lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 55555555555555555555555555 33333333 333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 11111111111 222222222222222 111111 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333333333 11111111111111 11
lowQualScore : 4 2 444 2 33333333 2 00000000000000000000000000 1 3 22 444 9999 222 222 222 2 1 22222222 333333 11 1 333333333333333333333333 1 333 555555 22222 333333 22 333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 333 222222 11 666 222222 11 3333 4444 0 111 222 222 111 222 333333 222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 33333333 222 11 1111 0 111 2222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 222222 000000000 222 333333 1111 111 222 0 11111111111 111 333 111 222 00 4444 0 999999999999999 333333333 111 0 333333 0 8 777777 111 11 00 555555555 1111 111 111 111 0 333 333 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 7777 33 11 4444 11 444 888888 3333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 22 111 222222 333333 222 111 111 111 222 77777777 22 000000000000000000 1 000000 111 7 333 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333 1 444444 111 11 2222 9999999999999999999999999 1 11 111 222 222222 22 1 7 33333 44444444444444 9999 66 1
lowQualScore : . . ... . ........ . .......................... . . .. ... .... ... ... ... . . ........ ...... .. . ........................ . ... ...... ..... ...... .. ... ......................................................................................................................... . ... ...... .. ... ...... .. .... .... . ... ... ... ... ... ...... ... .................................................... .. .. ........ ... .. .... . ... ....... ............................................................................................................................................. ... ...... ......... ... ...... .... ... ... . ........... ... ... ... ... .. .... . ............... ......... ... . ...... . . ...... ... .. .. ......... .... ... ... ... . ... ... . ........................................................................................................ . ... .... .. .. .... .. ... ...... ................................................. ..... .. ... ...... ...... ... ... ... ... ... ........ .. .................. . ...... ... . ... . ................................................. . ...... ... .. .... ......................... . .. ... ... ...... .. . . ..... .............. .... .. .
lowQualScore : 0 0 777 7 22222222 4 11111111111111111111111111 7 8 44 444 1111 333 333 111 0 2 55555555 111111 55 4 444444444444444444444444 1 000 000000 77777 000000 55 444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 555 777777 22 000 666666 22 1111 5555 8 555 666 333 444 666 888888 222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 11 66666666 444 00 6666 7 333 4444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333 222222 333333333 222 222222 8888 222 444 7 33333333333 222 555 111 222 99 1111 7 444444444444444 888888888 111 4 333333 7 8 999999 222 00 99 333333333 5555 999 222 222 7 111 999 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 999 7777 22 33 3333 22 111 222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555 22222 00 555 444444 222222 999 555 555 555 444 99999999 44 222222222222222222 0 444444 888 1 777 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333 0 444444 777 33 0000 3333333333333333333333333 0 33 888 888 999999 44 0 1 00000 33333333333333 7777 77 6
consensus : CAACNCTAATAGTGA---T-G-TTG----T-GATAAC-----T--TG------A-CGA--T-GATG--A---TGNTGNTGA---T---G---ATGACGA-TNAT---T-AT------GA--TAATG--NTGG-TNATGA---T---G---AT-G---A------TG-----ATG------A--TGG---T-G---T-----T---GAC-A------GG----T-TA-A---NA-ATG--G-TT-A---T---G--AT----C---------TG----ACG--NTGAC-G--G-T-G----C-G--------A-T---GGTG------A--T--NA------T--G----AC---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--GT---T-----T-----G--------GT-A-AT-G--N--T--------NA--T--G--------A---TG--A----T-G---ATG-------ATGATG-----AC------TT----------ATA---------ATT---T------A---A-T-GAT---G---A---T----G-T---T------G-T-GAT-GNT---G--A-C---G---AT-------A---A----------T---G------A-----CG--A---T------G--G-T---GA---T-G-NTG------NT---GA---T---GAT---G--AC---GA-T--N-AT----T----AT---------GA---TAA------T-GNTG--A-TGA---T--GA--T--G------A----T---AA---TG---A-TGA---TGG---TGNTGA-C----A----C---GGT----TA-A----G-ATG--A-T--T-ATG--AT----C-----TG----ACG--NTGAT-A--G-T-G----C----G--------A-T---GGTGAT-N--A--TG--AC---G--AT---GATG---A--TG--ATT---N--T--G---G--------------T---A-AT-G-N--TNA-----TG--A---T------GAT------G---AT---GA---T---GA---TGAT----N---A--T-G------GA----G---A-TGA----N-G---ATGNT---GAT-GAT--T----TG---AT------AAT---G---A------TAATG-----NCGATGA-T------GA---T--G----AT----N--NT-G--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-TGNTG-----AT------NA------TG-N--TGATGANNACGACGACAATA
Reference ( gi|2 ) : CAATTCTAATAGTGA---T-G-TTG----T-GATAAC----CT--TG------A-CAG--T-GGTA--A---TGTTGCTGA---T---G---ATGACGA-TTAC---T-AT------GA--TAATG--TTAG-TCATGA---T---C---AT-A---A------TG-----ATG------A--TGG---T-G---T-----T---GAC-A--C---GG----T-TA-A---AA-ATG--G-TT-A---T---A--AT----C---------TG----ACG--TCGAC-A--G-T-G----C-G--------A-T---GGTG------A--T--TA------T--G----AC---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--GT---T--T--T-----G--------GC-A-AT-G--T--T--------TA--T--G--------A---TG--A----T-G---ATG-------ATGATG-----GC---T--TT----------ACA---------ATT-C-T------A---A-T-AGT---G---A---T----G-T---T------G-T-GAT-GTT---G--A-C---G---AT-------A---ACC------T-T---G------A-----CA--A---T------G--G-T---AA---T-G-TTG------CT---GA---T---GAT---G--AC---GA-T--T-AC----T----AT---------GA---TAA------T-GTTG--G-TCA---T--GA--T--C------A----T---AA---TG---A-TGA---TGG---TGTTGA-C----A----C---GGT----TA-A---AA-ATG--G-T--T-ATA--AT----C-----TG----ACG--TCGAC-A--G-T-G----C----G--------A-T---GGTGAT-T--A--TG--AC---G--AT---GATG---G--TG--GTT---T--T--G---G--------------C---A-AT-G-T--TTA-----TG--A---T------GAT------G---AT---GA---T---AA---TGAT----T---A--T-A------GA----G---A-TGA----A-G---ATGTT---GAT-GAT--T-T--CA---AC------AAC---G---A------CAACG-----CCGATGA-T------GA---T--G----AT----C--TC-G--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-TGTTG-----AT------TA------TG-C--TGATGAACACGACGACAATA
gi|18 : CAACACTAGTATTGG---T-A-T-G----T-GG---C----CT--TA------A-CTT--T-----------TGTTGTTAA---A---G---ATGATGA-TCAT---G-AT------GA--TAATG---------ATAA---T---G---AT-G---A------TG-----GTG------A--TGG---T-G---T-----T---AAC----T---GG----T-T--G---TA-ATGCTA-TT-A---T---ATCAT----CACCT-----TT----AGG--TTGAC-A----------------------A-T---GGTG------C--T--T
gi|11 : gccttgTTATAATAATGA---T-GATGG----T-GATAAT-------------------AA--T-ACCA--C---TACTGCTGA---T---G---ATGAC------------AG------GA----GTG--GTGG-TGATAA---T---G---AT-G---A------TT-----ATG------A--TGG---T-G---T-----T---GAT----T---TG----T-TG-A---TG-ATG----CC-A----------------C---------TG----CTG--CTGAT-G--A-T-GA---C-A--------A-T---GGTG------A----------------------C---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--AT---G--A--T-----G--------AT-G-GT-G--A--T--------TG--T--G--------A---TG--A----C-G---GTG-------ATGGTG----------T--TG----------ATA---------A-----T------A---A-T-GTT---G---A---T----G-C---T------GCT-GCT-GCT---G--A-T---G---G-----------------------T---G------A-----TA--A---T------G--A-T---GA---T-G-tgtt
gi|23 : tagtacCTGATGGTGA---T-G-T------T-GATAAC----AT--TG----------G--T-GGTG--A-----TTAC-GA---T---A---ATT-----TTA------AT------AA--TAATG--TTAA-CAATGA---T---
gi|14 : atattaaccatgctgacgatggtgacgacgacgaagacaataatgaggataatgctgTAATAGTAA---T-G-TTGA---T-GATGA---------TG------G-CGG--T-GATG--A---T-----TAT---T---T---ATGACGG-TTAG---A-AT------GC--TGTTG--TTGG-TGATAA---T-------GT-A---A------TG-----ATG------A--TAA---T-G---T-----T---
gi|4 : actatgattatgaaaatggtggtcgttattgatggaaatggtcatggtagtggtggtggtgataaTAATA-TGA---T-G---G----G-GATA-------T--TG------A------T-GAAA--AA--TGATCATGA---T---A---AT-ACTA-CTAC---TGAT------GC--TGATG--ATGG-TTGTGA---T-------AT-AG--A------TG-----ATG------A--TGA---CAG---CAAAAAC---AAC-A--A---AG----A-TG-A---CA-ATG--A-GT-ACCTT---G--AT----CATGATTTTATG----ATA--TTGATGA--T-T-G----T-G--------A-TACTGGTG------A--T--GA------T--G----AT---A-A---T---A---AT---G---A------T---A--GT---G--A--A-----G--------AC-A-AT-G--T--T--------AA--A--G--------A---TG--A----T-G---ATA-------ATGATcatgatgaccgtgattaacataagaatgagcaaattatct
gi|22 : ttgtaaacattatcacaatttgatgatgaagataatgataataaattatgatgatcatcatatTGATAGTGA---T-G-CTG----AAGATAA---------TG------AACAGAAT-GATG--AAAGTGTTGACAA---A---G---CCGACGA-TAAC---T-AT------GA--CAATG---------ATGA---T---G---GT-G---A------TG-----ATG------A--TGA---T-aatgaaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|3 : gacgtcatcgatgtgattttgttcttgaATACTGA---T-G---A----T-GGTAAT----GT--TG--------C--------TG--A---TGTTGCTGA---T---G---ATGGTG--TT-----T-TT------GA--TGACG--CT-G-TTGT--------------T-A---A------TG-----GTG------A--TAT---T-T---T-----T---GA-----------------TG-A---TG-ATG--T-TT-C---T---G--------T---------TG----ATG--TTGGC-G--G-T-GT---T-G--------A-T---GATG------A--TGATAGTTTAGT--G----TT---G-A---T---G---AT---G---A------TC--GT-GT---T--TA-T-----G--------AT-G-GT-G--T--T--------GA--T--G--------A---TG--A----T-G---ATG-------GTGGTG-----GT---G--TTGAGG------ATC---------ATG-A-T------A---A-T-AAT---G---A---T----GAT---T------G-T-TGT-GTT---G--A-T---G---A-----------------------T---G------A-----TG--G---T------G--G-----AA---T---TTA-------T---GAAG-T---GAA---G--GC---GA-T--G-AT----T----GT---------AT---TAA------T-GATG--G-TGT---T--GA--T--G------A----T---AA---TT---G-TGA---TGG---TGTTGA-tatgataa
gi|1 : ggttatgatgatgacgtagacgatgattgtgtttatgatggtattgatgatgattgtaatggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattggcgATAATGA---T---TTGGGGGT-GATGAC----ATATTGTTTCATA-CAA--T-CATA--A---TG---ATGA---T---G---ATGAC-A-TT---------------------ATG--TT---TCA----------C---AT-A---T------TG-----ATG------AATTGA---T-T---A-----C---GAC-A--T---TATGTTT-TA-C---AC-ATA--A-TT-A---T---G--AT----T---------TG----ATC--TTTAC-A--T-T-A----T-GTTTCAAATG-T---GGTG------A--T--TA------T--T----TT---G-A---T---G---AT---G---A------T---A--TTATGT--T--T-----A--------AC-ACAT-A--A--T--------GA--T--G--------A---TG--A----T-G---ATG-------ATGATG-----AC---A--TT----------A-A---------GTT-T-C------ACGCA-T-AAT---G---A---T----G-A---C------T-T-GAT-GAT---G--A-C---G----T-------A---ATG------T-TTCAG------A-----CA--A---T------C--A-T---AA---T-G-ATGATTATTTT---GA---T---GAT---G--AC---Gtgatgaaggtgttgttgatgattaacggtcatgttga
gi|12 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacATAGTGAATAT-G-TTGA---T-GATGGC----AA--TG------A-CAA----GACG--A---TGATGACGA---T---GTTCGTGATGA-TTAG---A-AT------GA--TAATG--ATGA-TAATGA---T---G---AT-G---A------TT-----ATGAATGCAA--TGG---T-A---A-----T---GAC-A--CT--GG-----------------TG--A-TT-A---T---A--AT----ttgtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|6 : ttatgacgattcgggtgattatcagTAGTGG---T-G-TTGA---T-GATGAT----GT--TA------A-TGA--T-GATG--A---TGATGGTGG---T---G---TTAAAGA-TCA-------T------GA--TAATG---------ATGA---T---A---AT-A---T------TG-----TTG------A--TGG---T-GGTAT-----T---TAC-A--A---AG----T-GA-A--------G--G-TT-A---T---G--AT----GA--------TG----ACA--TGGAT-A--A-T-G---------------A-T---TGTG------T--T--TA------T--G----AT---G-A---TTGTG---AT---G---G------T---GTTGT---TG-T--T-----G--------AT-G-AT-G--A--T--------TA--G--G--------A---TG--T----T-G---ATG-------ATGTTG-----AT---T--TTGATGTTGATGATG---------ATT-T-TTATATTG---A-T-AAT---G---G---T----G-T---T------GAT-GAT-GTTATTG--A-C---G---AT-------A------------C-G---G------A-----TG--A---T------G--G-T---GT---T-G-TTG------CT---GA---T---GAT---G--gcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|5 : gttgatgctggcggtgttgatgatattgatagtaaagtgttgatgatgattgtgtttatgtTGGTGG---T-GGTTGCGG-T-GATGAA----TA--TG------A-TGA--T-GGTA--G---TGCAGCTAA---TACTG---ATGATGA-TGGT---G-AT------GA--TAGTG--C-AGCTCATGC---T---G---AT-G---C------TG-----CTG------A--TGA---T-A---A-----T---GAT-A--TAATGA----T-TATAT--AG-ATA--G-TG-A---T---G--------C---------TG----ATG--TTGAT-T--G-TTG----T-G--------A-T---GGTG------A--T--AT------T--C----AC---A-A---T---G---AT---G-------------------------T--T-----------------A-AT-GA-C--C--------TA--T--G--------A---TG--A----T-G---GCA-------AGGATG------C---TGATT----------ATA---------------T------A---A-TCAGT---G---A---T----G-----------------AT-GTT---G--A-T---A---AT-------G-----T------T-T---G------A-------------T------G--G-T---GA---C-G-ATA------CT---GA---T---GAT---G--A----GA-T--T-AT----T----ATTATTATTATGA---TAA------T-G---------A---T--AA--T--G------A----T---AA---TG---G-TTA---CGT---TGTTG
gi|17 : gTGA---T-GATTG----T-GATAATAGTACT--T-------A-T-G--T-GATG--A---TGATGATGG---T---G---ATGAGGA-T-A------AT------GG--TAATG--GTGA-TGATAA---C---G---AT-A---ACAACGATG-----ATG------A--TGA---T-G---G-----T---GAC-G--A---GG----A-TN-N---NN-NNN--N-NN-A---T---G--A---------------TA----ACG--ATAAC-A------A----C-G--------A-T---Gctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|4 : tcttattgcaagttatccgttattagacactgaTGA---T-T-TTA----T-GATA-------T--TG------A-TGA--T-TGTG--A---TACTGGTGA---T---G---ATGATAA-TAAT---G-ATAGTGAAGA--CAATG--TTAA-AGATGA---T---G---AT-A---A------TG-----ATA------A--TGA---A-A---T-----C---GAC-AG-C---AA----T-T--A---GG-ATT--G-TT-A---T---
gi|20 : ttgtaaacattatcacaatttgatgatgaagataatgataataaattatgatgatcatcatattaatatgatggggatattgatgaaaaatgatcatgataatactactactgatgctgatgatggttgtgatatagatgatgatgacagcaaaaacaacaaagatgacaatgagtaccttgatcaTGA---TTG-TTG----T-GAT------------G------G-TGG--T-TGTA--A---TGATGATGACGGT---G---ATGATGG-TGGT---T-AT------GC--TGATG--GTGA-TTATGA---C---A---AT-G---A------TG-----ATG------A--Tcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|8 : gatgatgtcaagggtta---T-G-TT-----T-GATGAC---------G------A-TAA--TTGATACGA---TGATGATGA---T---G---ATGAGGA-TGA-------T------GA--GGATGA-TTAA-TAAAAA---T---A---ATTA---A------TG-----AAA------A--TGA---T-G---A-----T---G----------------T-TA-G---TG-ATG--A-TT-T---T---A--AT----C---------AGTAGAACG--ACGAC-G--G--------C-G--------A-C---GATG------A--T--GA------T--G----AC---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--AT---T--T--TATAAAA--------AT-A-AT-AATT--T--------TAACT--G--------A---TA--A----TAA---ATGTNNNNNNNNNNNN-----NN---N--NN----------NNN---------NNN-N-N------N---N-N-NAT---G---A---T----G-A---T------GAT-GAT-GTT---G--A-T---G---AT-------A---A---------------------A-----GA--A---T------G--A-T---GA---T-G-tttaattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|15 : atctgtaatattctcatt----T-GATAA---------TA------A-C------GCTA--A---TGTTGGTGA---T---G---ATGATGA-TGAT---G-AT------GT--TGATG--TTGA-TTGTGA---T---ATTGAT-A---A------TG-----ACG------A--TAA---T-G---T-----T---AAT--------GG----T----G---CA-ATG-----------T---A--GT----G----------G----AAG--T-GGT-A--G-T-G---------------G-T---AGTG------A--T--AA------T--A----AT---G-A---T---T---TT---G---A------T---G--AT---T--A--T-----G--------AT-G-AA-G--A--A--------GA--T--G--------A---TG--A----T-G---ACG-------ATAATG-----AC---T--gcaa
gi|22 : tttattataa-GATAAC----TA--TG------A-CAA--T-GATG--A---TG--G-TGA---T---G---ATGATGA-TTA-------T------GA--TAA
gi|31 : gacgtcatcgatgtgattttgttcttgatgatagtgatgctgaagataatgaacagaatgatgaaagtgttgacaaagccgac--TG------G-TGG--T-GGTG--G---CGGTGATGA---T---G---GTGATGT-TAAT---T-AT------GT--TAATG--ATGT-TGATGG---T---A---AT-T---G------TG-----ATG------A--TGA---A-G---A-----T---GAT-A--
gi|9 : gagggAA--T-GGTG--A---TGATAATGA---T---G---ATGGCAA-TTAT---T----------G--TAATG--ATAG----TG------------AT-A---A------TG-----ATG------A--TGG---T--------------------------GA----T-TA---------------TT-A---T---A--A---------------TG----ATG--GGGAT-T--A-T-AT---T-G--------G-T---GGTA------G--T--TG------T--GAT--AT---G-A---T---G---AT---A---G------T---G--AT---T--T--T-----GAAGATGAAGT-A-AT-G--A--T--------GA--T--A--------AAT-TG--A----T-G---ATG-------GTGATG-----A--------T----------ACAG--------ATT--------------A-T-A-T---G---A---TG---G-T---G------G-T-GAT-GAT---G--A-CAGTA---GT-------A---ATT------G-T---G------AGGG--CA--A----------G--G-A---AA---T-A-TTA------TT---GG---T---AAT---
gi|27 : ttgtAA--T-GATG--A---GGATGCTGA---T---G---ATGACAA-TAAT---G-AT------GA--TCATG-----G-TTATGA---T---G---AT-A---G------AA-----ATT------A--TAA---T-A---T-----T---GAtgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
gi|10 : ataataataatactatt--T-GTTA--T---TGTTGATAA---T---G---ATGATGA-TGCT---T-AT------GA--TGAT-----------TG----T---T---GT-A---A------TG-----ATG------A--TGG---T----------------------C---G-------TA-A---GA-A----A-TC-A---T---G--ATTCA-C---------CA----ATGAATAAAT-A--G-C-A----G-A--------A-T-----TA------A--T--AA------A--G----TT---G-A---T---G---AT---G---A------T---A--AT---T--GG-T-----G--------GT-A-AT-G---------------A--T--G--------A---TG--A----T-G---AAG-------TTGATT-----G-------TT----------AGG---------ATA----------A---A-G-AGC---A---A---A----A-TGAAT------G---GA--GTT---T--A-T---G---AT-------G---A----------T---G------A-----TA--AAT-T------G--G-T---GG---T-G-ATG------GT---AA---T---GAT---G--AT---GA-T--A-AT----G----AT---------GA---CTA------T-GTTG--A-Tttatactgatgataacaacgatatt
gi|26 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatt--T-GATA--A---TGGTGTTGA---T---G---ATGTTGA-T-GC---TGAT------GA--TAATG--ATGA-TGATGA---T---G---GT-A---A------TG-----CTG------AT-TGGTC-T-G---T-----T---Ggg
gi|23 : atgttattattattatttttttatt-GATA--A---TGCTGCTGA---T---G---GTGATG--T---------T------GA--TAACA--TTGG-TGGTGA---T---TACGAT-A---ATTT---TA-----ATA------A--TAA---T-G---T-----T---AAC-A--ctgataatgatattat
gi|8 : atattaaccatgctgacgatggtgacgacgacgaagacaataatgag---TGTT--TGA---T---G---ACGATAA-TTGA---T-AC------GA--TGATG-----A-TGATGA---T---G---AG-G---A------TG-----ATG------A--GGA---T-GA--T-----T---AA-----------------TA-A---AA-ATA--A-TT-AA--TG--A--AA----A---------TG----ATG--ATGTT-A--G-T-GA---T-G--------A-T---TTTA------A--T--CA------G--T----AG---A-A---C---G---AC---G---A------C---G--GC---------------G--------AC-G-AT-G---------------A--T--G--------A---TG--A----C-G---ATG-------ATGATG-----AT---T--TT----------ATA---------A-----A------A---A-T-AAT---A---A---T----T-T---T------A-------ACT---G--A-T---A---ATA------A---ATG------T-N---N------N-----NN--N---N------N--N-N---NN---N-N-NNN------NN---NN---N---NNN---N--NN---NA-T--G-AT----G----AT---------GA---TGA------T-GTTG--A-TGA---T--AA------------A----G---AA---TG---A-TGA---TGG---atgat
gi|22 : atctgtaatattctcatt---TGTTCTTGA---T---G---ATAGTGA--TGC---TGAA------GA--TA------------ATGA---A---C---AG-A---A------TG-----ATG------A--AAG---T-G---T-----T---GAC-A--A---AG----C-CG-A---CG-ATA--A-CT-A---T-----------------------------------GAC-A--A-T-GA---T-G--------A-T---GGTG------A--T--GA------T--G----AT---G-A---T---T---AT---G---A------T---caa
gi|31 : gacgtcatcgatgtgatttTGGTGG---T---G---GTGGCGG-TGAT---G-AT------GG--TGATG--TTAA-TTATGT---T---A---AT-G---A------TG-----TTG------A--TGG---T-aa
gi|6 : gagggGTTGA---T---G---CTGGCGG-TGTT---G-AT------GA--TATTG--ATAG-TAAAG----T---G---TT-G---A------TG-----ATG------A--TTG---T-G---T-----T---TAT---------G----T-TA-G-------TG--G-T-------------------------------------G--TTGAT---------------G--------A-T---GATG------T--T--AA------T--G----AT---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--GT---G--G--T-----G--------TT-A-AA-G--A--T--------CA--T--G--------A---TA--A----T-G---ATG-------ATAAT--------------------------------------ATTGT-T------G---A-T-GGT---G---G---T----A-T---TTACAAAG-T-GAA-GGT---T--A-T---G---AT-------G---A----------T---G------A-----C---A---T------G--GAT---AA---T-GATTG-------T---GT---T---TAT---G--AT---GA-T--T-GT----G----AT---------GG---TGT------T-GTTG--T-TGA---T--GA--T--G------A----TTAGGA---TG---T-TGA---TGA---TGTTGA-TTTTGA----T----GT----TG-A---TG-ATG--A-T--T-TTT--ATA---T-----TG----A-----TAAT-G--G-T-GT---T----G--------A-T---GATG-T-T--AT-TG--AC---G--ATACGGATG---A--TG--GTG---T--T--G---T---------------------T-G-C--TGA-----TG--A---T------Gaattgtgatgatgaagatgata
gi|4 : TGA---T---G---ATGAAGA-T-A------AT------GA--TAATAAATTA--TGATGA---T---C---AT-C---A------TATTAATATG------A--TGGGGAT-A---T-----T---GA---------------T-GA-A---AA-ATG--A-TC-A---T---G--AT----A---------AT----ACT--ACTAC-T--GAT-G----CTG--------A-T---GATG------G--T--TG------T--G----ATATAG-A---T---G---AT---G---A------T---G--AC---------------A--------GC-A-AA-A---------------A--C--A--------A---CA--A----A-G---ATG-------ACAATG-----AG---T--------------------------ACC-T-T------G---A-T-CAT---G---A---T----T-T---T------A-T-GAT-ATT---G--A-T---G---AT--------------------TGT---G------A-----TA--C---T------G--G-T---GA---T-G-ATG------AT---AA---T---AAT---G--AT---AG-T--G-A----------A----------GA---CAA------T-GTTA--A-AGA---T--GA--T--G------A----T---AA---TG---A-TAA---TGA---AATCGA-C----AG---C---AAT----T--A---GG-ATT--G-T--T-AT
gi|19 : ttgtaaacattatcacaattTGA---T---A---ATGATGAATTATAATT-AT------GC--TGATG--TT-G-TTATTG---T---T---GT-A---A------C------------------TGG---T-G-------------AAT-A--T---GA-------A-G---AAGATG--A-TG-A---T---G--ATT---C---------TA----ACG--ATG----------G----C-G--------G-T---GGTG------A--T--TA------T--G----AA---G-A---T---G---AT---G---A------T---T--AT---------------------------A-AT-G--A--T--------GA--T--A--------A---TG--A----C-A---ATG-------ATAATG-----Gcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|20 : GA---T---G---ATGTCAA-GGGT---T-AT------GA--T--TG--TT-G-TGATGG---TGGTT---GT-A---A------TG-----ATG------A--TGA---C-G---G-----T---GATGA--T---GG-----------------TG--G-TT-A---T---G--------C---------T------------------------------G--------A-T---GGTG------A--T--TA------T--G----AC---A-A---T---G---AT---G---A------T---G--AT---T--T--T-----taat
gi|17 : ---T---G---ATGATGA-TTG-------T------GA--TAATA--GTAC-TTATG----T---G---AT-G---A------TG-----ATG------A--TGG---T-G---A-----T---GA---------GG----A-TA-ATGGTA-ATG--G-TG-A---T---G--A---------------TA----ACG--ATAAC-A------A----C-G--------A-T---GATG------A--T--GA------T--G----GT---G-A---C---G---AG---G---A------T---N--NN---N--N--N-----N--------NN-N-AT-G---------------A--T--A--------A---CG--A----T-A---ACA-------ACGATG-----aattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|13 : tcttattgcaagttatccgttattagacac---ATGATGA-TTAA---G-AT------GAGGTCATG----GG-T-GTGG---A---G---AT-G---A------TG-----ATG------A--TGG---T-G---A-----T---GAT-A-------A----TATG-T---AA-ATG--A-TG-A---T---A--------T---------TA----ATG--ATGGT-A--T-T-G---------------A-T---GGTG------A--T--GA------T--G----TT---A-A---T---C---AT---G---AATA---T---G--GT---T--T--T-----A-----------------------------------------------A---TG--A----T-G---ATG-------ATGATG-----AC---
gi|12 : ---ATGACGA-TTCG---G-GT------GA--T--TA--TCAGATAGTGA---A---T---AT-G---T------TG-----ATG------A--TGG---C-A---A-----T---GAC-A--A---G----------A---CG-ATG--A-TG-A---C---G--AT----G---------TT-----CG--T-GAT-G--A-T-T----A-GA-------A-T---GATA------A--T--GA------T--G----AT---A-A---T---G---AT---G---A------T---G--AT---T--A--T-----GAAT-----GC-A-AT-G--G--T--------AA--T--G--------ACACTG--G----T-G---ATT-------ATAATGC----AC---T--TT----------------------ATT-C-A------A---A-T-AAT---C---T---T----G-T---C------GCT-GAagtgatgatggaaataatgattaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|7 : tt-TTA----T-AT------TA--TTATG--TTGA-TTATGAAGAC---G---AT-A---A------TG-----ATG------A--TGA---T-A---A-----T---GAT-A--A---TG----T-TA---------------TT-G---T---G--GG---------------G----ACG--GCGAC-A----------------------A-T---GGTC------A--T--AA------T--G----AT---G-A---G---G---AT---G---ACGAGCTT---G--GT---T--T--T-----G--------TA-A-AC-G---------------G--A--A--------A---TG--A----T-G---ATA-------NNNNNN-----NN---N--NN----------NNN---------NNN-N-N------N---N-N-NNN---T---A---T----G-T---A------A-T-GGT-GTT---G--A-T---G---AT-------G---A----------T---G------A-----TG--A---T------G--G-T---GA---T-G-T---------T---AA---T---GAT---G---C---TA-T--T-AT----T----GT---------TA---T-----------TTG--A-TGA---T--GA--T--G------A----T---AA---TG---A-Taagtgataattatatatat
gi|15 : atgataatgagcttgtttttatggacaagaataatgataccttactattgt---T-AT------TA--TAATG--ATAA-TAACGC---T---A---AT-GTTGG------TG-----ATG------A--TGA---T-G------------------------------------------ATG--A-TG-A---T---G--------T---------TG----ATG--TTGAT------T-G----T-G--------A-T---ATTG------A--T--AA------T--G----AC---G-A---T---A---AT---GTTAA------T---G--GT------------------------GC-A-AT-G--TAGTGGAAGTGGTAG-T--G--------G---TA--G----T-G---ATA-------ATAATG-----AT---T--TTG---------ATG---------ATT-A-T------G---A-T-GAA---G---A---A----G------------A-T-GAT-GAT---G--A-C---G---AT-------A---A----------T---G------A-----Cactattatagtgaggac
gi|36 : tt---T-AT------AA--TAATG--ATAA-TGATGA---T---G---AT-G---A------TG-----ATG------A--TGG---T-G---t
gi|21 : tT------GG--TGATG--TTAT-TGGTGT---T---G---GT-G---T------TG-----GTG------A--TGG---T-GA--T-----T---GAG-A--T---GG----TGT----------TG--G-TT-A---T---G--TTG---C---------TG----A-----TGAT-A--G-T------T-G----------T---GGTG------A--T--TC------T--G----AC---G-A---T---GT--AT---GAA-A------T---G--G----------T-----A--------AC-G-GT-G--G--T--------TG--T--G--------A---TA--T----T-G---GTA-------ATGATat
gi|14 : gtATGA---T---T---AT-G---A------AA-----ATG------G--TGG---TCG---T-----T-------A--T---TG----A-TG-G---AA-ATG--G-TC-A---T-----------------------------------GGT-A--G-T-G---------------G-T---GGTG------G--T-----------------------G-A---T---A---AT---A---A------T---A--GT---------------------------A-AT-G--T--T--------GA--T--G--------A---TG--A----T-G---GCG-------GTGATG-----A-------TT----------AT-----------TT-A-T------G---A-C-GGTTAGA---A---T----G-C---T------G-T---T-GTT---G--G-T---G---AT-------A---A-T------G-T---A------A-----TG--A---T------G--A-T---AA---T-G-TT-------C-----A---T---GAT---G--ACCGTGA-T--T-AA----C----AT---------AA---GAA------T-G
gi|11 : act---T---T---AT-A---A------TA-----ATG------A--TGA---T-G---G-----T---GA-----------------TA-A---TA-ATA--C-CA-C---T---A--CTG---C---------TG----ATG--ATGAC-A--G-GAG----T-G--------G-T---GGTG------A--T--AA------T--G----AT---G-A---T---T---AT---G---A------T---G--GT---G--T--T-----G--------AT-T--T-G--T--T--------GA--T--G--------A---TGCCACTGCT-G---CTG-------ATGATG-------------------------ACA---------ATG-G-T------G---A-C-GAT---G---A---T----G------------A-T-GAT-GAT---G--A-T---G---GT-------G---ATT------G-T---G------A-----TG--A---C------G--G-T---GA---T-G-GTG------TT---GA---T---AAT---A--AT---G--T--T-G----------AT---------GC---TGC------T-GCTG--C-TGA---T--GG--T--G------A----T---AA---TG---A-TGA---TGagcaaattatct
gi|1 : tagtac------A--TGG---C-A---T-----TACCGAC-ATAC---GG----TACA-G---AA-ATA--G-TTGA---TTTCA--AG--------------TG----ATG--TTGAT-G--A-T-T----T-A--------A-T---GATG------ACAT--TA------T--GTTTCAC---ACA---T---A---AT---T---A------T---G--GC---------------G--------AT-A-AC-G--T--T---------A--T--GTTTCACAAA---TA--A----T-A---ATG-------ACGATA-----AC---G--TT----------ATT---------TTT-CAC------AC--A-T-AAT---G---A---T----T-T---G------G-G-GGT-GAT---G--A-C-------AT-------A------------T-T---GTTTCATA-----CA--A---T------C--A-T---AA---T-G----------AT---GA---T---GAT---G--AC----A-T--T-A-----------------------------------T-GTT-----TCA-------------C------A----T---AT---TG---A-TGAAT-TGA---TTACGA-C----A----T---TATGTTTTA-C---AC-ATA--A-T--T-ATG--AT----T-----TG----ATC--TTTAC-A--T-T-A----T----GTTTCAAATG-T---GGTGAT-T--A--TT--TT---G--AT---GATG---A--TA--------T--T---------------------------AT-G-T--TTAACACATA--A---T------GAT------G---AT---GA---T---GA---TGAT----G---A--T--------GA----C---A-TTA----A-G-----------------T--T-T--CACGCAT------AAT---G---A------TGAC------TTGATGA-T------GA---C--GTAATGT----T--TCAG--------------A-C--AAT---C---AT------A--A-TGATG-----AT------TA------TT-T--TGATGA
gi|19 : -TA-A---TG-ATG--AATT-A---T---A--ATTATGC---------TG----ATG--TTGTT-ATTG-TTG----T-A--------ACT---GGTG------A--A--TA------T--G----AA---G-AAGAT---G---AT---G---A------T---G--AT---T--C--T-----A--------AC-G-AT-G--G--C--------GG--T--G--------G---TG--A----T-T---ATG-------AAGATG-------------------------ATG---------ATT--------------A-T-AAT---G---A---T----G-----------------AT-AAT---G--A-C---A---AT--------------------------G------A-----TA--A---T------G--G-T---AA---T-tgacgttgtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|20 : tgaA-AGG--G-TT-A---T---G--AT--------------TG----TTG--T-GAT-G--G-T-GGTTGT-A--------A-T---GATG------A--T--GA------C--G----GT---G-A---T---G---AT---G---G------T---G--GT---T--A--T-----G--------CT-G-AT-G--G--T--------GA--T--T--------A---TG--A----C-A---ATG-------ATGATG-----AT---T--TT----------A
gi|26 : gatgatgtc-A---T---A--AT---------------G----GTG--TTGAT-G--A-T-G----TTG--------A-T---GCTG------A--T--GA------T--A----AT---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--A----------T-----G--------GT-A-AT-G--C--TGATTGG--TC--T--G--------T---TG--C----T-G---ATA-------ATGATattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|34 : atgttattattattatttttttatttg----C---------TG----ACG-----AC-A--A--------C-G--------A-C---AATG------A--T--GA------T--G----AT---G-A---T---G---AT---G---A------T---attat
gi|35 : gG----ACG--ACGA--A--G---A----C-G--------A-T---GATG------A--T--GA------G--G----AT---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--catcatcatcatcat
gi|31 : gatgaaGGC-G--G-T-GA---T-G--------A-T---GGTGATGTTAA--T--TA------T--G----TT---A-A---T---G---AT---G---T------T---G--A----------T-----G--------GT-A-A--------T--------TG--T--G--------A---TG--A----T-G---AAG-------ATGATa
gi|5 : gagggtggtggtggt-T-G----C-G--------G-T---GATG------A--A--TA------T--G----AT---G-A---T---G---GT---A---G------T---G-------------C-----A--------GCTA-AT-A--C--T--------GA--T--G--------A---TG--A----T-G---GTG-------ATGATA-----G--------T----------GCA---------GCT-C------------A-T-GCT---G---A---T----G-C---T------GCT-GAT-GAT---A--A-T---GAT-AT-------A---A----------T---G------A-----TT--A---TATA---G--A-T---AG---T-G-ATG------CT---GA---T---GTT---G--AT---TG-T--T-GT----G----AT---------GG---TGA------T-ATTC--A-CAA---T--GA--T--G------T----T---AA---TG---ACCTA---TGA---TGATGG-C----A----A---GG--------A---TG-CTG--A-TTAT-ATA--AT----CAGTGATG----ATG--TTGAT-A--A-T-GTT--T----G--------A-T---GGTGAC-G--A--TA--CT---G--AT---GATG---A---G--ATTA--T--T---------------------------AT-T-A--TTA-----TT--A---T------GAT------A---AT---GA---T---AA---TGAT----A---A--T-G------Ga
gi|9 : gtggtggtggt-T-G----T-A--------A-T---GGTG------A--T--GA------T--A----AT---G-A---T---G---AT---G---G------C---A--AT---T--A--T-----T--------GT-A-AT-G--A--T--------AG--T--G--------A---TA--A----T-G---ATG-------ATGGTG-----AT---TA-TT----------ATAATGATGGGGATT-A-T------A---T-T-GGT---G---G---TA---G-T---T------G-T-GAT-A-T---G--A-T---G---AT-------AGTGATT------T-T---G------A-----AG--A---T------GAAG-T---AA---T-G-ATGATAAA-TT---GA---T---GAT---G--GT---GA-TGAT-ACAGATT----AT----------A---TGA------T-GGTG--G-TGA---T--GA--T--G------A----C---AG---TA---G-TAA---TTG---TGAGGG-C----A----A---GG------A-A---AT-ATT--A-T--TGGTA--ATTG--C-----TG----ACttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|20 : t-T-G----T-G--------A-T---GGTG------G--T--TG------T--A----AT---G-A---T---G---AT---G---A------C---G--GT---G--A--T-----G--------AT-G-GT-G--G--T--------TA--T--G--------C---TG--A----T-G---GTG-------ATTATG-------------------------ACA---------A-----T------G---A-T-GAT---G---A---T----T-T---T------ttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
gi|12 : gatgatgtcaagggttatgattgt----C-G--------A-TTCGGGTG------A--T--TA------TCAG----AT---A-G---T---GAATAT---G---T------T---G--AT---G--A--T-----G--------GC-A-AT-G-----A--------CA--A--G--------A---CG--A----T-G---ATG-------ACGATGT----TC---G--TG----------ATG---------ATT-A-G------A---A-T-GAT---A---A---T----G------------A-T-GAT-AAT---G--A-T---G---AT-------G---ATT------A-T---G------AATG--CA--A---T------G--G-T---AA---T-G-ACA------CT---GG---T---GAT---T--AT---AA-TG-C-ACTT--T----ATTCA------AA---TAA------T-CTTG--aattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|13 : ttatga--------A-T---GATG------A--T--TA------A--G----AT---G-A-------G---GT---C---A------T---G--GG---T--G--T-----G--------GA-G-AT-G---------------A--T--G--------A---TG--A----T-G---GTG-------ATGA---------------------------------------------T------A---A-T-A------------------------T------G-T-AAA---T---G--A-T---G---AT-------A------------T-T---A------A-----TG--A---T------G--G-T---AT---T-G-ATG------GT---GA---T---GAT---G--TT---AA-T--C-ATGAA-T----AT---------GGTTTTAA------T-GATG--A-TGA---T--GA--T--G------A----C---AG---TG---A-TGA---TGG---tcgctgaaagtgataattatatatat
gi|15 : -T---GGTG------A--T--GA------T--G----AT---G-A---T---G---AT---G---A------T---G----------T--T-----G-------------AT-G--T--T--------GA--T--T--------G---TG--A----T-A---TTG-------ATAATG-----AC---G--------------ATA---------ATG-T-T------A---A-T-GGT---GCA-A---T----G-T---A------G-T-G---------G--A-A---G---------------------------T---G------G-----TA--G---T------G--G-T---AG---T-G-ATA------AT---AA---T---GATTTTG--AT---GA-T--T-AT----G----AT---------GA---AGA------A-GATG--A-TGA---T--GA--C--G------A----T---AA---TG---A-aaataatgattaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|21 : tttattataatgataataacgctaatgt-T---GGTG------T--T--GG------T--G----AT---G-G---T---G---ATTGAG---A------T---G--GT---G--T--T-----G--------GT-T-AT-G--T--T--------GC--T--G--------A---TG--A----T-A---GTT-------GTGGTG-------------------------------------ATT-C-T------G---A-----C---G---A---T----G-TA--T------G-A-AAT-GGT---A--A-C---G---GT-------G---GTT------G-T---G------A-----TA--T---T------G--G-T---AA---T-G-ct
gi|17 : gttggtgatgttattggtgtGTT------A--T--TA---------G----AC---A-C---T---G---AT---G---A------T---G--AT---T--G--T-----G--------AT-A-ATAG--TACT--------TA--T--G------------TG--A----T-G---ATG-------ATGATG-----G-------TG----------ATG---------AGG-A-T------A---A-T-GGT---A---A---T----G------------G-T-GAT-GAT---A--A-C---G---AT-------A---ACA------A-C---G------A-----TG--A---T------G--A-T---GA---T-G-GTG------AC---GA---G---GAT---N--NN---NN-N--N-NN----N----AT---------GA---TAA------C-Gat
gi|27 : tcttattgcaagttatccTA------A--T--GA------T--G----AG---G-A---T---G---CT---G---A------T---G--AT---------------G--------AC-A-AT-A--A--T--------GA--T--G--------A---TC--A----T-GGTTATG-------ATGATA-----G-------------------A-A---------ATT-A-T------A---A-T-ATT---G---A---T------T---------------AT-ACT---G--A-T---G---AT-------A---ACataacaacgatg
gi|14 : ataataataatactatTG------A--T--TA------T--G----AA---A-A---T---G---GT---G---G------T---C--GT---TATTGAT-----G--------GA-A-AT-G--G--T--------CA--T--G--------G---TA--G----T-G---GTG-------GTGGTG-------------------------ATA---------AT-----------A---A-T-AGT---A---A---T----G-T---T------GAT-GAT-GAT---G--G-C---GGTGAT-------G---ATTA-----T-T---T------A-----TG--A---C------G--G-TTAGAA---T-G-CTG------TT---GT---T---GGT---G--AT---AA-TG-T-AA----TG---AT---------GA---TAA------T-GTTC--A-TGA---T--GA--C--C------G----T---GA---Taacgatatt
gi|4 : acta------A--T--TA------T--C----AC---A-A---TTT-G---AT---G---A------T---G--AA---------------G--------AT-A-AT-G--A--T--------AA--T--A--------A-------A----T-T---ATG-------ATGAT-------C---A--TC----------ATA-------------T-T------A---A-T-A-T---G---A---T----G------------G-G-GAT-ATT---G--A-T---G---AA-------A---AA---------T---G------A-----TC--A---T------G--A-T---AA---T-A-CTA------CTACTGA---T---GCT---G--AT---GA-T--G-GT----T----GT---------GA---TAT------A-GATG--A-TGA---T--GA--CAGC------AAAAAC---AA---CA---A-AGA---TGA---CAATGAGT----A----C---C-T----TG-A---TC-ATG--A-T--T-TTA--------------TG----ATA--TTGATGA--T-T-G----T----G--------A-TACTGGTGAT-G--A--TG--AT---A--AT---AATG---A--TA--GTG---A--A--G---A--------------C---A-AT-G-T--TAA-----AG--A---T------GAT------GATAAT---GA---T---AA---TGAtaacataagaatgagcaaattatct
gi|29 : ttgtaaac--T--TA------T--G----AT---G-A---T---G---AT---G---A------T---G--AT---------------------------A-AT-G--A--G--------TA--T--A--------A---TG--G----T-T---ATG-------ATGA----------------T----------AAA---------A---G-T------A---A-T-AAT---A---A---T----G-C------------T-AAT-GCT---G--A-T---A---AT-------T---ACaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|8 : ttataataatattactatA------T--G----AC---G-A---T---A---AT--------------T---G--AT------------------------AC-G-AT-G--A--T--------GA--T--G--------A---TG--A----T-G---AGG-------ATGATGAGGATGA---T--TA----------ATA---------AAA-A-T------A---ATT-AAT---G---A---A----A-A---T------GAT-GAT-GTT---A--G-T---G---AT-------G---ATT------T-T---A------AT----CA--G---T------A--G-----AA---C-G---A------C----GA---C---GGC---G--AC---GA-T----------G----AT---------GA---TGA------C-GATG--A-TGA---T--GATTT--T------A----T---AA---AA---A-TAA---TAA---TTTTAA-C---------T---GAT----AA-T---AA-ATG----------TN--NN----N-----NN----NNN--NNNNN-N--N-N-N----N----N--------N-N---NNNNNN-N--A--TG--AT---G--AT---GATG---A--TG--------T--T--G------------------------AT-G-A--TAA-----AGA-A---T------GAT------G---AT---GG---C---AA---aacga
gi|3 : atctgtaatattctcatttgtttg------T--G----GC---G-A---T---A---CT---G---A------T---G--AT---------------G--------GT-A-AT-G--T--T--------GC--T--G--------A---TG--T----T-G---CTG-------ATGATG-----GTGTTT--TTGATG------ACGCT-------GTTGT-T------A---A-T-GGT---G---A---T----A-T---T------T-TTGAT-GAT---G--A-T---G---TT-------T---CTG------T-T---G------A-----TG--T---T------G--G-C---GG---T-G-TTG------AT---GA---T---GAT---G--AT---AG-T--T----------------------------TAG------T-GTTG--A-TGA---T--GA--T--C------G----T---GT---TT---A-TGA---TGG---TGTTGA---------------------------------TG---------ATG--AT-----------G----ATG--GTGGT-G--G-T-G----T---------------T---GAGGAT-C--A--TG--AT---A--AT---AATG---A--TG--ATTG--T--T--G-------------------------T-G-T--TGA-----TG--A---T------GAT------G---GT---GG-------AA---T--T----T---A--T-G------AA----G-----TGA----A-G---GCG------AT-GAT--T-G--TA---TT------AAT---G---A------TGGTG-----TTGATGA-TAATTGTGA---T--G----GT----G--TT-G--------------A-T--GAT---G---AA------G--G-TGTTG------T--------------TG-A--TGATTAAC
gi|22 : ggttatgatgatgacgtagacgatgattgtgtttatgatggtattgatgatgattgtaatggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatC---G-A---T---G----T---G---A------TTTTG--TT---C--T--T-----G-------------AT-G--A--T--------AG--T--G--------A---TG--C----T-G---AAG-------ATAATG-----A-------------------ACA---------G------------A---A-T-GAT---G---AAAGT----G-T---T------GAC-AAA-GCC---G--A-C---G---AT-------A---ACT------A-T---G------A-----CA--A---T------G---------A---T-G-ATG------GT---GA---T---GAT---G--AT---GA-T----------T----AT---------GA---TAA------ggtcatgttga
gi|18 : gacgtcat---G-A---T---G---AT---G---A------T---C--AT---G--A--T-----G--------AT-A-AT-G---------------A--T--A--------A---TG--A----T-G---ATG-------GTGATG-----GT---G--TT----------A-A-------------C-T------G---G-T-TGT---A---A---T----G-C---T------A-T-TAT-ATC----------------AT-------C---ACCTTTAGGT-T---G------A-----CA--A---T------G--G-T---
gi|7 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttttgttgttaaa-A---T---G---AT---A---A------T---G--AG---C--T--T-----G--------------T-T--T--T--------TA--T--GG-------A---CA--A----G-A---ATA-------ATGATA------C---C--TT----------ACT---------ATT-G-T----------------T---T---A---T----A-T---T------A-T-TAT-GTT---G--A-T---T---AT-------G---AA-------------G------A-----CG--A---T------A--A-T---GA---T-G-ATG------AT---AA---T---GAT---A--AT---G--T--T-AT----T----GT---------GG---GGA------C-GGCG--A-CAA---T--GG--T--C------A----T---AA---TG---A-TGA---GGA---TGACGAGC----T----T---GGT----T----------------T--T-GTA--A-----------------ACG----GA-------------------A--------A-T---GATGAT-----------AN---N--NN---NNNN---N--NN--NNN---N--N--N---N--------------N---N-NN-N-N--NTA-----TGTAA---T------GGT------G---TT---GA---T---GA---TGAT----G---A--T--------------G---A-TGG----T-G---ATGTT---AAT-GAT-----------------------------------------G-----CT-ATTA-T------TG---T--T----AT----T--T--G--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-TAATG-----AT------gctttgtt
gi|6 : T---G---A------T---G----------C--T-----G--------GC-G-GT-G--T--T--------GA--T--G--------A---TA--T----T-G---ATA-------GTAAAG-----TG---T--TG----------ATG---------AT-----------G---A-T-TGT---GTTTA---T----G-T---TA-----G-T-GGT-GTT---G--A-T---G---AT-------G---ATG------T-T---A------A-----TG--A---T------G--A-T---GA---T-G-ATG------GT---GG---T---GTT---A--AA---GA-T--C-A-----------T---------GA---TAA------T-GATG--A-TAA---T---A--T--T------G----T--------TG---A-TGG---TGG---TATTTA-C----A----A---AGT----GA-A--------G--G-T--T-ATG--AT----GA----TG----ACA--TGGAT-A--A-T-G------------------A-T---TGTGTT-T--A--TG--AT---G--ATTGTGATG---G--TGTTGTTG--T--T--G---A--------------T---G-AT-G-A--TTA-----GG--A---T------GTT------G---AT---GA---T---GT---TGAT----T---T--T--------------G---A-TGT----T-G---ATG------AT-GAT--T-T--TT---AT------ATT---G---A------TAATG-----GTGTTGA-T------GA---T--G----TT----A--TT-G--------------A-C--GATACGG---AT------G--A-TGGTG------T------TGT-----TG-C--TGATGAactattatagtgaggac
gi|10 : gt---T--T--T-----G--------TT-A-TT-G--T--T---------------G--------A---TA--A----T-G---ATG-------ATGATG------C---T--T----------------------------------------A-T-GAT---G---A---TT---G-T---T------G-T-AAT-GAT---G--A-T---G---GTCGTAAGAA---ATC------A-T---G------ATTCACCA--A---T------G--AAT---AA-----A-TAG------CA---GAAT-T---AAT---A--AA---GT-T--G-AT----G----AT---------GA---TAA------T---TG--G-T--------GG--T--A------A----T---GA---TG---A-TGA---TGA---AGTTGA-T-------------TGT----TA----------G--G------ATA--A-----------------AGA--GCAA--A--A-T-G---------A--------A-T---GGAGTT-T--A--TG--AT---G--AT---GATA---AATTG--GT----------G---G--------------T---G-AT-G-G--TAA-----TG--A---T------GAT------G---AT---AA---T---GA---TGAC----T---A--T-----------------------------------GTT---GAT-Gtg
gi|36 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaa--T-----G--------AT-A-AT-G---------------A--T--G--------A---TG--A----T-G---ATG-------ATGATG-----Gg
gi|11 : ttataataa-A-AT-G---------------A--T--G--------A---TG--G----T-G---ATA-------ATAATA-----CC---A--CT----------AC-----------TG-C-T------G---A-T-GAT---G---A---CAGGAG-T---G------G-T-GGT-GAT---A--A-T---G---AT-------G---ATT------A-T---G------A-----TG--G---T------G--T-T---GA---T---TTG------TT---GA---T---GAT---GCCAC---TG-C--T-GC----TG---AT---------GA---TGA------C-AATG--G-TGA---C--GA--T--G------A----T---GA---TG---A-TGA---TGA---TGGTGA---------------------------------------T--T-GTG--AT-----------G----ACG--GTGAT-G--G-T-G----T---------------------TGAT-A--A--TA--AT---G--TT---GATG---C--TG--CTG---C--T--G---C--------------T---G-AT-G------G-----TG--A---T------AAT------G---AT---GA---T---tgat
gi|29 : tagtacttataatT-A--T--T--------TA--T--G--------A---TG--A----T-G---ATG-------ATGATA-------------------------ATG---------AGT--------------A-T-AAT---G------------G-T---T------A-T-GAT-GAT---A--A-A---A---GT-------A---A----------T---A------A-----TA--A---T------G--C-T---AA---T-G-CTG------AT---AA---T---TAC---A--AC---GA-g
gi|26 : ttataataatattac--T--T--------TA--TTTG--------A---TA--A----T-G---GTG-------TTGATG-----AT---G--TT----------G-----------ATG-C-T------G---A-T-GAT---A---A---T----G------------A-T-GAT-GAT---G--A-T---G---GT-------A---ATG------C-T---G------A-----T-------T------G--G-T---C----T-G-TTG------CT---GA---T---AAT---G--AT----A-T--T-A
gi|12 : atgttattattattatttt--T--------TA--T--G--------A---CG--A----T-T---CGG-------GTGAT---------------T----------A-------------T-C-A------G---A-T-AGT---G---AATAT----G-T---T------GAT-GAT-GGC---A--A-T---G---AC-------A---A--------------G------A-----CG--A---T------G--A-T---GACGAT-G-TTC------GT---GA---T---GATTAGA--AT---GA-T--A-AT----G----AT---------GA---TAA------T-GATG------A---T--GA--T--T------A----TG--AA---TG-----CAA---TGG---TAATGA-C----A----CT--GG----------------TG--A-T--T-ATA--AT----t
gi|24 : A--T--G--------A---TG--A----T-G---ATG-------TTGATG-----A--------T----------AAA---------G------------A---A-T-GAT---G---A---T----G------------G-C-AAC-GTT---GT-ACC---A---AT-------A---A-T------T-T---G---------------------------G--A-T---TA---T-A-TTG------TT---AAC--T---AAT------AG---GA-T--A-AT----G----AT---------GA---TGA------T-AGTG--G-TGA---T--GA--TG-C------A--------AA---TG---A-TAA---TGgcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|20 : G--A----T-G---ATG-------TCAAGG-----G-------TT----------ATG---------ATT-G-T------T---G-T-GAT---G---G---T----GGT---T------G-T-AAT-G--------A-T---G---AT-------G---ACG------G-T---G------A-----TG--A---T------G--G-T---GG---T-T-ATG------CT---GA---T---GGT---G---------------AT----T----AT---------GA---CAA------T-GATG------A---T--GA--T--T------T----T---AA---TT---A-TGaaac
gi|19 : ----T-G---ATA-------ATGATG-----AA---T--T-----------ATA---------ATT--------------A-T-GCT---G---A---T----G-T---T------G-T-TATTGTT---GTAA-CT--G---GT-------G---AAT------A-T---G------A-----AG--AAGAT------G--A-T---GA---T-G-ATT------CT---AA---C---GAT---G--GC---GG-TGGTGAT----T----AT---------GA---AGA------T-G---------A---T--GA--T--T------A----T---AA---TG---A-TGA---TAA---TGgagaaagtcaacttgtggtagt
gi|27 : ----------ATA---------ATA-C-T------A---T-T-AAT---G---A---T----G------------A-G-GAT-GCT---G--A-T---G---AT--------------------------G------A-----CA--A---T------A--A-T---GA---T-G-ATC------AT---GG---T---TAT---G--AT---GA-T--A-GA----A----AT---------TA---TAA------T-ATTG--A-TTATACT--GA--T--G------A----T---AA---CA---A-CGA---Tacaatgataatggtaat
gi|9 : ataataTT-G-T------A---A-T-GGT---G---A---T----G-A---T------AAT-GAT-GAT---G--G-C---A---AT-------T---A--------T-T---G------------TA--A---T------G--A-T---AG---T-G-ATA------AT---GA---T---GAT---G--GT---GA-T--T-AT----T----AT---------AA---TGA------T-G--G--G----------GA--T--T------A----T---AT---TG---G-TGG---TAG---TTGTGA-T----A----T---GAT------------G-ATA--G-T--G-AT----T----T-----TG----AAG--ATGA--A--G-T-----------A--------A-T---GATGAT-A--AATTG--AT---G--AT---GGTG---A--TG--AT--------------A--------------C---AGAT---T--ATA-----TG--A---T------GGT------G---GT---GA---T---GA---TGAatt
gi|5 : -T-GGT---G---G---T----GGT---T------G-C-GGT-GAT---G--A---------AT-------A--------------T---G------A-----TG--A---T------G--G-T---AG---T-G-CAG------CT---AA---TACTGAT---G--AT---GA-T--G-GT----G----AT---------GA---TAG------T-GCAG--C-TCA---T--GC--T--G------A----T---GC---TG---C-TGA---TGA---TAATGA-T----A----TAATGAT----TATAT--AG-ATA--G-T--G-ATG--------C-----TG----ATG--TTGAT-T--G-TTG----T----G--------A-T---GGTGAT-A--T--TC--AC---A--AT---GATG----------------T--T-------------------------A-AT-GAC--CTA-----TG--A---T------GAT------GGCAAG---GA---T---GC---TGAT----T---A--T-A------TA----ATCAG-TGA----T-G---ATGTT---GAT-AAT--G-T--T----------------------------------------TGATGG-T------GA---C--G----AT----A--CT-G--------------A-T--GAT---G---A-------G--ATTATTATTATTAT------TA------TG-A--TAATGAcagtagtaattgtgagggcaaggaaatattattggtaattgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
gi|22 : gT---G---A---T----G-A---TA-----G-T-GAT-GCT---G--A-A---G---AT-------A---A----------T---G------AA----CAGAA---T------G--A-T---GAAAGT-G-TTG------AC---AA---A---GCC---G--AC---GA-T--A-AC----T----AT---------GA---CAA------T-GATG--A-TGG---T--GA--T--G------A----T---GA---TG---A-TTA---TGA---Ttaatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|24 : gacgtcatcgatgtgattttgttctT---G---A---T----G------------A-T-GAT-GTT---G--A-T---G---ATA------A---AGA------A-T---G------A-----TG--A---T------G--G-C---AA---C-G-TTGTA----CC---AA---T---AAT---T--TG---GA-T--T-A-----T----AT-----------------------T-GTTA--ACTAA---TAGGA--T--A------A----T---GA---TG---A-TGA---TAG---TGGTGA-aa
gi|23 : a---A---T----G-C---T------GAC-GAT-GGT---G--A-C---G---AC-------G---ACG------A-A---G------A-----CA--A---TAATGAGG--A-T---AA---T-G-CTG------CT---GA---T---GGT---G--AT---G--T----------------T---------GA---TAA------C-ATTG--G-TGG---T--GA--T--TACG---A----T---AATTTTA---A-TAA---TAA---TGTTAA-C----A----tgatgcaaatgataatgaaac
gi|8 : atattaacc---T----G-T---T--------T-GAT-G--------A-C---G---AT-------A---A--------T-T---G------ATA---CG--A---T------G--A-T---GA---T-G-ATG------AT---GAGGAT---GAT---G--AG---GA-T--G-AT----T----A-----------A---TAA------A-A---------A---T--AA--T--------------T---AA---TG---A-AAA---TGA---TGATG------------------T----TA-G---TG-ATG--A-T--T-TTA--AT----C-----AGTAGAACG--ACGAC-G--G--------C----G--------A-C---GATGAT-G--A--TG--AC---G--AT---GATG---A--TG--ATT---T--T---------------------------AT-A------A-----AA--A---T------AAT------A---AT---TT---T---AAC--TGAT----A---A--T---------A----A---A-TGT----N-N---NNNNN---NNN-NNN--N-N--NN---NN------NNN---N---N------NNNNN-----ATGATGA-T------GA---T--G----AT----G--TT-G--------------A-T--GAT---A---AA------GA-A-TGATG-----AT------atgat
gi|34 : atctgtaatattctcatt-GCT---G--A-C---G---AC-------A---AC-------------G------A-----CA--A---T------G--A-T---GA---T-G-ATG------AT---GA---T---GAT---C--AT---CA-T--C-AT----C----AT---------CA---Tggcaa
gi|30 : ---G---AT-------A---ACG------A-T---G------A-----CA--A---T------A--A-A---GA---T-G-GCA------TT---GA---C---GAT---G--GT---GA-T--G-AC----G----AT---------GA---AGA------T-AGCG--A-TAA---C--GA--T--CAAA---A----C---AA---TG---A-TGA---CGA---TG
gi|23 : aatgT-------A---ACCATG---C-T---G------A-----CG--A---T------G--G-T---GA---C-G---A------C----GA---C---GAA---G--AC---AA-T--A-AT----G----AG---------GA---TAA------T-GCTG--C-TGA---T--GG--T--G------A----T---GT---TG---A-TAACATTGG---TGGTGATT----A----C---GAT------------A-ATT--T-T--A-ATA--A-----------TA----ATG--TTAAC-A--A-T-G----
gi|11 : atat-T---A------A-----TA--A---T------G--A-T---GA---T-G-GTG------AT---AA---T---AAT------AC---CA-C--T-AC----TGCTGAT---------GA---TGACAGGAGT-GGTG--G-TGA---T--AA--T--G------A----T---GA---TT---A-TGA---TGG---TGTTGA-----------------T----T----------TG--T-T--G-ATG--AT-----------------------GCC-A--C-T-G----C---------------T---GCTGAT-G--A--TG--AC---A--AT---GGTG---A--CG--AT---------------------------------G-AT-G------A-----TG--A---T------GAT------G---AT---GG---T---GA---TTGT----G---A--T-G------AC----G---G-TGA----T-G---GTGTT---GAT------------A---AT------AAT---G---T------TGATG-----CTGCTGC-T------GC---T--G----AT----G--GT-G--------------A-T--AAT---G---AT------G--A-TGat
gi|14 : tagtactta-T---G------A-----AA--A---T------G--G-T---GG---TCG-TTA------TT---GA---T---GGA---A--AT---GG-T--C-A-----------T---------GG---TAG------T-GGTG--G-TGG---T--GA--T--A------A----T---AA---TA---G-TAA---TGT---TGATGA-T----GATGGC---GGT------------G-ATG--A-T--T-ATT---T----A-----TG----ACG--GTTAG-A--A-T-G----CTGTTG--------T-T---GGTGAT-A--A--TG-----------T---AATG---A--TG--AT---------------------------------A-AT-G-T--TCA-----TG--A---T------GAC------C---GT---GA---T---
gi|36 : actatgatta-T---A------A-----TA--A---T------G--A-T---AA---T-G-ATG------AT---GA---T---GAT---G--AT---GA-T--taacataagaatgagcaaattatct
gi|27 : ttaA--A---T------G--A-T---GA---G-G-ATG------CT---GA---T---GAT---G--AC---AA----T-A----------AT---------GA---TGA------T-CATG--G-TTA---T--GA--T--G------A----T---AG---AA---A-TTA---TAA---TATTGA-ggtgat
gi|10 : ataataataatactatt---T------G--T-T---AT---T-G-TTG------AT---AA---T---GAT---G--AT---GA-T--G-CT----T----AT---------GA---TGA------TTGTTG--------------------------------T---AA---TG---A-TGA---TGG---T----------------C---G------TA-A---GA-A----A-T--C-ATG--ATTCA-C-----CA----ATGAATAAAT-A--G-C-A----G----A--------A-T-----TAAT-A--A--AG--TT---G--AT---GATG---A--TA--ATTG--G--T--G---G--------------T---A-AT-G------A-----TG--A---T------GAT------G---AA---GT---T---GA---TTGT----TAGGA--T-A------AA----G---A-GCA----A-A---ATG-----AATGGAG--T-T--TATG-AT------GAT---G---A------TAA-A-----TTGGTGG-T------GA---T--G----GT----A--AT-G--------------A-T--GAT---G---AT------A--A-TGATG-----AC------TA------TG-T--TGATGttatactgatgataacaacgatatt
gi|26 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatt---T------G--A-T---AA---T-G-GTG------TT---GA---T---GAT---G--TT---GA-T----GC----TG---AT---------GA---TAA------T-GATG--A-TGA---T--GA--T--G------G----T---AA---TG---C-TGAT--TGGTC-TGTTGg
gi|21 : atgttattattattatttttttatt---T------G--G-T---GT---T-G-GTG------TT---GG---T---GAT---G--GT---GA-T--T-G----------A----------GA---TGG------T-GTTG--G-TTA---T--GT--T--G------C----T---GA---TG---A-TAG---TTG---TGGTGA-TTCTGA----C---GATG---TATG---AA-ATG--G-T--ctgataatgatattat
gi|31 : gttggtgatgttat---T------G--G-T---GG---C-G-GTG------AT---GA---T---GGT---G--AT---GT-T--A-AT----T----AT---------GT---TAA------T-GATG--T-TGA---T--GG--T--A------A----T---TG---TG---A-TGA---TGA---AGATGA-T----A----aacggtggttgtgatattggtaatgat
gi|22 : gagggtggtgg---T-G-TTC------TT---GA---T---GAT---A--GT---GA----T-GC----TG---AA---------GA---TA-------------------A---T--GA--A--C------A----G---AA---TG---A-TGA---AAG---TGTTGA-C----A----A---AGC----CG-A---CG-ATA--A-C--T-AT----------------------------GAC-A--A-T-GA---T----G--------A-T---GGTGAT-G--A--TG--AT---G--AT---TATG---A--T
gi|18 : gacgtcatcgatgtgattt---T-G-TTG------TT---AA---A---GAT---G--AT---GA-T--C-AT----G----AT---------GA---TAA------T-G---------A---T--AA--T--G------A----T---GA---TG---G-TGA---TGG---TGTTAA-C---------T---GGT----T--G---TA-ATGCTA-T--T-ATATCAT----CACCT-TT----AGG--TTGAC-A-------------------------A-T---GGTGCT-T--aa
gi|31 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaactttTG------GT---GG---T---GGT---G--GC---GG-T--G-AT----G----AT---------GG---TGA------T-GTTA--A-TTA---T--GT--T--A------A----T---GA---TG---T-TGA---TGG---Ttgtt
gi|34 : gagggG------CT---GA---C---GAC---A--AC---GA-------C----A----AT---------GA---TGA------T-GATG--A-TGA---T--GA--T--C------A----T---CA---TC---A-TCA---Taattgtgatgatgaagatgata
gi|4 : T---GA---T---GAT---G--AA---GA-T--A-AT----G----AT---------AA---TAAATTA--T-GATG--A-TCA---T--CA--T--A------T----T---AA---T----A-TGA---TGGGGATATTGA-----------------T----GA-A---AA-ATG--A-T--C-ATG--AT----A-----AT----ACT--ACTAC-T--GAT-G----CT---G--------A-T---GATGGT-T--G--TG--ATATAG--AT---GATG---A--TG--AC----------A---G--------------C---A-AA-A------A-----CA--A---C------AAA------G---AT---GA---C---AA---TGAG----T---ACCT-T------GA----TC--A-TGATTTTATG---ATATT---GAT-GAT--T-G--TG---AT------ACT---G---G------TGATG-----ATGATAA-T------AA---T--G----AT----A--GT-G--------------A-A--GAC---A---ATGTTAAAG--A-TGATG-----AT------AA------TG-A--TAATGAAATCGACAGCAATcat
gi|19 : ttgtaaacattatcacaattT---GA---T---AAT---G--AT---GAAT--T-ATAAT-T----AT---------GC---TGA------T-GTTG----TTA---T--TG--T--T------G----T---AA---C------------TGG---TG--AA-T----A----T---GA------A-G---AAGATG--A-T--G-ATG--ATT---C-----TA----ACG--ATG----------G----C----G--------G-T---GGTGAT-T--A--TG--AA---G--AT---GATG---A--TT--AT---------------------------------A-AT-G-A--TGA-----TA--A---T------GAC------A---AT---GA---T---AA---TGGT----A---A--T-taggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|20 : ---GA---T---GAT---G--TC---AA-G--G-GT----T----AT---------GA---T--------T-GTTGTGA-TGG---T--GG--T--T------G----T---AA---TG---A-TGA---TGA---CGGTGA-TG---A----T---GG----------------TG--G-T--T-ATG--------C-----T---------------------------------G--------A-T---GGTGAT-T--A--TG--AC---A--AT---GATG---A--TG--ATT---T--T--
gi|15 : A---T---AAT---G--AT---AA-T--A-AC--------------------GC---TAA------T-GTTG--G-------T--GA--T--G------A----T---GA---TG---A-TGA---TGA---TGTTGA-T--------------GT---------------TG--A-T--T-G----------------TG----ATA--TTGAT-A--A-T-GA---C----G--------A-T---AATGTT-A--A--TGGTGC---A--AT---G-TA---G--TG--GAA---G--T--G---G--------------T---A-GT-G-G--TAG-----TG--A---T------AAT------A---AT---GATTTT---GA---TGAT----T---A--T--------------G---A-TGA----A-G---AAGAT---GAT-GAT--G-A--CG---AT------AAT---G---A------Caattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|29 : tttattA---T---AAT---A--AT----A-T--T-AC----T----AT--------------TTA------T-GATG--A-TGA---T--GA--T--G------A----T---AA---TGAGTA-TAA---TGG---TTATGA-T--------------GA----TA-A---AA-GTA--A-T--A-ATA--ATG---C-----TA----ATG--CTGAT-A--A-T-t
gi|17 : tt---T---GAT---G--AT---GA-T--T-G-----------T---------GA---TAA------T-AGTA--C-TTA---T--G---T--G------A----T---GA---TG---A-TGA---TGG---TGATGA---------------GGA----TA-ATGGTA-ATG--G-T--G-ATG--A-----------TA----ACG--ATAAC-A------A----C----G--------A-T---GATGAT-G--A--TG--GT---G--AC---GAGG---A---------------T--N---N--------------N---N-NN-N-N--NNA-----TG--A---T------AAC------G---AT---AA---C---AA---CGAT----tacaacga
gi|13 : tcttattgcaagttatccgttattagacacAT---G--AT---GA-T--T-AA----G----AT---------GA-----------------G--G-TCA---T--GG--G--TGTGGAGA----T---GA---TG---A-TGA---TGG---TGATGA-T----A---------ATA---TG-T---AA-ATG--A-T--G-ATA--------T-----TA----ATG--ATGGT-A--T-T-----------G--------A-T---GGTGAT-G--A--TG--TT---A--AT---CATGAATA--TG--GTT---T--T-------------------------A-AT-G------A-----TG--A---T------GAT------G---AT---GA---C---AG---TGAT----G---A--T-G------GA----A---A-TAA----T-G---ATg
gi|12 : AT---G--AC---GA-T--T-CG----G----GT---------GA---TTA------T--CAG--A-TAG---T--GA--A--T------A----T---GT---TG---A-TGA---TGG---CAATGA-C----A----A---G---------A---CG-ATG--A-T--G-ACG--AT----G-----TT-----CG--T-GAT-G--A-T-T----A----GA-------A-T---GATAAT-G--A--TG--AT---A--AT---GATG---A--TG--ATT---A--T--GAATG--------------C---A-AT-G-G--TAA-----TG--ACACT------GGT------G---AT---TA---T---AA---TGtaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|36 : tt----T----AT---------AA---TAA------T-GATA--A-TGA---T--GA--T--G------A----T---GA---TG---A-TGA---TGG---TGcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|22 : t----AT---------G----TGA------T-TTTG--T-TCT---T--GA--T--G------A----T---AG---TG---A-TGC---TGAAGATAATGA------A----C---AG-------------A-ATG--A-T--G-AAA--GT------------------G--TTGAC-A--A-A-G----CC---G--------A-C---GATAAC-T--A--TG--AC---A--AT---GATG---A--TG--GT---------------------------------G-AT-G------A-----TG--A---T------GAT------T---AT---GA---T---AA---at
gi|32 : gacgtcatcgT---------GA---TAA------T-AATG--A-TAC---T--GA--T--G------A----T---GA---TG---A-TGA---TGG---TGGTGA-
gi|9 : ---T--GA--T--G------A----T---AA---TG---A-TGA---TGG--------------------C---AAT----TA---------------T--T-GTA--AT-----------G----ATA--GTGAT-A--A-T-GA---T----G--------A-T---GGTGAT-T--A--TT--AT---A--AT---GATG---G--GG--ATTATAT--T--G---G--------------T---G-GT-A-G--TTG-----TG--A---T-------AT------G---AT---GA---T---AG---TGAT----T---T--T-G------AA----G---A-TGA----A-G-------T---AAT-GAT--------------------------G---A------TAA-------------A-T-----------T--G----AT----------G--------------A-T--GGT---G---AT------G--A-TACAG-----ATTA----TA------TG-A--TGGTGGTGATGATGACAGTAtggtggtggtggtggtgctgctgctgctgctg
gi|23 : ttgtaatgg---T--AA--C--C------A----T---GC---TG---A-CGA---TGG---TGACGA-CG---A----C---G---------A---AG-ACA---------ATA--A-----------TG----A-G----GAT-A--A-T-G----CTGCTG--------A-T---GGTGATGTTGA--TA--AC---A--TT---GGTG---G--TG--ATT---A--C--G---A--------------T---A-AT-T-T--TAA-----TA--A---T------AAT------G---TT---AA---C---AA---TGAT----gtaattgtgagggcaaggaaatattattggtaattgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
gi|11 : atat--T--T------A----T---AA---TA---A-TGA---TGA---TGGTGA----------------------TA-A---TA-ATA--C-C--A-CTA--CTG---C-----TG----ATG--ATGAC-A--G-GAG----T----G--------G-T---GGTGAT-A--A--TG--AT---G--AT---TATG---A--TG--GTG---T--T--G---ATTTGTTGATGATGCC---A-CT-G-C--TGC-----TG--A---T------GAT------G---AC---AA---T---GG---TGAC----G---A--T-G------AT----G---A-TGA----T-G---ATGAT---GGT-GAT--T-G--TG---AT------GAC---G---G------TGATG-----GTGTTGA-T------AA---T--A----AT----G--TT-G--------------A-T--GCT---G---CT------G--C-TGCTG-----AT------GG------TG-A--TAATGA
gi|17 : tagtacGA-C----A----C---TGA----TG-A---TG-ATT--G-T--G-ATA--ATAGTAC-----TT----ATG--T-GAT-G--A-T-GA---T----G--------A-T---GGTG------A--TG--AG---G--AT---AATG---G--TA--A--------T--G---G--------------T---G-AT-G-A--TAA-----CG--A---T------AAC------A---AC---GA---T---GA---TGAT----G---A--T-G------GT----G---A-CGA----G-G---ATNNN---NNN-NNN--N-A--TG---AT------AAC---G---A------TAACA-----ACGATGtgatg
gi|19 : tcttattgcaagttatccgttatta----TA-A---TG-ATG--AAT--T-ATA--ATTATGC-----TG----ATG--TTGTT-ATTG-TTG----T----A--------ACT---GGTGAA-T--A--TG--AA---G--AA---GATG---------------------------------------------------------A-----TG--A---T------GATTCTAACG---ATGGCGG---T---GG---TGAT----T-------------------------A-TGA----A-G---A---T---GAT-GAT--T-A--TA---AT------GAT---G---A------TAATG-----ACAATGA-T------AA---T--G----GT----
gi|15 : tgaA-ATG--A-T--A-ATA--ACG---C-----TA----ATG--TTG------G-T-GA---T----G--------A-T---GATGAT-G--A--TG--AT---G--TT---GATG---T--TG--ATT---G--T--G---A--------------T---A-TT-G-A--TAA-----TG--A---C------GAT------A---AT---GT---T---AA---TGGTGCAAT---G--T-A------GT----G------GA----A-G----TGGT---AGT-GGT--------------------------------------AGTG--------ATAA-T------AA---T--G----AT----T--T-------------------T--GAT---G---AT------T--A-TGATG-----AA------GA------AG-A--TGATG---ATGACGATAATaat
gi|20 : tttattatA-AGG--G-T--T-ATG--AT----------TG----TTG--T-GAT-G--G-T-GGTTGT----A--------A-T---GATGAT-G--A--CG--GT---G--AT---GATG---G--TG--GTT---A--T--G---C--------------T---G-ATGG-TGATTA-----TG--A---C------AAT------G---AT---GA---T---GATTTTAAT----T---A--T-G------GA----G---A-gact
gi|31 : gatgatgtc-A--G-G-G----T----G--------G-T---GGTGGT-G--G--CG--GT---G--AT---GATG---G--TG--ATG---T--T--A---A--------------T---T-AT-G-T--TAA-----TG--A---T------GTT------G---AT---GG---T---AA---TTGT----G---A--T--------------G---A-TGA----A-G---ATGaagtcaacttgtggtagt
gi|8 : g----G--------A-C---GATAAT-TG-A--T---AC---G--AT---GATG---A--TG--ATG---A--T--G---A--------------G---G-AT-G-A--TGA-----GG--A---T------GATT-----A---AT---AA---A---AA---TAAT----T---AA-T-G------AA----A---A-TGA----T-G---ATGTTAGTGAT-GAT--T-T--TA---ATCAGTAGAAC---G---A------CGACG-----GCGACGA-T------GA---T--G----AT----G--AC-G--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-TTTTata
gi|13 : atctgtaatattctcatttgtttgat--------A-T---GATGAT-T--A--AG--AT---G--A----GGTC---A--TG--GGT---G--T--G---G--------------A---G-AT-G-A--TGA-----TG--A---T------GGT------G---AT---GA---T---AA---T-----------A--T-G------TA----A---A-TGA----T-G---ATATT---AAT-GATGGTAT--TG---AT------GGT---G---A------TGATG-----TTAATCA-T------GAATAT--G----GT----T--TT-A--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-TGATG-----AC------AG------TG-A--TGATGGAAATAATGAataaaaataataattttaactgataataaatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatgatgatgatgttgatgataaagaatgatgatggcaa
gi|26 : --------A-T---GGTGTT-G--A--TG--AT---G--TT---GATG---C--TG--AT----------G---A--------------T---A-AT-G------A-----TG--A---T------GAT------G---AT---GG---T---AA---TGttaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|17 : atgttattattattatttttttatttgataGTTAT-T--A---G--AC---A--CT---GATG---A--TG--ATT---G--T--G---A--------------T---A-ATAG-TACTTA-----TG------T------GAT------G---AT---GA---T---GA---TGGT----G---A--T-G------AG----G---A-TAA----T-GGTAATGGT---GAT-GAT--------------------AAC---G---A------TAACA-----ACGATGA-T------GA---T--G----AT----------G--------------G-T--GAC---G---AG------G--A-TNNNN-----NN------NN------NN-A--TGATA---ACGATAACAActgattggtctgttgctgataatgatattat
gi|14 : tcttattgcaagttatccTGAT-T--A--TG--AA---A--AT---GGTG---G--TC--GTTAT-TGAT--G---G--------------A---A-AT-G-G--TCA-----TG--G---TAGTGGTGGT------G---GT---GA---T---AA---TAAT----A---G--T-AATGTT-GAT---G---A-TGA----T-G---GCGGT---GAT-GAT--TAT--TT---AT------GAC---GGTTA------GAATG-----CTGTTGT-T------GG---T--G----AT----A--AT-GTA------------A-T--GAT---G---AT------A--A-TGTTC-----AT------GA------TGACCGTGATTAACAcgatg
gi|27 : actaAT-T--AA-TG--AT---G--AG---GATG---C--TG--ATG---A--T--G---A--------------C---A-AT-A------A-----TG--A---T------GAT------C---AT---GG---T---TA---TGAT----G---A--T-A------GA----A---A-TTA----T-A---ATATT---GAT-TAT--A-C--TG---AT------GAT---A---A------CAACG-----taagaatgagcaaattatct
gi|12 : ataataataatactT-T--A--TG--AC---G--AT---TCGG---G--TG--ATT---A--TCAG---A--------------T---A-GT-G-A--ATA-----TG--T---T------GAT------G---AT---GG---C---AA---TGAC----A---A--G-AC-----GAT---G---A-TGA----C-G---ATGTTCGTGAT-GAT--T---------AG------AAT---G---A------TAATG-----ATGATAA-T------GA---T--G----AT----------G--------------A-T--TAT---GA--AT------GCAA-TGGTA-----AT------GA------CA-C--TGGTGAatatt
gi|29 : T-T--A--TG--AT---G--AT---GATG---A--TG--ATA---A--T--G---AGTA-----------T---A-AT-G-G--TTA-----TG--A---T---------------G---AT---AA---A---AG---TAAT----A---A--T-A----------------A-TGC----T-A---ATGCT---GAT-AAT--T---------AC------AAC---G---A------ttataatgcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|25 : ttataataatattactat--A--TG--AA---G--AG---GAGG---G--TG--A-----------G---GA-------------T---A-AT-G------A-----AG--A---T------AAG------G---AT---GA---T---GA---GGAT----T---A--T-G------AT----G---A-TGA----G-G---AGGTT---GAT-GA----------------------A----G---A------TAATG-----TTGAGGA-G------GA---G--G----AT----A--AT-T--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-CGATG-----AT------GA------T
gi|22 : gG--AC---GTCATC--GATG------TG--ATT---T--T--G---T--------------TCTTG-AT-G-A--TAG-----TG--A---T------GCT------G---AA---GA---T---AA---TGA---------A--C-A------GAAT--G---A-TGA----A-A---GTGTT---GA------------------------------------------CAAAG-----CCGACGA-T------AA---C--T----AT----------G--------------A-C--AAT---G---AT------G--A-TGGTG-----AT------GA------TG-A--TGATa
gi|19 : ---G--AT---AATG---A--TG--AAT---T------------------------------AT-A-A--TTA-----TG--C---T------GAT------G---TT---GT---T---AT---TG-T----T---G--T-AACTGGTGAATATG---A-AGA----A-G---ATGAT---GAT-GAT--T-C--TA---AC------GAT---G---G------CGGTG-----GTGATTA-T------GA---A--G----AT----------G--------------A-T--GAT---T---AT------A--A-TGATG-----AT------AA------TG-A--CAATGAtatgataa
gi|26 : tT---T--T--G---A--------------T---A-AT-G-G--TGT-----TG--A---T------GAT------G---TT---GA---T---GC---TGAT----G---A--T-A----------------A-TGA----T-G---ATGAT---GAT-GGT--------------------------------------AATG-----CTGAT---------------T--G----GT----CTGTT-G--------------C-T--GAT---A---AT------G--A-TATTtaatggtaat
gi|20 : atgttattattattattttttta--T--G---T--------------C---A-AG-G-G--TTA-----TG--A---T------TGT------T---GT---GA---T---GG---TGGT----T---G--T-A------AT----G---A-TGA----T-G---ACGGT---GAT-GAT--------------------GGT---G---G------TTATG-----CTGATGG-T------GA---T--T----AT----G--AC-A--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-TTTTA-----AT------TA------TG-at
gi|29 : gatgaA-----TG--A---T------GAT------G---AT---GA---T---AA---TGAG----T---A--T-A----------------A-TGG----T-T---ATGAT---GAT-AA--------AA---GT------AAT---A---A------TAATG-----CTAATGC-T------GA---T--A----AT----T--AC-A--------------A-C--GAgagaaagtcaacttgtggtagt
gi|25 : ttataataatattactatttatgG--A---G------GGT------G---AG---GA---T---AA---TGA----------------------A----G---A-TAA----G-G---ATGAT---GAG-GAT--T-A--TG---AT------GAT---G---A------GGAGG-----TTGATGA-A------GA---T--A----AT----G--TT-G--------------A-G--GAG---G---AG------G--A----TA-----AT------TA------TG-A--TGATG---ACGATGATGATA
gi|24 : gatgaagag--A---T------GAT------G---AT---GA---T---GT---TGAT----G---A--T-A------AA----GA--A-TGA----T-G---ATGGC---AAC-GTT--G-TACCA---AT------AATTTGG---A------TTATA-----TTGTTAACT------AA---TAGG----AT----A--AT-G--------------A-T--GAT---G---AT------A--G-TGGTG-----AT------GA------TG-C--AAATGA
gi|27 : AT------A---AT---AA---T---AA---T-AC----T---A--T-T------AAT---G---A-TGA----G-G---ATGCT---GAT-GAT--G-A--CA---AT------AAT---G---A------TGATC-----ATGGTTA-T------GA---T--G----A--------TA-G--------------A----AAT---T---AT------A--A-TATTG-----AT------TA------TA-C--TGATGATAACAACGATAtaatgaaac
gi|12 : AT------G---AC---GA---TTCGGG---TGAT----T---A--TCA------GA----T---AGTGA----A-T---ATGTT---GAT-GAT--------G---GC------AAT---G---A------CAA-G-----ACGATGA-T------GA---C--G----ATG---T--TC-GTGATGATTAGAATGA-T--AAT---G---AT------G--A-TAATG-----AT------GA------TG-A--TTATGAATGCAATGGTAATtt
gi|18 : tt--T-A------AA----G---A-TGA----T-G---ATCAT---GAT-GAT--------------------AAT---G---A------TAATG-----ATGATGG-T------GA---T--G----GT----G--TT-A--------------ACT--GGT---T---GT------A--A-TGCT------AT------TA------Tgacactggtgattataatgcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|26 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttttgttgt----G---A-TAA----T-G---GTGTT---GAT-GAT--G-T--TG---AT---------------------------G-----CTGATGA-T------AA---T--G----AT----G--AT-G--------------A-T--GAT---G---GT------A--A-TGCTG-----AT------TGGTCTGTTG-C--TGATAAatcatcacctttaggttgacaatggtgctttgtt
gi|24 : atgttattattattatttttttattt----G---A-TGA----T-G---ATGTT---GAT-GA-----T--AA---AG------AAT---G---ATGATGGCAACGTTGTACCAATAA-TTTG---GA---T--T----AT----A--TT-GTTAACTA-------A-TAGGAT---A---AT------G--A-TGATG-----AT------AG------TG-G--TGATGAtgatattat
gi|31 : at-G---ATGAT---GGT-GAT--G-T--TA---AT------TAT---G---T------TAATG-----ATGTTGA-T------GG---T--A----AT----T--GT-G--------------A-T--GAT---G---AA------G--A-TGtgcaaatgataatgaaac
gi|23 : gagggtggtggtggtggcggt---ATGCT---GAC-GAT--G-G--TG---AC------GAC---G---A------CGAAG-----ACAATAA-T------GA---G--G----ATAATGC--T--G--------------C-T--GAT---G---GT------G--A-TGTTG-----AT------AACAT---TG-G--TGGTGATTACGAata
gi|32 : atattaaccT-GAT--------A---AT------AAT---G---A------TACTG-----ATGATGA-T------GA---T--G----AT----G--GT-G--------------G-T--GAT---G---GT------G--G-TGGTG-----GT------GG------TG-C--TGCTGtaattttaataataatgttaacaatgat
gi|36 : A---AT------AAT---G---A------TAATG-----ATGATGA-T------GA---T--G----AT----------G--------------A-T--GGT---G---AT------ctgctgctg
gi|34 : ttatAC---G---A------CAACG-----ACAATGA-T------GA---T--G----AT----------G--------------A-T--GAT---G---AT------C--A-T
gi|35 : gctgAC---G---A------CGAAG-----ACGATGA-T------GA---T--G----A---------G-G--------------A-T--GAT---G---AT------G--A-TGcatcatcatcat
gi|22 : gatgaagATG-----CTGAAGA-T------AA---T--G----AA----C--AG-A--------------A-T--GAT---G---AA------A--G-TGTTG-----AC------AA------AG-C--CGACGATAACTATGACAATa
gi|31 : gacgtcatcgatgtgattttgttcttgatgatagtgGATGA-T------GG---T--G----AT----G--TT-A--------------A-T--TAT---GTTAAT------G--A-TGTTG-----ATGGTAATTG------TG-A--TGATGAAGATGAgatgatggtgatgatgatgattatgataa
gi|20 : gagggtggtggtggtggcggtTAA-T------GA---T--G----AT----------G--------------A-C--GGT---G---AT------G--A-TGGTG-----GT------TA------TG-C--TGATGGTGATTATGACAATta
gi|26 : gatgatgtcaagggttatgattgttgtgatggtggttgTGA-T------AA---T--G----GT----G--TT-G--------------A-T--GAT---G---TT------G--A-TGCTG-----AT------GA------TA-A--TGATGATGATGATGGTAATgatgatgattttaattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|18 : atgttattattattatttttttattGA-T------GA---T--G----AT----C--AT-G--------------A-T--GAT---A---AT------G--A-TAATG-----AT------GA------TG-G--TGATGgctgattggtctgttgctgataatgatattat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGGTAACGTCAACGGTAACCATAACGATAAAGACAACGATAACGATTACAATTATGAAAACGATACGATAACCGTAACCGATGATGATATTATGATAATATTTGATTACATTATCAAAAAATACAAAGATGATGATAATGATGATGATAATGATAAAGAGAATGAGGTGGACAA
Unaligned ( gi|28 ): TGATAATAATGATGATACTGATGGTGCAATGGTGACGGTGGTTGTGATGCTATTATATCAGCACTTTAAAGTTTATGTTCCGTTGGTGACCTAGTTTCTT
Unaligned ( gi|33 ): GCGACGGCGATGGCGATGGCGGTAACAATAACGATAAAAATATCGATAACGATGA
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 111 1111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 111111 1111111111111111111111111111111111111111 111111111111 55555555555555555555555555555 44444444444444444444444444444444444444444 111111111111111 2222222222 222222222 11111111111111
lowQualScore : 1 1 1 0 8 888888888888888888 3 1 1 000 6 3 0000 0 222222 4 777 9 888 1 777 555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 2 222222 1 8 555 3 555 44 1 9999999 555 2 888888 555555555555555555 2 33 3 99999999 2 33 444 888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5 2 666 3333 2 22 3333 1 000000 0 7777777777777777777777777777777777777777 22 666666 3333 88888 2 222 777777 33333 1 6666 22 222 2222 1 333 22 1 333 111111111111 0 444444444 1 333 1 66666666666666666666666666666 44444444444444444444444444444444444444444 444 1 1 55 3333 22 2 55555 666666 111111111111111 333 1 5555 333 1 333 22 22 4 5555555555 2 333 1 66666666 1 22 333333333 1 1 1 55 22222222222222 11 6666666666 22 33 8888 444 5555 1 1 22 0
lowQualScore : . . . . . .................. . . . ... . . .... . ...... . ... . ... . ... ................................................... .. . ...... . . ... . ... .. . ....... ... . ...... .................. . .. . ........ . .. ... ... .................................................... . . . ... .... . .. .... . ...... . ........................................ .. ...... .... ..... . ... ...... ..... . .... .. ... .... . ... .. . ... ............ . ......... . ... . ............................. ......................................... ... . . .. .... .. . ..... ...... ............... ... . .... ... . ... .. .. . .......... . ... . ........ . .. ......... . . . .. .............. .. .......... .. .. .... ... .... . . .. .
lowQualScore : 0 4 4 8 0 000000000000000000 0 0 0 000 6 0 6666 7 888888 4 888 7 111 9 888 999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 8 000000 9 0 444 1 444 66 0 6666666 333 9 222222 444444444444444444 7 77 6 11111111 7 44 444 222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 4 2 111 6666 0 66 9999 0 000000 5 4444444444444444444444444444444444444444 33 777777 8888 00000 6 777 444444 77777 9 8888 00 777 5555 0 222 55 9 333 444444444444 5 999999999 9 333 7 22222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444 444 7 0 00 9999 99 1 33333 111111 999999999999999 555 0 0000 333 8 222 55 55 0 4444444444 0 555 0 44444444 0 66 222222222 8 8 8 00 55555555555555 99 8888888888 00 11 6666 111 4444 0 0 00 7
consensus : CAACNCTGATAGTGATGTTGT-GA---T-AAC-TTGA-CA--ATGATGATGNTGNTGATGA---TGACGATNA----TTAT------G-AT---AATGNTGATGATGATGATGATG---ATGATG--GTG-TT---GACA---G--GT--TAATGATG--GTTATGATC-T-----GACGTTGA-C----GGTG-CGAT---G-GT---GA--TNAT--G----AC--G-ATGA------TGA------TGGT-T-T-GGTAA-TG-NTNATG--------A-TGA--TG---ATGAT---GATG----AC-------T--T----A----TG--A----T--------T-TA---AT-GATGAT-GTT---G----T-GA--T----GNTG------ACGA---------TAA---T------G------A---C------GA--TGG-----TGATGN---T-----GAT---GA------TGA-----TGACGATG---A--TTAT---GAT--A-ATGNTGATG---A--TG-A---TGAT-A------A---TGAT---G-----A-TG---GTGATG---A----C----GCGGT--TAA-G-A-TGATTATGAT---------CTG----ACGATGATAGTG----C---G----A---TGGTGATNATG--A--C-G--AT-GAT-----GAT------GAT--CGTG--------GT---AATGNTG---ATG---ATGATGA-TGA---TG--AT--GATNATG----N--N--G-A---TGATG-A------TGAT--GATGA-T--T-T-GA-T-A-ATGA--T-----A--------ATGNCGATG---A------TGATGATGATG--ATGA----T---GATGATG---NTGATGATGCTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAACNCTAATAGTGATGTTGT-GA---T-AAC-TTGA-CG--ATGATGATGNTGNTGATGA---TGACGATNA----TTAT------G-AT---AATGNTGGTNATGATGATGATG---ATGATG--GTG-TT---GACA---G--GT--TAANAATG--GTTATGATC-T-----GACGNTGA-C----GGTG-CGAT---G-GT---GA--TNAT--G----AC--G-ATGA------TGA------TGGT-T-T-GGTAA-TG-NTNATG--------A-TGA--TG---ATGAT---GATG----AC-------T--T----A----TA--A----T--------T-TA---AT-GATGAT-GTT---G----T-GA--T----GNTG------ACGA---------TAA---T------G------A---C------GA--TGG-----TGATGN---T-----GNT---GA------TGA-----TGACGATN---A--TTAT---GAT--A-ATGNTGATG---A--TG-A---TGAT-A------A---TGAT---G-----A-TG---GTGNTG---A----C----ACGGT--TAA-G-A-TGATTATGAT---------CTG----ACGNTGATAGTG----C---G----A---TGGTGATNATG--A--C-G--AT-GAT-----GAT------GAT--TNTG--------GT---AATGNTN---ATG---ATGATGA-TGA---TG--AT--GATNATG----G--A--G-A---TGANG-A------TGNT--GATGA-T--T-T-GA-T-A-ATGA--T-----A--------ATGNCGATG---A------TGATGATNNTG--ATGA----T---GATGATG---NTGATNATGNTGATGANNACGACGACAATA
gi|1 : ATG--GCA-TTACCGACATACG--GTA-CAGAAATA--GTT--GATT-TCAAGTGATGTTGA-T----GATT-TAAT---G-AT---GACATTAT--GTTTCAC--ACATAA------TTA------TGGC-----GATAA-CG-TT-ATGTTTCACAAA-TAA--TA---ATGAC---GATA----ACG------T--T----A----TT--T----T--------T-CACACAT-AATGAT-TTG---G----G-GG--T----GATG------AC-A---------TAT---T------GTTTCATA---C------AA--TC--------ATAA---T-----GAT---GA------TGA-----TGAC-------A--TTAT---GTTTCACATATTGATG---AATTG-A---TTAC-G------A---C-AT---T-----A-TG---TT--TT---A----C----ACA----TAA-TTA-TGATT-TGAT---------CTTT---ACATT-ATGTTT----C---A----AATGTGGTGATTATT--T--T-G--AT-GAT-----GAT-------AT--TATGTTTAACACAT---AATGATG---ATG---ATGATGA-TGA---TG--AC---ATTA---------A--GTT---TCACGCA------TAAT--GATGA-C--T-T-GA-T-G-ATGACGT-----A--------ATGTT--TC---A-------GACAATCATA--ATGA----T---GATTATT---TTGATGATGACGTTG
gi|1 : --ATAATTATGAT-TTGATCT---TTAC----A----TTAT------G-TTTCAAATG-TGGTGATTATTTTGATG---ATGATATTATGTTT---AACA---C--A---TAATGATG--ATGATGA---T-----GATGATGA-CATTAAGTT-TCAC---GCAT---AA--TGAT--G----ACTTG-ATGA------TGA------C---------GTAA-TG-TTTCAG--------A-CAA--TC---ATAAT---GATG----A--------T--T----A----T--------T--------T-TG---AT-GATGAC-GTT---G----T-GT--TTCCCGTTT------AC-A---------TTA---T-------------A---T------GA--TGG-----TGAT-T---T-----A-----GA------TGA-----TTACG-TT---A---TAT---Gtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacTGATGATGATATTAT-GT---TTAAC-AC-A-TA--ATGATGATGATGATGATGA---TGAC-ATTAAGTTTCAC------GCAT---AATGATGACT-TGATGATGACG----TAATG--TTT-CA---GACA------ATCATAATGATG--ATTAT--TT-T-----GATGATGA-C----GTTG-TGTTTCCC-GTTTACA--TTAT-------------ATGA------TGG------TGAT-T-T-AG--A-TG-ATTACG--------tttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattatttT-T-T-GTTAT-TG-TTGATA--------A-TGA--TG---ATGAT---G--------C-------T--T----A----TG--A----T------------------GAT--T-GTT---G----T-AA--T----GATG------ATGG---------TCG---T------A------A----------GAAATCA-----TGAT-T---C-----ACC---AA------TGAATAAATAGC-AGA---A--TTA-----AT--A-AAGTTGATG---A--TG-A---TAATTG------G---TGGT---A-----A-TG---ATGATG---A----T----GAAGT--T---G-A-TTGTTAGGAT-----------A----AAGAGCAAAATG--------A----A---TGGAGTTTATG--A--T-G--AT-GATAAATTGGT------GGT--GATG--------GT---AATGATG---ATG---ATAATGA-TGA---CT--AT--GTTGATG----G--ttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaaATAA---T-----AAT---GA------TGA-----TGGTGATA---A--TAAT---ACC--A-CTACTGCTG---A--TG-A---TGAC-A------G----GA----------G-TG---GTGGTG---A----------------TAATG-A-TGATTATGAT-----------G----GTGTTGAT-TTG----TT--G----A---TGATGCCACTG--C--T-G--CT-GAT-----GAT------GAC--AATG--------GT---GACGATG---ATG---ATGATGA-TGA---TG--GT--GATTGTG------------A---TGACG-G------TGAT--GGTG-----T-T-GA-T-A-AT----------A--------ATGTTGATG---C------TGCTGCTGCTG--ATGG----T---GATAATG---ATGAT
gi|12 : tagtacttA--TG---ACGATTCGGGTG----A--------T--T----A----TC--A----G--------A-TA---GT-GAATAT-GTT---GA---T-GA--T----GGCA------ATGA---------CAA----------G------A---C------GA--TGA-----TGACGA---T-----GTTCGTGA------TGA-----TTAGAATG---A--TAAT---GAT--G-ATAATGATG---A--TG-A---TTATGA------A---TG-C---A-----A-TG---GTAATG---A----C----AC--T------G-G-TGATTATAAT---------g
gi|12 : ttTGA-C----GATT-CG-----G-GT---GA--TTATCAG----AT--A-GTGAATATGTTGA------TGAT-----GGCAA-TG-ACAA-G--------A-CGA--TG---ATGAC---GATG-------------T--TCGTGA----TG--A----T--------TAGA---AT-GATAAT-GAT---GA---T-AA--T----GATG------ATGA---------TTA---T------G------AATGC------AA--TGG-----TAATGA---C-----ACT---GG------TGA-----TTATAATGC--ACTTTATTCAAAT--A-ATCTTGTCG---C--TG-AAAGTGAT-A------A---TTAT---gcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttaAT---G-AT---GA--TTAA--G----AT--G-A-GG------TCA------TGGG-TGT-GGAGA-TG-ATGATG--------A-TGG--TG---ATGAT---AATATGTAAA-------T--G----A----TG--A----TA-------T-TA---AT-GATGGT-ATT---GATGGT-GA--T----GATGTTAATCATGAATATGGTTTTAA---T------G------A---T------GA--TGA-----TGATGACAGT-----GAT---GA------TGG-----AAATAATG---A--TTAatatat
gi|14 : ----A---TGGTGGTCGTT--A--TTG--AT-GGA-----AAT------GGT--CATG--------GT---AGTGGTG---GTG---GTGATAA-TAA---TA--GT--AATGTTG----A--T--G-A---TGATG-G------CGGT--GATGA-TTAT-T-TA-T-G-ACGG--TTAG--A--------ATGCTGTTG---T------TGGTGATAATGTAATGA----T---GATAATG---TTCATGATGACCGTGATTaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : actatgattatgaaaA------TTA-----TAATGATA---A--TAAC---GCT--A-ATGTTGGTG---A--TG-A---TGAT-G------A---TGAT---G-----A-TG---TTGAT-----------------GT----------TGATTGTGAT---------AT---------TGATAATGA---C---G----A---TAATGTTAATGGTG--C-A--AT-G-T-----AGT------GGA--AGTG--------GT---AGTGGTA---GTG---ATAATAA-TGATTTTG--AT--GATTATG----A--T--G-A---AGAAG-A------TGAT--GATGA------C-GA-T-A-ATGA--acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : ttt----C---A----A---CGGTAACCATA--A--C-G--AT-AAA-----GAC------AAC-----G--------AT---AACGATT---ACA---ATTATGA-AAA---CG--ATACGATAACC----GTAACCG-A---TGATG-A------TATTATGATAA-TATT-T-GA-TTACATTA--TCAAAAA--------AT-ACAAAG---A------TGATGATAATG--ATGA----T---GATAATG---ATAAct
gi|17 : tcggtaacgtGTTATTA-G--A--C-A--CT-GAT-----GAT------GAT--TGTG--------AT---AATAGTACTTATG----TGATGA-TGA---TG--AT--GGTGATG----A--G--G-A---TAATG-G------TAAT--GGTGA-T------GA-T-A-ACGA--T-----A--------ACAACGATG---A------TGATGATGGTG--ACGA----G---GATNNNN---NNNNNNATGATAACGATAACAACGAagagaatgaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccCAACACTAGTATTGGTAT-GT-GGCCTT-AAC-TT-----------T--TGTTGTTAAAGA---TGATGATCA----TGAT------G-AT---AATG------ATAATGATGATG---GTGATG--GTG-TT---AACT---G--GT--T-GTAATGCTATTAT-ATCAT-----CACCTTTA-G----GTTGACAAT---G-GT---Gtg
gi|19 : gccttgT---GA------TAA-----TGATGA-----A--TTAT---AAT--T-ATGCTGATG---T--TG-----TTAT-T------G---TTGT---A-----ACTG---GTGA-----A----T----ATGAA--GAA-G-A-TGATGATGATT--------CTA----ACGATG-----G----C---G----G---TGGTGATTATG--A--A-G--AT-GAT-----GAT------TA----------------T---AATGATG---ATA---ATGACAA-TGA---TA--AT--GGTAATctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGATGTTGT-GA---T-AACCTTGA-CA--GTGGTAATGTTGCTGATGA---TGACGATTA----CTAT------G-AT---AATGTTAGTCATGATCATAATG---ATGATG--GTG-TT---GACAC--G--GT--TAAAAATG--GTTATAATC-T-----GACGTCGA-C----AGTG-CGAT---G-GT---GA--TTAT--G----AC--G-ATGA------TGA------TGGT-T-TTGGCAA-TG-TTTATG--------A-TGA--TG---ATGAT---GATG----GC-------T--TT---A----CA--A----T--------TCTA---AT-AGTGAT-GTT---G----T-GA--T----GTTG------ACGA---------TAACCTT------G------A---C------AA--TGG-----TAATGT---T-----GCT---GA------TGA-----TGACGATT---A--CTAT---GAT--A-ATGTTGGTC---A--TG-A---TCAT-A------A---TGAT---G-----A-TG---GTGTTG---A----C----ACGGT--TAA-A-AATGGTTATAAT---------CTG----ACGTCGACAGTG----C---G----A---TGGTGATTATG--A--C-G--AT-GAT-----GGT------GGT--TTTG--------GC---AATGTTT---ATG---ATGATGA-TGA---TA--AT--GATTATA----G--A--G-A---TGAAG-A------TGTT--GATGA-T--T-TCAA-C-A-ACGA--C-----A--------ACGCCGATG---A------TGATGATCTCG--ATGA----T---GATGATG---TTGATTATGCTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : GATGATG--T--C-A--AG-GGT-----TAT------GAT--TGTT--------GT---GATGGTG---GTT---GTAATGA-TGA---TG--AC--GGT--------------G-A---TGATG-G------TGGT--TATG-----C-T-GA-T-G-GTGA--T-----T--------ATGACAATG---A------TGATGATTTTA--ATTA----T---G
gi|20 : ---AT-GAT--T-GTT---G----T-GA--T----GGTGGTTGTAATGA---------TGA---T------G------A---C------GG--TGA-----TGATGG---T-----GGT---TA------TGC-----TGATGGTG---A--TTAT---GAC--A-ATGATGATG---A--Tgagaaagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gatgatgtcaagggttTGGT---GATG-------------T--T----A----T-------------------TG---GT-GTTGGT-GTT---GG---T-GA--T----GGTG------AT-----------------T------G------A----------GA--TGG-----TGTTGG---T-----TAT---GT------TGC-----TGATGATA---G--TTGT---GGT--G-ATTCTGACG---A--TGTA---TGA--A------A---TGGT---A-----A-CG---GTGGTtttaattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|22 : gtG--A--C-GTCATCGAT-----G-T------GAT--TTTG--------TTCTTGATGATA---GTG---ATGCTGA-AGA---TA--AT--GA--ACA----G--AATG-A---TGAAA-G------TGTT--GACAAAG--C-C-GA-C-G-ATAA--C-----T--------ATGACAATG---A------TGATGGTGATG--ATGA----T---GATTATG---ATAAtgtgatattggtaatgat
gi|22 : TGATAGTGATGCTGAAGA---T-AA---TGAACAGAATGATGAAAGTGTTGACAAAGCCGACGATAA----CTAT------G-AC---AATGATGATGGTGATGATGATG---ATTATG--AT
gi|23 : gacgtcatcgatgtgattttgttcttga----C---G----A---TGGTGACGACG--A--C-G--AA-GAC-----AAT------AAT--GAGG--------AT---AATGCTG---CTG---ATGGTGA-TGT---TG--AT--AACATTG----G-----------TGGTG-A------TTAC--GATAA-T--T-T----T-A-ATAA--T-----A--------ATGTTAACA---A------TGATaa
gi|24 : atattaaccatgctga----AT--G-ATGA------TGA------TG---T-T-G---A-TG-ATAAAG--------AATGA--TG---ATGGC---AACGTTGTAC-------C--A----A----TA--A----T--------T-TG------GATTAT-ATT---G----T-TAACT----AAT-------AGGA---------TAA---T------------------------GA--TGA-----TGATAG---T-----GGT---GA------TGA-----TG-CAA----------AT---GAT--A-ATG
gi|25 : GGTG---AGG---ATAATGA-AGA---TA--AG--GATGATG----A--G--G-A---TTATG-A------TGAT--GAGGA-GG-T-T-GA-T-G-AAGA--T-----A--------ATGTTGAGG---A------GGAGGATAATT--ATGA----T---GATGACG---ATGATGATaaac
gi|26 : gatgaagaggag--TGA-----TAATGG---T-----GTT---GA------TGA-----TGTTGATG---C--TGAT---GAT--A-ATGATGATG---A--TG-A---TGGT-A------A---TGCT---G-----A-T-----TGGT---------------CTGT--T---G-C-TGATAATGAT---------a
gi|27 : atgttattattattatttttttattATAA-TAA---TA--AT---ACTATT----A--AT-G-A---TGAGG-A------TGCT--GATGA-T------GA-C-A-ATAA--T-----G--------ATGATCATG---G------TTATGATGATA--GAAA----T---TATAATA---TTGATTATACTGATGATAACAACGATAattat
gi|28 : TG------ATAA---------TAA---T------G------A---T------GA--TAC-----TGATGG---T-----GC----AA------TGG-----TGACGGTG---G--TTGT---GAT--tt
gi|28 : T---G-AT---AA--TAAT--G----AT--G-ATAC------TGA------TGGT------GCAA-TG-GTGACG--------G-TGG--TT---GTGAT---GCTA-------------T--T----A----TATCAGCACT--------T-TA---AA-GTTTAT-GTT---C----C-GT--T----GGTG------ACgctattatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : T--TATA--------AT---AATATTA---CTATTTATGATGA-TGA---TG--AT--GATAATG----A--G--T-A---TAATG-G------TTAT--GATGA-T--A-A-AAGT-A-ATAA--T-----A--------ATGCTAATG---C------TGATAATTACA--ACGA----ctagtttctt
gi|29 : T--GATGA-T------GA-T-G-ATGA--T-----A--------ATGAGTATA---A------TGGTTATGATG--ATAAAAG-T---AATAATA---ATGCTAATGCTGATAATTACAACGA
gi|3 : ttataataatattactattta----TTAT------G-AT---GATGACGTAGACGATGATTGTGTTTATGATG--GTA-TT---G------------------ATG-----ATGAT--T-----G----TAA-T----GGTG-TNNN---N-NN---NN--NNNN--N----NN--N-NNNN------NNN------NNNN-N-N-NNNNN-NN-NNNNNN--------N-NNN--NN---NNNNN---NNNN----NN-------N--N----N----NN--N----N--------N-NN---NN-NNNNNN-NNN---N----N-NG--T----ATTG------GCGA---------TAC---T------G------A---T------GA--TGG-----TAATGT---T-----GCT---GATGTTGCTGA-----TGATGGTG---T--TTTT---GAT--G-ACGCTGTTGTTAA--TG-G---TGAT-ATTTTTGA---TGAT---G-----A-TGTTTCTGTTG---A----TGTTGGCGGT--GTT-G-A-TGATGATGATAGTTTAGTGTTG----ATGATGATCGTGTTTAT---G----A---TGGTGTTGATG--A--T-G--AT-GAT-----GGT------GGT--GGTG--------TT---GAGGATC---ATG---ATAATAA-TGA---TG--AT--TGTTGTG----T--T--G-A---TGATG-A------TGGT--GG-AA-T--T-T--------ATGAAGT-----G--------AAGGCGATG---ATTGTATTAATGATGGTG--TTGA----T---GATAATT---GTGATGGTGTTGATGATG
gi|3 : ggT---G-GC---GA--TACT--G----AT--G-ATGG------TAA------TG---T-T-GCTGA-TG-TTGCTG--------A-TGA--TG---GTGTTTTTGATG----ACGCTGTTGT--T----AATGGTG--A----TATTT----T-TG---AT-GATGAT-GTTTCTG----TTGA--T----GTTG------GCGG---------TGT---T------G------A---T------GA--TGA-----TGATAG---TTTAGTGTT---GA------TGA-----TGATCGTG---T--TTAT---GAT--G-GTGTTGATG---A--TG-A---TGAT-------------GGT---G-----G-TG---GTGTTG---AGGATC----ATGATAATAATG-A-TGATTGTTGTG--------TTG----ATGATGATGGTG----G---A----A---T-----TTATG--AAGT-G--AA-GGC-----GAT------GAT--TGTA--------TT---AATGATG---GTG---TTGATGA-TAA---TT--GT--GATGGTG----T--T--G-A---TGATG-AAGGTGTTGTT--GATGA-T---------T-A-ACGG--T-----C--------ATGTTGAaggtgttgttgatgattaacggtcatgttga
gi|30 : ggttatgatgatgacgtagacgatgattgtgtttatgatggtattgatgatgattgtaatggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtat-GA--T----AACG------ATGA---------CAA---T------A------A---A------GA--TGG-----CATTGA---C-----GAT---GG------TGA-----TGACGATG---A----A----GAT--A-GCGATAACG---A--TC-A---AAAC-A------A---TGAT---G-----A-CG---ATG
gi|31 : aatg---T------G------G---T------GG--TGG-----TGGCGG---T-----GAT---GA------TGG-----TGATGTTA---A--TTAT---GTT--A-ATGATGTTG---A--TG-G---TAAT-T------G---TGAT---G-----A-TG---AAGATG---A----T----A
gi|32 : gaggg-T-AA-T-A-ATGA--T-----A--------CTGATGATG---A------TGATGATGGTG--GTGA----T---GGTGGTG---GTGGTGGTGCTGCTG
gi|34 : tga----GCTG------ACGA---------CAA---C------G------A---C------AA--TGA-----TGATGA---T-----GAT---GA------TGA-----TCATCATC---A--TCAT---CAT--ctgctgctg
gi|35 : -GA--T----GAAG------ACGA---------CGA---A------G------A---C------GA--TGA-----TGATGA---G-----GAT---GA------TGA-----TGATGA
gi|36 : --TTAT---AAT--A-ATGATAATG---A--TG-A---TGAT-G------A---TGAT---G-----A-TG---GTGAT
gi|4 : TG--------A-TGA--TG---AAGAT---AATG----A--------T--A----A----TA--A----A--------T-TA----T-GATGAT---C---A----T-CA--T----ATT---------------------AA---T-------------A---T------GA--TGG-----GGATAT---T-----GAT---GAAAAA--TGA-----TCATGATA---A--TACT---ACT--A-CTGATGCTG---A--TG-A---TGGT-T------G---TGATATAG-----A-TG---ATGATG---A----C----A--GC--AAA-A-A-CAACAAAGAT-----------G----ACAATGA--GTA----CCTTG----A---TCATGATT-TT--A--T-G--AT-ATT-----GAT------GAT--TGTG--------AT---ACTGG------TG---ATGATGA-TAA---TA--AT--GATAGTG----A--A--G-A---CAATG-T------TAAA--GATGA------T-GA-T-A-ATGA--T-----A--------ATG
gi|4 : ttgtaaacattatcacaattACCTTGATCATGATTTTAT-GA---T-A---TTGA-TG--ATTGTGATACTGGTGATGA---TGATAATAA----TGATAGTGAAG-AC---AATGTTAAAGATGATGATAATG---ATAATG--AAA-TC---GACA---GCAAT--T-AGGATT--GTTATaaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaatttgatgatgaagataatgataataaattatgatgatcatcatattaatatgatggggatattgatgaaaaatgatcatgataatactactactgatgctgatgatggttgtgatatagatgatgatgacagcaaaaacaacaaagatgacaatgagtT---G-----G-TG---GTGGT---------T----GCGGT------G-A-TGAATATGAT------------------GATGGTAGTG----C---AGCTAA---TACTGATGATG--A--T-G--GT-GAT-----GATAGTGCAGCT--CATG--------CT---GATGCTG---CTG---ATGATAA-TGA---TATAAT--GATTATA----T--A--G-A---TAGTG-A------TGCT--GATG-----T-T-GA-T-T-GTTG--T-----G--------ATGGTGATATTCA------CAATGATGTTA--ATGACCTAT---GATGATG---GCAAGGATGCTGATcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gG--ATGATGATGGTGATGATAG---TGCAGCTCA----TGCT------G-AT---GCTGCTGATGATAATGAT-ATA---ATGAT----TA-T-----ATA---G-----------ATA--GTGATG--C-T-----GATGTTGATT----GTTG-TGAT---G-GT---GA--TATT--C----AC--A-ATGA------TG-------T----------TAA-TGACCTATG--------A-TGA--TGGCAAGGAT---GCTG----AT-------TA-T----A----TA--A-------------T-CA---GT-GATGAT-GTT---GA---T-AA--T----GTT--------TGA---------TGG---T------G------A---C------GA--TAC-----TGATGA---T-----GA----GA------TTA-----TTATTATT---A--TTAT---GAT--A-ATGATAATG---A--TA-A---TGGT-T------ACGTTGTT---G-----C-TG---GTAATG---A----C----GCtatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatatgatgatggtagtgcagctaatact--G-ATGC------TGG------CGGTGT-T-GATGA-TA-TTGATA--------G-TAAAGTG---TTGAT---GATG----A--------T--T----G----TG-------T--------T-TA-----------T-GTTA--G----T-GG--T----GTTG------ATGA---------T------------------------------GA--TGT-----TAATGA---T-----GAT---GA------TGA-----TGGTGGTG---T--TAAA---GAT--C-ATGATAATG---A--TG-A---TAAT-A------T---TGTT---G-----A-TG---GTGGTATTTA----C----AAAGT--GAA-G-G-TTATGATGA-----------TG----ACATGGATAAT---------G----A---TTGTGTTTATG--A--T-G--AT-TGT-----GAT------GG---TGTT--------GT-----TGTTG---ATG---ATGATTA-GGA---TG--TT--GATGATG----T--T--G-ATTTTGATG-T------TGAT--GATGATT--T-T-TA-T-A-TTGA--T-----A--------ATGGTGTTG---A------TGATGTTATTG--ACGA----TACGGATGATG---GTGTTGTTGCTGATGAatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gttTGATAATG----A---G----C---TTGTTTTTATGG-A--C-A--AG-AAT-----AAT------GATACCTTA--------CT---ATTGTTT---AT-------ATTA-TTA---TG--TT--GATTATG----A--A--G-A---CGATA-A------TGAT--GATGA-T--AAT-GA-T-A-ATGT--T-----ATTGTGGGGACGGCGACA---A------TGGTCATAATG--ATGA----G---GATGACGAGCTTGGTTTTGTAAACGGAAATGATGATAtg
gi|7 : aTAT------T-AT---TATGTTGATTATGAAGACGATA---ATGATG--ATG-AT---AA------------TGATAATG---TTAT-----T-----G-TGGGGA-C----GGCGACAAT---G-GT---CA--TAAT--G----AT--G-AGGA------TGACGAGCTTGGT-T-T-TGTAAACG-GAAATG--------A-TGA--TA---NNNNN---NNNN----NN-------N--N----N----NN--N----N--------N-NN---NN-NNT-AT-GTA---A----T-GG--T----GTTG------ATGA---------TGA---T------G------A---T------GA--TGG-----TGATGT---T-----AAT---GA------TG---------CTATT---A--TTGT---TAT-------TTGATG---A--TG-A---TGAT-A------A---TGAT---ACTATTA-TA---GTGAGG---A----C----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtaatggtgttgatgatgatgatgatggtgatgttaatgatgctattattgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|8 : atgataatgagcttgtttttatggacaagaataatgataccttactattgttta--T----GATG------ACGA---------TAA---TTGATACG------A---T------GA--TGA-----TGATGA---T-----GAG---GA------TGA-----TGAGGATG---A--TTA-----AT--A-AAAATAAT-------TA-A---TGAA-A------A---TGAT---G-----A-TG---TTAGTG---A------------------------TGATTTTAAT---------CAGTAGAACGACGACGG------C---G----A---CGATGATGATG--A--C-G--AT-GAT-----GAT------GAT--TTT---------AT---AAAAATA---ATA---ATTTTAACTGA---TA--AT--AA--ATGTNNNN--N--N-N---NNNNN-N------NNNN--NNNNN-N--N-N-NN-N-N-ATGA--T-----G--------ATGATGATG---T------TGATGATAAAG--A--A----T---GATGATG---
gi|9 : atctgtaatattctcatttgttTG-TAAT---G-GT---GA--TGAT--A----AT--G-ATGA------TGG------CAAT-TAT-TGTAA-TG-ATAGTG--------A-TAA--TG---ATGAT---GGTG----AT-------TATT----A----TA--A----TGATGGGGAT-TAT--ATTGGTGGTAGTT---G----T-GA--T-----ATG------ATGA---------TAG---T------G------A---TTTTGAAGA--TGAAGTAATGATGA---TAAATTGAT---GA------TGG-----TGATGATACAGA--TTAT----AT--G-ATGGTGGTG---A--TG-A---TGAC-A------G---TAGT---A-----A-TT---GTGAGG---G----C----AAGG-----A-A-A-T-ATTATgcaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GCGACGGCGATGGCGATGGCGGTAACAATAACGATAAAAATATCGATAACGATGA
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333 3333333333333333333333 11111111 22222222222222222222 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555 111111111 22222222222 11111111 1111 555555555555555555555555555 11111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 111111111111 11111 111111111
lowQualScore : 1 55 3333333333333333333333333333 1 1 777 6666666666666666666666 0 44444444 4 1 99999999999999999999 1 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777 22 999999999 6666 9999 55 3 55555555555 1 44 4 44444444 44 0000 555 2 333333333333333333333333333 0 666666 888 6666 1 00000000000000000 666666666 22 2 333 1 555555 3333 22 5 0 0 22 555 0 2222 1 0 22 333 2 66666 333 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 1 55 444 444 33 555 1 2 33 333 2 44 333 0 22 22 333 4444 555555 666 22 44 333 22 555555 1 1 777777777777 555 2 333 22 22222 8888888888888 22 2 333 888888888 22 33 333 444 000000000 444 33 1 777777 777 1 2
lowQualScore : . .. ............................ . . ... ...................... . ........ . . .................... . ....... ........................................... .. ......... .... .... .. . ........... . .. . ........ .. .... ... . ........................... . ...... ... .... . ................. ......... .. . ... . ...... .... .. . . . .. ... . .... . . .. ... . ..... ... . ....................................................................... .... . .. ... ... .. ... . . .. ... . .. ... . .. .. ... .... ...... ... .. .. ... .. ...... . . ............ ... . ... .. ..... ............. .. . ... ......... .. .. ... ... ......... ... .. . ...... ... . .
lowQualScore : 0 00 4444444444444444444444444444 0 0 888 0000000000000000000000 6 66666666 9 4 66666666666666666666 8 8888888 2222222222222222222222222222222222222222222 88 111111111 2222 4444 55 6 77777777777 2 11 0 22222222 22 0000 000 7 111111111111111111111111111 8 888888 888 6666 7 11111111111111111 222222222 88 3 333 0 222222 7777 55 1 5 2 55 777 6 7777 7 6 99 777 2 66666 999 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333 0 99 111 111 22 777 4 4 22 555 0 88 555 4 66 66 666 0000 333333 777 55 33 222 55 222222 9 9 777777777777 555 0 555 88 00000 3333333333333 99 1 777 444444444 99 11 999 111 000000000 444 44 0 777777 999 0 2
consensus : CAACNCTGATAATGATGT--TGT----GA---TAAC-TTGA--CGATGATGATGATGNTGA---TGATGANGA---T--------------NATTAT------G-ATAATGNTGA---------------T---GATGATGATGATGATG-------ATGGTGTTGACA-G--GT--TAGTGA-TGGTTA-TAATC-TG----ACGTCGA-C-GGTG-CGATGGTGA--TNATG----AC--G-ATGATGACG-GT-T-T-GGTAATG-NTNATG--------ATG--A----TG---A-TGATGATG--AC-T-T-ATGA----TT--TA---ATGATG------ATGTT-G-TGAT----GNTG------AC-GATGA---TG------A-CG--ATGGTGA---TGNTGAT------GA----TGA--TGACGATGATTA--T---GAT--G-ATGNTGACGA--T---G-ATGATNA---TGAT---GATGGTGATG---AC-G-C--GGTTAA-G-A-TGATN-ATGATC-TG-A--CGAT-GA-----TAGTGC---G----A---TGGTG----ATTATGAC-GAT---GATG---ATGA--TCG-TGAT-AATGN-TG---ATGAT-G--A---TGATGATG--AT--GAT--GAT----GNNG---A---TGA--TG--A---TG--ATG------ATG-A-T--T-T-G-----AT---A-AT---GA--T-----AAT------GNC----GATG--A-TG---A---------T--GATGATG--A---T---GA---------T---GATG--ATGNTGA------TGATG---CTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAACNCTGATAGTGATGT--TGT----GA---TAAC-TTGA--CAATGATGATGNTGNTGA---TGATGACGA---T--------------NATTAT------G-ATAATGNTGA---------------T---GATGATGATGATGATG-------ATGGTGTTGACA-G--GT--TAATGA-TGGTTA-TGATC-TG----ACGTTGA-C-GGTG-CGATGGTGA--TNATG----AC--G-ATGATGATG-GT-T-T-GGTAATG-NTNATG--------ATG--A----TG---A-TGATGATG--AC-T-T-ATGA----TT--TA---ATGATG------ATGTT-G-TGAT----GNTG------AC-GATAA---TG------A-CG--ATGGTGA---TGNTGAT------GA----TGA--TGACGATGATTA--T---GAT--A-ATGNTGATGA--T---G-ATGATAA---TGAT---GATGGTGATG---AC-G-C--GGTTAA-G-A-TGATT-ATGATC-TG-A--CGAT-GA-----TAGTGC---G----A---TGGTG----ATNATGAC-GAT---GATG---ATGA--TCG-TGGT-AATGN-TG---ATGAT-G--A---TGATGATG--AT--GAT--NAT----GNNG---A---TGA--TG--A---TG--ATG------ATG-A-T--T-T-G-----AT---A-AT---GA--T-----AAT------GNC----GATG--A-TG---A---------T--GATGATG--A---T---GA---------T---GATG--ATGNTGA------TGATG---CTGATGATNACGACGATAATA
gi|1 : -TG----ATGTTGA-T-GATT-TAATGATGACATTATGTTTCAC--ACATAATTATG-GC-----GATAACG-TT-ATGTTTCACAAATA--A----TA---A-TGACGATA--ACGT-T-ATTT----TT--CACACATAATG------ATTTG-G-GGGT----GATG------AC--ATAT---TGTTTCATA-CA--ATC---A---TAATGAT------GA----TGA--TGAC----ATTA--T---GTTTCACATATTGATGAATT---G-ATTACGA---C-AT---TATGTT--TT---AC-A-C--A--TAA-TTA-TGATT--TGATC-TTTA--C-AT-TA-----TGTTTC---A----AATGTGGTG----ATTATTTT-GAT---GATG---AT-A--TTA-TGTTTAACACATA---ATGAT-G--A---TGATGATG--AT--GAT--GAC----ATTA---AGTTTCA--CGC-A---TA--ATG------ATG-A-C--T-T-G-----AT---G-AT---GACGT-----AATGTTTCAGAC----AATC--A-TA---A---------T--GATGATT--ATTTT---GA---------T---GATG--ACGTTG
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagTGGTGATTATTTTGA---TGATGA---------------------TATTAT------GTTTAACAC--A---------------T---AATGATGATGATGATG-------ATGA---TGACA-----T--TAA------GTT-----TC-------ACGC-------------ATAATGA-----TG----ACTTG-ATGATGAC----------GTAATG-TTTCAG--------ACA--A----TC---A-TAATGATG--A--T-T-AT------TT--TG---ATGATG------ACGTT-G-TGTTTCCCGTTT------AC--ATTA---T-------A-TG--ATGGTGA---TTTAGAT------GA----Ttgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgTGATGATGACGTAATGTTTCAGA---CAA---TCA--TAATGATGATTATTTTGA---TGATGACGT---TGTGTTTCCCGTTTACATTAT--------ATGATGGTGA---------------TTTAGATGATTACG-TTAT--------ATGTTTCTCCCA-C--GT--TAGCGATTGGTTA-tacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattattttgatgatgatattatgtttaacacataatgatgatgatgatgatgatgacattaagtttcacgcataatgatgact---TGTTGAT------AA----TGA--TGATGATGCTTA--T---GAT--G-AT----------T---G-TTG-TAA---TGAT---GATGGT------------C--G--TAA-G-A--AATC-ATGATT-CA-C--CAAT-GAATAAATAGCAG---A----A---T--TA----ATAAAGTT-GAT---GATG---ATAA--TTGGTGGT-AATGA-TG---ATGAT-G--AAGTTGATTGTT--AG--GAT--AAA----GAGC---A---AAA--TG--A-------ATG------GAG-T-T--TAT-G-----AT---G-AT---GA--T-----AA-------ATT----GGTG--G-TG---A---------T--GGTAATG--A---T---GA---------T---GATA--ATGATGA------CTATG---TTGATGaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttatATAATAATGATG-------ATGGTGATAA----------TAAT-A-CCACTACTG--C-TG----ATGATGA-CAGGAG-TGGTGGTGA--TAATG----AT--G-ATTATGATG-GTGT-T-GATT-TG-TTGATG--------ATGCCACTGCTG---C-TGATGATG--AC------------------A---ATGGTG------ACG---A-TGAT----GATG------AT-GATGA---TG------G-TG--ATTGTGA---TGACGGT------GA----TGG--TGTTGATAATAA--T---GTT--G-ATGCTGCTGC--T---G-CTGATGG---TGAT---AATGATGATG---g
gi|12 : tagtacttTTATGAC-GATTCGGGTG---ATTA--TCA--GAT-AGTGA-AT---ATGTT-G--A---TGATGGCA--AT--GAC--AA-----GACG---A---TGA--TG--A---CG--ATGTTCGTGATG-A-T--T---------AG---A-AT---GA--T-----AAT------GAT----GATA--A-TG---A---------T--GATGATT--A---T---GA--------------ATGCAATGGTAA------TGACA---CTGGTGATTATAATG
gi|12 : AT------GA----CGA--TTCGGGTGATTA--TCA-GAT--A-GTGA-----A--T-----ATG-T-----TGAT---GATGGCAATG---AC----------AA-G-A-CG----ATGA---TG-A--CGAT----------GTTC---G--------TGATG----ATTA-GA---AT---GATA---ATGA------TGAT-AATGA-TG---ATGAT-T--A---TGA--ATGCAAT--GGT--AAT----GACA---C---TGG--TG--A---TT--ATA------ATGCA-C--T-T-T-----ATTCAA-AT---AA--T-----CTT------GTC----GCTG--A-AA---G---------T--GATAATT--A---T---cactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttATGAT-GAT---TAAG---ATGAGGTCA-TGGG-TGTGG-AG---ATGAT-G--A---TGATGGTG--AT--GATAATAT----GTAA---A---TGA--TG--ATATTA--ATG------ATG-G-TA-T-T-G-----AT---G-GT---GA--T-----GAT------GTT----AATC--A-TG---AATATGGTTTT--AATGATG--A---T---GA---------T---GATG--ACAGTGA------TGATGGAAATAATGATTAatatat
gi|14 : ----A---TGGTG----GTCGTTATTGAT---GGAA---ATGG--TCA-TGGT-AGTGG-TG---GTGGT-G--A---TAATAATA--GT--AAT--GTT----GATG---A---TGA--TG--G---CG--GTG------ATG-A-TTAT-T-T-----AT---G-AC---GG--TTAG--AAT------GCT----GTTG--T-TG---G---------T--GATAATGTAA---T---GA---------T---GATA--ATGTTCA------TGATGA--CCG-TGATTAaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : actatgattatgaaaA----TTA--TAATGATAATAA--C---GCT--A-ATGTTGGTGA--T---G-ATGATGA---TGAT---GATGTTGATG------T-T--GATTGT-G-A-T-ATTGATAAT---G-A--CGAT-AA-----T-GT-T---A----A---TGGTGCAATGTAGTGGA-AGT---GGTA---GTGG--TAG-TGAT-AATAA-TG---ATTTT-G--A---TGATTATG--AT--GAA--GAA----GATG---A---TGA--TG--A---CG--ATA------ATG-A-C--T-acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : tttC---A----A---CGGTA----ACCATAAC-GAT---AAAG---ACAA--C----GAT-AACGA-TT---ACAAT-T--A---TGAAAACG--ATACGAT--AACCGTAACCG---A---TGA--TG--A---TATTATG------ATA-A-TATT-T-G-----ATT--ACAT---TA--TCAAAAAAT-------AC----AAAG--A-TG---A---------T--GATAATG--A---T---GA---------T---GATA--ATGATAA------AGA
gi|17 : tcggtaacgtGTT----ATTA-GAC-ACT---GATG---ATGA--TTG-TGAT-AATAG-TACTTATG-T-G--A---TGATGATG--AT--GGT--GAT----GAGG---A---TAA--TG--G---TA--ATG------GTG-A-T------G-----AT---A-AC---GA--T-----AAC------AAC----GATG--A-TG---A---------T--GATGGTG--A---C---GA---------G---GATN--NNNNNNN------NNATG---ATAACGATAACAACGATgaatgaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccCAACACTAGTATTGGTAT---GT----GGCCTTAAC-TT----------T--TGTTGTTAA---AGATGATGA---T--------------CATGAT------G-ATAATG------------------------ATAATGATGATGGTG-------ATGGTGTTAACT-G--GTTGTAATGC-T-ATTA-T-ATCATC----ACCTTTA-G-GTTGACAATGGTGg
gi|19 : gccttg----TG---A-TAATGATG--AA-T-T-ATAA----TT-------ATGCTG------ATGTT-G-TTATT---GTTGTA----ACTGGTGAATATG------A-AG--AAGATGA---TGATGATTCTAACGA----TGG--CGGTGGTGATTA--TGAAGAT--G-ATGATTATAA--T---G-ATGATAA---TGAC---AATGATAATG---ctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGATGT--TGT----GA---TAACCTTGA--CAGTGGTAATGTTGCTGA---TGATGACGA---T--------------TACTAT------G-ATAATGTTAG---------------T---CATGATCATAATGATG-------ATGGTGTTGACACG--GT--TAAAAA-TGGTTA-TAATC-TG----ACGTCGA-C-AGTG-CGATGGTGA--TTATG----AC--G-ATGATGATG-GT-T-TTGGCAATG-TTTATG--------ATG--A----TG---A-TGATGATG--GC-T-TTACAA----TTC-TA---ATAGTG------ATGTT-G-TGAT----GTTG------AC-GATAACCTTG------A-CA--ATGGTAA---TGTTGCT------GA----TGA--TGACGATTACTA--T---GAT--A-ATGTTGGTCA--T---G-ATCATAA---TGAT---GATGGTGTTG---AC-A-C--GGTTAA-A-AATGGTT-ATAATC-TG-A--CGTC-GA-----CAGTGC---G----A---TGGTG----ATTATGAC-GAT---GATG---GTGG--TTT-TGGC-AATGT-TT---ATGAT-G--A---TGATGATA--AT--GAT--TAT----AGAG---A---TGA--AG--A---TG--TTG------ATG-A-T--T-TCA-----AC---A-AC---GA--C-----AAC------GCC----GATG--A-TG---A---------T--GATCTCG--A---T---GA---------T---GATG--ATGTTGA------TTATG---CTGATGAACACGACGACAATAgtaat
gi|20 : GATGATG-----T-C-AAGG----GT--TA----TGAT--------TGTT-G-TGAT----GGTGGTTGTAAT-GATGA---TG------A-CG--GTGATGA---TGGTGGT------TA----TGC--TGATGGTGATTA--T---GAC--A-ATGATGATGA--T---
gi|21 : -TGGTGATG-----T-T-AT----------TG---GTGTTG------GTGTT-GGTGAT----GGTG------AT---------TG------A--G--ATGGTGT---TGGTTAT------GT----TGC--TGATGATAGTTG--T---GGT--G-ATTCTGACGA--T---GTATGA-AA---TGGT---AACGGTGGTtttaattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gt-TG-A--TGGT-GA-----T--TGA---G----A---TGGTGTTG-GTTATGTT-GCT---GATG---ATAG--TTG-TGGT-GATTC-TG---ACGAT-GT-A---TGA-AATG--GT--AAC--GGT----GGTT---G---TGA--TA--T---TG--GTA------ATG-A-T--tgtgatattggtaatgat
gi|22 : gttggtgatgttattggtgttggtgttggGATG-TG--AT-T-T--TGT----TC--T-----TGATG------ATA---G-TGAT----GCTG------AA-GATAA---TG------AACAGAATGATGAAAGTGTTGAC------AA----AGC--CGACGATAACTA--T---GAC--A-ATGATGATGG--T---G-ATGATGA---TGAT---TATGATAA
gi|23 : gacgtcatcC---G----A---TGGTG----ACGACGAC-GAA---GACA---ATAA--TGA-GGAT-AATGC-TG---CTGAT-G--G---TGATG-T----T--GAT--AAC----ATTG---G---TGG--TG--A---TT--ACG------ATA-A-T--T-T--------T---A-AT---AA--T-----AAT------GTT----AACA--A-TG---A---------T--
gi|24 : atattaaccatgctga---ATGAT-G--A---TGATGTTG--AT--GAT--AAA----GA-----A---TGA--TG--A---TG--GCA------ACG------T-T-GTACCAAT---A-ATTTGGA--T-----TAT------ATT----GTTA--ACTA---A---------TAGGATAATG--A---T---GA---------T---GATA--GTGGTGA------TGATG---CAAATGATAATGA
gi|25 : G---ATGAA-G--A---GGAGGGTG--AG--GAT--AAT----GAAG---A---TAA--GG--A---TG--ATG------AGG-A-T--T----------------AT---GA--T-----GAT------GAG----GAGG--T-TG---A---------T--GAAGATA--A---T---GT---------T---GAGG--AGGAGGA------TAATT---ATGATGATGACGATGATGATAaac
gi|25 : ATGATGAGGATTATGA---TGATGAGGAGGTT--------------GATGAA------G-ATAATGTTGAGGAGGAGGATAATTAT---GATGATGACGATGATG-------AT
gi|26 : gatgaagaggagggtgaggataatgaagataagg--TG--A---TA--ATG------GTG------T-T-G-----AT---G-AT---GT--T-----GAT------GCT----GATG--A-TA---A---------T--GATGATG--A---T---GA---------T---GGTA--ATGCTGATTGGTCTGTTG---CTGATAATGAa
gi|27 : atgttattattattatttttttattATAATA--AT--AAT--ACT----ATTA---A---TGA--TG--A---GG--ATG------CTG-A-T------G-----AT---G-AC---AA--T-----AAT------GAT----GATC--A-TG---G---------T--TATGATG--A---TAGAAA---------T---TATA--ATATTGA------TTATA---CTGATGATAACAACGATAtattat
gi|28 : TG------AT-AATAA---TG------A-TG--ATACTGA---TGGTG-C------AA----TGG--TGACGGTGGTTG--T---GAT--tt
gi|28 : TGATAA--TAATG----AT--G-ATACTGATG-GT------GCAATG-GTGACG--------GTG--G----TT---G-TGATGCT---AT-TAT-ATCAGCACTT--TA---AAGTTT------ATGTT-C-CGTT----GGTG------AC-gctattatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : TACTA-TTTATG--------ATG--A----TG---A-TGATGATA--A-------TGA----GT-------ATAATG--------GTT-A-TGAT----GATA------AA-AGTAA---TA------A-TA--ATGCTAA---TGCTGAT------AA----TTA--CAACGActagtttctt
gi|3 : ttataataatatATGATGATGACGTAGA---CGATGATTG---T--------------GTTTAT------G-ATGGTATTGA---------------T---GATGATTGTAATGGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NN--NNNNNN-NNNNNN-NNNNN-NN----NNNNNNN-N-NNNN-NNNNNNNNN--NNNNN----NN--N-NNNNNNNNN-NN-N-N-NGTATTG-GCGATA--------CTG--A----TG---A-TGGTAATGTTGC-T-G-ATG-----TTGCTG---ATGATG------GTGTT-T-T--T----GATG------AC-GCTGT---TG------T-TA--ATGGTGA---TATTTTT------GA----TGA--TGA---TGTTTC--T---GTT--G-ATGTTGGCGG--T---G-TTGATGA---TGAT---GATAGT-----------------TTAGTG-T-TGATG-ATGATCGTG-T--TTAT-GA-----TGGTGTT--G----A---TGATG----ATGATGGT-GGT---GGTGTTGAGGA--TCA-TGAT-AATAA-TG---ATGATTGTTG---TGTTGATG--AT--GAT--GGT----GGAATTTA---TGAAGTG--A---AG--GCG------ATG-A-T--TGT-A-----TT---A-AT---GA--T-----GGT------GTT----GATG--A-TA---A---------T--TGTGATG--G---T---GT---------T---GATG--ATGAAGG------TGTTG---TTGATGATTA--ACGGTCAT
gi|30 : ggttGAT----AACG------AT-GACAA---TA------A-AG--ATGGCAT---TGACGAT------GG----TGA--TGACGATGA--A------GAT--A-GCGATAACGA--T---C-AAAACAA---TGAT---GACGATGgttga
gi|31 : aatg---TG------G-TG--GTGGTGG---CGGTGAT------GA----TGG--TGATGTTAATTA--T---GTT--A-ATGATGTTGA--T---G-GTAATTG---TGAT---GATGAAGATG---A
gi|32 : gaggg-T-A-----AT---A-AT---GA--T-----ACT------GAT----GATG--A-TG---A---------T--GATGGTG--G---T---GA---------T---GGTG--GTGGTGG------TGGTG---CTGCTGta
gi|34 : tga----GCTG------AC-GACAA---CG------A-CA--ATGATGA---TGATGAT------GA----TGA--TCATCATCATCA--T---CAT--ctgctgctg
gi|35 : GA-TG---AAGAC-G--A---CGAAGACG--AT--GAT--GAT----GAGG---A---TGA--TG--A---TG--ATG------A
gi|36 : TTAT------A-ATAATGATAA---------------T---GATGATGATGATGATG-------ATGGTG
gi|4 : TG-ATGATG--------AAG--A----TA---A-TGATAATA--AA-T-T-ATGA----T----G---ATCATC------ATATT---------------------------AA---T-------A-TG--ATGGGGA---TATTGAT------GAAAAATGA--TCATGATAATAC--T---ACT--A-CTGATGCTGA--T---G-ATGGTTG---TGATATAGATGATGATG---ACAG-C--A---AA-A-A-CAACA-AAGAT---G-A--CAAT-GA-------GTACCTTG----A---TCATG----ATT-TTAT-GAT---ATTG---ATGA--TTG-TGAT-ACTGG-TG---ATGA---------TGATAATA--AT--GAT--AGT----GAAG---A---CAA--TG--T---TA--AAG------ATG-A------T-G-----AT---A-AT---GA--T-----AAT------Gat
gi|4 : ttgtaaacattatcacaattACCTTGATCATGATTT--TAT----GA---TA---TTGA--TGATTGTGATACTGGTGA---TGATGATAA---T--------------AATGATAGTGAAG-ACAATGTTAA---------------A---GATGATGATAATGATA-------ATGAAATCGACA-GCAAT--TAG-GA-TTGTTA-Taaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaatttgatgatgaagataatgataataaattatgatgatcatcatattaatatgatggggatattgatgaaaaatgatcatgataatactactactgatgctgatgatggttgtgatatagatgatgatgacagcaaaaacaacaaagatgacaatgagt--T---GGT--G-GTGGTTGCGG--T---G-ATGAATA---TGAT---GATGGTAGTG--------C--AGCTAA-T-ACTGATG-ATGAT---G-G--TGAT-GA-----TAGTGC---AGCTCA---TGCTG----ATGCTGCT-GAT---GATA---ATGA--T-----AT-AATGA-TT---AT-AT-A-------GATAGTG--AT--GCT--GAT----GTTG---A---TTG--TT--G---TG--ATG------GTG-A-TA-T-T-C-----AC---A-AT---GA--TGTT--AAT------GACCTATGATG--A-TGGCAA---------G--GATGCTG--A---T---TATATAATCAGT---GATG--ATGTTGA------TAATG---TT--TGATGGTGACGATAcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGATGGTGATGA---TAGTGCAGC---T--------------CATGCT------G-ATGCTGCTGA---------------T---GATAATGAT-ATAATG-------ATTATATAGATA-G---------TGA-TG---------C-TG----ATGTTGATT-GTTG-TGATGGTGA--TATTC----AC--A-ATGATG-T-----------TAATGACCTATG--------ATG--A----TGGCAA-GGATGCTG--AT-TAT-ATAA-----T--CA---GTGATG------ATGTT-GATAAT----GTT--------T-GATGG---TG------A-CG--ATACTGA---TGATGA-------GA----TTA--TTATTATTATTA--T---GAT--A-ATGATAATGA--T---A-ATGGTTACGTTGTT---GCTGGTAATG---AC-G-C--ctgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatatgatgatggtagtgcagctaatactg--G-ATGCTGGCG-GTGT-T-GATGATA-TTGATA--------GTA--AAG--TG---T-TGATGATG--A--T-T-GTG-----TT--TA----------------TGTTAG-TGGT----GTTG------AT-GAT----------------G--ATGTTAA---TGATGAT------GA----TGA--TGGTGGTGTTAA--A---GAT--C-ATGATAATGA--T---G-ATAATAT---TGTT---GATGGTGGTATTTAC-A-A--AGTGAA-G-G-TTATG-ATGA---TG-A--C-ATGGA-----TAAT-----G----A---TTGTG----TTTATGAT-GAT---TGTG---ATGG--T-G-TTGT---TGT-TG---ATGAT-G--A---TTAGGATG--TT--GAT--GAT----GTTG---ATTTTGA--TG--T---TG--ATG------ATG-ATT--T-T-T-----AT---A-TT---GA--T-----AAT------GGT----GTTG--A-TG---A---------T--GTTATTG--A---C---GA---------TACGGATG--ATGGTGT------TGTTG---CTGATGATatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gtt-ATGATAATGAGC-T-T-GTT-----TTTATGG-------ACA--A----GA---A-TAATGATA--CC-T-T-ACTA----TT---------GTTT------ATATT-A-TTAT----GTTG------AT-TATGA---AG------A-CG--ATAATGA---TGATGAT------AA----TGA--TAATG-TTATTG--T---GGG--G-ACGGCGACAA--T---G-GTCATAA---TGAT---GAGGATGACG---A--G-CTTGGTT----------TT-GTAAAC-GG-AAATGAT-GA-----TANNNN---N----N---NNNNN----NNNNNNNN-NNN---NNNT---ATG----------T-AATGG-TG---TTGAT-G--A---TGATGATG--AT--GGT--GAT----GTTA---A---TGA--TGCTA---TT--ATT------GTT-A-T--T-T-G-----AT---G-AT---GA--T-----GAT------AAT----GATACTA-TT---A---------T--AGTGAGG--A---g
gi|8 : TGATG----AC----GA---TAA--TTGATACGATGATGATGATGATGAGGATGATGAGGA---T--------------GATTA---------ATAAAAATAA---------------T-----TAATGAAAATGATG-------ATG--------------T--TAGTGA-TGATTT-TAATC-AGTAGAACGACGA-C-GG---CGACGATGA--TGATG----AC--G-ATGATGATG-AT-T-T-TATAAAA-ATAATA--------ATT--T----TA---ACTGATAATA--A------ATG-----TN--NN---NNNNNN------NNNNN-N-NNNN----NNNN------NN-NNNNA---TG------A-TG--ATGATGA---TGTTGAT------GA----TAA--AGA--ATGATGA--T---GGC--A-Ac
gi|9 : atctgtaatattctcatttgttTG-TAATGGTGA--TGATA----AT--G-ATGATGGCA-AT-TAT-TGTAATG-ATAGTG--------ATA--A----TG---A-TGATGGTG--A--T-T-ATTA--------TA---ATGATGGGGATTATATTGG-TGGT----AGTT------GT-GAT-A---TG------A-TG--ATAGTGA---TTTTGAA------GA----TGAAGTAATGATGATAAATT---GAT--G-ATGGTGATGA--TACAG-ATTAT-A---TGAT---GGTGGTGATG---AT-GAC--AGT--A-G---TAATT-GTGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GCGACGGCGATGGCGATGGCGGTAACAATAACGATAAAAATATCGATAACGATGA
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 111111 22222222222222222222 11111111 111111 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333 11111 333333333333333333333333333 1111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 222222222 1111111 6666666666666666666666666666 1111111111111111 333333333333333 22222222 1111111 111111111111111111 22222222222222 111111111
lowQualScore : 1 1 888 99999999999999999999999999999 1 222222 66 99999999999999999999 44444444 4 111111 22 3333333 333333333333333333333333333333333333333333333 3 5 33333 666 666 1 66 333333333333333333333333333 44 1 0000000 55 666 3 88888888888888888888888888888888888888888888888 33 888888 000000000 1 1 55 2 55 444 2 4444444 444 444 1 2 5555555 1 4 66 22 22 333 55 0 1 3 333 333 2 333 77777777 333 2 33 444 555 0000000000000000000000000000 1 4 7777777777777777 3 222222222222222 555 444 1 444 444 444 0 00000000 666 33 333 22 0000000 555555 333 22 555555 1 111111111111111111 22 1 333 33333333333333 333 333 2 55 88888 666666666 2 22 66 444 444 444 2 33 222222222 1 444 3 1 44
lowQualScore : . . ... ............................. . ...... .. .................... ........ . ...... .. ....... ............................................. . . ..... ... ... . .. ........................... .. . ....... .. ... . ............................................... .. ...... ......... . . .. . .. ... . ....... ... ... . . ....... . . .. .. .. ... .. . . . ... ... . ... ........ ... . .. ... ... ............................ . . ................ . ............... ... ... . ... ... ... . ........ ... .. ... .. ....... ...... ... .. ...... . .................. .. . ... .............. ... ... . .. ..... ......... . .. .. ... ... ... . .. ......... . ... . . ..
lowQualScore : 0 5 888 44444444444444444444444444444 1 111111 77 55555555555555555555 66666666 9 111111 22 0000000 333333333333333333333333333333333333333333333 3 7 11111 444 444 0 22 333333333333333333333333333 66 0 8888888 00 444 6 99999999999999999999999999999999999999999999999 33 888888 222222222 2 0 00 5 66 111 4 6666666 444 111 0 2 0000000 0 5 00 99 99 777 00 9 8 1 999 999 1 777 22222222 999 4 22 111 000 7777777777777777777777777777 0 0 0000000000000000 6 000000000000000 444 444 6 111 111 111 2 00000000 111 11 777 88 0000000 555555 222 55 222222 8 111111111111111111 55 8 000 22222222222222 333 555 0 55 55555 777777777 1 99 55 111 111 111 4 22 666666666 0 444 1 0 33
consensus : CAACNCTGATGATGA---TGT--T-GT----GA---T-AAC-T--TGACGATGATGATGATGN-----TGATGATGACGAT--------------NA----TTAT------G-ATAATGNTGA--T---GATGATGATGATGATG-------ATGGTGTTGACA-G--GT--TAGTGA-TG--GTTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT---GGT---GATNATGACGATGATGGCG----GT-T-T-GGT------A---ATG-ATNAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------ATGATG---ATT-T-A---TGAT-T--TAATGATG------AT---GTT-G-TGATGNTGA-CG-ATG--A---T-GA--CG--ATGG---TGA---TGNTGA-TGATG----A--TGACGATG-A--TTA--T---GA--TGATGATGACG---AT---G-A---TGAT---NA---TGAT---GA-TGG--TG---ATG---AC-G-C--TTA--------A-GA-TG---ATNA-TGA-T-C-TG------ACGAT-GA-----TAGT-GC---GA---TGGTGATT---ATGACGAT---GA---TG---ATGATC-----G-TG---ATAATG-NTG---ATGATG--A-------TGAT------GA---TGAT--GA------TGA-T----GNNG------A---TGA--TG-ATG--ATGATGA-T--T-T-G-----AT-A-AT---G-A--T-----AAT------GNCGATGA-TGAT--GATGATG--A---T---GAT---G-A--TG---------ATGNTGATG---ATG-CTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAACNCTGATAATGA---TGT--T-GT----GA---T-AAC-T--TGACGATGATGATGATGN-----TGATGATGANGAT--------------NA----TTAT------G-ATAATGNTGA--T---GATGATGATGATGATG-------ATGGTGTTGACA-G--GT--TAGTGA-TG--GTTATA--ATCTG----ACGTCGA-CGGTG-CGAT---GGT---GATNATGACGATGATGACG----GT-T-T-GGT------A---ATG-NTNAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------ATGATG---ACT-T-A---TGAT-T--TAATGATG------AT---GTT-G-TGATGNTGA-CG-ATG--A---T-GA--CG--ATGG---TGA---TGNTGA-TGATG----A--TGACGATG-A--TTA--T---GA--TGATGNTGACG---AT---G-A---TGAT---NA---TGAT---GA-TGG--TG---ATG---AC-G-CGGTTA--------A-GA-TG---ATNA-TGA-T-C-TG------ACGAT-GA-----TAGT-GC---GA---TGGTGATT---ATGACGAT---GA---TG---ATGATC-----G-TG---ATAATG-NTG---ATGATG--A-------TGAT------GA---TGAT--GA------TGA-T----GNNG------A---TGA--TG-ATG--ATGATGA-T--T-T-G-----AT-A-AT---G-A--T-----AAT------GNCGATGA-TGAT--GATGATG--A---T---GAT---G-A--TG---------ATGNTGATG---ATG-CTGATGATNACGACGATAATA
gi|1 : G-TGAT---GTT---GATGATT-TAATGATGACATTATGT-T-T-CAC------AC--ATA-ATTAT-------GGCGA--TA---A-CG---------------------TTATG---TTT-C-A---CAAA-TAATAATGACG------ATAACGTT-A-T--TTTTCA-CACATA--A---T-GATTTG--GGGG---TGA---TGAC-A-TATTGTTTCA--T-ACAATC-A--TAA--T---GA--TGATGATGAC----AT---T-A---TGTTTCACA---TATT---GA-TGAATTG---ATT---AC-G-ACATTATGTTTTACA-CA-TA---ATTA-TGA-T-T-TGATCTTTAC-AT-TA-----TGTT-TC---AAATGTGGTGATT---ATTTTGAT---GA---TG---AT-ATT-----A-TGT--TTAACACATA---ATGATG--A-------TGAT------GA---TGAT--GA------TGA-C----ATTA------AGTTTCA--CGCATA--ATGATGA-C--T-T-G-----AT-G-AT---G-ACGT-----AATGTTTCAGACAATCA-TAAT--GATGATT--ATTTT---GAT---G-A--TG---------ACGTTG
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaaTGATGATGA---TAT--T-AT----GT---TTAAC-A--C-ATAATGATGATGATGA-----TGATGATGAC-AT--------------TAAGTTTCAC------GCATAATGATGACTT---GATGATGACG----TA-------ATGTTTCAGACA----ATCATAATGA-TG--ATTAT----TTTG----ATGATGA-CGTTG-TGTTTCCCGTTTACATTAT----ATGATGGTG----AT-T-T-AG-----------ATG-ATTAC-------Gtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattatttTGATGATGA---CGTAAT-GTTTCAGA---C-AA-----TCATAATGATGATTATTT-----TGATGATGACGTTGTGTTTCCCGTTTACA----TTAT--------ATGATGGTGA--TTTAGATGATTACG-TTAT--------ATGTTTCTCCCA-C--GT--TAGCGATTG--GTTAAA--ATttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattattttgatgatgatattatgtttaacacataatgatgatgatgatgatgatgacattaagtttcacgcataatgatgact---TGTTGA-TAATG----A--TGATGATG-C--TTA--T---GA--TGAT-----------T---G-T---TG-T---AA---TGAT---GA-TGG--T---------------CG--TA--------A-GA--A---ATCA-TGA-T-T-CA------CCAAT-GAATAAATAGC-AG---AA---T--TAATA---AAGTTGAT---GA---TG---ATAATT-----GGTG---GTAATG-ATG---ATGATG--AAGT----TGATTGTTAGGA---TAAA--GAGCAAAATGAAT----GGAG------T---TTA--TG-ATG--ATGATAA-A--T-T-G-----GT-G-GT---G-A--T-----------------GGTAA-TGAT--GATGATA--A---T---GAT---G-A--CT---------ATGTTGATG---gtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttat-A---TAAT---AA---TGAT---GA-TGG--TG---ATA---A--------TA--------A-TA-CC---ACTACTG----C-TG------ATGAT-GA-----CAGGAGT---GG---TGGTGATA---ATGATGAT---TA---TG---ATGGTG-----T-TG---AT-TTG-TTG---ATGATGCCACTGCTGCTGAT------GA---TGAC--AA------TGG-T----GACG------A---TGA--TG-ATG--ATGATGA------T-G-----GT-G-AT---T-G--T-----GAT------GACGGTGA-TGGT--GTTGATA--A---T---AAT---G-T--TG---------ATGCTGCTG---CTG-CTGATGGTGATAATGATGATg
gi|12 : tagtacttTT---ATGACGATTCGGG---TG---ATTATCAGATAG-TG---AATATG-TTG---ATGATG--G-------CAAT------GA---CAA---GA------CGA-T----GATG------A---CGA--TG-TTC--GTGATGA-T--T---------AG-A-AT---G-A--T-----AAT------GATGATAA-TGAT--GATGATT--A---T---GA------A--TGCA-------ATGGTAATG---ACA-CTGGTGATTATAATGg
gi|12 : GAT---AGT---GAATATGTTGATGATGGCA----AT-----GAC------A---A-G-ACGAT-------GATGA--CG---A-TGTTC-----------------GTGATG---A-T-T-AGAATGAT-----AATGATG------AT---A---A-TGATGATGA-TT-ATGA-A---T-G---CA--ATGG---TAA---TGACAC-TGGTG----A--TTATAATGCACTTTA--TTCAAA--TAATCTTGTCG---CT---G-AAAGTGAT---AA---TTAT---cactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttatgacgattcgggtgattatcaATGATG-A--TTA--A---GA--TGA-GGTCATGGGTGT---G-G---AGAT---GA---TGAT---GA-TGG--TG---ATG---A--------TA--------A-TA-TGTAAATGA-TGA-TAT-TA------ATGAT-GG-----TATT------GA---TGGTG------ATGATGTT---AA---TC---ATGAAT-----A-TG---GTTTTA-ATG---ATGATG--A-------TGAT------GA---CAGT--GA------TGA-T----GGAA------A---TAA--TG-ATatatat
gi|14 : -TG------ATTAT-GA-----AAAT-G-----G---TGGTCGTT---AT--TGAT---GG---AA---ATGGTC-----A-TG---GTAGTG-GTG---GTGGTG--A-------TAAT------AA---TAGT--AA------TGT-T----GATG------A---TGA--TG-GCG--GTGATGA-TTAT-T-T-----AT-G-AC---G-G--TTAG--AAT------GCTGTTGT-TGGT--GATAATGTAA---T---GAT---G-A--TA---------ATGTTCATG---ATGACCG-TGATTAtaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : actaAT---AAT---GATAATAACGCTAATG----------T-T-GGT------G---ATG-ATGAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------TTGATGTTGA-T-T-G---TGATAT--TGATAATG------AC---G---A-TAATGTTAA-TG-GTGCAA---T-G---TA--GTGGAAGTGG---TAGTGG-TAGTG----A--TAATAATG-A--TTT--T---GA--TGATTATGATG---AA---G-A---AGAT---GA---TGAT---GA-CGA--TA---ATG---AC-acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : tttattC---AA---CGGTAACC---ATAACGAT---AA---AG---ACAAC---------G---ATAACG-ATT---ACAATT--A-------TGAA------AA---CGATACGA------TAA-CCGTAACCG------A---TGA--TG-ATATTATGATAA-TATT-T-G-----ATTACAT---T-A--TCAAAAAAT-------ACAAAGA-TGAT--GATAATG--A---T---GAT---G-A--TA---------ATGATAAAG---At
gi|17 : tcggtaacgtGTTATT---A-GACACT---GA---TG---ATGATT-----G-TG---ATAATA-GTACTTATG-TG--A-------TGAT------GA---TGAT--GG------TGA-T----GAGG------A---TAA--TG-GTA--ATGGTGA-T------G-----AT-A-AC---G-A--T-----AAC------AACGATGA-TGAT--GATGGTG--A---C---GAG---G-A--TN---------NNNNNNNNN---ATG-ATAACGATAACAACGATgaatgaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccCAACACTAGTATTGG---TAT----GT----GGCCTT-AAC-T--T--------T--TGTTGT-----TAAAGATGATGAT--------------CA----TGAT------G-ATAATG-----------ATAATGATGATGGTG-------ATGGTGTTAACT-G--GT--T-GTAA-TGCTATTATATCATC------ACCTTTA-GGTTGACAAT---GGT---Gg
gi|19 : gccttgTGA-TAATG----A--TGA------A--TTA--T---AA--TTATGCTGATG---TT---G-----TTAT---TG---TTGT---AACTGG--TGAATATG---AA-G------A--------A-GA-TG---ATGA-TGATT-C-TA------ACGAT-G-----------GC---GG---TGGTGATT---ATGAAGAT---GA---TG---AT--T-------------ATAATG-ATG---ATAATG--A-------CAAT------GA---TAAT--GG------TAA-T----ctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGA---TGT--T-GT----GA---T-AACCT--TGACAGTGGTAATGTTGC-----TGATGATGACGAT--------------TA----CTAT------G-ATAATGTTAG--T---CATGATCATAATGATG-------ATGGTGTTGACACG--GT--TAAAAA-TG--GTTATA--ATCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGAT---GGT---GATTATGACGATGATGATG----GT-T-TTGGC------A---ATG-TTTAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------ATGATG---GCT-TTA---CAAT-TC-TAATAGTG------AT---GTT-G-TGATGTTGA-CG-ATA--ACCTT-GA--CA--ATGG---TAA---TGTTGC-TGATG----A--TGACGATT-A--CTA--T---GA--TAATGTTGGTC---AT---G-A---TCAT---AA---TGAT---GA-TGG--TG---TTG---AC-A-CGGTTA--------A-AAATG---GTTA-TAA-T-C-TG------ACGTC-GA-----CAGT-GC---GA---TGGTGATT---ATGACGAT---GA---TG---GTGGTT-----T-TG---GCAATG-TTT---ATGATG--A-------TGAT------GA---TAAT--GA------TTA-T----AGAG------A---TGA--AG-ATG--TTGATGA-T--T-TCA-----AC-A-AC---G-A--C-----AAC------GCCGATGA-TGAT--GATCTCG--A---T---GAT---G-A--TG---------ATGTTGATT---ATG-CTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : AT-GA-----TTGTTGT---GA---TGGTGGTTGTAATGATGAT---GACGGTG---ATGATG-----G-TG---GTTATG-CTG---ATGGTG--A-------TTAT------GACAATGAT--GA------TGA-T----TTTA------A---TTA--TG-
gi|21 : gatgatgtcaagggtt---TGAT-G--TTAT--TG------GT---GTT-GGTGTTGGTGA-TG-GTG--A---TTGA---G--ATGG---TGT---TGGTTA-TGTTG----C--TGATGATA-G--TTG--T---GG--TGATTCTGACG---AT---GTA---TGA----AA---TGGT---AA-CGG--TG---GTgagaaagtcaacttgtggtagt
gi|22 : gttggG--------------------ATG-TG---ATT-T-----TGTT-C--T--TGATG------AT---A---G-TGATGCTGA-AG-ATA--A---T-GAA-CAGAATGA---TGAAAGTGTTGA-CAAAG----C--CGACGATA-A--CTA--T---GA--CAATGATGATG---GT---G-A---TGAT---GA---TGAT---TA-TGA--TA---Atgtgatattggtaatgat
gi|23 : gacgtcatcC---GA---TGGTGACG---ACGACGAA---GA---CA---ATAATG-----A-GG---ATAATG-CTG---CTGATG--G-------TGAT------G----T--T--GA------TAA-C----ATTG------G---TGG--TG-ATT--ACGATAA-T--T-T--------T-A-AT---A-A--T-----AAT------GTTAACAA-TGAT--
gi|24 : atattaaccatgctgaATG--A-------TGAT------GA---TGTT--GA------TGA-T----AAAG------AA--TGA--TG-ATG--GCAACG-----T-T-GTACCAAT-A-ATTTGG-A--T-----TAT------ATTGTTAACTAATAGGATAATG--A---T---GAT---G-A--TA---------GTGGTGATG---ATG-CAAATGATAATG
gi|25 : GAT---GA---AG---AGGAGG-----G-TG---AGGATA-ATG---AAGATA--A-------GGAT------GA---TGAG--GA------T---T--------------A---TGA--TG-ATG--AGGAGG-----T-T-G-----AT-G-AA---G-A--T-----AAT------GTTGAGGA-GGAG--GATAATT--A---T---GAT---G-A--TG---------ACGATGATG---ATaac
gi|26 : -TG---ATAATG-GTG---TTGATG--A-------TGTT------GA---TGCT--GA------TGA-T----AATG------A---TGA--TG-ATG--ATGGTAA-TG-C-T-G-----AT----T---G-G--T------CT------GTTGCTGA-TAAT--GATa
gi|27 : atgttattattattatttttttattAT------AA---TAAT--AA------TAC-T----ATTA------A---TGA--TG-AGG--ATGCTGA-T------G-----AT-G-AC---A-A--T-----AAT------GATGATCA-TGGT--TATGATG--A---TAGAAAT---T-A--TA---------ATATTGATT---ATA-CTGATGATAACAACGATAattat
gi|28 : T---G-A--T-----AAT------AATGATGA-TACT--GATGGTGCAA---T---GGT---G-A--CG---------GTGGTTGTG---ATG-CTtt
gi|29 : ------A---TAA--TA-AT---ATTACTA-T--T-T-------AT-G-AT---G-A--T-----GAT------GATGATAA-TGAG--TATAATG--G---T---TAT---G-A--TGATAAAAGTAATAATAATGCTAATG-CTGATAATTACAACGAattatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : ttTT---ATGATGAT---GA---TG---ATGATA-----A-TGAGTATAATG-GTT---ATGATG--A-------TAAA------AG---TAAT--AA------TAA-T----GCTA------A---TGC--TG-ATA--AT
gi|3 : ttataataatattactatATGATGATGACGT-----AGACGATGATTGT--------------GT----TTAT------G-ATGGTATTGA--T---GATGATTGTAATGGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NN--NNNNNN-NN--NNNNNN--NNNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNN---NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-N-N-NGT------A---TTG-GCGAT-------ACTGA--TG---A-TG--------------------GTAATGTT-GCT-G-A---TG-T-TGCTGATGATG------GT---GTT-T-T--TGATGA-CG-CTG--T---T-GT--TA--ATGG---TGA---TATTTT-TGATG----A--TGA---TG-T--TTC--T---GT--TGATGTTGGCG---GT---G-T---TGAT---GA---TGAT---GA-TAG--T------------------TTA--------GTGT-TG---ATGA-TGA-T-CGTG------TTTAT-GA-----TGGT-GTT--GA---TGATGATG---ATGGTGGT---GG---TGTTGAGGATC-----A-TG---ATAATA-ATG---ATGATT--G-------TTGT------GT---TGAT--GA------TGA-T----GGTGGAATTTA---TGAAGTG-AAG--GCGATGA-T--TGT-A-----TT-A-AT---G-A--T-----GGT------GTTGATGA-TAAT--TGTGATG--G---T---GTT---G-A--TG---------ATGAAGGTG---TTG-TTGATGATTA--ACGGTCATtacaacga
gi|30 : ggttGATAACGA-TG-ACA--A---T-AA--AG--ATGG---CAT---TGACGA-TGGTG----A--TGACGATG-A----A------GA--TAGCGATAACG---AT---C-A---AAAC---AA---TGAT---GA-CGA--TG---gttga
gi|31 : aatgG-AGG--G---T-GG--TG--GTGG---TGG---CGGTGA-TGATG----G--TGATGTTA-A--TTA--T---GT--TAATGATGTTG---AT---G-G---TAAT---TG---TGAT---GA-TGA--AG---ATG---A
gi|32 : -T-A-----AT-A-AT---G-A--T-----ACT------GATGATGA-TGAT--GATGGTG--G---T---GAT---G-G--TG---------GTGGTGGTG---GTG-CTGCTGta
gi|33 : tgaG--A---C-GG--CG--ATGG---CGA---TGGCGG-TAACA----A--TAACGATA-A--AAA--T----A--T--CGATAACG---AT---G-A---ctgctgctg
gi|34 : gcGCTGA-CG-ACA--A---C-GA--CA--ATGA---TGA---TGATGA-TGATG----A--TCATCATC-A--TCA--T---CA--T
gi|35 : G-ATG---AAGACG--A-------CGAA------GA---CGAT--GA------TGA-T----GAGG------A---TGA--TG-ATG--ATGA
gi|36 : ----TTAT------A-ATAATGATAA--T---GATGATGATGATGATG-------ATGGTG
gi|4 : T-------GATGA--TG---A-AG--------------------ATAATG---A-T-A-A---TAAA-T--TA-TGATG------AT-----C-A-TCATATTAA-T--ATG--A---T-GG--GG--ATAT---TGA---TGAAAAATGATC----A--TGATAAT--A--CTA--C---TAC-TGATGCTGA------T---G-A---TGGT---TG---TGATATAGA-TGA--TG---ATG---ACAG-CA---A--------A-AA-CA---ACAA-AGA-T----G------ACAAT-GA-------GT-ACCTTGA---TCATGATT----TTATGAT---AT---TG---ATGATT-----G-TG---ATACTG-GTG---ATGATG--A-------TAAT------AA---TGAT--AG------TGA--------AG------A---CAA--TG-TTA--AAGATGA------T-G-----AT-A-AT---G-A--T-----AAT------Gat
gi|4 : ttgtaaacattatcacaattACCTTGATCATGA---TTT--T-AT----GA---T-A---T--TGATGATTGTGATACTGG-----TGATGATGATAAT--------------AA----TGATAGTGAAG-ACAATGTTAA--A---GATGATGATAATGATA-------ATGAAATCGACA-GCAAT--TAG-GA-TT--GTTATaaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaatttgatgatgaagataatgataataaattatgatgatcatcatattaatatgatggggatattgatgaaaaatgatcatgataatactactactgatgctgatgatggttgtgatatagatgatgatgacagcaaaaacaacaaagatgacaatgagt---TGGT--GG------TGG-T----TGCG------G---TGA--TG-AAT--ATGATGA-T------G-----GT-A-GT---GCAGCT-----AAT------ACTGATGA-TGAT--GGTGATG--A---T---AGT---GCAGCTC---------ATGCTGATG---CTG-CTGATGATAATGAT-ATAATcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGA---TGG--TAGT----G----C-AGC-TAATACTGATGATGATGGTGA-----TGATAGTGCAGCT--------------CA----TGCT------G-ATGCTGCTGA--T---GATAATGAT-ATAATG-------ATTATATAGA----------TAGTGA-TG------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGAT---GGT---GATATTCACAATGAT--------GT-------T------A---ATGACCTAT-------GATGA--TGGCAA-GG--------------------ATGCTG---ATTAT-A---TAA--T--CAGTGATG------AT---GTT-GATAATGTT---TG-ATG--G---T-GA--CG--ATAC---TGA---TGATGA--GATT----A--TTATTATT-A--TTA--T---GA--TAATGATAATG---AT---A-A---TGGT---TACGTTGTT---GC-TGG--TA---ATG---AC-G-Cgattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatGATGCTGGCG----GTGT-T-GAT------G---ATA-TTGAT-------AGTAAAGTG---T-TG--------------------ATGATG---A-T-T-G---TG-T-T--TA-------------T---GTTAG-TGGTGTTGA-TG-ATG--A---T-G--------T-----TAA---TGATGA-TGATG----A--TGGTGGTG-T--TAA--A---GA--TCATGATAATG---AT---G-A---TAAT---AT---TGTT---GA-TGG--TG---GTATTTAC-A-AAGTGA--------A-GG-TT---ATGA-TGA-----TG------AC-ATGGA-----TAAT------GA---TTGTGTTT---ATGATGAT---TG---TG---ATG--------G-TG---TTGTTG-TTG---ATGATG--A-------TTAG------GA---TGTT--GA------TGA-T----GTTG------ATTTTGA--TG-TTG--ATGATGATT--T-T-T-----AT-A-TT---G-A--T-----AAT------GGTGTTGA-TGAT--GTTATTG--A---C---GATACGG-A--TG---------ATGGTGTTG---TTG-CTGATGATatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gttTGATAATGAGCTTGT--T-TT----TA---T-G-------GACAAGAATAATGATACCTTACTATTGTTTAT-AT--------------TA----TTAT------G-TTGATTATGA--A---GACGATAATGATGATG-------ATAATGATAAT-----GT--TATTG--TG--GG----------G----ACGGCGA-CA------AT---GGT---CATAATGATGAGGATGACGA---GC-T-T-GGTTTTGTAA---ACG-GAAAT-------GATGA--TA---N-NN--------------------NNNNNN---NNN-N-N---NNNN-N--NNNNNNT-------AT---GTA-A-TGGTGTTGA-TG-ATG--A---T-GA--TG--ATGG---TGA---TGTTAA-TGATG----------CTATT-A--TTG--T---TATTTGATGATGATG---AT---A-A---TGAT---AC---T-AT---TA-TAG--TG---AGG---AC-g
gi|8 : aTGATGACGA---TAA--T--T----GA---T-A------CGATGATGATGATGATGA-----GGATGATGAGGAT--------------GA----TTA---------ATAAAAATAA--T-----TAATGAAAATGATG-------ATG--------------T--TAGTGA-TG--ATTTTA--ATCAGTAGAACGACGA-CGG---CGAC---GAT---GATGATGACGATGATGATG----AT-T-T-TAT------AAAAATA-ATAATTTTAACTGATAA--TA---AATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-N-A---TGAT-----GATGATG------AT---GTT-GATGATAAAGAATG-ATG--A---T-GG--CA--A
gi|9 : atctgtaatattctcatttgttTG-TAAT---GGT---GATGATAATGATGATGGCA----AT-TAT-TGT------A---ATG-ATAGT-------GATAA--TG---A-TG--------------------ATGGTG---A-T-T-A---TTA-----TAATGATGGGGATTAT---ATTGG-TGGTAGTTG-TG-AT---A---T-GA--TG--ATAG---TGA---TTTTGA-AGATG----AAGTAATGATG-A--TAAATT---GA--TGATGGTGATG---ATACAG-A---TTAT----A---TGAT---GG-TGG--TG---ATG---AT-GACAGT----------A-G--TA---ATTG-TGA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 333333 11111111111 44444444444444444444444 3333333333333333333 111111111111 22222222222222222222222 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111 11111111111 333333333333333 111111 1111111111111111 2222222222 11111 222222222222 111111111111
lowQualScore : 1 5 1 99 3 5 111111 1 5 5 777 2 9999 44 1 7777 0 55555555555 3 2 2 55 777 8888 4 88888888888888888888888 0 2222222222222222222 1 5 77777 333333333333 555 1 0 55555555555555555555555 555 3 1 0000000 44 555 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 777777 55555 1 777777 44 5555 55 333 2 222222222222 444 333 1 444 44 22 22 22 6666666666 22 11111111111 0 3 999999999 55555 3 333 33 2 9999 444444444444444 1 4 4 44 222222 9999999999999999 444 2 2 2 444 444 22 5555555555 88888888 1 333 22 6666666 333 22 44444 6666 22 555555 1 333 22 1 1 00000 1 999999999999 333 333 44 55 777777 111111111111 1 777777777 22 55 333 333 333 2 22 22 1 2 22 555 1 1
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . ... . .... .. . .... . ........... . . . .. ... .... . ....................... . ................... . . ..... ............ ... . . ....................... ... . . ....... .. ... . ............................................................ . ...... ..... . ...... .. .... .. ... . ............ ... ... . ... .. .. .. .. .......... .. ........... . . ......... ..... . ... .. . .... ............... . . . .. ...... ................ ... . . . ... ... .. .......... ........ . ... .. ....... ... .. ..... .... .. ...... . ... .. . . ..... . ............ ... ... .. .. ...... ............ . ......... .. .. ... ... ... . .. .. . . .. ... . .
lowQualScore : 0 7 9 77 9 7 999999 7 7 0 222 6 4444 88 0 7777 5 00000000000 6 7 3 00 000 5555 9 55555555555555555555555 4 0000000000000000000 0 0 77777 666666666666 888 0 7 66666666666666666666666 444 1 0 0000000 66 888 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 777777 11111 0 222222 88 0000 33 999 2 333333333333 111 999 0 333 88 66 99 99 4444444444 99 33333333333 3 1 888888888 66666 2 999 22 5 3333 777777777777777 0 4 4 99 777777 1111111111111111 777 5 2 4 111 111 44 2222222222 11111111 0 555 66 2222222 000 44 33333 7777 00 222222 8 222 44 8 8 22222 8 999999999999 333 222 33 00 999999 888888888888 8 333333333 55 55 555 555 555 0 88 88 0 1 99 888 0 8
consensus : CAACCCTGATGATGAT-GTT-GTGAT-AAC-T--TGAC-GATG-ATGATG--ATGNTGAT----GATGACGATNA----TTA-----T-----G-ATAATGATGA--TGATGAT---GATGATG----ATGATGGTG---------TNGACA-G--GT--TAGTGATG--GTTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT---G--------GT---GATNATGACGATGATGGCG-GT-T----T-GGT------AA---TGA-TGAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------ATG-ATGA-T--T-T--ATGAT----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G-TGATGNTG------A-CGA----TG--A---T-G------A-CG--ATGG---TGA---TGNTGATGATGA--TGACGATG-A--TTA--T---G------A--T------G----ATGATGACGAT---G-A---TG-----ATNA---TGA--TGA-TGGTG---ATGA-CGC--TTAA-G-A-TGATNA-TGA-TC-T-G-ACGATG-A-----TAGT-G-C-GA---TGG-TGATNATG-ACGAT---GATG---ATGAT--C-----G-TG--------ATAATGNTG---ATGATG--A-------TGATGAT---GAT--GA-----TGAT----GACG------A-T---GA--TG-AT-G-----A-TGATGAT--T-T-G-----AT-A-AT---G--A--T-----AAT------GNT---GATGA-TGA---------T--GATGATG--A---T---GAT---G-A--TG--ATGNTGA-TG--ATG---CTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAACNCTGATGATGAT-GTT-GTGAT-AAC-T--TGAC-GATG-ATGATG--ATGNTGAT----GATGACGATNA----TTA-----T-----G-ATAATGNTGA--TGATGAT---GATGATG----ATGATGGTG---------TTGACA-G--GT--TAGTGATG--GTTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT---G--------GT---GATNATGACGATGATGGCG-GT-T----T-GGT------AA---TGA-TNAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------ATG-ATGA-T--T-T--ATGAT----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G-TGATGNTG------A-CGA----TG--A---T-G------A-CG--ATGG---TGA---TGNTGATGATGA--TGACGATG-A--TTA--T---G------A--T------G----ATGATGACGAT---G-A---TG-----ATNA---TGA--TGA-TGGTG---ATGA-CGC--TTAA-G-A-TGATNA-TGA-TC-T-G-ACGATG-A-----TAGT-G-C-GA---TGG-TGATTATG-ACGAT---GATG---ATGAT--C-----G-TG--------ATAATGNTG---ATGATG--A-------TGATGAT---GAT--GA-----TGAT----GNNG------A-T---GA--TG-AT-G-----A-TGATGAT--T-T-G-----AT-A-AT---G--A--T-----AAT------GNC---GATGA-TGA---------T--GATGATG--A---T---GAT---G-A--TG--ATGNTGA-TG--ATG---CTGATGATNACGACGATAATA
gi|1 : AGTGATG--TTGATG--ATTTA----ATGATGA-CATT----AT---GTTTCACACAT---AATTATGGCGATAACGTTATGT-T----T-CAC------AA-----A-TAAT-------AATGA--CG---A-TA--------------------ACG--TTA-T--T-T------T----------T-CACACATAATG------ATTTG-G-GGGTGATG------A-C-A----TA--T---T-GTTTCATA-CA--ATC------A---TAATGATGATGA--TGAC-----A--TTA--T---GTTTCACA--T------A----TTGATGA--AT---------TG-----ATTA---CGACATTA-TGTT-----TTA-CAC--ATAA-TTA-TGATT--TGA-TC-T-TTAC-ATT-A-----TGTT-T-C-AAATGTGG-TGATTATT-TTGAT---GATG---AT-AT--T-----A-TGTTTAACACATAATGATG---ATGATG--A-------TGATGAT---GAC---A-----TTAA----GTT---------T---CA--CGCAT-A-----A-TGATGAC--T-T-G-----AT-G-AT---G--ACGT-----AATGTTTCAGAC---AATCA-TAA---------T--GATGATT--ATTTT---GAT---G-A--TG--ACGTTG
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaTGATGATGAT-ATT-ATGTTTAAC-A--C-AT-AATG-ATGATG--ATGATGAT----GATGAC-ATTAAGTTTCA-----C-----GCATAATGATGACTTGATGAT---GACG--------TAATGTTT---------CAGACA----ATCATAATGATG--ATTAT----TTTG----ATGATGA-CGTTG-TGTTTCCC--------GTTTACATTAT----ATGATGGTG-AT-T----T-AG--------A---TGA-TTAC-------Gtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattattt---TGTTGATAATGA--TGATGATG-C--TTA--T---G------A--T------G----AT--------T---G-T---TG------TAA---TGA--TGA-TGGT---------CG----TAA-G-A--AATCA-TGA-TT-C-A-CCAATG-AATAAATAGC-A-G-AA---T---TAATAAAG-TTGAT---GATG---ATAAT--T-----GGTG--------GTAATGATG---ATGATG--A-------AGTTGAT---TGT--TA-----GGAT----AAAG------A-G---CA--AA-AT-G-----AATGGAGTT--TAT-G-----AT-G-AT---G--A--T-----AA-------ATT---GGTGG-TGA---------T--GGTAATG--A---T---GAT---G-A--TA--ATGATGA-CT--ATG---TTGATGttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttat-A---TA-----ATAA---TGA--TGA-TGGTG---ATAA-------TAA-T-A-CCACTACTG---C-T-G-ATGATG-A-----CAGGAG-T-GG---TGG-TGATAATG-ATGAT---TATG---ATGGT--G-----T-TG--------ATT-TGTTG---ATGATGCCACTGCTGCTGATGAT---GAC--AA-----TGGT----GACG------A-T---GA--TG-AT-G-----A-TGATGAT------G-----GT-G-AT---T--G--T-----GAT------GAC---GGTGA-TGG---------T--GTTGATA--A---T---AAT---G-T--TG--ATGCTGC-TG--CTG---CTGATGGTGATAATGATGATg
gi|12 : tagtacttTTATG-ACGATTCGGGTG---ATTAT--CAGATAG-TG--------AATATGTTG---ATGATG--G-------CAATGAC---AA---GA-----CGAT----GATG------A-C---GA--TG-TT-C-----G-TGATGAT--T---------AG-A-AT---G--A--T-----AAT------GAT---GATAA-TGA---------T--GATGATT--A---T---GA------A--TGCAATGGTAA-TG--ACA---CTGGTGATTATAATGg
gi|12 : GAT---A--------GT---GAATATGTTGATGATGGCA-AT--------GAC------AA----GA-CGAT-------GATGA--CG---A-TGTTC-----------------GTG-ATGA-T--T-AGAATGAT-------------A---ATGATG------ATA---A-TGATGATG------A-TTA----TGA-A---T-G--------CA--ATGG---TAA---TGACACTGGTGA--TTATAATGCACTTTA--TTCAA------A--T------A----ATCTTGTCGCT---G-AAAGTG-----ATAA---TTA--Tcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttatgacgattcgggtgattatcaA---TGA-TGATTAAG-ATGA----GGTC---ATGGG--T-----G-TG--------G--A-GATG---ATGATG--A-------TGGTGAT---GAT--AA-----T-AT----GTAA------A-T---GA--TG-AT-ATTA--A-TGATGGTA-T-T-G-----AT-G-GT---G--A--T-----GAT------GTT---AATCA-TGAATATGGTTTT--AATGATG--A---T---GAT---G-A--TG--ACAGTGA-TG--ATGGAAATAATGATTAatatat
gi|14 : -T-G-ATTATG-A-----AAAT-G----G---TGG-TCGTTAT---TGAT---GGAA---ATGGT--C-----A-TG--------GTAGTGGTG---GTGGTG--A-------TAATAAT---AGT--AA-----TGTT----GATG------A-T---GA--TG-GC-G-----G-TGATGATTAT-T-T-----AT-G-AC---G--G--TTAG--AAT------GCT---GTTGT-TGG---------T--GATAATGTAA---T---GAT---G-A--TA--ATGTTCA-TG--ATGA--CCG-TGATTAaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : actaAT---A--------AT---GATAATAACGCTAATG-------T----T-GGT------GA---TGA-TGAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------TTG-ATGT-TGAT-T--GTGATA---------T-TG---ATAATG------ACG---A-TAATGTTA------A-TGG----TGCAA---T-G--------TA--GTGGAAGTGG---TAGTGGTAGTGA--TAATAATG-A--TTT--T---G------A--T------G----ATTATGATGAA---G-A---AG-----ATGA---TGA--TGA-CGATA---ATGA-Cacataagaatgagcaaattatct
gi|16 : tttatt-C-AA---CGG-TAACCATA-ACGAT---AAAG---ACAAC-----------G--------ATAACGATT---ACAATT--A-------TGAAAAC---GATACGA-----TAACCGTAACCG------A-T---GA--TG-AT-ATT---A-TGATAATATT-T-G-----ATTACAT---T--A--TCAAAAAAT-------ACAAAGATGA-TGA---------T--AATGATG--A---T---GAT---A-A--TG--ATAAAGA-GA--ATG---t
gi|16 : tcggtaacgtATGAAAAC-GAT-ACGAT-AAC-CG-TAACCGATG-ATGATATTATGATAATATTTGATTAC-ATTA----TCAAAAAATACAAAG-ATGATGATAA--TGATGAT---GATAATG----ATAAaggtggacaa
gi|17 : tcggtaacgtcaacggtaaccataacgataaagacaacgataacgattacaattG-TTATTA-G-ACACT---GATG---ATGAT--T-----G-TG--------ATAATAGTACTTATG-TG--A-------TGATGAT---GAT--GG-----TGAT----GAGG------A-T---AA--TG-GT-A-----A-TGGTGAT------G-----AT-A-AC---G--A--T-----AAC------AAC---GATGA-TGA---------T--GATGGTG--A---C---GAG---G-A--TN--NNNNNNN-NN--ATG---ATAACGATAACAACGATagagaatgaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccTG--TTGTTAAA----GATGATGATCA----TGA-----T-----G-ATA------A--TGATAAT---GATGATG----GTGATGGTG---------TTAACT-G--GT--T-GTAATGCTATTATATCATC------ACCTTTA-GGTTGACAAT---G--------GT---Gg
gi|19 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaactttTG-A--TAA--T---G------A--T------GAATTATAATTATGCT---G-A---TGTTGTTATTG---TTG--TAACTGGTGAATATGA-AG-----AA-G-A-TGATGA-TGATTC-T-A-ACGATG------------G-C-GG---TGG-TGATTATG-AAGAT---GATG---AT--T--------------------ATAATGATG---ATAATG--A-------CAATGAT---AAT--GG-----TAAT----ctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGAT-GTT-GTGAT-AACCT--TGAC-AGTG-GTAATG--TTGCTGAT----GATGACGATTA----CTA-----T-----G-ATAATGTTAG--TCATGAT---CATAATG----ATGATGGTG---------TTGACACG--GT--TAAAAATG--GTTATA--ATCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGAT---G--------GT---GATTATGACGATGATGATG-GT-T----TTGGC------AA---TGT-TTAT-------GATGA--TG---A-TG--------------------ATG-ATGGCT--T-T--ACAAT----------TCTA---ATAGTG------ATGTT-G-TGATGTTG------A-CGA----TA--ACCTT-G------A-CA--ATGG---TAA---TGTTGCTGATGA--TGACGATT-A--CTA--T---G------A--T------A----ATGTTGGTCAT---G-A---TC-----ATAA---TGA--TGA-TGGTG---TTGA-CACGGTTAA-A-AATGGTTA-TAA-TC-T-G-ACGTCG-A-----CAGT-G-C-GA---TGG-TGATTATG-ACGAT---GATG---GTGGT--T-----T-TG--------GCAATGTTT---ATGATG--A-------TGATGAT---AAT--GA-----TTAT----AGAG------A-T---GA--AG-AT-G-----T-TGATGAT--T-TCA-----AC-A-AC---G--A--C-----AAC------GCC---GATGA-TGA---------T--GATCTCG--A---T---GAT---G-A--TG--ATGTTGA-TT--ATG---CTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : G--------------------ATG-ATG-----T-C--AAGGG----------T-TA----TGAT--------TGTT-G-TGATGGTGGTTGTAA-TGA----TG--A---T-G------A-CG--GTGA---TGA---TGGTGGTTATGC--TGATGGTG-A--TTA--T---G------A--C------A----ATGATGATGAT---T-T---TA-----ATTA---TG
gi|21 : TGAT----------G-TT---AT--TG------GTGTT-GGTGTTGGTG------A-TGG----TG--A---TTG------A--G--ATGG---TGT---TGGTTATGTTGC--TGATGATA-G--TTG--T---G------G--T------G----ATTCTGACGAT---GTA---TG-----A-AA---TGG--TAA-CGGTG---GTgagaaagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gttggTGCTGATGATAGTT-GTGGT-GAT-TC-TGAC-GATGTATGA---------AAT----GGTAACGGTGG----TTG-----T-----G-ATATTGGTAA--TGATtgtgatattggtaatgat
gi|22 : gttggtgatgttattggtgttggtgttggtgatggtgattgagatggtgttggttatgtG--------------------ATG--TGA-T--T-T---TGTT----------C-T-----TGATG------ATA---G-TGATGCTG------A-AGA----TA--A---T-G------AACAGAATGA---TGAAAGTGTTGACAAAGC--CGACGATA-A--CTA--T---G------A--C------A----ATGATGATGGT---G-A---TG-----ATGA---TGA--TTA-TGATA---A
gi|23 : gacgtcatc-C-GA---TGG-TGACGACG-ACGAA---GACA---ATAAT--G-----A-GG--------ATAATGCTG---CTGATG--G-------TGATG-T-----T--GA-----TAAC----ATTG------G-T---GG--TG-AT-T-----A-CGATAAT--T-T--------T-A-AT---A--A--T-----AAT------GTT---AACAA-TGA---------T--
gi|24 : atattaaccatgctgaATG--A-------TGATGAT---GTT--GA-----TGAT----AAAG------AAT---GA--TG-AT-G-----G-CAACG----T-T-GTACCAAT-A-ATTTGG--A--T-----TAT------ATT---GTTAACTAA---------TAGGATAATG--A---T---GAT---G-A--TA--GTGGTGA-TG--ATG---CAAATGATAATGA
gi|25 : G---ATGAAG--A-------GGAGGGT---GAG--GA-----TAAT----GAAG------A-T---AA--GG-AT-G-----A-TGAGGAT--T--------------AT---G--A--T-----GAT------GAG---GAGGT-TGA---------T--GAAGATA--A---T---GTT---G-A--GG--AGGAGGA-TA--ATT---ATGATGATGACGATGATGATAaac
gi|26 : -TG--------ATAATGGTG---TTGATG--A-------TGTTGAT---GCT--GA-----TGAT----AATG------A-T---GA--TG-AT-G-----A-TGGTAATG-C-T-G-----AT----T---G--G--T------CT------GTT---GCTGA-TAA---------T--GAT
gi|27 : atgttattattattatttttttattATAAT---AAT--AA-----TACT----ATTA------A-T---GA--TG-AG-G-----A-TGCTGAT------G-----AT-G-AC---A--A--T-----AAT------GAT---GATCA-TGG---------T--TATGATG--A---TAGAAAT---T-A--TA--ATATTGA-TT--ATA---CTGATGATAACAACGATAattat
gi|28 : T---G--A--T-----AAT------AAT---GATGA-TAC---------T--GATGGTGCAA---T---GGT---G-A--CG--GTGGTTG-TG--ATG---CTtt
gi|29 : A--TG-AT-G-----A-TGATGAT------G-----AT-A-AT---G--A--G-----TAT------------AATGG-TTA---------T--GATGATA--A---A---AGT---A-A--TA--ATAATGC-TA--ATG---CTGATAATTACAACGAattatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|3 : ttataataatattactatttGTTA-TGAT---G--------AT---GACGTAGACGATGATTGTG-TT-TATGAT-GGT------AT---TGA-TGAT-------GATTG--TA---A-TG--------------------GTGTNNNN-N--N-N--NNNNN----------N-NN---NNNNNN------NNNNN-N-NNNNNNNN------N-NNN----NN--N---N-N------N-NN--NNNN---NNN---NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-N--NNN--N---N------N--N------N----GTATTGGCGATACTG-A---TG-----ATGG---TAA--TGT-TGCTG---ATGT-TGC--T----G-A-TGATGG-TGT-TT-TTG-ATGACG-C-----TGTT-G-TTAA---TGG-TGATATTT-TTGAT---GATG---ATGTT--T-----C-TG--------TTGATGTTG---GCGGTG--T-------TGATGAT---GAT--GATAGTTTAGT----GTTG------A-T---GA--TG-ATCGTGTTTA-TGATGGTG-T-T-G-----AT-G-AT---G--A--T-----GAT------GGT---GGTGG-TGT---------T--GAGGATC--A---T---GAT---A-A--TA--ATGATGATTGTTGTG---TTGATGATGAT
gi|3 : gATG-ATGATG--ACGTAGAC----GATGATTGTGT----TTA-----T-----G-ATGGTATTGA--TGATGATTGTAATGGTGTNNNNNNNNNNNN---------NNNNNN-N--NN--NNNNNNNN--NNNNNN--NNNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNN---N--------NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N----N-NGT------AT---TGG-CGAT-------ACTGA--TG---A-TG--------------------GTA-ATG--T--T-G--CTGATGTTG------C-TG---ATGATG------GTGTT-T-T--TGATG------A-CGC----TG--T---T-G------T-TA--ATGG---TGA---TATTTTTGATGA--TGA---TG-T--TTC--T---G------T--T------G----ATGTTGGCGGT---G-T---TG-----ATGA---TGA--TGA-TAGT--------------TTAGTG-T-TGATGA-TGA-TCGT-G-TTTATG-A-----TGGT-G-TTGA---TGA-TGATGATG-GTGGT---GGTGTTGAGGAT--C-----A-TG--------ATAATAATG---ATGATT--G-------TTGTGTT---GAT--GA-----TGAT----GGTGGAATTTA-T---GAAGTG-AA-G-----G-CGATGAT--TGT-A-----TT-A-AT---G--A--T-----GGT------GTT---GATGA-TAA---------T--TGTGATG--G---T---GTT---G-A--TG--ATGAAGG-TG--TTG---TTGATGATTA--ACGGTCATgtggaatttatgaagtgaaggcgatgattgtattaatgatggtgttgatgataattgtgatggtgttgatgatgaaggtgttgttgatgattaacggtcatgttga
gi|30 : ggttA---TGGATAACGATG-ACAAT---AAAG---ATGGC--A-----T-TG--------ACGATGGTG---ATGACG--A-------TGAAGATAGCGAT--AA-----CGATCAA-AACA------A-T---GA--TG-AC-G-----A-TGgttga
gi|31 : aGA----GG--G---T-G------G-TG--GTGG---TGG---CGGTGATGATGG--TGATGTTA-A--TTA--T---G------T--T------A----ATGATGTTGAT---G-G---TA-----ATTG---TGA--TGA-TGAAG---ATGA-
gi|32 : -T-A-----AT-A-AT---G--A--T-----ACT------GAT---GATGA-TGA---------T--GATGGTG--G---T---GAT---G-G--TG--GTGGTGG-TG--GTG---CTGCTGta
gi|33 : tgaG--A---C-G------G-CG--ATGG---CGA---TGGCGGTAACAA--TAACGATA-A--AAA--T----------A--T------------CGATAACGAT---G-A---ctgctgctg
gi|34 : gcGCTG------A-CGA----CA--A---C-G------A-CA--ATGA---TGA---TGATGATGATGA--TCATCATC-A--TCA--T---C------A--T------
gi|35 : GATG---AAGACG--A-------CGAAGAC---GAT--GA-----TGAT----GAGG------A-T---GA--TG-AT-G-----A-TGA
gi|36 : ----TTA-----T-----A-ATAATGATAA--TGATGAT---GATGATG----ATGATGGTG---------
gi|4 : ---TGA-TGAT-------GAAGA--TA---A-TG--------------------ATA-ATAA-A--T-T--ATGATGATCATCATAT-TA---AT-ATG------ATG---G-GGATATTG------A-TGAAAAATG--A---T-C------A-TG--ATAA---TAC---TACTACTGATGC--TGATGATG-G--TTG--T---G------A--TATAGATG----ATGATGACAGC---A-A---AA-----ACAA---CAA--AGA-TGACA---ATGAGTAC--CT-------TGATCA-TGA-TT-T-T-A---TG-A-----TATT-GAT-GA---TTG-TGATACTG-GTGAT---GATG---ATAAT--A-----A-TG--------ATAGTGAAG---ACAATG--T-------TAAAGAT---GAT--GA-----TAAT----GATA------A-T---GA--at
gi|4 : ttgtaaacattatcacaattACCTTGATCATGAT-TTT-ATGAT-A---T--TGAT-GAT---TG-TG--ATACTGGT----GATGATGATAA----TAA-----T-----G-ATAGTGAAGA--CAATGTT---AAAGATG----ATGATAATGATAATGAAATCGACA-GCAAT--TAG-GATT--GTTATaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaatttgatgatgaagataatgataataaattatgatgatcatcatattaatatgatggggatattgatgaaaaatgatcatgataatactactactgatgctgatgatggttgtgatatagatgatgatgacagcaaaaacaacaaagatgacaatgagtT---GGT--GG-----TGGT----TGCG------G-T---GA--TG-AA-T-----A-TGATGAT------G-----GT-A-GT---GC-AGCT-----AAT------ACT---GATGA-TGA---------T--GGTGATG--A---T---AGT---GCAGCTC--ATGCTGA-TG--CTG---CTGATGATAATGAT-ATAATcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGAT-GGTAGTG-C-AGC-TAATACT-GATG-ATGATG--GTGATGAT----AGTGCAGCTCA----TGC-----T-----G-ATGCTGCTGA--TGATAAT---GAT-ATA----ATGATTATA---------TAGA----------TAGTGATG------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGAT---G--------GT---GATATTCACAATGAT-----GT----------T------AA---TGACCTAT-------GATGA--TGGCAA-GG--------------------ATG-CTGA-T--TAT--ATAA-----------T-CA---GTGATG------ATGTT-GATAATGTT---------TGA----TG--G---T-G------A-CG--ATAC---TGA---TGATGA-GATTA--TTATTATT-A--TTA--T---G------A--T------A----ATGATAATGAT---A-A---TG-----GTTACGTTGT--TGC-TGGTA---ATGA-CGC--gattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatGATGCTGGCG-GTGT----T-GAT------GA---TAT-TGAT-------AGTAAAGTG---T-TG--------------------ATG-ATGA-T--T----GTG-T----------T-TA----------------TGTTAG-TGGTGTTG------A-TGA----TG--A---T-G------T-TA--ATGA---TGA---TGATGATGGTGG--TGTTAAAG-A--TCA--T---G------A--T------A----ATGATGATAAT---A-T---TG-----TTGA---TGG--TGG-TATTT---ACAA-AG---TGAA-G-G-TTATGA-TGA-T----G-AC-ATGGA-----TAAT-G----A---TTG-TGTTTATG-ATGAT---TGTG---ATG----------G-TG--------TTGTTGTTG---ATGATG--A-------TTAGGAT---GTT--GA-----TGAT----GTTG------A-TTTTGA--TG-TT-G-----A-TGATGAT--T-T-TT----AT-A-TT---G--A--T-----AAT------GGT---GTTGA-TGA---------T--GTTATTG--A---C---GATACGG-A--TG--ATGGTGT-TG--TTG---CTGATGATatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gttATG-A-----TAAT-G-A-GC---TTG-TTTTTATGGACAAG---AATA---ATGATACC-----T-TA--------CTATTGTTT---AT-ATT--A-------TTATGTT---GAT--TA-----TGAA----GACG------A-T---AA--TG-AT-G-----A-TGATAA-----T-G-----AT-A-AT---GTTA--T-----TGT------GGG---GACGG-CGA---------C--AATGGTC--A---T---AAT---G-A--TG--AGGATGA-CG--A-G---CTg
gi|7 : ATTA----TTA-----T-----G-TTGATTATGA--AGACGAT---AATGATG----ATGATAATG---------ATAAT-----GT--TATTG-TG--GG----------G----ACGGCGA-CA------AT---G--------GT---CATAATGATGAGGATGACGAGC-T----T-GGTTTTGTAAA---CGG-AAAT-------GATGA--TA---N-NN--------------------NNN-NNNN-N--N-N--NNNNN----------N-NN---NNNNT-------ATGTA-A-TGGTGTTG------A-TGA----TG--A---T-G------A-TG--ATGG---TGA---TGTTAATGATG------CTATT-A--TTG--T---T------ATTT------G----ATGATGATGAT---A-A---TG-----ATAC---T-A--TTA-TAGTG---AGGA-Ctggttttgtaaacggaaatgatgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtaatggtgttgatgatgatgatgatggtgatgttaatgatgctattattgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|8 : atgataatgagcttgtttttatggacaagaataatgataccttactattgtttatTGATGACGAT-AAT--TGAT-A------CGAT-GATG-ATGATG--ATGAGGAT----GATGAGGATGA----TTA-------------ATAAAAATAA--T--TAAT---GAAAATG----ATGATG-----------------------T--TAGTGATG--ATTTTA--ATCAGTAGAACGACGA-CG--G-CGAC---G--------AT---GATGATGACGATGATGATG-AT-T----T-TAT------AAAAATAA-TAATTTTAACTGATAA--TA---AATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N--N-N--ATGAT-------------G---ATGATG------ATGTT-GATGATAAAG------AATGA----TG--A---T-G------G-CA--A
gi|9 : atctgtaatattctcatttgttTTG-TAAT---G--------GT---GATGATAATGATGATGGCA-AT-TA---T-TGT------AA---TGA-TAGT-------GATAA--TG---A-TG--------------------ATG-GTGA-T--T-------AT----------TATA---ATGATGGGGATTATATTGG-TGGTAGTT------G-TGA----T---A---T-G------A-TG--ATAG---TGA---TTTTGAAGATGAAGTAATGATG-A--TAAATT---G------A--T------G----ATGGTGATGATACAG-A---TT-----AT-A---TGA--TGG-TGGTG---ATGA-TG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 2222222222222222222222 11111111 1111111111111 1111 33333333333333 111 111111111 1111 11111111111111111 222222222222222 444444444444444444444444444444444 111111111111 1111111 1111111111111 4444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 66 0000000000000000000000 1 55 4 55 1 2 5555555555555555555555 6666 44444444 2 555 44 4444444444444 2 1111 0 55555555555555 66 1 4 000 999999999 1 0000 33 5 99 66666666666666666 555 1 888888888888888 5555 33 2 444 66 000000000000000000000000000000000 666666 99999 0 2 1 888888 0 55 333 2 111111111111 0000000 333 1 333 44 666 44 333 22 22 22 22 5555555555555 2 1 77777777 666 333 1 333 3 333 22 7777 333 7777777 8 1111111111111111111111 1 3 111111111111111111111111111111111111111111 0 1 8888 333 333 33333 1 2 3333 22 444444 888888888 1 55555555 222 000000000000000 222 22 66666666 888 1 444444 222 1 2222222222222222222222222222 1 77777 44 44 222 1 1 22 55 99999999999 333 55 22 33 1 2 33 2 1 6
lowQualScore : . .. ...................... . .. . .. . . ...................... .... ........ . ... .. ............. . .... . .............. .. . . ... ......... . .... .. . .. ................. ... . ............... .... .. . ... .. ................................. ...... ..... . . . ...... . .. ... . ............ ....... ... . ... .. ... .. ... .. .. .. .. ............. . . ........ ... ... . ... . ... .. .... ... ....... . ...................... . . .......................................... . . .... ... ... ..... . . .... .. ...... ......... . ........ ... ............... ... .. ........ ... . ...... ... . ............................ . ..... .. .. ... . . .. .. ........... ... .. .. .. . . .. . . .
lowQualScore : 2 99 9999999999999999999999 1 11 0 55 4 3 8888888888888888888888 5555 77777777 9 444 22 8888888888888 9 7777 4 99999999999999 11 0 0 555 555555555 6 6666 55 0 00 55555555555555555 444 0 888888888888888 7777 77 7 111 33 999999999999999999999999999999999 444444 77777 8 1 7 999999 4 00 777 1 555555555555 6666666 555 0 555 88 222 88 555 44 66 66 66 1111111111111 6 4 33333333 222 555 9 333 0 555 88 4444 777 2222222 3 8888888888888888888888 0 1 666666666666666666666666666666666666666666 4 0 0000 777 777 77777 8 7 3333 22 666666 666666666 7 88888888 999 777777777777777 999 33 00000000 111 7 888888 999 7 5555555555555555555555555555 7 11111 00 66 999 0 7 44 22 00000000000 777 00 99 11 0 4 22 7 0 2
consensus : CAACCCTGATGATGATGT--TG----T----GA--T-AAC---TGAC-GATG-A--TGATGATGNTGATGATGAC---GNT--------------NA----TTAT------G-ATAATGAT---GA--TGAT---G---------ATGATGATG----ATGATGGTGTNGACA-G--GT--TAGTGA-TG--GTTAT------A--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT---G--------G----T---GATNATGACGATGATGGCG-GT-T----T-GGTAATG----ATGATGATGA--TGA-TG---ATG-ATGA-T--T-----T--ATGA----T----T-TA---ATGATG------ATGTT-G-TGAT-GNTG------ACGATG--A---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNT---GA--TGATGA---TGACGA---TG-A--T--TA--T---G---------ATGATGATG------ACGA---T---G-A---TGATNA---TG--A----T---GATG-------GTGATGACG---TNAA-G-A-------TGATGATG-AT--C-TG-ACGAT-G---A-----TGGTG-C---G---A---TGGTGATTATG-AC-GAT---GATG---ATGAT--CG-TGAT-AATGNTG---ATG--AT------GA---------TGAT-GATGATGA--------TGA---TGAC-------G------A---TGA--TG--------ATG---A-TG------A---TGA-T--T-T-G-----A-T-------------AA-T-----G--A--T---AATGNTGATGA-TGAT--GATGATG--ATG-----------AT---G--A--TG--ATGNTGA-TG--ATG-CTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAACCCTGATGATGATGT--TG----T----GA--T-AAC-T-TGAC-GATG-A--TGATGATGNTGATGATGAC---GAT--------------NA----TTAT------G-ATAATGAT---GA--TGAT---G---------ATGATGATG----ATGATGGTGTNGACA-G--GT--TAGTGA-TG--GTTAT------A--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT---G--------G----T---GATNATGACGATGATGGCG-GT-T----T-GGTAATG----ATGATGATGA--TGA-TG---ATG-ATGA-T--T-----T--ATGA----T----T-TA---ATGATG------ATGTT-G-TGAT-GNTG------ACGATG--A---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNT---GA--TGATGA---TGACGA---TG-A--T--TA--T---G---------ATGATGATG------ACGA---T---G-A---TGATNA---TG--A----T---GATG-------GTGATGACGC--TTAA-G-A-------TGATNATG-AT--C-TG-ACGAT-G---A-----TAGTG-C---G---A---TGGTGATNATG-AC-GAT---GATG---ATGAT--CG-TGAT-AATGNTG---ATG--AT------GA---------TGAT-GATGATGA--------TGA---TGAC-------G------A---TGA--TG--------ATG---A-TG------A---TGA-T--T-T-G-----A-T-------------AA-T-----G--A--T---AATGNTGATGA-TGAT--GATGATG--ATG-----------AT---G--A--TG--ATGNTGA-TG--ATG-CTGATGATNACGACGATAATA
gi|1 : AGTGA-TG--TTGAT------G--ATTTA----ATGATGA-CATT----AT---GTTTCACACA----T---AATTATGGCGATAACGTTATGT-T----T-CACAA------ATAATAATGA--CGA-TA---ACG--TTA-T--T-----T----------T----T-CACACATAATG------ATTTG-G-GGGT-GATG------AC-ATA--T---T-GTTTCATA-CA--ATC---------A---TAAT---GA--TGATGA---TGAC--------A--T--TA--T---GTTTCAC---ATATTGATG------A--A---T---------TGATTA---CG--ACA--T---TATG-------TT--TTACAC--ATAA-TTA-------TGATT-TG-AT--C-TTTAC-AT-T---A-----TGTTT-C---A---AATGTGGTGATTATT-TT-GAT---GATG---AT-AT--TA-TGTTTAACAC-----ATA--AT------GA---------TGAT-GATGATGA--------TGA---TGAC--------------A---TTA--AGTTTCACGCATA---A-TG------A---TGA-C--T-T-G-----A-T-------------GA-T-----G--ACGT---AATGTTTCAGA-CAAT--CATAATG--ATG-----------AT---T--A--TT--TTGATGA-TG--ACG-TTG
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaTGATGATGATAT--TA----T----GT--TTAAC-A-C-AT-AATG-A--TGATGATGATGATGATGAC----AT--------------TAAGTTTCAC------GCATAATGAT---GACTTGAT---G---------ATGACG--------TAATGTTTCAGACA----ATCATAATGA-TG--ATTAT----------TTTG----ATGATGA-CGTTG-TGTTTCCC--------G----TTTACATTAT----ATGATGGTG-AT-T----T-AG--ATG----ATtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattatttCTTGATGATGACGTAATG----TTTCAGA--C-AA----TCAT-AATG-A--TGATTATTTTGATGATGAC---GTTGTGTTTCCCGTTTACA----TTAT-----------ATGAT---GG--TGATTTAG---------ATGATTACGTT--AT-ATGTTTCTCCCA-C--GT--TAGCGATTG--GTTAA------A--ATtacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattattttgatgatgatattatgtttaacacataatgatgatgatgatgatgatgacattaagtttcacgcataatgatga---TGTT---GA--TAATGA---TGATGA---TG-C--T--TA--T---G---------ATGAT-----------------T---G-T---TG-TAA---TG--A----T---GATG-------GT-----CG----TAA-G-A--------AATCATG-AT--T-CA-CCAAT-G---AATAAATAGCA-G---A---A---T--TAATAAAG-TT-GAT---GATG---ATAAT--TGGTGGT-AATGATG---ATG--AT------GA---------AGTT-GATTGTTA--------GGA---TAAA-------G------A---GCA--AA--------ATG---AATG------G---AGT-T--TAT-G-----A-T-------------GA-T-----G--A--T---AA-ATTGGTGG-TGAT--GGTAATG--ATG-----------AT---G--A--TA--ATGATGA-CT--ATG-TTGATGgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttat--T--TA--T---A---------ATAATGATG------ATGG---T---G-A---TAATAA---TACCACTACT---GCTG-------ATGATGAC------AG-G-AGTGGTGGTGATAATG-A-----TG-ATTAT-G---A-----TGGTGTT---G---ATT-TGTTGATGATG-CC-ACT---GCTG---CTGAT--GA-TGAC-AATGGTG---ACG--AT------GA---------TGAT-GATGATGA--------TGG---TGAT-------T------G---TGA--TG--------ACG---G-TG------A---TGG-TG-T-T-G-----A-T-------------A-----------A--T---AATGTTGATGC-TGCT--GCTGCTG--ATG-----------GT---G--A--TA--ATGATGA-TG--g
gi|12 : tagtacTTATG-AC-GATTCGGGTG---ATTAT--CA--GAT-AGTGAAT---ATG--TT------GA---------TGAT-GGCAATGA--------CAA----GAC-------G------A---TGA--TG--------ACG---A-TGTTCGTGA---TGA-T--T---------A-G-------------AA-T-----G--A--T---AATGATGATAA-TGAT--GATGATT--ATG-----------A-------A--TGCAATGGTAA-TG--ACA-CTGGTGATTATAATG
gi|12 : GAT---A--------G----T---GAATATGTTGATGATGGCA-AT--------GACAA-G----ACGATGATGA--CGA-TGTTCGTG-ATGA-T--T-----AGAATGA----T-------A---ATGATG------ATA---A-TGAT-GATG------ATTATGA-A---T-G--------CA--ATGG------TAA---TGAC---AC--TGGTGA---TTATAA---TGCACTT--TA--TTCAA---------ATAATCTTG------TCGC---T---G-AAAGTGATAA---TT--A----T---cactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttatgacgattcgggtgattatcaA---T---G-A---TGATTA---AG--A----T---GA-G-------GTCATGGGTG--TGGA-G-A-------TGATGATG-A-----TG-GTGAT-G---A-----TAATA-T---GTAAA---TGATGATATTA-AT-GAT---GGTA---TTGAT--GG-TGAT-GATGTTA---ATC--AT------GAATATGGTTTTAAT-GATGATGA--------TGA---TGAC-------A------G---TGA--TG--------ATGGAAA-TA------A---TGA-T--T-atatat
gi|14 : ---A---TGGTGGTCGTT-ATTGAT---GGAA---ATGGT--CA-TGGT-AGTGGTG---GTG--GT------GA---------TAAT-AATAGTAA--------TGT---TGAT-------G------A---TGA--TG--------GCG---G-TG------A---TGA-TTAT-T-T-----A-T-------------GA-C-----G--G--TTAGAATGCTGTTGT-TGGT--GATAATGTAATG-----------AT---G--A--TA--ATGTTCA-TG--ATGACCG-TGATTAaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : actatgattatgaaaAT---A--------A----T---GATAATAACGCTAATG-------T----T-GGTGATG----ATGATGATGA--TGA-TG---TTG-ATGT-TGAT-----T--GTGA----TA---T-TG---ATAATG------ACG---A-TAAT-GTTA------ATGGTGCAA---T-G--------TA--GTGGAAG---TGG---TAGT---GG--TAGTGA---TAATAA---TG-A--T--TT--T---G---------ATGATTATG------ATGA---A---G-A---AGATGA---TG--A----T---GACG-------ATAATGACacataagaatgagcaaattatct
gi|16 : tttatt-C---A---A---CGGTAACCATA-AC-GAT---AAAG---ACAAC------GAT-AACGATT---ACA--AT------TA---------TGAA-AACGAT-A--------CGA---TAACCGTAACCG------A---TGA--TG--------ATATT-A-TG------A---TAA-TATT-T-G-----A-TTACATTATCAAAAAA-TACAAAG--A--T---GATGATAATGA-TGAT--GATAATG--ATA-----------AA---G--A--GA--ATGt
gi|17 : tcggtaacgtGTTATTA-G-AC-ACT---GATG---ATGAT--TG-TGAT-AATAGTACTTATG---T------GA---------TGAT-GATGATGG--------TGA---TGAG-------G------A---TAA--TG--------GTA---A-TG------G---TGA-T------G-----A-T-------------AA-C-----G--A--T---AACAACGATGA-TGAT--GATGGTG--ACG-----------AG---G--A--TN--NNNNNNN-NN--ATG-ATAACGATAACAACGATaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccTGTTGTTAAAGAT---GAT--------------GA----TCAT------G-AT---GAT---AA--TGAT---A---------ATGATGATG----GTGATGGTGTTAACT-G--GT--T-GTAA-TGCTATTAT------ATCATC------ACCTTTA-GGTTGACAAT---G--------G----T---Gg
gi|19 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttt--TGA-TA---ATG-ATGA-A--T-----T--ATAA----T----T------ATGCTG------ATGTT-G-TTATTGTTGTA----AC--TG--G---T-G------A-AT--ATGA------AGA---AGAT---GA--TGATGATTCTAACGA---TG-G--C--GG--T---G---------GTGATTATG------AAGA---T---G-A---TGATTA---TA--A----T---GATG-------ATAATGAC---------A-A-------TGATAATG-GT--ctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGATGT--TG----T----GA--T-AACCT-TGAC-AGTG-G--TAATGTTGCTGATGATGAC---GAT--------------TA----CTAT------G-ATAATGTT---AG--TCAT---G---------ATCATAATG----ATGATGGTGTTGACACG--GT--TAAAAA-TG--GTTAT------A--ATCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGAT---G--------G----T---GATTATGACGATGATGATG-GT-T----TTGGCAATG----TTTATGATGA--TGA-TG---ATG-ATGGCT--T-----T--ACAA----T----TCTA---ATAGTG------ATGTT-G-TGAT-GTTG------ACGATA--ACCTT-G------A-CA--ATGG------TAA---TGTT---GC--TGATGA---TGACGA---TT-A--C--TA--T---G---------ATAATGTTG------GTCA---T---G-A---TCATAA---TG--A----T---GATG-------GTGTTGACACGGTTAA-A-AA------TGGTTATA-AT--C-TG-ACGTC-G---A-----CAGTG-C---G---A---TGGTGATTATG-AC-GAT---GATG---GTGGT--TT-TGGC-AATGTTT---ATG--AT------GA---------TGAT-GATAATGA--------TTA---TAGA-------G------A---TGA--AG--------ATG---T-TG------A---TGA-T--T-TCA-----A-C-------------AA-C-----G--A--C---AACGCCGATGA-TGAT--GATCTCG--ATG-----------AT---G--A--TG--ATGTTGA-TT--ATG-CTGATGAACACGACGACAATAaat
gi|20 : G---ATG-ATG-----T-----C--AAGG----G----T-TA----TGAT--------TGTT-G-TGAT-GGTGGTTGTAATGATG--A---T-G------A-CG--GTGA------TGA---TGGT---GG--TTATGC---TGATGG---TG-A--T--TA--T---G---------ACAATGATG------ATGA---T---T-T---TAATTA---TG--
gi|21 : TGA----T----G-TT---AT--TG------GTGTT-GGTGTT-GGTG------ATGGTG--A---TTG------A--G--ATGG------TGT---TGGT---TA--TGTTGC---TGATGA---TA-G--T--TG--T---G---------GTGATTCTG------ACGA---T---GTA---TGA-AA---TG--G----T---AACG-------GTGGTgagaaagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gttggCTGATGATA--GT--TG----T----GG--T-GAT-TCTGAC-GATGTA--TGA-------AATGGTAAC---GGT--------------GG----TTGT------G-ATATTGGT---AA--TGAT---tgtgatattggtaatgat
gi|22 : gttggtgatgttattggtgttggtgttggtgatggtgattgagatggtgttggttatgttgG---ATG--TGA-T--T-----T---TGT----T----C-T-----TGATG------ATA---G-TGAT-GCTG------AAGATA--A---T-G------AACAGAATGA------TGAAAGTGTT---GA--CAAAGC---CGACGA---TA-A--C--TA--T---G---------ACAATGATG------ATGG---T---G-A---TGATGA---TG--A----T---TATG-------ATAA
gi|23 : gacgtcatc-C---G---A---TGGTGACGACG-AC-GAA---GACA---ATAAT--GA-GGAT-AATGCTG---CTG--AT------GG---------TGAT-GTTGATAA--------C-A---T--T-------G------G---TGG--TG--------ATT---A-CG------A---TAA-T--T-T---------T-------------AA-T-----A--A--T---AATGTTAACAA-TGAT--
gi|24 : atattaaccatgctga---ATG--AT------GA---------TGAT-GTTGATGA--------TAA---AGA---------------A---TGA--TG--------ATG---G-CA------A---CG-----T-T-GTACCAA-T-------------AA-TTTG--G--A--T---TATATTGTTAACTAATAGGATAATG--ATG-----------AT---G--A--TA--GTGGTGA-TG--ATG-CAAATGATAATGA
gi|25 : -GAT---GAAG---AGGAG--GG-TGAG-GATAATG---AAG--AT------AA---------GGAT-GATGAGGA--------TTA---TGAT-------G------A---TGA--GG--------AGG------------------------T-T-G-----A-T-------------GA-A-----G--A--T---AATGTTGAGGA-GGAG--GATAATT--ATG-----------AT---G--A--TG--ACGATGA-TG--ATaac
gi|26 : -TGAT-AATGGTG---TTG--AT------GA---------TGTT-GATGCTGA--------TGA---TAAT-------G------A---TGA--TG--------ATG---A-TG------G---TAA-TG-C-T-G-----A-T----------------T-----G--G--T----CTGTTGCTGA-TAAT--GATa
gi|27 : atgttattattattatttttttatt-TAAT-AATACTA---TTA--AT------GA---------TGAG-GATGCTGA--------TGA---TGAC-------A------A---TAA--TG--------ATG---A-TC------A---TGG-T--TAT-G-----A-TGATAGA-------AA-T-----T--A--T---AATATTGATTA-TACT--GATGATA--ACA-----------AC---G--A--Tattat
gi|28 : ataa-T-----G--A--T---AATAATGATGA-TACT--GATGGTGCAATG-----------GT---G--A--CG--GTGGTTG-TG--ATG-CTatt
gi|28 : T---G--------A----T---AATAATGATGATACTGATG-GT---------GCAATG----GTGACGGTGG--TTG-TG---ATG-CT-A-T--TA----T--ATCAGCACT----T-TA---AAGTTT------ATGTT-C-CGTT-GGTG------ACattatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : --AT------GA---------TGAT-GATGATGA--------TAA---TGAG-------T------A---TAA--TG--------GTT---A-TG------A---TGA-T--A-A-A-----AGT-------------AA-T-----A--A--T---AATGCTAATGC-TGAT--AATTACA--ACG-----------Actagtttctt
gi|3 : ttataataatattactatttGTTA-TGAT---G--------A----T---GACGTAGACGATGATTGTG-TT-TATGAT-GGTATTG----ATGATGATTG--TAA-TG---GTGTNNNN-N--N-----N--NNNN----N----N-NN---NNNNNN------NNNNN-N-NNNN-NNNN------NNNNNN--N---N-N------N-NN--NNNN------NNN---NNNN---NN--NNNNNN---NNNNNN---NN-N--N--NN--N---N---------NNNGTATTG------GCGATACT---G-A---TGATGG---TA--A----T---GTTG-------CTGATGTTGC--T----G-A-------TGATGGTGTTT--T-TG-ATGAC-G---C-----TGTTGTT---A---A---TGGTGATATTT-TT-GAT---GATG---ATGTT--TC-TGTT-GATGTTG---GCG--GT------GT---------TGAT-GATGATGATAGTTTAGTGT---TGAT-------G------A---TGA--TC--------GTGTTTA-TG------A---TGG-TG-T-T-G-----A-T-------------GA-T-----G--A--T---GATGGTGGTGG-TGTT--GAGGATC--ATG-----------AT---A--A--TA--ATGATGATTGTTGTG-TTGATGATGAT
gi|3 : gATG-A--TGATGACGTAGACGATGATTGTGTT--------------TA----TGAT------G-GTATTGAT---GA--TGAT---T---------GTAATGGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NN--NNNNNN-NN--NNNNN------N--NNNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNN---N--------N----N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N----N-NGTATTG----GCGATACTGA--TGA-TG---GTA-ATG--T--T-----G--CTGA----TGTTGC-TG---ATGATG------GTGTT-T-T--T-GATG------ACGCTG--T---T-G------T-TA--ATGG------TGA---TATT---TT--TGATGA---TGA------TG-T--T--TC--T---G---------TTGATGTTG------GCGG---T---G-T---TGATGA---TG--A----T---GATA-------GT----------TTAGTG-T-------TGATGATG-AT--CGTG-TTTAT-G---A-----TGGTG-TT--G---A---TGATGATGATG-GT-GGT---GGTGTTGAGGAT--CA-TGAT-AATAATG---ATG--AT------TG---------TTGT-GTTGATGA--------TGA---TGGT-------GGAATTTA---TGAAGTG--------AAG---G-CG------A---TGA-T--TGT-A-----T-T-------------AA-T-----G--A--T---GGTGTTGATGA-TAAT--TGTGATG--GTG-----------TT---G--A--TG--ATGAAGG-TG--TTG-TTGATGATTA--ACGGTCATgtggaatttatgaagtgaaggcgatgattgtattaatgatggtgttgatgataattgtgatggtgttgatgatgaaggtgttgttgatgattaacggtcatgttga
gi|30 : ggtt-AATG--G---ATA--AC------GA---------TGAC-AATAAAGA--------TGGCATTGAC-------G------A---TGG--TG--------ATG---A-CG------A---TGA-A------G-----A-T-------------AG-C-----G--A--T---AACGATCAAAA-CAAT--GATGACG--ATG-----------gttga
gi|31 : -TGGT-GGTG-G--TGGCGGTGATGATGGTGAT---GTT--------------AA----TTAT------G-TTAATGAT---GT--TGAT---GGTAATTGTGATGATGAAG----ATGAT
gi|32 : gaggg-T-A-----A-T-------------AA-T-----G--A--T---ACTGATGATGA-TGAT--GATGGTG--GTG-----------AT---G--G--TG--GTGGTGG-TG--GTG-CTGCTGa
gi|33 : tgaG--A---C-G------G-CG--ATGG------CGA---TGGC---GG--TAACAA---TAACGA---TA-A--A--AA--T-------------AT--CGATA------ACGA---T---G-A---ctgctgctg
gi|34 : gc-GCTG------ACGACA--A---C-G------A-CA--ATGA------TGA---TGAT---GA--TGATGA---TCATCA---TC-A--T--CA--T---C---------AT
gi|35 : GATG---AAG--AC------GA---------CGAA-GACGATGA--------TGA---TGAG-------G------A---TGA--TG--------ATG---A-TG------A---
gi|36 : ----TTAT------A-ATAATGATAATGA--TGAT---G---------ATGATGATG----ATGGTGAT
gi|4 : A----TTAT------C-ACAATT-T---GA--TGAT---G---------AAGATAATG----ATAAT---------A-A--AT--TA-TGA-TG--ATCATCATATTA--ATATG----ATGGGGA-TATTG---AT---G--------AAAAAT---GATCATGATAATA----------C----T-ACTACTG----ATGCTGATGA--TGG-T-----TG--TGA-T--A-----T--A-GA-----------TG---ATGATG------ACA---G-CAAA-AACA------ACAAAG--A---T-G------A-CA--ATGAGTACCTTGA---TCAT---GATTTTATGA---TATTGA---TG-A--T--TG--T---G---------ATACTGGTG------ATGA---T---G-A---TAATAA---TG--A----T---AGTG-------AAGACAATGT--TAAA-G-A-------TGATGATA-A-----TG-ATAAT-G---A------AAT--C---G---A---CAGCAATTA-G----------GATT---GTTAT--CG-TTAT---TGTTG---TGG--AA------GAAG-------TGGTAGATGCTGA--------T
gi|4 : ttgtaaacTG----ATGATGAAGA--TAA-TG---ATA-ATAA-A--T-----T--ATGA----T-------G---ATCATC------ATATT-A---AT--------------ATG--A---T-G------G-GG--ATAT------TGA---TGAA---AAA-TGATCA---TGATAA---T--A--C--TA--C---T---------AC--TGATG------CTGA---T---G-A---TGGTTG---TG--A----TATAGATG-------ATGATGACAG--CAAA-A-A-------CAACAAAG-AT-----G-ACAAT-G---A-------GTA-CCTTG---A---TCATGATT-TT-AT-GAT---ATTG---ATGAT--TG-TGAT-ACTGGTG---ATG--AT------GA---------TAAT-AATGATAG--------TGA---AGAC-------A------A---TGT--TA--------AAG---A-TG------A------------T-G-----A-T-------------AA-T-----G--A--T---AATGctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|4 : ttgtaaacattatcacaattACCTTGATCATGATTT--TA----T----GA--T-A---T-TGAT-GATT-G--TGATACTGGTGATGATGAT---AAT--------------AA----TGATAGTGAAG-ACAATGTT---AA--AGAT---G---------ATGATAATG----ATAATGAAATCGACA-GCAAT--TAG-GA-TT--GTTAT------aaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaatttgatgatgaagataatgataataaattatgatgatcatcatattaatatgatggggatattgatgaaaaatgatcatgataatactactactgatgctgatgatggttgtgatatagatgatgatgacagcaaaaacaacaaagatgacaatgagtTGGTGG--------TGG---TTGC-------G------G---TGA--TG--------AAT---A-TG------A---TGA-T------G-----G-T-------------AG-T-----GC-AGCT---AATACTGATGA-TGAT--GGTGATG--ATA-----------GT---GC-AGCTC--ATGCTGA-TG--CTG-CTGATGATAATGAT-ATAATcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gTGATGATGGTAG--TG----CA---GC--T-AAT-----ACTGATG-A--TGATGGTGATGATAGTGCA---GCT--------------CA----TGCT------G-ATGCTGCT---GA--TGAT---A---------ATGAT-ATA----ATGATTATATAGA----------TAGTGA-TG------------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGAT---G--------G----T---GATATTCACAATGAT-----GT----------TAATGACCTATGATGATGG--CAA-GG---ATG-CTGA-T--TA----T--ATAA---------T-CA---GTGATG------ATGTT-GATAAT-GTT--------TGATG--G---T-G------A-CG--ATAC------TGA---TGAT---GA---GATTA---TTATTA---TT-A--T--TA--T---G---------ATAATGATA------ATGA---T---A-A---TGGTTACGTTG--T----T---GCTG-------GTAATGACGC--gattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaataGATGCTGGCG-GTGT----T-GATGATA----TTGATAGTAAAGTGT-TG---ATG-ATGA-T--TGTGTTT--ATG----------T-TA---GTGGTG------TTGAT-GATGAT-GTTA------ATGATG--A---T-G------A-TG--ATGG------TGG---TGTTAAAGA--TCATGA---TAATGA---TG-A--TAATA--TT--G---------TTGATGGTGGTATTTACAAAG-T---G-A---AGGTTA---TG--A----T---GATG-------AC-ATG----------------------GATAATG-AT--T----------------------------------------GTGTTTATG-AT-GAT---TGTG---ATG-----G-TGTT-GTTGTTG---ATG--AT------GA---------TTAG-GATGTTGA--------TGA---TGTT-------G------ATTTTGA--TG--------TTG---A-TG------A---TGATT--T-T-T-----A-T-------------AT-T-----G--A--T---AATGGTGTTGA-TGAT--GTTATTG--ACG-----------ATACGG--A--TG--ATGGTGT-TG--TTG-CTGATGATatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gttAT-G---A-----TAATG-A---G---C---TTGTTTTTATGGAC-AAG---AATA---ATGATACCT-TACT-ATTGTTT---AT---AT------TA---------TTAT-GTTGATTA--------TGA---AGAC-------G------A---TAA--TG--------ATG---A-TG------A---TAA------T-G-----A-T-------------AA-T-----GTTA--T---TGTGGGGACGG-CGAC--AATGGTC--ATA-----------AT---G--A--TG--AGGATGA-CG--A-G-CTg
gi|7 : -A---TGATAA---TG--A--------GCTT-------GTTTTTATGG--ACAA-G-A---------ATAATG-ATACC-TT-ACTATTGTTTA-----TATTA-T---T---A---TGTTGATTATG-AA-GAC---GATA---ATGAT--GA-TGAT-AATGATA---ATGTTATTGTGGGGA---------CGGC-GACAATGG--------TCA---TAAT-------G------A---TGA--GG--------ATG---A-CG------AGCTTGG-T--T-T-T-----G-T-------------AAAC-----G--G--A---AATGATGATAN-NNNN--NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNTAT---GTAA--TG--GTGTTGA-TG--ATG-ATGATGATGGTGATGTTAATtggttttgtaaacggaaatgatgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtaatggtgttgatgatgatgatgatggtgatgttaatgatgctattattgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|7 : ATG----TTGATTATGA--AGA-CG---ATA-ATGA-T--G--------ATGA----T-------A---ATGATA------ATGTT-A-TTGT-GGGG------ACGGCG--A--------------CA--ATGG------TCA---TAAT---GA--TGAGGA---TGACGAGCTTG-G--T--TT--T---GTAAACGGAAATGATGATA------NNNN---N---N-N---NNNNNN---NN--N----N---NNNNNNNNTATGTAATGGTGT--TGAT-G-A-------TGATGATG-AT--GGTG-ATGTT-A---A-----TGATG-C---T---A---TTATTGTTATT--T-GAT---GATG---ATGAT--AA-TGAT-ACTATT----ATA--GT------GA---------GGAgatgctattattgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|8 : atgataatgagcttgtttttatggacaagaataatgataccttactattgtttatattattTGATGACGATAA--T-----T----GA--T-A-----CGAT-GATG-A--TGATGATGAGGATGATGAG---GAT--------------GA----TTA---------ATAAAAAT---AA--T--T---A---------ATGAAAATG----ATGAT--------------GT--TAGTGA-TG--ATTTT------A--ATCAGTAGAACGACGA-CG--G-CGAC---G--------A----T---GATGATGACGATGATGATG-AT-T----T-TATAAAA----ATAATAATTT--TAACTG---ATA-ATAA-------------ATG-----T----N-NN---NNNNNN------NNNNN-N-NNNN-NNNN------NNNNNN--A---T-G------A-TG--ATGA------TGA---TGTT---GA--TGATAA---AGA--A---TG-A--T--GA--T---G---------c
gi|9 : atctgtaatattctcatttgttTTG-TAAT---G--------G----T---GATGATAATGATGATGGCA-AT-TA---T-TGTAATG----ATAGTGATAA--TGA-TG---ATG-GTGA-T--T-----------A----T----TATA---ATGATGGGGATTATATTGG-TGGT-AGTT------GTGAT---A---T-G------A-TG--ATAG------TGA---TTTT---GA--AGATGAAG-TAATGA---TG-A--T--AAATT---G---------ATGATGGTG------ATGA---TACAG-A---TTAT-A---TG--A----T---GGTG-------GTGATGATGgcaa
gi|9 : TGATAGTGATTT--TGAAGAT----GAAGT-AA----TGAT-GATA-AATTGATGATGGTGATGAT-AC---A----------------GA----TTAT--------ATGATGGT---GG--TGAT---G---------ATGACAGTA----GTAATTGTGAGGGCA-A--Gacagtagtaattgtgagggcaaggaaatattattggtaattgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444 111111111 2222222222222222222222 111111111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 444444444444444444444 44444444444444444444444 1111111 111111 11111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 111111111111111111 111111111111111 222222222222222 111111
lowQualScore : 6 222222222222222222222222222 4 555555555 99999 666 4444444444444444444444 2 555 2 444 111111111 0000 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1 44 111111111111111111111 7777 44 3 2 00000000000000000000000 0 0000000 000000 1 2 44444444444 777 2 33333 8888888 333 1 1 22 22 777777 5555 22 22 0 4444 77 333 2 666666 66666 333 33 5555 333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 33 5555 444 444 88888888888 2 2 333 22 1 22 22 222222222222222222 333 44444 111111111111111 333 333 22 66666666 22 1 333 2 444444444444444 111111 2 333 1 55 88888 1 666 1 777777777 22 22 55 444 777777 1 777 1 6
lowQualScore : . ........................... . ......... ..... ... ...................... . ... . ... ......... .... . ............................................................. ........ . .. ..................... .... .. . . ....................... . ....... ...... . . ........... ... . ..... ....... ... . . .. .. ...... .... .. .. . .... .. ... . ...... ..... ... .. .... ... ............................................................................ ... .. .... ... ... ........... . . ... .. . .. .. .................. ... ..... ............... ... ... .. ........ .. . ... . ............... ...... . ... . .. ..... . ... . ......... .. .. .. ... ...... . ... . .
lowQualScore : 0 444444444444444444444444444 0 555555555 11111 444 4444444444444444444444 9 000 9 777 444444444 0000 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 0 55 888888888888888888888 1111 66 3 6 77777777777777777777777 3 1111111 222222 3 8 77777777777 444 4 66666 9999999 555 0 9 66 66 444444 5555 66 88 8 5555 22 777 0 111111 88888 999 11 4444 999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 44 9999 111 111 99999999999 0 8 000 44 7 33 33 333333333333333333 000 33333 222222222222222 222 222 55 66666666 55 8 333 0 000000000000000 222222 0 333 9 22 11111 0 000 9 666666666 66 88 88 111 222222 0 333 0 3
consensus : CAATCCTGATGATGA---T-GT--T-GT----GATAA--C--TGACGATG-ATGATGATGN--------TG-----ATG---ATGAC---GNT--------------NATTATGAT-AA---TG-ATAATGAT---G---------ATGATGATG----ATGATGGTGTT-ACA-GGTTAGTG-A-TG--ATTATA--A----TCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGATG--------GTGATNATGACGATGATGGCG-GT-T-T-NGT------AATG----ATGATGATGA--TGA-TGATGATGA-TT-TGTGAT----T-TA---ATGATG------ATGT--T-G-TGATGNTG------AC---GATGA---T-GA-CG--ATGG------TGA---TGNTGA-TG--ATGA--TGA---CGAT---GATTA--TGA--TGATGA---TGATGAT---G-ATG------ATAA---TGAT---GA--TGGTG---ATG---AC---G----TNA--------A-GATGA-TGA-TGA-T--C-TGA------CGAT-GA-----T-GGTG----C---GA---TG--GTGATTATGACGAT---GA---TGATGATC-----G-TGAT-AATGNTG---ATGATGA--TGAT-GAT--G--AT------------------GATGA---T-----GAC-------G------A---TG---A--TG--------ATG--A-T---GATG-A-T--T--T-G-----AT------A-AT---G-A--T-----AATGNT---GATGA-TGA---------T--G--ATGATG--ATGAT---GATG------ATGNTGATGATG---CTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAACCCTGATGATGA---T-GT--T-GT----GATAA--C--TGACGATG-ATGATGATGN--------TG-----ATG---ATGAC---GNT--------------NATTATGAT-AA---TG-ATGATGAT---G---------ATGATGATG----ATGATGGTGTNGACA-GGTTAGTG-A-TG--GTTATA--A----TCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGATG--------GTGATNATGACGATGATGGCG-GT-T-T-GGT------AATG----ATGATGATGA--TGA-TGATGATGA-TT-TATGAT----T-TA---ATGATG------ATGT--T-G-TGATGNTG------AC---GATGA---T-GA-CG--ATGG------TGA---TGNTGA-TG--ATGA--TGA---CGAT---GATTA--TGA--TGATGA---TGACGAT---G-ATG------ATNA---TGAT---GA--TGGTG---ATG---AC---G----TNA--------A-GATGA-TGA-TGA-T--C-TGA------CGAT-GA-----T-GGTG----C---GA---TG--GTGATTATGACGAT---GA---TGATGATC-----G-TGAT-AATGNTG---ATGATGA--TGAT-GAT--G--AT------------------GATGA---T-----GAC-------G------A---TG---A--TG--------ATG--A-T---GATG-A-T--T--T-G-----AT------A-AT---G-A--T-----AATGNT---GATGA-TGA---------T--G--ATGATG--ATGAT---GATG------ATGNTGATGATG---CTGATGATNACGACGATAATA
gi|1 : AGTG-A-TG--TTGATG--A----TTTA----ATGATGA-CATT----ATGTTTCACACATAATTATGGCGATAACGTTATGT-T-T-CAC------AA------ATAATAATGA--CGA-TAACG-TTA-TT-T----T----T-CACACATAATG------AT-T--T-G-GG-----------------GGTGA---T-GA-C---------------A---TATTGT-T----TCA--T-A---CAAT---CATAA--TGA--TGATGA---TGAC-AT---T-ATGTTTCACATAT---TGAT---GAATTGATT---ACG---AC---A----TTATGTTTTACA-CATAA-TTA-TGA-T--T-TGATCTTTAC-AT-TA-----T-GTTT----C---AAATGTG--GTGATTATTTTGAT---GA---TGAT-ATT-----A-TGTTTAACAC-----ATAATGA--TGAT-GAT--G--AT------------------GATGA---T-----GAC--------------A---TT---A--AGTTTCACGCATA--A-T---GATG-A-C--T--T-G-----AT------G-AT---G-ACGT-----AATGTTTCAGACAA-TCA---------T--A--ATGATG--ATTAT---TTTG------ATGATGACGTTG---
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaTG-GTGATTATTT--------TG-----ATG---ATGA---------------------TATTATGTTTAA---CACATAATGAT---G---------ATGATGATG----ATGATGACATTAA---GTTTCACGCA-TA--ATGATG--A----CTTG----ATGATGA-CGT----AATG--------TT--TCA-GACAATCAT---------------------AATG----ATGATTATTT--TGA-TGATGACG---T-TGTG-T----T-TC---CCGTTT------ACATTAT-A-TGATGGTG------ATTTAGATGA---T-TA-CG--tgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgCTTGATGATGA---C-GTAAT-GTTTCAGACAA-----TCATAATG-ATGATTATTT--------TG-----ATG---ATGAC---GTTGTGTTTCCCGTTTACATTAT-----A---TG-ATGGTGATTTAG---------ATGATTACGTT--AT-ATGTTTCTCCCA-CGTTAGCG-ATTG--GTTAAA--A----Tttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattattttgatgatgatattatgtttaacacataatgatgatgatgatgatgatgacattaagtttcacgcataatgatga---TGTTGA-TA--ATGA--TGA---TGAT---GCTTA--TGA--TGAT-----------T---G-TTG-------TAA---TGAT---GA--TGGT-----------C---G----T-A--------A-GA-AA-TCA-TGA-T--T-CAC------CAAT-GAATAAAT-AGCA----G---AA---T----TAATAAAGTTGAT---GA---TGATAATT-----GGTGGT-AATGATG---ATGATGA--AGTT-GAT--T--GT------------------TAGGA---T-----AAA-------G------A---GC---A--AA--------ATG--AAT---GGAG-T-T--TA-T-G-----AT------G-AT---G-A--T-----AA-ATT---GGTGG-TGA---------T--G--GTAATG--ATGAT---GATA------ATGATGACTATG---TTGATGgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttat-ATA------ATAA---TGAT---GA--TGGTG---ATA---A----------TA--------A-TACCA-CTACTG-----C-TGA------TGAT-GA-----CAGGAG----T---GG---TG--GTGATAATGATGAT---TA---TGATGGTG-----T-TGAT--TTGTTG---ATGATGC--CACT-GCT--G--CT------------------GATGA---T-----GAC-------A------A---TG---G--TG--------ACG--A-T---GATG-A-T--GA-T-G-----AT------G-AT---G-G--T-----GATTGT---GATGA-CGG---------T--G--ATGGTG--TTGAT---AATA------ATGTTGATGCTG---CTGCTGCTGATGGTGATAATg
gi|12 : tagtacttTTATGACGATTCGGG---TGATTATCAGATAG-TGAA-TATGTTG---ATGATGG--CAAT-GACAAG--AC------------------GATGA---T-----GAC-------G------A---TGTTCG--TG--------ATG--A-TTAGAATG-A-TAATGAT-G-----AT------A-AT---G-A--T-----GATGAT---TATGA---A---------T--GCAATGGTA--ATGAC---ACTG------GTGATTATAATG---Cgatgatg
gi|12 : A-TG--ACGA--TTC---GGGT---GATTA--TCA---GATAG---TGA---------AT-------ATGT---TGAT---GA--TGGCA---ATG---AC----------A--------A-GACGA-TGA----------TGA------CGAT-----------GTT----C---G----TG--ATGATTA-GA--AT---GA---TAATGA---------TGAT-AATGATG---ATGATTA--TGA---AT--GCAAT------------------GGTAA---T-----GAC-------A------C---TG---G--TG--------ATT--A-T---AATGCA-C--T--T-T-----ATTCA---A-AT---A-A--T-----CTTGTC---GCTGA-AAG---------T--G--ATAATT--ATactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttA---TG--ATGATTAAGATGA----GG---TCATGG-------G-TG-----TGGAG---ATGATGA--TGAT-GGT--G--AT------------------GATAA---TATGTAAAT-------G------A---TG---A--TA--------TTA--A-T---GATG-G-TA-T--T-G-----AT------G-GT---G-A--T-----GATGTT---AATCA-TGAATATGGTTTT--A--ATGATG--ATGAT---GATG------ACAGTGATGATGGAAATAATGATTAatatat
gi|14 : A------CTAT-GA-----T-TATGAAAAT---GG---TG--GTCGTTAT--TGAT---GG---AAATGGTC-----A-TGGT-AGTGGTG---GTGGTGA--TAAT-AAT--A--GT------------------AATGT---T-----GAT-------G------A---TG---A--TG--------GCG--G-T---GATG-A-TTAT--T-T-----AT------G-AC---G-G--TTAG--AATGCT---GTTGT-TGG---------T--G--ATAATGTAATGAT---GATA------ATGTTCATGATGA--CCG-TGATTAaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : A---TTATAA-TG--ATAA--TAA---CGCT---AATGT--TGG--TGATGA---TGATGAT---G-ATG------ATGT---TGAT---GT--TGATT---GTG---AT---A----TT-----------GATAA-TGA-CGA-T-----AA------TGTT-AA-----T-GGTG----C---AA---TGTAGTG-----GAAG-T---GG---TAGTGGTA-----G-TGAT-AATAATG---ATTTTGA--TGAT-TAT--G--AT------------------GAAGA---A-----GAT-------G------A---TG---A--TG--------ACG--A-T---AATG-A-C--T--acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : ttt----C---AA---CG--GTAACCATAACGAT---AA---AGACAAC---------GAT-AACGATT---ACAATTA--TGAA-AAC--G--AT-------------------ACGA---T-----AACCGTAACCG------A---TG---A--TG--------ATATTA-T---GATA-A-TATT--T-G-----ATT-----ACAT---T-A--TCAAAAAATACAAA-GATGA-TGA---------T--A--ATGATG--ATGAT---AATG------ATAAAGAGAATG---
gi|17 : tcggtaacgt--GTTATTA-GACACT---GA---TGATGATT-----G-TGAT-AATAGTACTTATG-TGA--TGAT-GAT--G--AT------------------GGTGA---T-----GAG-------G------A---TA---A--TG--------GTA--A-T---GGTG-A-T-------G-----AT------A-AC---G-A--T-----AACAAC---GATGA-TGA---------T--G--ATGGTG--ACGAG---GATN------NNNNNNNNNATG---ATAACGATAACAACGATaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccTGT--------TG-----TTA---AAGAT---GAT--------------GATCATGAT-------G-ATAATGAT---A---------ATGATGATG----GTGATGGTGTTAACT-GGTT-GTA-A-TGCTATTATATCA----TC------ACCTTTA-GGTTGACAATG--------GTGg
gi|19 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttt------TGA---TAATGA-TG--A-------A---TTAT---AATTA--TGC--TGATGT---TG----T---T-ATT------GTTG---TAAC-------TGGTGAATATG---AA---G------A--------A-GATGA-TGA-TGATT--C-TAA------CGAT-G-----------G----C---GG---TG--GTGATTATGAAGAT---GA---TGAT--T----------AT-AATGATG---ATAATGA--CAAT-GAT--A--AT------------------GGTAA---T-----ctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGA---T-GT--T-GT----GATAA--CCTTGACAGTG-GTAATGTTGC--------TG-----ATG---ATGAC---GAT--------------TACTATGAT-AA---TG-TTAGTCAT---G---------ATCATAATG----ATGATGGTGTTGACACGGTTAAAA-A-TG--GTTATA--A----TCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGATG--------GTGATTATGACGATGATGATG-GT-T-TTGGC------AATG----TTTATGATGA--TGA-TGATGATGGCTT-TACAAT----TCTA---ATAGTG------ATGT--T-G-TGATGTTG------AC---GATAACCTT-GA-CA--ATGG------TAA---TGTTGC-TG--ATGA--TGA---CGAT---TACTA--TGA--TAATGT---TGGTCAT---G-ATC------ATAA---TGAT---GA--TGGTG---TTG---AC---ACGGTTAA--------A-AATGG-TTA-TAA-T--C-TGA------CGTC-GA-----C-AGTG----C---GA---TG--GTGATTATGACGAT---GA---TGGTGGTT-----T-TGGC-AATGTTT---ATGATGA--TGAT-GAT--A--AT------------------GATTA---T-----AGA-------G------A---TG---A--AG--------ATG--T-T---GATG-A-T--T--TCA-----AC------A-AC---G-A--C-----AACGCC---GATGA-TGA---------T--G--ATCTCG--ATGAT---GATG------ATGTTGATTATG---CTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : GATGATG---T-CAAGGG----T-TA----TGAT--------TGT--T-G-TGATGGTGGTTGTAAT---GATGA---T-GA-CG--GTGA------TGA---TGGTGG-TT--ATGC--TGA---TGGT---GATTA--TGA--CAATGA---TGATGAT---T-TTA------ATTA---TG
gi|21 : TGAT----G-TT---AT--TG------GTGT--T-GGTGTTGGTG------AT---GGTGA---TTGA--G--ATGG------TGT---TGGTTA-TG--TTGC--TGA---TGAT---AGTTG--TGG--TGATTC---TGACGAT---GTATG------A-AA---TGGT---AA--CGGTG---GT-----T---G----TGA--------T-ATTGG-TAA-TGA-T--gagaaagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gttggTGCTGATGA---TAGT--T-GT----GGTGATTC--TGACGATGTATGA---------------A-----ATG---GTAAC---GGT--------------GGTTGTGAT-AT---TG-GTAATGAT---
gi|22 : gttggtgatgttattggtgttggtgttggtgatggtgattgagatggtgttggttatgtGATG-TGA-TT-T-TGTT----C-T-----TGATG------ATA-----G-TGATGCTG------AA---GATAA---T-GAACAGAATGA------TGAAAGTGTTGA-CA--AAGC--CGA---CGAT---AACTA--TGA--CAATGA---TGA---T---G-GTG------ATGA---TGAT---GA--TTATG---ATA---A
gi|23 : gacgtcatcA-----T-GCTGA---C---GA---TG--GTGACGACGACGAA---GA---CAATAATG-----A-GGAT-AATGCTG---CTGATGG--TGAT-GTT--G--AT------------------AAC-A---T-------T-------G------G---TG---G--TG--------ATT--A-C---GATA-A-T--T--T--------T------A-AT---A-A--T-----AATGTT---AACAA-TGA---------T--
gi|24 : atattaacc---ATGATGA--TGAT-GTT--G--AT------------------GATAA---A-----GA---------------A---TG---A--TG--------ATG--G-C---AACG------T--T-GTACCAAT------A-ATTTGG-A--T-----TATATT---GTTAACTAA---------TAGG--ATAATG--ATGAT---GATA------GTGGTGATGATG---CAAATGATAATGA
gi|25 : GGTG---AGGATAA--TGAA-GAT--A--AG------------------GATGA---T-----GAG-------G------A---TT---A--TG--------ATG--A-T---GAGG-A-GG-T--T-G-----AT------G-AA---G-A--T-----AATGTT---GAGGA-GGA---------G--G--ATAATT--ATGAT---GATG------ACGATGATGATaac
gi|26 : gatgaagaggag-TGAT-AATGGTG---TTGATGA--TGTT-GAT--G--CT------------------GATGA---T-----AAT-------G------A---TG---A--TG--------ATG--A-T---GGTA-A-TG-C--T-G-----AT---------T---G-G--T------CTGTT---GCTGA-TAA---------T--G--ATa
gi|27 : atgttattattattatttttttatt-TAAT-AATACTA---TTAATGA--TGAG-GAT--G--CT------------------GATGA---T-----GAC-------A------A---TA---A--TG--------ATG--A-T---CATG-G-T--TA-T-G-----ATGATAGAA-AT---T-A--T-----AATATT---GATTA-TAC---------T--G--ATGATA--ACAAC---GATattat
gi|28 : ataaT---G-A--T-----AATAAT---GATGA-TAC---------T--G--ATGGTGCAATGGT---GACG------GTGGTTGTGATG---CTatt
gi|28 : TGAT-AA---TA-ATGATGAT---A---------CTGATGGTG-----CAATGGTGACGGT--GGTT-GTG-A-TGCTATTATATCAGCACTTTA----AAGTTTA-TGTTC-CGTTG--------GTGAattatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : ATAATAA---T-AT--T-AC----TAT-------TTATGATG-ATGATGATGA--------TA-----ATGAGTATAAT---GGT--------------TATGATGAT-AAAAGTA-ATAATAAT---G---------CTAATGCTG----ATAATcctagtttctt
gi|29 : tt--ATGA------TGA---TGATGA-TG--ATAA--TGAGTATAAT---GGTTA--TGA--TGATAAAAGTAATAAT---A-ATG------CTAA---TGCT---GA--TAATT---ACA---AC---G----tacaacga
gi|3 : ttataataatattactatttATG-ATGATGACGT--------AG-----ACG---ATGATTGTGTT--------------TATGATGGT-AT---TG-ATGATGAT---T---------GTAATGGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-N-NN--NNNNNN--N----NNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N-N-NGT------ATTG----GCGATACTGA--TGA-TGGTAATG--TT-GCTGATGTTGC-TG---ATGATG------GTGT--T-T-T--TGATG------AC---GCTGT---T-GT-TA--ATGG------TGA---TATTTT-TG--ATGA--T------GAT---GTTTC--TGT--TGATGT---TGGCGGT---G-TTG------ATGA---TGAT---GA--TAGT-----TT---A----G----T------------GTTGA-TGA-TGA-T--CGTGT------TTAT-GA-----T-GGTGT---T---GA---TG--ATGATGATGGTGGT---GGTGTTGAGGATC-----A-TGAT-AATAATG---ATGATTG--TTGT-GTT--G--AT------------------GATGA---T-----GGT-------GGAATTTA---TG---AAGTG--------AAG--G-C---GATG-A-T--TG-T-A-----TT------A-AT---G-A--T-----GGTGTT---GATGA-TAA---------T--T--GTGATG--GTGTT---GATG------ATGAAGGTGTTG---TTGATGATTA--ACGGTCATa
gi|30 : ggtt-AATG--G---ATAACGA--TGAC-AAT--A--AA------------------GATGGCATT-----GAC-------G------A---TG---G--TG--------ATG--A-C---GATG-A-------A-G-----AT------A-GC---G-A--T-----AACGAT---CAAAA-CAA---------T--G--ATGACG--ATGgttga
gi|31 : --TGGTGGTG-GTGGCGGTGA--------TG-----ATG---GTGAT---GTT--------------AATTATGTT-AA---TG-ATGTTGAT---GGTAATTGTGATGATGAAG----ATGAT
gi|32 : gaggg--T-A-----AT------A-AT---G-A--T-----ACTGAT---GATGA-TGA---------T--G--ATGGTG--GTGAT---GGTG------GTGGTGGTGGTG---CTGCTGa
gi|33 : tgaGA---C-GG-CG--ATGG------CGA---TGGCGG-TA--ACAA--TAA---CGAT---AAAAA--T-A--T--CGA---TAACGAT---G-Actgctgctg
gi|34 : gcGCTG------AC---GACAA---C-GA-CA--ATGA------TGA---TGATGA-TG--ATGA--TCA---TCAT---CATCA--TCA--T
gi|35 : GATG---AAGACGA--CGAA-GAC--G--AT------------------GATGA---T-----GAG-------G------A---TG---A--TG--------ATG--A-T---GA
gi|36 : TTATAAT-AA---TG-ATAATGAT---G---------ATGATGATG----ATGATGGTG
gi|4 : ATTATCAC-AA---TT--TGATGAT---G---------AAGATAATG----ATAAT---------A-AATTA-TG-A-TG--ATCATC--A----TATT----AATATGA-TG--G-GGATA--------TTGATGA--AAAATGAT--CA------T-GAT------AATA----CTACTACTGA--TGC-TGATGATGG-TT--GTGAT----A-TAG--ATGATG------ATGA--CAG-CAAAAACA------AC---AAAGA---T-GA-CA--ATGAGTACCTTGA---TCATGA-TTTTATGA--TAT---TGAT---GATTG--TGA--TACTGG---TGATGAT---G-ATA------ATAA---TGAT---AG--TGAAG---ACA---AT---G----TTA--------AAGATGA-TGA-TAA------TGA------TAAT-GA-------AAT-----C---GA---CA--GCAATTA-G--------GA---TTGTTATC-----G-TTAT---TGTTG---TGGAAGAAGTGGTAGAT--G--CT------------------GATat
gi|4 : ttgtaaacTG----ATGATGAAGA--TAA-TGATAATAA-AT-TATGAT-------G---ATCATC------ATAT--T-A---AT----------------ATGA---T-GG-GG--ATAT------TGA---TGAAAAATG--ATCA--TGA---TAAT----ACTA--CTA--C--TGA---TGCTGAT---G-ATG------GTTG---TGATATAGA--TGATG---ATG---ACA--G----CAA--------A-AACAA-CAA-AGA-T-----GA------CAAT-GA--------GTA----CCTTGA---TC--ATGATT-TTATGAT---AT---TGATGATT-----G-TGAT-ACTGGTG---ATGATGA--TAAT-AAT--G--ATAGTGAAGACAATGTTAAAGATGA---T-----GAT-------A------A---TG---A--TA--------ATG--A-ctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaattT--G--GT------------------GGTGG---T-----TGC-------G------G---TG---A--TG--------AAT--A-T---GATG-A-T-------G-----GT------A-GT---GCAGCT-----AATACT---GAT----GA---------T--G--ATGGTG--ATGAT---AGTGCAGCTCATGCTGATGCTG---CTGATGATAATGAT-ATAATaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGA---T-GG--TAGT----G-CAG--C--TAATACTG-ATGATGATGG--------TG-----ATG---ATAGT---GCA--------------GCTCATGCT-GA---TG-CTGCTGAT---G---------ATAATGAT-----ATAATGAT-TATATA-GA-TAGTG-A-TG----------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGATG--------GTGATATTCACAATGAT-----GT-------T------AATGACCTATGATGATGG--CAA-GGATGCTGA-TTATATAA-----T-CA---GTGATG------ATGT--T-GATAATGTT--------T---GATGG---T-GA-CG--ATAC------TGA---TGATGA--G--ATTA--TTA---TTAT---TATTA--TGA--TAATGA---TAATGAT---A-ATG------GTTACGTTGTT---GC--TGGTA---ATG---AC---G----gattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatGATGCTGGCG-GTGT-T-GAT------GATA----TTGATAGTAAAGTGT-TGATGATGA-TT--GTG-T----T-TA----------------TGT--TAG-TGGTGTTG------A------TGA---T-----G--ATGT------TAA---TGATGA-TG--ATGA--TGG---TGGT---GTTAA--AGA--TCATGA---TAATGAT---G-ATA------ATAT---TGTT---GA--TGGTG---GTATTTACAAAG----TGA--------A-GGTTA-TGA-TGA------TGA------C-ATGGA-----T-AAT---------GA---TT--GTGTTTATGATGAT---TG---TGATG--------G-TGTT-GTTGTTG---ATGATGA--TTAG-GAT--G--TT------------------GATGA---T-----GTT-------G------ATTTTG---A--TG--------TTG--A-T---GATG-ATT--T--T-T-----AT------A-TT---G-A--T-----AATGGT---GTTGA-TGA---------T--G--TTATTG--ACGATACGGATG------ATGGTGTTGTTG---CTGATGATcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gttTGATAATGAGCTT-GT--T-TT----TATG-------GACAAGA-ATAATGATACCTTACTATTGTTTATATT---ATTAT---GTT--------------GATTATGAA-GA---CG-ATAATGAT---G---------ATGATAATG----ATAAT------------GTTATTG---TG--G--------------GG----ACGGCGA-------CAATG--------GTCATAATGATGAGGATGACGAGC-T-T-GGTTTTGTAAACG----GAAATGATGA--TAN-NNNNNNNNN-NN-NNNNNN----N-NN---NNNNT-------ATGT--A-A-TGGTGTTG------AT---GATGA---T-GA-TG--ATGG------TGA---TGTTAA-TG--ATG---------CTAT---TATTG--TTATTTGATGA---TGATGAT---A-ATG------ATAC---T-AT---TA--TAGTG---AGG---AC---g
gi|8 : aTGATGACGA---T-AA--T--T----GATA------CGATGATG-ATGATGATGA--------GG-----ATG---ATGAG---GAT--------------GATTA--AT-AA---AA-ATAAT--T---A---------ATGAAAATG----ATGATG------------TTAGTG-A-TG--ATTTTA--A----TCAGTAGAACGACGA-CG--G-CGACG--------ATGATGATGACGATGATGATG-AT-T-T-TAT------AAAA----ATAATAATTT--TAACTGATAATAA-----ATG-T----N-NN---NNNNNN------NNNN--N-N-NNNNNNNN------NN---NNNNA---T-GA-TG--ATGA------TGA---TGTTGA-TG--ATAA--AGA-----AT---GATGA--TG
gi|9 : atctgtaatattctcatttgttTTG-TAATG--------GTGATGATAATGATGATGGCA-AT-TAT-TGT------AATG----ATAGTGATAA--TGA-TGATGGTGA-TT-----AT----TATA---ATGATGGGGATTATAT--TGG-TGGTAGTT------GT---GAT-A---T-GA-TG--ATAG------TGA---TTTTGA-AG--ATGAAGTAA---TGAT---GATAAATTGA--TGATGG---TGATGATACAG-ATT------AT-A---TGAT---GG--TGGTG---ATG---AT---G----gcaa
gi|9 : TAATGGT---G---------ATGATAATG----ATGATGG------CA--ATTA-----------TTGTA--A----T----------------------GATA--------GTGATAAT---GATGATGGTG-AT-TAT-TAT------AATG----ATGGGGATTA--TAT-TGGTGGT-A-GT-TGTGAT-----------ATGATG------ATA-----G-TGATTTTG------AA---GATGAAG-T-AA-TG--ATGA------TAA----ATTGA-TG--ATGG--TGA---TGATACAGATTA--T-A--TGATGG---TGGTGAT---G-ATG------ACAG---TAGT---AA--TTGTG---AGG---GCAA-G----GAA--------A-TATTATTGG-TAA-TTGC-TGA------Cacagtagtaattgtgagggcaaggaaatattattggtaattgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333333 2222222222222222 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 3333333333333333333 44444444444444444444444444444 11111 33333333333333333333333333333 111111 222222222222222222222222222 11111111 2222222 111111
lowQualScore : 11 33333333333333333333333333333 5 2 1111111111111111 1 77777777777 111 3 3 22 55 666 99999 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222 555 1 3 1 1111111111111111111 3 6666 555 3 33 2 2 66666666666666666666666666666 0 666666 22222 1 888888 22 4444 666 2 666666666666 9999999 333 1 5555 22 22 1 22 3333 44 555555 22 555555 22 1 2 22 44 555555 7777777 77777 666666 3 77777777777777777777777777777 2 0 666666 2 4 444444444444444444444444444 33 1 7777 333 333 2 88888888 2 2 333 22 33 22 22 333 888888888888888 333 555 22 77777777 22 2 333 2 3333333 2 111111 2 2 77 88888 1 22 888888888 22 55 444 2 33 1 777 1 44
lowQualScore : .. ............................. . . ................ . ........... ... . . .. .. ... ..... ........................................................................... ............ ... . . . ................... . .... ... . .. . . ............................. . ...... ..... . ...... .. .... ... . ............ ....... ... . .... .. .. . .. .... .. ...... .. ...... .. . . .. .. ...... ....... ..... ...... . ............................. . . ...... . . ........................... .. . .... ... ... . ........ . . ... .. .. .. .. ... ............... ... ... .. ........ .. . ... . ....... . ...... . . .. ..... . .. ......... .. .. ... . .. . ... . ..
lowQualScore : 33 44444444444444444444444444444 0 3 3333333333333333 0 11111111111 666 6 6 00 00 444 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333 888 0 8 4 5555555555555555555 1 5555 444 1 99 6 0 44444444444444444444444444444 9 888888 00000 0 666666 99 7777 666 1 999999999999 1111111 222 0 4444 44 44 9 33 6666 33 000000 44 000000 55 8 5 55 33 222222 4444444 22222 111111 1 11111111111111111111111111111 9 1 777777 9 0 666666666666666666666666666 22 4 5555 999 999 8 33333333 0 8 222 66 22 44 44 222 888888888888888 333 222 66 22222222 88 0 555 1 5555555 1 888888 1 0 55 55555 7 88 000000000 99 88 111 4 22 0 999 0 66
consensus : CAATTTTGATGATGA---T-GT--T-GT----GAT-AA--C--TGACGATG-ATGATGATGN--------TG-----ATGATGACGNT--------NA-TTATGATA-ATG-ATAATGATGA--TGAT---GATG-----ATGATG----GTGTT----NCA-GGT-----TAGTGA-TG--ATTAT------A--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT---G--------GT---GATNATGACGATGATGGTG------GTT-TTG-TAA-TG----ATGATGATGAT---GA-TG--ATGATGA-T-T-TG-TGAT----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G-TGATGNTG------AC-GA----TGA---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNTGA----TG--ATGA--TGACGAT---GATTA--TG------A--T------GA--T-GNT--GA--TG------AT---G---ATGATAA---TGATGA------TGGTGATG---------AC---G----TAAAGA---TGA-TGATGA-T--C-TG-ACGAT-GA-----TGGT---G----C-GA---TG--GTGATTATGACGAT---GA---TGATGATC-----G-TGAT-AATGNTG---ATGATGA--TGAT-GAT--G--ATGATGA---TGAC-------G------A---TG---A--TG--------ATG--A-T---GATG-A-T--T--T-GAT------A-ATG-A--T-----AATGNT--GATGATGA---------TG--ATGATG--ATGAT---G-A--TGATGATGATGATG---CTGATGATTACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAATCCTGATGATGA---T-GT--T-GT----GAT-AA--C--TGACGATG-ATGATGATGN--------TG-----ATGATGACGNT--------NA-TTATGATA-ATG-ATAATGATGA--TGAT---GATG-----ATGATG----GTGTT----ACA-GGT-----TAGTGA-TG--ATTAT------A--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT---G--------GT---GATNATGACGATGATGGCG------GTT-TNG-TAA-TG----ATGATGATGAT---GA-TG--ATGATGA-T-T-TG-TGAT----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G-TGATGNTG------AC-GA----TGA---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNTGA----TG--ATGA--TGACGAT---GATTA--TG------A--T------GA--T-GAT--GA--TG------AT---G---ATGATAA---TGATGA------TGGTGATG---------AC---G----TNAAGA---TGA-TGATGA-T--C-TG-ACGAT-GA-----TGGT---G----C-GA---TG--GTGATTATGACGAT---GA---TGATGATC-----G-TGAT-AATGNTG---ATGATGA--TGAT-GAT--G--ATGATGA---TGAC-------G------A---TG---A--TG--------ATG--A-T---GATG-A-T--T--T-GAT------A-ATG-A--T-----AATGNT--GATGATGA---------TG--ATGATG--ATGAT---G-A--TGATGNTGATGATG---CTGATGATNACGACGATAATA
gi|1 : AGTGA-TG--TTGAT------G--ATTTA----ATGATGA-CATT----AT---GTTTCACACAT---AATTATGGCGATAACGTTAT-----GTT-TCA-CAA-------ATAATAATGAC---GA-TA--ACG-TTA-T-T-T-----T----------T-CACACATAATG------ATTTG-G-GGGTGATG------AC--A----TAT---T-GTTTCATA-CA--ATC---------A---TAATGA----TG--ATGA--TGAC-------ATTA--TGTTTCACA--T------AT--T-GAT--GAATTG------AT---T---ACGACA----TTATGT------T--TTAC----------AC---A----TAATTA---TGA-TT-TGA-T--C-TTTAC-AT-TA-----TGTT---T----C-AAATGTG--GTGATTATTTTGAT---GA---TGAT-ATT-----A-TGTTTAACAC-----ATAATGA--TGAT-GAT--G--ATGATGA---TGAC--------------A---TT---A--AGTTTCACGCATA--A-T---GATG-A-C--T--T-GAT------G-ATG-ACGT-----AATGTT--TCAGACAA---------TC--ATAATG--ATGAT---T-A--TTTTGATGATGACG---TTG
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaATTTTGATGATGA---T-AT--T-AT----GTTTAA--C--ACATAATG-ATGATGATGA--------TG-----ATGATGACATT--------AAGTT----TC-ACGCATAATGATGACTTGAT---GATG-----ACG-TA----ATGTT----TCA-GACAATCATAATGA-TG--ATTAT----------TTTG----ATGATGA-CGTTG-TGTTTCCC--------GTTTACATTAT----ATGATGGTG------ATT-TAG---A-TG----ATtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattCTTGATGATGA---C-GTAAT-GTTTCAGAC-AA-----TCATAATG-ATGATTATTT--------TG-----ATGATGACGTTGTGTTTCCCG-TT----TACATT-AT-ATGATGG--TGATTTAGATG-----ATTACGTTATATGTTTCTCCCA-CGT-----TAGCGATTG--GTTAA------A--ATtacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattattttgatgatgatattatgtttaacacataatgatgatgatgatgatgatgacattaagtttcacgcataatgatga---TGTTGA----TA--ATGA--TGATGAT---GCTTA--TG------A--T------GA--T-------------------T---G---TTG-TAA---TGATGA------TGGT--------------C---G----T-AAGA----AA-TCATGA-T--T-CA-CCAAT-GAATAAATAGC---A----G-AA---T----TAATAAAGTTGAT---GA---TGATAATT-----GGTGGT-AATGATG---ATGATGA--AGTT-GAT--T--GTTAGGA---TAAA-------G------A---GC---A--AA--------ATG--AAT---GGAG-T-T--TA-T-GAT------G-ATG-A--T-----AA-ATT--GGTGGTGA---------TG--GTAATG--ATGAT---G-A--TAATGATGACTATG---TTGATGgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttatA---T-A------A-TA--ATGA------TGA---TGGTGA----TA--ATAA--T-ACCAC---TACTGC-TG------A--T------GA--T-GACAGGAG-TG------GT---G---GTGATAA---TGATGA------TTATGATG---------GT---G----T---------------TGA-T--T-TG-TTGAT-GA-----TGCC---A----C------TG--CTGCT------GAT---GA---TGACAATG-----G-TGAC-GATGATG---ATGATGA--TGAT-GGT--G--ATTGTGA---TGAC-------G------G---TG---A--TG--------GTG--T-T---GA-----------T-AAT------A-ATG-T--T-----GATGCT--GCTGCTGC---------TG--ATGGTG--ATAAT---G-A--TGATGg
gi|12 : tagtacttTTATGACGATTCGGG---TGATTATCAGATAG-TGAA-TATGTTG---ATGATGG--CAAT-GACAAG--ACGATGA---TGAC-------G------A---TGTTCG--TG--------ATG--A-TTAGAATG-A-TAATGAT-GAT------A-ATG-A--T-----GATGAT--TATGA--A---------TGCAATGGTA--ATGAC---A-C--TGGTGATTATAATG---C
gi|12 : A----TG--ACGA--TTCGGGT---GATTA--TC------A---------GA--T-AGT--GA----------AT-------ATG-T-----TGATGA------TGGCAATG---------AC----------AAGA---CGA-TGA---------TG-ACGAT----------GT---T----C-G----TG--ATGATTA-GA--AT---GA---TAATGA---------TGAT-AATGATG---ATGATTA--TGA---AT--GCAATGGTAA---TGAC-------A------C---TG---G--TG--------ATT--A-T---AATGCA-C--T--T-TATTCA---A-ATA-A--T-----CTTGTC--GCTGAAAG---------TG--ATAATT--ATactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttA---TG--ATGATTAAGATGA----GG---TCATGGGT-----G-TGGA-GATGATG---ATGATGG--TGAT-GAT--A--AT-ATGT---AAAT-------G------A---TG---A--TA--------TTA--A-T---GATG-G-TA-T--T-GAT------G-GTG-A--T-----GATGTT--AATCATGAATATGGTTTTA--ATGATG--ATGAT---G-A--TGACAGTGATGATGGAAATAATGATTAatatat
gi|14 : -ACTAT-GA-----TTAT---GAAAAT-GG---TG--GTCGTTAT--TGAT---GG---AAATGGTC-----A-TGGT-AGTGGTG---GTGGTGA--TAAT-AAT--A--GTAATGT---TGAT-------G------A---TG---A--TG--------GCG--G-T---GATG-A-TTAT--T-TAT------G-ACG-G--TTAG--AATGCT--GTTGTTGG---------TG--ATAATGTAATGAT---G-A--TAATGTTCATGATGA--CCG-TGATTAaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : A---TTATAA----TG--ATAA--TAACGCT---AATGT--TG------G--T------GA--T-GAT--GA--TG------AT---G---ATGATGT---TGATGT------TGATTGTG---------AT---A----TT--GA---TAA-TGACGA-T-----A-ATGTT-AA-----TGGT---G----C-AA---TGTAGTG-----GAAG-T---GG---TAGTGGTA-----G-TGAT-AATAATG---ATTTTGA--TGAT-TAT--G--ATGAAGA---AGAT-------G------A---TG---A--TG--------ACG--A-T---AATG-A-C--T--acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : ttt----C-AA---CG--GTAACCATAACGAT---AA---AGACAAC---------GAT-AACGATT---ACAATTA--TGAA-AAC--G--AT-ACGA---TAACCGTAACCG------A---TG---A--TG--------ATATTA-T---GATA-A-TATT--T-GATT-----ACATT-A--TCAAAAAATACAAAGATGATGA---------TA--ATGATG--ATGAT---A-A--TGATAAAGAGAATG---
gi|17 : tcggtaacgt--GTTATTA-GACACT---GA---TGATGATT-----G-TGAT-AATAGTACTTATG-TGA--TGAT-GAT--G--ATGGTGA---TGAG-------G------A---TA---A--TG--------GTA--A-T---GGTG-A-T-------GAT------A-ACG-A--T-----AACAAC--GATGATGA---------TG--ATGGTG--ACGAG---G-A--TNNNNNNNNNNATG---ATAACGATAACAACGATaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccTGTTGT--------TA-----AAGATGATGAT--------CA-TGATGATA-ATG-ATA------A--TGAT---GATG-----GTGATG----GTGTTA---ACT-GGT-----T-GTAA-TGCTATTAT------ATCATC------ACCTTTA-GGTTGACAAT---G--------GT---Gg
gi|19 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttt------TGA---TAATGA----TG--A-------ATTAT---AATTA--TG------C--T------GA--T-GTT--GT--TA------TT---G---TTG-TAAC--TGGTGA--------AT-ATG---------AA---G------AAGA---TGA-TGATGATT--C-TA-ACGAT-G-------------G----C-GG---TG--GTGATTATGAAGAT---GA---TGAT--T----------AT-AATGATG---ATAATGA--CAAT-GAT--A--ATGGTAA---Tctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGA---T-GT--T-GT----GAT-AA--CCTTGACAGTG-GTAATGTTGC--------TG-----ATGATGACGAT--------TA-CTATGATA-ATG-TTAGTCATGA--TCAT---AATG-----ATGATG----GTGTTG---ACACGGT-----TAAAAA-TG--GTTAT------A--ATCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGAT---G--------GT---GATTATGACGATGATGATG------GTT-TTGGCAA-TG----TTTATGATGAT---GA-TG--ATGATGGCT-T-TA-CAAT----------TCTA---ATAGTG------ATGTT-G-TGATGTTG------AC-GA----TAACCTT-G------A-CA--ATGG------TAA---TGTTGC----TG--ATGA--TGACGAT---TACTA--TG------A--T------AA--T-GTT--GG--TC------AT---G---ATCATAA---TGATGA------TGGTGTTG---------AC---ACGGTTAAAAA---TGG-TTATAA-T--C-TG-ACGTC-GA-----CAGT---G----C-GA---TG--GTGATTATGACGAT---GA---TGGTGGTT-----T-TGGC-AATGTTT---ATGATGA--TGAT-GAT--A--ATGATTA---TAGA-------G------A---TG---A--AG--------ATG--T-T---GATG-A-T--T--TCAAC------A-ACG-A--C-----AACGCC--GATGATGA---------TG--ATCTCG--ATGAT---G-A--TGATGTTGATTATG---CTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : G------A--T------GA--T-GTC--AA--GG------GT---T---ATGATTG---TTGTGA------TGGTGGT-----------T---G----TAATGA---TGA-TGACGG-T-----G-ATGAT-GG-----TGGTTATG----CTGA---TG--GTGATTATGACAAT---GA---TGATGATT-----T-TAAT-TATGGAG---A
gi|20 : ---ATGAT--------TGTT-G-TGATGGTGGTTGTAAT-GA----TGA---T-G------A-CG--GTGA------TGA---TGGTGG----TT--ATGC--TGATGGT---GATTA--TG------A--C------AA--T-GAT--GA--TG------AT---aagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gatgatgtcaagggtt-T-T-GG-TGAT----------G-TT---AT--TG------GTGTT-GGTGTTGGTG------AT-GG----TGA---TTG------A--G--ATGG------TGT---TGGTTA----TG--TTGC--TGATGAT---AGTTG--TG------G--T------GA--T-TCT--GA--CG------AT---GT--ATGA-AA---TGGTAA------CGGTGGT-----------T---G----TGATAT---TGG-TAATGA-T--tttaattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gTGCTGATGA---TAGT--T-GT----GGT-GATTC--TGACGATGTATGA---------------A-----ATGGTAACGGT--------GG-TTGTGATA-TTG-GTAATGAT
gi|22 : gttggtgatgttattggtgttggtgttggtgatggtgattgagatggtgttggttatgtG--ATG-TGA-T-T-T--TGTT----------C-T-----TGATG------ATA---G-TGATGCTG------AA-GA----TAA---T-G------AACAGAATGA------TGAAAGTGTTGA----CA--AAGC--CGACGAT---AACTA--TG------A--C------AA--T-GAT--GA--TG------GT---G---ATGATGA---TGATTA------TGATAA
gi|23 : gacgtcatcA-----TGCT---GA---C-GA---TG--GTGACGACGACGAA---GA---CAATAATG-----A-GGAT-AATGCTG---CTGATGG--TGAT-GTT--G--ATAAC-A---T--T-------G------G---TG---G--TG--------ATT--A-C---GATA-A-T--T--T---T------A-ATA-A--T-----AATGTT--AACAATGA---------T
gi|24 : atattaaccA-TG----ATGATGATGTT---GA-TG--ATAAAGA-----------------------------ATGATG------ATG---G-CAACGTTGT-----ACCAA----TAA---T-T------T-GG--ATTA------TAT---TGTTAAC---TA--AT-A--GGATAAT---GATGA--TG------A--T------AG--T-GGT--GA--TG------AT---GCAAATGATAA---TGA
gi|25 : GGTG---AGGATAA--TGAA-GAT--A--AGGATGA---TGAG-------G------A---TT---A--TG--------ATG--A-T---GAGG-A-GG-T--T-GAT------G-AAG-A--T-----AATGTT--GAGGAGGA---------GG--ATAATT--ATGAT---G-A--TGACGATGATGATaac
gi|26 : gatgaagaggag-T-T-TT-TTAT----------T-TG---ATAATG------GTGTT-GATGATGTTG------AT-GC----TGA---T-G------A---------------TAA---TGATGA----TG--ATGA--TGGTAAT---GCTGA--T----------T------GGTCT-GTT--GC--TG------AT---A---ATGATAa
gi|27 : atgttattattattat-TAAT-AATACTA---TTAATGA--TGAG-GAT--G--CTGATGA---TGAC-------A------A---TA---A--TG--------ATG--A-T---CATG-G-T--TA-T-GATGATAGAA-ATT-A--T-----AATATT--GATTATAC---------TG--ATGATA--ACAAC---G-A--Tttat
gi|28 : ataaTG-A--T-----AATAAT--GATGATAC---------TG--ATGGTGCAATGGT---G-A--CGGTGGTTGTGATG---CTatt
gi|28 : T---G--------AT---AATAATGATGATACTGATG------GT----G-CAA-TG----GTGACGGTGGTTGTGA-TGCTATTAT-A-T-C-AG-CACT----------T-TA---AAGTTT------ATGTT-C-CGTTGGTG------AC-attatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : AT--A--ATAAT-A---TTAC-------T------A---TTT--A--TG--------ATG--A-T---GATG-A-T-------GAT------A-ATG-AG-T-----A----T--AATGGTTA---------TG--ATGATA--AAAGT---A-A--TAATAATGCTAATG---CTGATAATTACAACGActagtttctt
gi|3 : ttATGATG-ATGACGTAGA--------CG-----ATGATTGTGTT--------TA-TGATGGTA-TTG-ATGATGATTG--TAAT---GGTGTNNNNNNNNNN----NNNNN----NNN-NNN-----NNNNNN-NN--NNNNN------N--NNNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNN---N--------NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN-NNG-TAT-TG----GCGATACTGAT---GA-TG--GTAATG----T-TGCTGATGTTG------C-TG---ATGATG------GTGTT-T-T--TGATG------AC-GC----TGT---T-G------T-TA--ATGG------TGA---TATTTT----TG--ATGA--T---GAT---GTTTC--TG------T--T------GA--T-GTT--GG--CG------GT---G---TTGATGA---TGATGA------TAGT--TT---------A----G----T---GT---TGA-TGATGA-T--CGTG-TTTAT-GA-----TGGT---GT---T-GA---TG--ATGATGATGGTGGT---GGTGTTGAGGATC-----A-TGAT-AATAATG---ATGATTG--TTGT-GTT--G--ATGATGA---TGGT-------GGAATTTA---TG---AAGTG--------AAG--G-C---GATG-A-T--TG-T-ATT------A-ATG-A--T-----GGTGTT--GATGATAA---------TT--GTGATG--GTGTT---G-A--TGATGAAGGTGTTG---TTGATGATTA--ACGGTCAT
gi|30 : ggtt-AATG--G---ATAACGA--TGAC-AAT--A--AAGATGGCATTGAC-------G------A---TG---G--TG--------ATG--A-C---GATG-A-------A-GAT------A-GCG-A--T-----AACGAT--CAAAACAA---------TG--ATGACG--ATGgttga
gi|31 : -GA----GGG---T-G------G-TG--GTGG------TGG---CGGTGA----TG--ATGG--TGATGTT---AATTA--TG------T--T------AA--T-GAT--GT--TG------AT---G---GTAATTG---TGATGA------TGAAGATG---------A
gi|32 : --T-AAT------A-ATG-A--T-----ACTGAT--GATGATGA---------TG--ATGGTG--GTGAT---G-G--TGGTGGTGGTGGTG---CTGCTGta
gi|34 : tgaGCTG------AC-GA----CAA---C-G------A-CA--ATGA------TGA---TGATGA----TG--ATGA--TCATCAT---CATCA--TC------A--T------ctgctgctg
gi|35 : GATG---AAGACGA--CGAA-GAC--G--ATGATGA---TGAG-------G------A---TG---A--TG--------ATG--A-T---GA
gi|36 : -TTATAATA-ATG-ATAATGATGA--TGAT---GATG-----ATGATG----GTG
gi|4 : A-TTATCACA-AT---T--TGATGA--TGAA---GATA-----ATGATA----AT---------A-AAT-----TA-TGA-TG--ATCATCATATTA--ATATG----ATGGGGA-TATTG---AT---G--------A-----AAAATGATCATGAT-------------------AA-TA----CTACTACTGAT---GC-TG--ATGATGG-T-T--G-TGAT----------A-TAG--ATGATG------ATGACAG-CAAAAACA------AC-AA----AGA---T-G------A-CA--ATGAGTACCTTGA---TCATGA----TTTTATGA--TATTGAT---GATTG--TG------A--TACTGGTGA--T-GAT--GA--TA------AT---A---ATGATAG---TGAAGA------CAATG-T--------------------TAAAGA---TGA-TGATAA------TG-ATAAT-GA------AAT--------C-GA---CA--GCAATTA-G--------GA---TTGTTATC-----G-TTAT---TGTTG---TGGAAGAAGTGGTAGAT--G--CTGATat
gi|4 : ttgtaaac-TG----ATGATGAAGAT---AA-TG--ATAATAA-A-T-TA-TGATGATCATCATAT-TA---AT-ATG------ATG---G-GGATATTG------AT-GAAAAATGA---T-C------A-TG--ATAA------TAC---TACTAC----TG--ATGC--TGATGAT---GGTTG--TG------A--T-------A--TAGAT--GA--TG------AT---G---ACAGCAA---AAACAA------CAAAGATG---------AC---AA---TGAGTACCTTGA-TCATGA-T--T-TT-ATGAT-AT-----TGAT---G-------A---TT--GTGATACTGGTGAT---GA---TGATAATA-----A-TGAT-AGTGAAG---ACAATGT--TAAA-GAT--G--ATGATAA---TGAT-------A------A---TG---A--ctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaattT--G--GTGGTGG---TTGC-------G------G---TG---A--TG--------AAT--A-T---GATG-A-T-------GGT------A-GTGCAGCT-----AATACT--GATGATGA---------TG--GTGATG--ATAGT---GCAGCTCATGCTGATGCTG---CTGATGATAATGAT-ATAATaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGA---T-GG--TAGT----G-C-AG--C--TAATACTG-ATGATGATGG--------TG-----ATGATAGTGCA--------GC-TCATGCTG-ATG-CTGCTGATGA--TAAT---GAT------ATAATG----ATTAT----ATA-GA------TAGTGA-TG------------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGAT---G--------GT---GATATTCACAATGAT----------GT------TAA-TGACCTATGATGATGGC---AA-GG--ATGCTGA-T-TATA-TAA-----------T-CA---GTGATG------ATGTT-GATAATGTT--------T-GA----TGG---T-G------A-CG--ATAC------TGA---TGATGA-----G--ATTA--TTATTAT---TATTA--TG------A--T------AA--T-GAT--AA--TG------AT---A---ATGGTTACGTTGTTGC------TGGTAATG---------AC---G----gattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatTGATGCTGGC---GG-TG--TTGATGA-T-A-T--TGAT-------------A---GTAAAG-------TGTT-G---ATGATG------AT-TG----TGT---T-T------A-TG--TTAG------TGG---TGTTGA----TG--ATGA--TGTTAAT---GATGA--TG------A--T------GA--T-GGT--GG--TGTTAAAGAT---C---ATGATAA---TGATGATAATATTGTTGATGGTGGTATTTACAAAG----TGAAGG---TTA-TGATGA------TG-AC-ATGGA-----TAAT----------GA---TT--GTGTTTATGATGAT---TG---TGATG--------G-TGTT-GTTGTTG---ATGATGA--TTAG-GAT--G--TTGATGA---TGTT-------G------ATTTTG---A--TG--------TTG--A-T---GATG-ATT--T--T-TAT------A-TTG-A--T-----AATGGT--GTTGATGA---------TG--TTATTG--ACGATACGG-A--TGATGGTGTTGTTG---CTGATGATcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gtTGATAATGAGCTT-GT--T-TT----TAT-G-------GACAAGA-ATAATGATACCTTACTATTGTTTATATTATTATGTT--------GA-TTATGAAG-ACG-ATAATGATGA--TGAT---AATG-----ATAATG----TTATT----GTG-GG-----------------------------------G----ACGGCGA-CA------AT---G--------GT---CATAATGATGAGGATGACGAGCTTGGTT-TTG-TAAACG----GAAATGATGAT---AN-NN--NNNNNNN-N-N-NN-NNNN----------N-NN---NNNNT-------ATGTA-A-TGGTGTTG------AT-GA----TGA---T-G------A-TG--ATGG------TGA---TGTTAA----TG--ATG------CTAT---TATTG--TT------ATTT------GA--T-GAT--GA--TG------AT---A---ATGATAC---T-ATTA------TAGTGAGG---------AC---g
gi|8 : aTGATGACGA---T-AA--T--T----GAT-A------CGATGATG-ATGATGATGA--------GG-----ATGATGAGGAT--------GA-TTA--ATA-AAA-ATAAT--TAA--TGAA---AATG-----ATGATG-------------------T-----TAGTGA-TG--ATTTT------A--ATCAGTAGAACGACGA-CG--G-CGAC---G--------AT---GATGATGACGATGATGATG------ATT-TTA-TAA-AA----ATAATAATTTT---AACTG--ATAATAAATGT-NN-NNNN----------N-NN---NNNNNN------NNNNN-N-NNNNNNNN------AT-GA----TGA---T-G------A-TG--ATGT------TGA---TGATAAAGAATG--ATGA--TGGCAA
gi|9 : atctgtaatattctcatttgttTTG-TAAT---G--------GT---GATGATAATGATGATGGCA------ATTATTG-TAA-TG----ATAGTGATAAT---GA-TG--ATGGTGA-T-T------AT----------TATA---ATGATGGGGATTATATTGG-TGGTAGTT------GT-GA----T-A---T-G------A-TG--ATAG------TGA---TTTTGA----AG--ATGAAGTAATGAT---GATAAATTG------A--T------GA--T-GGT--GA--TG------ATACAG---ATTAT-A---TGATGG------TGGTGATG---------AT---G----
gi|9 : TAATGGTGA--TGAT---AATG-----ATGATG----G---------CA--------------A-TT--ATTGT------A--AT----------------------GAT---A--------GT---GATAAT---GATGATGGTG------ATTATTA-TAA-TG----ATGGGGATTAT---AT-TG--GTGGT-A-G-T-TG-TGAT-----------------ATGATG------ATA---G-TGATTTTG------AA-GA----TGAAG-T-A------A-TG--ATGA------TAA----ATTGA----TG--ATGG--TGATGATACAGATTA--T-------A--T------GA--T-GGT--GG--TG------AT---G---ATGACAG---TAGTAA------TTGTGAGG---------GCAA-G----GAAATA---TTATTGGTAA-TTGC-TG-ACacagtagtaattgtgagggcaaggaaatattattggtaattgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GCGACGGCGATGGCGATGGCGGTAACAATAACGATAAAAATATCGATAACGATGA
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 11 333333 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111111111111111111111 11111111111111 111111111111 44444444444444444444444444444444444 11111111 111111111111111 11111111111111 444444444444444444444444444 222222222222222222222222222222222222222 11111111111 1111111111111111 111111 333333333333333 111111 111111111 11111111111111
lowQualScore : 444 8 1 33 3 333333 5 1 77 1 5555 2 1 55 3 44 0 0 99999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222 555 1 4 0 666666666666666666666666 5555 8888888 55555555555555 99999 222222222222 3 11111111111111111111111111111111111 7777777 22222222 0 1 222222222222222 5555 777 00000000000000 9999999 666 1 22 22 222 4 3333 22 22 22 333 2 3 22 333 1 77777 5 888888888888888888888888888 2 33 555555555555555555555555555555555555555 444 33 2 6666 333 333 66666666666 2 77777777 3 333 22 1 22 2222222222222222 222 88888888 333 000000 22 5555555 333 1 1 111111111111111 111111 2 1 44 555555555 1 22 333 22 55 33333333333333 444 2 33 666666 0 2 1 22 0
lowQualScore : ... . . .. . ...... . . .. . .... . . .. . .. . . ..... ......................................................... ........ ... . . . ........................ .... ....... .............. ..... ............ . ................................... ....... ........ . . ............... .... ... .............. ....... ... . .. .. ... . .... .. .. .. ... . . .. ... . ..... . ........................... . .. ....................................... ... .. . .... ... ... ........... . ........ . ... .. . .. ................ ... ........ ... ...... .. ....... ... . . ............... ...... . . .. ......... . .. ... .. .. .............. ... . .. ...... . . . .. .
lowQualScore : 000 0 0 00 8 888888 0 1 00 9 0000 6 0 00 6 11 3 4 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 444 0 0 4 222222222222222222222222 7777 7777777 77777777777777 33333 888888888888 2 88888888888888888888888888888888888 6666666 88888888 4 0 000000000000000 0000 444 44444444444444 7777777 666 0 99 66 999 4 6666 66 66 66 555 0 6 88 555 9 00000 2 555555555555555555555555555 7 77 000000000000000000000000000000000000000 444 22 7 6666 999 999 22222222222 0 22222222 3 000 44 7 22 8888888888888888 999 55555555 222 222222 55 8888888 222 9 9 333333333333333 222222 0 9 55 777777777 7 66 333 88 88 11111111111111 111 4 22 888888 7 7 1 11 8
consensus : CAATTTTGATGATGA---T-GTT-GTGATAA--C--TGACGATG-ATGATGATGN-TGATGATGAC---GNTNAT--TATGAT-AATG-ATAATGATGATGATGATG-----ATGATGGTGTT-A-CA-GGTTAGTG-ATG--ATNATA--ATCTG----ACGACGA-CGTTG-CGATG--------GT---GATGATGACGATGATGG------TG-ATT-TTG-T-A---ATG----ATGAT-------GATG--------------ATGA-----TG------------ATGATGA-T-T-TG-TGA----T----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G----TGATGNTG------A----C---GA----TGA---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNT--GATG--ATGA--TGACGAT---GA--TTA--TGA--TG---AT-GNTGATGA--T---G-ATGATAA---TGATGATGGTGATG---AC---G----TAAAGA-------TGA-TGAT--GA-T--C-TG-AC--GA-T---GA-----TGGT-G----C-GA---TG--GTGATTATGACGAT---GATG---ATGATC-----G-T-G--------ATAATGNTG---ATGATGA--TGAT-GAT--G----------------ATGATGA---TGAC-------GA---TG------ATGA--TG---A---T---GATG-A-T---------T--T--GAT------A-ATG-A--T---------AATGNT--GATGA---TGATG--ATGATG--ATG--------------AT---G-A--T------GATGATGATGATG-CTGATGATTACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAATTTTGATGATGA---T-GTT-GTGATAA--C--TGACGATG-ATGATGATGN-TGATGATGAC---GNTNAT--TATGAT-AATG-ATAATGATGATGATGATG-----ATGATGGTGTT-N-CA-GGTTAGTG-ATG--ATTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGATG--------GT---GATNATGACGATGATGG------TG-GTT-TTG-T-A---ATG----ATGAT-------GATG--------------ATGA-----TG------------ATGATGA-T-T-TG-TGA----T----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G----TGATGNTG------A----C---GA----TGA---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNT--GATG--ATGA--TGACGAT---GA--TTA--TGA--TG---AT-GNTGATGA--T---G-ATGATAA---TGATGATGGTGATG---AC---G----TAAAGA-------TGA-TGAT--GA-T--C-TG-AC--GA-T---GA-----TGGT-G----C-GA---TG--GTGATTATGACGAT---GATG---ATGATC-----G-T-G--------ATAATGNTG---ATGATGA--TGAT-GAT--G----------------ATGATGA---TGAC-------GA---TG------ATGA--TG---A---T---GATG-A-T---------T--T--GAT------A-ATG-A--T---------AATGNT--GATGA---TGATG--ATGATG--ATG--------------AT---G-A--T------GATGATGATGATG-CTGATGATTACGACGATAATA
gi|1 : AGTG-ATG--TTGATG--ATTTA----ATGATGA-CATT----ATGTTTCACACAT---AATTATGGCGATAACGT------TATGTT-TCA-C-A---A------ATAAT-------AATG--------------ACGA-----TA------------ACG-TTA-T-T-T---------T----------T-CACACATAATG------ATTTG-G----GGGTGATG------A----C----A----TAT---T-GTTTCATA-CA--ATC---------A---TAAT--GATG--ATGA--TGAC-------A--TTA--TGT--TTCACAT-ATTGATGAATT---G-ATTACGA---C-ATTATGTT--TT---AC---A----CATA-A-------TTA-TGATTTGA-T--C-TTTAC---A-T---TA-----TGTT-T----C-AAATGTG--GTGATTATTTTGAT---GATG---AT-ATT-----A-T-GTTTAACACATAATGATG---ATGATGA--TGAT-GAT--GACATTAAGTTTCACGCATAATGA---TGACTT-----GA---TG------ATGA--CG-------T---AATG---T---------T--TCAGAC------A-ATC-A--T---------AATGAT--GATTATTTTGATG--ATGACG--TTGTGTTTCCCGTTTACAT---T-A--T-------ATGATGGTGATT-TAGATGATTACG
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaTG-GTGATTATTT-TGATGATGA-------TAT--TATGTTTAACACATAATGATGATGATGATG-----ATGATGACATT-A--A-GTTTCACGCATA--ATGATG--ACTTG----ATGATGA-CGT----AATG--------TTTCAGACAATCATAATGATGA------TT-ATT-TTG-------ATG----ATGAC-------GTTGTGTTTCCCGTTTACATTA-----T-------------ATGATG-------G-TGA----T----------T-TAG--ATGATT------ACGTT-A----T-ATGTTttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatg---TGTT--GATA--ATGA--TGATGAT---GC--TTA--TGA--TG---AT-----------T---G-TTG-TAA---TGATGATGGT--------C---G----TAAGAA---------A-TCAT--GA-T--T-CA-CC--AA-T---GAATAAATAGC-A----G-AA---T----TAATAAAGTTGAT---GATG---ATAATT-----GGT-G--------GTAATGATG---ATGATGA--AGTT-GAT--T----------------GTTAGGA---TAAA-------GA---GC------AAAA--TG---AA--T---GGAG-T-T---------TA-T--GAT------G-ATG-A--T---------AA-ATT--GGTGG---TGATG--GTAATG--ATG--------------AT---G-A--T------AATGATGACTATG-TTGATGtctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttat-ATAATAA---TGATGATGGTGATA---AT----------AATACCACTACTGC-TGAT--GA-T-----G-ACAGGAGT---GG-----TGGT-GA---T-AA---TG--ATGATTATGATGGT---GTTG---AT--TT-----G-TTG--------ATGATGCCA---CTGCTGC--TGAT-GAT--G----------------ACAATGG---TGAC-------GA---TG------ATGA--TG---A---T---GATG-A-T---------------GGT------G-ATT-G--T---------GATGAC--GGTGA---TGGTG--TTGATA--ATA--------------AT---G-T--T------GATGCTGCTGCTG-CTGATGGTGATAATGATGATg
gi|12 : tagtacttTTATGACGATTCGGGTG---ATTATCAGATAG-T-G--------AATATGTTG---ATGATGG--CAAT-GACAAG----------------ACGATGA---TGAC-------GA---TGTTC---GTGA--TG---A---TTAGAATG-A-TAA-------TGAT--GAT------A-ATG-A--T---------GATGAT--TATGA-----ATGCAATGGTA--ATG--------------AC---A-C--T------GGTGATTATAATG-Cg
gi|12 : ATG--ACGA--TTCGGGT---GA--TTA--TCA---G---AT-AGTGA--A--T-----ATG-T-----TGATGATGGCAATG---AC----------AAGA-------CGA-TGA-----------TG-AC--GA-T------------GT-T----C-G----TG--ATGATTA-GA--AT---GATA---ATGA---------T-G--------ATAATGATG---ATGATTA--TGA---AT--GCA--------------ATGGTAA---TGAC-------AC---TG------GTGA--TT---A---T---AATGCA-C---------T--T--TATTCA---A-ATA-A--T---------CTTGTC--GCTGA---AAGTG--ATAATT--ATactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttATG--ATGA--TTAAGAT---GAGGTCA--TG----G---GT-GTGGA-GA--T---G-ATGATGA---TGGTGATGATAAT----AT---G----TAA------------A-TGAT--GA-T--A-TT-A----A-T---GA-----TGGT-AT---T-GA---TG--GT---------GAT---GATG---TTAATC-----A-T-G----------AAT-------ATGGTTT--TAAT-GAT--G----------------ATGATGA---TGAC-------AG---TG------ATGA--TGGAAA---T---AATG-A-T---------T--atatat
gi|14 : -AC--TA-T---GA-----TTAT-GAAAAT-GG---TG--GTCGTTAT--TGAT---GGAA---ATGGTC-----A-T-G--------GTAGTGGTG---GTGGTGA--TAAT-AAT--A----------------GTAATGT---TGAT-------GA---TG------ATGG--CG---G---T---GATG-A-TTA-------T--T--TAT------G-ACG-G--TTAG------AATGCT--GTTGT---TGGTG--ATAATGTAATG--------------AT---G-A--T------AATGTTCATGATGACCG-TGATTAaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : A---TTAT--AATG--ATAA--TAACGCT---AA--TGT--TGG--TG---AT-GATGATGA--T---G-ATGATGT---TGATGTTGATTGTG---A---------TATTGA-------TAA-TGAC--GA-T-----A-AT--GT-T---AA-----TGGT-G----C-AA---TGTAGTG-----GAAG-T---GGTA---GTGGTA-----G-T-G--------ATAATAATG---ATTTTGA--TGAT-TAT--G----------------ATGAAGA---AGAT-------GA---TG------ATGA--CG---A---T---AATG-A-C---------T--acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : ttt----C-AA---CG--GTAACCATAACGAT---AAAG---ACAAC----------G--------ATAACGATT---ACAATTA--TGAA-AAC--G----------------AT-ACGA---TAACCGTAACCGA---TG------ATGA--TATT-A---T---GATA-A-TAT-------T--T--GATT-----ACATT-A--TCAAAA----AATACAAAGATGA---TGATA--ATGATG--ATG--------------AT---A-A--T------GATAAAGAGAATG-
gi|17 : tcggtaacgt--GTTATTA-GACACT---GATG---ATGATT-----G-T-G--------ATAATAGTACTTATG-TGA--TGAT-GAT--G----------------ATGGTGA---TGAG-------GA---TA------ATGG--TA---A---T---GGTG-A-T---------------GAT------A-ACG-A--T---------AACAAC--GATGA---TGATG--ATGGTG--ACG--------------AG---G-A--T------NNNNNNNNNNATG-ATAACGATAACAACGATaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccTGTTGT-TAAAGATGAT---GATCAT--GATGAT-AATG-ATA------ATGATGATG-----GTGATGGTGTTAA-CT-GGTT-GTA-ATGCTATTATATCATC------ACCTTTA-GGTTGACAATG--------GT---Gg
gi|19 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttt------TGA---TAAT--GATG--A-------ATTAT---AA--TTA--TGC--TG---AT-GTTGTTAT--T---G-TTG-TAAC--TGGTGA--AT-ATG---AA---G------AAGA-------TGA-TGAT--GATT--C-TA-AC--GA-T---G-----------G----C-GG---TG--GTGATTATGAAGAT---GATG---AT--T-------------------ATAATGATG---ATAATGA--CAAT-GAT--A----------------ATGGTAA---Tctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGA---T-GTT-GTGATAA--CCTTGACAGTG-GTAATGTTGC-TGATGATGAC---GATTAC--TATGAT-AATG-TTAGTCATGATCATAATG-----ATGATGGTGTT-GACACGGTTAAAA-ATG--GTTATA--ATCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGATG--------GT---GATTATGACGATGATGA------TG-GTT-TTGGC-A---ATG----TTTAT-------GATG--------------ATGA-----TG------------ATGATGGCT-T-TA-CAA----T----------TCTA---ATAGTG------ATGTT-G----TGATGTTG------A----C---GA----TAACCTT-G------A-CA--ATGG------TAA---TGTT--GCTG--ATGA--TGACGAT---TA--CTA--TGA--TA---AT-GTTGGTCA--T---G-ATCATAA---TGATGATGGTGTTG---AC---ACGGTTAAAAA-------TGG-TTAT--AA-T--C-TG-AC--GT-C---GA-----CAGT-G----C-GA---TG--GTGATTATGACGAT---GATG---GTGGTT-----T-T-G--------GCAATGTTT---ATGATGA--TGAT-GAT--A----------------ATGATTA---TAGA-------GA---TG------AAGA--TG---T---T---GATG-A-T---------T--TC-AAC------A-ACG-A--C---------AACGCC--GATGA---TGATG--ATCTCG--ATG--------------AT---G-A--T------GATGTTGATTATG-CTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : ---ATGAT--------TGTT-G----TGATGGTGGTTGTAA----T---GA----TGA---T-G------A-CG--GTGA------TGA---TGGT--GGTT--ATGC--TGATGGT---GA--TTA--TGA--CA---AT-G------A--T---G-ATGATTT---TAATTATGGAGA
gi|21 : gatgatgtcaagggtt-T-T-GG-TGA----T----------G-TT---AT--TG------GTGTT-GG---TGTTGGTG------A----T---GG----TGA---TTG------A--G--ATGG------TGT---TGGT--TATG--TTGC--TGATGAT---AG--TTG--TGG--TG---AT-TCTGACGA--T---GTATGA-AA---TGGTAACGGTGGT-----T---G----TGATAT-------TGG-TAAT--GA-T--aagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gATGTTGCTGATGA---TAGTT-GTGGTGATTC--TGACGATGTATGA--------AATGGTAAC---GGTGGT--TGTGAT-ATTG-GTAATGAT
gi|22 : gttggtgatgttattggtgttggtgttggtgatggtgattgagatggtgttggttG------------ATG-TGA-T-T-T--TGT----T----------C-T-----TGATG------ATA---G----TGATGCTG------A----A---GA----TAA---T-G------AACAGAATGA------TGAAAGTGTT--GACA--AAGC--CGACGAT---AA--CTA--TGA--CA---AT-GATGATGG--T---G-ATGATGA---TGATTATGATAA
gi|23 : gacgtcatcA-----TGCT-GA---C-GA---TG--GTGACGACGACGAA---GACA---ATAATG-----A-G-G--------ATAATGCTG---CTGATGG--TGAT-GTT--G----------------ATAAC-A---T--T-------GG---TG------GTGA--TT---A---C---GATA-A-T---------T--T----T------A-ATA-A--T---------AATGTT--AACAA---TGAT
gi|24 : atattaacc---ATG----ATGAT-------GATG--------------TTGA-----TG------------ATAAAGA------A-TGA----T-------------G---ATGGCA------ACGTT-G----TACCAATA------A----TTTGGA----TTA---T--------------ATTG------TTAAC-TAATAGGATA--ATGA--TGATGAT---AG--TGG--TGA--TG---AT-GCAAATGA--T---A-ATGA
gi|25 : GGTG---AGGATAA--TGAA-GAT--A----------------AGGATGA---TGAG-------GA---TT------ATGA--TG---A---T---GAGG-A-GG--------T--T--GAT------G-AAG-A--T---------AATGTT--GAGGA---GGAGG--ATAATT--ATG--------------AT---G-A--T------GACGATGATGATaac
gi|26 : gatgaagaggag-T-G--------ATAATGGTG---TTGATGA--TGTT-GAT--G----------------CTGATGA---TAAT-------GA---TG------ATGA--TG---A---T---GGTA-A-TG--------C--T--GAT---------TG-G--T----------CTGTT--GCTGA---TAATG--ATa
gi|27 : atgttattattattatttttttatt-T-A--------ATAATACTA---TTAATGA--TGAG-GAT--G----------------CTGATGA---TGAC-------AA---TA------ATGA--TG---A---T---CATG-G-T---------TA-T--GATGATAGAA-ATT-A--T---------AATATT--GATTA---TACTG--ATGATA--ACA--------------AC---G-A--T------attat
gi|28 : ataaTG-A--T---------AATAAT--GATGA---TACTG--ATGGTGCAATG--------------GT---G-A--C------GGTGGTTGTGATG-CTatt
gi|28 : T---GATAATAATGATGATAC------TG-ATG-GTG-C-A---ATG----GTGAC-------GGTG--------------GTTG-----TG------------ATGCT-A-T-TATA-TCAGCACT----------T-TA---AAGTTT------ATGTT-C----CGTTGGTG------A----C---attatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : AT--A----------------ATAAT-A---TTAC-------TA---TTT-----ATGA--TG---A---T---GATG-A-T---------------GAT------A-ATG-AG-T---------A----T--AATGG---TTATG--ATGATA--AAA--------------GT---A-A--T------AATAATGCTAATG-CTGATAATTACAACGActagtttctt
gi|3 : ttGTTA-TGATG--------AT---GACGTAGACGATGATTG------TG---T-TTA-T-G---ATG----GTATT-------GATG--------------ATGA-----TT------------GTAATGG-TGT-NN-NNN----N----------N-NN---NNNNNN------NNNNN-N----NNNNNNNN------N----N---NN----NNN---N-N------N-NN--NNNN------NNN---NNNN--NNNN--NNNN--NNNNNNN---NN--NNN--NNN--NN---NN-NNNNGTAT--T---G-GCGATAC---TGATGATGGTAATG-------------T------------TGC-TGAT--G-----T-TG-CT--GA-T---GA-----TGGT-G----T------TT--TTGAT---GACGCT---GTTG---TTAATG-----G-T-G--------ATATTTTTG---ATGATGA--TGTT-TCT--G----------------TTGATGT---TGGC-------GG---TG------TTGA--TG---A---T---GATG-A-TAGTTTAGTGT--T--GAT------G-ATG-A--TCGTGTTTATGATGGT--GTTGA---TGATG--ATGATG--GTG--------------GT---G-G--TGTTGAGGATCATGATAATA-ATGATGATT
gi|3 : gATG-ATGATGACGT-AGACGATGATTGTGTTTAT--GATGGT-ATTG-ATGATGATTGTAATGGTGTNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-NNNNNNNN-NNN--NNNNNN--NNNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNNN--------NN---NNNNNNNNNNNNNNNNN------NN-NNN-NNG-T-A---TTG----GCGAT-------ACTG--------------ATGA-----TG------------GTAATG----T-TGCTGA----TGTTG------C-TG---ATGATG------GTGTT-T----T--TGATG------A----C---GC----TGT---T-G------T-TA--ATGG------TGA---TATT--TTTG--ATGA--TGA---T---GT--TTC--TGT--TG---AT-GTTGGCGG--T---G-TTGATGA---TGATGATAGT--T--------------TAGTGT-------TGA-TGAT--GA-T--CGTG-TT--TA-T---GA-----TGGT-G----TTGA---TG--ATGATGATGGTGGT---GGTGTTGAGGATC-----A-T-G--------ATAATAATG---ATGAT----TGTT-G-T--G----------------TTGATGA---TGAT-------GG---TGGAATTTATGAAGTG---AAGGC---GATG-A-T---------TG-T--ATT------A-ATG-A--T---------GGTGTT--GATGA---TAATT--GTGATG--GTG--------------TT---G-A--T------GATGAAGGTGTTG-TTGATGATTA--ACGGTCATgttgtgttgatgatgatggtggaatttatgaagtgaaggcgatgattgtattaatgatggtgttgatgataattgtgatggtgttgatgatgaaggtgttgttgatgattaacggtcatgttga
gi|30 : ggttAATG--G---ATAACGA--TGAC-AAT--A----------------AAGATGGCATTGAC-------GA---TG------GTGA--TG---A---C---GATG-A--------------A--GAT------A-GCG-A--T---------AACGAT--CAAAA---CAATG--ATGACG--ATG--------------gttga
gi|31 : --TGGCGGTG-ATGATGGTGA-TGTTAATTAT---GTTAAT--GATGTT-GATG-GTAATTGTGATGATGAAG-----ATGAT
gi|32 : gagggtggtggtgg--T--AAT------A-ATG-A--T---------ACTGAT--GATGA---TGATG--ATGGTG--GTG--------------AT---G-G--T------GGTGGTGGTGGTG-CTGCTGa
gi|34 : tgaGCTG------A----C---GA----CAA---C-G------A-CA--ATGA------TGA---TGAT--GATG--ATGA--TCATCAT---CA--TCA--TCA--Tctgctgctg
gi|35 : GATG---AAGACGA--CGAA-GAC--G----------------ATGATGA---TGAG-------GA---TG------ATGA--TG---A---T---GA
gi|36 : T--TATAAT-AATG-ATAATGATGATGATGATG-----ATGATGGTG
gi|4 : AT--TATCAC-AAT---T--TGATGATGAAGATA-----ATGATAAT-------A-AATTA-TG-ATG--ATCATC--ATATT----AATATGA-TG--G-GGATA--------TT---GATGA--AAAATGATCA------TG-AT--------A---ATA----CTACT-------ACTG--------------ATGC-----TG------------ATGATGG-T-T--G-TGA----T----------A-TAG--ATGATG------ATGACAG----CAAAAACA------A----C---AA----AGA---T-G------A-CA--ATGAGTACCTTGA---TCAT--GATTTTATGA--TATTGAT---GA--TTG--TGA--TA---CT-GGTGATGA--T---G-ATAATAA---TGATAGTGAAGACA---AT---GT---TAAAGA-------TGA-TGAT--AA------TG-AT--AA-T---GA------AAT------C-GA---CA--GCAATTA-G--------GATT---GTTATC-----G-T-T--------AT--TGTTG---TGGAAGAAGTGGTAGAT--G----------------CTGATat
gi|4 : ttgtaaacTG----ATGAT-------GAAG--------------ATAA-----TG------------ATAATAA-A-T-TA-TGA----TGATCATCATAT-TA---AT-ATG------ATG---G----GGATATTG------A----T---GAAAAATGA---T-C------A-TG--ATAA------TAC---TACT--ACTG--ATGC--TGATGAT---GG--TTG--TGA--T----ATAGATGATGA--T---G-ACAGCAA---AAACAACAAAGATG---AC---------AATGAGTACCT-TGA-TCAT--GA-T--T-TT-AT--GA-TATTGA-----TGATTG----T-GA---TA--CTGGTGATGATGAT---AATA---ATGATA-----G-T-G--------AAGACAATG---TTAAAGA--TGAT-GAT--A----------------ATGATAA---TGActagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaattT--G----------------GTGGTGG---TTGC-------GG---TG------ATGA--AT---A---T---GATG-A-T---------------GGT------A-GTGCAGCT---------AATACT--GATGA---TGATG--GTGATG--ATA--------------GT---GCAGCT------CATGCTGATGCTG-CTGATGATAATGAT-ATAATaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGA---T-GGTAGTG-CAG--C--TAATACTG-ATGATGATGG-TGATGATAGT---GCAGCT--CATGCT-GATG-CTGCTGATGATAATGAT------ATAATGATTAT-A-TA-GA-TAGTG-ATG------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGATG--------GT---GATATTCACAATGAT-G------T----------T-A---ATGACCTATGAT-------GATG--------------GCAA-----GG------------ATGCTGA-T-TATA-TAA---------------T-CA---GTGATG------ATGTT-GA---TAATGTT------------T---GA----TGG---T-G------A-CG--ATAC------TGA---TGAT--GA-G--ATTA--TTATTAT---TA--TTA--TGA--TA---AT-GATAATGA--T---A-ATGGTTACGTTGTTGCTGGTAATG---AC---G----CAgattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatGATGCTGG------CG-GTG-TTG-------ATG----ATATT-------GATA--------------GTAAAGTGTTG------------ATGATGA-T-T--G-TG-----T----------T-TA----------------TGTTAG----TGGTGTTG------A--------------TGA---T-----------G--ATGT------TAA---TGAT--GATG--ATGA--TGGTGGT---GT--TAA--AGA--TC---AT-GATAATGA--T---G-ATAATAT---TGTTGATGGTGGTATTTACAAAG----TGAAGG-------TTA-TGAT--GA------TG-AC---A-TG--GA-----TAAT--------GA---TT--GTGTTTATGATGAT---TGTG---ATG--------G-T-G--------TTGTTGTTG---ATGATGA--TTAG-GAT--G----------------TTGATGA---TGTT-------GATTTTG------ATGT--TG---A---T---GATG-ATT---------T--T--TAT------A-TTG-A--T---------AATGGT--GTTGA---TGATG--TTATTG--ACG--------------ATACGG-A--T------GATGGTGTTGTTG-CTGATGATtttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gttTGATAATGAGCTT-GTT-TTTATG-------GACAAGA-ATAATGATACCTTACTAT--T---GTTTATATTATTAT-GTTG-ATTATGAAGACGATAATG-----ATGATGA-------------TAATG-ATA--ATGTTA--TTGTG----GGGACGG-CG--A-CAATG--------GT---CATAATGATGAGGATGACGAGCTTG-GTT-TTG-TAA---ACG----GAAAT-------GATG--------------ATAN-----NN------------NNNNNNN-N-N-NN-NNN----N----------N-NN---NNNNT-------ATGTA-A----TGGTGTTG------A----T---GA----TGA---T-G------A-TG--ATGG------TGA---TGTT--AATG--ATG------CTAT---TA--TTG--TTATTTG---AT-GATGATGA--T---A-ATGATAC---T-ATTATAGTGAGG---AC---g
gi|8 : aTTTGATGACGA---T-AAT--TGATA------CGATGATG-ATGATGATGA-GGATGATGAG---GATGAT--TA--AT-AAAA-ATAAT--TAATGAAAATG-----ATGATG-------------TTAGTG-ATG--ATTTTA--ATCAGTAGAACGACGA-CG--G-CGACG--------AT---GATGATGACGATGATGA------TG-ATT-TTA-T-AAAAATA----ATAATTTTAACTGATA--------------ATAAA----TGTNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NNN----N----------N-NN---ATGATG------ATGAT-GATGTTGATGATA------AAGAAT---GA----TGA---T-G------G-CA--A
gi|9 : atctgtaatattctcatttgTTG-TAATG--------GT---GATGATAATGATGATGG------CA-ATTATTG-T-A---ATG----ATAGT-------GATA--------------ATGA-----TG------------ATGGTGA-T-T------A----T----------TATA---ATGATGGGGATTATATTGG----TGGTAGTT------G----T---GA----T-A---T-G------A-TG--ATAG------TGA---TTTT--GAAG--ATGAAGTAATGAT---GA--TAAATTGA--TG---AT-GGTGATGA--TACAG-ATTAT-A---TGATGGTGGTGATG---AT---G----
gi|9 : TAATGGTGATGATAATG-----ATGATGG-------CA----------ATT--ATTGTA--AT----------------------GATA--------GT---GATAAT---GATGATGG------TG-ATTATTA-T-A---ATG----ATGGG-------GATT--------------ATAT-----TG------------GTGGT-A-G-T-TG-TGA----T-----------------ATGATG------ATA---G----TGATTTTG------A----A---GA----TGAAG-T-A------A-TG--ATGA------TAA----ATT--GATG--ATGG--TGATGATACAGA--TTA--T-A--TG---AT-GGTGGTGA--T---G-ATGACAG---TAGTAATTGTGAGG---GCAA-G----GAAATA-------TTATTGGT--AA-TTGC-TG-AC--acagtagtaattgtgagggcaaggaaatattattggtaattgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GCGACGGCGATGGCGATGGCGGTAACAATAACGATAAAAATATCGATAACGATGA
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 1111111111111111111 111111111111 44444444444444444444444444444444444 22222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 2222222222222222222222222 11111111111111111111
lowQualScore : 8 1 11 4444444444 5 1 2 0000 1 1 3 1 44 0 0 55 55 99999 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333 1 1 7777777777777777777 555 33 55555 9999999 2 333333333333 4 55555555555555555555555555555555555 666666 00000000 1 9999999999999 4444 666 2 888888888888 8888888 333 1 1 22 222 55 333 22 22 333 22 1 1 22 333 555 0 555 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 22 2 444 333 333 1 9999999999 1 1 2 222 22 444444 22 1 22 22 55555555 222 66666666 333 999999 66666666 22 555 444 333 333 1 7777777777777777777777777 44 66 333 1 333 77777777777777777777 22 55 333 2 22 2 22 2 4 44
lowQualScore : . . .. .......... . . . .... . . . . .. . . .. .. ..... ............................................................ .............. . . ................... ... .. ..... ....... . ............ . ................................... ...... ........ . ............. .... ... . ............ ....... ... . . .. ... .. ... .. .. ... .. . . .. ... ... . ... ........................................................................................... ... .. . ... ... ... . .......... . . . ... .. ...... .. . .. .. ........ ... ........ ... ...... ........ .. ... ... ... ... . ......................... .. .. ... . ... .................... .. .. ... . .. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 22 0000000000 0 1 6 4444 0 0 6 3 11 3 4 00 00 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111 0 7 5555555555555555555 000 77 77777 3333333 9 777777777777 1 77777777777777777777777777777777777 444444 11111111 7 1111111111111 7777 999 2 111111111111 0000000 555 0 9 66 999 11 333 66 55 222 66 9 7 66 333 000 5 222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 777 88 3 888 333 333 8 3333333333 8 8 6 888 33 888888 33 7 11 11 66666666 888 77777777 000 888888 33333333 44 444 888 000 000 8 7777777777777777777777777 11 55 000 6 000 33333333333333333333 55 00 555 0 88 1 99 4 0 44
consensus : CAATTTTGATGATGAT-GTT-GTGAT-AA--C--TGACGATG-ATGATGATGNTGATGATGAC---GNTGA-TTATGATAATG-ATAATGATGA--TG--ATGATG-----ATGATGGTGTT-ACA-GAT-----TAGTGATG--ATTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT----G--------GTGATGATGACGATGATG--GTGATT-TTG----T-A---A--TG----ATGAT-------GATGATGA-TG------------ATGATGA-T-T-TG-TGA----T----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G----TGATGNTG------A----C-GA----TGA---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNTGA-TG--ATGA--TGATGAT---GATTA--TGA--T---GA--T-GNTGATGA--T---G---ATGATAA---TGATGATGGTG---ATG-AC--G----TAANGA-------TGA-TGA--TGA-T-------C-TGAC--GA-T---G---A-----TGGT-G-------C-GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---ATGAT--C-----G-T-G-ATAATGNTG---ATG--AT------GA--TGAT-GAT--G--ATGA--------TGA---TGAC-------GA---TG------ATG--------A--TG---A---T---GA---TG-A-T--T--T-GAT-------------AATG--A--T---AATGNT---GATGATGATG--------------------ATG--ATG--ATGAT---G-A--TGATGATGA-TG--ATG-CTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAATTTTGATGATGAT-GTT-GTGAT-AA--C--TGACGATG-ATGATGATGNTGATGATGAC---GNTNA-TTATGATAATG-ATAATGATGA--TG--ATGATG-----ATGATGGTGTT-ACA-GGT-----TAGTGATG--ATNATA--ATCTG----ACGACGA-CGTTG-CGAT----G--------GTGATGATGACGATGATG--GTGATT-TTG----T-A---A--TG----ATGAT-------GATGATGA-TG------------ATGATGA-T-T-TG-TGA----T----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G----TGATGNTG------A----C-GA----TGA---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNTGA-TG--ATGA--TGACGAT---GATTA--TGA--T---GA--T-GNTGATGA--T---G---ATGATAA---TGATGATGGTG---ATG-AC--G----TAAAGA-------TGA-TGA--TGA-T-------C-TGAC--GA-T---G---A-----TGGT-G-------C-GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---ATGAT--C-----G-T-G-ATAATGNTG---ATG--AT------GA--TGAT-GAT--G--ATGA--------TGA---TGAC-------GA---TG------ATG--------A--TG---A---T---GA---TG-A-T--T--T-GAT-------------AATG--A--T---AATGNT---GATGATGATG--------------------ATG--ATG--ATGAT---G-A--TGATGATGA-TG--ATG-CTGATGATTACGACGATAATA
gi|1 : AGTGATG--TTGATG--ATTTA----ATGATGA-CATT----AT----GTTTCACACATAATTATGGCGATAACGTTATG-TT-TCA----C-A---A--------ATAAT-------AATGACGA-TA------------ACG-TTA-T-T-T---------T----------T-CACACATAATG------ATTTG-G----GGGTGATG------A----C--A----TAT---T-GTTTCATA-CA--A---------TCA---TAATGA-TG--ATGA--TGAC-------ATTA--TGT--TTCACA--T-ATTGATGAATT---G---ATTACGA---C-ATTATGTT-----TT-AC--A----CATA-A-------TTA-TGATTTGA-T-------CTTTAC---A-T---T---A-----TGTT-T-------C-AAATGTG--GTGATTATT-TTGAT---GATG---AT-AT--T-----A-T-GTTTAACAC-----ATA--AT------GA--TGAT-GAT--G--ATGA--------TGA---TGAC--------A---TT------AAGTTTCACGCA--TA---A---T---GA---TG-A-C--T--T-GAT-------------GATG--ACGT---AATGTTTCAGACAATCATA--------------------ATG--ATG--ATTAT---T-T--TGATGATGA-CG--TTG-
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaATTTTGATGATGAT-ATT-ATGTTTAA--C--ACATAATG-ATGATGATGATGATGATGAC---ATTAAGTT----TCACGCATAATGATGACTTG--ATGATG-----ACG-TAATGTT-TCA-GACAATCATAATGATG--ATTAT----TTTG----ATGATGA-CGTTG-TGTTTCCCG--------TTTAC-ATTAT-ATGATG--GTGATT-TAG----------A--TG----ATtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgatt---TGTTGA-TA--ATGA--TGATGAT---GCTTA--TGA--T---GA--T-----------T---G---TTG-TAA---TGATGATGGT---------C--G----TAAGAA---------A-TCA--TGA-T-------T-CACC--AA-T---G---AATAAATAGC-A-------G-AA---T----TAATAAAG-TTGAT---GATG---ATAAT--T-----GGT-G-GTAATGATG---ATG--AT------GA--AGTT-GAT--T--GTTA--------GGA---TAAA-------GA---GC------AAA--------A--TG---AA--T---GG---AG-T-T--TA-T-GAT-------------GATG--A--T---AA-ATT---GGTGGTGATG--------------------GTA--ATG--ATGAT---G-A--TAATGATGA-CT--ATG-TTGATGtacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttat---ATAATAA---TGATGATGGTG---ATA-AT---------AATACCACTACTGC-TGA--TGA-T----------GACAGGAGT---G---G-----TGGT-GA------T-AA---TG--ATGATTATG-ATGGT---GTTG---AT--T--T-----G-TTG-ATGATGCCA---CTG--CT------GC--TGAT-GAT--G--ACAA--------TGG---TGAC-------GA---TG------ATG--------A--TG---A---T---GA---TG-A-T-------GGT-------------GATT--G--T---GATGAC---GGTGATGGTG--------------------TTG--ATA--ATAAT---G-T--TGATGCTGC-TG--CTG-CTGATGGTGATAATGATGATg
gi|12 : tagtacttTTATG-ACGATTCGGGTG---ATTAT--CAGATAG-T-G-AATATGTTG---ATG--AT------GG--CAAT-GACAAG--ACGA--------TGA---TGAC-------GA---TGTTC---GTG--------A--TG---A---TTAGAA---TG-A-TAATGAT-GAT-------------AATG--A--T---GATGAT---TATGA--ATGCA------------------ATG--GTA--ATGAC---A-C--TGGTGATTA-TA--ATG-Cg
gi|12 : A-TG--ACGA--TTCGGGT---GATTA--TCA------GA--T-AGTGA--A--T-------ATG-T-----TGATGATGGCA---ATG-AC---------AAGA-------CGA-TGA----------------TGAC--GA-T---------------GT-T-------C-G----TG--ATGATTA-G-A--AT---GATA---ATGA-----------T-G-ATAATGATG---ATG--AT------TA--TGA---AT--GCAATGG--------TAA---TGAC-------AC---TG------GTG--------A--TT---A---T---AA---TGCA-C--T--T-TATTCA----------AATA--A--T---CTTGTC---GCTGAAAGTG--------------------ATA--ATT--ATactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttA---TG--ATGATTAAG-ATGA----GGTC---ATGGG--T-----G-T-G-GAGATGATG---ATG--AT------GG--TGAT-GAT--A--AT-A--------TGT---AAAT-------GA---TG------ATA--------T--TA---A---T---GA---TG-G-TA-T--T-GAT-------------GGTG--A--T---GATGTT---AATCATGAAT--------------------ATG--GTT--TTAAT---G-A--TGATGATGA-TG--ACA-GTGATGATatatat
gi|14 : AC--TA-T---G---A-----TTAT-GAAAA---T-GG---TG--GTCGTTAT---TGAT---GGAA---ATGGT--C-----A-T-G-GTAGTGGTG---GTG--GT------GA--TAAT-AAT--A--GTAA--------TGT---TGAT-------GA---TG------ATG--------G--CG---G---T---GA---TG-A-TTAT--T-TAT-------------GACG--G--TTAGAATGCT---GTTGTTGGTG--------------------ATA--ATGTAATGAT---G-A--TAATGTTCA-TG--ATGACCG-TGATTAggaaataatgattaaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : A---TTATAA-TG--ATAA--TAACGCT---AATGT--TGG--T---GA--T-GATGATGA--T---G---ATGATGT---TGATGTTGATT---GTG-A--------TATTGA-------TAA-TGA--CGA-T----------AAT--GT-T---A---A-----TGGT-G-------C-AA---TGTAGTG-----G-AAG-T---GGTA---GTGGT--A-----G-T-G-ATAATAATG---ATT--TT------GA--TGAT-TAT--G--ATGA--------AGA---AGAT-------GA---TG------ATG--------A--CG---A---T---AA---TG-A-C--T--acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : ttt-------C-AA---CG--GTAACCATA-ACGAT---AAAG---ACAAC------------G-ATAACGATT---ACA--AT------TA--TGAA-AAC--G--AT-A--------CGA---TAACCGTAACCGA---TG------ATG--------A--TATT-A---T---GA---TA-A-TATT--T-GATTACATTATCAAAAAAT---A--C---AAAGAT---GATGATAATG--------------------ATG--ATG--ATAAT---G-A--TAAAGAGAA-TG--A
gi|17 : tcggtaacgt--GTTATTA-G-ACACT---GATG---ATGAT--T-----G-T-G-ATAATAGTACTTATG---T------GA--TGAT-GAT--G--ATGG--------TGA---TGAG-------GA---TA------ATG--------G--TA---A---T---GG---TG-A-T-------GAT-------------AACG--A--T---AACAAC---GATGATGATG--------------------ATG--GTG--ACGAG---G-A--TNNNNNNNN-NN--ATG-ATAACGATAACAACGATggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccTGTTGTTAAAGATGAT---GATCA-TGATGATAATG-ATA------A--TG--ATGATG-----GTGATGGTGTTAACT-GGT-----T-GTAATGCTATTATATCATC------ACCTTTA-GGTTGACAAT----G--------GTGg
gi|19 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttt------TGA---TAATGA-TG--A-------ATTAT---AATTA--TGC--T---GA--T-GTTGTTAT--T---G---TTG-TAAC--TGGTGA--AT----ATG-AA--G------AAGA-------TGA-TGA--TGATT-------C-TAAC--GA-T---G--------------G-------C-GG---TG--GTGATTATG-AAGAT---GATG---AT--T--------------ATAATGATG---ATA--AT------GA--CAAT-GAT--A--ATGG--------TAA---Tctttgtt
gi|2 : CAATTCTAATAGTGAT-GTT-GTGAT-AA--CCTTGACAGTG-GTAATGTTGCTGATGATGAC---GATTA-CTATGATAATG-TTAGTCATGA--TC--ATAATG-----ATGATGGTGTTGACACGGT-----TAAAAATG--GTTATA--ATCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGAT----G--------GTGATTATGACGATGATG--ATGGTT-TTGG---C-A---A--TG----TTTAT-------GATGATGA-TG------------ATGATGGCT-T-TA-CAA----T----------TCTA---ATAGTG------ATGTT-G----TGATGTTG------A----C-GA----TAACCTT-G------A-CA--ATGG------TAA---TGTTGC-TG--ATGA--TGACGAT---TACTA--TGA--T---AA--T-GTTGGTCA--T---G---ATCATAA---TGATGATGGTG---TTG-AC--ACGGTTAAAAA-------TGG-TTA--TAA-T-------C-TGAC--GT-C---G---A-----CAGT-G-------C-GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---GTGGT--T-----T-T-G-GCAATGTTT---ATG--AT------GA--TGAT-GAT--A--ATGA--------TTA---TAGA-------GA---TG------AAG--------A--TG---T---T---GA---TG-A-T--T--TCAAC-------------AACG--A--C---AACGCC---GATGATGATG--------------------ATC--TCG--ATGAT---G-A--TGATGTTGA-TT--ATG-CTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : GA--T---GA--T-GTCAAGGG--T---T---ATGATTG---TTGTGATGGTG---GT---T--G----TAATGA-------TGA-TGA--CGG-T---------------GA-T---G---A-----TGGT-GGTTATGCT-GA---TG--GTGATTATG-ACAAT---GATG---ATGAT--T-----T-T-A-ATTATGGAG---A
gi|20 : ---ATGAT--------TGTT-G----TGATGGTGGTTGTAA----T-GA----TGA---T-G------A-CG--GTGA------TGA---TGGTGG-TT--ATGC--TGATGGT---GATTA--TGA--C---AA--T-GATGATGA--T---aagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gatgatgtcaagggtt-T-T-GG-TGA----T----------G-TT---AT--TG------GTGTT-GG---TGTTGGTG------A----T-GG----TGA---TTG------A--G--ATGG------TGT---TGGTTA-TG--TTGC--TGATGAT---AGTTG--TGG--T---GA--T-TCTGACGA--T---GT--ATGA-AA---TGGTAACGGTG---GT---T--G----TGATAT-------TGG-TAA--TGA-T-------tttaattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|21 : gATGTTGCTGATGATAGTT-GTGGT-GATTC--TGACGATGTATGA-------AATGGTAAC---GGTGG-TTGTGATATTG-GTAATGAT
gi|22 : gttggtgatgttattggtgttggtgttggtgatggtgattgagatggtgttggttG------------ATG-TGA-T-T-T--TGT----T----------C-T-----TGATG------ATA---G----TGATGCTG------A----A-GA----TAA---T-G------AACAGAATGA------TGAAAGTGTTGA-CA--AAGC--CGACGAT---AACTA--TGA--C---AA--T-GATGATGG--T---G---ATGATGA---TGATTATGATA---A
gi|23 : gacgtcatc---A-----TGCT-GA------C-GA---TG--GTGACGACG-ACGAA---GACA---ATAAT--G-----A-G-G-ATAATGCTG---CTG--AT------GG--TGAT-GTT--G--ATAA--------C-A---T--T-------GG---TG------GTG--------A--TT---A---C---GA---TA-A-T--T--T---T-------------AATA--A--T---AATGTT---AACAATGAT
gi|24 : atattaacc---A--TG----ATGAT-------GATGTTGA-TG------------ATAAAGA---------------------------------ATGATG------ATG---G----CAACGTTGT-----A----CCAA----TAA---T-T------T-GG--ATTA------TAT---TGTTAACTA--AT-A--GGATAAT---GATGA--TGA--T---AG--T-GGTGATGA--T---GCAAATGATAA---TGA
gi|25 : GGTG---AGG--AT------AA--TGAA-GAT--A--AGGA--------TGA---TGAG-------GA---TT------ATG--------A--TG---A---T---GA---GG-A-GG-T--T-GAT-------------GAAG--A--T---AATGTT---GAGGAGGAGG--------------------ATA--ATT--ATGAT---G-A--TGACGATGA-TG--ATaac
gi|26 : gatgaagaggag-T-T-TT-TTA----T----------T-TG---ATAATG------GTGTT-GA---TGATGTTG------A----T-GC----TGA---T-G------A---------------TAA---TGATGA-TG--ATGA--TGGTAAT---GCTGA--T----T---GGTCT-GTTGCTGA--T---A---ATGATAa
gi|27 : atgttattattattat-T-A-ATAATACTA---TTA--AT------GA--TGAG-GAT--G--CTGA--------TGA---TGAC-------AA---TA------ATG--------A--TG---A---T---CA---TG-G-T--TA-T-GATGATAGA-------AATT--A--T---AATATT---GATTATACTG--------------------ATG--ATA--ACAAC---G-A--Tttat
gi|28 : ataaTG--A--T---AATAAT---GATGATACTG--------------------ATG--GTGCAATGGT---G-A--CGGTGGTTG-TG--ATG-CTatt
gi|28 : GAT----A--------ATAATGATGATACTGATG--G-------TG----C-A---A--TG----GTGAC-------GGTGGTTG-TG------------ATGCT-A-T-TATA-TCAGCACT----------T-TA---AAGTTT------ATGTT-C----CGTTGGTG------A----C-attatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : tAT--A--ATAA--------T-A---TTAC-------TA---TTT-----ATG--------A--TG---A---T---GA---TG-A-T-------GAT-------------AATG--AG-T---A----T---AATGGTTATG--------------------ATG--ATA--AAAGT---A-A--TAATAATGC-TA--ATG-CTGATAATTACAACGActagtttctt
gi|3 : ttGTTA-TGAT----G--------ATGACGTAGACGATGATT--GTG--T-TTA----T-G---A--TG----GTATT-------GATGATGA-TT------------GTAATGG-TGT-NN-NNN----N----------N-NN---NNNNNN------NNNNN-N----NNNNNNNN------N----N-NN----NNN---N-N------N-NN--NNNN------NNN---NNNNNN-NN--NNNN--NNNNNNN---NNNNN--NNN--N---NN--N-NNNNGTAT--T---G---GCGATAC---TGATGATGGTA---ATG-TT--GC---TGATGT-------TGC-TGA--TGA-TGGTGTTTT-TGAT--GA-C---G---C-----TGTT-G-------TTAA---TG--GTGATATTT-TTGAT---GATG---ATGTT--T-----C-T-G-TTGATGTTG---GCG--GT------GT--TGAT-GAT--G--ATGATAGTTTAGTGT---TGAT-------GA---TG------ATC--------G--TGTTTA---T---GA---TG-G-TG-T--T-GAT-------------GATG--A--T---GATGGT---GGTGGTGTTG--------------------AGG--ATC--ATGAT---A-A--TAATGATGATTGTTGTG-TTGATGAT
gi|3 : gATG-ATGATGACGTAGACGATGATTGTGTTTA-TGATGGTATTG-ATGATGATTG--TA--ATGGTGTNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNN-----NNNNNNNN--NNNNNN--NNNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNN----N--------NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN-NNG----T-A---T--TG----GCGAT-------ACTGATGA-TG------------GTAATG----T-TGCTGA----TGTTG------C-TG---ATGATG------GTGTT-T----T--TGATG------A----C-GC----TGT---T-G------T-TA--ATGG------TGA---TATTTT-TG--ATGA--TGA---T---GTTTC--TGT--T---GA--T-GTTGGCGG--T---G---TTGATGA---TGATGATAGT-----T-----------TAGTGT-------TGA-TGA--TGA-T-------CGTGTT--TA-T---G---A-----TGGT-G-------TTGA---TG--ATGATGATG-GTGGT---GGTGTTGAGGAT--C-----A-T-G-ATAATAATG---ATG--AT----------TGTT-G-T--G--TTGA--------TGA---TGAT-------GG---TGGAATTTATG--------AAGTG---AAGGC---GA---TG-A-T--TG-T-ATT-------------AATG--A--T---GGTGTT---GATGATAATT--------------------GTG--ATG--GTGTT---G-A--TGATGAAGG-TG--TTG-TTGATGATTA--ACGGTCATgatggtggaatttatgaagtgaaggcgatgattgtattaatgatggtgttgatgataattgtgatggtgttgatgatgaaggtgttgttgatgattaacggtcatgttga
gi|30 : ggttAATG--G---ATA--AC------GA--TGAC-AAT--A--AAGA--------TGGCATTGAC-------GA---TG------GTG--------A--TG---A---C---GA---TG-A-------A-GAT-------------AGCG--A--T---AACGAT---CAAAACAATG--------------------ATG--ACG--ATGgttga
gi|31 : --TGGCGGTG-ATGATGGTGATGTTAATTAT---GTTAA-TGATGTTGATG-GTAATTGTGA--TG--ATGAAG-----ATGAT
gi|32 : gagggtggtggtgg--T-AAT-------------AATG--A--T---ACTGAT---GATGATGATG--------------------ATG--GTG--GTGAT---G-G--TGGTGGTGG-TG--GTG-CTGCTGa
gi|34 : tgaGCTG------A----C-GA----CAA---C-G------A-CA--ATGA------TGA---TGATGA-TG--ATGA--TCATCAT---CATCA--TCA--T---ctgctgctg
gi|35 : GATG---AAG--AC------GA--CGAA-GAC--G--ATGA--------TGA---TGAG-------GA---TG------ATG--------A--TG---A---T---GA---
gi|36 : -TTATAATAATG-ATAATGATGA--TG--ATGATG-----ATGATGGTG
gi|4 : A-TTATCACAAT---T--TGATGA--TG--AAGATA-----ATGATAAT------A-AAT-----TA-TGATG--ATCATC--ATATT----AATATGA-TG--G-GGAT----A--------TTGATGA--AAAATGATC--ATGAT-----------A---A--TA----CTACT-------ACTGATGC-TG------------ATGATGG-T-T--G-TGA----T----------A-TAG--ATGATG------ATGACAG----CAAAAACA------A----C-AA----AGA---T-G------A-CA--ATGAGTACCTTGA---TCATGA-TTTTATGA--TATTGAT---GATTG--TGA--T---AC--T-GGTGATGA--T---G---ATAATAA---TGATAGTGAAG---ACA-AT--GT---TAAAGA-------TGA-TGA--TAA-----------TGAT--AA-T---G---A------AAT---------C-GA---CA--GCAATTA-G---------GATT---GTTAT--C-----G-T-T-AT--TGTTG---TGG--AA------GAAGTGGTAGAT--G--CTGA--------Tat
gi|4 : ttgtaaac--TG----ATGAT-------GAAGATAA-TG------------ATAATAA-A-T-TA-TGA----TGATCATCATAT-TA---AT-ATG------ATG---G----GGATATTG------A----T-GAAAAATGA---T-C------A-TG--ATAA------TAC---TACTAC-TG--ATGC--TGATGAT---GGTTG--TGA--T----A--TAGATGATGA--T---G---ACAGCAA---AAACAACAAAG---ATG-AC--------AATGAGTACCT-TGA-TCA--TGA-T-------T-TTAT--GA-TATTG---A-----TGATTG-------T-GA---TA--CTGGTGATG-ATGAT---AATA---ATGAT--A-----G-T-G-AAGACAATG---TTA--AA------GA--TGAT-GAT--A--ATGA--------TAA---TGActagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaattT--G--GTGG--------TGG---TTGC-------GG---TG------ATG--------A--AT---A---T---GA---TG-A-T-------GGT-------------AGTGC-AGCT---AATACT---GATGATGATG--------------------GTG--ATG--ATAGT---GCAGCTCATGCTGA-TG--CTG-CTGATGATAATGAT-ATAATaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGAT-GGTAGTG-C-AG--C--TAATACTG-ATGATGATGGTGATGATAGT---GCAGC-TCATGCTGATG-CTGCTGATGA--TA--ATGAT------ATAATGATTAT-ATA-GA------TAGTGATG------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGAT----G--------GTGATATTCACAATGAT---GT------------T-A---A--TGACCTATGAT-------GATGGCAA-GG------------ATGCTGA-T-TATA-TAA---------------T-CA---GTGATG------ATGTT-GA---TAATGTT------------T-GA----TGG---T-G------A-CG--ATAC------TGA---TGATGA--G--ATTA--TTATTAT---TATTA--TGA--T---AA--T-GATAATGA--T---A---ATGGTTACGTTGTTGCTGGTA---ATG-AC--G----CAgattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatTGATGCTGGCGGTGTTG--ATGATA-TTGATAGT-A---AAGTG----TTGAT-------GATGATTG-TG------------TTTATG--T-T-AG-TGG----TG---------T-TG---ATGATG------ATGT-------------TA------A----T-GA----TGA---T-G------A-TG--ATGG------TGG---TGTTAA-AG--ATCA--TGATAAT---G---A--TGA--T---AA--T-ATTGTTGA--T---G---GTGGTAT---TTACAA-AGTG---A---AG--G----T---TA-------TGA-TGA--TGA-C-------A-TG----GA-T---A---A-----T--------------GA---TT--GTGTTTATG-ATGAT---TGTG---ATG----------G-T-G-TTGTTGTTG---ATG--AT------GA--TTAG-GAT--G--TTGA--------TGA---TGTT-------GATTTTG------ATG--------T--TG---A---T---GA---TG-ATT--T--T-TAT-------------ATTG--A--T---AATGGT---GTTGATGATG--------------------TTA--TTG--ACGATACGG-A--TGATGGTGT-TG--TTG-CTGATGATtttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gtA-T---G---A-----TAAT-G-------A-GC---TT--GTTTTTATGGACAAG---AATA---ATGATACC-----T-T-A-CTATTGTTT---AT---AT------TA--TTAT-GTT--G--ATTA--------TGA---AGAC-------GA---TA------ATG--------A--TG---A---T---GA---TA-A-------T-GAT-------------AATGTTA--T---TGTGGG---GACGGCGACA--------------------ATG--GTC--ATAAT---G-A--TGAGGATGA-CG--A-G-CT--TGGTTg
gi|7 : ---ATGATAA---TGA-GCTTGTTTTTATGGAC--------AAGAA-------TAA-TGA--T-A-C-------C-TTAC--TA-TT--GTTTA-----TATT-A-------T-TA---TG--TTGATTATG-AAGAC---GATA---ATGAT--G-----A-T-G-ATAATGATA---ATGTTATTGTGGGGA--CGGC-GAC--A--ATGG--------TCA---TAAT-------GA---TG------AGG--------A--TG---A---C---GAGCTTG-G-T--T--T-TGTA------------AACG--G--A---AATGAT---GATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTAATG--GTGTT---G-A--TGATGATGA-TG--ATG-GTGATGTTAATGATGCTATTAttgtaaacggaaatgatgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtaatggtgttgatgatgatgatgatggtgatgttaatgatgctattattgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|7 : -ATTATTATGTTGATTATGAA---GACGA-TAATGATGATG-ATAATGATAA--TGTTATTGTG-----GGGACGGCG---ACA--------------ATG--GTCATA---------------------------AT----G--------ATGAGGATGACGA-GCT----TGGTT-TTG----TAA---A--CG----GAAAT-------GATGATAN-NN------------NNNNNNN-N-N-NN-NNN----N----------N-NN---NNNNT-------ATGTA-A----TGGTGTTG------A----T-GA----TGA---T-G------A-TG--ATGG------TGA---TGTTAA-TG--ATG------CTAT---TATTG--TTATTT---GA--T-GATGATGA--T---A---ATGATAC---T-ATTATAGTG---AGG-AC--ttgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|8 : atgataatgagcttgtttttatggacaagaataatgataccttactattgtttatTTTGATGACGAT-AAT--TGAT-A------CGATGATG-ATGATGATGAGGATGATGAG---GATGA-TTA--ATAAAA-ATAAT--TAA--TG--AAAATG-----ATGATG------------T-----TAGTGATG--ATTTTA--ATCAGTAGAACGACGA-CG--G-CGAC----G--------ATGATGATGACGATGATG--ATGATT-TTA----T-AAAAA--TA----ATAATTTTAACTGATAATAAATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NNN----N----------N-NN---ATGATG------ATGAT-GATGTTGATGATA------AAGAAT-GA----TGA---T-G------G-CA--A
gi|9 : atctgtaatattctcatttgTTG-TAAT----G--------GTGATGATAATGATGATG--GCAATTATTG----T-A---A--TG----ATAGT-------GATAATGA-TG------------ATGGTGA-T-T------A----T----------TATA---ATGATGGGGATTATATTGG----TGGTAGTT------G----T-GA----T-A---T-G------A-TG--ATAG------TGA---TTTTGA-AG--ATGAAGTAATGAT---GATAAATTGA--T---GA--T-GGTGATGA--TACAG---ATTAT-A---TGATGGTGGTG---ATG-AT--G----
gi|9 : TAATGGTGA--TG--ATAATG-----ATGATGG------CA--------------ATT--ATTGTA--AT----------------------GAT----A--------GTGATAAT---GATGATG--GTGATTATTA----T-A---A--TG----ATGGG-------GATTATAT-TG------------GTGGT-A-G-T-TG-TGA----T-----------------ATGATG------ATA---G----TGATTTTG------A----A-GA----TGAAG-T-A------A-TG--ATGA------TAA----ATTGA-TG--ATGG--TGATGATACAGATTA--T-A--T---GA--T-GGTGGTGA--T---G---ATGACAG---TAGTAATTGTG---AGG-GCAAG----GAAATA-------TTATTGG--TAA-TTG-----C-TGAC--acagtagtaattgtgagggcaaggaaatattattggtaattgctgacttaatacagttttatatatcatcagtaattaaca
blockSeqs : A T AG ATAACCT T T T TTGT A C . G A . TT TNNNN GTGTTAACTGGTTGTAATGCTATTATATCATCACCTTTAGGTTGAC TCCCGT T T GATGATATTGATAGT AAA AG ACCTA TTTAACT A TNNNNNNNNNNN A AAATTATGATGATCATCATATTA GGGATT ATGATGT T GTTGTAAT AAAA CCT T AACAGA AGTACCT AAG T C TT AAG TG ACA AT TT . TC A G . ACA CAA CGT AATGTTGCTGATGTTGCTGATGATGGTGTTTTTGATGACGCTGTTGTT . TA A GAC TCG TTG A CAGATAG T . A CTT TT TGTGGG AG A AA CA TAGTTTAG CAT CCGTAACC TTT GAATTT . AG TTT AGG TAG GCT C TATTTGATTACATTATCAAAA TT GC TAG T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNT TA TA ACG C GC T TT A T CA
blockSeqs : . T G GTGATTC . T C T A T . T T . . . GTGTTGACACGGTTAAAAATGGTTATAATCTGACGTCGACAGTGC GG G G GATGGTTTTGGC . . A . . . A ATTATATCAGCACTTTA . TTGG G AAGAAT . AG . ACA G . A . . A GG . . . . . . A . . T C GATGACAATGAGTACCTTGATCATGATTTTATGATATTGATGATTGT . . T TT . . T ACCT . . C . . . . . . . . . A . TTC . . TT A . . . TTATGATGATAGA C G . A . CA . CA . . . . . . A CG
blockSeqs : . G G CAGC . A T C G G . T G . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GG G G GGCAATTATTGT . . T . . . C GTTGCTGATGTTGCTG . TTGA G TACC . . . ACG A . A . . A CG . . . . . . T . . . . GATAATAATACCACTACTGCTGATGATGACAGGAGTGGTGGTGAT . . T AT . . G TGG . . T . . . . . . . . . C . T . . . . . . . TAATGATGAT . . . A . . . . . . . . . . C CA
blockSeqs : . A . ATA . G A C T T . G A . . . ATAAATTATGATGATCATCATATTAATATGATGGG AA N G GGTGATTATTAT . . A . . . A GGCTTTACAATTCTA . ACAG C AC . . . TGG G . T . . A TT . . . . . . T . . . . TTTTATGGACAAGAATAATGATACCTTACTATTGTTTATATTAT . . A AC . . G TG . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . CTTTATTCA . . . T . . . . . . . . . . T TG
blockSeqs : . A G T T A . G G . . . ATTATATAGATAGTGATGCTGATGTTGATTGTTGT GA G N NNNNNNNNNGT . . G . . . A GGTGTNNNNNNNNN . TTGA T AT . . . NNN A . G . . A CG . . . . . . T . . . . GTTGACACGGTTAAAAATGGTTATAATCTGACGTCGACAGTGC . . T AT . . G TG . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TTATTTAT . . . T . . . . . . . . . . T TG
blockSeqs : . A T T C G . T A . . . TTAGTGATGATTTTAATCAGTAGAACGACGACGGC NN A C GATGATTTTAT . . G . . . A GGTTGTGATATAG . TTGG T AA . . . TTA A . G . . C TG . . . . . . A . . . . GGTTGTAATGATGATGACGGTGATGATGGTGGTTATGCT . . T AA . . G CA . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TTATGAT . . . C . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . A A A A G . T C . . . GCGACAATGGTCATA AT G G GGTGATTTAG . . G . . . A GATTATATAATCA . TTG G AT . . . ACA N . T . . C TG . . . . . . C . . . . CGTAAGAAATCATGATTCACCAATGAATAAATAGCAG . . T AC . . A AG . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TATTGAT . . . A . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . G A G . C A . . . GCAATTATTGTAAT GG G G TGGTTTTGTA . . C . . . C GTTAGTGGTGTTG . TTG N AC . . . ACA G . T . . C CG . . . . . . A . . . . GACAATGTTAAAGATGATGATAATGATAATGAAATC . . T AC . . G TG . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TTTCAAC . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A A . . . GA G G TGTGTTTAT . . A . . . A NNNNNNNNNNNNN . TTC A NN . . . ATG A . A . . A TA . . . . . . G . . . . TGTGATATTGATAATGACGATAATGTTAATGGTGC . . T AA . . G TT . . G . . . . . . . . . G . . . . . . . . . GGTTGAT . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . GA G A CATGAT . . T . . . N NNNNNNNNNNNNN . NNN C AC . . . ACG A . N . . A TA . . . . . . T . . . . TTAGTGTTGATGATGATCGTGTTTATGATGGTGTT . . C AC . . G TT . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TGTTGAT . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG A . GGTGC . . G . . . N GATTTTGTTCT . TTT A AC . . . ATG C . T . . N NN . . . . . . N . . . . ATGAAGAAGATGATGATGATTCTAACGATGGC . . T AC . . A GA . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TTGTATT . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : AG . . GTT . . A . . . G GATTATTATA . TAA T AC . . . ATG G . A . . A TC . . . . . . T . . . . AATGACAAGACGATGATGACGATGTTC . . T AC . . G TC . . G . . . . . . . . . G . . . . . . . . . TTTTTAT . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . G AGTTGTGAT . G T AT . . . GCA G . A . . A TG . . . . . . G . . . . GAAGGTTATGATGATGACATGGATAAT . . T TT . . G CA . . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TTTTGTA . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . GA . G T AT . . . ATG G . C . . A TG . . . . . . A . . . . . . T GT . . T CG . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGGT . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G A AT . . . ATG A . A . . C TT . . . . . . A . . . . . . T AT . . G AG . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TGAT . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T G GT . . . AG . . T . . A TA . . . . . . T . . . . . . T AT . . G GA . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TTTT . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G T AA . . . A . T . . A CT . . . . . . A . . . . . . . AA . . G G . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGAT . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . T . . G TG . . . . . . G . . . . . . . A . . G . . . A . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGAT . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . TG . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGGT . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TGAT . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GTAGC***** A* ** GG************ GGTTATGTNATTA********************** ACG********* G****** TG *** ** *** ******** TTTGAT******************* ** ***
originalCons : CAATTTTGATGATGAT-GTT-GTGAT-AA--C--TGACGATG-ATGATGATGNTGATGATGAC---GNTGA-TTATGATAATG-ATAATGATGA--TG--ATGATG-----ATGATGGTGTT-ACA-GAT-----TAGTGATG--ATTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT----G--------GTGATGATGACGATGATG--GTGATT-TTG----T-A---A--TG----ATGAT-------GATGATGA-TG------------ATGATGA-T-T-TG-TGA----T----------T-TA---ATGATG------ATGTT-G----TGATGNTG------A----C-GA----TGA---T-G------A-CG--ATGG------TGA---TGNTGA-TG--ATGA--TGATGAT---GATTA--TGA--T---GA--T-GNTGATGA--T---G---ATGATAA---TGATGATGGTG---ATG-AC--G----TAANGA-------TGA-TGA--TGA-T-------C-TGAC--GA-T---G---A-----TGGT-G-------C-GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---ATGAT--C-----G-T-G-ATAATGNTG---ATG--AT------GA--TGAT-GAT--G--ATGA--------TGA---TGAC-------GA---TG------ATG--------A--TG---A---T---GA---TG-A-T--T--T-GAT-------------AATG--A--T---AATGNT---GATGATGATG--------------------ATG--ATG--ATGAT---G-A--TGATGATGA-TG--ATG-CTGATGATNACGACGATAATA
finalCons : CAATTTTGATGATGAT-GTT-GTGGTAGC-----TGACGATG-ATGATGATGNTGATGATGAC---GNTGA-TTATGATAATGA-TAATGATGA--TG--ATGATG-----ATGATGGTGTT-ACA-GAT-----TAGTGATG--ATTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGATGG------------TGATGATGACGATGATG--GTGATT-TTG----T-A---A--TG----ATGAT-------GATGATGA-TG------------ATGATGGTTATGTNATTA----------------------ATGATG------ATGTT-G----TGATGNTG------A----C-GA----TGA---T-GACG---------ATGG------TGA---TGNTGA-TG--ATGA--TGATGAT---GATTA--TGA--T---GA--T-GNTGATGA--T---G---ATGATAA---TGATGATGGTG---ATG-AC--G----TAANGA-------TGA-TGA--TGA-T-------C-TGAC--GA-T---G---A-----TGGT-G-------C-GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---ATGAT--C-----G-T-G-ATAATGNTG---ATG--AT------GA--TGAT-GAT--G--ATGA--------TGA---TGAC-------GA---TG------ATG--------A--TG---A---T---GA---TG-ATTTGAT-------------------AATG--A--T---AATGNT---GATGATGATG--------------------ATG--ATG--ATGAT---G-A--TGATGATGA-TG--ATG-CTGATGATNACGACGATAATA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GCGACGGCGATGGCGATGGCGGTAACAATAACGATAAAAATATCGATAACGATGA
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111 5555555555555 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11111111 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111 2222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111111111
lowQualScore : 3333 4 9999999999999 2 0 3 3 1 4 666666666 2 55 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4 44444 6666 11111111 555 33 2 1111111111111111 66666 22 8888888 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 777777777777777777 1 2 1 333 333 666666 666666 1 2 22 22 0 333 33 22 2 1 33 333 2 333 55555 2 4444 4444444444444 2 77777777777777777777777777777777777777777777777 33 77777 333 333 33333 1 1 333 22 555555 22 1 22 1 66666666 888888888888888 333 22 66666666 555 1 555555 333 1 6666666666666 1 999999 1 1 44 44 77777 1 1 44 555555 55 99999999999 333 44 22 22 7777777 2 22 666 1 6
lowQualScore : .... . ............. . . . . . . ......... . .. .. ........................................................... .. . ..... .... ........ ... .. . ................ ..... .. ....... . ..................................................... .................. . . . ... ... ...... ...... . . .. .. . ... .. .. . . .. ... . ... ..... . .... ............. . ............................................... .. ..... ... ... ..... . . ... .. ...... .. . .. . ........ ............... ... .. ........ ... . ...... ... . ............. . ...... . . .. .. ..... . . .. ...... .. ........... ... .. .. .. ....... . .. ... . .
lowQualScore : 0000 6 4444444444444 8 1 0 1 0 0 000000000 8 00 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 0 44444 5555 22222222 000 99 9 8888888888888888 22222 99 7777777 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 8 1 0 777 777 111111 888888 0 1 88 88 5 555 33 88 0 8 11 999 1 777 77777 1 9999 2222222222222 1 33333333333333333333333333333333333333333333333 11 44444 555 555 44444 8 0 000 44 000000 44 7 33 7 00000000 333333333333333 000 44 33333333 444 7 000000 000 7 5555555555555 7 888888 7 7 00 66 11111 7 0 88 222222 00 00000000000 555 88 88 99 4444444 1 99 555 0 3
consensus : CAATTTTGATGATGATGTTG-TGAT--A-----GC---TGATGATGATGATGATGNTGATGATGACGNTGA-TTA---------TGATAATG-ATAATGATGA--TGATGATGATG--------ATGGTGTT-ACA-GAT-----T---AGTGATG--ATTATA--ATCTG----ACGACGA-CGTTG-CGAT----G--------GT---GATGATGACG--AT-GATG--G---TGATT-TTG-TAATG----ATGA-TGA-------TGATGATGA-TG-------------------ATG--GT-T-AT-GTNA------T--T--A---ATGATG------A---TGTC-G-TGATGNTGA-CGATGA---T---G------ACGATGG------TGATGNTGA-TG--ATGA--TGAT---GATGATTA--TGA-TGATGNTGA--TGAT---G-AT---GATAA---TGAT-GATGGTG---ATG-AC----G----TAANGATGATGATGAT-------C-TG-ACGAT-G---A-----TGGTG----C---GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---ATGAT--CG-TGAT-AATGNTG---ATG--AT------GA--TGAT-GATG--A-TGA--------TGATGAC-------G------A---TGA--TG--------ATG---A-TG------A---TG-A-T--T-T-G----A-T------A-A-TG--A--T-----AA-TGNT--GATGATGATGATG------ATG--ATG-----------AT---G--A--TG--ATG---A---TGA-TG--ATG---CTGATGATNACGACGATAATA
Reference ( family-1502 ) : CAATTTTGATGATGATGTTG-TGGT--A-----GC---TGACGATGATGATGATGNTGATGATGACGNTGA-TTA---------TGATAATG-ATAATGATGA--TGATGATGATG--------ATGGTGTT-ACA-GAT-----T---AGTGATG--ATTATA--ATCTG----ACGNCGA-CGTTG-CGAT----G--------GT---GATGATGACG--AT-GATG--G---TGATT-TTG-TAATG----ATGA-TGA-------TGATGATGA-TG-------------------ATG--GT-T-AT-GTNA------T--T--A---ATGATG------A---TGTT-G-TGATGNTGA-CGATGA---T---G------ACGATGG------TGATGNTGA-TG--ATGA--TGAT---GATGATTA--TGA-TGATGNTGA--TGAT---G-AT---GATAA---TGAT-GATGGTG---ATG-AC----G----TAANGATGATGATGAT-------C-TG-ACGAT-G---A-----TGGTG----C---GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---ATGAT--CG-TGAT-AATGNTG---ATG--AT------GA--TGAT-GATG--A-TGA--------TGATGAC-------G------A---TGA--TG--------ATG---A-TG------A---TG-A-T--T-T-G----A-T------A-A-TG--A--T-----AA-TGNT--GATGATGATGATG------ATG--ATG-----------AT---G--A--TG--ATG---A---TGA-TG--ATG---CTGATGATNACGACGATAATA
gi|1 : -GAT-----TTCAAGTGATG--TTGATG--ATTTA----ATGATGA-CATT----AT----GTTTCACACAT---AATTATGGCG--AT-AACGTTA---TG-TT-TCA-CAA---------A-TAA-------TAATGACGA-TA-------------------ACG---T-T-AT-TTT-------T--C--ACACATAATG------A---TTTG-G-GGGTGATGA-C-ATAT---T---GTTTCATACAATCA------TAATGATGA-TG--ATGA--C-AT---TATGTTTC--ACA-TATTGATGAATTGAT---T-AC---GACA----TTAT-GTT--TT---AC--AC----A----TAATTATGATT-TGAT-------C-TTTAC-AT-T---A-----TGTTT----C---AAATGTG--GTGATTATT-TTGAT---GATG---AT-AT--TA-TGTTTAACAC-----ATA--AT------GA--TGAT-GATG--A-TGA--------TGATGAC--------------A---TTA--AGTTTCACGCATA---A-TG------A---TG-A-C--T-T-G----A-T------G-A-TG--ACGT-----AA-TGTT--TCAGACAATCATA------ATG--ATG-----------AT---T--A--TT--TTG---A---TGA-TG--ACG---TTG
gi|1 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttATTTTGATGATGATATTA-TGTTT-A-----ACACATAATGATGATGATGA---TGATGATGACATTAAGTT-------------TCACGCATAATGATGACTTGATGATGACG---------TAATGTT-TCA-GACAATCAT---AATGATG--ATTAT----TTTG----ATGATGA-CGTTG-TGTTTCCCG--------TT---TAC-ATTAT---AT-GATG--G---TGATT-TAG---ATG----ATtgtttcccgtttacattatatgatggtgatttagatgattacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|10 : atggcattaccgacatacggtacagaaatagttgatttcaagtgatgttgatgatttaatgatgacattatgtttcacacataattatggcgataacgttatgtttcacaaataataatgacgataacgttatttttcacacataatgatttgggggtgatgacatattgtttcatacaatcataatgatgatgatgacattatgtttcacatattgatgaattgattacgacattatgttttacacataattatgatttgatctttacattatgtttcaaatgtggtgattTGTTGA-TA--ATGA--TGAT---GATGCTTA--TGA-TGAT----------T---G-TT---G-TAA---TGAT-GATGGT---------C----G----TAAGAA--ATCATGAT-------T-CA-CCAAT-G---AATAAATAGCA----G---AA---T----TAATAAAG-TTGAT---GATG---ATAAT--TGGTGGT-AATGATG---ATG--AT------GA--AGTT-GATT--G-TTA--------GGATAAA-------G------A---GCA--AA--------ATG---AATG------G---AG-T-T--TAT-G----A-T------G-A-TG--A--T-----AA--ATT--GGTGGTGATGGTA------ATG--ATG-----------AT---G--A--TA--ATG---A---TGA-CT--ATG---TTGATGtacgttatatgtttctcccacgttagcgattggttaaaatgtttctcacatatgatgtttttgtttctaacatgatgataa
gi|11 : ctgctaatattggtaatggcaaaaaaatttgttatATAATAA--TGA-TGATGGTGA--TAAT---A-AT---ACCAC---TACT-GCTGATG---ATG-ACAGGAG----TGGTGGTGATAATGA----------TG-ATTAT-G---A-----TGGTGT---T---GATT-TG--TTGATGATG-CCACT---GCTG---CTGAT--GA-TGAC-AATGGTG---ACG--AT------GA--TGAT-GATG--A-TGA--------TGGTGAT-------T------G---TGA--TG--------ACG---G-TG------A---TG-G-TG-T-T-G----A-T------A-------A--T-----AA-TGTT--GATGCTGCTGCTG------CTG--ATG-----------GT---G--A--TA--ATG---A---TGA-TG--g
gi|12 : tagtacttTTATG-ACGATTCGGGTG---ATTAT--CA--GAT-AGTGAAT---ATG--TT------GA--TGAT-GGCA--A-TGA--------CAA-GAC-------G------A---TGA--TG--------ACG---A-TGTTCGTGA---TG-A-T--T--------A-G------A-A-TG--A--T-----AA-TGAT--GATAATGATGATG------ATT--ATG-----------A-------A--TGCAATG---G---TAA-TG--ACA---CTGGTGATTATAATG
gi|12 : --ATGA--CGATTCGGGTGATTA--TCA--GATAGTGA----AT-----AT---G-T-----TGAT-GATGGCA---ATG-AC-----------AAGACGATGA-------------TG-ACGAT-------------GTT----C---G----TG--ATGATTA-G-A--AT---GATA---ATGA------TGAT-AATGATG---ATG--AT------TA--TGA---ATGCAA-TGG--------TAATGAC-------A------C---TGG--TG--------ATT---A-TA------A---TGCA-C--T-T-T----A-TTCA---A-A-TA--A--T-----CT-TGTC--GCTGAAAGTGATA------ATT--ATcactttattcaaataatcttgtcgctgaaagtgataattatatatat
gi|13 : ttA---TG--ATGATTAAG-ATGA----GGTC---ATGGG--TG-TGGA-GATGATG---ATG--AT------GG--TGAT-GATA--A-T-A--------TGTAAAT-------G------A---TGA--TA--------TTA---A-TG------A---TG-G-TA-T-T-G----A-T------G-G-TG--A--T-----GA-TGTT--AATCATGAATATGGTTTTAATG--ATG-----------AT---G--A--TG--ATG---ACAGTGA-TG--ATGGAAATAATGATTAatatat
gi|14 : -ACTAT-G---A-----TTATGAAAAT---GG---TG--GTCGTTAT---TGAT---GGAA---ATGGT--CA-TGGT-AGTGGTG---GTG--GT------GA--TAAT-AATA--G-TAA--------TGTTGAT-------G------A---TGA--TG--------GCG---G-TG------A---TG-A-TTAT-T-T----A-T------G-A-CG--G--TTAG--AA-TGCT--GTTGTTGGTGATA------ATGTAATG-----------AT---G--A--TA--ATG---T---TCA-TG--ATGA--CCG-TGATTAaacaaattgttcactttataagaaaaagataaaatg
gi|15 : A-TA--ATGA--TAAT---AACGCTAA--TGT-TGGTGATGA--TGAT---G-AT---GATGA---TGTT-GATGTTG---ATT-GT----GA---TATTGATAATGACGAT----------A-ATGTT-A---A-----TGGTG----C---AA---TGTAGTG-----G-AAG-T---GGTA---GTGGT--AG-TGAT-AATAATG---ATT--TT------GA--TGAT-TATG--A-TGA--------AGAAGAT-------G------A---TGA--TG--------ACG---A-TA------A---TG-A-C--T-acataagaatgagcaaattatct
gi|16 : tttatt----C---AA---CG--GTAACCATA-ACGAT---AAAG---ACAAC------GAT-AACGATT---ACA--AT------TA--TGAA-AACG--A-T-A--------CGATAACCGTAACCG------A---TGA--TG--------ATATT-A-TG------A---TA-A-TATT-T-G----A-TT-----ACA-TT--A--TCAAAAAA-TACAAAGATGATGATAATG------ATG--ATG-----------AT---A--A--TG--ATA---A---AGA-GA--ATG---
gi|17 : tcggtaacgt--GTTATTA-G-ACACT---GATG---ATGAT--TG-TGAT-AATAGTACTTATG---T------GA--TGAT-GATG--A-TGG--------TGATGAG-------G------A---TAA--TG--------GTA---A-TG------G---TG-A-T------G----A-T------A-A-CG--A--T-----AA-CAAC--GATGATGATGATG------GTG--ACG-----------AG---G--A--TN--NNN---N---NNN-NN--ATG---ATAACGATAACAACGATaggtggacaa
gi|18 : tcttattgcaagttatccTGTTGTTAAAGATGATGA-TCA---------TGAT---G-ATAATGATAA--TGATGATGGTG--------ATGGTGTTAACT-GGT-----T----GTAATGCTATTATATCATC------ACCTTTA-GGTTGACAAT----G--------GT---Gg
gi|19 : gccttgcaacactagtattggtatgtggccttaacttt-TAATG----ATGAATTA-------TAATTATGC-TG-------------------ATGTTGT-T-ATTGTTG------T--A--A---CTGGTG------AA--TATG-A-AGAAGATGA-TGATGA---TTCTA------ACGATGG------CGGTGGTGA-TT--ATGA--AGAT---GATGATTA--TAA-TGATGATAA--TGAC---A-AT---GATAA---TGGT-AATctttgtt
gi|2 : tgaCAATTCTAATAGTGATGTTG-TGAT--A-----ACCT-TGACAGTGGTAATGTTGCTGATGATGACGATTA-CTA---------TGATAATG-TTAGTCATGA--TCATAATGATG--------ATGGTGTTGACACGGT-----T---AAAAATG--GTTATA--ATCTG----ACGTCGA-CAGTG-CGAT----G--------GT---GATTATGACG--AT-GATG--A---TGGTT-TTGGCAATG----TTTA-TGA-------TGATGATGA-TG-------------------ATG--GC-T-TT-ACAA------T--TCTA---ATAGTG------A---TGTT-G-TGATGTTGA-CGATAACCTT---G------ACAATGG------TAATGTTGC-TG--ATGA--TGAC---GATTACTA--TGA-TAATGTTGG--TCAT---G-AT---CATAA---TGAT-GATGGTG---TTG-AC----ACGGTTAAAAATGGTTATAAT-------C-TG-ACGTC-G---A-----CAGTG----C---GA---TG--GTGATTATG-ACGAT---GATG---GTGGT--TT-TGGC-AATGTTT---ATG--AT------GA--TGAT-GATA--A-TGA--------TTATAGA-------G------A---TGA--AG--------ATG---T-TG------A---TG-A-T--T-TCA----A-C------A-A-CG--A--C-----AA-CGCC--GATGATGATGATC------TCG--ATG-----------AT---G--A--TG--ATG---T---TGA-TT--ATG---CTGATGAACACGACGACAATA
gi|20 : GATGA-TGT---CAAG----G--------GT---TATGATTGTT--GT-GATG--G---TGGTT---G-TAATG----ATGA-TGA-------CGGTGATGA-TG-------------------GTG--GT-T-AT-GC-------------------TGATG---------------G-TGATTATGA-CAATGA---T---G------ATGAT
gi|21 : TG--GT-G-AT-GTTA------T--T--G---GTGTTG------G---TGTT-GGTGATGGTGA-T--------T---G------A-GATGG------TGTTGGTTA-TG--TTGC--TGAT---GATAGTTG--TGG-TGATTCTGA--CGAT---GTAT---GA-AA---TGGT-AACGGTG---GT---T----G----TGATATTGGTAATGAT-------tttaattatggagaaagtcaacttgtggtagt
gi|22 : gtGACGTCATCGATG------TGATT-TTG-TTCT------TGA-TGA-------TAGTGATGC-TG-------------------AAG--AT-A-AT-G-AA------CA-G--A---ATGATG------AAAGTGTT-G---ACAAAGC-CGACGA---T---A------ACTATGA------CAATGATGA-TG--GTGA--TGAT---GATGATTA--TGA-TAA
gi|23 : ---A-----TGCTGA---C---GA---TG--GTGACGACG-ACGAA---GACA---ATAAT--GA-GGAT-AATGCTG---CTG--AT------GG--TGAT-GTTG--A-TAA--------C-AT--T-------G------G---TGG--TG--------ATT---A-CG------A---TA-A-T--T-T--------T------A-A-TA--A--T-----AA-TGTT--AACAATGAT
gi|24 : atattaaccAT-GATGATG---ATG--TT------GA--TGAT-AAAG--AATGA--------TGATGGC-------A------A---CGT--TG---------TA---C-CA------A---TA-A-T--T-T-GGATTA-T------A-T-TG--T--T-----AACTAATAGGATAATGATGATG------ATA--GTG-----------GT---G--A--TG--ATGCAAA---TGA-TA--ATG---
gi|25 : GAT---GAAG---AGGAG--GG-TGAG-GATAATG---AAG--AT------AA--GGAT-GATG--A-GGA--------TTATGAT-------G------A---TGA--GG--------AGG-------------------------T-T-G----A-T------G-A-AG--A--T-----AA-TGTT--GAGGAGGAGGATA------ATT--ATG-----------AT---G--A--TG--ACG---A---TGA-TG--ATaaac
gi|26 : TTTGATAATGGTGTTGATGAT--GTTGATGC---TGATGATAATGATGATGATGATGGTAATGCTGA-TTGGTCTGTTGCTGATAATG-ATAa
gi|27 : atgttattattattattttttta-TAAT-AATACTA---TTA--AT------GA--TGAG-GATG--C-TGA--------TGATGAC-------A------A---TAA--TG--------ATG---A-TC------A---TG-G-T--TAT-G----A-TGATAGAA-A-TT--A--T-----AA-TATT--GATTATACTGATG------ATA--ACA-----------AC---G--A--Tttat
gi|28 : ataa-TG--A--T-----AA-TAAT--GATGATACTGATG------GTGCAATG-----------GT---G--A--CG--GTG---G---TTG-TG--ATG---CTatt
gi|28 : GAT----A--------AT---AATGATGATA--CT-GATG--G----------TG-CAATG----GTGA-CGG-------TGGTTGTGA-TG-------------------CT---AT-T-AT-ATCAGCACT-T--T--A---AAGTTT------A---TGTT-C-CGTTGGTGA-Cattatatcagcactttaaagtttatgttccgttggtgacctagtttctt
gi|29 : t---ATG--AT------GA--TGAT-GATG--A-TAA--------TGAGTAT-------A------A---TGG--TT--------ATG---A-TG------A---TA-A--------A----AGT------A-A-TA--A--T-----AA-TGCT--AATGCTGATAATT------ACA--ACG-----------Actagtttctt
gi|3 : ttataataatattactatttGTTA-TGAT----G--------AT---GACGTAGACG--AT-GATT--G---TG--T-TTA-TGATG----GTAT-TGA-------TGATGATTG-TA-------------------ATG--GTGT-NN-NNNN------N--N--N---NNNNNN------N---NNNN-N-NNNNNNNNN-NNNNNN---N---N------NNNNNNN------NNNNNNNNN-NN--NNNN--NNNN---NNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNG--TATT---G-GC---GATAC---TGAT-GATGGTA---ATG-TT----GC---TGATGTTGCTGATGATGGTGTTTT-TG-ATGAC-G---C-----TGTTG----TT--AA---TG--GTGATATTT-TTGAT---GATG---ATGTT--TC-TGTT-GATGTTG---GCG--GT------GT--TGAT-GATG--A-TGATAGTTTAGTGTTGAT-------G------A---TGA--TC--------GTGTTTA-TG------A---TG-G-TG-T-T-G----A-T------G-A-TG--A--T-----GA-TGGT--GGTGGTGTTGAGG------ATC--ATG-----------AT---A--A--TA--ATG---A---TGATTGTTGTG---TTGATGATGAT
gi|3 : gATGATGATGACGTAGACGATGATTGTGT-TTA---------TGATGGTA-TTGATGATGA--TTGTAATGGTGTNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNN-----N---NNNNNNN--NNNNNN--NNNNN----NNNNNNN-NNNNN-NNNN----N--------NN---NNNNNNNNNN--NN-NNNN--N---NNNNN-NNG-TATTG----GCGA-TAC-------TGATGATGG-TA-------------------ATGTTGC-TGAT-GTTG------C--T--G---ATGATG------G---TGTT-T-T--TGATGA-CGCTGT---T---G------TTAATGG------TGATATTTT-TG--ATGA--TGAT---G-T--TTC--TGT-TGATGTTGG--CGGT---G-TT---GATGA---TGAT-GATAGT-----T-------------TAGTGTTGATGATGAT-------CGTG-TTTAT-G---A-----TGGTG----TT--GA---TG--ATGATGATG-GTGGT---GGTGTTGAGGAT--CA-TGAT-AATAATG---ATG--AT------TG--TTGT-GTTG--A-TGA--------TGATGGT-------GGAATTTA---TGAAGTG--------AAG---G-CG------A---TG-A-T--TGT-A----T-T------A-A-TG--A--T-----GG-TGTT--GATGATAATTGTG------ATG--GTG-----------TT---G--A--TG--ATG---A---AGG-TG--TTG---TTGATGATTA--ACGGTCATgtggaatttatgaagtgaaggcgatgattgtattaatgatggtgttgatgataattgtgatggtgttgatgatgaaggtgttgttgatgattaacggtcatgttga
gi|30 : ggttGA-TAACGA---T---G------ACAATAA------AGATGGCAT-TG--ACGA--TGGT---GATGACGA--TGA-AGATAGCGA--TAAC---G-ATCAAAACAA---TGAT-GACGATG---gttga
gi|31 : aatgGAGGG---T---G------GTGGTGG------TGGCGGTGA-TG--ATGG--TGAT---GTTAATTA--TGT-TAATGATGT--TGAT---G-GT---AATTG---TGAT-GATGAAG---ATG-A
gi|32 : -T-A----A-T------A-A-TG--A--T-----AC-TGAT--GATGATGATGATG------GTG--GTG-----------AT---G--G--TG--GTG---G---TGG-TG--GTG---CTGCTGta
gi|34 : tgaGCTGA-CGACAA---C---G------ACAATGA------TGATGATGA-TG--ATGA--TCAT---CATCATCA--TCA-Tctgctgctg
gi|35 : GATGAAGA-CGACGA---A---G------ACGATGA------TGATGAGGA-TG--ATGA--TGAT---GA
gi|36 : -TTA---------TAATAATG-ATAATGATGA--TGATGATGATG--------ATGGTG
gi|4 : A-TTA---------TCACAAT---T--TGATGA--TGAAGATAATG--------ATAAT------A-AAT-----T---A-TGATG--ATCATC--ATATT----AATATGA-TG--G-GGAT----A--------TT---GATGA--AAA--AT-GATC--A---TGAT-------AATA----CTAC-TAC-------TGATGCTGA-TG-------------------ATG--GT-T-GT-GATA------T--A--G---ATGATG------A---TGACAG-CAAAAACAA-CAAAGA---T---G------ACAATGAGTACCTTGATCATGA-TTTTATGA--TATT---GATGATTG--TGA-TACTGGTGA--TGAT---G-AT---AATAA---TGAT-AGTGAAG---ACA-AT----GT---TAAAGATGATGATAA----------TG-ATAAT-G---A------AAT-----C---GA---CA--GCAATTA-G---------GATT---GTTAT--CG-TTAT---TGTTG---TGG--AA------GAAGTGGTAGATG--C-TGA--------Tat
gi|4 : ttgtaaac-TGA-------TGATGAAGA-TA-------------------ATG--AT-A-AT-A-AA------T--T--A----TGATG------A---T--C-A-TCATATTAA-T-ATGA---T---G------GGGATAT------TGATGAAAAATG--ATCA--TGAT---AAT-ACTA--CTACTGATGCTGA--TGAT---G-GT---TGTGA---T-ATAGATGATG---ATG-ACA---G----CAAAAACAACAAAGAT----------G-ACAAT-G---A-------GTA----CCTTGA---TC--ATGATT-TT-ATGAT---ATTG---ATGAT--TG-TGAT-ACTGGTG---ATG--AT------GA--TAAT-AATG--A-TAG--------TGAAGAC-------A------A---TGT--TA--------AAG---A-TG------A-------------T-G----A-T------A-A-TG--A--T-----AA-TGctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : ttgtaaacattatcacaattTG--G-TGG--------TGGTTGC-------G------G---TGA--TG--------AAT---A-TG------A---TG-A-T------G----G-T------A-G-TGC-AGCT-----AA-TACT--GATGATGATGGTG------ATG--ATA-----------GT---GC-AGCTC--ATG---C---TGA-TG--CTG---CTGATGATAATGAT-ATAATaaatcgacagcaattaggattgttatcgttattgttgtggaagaagtggtagatgctgatctagctctgtaaatagtctttattaatattgaagtcaatatattcaattcgaagagctctatgcgggattatggggcatattgacgtatagaactcccaggagatcaatgcgtcgggagctctatgcggtgtcatatacctactttta
gi|5 : gATGATGATG--G-TAGTGCA-----GC---TAATACTGATGATGATGGTGATGATAGTGCAGC-TCA---------TGCTGATG-CTGCTGATGA--TAATGAT-ATA--------ATGATTAT-ATA-GA------T---AGTGATG------------CTG----ATGTTGATTGTTG-TGAT----G--------GT---GATATTCACA--AT-GAT---G---T---------TAATGACCTATGA-TGA-------TGGCAAGGA-TG-------------------CTG--AT-T-AT-ATAA------T--C--A---GTGATG------A---TGTT-GATAATGTT---TGATGG---T---G------ACGATAC------TGATGATGA--G--ATTA--TTAT---TATTATTA--TGA-TAATGATAA--TGAT---A-AT---GGTTACGTTGTT-GCTGGTA---ATG-AC----G----CAgattatatagatagtgatgctgatgttgattgttgtgatggtgatattcacaatgatgttaatgacctatgatgatggcaaggatgctgattatataatcagtgatgatgttgataatgtttgatggtgacgatactgatgatgagattattattattattatgataatgataatgataatggttacgttgttgctggtaatgacgcatttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|6 : gtggtggtggttgcggtgatgaatT---GATGCTGGCG--GT-GTTG--A---TGATA-TTGATAGTA----AAG--TGT-------TGATGATGA-TT-------------------GTG--TT-T-AT-GTTAGTGGTGT--T--G---ATGATG------A---TGT----------TAA-TGATGA---T---G------ATGATGG------TGGTGTTAA-AG--ATCA--TGAT---AATG---A--TGA-TAATATTGT--TGAT---G-GT---GGTAT---TTAC-AA-AGTG---A---AG----G----T---TATGATGATGAC-------A-TG---GAT-A---A-----T------------GA---TT--GTGTTTATG-ATGAT---TGTG---ATG-----G-TGTT-GTTGTTG---ATG--AT------GA--TTAG-GATG--T-TGA--------TGATGTT-------G------ATTTTGA--TG--------TTG---A-TG------A---TG-ATT--T-T-T----A-T------A-T-TG--A--T-----AA-TGGT--GTTGATGATGTTA------TTG--ACG-----------ATACGG--A--TG--ATG---G---TGT-TG--TTG---CTGATGATtttgaagttttgaacacataaatcactaattctaaaacac
gi|7 : gtAT-G---A-----TAATG----A---GC---TT--GTTTTTATGGACAAG---AATA---ATGATACCT-TACT-ATTGTTT---AT---AT------TA--TTAT-GTTG--A-TTA--------TGAAGAC-------G------A---TAA--TG--------ATG---A-TG------A---TA-A------T-G----A-T------A-A-TGTTA--T-----TG-TGGG--GACGGCGACAATG------GTC--ATA-----------AT---G--A--TG--AGG---A---TGA-CG--A-G---CTg
gi|7 : -AT---GATAA---TGA--GCTTGTTTTTATGGAC----------AAGAATAATGAT-AC-------C-TT-ACTATTGTTTA-----TATTA----T---TA---TG--TTGATTATG-AAGAC---GATA---ATGAT--GA-TGAT-AATGATA---ATGTTATTGTGGGGA--CGGC-GACA--A-TGG--------TCATAAT-------G------A---TGA--GG--------ATG---A-CG------AGCTTG-G-T--T-T-T----G-T------A-AACG--G--A-----AA-TGAT--GATANNNNNNNNN------NNN--NNNNNNNNNNNNNTAT---GTAA--TG--GTG---T---TGA-TG--ATG---ATGATGATGGTGATGTTAATtggttttgtaaacggaaatgatgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtaatggtgttgatgatgatgatgatggtgatgttaatgatgctattattgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|7 : ATTATTATGTTGA-TTA---------TGAAGACG-ATAATGATGA--TGATAATGATA--------ATGTTATT------------------GTGG-G--------------G----ACGGCGA-CA------AT----G--------GTCATAATGATGAGG--AT-GACG--AGCTTGGTT-TTG-TAA------ACGG-AAA-------TGATGATAN-NN-------------------NNN--NN-N-NN-NNNN------N--N--N---NNNNNNNT----A---TGTA-A-TGGTGTTGA-TGATGA---T---G------ATGATGG------TGATGTTAA-TG--ATGC--T-AT---TATTGTTA--TT--TGATGATGA--TGAT---A-AT---GATAC---T-AT-TATAGTG---AGG-AC----gatgctattattgttatttgatgatgatgataatgatactattatagtgaggac
gi|8 : atgataatgagcttgtttttatggacaagaataatgataccttactattgtttatTTTGATGACGATAAT--TGAT--A----------CGATGATGATGATGATGAGGATGATGAGGATGA-TTA-----------ATAAAA-ATAAT--TAA--TGAAAATGATG--------ATG------------T-----T---AGTGATG--ATTTTA--ATCAGTAGAACGACGA-CG--G-CGAC----G--------AT---GATGATGACG--AT-GATG--A---TGATT-TTA-TAAAA----ATAA-TAATTTTAACTGATAATAAATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-N-NN-NNNA------TGAT--G---ATGATG------A---TGTT-GATGATAAAGAATGATGA---T---G------GCAA
gi|9 : atctgtaatattctcatttgTTG-TAAT----G--------GT---GATGATAATG--AT-GATG--G---CAATTATTG-TAATG----ATAG-TGA-------TAATGATGA-TG-------------------GTG--AT-T-AT--TA----------T--A---ATGATGGGGATTA---TATTGG-TGGTAGTTG-TGAT-A---T---G------ATGATAG------TGATTTTGA-AG--ATGAAGTAAT---GATGATAAATTGA-TGATGGTGA--TGATACAG-AT---TAT-A---TGAT-GGTGGTG---ATG-AT----G----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GCGACGGCGATGGCGATGGCGGTAACAATAACGATAAAAATATCGATAACGATGA
Unaligned ( gi|37 ): AATAAAGTATGACCTCAAAATAAAAAGTTGTTAA