lowQualScore : 11
lowQualScore : 44 777 33 2
lowQualScore : .. ... .. .
lowQualScore : 33 555 77 7
consensus : ATAGAGGTATTTACATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
Reference ( gi|2 ) : ATAGAGGTATTTATATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|7 : ATAGAAGTATTTATATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAATGTTGAA
gi|3 : ATAGAGGTATTTATAGGTACA-TCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGAAAAAAGTTGAACA
gi|14 : ATAGAGGTATTTACATGTACA-ATATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAG
gi|6 : ATAGAGGTCTTCATATGTACA-GCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAAT--GT-GGGGTAATGGTAAAAAGTTGAA
gi|8 : ATATAGGTATTTACATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACAGTGAAAAGATGCACaa
gi|9 : ATATAGGTATTTACATGTACA--CAT------ATCTTATCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACGGTGAAAAGATGCAC
gi|4 : TAGAGGTATTTATAGGTATA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|11 : TATAGGTATTTACATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGCAACGGTGAAAAGATGCAC
gi|5 : AGAGGTATTTATATGTACA-ACATG--T--ATATTTTC-ACAATTTATGAAGTGGGTGGGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|10 : aGAGGTATTTATATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGT--AAAGTTGAACA
gi|16 : GGTATTAACATGTACA-CC-----T--ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGCTGAAAA
gi|13 : GTATTTATATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|15 : GTATTTTCATGTACA--CATA--T--ATACT--CAGCGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAATGGTAAAAAG
gi|12 : GTATTTACATGTACC--CATAATT--ATATTCTTAACGATTTATGAAGTGGAT-GGGGTAACAATAAAAAATTGCAC
gi|1 : TGTATGTACATACATG--TTTATATTTTCAATGATTTATTAAG------GAGGTAACAGTAAAAAg
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 5555 22 666 33 2
lowQualScore : .... .. ... .. .
lowQualScore : 3333 99 444 44 5
consensus : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
Reference ( family-1596 ) : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|1 : GATGTTTACGTGTATGTACATACATG--TTTATATTTTCAATGATTTATTAAG------GAGGTAACAGTAAAAA
gi|10 : tagacaaatGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGT--AAAGTTGAACAaatgctca
gi|11 : TATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGCAACGGTGAAAAGATGCAC
gi|12 : GTATTTAC----ATGTACC--CATAATT--ATATTCTTAACGATTTATGAAGTGGAT-GGGGTAACAATAAAAAATTGCAC
gi|13 : GTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACAg
gi|14 : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ATATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAG
gi|15 : GTATTTTC----ATGTACA--CATA--T--ATACT--CAGCGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAATGGTAAAAAG
gi|16 : GGTATTAAC----ATGTACA-CC-----T--ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGCTGAAAA
gi|2 : ATAGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|3 : ATAGAGGTATTTAT----AGGTACA-TCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGAAAAAAGTTGAACA
gi|4 : TAGAGGTATTTAT----AGGTATA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|5 : AGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTC-ACAATTTATGAAGTGGGTGGGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|6 : aATAGAGGTCTTCAT----ATGTACA-GCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAAT--GT-GGGGTAATGGTAAAAAGTTGAA
gi|7 : ATAGAAGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAATGTTGAAaa
gi|8 : ATATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACAGTGAAAAGATGCAC
gi|9 : ATATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATCTTATCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACGGTGAAAAGATGCAC
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 5555 22 666 33 2
lowQualScore : .... .. ... .. .
lowQualScore : 3333 99 444 44 5
consensus : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
Reference ( family-1596 ) : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|1 : GATGTTTACGTGTATGTACATACATG--TTTATATTTTCAATGATTTATTAAG------GAGGTAACAGTAAAAA
gi|10 : tagacaaatGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGT--AAAGTTGAACAaatgctca
gi|11 : TATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGCAACGGTGAAAAGATGCAC
gi|12 : GTATTTAC----ATGTACC--CATAATT--ATATTCTTAACGATTTATGAAGTGGAT-GGGGTAACAATAAAAAATTGCAC
gi|13 : GTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACAg
gi|14 : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ATATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAG
gi|15 : GTATTTTC----ATGTACA--CATA--T--ATACT--CAGCGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAATGGTAAAAAG
gi|16 : GGTATTAAC----ATGTACA-CC-----T--ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGCTGAAAA
gi|2 : ATAGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|3 : ATAGAGGTATTTAT----AGGTACA-TCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGAAAAAAGTTGAACA
gi|4 : TAGAGGTATTTAT----AGGTATA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|5 : AGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTC-ACAATTTATGAAGTGGGTGGGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|6 : aATAGAGGTCTTCAT----ATGTACA-GCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAAT--GT-GGGGTAATGGTAAAAAGTTGAA
gi|7 : ATAGAAGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAATGTTGAAaa
gi|8 : ATATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACAGTGAAAAGATGCAC
gi|9 : ATATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATCTTATCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACGGTGAAAAGATGCAC
blockSeqs : . A AAT . G
blockSeqs : . A G . .
blockSeqs : . A G . .
blockSeqs : . C G . .
blockSeqs : . A A . .
blockSeqs : . T G . .
blockSeqs : . A G . .
blockSeqs : . A G . .
blockSeqs : . G G . .
blockSeqs : . A G . .
blockSeqs : . . G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : **** A* **
originalCons : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
finalCons : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACAA-CATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 5555 22 666 33 2
lowQualScore : .... .. ... .. .
lowQualScore : 3333 99 444 44 5
consensus : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
Reference ( family-1596 ) : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|1 : GATGTTTACGTGTATGTACATACATG--TTTATATTTTCAATGATTTATTAAG------GAGGTAACAGTAAAAA
gi|10 : tagacaaatGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGT--AAAGTTGAACAaatgctca
gi|11 : TATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGCAACGGTGAAAAGATGCAC
gi|12 : GTATTTAC----ATGTACC--CATAATT--ATATTCTTAACGATTTATGAAGTGGAT-GGGGTAACAATAAAAAATTGCAC
gi|13 : GTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACAg
gi|14 : ATAGAGGTATTTAC----ATGTACA-ATATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAG
gi|15 : GTATTTTC----ATGTACA--CATA--T--ATACT--CAGCGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAATGGTAAAAAG
gi|16 : GGTATTAAC----ATGTACA-CC-----T--ATATTTTCAATGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGCTGAAAA
gi|2 : ATAGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|3 : ATAGAGGTATTTAT----AGGTACA-TCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGAAAAAAGTTGAACA
gi|4 : TAGAGGTATTTAT----AGGTATA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|5 : AGAGGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTC-ACAATTTATGAAGTGGGTGGGGGTAACGGTAAAAAGTTGAACA
gi|6 : aATAGAGGTCTTCAT----ATGTACA-GCATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAAT--GT-GGGGTAATGGTAAAAAGTTGAA
gi|7 : ATAGAAGTATTTAT----ATGTACA-ACATG--T--ATATTTTCAACGATTTATGAAGTGGGT-GGGGTAACGGTAAAATGTTGAAaa
gi|8 : ATATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATATTTTCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACAGTGAAAAGATGCAC
gi|9 : ATATAGGTATTTAC----ATGTACA--CAT------ATCTTATCAATGATTTATAAAGTGGGT-TGGGTAACGGTGAAAAGATGCAC