lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        111111111111                     11111111111111111111111111111111111111111111111111                                                         22222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                          1111111111111                                                                        1111111111111111111111                                                            111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                   1111111111111111111111111111                                                           111111111111111111111111111111111                                     1111111111111111111111111111111111                                                                                     111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                  
lowQualScore                  :              6666      4444                            4                   1                        1    4      1                                          22222       1              333             22        1                             222        1    2                    22       1                                   222    33333        5555555                         1                      22222222222   1                                                  2                                  1                                   1    222                                   1     1                      11                                          000000000000               1     55555555555555555555555555555555555555555555555555  1                    333   22                          77777777777777777777777777777777777777777777777777777777            1111   777777777777777                                        1               1             11         4444                    1  333   22                    4444444444444       1                   11111     44444444      44444444   111       0000000000000000000000         44444444     11           1       333333           111111111111111111111111                           22222222222                    3333      1               1   2222       1              1           11           3333               1111                   222                      88888888888              444444         3  1         5555555555555555555555555555    1   3333333        22222222              1             111111111111111111111111111111111                          22    11   4444444444444444444444444444444444             1                               222           1                         777777777777777777777777777777777777   11111         11                           1            33          1          2                        1 1                    
lowQualScore                  :              0000   6  0000             6  6           0        6          7         2     4        6    0      5            4               2     2 6     66666   6   5   6  999   6 000             33        7                6    4       666 2      5 4  0        66          11       6                          8        555    55555        4444444   0   6        0        7      6        3  3   99999999999   7 6          6       2        99      44  1   3  2 2 3   44       0      6            5 6   2      2  6        0          5    666         66                        0     0       2              22              9  0 6   55     6   6     6 111111111111             4 7     77777777777777777777777777777777777777777777777777  5                  2 888   77                2         44444444444444444444444444444444444444444444444444444444    6       7777   777777777777777                              3         6               5  2      4   44         0000   6         2      5  888   33                    6666666666666       2        3   77     88888     33333333      22222222   777       6666666666666666666666     9   44444444  3  66           3       888888           777777777777777777777777                    6  6   88888888888       66 3  7      6666      2     9         5   1111       7  6     6   6 5     4     88  6    0   0000  8            7777 2  2    0    7    111     77   6           22222222222 4         3  000000 0   9   0  0         3333333333333333333333333333    0   2222222  2     22222222              5 6           666666666666666666666666666666666               1          33    55   3333333333333333333333333333333333   2  0      0                         66    888 6         7 3 0    2             2  999999999999999999999999999999999999   44444 0     1 22 2       1           8     6     6      00          7          1 3      0  4     00 33  0 0          2         
lowQualScore                  :              ....   .  ....             .  .           .        .          .         .     .        .    .      .            .               .     . .     .....   .   .   .  ...   . ...             ..        .                .    .       ... .      . .  .        ..          ..       .                          .        ...    .....        .......   .   .        .        .      .        .  .   ...........   . .          .       .        ..      ..  .   .  . . .   ..       .      .            . .   .      .  .        .          .    ...         ..                        .     .       .              ..              .  . .   ..     .   .     . ............             . .     ..................................................  .                  . ...   ..                .         ........................................................    .       ....   ...............                              .         .               .  .      .   ..         ....   .         .      .  ...   ..                    .............       .        .   ..     .....     ........      ........   ...       ......................     .   ........  .  ..           .       ......           ........................                    .  .   ...........       .. .  .      ....      .     .         .   ....       .  .     .   . .     .     ..  .    .   ....  .            .... .  .    .    .    ...     ..   .           ........... .         .  ...... .   .   .  .         ............................    .   .......  .     ........              . .           .................................               .          ..    ..   ..................................   .  .      .                         ..    ... .         . . .    .             .  ....................................   ..... .     . .. .       .           .     .     .      ..          .          . .      .  .     .. ..  . .          .         
lowQualScore                  :              0000   0  0000             0  0           0        0          0         5     0        0    0      0            0               5     5 0     00000   0   0   0  555   0 555             00        0                0    0       000 5      0 0  0        55          00       3                          8        333    33333        3333333   7   7        7        0      5        2  2   55555555555   0 0          0       5        55      22  2   2  5 2 0   88       2      0            0 0   0      5  0        2          0    888         88                        8     0       2              00              0  7 7   00     0   0     0 000000000000             0 0     00000000000000000000000000000000000000000000000000  5                  5 555   55                5         00000000000000000000000000000000000000000000000000000000    0       3333   333333333333333                              0         0               0  5      0   55         5555   0         5      0  555   00                    7777777777777       0        7   33     77777     33333333      77777777   777       0000000000000000000000     0   00000000  7  00           3       333333           777777777777777777777777                    0  0   55555555555       88 2  3      7777      3     0         0   0000       0  0     0   0 0     0     33  0    7   3333  3            8888 5  2    2    0    000     77   7           33333333333 7         2  555555 2   0   0  0         5555555555555555555555555555    0   5555555  0     00000000              5 0           000000000000000000000000000000000               2          88    77   7777777777777777777777777777777777   5  2      5                         88    888 0         0 5 2    2             5  222222222222222222222222222222222222   22222 2     2 55 5       2           3     0     0      00          0          2 2      8  2     55 88  0 0          2         
consensus                     : NNNNNNCGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTNTATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGGTCGNGTATTTGACAATGATNGCGTTNGTCTGTTANAACTCAAAGTGGGAGAGNNNACACANACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTCAGATTTAAACCCTTATNAAAAGTTTNCTNCAAGGCGCNCTAGTCTCAATNNCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTC--CGAGAG----ATCGCTTT-------AACTACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAG-A--C--T--GTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAANTGCAGTCNCTTCGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCGTACATTTCTATCCACTTTCANGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATACATGCNAGCGTCTTGTGCACCAC-CT-TC--T---GTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGNNGCCGTAACAGAGGCCCGTGTCCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGGCNCATTAGTGAATGGGGCGTACTCCGTNACAAAGCCGTCTGACGCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGAC-GC-GCA-AA-----ACCAAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGNGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGANCATCTCNGAANNGAGCTTGAATCANGATTGCTGCAAGANGGCGAAGGTCCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGNATGCTCTATG--TT-TACGGGC------CATATA--A-----ATC-T-GAACATT---------CAT----------TGAGATAAT-------AATNGTANAAGTTCCAATG-ATATTTA------GTCTATTTAGC--A-C-----TGTT-ATNGTGTTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTA----NAA----CAATAGTGGTAAAAGTTCCAAT--ATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTANNATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTNTCAAG--AGTATAATAATAATCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAG-CGCTAGCGCGTGTTTGTTTTATAGCCGT-GCCG-TNACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTT-AATAGCAGT-----AGTAACAAATTTACA-----AAATGCT-AAG-------TATTGCTTGAGT----AAGTACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------ATTA-T-TGTTTNTTTTTA---ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTC-AAAATTTAA-ATT-AAA-CAA-AT--AAATA------------ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGNACGAATGTAGAAGGTGGACGNAACGG---GA---------CGCGGACGAAAGAA-GGACAGTTTGGCGGAGTCAAT-NTCATTGGCTAACGTAGACCTCAATCCC-ATGTGAGGGCACGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCGCAACATCTGCGGAAAAG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( gi|1 )            : CAGGCTCGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAA-TCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTC--AAAGAT----ATCGCTTT------TAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAA-A--C--T--GTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCGC--------T---GTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCCT--CCCTGGCAGCTG---------------GTG---------------------TATTTGCTGGAC-GC-GCA-AAT----ATCATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-T-CAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAGCC------CATATA--A-----ATC-T-GAACATT---------TAT----------TAAAACAAT-------GATGGTTAAAGTTCCAATG-ATATTTA------GTCTATTTAGC--A-CGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTA----TAA----CAATAGTGGTAAAAGTTCCAGT-TATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAG--AGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAA-CACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAA--GGAGCTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TT-AATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAG-------TACTGCTTTAAT----AAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTA---------ATTA-TATATTTTTTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT--AAAACGTAA-ATTTAAA-CAA-AT--CAATAC-----------ATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAAT-GTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAATGTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAG
gi|6                          :       CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAA-TCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTC--CAAGAG----ATCGCCTTCGCGTTTAACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAG-A--C--T--GTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGT
gi|13                         :                                                             gtctatctggacAATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTT-AAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACACAC--TTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           GCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGCTTT------AAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAG-AGCT--T--GTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---CA-GCTAGA--GCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCAC--------TCTCTTTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGT-----AAGCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGATGTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTT-GT-GCA----------CA---ACACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTC--CAAGAG----GTCGATTT-------AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAG-A--CCCT--GTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAG--CGCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTCTTT---GTTGTTGCAACGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ccaCTACAATTTCAAAACAATCT-AA--CAAGA--C--TTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCACTCTATT--T---GTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATCA---ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCG-----CCCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACAACAACA-AAA----ACCAAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCC-CAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATC-T-GAAAATTATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT-------AATGGTATAAGTTCCAATG-CTATTTA------ATCTATTTAGC--ATTATG-ATATTCAaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCTGGAC-GC-GCACAACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGT-TTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAGGA------CACATA--A-----ATC-T-GAACATT----------AT----------TGAGAAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTG-ATATTTA------GTCTATTGATC--A------------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTA----AAA----CAATAATGGTAAA-GTTACAAT-GATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAG--AGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAG-CACTAGTGCGTGTTTGTTTTATAGCCGTCGTTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTT-AATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAA-------TATTGCTTGAGT----AAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTT------------------TATTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTT--TGAAATTAA-A---AAA-AAA-AG--AAATATTACTGTAGGTGATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGATAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATTCTCAAA-------------TAATTTT-CAGATAAATATAGCATATG--CT-TACAGGC------CATATA--A-----TTCATAGAGCATT---------CAT----------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctacaatttcaaaacaatctaacaagactttgtaaataatgacgaaatggacaaaggcacgaaaatgcagtctttttgtgagacaagatgggcagctagaacgggtgcccttgtgcaattctatccactttcatggtaatgacgtatgtcttggatgatttaccccatcagggatactctaacgcggaaaaccacaaagcttgcattttgaagttcgatttcatcgtgacattaattgctgttcaacacatgcgagcgtcttatgcaccactctatttgttgttgcaacgtaaaacctgcgatcttgtcgatgccgtaacagaggtcgtgtcctaacttatcaatttattggtgaacggaatggcgcagtgaatggagtgtactccatcacaaagccgccctggcagctggtgtcgaaccataacgtccccgtttattcgctgaacaacaacaaaaaccaaacgtacaagaggaaacggcatttgagtattggagaatcaacacgtatttaccattcttggaccatctcagaaatgaacttgaattatgattgctgcaagagggcgaaagtcccaaagcacagtttctcattccaaaacgttctccacaatttacgttacaggtATAAT-------AATCGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGCTAA-C-----TGTT--TTG-GTT-TATAGTCGTGGCCGCTTACAAACAGTAATTCTAAATGGCAGTAGTAACAAAattttaaattaataaaataataatggtataagttccaatgctatttaatctatttagcattatgatattca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taattattaacaaagagtTAATTATTAACAAAGAGTA----TAA----TAATCGT--T-AAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAtttaaatgttaagtatatcctactgctcgagtaaatactcgtataatagtaaattcattttaattatcttttattactaggcataaaattaaattgttaaacacatttcaaaatttaatattactgtagatgattcattatatcacttcagccttcatcacagatgtgactgataacacagaagagtttgagaatgaatgtagaaggtggacgcaacggcgcggaggaaagaaatacagtttgtcggagtcagtttcattggctggcgtagacctctatcccatatgagagcatgtcttaatgtctttttagccatgccagtttccgcagcatctgcgaaaaagatcgtttagtaccatgagaagggta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TA----AAA----TAATAATGGTATAAGTTCCA------ATGC-TATTTAATCTATTTAGCATTATGATATTCAgctaactgttttggtttatagtcgtggccgcttacaaacagtaattctaaatggcagtagtaacaaatttaaatgttaagtatatcctactgctcgagtaaatactcgtataatagtaaattcattttaattatcttttattactaggcataaaattaaattgttaaacacatttcaaaatttaatattactgtagatgattcattatatcacttcagccttcatcacagatgtgactgataacacagaagagtttgagaatgaatgtagaaggtggacgcaacggcgcggaggaaagaaatacagtttgtcggagtcagtttcattggctggcgtagacctctatcccatatgagagcatgtcttaatgtctttttagccatgccagtttccgcagcatctgcgaaaaagatcgtttagtaccatgagaagggta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ctacaatttcaaaacaatctaacaagactttgtaaataatgacgaaatggacaaaggcacgaaaatgcagtctttttgtgagacaagatgggcagctagaacgggtgcccttgtgcaattctatccactttcatggtaatgacgtatgtcttggatgatttaccccatcagggatactctaacgcggaaaaccacaaagcttgcattttgaagttcgatttcatcgtgacattaattgctgttcaacacatgcgagcgtcttatgcaccactctatttgttgttgcaacgtaaaacctgcgatcttgtcgatgccgtaacagaggtcgtgtcctaacttatcaatttattggtgaacggaatggcgcagtgaatggagtgtactccatcacaaagccgccctggcagctggtgtcgaaccataacgtccccgtttattcgctgaacaacaacaaaaaccaaacgtacaagaggaaacggcatttgagtattggagaatcaacacgtatttaccattcttggaccatctcagaaatgaacttgaattatgattgctgcaagagggcgaaagtcccaaagcacagtttctcattccaaaacgttctccacaatttacgttacaggtatgaatgctctatgaattatatggcctgtaagcatatgctatatttatctgaaaattatttgagaatattttaaattaaTTTTAAATTAATAAAATAATAATGGTATAAGTTCCAATG--C-----TATTTAATCTATTTAG-CATTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ctacaatttcaaaacaatctaacaagactttgtaaataatgacgaaatggacaaaggcacgaaaatgcagtctttttgtgagacaagatgggcagctagaacgggtgcccttgtgcaattctatccactttcatggtaatgacgtatgtcttggatgatttaccccatcagggatactctaacgcggaaaaccacaaagcttgcattttgaagttcgatttcatcgtgacattaattgctgttcaacacatgcgagcgtcttatgcaccactctatttgttgttgcaacgtaaaacctgcgatcttgtcgatgccgtaacagaggtcgtgtcctaacttatcaatttattggtgaacggaatggcgcagtgaatggagtgtactccatcacaaagccgccctggcagctggtgtcgaaccataacgtccccgtttattcgctgaacaacaacaaaaaccaaacgtacaagaggaaacggcatttgagtattggagaatcaacacgtatttaccattcttggaccatctcagaaatgaacttgaattatgattgctgcaagagggcgaaagtcccaaagcacagtttctcattccaaaacgttctccacaatttacgttacaggtatgaatgctctatgaattatatggcctgtaagcatatgctatatttatctgaaaattatttgagaataAAG--AGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTA---GCTAAC-TGT-TTTGGTTTATAGTCGTGGCCGCTTACAAACAGT--------------AATT-CTAAATGGCAGT-----AGTAACAAATTT--------AAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTCGAGT----AAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTA---------ATTA-TCT-TTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTC-AAAATTTAATATT---A-C-T-GT--AGATG------------ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG--------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGT-TTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-ATATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGtgatattca
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taattattaacaATG-ATGTGCACATTGGGCCT-TTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTATAA------CCG-TGACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTT-AATAGCAGT-----AGTTATAAATTTATA--------TGCTTGAG-------TATTGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTCA-T-----TTTTTTT----ATAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAAA-ATTAAAAACAATATTACAAAAGGTG--------ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAAT-TTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTATGTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATG-C---------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAGggta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTT-AATAGCAGT----AGATA-CAAATTTA--------AATGCT-AAG-------TATTACTTGAGT----AAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTATTTTAATTACTAGG--------T----ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT--ggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -----------ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA------GA----------ACGGAC------------AGTTTTGCGAAGTCAAT-GTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aggtgGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGTGGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGC-----GCAGTCATTTGT-ATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTCATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    1111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1                                                                                                   22222                      22                                                                      2                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 44444444444                                                    22222           222                        2     33                            33333          888888888888888888888888888888888888888                3333333333333333333                                                                                                              333                         2222222222222                           11  1     7777777777777                    2      0000000000000000000     11     33333                                 88888888888                                                 1           4                                                                           11                 1                        1                    1      666666666666                                       22222            444444             2222222     1111                                       333         3333                          1    1    777777777777777777777777777777777777777                                                                             3333333333333333333333333333333333333              3                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     7         88 3                            5                              0    1     0  3    6               0   1               1     1  0    66666              333     99                             0         0      1        1  1        1  3    0   222                                                       6    888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1   4   0   66 0   3                    2                    1                                                                  0    8                                      0    2    1                22222222222 2            1          7       22       6   3 6   33333         7 555   7                0 1 3     00    0 0       0 1         1 99999     7    999999999999999999999999999999999999999             6  3333333333333333333 0                              1         3                  1      1   22  0      7  1             1      3  444                         9999999999999                1          88  3   0 3333333333333                    0      3333333333333333333 4   88   1 33333  1                              11111111111  1  6                              1            5      2    0                      2   4 22       4              2     1            1   44                 0                 1      0     44  2          0  6   444444444444           222  77                     00000   6        555555 1    8      6666666     7777                                  6    000  44  1  4444                          0    3    666666666666666666666666666666666666666             1                               8 1             1               2222222222222222222222222222222222222              2      0              1                     4     0  0         2 0                              4  1         1  4 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .         .. .                            .                              .    .     .  .    .               .   .               .     .  .    .....              ...     ..                             .         .      .        .  .        .  .    .   ...                                                       .    ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .   .   .   .. .   .                    .                    .                                                                  .    .                                      .    .    .                ........... .            .          .       ..       .   . .   .....         . ...   .                . . .     ..    . .       . .         . .....     .    .......................................             .  ................... .                              .         .                  .      .   ..  .      .  .             .      .  ...                         .............                .          ..  .   . .............                    .      ................... .   ..   . .....  .                              ...........  .  .                              .            .      .    .                      .   . ..       .              .     .            .   ..                 .                 .      .     ..  .          .  .   ............           ...  ..                     .....   .        ...... .    .      .......     ....                                  .    ...  ..  .  ....                          .    .    .......................................             .                               . .             .               .....................................              .      .              .                     .     .  .         . .                              .  .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     3         00 0                            5                              7    0     7  7    7               7   0               0     0  7    77777              000     33                             7         7      0        0  0        0  7    7   777                                                       0    888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       0   6   8   66 6   2                    8                    0                                                                  8    0                                      2    5    0                00000000000 5            0          3       00       7   7 7   00000         3 777   3                7 0 7     33    7 7       7 0         0 77777     3    888888888888888888888888888888888888888             5  0000000000000000000 2                              0         7                  0      0   00  7      3  0             0      7  333                         7777777777777                0          33  3   7 3333333333333                    3      3333333333333333333 7   33   0 33333  0                              77777777777  0  0                              0            5      5    0                      5   0 00       0              5     0            0   33                 0                 2      5     55  5          0  5   555555555555           444  22                     00000   6        888888 0    0      0000000     0000                                  0    000  88  4  0000                          5    5    888888888888888888888888888888888888888             0                               0 2             0               2222222222222222222222222222222222222              0      8              0                     0     0  0         0 2                              6  8         0  4 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        NNNNNNCGAACATTTCCGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAA-TCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCAC-NT-TC----TGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCCT--C-CTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGT-TATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTC-TCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-ATTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA--------TT-ATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTG-CC-GC---TAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTTACAAATTTA---AAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT-T-TTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA---TG------------ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAAC---GG----------------------ACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        NNNNNNCGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTNTATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGGTCGNGTATTTGACAATGATNGCGTTNGTCTGTTANAACTCAAAGTGGGAGAGNNNACACANACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTCAGATTTAAACCCTTATNAAAAGTTTNCTNCAAGGCGCNCTAGTCTCAATNNCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCGAGAG------ATCGC-------TTT-AACTACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAANTGCAGTCNCTTCGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCGTACATTTCTATCCACTTTCANGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATACATGCNAGCGTCTTGTGCACCAC-CT-TC----TGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGNNGCCGTAACAGAGGCCCGTGTCCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGGCNCATTAGTGAATGGGGCGTACTCCGTNACAAAGCCGTCTGACGCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----AAA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGNGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGANCATCTCNGAANNGAGCTTGAATCANGATTGCTGCAAGANGGCGAAGGTCCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGNATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATTCATTGAG-------------------ATAAT--AATNG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCAC-----TGTT-ATNGTGTTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAAT-ATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTANNATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTNTCAAGAGTATAATAATAATCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTG-CC-G----TNACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTAACAAATTTAC--AAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTAATTAT-TGTTTNTTTTTA---ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA---TA------------ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGNACGAATGTAGAAGGTGGACGNAAC---GG------------G---------ACGCGGACGAAAGAA-GGACAGTTTGGCGGAGTCAATNTCATTGGCTAACGTAGACCTCAATCCC-AT-GTGAGGGCACGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCGCAACATCTGCGGAAAAG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAA-TCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG------C----TGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCCT--CCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       caggctGTGTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT--TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTATTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GAG-CTAA----TAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAAAAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTTTTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT-AAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA---TAC-----------ATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGG------------GAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCAC-AT-TCTCTTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CGAACATTTCCGAATGcaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gatcgcaatacgcacatacacccgagcgtatcatttgaaatccgtacagaggttttataaaaaaggaaaaaacgtgaattatgcgattaaacttgatgcttaagtgaggtccctccttagatgtttataaaaatgggccaagcaacttttctctttttgatctagatgattatgcacgaccggtcaatgtctttctgtatacatgtaacatttttccgagttatattgacaaaccctggaacggtctatcgagacAATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTA-AACTCAAAGTGGGAGAGTCAACACA--CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGATACAAATTTA-----AATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT-T-TTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ---TG------------ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGT----------------------------------------GGACGAAAGAACGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAAC---AGTGGAAGTTGATTA---------ACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCACTCTATT----TGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC-----CTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCC-CAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATTATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA--------TT-ATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTT-TCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-ATTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGT-AAAGTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT---C-GTTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTTACAAATTT-----AATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA--------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAA---TATTACTGTAGGTGATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAA-TCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCAC-TC-TC----T-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGATGTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGTG-----------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTTATAAATTTAT--A---TGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT-T-----TTTTTT---ATAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGGTG------------ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGT----------------------------------------GAACGAAAGAAGGGACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGTGGCC-GC---TTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-----AGTAACAAATTTA-----AATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTAT-CTTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TTA----CTG-----TAGA---TG------------ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAAC---GG-----------------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111                                                                                                                                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 33333333333                                                    22222           222                        22    11                           444444           111111111111111111111111111111111111111                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 3333333                                       22222            111   44           2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                2222222222222222222222222                                                                2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         88 2      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                77777777777 2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    111111111111111111111111111111111111111             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 4444444           222  77                     00000   1        444   00    8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1               1111111111111111111111111              5      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                ........... .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .....   .        ...   ..    .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .               .........................              .      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         55 5      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                55555555555 5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    000000000000000000000000000000000000000             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              77777777777  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 2222222           444  22                     00000   4        000   44    0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0               6666666666666666666666666              0      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCACTC--TC----TGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTTACAAATTT---AAA--TGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGTGG-AGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCCGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCACNT--TC----TGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCG-TTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TTATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CCGCTAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTTACAAATTT---AAAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG-------------ACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG------C----TGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caggctTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAAAAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctggtgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACAT--TCTCTTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGATACAAATTT---AAA--TGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGT----------------------------GGACGAAAGAACGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGTGGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCACTCTATT----TGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTTACAAATTT---AAT--TGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCACTC--TC----T-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-----AGTTATAAATTT---ATA--TGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGT----------------------------GAACGAAAGAAGGGACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-----AGTAACAAATTT---AAA--TGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TTA----CTG-----TAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG--------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           888888888888888888888888888888888888888                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                        1111111111111111111111111     111                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    999999999999999999999999999999999999999             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1                       1111111111111111111111111   3 111      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .                       .........................   . ...      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    888888888888888888888888888888888888888             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0                       6666666666666666666666666   8 222      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGT-TATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caggctGTGTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA-------------------------GAA----CGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGT-GGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA-------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TT--A--C-T----GTAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG---------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           111111111111111111111111111111111111111                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                        1111111111111111111111111     111                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    111111111111111111111111111111111111111             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1                       1111111111111111111111111   3 111      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .                       .........................   . ...      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    000000000000000000000000000000000000000             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0                       6666666666666666666666666   8 222      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCG-TTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caggctTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctggtgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA-------------------------GAA----CGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGT-GGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA-------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TT--A--C-T----GTAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG---------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           888888888888888888888888888888888888888                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                        1111111111111111111111111     111                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    999999999999999999999999999999999999999             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1                       1111111111111111111111111   3 111      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .                       .........................   . ...      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    888888888888888888888888888888888888888             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0                       6666666666666666666666666   8 222      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGT-TATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caggctGTGTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA-------------------------GAA----CGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGT-GGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA-------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TT--A--C-T----GTAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG---------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           111111111111111111111111111111111111111                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                        1111111111111111111111111     111                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    111111111111111111111111111111111111111             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1                       1111111111111111111111111   3 111      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .                       .........................   . ...      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    000000000000000000000000000000000000000             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0                       6666666666666666666666666   8 222      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCG-TTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caggctTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctggtgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA-------------------------GAA----CGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGT-GGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA-------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TT--A--C-T----GTAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG---------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           888888888888888888888888888888888888888                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                        1111111111111111111111111     111                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    999999999999999999999999999999999999999             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1                       1111111111111111111111111   3 111      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .                       .........................   . ...      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    888888888888888888888888888888888888888             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0                       6666666666666666666666666   8 222      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGT-TATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caggctGTGTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA-------------------------GAA----CGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGT-GGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA-------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TT--A--C-T----GTAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG---------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           111111111111111111111111111111111111111                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                        1111111111111111111111111     111                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    111111111111111111111111111111111111111             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1                       1111111111111111111111111   3 111      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .                       .........................   . ...      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    000000000000000000000000000000000000000             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0                       6666666666666666666666666   8 222      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCG-TTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caggctTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctggtgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA-------------------------GAA----CGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGT-GGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA-------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TT--A--C-T----GTAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG---------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                       222222     3333333   2                                                  22222                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           888888888888888888888888888888888888888                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       222    1     3333                               1    7777777777777777777777777777777777                                                                                        1111111111111111111111111     111                                                 2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                            888888     2222222   0       2                        3       0         66666                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    999999999999999999999999999999999999999             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    222    3  1  6666                       0       0    7777777777777777777777777777777777  8             1                               8 1             1                       1111111111111111111111111   3 111      0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                            ......     .......   .       .                        .       .         .....                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    ...    .  .  ....                       .       .    ..................................  .             .                               . .             .                       .........................   . ...      .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                            888888     5555555   0       5                        2       8         22222                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    888888888888888888888888888888888888888             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    000    6  4  8888                       8       8    8888888888888888888888888888888888  0             0                               0 2             0                       6666666666666666666666666   8 222      8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGT-TATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGAT------ATCGC-------TTTTAACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAA--C--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caggctGTGTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTT-TTTTT----ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA------------TACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGATAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAG------GTCGA-------TTT-AACCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--CCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------------TG-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA-------------------------GAA----CGGACAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAACAGT-GGAAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTACAATTTCAAAACAATC-TAACA-AGA--CTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA---------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAATATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGCCTTCGCGTTT-AACTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTTAAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCT--TGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT---TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGG---------TG-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA-------------------------GAAGG----GACAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATC--TTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TT--A--C-T----GTAGA------------TG-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGG---------------CGCGGAGGAAAGAA-ATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TT C      AA T                            A                                            C    G                                                 A                        A AC                                                                     A                                                                       ATCATC     CTTCGCG   A       C                        G                 CCC                                    A       T           AA     G                                                                                                                 T                                           C                     CATTCTC     G            A          T                C   G C   TGTCC         A A     A                    AT    GA                           CTGAT       A    AACCATCCCGTCCCTGTG                                  C  AACA A .  CCGAATCAA                                          C                             A          T  T                    A  C                          CGTTCTCCACAAT                           AA  A     CCTGTAAGCATAT                    AT      AATATTTTAAATTAATAAA T   CA     GAAAA  T                              TT           G                                 A               .   A    G                      G   T          T              G     A                AA                 T                 G      A     G   G          .  C   C GCCGCTT           AAT  GT                     .                               T      ATCCTAC     TGGT                                  A    C      A  A  AGGT                               A    AAAAAAAAGAAATATTACTGTAGG            .             A                               . T             C                       CAGTGGAAGTTGATTAACGCGGAC    A AAC                                           A     T  T                                             A         T  G A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T    G                                                 A                        . C                                                                      .                                                                       .          .         .       C                        A                 CTT                                    A       T           AA     G                                                                                                                 .                                           C                     CTCTA       G            A          T                .   . .   .             . .     .                    .     .                            .           .                                                        T  .    C .  CAA                                                T                             T          T  G                    G  T                          CGTTCTTCATAAA                           .   .     .                                A       .                   A   .      .      C                              .            A                                                                                                                                      .                  .                 T      G     G   G          .  C   . TTAATA            AAT  TT                     .                               .      .           .                                     T    .      G  T  AGGC                               T    AATTAAAAACAATATTACAAAAGG            .             T                               . T             A                       CGGCGCGGAG                  G AA                                            A     .  .                                             A         A  A .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .          .         .       .                        G                 GCT                                    T       A           A      G                                                                                                                 .                                           .                     CTC         .            T                                                                                                                                                                                        .  .    C .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                 A      .     .   .          .  T   . .                 ACT  GC                     .                               .      .           .                                     A    .      A  T  A                                  .    TATTACTGTAGA                        .             A                               . C             T                       .                           A C                                             T     .  .                                             G         A  T .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .                 C                                      C       A           .      .                                                                                                                 .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .    .                      .                               .      .           .                                     .    .      .  A  A                                                                           .             C                               .               A                       .                           . .                                                                                                    .         .  A .


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCT**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              *************                                                                                 ***          A***                                                                                                                                                              *************************     ***
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGA--C--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGT-TATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGT-GGA-GTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAG------ATCGC-------TTT-AACCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGACCT--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGT-TATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT---TTTTATTTTTA---ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA------------TG-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAA-------------------------GAAAG---GGACAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         11                                        1                                                                                                                              22                                                                     1                                                                          444444444444444   1  1                                                 11                                                                                                                                                                                                                                                 333333333                                                      22222           222                        22    11                           444444           111111111111111111111111111111111111111                2222   1  333333333                                                                                                              1                          2222222222222                           11  1     7777777777777                    111     0000000000000000000     11     33333                                 66666666666                                                    1                                                                                    33                 1                        1                    1      1 2222222                                       4444444444444                          2222222     1111                                       1           2222                              1    7777777777777777777777777777777777777777                                                                                     99999999999999999999999999   111   11                                              2  1                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         88 1      22 1                            5                              0             1    6                                                 7                        7 00                                                                     3          0                                                               777777777777777   0  0     2                        3        0         66                                  1       1       0   66 0   3                                                                                                            0    8                                      0    2    0                000000000   2            1          7                6   3 6   11111         7 555   7                    00    88      0       0            222222      7    111111111111111111111111111111111111111             6  1111 1 0  111111111 0                                        3                             1          7  1   0                1  2                          9999999999999                           88  3   0 3333333333333                    777     3333333333333333333 1   88     33333  1                              44444444444  1                                 1               5   1    1                      1   1          1              1     1                44                 0                 1      0     2   2          0  6   0 1111111           222  77                     4444444444444         0         8      6666666     7777                                  6    6    9  1   8888                      0       0    0000000000000000000000000000000000000000             1                               8 1             1                    2  33333333333333333333333333   444 3 11   0              0                     1     0  0           0                                 1         1  1 8                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .. .      .. .                            .                              .             .    .                                                 .                        . ..                                                                     .          .                                                               ...............   .  .     .                        .        .         ..                                  .       .       .   .. .   .                                                                                                            .    .                                      .    .    .                .........   .            .          .                .   . .   .....         . ...   .                    ..    ..      .       .            ......      .    .......................................             .  .... . .  ......... .                                        .                             .          .  .   .                .  .                          .............                           ..  .   . .............                    ...     ................... .   ..     .....  .                              ...........  .                                 .               .   .    .                      .   .          .              .     .                ..                 .                 .      .     .   .          .  .   . .......           ...  ..                     .............         .         .      .......     ....                                  .    .    .  .   ....                      .       .    ........................................             .                               . .             .                    .  ..........................   ... . ..   .              .                     .     .  .           .                                 .         .  . .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         55 0      00 0                            5                              7             0    7                                                 3                        3 00                                                                     3          7                                                               555555555555555   0  0     5                        2        8         88                                  0       4       8   66 6   2                                                                                                            8    0                                      2    5    8                888888888   5            0          3                7   7 7   00000         3 777   3                    77    33      7       7            333333      3    000000000000000000000000000000000000000             5  2222 0 0  888888888 2                                        7                             0          3  0   7                0  0                          7777777777777                           33  3   7 3333333333333                    777     3333333333333333333 0   33     33333  0                              33333333333  0                                 0               5   0    0                      0   0          0              0     0                00                 0                 2      5     5   5          0  5   0 5555555           444  22                     0000000000000         8         0      0000000     0000                                  0    0    0  4   8888                      8       8    0000000000000000000000000000000000000000             0                               0 2             0                    5  99999999999999999999999999   000 2 00   8              6                     0     0  0           2                                 4         0  0 0                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATC------GC-------TTT-AA-CCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGACCTTGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT-TTTTATTTTTAGG-ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA---T------------G-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGCGGACGNAA------------------------GAAAG---GGA--CAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
Reference ( family-1963 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            NNNNNNCGAACATTTCNGAACGCNNTNTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCGTATATCGATGNATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGTGTACACAA-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTGCAAGGCGCACT-GTCTTAATCTCGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATC------GC-------TTT-AA-CCACTCTGCGAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGACCTTGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAACGCACGAAAATGCAGTCACTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCGCTTTCAGGGTAGTGGCGTCTGCCTTGGATGATTTATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAACACATGCTAGCGTCTTGTGCACCA----CTC--TCTGTTGTTGCAACGTNAAACCTGCGATCTTGTCGAGGCCGTAACAGAGGCCCGTG-CCTAACTTATCAA--ATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGCGTACTCCGTCACAAAGCCGCC---T-CCTGGCAGCTGAACCATCCCGTCCCTGTGTCGAACCATAACGTCCCCG-TTATTCGCTGGACGCGC----ANA-ACC------AAACGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATCTACCATTCTTGGACCATCTCAGAANAGAACTTGAATCANGATCGCTGCAAGACGGCGAANGTCTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAA-TTACGTTGCAGGTATGGATGCTCTATG--TT-TACGG-------------GCCATATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------ANAAT--AATGG-----TANAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCA---------TCATNGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTANAACAATAGTGGTAAAAGTTNCAGTNATGTGCGCATTGGGTCTATTTANCACNAGCATGTCCANTGCATTGTGTAGCCNTAGTTNTCAAGAGTATAACAATA-TCGTTAAAGTTCCAATG-ATGTGCACATTGGGTCTATTTAGCGCTAGCGTGTGTTTGTTTTAT-AGCCGT-G-CTAATAACAAAGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TGCTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT-TTTTATTTTTA---ATAAATTTAAATTGTTAAACACATTTTAAAANTTAA-A-TTAAA--CAA----ATAAA---T------------G-ATTCATGATATCANTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGAACGAATGTAGAAGGTGGACGCAA------------------------GAAAG---GGA--CAGTTTGGCGGAGTCAATTTCATTGGCTAACGTAGACCTCNATCCC-AT-GTGAGGGCATGCCTTAATGTTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAANG-TCGTTTAGTACCATGAGGAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACAT--CAGAACGCTTTGTTTAAGTTTGTAAGCGCGGAAAATTTAA-CATGGCGGAATGTTCAAATACTATCGATCCACCGTATATCGATGAATTT-ACGACACATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTGGCTTGTT-TAATCAGAGTTGGAAAGTGTACATAA--TTTCAAATTTCCTTACAGGTACCATCTTTAGATTTAAATCTTTATAAAAAGTTAATTGCAAGGCCCACT-GTCTTAATCTTGCGATCGTTAGTGCGTCTTAAGAACAATATGCACGAAACATGATGAACAAAGTCAAAGATATC------GC-------TTTTAA-CCACTCTGCGAAACGGCTGCTACTATTTCAGAACAATCTTAATGCAAAC--TGTATGCCGTGACGAAACGGACAAACGCACGAAAACGCAGTCACTTTGTGAGACATGATGGACAGCTAGAGCGGATGTCCTCATACATTTATGTCCGCTTTCAGGGCAGTGGCGTCTGCCTTGGATCATTTTTACCATCATGGGTACTCTAAAGCGGCAAACCACAGAGTTTGCA-TTTTGAAATTCGATTTCATCGTAGCTTTAGTTGCTGTTTAACACATGTTAGCGTTTTGCGCACCG----------CTGTTGTTGCAACGTTATACCTGTAA-----TTGAGGCCGTCACAGAAGCCCATG-CTTAACTTATCAAGCATTTAATTGGTGAACGGAACGACCC-TTAGT--ATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGCC---TCCCTGGCAGCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caggctTATTTGCTGGACGCGC----AAATATC------ATATGTACAAGCTGAAACGACATCTGAGTATTGGAGAATCAACAAGTATCTACCATTCTTTGACCATCTCAGAACAGAACTTGAA-CAAGATCGCTGCAAGACGGCGAACGT-TCAATACGCAGTTCCTCATTCCAAAA-------------TTACGTTGCAGGTATGGATGGCCTATG--TT-TACAG-------------CCCATATAAATCTGAACATTTA-TTAAA-------------------ACAAT--GATGG-----TTAAAGTTCCAATGATATTTAGTCTATTTAGCACGTGTATGTTCATTGTATTGTATAGCCGTAGTTATTAACAGAGGGTATAACAATAGTGGTAAAAGTTCCAGTTATGTGCACATTGGGTCTATTTATCATAAGCATGTTCAATGTATTGTGTAGCCCTAGTTTTTAAGAGCATAACAATACTTGTAAAAGTTCCAATG-ACGTGCATATTGGGTCTATTTAACACTAGTGTGTGTTTGTTTTATAAG--GA-G-CTAATAACAAAGAGTAAAAAAAAATGCTCAATT-TTAATAGCAGTTACAAAATAATAAAGTTACAAA---AAATGCT-AAGTAC-------TGCTT----TAATAAGTACTCGTATATAAATAAATTCATTTTAATTATATATTTTTTTTT---ATAAATTTAAATTGTTAAACACA-TTTAAAACGTAA-ATTTAAA--CAA----ATCAA---T------------ACATTCATGATATCAGTGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTAATGATAAAAAAAGAGTTTGTGAACGAATATAGAAGGTGGACGCAACAGTGGGAGTTGATTAACGCGGACGAAAGAACGGA--TAGTTTGGAGGAGTCAATGTCATTGGCTAACGTAGACCTCTATCCCAAT-GTGGGGGCATTGCTTAATGTTTAATTAGCCATGACAGTTTCCACAGCATCTGCGGAAATG-TCGTTTAGTATCATGAGGAGgtgtatttgctggacgcgcaaatatcatatgtacaagctgaaacgacatctgagtattggagaatcaacaagtatctaccattctttgaccatctcagaacagaacttgaacaagatcgctgcaagacggcgaacgttcaatacgcagttcctcattccaaaattacgttgcaggtatggatggcctatgtttacagcccatataaatctgaacatttattaaaacaatgatggttaaagttccaatgatatttagtctatttagcacgtgtatgttcattgtattgtatagccgtagttattaacagagggtataacaatagtggtaaaagttccagttatgtgcacattgggtctatttatcataagcatgttcaatgtattgtgtagccctagtttttaagagcataacaatacttgtaaaagttccaatgacgtgcatattgggtctatttaacactagtgtgtgtttgttttataaggagctaataacaaagagtaaaaaaaaatgctcaattttaatagcagttacaaaataataaagttacaaaaaatgctaagtactgctttaataagtactcgtatataaataaattcattttaattatatatttttttttataaatttaaattgttaaacacatttaaaacgtaaatttaaacaaatcaatacattcatgatatcagtgtagccttcatcacagatgtgactaatgataaaaaaagagtttgtgaacgaatatagaaggtggacgcaacagtgggagttgattaacgcggacgaaagaacggatagtttggaggagtcaatgtcattggctaacgtagacctctatcccaatgtgggggcattgcttaatgtttaattagccatgacagtttccacagcatctgcggaaatgtcgtttagtatcatgaggag
gi|10                         : caggctcgaacatcagaacgctttgtttaagtttgtaagcgcggaaaatttaacatggcggaatgttcaaatactatcgatccaccgtatatcgatgaatttacgacacatctgtagatcgagtatttgacaatgatcgcgttggcttgtttaatcagagttggaaagtgtacataatttcaaatttccttacaggtaccatctttagatttaaatctttataaaaagttaattgcaaggcccactgtcttaatcttgcgatcgttagtgcgtcttaagaacaatatgcacgaaacatgatgaacaaagtcaaagatatcgcttttaaccactctgcgaaacggctgctactatttcagaacaatcttaatgcaaactgtatgccgtgacgaaacggacaaacgcacgaaaacgcagtcactttgtgagacatgatggacagctagagcggatgtcctcatacatttatgtccgctttcagggcagtggcgtctgccttggatcatttttaccatcatgggtactctaaagcggcaaaccacagagtttgcattttgaaattcgatttcatcgtagctttagttgctgtttaacacatgttagcgttttgcgcaccgctgttgttgcaacgttatacctgtaattgaggccgtcacagaagcccatgcttaacttatcaagcatttaattggtgaacggaacgacccttagtatggagtgtactccatcacaaagccgcctccctggcagctggtgCCAAAGAACAATATGCATGAAACATGATGTACAAAGTCCAAGAGGTC------GA-------TTT-AA-CCACT--GCAAAACGGCTGCTACAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGACCCTGTAAGTCGTGATGAAATGGACAAACGCACAAAAATGCAGACTCTTAGTGAGA-----TGGGCAGCTAGGGCGGATGCCCTCATACATTTCTATCCACTTTCAGAGTAGTGGCATTTGCTTTGGATAATTCATCCCATCATGGATACTCTAAAGCGGCAGATCACAGAGC--GCATTTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACTTTAGTTGCTGTTCAATA---GCTAGCGTCTTGTGCACCACATTCTC--TTTGTTGTTGCAACGTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AATTCTATCGATCAACCGTATATCGGTGCATTTGACGACAAATCTGTAGATCGAGTATTTGACAATGATCGCGTTTGTCTGTTAAACTCAAAGTGGGAGAGTCAACAC-A-CTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACCTTCTTTAGATTTAAATCCTTATAAAAAGTTTACTTCAAGGCGCTCTAATCTTAATCACGCGATCGTCCATGCGTCTATAGAACACTATGTACGAAACATGCTGGACcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGAGTAAAATAAGTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGATACAAATTTAAATGCT-AAGTAT-------TACTT----GAGTAAGTACTCGTATATCAGTAAATTCATTTTAATTAT-TTTAATTACTAGGTATAAATTTAAATTGTTAAACACATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---T------------G-ATTCATAACATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTTACTGATGAT-ATAGAAGAGTTTGAGCACGGATATGGAAGGTGGACGAAA------------------------G-AAC---GGA--CAGTTTTGCGAAGTCAATGTCATTGGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggGAACGAATGCAGAAGGCGGAAGCAA------------------------tat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AACGCGGACGAAA------------------------GAACG---G-A--CAG-----CGCAGTCATTTGTATTGGCTAACGTAGACCTCAATCTC-ATTGTGAGGGCATGCCTTAATATTTTATTAGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTGTGGTAAGG-TCGTTTAATACCATGAGGAGcagtggaagttgattaacgcggacgaaagaacggacagcgcagtcatttgtattggctaacgtagacctcaatctcattgtgagggcatgccttaatattttattagccatgccagtttccacaacatctgtggtaaggtcgtttaataccatgaggagggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gaacgaatgcagaaggcggaagcaacagtggaagttgattCTACAATTTCAAAACAATCT-AACA-AGACTTTGTAAATAATGACGAAATGGACAAAGGCACGAAAATGCAGTCTTTTTGTGAGACAAGATGGGCAGCTAGAACGGGTGCCCTTGTGCAATTCTATCCACTTTCATGGTAATGACGTATGTCTTGGATGATTTACCCCATCAGGGATACTCTAACGCGGAAAACCACAAAGCTTGCA-TTTTGAAGTTCGATTTCATCGTGACATTAATTGCTGTTCAACACATGCGAGCGTCTTATGCACCA----CTCTATTTGTTGTTGCAACGTAAAACCTGCGATCTTGTCGATGCCGTAACAGAGG-TCGTGTCCTAACTTATC-A--ATTT-ATTGGTGAACGGAATGGCGC---AGTGAATGGAGTGTACTCCATCACAAAGCCGC------CCTGGCAGCTG---------------GTGTCGAACCATAACGTCCCCGTTTATTCGCTGAACA-ACAACAAAA-ACC------AAACGTACAAGAGGAAACGGCATTTGAGTATTGGAGAATCAACACGTATTTACCATTCTTGGACCATCTCAGAAATGAACTTGAATTATGATTGCTGCAAGAGGGCGAAAGTCCCAAAGCACAGTTTCTCATTCCAAAACGTTCTCCACAATTTACGTTACAGGTATGAATGCTCTATGAATTATATGGCCTGTAAGCATATGCTATATTTATCTGAAAATT-ATTTGAGAATATTTTAAATTAATAAAATAAT--AATGG-----TATAAGTTCCAATGCTATTTAATCTATTTAGCA---------TTATGATATTggtagaagtacaatgacaacaaaaagagtgtcgagtctgggattgttaaacaattttcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgatacctttgcacggaaaaaaagacagatatttggcactgctctttagaaattaagatgtcacaaattcatgtatcaaatattttgacggatgtaacaaagttctctttaatataattgatacttgaatagaatatttattttcaaaattaaacacaaaaacagtttaacaattataaacatgtaaacattagaattatgacttaagtgcatcggtaatatacatatgtgggtaatttaattattttgtgatttatttcctagatgttttaataaaacccgtggtgaacaaataaatacagtatatatctttagtatatgctattactgctattggaattcgaatttagatcagaatcatagatctacgtatttcttgaaatttaaataattttggaagaaattttgcttgagatgctataaaaaatgccgtcatttgccgtcctttttgtcaaattttctttaggggtctaaagccccctttcacagtgaatggggataaccaatcctaaacctcccccattgtgcgtatattcaaaaaaaggcagaacggcggccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GCTGGACGCGC----ACA-ACCCGAATCAAACGTACAAGCTGTAACGACATCTGAGTATTAGCGAATCAACATGTATCTACCATTCTTGAAACATCTCTGAATAGAGCTTGAATCAGGATTGCTGCAAGACGGCGAAGGTTTCAAAGCGCAGTTCCTCATTCCAAAACGTTCTTCATAAATTACGTTGCATGTATGGATGCTCTATG--TT-TACAG-------------GACACATAAATCTGAACATT-A-TTGAG-------------------AAAATCAAATAAGAAAATACAAGTTCCATTGATATTTAGTCTATTGATCA-----------ATAGTATTATATAGCCGTAGTTATTAACAAAGAGTAAAACAATAATGGTAAA-GTTACAATGATGTGCGCATTGAGTCTATTTAGCACTAGTATGTCCATTGCATTGTATAGTCGTAGTTATCAAGAGTATATCAGTAATCGTTAAAATTCCAATA-ATGTGCACATAGGGTCTGATTAGCACTAGTGCGTGTTTGTTTTAT-AGCCGTCG-TTAATAACAAAGATTAAAATAATTTGCTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTACAAATTTAATTGCT-AAATAT-------TGCTT----GAGTAAATACTCGTATATCAGTAAGTTCATTTTA-------TTTGTTTTTA---ATAAATTTTAATTGTCGAGCGCATTTTGAAA-TTAA-A---AAA--AAA----AGAAA---TATTACTGTAGGTG-ATT-ATGATATCATTGTATCCTTCATCACAGATGTGACTGGTGAT-Aca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AATGTTTTATTCGCCATGCCAGTTTCCACAACATCTACGGAAAAG-TCGTTTAATATCATGAGGAGaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAACATTTCCGAATGCAATTTTTAAGTTTGTAAACGTGGAAAATTTAAACATGGCGGGATGTTCAAATTCTATCGATCCGCCATTTATCGATGTATTTGACAACAAATCTGTAGGTCGTGTATTTGACAATGATAGCGTTGGTTTGTTATAATCAAAGTGGGAGAGGGTACACAAACTTTCAAATTTCCTAGCAGGTACTTTCTTCAGATTTAAACCCTTATTAAAAGTTTCCTGCAAAGTGCACT-GTCTCAATATTGCGATCGTTCATGCGTCTAAAGAACAATATGCACGAAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATC------GCCTTCGCGTTT-AA-CTACTCTGCGAAACAGCTGCTACAATTTCA---CAATCTTAATGCAGAC--TGTAAGTCGTGACGAAATGGACAAAAACACAAAATTGCAGTCACTTTATGAGACAAGATGGGCAGCTTGAGCAAATGCCCTCAAACATTACTATCCACTTTCATGGTAGTGGCGTCTGCCTTGAATGAGTTATCCCATCATTGACACTCTAAAGCGACAAACCGCAGAGCTTGCA-TTTTGAAATTCGATTCCATCGTGACTTTAGTggtgaaaacgtacctaagaagtaccttaacaacaaagagtttgtcgagtctgggattgttaaacatcgggataaggaatttaacgcagaaacaatagttgctatctttgcaaggaacatacatacatttggcactgctctttagagattaagatgtgacaaatccagatatgttaacggctgtaacaaagttttcttgaatatatatttataattgaatagaatatttactttcaaaattaaacacaaaacattttaacaattataattattaaaagcatgttaacattagaattatgactaagtgcatcggctatatatatgtggaggttatttaattattttgtgatttatttccttgatgttttgatgaaaaccgtgatagacaaatatacatacgatgtataattattagaactatatgttataactgatattggaataagaaattagatcagaaccatttacgtatttcttgaaattaaaaataatggaagaaattttgaactgaaaaatatgcttaaggtgttataaaatgccgttatttgcagtcccttttatcaaaattttccaaactccctttcatagtggagggggacaccccatctaaacctcgcctattaaaactgcacaacgacgggcttgtccgtaactgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtctatctggacGCGATCGTTCATGCGTCTGAAGAACAATATACACGTAACATGATGGACAAAGTCCAAGAGATCATCATCGC-------TTT-AAACTACTCTGCGAACCAGCTGCTAAAATTTCAGAACAATCTTAATGCAGAGCTTGTAAGTCATGACGAAGTAGACAAACGTACGAAACTGCAGTCAGTTCGTG---C-AGCTAG--AGCTACACCGGATGCTCTCATACATTTCTATCCGCTTTCCGGGTAGTGGCGGCTGTCTTGGATGCTTTATCCTAACATGGAGACACTAAAACGGCAAATTAAAGAATTTGCA-TATTGATGTTCGATTTCATCTTGACTTTTGTTGCTATTGAATACATATCAGCGTCTTGTTCACCA----CTC--TCT-TTGTTGCAACGTTAAACCTACGATCTTGTCGCGGCCGTAA-----GCCCG----------TATCAA----TTAATTGGTGAACGGAACGACCCATTAGT--ATGGGACGTACTCTGTGACAAAGCCGTCTGAT-GTTGGT-GTTGAACCATCCCGTCCCTGTG---------------------TATTCGCTGGTTGTGC----ACA-AC-------------ACAAGCTGAAACAACATCTTGGTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATG-ATGTGCACATTGGGCCTTTTAAGTGCAAGCGTTTGTTTGTTTTAT-AACCGT-G-------ACAAAGAGAAAACTAAGCTACTCCATTCTTAATAGCAGT-------------AGTTATAAATTTATATGCTTGAGTAT-------TGCTTTGGTGGGTAAGTACTCGAATATCAGTAAGTTCATTTTATTCAT-TTTT---TTTA----TAAATTTAAATTGTAAAACACATTTTAAAAATGAA-AATTAAAAACAATATTACAAAAGGT------------G-ATTCATGATATCAATGTAGCCTTCATCACAGATGTGACTGCTGGT-ATAGAAGAGGTTGAGTAGGAATGTAGAAAGTGAACGAAA------------------------G-AAG---GGA--CAGTTTGGAGGAGTCAATTTCATTGGCCTACGTAGACCTCAATCCCTAT-GTGAGGACACGCCGTACTGTTTTATTAGCCATGC----------------------AATG-TCGTTTAGTACCATGAGAAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAGAGTATAATAAT---CGTTAAAGTTCCAATGTATGTTCACATTGTGTCTATTTAGC--TAAC-TGT-TTTGGTTTAT-AGTCGT-GGCCGCTTACAAACAGTAA--------------TTCTAAATGGCAGT-------------AGTAACAAATTTAAATGTT-AAGTATATCCTACTGCTC----GAGTAAATACTCGTATAATAGTAAATTCATTTTAATTATCTTTTATTACTAGGCATAAAATTAAATTGTTAAACACATTTCAAAATTTAATA-TTA----CTG-----TAGA---T------------G-ATTCATTATATCACTTCAGCCTTCATCACAGATGTGACTGATAAC-ACAGAAGAGTTTGAGAATGAATGTAGAAGGTGGACGCAACGGCGCGGAG--------------GAAAG---AAATACAGTTTGTCGGAGTCAGTTTCATTGGCTGGCGTAGACCTCTATCCC-AT-ATGAGAGCATGTCTTAATGTCTTTTTAGCCATGCCAGTTTCCGCAGCATCTGCGAAAAAGATCGTTTAGTACCATGAGAAGggtaaaaacgtatctaagaatttccatgacaacaaggagattgtcgagtataggactgtatcgggagaaggaacttaacgcagaaacaatagttgataccttt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTGTCCAGTCTGGGACTGTTAAACATTTATCGGGAGAAGGAACCTAACGCAAAAACAATTGTTGATACCGTTGTACTGAAAAAGACATTTGCAGTGTTCTTTAGAGATATTAGAGATAAAAATGTCACAAATCCATCAATTAGATATTTTGACGGTTGCAACAAAGTTAACTTGAATATATATTTATAACTGAATAAACATTAGAATTATAACTAAGTGCATCGGATATATACATGTGGAGGTAATTTAATTATTTTCTGATTTATTTCCTTGATGACACCCATTATGAACACACATCTATATATAAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTT
Unaligned ( gi|12 ): GATCGCAATACGCACATACACCCGAGCGTATCATTTGAAATCCGTACAGAGGTTTTATAAAAAAGGAAAAAACGTGAATTATGCGATTAAACTTGATGCTTAAGTGAGGTCCCTCCTTAGATGTTTATAAAAATGGGCCAAGCAACTTTTCTCTTTTTGATCTAGATGATTATGCACGACCGGTCAATGTCTTTCTGTATACATGTAACATTTTTCCGAGTTATATTGACAAACCCTGGAACGGTCTATCGAGACCGAACATTTCCGAATG
Unaligned ( gi|14 ): GCCAGTCGATCGTTATACGCACATACGCACGTGTGTATCATTTGAAATCCTTGCAGCGATATTTTTAAAAAAGGAAATAACTTGAAATATGCACTGAAAGTTGATGCTAAAGGGGTGAAAGGGCCTCAGATGTTTATAAAAAAATAGACCAAGCAACGTTTTCTCTTTGATATCTAGATGATTATG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAATATGCTTAAGATGCTATAAAATGCCGCCATTTGCAGTCTATTTTATCAAGTATTCTTGAGGGAAACCTCAAAAGTCCCGTTTCATAGTGGATGGGGACACCCCGTCCTAAACTCCCTCCATGGTGCGTATAAACACGACGGCTCTGTCAACATAATGATGGT
Unaligned ( gi|16 ): CACGTCGATCGCGATACGCACGTGCGTACAGCAATTGAAATCCATACAGCGATTTTTTTAAAAAAGATAAAAATAAAACTTGAAATAAGCAATTAAAGTTGATGCTTAATGGGGGTTAGGGATTAAGATGTTTATAAAAAAAAAATAG
Unaligned ( gi|18 ): ATACTTTATTGCCAGTATCAACAGCTATGACTGAAAGGTCTTTCAGTGTAATGCGTCGAGTGAAAACATACTTACGGAATGCTATGACCACAAACAGACTATCAGGGTTGTTAAATGTGTATCAGGAAAAGGAACTGAA
Unaligned ( gi|20 ): AGGCCCGTCGATCGCGATACGCAAATACGTGCGTGCGTATCATTTTAAATCTGTACAGAGATTTTTTAAAAAAGGAAAACACTTGAAATATGCAATAAAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCGTCGATCGCGATACGCACATACGCCCGTGCGTACCATTTGAAATCCGTACAGCGATTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): GTGCGTATATTCAAAAAAATGCAGAACGACGGCACT