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Unaligned ( gi|15 ): TTAACAAAAGGGAGTAATGACACTATATAAAACAAAATTATTCAACAAAATCAATACAATTTGGAAACCAAAATCTGAAA
Alignments
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lowQualScore : 5 2222222222 66666 7 7 4444 9999 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555 55555555555 444 22 44444
lowQualScore : . .......... ..... . . .... .... . .................................................................. .... ........... ... .. .....
lowQualScore : 5 0000000000 55555 3 3 0000 8888 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 11111111111 444 66 88888
consensus : AAACTTTATAATTACTCGATAATTATGTTTGCGAGAACTCAAATATATTTGCG---TATTTTGTGATAAAAAA-ATGCGTCGAA----ATCAATATTTNANC-GGATTTAAN--ACTNCAATTG--TTTT-A-TN----TATGTAAT----AGT---T-------G---TTCATTAAGTAAAAATT--TAACA-----ATTAAGAAACCCAAAGGGAGCGAC
Reference ( family-197 ) : AAACTTTATAATTACTCGATAATTATGTTTGCGAGAACTCAAATATATTTGCG---TATTTTGTGATAAAAAA-ATGCGTCGAA----ATCAATATTTNANC-GGATTTAAN--ACTNCAATTG--TTTT-A-TN----TATGTAAT----AGT---T-------G---TTCATTAAGTAAAAATT--TAACA-----ATTAAGAAACCCAAAGGGAGCGAC
gi|1 : AAATTTTATAATTATTCGATAATTATGTTTGCAAGAACTCAAA-ATATTTGCA---TATTTTGTGAT-ACAAA-CTCCATTGAA----AACGA-ACT---GC-AG-TTTTAT--ACTT-AACTG--TTCT-T-TC----TATGTAAT----AGTAAGT-------G---TTTATTAAATAAACATT--TAACA-----ATTAAG-AACCCAGAGGGATCAAC
gi|10 : aTTAAGTAAAAATC--GAACA-----ATTAAGAAACCCAAccgggtttcttaattcttattt
gi|10 : AT----AGT-----------G---TTCATTAAGTGAAAATT--TGAAA-----ATTttttcaaattttcacttaatgaacactatctgccttagtgttaaacgtcatttgactgacatttt
gi|11 : ttaagtaaaaatcgaacaattaagaaacccTGTAAC----AGTAAGT-------G---TTGATTAAGTAAATATG--TAAAA-----ATTAAAAAACCCAAAGGGAGCGACctgccttagtgttaaacgtcatttgactgacatttt
gi|12 : TAAT----AGT---TACT----G---CTCATTATGTAAAATTT--TAACA-----ATTATGAAACCCAAATGGAGCGACcgaagggagcgaccgggttttcttatttgatatatt
gi|13 : -TT----TATATAAT----AGT---TAAT----G---TTCATTAAGTAAAAATT--TAACA-----TTTAAG-AACCCGAAGGGAGaacagggtgcggccggggtttcctatttgttaatt
gi|14 : gtatttatccatacattcattcaaagatTGTAATT---TGTT-A-TG----TATGTAAT----AGT---TATGAAGTG---TTTGTTAAG-ATAAATT--TAACA-----ATTTAAAAGCTCAAAGGGAGCGAC
gi|16 : ttAAAAT----AGCA-----ATTAAGAAACCAAAAGGGAGCGagcag
gi|17 : T----AAT---T-------G---TTCATT---------TTCTTAACA-----ATTAAGAAACCCAAAGGGACCGACtctgcaggaagtgttaatttttttgcttaatgagcacttactat
gi|18 : atgtaattattagtAAT----AGTAAGT-------G---TTCATTAAGTAACATTT--TAACA-----ATTAAGAAACCCAAAGGGAGcgtagg
gi|19 : AAAAATT---AACA-----ATTATGAAACCAAAAGGGAGCGAC
gi|2 : ATA-ATTTGCACGATATTTT----TAAAAAA-A------GAATTTCATCAA-ATT-AATT-GGAGT--AT--ATT--AATTG--TTAA-AATT----TATGTAATTCTAAGT-----------G---TTCATTTAGTAAAAAAT--TAACA-----ATTAAGAAACCAAAAGGGAGCGAC
gi|20 : agtaaagaaattaccatcatgtcggatgtacaaatagcagacgAATT--TAACA-----ATTAAGAAACTCAAAGGGAGCGACcg
gi|21 : AAAATT--TAACA-----ATTAAGAAACCCAAAGGGAGCAAc
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gi|4 : ATTG--TTT-----C----CAAGTAAT----AGT---T-------AGTATCCATTAAGTAACAAAA--TAATA-----ATTGAAAAACACAAAGGGAGCGAC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAACAAAAGGGAGTAATGACACTATATAAAACAAAATTATTCAACAAAATCAATACAATTTGGAAACCAAAATCTGAAA