lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111111111111111111111111111111111               
lowQualScore                  :           1                           444444444444444444444                                       333333333333              22222222         3333333333          22222222                    1  11   1                 111                   33333333333333333333333333333   111                     1              33333333333               2222222    444444444444444444444444444              1                 111111          22222       11111111        1         111111111        1                           333333              222222222222222222222                       2222                 11   1111    11           1   22222                       1111111111111                  1111111                               111                  111   555555                                1                                         0000000000000000000000000000000000000000000000000         2     
lowQualScore                  :           4       7               1   333333333333333333333         3       3       6       1     000000000000      4       11111111    3    6666666666      5   77777777               99   0  00   5                 666                   33333333333333333333333333333   111       6   9     4 0 4         7    44444444444     3 4   88  4444444    888888888888888888888888888              6           5     000000   7777   11111       33333333        5         333333333    555 1    3 6  3   3             555555 3            333333333333333333333 44       6   0 44     8888           2     99   2222    44  0      3 2   44444       4    2  3       3333333333333        6 3    44 0000000                               888   4            4 666   111111 4  777              6    6     4                                 6       4444444444444444444444444444444444444444444444444         0     
lowQualScore                  :           .       .               .   .....................         .       .       .       .     ............      .       ........    .    ..........      .   ........               ..   .  ..   .                 ...                   .............................   ...       .   .     . . .         .    ...........     . .   ..  .......    ...........................              .           .     ......   ....   .....       ........        .         .........    ... .    . .  .   .             ...... .            ..................... ..       .   . ..     ....           .     ..   ....    ..  .      . .   .....       .    .  .       .............        . .    .. .......                               ...   .            . ...   ...... .  ...              .    .     .                                 .       .................................................         .     
lowQualScore                  :           4       8               6   000000000000000000000         2       6       0       9     999999999999      4       00000000    4    2222222222      1   99999999               11   0  88   6                 888                   44444444444444444444444444444   000       9   9     6 4 2         0    22222222222     6 5   66  5555555    555555555555555555555555555              5           3     555555   7777   66666       22222222        0         333333333    888 1    1 2  9   3             555555 1            000000000000000000000 22       7   9 22     0000           2     33   5555    44  5      3 7   44444       2    8  3       3333333333333        8 0    66 8888888                               666   5            0 222   666666 0  000              0    0     4                                 9       5555555555555555555555555555555555555555555555555         0     
consensus                     :    NNACTATAAATAAATGAATTCTGAGCCTTTACTAG-T----CT-A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG---TN---ACAATAGTA----------TTTAAATAAA--GANATGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAAGATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATGGCGG------AA-------A----A-------AAA---TCTTGCATAAGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----A-CGGACACATC-TTGAT--AA----A--TGTT--TG--ATT-TTT-TT----TT-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG---C-GAAATAT--------ATTAATTGATTGAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-TCGTAT-CGGCATCTTTATTANTCA-A-TAATTTTGCTGAAAT--------CG--GACGCGA--ATCTCTTGTTGAC--AGCCA-TTTGAAAACAACGCCGCATTCGGAA--C-ATCT-CAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAAT-TCCCAGC-------GGCTATTTTTAGTAACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTC-AA--TATCAT---A-TA---TAGTATTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATTTATTTATAGATTATATAATA--AATC-TTNNTA---AA---TGTATTT-A---TG---AANAAGATCNNTTTTTACAATATTAA
Reference ( gi|2 )            :    ACACTATTAATAAATTAATTCTGAGCCTTTACTAGAT----CT-A-----GCTT--TTTTCGTACAGGAAATG-ACAAAAAATCACCAAGTTAAGCT----------TATACA-TTTTATG---TT---ACAATAGTA----------TTTAAATAAA--AATGTGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAAGATAATGAAAATAAAATTCCCCCGCTGGGATTCGAACCATGGCGG------AA-------A----A-------AAA---TCTTGCACAAGCTCAACATCTGAACACCACTTGGCC----A-CGAAGACATC-TCGAT--AA----T--TGTT--TG--ATT-TTT-TT----TT-----TAAACTAATCATTCCATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG---G-GAAATAT--------ATTAATTGCTTGAACAGT---------TGCC---TCTTTT-G-TCATAT-CGGCATCTTTATTAATC--A-TAATTTTGCTGATAT--------CA--GATGCTA--ATCTCTTATTGAC--AGCCA-ATGGAAAACAACGCTGCATTAAGAA--T-ATCT-AAGTTTTCATTGGTGCATACAGCTAACATTTGGAAT-TCCCAGC-------GGTTATTTTTAGTAGCTGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAAACGAAAATAAAAACTGTTC-AT--TATTATG--A-TA---TAGTATTTTGTTCAGTGAGAGATCAATCTGGCCAATCAGAATTCATTTATTTATAGATTGTATAATA--AATC-TTAACA---AA---TGTATTT-----TG---AATAAGTTCTGTTTTTATAA-ATTAAG
gi|5                          :      ACTGTAAATACATGGATTCTAAGCCTTTACTAG-----------------CT--TTTTCGTATGGGACATG-ACAAAAAGTAACAAAGTTAAG-------------ATAC--------G---AT---A----AGTA----------TTTACA---------GT-------ACTTTATTT-GAAA-AAAAATGTTTAAAACGAAATTCCTAGGATGGGATTCGAACCATGGCGC------AA-------A----C-------AAA---TCGTATATAAGTTCAACGTGTAA---CCACTCGGCC----A-CGGGCACATC-TTGAT--AAAACCT--TGTT------ATT-TTCATC----TT-----TAAACTAATCAT--AATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG---C-GAAATAT--------CATACTTGATTGAACAATAAGAACAATTATC---TTTTTT-G-CCGTAT-CGGCATCTTTATT-TTCA-A-TAATTTTACTGATAT--------CG--GA--CAAATATCTCTTGTTGGC--AGCCATAT-GAAAACAATTCTGCATT-CGAA--TCACCT-CAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTATACTTA-------------------------TTTTAGTAACCGTG----------------ATAATTTTATGCACAGCTTTGCAAAGCTCAAAGTATAAACTGTTTAATGATATTATATTATTA---TAGTATTTTGTTCAATGAAGGATCATTCTAACCGATCAGAATTCATTGATTTATACATCATACAGT--------TTAATA---AAAAGTG-ATTT-----T
gi|23                         :  ataaATTATAAATACATGGATTCTGAGCCTTTACTAGtttattaaaaaataacaaacttgagattcatatagtgtat
gi|1                          : tatatgaTATAAATGAAATAATTCTGAGCCTTTA-TATATGGTCCTCA-----GCAGAACTATAAGATGGGAAATG-AAAAAATGTCACCGACTTAAGAT----------TATATA-TTTTATGACATTGTAACAATAGCA----------TTTTAATAAA--AAAATGAAATAAATTTAACTT-GAAACAAAGATATTGAAAATAAAATTACCAGGTTGG-ATTCAAACCATGGCGG------AA-------A----A-------AAAAAATCTTGCATAAGTTCATCGTCTTAACACCACTCGGCC----AACGAC-ACATC-ATGATT-AA----TGTTGGT--TG--TTT-TTA-TA----TC-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG---C-GAAATAT--------ATAAATTGATTGAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-TCGTATGGGGCATTTTTATTACCC--A-TAA-TTTGCTGAAAT--------CA--GATGCGA--ATCTCTTGTTAAC--AGCCA-TTTGGAAACAACGCAGCATTCCGAA--C-ATCT-CAGTTTTCATCGTTG-----------CATTCGG-AT-TCCCAGC-------GGCTATTTTAAGTAACCGTGG--TTACTGTAATATAATAATTTTATGCGCAGTTTTGCAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTC-AA--TATC-----A-TA---TAGTATTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATTTATTTAGTGATTATTTAATA--A----TTTGC---------TATGTTTAATGGTG---AACCA----TATTTTTATAATATTAAct
gi|3                          :   taaaaTATAAATAAATTAATTATGTGCATTT------T----CT-A-----GCTT--TAT-CATTTGGGAAATGTAAAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACG-TTTTATG---AT---ACAAAAGTA----------TTTAAACAAA--GA-ATGCAATAAATTTAACTT-TAAA-AA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTTGAAGCATGGCGG------GA-------A----A-------AAA---TCTTGCATTAGTTAAATGTTTTAACACCAGTCGACC----A---A----ATCTTTGAT--AA-------AGTTAATC--ATT-TTTATA----TT-----CCAACTAAACATTCAATTGTTTCTCTCTTAAG------AAA----TAG---C-GAAATAA--------ATGAATTGATTGAACGGT---------TGGC---T-TTTT-G-TCGTAT-CGGGATCCTTATC-ATCA-A-TACGTTTTCTGG---------------------A--ATCTCTTGTTGAC--AGCCA-TTTGAAAACAGCGCCGCATTCAGAACCT-CTCT-AA--TTTCTTCGTTGCGGTCGGCTAACACTTGAGAT-TTCCAGC-------TGCTA-TTTTAGTCACCGTGG--T-------ATACCGTAATTTTATAAACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTCC-AA--TATC-----A-TA---TAGTGTTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATTTATGTATAGATTATATAATAATAATCATTATGG---AA---TATAatga
gi|7                          :    aaaaTATAAATAAATGCATTCTGAACCTTTACTAGAT----CT-A-----G-TT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAA-TTAAGATACATTTTATGTATACA-TTTTATC---TA---ACACTAGTACGTAAACATATTTAAA-AAA--GATATTAAATAAATTTAATTT--AAA-ATATATATTGTAAATAAAATTCCCCGGTT-GGATTCGAACCATGGCGG------GA-------A----AGT-----ATA---TCTTGCATAAGTTCAACGTCTTAACAACTCTCGGCC----A-CGGACACATT-TTGAT--AA----A--TGTT--TG---TT-TTC-TTGATATT-----TAAACTatacatttaacatatctaaagtaatttaacatgtaagaactatttaatgaa
gi|19                         :     aaaTATAAATACATGAATTCTTAGCCTTTACTAA------------------T--TTTTTGTACGGGAAATG-ACAGAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG---tcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccacagtcggaacatctcagctgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|20                         :        TATAAATAAATGAATTCTGAGTCTTTACTAG-----------------CT--TTTTCGTACATGAAATG-ACg
gi|21                         :    agaaTATAAATAAATGAAGTCTAAGCTTTTTTTAG-T----CT-A-----GC-T--TTTTCGTACGGGAAA
gi|4                          :        aATTAATAACTGAATGTTGAGCCTTTAATAGAT----CT-AATTCAGCTT--TTTT-GTACGGAAAATG-AAAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TATACA-TTTTATG---TA---ACAATAGTAGACCTA----TTTAAATAAA--GAAATTAAATAAATTTAACTT-AATC-AA-TATATTGAAAATAAAATTCCCCGAGTG----TCGAACCATGGTG----------------A----A-------AAA---TCTTGCATTAGGTCAATGTTTTAACACCACTCGTCC----A-AGGCCATATC-TCGAT--AA----A--TGTT--TGTTATC-TTT-ATA---TT-----TAAACTAATCATTCTAATGTTTCTCTCGTAAA------T-A----TGG---GCGACATAT--------ATTAATTGATCGAGCAGT---------TGCA---TTTTTT-G-TCATAT-CGGCATCTTTATC-ATCA-A-TAATCTTACTGAAAT--------CG--GACGTGA--ATCTCTTGTTGAT--AGCTA-TTAGAAAACAACGCCGCATTCGGAA--C-ATCT-CAGTTTTCATCATTGCGTTCGGCTAACTCTTGGAAT-TTCCAGC-------AG-TA-----AGTAACCGTGG--T-------ATATCGTAACTTTTTGCACAGTTTTACAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTC-AC--TATC-T-----TA---TAGTATTTTGTTCAATAACGGGTCAATCTGACCAATCAGAATTCATTTATTTATAGACTTTATAGCA--ATTT-TTGTTATGGCA---TG-ATTT-----TA---AATA
gi|14                         :        aATAAACAAATTAATTCTGAGCCTTTACTAG-T----CT-A-----GCTG--TTT-CGTACTGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TACATACTTTTATG---TA---ACACTAGTA----------TTTAAATAAAGTAAT-T-AAATAAATTTAACTT-AAAAAAAAGATAGTGAAAATAAAATTCCCCTGGTGCGATTCGAACCATGGCGAT-----AA-------AAAACA-------AAA---TATTGCATAAATTCAACGTCGTATCAGCATTCAGCC----A-CGGCCACATC-TTGAT--AA----T--TGTT--TGTTATC-TTTATA----TT-----CAAACTAATCAT
gi|9                          :                                     aaac----CT-C-----GCTT--TTTTCATACGGGAAATG-ACAAAAAGTCAACAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG---TG---ACAA-ACAA----------TTTAAATAAA--AAT-TAAAATAAATTTAACTTAAAAA-AAAGATATTGAAAACAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATAACGG------GG-------A----A-------AAAT--TCTTGCATAAGTTCAACGTCCTAACACCACGCGGCTTTTAA-AGGACACATA-TTGAT--AA----A--TGTT--TG------TTA-TT----AT-----TACAT---TTATTC----GTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGGC--G-AAAAAAC--------AAAAATTGATTGAACAGT---------TGCC---TTATTT-ATTCGTAT-CGGCATC--TA-TGGCCAGA-TAATTTTGCTGAAAT--------CG--GACAGGA--ACCTCTTGTTGACTGAGCCATTTCAAAAAAAACGCTGCAATTGGAA--C-ATCT-CAGCTTTCTTCGTTGCGTTCGACTAACACTTGGAAT-TCAAAGT-------GGCTATTTTTAGTAACTGTGG--T-------ATATCGTAAT
gi|12                         :                                                  aggcctaT--TTTTCGTACATGAAATG-ACAA
gi|6                          :                                                            gcTTCGTGTAGGAATTG-ACAAAAAGTCATCAAGTTAACAT----------TATACA-TTTTATG---TA---ACAATAGTA----------TTTAAATAAA--ATAATGGAATAGATATAACTT-AAAA-TA-TATATTGAAAATAAAATTCCCCTGATGGGATTAGAACCATGGTGG------AATCAAACAA----A-------AAA---TCTTGCAAAAGTTCAATGTGTTAACACCACTAAGCC----A-C------ATC-TTGAT--AA----A--TGTT--T---ATTATTT-CTATA-TT-----TAAACTTACCGTTCAATTGTTTCTCTATTAAA------TAA----TAG---A-GAAATAA--------ATTAATTGATTGAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-TCCTAT-CGGCATATTTATT-ATCA-A-TAATTTTGCTAAAAT--------CA--GGCACGA--ATCTCTTGTTG-----------------ATAACGCCACATTTGGAA--C-ATGT-CAAATTTCATCATTGCGGTCAGCTAACACTTGGGAT-TCCCAGT-------GGCTATATTTAGTAACCGTGG--T-------ATATCGTTATTTTATGCATGGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTC-AA--TATC-----A-TA---TAGTATTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTTATTTATTTATAGGTTATTTAATA--AATttgattgaacagttgccgttttttttggtcgtatccacatctttattatccataattttgctgaaatcggacgcagatttcttgttgacagccatttgaaaacaacgccacattcgaaatatctcaagtttcattgttgcggtccgctaacacttaggattccctgcggcttttttaagtaaccgtggtatatcataattttatatccagttttgcaaaaccctaaataaaaactgttcaatatcatataggattttgttcaatgagggatcattctggccaatcagaattcatttatttatagattatataataatagtcttcataagatattac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                            ATACAATTTCCCGGTCGGGATTCGAACTATGGTGA------AA-------A----AAAACAACAAA---TCTTACATAAG-TTAAGATT------CCACTCGTCC----G-CGGACACATC-TTGATAAAA----G--TGTG--TGT-GTT-TTT-TT----TTATATCTAAACTGATCCTTCAAGTTTTACTCGTGTAAAGATTTGTAAATTTTGGTTCA-GATATACCATAAGAAATTAATT-CCACAATAGT---------TGTC---TCCCTT-G-Tgagtatattgcagaagatactatg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                              GATTCGAACCATGGCAGGAAAACAA-------A----A-------AAA---TCTTATATTAGTTATACGTTTTAAC--CGCTCGGCC----A-C--ACACACC-TTGAT--AA----A--TGAT--GGTTATG-TTT-ATA---TC-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTATCTCATAAA------TAA----AGG---C-AAAATAT--------AATAATTG----AACAGT---------TGCC---T-TTTT-G-TTGTAA-CGGCATCTTTATTATTG--A-TAATTTTGCTGAAAT--------CG--GATGTGA--ATTTCTAGTTGAA--AGCCA-TTTGAAAACAATGCCACATTCAGAA--C-ATCT-CAGTTTCCATCGTTACGTTCGGCTAACACTTGGAAT-TCCCAGC-------GGCTA-TTTTAGTAACTGTGGTAT-------ATATTGTAATTTTATGCACAGTTTTttaattttacgccatttgctgagtaaccacaaaccagctgtgtgaattgatcttcaggta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTTCAATGTCTTAACACCACTCAGCT----A-AGGACACATC-TTGAT--AA----A--TGTT--TG----------------------------------TT--ATTGTTTCTCTAGTAAA------AAA----TGG---A-GAAATAT--------ATTCAATGATTGAACAGT---------TGCC---TTTTTTTG-TCATAC-TGGCATCTTTATTA-TC--AATAATTTTGCTGAAAT--------TT--GATATGA--ATCTCTTGTTGAT--TACCA-TTTGAAATCAACGCTGCATTAAAAA--C-ATCT-CAGTTTTCATCGGTGTGTTCTGCTAACACTTGGAAT-TTCCAGT-------GGCTATTTTTAGTAACCGTGG--T-------ATATTGTAGTTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCAAAAGTAAAAACTGTTC-AA--TATC-----A-TA---TAGTATTTTGCTCAATGATGTATCATTTTGGACAGTCAGAATTGATTTAATTACAGACTATATAATA--AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AACTGATCAATCAATTGTTTCTATCGTAAC------TAA----TGG---C-AACATAT--------ATTAACTGATTGAACAGT---------TGCC---TATTTT-G-TTGTAT-CAGCATCTTTATT-ATCA-A-TTATTTTGCTGAAAT--------C------GCGA--ATCTCT----------------TGGTAAACAACACTGCATTCGGAA----ATCT-CAGTTTTCATTGTTGCGTTTGGCTAAGATTTGGAAT-TCCCACC-------AGTAAGTGTTGGTattaaatatcacttttatcaagtgagttattaacatattttaacaaaagtgatgaattaaca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acctttaaatagttcattTAATCATTCAATTGTTTCTTTCGTGAA------TAA----TGA---C-GACATAC--------ATTAATTGATTGAACAGT---------TACC---TTTTTT-G-CCTTAT-CGGCATCTTCATT-ATCG-A-TAATTTGGCTGAAAT--------CG--GACGCGA--ATCTCTTGTTGAC--AGCCA-TTTGAAAACAACGCCGCATTCGGAA--C-ATCC-CAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTACAC------T-TCCCTGC-------AG-CAATTTTAGTATCCGTGG--A-------ATATCGTAATTGTATGCACAGTTTTGCTAAACCAAAAGTAAAAACTGTTC-AA--TATCAT---A-T----T--TGTTTTGTTCAATCAGGGATCGTTCTTGCTATTCAGAACTAATATATTTATAGATTAAATAATG--A----TTAATA---A------TATTGCA---TGAAAAAAAAGATCACTTTTTACAA-ctcattgaatctgaatatcatttttcgcaatgttgcccaagatattataacattagaacattatatttaaatagttcatcttggcctaagtccatgaatgtttaaatattatgtcaaataaaaataagaaaattatttaaaaaattggaaaatatgtatctgaagattttaagataaggatatataaatactatttgataatgaaactactttatgtacttcgtaaatccctatataatgtatctgtttttataatcaatct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AATTGATTGAACAGT---------TGCCGTTTTTTTT-GGTCGTAT-CCACATCTTTATTATCC--A-TAATTTTGCTGAAAT--------CG--GACGCAG--ATTTCTTGTTGAC--AGCCA-TTTGAAAACAACGCCACATTCGAAA--T-ATCTCAAG-TTTCATTGTTGCGGTCCGCTAACACTTAGGAT-TCCCTGC-------GGCTTTTTTAAGTAACCGTGG--T-------ATATCATAATTTTATATCCAGTTTTGCAAAACCCTAAATAAAAACTGTTC-AA--TATC-----A-TA---TAGGATTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATTTATTTATAGATTATATAATAATAGTC-TTCATA---Aaaaagatatatatcattatatatcggtgagttattttaatactgtaaagtca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gctttttcgtacatgaaatgacTTTC-G-TCATAA-CGGCATCTTTATTTTTG--A-CTATTTTGCTGAAAT--------CG--GACGCAA--ATCCTTTGATGGC--AGCCA-TTTAAAAATAACGCCGCATTCGGAG--C-ATCT-CAGTTTTCAgatattac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtctatCATTTTGATAAATG--T-TTGTTTTCTTGATATTTAAACTTCAAGGGCGTTA--ATCTCTTGTTGTC--AGCCA-TTTG-TAATAACGCCACAGTCGGAA--C-ATCT-CAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacaACAGTCGGAACATCTCAGCTGCGTTCGGCTATTTTCAGTTACGGTAG--T-------ACGTCGTAATTTTATGTACACTTTTCCAAAACCAATAGTACAAACTG----AT--AAATATC--A-TA---CAGTATTTTGTTCAATAAGGGACCATTCTGACCAGTCTGAATTTATTTATCTATAGATCATATAATA--AActgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacacattttgataaatgtttgttttcttgatatttaaacttcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccTTTTAGTAAATGTGG--T-------ATACCATAAATTTATGCA--GTTTTGCAAAATTGAAAGCAAAAACTGTTA-AA--TATCACA--G-TAGTTCACTTTTTTGTTCAATGAAGGAGCATTTTCGCCATTCAAAATTCATTCAGCTATAGATCATATTGTA--AAgtgcag
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAACATATATATATACGATGTACTAAATATTTATTTTCCAAAAATATTCGTTGTCGGCAGGATTCGAACCTGCGCGGGAAGATCCCAATAGATTTCTAGTCTATCGCCTTAACCACTCGGCCACGACAACACGT
Unaligned ( gi|22 ): CGCCATTTGCTGAGTAACCACAAACTAGCTGTGTGAATTGATCTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                           222222222222222                                            1111111111              111111          3333333333                                  11                                                      2222222222222222222222222222                1111111                                                     1111    44444444444444444444                                                                                             111111111                                     2                                                                                                                                                       1111111111                                                           22222222                                                                              2222222       222222222222222222222222     11             1     
lowQualScore                  :               3    1                666   888888888888888 44                 3               0       7777777777      4       111111 2      4 2222222222      4        77 2               22   4  666                     4                  3    3333333333333333333333333333   555 3        0000000                0          6666 7777          3      1111    11111111111111111111  88888                                999999   7777   44       3    888888        555       222222222    888       2 2        3           2  33                                      33        2                                                           22           00 8       9999999        1111111111                                 0                 555     11111111 0    44 555                                          44                44    1111111  22   888888888888888888888888  1  44  22      0  5     
lowQualScore                  :               .    .                ...   ............... ..                 .               .       ..........      .       ...... .      . ..........      .        .. .               ..   .  ...                     .                  .    ............................   ... .        .......                .          .... ....          .      ....    ....................  .....                                ......   ....   ..       .    ......        ...       .........    ...       . .        .           .  ..                                      ..        .                                                           ..           .. .       .......        ..........                                 .                 ...     ........ .    .. ...                                          ..                ..    .......  ..   ........................  .  ..  ..      .  .     
lowQualScore                  :               6    4                444   666666666666666 66                 3               7       5555555555      0       555555 6      4 2222222222      4        77 9               66   4  444                     1                  3    8888888888888888888888888888   888 3        0000000                4          5555 3333          3      7777    88888888888888888888  33333                                666666   1111   66       3    888888        444       333333333    555       9 9        1           0  22                                      99        9                                                           77           66 0       3333333        3333333333                                 4                 888     22222222 4    66 888                                          66                66    6666666  00   222222222222222222222222  0  33  00      7  5     
consensus                     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TATTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG--ATT-TTT-TT----TT-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTG-T-CGTATCGG-CATCTTTATTA-TCG-ATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATG---AAAAAG-TCTNTTTTTATAATATTAA
Reference ( family-1986 )     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TNACAATA-G----------TATTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG--ATT-TTT-TT----TT-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTG-T-CGTATCGG-CATCTTTATTANTCA-ATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTNNTAAA---TG---T-A--TT-TATG---AANAAGATCNNTTTTTACAATATTAA
gi|1                          :        TATAAATGAAAT-AATTCTGAGCCTTTATATATGG-TCCTCA-----GCAGAACTATAAGATGGGAAATG-AAAAAATGTCACCGACTTAAGAT----------TATATA-TTTTATGACATTGTAACAATA-G----------CATTTT-AATAAAAAAATGAAATAAATTTAACTT-GAAACAAA-GATATTGAAAATAAAATTACC-AGGTTGGATTCAAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAAAAAT-CTTGCATA-------AGTTCATCGTCTTAACACCACTCGGCC----AAC--GACACATCAT-GATTAA----TGTT--GG--TTG-TTT-TTATA-TC-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTG-T-CGTATGGGGCATTTTTATTACCCA--TAATTT-GCTGAAATCAGATGCGAATCTCTTGTTAAC--AGCCATTT-GGAAACAACGCAGCATTCCGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCATTCGG------------ATTCCCAGCGGCTATTTTAAGT-------AACCGTGG--TTACTGTAATATAATAATTTTATGCGCAGTTTTGCAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T--AGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTAGTGATTATTT--AATA--A--T-TTGCTATG---TT---T-A--AT-GGTG---AACCA----TATTTTTATAATATTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         taaaa-------AGTTCAATGTCTTAACACCACTCAGCT----AAG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG----------------------------------TT--ATTGTTTCTCTAGTAAA------AAA----TGG--AGAAATA-TATT------CAATGATT---GAACAGT---------TGCCT--TTTTTTG-T-CATACTGG-CATCTTTATTA-TCA-ATAATTTTGCTGAAATTTGATATGAATCTCTTGTTGAT--TACCATTT-GAAATCAACGCTGCATTAAAAACATCTCAGTTTTCATCGGTGTGTTCTGCTAACACTTGGAATTTCCAGTGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATTGTAGTTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGCTCAATGATGTATCATTTTGGACAGTCAGAATTGATT--TAATTACAGACTATAT--AATA--AA-----ATTAAA---TA---TCACTTT-TATC---AAatga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAATCATTCAATTGTTTCTTTCGTGAA------TAA----TGA--CGACATA-CATT------AATTGATT---GAACAGT---------TACC---TTTTTTG-C-CTTATCGG-CATCTTCATTA-TCG-ATAATTTGGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCCCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTACAC------TTCCCTGCAGC-AATTTTAGT-------ATCCGTGG--A-------ATATCGTAATTGTATGCACAGTTTTGCTAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T-T--T--G---TTTTGTTCAATCAGGGATCGTTCTTGCTATTCAGAACTAATA--TATTTATAGATTAAAT--AATG--A----TTAATAA---------T-A--TTGCATGAAAAAAAAGATCACTTTTTACAAgtgagttattaacatattttaacaaaagtgatgaattaaca
gi|12                         :                                                          T--TTTTCGTACATGAAATG-ACAAaaaaagatatatatcattatatatcggtgagttattttaatactgtaaagtca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gc------AATTGATT---GAACAGT---------TGCCGTTTTTTTTGGT-CGTATCCA-CATCTTTATTA-TCC-ATAATTTTGCTGAAATCGGACGCAGATTTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCACATTCGAAATATCTCAAGTTTCATTGTTGCGGTCCGCTAACACTTAGGATTCCCTGCGGCTTTTTTAAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCATAATTTTATATCCAGTTTTGCAAAACCCTAAATAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGG--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATAATAGTC-TTCATAAttgattgaacagttgccgttttttttggtcgtatccacatctttattatccataattttgctgaaatcggacgcagatttcttgttgacagccatttgaaaacaacgccacattcgaaatatctcaagtttcattgttgcggtccgctaacacttaggattccctgcggcttttttaagtaaccgtggtatatcataattttatatccagttttgcaaaaccctaaataaaaactgttcaatatcatataggattttgttcaatgagggatcattctggccaatcagaattcatttatttatagattatataataatagtcttcataagatattac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                          gctttttcgtacatgaaatgacGATTCGAACCATG-GCAGGAAAACAA-------A----A-------AAA---T-CTTATATT-------AGTTATACGTTTTAAC--CGCTCGGCC----AC----ACACACCTT-GATAAA----TGAT--GGTTATG-TTT-ATA---TC-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTATCTCATAAA------TAA----AGG--CAAAATA-TAAT------AATTGA-------ACAGT---------TGCC---TTTTT-G-T-TGTAACGG-CATCTTTATTATT-G-ATAATTTTGCTGAAATCGGATGTGAATTTCTAGTTGAA--AGCCATTT-GAAAACAATGCCACATTCAGAACATCTCAGTTTCCATCGTTACGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTA-TTTTAGT-------AACTGTGGTAT-------ATATTGTAATTTTATGCACAGTTTTgatattac
gi|14                         :         ATAAAC-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GC-T--GTTTCGTACTGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TACATACTTTTATG------TAACACTA-G----------TATTTA-AATAAAGTAATTAAATAAATTTAACTTAAAAA-AAA-GATAGTGAAAATAAAATTCCCCTGGTGCGATTCGAACCATG-GCGAT-----AA-------AAAACA-------AAA---T-ATTGCATA-------AATTCAACGTCGTATCAGCATTCAGCC----ACG--GCCACATCTT-GATAAT----TGTT--TGTTATC-TTTATA----TT-----CAAACTAATCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                          aaacATACAATTTCCCGGTCGGGATTCGAACTATG-GTGA------AA-------A----AAAACAACAAA---T-CTTACATA-------AGTT-AAGATT------CCACTCGTCC----GCG--GACACATCTT-GATAAAAG--TGTG--TGT-GTT-TTT-TT----TTATATCTAAACTGATCCTTCAAGTTTTACTCGTGTAAAGATTTGTAAATTTTGGTTC-AGATA-TACCATAAGAAATTAATTCCACAATAGT---------TGTC---TCCCTTG-T-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTTAGT-------AAATGTGG--T-------ATACCATAAATTTATGCA--GTTTTGCAAAATTGAAAGCAAAAACTGTTAA---ATATCAC-A-----GTAGTTCACTTTTTTGTTCAATGAAGGAGCATTTTCGCCATTCAAAATTCATT--CAGCTATAGATCATAT--TGTA--AAttaattttacgccatttgctgagtaaccacaaaccagctgtgtgaattgatcttcaggta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                           GGCAGGATTCGAACC-TGCGCGG------GA-------A----G-------A-----T-CCCA-ATAGATTTCTAGTCTATCGCCTTAAC--CACTCGGCC----ACGACAACACGTgaataaaaagacaattttccagaaataaatgtggta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaacatatatatatacgatgtactaaatatttattttccaaaaatattcgttgtcTTTTCG-T-CATAACGG-CATCTTTATT-TTTG-ACTATTTTGCTGAAATCGGACGCAAATCCTTTGATGGC--AGCCATTT-AAAAATAACGCCGCATTCGGAGCATCTCAGTTTTCA
gi|19                         :   gtctaTATAAAT-ACATGAATTCTTAGCCTTTAC---TAA-T----------------TTTTTGTACGGGAAATG-ACAGAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------
gi|2                          :      ACTATTAAT-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAGATCT--A-----GCTT--TTTTCGTACAGGAAATG-ACAAAAAATCACCAAGTTAAGCT----------TATACA-TTTTATG------TTACAATA-G----------TATTTA-AATAAAAATGTGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATAATGAAAATAAAATTCCCCCGCTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCACA-------AGCTCAACATCTGAACACCACTTGGCC----ACG--AAGACATCTC-GATAAT----TGTT--TG--ATT-TTT-TT----TT-----TAAACTAATCATTCCATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--GGAAATA-TATT------AATTGCTT---GAACAGT---------TGCC---TCTTTTG-T-CATATCGG-CATCTTTATTAATC--ATAATTTTGCTGATATCAGATGCTAATCTCTTATTGAC--AGCCAATG-GAAAACAACGCTGCATTAAGAATATCTAAGTTTTCATTGGTGCATACAGCTAACATTTGGAATTCCCAGCGGTTATTTTTAGT-------AGCTGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAAACGAAAATAAAAACTGTTCA---TTATTATGA----TATAGT--A---TTTTGTTCAGTGAGAGATCAATCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTGTAT--AATA--AATC-TTAACAAA---TG---T-A--TT-T-TG---AATAAGTTCTGTTTTTATAA-ATTAAg
gi|20                         :      acTATAAAT-AAATGAATTCTGAGTCTTTAC---TAG--------------CT--TTTTCGTACATGAAATG-ACg
gi|21                         :    agaaTATAAAT-AAATGAAGTCTAAGCTTTTTT---TAG-TCT--A-----GC-T--TTTTCGTACGGGAAA
gi|23                         :     aATTATAAAT-ACATGGATTCTGAGCCTTTAC---TAG-
gi|3                          : tatatgaTATAAAT-AAATTAATTATGTGCATTT---------TCT--A-----GCTT--TAT-CATTTGGGAAATGTAAAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACG-TTTTATG------ATACAAAA-G----------TATTTA-AACAAAGA-ATGCAATAAATTTAACTT-TAAA-AA--GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTTGAAGCATG-GCGG------GA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGTTAAATGTTTTAACACCAGTCGACC----A-------A-ATCTTTGATAAA-----GTTAATC--ATT-TTT-ATA---TT-----CCAACTAAACATTCAATTGTTTCTCTCTTAAG------AAA----TAG--CGAAATA-AATG------AATTGATT---GAACGGT---------TGGC---TTTTT-G-T-CGTATCGG-GATCCTTATCA-TCA-ATACGTTTTCTG-----------GAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAGCGCCGCATTCAGAACCTCTCTAATTTCTTCGTTGCGGTCGGCTAACACTTGAGATTTCCAGCTGCTA-TTTTAGT-------CACCGTGG--T-------ATACCGTAATTTTATAAACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTCCA---ATATC---A----TATAGT--G---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATGTATAGATTATAT--AATAATAATCATTATGGAA---TA---T-A--ct
gi|4                          :     aaaaATTAAT-AACTGAATGTTGAGCCTTTAA---TAGATCT--AATTCAGCTT--TTTT-GTACGGAAAATG-AAAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTAGACC----TATTTA-AATAAAGAAATTAAATAAATTTAACTT--AAT-CAA-TATATTGAAAATAAAATTCCCCGAGTG----TCGAACCATG-GTG----------------A----A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGGTCAATGTTTTAACACCACTCGTCC----AAG--GCCATATCTC-GATAAA----TGTT--TGTTATC-TTTATA----TT-----TAAACTAATCATTCTAATGTTTCTCTCGTAAA------TAT----GGG--CGACATA-TATT------AATTGATC---GAGCAGT---------TGCA---TTTTTTG-T-CATATCGG-CATCTTTATCA-TCA-ATAATCTTACTGAAATCGGACGTGAATCTCTTGTTGAT--AGCTATTA-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCATTGCGTTCGGCTAACTCTTGGAATTTCCAGCAG-TA-----AGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAACTTTTTGCACAGTTTTACAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---CTATC-T------TATAGT--A---TTTTGTTCAATAACGGGTCAATCTGACCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGACTTTAT--AGCA--ATTT-TTGTTAatacatttaacatatctaaagtaatttaacatgtaagaactatttaatgaa
gi|5                          :     aACTGTAAAT-ACATGGATTCTAAGCCTTTAC---TAG-C-------------T--TTTTCGTATGGGACATG-ACAAAAAGTAACAAAGTTAAGAT--------------------------------ACGATAAG----------TATTTACAGTA---------------CTTTATTT-GAAA-AAA-AATGTTTAAAACGAAATTCCTAGGATGGGATTCGAACCATG-GCGC------AA-------A----C-------AAA---T-CGTATATA-------AGTTCAACGTGT--A-ACCACTCGGCC----ACG--GGCACATCTT-GATAAAACCTTGTT------ATT-TTCATC----TT-----TAAACTAATCAT--AATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TCAT------ACTTGATT---GAACAATAAGAACAATTATC---TTTTTTG-C-CGTATCGG-CATCTTTATT-TTCA-ATAATTTTACTGATATCGGACAAATATCTCTTGTTGGC--AGCCATAT-GAAAACAATTCTGCATTCGAATCACCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTATACTTA-----------------TTTTAGT-------AACCGTG----------------ATAATTTTATGCACAGCTTTGCAAAGCTCAAAGTATAAACTGTTTAATGATATTAT-ATTATTATAGT--A---TTTTGTTCAATGAAGGATCATTCTAACCGATCAGAATTCATT--GATTTATACATCATAC--AGT--------TTAATAAAAAGTGATTT-T--TT-TATT---AAAAAtggcatgattttaaata
gi|6                          :                                                           ataaTTCGTGTAGGAATTG-ACAAAAAGTCATCAAGTTAACAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TATTTA-AATAAAATAATGGAATAGATATAACTT-AAAA-TA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCTGATGGGATTAGAACCATG-GTGG------AATCAAACAA----A-------AAA---T-CTTGCAAA-------AGTTCAATGTGTTAACACCACTAAGCC----AC--------ATCTT-GATAAA----TGTT--T---ATTATTT-CTATA-TT-----TAAACTTACCGTTCAATTGTTTCTCTATTAAA------TAA----TAG--AGAAATA-AATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTG-T-CCTATCGG-CATATTTATTA-TCA-ATAATTTTGCTAAAATCAGGCACGAATCTCTTGTTGAT--A---------------ACGCCACATTTGGAACATGTCAAATTTCATCATTGCGGTCAGCTAACACTTGGGATTCCCAGTGGCTATATTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTTATTTTATGCATGGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTTATT--TATTTATAGGTTATTT--AATA--AATataacaaacttgagattcatatagtgtat
gi|7                          :        TATAAAT-AAATGCATTCTGAACCTTTAC---TAGATCT--A-----G-TT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAA-TTAAGATACATTTTATGTATACA-TTTTATC------TAACACTA-GTACGTAAACATATTTA-AA-AAAGATATTAAATAAATTTAATTT--AAA-ATA-TATATTGTAAATAAAATTCCCC-GGTTGGATTCGAACCATG-GCGG------GA-------A----AGT-----ATA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACAACTCTCGGCC----ACG--GACACATTTT-GATAAA----TGTT--TG---TT-TTC-TTGATATT-----TAAACTgagtatattgcagaagatactatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaGGGCGTTAATCTCTTGTTGTC--AGCCATTT-GTAA-TAACGCCACAGTCGGAACATCTCAGC---------TGCGTTCGGCTA-----------------------TTTTCAGT-------TACGGTAG--T-------ACGTCGTAATTTTATGTACACTTTTCCAAAACCAATAGTACAAACTGATAA---ATATCAT-A----CA--GT--A---TTTTGTTCAATAAGGGACCATTCTGACCAGTCTGAATTTATT--TATCTATAGATCATAT--AATA--AAtcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccacagtcggaacatctcagctgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|8                          :                                                                                     aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacacattttgataaatgtttgttttcttgatatttaaacttcaaAACTGATCAATCAATTGTTTCTATCGTAAC------TAA----TGG--CAACATA-TATT------AACTGATT---GAACAGT---------TGCC---TATTTTG-T-TGTATCAG-CATCTTTATTA-TCA-ATTATTTTGCTGAAAT----CGCGAATCTCTTGGT----------------AAACAACACTGCATTCGGAA-ATCTCAGTTTTCATTGTTGCGTTTGGCTAAGATTTGGAATTCCCACCAGTAAGTGTTGGTCTCATTGAATC-TGA----------ATATCAT--TTTT---CGCAATGTTG-----CCCAAGATA-------TT-----ATAACAT------TAGAAC--A---TTATATTTAA--ATAGTTCATCTTGGCCTA----AGTCCATGAATGTTTAAATATTATGTCAAATA--AAAA-TAAGAAAA---T----T-A--TT-TA-----AAAAAgtgcag
gi|9                          :                           acctttaaatagttcattCT--C-----GCTT--TTTTCATACGGGAAATG-ACAAAAAGTCAACAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------TGACAA-A-C----------AATTTA-AATAAAAAT-TAAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAAAGATATTGAAAACAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATA-ACGG------GG-------A----A-------AAA---TTCTTGCATA-------AGTTCAACGTCCTAACACCACGCGGCTTTTAAAG--GACACATATT-GATAAA----TGTT--TG------TTA-TT----AT-----TA-------CATTTATTCGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAAAAACAAA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTATTTA-TTCGTATCGG-CATCT--AT-GGCCAGATAATTTTGCTGAAATCGGACAGGAACCTCTTGTTGACTGAGCCATTTCAAAAAAAACGCTGCAATTGGAACATCTCAGCTTTCTTCGTTGCGTTCGACTAACACTTGGAATTCAAAGTGGCTATTTTTAGT-------AACTGTGG--T-------ATATCGTAATttggaaaatatgtatctgaagattttaagataaggatatataaatactatttgataatgaaactactttatgtacttcgtaaatccctatataatgtatctgtttttataatcaatct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CGCCATTTGCTGAGTAACCACAAACTAGCTGTGTGAATTGATCTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                           222222222222222                                            1111111111              111111          1111111111  111111                                        111                                             2222222222222222222222222222                1111111                                                     1111    44444444444444444444                                                                                             111111111                                                                                                                                                                                              1111111111                                                           22222222                                                                              2222222        2222222222222            333333             1     
lowQualScore                  :               3    1                666   888888888888888 44                 3               0       7777777777      4       111111 1      4 9999999999  222222    4        77 2               77   4  111                     4                  3    3333333333333333333333333333   555 3        0000000                0          6666 7777          3      1111    11111111111111111111  88888                                999999   7777   44       3    888888        555       222222222    555      2 2 2        3          3   88                                      33        2                                                           22           00 8       9999999        1111111111                                 0                 555     11111111 0    44 555                                          44                44    1111111   1    6666666666666  6   2     111111   1         5     
lowQualScore                  :               .    .                ...   ............... ..                 .               .       ..........      .       ...... .      . ..........  ......    .        .. .               ..   .  ...                     .                  .    ............................   ... .        .......                .          .... ....          .      ....    ....................  .....                                ......   ....   ..       .    ......        ...       .........    ...      . . .        .          .   ..                                      ..        .                                                           ..           .. .       .......        ..........                                 .                 ...     ........ .    .. ...                                          ..                ..    .......   .    .............  .   .     ......   .         .     
lowQualScore                  :               6    4                444   666666666666666 66                 3               7       5555555555      0       555555 1      4 4444444444  888888    4        77 9               11   4  999                     1                  3    8888888888888888888888888888   888 3        0000000                4          5555 3333          3      7777    88888888888888888888  33333                                666666   1111   66       3    888888        444       333333333    444      9 9 9        1          1   22                                      99        9                                                           77           66 0       3333333        3333333333                                 4                 888     22222222 4    66 888                                          66                66    6666666   0    0000000000000  7   5     222222   0         5     
consensus                     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG--ATT-TTT-TTA---TT-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAAAAA----A-TCTNTTTTTATAATATTAA
Reference ( family-1986 )     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG--ATT-TTT-TT----TT-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAAAAA----G-TCTNTTTTTATAATATTAA
gi|1                          :        TATAAATGAAAT-AATTCTGAGCCTTTATATATGG-TCCTCA-----GCAGAACTATAAGATGGGAAATG-AAAAAATGTCACCGACTTAAGAT----------TATATA-TTTTATGACATTGTAACAATA-G----------CA------TTTT-AATAAAAAAATGAAATAAATTTAACTT-GAAACAAA-GATATTGAAAATAAAATTACC-AGGTTGGATTCAAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAAAAAT-CTTGCATA-------AGTTCATCGTCTTAACACCACTCGGCC----AAC--GACACATCAT-GATTAA----TGTT--GG--TTG-TTT-TTATA-TC-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATGGGGCATTTTTATT-ACC-CATAATTT-GCTGAAATCAGATGCGAATCTCTTGTTAAC--AGCCATTT-GGAAACAACGCAGCATTCCGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCATTCGG------------ATTCCCAGCGGCTATTTTAAGT-------AACCGTGG--TTACTGTAATATAATAATTTTATGCGCAGTTTTGCAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T--AGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTAGTGATTATTT--AATA--A--T-TTGCT--A---TG---T----TT-AATGGTGAA----C-CATATTTTTATAATATTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaaa-------AGTTCAATGTCTTAACACCACTCAGCT----AAG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG----------------------------------TT--ATTGTTTCTCTAGTAAA------AAA----TGG--AGAAATA-TATT------CAATGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTTG-T-CATACTGG-CATCTTTATT-ATC-AATAATTTTGCTGAAATTTGATATGAATCTCTTGTTGAT--TACCATTT-GAAATCAACGCTGCATTAAAAACATCTCAGTTTTCATCGGTGTGTTCTGCTAACACTTGGAATTTCCAGTGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATTGTAGTTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGCTCAATGATGTATCATTTTGGACAGTCAGAATTGATT--TAATTACAGACTATAT--AATA--AA-----ATTAAA---TA---TCACTTT-TATCAAatga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TAATCATTCAATTGTTTCTTTCGTGAA------TAA----TGA--CGACATA-CATT------AATTGATT---GAACAGT---------TACC---TTTTTT-G-C-CTTATCGG-CATCTTCATT-ATC-GATAATTTGGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCCCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTACAC------TTCCCTGCAGC-AATTTTAGT-------ATCCGTGG--A-------ATATCGTAATTGTATGCACAGTTTTGCTAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T-T--T--G---TTTTGTTCAATCAGGGATCGTTCTTGCTATTCAGAACTAATA--TATTTATAGATTAAAT--AATG--A----TTAATAA---------T-A--TTGCATGAAAAAAAAGA-TCACTTTTTACAAgtgagttattaacatattttaacaaaagtgatgaattaaca
gi|12                         :                                                          T--TTTTCGTACATGAAATG-ACAAaaaaagatatatatcattatatatcggtgagttattttaatactgtaaagtca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gc------AATTGATT---GAACAGT---------TGCCGTTTTTTTT-GGT-CGTATCCA-CATCTTTATT-ATC-CATAATTTTGCTGAAATCGGACGCAGATTTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCACATTCGAAATATCTCAAGTTTCATTGTTGCGGTCCGCTAACACTTAGGATTCCCTGCGGCTTTTTTAAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCATAATTTTATATCCAGTTTTGCAAAACCCTAAATAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGG--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATAATAGTC-TTCATAAttgattgaacagttgccgttttttttggtcgtatccacatctttattatccataattttgctgaaatcggacgcagatttcttgttgacagccatttgaaaacaacgccacattcgaaatatctcaagtttcattgttgcggtccgctaacacttaggattccctgcggcttttttaagtaaccgtggtatatcataattttatatccagttttgcaaaaccctaaataaaaactgttcaatatcatataggattttgttcaatgagggatcattctggccaatcagaattcatttatttatagattatataataatagtcttcataagatattac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                gctttttcgtacatgaaatgacGATTCGAACCATG-GCAGGAAAACAA-------A----A-------AAA---T-CTTATATT-------AGTTATACGTTTTAAC--CGCTCGGCC----AC----ACACACCTT-GATAAA----TGAT--GGTTATG-TTT-ATA---TC-----TAAACTAATCATTCAATTGTTTATCTCATAAA------TAA----AGG--CAAAATA-TAAT------AATTGA-------ACAGT---------TGCC---TTTTT--G-T-TGTAACGG-CATCTTTATT-ATT-GATAATTTTGCTGAAATCGGATGTGAATTTCTAGTTGAA--AGCCATTT-GAAAACAATGCCACATTCAGAACATCTCAGTTTCCATCGTTACGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTA-TTTTAGT-------AACTGTGGTAT-------ATATTGTAATTTTATGCACAGTTTTgatattac
gi|14                         :         ATAAAC-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GC-T--GTTTCGTACTGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TACATACTTTTATG------TAACACTA-G----------TA------TTTA-AATAAAGTAATTAAATAAATTTAACTTAAAAA-AAA-GATAGTGAAAATAAAATTCCCCTGGTGCGATTCGAACCATG-GCGAT-----AA-------AAAACA-------AAA---T-ATTGCATA-------AATTCAACGTCGTATCAGCATTCAGCC----ACG--GCCACATCTT-GATAAT----TGTT--TGTTATC-TTTATA----TT-----CAAACTAATCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                aaacATACAATTTCCCGGTCGGGATTCGAACTATG-GTGA------AA-------A----AAAACAACAAA---T-CTTACATA-------AGTT-AAGATT------CCACTCGTCC----GCG--GACACATCTT-GATAAAAG--TGTG--TGT-GTT-TTT-TT----TTATATCTAAACTGATCCTTCAAGTTTTACTCGTGTAAAGATTTGTAAATTTTGGTTC-AGATA-TACCATAAGAAATTAATTCCACAATAGT---------TGTC---TCCCTT-G-T-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTTAGT-------AAATGTGG--T-------ATACCATAAATTTATGCA--GTTTTGCAAAATTGAAAGCAAAAACTGTTAA---ATATCAC-A-----GTAGTTCACTTTTTTGTTCAATGAAGGAGCATTTTCGCCATTCAAAATTCATT--CAGCTATAGATCATAT--TGTA--AAttaattttacgccatttgctgagtaaccacaaaccagctgtgtgaattgatcttcaggta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                 GGCAGGATTCGAACC-TGCGCGG------GA-------A----G-------A-----T-CCCA-ATAGATTTCTAGTCTATCGCCTTAAC--CACTCGGCC----ACGACAACACGTgaataaaaagacaattttccagaaataaatgtggta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaacatatatatatacgatgtactaaatatttattttccaaaaatattcgttgtcTTTTC-G-T-CATAACGG-CATCTTTATT-TTT-GACTATTTTGCTGAAATCGGACGCAAATCCTTTGATGGC--AGCCATTT-AAAAATAACGCCGCATTCGGAGCATCTCAGTTTTCA
gi|19                         :   gtctaTATAAAT-ACATGAATTCTTAGCCTTTAC---TAA-T----------------TTTTTGTACGGGAAATG-ACAGAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------
gi|2                          :      ACTATTAAT-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAGATCT--A-----GCTT--TTTTCGTACAGGAAATG-ACAAAAAATCACCAAGTTAAGCT----------TATACA-TTTTATG------TTACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAAATGTGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATAATGAAAATAAAATTCCCCCGCTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCACA-------AGCTCAACATCTGAACACCACTTGGCC----ACG--AAGACATCTC-GATAAT----TGTT--TG--ATT-TTT-TT----TT-----TAAACTAATCATTCCATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--GGAAATA-TATT------AATTGCTT---GAACAGT---------TGCC---TCTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATTAATC--ATAATTTTGCTGATATCAGATGCTAATCTCTTATTGAC--AGCCAATG-GAAAACAACGCTGCATTAAGAATATCTAAGTTTTCATTGGTGCATACAGCTAACATTTGGAATTCCCAGCGGTTATTTTTAGT-------AGCTGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAAACGAAAATAAAAACTGTTCA---TTATTATGA----TATAGT--A---TTTTGTTCAGTGAGAGATCAATCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTGTAT--AATA--AATC-TTAACAAA---TG---T-A--TT-T-TGAATAA----GTTCTGTTTTTATAA-ATTAAg
gi|20                         :      acTATAAAT-AAATGAATTCTGAGTCTTTAC---TAG--------------CT--TTTTCGTACATGAAATG-ACg
gi|21                         :    agaaTATAAAT-AAATGAAGTCTAAGCTTTTTT---TAG-TCT--A-----GC-T--TTTTCGTACGGGAAA
gi|23                         :     aATTATAAAT-ACATGGATTCTGAGCCTTTAC---TAG-
gi|3                          : tatatgaTATAAAT-AAATTAATTATGTGCATTT---------TCT--A-----GCTT--TAT-CATTTGGGAAATGTAAAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACG-TTTTATG------ATACAAAA-G----------TA------TTTA-AACAAAGA-ATGCAATAAATTTAACTT-TAAA-AA--GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTTGAAGCATG-GCGG------GA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGTTAAATGTTTTAACACCAGTCGACC----A-------A-ATCTTTGATAAA-----GTTAATC--ATT-TTT-ATA---TT-----CCAACTAAACATTCAATTGTTTCTCTCTTAAG------AAA----TAG--CGAAATA-AATG------AATTGATT---GAACGGT---------TGGC---TTTTT--G-T-CGTATCGG-GATCCTTATC-ATC-AATACGTTTTCTG-----------GAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAGCGCCGCATTCAGAACCTCTCTAATTTCTTCGTTGCGGTCGGCTAACACTTGAGATTTCCAGCTGCTA-TTTTAGT-------CACCGTGG--T-------ATACCGTAATTTTATAAACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTCCA---ATATC---A----TATAGT--G---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATGTATAGATTATAT--AATAATAATCATTATGGAA---TA---T-A--ct
gi|4                          :     aaaaATTAAT-AACTGAATGTTGAGCCTTTAA---TAGATCT--AATTCAGCTT--TTTT-GTACGGAAAATG-AAAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TAGACCTATTTA-AATAAAGAAATTAAATAAATTTAACTT-AATC-AA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCGAGTG----TCGAACCATG-GTG----------------A----A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGGTCAATGTTTTAACACCACTCGTCC----AAG--GCCATATCTC-GATAAA----TGTT--TGTTATC-TTT-ATA---TT-----TAAACTAATCATTCTAATGTTTCTCTCGTAAA------TAT----GGG--CGACATA-TATT------AATTGATC---GAGCAGT---------TGCA---TTTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATC-ATC-AATAATCTTACTGAAATCGGACGTGAATCTCTTGTTGAT--AGCTATTA-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCATTGCGTTCGGCTAACTCTTGGAATTTCCAGCAG-TA-----AGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAACTTTTTGCACAGTTTTACAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---CTATC-T------TATAGT--A---TTTTGTTCAATAACGGGTCAATCTGACCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGACTTTAT--AGCA--ATTT-TTGTTAatacatttaacatatctaaagtaatttaacatgtaagaactatttaatgaa
gi|5                          :     aACTGTAAAT-ACATGGATTCTAAGCCTTTAC---TAG-C-------------T--TTTTCGTATGGGACATG-ACAAAAAGTAACAAAGTTAAGAT--------------------------------ACGATAAG----------TA------TTTACAGTA---------------CTTTATTT-GAAA-AAA-AATGTTTAAAACGAAATTCCTAGGATGGGATTCGAACCATG-GCGC------AA-------A----C-------AAA---T-CGTATATA-------AGTTCAACGTGT--A-ACCACTCGGCC----ACG--GGCACATCTT-GATAAAACCTTGTT------ATT-TTCATC----TT-----TAAACTAATCAT--AATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TCAT------ACTTGATT---GAACAATAAGAACAATTATC---TTTTTT-G-C-CGTATCGG-CATCTTTATT-TTC-AATAATTTTACTGATATCGGACAAATATCTCTTGTTGGC--AGCCATAT-GAAAACAATTCTGCATTCGAATCACCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTATACTTA-----------------TTTTAGT-------AACCGTG----------------ATAATTTTATGCACAGCTTTGCAAAGCTCAAAGTATAAACTGTTTAATGATATTAT-ATTATTATAGT--A---TTTTGTTCAATGAAGGATCATTCTAACCGATCAGAATTCATT--GATTTATACATCATAC--AGT--------TTAATAAAAAGTGATTT-T--TT-TATTAAAAA----A-Ttggcatgattttaaata
gi|6                          :                                                           ataaTTCGTGTAGGAATTG-ACAAAAAGTCATCAAGTTAACAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAATAATGGAATAGATATAACTT-AAAA-TA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCTGATGGGATTAGAACCATG-GTGG------AATCAAACAA----A-------AAA---T-CTTGCAAA-------AGTTCAATGTGTTAACACCACTAAGCC----AC--------ATCTT-GATAAA----TGTT--T---ATTATTT-CTATA-TT-----TAAACTTACCGTTCAATTGTTTCTCTATTAAA------TAA----TAG--AGAAATA-AATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CCTATCGG-CATATTTATT-ATC-AATAATTTTGCTAAAATCAGGCACGAATCTCTTGTTGAT--A---------------ACGCCACATTTGGAACATGTCAAATTTCATCATTGCGGTCAGCTAACACTTGGGATTCCCAGTGGCTATATTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTTATTTTATGCATGGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTTATT--TATTTATAGGTTATTT--AATA--AATaacaaacttgagattcatatagtgtat
gi|7                          :        TATAAAT-AAATGCATTCTGAACCTTTAC---TAGATCT--A-----G-TT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAA-TTAAGATACATTTTATGTATACA-TTTTATC------TAACACTA-GTACGTAAACATA------TTTA-AA-AAAGATATTAAATAAATTTAATTT--AAA-ATA-TATATTGTAAATAAAATTCCCC-GGTTGGATTCGAACCATG-GCGG------GA-------A----AGT-----ATA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACAACTCTCGGCC----ACG--GACACATTTT-GATAAA----TGTT--TG---TT-TTC-TTGATATT-----TAAACTgagtatattgcagaagatactatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaGGGCGTTAATCTCTTGTTGTC--AGCCATTT-GTAA-TAACGCCACAGTCGGAACATCTCAGC---------TGCGTTCGGCTA-----------------------TTTTCAGT-------TACGGTAG--T-------ACGTCGTAATTTTATGTACACTTTTCCAAAACCAATAGTACAAACTGATAA---ATATCAT-A----CA--GT--A---TTTTGTTCAATAAGGGACCATTCTGACCAGTCTGAATTTATT--TATCTATAGATCATAT--AATA--AAtcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccacagtcggaacatctcagctgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|8                          :                                                                                           aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacacattttgataaatgtttgttttcttgatatttaaacttcaaAACTGATCAATCAATTGTTTCTATCGTAAC------TAA----TGG--CAACATA-TATT------AACTGATT---GAACAGT---------TGCC---TATTTT-G-T-TGTATCAG-CATCTTTATT-ATC-AATTATTTTGCTGAAAT----CGCGAATCTCTTGGT----------------AAACAACACTGCATTCGGAA-ATCTCAGTTTTCATTGTTGCGTTTGGCTAAGATTTGGAATTCCCACCAGTAAGTGTTGGTCTCATTGAATC-TGA----------ATATCAT--TTTT---CGCAATGTTG-----CCCAAGATA-------TT-----ATAACAT------TAGAAC--A---TTATATTTAA--ATAGTTCATCTTGGCCTA----AGTCCATGAATGTTTAAATATTATGTCAAATA--AAAA-TAAGAAAA---T----T-A--TT-TA--AAAAA----gtgcag
gi|9                          :                           acctttaaatagttcattCT--C-----GCTT--TTTTCATACGGGAAATG-ACAAAAAGTCAACAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------TGACAA-A-C----------AA------TTTA-AATAAAAAT-TAAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAAAGATATTGAAAACAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATA-ACGG------GG-------A----A-------AAA---TTCTTGCATA-------AGTTCAACGTCCTAACACCACGCGGCTTTTAAAG--GACACATATT-GATAAA----TGTT--TG------TTA-TT----AT-----TA-------CATTTATTCGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAAAAACAAA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTATTT-A-TTCGTATCGG-CATCT--ATG-GCCAGATAATTTTGCTGAAATCGGACAGGAACCTCTTGTTGACTGAGCCATTTCAAAAAAAACGCTGCAATTGGAACATCTCAGCTTTCTTCGTTGCGTTCGACTAACACTTGGAATTCAAAGTGGCTATTTTTAGT-------AACTGTGG--T-------ATATCGTAATttggaaaatatgtatctgaagattttaagataaggatatataaatactatttgataatgaaactactttatgtacttcgtaaatccctatataatgtatctgtttttataatcaatct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CGCCATTTGCTGAGTAACCACAAACTAGCTGTGTGAATTGATCTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                           222222222222222                                            1111111111              111111          1111111111  111111                                        111                                             2222222222222222222222222222                1111111                                                     1111        222     1111                                                                                          111111111                                                                                                                                                                                              1111111111                                                           22222222                                                                              2222222        2222222222222  111        11111             1     
lowQualScore                  :               3    1                666   888888888888888 44                 3               0       7777777777      4       111111 1      4 9999999999  222222    4        77 2               77   4  111                     4                  3    3333333333333333333333333333   555 3        0000000                0          6666 7777          3      4444    44  777     6666    2                               999999   7777   44       3    888888        555       222222222    555      2 2 2        3          3   88                                      33        2                                                           22           00 8       9999999        1111111111                                 0                 555     11111111 0    44 555                                          44                44    1111111   1    6666666666666  111 2  6   88888   1         5     
lowQualScore                  :               .    .                ...   ............... ..                 .               .       ..........      .       ...... .      . ..........  ......    .        .. .               ..   .  ...                     .                  .    ............................   ... .        .......                .          .... ....          .      ....    ..  ...     ....    .                               ......   ....   ..       .    ......        ...       .........    ...      . . .        .          .   ..                                      ..        .                                                           ..           .. .       .......        ..........                                 .                 ...     ........ .    .. ...                                          ..                ..    .......   .    .............  ... .  .   .....   .         .     
lowQualScore                  :               6    4                444   666666666666666 66                 3               7       5555555555      0       555555 1      4 4444444444  888888    4        77 9               11   4  999                     1                  3    8888888888888888888888888888   888 3        0000000                4          5555 3333          3      2222    66  777     5555    7                               666666   1111   66       3    888888        444       333333333    444      9 9 9        1          1   22                                      99        9                                                           77           66 0       3333333        3333333333                                 4                 888     22222222 4    66 888                                          66                66    6666666   0    0000000000000  888 5  7   00000   0         5     
consensus                     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TGTTATTTTTA---TATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
Reference ( family-1986 )     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG--ATTTTTT---TATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
gi|1                          :        TATAAATGAAAT-AATTCTGAGCCTTTATATATGG-TCCTCA-----GCAGAACTATAAGATGGGAAATG-AAAAAATGTCACCGACTTAAGAT----------TATATA-TTTTATGACATTGTAACAATA-G----------CA------TTTT-AATAAAAAAATGAAATAAATTTAACTT-GAAACAAA-GATATTGAAAATAAAATTACC-AGGTTGGATTCAAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAAAAAT-CTTGCATA-------AGTTCATCGTCTTAACACCACTCGGCC----AAC--GACACATCAT-GATTAA----TGTT--GGTTGTTTTTA---TATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATGGGGCATTTTTATT-ACC-CATAATTT-GCTGAAATCAGATGCGAATCTCTTGTTAAC--AGCCATTT-GGAAACAACGCAGCATTCCGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCATTCGG------------ATTCCCAGCGGCTATTTTAAGT-------AACCGTGG--TTACTGTAATATAATAATTTTATGCGCAGTTTTGCAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T--AGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTAGTGATTATTT--AATA--A--T-TTGCT--A---TG---T----TT-AATGGT-GAA----CCATATTTTTATAATATTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaaa-------AGTTCAATGTCTTAACACCACTCAGCT----AAG--GACACATCTT-GATAAA----TGTT--TG---------------------------TT--ATTGTTTCTCTAGTAAA------AAA----TGG--AGAAATA-TATT------CAATGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTTG-T-CATACTGG-CATCTTTATT-ATC-AATAATTTTGCTGAAATTTGATATGAATCTCTTGTTGAT--TACCATTT-GAAATCAACGCTGCATTAAAAACATCTCAGTTTTCATCGGTGTGTTCTGCTAACACTTGGAATTTCCAGTGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATTGTAGTTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGCTCAATGATGTATCATTTTGGACAGTCAGAATTGATT--TAATTACAGACTATAT--AATA--AA-----ATTAAA---TA---TCACTTT-TATCAA-atga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAATCATTCAATTGTTTCTTTCGTGAA------TAA----TGA--CGACATA-CATT------AATTGATT---GAACAGT---------TACC---TTTTTT-G-C-CTTATCGG-CATCTTCATT-ATC-GATAATTTGGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCCCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTACAC------TTCCCTGCAGC-AATTTTAGT-------ATCCGTGG--A-------ATATCGTAATTGTATGCACAGTTTTGCTAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T-T--T--G---TTTTGTTCAATCAGGGATCGTTCTTGCTATTCAGAACTAATA--TATTTATAGATTAAAT--AATG--A----TTAATAA---------T-A--TTGCATGAA-AAAAAAGATCACTTTTTACAAgtgagttattaacatattttaacaaaagtgatgaattaaca
gi|12                         :                                                          T--TTTTCGTACATGAAATG-ACAAaaaaagatatatatcattatatatcggtgagttattttaatactgtaaagtca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gc------AATTGATT---GAACAGT---------TGCCGTTTTTTTT-GGT-CGTATCCA-CATCTTTATT-ATC-CATAATTTTGCTGAAATCGGACGCAGATTTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCACATTCGAAATATCTCAAGTTTCATTGTTGCGGTCCGCTAACACTTAGGATTCCCTGCGGCTTTTTTAAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCATAATTTTATATCCAGTTTTGCAAAACCCTAAATAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGG--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATAATAGTC-TTCATAAttgattgaacagttgccgttttttttggtcgtatccacatctttattatccataattttgctgaaatcggacgcagatttcttgttgacagccatttgaaaacaacgccacattcgaaatatctcaagtttcattgttgcggtccgctaacacttaggattccctgcggcttttttaagtaaccgtggtatatcataattttatatccagttttgcaaaaccctaaataaaaactgttcaatatcatataggattttgttcaatgagggatcattctggccaatcagaattcatttatttatagattatataataatagtcttcataagatattac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                gctttttcgtacatgaaatgacGATTCGAACCATG-GCAGGAAAACAA-------A----A-------AAA---T-CTTATATT-------AGTTATACGTTTTAAC--CGCTCGGCC----AC----ACACACCTT-GATAAA----TGAT--GGTTATGTTTA---TATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTATCTCATAAA------TAA----AGG--CAAAATA-TAAT------AATTGA-------ACAGT---------TGCC---TTTTT--G-T-TGTAACGG-CATCTTTATT-ATT-GATAATTTTGCTGAAATCGGATGTGAATTTCTAGTTGAA--AGCCATTT-GAAAACAATGCCACATTCAGAACATCTCAGTTTCCATCGTTACGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTA-TTTTAGT-------AACTGTGGTAT-------ATATTGTAATTTTATGCACAGTTTTgatattac
gi|14                         :         ATAAAC-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GC-T--GTTTCGTACTGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TACATACTTTTATG------TAACACTA-G----------TA------TTTA-AATAAAGTAATTAAATAAATTTAACTTAAAAA-AAA-GATAGTGAAAATAAAATTCCCCTGGTGCGATTCGAACCATG-GCGAT-----AA-------AAAACA-------AAA---T-ATTGCATA-------AATTCAACGTCGTATCAGCATTCAGCC----ACG--GCCACATCTT-GATAAT----TGTT--TGTTATCTTTA---TATTCAAACTAATCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                aaacATACAATTTCCCGGTCGGGATTCGAACTATG-GTGA------AA-------A----AAAACAACAAA---T-CTTACATA-------AGTT-AAGATT------CCACTCGTCC----GCG--GACACATCTT-GATAAAAGTGTGTG--TG--TTTTTTTTTATATCTAAACTGATCCTTCAAGTTTTACTCGTGTAAAGATTTGTAAATTTTGGTTC-AGATA-TACCATAAGAAATTAATTCCACAATAGT---------TGTC---TCCCTT-G-T-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTTAGT-------AAATGTGG--T-------ATACCATAAATTTATGCA--GTTTTGCAAAATTGAAAGCAAAAACTGTTAA---ATATCAC-A-----GTAGTTCACTTTTTTGTTCAATGAAGGAGCATTTTCGCCATTCAAAATTCATT--CAGCTATAGATCATAT--TGTA--AAttaattttacgccatttgctgagtaaccacaaaccagctgtgtgaattgatcttcaggta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                 GGCAGGATTCGAACC-TGCGCGG------GA-------A----G-------A-----T-CCCA-ATAGATTTCTAGTCTATCGCCTTAAC--CACTCGGCC----ACGACAACACGTgaataaaaagacaattttccagaaataaatgtggta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aaacatatatatatacgatgtactaaatatttattttccaaaaatattcgttgtcTTTTC-G-T-CATAACGG-CATCTTTATT-TTT-GACTATTTTGCTGAAATCGGACGCAAATCCTTTGATGGC--AGCCATTT-AAAAATAACGCCGCATTCGGAGCATCTCAGTTTTCA
gi|19                         :   gtctaTATAAAT-ACATGAATTCTTAGCCTTTAC---TAA-T----------------TTTTTGTACGGGAAATG-ACAGAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------
gi|2                          :      ACTATTAAT-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAGATCT--A-----GCTT--TTTTCGTACAGGAAATG-ACAAAAAATCACCAAGTTAAGCT----------TATACA-TTTTATG------TTACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAAATGTGAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAA-GATAATGAAAATAAAATTCCCCCGCTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A----A-------AAA---T-CTTGCACA-------AGCTCAACATCTGAACACCACTTGGCC----ACG--AAGACATCTC-GATAAT----TGTT--TG--ATTTTTT---T-TTTAAACTAATCATTCCATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--GGAAATA-TATT------AATTGCTT---GAACAGT---------TGCC---TCTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATTAATC--ATAATTTTGCTGATATCAGATGCTAATCTCTTATTGAC--AGCCAATG-GAAAACAACGCTGCATTAAGAATATCTAAGTTTTCATTGGTGCATACAGCTAACATTTGGAATTCCCAGCGGTTATTTTTAGT-------AGCTGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAAACGAAAATAAAAACTGTTCA---TTATTATGA----TATAGT--A---TTTTGTTCAGTGAGAGATCAATCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTGTAT--AATA--AATC-TTAACAAA---TG---T-A--TT-T-TGAATAAG----TTCTGTTTTTATAA-ATTAAg
gi|20                         :      acTATAAAT-AAATGAATTCTGAGTCTTTAC---TAG--------------CT--TTTTCGTACATGAAATG-ACg
gi|21                         :    agaaTATAAAT-AAATGAAGTCTAAGCTTTTTT---TAG-TCT--A-----GC-T--TTTTCGTACGGGAAA
gi|23                         :     aATTATAAAT-ACATGGATTCTGAGCCTTTAC---TAG-
gi|3                          : tatatgaTATAAAT-AAATTAATTATGTGCATTT---------TCT--A-----GCTT--TAT-CATTTGGGAAATGTAAAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACG-TTTTATG------ATACAAAA-G----------TA------TTTA-AACAAAGA-ATGCAATAAATTTAACTT-TAAA-AA--GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTTGAAGCATG-GCGG------GA-------A----A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGTTAAATGTTTTAACACCAGTCGACC----A-------A-ATCTTTGATAAA-----GTTAATC--ATTTTTA---TATTCCAACTAAACATTCAATTGTTTCTCTCTTAAG------AAA----TAG--CGAAATA-AATG------AATTGATT---GAACGGT---------TGGC---TTTTT--G-T-CGTATCGG-GATCCTTATC-ATC-AATACGTTTTCTG-----------GAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAGCGCCGCATTCAGAACCTCTCTAATTTCTTCGTTGCGGTCGGCTAACACTTGAGATTTCCAGCTGCTA-TTTTAGT-------CACCGTGG--T-------ATACCGTAATTTTATAAACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTCCA---ATATC---A----TATAGT--G---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATGTATAGATTATAT--AATAATAATCATTATGGAA---TA---T-A--ct
gi|4                          :     aaaaATTAAT-AACTGAATGTTGAGCCTTTAA---TAGATCT--AATTCAGCTT--TTTT-GTACGGAAAATG-AAAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TAGACCTATTTA-AATAAAGAAATTAAATAAATTTAACTT-AATC-AA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCGAGTG----TCGAACCATG-GTG----------------A----A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGGTCAATGTTTTAACACCACTCGTCC----AAG--GCCATATCTC-GATAAA----TGTT--TGTTATCTTTA---TATTTAAACTAATCATTCTAATGTTTCTCTCGTAAA------TAT----GGG--CGACATA-TATT------AATTGATC---GAGCAGT---------TGCA---TTTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATC-ATC-AATAATCTTACTGAAATCGGACGTGAATCTCTTGTTGAT--AGCTATTA-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCATTGCGTTCGGCTAACTCTTGGAATTTCCAGCAG-TA-----AGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAACTTTTTGCACAGTTTTACAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---CTATC-T------TATAGT--A---TTTTGTTCAATAACGGGTCAATCTGACCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGACTTTAT--AGCA--ATTT-TTGTTAatacatttaacatatctaaagtaatttaacatgtaagaactatttaatgaa
gi|5                          :     aACTGTAAAT-ACATGGATTCTAAGCCTTTAC---TAG-C-------------T--TTTTCGTATGGGACATG-ACAAAAAGTAACAAAGTTAAGAT--------------------------------ACGATAAG----------TA------TTTACAGTA---------------CTTTATTT-GAAA-AAA-AATGTTTAAAACGAAATTCCTAGGATGGGATTCGAACCATG-GCGC------AA-------A----C-------AAA---T-CGTATATA-------AGTTCAACGTGT--A-ACCACTCGGCC----ACG--GGCACATCTT-GATAAAACCTTGTT------ATTTTCA---TCTTTAAACTAATCAT--AATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TCAT------ACTTGATT---GAACAATAAGAACAATTATC---TTTTTT-G-C-CGTATCGG-CATCTTTATT-TTC-AATAATTTTACTGATATCGGACAAATATCTCTTGTTGGC--AGCCATAT-GAAAACAATTCTGCATTCGAATCACCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTATACTTA-----------------TTTTAGT-------AACCGTG----------------ATAATTTTATGCACAGCTTTGCAAAGCTCAAAGTATAAACTGTTTAATGATATTAT-ATTATTATAGT--A---TTTTGTTCAATGAAGGATCATTCTAACCGATCAGAATTCATT--GATTTATACATCATAC--AGT--------TTAATAAAAAGTGATTT-T--TT-TATTAA-AAA----ATtggcatgattttaaata
gi|6                          :                                                           ataaTTCGTGTAGGAATTG-ACAAAAAGTCATCAAGTTAACAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-G----------TA------TTTA-AATAAAATAATGGAATAGATATAACTT-AAAA-TA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCTGATGGGATTAGAACCATG-GTGG------AATCAAACAA----A-------AAA---T-CTTGCAAA-------AGTTCAATGTGTTAACACCACTAAGCC----AC--------ATCTT-GATAAA----TGTT--TATTATTTCTA---TATTTAAACTTACCGTTCAATTGTTTCTCTATTAAA------TAA----TAG--AGAAATA-AATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CCTATCGG-CATATTTATT-ATC-AATAATTTTGCTAAAATCAGGCACGAATCTCTTGTTGAT--A---------------ACGCCACATTTGGAACATGTCAAATTTCATCATTGCGGTCAGCTAACACTTGGGATTCCCAGTGGCTATATTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTTATTTTATGCATGGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTTATT--TATTTATAGGTTATTT--AATA--AATaacaaacttgagattcatatagtgtat
gi|7                          :        TATAAAT-AAATGCATTCTGAACCTTTAC---TAGATCT--A-----G-TT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAA-TTAAGATACATTTTATGTATACA-TTTTATC------TAACACTA-GTACGTAAACATA------TTTA-AA-AAAGATATTAAATAAATTTAATTT--AAA-ATA-TATATTGTAAATAAAATTCCCC-GGTTGGATTCGAACCATG-GCGG------GA-------A----AGT-----ATA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACAACTCTCGGCC----ACG--GACACATTTT-GATAAA----TGTT--TG--TTTTCTTGA-TATTTAAACTgagtatattgcagaagatactatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaGGGCGTTAATCTCTTGTTGTC--AGCCATTT-GTAA-TAACGCCACAGTCGGAACATCTCAGC---------TGCGTTCGGCTA-----------------------TTTTCAGT-------TACGGTAG--T-------ACGTCGTAATTTTATGTACACTTTTCCAAAACCAATAGTACAAACTGATAA---ATATCAT-A----CA--GT--A---TTTTGTTCAATAAGGGACCATTCTGACCAGTCTGAATTTATT--TATCTATAGATCATAT--AATA--AAtcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccacagtcggaacatctcagctgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|8                          :                                                                         aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacacattttgataaatgtttgttttcttgatatttaaacttcaaTT---CATT--AACTGATCAATCAATTGTTTCTATCGTAAC------TAA----TGG--CAACATA-TATT------AACTGATT---GAACAGT---------TGCC---TATTTT-G-T-TGTATCAG-CATCTTTATT-ATC-AATTATTTTGCTGAAAT----CGCGAATCTCTTGGT----------------AAACAACACTGCATTCGGAA-ATCTCAGTTTTCATTGTTGCGTTTGGCTAAGATTTGGAATTCCCACCAGTAAGTGTTGGTCTCATTGAATC-TGA----------ATATCAT--TTTT---CGCAATGTTG-----CCCAAGATA-------TT-----ATAACAT------TAGAAC--A---TTATATTTAA--ATAGTTCATCTTGGCCTA----AGTCCATGAATGTTTAAATATTATGTCAAATA--AAAA-TAAGAAAA---T----T-A--TT-T---AA-AAA----ATgtgcag
gi|9                          :                                 acctttaaatagCT--C-----GCTT--TTTTCATACGGGAAATG-ACAAAAAGTCAACAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------TGACAA-A-C----------AA------TTTA-AATAAAAAT-TAAAATAAATTTAACTT-AAAA-AAAAGATATTGAAAACAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATA-ACGG------GG-------A----A-------AAA---TTCTTGCATA-------AGTTCAACGTCCTAACACCACGCGGCTTTTAAAG--GACACATATT-GATAAA----TGTT--TG--------T---TATT---ATTA--CATTTATTCGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAAAAACAAA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTATTT-A-TTCGTATCGG-CATCT--ATG-GCCAGATAATTTTGCTGAAATCGGACAGGAACCTCTTGTTGACTGAGCCATTTCAAAAAAAACGCTGCAATTGGAACATCTCAGCTTTCTTCGTTGCGTTCGACTAACACTTGGAATTCAAAGTGGCTATTTTTAGT-------AACTGTGG--T-------ATATCGTAATtggaaaatatgtatctgaagattttaagataaggatatataaatactatttgataatgaaactactttatgtacttcgtaaatccctatataatgtatctgtttttataatcaatct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CGCCATTTGCTGAGTAACCACAAACTAGCTGTGTGAATTGATCTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                           222222222222222222                                         1111111111              111111            3333333333                                       111                                             2222222222222222222222222                1111111                                                                                                                                                                   111111111                                                                                                                                                                                              1111111111                                                           22222222                                                                              2222222        2222222222222  111        11111             1     
lowQualScore                  :               3    1                666   555555555555555555                 3               0       7777777777      4       111111 1      4   2222222222    4        77 2               2   4  666                     4                  3    3333333333333333333333333   555 3        0000000                0          6666 7777          3      44      555                           1                 999999   7777   44       3    888888        555       222222222    555      2 2 2        3          3   88                                      33        2                                                           22           00 8       9999999        1111111111                                 0                 555     11111111 0    44 555                                          44                44    1111111   1    6666666666666  111 2  6   88888   1         5     
lowQualScore                  :               .    .                ...   ..................                 .               .       ..........      .       ...... .      .   ..........    .        .. .               .   .  ...                     .                  .    .........................   ... .        .......                .          .... ....          .      ..      ...                           .                 ......   ....   ..       .    ......        ...       .........    ...      . . .        .          .   ..                                      ..        .                                                           ..           .. .       .......        ..........                                 .                 ...     ........ .    .. ...                                          ..                ..    .......   .    .............  ... .  .   .....   .         .     
lowQualScore                  :               6    4                444   777777777777777777                 3               7       5555555555      0       555555 1      4   2222222222    4        77 9               7   4  333                     1                  3    8888888888888888888888888   888 3        0000000                4          5555 3333          3      66      888                           2                 666666   1111   66       3    888888        444       333333333    444      9 9 9        1          1   22                                      99        9                                                           77           66 0       3333333        3333333333                                 4                 888     22222222 4    66 888                                          66                66    6666666   0    0000000000000  888 5  7   00000   0         5     
consensus                     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
Reference ( family-1986 )     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
gi|1                          :        TATAAATGAAAT-AATTCTGAGCCTTTATATATGG-TCCTCA-----GCAGAACTATAAGATGGGAAATG-AAAAAATGTCACCGACTTAAGAT----------TATATA-TTTTATGACATTGTAACAATA-GCA----------TTTT-AATAAAAAAATGAAATAAATTTAACTTGAAACAAA-GATATTGAAAATAAAATTACC-AGGTTGGATTCAAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAAAAAT-CTTGCATA-------AGTTCATCGTCTTAACACCACTCGGCC----AAC--GACACATCAT-GATTAA--TGTTGG---TTGTTTTTATATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATGGGGCATTTTTATT-ACC-CATAATTT-GCTGAAATCAGATGCGAATCTCTTGTTAAC--AGCCATTT-GGAAACAACGCAGCATTCCGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCATTCGG------------ATTCCCAGCGGCTATTTTAAGT-------AACCGTGG--TTACTGTAATATAATAATTTTATGCGCAGTTTTGCAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T--AGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTAGTGATTATTT--AATA--A--T-TTGCT--A---TG---T----TT-AATGGT-GAA----CCATATTTTTATAATATTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     taaaa-------AGTTCAATGTCTTAACACCACTCAGCT----AAG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATT--------------------------GTTTCTCTAGTAAA------AAA----TGG--AGAAATA-TATT------CAATGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTTG-T-CATACTGG-CATCTTTATT-ATC-AATAATTTTGCTGAAATTTGATATGAATCTCTTGTTGAT--TACCATTT-GAAATCAACGCTGCATTAAAAACATCTCAGTTTTCATCGGTGTGTTCTGCTAACACTTGGAATTTCCAGTGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATTGTAGTTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGCTCAATGATGTATCATTTTGGACAGTCAGAATTGATT--TAATTACAGACTATAT--AATA--AA-----ATTAAA---TA---TCACTTT-TATCAA-atga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAATCATTCAATTGTTTCTTTCGTGAA------TAA----TGA--CGACATA-CATT------AATTGATT---GAACAGT---------TACC---TTTTTT-G-C-CTTATCGG-CATCTTCATT-ATC-GATAATTTGGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCCCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTACAC------TTCCCTGCAGC-AATTTTAGT-------ATCCGTGG--A-------ATATCGTAATTGTATGCACAGTTTTGCTAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T-T--T--G---TTTTGTTCAATCAGGGATCGTTCTTGCTATTCAGAACTAATA--TATTTATAGATTAAAT--AATG--A----TTAATAA---------T-A--TTGCATGAA-AAAAAAGATCACTTTTTACAAgtgagttattaacatattttaacaaaagtgatgaattaaca
gi|12                         :                                                          T--TTTTCGTACATGAAATG-ACAAaaaaagatatatatcattatatatcggtgagttattttaatactgtaaagtca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gc------AATTGATT---GAACAGT---------TGCCGTTTTTTTT-GGT-CGTATCCA-CATCTTTATT-ATC-CATAATTTTGCTGAAATCGGACGCAGATTTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCACATTCGAAATATCTCAAGTTTCATTGTTGCGGTCCGCTAACACTTAGGATTCCCTGCGGCTTTTTTAAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCATAATTTTATATCCAGTTTTGCAAAACCCTAAATAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGG--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATAATAGTC-TTCATAAttgattgaacagttgccgttttttttggtcgtatccacatctttattatccataattttgctgaaatcggacgcagatttcttgttgacagccatttgaaaacaacgccacattcgaaatatctcaagtttcattgttgcggtccgctaacacttaggattccctgcggcttttttaagtaaccgtggtatatcataattttatatccagttttgcaaaaccctaaataaaaactgttcaatatcatataggattttgttcaatgagggatcattctggccaatcagaattcatttatttatagattatataataatagtcttcataagatattac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                         gctttttcgtacatgaaatgacGATTCGAACCATG-GCAGGAAAACAA-------A-A-------AAA---T-CTTATATT-------AGTTATACGTTTTAAC--CGCTCGGCC----AC----ACACACCTT-GATAAA--TGATGG---TTATGTTTATATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTATCTCATAAA------TAA----AGG--CAAAATA-TAAT------AATTGA-------ACAGT---------TGCC---TTTTT--G-T-TGTAACGG-CATCTTTATT-ATT-GATAATTTTGCTGAAATCGGATGTGAATTTCTAGTTGAA--AGCCATTT-GAAAACAATGCCACATTCAGAACATCTCAGTTTCCATCGTTACGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTA-TTTTAGT-------AACTGTGGTAT-------ATATTGTAATTTTATGCACAGTTTTgatattac
gi|14                         :         ATAAAC-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTG--TTT-CGTACTGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TACATACTTTTATG------TAACACTA-GTA----------TTTA-AATAAAGTAATTAAATAAATTTAACTTAAAA-AAAAGATAGTGAAAATAAAATTCCCCTGGTGCGATTCGAACCATG-GCGATAAA--AA-------ACA-------AAA---T-ATTGCATA-------AATTCAACGTCGTATCAGCATTCAGCC----ACG--GCCACATCTT-GATAAT--TGTTTG---TTATCTTTATATTCAAACTAATCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                         aaacATACAATTTCCCGGTCGGGATTCGAACTATG-GTGA------AA-------A-AAAACAACAAA---T-CTTACATA-------AGTT-AAGATT------CCACTCGTCC----GCG--GACACATCTT-GATAAAAGTGTGTGTGTTTTTTTTTATATCTAAACTGATCCTTCAAGTTTTACTCGTGTAAAGATTTGTAAATTTTGGTTC-AGATA-TACCATAAGAAATTAATTCCACAATAGT---------TGTC---TCCCTT-G-T-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTTAGT-------AAATGTGG--T-------ATACCATAAATTTATGCA--GTTTTGCAAAATTGAAAGCAAAAACTGTTAA---ATATCAC-A-----GTAGTTCACTTTTTTGTTCAATGAAGGAGCATTTTCGCCATTCAAAATTCATT--CAGCTATAGATCATAT--TGTA--AAttaattttacgccatttgctgagtaaccacaaaccagctgtgtgaattgatcttcaggta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          GGCAGGATTCGAACC-TGCGCGG------GA-------A-G-------A-----T-CCCA-ATAGATTTCTAGTCTATCGCCTTAAC--CACTCGGCC----ACGACAACACGTgaataaaaagacaattttccagaaataaatgtggta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaacatatatatatacgatgtactaaatatttattttccaaaaatattcgttgtcTTTTC-G-T-CATAACGG-CATCTTTATT-TTT-GACTATTTTGCTGAAATCGGACGCAAATCCTTTGATGGC--AGCCATTT-AAAAATAACGCCGCATTCGGAGCATCTCAGTTTTCA
gi|19                         :   gtctaTATAAAT-ACATGAATTCTTAGCCTTTAC---TAA-T----------------TTTTTGTACGGGAAATG-ACAGAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------
gi|2                          :      ACTATTAAT-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAGATCT--A-----GCTT--TTTTCGTACAGGAAATG-ACAAAAAATCACCAAGTTAAGCT----------TATACA-TTTTATG------TTACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAAATGTGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATAATGAAAATAAAATTCCCCCGCTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCACA-------AGCTCAACATCTGAACACCACTTGGCC----ACG--AAGACATCTC-GATAAT--TGTTTG-----ATTTTTTT-TTTAAACTAATCATTCCATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--GGAAATA-TATT------AATTGCTT---GAACAGT---------TGCC---TCTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATTAATC--ATAATTTTGCTGATATCAGATGCTAATCTCTTATTGAC--AGCCAATG-GAAAACAACGCTGCATTAAGAATATCTAAGTTTTCATTGGTGCATACAGCTAACATTTGGAATTCCCAGCGGTTATTTTTAGT-------AGCTGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAAACGAAAATAAAAACTGTTCA---TTATTATGA----TATAGT--A---TTTTGTTCAGTGAGAGATCAATCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTGTAT--AATA--AATC-TTAACAAA---TG---T-A--TT-T-TGAATAAG----TTCTGTTTTTATAA-ATTAAg
gi|20                         :      acTATAAAT-AAATGAATTCTGAGTCTTTAC---TAG--------------CT--TTTTCGTACATGAAATG-ACg
gi|21                         :    agaaTATAAAT-AAATGAAGTCTAAGCTTTTTT---TAG-TCT--A-----GC-T--TTTTCGTACGGGAAA
gi|23                         :     aATTATAAAT-ACATGGATTCTGAGCCTTTAC---TAG-
gi|3                          : tatatgaTATAAAT-AAATTAATTATGTGCATTT---------TCT--A-----GCTT--TAT-CATTTGGGAAATGTAAAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACG-TTTTATG------ATACAAAA-GTA----------TTTA-AACAAAGA-ATGCAATAAATTTAACTTTAAA-AA--GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTTGAAGCATG-GCGG------GA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGTTAAATGTTTTAACACCAGTCGACC----A-------A-ATCTTTGATAAA---GTTAA---TCATTTTTATATTCCAACTAAACATTCAATTGTTTCTCTCTTAAG------AAA----TAG--CGAAATA-AATG------AATTGATT---GAACGGT---------TGGC---TTTTT--G-T-CGTATCGG-GATCCTTATC-ATC-AATACGTTTTCTG-----------GAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAGCGCCGCATTCAGAACCTCTCTAATTTCTTCGTTGCGGTCGGCTAACACTTGAGATTTCCAGCTGCTA-TTTTAGT-------CACCGTGG--T-------ATACCGTAATTTTATAAACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTCCA---ATATC---A----TATAGT--G---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATGTATAGATTATAT--AATAATAATCATTATGGAA---TA---T-A--ct
gi|4                          :     aaaaATTAAT-AACTGAATGTTGAGCCTTTAA---TAGATCT--AATTCAGCTT--TTTT-GTACGGAAAATG-AAAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTAGACCTA----TTTA-AATAAAGAAATTAAATAAATTTAACTTAATC-AA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCGAGTG----TCGAACCATG-GTG----------------A-A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGGTCAATGTTTTAACACCACTCGTCC----AAG--GCCATATCTC-GATAAA--TGTTTG---TTATCTTTATATTTAAACTAATCATTCTAATGTTTCTCTCGTAAA------TAT----GGG--CGACATA-TATT------AATTGATC---GAGCAGT---------TGCA---TTTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATC-ATC-AATAATCTTACTGAAATCGGACGTGAATCTCTTGTTGAT--AGCTATTA-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCATTGCGTTCGGCTAACTCTTGGAATTTCCAGCAG-TA-----AGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAACTTTTTGCACAGTTTTACAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---CTATC-T------TATAGT--A---TTTTGTTCAATAACGGGTCAATCTGACCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGACTTTAT--AGCA--ATTT-TTGTTAatacatttaacatatctaaagtaatttaacatgtaagaactatttaatgaa
gi|5                          :     aACTGTAAAT-ACATGGATTCTAAGCCTTTAC---TAG-C-------------T--TTTTCGTATGGGACATG-ACAAAAAGTAACAAAGTTAAGAT--------------------------------ACGATAAGTA----------TTTACAGTA---------------CTTTATTTGAAA-AAA-AATGTTTAAAACGAAATTCCTAGGATGGGATTCGAACCATG-GCGC------AA-------A-C-------AAA---T-CGTATATA-------AGTTCAACGTGT--A-ACCACTCGGCC----ACG--GGCACATCTT-GATAAA--ACCTTG---TTATTTTCATCTTTAAACTAATCAT--AATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TCAT------ACTTGATT---GAACAATAAGAACAATTATC---TTTTTT-G-C-CGTATCGG-CATCTTTATT-TTC-AATAATTTTACTGATATCGGACAAATATCTCTTGTTGGC--AGCCATAT-GAAAACAATTCTGCATTCGAATCACCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTATACTTA-----------------TTTTAGT-------AACCGTG----------------ATAATTTTATGCACAGCTTTGCAAAGCTCAAAGTATAAACTGTTTAATGATATTAT-ATTATTATAGT--A---TTTTGTTCAATGAAGGATCATTCTAACCGATCAGAATTCATT--GATTTATACATCATAC--AGT--------TTAATAAAAAGTGATTT-T--TT-TATTAA-AAA----ATtggcatgattttaaata
gi|6                          :                                                           ataaTTCGTGTAGGAATTG-ACAAAAAGTCATCAAGTTAACAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAATAATGGAATAGATATAACTTAAAA-TA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCTGATGGGATTAGAACCATG-GTGG------AATCAAACAA-A-------AAA---T-CTTGCAAA-------AGTTCAATGTGTTAACACCACTAAGCC----AC--------ATCTT-GATAAA--TGTTTA---TTATTTCTATATTTAAACTTACCGTTCAATTGTTTCTCTATTAAA------TAA----TAG--AGAAATA-AATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CCTATCGG-CATATTTATT-ATC-AATAATTTTGCTAAAATCAGGCACGAATCTCTTGTTGAT--A---------------ACGCCACATTTGGAACATGTCAAATTTCATCATTGCGGTCAGCTAACACTTGGGATTCCCAGTGGCTATATTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTTATTTTATGCATGGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTTATT--TATTTATAGGTTATTT--AATA--AATaacaaacttgagattcatatagtgtat
gi|7                          :        TATAAAT-AAATGCATTCTGAACCTTTAC---TAGATCT--A-----G-TT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAA-TTAAGATACATTTTATGTATACA-TTTTATC------TAACACTA-GTACGTAAACATATTTA-AA-AAAGATATTAAATAAATTTAATTT-AAA-ATA-TATATTGTAAATAAAATTCCCC-GGTTGGATTCGAACCATG-GCGG------GA-------A-AGT-----ATA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACAACTCTCGGCC----ACG--GACACATTTT-GATAAA--TGTTTG---TTTTCTTGATATTTAAACTgagtatattgcagaagatactatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaGGGCGTTAATCTCTTGTTGTC--AGCCATTT-GTAA-TAACGCCACAGTCGGAACATCTCAGC---------TGCGTTCGGCTA-----------------------TTTTCAGT-------TACGGTAG--T-------ACGTCGTAATTTTATGTACACTTTTCCAAAACCAATAGTACAAACTGATAA---ATATCAT-A----CA--GT--A---TTTTGTTCAATAAGGGACCATTCTGACCAGTCTGAATTTATT--TATCTATAGATCATAT--AATA--AAtcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccacagtcggaacatctcagctgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|8                          :                                                                      aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacacattttgataaatgtttgttttcttgatatttaaacttcaaAACTGATCAATCAATTGTTTCTATCGTAAC------TAA----TGG--CAACATA-TATT------AACTGATT---GAACAGT---------TGCC---TATTTT-G-T-TGTATCAG-CATCTTTATT-ATC-AATTATTTTGCTGAAAT----CGCGAATCTCTTGGT----------------AAACAACACTGCATTCGGAA-ATCTCAGTTTTCATTGTTGCGTTTGGCTAAGATTTGGAATTCCCACCAGTAAGTGTTGGTCTCATTGAATC-TGA----------ATATCAT--TTTT---CGCAATGTTG-----CCCAAGATA-------TT-----ATAACAT------TAGAAC--A---TTATATTTAA--ATAGTTCATCTTGGCCTA----AGTCCATGAATGTTTAAATATTATGTCAAATA--AAAA-TAAGAAAA---T----T-A--TT-T---AA-AAA----ATgtgcag
gi|9                          :                           acctttaaatagttcattCT--C-----GCTT--TTTTCATACGGGAAATG-ACAAAAAGTCAACAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------TGACAA-A-CAA----------TTTA-AATAAAAAT-TAAAATAAATTTAACTTAAAA-AAAAGATATTGAAAACAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATA-ACGG------GG-------A-A-------AAA---TTCTTGCATA-------AGTTCAACGTCCTAACACCACGCGGCTTTTAAAG--GACACATATT-GATAAA--TGTTTG---TTATTATTACATTTA---------TTC----GTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAAAAACAAA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTATTT-A-TTCGTATCGG-CATCT--ATG-GCCAGATAATTTTGCTGAAATCGGACAGGAACCTCTTGTTGACTGAGCCATTTCAAAAAAAACGCTGCAATTGGAACATCTCAGCTTTCTTCGTTGCGTTCGACTAACACTTGGAATTCAAAGTGGCTATTTTTAGT-------AACTGTGG--T-------ATATCGTAATtggaaaatatgtatctgaagattttaagataaggatatataaatactatttgataatgaaactactttatgtacttcgtaaatccctatataatgtatctgtttttataatcaatct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CGCCATTTGCTGAGTAACCACAAACTAGCTGTGTGAATTGATCTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                           222222222222222222                                         1111111111              111111            3333333333                                       111                                             2222222222222222222222222                1111111                                                                                                                                                                   111111111                                                                                                                                                                                              1111111111                                                           22222222                                                                              2222222        2222222222222  111        11111             1     
lowQualScore                  :               3    1                666   555555555555555555                 3               0       7777777777      4       111111 1      4   2222222222    4        77 2               2   4  666                     4                  3    3333333333333333333333333   555 3        0000000                0          6666 7777          3      44      555                           1                 999999   7777   44       3    888888        555       222222222    555      2 2 2        3          3   88                                      33        2                                                           22           00 8       9999999        1111111111                                 0                 555     11111111 0    44 555                                          44                44    1111111   1    6666666666666  111 2  6   88888   1         5     
lowQualScore                  :               .    .                ...   ..................                 .               .       ..........      .       ...... .      .   ..........    .        .. .               .   .  ...                     .                  .    .........................   ... .        .......                .          .... ....          .      ..      ...                           .                 ......   ....   ..       .    ......        ...       .........    ...      . . .        .          .   ..                                      ..        .                                                           ..           .. .       .......        ..........                                 .                 ...     ........ .    .. ...                                          ..                ..    .......   .    .............  ... .  .   .....   .         .     
lowQualScore                  :               6    4                444   777777777777777777                 3               7       5555555555      0       555555 1      4   2222222222    4        77 9               7   4  333                     1                  3    8888888888888888888888888   888 3        0000000                4          5555 3333          3      66      888                           2                 666666   1111   66       3    888888        444       333333333    444      9 9 9        1          1   22                                      99        9                                                           77           66 0       3333333        3333333333                                 4                 888     22222222 4    66 888                                          66                66    6666666   0    0000000000000  888 5  7   00000   0         5     
consensus                     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
Reference ( family-1986 )     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
gi|1                          :        TATAAATGAAAT-AATTCTGAGCCTTTATATATGG-TCCTCA-----GCAGAACTATAAGATGGGAAATG-AAAAAATGTCACCGACTTAAGAT----------TATATA-TTTTATGACATTGTAACAATA-GCA----------TTTT-AATAAAAAAATGAAATAAATTTAACTTGAAACAAA-GATATTGAAAATAAAATTACC-AGGTTGGATTCAAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAAAAAT-CTTGCATA-------AGTTCATCGTCTTAACACCACTCGGCC----AAC--GACACATCAT-GATTAA--TGTTGG---TTGTTTTTATATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATGGGGCATTTTTATT-ACC-CATAATTT-GCTGAAATCAGATGCGAATCTCTTGTTAAC--AGCCATTT-GGAAACAACGCAGCATTCCGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCATTCGG------------ATTCCCAGCGGCTATTTTAAGT-------AACCGTGG--TTACTGTAATATAATAATTTTATGCGCAGTTTTGCAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T--AGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTAGTGATTATTT--AATA--A--T-TTGCT--A---TG---T----TT-AATGGT-GAA----CCATATTTTTATAATATTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     taaaa-------AGTTCAATGTCTTAACACCACTCAGCT----AAG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATT--------------------------GTTTCTCTAGTAAA------AAA----TGG--AGAAATA-TATT------CAATGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTTG-T-CATACTGG-CATCTTTATT-ATC-AATAATTTTGCTGAAATTTGATATGAATCTCTTGTTGAT--TACCATTT-GAAATCAACGCTGCATTAAAAACATCTCAGTTTTCATCGGTGTGTTCTGCTAACACTTGGAATTTCCAGTGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATTGTAGTTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGCTCAATGATGTATCATTTTGGACAGTCAGAATTGATT--TAATTACAGACTATAT--AATA--AA-----ATTAAA---TA---TCACTTT-TATCAA-atga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAATCATTCAATTGTTTCTTTCGTGAA------TAA----TGA--CGACATA-CATT------AATTGATT---GAACAGT---------TACC---TTTTTT-G-C-CTTATCGG-CATCTTCATT-ATC-GATAATTTGGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCCCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTACAC------TTCCCTGCAGC-AATTTTAGT-------ATCCGTGG--A-------ATATCGTAATTGTATGCACAGTTTTGCTAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T-T--T--G---TTTTGTTCAATCAGGGATCGTTCTTGCTATTCAGAACTAATA--TATTTATAGATTAAAT--AATG--A----TTAATAA---------T-A--TTGCATGAA-AAAAAAGATCACTTTTTACAAgtgagttattaacatattttaacaaaagtgatgaattaaca
gi|12                         :                                                          T--TTTTCGTACATGAAATG-ACAAaaaaagatatatatcattatatatcggtgagttattttaatactgtaaagtca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gc------AATTGATT---GAACAGT---------TGCCGTTTTTTTT-GGT-CGTATCCA-CATCTTTATT-ATC-CATAATTTTGCTGAAATCGGACGCAGATTTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCACATTCGAAATATCTCAAGTTTCATTGTTGCGGTCCGCTAACACTTAGGATTCCCTGCGGCTTTTTTAAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCATAATTTTATATCCAGTTTTGCAAAACCCTAAATAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGG--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATAATAGTC-TTCATAAttgattgaacagttgccgttttttttggtcgtatccacatctttattatccataattttgctgaaatcggacgcagatttcttgttgacagccatttgaaaacaacgccacattcgaaatatctcaagtttcattgttgcggtccgctaacacttaggattccctgcggcttttttaagtaaccgtggtatatcataattttatatccagttttgcaaaaccctaaataaaaactgttcaatatcatataggattttgttcaatgagggatcattctggccaatcagaattcatttatttatagattatataataatagtcttcataagatattac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                         gctttttcgtacatgaaatgacGATTCGAACCATG-GCAGGAAAACAA-------A-A-------AAA---T-CTTATATT-------AGTTATACGTTTTAAC--CGCTCGGCC----AC----ACACACCTT-GATAAA--TGATGG---TTATGTTTATATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTATCTCATAAA------TAA----AGG--CAAAATA-TAAT------AATTGA-------ACAGT---------TGCC---TTTTT--G-T-TGTAACGG-CATCTTTATT-ATT-GATAATTTTGCTGAAATCGGATGTGAATTTCTAGTTGAA--AGCCATTT-GAAAACAATGCCACATTCAGAACATCTCAGTTTCCATCGTTACGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTA-TTTTAGT-------AACTGTGGTAT-------ATATTGTAATTTTATGCACAGTTTTgatattac
gi|14                         :         ATAAAC-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTG--TTT-CGTACTGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TACATACTTTTATG------TAACACTA-GTA----------TTTA-AATAAAGTAATTAAATAAATTTAACTTAAAA-AAAAGATAGTGAAAATAAAATTCCCCTGGTGCGATTCGAACCATG-GCGATAAA--AA-------ACA-------AAA---T-ATTGCATA-------AATTCAACGTCGTATCAGCATTCAGCC----ACG--GCCACATCTT-GATAAT--TGTTTG---TTATCTTTATATTCAAACTAATCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                         aaacATACAATTTCCCGGTCGGGATTCGAACTATG-GTGA------AA-------A-AAAACAACAAA---T-CTTACATA-------AGTT-AAGATT------CCACTCGTCC----GCG--GACACATCTT-GATAAAAGTGTGTGTGTTTTTTTTTATATCTAAACTGATCCTTCAAGTTTTACTCGTGTAAAGATTTGTAAATTTTGGTTC-AGATA-TACCATAAGAAATTAATTCCACAATAGT---------TGTC---TCCCTT-G-T-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTTAGT-------AAATGTGG--T-------ATACCATAAATTTATGCA--GTTTTGCAAAATTGAAAGCAAAAACTGTTAA---ATATCAC-A-----GTAGTTCACTTTTTTGTTCAATGAAGGAGCATTTTCGCCATTCAAAATTCATT--CAGCTATAGATCATAT--TGTA--AAttaattttacgccatttgctgagtaaccacaaaccagctgtgtgaattgatcttcaggta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          GGCAGGATTCGAACC-TGCGCGG------GA-------A-G-------A-----T-CCCA-ATAGATTTCTAGTCTATCGCCTTAAC--CACTCGGCC----ACGACAACACGTgaataaaaagacaattttccagaaataaatgtggta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaacatatatatatacgatgtactaaatatttattttccaaaaatattcgttgtcTTTTC-G-T-CATAACGG-CATCTTTATT-TTT-GACTATTTTGCTGAAATCGGACGCAAATCCTTTGATGGC--AGCCATTT-AAAAATAACGCCGCATTCGGAGCATCTCAGTTTTCA
gi|19                         :   gtctaTATAAAT-ACATGAATTCTTAGCCTTTAC---TAA-T----------------TTTTTGTACGGGAAATG-ACAGAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------
gi|2                          :      ACTATTAAT-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAGATCT--A-----GCTT--TTTTCGTACAGGAAATG-ACAAAAAATCACCAAGTTAAGCT----------TATACA-TTTTATG------TTACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAAATGTGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATAATGAAAATAAAATTCCCCCGCTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCACA-------AGCTCAACATCTGAACACCACTTGGCC----ACG--AAGACATCTC-GATAAT--TGTTTG-----ATTTTTTT-TTTAAACTAATCATTCCATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--GGAAATA-TATT------AATTGCTT---GAACAGT---------TGCC---TCTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATTAATC--ATAATTTTGCTGATATCAGATGCTAATCTCTTATTGAC--AGCCAATG-GAAAACAACGCTGCATTAAGAATATCTAAGTTTTCATTGGTGCATACAGCTAACATTTGGAATTCCCAGCGGTTATTTTTAGT-------AGCTGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAAACGAAAATAAAAACTGTTCA---TTATTATGA----TATAGT--A---TTTTGTTCAGTGAGAGATCAATCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTGTAT--AATA--AATC-TTAACAAA---TG---T-A--TT-T-TGAATAAG----TTCTGTTTTTATAA-ATTAAg
gi|20                         :      acTATAAAT-AAATGAATTCTGAGTCTTTAC---TAG--------------CT--TTTTCGTACATGAAATG-ACg
gi|21                         :    agaaTATAAAT-AAATGAAGTCTAAGCTTTTTT---TAG-TCT--A-----GC-T--TTTTCGTACGGGAAA
gi|23                         :     aATTATAAAT-ACATGGATTCTGAGCCTTTAC---TAG-
gi|3                          : tatatgaTATAAAT-AAATTAATTATGTGCATTT---------TCT--A-----GCTT--TAT-CATTTGGGAAATGTAAAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACG-TTTTATG------ATACAAAA-GTA----------TTTA-AACAAAGA-ATGCAATAAATTTAACTTTAAA-AA--GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTTGAAGCATG-GCGG------GA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGTTAAATGTTTTAACACCAGTCGACC----A-------A-ATCTTTGATAAA---GTTAA---TCATTTTTATATTCCAACTAAACATTCAATTGTTTCTCTCTTAAG------AAA----TAG--CGAAATA-AATG------AATTGATT---GAACGGT---------TGGC---TTTTT--G-T-CGTATCGG-GATCCTTATC-ATC-AATACGTTTTCTG-----------GAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAGCGCCGCATTCAGAACCTCTCTAATTTCTTCGTTGCGGTCGGCTAACACTTGAGATTTCCAGCTGCTA-TTTTAGT-------CACCGTGG--T-------ATACCGTAATTTTATAAACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTCCA---ATATC---A----TATAGT--G---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATGTATAGATTATAT--AATAATAATCATTATGGAA---TA---T-A--ct
gi|4                          :     aaaaATTAAT-AACTGAATGTTGAGCCTTTAA---TAGATCT--AATTCAGCTT--TTTT-GTACGGAAAATG-AAAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTAGACCTA----TTTA-AATAAAGAAATTAAATAAATTTAACTTAATC-AA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCGAGTG----TCGAACCATG-GTG----------------A-A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGGTCAATGTTTTAACACCACTCGTCC----AAG--GCCATATCTC-GATAAA--TGTTTG---TTATCTTTATATTTAAACTAATCATTCTAATGTTTCTCTCGTAAA------TAT----GGG--CGACATA-TATT------AATTGATC---GAGCAGT---------TGCA---TTTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATC-ATC-AATAATCTTACTGAAATCGGACGTGAATCTCTTGTTGAT--AGCTATTA-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCATTGCGTTCGGCTAACTCTTGGAATTTCCAGCAG-TA-----AGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAACTTTTTGCACAGTTTTACAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---CTATC-T------TATAGT--A---TTTTGTTCAATAACGGGTCAATCTGACCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGACTTTAT--AGCA--ATTT-TTGTTAatacatttaacatatctaaagtaatttaacatgtaagaactatttaatgaa
gi|5                          :     aACTGTAAAT-ACATGGATTCTAAGCCTTTAC---TAG-C-------------T--TTTTCGTATGGGACATG-ACAAAAAGTAACAAAGTTAAGAT--------------------------------ACGATAAGTA----------TTTACAGTA---------------CTTTATTTGAAA-AAA-AATGTTTAAAACGAAATTCCTAGGATGGGATTCGAACCATG-GCGC------AA-------A-C-------AAA---T-CGTATATA-------AGTTCAACGTGT--A-ACCACTCGGCC----ACG--GGCACATCTT-GATAAA--ACCTTG---TTATTTTCATCTTTAAACTAATCAT--AATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TCAT------ACTTGATT---GAACAATAAGAACAATTATC---TTTTTT-G-C-CGTATCGG-CATCTTTATT-TTC-AATAATTTTACTGATATCGGACAAATATCTCTTGTTGGC--AGCCATAT-GAAAACAATTCTGCATTCGAATCACCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTATACTTA-----------------TTTTAGT-------AACCGTG----------------ATAATTTTATGCACAGCTTTGCAAAGCTCAAAGTATAAACTGTTTAATGATATTAT-ATTATTATAGT--A---TTTTGTTCAATGAAGGATCATTCTAACCGATCAGAATTCATT--GATTTATACATCATAC--AGT--------TTAATAAAAAGTGATTT-T--TT-TATTAA-AAA----ATtggcatgattttaaata
gi|6                          :                                                           ataaTTCGTGTAGGAATTG-ACAAAAAGTCATCAAGTTAACAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAATAATGGAATAGATATAACTTAAAA-TA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCTGATGGGATTAGAACCATG-GTGG------AATCAAACAA-A-------AAA---T-CTTGCAAA-------AGTTCAATGTGTTAACACCACTAAGCC----AC--------ATCTT-GATAAA--TGTTTA---TTATTTCTATATTTAAACTTACCGTTCAATTGTTTCTCTATTAAA------TAA----TAG--AGAAATA-AATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CCTATCGG-CATATTTATT-ATC-AATAATTTTGCTAAAATCAGGCACGAATCTCTTGTTGAT--A---------------ACGCCACATTTGGAACATGTCAAATTTCATCATTGCGGTCAGCTAACACTTGGGATTCCCAGTGGCTATATTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTTATTTTATGCATGGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTTATT--TATTTATAGGTTATTT--AATA--AATaacaaacttgagattcatatagtgtat
gi|7                          :        TATAAAT-AAATGCATTCTGAACCTTTAC---TAGATCT--A-----G-TT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAA-TTAAGATACATTTTATGTATACA-TTTTATC------TAACACTA-GTACGTAAACATATTTA-AA-AAAGATATTAAATAAATTTAATTT-AAA-ATA-TATATTGTAAATAAAATTCCCC-GGTTGGATTCGAACCATG-GCGG------GA-------A-AGT-----ATA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACAACTCTCGGCC----ACG--GACACATTTT-GATAAA--TGTTTG---TTTTCTTGATATTTAAACTgagtatattgcagaagatactatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaGGGCGTTAATCTCTTGTTGTC--AGCCATTT-GTAA-TAACGCCACAGTCGGAACATCTCAGC---------TGCGTTCGGCTA-----------------------TTTTCAGT-------TACGGTAG--T-------ACGTCGTAATTTTATGTACACTTTTCCAAAACCAATAGTACAAACTGATAA---ATATCAT-A----CA--GT--A---TTTTGTTCAATAAGGGACCATTCTGACCAGTCTGAATTTATT--TATCTATAGATCATAT--AATA--AAtcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccacagtcggaacatctcagctgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|8                          :                                                                      aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacacattttgataaatgtttgttttcttgatatttaaacttcaaAACTGATCAATCAATTGTTTCTATCGTAAC------TAA----TGG--CAACATA-TATT------AACTGATT---GAACAGT---------TGCC---TATTTT-G-T-TGTATCAG-CATCTTTATT-ATC-AATTATTTTGCTGAAAT----CGCGAATCTCTTGGT----------------AAACAACACTGCATTCGGAA-ATCTCAGTTTTCATTGTTGCGTTTGGCTAAGATTTGGAATTCCCACCAGTAAGTGTTGGTCTCATTGAATC-TGA----------ATATCAT--TTTT---CGCAATGTTG-----CCCAAGATA-------TT-----ATAACAT------TAGAAC--A---TTATATTTAA--ATAGTTCATCTTGGCCTA----AGTCCATGAATGTTTAAATATTATGTCAAATA--AAAA-TAAGAAAA---T----T-A--TT-T---AA-AAA----ATgtgcag
gi|9                          :                           acctttaaatagttcattCT--C-----GCTT--TTTTCATACGGGAAATG-ACAAAAAGTCAACAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------TGACAA-A-CAA----------TTTA-AATAAAAAT-TAAAATAAATTTAACTTAAAA-AAAAGATATTGAAAACAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATA-ACGG------GG-------A-A-------AAA---TTCTTGCATA-------AGTTCAACGTCCTAACACCACGCGGCTTTTAAAG--GACACATATT-GATAAA--TGTTTG---TTATTATTACATTTA---------TTC----GTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAAAAACAAA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTATTT-A-TTCGTATCGG-CATCT--ATG-GCCAGATAATTTTGCTGAAATCGGACAGGAACCTCTTGTTGACTGAGCCATTTCAAAAAAAACGCTGCAATTGGAACATCTCAGCTTTCTTCGTTGCGTTCGACTAACACTTGGAATTCAAAGTGGCTATTTTTAGT-------AACTGTGG--T-------ATATCGTAATtggaaaatatgtatctgaagattttaagataaggatatataaatactatttgataatgaaactactttatgtacttcgtaaatccctatataatgtatctgtttttataatcaatct


blockSeqs                     :               .    T                .     ATCTAATTCAGCTT                     T                       ACATTTTATG      C       .      A      A   CGTAAACATA    C        AA T               A   .  AAG                     T                  C    AAAAAAACAAC                 .   T        GATTTCT                           TTTA CGAC          T      AG      TGT                           A                 GATTTG   ATTT   TT       A    ATAAGA        CCA       AAGAACAAT    GTT      T G T        .          A   AG                                      TG        C                                                           GA              T       CTCATTG        TAT                                                          ATG     ATATTAT       TC CTT                                          AA                CA    ATAATCA   T    AAGTGATTTT     GCA C  T   AAAGA   C         .
blockSeqs                     :               .    G                .     ATCTAGCTT                          .                       .               .       .      T      .   GACCTA        .        TG G               A   .  AAG                     G                  .    AATCAAACAAA                 .   .        .                                 .    AG            .      .       .                             A                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   A                                       .         .                                                           GG              A       .              T                                                            .       ATGA          .  .                                            .                 .     ATAGTC    A    TATCACT        TA  G  .   T       G          
blockSeqs                     :               .    T                .     TCTAGCTG                           .                       .               .       .      T      .   .             .        AA G               T   .  AG                      C                  .    GAAAACAAAA                  .   .        .                                 .    CG            .      .       .                             A                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   G                                       .         .                                                           GA              T       .              A                                                            .       ATA           .  .                                            .                 .     AATC      A    TGTA           TA  G  .   A                  
blockSeqs                     :               .    G                .     TCTAGCTT                           .                       .               .       .      A      .   .             .        AA T               A   .  AA                      G                  .    TAAAAAACA                   .   .        .                                 .    CG            .      .       .                             C                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   C                                       .         .                                                           GA              T       .              T                                                            .       ACA           .  .                                            .                 .     ATTT      A    TATA           T   T  .   A                  
blockSeqs                     :               .    G                .     ATCTAGTT                           .                       .               .       .      A      .   .             .        TA G               G   .  AT                      G                  .    GAAAGT                      .   .        .                                 .    CG            .      .       .                             A                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   G                                       .         .                                                           AG              T       .              T                                                            .       ATA           .  .                                            .                 .     AAAA      T    TTA            T   .  .                      
blockSeqs                     :               .    G                .     TCTAGCT                            .                       .               .       .      A      .   .             .        A  T               A   .  G                       G                  .    GAAG                        .   .        .                                 .    AG            .      .       .                             T                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   G                                       .         .                                                           GA              T       .              T                                                            .       AT            .  .                                            .                 .     AA        T    TA                                           
blockSeqs                     :               .    T                .     CT                                 .                       .               .       .      G      .   .             .        T  A               A   .  T                       T                  .    AAAA                        .   .        .                                 .    CG            .      .       .                             A                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   A                                       .         .                                                           GG              G       .              T                                                            .       A             .  .                                            .                 .     A         A                                                 
blockSeqs                     :               .    G                .     CT                                 .                       .               .       .      .      .   .             .        .  .               .   .  T                       G                  .    GAAA                        .   .        .                                 .    CG            .      .       .                             A                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   A                                       .         .                                                           GA              T       .              T                                                            .       A             .  .                                            .                 .     .         G                                                 
blockSeqs                     :               .    G                .     T                                  .                       .               .       .                                                                                          .                  .    AAAC                        .   .        .                                 .    AG            .      .       .                             A                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   A                                       .         .                                                           GA              .       .              T                                                            .       A             .  .                                            .                 .                                                                 
blockSeqs                     :               .    G                .                                        .                                                                                                                                                             .    GGAA                        .   .        .                                 .    C             .      .       .                             .                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   A                                       .         .                                                           .               .       .              T                                                            .       T             .  .                                            .                 .                                                                 
blockSeqs                     :                                                                              .                                                                                                                                                             .    AA                          .   .        .                                 .    C             .      .       .                             .                 .        .      .        .    .             .         .            .        . . .        .          .   A                                       .         .                                                           .               .       .              T                                                            .       A             .  .                                            .                 .                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                          .                                 .    .                                                                                                          .             .         .            .        . . .        .          .   .                                       .         .                                                           .               .       .              .                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          . . .                                                               .         .                                                                                   .              .                                                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                     ***   TCTAGCTT**********                                                                 ******                                                                                                                                         ***                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GA                                     T*********                                                           ATA*****                                                                              AAT****        TATA*********
originalCons                  :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AATC-TTANTAAA---TG---T-A--TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
finalCons                     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAGTCTAGCTT----------TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGGT---------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCATA-----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATAAAT----TTANTAAATATA---------TT-TATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CGCCATTTGCTGAGTAACCACAAACTAGCTGTGTGAATTGATCTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                           222222222222222222                                         1111111111              111111            3333333333                                       111                                             2222222222222222222222222                1111111                                                                                                                                                                   111111111                                                                                                                                                                                              1111111111                                                           22222222                                                                                  2222222222222222            11        11111             1     
lowQualScore                  :               3    1                666   555555555555555555                 3               0       7777777777      4       111111 1      4   2222222222    4        77 2               2   4  666                     4                  3    3333333333333333333333333   555 3        0000000                0          6666 7777          3      44      555                           1                 999999   7777   44       3    888888        555       222222222    555      2 2 2        3          3   88                                      33        2                                                           22           00 8       9999999        1111111111                                 0                 555     11111111 0    44 555                                          44                44    44  9999999999999999    8888  5 44 2  6   88888   1         5     
lowQualScore                  :               .    .                ...   ..................                 .               .       ..........      .       ...... .      .   ..........    .        .. .               .   .  ...                     .                  .    .........................   ... .        .......                .          .... ....          .      ..      ...                           .                 ......   ....   ..       .    ......        ...       .........    ...      . . .        .          .   ..                                      ..        .                                                           ..           .. .       .......        ..........                                 .                 ...     ........ .    .. ...                                          ..                ..    ..  ................    ....  . .. .  .   .....   .         .     
lowQualScore                  :               6    4                444   777777777777777777                 3               7       5555555555      0       555555 1      4   2222222222    4        77 9               7   4  333                     1                  3    8888888888888888888888888   888 3        0000000                4          5555 3333          3      66      888                           2                 666666   1111   66       3    888888        444       333333333    444      9 9 9        1          1   22                                      99        9                                                           77           66 0       3333333        3333333333                                 4                 888     22222222 4    66 888                                          66                66    66  4444444444444444    0000  7 00 5  7   00000   0         5     
consensus                     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AAT--TTAATAA------ATAT-A--TT-T-ATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
Reference ( family-1986 )     :    NNACTATAAAT-AAATGAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAGANATGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACACCACTCGGCC----ACG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATTTTTATATTTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATCGG-CATCTTTATT-ATC-GATAATTTTGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--AAT--TTANTAA------ATAT-A--TT-T-ATGAA-AAA----ATCTNTTTTTATAATATTAA
gi|1                          :        TATAAATGAAAT-AATTCTGAGCCTTTATATATGG-TCCTCA-----GCAGAACTATAAGATGGGAAATG-AAAAAATGTCACCGACTTAAGAT----------TATATA-TTTTATGACATTGTAACAATA-GCA----------TTTT-AATAAAAAAATGAAATAAATTTAACTTGAAACAAA-GATATTGAAAATAAAATTACC-AGGTTGGATTCAAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAAAAAT-CTTGCATA-------AGTTCATCGTCTTAACACCACTCGGCC----AAC--GACACATCAT-GATTAA--TGTTGG---TTGTTTTTATATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TATA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CGTATGGGGCATTTTTATT-ACC-CATAATTT-GCTGAAATCAGATGCGAATCTCTTGTTAAC--AGCCATTT-GGAAACAACGCAGCATTCCGAACATCTCAGTTTTCATCGTTGCATTCGG------------ATTCCCAGCGGCTATTTTAAGT-------AACCGTGG--TTACTGTAATATAATAATTTTATGCGCAGTTTTGCAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T--AGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTAGTGATTATTT--AAT---AAT--TTGC----------TAT-G--TT-TAATGGT-GAA----CCATATTTTTATAATATTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     taaaa-------AGTTCAATGTCTTAACACCACTCAGCT----AAG--GACACATCTT-GATAAA--TGTTTG---TTATT--------------------------GTTTCTCTAGTAAA------AAA----TGG--AGAAATA-TATT------CAATGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTTTG-T-CATACTGG-CATCTTTATT-ATC-AATAATTTTGCTGAAATTTGATATGAATCTCTTGTTGAT--TACCATTT-GAAATCAACGCTGCATTAAAAACATCTCAGTTTTCATCGGTGTGTTCTGCTAACACTTGGAATTTCCAGTGGCTATTTTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATTGTAGTTTTATGCACAGTTTTGCAAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGCTCAATGATGTATCATTTTGGACAGTCAGAATTGATT--TAATTACAGACTATAT--AATA--AA-----ATTAA------ATATCACTTT-T-ATCAA-atga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAATCATTCAATTGTTTCTTTCGTGAA------TAA----TGA--CGACATA-CATT------AATTGATT---GAACAGT---------TACC---TTTTTT-G-C-CTTATCGG-CATCTTCATT-ATC-GATAATTTGGCTGAAATCGGACGCGAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCCCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTACAC------TTCCCTGCAGC-AATTTTAGT-------ATCCGTGG--A-------ATATCGTAATTGTATGCACAGTTTTGCTAAACCAAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATCAT-A----T-T--T--G---TTTTGTTCAATCAGGGATCGTTCTTGCTATTCAGAACTAATA--TATTTATAGATTAAAT--AATG--A----TTAATA---------AT-A--TTGC-ATGAA-AAAAAAGATCACTTTTTACAAgtgagttattaacatattttaacaaaagtgatgaattaaca
gi|12                         :                                                          T--TTTTCGTACATGAAATG-ACAAaaaaagatatatatcattatatatcggtgagttattttaatactgtaaagtca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gc------AATTGATT---GAACAGT---------TGCCGTTTTTTTT-GGT-CGTATCCA-CATCTTTATT-ATC-CATAATTTTGCTGAAATCGGACGCAGATTTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAACGCCACATTCGAAATATCTCAAGTTTCATTGTTGCGGTCCGCTAACACTTAGGATTCCCTGCGGCTTTTTTAAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCATAATTTTATATCCAGTTTTGCAAAACCCTAAATAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGG--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTATAT--AATA--Attgattgaacagttgccgttttttttggtcgtatccacatctttattatccataattttgctgaaatcggacgcagatttcttgttgacagccatttgaaaacaacgccacattcgaaatatctcaagtttcattgttgcggtccgctaacacttaggattccctgcggcttttttaagtaaccgtggtatatcataattttatatccagttttgcaaaaccctaaataaaaactgttcaatatcatataggattttgttcaatgagggatcattctggccaatcagaattcatttatttatagattatataataatagtcttcataagatattac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                         gctttttcgtacatgaaatgacGATTCGAACCATG-GCAGGAAAACAA-------A-A-------AAA---T-CTTATATT-------AGTTATACGTTTTAAC--CGCTCGGCC----AC----ACACACCTT-GATAAA--TGATGG---TTATGTTTATATCTAAACTAATCATTCAATTGTTTATCTCATAAA------TAA----AGG--CAAAATA-TAAT------AATTGA-------ACAGT---------TGCC---TTTTT--G-T-TGTAACGG-CATCTTTATT-ATT-GATAATTTTGCTGAAATCGGATGTGAATTTCTAGTTGAA--AGCCATTT-GAAAACAATGCCACATTCAGAACATCTCAGTTTCCATCGTTACGTTCGGCTAACACTTGGAATTCCCAGCGGCTA-TTTTAGT-------AACTGTGGTAT-------ATATTGTAATTTTATGCACAGTTTTtagtcttcataagatattac
gi|14                         :         ATAAAC-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAG-TCT--A-----GCTG--TTT-CGTACTGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TACATACTTTTATG------TAACACTA-GTA----------TTTA-AATAAAGTAATTAAATAAATTTAACTTAAAA-AAAAGATAGTGAAAATAAAATTCCCCTGGTGCGATTCGAACCATG-GCGATAAA--AA-------ACA-------AAA---T-ATTGCATA-------AATTCAACGTCGTATCAGCATTCAGCC----ACG--GCCACATCTT-GATAAT--TGTTTG---TTATCTTTATATTCAAACTAATCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                         aaacATACAATTTCCCGGTCGGGATTCGAACTATG-GTGA------AA-------A-AAAACAACAAA---T-CTTACATA-------AGTT-AAGATT------CCACTCGTCC----GCG--GACACATCTT-GATAAAAGTGTGTGTGTTTTTTTTTATATCTAAACTGATCCTTCAAGTTTTACTCGTGTAAAGATTTGTAAATTTTGGTTC-AGATA-TACCATAAGAAATTAATTCCACAATAGT---------TGTC---TCCCTT-G-T-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTTAGT-------AAATGTGG--T-------ATACCATAAATTTATGCA--GTTTTGCAAAATTGAAAGCAAAAACTGTTAA---ATATCAC-A-----GTAGTTCACTTTTTTGTTCAATGAAGGAGCATTTTCGCCATTCAAAATTCATT--CAGCTATAGATCATAT--TGTA--AAttaattttacgccatttgctgagtaaccacaaaccagctgtgtgaattgatcttcaggta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          GGCAGGATTCGAACC-TGCGCGG------GA-------A-G-------A-----T-CCCA-ATAGATTTCTAGTCTATCGCCTTAAC--CACTCGGCC----ACGACAACACGTgaataaaaagacaattttccagaaataaatgtggta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaacatatatatatacgatgtactaaatatttattttccaaaaatattcgttgtcTTTTC-G-T-CATAACGG-CATCTTTATT-TTT-GACTATTTTGCTGAAATCGGACGCAAATCCTTTGATGGC--AGCCATTT-AAAAATAACGCCGCATTCGGAGCATCTCAGTTTTCA
gi|19                         :   gtctaTATAAAT-ACATGAATTCTTAGCCTTTAC---TAA-T----------------TTTTTGTACGGGAAATG-ACAGAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------
gi|2                          :      ACTATTAAT-AAATTAATTCTGAGCCTTTAC---TAGATCT--A-----GCTT--TTTTCGTACAGGAAATG-ACAAAAAATCACCAAGTTAAGCT----------TATACA-TTTTATG------TTACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAAATGTGAAATAAATTTAACTTAAAA-AAA-GATAATGAAAATAAAATTCCCCCGCTGGGATTCGAACCATG-GCGG------AA-------A-A-------AAA---T-CTTGCACA-------AGCTCAACATCTGAACACCACTTGGCC----ACG--AAGACATCTC-GATAAT--TGTTTG-----ATTTTTTT-TTTAAACTAATCATTCCATTGTTTCTCTTGTAAA------TAA----TGG--GGAAATA-TATT------AATTGCTT---GAACAGT---------TGCC---TCTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATTAATC--ATAATTTTGCTGATATCAGATGCTAATCTCTTATTGAC--AGCCAATG-GAAAACAACGCTGCATTAAGAATATCTAAGTTTTCATTGGTGCATACAGCTAACATTTGGAATTCCCAGCGGTTATTTTTAGT-------AGCTGTGG--T-------ATATCGTAATTTTATGCACAGTTTTGCAAAAACGAAAATAAAAACTGTTCA---TTATTATGA----TATAGT--A---TTTTGTTCAGTGAGAGATCAATCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGATTGTAT--AATA--AATC-TTAACAA------ATGT-A--TT-T--TGAATAAG----TTCTGTTTTTATAA-ATTAAg
gi|20                         :      acTATAAAT-AAATGAATTCTGAGTCTTTAC---TAG--------------CT--TTTTCGTACATGAAATG-ACg
gi|21                         :    agaaTATAAAT-AAATGAAGTCTAAGCTTTTTT---TAG-TCT--A-----GC-T--TTTTCGTACGGGAAA
gi|23                         :     aATTATAAAT-ACATGGATTCTGAGCCTTTAC---TAG-
gi|3                          : tatatgaTATAAAT-AAATTAATTATGTGCATTT---------TCT--A-----GCTT--TAT-CATTTGGGAAATGTAAAAAAAGTCACCAAGTTAAGAT----------TATACG-TTTTATG------ATACAAAA-GTA----------TTTA-AACAAAGA-ATGCAATAAATTTAACTTTAAA-AA--GATATTGAAAATAAAATTCCCCGGGTGGGATTTGAAGCATG-GCGG------GA-------A-A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGTTAAATGTTTTAACACCAGTCGACC----A-------A-ATCTTTGATAAA---GTTAA---TCATTTTTATATTCCAACTAAACATTCAATTGTTTCTCTCTTAAG------AAA----TAG--CGAAATA-AATG------AATTGATT---GAACGGT---------TGGC---TTTTT--G-T-CGTATCGG-GATCCTTATC-ATC-AATACGTTTTCTG-----------GAATCTCTTGTTGAC--AGCCATTT-GAAAACAGCGCCGCATTCAGAACCTCTCTAATTTCTTCGTTGCGGTCGGCTAACACTTGAGATTTCCAGCTGCTA-TTTTAGT-------CACCGTGG--T-------ATACCGTAATTTTATAAACAGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTCCA---ATATC---A----TATAGT--G---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTCATT--TATGTATAGATTATAT--AATAATAATCATTATGGA------ATAT-A--ct
gi|4                          :     aaaaATTAAT-AACTGAATGTTGAGCCTTTAA---TAGATCT--AATTCAGCTT--TTTT-GTACGGAAAATG-AAAAAAAGTCACCAAATTAAGAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTAGACCTA----TTTA-AATAAAGAAATTAAATAAATTTAACTTAATC-AA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCGAGTG----TCGAACCATG-GTG----------------A-A-------AAA---T-CTTGCATT-------AGGTCAATGTTTTAACACCACTCGTCC----AAG--GCCATATCTC-GATAAA--TGTTTG---TTATCTTTATATTTAAACTAATCATTCTAATGTTTCTCTCGTAAA------TAT----GGG--CGACATA-TATT------AATTGATC---GAGCAGT---------TGCA---TTTTTT-G-T-CATATCGG-CATCTTTATC-ATC-AATAATCTTACTGAAATCGGACGTGAATCTCTTGTTGAT--AGCTATTA-GAAAACAACGCCGCATTCGGAACATCTCAGTTTTCATCATTGCGTTCGGCTAACTCTTGGAATTTCCAGCAG-TA-----AGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTAACTTTTTGCACAGTTTTACAAAATCCAAAGTAAAAACTGTTCA---CTATC-T------TATAGT--A---TTTTGTTCAATAACGGGTCAATCTGACCAATCAGAATTCATT--TATTTATAGACTTTAT--AGCA--ATT--TTatacatttaacatatctaaagtaatttaacatgtaagaactatttaatgaa
gi|5                          :     aACTGTAAAT-ACATGGATTCTAAGCCTTTAC---TAG-C-------------T--TTTTCGTATGGGACATG-ACAAAAAGTAACAAAGTTAAGAT--------------------------------ACGATAAGTA----------TTTACAGTA---------------CTTTATTTGAAA-AAA-AATGTTTAAAACGAAATTCCTAGGATGGGATTCGAACCATG-GCGC------AA-------A-C-------AAA---T-CGTATATA-------AGTTCAACGTGT--A-ACCACTCGGCC----ACG--GGCACATCTT-GATAAA--ACCTTG---TTATTTTCATCTTTAAACTAATCAT--AATTGTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAATA-TCAT------ACTTGATT---GAACAATAAGAACAATTATC---TTTTTT-G-C-CGTATCGG-CATCTTTATT-TTC-AATAATTTTACTGATATCGGACAAATATCTCTTGTTGGC--AGCCATAT-GAAAACAATTCTGCATTCGAATCACCTCAGTTTTCATCGTTGCGTTCGGCTTATACTTA-----------------TTTTAGT-------AACCGTG----------------ATAATTTTATGCACAGCTTTGCAAAGCTCAAAGTATAAACTGTTTAATGATATTAT-ATTATTATAGT--A---TTTTGTTCAATGAAGGATCATTCTAACCGATCAGAATTCATT--GATTTATACATCATAC--------AGT--TTAATAAAAAGTGATTT-T--TT-T-ATTAA-AAA----ATtgttatggcatgattttaaata
gi|6                          :                                                           ataaTTCGTGTAGGAATTG-ACAAAAAGTCATCAAGTTAACAT----------TATACA-TTTTATG------TAACAATA-GTA----------TTTA-AATAAAATAATGGAATAGATATAACTTAAAA-TA--TATATTGAAAATAAAATTCCCCTGATGGGATTAGAACCATG-GTGG------AATCAAACAA-A-------AAA---T-CTTGCAAA-------AGTTCAATGTGTTAACACCACTAAGCC----AC--------ATCTT-GATAAA--TGTTTA---TTATTTCTATATTTAAACTTACCGTTCAATTGTTTCTCTATTAAA------TAA----TAG--AGAAATA-AATT------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTTTTT-G-T-CCTATCGG-CATATTTATT-ATC-AATAATTTTGCTAAAATCAGGCACGAATCTCTTGTTGAT--A---------------ACGCCACATTTGGAACATGTCAAATTTCATCATTGCGGTCAGCTAACACTTGGGATTCCCAGTGGCTATATTTAGT-------AACCGTGG--T-------ATATCGTTATTTTATGCATGGTTTTGCAAAACCCAAAGTAAAAACTGTTCA---ATATC---A----TATAGT--A---TTTTGTTCAATGAGGGATCATTCTGGCCAATCAGAATTTATT--TATTTATAGGTTATTT--AATA--AA-------TGA------GTAT-A--TT-aacaaacttgagattcatatagtgtat
gi|7                          :        TATAAAT-AAATGCATTCTGAACCTTTAC---TAGATCT--A-----G-TT--TTTTCGTACGGGAAATG-ACAAAAAGTCACCAA-TTAAGATACATTTTATGTATACA-TTTTATC------TAACACTA-GTACGTAAACATATTTA-AA-AAAGATATTAAATAAATTTAATTT-AAA-ATA-TATATTGTAAATAAAATTCCCC-GGTTGGATTCGAACCATG-GCGG------GA-------A-AGT-----ATA---T-CTTGCATA-------AGTTCAACGTCTTAACAACTCTCGGCC----ACG--GACACATTTT-GATAAA--TGTTTG---TTTTCTTGATATTTAAACTgcagaagatactatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaGGGCGTTAATCTCTTGTTGTC--AGCCATTT-GTAA-TAACGCCACAGTCGGAACATCTCAGC---------TGCGTTCGGCTA-----------------------TTTTCAGT-------TACGGTAG--T-------ACGTCGTAATTTTATGTACACTTTTCCAAAACCAATAGTACAAACTGATAA---ATATCAT-A----CA--GT--A---TTTTGTTCAATAAGGGACCATTCTGACCAGTCTGAATTTATT--TATCTATAGATCATAT--AATA--AAtcaagggcgttaatctcttgttgtcagccatttgtaataacgccacagtcggaacatctcagctgcgttcggctattttcagttacggtagtacgtcgtaattttatgtacacttttccaaaaccaatagtacaaactgataaatatcatacagtattttgttcaataagggaccattctgaccagtctgaatttatttatctatagatcatataataaagtgcag
gi|8                          :                                                                      aaatataaataaatgcattctgaacctttactagatctagttttttcgtacgggaaatgacaaaaagtcaccaattaagatacattttatgtatacattttatctaacactagtacgtaaacatatttaaaaaagatattaaataaatttaatttaaaatatatattgtaaataaaattccccggttggattcgaaccatggcgggaaagtatatcttgcataagttcaacgtcttaacaactctcggccacggacacattttgataaatgtttgttttcttgatatttaaacttcaaAACTGATCAATCAATTGTTTCTATCGTAAC------TAA----TGG--CAACATA-TATT------AACTGATT---GAACAGT---------TGCC---TATTTT-G-T-TGTATCAG-CATCTTTATT-ATC-AATTATTTTGCTGAAAT----CGCGAATCTCTTGGT----------------AAACAACACTGCATTCGGAA-ATCTCAGTTTTCATTGTTGCGTTTGGCTAAGATTTGGAATTCCCACCAGTAAGTGTTGGTCTCATTGAATC-TGA----------ATATCAT--TTTT---CGCAATGTTG-----CCCAAGATA-------TT-----ATAACAT------TAGAAC--A---TTATATTTAA--ATAGTTCATCTTGGCCTA----AGTCCATGAATGTTTAAATATTATGTCAAATA--AAA--ATAAGAA------AATT-A--TT-T----AA-AAA----ATgtgcag
gi|9                          :                           acctttaaatagttcattCT--C-----GCTT--TTTTCATACGGGAAATG-ACAAAAAGTCAACAAGTTAAGAT----------TATATA-TTTTATG------TGACAA-A-CAA----------TTTA-AATAAAAAT-TAAAATAAATTTAACTTAAAA-AAAAGATATTGAAAACAAAATTCCCCGGGTGGGATTCGAACCATA-ACGG------GG-------A-A-------AAA---TTCTTGCATA-------AGTTCAACGTCCTAACACCACGCGGCTTTTAAAG--GACACATATT-GATAAA--TGTTTG---TTATTATTACATTTA---------TTC----GTTTCTCTCGTAAA------TAA----TGG--CGAAAAAACAAA------AATTGATT---GAACAGT---------TGCC---TTATTT-A-TTCGTATCGG-CATCT--ATG-GCCAGATAATTTTGCTGAAATCGGACAGGAACCTCTTGTTGACTGAGCCATTTCAAAAAAAACGCTGCAATTGGAACATCTCAGCTTTCTTCGTTGCGTTCGACTAACACTTGGAATTCAAAGTGGCTATTTTTAGT-------AACTGTGG--T-------ATATCGTAATtggaaaatatgtatctgaagattttaagataaggatatataaatactatttgataatgaaactactttatgtacttcgtaaatccctatataatgtatctgtttttataatcaatct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CGCCATTTGCTGAGTAACCACAAACTAGCTGTGTGAATTGATCTTCA