA--GA---TGC-A-GGTCAACA-GA-----TAGACACTGTACTCCTTGATTTCAGCA---ATGCCTTCGATTAAGT--------CCCCAAT-G----AATGAC-TGTTGTT-CAAGC-----------------AGGGGCCCAATAT--TGA---GCTGGATTTA-G-AGCTTCCTGA-CAGGT-A--GAAGCCAGCAGGTCCTGGTTGAAGGCCACATGTT--AA-----CC--TCCG-CTC-----CT---GTCTCTACAAG-TGTACCAT--AGAGCACTGTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTGCTCTACATC--AACAATTTCCAGGACA------GGGTA----A-----T-------T-------TCCACATCTCGG-------CTCTTTGCTGATG--ACAGCCTCATCAACCGGAAGA-T-CA----CGTCCA--TAA-ACTACTCT-GCCAAGCTACAGGAAGA------CCTG--AAC-AA-----ATTACAGC-AA-TGGG-A-GCACA-AC-T-GGATATGAaaccaataag
gi|6 : GAGAGTTAACTCGACCCTACCATCT-T-----AGACATCGC------------A-GCTGG-GATTGACG-A-GGGAGAC----C-AAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA---AGGCCTTCGGCAAAGT--------TTCACAC-C----AGCATC-TTCTCTA-CAAGCCCTGCCACTACAGGATCAACGGT--AA---CCTGATTTAATAGATACA-G-AGCTTCCT----GGTTGATAGAACCCTACAGGTACTGGTTGAA------A-GTCGTGC-----CTC-TCCA-ATC--G--CCCCTGTCATCATTGG-AGTGCCAC--AAGGTACAGTTCTCA---TCC-----CACTGT-----TGTTCCT--TCTGTATATCAACAACATGC----CATG----G---A----G-----T-------CTTG----TCTATAAACAGA-------CTATTCACAGATG--ACGGCCTGCTACACAGGAGAA-T-Ctgatgtccttca
gi|7 : ctgcaagcaatgttcaacgT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG----A-GTC--AA-----ATCCTC----ACAGG--CCCATGTCATCTCTGA-CGTACTCC--AAGTCACAGTATTAGCTAGGC-----CTCTGC-----TCTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCC----CA------G---A----A-----T-------CAACCTCATCTGACACCAGA-------CTCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACA-T-CAAGGACGTTGA--TGGTATTGA----G--AAACTACAGCAAGA------TTTGTCGAC-ACTGGAAGTTT-AGT-AA-T---------CA-ACATGGGAAATGAA-TTTAATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGctcaga
gi|8 : AGAT-TCCCGAC-G-AGTGGAAA-ACAGCTAACGTTGCCCTTACCTTCAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATATAT-G-CTT-GCAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCG---CCATAGCTACATCAT----G-AAGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACTGCCAGCA-TGGCTTTTTTA--AG---AACACATCCTGCacgaacactttcagaggtagtagata
gi|9 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccGGA--AACACCAAGA---GCTGGAT-CAGG-TCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG----T-GCT--A--------TATCTG-ACCAGGTACCA--GTAGCTAGCGG-AGTATCCC--AGGTAAATGTACTAG---GCA-----CTGTAC-----TGTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTAC----CA------G---G----CTGTGTT-------CTA-----TCCAAGACAAGA---------CTTTCCTGATG--ACTGCATTATCTACAGAGAGATT-CAA--TCACAGT--CAG-ATTGCTCT-GTC---CT---GCAAAATTTTTTCCAA--GA---------GTT--GGCAAATTGGG-A-A-GTA-ACGTGGGGTATGGACTTCTACCCAGAtgtgagtct
Alignments
lowQualScore : 1 1 555555555 111 11 11 111 1111 1111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111111 1 222222222 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111 11111 1111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 555555555555555555555555555555 111111 33333333333333 1 1 1 2222 222222
lowQualScore : 2 1 1 1 1 1 1 1 33 1 6 1 6 3 6 1 3 6 1 1 1 1 222222222 0 0 0 8 8 777 33 11 6 8 444 3 8 1 4444 77 1 2222 77 5 77 1 9999999 6 00 8 5 333333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 3 3 888 1 2 0 00000000 1 888888 1 5 3 55 666 33 1 1 6 2 2 66 3 0 777 1 0 4 6666 000000000 44 55 11 22 1 1 0 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 77 1 11 1 1 000 44444 1 44444 1 66 0 66 1 0000 4444444444444444444444444444444444444 1 6666666 0 0 66 1 1 1 0 33 1 5 5 111111111111111111111111111111 3 1 666666 888 88888888888888 4 7 99999 0 5 7 1 5 1 44 1 4444 888888 1 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . ......... . . . . . ... .. .. . . ... . . . .... .. . .... .. . .. . ....... . .. . . ...... . ........................................................... .. . . ... . . . ........ . ...... . . . .. ... .. . . . . . .. . . ... . . . .... ......... .. .. .. .. . . . ........................................ . . . .. .. . .. . . ... ..... . ..... . .. . .. . .... ..................................... . ....... . . .. . . . . .. . . . .............................. . . ...... ... .............. . . ..... . . . . . . .. . .... ...... . . .
lowQualScore : 5 0 0 0 0 0 0 0 55 0 7 0 7 3 7 0 3 7 0 0 0 0 000000000 2 2 2 0 0 444 66 88 4 0 000 2 8 0 2222 77 0 7777 33 7 99 0 8888888 7 66 5 0 555555 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 4 1 888 1 2 3 77777777 0 666666 0 7 9 44 111 66 1 1 5 5 2 11 7 1 888 0 3 4 6666 999999999 00 66 77 00 0 0 8 5555555555555555555555555555555555555555 7 0 0 77 99 6 77 0 6 000 33333 0 33333 0 00 5 99 0 6666 9999999999999999999999999999999999999 0 2222222 2 5 99 0 0 0 2 44 7 7 7 333333333333333333333333333333 2 0 444444 333 33333333333333 1 1 77777 4 7 1 9 0 0 33 0 0000 000000 0 0 0
consensus : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----A-----T-------C-------TCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATG--ACNGCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Reference ( family-2172 ) : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----A-----T-------C-------TCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATG--ACNGCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
gi|1 : AACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCG-CAAACATTGTACCTCTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACAT-CA-GTTA-CTT-GCAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGT---CCACAGTAACATAAT----G-CAGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACAACCAACA-TGG--TTTCCA--CGCCAAACGC-TCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCC-A-----GGGAATCAC------T-AGTCA-ACTAC-GA---AC----AGGAAA-A-GACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA---AGGCTTTCGACAAGGT--------CCCCCAT-C----AACGCC-TGCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGC--AACACCCTTC---GCTGGATACA-G-TCTTTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG----A-ATC--AG-----CTCATCAGAAGCAGA---T---GTTGTTTCAGG-TGTATCCC--AGGGAACGGTACTAG---GAC-----CTCTCC-----TTTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCC----CA------G---A----A-----T-------C-------TACAACATCAGAGACACACCTCTTTGCAGATG--ACGGTCTTCTTTACCGTCACA-T-CAAGGACCCTGA--TGA---TGCCCT-G--AAGCTACAGCAGGA------CCTA--GAT-TC-----CTTACAG-GAA-TGGG-AGG-ATA-GA-TGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGG
gi|10 : ggCA-CGG--TTTCAG--ATCTAGACAC-TCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACAC-A-----CAACATT----------C-TCA-A-TAT-GT---ATG-ATAGGAAACA---C-AGC----------AATATTGGACTTCAGTA---AAGCCTTTGATACCAT--------CCCACACTC----AA-AAC-TACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGAC--GCCATACGTA---GATGGGTACA-G-GCATTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG----ACATC---A-----CTCCTCccacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaaccactgacattaactggctggaacaggtacaaagacaggcagctcgctttgtaatgcgcaactactgggagaggaccccaggatgtgtgttcaacatgataatcaacctaggatgggattcactcgcacataggagaaccaa
gi|11 : aT-CA-GT-G-CT--GAAAGG-TGCTTGAACATTATCGT---C---AGTTACATCATCGATG-AAGCATCTTGACAGAAACAACATCCTCACACACTGCCAACA-TGG--ATTTCG--GGCAAGGCGT-AGCTGTGAGAGTCAACTTCTCACTTTGGTAC-ACGAACTGACATCGT------C-T-TTA-G--AC-AAG--ACC-A-A-GCAACATGAC---CTA---GCCA---TCCTCGACTTCAGTA---AGGCGTTTGACa
gi|12 : ccctcacctgttTTTCAAAAAAGGAGACTATCACCTACCA------GAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACAT-CG-GT-C-CTGAGCAAGG---CTTGAAAAC-ATCGTCTGCCATCAC-ATATTCT----GTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAA-TGG--CTTCcgc
gi|13 : CTAC----CA------G---A----C-----TGTGTTCAC-------TCCAATATCAGA-------CGTTTTGCCTATG--ACTGCATTATCTACAGTGAGA-TTCAATCACAGCGA--TGT-CCTGC-------AA-----AAAAAGA------CCTC--AAA-GA-----GTT--GGCAAAGTGGG-A-A-GCA-ACATGGGGTAT
gi|14 : ---GTCTTTTCTGG-AATACCCC--AAAGATGAGTCCTAG---GAC-----CTCTCC-----TATTTTCGATCTATATA--AACGATCT
gi|15 : gatGCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGA--GATACCCTTG---GGTGGATCCA-A-CAATTCAT---CAGCT-ACAc
gi|16 : TTATA--AATGATCAAC----CA------G---ACTGTA-----TTCA----C-------TCCAAGACCAGA-------CTTTTTGCAGATG--ACTGCATTAACAACA
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGG-GAGGCATCCGTAGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCC------AACTACAGAACAGTGTCCTTGACGT-CC-AT-AACGT-GCAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGT---GTATAGCAATGTCAT----G-CAGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACATCCAGCA-TGG--TTTCCGCAAGC--GACGC-TCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCC-A-----GGAAATCGC------C-T-CCA-AC-AC--A---GCCAA-AGGGAA----AC-AGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA---AAGCTTTTGACAAAGT--------CCCTCAT-G----TACGGC-TACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGC--AACATCAAGA---GATGGATACA-G-TCATTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGCAAG
gi|3 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcACATAAT----G-CGACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACTGCCAGCACTGG--TTCAGA--AGAC-GACGA-AGCTGCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGA-----TGAGCTTG-----------TCAGATCACTGG---ACC-ATAGGCATCA-G-C-A---TGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA---AAGCATTTGACTGTGT--------ACCGCAC-A----GTCGCC-TGCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGC--CATATCCTGA---ACTGGATTGA-A-GGCTTCCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG----G-G-C--AA-------CATCCA-AGCAGG--CA---CCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC-----ATATTC-----TTTTCCTAATCTTCATC--AACGACATAC----CACTACAGG---T----G-----T-------CT------TCCAAATCAAGA-------CTATTTGCAGACA--ACTGCGTGGTATACAGGGAAA-T-C-A--ACTCTGAACAGG-ACTG-TCTAACC---CTACAGGATGA------CCTG--AAC-AA-----GCT--AGCAAATTGGG-A-G-AAATGC-TGGGGTATGAGCTTCCATCAAGA
gi|4 : gaaCCCAACTCATCGTCACCCTCG-A-----GGACATAGCATCAGGC-C-TCA-AC---------------AGTAAACA-G-C-AGCTGGATGTTATACTC-----CTTTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCAC-CCACGAACGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGAC--AAGACCTTGG---AGTGGAT-CA-GAATCTTCCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAG-------GCC--AATCTTCCTCATCAG-TCC-----CC---GTC
gi|4 : GA------CCTA--GACCAC-----CTTA-AGC-AA-TGGGAA-G-ATG-AC-TGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|5 : cccaactcatcgtcaccctcgaggacatagcatcaggcctcaacagtaaacagcagctggatgttatactcctttgttatacaagcttttgataaagtcccccccccccccacccacgaacgtcttgctgccaaacttcatcattatggtgtcagagacaagaccttggagtggatcagaatcttcctcgctgaccaatcacaacaggtcgtccttgaaggccaatcttcctcatcagtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgTCCTCACC--C-TCC-A-----AGATCTCAC------CAC-TTG-AATA--GA---TGC-A-GGTCAACA-GA-----TAGACACTGTACTCCTTGATTTCAGCA---ATGCCTTCGATTAAGT--------CCCCAAT-G----AATGAC-TGTTGTT-CAAGC-----------------AGGGGCCCAATAT--TGA---GCTGGATTTA-G-AGCTTCCTGA-CAGGT-A--GAAGCCAGCAGGTCCTGGTTGAAGGCCACATGTT--AA-----CC--TCCG-CTC-----CT---GTCTCTACAAG-TGTACCAT--AGAGCACTGTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTGCTCTACATC--AACAATTTCCAGGACA------GGGTA----A-----T-------T-------TCCACATCTCGG-------CTCTTTGCTGATG--ACAGCCTCATCAACCGGAAGA-T-CA----CGTCCA--TAA-ACTACTCT-GCCAAGCTACAGGAAGA------CCTG--AAC-AA-----ATTACAGC-AA-TGGG-A-GCACA-AC-T-GGATATGAaaccaataag
gi|6 : GAGAGTTAACTCGACCCTACCATCT-T-----AGACATCGC------------A-GCTGG-GATTGACG-A-GGGAGAC----C-AAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA---AGGCCTTCGGCAAAGT--------TTCACAC-C----AGCATC-TTCTCTA-CAAGCCCTGCCACTACAGGATCAACGGT--AA---CCTGATTTAATAGATACA-G-AGCTTCCT----GGTTGATAGAACCCTACAGGTACTGGTTGAA------A-GTCGTGC-----CTC-TCCA-ATC--G--CCCCTGTCATCATTGG-AGTGCCAC--AAGGTACAGTTCTCA---TCC-----CACTGT-----TGTTCCT--TCTGTATATCAACAACATGC----CATG----G---A----G-----T-------CTTG----TCTATAAACAGA-------CTATTCACAGATG--ACGGCCTGCTACACAGGAGAA-T-Ctgatgtccttca
gi|7 : ctgcaagcaatgttcaacgT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG----A-GTC--AA-----ATCCTC----ACAGG--CCCATGTCATCTCTGA-CGTACTCC--AAGTCACAGTATTAGCTAGGC-----CTCTGC-----TCTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCC----CA------G---A----A-----T-------CAACCTCATCTGACACCAGA-------CTCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACA-T-CAAGGACGTTGA--TGGTATTGA----G--AAACTACAGCAAGA------TTTGTCGAC-ACTGGAAGTTT-AGT-AA-T---------CA-ACATGGGAAATGAA-TTTAATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGctcaga
gi|8 : AGAT-TCCCGAC-G-AGTGGAAA-ACAGCTAACGTTGCCCTTACCTTCAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATATAT-G-CTT-GCAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCG---CCATAGCTACATCAT----G-AAGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACTGCCAGCA-TGGCTTTTTTA--AG---AACACATCCTGCacgaacactttcagaggtagtagata
gi|9 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccGGA--AACACCAAGA---GCTGGAT-CAGG-TCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG----T-GCT--A--------TATCTG-ACCAGGTACCA--GTAGCTAGCGG-AGTATCCC--AGGTAAATGTACTAG---GCA-----CTGTAC-----TGTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTAC----CA------G---G----CTGTGTT-------CTA-----TCCAAGACAAGA---------CTTTCCTGATG--ACTGCATTATCTACAGAGAGATT-CAA--TCACAGT--CAG-ATTGCTCT-GTC---CT---GCAAAATTTTTTCCAA--GA---------GTT--GGCAAATTGGG-A-A-GTA-ACGTGGGGTATGGACTTCTACCCAGAtgtgagtct
blockSeqs : C G C G T G A T CC A G G G A G C . G T T T C TTACATAGA A T AA GA CC A T CTG C T C CGAT TT A CACA TG C CT A ATCTA A A G CGAACT C GCCTCCAACACAGCCAAAGGGAAACAGGTAGATGTTAT AT G A TAC A C CCCCCCCC A CCACG A T A AT TAG GA C T C C T CC C TTT A A G AATC GACAGGT CA CA GT AC A A AGTCGTGCCTCTCCAATCGCCCCT T T T CG CA A GA C A CTA AACTA C GTTAG A GA TC A AGGA GACTGTGTTCAC T . AT T A A TG G T T ACTCTGAACAGGACTGTCTAACC A A TTTTTT GTC CACTGGAAGTTT A G AAG T A T C C TT A GTAA CCGGAG T T C
blockSeqs : . C . . . G . G C C T G GAA . . G T T A . . T A T . A C GAAA CT . . C GGCAA . G . C C GTCAGATCACTGGACCATAGGCATCAGCATGACCTTGC CC C A . G G . T TC G . A A TAG TT T T A G A . T . G C . GCA CAGCT CA AG AA AG T T GCCAATCTTCCTCATCAGTCCCC G A A A . A GT C T . . T . T AA . A . GACTGTATTCAC G . . T A A GG A . . CGTCCATAAACTACTCTGCCAAG A G . C CCACCTTA A T AGC . A T C A TG C
blockSeqs : A G A C TCC . . C T T G . . C T C . C A GAGC AT . . C CAAGC . A . G A GCATCAGGCCTCAACAGTAAACAGCAGCTGGATGTTAT AC G G . A T . G G C . A A CGG CC C C T A G . C . A A . CAA ATCCA TC CA GC CG C T CCACATGTTAACCTCCGCTCCT T A A T . C CT T C . . T . C GC . A . CTACAGGTGTCT A . . T G G GA G . . GGACGTTGATGGTATTGAGAAA A G . G CAAATTAC A T AA . G G C A
blockSeqs : . . G . . . . . . . A . C A CACT TG . . G AGAC . G . T G ACCACTTGAATAGATGCAGGTCAACAGATAGACACTGT TC A A . A A . C A T . G A TTC CC T T C C G . T . C T . TCA GACAT CC CA AG CC G T AGTCAAATCCTCACAGGCCCAT A A T A . T CA T C . . G . G TG . C . GAATCAACCTCA A . . A C A GA A . . TCACAGTCAGATTGCTCTGTC . C . A AGAGTT . . AG . . T . T
blockSeqs : C . A T CTCA TG . . T AG . C . G C GCAGCTGGGATTGACGAGGGAGACCAAATTGATGCCAT CC T G . A T . C G A . G T TTC TC T T T C A . G . G T . GGC CGCTG TA GC AG AC G T TGCTATATCTGACCAGGTACCA A T T C . C CA A A . . G . C GT . G . GGCTGTGTTCTA A . . G C C AC C . . TCACAGCGATGTCCTGCAA . C . G CAAGCT . . AA . . A
blockSeqs : . . A . A T GTCTTTAGACAAGACCAAGCAACATGACCTAGCCA AT G A . T C . A C T . C A CCT CC C C G C G . T . C A . AGC GGTTG CA CC AG CC T C GGCAACATCCAAGCAGGCA G A C A . A AT A A . . A . G . . C . TGGAGTCTTG C . . G C C AG G . . . A GTT . . . . . T
blockSeqs : . . A C CTCAATATGTATGATAGGAAACACAGC C . A . G C . . . . . . . . C . C . A . . AGC CAGCT CT AA AA TA A G . A . GGGTAATT G . . T A A
blockSeqs : . . . C . . TCC AAGTG A TG AA
blockSeqs : CAC .
blockSeqCons : G** GACTGTGTTCNN************************* ******* TCACAGTCGACTGTTCTGCNAAG******* AG***
originalCons : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CA------G---A----A-----T-------C-------TCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATG--ACNGCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAA--ACGCCGA--TGG-ACTGCTCT-GCCAAGCTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
finalCons : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GTG--CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACA-G-NNCTTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGG-NGTACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNC----CAGACTGTGTTCNN-------------------------TCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATG--ACNGCNTTNTCTACAGGGAGA-T-CAATCACAGTCGACTGTTCTGCNAAG-------CTACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-TGGGAG---ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 555555555 111 11 11 111 1111 1111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111111 1 11111 222222222 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111 11111 222222222222 1111111 1 333333333333333 111 1111111 111111 333333333333333 1 1 2222 222222
lowQualScore : 2 1 1 1 1 1 1 1 33 1 6 1 6 3 6 1 3 6 1 1 1 1 222222222 0 0 0 8 8 777 33 11 6 8 444 3 8 1 4444 77 1 2222 77 5 77 1 9999999 6 00 8 5 333333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 3 3 888 1 2 0 00000000 1 888888 1 5 3 55 666 33 1 1 6 2 2 66 3 0 777 1 0 11111 000000000 44 55 11 22 1 1 0 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 1 5 77 1 11 1 1 000 44444 1 44444 1 66 0 66 1 66 2 333333333333 1 6666666 0 0 777 1 1 0 33 1 1 444444444444444 555 8 6666666 3 1 666666 888 333333333333333 7 1 5 99999 0 5 7 1 44 44 1 4444 888888 1 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . ......... . . . . . ... .. .. . . ... . . . .... .. . .... .. . .. . ....... . .. . . ...... . ........................................................... .. . . ... . . . ........ . ...... . . . .. ... .. . . . . . .. . . ... . . ..... ......... .. .. .. .. . . . ........................................ . . . . . .. . .. . . ... ..... . ..... . .. . .. . .. . ............ . ....... . . ... . . . .. . . ............... ... . ....... . . ...... ... ............... . . . ..... . . . . .. .. . .... ...... . . .
lowQualScore : 5 0 0 0 0 0 0 0 55 0 7 0 7 3 7 0 3 7 0 0 0 0 000000000 2 2 2 0 0 444 66 88 4 0 000 2 8 0 2222 77 0 7777 33 7 99 0 8888888 7 66 5 0 555555 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 4 1 888 1 2 3 77777777 0 666666 0 7 9 44 111 66 1 1 5 5 2 11 7 1 888 0 3 00000 999999999 00 66 77 00 0 0 8 5555555555555555555555555555555555555555 7 0 0 0 7 99 6 77 0 6 000 33333 0 33333 0 00 5 99 0 99 5 666666666666 0 2222222 2 5 999 0 0 2 44 7 4 000000000000000 555 5 8888888 2 0 444444 333 666666666666666 1 4 7 77777 4 7 1 9 22 33 0 0000 000000 0 0 0
consensus : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACAG-NNC-TTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGGNG-TACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNCCA--GACT----GTGTTCNNTCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATGACN--GCNTTNTCTACAGGGAGA-TCA-A-TC---ACAGTC-GAT--TGCCCTGCNAAGC-TACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-T-GGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
Reference ( family-2172 ) : NNAGCTGCTGCGGAACTGNCNCCNGCNCTANCNAGNCTGTTCCAGCTATCGNTCGACCCNGGAGATGTNCCGTC-GGANTGGAGG-GCGGCAAACGTTGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACNGNCACCNANCATCNCA-GGAAACTACAGACCAGTGTCCTTGACAT-CA-GT-G-CTT-GCAAGG-TACTGGAGCAC-ATCGT---CCATAGCNACATCAT----G-CAGCACTTTGACNGGCACAATATCCTCANNGACCGCCAGCA-TGG--TTTCCG--AGCCAGACGC-TCCTGCGAGACTCAGCTCCTCACCACCGTCC-A-----NGACATCGC------C-C-TCA-ACTAC-GA---ACC-A-AGGNAACA-GAC-AGNTNGACGCCGTACTNCTGGACTTCGGTA---AGGCCTTCGACAAAGT--------CCCNCAC-C----AACGNC-TGCTACA-CAAGCTNGACCACTACGGCGTCAGGGGC--AACACCCTGA---GNTGGATACAG-NNC-TTCCT---CAGCT-ACAGAACGCAGCGNGTNNTNGTNGAAGG----A-GTC--AA-----CTCATCCG-ANCAGG--CC---GTCGTTNCNGGNG-TACCCC--AGGGAACNGTNCTAG---GAC-----CTCTNC-----TNTTCCTGNTCTTTATA--AACGATCTNCCA--GACT----GTGTTCNNTCCAANACCAGA-------CTCTTTGCAGATGACN--GCNTTNTCTACAGGGAGA-TCA-A-TC---ACAGTC-GAC--TGTTCTGCNAAGC-TACAGNAAGA------CCTG--GAC-AC-----GTTA-AGCAAA-T-GGG-A-G-ACA-AC-TGGGGTATGAACTTCNATCCAGAGAAGTGTCAGGTCGTGAGNATCTGCACGTAACAAGAAGCACCGGAGGGACACNANCTACATNCTGCACGG
gi|1 : AACTGCTGAGGAACTGTCACCTGTACTATCCAGACTATTTCAGTTATTGATCGACTCTGGAGATGTACCGTC-GGATTGGAGGAGCG-CAAACATTGTACCTCTTTACAAGAAAGGTGATAGACATCAGGCATCTCA------CTACAGACCTGTTTCACTCACAT-CA-GTTA-CTT-GCAAGA-TACTGGAGCAT-ATTGT---CCACAGTAACATAAT----G-CAGCATTTCACCCTGCACACTATCTTTTGTGACAACCAACA-TGG--TTTCCA--CGCCAAACGC-TCCTGTGAGACTCAGCTGATCACCACTCTCC-A-----GGGAATCAC------T-AGTCA-ACTAC-GA---AC----AGGAAA-A-GACCAAGTTGATGTTGTACTTCTAGATTTTTCTA---AGGCTTTCGACAAGGT--------CCCCCAT-C----AACGCC-TGCTACA-CAAACTAGAGTTTTACGGAGTAAGAGGC--AACACCCTTC---GCTGGATACAG-TCT-TTCCT---CAGCT-ACAGAAAGCAACGTGTGACACTAGAAGG----A-ATC--AG-----CTCATCAGAAGCAGA---T---GTTGTTTCAGGTG-TATCCC--AGGGAACGGTACTAG---GAC-----CTCTCC-----TTTTCCTGGCATTTATA--AACGATCTCCCA--GAAT-----------CTACAACATCAGAGACACACCTCTTTGCAGATGACG--GTCTTCTTTACCGTCACA-TCA-A-GG---ACCCT--GATGATGCCCTG--AAGC-TACAGCAGGA------CCTA--GAT-TC-----CTTACAG-GAA-T-GGG-AGG-ATA-GA-TGGCAAATTAAGTTCCATCCAGAGAAGTGTCAGGTCATTAGGATTTGCAC----CAAGAAGCA------AGATACAAATTACATGCTGCATGG
gi|10 : ggCA-CGG--TTTCAG--ATCTAGACAC-TCATGTGAGACTCAGCTCCTCCTCACTACAC-A-----CAACATT----------C-TCA-A-TAT-GT---ATG-ATAGGAAACA---C-AGC----------AATATTGGACTTCAGTA---AAGCCTTTGATACCAT--------CCCACACTC----AA-AAC-TACTATA-CAAGTTAGAGAACTATGGCATCAATGAC--GCCATACGTA---GATGGGTACAG-GCA-TTCCA---CA--C-A-AGAACATAGTGTGTACTAGTAGAAGG----ACATC---A-----CTCCTCccacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaaccactgacattaactggctggaacaggtacaaagacaggcagctcgctttgtaatgcgcaactactgggagaggaccccaggatgtgtgttcaacatgataatcaacctaggatgggattcactcgcacataggagaaccaa
gi|11 : aT-CA-GT-G-CT--GAAAGG-TGCTTGAACATTATCGT---C---AGTTACATCATCGATG-AAGCATCTTGACAGAAACAACATCCTCACACACTGCCAACA-TGG--ATTTCG--GGCAAGGCGT-AGCTGTGAGAGTCAACTTCTCACTTTGGTAC-ACGAACTGACATCGT------C-T-TTA-G--AC-AAG--ACC-A-A-GCAACATGAC---CTA---GCCA---TCCTCGACTTCAGTA---AGGCGTTTGACa
gi|12 : ccctcacctgttTTTCAAAAAAGGAGACTATCACCTACCA------GAAAAATAGAGACCAGTGACTTTAACAT-CG-GT-C-CTGAGCAAGG---CTTGAAAAC-ATCGTCTGCCATCAC-ATATTCT----GTTACCACTTTGACCGCCATAAGATCCTGAAAGACCTCAATAA-TGG--CTTCcgc
gi|13 : CTACCA--GACT----GTGTTCACTCCAATATCAGA-------CGTTTTGCCTATGACT--GCATTATCTACAGTGAGATTCA-A-TC---ACAG-C-GA---TGTCCTGCAA-------AAAAAGA------CCTC--AAA-GA-----GTT--GGCAAAGT-GGG-A-A-GCA-ACATGGGGTAT
gi|14 : ---GTCTTTTCTGGAA-TACCCC--AAAGATGAGTCCTAG---GAC-----CTCTCC-----TATTTTCGATCTATATA--AACGATCT
gi|15 : gatGCCACA-CAAGCTAGATTATAATGGAGTGAGAGGA--GATACCCTTG---GGTGGATCCAA-CAA-TTCAT---CAGCT-ACAc
gi|16 : TTATA--AATGATCAACCA--GACT----GTATTCACTCCAAGACCAGA-------CTTTTTGCAGATGACT--GCATTAACAACA
gi|2 : AGCTGCTACAGAACTAGCCCCGGCTCTAGCAAATCTGTTCCAACTATCCCTCGACCTAGGAGAAGTGCC-TCAGGACTGGAGG-GAGGCATCCGTAGTCCCTCTTTTCAAGAAAGGAGACCGCCACCTAGCATCC------AACTACAGAACAGTGTCCTTGACGT-CC-AT-AACGT-GCAAAC-TAATGGAGCAC-ATAGT---GTATAGCAATGTCAT----G-CAGCACTTTGACAGGTACGACGTCCTGAGCGACATCCAGCA-TGG--TTTCCGCAAGC--GACGC-TCCTGCGAGACTCAACTCCTAACCACCATCC-A-----GGAAATCGC------C-T-CCA-AC-AC--A---GCCAA-AGGGAA----AC-AGGTAGATGTTATTCTACTGGACTTTGCCA---AAGCTTTTGACAAAGT--------CCCTCAT-G----TACGGC-TACTACA-CAAGCCGGACCACTACGGTGTAAGGGGC--AACATCAAGA---GATGGATACAG-TCA-TTCCTATCCA----ACAGAAAGCAGCAAG
gi|3 : acagtcgactggaaaggggtccacaaattgctgatgaatctcaagaccaagaaagccactggcccagacgagattccaggcttcatcttgaaagcACATAAT----G-CGACACCTTGACAGACACACTATCCTCACTGACTGCCAGCACTGG--TTCAGA--AGAC-GACGA-AGCTGCAAAACCCAGATACTTAC-ACTGACCGA-----TGAGCTTG-----------TCAGATCACTGG---ACC-ATAGGCATCA-G-C-A---TGACCTTGCAGTTCTAAACTTCAGTA---AAGCATTTGACTGTGT--------ACCGCAC-A----GTCGCC-TGCT-CATCAAGCTTCACCATTATGGCATCAGGGGC--CATATCCTGA---ACTGGATTGAA-GGC-TTCCT---GACAT-GTCGAACACAGCGCATAGTTGTTGATGG----G-G-C--AA-----C--ATCCA-AGCAGG--CA---CCCGTTATAAGCGGTATCCCCAAGGAAAGTGTCCTTG---GAC-----ATATTC-----TTTTCCTAATCTTCATC--AACGACATACCA----CTACAGGTGT--CTTCCAAATCAAGA-------CTATTTGCAGACAACT--GCGTGGTATACAGGGAAA-TCA-ACTCTGAACAG---GAC--TGT----CTAACCCTACAGGATGA------CCTG--AAC-AA-----GCTA--GCAAA-TTGGG-A-G-AAATGC-TGGGGTATGAGCTTCCATCAAGA
gi|4 : gaaCCCAACTCATCGTCACCCTCG-A-----GGACATAGCATCAGGC-C-TCA-AC---------------AGTAAACA-G-C-AGCTGGATGTTATACTC-----CTTTGTTATACAAGCTTTTGATAAAGTCCCCCCCCCCCCCAC-CCACGAACGTCTTGCTGC--CAAACTTCATCATTATGGTGTCAGAGAC--AAGACCTTGG---AGTGGAT-CAGAATC-TTCCT---C-GCTGACCAATCACAACAGGTCGTCCTTGAAG-------GCC--AATCTTCCTCATCAG-TCC-----CC---GTC
gi|4 : GA------CCTA--GACCAC-----CTTA-AGC-AA-T-GGGAA-G-ATG-AC-TGGCAGATGGCCTTTAACCCAGACAAGTGTGAGGTTTTGAGAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggacctagaccaccttaagcaatgggaagatgactggcagatggcctttaacccagacaagtgtgaggttttgagaataaccaataag
gi|5 : cccaactcatcgtcaccctcgaggacatagcatcaggcctcaacagtaaacagcagctggatgttatactcctttgttatacaagcttttgataaagtcccccccccccccacccacgaacgtcttgctgccaaacttcatcattatggtgtcagagacaagaccttggagtggatcagaatcttcctcgctgaccaatcacaacaggtcgtccttgaaggccaatcttcctcatcagtccccgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgTCCTCACC--C-TCC-A-----AGATCTCAC------CAC-TTG-AATA--GA---TGC-A-GGTCAACA-GA-----TAGACACTGTACTCCTTGATTTCAGCA---ATGCCTTCGATTAAGT--------CCCCAAT-G----AATGAC-TGTTGTT-CAAGC-----------------AGGGGCCCAATAT--TGA---GCTGGATTTAG-AGC-TTCCTGA-CAGGT-A--GAAGCCAGCAGGTCCTGGTTGAAGGCCACATGTT--AA-----CC--TCCG-CTC-----CT---GTCTCTACAAGTG-TACCAT--AGAGCACTGTTCTCG---GACAACTACTCTTGGTTAGTCTTCCTGCTCTACATC--AACAATTTCCAG--GACA----GGGTAATTTCCACATCTCGG-------CTCTTTGCTGATGACA--GCCTCATCAACCGGAAGA-TCACG-TC----CA-TA-AAC--TACTCTGCCAAGC-TACAGGAAGA------CCTG--AAC-AA-----ATTACAGC-AA-T-GGG-A-GCACA-AC-T-GGATATGAaaccaataag
gi|6 : GAGAGTTAACTCGACCCTACCATCT-T-----AGACATCGC------------A-GCTGG-GATTGACG-A-GGGAGAC----C-AAATTGATGCCATACTATTGGATTTCAGTA---AGGCCTTCGGCAAAGT--------TTCACAC-C----AGCATC-TTCTCTA-CAAGCCCTGCCACTACAGGATCAACGGT--AA---CCTGATTTAATAGATACAG-AGC-TTCCT----GGTTGATAGAACCCTACAGGTACTGGTTGAA------A-GTCGTGC-----CTC-TCCA-ATC--G--CCCCTGTCATCATTGGAG-TGCCAC--AAGGTACAGTTCTCA---TCC-----CACTGT-----TGTTCCT--TCTGTATATCAACAACATGCCATGGA--------GTCTTGTCTATAAACAGA-------CTATTCACAGATGACG--GCCTGCTACACAGGAGAA-TCtgatgtccttca
gi|7 : ctgcaagcaatgttcaacgT---CAGCT-ACAGGAAACAGCAAGTCCTTCTCGATGG----A-GTC--AA-----ATCCTC----ACAGG--CCCATGTCATCTCTGACG-TACTCC--AAGTCACAGTATTAGCTAGGC-----CTCTGC-----TCTTCCTTGCGTTTATC--AACGACCTCCCA--GAAT----CAACCTCATCTGACACCAGA-------CTCTTCGCATATGATATGGACCTCTCTACTGACACA-TCA-A-GG---AC-GTT-GAT--GGTATTGAGAAAC-TACAGCAAGA------TTTGTCGAC-ACTGGAAGTTT-AGTAA--T----------CA-ACATGGGAAATGAATTT-AATTATGAGGAGTGCCAGGTTGTGTGCATCTGCATGTAACAAGAAGTACCGGAGGGACACTATCTATATCCTACACGGctcaga
gi|8 : AGAT-TCCCGAC-G-AGTGGAAA-ACAGCTAACGTTGCCCTTACCTTCAAGAAGGAAAATAAGAATAAACCATTACATAGAAACTATAGACCAGTGTCCTTGATATATATAT-G-CTT-GCAAGGCCATTGCA-CAC-ATCCG---CCATAGCTACATCAT----G-AAGTTTTTTGAATAGCATAATATTGTCTCAGACTGCCAGCA-TGGCTTTTTTA--AG---AACACATCCTGCacgaacactttcagaggtagtagata
gi|9 : ccaccggaccagacaagatatcatcaggctttatcaaagaaatggcatctctgattacaccagcatatatgtaactaacgctcatcttccaggtctcattagaaaatagccGGA--AACACCAAGA---GCTGGAT-CAG-GTCCTTCCT---AAGTG-ACTGAATGCAACAAGTTATAGTGGATGG----T-GCT--A--------TATCTG-ACCAGGTACCA--GTAGCTAGCGGAG-TATCCC--AGGTAAATGTACTAG---GCA-----CTGTAC-----TGTTTTTGTTCTTCATA--AAAGATCTACCA--GGCT----GTGTTCTATCCAAGACAAGA---------CTTTCCTGATGACT--GCATTATCTACAGAGAGATTCA-A-TC---ACAGTCAGAT--TGCTCTGTC---C-T---GCAAAATTTTTTCCAA--GA---------GTT--GGCAAATT-GGG-A-A-GTA-ACGTGGGGTATGGACTTCTACCCAGAtgtgagtct