lowQualScore : 1111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 0000000000000000000000 11 2222 5555555555555555 2 1111111 000000000000000000000000000000000000000000 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 22222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 11 11111111111111111 111111111 1 1111 11111 222222 1111111 1111 11111 44444444444444444444 222222 6666666666666666666666666 22 111 44444444 3333
lowQualScore : 11 6 4444444444444444444444 44 2222 2222222222222222 0 0 6 2222222 6 5 444444444444444444444444444444444444444444 0 9999 5 3 1 1 0 5 6 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 555555555555 3 666 4 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 7777 6 3 4 77777777 3 666 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 3 111111 777 11 55 77777777777777777 4 7 666666666 4 6666 22222 777777 5 4444444 1111 33 66666 22222222222222222222 4 333 444444 1 3333333333333333333333333 55 666 99999999 4444
lowQualScore : .. . ...................... .. .... ................ . . . ....... . . .......................................... . .... . . . . . . . . .................................................................... . ............ . ... . . ....................................................... .... .... . . . ........ . ... . ......................................................................................................................................... . . ...... ... .. .. ................. . . ......... . .... ..... ...... . ....... .... .. ..... .................... . ... ...... . ......................... .. ... ........ ....
lowQualScore : 00 0 0000000000000000000000 55 0000 6666666666666666 8 0 2 9999999 7 7 666666666666666666666666666666666666666666 1 4444 0 8 4 4 4 7 7 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 999999999999 6 444 5 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 7777 8 6 6 22222222 6 444 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 6 555555 000 00 55 77777777777777777 0 8 999999999 1 0000 55555 555555 7 0000000 3333 99 77777 99999999999999999999 7 000 444444 7 9999999999999999999999999 44 444 88888888 8888
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAACAAGAATTGCNNTACGGTNAA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATANCTCTGCATGGAAT-TAAGTCA-G-----CATA-TTTAC----------GTCACAC--A-CATCTACACTTGATGTTGATCATGTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGCCT-GAAAACTG-TGAAAGTAA--TNT--NCTCCACAAG-C-ATTGCAA-TTATGGT-A------A---------------------CAAGGGCAATAACT---CTG----C-A-TGG---AATTA-AGTCAGC---G---TCACAAAATTT-GCGTCACGCACATCTACACT--TGATG---TTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAAT----CGC-CTGA-A---AA-C---------TG--T---------T------CGCT---C--NACAAG---AAN-T-GCA--ATATGGT-AAAT--A--GCA--ATTTT---ACTNAGTGC-----AA-------GGNCA--AT--------------CACAAA-ATTTGC------GTC---A--C--ACA--T--CTA---------CACTT-GATGTTGATCATGTA----T----GCAAAGTTTCAAG--TCAATCGNCTGAAAA-----CT-GTGGAAGA---A-GTTCGC--TCCACAAGTT-----AATGACA--------------------GACCG---AC---CG-A-CAGA-----CC----A-C-----A--GG-TGACTCCAATATACC--CC-C-TCTCAAACTTCGTTTG-TCGGGGGTA
Reference ( gi|1 ) : CAGATTCTTATATCAACAACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA-GAGAATTGCAATATGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTACAAGGAAT-TAAGTCA-G-----CATA-TTCAC----------ATCACAC--A-CAAATACACTTGATGTTGATCATGTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGCCT-GAAAACTG-TGAAAGCAA--TAT--GCTCCATAAG-C-ATTGCAATTTATGGT-A------A---------------------CAAGGGCAATAACT---CAA----C-A-TGG---AATTA-AGTCAGC---A---TCACAAGATTT-GCGTCACTCACATCTAAACA--TGTTG---TTAATCAT----GTAT----GCAAGG-TATCAAGTCAAT----TGC-CTGA-A---AA-C---------TG--T---------T------TGCT---C--AACAAG---AAA-T-GCA--ATGTCGT-AAATCTA--GCA--ATTGT---ACTTAGTGC-----AA-------GGTCA--AT--------------TATAAA-ATTTGT------GTC---A--C--ACA--T--TTA---------CACTT-GACGTTGATCATGTA----T----GCTAAGTTTCACA--TCAATCACCTCAAAA-----GT-GTGGAAGA---A-GTTTGT--TCCACAAGTT-----AATGACA-------------------AGACTG---AC---TC-A-CAGA-----C-----A-C-----A--G--TGACTCGTATATACA--CCAC-TCTTGAACTTCGTTTG-CATGGGGTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAACAAGAATTGCAGTACGGTAAA-TGCAGCAATTAT-GTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGCATGGAAT-TAAGTGA-G-----GGT----------------------------------CAC---ATGTTGATCATGTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGTCT-GAAAACTG-TAAAAGTAT--TTC--TCTTCACAAT-A-ATTGCAA--TACGGT-A------AACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAACT-----G----C-A-TGA---AA-TA-AGTCA-C---AAAGTCAAAA--------------CACATCTACACT--TGATG---GTGATTAC----TTAA----GTAAAA-TTTCAAGACAAT----TTT-CCAA-A---AA-C---------TG--
gi|2 : AGAATTGCCTTATGGTTAAATACAACT-TTACTA------AGTGCAAGGGCAATAACTCT------TGT-TACGGCA-C-----AAAA-TTTAC----------ATCACAC--A-CATCTACACTTGATATTGATTATGTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCACTT-GAAAACTG-TGGAAGTTGTTTGT--GCTCCACAAGAC-ATTGCAA--TATAGTCA------A---------------------TAA----AATAATT---TTA----CTACTGAAATAATTATAGTCAAT---A---T
gi|5 : aA-TACAG---CAACT-TTA-A-AG-GCAAGG-----------GCATGAAAT-TAAGTTA-GTGTTGCAAACTTTGT----------GTCAAGC--A-CATCTACATTTGAAGCT-ATCATGTAG----GCAAAG-TTTCAA-TTATTCACCT-GTATACTGTTGTATACTA--T-T--GCACCACAAG----TTGCaaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|6 : gcatgttcacataagatatctacacttgatgccgatcattcatgcaaagtttcaagtagtctactctaaaagaagA-TNNNN---NNNNNNTTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCA-G-----T----TTCACCAAATTTTGTGTCACAC--A-CATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAtagaataaatgaccaaccatctgaacgactcttacataaccacctcaaactttgtttgtggcata
gi|3 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcATTA-A--GTGCAGAGGCAATATCTCGGCATGGAAT-CAAGTCA-G-----CATG---------------------AC----CAAAT----TTCAT--CAATCATGTAT----GCAAAG-TATTATGTCAATCACCTAAAAAACTG-TGAAATTAG--TTT--CCCCCACAAA-TAATTGCAA--TATGGT-T------A----------------------AATAGC-ACAATTTTACAATGTGC-A-TGG---AATTA-AGTC-----------------ATT----GTC---TACACTTA---------TA---TTGGTCAT----GTTG----GCTACA-TTTTAAACCAAC----AGA-CTGA-A---AA-C---------TG--T---------caaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : acttACAAG-ACT-TTAGTCATG-----CATA-TCTAC----------ATT-----------------TTGATGTTGATTAAGTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTGCT-GAAAA-TG-TGGAAA-AA--TGTTCACTCCACAAG-A-AT-GCA--TCATGGT-A------A---------------------CAAGGGCAATTACT---CTG----T-A-TGG---AAAAA-AGTCAGT---A---TCACAAAATTT-GCGTTACACAgaaaaaagttttctccacaagttgctgacaaaccatctgatcgccagtcagagagaccaacagacacagtgactcctatatataccccttcttaaactttgtttgcggggaat
gi|5 : caactctgcatgaataagttcttggtc-G-----CATG-TTCAC----------ATAAGAT--ATC---TACACTTGATGCCGATCATTCAT----GCAAAG-TTTCAAGT--A--GTCT-----ACTC-TAAAAG-AA--GAT--AC------AG-C-A----ACTTTAAAG---------G---------------------CAAGGGCA--------------------TGA---AATTA-AGTTAGT---G---TTGCAAACTTT-GTGTCAAGCACATCTACATT--TGAAG---CT-ATCAT----GTAG----GCAAAG-TTTCAA-TTATT----CAC-CTGT-A---TA-C---------TG--T---------T------aagtt
gi|30 : ACACGGA-CATACACACTTGATGTTGATCATGTTT----GCgtatactattgcaccacaagttgctagaataaatgaccaaccatctgaacgactcttacataaccacctcaaactttgtttgtggcata
gi|9 : atgaaatttgtgACAATTGATGCTGATCATATAT----GCAAAG-TTTCAAATCAATTGCCT-GAAA
gi|2 : aATAAA-C-ATT-----TTATTAT-A------AAATG-----------------CAGGGGCAATAACT---CTG----C-A-TGG---AAATA-AGTCAGT---A---TCATAATATTT-GTGTCACATATATCTACACC--TAATG---TTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAAT----CA--ATGA-A---AA-tgagcatattaattcaaaaaaagtgttgtgtgcaaat
gi|4 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatGCAATT-ATGTT-ACATAGTG---------------------CAAAGGAAATATCT---CTG----C-A-TGG---AATTA-AGT-----------------GA----GGGTCAC------------A--TGTTG------ATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAAT----CGT-CTGA-A---AA-C---------TG--TAAAAGTA--T------TTCT---CTTCACAAT---AAT-T-GCA--ATACGGT-AAACTCA--TTA--ATTTT---ACTAAGAGC-----AA-------GGGCA--ACAACTG---------CATGAA-ATAAGTCACAAAGTCAAAA--C--ACA--T--CTA---------CACTT-GATGGTGATTACTTA----A----GTAAAATTTCAAG--ACAATTTTC-CAAAA-----aaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|3 : aacaaagattatggacaatttaaatattaacaagaattgcagtacggtaaatgcaACTTAT--T-A------AGTG------------------CAGAGGCAATATCT---CGG----C-A-TGG---AATCA-AGTCAGC---A---TGACCAAATTT-----------CATC------------------AATCAT----GTAT----GCAAAG-TATTATGTCAAT----CAC-CTAA-A---AAAC---------TG--TGAAATTAGTT------TCCC---C--CACAAA---TAA-TTGCA--ATATGGTTAAAT--A--GCACAATTTT---ACAATGTGC-----AT-------GG--A--AT--------------TA-----A-----------GTC---A--T---TG--T--CTA---------CACTT--ATATTGGTCATGTT----G----GCTACATTTTAAA--CCAACAGACTGAAAA-----CT-GTGAAAAA---A-GTTTTC--TCCACAAGTT-----GCTGACAAACCATCTGATCGCCAGTCAGAGAG---AC---CA-A-CAGA-----C-----A-C-----A--G--TGACTCCTATATATA--CCCCTTCTTAAACTTTGTTTG-C--GGGGactg
gi|2 : ---------------------CAAGGGCAATAACT---C------------------TT---GTTA-C---G---GCACAAAATTT-ACATCACACACATCTACACT--TGATA---TTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATT----CAC-TTGA-A---AA-C---------TG--TGGAAG----TTGTTTGTGCT---C--CACAAG---ACATT-GCA--ATATAGT-CAATAAA--ATA--ATTTT---AC-TACTGA-----AATAATTATAGTCA--A---------------TATAAACATTTaat
gi|6 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtg---------------------CAAGGGCAGTAACT---CTG----CGA-TGA---AGGTG-AGTCAGT---T---TCACCAAATTTTGTGTCACACACATCTGCCCT--TGAAG---TTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAACAAGGTG--CTGACA---GA-C---------CGACT---------TACC---TGCTGACC--AACAAA---Atattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttAACT---CTG----C-A-TGA---A--TA-AGTT--CTTGG---TCACAAGACTT-TAGTCATGCATATCTA--CA--TTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATC---TG--CTGA-A---AA-TGTGGAAAAATG--T---------T------CACT---C--CACAAG----AA-T-GCATCATG--GT-AA--CAAGGGCA--AT--T---ACTCTGTATGGAAAAA-------AGTCAGTAT--------------CACAAA-ATTTGC------GTT---A--C--ACA--
gi|5 : cATATCTACACT--TGATG---CCGATCAT----TCAT----GCAAAG-TTTCAAGT-AGTC---TACTCTAA-A---AG-A---------AG--A---------T------A------C--AGCAACTTTAAA-G-GCA--AGGGCAT-GAA-----------ATTA----AGTTAGTG-----------------------T--------------TGCAAA-CTTTGT------GTC---AAGC--ACA--T--CTA---------CATTT-GAAGCT-ATCATGTA----G----GCAAAGTTTCA-A--TTATTCACCTGTATA-----CT-GTTGTATA---C-TATTGC--ACCACAAGTTGCTAGAATAA-A-------------------TGACCA---AC----C-ATCTGA-----------A-C------------GACTCTTACATA-A--CCAC--CTCAAACTTTGTTTG-aagtt
gi|9 : gcatgttcacataagAACAATTGATG---CTGATCAT----ATAT----GCAAAG-TTTCAAATCAAT----TGC-CTGA-AATGAG-CA--------TA--T---------T------AATT---C--AA-AAA---AAG-T-GTT--GTGT-GC-AAATtggcata
gi|4 : T---T--AACAAG---AAT-T-GCA--GTACGGT-AAATGCA--GCA--ATTATGTTACATAGTGC-----AA-------AGGAA--AT---------------------ATCTCT------G-C---A--T--GGA--A--TTAAGTGAGGGTCAC----ATGTTGATCATGTA----TTAAAGCAAAGTTTGAAG--TCAATCGTCTGAAAA-----CT-GTAAAAGT---A-TTTCTC--TTCACAA--T-----AATTGCA-------------------ATACGGTAAAC---TC-A-
gi|2 : aacaaagattatggacaatttaaataAAG---AAT-T-GCC--TTATGGTTAAAT-----ACA--ACTTT---ACTAAGTGC-----AA-------GGGCA--ATAACTCTTGTTACGGCACAAA-ATTTAC------ATC---A--C--ACACAT--CTA---------CACTT-GATATTGATTATGTA----T----GAAAAACTTC-CAAGTCATTCACTTGAAAA-----CT-GTGGAAGT---T-GTTTGTGCTCCACAAGttaattttactaagagcaagggcaacaactgcatgaaataagtcacaaagtcaaaacacatctacacttgatggtgattacttaagtaaaatttcaagacaattttccaaaaactg
gi|2 : A-------AGTCAGTAT--------------CATAAT-ATTTGT------GTC---A--C--ATA--TATCTA---------CACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAGCTGCAAG--TTAATCAATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTA-GTTCAC--TCCACAAGTT-----GACGACAC------------------CAACCG---AC---TG-G-CAGA-----A-----A-C-----A--G--CGACTCCCACAGAC---CCCC-TCTCAGACTTCTTTTG-CA-GGGCTAacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|7 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatT--------------CACAAG-ACTTTA------GTC---ATGC--ATA--T--CTA---------CATTTTGATGTTGATTAAGTA----T----GCAAAGTTTCAAG--TAAATCTGCTGAAAA------T-GTGGAAAA---ATGTTCAC--TCCACAAG-------AATGt
gi|30 : caactctgcatgaataagttcttggATGAA-ATTTGT------GAC---A--CGGACA--T--ACA---------CACTT-GATGTTGATCATGTT----T----GCcatcatggtaacaagggcaattactctgtatggaaaaaagtcagtatcacaaaatttgcgttacacaaagtt
gi|6 : AAA-TTTTGT------GTC---A--C--ACACAT--CTG---------CCCTT-GAAGTTGATCATGTA----C----GCAAAGTTTCTCA--ACAA
gi|9 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccA---------CAATT-GATGCTGATCATATA----T----GCAAAGTTTCAAA--TCAATTGCCTGAAAggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|8 : aAAAA-----CT-GTTGAAGA---A-GTTCGT--TCTACAATTT-----ACTGAC--------------------AGACCC---AC---TG-A-CAGA-----CAGAA-A-C-----A--G--CGATTCATACATGTA--GTAC-TTTtgagcatattaattcaaaaaaagtgttgtgtgcaaat
gi|19 : tagatcttaaatgaacaaaataGACA--------------------GACTG---AC---AG-A-CCGA-----CC----A-C-----A--GGGTGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTCGTTTG-TCGGGGGTActttcaagatttttttgtgggagtaacat
gi|20 : ccgaccGACA--------------------GACCG---AC---CG-A-CAGA-----CCGACAA-C-----A--GGGTGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTCGTTTG-TCGGGGGT
gi|21 : acgGACA--------------------GACCG---AC----C-A-CAGG----------------------G--TGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTCGTTTG-TCGGGGGTA
gi|18 : ggacacaccgaccGACA--------------------GACTG---AC---CG-A-CAGA-----CCT---A-CCTCAGG--G--TGACTCCAATATACC--CC-C-TCA-AAACTTCGTTTG-TCGGGGGTA
gi|16 : cgGACA--------------------GACCG---AC---CG-A-CAGA-----CCGACCA-C-----A--GGGTGACTCCAATATACC--CC-C-TCA-AAACTTCGTTTG-TCGGGGGTA
gi|11 : accGACA--------------------GACCG---AC----C-A-CAGG----------------------G--TGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTTGTTTGTCA-GGGGTA
gi|12 : caacggacagaccgaccgacagaccGACA--------------------GACAA---AC---GG-A-CAGA-----C-----A-C-----A--G--TGGCTCCTACACATATCCCTC-TCTCAAACTTT-TTTT-CAGGGTGTA
gi|26 : tgatgattaGACA--------------------GACCG---AC---CT-A-CCGA-----CC----A-C-----A--GGGTGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTGGTTTG-TCGGGGGT
gi|22 : cgGACA--------------------GACCG---AC---CA-A-CAGA-----CCGACCA-C-----A--GGGTGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTTGTTTG-T-CGGGG
gi|17 : acgGACA--------------------GACCG---AC---CG-A-CAGA-----CCG---A-CCTCAGG--G--TGACTCCAGTATAC---CCCC-TC-AAAACTTTGTTTG-TGGGGGGTA
gi|10 : agGACA--------------------GACCG---AC---AG-A-CCGA-----C-----CTC-----A--GGTTGACTCCAATATACC--CC-C-TCA-AAACTTCGTTTG-TCGGGGGTA
gi|15 : caacggacagaccgaccGACA--------------------GACCG---AC---AG-A-CCGA-----CCTC--A-G-----G--G--TGACTCCAATATAC---CCCC-TC-AAAACTTTGTTTG-TCGGGGGT
gi|28 : gaccgaccGACA--------------------GACCA---AC---CG-A-CCGA-----CC----A-C-----A--GGGTGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTCTTT
gi|27 : acg-------------------AGACTG---AC----C-A-CAGG----------------------G--TGACTCGAATATACC--CC----CTCAAACTTCGTTTA-TCGGGGGTA
gi|24 : acctac-------------------AGACCG---AC----C-A-CAGG----------------------G--TGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTTGTTTG-TCGGGGGT
gi|13 : aacggacagaccggcGACCG---AC---TG-A-CAGA-----CCGACCA-C-----A--GGGTGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTCGTTTG-TCGGGGGTA
gi|25 : ggacagaccGACCG---AC---CG-A-CAGATCGACC-----A-C-----A--GGGTGACTCCAATATATC--CC----CTCAAACTTTGTTTG-TCGGGGGTA
gi|14 : gGACTG---ACAGACCGA-CAGACCGACC-----A-C-----AGGG--CGACTCAAATATACC--CC----CTCAAACTTTGTTTG-TCGGGGGT
gi|29 : caacc--G--TGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTCGTTTG-TCCGGGGTA
gi|31 : ccgacagacctgtggg--G--TGACTCCAATATACC--CC----CTCAAACTTGGTTTG-TCGGGGGTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AACGGACAGACAGACCGACCACAGGGTCACACAGACTCCAATATACCCCCTCAAACTTTGTTTGTCGGGGG
Alignments
lowQualScore : 1 2222 11111 3333 22222222222222222222222 111 44444444444444444444 1111 1111 2222222222 111111111111 111 555555555555555555555 1 111 5555555555555 1 333333333 11 111 1 66666666666666666666 11 11 22222 1 2222222 111 1111111 11111111111111111111 2222222222222222222222222222 33
lowQualScore : 2 4444 44444 3 2222 0 5 77 8 22 8 11111111111111111111111 1 1 6 3 99 111 88888888888888888888 999 0 0 5 0000 0000 5 1 5 9999999999 777777777777 88 4 999 2 6 111111111111111111111 0 11 0 5 5 888 6 5 66 0 000 5 44 0 1 2 1 0 2 1 77 22 1 8 1111111111111 1 3 88 333333333 88 555 7 0 88888888888888888888 333 8 33 3 33 6 1 2 44444 4 0 555 6666666 1 3 111 55 8888888 1 22 33333333333333333333 0 44444 3333333333333333333333333333 222 3 4 1 1 1 33 0 1
lowQualScore : . .... ..... . .... . . .. . .. . ....................... . . . . .. ... .................... ... . . . .... .... . . . .......... ............ .. . ... . . ..................... . .. . . . ... . . .. . ... . .. . . . . . . . .. .. . . ............. . . .. ......... .. ... . . .................... ... . .. . .. . . . ..... . . ... ....... . . ... .. ....... . .. .................... . ..... ............................ ... . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0000 55555 2 5555 8 0 66 0 00 0 44444444444444444444444 0 0 7 7 00 777 77777777777777777777 777 1 4 0 6666 6666 0 4 3 2222222222 555555555555 22 8 000 8 7 222222222222222222222 2 88 2 0 0 888 4 0 77 1 444 7 77 1 9 1 7 3 5 0 88 44 0 0 2222222222222 0 3 33 000000000 33 333 3 8 00000000000000000000 888 2 88 2 88 5 2 5 22222 0 5 555 0000000 4 2 777 88 2222222 7 33 00000000000000000000 6 22222 3333333333333333333333333333 777 1 6 5 5 5 55 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNAA-TA----CAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGTC---AG------C------ANA----TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGCCTGAAAA----------CTGTGAAAGTAA--TNCGC--TCCACAAG-CATTGCAA-TTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-A-TGG---AATTA-AGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACGCACATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAAAA-CTGT----------TCGCTCNACAAG-AANTGCAATAT-GT-AAA--TAGCA--ATTTTAC-AAGTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTA----NGCNAAGTTTCAAATCAATCANCTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTT-----GNTGAC-A--GACC--------------------GACCGACA----GA----C---C----A----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCNNTA-CGGTNAA-TA----CAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATANCTCTGC-ATGGAATTAAGTC---AG------C------ATA----TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGCCTGAAAA----------CTGTGAAAGTAA--TNTNC--TCCACAAG-CATTGCAA-TTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-A-TGG---AATTA-AGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACGCACATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAAAA-CTGT----------TCGCTCNACAAG-AANTGCAATATGGT-AAA--TAGCA--ATTTTACTNAGTGCAAGGNCA----ATCA-----------CAAAATTTGCGTCA--CACAT--CTACACTTGATGTTGATCATGTA----TGCAAAGTTTCAAGTCAATCGNCTGAAAA-------CTGTGGAAGA---AGTTCGCTCCACAAGTT-----AATGAC-A--GACC--------------------GACCGACA----GA----C---C----A----C----A-GG-TGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTCTCAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TA----CAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGTC---AG------C------ATA----TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGCCTGAAAA----------CTGTGAAAGCAA--TATGC--TCCATAAG-CATTGCAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-A-TGG---AATTA-AGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCACATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAAAA-CTGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCGT-AAATCTAGCA--ATTGTACTTAGTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTA----TGCTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTT-----AATGACAA--GACT--------------------GACTCACA----GA--------C----A----C----A--G-TGACTC---G-T-ATA-TACACCA-CTCTTGAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacGAC-A--GACC--------------------GACAGACC----GA----C---C----T----C----A-GGTTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC-AAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaccGAC-A--GACC--------------------GACAGACC----GA----C---C----A----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaccGAC-A--GACA--------------------AACGGACA----GA----C--------A----C----A-G--TGGCTC---CTACACA-TAT-CCCTCTCTCAAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaGAC-C--GACC--------------------GACTGACA----GA----C---CGACCA----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacaTGAC-A--GACC--------------------GACAGACC----GA----C---C----A----C----A-GGGCGACTC---A-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgacGAC-A--GACC--------------------GACAGACC----GA----C---C----T----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC-AAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaccGAC-A--GACC--------------------GACCGACAGACCGA----C---C----A----C----AGGG-TGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC-AAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : accGAC-A--GACC--------------------GACCGACA----GA----C---C----GACCTC----A-GGGTGACTC---C-A-GTA-TAC-CCC-CTC-AAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : agGAC-A--GACT--------------------GACCGACA----GA----C---CT---A----CCTCAG-GG-TGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC-AAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cgGAC-A--GACT--------------------GACAGACC----GA----C---C----A----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaccAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATA----CAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGGC---AC------A------AAA----TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCACTTGAAAA----------CTGTGGAAGTTGTTTGTGC--TCCACAAGACATTGCAA--TATAGTCAA---------------------TAA----AATAATTTTACTACTGAAATAATTATAGTCA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATT-----A-TAGTCAA-TATAAACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGTC---AG------TATCATAATA----TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA-ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAG--TTCAC--TCCACAAG-atataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTT-----GACGAC-ACCAACC--------------------GACTGGCA----GA----A--------A----C----A-G--CGACTC---C-C-ACA-GAC-CCC-CTCTCAGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-A--GACC--------------------GACCGACA----GA----C---CGACAA----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acgGAC-A--CACC--------------------GACCGACA----GA----C---CGACCA----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : gGAC-A--GACC--------------------GACCAACA----GA----C---CGACCA----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acgGAC-A--GACC--------------------GACC-ACA----GGG---T---C----A----C----A-CA--GACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aacggacaGAC-A--GACC--------------------GGCAGACC----GA----C---C----A----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacg--GACC--------------------GACCGACA----GATCGAC---C----A----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAT-CCC-CTC--AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC--------------------GACCTACC----GA----C---C----A----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC--------------------TACAGACT----GA----C---C----A----C----A-GGGTGACTC---G-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC--------------------AACCGACC----GA----C---C----A----C----A-GGGTGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC---CTCAAACTTCTTT
gi|29 : acgCCGACA----GA----C---C----T----GTG--G-GG-TGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC---CTCAAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ---------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-A-TGG---AATCA-AGTCAGCATGACCAAATTT------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAAAAACTGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATATGGTTAAA--TAGCACAATTTTACAATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTT----GGCTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTT-----GCTGAC-A--AACCATCTGATCGCCAGTCAGAGAGACCAACA----GA--------C----A----C----A--G-TGACTC---CTATATA-TAC-CCC-TTCTTAAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGACATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atg-GG-TGACTC---C-A-ATA-TAC-CCC-CTC--AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TG----CAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGTG---AG-------------------------GGTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGTCTGAAAA----------CTGTAAAAGTAT--TTCTC--TTCACAAT-AATTGCAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-A-TGA---AA-TA-A------GTCACAAA-------GTCAAAACACATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAAAA-CTG
gi|5 : G------C------ATG----TTC-ACAT-A-AGATATCTACACTT-GATGCCGATCAT----TCAT----GCAAAG-TTTCAAGT--A--GTCT----A----------CTCTAAAAG-AA--GAT-------ACA-------GCAA-CTTT----------------------------AAAGGCAAGG-----GC-A-TGA---AATTA-AGTTAGTGTTGCAAACTTT-GTGTC-AAGCACATCTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGGCAAAGTTTCAA-TTATTCACCTGTATA-CTGT----------T
gi|5 : ATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT-------------A---GT----------CTACTCTAAAAG-AAG------AT------A--CAGCA--ACTTTA--AAG-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTA----GGCAAAGTTTCAA-TTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGCTAGAATAAA-T--GACC--------------------AACCATCT----GA-------------A----C----------GACTC---T-T-ACA-TAA-CCA-C-CTCAAACTTTGTTTGTgtatactattgcaccacaagttgctagaataaatgaccaaccatctgaacgactcttacataaccacctcaaactttgtttgtggcata
gi|6 : gcatgttcacataag---------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAA-TGG---AGGCG-AGTCAGTTTCACAAAATTggcata
gi|6 : ttaagttACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TN----NNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTC---AGTTTCACC------AAA----TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNNNNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGA-TGA---AGGTG-AGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACACATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGT-----GCTGAC-A--GACC--------------------GACcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGT-----C------ACAAGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTGCTGAAAA-----------TGTGGAAA-AA--TGTTCACTCCACAAG-AAT-GCA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-A-TGG---AAAAA-AGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACAttacctgctgaccaacaaaa
gi|8 : cTAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTT-----ACTGAC-A--GACC--------------------CACTGACA----GA----CAGAA----A----C----A--G-CGATTCATAC-ATGTAGTAC-TTT-CTTTCAAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagatcttaaatgaacaaaaACAATT-GATGCTGATCAT----ATAT----GCAAAG-TTTCAAATCAATTGCCTGAAAacat
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 11111111111111111 555555555555555555555555555555555 1111 1111 3333333333 1111111 222 555555555555555555555 1 111 111 11111111 5555555555555 1 22222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 77 8 99999999999999999 1 6 3 99 444444444444444444444444444444444 1 5 2222 2222 5 5 5555555555 1 3 6666666 1 6 2 333 8 888888888888888888888 7 5 000 8 5 88 222 6 6 1 2 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 555555 77777 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 3 1 66 6666666 1 1 111 55 1 1 22 3333 2 4444444444444 3333 222 777777777 3333 444444 222 3 4 1 22 1 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................. . . . .. ................................. . . .... .... . . .......... . . ....... . . . ... . ..................... . . ... . . .. ... . . . . .. . ........ ............. . . . ...... ..... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. . . .. .... . ............. .... ... ......... .... ...... ... . . . .. . ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 22 0 22222222222222222 0 7 7 00 888888888888888888888888888888888 7 7 1111 1111 7 2 0000000000 8 8 2222222 4 7 8 444 0 666666666666666666666 1 7 000 6 7 55 888 7 3 7 1 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 000000 00000 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 00 0000000 4 0 777 88 0 7 33 4444 2 2222222222222 4444 888 111111111 3333 444444 777 1 6 5 11 5 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGCCTGAAAA----------CTGTGGAAGTAG--TN--CGCTCCACAAG-CATTGCAA-TTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-A-TGG---AANTA-AGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACACATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCTGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNAA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------C------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGCCTGAAAA----------CTGTGAAAGTAA--TN--CGCTCCACAAG-CATTGCAA-TTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-A-TGG---AATTA-AGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACGCACATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AANTGCAATAT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCANCTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGNTGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGT-------CAG------C------ATA-TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGCCTGAAAA----------CTGTGAAAGCAA--TA--TGCTCCATAAG-CATTGCAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-A-TGG---AATTA-AGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCACATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA--GACT----GACTCAC--------A----GA--------C----A----CA------GT------GACTC---G-T-ATA-TAC--AC-CACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----T----CAG----GTT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaccGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaccGAC-A--GACA----AACGGAC--------A----GA--------C----A----CA------GT------GGCTC---CTACACA-TAT--CC-CTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaGAC-C--GACC----GACTGAC--------A----GA----C---CGACCA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacaTGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGC------GACTC---A-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgacGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----T----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaccGAC-A--GACC----GACCGAC--------AGACCGA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : accGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----GACCTCAG----GGT------GACTC---C-A-GTA-TAC--CC-C---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : agGAC-A--GACT----GACCGAC--------A----GA----C---CT---ACCT-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cgGAC-A--GACT----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaccAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGG-------CAC------A------AAA-TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCACTTGAAAA----------CTGTGGAAGTTGTTTG--TGCTCCACAAGACATTGCAA--TATAGTCAA---------------------TAA----AATAATTTTACTACTGAAATAATTATAGTCA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGT-------CAG------TATCATAATA-TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA-ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAG--TT--CACTCCACAAG-atataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACCAACC----GACTGGC--------A----GA--------A----A----CA------GC------GACTC---C-C-ACA-GAC--CC-CCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---CGACAA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acgGAC-A--CACC----GACCGAC--------AGACCGA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : gGAC-A--GACC----GACCAAC--------A----GA----C---CGACCA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acgAC-G--GACA----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGTCACACAGACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A--GACC----GGCAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacg--GACC----GACCGAC--------A----GATCGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAT--CC-C---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC----GACCTAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC----TACAGAC--------T----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---G-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC----AACCGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCCGAC--------A----GA----C---CT---G----TGG----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ---------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-A-TGG---AATCA-AGTCAGCATGACCAAATTT------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A--AACCATCTGATCGCCAGTCAGAGA----GA----C---CA---A----CAGACACAGT------GACTC---CTATATA-TAC--CC-CTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGACATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atg----GGT------GACTC---C-A-ATA-TAC--CC-C---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGT-------GAG----------------------GGTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGTCTGAAAA----------CTGTAAAAGTAT--TT--CTCTTCACAAT-AATTGCAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-A-TGA---AA-TA-A------GTCACAAA-------GTCAAAACACATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : ATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG------AT-------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTCAA-TTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGCT----A--GAAT----AAATGAC--------C----AA----C---C----AT---CTG----AAC------GACTC---T-T-ACA-TAA--CCAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgttcacataag---------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAA-TGG---AGGCG-AGTCAGTTTCACAAAATTggcata
gi|6 : ttaagttACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGT-------CAGTTTCACC------AAA-TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNNNNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGA-TGA---AGGTG-AGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACACATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A--GACC----GACcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGTCAC------A------AGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTGCTGAAAA-----------TGTGGAAA-AA--TGTTCACTCCACAAG-AAT-GCA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-A-TGG---AAAAA-AGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACAttacctgctgaccaacaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A--GACC----CACTGAC--------A----GA----CAGAA----A----CA------GC------GATTCATAC-ATGTAGTACTTTC-T---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATT-GATGCTGATCAT----ATAT----GCAAAG-TTTCAAATCAATTGCCTGAAAacat
gi|9 : aACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Ttgagcatattaattcaaaaaaagtgttgtgtgcaaat
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 11111111111111111 555555555555555555555555555555555 1111 1111 111 22222222 111 1111111 11 222 666666666666666666666 1 111 111 11111111 5555555555555 1 2222222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 22 8 99999999999999999 1 6 3 99 000000000000000000000000000000000 1 6 4444 4444 5 444 44444444 111 5555555 1 22 0 6 000 6 000000000000000000000 5 0 1 88 222 5 0 000 1 2 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 33 33 4444444 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 0 1 55 6666666 1 1 111 55 1 22 3333 2 4444444444444 3333 222 777777777 3333 444444 222 3 4 1 1 22 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................. . . . .. ................................. . . .... .... . ... ........ ... ....... . .. . . ... . ..................... . . . .. ... . . ... . . .. . ........ ............. . . . .. .. ....... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. . .. .... . ............. .... ... ......... .... ...... ... . . . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 00 0 22222222222222222 0 7 7 00 777777777777777777777777777777777 7 7 2222 2222 7 000 22222222 777 0000000 0 44 8 7 888 7 000000000000000000000 0 7 0 55 888 7 3 000 7 1 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 55 88 2222222 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 66 0000000 4 0 777 88 7 33 4444 2 2222222222222 4444 888 111111111 3333 444444 777 1 6 5 5 11 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCTGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGT-------CAG------C------ATA-TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGA---AAGC-A-A--TATGCTCCATAAG-CATTG-CAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-ATGGAATTAAGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCA---CATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA--GACT----GACTCAC--------A----GA--------C----A----CA------GT------GACTC---G-T-ATA-T-AC--ACCACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacCCGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----T----CAG----GTT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaCCGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaGAC-A--GACA----AACGGAC--------A----GA--------C----A----CA------GT------GGCTC---CTACACA-T-AT--CCCTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaGAC-C--GACC----GACTGAC--------A----GA----C---CGACCA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacaCTGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGC------GACTC---A-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgaCCGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----T----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaCCGAC-A--GACC----GACCGAC--------AGACCGA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : aGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----GACCTCAG----GGT------GACTC---C-A-GTA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : agGAC-A--GACT----GACCGAC--------A----GA----C---CT---ACCT-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cgCCGAC-A--GACT----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGG-------CAC------A------AAA-TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCAC-TTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-T-GTTTGTGCTCCACAAGACATTG-CAA--TATAGTCAA---------------------TAA----AATAATTTTACTACTGAAATAA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGT-------CAGTATCATA------ATA-TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA--ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGT-A-G--TTCACTCCACAAG-ttatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACCAACC----GACTGGC--------A----GA--------A----A----CA------GC------GACTC---C-C-ACA-G-AC--CCCCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---CGACAA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acgGAC-A--CACC----GACCGAC--------AGACCGA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : gGAC-A--GACC----GACCAAC--------A----GA----C---CGACCA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acgAC-G--GACA----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGTCACACAGACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A--GACC----GGCAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacg--GACC----GACCGAC--------A----GATCGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AT--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC----GACCTAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC----TACAGAC--------T----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---G-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC----AACCGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCCGAC--------A----GA----C---CT---G----TGG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ---------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-ATGGAATCAAGTCAGCATGACCAAATTT---------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A--AACCATCTGATCGCCAGTCAGAGA----GA----C---CA---A----CAGACACAGT------GACTC---CTATATA-T-AC--CCCTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGA---CATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atg----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGT-------GAG------G----------------GTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGT-CTGAAAA-------CTGTAA---AAGT-A-T--TTCTCTTCACAAT-AATTG-CAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-AT-GAAATAA------GTCACAAA-------GTCAAAACA---CATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : TC-ACATAAGATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG----AT---------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTC-AATTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGCT----A--GAAT----AAATGAC--------C----AA----C---C----AT---CTG----AAC------GACTC---T-T-ACA-TAAC--CAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgtAAG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCAA-----------TGG---AGGCGA-G--TCAGTTTCACAAA--ATTAACAA-AAATATT-AAGCT------------------CAAGGACAGTAACTCTGC-ATggcata
gi|6 : tt---------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAATGGAGGCGAGTCAGTTTCACAAAATTnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGT-------CAG------TTTCACCAAA-TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNN-NNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACA---CATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A--GACC----GACcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGTCAC------A------AGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTG-CTGAAAA--------TGTGG---AAAA-ATG--TTCACTCCACAAG-AAT-G-CA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-ATGGAAAAAAGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACA---ttacctgctgaccaacaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A--GACC----CACTGAC--------A----GA----CAGAA----A----CA------GC------GATTCATAC-ATGTAGT-ACTTTCT---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Tacat
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 11111111111111111 555555555555555555555555555555555 1111 1111 111 22222222 111 1111111 11 222 666666666666666666666 1 111 111 11111111 5555555555555 1 2222222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 22 8 99999999999999999 1 6 3 99 000000000000000000000000000000000 1 6 4444 4444 5 444 44444444 111 5555555 1 22 0 6 000 6 555555555555555555555 5 0 1 88 222 5 0 000 1 2 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 33 33 4444444 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 0 1 55 6666666 1 1 111 55 1 22 3333 2 1111111111111 3333 222 777777777 3333 444444 222 3 4 1 1 22 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................. . . . .. ................................. . . .... .... . ... ........ ... ....... . .. . . ... . ..................... . . . .. ... . . ... . . .. . ........ ............. . . . .. .. ....... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. . .. .... . ............. .... ... ......... .... ...... ... . . . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 00 0 22222222222222222 0 7 7 00 777777777777777777777777777777777 7 7 2222 2222 7 000 22222222 777 0000000 0 44 8 7 888 7 444444444444444444444 0 7 0 55 888 7 3 000 7 1 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 55 88 2222222 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 66 0000000 4 0 777 88 7 33 4444 6 8888888888888 4444 888 111111111 3333 444444 777 1 6 5 5 11 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----GACCGAC--------N----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGT-------CAG------C------ATA-TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGA---AAGC-A-A--TATGCTCCATAAG-CATTG-CAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-ATGGAATTAAGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCA---CATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA--GACT----GACTCAC--------A----GA--------C----A----CA------GT------GACTC---G-T-ATA-T-AC--ACCACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacCCGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----T----CAG----GTT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaCCGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaGAC-A--GACA----AACGGAC--------A----GA--------C----A----CA------GT------GGCTC---CTACACA-T-AT--CCCTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaCCGAC-C--GACT----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacagaCTGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGC------GACTC---A-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgaCCGAC-A--GACC----GACAGAC--------C----GA----C---C----T----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaCCGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---CGACCA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : aGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---C----GACCTCAG----GGT------GACTC---C-A-GTA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : agGAC-A--GACT----GACCGAC--------A----GA----C---CT---ACCT-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cgCCGAC-A--GACT----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGG-------CAC------A------AAA-TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCAC-TTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-T-GTTTGTGCTCCACAAGACATTG-CAA--TATAGTCAA--T-------------------AA----AATAATTTTACTACTGAAATAA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGT-------CAGTATCATA------ATA-TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA--ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGT-A-G--TTCACTCCACAAG-ttatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACCAACC----GACTGGC--------A----GA--------A----A----CA------GC------GACTC---C-C-ACA-G-AC--CCCCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-A--GACC----GACCGAC--------A----GA----C---CGACAA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acgGAC-A--CACC----GACCGAC--------AGACCGA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : gGAC-A--GACC----GACCAAC--------A----GA----C---CGACCA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acgAC-G--GACA----GACAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGTCACACAGACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A--GACC----GGCAGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacg--GACC----GACCGAC--------A----GATCGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AT--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC----GACCTAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC----TACAGAC--------T----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---G-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC----AACCGAC--------C----GA----C---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCCGAC--------A----GA----C---CT---G----TGG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-ATGGAATCAAGTCAGCATGACCAAATTT---------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A--AACCATCTGATCGCCAGTCAGAGA----GA----C---CA---A----CAGACACAGT------GACTC---CTATATA-T-AC--CCCTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGA---CATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atg----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGT-------GAG------G----------------GTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGT-CTGAAAA-------CTGTAA---AAGT-A-T--TTCTCTTCACAAT-AATTG-CAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-AT-GAAATAA------GTCACAAA-------GTCAAAACA---CATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : TC-ACATAAGATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG----AT---------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTC-AATTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGC---T-A--GAAT----AAATGAC--------C----AA----C---C----AT---CTG----AAC------GACTC---T-T-ACA-TAAC--CAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgtAAG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCAA-----------TGG---AGGCGA-G--TCAGTTTCACAAA--ATTAACAA-AAATATT-AAGCT------------------CAAGGACAGTAACTCTGC-ATggcata
gi|6 : tt--T------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAATGGAGGCGAGTCAGTTTCACAAAATTnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagtACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGT-------CAG------TTTCACCAAA-TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNN-NNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACA---CATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A--GACC----GACcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGTCAC------A------AGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTG-CTGAAAA--------TGTGG---AAAA-ATG--TTCACTCCACAAG-AAT-G-CA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-ATGGAAAAAAGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACA---ttacctgctgaccaacaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A--GACC----CACTGAC--------A----GA----CAGAA----A----CA------GC------GATTCATAC-ATGTAGT-ACTTTCT---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Tacat
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 11111111111111111 555555555555555555555555555555555 1111 1111 111 22222222 111 1111111 11 222 666666666666666666666 1 111 111 11111111 5555555555555 1 2222222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 22 8 99999999999999999 1 6 3 99 000000000000000000000000000000000 1 6 4444 4444 5 444 44444444 111 5555555 1 22 0 6 000 6 555555555555555555555 5 0 1 88 222 5 0 000 1 2 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 33 33 4444444 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 0 1 55 6666666 1 1 111 55 1 22 3333 3333 77777 666666666 222 222222222 3333 444444 222 3 4 1 1 22 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................. . . . .. ................................. . . .... .... . ... ........ ... ....... . .. . . ... . ..................... . . . .. ... . . ... . . .. . ........ ............. . . . .. .. ....... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. . .. .... .... ..... ......... ... ......... .... ...... ... . . . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 00 0 22222222222222222 0 7 7 00 777777777777777777777777777777777 7 7 2222 2222 7 000 22222222 777 0000000 0 44 8 7 888 7 444444444444444444444 0 7 0 55 888 7 3 000 7 1 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 55 88 2222222 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 66 0000000 4 0 777 88 7 33 4444 4444 33333 666666666 777 888888888 3333 444444 777 1 6 5 5 11 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----G----ACN----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----G----ACC----GAC--------NGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGT-------CAG------C------ATA-TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGA---AAGC-A-A--TATGCTCCATAAG-CATTG-CAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-ATGGAATTAAGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCA---CATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA--GACT----G----ACT----CAC--------AGA----C----A----CA------GT------GACTC---G-T-ATA-T-AC--ACCACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacCCGAC-A--GACC----G----ACA----GAC--------CGAC---C----T----CAG----GTT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaCCGAC-A--GACC----G----ACA----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaGAC-A--GACA----A----ACG----GAC--------AGAC--------A----CAG------T------GGCTC---CTACACA-T-AT--CCCTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaCCGAC-C--GACT----G----ACA----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacagaCTGAC-A--GACC----G----ACA----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGC------GACTC---A-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgaCCGAC-A--GACC----G----ACA----GAC--------CGAC---C----T----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaCCGAC-A--GACC----G----ACC----GAC--------AGAC---CGACCA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : aGAC-A--GACC----G----ACC----GAC--------AGAC---C----GACCTCAG----GGT------GACTC---C-A-GTA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : agGAC-A--GACT----G----ACC----GAC--------AGAC---CT---ACCT-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cgCCGAC-A--GACT----G----ACA----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGG-------CAC------A------AAA-TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCAC-TTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-T-GTTTGTGCTCCACAAGACATTG-CAA--TATAGTCAA--T-------------------AA----AATAATTTTACTACTGAAATAA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGT-------CAGTATCATA------ATA-TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA--ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGT-A-G--TTCACTCCACAAG-ttatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACCAACC----G----ACT----GGC--------AGA----A----A----CA------GC------GACTC---C-C-ACA-G-AC--CCCCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-A--GACC----G----ACC----GAC--------AGAC---CGACAA----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acgAC-C--GACC----G----ACA----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : ggacacGAC-A--GACC----G----ACCAACAGAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acgAC-G--GACA----G----ACA----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGTCACACAGACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A--GACC----G----GCA----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacgGAC-C--GACC----G----ACA----GAT--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AT--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC----G----ACC----TAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC----T----ACA----GAC--------TGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---G-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC----A----ACC----GAC--------CGAC---C----A----CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCC----GAC--------AGAC---CT---G----TGG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-ATGGAATCAAGTCAGCATGACCAAATTT---------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A--AACCATCTG----ATC----GCCAGTCAGAGAGAC---CA---A----CAGACACAGT------GACTC---CTATATA-T-AC--CCCTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGA---CATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atg----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGT-------GAG------G----------------GTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGT-CTGAAAA-------CTGTAA---AAGT-A-T--TTCTCTTCACAAT-AATTG-CAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-AT-GAAATAA------GTCACAAA-------GTCAAAACA---CATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : TC-ACATAAGATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG----AT---------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTC-AATTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGC---T-A--GAAT----A----AAT----GAC--------CAAC---C----AT---CTG----AAC------GACTC---T-T-ACA-TAAC--CAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgtAAG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCAA-----------TGG---AGGCGA-G--TCAGTTTCACAAA--ATTAACAA-AAATATT-AAGCT------------------CAAGGACAGTAACTCTGC-ATggcata
gi|6 : tt--T------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAATGGAGGCGAGTCAGTTTCACAAAATTnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagtACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGT-------CAG------TTTCACCAAA-TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNN-NNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACA---CATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A--GACC----GACTTACC----TGC--------TGAC---C----A----caaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGTCAC------A------AGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTG-CTGAAAA--------TGTGG---AAAA-ATG--TTCACTCCACAAG-AAT-G-CA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-ATGGAAAAAAGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACA---acaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A--GACC----C----ACT----GAC--------AGACAGAA----A----CA------GC------GATTCATAC-ATGTAGT-ACTTTCT---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Tacat
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 11111111111111111 555555555555555555555555555555555 1111 1111 111 22222222 111 1111111 11 222 666666666666666666666 1 111 111 11111111 5555555555555 1 2222222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 111111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 22 8 99999999999999999 1 6 3 99 000000000000000000000000000000000 1 6 4444 4444 5 444 44444444 111 5555555 1 22 0 6 000 6 555555555555555555555 5 0 1 88 222 5 0 000 1 2 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 33 33 4444444 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 0 1 55 6666666 1 1 111 55 1 9999 3333 1 3333 111111111111 222 1 1 3333 444444 222 3 4 1 1 22 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................. . . . .. ................................. . . .... .... . ... ........ ... ....... . .. . . ... . ..................... . . . .. ... . . ... . . .. . ........ ............. . . . .. .. ....... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. . .... .... . .... ............ ... . . .... ...... ... . . . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 00 0 22222222222222222 0 7 7 00 777777777777777777777777777777777 7 7 2222 2222 7 000 22222222 777 0000000 0 44 8 7 888 7 444444444444444444444 0 7 0 55 888 7 3 000 7 1 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 55 88 2222222 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 66 0000000 4 0 777 88 7 4444 4444 0 3333 222222222222 777 5 5 3333 444444 777 1 6 5 5 11 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A----G----ACCGACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A----G----ACCGACNGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGT-------CAG------C------ATA-TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGA---AAGC-A-A--TATGCTCCATAAG-CATTG-CAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-ATGGAATTAAGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCA---CATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA----G----ACTGACTCAC----A------------GA----C-A-CA------GT------GACTC---G-T-ATA-T-AC--ACCACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacCCGAC-A----G----ACCGACAGAC----C------------GAC---C-T-CAG----GTT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaCCGAC-A----G----ACCGACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaGAC-A----G----ACAAACGGAC----A------------GAC-----A-CAG------T------GGCTC---CTACACA-T-AT--CCCTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaCCGAC-C----G----ACTGACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacagaCTGAC-A----G----ACCGACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGC------GACTC---A-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgaCCGAC-A----G----ACCGACAGAC----C------------GAC---C-T-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaCCGAC-A----G----ACCGACCGACAGACC------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : aGAC-AGACCG----ACCGACAGAC----C------------GAC---C-T-CAG----GGT------GACTC---C-A-GTA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : agGAC-A----GACTGACCGACAGAC----C------------TAC---C-T-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cgCCGAC-A----G----ACTGACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGG-------CAC------A------AAA-TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCAC-TTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-T-GTTTGTGCTCCACAAGACATTG-CAA--TATAGTCAA--T-------------------AA----AATAATTTTACTACTGAAATAA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGT-------CAGTATCATA------ATA-TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA--ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGT-A-G--TTCACTCCACAAG-ttatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACC--A----ACCGACTGGC----A------------GA----A-A-CA------GC------GACTC---C-C-ACA-G-AC--CCCCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-AGACCG----ACCGACAGAC----C------------GAC---A-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acgAC-C----G----ACCGACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : ggacacGAC-C----G----ACCAACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acggacaAC-G----G----ACAGACAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGTCACACAGACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A----G----ACCGGCAGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacgGAC-C----G----ACCGACAGAT----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AT--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A----G----ACCGACCTAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cg----ACCTACAGAC----T------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---G-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A----G----ACCAACCGAC----C------------GAC---C-A-CAG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCCGACAGAC----C------------------T-G-TGG----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-ATGGAATCAAGTCAGCATGACCAAATTT---------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A----A----ACCATCTGAT----CGCCAGTCAGAGAGAC---CAA-CAGACACAGT------GACTC---CTATATA-T-AC--CCCTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGA---CATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atg----GGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGT-------GAG------G----------------GTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGT-CTGAAAA-------CTGTAA---AAGT-A-T--TTCTCTTCACAAT-AATTG-CAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-AT-GAAATAA------GTCACAAA-------GTCAAAACA---CATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : TC-ACATAAGATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG----AT---------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTC-AATTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGC---T-A----G----AATAAATGAC----C------------AAC---C-ATCTG----AAC------GACTC---T-T-ACA-TAAC--CAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgtAAG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCAA-----------TGG---AGGCGA-G--TCAGTTTCACAAA--ATTAACAA-AAATATT-AAGCT------------------CAAGGACAGTAACTCTGC-ATggcata
gi|6 : tt--T------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAATGGAGGCGAGTCAGTTTCACAAAATTnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagtACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGT-------CAG------TTTCACCAAA-TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNN-NNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACA---CATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A----G----ACCGACTTAC----CTGCT--------GAC---C-A-caaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGTCAC------A------AGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTG-CTGAAAA--------TGTGG---AAAA-ATG--TTCACTCCACAAG-AAT-G-CA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-ATGGAAAAAAGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACA---acaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A----G----ACCCACTGAC----A------------GACAGAA-A-CA------GC------GATTCATAC-ATGTAGT-ACTTTCT---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Tacat
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 11111111111111111 555555555555555555555555555555555 1111 1111 111 22222222 111 1111111 11 222 666666666666666666666 1 111 111 11111111 5555555555555 1 2222222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 1111111111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 22 8 99999999999999999 1 6 3 99 000000000000000000000000000000000 1 6 4444 4444 5 444 44444444 111 5555555 1 22 0 6 000 6 555555555555555555555 5 0 1 88 222 5 0 000 1 2 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 33 33 4444444 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 0 1 55 6666666 1 1 111 55 2222 6666666666666666 3333 222 1 444444 222 3 4 1 1 22 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................. . . . .. ................................. . . .... .... . ... ........ ... ....... . .. . . ... . ..................... . . . .. ... . . ... . . .. . ........ ............. . . . .. .. ....... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. .... ................ .... ... . ...... ... . . . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 00 0 22222222222222222 0 7 7 00 777777777777777777777777777777777 7 7 2222 2222 7 000 22222222 777 0000000 0 44 8 7 888 7 444444444444444444444 0 7 0 55 888 7 3 000 7 1 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 55 88 2222222 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 66 0000000 4 0 777 88 7777 7777777777777777 3333 777 5 444444 777 1 6 5 5 11 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGT-------CAG------C------ATA-TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGA---AAGC-A-A--TATGCTCCATAAG-CATTG-CAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-ATGGAATTAAGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCA---CATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA--GACT----------------GACTCACA----GA----CA-CA--GT------GACTC---G-T-ATA-T-AC--ACCACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGTT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaGAC-A--GACA----------------AACGGACA----GA----CA-CA--GT------GGCTC---CTACACA-T-AT--CCCTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaCCGAC-C--GACT----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacagaCTGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGC------GACTC---A-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgaCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaCCGAC-A--GACCGACC------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : aGAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-GTA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : aggacaGAC-T--GACC----------------GACAGACC----TAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cggacaCCGAC-A--GACT----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGG-------CAC------A------AAA-TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCAC-TTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-T-GTTTGTGCTCCACAAGACATTG-CAA--TATAGTCAA--T-------------------AA----AATAATTTTACTACTGAAATAA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGT-------CAGTATCATA------ATA-TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA--ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGT-A-G--TTCACTCCACAAG-ttatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACCAACC----------------GACTGGCA----GA----AA-CA--GC------GACTC---C-C-ACA-G-AC--CCCCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---AA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acggacaAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : ggacacGAC-C--GACC----------------AACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acggacaAC-G--GACA----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGTCACACAGACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A--GACC----------------GGCAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacgGAC-C--GACC----------------GACAGATC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AT--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC----------------GACCTACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC----------------TACAGACT----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---G-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC----------------AACCGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCC----------------GACAGACC----------TG-TGGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-ATGGAATCAAGTCAGCATGACCAAATTT---------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A--AACCATCTGATCGCCAGTCAGAGAGACC----AACAGACA-CA--GT------GACTC---CTATATA-T-AC--CCCTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGA---CATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atgGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGT-------GAG------G----------------GTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGT-CTGAAAA-------CTGTAA---AAGT-A-T--TTCTCTTCACAAT-AATTG-CAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-AT-GAAATAA------GTCACAAA-------GTCAAAACA---CATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : TC-ACATAAGATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG----AT---------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTC-AATTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGC---T-A--GAAT----------------AAATGACC----AAC---CATCTGAAC------GACTC---T-T-ACA-TAAC--CAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgtAAG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCAA-----------TGG---AGGCGA-G--TCAGTTTCACAAA--ATTAACAA-AAATATT-AAGCT------------------CAAGGACAGTAACTCTGC-ATggcata
gi|6 : tt--T------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAATGGAGGCGAGTCAGTTTCACAAAATTnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagtACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGT-------CAG------TTTCACCAAA-TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNN-NNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACA---CATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A--GACC----------------GACTTACCTGCTGAC---CA-caaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGTCAC------A------AGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTG-CTGAAAA--------TGTGG---AAAA-ATG--TTCACTCCACAAG-AAT-G-CA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-ATGGAAAAAAGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACA---acaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A--GACCCACT------------GACAGACA----GA----AA-CA--GC------GATTCATAC-ATGTAGT-ACTTTCT---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Tacat
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 11111111111111111 555555555555555555555555555555555 1111 1111 111 22222222 111 1111111 11 222 666666666666666666666 1 111 111 11111111 5555555555555 1 2222222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 1111111111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 22 8 99999999999999999 1 6 3 99 000000000000000000000000000000000 1 6 4444 4444 5 444 44444444 111 5555555 1 22 0 6 000 6 555555555555555555555 5 0 1 88 222 5 0 000 1 2 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 33 33 4444444 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 0 1 55 6666666 1 1 111 55 2222 6666666666666666 3333 222 1 444444 222 3 4 1 1 22 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................. . . . .. ................................. . . .... .... . ... ........ ... ....... . .. . . ... . ..................... . . . .. ... . . ... . . .. . ........ ............. . . . .. .. ....... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. .... ................ .... ... . ...... ... . . . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 00 0 22222222222222222 0 7 7 00 777777777777777777777777777777777 7 7 2222 2222 7 000 22222222 777 0000000 0 44 8 7 888 7 444444444444444444444 0 7 0 55 888 7 3 000 7 1 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 55 88 2222222 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 66 0000000 4 0 777 88 7777 7777777777777777 3333 777 5 444444 777 1 6 5 5 11 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAG---TTACCATTA-A-AGTGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGT-------CAG------C------ATA-TTC-ACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGA---AAGC-A-A--TATGCTCCATAAG-CATTG-CAATTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-ATGGAATTAAGTCAGCATCACAAGATTT-GCGTC-ACTCA---CATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA--GACT----------------GACTCACA----GA----CA-CA--GT------GACTC---G-T-ATA-T-AC--ACCACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGTT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaGAC-A--GACA----------------AACGGACA----GA----CA-CA--GT------GGCTC---CTACACA-T-AT--CCCTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaCCGAC-C--GACT----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacagaCTGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGC------GACTC---A-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgaCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaCCGAC-A--GACCGACC------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : aGAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-GTA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : aggacaGAC-T--GACC----------------GACAGACC----TAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cggacaCCGAC-A--GACT----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC--TT--TACTA-A--GTGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTACGG-------CAC------A------AAA-TTT-ACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCAC-TTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-T-GTTTGTGCTCCACAAGACATTG-CAA--TATAGTCAA--T-------------------AA----AATAATTTTACTACTGAAATAA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACATT--TTATTAT-A-A-AATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGT-------CAGTATCATA------ATA-TTT-GTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA--ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGT-A-G--TTCACTCCACAAG-ttatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACCAACC----------------GACTGGCA----GA----AA-CA--GC------GACTC---C-C-ACA-G-AC--CCCCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---AA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acggacaAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : ggacacGAC-C--GACC----------------AACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acggacaAC-G--GACA----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGTCACACAGACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A--GACC----------------GGCAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacgGAC-C--GACC----------------GACAGATC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AT--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC----------------GACCTACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC----------------TACAGACT----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---G-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC----------------AACCGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCC----------------GACAGACC----------TG-TGGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-ATGGAATCAAGTCAGCATGACCAAATTT---------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A--AACCATCTGATCGCCAGTCAGAGAGACC----AACAGACA-CA--GT------GACTC---CTATATA-T-AC--CCCTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTT-GTGAC-ACGGA---CATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atgGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTA-TGTTACATAGTGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGT-------GAG------G----------------GTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGT-CTGAAAA-------CTGTAA---AAGT-A-T--TTCTCTTCACAAT-AATTG-CAA--TACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-AT-GAAATAA------GTCACAAA-------GTCAAAACA---CATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : TC-ACATAAGATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG----AT---------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTC-AATTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGC---T-A--GAAT----------------AAATGACC----AAC---CATCTGAAC------GACTC---T-T-ACA-TAAC--CAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgtAAG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCAA-----------TGG---AGGCGA-G--TCAGTTTCACAAA--ATTAACAA-AAATATT-AAGCT------------------CAAGGACAGTAACTCTGC-ATggcata
gi|6 : tt--T------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAATGGAGGCGAGTCAGTTTCACAAAATTnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagtACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN--NNNNN-TTA-A--GTTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGT-------CAG------TTTCACCAAA-TTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcG-CATNN-NNN-NNNNNTT-AAGTT------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCAGTTTCACCAAATTTTGTGTC-ACACA---CATCTGCCCTTGAAGTTGATCATGTACGCAAAGTTTC---TCAAcaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A--GACC----------------GACTTACCTGCTGAC---CA-caaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGGTCAC------A------AGACTTT-A-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTG-CTGAAAA--------TGTGG---AAAA-ATG--TTCACTCCACAAG-AAT-G-CA--TCATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-ATGGAAAAAAGTCAGTATCACAAAATTT-GCGTT-ACACA---acaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A--GACCCACT------------GACAGACA----GA----AA-CA--GC------GATTCATAC-ATGTAGT-ACTTTCT---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Tacat
blockSeqs : G TG TT T T GCTC AA TA A GCAATTATGTTACATA G G G AA CAGTTTCACCAAATTTTGT A T ATAC TAAA C ACT AAAAAAGC TAC TTGTT G AC A AA C ACTCATTAATTTTACTAAGAG T A CA TGT A AGA C T CA A ATGAGCA GAAATTAGTTTC C C T TT CA ATGGTT . CA CAAT T T TGAAATTAAGTTAGTGTTGC TAT AG A AT A T G C TATA A T AC AAAAAAG T C TGT CA ACC ATCTGATCGCCAGTCA TGCT AGA T CACACA ATA T C G A TT TCT A T
blockSeqs : . . TT A T C A AT . TTTTATTATAAA G . G AT TCTTGGTCACAAGACTTTA A . . . . AC C . CGAG T A . NN . GCT A T TT GT . . T G TT A AAAC CTA T A . GT TT GTGC . . AA . G GTATCAT ACT . A . G T G G . T C CC . A A . TT A GACC . . . . . T T . . . CT A .
blockSeqs : . A T . A AA . NNNNNNNTTAA G . A GG CAGTATCATAATATTTGT A . . . . GT C . AATG T C . A . GTT G A TT GC . . T C TG G AAC TAA A . . G . . . . ATTA A . . . . A . G . A T AA . T T . TG A CACT . . . . . . T . . . TT A .
blockSeqs : . GC . ACTTTACTAA G . A T CACAAAATTTAC G . . . . TG . . TAG C A . A . T . G TA . . . T T . . A G A . A G . CG A . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . GAGG . . . . . A . . TAT T . . T . T . G G . . . . C . T C . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GCTNTGCTACAA***** CAGTTCACAAANTTTGC**************** C******* TAG**** A** T******************** A*** ***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC--TTACTATTA-A-AGTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGT-------CAG------N------ANA-TTT-ACGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA-TTATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGCTNTGCTACAA-----GTGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGTCAGTTCACAAANTTTGC----------------GTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAAC-------TGTGG---AAGTAG----TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA--TATGGT-AAT--------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTT-GCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGACA---GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 111 3333 3333333333333333 4444444444444 1 1111 1111 111 22222222 111 1111111 11 111111 666666666666666666666 1 111 11111111 5555555555555 1 2222222 11 11 22222 55555555555555555555 11 11 2222 2222222 111 1111111111111111
lowQualScore : 2 4444 444 1 3 2222 0 88 22 8 1111111111111111 8 1 6 3 99 99 5555555555555 2 1 6 4444 4444 5 444 44444444 111 5555555 1 66 0 8 999999 3 8 777777777777777777777 1 2 11 66 88 6 22 111 3 4 1 1 77 1 99999999 3333333333333 1 8 0 33 33 4444444 33 88 44444 7 9 77777777777777777777 333 33 3 33 6 4 2 1 1111 1 0 1 55 6666666 1 1 111 55 2222 6666666666666666 3333 222 1 444444 222 3 4 1 1 22 999 7 0 1
lowQualScore : . .... ... . . .... . .. .. . ................ . . . . .. .. ............. . . . .... .... . ... ........ ... ....... . .. . . ...... . . ..................... . . .. .. .. . .. ... . . . . .. . ........ ............. . . . .. .. ....... .. .. ..... . . .................... ... .. . .. . . . . .... . . . .. ....... . . ... .. .... ................ .... ... . ...... ... . . . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 0000 000 0 2 5555 8 88 00 0 6666666666666666 0 0 7 7 00 22 0000000000000 0 7 7 2222 2222 7 000 22222222 777 0000000 0 77 8 0 000000 2 0 888888888888888888888 4 5 33 00 22 7 88 777 8 0 0 4 88 4 88888888 2222222222222 0 8 0 55 88 2222222 88 33 00000 3 2 22222222222222222222 888 88 2 88 5 2 5 0 2222 0 8 4 66 0000000 4 0 777 88 7777 7777777777777777 3333 777 5 444444 777 1 6 5 5 11 666 7 6 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC---TNT-ATTATA-AG-TGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGTCA--G--T-CAC-AA-A-TTTGCGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-NATTG-CAA---T--ATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTTGCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGCTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
Reference ( family-1947 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNAACAAAGATTATG--GACAATT-TNAATACTGA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTNNA-TACAGC---TNT-GCTACA-AG-TGCAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAATTAAGTCA--GT-T-CAC-AA-ANTTTGCGTCACACACATCTACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-A-G--TNCGCTCCACAAG-CATTG-CAA---T--ATGGT-AA--T------------------CAAGGGCAATAACTCTGC-ATGGAANTAAGTCAGCGTCACAAAATTTGCGTC-ACACA---CATCTACACTTGATGTTGATCATGTATGCAAAGTTTCAAGTCAATCGCCTGAA---AA-C-TGT----------TCGCTCNACAAG-AAGTGCAATGT-G--TAAA--TAGCA--ATTTTAC-AA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--CTACACTTGACGTTGATCATGTANG----CNAAGTTTCAAATCAATCAACTGAAAA-------CTGTGGAANA---AGTTCGCTCCACAAGTTGCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|1 : AACAACAACTATGCGGACAACTATCAA-ACTGA----GAGAATTGCAATA-TGGTTTA-TACAGT---TACCATTA-A-AG-TGCAAGGCCAATAACTCTAC-AAGGAATTAAGTCA--G----CAT-A----TTCACATCACACACAAATACACTT-GATGTTGATCAT----GTAT----GCAAAG-TATCAAGTCAATCGC-CTGAAAA-------CTGTGA---AAGC-A-A--TATGCTCCATAAG-CATTG-CAA---TTTATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATAACTCAAC-ATGGAATTAAGTCAGCATCACAAGATTTGCGTC-ACTCA---CATCTAAACATGTTGTTAATCATGTATGCAAGGTATCAAGTCAATTGCCTGAA---AA-C-TGT----------TTGCTCAACAAG-AAATGCAATGTCG--TAAATCTAGCA--ATTGTACTTA-GTGCAAGGTCA----ATTA-----------TAAAATTTGTGTCA--CACAT--TTACACTTGACGTTGATCATGTATG----CTAAGTTTCACATCAATCACCTCAAAA-------GTGTGGAAGA---AGTTTGTTCCACAAGTTAATGACAA--GACT----------------GACTCACA----GA----CA-CA--GT------GACTC---G-T-ATA-T-AC--ACCACTCTT-GAACTTCGTTTGCATGGG-GTA
gi|10 : cagattcttatatcaacCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGTT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|11 : caacggacagaccgaCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCAGGG-GTA
gi|12 : caacggacagaccgaGAC-A--GACA----------------AACGGACA----GA----CA-CA--GT------GGCTC---CTACACA-T-AT--CCCTCTCTC-AAACTT--TTTTTCAGGGTGTA
gi|13 : tgatgattaCCGAC-C--GACT----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|14 : ggacagaCTGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGC------GACTC---A-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|15 : caaccgaCCGAC-A--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|16 : gaccgaCCGAC-A--GACCGACC------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|17 : aGAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-GTA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTTGTTTGTGGGGG-GTA
gi|18 : aggacaGAC-T--GACC----------------GACAGACC----TAC---CT-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTCAAAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|19 : cggacaCCGAC-A--GACT----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|2 : ccgaAAGAATTGCCTTA-TGGTTAAATACAAC---TTT-ACTA---AG-TGCAAGGGCAATAACTCT----TG---TTA---CG--G----CAC-AA-AATTTACATCACACACATCTACACTT-GATATTGATTAT----GTAT----GAAAAACTTCCAAGTCATTCAC-TTGAAAA-------CTGTGG---AAGT-T-GTTTGTGCTCCACAAGACATTG-CAA---T--ATAGTCAA--T-------------------AA----AATAATTTTACTACTGAAATAA
gi|2 : ATAATT-TTACTACTGA----AATAATTATAGT--CAATATA-AACA-T---TTT-ATTATA-AAATGCAGGGGCAATAACTCTGC-ATGGAAATAAGTCA--GTAT-CAT-AA-TATTTGTGTCACATATATCTACACCT-AATGTTGATCATATACATAT----ACAAAG-CTGCAAGTTAATCA--ATGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGT-A-G--TTCACTCCACAAG-ttatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaataagtcagtatcataatatttgtgtcacatatatctacacctaatgttgatcatatacatatacaaagctgcaagttaatcaatgaaaaaaaaaagcagcggtacatgtagttcactccacaagttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|2 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaAAGTCAGT--ATCA-----------TAATATTTGTGTCA--CATATATCTACACCTAATGTTGATCATATACATATACAAAGCTGCAAGTTAATCAA-TGAAAAAAAAAAGCAGCGGTACATGTAGTTCACTCCACAAGTTGACGAC-ACCAACC----------------GACTGGCA----GA----AA-CA--GC------GACTC---C-C-ACA-G-AC--CCCCT-CTC-AGACTTCTTTTG-CAGGG-CTAttgacgacaccaaccgactggcagaaacagcgactcccacagaccccctctcagacttcttttgcagggctat
gi|20 : aagaattgccttatggttaaatacaactttactaagtgcaagggcaataactcttgttacggcacaaaatttacatcacacacatctacacttgatattgattatgtatgaaaaacttccaagtcattcacttgaaaactgtggaagttgtttgtgctccacaagacattgcaatatagtcaataaaataattttactactgaaataattatagtcaatataaacattttattataaaatgcaggggcaataactctgcatggaaatGAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---AA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTt
gi|21 : acggacaAC-C--GACC----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCGGGG-GTA
gi|22 : ggacacGAC-C--GACC----------------AACAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|23 : acggacaAC-G--GACA----------------GACAGACC----GAC---CA-CAGGGTCACACAGACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-
gi|24 : aGAC-A--GACC----------------GGCAGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GT
gi|25 : aacgGAC-C--GACC----------------GACAGATC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AT--CCC---CTC-AAACTTTGTTTGTCGGGG-GTA
gi|26 : gGAC-A--GACC----------------GACCTACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GT
gi|27 : cgACC----------------TACAGACT----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---G-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTATCGGGG-GTA
gi|28 : GAC-A--GACC----------------AACCGACC----GAC---CA-CAGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCTTT
gi|29 : acgCC----------------GACAGACC----------TG-TGGGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTCGTTTGTCCGGG-GTA
gi|3 : ------------------CAGAGGCAATATCTCGGC-ATGGAATCAAGTCAGCATGACCAAATTT--------------CATC-------------AATCATGTATGCAAAGTATTATGTCAATCACCTAAA---AAAC-TGTGAAATTAGTTTC-CCCCACAAATAATTGCAATAT-GGTTAAA--TAGCACAATTTTAC-AATGTGCATGG--A----ATTA---------------A-----GTCA--T-TGT--CTACACTT-ATATTGGTCATGTTGG----CTACATTTTAAACCAACAGACTGAAAA-------CTGTGAAAAA---AGTTTTCTCCACAAGTTGCTGAC-A--AACCATCTGATCGCCAGTCAGAGAGACC----AACAGACA-CA--GT------GACTC---CTATATA-T-AC--CCCTT-CTT-AAACTTTGTTTG-CGGGG-
gi|30 : acttattaagtgAAATTTGTGAC-ACGGA---CATACACACTTGATGTTGATCATGTTTGCaat
gi|31 : atgGGT------GACTC---C-A-ATA-T-AC--CCC---CTC-AAACTTGGTTTGTCGGGG-GTA
gi|4 : AACAAAGATTATG--GACAATT-TAAATATTAA---CAAGAATTGCAGTA-CGGTAAA-TGCAGCAATTAT-GTTACATAG-TGCAAAGGAAATATCTCTGC-ATGGAATTAAGTGA--G----------------G-GTCAC----------------ATGTTGATCAT----GTATTAAAGCAAAG-TTTGAAGTCAATCGT-CTGAAAA-------CTGTAA---AAGT-A-T--TTCTCTTCACAAT-AATTG-CAA---T--ACGGT-AAACTCATTAATTTTACTAAGAGCAAGGGCAACAA--CTGC-AT-GAAATAA------GTCACAAA------GTCAAAACA---CATCTACACTTGATGGTGATTACTTAAGTAAAATTTCAAGACAATTTTCCAAA---AA-C-TG
gi|5 : TC-ACATAAGATATCTACACTTGATGCCGATCATTCATGCAAAGTTTCAAGT----------------A----GT----------CTACTCTAAAAG-AAG----AT---------A--CAGCA--ACTTTA--AA-G-GCAAGGGCATGAAATTAAGTTAGTGTTGCAAACTTTGTGTCAAGCACAT--CTACATTTGAAGCT-ATCATGTAGG----CAAAGTTTC-AATTATTCACCTGTATA-------CTGTTGTATA---CTATTGCACCACAAGTTGC---T-A--GAAT----------------AAATGACC----AAC---CATCTGAAC------GACTC---T-T-ACA-TAAC--CAC---CTC-AAACTTTGTTTGT
gi|6 : gcatgtAAG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCAA-----------TGG---AGGCGA-G--TCAGTTTCACAAA--ATTAACAAAAAT--AT--T-AAGCT------------------CAAGGACAGTAACTCTGC-ATggcata
gi|6 : tt--T------------------CAAGGGCAGTAACTCTGCAATGGAGGCGAGTCAGTTTCACAAAATTnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagtACAAA-ATTA-----ACAA----AAATATTAAGCTCAAGGA---CAGTAACTCTGCA-TNNNNN---NNN-NNT-TA-AG-TTCAAGGGCAGTAACTCTGCGATGAAGGTGAGTCA--GT-TTCACCAA-ATTTTGTGTCACACACATCTGCCCTT-GAAGTTGATCAT----GTAC----GCAAAG-TTTC---TCAAaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaaagtttctcaacaaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|6 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcA---AGTTT-CTCAACAAGGTGCTGAC-A--GACC----------------GACTTACCTGCTGAC---CA-caaggtgctgacagaccgacttacctgctgaccaacaaaa
gi|7 : ttaagttcaagggcagtaactctgcaatggaggcgagtcagtttcacaaaattaacaaaaatattaagctcaaggacagtaactctgcatnnnnnnnnnnttaagttcaagggcagtaactctgcgatgaaggtgagtcagtttcaccaaattttgtgtcacacacatctgcccttgaagttgatcatgtacgcaAACTCTGC-ATGAA--TAAGTTCTTGG-T-CAC-AAGACTTTA-GTCATGCATATCTACATTTTGATGTTGATTAA----GTAT----GCAAAG-TTTCAAGTAAATCTG-CTGAAAA--------TGTGG---AAAA-ATG--TTCACTCCACAAG-AAT-G-CAT---C--ATGGT-AA---------------------CAAGGGCAATTACTCTGT-ATGGAAAAAAGTCAGTATCACAAAATTTGCGTT-ACACA---acaaaa
gi|8 : cTCTTAAATGAACAAAATAAAAA-------CTGTTGAAGA---AGTTCGTTCTACAATTTACTGAC-A--GACCCACT------------GACAGACA----GA----AA-CA--GC------GATTCATAC-ATGTAGT-ACTTTCT---TTC-AAGATTTTTTTGT-GGGA-GTAaagtt
gi|9 : tagaACAATTGATGCTGATCATATATGCAAAGTTTCAAATCAATTGCCTGAAATGAG-CATAT----------TAATTCAA-AAA-AAGTGTTGTGT-G--CAAA--Tacat