lowQualScore : 111 555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333333333333333333 1111111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111111111 2222 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11 22222222222
lowQualScore : 444 777777777777777777777777777777777777777777777 3 2 1111111111111111111111111111111111 2 3333333 333 3333 2 6666 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22 3333 4 1 1 5555 1 22 1 1 99999999999 1 0 0000 22 777 2 666 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444 33 444 66 0 11 99999999999 5
lowQualScore : ... ............................................. . . .................................. . ....... ... .... . .... . .......................................................................................................... . .. .... . . . .... . .. . . ........... . . .... .. ... . ... . .................................................. .. ... .. . .. ........... .
lowQualScore : 333 999999999999999999999999999999999999999999999 1 5 0000000000000000000000000000000000 4 5555555 666 7777 1 6666 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 44 5555 0 7 7 4444 7 55 8 8 88888888888 9 9 9999 88 444 1 222 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222 44 777 55 7 99 33333333333 7
consensus : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCC--A----AA---T---GT---AGT-AAGAT-TA-NACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTAT----GTNA---A--G--T-GT--TCA----T--AA-AT------TAATG--GTCATTGA-CCAA-TT----TAAT-AT---C--TATTTA---AA---CTTAT-----AGN--A--GT--TT----AAA---A-G-----------A-A--AC---A-----A-CTT--TTA--N-A-----A-ATA--ATTT----ATGGAGG-G-AA----G-CCAAAA--A-TT-AA-----C--GAACACGT-CGGACGTGCAAATAG--C---CG-ACG--TCTAT--CT----G--CACA-TA-TTTAAAAAA-----GA--AAA--CG-A-T--T--TTC---ATCGAACTG-NTTTGNG-------T-ATANTAATGGTTATATT
Reference ( gi|12 ) : GTATTAAAGTATCGAAATTGCC--A----AA---T---GT---AG--AAGATGTA-CACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTAT----ATTA---A--A--T-AT--TCA----G--AA-AT------CAATG--ATCATTGG-CAAA-TT----TAAT-AT---C--TATTTA---AA---TTTAC-----AGG--A--GT--TT----GAA---A-G-----------A-A--AT---A-----A-TTT--TTA--T-A-----ATATA--ATTT----ATGGCGG-G-AA----G-CCAAAA--A-TT-AA-----C--AATCACGT-CGGATCTACAAATAG--C---CG-ACA--TCTAT--CA----G--CAC--TA-TTTAAAAAA-----GA--AAA--CG-A-T--T--TTT---ATTGAACTG-TTTTGTG-------C-ATAGTAATGATTATATT
gi|16 : TACTGAAGTAGGAAAATCACC--A----AA---TTTTGT---AGT-AA-----A-CTCTAT--GAATTGTGA-ATTA-CATT-------TTG---------T-AT--TCA----T--AA--T------TAATG--GTCACTGGACCAA-TT----TGAT-GT---C--CAATT----------TTAA-----AAA--A--GT--TTTAGTGAA---A-------------A-A--AT---A-----C-ATC--TTC--C-A-----AAATA--ATTT----ATGGAGG-GCAA----G-CCAAAA--A-TA-AA-----T--GAACTCAT-CAGACATGGAAATAG--G---TG-ACA--TTTAC--CT----A--CACAATA-TTCAAAAAA-----G
gi|9 : tgaaaTTAAAAAATCTAATTTGCCTAATTCTAA---T---GT---AA--AAG-TGT-----TAT--T--T-AGAA-ACTA-CTGTTT----ATAC---A--G--T-GT--TTA----T--AG-AT------TAATG--GTCCTTTA-CCAA-TC----TAAT-AT---C--CATTTA---AA---CTTA-----------ATTGT--TT-----AA---A-G-----------A-A--GT---A-----A-------CAACT-C-----ATATG--TTTT----ATGGAGG-A-AT----G-TAAAAA--A-GT-AA-----C--AAACACTT-CAAGCGTGCAAATAG--C---CA-TTG--CTTGT--CT----GCACAC--TA-TTTAAAAAAACGT-GACTAAA-----A-T--TGCGTT---ATT--AC-G-TTATGTGATTATGAC-GTAGTAATGAgta
gi|11 : aatacAAGTAGTGAAATTGCC--A----AA---T---TT---TG--TAGATTTATTATTA---T--TTAAGA-ATTA-CAGTAT----G-TA---AGTG--T-GT--TTA----T--TG-AT------TAATG--GTCAGTGA-CCAT-TT----TAAT-AC---C--TATGTA---AA---ATAAT-------T--A--AT--TT----TAA---A-G-----------A-A--TC---A-----ACTTT--TTA--T-A-------ATA--ATTT----ATGGAGG-G-AA----G-TCAAAA--A-TT-AA-----G--AAACAC
gi|3 : AAATTAAC--A----AA---T---GTTGTAGTAAAAATATA-AA---------TTAAGA-TTTG-CTGCGT----GCAA---A--G--A-GT--TCA----T--AA-AT------ATATG--GCTATAGA-CAAT-TT----TAAT-AT---C--TA---AC--AA---T--AC-----ATT--A--AC--TT----------A-T-----------A-A--AC---A-----A-CCT--TTA----A-----A-ATG--ATTT----ATGAATC-G-AA----G-ACAATA--A-TT-AA-----T--GAACACGT-CGG--------GTAG--C---TA-ATG--TATAT--AA------------------AGAAAATCAGTGA--AAA--CA-A-T--T--TTC---ATGAAAATG-CTATGAG-------T-ATACTACTTGCTATATTtctatttgtacaaaattgaaaagacagctggggtttttcatcaaactgataaaggtatcattagggttatattttacagagaacagaaatatatttattta
gi|1 : gtaacAATTGTC--A----AAGTTT---GT---AG--CAGA------ACTAT--TATTTAAGA-ACTT-CAGTAT----GTGA---C--G--T-GT--TCATACAGCTAA-AT------TCATA--ATTATTAA-ACAA-TT----TATT-AT---C--TAGATC---AA---CTTAT-----TGG--G------TT----AAT---A-C-----------A-G--AC---A-----A-TTTCTTTT--T-A-----A-ATG--ATTT----ATGAATG-G-AA----G-TCAAAT--T-TT-AA-----A--GAACACGT-CGGACAAGCACATAG--C---TG-GCG--TCAAT--CT----G--CAC------------------------AA--C--A-T--T--CTC---ATCGAACTGATTTTG-G-------T-ATAATAATGGTTATATttacggaaaataaagatatatgtaagttacaaatatatatctatattaaacatcatttaaaacatttatattgtgaagcgg
gi|5 : aacacTA-AACTAT--TCATTAAAA-ATTA-CAGTAT----ATCA---A--G--T-GT--TCA----T--GA-ATTAATGGCAATG--ATTATTGA-------------AAT-AT---C--TATTTT---AA---CTTGT-----A--------T--TT----TAC---A-T-----------ATATTAT---ATATGCA-TGT--ATA--T-ATATGTGTATACTATTTAAAAAAGGAGG-G-AA----T-CCAAAA--G-TT-AA-----C--GAACGCGT-CGGACATACAAATTG--CTGACG-GCG--TCTTT--CT----G--CAC--------AAAAAAACAACAA--AAA--CG-G-T--T--Tactatggaggttagaaatatgtgtatattacgtttgtatctggataacgtatttattaagtctttgcaattgtacagcgggcattcaacgtagatctagtatttattagagctcgtgt
gi|6 : attttgtagt-CATTGT--TG-TTAAAATATTA-CGCTGTTTG-ATT----------T-GT--TCA----T--AA-AT------TTACG--ACCATTTA-CCAA-TT----CAAT-AT---C--TTTTTA---AA---CTT-------AGG--A--GG--CC----AAA---A-G-----------G-A--GT-----------TTT--CTT--TGA-----AAATA--ACTT----AT----A-G-AACTTTG-TCAAAA--A-TA-AA-----T--TAACACAT-TGGGCGTGCAAATAG--T---CG-ATGTTTTTAT--CT----G--CATAACA-TTTCAAATA-----G----TT--TG-A----T--TTT---ATAGAACTGATCTAGT--------T-ATACTATTGGTCATATacgacaaaatggttgatcttaatggttgtatttttgtggtgaacagaaaacacgtgtaagttacaatca
gi|10 : ACTATAAT--TTGAGA-ATTA-CAGTAT----GTGA---A--A--T-TT--CCA----T--AC-AT------TAATG--GTCATTAA-CAAT-AC----TAAT-AA---A--TGTGTA---G-----TCGT-----AGT--A--GA--TT----------A-G-----------A-A--ATTATA-----A-CTT--TTA----A-----A-ATA--ATTT----ATGGAGG-G-AA----A-CCAAAT--A-TT-AT-----T--AAGCACAT-CGGACGTGCAATTAG--C---AA-ATG--TTTAT---A----A--CAA--TA-TTT--GATA-----GA--AGC--TG-A-T--T--TTC---ACCGAATTG-CTCTGTG-------T-ATActataggagaataagataaatgtgtaagttacatacgtaaataa
gi|2 : ctataACTAT--T--T-AGGA-ATTA-CAGTAT----ATT-----------------CA----T--AA-AT------TAATG--ACCAATAC-TAAA-TA----CAAT-AT---G--TATTTA---AA---C----------GA--A--GTAGTT----AAA---ATG-----------A-A--AC---A-----G-ATA--TTA--A-A-----ATA-A--TTTT----ATGGGGT-G-AA----GACAAAAA--A-AT-AA-----CGAAAT--CGC-CGGATGTGCAAAGAG--C---CG-ATG--TCGAT--GT----G--CAC--AA-T----AATA-----TT--AAA--CG-T-TGGT--TTT---CTTGAA----------------------ACTAATGGTTATATTtataaaaaagtattttatgcataatagaaatatgtgtgcttgtttatagtgtaac
gi|18 : aagtattaatgtaaaggcatacaaagattgaagtaaaagtACTAT--TA-TTAAAG-ATTATCAGTAC----GTGA---A--G--T-AT--TCA-----------------------------TTGA-AGAA-C------AAT-A----------------AA---T--AT-----GGT--A--GT--TT------A---A-T-----------T-A--AC---A-----A-CTC--TTA----A-----A-ATA--ATTT----ATGGATG-G-AA----T-CAGAAA--A-CT-AG-----T--AA--ACAT-CAGATGTGCAAATAA--C---CG------TCTAgtatgtaaacggtaaatatgtgcatataacattttatattaacaatgcattaatactttaattaatacttgtttgtttttttgtaataagggaatttgacgtagtttactgaagttcgcgt
gi|13 : aaacagtcacagcagcaaaatcttaagttttaataaaTAT--T--TTA-----TTA-AAATAA----AGTA---A--AAGG-AT--TGAAAC-G--AA-A-------AAATA--ATT-CTGA-TCAA-TT----CAAT-AT---C--TATG-A---AA---C---C-----AAGTCA---T--TC----AAA---A-G-----------A-A--TT---C-----A-CCT--TTA----A-----A-ATG--ATAT----AAGACGG-G-AA----G-TCAAAA--A-TT-AA-----C--GAACACGT-TAGACGTGCAAATAG--CTAACG-ACA---GTGT--------G--CAC--AACTTT--AAAA-----GA--AAA--AG-G-T--T--TTT---ATCGAACTC-ATTTGGG-------T-AGAGTAATGAATA-ATTaaac
gi|8 : --T--TTGAGA-ATT--CAGTA-----ATTG---A--AG-T-GT--TCA----C--AACAT-------AATGCCAACAGTGA-CCTG-TT----TTAT-AC---C-------A---AA---TT-AT-----TGA--A--AC---------AA---A-G-----------A-A--AC---A-----A-CTT--TTC--A-A-----AC-TA--ATTT----GTAAAGG-A-AA----G-CCAAAT--A-TC-TA-----T--GAACACAC-CAGACAGGCAAATAG--T---TG-ATG--TTTAT--CT----G--CACA-TA-ATTGGAAAA-----AG--TCA--TG-ATT--T--TTT---AACAAACTG-ATTTttgatgcaaaatataagtagtatgtataagtaacattaccct
gi|14 : gtttaagccgcaaccttacaaaatttttatagtttgactgtctc--TTAAGA-ACTA-CAAAAT----GAGG---A--A--T-GT--TCA----T--AA-TT------TAATT--GTCATTGA-ATAA-GT----TGAT-AG---G--TATTGA---AG---TT----------A--A--GT--CT----AAA---A-T-----------A-A--ACG--A-----A-TTT---------A-----AAATG--A-------ATAGAGG-G-AA----A-CCAAAC--A-TT-AA-----C--AAGCACAG-CTGACAAATAGATAA--C---TG-GCG--TCGTT--CT----T--CACAACA-TTTTAAAAA------A--ATG--CA-A-T--T--GTC---AT--------TTTGGT-----------TAAAAATGGTTATAcagtattatggggattctgattgttatgga
gi|28 : agcagcaaaattgcacattttgcggtaaatataatgaTTA-CAGTAT----GTGA---A--G--T-GTGTTCA----T--AA-AT------CAATG--GTCATTGG-CCAA-TT----TAATAAT---C--TTTTTA---CA------AT-----AGA--A--GA--TC----AAA---A-G---------------------A-----A-TTT--TTA--A-A-----AAATT--ATTC----ATGGAGG-G-
gi|4 : TA-CAGTA-----ATTG---A--A--TTAT--CCA----T--AA-AT------TCATG--ACCATTGA-CAAA-TT----TAAT-ATGATC--TTTATG---AAGTCTTTAT------GA--A--GT--TT----AAACATA-GGTACTTGGATAA-A--AC---A-----G-CAT--TAA--A-A-----ATA-A--ATTG----ATGGAGA-T-ACT---G-ACAAAA--A-AT-AA-----C--GAACACGG-TAGACATGCAAATAG--C---CA-ACG--TCTAT--CT----T--CACAACA-TTTGAAAAA-----GA--G----CG-G-T--T--TGC---GTCGAACGG-ATTTAGA-------T-GTAATAATGATTATTTT
gi|26 : tgttagtaaagttaTA-CAGTATGCCAATCACTCA--A--TCAC--TCA----T--AA-AT------CACTG--GTAATTAG-TCAG-TT----TAAT-AT---C--TATTTG---AA----GTAC----------A--GT--TT----CAG---G-G-----------A-A--AC---A-----A-CTT--TTA----A-----A-GTA--ATTT----ACAGAGG-A-AA----G-CCAAtaatgtagaatagacatgagtgtacgttatattcaaacatgagtaaatacacgttaagtgt
gi|22 : A---A--G--T-CT--TCA----T--GA-AT------TAATG--GTCCTTGA-AAAA-TTATGCTAAT-ATGA-C--TAAT------A---TCT---------G--A--TT--TC----TAA---C-------------------T---A-----A-GTT--CTA----------ATACA--ATTT----ATGGAAT-G-AA----G-TAAGAA--A-TT-AA-----T--GAACACAT-AGGATGTGCAAATAG--C---CG-ACA--
gi|19 : TTGA-CAAAGTC----TACT-AT---A--TATTTA---AC---TAAAC-----AG----------TT----ACA---A-G-----------A-A--AC---A-------TTT--TTA--A-A-----A-ATA--ATTT----ATTGAGG-A-AA----A-CCAAAA--A-TT-AA-----C---TTCACGT-CAGATGTGCGAATAG--C---TT-ACG--TCTGTTGCA----G--AGC---A-TTTATATAA-----T---AAT--TG-T-T--T--TTC---ACTGAACGG-T
gi|7 : A-TTA---TAAT-AT---CAATATTTATAGAC---TTTATTACTAAGT--A--GT--TT----AAT---A-A-----------A-A--AC---A-----A-CTT--TTG--A-A-----ATA-A--ATTT-----TGGAGG-G-AA----G-CCAAAA--A-TTAAA-----G--AATAATGA-ACGA-CTACTAATTGTTT---TGCACG--TC-AT-------------------TTTAAAAAA-----AA--AAAGGCA-A-T--T--TTC---ACCAAACTG-ATTTAGG-------T-ATATTAATGATAATATTgtaattatggtga
gi|24 : ttcAA---A-G-----------A-T--AC---A-----A-TTT--T-A--T-T-----A-ATA--ATTT----ATGGAGG-G-AA----G-CCAAAAACA-TT-AAGATGGC--AAACATGT----------AAGT---------G-ACA--TC--T--CACTGTG--CAA--TA-TT------A-----AA--AAA--TG-T-TA-T--TTC---ATCGAACTG-ATTTGttatggatgatacaaatatgttttaagttaaatttatacgaagataatacattactttcttttatttgaaaagggaatttgttttgtta
gi|31 : a---A-G-----------A-A--GT---A-------TTC--ACA--A-A-----ATAAA--ACTC----ATGGAGG-G-AA----G-CCTAAA--G-TT-AA-----T--TAACACAT-CAGATATGCAAATAG--ag
gi|21 : agaatatatcTA--T-A-----ATA----ATTT----ATGGAGG-A-AA----G-CCAAAA--ACTT-GA-----T--GAACATGT-gtg
gi|25 : aatatata--T-A-----AAATA--ATTT----ATGGATA-A-AA----G-CCAAAT--A-TA-AA-----T--AACCATGTACG----TGCAAATAG--C---CG-ATG--TCTGT--CT----G--CACAGCA-TTTAAAAAA-----G--------CC-A-G--T--TCC---ATTATACTG-GTGTGTG-------TAATAGacgaggttcagataacttttaagaaatgctggtttacgttggattttgatatgatacaggttatttttttatatagaatagaaacatgtgt
gi|17 : att----ATGAAGGTG-AA----A-ACAAAA-----T-AA------------ACGT-CACACGTGCCAATAG--G---TG-ACG--TCTAT--CT----G--CACATTA-TTGAAAAAA-----G-----C--CGTG-T--T--TTTTCCTTCTAACTA-ATTTGGG-------T-ACATTGATGGTTACATT
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AGCAATAAATGTCAAAATAATTGATGGAAGGAAGCCAAAAATTAACGTGCACATAGCTACCTCAAAATGACAACAAATTGCAAATCATTTATAAAATGGGCTATTTTCGTCAAATTGATTCTGCTATAATACTCGTTATTTTCTATATGTAACAGAAACATGTGTACAGTAGTTTAAAACTTTCTCTTAATAATGCATTAATTATTTTTTTGTTATTGTTACATGGGAATTCGCCCTATTG
Unaligned ( gi|20 ): TAAGTCGTAGAATTACAAAATTTTATAGTGACGCCATTATTTCAGAATTTCAGTATGTGAGTTGTTCATTACGTAATGGTCTCTGACAGATGAAATACCTTGGTCATTTAATAATAGATATGCTTGTATAATTTATGGATGGAATCCA
Unaligned ( gi|23 ): TTTTCATCATACCAGTTCGGGTATATTAATAGTCATATTTTATAGAAAGTAGTAATTTTATGTGTAAGCTGTAGATATACATAGCTCACAATTCACCTTTCTATTTGTTGTTGTAAAAAGGGAATTCGGTT
Unaligned ( gi|27 ): AAAAATAACGAACACGCCAGACGTGCAACTAGTCGGATCCCATAATGCGCAACATTTGAAAAAGTGCCATTTTCTTCTGAAAGTTCTGATTCTGATAGAATAATGGT
Unaligned ( gi|29 ): TTATAGTGTAACAGTCATTGGGGAATTTATTGAAGTGCAAAACAATAATCAACACATCAGACGAGCAAGACCCGACGTCGATGTGCACAA
Unaligned ( gi|30 ): CATATCATTTTTTAAAAAAAAAAAAGAAACCTGTTTTCATCAAACTGATTTTGATATAATGATACCATACAGTTATATTTTATGG
Unaligned ( gi|32 ): AGTAGCAAAATTACCAAATTTGTAGTAGATATTGGTTAACAATTTCAGTATGTGGAGTGTTTATAAGACAATATT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555 11 4444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111111 111 22222 333333333333333333333
lowQualScore : 6 2 22222222222222222222222222 3 33 77 0 2 2 88888888 3 22 22 555555 666666 22 2 55555 2 1 1 7777 1 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 44444 22222222222222222222 55555 1 999 1 1 33 1 1 1 1 22 1 1 3 22 22 5555 22 0 33 11111 1 77 111111111111111111111 1 333 1 4444 3 1 55 33 7777777
lowQualScore : . . .......................... . .. .. . . . ........ . .. .. ...... ...... .. . ..... . . . .... . ........................................ . . ..... .................... ..... . ... . . .. . . . . .. . . . .. .. .... .. . .. ..... . .. ..................... . ... . .... . . .. .. .......
lowQualScore : 2 7 22222222222222222222222222 3 99 33 1 7 2 11111111 2 55 99 888888 111111 99 0 00000 4 9 9 9999 9 9999999999999999999999999999999999999999 9 9 55555 22222222222222222222 55555 7 777 5 5 55 4 4 4 5 11 5 5 5 88 11 4444 44 3 11 77777 9 11 888888888888888888888 9 333 9 0000 0 9 66 22 6666666
consensus : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACT-AT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CCAA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---C---TT-AT-----A---GNA-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT-A-A-A-ATAA--TTT-ATGGAGG-G-AA-GCCAAAA--A-T-TAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCAC-A-T-A-TTTA-AAAAA-----GAAAN--C----G-A-T-TTT---CATC-GAA----CTGATT-TGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
Reference ( family-202 ) : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAT-TANACT-AT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TNAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CCAA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---C---TT-AT-----A---GNA-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT-ANA-A-ATAA--TTT-ATGGAGG-G-AA-GCCAAAA--A-T-TAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCAC-A-T-A-TTTA-AAAAA-----GAAAA--C----G-A-T-TTT---CATC-GAA----CTGNTT-TGNGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
gi|1 : AATTGTCAAAGTTT---GT---AGCAGAAC-TAT--T-AT--T--T-AAGA-ACTT-CAGTATG--------TGAC-GTGT--TCATACAGCTAAATTCATAA------T--TATTA-A-----ACAA-T-T----TATT-AT---C--TAGAT-C--AA---C---TT-AT-----T---G---GGT-T-----AA--T---AC-----------AGACA-ATTTCT-TTT--TA-A-ATGA--TTT-ATGAATG-G-AA-GTCAAAT--T-T-TAAAGAACACGTCG-GACA--AGCACATAGC---TGGCG--TCAAT-CTGCAC-------------------------AA--C------A-T-TCT---CATC-GAA----CTGATT-TTGGTATA-ATAAT-------GGTTATAT
gi|10 : aacacACT-ATAAT--TTGAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-ATTT--CCATA------CATTAATGG------T--CATTA-A-----C-AA-TAC----TAAT-AA---A--TGTGT-A--G--------TC-GT-----A---GTA-GAT-T-----AG--A---AA-----------TTATA-A---CT-TTT-A-A-A-ATAA--TTT-ATGGAGG-G-AA-ACCAAAT--A-T-TATTAAGCACATCG-GACG--TGCAATTAGC---AAATG--TTTAT-A-ACA--A-T-A-TTT---GATA-----GAAGC--T----G-A-T-TTT---CACC-GAA----TTGCTC-TGTGTATATATAAactatggaggttagaaatatgtgtatattacgtttgtatctggataacgtatttattaagtctttgcaattgtacagcgggcattcaacgtagatctagtatttattagagctcgtgt
gi|11 : ctataAAGTAGTGAAATTGCCAAA---T---TT---TGTA-GAT-T-TATT-AT--TATTTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TAAGTGTGT--TTATT------GATTAATGG------T--CAGTG-A-----CCAT-T-T----TAAT-AC---C--TATGT-A--AA---A---TA-AT----------TA-ATT-T-----TA--A---AG-----------AATCA-A---CT-TTT-TAT-A-ATAA--TTT-ATGGAGG-G-AA-GTCAAAA--A-T-TAAGAAACAC-------------------------------TCTAT-TTGTAC-A-A-A-ATT--GAAAA-----GACAG--CTGGGG-T-T-TTT---CATC-AAA----CTGATA-AAGGTATC-ATTAG-------GGTTATATTaaaagtattttatgcataatagaaatatgtgtgcttgtttatagtgtaac
gi|12 : TATTAAAGTATCGAAATTGCCAAA---T---GT---AG-AAGATGTACACT-AT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATA--------TTAA-ATAT--TCAGA------AATCAATGA------T--CATTG-G-----CAAA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---T---TT-AC-----A---GGA-GTT-T-----GA--A---AG-----------AAATA-A---TT-TTT-ATA-ATATAA--TTT-ATGGCGG-G-AA-GCCAAAA--A-T-TAACAATCACGTCG-GATC--TACAAATAGC---CGACA--TCTAT-CAGCAC---T-A-TTTA-AAAAA-----GAAAA--C----G-A-T-TTT---TATT-GAA----CTGTTT-TGTGCATA-GTAAT-------GATTATATTttacagagaacagaaatatatttattta
gi|13 : gA------AAATAAT--------T--C--TG-A-----TCAA-T-T----CAAT-AT---C--TATG--A--AA---C---C--A------A---GTC-ATT-C-----AA--A---AG-----------AATTC-A---CC-TTT-A-A-A-ATGA--TAT-AAGACGG-G-AA-GTCAAAA--A-T-TAACGAACACGTTA-GACG--TGCAAATAGC---TAACG--ACAGT-GTGCAC-A-A-C-TTT---AAAA-----GAAAA--A----G-G-T-TTT---TATC-GAA----CTCATT-TGGGTAGA-GTAAT-------
gi|14 : tattttattaaaataaagtaaaaggattgaaacgaaAGCAGCAAAATTGC-ACA---TTTTGC---GGTAAA---TATAATGAT--T----AAGA-ACTA-CAAAATG--------AGGA-ATGT--TCATA------ATTTAATTG------T--CATTG-A-----ATAA-G-T----TGAT-AG---G--TA-TT-G--AA---G---TT-A------------A-GTC-T-----AA--A---AT-----------AAACG-A---AT-TT---AA-A-ATGA------ATAGAGG-G-AA-ACCAAAC--A-T-TAACAAGCACAGCT-GACA--AATAGATAAC---TGGCG--TCGTT-CTTCACAA-C-A-TTTT-AAAAA------AATG--C----A-A-T-TGT---CAT-------------TT-TG-GT-TA-AAAAT-------GGTTATAaataattttgatgcaaaatataagtagtatgtataagtaacattaccct
gi|15 : A-A-ATAA--TTG-ATGGAAG-G-AA-GCCAAAA--A-T-TAACGTGCACATAGCTACC--TCAAAAT-------GACA--ACAAA-TTGCAA-A-TCA-TTTATAAAAT-----G--GG--C----T-A-T-TTT---CGTC-AAA----TTGATTCTGC-TATA-ATACT-------CGTTATTTT
gi|16 : agcaataaatgtcaTACTGAAGTAGGAAAATCACCAAA---TTTTGT---AGTAA-AC-T---CT-AT--GAATTGTGA-ATTA-CATTTTG--------TA------T--TCATA------A-TTAATGG------T--CACTGGA-----CCAA-T-T----TGAT-GT---C--CAATT-------------TT-AA-----A---AAA-GTT-TTAGTGAA--A---AA-----------ATACA-T---CT-TCC-A-A-A-ATAA--TTT-ATGGAGG-GCAA-GCCAAAA--A-T-AAATGAACTCATCA-GACA--TGGAAATAGG---TGACA--TTTAC-CTACACAA-T-A-TTCA-AAAAA-----Gctatatgtaacagaaacatgtgtacagtagtttaaaactttctcttaataatgcattaattatttttttgttattgttacatgggaattcgccctattg
gi|17 : tgaaa-ATGAAGGTG-AA-AACAAAA------TAA-----ACGTCA-CACG--TGCCAATAGG---TGACG--TCTAT-CTGCAC-ATT-A-TTGA-AAAAA-----G---C--C----GTG-T-TTTTTCCTTC-TAA----CTAATT-TGGGTACA-TTGAT-------GGTTACATTgta
gi|18 : atgAGCAGCAAAATC-TTAAG---T---TT-----TAATA---AAACT-AT--TA-TTAAAG-ATTATCAGTACG--------TGAA-GTAT--TCAT---------TGAA----------------G-A-----ACAA-T-------------------------A--AA--------T-AT-----G---GTA-GTT-T-----AA-------T-----------TAACA-A---CT-CTT-A-A-A-ATAA--TTT-ATGGATG-G-AA-TCAGAAA--A-C-TAGTAAACA--TCA-GATG--TGCAAATAAC------CG--TCTAttatggagaacataattattgtgtcagttggacatataccttgataatacatttattcgaagtttgttgttgcaaaagggaat
gi|19 : aaacagtcacTTG-A-----CAAAGT-C----TACT-AT---A--TATTT-A--A--------CT-A------A---ACA-GTT-------AC--A---AG-----------AAACA-----TT-TTT-AAA-A-ATAA--TTT-ATTGAGG-A-AA-ACCAAAA--A-T-TAACT-TCACGTCA-GATG--TGCGAATAGC---TTACG--TCTGT--TGCAG-AGC-A-TTTA-TATAA-----T-AAT--T----G-T-T-TTT---CACT-GAA----C--------GGTGTA-ATTAT-------GGTaaac
gi|2 : CAAAGATT---GA---AGTAAAAG-TA--CT-AT--T--T-AGGA-ATTA-CAGTATA--------T----------TCATA------AATTAATGA------C--CAAT--A-----CTAA-A-TA---CAAT-AT---G--TATTT-A--AA---C------GA-----A---GTA-GTT-A-----AA--A---TG-----------AAACA-G---AT-ATT-A-A-A-ATAA--TTTTATGGGGT-G-AA-GACAAAA--A-AATAACGAAATCGCCG-GATG--TGCAAAGAGC---CGATG--TCGAT-GTGCAC-A---A-T-----AATA-----TTAAA--CGTT-G-G-T-TTT---C-TT-GAA------------------A-CTAAT-------GGTTATATTga
gi|20 : aagtattaatgtaaaggcataAAGTCGTAGAATTACAAAA---TTTTAT---AGT--GAC-GCCATT-AT--T--TCA-GA-ATTT-CAGTATG--------TGAG-TTGT--TCATT------ACGTAATGG------T--CTCTG-A-----CAGA-T-G----AAAT-AC---C--T---------------------T-----G---GTC-ATT-T-----AAT-A---AT-----------AGATATG---CT-TGT-------ATAA--TTT-ATGGATG-G-AA-TCCAgtatgtaaacggtaaatatgtgcatataacattttatattaacaatgcattaatactttaattaatacttgtttgtttttttgtaataagggaatttgacgtagtttactgaagttcgcgt
gi|21 : tT-ATATA-ATAA--TTT-ATGGAGG-A-AA-GCCAAAA--ACT-TGATGAACATGTAC-GAGG--TTCAGATAAC---
gi|22 : aatataAA-GTCT--TCATG------AATTAATGG------T--CCTTG-A-----AAAA-T-TATGCTAAT-ATGA-C--TAAT-----AT---C---TG-AT--------------TTCT-----AACTA---AG----------------------T-TCT-A-A-T-ACAA--TTT-ATGGAAT-G-AA-GTAAGAA--A-T-TAATGAACACATAG-GATG--TGCAAATAGC---CGACttttaagaaatgctggtttacgttggattttgatatgatacaggttatttttttatatagaatagaaacatgtgt
gi|23 : -T-TTT---CATC-ATA----CCAGTT-CGGGTATA-TTAAT-------AGTCATATTa
gi|24 : -----AA--A---AG-----------ATACA-A----T-TTT-ATT-A-ATAA--TTT-ATGGAGG-G-AA-GCCAAAAACA-T-TAA-G---ATGGCA-AACA--TGTAAGT-------GACA--TCTCA-CTGTGCAA-T-A-TT-------A-----AAAAA--T----G-T-TATTT---CATC-GAA----CTGATT-TGAGttatagaaagtagtaattttatgtgtaagctgtagatatacatagctcacaattcacctttctatttgttgttgtaaaaagggaattcggtt
gi|25 : -TTT-A-A-A-ATAA--TTT-ATGGATA-A-AA-GCCAAAT--A-T-AAATAACCATGT----ACG--TGCAAATAGC---CGATG--TCTGT-CTGCAC-AGC-A-TTTA-AAAAA-----G------C----C-A-G-TTC---CATT-ATA----CTGGTG-TGTGTA
gi|26 : aTA-CAGTATGCCAATCACTCAA-TCAC--TCATA------AATCACTGG------T--AATTA-G-----TCAG-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-G--AA----------GT-----A----CA-GTT-T-----CA--G---GG-----------AAACA-A---CT-TTT-A-A-A-GTAA--TTT-ACAGAGG-A-AA-GCCAAatag
gi|27 : AAAA--A-T--AACGAACACGCCA-GACG--TGCAACTAGT---CGGAT--CCCATAATGCGCAA-C-A-TTTG-AAAAA-----G--TG--C----C-A-T-TTT---CTTCTGAAAGTTCTGATT-CTGATAGA-ATAAT-------GGT
gi|28 : TTA-CAGTATG--------TGAA-GTGTGTTCATA------AATCAATGG------T--CATTG-G-----CCAA-T-T----TAATAAT---C--TTTTT-A--CA----------AT-----A---GAA-GAT-C-----AA--A---AG---------------A-A---TT-TTTAAAA-A-ATTA--TTC-ATGGAGG-G-
gi|29 : AA--TTT-ATTGAAG-T----GCAAAAC--A-A-TAATCAACACATCA-GACG--AGCAAG-ACC---CGACG--TCGAT-GTGCAC-A-
gi|3 : ttatagtgtaacagtcattggggGTAAC-AAATTAACAAA---T---GTTGTAGTAAAAA-TA---T-AA--A--TTAAGA-TTTG-CTGCGTG--------CAAA-GAGT--TCATA------AATATATGG------C--TATAG-A-----CAAT-T-T----TAAT-AT---C--TA----AC-AA--------T-AC-----A---TTA-ACT-T-----A--------T-----------AAACA-A---CC-TTT-A-A-A-ATGA--TTT-ATGAATC-G-AA-GACAATA--A-T-TAATGAACACGTCG-G----------GTAGC---TAATG--T------------A-T-A-TAAA-GAAAATCAGTGAAAA--C----A-A-T-TTT---CATG-AAA----ATGCTA-TGAGTATA-CTACT-------TGCTATATTa
gi|30 : A-AAAAA-----GAAAC--C----T-G-T-TTT---CATC-AAA----CTGATT-TTGATATA-ATGATACCATACAGTTATATTttacggaaaataaagatatatgtaagttacaaatatatatctatattaaacatcatttaaaacatttatattgtgaagcgg
gi|31 : catatcattttttaaaaaaA-A-ATAAAACTC-ATGGAGG-G-AA-GCCTAAA--G-T-TAATTAACACATCA-GATA--TGCAAATAGttatgg
gi|32 : agaatatatcagaagtattcacaAGTAGCAAAATTACCAAA---TTT-GT---AGTA-GAT--------AT--TGGTTAACA-ATTT-CAGTATG--------TGGA-GTGT--TTATA------Agtg
gi|4 : TA-CAGTAAT--------TGAA-TTAT--CCATA------AATTCATGA------C--CATTG-A-----CAAA-T-T----TAAT-ATGATC--TTTAT-G--AAGTCT---TT-AT---------GAA-GTT-T-----AA--ACATAGGTACTTGGATAAAACA-G---CA-TT--AAA-A-ATAAA-TTG-ATGGAGA-T-ACTGACAAAA--A-A-TAACGAACACGGTA-GACA--TGCAAATAGC---CAACG--TCTAT-CTTCACAA-C-A-TTTG-AAAAA-----G--AG--C----G-G-T-TTG---CGTC-GAA----CGGATT-TAGATGTA-ATAAT-------GATTATTTTgacaatatt
gi|5 : tgttagtaaagtta---T---GT---AGT------TAAACT-AT--TCATTAAAA-ATTA-CAGTATA--------TCAA-GTGT--TCATG------AATTAATGGCAATGAT--TATTG-AAATATCTAT-T-T----TAAC-TT---G--TATTTTA--CA---TATATT-AT-----ATATGCATGTA-T-----AT--AT--AT-----------GTGTATA---CTATTT-AAA-A-A---------A-GGAGG-G-AA-TCCAAAA--G-T-TAACGAACGCGTCG-GACA--TACAAATTGCTGACGGCG--TCTTT-CTGCAC-A--------A-AAAAACAAC-AAAAA--C----G-G-T-TTA---CGAC-AAA----ATGG-T-TG---ATC-TTAAT-------GGTTGTATTtaatgtagaatagacatgagtgtacgttatattcaaacatgagtaaatacacgttaagtgt
gi|6 : attt--TTAAAATATTA-CGCTGTT--------TGAT-TTGT--TCATA------AATTTACGA------C--CATTT-A-----CCAA-T-T----CAAT-AT---C--TTTTT-A--AA---C---T---T-----A---GGA-GGC-C-----AA--A---AG-----------GAGTT-T---TC-TTT-GAA-A-ATAA--CTT-ATAGAAC-T-TT-GTCAAAA--A-T-AAATTAACACATTG-GGCG--TGCAAATAGT---CGATGTTTTTAT-CTGCATAA-C-A-TTTC-AAATA-----G--TT--T----G-A-T-TTT----ATA-GAA----CTGATC-TAGTTATA-CTATT-------GGTCATATtttgtggtgaacagaaaacacgtgtaagttacaatca
gi|7 : cattgttgA-T-TA---TAAT-AT---CAATATTT-ATAGA---C---TTTATTACTAA---GTA-GTT-T-----AA--T---AA-----------AAACA-A---CT-TTT--GA-A-ATAA--ATT-TTGGAGG-G-AA-GCCAAAA--A-T-TAAAGAATA-AT-G-AACGACTACTAAT---------TG--T---T-TTGCAC-G-TCATTTTA-AAAAA-----AAAAAGGC----A-A-T-TTT---CACC-AAA----CTGATT-TAGGTATA-TTAAT-------GATAATATTctataggagaataagataaatgtgtaagttacatacgtaaataa
gi|8 : ttc--T--TTGAGA-ATT--CAGTAAT--------TGAA-GTGT--TCACA------ACATAATGC------CAACAGTG-A-----CCTG-T-T----TTAT-AC---C--------A--AA-------TT-AT-----T---GAA-AC---------A--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT-CAA-A-CTAA--TTT-GTAAAGG-A-AA-GCCAAAT--A-T-CTATGAACACACCA-GACA--GGCAAATAGT---TGATG--TTTAT-CTGCAC-A-T-A-ATTG-GAAAA-----AGTCA--T----G-ATT-TTT---TAAC-AAA----CTGATT-TCAGTATttatggatgatacaaatatgttttaagttaaatttatacgaagataatacattactttcttttatttgaaaagggaatttgttttgtta
gi|9 : gtttaagccgcaaccttacaaaatttttatagtttgactgtctc--T--TTAGAA-ACTA-CTGTTTA--------TACA-GTGT--TTATA------GATTAATGG------T--CCTTT-A-----CCAA-T-C----TAAT-AT---C--CATTT-A--AA---C---T---T-----A---ATT-GTT-T-----AAAGA---AG-----------TAACA-A---CT------CA-T-ATGT--TTT-ATGGAGG-A-AT-GTAAAAA--A-G-TAACAAACACTTCA-AGCG--TGCAAATAGC---CATTG--CTTGT-CTGCAC-ACT-A-TTTA-AAAAA-----tatggggattctgattgttatgga
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 11 4444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111111 22222222 3333333333333333333
lowQualScore : 6 8888888888888888888888888 33 77 0 2 2 88888888 0 22 22 555555 666666 22 2 66666666 1 1 6666 1 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 44444 11111111111111111111 55555 1 22 1 3 1 1 55 1 1 1 1 22 1 3 22 22 5555 22 0 33 55555555 1 77777 7777777777777777777 1 333 1 4444 0 1 55 7777777
lowQualScore : . ......................... .. .. . . . ........ . .. .. ...... ...... .. . ........ . . .... . ........................................ . . ..... .................... ..... . .. . . . . .. . . . . .. . . .. .. .... .. . .. ........ . ..... ................... . ... . .... . . .. .......
lowQualScore : 2 6666666666666666666666666 99 33 1 7 2 11111111 5 55 99 888888 111111 99 0 00000000 9 9 0000 9 9999999999999999999999999999999999999999 9 9 55555 77777777777777777777 77777 7 11 5 1 5 5 00 4 4 5 5 11 5 5 88 11 4444 44 3 11 66666666 9 00000 8888888888888888888 9 333 9 0000 1 4 44 6666666
consensus : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---C---TT-AT-----A---GNA-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCAC----A-T-AT-TT---A-AAAAA-----GAAANC----G-A-T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
Reference ( family-202 ) : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---C---TT-AT-----A---GNA-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCAC----A-T-AT-TT---A-AAAAA-----GAAANC----G-A-T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
gi|1 : AATTGTCAAAGTTT---GT---AGCAGAAC-TA--TTAT--T--T-AAGA-ACTT-CAGTATG--------TGAC-GTGT--TCATACAGCTAAATTCATAA------T--TATTA-A-----AC-AA-T-T----TATT-AT---C--TAGAT-C--AA---C---TT-AT-----T---G---GGT-T-----AA--T---AC-----------AGACA-ATTTCT-TTT--T-A-A-A-TGA--TTTATGAATG-G-AA-G-TCAAAT--T-TTAAAGAACACGTCG-GACA--AGCACATAGC---TGGCG--TCAAT-CTGCAC-------------------------------AAC------A-T-TCT---CATC-GAA----CTGATTTTGGTATA-ATAAT-------GGTTATAT
gi|10 : aacac-TA-ACTATAAT--TTGAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-ATTT--CCATA------CATTAATGG------T--CATTA-A-----C--AA-TAC----TAAT-AA---A--TGTGT-A--G--------TC-GT-----A---GTA-GAT-T-----AG--A---AA-----------TTATA-A---CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-A-CCAAAT--A-TTATTAAGCACATCG-GACG--TGCAATTAGC---AAATG--TTTAT-A-ACA-----A-T-AT-TT------GATA-----GAAGCT----G-A-T-TTT---CACC-GAA----TTGCTCTGTGTATATATAAactatggaggttagaaatatgtgtatattacgtttgtatctggataacgtatttattaagtctttgcaattgtacagcgggcattcaacgtagatctagtatttattagagctcgtgt
gi|11 : ctaAAGTAGTGAAATTGCCAAA---T---TT---TGTA-GAT-TT-ATTAT--TATTTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TAAGTGTGT--TTATT------GATTAATGG------T--CAGTG-A-----CC-AT-T-T----TAAT-AC---C--TATGT-A--AA---A---TA-AT----------TA-ATT-T-----TA--A---AG-----------AATCA-A---CT-TTT--T-ATA-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-TCAAAA--A-TTAAGAAACAC-------------------------------TCTAT-TTGTAC----A-A-AA-TT-----GAAAA-----GACAGCTGGGG-T-T-TTT---CATC-AAA----CTGATAAAGGTATC-ATTAG-------GGTTATATTaaaagtattttatgcataatagaaatatgtgtgcttgtttatagtgtaac
gi|12 : TATTAAAGTATCGAAATTGCCAAA---T---GT---AG-AAGATGTACACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATA--------TTAA-ATAT--TCAGA------AATCAATGA------T--CATTG-G-----CA-AA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---T---TT-AC-----A---GGA-GTT-T-----GA--A---AG-----------AAATA-A---TT-TTT--ATA-ATA-TAA--TTTATGGCGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACAATCACGTCG-GATC--TACAAATAGC---CGACA--TCTAT-CAGCAC------T-AT-TT---A-AAAAA-----GAAAAC----G-A-T-TTT---TATT-GAA----CTGTTTTGTGCATA-GTAAT-------GATTATATTttacagagaacagaaatatatttattta
gi|13 : gA------AAATAAT--------T--C--TG-A-----TC-AA-T-T----CAAT-AT---C--TATG--A--AA---C---C--A------A---GTC-ATT-C-----AA--A---AG-----------AATTC-A---CC-TTT--A-A-A-A-TGA--TATAAGACGG-G-AA-G-TCAAAA--A-TTAACGAACACGTTA-GACG--TGCAAATAGC---TAACG--ACAGT-GTGCAC----A-A-CT-TT---A-AAAGA-----AAAA------G-G-T-TTT---TATC-GAA----CTCATTTGGGTAGA-GTAAT-------
gi|14 : tattttattaaaataaagtaaaaggattgaaacgaaAGCAGCAAAATTGC-ACA---TTTTGC---GGTAAATA-TA-ATGAT--T----AAGA-ACTA-CAAAATG--------AGGA-ATGT--TCATA------ATTTAATTG------T--CATTG-A-----AT-AA-G-T----TGAT-AG---G--TATTG-A--AG-------TT-A------------A-GTC-T-----AA--A---AT-----------AAACG-A---AT-TT---A-A-A-A-TGA-----ATAGAGG-G-AA-A-CCAAAC--A-TTAACAAGCACAGCT-GACA--AATAGATAAC---TGGCG--TCGTT-CTTCACA---A-C-AT-TT---T-AAAAA------AATGC----A-A-T-TGT---CAT-------------TTTGGTTAAA---AAT-------GGTTATAaataattttgatgcaaaatataagtagtatgtataagtaacattaccct
gi|15 : ---AG-----------CAATA-A---AT-GTC--A-A-A-A-TAA--TTGATGGAAG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGTGCACATAGCTACC--TCAAAAT-------GACA--ACAAA-TTGCAA----A-TCAT-TT---ATAAAAT-----G--GGC----T-A-T-TTT---CGTC-AAA----TTGATTCTGCTATA-ATACT-------CGTTATTTT
gi|16 : TACTGAAGTAGGAAAATCACCAAA---TTTTGT---AGTAA-AC-T---CTAT--GAATTGTGA-ATTA-CATTTTG--------TA------T--TCATA------A-TTAATGG------T--CACTGGA-----CC-AA-T-T----TGAT-GT---C--CAATT-------------TT-AA-----A---AAA-GTT-TTAGTGAA--A---AA-----------ATACA-T---CT-TCC--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-GCAA-G-CCAAAA--A-TAAATGAACTCATCA-GACA--TGGAAATAGG---TGACA--TTTAC-CTACACA---A-T-AT-TC---A-AAAAA-----Gctatatgtaacagaaacatgtgtacagtagtttaaaactttctcttaataatgcattaattatttttttgttattgttacatgggaattcgccctattg
gi|17 : tgaaaATGAAGGTG-AA-A-ACAAAA-----TAA-----ACGTCA-CACG--TGCCAATAGG---TGACG--TCTAT-CTGCAC----ATT-AT-TG---A-AAAAA-----G---CC----GTG-T-TTTTTCCTTC-TAA----CTAATTTGGGTACA-TTGAT-------GGTTACATTgta
gi|18 : atgAGCAGCAAAAT--CTTAAGT-T---TT---AATAA-----A-ACTAT--TA-TTAAAG-ATTATCAGTACG--------TGAA-GTAT--TCAT---------TGAA----------------G-A-----AC-AA-T-------------------------A--AA--------T-AT-----G---GTA-GTT-T-----AA-------T-----------TAACA-A---CT-CTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGATG-G-AA-T-CAGAAA--A-CTAGTAAACA--TCA-GATG--TGCAAATAAC------CG--TCTAttatggagaacataattattgtgtcagttggacatataccttgataatacatttattcgaagtttgttgttgcaaaagggaat
gi|19 : aaacagtcacTTG-A-----CA-AAGT-C----TACT-AT---A--TATTT-A--A--------CT-A------A---ACA-GTT-------AC--A---AG-----------AAACA-T---TT-TTA--A-A-A-A-TAA--TTTATTGAGG-A-AA-A-CCAAAA--A-TTAACT-TCACGTCA-GATG--TGCGAATAGC---TTACG--TCTGT--TGCAG----AGC-AT-TT---A-TATAA-----T-AATT----G-T-T-TTT---CACT-GAA----C-------GGTGTA-ATTAT-------GGTaaac
gi|2 : CAAAGATT---GA---AGTAAAAG-TA--CTAT--T--T-AGGA-ATTA-CAGTATA--------T----------TCATA------AATTAATGA------C--CAAT--A-----CTAAA-T-A----CAAT-AT---G--TATTT-A--AA---C------GA-----A---GTA-GTT-A-----AA--A---TG-----------AAACA-G---AT-ATT--A-A-A-A-TAAT-TTTATGGGGT-G-AA-GACAAAAA--A-ATAACGAAATCGCCG-GATG--TGCAAAGAGC---CGATG--TCGAT-GTGCACAATAA-T-AT-T-------AAAC-----G---TT----G-G-T-TTT---C-TT-GAA-----------------A-CTAAT-------GGTTATATTga
gi|20 : aagtattaatgtaaaggcataAAGTCGTAGAATTACAAAA---TTTTAT---AGTGACGC-CA--TTAT--T--TCA-GA-ATTT-CAGTATG--------TGAG-TTGT--TCATT------ACGTAATGG------T--CTCTG-A-----CA-GA-T-G----AAAT-AC---C--T---------------------T-----G---GTC-ATT-T-----AAT-A---AT-----------AGATATG---CT-TGT--------A-TAA--TTTATGGATG-G-AA-T-CCAgtatgtaaacggtaaatatgtgcatataacattttatattaacaatgcattaatactttaattaatacttgtttgtttttttgtaataagggaatttgacgtagtttactgaagttcgcgt
gi|21 : tT--A-T-A-A-TAA--TTTATGGAGG-A-AA-G-CCAAAA--ACTTGATGAACATGTAC-GAGG--TTCAGATAAC---
gi|22 : aatatataAA-GTCT--TCATG------AATTAATGG------T--CCTTG-A-----AA-AA-T-TATGCTAAT-ATGA-C--TAAT-----AT---C---TG-AT--------------TTCT-----AACTA---AG----------------------T-TCT--A-A-T-A-CAA--TTTATGGAAT-G-AA-G-TAAGAA--A-TTAATGAACACATAG-GATG--TGCAAATAGC---CGACttttaagaaatgctggtttacgttggattttgatatgatacaggttatttttttatatagaatagaaacatgtgt
gi|23 : -T-TTT---CATC-ATA----CCAGTTCGGGTATA-TTAAT-------AGTCATATTa
gi|24 : -----AA--A---AG-----------ATACA-A----T-TTT--A-TTA-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAAACA-TTAA-G---ATGGCA-AACA--TGTAAGT-------GACA--TCTCA-CTGTGC----A---ATATT---A-AAAAA----------T----G-T-TATTT---CATC-GAA----CTGATTTGAGttatagaaagtagtaattttatgtgtaagctgtagatatacatagctcacaattcacctttctatttgttgttgtaaaaagggaattcggtt
gi|25 : -TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGATA-A-AA-G-CCAAAT--A-TAAATAACCATGT----ACG--TGCAAATAGC---CGATG--TCTGT-CTGCAC----AGC-AT-TT---A-AAAAA-----G----C----C-A-G-TTC---CATT-ATA----CTGGTGTGTGTA
gi|26 : aTA-CAGTATGCCAATCACTCAA-TCAC--TCATA------AATCACTGG------T--AATTA-G-----TC-AG-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-G--AA----------GT-----A----CA-GTT-T-----CA--G---GG-----------AAACA-A---CT-TTT--A-A-A-G-TAA--TTTACAGAGG-A-AA-G-CCAAatag
gi|27 : AAAA--A-T-AACGAACACGCCA-GACG--TGCAACTAGT---CGGAT--CCCATAATGCGCA---A-C-AT-TT---G-AAAAA-----G--TGC----C-A-T-TTT---CTTCTGAAAGTTCTGATTCTGATAGA-ATAAT-------GGT
gi|28 : TTA-CAGTATG--------TGAA-GTGTGTTCATA------AATCAATGG------T--CATTG-G-----CC-AA-T-T----TAATAAT---C--TTTTT-A--CA----------AT-----A---GAA-GAT-C-----AA--A---AG---------------A-A---TT-TTTAAA-A-A-A-TTA--TTCATGGAGG-G-
gi|29 : AA--TTTATTGAAG-T----G-CAAAAC--A-ATAATCAACACATCA-GACG--AGCAAG-ACC---CGACG--TCGAT-GTGCAC----A-
gi|3 : ttatagtgtaacagtcattggggGTAAC-AAATTAACAAA---T---GTTGTAGTAAAAA-TA---TAA--A--TTAAGA-TTTG-CTGCGTG--------CAAA-GAGT--TCATA------AATATATGG------C--TATAG-A-----CA-AT-T-T----TAAT-AT---C--TA----AC-AA--------T-AC-----A---TTA-ACT-T-----A--------T-----------AAACA-A---CC-TTT--A-A-A-A-TGA--TTTATGAATC-G-AA-G-ACAATA--A-TTAATGAACACGTCG-G----------GTAGC---TAATG--T---------------A-T-AT-AA---A-GAAAATCAGTGAAAAC----A-A-T-TTT---CATG-AAA----ATGCTATGAGTATA-CTACT-------TGCTATATTa
gi|30 : ---A-AAAAA-----GAAACC----T-G-T-TTT---CATC-AAA----CTGATTTTGATATA-ATGATACCATACAGTTATATTttacggaaaataaagatatatgtaagttacaaatatatatctatattaaacatcatttaaaacatttatattgtgaagcgg
gi|31 : catatcattttttaaaaaa--A-A-A-A-TAAAACTCATGGAGG-G-AA-G-CCTAAA--G-TTAATTAACACATCA-GATA--TGCAAATAGttatgg
gi|32 : agaatatatcagaagtattcacAGTAGCAAAATTACCAAA---TTT-GT---AGTA-GA-------TAT--TGGTTAACA-ATTT-CAGTATG--------TGGA-GTGT--TTATA------Agtg
gi|4 : TA-CAGTAAT--------TGAA-TTAT--CCATA------AATTCATGA------C--CATTG-A-----CA-AA-T-T----TAAT-ATGATC--TTTAT-G--AAGTCT---TT-AT---------GAA-GTT-T-----AA--ACATAGGTACTTGGATAAAACA-G---CA-TTA--A-A-A-A-TAAA-TTGATGGAGA-T-ACTG-ACAAAA--A-ATAACGAACACGGTA-GACA--TGCAAATAGC---CAACG--TCTAT-CTTCACA---A-C-AT-TT---G-AAAAA-----G--AGC----G-G-T-TTG---CGTC-GAA----CGGATTTAGATGTA-ATAAT-------GATTATTTTgacaatatt
gi|5 : tgttagtaaagtta---T---GT---AGTTA-----A-ACTAT--TCATTAAAA-ATTA-CAGTATA--------TCAA-GTGT--TCATG------AATTAATGGCAATGAT--TATTG-AAATATCT-AT-T-T----TAAC-TT---G--TATTTTA--CA---TATATT-AT-----ATATGCATGTA-T-----AT--AT--AT-----------GTGTATA---CTATTT--A-A-A-A--AA-------GGAGG-G-AA-T-CCAAAA--G-TTAACGAACGCGTCG-GACA--TACAAATTGCTGACGGCG--TCTTT-CTGCAC----A-----------A-AAAAACAAC-AAAAAC----G-G-T-TTA---CGAC-AAA----ATGG-TTG---ATC-TTAAT-------GGTTGTATTtaatgtagaatagacatgagtgtacgttatattcaaacatgagtaaatacacgttaagtgt
gi|6 : attt--TTAAAATATTA-CGCTGTT--------TGAT-TTGT--TCATA------AATTTACGA------C--CATTT-A-----CC-AA-T-T----CAAT-AT---C--TTTTT-A--AA---C---TT-A----------GGA-GGC-C-----AA--A---AG-----------GAGTT-TT--CT-TTG--A-A-A-A-TAA--CTTATAGAAC-T-TT-G-TCAAAA--A-TAAATTAACACATTG-GGCG--TGCAAATAGT---CGATGTTTTTAT-CTGCATA---A-C-AT-TT---C-AAATA-----G--TTT----G-A-T-TTT----ATA-GAA----CTGATCTAGTTATA-CTATT-------GGTCATATtttgtggtgaacagaaaacacgtgtaagttacaatca
gi|7 : cattgttgA-T-TA---TAAT-AT---CAATATTT-ATAGA---C---TTTATTACTAA---GTA-GTT-T-----AA--T---AA-----------AAACA-A---CT-TTT--G-A-A-A-TAA--ATTTTGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAAAGAATA-AT-G-AACGACTACTAAT---------TG--T---T-TTGCAC----G-TCAT-TTTAAA-AAAAA-----AAAGGC----A-A-T-TTT---CACC-AAA----CTGATTTAGGTATA-TTAAT-------GATAATATTctataggagaataagataaatgtgtaagttacatacgtaaataa
gi|8 : ttc---T---AT---AGTTTGAC-TG-TCT-C--T--TTGAGA-ATT--CAGTAAT--------TGAA-GTGT--TCACA------ACATAATGC------CAACAGTG-A-----CC-TG-T-T----TTAT-AC---C--------A--AA-------TT-AT-----T---GAA-AC---------A--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT--C-A-A-ACTAA--TTTGTAAAGG-A-AA-G-CCAAAT--A-TCTATGAACACACCA-GACA--GGCAAATAGT---TGATG--TTTAT-CTGCAC----A-TAAT-TG---G-AAAAA-----GTCAT-----G-ATT-TTT---TAAC-AAA----CTGATTTCAGTATttatggatgatacaaatatgttttaagttaaatttatacgaagataatacattactttcttttatttgaaaagggaatttgttttgtta
gi|9 : gtttaagccgcaaccttacaaaatttt--T--TTAGAA-ACTA-CTGTTTA--------TACA-GTGT--TTATA------GATTAATGG------T--CCTTT-A-----CC-AA-T-C----TAAT-AT---C--CATTT-A--AA---C---T---T-----A---ATT-GTT-T-----AAAGA---AG-----------TAACA-A---CT-C------A-T-A-TGT--TTTATGGAGG-A-AT-G-TAAAAA--A-GTAACAAACACTTCA-AGCG--TGCAAATAGC---CATTG--CTTGT-CTGCAC----ACT-AT-TT---A-AAAAA-----tatggggattctgattgttatgga
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 11 4444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111111 22222222 3333333333333333333
lowQualScore : 6 8888888888888888888888888 33 77 0 2 2 88888888 0 22 22 555555 666666 22 2 66666666 1 1 6666 1 6666666666666666666666666666666666666666 1 1 44444 11111111111111111111 55555 1 22 1 3 1 1 55 1 1 1 1 22 1 3 22 22 5555 22 0 33 55555555 1 77777 7777777777777777777 1 333 1 4444 0 1 55 7777777
lowQualScore : . ......................... .. .. . . . ........ . .. .. ...... ...... .. . ........ . . .... . ........................................ . . ..... .................... ..... . .. . . . . .. . . . . .. . . .. .. .... .. . .. ........ . ..... ................... . ... . .... . . .. .......
lowQualScore : 2 6666666666666666666666666 99 33 1 7 2 11111111 5 55 99 888888 111111 99 0 00000000 9 9 0000 9 9999999999999999999999999999999999999999 9 9 55555 77777777777777777777 77777 7 11 5 1 5 5 00 4 4 5 5 11 5 5 88 11 4444 44 3 11 66666666 9 00000 8888888888888888888 9 333 9 0000 1 4 44 6666666
consensus : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---C---TT-AT-----A---GNA-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCAC----A-T-AT-TT---A-AAAAA-----GAAANC----G-A-T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
Reference ( family-202 ) : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---C---TT-AT-----A---GNA-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCAC----A-T-AT-TT---A-AAAAA-----GAAANC----G-A-T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
gi|1 : AATTGTCAAAGTTT---GT---AGCAGAAC-TA--TTAT--T--T-AAGA-ACTT-CAGTATG--------TGAC-GTGT--TCATACAGCTAAATTCATAA------T--TATTA-A-----AC-AA-T-T----TATT-AT---C--TAGAT-C--AA---C---TT-AT-----T---G---GGT-T-----AA--T---AC-----------AGACA-ATTTCT-TTT--T-A-A-A-TGA--TTTATGAATG-G-AA-G-TCAAAT--T-TTAAAGAACACGTCG-GACA--AGCACATAGC---TGGCG--TCAAT-CTGCAC-------------------------------AAC------A-T-TCT---CATC-GAA----CTGATTTTGGTATA-ATAAT-------GGTTATAT
gi|10 : aacac-TA-ACTATAAT--TTGAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-ATTT--CCATA------CATTAATGG------T--CATTA-A-----C--AA-TAC----TAAT-AA---A--TGTGT-A--G--------TC-GT-----A---GTA-GAT-T-----AG--A---AA-----------TTATA-A---CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-A-CCAAAT--A-TTATTAAGCACATCG-GACG--TGCAATTAGC---AAATG--TTTAT-A-ACA-----A-T-AT-TT------GATA-----GAAGCT----G-A-T-TTT---CACC-GAA----TTGCTCTGTGTATATATAAactatggaggttagaaatatgtgtatattacgtttgtatctggataacgtatttattaagtctttgcaattgtacagcgggcattcaacgtagatctagtatttattagagctcgtgt
gi|11 : ctaAAGTAGTGAAATTGCCAAA---T---TT---TGTA-GAT-TT-ATTAT--TATTTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TAAGTGTGT--TTATT------GATTAATGG------T--CAGTG-A-----CC-AT-T-T----TAAT-AC---C--TATGT-A--AA---A---TA-AT----------TA-ATT-T-----TA--A---AG-----------AATCA-A---CT-TTT--T-ATA-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-TCAAAA--A-TTAAGAAACAC-------------------------------TCTAT-TTGTAC----A-A-AA-TT-----GAAAA-----GACAGCTGGGG-T-T-TTT---CATC-AAA----CTGATAAAGGTATC-ATTAG-------GGTTATATTaaaagtattttatgcataatagaaatatgtgtgcttgtttatagtgtaac
gi|12 : TATTAAAGTATCGAAATTGCCAAA---T---GT---AG-AAGATGTACACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATA--------TTAA-ATAT--TCAGA------AATCAATGA------T--CATTG-G-----CA-AA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---T---TT-AC-----A---GGA-GTT-T-----GA--A---AG-----------AAATA-A---TT-TTT--ATA-ATA-TAA--TTTATGGCGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACAATCACGTCG-GATC--TACAAATAGC---CGACA--TCTAT-CAGCAC------T-AT-TT---A-AAAAA-----GAAAAC----G-A-T-TTT---TATT-GAA----CTGTTTTGTGCATA-GTAAT-------GATTATATTttacagagaacagaaatatatttattta
gi|13 : gA------AAATAAT--------T--C--TG-A-----TC-AA-T-T----CAAT-AT---C--TATG--A--AA---C---C--A------A---GTC-ATT-C-----AA--A---AG-----------AATTC-A---CC-TTT--A-A-A-A-TGA--TATAAGACGG-G-AA-G-TCAAAA--A-TTAACGAACACGTTA-GACG--TGCAAATAGC---TAACG--ACAGT-GTGCAC----A-A-CT-TT---A-AAAGA-----AAAA------G-G-T-TTT---TATC-GAA----CTCATTTGGGTAGA-GTAAT-------
gi|14 : tattttattaaaataaagtaaaaggattgaaacgaaAGCAGCAAAATTGC-ACA---TTTTGC---GGTAAATA-TA-ATGAT--T----AAGA-ACTA-CAAAATG--------AGGA-ATGT--TCATA------ATTTAATTG------T--CATTG-A-----AT-AA-G-T----TGAT-AG---G--TATTG-A--AG-------TT-A------------A-GTC-T-----AA--A---AT-----------AAACG-A---AT-TT---A-A-A-A-TGA-----ATAGAGG-G-AA-A-CCAAAC--A-TTAACAAGCACAGCT-GACA--AATAGATAAC---TGGCG--TCGTT-CTTCACA---A-C-AT-TT---T-AAAAA------AATGC----A-A-T-TGT---CAT-------------TTTGGTTAAA---AAT-------GGTTATAaataattttgatgcaaaatataagtagtatgtataagtaacattaccct
gi|15 : ---AG-----------CAATA-A---AT-GTC--A-A-A-A-TAA--TTGATGGAAG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGTGCACATAGCTACC--TCAAAAT-------GACA--ACAAA-TTGCAA----A-TCAT-TT---ATAAAAT-----G--GGC----T-A-T-TTT---CGTC-AAA----TTGATTCTGCTATA-ATACT-------CGTTATTTT
gi|16 : TACTGAAGTAGGAAAATCACCAAA---TTTTGT---AGTAA-AC-T---CTAT--GAATTGTGA-ATTA-CATTTTG--------TA------T--TCATA------A-TTAATGG------T--CACTGGA-----CC-AA-T-T----TGAT-GT---C--CAATT-------------TT-AA-----A---AAA-GTT-TTAGTGAA--A---AA-----------ATACA-T---CT-TCC--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-GCAA-G-CCAAAA--A-TAAATGAACTCATCA-GACA--TGGAAATAGG---TGACA--TTTAC-CTACACA---A-T-AT-TC---A-AAAAA-----Gctatatgtaacagaaacatgtgtacagtagtttaaaactttctcttaataatgcattaattatttttttgttattgttacatgggaattcgccctattg
gi|17 : tgaaaATGAAGGTG-AA-A-ACAAAA-----TAA-----ACGTCA-CACG--TGCCAATAGG---TGACG--TCTAT-CTGCAC----ATT-AT-TG---A-AAAAA-----G---CC----GTG-T-TTTTTCCTTC-TAA----CTAATTTGGGTACA-TTGAT-------GGTTACATTgta
gi|18 : atgAGCAGCAAAAT--CTTAAGT-T---TT---AATAA-----A-ACTAT--TA-TTAAAG-ATTATCAGTACG--------TGAA-GTAT--TCAT---------TGAA----------------G-A-----AC-AA-T-------------------------A--AA--------T-AT-----G---GTA-GTT-T-----AA-------T-----------TAACA-A---CT-CTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGATG-G-AA-T-CAGAAA--A-CTAGTAAACA--TCA-GATG--TGCAAATAAC------CG--TCTAttatggagaacataattattgtgtcagttggacatataccttgataatacatttattcgaagtttgttgttgcaaaagggaat
gi|19 : aaacagtcacTTG-A-----CA-AAGT-C----TACT-AT---A--TATTT-A--A--------CT-A------A---ACA-GTT-------AC--A---AG-----------AAACA-T---TT-TTA--A-A-A-A-TAA--TTTATTGAGG-A-AA-A-CCAAAA--A-TTAACT-TCACGTCA-GATG--TGCGAATAGC---TTACG--TCTGT--TGCAG----AGC-AT-TT---A-TATAA-----T-AATT----G-T-T-TTT---CACT-GAA----C-------GGTGTA-ATTAT-------GGTaaac
gi|2 : CAAAGATT---GA---AGTAAAAG-TA--CTAT--T--T-AGGA-ATTA-CAGTATA--------T----------TCATA------AATTAATGA------C--CAAT--A-----CTAAA-T-A----CAAT-AT---G--TATTT-A--AA---C------GA-----A---GTA-GTT-A-----AA--A---TG-----------AAACA-G---AT-ATT--A-A-A-A-TAAT-TTTATGGGGT-G-AA-GACAAAAA--A-ATAACGAAATCGCCG-GATG--TGCAAAGAGC---CGATG--TCGAT-GTGCACAATAA-T-AT-T-------AAAC-----G---TT----G-G-T-TTT---C-TT-GAA-----------------A-CTAAT-------GGTTATATTga
gi|20 : aagtattaatgtaaaggcataAAGTCGTAGAATTACAAAA---TTTTAT---AGTGACGC-CA--TTAT--T--TCA-GA-ATTT-CAGTATG--------TGAG-TTGT--TCATT------ACGTAATGG------T--CTCTG-A-----CA-GA-T-G----AAAT-AC---C--T---------------------T-----G---GTC-ATT-T-----AAT-A---AT-----------AGATATG---CT-TGT--------A-TAA--TTTATGGATG-G-AA-T-CCAgtatgtaaacggtaaatatgtgcatataacattttatattaacaatgcattaatactttaattaatacttgtttgtttttttgtaataagggaatttgacgtagtttactgaagttcgcgt
gi|21 : tT--A-T-A-A-TAA--TTTATGGAGG-A-AA-G-CCAAAA--ACTTGATGAACATGTAC-GAGG--TTCAGATAAC---
gi|22 : aatatataAA-GTCT--TCATG------AATTAATGG------T--CCTTG-A-----AA-AA-T-TATGCTAAT-ATGA-C--TAAT-----AT---C---TG-AT--------------TTCT-----AACTA---AG----------------------T-TCT--A-A-T-A-CAA--TTTATGGAAT-G-AA-G-TAAGAA--A-TTAATGAACACATAG-GATG--TGCAAATAGC---CGACttttaagaaatgctggtttacgttggattttgatatgatacaggttatttttttatatagaatagaaacatgtgt
gi|23 : -T-TTT---CATC-ATA----CCAGTTCGGGTATA-TTAAT-------AGTCATATTa
gi|24 : -----AA--A---AG-----------ATACA-A----T-TTT--A-TTA-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAAACA-TTAA-G---ATGGCA-AACA--TGTAAGT-------GACA--TCTCA-CTGTGC----A---ATATT---A-AAAAA----------T----G-T-TATTT---CATC-GAA----CTGATTTGAGttatagaaagtagtaattttatgtgtaagctgtagatatacatagctcacaattcacctttctatttgttgttgtaaaaagggaattcggtt
gi|25 : -TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGATA-A-AA-G-CCAAAT--A-TAAATAACCATGT----ACG--TGCAAATAGC---CGATG--TCTGT-CTGCAC----AGC-AT-TT---A-AAAAA-----G----C----C-A-G-TTC---CATT-ATA----CTGGTGTGTGTA
gi|26 : aTA-CAGTATGCCAATCACTCAA-TCAC--TCATA------AATCACTGG------T--AATTA-G-----TC-AG-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-G--AA----------GT-----A----CA-GTT-T-----CA--G---GG-----------AAACA-A---CT-TTT--A-A-A-G-TAA--TTTACAGAGG-A-AA-G-CCAAatag
gi|27 : AAAA--A-T-AACGAACACGCCA-GACG--TGCAACTAGT---CGGAT--CCCATAATGCGCA---A-C-AT-TT---G-AAAAA-----G--TGC----C-A-T-TTT---CTTCTGAAAGTTCTGATTCTGATAGA-ATAAT-------GGT
gi|28 : TTA-CAGTATG--------TGAA-GTGTGTTCATA------AATCAATGG------T--CATTG-G-----CC-AA-T-T----TAATAAT---C--TTTTT-A--CA----------AT-----A---GAA-GAT-C-----AA--A---AG---------------A-A---TT-TTTAAA-A-A-A-TTA--TTCATGGAGG-G-
gi|29 : AA--TTTATTGAAG-T----G-CAAAAC--A-ATAATCAACACATCA-GACG--AGCAAG-ACC---CGACG--TCGAT-GTGCAC----A-
gi|3 : ttatagtgtaacagtcattggggGTAAC-AAATTAACAAA---T---GTTGTAGTAAAAA-TA---TAA--A--TTAAGA-TTTG-CTGCGTG--------CAAA-GAGT--TCATA------AATATATGG------C--TATAG-A-----CA-AT-T-T----TAAT-AT---C--TA----AC-AA--------T-AC-----A---TTA-ACT-T-----A--------T-----------AAACA-A---CC-TTT--A-A-A-A-TGA--TTTATGAATC-G-AA-G-ACAATA--A-TTAATGAACACGTCG-G----------GTAGC---TAATG--T---------------A-T-AT-AA---A-GAAAATCAGTGAAAAC----A-A-T-TTT---CATG-AAA----ATGCTATGAGTATA-CTACT-------TGCTATATTa
gi|30 : ---A-AAAAA-----GAAACC----T-G-T-TTT---CATC-AAA----CTGATTTTGATATA-ATGATACCATACAGTTATATTttacggaaaataaagatatatgtaagttacaaatatatatctatattaaacatcatttaaaacatttatattgtgaagcgg
gi|31 : catatcattttttaaaaaa--A-A-A-A-TAAAACTCATGGAGG-G-AA-G-CCTAAA--G-TTAATTAACACATCA-GATA--TGCAAATAGttatgg
gi|32 : agaatatatcagaagtattcacAGTAGCAAAATTACCAAA---TTT-GT---AGTA-GA-------TAT--TGGTTAACA-ATTT-CAGTATG--------TGGA-GTGT--TTATA------Agtg
gi|4 : TA-CAGTAAT--------TGAA-TTAT--CCATA------AATTCATGA------C--CATTG-A-----CA-AA-T-T----TAAT-ATGATC--TTTAT-G--AAGTCT---TT-AT---------GAA-GTT-T-----AA--ACATAGGTACTTGGATAAAACA-G---CA-TTA--A-A-A-A-TAAA-TTGATGGAGA-T-ACTG-ACAAAA--A-ATAACGAACACGGTA-GACA--TGCAAATAGC---CAACG--TCTAT-CTTCACA---A-C-AT-TT---G-AAAAA-----G--AGC----G-G-T-TTG---CGTC-GAA----CGGATTTAGATGTA-ATAAT-------GATTATTTTgacaatatt
gi|5 : tgttagtaaagtta---T---GT---AGTTA-----A-ACTAT--TCATTAAAA-ATTA-CAGTATA--------TCAA-GTGT--TCATG------AATTAATGGCAATGAT--TATTG-AAATATCT-AT-T-T----TAAC-TT---G--TATTTTA--CA---TATATT-AT-----ATATGCATGTA-T-----AT--AT--AT-----------GTGTATA---CTATTT--A-A-A-A--AA-------GGAGG-G-AA-T-CCAAAA--G-TTAACGAACGCGTCG-GACA--TACAAATTGCTGACGGCG--TCTTT-CTGCAC----A-----------A-AAAAACAAC-AAAAAC----G-G-T-TTA---CGAC-AAA----ATGG-TTG---ATC-TTAAT-------GGTTGTATTtaatgtagaatagacatgagtgtacgttatattcaaacatgagtaaatacacgttaagtgt
gi|6 : attt--TTAAAATATTA-CGCTGTT--------TGAT-TTGT--TCATA------AATTTACGA------C--CATTT-A-----CC-AA-T-T----CAAT-AT---C--TTTTT-A--AA---C---TT-A----------GGA-GGC-C-----AA--A---AG-----------GAGTT-TT--CT-TTG--A-A-A-A-TAA--CTTATAGAAC-T-TT-G-TCAAAA--A-TAAATTAACACATTG-GGCG--TGCAAATAGT---CGATGTTTTTAT-CTGCATA---A-C-AT-TT---C-AAATA-----G--TTT----G-A-T-TTT----ATA-GAA----CTGATCTAGTTATA-CTATT-------GGTCATATtttgtggtgaacagaaaacacgtgtaagttacaatca
gi|7 : cattgttgA-T-TA---TAAT-AT---CAATATTT-ATAGA---C---TTTATTACTAA---GTA-GTT-T-----AA--T---AA-----------AAACA-A---CT-TTT--G-A-A-A-TAA--ATTTTGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAAAGAATA-AT-G-AACGACTACTAAT---------TG--T---T-TTGCAC----G-TCAT-TTTAAA-AAAAA-----AAAGGC----A-A-T-TTT---CACC-AAA----CTGATTTAGGTATA-TTAAT-------GATAATATTctataggagaataagataaatgtgtaagttacatacgtaaataa
gi|8 : ttc---T---AT---AGTTTGAC-TG-TCT-C--T--TTGAGA-ATT--CAGTAAT--------TGAA-GTGT--TCACA------ACATAATGC------CAACAGTG-A-----CC-TG-T-T----TTAT-AC---C--------A--AA-------TT-AT-----T---GAA-AC---------A--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT--C-A-A-ACTAA--TTTGTAAAGG-A-AA-G-CCAAAT--A-TCTATGAACACACCA-GACA--GGCAAATAGT---TGATG--TTTAT-CTGCAC----A-TAAT-TG---G-AAAAA-----GTCAT-----G-ATT-TTT---TAAC-AAA----CTGATTTCAGTATttatggatgatacaaatatgttttaagttaaatttatacgaagataatacattactttcttttatttgaaaagggaatttgttttgtta
gi|9 : gtttaagccgcaaccttacaaaatttt--T--TTAGAA-ACTA-CTGTTTA--------TACA-GTGT--TTATA------GATTAATGG------T--CCTTT-A-----CC-AA-T-C----TAAT-AT---C--CATTT-A--AA---C---T---T-----A---ATT-GTT-T-----AAAGA---AG-----------TAACA-A---CT-C------A-T-A-TGT--TTTATGGAGG-A-AT-G-TAAAAA--A-GTAACAAACACTTCA-AGCG--TGCAAATAGC---CATTG--CTTGT-CTGCAC----ACT-AT-TT---A-AAAAA-----tatggggattctgattgttatgga
blockSeqs : G TTTTGCGGTAAATATAA AA AT T T CCAATCAC TG GT . CAATGA AA G AATATCT G A ATGC A CAATATTTATAGACTTTATTACTAAGT T C TAGTG ACATAGGTACTTGGATAA TG A AA T T T C AA T C T A AC C T GC AC TGAC TT AA AATAAT A TAAA TCAGTGAAAACAA A TTC T AGTT G TA ACCATAC
blockSeqs : A GATTGAAGTAAAAGTA . AA . . . A . . . . . CTA . . A . GTATTTTACATATATTATATATGC . . . AGAAGT TA . . . T . . T . . . . . . G G . A . A AAC . AT GACAGCTGGGGT . . . . A A .
blockSeqs : A TTTTATAGTGACGCCA . GG . . . A . . . . . CC . . . . GATCTTTATGAAGTCTTTATGA . . . TAATA TT . . . . . . A . . . . . . C G . C . T ATC . A CAACAAAAACGG . . . . G G .
blockSeqs : A TGTTGTAGTAAAAATA . CA . . . A . . . . . CA . . . . CTATTTAAATTTACAGG . . . CTAAG A . . . . . . . . . . . . . C A . T . C AAT . A GAAGCTGA . . . . G G .
blockSeqs : A TGTAGAAGATGTACA . A . . . G . . . . . TC . . . . ATGTGTAGTCGTAGT . . . ATATG A . . . . . . . . . . . . . C T . T . G ATT . T GAAAACGA . . . . G A .
blockSeqs : A TTTTGTAGTAAACT . . . . . T . . . . . AT . . . . CTATGTAAAATAATT . . . AAAT A . . . . . . . . . . . . . C A . T . C AGC . A GAAACCTG . . . . T T .
blockSeqs : . TATAGTTTGACTGT . . . . . G . . . . . CC . . . . GTATTTAAACGAAGT . . . AAGA A . . . . . . . . . . . . . T A . T . T AGC . A AAAGGCAA . . . . G A .
blockSeqs : TTTTGTAGATTTA . . . . . T . . . . . AC . . . . CTTTTTAAACTTAGG . . . AAGA A . . . . . . . . . . . . . T A . T . C AAC . A GTCATGAT . . . . G C .
blockSeqs : GTTTTAATAAAA . . . . . G . . . . . CA . . . . CCATTTAAACTTAAT . . . AAGA A . . . . . . . . . . . . . C A . C . C AAC . A AATGCAA . . . . G T .
blockSeqs : TTTGTAGTAGA . . . . . G . . . . . CA . . . . CTATGAAACCAAGT . . . AATA T . . . . . . . . . . . . . C G . C . G AAC . A TAATTGT . . . . G A .
blockSeqs : TGTAGTTAAA . . . . . G . . . . . AA . . . . ATATTTAACTAAAC . . . AAAA A . . . . . . . . . . . . . T C . C . C GTC . G AAAAGG . . . . T C .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . TC . . . . GACTAATATCTGAT . . . AAGA T . . . . . . . . . . . . . T G . C . C ATA . A GGGCTA . . . . G A .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . CC . . . . CTTTTTACAATAGA . . . ATGA G . . . . . . . . . . . . . T A . C . G ACT . A GCCGTG . . . . T A .
blockSeqs : . . . . T . . . . . CA . . . . CCAATTTTAAAAA . . . AAGA A . . . . . . . . . . . . . C A . T . C AT . G GTGCCA . . . . A T .
blockSeqs : . . G . . . . . CA . . . . CTATTTGAAGTAC . . . GGGA A . . . . . . . . . . . . . T A . C . C AA . A GAGCGG . . . . G C .
blockSeqs : . . G . . . . . CC . . . . CTAACAATACATT . . . AAGG A . . . . . . . . . . . . . T G . C . C AA . C GTTTGA . . . . A T .
blockSeqs : . . . . . . . . CC . . . . GTATTGAAGTTA . . . TAAA A . . . . . . . . . . . . . T A . T . T AT . G GTTGG . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . CC . . . . CAAATTATTGA . . . AAGA G . . . . . . . . . . . . . C A . C . C T . A GCCA . . . . C
blockSeqs : . . C . . . . AAATATGGT . . . AAG A . . . . . . . . . . . . . C G . . . C A . . TGT . . . . .
blockSeqs : . . . . CTTGGT . . . TT A . . . . . . . . . . . . . T G . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . TA A . . . . . . . . . . . . . A G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ****** CTATTTAAACTTAGT************************* A**** ANC***** A**** GAAGCCGG***********
originalCons : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-AT---C--TATTT-A--AA---C---TT-AT-----A---GNA-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACA-A---CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCAC----A-T-AT-TT---A-AAAAA-----GAAANC----G-A-T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
finalCons : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-ATCTATTTAAACTTAGT-------------------------A-GTT-T-----AA--A---AG-----------AAACAA----CT-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCACANC-----AT-TTA----AAAAAGAAGCCGG-----------T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 11 2222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111 111111111 3333333333333333333
lowQualScore : 6 8888888888888888888888888 33 77 0 2 2 88888888 0 22 22 555555 666666 22 2 66666666 1 1 6666 1 4444444444444444444444444444444444444 44444 22222222222222222222 1 8888888888888 1 22 1 1 1 1 55 1 1 1 1 22 1 3 22 22 5555 22 66 444 1 000000000 2 4444444444444444444 1 333 1 3333 2 55 7777777
lowQualScore : . ......................... .. .. . . . ........ . .. .. ...... ...... .. . ........ . . .... . ..................................... ..... .................... . ............. . .. . . . . .. . . . . .. . . .. .. .... .. .. ... . ......... . ................... . ... . .... . .. .......
lowQualScore : 2 6666666666666666666666666 99 33 1 7 2 11111111 5 55 99 888888 111111 99 0 00000000 9 9 0000 9 0000000000000000000000000000000000000 55555 44444444444444444444 7 2222222222222 7 11 5 5 5 5 00 4 4 5 5 11 5 5 88 11 6666 33 44 999 7 000000000 4 4444444444444444444 8 222 8 9999 0 22 2222222
consensus : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-AT---C----TA--TT-TA--AA-----CTT--------A-GTA-GTTTAA--A---AG-----------AAA-CA-------A---C-T-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCACAAC-AT-TT---------AAAAAA----G--A-AGCCG-G---T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
Reference ( family-202 ) : NTACTGAAGTAGCGAAATTGCCAAA---T---GT---AGTAAGAC-TA-ACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-GTGT--TCATA------AATTAATGG------T--CATTG-A-----CC-AA-T-T----TAAT-AT---C----TA--TT-TA--AA-----CTT--------A-GTA-GTTTAA--A---AG-----------AAA-CA-------A---C-T-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGAACACGTCG-GACG--TGCAAATAGC---CGACG--TCTAT-CTGCACANC-AT-TT---------AAAAAA----G--A-AGCCG-G---T-TTT---CATC-GAA----CTGATTTGGGTATA-NTAAT-------GGTTATATT
gi|1 : AATTGTCAAAGTTT---GT---AGCAGAAC-TA--TTAT--T--T-AAGA-ACTT-CAGTATG--------TGAC-GTGT--TCATACAGCTAAATTCATAA------T--TATTA-A-----AC-AA-T-T----TATT-AT---C----TA--GA-TC--AA-----CTT--------A-TTG-GGTTAA--T---AC-----------AGA-CA-------ATTTC-T-TTT--T-A-A-A-TGA--TTTATGAATG-G-AA-G-TCAAAT--T-TTAAAGAACACGTCG-GACA--AGCACATAGC---TGGCG--TCAAT-CTGCACAAC-A--------------------------------------T-TCT---CATC-GAA----CTGATTTTGGTATA-ATAAT-------GGTTATAT
gi|10 : aacac-TA-ACTATAAT--TTGAGA-ATTA-CAGTATG--------TGAA-ATTT--CCATA------CATTAATGG------T--CATTA-A------C-AA-TAC----TAAT-AA---A----TG--TG-TA--GT-----CGT--------A-GTA-GATTAG--A---AA-----------TTA-TA-------A---C-T-TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-A-CCAAAT--A-TTATTAAGCACATCG-GACG--TGCAATTAGC---AAATG--TTTAT----AACAAT-AT-TT-----------GATA----G--A-AGCTG-A---T-TTT---CACC-GAA----TTGCTCTGTGTATATATAAactatggaggttagaaatatgtgtatattacgtttgtatctggataacgtatttattaagtctttgcaattgtacagcgggcattcaacgtagatctagtatttattagagctcgtgt
gi|11 : ctaAAGTAGTGAAATTGCCAAA---T---TT---TGTA-GAT-TT-ATTAT--TATTTAAGA-ATTA-CAGTATG--------TAAGTGTGT--TTATT------GATTAATGG------T--CAGTG-A-----CC-AT-T-T----TAAT-AC---C----TA--TG-TA--AA-----ATA--------A-TTA-ATTTTA--A---AG-----------AAT-CA-------A---CTT-TTT--A-T-A-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-TCAAAA--A-TTAAGAAACAC-------------------------------TCTAT-TTGTACAAA-AT-T-----------GAAAA----G--ACAGCTG-GGGTT-TTT---CATC-AAA----CTGATAAAGGTATC-ATTAG-------GGTTATATTaaaagtattttatgcataatagaaatatgtgtgcttgtttatagtgtaac
gi|12 : TATTAAAGTATCGAAATTGCCAAA---T---GT---AG-AAGATGTACACTAT--T--TTAAGA-ATTA-CAGTATA--------TTAA-ATAT--TCAGA------AATCAATGA------T--CATTG-G-----CA-AA-T-T----TAAT-AT---C----TA--TT-TA--AA-----TTTAC------A-GGA-GTTTGA--A---AG-----------AAA-TA-------A---T-T-TTT--ATA-ATA-TAA--TTTATGGCGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACAATCACGTCG-GATC--TACAAATAGC---CGACA--TCTAT-CAGCAC--T-AT-TT---------AAAAAA----G--A-AAACG-A---T-TTT---TATT-GAA----CTGTTTTGTGCATA-GTAAT-------GATTATATTttacagagaacagaaatatatttattta
gi|13 : gA------AAATAAT--------T--C--TG-A-----TC-AA-T-T----CAAT-AT---C----TA--TG--A--AA-----CCA--------A-GTC-ATTCAA--A---AG-----------AAT-TC-------A---C-C-TTT--A-A-A-A-TGA--TATAAGACGG-G-AA-G-TCAAAA--A-TTAACGAACACGTTA-GACG--TGCAAATAGC---TAACG--ACAGT-GTGCACAAC--T-TT---------AAAAGA----A--A-AA--G-G---T-TTT---TATC-GAA----CTCATTTGGGTAGA-GTAAT-------
gi|14 : tattttattaaaataaagtaaaaggattgaaacgaaAGCAGCAAAATTGC-ACA---TTTTGC---GGTAAATA-TA-ATGAT--T----AAGA-ACTA-CAAAATG--------AGGA-ATGT--TCATA------ATTTAATTG------T--CATTG-A-----AT-AA-G-T----TGAT-AG---G----TA--TT-GA--AG------TT--------A---A-GTCTAA--A---AT-----------AAA-CG-------A---A-T-TT---A-A-A-A-TGA-----ATAGAGG-G-AA-A-CCAAAC--A-TTAACAAGCACAGCT-GACA--AATAGATAAC---TGGCG--TCGTT-CTTCACAAC-AT-TT---------TAAAAA----A--A-TG-CA-A---T-TGT---CAT-------------TTTGGTTAAA---AAT-------GGTTATAaataattttgatgcaaaatataagtagtatgtataagtaacattaccct
gi|15 : ---AG-----------CAA-TA-------A---A-T-GTC--A-A-A-A-TAA--TTGATGGAAG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAACGTGCACATAGCTACC--TCAAAAT-------GACA--ACAAA-TTGCAAATC-AT-TT---------ATAAAA----T--G-GGCT--A---T-TTT---CGTC-AAA----TTGATTCTGCTATA-ATACT-------CGTTATTTT
gi|16 : TACTGAAGTAGGAAAATCACCAAA---TTTTGT---AGTAA-AC-T---CTAT--GAATTGTGA-ATTA-CATTTTG--------TA------T--TCATA------A-TTAATGG------T--CACTGGA-----CC-AA-T-T----TGAT-GT---C----CAATTT-TA--AAAAAGTTTT--------A-GTG-----AA--A---AA-----------ATA-CA-------T---C-T-TCC--A-A-A-A-TAA--TTTATGGAGG-GCAA-G-CCAAAA--A-TAAATGAACTCATCA-GACA--TGGAAATAGG---TGACA--TTTAC-CTACACAAT-AT-TC---------AAAAAA----G--ctatatgtaacagaaacatgtgtacagtagtttaaaactttctcttaataatgcattaattatttttttgttattgttacatgggaattcgccctattg
gi|17 : tgaaaATGAAGGTG-AA-A-ACAAAA-----TAA-----ACGTCA-CACG--TGCCAATAGG---TGACG--TCTAT-CTGCACATT-AT-TG---------AAAA---------A-AGCCGTG---T-TTTTTCCTTC-TAA----CTAATTTGGGTACA-TTGAT-------GGTTACATTgta
gi|18 : atgAGCAGCAAAAT--CTTAAGT-T---TT---AATAA-----A-ACTAT--TA-TTAAAG-ATTATCAGTACG--------TGAA-GTAT--TCAT---------TGAA----------------G-A-----AC-AA-T-----------------------------A--AA-----TAT--------G-GTA-GTTTAA-------T-----------TAA-CA-------A---C-T-CTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGATG-G-AA-T-CAGAAA--A-CTAGTAAACA--TCA-GATG--TGCAAATAAC------CG--TCTAttatggagaacataattattgtgtcagttggacatataccttgataatacatttattcgaagtttgttgttgcaaaagggaat
gi|19 : aaacagtcacTTG-A-----CA-AAGT-C----TACT-AT---A----TA--TT-TA--A------CTA--------A-ACA-GTT-AC--A---AG-----------AAA-CA-------T---T-T-TTA--A-A-A-A-TAA--TTTATTGAGG-A-AA-A-CCAAAA--A-TTAACT-TCACGTCA-GATG--TGCGAATAGC---TTACG--TCTGT--TGCAGAGC-AT-TT---------ATATAA----T--A-A-TTG-T---T-TTT---CACT-GAA----C-------GGTGTA-ATTAT-------GGTaaac
gi|2 : CAAAGATT---GA---AGTAAAAG-TA--CTAT--T--T-AGGA-ATTA-CAGTATA--------T----------TCATA------AATTAATGA------C--CAAT--A-----CTAAA-T-A----CAAT-AT---G----TA--TT-TA--AA-----CGA--------A-GTA-GTTAAA--A---TG-----------AAA-CA-------G---A-T-ATT--A-A-A-A-TAAT-TTTATGGGGT-G-AA-GACAAAAA--A-ATAACGAAATCGCCG-GATG--TGCAAAGAGC---CGATG--TCGAT-GTGCACAATAATATT---------AA-----------A-CGTTG-G---T-TTT---C-TT-GAA-----------------A-CTAAT-------GGTTATATTga
gi|20 : aagtattaatgtaaaggcataAAGTCGTAGAATTACAAAA---TTTTAT---AGTGACGC-CA--TTAT--T--TCA-GA-ATTT-CAGTATG--------TGAG-TTGT--TCATT------ACGTAATGG------T--CTCTG-A-----CA-GA-T-G----AAAT-AC--------------------------CTT--------G-GTC-ATTTAAT-A---AT-----------AGA-TAT------G---C-T-TGT--------A-TAA--TTTATGGATG-G-AA-T-CCAgtatgtaaacggtaaatatgtgcatataacattttatattaacaatgcattaatactttaattaatacttgtttgtttttttgtaataagggaatttgacgtagtttactgaagttcgcgt
gi|21 : tT--A-T-A-A-TAA--TTTATGGAGG-A-AA-G-CCAAAA--ACTTGATGAACATGTAC-GAGG--TTCAGATAAC---T-----------------------T-TT---------AAGAAA----T-----GCTG-G---T-TTA---CGTT-G--------GATTTTGATATG-ATACA-------GGTTATTTT
gi|22 : aatatataAA-GTCT--TCATG------AATTAATGG------T--CCTTG-A-----AA-AA-T-TATGCTAAT-ATGA-C----TA--AT-----AT-----CTG--------A-TT---TCTAACTA---AG------------------------------T-TCT--A-A-T-A-CAA--TTTATGGAAT-G-AA-G-TAAGAA--A-TTAATGAACACATAG-GATG--TGCAAATAGC---CGACtttatatagaatagaaacatgtgt
gi|23 : ---T-TTT---CATC-ATA----CCAGTTCGGGTATA-TTAAT-------AGTCATATTa
gi|24 : AA--A---AG-----------ATA-CA-------A-----T-TTT--A-TTA-A-TAA--TTTATGGAGG-G-AA-G-CCAAAAACA-TTAA-G---ATGGCA-AACA--TGTAAGT-------GACA--TCTCA-CTGTGCAAT-A--TT---------AAAAAA------------TG-T---TATTT---CATC-GAA----CTGATTTGAGttatagaaagtagtaattttatgtgtaagctgtagatatacatagctcacaattcacctttctatttgttgttgtaaaaagggaattcggtt
gi|25 : -TTT--A-A-A-A-TAA--TTTATGGATA-A-AA-G-CCAAAT--A-TAAATAACCATGT----ACG--TGCAAATAGC---CGATG--TCTGT-CTGCACAGC-AT-TT---------AAAA---------A-AGCCA-G-----TTC---CATT-ATA----CTGGTGTGTGTA
gi|26 : aTA-CAGTATGCCAATCACTCAA-TCAC--TCATA------AATCACTGG------T--AATTA-G-----TC-AG-T-T----TAAT-AT---C----TA--TT-TG--AA-----GT-----------ACA-GTTTCA--G---GG-----------AAA-CA-------A---C-T-TTT--A-A-A-G-TAA--TTTACAGAGG-A-AA-G-CCAAatag
gi|27 : AAAA--A-T-AACGAACACGCCA-GACG--TGCAACTAGT---CGGAT--CCCATAATGCGCAAC-AT-TT---------GAAAAA----G----TGCC--A---T-TTT---CTTCTGAAAGTTCTGATTCTGATAGA-ATAAT-------GGT
gi|28 : TTA-CAGTATG--------TGAA-GTGTGTTCATA------AATCAATGG------T--CATTG-G-----CC-AA-T-T----TAATAAT---C----TT--TT-TAC-AA-------T--------A-GAA-GATCAA--A---AG----------------A-------A---T-T-TTTAAA-A-A-A-TTA--TTCATGGAGG-G-
gi|29 : AA--TTTATTGAAG-T----G-CAAAAC--A-ATAATCAACACATCA-GACG--AGCAAG-ACC---CGACG--TCGAT-GTGCACA
gi|3 : ttatagtgtaacagtcattggggGTAAC-AAATTAACAAA---T---GTTGTAGTAAAAA-TA---TAA--A--TTAAGA-TTTG-CTGCGTG--------CAAA-GAGT--TCATA------AATATATGG------C--TATAG-A-----CA-AT-T-T----TAAT-AT---C----TA--AC-AA--TA-----C----------A-TTA-ACTTA--------T-----------AAA-CA-------A---C-C-TTT--A-A-A-A-TGA--TTTATGAATC-G-AA-G-ACAATA--A-TTAATGAACACGTCG-G----------GTAGC---TAATG--TATATAAAGAAAATC-AG-TG---------AAAA--------------CA-A---T-TTT---CATG-AAA----ATGCTATGAGTATA-CTACT-------TGCTATATTa
gi|30 : CATATC-AT-TTTTTAAAAAAAAAAAA----G--A-AACCT-G---T-TTT---CATC-AAA----CTGATTTTGATATA-ATGATACCATACAGTTATATTttacggaaaataaagatatatgtaagttacaaatatatatctatattaaacatcatttaaaacatttatattgtgaagcgg
gi|31 : --A-A-A-A-TAAAACTCATGGAGG-G-AA-G-CCTAAA--G-TTAATTAACACATCA-GATA--TGCAAATAGttatgg
gi|32 : agaatatatcagaagtattcacAGTAGCAAAATTACCAAA---TTT-GT---AGTA-GA-------TAT--TGGTTAACA-ATTT-CAGTATG--------TGGA-GTGT--TTATA------Agtg
gi|4 : TA-CAGTAAT--------TGAA-TTAT--CCATA------AATTCATGA------C--CATTG-A-----CA-AA-T-T----TAAT-ATGATC----TT--TA-TG--AAGTC--TTT--------ATGAA-GTTTAA--ACATAGGTACTTGGATAAAA-CA-------G---C-A-TTA--A-A-A-A-TAAA-TTGATGGAGA-T-ACTG-ACAAAA--A-ATAACGAACACGGTA-GACA--TGCAAATAGC---CAACG--TCTAT-CTTCACAAC-AT-TT---------GAAAAA----G--A-G--CG-G---T-TTG---CGTC-GAA----CGGATTTAGATGTA-ATAAT-------GATTATTTTgacaatatt
gi|5 : tgttagtaaagtta---T---GT---AGTTA-----A-ACTAT--TCATTAAAA-ATTA-CAGTATA--------TCAA-GTGT--TCATG------AATTAATGGCAATGAT--TATTG-AAATATCT-AT-T-T----TAAC-TT---G----TA--TTTTA--CA-----TAT--------A-TTATATATGC--ATGTAT-----------ATA-TATGTGTATA---C-TATTT--A-A-A-A--AA-------GGAGG-G-AA-T-CCAAAA--G-TTAACGAACGCGTCG-GACA--TACAAATTGCTGACGGCG--TCTTT-CTGCACA-----------------AAAAAACAACA--A-AAACG-G---T-TTA---CGAC-AAA----ATGG-TTG---ATC-TTAAT-------GGTTGTATTtaatgtagaatagacatgagtgtacgttatattcaaacatgagtaaatacacgttaagtgt
gi|6 : attt--TTAAAATATTA-CGCTGTT--------TGAT-TTGT--TCATA------AATTTACGA------C--CATTT-A-----CC-AA-T-T----CAAT-AT---C----TT--TT-TA--AA-----CTT--------A-GGA-GGCCAA--A---AG-----------GAGTTT-------T---C-T-TTG--A-A-A-A-TAA--CTTATAGAAC-T-TT-G-TCAAAA--A-TAAATTAACACATTG-GGCG--TGCAAATAGT---CGATGTTTTTAT-CTGCATAAC-AT-TT---------CAAATA----G-----TTTG-A---T-TTT----ATA-GAA----CTGATCTAGTTATA-CTATT-------GGTCATATtttgtggtgaacagaaaacacgtgtaagttacaatca
gi|7 : cattgttgA-T-TA---TAAT-AT---CAA--TA--TT-TATAGA-----CTTTATTACTAA-GTA-GTTTAA--T---AA-----------AAA-CA-------A---C-T-TTT--G-A-A-A-TAA--ATTTTGGAGG-G-AA-G-CCAAAA--A-TTAAAGAATA-AT-G-AACGACTACTAAT---------TG--T---T-TTGCACGTC-AT-TTTAA------AAAAAA----A--A-AGGCA-A---T-TTT---CACC-AAA----CTGATTTAGGTATA-TTAAT-------GATAATATTctataggagaataagataaatgtgtaagttacatacgtaaataa
gi|8 : ttc---T---AT---AGTTTGAC-TG-TCT-C--T--TTGAGA-ATT--CAGTAAT--------TGAA-GTGT--TCACA------ACATAATGC------CAACAGTG-A-----CC-TG-T-T----TTAT-AC---CAAATTA--TT-GA--AA-----C---------------------A--A---AG-----------AAA-CA-------A---C-T-TTT--C-A-A-ACTAA--TTTGTAAAGG-A-AA-G-CCAAAT--A-TCTATGAACACACCA-GACA--GGCAAATAGT---TGATG--TTTAT-CTGCACATA-AT-TG---------GAAAAA----GTCA-TG--A-T---T-TTT---TAAC-AAA----CTGATTTCAGTATttatggatgatacaaatatgttttaagttaaatttatacgaagataatacattactttcttttatttgaaaagggaatttgttttgtta
gi|9 : gtttaagccgcaaccttacaaaatttt--T--TTAGAA-ACTA-CTGTTTA--------TACA-GTGT--TTATA------GATTAATGG------T--CCTTT-A-----CC-AA-T-C----TAAT-AT---C----CA--TT-TA--AA-----CTT--------A-ATT-GTTTAAAGA---AG-----------TAA-CA-------A---C-T-C------A-T-A-TGT--TTTATGGAGG-A-AT-G-TAAAAA--A-GTAACAAACACTTCA-AGCG--TGCAAATAGC---CATTG--CTTGT-CTGCACACT-AT-TT---------AAAAAA----tatggggattctgattgttatgga