lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33333 2222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 11 1111 4444444 444444444444444444444444444444444444444444444444 6666666666666666666666666666 1 11 111 88888 11 111 111 1 4444444
lowQualScore : 5 5 3 4 44444 33 4444444 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 11 4 777 4 22 8 3333 9999999 6 5 0 1 2 666666666666666666666666666666666666666666666666 66 1111111111111111111111111111 1 6 5 66 666 3 77 77 666 5 66 22222 5 7777 5 44 777 4 5 7 5 66 4 666 1 6 7 2 9 8888888
lowQualScore : . . . . ..... .. ....... . ....................................................................................................................................... . .. . ... . .. . .... ....... . . . . . ................................................ .. ............................ . . . .. ... . .. .. ... . .. ..... . .... . .. ... . . . . .. . ... . . . . . .......
lowQualScore : 0 7 7 4 66666 00 4444444 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 55 0 000 0 77 0 9999 6666666 9 0 8 9 2 888888888888888888888888888888888888888888888888 99 5555555555555555555555555555 7 0 0 66 333 9 99 99 666 0 99 11111 2 0000 0 55 999 6 0 1 9 11 4 888 7 0 5 7 0 0000000
consensus : ATGCAAGTCTG-AGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTC-GCTGTCGGACC------CTTGTAAT----TTT-----AC---------GTCCA---TCGG------------------ACCTTTC-AAA-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCTCCAACNAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCCATTGAT----GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATT------------T-A--GC-GCAT---C------TG---CGGCCA--AGAGCTGGTA--AACTATTCTC--A----GAAT-TT---A----A---T-TATGTGCACAGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACCCTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATG-AA--ATACAC----AATGCA--AATTTTAT-CAGTAAA-G-TTCGGACCTTTC-TAAAATTCTTGCGGACCT--TTCA-AAACNGTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAAATCC--AC-TATTTTAAGCCCCT
Reference ( gi|2 ) : ATGCAAGTCCG-AGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGT-ACTGTCGGACA------CTTGTAAT----CTT-----AT---------GTTTA---TTGA------------------ACCTTTC-AAA-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTTCCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCCACTGAT----GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATT------------T-A-------------------TG---TGGCCA-AAGAGCTGGTA--AACTATTCTC--A----GAAT-TT---A----G---T-TATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTG-AA--ATACATTTATAATACA--AATTTTAT-CATTAAA-T-TTTGAACCTTTC-TAAAATTCCTGTAGACCT--TTCA-AAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAAAT-T--AA-TATTTTAAGCCCCT
gi|10 : ATGCAATTCTG-AGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCT-GCTGTCA---A------TTTG-AAC------T-----AG---------GTCCA---TTGG------------------ACCTTTA-AAA-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCTCCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTTATTGAT----GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAA
gi|5 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGTCTGCAGTCCTGG--ACTTTTGCTTTAT-GCTGTCGGAC--------CTG--AT----CTG-----GT---------G----------G------------------ACCTTTCCAAA-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCTCCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCTATTGAT----GAAAC------------------CATTGACCAAAAAGAAAACTTAATTTATTTAATCATCA-------T-A-------------------TG---CTGTCACCAGAGTCGGTA--AACCTTTAT--------GACT---------------T-TATGTGCATAGT
gi|11 : acatatagTGCAAGATGA-AGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTC-GCTATCGGACAAATTAACTTG--AG----CT------AG---------GTCCA---TTGG------------------ACCTTTC-AAA-----------AT---------------------------------------------------------------AA--AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGATGAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT-------AAAAA--AAATA------T------------T-C-------------------TG---TCGCCA---GATCTGGTATTAACTATTCTC--A----GATT-TT---G----ATTTT-TATGGGAACAGTgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatctttaggttaatggaaatacacaaagcaaaattacaattacaagagtttcttgcagacatttcaaaatatttgcagacagtcttggacctgccagtaaaatccactattttaagcccctg
gi|4 : gaaaaacagAAGTCCA-AGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTT-GTTTATGTACC------CTTGTAAT----TTT-----AC-----------------TTGAGTCC--------------ATCGTTC-AAA-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTTT-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCCAATAAT----GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATT------------T-AGTGCAGCATTCATGTATGCTG---TGACC---AGAGCTGGTA--AACGATTCCC--A----GAAT-TT---A----AT--T-TATGTGCACAGTGG
gi|3 : AAGTCTG-AAATTCGAG-ACCTTTGCTT--TCACTGTCTGTCT------CTTGTAATTGTACTTGAGCCAG---------GTACG---TCAA------------------ACCTTTC-AAATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT--AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCCATTTGT----AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATGCTGCATAT-AC------------------TG---TGGTCA---GAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATTTCGAAT-TT------------T-TATGTCCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttcttattgtaatggagcctgtcaaaaacaaagaacacattgcacattttatcacaaaagtttggacctttaataaatctcttgtagatctttcaaaaactttgcccgaaggtcccaaacctgccagtgatatcc
gi|14 : AAGTCTG-AGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTT-GCTGTCAGACC------CTGGTAAT----TTT-----ACTTGAGTTGGGTCCA---TCTG------------------ACCTTTC-AAA-----------AC--------------------------T------------ttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|16 : AGTCTG-AGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTC-ACTGTCTGACC------CTTGTAAT----TTT-----taaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|1 : ggttaaaatTCTGAGCACCTTTACTTTTC-GCTGTCGAGCC------CCGGTAAT----TTT-----AC-----------TTAC--TTGAGCTAGGTCCGTAGGTTCGACCTTTC-AAA-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCTCGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTACATTGGT----GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATT------------T-AACGTTGCATATTC------TG---CGACCA---GAGCTGGTA--AACTATGCTT--A----G-AT-TT---AAAATG---TATATATGCAAAGTtacttgagctaggtccattgta
gi|7 : ttgGG-ACCTTTGCTTTTT-ACTGTCAGACC------ATTGTTAT----TTT-----Atcaattaagaaataaagtaattttgggtgaacattataccaatgcctgtggttgtactagcctcattgatgccatttcaaacgtctttggctaatggttccaaccaaaaatgaaatacacatcagtaaagttaggaactttctgaaactcttgcggacctttctaaacattttctggaaggtcctgaaccttccagtatatggtatacaactatttacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|6 : aT-GCTGTCACACC------CTTGTAAT----TTC-----AC---------TTTCAATTTT---------------------TTTTTT-AAATATAA------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCTGCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CTCA-TCTCTATTGATT---GAAAC--------CC---TTGAACA------AAAAAGAAAACTTTAATAATTTATT------------T-AATGCAGCATATGC------TG---TCGCCA---GAGCTGGTA--AACCATTATC--------AAT-T---------G------ATGTGCATGGTagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : tTTTC-A-----------------------------------------T------------CGACT-----CTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCCATTGA-------AACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATT------------T-AATGCAGCATATGC------TG---TGGCCA---GAGCTGGTA--AACTATTCTC--A----GATTATG---A----A---TCTATGTGTACAGTgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttatgttaatgtaaatacacaatacattaattctaccagtaatgttcggacctttcaaaaattcttgcagacctgattcaggacctgccaataaaatcctctatttt
gi|12 : --------------------------T------------TGGC------CCTCTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATCgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttaggcttattgaacctataaaaaatgaatgcaaattttgtcagtaaact
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnnaggtcctggaccgttgctacttgctgtctaacccttgtcatttaacttcagctaggtctgttggacatttcataattggaaaaaataaatatactggtagtatgca------------CAGC------TCCCCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---ATT--CTGCATCTCCAGTTAT----GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACT------------T-A-------------------TG---CAGC
gi|7 : aatggatccTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATT------------TGA-------------------TGAACAGGTC---AGAACTGGTT--AACTATTCTC--A-----AAT-TTTGAA----T---T-TATGTGCAAAGTatacatatatgctgtgct
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcagaccattgttatGACCCTT--AGGCTTATTGAACC--TA--TAAA------AA--ATG-------AATGCA--AATTTTGT-CAGTAAA-C-Tgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|1 : tttcatcgactcttccaactagtagaagcattagacccatttctaaatctccattgaaaccatggatgaagttaagcagtgacgaaaaattaaataatttatttaatgcagcatatgctgtggccagagctggtaaactattctcagattatgaatctatgtgtacagtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATG-AA--ATACAC------------------AT-CAGTAAA-G-TTAGGAACTTTC-TGAAACTCTTGCGGACCT--TTCT-AAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCT
gi|3 : ttgtctgagcacctttacttttcgctgtcgagccccggtaattttacttacttgagctaggtccgtaggttcgacctttcaaaatctgaaacaaataacatcagccctcgaaccagtacaaatagtggattgtgttctgcatctacattggtgaaaccattgaccaatttaagcagtgaccaaaaagaaaaaaagtaatttatttaacgttgcatattctgcgaccagagctggtaaactatgcttagatttaaaatgtatatatgcaaagttcaattaagaaataaagtaattttgggtgaacattataccaatgcctgtggttgtactagcctcattgatgccatttcaaacgtTAAGGCTAATGTA------A--TCAATCGTA---------------AATGCA--AATTTTATCCAT--AA-TGTTTGAACCTTTC-TAAAATTTGTGTGACCCT--TTCC-AAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAAATCC--AC-TATTTTtccagtatatggtatacaactatttacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|7 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTG-AA--ATCCAC----AATGCA--A--TCTAT-CAATAGA-G-TTCAGACCTTTC-TAAAATTCTTGAGGACCT--TT-A-TAA-TGTTTCT
gi|9 : aggacctttgctttttactgtcagaccattgttattttaagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaAGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATG-AA--ATACAC----AATGCA--AATTTTAT-CAGTAAAGT-TCTG-ACCTTTC-TAAAATTCTTGGGGACCT--TTCA-AA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAAATCC--AC-TATTTaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|17 : tatggttgtactttctaacctttgtttatgtgacatttcaaaggcacttGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATG-AA--ATACAC----AATGCA--ACCTTTAT-CAGGAAA-G-TTTGAACCTTTC-CAAACTTCcctgcctgggtcagtcatattttaatatcgatctgccaggacaatattttaatattgccaattgggtg
gi|4 : tttTAATGGAGCC--TG--TCAAAAACA-AAGAACACATT------GCA--CATTTTAT-CACAAAA-G-TTTGGACCTTTAATAAATCTCTTGTAGATCT--TTCAAAAACT-TTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGATAT-tg
gi|6 : aagtccaaggtccaggaccttgctttttgtttatgtacccttgtaattttacttgagtccatcgttcaaatttttttttttttcaagaccctttattttctgcatctccaataatgaaaccattgaccaagttgggcagagatcaaaaagaaaaattaagttacttatttagtgcagcattcatgtatgctgtgaccagagctggtaaacgattcccagaatttaatttatgtgcacagtggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttcttattgTAATGTAA--ATACAC----AATACATTAATTCTAC-CAGTAAT-G-TTCGGACCTTTC-AAAAATTCTTGCAGACCTGATTCA-GGACcc
gi|15 : ttgctgtcacacccttgtaatttcactttcaattttttttttaaatataaattaatcaccaaccctgcaactagtacaagtgtaagacccatttctcatctctattgattgaaacccttgaacaaaaaagaaaactttaataatttatttaatgcagcatatgctgtcgccagagctggtaaaccattatcaattgatgtgcatggtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttatgtTTGA-TCTTTC-TAAAGTACTTTGAGATCT--TTCA-AAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGAC----CTGTAAAATCC--AC-TATTTTAAGCACCTctgccaataaaatcctctatttt
gi|5 : aTTCTTGCAGACAT--TTCA-AAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAAAT-C--CACTATTTTAAGCCCCTg
gi|18 : acatatagtgcaagtctgcagtcctggacttttgctttatgctgtcggacctgatctggtggacctttccaaaatcaattttacatacatgtaattgattatcagccctccaacaagtacaagcactagacctatttctacatctctattgatgaaaccattgaccaaaaagaaaacttaatttatttaatcatcatatgctgtcaccagagtcggtaaacctttatgactttatgtgcatagtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatctttaggttaatggaaatacacaaagcaaaattacaattacaagagtGGCCT--TTCA-AAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGT-AAAT-TCCAC-TATCTTAAGCCg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 111
lowQualScore : 3 11 4 7777 2222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 3 1111111111111111111111111111111111111111 66 7777777777777777777777777 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 77 777777 4 8888 0 55 22 0 5 4 55 22 555 00 9999 4
lowQualScore : . .. . .... ................ ..................................................................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . ........................................ .. ......................... . . ............................................................................................ . .. ...... . .... . .. .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 6 22 4 1111 1111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 3333333333333333333333333333333333333333 11 7777777777777777777777777 4 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 88 000000 0 5555 9 55 99 7 4 0 55 88 444 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACC----CTTGT----------------AATTT---------TACTT-----------GTCCG---TCGG----ACCTTTC----------AAA-----------AT--------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--GC---G--CA---T---------C---TGTGGCC----AGAGCTGGTA--AACTATTCTC--A----GANT-TT--AA---T---T-ATGTGCACAGTGGTGAGCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGANCCTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACC----CTTGT----------------AATTT---------TAC-------------GTCCA---TCGG----ACCTTTC----------AAA-----------AT--------------------T------------CGGC------CCT-CCAACNAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--GC---G--CA---T---------C---TGCGGCC-A--AGAGCTGGTA--AACTATTCTC--A----GAAT-TT--AA---T---T-ATGTGCACAGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACCCTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAACNGTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCC----CCGGT----------------AATTT---------TACTTACTTGAGCTAGGTCCG---TAGGTTCGACCTTTC----------AAA-----------ATCTGAAACAAATAACA-----T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--ACGTTG--CATATT---------C---TGCGACC----AGAGCTGGTA--AACTATGCTT--A----G-AT-TTAAAA---TGTAT-ATATGCAAAGT
gi|1 : ttCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATG-AAATAC----ACA--------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTTtcaattaagaaataaagtaattttgggtgaacattataccaatgcctgtggttgtactagcctcattgatgccatttcaaacgtctttggctaatggttccaaccaaaaatgaaatacacatcagtaaagttaggaactttctgaaactcttgcggacctttctaaacattttctggaaggtcctgaaccttccagtatatggtatacaactatttacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|10 : ttgtctgagcacctttacttttcgctgtcgagccccggtaattttacttacttgagctaggtccgtaggttcgacctttcaaaatctgaaacaaataacatcagccctcgaaccagtacaaatagtggattgtgttctgcatctacattggtgaaaccattgaccaatttaagcagtgaccaaaaagaaaaaaagtaatttatttaacgttgcatattctgcgaccagagctggtaaactatgcttagatttaaaatgtatatatgcaaagttcaattaagaaataaagtaattttgggtgaacattataccaatgcctgtggttgtactagcctcattgatgccatttcaaacgtATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC------------------------------AATTTGAAC-----TAG-------------GTCCA---TTGG----ACCTTTA----------AAA-----------AC--------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGACA----AAT-T----------------AACTTGAGC-----TAG-------------GTCCA---TTGG----ACCTTTC----------AAA-----------AT-------------------------------------------------AA-----------AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------AT----------------------T---------C---TGTCGCC----AGATCTGGTATTAACTATTCTC--A----GATT-TT--GATTTT---T-ATGGGAACAGT
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACC----CTTGT----------------CATTTAACTTCAGCTAG-------------GTCTG---TTGG----ACATTTCATAATTGGAAAAA-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCAT------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---ATT--CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-GCA--G--CA---T---------
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACC----CTGGT----------------AATTT---------TACTTGAGTTGG----GTCCA---TCTG----ACCTTTC----------AAA-----------AC--------------------T------------acatatatgctgtgct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACC----CTTGT----------------AATTT---------Tg
gi|17 : ggttaaaatGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--ACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTtacttgagctaggtccattgta
gi|18 : tttTTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACA----CTTGT----------------AATCT---------TAT-------------GTTTA---TTGA----ACCTTTC----------AAA-----------AT--------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA-----------------------------TGTGGCCAA--AGAGCTGGTA--AACTATTCTC--A----GAAT-TT--AG---T---T-ATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTG-AAATACATTTATAATACA--AATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCT----CTTGT----------------AATTG---------TACTTGAGCCAG----GTACG---TCAA----ACCTTTC----------AAATGAGAAAAAAAAT--------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATGCT--G--CA---TATA------C---TGTGGTC----AGAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATTTCGAAT-TT-------T---T-ATGTCCA
gi|3 : TAAGGCTAATGTAATC--AA--TCG----------TA-------AATGCA--AATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|4 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACC----CTTGT----------------AATTT---------TACTTGA---------GTCCA---TCG---------TTC----------AAA-----------TT--------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--GTGCAG--CA---TTCATGTATGC---TGTGACC----AGAGCTGGTA--AACGATTCCC--A----GAAT-TT--AAT--T---T-ATGTGCACAGTGG
gi|4 : TAATGGAGCC--TG--TCAAAAACA-AAGAAC----ACATTGCA--CATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttcttattgtaatggagcctgtcaaaaacaaagaacacattgcacattttatcacaaaagtttggacctttaataaatctcttgtagatctttcaaaaactttgcccgaaggtcccaaacctgccagtgatatcc
gi|5 : aagtccaaggtccaggaccttgctttttgtttatgtacccttgtaattttacttgagtccatcgttcaaatttttttttttttcaagaccctttattttctgcatctccaataatgaaaccattgaccaagttgggcagagatcaaaaagaaaaattaagttacttatttagtgcagcattcatgtatgctgtgaccagagctggtaaacgattcccagaatttaatttatgtgcacagtggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttcttattgTGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACCTGATCTGGTGGACCTTTCCAAAATCAATTT---------TAC-------------ATACA---T-GT----AATT---------------G-----------AT--------------------TAT----------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACT----TAATTTATTTA--AT------CA---T---------CATATGCTGTC-ACCAGAGTCGGTA--AACCTTTAT--------GACT----------T---T-ATGTGCATAGTG-----CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCTTT--AGGTTAATGG--------------------AAATAC----ACAAAGCA--AA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACC----CTTGT----------------AATTT---------CAC-------------TTTCAATTTT-------TTTTTT----------AAATATAA------AT--------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATGCA--G--CA---TATG------C---TGTCGCC----AGAGCTGGTA--AACCATTATC----------------AA---T---TGATGTGCATGGTGg
gi|6 : AATGTAAATAC----ACAATACATTAATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttatgttaatgtaaatacacaatacattaattctaccagtaatgttcggacctttcaaaaattcttgcagacctgattcaggacctgccaataaaatcctctatttt
gi|7 : ttgctgtcacacccttgtaatttcactttcaattttttttttaaatataaattaatcaccaaccctgcaactagtacaagtgtaagacccatttctcatctctattgattgaaacccttgaacaaaaaagaaaactttaataatttatttaatgcagcatatgctgtcgccagagctggtaaaccattatcaattgatgtgcatggtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttatgttGG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACC----ATTGT----------------TATTT---------TA
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--AT---GAACA--------------------GGTC----AGAACTGGTT--AACTATTCTC--A----AATT-TT--GAAT-T---T-ATGTGCAAAGTGagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|7 : aggacctttgctttttactgtcAAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTG-AAATCC----ACAATGCA--A--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcagaccattgttattttaagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaTTTC----------A-----------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----AT---T-GAAACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATGCA--G--CA---TATG------C---TGTGGCC----AGAGCTGGTA--AACTATTCTC--A----GATTATG--AA---TC--T-ATGTGTACAGTGataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : GACCCTT--AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG-AA------------TGCA--AATTTTGTCAGTAAAttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttaggcttattgaacctataaaaaatgaatgcaaattttgtcagtaaact
gi|9 : tttcatcgactcttccaactagtagaagcattagacccatttctaaatctccattgaaaccatggatgaagttaagcagtgacgaaaaattaaataatttatttaatgcagcatatgctgtggccagagctggtaaactattctcagattatgaatctatgtgtacagtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999999999999999999999999999 33333333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 111
lowQualScore : 3 3 11 4 0 1 3 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 1 222222222222222222222222222 66 66 1 2 22222222222222 8 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 1 777777 4 8888 0 55 22 0 5 4 55 22 000 00 9999 4
lowQualScore : . . .. . . . . . ..................................................................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . ........................... .. .. . . .............. . ................................................................................................. . .. . ...... . .... . .. .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 1 6 22 4 4 0 3 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 8 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 777777777777777777777777777 11 11 8 6 11111111111111 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 22 9 000000 0 5555 9 55 99 7 4 0 55 88 888 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTACTT-----------G-------TCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--GC---G--CA-----------T---CTGTGGCCA--GAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATT-T-TAA----T---T-ATGTGCANAGTG----GCACAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGANCCTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTACTT-----------G-------TCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--GC---G--CA-----------T---CTGTGGCCA--GAGCTGGTA--AACTATTCTCAGANT-T-TAA----T---T-ATGTGCACAGTGGTGAGCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGANCCTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCCCCGGTAA-TTTTACTTACTTGAGCTAGG-------TCCGTAGGTTCGACCTTTC----------AA----A-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--ACGTTG--CATAT--------T---CTGCGACCA--GAGCTGGTA--AACTATGCTTAGATT-TAAAA----TGTAT-ATATGCAAAGT
gi|1 : ttCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATG-AAATAC----ACA--------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTTtcaattaagaaataaagtaattttgggtgaacattataccaatgcctgtggttgtactagcctcattgatgccatttcaaacgtctttggctaatggttccaaccaaaaatgaaatacacatcagtaaagttaggaactttctgaaactcttgcggacctttctaaacattttctggaaggtcctgaaccttccagtatatggtatacaactatttacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|10 : ttgtctgagcacctttacttttcgctgtcgagccccggtaattttacttacttgagctaggtccgtaggttcgacctttcaaaatctgaaacaaataacatcagccctcgaaccagtacaaatagtggattgtgttctgcatctacattggtgaaaccattgaccaatttaagcagtgaccaaaaagaaaaaaagtaatttatttaacgttgcatattctgcgaccagagctggtaaactatgcttagatttaaaatgtatatatgcaaagttcaattaagaaataaagtaattttgggtgaacattataccaatgcctgtggttgtactagcctcattgatgccatttcaaacgtATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC----------AA-TTTGAACTAG---------G-------TCCATTGG----ACCTTTA----------AA----A-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGAC------AA-ATTAACTT-----------GAGCTAGGTCCATTGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT----------------------------------------------------------------AA--AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------AT------------------------------T---CTGTCGCCA--GATCTGGTATTAACTATTCTCAGATT-T-TGATTT-T---T-ATGGGAACAGT
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACCCTTGTCA-TTTAACTTCAGCTAG----G-------TCTGTTGG----ACATTTCATAATTGGAAAA----A-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCA------T------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---A-TT-CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-GCA--G--CA-----------T---
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACCCTGGTAA-TTTTACTTGAGTTGG----G-------TCCATCTG----ACCTTTC----------AA----A-----------AC--------------------------T------------acatatatgctgtgct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACCCTTGTAATTTTTACTT-----------G-------g
gi|17 : ggttaaaatGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--ACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTagctaggtccattgta
gi|18 : tttTTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACACTTGTAA-TCTTA--T-----------G-------TTTATTGA----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA----------------------------TGTGGCCAAAGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGAAT-T-TAG----T---T-ATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTG-AAATACATTTATAATACA--AATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCTCTTGTAA-TTGTACTT-----------GAGCCAGGTACGTCAA----ACCTTTC----------AA----ATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATGCT--G--CA-----------TATACTGTGGTCA--GAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATT-T-CGAATTTT---T-ATGTCCA
gi|3 : TAAGGCTAATGTAATC--AA--TCG----------TA-------AATGCA--AATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|4 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACCCTTGTAA-TTTTACTT-----------GAG-----TCCATCG---------TTC----------AA----A-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--GT---G--CAGCATTCATGTATG--CTGTGACCA--GAGCTGGTA--AACGATTCCCAGAAT-T-TAA----T---TTATGT------------GCACAGTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTTATTG-TAATGGAGCC--TG--TCAAAAACA-AAGAAC----ACATTGCA--CATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CC
gi|5 : TGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACC----TGA-T----CTG-----------G-------T-----GG----ACCTTTCC---------AA----A-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACTTAATTTATTTAATCA--TC---A--TA-----------TG--CTGTCACCA--GAGTCGGTA--AACCTTTAT--GACT----------T---T-ATGTGCATAGT-----GCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCTTT--AGGTTAATG-------------------G-AAATAC----ACAAAGCA--AA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACCCTTGTAA-TTTCACTT-------------------TCAATTTT----TTTTTTA----------AATATAA-----------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATGCA--G--CA-----------TATGCTGTCGCCA--GAGCTGGTA--AACCATTATC---------AA----T---TGATGTGCATGGTGg
gi|6 : AATGTAAATAC----ACAATACATTAATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttatgttaatgtaaatacacaatacattaattctaccagtaatgttcggacctttcaaaaattcttgcagacctgattcaggacctgccaataaaatcctctatttt
gi|7 : ttgctgtcacacccttgtaatttcactttcaattttttttttaaatataaattaatcaccaaccctgcaactagtacaagtgtaagacccatttctcatctctattgattgaaacccttgaacaaaaaagaaaactttaataatttatttaatgcagcatatgctgtcgccagagctggtaaaccattatcaattgatgtgcatggtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacccttatgttGG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACCATTGTTA-TTTTA
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--AT---GAACA-------------------GGTCA--GAACTGGTT--AACTATTCTCAAATT-T-TGAAT--T---T-ATGTGCAAAGTGagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|7 : aggacctttgctttttactgtcAAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTG-AAATCC----ACAATGCA--A--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcagaccattgttattttaagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaTTTC----------A---------------------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----ATTGA----AACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATGCA--G--CA-----------TATGCTGTGGCCA--GAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTAT-GAA----TC--T-ATGTGTA------------CAGTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACCCTT--AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG-AA------------TGCA--AATTTTGTCAGTAAAataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|9 : AGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATG-AAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99999999999999999999999999 2222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 111
lowQualScore : 3 3 11 4 0 1 3 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 1 22222222222222222222222222 66 66 1 1 7777777777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 99 88 5 999999 11 2 8888 55 22 0 5 4 55 22 000 00 9999 4
lowQualScore : . . .. . . . . . ..................................................................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . .......................... .. .. . . ............. .................................................................................................... . .. .. . ...... .. . .... .. .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 1 6 22 4 4 0 3 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 8 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 77777777777777777777777777 11 11 8 1 9999999999999 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 22 11 7 333333 55 3 5555 55 99 7 4 0 55 88 888 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTACTT------G----G-------TCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--GC-G---CA-----------TAT-CTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATT-TTAA----T-T-ATGTGCACAGT-----GCACAGTGNATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACTAGCCTCATTGATGCCATTTCGANC--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTACTT-----------G-------TCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--GC-G---CA-----------T---CTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATT-TTAA----T-T-ATGTGCANAGT----GGCACAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGANC--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCCCCGGTAA-TTTTACTTACTTGAGCTAGG-------TCCGTAGGTTCGACCTTTC----------AA----A-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--AC-GTTGCA-----------TATTCTGCGACC--AGAGCTGGTA--AACTATGCTTAGATT-TAAA--------ATGTATATA-T----G-CAAAGT---TCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACTAGCCTCATTGATGCCATTTCAAACGTCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATGAAATAC----ACA--------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTT
gi|10 : ttATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC----------AA-TTTGAACTAG---------G-------TCCATTGG----ACCTTTA----------AA----A-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGAC------AA-ATTAACTTGAGCTAG----G-------TCCATTGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT-------------------------------------------------------AA-----------AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------AT-----------------------------T---CTGTCGCC--AGATCTGGTATTAACTATTCTCAGATT-TTGATTT-T-T-ATGGGAACAGT----
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACCCTTGTCA-TTTAACTTCAGCTAG----G-------TCTGTTGG----ACATTTCATAATTGGAAAA----A-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCA------T------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---A-TT-CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-GCAG---CA-----------T---
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACCCTGGTAA-TTTTACTTGAGTTGG----G-------TCCATCTG----ACCTTTC----------AA----A-----------AC--------------------------T------------acatatatgctgtgct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACCCTTGTAATTTTTACTT-----------G-------g
gi|17 : ggttaaaatGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--ACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTagctaggtccattgta
gi|18 : tttTTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACACTTGTAA-TCTTA--T-----------G-------TTTATTGA----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA---------------------------TGTGGCCAAAGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGAAT-TTAG----T-T-ATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAC--CTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTGAAATACATTTATAATACA--AATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCTCTTGTAA-TTGTACTT-----------GAGCCAGGTACGTCAA----ACCTTTC----------AA----ATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATGCTG---CA-----------TATACTGTGGTC--AGAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATT-TCGAATTTT-T-ATGTCCA
gi|3 : TAAGGCTAATGTAATC--AA--TCG---------TA-------AATGCA--AATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|4 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACCCTTGTAA-TTTTACTT-----------GAG-----TCCATCG---------TTC----------AA----A-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--GT-G---CAGCATTCATGTATG--CTGTGACC--AGAGCTGGTA--AACGATTCCCAGAAT-TTAA----T-TTATGTGCA------------CAGTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT--TCTTATTG-TAATGGAGCC--TG--TCAAAAACAAAGAAC----ACATTGCA--CATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CC
gi|5 : TGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACC----TGA-T----CTG-----------G-------T-----GG----ACCTTTCC---------AA----A-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACTTAATTTATTTAATCA--TC-A---TA-----------TG--CTGTCACC--AGAGTCGGTA--AACCTTTAT--GACT---------T-T-ATGTGCATAGT-----GCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATC--TTT--AGGTTAATG-------------------GAAATAC----ACAAAGCA--AA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACCCTTGTAA-TTTCACTT-------------------TCAATTTT----TTTTTTA----------AATATAA-----------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATGCAG---CA-----------TATGCTGTCGCC--AGAGCTGGTA--AACCATTATC--------AA----T-TGATGT------------GCATGGTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACC--CTT--ATGTTAATG------------------T-AAATAC----ACAATACATTAATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTg
gi|7 : GG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACCATTGTTA-TTTTA
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--AT-GAA-CA-------------------GGTC--AGAACTGGTT--AACTATTCTCAAATT-TTGAAT--T-T-ATGTGCAAAGT----Gagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|7 : aggacctttgctttttactgtcAAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTGAAATCC----ACAATGCA--A--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcagaccattgttattttaagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaTTTC----------A---------------------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----AT---T-GAAACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATGCAG---CA-----------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTATGAA----TCT-ATGT------------GTACAGTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACC--CTT--AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG------------AATGCA--AATTTTGTCAGTAAAataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|9 : AGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777 22222222222 33333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 3 3 11 4 0 3 0 6 77777777777777777 2 99999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 3 6666666666666666666666666 66 66 1 88888888888 4 22222222222222222222222 0 7777777777777777777777777777777777777777 5 999999 11 2 8888 55 22 0 5 4 55 22 000 00 9999 4
lowQualScore : . . .. . . . . . ................. . ..... ............................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . ......................... .. .. . ........... . ....................... . ........................................ . ...... .. . .... .. .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 1 6 22 4 4 3 4 7 77777777777777777 1 22222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 8 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 8888888888888888888888888 11 11 1 00000000000 4 33333333333333333333333 2 7777777777777777777777777777777777777777 7 333333 55 3 5555 55 99 7 4 0 55 88 888 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---CA---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATT-TTGA----T-T-ATGTGCACAGT-----GCANAGTG-ATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAN--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---CA---------TAT-CTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATT-TTAA----T-T-ATGTGCACAGT-----GCACAGTGNATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-ATTGATGC--CATTTCGAN--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCCCCGGTAA-TTTTA-CTTACTTGAGCTAG------GTCCGTAGGTTCGACCTTTC----------AA----A-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--A-C-GTTGCA---------TATTCTGCGACC--AGAGCTGGTA--AACTATGCTTAGATT-TAAA--------ATGTATATA-T-----GCAAAGT---TCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-ATTGATGC--CATTTCAAA--CGTCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATGAAATAC----ACA--------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTT
gi|10 : ttATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC----------AA-TTTGAACTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTA----------AA----A-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGACAAAT-TAA-CTTGAGCTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT-------------------------------------------------------AA-----------AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------AT------------------------------T-CTGTCGCC--AGATCTGGTATTAACTATTCTCAGATT-TTGATTT-T-T-ATGGGAACAGT-----
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACCCTTGTCA-TTTAA-CTTCAGCTA----G------GTCTGTTGG----ACATTTCATAATTGGAAAA----A-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCA------T------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---A-TT-CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-G-CAG---CA---------TA
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACCCTGGTAA-TTTTA-CTTGAGTTG----G------GTCCATCTG----ACCTTTC----------AA----A-----------AC--------------------------T------------catatatgctgtgct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACCCTTGTAATTTTTA-CTT----------G------g
gi|17 : ggttaaaatGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--ACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTagctaggtccattgta
gi|18 : tttTTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACACTTGTAA-TCTTA-T-------------------GTTTATTGA----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA--------------------------TGTGGCCAAAGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGAAT-TTAG----T-T-ATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAA--C--CTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTGAAATACATTTATAATACA--AATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCTCTTGTAA-TTGTA-CTT----------GAGCCAGGTACGTCAA----ACCTTTC----------AA----ATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATG-CTG---CA---------TATACTGTGGTC--AGAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATT-TCGAATTTT-T-ATGTCCA
gi|3 : TAAGGCTAATGTAATC--AA--TCG---------TA-------AATGCA--AATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|4 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------GA-----GTCCATCG---------TTC----------AA----A-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--G-T-G---CAGCATTCATGTATGCTGTGACC--AGAGCTGGTA--AACGATTCCCAGAAT-TTAA----T-T--TATG-----T-----GCACAGTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNAG--T--TCTTATTG-TAATGGAGCC--TG--TCAAAAACAAAGAAC----ACATTGCA--CATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CC
gi|5 : TGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACC----------------T----------G------ATCTGGTGG----ACCTTTCC---------AA----A-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACT----TAATTTATTTA--ATC-AT--CA---------TATGCTGTCACC--AGAGTCGGTA--AACCTTTAT--GACT---------T-T-ATGTGCATAGT-----GCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAT--C--TTT--AGGTTAATG-------------------GAAATAC----ACAAAGCA--AA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACCCTTGTAA-TTTCA-CTT------------------TCAATTTT----TTTTTTA----------AATATAA-----------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATG-CAG---CA---------TATGCTGTCGCC--AGAGCTGGTA--AACCATTATCA--------A----T-TGATGTGCA---T-----G----GTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAC--C--CTT--ATGTTAATG------------------T-AAATAC----ACAATACATTAATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTg
gi|7 : GG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACCATTGTTA-TTTTA-
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--A-T-G---AA---------CA------GGTC--AGAACTGGTT--AACTATTCTCAAATT-TTGAAT--T-T-ATGT------------GCAAAGTG---CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNGGCCC--CA----------------AAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTGAAATCC----ACAATGCA--A--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcTTTC----------A---------------------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----AT---T-GAAACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATG-CAG---CA---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTATGAA----TCT-ATGTGTACAGT-----GT----T---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAC--C--CTT--AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG------------AATGCA--AATTTTGTCAGTAAAataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|9 : TATGGTTGTACTTTCTAACCTTTGTTTATGTGACATTTCAAAGGCA-CTT--AGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666 333333 5555555555555555 3333333333333333333333333333333333333333 111
lowQualScore : 3 3 11 4 0 3 0 6 77777777777777777 2 99999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 3 999999999999999999999999999 22 66 66 1 555555 2 1111111111111111 0 9999999999999999999999999999999999999999 3 999999 11 2 0 8888 55 22 0 5 4 55 22 000 00 9999 4
lowQualScore : . . .. . . . . . ................. . ..... ............................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . ........................... .. .. .. . ...... . ................ . ........................................ . ...... .. . . .... .. .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 1 6 22 4 4 3 4 7 77777777777777777 1 22222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 8 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 444444444444444444444444444 33 11 11 1 444444 2 5555555555555555 2 5555555555555555555555555555555555555555 2 333333 55 3 7 5555 55 99 7 4 0 55 88 888 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTGA-T--TTATGTGCACAGT-----GCAAA-GTGATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAA--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTGA----TTATGTGCACAGT-----GCANA-GTGATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAN--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCCCCGGTAA-TTTTA-CTTACTTGAGCTAG------GTCCGTAGGTTCGACCTTTC----------AA----A-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--A-C-GTTGC------A---------TATTCTGCGACC--AGAGCTGGTA--AACTATGCTTAGATTTAAA------ATGTATATA-T-----GCAAA-GT--TCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-ATTGATGC--CATTTCAAA--CGTCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATGAAATAC----ACA--------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTT
gi|10 : ttATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC----------AA-TTTGAACTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTA----------AA----A-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGACAAAT-TAA-CTTGAGCTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT-------------------------------------------------------AA-----------AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------ATT-------------------------------------CTGTCGCC--AGATCTGGTATTAACTATTCTCAGATTTTGATTT-TTATGGGAACAGT-----
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACCCTTGTCA-TTTAA-CTTCAGCTA----G------GTCTGTTGG----ACATTTCATAATTGGAAAA----A-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCA------T------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---A-TT-CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-G-CAG---CATACATA---------TATGCTGTG
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACCCTGGTAA-TTTTA-CTTGAGTTG----G------GTCCATCTG----ACCTTTC----------AA----A-----------AC--------------------------T------------ct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACCCTTGTAATTTTTA-CTT----------G------g
gi|17 : ggttaaaatGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--ACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTagctaggtccattgta
gi|18 : tttTTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACACTTGTAA-TCTTA-T-------------------GTTTATTGA----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA--------------------------------TGTGGCCAAAGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGAATTTAG----TTATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAA--C--CTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTGAAATACATTTATAATACA--AATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCTCTTGTAA-TTGTA-CTT----------GAGCCAGGTACGTCAA----ACCTTTC----------AA----ATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATG-CTG---C------A---------TATACTGTGGTC--AGAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATTTCGAATTTTTATGTCCA
gi|3 : TAAGGCTAATGTAATC--AA--TCG---------TA-------AATGCA--AATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|4 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------GA-----GTCCATCG---------TTC----------AA----A-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--G-T-G---C------AGCATTCATGTATGCTGTGACC--AGAGCTGGTA--AACGATTCCCAGAATTTAAT---TTATGTGCACAGT-----GGANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NAGTTC----------TTATTG-TAATGGAGCC--TG--TCAAAAACAAAGAAC----ACATTGCA--CATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CC
gi|5 : TGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACC----------------T----------G------ATCTGGTGG----ACCTTTCC---------AA----A-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACT----TAATTTATTTA--ATC-AT--C------A---------TATGCTGTCACC--AGAGTCGGTA--AACCTTTAT--GACT--------TTATGTGCATAGT-----GCANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNGA--T--CTTT-AGGTTAATG-------------------GAAATAC----ACAAAGCA--AA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACCCTTGTAA-TTTCA-CTT------------------TCAATTTT----TTTTTTA----------AATATAA-----------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTCGCC--AGAGCTGGTA--AACCATTATCAA---TTG-------ATGTGCATGGT-----GC-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAC--C--CTT--ATGTTAATGTAA-------------------ATAC----ACAATACATTAATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTg
gi|7 : GG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACCATTGTTA-TTTTA-
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--A-T-G---A------A---------CA------GGTC--AGAACTGGTT--AACTATTCTCAAATTTTGAAT--TTATGTGCA------------AA-GTG--CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNGGCCC--CA----------------AAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTGAAATCC----ACAATGCA--A--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcTTTC----------A---------------------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----ATTGA----AACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTATGAAT--CTATGTGTACAGT-----GT-----T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAC--C--CTT--AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG------------AATGCA--AATTTTGTCAGTAAAataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|9 : TATGGTTGTACTTTCTAACCTTTGTTTATGTGACATTTCAAAGGCA-CTT--AGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666 222 4444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 111
lowQualScore : 3 3 11 4 0 3 0 6 77777777777777777 2 99999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 3 999999999999999999999999999 22 66 66 0 0 66 222 2 7777777777777777 0 7777777777777777777777777777777777777777 5 999999 0 8888 0 22 0 5 4 55 22 000 00 9999 4
lowQualScore : . . .. . . . . . ................. . ..... ............................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . ........................... .. .. .. . . .. ... . ................ . ........................................ . ...... . .... . .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 1 6 22 4 4 3 4 7 77777777777777777 1 22222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 8 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 444444444444444444444444444 33 11 11 8 1 33 888 2 1111111111111111 2 5555555555555555555555555555555555555555 7 333333 7 5555 9 99 7 4 0 55 88 888 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGT-----GCA-AAGTGATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAA--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAACGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGT-----GCA-AAGTGATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAA--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCCCCGGTAA-TTTTA-CTTACTTGAGCTAG------GTCCGTAGGTTCGACCTTTC----------AA----A-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--A-C-GTTGC------A---------TATTCTGCGACC--AGAGCTGGTA--AACTATGCTTAGATTTAA-A------ATGTATATA-T-----GCA-AAGT--TCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-ATTGATGC--CATTTCAAA--CGTCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATGAAATAC----ACA------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTT
gi|10 : ttATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC----------AA-TTTGAACTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTA----------AA----A-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGACAAAT-TAA-CTTGAGCTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT-------------------------------------------------------AA-----------AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------ATT-------------------------------------CTGTCGCC--AGATCTGGTATTAACTATTCTCAGATTTTG-ATT-TTTATGGGAACAGT-----
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACCCTTGTCA-TTTAA-CTTCAGCTA----G------GTCTGTTGG----ACATTTCATAATTGGAAAA----A-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCA------T------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---A-TT-CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-G-CAG---CATACATA---------TATGCTGTG
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACCCTGGTAA-TTTTA-CTTGAGTTG----G------GTCCATCTG----ACCTTTC----------AA----A-----------AC--------------------------T------------ct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACCCTTGTAATTTTTA-CTT----------G------g
gi|17 : ggttaaaatGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCAACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTagctaggtccattgta
gi|18 : tttTTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACACTTGTAA-TCTTA-T-------------------GTTTATTGA----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA--------------------------------TGTGGCCAAAGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGAATTT--A---GTTATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAA--C--CTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTGAAATACATTTATAATACAAATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCTCTTGTAA-TTGTA-CTT----------GAGCCAGGTACGTCAA----ACCTTTC----------AA----ATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATG-CTG---C------A---------TATACTGTGGTC--AGAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATTTCG-AATTTTTATGTCCA
gi|3 : TAAGGCTAATGTAATC--AA--TCG---------TA-------AATGCAAATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|4 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------GA-----GTCCATCG---------TTC----------AA----A-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--G-T-G---C------AGCATTCATGTATGCTGTGACC--AGAGCTGGTA--AACGATTCCCAGAATTTA-A---TTTATGTGCACAGT-----GGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NAGTTC----------TTATTG-TAATGGAGCC--TG--TCAAAAACAAAGAAC----ACATTGCACATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CC
gi|5 : TGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACC----------------T----------G------ATCTGGTGG----ACCTTTCC---------AA----A-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACT----TAATTTATTTA--ATC-AT--C------A---------TATGCTGTCACC--AGAGTCGGTA--AAC----CT----TTATG-AC--TTTATGTGCATAGT-----GCA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNGA--T--CTTT-AGGTTAATG-------------------GAAATAC----ACAAAGCAAA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACCCTTGTAA-TTTCA-CTT------------------TCAATTTT----TTTTTTA----------AATATAA-----------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTCGCC--AGAGCTGGTA--AACCATTATCA--------A---TTGATGTGCATGGT-----GC-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAC--C--CTT--ATGTTAATG------------TAAATACACAATAC----ATTA-----ATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTg
gi|7 : GG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACCATTGTTA-TTTTA-
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--A-T-G---A------A---------CA------GGTC--AGAACTGGTT--AACTATTCTCAAATTTTG-AA--TTTATGTGCA-------------AAGTG--CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNGGCCC--CA----------------AAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTGAAATCC----ACAATGCAA--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcTTTC----------A---------------------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----ATTGA----AACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTATGAA---TCTATGTGTACAGT-----GT--------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNGA--C--CCTT-AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG------------AATGCAAATTTTGTCAGTAAAataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|9 : TATGGTTGTACTTTCTAACCTTTGTTTATGTGACATTTCAAAGGCA-CTT--AGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666 222 4444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 111
lowQualScore : 3 3 11 4 0 3 0 6 77777777777777777 2 99999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 3 999999999999999999999999999 22 66 66 0 0 66 222 2 7777777777777777 0 7777777777777777777777777777777777777777 5 999999 4 0 8888 0 22 0 5 4 55 22 000 00 9999 4
lowQualScore : . . .. . . . . . ................. . ..... ............................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . ........................... .. .. .. . . .. ... . ................ . ........................................ . ...... . . .... . .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 1 6 22 4 4 3 4 7 77777777777777777 1 22222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 8 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 444444444444444444444444444 33 11 11 8 1 33 888 2 1111111111111111 2 5555555555555555555555555555555555555555 7 333333 6 7 5555 9 99 7 4 0 55 88 888 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGT-----GCA-AAGTGATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAA--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAACGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGT-----GCA-AAGTGATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAA--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAACGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCCCCGGTAA-TTTTA-CTTACTTGAGCTAG------GTCCGTAGGTTCGACCTTTC----------AA----A-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--A-C-GTTGC------A---------TATTCTGCGACC--AGAGCTGGTA--AACTATGCTTAGATTTAA-A------ATGTATATA-T-----GCA-AAGT--TCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-ATTGATGC--CATTTCAAA--CGTCTTT--GGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATGAAATAC----ACA------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTT
gi|10 : ttATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC----------AA-TTTGAACTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTA----------AA----A-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGACAAAT-TAA-CTTGAGCTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT-------------------------------------------------------AA-----------AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------ATT-------------------------------------CTGTCGCC--AGATCTGGTATTAACTATTCTCAGATTTTG-ATT-TTTATGGGAACAGT-----
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACCCTTGTCA-TTTAA-CTTCAGCTA----G------GTCTGTTGG----ACATTTCATAATTGGAAAA----A-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCA------T------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---A-TT-CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-G-CAG---CATACATA---------TATGCTGTG
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACCCTGGTAA-TTTTA-CTTGAGTTG----G------GTCCATCTG----ACCTTTC----------AA----A-----------AC--------------------------T------------ct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACCCTTGTAATTTTTA-CTT----------G------g
gi|17 : ggttaaaatGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCAACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTagctaggtccattgta
gi|18 : tttTTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACACTTGTAA-TCTTA-T-------------------GTTTATTGA----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA--------------------------------TGTGGCCAAAGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGAATTT--A---GTTATGTGCACAGTAGTGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAA--C--CTTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTGAAATACATTTATAATACAAATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCTCTTGTAA-TTGTA-CTT----------GAGCCAGGTACGTCAA----ACCTTTC----------AA----ATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATG-CTG---C------A---------TATACTGTGGTC--AGAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATTTCG-AATTTTTATGTCCA
gi|3 : TAAGGCTAATGTAATC--AA--TCG---------TA-------AATGCAAATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTttaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcataaggctaatgtaatcaatcgtaaatgcaaattttatccataatgtttgaacctttctaaaatttgtgtgaccctttccaaaatgttgcttgaaaatcctcgacctgccagtaaaatccactatttt
gi|4 : aagtctgaaattcgagacctttgctttcactgtctgtctcttgtaattgtacttgagccaggtacgtcaaacctttcaaatgagaaaaaaaattaatcactggctttaacaaatagaagcaataggcccgtttctcctactccatttgtaaaaccattgaccaatttaagcagtgaccgaaaatggaaattaagtaattccttaaatgctgcatatactgtggtcagagctggcaaactagcctccgatttcgaatttttatgtccattaaagttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaAAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------GA-----GTCCATCG---------TTC----------AA----A-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--G-T-G---C------AGCATTCATGTATGCTGTGACC--AGAGCTGGTA--AACGATTCCCAGAATTTA-A---TTTATGTGCACAGT-----GGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NAGTTC----------TTATTG-TAATGGAGCC--TG--TCAAAAACAAAGAAC----ACATTGCACATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CC
gi|5 : TGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACC----------------T----------G------ATCTGGTGG----ACCTTTCC---------AA----A-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACT----TAATTTATTTA--ATC-AT--C------A---------TATGCTGTCACC--AGAGTCGGTA--AAC----CT----TTATG-AC--TTTATGTGCATAGT-----GCA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNGA--T--CTTT-AGGTTAATG-------------------GAAATAC----ACAAAGCAAA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACCCTTGTAA-TTTCA-CTT------------------TCAATTTT----TTTTTTA----------AATATAA-----------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTCGCC--AGAGCTGGTA--AACCATTATCA--------A---TTGATGTGCATGGT-----GC-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNGAC--C--CTT--ATGTTAATG------------TAAATACACAATAC----AT--T---AATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTg
gi|7 : GG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACCATTGTTA-TTTTA-
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--A-T-G---A------A---------CA------GGTC--AGAACTGGTT--AACTATTCTCAAATTTTG-AA--TTTATGTGCA-------------AAGTG--CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNGGCCC--CA----------------AAGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTGAAATCC----ACAATGCAA--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcTTTC----------A---------------------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----ATTGA----AACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTATGAA---TCTATGTGTACAGT-----GT--------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNGA--C--CCTT-AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG------------AATGCAAATTTTGTCAGTAAAataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|9 : TATGGTTGTACTTTCTAACCTTTGTTTATGTGACATTTCAAAGGCA-CTT--AGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct
blockSeqs : G . CT G T A CAGCTAG T G ATAATTGGAAAAAATAAATATACTGGTAGTATGCATTGGC TCC T A A TTT T A ATTG T TT G C T GTGCAGCATTCATG TG AA TT GA ATT C AGTGAGTACANNNNNN TTCTAACCTTTGTTTATGTGACATTTCAAAGGCACTT G GTTAGA T ATTT CC T A GT GA ATG . .
blockSeqs : T . TC T . G GAGTTGG T G CAAAATCAATTTTACATACATGTAATTGATTATCAGC CC A A . . . T . . . G C T TGCAGCATACATA TA . . G TT C GGANNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCTTTA A TA T . AT T . . CT TAT . .
blockSeqs : T . TT A . . GAGCCAG T G AAAACTGGAAGAAAAAAGCAGCATGAAC CT T G . . . G . . . C C T ATGCTGCA TG . . G C C GCANNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCTTT T TA C . AT T . . TA CTG . .
blockSeqs : C . TT T . . GA C G AAATGAGAAAAAAAATTAATCACTGGC CC T T . . . G . . . T C T ATGCAGCA TG . . A A T AAGTG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACCCTT G AA C . AT T . . TG ATG . .
blockSeqs : T . TC G . . G T A AATATAAATTAATCACCAAC CC A G . . . G . . . T C T ATGCAGCA TG . . G . T GCAN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACCCTT G TG T . AT C . . TA ACT . .
blockSeqs : C . GT T . . G C A AAAATTCGGC CC A A . . . C . . . G C T ATCATCA TG . . G . C GTT NNNNNNNNNNNNNNNAGTTCTTA G TA T . AT C . . CA TAT . .
blockSeqs : T . TT G . . G C G AAATTTTTTT GC T C . . . G . . . T A T ATGAA . . . . . . NNNNNNNNNGGCCCCAA A TA T . AT C . . CA G . .
blockSeqs : . AT G . . G T T ATCGAC T T T . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . AG . . .
blockSeqs : . TT A . . . T . AAAAT . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . GG
blockSeqs : . TT A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . .
blockSeqCons : G**************** G**** GAAAGTN********* TTCTAACCTNNNTTTANNTGGACCCTT************* AT ****
originalCons : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGT-----GCA-AAGTGATCAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTC-GTTGACGC--CATTTCGAA--C--CTTTAAGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAACGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
finalCons : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTTG----------------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGTGAAAGTN---------CAATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACTTTCTAACCTNNNTTTANNTGGACCCTT-------------AGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAACGAAATAC----ACAATGCAAATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666 222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111 111
lowQualScore : 3 3 11 4 0 3 0 6 77777777777777777 2 99999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3 2 3 666 3 3 8888 4 55 5 3 3 999999999999999999999999999 22 66 66 0 0 66 222 6 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 4 5 11111111111111 8888 55 22 0 5 4 55 22 000 00 9999 4
lowQualScore : . . .. . . . . . ................. . ..... ............................................................................... ... . . . ... . . .... . .. . . . ........................... .. .. .. . . .. ... . . .................................................................................................................. .. . . .............. .... .. .. . . . .. .. ... .. .... .
lowQualScore : 1 6 22 4 4 3 4 7 77777777777777777 1 22222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 8 3 6 444 6 5 5555 0 00 8 6 2 444444444444444444444444444 33 11 11 8 1 33 888 4 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 0 7 55555555555555 5555 55 99 7 4 0 55 88 888 99 4444 4
consensus : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGT-G----NAAGTNCA---------ATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACTTTCTAGCCTCNNT----CCATNTG----------GACC--CTT-AGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
Reference ( family-1852 ) : ATGCAAGTCCGAGGTCCGGG-ACCTTTGCTTTTCGCTGTCGGACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------G------GTCCGTCGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CCT-CCAACTAGTACAAGCANTAGAC-CC---ATTT-CTGCATCTCC----ATTGAT-GAAACCA--TTGACCAANTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAGTAATTTATTTA--G-C-G---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTTTG-A---TTTATGTGCACAGT-G----AAAGTNCA---------ATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACTTTCTAACCTNNNT----TTANNTG----------GACC--CTT-AGGCTAATGGAACC--TA--TCAAAAACGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCGGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGCGGACCTTTCAAAANNNTTGCTGGAAGGTCCTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|1 : GTCTGAGCACCTTTACTTTTCGCTGTCGAGCCCCGGTAA-TTTTA-CTTACTTGAGCTAG------GTCCGTAGGTTCGACCTTTC----------AA----A-----------ATCTGAAACAAATAACA-----------T------------CAGC------CCT-CGAACCAGTACAAATAGTGGAT-TG---TGTT-CTGCATCTAC----ATTGGT-GAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAA--AAGTAATTTATTTA--A-C-GTTGC------A---------TATTCTGCGACC--AGAGCTGGTA--AACTATGCTTAGATTTAA-A------ATGTATATA-T-GC---AAAGTTCA---------ATTAAGAAATAAAGTAATTTTGGGTGAACATTATACCAATGCCTGTGGTTGTACT----AGCCTCATTGATGCCATTTC----------AAACGTCTT-TGGCTAATGGTTCC--AA--CCAAAAATGAAATAC----ACA--------------TCAGTAAAGTTAGGAACTTT-CTGAAA--CTCTTGCGGACCTTTCTAAACATTTTCTGGAAGGTCCTGAACCTTCCAGTATATGGTATACAACTATTT
gi|10 : ttATGCAATTCTGAGGTTCAGA-ACTTTTGTTTTCTGCTGTC----------AA-TTTGAACTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTA----------AA----A-----------AC--------------------------TGGAAGAAAAAAGCAGCATGAACCCT-CCAACTAGTAAAAACAATAAAC-CC---ATTT-CTACATCTTT----ATTGAT-GCATCCA--TTAACCAAGTCAAGTAGAG-TCAAAATAAAAAAacctttcttacggtcaatggttaaaattattatatatcatcatgaatgcttcaatctgattggttga
gi|11 : gtcttacactgaactaagcttctattacatgtatgtcaagggataaaaaaaTGCAAGATGAAGGTCTGTG-ACCTTTGATTTTCGCTATCGGACAAAT-TAA-CTTGAGCTA----------G------GTCCATTGG----ACCTTTC----------AA----A-----------AT-------------------------------------------------------AA-----------AATAAAC-CA---ATTT-CTTTATCTCCATTGATTGAT-GAAACCATTTTAGCAAAGTTAAGCAGTGAT----AAAAAAAAT------ATT-------------------------------------CTGTCGCC--AGATCTGGTATTAACTATTCTCAGATTTTG-ATT-TTTATGGGAACAGT-
gi|12 : gaaaaacagAGGTCCTGG-ACCGTTGCTACTTGCTGTCTAACCCTTGTCA-TTTAA-CTTCAGCTA----G------GTCTGTTGG----ACATTTCATAATTGGAAAA----A-----------ATAAATATACTGGTAGTATGCA------T------------TGGC------CCT-CTAACAAAAACAAGCAGTAGAT-CC---ATTT-CTGCATC
gi|13 : gatatctagttnnnnnnnnnn------------CAGC------TCC-CCAACTAGTACAAGCATTAGACACT---A-TT-CTGCATCTCC----AGTTAT-GAAATCA--TCAACCAACTTAATCAGTGACCAAACCAAAATATTAAGTAATTTACTTAT-G-CAG---CATACATA---------TATGCTGTG
gi|14 : aatggatccAAGTCTGAGGTGTGGG-ACCTTTGCTTTTTGCTGTCAGACCCTGGTAA-TTTTA-CTTGAGTTG----G------GTCCATCTG----ACCTTTC----------AA----A-----------AC--------------------------T------------ct
gi|15 : GATCTTT-CTAAAG--TACTTTGAGATCTTTCAAAAATGTTGCTGGAATGTCCTGGACCT----GTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCACCTtaaaaaaaaataagcaagggccctcaaactag
gi|16 : attAGTCTGAGGTCCGGG-ACCTTTGATTTTCACTGTCTGACCCTTGTAATTTTTA-CTT----------G------g
gi|17 : ggttaaaatTT-TGACTAACGGAACC--TA--TCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--ACCTTTATCAGGAAAGTTTGAACCTTT-CCAAAC--TTCTagctaggtccattgta
gi|18 : TTGCTGGCCTTTCAAAATATTTGCTGGAAGGTCCTGGATCTGCCAGTAAA----TT-CCACTATCTTAAGCCg
gi|2 : ATGCAAGTCCGAGCTCTGGG-ACCTTTGCTTAGTACTGTCGGACACTTGTAA-TCTTA-T-------------------GTTTATTGA----ACCTTTC----------AA----A-----------AT--------------------------T------------CGGC------CTT-CCAGCTAGTACAAGCAGAAGAC-CC---ATTT-CTGAATCTCC----ACTGAT-GAAAC----TTGACCAATTTAAGCAGTGACCAAAAAGAAAAATTAAATAATTTATTTA--------------------------------TGTGGCCAAAGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGAATTT--A---GTTATGTGCACAGTAG----TGAGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNG----------AACC--TTTAAGGCTAACGAAACC--TA--TCAATAGTGAAATACATTTATAATACA--AATTTTATCATTAAATTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTCCTGTAGACCTTTCAAAACTGTTGCTGGAAGGTCCTGGGCCTGTCTGTGAA----AT--TAATATTTTAAGCCCCT
gi|3 : AAGTCTGAAATTCGAG-ACCTTTGCTTT-CACTGTCTGTCTCTTGTAA-TTGTA-CTT----------GAGCCAGGTACGTCAA----ACCTTTC----------AA----ATGAGAAAAAAAAT--------------------------TAATCAC------TGGC------TTT---AACAAATAGAAGCAATAGGC-CC---GTTT-CTCCTACTCC----ATTTGT-AAAACCA--TTGACCAATTTAAGCAGTGACCGAAAATGGAAATTAAGTAATTCCTTAAATG-CTG---C------A---------TATACTGTGGTC--AGAGCTGGCA--AACTAGCCTCCGATTTCG-AATTTTTATGTCCA---T-T----AAAGTTTT---------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNG----------G-TC--ATA-AGGCTAATGTAATC--AA--TC---------GTA-------AATGCA--AATTTTATCCATAATGTTTGAACCTTT-CTAAAA--TTTGTGTGACCCTTTCCAAAATGTTGCTTGAAAATCCTCGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTT
gi|4 : AAGTCCAAGGTCCAGG-ACCTT-GCTTTTTGTTTATGTACCCTTGTAA-TTTTA-CTT----------GA-----GTCCATCG---------TTC----------AA----A-----------TT--------------------------T------------TTTT------TTT-T-------TTCAAG------AC-CCTTTATTTTCTGCATCTCC----AATAAT-GAAACCA--TTGACCAAGTTGGGCAGAGATCAAAAAGAAAAATTAAGTTACTTATTTA--G-T-G---C------AGCATTCATGTATGCTGTGACC--AGAGCTGGTA--AACGATTCCCAGAATTTA-A---TTTATGTGCACAGT-G----GANNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNAG------------TT--CTT-ATTGTAATGGAGCC--TG--TCAAAAACAAAGAAC----ACATTGCA--CATTTTATCACAAAAGTTTGGACCTTTAATAAAT--CTCTTGTAGATCTTTCAAAAACTTTGCCCGAAGGTCCCAAACCTGCCAGTGAT----AT-CC
gi|5 : TGCAAGTCTGCAGTCCTGG-ACTTTTGCTTTATGCTGTCGGACC----------------T----------G------ATCTGGTGG----ACCTTTCC---------AA----A-----------ATCAATTTTACATACATGTAATTGATTAT------------CAGC------CCT-CCAACAAGTACAAGCACTAGAC-CT---ATTT-CTACATCTCT----ATTGAT-GAAACCA--T----------------TGACCAAAAAGAAAACT----TAATTTATTTA--ATC-AT--C------A---------TATGCTGTCACC--AGAGTCGGTA--AAC----CT----TTATG-AC--TTTATGTGCATAGT-GCANNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNN----------GATC--TTT-AGGTTAATG-------------------GAAATAC----ACAAAGCA--AA----AT---TACAATT---AC-------AAGAGTTTCTTGCAGACATTTCAAAATATTTGC-AGACAGTCTTGGACCTGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTTAAGCCCCT
gi|6 : acatatagTTGCTGTCACACCCTTGTAA-TTTCA-CTT------------------TCAATTTT----TTTTTTA----------AATATAA-----------AT--------------------------TAATCAC------CAAC------CCT-GCAACTAGTACAAGTGTAAGAC-CC---ATTT-CT-CATCTCT----ATTGATTGAAACCC--TTGAACAA---------------AAAAGAAAACTTTAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTCGCC--AGAGCTGGTA--AACCATTATCA--------A---TTGATGTGCATGGT-G----CA---NNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNN----------GACC--CTT-ATGTTAATG-------T------------AAATAC----ACAATACATTAATTCTACCAGTAATGTTCGGACCTTT-CAAAAA--TTCTTGCAGACCT-------------------GATTCAGGACCTGCCAATAAA----AT-CCTCTATTTTg
gi|7 : GG-ACCTTTGCTTTTTACTGTCAGACCATTGTTA-TTTTA-
gi|7 : aAGACCA--TTG-TTATTTTAAGCAATGACAAAAAAGAAAAATTAAGTTATTTATTTG--A-T-G---A------A---------CA------GGTC--AGAACTGGTT--AACTATTCTCAAATTTTG-AA--TTTATGTGCA-----------AAGTGCA---------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------G----------GCCC--CAA-AGGCTAATGGAACT--TA--TCAAAATTGAAATCC----ACAATGCA--A--TCTATCAATAGAGTTCAGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGAGGACCTTTagcaatgacaaaaaagaaaaattaagttatttatttgatgaacaggtcagaactggttaactattctcaaattttgaatttatgtgcaaagtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccccaaaggctaatggaacttatcaaaattgaaatccacaatgcaatctatcaatagagttcagacctttctaaaattcttgaggacctttataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|8 : aggacctttgctttttactgtcTTTC----------A---------------------------------------------T------------CGAC------TCTTCCAACTAGTAGAAGCATTAGAC-CC---ATTT-CTAAATCTCC----ATTGA----AACCA--TGGATGAAGTTAAGCAGTGAC------GAAAAATTAAATAATTTATTTAATG-CAG---C------A---------TATGCTGTGGCC--AGAGCTGGTA--AACTATTCTCAGATTATGAA---TCTATGTGTACAGT-G-------TTNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNN----------GACC--CTT-AGGCTTATTGAACC--TA--TAAAAAATG------------AATGCA--AATTTTGTCAGTAAAataatgtttctaaatccgcaattttgagcccccgagtat
gi|9 : TATGGTTGTACTTTCTAACCTTTGT----TTATGTGACATTTCAAAGGCA--CTT-AGACTAATTAAACCGTTAGATCAAAAATGAAATAC----ACAATGCA--AATTTTATCAGTAAAGTTCTGACCTTT-CTAAAA--TTCTTGGGGACCTTTCAAA---GTTGGTGAAACGTCCAGGACTAGCCAGTAAA----AT-CCACTATTTct