lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11 44444444444444 22 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 1 2222222 555555555555555 111 44444444 1 1
lowQualScore : 5 0 66 3 55 99999 22222222222 3 3 3 3 55 88 0 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333 4 66 4 99 00000000000000 3 77 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666 0 2 6666666 222222222222222 7 3 555 33333333 5 5 6 6
lowQualScore : . . .. . .. ..... ........... . . . . .. .. . . ................................................. . .. . .. .............. . .. . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ... . . ....... ............... . . ... ........ . . . .
lowQualScore : 0 0 11 6 00 11111 88888888888 6 1 6 6 00 88 9 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4 77 4 99 55555555555555 4 00 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 0 5 5555555 888888888888888 3 7 000 00000000 0 0 0 0
consensus : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTAAAAAG--AATCCAA-A--GGA-----GAGGT------C--GGCAAG-CTAG-TTTA-A--TA-GGGT-TGATTTT---TNGTA-AAANNG---------G-T-G--A--A--GG-TG--GT-ATGTCCACCAAAT-GGCCATCT------G-ATTGATAAAATCAAATTTGGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTT-AACAAACTGGAAT--TT--AAAATAA-----------CAACGAATAATTTGA-TTT-TAATACAA-CTGTCATG-TTGCT-TAT--C----C----CA-AT--AT--TNATC-------TTTAAT--ATANA-ANAT----------ATATGCC----CAGAATATTACATT-----AGTAAATT-AACTAGCCGC---GGT--ATN--GC---CTGTTAGTTTAG---NAGC---ATC-GTAGTTGGGT-----TTTTTT------A-CT-----AT------GC---ATG--CACNGCAGN-ATGAT-CTAGACT-GTGTTTCTGTAATTNTATC-CACAAGGCATG-GNTGGAAANGG-AAC-CGGTC--TAAATAANCATGCGTNCTAGTCAACCACTNCGGGGTATGAATACCTCTCCAATAAA
Reference ( gi|1 ) : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTATAAAG--AATCCAA-A--GGA-----GAGTT------C--AGCAAG-CCAG-TTTA-A--TA-AGAT-TGTTTTT---TTGTT-AAATCA---------G-T-G--A--A--GT-TG--GT-ATGTCAGCCAAAT-GGCTGTCT------T-ATTGA-AAAATCAAATTTGTTGTCAGTTAACTTGCATGTTCTTGTT-AACAAACTGGAAT--TT--AAAATAA-----------CAAGGAATAATTTGA-TTT-TAATACAACCTATCATGCTTGCT-TATTTT----C----CA-AT--AT--TTATC-------TTTAAT--ATGCA-ATAT----------ATATGCC----CAGAATATTACATT-----AGTAAATT-AACTACCTGC---AGT--ATG--GCC--CTGTTAGTTTAG---GAGC---ACT-GTAG-TGGA------CTTTTG------A-CT-----AT------GC---ATG--CACTGCAGA-ATGAT-CTAAACC-ATGTATCTGTAATTATATC-CACAAGGCTTG-GAAGGAAACGA-AATGCAATT--TAAATAACCATGCATTTCAGTCAACCATTTTAGGGTCTGAAGACCTCCCTAATAAA
gi|12 : TGTACATAAGT-TGGTTTCCTTCTAAAG--AATCAAA-A--GGA-----GAGTT------C--AGCAAC-CTAG-CTTA-A--TA-GGGT-GGATT-------------ACGG---------G-T-G--A------T-T-------TGTCCACTAAAT-GACCGACT------TGATTGGTAATATCAAATCT
gi|17 : TAAATAAGT-TGACTTCTTTACAAAA--AA---AA-ACAGGA-----GAGAT------C--TGCAAT-CTAG-TTTA-A--TA-AGGT-TATTTCT---TTG
gi|7 : AAACA----TGGCTTGTTAAAAAAGGAAATCCAA-A--GGA-----TAGGT------A--AGCAAG-CTAG-TTTA-A--AG-GGGT-GG---GT---TTGGA-AAA--A---------A-T-GCTA--ATGGT-T---GT-GTGTCTGCTAAGT-GACCATTC------G-TTTGATGAAATCAAATTTTGAGTTAGTAAA-----ATTTTCACATT-AACAAACTGGA----TT--GCATTAA---------------GACTCAAATG-------AATACAA-CTATCATGCTTgt
gi|6 : aaaACAAAA-TGACTTCTTTAAACAG--AATCCGA-A--GGA-----GAAAT------C--GTCAGG-CTAG-TTTT-A--T--AGAG-TGGATTT---TGGAT-AAAATA---------G---G--T--A--AT-GGGTGT-ATGTCCACCAAAT-GACAATCT------G-ATTGGTAAAATCACATTTGAGGTCAGCAAATATGCATGTTCACGT-----AAA---GATT--TT------TTT-----------CAACG-ATACTTTGA--TT-TATTACAA-CTGCCA----TGCT-TATTTC----A----CA-ATCGAT--TTGC------------AT--A---A-AAAT----------ATACGCC----CAGAATATTACA
gi|9 : aatgACAAGT-TGGTTTCTGTAAATAG--AATCCGA-A--GGG-----AAAGT------C--AGCAAG-CTAGTTTTA-A--TA-AGAT-TG--ATT---TTGAT-AAAATA---------GAT-G--AG-A--GG-TG--GT-ATGTTCACTAAAT-GGCCATAT------A-ATTT--AAAATCAGATTTGAGGTCAGAAAAC---CATTTTTTTTTTCAAGAAA--AGAATGCTTCCAAAATc
gi|16 : ACAAGTGTGCTTTCTTTAAAAAG--AATCCAA-A--GGA-----GAGGT------T--GGCAAG-CCAG-TTTATA--TA-
gi|4 : tAAGT-TTGCGTTTTTATAAAA--AAAAAAA-A--AAATACAGGAGTTTCCGGCC--TGCATG-CTAG-TTAA-A--TATGGCT-TGACCTT---TGGTA-AAATAG---------G-T-G--A--A--GGACG--GT-ATATCGACTG----GGAT-TCTGATAAGT-ATTTA-AA---TAAATTTGTGGTCGATAAACACGTA-----------AACAAACTG--AG--CT--AAACCAATCC--------CAACGAATAATTGAA-TTT-TAATGCAA-TTATTATGCTTACCGTA-------------AA-AA--AA--TAAAC-------GTTAATTCAGGTAGACA-----------AAATGGC----CAAAAT-TTGAACT-----AG-------------CCGC---GGT--GCG--GTA--CAGTTAGTTTAG---CCGC---AAC-GTAGTTGGG------TTTTAG------ATTT-----ATTACCGAGT---ATG-----TGTAG--ACGGT-CTGGACT-GTGTTTCTGTAtaatagatacagataat
gi|13 : aatggaacataaggtAAGC-GGATTTCTTAAAAGAC--AATCCAA-A--GGA-----GAGGT------CAGAGCAAG-CTTG-TTTG-A--TT-GGGT-TGATTTT---TGGTA-AAATTG---------G-C-------A--TT-GG--GTGATGTCCATCAAATAGGC
gi|2 : gttaaCTTCTTTTAAAAG--ATTACAATA--GGA-----GAGGT------C--AACAAGACCGA-C--A-AGGTA-GGAT-TCATTTTCAGTAGTTGAAAACA---------G-TTA--A--A--GG-CG--GT-ATGTCCGCCAAAT-GACCATCG------G-ATGGT-AAAATCATATTTGGGGTCGGTAAACACGCATGTCAACGTT-AACCAACT--AAA--CT--AAGATAA------------AAATAATAGTTTAACTTT-TAATTCAG-CTGTCACGATAGC-------T----C----CATAT--AC--TTATCACACGAATATAAT--ATTAA-TTATTTACCAAAAAATATGTC----TAGATTAAGACATT-----AGTAAATA-AACTAGCCGT---AGTGCATGCAGCTAGCTG-TGGTTTAG---acatgat
gi|14 : CTAA-A--GCA-----GATAT------T--GACAAG-CTAG-TTAA-A--TAGAAATATGAGTTT---TCATA-AAATTATAGACTAAGG-T-G--ATTG--GG-TG--GC-ATGTCCACCAAAT-GGCCGTCT------G-ATGCATAAAATCAAATTtcgcggcttgttcatccgcaacgtaggtaagttttaggctttttagctgaacatgcgcagcaaaggctcaatatctctgtaataatgactctcctagcctaaggacacgaactg
gi|3 : A-A--CGA-----GGGGT------C--AGCACT-CTAG-TTTA-A--TT-GGGT-TGATTTT---T-GTA-AAATAG---------A-T-GT-A--G--GG-TG--GT-ATGTCCACTAAAT-GCCTATGT------G-ATTG-----GTTAA-------GTCAGTTCATTCGCATGTCCATGTT------------------------TAC-----------CAACGTATACTTTGA-TTTGTAACACAG-TTATTATGATTG-T-CACAGTGACAC----AA-AC--ACGATT-CC-------GTT-AC--ATACA---AC----------ATATGTT----CAGAATAGTGTACT-----A-TAAAGTAAACTAGTCGC---AGT--GTT--ACT--CGCTTAA--CAA---CAGC---ATA-ATAG-CGA--------TTTTGTATTTTA-CT-----GA------AC---ATG--CGCAGCAGCTAT-AT-CTAGAT-------TCCGTAGTT-CAGCGCACAAGGTAT--GATCGAAAAGA-G----AACT--T-AATGACTATGCGTCCTAGTCAACCACTACGGGGg
gi|11 : aaacacaatacttACTGGAAT------GAAATAAAGATTTCTTGCCAATAAATAACTCAA-TTT-TAATGCAA-CTGTCA----TGCT-TATCAC----CAAGACA-AT--AT--TCATC-------C---AT--TTGC--ATAA----------TTATGCCCATACAGAATACCACATT-----A
gi|5 : ----CA-AT--AT--AAATCCA-----TTTA-C--ATAAA-AGCT----------ATTTGCC----CAGAATATTACA-T-----AGTTAATT-AACTAGCCATAAAAGT---TA--GCC--ATA--ATTTTAAT--GGGT----TT-G-----GGAT-----TTTTTT------A-CTTCAACAT------GT---TTA--CATGGCACA----AT-CTTGACTGATTT-TCTGTAATTTAATT-CGCAAGGCATG-GTTGAAAATGG-AA
gi|8 : tgattggtaaagtcagtttttagggttggtaaatttgcatgttcaggtatacagacgagactattttaagcaaatatcacgcttatcacagaaata--AT--TCATT-------T---AT--ATATA-AAAT----------ATATGCC----TAGAATATTTCCTTAAAAAAATAAATT-AAACACATCCCA-AAA--A--------------AGCTCAA---AAAA---AC--GTAGTTGGGTTGGTTTTTTTT------T-TT-----AT------ACTAAATG--CACAGCAGA-A-AACACTAGACT-GTGTTTCTGTAATT
gi|18 : aaatacatga----------ATATGTC----CAGAATATTATATT-----AGTAAtaatttagacataattga
gi|10 : tcatgcttatcccatacagacaattgtagtccatttacataaaactcTT-AAATACCCAT---GGTTCATT--GT----TGCTAGTTTAGCCAAAACAAAATTGGTAT-TGTA------TTTGTT------A-CT-----GG------GC---ATGGACAGTTTAGC-ATGGT-CTAGGTT-GTGTTTCTGTAATAATATC-CACAAGGCATG-ATAGAAAACCG-TACACAGTCTATAAATAATCAT
gi|15 : CTGCAATAGTATC-CACAA--TTTATGATGGCAAAGAGAACTTGGTC--TAAATAAGCATGCATGTTAGTTAACC--TCTA--GTATGAATACCTCTCCAATAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAGTGATATGGATGGTATTTCCATCAAATGGCCATCTGACTGGTAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 11111 11111111111 111 8888888888888888888888888888888888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222 222222222222 111 555555555 111
lowQualScore : 4 000000000 55 6 7777 3 44 88888 3 3 7 3 55 5 00000 88888888888 777 4 666 3 0 3 2 666 3 666 0 999 1 2222222222222222222222222222222222 5 5 0 5 77 5 55 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 4 555 9999 2 3 1 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777777777777777 0 1 888888888888 77 22 111 8 22 222222222 1 0 11 666 3 3
lowQualScore : . ......... .. . .... . .. ..... . . . . .. . ..... ........... ... . ... . . . . ... . ... . ... . .................................. . . . . .. . .. . ...................................................................... . . ... .... . . . . ......................................................................................... ............... . . ............ .. .. ... . .. ......... . . .. ... . .
lowQualScore : 4 000000000 55 7 1111 5 66 33333 3 3 3 6 00 8 00000 00000000000 000 0 000 6 4 6 7 444 9 111 4 111 7 7777777777777777777777777777777777 0 0 2 0 22 0 11 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 444 4444 0 0 6 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111 7 0 000000000000 99 44 888 0 44 000000000 0 7 77 777 0 0
consensus : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGAA-TTAAAATAA-----------CA-A-CGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCACG---------T-TGC-----TTA--TC-C-------C--A--------ATATTAATC--TTTAAC----ATANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--ATN--G-C---CCG-TTAGTTTAGCNGC---------ANC------GTAG-------TTGG----G-T-T-----TT----TTTACT-----GN---GC---ATGCGCAGC--AG--ACGAT-CTAGACT--GTGTTTCTGTAATTNTATCCACAAGGCATGGTNGA-AAACGGAACGC-GGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
Reference ( family-177 ) : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTNGTA-----AAANN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCACCAAATGGCC-ATCTGATTGATA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGAATTTAAAATAA-----------CA-A-CGAATAATTTGA-TTT-TAATACAA-CTGTCATG---------T-TGC-----TTA--TC-C-------C--A--------ATATTNATC--TTTAAT----ATANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--ATN--G-C---CTG-TTAGTTTAGNAGC---------ATC------GTAG-------TTGG----G-T-T-----TT----TTTACT-----AT---GC---ATGCACNGC--AGN-ATGAT-CTAGACT--GTGTTTCTGTAATTNTATCCACAAGGCATGGNTGG-AAANGGAAC-C-GGTC--TAAATAANCATGCGTNCTAGTCAACCACTNCGGGGTATGAATACCTCTCCAATAAA
gi|1 : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------TAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAG-----CCAG-TTTA-ATAAGA-T-TGTTT--TTTTGTT-----AAATC---------AG---TG-A--AGT-TGGTATGTCAGCCAAATGGCT-GTCTTATTGA-A---AAATCAAATTT-GTTGTCAGTTAACTTGCATGTTCTTGTTAACAAACTGGAATTTAAAATAA-----------CA-A-GGAATAATTTGA-TTT-TAATACAACCTATCATGC--------T-TGC-----TTATTTT-C-------C--A--------ATATTTATC--TTTAAT----ATGCA-ATATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTACCTGC---AGT--ATG--GCC---CTG-TTAGTTTAGGAGC---------ACT------GTAG-------T--G----G-A-C-----TT----TTGACT-----AT---GC---ATGCACTGC--AGA-ATGAT-CTAAACC--ATGTATCTGTAATTATATCCACAAGGCTTGGAAGG-AAACGAAATGC-AATT--TAAATAACCATGCATTTCAGTCAACCATTTTAGGGTCTGAAGACCTCCCTAATAAA
gi|10 : TTAA-ATACCCAT---GGTTCATT--G-T----TG-CTAGTTTAGCCAA---------AAC------AAAA-------TTGGTATTG-TAT-----TT----GTTACT-----GG---GC---ATGGACAGTTTAGC-ATGGT-CTAGGTT--GTGTTTCTGTAATAATATCCACAAGGCATGATAGA-AAACCGTACAC-AGTCTATAAATAATCAT
gi|11 : ACTGGAAT--GAAATAAAGATTTCTTGCCA-A-TAAATAACTCAA-TTT-TAATGCAA-CTGTCA-------------TGC-----TTA--TCACCAAGA--C--A--------ATATTCATC--C---AT----TTGCA-TAAT-TATGCCCATACAGAATACCACATTA
gi|12 : TGTACATAAGT-TGGTTTCCTTC---------TAAAG--AATCAAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAC-----CTAG-CTTA-ATAGGG-T-GGATT----------------ACG---------GG---TG-A---------TTTGTCCACTAAATGACCGACTTGATTGGTA---ATATCAAATCT-
gi|13 : AAGC-GGATTTCTTAA---------AAGAC--AATCCAA-AGGAG----AGGTCAGAGCAAG-----CTTG-TTTG-ATTGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATT---------GGCATTG-----GG-TG--ATGTCCATCAAATAGGC-ACATGAT
gi|14 : gttaaCTAA-AGCAG----ATATTGA--CAAG-----CTAG-TTAA-ATAGAAATATGAGT--TTTCATA-----AAATTATAGACTAAGG---TG-ATTGGG-TGGCATGTCCACCAAATGGCC-GTCTGATGCATA---AAATCAAATT
gi|15 : CTGCAATAGTATCCACAATTTATG-ATGGCAAAGAGAAC-TTGGTC--TAAATAAGCATGCATGTTAGTTAACCTCTA----GTATGAATACCTCTCCAATAAAg
gi|16 : ACAAGTGTGCTTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTTGG--CAAG-----CCAG-TTTATATAa
gi|17 : tTAAATAAGT-TGACTTCTTTAC--------AAAAA--AA---AACAGGAG----AGATCTG--CAAT-----CTAG-TTTA-ATAAGG-T-T-ATTTCTTTGGTtaatagatacagataat
gi|18 : -TGC-----TTA--TC-C-------C--ATACAGACAATTGTAGTCCATTTA-C----ATAAA-ACTCATATGTC----CAGAATATTATATTAGTAA
gi|19 : tcaGA-TGGTATTTCCATCAAATGGCC-ATCTGACTGGTA---AAAACA
gi|2 : aagtgatatgCTTCTTTT---------AAAAG--ATTACAATAGGAG----AGGTCAA--CAAGACCGACAAG------GTAGGA-T-TCATT--TTCAGTAGTTGAAAACA---------GT---TA-A--AGG-CGGTATGTCCGCCAAATGACC-ATCGGAT-GGTA---AAATCATATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTCAACGTTAACCAACT--AAACTAAGATAA-----------AA-A-T-AATAGTTTAACTTT-TAATTCAG-CTGTCACGATAGCTCCATATAC-----TTA--TC-A-------C--ACGAATATAATATTAATT--ATT--T----ACCAA-AAA-ATATGTC----TAGATTAAGACATTAGTAAATAAA-CTAGCCGT---AGTGCATGCAG-CTAGCTG-T-GGTTTAGTCGCGGCTTGTTCATCCGCAACGTAGGTAAGTTTTAG----G-C-T-----TT----TTAGCT-----GA---AC---ATGCGCAGC--AA----------AGGCTCAATATCTCTGTAAT
gi|3 : A-ACGAG----GGGTCAG--CACT-----CTAG-TTTA-ATTGGG-T-TGATT--TTT-GTA-----AAATA---------GA---TGTA--GGG-TGGTATGTCCACTAAATGCCT-ATGTGATTGGTT---AAGTCA--------GTTCATT-----CGCATGTCCATGTT-------------------TAC-----------CA-A-CGTATACTTTGA-TTTGTAACACAG-TTATTATGA--------T-TGTCACAGTGA--CA-C-------A--A--------ACACGATTC--CGTTAC----ATACA-ACATAT--GTT----CAGAATAGTGTACTA-TAAAGTAAACTAGTCGC---AGT--GTT--A-C---TCGCTTAAC--AACAGC---------ATA------ATAG-------C--G----A-T-T-----TTGTATTTTACT-----GA---AC---ATGCGCAGC--AGCTAT-AT-CTAGA--------TTCCGTAGTTCAGCGCACAAGGTATGATCGA-AAAGAGAAC---------TTAATGACTATGCGTCCTAGTCAACCACTACGGGGaatgactctcctagcctaaggacacgaactg
gi|4 : aaacacaatacttAAGT-TTGCGTTTTTATAAAAAAAAAAAAA--AATACA---GGAGTTTCCGGCCTG--CATG-----CTAG-TTAA-ATATGGCT-TGACC--TTTGGTA-----AAATA---------GG---TG-A--AGGACGGTATATCGAC----TGGGA-TTCTGATAAGTATTTAAAT-AAATTT-GTGGTCGATAAACACGTA----------AACAAACTG--AGCTAAACCAATCC--------CA-A-CGAATAATTGAA-TTT-TAATGCAA-TTATTA-------------TGC-----TTA--CC-G-------TAAA--------AAAATAAAC--GTTAATTCAGGTAGACAAA---ATGGC----CAAAAT-TTG------------AA-CTAGCCGC---GGT--GCG--G-TA--CAG-TTAGTTTAGCCGC---------AAC------GTAG-------TTGG----G-T-T-----TTAGA-TTTATT-----ACCGAGT---ATG---TGT--AG--ACGGT-CTGGACT--GTGTTTCTGTA
gi|5 : aatggaacataaggtTGATTGGTA---AAGTCAGTTTTTAGGGTTGGTAAATTTGCATGTTCAGGT-------------------ATA------------CAGA-CGAG--ACT--A-TTT-TAA-GCAA-ATATCACG-------------C-----TTA--TCACAGAAATAC--A--------ATATAAATCCATTTA-C----ATAAA-AGCTATTTGCC----CAGAATATTACA-TAGTTAATTAA-CTAGCCATAAAAGT---TA--G-C---C-A-TAATTTTAATGG-------------------GT---------TTGG----GAT-T-----TT----TTTACTTCAACAT---GT---TTACATGGC------ACAAT-CTTGACT--GATTTTCTGTAATTTAATTCGCAAGGCATGGTTGA-AAATGGAA
gi|6 : ACAAAA-TGACTTCTTTA---------AACAG--AATCCGA-AGGAG----AAATCGT--CAGG-----CTAG-TTTT-ATAGAG-T-GGATT--TTGGATA-----AAATA---------GG---TA-A--TGG-GTGTATGTCCACCAAATGACA-ATCTGATTGGTA---AAATCACATTT-GAGGTCAGCAAATATGCATGTTCACGT----AAA---GATTTT----TTT-----------CA-A-CGA-TACTTTGA-TTT--ATTACAA-CTGCCATG-------------C-----TTA--TT-T-------C--A--------CAATCGATT--T---GC----ATAAA-A-ATATACGCC----CAGAATATTACA
gi|7 : aatgAAACA----TGGCTTGTTAA---------AAAAGGAAATCCAA-AGGAT----AGGTAAG--CAAG-----CTAG-TTTA-AAGGGG-T-GGGTT--T--GGAA-----AAAAT---------GC---TA-A--TGG-TTGTGTGTCTGCTAAGTGACC-ATTCGTTTGATG---AAATCAAATTT-TGAGTTAGTAAA-----ATTTTCACATTAACAAACTGGA--TTGCATTAA-----------GA-CTCAAATG------------AATACAA-CTATCATG---------C-Tc
gi|8 : aaaATTCATT--T---AT----ATATA-AAATATATGCC----TAGAATATTTCCTTAAAAAAATAAATTAAACAC--------ATC--C-C---AAA-AAAGCTCAAAAAA---------A-C------GTAG-------TTGG----G-T-TGGTTTTT----TTTTTT-----AT---ACTAAATGCACAGC--AGA-A-AACACTAGACT--GTGTTTCTGTAATTt
gi|9 : aaatacatgaACAAGT-TGGTTTCTGTA---------AATAG--AATCCGA-AGGGA----AAGTCAG--CAAG-----CTAGTTTTA-ATAAGA-T-TGA-T--TTTGATA-----AAATA---------GA---TG-AG-AGG-TGGTATGTTCACTAAATGGCC-ATATAATT--TA---AAATCAGATTT-GAGGTCAGAAAACtaatttagacataattga
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 11111 1111111111 111 777777777777777777777777777777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 111111 111111111 22222222 11
lowQualScore : 4 000000000 55 6 7777 3 44 88888 3 3 7 3 55 1 00000 7777777777 777 4 666 3 1 0 3 666 3 666 0 999 1 777777 777777777777777777777777777777 5 0 5 77 55 5 44 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 9 4 6 0 9999 2 3 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 1 000 444444 0 444444444 5 3 55 1 0 1 44 88888888 0 0 1 55 1 1
lowQualScore : . ......... .. . .... . .. ..... . . . . .. . ..... .......... ... . ... . . . . ... . ... . ... . ...... .............................. . . . .. .. . .. . ............................................................................. .. . . . . .... . . . . ............................................................................................... . . ... ...... . ......... . . .. . . . .. ........ . . . .. . .
lowQualScore : 4 000000000 55 7 1111 5 66 33333 3 3 3 6 00 2 00000 0000000000 000 0 000 6 6 4 6 444 9 111 4 111 7 777777 555555555555555555555555555555 0 4 0 22 11 0 22 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 7 4 9 8 4444 0 0 6 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 0 000 333333 3 111111111 7 0 00 7 7 0 66 55555555 2 7 0 77 0 0
consensus : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCA-G-----------TGCTTA--TC-C-------C--------A--------AT---ATTAA------TC-ATTTAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC---CC-GTTA--GTTTAG---------------CCGCAACGTAG-------TTG-G----G-T-T-----TT----T---TTAC-TGAGC---ATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
Reference ( family-177 ) : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCACG-T---------TGCTTA--TC-C-------C--------A--------AT---ATTAA------TC--TTTAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC---CC-GTTA--GTTTAG---------------CNGCANCGTAG-------TTG-G----G-T-T-----TT----T---TTAC-TGNGC---ATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNTATCCACAAGGCATGGTNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
gi|1 : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------TAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAG-----CCAG-TTTA-ATAAGA-T-TGTTT--TTTTGTT-----AAATC---------AG---TG-A--AGT-TGGTATGTCAGCCAAATGGCT-GTCTTATTGA-A---AAATCAAATTT-GTTGTCAGTTAACTTGCATGTTCTTGTTAACAAACTGGA----ATTTAAAA-TAA-----------CA-AGGAATAATTTGA-TTT-TAATACAACCTATCATGCT---------TGCTTATTTT-C-------C--------A--------AT---ATTTA------TC--TTTAA--TA--TGCA-ATATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTACCTGC---AGT--AT--GGC---CCTGTTA--GTTTAG---------------GAGCACTGTAG-------T---G----G-A-C-----TT----T---TGAC-TATGC---ATG----CACTGC--AGAATG-AT-CTAAACCATGTATCTGTAATTATATCCACAAGGCTTGGAAGGAAACGAAATGCAATT--TAAATAACCATGCATTTCAGTCAACCATTTTAGGGTCTGAAGACCTCCCTAATAAA
gi|10 : TTAA-ATACCCAT---GGTTCAT--TGT---T--GCTA--GTTTAG---------------CCAAAACAAAA-------TTG-GTATTG-TAT-----TT----G---TTAC-TGGGC---ATG----GACAGTTTAGCATG-GT-CTAGGTTGTGTTTCTGTAATAATATCCACAAGGCATGATAGAAAACCGTACACAGTCTATAAATAATCAT
gi|11 : ACTGGA----A-T-GAAA-TAAAGATTTCTTGCCA-ATAAATAACTCAA-TTT-TAATGCAA-CTGTCA-------------TGCTTA--TCACCAAGA--C--------A--------AT---ATTCA------TCCATTT-G--CA--TA-----AT-TATGCCCATACAGAATACCACATTA
gi|12 : TGTACATAAGT-TGGTTTCCTTC---------TAAAG--AATCAAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAC-----CTAG-CTTA-ATAGGG-T-GGATT----------------ACG---------GG---TG-A---------TTTGTCCACTAAATGACCGACTTGATTGGTA---ATATCAAATCT-
gi|13 : AAGC-GGATTTCTTAA---------AAGAC--AATCCAA-AGGAG----AGGTCAGAGCAAG-----CTTG-TTTG-ATTGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATT---------GGCATTG-----GG-TG--ATGTCCATCAAATAGGC-ACATGAT
gi|14 : gttaaCTAA-AGCAG----ATATTGA--CAAG-----CTAG-TTAA-ATAGAAATATGAGT--TTTCATA-----AAATTATAGACTAAGG---TG-ATTGGG-TGGCATGTCCACCAAATGGCC-GTCTGATGCATA---AAATCAAATT
gi|15 : CTGCAATAGTATCCACAATTTATGATGGCAAAGAGAACTTGGTC--TAAATAAGCATGCATGTTAGTTAACCTCTA----GTATGAATACCTCTCCAATAAAg
gi|16 : ACAAGTGTGCTTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTTGG--CAAG-----CCAG-TTTATATAa
gi|17 : tTAAATAAGT-TGACTTCTTTAC--------AAAAA--AA---AACAGGAG----AGATCTG--CAAT-----CTAG-TTTA-ATAAGG-T-T-ATTTCTTTGGTtaatagatacagataat
gi|18 : ---------TGCTTA--TC-C-------C--------ATACAGACAAT---TGTAG------TCCATTTA---CA--TAAA-ACTCATATGTC----CAGAATATTATATTAGTAA
gi|19 : tcaGA-TGGTATTTCCATCAAATGGCC-ATCTGACTGGTA---AAAACA
gi|2 : aagtgatatgCTTCTTTT---------AAAAG--ATTACAATAGGAG----AGGTCAA--CAAGACCGACAAG------GTAGGA-T-TCATT--TTCAGTAGTTGAAAACA---------GT---TA-A--AGG-CGGTATGTCCGCCAAATGACC-ATCGGAT-GGTA---AAATCATATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTCAACGTTAACCAACT-AA----A-CTAAGA-TAA-----------AA-AT-AATAGTTTAACTTT-TAATTCAG-CTGTCACGATAGCTCCATATACTTA--TC-A-------CACGAATATA--------AT---ATTAA------TTA-TTTAC--CA---AAA-A---ATATGTC----TAGATTAAGACATTAGTAAATAAA-CTAGCCGT---AGTGCATGCAGCTAGCT-G-TG--GTTTAGTCGCGGCTTGTTCATCCGCAACGTAGGTAAGTTTTA-G----G-C-T-----TT----T---TAGC-TGAAC---ATG----CGCAGC--AA-AGG-CT-CAA-----TATCTCTGTAAT
gi|3 : A-ACGAG----GGGTCAG--CACT-----CTAG-TTTA-ATTGGG-T-TGATT--TTTG-TA-----AAATA---------GA---TGTA--GGG-TGGTATGTCCACTAAATGCCT-ATGTGATTGGTT---AAGTCA--------GTTCATT-----CGCATGTCCATGTT------------------------TAC-----------CA-ACGTATACTTTGA-TTTGTAACACAG-TTATTA-------------TGATTG--TC-A-------C--------A--------GTGACACAAACACGATTC--CGTTA--CA--TACA-ACATAT--GTT----CAGAATAGTGTACTA-TAAAGTAAACTAGTCGC---AGT--GT--TAC---TC-GCT------TAA---------------CAACAGCATAA-------TAGCG----A-T-T-----TTGTATT---TTAC-TGAAC---ATG----CGCAGC--AG-CTATAT-CTAGA------TTCCGTAGTTCAGCGCACAAGGTATGATCGAAAAGAGAAC--------TTAATGACTATGCGTCCTAGTCAACCACTACGGGGaatgactctcctagcctaaggacacgaactg
gi|4 : aaacacaatacttAAGT-TTGCGTTTTTATAAAAAAAAAAAAA--AATACA---GGAGTTTCCGGCCTG--CATG-----CTAG-TTAA-ATATGGCT-TGACC--TTTGGTA-----AAATA---------GG---TG-A--AGGACGGTATATCGAC----TGGGA-TTCTGATAAGTATTTAAAT-AAATTT-GTGGTCGATAAACACGTA----------AACAAACTG-A----G-CTAAAC-CAATCC--------CA-ACGAATAATTGAA-TTT-TAATGCAA-TTATTA-------------TGCTTA--CC-G-------TAA------A--------AA---AATAA------AC--GTTAATTCAGGTAGACAAA---ATGGC----CAAAAT-TTG------------AA-CTAGCCGC---GGT--GC--GGTA--CA-GTTA--GTTTAG---------------CCGCAACGTAG-------TTG-G----G-T-T-----TTAGA-TTTATTAC-CGAGT---ATG----T---GT--AG-ACG-GT-CTGGACTGTGTTTCTGTA
gi|5 : aatggaacataaggtTGATTGGTA---AAGTCAGTTTTTAGGGTTGGTAAATTTGCATGTTCAGGT-----------------------A-TA------------CAGACGAG--ACT--A-TTT-TAA-GCAA-ATATCACG-------------CTTA--TCACAGAAATAC--------A--------AT---ATAAA------TCCATTTA---CA--TAAA-AGCTATTTGCC----CAGAATATTACA-TAGTTAATTAA-CTAGCCATAAAAGT---T--AG----CC-ATAA--TTTTAA---------------TGG----GT---------TTG-G----GAT-T-----TT----T---TTACTTCAAC---ATGTTTACATGGC-----ACA-AT-CTTGACTGATTTTCTGTAATTTAATTCGCAAGGCATGGTTGAAAATGGAA
gi|6 : ACAAAA-TGACTTCTTTA---------AACAG--AATCCGA-AGGAG----AAATCGT--CAGG-----CTAG-TTTT-ATAGAG-T-GGATT--TTGGATA-----AAATA---------GG---TA-A--TGG-GTGTATGTCCACCAAATGACA-ATCTGATTGGTA---AAATCACATTT-GAGGTCAGCAAATATGCATGTTCACG-TAA-AGATT---------TT-----TTT-----------CA-ACG-ATACTTTGA--TT-TATTACAA-CTGCCA-------------TGCTTA--TT-T-------C--------A---------------CAA------TCGATTT-G--CA--TA-A-AAATATACGCC----CAGAATATTACA
gi|7 : aatgAAACA----TGGCTTGTTAA---------AAAAGGAAATCCAA-AGGAT----AGGTAAG--CAAG-----CTAG-TTTA-AAGGGG-T-GGGTT--T--GGAA-----AAAAT---------GC---TA-A--TGG-TTGTGTGTCTGCTAAGTGACC-ATTCGTTTGATG---AAATCAAATTT-TGAGTTAGTAAA-----ATTTTCACATTAACAAACTGGATTGCA-TTAAGACTCA------------A-ATGAATA----------------CAA-CTATCA-------------TGCTTc
gi|8 : aaa------TC--ATTTA--TA--TATA-AAATATATGCC----TAGAATATTTCCTTAAAAAAATAAATTAAACAC--------AT----C---CC-AAAAAAGCTCAA---------------AAA-AACGTAG-------TTG-G----G-T-TGGTTTTT----T---TTTT-TATACTAAATG----CACAGC--AG-AAA-ACACTAGACTGTGTTTCTGTAATTTAATTT---AGACATAATTGA
gi|9 : aaatacatgaatACAAGT-TGGTTTCTGTA---------AATAG--AATCCGA-AGGGA----AAGTCAG--CAAG-----CTAGTTTTA-ATAAGA-T-TGA-T--TTTGATA-----AAATA---------GA---TG-AG-AGG-TGGTATGTTCACTAAATGGCC-ATATAATT--TA---AAATCAGATTT-GAGGTCAGAAAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111111 111 777777777777777777777777777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111111 22222222 11
lowQualScore : 4 000000000 55 6 7777 3 44 88888 3 3 7 3 55 1 00000 7777777777 777 4 666 3 1 0 3 666 3 666 0 999 1 777777 777777777777777777777777777777 5 0 5 77 55 5 44 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 9 4 6 0 9999 2 3 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 5 4 444444 0 444444444 5 3 22 1 1 44 88888888 0 0 1 55 1 1
lowQualScore : . ......... .. . .... . .. ..... . . . . .. . ..... .......... ... . ... . . . . ... . ... . ... . ...... .............................. . . . .. .. . .. . ............................................................................... .. . . . . .... . . . . ...................................................................................................... . . . ...... . ......... . . .. . . .. ........ . . . .. . .
lowQualScore : 4 000000000 55 7 1111 5 66 33333 3 3 3 6 00 2 00000 0000000000 000 0 000 6 6 4 6 444 9 111 4 111 7 777777 555555555555555555555555555555 0 4 0 22 11 0 22 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 7 4 9 8 4444 0 0 6 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 0 333333 3 111111111 7 0 00 7 0 66 55555555 2 7 0 77 0 0
consensus : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCA---------------TGCTTA--TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC---CC-GCTAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
Reference ( family-177 ) : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCA------------G--TGCTTA--TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC---CC-GTTAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
gi|1 : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------TAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAG-----CCAG-TTTA-ATAAGA-T-TGTTT--TTTTGTT-----AAATC---------AG---TG-A--AGT-TGGTATGTCAGCCAAATGGCT-GTCTTATTGA-A---AAATCAAATTT-GTTGTCAGTTAACTTGCATGTTCTTGTTAACAAACTGGA----ATTTAAAA-TAA-----------CA-AGGAATAATTTGA-TTT-TAATACAACCTATCAT-----------GCTTGCTTATTTT-C-------C--------A--------ATATTT-----AT-C--TT---TAA--TA--TGCA-ATATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTACCTGC---AGT--AT--GGC---CCTGTTAGTTTAG---------------GAGCAC-----TGTAG-------T---G----G-A-C---------TT----T---T-GAC-TATGCATG----CACTGC--AGAATG-AT-CTAAACCATGTATCTGTAATTATATCCACAAGGCTTGGAAGGAAACGAAATGCAATT--TAAATAACCATGCATTTCAGTCAACCATTTTAGGGTCTGAAGACCTCCCTAATAAA
gi|10 : TTAA-ATACCCAT---GGTTCAT--TGT---T--GCTAGTTTAG---------------CCAAAA-----CAAAA-------TTG-GTATTG-TAT---------TT----G---T-TAC-TGGGCATG----GACAGTTTAGCATG-GT-CTAGGTTGTGTTTCTGTAATAATATCCACAAGGCATGATAGAAAACCGTACACAGTCTATAAATAATCAT
gi|11 : ACTGGA----A-T-GAAA-TAAAGATTTCTTGCCA-ATAAATAACTCAA-TTT-TAATGCAA-CTGTCA---------------TGCTTA--TCACCAAGA--C--------A--------ATATTC-----ATCC-ATT---T-G--CA--TA-----AT-TATGCCCATACAGAATACCACATTA
gi|12 : TGTACATAAGT-TGGTTTCCTTC---------TAAAG--AATCAAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAC-----CTAG-CTTA-ATAGGG-T-GGATT----------------ACG---------GG---TG-A---------TTTGTCCACTAAATGACCGACTTGATTGGTA---ATATCAAATCT-
gi|13 : AAGC-GGATTTCTTAA---------AAGAC--AATCCAA-AGGAG----AGGTCAGAGCAAG-----CTTG-TTTG-ATTGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATT---------GGCATTG-----GG-TG--ATGTCCATCAAATAGGC-ACATGAT
gi|14 : gttaaCTAA-AGCAG----ATATTGA--CAAG-----CTAG-TTAA-ATAGAAATATGAGT--TTTCATA-----AAATTATAGACTAAGG---TG-ATTGGG-TGGCATGTCCACCAAATGGCC-GTCTGATGCATA---AAATCAAATT
gi|15 : CTGCAATAGTATCCACAATTTATGATGGCAAAGAGAACTTGGTC--TAAATAAGCATGCATGTTAGTTAACCTCTA----GTATGAATACCTCTCCAATAAAg
gi|16 : ACAAGTGTGCTTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTTGG--CAAG-----CCAG-TTTATATAa
gi|17 : tTAAATAAGT-TGACTTCTTTAC--------AAAAA--AA---AACAGGAG----AGATCTG--CAAT-----CTAG-TTTA-ATAAGG-T-T-ATTTCTTTGGTtaatagatacagataat
gi|18 : TCA---------------TGCTTA--TC-C-------C--------ATACAGACAATTGTA-----GT-CCATT---TA---CA--TAAA-ACTCATATGTC----CAGAATATTATATTAGTAA
gi|19 : GA-TGGTATTTCCATCAAATGGCC-ATCTGACTGGTA---AAAACA
gi|2 : aagtgatatgCTTCTTTT---------AAAAG--ATTACAATAGGAG----AGGTCAA--CAAGACCGACAAG------GTAGGA-T-TCATT--TTCAGTAGTTGAAAACA---------GT---TA-A--AGG-CGGTATGTCCGCCAAATGACC-ATCGGAT-GGTA---AAATCATATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTCAACGTTAACCAACT-AA----A-CTAAGA-TAA-----------AA-AT-AATAGTTTAACTTT-TAATTCAG-CTGTCACGATAGCTCCATA--TACTTA--TC-A-------CACGAATATA--------ATATTA-----AT-T-ATT---TAC--CA---AAA-A---ATATGTC----TAGATTAAGACATTAGTAAATAAA-CTAGCCGT---AGTGCATGCAGCTAGCT-G-TGGTTTAGTCGCGGCTTGTTCATCCGCAA-----CGTAGGTAAGTTTTA-G----G-C-T---------TT----T---T-AGC-TGAACATG----CGCAGC--AA-AGG-CT-CAA-----TATCTCTGTAAT
gi|3 : A-ACGAG----GGGTCAG--CACT-----CTAG-TTTA-ATTGGG-T-TGATT--TTTG-TA-----AAATA---------GA---TGTA--GGG-TGGTATGTCCACTAAATGCCT-ATGTGATTGGTT---AAGTCA--------GTTCATT-----CGCATGTCCATGTT------------------------TAC-----------CA-ACGTATACTTTGA-TTTGTAACACAG-TTATTA---------------TGATTG--TC-A-------C--------A--------GTGACACAAACAC-G-ATTCCGTTA--CA--TACA-ACATAT--GTT----CAGAATAGTGTACTA-TAAAGTAAACTAGTCGC---AGT--GT--TAC---TC-GCT----TAA---------------CAACAG-----CATAA-------TAGCG----A-T-T---------TTGTATT---T-TAC-TGAACATG----CGCAGC--AG-CTATAT-CTAGA------TTCCGTAGTTCAGCGCACAAGGTATGATCGAAAAGAGAAC--------TTAATGACTATGCGTCCTAGTCAACCACTACGGGGaatgactctcctagcctaaggacacgaactg
gi|4 : aaacacaatacttAAGT-TTGCGTTTTTATAAAAAAAAAAAAA--AATACA---GGAGTTTCCGGCCTG--CATG-----CTAG-TTAA-ATATGGCT-TGACC--TTTGGTA-----AAATA---------GG---TG-A--AGGACGGTATATCGAC----TGGGA-TTCTGATAAGTATTTAAAT-AAATTT-GTGGTCGATAAACACGTA----------AACAAACTG-A----G-CTAAAC-CAATCC--------CA-ACGAATAATTGAA-TTT-TAATGCAA-TTATTA---------------TGCTTA--CC-G-------TAA------A--------AAAATA-----AA-C-G-T---TAATTCAGGTAGACAAA---ATGGC----CAAAAT-TTG------------AA-CTAGCCGC---GGT--GC--GGTA--CA-GTTAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TTAGA-TTTAT-TAC-CGAGTATG----T---GT--AG-ACG-GT-CTGGACTGTGTTTCTGTA
gi|5 : aatggaacataaggtTGATTGGTA---AAGTCAGTTTTTAGGGTTGGTAAATTTGCATGTTCAGGT-----------------------A-TA------------CAGACGAG--ACT--A-TTT-TAA-GCAA-ATATCA---------------CGCTTA--TCACAGAAATAC--------A--------ATATAA-----AT-CCATT---TA---CA--TAAA-AGCTATTTGCC----CAGAATATTACA-TAGTTAATTAA-CTAGCCATAAAAGT---T--AGC---CA---TAATTT--------------------TAA-----TGGGT-------TTG-G----GAT-T---------TT----T---T-TACTTCAACATGTTTACATGGC-----ACA-AT-CTTGACTGATTTTCTGTAATTTAATTCGCAAGGCATGGTTGAAAATGGAA
gi|6 : ACAAAA-TGACTTCTTTA---------AACAG--AATCCGA-AGGAG----AAATCGT--CAGG-----CTAG-TTTT-ATAGAG-T-GGATT--TTGGATA-----AAATA---------GG---TA-A--TGG-GTGTATGTCCACCAAATGACA-ATCTGATTGGTA---AAATCACATTT-GAGGTCAGCAAATATGCATGTTCACG-TAA-AGATT---------TT-----TTT-----------CA-ACG-ATACTTTGA--TT-TATTACAA-CTGCCA---------------TGCTTA--TT-T-------C--------A------------CA-----AT-CGATT---T-G--CA--TA-A-AAATATACGCC----CAGAATATTACA
gi|7 : aatgAAACA----TGGCTTGTTAA---------AAAAGGAAATCCAA-AGGAT----AGGTAAG--CAAG-----CTAG-TTTA-AAGGGG-T-GGGTT--T--GGAA-----AAAAT---------GC---TA-A--TGG-TTGTGTGTCTGCTAAGTGACC-ATTCGTTTGATG---AAATCAAATTT-TGAGTTAGTAAA-----ATTTTCACATTAACAAACTGGATTGCA-TTAAGACTCA------------A-ATGAATA----------------CAA-CTATCA---------------TGCTTc
gi|8 : aaaT-C-ATT---TA---TA--TATA-AAATATATGCC----TAGAATATTTCCTTAAAAAAATAAATTAAACAC--------AT----C---CC-AAAAA---AG---------------CT-CAAAAAAACGTAG-------TTG-G----G-T-TGGTTTTTTTTT----T---TATAC-TAA--ATG----CACAGC--AG-AAA-ACACTAGACTGTGTTTCTGTAATTTAATTT---AGACATAATTGA
gi|9 : aaatacatgaatACAAGT-TGGTTTCTGTA---------AATAG--AATCCGA-AGGGA----AAGTCAG--CAAG-----CTAGTTTTA-ATAAGA-T-TGA-T--TTTGATA-----AAATA---------GA---TG-AG-AGG-TGGTATGTTCACTAAATGGCC-ATATAATT--TA---AAATCAGATTT-GAGGTCAGAAAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111111 111 777777777777777777777777777777 2222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111111 22222222 11
lowQualScore : 4 000000000 55 6 7777 3 44 88888 3 3 7 3 55 1 00000 7777777777 777 4 666 3 1 0 3 666 3 666 0 999 1 777777 777777777777777777777777777777 5 0 5 77 55 5 44 5 4444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 9 4 6 0 9999 2 3 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 4 444444 0 444444444 5 3 22 1 1 44 88888888 0 0 1 55 1 1
lowQualScore : . ......... .. . .... . .. ..... . . . . .. . ..... .......... ... . ... . . . . ... . ... . ... . ...... .............................. . . . .. .. . .. . ............. .............................................................. .. . . . . .... . . . . ...................................................................................................... . . . ...... . ......... . . .. . . .. ........ . . . .. . .
lowQualScore : 4 000000000 55 7 1111 5 66 33333 3 3 3 6 00 2 00000 0000000000 000 0 000 6 6 4 6 444 9 111 4 111 7 777777 555555555555555555555555555555 0 4 0 22 11 0 22 0 4444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 7 4 9 8 4444 0 0 6 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 0 333333 3 111111111 7 0 00 7 0 66 55555555 2 7 0 77 0 0
consensus : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
Reference ( family-177 ) : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
gi|1 : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------TAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAG-----CCAG-TTTA-ATAAGA-T-TGTTT--TTTTGTT-----AAATC---------AG---TG-A--AGT-TGGTATGTCAGCCAAATGGCT-GTCTTATTGA-A---AAATCAAATTT-GTTGTCAGTTAACTTGCATGTTCTTGTTAACAAACTGGA----ATTTAAAA-TAA-----------CA-AGGAATAATTTGA-TTT-TAATACAACCTATCATG-------------CTTGCTTATTTT-C-------C--------A--------ATATTT-----AT-C--TT---TAA--TA--TGCA-ATATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTACCTGC---AGT--AT--GGC-CCTGT--TAGTTTAG---------------GAGCAC-----TGTAG-------T---G----G-A-C---------TT----T---T-GAC-TATGCATG----CACTGC--AGAATG-AT-CTAAACCATGTATCTGTAATTATATCCACAAGGCTTGGAAGGAAACGAAATGCAATT--TAAATAACCATGCATTTCAGTCAACCATTTTAGGGTCTGAAGACCTCCCTAATAAA
gi|10 : TTAA-ATACCCAT---GGTTCAT--TGT-T--GC--TAGTTTAG---------------CCAAAA-----CAAAA-------TTG-GTATTG-TAT---------TT----G---T-TAC-TGGGCATG----GACAGTTTAGCATG-GT-CTAGGTTGTGTTTCTGTAATAATATCCACAAGGCATGATAGAAAACCGTACACAGTCTATAAATAATCAT
gi|11 : ACTGGA----A-T-GAAA-TAAAGATTTCTTGCCA-ATAAATAACTCAA-TTT-TAATGCAA-CTGTCATG-------------CTTA------TCACCAAGA--C--------A--------ATATTC-----ATCC-ATT---T-G--CA--TA-----AT-TATGCCCATACAGAATACCACATTA
gi|12 : TGTACATAAGT-TGGTTTCCTTC---------TAAAG--AATCAAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAC-----CTAG-CTTA-ATAGGG-T-GGATT----------------ACG---------GG---TG-A---------TTTGTCCACTAAATGACCGACTTGATTGGTA---ATATCAAATCT-
gi|13 : AAGC-GGATTTCTTAA---------AAGAC--AATCCAA-AGGAG----AGGTCAGAGCAAG-----CTTG-TTTG-ATTGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATT---------GGCATTG-----GG-TG--ATGTCCATCAAATAGGC-ACATGAT
gi|14 : gttaaCTAA-AGCAG----ATATTGA--CAAG-----CTAG-TTAA-ATAGAAATATGAGT--TTTCATA-----AAATTATAGACTAAGG---TG-ATTGGG-TGGCATGTCCACCAAATGGCC-GTCTGATGCATA---AAATCAAATT
gi|15 : CTGCAATAGTATCCACAATTTATGATGGCAAAGAGAACTTGGTC--TAAATAAGCATGCATGTTAGTTAACCTCTA----GTATGAATACCTCTCCAATAAAg
gi|16 : ACAAGTGTGCTTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTTGG--CAAG-----CCAG-TTTATATAa
gi|17 : tTAAATAAGT-TGACTTCTTTAC--------AAAAA--AA---AACAGGAG----AGATCTG--CAAT-----CTAG-TTTA-ATAAGG-T-T-ATTTCTTTGGTtaatagatacagataat
gi|18 : TCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------ATACAGACAATTGTA-----GT-CCATT---TA---CA--TAAA-ACTCATATGTC----CAGAATATTATATTAGTAA
gi|19 : GA-TGGTATTTCCATCAAATGGCC-ATCTGACTGGTA---AAAACA
gi|2 : aagtgatatgCTTCTTTT---------AAAAG--ATTACAATAGGAG----AGGTCAA--CAAGACCGACAAG------GTAGGA-T-TCATT--TTCAGTAGTTGAAAACA---------GT---TA-A--AGG-CGGTATGTCCGCCAAATGACC-ATCGGAT-GGTA---AAATCATATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTCAACGTTAACCAACT-AA----A-CTAAGA-TAA-----------AA-AT-AATAGTTTAACTTT-TAATTCAG-CTGTCACGATAGCTCCATATACTTA------TC-A-------CACGAATATA--------ATATTA-----AT-T-ATT---TAC--CA---AAA-A---ATATGTC----TAGATTAAGACATTAGTAAATAAA-CTAGCCGT---AGTGCATGCAGC-TA-GCTGTGGTTTAGTCGCGGCTTGTTCATCCGCAA-----CGTAGGTAAGTTTTA-G----G-C-T---------TT----T---T-AGC-TGAACATG----CGCAGC--AA-AGG-CT-CAA-----TATCTCTGTAAT
gi|3 : A-ACGAG----GGGTCAG--CACT-----CTAG-TTTA-ATTGGG-T-TGATT--TTTG-TA-----AAATA---------GA---TGTA--GGG-TGGTATGTCCACTAAATGCCT-ATGTGATTGGTT---AAGTCA--------GTTCATT-----CGCATGTCCATGTT------------------------TAC-----------CA-ACGTATACTTTGA-TTTGTAACACAG-TTATTATG-------------ATTG------TC-A-------C--------A--------GTGACACAAACAC-G-ATTCCGTTA--CA--TACA-ACATAT--GTT----CAGAATAGTGTACTA-TAAAGTAAACTAGTCGC---AGT--GT--TAC-TC-GC--T----TAA---------------CAACAG-----CATAA-------TAGCG----A-T-T---------TTGTATT---T-TAC-TGAACATG----CGCAGC--AG-CTATAT-CTAGA------TTCCGTAGTTCAGCGCACAAGGTATGATCGAAAAGAGAAC--------TTAATGACTATGCGTCCTAGTCAACCACTACGGGGaatgactctcctagcctaaggacacgaactg
gi|4 : aaacacaatacttAAGT-TTGCGTTTTTATAAAAAAAAAAAAA--AATACA---GGAGTTTCCGGCCTG--CATG-----CTAG-TTAA-ATATGGCT-TGACC--TTTGGTA-----AAATA---------GG---TG-A--AGGACGGTATATCGAC----TGGGA-TTCTGATAAGTATTTAAAT-AAATTT-GTGGTCGATAAACACGTA----------AACAAACTG-A----G-CTAAAC-CAATCC--------CA-ACGAATAATTGAA-TTT-TAATGCAA-TTATTATG-------------CTTA------CC-G-------TAA------A--------AAAATA-----AA-C-G-T---TAATTCAGGTAGACAAA---ATGGC----CAAAAT-TTG------------AA-CTAGCCGC---GGT--GC--GGTACA-GT--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TTAGA-TTTAT-TAC-CGAGTATG----T---GT--AG-ACG-GT-CTGGACTGTGTTTCTGTA
gi|5 : aatggaacataaggtTGATTGGTA---AAGTCAGTTTTTAGGGTTGGTAAATTTGCATGTTCAGGT-----------------------A-TA------------CAGACGAG--ACT--A-TTT-TAA-GCAA-ATATCACG-------------CTTA------TCACAGAAATAC--------A--------ATATAA-----AT-CCATT---TA---CA--TAAA-AGCTATTTGCC----CAGAATATTACA-TAGTTAATTAA-CTAGCCATAAAAGT---T--AGC-C---A--TAATTT--------------------TAA-----TGGGT-------TTG-G----GAT-T---------TT----T---T-TACTTCAACATGTTTACATGGC-----ACA-AT-CTTGACTGATTTTCTGTAATTTAATTCGCAAGGCATGGTTGAAAATGGAA
gi|6 : ACAAAA-TGACTTCTTTA---------AACAG--AATCCGA-AGGAG----AAATCGT--CAGG-----CTAG-TTTT-ATAGAG-T-GGATT--TTGGATA-----AAATA---------GG---TA-A--TGG-GTGTATGTCCACCAAATGACA-ATCTGATTGGTA---AAATCACATTT-GAGGTCAGCAAATATGCATGTTCACG-TAA-AGATT---------TT-----TTT-----------CA-ACG-ATACTTTGA--TT-TATTACAA-CTGCCATG-------------CTTA------TT-T-------C--------A------------CA-----AT-CGATT---T-G--CA--TA-A-AAATATACGCC----CAGAATATTACA
gi|7 : aatgAAACA----TGGCTTGTTAA---------AAAAGGAAATCCAA-AGGAT----AGGTAAG--CAAG-----CTAG-TTTA-AAGGGG-T-GGGTT--T--GGAA-----AAAAT---------GC---TA-A--TGG-TTGTGTGTCTGCTAAGTGACC-ATTCGTTTGATG---AAATCAAATTT-TGAGTTAGTAAA-----ATTTTCACATTAACAAACTGGATTGCA-TTAAGACTCA------------A-ATGAATA----------------CAA-CTATCATG-------------CTTc
gi|8 : aaaT-C-ATT---TA---TA--TATA-AAATATATGCC----TAGAATATTTCCTTAAAAAAATAAATTAAACAC--------AT----C-CC-AA--AAA---AG---------------CT-CAAAAAAACGTAG-------TTG-G----G-T-TGGTTTTTTTTT----T---TATAC-TAA--ATG----CACAGC--AG-AAA-ACACTAGACTGTGTTTCTGTAATTTAATTT---AGACATAATTGA
gi|9 : aaatacatgaatACAAGT-TGGTTTCTGTA---------AATAG--AATCCGA-AGGGA----AAGTCAG--CAAG-----CTAGTTTTA-ATAAGA-T-TGA-T--TTTGATA-----AAATA---------GA---TG-AG-AGG-TGGTATGTTCACTAAATGGCC-ATATAATT--TA---AAATCAGATTT-GAGGTCAGAAAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111111 111 777777777777777777777777777777 2222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111111 22222222 11
lowQualScore : 4 000000000 55 6 7777 3 44 88888 3 3 7 3 55 1 00000 7777777777 777 4 666 3 1 0 3 666 3 666 0 999 1 777777 777777777777777777777777777777 5 0 5 77 55 5 44 5 4444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 9 4 6 0 9999 2 3 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 4 444444 0 444444444 5 3 22 1 1 44 88888888 0 0 1 55 1 1
lowQualScore : . ......... .. . .... . .. ..... . . . . .. . ..... .......... ... . ... . . . . ... . ... . ... . ...... .............................. . . . .. .. . .. . ............. .............................................................. .. . . . . .... . . . . ...................................................................................................... . . . ...... . ......... . . .. . . .. ........ . . . .. . .
lowQualScore : 4 000000000 55 7 1111 5 66 33333 3 3 3 6 00 2 00000 0000000000 000 0 000 6 6 4 6 444 9 111 4 111 7 777777 555555555555555555555555555555 0 4 0 22 11 0 22 0 4444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 7 4 9 8 4444 0 0 6 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 0 333333 3 111111111 7 0 00 7 0 66 55555555 2 7 0 77 0 0
consensus : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
Reference ( family-177 ) : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
gi|1 : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------TAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAG-----CCAG-TTTA-ATAAGA-T-TGTTT--TTTTGTT-----AAATC---------AG---TG-A--AGT-TGGTATGTCAGCCAAATGGCT-GTCTTATTGA-A---AAATCAAATTT-GTTGTCAGTTAACTTGCATGTTCTTGTTAACAAACTGGA----ATTTAAAA-TAA-----------CA-AGGAATAATTTGA-TTT-TAATACAACCTATCATG-------------CTTGCTTATTTT-C-------C--------A--------ATATTT-----AT-C--TT---TAA--TA--TGCA-ATATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTACCTGC---AGT--AT--GGC-CCTGT--TAGTTTAG---------------GAGCAC-----TGTAG-------T---G----G-A-C---------TT----T---T-GAC-TATGCATG----CACTGC--AGAATG-AT-CTAAACCATGTATCTGTAATTATATCCACAAGGCTTGGAAGGAAACGAAATGCAATT--TAAATAACCATGCATTTCAGTCAACCATTTTAGGGTCTGAAGACCTCCCTAATAAA
gi|10 : TTAA-ATACCCAT---GGTTCAT--TGT-T--GC--TAGTTTAG---------------CCAAAA-----CAAAA-------TTG-GTATTG-TAT---------TT----G---T-TAC-TGGGCATG----GACAGTTTAGCATG-GT-CTAGGTTGTGTTTCTGTAATAATATCCACAAGGCATGATAGAAAACCGTACACAGTCTATAAATAATCAT
gi|11 : ACTGGA----A-T-GAAA-TAAAGATTTCTTGCCA-ATAAATAACTCAA-TTT-TAATGCAA-CTGTCATG-------------CTTA------TCACCAAGA--C--------A--------ATATTC-----ATCC-ATT---T-G--CA--TA-----AT-TATGCCCATACAGAATACCACATTA
gi|12 : TGTACATAAGT-TGGTTTCCTTC---------TAAAG--AATCAAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAC-----CTAG-CTTA-ATAGGG-T-GGATT----------------ACG---------GG---TG-A---------TTTGTCCACTAAATGACCGACTTGATTGGTA---ATATCAAATCT-
gi|13 : AAGC-GGATTTCTTAA---------AAGAC--AATCCAA-AGGAG----AGGTCAGAGCAAG-----CTTG-TTTG-ATTGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATT---------GGCATTG-----GG-TG--ATGTCCATCAAATAGGC-ACATGAT
gi|14 : gttaaCTAA-AGCAG----ATATTGA--CAAG-----CTAG-TTAA-ATAGAAATATGAGT--TTTCATA-----AAATTATAGACTAAGG---TG-ATTGGG-TGGCATGTCCACCAAATGGCC-GTCTGATGCATA---AAATCAAATT
gi|15 : CTGCAATAGTATCCACAATTTATGATGGCAAAGAGAACTTGGTC--TAAATAAGCATGCATGTTAGTTAACCTCTA----GTATGAATACCTCTCCAATAAAg
gi|16 : ACAAGTGTGCTTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTTGG--CAAG-----CCAG-TTTATATAa
gi|17 : tTAAATAAGT-TGACTTCTTTAC--------AAAAA--AA---AACAGGAG----AGATCTG--CAAT-----CTAG-TTTA-ATAAGG-T-T-ATTTCTTTGGTtaatagatacagataat
gi|18 : TCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------ATACAGACAATTGTA-----GT-CCATT---TA---CA--TAAA-ACTCATATGTC----CAGAATATTATATTAGTAA
gi|19 : GA-TGGTATTTCCATCAAATGGCC-ATCTGACTGGTA---AAAACA
gi|2 : aagtgatatgCTTCTTTT---------AAAAG--ATTACAATAGGAG----AGGTCAA--CAAGACCGACAAG------GTAGGA-T-TCATT--TTCAGTAGTTGAAAACA---------GT---TA-A--AGG-CGGTATGTCCGCCAAATGACC-ATCGGAT-GGTA---AAATCATATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTCAACGTTAACCAACT-AA----A-CTAAGA-TAA-----------AA-AT-AATAGTTTAACTTT-TAATTCAG-CTGTCACGATAGCTCCATATACTTA------TC-A-------CACGAATATA--------ATATTA-----AT-T-ATT---TAC--CA---AAA-A---ATATGTC----TAGATTAAGACATTAGTAAATAAA-CTAGCCGT---AGTGCATGCAGC-TA-GCTGTGGTTTAGTCGCGGCTTGTTCATCCGCAA-----CGTAGGTAAGTTTTA-G----G-C-T---------TT----T---T-AGC-TGAACATG----CGCAGC--AA-AGG-CT-CAA-----TATCTCTGTAAT
gi|3 : A-ACGAG----GGGTCAG--CACT-----CTAG-TTTA-ATTGGG-T-TGATT--TTTG-TA-----AAATA---------GA---TGTA--GGG-TGGTATGTCCACTAAATGCCT-ATGTGATTGGTT---AAGTCA--------GTTCATT-----CGCATGTCCATGTT------------------------TAC-----------CA-ACGTATACTTTGA-TTTGTAACACAG-TTATTATG-------------ATTG------TC-A-------C--------A--------GTGACACAAACAC-G-ATTCCGTTA--CA--TACA-ACATAT--GTT----CAGAATAGTGTACTA-TAAAGTAAACTAGTCGC---AGT--GT--TAC-TC-GC--T----TAA---------------CAACAG-----CATAA-------TAGCG----A-T-T---------TTGTATT---T-TAC-TGAACATG----CGCAGC--AG-CTATAT-CTAGA------TTCCGTAGTTCAGCGCACAAGGTATGATCGAAAAGAGAAC--------TTAATGACTATGCGTCCTAGTCAACCACTACGGGGaatgactctcctagcctaaggacacgaactg
gi|4 : aaacacaatacttAAGT-TTGCGTTTTTATAAAAAAAAAAAAA--AATACA---GGAGTTTCCGGCCTG--CATG-----CTAG-TTAA-ATATGGCT-TGACC--TTTGGTA-----AAATA---------GG---TG-A--AGGACGGTATATCGAC----TGGGA-TTCTGATAAGTATTTAAAT-AAATTT-GTGGTCGATAAACACGTA----------AACAAACTG-A----G-CTAAAC-CAATCC--------CA-ACGAATAATTGAA-TTT-TAATGCAA-TTATTATG-------------CTTA------CC-G-------TAA------A--------AAAATA-----AA-C-G-T---TAATTCAGGTAGACAAA---ATGGC----CAAAAT-TTG------------AA-CTAGCCGC---GGT--GC--GGTACA-GT--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TTAGA-TTTAT-TAC-CGAGTATG----T---GT--AG-ACG-GT-CTGGACTGTGTTTCTGTA
gi|5 : aatggaacataaggtTGATTGGTA---AAGTCAGTTTTTAGGGTTGGTAAATTTGCATGTTCAGGT-----------------------A-TA------------CAGACGAG--ACT--A-TTT-TAA-GCAA-ATATCACG-------------CTTA------TCACAGAAATAC--------A--------ATATAA-----AT-CCATT---TA---CA--TAAA-AGCTATTTGCC----CAGAATATTACA-TAGTTAATTAA-CTAGCCATAAAAGT---T--AGC-C---A--TAATTT--------------------TAA-----TGGGT-------TTG-G----GAT-T---------TT----T---T-TACTTCAACATGTTTACATGGC-----ACA-AT-CTTGACTGATTTTCTGTAATTTAATTCGCAAGGCATGGTTGAAAATGGAA
gi|6 : ACAAAA-TGACTTCTTTA---------AACAG--AATCCGA-AGGAG----AAATCGT--CAGG-----CTAG-TTTT-ATAGAG-T-GGATT--TTGGATA-----AAATA---------GG---TA-A--TGG-GTGTATGTCCACCAAATGACA-ATCTGATTGGTA---AAATCACATTT-GAGGTCAGCAAATATGCATGTTCACG-TAA-AGATT---------TT-----TTT-----------CA-ACG-ATACTTTGA--TT-TATTACAA-CTGCCATG-------------CTTA------TT-T-------C--------A------------CA-----AT-CGATT---T-G--CA--TA-A-AAATATACGCC----CAGAATATTACA
gi|7 : aatgAAACA----TGGCTTGTTAA---------AAAAGGAAATCCAA-AGGAT----AGGTAAG--CAAG-----CTAG-TTTA-AAGGGG-T-GGGTT--T--GGAA-----AAAAT---------GC---TA-A--TGG-TTGTGTGTCTGCTAAGTGACC-ATTCGTTTGATG---AAATCAAATTT-TGAGTTAGTAAA-----ATTTTCACATTAACAAACTGGATTGCA-TTAAGACTCA------------A-ATGAATA----------------CAA-CTATCATG-------------CTTc
gi|8 : aaaT-C-ATT---TA---TA--TATA-AAATATATGCC----TAGAATATTTCCTTAAAAAAATAAATTAAACAC--------AT----C-CC-AA--AAA---AG---------------CT-CAAAAAAACGTAG-------TTG-G----G-T-TGGTTTTTTTTT----T---TATAC-TAA--ATG----CACAGC--AG-AAA-ACACTAGACTGTGTTTCTGTAATTTAATTT---AGACATAATTGA
gi|9 : aaatacatgaatACAAGT-TGGTTTCTGTA---------AATAG--AATCCGA-AGGGA----AAGTCAG--CAAG-----CTAGTTTTA-ATAAGA-T-TGA-T--TTTGATA-----AAATA---------GA---TG-AG-AGG-TGGTATGTTCACTAAATGGCC-ATATAATT--TA---AAATCAGATTT-GAGGTCAGAAAAC
blockSeqs : G TAAAAAAAA GA C TTTC A AG ACCGA T T A A TC G GTTGA TATAGACTAA CAT T TTG A A G TTT A TAG CAC C TTAACC GGAATGAAATAAAGATTTCTTGC G A CA CT G TG . ATAGCTCCATATA TCCCATACAGACAATTGTAGTCCATTTA GG A C C CATA T G T A AGTGCATGCAGCTAGCTGTGGTTTAGTCGCGGCTTGTTCATCCGCAACGTAGGTAAGTTTTAGGCTTTT A T G TTTACA TTAGCATG A T AT A A CC ACAGTCTA G CG A T
blockSeqs : . C . T . A . . . . C . . A . G . . GA . A . . A GG CAC T TTAACA GGATTGCATTAAGACTCA . G TA T . TT . . TCACACGAATATAATATTAATTATTTAC . A . C . T G T A GGTGCGGTACAGTTAGTTTAGCCGCAACGTAGTTGGGTTTTAGATTTA . . A GA AGCTAT . C GT A G GA TTGGTC C .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . G . T . . A . A . . T GT TTT G AACA GAGCTAAACCAATCC . C TG T . CA . . TCACAGTGACACAAACACGATTCCGTTA . C . A . T G G . GGTTCATTGTTGCTAGTTTAGCCAAAACAAAATTGGTATTGTATTTG . . A CG AAAGG . C CA A C GA .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . G . A . . G . A . . A GA TAT C TAAA AAACTAAGATAA . A GA T . TG . . TCACAGAAATACAATATAAATCCATTTA . G . G . C A T . ATCCCAAAAAAGCTCAAAAAAACGTAGTTGGGTTGGTTTTTTTTTT . . G CG AGACG . C TA G T TG
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . G . A . . A . G . . G TG C C TT TTTTT . A TG T . TA . . TCACCAAGACAATATTCATCCATTTG . A . A . T . A . AGTGTTACTCGCTTAACAACAGCATAATAGCGATTTTGTATT . . A CA AGAAA . . TA . T
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . A . A . . T . A . . C GA . . T TAC . C . . . G . . CCGTAAAAAAATAAACGTTAATT . T . A . . . . . AAAAGTTAGCCATAATTTTAATGGGTTTGGGATTTTT . . . T ACA . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . G . A . . T . A . . A . ATA . . . . . . . . TTTCACAATCGATTTG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . A . T . . . . A . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . A . . . . G . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqCons : GGATAAATAA******************** AGCACG***
originalCons : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGA----A-TTAAAA-TAA-----------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGC--AG-ACG-AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
finalCons : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTGGATAAATAA--------------------CA-ACGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATG----CGCAGCAGCACG---AT-CTAGACTGTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111111 111 777777777777777777777777777777 2222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222 22222222 11
lowQualScore : 4 000000000 55 6 7777 3 44 88888 3 3 7 3 55 1 00000 7777777777 777 4 666 3 1 0 3 666 3 666 0 999 1 666666666666666666666666666666 5 5 00 5 77 55 5 1 5 4444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 9 4 6 0 9999 2 3 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 4 0 11111111111 77 22 1 1 44 88888888 0 0 1 55 1 1
lowQualScore : . ......... .. . .... . .. ..... . . . . .. . ..... .......... ... . ... . . . . ... . ... . ... . .............................. . . .. . .. .. . . . ............. .............................................................. .. . . . . .... . . . . ...................................................................................................... . . . . ........... .. .. . . .. ........ . . . .. . .
lowQualScore : 4 000000000 55 7 1111 5 66 33333 3 3 3 6 00 2 00000 0000000000 000 0 000 6 6 4 6 444 9 111 4 111 7 000000000000000000000000000000 0 0 66 0 22 11 0 1 0 4444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 7 4 9 8 4444 0 0 6 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 0 4 11111111111 99 00 7 0 66 55555555 2 7 0 77 0 0
consensus : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTG-G-A-T---AA-AT-AA---CA-A-CGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATGCGCAGC--A--GCACGATCTAGACT--GTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
Reference ( family-177 ) : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTCGG--CAAG-----CTAG-TTTA-ATAGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATN---------GG---TG-A--AGG-TGGTATGTCCGCCAAATGGCC-ATCTGATTGGTA---AAATCAAATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTTCACGTTAACAAACTG-G-A-T---AA-AT-AA---CA-A-CGAATAATTTGA-TTT-TAATGCAA-CTATCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------A--------ATATTA-----AT-C-ATT---TAA--CA--TANA-ANATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTAGCCGC---GGT--AT--NGC-CC-GC--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TT----T---T-TAC-TGAGCATGCGCAGC--A--GCACGATCTAGACT--GTGTTTCTGTAATTNNATCCACAAGGCATGATNGAAAACGGAACGCGGTC--TAAATAACCATGCGTNTTAGTCAACCACTACGGGGTNTGAANACCTCCCCAATAAA
gi|1 : TGTAAACAAGT-TGGCTTCTTTA---------TAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAG-----CCAG-TTTA-ATAAGA-T-TGTTT--TTTTGTT-----AAATC---------AG---TG-A--AGT-TGGTATGTCAGCCAAATGGCT-GTCTTATTGA-A---AAATCAAATTT-GTTGTCAGTTAACTTGCATGTTCTTGTTAACAAACTG-GAA-TTTAAA-AT-AA---CA-A-GGAATAATTTGA-TTT-TAATACAACCTATCATG-------------CTTGCTTATTTT-C-------C--------A--------ATATTT-----AT-C--TT---TAA--TA--TGCA-ATATATATGCC----CAGAATATTACATTAGTAAATTAA-CTACCTGC---AGT--AT--GGC-CCTGT--TAGTTTAG---------------GAGCAC-----TGTAG-------T---G----G-A-C---------TT----T---T-GAC-TATGCATGCACTGC--A--GAATGATCTAAACC--ATGTATCTGTAATTATATCCACAAGGCTTGGAAGGAAACGAAATGCAATT--TAAATAACCATGCATTTCAGTCAACCATTTTAGGGTCTGAAGACCTCCCTAATAAA
gi|10 : TTAA-ATACCCAT---GGTTCAT--TGT-T--GC--TAGTTTAG---------------CCAAAA-----CAAAA-------TTG-GTATTG-TAT---------TT----G---T-TAC-TGGGCATGGACAGTTTA--GCATGGTCTAGGTT--GTGTTTCTGTAATAATATCCACAAGGCATGATAGAAAACCGTACACAGTCTATAAATAATCAT
gi|11 : ---CA-A-TAAATAACTCAA-TTT-TAATGCAA-CTGTCATG-------------CTTA------TCACCAAGA--C--------A--------ATATTC-----ATCC-ATT---T-G--CA--TA-----AT-TATGCCCATACAGAATACCACATTA
gi|12 : actggaatgaaataaagatttcttgcTGTACATAAGT-TGGTTTCCTTC---------TAAAG--AATCAAA-AGGAG----AGTTCAG--CAAC-----CTAG-CTTA-ATAGGG-T-GGATT----------------ACG---------GG---TG-A---------TTTGTCCACTAAATGACCGACTTGATTGGTA---ATATCAAATCT-
gi|13 : AAGC-GGATTTCTTAA---------AAGAC--AATCCAA-AGGAG----AGGTCAGAGCAAG-----CTTG-TTTG-ATTGGG-T-TGATT--TTTGGTA-----AAATT---------GGCATTG-----GG-TG--ATGTCCATCAAATAGGC-ACATGAT
gi|14 : gttaaCTAA-AGCAG----ATATTGA--CAAG-----CTAG-TTAA-ATAGAAATATGAGT--TTTCATA-----AAATTATAGACTAAGG---TG-ATTGGG-TGGCATGTCCACCAAATGGCC-GTCTGATGCATA---AAATCAAATT
gi|15 : CTGCAATAGTATCCACAATTTATGATGGCAAAGAGAACTTGGTC--TAAATAAGCATGCATGTTAGTTAACCTCTA----GTATGAATACCTCTCCAATAAAg
gi|16 : ACAAGTGTGCTTTCTTTA---------AAAAG--AATCCAA-AGGAG----AGGTTGG--CAAG-----CCAG-TTTATATAa
gi|17 : tTAAATAAGT-TGACTTCTTTAC--------AAAAA--AA---AACAGGAG----AGATCTG--CAAT-----CTAG-TTTA-ATAAGG-T-T-ATTTCTTTGGTtaatagatacagataat
gi|18 : TCATG-------------CTTA------TC-C-------C--------ATACAGACAATTGTA-----GT-CCATT---TA---CA--TAAA-ACTCATATGTC----CAGAATATTATATTAGTAA
gi|19 : GA-TGGTATTTCCATCAAATGGCC-ATCTGACTGGTA---AAAACA
gi|2 : aagtgatatgCTTCTTTT---------AAAAG--ATTACAATAGGAG----AGGTCAA--CAAGACCGACAAG------GTAGGA-T-TCATT--TTCAGTAGTTGAAAACA---------GT---TA-A--AGG-CGGTATGTCCGCCAAATGACC-ATCGGAT-GGTA---AAATCATATTT-GGGGTCGGTAAACACGCATGTCAACGTTAACCAACTA-A-ACT---AAGAT-AA---AA-A-T-AATAGTTTAACTTT-TAATTCAG-CTGTCACGATAGCTCCATATACTTA------TC-A-------CACGAATATA--------ATATTA-----AT-T-ATT---TAC--CA---AAA-A---ATATGTC----TAGATTAAGACATTAGTAAATAAA-CTAGCCGT---AGTGCATGCAGC-TA-GCTGTGGTTTAGTCGCGGCTTGTTCATCCGCAA-----CGTAGGTAAGTTTTA-G----G-C-T---------TT----T---T-AGC-TGAACATGCGCAGC--A--A--------AGGCTCAATATCTCTGTAAT
gi|3 : A-ACGAG----GGGTCAG--CACT-----CTAG-TTTA-ATTGGG-T-TGATT--TTTG-TA-----AAATA---------GA---TGTA--GGG-TGGTATGTCCACTAAATGCCT-ATGTGATTGGTT---AAGTCA--------GTTCATT-----CGCATGTCCATGTT----------------------T-AC---CA-A-CGTATACTTTGA-TTTGTAACACAG-TTATTATG-------------ATTG------TC-A-------C--------A--------GTGACACAAACAC-G-ATTCCGTTA--CA--TACA-ACATAT--GTT----CAGAATAGTGTACTA-TAAAGTAAACTAGTCGC---AGT--GT--TAC-TC-GC--T----TAA---------------CAACAG-----CATAA-------TAGCG----A-T-T---------TTGTATT---T-TAC-TGAACATGCGCAGC--A--GCTATATCTAGA--------TTCCGTAGTTCAGCGCACAAGGTATGATCGAAAAGAGAAC--------TTAATGACTATGCGTCCTAGTCAACCACTACGGGGaatgactctcctagcctaaggacacgaactg
gi|4 : aaacacaatacttAAGT-TTGCGTTTTTATAAAAAAAAAAAAA--AATACA---GGAGTTTCCGGCCTG--CATG-----CTAG-TTAA-ATATGGCT-TGACC--TTTGGTA-----AAATA---------GG---TG-A--AGGACGGTATATCGAC----TGGGA-TTCTGATAAGTATTTAAAT-AAATTT-GTGGTCGATAAACACGTA----------AACAAACTGAG-C-T---AA-ACCAATCCCA-A-CGAATAATTGAA-TTT-TAATGCAA-TTATTATG-------------CTTA------CC-G-------TAA------A--------AAAATA-----AA-C-G-T---TAATTCAGGTAGACAAA---ATGGC----CAAAAT-TTG------------AA-CTAGCCGC---GGT--GC--GGTACA-GT--TAGTTTAG---------------CCGCAA-----CGTAG-------TTG-G----G-T-T---------TTAGA-TTTAT-TAC-CGAGTATGTGTAG--------ACGGTCTGGACT--GTGTTTCTGTA
gi|5 : aatggaacataaggtTGATTGGTA---AAGTCAGTTTTTAGGGTTGGTAAATTTGCATGTTCAGGT----------------------AT-A----CAGA-CGAG--ACT--A-TTT-TAA-GCAA-ATATCACG-------------CTTA------TCACAGAAATAC--------A--------ATATAA-----AT-CCATT---TA---CA--TAAA-AGCTATTTGCC----CAGAATATTACA-TAGTTAATTAA-CTAGCCATAAAAGT---T--AGC-C---A--TAATTT--------------------TAA-----TGGGT-------TTG-G----GAT-T---------TT----T---T-TACTTCAACATGTTTA-C--ATGGCACAATCTTGACT--GATTTTCTGTAATTTAATTCGCAAGGCATGGTTGAAAATGGAA
gi|6 : ACAAAA-TGACTTCTTTA---------AACAG--AATCCGA-AGGAG----AAATCGT--CAGG-----CTAG-TTTT-ATAGAG-T-GGATT--TTGGATA-----AAATA---------GG---TA-A--TGG-GTGTATGTCCACCAAATGACA-ATCTGATTGGTA---AAATCACATTT-GAGGTCAGCAAATATGCATGTTCACGT----AAA----G-A-T---TT-TT-TT---CA-A-CG-ATACTTTGA--TT-TATTACAA-CTGCCATG-------------CTTA------TT-T-------C--------A------------CA-----AT-CGATT---T-G--CA--TA-A-AAATATACGCC----CAGAATATTACA
gi|7 : aatgAAACA----TGGCTTGTTAA---------AAAAGGAAATCCAA-AGGAT----AGGTAAG--CAAG-----CTAG-TTTA-AAGGGG-T-GGGTT--T--GGAA-----AAAAT---------GC---TA-A--TGG-TTGTGTGTCTGCTAAGTGACC-ATTCGTTTGATG---AAATCAAATTT-TGAGTTAGTAAA-----ATTTTCACATTAACAAACTG-G-A-TTG-CA-TT-AA---GA-CTCAAATG------------AATACAA-CTATCATG-------------CTTc
gi|8 : aaaT-C-ATT---TA---TA--TATA-AAATATATGCC----TAGAATATTTCCTTAAAAAAATAAATTAAACAC--------AT----C-CC-AA--AAA---AG---------------CT-CAAAAAAACGTAG-------TTG-G----G-T-TGGTTTTTTTTT----T---TATAC-TAA--ATGCACAGC--A--GAAAACACTAGACT--GTGTTTCTGTAATTTAATTT---AGACATAATTGA
gi|9 : aaatacatgaatACAAGT-TGGTTTCTGTA---------AATAG--AATCCGA-AGGGA----AAGTCAG--CAAG-----CTAGTTTTA-ATAAGA-T-TGA-T--TTTGATA-----AAATA---------GA---TG-AG-AGG-TGGTATGTTCACTAAATGGCC-ATATAATT--TA---AAATCAGATTT-GAGGTCAGAAAAC