lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 6666666666666666666666666666 2222222222 11 22222222222222222222 3333 1 3333333333 11 22222222222222 1111111 1111 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555555555 1111111 44444
lowQualScore : 0 5555555555555555555555555555 0 7 5555555555 5 0 4 9 00 2 77777 33333333333333333333 4444 2 9 5 1 9999999999 1 5 2 66 33 6 3 3 00000000000000 6666 3 0000000 1111 00000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 3 3 44 22222222222222222222222222222 3333333 7 33333 4 3
lowQualScore : . ............................ . . .......... . . . . .. . ..... .................... .... . . . . .......... . . . .. .. . . . .............. .... . ....... .... ..... ....................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . . . .. ............................. ....... . ..... . .
lowQualScore : 2 0000000000000000000000000000 6 2 0000000000 1 7 9 2 88 9 11111 11111111111111111111 5555 9 0 3 3 3333333333 1 6 1 99 99 5 1 4 66666666666666 5555 1 8888888 2222 44444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 2 3 6 66 44444444444444444444444444444 0000000 8 22222 8 2
consensus : GTGTTGTTCCG-----ATNAAT---CG-TTAAT-NGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAA--CCCGCTGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTCGTCGATGAATTATA-CTA-A-----TTAT----------TGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTT-CCTTATAANTAAATTGA--ACGCT--TGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGC-TA--ATCAAACT-CGCCT-------------AGGC----C-AAC-------TTA---CCAAC----ATGAC---------------TGA---C---A-------A----------------------GGGCAAA---AT-AA--A---GA----------A------------TCA------A---G--------AC-----TC------C---------TGG------G------------ACCA--TTT-NGGGTTATT-----ATATA-------ATATATA-N--AGAA----A------ACC-------A----AATTAAT--CGCG-ATTTTAATCGTTAATCGA-TCGTC--TG-A------A-------A--T--------TAA-------TCGATTAAAAATN--TCAGCTCCGATTCCNAACAC
Reference ( gi|3 ) : GTGTTGTTATG-----ATTAAT---CGTTTAAT-GGATTAATCTCCAAATTGTTACCAAAA--CTCACCAACACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCAATGAATCATG-CTA-A-----TTAC----------TAT------GTAAGAGTTGTCACGCTT-CATTATAAATAAATTGA--AAGCT--TGATTGGATGAAAGTTAAGTCAGACAGC-AA--ATCAAATT-CACTT-------------GGGC----C-AAC-------TTG---CCAAC----GTGAT---------------TGA---C---A-------AC---------------------GGGCAAA---AT-AA--A---GA----------A------------TCA------A---G--------AC-----TC------C---------TGG------G------------ACCA--TTG-AGGGTTATT-----ATACA-------ATATATA-A--AGAA----A------AC--------A----AATTAAT--TGGC-ATTTTAATTGTTAATTGA-TCATC--TA-A------A-------A--T--------TAA-------TCAATTAAAGATA--T-AGCTTTGATTCCCAACAC
gi|5 : GTGTTGTT---------TCAAT-------TCAT-TAATTAATTGCCAAATTGTTATCAAAA--C-CACTGGCG-GGTCATCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATGAATTATA-CAA-A-----TTAC----------TAT------GTAAGAGTGATCATTCTT-CTATATAACT-AATTGA--ACGC---TGATCAGATGA---TGAAGTCAGGCAGT-TT--ATCAACCT-CACCT-------------GGTCCTTGC-AAC-------TTA---CCAAC----ATGGC---------------TGA---C-------------------------------------CAAG---AT-AA--AGATGA----------A------------TGA------AT--G--------AC------C------C---------TG
gi|10 : GTCTTGTTCCG-----ATAAAT---CA---------ATCAATTTCCAAATTGTTGCCAAAG---TCACTGAATTGATCATTGA-----------TGTACATCGATGAATTAC----A-G-----TTAT----------TGT------GTAAGAGTTGTTGGCCTT-CCTTATAACTAAATTGA--ATGCT---GATTGGATGAAAGTTAATTCAGGTAGC-TA--ATTAAAAT-CGTTC-------------ACAC----C-GAC-------TTT---CCAAC----ATGAC---------------TGA-------A-------A--------------------------AAG---AT-AA--A---GGCGATTACTCTA------------TCGCTTTTCA---G--------AC-----TC------C---------TGG------G------------ACCT--TTA-AGGGATATT-----ATA-A-------ATATAAA-ACTAGAT----T------ACATT-----A----AAATATT--TGCA-ATTTTAATCCATAATTTA-TCATC--TG-A------A-------ttccttcccacaaaaaaaaaataaacaatcagactcctggtagcattttggttattgttattatatagaaaatttatcacgattttaattgttcattgattatctgatgtccaattaat
gi|4 : ctaGTATTGTTATGGAATGATGAATGGGCATTTAGTAGGGTTGTTCT---GATTGATCGCGCAG--C-CGCTGGTAAGTTCAACGACGATGGATTTTTGTTTATCAATGAATGATA--TA-A-----TTAT----------T--------GTAATAGTTG---CTCTT------TAAGTAAATTGA--ATGCT---GATTGGGCAAAAATAAAGTCAGACAGC-AA--ATCAAACT-CACCT-------------ATGC----C-AAC-------TTA---CCAAC----ATGAC---------------CGA---C---AAAG----ACAAAAGTTTCTATCCCTTGCCAGGGAAAA---ATAAA--A---GG----------A------------TC-------A---G--------AC-----TC------C---------TGG------G------------GTTA--TTT-CGAGTTATC-----ATATACCTGTACATGTATA-T--AGAA----A------AT--------C----TATTA----TAAC----TTAATTGTttgtatgatta
gi|1 : tttttGTGTTGTTCTA-----ATTAAC---TG---------ATTACTCGCCAAACTGTTACCAAAAAGC-CGCAGACACGATCATCAATGATGGGTTTTTATTCATCTACAAATAATA-CTA-A-----CTACATGACTGTATTGT------GTAAGAGTTGTT---CTT-CTGTATTAGGAAATGGA--ATGC---AGATTGGATGAAA-TTAAGTGTGAAAGC-TA--ATCGAGTTACGTTTAACGAATTCTCCAAAGA----C-AACTTCTATGTTA---CCAAC----AAGAC---------------TGA---C---A-------AA---------------------G---AAG---AC-AA--A---CA----------ATTCCCTCCCTTGTCA------A---GCGAAAAATAA-----TCTGATATC---------TGG------G------------ACCA--TTT-CGGGTTTTT-----------------ATATATA-G--AAAATCCTATT----AT--------G----AATTAAT--CAAG-ATTTTAA-TATTAGTTG-----TT--T---------G-------A--T--------TAA-------TCAATAAAAAAAAATC-AGCTCTGTTTCCAAACgatttccgattcccaacactaacaa
gi|6 : a---CGATTAAT-TGATTAATTTCCAATATGTTACTAAAA--GCCACCAGCATGATCATTGATGATGGATGTTTGTTTGTC---GAATTATATTTA-A--------------------AT------GTAAAAGTTGTCGGTCTT-CCTTTTAATTAAA-TGA--A--CTGCTGATTGGTTGAAAATTAAGTCAGGCAAC-TA--ATCAAACT-CACTT-------------AAGC----CTAAC-------TTA---CAAAC----ATGAT---------------TGG---C---A-------A----------------------AGACAAAG--AT-GA--A---TA----------ATT----------TTA------T---C--------ACTT---TC------C---------AGG------GAAAAGAAAAAAAATCAGTCTC-AGACTTGTTTCCGGATATT-------ATATATATA--ATAA----ACCTATGAC--------A----AATTACTCATGG---TTTTAATCATTATTCAT-TCGTC--TG-A------A-------ATGT--------TAA-------T
gi|7 : gtagtgtttttcGTTAAAT-G-ATAAATCGCAAAATTGTTACCAAAA--GCCGCGAGGAGGATCAACAATGATGGAATTTAGTTTG---ATGAATTATA-CTC-A-----TTA-----------TAT-------TGAGAAAGGTCATTCTT-TCTTATAAATAAATTGG--AACAC--TGATTGGAAAAAAGTTAAGTAAGGCAGC-TA--ATCAAACT-GGCCC-------------GAAC----C-ACC-------TTA---CCAACATTAGTGACAAATACAAGGATGAATGATTCC---ATCCTGTCAT---------------------GGGTAAA---AT-AA--A----A----------A------------TCA----------G--------AC-----TC------C---------TGG------A------------ACCA--TAT-CGGGTTGT----------G-------ATATGTA-G--AAAT----G------AT--------T----AATTAAT--TGTG-A-TTTAATTATt
gi|9 : gtttttactagcaactgtcggAAT-G-ATTTCTCACCAAATTGTTACCTAAG--GTGATTAACACGATCATCGGCGATGGACTTTGATTCATTAAGCAGTTATA-CTT-A-----TTAT----------TGT------GTAAGAGTTGT--TGTTTACCTTATAAATAAACTGA--ACGC---TGACAGGACGAAAACTA---CAGAT-----A--ATCACACG-TACAT-------------AGGC----C-AAgtattttattcatatcatatgga
gi|11 : ccgaataAAT-TGACTAGTCGCCAAGTTGGTACCAATT--CT-ACTGGCATGATCATCGAC-------TTTTGTT------------ATA-CTC-A-----TTAT----------TGTTTGTGGGTCAGAGATGTCGGTCTT-CCTTATAACTAAAGTGA--ATGCT---GATTTGACAAGAATTATATCATCCATC-CA--GTCAGACT-TGCCT-------------CGGC----C-AAC-------TTA---CCATC----ATCAC---------------TGA---C---AAAG----ACTGATGACTCTACCTTTCCA--GGGAAAA---AT-AA--A---CAG---------A------------TC-------A---G--------AA-----TC------C---------TGT------G------------ACCA--TTA-Agagacaaagacgaagacgtcatggaccgtctcggattattatatatagataacctactattataaatcagtcgcgacatgttataaaagcaacctgagtactgagtattttcatatgtattaatatgtctaatgttttcaatgatcagagctgcg
gi|12 : gtggtgtttctggtaaccGATTAACCGCCAAATTGTTACCAAGA--GTTACTGGCATGATCATTGACAATGTATTTTTGTTTGTCAATGAATTATA-CTA-A-----TTAC----------TGT------GTACGAGCTGTCATTCTT-CTTTATAACTAAATTGACCAA-----TGATTTAATGATAATAAAATCAGACAGC-TA--ATCAAACA-CACCT-------------AGGC----C-AAC-------TTA---CCAAC----ATCAT---------------TGA---CAAAA-------AC---------------------AGAGAAGACTAT-AA--A---G-----------G------------TCA------A------------AC-----TC------C---------TAA------G------------ACCA--TTT-CGTGTTATT-----ATATACAT----GTATATA-T--AGAA----A------AC---------------CT----------ATTCTAAATCTT--TCAA-TCATC--TG-A------A-------A--T--------ttaatcacgattttaatcgttaaataatcgtttgaaacgttcaattaat
gi|16 : tccGATTAATTTCTTAACC---ACCAAAAA-CCCACTGGCACGATCTTCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATGA-------TTA-G-----TT---------------------------GTTGTT---CTT-CCTTATAACAAAATTGA--A-GAT--TGATTGGATGAAAATTAAGGAAGTCAGCTGATTATCAAACT-CATCT-------------AGGT----C-AAC-------TCGGTACCAGC----ATGAgt
gi|17 : ctattccATTAATCGCAAAATTGTAACCAAAA--CCCACCAGCATGATT---GACGATTGATTTTTGTTTGTCAATGAATTGTA-CTA-A-----TTAT----------TAT------GTAAGAGTTGTCATTCTT-CCTTCTAAATAAATTGA--ATGC---TAATTGGACGACAATTAAGTCAGGCAGC-TA--ATCAAA
gi|2 : tgttccaATTATTTGCCAATTTGTTACAGGAA--------GGCGCAATCATCAACAATGGATTTTTGTTTGTCAGTGAATTATA-CTACATGTATTTAT----------TGT------GTAAGAGTTGTTGTTCTT-TCTTATAAATAAAC-------AC---TGATTAAACGAAAATTAAGCCAAAGAGT-TG--ATGAAACT-CACCT-------------AGGC----C-AAC-------TTA---CCAAC----ATGAC---------------TGA---C---A----------------------------------AAG---AC-AA--A---GA----------AGG----------TTA------ACTCT--------ACTTTTGTC------CAGATAAAAATGGAAATCTG------------ACCA--TTT-AGGGTTATT-----ATATG-------ATATAT-----TGGA----A------ACCTAATGT-A----AATGAATCATG---ATTTTAATCCTAAATCTA-TCGTCTGTA-ATATCC-G-------A--T--------TTA-------TCGTTTAATAATC--TGAGCTGTGATTTCTAAc
gi|19 : tcaATT-TTACCTAAA--TCCGTTTGCTTGATCATTGGTGATGGATTTTTATTTGTCAATGAATAATG-CAA-A-----TTAT----------T-T------CTAAGAtgct
gi|8 : GTCTATGAATTATA-CAA-A-----TTAT----------TGT------GTGAGAGTTGTT---TTT-C-TTATAACTAAACTGA----GCT---GATTGGACGAAGGTTTAGTAAGGCAGC-TT--ATTAAACT-TACCT-------------GGTC----C-AAC-------TTA---CGAAC----GTGAT---------------TAA---C---A-------A----------------------AGACAAA---
gi|13 : ttgatatatggtataTT-C-TTATAAATAAAATGA--TCACC---GATTGGAAGAAAATTAAGCCAGGCAGC-TA--GCCAATAT-AGCCT-------------TAGC----C-AAC-------TTA---CCAAC----ATGAC---------------TGA---C---A-------A----------------------AGACAAAG--ACGAA--A---GATTCTATCCTTA------------CCA------ATCAG--------AC-----TC------C---------TGG------G------------CTCA--TTT-CAGCTTCT-------------------CATATA-C--AGAA----A------ACCAATTAT-A----AATTAAT--TGTA-ATTTTAATCATTTATTAATTTTTC--TACAATGTCCA-------A--T--------TAA-------TCAATTAAAAATT--TCAGCTTCGATTCCCAACACgaggagcagtgaacttctcccttttcagaaaaaaatagagaaaatctgattcatcggaccaatttgggttattgtaccttgaagaaaaccccaatatgaattaatcacggttttaatcgtaaatcaatcttctgaactgttcggctaatcgattaaaactttcagtgccgcatccgaacactataaa
gi|14 : actgtttttcaGGCAAAG--AT-AAGAA---AA----------A------------TCA----------G--------AC-----AT------C---------TGA------G------------ACTA--TTTCAGGGTAATT-----ATATA-------------------GAA----A------AC--------ATTATAACTGAT---GGCGATTTTAATCGAAAATCGA-TCGTC--TG-A------A-------A--T--------GAACGATTATTCGATTTAACATA--TCAGCACCAATTCCAGACACt
gi|5 : ccgattaatcgatctaatcaagttactactgacgaactcgcctatacttatcgacagatcagatctgacaaagacgagtgtcttcactcctttctcAAA---AT-AA--A---CA----------A------------TCA----------G--------AC-----TC------C---------TGG------T------------AGCA--TTT--TGGTTATT-----GT-TA-------TTATATA-G--A------------------------A----AATTTAT--CACG-ATTTTAATTGTTCATTGA-TTATC--TG-ATGTCC-A-------A--T--------TAA-------Tt
gi|8 : gtgttgtttcaattcattaattaattgccaaattgttatcaaaaccactggcgggtcatcgacaatggatttttgtttgttgatgaattatacaaattactatgtaagagtgatcattcttctatataactaattgaacgctgatcagatgatgaagtcaggcagtttatcaacctcacctggtccttgcaacttaccaacatggctgaccaagataaagatgaatgaatgaccctgttccttcccacaaaaaaAAA---AT-AG--A---GA----------A--------------A------ATCTG--------AT-----TC------A---------TCG------G------------ACCA--ATT-TGGGTTATT-----GTAC-----------CTTG-A--AGAA----A------ACCCCAATATG----AATTAATCACGG---TTTTAATCGTAAATCAA-TCTTC--TG-A------A-------C--TGTTCGGC-TAA-------TCGATTAAA
gi|15 : ttgatatatggtatagtctatgaattatacaaattattgtgtgagagttgtttttcttataactaaactgagctgattggacgaaggtttagtaaggcagcttattaaacttacctggtccaacttacgaacgtgattaacaaagacaaagaggagcagtgaacttctcccttttcagaaaAAA---AT-AA--A---AAG---------A------------TCT----------G--------AC-----TC------A---------CAA------T------------ATCA--AAC-AAGGTTATT-----ATA----------TATATA-A--A--------------ACCTATTTGTA----ATTTGAT--CGCG-ATTTTAACCGTTAATCAA-TCGTC--TG-A------AATGTCTGA--T--------TAA-------TTTATTAAAAATT--TCAACTCTGGTTCCCAACACactttcagtgccgcatccgaacactataaa
gi|18 : ctaagagaaagacaaatgacttgatcctttcgaggaaaaGTTATT-----ATTTA-------ATATA-------GAA----A------ACCCAATTATA----AATCAAT--CATT-ATTTTAATCATCAATCGA-TCATC--TG-A------A-------A--TATCTCAAATAA-------TCAATTAt
gi|11 : actt----AATTAAT--CACG-ATTTTAATCGTTAAATAA-TCGTT--TG-A------A-------A--CG-------T---------TCAATTAAtaaacttcagc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAGGCCATAATAAATTAAATAATTGCTAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444 11111 1111111111111111 22 11111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 33333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 777777777 66 0 1 00000 4 5 7 33333 5555555555555555 0 777777 33 1 1 2 33 55 0 0 444 55555555555555 2 6666 2 9999999 555 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 3 0 2 3333333333 66666666666666666666666666 3 0000000 0 4 1 0 1
lowQualScore : . ......... .. . . ..... . . . ..... ................ . ...... .. . . . .. .. . . ... .............. . .... . ....... ... . ....................................................................................................................................................................................................................................................... .... . . . .......... .......................... . ....... . . . . .
lowQualScore : 0 888888888 44 4 0 33333 0 0 5 33333 2222222222222222 9 777777 44 0 2 7 00 55 8 3 777 77777777777777 1 1111 9 3333333 000 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 3 5 5 5555555555 33333333333333333333333333 3 8888888 5 0 0 3 0
consensus : GTGTTGTTCCGAT-AATC-TT-AATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGACTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A---GA----------A------------TCA------A-----G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCGGG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGA--A------AAC------C---T-----A--AATTAATCG---CGATTTTAATCGTTAATCGAT----------CGTCTG-A-----A------A--T--------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
Reference ( family-2117 ) : GTGTTGTTCCGATNAATCGTT-AATNGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAC-CCGCTGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTCGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGACTGACAA-GGGCAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A---GA----------A------------TCA------A-----G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTNGGG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGA--A------AAC------C---------A--AATTAATCG---CGATTTTAATCGTTAATCGAT----------CGTCTG-A-----A------A--T--------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
gi|1 : GTGTTGTTCTAAT-------T-AACTGATTACTCGCCAAACTGTTACCAAAAAGCCGCAGACACGATCATCAATGATGGGTTTTTATTCATCTACAAATAATA-CTA-A-----CTACATGACTGTATTGT------GTAAGAGTT---GTTCTTCTGTATTAGGAAATGG-AAT-GC-AGATTGGATG-AAATTAAGTGTGAAAGCTA---ATCGAGTTACGTTTAACGAATTCTCCAAAGA----C-AACTTCTATGT---TACCAACAAGACTGACAA-AG--AA-----G-------------------------A-------------------------C-AA------------------A---CA----------ATTCCCTCCCTTGTCA------A-----GCGAAAAATAA--TCTGATATCTGGG------------ACCA-TTTCGGG-TT-TT------------------TATATA--TAGA--A------AAT------CCTATTAT--G--AATTAATCA---AGATTTTAAT-----ATTAGT----------TGTTTG--------------A--T--------TA-A-------TCAATAAAAAAAAATCAGCTCTGTTTCCAAAC
gi|10 : aGTCTTGTTCCGATAAATC----AATCAATT--TC--CAAATTGTTGCCAAAGT-C-ACTGAATTGATCATTGA-----------TGTACATCGATGAATTACA-----G-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGGCCTTCCTTATAACTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGATGAAAGTTAATTCAGGTAGCTA---AT--------------TAAAATCGTTCACAC----C-GAC-------T---TTCCAACATGACTGA-AA-----AA-----G-------------------------A-------------------------T-AA------------------A---GGCGATTACTCTA------------TCGCTTTTCA-----G--------AC--TC------CTGGG------------ACCT-TTAAGGG-ATATT-----ATA-A-------ATATAAAACTAGATTA------CAT------T---------A--AAATATTTG---CAATTTTAATCCATAATTTAT----------CATCTG-------A------A--T--------TGTA-------T-GAT-TA
gi|11 : ctaGTGTT--TCTGGT-AACC----AATTGACTAGTCGCCAAGTTGGTACCAAT-T-CTACTGGCATGATCATCGAC-------TTTTGTT------------ATA-CTC-A-----T----------TATTGTTTGTGGGTCAGAGATGTCGGTCTTCCTTATAACTAAAGTG-AAT-GCT-GATTTGACAAGAATTATATCATCCATCCA---GT--------------CAGACTTGCCTCGGC----C-AAC-------T---TACCATCATCACTGAC--------------------------------------------------------------------AA------------------A---GA----------C------------TGA------T-----G--------AC--TC------T----------------ACCT-TTCCAGG-GAAAA-----ATA-A-------ACAGAT---CAGA--ATCCTGTGAC------C---------ATTAATTAATCA---CGATTTTAATCGTTAAATAAT----------CGTTTG-A-----A------A--CG-------T----------TCAAT-TAA
gi|12 : gtgGATTAACCGCCAAATTGTTACCAAGAG-TTACTGGCATGATCATTGACAATGTATTTTTGTTTGTCAATGAATTATA-CTA-A-----T----------TACTGT------GTACGAGCTGTCATTCTTCTTTATAACTAAATTG-ACC-AA-TGATTTAATGATAATAAAATCAGACAGCTA---AT--------------CAAACACACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATCATTGACAA-AAACAG-----AGAAGACT------------------A-------------------------T-AA------------------A---G-----------G------------TCA------A--------------AC--TC------CTAAG------------ACCA-TTTCGTG-TTATT-----ATATACAT----GTATATA--TAGA--A------AAC------C---------------TATTC---------TAAATC-TT--TCAAT----------CATCTG-A-----A------A--T--------t
gi|13 : tccTGTTTTTCATTCTTATAAATAAAATG-ATC-ACC-GATTGGAAGAAAATTAAGCCAGGCAGCTA---GC--------------CAATATAGCCTTAGC----C-AAC-------T---TACCAACATGACTGACAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------CGAA------------------A---GATTCTATCCTTA------------CCAATC---A-----G--------AC--TC------CTGGG------------CTCA-TTTCAGC-TTCT-------------------CATATA--CAGA--A------AAC------CAATTAT---A--AATTAATTG---TAATTTTAATCATTTATTAATTTTTCTACAATGTCC--------A------A--T--------TA-A-------TCAAT-TAAAAATTTCAGCTTCGATTCCCAACACgt
gi|14 : acGGCAA-----AG------------------------A-------------------------T-AAGA----------------A---AA----------A------------TCA------------G--------AC--AT------CTGAG------------ACTA-TTTCAGG-------------GTA-------AT-TATA--TAGA--A------AACAT----T---------AT-AACTGATGG---CGATTTTAATCGAAAATCGAT----------CGTCTG-A-----A------A--T--------GA-ACGATTATTCGAT-TTAACATATCAGCACCAATTCCAGACACt
gi|15 : ccgattaatcgatctaatcaagttactactgacgaactcgcctatacttatcgacagatcagatctgacaaagacgagtgtcttcactcctttctcAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A---AAG---------A------------TCT------------G--------AC--TC------ACAAT------------ATCA-AACAAGG-TTATT-----ATATA----------TATA--------A------AAC------CTATTTGT--A--ATTTGATCG---CGATTTTAACCGTTAATCAAT----------CGTCTG-A-----A------A--TGTCTGAT-TA-A-------TTTAT-TAAAAATTTCAACTCTGGTTCCCAACACt
gi|16 : ctaagagaaagacaaatgacttgatcctttcgaggaaaaTATTCCGATTAAT--TT-C-----TTAACCACCAAA----------AAC-CCACTGGCACGATCTTCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATG-ATT------------------------------------------AGTTGTTGTTCTTCCTTATAACAAAATTG-AA--GATTGATTGGATGAAAATTAAGGAAGTCAGCTGATTAT--------------CAAACTCATCTAGGT----C-AAC-------TCGGTACCAGCATGAt
gi|17 : cATTAATCGCAAAATTGTAACCAAAAC-CCACCAGCATGATT---GACGATTGATTTTTGTTTGTCAATGAATTGTA-CTA-A-----T----------TATTAT------GTAAGAGTTGTCATTCTTCCTTCTAAATAAATTG-AAT-GC-TAATTGGACGACAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAAC
gi|18 : tgttccaG-TTATT-----ATTTA-------ATATA------GA--A------AAC------CCAATTAT--A--AATCAATCA---TTATTTTAATCATCAATCGAT----------CATCTG-A-----A------A--TATCTCAAATA-A-------TCAAT-TATAAACTTCAGC
gi|19 : acttATT-TTACCTAAAT-CCGTTTGCTTGATCATTGGTGATGGATTTTTATTTGTCAATGAATAATG-CAA-A-----T----------TATT-T------CTAAGA
gi|2 : TCAATTATTTGCCAATTTGTTACAGGAA-------GGCGCAATCATCAACAATGGATTTTTGTTTGTCAGTGAATTATA-CTACATGTATT----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTTCTTTCTTATAAATA------AAC-AC-TGATTAAACGAAAATTAAGCCAAAGAGTTG---AT--------------GAAACTCACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGACTGACAA-AGACAA-----AGAAGGTTAACTCTACTTTTGTCCAGA-------------------------T-AA------------------A----A----------A------------TGG------A-----A--------A----T------CTG--------------ACCA-TTTAGGG-TTATT-----ATATG-------ATATAT----TGG--A------AAC------CTAATGT---A--AATGAATCA---TGATTTTAATCCTAAATCTAT----------CGTCTGTA-----ATATCCGA--T--------TT-A-------TCGTT-TAATAATCTGAGCTGTGATTTCTAA
gi|3 : GTGTTGTTATGATTAATCGTTTAATGGATTAATCTCCAAATTGTTACCAAAAC-TCACCAACACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCAATGAATCATG-CTA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTTGTCACGCTTCATTATAAATAAATTG-AAA-GCTTGATTGGATGAAAGTTAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAATTCACTTGGGC----C-AAC-------T---TGCCAACGTGATTGACAACGGGCAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A---GA----------A------------TCA------A-----G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTGAGGG-TTATT-----ATACA-------ATATATA--AAGA--A------AA-------C---------A--AATTAATTG---GCATTTTAATTGTTAATTGAT----------CATCTA-A-----A------A--T--------TA-A-------TCAAT-TAAAGATAT-AGCTTTGATTCCCAACACtgct
gi|4 : -CCGCTGGTAAGTTCAACGACGATGGATTTTTGTTTATCAATGAATGATA--TA-A-----T----------TATTGT--------AATAGTTGC---TCTT-----TAAGTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGGCAAAAATAAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAACTCACCTATGC----C-AAC-------T---TACCAACATGACCGACAA-AGACAA-----A-------------------------AGTTTCTATCCCTTGCCAGGGAAAAAT-AAA-----------------A---GG----------A------------TC-------A-----G--------AC--TC------CTGGG------------GTTA-TTTCGAG-TTATC-----ATATACCTGTACATGTATA--TAGA--A------AAT------CTATTAT---A--ACTTAATTG---TGATTT
gi|5 : tttttgtattgttatggaatgatgaatgggcatttagtagggttgttctgattgatcgcgcagGTGTTGTTTCAAT---TCATT-AAT----TAATTGCCAAATTGTTATCAAAAC-C-ACTGGCG-GGTCATCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATGAATTATA-CAA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTGATCATTCTTCTATATAACT-AATTG-AAC-GC-TGATCAGATG---ATGAAGTCAGGCAGTTT---AT--------------CAACCTCACCTGGTCCTTGC-AAC-------T---TACCAACATGGCTGAC------CAA-----G-------------------------A-------------------------T-AA------------------AGATGA----------A------------TGA------AT----G--------AC---C------CTGccgattcccaacactaacaa
gi|5 : ACAA-AAAAAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A---CA----------A------------TCA------------G--------AC--TC------CTGGT------------AGCA-TTTTGG--TTATT-----GT-TA-------TTATATA--GA------------------------------A--AATTTATCA---CGATTTTAATTGTTCATTGAT----------TATCTG-ATGTCCA------A--T--------TA-A-------Tttccttcccacaaaaaaaaaataaacaatcagactcctggtagcattttggttattgttattatatagaaaatttatcacgattttaattgttcattgattatctgatgtccaattaat
gi|6 : gtgttgtttcaattcattaattaattgccaaattgttatcaaaaccactggcgggtcatcgacaatggatttttgtttgttgatgaattatacaaattactatgtaagagtgatcattcttctatataactaattgaacgctgatcagatgatgaagtcaggcagtttatcaacctcacctggtccttgcaacttaccaacatggctgaccaagataaagatgaatgaatgaccctgttccttcccGTGTTTTTCCGAT-------T-AATTGATTAATTTCCAATATGTTACTAAAAG-CCACCAGCATGATCATTGATGATGGATGTTTGTTTGTC---GAATTATATTTA-A--------------------AT------GTAAAAGTTGTCGGTCTTCCTTTTAATTAAA-TG-AACTGC-TGATTGGTTGAAAATTAAGTCAGGCAACTA---AT--------------CAAACTCACTTAAGC----CTAAC-------T---TACAAACATGATTGGCAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------T-GA------------------A---TA----------ATT----------TTA------T-----C--------ACTTTC------CAGGGAAAAGAAAAAAAATCAGTCTCAGACTTGTTTCCGGATATT-------ATATATA--TAAT--A------AACCTATGAC---------A--AATTACTCA---TGGTTTTAATCATTATTCATT----------CGTCTG-A-----A------ATGT--------TA-A-------T
gi|7 : gtaGTT-AAATGATAAATCGCAAAATTGTTACCAAAAG-CCGCGAGGAGGATCAACAATGATGGAATTTAGTTTG---ATGAATTATA-CTC-A-----T----------TATATT------GAGAAAG--GTCATTCTTTCTTATAAATAAATTGGAAC-ACT-GATTGGAAAAAAGTTAAGTAAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTGGCCCGAAC----C-ACC-------T---TACCAACATTAGTGACAA-ATACAAGGATGA-------------------------A-------------------------T-GATTCCATCCTGTCATGGGTA---AA----------A------------TAA------AAATCAG--------AC--TC------CTGGA------------ACCA-TATCGGG-T----------TGTG-------ATATGTA--GAAA--T------GAT------T------------AATTAATTG---TGA-TTTAATt
gi|8 : gtttttactagcaactgtcggGTCTATGAATTATA-CAA-A-----T----------TATTGT------GTGAGAGTTGTT----TTTCTTATAACTAAACTG-AGC----TGATTGGACGAAGGTTTAGTAAGGCAGCTT---AT--------------TAAACTTACCTGGTC----C-AAC-------T---TACGAACGTGATTAACAA-AGACAA-----------------------------------------------------------AG------------------A---GG----------A------------GCAGT----G-----A--------AC--TT------CT----------------CCC-TTT--------TC-----AGA-A-------AAAAATA--GAGA--A------AAT------C---------T--GATTCATCGGACCAATTTtatgtattttattcatatcatatgga
gi|8 : ttgatatatggtataAA-----A-------------------------A-------------------------T-AG------------------A---GA----------A--------------A------ATCT--G--------AT--TC------ATCGG------------ACCA-ATTTGGG-TTATT-----GTAC-----------CTTG--AAGA--A------AAC------CCCAATAT--G--AATTAATCA---CGGTTTTAATCGTAAATCAAT----------CTTCTG-A-----A------C--TGTTCGGC-TA-A-------TCGAT-TAAAACTTTCAGTGCCGCATCCGAACACgggttattgtaccttgaagaaaaccccaatatgaattaatcacggttttaatcgtaaatcaatcttctgaactgttcggctaatcgattaaaactttcagtgccgcatccgaacactataaa
gi|9 : ttgatatatggtatagtctatgaattatacaaattattgtgtgagagttgtttttcttataactaaactgagctgattggacgaaggtttagtaaggcagcttattaaacttacctggtccaacttacgaacgtgattaacaaagacaaagaggagcagtgaacttctcccttttcagaaaT-AAATGATTTCTCACCAAATTGTTACCTAAGG-TGATTAACACGATCATCGGCGATGGACTTTGATTCATTAAGCAGTTATA-CTT-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTT-TACCTTATAAATAAACTG-AAC-GC-TGACAGGACGAAAACTA-------CAGATA---AT--------------CACACGTACATAGGC----C-AA---------------------GA--GACAA-AGACG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------A------A-----G--------ACG-TC------AT-GG------------ACCG-TCTCGGA-TTAT-------------------TATATA--TAGA--T------AAC------CTACTATTATA--AATCAGTCG---CGAtataaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAGGCCATAATAAATTAAATAATTGCTAGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 1111111111111111 22 11111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 1 66666666 1 99 4 4 7 33333 5555555555555555 0 777777 33 1 1 2 33 55 0 1 444 44444444444444 1 5555 2 8888888 444 777777 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 4444 2 3 0 2 3333333333 666666666666666666666666666 3 0000000 0 4 1 0 1
lowQualScore : . . ........ . .. . . . ..... ................ . ...... .. . . . .. .. . . ... .............. . .... . ....... ... ...... . ................................................................................................................................................................................................................................................... . . .... . . . . .......... ........................... . ....... . . . . .
lowQualScore : 0 7 00000000 4 44 5 0 5 33333 2222222222222222 9 777777 44 0 2 7 00 55 8 2 444 77777777777777 3 7777 7 7777777 777 777777 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 2222 9 3 5 5 5555555555 333333333333333333333333333 3 8888888 5 0 0 3 0
consensus : GTGTTGTTCCGAT-AATC---TAATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGAT----------CGTCTG-A-----A-------A--T--------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
Reference ( family-2117 ) : GTGTTGTTCCGAT-AATC--TTAATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGAT----------CGTCTG-A-----A-------A--T--------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
gi|1 : GTGTTGTTC---T-AAT----TAACTGATTACTCGCCAAACTGTTACCAAAAAGCCGCAGACACGATCATCAATGATGGGTTTTTATTCATCTACAAATAATA-CTA-A-----CTACATGACTGTATTGT------GTAAGAGTT---GTTCTTCTGTATTAGGAAATGG-AAT-GC-AGATTGGATG-AAATTAAGTGTGAAAGCTA---ATCGAGTTACGTTTAACGAATTCTCCAAAGA----C-AACTTCTATGT---TACCAACAAGA------CTGACAA-AG--AA-----G-------------------------A-------------------------C-AA------------------A-CA----------ATTCCCTCCCTTGTCA------A---GCGAAAAATAA--TCTGATATCTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TT-TT------------------TATATA--TAGAA------AATC-C--------T-----ATTATGAA-TT-AATCA---AGATTTT-AAT-----ATTAGT----------TGTTTG---------------A--T--------TA-A-------TCAATAAAAAAAAATCAGCTCTGTTTCCAAAC
gi|10 : aGTCTTGTTCCGAT-AA-------ATCAATCAATTTCCAAATTGTTGCCAAAGT-C-ACTGAATTGATCATTGA-----------TGTACATCGATGAATTACA-----G-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGGCCTTCCTTATAACTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGATGAAAGTTAATTCAGGTAGCTA---AT--------------TAAAATCGTTCACAC----C-GAC-------T---TTCCAACATGA------CTGAAAA-AGATAA-----A-----------------------------------------------------GG------------------C-GATTACTCT---A------------TCGCTTTTCA---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCT-TTAAG-----GG-ATATT-----ATA-A-------ATATAAAACTAGAT------TA-CAT--------T-----A-----AA-AT-ATTTG---CAATTTT-AATCCATAATTTAT----------CATCTG-------A-------A--T--------TGTA-------T-GAT-TA
gi|11 : ctaGTGTT--TCTGGT-AACC----AATTGACTAGTCGCCAAGTTGGTACCAAT-T-CTACTGGCATGATCATCGAC-------TTTTGTT------------ATA-CTC-A-----T----------TATTGTTTGTGGGTCAGAGATGTCGGTCTTCCTTATAACTAAAGTG-AAT-GCT-GATTTGACAAGAATTATATCATCCATCCA---GT--------------CAGACTTGCCTCGGC----C-AAC-------T---TACCATCATCA------CTGACAA-AGAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGA------T---G--------AC--TC------T----------------ACCT-TTCCA-----GG-GAAAA-----ATA-A-------ACAGAT---CAGAATCCTGTGA-C-CA-------T-----T-----AA-TT-AATCA---CGATTTT-AATCGTTAAATAAT----------CGTTTG-A-----A-------A--CG-------T----------TCAAT-TAA
gi|12 : gtgCGATTAACCGCCAAATTGTTACCAAGAG-TTACTGGCATGATCATTGACAATGTATTTTTGTTTGTCAATGAATTATA-CTA-A-----T----------TACTGT------GTACGAGCTGTCATTCTTCTTTATAACTAAATTG-ACC-AA-TGATTTAATGATAATAAAATCAGACAGCTA---AT--------------CAAACACACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATCA------TTGACAA-AAACAG-----AGAAGACT------------------A-------------------------T-AA------------------A-G-----------G------------TCA------A------------AC--TC------CTAAG------------ACCA-TTTCG-----TG-TTATT-----ATATACAT----GTATATA--TAGAA------AA-C-C--------T---------------------------ATTCTAAATC-TT--TCAAT----------CATCTG-A-----A-------A--T--------t
gi|13 : tcTGTTTTTCATTCTTATAAATAAAATG-ATC-ACC-GATTGGAAGAAAATTAAGCCAGGCAGCTA---GC--------------CAATATAGCCTTAGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------CGAA------------------A-GATTCTATCCTTA------------CCAATC---A---G--------AC--TC------CTGGG------------CTCA-TTTCA-----GC-TTCT-------------------CATATA--CAGAA------AA-C-CAATTA---T-----A-----AA-TT-AATTG---TAATTTT-AATCATTTATTAATTTTTCTACAATGTCC--------A-------A--T--------TA-A-------TCAAT-TAAAAATTTCAGCTTCGATTCCCAACACgt
gi|14 : acAATCAAGTTA--CTACTG---A---------------CGAACTCGCCTAT---------AC-------T---TATCGACA-GATCAGATCTGACAA-AGACt
gi|14 : ccgattaatcgatctGGCAA-AGATAA-----G-------------------------A-----------------------------------------------A-AA----------A------------TCA----------G--------AC--AT------CTGAG------------ACTA-TTTCA-----GG-------------GTA-------AT-TATA--TAGAA------AA-CAT--------T-----AT----AA-CT-GATGG---CGATTTT-AATCGAAAATCGAT----------CGTCTG-A-----A-------A--T--------GA-ACGATTATTCGAT-TTAACATATCAGCACCAATTCCAGACACgagtgtcttcactcctttctcggcaaagataagaaaaatcagacatctgagactatttcagggtaattatatagaaaacattataactgatggcgattttaatcgaaaatcgatcgtctgaaatgaacgattattcgatttaacatatcagcaccaattccagacact
gi|15 : ccgattaatcgatctaatcaagttactactgacgaactcgcctatacttatcgacagatcagatctgacaaagacgagtgtcttcactcctttctcAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-AAG---------A------------TCT----------G--------AC--TC-----------------------ACAA-TATCAAACAAGG-TTATT-----ATATA----------TATA------A------AA-C-C--------T-----ATTTGTAA-TTTGATCG---CGATTTT-AACCGTTAATCAAT----------CGTCTG-A-----AATGTCTGA--T--------TA-A-------TTTAT-TAAAAATTTCAACTCTGGTTCCCAACACt
gi|16 : ctaagagaaagacaaatgacttgatcctttcgaggaaaaTATTCCGAT--------TAATTTCTTAACCACCAAA----------AAC-CCACTGGCACGATCTTCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATG-ATT------------------------------------------AGTTGTTGTTCTTCCTTATAACAAAATTG-AA--GATTGATTGGATGAAAATTAAGGAAGTCAGCTGATTAT--------------CAAACTCATCTAGGT----C-AAC-------TCGGTACCAGCATGA------t
gi|17 : cCAATTAATCGCAAAATTGTAACCAAAAC-CCACCAGCATGATT---GACGATTGATTTTTGTTTGTCAATGAATTGTA-CTA-A-----T----------TATTAT------GTAAGAGTTGTCATTCTTCCTTCTAAATAAATTG-AAT-GC-TAATTGGACGACAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAAC
gi|18 : tgttcG-TTATT-----ATTTA-------ATATA------GAA------AA-C-CCAATTA--T-----A-----AA-TC-AATCA---TTATTTT-AATCATCAATCGAT----------CATCTG-A-----A-------A--TATCTCAAATA-A-------TCAAT-TATAAACTTCAGC
gi|19 : acttATT-TTACCTAAAT-CCGTTTGCTTGATCATTGGTGATGGATTTTTATTTGTCAATGAATAATG-CAA-A-----T----------TATT-T------CTAAGA
gi|2 : TCAATTATTTGCCAATTTGTTACAGGAA-------GGCGCAATCATCAACAATGGATTTTTGTTTGTCAGTGAATTATA-CTACATGTATT----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTTCTTTCTTATAAATA------AAC-AC-TGATTAAACGAAAATTAAGCCAAAGAGTTG---AT--------------GAAACTCACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----AGAAGGTTAACTCTACTTTTGTCCAGA-------------------------T-AA------------------A--A----------A------------TGG------A---A--------A----T------CTG--------------ACCA-TTTAG-----GG-TTATT-----ATATG-------ATATAT----TGGA------AA-C-CTAATG---T-----A-----AA-TG-AATCA---TGATTTT-AATCCTAAATCTAT----------CGTCTGTA-----ATATCCG-A--T--------TT-A-------TCGTT-TAATAATCTGAGCTGTGATTTCTAA
gi|3 : GTGTTGTTATGATTAATCGTTTAATGGATTAATCTCCAAATTGTTACCAAAAC-TCACCAACACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCAATGAATCATG-CTA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTTGTCACGCTTCATTATAAATAAATTG-AAA-GCTTGATTGGATGAAAGTTAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAATTCACTTGGGC----C-AAC-------T---TGCCAACGTGA------TTGACAACGGGCAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTGAG-----GG-TTATT-----ATACA-------ATATATA--AAGAA------AA-C----------------A-----AA-TT-AATTG---GCATTTT-AATTGTTAATTGAT----------CATCTA-A-----A-------A--T--------TA-A-------TCAAT-TAAAGATAT-AGCTTTGATTCCCAACACtgct
gi|4 : AG-CCGCTGGTAAGTTCAACGACGATGGATTTTTGTTTATCAATGAATGATA--TA-A-----T----------TATTGT--------AATAGTTGC---TCTT-----TAAGTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGGCAAAAATAAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAACTCACCTATGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CCGACAA-AGACAA-----A-------------------------AGTTTCTATCCCTTGCCAGGGAAAAAT-AAA-----------------A-GG----------A------------TC-------A---G--------AC--TC------CTGGG------------GTTA-TTTCG-----AG-TTATC-----ATATACCTGTACATGTATA--TAGAA------AA-T-C--------T-----ATTAT-AACTT-AATTG---TGATTT
gi|5 : tttttgtattgttatggaatgatgaatgggcatttagtagggttgttctgattgatcgcgcGTGTTGTTTCAAT---TC-----ATTAATTAATTGCCAAATTGTTATCAAAA--CCACTGGCG-GGTCATCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATGAATTATA-CAA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTGATCATTCTTCTATATAACT-AATTG-AAC-GC-TGATCAGATG---ATGAAGTCAGGCAGTTT---AT--------------CAACCTCACCTGGTCCTTGC-AAC-------T---TACCAACATGG------CTGACCA-AGATAA-----AG------------------------A-------------------------T-GA------------------ATGA----------A------------T------------G--------AC---C------CTGccgattcccaacactaacaa
gi|5 : ACAA-AAAAAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-CA----------A------------TCA----------G--------AC--TC------CTGGT------------AGCA-TTTTG-----G--TTATT-----GT-TA-------TTATATA--GA-----------------------------A-----AA-TT-TATCA---CGATTTT-AATTGTTCATTGAT----------TATCTG-ATGTCCA-------A--T--------TA-A-------Tttccttcccacaaaaaaaaaataaacaatcagactcctggtagcattttggttattgttattatatagaaaatttatcacgattttaattgttcattgattatctgatgtccaattaat
gi|6 : gtgttgtttcaattcattaattaattgccaaattgttatcaaaaccactggcgggtcatcgacaatggatttttgtttgttgatgaattatacaaattactatgtaagagtgatcattcttctatataactaattgaacgctgatcagatgatgaagtcaggcagtttatcaacctcacctggtccttgcaacttaccaacatggctgaccaagataaagatgaatgaatgaccctgttccttcccGTGTTTTTCCGAT--------TAATTGATTAATTTCCAATATGTTACTAAAAG-CCACCAGCATGATCATTGATGATGGATGTTTGTTTGTC---GAATTATATTTA-A--------------------AT------GTAAAAGTTGTCGGTCTTCCTTTTAATTAAA-TG-AACTGC-TGATTGGTTGAAAATTAAGTCAGGCAACTA---AT--------------CAAACTCACTTAAGC----CTAAC-------T---TACAAACATGA------TTGGCAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------T-GA------------------A-TA----------ATT----------TTA------T---C--------ACTTTC------CAGGGAAAAGAAAAAAAATCAGTCTCA-----GACTTGTTTCCGGATATT-------ATATATA--TAATA------AA-C-C--------TATGACA-----AA-TT-ACTCA---TGGTTTT-AATCATTATTCATT----------CGTCTG-A-----A-------ATGT--------TA-A-------T
gi|7 : gta--TTAAATGATAAATCGCAAAATTGTTACCAAAAG-CCGCGAGGAGGATCAACAATGATGGAATTTAGTTTG---ATGAATTATA-CTC-A-----T----------TATATT------GAGAAAG--GTCATTCTTTCTTATAAATAAATTGGAAC-ACT-GATTGGAAAAAAGTTAAGTAAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTGGCCCGAAC----C-ACC-------T---TACCAACATTA------GTGACAA-ATACAAGGATGA-------------------------A-------------------------T-GATTCCATCCTGTCATGGGTA-AA----------A------------TAAAAATC-A---G--------AC--TC------CTGGA------------ACCA-TATCG-----GG-T----------TGTG-------ATATGTA--GAAAT------GA------------T-----T-----AA-TT-AATTG---TGA-TTT-AATt
gi|8 : gtttttactagcaactgtcgggGTCTATGAATTATA-CAA-A-----T----------TATTGT------GTGAGAGTTGTT----TTTCTTATAACTAAACTG-AGC----TGATTGGACGAAGGTTTAGTAAGGCAGCTT---AT--------------TAAACTTACCTGGTC----C-AAC-------T---TACGAACGTGA------TTAACAA-AGACAA-----------------------------------------------------------AG------------------A-GG----------A------------GCAGT----G---A--------AC--TT------CT---------------CCCT-TTTCA-----GA---------------A-------AAAAATA--GAGAA------AA-T-C--------T-----------GA-TT-CATCGGACCAATTTtatgtattttattcatatcatatgga
gi|8 : ttgatatatggtataAA-----A-------------------------A-------------------------T-AG------------------A-GA----------A--------------A------ATCTG--------AT--TC------ATCGG------------ACCA-ATTTG-----GG-TTATT-----GTAC-----------CTTG--AAGAA------AA-C-CCCAATA--T-----G-----AA-TT-AATCA---CGGTTTT-AATCGTAAATCAAT----------CTTCTG-A-----A-------C--TGTTCGGC-TA-A-------TCGAT-TAAAACTTTCAGTGCCGCATCCGAACACgggttattgtaccttgaagaaaaccccaatatgaattaatcacggttttaatcgtaaatcaatcttctgaactgttcggctaatcgattaaaactttcagtgccgcatccgaacactataaa
gi|9 : ttgatatatggtatagtctatgaattatacaaattattgtgtgagagttgtttttcttataactaaactgagctgattggacgaaggtttagtaaggcagcttattaaacttacctggtccaacttacgaacgtgattaacaaagacaaagaggagcagtgaacttctcccttttcagaaaTAAATGATTTCTCACCAAATTGTTACCTAAGG-TGATTAACACGATCATCGGCGATGGACTTTGATTCATTAAGCAGTTATA-CTT-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTT-TACCTTATAAATAAACTG-AAC-GC-TGACAGGACGAAAACTA-------CAGATA---AT--------------CACACGTACATAGGC----C-AA---------------------GA--------GACAA-AGACG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------A------A---G--------ACG-TC------AT-GG------------ACCG-TCTCG-----GA-TTAT-------------------TATATA--TAGAT------AA-C-CTACTATTAT-----A-----AA-TC-AGTCG---CGAtataaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAGGCCATAATAAATTAAATAATTGCTAGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444 1111111111111111 22 11111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 1 666666666 1 99 4 4 7 33333 5555555555555555 0 777777 33 1 1 2 33 55 0 1 444 44444444444444 1 5555 2 8888888 444 777777 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 4444 2 3 0 2 3333333333 666666666666666666666666666 3 0000000 0 4 1 0 1
lowQualScore : . . ......... . .. . . . ..... ................ . ...... .. . . . .. .. . . ... .............. . .... . ....... ... ...... . ................................................................................................................................................................................................................................................... . . .... . . . . .......... ........................... . ....... . . . . .
lowQualScore : 0 7 222222222 4 44 5 0 5 33333 2222222222222222 9 777777 44 0 2 7 00 55 8 2 444 77777777777777 3 7777 7 7777777 777 777777 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 2222 9 3 5 5 5555555555 333333333333333333333333333 3 8888888 5 0 0 3 0
consensus : GTGTTGTTCCGAT-AATC---TAATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGAT----------CGTCTG-A-----A-------A--T--------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
Reference ( family-2117 ) : GTGTTGTTCCGAT-AATC---TAATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGAT----------CGTCTG-A-----A-------A--T--------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
gi|1 : GTGTTGTTC---T-AAT----TAACTGATTACTCGCCAAACTGTTACCAAAAAGCCGCAGACACGATCATCAATGATGGGTTTTTATTCATCTACAAATAATA-CTA-A-----CTACATGACTGTATTGT------GTAAGAGTT---GTTCTTCTGTATTAGGAAATGG-AAT-GC-AGATTGGATG-AAATTAAGTGTGAAAGCTA---ATCGAGTTACGTTTAACGAATTCTCCAAAGA----C-AACTTCTATGT---TACCAACAAGA------CTGACAA-AG--AA-----G-------------------------A-------------------------C-AA------------------A-CA----------ATTCCCTCCCTTGTCA------A---GCGAAAAATAA--TCTGATATCTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TT-TT------------------TATATA--TAGAA------AATC-C--------T-----ATTATGAA-TT-AATCA---AGATTTT-AAT-----ATTAGT----------TGTTTG---------------A--T--------TA-A-------TCAATAAAAAAAAATCAGCTCTGTTTCCAAAC
gi|10 : aGTCTTGTTCCGAT-AA-------ATCAATCAATTTCCAAATTGTTGCCAAAGT-C-ACTGAATTGATCATTGA-----------TGTACATCGATGAATTACA-----G-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGGCCTTCCTTATAACTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGATGAAAGTTAATTCAGGTAGCTA---AT--------------TAAAATCGTTCACAC----C-GAC-------T---TTCCAACATGA------CTGAAAA-AGATAA-----A-----------------------------------------------------GG------------------C-GATTACTCT---A------------TCGCTTTTCA---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCT-TTAAG-----GG-ATATT-----ATA-A-------ATATAAAACTAGAT------TA-CAT--------T-----A-----AA-AT-ATTTG---CAATTTT-AATCCATAATTTAT----------CATCTG-------A-------A--T--------TGTA-------T-GAT-TA
gi|11 : ctaGTGTT--TCTGGT-AACC----AATTGACTAGTCGCCAAGTTGGTACCAAT-T-CTACTGGCATGATCATCGAC-------TTTTGTT------------ATA-CTC-A-----T----------TATTGTTTGTGGGTCAGAGATGTCGGTCTTCCTTATAACTAAAGTG-AAT-GCT-GATTTGACAAGAATTATATCATCCATCCA---GT--------------CAGACTTGCCTCGGC----C-AAC-------T---TACCATCATCA------CTGACAA-AGAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGA------T---G--------AC--TC------T----------------ACCT-TTCCA-----GG-GAAAA-----ATA-A-------ACAGAT---CAGAATCCTGTGA-C-CA-------T-----T-----AA-TT-AATCA---CGATTTT-AATCGTTAAATAAT----------CGTTTG-A-----A-------A--CG-------T----------TCAAT-TAA
gi|12 : gtgCGATTAACCGCCAAATTGTTACCAAGAG-TTACTGGCATGATCATTGACAATGTATTTTTGTTTGTCAATGAATTATA-CTA-A-----T----------TACTGT------GTACGAGCTGTCATTCTTCTTTATAACTAAATTG-ACC-AA-TGATTTAATGATAATAAAATCAGACAGCTA---AT--------------CAAACACACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATCA------TTGACAA-AAACAG-----AGAAGACT------------------A-------------------------T-AA------------------A-G-----------G------------TCA------A------------AC--TC------CTAAG------------ACCA-TTTCG-----TG-TTATT-----ATATACAT----GTATATA--TAGAA------AA-C-C--------T---------------------------ATTCTAAATC-TT--TCAAT----------CATCTG-A-----A-------A--T--------t
gi|13 : tcTGTTTTTCATTCTTATAAATAAAATG-ATC-ACC-GATTGGAAGAAAATTAAGCCAGGCAGCTA---GC--------------CAATATAGCCTTAGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------CGAA------------------A-GATTCTATCCTTA------------CCAATC---A---G--------AC--TC------CTGGG------------CTCA-TTTCA-----GC-TTCT-------------------CATATA--CAGAA------AA-C-CAATTA---T-----A-----AA-TT-AATTG---TAATTTT-AATCATTTATTAATTTTTCTACAATGTCC--------A-------A--T--------TA-A-------TCAAT-TAAAAATTTCAGCTTCGATTCCCAACACgt
gi|14 : acAATCAAGTTA--CTACTG---A---------------CGAACTCGCCTAT---------AC-------T---TATCGACA-GATCAGATCTGACAA-AGACt
gi|14 : ccgattaatcgatctGGCAA-AGATAA-----G-------------------------A-----------------------------------------------A-AA----------A------------TCA----------G--------AC--AT------CTGAG------------ACTA-TTTCA-----GG-------------GTA-------AT-TATA--TAGAA------AA-CAT--------T-----AT----AA-CT-GATGG---CGATTTT-AATCGAAAATCGAT----------CGTCTG-A-----A-------A--T--------GA-ACGATTATTCGAT-TTAACATATCAGCACCAATTCCAGACACgagtgtcttcactcctttctcggcaaagataagaaaaatcagacatctgagactatttcagggtaattatatagaaaacattataactgatggcgattttaatcgaaaatcgatcgtctgaaatgaacgattattcgatttaacatatcagcaccaattccagacact
gi|15 : ccgattaatcgatctaatcaagttactactgacgaactcgcctatacttatcgacagatcagatctgacaaagacgagtgtcttcactcctttctcAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-AAG---------A------------TCT----------G--------AC--TC-----------------------ACAA-TATCAAACAAGG-TTATT-----ATATA----------TATA------A------AA-C-C--------T-----ATTTGTAA-TTTGATCG---CGATTTT-AACCGTTAATCAAT----------CGTCTG-A-----AATGTCTGA--T--------TA-A-------TTTAT-TAAAAATTTCAACTCTGGTTCCCAACACt
gi|16 : ctaagagaaagacaaatgacttgatcctttcgaggaaaaTATTCCGAT--------TAATTTCTTAACCACCAAA----------AAC-CCACTGGCACGATCTTCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATG-ATT------------------------------------------AGTTGTTGTTCTTCCTTATAACAAAATTG-AA--GATTGATTGGATGAAAATTAAGGAAGTCAGCTGATTAT--------------CAAACTCATCTAGGT----C-AAC-------TCGGTACCAGCATGA------t
gi|17 : cCAATTAATCGCAAAATTGTAACCAAAAC-CCACCAGCATGATT---GACGATTGATTTTTGTTTGTCAATGAATTGTA-CTA-A-----T----------TATTAT------GTAAGAGTTGTCATTCTTCCTTCTAAATAAATTG-AAT-GC-TAATTGGACGACAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAAC
gi|18 : tgttcG-TTATT-----ATTTA-------ATATA------GAA------AA-C-CCAATTA--T-----A-----AA-TC-AATCA---TTATTTT-AATCATCAATCGAT----------CATCTG-A-----A-------A--TATCTCAAATA-A-------TCAAT-TATAAACTTCAGC
gi|19 : acttATT-TTACCTAAAT-CCGTTTGCTTGATCATTGGTGATGGATTTTTATTTGTCAATGAATAATG-CAA-A-----T----------TATT-T------CTAAGA
gi|2 : TCAATTATTTGCCAATTTGTTACAGGAA-------GGCGCAATCATCAACAATGGATTTTTGTTTGTCAGTGAATTATA-CTACATGTATT----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTTCTTTCTTATAAATA------AAC-AC-TGATTAAACGAAAATTAAGCCAAAGAGTTG---AT--------------GAAACTCACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----AGAAGGTTAACTCTACTTTTGTCCAGA-------------------------T-AA------------------A--A----------A------------TGG------A---A--------A----T------CTG--------------ACCA-TTTAG-----GG-TTATT-----ATATG-------ATATAT----TGGA------AA-C-CTAATG---T-----A-----AA-TG-AATCA---TGATTTT-AATCCTAAATCTAT----------CGTCTGTA-----ATATCCG-A--T--------TT-A-------TCGTT-TAATAATCTGAGCTGTGATTTCTAA
gi|3 : GTGTTGTTATGATTAATCGTTTAATGGATTAATCTCCAAATTGTTACCAAAAC-TCACCAACACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCAATGAATCATG-CTA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTTGTCACGCTTCATTATAAATAAATTG-AAA-GCTTGATTGGATGAAAGTTAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAATTCACTTGGGC----C-AAC-------T---TGCCAACGTGA------TTGACAACGGGCAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTGAG-----GG-TTATT-----ATACA-------ATATATA--AAGAA------AA-C----------------A-----AA-TT-AATTG---GCATTTT-AATTGTTAATTGAT----------CATCTA-A-----A-------A--T--------TA-A-------TCAAT-TAAAGATAT-AGCTTTGATTCCCAACACtgct
gi|4 : AG-CCGCTGGTAAGTTCAACGACGATGGATTTTTGTTTATCAATGAATGATA--TA-A-----T----------TATTGT--------AATAGTTGC---TCTT-----TAAGTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGGCAAAAATAAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAACTCACCTATGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CCGACAA-AGACAA-----A-------------------------AGTTTCTATCCCTTGCCAGGGAAAAAT-AAA-----------------A-GG----------A------------TC-------A---G--------AC--TC------CTGGG------------GTTA-TTTCG-----AG-TTATC-----ATATACCTGTACATGTATA--TAGAA------AA-T-C--------T-----ATTAT-AACTT-AATTG---TGATTT
gi|5 : tttttgtattgttatggaatgatgaatgggcatttagtagggttgttctgattgatcgcgcGTGTTGTTTCAAT---TC-----ATTAATTAATTGCCAAATTGTTATCAAAA--CCACTGGCG-GGTCATCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATGAATTATA-CAA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTGATCATTCTTCTATATAACT-AATTG-AAC-GC-TGATCAGATG---ATGAAGTCAGGCAGTTT---AT--------------CAACCTCACCTGGTCCTTGC-AAC-------T---TACCAACATGG------CTGACCA-AGATAA-----AG------------------------A-------------------------T-GA------------------ATGA----------A------------T------------G--------AC---C------CTGccgattcccaacactaacaa
gi|5 : ACAA-AAAAAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-CA----------A------------TCA----------G--------AC--TC------CTGGT------------AGCA-TTTTG-----G--TTATT-----GT-TA-------TTATATA--GA-----------------------------A-----AA-TT-TATCA---CGATTTT-AATTGTTCATTGAT----------TATCTG-ATGTCCA-------A--T--------TA-A-------Tttccttcccacaaaaaaaaaataaacaatcagactcctggtagcattttggttattgttattatatagaaaatttatcacgattttaattgttcattgattatctgatgtccaattaat
gi|6 : gtgttgtttcaattcattaattaattgccaaattgttatcaaaaccactggcgggtcatcgacaatggatttttgtttgttgatgaattatacaaattactatgtaagagtgatcattcttctatataactaattgaacgctgatcagatgatgaagtcaggcagtttatcaacctcacctggtccttgcaacttaccaacatggctgaccaagataaagatgaatgaatgaccctgttccttcccGTGTTTTTCCGAT--------TAATTGATTAATTTCCAATATGTTACTAAAAG-CCACCAGCATGATCATTGATGATGGATGTTTGTTTGTC---GAATTATATTTA-A--------------------AT------GTAAAAGTTGTCGGTCTTCCTTTTAATTAAA-TG-AACTGC-TGATTGGTTGAAAATTAAGTCAGGCAACTA---AT--------------CAAACTCACTTAAGC----CTAAC-------T---TACAAACATGA------TTGGCAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------T-GA------------------A-TA----------ATT----------TTA------T---C--------ACTTTC------CAGGGAAAAGAAAAAAAATCAGTCTCA-----GACTTGTTTCCGGATATT-------ATATATA--TAATA------AA-C-C--------TATGACA-----AA-TT-ACTCA---TGGTTTT-AATCATTATTCATT----------CGTCTG-A-----A-------ATGT--------TA-A-------T
gi|7 : gta---TAAATGATAAATCGCAAAATTGTTACCAAAAG-CCGCGAGGAGGATCAACAATGATGGAATTTAGTTTG---ATGAATTATA-CTC-A-----T----------TATATT------GAGAAAG--GTCATTCTTTCTTATAAATAAATTGGAAC-ACT-GATTGGAAAAAAGTTAAGTAAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTGGCCCGAAC----C-ACC-------T---TACCAACATTA------GTGACAA-ATACAAGGATGA-------------------------A-------------------------T-GATTCCATCCTGTCATGGGTA-AA----------A------------TAAAAATC-A---G--------AC--TC------CTGGA------------ACCA-TATCG-----GG-T----------TGTG-------ATATGTA--GAAAT------GA------------T-----T-----AA-TT-AATTG---TGA-TTT-AATt
gi|8 : gtttttactagcaactgtcgggtGTCTATGAATTATA-CAA-A-----T----------TATTGT------GTGAGAGTTGTT----TTTCTTATAACTAAACTG-AGC----TGATTGGACGAAGGTTTAGTAAGGCAGCTT---AT--------------TAAACTTACCTGGTC----C-AAC-------T---TACGAACGTGA------TTAACAA-AGACAA-----------------------------------------------------------AG------------------A-GG----------A------------GCAGT----G---A--------AC--TT------CT---------------CCCT-TTTCA-----GA---------------A-------AAAAATA--GAGAA------AA-T-C--------T-----------GA-TT-CATCGGACCAATTTtatgtattttattcatatcatatgga
gi|8 : ttgatatatggtataAA-----A-------------------------A-------------------------T-AG------------------A-GA----------A--------------A------ATCTG--------AT--TC------ATCGG------------ACCA-ATTTG-----GG-TTATT-----GTAC-----------CTTG--AAGAA------AA-C-CCCAATA--T-----G-----AA-TT-AATCA---CGGTTTT-AATCGTAAATCAAT----------CTTCTG-A-----A-------C--TGTTCGGC-TA-A-------TCGAT-TAAAACTTTCAGTGCCGCATCCGAACACgggttattgtaccttgaagaaaaccccaatatgaattaatcacggttttaatcgtaaatcaatcttctgaactgttcggctaatcgattaaaactttcagtgccgcatccgaacactataaa
gi|9 : ttgatatatggtatagtctatgaattatacaaattattgtgtgagagttgtttttcttataactaaactgagctgattggacgaaggtttagtaaggcagcttattaaacttacctggtccaacttacgaacgtgattaacaaagacaaagaggagcagtgaacttctcccttttcagaaa---TAAATGATTTCTCACCAAATTGTTACCTAAGG-TGATTAACACGATCATCGGCGATGGACTTTGATTCATTAAGCAGTTATA-CTT-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTT-TACCTTATAAATAAACTG-AAC-GC-TGACAGGACGAAAACTA-------CAGATA---AT--------------CACACGTACATAGGC----C-AA---------------------GA--------GACAA-AGACG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------A------A---G--------ACG-TC------AT-GG------------ACCG-TCTCG-----GA-TTAT-------------------TATATA--TAGAT------AA-C-CTACTATTAT-----A-----AA-TC-AGTCG---CGAtataaa
blockSeqs : G C TAATCGTTT C T T T G CTAC TGTATT TTGTGG TG C T G CT TT G ATT . G CTTG T . CGG TCAGAT C AAGTTTCTATCCCTTGCCAGGGAAAAATAAAAGGATCAGACTCCTGGGGTTATTTCGAGTTATCATATACCTGTACATGTATATAGAAAATCTATTAT C T GACC A C T TTTTCTACAA AAATATCTCAAA T CGATTAT . T C
blockSeqs : A T AACC T T T T A TTTA T . CG C G . T TT C . . G . . . . . . AGATGAATAATTTTATCACTTTCCAGGGAAAAGAAAAAAAATCAGTCTCAGACTTGTTTCCGGATATTATATATATAATAAACCTATGACA . . C . G A . AAATGTCTGAT . . . A A
blockSeqs : G C AA C G T T G CTC T . CA C T . T T A . . A . . . . . . AGAAGGTTAACTCTACTTTTGTCCAGATAAAAATGGAAATCTGACCATTTAGGGTTATTATATGATATATTGGAAACCTAATGTA . . C . A A . TAATATCCGAT . . . T C
blockSeqs : G T TC T C T C A CTA T . TT A A . C T G . . G . . . . . . GGATGAATGATTCCATCCTGTCATGGGTAAAATAAAAATCAGACTCCTGGAACCATATCGGGTTGTGATATGTAGAAATGATT . . T . G A . AACTGTTCGGC . . . T T
blockSeqs : T C T C C C T A CTA T . TG C T . C T T . . G . . . . . . AGGCGATTACTCTATCGCTTTTCAGACTCCTGGGACCTTTAAGGGATATTATAAATATAAAACTAGATTACATTA . . C . G G . ATGTCCAAT . . . C C
blockSeqs : . C T C T T T A CAA T . CA A T . T C G . . A . . . . . . AGACGAAAGATTCTATCCTTACCAATCAGACTCCTGGGCTCATTTCAGCTTCTCATATACAGAAAACCAATTATA . . C . A A . AAATGT . . . A G
blockSeqs : G C C C A CTA T . TG A T . C T A . . A . . . . . . AGAAGACTATAAAGGTCAAACTCCTAAGACCATTTCGTGTTATTATATACATGTATATATAGAAAACCT . . T . C G . AAACG . . . T
blockSeqs : T G T C A CAA T . CA A T . A T A . . A . . . . . . AATAGAGAAAATCTGATTCATCGGACCAATTTGGGTTATTGTACCTTGAAGAAAACCCCAATATG . . T . G T . AAAT . . .
blockSeqs : T G T A G CTC T . CA G T . T T A . . A . . . . . . AATAAAAAGATCTGACTCACAATATCAAACAAGGTTATTATATATATAAAACCTATTTGT . . G . G G . AAAT . . .
blockSeqs : T G C T T CAA T . CG C T . C T G . . A . . . . . . AATAAAGAATCAAGACTCCTGGGACCATTGAGGGTTATTATACAATATATAAAGAAAACA . . T . A G . AAAT . .
blockSeqs : T G G G A CTT T . CA T C . C T G . . A . . . . . . TGATGACTCTACCTTTCCAGGGAAAAATAAACAGATCAGAATCCTGTGACCATT . . C . G A . AAT . .
blockSeqs : . T C . TA T . TG A C . C T G . . G . . . . . . GAAAAATCAGACATCTGAGACTATTTCAGGGTAATTATATAGAAAACATTAT . . T . . A . AAT
blockSeqs : . . . . . . . T C . . C T G . . A . . . . . . AAGACGTCATGGACCGTCTCGGATTATTATATATAGATAACCTACTATTATA . . T .
blockSeqs : . . . . . A . . . T . . . A . . . . . . AATAAACAATCAGACTCCTGGTAGCATTTTGGTTATTGTTATTATATAGAA . . C
blockSeqs : . . . . AGAGGAGCAGTGAACTTCTCCCTTTTCAGAAAAAAATAGAGAAAATCT . . C
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : AAT****** N* T*************** CG ************** ******* AAATGT*********************
originalCons : GTGTTGTTCCGAT-AATC---TAATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGAT----------CGTCTG-A-----A-------A--T--------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
finalCons : GTGTTGTTCCGATAAT------AATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-AT---------------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGAT----------CGTCTGAAATGT---------------------TA-A-------TCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAGGCCATAATAAATTAAATAATTGCTAGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333 1111111111111111 22 11111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333
lowQualScore : 3 777777777 1 99 4 4 7 33333 5555555555555555 0 777777 33 1 1 2 33 55 0 1 444 44444444444444 1 5555 2 8888888 444 777777 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 4444 2 3 0 2 3 7777777777777777777 1 3 1 0 1
lowQualScore : . ......... . .. . . . ..... ................ . ...... .. . . . .. .. . . ... .............. . .... . ....... ... ...... . ................................................................................................................................................................................................................................................... . . .... . . . . . ................... . . . . .
lowQualScore : 0 222222222 4 44 5 0 5 33333 2222222222222222 9 777777 44 0 2 7 00 55 8 2 444 77777777777777 3 7777 7 7777777 777 777777 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 2222 9 3 5 5 1 9999999999999999999 0 6 0 3 0
consensus : GTGTTGTTCCGAT-AAT-----AATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGA-TCGTCTGAAAT-----G-----T------TAATCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
Reference ( family-2117 ) : GTGTTGTTCCGAT-AAT-----AATCGATTAATCGCCAAATTGTTACCAAAAN-CCACCGGCACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCGATGAATTATA-CTA-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTCGTTCTTCCTTATAANTAAATTG-AAC-GCTTGATTGGACGAAAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTCGCCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TTATT-----ATATA-------ATATATA--NAGAA------AA-C-C--------T-----A-----AA-TT-AATCG---CGATTTT-AATCGTTAATCGA-TCGTCTGAAAT-----G-----T------TAATCGAT-TAAAAATNTCAGCTCCGATTCCNAACAC
gi|1 : GTGTTGTTCTAAT---T-----AACTGATTACTCGCCAAACTGTTACCAAAAAGCCGCAGACACGATCATCAATGATGGGTTTTTATTCATCTACAAATAATA-CTA-A-----CTACATGACTGTATTGT------GTAAGAGTT---GTTCTTCTGTATTAGGAAATGG-AAT-GC-AGATTGGATG-AAATTAAGTGTGAAAGCTA---ATCGAGTTACGTTTAACGAATTCTCCAAAGA----C-AACTTCTATGT---TACCAACAAGA------CTGACAA-AG--AA-----G-------------------------A-------------------------C-AA------------------A-CA----------ATTCCCTCCCTTGTCA------A---GCGAAAAATAA--TCTGATATCTGGG------------ACCA-TTTCG-----GG-TT-TT------------------TATATA--TAGAA------AATC-C--------T-----ATTATGAA-TT-AATCA---AGATTTT-AAT-----ATTAG-TTGTTTGA--------------T------TAATCAATAAAAAAAAATCAGCTCTGTTTCCAAAC
gi|10 : aGTCTTGTTCCGAT-AA-------ATCAATCAATTTCCAAATTGTTGCCAAAGT-C-ACTGAATTGATCATTGA-----------TGTACATCGATGAATTACA-----G-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGGCCTTCCTTATAACTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGATGAAAGTTAATTCAGGTAGCTA---AT--------------TAAAATCGTTCACAC----C-GAC-------T---TTCCAACATGA------CTGAAAA-AGATAA-----A-----------------------------------------------------GG------------------C-GATTACTCT---A------------TCGCTTTTCA---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCT-TTAAG-----GG-ATATT-----ATA-A-------ATATAAAACTAGAT------TA-CAT--------T-----A-----AA-AT-ATTTG---CAATTTT-AATCCATAATTTA-TCATCTGAATT-----G-----T--------AT-GAT-TA
gi|11 : ctaGTGTT--TCTGGT-AACC----AATTGACTAGTCGCCAAGTTGGTACCAAT-T-CTACTGGCATGATCATCGAC-------TTTTGTT------------ATA-CTC-A-----T----------TATTGTTTGTGGGTCAGAGATGTCGGTCTTCCTTATAACTAAAGTG-AAT-GCT-GATTTGACAAGAATTATATCATCCATCCA---GT--------------CAGACTTGCCTCGGC----C-AAC-------T---TACCATCATCA------CTGACAA-AGAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGA------T---G--------AC--TC------T----------------ACCT-TTCCA-----GG-GAAAA-----ATA-A-------ACAGAT---CAGAATCCTGTGA-C-CA-------T-----T-----AA-TT-AATCA---CGATTTT-AATCGTTAAATAA-TCGTTTGAAAC-----G-----T---------TCAAT-TAA
gi|12 : gtgCGATTAACCGCCAAATTGTTACCAAGAG-TTACTGGCATGATCATTGACAATGTATTTTTGTTTGTCAATGAATTATA-CTA-A-----T----------TACTGT------GTACGAGCTGTCATTCTTCTTTATAACTAAATTG-ACC-AA-TGATTTAATGATAATAAAATCAGACAGCTA---AT--------------CAAACACACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATCA------TTGACAA-AAACAG-----AGAAGACT------------------A-------------------------T-AA------------------A-G-----------G------------TCA------A------------AC--TC------CTAAG------------ACCA-TTTCG-----TG-TTATT-----ATATACAT----GTATATA--TAGAA------AA-C-C--------T---------------------------ATTCTAAATC-TT--TCAA-TCATCTGAAAT-----G-----T------t
gi|13 : tcTGTTTTTCATTCTTATAAATAAAATG-ATC-ACC-GATTGGAAGAAAATTAAGCCAGGCAGCTA---GC--------------CAATATAGCCTTAGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------CGAA------------------A-GATTCTATCCTTA------------CCAATC---A---G--------AC--TC------CTGGG------------CTCA-TTTCA-----GC-TTCT-------------------CATATA--CAGAA------AA-C-CAATTA---T-----A-----AA-TT-AATTG---TAATTTT-AATCATTTATTAATTTTTCTACAAT-----GTCCAAT------TAATCAAT-TAAAAATTTCAGCTTCGATTCCCAACAC
gi|14 : acAATCAAGTTA--CTACTG---A---------------CGAACTCGCCTAT---------AC-------T---TATCGACA-GATCAGATCTGACAA-AGACt
gi|14 : ccgattaatcgatctGGCAA-AGATAA-----G-------------------------A-----------------------------------------------A-AA----------A------------TCA----------G--------AC--AT------CTGAG------------ACTA-TTTCA-----GG-------------GTA-------AT-TATA--TAGAA------AA-CAT--------T-----AT----AA-CT-GATGG---CGATTTT-AATCGAAAATCGA-TCGTCTGAAAT-----GAACGAT------TATTCGAT-TTAACATATCAGCACCAATTCCAGACACgagtgtcttcactcctttctcggcaaagataagaaaaatcagacatctgagactatttcagggtaattatatagaaaacattataactgatggcgattttaatcgaaaatcgatcgtctgaaatgaacgattattcgatttaacatatcagcaccaattccagacact
gi|15 : ccgattaatcgatctaatcaagttactactgacgaactcgcctatacttatcgacagatcagatctgacaaagacgagtgtcttcactcctttctcAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-AAG---------A------------TCT----------G--------AC--TC-----------------------ACAA-TATCAAACAAGG-TTATT-----ATATA----------TATA------A------AA-C-C--------T-----ATTTGTAA-TTTGATCG---CGATTTT-AACCGTTAATCAA-TCGTCTGAAAT-----GTCTGAT------TAATTTAT-TAAAAATTTCAACTCTGGTTCCCAACACt
gi|16 : ctaagagaaagacaaatgacttgatcctttcgaggaaaaTATTCCGAT---T-----AATTTCTTAACCACCAAA----------AAC-CCACTGGCACGATCTTCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATG-ATT------------------------------------------AGTTGTTGTTCTTCCTTATAACAAAATTG-AA--GATTGATTGGATGAAAATTAAGGAAGTCAGCTGATTAT--------------CAAACTCATCTAGGT----C-AAC-------TCGGTACCAGCATGA------t
gi|17 : cCAATTAATCGCAAAATTGTAACCAAAAC-CCACCAGCATGATT---GACGATTGATTTTTGTTTGTCAATGAATTGTA-CTA-A-----T----------TATTAT------GTAAGAGTTGTCATTCTTCCTTCTAAATAAATTG-AAT-GC-TAATTGGACGACAATTAAGTCAGGCAGCTA---AT--------------CAAAC
gi|18 : tgttcG-TTATT-----ATTTA-------ATATA------GAA------AA-C-CCAATTA--T-----A-----AA-TC-AATCA---TTATTTT-AATCATCAATCGA-TCATCTGAAAT-----A-----TCTCAAATAATCAAT-TATAAACTTCAGC
gi|19 : acttATT-TTACCTAAAT-CCGTTTGCTTGATCATTGGTGATGGATTTTTATTTGTCAATGAATAATG-CAA-A-----T----------TATT-T------CTAAGA
gi|2 : TCAATTATTTGCCAATTTGTTACAGGAA-------GGCGCAATCATCAACAATGGATTTTTGTTTGTCAGTGAATTATA-CTACATGTATT----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTTCTTTCTTATAAATA------AAC-AC-TGATTAAACGAAAATTAAGCCAAAGAGTTG---AT--------------GAAACTCACCTAGGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CTGACAA-AGACAA-----AGAAGGTTAACTCTACTTTTGTCCAGA-------------------------T-AA------------------A--A----------A------------TGG------A---A--------A----T------CTG--------------ACCA-TTTAG-----GG-TTATT-----ATATG-------ATATAT----TGGA------AA-C-CTAATG---T-----A-----AA-TG-AATCA---TGATTTT-AATCCTAAATCTA-TCGTCTGTAATATCCGA-----T------TTATCGTT-TAATAATCTGAGCTGTGATTTCTAA
gi|3 : GTGTTGTTATGATTAATCGTTTAATGGATTAATCTCCAAATTGTTACCAAAAC-TCACCAACACGATCATCGACGATGGATTTTTGTTTGTCAATGAATCATG-CTA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTTGTCACGCTTCATTATAAATAAATTG-AAA-GCTTGATTGGATGAAAGTTAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAATTCACTTGGGC----C-AAC-------T---TGCCAACGTGA------TTGACAACGGGCAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-GA----------A------------TCA------A---G--------AC--TC------CTGGG------------ACCA-TTGAG-----GG-TTATT-----ATACA-------ATATATA--AAGAA------AA-C----------------A-----AA-TT-AATTG---GCATTTT-AATTGTTAATTGA-TCATCTAAAA------------T------TAATCAAT-TAAAGATAT-AGCTTTGATTCCCAACACtgct
gi|4 : AG-CCGCTGGTAAGTTCAACGACGATGGATTTTTGTTTATCAATGAATGATA--TA-A-----T----------TATTGT--------AATAGTTGC---TCTT-----TAAGTAAATTG-AAT-GCT-GATTGGGCAAAAATAAAGTCAGACAGCAA---AT--------------CAAACTCACCTATGC----C-AAC-------T---TACCAACATGA------CCGACAA-AGACAA-----A-------------------------AGTTTCTATCCCTTGCCAGGGAAAAAT-AAA-----------------A-GG----------A------------TC-------A---G--------AC--TC------CTGGG------------GTTA-TTTCG-----AG-TTATC-----ATATACCTGTACATGTATA--TAGAA------AA-T-C--------T-----ATTAT-AACTT-AATTG---TGATTT
gi|5 : tttttgtattgttatggaatgatgaatgggcatttagtagggttgttctgattgatcgcgcGTGTTGTTTCAAT---T-----CATTAATTAATTGCCAAATTGTTATCAAAA--CCACTGGCG-GGTCATCGACAATGGATTTTTGTTTGTTGATGAATTATA-CAA-A-----T----------TACTAT------GTAAGAGTGATCATTCTTCTATATAACT-AATTG-AAC-GC-TGATCAGATG---ATGAAGTCAGGCAGTTT---AT--------------CAACCTCACCTGGTCCTTGC-AAC-------T---TACCAACATGG------CTGACCA-AGATAA-----AG------------------------A-------------------------T-GA------------------ATGA----------A------------T------------G--------AC---C------CTGccgattcccaacactaacaa
gi|5 : ACAA-AAAAAA-----A-------------------------A-------------------------T-AA------------------A-CA----------A------------TCA----------G--------AC--TC------CTGGT------------AGCA-TTTTG-----G--TTATT-----GT-TA-------TTATATA--GA-----------------------------A-----AA-TT-TATCA---CGATTTT-AATTGTTCATTGA-TTATCTG--AT-----G-----T---------CCAAT-TAAttccttcccacaaaaaaaaaataaacaatcagactcctggtagcattttggttattgttattatatagaaaatttatcacgattttaattgttcattgattatctgatgtccaattaat
gi|6 : gtgttgtttcaattcattaattaattgccaaattgttatcaaaaccactggcgggtcatcgacaatggatttttgtttgttgatgaattatacaaattactatgtaagagtgatcattcttctatataactaattgaacgctgatcagatgatgaagtcaggcagtttatcaacctcacctggtccttgcaacttaccaacatggctgaccaagataaagatgaatgaatgaccctgttccttcccGTGTTTTTCCGAT---T-----AATTGATTAATTTCCAATATGTTACTAAAAG-CCACCAGCATGATCATTGATGATGGATGTTTGTTTGTC---GAATTATATTTA-A--------------------AT------GTAAAAGTTGTCGGTCTTCCTTTTAATTAAA-TG-AACTGC-TGATTGGTTGAAAATTAAGTCAGGCAACTA---AT--------------CAAACTCACTTAAGC----CTAAC-------T---TACAAACATGA------TTGGCAA-AGACAA-----AG------------------------A-------------------------T-GA------------------A-TA----------ATT----------TTA------T---C--------ACTTTC------CAGGGAAAAGAAAAAAAATCAGTCTCA-----GACTTGTTTCCGGATATT-------ATATATA--TAATA------AA-C-C--------TATGACA-----AA-TT-ACTCA---TGGTTTT-AATCATTATTCAT-TCGTCTGAAAT-----G-----T------TAATt
gi|7 : gtaT-----AAATGATAAATCGCAAAATTGTTACCAAAAG-CCGCGAGGAGGATCAACAATGATGGAATTTAGTTTG---ATGAATTATA-CTC-A-----T----------TATATT------GAGAAAG--GTCATTCTTTCTTATAAATAAATTGGAAC-ACT-GATTGGAAAAAAGTTAAGTAAGGCAGCTA---AT--------------CAAACTGGCCCGAAC----C-ACC-------T---TACCAACATTA------GTGACAA-ATACAAGGATGA-------------------------A-------------------------T-GATTCCATCCTGTCATGGGTA-AA----------A------------TAAAAATC-A---G--------AC--TC------CTGGA------------ACCA-TATCG-----GG-T----------TGTG-------ATATGTA--GAAAT------GA------------T-----T-----AA-TT-AATTG---TGA-TTT-AATt
gi|8 : gtttttactagcaactgtcgggtGTCTATGAATTATA-CAA-A-----T----------TATTGT------GTGAGAGTTGTT----TTTCTTATAACTAAACTG-AGC----TGATTGGACGAAGGTTTAGTAAGGCAGCTT---AT--------------TAAACTTACCTGGTC----C-AAC-------T---TACGAACGTGA------TTAACAA-AGACAA-----------------------------------------------------------AG------------------A-GG----------A------------GCAGT----G---A--------AC--TT------CT---------------CCCT-TTTCA-----GA---------------A-------AAAAATA--GAGAA------AA-T-C--------T-----------GA-TT-CATCGGACCAATTTtatgtattttattcatatcatatgga
gi|8 : ttgatatatggtataAA-----A-------------------------A-------------------------T-AG------------------A-GA----------A--------------A------ATCTG--------AT--TC------ATCGG------------ACCA-ATTTG-----GG-TTATT-----GTAC-----------CTTG--AAGAA------AA-C-CCCAATA--T-----G-----AA-TT-AATCA---CGGTTTT-AATCGTAAATCAA-TCTTCTGAACT-----G-----TTCGGC-TAATCGAT-TAAAACTTTCAGTGCCGCATCCGAACACgggttattgtaccttgaagaaaaccccaatatgaattaatcacggttttaatcgtaaatcaatcttctgaactgttcggctaatcgattaaaactttcagtgccgcatccgaacactataaa
gi|9 : ttgatatatggtatagtctatgaattatacaaattattgtgtgagagttgtttttcttataactaaactgagctgattggacgaaggtttagtaaggcagcttattaaacttacctggtccaacttacgaacgtgattaacaaagacaaagaggagcagtgaacttctcccttttcagaaa-AAT-----AAATGATTTCTCACCAAATTGTTACCTAAGG-TGATTAACACGATCATCGGCGATGGACTTTGATTCATTAAGCAGTTATA-CTT-A-----T----------TATTGT------GTAAGAGTTGTTGTT-TACCTTATAAATAAACTG-AAC-GC-TGACAGGACGAAAACTA-------CAGATA---AT--------------CACACGTACATAGGC----C-AA---------------------GA--------GACAA-AGACG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------A------A---G--------ACG-TC------AT-GG------------ACCG-TCTCG-----GA-TTAT-------------------TATATA--TAGAT------AA-C-CTACTATTAT-----A-----AA-TC-AGTCG---CGAtataaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAGGCCATAATAAATTAAATAATTGCTAGA