lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 1 11 3333333333 1 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 11111 1 111 999999999999999999999999 11 11
lowQualScore : 2 44 3 00 4 8 3 66 77 9999 4 4 4 1111111111 3 2 11111 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 00 1 11111 0 000 888888888888888888888888 00 6 44
lowQualScore : . .. . .. . . . .. .. .... . . . .......... . . ..... . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .. . ..... . ... ........................ .. . ..
lowQualScore : 2 00 7 00 4 9 3 11 44 4444 4 4 0 9999999999 7 6 66666 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 22 0 44444 8 222 333333333333333333333333 33 7 00
consensus : GAACTGGACAGTAATANGANGCGTGCTAT-A-AAC-TT-TAACCCAATT----TTCT-AAGT-ATAAAAA-GGGA------T-ATAATTCTA--NC-AAA-ATACGAGTAAAG-GTTATTGGAC-TT----T---CCATACG--TTTTTN-CTTTAATAC--TGAACACACCAATT--T------TTTC----A--ATTAAATCTCAA-TAGTATTT-TCNGAGA-T-TGAGCTTT-----CT---AAAA--CACTTTAACCN--AA--TTTCT-TA------GTAT-AA---N--TGGGGCA----ATA-ATTC-TGCCT------AAA---A---C------G------T---AG-----TTAT--CCCACTTGTGCCCC--------T------AA------TG----------A-AA------AC-A-C------TGTGAAG---TTTCATTGATG-T-AT--G--A--------T--A--GTA-GTT--ACTG--AGATATG---------AGCTTG-CTATAAAAC-TT--T---C---CG-AA-----TTT-TC-T-AA--GTA---TT-TAAA-A------GG-G---C-AN----A-ATTCTGCCTAAA--AT---CAAATCNG---AG--TTATCCCA----CTACT-TGTCCCT-TTGA--GTCCCTTTA---ATGGTAG----TGAAGACACG---ATGTG--ANGTT--TCATTGATGTACGACTAGTAGTTAC-TGAGATAG---GAGCATG-C-TAT--ACAT--AACTN-CAA---AAT-TTCC-AA-GTATANAAAGGG
Reference ( gi|2 ) : GAATTGGACAATAATAAGGGATATGCTAT-A-AAC-TC-TAACCCGATT----TTCT-AAGT-ATAAAAA-GGAA------T-ATAGTTTTA--TC-AAA-ATACGATTAAAG-GTTATTGGAC-TT----T---CCATACGAATTTTTA-CTTCAATAC--TTAACACACCAATTT-T------TTTC--TAA--ATTAAATCTCAA-TAATATTT-TTAGAGA-T-TGAGTTTT-----CT---AAAA--CACTTTAATTC--AA--TTTGT-TA------GTAT-AC---T--TGCGGCA----ATA-ACTC-TGCCT------AAA---A---C------G------T---AG-----TTAT--CCCACATGTAACTC--------T------AA------TA----------A-AA------AC-A-CT-----TGTAAAG---TCCCATTTATG-T-AT--A--A--------T--A--GCA-GTT--ACTG--AGATATG---------AGCCTG-CTATAAAAC-TT--T---C---TG-AA-----TCT-TC-T-AA--GTA---TTTTAAACA------GG-G---C-AA----A-ATTCTGCCTAAA--AT---CAAATCTA---AG--TTACCCCA----CTACT-TGTCCCT-TTTA--CTCCCTTTA---ATGCTTG----TAAAGACATA---ATGTA--AGGTT--TTAATGGTGCATGACTAGTAGTTAG-TAAGATAG---AAGCCTG-C-TAT--ACATG-GACTGTCAA---AATGTTCC-AA-GTATACAAAGGG
gi|5 : GAACTGAACAGTAATACAAAGTATACTTT-A-AAAGTT-TAGCCCAATT----TTCT-AAGT-ATAAAAA-GGGA------TAATA---CTA--AC-AAA-TTACAAATAAAG-GTTA-TGG-------------CC---------CTTG-TTCCAA-----CTAACATGCC--TTA-T------TTTC----A--ATTAAATC-CAATTTATATTT-T-------C-TGAGTTTT------TAAAAAAA--AAATTTAACCA--AA--TTTGTACA------AAAA-AA---T--TATAAAAGATTATA-ATTC-TGCCT------AAA---A---CA-----G------TCTAAG-----TTAT--CTCACCTGTGCCCC--------T------AATGGTAGTG----------G-AG------AC-AGC-------GCAATA---CTTCATTGATG-T-AC--G--------------------------ACTG--AGTTATA---------AGCATG-CAATAA
gi|7 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaGAACTGGACAATA-CAAAGGATG-GTAAA-A-AAC-TC-TAACCCAATT----TTTT-AAGT-ATGAAAATGGAA--------ATA-TCTGA--T--AAA-ATACAAGTAAAA-GTTAC--GAC-CCTAGAT---CC-TATGATTTTTTT-CTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATTA-A------TTAC----A--ATTAAATCTAAA-TAGTTTTT-TGAGAAAGG-TGAGCTTTAAAAAAA---AAAA--AACTTTAA-TCAAAA--TTTCT-TA------GCA---------------CA----ATA-----------------AGA---A---C-----------------AA-----TTATTATTCACCT-TGACCCCTTTGTGGT------AG------TG----------A-GC------AC-A----------TAACA---TTTCATTGATA-T-ATG-G--G--------T--A--ATA-ACT--ACAG--AGATATA---------AACATG-CTGAACAAC-TT--T---cat
gi|6 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcAACTGGAAAGTAATATGAGGTGTGCTAT-ATAAA-TA-TAATC--ATAAAAATACT-ATGT-ATAAAAA-GTGA------T-GGAATTCTACTTC-AAAGATATGA---AAC-----CTGAAC-CT----A---TCA---G---CTTTA-TTTTAATGC--TGAGCACACCAGTT------------CAATAACAATTAAATCCCAA-GAGTATTT-GCGAAAA-T-TGAG-GTT-----CT---AGGA--CACTTGAATa
gi|27 : tgtATTGGACGAC--TAAGATACATGCTGT-AGAAC-TC-TATCCCAATA----TTGT-AAGTAACAAAAA-aagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccattgataaattactagtagttaccgggatgtgagcatgctgtaaaacatcaaatatttaaagtattaaagggtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|1 : ctgtcagagaacagcatgttccaattttgtaaactcaccttcaaacagctAATATGGTGCATACCAC-A-AAAATC-TAACC--ACT----TTTT-AAGT-ACAAAAA-TGTA------A-ATAATTTTA--AC-AAA-ATATAAGTTAAG-GTAAT-GCAC-TT----TTTCCCA-GTGAGTTTTTT-CCTTAATAC--TGACCACATCAGTT-----------------------AAATATCAT-TAACA-------GAGA-TATGAGTTTT-----CT---AAAAATCAC----ATT-------TTT-T-TAAAAGAAGTAT-AA---T--AAGAACA----ATG-ATTC-TG--T------AAA---AAAAC------A------G---AG-----TTGT--CCCCCTTGTA-CTCA-------T------AA------TG----------G-AAGTGAAGAT-A-TT-----TGTGAAG---TTTAATTAATG-T-TT--G--AC-------T--A--GAA-ATT--ATTG--AAATATG---------AGCTTG-CAATGAAAC-TT-----------A-AA-----CC-------AA--GTA---TT--AAACA------GG-G---C-AT----A-ACTCCACCTAAC--AT---CAAATC-----AGTATTATTCC-------ACT-TGTCCCC-TGGA--GTCCATTTA---ATGGTAG----TAAACACACAAACATGTATGACGTC--CCATTGG----TAACTAGTACTTAC-TGAGATAG---AATCATG-A-TAT--A-AT---ATTTATAA---A--------AA-GTATAAAAAGGG
gi|13 : ATAAGA-ACATACTAT-A-AACCTT-TAACCCAATT----TTCTAAAGT-ATAAAAA-GCGATACAATT-ACAATTCTA--AC-AAA-AT-CAAACAAAG-ccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|9 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacagtacgacttgtggttactgagTGCTAA-A-AAC-TT-TAACCAACTT----TTCT-ATGT-ATAAAGG-GGGA--------ATACTTCTG--CCTAAA-AC-CGAACAGA--GTTATCATAC-TT----T---taaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|3 : gaaacagaagcttgttataaaacgaaaaacaaattttatgaatataaagagaggccataattgttccttaaatgaaaagccagttacgagcacatccagtgccggtaaaccgattgtgatgtttcattgatgtatgggtagaagttgctgagatataaactTACTATCA-AAC-TT-TAAACAATTT----TTAC-AAGT-ATAAAAA-GGGGC-----C-ATAATTATG--TC-AAA-A-ATTGTTACAGAGTTATTatagtagcgactttatgtgtcaagttgtattgatgtatggatagtagttactg
gi|17 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagctTAT-T-AAC-TTGTAACTAAATT----TTCT-AAGT-ATAAAAG-GGGC------C-ATAATTCTG--TC-TAA-A----AGTAAAA-GTccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|10 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaattaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttt-GGTA------T-ATAATTTTA--AT-AAA-ATG----TAA--------TGG--------------CACAC---TTTTTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTCAT------TTTC----A--ATTAAATCCCAA-TAGTATTT-TCTGAGG-TATGAGCTCT-----CA---AACA--CACTgaattacc
gi|4 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTAATTCTA--AC-AAA-ATACAATTA---------TG-ACATT----T-----ATAC----------CTTTAATAC--TGAA------AATTC-TATTAAATTTC--TAA---TTAAATCTCAT-TAGTACTT-TCTGCAA-T--GAGCTTT-----CT---AAAA--CACTTTAAACA--AA--TTTCT-AA------ATATAAA---A--AGGGACA----ATA-ATTC-AGTCT------AAA---A-----------------T---AG-----TAAT--CCCACTTGTGCCCC--------T------AA------TG----------A-AA------A-------------TAGAGACATTTCATTGGCG-T-GT--G--AC-------T--A--GAA-GTT--AGAGGTAGATGTA---------AGTTTT-CTGTAAAAC-TA--A---C---AT-AAGTT--TCT-TT-T-AA--AGACAGTTTTAA--A------GGTG---CTAT----C-ATGCTATATAAA--GT---CAAATACA---AG--TTA-----------ACG-TGTCCCT-GGGA--GTCGTCTTACAGATA-TTG------AAG--------ATGTG--ATATT--CCATTGACATATGACCAGTAGTTAA-GAGTATAAACTAAGAATG-C-AAG--CAACT-AACTG---A---AGT-TTCC-AA-GTATaaagaag
gi|8 : tA-TAGTAGTTACTGAAAA-A-TGAGTTTA-----CC---AAA---CAGTTAAAC-C--AAATTTTCT-TA------ATAT-AA---AA-TG-GGC------TA-ATTC-TACCT------AAA---T---C------A------T---AACAGATTTAT--TGCACTTGT---------------------------------------------------C-C-CT-----TG---AG---TCTCTTTAATGAT-AT--G--A--------T--GACGCATGTTTTATTG--ATATATGTGAGATTTGAACATT-CCTTAAAAC-TT--TAC-C---CA-AA-----T-T-TT-T-AA--GGA----GATAAACA------TG-C---C-AC----A-ATTCTGTTTAAT--AT---C
gi|3 : ttaatgctacaaaaaaatttaaataaaaagttggaatccccacttgtcccctggagtccctgttatagtaatgaaaacacatttgaagctgcattaatgtaagtAGTATTT-CCTGAGA-TGTAAGTTTG-----CT---A--------TTTAACCA--AA--TTTTC-TAC-----ATAT-AA---GAATGGGTCA----G---ATTCATGCCTTATGCCAAA---A---T------G------G---AG-----TAGC--CCGACATGTCCCCC--------C------A-------TA----------A-TG------GT-A---------GTGAAA-------ATACATG-T-AT--A--G--------T--A--GC----T--ACTG--ACATCTG---------AGCTTA-CTATCAAAC-TT--TAAAC------AA-----TTT-TTAC-AA--GTA------TAAAAA------GG-GGC-C-AT----A-ATTATGTCAAAA--AT---TG---TTACAGAG--TTATTCCA----CTA----GTATCT-TGAA--TCCCCTTTA-------TAG----TA-----GTG---ATGTA------------------CA--GCTGGTAGTTAT-TGATATAG---GAGCATG-CTTAA--ACAT
gi|9 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgGAGA-TATAAACTTG-----CT---AAAA---ACTTTAAC-C--AA--CTTTTCTAT-----GTAT-AA---A--GGGGG-A----ATA-CTTC-TGCCT------AAA---A---CCGAACAG----------AG-----TTAT------CAT---ACTT--------T-------A------TA----------G-TA------GCGA-CTTTATGTGTCAAG---TTGTATTGATG-T-ATG-G--A--------T--A--GTA-GTT--ACTG--ccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|11 : gaaacagaagcttgttataaaacgaaaaacaaattttatgaatataaagagaggccataattgttccttaaatgaaaagccagttacgagcacatccagtgccggtaaaccgattgtgatgtttcattgatgtatgggtagaagttgctA------GTAT-ACAGGG--TGGGGTA----ATA-ATTC-AGCTT------AAA---A---T------GGACACAT---GC-----TTAT--CTCACTTATCTTTC--------TGGGTCCAA------TATATGGGAGTTA-AG------AC-A-CG-----TGTGAAG---TGTAATTGATG-T-AC--A--C--------T--A--G----TT--ACTA--AGATAAG---------AGCTTG-GTA-AAAA------T---CAAACA-AA-----TAT-TC-T-GT--GCA---TA--AAAC-------GT-T---C-AAT---A-ACTCTGCCTAAA--AT---CATAACAG---AG--TTATC-------CTATT-TGTCTCC-TT
gi|22 : gattaaccaaataccccaGGTA----ATACATTC-TGCCT------AAAGTCA---A------G------TCAAAG-----TTAT--CCCACggat
gi|14 : tttctgagataggtatttgtaacatgtaatgGTACCTCCGA-----T------AG------TA----------AGAA------AC-A--------TGTGAAG---TTCCA---GTG-A-ATCAA--G--------TCAA--GTA-GTT--ACTA--AGAAATG---------AGATTG-CAGAAAAGC-TT-------------AA-----TTT-T---------TA---TATAAAAT-------GC-C---C-AT----A-ATTCTGCCTAAA--AT---CTAAACAG---AG--TTAtcccccctattgagtcggatcaatactagtgaatacatgtgaagtttcattgtcgtatttcta
gi|8 : gatgtccccttga--------T------AA------TG----------A-AA------AC-A-CA-----TTTGAAG---CTGCATTAATG-T-A---AGTA--------T--A--GTA-GTT--ACTG--AAAAATG---------AGTTTA-CCA-AACAG-TTAAA---C---CA-AA-----TTT-TC-T-TA--ATA------TAAAAT------GG-G---C--T----A-ATTCTACCTAAATCATAA-CAGATTTA-------TTGC----------ACT-TGTCCC--TTGA--GTCTCTTTA---ATGatcaacgtgaacgctggagtctcctgtatggtcgtgaacaccagcataaagtttcattgatgta
gi|19 : ttaatgctacaaaaaaatttaaataaaaagttggaatccccacttgtcccctggagtccctgttatag--------T------AA------TG----------A-AA------AC-A-CA-----TGTGAAG---TTTGATTGATG-T-AC--G--AC-------T--C--GTA-GTTA-ACTG--CAATATG---------AGCATGTTTATAACAT-TT--atatgatgacgcatgttttattgatatatgtgagatttgaacattccttaaaactttacccaaatttttaaggagataaacatgccacaattctgtttaatatc
gi|15 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatgg--------T------AAC-----TA----------C-AA------AC-A----------TGAAG---TTTCATTGATG-T-AT--AG-G--------T--A--GTG-GCT--ACCG--AGACATG---------AGC------ACAAA---------------TGTAA--------------AA--GTA---GTATAAA-A------AA-A---C-AACAT-A-ATTTTGCCTAAA--ATC--CAAAT-GG---AG--TTGTCTC-------GCT-TG-GCCT-TTGAGGTTCCC--TA---ATGattaccacattcctaagtttacttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|9 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtag----------A-AA------CC-G-AT-----TGTGATG---TTTCATTGATG-T-AT--G--GG-------T--A--GAA-GTT--GCTG--AGATATA---------AACTTG-CTA-AAAAC-TT--TAA-C---CA-AC-----TTT-TC-T-AT--GTA------TAAAGG------GG-G---A-AT----A-CTTCTGCCTAAA--AC---CGAA-CAG---AG--TTATCATA----C-------------TTTA---------TA---------G----TAGCGACTTT---ATGTGTCAAGTT--GTATTGATGTATGGATAGTAGTTAatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|3 : gaaacagaagcttgttataaaacgaaaaacaaattttatgaatataaagagaggccataattgttccttaaatgaaaagccagttacgagcacatccagtgccggt----------A-AC------AC-A-CA-----TGTGAAG---TTTCATAGCTG-T-AC--G--G--------TT-A--GTA-GTA--ACTT--AGATAAA---------AGTTTG-CTGTAAAAC-T-----------TG-AACAAATTTT-TC-C-AATTGTT---TTTTAA--G------GG-G---CTAT----A-ATTCTGTCTAAA--TT---CAActg
gi|29 : cctgtatcaagcg-----TGTTAAG---TTTCATTGAAA-T-AT--G--A--------C------TA-GTT--ACTG--AGATATG---------AGCTAG-CAATAAAAC-TT--T----------AA-----TCcacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|20 : CATTGGTA-T-AT--A--ACTGAAGTGT--A--GTA-GTA--ACCG--AGATGTA---------AGCGTG-TTGTAAAACATT--T---A---TC-AA-----AATATC-T-AA--GTA---Taattttttcatgtat
gi|17 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcatattaTTGATG-TTAT--G--AC-------T--A--GTA-GTT--ACTG--AGATAGA---------AGTCTT-TTAT-TAAC-TTG-TAA-C---TA-AA-----TTT-TC-T-AA--GTA------TAAAAG------GG-G---C-CAT---A-ATTCTGTCTAAA--AG---TAAAAGTG---AA--TTACC
gi|32 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaattaagattct--GCA-GTT--ACTG--AGATAAG---------AGCTTT-CTATAAAAC-TT--T---
gi|13 : tt-GTT--ACTG--AGATAAG---------AACATA-CTATAAACC-TT--TAA-C---CC-AA-----TTT-TC-TAAA--GTA------TAAAAA------GC-GATAC-AATTACA-ATTCTAAC-AAA--AT---CAAA-CAA---AG--Taaccaaaataaccgagtataa
gi|22 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacagtacgacttgtg-TT--T---C---TG-AG----------A-T-AG--GTA---TTTGTAACATGTAATGG-G---T-AAT---ACATTCTGCCTAAA--GT---CAAGTCAA---AG--TTATCCCA----CTCC----CCCCTATTGA--GTCGGATCA---ATACTAG----TGAATAC------ATGTG--AAGTT--TCATTGTCGTATaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|24 : -T-AA--AAA---CTTTAAA-ATT----GA-C---C-AC----A-ACTCTGACTAAA--AT---CAAAACAG---AG--TTATTATATTTGCTACT-TGTCCCC-TTGA--GTCCttcta
gi|5 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtaA---TTATAAA-A------GA-T---T-AT----A-ATTCTGCCTAAA--AC-----AGTCTA---AG--TTATCTCA----C--CTGTGCCCC---------------TA---ATGGTAG----TGGAGAC--A---GCGCA--ATACT--TCATTGATGTACGACTG--AGTTA--TAAGtgt
gi|11 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgagaactgaacagtaatacaaagtatactttaaaagtttagcccaattttctaagtataaaaagggataatactaacaaattacaaataaaggttatggcccttgttccaactaacatgccttattttcaattaaatccaatttatattttctgagtttttaaaaaaaaaatttaaccaaatttgtacaaaaaa------GG-G---T-AAT---A-ATTCAGCTTAAA--ATGGACACAT-------GC-TTATCTCA----CT----TATCTTT-CTGG--GTCC----A---ATATATGGGAGTTAAGACACG----TGTG--AAGTG--TAATTGATGTAC-ACTAGT---TAC-TAAGATAA---GAGCTTG-G-TAcatgcaataacat
gi|19 : gattaaccaaataccccaagtatacagggtgTTTT---ATGGTAA----TGAAAACACA----TGTG--AAGTT--TGATTGATGTACGACTCGTAGTTAACTGCAATAT---GAGCATGTT-TATA-ACATT-TATTACCAC---A---TTCCTAA-GTTTACaaaatcaaacaaatattctgtgcataaaacgttcaataactctgcctaaaatcataacagagttatcctatttgtctccttggat
gi|17 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgA---AT-TA--AGATTCTTTGATGTT--ATGACTAGTAGTTAC-TGAGATAG---AAGTCTT-T-TATTAACTTGTAACT----A---AATTTTCT-AA-GTATA-AAAGGGttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|6 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaTGATAAATTACTAGTAGTTAC-CGGGATGT---GAGCATG-C-TGT--AAA----AC-ATC-A---AATATTTA-AA-GTAT-TAAAGGGgccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|13 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccatGTACGACTTGTGGTTAC-TGAGATAA---GAACATA-C-TAT--A-----AACCTTTAACCCAATTTTCT-AAAGTATAAAAAGtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTGACCATTTGGACATTCTGAATATGAAAATAATAACAGTATTCAATTAAATCCTATTAGTACTTTCGACATATGAGATTTAATAAAAGCGATTTCTATGTATAAAAAAATGCAATCATTCAGCCTCAAACAGAGTTACCCTACTTGAGGCCCTATTGATAATGGAAACAGATGTACTGTTTCTTTGGTGCATGGCGTATAGTCTCTAAAATGTAAGCTCATTTGTTATAAAACAGTAACCA
Unaligned ( gi|16 ): AAACACGTTTACATGTATGTGACTGTAACTGATGTGTGACTAGTGTAACTGAGACAGGATCTTATAATAATACTTGGACAAAGTATAAAAGGAACCATGCTTATCCCTAAATCGAAATTAGGTTGCCCCAAAGTTCACTTTATGAAAGAGCATACACACATGAAGTTACGTTGATGAAGTATGTGAGCATGCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGAAAAAGGACAGAGTAATCATTTTTACATAAAACAAACATTGTGTAAGTTTCATTAATGTACAACTAGTATTTATTATAAAACTGGAGCCAAGTATAAAAGGGACCATAATTCACATCCCACGTGTCCCCATGAGTGCCTTTAATGGTAATGTTCACAAACAAACATTTCATTGATGTATGGGTA
Unaligned ( gi|21 ): CCAATTACAAGTTATCGGTAGTAAACAGATGTATGATGTACCACTGATGTATTAAAATTATCGAGATATTAACCAGAAAACAAGTTTGCCTAAATGTTTTAACGAAAAAGGACATGTATAAAAGGGCCATTACTCTGCCCAA
Unaligned ( gi|23 ): TTTATAAGAAACAAAAAGCTGTAAGAGAACAGCAGATTTGACTTTTTGAAGTTTGTGAAGATGGCTGACAACTGTACACAACAAAGCTTGCTCTAAAAATCTAATCCAATTTTCTATGT
Unaligned ( gi|25 ): AAACTATATATCATGGGAAGTGGTAACTGAAATATGAGCATGTCTAAGATCCAAATTGAGTTATCCCATTTGGCCCCTTTAGTCTCTTTTATGGTAGTAAATACACACACGAA
Unaligned ( gi|26 ): CATGGACCCTCAAGTCCCCTTTATGGTGGTGAATACAGACATGAAATTTCATTGATGAATGGGAAGTGATTACTGACCTTTTAGCATGCCTAAAACCTTAAACAAAAAAAG
Unaligned ( gi|28 ): ACACAATAATAATTATGAAATTCAATGCACAGTACGACTAGTGGTTACTGAGAACAAGCTTTAAATTTTTTACCAAATTT
Unaligned ( gi|30 ): TTTATCCCACTTGGCTACTTAAGTCTCTTTCATGACCGTCAATACACACATGGAATTTCATTGATGTCTGGGTAG
Unaligned ( gi|31 ): TGAGCTTGCTAAAAACCTTAAACTGAATTTTCTCTTTGAAAGGGGGTAATAATTTTGCCT
Unaligned ( gi|33 ): CCCTAAATCACCTTTGAGGTAGTAAACACATATATGGAATTTCATTGATGTATGG
Unaligned ( gi|34 ): ATTCAATGCACAGTATGACTTAGTGGCTATTGACATATGAACATGTTTTAA
Alignments
lowQualScore : 22 111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333 11 1111111111111 11111 111111111 33333333333333333 22222222 111111 44444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 444444444444 1111111 22222222222 111 33333333333333 1111 1 2222222222222 1111 5555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 6 1 9999 0 6 22 2 111 6 8888888 777 5 222222222222222222222222222222222222222222222 44 77 333333333333333333 1 777 6 4 66 3 4 4444444444444 1 11111 1 666666666 55 55 55555555555555555 4 33333333 4 4 4 000000 7777 77777777777777777777 555 555 777 44 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 1 1 1 111111111111111 1 22 55555 1 2 1 222222222222 7 77777 2 8888888 2 55 88888888888 2 0 2 4 444 1 77777777777777 0 0000 22 1 1 4 22 0 6666666666666 22 22 5 0 2 3 0000 3 333 9999999999999999999999999999999999999999999 5
lowQualScore : . . .... . . .. . ... . ....... ... . ............................................. .. .. .................. . ... . . .. . . ............. . ..... . ......... .. .. ................. . ........ . . . ...... .... .................... ... ... ... .. ................................................................... . . . . . ............... . .. ..... . . . ............ . ..... . ....... . .. ........... . . . . ... . .............. . .... .. . . . .. . ............. .. .. . . . . .... . ... ........................................... .
lowQualScore : 7 0 0000 7 7 55 8 777 7 3333333 999 0 999999999999999999999999999999999999999999999 66 99 444444444444444444 4 444 3 0 99 6 9 3333333333333 4 44444 9 888888888 00 44 22222222222222222 0 44444444 0 0 0 555555 7777 55555555555555555555 888 888 888 66 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 8 8 8 555555555555555 7 44 22222 7 0 7 222222222222 0 33333 1 7777777 4 66 66666666666 1 7 2 4 333 9 22222222222222 3 0000 88 9 0 3 66 6 8888888888888 88 88 3 9 7 1 2222 4 555 0000000000000000000000000000000000000000000 9
consensus : GAACTGGACAGTA-ATANGANGCGTACTATA-AAN-TCTAACCC--AATTTTCT-AAGTATAAAAAGGGA------TATAATTCTAA--CAAA-AT---AC-GAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATTA--TTTT--C---AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----CT---AAAAC--ACTTTAAC--------C-AAATTTC-T-------N-------A-GTAT-A---AN--NGG-G-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C---T--------A------A------TG------A-AA------AC--A--T-GTG-AAGTTTCATTG-AT-GT-AT-G-AC-------T--AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGCT----TG-CTATAAAAC-TT--T---C---CAAATTTTCT----AAG-TA--TT-T-AAA-A--GGG---C--AT---AATTC-TGCCTAAAAT-C-AAANCAGAGTTA-TCCCA----CTAC--TTGTCCCC-TTGAG--TCC-CTTTAATGGTAGTG--AANACACG--A-----CGTG--AAGTTTCATTGATGTACGACTAGTAGTT-ACTGAG-ATAN---GAGCATG-C-TAT-ACA--T-AA-CT-NCA---A---A-A---T-TT---C--C--AAGTATAAAAAGGG
Reference ( family-1613 ) : GAACTGGACAGTA-ATANGANGCGTGCTATA-AAC-TTTAACCC--AATTTTCT-AAGTATAAAAAGGGA------TATAATTCTAN--CAAA-AT---AC-GAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT---TTTT--C---AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----CT---AAAAC--ACTTTAAC--------C-NAATTTC-T-------T-------A-GTAT-A---AN--TGG-G-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C---T--------A------A------TG------A-AA------AC--AC-T-GTG-AAGTTTCATTG-AT-GT-AT-G-A--------T--AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGCT----TG-CTATAAAAC-TT--T---C---CGAATTTTCT----AAG-TA--TT-T-AAA-A--GGG---C--AN---AATTC-TGCCTAAAAT-C-AAATCNGAGTTA-TCCCA----CTAC--TTGTCCCT-TTGAG--TCC-CTTTAATGGTAGTG--AAGACACG--A-----TGTG--ANGTTTCATTGATGTACGACTAGTAGTT-ACTGAG-ATAG---GAGCATG-C-TAT-ACA--T-AA-CT-NCA---A---A-A---T-TT---C--C--AAGTATANAAAGGG
gi|1 : A-ATATGGTGCATACCACA-AAAATCTAACC----ACTTTTT-AAGTACAAAAATGTA------AATAATTTTAA--CAAA-AT---AT-AAGTTAAGGTAAT-GCAC-TT----TTTCCCAGTGAG--TTTTTTCCTTAATAC--TGACCACA------------T--C---AGTTAAATATCAT--TAA------CAGAGA-TATGA-GTTT--T-----CT---AAAA---------AT--------C-ACATTTT-T-------TTAAAAGAA-GTAT-A---AT--AAG-A-ACAATGATTC-TG--T------AAA----AAAAC-A------G---A---GTT---GT---CCC-C-CTTG--T--------ACTC-A---T--------A------A------TG------G-AAGTGAAGAT--AT-TTGTG-AAGTTTAATTA-AT-GT-TT-G-AC-------T--AGAAATT-ATTG--AAATATGAGCT----TG-CAATGAAAC-TT-----------AAA----CC----AAG-TA--TT-A-AAC-A--GGG---C--AT---AACTC-CACCTAACAT-C-AAATCAGTATTA-TTCC-------AC--TTGTCCCC-TGGAG--TCC-ATTTAATGGTAGTA--AACACACA--AACATGTATG--ACGTCCCATTG--GTA--ACTAGTACTT-ACTGAG-ATAG---AATCATG-A-TAT-A-A--T-AT-TT-ATA---A---A------------------AAGTATAAAAAGGG
gi|10 : GGTA------TATAATTTTAA--TAAA-AT--------GTAA-------TGG--------------CA-CACT--TTTTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTCA-TTTT--C---AATTAAATCCCAA--TAGTATTTTCTGAGG-TATGA-GCTC--T-----CA---AACAC--ACTccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|11 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTTAAC--------C-AAATACC-C-------C-------AAGTAT-ACAGGG--TGG-G-GTAATAATTC-AGCTT------AAA----A---T-GGACACAT---G---CTT---AT---CTC-A-CTTA--TCTTTCTGGGTCC-AA--T--------AT-----A------TGGGAGTTA-AG------AC--ACGT-GTG-AAGTGTAATTG-AT-GT-AC---------------ACTAGTT-ACTA--AGATAAGAGCT----TG-GTA-AAAA------T---CAAACAAATATTCT----GTG-CA--T----AAA-A--CGT---TCAAT---AACTC-TGCCTAAAAT-C-ATAACAGAGTTA-TC-------CTAT--TTGTCTCC-TTGaaagaag
gi|12 : gaTT--C---AATTAAATCCTAT--TAGTACTTTC-GACA-TATGA-GATT--T------------AAT--A----AAA--------G-CGATTTC-T-------A-------T-GTAT-A---AA--AAA-ATGCAATCATTC-AGCCT------CAA----A---C-A------G---A---GTT---AC---CCT-A-CTTG--A--------GGCC-C---T--------ATTGATAA------TG------G-AA------AC--AGAT-GTA-CTGTTTCTTTG-GT-GC-AT-G-GCG------T--A-TAGTC-TCTA--AAATGTAAGCTCATTTG-TTATAAAAC-gat
gi|13 : gtgaccatttggacattctgaatatgaaaataataacagtaGTACGACTTGTGGTT-ACTGAG-ATAA---GAACATA-C-TAT-A------AACCT-TTA---ACCCA-A---T-TT---T--CTAAAGTATAAAAAGagtaacca
gi|13 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcaca-ATAAGAA-CATACTATA-AACCTTTAACCC--AATTTTCTAAAGTATAAAAAGCGATACAATTACAATTCTAA--CAAA-ATCAAACAAAGTAAATTTTATGGTAT-TTA---T---CCcgatacaattacaattctaacaaaatcaaacaaagtaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|14 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacagtacgacttgtggttactgagT---GT---CCC---CTTGAGT--------ACCT-CCGAT--------A------G------TA------AGAA------AC--A--T-GTG-AAGTTCCAGTG-A-----AT-C-AAG------TCAAGTAGTT-ACTA--AGAAATGAGAT----TG-CAGAAAAGC-TT------------AATTTT----------TA--TA-T-AAA-A--TGC---CC-AT---AATTC-TGCCTAAAAT-C-TAAACAGAGTTAATC--A------AC--GTGAACGC-TGGAG--TCT-CCTGTATGGTCGTG--AACAC-CA--G-----CATA--AAGTTTCATTGATGTAtcggtgtcagtt
gi|15 : gaTTA-TCC-A------AT--TTGTCCCT-C-GGG--TTC-CATTCATGGTAGTA--ACTACA-A--A-----CATG--AAGTTTCATTGATGTATAGGTAGTGGCT-ACCGAG-ACAT---GAG------------CA--C-AA-AT-GTA---A---A-A---G-T-----------AGTATAAAAA
gi|15 : -AA------AC--A-----TG-AAGTTTCATTG-AT-GT-ATAG-G--------T--AGTGGCT-ACCG--AGACATGAGC----------ACAAA---TG--T---------AA----------AAG-TA--GTAT-AAA-A--AAA---C--AACATAATTT-TGCCTAAAATCC-AAAT-GGAGTTG-TCTC-------GC--TTG-GCCT-TTGAGGTTCC-C--TAATGATAGGG--ATCACTCGCAA-----TGTG--aacaacataattttgcctaaaatccaaatggagttgtctcgcttggcctttgaggttccctaatgatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|16 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtagtaactacACATGT-A-----TGTG--AC-TGTAACTGATGTGTGACTAGT-GTA-ACTGAG-ACAG---GATC----T-TAT-A-A--T-AA--T-AC----------------TTGGAC--A--AAGTATA-AAAGGtat
gi|16 : aaacacgtttACTG-AT-GT-GT-G-AC-------T--AGT-GTA-ACTG--AGACAGGATCT----TA-TAATAATAC-TT-----------GGA----CA----AAG-TA-----T-AAA-A--GGAAC-C--AT---GCTTA-TCCCT-AAAT-CGAAATTAG-GTTG-CCCCA---------------------AAG--TTCACTTT-ATGAAAGAG--CATACAC---A-----CATG--AAGTTACGTTGATGaaccatgcttatccctaaatcgaaattaggttgccccaaagttcactttatgaaagagcatacacacatgaagttacgttgatgaagtatgtgagcatgcata
gi|17 : aaacacgtttacatgtatgtgactgtaGAG--TCC-CTTTAATAGTAGTT--AACACACaagtatgtgagcatgcata
gi|17 : ctccta-AAGATTCTTTG-AT-GTTAT-G-AC-------T--AGTAGTT-ACTG--AGATAGAAGTC----TT-TTATTAA-C-TTG-TAA-C---TAAATTTTCT----AAG-TA-----T-AAA-A--GGGGC-C--AT---AATTC-TGTCTAAAAG-T-AAAAGTGAATTA-CCacattaagattagaggataataatatactcaaattaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttttattaacttgtaactaaattttctaagtataaaaggggccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|18 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaatt-AA------AC--AT-T-GTGTAAGTTTCATTA-AT-GT-AC-A-AC-------T--AGTATTT-A-----------------------TTATAAAAC-T------------GGA---GCC----AAG-TA-----T-AAA-A--GGGAC-C--AT---AATTC--AC---------------------A-TCCC-------AC--GTGTCCCC-ATGAG--TGC-CTTTAATGGTAATGTTCACAAACA--A-----------ACATTTCATTGATGTATG
gi|19 : tgaaaaaggacagagtaatcatttttacataaaacGAGTTA-TC--------TACAGTTTTCC---TCGAG--TTC-GTTTTATGGTAATG--AAAACAC---A-----TGTG--AAGTTTGATTGATGTACGACTCGTAGTTAACTGCA-ATAT---GAGCATGTT-TATAACAT-T-TA-TT-ACC---A---C-A---T-TC---C--T--AAGTTTAggta
gi|19 : g---T--------A------A------TG------A-AA------AC--ACAT-GTG-AAGTTTGATTG-AT-GT-AC-G-AC-------T--CGTAGTTAACTG--CAATATGAGCA----TGTTTATAACAT-TTA-TTA-C---CACA-TTCCT----AAG-----TT-T-A------------C---------TTT-TGCCAATCAT-C-AAAATAGAGGCA-TCCCA----CTcttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|2 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatggGAATTGGACAATA-ATAAGGGATATGCTATA-AAC-TCTAACCC--GATTTTCT-AAGTATAAAAAGGAA------TATAGTTTTAT--CAAA-AT---AC-GATTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACGAATTTTTACTTCAATAC--TTAACACACCAATT---TTTT--TCTAAATTAAATCTCAA--TAATATTTTTAGAGA-T-TGA-GTTT--T-----CT---AAAAC--ACTTTAAT--------T-CAATTTG-T-------T-------A-GTAT-A---CT--TGC-G-GCAATAACTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CATG--T--------AACT-C---T--------A------A------TA------A-AA------AC--AC-TTGTA-AAGTCCCATTT-AT-GT-AT-A-A--------T--AGCAGTT-ACTG--AGATATGAGCC----TG-CTATAAAAC-TT--T---C---TGAATCTTCT----AAG-TA--TT-TTAAACA--GGG---C--AA---AATTC-TGCCTAAAAT-C-AAATCTAAGTTA-CCCCA----CTAC--TTGTCCCT-TTTAC--TCC-CTTTAATGCTTGTA--AAGACATA--A-----TGTA--AGGTTTTAATGGTGCATGACTAGTAGTT-AGTAAG-ATAG---AAGCCTG-C-TAT-ACA--TGGA-CTGTCA---A---A-A---TGTT---C--C--AAGTATACAAAGGGtg
gi|20 : TTACATTG-GT-AT-AT-A-ACTGAAGTGT--AGTAGTA-ACCG--AGATGTAAGCG----TG-TTGTAAAACATT--TA--T---CAAAATATCT----AAG-TA--T
gi|22 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcataATTC-TGCCTAAAGT-C-AAGTCAAAGTTA-TCCCA----CTCC-----CCCCTATTGAG--TCG-GATCAATACTAGTG--AATAC-----A-----TGTG--AAGTTTCATTGTCGTA
gi|24 : tttctgagataggtatttgtaacatgtaatgggtaatac--TT-T-AAA-ATTGAC---C--AC---AACTC-TGACTAAAAT-C-AAAACAGAGTTA-TTATATTTGCTAC--TTGTCCCC-TTGAG--TCC-tttcta
gi|25 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtataaaaac-TGTCTAAGAT-CCAAAT-TGAGTTA-TCCCA----TT----TGGCCCCT-TT-AG--TCT-CTTTTATGGTAGTA--AATACACtgt
gi|26 : aaactatatatcatgggaagtggtaactgaaatatgagcaCCC-TCAAG--TCC-CCTTTATGGTGGTG--AATACA-G--A-----CATG--AAATTTCATTGATGAATGGGAAGTGATT-ACTGAacacgaa
gi|26 : catgga--------A------A------TA------C-AG------AC--A-----TG-AAATTTCATTG-AT-GA-AT-G-G--------GA-AGTGATT-ACTG--ACCTTTTAGCA----TG-CC-TAAAAC-CT--T---ccttttagcatgcctaaaaccttaaacaaaaaaag
gi|28 : catggaccctcaagtcccctttatggtggtg--AT-T-ATG-AAATT-CAATGCACAGT-AC-G-AC-------T--AGTGGTT-ACTG--AGA-ACAAGCT----T-----TAAATT-TT--TTA-C---CAAATTTaaacaaaaaaag
gi|28 : acacaataataGTACGACTAGTGGTT-ACTGAG-A
gi|29 : acacaataataattatgaaattcaatgcaca-T-GTT-AAGTTTCATTG-AA-AT-AT-G-A--------C----TAGTT-ACTG--AGATATGAGCT----AG-CAATAAAAC-TT--TAA-T---CAATTTTTTC----ATG-TA--Tacaagctttaaattttttaccaaattt
gi|3 : AGCG--AACACAC---A-----TGTG--AAGTTTCATAGCTGTACGGTTAGTAGTA-ACTTAG-ATAA---AAGTTTG-C-TGT-A-A----AA-CT-TGA---AC--A-AATTT-TT---C--C--AA
gi|3 : cctgtatcaTTAG--TAGTAACTT---AGA-T-AAAAGTTT--G-----CT---GTAAA--ACTTGAACAAATTTTTC-CAATTGT-T-------T----------TTT-A---A----GG-G-GCTATAATTC-TGTCT------AAATTCAA---C-A------C---AAGAGTG---AT---CTC-A---TG--T--------GTCCTC---T----------------------TG------A-GA------A------T-GTG-AA------TTG-AT-GT-AT-G-A--------CG-AGTATTT-CCTG--AGATGTAAGTT----TG-CTATTTAA----------C---CAAATTTTCT----ACA-TA--TA-A-GAA-T--GGG---T--CA---GATTCATGCCTTATGC-C-AAAATGGAG-TA-GCCCG------AC--ATGTCC-----------CC-CCATAATGGTAGTG--AAAATAC--------------------------ATGTA----TAGTAGCT-ACTGAC-ATCT---GAGCTTA-C-TAT--CA----AA-CT-TTA---AAC-A-A---T-TT---TTAC--AAGTATAAAAAGGGttgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|3 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggAGTATTTCCTGAGA-TGTAA-GTTT--G-----CT---A--------TTTAAC--------C-AAATTTT-C-------T-------ACATAT-A---AGAATGG-G-TCAG--ATTCATGCCTTATGCCAAA----A---T-G------G---A---GTA---GC---CCG-A-CATG--T--------CCCC-CCA-T--------A------A------TG------G-TA---------------GTG-AAA---------AT-AC-AT-GTA--------T--AGTAGCT-ACTG--ACATCTGAGCT----TA-CTATCAAAC-TT--TAA-A---CAATTTTTAC----AAG-TA---T-A-AAA-A--GGGGC-C--AT---AATTA-TGTCAAAAAT-T-GTTACAGAGTTA-TTCCA----CTA-----GTATC--TTGAA--TCC-CCTTTATAGTAG-----------------------------------TGATGTACAGCTGGTAGTT-ATTGAT-ATAG---GAGCATG-CTTAA-ACA--T-gccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|30 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgTTA-TCCCA----CT-----TGGCTAC-TTAAG--TCT-CTTTCATGACCGTC--AATACAC---A-----CATG--GAATTTCATTGATGTccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|31 : tTGAGCT----TG-CTA-AAAAC-CT--TAAAC---TGAATTTTC---------TC--TT-T-GAA-A--GGGGGTA--AT---AATTT-TGCCTctgggtag
gi|32 : GCAGTT-ACTG--AGATAAGAGCT----TT-CTATAAAAC-TT--TAA-C---CAAAATAACC----GAG-TA--T
gi|33 : ttC-CTTTGA-GGTAGTA--AACACAT---A-----TATG--GAATTTCATTGATGTATGaa
gi|4 : ccctaaatcaTAATTCTAA--CAAA-AT---AC-AA-------TTAT--GACATT----T-----A-TAC---------CTTTAATAC--TGAAAATTCTA-TTAAATTTC--T---AATTAAATCTCAT--TAGTACTTTCTGCAA-T--GA-GCTT--T-----CT---AAAAC--ACTTTAAA--------C-AAATTTC-T-------A-------A-ATATAA---AA--AGG-G-ACAATAATTC-AGTCT------AAA----A------------T---A---GTA---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C---T--------A------A------TG------A-AA------AT--A----GAG-ACATTTCATTG-GC-GT-GT-G-AC-------T--AGAAGTT-AGAGGTAGATGTAAGTT----TT-CTGTAAAAC-TA--A---C---ATAAGTTTCTTTTAAAGACAGTTT-T-AAA-G--GTG---CT-AT---CATGC-TATATAAAGT-C-AAATACAAGTTA------------AC--GTGTCCCT-GGGAG--TCG-TCTTACAGATATTG--AA-----G--A-----TGTG--ATATTCCATTGACATATGACCAGTAGTT-AA-GAGTATAAACTAAGAATG-C--AA-GCAACT-AA-CT-G-----A---A-G---T-TT---C--C--AAGTATg
gi|5 : tGAACTGAACAGTA-ATACAAAGTATACTTTA-AAAGTTTAGCCC--AATTTTCT-AAGTATAAAAAGGG--------ATAATACTAA--CAAA-TT---AC-AAATAAAGGTTA-TGGCC-CT----T----------G--TTCCAACT-----------AACATGCC--TTA--TTTT--C---AATTAAATC-CAATTTA-TATTTTCTGAG----------TT--T-----TTAAAAAAAA--AATTTAAC--------C-AAATTTG-TACAAAAAA-------A-TTAT-A---AA----A-G-ATTATAATTC-TGCCT------AAA----A---CAG------TCTAA---GTT---AT---CTC-A-CCTG--T--------GCCC-C---T--------A------ATGGTAGTG------G-AG------AC--AG-C-GCA-ATACTTCATTG-AT-GT-AC-G---------------------ACTG--AGTTATAAGCA----TG-CAATAA
gi|6 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaAACTGGAAAGTA-ATATGAGGTGTGCTATATAAA-TATAATCATAAAAATACT-ATGTATAAAAAGTGA------TGGAATTCTACTTCAAAGAT---AT-GA---AAC----CTGAAC-----------CTA-T-CA--GCTTTATTTTAATGC--TGAGCACACCAGTT---CAATAAC---AATTAAATCCCAA--GAGTATTTGCGAAAA-T-TGA-G-GT--T-----CT---AGGAC--ACTTGAAcat
gi|6 : tgtTAATTGTAGTG--GCGACA-G--C-----TGTT--CCATTCCATTGATAAATTACTAGTAGTT-ACCGGG-ATGT---GAGCATG-C-TGT-A-A----AA-CA-TCA---A---ATA---T-TT------A--AAGTAT-TAAAGGGtaagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccattgataaattactagtagttaccgggatgtgagcatgctgtaaaacatcaaatatttaaagtattaaagggtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|6 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacaTTCCATTG-AT-AA-AT-T-AC-------T--AGTAGTT-ACCG--GGATGTGAGCA----TG-CTGTAAAAC-AT----------CAAATATTTA----AAG-TA--TT----AA-A--GGGT--C--AT---TATGC-TGCCTTAAGT----------AGTT--TC---------AT--TTGTCCCC-ATGAG--TTC-CTtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|7 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccaGAACTGGACAATACAAAGGATG-GTA--AAA-AAC-TCTAACCC--AATTTTTT-AAGTATGAAAATGGA------AATA--TCTGA--TAAA-AT---AC-AAGTAAAAGTTAC--GAC-CCTAGAT---CC--TATGATTTTTTTCTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATTA--ATTA--C---AATTAAATCTAAA--TAGTTTTTTGAGAAAGG-TGA-GCTT--TAAAAAAA---AAAAA--ACTTTAAT--------CAAAATTTC-T-------T-------A-GCAC-A---AT--AAG-A-ACAATTATTA-TTC---------------A---C-C------T--------TG---AC---CCC---TTTG--T--------G----G---T--------A------G------TG------A-GC------AC--A-----TA-ACATTTCATTG-AT-AT-ATGG-G--------T--AATAACT-ACAG--AGATATAAACA----TG-CTGAACAAC-TT--T---gtt
gi|8 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcT------AAA----A----------------A---GTTGGAAT---CCCCA-CTTG--TCCCCTGGAGTCC-C---TGTTATAGTA------A------TG------A-AA------AC--ACAT-TTG-AAGCTGCATTA-AT-GT-AA-GTA--------T--AGTAGTT-ACTG--AAAAATGAGTT----TA-CCA-AACAG-TTAAA---C---CAAATTTTCT----TAA-TA-----T-AAA-AT-GGG---C---T---AATTC-TACCT-AAAT-C-ATAACAGATTTA-TTGC-------AC--TTGTCCC--TTGAG--TCT-CTTTAATGATA-TG--ATGACGC---------------ATGTTTTATTGATATATG-------------TGAG-ATTT---GAACATT-C-CTT-A-A----AA-CT-TTACCCA---A-A---T-TT---T--T--AAGGAGATAAAa
gi|9 : ttaatgctacaaaaaaatttaaaA-GCTTGTT-----AT---AAAACGAA----AAA--------C-AAATTTTAT-------G-------A-ATAT-A---AA--GAGAG-GCCATAATTG-TTCCT------TAA----A---T-GAAAAGCC---A---GTT---ACGAGCAC-ATCCAG--T--------GCCG-G---T--------A------A------------------------ACCGAT-T-GTG-ATGTTTCATTG-AT-GT-AT-G-GG-------T--AGAAGTT-GCTG--AGATATAAACT----TG-CTA-AAAAC-TT--TAA-C---CAACTTTTCT----ATG-TA--T----AAA-G--GGG---G--AAT--ACTTC-TGCCTAAAAC-C-GAA-CAGAGTTA-TCATA----CT----TT-----------------------ATAGTAGC-----GACTTT--A-----TGTGTCAAGTTGTATTGATGTATGGATAGTAGTT-ACTGcatgccacaattctgtttaatatc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CCAATTACAAGTTATCGGTAGTAAACAGATGTATGATGTACCACTGATGTATTAAAATTATCGAGATATTAACCAGAAAACAAGTTTGCCTAAATGTTTTAACGAAAAAGGACATGTATAAAAGGGCCATTACTCTGCCCAA
Unaligned ( gi|23 ): TTTATAAGAAACAAAAAGCTGTAAGAGAACAGCAGATTTGACTTTTTGAAGTTTGTGAAGATGGCTGACAACTGTACACAACAAAGCTTGCTCTAAAAATCTAATCCAATTTTCTATGT
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCAGAGAACAGCATGTTCCAATTTTGTAAACTCACCTTCAAACAGCTATTGGACGACTAAGATACATGCTGTAGAACTCTATCCCAATATTGTAAGTAACAAAAA
Unaligned ( gi|34 ): ATTCAATGCACAGTATGACTTAGTGGCTATTGACATATGAACATGTTTTAA
Alignments
lowQualScore : 22 111 7777777777777777777777777777777777777 11111111 111 1111111111 222222222222 22222222222222222 11111111111111 44444444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333 1111 222222222222222 33333333333333 2222222222 1111 3333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 6 6 7 1 88 6 11 111 1 1 0 77 5 2 9999999999999999999999999999999999999 44 66 77777777 0 66 1 1 55 6 999 3 3 0000000000 555555555555 1 999 3 00000000000000000 66666666666666 666 3 999999 7777 77777777777777777777 555 555 777 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 0 1 1 1 3 5555555 0 1 22 66666 1 11 888888888 4444 2 55555 8888 444444444444444 55 2 2 0 2 77 55555555555555 1 4444 22 1 1 1 4 4 6666666666 0 0 0000 3 3 7777 0 3 9999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : . . . . .. . .. ... . . . .. . . ..................................... .. .. ........ . .. . . .. . ... . . .......... ............ . ... . ................. .............. ... . ...... .... .................... ... ... ... .. .................................................................. . .. . . . . . ....... . . .. ..... . .. ......... .... . ..... .... ............... .. . . . . .. .............. . .... .. . . . . . .......... . . .... . . .... . . ........................................
lowQualScore : 4 7 5 0 55 7 00 777 0 4 1 99 7 7 9999999999999999999999999999999999999 66 99 11111111 5 99 4 3 55 3 222 3 7 8888888888 333333333333 2 999 6 22222222222222222 55555555555555 222 6 666666 7777 55555555555555555555 888 888 888 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 66 1 9 7 7 5 4444444 8 6 22 88888 6 88 666666666 9999 0 00000 0000 111111111111111 33 2 1 2 1 99 77777777777777 3 3333 66 9 9 0 3 2 2222222222 6 4 2222 3 6 4444 1 6 5555555555555555555555555555555555555555
consensus : GAACTGGACAGTA-ATACGANGCGTGCTATA-AAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAAT--AGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-TAAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-T---T--C-TA-------AGTAT-----A---ANA--GG-G-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GTG-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAAAC-TT--T--C---CAAATT--TTCT-A-----AGTA-TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATC-AAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATTGATGTATGGCTAGTAGTT-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
Reference ( family-1613 ) : GAACTGGACAGTA-ATANGANGCGTACTATA-AAN-TCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAAT--AGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-TAAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-T---T--C-TN-------AGTAT-----A---ANN--GG-G-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GTG-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAAAC-TT--T--C---CAAATT--TTCT-A-----AGTA-TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATC-AAA-NCAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAANACACG--A-----CGTGAAGTTTCATTGATGTACGACTAGTAGTT-ACTGAG-ATA---NGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
gi|1 : A-ATATGGTGCATACCACA-AAAATCTAACC----ACTTTTTAAGTACAAAAATGTAAATAATTTTAA--CAAA-ATATAAGTTAAGGTAAT-GCAC-TT----TTTCCCAGTGAG--TTTTTTCCTTAATAC--TGACCACA------------TC--AGTTAAATATCATT--AA------CAGAGA-TATGA-GTTT--T-----C-TAAAAATC--ACATTTTTTTAA---AAG------------A-------AGTAT-----A---ATA--AG-A-ACAATGATTC-TG--T------AAA----AAAAC-A------G---A---GTT---GT---CCC-C-CTTG--T--------ACTC-A------T--------A-A------TG------G-AAGTGAAGAT--A--TTTGTG-AAGT--TTAATTA-AT-GT-TTGAC-T-------AGAAATT-ATTG--AAATATGAGC----TTG-CAATGAAAC-TT----------AAA------CC-A-----AGTA-TTAAAC-A--G-GG-------C--ATA-ACTC-CACCTAACATC-AAA-TCAGTATTATTCC-------AC--TTGTCCCC--TGGAG--TC-C-ATTTAATGGTAGTAAACACACA--AACATGTATGACGTCCCATTG--GTA--ACTAGTACTT-ACTGAG-ATA---GAATCATG-A-TAT-A-A--T-ATTT-ATA---A--A-------------AAGTATAAAAAGGG
gi|10 : GGTATATAATTTTAA--TAAA-AT----GTAA-------TGG--------------CA-CACT--TTTTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTC-ATTTTC--AATTAAATCCCAAT--AGTATTTTCTGAGG-TATGA-GCTC--T-----C-AAACA--C--AC-----Tccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|11 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTTAACC-AAATAC---C--C-CA-------AGTAT-----ACAGGGT--GG-G-GTAATAATTC-AGCTT------AAA----A---T-GGACACAT---G---CTT---AT---CTC-A-CTTA--TCTTTCTGGGTCC-AA-----T--------ATA------TGGGAGTTA-AG------AC--ACGT--GTG-AAGT--GTAATTG-AT-GT-AC-AC-T-------AGT---T-ACTA--AGATAAGAGC----TTG-GTA-AAAA------T--CAAACAAATA--TTCT-G-----TGCA-T--AAA-A--C-GT-------TCAATA-ACTC-TGCCTAAAATC-ATA-ACAGAGTTATC-------CTAT--TTGTCTCC--TTGaaagaag
gi|12 : gaAATA---TGAAAATAATAACA--GTATTC--AATTAAATCCTATT--AGTACTTTC-GACA-TATGA-GATT--T-----AATAAAA----------------GC---GAT-T---T--C-TA-------TGTAT-----A---AAA--AA-ATGCAATCATTC-AGCCT------CAA----A---C-A------G---A---GTT---AC---CCT-A-CTTG--A--------GGCC-CTATTGAT--------A-A------TG------G-AA------ACAGA--T--GTA-CTGT--TTCTTTG-GT-GC-ATGGCGT-------A-TAGTC-TCTA--AAATGTAAGCTCATTTG-TTATAAAAC-gat
gi|13 : gtgaccatttggacattctg-GT-ACGAC-T-------TGTGGTT-ACTG--AGATAAGAAC----ATA-CTATAAACC-TT--TAAC---CCAATT--TTCTAA-----AGTA--TAAAA-A--G-CGATACAATT--ACA-ATTC-TAAC-AAAATC-AAA--CAAAGTagtaacca
gi|14 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacaT---GT---CCC---CTTGAGT--------ACCT-CCGA---T--------A-G------TA------AGAA------AC--A--T--GTG-AAGT--TCCAGTG-AA-TC-AAGTC-A-------AGTAGTT-ACTA--AGAAATGAGA----TTG-CAGAAAAGC-TT-----------AATT--TT-----------TA-TATAAA-AT-G-CC-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATC-TAA-ACAGAGTTA-ATCA------AC--GTGAACGC--TGGAG--TC-T-CCTGTATGGTCGTGAACAC-CA--G-----CATAAAGTTTCATTGATGTAaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|15 : gaTTATCC-A------AT--TTGTCCC---TCGGG--TT-C-CATTCATGGTAGTAACTACA-A--A-----CATGAAGTTTCATTGATGTATAGGTAGTGGCT-ACCGAG-ACA---TGAG------------CA--C-AAAT-GTA---A--A-A---G-T------AGTATAAAAA
gi|15 : -AA------AC--A--T--G---AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATAGG-T-------AGTGGCT-ACCG--AGACATGAGC----------ACAAA---TG--T--A---AAAGT--------------AGTA-TAAAAA-A--ACAA-------C--ATA-ATTT-TGCCTAAAATC-CAA-ATGGAGTTGTCTC-------GC--TTG-GCCT--TTGAGGTTC-C-C--TAATGATAGGGATCACTCGCAA-----TGTGaacaacataattttgcctaaaatccaaatggagttgtctcgcttggcctttgaggttccctaatgatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|16 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtagtaactac--A--T--GTG-AC-T--GTAACTG-AT-GT-GTGAC-T-------AGT-GTA-ACTG--AGACAGGATC----TTA-TAATAATAC-TT----------GGA------CA-A-----AGTA---TAAA-A--G-GAAC-----C--ATG-CTTA-TCCCT-AAATCGAAA-TTAG-GTTGCCCCA----------------------AAG--TT-CACTTT-ATGAAAGAGCATACAC---A-----CATGAAGTTACGTTGATGtat
gi|17 : aaacacgtttacatgtCTCC--TAGAG--TC-C-CTTTAATAGTAGTTAACACAC---A-----CATTAAGATTaagtatgtgagcatgcata
gi|17 : -AAGA--TTCTTTG-AT-GTTATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATAGAAGT----CTT-TTATTAA-C-TTG-TAAC---TAAATT--TTCT-A-----AGTA---TAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTC-TGTCTAAAAGT-AAA-AGTGAATTACCagaggataataatatactcaaattaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttttattaacttgtaactaaattttctaagtataaaaggggccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|18 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaatt-AA------AC--A--TT-GTGTAAGT--TTCATTA-AT-GT-ACAAC-T-------AGTATTT-ATT-----------------------ATAAAAC-TG----------GAG------CC-A-----AGTA-T--AAA-A--G-GGAC-----C--ATA-ATTC-----------------ACA------TCCCA----CG-----TGTCCCC--ATGAG--TG-C-CTTTAATGGTAATGTTCACA-A--A-----CA-AACATTTCATTGATGTATG
gi|19 : tgaaaaaggacagagtaatcatttttacataaaacGAGTTATC--------TACAGTTTTCCTC----GAG--TT-C-GTTTTATGGTAATGAAAACAC---A-----TGTGAAGTTTGATTGATGTACGACTCGTAGTTAACTGCA-ATA---TGAGCATGTT-TATAACAT-T-TATT-ACC---A--C-A---T-TCC--TAAGTTTAggta
gi|19 : g------T--------A-A------TG------A-AA------AC--ACAT--GTG-AAGT--TTGATTG-AT-GT-ACGAC-T-------CGTAGTTAACTG--CAATATGAGC----ATGTTTATAACAT-TTA-TTAC---CACA-T--TCCT-A-----AG---TTTA-----------------C-------TTT-TGCCAATCATC-AAA-ATAGAGGCATCCCA----CTcttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|2 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatggGAATTGGACAATA-ATAAGGGATATGCTATA-AAC-TCTAACCC--GATTTTCTAAGTATAAAAAGGAATATAGTTTTAT--CAAA-ATACGATTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACGAATTTTTACTTCAATAC--TTAACACACCAATT--TTTTTCTAAATTAAATCTCAAT--AATATTTTTAGAGA-T-TGA-GTTT--T-----C-TAAAA--C--AC-----TTTAATT-CAAT-T---T--G-TT-------AGTAT-----A---CTT--GC-G-GCAATAACTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CATG--T--------AACT-C------T--------A-A------TA------A-AA------AC--ACTT--GTA-AAGT--CCCATTT-AT-GT-ATAA--T-------AGCAGTT-ACTG--AGATATGAGC----CTG-CTATAAAAC-TT--T--C---TGAATC--TTCT-A-----AGTATTTTAAACA--G-GG-------C--AAA-ATTC-TGCCTAAAATC-AAA-TCTAAGTTACCCCA----CTAC--TTGTCCCT--TTTAC--TC-C-CTTTAATGCTTGTAAAGACATA--A-----TGTAAGGTTTTAATGGTGCATGACTAGTAGTT-AGTAAG-ATA---GAAGCCTG-C-TAT-ACA--TGGACTGTCA---A--A-A---TGTTC--CAAGTATACAAAGGGtg
gi|20 : T--TACATTG-GT-AT-ATAAC-TGAAGTGTAGTAGTA-ACCG--AGATGTAAGC----GTG-TTGTAAAACATT--TA-T---CAAAAT--ATCT-A-----AGTA-T
gi|22 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcataT--TTGT-A-----A-CA-TGTAAT-G--G-GT-------A--ATACATTC-TGCCTAAAGTC-AAG-TCAAAGTTATCCCA----CTCC------CCCCTATTGAG--TC-G-GATCAATACTAGTGAATAC-----A-----TGTGAAGTTTCATTGTCGTA
gi|23 : tttctgagataggtaAACTGTACA-CA-ACA--AAGCTTGCTCTA-AAAATCTAATCC--AATTTTCTATGTtttcta
gi|24 : tttataagaaacaaaaagctgtaagagaacagcagatttgactttttgaagtttgtgaagatggctgac-TTTAAA-ATTG-AC-------C--ACA-ACTC-TGACTAAAATC-AAA-ACAGAGTTATTATATTTGCTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-
gi|25 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtataaaaac-------AGTGGTA-ACTG--AAATATGAGC----ATG--TCTAAGA------T--C---CAAATT--tgt
gi|25 : aaactatatatcatggga-TGTCTAAGATC-CAA-ATTGAGTTATCCCA----TT-----TGGCCCC--TTTAG--TC-T-CTTTTATGGTAGTAAATACAC---A-----CACGAAgagttatcccatttggcccctttagtctcttttatggtagtaaatacacacacgaa
gi|26 : aaactatatatcatgggaagtggtaactgaaatatgagcaCCC--TCAAG--TC-C-CCTTTATGGTGGTGAATACA-G--A-----CATGAAATTTCATTGATGAATGGGAAGTGATT-ACTGAC-CTT---TTAGCATG-C-
gi|28 : catgga--T--ATG-AAAT--T-CAATGCACAGT-ACGAC-T-------AGTGGTT-ACTG--AGA-ACAAGC----TT-----TAAATT-TT--TTAC---CAAATT--Tctaaaaccttaaacaaaaaaag
gi|29 : acacaataataat--T--GTT-AAGT--TTCATTG-AA-AT-ATGAC-T-------AGT---T-ACTG--AGATATGAGC----TAG-CAATAAAAC-TT--TAAT---CAATTT--TTTC-A-----TGTA-T
gi|3 : AGCGAACACAC---A-----TGTGAAGTTTCATAGCTGTACGGTTAGTAGTA-ACTTAG-ATA---AAAGTTTG-C-TGT-A-A----AACT-TGA---AC-A-AATTT-TTC--CAA
gi|3 : cctgtatcaTTAGT--AGTAACTT---AGA-T-AAAAGTTT--G-----C-TGTAA--A--AC-----TTGAAC--AAAT-T---TTTC-CA-------ATTGTTTTTTA---A----GG-G-GCTATAATTC-TGTCT------AAATTCAA---C-A------C---AAGAGTG---AT---CTC-A---TG--T--------GTCCTC------T-----------------TG------A-GA------A------T--GTG-AA--------TTG-AT-GT-ATGAC-G-------AGTATTT-CCTG--AGATGTAAGT----TTG-CTATTTAA---------C---CAAATT--TTCT-A-----CATA-TAAGAA-T--G-GGT------C--A-G-ATTCATGCCTTATGCC-AAA-ATGGAG-TAGCCCG------AC--ATGTCC------------C-C-CCATAATGGTAGTGAAAATAC------------------------ATGTA----TAGTAGCT-ACTGAC-ATC---TGAGCTTA-C-TAT--CA----AACT-TTA---AACA-A---T-TTTTACAAGTATAAAAAGGGttgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|3 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacgg--AGTATTTCCTGAGA-TGTAA-GTTT--G-----C-TA---------------TTTAACC-AAAT-T---TT-C-TA-------CATAT-----A---AGAATGG-G-TCAG--ATTCATGCCTTATGCCAAA----A---T-G------G---A---GTA---GC---CCG-A-CATG--T--------CCCC-CCA----T--------A-A------TG------G-TA----------------GTG-AAA------ATAC-AT-GT-AT------------AGTAGCT-ACTG--ACATCTGAGC----TTA-CTATCAAAC-TT--TAAA---CAATTT--TTAC-A-----AGTA--TAAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTA-TGTCAAAAATT-GTT-ACAGAGTTATTCCA----CTA-----GT-ATC--TTGAA--TC-C-CCTTTATAGTAG-------------------------------TGATGTACAGCTGGTAGTT-ATTGAT-ATA---GGAGCATG-CTTAA-ACA--T-gccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|30 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgTTATCCCA----CT-----TGGCTAC--TTAAG--TC-T-CTTTCATGACCGTCAATACAC---A-----CATGGAATTTCATTGATGTccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|31 : t-TGA-GCTT--G-----C-TAAAA--A--CC-----TTAAACT-GAAT-TTTCT--C-TT-------TG--------A---AAG--GG-G-GTAATAATTT-TGCCT------ctgggtag
gi|32 : GCAGTT-ACTG--AGATAAGAGC----TTT-CTATAAAAC-TT--TAAC---CAAAAT--AACC-G-----AGTA-T
gi|33 : ttCC--CTAAA--TCAC-CTTTGA-GGTAGTAAACACAT---A-----TATGGAATTTCATTGATGTATGaa
gi|34 : -GT-ATGACTT-------AGTGGCT-ATTG--ACATATGAAC----ATG-TTTTAAg
gi|4 : attcaatgcacaTAATTCTAA--CAAA-ATACAA-------TTAT--GACATT----T-----A-TAC---------CTTTAATAC--TGAAAAT-TCTATTAAATTTCT--AATTAAATCTCATT--AGTACTTTCTGCAA---TGA-GCTT--T-----C-TAAAA--C--AC-----TTTAAAC-AAAT-T---T--C-TA-------AATATA----A---AAA--GG-G-ACAATAATTC-AGTCT------AAA----A------------T---A---GTA---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AT--A-----GAG-ACAT--TTCATTG-GC-GT-GTGAC-T-------AGAAGTT-AGAGGTAGATGTAAGT----TTT-CTGTAAAAC-TA--A--CA--TAAGTTTCTTTT-AAAGACAGT--TTTAAA-G--G-TG-------CT-ATC-ATGC-TATATAAAGTC-AAATACA-AGTTA-----------AC--GTGTCCCT--GGGAG--TC-G-TCTTACAGATATTGAA-----G--A-----TGTGATATTCCATTGACATATGACCAGTAGTT-AA-GAGTATAAACTAAGAATG-C--AA-GCAACT-AACT-G-----A--A-G---T-TTC--CAAGTAT
gi|5 : tGAACTGAACAGTA-ATACAAAGTATACTTTA-AAAGTTTAGCCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATA--ATACTAA--CAAA-TTACAAATAAAGGTTAT-GGCC-CT----T----------G--TTCCAACT-----------AACATGCC--TT--ATTTTC--AATTAAATC-CAATTTA-TATTTTCTGAG----------TT--T-----T-TAAAA--A--AAAAA--TTTAACC-AAAT-T---T--G-TACAAAAAAATTAT-----A---AAA--GA----TTATAATTC-TGCCT------AAA----A---CAG------TCTAA---GTT---AT---CTC-A-CCTG--T--------GCCC-C------T--------A-ATGGTAGTG------G-AG------AC--A-----GCG-CAATACTTCATTG-AT-GT-ACG-------------------ACTG--AGTTATAAGC----ATG-CAATAA
gi|6 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaAACTGGAAAGTA-ATATGAGGTGTGCTATATAAA-TATAATCATAAAAATACTATGTATAAAAAGTGATGGAATTCTACTTCAAAGATATGA---AAC----CTGAAC-----------CTA-T-CA--GCTTTATTTTAATGC--TGAGCACACCAGTTC-AATAAC--AATTAAATCCCAAG--AGTATTTGCGAAAA-T-TGA-G-GT--T-----C-TAGGA--C--AC-----TTGAAcat
gi|6 : tgtTAATTGTAGTGGCGACA-G--C-----TGTTCCATTCCATTGATAAATTACTAGTAGTT-ACCGGG-ATG---TGAGCATG-C-TGT-A-A----AACA-TCA---A--ATA---T-TT---AAAGTATTAAAGGGtaagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccattgataaattactagtagttaccgggatgtgagcatgctgtaaaacatcaaatatttaaagtattaaagggtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|6 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacaT--TCCATTG-AT-AA-ATTAC-T-------AGTAGTT-ACCG--GGATGTGAGC----ATG-CTGTAAAAC-AT---------CAAATA--TTTA-A-----AGTA-TT--AA-A--G-GGT------C--ATT-ATGC-TGCCTTAAGT----------AGTT-TC---------AT--TTGTCCCC--ATGAG--TT-C-CTtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|7 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccaGAACTGGACAATACAAAGGATG-GTA--AAA-AAC-TCTAACCC--AATTTTTTAAGTATGAAAATGGAAATA--TCTGA--TAAA-ATACAAGTAAAAGTTAC--GAC-CCTAGAT---CC--TATGATTTTTTTCTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATT--AATTAC--AATTAAATCTAAAT--AGTTTTTTGAGAAAGG-TGA-GCTT--TAAAAAA-AAAAA--A--AC-----TTTAATCAAAAT-T---T--C-TT-------AGCAC-----A---ATA--AG-A-ACAATTATTA-TTC---------------A---C-C------T--------TG---AC---CCC---TTTG--T--------G----G------T--------A-G------TG------A-GC------AC--A------TA-ACAT--TTCATTG-AT-AT-ATGGG-T-------AATAACT-ACAG--AGATATAAAC----ATG-CTGAACAAC-TT--T--gtt
gi|8 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcT------AAA----A----------------A---GTTGGAAT---CCCCA-CTTG--TCCCCTGGAGTCC-C------TGTTATAGTA-A------TG------A-AA------AC--ACAT--TTG-AAGC--TGCATTA-AT-GT-AAGTA-T-------AGTAGTT-ACTG--AAAAATGAGT----TTA-CCA-AACAG-TTAAA--C---CAAATT--TTCT-T-----AATA---TAAA-AT-G-GG-------C---TA-ATTC-TACCT-AAATC-ATA-ACAGATTTATTGC-------AC--TTGT-CCC--TTGAG--TC-T-CTTTAATGATA-TG-----ATG--A-----CGC-ATGTTTTATTGATATATG-------------TGAG-ATT---TGAACATT-C-CTT-A-A----AACT-TTACCCA--A-A---T-TTT--TAAGa
gi|9 : ttaatgctacaaaaaaatttaaaA-GCTTGTT-----A-TAAAA--CGAA---------AAAC-AAAT-T---T--TATG-------AATAT-----A---AAG--AGAG-GCCATAATTG-TTCCT------TAA----A---T-GAAAAGCC---A---GTT---ACGAGCAC-ATCCAG--T--------GCCG-G------T--------A-A------------------------ACCGA--TT-GTG-ATGT--TTCATTG-AT-GT-ATGGG-T-------AGAAGTT-GCTG--AGATATAAAC----TTG-CTA-AAAAC-TT--TAAC---CAACTT--TTCT-A-----TGTA---TAAAGG--G-GG-------A--ATA-CTTC-TGCCTAAAACC-GAA--CAGAGTTATCATA----CT----TT-------------------------ATAGTAGCGACTTTATG--------TGTCAAGTTGTATTGATGTATGGATAGTAGTT-ACTGgagataaacatgccacaattctgtttaatatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CCAATTACAAGTTATCGGTAGTAAACAGATGTATGATGTACCACTGATGTATTAAAATTATCGAGATATTAACCAGAAAACAAGTTTGCCTAAATGTTTTAACGAAAAAGGACATGTATAAAAGGGCCATTACTCTGCCCAA
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCAGAGAACAGCATGTTCCAATTTTGTAAACTCACCTTCAAACAGCTATTGGACGACTAAGATACATGCTGTAGAACTCTATCCCAATATTGTAAGTAACAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 111 7777777777777777777777777777777777777 11111111 222 11111111111111 111111111111 111 222222222222 1111111111111111 111111 44444444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333 1111 2222222222 33333333333333 2222222222 4444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 3 1 77 5 111 1 1 0 77 5 2 9999999999999999999999999999999999999 44 66 77777777 0 66 1 777 6 000 3 4 33333333333333 999999999999 111 4 222222222222 9999999999999999 4 4 000000 7777 77777777777777777777 555 555 777 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 0 1 1 1 3 5555555 0 1 22 66666 1 1 1 9999999999 3 22 55555555 5555 7777 2 6666666666 2 2 0 4 2 55555555555555 1 4444 22 1 1 1 4 4 6666666666 0 0 333 44 3 3 666 3 5555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . . .. . ... . . . .. . . ..................................... .. .. ........ . .. . ... . ... . . .............. ............ ... . ............ ................ . . ...... .... .................... ... ... ... .. .................................................................. . .. . . . . . ....... . . .. ..... . . . .......... . .. ........ .... .... . .......... . . . . . .............. . .... .. . . . . . .......... . . ... .. . . ... . ........................................
lowQualScore : 2 0 00 7 777 0 4 1 99 7 7 9999999999999999999999999999999999999 66 99 11111111 5 99 4 444 3 777 6 9 55555555555555 555555555555 333 0 000000000000 6666666666666666 0 0 555555 7777 55555555555555555555 888 888 888 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 66 1 9 7 7 5 4444444 8 6 22 22222 5 1 7 8888888888 4 44 44444444 7777 3333 1 9999999999 1 0 2 2 1 77777777777777 3 3333 66 9 9 0 3 9 2222222222 6 4 999 00 3 6 444 6 3333333333333333333333333333333333333333
consensus : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GTG-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAAAC-TT--T-A-C---CAAATT--TTCT-A-----AGTA-TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATTGAT---GTATGGCTAGTAGTT-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
Reference ( family-1613 ) : GAACTGGACAGTAATACGANGCGTGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GTG-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAAAC-TT--T---C---CAAATT--TTCT-A-----AGTA-TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATTGAT---GTATGGCTAGTAGTT-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
gi|1 : AATATGGTGCATACCACAAAAATCTAACC----ACTTTTTAAGTACAAAAATGTAAATAATTTTAA--CAAA-ATATAAGTTAAGGTAAT-GCAC-TT----TTTCCCAGTGAG--TTTTTTCCTTAATAC--TGACCACA------------TC--AGTTAAATATCAT--TAA------CAGAGA-TATGA-GTTT--T-----C-T---AAAAATC--ACATTTTTTTAA---AAG----------------AAGTAT-----A-AT-A--A--GA-ACAATGATTC-TG--T------AAA----AAAAC-A------G---A---GTT---GT---CCC-C-CTTG--T--------ACTC-A------T--------A-A------TG------G-AAGTGAAGAT--A--TTTGTG-AAGT--TTAATTA-AT-GT-TTGAC-T-------AGAAATT-ATTG--AAATATGAGC----TTG-CAATGAAAC-TT-----------AAA------CC-A-----AGTA-TTAAAC-A--G-GG-------C--ATA-ACTC-CACCTAACATCAAA-TCAGTATTATTCC-------AC--TTGTCCCC--TGGAG--TC-C-ATTTAATGGTAGTAAACACACA--AACATGTATGACGTCCCATTG-----GTA--ACTAGTACTT-ACTGAG-ATA---GAATCATG-A-TAT-A-A--T-ATTT-ATA---A--A-------------AAGTATAAAAAGGG
gi|10 : GGTATATAATTTTAA--TAAA-AT----GTAA-------TGG--------------CA-CACT--TTTTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTC-ATTTTC--AATTAAATCCCAA--TAGTATTTTCTGAGG-TATGA-GCTC--T-----C-A---AACA--C--AC-----Tccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|11 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTTAACC-AAATACC--C-C-------AAGTAT-----ACAG-G--GTGGG-GTAATAATTC-AGCTT------AAA----A---T-GGACACAT---G---CTT---AT---CTC-A-CTTA--TCTTTCTGGGTCC-AA-----T--------ATA------TGGGAGTTA-AG------AC--ACGT--GTG-AAGT--GTAATTG-AT-GT-AC-AC-T-------AGT---T-ACTA--AGATAAGAGC----TTG-GTA-AAAA------T---CAAACAAATA--TTCT-G-----TGCA-T--AAA-A--C-GT-------TCAATA-ACTC-TGCCTAAAATCATA-ACAGAGTTATC-------CTAT--TTGTCTCC--TTGaaagaag
gi|12 : gaAATA---TGAAAATAATAACA--GTATTC--AATTAAATCCTAT--TAGTACTTTC-GACA-TATGA-GATT--T-----AAT---AAAA----------------GC---GAT-TT--C-T-------ATGTAT-----A-AA-A--A--AATGCAATCATTC-AGCCT------CAA----A---C-A------G---A---GTT---AC---CCT-A-CTTG--A--------GGCC-CTATTGAT--------A-A------TG------G-AA------ACAGA--T--GTA-CTGT--TTCTTTG-GT-GC-ATGGCGT-------A-TAGTC-TCTA--AAATGTAAGCTCATTTG-TTATAAAAC-gat
gi|13 : gtgaccatttggacattctg-GT-ACGAC-T-------TGTGGTT-ACTG--AGATAAGAAC----ATA-CTATAAACC-TT--TAA-C---CCAATT--TTCTAA-----AGTA--TAAAA-A--G-CGATACAATT--ACA-ATTC-TAAC-AAAATC-AA-ACAAAGTagtaacca
gi|14 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacaT---GT---CCC---CTTGAGT--------ACCT-CCGA---T--------A-G------TA------AGAA------AC--A--T--GTG-AAGT--TCCAGTG-AA-TC-AAGTC-A-------AGTAGTT-ACTA--AGAAATGAGA----TTG-CAGAAAAGC-TT------------AATT--TT-----------TA-TATAAA-AT-G-CC-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCTAA-ACAGAGTTA-ATCA------AC--GTGAACGC--TGGAG--TC-T-CCTGTATGGTCGTGAACAC-CA--G-----CATAAAGTTTCATTGAT---GTAaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|15 : gaTTATCC-A------AT--TTGTCCC---TCGGG--TT-C-CATTCATGGTAGTAACTACA-A--A-----CATGAAGTTTCATTGAT---GTATAGGTAGTGGCT-ACCGAG-ACA---TGAGCAC---------------AAAT-GTA---A--A-A---G-T------AGTATAAAAA
gi|15 : -AA------AC--A--T--G---AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATAGG-T-------AGTGGCT-ACCG--AGACATGAGC----------ACAAA----T--G---T---AAAAGT-------------AGTA-TAAAAA-A--ACAA-------C--ATA-ATTT-TGCCTAAAATCCAA-ATGGAGTTGTCTC-------GC--TTG-GCCT--TTGAGGTTC-C-C--TAATGATAGGGATCACTCGCAA-----TGTGaacaacataattttgcctaaaatccaaatggagttgtctcgcttggcctttgaggttccctaatgatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|16 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtagtaactac--A--T--GTG-AC-T--GTAACTG-AT-GT-GTGAC-T-------AGT-GTA-ACTG--AGACAGGATC----TTA-TAATAATAC-TT-----------GGA------CA-A-----AGTA---TAAA-A--G-GAAC-----C--ATG-CTTA-TCCCT-AAATCGAA-ATTAGGTTGCCCCA----------------------AAG--TT-CACTTT-ATGAAAGAGCATACAC---A-----CATGAAGTTACGTTGATGAAGTATGtat
gi|17 : aaacacgtttacatgtCTCC--TAGAG--TC-C-CTTTAATAGTAGTTAACACAC---A-----CATTAAGATTtgagcatgcata
gi|17 : -AAGA--TTCTTTG-AT-GTTATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATAGAAGT----CTT-TTATTAA-C-TTG-TAA-C---TAAATT--TTCT-A-----AGTA---TAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTC-TGTCTAAAAGTAAA-AGTGAATTACCagaggataataatatactcaaattaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttttattaacttgtaactaaattttctaagtataaaaggggccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|18 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaatt-AA------AC--A--TT-GTGTAAGT--TTCATTA-AT-GT-ACAAC-T-------AGTATTT-ATT-----------------------ATAAAAC-TG-----------GAG------CC-A-----AGTA-T--AAA-A--G-GGAC-----C--ATA-ATTC----------------ACA------TCCCA----CG-----TGTCCCC--ATGAG--TG-C-CTTTAATGGTAATGTTCACA-A--A-----CA-AACATTTCATTGAT---GTATGGGTA
gi|19 : tgaaaaaggacagagtaatcatttttacataaaacGAGTTATC--------TACAGTTTTCCTC----GAG--TT-C-GTTTTATGGTAATGAAAACAC---A-----TGTGAAGTTTGATTGAT---GTACGACTCGTAGTTAACTGCA-ATA---TGAGCATGTT-TATAACAT-T-TATT-ACC---A--C-A---T-TCC--TAAGTTTA
gi|19 : g------T--------A-A------TG------A-AA------AC--ACAT--GTG-AAGT--TTGATTG-AT-GT-ACGAC-T-------CGTAGTTAACTG--CAATATGAGC----ATGTTTATAACAT-TTA-TTA-C---CACA-T--TCCT-A-----AG---TTTA-----------------C-------TTT-TGCCAATCATCAAA-ATAGAGGCATCCCA----CTcttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|2 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatggGAATTGGACAATAATAAGGGATATGCTATAAAC-TCTAACCC--GATTTTCTAAGTATAAAAAGGAATATAGTTTTAT--CAAA-ATACGATTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACGAATTTTTACTTCAATAC--TTAACACACCAATT--TTTTTCTAAATTAAATCTCAA--TAATATTTTTAGAGA-T-TGA-GTTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAATT-CAAT-TT--G-T-------TAGTAT-----A-CT-T--G--CG-GCAATAACTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CATG--T--------AACT-C------T--------A-A------TA------A-AA------AC--ACTT--GTA-AAGT--CCCATTT-AT-GT-ATAA--T-------AGCAGTT-ACTG--AGATATGAGC----CTG-CTATAAAAC-TT--T---C---TGAATC--TTCT-A-----AGTATTTTAAACA--G-GG-------C--AAA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-TCTAAGTTACCCCA----CTAC--TTGTCCCT--TTTAC--TC-C-CTTTAATGCTTGTAAAGACATA--A-----TGTAAGGTTTTAATGGT---GCATGACTAGTAGTT-AGTAAG-ATA---GAAGCCTG-C-TAT-ACA--TGGACTGTCA---A--A-A---TGTTC--CAAGTATACAAAGGGtg
gi|20 : T--TACATTG-GT-AT-ATAAC-TGAAGTGTAGTAGTA-ACCG--AGATGTAAGC----GTG-TTGTAAAACATT--TA--T---CAAAAT--ATCT-A-----AGTA-T
gi|22 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcataT--TTGT-A-----A-CA-TGTAAT-G--G-GT-------A--ATACATTC-TGCCTAAAGTCAAG-TCAAAGTTATCCCA----CTCC------CCCCTATTGAG--TC-G-GATCAATACTAGTGAATAC-----A-----TGTGAAGTTTCATTGTC---GTAT
gi|23 : tttctgagataggtaAACTGTACA-CAA--CAAAGCTTGCTCTAAAAATCTAATCC--AATTTTCTATGTttcta
gi|24 : tttataagaaacaaaaagctgtaagagaacagcagatttgactttttgaagtttgtgaagatggctgac-TTTAAA-ATTG-AC-------C--ACA-ACTC-TGACTAAAATCAAA-ACAGAGTTATTATATTTGCTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-
gi|25 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtataaaaac-------AGTGGTA-ACTG--AAATATGAGC----ATG--TCTAAGA------T---C---CAAATT--tgt
gi|25 : aaactatatatcatggga-TGTCTAAGATCCAA-ATTGAGTTATCCCA----TT-----TGGCCCC--TTTAG--TC-T-CTTTTATGGTAGTAAATACAC---A-----CACGAAgagttatcccatttggcccctttagtctcttttatggtagtaaatacacacacgaa
gi|26 : aaactatatatcatgggaagtggtaactgaaatatgagcaCCC--TCAAG--TC-C-CCTTTATGGTGGTGAATACA-G--A-----CATGAAATTTCATTGAT---GAATGGGAAGTGATT-ACTGAC-CTT---TTAGCATG-C-
gi|28 : catgga--T--ATG-AAAT--T-CAATGCACAGT-ACGAC-T-------AGTGGTT-ACTG--AGA-ACAAGC----TT-----TAAATT-TT--TTA-C---CAAATT--Tctaaaaccttaaacaaaaaaag
gi|29 : acacaataataat--T--GTT-AAGT--TTCATTG-AA-AT-ATGAC-T-------AGT---T-ACTG--AGATATGAGC----TAG-CAATAAAAC-TT--TAA-T---CAATTT--TTTC-A-----TGTA-T
gi|3 : AGCGAACACAC---A-----TGTGAAGTTTCATAGCT---GTACGGTTAGTAGTA-ACTTAG-ATA---AAAGTTTG-C-TGT-A-A----AACT-TGA---AC-A-AATTT-TTC--CAA
gi|3 : cctgtatcaTTAG--TAGTAACTT---AGA-T-AAAAGTTT--G-----C-T---GTAA--A--AC-----TTGAAC--AAAT-TTTTC-C-------AATTGTTTTTTA-A-----G--GG-GCTATAATTC-TGTCT------AAATTCAA---C-A------C---AAGAGTG---AT---CTC-A---TG--T--------GTCCTC------T-----------------TG------A-GA------A------T--GTG-AA--------TTG-AT-GT-ATGAC-G-------AGTATTT-CCTG--AGATGTAAGT----TTG-CTATTTAA----------C---CAAATT--TTCT-A-----CATA-TAAGAA-T--G-GGT------C--A-G-ATTCATGCCTTATGCCAAA-ATGGAG-TAGCCCG------AC--ATGTCC------------C-C-CCATAATGGTAGTGAAAATAC------------------------AT---GTA----TAGTAGCT-ACTGAC-ATC---TGAGCTTA-C-TAT--CA----AACT-TTA---AACA-A---T-TTTTACAAGTATAAAAAGGGttgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|3 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggAGTATTTCCTGAGA-TGTAA-GTTT--G-----C-T---A---------------TTTAACC-AAAT-TTT-C-T-------ACATAT-----A-AG-AATG--GG-TCAG--ATTCATGCCTTATGCCAAA----A---T-G------G---A---GTA---GC---CCG-A-CATG--T--------CCCC-CCA----T--------A-A------TG------G-TA----------------GTG-AAA------ATAC-AT-GT-AT------------AGTAGCT-ACTG--ACATCTGAGC----TTA-CTATCAAAC-TT--TAA-A---CAATTT--TTAC-A-----AGTA--TAAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTA-TGTCAAAAATTGTT-ACAGAGTTATTCCA----CTA-----GT-ATC--TTGAA--TC-C-CCTTTATAGTAG-------------------------------TGAT---GTACAGCTGGTAGTT-ATTGAT-ATA---GGAGCATG-CTTAA-ACA--T-gccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|30 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgTTATCCCA----CT-----TGGCTAC--TTAAG--TC-T-CTTTCATGACCGTCAATACAC---A-----CATGGAATTTCATTGAT---GTCTGGGTAGccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|31 : tTGAGC----TTG-CTA-AAAAC-CT--TAAAC---TGAATT--TTC----------TC-TTTGAA-A--G-GGGGT----A--ATA-ATTT-TGCCT
gi|32 : GCAGTT-ACTG--AGATAAGAGC----TTT-CTATAAAAC-TT--TAA-C---CAAAAT--AACC-G-----AGTA-T
gi|33 : ttCC--CTAAA--TCAC-CTTTGA-GGTAGTAAACACAT---A-----TATGGAATTTCATTGAT---GTATGGaa
gi|34 : -GT-ATGACTT-------AGTGGCT-ATTG--ACATATGAAC----ATG-TTTTAA
gi|4 : attcaatgcacaTAATTCTAA--CAAA-ATACAA-------TTAT--GACATT----T-----A-TAC---------CTTTAATAC--TGAAAAT-TCTATTAAATTTCT--AATTAAATCTCAT--TAGTACTTTCTGCAA---TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAAAC-AAAT-TT--C-T-------AAATATA----A-AA-A--G--GG-ACAATAATTC-AGTCT------AAA----A------------T---A---GTA---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AT--A-----GAG-ACAT--TTCATTG-GC-GT-GTGAC-T-------AGAAGTT-AGAGGTAGATGTAAGT----TTT-CTGTAAAAC-TA--A---CA--TAAGTTTCTTTT-AAAGACAGT--TTTAAA-G--G-TG-------CT-ATC-ATGC-TATATAAAGTCAAATACA-AGTTA-----------AC--GTGTCCCT--GGGAG--TC-G-TCTTACAGATATTGAA-----G--A-----TGTGATATTCCATTGAC---ATATGACCAGTAGTT-AA-GAGTATAAACTAAGAATG-C--AA-GCAACT-AACT-G-----A--A-G---T-TTC--CAAGTAT
gi|5 : tGAACTGAACAGTAATACAAAGTATACTTTAAAAGTTTAGCCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATA--ATACTAA--CAAA-TTACAAATAAAGGTTAT-GGCC-CT----T----------G--TTCCAACT-----------AACATGCC--TT--ATTTTC--AATTAAATC-CAATTTA-TATTTTCTGAG----------TT--T-----T-TAAAAAAA--A--AA-----TTTAACC-AAAT-TT--G-TACAAAAAAATTAT-----A-AA-A------G-ATTATAATTC-TGCCT------AAA----A---CAG------TCTAA---GTT---AT---CTC-A-CCTG--T--------GCCC-C------T--------A-ATGGTAGTG------G-AG------AC--A-----GCG-CAATACTTCATTG-AT-GT-ACG-------------------ACTG--AGTTATAAGC----ATG-CAATAA
gi|6 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaAACTGGAAAGTAATATGAGGTGTGCTATATAAATATAATCATAAAAATACTATGTATAAAAAGTGATGGAATTCTACTTCAAAGATATGA---AAC----CTGAAC-----------CTA-T-CA--GCTTTATTTTAATGC--TGAGCACACCAGTTC-AATAAC--AATTAAATCCCAA--GAGTATTTGCGAAAA-T-TGA-G-GT--T-----C-T---AGGA--C--AC-----TTGAAcat
gi|6 : tgtTAATTGTAGTGGCGACA-G--C-----TGTTCCATTCCATTGAT---AAATTACTAGTAGTT-ACCGGG-ATG---TGAGCATG-C-TGT-A-A----AACA-TCA---A--ATA---T-TT---AAAGTATTAAAGGGtaagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccattgataaattactagtagttaccgggatgtgagcatgctgtaaaacatcaaatatttaaagtattaaagggtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|6 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacaT--TCCATTG-AT-AA-ATTAC-T-------AGTAGTT-ACCG--GGATGTGAGC----ATG-CTGTAAAAC-AT----------CAAATA--TTTA-A-----AGTA-TT--AA-A--G-GGT------C--ATT-ATGC-TGCCTTAAGT---------AGTT-TC---------AT--TTGTCCCC--ATGAG--TT-C-CTtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|7 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccaGAACTGGACA---ATACAAAGGATGGTAAAAAACTCTAACCC--AATTTTTTAAGTATGAAAATGGAAATA--TCTGA--TAAA-ATACAAGTAAAAGTTAC--GAC-CCTAGAT---CC--TATGATTTTTTTCTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATT--AATTAC--AATTAAATCTAAA--TAGTTTTTTGAGAAAGG-TGA-GCTT--TAAAAAA-A---AAAA--A--AC-----TTTAATCAAAAT-TT--C-T-------TAGCAC-----A-AT-A--A--GA-ACAATTATTA-TTC---------------A---C-C------T--------TG---AC---CCC---TTTG--T--------G----G------T--------A-G------TG------A-GC------AC--A------TA-ACAT--TTCATTG-AT-AT-ATGGG-T-------AATAACT-ACAG--AGATATAAAC----ATG-CTGAACAAC-TT--T---gtt
gi|8 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcT------AAA----A----------------A---GTTGGAAT---CCCCA-CTTG--TCCCCTGGAGTCC-C------TGTTATAGTA-A------TG------A-AA------AC--ACAT--TTG-AAGC--TGCATTA-AT-GT-AAGTA-T-------AGTAGTT-ACTG--AAAAATGAGT----TTA-CCA-AACAG-TTAAA---C---CAAATT--TTCT-T-----AATA---TAAA-AT-G-GG-------C---TA-ATTC-TACCT-AAATCATA-ACAGATTTATTGC-------AC--TTGT-CCC--TTGAG--TC-T-CTTTAATGATA-TG-----ATG--A-----CGC-ATGTTTTATTGAT---ATATG-------------TGAG-ATT---TGAACATT-C-CTT-A-A----AACT-TTACCCA--A-A---T-TTT--TAAGa
gi|9 : ttaatgctacaaaaaaatttaaaA-GCTTGTT-----A-T---AAAA--CGAA---------AAAC-AAAT-TT--TAT-------GAATAT-----A-AAGA--G--AG-GCCATAATTG-TTCCT------TAA----A---T-GAAAAGCC---A---GTT---ACGAGCAC-ATCCAG--T--------GCCG-G------T--------A-A------------------------ACCGA--TT-GTG-ATGT--TTCATTG-AT-GT-ATGGG-T-------AGAAGTT-GCTG--AGATATAAAC----TTG-CTA-AAAAC-TT--TAA-C---CAACTT--TTCT-A-----TGTA---TAAAGG--G-GG-------A--ATA-CTTC-TGCCTAAAACC-GA-ACAGAGTTATCATA----CT----TT-------------------------ATAGTAGCGACTTTATG--------TGTCAAGTTGTATTGAT---GTATGGATAGTAGTT-ACTGgagataaacatgccacaattctgtttaatatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CCAATTACAAGTTATCGGTAGTAAACAGATGTATGATGTACCACTGATGTATTAAAATTATCGAGATATTAACCAGAAAACAAGTTTGCCTAAATGTTTTAACGAAAAAGGACATGTATAAAAGGGCCATTACTCTGCCCAA
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCAGAGAACAGCATGTTCCAATTTTGTAAACTCACCTTCAAACAGCTATTGGACGACTAAGATACATGCTGTAGAACTCTATCCCAATATTGTAAGTAACAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 111 7777777777777777777777777777777777777 11111111 222 11111111111111 111111111111 111 222222222222 1111111111111111 111111 44444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111111111111111111111111 2222222222 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 3 0 5 111 333 0 77 5 2 9999999999999999999999999999999999999 44 66 77777777 0 66 1 777 6 000 3 4 33333333333333 999999999999 111 4 222222222222 9999999999999999 4 4 000000 7777 77777777777777777777 555 555 777 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 2 22 0 1 1 1 3 5555555 0 1 22 55555 2222 1 444 22 5555555 1 1 2 7777777777777777777777777777 4 66 2 7777777777 2 1 4 2 55555555555555 1 4444 22 1 1 1 4 4 6666666666 0 0 333 4 3 3 555 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . . . ... ... . .. . . ..................................... .. .. ........ . .. . ... . ... . . .............. ............ ... . ............ ................ . . ...... .... .................... ... ... ... .. .................................................................. .. . .. . . . . . ....... . . .. ..... .... . ... .. ....... . . . ............................ . .. . .......... . . . . .............. . .... .. . . . . . .......... . . ... . . . ... ..........................................
lowQualScore : 2 3 7 777 888 1 99 7 7 9999999999999999999999999999999999999 66 99 11111111 5 99 4 444 3 777 6 9 55555555555555 555555555555 333 0 000000000000 6666666666666666 0 0 555555 7777 55555555555555555555 888 888 888 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 0 55 4 8 7 7 3 4444444 2 6 22 77777 3333 7 666 44 9999999 8 8 2 8888888888888888888888888888 0 88 0 1111111111 0 9 2 1 77777777777777 3 3333 66 9 9 0 3 9 2222222222 6 4 999 4 1 3 888 777777777777777777777777777777777777777777
consensus : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--T-T--A-CC-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA--TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATTGAT---GTATGGNTAGTAGTT-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
Reference ( family-1613 ) : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--T-T--A-CC-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA--TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATTGAT---GTATGGCTAGTAGTT-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
gi|1 : AATATGGTGCATACCACAAAAATCTAACC----ACTTTTTAAGTACAAAAATGTAAATAATTTTAA--CAAA-ATATAAGTTAAGGTAAT-GCAC-TT----TTTCCCAGTGAG--TTTTTTCCTTAATAC--TGACCACA------------TC--AGTTAAATATCAT--TAA------CAGAGA-TATGA-GTTT--T-----C-T---AAAAATC--ACATTTTTTTAA---AAG----------------AAGTAT-----A-AT-A--A--GA-ACAATGATTC-TG--T------AAA----AAAAC-A------G---A---GTT---GT---CCC-C-CTTG--T--------ACTC-A------T--------A-A------TG------G-AAGTGAAGAT--A--TTTGT--G-AAGT--TTAATTA-AT-GT-TTGAC-T-------AGAAATT-ATTG--AAATATGAGC----TTG-CAATGAA-AC---T--T---------A-AA----CC----AA-----------G-TA--TTAAAC-A--G-GG-------C--ATA-ACTC-CACCTAACATCAAA-TCAGTATTATTCC-------AC--TTGTCCCC--TGGAG--TC-C-ATTTAATGGTAGTAAACACACA--AACATGTATGACGTCCCATTG-----GTA--ACTAGTACTT-ACTGAG-ATA---GAATCATG-A-TAT-A-A--T-ATTT-ATA---A--A-------------AAGTATAAAAAGGG
gi|10 : GGTATATAATTTTAA--TAAA-AT----GTAA-------TGG--------------CA-CACT--TTTTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTC-ATTTTC--AATTAAATCCCAA--TAGTATTTTCTGAGG-TATGA-GCTC--T-----C-A---AACA--C--AC-----Tccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|11 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTTAACC-AAATACC--C-C-------AAGTAT-----ACAG-G--GTGGG-GTAATAATTC-AGCTT------AAA----A---T-GGACACAT---G---CTT---AT---CTC-A-CTTA--TCTTTCTGGGTCC-AA-----T--------ATA------TGGGAGTTA-AG------AC--ACGT--GT--G-AAGT--GTAATTG-AT-GT-AC-AC-T-------AGT---T-ACTA--AGATAAGAGC----TTG---GTAAA-AA---T--C-A--A-AC-A-AATATTCT----GT-----------G-CA--T--AAA-A--C-GT-------TCAATA-ACTC-TGCCTAAAATCATA-ACAGAGTTATC-------CTAT--TTGTCTCC--TTGaaagaag
gi|12 : gaAATA---TGAAAATAATAACA--GTATTC--AATTAAATCCTAT--TAGTACTTTC-GACA-TATGA-GATT--T-----AAT---AAAA----------------GC---GAT-TT--C-T-------ATGTAT-----A-AA-A--A--AATGCAATCATTC-AGCCT------CAA----A---C-A------G---A---GTT---AC---CCT-A-CTTG--A--------GGCC-CTATTGAT--------A-A------TG------G-AA------ACAGA--T--GT--A-CTGT--TTCTTTG-GT-GC-ATGGCGT-------A-TAGTC-TCTA--AAATGTAAGCTCATTTG-TTATAAA-AC---gat
gi|13 : gtgaccatttggacattctg-GT-ACGAC-T-------TGTGGTT-ACTG--AGATAAGAAC----ATA-CTATAAA-CC---T--T-TA-A-CC-C-AATTTTCTA---AA-----------G-TA---TAAAA-A--G-CGATACAATT--ACA-ATTC-TAAC-AAAATC-AA-ACAAAGTagtaacca
gi|14 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacaT---GT---CCC---CTTGAGT--------ACCT-CCGA---T--------A-G------TA------AGAA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TCCAGTG-AA-TC-AAGTC-A-------AGTAGTT-ACTA--AGAAATGAGA----TTG-CAGAAAA-GC---T--T-----------AATTTT---------------------TA--TATAAA-AT-G-CC-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCTAA-ACAGAGTTA-ATCA------AC--GTGAACGC--TGGAG--TC-T-CCTGTATGGTCGTGAACAC-CA--G-----CATAAAGTTTCATTGAT---GTAaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|15 : gaTTATCC-A------AT--TTGTCCC---TCGGG--TT-C-CATTCATGGTAGTAACTACA-A--A-----CATGAAGTTTCATTGAT---GTATAGGTAGTGGCT-ACCGAG-ACA---TGAGCAC---------------AAAT-GTA---A--A-A---G-T------AGTATAAAAA
gi|15 : -AA------AC--A--T--G-----AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATAGG-T-------AGTGGCT-ACCG--AGACATGAGC----------ACAAA------T--G-T--A----A-AAGT---------A-----------G-TA--TAAAAA-A--ACAA-------C--ATA-ATTT-TGCCTAAAATCCAA-ATGGAGTTGTCTC-------GC--TTG-GCCT--TTGAGGTTC-C-C--TAATGATAGGGATCACTCGCAA-----TGTGaacaacataattttgcctaaaatccaaatggagttgtctcgcttggcctttgaggttccctaatgatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|16 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtagtaactac--A--T--GT--G-AC-T--GTAACTG-AT-GT-GTGAC-T-------AGT-GTA-ACTG--AGACAGGATC----TTA-TAATAAT-AC---T--T-G--G-AC-A-------------AA-----------G-TA----TAAA-A--G-GAAC-----C--ATG-CTTA-TCCCT-AAATCGAA-ATTAGGTTGCCCCA----------------------AAG--TT-CACTTT-ATGAAAGAGCATACAC---A-----CATGAAGTTACGTTGATGAAGTATGtat
gi|17 : aaacacgtttacatgtCTCC--TAGAG--TC-C-CTTTAATAGTAGTTAACACAC---A-----CATTAAGATTtgagcatgcata
gi|17 : -AAGA--TTCTTTG-AT-GTTATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATAGAAGT----CTT-TTATTAA--C---T--TGT--AACT-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA----TAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTC-TGTCTAAAAGTAAA-AGTGAATTACCagaggataataatatactcaaattaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttttattaacttgtaactaaattttctaagtataaaaggggccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|18 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaatt-AA------AC--A--TT-GT--GTAAGT--TTCATTA-AT-GT-ACAAC-T-------AGTATTT-ATT-----------------------ATAAA-AC---T--G-G--AGCC-A-A------------------------G-TA--T--AAA-A--G-GGAC-----C--ATA-ATTC----------------ACA------TCCCA----CG-----TGTCCCC--ATGAG--TG-C-CTTTAATGGTAATGTTCACA-A--A-----CA-AACATTTCATTGAT---GTATGGGTA
gi|19 : tgaaaaaggacagagtaatcatttttacataaaacGAGTTATC--------TACAGTTTTCCTC----GAG--TT-C-GTTTTATGGTAATGAAAACAC---A-----TGTGAAGTTTGATTGAT---GTACGACTCGTAGTTAACTGCA-ATA---TGAGCATGTT-TATAACAT-T-TATT-ACC---A--C-A---T-TCC--TAAGTTTA
gi|19 : g------T--------A-A------TG------A-AA------AC--ACAT--GT--G-AAGT--TTGATTG-AT-GT-ACGAC-T-------CGTAGTTAACTG--CAATATGAGC----ATGTTTATAAC-AT---TTAT-T--A-CC-A-CA-TTCCT----AA-----------G-----TTTA-----------------C-------TTT-TGCCAATCATCAAA-ATAGAGGCATCCCA----CTcttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|2 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatggGAATTGGACAATAATAAGGGATATGCTATAAAC-TCTAACCC--GATTTTCTAAGTATAAAAAGGAATATAGTTTTAT--CAAA-ATACGATTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACGAATTTTTACTTCAATAC--TTAACACACCAATT--TTTTTCTAAATTAAATCTCAA--TAATATTTTTAGAGA-T-TGA-GTTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAATT-CAAT-TT--G-T-------TAGTAT-----A-CT-T--G--CG-GCAATAACTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CATG--T--------AACT-C------T--------A-A------TA------A-AA------AC--ACTT--GT--A-AAGT--CCCATTT-AT-GT-ATAA--T-------AGCAGTT-ACTG--AGATATGAGC----CTG-CTATAAA-AC---T--T-T----CT-G-AATCTTCT----AA-----------G-TAT-TTTAAACA--G-GG-------C--AAA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-TCTAAGTTACCCCA----CTAC--TTGTCCCT--TTTAC--TC-C-CTTTAATGCTTGTAAAGACATA--A-----TGTAAGGTTTTAATGGT---GCATGACTAGTAGTT-AGTAAG-ATA---GAAGCCTG-C-TAT-ACA--TGGACTGTCA---A--A-A---TGTTC--CAAGTATACAAAGGGtg
gi|20 : T--TACATTG-GT-AT-ATAAC-TGAAGTGTAGTAGTA-ACCG--AGATGTAAGC----GTG-TTGTAAA-ACA--T--T-T--A-TC-A-AAATATCT----AA-----------G-TA--T
gi|21 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcata------T--------A-G------TA------A-AC------AG--A--T--GTATG-ATGT--ACCACTG-AT-GT-AT----T-------AA-AATT-ATCG--AGATATTAAC----C-----AGAAA-ACAAGT--T-T--G-CCTA-AATGTTTT----AACGAAAAAGGACA-TG--TATAAA-A--G-GGC------C--ATT-ACTC-TGCCCAA
gi|22 : ccaattacaagttatcggTTTGT----AA-------------CA--TGTAAT-G--G-GT-------A--ATACATTC-TGCCTAAAGTCAAG-TCAAAGTTATCCCA----CTCC------CCCCTATTGAG--TC-G-GATCAATACTAGTGAATAC-----A-----TGTGAAGTTTCATTGTC---GTAT
gi|23 : tttctgagataggtaAACTGTACA-CAA--CAAAGCTTGCTCTAAAAATCTAATCC--AATTTTCTATGTttcta
gi|24 : tttataagaaacaaaaagctgtaagagaacagcagatttgactttttgaagtttgtgaagatggctgac--TTTAAA-ATTG-AC-------C--ACA-ACTC-TGACTAAAATCAAA-ACAGAGTTATTATATTTGCTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-
gi|25 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtataaaaacATGGGAAGTGGTA-ACTGAA-ATA---TGAGCATGTC-TAtgt
gi|25 : aaactatatatc-TGTCTAAGATCCAA-ATTGAGTTATCCCA----TT-----TGGCCCC--TTTAG--TC-T-CTTTTATGGTAGTAAATACAC---A-----CACGAAagatccaaattgagttatcccatttggcccctttagtctcttttatggtagtaaatacacacacgaa
gi|26 : aaactatatatcatgggaagtggtaactgaaatatgagcaCCC--TCAAG--TC-C-CCTTTATGGTGGTGAATACA-G--A-----CATGAAATTTCATTGAT---GAATGGGAAGTGATT-ACTGAC-CTT---TTAGCATG-C-
gi|28 : catgga--T--AT--G-AAAT--T-CAATGCACAGT-ACGAC-T-------AGTGGTT-ACTG--AGA-ACAAGC----TT-----TAAATTT---T--T-T--A-CC-A-AATTTctaaaaccttaaacaaaaaaag
gi|29 : acacaataataat--T--GT--T-AAGT--TTCATTG-AA-AT-ATGAC-T-------AGT---T-ACTG--AGATATGAGC----TAG-CAATAAA-AC---T--T-TA-A-TC-A-ATTTTTTC----AT-----------G-TA--T
gi|3 : AGCGAACACAC---A-----TGTGAAGTTTCATAGCT---GTACGGTTAGTAGTA-ACTTAG-ATA---AAAGTTTG-C-TGT-A-A----AACT-TGA---AC-A-AATTT-TTC--CAA
gi|3 : cctgtatcaTTAG--TAGTAACTT---AGA-T-AAAAGTTT--G-----C-T---GTAA--A--AC-----TTGAAC--AAAT-TTTTC-C-------AATTGTTTTTTA-A-----G--GG-GCTATAATTC-TGTCT------AAATTCAA---C-A------C---AAGAGTG---AT---CTC-A---TG--T--------GTCCTC------T-----------------TG------A-GA------A------T--GT--G-AA--------TTG-AT-GT-ATGAC-G-------AGTATTT-CCTG--AGATGTAAGT----TTG-CTAT---------T--T-A--A-CC-A-AATTTTCT----AC-----------A-TA--TAAGAA-T--G-GGT------C--A-G-ATTCATGCCTTATGCCAAA-ATGGAG-TAGCCCG------AC--ATGTCC------------C-C-CCATAATGGTAGTGAAAATAC------------------------AT---GTA----TAGTAGCT-ACTGAC-ATC---TGAGCTTA-C-TAT--CA----AACT-TTA---AACA-A---T-TTTTACAAGTATAAAAAGGGttgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|3 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggAGTATTTCCTGAGA-TGTAA-GTTT--G-----C-T---A---------------TTTAACC-AAAT-TTT-C-T-------ACATAT-----A-AG-AATG--GG-TCAG--ATTCATGCCTTATGCCAAA----A---T-G------G---A---GTA---GC---CCG-A-CATG--T--------CCCC-CCA----T--------A-A------TG------G-TA----------------GT--G-AAA------ATAC-AT-GT-AT------------AGTAGCT-ACTG--ACATCTGAGC----TTA-CTATCAA-AC---T--T-TA-A-AC-A-ATTTTTAC----AA-----------G-TA---TAAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTA-TGTCAAAAATTGTT-ACAGAGTTATTCCA----CTA-----GT-ATC--TTGAA--TC-C-CCTTTATAGTAG-------------------------------TGAT---GTACAGCTGGTAGTT-ATTGAT-ATA---GGAGCATG-CTTAA-ACA--T-gccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|30 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgTTATCCCA----CT-----TGGCTAC--TTAAG--TC-T-CTTTCATGACCGTCAATACAC---A-----CATGGAATTTCATTGAT---GTCTGGGTAGccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|31 : tTGAGC----TTG-CTA-AAA-AC---C--T-TAAA-CT-G-AATTTTC--------------------TC--TTTGAA-A--G-GGGGT----A--ATA-ATTT-TGCCT
gi|32 : GCAGTT-ACTG--AGATAAGAGC----TTT-CTATAAA-AC---T--T-TA-A-CC-A-AAATAACC----GA-----------G-TA--T
gi|33 : ttCC--CTAAA--TCAC-CTTTGA-GGTAGTAAACACAT---A-----TATGGAATTTCATTGAT---GTATGGaa
gi|34 : -GT-ATGACTT-------AGTGGCT-ATTG--ACATATGAAC----ATG-TTTTAA
gi|4 : attcaatgcacaTAATTCTAA--CAAA-ATACAA-------TTAT--GACATT----T-----A-TAC---------CTTTAATAC--TGAAAAT-TCTATTAAATTTCT--AATTAAATCTCAT--TAGTACTTTCTGCAA---TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAAAC-AAAT-TT--C-T-------AAATATA----A-AA-A--G--GG-ACAATAATTC-AGTCT------AAA----A------------T---A---GTA---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AT--A-----GA--G-ACAT--TTCATTG-GC-GT-GTGAC-T-------AGAAGTT-AGAGGTAGATGTAAGT----TTT-CTGTAAA-AC--------T--A-AC-ATAAGTTTCTTTTAAA-----------GACAGTTTTAAA-G--G-TG-------CT-ATC-ATGC-TATATAAAGTCAAATACA-AGTTA-----------AC--GTGTCCCT--GGGAG--TC-G-TCTTACAGATATTGAA-----G--A-----TGTGATATTCCATTGAC---ATATGACCAGTAGTT-AA-GAGTATAAACTAAGAATG-C--AA-GCAACT-AACT-G-----A--A-G---T-TTC--CAAGTAT
gi|5 : tGAACTGAACAGTAATACAAAGTATACTTTAAAAGTTTAGCCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGG--ATAATACTAA--CAAA-TTACAAATAAAGGTTA-TGGCC-CT----T----------G--TTCCAACT-----------AACATGCC--TT--ATTTTC--AATTAAATC-CAATTTA-TATTTTCTGAG----------TT--T-----T-TAAAAAAA--A--AA-----TTTAACC-AAAT-TT--G-TACAAAAAAATTAT-----A-AA-A------G-ATTATAATTC-TGCCT------AAA----A---CAG------TCTAA---GTT---AT---CTC-A-CCTG--T--------GCCC-C------T--------A-ATGGTAGTG------G-AG------AC--A-----GC--G-CAATACTTCATTG-AT-GT-ACG-------------------ACTG--AGTTATAAGC----ATG-CAATAA
gi|6 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaAACTGGAAAGTAATATGAGGTGTGCTATATAAATATAATCATAAAAATACTATGTATAAAAAGTGATGGAATTCTACTTCAAAGATATGA---AAC----CTGAAC-----------CTA-T-CA--GCTTTATTTTAATGC--TGAGCACACCAGTTC-AATAAC--AATTAAATCCCAA--GAGTATTTGCGAAAA-T-TGA-G-GT--T-----C-T---AGGA--C--AC-----TTGAAcat
gi|6 : tgtTAATTGTAGTGGCGACA-G--C-----TGTTCCATTCCATTGAT---AAATTACTAGTAGTT-ACCGGG-ATG---TGAGCATG-C-TGT-A-A----AACA-TCA---A--ATA---T-TT---AAAGTATTAAAGGGtaagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccattgataaattactagtagttaccgggatgtgagcatgctgtaaaacatcaaatatttaaagtattaaagggtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|6 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacaT--TCCATTG-AT-AA-ATTAC-T-------AGTAGTT-ACCG--GGATGTGAGC----ATG-CTGTAAA-AC-----------A-TC-A-AATATTTA----AA-----------G-TA--TT--AA-A--G-GGT------C--ATT-ATGC-TGCCTTAAGT---------AGTT-TC---------AT--TTGTCCCC--ATGAG--TT-C-CTtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|7 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccaGAACTGGACA---ATACAAAGGATGGTAAAAAACTCTAACCC--AATTTTTTAAGTATGAAAATGGAAATA--TCTGA--TAAA-ATACAAGTAAAAGTTAC--GAC-CCTAGAT---CC--TATGATTTTTTTCTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATT--AATTAC--AATTAAATCTAAA--TAGTTTTTTGAGAAAGG-TGA-GCTT--TAAAAAA-A---AAAA--A--AC-----TTTAATCAAAAT-TT--C-T-------TAGCAC-----A-AT-A--A--GA-ACAATTATTA-TTC---------------A---C-C------T--------TG---AC---CCC---TTTG--T--------G----G------T--------A-G------TG------A-GC------AC--A------T--A-ACAT--TTCATTG-AT-AT-ATGGG-T-------AATAACT-ACAG--AGATATAAAC----ATG-CTGAACA-AC---T--T-T--A-gtt
gi|8 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcT------AAA----A----------------A---GTTGGAAT---CCCCA-CTTG--TCCCCTGGAGTCC-C------TGTTATAGTA-A------TG------A-AA------AC--ACAT--TT--G-AAGC--TGCATTA-AT-GT-AAGTA-T-------AGTAGTT-ACTG--AAAAATGAGT----TTA-CCAAACA-GT---T--A-A--A-CC-A-AATTTTCT----TA-----------A-TA----TAAA-AT-G-GG-------C---TA-ATTC-TACCT-AAATCATA-ACAGATTTATTGC-------AC--TTGT-CCC--TTGAG--TC-T-CTTTAATGATA-TG-----ATG--A-----CGC-ATGTTTTATTGAT---ATATG-------------TGAG-ATT---TGAACATT-C-CTT-A-A----AACT-TTACCCA--A-A---T-TTT--TAAG
gi|9 : ttaatgctacaaaaaaatttaaaA-GCTTGTT-----A-T---AAAA--CGAA---------AAAC-AAAT-TT--TAT-------GAATAT-----A-AAGA--G--AG-GCCATAATTG-TTCCT------TAA----A---T-GAAAAGCC---A---GTT---ACGAGCAC-ATCCAG--T--------GCCG-G------T--------A-A------------------------ACCGA--TT-GT--G-ATGT--TTCATTG-AT-GT-ATGGG-T-------AGAAGTT-GCTG--AGATATAAAC----TTG-CTA-AAA-AC---T--T-TA-A-CC-A-ACTTTTCT----AT-----------G-TA----TAAAGG--G-GG-------A--ATA-CTTC-TGCCTAAAACC-GA-ACAGAGTTATCATA----CT----TT-------------------------ATAGTAGCGACTTTATG--------TGTCAAGTTGTATTGAT---GTATGGATAGTAGTT-ACTGgagataaacatgccacaattctgtttaatatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCAGAGAACAGCATGTTCCAATTTTGTAAACTCACCTTCAAACAGCTATTGGACGACTAAGATACATGCTGTAGAACTCTATCCCAATATTGTAAGTAACAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 111 7777777777777777777777777777777777777 11111111 222 11111111111111 111111111111 111 222222222222 1111111111111111 111111 44444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111111111111111111111111 2222222222 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 3 0 5 111 333 0 77 5 2 9999999999999999999999999999999999999 44 66 77777777 0 66 1 777 6 000 3 4 33333333333333 999999999999 111 4 222222222222 9999999999999999 4 4 000000 7777 77777777777777777777 555 555 777 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 2 22 0 1 1 1 3 5555555 0 1 22 55555 2222 1 444 22 5555555 1 1 2 7777777777777777777777777777 4 66 2 7777777777 2 1 4 2 55555555555555 1 4444 22 1 1 1 4 4 6666666666 0 0 2 333 2 2 2 3 555 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . . . ... ... . .. . . ..................................... .. .. ........ . .. . ... . ... . . .............. ............ ... . ............ ................ . . ...... .... .................... ... ... ... .. .................................................................. .. . .. . . . . . ....... . . .. ..... .... . ... .. ....... . . . ............................ . .. . .......... . . . . .............. . .... .. . . . . . .......... . . . ... . . . . ... ..........................................
lowQualScore : 2 3 7 777 888 1 99 7 7 9999999999999999999999999999999999999 66 99 11111111 5 99 4 444 3 777 6 9 55555555555555 555555555555 333 0 000000000000 6666666666666666 0 0 555555 7777 55555555555555555555 888 888 888 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 0 55 4 8 7 7 3 4444444 2 6 22 77777 3333 7 666 44 9999999 8 8 2 8888888888888888888888888888 0 88 0 1111111111 0 9 2 1 77777777777777 3 3333 66 9 9 0 3 9 2222222222 6 4 1 777 8 9 9 1 888 777777777777777777777777777777777777777777
consensus : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--T-T--A-CC-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA--TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
Reference ( family-1613 ) : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--T-T--A-CC-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA--TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
gi|1 : AATATGGTGCATACCACAAAAATCTAACC----ACTTTTTAAGTACAAAAATGTAAATAATTTTAA--CAAA-ATATAAGTTAAGGTAAT-GCAC-TT----TTTCCCAGTGAG--TTTTTTCCTTAATAC--TGACCACA------------TC--AGTTAAATATCAT--TAA------CAGAGA-TATGA-GTTT--T-----C-T---AAAAATC--ACATTTTTTTAA---AAG----------------AAGTAT-----A-AT-A--A--GA-ACAATGATTC-TG--T------AAA----AAAAC-A------G---A---GTT---GT---CCC-C-CTTG--T--------ACTC-A------T--------A-A------TG------G-AAGTGAAGAT--A--TTTGT--G-AAGT--TTAATTA-AT-GT-TTGAC-T-------AGAAATT-ATTG--AAATATGAGC----TTG-CAATGAA-AC---T--T---------A-AA----CC----AA-----------G-TA--TTAAAC-A--G-GG-------C--ATA-ACTC-CACCTAACATCAAA-TCAGTATTATTCC-------AC--TTGTCCCC--TGGAG--TC-C-ATTTAATGGTAGTAAACACACA--AACATGTATGACGTCCCATT-G-----GTA--ACTAGTACT-T-ACTGAG-ATA---GAATCATG-A-TAT-A-A--T-ATTT-ATA---A--A-------------AAGTATAAAAAGGG
gi|10 : GGTATATAATTTTAA--TAAA-AT----GTAA-------TGG--------------CA-CACT--TTTTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTC-ATTTTC--AATTAAATCCCAA--TAGTATTTTCTGAGG-TATGA-GCTC--T-----C-A---AACA--C--AC-----Tccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|11 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTTAACC-AAATACC--C-C-------AAGTAT-----ACAG-G--GTGGG-GTAATAATTC-AGCTT------AAA----A---T-GGACACAT---G---CTT---AT---CTC-A-CTTA--TCTTTCTGGGTCC-AA-----T--------ATA------TGGGAGTTA-AG------AC--ACGT--GT--G-AAGT--GTAATTG-AT-GT-AC-AC-T-------AGT---T-ACTA--AGATAAGAGC----TTG---GTAAA-AA---T--C-A--A-AC-A-AATATTCT----GT-----------G-CA--T--AAA-A--C-GT-------TCAATA-ACTC-TGCCTAAAATCATA-ACAGAGTTATC-------CTAT--TTGTCTCC--TTGaaagaag
gi|12 : gaAATA---TGAAAATAATAACA--GTATTC--AATTAAATCCTAT--TAGTACTTTC-GACA-TATGA-GATT--T-----AAT---AAAA----------------GC---GAT-TT--C-T-------ATGTAT-----A-AA-A--A--AATGCAATCATTC-AGCCT------CAA----A---C-A------G---A---GTT---AC---CCT-A-CTTG--A--------GGCC-CTATTGAT--------A-A------TG------G-AA------ACAGA--T--GT--A-CTGT--TTCTTTG-GT-GC-ATGGCGT-------A-TAGTC-TCTA--AAATGTAAGCTCATTTG-TTATAAA-AC---gat
gi|13 : gtgaccatttggacattctg-GT-ACGAC-T-------TGTGGTT-ACTG--AGATAAGAAC----ATA-CTATAAA-CC---T--T-TA-A-CC-C-AATTTTCTA---AA-----------G-TA---TAAAA-A--G-CGATACAATT--ACA-ATTC-TAAC-AAAATC-AA-ACAAAGTagtaacca
gi|14 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacaT---GT---CCC---CTTGAGT--------ACCT-CCGA---T--------A-G------TA------AGAA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TCCAGTG-AA-TC-AAGTC-A-------AGTAGTT-ACTA--AGAAATGAGA----TTG-CAGAAAA-GC---T--T-----------AATTTT---------------------TA--TATAAA-AT-G-CC-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCTAA-ACAGAGTTA-ATCA------AC--GTGAACGC--TGGAG--TC-T-CCTGTATGGTCGTGAACAC-CA--G-----CATAAAGTTTCATT-GAT---GTAaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|15 : gaTTATCC-A------AT--TTGTCCC---TCGGG--TT-C-CATTCATGGTAGTAACTACA-A--A-----CATGAAGTTTCATT-GAT---GTATAGGTAGTGGC-T-ACCGAG-ACA---TGAGCAC---------------AAAT-GTA---A--A-A---G-T------AGTATAAAAA
gi|15 : -AA------AC--A--T--G-----AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATAGG-T-------AGTGGCT-ACCG--AGACATGAGC----------ACAAA------T--G-T--A----A-AAGT---------A-----------G-TA--TAAAAA-A--ACAA-------C--ATA-ATTT-TGCCTAAAATCCAA-ATGGAGTTGTCTC-------GC--TTG-GCCT--TTGAGGTTC-C-C--TAATGATAGGGATCACTCGCAA-----TGTGaacaacataattttgcctaaaatccaaatggagttgtctcgcttggcctttgaggttccctaatgatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|16 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtagtaactac--A--T--GT--G-AC-T--GTAACTG-AT-GT-GTGAC-T-------AGT-GTA-ACTG--AGACAGGATC----TTA-TAATAAT-AC---T--T-G--G-AC-A-------------AA-----------G-TA----TAAA-A--G-GAAC-----C--ATG-CTTA-TCCCT-AAATCGAA-ATTAGGTTGCCCCA----------------------AAG--TT-CACTTT-ATGAAAGAGCATACAC---A-----CATGAAGTTACGTT-GATGAAGTATGtat
gi|17 : aaacacgtttacatgtCTCC--TAGAG--TC-C-CTTTAATAGTAGTTAACACAC---A-----CATTAAG----ATTAGA--------GGATAATAATAT-ACTCAA-ATtgagcatgcata
gi|17 : -AAGA--TTCTTTG-AT-GTTATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATAGAAGT----CTT-TTATTAA--C---T--TGT--AACT-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA----TAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTC-TGTCTAAAAGTAAA-AGTGAATTACCtaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttttattaacttgtaactaaattttctaagtataaaaggggccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|18 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaatt-AA------AC--A--TT-GT--GTAAGT--TTCATTA-AT-GT-ACAAC-T-------AGTATTT-ATT-----------------------ATAAA-AC---T--G-G--AGCC-A-A------------------------G-TA--T--AAA-A--G-GGAC-----C--ATA-ATTC----------------ACA------TCCCA----CG-----TGTCCCC--ATGAG--TG-C-CTTTAATGGTAATGTTCACA-A--A-----CA-AACATTTCATT-GAT---GTATGGGTA
gi|19 : tgaaaaaggacagagtaatcatttttacataaaacGAGTTATC--------TACAGTTTTCCTC----GAG--TT-C-GTTTTATGGTAATGAAAACAC---A-----TGTGAAGTTTGATT-GAT---GTACGACTCGTAGT-TAACTGCA-ATA---TGAGCATGTT-TATAACAT-T-TATT-ACC---A--C-A---T-TCC--TAAGTTTA
gi|19 : g------T--------A-A------TG------A-AA------AC--ACAT--GT--G-AAGT--TTGATTG-AT-GT-ACGAC-T-------CGTAGTTAACTG--CAATATGAGC----ATGTTTATAAC-AT---TTAT-T--A-CC-A-CA-TTCCT----AA-----------G-----TTTA-----------------C-------TTT-TGCCAATCATCAAA-ATAGAGGCATCCCA----CTcttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|2 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatggGAATTGGACAATAATAAGGGATATGCTATAAAC-TCTAACCC--GATTTTCTAAGTATAAAAAGGAATATAGTTTTAT--CAAA-ATACGATTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACGAATTTTTACTTCAATAC--TTAACACACCAATT--TTTTTCTAAATTAAATCTCAA--TAATATTTTTAGAGA-T-TGA-GTTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAATT-CAAT-TT--G-T-------TAGTAT-----A-CT-T--G--CG-GCAATAACTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CATG--T--------AACT-C------T--------A-A------TA------A-AA------AC--ACTT--GT--A-AAGT--CCCATTT-AT-GT-ATAA--T-------AGCAGTT-ACTG--AGATATGAGC----CTG-CTATAAA-AC---T--T-T----CT-G-AATCTTCT----AA-----------G-TAT-TTTAAACA--G-GG-------C--AAA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-TCTAAGTTACCCCA----CTAC--TTGTCCCT--TTTAC--TC-C-CTTTAATGCTTGTAAAGACATA--A-----TGTAAGGTTTTAAT-GGT---GCATGACTAGTAGT-T-AGTAAG-ATA---GAAGCCTG-C-TAT-ACA--TGGACTGTCA---A--A-A---TGTTC--CAAGTATACAAAGGGtg
gi|20 : T--TACATTG-GT-AT-ATAAC-TGAAGTGTAGTAGTA-ACCG--AGATGTAAGC----GTG-TTGTAAA-ACA--T--T-T--A-TC-A-AAATATCT----AA-----------G-TA--T
gi|21 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcata------T--------A-G------TA------A-AC------AG--A--T--GTATG-ATGT--ACCACTG-AT-GT-AT----T-------AA-AATT-ATCG--AGATATTAAC----C-----AGAAA-ACAAGT--T-T--G-CCTA-AATGTTTT----AACGAAAAAGGACA-TG--TATAAA-A--G-GGC------C--ATT-ACTC-TGCCCAA
gi|22 : ccaattacaagttatcggTTTGT----AA-------------CA--TGTAAT-G--G-GT-------A--ATACATTC-TGCCTAAAGTCAAG-TCAAAGTTATCCCA----CTCC------CCCCTATTGAG--TC-G-GATCAATACTAGTGAATAC-----A-----TGTGAAGTTTCATT-GTC---GTAT
gi|23 : tttctgagataggtaAACTGTACA-CAA--CAAAGCTTGCTCTAAAAATCTAATCC--AATTTTCTATGTttcta
gi|24 : tttataagaaacaaaaagctgtaagagaacagcagatttgactttttgaagtttgtgaagatggctgac--TTTAAA-ATTG-AC-------C--ACA-ACTC-TGACTAAAATCAAA-ACAGAGTTATTATATTTGCTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-
gi|25 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtataaaaacATGGGAAGTGGT-A-ACTGAA-ATA---TGAGCATGTC-TAtgt
gi|25 : aaactatatatc-TGTCTAAGATCCAA-ATTGAGTTATCCCA----TT-----TGGCCCC--TTTAG--TC-T-CTTTTATGGTAGTAAATACAC---A-----CACGAAagatccaaattgagttatcccatttggcccctttagtctcttttatggtagtaaatacacacacgaa
gi|26 : aaactatatatcatgggaagtggtaactgaaatatgagcaCCC--TCAAG--TC-C-CCTTTATGGTGGTGAATACA-G--A-----CATGAAATTTCATT-GAT---GAATGGGAAGTGAT-T-ACTGAC-CTT---TTAGCATG-C-
gi|28 : catgga--T--AT--G-AAAT--T-CAATGCACAGT-ACGAC-T-------AGTGGTT-ACTG--AGA-ACAAGC----TT-----TAAATTT---T--T-T--A-CC-A-AATTTctaaaaccttaaacaaaaaaag
gi|29 : acacaataataat--T--GT--T-AAGT--TTCATTG-AA-AT-ATGAC-T-------AGT---T-ACTG--AGATATGAGC----TAG-CAATAAA-AC---T--T-TA-A-TC-A-ATTTTTTC----AT-----------G-TA--T
gi|3 : AGCGAACACAC---A-----TGTGAAGTTTCATA-GCT---GTACGGTTAGTAGT-A-ACTTAG-ATA---AAAGTTTG-C-TGT-A-A----AACT-TGA---AC-A-AATTT-TTC--CAA
gi|3 : cctgtatcaTTAG--TAGTAACTT---AGA-T-AAAAGTTT--G-----C-T---GTAA--A--AC-----TTGAAC--AAAT-TTTTC-C-------AATTGTTTTTTA-A-----G--GG-GCTATAATTC-TGTCT------AAATTCAA---C-A------C---AAGAGTG---AT---CTC-A---TG--T--------GTCCTC------T-----------------TG------A-GA------A------T--GT--G-AA--------TTG-AT-GT-ATGAC-G-------AGTATTT-CCTG--AGATGTAAGT----TTG-CTAT---------T--T-A--A-CC-A-AATTTTCT----AC-----------A-TA--TAAGAA-T--G-GGT------C--A-G-ATTCATGCCTTATGCCAAA-ATGGAG-TAGCCCG------AC--ATGTCC------------C-C-CCATAATGGTAGTGAAAATAC-------------------------AT---GTA----TAGTAGC-T-ACTGAC-ATC---TGAGCTTA-C-TAT--CA----AACT-TTA---AACA-A---T-TTTTACAAGTATAAAAAGGGttgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|3 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggAGTATTTCCTGAGA-TGTAA-GTTT--G-----C-T---A---------------TTTAACC-AAAT-TTT-C-T-------ACATAT-----A-AG-AATG--GG-TCAG--ATTCATGCCTTATGCCAAA----A---T-G------G---A---GTA---GC---CCG-A-CATG--T--------CCCC-CCA----T--------A-A------TG------G-TA----------------GT--G-AAA------ATAC-AT-GT-AT------------AGTAGCT-ACTG--ACATCTGAGC----TTA-CTATCAA-AC---T--T-TA-A-AC-A-ATTTTTAC----AA-----------G-TA---TAAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTA-TGTCAAAAATTGTT-ACAGAGTTATTCCA----CTA-----GT-ATC--TTGAA--TC-C-CCTTTATAGTAG-------------------------------T-GAT---GTACAGCTGGTAGT-T-ATTGAT-ATA---GGAGCATG-CTTAA-ACA--T-gccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|30 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgTTATCCCA----CT-----TGGCTAC--TTAAG--TC-T-CTTTCATGACCGTCAATACAC---A-----CATGGAATTTCATT-GAT---GTCTGGGTAGccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|31 : tTGAGC----TTG-CTA-AAA-AC---C--T-TAAA-CT-G-AATTTTC--------------------TC--TTTGAA-A--G-GGGGT----A--ATA-ATTT-TGCCT
gi|32 : GCAGTT-ACTG--AGATAAGAGC----TTT-CTATAAA-AC---T--T-TA-A-CC-A-AAATAACC----GA-----------G-TA--T
gi|33 : ttCC--CTAAA--TCAC-CTTTGA-GGTAGTAAACACAT---A-----TATGGAATTTCATT-GAT---GTATGGaa
gi|34 : -GT-ATGACTT-------AGTGGCT-ATTG--ACATATGAAC----ATG-TTTTAA
gi|4 : attcaatgcacaTAATTCTAA--CAAA-ATACAA-------TTAT--GACATT----T-----A-TAC---------CTTTAATAC--TGAAAAT-TCTATTAAATTTCT--AATTAAATCTCAT--TAGTACTTTCTGCAA---TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAAAC-AAAT-TT--C-T-------AAATATA----A-AA-A--G--GG-ACAATAATTC-AGTCT------AAA----A------------T---A---GTA---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AT--A-----GA--G-ACAT--TTCATTG-GC-GT-GTGAC-T-------AGAAGTT-AGAGGTAGATGTAAGT----TTT-CTGTAAA-AC--------T--A-AC-ATAAGTTTCTTTTAAA-----------GACAGTTTTAAA-G--G-TG-------CT-ATC-ATGC-TATATAAAGTCAAATACA-AGTTA-----------AC--GTGTCCCT--GGGAG--TC-G-TCTTACAGATATTGAA-----G--A-----TGTGATATTCCATT-GAC---ATATGACCAGTAGT-T-AA-GAGTATAAACTAAGAATG-C--AA-GCAACT-AACT-G-----A--A-G---T-TTC--CAAGTAT
gi|5 : tGAACTGAACAGTAATACAAAGTATACTTTAAAAGTTTAGCCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGG--ATAATACTAA--CAAA-TTACAAATAAAGGTTA-TGGCC-CT----T----------G--TTCCAACT-----------AACATGCC--TT--ATTTTC--AATTAAATC-CAATTTA-TATTTTCTGAG----------TT--T-----T-TAAAAAAA--A--AA-----TTTAACC-AAAT-TT--G-TACAAAAAAATTAT-----A-AA-A------G-ATTATAATTC-TGCCT------AAA----A---CAG------TCTAA---GTT---AT---CTC-A-CCTG--T--------GCCC-C------T--------A-ATGGTAGTG------G-AG------AC--A-----GC--G-CAATACTTCATTG-AT-GT-ACG-------------------ACTG--AGTTATAAGC----ATG-CAATAA
gi|6 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaAACTGGAAAGTAATATGAGGTGTGCTATATAAATATAATCATAAAAATACTATGTATAAAAAGTGATGGAATTCTACTTCAAAGATATGA---AAC----CTGAAC-----------CTA-T-CA--GCTTTATTTTAATGC--TGAGCACACCAGTTC-AATAAC--AATTAAATCCCAA--GAGTATTTGCGAAAA-T-TGA-G-GT--T-----C-T---AGGA--C--AC-----TTGAAcat
gi|6 : tgtTAATTGTAGTGGCGACA-G--C-----TGTTCCATTCCATT-GAT---AAATTACTAGTAGT-T-ACCGGG-ATG---TGAGCATG-C-TGT-A-A----AACA-TCA---A--ATA---T-TT---AAAGTATTAAAGGGtaagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccattgataaattactagtagttaccgggatgtgagcatgctgtaaaacatcaaatatttaaagtattaaagggtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|6 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacaT--TCCATTG-AT-AA-ATTAC-T-------AGTAGTT-ACCG--GGATGTGAGC----ATG-CTGTAAA-AC-----------A-TC-A-AATATTTA----AA-----------G-TA--TT--AA-A--G-GGT------C--ATT-ATGC-TGCCTTAAGT---------AGTT-TC---------AT--TTGTCCCC--ATGAG--TT-C-CTtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|7 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccaGAACTGGACA---ATACAAAGGATGGTAAAAAACTCTAACCC--AATTTTTTAAGTATGAAAATGGAAATA--TCTGA--TAAA-ATACAAGTAAAAGTTAC--GAC-CCTAGAT---CC--TATGATTTTTTTCTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATT--AATTAC--AATTAAATCTAAA--TAGTTTTTTGAGAAAGG-TGA-GCTT--TAAAAAA-A---AAAA--A--AC-----TTTAATCAAAAT-TT--C-T-------TAGCAC-----A-AT-A--A--GA-ACAATTATTA-TTC---------------A---C-C------T--------TG---AC---CCC---TTTG--T--------G----G------T--------A-G------TG------A-GC------AC--A------T--A-ACAT--TTCATTG-AT-AT-ATGGG-T-------AATAACT-ACAG--AGATATAAAC----ATG-CTGAACA-AC---T--T-T--A-gtt
gi|8 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcT------AAA----A----------------A---GTTGGAAT---CCCCA-CTTG--TCCCCTGGAGTCC-C------TGTTATAGTA-A------TG------A-AA------AC--ACAT--TT--G-AAGC--TGCATTA-AT-GT-AAGTA-T-------AGTAGTT-ACTG--AAAAATGAGT----TTA-CCAAACA-GT---T--A-A--A-CC-A-AATTTTCT----TA-----------A-TA----TAAA-AT-G-GG-------C---TA-ATTC-TACCT-AAATCATA-ACAGATTTATTGC-------AC--TTGT-CCC--TTGAG--TC-T-CTTTAATGATA-TG-----ATG--A-----CGC-ATGTTTTATT-GAT---ATATG--------------TGAG-ATT---TGAACATT-C-CTT-A-A----AACT-TTACCCA--A-A---T-TTT--TAAG
gi|9 : ttaatgctacaaaaaaatttaaaA-GCTTGTT-----A-T---AAAA--CGAA---------AAAC-AAAT-TT--TAT-------GAATAT-----A-AAGA--G--AG-GCCATAATTG-TTCCT------TAA----A---T-GAAAAGCC---A---GTT---ACGAGCAC-ATCCAG--T--------GCCG-G------T--------A-A------------------------ACCGA--TT-GT--G-ATGT--TTCATTG-AT-GT-ATGGG-T-------AGAAGTT-GCTG--AGATATAAAC----TTG-CTA-AAA-AC---T--T-TA-A-CC-A-ACTTTTCT----AT-----------G-TA----TAAAGG--G-GG-------A--ATA-CTTC-TGCCTAAAACC-GA-ACAGAGTTATCATA----CT----TT-------------------------ATAGTAGCGACTTTATG--------TGTCAAGTTGTATT-GAT---GTATGGATAGTAGT-T-ACTGgagataaacatgccacaattctgtttaatatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCAGAGAACAGCATGTTCCAATTTTGTAAACTCACCTTCAAACAGCTATTGGACGACTAAGATACATGCTGTAGAACTCTATCCCAATATTGTAAGTAACAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 111 7777777777777777777777777777777777777 11111111 222 11111111111111 111111111111 111 222222222222 1111111111111111 111111 44444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111111111111111111111111 2222222222 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 3 0 5 111 333 0 77 5 2 9999999999999999999999999999999999999 44 66 77777777 0 66 1 777 6 000 3 4 33333333333333 999999999999 111 4 222222222222 9999999999999999 4 4 000000 7777 77777777777777777777 555 555 777 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 2 22 0 1 1 1 3 5555555 0 1 22 55555 2222 1 444 22 5555555 1 1 2 7777777777777777777777777777 4 66 2 7777777777 2 1 4 2 55555555555555 1 4444 22 1 1 1 4 4 6666666666 0 0 2 333 2 2 2 3 555 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . . . ... ... . .. . . ..................................... .. .. ........ . .. . ... . ... . . .............. ............ ... . ............ ................ . . ...... .... .................... ... ... ... .. .................................................................. .. . .. . . . . . ....... . . .. ..... .... . ... .. ....... . . . ............................ . .. . .......... . . . . .............. . .... .. . . . . . .......... . . . ... . . . . ... ..........................................
lowQualScore : 2 3 7 777 888 1 99 7 7 9999999999999999999999999999999999999 66 99 11111111 5 99 4 444 3 777 6 9 55555555555555 555555555555 333 0 000000000000 6666666666666666 0 0 555555 7777 55555555555555555555 888 888 888 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 0 55 4 8 7 7 3 4444444 2 6 22 77777 3333 7 666 44 9999999 8 8 2 8888888888888888888888888888 0 88 0 1111111111 0 9 2 1 77777777777777 3 3333 66 9 9 0 3 9 2222222222 6 4 1 777 8 9 9 1 888 777777777777777777777777777777777777777777
consensus : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--T-T--A-CC-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA--TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
Reference ( family-1613 ) : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--T-T--A-CC-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA--TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
gi|1 : AATATGGTGCATACCACAAAAATCTAACC----ACTTTTTAAGTACAAAAATGTAAATAATTTTAA--CAAA-ATATAAGTTAAGGTAAT-GCAC-TT----TTTCCCAGTGAG--TTTTTTCCTTAATAC--TGACCACA------------TC--AGTTAAATATCAT--TAA------CAGAGA-TATGA-GTTT--T-----C-T---AAAAATC--ACATTTTTTTAA---AAG----------------AAGTAT-----A-AT-A--A--GA-ACAATGATTC-TG--T------AAA----AAAAC-A------G---A---GTT---GT---CCC-C-CTTG--T--------ACTC-A------T--------A-A------TG------G-AAGTGAAGAT--A--TTTGT--G-AAGT--TTAATTA-AT-GT-TTGAC-T-------AGAAATT-ATTG--AAATATGAGC----TTG-CAATGAA-AC---T--T---------A-AA----CC----AA-----------G-TA--TTAAAC-A--G-GG-------C--ATA-ACTC-CACCTAACATCAAA-TCAGTATTATTCC-------AC--TTGTCCCC--TGGAG--TC-C-ATTTAATGGTAGTAAACACACA--AACATGTATGACGTCCCATT-G-----GTA--ACTAGTACT-T-ACTGAG-ATA---GAATCATG-A-TAT-A-A--T-ATTT-ATA---A--A-------------AAGTATAAAAAGGG
gi|10 : GGTATATAATTTTAA--TAAA-AT----GTAA-------TGG--------------CA-CACT--TTTTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTC-ATTTTC--AATTAAATCCCAA--TAGTATTTTCTGAGG-TATGA-GCTC--T-----C-A---AACA--C--AC-----Tccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|11 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTTAACC-AAATACC--C-C-------AAGTAT-----ACAG-G--GTGGG-GTAATAATTC-AGCTT------AAA----A---T-GGACACAT---G---CTT---AT---CTC-A-CTTA--TCTTTCTGGGTCC-AA-----T--------ATA------TGGGAGTTA-AG------AC--ACGT--GT--G-AAGT--GTAATTG-AT-GT-AC-AC-T-------AGT---T-ACTA--AGATAAGAGC----TTG---GTAAA-AA---T--C-A--A-AC-A-AATATTCT----GT-----------G-CA--T--AAA-A--C-GT-------TCAATA-ACTC-TGCCTAAAATCATA-ACAGAGTTATC-------CTAT--TTGTCTCC--TTGaaagaag
gi|12 : gaAATA---TGAAAATAATAACA--GTATTC--AATTAAATCCTAT--TAGTACTTTC-GACA-TATGA-GATT--T-----AAT---AAAA----------------GC---GAT-TT--C-T-------ATGTAT-----A-AA-A--A--AATGCAATCATTC-AGCCT------CAA----A---C-A------G---A---GTT---AC---CCT-A-CTTG--A--------GGCC-CTATTGAT--------A-A------TG------G-AA------ACAGA--T--GT--A-CTGT--TTCTTTG-GT-GC-ATGGCGT-------A-TAGTC-TCTA--AAATGTAAGCTCATTTG-TTATAAA-AC---gat
gi|13 : gtgaccatttggacattctg-GT-ACGAC-T-------TGTGGTT-ACTG--AGATAAGAAC----ATA-CTATAAA-CC---T--T-TA-A-CC-C-AATTTTCTA---AA-----------G-TA---TAAAA-A--G-CGATACAATT--ACA-ATTC-TAAC-AAAATC-AA-ACAAAGTagtaacca
gi|14 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacaT---GT---CCC---CTTGAGT--------ACCT-CCGA---T--------A-G------TA------AGAA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TCCAGTG-AA-TC-AAGTC-A-------AGTAGTT-ACTA--AGAAATGAGA----TTG-CAGAAAA-GC---T--T-----------AATTTT---------------------TA--TATAAA-AT-G-CC-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCTAA-ACAGAGTTA-ATCA------AC--GTGAACGC--TGGAG--TC-T-CCTGTATGGTCGTGAACAC-CA--G-----CATAAAGTTTCATT-GAT---GTAaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|15 : gaTTATCC-A------AT--TTGTCCC---TCGGG--TT-C-CATTCATGGTAGTAACTACA-A--A-----CATGAAGTTTCATT-GAT---GTATAGGTAGTGGC-T-ACCGAG-ACA---TGAGCAC---------------AAAT-GTA---A--A-A---G-T------AGTATAAAAA
gi|15 : -AA------AC--A--T--G-----AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATAGG-T-------AGTGGCT-ACCG--AGACATGAGC----------ACAAA------T--G-T--A----A-AAGT---------A-----------G-TA--TAAAAA-A--ACAA-------C--ATA-ATTT-TGCCTAAAATCCAA-ATGGAGTTGTCTC-------GC--TTG-GCCT--TTGAGGTTC-C-C--TAATGATAGGGATCACTCGCAA-----TGTGaacaacataattttgcctaaaatccaaatggagttgtctcgcttggcctttgaggttccctaatgatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|16 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtagtaactac--A--T--GT--G-AC-T--GTAACTG-AT-GT-GTGAC-T-------AGT-GTA-ACTG--AGACAGGATC----TTA-TAATAAT-AC---T--T-G--G-AC-A-------------AA-----------G-TA----TAAA-A--G-GAAC-----C--ATG-CTTA-TCCCT-AAATCGAA-ATTAGGTTGCCCCA----------------------AAG--TT-CACTTT-ATGAAAGAGCATACAC---A-----CATGAAGTTACGTT-GATGAAGTATGtat
gi|17 : aaacacgtttacatgtCTCC--TAGAG--TC-C-CTTTAATAGTAGTTAACACAC---A-----CATTAAG----ATTAGA--------GGATAATAATAT-ACTCAA-ATtgagcatgcata
gi|17 : -AAGA--TTCTTTG-AT-GTTATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATAGAAGT----CTT-TTATTAA--C---T--TGT--AACT-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA----TAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTC-TGTCTAAAAGTAAA-AGTGAATTACCtaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttttattaacttgtaactaaattttctaagtataaaaggggccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|18 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaatt-AA------AC--A--TT-GT--GTAAGT--TTCATTA-AT-GT-ACAAC-T-------AGTATTT-ATT-----------------------ATAAA-AC---T--G-G--AGCC-A-A------------------------G-TA--T--AAA-A--G-GGAC-----C--ATA-ATTC----------------ACA------TCCCA----CG-----TGTCCCC--ATGAG--TG-C-CTTTAATGGTAATGTTCACA-A--A-----CA-AACATTTCATT-GAT---GTATGGGTA
gi|19 : tgaaaaaggacagagtaatcatttttacataaaacGAGTTATC--------TACAGTTTTCCTC----GAG--TT-C-GTTTTATGGTAATGAAAACAC---A-----TGTGAAGTTTGATT-GAT---GTACGACTCGTAGT-TAACTGCA-ATA---TGAGCATGTT-TATAACAT-T-TATT-ACC---A--C-A---T-TCC--TAAGTTTA
gi|19 : g------T--------A-A------TG------A-AA------AC--ACAT--GT--G-AAGT--TTGATTG-AT-GT-ACGAC-T-------CGTAGTTAACTG--CAATATGAGC----ATGTTTATAAC-AT---TTAT-T--A-CC-A-CA-TTCCT----AA-----------G-----TTTA-----------------C-------TTT-TGCCAATCATCAAA-ATAGAGGCATCCCA----CTcttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|2 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatggGAATTGGACAATAATAAGGGATATGCTATAAAC-TCTAACCC--GATTTTCTAAGTATAAAAAGGAATATAGTTTTAT--CAAA-ATACGATTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACGAATTTTTACTTCAATAC--TTAACACACCAATT--TTTTTCTAAATTAAATCTCAA--TAATATTTTTAGAGA-T-TGA-GTTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAATT-CAAT-TT--G-T-------TAGTAT-----A-CT-T--G--CG-GCAATAACTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CATG--T--------AACT-C------T--------A-A------TA------A-AA------AC--ACTT--GT--A-AAGT--CCCATTT-AT-GT-ATAA--T-------AGCAGTT-ACTG--AGATATGAGC----CTG-CTATAAA-AC---T--T-T----CT-G-AATCTTCT----AA-----------G-TAT-TTTAAACA--G-GG-------C--AAA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-TCTAAGTTACCCCA----CTAC--TTGTCCCT--TTTAC--TC-C-CTTTAATGCTTGTAAAGACATA--A-----TGTAAGGTTTTAAT-GGT---GCATGACTAGTAGT-T-AGTAAG-ATA---GAAGCCTG-C-TAT-ACA--TGGACTGTCA---A--A-A---TGTTC--CAAGTATACAAAGGGtg
gi|20 : T--TACATTG-GT-AT-ATAAC-TGAAGTGTAGTAGTA-ACCG--AGATGTAAGC----GTG-TTGTAAA-ACA--T--T-T--A-TC-A-AAATATCT----AA-----------G-TA--T
gi|21 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcata------T--------A-G------TA------A-AC------AG--A--T--GTATG-ATGT--ACCACTG-AT-GT-AT----T-------AA-AATT-ATCG--AGATATTAAC----C-----AGAAA-ACAAGT--T-T--G-CCTA-AATGTTTT----AACGAAAAAGGACA-TG--TATAAA-A--G-GGC------C--ATT-ACTC-TGCCCAA
gi|22 : ccaattacaagttatcggTTTGT----AA-------------CA--TGTAAT-G--G-GT-------A--ATACATTC-TGCCTAAAGTCAAG-TCAAAGTTATCCCA----CTCC------CCCCTATTGAG--TC-G-GATCAATACTAGTGAATAC-----A-----TGTGAAGTTTCATT-GTC---GTAT
gi|23 : tttctgagataggtaAACTGTACA-CAA--CAAAGCTTGCTCTAAAAATCTAATCC--AATTTTCTATGTttcta
gi|24 : tttataagaaacaaaaagctgtaagagaacagcagatttgactttttgaagtttgtgaagatggctgac--TTTAAA-ATTG-AC-------C--ACA-ACTC-TGACTAAAATCAAA-ACAGAGTTATTATATTTGCTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-
gi|25 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtataaaaacATGGGAAGTGGT-A-ACTGAA-ATA---TGAGCATGTC-TAtgt
gi|25 : aaactatatatc-TGTCTAAGATCCAA-ATTGAGTTATCCCA----TT-----TGGCCCC--TTTAG--TC-T-CTTTTATGGTAGTAAATACAC---A-----CACGAAagatccaaattgagttatcccatttggcccctttagtctcttttatggtagtaaatacacacacgaa
gi|26 : aaactatatatcatgggaagtggtaactgaaatatgagcaCCC--TCAAG--TC-C-CCTTTATGGTGGTGAATACA-G--A-----CATGAAATTTCATT-GAT---GAATGGGAAGTGAT-T-ACTGAC-CTT---TTAGCATG-C-
gi|28 : catgga--T--AT--G-AAAT--T-CAATGCACAGT-ACGAC-T-------AGTGGTT-ACTG--AGA-ACAAGC----TT-----TAAATTT---T--T-T--A-CC-A-AATTTctaaaaccttaaacaaaaaaag
gi|29 : acacaataataat--T--GT--T-AAGT--TTCATTG-AA-AT-ATGAC-T-------AGT---T-ACTG--AGATATGAGC----TAG-CAATAAA-AC---T--T-TA-A-TC-A-ATTTTTTC----AT-----------G-TA--T
gi|3 : AGCGAACACAC---A-----TGTGAAGTTTCATA-GCT---GTACGGTTAGTAGT-A-ACTTAG-ATA---AAAGTTTG-C-TGT-A-A----AACT-TGA---AC-A-AATTT-TTC--CAA
gi|3 : cctgtatcaTTAG--TAGTAACTT---AGA-T-AAAAGTTT--G-----C-T---GTAA--A--AC-----TTGAAC--AAAT-TTTTC-C-------AATTGTTTTTTA-A-----G--GG-GCTATAATTC-TGTCT------AAATTCAA---C-A------C---AAGAGTG---AT---CTC-A---TG--T--------GTCCTC------T-----------------TG------A-GA------A------T--GT--G-AA--------TTG-AT-GT-ATGAC-G-------AGTATTT-CCTG--AGATGTAAGT----TTG-CTAT---------T--T-A--A-CC-A-AATTTTCT----AC-----------A-TA--TAAGAA-T--G-GGT------C--A-G-ATTCATGCCTTATGCCAAA-ATGGAG-TAGCCCG------AC--ATGTCC------------C-C-CCATAATGGTAGTGAAAATAC-------------------------AT---GTA----TAGTAGC-T-ACTGAC-ATC---TGAGCTTA-C-TAT--CA----AACT-TTA---AACA-A---T-TTTTACAAGTATAAAAAGGGttgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|3 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggAGTATTTCCTGAGA-TGTAA-GTTT--G-----C-T---A---------------TTTAACC-AAAT-TTT-C-T-------ACATAT-----A-AG-AATG--GG-TCAG--ATTCATGCCTTATGCCAAA----A---T-G------G---A---GTA---GC---CCG-A-CATG--T--------CCCC-CCA----T--------A-A------TG------G-TA----------------GT--G-AAA------ATAC-AT-GT-AT------------AGTAGCT-ACTG--ACATCTGAGC----TTA-CTATCAA-AC---T--T-TA-A-AC-A-ATTTTTAC----AA-----------G-TA---TAAAA-A--G-GGGC-----C--ATA-ATTA-TGTCAAAAATTGTT-ACAGAGTTATTCCA----CTA-----GT-ATC--TTGAA--TC-C-CCTTTATAGTAG-------------------------------T-GAT---GTACAGCTGGTAGT-T-ATTGAT-ATA---GGAGCATG-CTTAA-ACA--T-gccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|30 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgTTATCCCA----CT-----TGGCTAC--TTAAG--TC-T-CTTTCATGACCGTCAATACAC---A-----CATGGAATTTCATT-GAT---GTCTGGGTAGccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|31 : tTGAGC----TTG-CTA-AAA-AC---C--T-TAAA-CT-G-AATTTTC--------------------TC--TTTGAA-A--G-GGGGT----A--ATA-ATTT-TGCCT
gi|32 : GCAGTT-ACTG--AGATAAGAGC----TTT-CTATAAA-AC---T--T-TA-A-CC-A-AAATAACC----GA-----------G-TA--T
gi|33 : ttCC--CTAAA--TCAC-CTTTGA-GGTAGTAAACACAT---A-----TATGGAATTTCATT-GAT---GTATGGaa
gi|34 : -GT-ATGACTT-------AGTGGCT-ATTG--ACATATGAAC----ATG-TTTTAA
gi|4 : attcaatgcacaTAATTCTAA--CAAA-ATACAA-------TTAT--GACATT----T-----A-TAC---------CTTTAATAC--TGAAAAT-TCTATTAAATTTCT--AATTAAATCTCAT--TAGTACTTTCTGCAA---TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAAAC-AAAT-TT--C-T-------AAATATA----A-AA-A--G--GG-ACAATAATTC-AGTCT------AAA----A------------T---A---GTA---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AT--A-----GA--G-ACAT--TTCATTG-GC-GT-GTGAC-T-------AGAAGTT-AGAGGTAGATGTAAGT----TTT-CTGTAAA-AC--------T--A-AC-ATAAGTTTCTTTTAAA-----------GACAGTTTTAAA-G--G-TG-------CT-ATC-ATGC-TATATAAAGTCAAATACA-AGTTA-----------AC--GTGTCCCT--GGGAG--TC-G-TCTTACAGATATTGAA-----G--A-----TGTGATATTCCATT-GAC---ATATGACCAGTAGT-T-AA-GAGTATAAACTAAGAATG-C--AA-GCAACT-AACT-G-----A--A-G---T-TTC--CAAGTAT
gi|5 : tGAACTGAACAGTAATACAAAGTATACTTTAAAAGTTTAGCCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGG--ATAATACTAA--CAAA-TTACAAATAAAGGTTA-TGGCC-CT----T----------G--TTCCAACT-----------AACATGCC--TT--ATTTTC--AATTAAATC-CAATTTA-TATTTTCTGAG----------TT--T-----T-TAAAAAAA--A--AA-----TTTAACC-AAAT-TT--G-TACAAAAAAATTAT-----A-AA-A------G-ATTATAATTC-TGCCT------AAA----A---CAG------TCTAA---GTT---AT---CTC-A-CCTG--T--------GCCC-C------T--------A-ATGGTAGTG------G-AG------AC--A-----GC--G-CAATACTTCATTG-AT-GT-ACG-------------------ACTG--AGTTATAAGC----ATG-CAATAA
gi|6 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaAACTGGAAAGTAATATGAGGTGTGCTATATAAATATAATCATAAAAATACTATGTATAAAAAGTGATGGAATTCTACTTCAAAGATATGA---AAC----CTGAAC-----------CTA-T-CA--GCTTTATTTTAATGC--TGAGCACACCAGTTC-AATAAC--AATTAAATCCCAA--GAGTATTTGCGAAAA-T-TGA-G-GT--T-----C-T---AGGA--C--AC-----TTGAAcat
gi|6 : tgtTAATTGTAGTGGCGACA-G--C-----TGTTCCATTCCATT-GAT---AAATTACTAGTAGT-T-ACCGGG-ATG---TGAGCATG-C-TGT-A-A----AACA-TCA---A--ATA---T-TT---AAAGTATTAAAGGGtaagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccattccattgataaattactagtagttaccgggatgtgagcatgctgtaaaacatcaaatatttaaagtattaaagggtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|6 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacaT--TCCATTG-AT-AA-ATTAC-T-------AGTAGTT-ACCG--GGATGTGAGC----ATG-CTGTAAA-AC-----------A-TC-A-AATATTTA----AA-----------G-TA--TT--AA-A--G-GGT------C--ATT-ATGC-TGCCTTAAGT---------AGTT-TC---------AT--TTGTCCCC--ATGAG--TT-C-CTtcattatgctgccttaagtagtttcatttgtccccatgagttcctgtt
gi|7 : tgtaactggaaagtaatatgaggtgtgctatataaatataatcataaaaatactatgtataaaaagtgatggaattctacttcaaagatatgaaacctgaacctatcagctttattttaatgctgagcacaccagttcaataacaattaaatcccaagagtatttgcgaaaattgaggttctaggacacttgaataagggaagataattgtttttatacagagtcttgacataattgtagtggcgacagctgttccaGAACTGGACA---ATACAAAGGATGGTAAAAAACTCTAACCC--AATTTTTTAAGTATGAAAATGGAAATA--TCTGA--TAAA-ATACAAGTAAAAGTTAC--GAC-CCTAGAT---CC--TATGATTTTTTTCTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATT--AATTAC--AATTAAATCTAAA--TAGTTTTTTGAGAAAGG-TGA-GCTT--TAAAAAA-A---AAAA--A--AC-----TTTAATCAAAAT-TT--C-T-------TAGCAC-----A-AT-A--A--GA-ACAATTATTA-TTC---------------A---C-C------T--------TG---AC---CCC---TTTG--T--------G----G------T--------A-G------TG------A-GC------AC--A------T--A-ACAT--TTCATTG-AT-AT-ATGGG-T-------AATAACT-ACAG--AGATATAAAC----ATG-CTGAACA-AC---T--T-T--A-gtt
gi|8 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcT------AAA----A----------------A---GTTGGAAT---CCCCA-CTTG--TCCCCTGGAGTCC-C------TGTTATAGTA-A------TG------A-AA------AC--ACAT--TT--G-AAGC--TGCATTA-AT-GT-AAGTA-T-------AGTAGTT-ACTG--AAAAATGAGT----TTA-CCAAACA-GT---T--A-A--A-CC-A-AATTTTCT----TA-----------A-TA----TAAA-AT-G-GG-------C---TA-ATTC-TACCT-AAATCATA-ACAGATTTATTGC-------AC--TTGT-CCC--TTGAG--TC-T-CTTTAATGATA-TG-----ATG--A-----CGC-ATGTTTTATT-GAT---ATATG--------------TGAG-ATT---TGAACATT-C-CTT-A-A----AACT-TTACCCA--A-A---T-TTT--TAAG
gi|9 : ttaatgctacaaaaaaatttaaaA-GCTTGTT-----A-T---AAAA--CGAA---------AAAC-AAAT-TT--TAT-------GAATAT-----A-AAGA--G--AG-GCCATAATTG-TTCCT------TAA----A---T-GAAAAGCC---A---GTT---ACGAGCAC-ATCCAG--T--------GCCG-G------T--------A-A------------------------ACCGA--TT-GT--G-ATGT--TTCATTG-AT-GT-ATGGG-T-------AGAAGTT-GCTG--AGATATAAAC----TTG-CTA-AAA-AC---T--T-TA-A-CC-A-ACTTTTCT----AT-----------G-TA----TAAAGG--G-GG-------A--ATA-CTTC-TGCCTAAAACC-GA-ACAGAGTTATCATA----CT----TT-------------------------ATAGTAGCGACTTTATG--------TGTCAAGTTGTATT-GAT---GTATGGATAGTAGT-T-ACTGgagataaacatgccacaattctgtttaatatc
blockSeqs : G A ATA TAT TT G G GTAAAAGTTACGACCCTAGATCCTATGAT GT AA TCTATTAA TA C ATT T TA A C TAAAAAAA CGAA TCA A GTACAAAAA ACAGGGTG T A TATGCC TTCA TGGACACATG GGA GAG CA AG CTTTCTGGGTCCAATATATGGGAGTTAAGACACGT AT T AC C A T G GAAGTGT A GT TCATT GTTT T AAG TA GTAAC T T T TTAACGAAAAAGGACATGTAT C TT C ATACAATT C A A T ATATTTGCTACT T TATT GT A A C T C CGCAA A GAA G A A T AAC TTTATAACATTTATTACCACATTCCT
blockSeqs : G G C AAT . . A TTAAAGGTTATTGGACTTTCCATACGAA TA . CATATTC . C A A TA . A TTTAAA CAC CC . TTCC TTTTTAAG . . . . TGAAAAGCCA . . AT . CCCCTGGAGTCCCTGTTATAGTAATGAAAACACAT . . . . . . T . . . T GTT . A . TAAAC . . T CTTTTAAAGACAGTTTT G T . GGTA . . T . CCACTACT A TT . . . A C T CAG . . A . . . . CTATACATGGACTGTCAAAATGTTCC
blockSeqs : . A C GAT . . A ATAAAGGTTATGGCCCTTG AA . CCAGTTC . T T T TG . T GTTAT CAC TT . TCT AAGAATG . . . . CAGTCTAA . . A . GGCCCTATTGATAATGGAAACAGAT . . . . . . . . . . A ACT . . . TAAC . . T CTAAGTATTTT . T . TCA . . C . CCACTCC T TG . . . T A C TAA . . G . . . . CTGTAAAACTTGAACAAATTTTTCC
blockSeqs : . C C GAA . . G TTATGACATTTATAC TA . ATAACA . T A T GG . T TAAT AAC CC . TAT AAAAAG . . . . CACAAGA . . A . GCCCCTAATGGTAGTGGAGACA . . . . . . . . . . T GCA . . . GAGC . . G CTAAAGTATA . . . ACC . . G . TCAACG T TC . . . T A T TGA . . C . . . . CTATCAAACTTTAAACAATTTTTAC
blockSeqs : . C G . . A AACCTGAACCTATCA TT . CCAATT . T G T T . T TCA CAC AC . CC AAAGAG . . . . CAGA . . A . ACCTCCGATAGTAAGAAACAT . . . . . . . . . . T ATA . . . TAAT . . T CTACATATAA . . . GCC . . A . TACAGT T TT . . . T A C AA . . C . . . . CCTTAAAACTTTACCCAAATTTTT
blockSeqs : . . . GTAATGGCACACT . . CTAATT . C T G T . C TCT AAA CC . CT AAAAA . . . . CGTA . . A . AACTCTAATAAAAACACTT . . . . . . . . . . C TTT . . . TAAA . . T GTAACATGT . . . ACC . . A . CCGACA T TA . . . T T C CA . . G . . . . CAAGCAACTAACTGAAGTTTCC
blockSeqs : . CCTT . T A A T . C GCT CAC AC . GT ACTTG . . . . TGGA . . A . GCCCCTAATGAAAATA . . . . . . . . . . A GCT . . . TAAC . . A ACAAGTATA . . . GCC . . A . CCACTA T AT . . . T A A CA . . G . . . . CTGTAAAACATCAAATATTTA
blockSeqs : . A . . . C GCT AAC C . CT AATAA . . . . CCT . . A . CCCCCCATAATGGTA . . . . . . . . . . C GTT . . . TAAC . . T TAAAGTATT . . . CC . . A . ATACTT G TT . . . A A G AA . . T . . . . AAATGTAAAAGT
blockSeqs : . . . . TCT . C . CT AAAA . . . . TA . . A . GCCGGTAAACCGATT . . . . . . . . . . G GCA . . . AAA . . T CTGTGCAT . . . TC . . A . CTATT T TT . . . T T T CA . . C . . . .
blockSeqs : . . TCT . . . A . . . . GTCCTCTTGAGAAT . . . . . . . . . . C GCT . . . GGA . . T CTAAGTAT . . . CT . . C . CAATT T TT . . . C T T CA . . G . . . .
blockSeqs : . . . . GGTAGTGAGCACA . . . . . . . . . . T ACT . . . TAC . . T CTAAGTTT . . . TC . . A . TCGCT G TC . . . C A T GA . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T GCT . . . TAT . . T CTTAATAT . . . C . . G . CCACG T TT . . . C T C CA . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TCT . . . TGC . . T CTATGTAT . . . C . . A . CCATT T TT . . . T C A CA . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T GTT . . . TAC . . A AGTATAA . . . C . . A . CCACT T CT . . . T G T TA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TCT . . . AAC . . G AAGTAT . . . C . . . . GCACT . GG . . . C A C GA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T GCA . . . TAA . . T CTCTTT . . . A . . . . CCA . AT . . . T A G GC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A GCT . . . AAC . . T TATAT . . . C . . . . ACG . TT . . . T A T TG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T GCT . . . TA . . T GTAT . . . C . . . . ATT . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A ACC . . . TC . . . . . . A . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . A GCT . . . AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : C** GTAAAGTTATGGCCTTTA******************* CCAATT** CAC********* CC* CT********** CGGA**************** TAAC*** CTAAGTAT******************** CA******** CTATAAAACTTNAACAAATTTTTC******************
originalCons : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGGTTATTGGAC-TT----T---CCA-TACG--TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----A---C-G------T---A---GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--T-T--A-CC-A-AATTTTCT----AA-----------G-TA--TTTAAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACG--A-----CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-C-TAT-ACA--T-AACT-NCA---A--A-A---T-TTC--CAAGTATAAAAAGGG
finalCons : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACCC--AATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAGTAAAGTTATGGCCTTTA-------------------TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAACAC---------TTTAACC-AAAT-TTCT----------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-TGCCT------AAA----ACGGA----------------GTT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C------T--------A-A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AAGT--TTCATTG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGC----TTG-CTATAAA-AC---T--TTAAC---C-A-AATTTTCTAAGTAT--------------------AAA-A--G-GG-------C--ATA-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACACA--------CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATGCTATAAAACTTNAACAAATTTTTC------------------AAGTATAAAAAGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCAGAGAACAGCATGTTCCAATTTTGTAAACTCACCTTCAAACAGCTATTGGACGACTAAGATACATGCTGTAGAACTCTATCCCAATATTGTAAGTAACAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 222 11111111111111 111111111111 111 2222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111 222222222222222222222 33333333333333 11111111 111111 222222222 11
lowQualScore : 3 0 5 111 333 0 77 5 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 77777777 0 66 1 777 6 000 3 4 33333333333333 999999999999 555 3 2222222222222222222222222222222222 3 6666 7777777777777777777777777777777777 77 555 555 666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 22 22 0 44444 1 1 1 3 5555555 0 1 22 66666 1 0 3 222 1 1 22 22 33333 0 1 6666666666666666666 444 6 99 555555555555555555555 2 1 4 2 55555555555555 1 4444 22 1 1 1 5 66 2 22222222 2 333 0 2 3 3 33 666 8888 000000 5 222222222 1 33
lowQualScore : . . . ... ... . .. . . ...................................................... .. ........ . .. . ... . ... . . .............. ............ ... . .................................. . .... .................................. .. ... ... ... ....................................................................... .. . .. .. . ..... . . . . ....... . . .. ..... . . . ... . . .. .. ..... . . ................... ... . .. ..................... . . . . .............. . .... .. . . . . .. . ........ . ... . . . . .. ... .... ...... . ......... . ..
lowQualScore : 2 3 7 777 888 1 99 7 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 11111111 5 99 4 444 3 777 6 9 55555555555555 555555555555 333 6 6666666666666666666666666666666666 6 7777 1111111111111111111111111111111111 99 444 444 555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 9 66 55 4 55555 8 7 7 3 4444444 2 6 22 11111 5 8 8 999 7 7 33 55 99999 5 8 4444444444444444444 888 0 55 000000000000000000000 0 9 2 1 77777777777777 3 3333 66 9 9 0 0 99 1 11111111 2 999 3 9 1 1 66 444 3333 444444 0 000000000 4 66
consensus : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACC--CAATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAG---T-AAA-G-TTAT-GGC---CTT------T----------A----TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-T--GCCT------AAA------A---CG-G----A------G--TT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C---T--------A------A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AA--GT--TTCAT-----TG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGCT----TG-CTATAAAAC---TT-T-A--AC-CAAATT--TTCT-A-----A-------------GTA---TAAA-A--GG-G---C--A---T--------A-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTNATGGTAGTGAACACAC-A------CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-CTATAA--A---A-CT--TNA-AC-AAATTTTT-CAAGTATAAAAAGGG
Reference ( family-1613 ) : GAACTGGACAGTAATACGAAGTATGCTATAAAAATCTAACC--CAATTTTCTAAGTATAAAAAGGGATATAATTCTAA--CAAA-ATACGAG---T-AAA-G-TTAT-GGC---CTT------T----------A----TTTTTNCTTTAATAC--TGAACACACCAATT--ATTTTC--AATTAAATCTCAA--TAGTATTTTCNGAGA-T-TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAACC-AAAT-TT--C-T-------AAGTAT-----A-AN-A--G--GG-GCAATAATTC-T--GCCT------AAA------A---CG-G----A------G--TT---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C---T--------A------A------TG------A-AA------AC--A--T--GT--G-AA--GT--TTCAT-----TG-AT-GT-ATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATATGAGCT----TG-CTATAAAAC---TT-T-A--AC-CAAATT--TTCT-A-----A-------------GTA---TAAA-A--GG-G---C--A---T--------A-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-ACAGAGTTATCCCA----CTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-CTTTAATGGTAGTGAACACAC-A------CGTGAAGTTTCATT-GAT---GTATGGNTAGTAGT-T-ACTGAG-ATA---TGAGCATG-CTATAA--A---A-CT--TNA-AC-AAATTTTT-CAAGTATAAAAAGGG
gi|1 : AATATGGTGCATACCACAAAAATCTAACC----ACTTTTTAAGTACAAAAATGTAAATAATTTTAA--CAAA-ATATAAG---TTAAG-G-TAAT-GCA---CTT------TTTCCCAGTGAG----TTTTTTCCTTAATAC--TGACCACA------------TC--AGTTAAATATCAT--TAA------CAGAGA-TATGA-GTTT--T-----C-T---AAAAATC--ACATTTTTTTAA---AAG----------------AAGTAT-----A-AT-A--A--GA-ACAATGATTC-T--G--T------AAA------AAAACA-G----A------G--TT---GT---CCC-C-CTTG--T--------ACTC-A---T--------A------A------TG------G-AAGTGAAGAT--A--TTTGT--G-AA--GT--TTAAT-----TA-AT-GT-TTGAC-T-------AGAAATT-ATTG--AAATATGAGCT----TG-CAATGAAAC---TT-A-A--AC-C------------A-----A-------------GTAT--TAAACA--GG-G---C--A---T--------A-ACTC-CACCTAACATCAAA-TCAGTATTATTCC-------AC--TTGTCCCC--TGGAG--TC-C-ATTTAATGGTAGTAAACACAC-AAACATGTATGACGTCCCATT-G-----GTA--ACTAGTACT-T-ACTGAG-ATA---GAATCATG-ATATAA--T---A-TT--T---AT-AAA-------AAGTATAAAAAGGG
gi|10 : GGTATATAATTTTAA--TAAA-AT----G---T-AA-------T-GGCACACTT------T-----------------TTGTCTTTGATAC--TGAACACACATATTC-ATTTTC--AATTAAATCCCAA--TAGTATTTTCTGAGG-TATGA-GCTC--T-----C-A---AACA--C--AC-----Tccattattatatctaaaataaaagcaagttatccaacatgtccccttga
gi|11 : aataagagttgttggagggccgcacgtcaacttttgaaatcttgtctcaaaacaatagatacaaaatgataaaaaaaaactagacaataataaaaaacctgcctcaaaagtgcaatacgaagtaagaccaacggttactaaggcaacaaaaaattaattcatgtcatTTAACC-AAATACC--C-C-------AAGTAT-----ACAG-G--GTGGG-GTAATAATTC-A--GCTT------AAA------A---TG-G----ACACAT-GC-TT---AT---CTC-A-CTTA--TCTTTCTGGGTCC-AA--T--------AT-----A------TGGGAGTTA-AG------AC--ACGT--GT--G-AA--GT--GTAAT-----TG-AT-GT-AC-AC-T-------AGT---T-ACTA--AGATAAGAGCT----TG-GTA-AAAA-----T-C-A--AA-CAAATA--TTCT-G-----T-------------GCA---TAAA-A--CG-T---TCAA---T--------A-ACTC-TGCCTAAAATCATA-ACAGAGTTATC-------CTAT--TTGTCTCC--TTGaaagaag
gi|12 : gaAATA---TGAAAATAATAACA--GTATTC--AATTAAATCCTAT--TAGTACTTTC-GACA-TATGA-GATT--T-----AAT---AAAA----------------GC---GAT-TT--C-T-------ATGTAT-----A-AA-A--A--AATGCAATCATTC-A--GCCT------CAA------A---CA-G----A------G--TT---AC---CCT-A-CTTG--A--------GGCC-C---T--------ATTGATAA------TG------G-AA------AC--A--G--AT--G-TACTGT--TTCTT-----TG-GT-GC-ATGGCGT-------A-TAGTC-TCTA--AAATGTAAGCTCATTTG-TTATAAAAC---AG-T-A--AC-CAgat
gi|13 : gtgaccatttggacattctg-GT-ACGAC-T-------TGTGGTT-ACTG--AGATAAGAACA----TA-CTATAAACC---TT-T-A--AC-CCAATT--TTCTAA-----A-------------GTA---TAAA-A--AG-C---G--A---TACAATTACA-ATTC-TAAC-AAAATC-AA-ACAAAGT
gi|14 : aaaacaagaagtgtcggaggacaacatgctccaatattgaaagctcgtctcaaaacaatagctgtagcattagacaataatatggagcatgtcacaT---GT---CCC---CTTGAGT--------ACCT-CCGAT--------A------G------TA------AGAA------AC--A--T--GT--G-AA--GT--TCCAG-----TG-AA-TC-AAGTC-A-------AGTAGTT-ACTA--AGAAATGAGAT----TG-C-AGAAAAG---CT-T-A--A-------T--TTTT-A--------------------TA---TAAA-AT-GC-C---C--A---T--------A-ATTC-TGCCTAAAATCTAA-ACAGAGTTA-ATCA------AC--GTGAACGC--TGGAG--TC-T-CCTGTATGGTCGTGAACAC-C-AG-----CATAAAGTTTCATT-GAT---GTAaaattttatggtatttatcctcggtgtcagtt
gi|15 : gaTTATCC-A------AT--TTGTCCC---TCGGG--TT-C-CATTCATGGTAGTAACTACAA-A------CATGAAGTTTCATT-GAT---GTATAGGTAGTGGC-T-ACCGAG-ACA---TGAGCA
gi|15 : -AA------AC--A--T--G-----AA--GT--TTCAT-----TG-AT-GT-ATAGG-T-------AGTGGCT-ACCG--AGACATGAGC----------ACAAA-----TG-T-A--A---AAGT--------------A-------------GTA---TAAA-A--AA-A---C--AACAT--------A-ATTT-TGCCTAAAATCCAA-ATGGAGTTGTCTC-------GC--TTG-GCCT--TTGAGGTTC-C-C--TAATGATAGGGATCACcaaatgtaaaagtagtataaaaaaacaacataattttgcctaaaatccaaatggagttgtctcgcttggcctttgaggttccctaatgatagggatcactcgcaatgtgtat
gi|16 : ttatccaatttgtccctcgggttccattcatggtagtaactac--A--T--GT--G-AC---T--GTAAC-----TG-AT-GT-GTGAC-T-------AGT-GTA-ACTG--AGACAGGATCT----TA-TAATAATAC---TT-G-G--A--CA-----------A-----A-------------GTA---TAAA-A--GG-AAC-C--A---T--------G-CTTA-TCCCT-AAATCGAA-ATTAGGTTGCCCCA----------------------AAG--TT-CACTTT-ATGAAAGAGCATACAC-A------CATGAAGTTACGTT-GATGAAGTATGtcgcaatgtgtat
gi|17 : aaacacgtttacatgtCTCC--TAGAG--TC-C-CTTTAATAGTAGTTAACACAC-A------CATTAAG----ATTAGA--------GGATAATAATAT-ACTCAA-ATtgagcatgcata
gi|17 : -AA--GA--TTCTT-----TG-AT-GTTATGAC-T-------AGTAGTT-ACTG--AGATAGAAGTC----TT-TTAT-TAAC---TTGT-A--AC-TAAATT--TTCT-A-----A-------------GTA---TAAA-A--GG-GGC-C--A---T--------A-ATTC-TGTCTAAAAGTAAA-AGTGAATTACCtaagattctttgatgttatgactagtagttactgagatagaagtcttttattaacttgtaactaaattttctaagtataaaaggggccataattctgtctaaaagtaaaagtgaattacc
gi|18 : ctcctagagtccctttaatagtagttaacacacacattaagattagaggataataatatactcaaatt-AA------AC--A--TT-GT--GTAA--GT--TTCAT-----TA-AT-GT-ACAAC-T-------AGTATTT-ATT-----------------------ATAAAAC---TG-G-A--GC-CAA------------------------------GTA---TAAA-A--GG-GAC-C--A---T--------A-ATTC----------------ACA------TCCCA----CG-----TGTCCCC--ATGAG--TG-C-CTTTAATGGTAATGTTCACAA-A------CA-AACATTTCATT-GAT---GTATGGGTA
gi|19 : tgaaaaaggacagagtaatcatttttacataaaacGAGTTATC--------TACAGTTTTCCTC----GAG--TT-C-GTTTTATGGTAATGAAAACAC-A------TGTGAAGTTTGATT-GAT---GTACGACTCGTAGT-TAACTGCA-ATA---TGAGCATGTTTATAA--C---A-TTTATTA-CC-ACATTCCT--AAGTTTA
gi|19 : g---T--------A------A------TG------A-AA------AC--ACAT--GT--G-AA--GT--TTGAT-----TG-AT-GT-ACGAC-T-------CGTAGTTAACTG--CAATATGAGCA----TGTTTATAACA----TT-T-ATTAC-CACA-T--TCCT-A-----A-------------GT----T---------------------T--------A-CTTT-TGCCAATCATCAAA-ATAGAGGCATCCCA----CTcttttgccaatcatcaaaatagaggcatcccacttg
gi|2 : ggagttatctacagttttcctcgagttcgttttatggGAATTGGACAATAATAAGGGATATGCTATAAAC-TCTAACC--CGATTTTCTAAGTATAAAAAGGAATATAGTTTTAT--CAAA-ATACGAT---T-AAA-GGTTATTGGA---CTT------TCCATACGA--A----TTTTTACTTCAATAC--TTAACACACCAATT--TTTTTCTAAATTAAATCTCAA--TAATATTTTTAGAGA-T-TGA-GTTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAATT-CAAT-TT--G-T-------TAGTAT-----A-CT-T--G--CG-GCAATAACTC-T--GCCT------AAA------A---CG-T----A------G--TT---AT---CCC-A-CATG--T--------AACT-C---T--------A------A------TA------A-AA------AC--ACTT--GT--A-AA--GT--CCCAT-----TT-AT-GT-ATAA--T-------AGCAGTT-ACTG--AGATATGAGCC----TG-CTATAAAAC---TT-T-----C-TGAATC--TTCT-A-----A-------------GTATTTTAAACA--GG-G---C--A---A--------A-ATTC-TGCCTAAAATCAAA-TCTAAGTTACCCCA----CTAC--TTGTCCCT--TTTAC--TC-C-CTTTAATGCTTGTAAAGACATAA------TGTAAGGTTTTAAT-GGT---GCATGACTAGTAGT-T-AGTAAG-ATA---GAAGCCTG-CTATAC--ATGGA-CTG-TCA----AAATGTTC-CAAGTATACAAAGGGtg
gi|20 : T--TACAT-----TG-GT-AT-ATAAC-TGAAGTGTAGTAGTA-ACCG--AGATGTAAGCG----TG-TTGTAAAAC---AT-T-T--AT-CAAAAT--ATCT-A-----A-------------GTA---T
gi|21 : taatttctttttatacaaaggatataatttcgactaaaggttatggcgtttttttgcgagggtcata---T--------A------G------TA------A-AC------AG--A--T--GTATG-AT--GT--ACCAC-----TG-AT-GT-AT----T-------AA-AATT-ATCG--AGATATTA--------A-CCAGAAAACAAGTT-T-G--CC-TAAATG--TTTT-A-----ACGAAAAAGGACATGTA---TAAA-A--GG-GC--C--A---T--------T-ACTC-TGCCCAA
gi|22 : ccaattacaagttatcggT--TTGT-A-----AC------------ATG---TAAT-G--GG-T---A--A---T--------ACATTC-TGCCTAAAGTCAAG-TCAAAGTTATCCCA----CTCC------CCCCTATTGAG--TC-G-GATCAATACTAGTGA--ATAC-A------TGTGAAGTTTCATT-GTC---GTAT
gi|23 : tttctgagataggtaAACTGTACA-CAA--CAAAGCTTGCTCTAAAAATCTAATC--CAATTTTCTATGTttcta
gi|24 : tttataagaaacaaaaagctgtaagagaacagcagatttgactttttgaagtttgtgaagatggctgac---TAAA-ATTGA-C---C--A---C--------A-ACTC-TGACTAAAATCAAA-ACAGAGTTATTATATTTGCTAC--TTGTCCCC--TTGAG--TC-C-
gi|25 : accaagatggcagaatagaaattataaaagtgtataaaaacttATGGGAAGTGGT-A-ACTGAA-ATA---TGAGCATGTCTAtgt
gi|25 : aaactatatatc-TGTCTAAGATCCAA-ATTGAGTTATCCCA----TT-----TGGCCCC--TTTAG--TC-T-CTTTTATGGTAGTAAATACAC-A------CACGAAagatccaaattgagttatcccatttggcccctttagtctcttttatggtagtaaatacacacacgaa
gi|26 : aaactatatatcatgggaagtggtaactgaaatatgagcaCCC--TCAAG--TC-C-CCTTTATGGTGGTGAATACAG-A------CATGAAATTTCATT-GAT---GAATGGGAAGTGAT-T-ACTGAC-CTT---TTAGCATG-CC-TAA--A---ACCT--TAA-AC-AAA
gi|28 : catgga--T--AT--G-AA--AT--T-CAA-----TGCACAGT-ACGAC-T-------AGTGGTT-ACTG--AGA-ACAAGCT----T-----TAAATT---TT-T-T--AC-CAAATT--Taaaag
gi|29 : acacaataataat--T--GT--T-AA--GT--TTCAT-----TG-AA-AT-ATGAC-T-------AGT---T-ACTG--AGATATGAGCT----AG-CAATAAAAC---TT-T-A--AT-CAATTT--TTTC-A-----T-------------GTA---T
gi|3 : AGCGAACACAC-A------TGTGAAGTTTCATA-GCT---GTACGGTTAGTAGT-A-ACTTAG-ATA---AAAGTTTG-CTGTAA--A---A-CT--TGA-AC-AAATTTTT-C
gi|3 : cctgtatcaTTAG--TAGTAACTT---AGA-T-AAAAGTTT--G-----C-T---GTAA--A--AC-----TTGAAC--AAAT-TTTTC-C-------AATTGTTTTTTA-A-----G--GG-GCTATAATTC-T--GTCT------AAATTCAACA---CAAG----A------G--TG---AT---CTC-A---TG--T--------GTCCTC---T----------------------TG------A-GA------A------T--GT--G-AA----------T-----TG-AT-GT-ATGAC-G-------AGTATTT-CCTG--AGATGTAAGTT----TG-CTA---------TT-T-A--AC-CAAATT--TTCT-A-----C-------------ATA---TAAG-AATGG-GT--C--A------------G-ATTCATGCCTTATGCCAAA-ATGGAG-TAGCCCG------AC--ATGTCC------------C-C-CCATAATGGTAGTGAAAATAC------------------------AT---GTA----TAGTAGC-T-ACTGAC-ATC---TGAGCTTA-CTATCA--A---A-CT--TTA-AA-CAATTTTTACAAGTATAAAAAGGGcaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgagtatttcctgagatgtaagtttgctatttaaccaaattttctacatataagaatgggtcagattcatgccttatgccaaaatggagtagcccgacatgtccccccataatggtagtgaaaatacatgtatagtagctactgacatctgagcttactatcaaactttaaacaatttttacaagtataaaaaggggccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|3 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggAGTATTTCCTGAGA-TGTAA-GTTT--G-----C-T---A---------------TTTAACC-AAAT-TTT-C-T-------ACATAT-----A-AG-AATG--GG-TCAG--ATTCAT--GCCTTATGCCAAA------A---TG-G----A------G--TA---GC---CCG-A-CATG--T--------CCCC-CCA-T--------A------A------TG------G-TA----------------GT--G-AA--A------AT-----AC-AT-GT-AT------------AGTAGCT-ACTG--ACATCTGAGCT----TA-CTATCAAAC---TT-T-A--AA-CAATTT--TTAC-A-----A-------------GTA---TAAA-A--AG-GGGCC--A---T--------A-ATTA-TGTCAAAAATTGTT-ACAGAGTTATTCCA----CTA-----GT-ATC--TTGAA--TC-C-CCTTTATAGTAG------------------------------T-GAT---GTACAGCTGGTAGT-T-ATTGAT-ATA---GGAGCATG-CT-TAA--A---gccataattatgtcaaaaattgttacagagttattccactagtatcttgaatcccctttatagtagtgatgtacagctggtagttattgatataggagcatgcttaaacatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|30 : cctgtatcaagcgaacacacatgtgaagtttcatagctgtacggttagtagtaacttagataaaagtttgctgtaaaacttgaacaaatttttccaattgttttttaaggggctataattctgtctaaattcaacacaagagtgatctcatgtgtcctcttgagaatgtgaattgatgtatgacgTTATCCCA----CT-----TGGCTAC--TTAAG--TC-T-CTTTCATGACCGTCAATACAC-A------CATGGAATTTCATT-GAT---GTCTGGGTAGcatccttcactaaaatcaacgcaaatgtcgaag
gi|31 : tTGAGCT----TG-CTA-AAAAC---CT-TAA--AC-TGAATT--TTCT---------------------CTT---TGAA-A--GG-GGGTA--A---T--------A-ATTT-TGCCT
gi|32 : GCAGTT-ACTG--AGATAAGAGCT----TT-CTATAAAAC---TT-T-A--AC-CAAAAT--AACC-G-----A-------------GTA---TAA
gi|33 : ttCC--CTAAA--TCAC-CTTTGA-GGTAGTAAACACAT-A------TATGGAATTTCATT-GAT---GTATGG
gi|34 : -GT-ATGACTT-------AGTGGCT-ATTG--ACATATGAACA----TG-TTTTAA
gi|4 : attcaatgcacaTAATTCTAA--CAAA-ATACAA------------TTAT-GAC---ATT------T----------A----TA---CCTTTAATAC--TGAAAAT-TCTATTAAATTTCT--AATTAAATCTCAT--TAGTACTTTCTGCAA---TGA-GCTT--T-----C-T---AAAA--C--AC-----TTTAAAC-AAAT-TT--C-T-------AAATATA----A-AA-A--G--GG-ACAATAATTC-A--GTCT------AAA------A---T-------A------G--TA---AT---CCC-A-CTTG--T--------GCCC-C---T--------A------A------TG------A-AA------AT--A-----GA--G-AC--AT--TTCAT-----TG-GC-GT-GTGAC-T-------AGAAGTT-AGAGGTAGATGTAAGTT----TT-CTGTAAAAC------T-A--ACATAAGTTTCTTTT-AAAGACA-------------GTT---TTAA-A--GGTG---CT-A---T--------C-ATGC-TATATAAAGTCAAATACA-AGTTA-----------AC--GTGTCCCT--GGGAG--TC-G-TCTTACAGATATTGA----AG-A------TGTGATATTCCATT-GAC---ATATGACCAGTAGT-T-AA-GAGTATAAACTAAGAATG-C---AAGCA---A-CT----A-ACTGAAGTTTC-CAAGTAT
gi|5 : tGAACTGAACAGTAATACAAAGTATACTTTAAAAGTTTAGCC--CAATTTTCTAAGTATAAAAAGGG--ATAATACTAA--CAAA-TTACAAA---T-AAAGG-TTAT-GGC---CCT------T----------G----TTCCAACT-----------AACATGCC--TT--ATTTTC--AATTAAATC-CAATTTA-TATTTTCTGAG----------TT--T-----T-TAAAAAAA--A--AA-----TTTAACC-AAAT-TT--G-TACAAAAAAATTAT-----A-AA-A------G-ATTATAATTC-T--GCCT------AAA------A---CA-GTCTAA------G--TT---AT---CTC-A-CCTG--T--------GCCC-C---T--------A------ATGGTAGTG------G-AG------AC--A-----GC--G-CA--ATACTTCAT-----TG-AT-GT-ACG-------------------ACTG--AGTTATAAGCA----TG-CAATAA
gi|6 : taaaaagaaaagctgctgtgagaggacagcatgctcaacttttgtaaacttatcacaaagcagatgactgaAACTGGAAAGTAATATGAGGTGTGCTATATAAATATAATCATAAAAATACTATGTATAAAAAGTGATGGAATTCTACTTCAAAGATATGAAACCT-GAA-C-CTAT-CAG---CTT------T----------A----T------TTTAATGC--TGAGCACACCAGTTC-AATAAC--AATTAAATCCCAA--GAGTATTTGCGAAAA-T-TGA-G-GT--T-----C-T---AGGA--C--AC-----TTGAA--------------T-------A---------------A--G--GG-AAGATAATTG-T--TTTT-------AT------A---CA-G----A------GTCTT---GA---CAT-A-ATTG--------------------T--------A------G------TG------G-CG------AC--A--G--CT--G------T--TCCATTCCATTG-AT-AA-ATTAC-T-------AGTAGTT-ACCG--GGATGTGAGCA----TG-CTGTAAAAC-----------AT-CAAATA--TTTA-A-----A-------------GTA---TTAA-A--GG-GT--C--A---T--------T-ATGC-TGCCTTAAGT---------AGTT-TC---------AT--TTGTCCCC--ATGAG--TT-C-CTcat
gi|7 : tgtGAACTGGACA---ATACAAAGGATGGTAAAAAACTCTAACC--CAATTTTTTAAGTATGAAAATGGAAATA--TCTGA--TAAA-ATACAAG---TAAAA-G-TTAC-GAC---CCTAGATCCT----------ATGATTTTTTTCTTTAAAACAAAAAAAAAACTAATT--AATTAC--AATTAAATCTAAA--TAGTTTTTTGAGAAAGG-TGA-GCTT--TAAAAAA-A---AAAA--A--AC-----TTTAATCAAAAT-TT--C-T-------TAGCAC-----A-AT-A--A--GA-ACAATTATTA-TTCACCT-------------------------------------TG---AC---CCC---TTTG--T--------G----G---T--------A------G------TG------A-GC------AC--A------T--A-AC--AT--TTCAT-----TG-AT-AT-ATGGG-T-------AATAACT-ACAG--AGATATAAACA----TG-CTGAACAAC---TT-T-A--gtt
gi|8 : tcttttggaagctttctcaaaacaaaacccatcagataactgcT------AAA------A-----------A------G--TTGGAAT---CCCCA-CTTG--TCCCCTGGAGTCC-C---TGTTATAGTA------A------TG------A-AA------AC--ACAT--TT--G-AA--GC--TGCAT-----TA-AT-GT-AAGTA-T-------AGTAGTT-ACTG--AAAAATGAGTT----TA-CCA-AACAG---TT-A-A--AC-CAAATT--TTCT-T-----A-------------ATA---TAAA-AT-GG-G---C------T--------A-ATTC-TACCT-AAATCATA-ACAGATTTATTGC-------AC--TTGT-CCC--TTGAG--TC-T-CTTTAATGATA-TGATGACGC-A------T-----GTTTTATT-GAT---ATATG--------------TGAG-ATT---TGAACATT-CCTTAA--A---A-CT--TTACCC-AAATTTTT--AAG
gi|9 : ttaatgctacaaaaaaatttaaaA-GCTTGTT-----A-T---AAAA--CGAA---------AAAC-AAAT-TT--TAT-------GAATAT-----A-AAGA--G--AG-GCCATAATTG-T--TCCT------TAA------A---TG-A----AAAGCCAG--TT---ACGAGCAC-ATCCAG--T--------GCCG-G---T--------A------A------------------------ACCGA--TT-GT--G-AT--GT--TTCAT-----TG-AT-GT-ATGGG-T-------AGAAGTT-GCTG--AGATATAAACT----TG-CTA-AAAAC---TT-T-A--AC-CAACTT--TTCT-A-----T-------------GTA---TAAAGG--GG-G---A--A---T--------A-CTTC-TGCCTAAAACC-GA-ACAGAGTTATCATA----CT----TT-------------------------ATAGTAGCGACTTTAT-G------TGTCAAGTTGTATT-GAT---GTATGGATAGTAGT-T-ACTGgagataaacatgccacaattctgtttaatatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCAGAGAACAGCATGTTCCAATTTTGTAAACTCACCTTCAAACAGCTATTGGACGACTAAGATACATGCTGTAGAACTCTATCCCAATATTGTAAGTAACAAAAA