lowQualScore : 22222222222222222222
lowQualScore : 00000000000000000000 1 22222222 1 4 1 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11111 66666666666666666666 1111111 111111111 11 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1
lowQualScore : 6 99999999999999999999 5 6 9 1 11111111 0 0 1 0 0 6 0 5 3 7 0 9999 888 3 66 777 4 66 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 2 4 1 4 4 22222 00000000000000000000 2 0000000 333333333 555 33 7 55 555 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 5 8 3
lowQualScore : . .................... . . . . ........ . . . . . . . . . . . .... ... . .. ... . .. . . ................................................................... . . . . . . ..... .................... . ....... ......... ... .. . .. ... . ........................................................................................................................... . . . . .
lowQualScore : 0 00000000000000000000 0 0 7 0 00000000 0 8 2 2 0 0 5 0 7 3 8 9999 888 0 99 888 4 22 4 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8 4 6 0 4 44444 00000000000000000000 0 8888888 444444444 888 22 2 33 888 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 0 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTATACATAA---TTGATGCAAACTGGCTGGGTTATGCC--TGCNTTG-TAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGGCATAAATAATTCAAATTA---CNTG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAGA-T--ACCT--A--ATGTTC-TT-GTTCC---------A-GTTTTATTC-GA------GTATTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTTC---TTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACTTATA---NT---------ACAAACCATATGTTT-TT-TTGTNAGCTA---ATTNATAATCACCAAT-AC---ATTGTCA---T-----------N--ATCA-------GCA------------TAT--G-------------TAANNCATAC-----TAA---NA--AC-AAT--AT-TCT--TCATTCATTCATTCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGCCACGCCA
Reference ( gi|3 ) : GAATTTTTTGATGAAATCGACTGCAATTTTATGGTTGGGGAAA-----AAAAAAGCTTTCATGCGAACTGGTTAGGTTATGCT--TGGCCTG-TAAAACCAACGTC-CGAATGCAACAGGTGCGGCATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATGTACAGC-T--ACCT-AA--ATGTTC-TT-GTTTC---------A-GTTTCATTC-AG------GTATTCAGCTAATCGGTAACCCAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTTC---TCTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACTTCTA---GT---------ACAAACCATACGTTT-TT-TTGTAAGTTA---ATTTTTAATCACAAAC-AC---ATGGTCA---T-----------A--ACCA-------GCA------------TAT--G-------------TAACTGATAC-----TAA---AA--AC-AAT--GT-TCT--TCATTCATTCATTCATT--A-AAAATTACTGCTCTCGATATAACATCATTCTA
gi|2 : ATTTTATGGCTG---AAATGTATACATAA---TTGATGCAAACTGTCTGGATTATGTCAATGCATTG-TCAACCCAGCATTGCAAATGTAACAACTGCGGCATAAACAATGCGAATGG---CCTG--TA---CTCG-A-GT-AATATACAGTGC--ACTT-GAACATGTTC-TTCCTTCC---------A-GTCTCAT---AG----------TCCGATAATCTTTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATT-TTT----------------AAACAATAAAC-AACT--TA---GTACATGTATAACAAATCATATGTTT-TT-GT-TCGCTCA---ATTATT-ATAACCAAT-GC---ATTATCA---T-----------T--ATCAGCTGTCTGCA------------TAT--GAATAATATTTTGTTAATCG-TAC-----T------A--AC-AAT--ATATCTAAGTATTTTTTCTTTCA----A-ATAATTACTGCTCCCTAAATA
gi|15 : aaaactatcagtcaacagctattcataagttgggacagaatatagcaagaaaatggtgatacaaagcaccATGTAAACTGGCTGGGTTATGCT--TGTCTTG-TAAAACAAACGTCGCAAAAACAACAG
gi|16 : TGGATAGGTTATGCC--TGCTTTG-TAAAACCATCTTCACAAAAGCAACAGTTGAGGC-------------ATTA---CATG--TA---CTTG-A-TC-AATACACAGA-T--Atagcaattcatataattttacgagattatag
gi|1 : CTGATGAAACCAATGTCGCAAAAGCAACAGTTGTGGCATAAATAATTAAAATTA---CCTGATTA---CTCC-C-TT-AAT
gi|7 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcggaatatattgcacacaattgtacataacgatgactgaaaaaaacaatgaTAAATA--TAATATTA---AATG--GA---ATTG-AATTGAATAT-CGGG-TGAACTTCAAC-ATATTC-TT-G---A---------A-GTTCTATTC-GA------GTA-------AACCGGTAACATAACATACC-CGGGTCTG-TCACTATTTC---TTTCCGAGTATAAAACAATAAGCA------------T---------ATGA------------TT-TTGTTCGCTA---ATTAATAATCACCAAC-AG---ATTGCCA---T-----------T--ATAA-------GCA------------TACAAA-------------CAACGTATGC-----TAATC-AT--ACTAAT--AC-TAT--ATATT-ATTCACCCATagccctttctcaaattatatgcataactggcattccatacagatatcaatgttcttcttccacattttttcgagtattcagattatggtactttaacagaccaggatatgtcatttttctttaccaacttgaaacaataagcaaactttataacaaaccatatgtttttgtttactaatttataatcataaatacattatcatcgtaatcatgcaaacaaagtatgtaaatcatactaataacaatacattcttcatttattcgaaaacttactgctccctat
gi|6 : AATGCAAATTATGACATG--TA---CTCA-A-------GCAAAGT-T--CCC---A--GGGTTTATT-G-------------A-GTT--AATC-A--------TATTCCAATAATTAGTAACCAAACATACC-AGGATCTG-TAATCATTTC---TTTCCAATTTTG----ATTA-------TTACA---AT---------TCAAGCCATATGTTTACT-TT---AGCTA---ATTTATAATCA-ACACTAC---ATTGTCA---T-----------T--ATCA-------GTA------------TTTA-A-------------AAACAAATGCAAACATAATTTAA--AC-AATACAT-TCT--TCACTTATT------TT--A-AATATCTCTGCTCCCgc
gi|1 : TCAAATTA---TATG--CATAACTGGCA-TT-C-CATACAGA-T--ATC---A--ATGTTC-TT-CTTCC---------ACATTTT-TTC-GA------GTATTCAGATTAT-GGTACTTTAACAGACC-AGGATATG-TCATT-TTTC---TTTACCAACTTGAAACAATAAGCAAACTT-TA---TA---------ACAAACCATATGTTT-TT-GTTTA--CTA---ATTTATAATCATAAAT-AC---ATTATCATCGT-----------A--ATCAT------GCAAACAAAG-----TAT--G-------------TAAATCATAC-----TAA---TA--AC-AATACAT-TCT--TCATTTATTCG--------A-AAACTTACTGCTCCCTATta
gi|12 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcggaatatattgcacacaattgtacataacgatgactgaaaaaaacaatgactgatgaaaccaatgtcgcaaaagcaacagttgtggcataaataattaaaattacctgattactcccttaatagccctttcCAAATTA---CCTG--TA---CTTG-A-TT-AATATATA---------T------TGTTC-TT-GTTTC---------A-CTTTTAGTC-GA------GTATTCCGATAATCGGTAATCAATCAGACC-ATGATATG-TCATTATTTC----CTATTAGTTTGAAGCATAAAGCCAAC-TAAA---ATA--------ACAAACCATACATT
gi|8 : TTA---CCTA--TA---CTCG-A-GT-AATATATATA-T--ACCT-A----TGTTC-TT-GTTCC---------G-GTTTTATTCGAGTAAATCGTATTCCAATAATTGGTAAACACACTGACC-ATGATCTG-TCATAATTTT---CTTCCCAGTTTCAAACAATAAGGAAACTATTACATGCATA------ACAGACGATATG-TT-TT-CTGTCATCTATATATTGTT-ATTACCAGC-A---------TA---T-----------A--ACCA---------A------------TAT--G-------------TAAAATATAC-----TAA---
gi|4 : A---CTCG-A-TT-AATATACAGA-T--ATC---A--ATGTTG-TT-TTTTCTCCTGTGTTA--TTCCATTC-AATT----ATATTCCAATTATTGGTAATAAAACAGACC-AGGATCTG-CCATTACTTCCGCTTTCTCCGTT-GGAATAA-AAACAAATTTATA--------------ACAAGCCTTATGTAT-TT---GTAAGCTG---ATTAATAATTACCAGT-AC---ATTTCCA---T-----------C--ATCA-------GCA------------TAT--------------------------------AA---AA--AC------GT-ACG--TAATTCATTC-TTCATC--AGAAAATTACTGCTCCTTGTAATACACCACTCCAcatatagtcttaa
gi|5 : gaCCAAACAGGCC-AGT-TCTGGTCATTATTTC---TTTCACAGTTTGAAACAATTAG-AAACTTATA---AT---------A--AACCATATGTTT-TT---GTTAGCAA---ATTTGTAATCGCTAAT-AC---ATTGTCA---TTGTCAATATATA--AAAA-------ACA------------TAT--G-------------TAAGTCATAA-----TAA---CA--AT--AT--AT-TCT--TC--TCATTTA--------A-AAAAAAATTGCTCCCTATATTATGTCATGCTAgtgactacttccgaaatccgtagcaaatagagtaagccggtaccccggtcaacaaat
gi|9 : AACAGACCCAAAAT--G-TCTTT-TTTT---TATACCAGCTTGAAACAATAAGCAAACTT-TA---TA---------ACAAACCATATGTTT-TT-GTTTA--CTA---ATTTATAATCATAAAT-ACATTATCATCA---T-----------A--ATCAT------GCAAAG---------TAT--G-------------TAAATCATAC-----TAA---CA--AT-AAT--A--------CATTC-TTCATTTATTTGA-AAAGTTACTGCTCCCTATATgtgaacacttccaaatctgaagcaaatagagtcacctggtcaccatttcaactaacaaaaaagctcaataaatgtaaaaatactgtact
gi|10 : GATTTG-TCAATATTGC---TGTCTTGGTTTGAAATAATAAACAAA---CTA---GTATA------ACAATCCTTATGTTT-CTGTTG
gi|13 : agacattTATTTC---TTTCCCAGTTTGAAA-AATAAGCAAA---ATA---TT---------ATAA--CA-ATGTTT-TG-TTG---GTTA---ATTTATAATCACATGT-AC---ATTGCTAT--T-----------AATACCA--------CA------------TAT--A-------------TAAgctacaaacacctttaccttatacgttgccattgtcaaaatattgaaaaagtatgtatatcaaactaataatttattcttctcaaaa
gi|14 : ---------ACAAAGCATG------TT-TTGTTAGCTA---ATTCATAATCACCAAT-AC---ATTGTCA---T-----------T--ATCA-------Gaaaaagtaagtaaatcacactagtaatatattcctcactaat
gi|18 : tatgtaCAAACCAT-------TT-TTGTAAGCTT---ATTTATAATCACCAAT-GC---ATTGTCA---T-----------T--ACCA-------aacttaaacacgtaatgtaaataaatattgtgcaaaatacaaaaactg
gi|11 : atgtCAAACCAT-------TT-TTGTAAGCTA---ATTAT-AATCACCAAT-GC---ATTGTCA---T-----------T--ATCA-------ACATTTAAATAAATGTAT--G-------------TAAATCATAC-----CAA---CACTAT-AAT--AA-CTG--TCACTCATT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCCAGTGACTACTTCGGGAATCCGGAGCGAAACGAGTCACCCGGTCGACTAATCACCCTGAACAAATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTTATTCATCACTCCAGTGCCTACTTTGAAATCCATAGCAAATGGAGTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 222 1 11 22222 11 11 11 22222222222222222 11111111 111111111111111111 2222222222222222 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 333333333
lowQualScore : 22222222222222 4 333 3 0 11 00000 11 22 3 1 11 0 3 1 777 1 66 777 4 4 4 0 77777777777777777 5 33333333 5 0 888888888888888888 2 4 0 3 3 555 33 44 4444444444444444 44 3 22 333 2 7 555 6666 555 555 6666 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 666666 99 66 44 777777777 5 11 2
lowQualScore : .............. . ... . . .. ..... .. .. . . .. . . . ... . .. ... . . . . ................. . ........ . . .................. . . . . . ... .. .. ................ .. . .. ... . . ... .... ... ... .... ........................................................................... .. . ...... .. .. .. ......... . .. .
lowQualScore : 77777777777777 7 333 2 0 00 00000 00 00 2 4 00 8 2 4 888 0 11 000 0 0 0 1 77777777777777777 0 66666666 0 2 999999999999999999 2 0 5 6 2 888 66 66 8888888888888888 33 6 99 111 9 6 000 1111 000 000 0000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 3 666666 22 77 66 444444444 7 33 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAAC--TTA-------TA---TN-ACAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCT-A-AT-TTATAATCACC---A----ATACATT---GTCA---T---TATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACTAACA--ATA-AT--AT-TCT--TCACTCATTCATTCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
Reference ( family-217 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACATAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCNTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CNTG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAAC--TTA-------TA---NT-ACAAACCATATGTTTTTTTGTNAGCT-A-AT-TNATAATCACC---A----ATACATT---GTCA---T---NATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------ANNCATACTAANA--ACA-AT--AT-TCT--TCATTCATTCATTCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGCCACGCCA
gi|1 : G---GAATATATTGCACACAA---TTG-TACATAACGATGACTGAAAAAAACAATGAC--TG----ATGAAACCAATGTCGCAAAAGCAACAGTTGTGG--CATAAATAATTAAAATTA---CCTGATTA---CTCC-C-TT-AATA
gi|1 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcTCAAATTA---TATG--CATAACTGGCA-TT-C-CATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTC-TT-CTT---CCACATTTT-TTCGA-------GTA-------TTCAGATTAT-GGTACTTTAACAGACC-AGGATATG-TCATT-TTT---CTTTACCAACTTGAAACAATAAGCAAAC--TT--------TA---TA-ACAAACCATATGTTTTT--GTTTACT-A-AT-TTATAATCATA---A----ATACATT---ATCATCGT---AATC-----------AT------GCAAACAAAG-----T----------AT-------------G--TA----------AATCATACTAATA--ACA-ATACAT-TCT--TCATTTATTCG--------A-AAACTTACTGCTCCCTATgccctttctcaaattatatgcataactggcattccatacagatatcaatgttcttcttccacattttttcgagtattcagattatggtactttaacagaccaggatatgtcatttttctttaccaacttgaaacaataagcaaactttataacaaaccatatgtttttgtttactaatttataatcataaatacattatcatcgtaatcatgcaaacaaagtatgtaaatcatactaataacaatacattcttcatttattcgaaaacttactgctccctat
gi|10 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcggaatatattgcacacaattgtacataacgatgactgaaaaaaacaatgactgatgaaaccaatgtcgcaaaagcaacagttgtggcataaataattaaaattacctgattactcccttaatagccctttcGATTTG-TCAATATTG---CTGTCTTGGTTTGAAATAATAAACAAAC--TAG-------TA---TA-ACAATCCTTATG--TTTCTGTTGGCT--------ACAAACACCTTTACCTTATACGTT---GCCA---T---TGTC-----------A-------AAATATTGAAAAAG-T----------AT-------------G--TA----------TATCAAACTAATA--AT--TT--AT-TCT--TC
gi|11 : agacattCAAACCAT------TTTTGTAAGCT-A-AT-T-ATAATCACC---A----ATGCATT---GTCA---T---TATC-----------A-------ACATTTAAATAAATGT----------AT-------------G--TA----------AATCATACCAACACTATA-AT--AA-CTG--TCACTCATTtcaaaa
gi|12 : tatgtCAAATTA---CCTG--TA---CTTG-A-TT-AATATA-----------T--A---T-TGTTC-TT-GTT---TCA-CTTTTAGTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAATCAATCAGACC-ATGATATG-TCATTATTT---C-CTATTAGTTTGAAGCATAAAGCCAAC--TAA-------AA---TA-ACAAACCATACATTaagatcatgtgattgctggccacattatgtaactctgactacttccg
gi|13 : TATTT---CTTTCCCAGTTTGAAA-AATAAGCAAA-----A-------TA---TT-ATAA--CA-ATGTTTTGTTG---GTT-A-AT-TTATAATCACA---T----GTACATT---GCTA---TTAATACC-----------A--------CA------------T----------ATATAAAAAAAGTAAG--TA----------AATCACACTAGTA--AT--AT--AT-TCC--TCACTAAT
gi|14 : TA-------TG---TA-ACAAAGCATGT-----TTTGTTAGCT-A-AT-TCATAATCACC---A----ATACATT---GTCA---T---TATC-----------A-------G
gi|15 : ATGTA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCT--TGTCTTGTAAAACAAACGTCGCAAAAACAACAGTAGCAATTCAT--ATAATTaacttaaacacgtaatgtaaataaatattgtgcaaaatacaaaaactg
gi|16 : --TGGATAGG-----TTATGCC--TGCTTTGTAAAACCATCTTCACAAAAGCAACAGTTGAGG--C-------------ATTA---CATG--TA---CTTG-A-TC-AATACACAG-AT--Attacgagattatag
gi|18 : CAAACCAT------TTTTGTAAGCT-T-AT-TTATAATCACC---A----ATGCATT---GTCA---T---TACC-----------A-------
gi|2 : atgtATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACATAA---TTGATGCA-AAC--TGTCTGGA-----TTATGTCAATGCATTGTCAACCCAGCATTGCAAATGTAACAACTGCGG--CATAAACAATGCGAATGG---CCTG--TA---CTCG-A-GT-AATATACAGTGC--ACTT--GAACA-TGTTC-TTCCTT---CCA-GTCTCAT---A-------G----------TCCGATAATCTTTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATT-TTT----------------AAACAATAAAC-AAC--TTAGTACATGTA---TA-ACAAATCATATG--TTTTTGTTCGCTCA-AT-T-ATTATAACC---A----ATGCATT---ATCA---T---TATC-----------AGCTGTCTGCA------------T----------AT-------------GAATAATATTTTGTTAATCGTACT---A--ACA-AT--ATATCTAAGTATTTTTTCTTTCA----A-ATAATTACTGCTCCCTAAAT
gi|3 : aaaactatcagtcaacagctattcataagttgggacagaatatagcaagaaaatggtgatacaaagcaccATTTTATGGTTGGGGAAA--------AAAAAAGCTTTCATGCG-AAC--TGGTTAGG-----TTATGCT--TGGCCTGTAAAACCAACGTC-CGAATGCAACAGGTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATGTACAG-CT--ACCT--A---AATGTTC-TT-GTT---TCA-GTTTCATTCAG-------GTA-------TTCAGCTAATCGGTAACCCAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTCTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAAC--TTC-------TA---GT-ACAAACCATACGTTTTTTTGTAAGTT-A-AT-TTTTAATCACA---A----ACACATG---GTCA---T---AACC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------ACTGATACTAAAA--ACA-AT--GT-TCT--TCATTCATTCATTCATT--A-AAAATTACTGCTCTCGATATAACATCAa
gi|4 : gaattttttgatgaaatcgactgcaA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTG-TT-TTTTCTCCT-GTGTTATTCCATTCAATTATA-------TTCCAATTATTGGTAATAAAACAGACC-AGGATCTG-CCATTACTTCCGCTTTCTCCG-TTGGAATAA-AAACAAAT--TTA-------TA------ACAAGCCTTATG--TATTTGTAAGCT-G-AT-TAATAATTACC---A----GTACATT---TCCA---T---CATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------A---A----------AAACGTAC-----------GT--A---------ATTCATTC-TTCATC--AGAAAATTACTGCTCCTTGTAATACACCACTCCAttcta
gi|5 : gaCCAAACAGGCC-AGT-TCTGGTCATTATTT---CTTTCACAGTTTGAAACAATTAG-AAAC--TTA-------TA---AT-A--AACCATATGTTTTT--GTTAGCA-A-AT-TTGTAATCGCT---A----ATACATT---GTCA---T---TGTCAATATATAAAAA-------ACA------------T----------AT-------------G--TA----------AGTCATAATAACA--AT--AT--AT-TCT--TC--TCATTTA--------A-AAAAAAATTGCTCCCTATATTATGTCATGCTAgtgactacttccgaaatccgtagcaaatagagtaagccggtaccccggtcaacaaat
gi|6 : AATGCAAATTATGACATG--TA---CTCA-A-GC-AA-----AG-TT---CCC--A---G-GGTTTATT-G-------A-GTT--AATCA---------TA-------TTCCAATAATTAGTAACCAAACATACC-AGGATCTG-TAATCATTT---CTTTCCAATTTTGAT----TA---------TTA-------CA---AT-TCAAGCCATATGTTTACTT--TAGCT-A-AT-TTATAATCAAC---A----CTACATT---GTCA---T---TATC-----------A-------GTA------------TTTAAAAACAAAT-------------G--CA----------A-ACATAATTTAA--ACA-ATACAT-TCT--TCACTTATT------TT--A-AATATCTCTGCTCCCTAgtgaacacttccaaatctgaagcaaatagagtcacctggtcaccatttcaactaacaaaaaagctcaataaatgtaaaaatactgtact
gi|7 : TAAATA--TAATATTA---AATG--GA---ATTG-AATTGAATAT-CGG-GTGAACTTCAAC--A-TATTC-TT-G------AA-GTTCTATTCGA-------GTA--------------AACCGGTAACATAACATACC-CGGGTCTG-TCACTATTT---CTTTCCGAGTATAAAACAATAAG-------------------------------CATATG--ATTTTGTTCGCT-A-AT-TAATAATCACC---A----ACAGATT---GCCA---T---TATA-----------A-------GCA------------TACAAACA---AC-------------G--TATGCT------AATCATACTAATA--CTATAT--AT-TAT--TCACCCAT
gi|8 : TTA---CCTA--TA---CTCG-A-GT-AATATATAT-AT--ACCT--A-----TGTTC-TT-GTT---CCG-GTTTTATTCGA-------GTAAATCGTATTCCAATAATTGGTAAACACACTGACC-ATGATCTG-TCATAATTT---TCTTCCCAGTTTCAAACAATAAGGAAACTATTA-------CATGCATAACAGACGATATG-TTTTCTGTCATCT-ATATATTGTTATTACC---A------GCAT-------A---T---AACC-----------A---------A------------T----------AT-------------G--TA----------AAATATACTAACA----T-AT--AG-TCT--Tgc
gi|9 : AACAGACCCAAAAT--G-TCTTT-TTT---TTATACCAGCTTGAAACAATAAGCAAAC--TT--------TA---TA-ACAAACCATATGTTTTT--GTTTACT-A-AT-TTATAATCATA---A----ATACATTATCATCA---T---AATC-----------AT------GCAAAG---------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACTAACA--ATA-AT--A--------CATTC-TTCATTTATTTGA-AAAGTTACTGCTCCCTATATaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCCAGTGACTACTTCGGGAATCCGGAGCGAAACGAGTCACCCGGTCGACTAATCACCCTGAACAAATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTTATTCATCACTCCAGTGCCTACTTTGAAATCCATAGCAAATGGAGTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 222 1 11 22222 11 11 11 22222222222222222 11111111 111111111111111111 111111111111111 11 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 44444444444
lowQualScore : 22222222222222 1 333 3 0 11 00000 11 11 3 1 11 0 3 1 777 1 66 777 4 4 4 0 77777777777777777 5 33333333 5 0 888888888888888888 2 4 0 3 3 555 3 999999999999999 2 33 33 0 22 3 0 2 2 555 6666 2222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 77 44 6666 55 00000000000 5 2
lowQualScore : .............. . ... . . .. ..... .. .. . . .. . . . ... . .. ... . . . . ................. . ........ . . .................. . . . . . ... . ............... . .. .. . .. . . . . ... .... ....... ........................................................................... ... .. .. .... .. ........... . .
lowQualScore : 77777777777777 0 333 2 0 00 00000 00 44 2 4 00 8 2 4 888 7 11 000 0 0 0 1 77777777777777777 0 66666666 0 2 999999999999999999 2 0 5 6 2 888 2 555555555555555 9 88 77 1 77 6 3 9 9 000 1111 9999999 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 99 88 2222 00 22222222222 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT------TA-------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--ATTCT--TCACTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
Reference ( family-217 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT------TA-------T-ATNA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--ATTCT--TCACTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
gi|1 : G---GAATATATTGCACACAA---TTG-TACATAACGATGACTGAAAAAAACAATGAC--TG----ATGAAACCAATGTCGCAAAAGCAACAGTTGTGG--CATAAATAATTAAAATTA---CCTGATTA---CTCC-C-TT-AATA
gi|1 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcTCAAATTA---TATG--CATAACTGGCA-TT-C-CATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTC-TT-CTT---CCACATTTT-TTCGA-------GTA-------TTCAGATTAT-GGTACTTTAACAGACC-AGGATATG-TCATT-TTT---CTTTACCAACTTGAAACAATAAGCAAACT------T--------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTT--GTTTACTA-AT-TTATAATCATA---A----ATACATTATCAT---CGTAATC-----------AT------GCAAACAAAG-----T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AATA--ACA-ATACATTCT--TCATTTATTCG---------A-AAACTTACTGCTCCCTATgccctttctcaaattatatgcataactggcattccatacagatatcaatgttcttcttccacattttttcgagtattcagattatggtactttaacagaccaggatatgtcatttttctttaccaacttgaaacaataagcaaactttataacaaaccatatgtttttgtttactaatttataatcataaatacattatcatcgtaatcatgcaaacaaagtatgtaaatcatactaataacaatacattcttcatttattcgaaaacttactgctccctat
gi|10 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcggaatatattgcacacaattgtacataacgatgactgaaaaaaacaatgactgatgaaaccaatgtcgcaaaagcaacagttgtggcataaataattaaaattacctgattactcccttaatagccctttcGATTTG-TCAATATTG---CTGTCTTGGTTTGAAATAATAAACAAACT------AG-------T-ATAA--CAATCCTTATG--TTTCTGTTGGC-------TACAAACACCTTTACCTTATACGTTGCCAT---T---GTC-----------A-------AAATATTGAAAAAG-T----------AT-------------G--TA----------TATCAAACT---AATA--AT--TT--ATTCT--TC
gi|11 : agacatt-------T-ATGT--CAAACCAT------TTTTGTAAGCTA-AT-T-ATAATCACC---A----ATGCATTGTCAT---T---ATC-----------A-------ACATTTAAATAAATGT----------AT-------------G--TA----------AATCATACC---AACACTATA-AT--AACTG--TCACTCATTAAGATCAT--------GTGATTGCTGGCCACATTATGTAACtcaaaa
gi|12 : CAAATTA---CCTG--TA---CTTG-A-TT-AATATA-----------T--A---T-TGTTC-TT-GTT---TCA-CTTTTAGTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAATCAATCAGACC-ATGATATG-TCATTATTT---C-CTATTAGTTTGAAGCATAAAGCCAACT------AA-------A-ATAA--CAAACCATACATTtctgactacttccg
gi|13 : TATTT---CTTTCCCAGTTTGAAA-AATAAGCAAA---------A-------T-ATTA--TAA--CA-ATGTTTT---GTTGGTTA-AT-TTATAATCACA---T----GTACATTGCTATTAAT---ACC-----------A--------CA------------T----------ATATAAAAAAAGTAAG--TA----------AATCACACT---AGTA--AT--AT--ATTCC--TCACTAAT
gi|14 : ------TA-------T-GTAA--CAAAGCATGT-----TTTGTTAGCTA-AT-TCATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------G
gi|15 : ATGTA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCT--TGTCTTGTAAAACAAACGTCGCAAAAACAACAGTAGCAATTCAT--ATAATTaacttaaacacgtaatgtaaataaatattgtgcaaaatacaaaaactg
gi|16 : --TGGATAGG-----TTATGCC--TGCTTTGTAAAACCATCTTCACAAAAGCAACAGTTGAGG--C-------------ATTA---CATG--TA---CTTG-A-TC-AATACACAG-AT--Attacgagattatag
gi|18 : --CAAACCAT------TTTTGTAAGCTT-AT-TTATAATCACC---A----ATGCATTGTCAT---T---ACC-----------A-------
gi|2 : atgtATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACATAA---TTGATGCA-AAC--TGTCTGGA-----TTATGTCAATGCATTGTCAACCCAGCATTGCAAATGTAACAACTGCGG--CATAAACAATGCGAATGG---CCTG--TA---CTCG-A-GT-AATATACAGTGC--ACTT--GAACA-TGTTC-TTCCTT---CCA-GTCTCAT---A-------G----------TCCGATAATCTTTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATT-TTT----------------AAACAATAAAC-AACT------TAGTACATGT-ATAA--CAAATCATATG--TTTTTGTTCGCTC-AA-TTATTATAACC---A----ATGCATTATCAT---T---ATC-----------AGCTGTCTGCA------------T----------AT-------------GAATAATATTTTGTTAATCGTACT---AACA--AT--AT--A-TCTAAGTATTTTTTCTT-TCA----A-ATAATTACTGCTCCCTAAAT
gi|3 : aaaactatcagtcaacagctattcataagttgggacagaatatagcaagaaaatggtgatacaaagcaccATTTTATGGTTGGGGAAA--------AAAAAAGCTTTCATGCG-AAC--TGGTTAGG-----TTATGCT--TGGCCTGTAAAACCAACGTC-CGAATGCAACAGGTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATGTACAG-CT--ACCT--A---AATGTTC-TT-GTT---TCA-GTTTCATTCAG-------GTA-------TTCAGCTAATCGGTAACCCAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTCTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT------TC-------T-AGTA--CAAACCATACGTTTTTTTGTAAGTTA-AT-TTTTAATCACA---A----ACACATGGTCAT---A---ACC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------ACTGATACT---AAAA--ACA-AT--GTTCT--TCATTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCTCGATATAACATCAa
gi|4 : gaattttttgatgaaatcgactgcaA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTG-TT-TTTTCTCCT-GTGTTATTCCATTCAATTATA-------TTCCAATTATTGGTAATAAAACAGACC-AGGATCTG-CCATTACTTCCGCTTTCTCCG-TTGGAATAA-AAACAAATT------TA-------T-A--A--CAAGCCTTATG--TATTTGTAAGCTG-AT-TAATAATTACC---A----GTACATTTCCAT---C---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------A---A----------AAACGTAC----------GTA-AT-------------TCATTC-T-TCATC--AGAAAATTACTGCTCCTTGTAATACACCACTCCAttcta
gi|5 : gaCCAAACAGGCC-AGT-TCTGGTCATTATTT---CTTTCACAGTTTGAAACAATTAG-AAACT------TA-------T-A--A--TAAACCATATGTTTT--TGTTAGCAA-AT-TTGTAATCGCT---A----ATACATTGTCAT---T---GTCAATATATAAAAA-------ACA------------T----------AT-------------G--TA----------AGTCATAAT---AACA--AT--AT--ATTCT--T--CTCATTTA---------A-AAAAAAATTGCTCCCTATATTATGTCATGCTAgtgactacttccgaaatccgtagcaaatagagtaagccggtaccccggtcaacaaat
gi|6 : AATGCAAATTATGACATG--TA---CTCA-A-GC-AA-----AG-TT---CCC--A---G-GGTTTATT-G-------A-GTT--AATCA---------TA-------TTCCAATAATTAGTAACCAAACATACC-AGGATCTG-TAATCATTT---CTTTCCAATTTTGA--------------T------TA-------TTACAATTCAAGCCATATGTTTACTT--TAGCTA-AT-TTATAATCAAC---A----CTACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GTA------------TTTAAAAACAAAT-------------G--CA----------AA-CATAATTTAAACA--AT--AC--ATTCT--TCACTTATT-------TT--A-AATATCTCTGCTCCCTAgtgaacacttccaaatctgaagcaaatagagtcacctggtcaccatttcaactaacaaaaaagctcaataaatgtaaaaatactgtact
gi|7 : TAAATA--TAATATTA---AATG--GA---ATTG-AATTGAATAT-CGG-GTGAACTTCAAC--A-TATTC-TT-G------AA-GTTCTATTCGA-------GTA--------------AACCGGTAACATAACATACC-CGGGTCTG-TCACTATTT---CTTTCCGAGTATAAAACAATAAGC------------A-------T-ATGA----------------TTTTGTTCGCTA-AT-TAATAATCACC---A----ACAGATTGCCAT---T---ATA-----------A-------GCA------------TACAAACA---AC-------------G--TATGCT------AATCATACT---AATA--CTATAT--ATTAT--TCACCCAT
gi|8 : TTA---CCTA--TA---CTCG-A-GT-AATATATAT-AT--ACCT--A-----TGTTC-TT-GTT---CCG-GTTTTATTCGA-------GTAAATCGTATTCCAATAATTGGTAAACACACTGACC-ATGATCTG-TCATAATTT---TCTTCCCAGTTTCAAACAATAAGGAAACTATTACATG-------C-ATAA--CAGACGATATG-TTTTCTGTCATCTATATATTGTTATTACC---A------GCAT----AT---A---ACC-----------A---------A------------T----------AT-------------G--TA----------AAATATACT---AACAT-ATA-GT--CTTgc
gi|9 : AACAGACCCAAAAT--G-TCTTT-TTT---TTATACCAGCTTGAAACAATAAGCAAACT------T--------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTT--GTTTACTA-AT-TTATAATCATA---A----ATACATTATCAT---CATAATC-----------AT------GCAAAG---------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--A-------CATTC-TTCAT-TTATTTGA-AAAGTTACTGCTCCCTATATaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCCAGTGACTACTTCGGGAATCCGGAGCGAAACGAGTCACCCGGTCGACTAATCACCCTGAACAAATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTTATTCATCACTCCAGTGCCTACTTTGAAATCCATAGCAAATGGAGTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 222 1 11 22222 11 11 11 22222222222222222 11111111 111111111111111111 222222222222222 11 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 44444444444
lowQualScore : 22222222222222 1 333 3 0 11 00000 11 11 3 1 11 0 3 1 777 1 66 777 4 4 4 0 77777777777777777 5 33333333 5 0 888888888888888888 2 4 0 3 3 555 3 777777777777777 2 33 1 22 3 0 2 2 555 6666 2222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 77 44 6666 55 00000000000 5 2
lowQualScore : .............. . ... . . .. ..... .. .. . . .. . . . ... . .. ... . . . . ................. . ........ . . .................. . . . . . ... . ............... . .. . .. . . . . ... .... ....... ........................................................................... ... .. .. .... .. ........... . .
lowQualScore : 77777777777777 0 333 2 0 00 00000 00 44 2 4 00 8 2 4 888 7 11 000 0 0 0 1 77777777777777777 0 66666666 0 2 999999999999999999 2 0 5 6 2 888 2 333333333333333 9 77 7 77 6 3 9 9 000 1111 9999999 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 99 88 2222 00 22222222222 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT------TA-------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--ATTCT--TCACTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
Reference ( family-217 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT------TA-------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--ATTCT--TCACTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
gi|1 : G---GAATATATTGCACACAA---TTG-TACATAACGATGACTGAAAAAAACAATGAC--TG----ATGAAACCAATGTCGCAAAAGCAACAGTTGTGG--CATAAATAATTAAAATTA---CCTGATTA---CTCC-C-TT-AATA
gi|1 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcTCAAATTA---TATG--CATAACTGGCA-TT-C-CATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTC-TT-CTT---CCACATTTT-TTCGA-------GTA-------TTCAGATTAT-GGTACTTTAACAGACC-AGGATATG-TCATT-TTT---CTTTACCAACTTGAAACAATAAGCAAACT------T--------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTT--GTTTACTA-AT-TTATAATCATA---A----ATACATTATCAT---CGTAATC-----------AT------GCAAACAAAG-----T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AATA--ACA-ATACATTCT--TCATTTATTCG---------A-AAACTTACTGCTCCCTATgccctttctcaaattatatgcataactggcattccatacagatatcaatgttcttcttccacattttttcgagtattcagattatggtactttaacagaccaggatatgtcatttttctttaccaacttgaaacaataagcaaactttataacaaaccatatgtttttgtttactaatttataatcataaatacattatcatcgtaatcatgcaaacaaagtatgtaaatcatactaataacaatacattcttcatttattcgaaaacttactgctccctat
gi|10 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcggaatatattgcacacaattgtacataacgatgactgaaaaaaacaatgactgatgaaaccaatgtcgcaaaagcaacagttgtggcataaataattaaaattacctgattactcccttaatagccctttcGATTTG-TCAATATTG---CTGTCTTGGTTTGAAATAATAAACAAACT------AG-------T-ATAA--CAATCCTTATG--TTTCTGTTGGC-------TACAAACACCTTTACCTTATACGTTGCCAT---T---GTC-----------A-------AAATATTGAAAAAG-T----------AT-------------G--TA----------TATCAAACT---AATA--AT--TT--ATTCT--TC
gi|11 : agacatt-------T-ATGT--CAAACCAT------TTTTGTAAGCTA-AT-T-ATAATCACC---A----ATGCATTGTCAT---T---ATC-----------A-------ACATTTAAATAAATGT----------AT-------------G--TA----------AATCATACC---AACACTATA-AT--AACTG--TCACTCATTAAGATCAT--------GTGATTGCTGGCCACATTATGTAACtcaaaa
gi|12 : CAAATTA---CCTG--TA---CTTG-A-TT-AATATA-----------T--A---T-TGTTC-TT-GTT---TCA-CTTTTAGTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAATCAATCAGACC-ATGATATG-TCATTATTT---C-CTATTAGTTTGAAGCATAAAGCCAACT------AA-------A-ATAA--CAAACCATACATTtctgactacttccg
gi|13 : TATTT---CTTTCCCAGTTTGAAA-AATAAGCAAAAT------AT-------T-ATAA--CAA------TGTTTT---GTTGGTTA-AT-TTATAATCACA---T----GTACATTGCTATTAAT---ACC-----------A--------CA------------T----------ATATAAAAAAAGTAAG--TA----------AATCACACT---AGTA--AT--AT--ATTCC--TCACTAAT
gi|14 : ------TA-------T-GTAA--CAAAGCATGT-----TTTGTTAGCTA-AT-TCATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------G
gi|15 : ATGTA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCT--TGTCTTGTAAAACAAACGTCGCAAAAACAACAGTAGCAATTCAT--ATAATTaacttaaacacgtaatgtaaataaatattgtgcaaaatacaaaaactg
gi|16 : --TGGATAGG-----TTATGCC--TGCTTTGTAAAACCATCTTCACAAAAGCAACAGTTGAGG--C-------------ATTA---CATG--TA---CTTG-A-TC-AATACACAG-AT--Attacgagattatag
gi|18 : --CAAACCAT------TTTTGTAAGCTT-AT-TTATAATCACC---A----ATGCATTGTCAT---T---ACC-----------A-------
gi|2 : atgtATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACATAA---TTGATGCA-AAC--TGTCTGGA-----TTATGTCAATGCATTGTCAACCCAGCATTGCAAATGTAACAACTGCGG--CATAAACAATGCGAATGG---CCTG--TA---CTCG-A-GT-AATATACAGTGC--ACTT--GAACA-TGTTC-TTCCTT---CCA-GTCTCAT---A-------G----------TCCGATAATCTTTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATT-TTT----------------AAACAATAAAC-AACT------TAGTACATGT-ATAA--CAAATCATATG--TTTTTGTTCGCTC-AA-TTATTATAACC---A----ATGCATTATCAT---T---ATC-----------AGCTGTCTGCA------------T----------AT-------------GAATAATATTTTGTTAATCGTACT---AACA--AT--AT--A-TCTAAGTATTTTTTCTT-TCA----A-ATAATTACTGCTCCCTAAAT
gi|3 : aaaactatcagtcaacagctattcataagttgggacagaatatagcaagaaaatggtgatacaaagcaccATTTTATGGTTGGGGAAA--------AAAAAAGCTTTCATGCG-AAC--TGGTTAGG-----TTATGCT--TGGCCTGTAAAACCAACGTC-CGAATGCAACAGGTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATGTACAG-CT--ACCT--A---AATGTTC-TT-GTT---TCA-GTTTCATTCAG-------GTA-------TTCAGCTAATCGGTAACCCAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTCTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT------TC-------T-AGTA--CAAACCATACGTTTTTTTGTAAGTTA-AT-TTTTAATCACA---A----ACACATGGTCAT---A---ACC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------ACTGATACT---AAAA--ACA-AT--GTTCT--TCATTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCTCGATATAACATCAa
gi|4 : gaattttttgatgaaatcgactgcaA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTG-TT-TTTTCTCCT-GTGTTATTCCATTCAATTATA-------TTCCAATTATTGGTAATAAAACAGACC-AGGATCTG-CCATTACTTCCGCTTTCTCCG-TTGGAATAA-AAACAAATT---------------T-ATAA--CAAGCCTTATG--TATTTGTAAGCTG-AT-TAATAATTACC---A----GTACATTTCCAT---C---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------A---A----------AAACGTAC----------GTA-AT-------------TCATTC-T-TCATC--AGAAAATTACTGCTCCTTGTAATACACCACTCCAttcta
gi|5 : gaCCAAACAGGCC-AGT-TCTGGTCATTATTT---CTTTCACAGTTTGAAACAATTAG-AAACT------TA-------T-A--A--TAAACCATATGTTTT--TGTTAGCAA-AT-TTGTAATCGCT---A----ATACATTGTCAT---T---GTCAATATATAAAAA-------ACA------------T----------AT-------------G--TA----------AGTCATAAT---AACA--AT--AT--ATTCT--T--CTCATTTA---------A-AAAAAAATTGCTCCCTATATTATGTCATGCTAgtgactacttccgaaatccgtagcaaatagagtaagccggtaccccggtcaacaaat
gi|6 : AATGCAAATTATGACATG--TA---CTCA-A-GC-AA-----AG-TT---CCC--A---G-GGTTTATT-G-------A-GTT--AATCA---------TA-------TTCCAATAATTAGTAACCAAACATACC-AGGATCTG-TAATCATTT---CTTTCCAATTTTGA--------------T------TA-------TTACAATTCAAGCCATATGTTTACTT--TAGCTA-AT-TTATAATCAAC---A----CTACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GTA------------TTTAAAAACAAAT-------------G--CA----------AA-CATAATTTAAACA--AT--AC--ATTCT--TCACTTATT-------TT--A-AATATCTCTGCTCCCTAgtgaacacttccaaatctgaagcaaatagagtcacctggtcaccatttcaactaacaaaaaagctcaataaatgtaaaaatactgtact
gi|7 : TAAATA--TAATATTA---AATG--GA---ATTG-AATTGAATAT-CGG-GTGAACTTCAAC--A-TATTC-TT-G------AA-GTTCTATTCGA-------GTA--------------AACCGGTAACATAACATACC-CGGGTCTG-TCACTATTT---CTTTCCGAGTATAAAACAATAAGC------------A-------T-ATGA----------------TTTTGTTCGCTA-AT-TAATAATCACC---A----ACAGATTGCCAT---T---ATA-----------A-------GCA------------TACAAACA---AC-------------G--TATGCT------AATCATACT---AATA--CTATAT--ATTAT--TCACCCAT
gi|8 : TTA---CCTA--TA---CTCG-A-GT-AATATATAT-AT--ACCT--A-----TGTTC-TT-GTT---CCG-GTTTTATTCGA-------GTAAATCGTATTCCAATAATTGGTAAACACACTGACC-ATGATCTG-TCATAATTT---TCTTCCCAGTTTCAAACAATAAGGAAACTATTACATG-------C-ATAA--CAGACGATATG-TTTTCTGTCATCTATATATTGTTATTACC---A------GCAT----AT---A---ACC-----------A---------A------------T----------AT-------------G--TA----------AAATATACT---AACAT-ATA-GT--CTTgc
gi|9 : AACAGACCCAAAAT--G-TCTTT-TTT---TTATACCAGCTTGAAACAATAAGCAAACT------T--------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTT--GTTTACTA-AT-TTATAATCATA---A----ATACATTATCAT---CATAATC-----------AT------GCAAAG---------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--A-------CATTC-TTCAT-TTATTTGA-AAAGTTACTGCTCCCTATATaa
blockSeqs : AAATGTAT T GCT A . . . AA TC G A TT A A TGA A . TAA C A G GTGAACTTCAACA A TTTTCTC . TTCAATTATAT C C G A CCG A TAGTACATG T TT A TT C T A TTT CCTT TAAT AGCTGTCTGCATATGAATAATATTTTGTT TTA CT AT AT AA CATTTATTTG G G
blockSeqs : GGGAAA A . A . . . . CT A A . A A . C . . . . . TGCACTTGAACA . CCTTC . GTAAATCGTAT C . . A . C ATTACATG . . A TT T . . . . CATA AACATTTAAATAAATGTATGTA . T A AA . AAGATCAT .
blockSeqs : A . . . . CA G T . A A . A . . . . . CTACCTAAA . GTTT . GTAT C . . A . A AG . . G TT T . . . . T ACATATATAAAAAAAGTAAGTA . . A AT . CATTCATT .
blockSeqs : . . . GC . T . . A . C . . . . . ATATCAA . GTTT . GTAT T . . A . A AA . . A TT T . . . . T AAAATATTGAAAAAGTATGTA . . A GT . CTTCATC .
blockSeqs : . . . A . . . . . TTCCCAG . GTTC . TAT T . . A . A AT . . A TT T . . . . T AATATATAAAAAACATATGTA . . A AT . CTTTCA .
blockSeqs : . . A . . . . . ATACCTA . G . GTA C . . A . A TA . . A TT T . . . . T AGCATACAAACAACGTATGCT . . A AT . TA .
blockSeqs : . A . . . . . TAT . G . G T . . A . A TC . . A T T . . . . T AGTATTTAAAAACAAATGCA . . . AT . TT .
blockSeqs : . C . . . . . . . A . A TA . . A . T . . . . A ATGCAAAGTATGTA . . . CT .
blockSeqs : . . . . . . A . . TA . . A . T . . . . C AGCATATGTA . . . A .
blockSeqs : . . . . A . . A . C . . . . T AGCATATAA . . . A .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . T AATATGTA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** ***** CC ** NA************* TT T****** A* AT** CATTCATT***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT------TA-------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--ATTCT--TCACTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACTNA-------------T-ATAA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCATT------ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-ATAT--TCT--TCACTCATTCATTCATT---A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCCAGTGACTACTTCGGGAATCCGGAGCGAAACGAGTCACCCGGTCGACTAATCACCCTGAACAAATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTTATTCATCACTCCAGTGCCTACTTTGAAATCCATAGCAAATGGAGTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 222 1 11 22222 11 11 11 22222222222222222 11111111 111111111111111111 3333333333333 11 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 44444444444
lowQualScore : 22222222222222 1 333 3 0 11 00000 11 11 3 1 11 0 3 1 777 1 66 777 4 4 4 0 77777777777777777 5 33333333 5 0 888888888888888888 2 4 0 3 3 555 3 2222222222222 66 33 1 22 3 0 2 2 555 6666 2222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 77 44 6666 55 00000000000 5 2
lowQualScore : .............. . ... . . .. ..... .. .. . . .. . . . ... . .. ... . . . . ................. . ........ . . .................. . . . . . ... . ............. .. .. . .. . . . . ... .... ....... ........................................................................... ... .. .. .... .. ........... . .
lowQualScore : 77777777777777 0 333 2 0 00 00000 00 44 2 4 00 8 2 4 888 7 11 000 0 0 0 1 77777777777777777 0 66666666 0 2 999999999999999999 2 0 5 6 2 888 2 3333333333333 88 77 7 77 6 3 9 9 000 1111 9999999 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 99 88 2222 00 22222222222 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT----TA-------T--ATAA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--ATTCT--TCACTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
Reference ( family-217 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACANAA---TTGATGCA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCC--TGCCTTGTAAAACCAACGTCGCAAAAGCAACAGTTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ACCT--A---A-TGTTC-TT-GTT---CCA-GTTTTATTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTTTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT----NA-------T--ATAA--CAAACCATATGTTTTTTTGTTAGCTA-AT-TTATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--ATTCT--TCACTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCCCTATATTACGTCACGCCA
gi|1 : G---GAATATATTGCACACAA---TTG-TACATAACGATGACTGAAAAAAACAATGAC--TG----ATGAAACCAATGTCGCAAAAGCAACAGTTGTGG--CATAAATAATTAAAATTA---CCTGATTA---CTCC-C-TT-AATA
gi|1 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcTCAAATTA---TATG--CATAACTGGCA-TT-C-CATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTC-TT-CTT---CCACATTTT-TTCGA-------GTA-------TTCAGATTAT-GGTACTTTAACAGACC-AGGATATG-TCATT-TTT---CTTTACCAACTTGAAACAATAAGCAAACT----T--------T--ATAA--CAAACCATATGTTTTT--GTTTACTA-AT-TTATAATCATA---A----ATACATTATCAT---CGTAATC-----------AT------GCAAACAAAG-----T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AATA--ACA-ATACATTCT--TCATTTATTCG---------A-AAACTTACTGCTCCCTATgccctttctcaaattatatgcataactggcattccatacagatatcaatgttcttcttccacattttttcgagtattcagattatggtactttaacagaccaggatatgtcatttttctttaccaacttgaaacaataagcaaactttataacaaaccatatgtttttgtttactaatttataatcataaatacattatcatcgtaatcatgcaaacaaagtatgtaaatcatactaataacaatacattcttcatttattcgaaaacttactgctccctat
gi|10 : aaattatcatcaaaagcttcacagtaacagttacttgataaaaaaatattgatgcaaagatcggaatatattgcacacaattgtacataacgatgactgaaaaaaacaatgactgatgaaaccaatgtcgcaaaagcaacagttgtggcataaataattaaaattacctgattactcccttaatagccctttcGATTTG-TCAATATTG---CTGTCTTGGTTTGAAATAATAAACAAACT----AG-------T--ATAA--CAATCCTTATG--TTTCTGTTGGC-------TACAAACACCTTTACCTTATACGTTGCCAT---T---GTC-----------A-------AAATATTGAAAAAG-T----------AT-------------G--TA----------TATCAAACT---AATA--AT--TT--ATTCT--TC
gi|11 : agacatt-------T--ATGT--CAAACCAT------TTTTGTAAGCTA-AT-T-ATAATCACC---A----ATGCATTGTCAT---T---ATC-----------A-------ACATTTAAATAAATGT----------AT-------------G--TA----------AATCATACC---AACACTATA-AT--AACTG--TCACTCATTAAGATCAT--------GTGATTGCTGGCCACATTATGTAACtcaaaa
gi|12 : CAAATTA---CCTG--TA---CTTG-A-TT-AATATA-----------T--A---T-TGTTC-TT-GTT---TCA-CTTTTAGTCGA-------GTA-------TTCCGATAATCGGTAATCAATCAGACC-ATGATATG-TCATTATTT---C-CTATTAGTTTGAAGCATAAAGCCAACT----AA-------A--ATAA--CAAACCATACATTtctgactacttccg
gi|13 : TATTT---CTTTCCCAGTTTGAAA-AATAAGCAAAAT----AT-------T--ATAA--CAA------TGTTTT---GTTGGTTA-AT-TTATAATCACA---T----GTACATTGCTATTAAT---ACC-----------A--------CA------------T----------ATATAAAAAAAGTAAG--TA----------AATCACACT---AGTA--AT--AT--ATTCC--TCACTAAT
gi|14 : A-------T--GTAA--CAAAGCATGT-----TTTGTTAGCTA-AT-TCATAATCACC---A----ATACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------G
gi|15 : tATGTA-AAC--TGGCTGGG-----TTATGCT--TGTCTTGTAAAACAAACGTCGCAAAAACAACAGTAGCAATTCAT--ATAATTaacttaaacacgtaatgtaaataaatattgtgcaaaatacaaaaactg
gi|16 : --TGGATAGG-----TTATGCC--TGCTTTGTAAAACCATCTTCACAAAAGCAACAGTTGAGG--C-------------ATTA---CATG--TA---CTTG-A-TC-AATACACAG-AT--Attacgagattatag
gi|18 : --CAAACCAT------TTTTGTAAGCTT-AT-TTATAATCACC---A----ATGCATTGTCAT---T---ACC-----------A-------
gi|2 : atgtATTTTATGGCTG---AAATGTAT---ACATAA---TTGATGCA-AAC--TGTCTGGA-----TTATGTCAATGCATTGTCAACCCAGCATTGCAAATGTAACAACTGCGG--CATAAACAATGCGAATGG---CCTG--TA---CTCG-A-GT-AATATACAGTGC--ACTT--GAACA-TGTTC-TTCCTT---CCA-GTCTCAT---A-------G----------TCCGATAATCTTTAACCAAACAGACC-AGGATCTG-TCATT-TTT----------------AAACAATAAAC-AACT----TAGTACATGT--ATAA--CAAATCATATG--TTTTTGTTCGCTC-AA-TTATTATAACC---A----ATGCATTATCAT---T---ATC-----------AGCTGTCTGCA------------T----------AT-------------GAATAATATTTTGTTAATCGTACT---AACA--AT--AT--A-TCTAAGTATTTTTTCTT-TCA----A-ATAATTACTGCTCCCTAAAT
gi|3 : aaaactatcagtcaacagctattcataagttgggacagaatatagcaagaaaatggtgatacaaagcaccATTTTATGGTTGGGGAAA--------AAAAAAGCTTTCATGCG-AAC--TGGTTAGG-----TTATGCT--TGGCCTGTAAAACCAACGTC-CGAATGCAACAGGTGCGG--CATAAATAATTCAAATTA---CATG--TA---CTCG-A-TT-AATGTACAG-CT--ACCT--A---AATGTTC-TT-GTT---TCA-GTTTCATTCAG-------GTA-------TTCAGCTAATCGGTAACCCAACAGACC-AGGATCTG-TCATTATTT---CTCTCCCAGTTTGAAACAATAAGCAAACT----TC-------T--AGTA--CAAACCATACGTTTTTTTGTAAGTTA-AT-TTTTAATCACA---A----ACACATGGTCAT---A---ACC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------G--TA----------ACTGATACT---AAAA--ACA-AT--GTTCT--TCATTCATTCAT-TCATT--A-AAAATTACTGCTCTCGATATAACATCAa
gi|4 : gaattttttgatgaaatcgactgcaA---CTCG-A-TT-AATATACAG-AT--ATC---A---A-TGTTG-TT-TTTTCTCCT-GTGTTATTCCATTCAATTATA-------TTCCAATTATTGGTAATAAAACAGACC-AGGATCTG-CCATTACTTCCGCTTTCTCCG-TTGGAATAA-AAACAAATT-------------T--ATAA--CAAGCCTTATG--TATTTGTAAGCTG-AT-TAATAATTACC---A----GTACATTTCCAT---C---ATC-----------A-------GCA------------T----------AT-------------A---A----------AAACGTAC----------GTA-AT-------------TCATTC-T-TCATC--AGAAAATTACTGCTCCTTGTAATACACCACTCCAttcta
gi|5 : gaCCAAACAGGCC-AGT-TCTGGTCATTATTT---CTTTCACAGTTTGAAACAATTAG-AAACT-------------T--ATAA--TAAACCATATGTTTT--TGTTAGCAA-AT-TTGTAATCGCT---A----ATACATTGTCAT---T---GTCAATATATAAAAA-------ACA------------T----------AT-------------G--TA----------AGTCATAAT---AACA--AT--AT--ATTCT--T--CTCATTTA---------A-AAAAAAATTGCTCCCTATATTATGTCATGCTAgtgactacttccgaaatccgtagcaaatagagtaagccggtaccccggtcaacaaat
gi|6 : AATGCAAATTATGACATG--TA---CTCA-A-GC-AA-----AG-TT---CCC--A---G-GGTTTATT-G-------A-GTT--AATCA---------TA-------TTCCAATAATTAGTAACCAAACATACC-AGGATCTG-TAATCATTT---CTTTCCAATTTTGA--------------T----TA-------TT-ACAATTCAAGCCATATGTTTACTT--TAGCTA-AT-TTATAATCAAC---A----CTACATTGTCAT---T---ATC-----------A-------GTA------------TTTAAAAACAAAT-------------G--CA----------AA-CATAATTTAAACA--AT--AC--ATTCT--TCACTTATT-------TT--A-AATATCTCTGCTCCCTAgtgaacacttccaaatctgaagcaaatagagtcacctggtcaccatttcaactaacaaaaaagctcaataaatgtaaaaatactgtact
gi|7 : TAAATA--TAATATTA---AATG--GA---ATTG-AATTGAATAT-CGG-GTGAACTTCAAC--A-TATTC-TT-G------AA-GTTCTATTCGA-------GTA--------------AACCGGTAACATAACATACC-CGGGTCTG-TCACTATTT---CTTTCCGAGTATAAAACAATAAGC----------A-------T--ATGA----------------TTTTGTTCGCTA-AT-TAATAATCACC---A----ACAGATTGCCAT---T---ATA-----------A-------GCA------------TACAAACA---AC-------------G--TATGCT------AATCATACT---AATA--CTATAT--ATTAT--TCACCCAT
gi|8 : TTA---CCTA--TA---CTCG-A-GT-AATATATAT-AT--ACCT--A-----TGTTC-TT-GTT---CCG-GTTTTATTCGA-------GTAAATCGTATTCCAATAATTGGTAAACACACTGACC-ATGATCTG-TCATAATTT---TCTTCCCAGTTTCAAACAATAAGGAAACTATTACA-------TGCATAA--CAGACGATATG-TTTTCTGTCATCTATATATTGTTATTACC---A------GCAT----AT---A---ACC-----------A---------A------------T----------AT-------------G--TA----------AAATATACT---AACAT-ATA-GT--CTTgc
gi|9 : AACAGACCCAAAAT--G-TCTTT-TTT---TTATACCAGCTTGAAACAATAAGCAAACT----T--------T--ATAA--CAAACCATATGTTTTT--GTTTACTA-AT-TTATAATCATA---A----ATACATTATCAT---CATAATC-----------AT------GCAAAG---------T----------AT-------------G--TA----------AATCATACT---AACA--ATA-AT--A-------CATTC-TTCAT-TTATTTGA-AAAGTTACTGCTCCCTATATaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCCAGTGACTACTTCGGGAATCCGGAGCGAAACGAGTCACCCGGTCGACTAATCACCCTGAACAAATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTTATTCATCACTCCAGTGCCTACTTTGAAATCCATAGCAAATGGAGTCA