lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222222 111 1 11 1111111 1 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222222222 1111 1 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 222222222222 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4
lowQualScore : 6 333333 999 1 5 6 77 4 88 2 999999 0000000 3 44 5 3 5 555 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 222222222222222222 4444 1 0 666666 5 0 6 00000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 3 111111 2 3 5 2 5 0 111 3 55 555555 1 555555555555 8888 2 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 0 6
lowQualScore : . ...... ... . . . .. . .. . ...... ....... . .. . . . ... . .................................................................................................................... . .................. .... . . ...... . . . ..... ...................................................... . . ...... . . . . . . ... . .. ...... . ............ .... . . . ........................................................ . . .
lowQualScore : 0 222222 222 0 4 0 55 4 44 5 666666 8888888 3 66 1 5 0 444 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 333333333333333333 2222 5 6 666666 7 7 6 99999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 7 555555 8 6 1 0 6 5 555 6 00 888888 2 777777777777 1111 0 6 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 0
consensus : AACGCGTTG-CGAAATTGATGAGAGTTTTCNGATTTCATGACGAGGTGAAAT-CAAC-CNGTGACGTTTCACTGATCTGTTTGTATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCA----ATTATCAGT--ATTCAA---TC-ACC-AA-CA--------GT--------T--------TACATGAANA----A------A-T-T---ACGCG-C--C---C--TT---AACGGATAGAAAAT-NACTTCGCA--------ACGAAC----AAAACATGGCTA-GGT-ACAA-TTTATGGGCGGA----GCT----TG--TCNAAAANAAA-AA---TT-CAC--G-CTGGCTCG------GC---ACCTGTCATGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGT-CA--TCTTT---TGATTCATAG--NAAANTCGCGAAACTCTCAC--CAATTTCGCAACGCGTTGTATATC--GTACACGCAGNNTAAAAATGTAAAATAAGACTNNNAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATT
Reference ( gi|2 ) : AACACGTTA-AGATATTGATGAGAGTTTCCCGATTTCATGAAGAGGTGGAAT-GAAC-CTGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATGTTGAGA--TTTTTATGACGCCCCCTCGCTCTG---ACACGACCTGTCA----AGTATCGGT--ATTCCA---TC-ACC-AA-CA--------GT--------T--------TACATGAAAA----A----AAAAT-G---ATGCG-C--C---C--TT---AAAGGATAGGAAAT-GACCTTGCA--------ACAAAC----AAAACATTGCTA-GGT-ACAA-TTTATGGGCAGA----GCT----T---TCAAAAAAAAA-AA---TT-CAC--G-CTTGCTTG------GC---ACCCGTCGTGTAC------TAGGTCAGGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGT-CA--TCTTT---TGTTTCATAG--AAAACTCGCGAAACTCTCCC--CAATTTTGCAATGTGTTGTACATT--GTACATGTAATAT----ATGT----TAAGA-TACTAA--TGTT--ATGGA--ATTGTAC-AGACATACATT
gi|3 : AACGCCTTG-CGAAATTGACAAGAGTTTTCAGATTTCCTAACGAGGTGAACT-CAAC-CAGTGACGTTTTATTGCTCTGTTTATATCGT-------TACACCTTGAGC--TTTATGTGACACCCACTCGCTCTG---ATACAACCTGTCA----ATTATCAGT--ATTCAG---TC-ACC-AATTT--------GT--------T--------TAC---AAGG----A----CATTT-T---ATGTGAC--C---CTATT---AACGGATGGAAAAT-TACTTCACA--------
gi|12 : acAACGCGTTG-CAAAATTGATGATACTTTTCCGATTTCAGGACAAGCTGAAAT-CAAC-CAGTTATGGGTAATTGATATAATTAAATCGT-------TACAT-T-------TTTTTGTGACGTCCACTCGCTGCC---CCACAACATATCT----ATAATCAGT--ATTAAA---TC-ACTGAA-CA--------GT--------C--------GACGTgggagcttgcctcaaaaaataaacctacatgctgacccggcacctgtcatgttctaggccaggtttgtgattgaagtctgaaatggccgtgacctcgtcatgatttcattcatagtaaaaacccgaaactctaaccaatttcgcaacgcgttatacaacataacgtaaaataaaaatgtaaaataagataata
gi|9 : caagttttgtgtatacAACGCGTTG-TGAAATTGTTGGGAATTTGT-GATTTCTTTACGAGGTGAAAC-CAAA-CTC--ACGTCTCACTGACCCGTC---AT-GT-------CA-----TGAGA--ATTTTATGACACACACTCGCCCCGAAAACACAACCTCGCA----ACAACAAAT--ATTCAA---TC-GCTGGA-CAGTCGATTTGT--------T--------TATACG--------------GAATCT---ACGTG-T--CCTTC--TT---AATGGATAGAAAAT-CAC
gi|1 : acGTTG-TGAAATTGATGAGAGTTTTCTGATTTCATGTTGTTGTGAAAT-CAAC-CAGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATGTTGT-------AACATTTTGAAG--TTTTTGTGATGCCCACTCACTATG---ATAAAACCTGTCA----ATTATC
gi|13 : agttttgcaagtgttatgctGTTACAGAAATCAATGAGAGTTTTAAGATTTCATGACGGAGTGAAATCTAACAC--TGACGTTTTACTTATCT---------GT-------CACATTTTGAGATTTTTTTATGATGTCCGCTCGCTCCG---ACAAAACCTGTCA----ATTAacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggatagcacttgtcgtgtactaggtaaagctagtgcttgaagactgaaacgacatgactttttcatcttttgatgcatagtatggtcctgaaacactcagcaatttcgcaacaagctgt
gi|5 : aata-GAAC-AT-TGACGTTTCACTGATCTGT----------------CACATCTTGAGA--TTTTTCTTACAC--------TCTG---GCAAAACTTGCCATTAAAGGA-CAATTGATTT-------------------------GT--------T--------TGCATGAA---------------T-GTTTACGCA-C--TTTTC--TT---AACGGATAGAACAT-AACTTCGCAATCATTGAACAGACGGTGAAAACCGCGATA-GTTTCCAA-TGTGTTGGT-GA-----CT------------AGGTACA-TA---TT--AC--G-CCCG----------GC---ACATGTCATGTACACTATCTA--TCAAGTTAGTACTTAAGGAC-TGA------------TGCGT-CA--TCTTT---TGTTGCATGGT-AAAATTC---AGACTCTCTCATCAATTTTG-AATcaaatacatgcatagttgttttgttaacataacattttatgcgcct
gi|10 : gatcAAC-CTGTCATGTTTCACTAACCAGTTTGTGTNNNNNNNNNNCACATATTGAGA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---ACACAACCTGTTA----ATTAATAGT--AATCAA---TCAACA-AA-CAGTTGATTTGT--------T--------TACATGAAAA----AGTTTACAAG-G--------------------T---AACTGATA-GAAATGGACTTTGCA--------ACAAAC----AAAAcgacttgtagaacttacctgtgtagtaaa
gi|19 : AAC-CTGTCATGTTTCATTAACCTGTTGGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---gacaactttaattaatgtg
gi|18 : AC-CCATCATATTTTACTAACCTGTTTGTATAAA-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACAAACACTCACTCCG---ACACAACCTGTCA------------T--GTT------TC-ACT-AACCA--------GT--------T--------T
gi|16 : gGTGACATTTTATTGGTCTGTTAATAATGT-------CACATCTTGAGA--TTTTTGTGAGACCAACTTGCGCTG---ATACAACCTGTCC----ACTATC
gi|7 : gttgcgaaatttaATTGAACTTTTTATATTGT-------CACATATTGAGA--TTTT----GTGCCCACTCACTCTG---ATACAACCTGTTA----GTTATCAAT--AATAAAAAATG-GCA-AA-CA--------GTCAATTTGTT--------TACATGAATACTTTA----ACA--------TGCA-C--TT--C--AT---AATGAGTAACAAAT-GTATTCATA--------AAAAAC----AA-------------T-ATA--TTTA--GGCAGA----ACT----T---ACCAAAAAAAATAAGCCTT-CAT--G-CTGGCT---------A---ACCTGTCATGTAC------CATGTCAAGTTAGTGGTTTAAGACATGA---GGCATCGAGTAC-T-AAATTGTTT---TA-TTCATAtctgatacgacctgtcaactatcaatattcaatga
gi|17 : aattttacattttcatgttgagttaaTGTTTGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCATTCCG---ACACAACCTGTCA----TGTTTCACT--AACCCG---TC-AT---------------GT--------T--------TACatat
gi|4 : TTTTGTGACGCCAATTCGCTCTG---ATACAACCTGTCA----ATAATTAAT--ATGCTA---TC-ACC-AAGCA--------GTCGATTTGTT--------TAGATGAACA----A--------T-T---TTACG-C--G---C--TT------GTACTGAAAAT-CACTTCACA--------ACGAGT----AAAGCGTAGCTA-GGA-TCAA-TTTATGGGTGGA----GCTGACCT---CCGAAAATAG--------------------GCTCG------GC---ACCTGTCATGTAC------AAGATCAAGTTAGTGCTTGAAGAT-TAAAAAGGCATTGAATACGA-CA--TCGTT---TTATTAATAA--TAAAATTTCAAAACTCTCAC--CAATTTTGCAACGCGTTGTATA----GCACA--CAGTCT-----TG--------GACTCCGAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATTtaacctgtcatgtttcattaa
gi|8 : TATCAGT--ATTCAG---TC-ACC-AA-CA--------GT--------TGATTTGTTTACATGAAAA----T--------T-T---TTACG-CAAC---C--TTCATAATGGATAGAAAAT---------A--------ACGAGC----CAAACATGGCCA-TGT-ACAA-TTTTTGGGCAGATTGTGTC----T---CCGAAAATAAC-CC---TA-CAT--G-CTGGTTCG------CC---ACCTGTTGTGTAC------TAGGTCAGTCTAGTGCTTGAAGAA-GGAAACAACATTGACTATAT-CA--TCGTT---TGATTCATAT--TAAAATCACGAAAGTCTCTC--TTAATTCGCAATGTGTTGTATA
gi|6 : at---C--TT---AACGGATAGCAAAT-GACATCGCA--------ACAAAC----AAAACATGGCTATGGT-GTAA-TTTGTCAGAGGA----GCT----TGCCTCTGAAAATAA-AC---TTACAT--G-CTGACTCG------GC---ACCTGTCATATAC------TAGGTCAAGTAAGTGTTTGAAGAC-TGAAACAGCTTCAACTAGGT-CA--TCTTTTTCTGATTCATAG--TAAAATCCTGAAACTCTCAC--CATTTCTACAATGCGTTGTAg
gi|14 : tgaaaatcttgacgggactcttCATGGCTA-CGT-ACAA-TTTATGGGCGGA----GCT----TAT-TCCAGGAAAGA-AACC-TA-CAC--A-CTGGCTTG------AC---ACCCGTCATATAC------AAGGTCAAATCAGTGCTTAAAGAC-TGAAA----A--------AT-CA--TTTTC---TGATTCATAG--TAAAATCCTAAAACTTTCAC--CAATTTTGCAATTCATTGTACCTTTGGTACAatgtagaaggtgaaaacaagtttgaacaaataataaaattaatattgttaaaaaagtaattgaaattgttt
gi|11 : TTACTG-GAT-AGAAATTTATGTGCGAA----ACT----TGTCTC-CGAATATA-AA---TC-CAC--A-CGTG-----------------TCGT--TGTAC------TAGGTCAAGTTGTTGCTTTAAAAA-TGAAACGTCATTGACAACAT-CA--CCTTT---TTATTCATAGT-AAAATTCA-GAAATCCTCAC--CAATTT
gi|3 : GA----GCT----TGCCTCAAAAAATAA-AC---CTACAT--G-CTGACCCG------GC---ACCTGTCATGTTC------TAGGCCAGGTTTGTGATTGAAGTC-TGAAATGGCCGTGACCTCGT-CA--TGATT---TCATTCATAGTAAAAACCCG--AAACTCTAAC--CAATTTCGCAACGCGTTATACAAC--ATA-ACGTAAAATAAAAATGTAAAATAAGA-TAATAgtaacattaaagttaatatttaacttcataaagtaaaa
gi|1 : acaacgccttgcgaaattgacaagagttttcagatttcctaacgaggtgaactcaaccagtgacgttttattgctctgtttatatcgttacaccttgagctttatgtgacacccactcgctctgatacaacctgtcaattatcagtattcagtcaccaatttgtttacaaggacattttatgtgaccctattaacggatggaaaattacttcacaggT----T---TCAAGGAAAAT-AC---TTACAT--GACTTTCTTATGGATAGC---ACTTGTCGTGTAC------TAGGTAAAGCTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGACA-TGACTTTTT-CA--TCTTT---TGATGCATAG--TATGGTCCTGAAACACTCAG--CAATTTCGCAACAAGCTGT
gi|15 : agttttgcaagtgttatgctgttgtgaaattgatgagagttttctgatttcatgttgttgtgaaatcaaccagtgatgttttattgatctgtttatgttgtaacattttgaagtttttgtgatgcccactcactatgataaaacctgtcaattatcacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgA-AA---CG-CACTTG-CTAGCTCA------GCGGTACCTGTCAAGTTA------TAAGACAAGTTAGTGCTTGATGAT-TGAAAAGGCATTGACCACGT-CA--TCTTT---AAGTCCATAGT-CAAATGC-CGAAATTCTC-----------ACAAAGCGTTGTATAT
gi|3 : -TAAAACGTCACTGGTTGAGTTCA--CCTC-----GTT----AG--GAAATCTG-AAAACTCTTGT--CAATTTCGCAAGGCGTTGTctcaatccaaaaatgagtttg
gi|12 : G--AAA--TCGGAAAAGTATCAT--CAATTTTGCAACGCGTTGTATAttgctctgtttatatcgttacaccttgagctttatgtgacacccactcgctctgatacaacctgtcaattatcagtattcagtcaccaatttgtttacaaggacattttatgtgaccctattaacggatggaaaattacttcacagggagcttgcctcaaaaaataaacctacatgctgacccggcacctgtcatgttctaggccaggtttgtgattgaagtctgaaatggccgtgacctcgtcatgatttcattcatagtaaaaacccgaaactctaaccaatttcgcaacgcgttatacaacataacgtaaaataaaaatgtaaaataagataata
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 555555555555555555555555555 333333333333 22222 1111 11111111 1111 111 3333333333333333333333333333333333333 111111 1 555555555555555555555555555 1 11 11 11 1
lowQualScore : 6 33 4 1 1 444444 0000000 1 44 0 2 555 0 1 777 4 00 8 000000000000000000000000000 333333333333 44444 777 777 3 0 6 33 0000 88888888 0000 4 0 000 0 1 0 1 1 5555555555555555555555555555555555555 1 0 666 3 000000 3 5 4 666 0 1 1 1 5 66 222222222222222222222222222 5 333 88 88 3 88 5
lowQualScore : . .. . . . ...... ....... . .. . . ... . . ... . .. . ........................... ............ ..... ... ... . . . .. .... ........ .... . . ... . . . . . ..................................... . . ... . ...... . . . ... . . . . . .. ........................... . ... .. .. . .. .
lowQualScore : 7 55 5 4 0 555555 0000000 0 22 9 5 000 5 1 000 0 33 0 000000000000000000000000000 666666666666 66666 888 888 7 7 9 66 6666 11111111 6666 7 1 111 9 9 1 9 9 2222222222222222222222222222222222222 6 7 444 6 555555 6 1 3 444 5 0 0 6 5 99 222222222222222222222222222 0 000 00 00 0 55 5
consensus : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GCC-AA-CA--------GT--------T--------TACATGAANAAT---TT---ACGCGCC---CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTG----T-----C-NAAAANAA-AAA---TN-CAC--GCTGGCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
Reference ( family-1597 ) : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCNGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCNGTGACGTTTCACTGATCTGTTTGTATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-ACC-AA-CA--------GT--------T--------TACATGAANAAA---TT---ACGCGCC---CT---T---AACGGATAGAAAATNACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTG----T-----C-NAAAANAA-AAA---TT-CAC--GCTGGCTCGGC---ACCTGTCA-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGNAAANTCGCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAGNNTAAAAATGTAAAATAAGACTNNNAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATT
gi|1 : GTTGT-GAAATTGATGAGAGTTTTCTGATTTCATGTTGTTGTGAAATCAACCAGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATGTTGT-------AACATTTTGAAG--TTTTTGTGATGCCCACTCACTATG---ATAAAACCTGTCAATTATCA
gi|1 : agttttgcaagtgttatgctGC---ACTTGTCG-TGTAC------TAGGTAAAGCTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGACA-TGACTTTTTCATCTTT---TGATGCATAGTATGGTCCTGAAACACTCAGCAATTTCGCAACAAGCTGTcctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggatagcacttgtcgtgtactaggtaaagctagtgcttgaagactgaaacgacatgactttttcatcttttgatgcatagtatggtcctgaaacactcagcaatttcgcaacaagctgt
gi|10 : agttttgcaagtgttatgctgttgtgaaattgatgagagttttctgatttcatgttgttgtgaaatcaaccagtgatgttttattgatctgtttatgttgtaacattttgaagtttttgtgatgcccactcactatgataaaacctgtcaattatcacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggataAACCTGTCATGTTTCACTAACCAGTTTGTGTNNNNNNNNNNCACATATTGAGA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---ACACAACCTGTTAATTAATAGTAAT---CAATCAACA-AA-CAGTTGATTTGT--------T--------TACATGAAAAAGT--TT---ACAAG------G---T---AACTGATAGAAATGGACTTTGCAAC----AAACA--------AAA
gi|11 : TGGATA-GA---AATTTATGTGCGAAACTTG----T-----CTCCGAATAT-AAA---TC-CA-------------C---ACGTGTCGTTGTAC------TAGGTCAAGTTGTTGCTTTAAAAA-TGAAACGTCATTGACAACATCACCTTT---TTATTCATAGTAAAATTCAGAAATCCTCACCAATTT-GTAACgacaactttaattaatgtg
gi|12 : ttacAACGCGTTGC-AAAATTGATGATACTTTTCCGATTTCAGGACAAGCTGAAATCAACCAGTTATGGGTAATTGATATAATTAAATCGT-------TACATT--------TTTTTGTGACGTCCACTCGCTGCC---CCACAACATATCTATAATCAGTATT---AAATC-ACTGAA-CA--------GT--------C--------GACGTattaaagttaatatttaacttcataaagtaaaa
gi|13 : caagttttgtgtatacGTTACAGAAATCAATGAGAGTTTTAAGATTTCATGACGGAGTGAAATCTAACACTGACGTTTTACTTATCT---------GT-------CACATTTTGAGATTTTTTTATGATGTCCGCTCGCTCCG---ACAAAACCTGTCAATTA
gi|14 : aataC----ATGGCTA-CGTACAATTTATGGGCGGAGCTTA----TT----C-CAGGAAAG-AAACC-TA-CAC--ACTGGCTTGAC---ACCCGTCA-TATAC------AAGGTCAAATCAGTGCTTAAAGAC-TGAAA----A--------ATCATTTTC---TGATTCATAGTAAAATCCTAAAACTTTCACCAATTTTGCAATTCATTGTACCTTTGGTACAcaaatacatgcatagttgttttgttaacataacattttatgcgcct
gi|15 : -AAA---CG-CACTTGCTAGCTCAGCGGTACCTGTCA-AGTTA------TAAGACAAGTTAGTGCTTGATGAT-TGAAAAGGCATTGACCACGTCATCTTT---AAGTCCATAGTCAAATGCCGAAATTCTCA---------CAAAGCGTTGTA--TATC-T-----CAATCCAAAAATG
gi|16 : GCGAAATT---TAGTGACATTTTATTGGTCTGTTAATAATGT-------CACATCTTGAGA--TTTTTGTGAGACCAACTTGCGCTG---ATACAACCTGTCCACTATCagtttg
gi|17 : gttTGTTTGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCATTCCG---ACACAACCTGTCAtctgatacgacctgtcaactatcaatattcaatga
gi|18 : ACCCATCATATTTTACTAACCTGTTTGTATAAA-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACAAACACTCACTCCG---ACACAACCTGTCA--------TGTT------TC-ACT-AACCA--------GT--------T--------Ttgtttcactaacccgtcatgtttactaacctgtcatgtttcattaa
gi|19 : gAACCTGTCATGTTTCATTAACCTGTTGGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---
gi|2 : AACACGTTAA-GATATTGATGAGAGTTTCCCGATTTCATGAAGAGGTGGAATGAACCTGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATGTTGAGA--TTTTTATGACGCCCCCTCGCTCTG---ACACGACCTGTCAAGTATCGGTATT---CCATC-ACC-AA-CA--------GT--------T--------TACATGAAAAAAAAATG---ATGCGCC---CT---T---AAAGGATAGGAAATGACCTTGCAAC----AAACA--------AAAC----ATTGCTA-GGTACAATTTATGGGCAGAGCTT-----T-----C-AAAAAAAA-AAA---TT-CAC--GCTTGCTTGGC---ACCCGTCG-TGTAC------TAGGTCAGGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGTTTCATAGAAAACTCGCGAAACTCTCCCCAATTTTGCAATGTGTTGTA--CATTGTACATGTAATAT----ATGT----TAAGA-TACTAA--TGTT--ATGGA--ATTGTAC-AGACATACATT
gi|3 : AACGCCTTGC-GAAATTGACAAGAGTTTTCAGATTTCCTAACGAGGTGAACTCAACCAGTGACGTTTTATTGCTCTGTTTATATCGT-------TACACCTTGAGC--TTTATGTGACACCCACTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAGTC-ACC-AA-TTT-------GT--------T--------TACAAGGACATT---TT---ATGTGAC---CC---T---A----------------TT---AAC----GGATG--------GAAA----AT--------TAC--TTCACAGG--GAGCTTG----C-----C-TCAAAAAATAAACC-TA-CAT--GCTGACCCGGC---ACCTGTCA-TGTTC------TAGGCCAGGTTTGTGATTGAAGTC-TGAAATGGCCGTGACCTCGTCATGATT---TCATTCATAGTAAAAACCCGAAACTCTAACCAATTTCGCAACGCGTTATA--CAACATA-ACGTAAAATAAAAATGTAAAATAAGA
gi|4 : acTTTTGTGACGCCAATTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATAATTAATATG---CTATC-ACC-AAGCA--------GTCGATTTGTT--------TAGATGAACAAT---TTT--ACGCGC-----T---T------GTACTGAAAATCACTTCACAAC----GAGTA--------AAGC----GTAGCTA-GGATCAATTTATGGGTGGAGCT-GACCTC-----C-GAAAATA-------------------GGCTCGGC---ACCTGTCA-TGTAC------AAGATCAAGTTAGTGCTTGAAGAT-TAAAAAGGCATTGAATACGACATCGTT---TTATTAATAATAAAATTTCAAAACTCTCACCAATTTTGCAACGCGTTGTA--TA----GCACACAGTCT-----TG--------GACTCCGAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATTtaata
gi|5 : ATCGAACATTGACGTTTCACTGATCTGT----------------CACATCTTGAGA--TTTTTCTTACAC--------TCTG---GCAAAACTTGCCA-TTA-AAGGA-----CAATT-G---AT-TT--------GT--------T--------TGCATGAATGT----TT---ACGCACTTTTCT---T---AACGGATAGAACATAACTTCGCAATCATTGAACAGACGGTGAAAACCGCGATAGTT----TCCAATGTGTTGGTGA--CT----------------AGGTAC-ATA---TT--AC--GCC----CGGC---ACATGTCA-TGTACACTATCTA--TCAAGTTAGTACTTAAGGAC-TGA------------TGCGTCATCTTT---TGTTGCATGGTAAAATTCAGACTCTCTCATCAATTTTGAATCGACTTGTA--
gi|6 : g---CT---T---AACGGATAGCAAATGACATCGCAAC----AAACA--------AAAC----ATGGCTATGGTGTAATTTGTCAGAGGAGCTTGCC--T-----C-TGAAAATA-AAC---TTACAT--GCTGACTCGGC---ACCTGTCA-TATAC------TAGGTCAAGTAAGTGTTTGAAGAC-TGAAACAGCTTCAACTAGGTCATCTTTTTCTGATTCATAGTAAAATCCTGAAACTCTCACCATTTCTACAATGCGTTGTA--gaacttacctgtgtagtaaa
gi|7 : tgaaaatcttgacgggactcttATTGAACTTTTTATATTGT-------CACATATTGAGA--TTTT-GTG---CCCACTCACTCTG---ATACAACCTGTTAGTTATCAATAATAAAAAATG-GCA-AA-CAGTCAATTTGT--------T--------TACATGAATACT---TTA--ACATGCA---CTTCAT---AATGAGTAACAAATGTATTCATAA---------A--------AAAC----A--------ATAT-ATTTA--GGCAGAACTTA----C-----C-AAAAAAAA-TAAGCCTT-CAT--GCTGGCT---A---ACCTGTCA-TGTAC------CATGTCAAGTTAGTGGTTTAAGACATGA---GGCATCGAGTACTAAATTGTT---TTATTCATAATAatgtagaaggtgaaaacaagtttgaacaaataataaaattaatattgttaaaaaagtaattgaaattgttt
gi|8 : aattttacattttcatgttgagttaaATTATCAGTATT---CAGTC-ACC-AA-CA--------GT--------TGATTTGTTTACATGAA--AA---TTTTTACGCAAC---CT---TCATAATGGATAGAAAAT--------AAC----GAGCC--------AAAC----ATGGCCA-TGTACAATTTTTGGGCAGA--TTG----TGTCTCC-GAAAATAA-CCC---TA-CAT--GCTGGTTCGCC---ACCTGTTG-TGTAC------TAGGTCAGTCTAGTGCTTGAAGAA-GGAAACAACATTGACTATATCATCGTT---TGATTCATATTAAAATCACGAAAGTCTCTCTTAATTCGCAATGTGTTGTA--TAt
gi|9 : AACGCGTTGT-GAAATTGTTGGGAATTTG-TGATTTCTTTACGAGGTGAAACCAAAC--TCACGTCTCACTGACC---------CGT-------CATGTCATGAGA--ATTTTATGACACACACTCGCCCCGAAAACACAACCTCGCAACAACAAATATT---CAATC-GCTGGA-CAGTCGATTTGT--------T--------TATACG--GAAT---CT---ACGTGTCCTTCT---T---AATGGATAGAAAATCACg
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 111 555555555555555555555555555555555 11 1 11111 1111 11111111 1111 111 333333333333333333333333333 111111 222222 333333333333 1 11 11 11 1
lowQualScore : 6 9 3 11 1 2 0000000 1 44 0 2 555 11111 4 444 4 333333333333333333333333333333333 777 1 22 3 99999 777 777 3 0 5 33 0000 88888888 0000 4 0 000 0 1 0 1 1 444444444444444444444444444 1 6666 4 0 666 0 3 000000 3 5 4 666 0 5 66 222222 00 1 888888888888 5 1 1 88 88 1 88 5
lowQualScore : . . . .. . . ....... . .. . . ... ..... . ... . ................................. ... . .. . ..... ... ... . . . .. .... ........ .... . . ... . . . . . ........................... . .... . . ... . . ...... . . . ... . . .. ...... .. . ............ . . . .. .. . .. .
lowQualScore : 7 3 7 55 2 8 0000000 0 22 9 5 000 22222 0 333 0 444444444444444444444444444444444 888 0 22 3 88888 888 888 7 7 7 66 6666 11111111 6666 7 1 111 9 9 1 9 9 555555555555555555555555555 0 7777 0 7 444 2 6 555555 6 1 3 444 5 5 99 000000 55 0 222222222222 0 0 0 00 00 0 55 5
consensus : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG---AANAN-TTT-ACGCGCC---CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTGC-----CN---A-AAANAA-AAA---TACAC--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCGT-GTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
Reference ( family-1597 ) : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG---AANAA-TTT-ACGCGCC---CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTGT-----CN---A-AAANAA-AAA---TNCAC--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCGT-GTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
gi|1 : GTTGT-GAAATTGATGAGAGTTTTCTGATTTCATGTTGTTGTGAAATCAACCAGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATGTTGT-------AACATTTTGAAG--TTTTTGTGATGCCCACTCACTATG---ATAAAACCTGTCAATTATCA
gi|1 : agttttgcaagtgttatgctGC---ACTTGTCGT-GTAC------TAGGTAAAGCTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGACA-TGACTTTTTCATCTTT---TGATGCATAGTATGGTCCTGAAACACTCAGCAATTTCGCAACAAGCTGTcctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggatagcacttgtcgtgtactaggtaaagctagtgcttgaagactgaaacgacatgactttttcatcttttgatgcatagtatggtcctgaaacactcagcaatttcgcaacaagctgt
gi|10 : agttttgcaagtgttatgctgttgtgaaattgatgagagttttctgatttcatgttgttgtgaaatcaaccagtgatgttttattgatctgtttatgttgtaacattttgaagtttttgtgatgcccactcactatgataaaacctgtcaattatcacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggataAACCTGTCATGTTTCACTAACCAGTTTGTGTNNNNNNNNNNCACATATTGAGA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---ACACAACCTGTTAATTAATAGTAAT---CAATCAAC-A-AA-CAGTTGATTTGT--------T--------T-----ACATG---AAAAAGTTT-ACAAG------G---T---AACTGATAGAAATGGACTTTGCAAC----AAACA--------AAA
gi|11 : TGGATA-GA---AATTTATGTGCGAAACTTGT-----CT---CCGAATAT-AAA---TCCAC-----------------ACGTGTCGTTGTAC------TAGGTCAAGTTGTTGCTTTAAAAA-TGAAACGTCATTGACAACATCACCTTT---TTATTCATAGTAAAATTCAGAAATCCTCACCAATTT-GTAACgacaactttaattaatgtg
gi|12 : ttacAACGCGTTGC-AAAATTGATGATACTTTTCCGATTTCAGGACAAGCTGAAATCAACCAGTTATGGGTAATTGATATAATTAAATCGT-------TACATT--------TTTTTGTGACGTCCACTCGCTGCC---CCACAACATATCTATAATCAGTATT---AAATC-AC-TGAA-CA--------GT--------C--------G-----ACGTattaaagttaatatttaacttcataaagtaaaa
gi|13 : caagttttgtgtatacGTTACAGAAATCAATGAGAGTTTTAAGATTTCATGACGGAGTGAAATCTAACACTGACGTTTTACTTATCT---------GT-------CACATTTTGAGATTTTTTTATGATGTCCGCTCGCTCCG---ACAAAACCTGTCAATTACAAATA-----CA--T-GCAT-AG-TT--------GT--------T--------TTGTTAACAT----AACAT-TTT-ATGCGCC---
gi|14 : aataC----ATGGCTA-CGTACAATTTATGGGCGGAGCTTATT----CC---A-GGAAAG-AAACC-TACAC--ACTG-GCTTGAC---ACCCGTCAT-ATAC------AAGGTCAAATCAGTGCTTAAAGAC-TGAAA----A--------ATCATTTTC---TGATTCATAGTAAAATCCTAAAACTTTCACCAATTTTGCAATTCATTGTACCTTTGGTACAt
gi|15 : -AAA---CGCACTTGCTA-GCTCAGCGGTACCTGTCAA-GTTA------TAAGACAAGTTAGTGCTTGATGAT-TGAAAAGGCATTGACCACGTCATCTTT---AAGTCCATAGTCAAATGCCGAAATTCTCA---------CAAAGCGTTGTA--TATC-T-----CAATCCAAAAATG
gi|16 : GCGAAATT---TAGTGACATTTTATTGGTCTGTTAATAATGT-------CACATCTTGAGA--TTTTTGTGAGACCAACTTGCGCTG---ATACAACCTGTCCACTATCagtttg
gi|17 : gttTGTTTGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCATTCCG---ACACAACCTGTCAtctgatacgacctgtcaactatcaatattcaatga
gi|18 : TTTTACTAACCTGTTTGTATAAA-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACAAACACTCACTCCG---ACACAACCTGTCAtgtttcactaacccgtcatgtttactaacctgtcatgtttcattaa
gi|19 : gacccatcataAACCTGTCATGTTTCATTAACCTGTTGGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---tgtttcactaaccagttt
gi|2 : AACACGTTAA-GATATTGATGAGAGTTTCCCGATTTCATGAAGAGGTGGAATGAACCTGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATGTTGAGA--TTTTTATGACGCCCCCTCGCTCTG---ACACGACCTGTCAAGTATCGGTATT---CCATC-AC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATGAAAAAAAA-ATG-ATGCGCC---CT---T---AAAGGATAGGAAATGACCTTGCAAC----AAACA--------AAAC----ATTGCTA-GGTACAATTTATGGGCAGAGCTT-T-----CA---A-AAAAAA-AAA---TTCAC--GCTT-GCTTGGC---ACCCGTCGT-GTAC------TAGGTCAGGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGTTTCATAGAAAACTCGCGAAACTCTCCCCAATTTTGCAATGTGTTGTA--CATTGTACATGTAATAT----ATGT----TAAGA-TACTAA--TGTT--ATGGA--ATTGTAC-AGACATACATT
gi|3 : AACGCCTTGC-GAAATTGACAAGAGTTTTCAGATTTCCTAACGAGGTGAACTCAACCAGTGACGTTTTATTGCTCTGTTTATATCGT-------TACACCTTGAGC--TTTATGTGACACCCACTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-TTT-------GT--------T--------T-----ACAAG---GACAT-TTT-ATGTGAC---CC---T---A----------------TT---AAC----GGATG--------GAAA----AT--------TAC--TTCACAGG--GAGCTTGC-----CT---C-AAAAAATAAACC-TACAT--GCTG-ACCCGGC---ACCTGTCAT-GTTC------TAGGCCAGGTTTGTGATTGAAGTC-TGAAATGGCCGTGACCTCGTCATGATT---TCATTCATAGTAAAAACCCGAAACTCTAACCAATTTCGCAACGCGTTATA--CAACATA-ACGTAAAATAAAAATGTAAAATAAGA
gi|4 : acTTTTGTGACGCCAATTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATAATTAATATG---CTATC-AC-C-AAGCA--------GTCGATTTGTT--------T-----AGATG---AACAA-TTTTACGCGC-----T---T------GTACTGAAAATCACTTCACAAC----GAGTA--------AAGC----GTAGCTA-GGATCAATTTATGGGTGGAGCTGAC-----CT---C----CGA-AAA---TA--------G-GCTCGGC---ACCTGTCAT-GTAC------AAGATCAAGTTAGTGCTTGAAGAT-TAAAAAGGCATTGAATACGACATCGTT---TTATTAATAATAAAATTTCAAAACTCTCACCAATTTTGCAACGCGTTGTA--TA----GCACACAGTCT-----TG--------GACTCCGAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATTtaata
gi|5 : ATCGAACATTGACGTTTCACTGATCTGT----------------CACATCTTGAGA--TTTTTCTTACAC--------TCTG---GCAAAACTTGCCA-TTA-AAGGA-----CAATT-G----AT-TT--------GT--------T--------T-----GCATG---AATG--TTT-ACGCACTTTTCT---T---AACGGATAGAACATAACTTCGCAATCATTGAACAGACGGTGAAAACCGCGATAGTT----TCCAATGTGTTGGTGA--CT----------------------AGG---TACAT--ATTACGCCCGGC---ACATGTCAT-GTACACTATCTA--TCAAGTTAGTACTTAAGGAC-TGA------------TGCGTCATCTTT---TGTTGCATGGTAAAATTCAGACTCTCTCATCAATTTTGAATCGACTTGTA--
gi|6 : g---CT---T---AACGGATAGCAAATGACATCGCAAC----AAACA--------AAAC----ATGGCTATGGTGTAATTTGTCAGAGGAGCTTGC-----CTCTGA-AAATAA-ACT---TACAT--GCTG-ACTCGGC---ACCTGTCAT-ATAC------TAGGTCAAGTAAGTGTTTGAAGAC-TGAAACAGCTTCAACTAGGTCATCTTTTTCTGATTCATAGTAAAATCCTGAAACTCTCACCATTTCTACAATGCGTTGTA--gaacttacctgtgtagtaaa
gi|7 : tgaaaatcttgacgggactcttATTGAACTTTTTATATTGT-------CACATATTGAGA--TTTT-GTG---CCCACTCACTCTG---ATACAACCTGTTAGTTATCAATAATAAAAAATG-GC-A-AA-CAGTCAATTTGT--------T--------T-----ACATG---AATAC-TTTAACATGCA---CTTCAT---AATGAGTAACAAATGTATTCATAA---------A--------AAAC----A--------ATAT-ATTTA--GGCAGAACTTAC-----CA---A-AAAAAA-TAAGCCTTCAT--GCTG-GCT---A---ACCTGTCAT-GTAC------CATGTCAAGTTAGTGGTTTAAGACATGA---GGCATCGAGTACTAAATTGTT---TTATTCATAATAatgtagaaggtgaaaacaagtttgaacaaataataaaattaatattgttaaaaaagtaattgaaattgttt
gi|8 : aattttacattttcatgttgagttaaATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-CA--------GT--------TGATTTGTTT-----ACATG---AAAAT-TTTTACGCAAC---CT---TCATAATGGATAGAAAAT--------AAC----GAGCC--------AAAC----ATGGCCA-TGTACAATTTTTGGGCAGA--TTGTGTCTCCG---A-AAATAA-CCC---TACAT--GCTG-GTTCGCC---ACCTGTTGT-GTAC------TAGGTCAGTCTAGTGCTTGAAGAA-GGAAACAACATTGACTATATCATCGTT---TGATTCATATTAAAATCACGAAAGTCTCTCTTAATTCGCAATGTGTTGTA--TAt
gi|9 : AACGCGTTGT-GAAATTGTTGGGAATTTGT-GATTTCTTTACGAGGTGAAACCAAAC--TCACGTCTCACTGACC---------CGT-------CATGTCATGAGA--ATTTTATGACACACACTCGCCCCGAAAACACAACCTCGCAACAACAAATATT---CAATC-GC-TGGA-CAGTCGATTTGT--------T--------T-----ATACG-----GAA-TCT-ACGTGTCCTTCT---T---AATGGATAGAAAATCACg
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 111 555555555555555555555555555555555 1 222222 1111 11111111 1111 111 333333333333333333333333333 111111 222222 333333333333 1 11 11 11 1
lowQualScore : 6 9 3 11 1 2 0000000 1 44 0 2 555 11111 4 444 4 333333333333333333333333333333333 4 1 1 777 6 888888 777 777 3 0 5 33 0000 88888888 0000 4 0 000 0 1 0 1 1 666666666666666666666666666 0 888 4 666 33 000000 3 5 4 666 0 5 66 222222 00 1 888888888888 5 1 1 88 88 1 88 5
lowQualScore : . . . .. . . ....... . .. . . ... ..... . ... . ................................. . . . ... . ...... ... ... . . . .. .... ........ .... . . ... . . . . . ........................... . ... . ... .. ...... . . . ... . . .. ...... .. . ............ . . . .. .. . .. .
lowQualScore : 7 3 7 55 2 8 0000000 0 22 9 5 000 22222 0 333 0 444444444444444444444444444444444 0 0 0 000 0 222222 888 888 7 7 7 66 6666 11111111 6666 7 1 111 9 9 1 9 9 888888888888888888888888888 1 555 0 444 88 555555 6 1 3 444 5 5 99 000000 55 0 222222222222 0 0 0 00 00 0 55 5
consensus : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AANANT---TT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTG-----C-CN---AAAANAA-AAA---TACAC--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
Reference ( family-1597 ) : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AANANT---TT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTG-----C-CN---AAAANAA-AAA---TACAC--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
gi|1 : GTTGT-GAAATTGATGAGAGTTTTCTGATTTCATGTTGTTGTGAAATCAACCAGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATGTTGT-------AACATTTTGAAG--TTTTTGTGATGCCCACTCACTATG---ATAAAACCTGTCAATTATCA
gi|1 : agttttgcaagtgttatgctGC---ACTTGTCG-TGTAC------TAGGTAAAGCTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGACA-TGACTTTTTCATCTTT---TGATGCATAGTATGGTCCTGAAACACTCAGCAATTTCGCAACAAGCTGTcctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggatagcacttgtcgtgtactaggtaaagctagtgcttgaagactgaaacgacatgactttttcatcttttgatgcatagtatggtcctgaaacactcagcaatttcgcaacaagctgt
gi|10 : agttttgcaagtgttatgctgttgtgaaattgatgagagttttctgatttcatgttgttgtgaaatcaaccagtgatgttttattgatctgtttatgttgtaacattttgaagtttttgtgatgcccactcactatgataaaacctgtcaattatcacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggataAACCTGTCATGTTTCACTAACCAGTTTGTGTNNNNNNNNNNCACATATTGAGA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---ACACAACCTGTTAATTAATAGTAAT---CAATCAAC-A-AA-CAGTTGATTTGT--------T--------T-----ACATGAAAAAGT---TT-ACAAG-------G---T---AACTGATAGAAATGGACTTTGCAAC----AAACA--------AAA
gi|11 : TGGATA-GA---AATTTATGTGCGAAACTTGTCT--C-CG---AATATAA-A-------------------TCCAC---ACGTGTCGTTGTAC------TAGGTCAAGTTGTTGCTTTAAAAA-TGAAACGTCATTGACAACATCACCTTT---TTATTCATAGTAAAATTCAGAAATCCTCACCAATTT-GTAACgacaactttaattaatgtg
gi|12 : ttacAACGCGTTGC-AAAATTGATGATACTTTTCCGATTTCAGGACAAGCTGAAATCAACCAGTTATGGGTAATTGATATAATTAAATCGT-------TACATT--------TTTTTGTGACGTCCACTCGCTGCC---CCACAACATATCTATAATCAGTATT---AAATC-AC-TGAA-CA--------GT--------C--------G-----ACGTattaaagttaatatttaacttcataaagtaaaa
gi|13 : caagttttgtgtatacGTTACAGAAATCAATGAGAGTTTTAAGATTTCATGACGGAGTGAAATCTAACACTGACGTTTTACTTATCT---------GT-------CACATTTTGAGATTTTTTTATGATGTCCGCTCGCTCCG---ACAAAACCTGTCAATTACAAATA-----CA--T-GCAT-AG-TT--------GT--------T--------TTGTTAACAT--AACATT---TT-ATGCGCC----
gi|14 : aataC----ATGGCTA-CGTACAATTTATGGGCGGAGCTTA-----TTCC---AGGAAAG-AAACC-TACAC--ACTG-GCTTGAC---ACCCGTCA-TATAC------AAGGTCAAATCAGTGCTTAAAGAC-TGAAA----A--------ATCATTTTC---TGATTCATAGTAAAATCCTAAAACTTTCACCAATTTTGCAATTCATTGTACCTTTGGTACAt
gi|15 : -AAA---CGCACTTGCTA-GCTCAGCGGTACCTGTCA-AGTTA------TAAGACAAGTTAGTGCTTGATGAT-TGAAAAGGCATTGACCACGTCATCTTT---AAGTCCATAGTCAAATGCCGAAATTCTCA---------CAAAGCGTTGTA--TATC-T-----CAATCCAAAAATG
gi|16 : GCGAAATT---TAGTGACATTTTATTGGTCTGTTAATAATGT-------CACATCTTGAGA--TTTTTGTGAGACCAACTTGCGCTG---ATACAACCTGTCCACTATCagtttg
gi|17 : gttTGTTTGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCATTCCG---ACACAACCTGTCAtctgatacgacctgtcaactatcaatattcaatga
gi|18 : TTTTACTAACCTGTTTGTATAAA-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACAAACACTCACTCCG---ACACAACCTGTCAtgtttcactaacccgtcatgtttactaacctgtcatgtttcattaa
gi|19 : gacccatcataAACCTGTCATGTTTCATTAACCTGTTGGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---tgtttcactaaccagttt
gi|2 : AACACGTTAA-GATATTGATGAGAGTTTCCCGATTTCATGAAGAGGTGGAATGAACCTGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATGTTGAGA--TTTTTATGACGCCCCCTCGCTCTG---ACACGACCTGTCAAGTATCGGTATT---CCATC-AC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AAAAAAAAATG-ATGCGCC----CT---T---AAAGGATAGGAAATGACCTTGCAAC----AAACA--------AAAC----ATTGCTA-GGTACAATTTATGGGCAGAGCTT------T-CA---AAAAAAA-AAA---TTCAC--GCTT-GCTTGGC---ACCCGTCG-TGTAC------TAGGTCAGGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGTTTCATAGAAAACTCGCGAAACTCTCCCCAATTTTGCAATGTGTTGTA--CATTGTACATGTAATAT----ATGT----TAAGA-TACTAA--TGTT--ATGGA--ATTGTAC-AGACATACATT
gi|3 : AACGCCTTGC-GAAATTGACAAGAGTTTTCAGATTTCCTAACGAGGTGAACTCAACCAGTGACGTTTTATTGCTCTGTTTATATCGT-------TACACCTTGAGC--TTTATGTGACACCCACTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-TTT-------GT--------T--------T-----ACAAG-GACATT---TT-ATGTGAC----CC---T---A----------------TT---AAC----GGATG--------GAAA----AT--------TAC--TTCACAGG--GAGCTTG-----C-CT---CAAAAAATAAACC-TACAT--GCTG-ACCCGGC---ACCTGTCA-TGTTC------TAGGCCAGGTTTGTGATTGAAGTC-TGAAATGGCCGTGACCTCGTCATGATT---TCATTCATAGTAAAAACCCGAAACTCTAACCAATTTCGCAACGCGTTATA--CAACATA-ACGTAAAATAAAAATGTAAAATAAGA
gi|4 : acTTTTGTGACGCCAATTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATAATTAATATG---CTATC-AC-C-AAGCA--------GTCGATTTGTT--------T-----AGATG-AACAAT---TTTACGCGC------T---T------GTACTGAAAATCACTTCACAAC----GAGTA--------AAGC----GTAGCTA-GGATCAATTTATGGGTGGAGCTGA-----C-CT---C---CGA-AAA---TA--------G-GCTCGGC---ACCTGTCA-TGTAC------AAGATCAAGTTAGTGCTTGAAGAT-TAAAAAGGCATTGAATACGACATCGTT---TTATTAATAATAAAATTTCAAAACTCTCACCAATTTTGCAACGCGTTGTA--TA----GCACACAGTCT-----TG--------GACTCCGAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATTtaata
gi|5 : ATCGAACATTGACGTTTCACTGATCTGT----------------CACATCTTGAGA--TTTTTCTTACAC--------TCTG---GCAAAACTTGCCA-TTA-AAGGA-----CAATT-G----AT-TT--------GT--------T--------T-----GCATG-AAT-GT---TT-ACGCACTTTT-CT---T---AACGGATAGAACATAACTTCGCAATCATTGAACAGACGGTGAAAACCGCGATAGTT----TCCAATGTGTTGGTGA--CT----------------------AGG---TACAT--ATTACGCCCGGC---ACATGTCA-TGTACACTATCTA--TCAAGTTAGTACTTAAGGAC-TGA------------TGCGTCATCTTT---TGTTGCATGGTAAAATTCAGACTCTCTCATCAATTTTGAATCGACTTGTA--
gi|6 : gTG-AAAATC---TTGACGGGACTCTTCT---T---AACGGATAGCAAATGACATCGCAAC----AAACA--------AAAC----ATGGCTATGGTGTAATTTGTCAGAGGAGCTTG-----C-CTCTGAAAATAA-ACT---TACAT--GCTG-ACTCGGC---ACCTGTCA-TATAC------TAGGTCAAGTAAGTGTTTGAAGAC-TGAAACAGCTTCAACTAGGTCATCTTTTTCTGATTCATAGTAAAATCCTGAAACTCTCACCATTTCTACAATGCGTTGTA--gaacttacctgtgtagtaaa
gi|7 : ATTGAACTTTTTATATTGT-------CACATATTGAGA--TTTT-GTG---CCCACTCACTCTG---ATACAACCTGTTAGTTATCAATAATAAAAAATG-GC-A-AA-CAGTCAATTTGT--------T--------T-----ACATG-AATACT---TTAACATGCA----CTTCAT---AATGAGTAACAAATGTATTCATAA---------A--------AAAC----A--------ATAT-ATTTA--GGCAGAACTTA-----C-CA---AAAAAAA-TAAGCCTTCAT--GCTG-GCT---A---ACCTGTCA-TGTAC------CATGTCAAGTTAGTGGTTTAAGACATGA---GGCATCGAGTACTAAATTGTT---TTATTCATAATAatgtagaaggtgaaaacaagtttgaacaaataataaaattaatattgttaaaaaagtaattgaaattgttt
gi|8 : aattttacattttcatgttgagttaaATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-CA--------GT--------TGATTTGTTT-----ACATG-AAAATT---TTTACGCAAC----CT---TCATAATGGATAGAAAAT--------AAC----GAGCC--------AAAC----ATGGCCA-TGTACAATTTTTGGGCAGA--TTGTGTCTC-CG---AAAATAA-CCC---TACAT--GCTG-GTTCGCC---ACCTGTTG-TGTAC------TAGGTCAGTCTAGTGCTTGAAGAA-GGAAACAACATTGACTATATCATCGTT---TGATTCATATTAAAATCACGAAAGTCTCTCTTAATTCGCAATGTGTTGTA--TAt
gi|9 : AACGCGTTGT-GAAATTGTTGGGAATTTGT-GATTTCTTTACGAGGTGAAACCAAAC--TCACGTCTCACTGACC---------CGT-------CATGTCATGAGA--ATTTTATGACACACACTCGCCCCGAAAACACAACCTCGCAACAACAAATATT---CAATC-GC-TGGA-CAGTCGATTTGT--------T--------T-----ATACG---GAAT---CT-ACGTGTCCTT-CT---T---AATGGATAGAAAATCACg
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 111 555555555555555555555555555555555 1 222222 1111 11111111 1111 111 333333333333333333333333333 111111 222222 333333333333 1 11 11 11 1
lowQualScore : 6 9 3 11 1 2 0000000 1 44 0 2 555 11111 4 444 4 333333333333333333333333333333333 4 1 1 777 6 888888 777 777 3 0 5 33 0000 88888888 0000 4 0 000 0 1 0 1 1 666666666666666666666666666 0 888 4 666 33 000000 3 5 4 666 0 5 66 222222 00 1 888888888888 5 1 1 88 88 1 88 5
lowQualScore : . . . .. . . ....... . .. . . ... ..... . ... . ................................. . . . ... . ...... ... ... . . . .. .... ........ .... . . ... . . . . . ........................... . ... . ... .. ...... . . . ... . . .. ...... .. . ............ . . . .. .. . .. .
lowQualScore : 7 3 7 55 2 8 0000000 0 22 9 5 000 22222 0 333 0 444444444444444444444444444444444 0 0 0 000 0 222222 888 888 7 7 7 66 6666 11111111 6666 7 1 111 9 9 1 9 9 888888888888888888888888888 1 555 0 444 88 555555 6 1 3 444 5 5 99 000000 55 0 222222222222 0 0 0 00 00 0 55 5
consensus : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AANANT---TT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTG-----C-CN---AAAANAA-AAA---TACAC--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
Reference ( family-1597 ) : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AANANT---TT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTG-----C-CN---AAAANAA-AAA---TACAC--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
gi|1 : GTTGT-GAAATTGATGAGAGTTTTCTGATTTCATGTTGTTGTGAAATCAACCAGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATGTTGT-------AACATTTTGAAG--TTTTTGTGATGCCCACTCACTATG---ATAAAACCTGTCAATTATCA
gi|1 : agttttgcaagtgttatgctGC---ACTTGTCG-TGTAC------TAGGTAAAGCTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGACA-TGACTTTTTCATCTTT---TGATGCATAGTATGGTCCTGAAACACTCAGCAATTTCGCAACAAGCTGTcctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggatagcacttgtcgtgtactaggtaaagctagtgcttgaagactgaaacgacatgactttttcatcttttgatgcatagtatggtcctgaaacactcagcaatttcgcaacaagctgt
gi|10 : agttttgcaagtgttatgctgttgtgaaattgatgagagttttctgatttcatgttgttgtgaaatcaaccagtgatgttttattgatctgtttatgttgtaacattttgaagtttttgtgatgcccactcactatgataaaacctgtcaattatcacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggataAACCTGTCATGTTTCACTAACCAGTTTGTGTNNNNNNNNNNCACATATTGAGA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---ACACAACCTGTTAATTAATAGTAAT---CAATCAAC-A-AA-CAGTTGATTTGT--------T--------T-----ACATGAAAAAGT---TT-ACAAG-------G---T---AACTGATAGAAATGGACTTTGCAAC----AAACA--------AAA
gi|11 : TGGATA-GA---AATTTATGTGCGAAACTTGTCT--C-CG---AATATAA-A-------------------TCCAC---ACGTGTCGTTGTAC------TAGGTCAAGTTGTTGCTTTAAAAA-TGAAACGTCATTGACAACATCACCTTT---TTATTCATAGTAAAATTCAGAAATCCTCACCAATTT-GTAACgacaactttaattaatgtg
gi|12 : ttacAACGCGTTGC-AAAATTGATGATACTTTTCCGATTTCAGGACAAGCTGAAATCAACCAGTTATGGGTAATTGATATAATTAAATCGT-------TACATT--------TTTTTGTGACGTCCACTCGCTGCC---CCACAACATATCTATAATCAGTATT---AAATC-AC-TGAA-CA--------GT--------C--------G-----ACGTattaaagttaatatttaacttcataaagtaaaa
gi|13 : caagttttgtgtatacGTTACAGAAATCAATGAGAGTTTTAAGATTTCATGACGGAGTGAAATCTAACACTGACGTTTTACTTATCT---------GT-------CACATTTTGAGATTTTTTTATGATGTCCGCTCGCTCCG---ACAAAACCTGTCAATTACAAATA-----CA--T-GCAT-AG-TT--------GT--------T--------TTGTTAACAT--AACATT---TT-ATGCGCC----
gi|14 : aataC----ATGGCTA-CGTACAATTTATGGGCGGAGCTTA-----TTCC---AGGAAAG-AAACC-TACAC--ACTG-GCTTGAC---ACCCGTCA-TATAC------AAGGTCAAATCAGTGCTTAAAGAC-TGAAA----A--------ATCATTTTC---TGATTCATAGTAAAATCCTAAAACTTTCACCAATTTTGCAATTCATTGTACCTTTGGTACAt
gi|15 : -AAA---CGCACTTGCTA-GCTCAGCGGTACCTGTCA-AGTTA------TAAGACAAGTTAGTGCTTGATGAT-TGAAAAGGCATTGACCACGTCATCTTT---AAGTCCATAGTCAAATGCCGAAATTCTCA---------CAAAGCGTTGTA--TATC-T-----CAATCCAAAAATG
gi|16 : GCGAAATT---TAGTGACATTTTATTGGTCTGTTAATAATGT-------CACATCTTGAGA--TTTTTGTGAGACCAACTTGCGCTG---ATACAACCTGTCCACTATCagtttg
gi|17 : gttTGTTTGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCATTCCG---ACACAACCTGTCAtctgatacgacctgtcaactatcaatattcaatga
gi|18 : TTTTACTAACCTGTTTGTATAAA-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACAAACACTCACTCCG---ACACAACCTGTCAtgtttcactaacccgtcatgtttactaacctgtcatgtttcattaa
gi|19 : gacccatcataAACCTGTCATGTTTCATTAACCTGTTGGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---tgtttcactaaccagttt
gi|2 : AACACGTTAA-GATATTGATGAGAGTTTCCCGATTTCATGAAGAGGTGGAATGAACCTGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATGTTGAGA--TTTTTATGACGCCCCCTCGCTCTG---ACACGACCTGTCAAGTATCGGTATT---CCATC-AC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AAAAAAAAATG-ATGCGCC----CT---T---AAAGGATAGGAAATGACCTTGCAAC----AAACA--------AAAC----ATTGCTA-GGTACAATTTATGGGCAGAGCTT------T-CA---AAAAAAA-AAA---TTCAC--GCTT-GCTTGGC---ACCCGTCG-TGTAC------TAGGTCAGGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGTTTCATAGAAAACTCGCGAAACTCTCCCCAATTTTGCAATGTGTTGTA--CATTGTACATGTAATAT----ATGT----TAAGA-TACTAA--TGTT--ATGGA--ATTGTAC-AGACATACATT
gi|3 : AACGCCTTGC-GAAATTGACAAGAGTTTTCAGATTTCCTAACGAGGTGAACTCAACCAGTGACGTTTTATTGCTCTGTTTATATCGT-------TACACCTTGAGC--TTTATGTGACACCCACTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-TTT-------GT--------T--------T-----ACAAG-GACATT---TT-ATGTGAC----CC---T---A----------------TT---AAC----GGATG--------GAAA----AT--------TAC--TTCACAGG--GAGCTTG-----C-CT---CAAAAAATAAACC-TACAT--GCTG-ACCCGGC---ACCTGTCA-TGTTC------TAGGCCAGGTTTGTGATTGAAGTC-TGAAATGGCCGTGACCTCGTCATGATT---TCATTCATAGTAAAAACCCGAAACTCTAACCAATTTCGCAACGCGTTATA--CAACATA-ACGTAAAATAAAAATGTAAAATAAGA
gi|4 : acTTTTGTGACGCCAATTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATAATTAATATG---CTATC-AC-C-AAGCA--------GTCGATTTGTT--------T-----AGATG-AACAAT---TTTACGCGC------T---T------GTACTGAAAATCACTTCACAAC----GAGTA--------AAGC----GTAGCTA-GGATCAATTTATGGGTGGAGCTGA-----C-CT---C---CGA-AAA---TA--------G-GCTCGGC---ACCTGTCA-TGTAC------AAGATCAAGTTAGTGCTTGAAGAT-TAAAAAGGCATTGAATACGACATCGTT---TTATTAATAATAAAATTTCAAAACTCTCACCAATTTTGCAACGCGTTGTA--TA----GCACACAGTCT-----TG--------GACTCCGAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATTtaata
gi|5 : ATCGAACATTGACGTTTCACTGATCTGT----------------CACATCTTGAGA--TTTTTCTTACAC--------TCTG---GCAAAACTTGCCA-TTA-AAGGA-----CAATT-G----AT-TT--------GT--------T--------T-----GCATG-AAT-GT---TT-ACGCACTTTT-CT---T---AACGGATAGAACATAACTTCGCAATCATTGAACAGACGGTGAAAACCGCGATAGTT----TCCAATGTGTTGGTGA--CT----------------------AGG---TACAT--ATTACGCCCGGC---ACATGTCA-TGTACACTATCTA--TCAAGTTAGTACTTAAGGAC-TGA------------TGCGTCATCTTT---TGTTGCATGGTAAAATTCAGACTCTCTCATCAATTTTGAATCGACTTGTA--
gi|6 : gTG-AAAATC---TTGACGGGACTCTTCT---T---AACGGATAGCAAATGACATCGCAAC----AAACA--------AAAC----ATGGCTATGGTGTAATTTGTCAGAGGAGCTTG-----C-CTCTGAAAATAA-ACT---TACAT--GCTG-ACTCGGC---ACCTGTCA-TATAC------TAGGTCAAGTAAGTGTTTGAAGAC-TGAAACAGCTTCAACTAGGTCATCTTTTTCTGATTCATAGTAAAATCCTGAAACTCTCACCATTTCTACAATGCGTTGTA--gaacttacctgtgtagtaaa
gi|7 : ATTGAACTTTTTATATTGT-------CACATATTGAGA--TTTT-GTG---CCCACTCACTCTG---ATACAACCTGTTAGTTATCAATAATAAAAAATG-GC-A-AA-CAGTCAATTTGT--------T--------T-----ACATG-AATACT---TTAACATGCA----CTTCAT---AATGAGTAACAAATGTATTCATAA---------A--------AAAC----A--------ATAT-ATTTA--GGCAGAACTTA-----C-CA---AAAAAAA-TAAGCCTTCAT--GCTG-GCT---A---ACCTGTCA-TGTAC------CATGTCAAGTTAGTGGTTTAAGACATGA---GGCATCGAGTACTAAATTGTT---TTATTCATAATAatgtagaaggtgaaaacaagtttgaacaaataataaaattaatattgttaaaaaagtaattgaaattgttt
gi|8 : aattttacattttcatgttgagttaaATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-CA--------GT--------TGATTTGTTT-----ACATG-AAAATT---TTTACGCAAC----CT---TCATAATGGATAGAAAAT--------AAC----GAGCC--------AAAC----ATGGCCA-TGTACAATTTTTGGGCAGA--TTGTGTCTC-CG---AAAATAA-CCC---TACAT--GCTG-GTTCGCC---ACCTGTTG-TGTAC------TAGGTCAGTCTAGTGCTTGAAGAA-GGAAACAACATTGACTATATCATCGTT---TGATTCATATTAAAATCACGAAAGTCTCTCTTAATTCGCAATGTGTTGTA--TAt
gi|9 : AACGCGTTGT-GAAATTGTTGGGAATTTGT-GATTTCTTTACGAGGTGAAACCAAAC--TCACGTCTCACTGACC---------CGT-------CATGTCATGAGA--ATTTTATGACACACACTCGCCCCGAAAACACAACCTCGCAACAACAAATATT---CAATC-GC-TGGA-CAGTCGATTTGT--------T--------T-----ATACG---GAAT---CT-ACGTGTCCTT-CT---T---AATGGATAGAAAATCACg
blockSeqs : A C T TG G N NNNNNNN A TT A AAA ATAAA . TG G GTCGATTTGTTT . C T AAA T ACTCTT TCA CAT A G TG CATT GACGGTGA CGCG G ATG A C G GTGTCTCCGAAAATAACCC CTT C GGT GT ACTATC A C T TTC T . TTGTAC A AAAAATGTAAAA C C G GT CA T AT A
blockSeqs : . A A TA A C . T . C . TT . AT . GTCAATTTGTTT . A A . G CTTTT . . C C CA . . . T AC A C G ATTCCAGGAAAGAAACC C . . A . . A T . T . ACATA A TG
blockSeqs : . C A AA A T . T . C . TT . TG . GTTGATTTGTTT . C T . A TCCTT . . C A CG . . . A AG A T G GCCTCAAAAAATAAACC C . . A . . C T . C . TCT C
blockSeqs : . A A TG G T . C . C . TT . C . GTCGATTTGTTT . C A . T CC . . T G CG . . . A AG A T G GCCTCTGAAAATAAACT T . . G . . T G . T . GC
blockSeqs : . . T TG A A . A . A . TG . C . GTTTTGTTA . T G . . CC . . T G CA . . . G AT A A G ACCAAAAAAAATAAGCC T . . A . . A T . T .
blockSeqs : T GG G T . A . A . TT . C . TGTTT . A T . . AC . . T C . . . . G . A C A TCAAAAAAAAAAA T . . A . . C T . T .
blockSeqs : A TA A C . A . A . TT . A . GTCG . T C . . CA . . . . . . . . . . . C . ACCTCCGAAAA T . . A . . C T . C .
blockSeqs : A TA A C . G . C . . . C . GTTT . A T . . AC . . . . . . . . . AGG T . . A . . . T . .
blockSeqs : . TA A T . C . C . . . . . GTTT . G A . . C . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . C . C . C . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . A . C .
blockSeqs : . . . . C . A .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CC**** ACCTCCGAAAATAAACC********** T** ** AC****
originalCons : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AANANT---TT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTG-----C-CN---AAAANAA-AAA---TACAC--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TATCGTACACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
finalCons : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG-AANANT---TT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAAC----GAACA--------AAAC----ATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTACCTCCGAAAATAAACC----------TACAT--GCTG-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATTCATAGTAAAATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTA--TAAC----ACGCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 111 555555555555555555555555555555555 111 1 222222 1111 111111111111 111111 2222222222222 333333333333 1 11 11 11 1
lowQualScore : 6 9 3 11 1 2 0000000 1 44 0 2 555 11111 4 444 4 333333333333333333333333333333333 111 1 1 6 888888 777 777 3 0 5 33 0000 4 77 0 3 1 4 4 0 000000000000 4 666 33 000000 3 5 4 555 3 99999 1 4 3 0000000000000 1 888888888888 5 1 1 88 88 1 88 5
lowQualScore : . . . .. . . ....... . .. . . ... ..... . ... . ................................. ... . . . ...... ... ... . . . .. .... . .. . . . . . . ............ . ... .. ...... . . . ... . ..... . . . ............. . ............ . . . .. .. . .. .
lowQualScore : 7 3 7 55 2 8 0000000 0 22 9 5 000 22222 0 333 0 444444444444444444444444444444444 000 0 0 0 222222 888 888 7 7 7 66 6666 5 55 4 2 4 6 5 8 222222222222 3 444 88 555555 6 1 3 888 3 11111 2 1 2 0000000000000 0 222222222222 0 0 0 00 00 0 55 5
consensus : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG---AANANTTT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAA----CGAACAAAACATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTGCCTCCGAAAATAAACCTACACG-----CT---G-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATT-CATAGTAA-----AATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTATA----AC---AC--GCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
Reference ( family-1597 ) : AACGCGTTGC-GAAATTGATGAGAGTTTTCCGATTTCATGACGAGGTGAAATCAACCAGTGACGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATNTTGAGA--TTTTTGTGACGCCCACTCGCTCCG---ACACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAATC-GC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATG---AANANTTT-ACGCGCC----CT---T---AACGGATAGAAAATGACTTCGCAA----CGAACAAAACATGGCTA-GGTACAATTTATGGGCGGAGCTTACCTCCGAAAATAAACCTACATG-----CT---G-GCTCGGC---ACCTGTCG-TGTAC------TAGGTCAAGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGATT-CATAGTAA-----AATCCCGAAACTCTCACCAATTTCGCAACGCGTTGTATA----AC---AC--GCAATNTAAAAATGT----TAAGACTNCNAAGTTGTTCAATNGAATATTGTACAAGACATACATT
gi|1 : T---TGATTTCACAACAACATGAAATCAGAAAACTCTCATCAATTTCACAACA----GCATA----AC---ACTTGCAA
gi|1 : agttGTTGT-GAAATTGATGAGAGTTTTCTGATTTCATGTTGTTGTGAAATCAACCAGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATGTTGT-------AACATTTTGAAG--TTTTTGTGATGCCCACTCACTATG---ATAAAACCTGTCAATTATCAccagtgatgttttattgatctgtttatgttgtaacattttgaagtttttgtgatgcccactcactatgataaaacctgtcaattatcacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggatagcacttgtcgtgtactaggtaaagctagtgcttgaagactgaaacgacatgactttttcatcttttgatgcatagtatggtcctgaaacactcagcaatttcgcaacaagctgt
gi|1 : agttttgcaagtgttatgctGAAAATA--CTTACATGACTTTCTTATG-GAT-AGC---ACTTGTCG-TGTAC------TAGGTAAAGCTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGACA-TGACTTTTTCATCTTT---TGATG-CATAGTAT-----GGTCCTGAAACACTCAGCAATTTCGCAACAAGCTGTcctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaaggaaaatacttacatgactttcttatggatagcacttgtcgtgtactaggtaaagctagtgcttgaagactgaaacgacatgactttttcatcttttgatgcatagtatggtcctgaaacactcagcaatttcgcaacaagctgt
gi|10 : agttttgcaagtgttatgctgttgtgaaattgatgagagttttctgatttcatgttgttgtgaaatcaaccagtgatgttttattgatctgtttatgttgtaacattttgaagtttttgtgatgcccactcactatgataaaacctgtcaattatcacctgttaattatcagtatgctatgatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatgcnnnnnnnnnnttatcagtattcaatcatcgaaaagtagatttgtttcaagAACCTGTCATGTTTCACTAACCAGTTTGTGTNNNNNNNNNNCACATATTGAGA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---ACACAACCTGTTAATTAATAGTAAT---CAATCAAC-A-AA-CAGTTGATTTGT--------T--------T-----ACATGA--AAAAGTTT-ACAAG-------G---T---AACTGATAGAAATGGACTTTGCAA----CAAACAAAA
gi|11 : TGGATA-GA---AATTTATGTGCGAAACTTGTCTCCGAATATAAATCCACACG-------------------------TGTCGTTGTAC------TAGGTCAAGTTGTTGCTTTAAAAA-TGAAACGTCATTGACAACATCACCTTT---TTATT-CATAGTAA-----AATTCAGAAATCCTCACCAATTT-GTAACgacaactttaattaatgtg
gi|12 : ttacAACGCGTTGC-AAAATTGATGATACTTTTCCGATTTCAGGACAAGCTGAAATCAACCAGTTATGGGTAATTGATATAATTAAATCGT-------TACATT--------TTTTTGTGACGTCCACTCGCTGCC---CCACAACATATCTATAATCAGTATT---AAATC-AC-TGAA-CA--------GT--------C--------G-----ACGTattaaagttaatatttaacttcataaagtaaaa
gi|13 : caagttttgtgtatacGTTACAGAAATCAATGAGAGTTTTAAGATTTCATGACGGAGTGAAATCTAACACTGACGTTTTACTTATCT---------GT-------CACATTTTGAGATTTTTTTATGATGTCCGCTCGCTCCG---ACAAAACCTGTCAATTACAAATA-----CA--T-GCAT-AG-TT--------GT--------T--------TTGTTAACAT----AACATTTT-ATGCGCC----
gi|14 : aataCATGGCTA-CGTACAATTTATGGGCGGAGCTTATTCCAGGAAAGAAACCTACACA-----CT---G-GCTTGAC---ACCCGTCA-TATAC------AAGGTCAAATCAGTGCTTAAAGAC-TGAAA----A--------ATCATTTTC---TGATT-CATAGTAA-----AATCCTAAAACTTTCACCAATTTTGCAATTCATTGTAt
gi|15 : AAACGCACTTG-----CT---A-GCTCAGCGGTACCTGTCA-AGTTA------TAAGACAAGTTAGTGCTTGATGAT-TGAAAAGGCATTGACCACGTCATCTTT---AAGTC-CATAGTCA-----AATGCCGAAATTCTCA---------CAAAGCGTTGTATA---------TC--TCAATCCAAAAATGcctttggtaca
gi|16 : GCGAAATT---TAGTGACATTTTATTGGTCTGTTAATAATGT-------CACATCTTGAGA--TTTTTGTGAGACCAACTTGCGCTG---ATACAACCTGTCCACTATCagtttg
gi|17 : gttTGTTTGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCATTCCG---ACACAACCTGTCAtctgatacgacctgtcaactatcaatattcaatga
gi|18 : TTTTACTAACCTGTTTGTATAAA-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACAAACACTCACTCCG---ACACAACCTGTCAtgtttcactaacccgtcatgtttactaacctgtcatgtttcattaa
gi|19 : gacccatcataAACCTGTCATGTTTCATTAACCTGTTGGTGTTGT-------CACATATTGACA--TTTTTGTGACATACACTCACTCCG---tgtttcactaaccagttt
gi|2 : AACACGTTAA-GATATTGATGAGAGTTTCCCGATTTCATGAAGAGGTGGAATGAACCTGTGATGTTTTATTGATCTGTTTATATCGT-------CACATGTTGAGA--TTTTTATGACGCCCCCTCGCTCTG---ACACGACCTGTCAAGTATCGGTATT---CCATC-AC-C-AA-CA--------GT--------T--------T-----ACATGAAAAAAAAATG-ATGCGCC----CT---T---AAAGGATAGGAAATGACCTTGCAA----CAAACAAAACATTGCTA-GGTACAATTTATGGGCAGAGCTT---TCAAAAAAAAAAATT-CACG-----CT---T-GCTTGGC---ACCCGTCG-TGTAC------TAGGTCAGGTTAGTGCTTGAAGAC-TGAAACGGCATTGACTACGTCATCTTT---TGTTT-CATAGAAA-----ACTCGCGAAACTCTCCCCAATTTTGCAATGTGTTGTACATTGTAC---AT--GTAATAT----ATGT----TAAGA-TACTAA--TGTT--ATGGA--ATTGTAC-AGACATACATT
gi|3 : AACGCCTTGC-GAAATTGACAAGAGTTTTCAGATTTCCTAACGAGGTGAACTCAACCAGTGACGTTTTATTGCTCTGTTTATATCGT-------TACACCTTGAGC--TTTATGTGACACCCACTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-TTT-------GT--------T--------T-----ACAAG---GACATTTT-ATGTGAC----CC---T---A----------------TT---AA----CGGATGGAAAAT--------TAC--TTCACAGG--GAGCTTGCCTCAAAAAATAAACCTACATG-----CT---G-ACCCGGC---ACCTGTCA-TGTTC------TAGGCCAGGTTTGTGATTGAAGTC-TGAAATGGCCGTGACCTCGTCATGATT---TCATT-CATAGTAA-----AAACCCGAAACTCTAACCAATTTCGCAACGCGTTATACA----ACATAAC--GTAAAATAAAAATGTAAAATAAGA
gi|4 : acTTTTGTGACGCCAATTCGCTCTG---ATACAACCTGTCAATAATTAATATG---CTATC-AC-C-AAGCA--------GTCGATTTGTT--------T-----AGATG---AACAATTTTACGCGC------T---T------GTACTGAAAATCACTTCACAA----CGAGTAAAGCGTAGCTA-GGATCAATTTATGGGTGGAGCTGACCTCCGAAAATA--------------------G-GCTCGGC---ACCTGTCA-TGTAC------AAGATCAAGTTAGTGCTTGAAGAT-TAAAAAGGCATTGAATACGACATCGTT---TTATT-AATAATAA-----AATTTCAAAACTCTCACCAATTTTGCAACGCGTTGTATA----GC---AC--ACAGTCT-----TG--------GACTCCGAAGTTGTTCAATTGAATATTATACAAAACATACATTtaata
gi|5 : ATCGAACATTGACGTTTCACTGATCTGT----------------CACATCTTGAGA--TTTTTCTTACAC--------TCTG---GCAAAACTTGCCA-TTA-AAGGA-----CAATT-G----AT-TT--------GT--------T--------T-----GCATG---AAT-GTTT-ACGCACTTTT-CT---T---AACGGATAGAACATAACTTCGCAATCATTGAACAGA
gi|5 : gTACATA-----TT---ACGCCCGGC---ACATGTCA-TGTACACTATCTA--TCAAGTTAGTACTTAAGGAC-TGA------------TGCGTCATCTTT---TGTTG-CATGGTAA-----AATTCAGACTCTCTCATCAATTTTGAATCGACTTGTAGA----AC---cggtgaaaaccgcgatagtttccaatgtgttggtgactaggtacatattacgcccggcacatgtcatgtacactatctatcaagttagtacttaaggactgatgcgtcatcttttgttgcatggtaaaattcagactctctcatcaattttgaatcgacttgtagaacttacctgtgtagtaaa
gi|6 : gatcgaacattgacgtttcactgatctgtcacatcttgagatttttcttacactctggcaaaacttgccattaaaggacaattgatttgtttgcatgaatgtttacgcacttttcttaacggatagaacataacttcgcaatcattgaacagacggtgaaaaccgcgatagtttccaatgtgttggtgactaggTG---AAAATCTTGACGGGACTCTTCT---T---AACGGATAGCAAATGACATCGCAA----CAAACAAAACATGGCTATGGTGTAATTTGTCAGAGGAGCTTGCCTCTGAAAATAAACTTACATG-----CT---G-ACTCGGC---ACCTGTCA-TATAC------TAGGTCAAGTAAGTGTTTGAAGAC-TGAAACAGCTTCAACTAGGTCATCTTTTTCTGATT-CATAGTAA-----AATCCTGAAACTCTCACCATTTCTACAATGCGTTGTAttacctgtgtagtaaa
gi|7 : ATTGAACTTTTTATATTGT-------CACATATTGAGA--TTTT-GTG---CCCACTCACTCTG---ATACAACCTGTTAGTTATCAATAATAAAAAATG-GC-A-AA-CAGTCAATTTGT--------T--------T-----ACATG---AATACTTTAACATGCA----CTTCAT---AATGAGTAACAAATGTATTCATAA---------AAAACA--------ATAT-ATTTA--GGCAGAACTTACCAAAAAAAATAAGCCTTCATG-----CT---G-GCT---A---ACCTGTCA-TGTAC------CATGTCAAGTTAGTGGTTTAAGACATGA---GGCATCGAGTACTAAATTGTT---TTATT-CATAATAatgtagaaggtgaaaacaagtttgaacaaataataaaattaatattgttaaaaaagtaattgaaattgttt
gi|8 : aattttacattttcatgttgagttaaATTATCAGTATT---CAGTC-AC-C-AA-CA--------GT--------TGATTTGTTT-----ACATG---AAAATTTTTACGCAAC----CT---TCATAATGGATAGAAAAT--------AA----CGAGCCAAACATGGCCA-TGTACAATTTTTGGGCAGATTGTGTCTCCGAAAATAACCCTACATG-----CT---G-GTTCGCC---ACCTGTTG-TGTAC------TAGGTCAGTCTAGTGCTTGAAGAA-GGAAACAACATTGACTATATCATCGTT---TGATT-CATATTAA-----AATCACGAAAGTCTCTCTTAATTCGCAATGTGTTGTATA----t
gi|9 : AACGCGTTGT-GAAATTGTTGGGAATTTGT-GATTTCTTTACGAGGTGAAACCAAAC--TCACGTCTCACTGACC---------CGT-------CATGTCATGAGA--ATTTTATGACACACACTCGCCCCGAAAACACAACCTCGCAACAACAAATATT---CAATC-GC-TGGA-CAGTCGATTTGT--------T--------T-----ATACG-----GAATCT-ACGTGTCCTT-CT---T---AATGGATAGAAAATCACg