lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 444444444444444444 111 111111111 333333333 11111111111 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111
lowQualScore : 333 0 3 3 0 3 3 999999 3 3 77777 555 3 0 333333333333333333 666 1 4 3 44 555 666666666 2 111111111 33 2 888 6666 1 999999 22222222222 2 0 7777 3 0 6 7777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 2 6 5 6666
lowQualScore : ... . . . . . . ...... . . ..... ... . . .................. ... . . . .. ... ......... . ......... .. . ... .... . ...... ........... . . .... . . . .... .......................................................................................................................................................................................................................... . . . . ....
lowQualScore : 999 5 2 3 1 3 3 666666 3 3 77777 444 1 5 222222222222222222 222 7 2 3 66 000 777777777 9 666666666 99 9 222 5555 1 888888 99999999999 6 4 4444 6 4 4 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 7 2 7 0000
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAA-A-ATA------T-AAAGATGTA-----TT---AAA-TATTTTGAACAGTTT---A--G---ATT-N---AGTTT-GATTTTTACCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC---ATCA--NTT----GCT-G-NNA-----T--GC-GTC--AT----TCG---G--CTAAA----CG-G---TAAGTTCA--ATTTGAAC-ACTAGTCGCCCGAGTAA-TTTT--GGT--------------------TAA------AACGT------ANAA-----GT-GTN----TTAG-AA--T-A-GAG--TTT---N-TA-ATG--G----------TCGC-A----AATTTGTGTT-AACG-ACT-CAACCTTCG--GTGT-CGC-CGTTAA----AA-A-A---GT----GCGACCATTA-AAAA-CCTCATA------TACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATA-CTTAACCCTATATTCTAACGCACCGC
Reference ( gi|5 ) : GTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAA-A-ATA------T-AAAGATGTA-----TT---AAA-TATTTTGAACAGTTT---A--G---ATT-A---AGTTT-AGTTTTTACCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC---ATCA--TTC----GCT-G-TAA-----T--GC-GTC--AT----TTG---A--CTAAA----TG-G---TAAGTTTT--ATTTGAAC-ACTAGCCGCCCAAGCAAATCTT--GGT--------------------TGA------AACGT------AAAA-----GT-GTG----TTAG-AA--T-A-GAG--TTT---T-TA-ATG--G----------TTGC-A----AATTTGTGTT-AACA-GCT-CAACCTTAG--GTGT-TGC-TGTTAA----AA-A-A---GT----GCAACCATTA-AAAA-CCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATA-CTTAGCCCTATATTCTCACACATCGCTGACTGAATCAGTTGCTATGCTGCTCCCTTATTCAGGTGCCAGTCAGTATAAC
gi|3 : TTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAA-A-ATA------T-TAAAATACA-----TT---AAA-CATATTGAACAGTTT---GACG---ATT-C---GGTTT-TACTTTTACCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC---ATCG--ATT----GCT-G-ATA-----T--GC-GTC--AT----TAG---G--TTAAA----TG-T---T-AGTTCA--GTTTGAACAACCAGTCGCCCGAATAACTTCT--G---------------------------------CGT------ATGA-----AT--TT----TAAG-GA--T-A-AAA--CAT---A-TA-CTA--G----------T----A----A----GTGTT-------TT-AAGTATTCG--GTGT-C-C-CGTTAA----AA-ATA---ATG---GCGACCATTA-AATA-CCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCTTA-CCCTAT
gi|1 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataTTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAA-A-ATA------T-AAAGATGTA-----AT---ATA-TGTTTTCATCAGTTT---A--GCA-ATT-A---AGATT-GATTTTTATCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC---ATCT--TTT----GCTAA-TAA-----C---C-GTC--AT----TCG---G--GAAAA----CG-G---TAAATTCA--ATTTTAAC-ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|11 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaaTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAATATATA------T-AAAAA--------------AAT-TTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATT-T---AGTTT-GATTTAAACCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT---ATCA--AAT----GCT-G-ATA-----T--GC-GTA--AT----TCGTAAA--TTAAA----TA-G---TATGTTCA--ATTTGAAC-GCTAGTCGCCCAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|6 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAA-A-AAT------T-AGATATGTG-----TT---AAAACATTTTTAACAATTT------G---ACC-A---A---T--GTTATAATCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGC---ATCA--ATCAATTGTT-G-GAA-----T--GC-ATC--AG----TCA---A--CTAAA----CG-A---TTAATTttgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|13 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaaTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAA-A-ATAACATATC-AAAAATGTA-----TT---AAA-TATATTGAACAG---------A---ATT-A---A-----------------------CTTTT-C--TAGCGC---ATCA--TT-----ACT-T-T-------T--GC-------------TG---G--CTAAA----CG-G---TAATTTTA--ATGTGATC-ACTTGTCGATCGAGTAA--TTT--AGT--------------------TAAGCAAGCAAAGTTCAATGAAAACAGATGT-GCGACTATTAA-AA-------AC--CTC---T-TATACG--G----------TCGC-A----AATTTgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|12 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAA-C-CTA------T----GATGTA-----TT---AGA-TATTTTGAACAGTTT---GGCG---ACT-T---GGTTT-GATTTTTACCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC---ACTA--GTC----GCT---CGA-----T------TA--AC----TTG---G--TTAAG----GGAG---TAAATTTA--ATTcaaaataacaatatagttaacccta
gi|16 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaaTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAA-A-ATA------T-AAAGATGTA-----TT---AAA--------AACAGTTataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|14 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAAT-A-ATA------T-AAA-ATATA-----TT---AAA-TATTTTGAACA-CTT---A--A---ATG-ATGTAGTTT-AATATTAAAAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC---AATA--ATT----GCT-G-ATA-----T--GC-gaa
gi|2 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgATT-TATTTGTAAAA-------A-A-A-A------T-AAAGATGTACCATATT---AAA-TATTTTGAACAGTTT---A--GGGAATT-T---AGTTT-GATTTTTACAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC---GTCA--TTT----GCT-G-ATA-----T--GC-GTC--AT----TTG---A--CTAAA----CG-G---TAAATTCA--ATTTAAAC-ACTAGTCGCTTGAGTAA--CTT--GGT--------------------TCA---------GC------AAGA-----GA-ATT----TTAATGA--TAA-GA-----C---A-TA-AAG--------------TGC-ATTAGAA-TTGTGCTAAATATACTGTAATTTT-G--ATGT-CGT-CTTTAA----AA-A-ATATTT----GCCACCATTA-AAtaaatagtcgttgatatattaat
gi|7 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACA-A-AAA------T-AAAGATGTA-----CT---AAA-TATGTTGAACAGTTTTGGC--G---ATT-T---AGTTT-AATTTTTAACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC---ACCA--TTT----GCT-G---A-----TTCGC-GTC--ATTCGGTTA---AATTTAAA----CA-C---TAAGTNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--------------------NNN------NNNNN------NNNA-----GTTGTACT--TTTG-AAATT-A-ATG--ATC---G-TATATG--GGACTATTAAATTGA-AT---GATTTGTTTTTAACG-ACT-CAAC---------------------------A-A-A---GTTT--GTAACCATTA-AAAA-CCTCATA---TT---CGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATA-CTTAgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|10 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagcTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAA-A-ATA------T-AAA-ATGTT-----TT---AAA-TA--------------------------------GTTT-GATTTTTACCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC---ATCA--ATT----GCT-G-ATA-----T--GC-GTT--AT----TCG---G--CTAGA----TG------------------TGAAC-ACT---CGTCT---CGAATTTTAAAGA--------------------TAA------AAC-T------ATAC-----AT-GCG----TTAG-AA--T-T-G-G--TTTAAGTATA-CTGTTA----------TTTCGA----AATTTGTG
gi|4 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttAAT-GCCAAC-A-ATT------TTGAAGATGTG-----TTTATAGA-TATTTTGAACAATTTT--AC-G---ACT-T---AGTTT-GACTTTAACCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT---ATCAG-TCC----GCT-GTTAATT---T--GT-GTCA-AT----TCA---G--CTAAA----CA-G---TTAGATTC--AATTaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|9 : tcGATGTC-----AC---AAA-TATTTTGAACAGTTT---G--GCA-ATTTA---AGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCTATTAATTTT----GCT-G---A-----T--AT-GCCGAAT----TTC---A--CCAAAACATTA-ACATTAAGTTTG--ATT--AAC-Actagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|18 : GC---ATCA--ACT----GCT-GATAACATTAT--GC-GAC--AT----TCA---G--CTAAA----TG-G---TTAATTCA--GTTTGAAC-ACTAGTTGCactcgcttgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
gi|15 : ---ATCA--TTT----GAT-G-ATA-----T--GCTGT---AT----TCG---G--CTAAA----CG-T---TAAGTTCA--AATTGAAC-ATTAGTTGCTCAAtggaa
gi|12 : tacaacatcaccgaaacgatgtaaatagtagttttaaaatatgtttttcggtttaaattactatttatttgtaaaatgttaaaaAATTTTCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGATTAA--CTT--GGTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAA------AACAT------ATAC-----GT-GTA----TAAG-AC--T-A-GGG--TCT---A-TA-AT---T----------TTGT------AATTTGCG
gi|9 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactT--------------------TGA------AATTT------GAAA-----CC-GTA----T-----A--T---GAGGTTTT---T-TA-ATG--A----------TCGC-A----AATTTGTTTT-AATG-ACT-TAACCaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|6 : gatgtcacaaatattttgaacagtttggcaatttaagtttgatttttttccaaaaacaacttttatagcgctctattaattttgctgatatgccgaatttcaccaaaacattaacattaagtttgattaacaactcgcttgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaatt-AA--T-A-CGG--TTT---G-TA-CTG--G----------TCTC-A----ACTCCTTG-----CA-AC---GACCTTCG--CTGT-CGC-CGTTAAG---AA-A-A---TT----GCCACTATCA-AAA--CCTGATA------TGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATT-CTGAACCTTATATcaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
gi|4 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaA--T-ATGAGGTTTT---C-TA-ATG--G----------TTGC-AC---GATTT---TT-AATA-ACT-CCACTTTTG--GTTT-CACCTTTTAA----AA-A-T---G-----GTAA---TTA-AA---CATCATA------TACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATA-CTTCACCCTGTA
gi|8 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccat-GAG--TTT---TGTA-CTG--G----------TTGT-A----AATTTAT-TT-G--------CA---TTCG--CTGT-TAT-CGTTAAGCTGAA-A-A----------CA-CCATTA-AAAA-----A-----------GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATA-Catatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|8 : --TTT---T-TA-ATG--G----------T--------------GTTTT---CA-GCT-TAACGATAACAGCGAATGC-----AA----AT-A-A---ATTT--ACAACCAGTA-CAAA-ACTCATA------CACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATA-CTTAA-CCTA-ATTCTTA-AGACCGCatacacagtcacaaatttccaaattacaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|4 : gtatattataattttgaactttgcggcctAACCAAAA--GTGG-AGT-TATTAA----AA-ATC---GT----GCAACCATTAGAAAA-CCTCATA------TATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATA-CTTAACATTATatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|1 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaTTAA----AA-G-A---ATATTTGCGACCATTG-AAAA-C------AT---GTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATA-CTTAATCCTATtcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|9 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTTAA----AACA-A---ATTT--GCGATCATTA-AAAAACCTCATA------TACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATA-CTTtatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|13 : gatgtcacaaatattttgaacagtttggcaatttaagtttgatttttttccaaaaacaacttttatagcgctctattaattttgctgatatgccgaatttcaccaaaacattaacattaagtttgattaacaactcgcttgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaa---GT----GCGACTATTA-AAAA-CCTC------TTATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATA-GTTAACCCTAtgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
gi|19 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagat-AAAA-GCTCATA------TGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATA-TTTAACCCTATATT
gi|10 : ATACGGTCACAAATTTCGAAATAACAGTATA-CTTAAACC-A-ATTCTAACGCAT
gi|1 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgttttttttctttgtaaaatgtcaaaaatataaaatgttttaaatagtttgatttttaccagatactatttttatagcgcatcaattgctgatatgcgttattcggctagatgtgaacactcgtctcgaattttaaagataaaactatacTACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATA-CTTAgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatACGGTCGCAAATTACAAAATTATAG-AC--CCTAGTCTTATAaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|2 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacgtgTCAAAATTACAGTATA-TTTAGCAC-A-ATTCTAATGCAtttcaatggacacgaatattttaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 1111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 3333333333333
lowQualScore : 3 1 1 2 888888 444 2 77777 777 2 0000000000 444 0 3 1 3 44 0000 777 2 44 222222 2 44 8888888888 9999999 44 1 2 2 3 999999 66666 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 3 2 0 1111 1111111111111 5 2 3 1 888888 6666 3 7 3 6
lowQualScore : . . . . ...... ... . ..... ... . .......... ... . . . . .. .... ... . .. ...... . .. .......... ....... .. . . . . ...... ..... . ................................................................................................................................................................ . . . . .... ............. . . . . ...... .... . . . .
lowQualScore : 1 5 4 9 888888 111 4 11111 999 9 5555555555 111 8 1 2 1 22 3333 333 7 66 333333 7 77 9999999999 3333333 77 8 7 7 1 666666 11111 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 0 2 2 4444 3333333333333 2 9 1 5 222222 5555 6 3 5 7
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAAATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAATATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATTTA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT-TGCTGATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGC------TCGA--GT-A-A-TTTT--GGT--------------------TAA------A---ACGT------ATAA-----G-TG----T--NTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TN-TA-ATG----G---TCGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CGACTCAAC---CTTCGGTGTCGCCGTTAA----AA-A-A---NT----GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
Reference ( family-153 ) : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAAATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAATATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATTNA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT-TGCTGNNA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGC------CCGA--GT-A-A-TTTT--GGT--------------------TAA------A---ACGT------ANAA-----G-TG----T--NTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TN-TA-ATG----G---TCGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CGACTCAAC---CTTCGGTGTCGCCGTTAA----AA-A-A---GT----GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTAACGCACCGC
gi|1 : TTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAAAATA------T-A-AAGATGTA-----AT---ATATGTTTT-CATCAGTTT---A--GCA-ATTAA-GATTGATTTTTA-TCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC----ATCT--TT-TGCTAATA------ACC-GTC-ATTCG---G------GAA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTTAAC-
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaaTCA------TTTACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATACTT----AAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaTTAA----AA-G-A---ATATTTGCGACCATTG-AAA-AC---A------TGTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATACTT----AATC-CTATTATATTAACGCtcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|10 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAAAATA------T-A-AA-ATGTT-----TT---AAATA------------------------------GTTTGATTTTTA-CCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC----ATCA--AT-TGCTGATA------TGC-GTT-ATTCG---G------CTA-------GATG---------------TGAAC-ACTCGT--C------TCG------A-A-TTTTAAAGA--------------------TAA------A---AC-T------ATAC-----A-TG----C--GTTAG-AA--T-T-G-G--TTTAAGTA-TA-CTGTTATT---TCG-A----AATT---TG---TGtgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|11 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAATATA------T-ATAAAA--------------AAATTTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATTTA-GTTTGATTTAAA-CCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT----ATCA--AA-TGCTGATA------TGC-GTA-ATTCGTAAA------TTA-------AATA-GTATG-T-TCAATTTGAAC-GCTAGTCGC------CCaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAACCTA------T-----GATGTA-----TT---AGATATTTT-GAACAGTTT---GGCG---ACTTG-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC----ACTA--GT-CGCT-CGA------T----TA-ACTTG---G------TTA-------AGGGAGTAAA-T-TTAATTattgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaa-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGC------TCGA--TT-A-A--CTT--GGTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAA------A---ACAT------ATAC-----G-TG----T--ATAAG-AC--T-A-GGG--TC----TA-TA-AT-----T---TTGT-----AATT---TG---CGataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattTTAA----AA-T-A---TTC---GTGTCCATTG-AAA-AC---------------GGTCGCAAATTACAAAATTATAG-AC-CCT----AGTC-TTA-TAaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|13 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacgtgTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAAAATAACATATC-A-AAAATGTA-----TT---AAATATATT-GAACAG---------A---ATTA------------------------ACTTTT-C--TAGCGC----ATCA---T-TACTTT--------TGC--------TG---G------CTA-------AACG-GTAAT-T-TTAATGTGATC-ACTTGTCGA------TCGA--GT-A-A--TTT--AGT--------------------TAAGCAAGCA---AAGTTCAATGAAAACAGATG-TGCGACT--ATTAA-AA-------AC--CT----CT-TATACG----G---TCGCA----AATT---T
gi|13 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaa---GT----GCGACTATTA-AAA-ACCTCT------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATAGTT----AACC-CTA-caaaataacaatatagttaacccta
gi|14 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagatTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAATAATA------T-A-AA-ATATA-----TT---AAATATTTT-GAACACTTA---AATG---ATGTA-GTTTAATATTAA-AAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC----AATA--AT-TGCTGATA------TGC-
gi|15 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAAATtaaatagtcgttgatatattaat
gi|15 : tacaacatcaccgaaacgatgtaaatagtagttttaaaatatgtttttcggtttaaa----ATCA--TT-TGATGATA------TGCTGT--ATTCG---G------CTA-------AACG-TTAAG-T-TCAAATTGAAC-ATTAGTTGC------TCAA--catttgatgatatgctgtattcggctaaacgttaagttcaaattgaacattagttgctcaa
gi|16 : tacaacatcaccgaaacgatgtaaatagtagttttaaaatatgtttttcggtttaaattactatttatttgtaaaatgttaaaaTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAAATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA--------AACAGTT
gi|18 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaGC----ATCA--AC-TGCTGATAACATTATGC-GAC-ATTCA---G------CTA-------AATG-GTTAA-T-TCAGTTTGAAC-ACTAGTTGC------gaa
gi|19 : -AAA-AGCTCA------TATGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATATTT----AACC-CTA-TATTtggaa
gi|2 : ATT-TATTTGTAAAA-------AAA-A------T-A-AAGATGTACCATATT---AAATATTTT-GAACAGTTT---A--GGGAATTTA-GTTTGATTTTTA-CAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC----GTCA--TT-TGCTGATA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTAAAC-ACTAGTCGC------TTGA--GT-A-A--CTT--GGT--------------------TCA------------GC------AAGA-----G-AA----T--TTTAATGA--TAA-GA---------CA-TA-A-A----G---T-GCATTAGAA-T---TG---TGCT---AAATATACTGTAA---TTTTGATGTCGTCTTTAA----AA-A-ATATTT----GCCACCATTA-AA
gi|3 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAAAATA------T-T-AAAATACA-----TT---AAACATATT-GAACAGTTT---GACG---ATTCG-GTTTTACTTTTA-CCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC----ATCG--AT-TGCTGATA------TGC-GTC-ATTAG---G------TTA-------AATG-TT-AG-T-TCAGTTTGAACAACCAGTCGC------CCGA--AT-A-ACTTCT--G------------------------------------CGT------ATGA-----A-T-----T--TTAAG-GA--T-A-AAA--CA----TA-TA-CTA----G---T---A----AG-----TG---TTTT---AA--GTA----------TTCGGTGTC-CCGTTAA----AA-ATA---ATG---GCGACCATTA-AAT-ACCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCT----TACC-CTA-Tgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|4 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataAAT-GCCAACAATT------TTG-AAGATGTG-----TTTATAGATATTTT-GAACAATTTT--AC-G---ACTTA-GTTTGACTTTAA-CCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT----ATCA--GTCCGCTGTTAATT---TGT-GTCAATTCA---G------CTA-------AACA-GTTAGAT-TCAATT-------CTAGTAACTTTATGCTGACTGC-ACA-TTGT---AT--------------------GAA------AATCACGT------ATAC-----A-TG----A--TTTAG-AA--T-A-ATG--TT----ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|4 : tcTTAA----AA-ATC---GT----GCAACCATTAGAAA-ACCTCA------TATATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATACTT----AAC----ATTATTCTAAaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|4 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatA--T-ATGAGGTTT----TC-TA-ATG----G---TTGCAC---GATT---T------TT---AA--TAACTCCAC---TTTTGGTTTCACCTTTTA----AA-A-A----T----GGTA--ATTA-AA---CATCA------TATACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATACTT----CACC-CTG-TAtaactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|5 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAAATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAATATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATTAA-GTTTAGTTTTTA-CCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--TT-CGCTGTAA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AATG-GTAAG-T-TTTATTTGAAC-ACTAGCCGC------CCAA--GCAA-A-TCTT--GGT--------------------TGA------A---ACGT------AAAA-----G-TG----T--GTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TT-TA-ATG----G---TTGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CAGCTCAAC---CTTAGGTGTTGCTGTTAA----AA-A-A---GT----GCAACCATTA-AAA-ACCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AGCC-CTA-TATTCTCACACATCGCatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|6 : gTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAAAAAT------T-A-GATATGTG-----TTA--AAACATTTT-TAACAATTT------G---ACCAA----TG-TTATAA-TCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGCATCAATCA--AT-TGTTGGAA------TGC-ATC-AGTCA---A------CTA-------AACG-ATTAA-T-Ttgactgaatcagttgctatgctgctcccttattcaggtgccagtcagtataac
gi|6 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaa-AA--T-A-CGG--TT----TG-TA-CTG----G---TCTCA----ACTC---CT---TGC----AA--CGAC--------CTTCGCTGTCGCCGTTAAG---AA-A-A---TT----GCCACTATCA-AAA--CCTGA------TATGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATTCTG----AACC-TTA-TATgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|7 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACAAAAA------T-A-AAGATGTA-----CT---AAATATGTT-GAACAGTTTTGGC--G---ATTTA-GTTTAATTTTTA-ACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ACCA--TT-TGCTGATT------CGC-GTC-ATTCG---GTTAAATTTA-------AACA-CTAAG-TNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN------NNNN--NN-N-N-NNNN--NNN--------------------NNN------N---NNNN------NNNA-----GTTG----TACTTTTG-AAATT-A-ATG--AT----CG-TATATG----GGACTATTA----AATTGAATGATTTGTTTTTAA--CGACTCAACAAAGTT---TGTAACCATTAA----A---------------------------A-ACCTCA------TATTCGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATACTT----A
gi|8 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagc--GT-A-A-TTT---GG-----------------------A------A---ATTT------GTGA-----C-TG----T--GT-----A--T---GAG--TT----TTGTA-CTG----G---TTGTA----AATT---TA---T-TT---G--------CA------TTCGCTGTTATCGTTAAGCTGAA-A-A----------C-ACCATTA-AAA-A--------------A-GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATAC
gi|8 : T----ACAACCAGTA-CAA-AACTCA------TACACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATACTT----AA-C-CTA--ATTCTTAAG-ACCGCaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : gtatattataattttgaactttgcggccttttttaatggtgttttcagcttaacgataacagcgaatgcaaataaattGATGTC-----AC---AAATATTTT-GAACAGTTT---G--GCA-ATTTAAGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCT-ATTAATTT-TGCTGATA------TGC-CGA-ATTTC---A------CCAAAACATTAACA-TTAAG-T-TTGATT--AAC-A--ACTCGC------TTGA--atagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : GTCATTAA----AACA-A---ATTT--GCGATCATTA-AAAAACCTCA------TATACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATACTTTTAAAACCTTTA-TATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 3333333333 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 22222222222222
lowQualScore : 3 2 2 3 33 888888 333 3 11111 777 444 2 6666666666 33 33 0 0 44 0 2 33 0000 777 5555 2 777777 2 44 8888888888 9999999 44 1 2 2 3 77777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 3 3 1 0000 33333333333333 1 2 3 1 888888 6666 3 7 1 0 2
lowQualScore : . . . . .. ...... ... . ..... ... ... . .......... .. .. . . .. . . .. .... ... .... . ...... . .. .......... ....... .. . . . . ..... .............................................................................................................................................. . . . . .... .............. . . . . ...... .... . . . . .
lowQualScore : 3 4 2 1 99 222222 111 2 33333 333 777 7 2222222222 99 66 6 1 11 4 9 99 3333 333 7777 7 777777 7 77 9999999999 3333333 77 8 7 7 1 22222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 4 4 4444 55555555555555 9 9 1 5 222222 5555 6 3 0 2 5
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAAA---ACGTATGAG-TGT--NTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TN-TA-ATG----G---TCGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CGACTCAACCTTCGGTGTCGCCGTTAA----AA--A-A---TT----GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
Reference ( family-153 ) : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAAA---ACGTATAAG-TGT--NTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TN-TA-ATG----G---TCGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CGACTCAACCTTCGGTGTCGCCGTTAA----AA--A-A---NT----GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
gi|1 : TTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----AT---ATA---TGTTTT-CATCAGTTT---A--GCA-ATT--AA-GATTGATTTTTA-TCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC----ATCT--TT----TGCT-AATA------ACC-GTC-ATTCG---G------GAA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTTAAC-
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaaTCA------TTTACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATACTT----AAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaTTAA----AA--G-A---ATATTTGCGACCATTG-AAA-AC---A------TGTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATACTT----AATC-CTATTATATTAACGCtcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|10 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AA-ATGTT-----TT---AAA---TA--------------------------------GTTTGATTTTTA-CCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC----ATCA--AT----TGCT-GATA------TGC-GTT-ATTCG---G------CTA-------GATG---------------TGAAC-ACTCGT--CTCG------AA-TT-----TTAAA-GA--------------------TAAA---AC-TATACA-TGC--GTTAG-AA--T-T-G-G--TTTAAGTA-TA-CTGTTATT---TCG-A----AATT---TG---TGtgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|11 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAAT--ATA------T-ATAAAA--------------AAA---TTTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATT--TA-GTTTGATTTAAA-CCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT----ATCA--AA----TGCT-GATA------TGC-GTA-ATTCGTAAA------TTA-------AATA-GTATG-T-TCAATTTGAAC-GCTAGTCGCCCaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAAC--CTA------T-----GATGTA-----TT---AGA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCG-ACT--TG-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC----ACTA--GT----CGCTCGAT------------TA-ACTTG---G------TTA-------AGGGAGTAAA-T-TTAATTattgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaa-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-T-T-AA--C-----TT--G-GTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAAA---ACATATACG-TGT--ATAAG-AC--T-A-GGG--TC----TA-TA-AT-----T---TTGT-----AATT---TG---CGataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattTTAA----AA--T-A---TTC---GTGTCCATTG-AAA-AC---------------GGTCGCAAATTACAAAATTATAG------------ACC-C---TAGTCTTATACACaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|13 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAAA--ATAACATATC-A-AAAATGTA-----TT---AAA---TATATT-GAACA----------G---AAT--TA-----------------------ACTTTT-C--TAGCGC----ATCA---T----TACT---TT------TGC--------TG---G------CTA-------AACG-GTAAT-T-TTAATGTGATC-ACTTGTCGATCGA-G-T-AA--T-----TT--A-GT--------------------TAA
gi|13 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaaT----GCGACTATTA-AAA-ACCTCT------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATAGTT----AACC-CTA-gcaagcaaagttcaatgaaaacagatgtgcgactattaaaaacctcttatacggtcgcaaatttcaaaataacaatatagttaacccta
gi|14 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagatgTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAATA--ATA------T-A-AA-ATATA-----TT---AAA---TATTTT-GAACACTTA---AATG---ATG--TA-GTTTAATATTAA-AAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC----AATA--AT----TGCT-GATA------TGC-
gi|15 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgCGAAACGATG------T-A-AATA-GTAGTT--TT---AAAATATGTTTT-T--CGGTTT---A--A---ATTACTA--TTT-ATTTGTA-----AAA----TGTT-A--AAA-------ATCA--TT----TGAT-GATA------TGCTGT--ATTCG---G------CTA-------AACG-TTAAG-T-TCAAATTGAAC-ATTAGTTGCTCAA-taaatagtcgttgatatattaat
gi|16 : tacaacatcacTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA-----------AACAGTT
gi|18 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaGC----ATCA--AC----TGCT-GATAACATTATGC-GAC-ATTCA---G------CTA-------AATG-GTTAA-T-TCAGTTTGAAC-ACTAGTTGCTGGA-gaa
gi|19 : -AAA-AGCTCA------TATGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATATTT----AACC-CTA-TATTa
gi|2 : ATT-TATTTGTAAAA-------AA--A-A------T-A-AAGATGTACCATATT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--GGGAATT--TA-GTTTGATTTTTA-CAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC----GTCA--TT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTAAAC-ACTAGTCGCTTGA-G-T-AA--C-----TT--G-GT--------------------TCA------GCAAGAG-AAT--TTTAATGA--TAA-GA---------CA-TA-A-A----G---T-GCATTAGAA-T---TG---TGCT---AAATATACTGTAATTTTGATGTCGTCTTTAA----AA--A-ATATTT----GCCACCATTA-AA
gi|3 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAAA--ATA------T-T-AAAATACA-----TT---AAA---CATATT-GAACAGTTT---GACG---ATT--CG-GTTTTACTTTTA-CCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC----ATCG--AT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTAG---G------TTA-------AATG-TT-AG-T-TCAGTTTGAACAACCAGTCGCCCGA-A-T-AACTT-----CT--G-------------------------------CGTATGAA-T-T--TTAAG-GA--T-A-AAA--CA----TA-TA-CTA----G---T---A----AG-----TG---TTTT---AA--GTA-------TTCGGTGTC-CCGTTAA----AA--ATA---ATG---GCGACCATTA-AAT-ACCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCT----TACC-CTA-Tgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|4 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataAAT-GCCAACA--ATT------TTG-AAGATGTG-----TTTATAGA---TATTTT-GAACAATTTT--AC-G---ACT--TA-GTTTGACTTTAA-CCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT----ATCA--GTCCGCTGTT-AATT------TGT-GTCAATTCA---G------CTA-------AACA-GTTAGAT-TCAATT-------CTAGTAACTTTATGCT-GA-CTGCACATT--GTAT--------------------GAAAATCACGTATACA-TGA--TTTAG-AA--T-A-ATG--TT----ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|4 : tcTTAA----AA--ATC---GT----GCAACCATTAGAAA-ACCTCA------TATATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATACTT----AAC----ATTATTCTAAaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|4 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatA--T-ATGAGGTTT----TC-TA-ATG----G---TTGCAC---GATT---T------TT---AA--TAACTCCACTTTTGGTTTCACCTTTTA----AA--A-A---TG----GTAA---TTA-AA---CATCA------TATACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATACTT----CACC-CTG-TAtaactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|5 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--AA-GTTTAGTTTTTA-CCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--TT----CGCT-GTAA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AATG-GTAAG-T-TTTATTTGAAC-ACTAGCCGCCCAA-G-CAAA-TC-----TT--G-GT--------------------TGAA---ACGTAAAAG-TGT--GTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TT-TA-ATG----G---TTGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CAGCTCAACCTTAGGTGTTGCTGTTAA----AA--A-A---GT----GCAACCATTA-AAA-ACCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AGCC-CTA-TATTCTCACACATCGCatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|6 : gTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAAA--AAT------T-A-GATATGTG-----TTA--AAA---CATTTT-TAACAATTT------G---ACC--AA----TG-TTATAA-TCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGCATCAATCA--AT----TGTT-GGAA------TGC-ATC-AGTCA---A------CTA-------AACG-ATTAA-T-Ttgactgaatcagttgctatgctgctcccttattcaggtgccagtcagtataac
gi|6 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaa-AA--T-A-CGG--TT----TG-TA-CTG----G---TCTCA----ACTC---CT---TGC----AA--CGAC-----CTTCGCTGTCGCCGTTAAG---AA--A-A---TT----GCCACTATCA-AAA--CCTGA------TATGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATTCTG----AACC-TTA-TATgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|7 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACAA--AAA------T-A-AAGATGTA-----CT---AAA---TATGTT-GAACAGTTTTGGC--G---ATT--TA-GTTTAATTTTTA-ACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ACCA--TT----TGCT-GATT------CGC-GTC-ATTCG---GTTAAATTTA-------AACA-CTAAG-TNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN-----NN--N-NN--------------------NNNN---NNNNNNNAGTTGTACTTTTG-AAATT-A-ATG--AT----CG-TATATG----GGACTATTA----AATTGAATGATTTGTTTTTAA--CGACTCAAC-----------------A----AA--G-T---TT----GTAACCATTA-AAA-ACCTCA------TATTCGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATACTT----A
gi|8 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagc-G-T-AA-TT-----T---G-G-----------------------AA---ATTTGTGAC-TGT--GT-----A--T---GAG--TT----TTGTA-CTG----G---TTGTA----AATT---TA---T-TT---G--------CA---TTCGCTGTTATCGTTAAGCTGAA--A-A---C--------ACCATTA-AAA-A--------------A-GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATAC
gi|8 : ----AA--A-T---TT----ACAACCAGTA-CAA-AACTCA------TACACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATACTT----AA-C-CTA--ATTCTTAAG-ACCGCaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : gtatattataattttgaactttgcggccttttttaatggtgttttcagcttaacgataacagcgaatgcaaatGATGTC-----AC---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCA-ATT--TAAGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCT-ATTAATTT----TGCT-GATA------TGC-CGA-ATTTC---A------CCAAAACATTAACA-TTAAG-T-TTGATT--AAC-A--ACTCGCTTGA-atagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : GTCATTAA----AACAA-A---TTT---GCGATCATTA-AAAAACCTCA------TATACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATACTTTTAAAACCTTTA-TATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 3333333333 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111
lowQualScore : 3 2 2 3 33 888888 333 3 11111 777 444 2 6666666666 33 33 0 0 44 0 2 33 0000 777 5555 2 777777 2 44 8888888888 9999999 44 1 2 2 3 444 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777 555 1 44 9999 3 88 666666666 1 2 2 2 888888 6666 3 7 1 0 2
lowQualScore : . . . . .. ...... ... . ..... ... ... . .......... .. .. . . .. . . .. .... ... .... . ...... . .. .......... ....... .. . . . . ... . ................................................................................................................................................................... ... ... . .. .... . .. ......... . . . . ...... .... . . . . .
lowQualScore : 3 4 2 1 99 222222 111 2 33333 333 777 7 2222222222 99 66 6 1 11 4 9 99 3333 333 7777 7 777777 7 77 9999999999 3333333 77 8 7 7 1 888 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 888 6 66 6666 1 55 444444444 1 7 9 5 222222 5555 6 3 0 2 5
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----T--NTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TN-TA-ATG----G---TCGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CGACTC-ACCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
Reference ( family-153 ) : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----T--NTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TN-TA-ATG----G---TCGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CGACTCAACCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
gi|1 : TTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----AT---ATA---TGTTTT-CATCAGTTT---A--GCA-ATT--AA-GATTGATTTTTA-TCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC----ATCT--TT----TGCT-AATA------ACC-GTC-ATTCG---G------GAA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTTAAC-
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaa-G-T-AA-TT-----TT--G-------------------------A------A---ATTT---GGGA--------C-TG----T--AC-----A--T-----G--TT----TT-CA-ATG----G---TCGCA----AA----------TATT----------------CTT-----------TTA--A----ATA--AA----TG-T-GTGATCATT--------------------TACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATACTT----AAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaTTA--A----A-A--GAATATT--T-GCGACCATTG-AAA-AC---A------TGTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATACTT----AATC-CTATTATATTAACGCaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|10 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AA-ATGTT-----TT---AAA---TA--------------------------------GTTTGATTTTTA-CCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC----ATCA--AT----TGCT-GATA------TGC-GTT-ATTCG---G------CTA-------GATG---------------TGAAC-ACTCGT--CTCG------AA-TT-----TTAAA-GA--------------------TAA------A---AC-T---ATAC--------A-TG----C--GTTAG-AA--T-T-G-G--TTTAAGTA-TA-CTGTTATT---TCG-A----AATT---TG---TGtgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|11 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAAT--ATA------T-ATAAAA--------------AAA---TTTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATT--TA-GTTTGATTTAAA-CCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT----ATCA--AA----TGCT-GATA------TGC-GTA-ATTCGTAAA------TTA-------AATA-GTATG-T-TCAATTTGAAC-GCTAGTCGCCCaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAAC--CTA------T-----GATGTA-----TT---AGA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCG-ACT--TG-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC----ACTA--GT----CGCTCGAT------------TA-ACTTG---G------TTA-------AGGGAGTAAA-T-TTAATTattgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaa-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-T-T-AA--C-----TT--G-GTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAA------A---ACAT---ATAC--------G-TG----T--ATAAG-AC--T-A-GGG--TC----TA-TA-AT-----T---TTGT-----AATT---TG---CGataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattTTA--A----A-A--TA----T--TCGTGTCCATTG-AAA-AC---------------GGTCGCAAATTACAAAATTATAG------------ACC-C---TAGTCTTATACACaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|13 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAAA--ATAACATATC-A-AAAATGTA-----TT---AAA---TATATT-GAACA----------G---AAT--TA-----------------------ACTTTT-C--TAGCGC----ATCA---T----TACT---TT------TGC--------TG---G------CTA-------AACG-GTAAT-T-TTAATGTGATC-ACTTGTCGATCGA-G-T-AA--T-----TT--A-GT--------------------TAAGCAAGCA---AAGTTCAATGAAAACAGATG-TGCGACT--ATTAA-AA-------AC--CT----CT-TATACG----G---TCGCA----AATT---T
gi|13 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaa--T-GCGACTATTA-AAA-ACCTCT------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATAGTT----AACC-CTA-caaaataacaatatagttaacccta
gi|14 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagatgTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAATA--ATA------T-A-AA-ATATA-----TT---AAA---TATTTT-GAACACTTA---AATG---ATG--TA-GTTTAATATTAA-AAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC----AATA--AT----TGCT-GATA------TGC-
gi|15 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgCGAAACGATG------T-A-AATA-GTAGTT--TT---AAAATATGTTTT-T--CGGTTT---A--A---ATTACTA--TTT-ATTTGTA-----AAA----TGTT-A--AAA-------ATCA--TT----TGAT-GATA------TGCTGT--ATTCG---G------CTA-------AACG-TTAAG-T-TCAAATTGAAC-ATTAGTTGCTCAA-taaatagtcgttgatatattaat
gi|16 : tacaacatcacTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA-----------AACAGTT
gi|18 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaGC----ATCA--AC----TGCT-GATAACATTATGC-GAC-ATTCA---G------CTA-------AATG-GTTAA-T-TCAGTTTGAAC-ACTAGTTGCTGGA-gaa
gi|19 : -AAA-AGCTCA------TATGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATATTT----AACC-CTA-TATTa
gi|2 : ATT-TATTTGTAAAA-------AA--A-A------T-A-AAGATGTACCATATT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--GGGAATT--TA-GTTTGATTTTTA-CAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC----GTCA--TT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTAAAC-ACTAGTCGCTTGA-G-T-AA--C-----TT--G-GT--------------------TCA------------GC---AAGA--------G-AA----T--TTTAATGA--TAA-GA---------CA-TA-A-A----G---T-GCATTAGAA-T---TG---TGCT---AAATATACTGTAATTTTGATGTCGTCTTTA--A----A-A--AATAT-T--T-GCCACCATTA-AA
gi|3 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAAA--ATA------T-T-AAAATACA-----TT---AAA---CATATT-GAACAGTTT---GACG---ATT--CG-GTTTTACTTTTA-CCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC----ATCG--AT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTAG---G------TTA-------AATG-TT-AG-T-TCAGTTTGAACAACCAGTCGCCCGA-A-T-AACTT-----CT--G-------------------------------------CGT---ATGA--------A-T-----T--TTAAG-GA--T-A-AAA--CA----TA-TA-CTA----G---T---A----AG-----TG---TTTT---AA--GTA-------TTCGGTGTC-CCGTTA--A----A-AATAA----T--G-GCGACCATTA-AAT-ACCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCT----TACC-CTA-Tgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|4 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataAAT-GCCAACA--ATT------TTG-AAGATGTG-----TTTATAGA---TATTTT-GAACAATTTT--AC-G---ACT--TA-GTTTGACTTTAA-CCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT----ATCA--GTCCGCTGTT-AATT------TGT-GTCAATTCA---G------CTA-------AACA-GTTAGAT-TCAATT-------CTAGTAACTTTATGCT-GA-CTGCACATT--GTAT--------------------GAA------AATCACGT---ATAC--------A-TG----A--TTTAG-AA--T-A-ATG--TT----ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|4 : tcGTTATTA----A-A--AA----TCGT-GCAACCATTAGAAA-ACCTCA------TATATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATACTT----AAC----ATTATTCTAAaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|4 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatA--T-ATGAGGTTT----TC-TA-ATG----G---TTGCAC---GATT---T------TT---AA--TAACTCCACTTTTGGTTTCACCTTTT--A----A-A--AA----T--G-GTAA---TTA-AA---CATCA------TATACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATACTT----CACC-CTG-TAtccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|5 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--AA-GTTTAGTTTTTA-CCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--TT----CGCT-GTAA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AATG-GTAAG-T-TTTATTTGAAC-ACTAGCCGCCCAA-G-CAAA-TC-----TT--G-GT--------------------TGA------A---ACGT---AAAA--------G-TG----T--GTTAG-AA--T-A-GAG--TT----TT-TA-ATG----G---TTGCA----AATT---TG---TGTT---AA--CAGCTCAACCTTAGGTGTTGCTGTTA--A----A-A--AA----G--T-GCAACCATTA-AAA-ACCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AGCC-CTA-TATTCTCACACATCGCatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|6 : gTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAAA--AAT------T-A-GATATGTG-----TTA--AAA---CATTTT-TAACAATTT------G---ACC--AA----TG-TTATAA-TCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGCATCAATCA--AT----TGTT-GGAA------TGC-ATC-AGTCA---A------CTA-------AACG-ATTAA-T-Ttgactgaatcagttgctatgctgctcccttattcaggtgccagtcagtataac
gi|6 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaa-AA--T-A-CGG--TT----TG-TA-CTG----G---TCTCA----ACTC---CT---TGC----AA--CGAC-----CTTCGCTGTCGCCGTTA--AG---A-A--AA----T--T-GCCACTATCA-AAA--CCTGA------TATGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATTCTG----AACC-TTA-TATgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|7 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACAA--AAA------T-A-AAGATGTA-----CT---AAA---TATGTT-GAACAGTTTTGGC--G---ATT--TA-GTTTAATTTTTA-ACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ACCA--TT----TGCT-GATT------CGC-GTC-ATTCG---GTTAAATTTA-------AACA-CTAAG-TNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN-----NN--N-NN--------------------NNN------N---NNNN---NNNA--------GTTG----TACTTTTG-AAATT-A-ATG--AT----CG-TATATG----GGACTATTA----AATTGAATGATTTGTTTTTAA--CGACTCAAC-------------------A----A-A--GT----T--T-GTAACCATTA-AAA-ACCTCA------TATTCGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATACTT----A
gi|8 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagc-G-T-AA-TT-----T---G-G-----------------------A------A---ATTT---GTGA--------C-TG----T--GT-----A--T---GAG--TT----TTGTA-CTG----G---TTGTA----AATT---TA---T-TT---G--------CA---TTCGCTGTTATCGTTA--AGCTGA-A--AA----C-------ACCATTA-AAA-A--------------A-GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATAC
gi|8 : ----A-A--AT----T--T-ACAACCAGTA-CAA-AACTCA------TACACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATACTT----AA-C-CTA--ATTCTTAAG-ACCGCaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : gtatattataattttgaactttgcggccttttttaatggtgttttcagcttaacgataacagcgaatgcaaatGATGTC-----AC---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCA-ATT--TAAGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCT-ATTAATTT----TGCT-GATA------TGC-CGA-ATTTC---A------CCAAAACATTAACA-TTAAG-T-TTGATT--AAC-A--ACTCGCTTGA-atagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : GTCATTA--A----A-ACAAA----T--TTGCGATCATTA-AAAAACCTCA------TATACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATACTTTTAAAACCTTTA-TATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 3333333333 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111111111
lowQualScore : 3 2 2 3 33 888888 333 3 11111 777 444 2 6666666666 33 33 0 0 44 0 2 33 0000 777 5555 2 777777 2 44 8888888888 9999999 44 1 2 2 3 444 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 33 0 44 9999 3 88 999999999 1 2 3333 888888 6666 3 7 1 0 2
lowQualScore : . . . . .. ...... ... . ..... ... ... . .......... .. .. . . .. . . .. .... ... .... . ...... . .. .......... ....... .. . . . . ... . ............................................................................................................................................................................ ... .. . .. .... . .. ......... . . .... ...... .... . . . . .
lowQualScore : 3 4 2 1 99 222222 111 2 33333 333 777 7 2222222222 99 66 6 1 11 4 9 99 3333 333 7777 7 777777 7 77 9999999999 3333333 77 8 7 7 1 888 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 99 7 66 6666 1 55 999999999 7 7 9999 222222 5555 6 3 0 2 5
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----T--NTTA--GA------A--TA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----G---TCGC-A-AATT---TG---TGTT---AACGACTC-GCC----TTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
Reference ( family-153 ) : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----T--NTTA--GA------A--TA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----G---TCGC-A-AATT---TG---TGTT---AACGACTC-ACC----TTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
gi|1 : TTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----AT---ATA---TGTTTT-CATCAGTTT---A--GCA-ATT--AA-GATTGATTTTTA-TCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC----ATCT--TT----TGCT-AATA------ACC-GTC-ATTCG---G------GAA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTTAAC-
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaa-G-T-AA-TT-----TT--G-------------------------A------A---ATTT---GGGA--------C-TG----T--AC------------A--T----G--T---T----TT-CA-ATG----G---TCGC-A-AA----------TATT--------------C----TT-----------TTA--A----ATA--AA----TG-T-GTGATCATT--------------------TACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATACTT----AAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaTTA--A----A-A--GAATATT--T-GCGACCATTG-AAA-AC---A------TGTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATACTT----AATC-CTATTATATTAACGCaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|10 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AA-ATGTT-----TT---AAA---TA--------------------------------GTTTGATTTTTA-CCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC----ATCA--AT----TGCT-GATA------TGC-GTT-ATTCG---G------CTA-------GATG---------------TGAAC-ACTCGT--CTCG------AA-TT-----TTAAA-GA--------------------TAA------A---AC-T---ATAC--------A-TG----C--GTTA--GA------A--TT-G-G--T---TTAAGTA-TA-CTGTTATT---TCG--A-AATT---TG---TGtgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|11 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAAT--ATA------T-ATAAAA--------------AAA---TTTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATT--TA-GTTTGATTTAAA-CCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT----ATCA--AA----TGCT-GATA------TGC-GTA-ATTCGTAAA------TTA-------AATA-GTATG-T-TCAATTTGAAC-GCTAGTCGCCCaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAAC--CTA------T-----GATGTA-----TT---AGA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCG-ACT--TG-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC----ACTA--GT----CGCTCGAT------------TA-ACTTG---G------TTA-------AGGGAGTAAA-T-TTAATTattgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaa-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-T-T-AA--C-----TT--G-GTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAA------A---ACAT---ATAC--------G-TG----T--ATAA--GA------C--TA-GGG--T---C----TA-TA-AT-----T---TTGT---AATT---TG---CGataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattTTA--A----A-A--TA----T--TCGTGTCCATTG-AAA-AC---------------GGTCGCAAATTACAAAATTATAG------------ACC-C---TAGTCTTATACACaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|13 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAAA--ATAACATATC-A-AAAATGTA-----TT---AAA---TATATT-GAACA----------G---AAT--TA-----------------------ACTTTT-C--TAGCGC----ATCA---T----TACT---TT------TGC--------TG---G------CTA-------AACG-GTAAT-T-TTAATGTGATC-ACTTGTCGATCGA-G-T-AA--T-----TT--A-GT--------------------TAAGCAAGCA---AAGTTCAATGAAAACAGATG-TGCGACT--ATTA--AA------A------AC--C---T----CT-TATACG----G---TCGC-A-AATT---T
gi|13 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaa--T-GCGACTATTA-AAA-ACCTCT------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATAGTT----AACC-CTA-caaaataacaatatagttaacccta
gi|14 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagatgTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAATA--ATA------T-A-AA-ATATA-----TT---AAA---TATTTT-GAACACTTA---AATG---ATG--TA-GTTTAATATTAA-AAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC----AATA--AT----TGCT-GATA------TGC-
gi|15 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgCGAAACGATG------T-A-AATA-GTAGTT--TT---AAAATATGTTTT-T--CGGTTT---A--A---ATTACTA--TTT-ATTTGTA-----AAA----TGTT-A--AAA-------ATCA--TT----TGAT-GATA------TGCTGT--ATTCG---G------CTA-------AACG-TTAAG-T-TCAAATTGAAC-ATTAGTTGCTCAA-taaatagtcgttgatatattaat
gi|16 : tacaacatcacTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA-----------AACAGTT
gi|18 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaGC----ATCA--AC----TGCT-GATAACATTATGC-GAC-ATTCA---G------CTA-------AATG-GTTAA-T-TCAGTTTGAAC-ACTAGTTGCTGGA-gaa
gi|19 : -AAA-AGCTCA------TATGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATATTT----AACC-CTA-TATTa
gi|2 : ATT-TATTTGTAAAA-------AA--A-A------T-A-AAGATGTACCATATT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--GGGAATT--TA-GTTTGATTTTTA-CAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC----GTCA--TT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTAAAC-ACTAGTCGCTTGA-G-T-AA--C-----TT--G-GT--------------------TCA------------GC---AAGA--------G-AA----T--TTTAATGATAAGACA--TA-AAG--TGCAT----TA-GA-ATT----G---T-GCTA-AATA---TAC--TG-T---AA---------T----TTTGATGTCGTCTTTA--A----A-A--AATAT-T--T-GCCACCATTA-AA
gi|3 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAAA--ATA------T-T-AAAATACA-----TT---AAA---CATATT-GAACAGTTT---GACG---ATT--CG-GTTTTACTTTTA-CCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC----ATCG--AT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTAG---G------TTA-------AATG-TT-AG-T-TCAGTTTGAACAACCAGTCGCCCGA-A-T-AACTT-----CT--G-------------------------------------CGT---ATGA--------A-T-----T--TTAA--GG------A--TA-AAA--C---A----TA-TA-CTA----G---T----A-AG-----TG---TTTT---AAGTA-----------TTCGGTGTC-CCGTTA--A----A-AATAA----T--G-GCGACCATTA-AAT-ACCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCT----TACC-CTA-Tgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|4 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataAAT-GCCAACA--ATT------TTG-AAGATGTG-----TTTATAGA---TATTTT-GAACAATTTT--AC-G---ACT--TA-GTTTGACTTTAA-CCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT----ATCA--GTCCGCTGTT-AATT------TGT-GTCAATTCA---G------CTA-------AACA-GTTAGAT-TCAATT-------CTAGTAACTTTATGCT-GA-CTGCACATT--GTAT--------------------GAA------AATCACGT---ATAC--------A-TG----A--TTTA--GA------A--TA-ATG--T---T----ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|4 : tcGTTATTA----A-A--AA----TCGT-GCAACCATTAGAAA-ACCTCA------TATATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATACTT----AAC----ATTATTCTAAaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|4 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgat------A--TATGAGGTT---T----TC-TA-ATG----G---TTGC-ACGATT---T------TT---AATAACTCCACT----TTTGGTTTCACCTTTT--A----A-A--AA----T--G-GTAA---TTA-AA---CATCA------TATACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATACTT----CACC-CTG-TAtccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|5 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--AA-GTTTAGTTTTTA-CCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--TT----CGCT-GTAA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AATG-GTAAG-T-TTTATTTGAAC-ACTAGCCGCCCAA-G-CAAA-TC-----TT--G-GT--------------------TGA------A---ACGT---AAAA--------G-TG----T--GTTA--GA------A--TA-GAG--T---T----TT-TA-ATG----G---TTGC-A-AATT---TG---TGTT---AACAGCTCAACC----TTAGGTGTTGCTGTTA--A----A-A--AA----G--T-GCAACCATTA-AAA-ACCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AGCC-CTA-TATTCTCACACATCGCatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|6 : gTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAAA--AAT------T-A-GATATGTG-----TTA--AAA---CATTTT-TAACAATTT------G---ACC--AA----TG-TTATAA-TCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGCATCAATCA--AT----TGTT-GGAA------TGC-ATC-AGTCA---A------CTA-------AACG-ATTAA-T-Ttgactgaatcagttgctatgctgctcccttattcaggtgccagtcagtataac
gi|6 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaaA------A--TA-CGG--T---T----TG-TA-CTG----G---TCTC-A-ACTC---CT---TGC----AACGAC-----C----TTCGCTGTCGCCGTTA--AG---A-A--AA----T--T-GCCACTATCA-AAA--CCTGA------TATGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATTCTG----AACC-TTA-TATgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|7 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACAA--AAA------T-A-AAGATGTA-----CT---AAA---TATGTT-GAACAGTTTTGGC--G---ATT--TA-GTTTAATTTTTA-ACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ACCA--TT----TGCT-GATT------CGC-GTC-ATTCG---GTTAAATTTA-------AACA-CTAAG-TNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN-----NN--N-NN--------------------NNN------N---NNNN---NNNA--------GTTG----TACTTTT--GA------AATTA-ATG--A---T----CG-TATATG----GGACTATT-A-AATTGAATGATTTGTTTTTAACGACTC-AACAAAGTT---TGTAACCATTA--A----A-A--A--------------------------CCTCA------TATTCGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATACTT----A
gi|8 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagc-G-T-AA-TT-----T---G-G-----------------------A------A---ATTT---GTGA--------C-TG----T--GT------------A--T--GAG--T---T----TTGTA-CTG----G---TTGT-A-AATT---TA---T------------TT-GCA----TTCGCTGTTATCGTTA--AGCTGA-A--AA----C-------ACCATTA-AAA-A--------------A-GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATAC
gi|8 : ----A-A--AT----T--T-ACAACCAGTA-CAA-AACTCA------TACACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATACTT----AA-C-CTA--ATTCTTAAG-ACCGCaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : gtatattataattttgaactttgcggccttttttaatggtgttttcagcttaacgataacagcgaatgcaaatGATGTC-----AC---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCA-ATT--TAAGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCT-ATTAATTT----TGCT-GATA------TGC-CGA-ATTTC---A------CCAAAACATTAACA-TTAAG-T-TTGATT--AAC-A--ACTCGCTTGA-atagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : GTCATTA--A----A-ACAAA----T--TTGCGATCATTA-AAAAACCTCA------TATACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATACTTTTAAAACCTTTA-TATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 3333333333 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222
lowQualScore : 3 2 2 3 33 888888 333 3 11111 777 444 2 6666666666 33 33 0 0 44 0 2 33 0000 777 5555 2 777777 2 44 8888888888 9999999 44 1 2 2 3 444 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999 22 4 44 9999 3 88 000000000 1 22 2 2 888888 6666 3 7 1 0 2
lowQualScore : . . . . .. ...... ... . ..... ... ... . .......... .. .. . . .. . . .. .... ... .... . ...... . .. .......... ....... .. . . . . ... . ................................................................................................................................................................. ... .. . .. .... . .. ......... . .. . . ...... .... . . . . .
lowQualScore : 3 4 2 1 99 222222 111 2 33333 333 777 7 2222222222 99 66 6 1 11 4 9 99 3333 333 7777 7 777777 7 77 9999999999 3333333 77 8 7 7 1 888 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 88 1 66 6666 1 55 666666666 1 88 9 5 222222 5555 6 3 0 2 5
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
Reference ( family-153 ) : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
gi|1 : TTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----AT---ATA---TGTTTT-CATCAGTTT---A--GCA-ATT--AA-GATTGATTTTTA-TCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC----ATCT--TT----TGCT-AATA------ACC-GTC-ATTCG---G------GAA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTTAAC-
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaa-G-T-AA-TT-----TT--G-------------------------A------A---ATTT---GGGA--------C-TG----TAC------------AT----G--T---T----TT-CA-ATG----GTCGC-A-AA------------TATT------------CTT-----------TTA--A----ATA--AA----TG-T-GTGATCATT--------------------TACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATACTT----AAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaTTA--A----A-A--GAATATT--T-GCGACCATTG-AAA-AC---A------TGTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATACTT----AATC-CTATTATATTAACGCaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|10 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AA-ATGTT-----TT---AAA---TA--------------------------------GTTTGATTTTTA-CCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC----ATCA--AT----TGCT-GATA------TGC-GTT-ATTCG---G------CTA-------GATG---------------TGAAC-ACTCGT--CTCG------AA-TT-----TTAAA-GA--------------------TAA------A---AC-T---ATAC--------A-TG----CGTTA--GA------ATT-G-G--T---TTAAGTA-TA-CTGTTATTTCG--A-AAT-------TTG-TGtgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|11 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAAT--ATA------T-ATAAAA--------------AAA---TTTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATT--TA-GTTTGATTTAAA-CCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT----ATCA--AA----TGCT-GATA------TGC-GTA-ATTCGTAAA------TTA-------AATA-GTATG-T-TCAATTTGAAC-GCTAGTCGCCCaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAAC--CTA------T-----GATGTA-----TT---AGA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCG-ACT--TG-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC----ACTA--GT----CGCTCGAT------------TA-ACTTG---G------TTA-------AGGGAGTAAA-T-TTAATTattgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaa-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-T-T-AA--C-----TT--G-GTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAA------A---ACAT---ATAC--------G-TG----TATAA--GA------CTA-GGG--T---C----TA-TA-AT-----TTTGT---AAT-------TTG--------CGAC-C-GTTTTCAATGataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattTTA--A----A-A--TA----T--TCGTGTCCATTG-AAA-AC---------------GGTCGCAAATTACAAAATTATAG------------ACC-C---TAGTCTTATACACgacacgaatattttaa
gi|13 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAAA--ATAACATATC-A-AAAATGTA-----TT---AAA---TATATT-GAACA----------G---AAT--TA-----------------------ACTTTT-C--TAGCGC----ATCA---T----TACT---TT------TGC--------TG---G------CTA-------AACG-GTAAT-T-TTAATGTGATC-ACTTGTCGATCGA-G-T-AA--T-----TT--A-GT--------------------TAAGCAAGCA---AAGTTCAATGAAAACAGATG-TGCGACTATTA--AA------A----AC--C---T----CT-TATACG----GTCGC-A-AAT-------TT
gi|13 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaa--T-GCGACTATTA-AAA-ACCTCT------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATAGTT----AACC-CTA-caaaataacaatatagttaacccta
gi|14 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagatgTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAATA--ATA------T-A-AA-ATATA-----TT---AAA---TATTTT-GAACACTTA---AATG---ATG--TA-GTTTAATATTAA-AAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC----AATA--AT----TGCT-GATA------TGC-
gi|15 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgCGAAACGATG------T-A-AATA-GTAGTT--TT---AAAATATGTTTT-T--CGGTTT---A--A---ATTACTA--TTT-ATTTGTA-----AAA----TGTT-A--AAA-------ATCA--TT----TGAT-GATA------TGCTGT--ATTCG---G------CTA-------AACG-TTAAG-T-TCAAATTGAAC-ATTAGTTGCTCAA-taaatagtcgttgatatattaat
gi|16 : tacaacatcacTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA-----------AACAGTT
gi|18 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaGC----ATCA--AC----TGCT-GATAACATTATGC-GAC-ATTCA---G------CTA-------AATG-GTTAA-T-TCAGTTTGAAC-ACTAGTTGCTGGA-gaa
gi|19 : -AAA-AGCTCA------TATGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATATTT----AACC-CTA-TATTa
gi|2 : ATT-TATTTGTAAAA-------AA--A-A------T-A-AAGATGTACCATATT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--GGGAATT--TA-GTTTGATTTTTA-CAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC----GTCA--TT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTAAAC-ACTAGTCGCTTGA-G-T-AA--C-----TT--G-GT--------------------TCA------------GC---AAGA--------G-AA----TTTTAATGATAAGACATA-AAG--TGCAT----TA-GA-ATT----GT-GCTA-AAT-------ATACTG-T-AA---------TTTTGATGTCGTCTTTA--A----A-A--AATAT-T--T-GCCACCATTA-AA
gi|3 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAAA--ATA------T-T-AAAATACA-----TT---AAA---CATATT-GAACAGTTT---GACG---ATT--CG-GTTTTACTTTTA-CCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC----ATCG--AT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTAG---G------TTA-------AATG-TT-AG-T-TCAGTTTGAACAACCAGTCGCCCGA-A-T-AACTT-----CT--G-------------------------------------CGT---ATGA--------A-T-----TTTAA--GG------ATA-AAA--C---A----TA-TA-CTA----GT----A-AG---------TG-TTTT-AA-------GTATTCGGTGTC-CCGTTA--A----A-AATAA----T--G-GCGACCATTA-AAT-ACCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCT----TACC-CTA-Tgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|4 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataAAT-GCCAACA--ATT------TTG-AAGATGTG-----TTTATAGA---TATTTT-GAACAATTTT--AC-G---ACT--TA-GTTTGACTTTAA-CCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT----ATCA--GTCCGCTGTT-AATT------TGT-GTCAATTCA---G------CTA-------AACA-GTTAGAT-TCAATT-------CTAGTAACTTTATGCT-GA-CTGCACATT--GTAT--------------------GAA------AATCACGT---ATAC--------A-TG----ATTTA--GA------ATA-ATG--T---T----ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|4 : tcGTTATTA----A-A--AA----TCGT-GCAACCATTAGAAA-ACCTCA------TATATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATACTT----AAC----ATTATTCTAAaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|4 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgat------ATATGAGGTT---T----TC-TA-ATG----GTTGC-ACGAT-------TT----TT-AATAACTCCACTTTTGGTTTCACCTTTT--A----A-A--AA----T--G-GTAA---TTA-AA---CATCA------TATACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATACTT----CACC-CTG-TAtccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|5 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--AA-GTTTAGTTTTTA-CCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--TT----CGCT-GTAA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AATG-GTAAG-T-TTTATTTGAAC-ACTAGCCGCCCAA-G-CAAA-TC-----TT--G-GT--------------------TGA------A---ACGT---AAAA--------G-TG----TGTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TT-TA-ATG----GTTGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACAGCTCAACCTTAGGTGTTGCTGTTA--A----A-A--AA----G--T-GCAACCATTA-AAA-ACCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AGCC-CTA-TATTCTCACACATCGCatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|6 : gTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAAA--AAT------T-A-GATATGTG-----TTA--AAA---CATTTT-TAACAATTT------G---ACC--AA----TG-TTATAA-TCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGCATCAATCA--AT----TGTT-GGAA------TGC-ATC-AGTCA---A------CTA-------AACG-ATTAA-T-Ttgactgaatcagttgctatgctgctcccttattcaggtgccagtcagtataac
gi|6 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaaA------ATA-CGG--T---T----TG-TA-CTG----GTCTC-A-ACT-------CCT-TGC--AACGAC-----CTTCGCTGTCGCCGTTA--AG---A-A--AA----T--T-GCCACTATC--AAA-ACCTGA------TATGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATTCTG----AACC-TTA-TATgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|7 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACAA--AAA------T-A-AAGATGTA-----CT---AAA---TATGTT-GAACAGTTTTGGC--G---ATT--TA-GTTTAATTTTTA-ACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ACCA--TT----TGCT-GATT------CGC-GTC-ATTCG---GTTAAATTTA-------AACA-CTAAG-TNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN-----NN--N-NN--------------------NNN------N---NNNN---NNNA--------GTTGTAC-TTTTG--AA------AT-------------------TA-ATG----ATCGT-A-TATGGGACTATTA-AATTGAATGATTT-GTTTT---TAACGAC-TCA--A----C-A--AAGT--T--T-GTAACCATTA-AAA-ACCTCA------TATTCGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATACTT----A
gi|8 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagc-G-T-AA-TT-----T---G-G-----------------------A------A---ATTT---GTGA--------C-TG----TGT------------AT--GAG--T---T----TTGTA-CTG----GTTGT-A-AAT-------TTA-T----------TT-GCATTCGCTGTTATCGTTA--AGCTGA-A--AA----C-------ACCATTA-AAA-A--------------A-GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATAC
gi|8 : ----A-A--AT----T--T-ACAACCAGTA-CAA-AACTCA------TACACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATACTT----AA-C-CTA--ATTCTTAAG-ACCGCaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : gtatattataattttgaactttgcggccttttttaatggtgttttcagcttaacgataacagcgaatgcaaatGATGTC-----AC---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCA-ATT--TAAGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCT-ATTAATTT----TGCT-GATA------TGC-CGA-ATTTC---A------CCAAAACATTAACA-TTAAG-T-TTGATT--AAC-A--ACTCGCTTGA-atagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : GTCATTA--A----A-ACAAA----T--TTGCGATCATTA-AAAAACCTCA------TATACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATACTTTTAAAACCTTTA-TATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 3333333333 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222
lowQualScore : 3 2 2 3 33 888888 333 3 11111 777 444 2 6666666666 33 33 0 0 44 0 2 33 0000 777 5555 2 777777 2 44 8888888888 9999999 44 1 2 2 3 444 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999 22 4 44 9999 3 88 000000000 1 22 2 2 888888 6666 3 7 1 0 2
lowQualScore : . . . . .. ...... ... . ..... ... ... . .......... .. .. . . .. . . .. .... ... .... . ...... . .. .......... ....... .. . . . . ... . ................................................................................................................................................................. ... .. . .. .... . .. ......... . .. . . ...... .... . . . . .
lowQualScore : 3 4 2 1 99 222222 111 2 33333 333 777 7 2222222222 99 66 6 1 11 4 9 99 3333 333 7777 7 777777 7 77 9999999999 3333333 77 8 7 7 1 888 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 88 1 66 6666 1 55 666666666 1 88 9 5 222222 5555 6 3 0 2 5
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
Reference ( family-153 ) : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
gi|1 : TTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----AT---ATA---TGTTTT-CATCAGTTT---A--GCA-ATT--AA-GATTGATTTTTA-TCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC----ATCT--TT----TGCT-AATA------ACC-GTC-ATTCG---G------GAA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTTAAC-
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaa-G-T-AA-TT-----TT--G-------------------------A------A---ATTT---GGGA--------C-TG----TAC------------AT----G--T---T----TT-CA-ATG----GTCGC-A-AA------------TATT------------CTT-----------TTA--A----ATA--AA----TG-T-GTGATCATT--------------------TACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATACTT----AAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaTTA--A----A-A--GAATATT--T-GCGACCATTG-AAA-AC---A------TGTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATACTT----AATC-CTATTATATTAACGCaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|10 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AA-ATGTT-----TT---AAA---TA--------------------------------GTTTGATTTTTA-CCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC----ATCA--AT----TGCT-GATA------TGC-GTT-ATTCG---G------CTA-------GATG---------------TGAAC-ACTCGT--CTCG------AA-TT-----TTAAA-GA--------------------TAA------A---AC-T---ATAC--------A-TG----CGTTA--GA------ATT-G-G--T---TTAAGTA-TA-CTGTTATTTCG--A-AAT-------TTG-TGtgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|11 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAAT--ATA------T-ATAAAA--------------AAA---TTTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATT--TA-GTTTGATTTAAA-CCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT----ATCA--AA----TGCT-GATA------TGC-GTA-ATTCGTAAA------TTA-------AATA-GTATG-T-TCAATTTGAAC-GCTAGTCGCCCaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAAC--CTA------T-----GATGTA-----TT---AGA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCG-ACT--TG-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC----ACTA--GT----CGCTCGAT------------TA-ACTTG---G------TTA-------AGGGAGTAAA-T-TTAATTattgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaa-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-T-T-AA--C-----TT--G-GTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAA------A---ACAT---ATAC--------G-TG----TATAA--GA------CTA-GGG--T---C----TA-TA-AT-----TTTGT---AAT-------TTG--------CGAC-C-GTTTTCAATGataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattTTA--A----A-A--TA----T--TCGTGTCCATTG-AAA-AC---------------GGTCGCAAATTACAAAATTATAG------------ACC-C---TAGTCTTATACACgacacgaatattttaa
gi|13 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAAA--ATAACATATC-A-AAAATGTA-----TT---AAA---TATATT-GAACA----------G---AAT--TA-----------------------ACTTTT-C--TAGCGC----ATCA---T----TACT---TT------TGC--------TG---G------CTA-------AACG-GTAAT-T-TTAATGTGATC-ACTTGTCGATCGA-G-T-AA--T-----TT--A-GT--------------------TAAGCAAGCA---AAGTTCAATGAAAACAGATG-TGCGACTATTA--AA------A----AC--C---T----CT-TATACG----GTCGC-A-AAT-------TT
gi|13 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaa--T-GCGACTATTA-AAA-ACCTCT------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATAGTT----AACC-CTA-caaaataacaatatagttaacccta
gi|14 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagatgTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAATA--ATA------T-A-AA-ATATA-----TT---AAA---TATTTT-GAACACTTA---AATG---ATG--TA-GTTTAATATTAA-AAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC----AATA--AT----TGCT-GATA------TGC-
gi|15 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgCGAAACGATG------T-A-AATA-GTAGTT--TT---AAAATATGTTTT-T--CGGTTT---A--A---ATTACTA--TTT-ATTTGTA-----AAA----TGTT-A--AAA-------ATCA--TT----TGAT-GATA------TGCTGT--ATTCG---G------CTA-------AACG-TTAAG-T-TCAAATTGAAC-ATTAGTTGCTCAA-taaatagtcgttgatatattaat
gi|16 : tacaacatcacTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA-----------AACAGTT
gi|18 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaGC----ATCA--AC----TGCT-GATAACATTATGC-GAC-ATTCA---G------CTA-------AATG-GTTAA-T-TCAGTTTGAAC-ACTAGTTGCTGGA-gaa
gi|19 : -AAA-AGCTCA------TATGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATATTT----AACC-CTA-TATTa
gi|2 : ATT-TATTTGTAAAA-------AA--A-A------T-A-AAGATGTACCATATT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--GGGAATT--TA-GTTTGATTTTTA-CAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC----GTCA--TT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTAAAC-ACTAGTCGCTTGA-G-T-AA--C-----TT--G-GT--------------------TCA------------GC---AAGA--------G-AA----TTTTAATGATAAGACATA-AAG--TGCAT----TA-GA-ATT----GT-GCTA-AAT-------ATACTG-T-AA---------TTTTGATGTCGTCTTTA--A----A-A--AATAT-T--T-GCCACCATTA-AA
gi|3 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAAA--ATA------T-T-AAAATACA-----TT---AAA---CATATT-GAACAGTTT---GACG---ATT--CG-GTTTTACTTTTA-CCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC----ATCG--AT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTAG---G------TTA-------AATG-TT-AG-T-TCAGTTTGAACAACCAGTCGCCCGA-A-T-AACTT-----CT--G-------------------------------------CGT---ATGA--------A-T-----TTTAA--GG------ATA-AAA--C---A----TA-TA-CTA----GT----A-AG---------TG-TTTT-AA-------GTATTCGGTGTC-CCGTTA--A----A-AATAA----T--G-GCGACCATTA-AAT-ACCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCT----TACC-CTA-Tgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|4 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataAAT-GCCAACA--ATT------TTG-AAGATGTG-----TTTATAGA---TATTTT-GAACAATTTT--AC-G---ACT--TA-GTTTGACTTTAA-CCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT----ATCA--GTCCGCTGTT-AATT------TGT-GTCAATTCA---G------CTA-------AACA-GTTAGAT-TCAATT-------CTAGTAACTTTATGCT-GA-CTGCACATT--GTAT--------------------GAA------AATCACGT---ATAC--------A-TG----ATTTA--GA------ATA-ATG--T---T----ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|4 : tcGTTATTA----A-A--AA----TCGT-GCAACCATTAGAAA-ACCTCA------TATATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATACTT----AAC----ATTATTCTAAaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|4 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgat------ATATGAGGTT---T----TC-TA-ATG----GTTGC-ACGAT-------TT----TT-AATAACTCCACTTTTGGTTTCACCTTTT--A----A-A--AA----T--G-GTAA---TTA-AA---CATCA------TATACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATACTT----CACC-CTG-TAtccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|5 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--AA-GTTTAGTTTTTA-CCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--TT----CGCT-GTAA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AATG-GTAAG-T-TTTATTTGAAC-ACTAGCCGCCCAA-G-CAAA-TC-----TT--G-GT--------------------TGA------A---ACGT---AAAA--------G-TG----TGTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TT-TA-ATG----GTTGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACAGCTCAACCTTAGGTGTTGCTGTTA--A----A-A--AA----G--T-GCAACCATTA-AAA-ACCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AGCC-CTA-TATTCTCACACATCGCatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|6 : gTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAAA--AAT------T-A-GATATGTG-----TTA--AAA---CATTTT-TAACAATTT------G---ACC--AA----TG-TTATAA-TCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGCATCAATCA--AT----TGTT-GGAA------TGC-ATC-AGTCA---A------CTA-------AACG-ATTAA-T-Ttgactgaatcagttgctatgctgctcccttattcaggtgccagtcagtataac
gi|6 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaaA------ATA-CGG--T---T----TG-TA-CTG----GTCTC-A-ACT-------CCT-TGC--AACGAC-----CTTCGCTGTCGCCGTTA--AG---A-A--AA----T--T-GCCACTATC--AAA-ACCTGA------TATGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATTCTG----AACC-TTA-TATgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|7 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACAA--AAA------T-A-AAGATGTA-----CT---AAA---TATGTT-GAACAGTTTTGGC--G---ATT--TA-GTTTAATTTTTA-ACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ACCA--TT----TGCT-GATT------CGC-GTC-ATTCG---GTTAAATTTA-------AACA-CTAAG-TNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN-----NN--N-NN--------------------NNN------N---NNNN---NNNA--------GTTGTAC-TTTTG--AA------AT-------------------TA-ATG----ATCGT-A-TATGGGACTATTA-AATTGAATGATTT-GTTTT---TAACGAC-TCA--A----C-A--AAGT--T--T-GTAACCATTA-AAA-ACCTCA------TATTCGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATACTT----A
gi|8 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagc-G-T-AA-TT-----T---G-G-----------------------A------A---ATTT---GTGA--------C-TG----TGT------------AT--GAG--T---T----TTGTA-CTG----GTTGT-A-AAT-------TTA-T----------TT-GCATTCGCTGTTATCGTTA--AGCTGA-A--AA----C-------ACCATTA-AAA-A--------------A-GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATAC
gi|8 : ----A-A--AT----T--T-ACAACCAGTA-CAA-AACTCA------TACACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATACTT----AA-C-CTA--ATTCTTAAG-ACCGCaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : gtatattataattttgaactttgcggccttttttaatggtgttttcagcttaacgataacagcgaatgcaaatGATGTC-----AC---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCA-ATT--TAAGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCT-ATTAATTT----TGCT-GATA------TGC-CGA-ATTTC---A------CCAAAACATTAACA-TTAAG-T-TTGATT--AAC-A--ACTCGCTTGA-atagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : GTCATTA--A----A-ACAAA----T--TTGCGATCATTA-AAAAACCTCA------TATACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATACTTTTAAAACCTTTA-TATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
blockSeqs : A C A C CG ACATAT AT A CCATA TAT ATA T AGGGA AC AG TC C AT ATCA ATT CCGC C ACATTA T CA GTTAAAT AAACATT AG A A N A TGC A CTTGGTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAAAACATATACGTGTATAAGACTAGGGTCTATAATTTTGTAATTTGCGACCGTT CAA GT T TT GCTG . AT ATATTT G AG A C TAATTT TTAA T T T C
blockSeqs : . A A . . . TG G GTT A . . TGGCG . G C . . TCT A . . . . T TAAA . G A . . . T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTGTACTTTTGAAATTAATGATCGTATATGGGACTATTAAATTGAATGATTTGTT TGA AC G . G . CA TATTT G G . C . . . . A C
blockSeqs : . A C . . . A A . . . . AACT . G C . . . A . . . . A G . G A . . . G . TCTTGGTTGAAACGTAAAAGTGTGTTAGAATAGAGTTTTTAATGGTTGCAAATTTGTGTTAACAGCTCAACC CGG GC G . . . . TCGT G G . C . . . . C .
blockSeqs : . A A . . . A T . . . . GGCG . G C . . . G . . . . A G . T A . . . G . CTTGGTTCAGCAAGAGAATTTTAATGATAAGACATAAAGTGCATTAGAATTGTGCTAAATATACTGTAAT TGG GC T . . . . GTTT C A . C . . . . T
blockSeqs : . G A . . . A G . . . . AATG . G A . . . A . . . . C G . G T . . . A . TTTGGAAATTTGTGACTGTGTATGAGTTTTGTACTGGTTGTAAATTTATTTGCA AGG GA G . . . . TTC G A . A . . . .
blockSeqs : . A A . . . A G . . . . GACG . G C . . . T . . . . C G . G A . . . G . CTTCTGCGTATGAATTTTAAGGATAAAACATATACTAGTAAGTGTTTTAAGTA CGC AT G . . . . TTT A A . C . . . .
blockSeqs : . A A . . . A A . . . . TACG . G C . . . A . . . . C G . T T . . . N . CGC GT G . . . . TG A A . C . . . .
blockSeqs : . A A . . . A G . . . . GGCA . G C . . . T . . . . C A . G A . . . G . . C A . . . . TG A A . C . . . .
blockSeqs : . A A . . . T G . . . . AA . G C . . . A . . . . C G . G T . . . . . . . . . . GT C A . C . . . .
blockSeqs : . . C . . . A T . . . . AG . G T . . . G . . . . C G . A A . . . . . . . TT A A . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . A G . . . . G . . A . . . T . . . . A A . C A . . . . . . . TT A A . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . G . . . . . . A . . . . . A . T . . . . . . . C G A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CGG GC TT******* A*
originalCons : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
finalCons : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AATT-------GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 3333333333 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222
lowQualScore : 3 2 2 3 33 888888 333 3 11111 777 444 2 6666666666 33 33 0 0 44 0 2 33 0000 777 5555 2 777777 2 44 8888888888 9999999 44 1 2 2 3 444 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999 22 4 44 9999 3 88 000000000 1 22 2 2 888888 6666 3 7 1 0 2
lowQualScore : . . . . .. ...... ... . ..... ... ... . .......... .. .. . . .. . . .. .... ... .... . ...... . .. .......... ....... .. . . . . ... . ................................................................................................................................................................. ... .. . .. .... . .. ......... . .. . . ...... .... . . . . .
lowQualScore : 3 4 2 1 99 222222 111 2 33333 333 777 7 2222222222 99 66 6 1 11 4 9 99 3333 333 7777 7 777777 7 77 9999999999 3333333 77 8 7 7 1 888 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 88 1 66 6666 1 55 666666666 1 88 9 5 222222 5555 6 3 0 2 5
consensus : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
Reference ( family-153 ) : NTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--TA-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--NT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTCG---G------CTA-------AACG-GTAAG-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-G-T-AA-TT-----TT--G-GT--------------------TAA------A---ACGT---ATGA--------G-TG----TNTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TN-TA-ATG----GTCGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACGACTC-GCCTTCGGTGTCGCCGTTA--A----A-A--AA----T--T-GCGACCATTA-AAA-ACCTCA------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AACC-CTA-TATTCTNACGCACCGC
gi|1 : TTTACTGTT-TACTT-----AT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----AT---ATA---TGTTTT-CATCAGTTT---A--GCA-ATT--AA-GATTGATTTTTA-TCAGAAACTACTTTT-G--CAGTGC----ATCT--TT----TGCT-AATA------ACC-GTC-ATTCG---G------GAA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTTAAC-
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaa-G-T-AA-TT-----TT--G-------------------------A------A---ATTT---GGGA--------C-TG----TAC------------AT----G--T---T----TT-CA-ATG----GTCGC-A-AA------------TATT------------CTT-----------TTA--A----ATA--AA----TG-T-GTGATCATT--------------------TACGGTCACAAATTTCAAAATTATAGTATACTT----AAcgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatttaaaagaatatttgcgaccattgaaaacatgtacagtcccaaatttcaaaattacaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|1 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaTTA--A----A-A--GAATATT--T-GCGACCATTG-AAA-AC---A------TGTACAGTCCCAAATTTCAAAATTACAATATACTT----AATC-CTATTATATTAACGCaatatacttaatcctattatattaacgctgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|10 : tacaatgtcatcgaaaacagtgtaaacagtagtaaaaataaaaatgtttgatggttaaatttactgtttacttatgttaaaaatataaagatgtaatatatgttttcatcagtttagcaattaagattgatttttatcagaaactacttttgcagtgcatcttttgctaataaccgtcattcgggaaaacggtaaattcaattttaaccgtgctcactacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtattaagtatactataattttgaaatttgtgaccgtaaatgatcacacatttatTT-TCTTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AA-ATGTT-----TT---AAA---TA--------------------------------GTTTGATTTTTA-CCAGATACTATTTTT-A--TAGCGC----ATCA--AT----TGCT-GATA------TGC-GTT-ATTCG---G------CTA-------GATG---------------TGAAC-ACTCGT--CTCG------AA-TT-----TTAAA-GA--------------------TAA------A---AC-T---ATAC--------A-TG----CGTTA--GA------ATT-G-G--T---TTAAGTA-TA-CTGTTATTTCG--A-AAT-------TTG-TGtgctttgaacgaatatcaaatgtttgctttctcgttacagcgataccaaggcgttacatgttcatatgcattacatttactttaagatttattaaagtgaaacagttgaaattattg
gi|11 : tacaatggcgaacagtgcaagcaggaatttaaacagataaccaaatatgtttgtcgatttaagtttcctgtttttTTTACGACT--ATTTAAAAAAT-GTCAAAT--ATA------T-ATAAAA--------------AAA---TTTTTTTGAACAGTTC---A--ACT-ATT--TA-GTTTGATTTAAA-CCAGGCATTA-TTTT-A--TAAAGT----ATCA--AA----TGCT-GATA------TGC-GTA-ATTCGTAAA------TTA-------AATA-GTATG-T-TCAATTTGAAC-GCTAGTCGCCCaccgtatgcatatagataaaaattgaaatattttgctaaccattcatttacaatacaagttt
gi|12 : ttacaatggcgaaagacactgaagacagtgtatactgtagtttaaaaagataagcaaatatgtcgattcaaaTTACTATT-CATTTGTTAA-C-GTTAAAC--CTA------T-----GATGTA-----TT---AGA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCG-ACT--TG-GTTTGATTTTTA-CCAGAAACTAATTTTCAATTTGAAC----ACTA--GT----CGCTCGAT------------TA-ACTTG---G------TTA-------AGGGAGTAAA-T-TTAATTattgacaagtgaactggttcagcgggcgaattgtagtaaagataaaactgcgtttcaatataattataaagtatcctgcaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaa-T-TCAATTTGAAC-ACTAGTCGCTCGA-T-T-AA--C-----TT--G-GTTAAGGGAGTAAATTTAATTATAA------A---ACAT---ATAC--------G-TG----TATAA--GA------CTA-GGG--T---C----TA-TA-AT-----TTTGT---AAT-------TTG--------CGAC-C-GTTTTCAATGataaaacatatacgtgtataagactagggtctataattttgtaatttgcgaccgttttcaatggacacgaatattttaa
gi|12 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattTTA--A----A-A--TA----T--TCGTGTCCATTG-AAA-AC---------------GGTCGCAAATTACAAAATTATAG------------ACC-C---TAGTCTTATACACgacacgaatattttaa
gi|13 : aacgtcaccaaaaacagtgtaaacagttactaaatatatatgtcgatttaaattactattcatttgttaacgttaaacctatgatgtattagatattttgaacagtttggcgacttggtttgatttttaccagaaactaattttcaatttgaacactagtcgctcgattaacttggttaagggagtaaatttaattataaaacatatacTTACTATG-TATCTGTAAACT-GTTAAAA--ATAACATATC-A-AAAATGTA-----TT---AAA---TATATT-GAACA----------G---AAT--TA-----------------------ACTTTT-C--TAGCGC----ATCA---T----TACT---TT------TGC--------TG---G------CTA-------AACG-GTAAT-T-TTAATGTGATC-ACTTGTCGATCGA-G-T-AA--T-----TT--A-GT--------------------TAAGCAAGCA---AAGTTCAATGAAAACAGATG-TGCGACTATTA--AA------A----AC--C---T----CT-TATACG----GTCGC-A-AAT-------TT
gi|13 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaa--T-GCGACTATTA-AAA-ACCTCT------TATACGGTCGCAAATTTCAAAATAACAATATAGTT----AACC-CTA-caaaataacaatatagttaacccta
gi|14 : cttcaccgaaaacagtgtttgtcgatttgaattactatgtatctgtaaactgttaaaaataacatatcaaaaatgtattaaatatattgaacagaattaacttttctagcgcatcattacttttgctggctaaacggtaattttaatgtgatcacttgtcgatcgagtaatttagttaagcaagcaaagttcaatgaaaacagatgTACTATTATGTTT-TAAAAT-GTCAATA--ATA------T-A-AA-ATATA-----TT---AAA---TATTTT-GAACACTTA---AATG---ATG--TA-GTTTAATATTAA-AAGGAAACTACTTTT-A--TATCGC----AATA--AT----TGCT-GATA------TGC-
gi|15 : tacaatggcggacgccaccgttgacagtgtaaacagaagtttaaatagcaaacaaaacatgttggtttaaatgCGAAACGATG------T-A-AATA-GTAGTT--TT---AAAATATGTTTT-T--CGGTTT---A--A---ATTACTA--TTT-ATTTGTA-----AAA----TGTT-A--AAA-------ATCA--TT----TGAT-GATA------TGCTGT--ATTCG---G------CTA-------AACG-TTAAG-T-TCAAATTGAAC-ATTAGTTGCTCAA-taaatagtcgttgatatattaat
gi|16 : tacaacatcacTTGCTATT-TATTTGTAAAAT-GTTAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA-----------AACAGTT
gi|18 : attattatgtcatttgcatacgtcacagaaaaagagtgtaaactgaagtttaaaaaaaactgtatgtcgatttaaaGC----ATCA--AC----TGCT-GATAACATTATGC-GAC-ATTCA---G------CTA-------AATG-GTTAA-T-TCAGTTTGAAC-ACTAGTTGCTGGA-gaa
gi|19 : -AAA-AGCTCA------TATGCAGTTGCAAATCTTAAAATTGCAGTATATTT----AACC-CTA-TATTa
gi|2 : ATT-TATTTGTAAAA-------AA--A-A------T-A-AAGATGTACCATATT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--GGGAATT--TA-GTTTGATTTTTA-CAAGAAACAACTTTT-G--TAGCGC----GTCA--TT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AACG-GTAAA-T-TCAATTTAAAC-ACTAGTCGCTTGA-G-T-AA--C-----TT--G-GT--------------------TCA------------GC---AAGA--------G-AA----TTTTAATGATAAGACATA-AAG--TGCAT----TA-GA-ATT----GT-GCTA-AAT-------ATACTG-T-AA---------TTTTGATGTCGTCTTTA--A----A-A--AATAT-T--T-GCCACCATTA-AA
gi|3 : attctaatacacttcagaaaattccagtgatttcattggttggttttcttagatttgtgggtattaaaacctacatataccgttggtaaaatcaccacgttttgatgttctaaatattactacatcatttgtttacaacattaccaaagacgatgtaaacagtaatttaaaaaaaaaatgtctgtctatttaaactactatcaTTTACCTTT-TATTTGTAAA-T-GCCAAAA--ATA------T-T-AAAATACA-----TT---AAA---CATATT-GAACAGTTT---GACG---ATT--CG-GTTTTACTTTTA-CCAGCGACTACTTTT-A--TAACGC----ATCG--AT----TGCT-GATA------TGC-GTC-ATTAG---G------TTA-------AATG-TT-AG-T-TCAGTTTGAACAACCAGTCGCCCGA-A-T-AACTT-----CT--G-------------------------------------CGT---ATGA--------A-T-----TTTAA--GG------ATA-AAA--C---A----TA-TA-CTA----GT----A-AG---------TG-TTTT-AA-------GTATTCGGTGTC-CCGTTA--A----A-AATAA----T--G-GCGACCATTA-AAT-ACCTCA------TATACGGTCCCAAATTTCAAAATTATAGTATATCT----TACC-CTA-Tgggaatatactagaattattcaaatttttcaa
gi|4 : acaatggtgaacgtaaacagtgtaaacagtagtctcaatagataacaaactatgattgtcgatttataAAT-GCCAACA--ATT------TTG-AAGATGTG-----TTTATAGA---TATTTT-GAACAATTTT--AC-G---ACT--TA-GTTTGACTTTAA-CCAACATCTACTTTT-A--TAGCAT----ATCA--GTCCGCTGTT-AATT------TGT-GTCAATTCA---G------CTA-------AACA-GTTAGAT-TCAATT-------CTAGTAACTTTATGCT-GA-CTGCACATT--GTAT--------------------GAA------AATCACGT---ATAC--------A-TG----ATTTA--GA------ATA-ATG--T---T----ttggtatcatgttaataggctgatgccttattc
gi|4 : tcGTTATTA----A-A--AA----TCGT-GCAACCATTAGAAA-ACCTCA------TATATGGTCGCAACTTTCAAAATGGTAGTATACTT----AAC----ATTATTCTAAaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatatatgaggttttctaatggttgcacgatttttaataactccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|4 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgat------ATATGAGGTT---T----TC-TA-ATG----GTTGC-ACGAT-------TT----TT-AATAACTCCACTTTTGGTTTCACCTTTT--A----A-A--AA----T--G-GTAA---TTA-AA---CATCA------TATACGATCGCTAATTTAAAAATTA-AGTATACTT----CACC-CTG-TAtccacttttggtttcaccttttaaaaatggtaattaaacatcatatacgatcgctaatttaaaaattaagtatacttcaccctgtaatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|5 : tcaatgccaacaattttgaagatgtgtttatagatattttgaacaattttacgacttagtttgactttaaccaacatctacttttatagcatatcagtccgctgttaatttgtgtcaattcagctaaacagttagattcaattctagtaactttatgctgactgcacattgtatgaaaatcacgtatacatgatttagaataatgttaagtatactaccattttgaaagttgcgaccatTTTACTATT-TATTTGTAAAAT-GTCAAAA--ATA------T-A-AAGATGTA-----TT---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---A--G---ATT--AA-GTTTAGTTTTTA-CCAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ATCA--TT----CGCT-GTAA------TGC-GTC-ATTTG---A------CTA-------AATG-GTAAG-T-TTTATTTGAAC-ACTAGCCGCCCAA-G-CAAA-TC-----TT--G-GT--------------------TGA------A---ACGT---AAAA--------G-TG----TGTTA--GA------ATA-GAG--T---T----TT-TA-ATG----GTTGC-A-AAT-------TTG-TGTT-AACAGCTCAACCTTAGGTGTTGCTGTTA--A----A-A--AA----G--T-GCAACCATTA-AAA-ACCTCATAATTTTATACGGTTGCAAATTTCAAAATTACAGTATACTT----AGCC-CTA-TATTCTCACACATCGCatatatagcgtttgaggtagagtaagtacatcagatgtt
gi|6 : gTTTACTATG-T-TTTGTAAGATCGTTAAAA--AAT------T-A-GATATGTG-----TTA--AAA---CATTTT-TAACAATTT------G---ACC--AA----TG-TTATAA-TCAAGAACTACTGTA-A--TAGTGCATCAATCA--AT----TGTT-GGAA------TGC-ATC-AGTCA---A------CTA-------AACG-ATTAA-T-Ttgactgaatcagttgctatgctgctcccttattcaggtgccagtcagtataac
gi|6 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaaA------ATA-CGG--T---T----TG-TA-CTG----GTCTC-A-ACT-------CCT-TGC--AACGAC-----CTTCGCTGTCGCCGTTA--AG---A-A--AA----T--T-GCCACTATC--AAA-ACCTGA------TATGCGGTCGCAAATTTCAAATTTGCTTTATTCTG----AACC-TTA-TATgcgactgtaaatacggtttgtactggtctcaactccttgcaacgaccttcgctgtcgccgttaagaaaattgccactatcaaaacctgatatgcggtcgcaaatttcaaatttgctttattctgaaccttatat
gi|7 : ggggtatcaaaaactacatataccatcgatagagccatcacgttctgtgtatcactgcgcagtttctttcaaatggggagcgcccatgtcaacagttttgaatttactatgttttgtaagatcgttaaaaaattagatatgtgttaaaacatttttaacaatttgaccaatgttataatcaagaactactgtaatagtgcatcaatcaattgttggaatgcatcagtcaactaaacgattaattgcgactgtaTT-T-TTTGAAAACT-GTTACAA--AAA------T-A-AAGATGTA-----CT---AAA---TATGTT-GAACAGTTTTGGC--G---ATT--TA-GTTTAATTTTTA-ACAGGAACTACTTTT-A--TAGCGC----ACCA--TT----TGCT-GATT------CGC-GTC-ATTCG---GTTAAATTTA-------AACA-CTAAG-TNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN-----NN--N-NN--------------------NNN------N---NNNN---NNNA--------GTTGTAC-TTTTG--AA------AT-------------------TA-ATG----ATCGT-A-TATGGGACTATTA-AATTGAATGATTT-GTTTT---TAACGAC-TCA--A----C-A--AAGT--T--T-GTAACCATTA-AAA-ACCTCA------TATTCGGTGGAAAATTGCAAAATTACAGGATACTT----A
gi|8 : cagggtaaataaattaattctactggtttgttttaactcagc-G-T-AA-TT-----T---G-G-----------------------A------A---ATTT---GTGA--------C-TG----TGT------------AT--GAG--T---T----TTGTA-CTG----GTTGT-A-AAT-------TTA-T----------TT-GCATTCGCTGTTATCGTTA--AGCTGA-A--AA----C-------ACCATTA-AAA-A--------------A-GGCCGCAAAGTTCAAAATTATAATATAC
gi|8 : ----A-A--AT----T--T-ACAACCAGTA-CAA-AACTCA------TACACAGTCACAAATTTCCAAATTACAATATACTT----AA-C-CTA--ATTCTTAAG-ACCGCaatatacttaacctaattcttaagaccgcatagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : gtatattataattttgaactttgcggccttttttaatggtgttttcagcttaacgataacagcgaatgcaaatGATGTC-----AC---AAA---TATTTT-GAACAGTTT---G--GCA-ATT--TAAGTTTGATTTTTTTCCAAAAACAACTTTT-A--TAGCGCTCT-ATTAATTT----TGCT-GATA------TGC-CGA-ATTTC---A------CCAAAACATTAACA-TTAAG-T-TTGATT--AAC-A--ACTCGCTTGA-atagtttttatccttaaaattttctctctggattactggcttaccaaattttattgtttaatcaattgatgtacatacattattgaatgcgacggttaaaaatgttgatgctcgccaaatcaaactgaattgtcaaaacattgacaaagtgttcaaaatatattgaaaacattttaaatattctgggaa
gi|9 : GTCATTA--A----A-ACAAA----T--TTGCGATCATTA-AAAAACCTCA------TATACGGTTTCAAATTTCAAAATTACAGTATACTTTTAAAACCTTTA-TATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatataaaggttttaaaagtatactgtaattttgaaatttgaaaccgtatatgaggttttttaatgatcgcaaatttgttttaatgacttaacccaatataaaaggtcattgaaacatcatttaagctcataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCCAATGGCCTTCAGAAATTTCCTGTGATTTTATTGGTTGGTGGGTGCTCTTAGATATGTTGGTATCAAAAACTGCATTATTATACTGTCGGTAAAA