lowQualScore : 1 1111111111 1111 111111111111111 111111111111 1111111111 1111 222 111 111111 2222 11 222222222222 1
lowQualScore : 2 0 1 2222222222 2 777 777 6 2 33 33 2 777777 33 1 5 2222 2 3 666 777777777777777 333333333333 33 66666 777777 444 1111111111 4444 1 2 2 2 33 33 2 2 44 0 222 444 000 7 33 000000 666 2 55 33 33 2 6666 33 0 5555 777777 444 2 2 3 444 00 555555555555 33 2 0 2 99999999 33 5555 2
lowQualScore : . . . .......... . ... ... . . .. .. . ...... .. . . .... . . ... ............... ............ .. ..... ...... ... .......... .... . . . . .. .. . . .. . ... ... ... . .. ...... ... . .. .. .. . .... .. . .... ...... ... . . . ... .. ............ .. . . . ........ .. .... .
lowQualScore : 9 9 7 7777777777 7 333 333 0 7 77 77 7 777777 99 3 2 6666 9 9 777 555555555555555 777777777777 77 77777 777777 777 7777777777 1111 9 7 7 7 77 77 5 7 99 5 777 444 666 7 44 333333 222 5 99 44 44 7 5555 77 9 3333 999999 111 4 4 7 111 77 777777777777 44 5 3 5 11111111 44 0000 4
consensus : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGAC------CTACAGATGAAGGAGGTAGAAATA-AAAC---TT---TAGTTCTC-T--TT--TT-CTTCTT------TTTT--CAGGGCTTTGTATTGCAGTG-N-T-TTATTTN--TTCCTACCATG-----TGTTAA------------ATG-GT-----CAGTATTT------TAGAAA---TCACC----------ACTGAAAATTTGATGCTGATACCAG---ATTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATC-GTGGGCGAATAGTTGACA---TAT--TATTACTCTGGAAA--TTGATAGGTN-----TCACAAAACC-ATTGAATT-T--AAA--A--A-AAA--CAA--CCTGGTCAAGG----TAT-GCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGA-TTTT--G-NT------TTT--TC-ACTGT-GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
Reference ( gi|4 ) : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCAGGAC------CTACAGATGAAGGAGGTAGAAATA-AAAC---TT---TAGCTCTC-T--TT--TT-CTTCTT------TTTT--CAGGGCTTTGTACTGCAGTG-T-T-TTGTTTT--TTGCTAGCACG-----AGTTAA------------ATG-GT-----CAGTATTT------TAGAAA---TCACC----------ACTGAAAATTTGATGCTGATACCAG---CTTTCTGGACA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATC-TAGGGCGAATAGTTGACA---TAT--CATCACTCTGGAAA--TTGATAGGTC-----TCACAAAAGC-ATTGAATT-T--AAA--A--A-AAAC-CAA--CCTGGTCAAGG----TAT-ACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGA-ATTT--A-AT------TTT--TC-ACTCT-GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|3 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGGAC------CTTCAGATGAAGGAGGTAGAAATA-AAAC---TT---TATTTCTC-T--TT--TT-CTTCAT------TTTT--CGGGGCTTTGTTCTGCATTT-T-T-TTGTTTT--TTGCTAGCATG-----AGTTAA------------ATG-CT-----CATTATTT------TAGGAA---TCACC----------ACTGAAAATTTGATGCTGATACCAA---CTTTCTGGACA-ACT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATC-AAGGGTGAATAGTTGACA---TAT--TATTACTCTGGAAA--TTGATAGGTC-----TCACAAAAGC-ATTGAATT-TA-AAA--A--A-AAAT-AAA--ATTGGTCAAGG----TAT-ACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGAATATCTTG---AACCAGAAAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGA-ATTT--A-AT------TTT--TC-ACTCT-GTTTTG--------GGCAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|1 : aGGACT-CGCACCATTATTATCTCCCTTGA------------------------TGAAGGAGGTAGAAATA-AAAC---TT---TAGTTCTC-T--TT--TT-CTTCTT------TTTT--CAGGGCTTTGTACTGCAATG-
gi|5 : ttcaGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGAC--------ATAGATGATGGAGGTAAAAATA-AAAC---TT---AAGTTCTC-T--TT--TT-CTTCTT------ATTT--CAGGGCTTTGTACTTCAGTGAT-TATTATTTT--T-----ACATG-----TGTTAG------------ATG-GT-----CAGTATTT------TTTAAA---TCACC----------ACTGAAG-TTTGATGCTGATACCAG---ATCTCTGGGCA-ATT-C-TTTGT--C--ATTTAAGAATT-G-TTAATTAGAACCCCATC-GTGGACGAATAGTTGACA---TAT--TATTGCTCTGGAAA--TTGATAGGTC-----TCACAAAAG--ATTGAA-T-T--AAA--T--A-AATCGCAA--CCTGATTAATGTAACTAT-GCT--T---T-TTTCCC-TTTAAAACAGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACAAATG--GTTGATATTT--T-GTTA----TTT--TC-ACTGT-GATTTA--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGGGCCCTATGAAAAATGTTATAGAGGTGTGAGAaaggaggtagaaataaaacttaagttctctttttcttcttttttcagggctttgtactgcaatgttttgttttttgctagcatgagttaaatggtcagtattttagaaatccccactgaaaatttgatgctgataccagctttctggacaattctatgtcatttcagaattggttggttcgaacgcatctagggcgaataattgacatcttattactctggaaattgataggtctcacaaaagcattgaatttaaaaaaaaaaacaacctggtcaaggtatactttttttctttataactgtatatctaatttgagcccaaacaaatgctgcagaatttaatttttcactctgttttggatataaatgttacagtggagccctataggaaatgtaatagtggtgtgagacg
gi|6 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGGGTACTCCGGAC------CTCCAGATAAAGAAGGTAGAAGTT-AAAC---TT---TAGTTCTT-T--TT--TT-TTTCTTCTTTTTTTTT--CGGGGCT----------GTG-A-T-GTATTTT--TTCCTACCGTG-----TGTTAA------------ATG-GG-----TAGTATTC------TAGAAA---CCACC----------ACTGGAAATGTGATGCTGATACCAG---ATTTCTGAGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTTAGAATT-G-TTGGTTCGAACAGCAAC-GTGAGCGAATAG--------------------TCTGTAAA--TTAATAGGTA-----TCGCAAAACC-ACTGAATTAA--AAA--A--A-AAAA-CAA--TCAGGTCAATG----TCT-GCT--T---T-TTTCCC-TTTATAACTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGA-TTTT--G-TT------TTT--TC-ACTGT-GTTTTG--------GACAT--AAATACTAC----A-TTGGAGCCCTATGGGAAATATAATAGTGGTGTGAGA
gi|8 : aGGACT-CACATCACTATTATCTCCCTTGAGTACACCGGAC------CTACATATGGAAGGGGTAGACATA-AAAC---TT---TAGTTCTC-T--CT--TT-CTTCTT------TTTT--CAAGGCTTTGTA----------------------TTGC------------AGT--G------------AT---T-----CA-TGTTT------T-GAAA------------------ACTGAAAAGTTGATGCTGATAACAG---CTGTTTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--AATTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACTGTGTC-GTGGGCGAATAGTTGACA---TAA--TATTACTATAGAAA--TTGATAGGTA-----TCACAAAAGT-TTTGAATT-T---AA--A--A-AAGT-TAA--CCTGGTCAAGG----TAT-GCT--T---T-TTTATCTTTTATAATTGCTTATCTTGCATAACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACATATGCTGCA-A-ATTT--T-GT------TTT--TC-ACTGT-CTTCAG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGTCATATGGGGAATGTAACAGTGGTGTGAGA
gi|7 : aGGACTTCACACCGCTATTGGCTCCCTTGAA-AC---GGAC------CTACAGGTGAAGGAGGTTAAAATA-AAAC---TT---TATTTCTG-T--GT--TT-CTTTTT------TTCC--TAGAGATTTGTATTGTAG-A-TAT-TTATATG--TTCCTATCATG-----TGTTGA------------ATG-GT-----CAGTATTT------AAGGAA---TCACC----------ACTGACAATTTGACGCTGTTTCCAG---ATTTCTAGA----------------C--ATTTAAGAACT-G-TTGGTTTAAACAGCATTGTA-GGCTAATAGTTAACA---TAG--TATTACCCTGGAAA--TCGATAGGTA-----TCACATAACC-ATTAAA-T-T--AAA--A--A-AAG---AA-----GGTC--GA----TGT-AAG--T---T-TTTTTC-TTAATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATGTGAGCCCAGGCACATGCTGCAGA-TGTT-----T------TTG--TC-ACTGT-GTTTTG--------GCCAT--AAATGCTTC----A-ATGGAGCCCTATGGGAATTGTAATAGTGATGTGAGAC
gi|2 : aGGACT-CAAGCCAATAGTATCTCCCATGAATACTCTTGAC------TTGCAAATAATGGAGCTAGAAGTA-ATAT---TT---TAGTTCTT-T--TT--TT-TTTCTT------TTTTGATAAGGCTTAATATAACAGT--C-T-TTACTTA--TAACTACCGTG-----TGTTAGTATTTCCCTACCATGTGT-----CAGTATTT------TAGAAA---TCACC----------ACTGAAAATTTGATGCTGATGCC-G---ATTTCTAGACA-AGT-T-TGTGT--C--ATTTTACAATT-A-ATGGTTCGAACCGCATC-GTGGGCAAGTAGTTGACA---TAT--TATAACTCTGTAAA--TTGATAGGTC-----TCAC-AAAGCAATTGAATT-G--AAA--A--C-AAA---AT--CTTAATCAATG----TAT-GAT--T---T-AGTTTC-TCTATAATTTCAGATCTTG---AACCAGTGAATGATTTAAACCCAGACACATGCTGCAG--GTTG--C-TT------TTT--TC-ACTGT-GTTTAA--------GTAAT--GAATGTTAT----ATTTGGAGCACTATGGGAAATGTAATGGTGTTGTGAGACG
gi|12 : tGGACT-CGCATCACTATTATCTCC------------GGAC------CTATAGATGAAGGAAGTAGAAATA-AAAG---TT---TGGTTCTC-T--TT--AT-CTTCTT------TTTT--CCGGGCTTTGTATTGCAGTG-A-T-GTATTTT--TTCCTACCATG-----TGTTGA-------------TG-GT-----CAGTGTTT------CAGAAA---TCACT----------GCTGAATATTTGATGCTGATACCAG---ATTTCTGGGCA-ATT-C-TGTTT--C--ATTTCAGAATT-A-TTGGTTCGCACCGCATC-TTGGGCGAATAGTTGCCA---T-----ATTACTCAGGAAA--TTGATAGGTA-----TCACAAAACT-ATTGCATT-T--GAA--A--
gi|15 : GGACT-CACACCACTATTTTCTCCCTTGACTACTCCGGAC----------AAATGAAGGAGGTAGAAATAGAAAT---GT---T--TTTTC-TAGAT--TT-CTT-TT------TTGT--CTGTGCTTTGTATGGCAGTG-A-T-CTATTTT--TTCCTACCAAG-----TGTTAA------------ATG-GA-----CAGACTTT------TAGAAA---TCAGT----------ACTGAAAATTTGATGCTGATACCAG---ATTTTTAGACA-GTT-C-TGTGT--T--ATTTTAGAATT-A-CTCATTCGAACCGCATC-ATGATTAAATAGTTGATA---TAT--TATTACTGTGGAAA--TTGGT-GTCC-----TC---AAACC-ATTTAATC-T--AAA--A--T-GAA---AA--CCTGGTCAAG------AC-ACG--A---T-GTTTTC-TTTATAACTGGATATCTTG---Attggtacaaagattaacatttataatatgattattaatataagtttaatagttttaaactttattaacacctccgtgattgtttacacagacacatggtgt
gi|11 : ataGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGAT------CTACAGGTGAAGGAGGTATAAATT-AAAC---TT---TAGTTCT--T--TTAATT-CTTCTA------TTTA--C-GGGCTTTGT------------------TTT--TTA--ACCATG-----TGTTAA------------ATG-GT-----CAGTATTT------TAGAAA---TCATC----------ACTGAACATTTGATGCGGATAGAAG---ATTCCTGGGCGCAT----TGTGG--C--------GAATA-G-TTGAT
gi|21 : taGGAAT-CACAC-ATTGTTATCTTTCTTGAGTATTCCGGAC----------AGATGAAGGAGGTAGAAATA-AAACG--TT---TA-TTCTC-T--TT--TT-CTGCTT------TTatattattactctggaaatcgaggtaacacaaaagcattgaatttagaaataaaaacgacctggtgacggtatgacgtcccccttttataattacatatcttgaactagtgaagaatttgagccaagacccatgcagtagattttcattttcactgtgttttggacataaatggagtcttaaaggaaatgtaatagtactgtgaga
gi|23 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCAGTGAGTACTCCGGAC------CTACAGATGAAGgcagtgc
gi|25 : aaGGACT-CACACCACTATTATCTTCCTTGAACATTC
gi|26 : aGGACT-CACATTACAATTATCTCCCTTGAGTACnnnnnnnnnngtaa
gi|13 : ttgaTGTTATCACCATTGAATACTCAGAA---------A-AAATGATGGGGATACCAGTA-AA-C---TAA--TAGTTTTCGT--TT--TT-TTCCCC------TTTT--CGCTCCTTTATATTGAAGTA-T-T-TAATTTGAATTCCTATCATGTATGCAATTAA------------TTT-GTATTTCTACTATGTATGGAATAGACAGTTTTACCTAAAGTTGGTACTGAAAGTAATATGCTGATATGAGAGTTTTTCTATCCA-ATT-C-TGTCT--TGAATTTT-GACTT-GGTTAGT-AGACTCAGATT-AAGTTCAAAATGTTCATA---TAT--TAATAATGTGAAAAAATT-ATAGGTA-----TTGCGGAACC-ATGAAATT-T--AAATTG--A-AA----AA--CCTGGTCA--G----TAT-GTTCGT---TGTTTTTA-ATTAAAATTGTAGATCGTG---GACCAaaccatt
gi|1 : TCAGGGCTTTGTACTGCA-ATGAAGGAGGTAGAAATA-AAAC---TT---AAGTTCTC-T--TT--TT-CTTCTT------TTTT--CAGGGCTTTGTACTGCAATG-T-T-TTGTTTT--TTGCTAGCATG-----AGTTAA------------ATG-GT-----CAGTATTT------TAGAAA---TCCCC----------ACTGAAAATTTGATGCTGATACCAG---CTTTCTGGACA-ATT-C-TATGT--C--ATTTCAGAATTGG-TTGGTTCGAA-CGCATC-TAGGGCGAATAATTGACA---TCT--TATTACTCTGGAAA--TTGATAGGTC-----TCACAAAAGC-ATTGAATT-TAAAAA--A--A-AAAA-CAA--CCTGGTCAAGG----TAT-AC---T---T-TTTTTC-TTTATAACTGTATATCT----------------AATTTGAGCCCAAACAAATGCTGCAGA-ATTT--A-AT------TTT--TC-ACTCT-GTTTTG--------GATAT--AAATGTTAC----A-GTGGAGCCCTATAGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGa
gi|10 : ttcaggactcgcaccattattatctcccttgatgaaggaggtagaaataaaactttagttctctttttcttcttttt------CTACAGATGACGGAGGTAGAAGTA-AAAC---TT---TAGTTCTC-T--TT--TTTCTTCTT------TTT---CATGGCTTTATATTGCATTG-A-T-TTATTTC--CC-CGACCATG-----TGTTAA------------ATT-GT-----CAGTATTT------TAGAAA---TCACC----------ACTGAAATTTTGATGCTGATCGCAG---ATGTCTAGGTA-ATTTC-TGTGC--C--ATTTTAGAATT-G-AGGGTTCGAACTGCATT-GTGGGCGAATAGTTGACA---TAT--TGTTACTCTGTCAA--TTGATAGGTA-----TCACAAAAAC-ATTGAAAT-T--AAA--A--A-AAAC--------TGGTCAAGG----TAT-GAT--T---T-TTTTTG-TTC----TTGTATATCTTG---AACTAGAAAGGAATTTGAACTCAAGCACATGCTGCAGA-TTTT--G-TT------TTT--TT-GCTGT-GTTTTT--------GACAT--AAATATAAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTATGAGAC
gi|9 : AGATGAAGAAGGTTGAAGTA-AAAAAAATTATATAGTTCCC-T--TT--TT-CTTCTT------TTTG--CAGAGCTTTATATTGCAGTG-A-T-CTGTTTA--TTCCTACAATG-----TGTTAA------------ATG-GT-----CAATATTT------TAAATA---TCACC----------AATTAAAATTT-ATGCTGATACCAA---ATTTCTAGTCA-TTT-CTTTTGT--C--ATTTTAGATTT-G--AAGATCGAATAGCATC-ATGGGCGGATTATTGACATATTAT--TATTACTCTAGAAA--TTGATAGGTG-----TTACCAAACA-ATTGTATT-T--AAA--A--ATATCC-CAA--CCTAATCAAGA----TTT-GAT--T---T-TTATGT-TTT-TCATTGCATATCTTG---AATCAGT---GAATTTGAGCGCAGGCACATGCTGTAGA-TTTT--G-TT------TTT--TC-ACTGT-GTTGTG--------GACATTCATGTGTTAC----T-ATGGAATCCTATGTGAATTGTAATA
gi|14 : GACTTTATATTGCAGTG-A-T-TTATTTA--TTCTTATGATG-----TGTTAA------------ATA-GT-----CAATATTT------TAGAAA---TCACC----------ACTGAAAATTTTATGCTGATATCAA---ATTTCTAGACA-ATC-C-TGTTT--C--ATTTTAGATTA-G-ATGGGTGGAATGGTATT-------GAATTGTTGGCA---TAT--TATTTCTCTGGACA--TTGGAGGGTC-----CTGCAAAACC-TTTGAATT-T--AAA--A--A-AAAA-CAAAACCTGGTCAACA----TAT-ATC--TAAAT-ATTTTG-TTTATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTCAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGA-TTTG--G-AT------TTT--TC-ACAGT-GTTGTT--------GACAA--TAATGTTAC----A-AAGGAGCCCTATGGTGTATTTAAATGTGGTGTGAGAttcgt
gi|16 : TTAA------------GT---T-----CAGTATTT------AAGGAA---TCA------------------AATTCGATTCCGATACCAG---ATTTCTAGCCA-ATT-C-TGTGCAAC--ATTTCAAAACT-G-AAAGGTCAAATAGCATT-GTGGGTTAATTGTTGATA---TCTAGTATAACTCTGAAAA--TTGATACAACAATAATCACAAAATT-ATTGAATT-T--TAC--A--A-AA---TAA--TG-GGTTAATG----AAT-G--------T-ATGGTC-TTTATAATTGCAGATCTTG---AA----------------GCCTAGACACATACTGCAGG-TTTT--G-TT------TTT--TTTACTGA-GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCCATGGGAAATGTAGAAGTGATGCAAGACG
gi|11 : catgtgttCGCAT--TGTGGCGAATAGTTGATA---TAT--TATTACTCTGGAAA--TCG--AGGTA-----ACACAAAAGC-ATTGAATT-T--AGA--AATA-AAAA-CGA--CCTGGTGACGG----TATGACG--T---C-CCCCT--TTTATAATTACATATCTTG---AACTAGTGAAGAATTTGAGCCAAGACCCATGCAGTAGA-TTTT--C-A-------TTT--TC-ACTGT-GTTTTG--------GACAT--A------------A-ATGGAGTCTTAAAGGAAATGTAATAGTACTGTGAGA
gi|17 : taggactcacaccactattatctcccttgagtactccggatctacaggtgaaggaggtataaattaaactttagttcttttaattcttctatttacgggctttgttttttaaccatgtgttaaatggtcagtattttagaaatcatcactgaacatttgatgcggatagaagattcctgggGTCGACA---TAT--TATTATTCTGGAAA--TTGATAGGTA-----TCACAAAACT-ATTCAATT----AAA--A--A-AAA---AA--CCTGGCCAATG----CAT-GCT--T---T-TTCCCG-TTAATAATTGCAGATCTTG---GACCAGCGAAGAATTTGAGCACAGACACATGCTGCAGA-TTTT--GTTT------TTT--TC-ACTGT-TTTTTG--------GACAT--TAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTTTTGGAAATGTAATTGTGGTGTGAGACG
gi|18 : GGTCACGG----TAT-GCT--T---T-TTTTTC-GTTATAATTACAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCTGGACACATGTTACAGA-TTTTGCA-ATGGCGCCTTTGACC-ACACG-GCCATGGAGGACCTGACAT--AAATTTTACAATTA-ATGGAGCTCTATGGGAAATGTAATAATGGTGTGAGATG
gi|19 : T--T---T-TTTCCC-TTTGTAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAACT-GAGCCCTGACACATGCTGCAGA-ATTT--G-TT------TTT--TC-ACTGT-GTTTTG--------GATGT--GCATGTTAC----A-ATTGAACTC--TGGGAAATGTAATTGT
gi|20 : TGCAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGA-TTAT--G-AG------ATT--TC-ACTGTCATTCTG--------AACAT--TAACATTAC----A-ATAAA-----ATGTGAACAGTTATAGTGATGTGAGACacagtgat
gi|24 : AATGCTAC----A-ATT-AGCCGTTTGAGAGATGTAATAGTGGTGTTAGACG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGTTGCAATGCCCAGAGTAGATGTAAACGCTGATGGTTGTGCGTAAGACGTGCCCCGCAATACGGACGTCGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111 11111111
lowQualScore : 2 0 0 3 0 66666 2 2 666 444 66666 33 33 2 2 777777 444 33 66666 777777 33 2 1 2 5555 33 222222222222 2 444 444 1 2 2 2 33 33 1 2 44 1 22 444 33 33 5555 33 2 777777 444 999999 33 1 5555 9999 333 2 2 2 333 88888888 2 666 88888888 33 4444 2
lowQualScore : . . . . . ..... . . ... ... ..... .. .. . . ...... ... .. ..... ...... .. . . . .... .. ............ . ... ... . . . . .. .. . . .. . .. ... .. .. .... .. . ...... ... ...... .. . .... .... ... . . . ... ........ . ... ........ .. .... .
lowQualScore : 7 2 1 5 5 22222 5 5 999 444 22222 44 44 5 5 222222 444 77 22222 222222 44 5 9 9 0000 44 888888888888 5 444 444 7 5 5 5 44 44 7 5 00 4 33 111 22 22 0000 44 7 111111 111 555555 44 8 0000 0000 999 2 2 5 999 88888888 4 555 55555555 22 7777 2
consensus : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TAT--TATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGTA-TCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
Reference ( family-1465 ) : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGNTTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TAT--TATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGTN-TCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|1 : GGACT-CGCACCATTATTATCTCCCTTGA------------------TGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATG
gi|1 : ttcaCTGCA-ATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATGTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCCCCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TATGT--C--ATTTCAGAATTGG-TTGGTTCGAA-CGCATCTAGGGCGAATAATTGACA---TCT--TATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGTC-TCACAAAAGCATTGAATT--TAAAAAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATAC---T---T-TTTTTC-TTTATAACTGTATATCT----------------AATTTGAGCCCAAACAAATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GATAT--AAATGTTAC----A-GTGGAGCCCTATAGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaaggaggtagaaataaaacttaagttctctttttcttcttttttcagggctttgtactgcaatgttttgttttttgctagcatgagttaaatggtcagtattttagaaatccccactgaaaatttgatgctgataccagctttctggacaattctatgtcatttcagaattggttggttcgaacgcatctagggcgaataattgacatcttattactctggaaattgataggtctcacaaaagcattgaatttaaaaaaaaaaacaacctggtcaaggtatactttttttctttataactgtatatctaatttgagcccaaacaaatgctgcagaatttaatttttcactctgttttggatataaatgttacagtggagccctataggaaatgtaatagtggtgtgagacg
gi|10 : ttcaggactcgcaccattattatctcccttgatgaaggaggtagaaataaaactttagttctctttttcttcttttttcagggctttgtaCTACAGATGACGGAGGTA-----GAAGTA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TTTC-TTCTT------TT---T---CATG-----GCTTTA------TAT--TGCA-TTGATTTATTTCC---CCGACCATGTGTT--AA------------ATT-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAATTTTGATGCTGATCGCAGA---TGTCTAGGTA-ATTTC-TGTGC--C--ATTTTAGAATT-G-AGGGTTCGAACTGCATTGTGGGCGAATAGTTGACA---TAT--TGTTACTCTGTCAA--TTGATA----GGTA-TCACAAAAACATTGAAAT--T---AAA---AAAA--A--C------TGGTCAAGG----TATGAT--T---T-TTTTTG-TTC----TTGTATATCTTG---AACTAGAAAGGAATTTGAACTCAAGCACATGCTGCAGATTTTG-------TT-TTTTTGCTGT---GTTTTT--------GACAT--AAATATAAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTATGAGAC
gi|11 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGATCTACAGGTGAAGGAGGTA-----TAAATT-A-AAC---TT---TAGTT-----CT-T--TTAATT-C-TTCTA------TT---TA--C-GG-----GCTTTG------T-T--T--------TTTA-----------ACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCATCACTGAACATTTGATGCGGATAGAAGA---TTCCTGGGCGCAT----TGTGG--C--------GAATA-G-TTGAT--------------------ATA-TT--------AT--TA---CTCTGGAAA--TCG--A----GGTA-ACACAAAAGCATTGAATT--T---AGAAATAAAA--A--CGA--CCTGGTGACGG----TATGAC--G---T-CCCCCT-TTTATAATTACATATCTTG---AACTAGTGAAGAATTTGAGCCAAGACCCATGCAGTAGATTTTC-------A--TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--A------------A-ATGGAGTCTTAAAGGAAATGTAATAGTACTGTGAGA
gi|12 : taGGACT-CGCATCACTATTATCTCC------------GGACCTATAGATGAAGGAAGTA-----GAAATA-A-AAG---TT---TGGTT-----CTCT--TT--AT-C-TTCTT------TT---TT--CCGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATGTATTTTT--TCCTACCATGTGTT--GA-------------TG-GTCAGTGTTTCA---GAAATCACTGCTGAATATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTTT--C--ATTTCAGAATT-A-TTGGTTCGCACCGCATCTTGGGCGAATAGTTGCCA--------TATTACTCAGGAAA--TTGATA----GGTA-TCACAAAACTATTGCATT--T---GAA---A
gi|13 : TGTTATCACCATTGAATACTCAGAA---A-AAATGATGGGGATACCAGTAAACTA-ATAGT---TT---TCGTTTTTTTCCCC--TT--TT-CGCTCCT------TTATATT--GAAGTATTTAATTTGAATTCCTATCATGTATGCAATTAATTTGTATTTCTACTATGTATG--GA------------ATA-GACAGT--TTTACCTAAAGTTGGTACTGAAAGTAATATGCTGATATGAGAGTTTTTCTATCCA-ATT-C-TGTCT--TGAATTTT-GACTT-GGTTAGT-AGACTCAGATTAAGTTCAAAATGTTCATA---TAT--TAATAATGTGAAAAAATT-ATA----GGTA-TTGCGGAACCATGAAATT--T---AAA---TTGA--A--AAA--CCTGGTCA--G----TATGTTCGT---TGTTTTTA-ATTAAAATTGTAGATCGTG---GACCAttggtacaaagattaacatttataatatgattattaatataagtttaatagttttaaactttattaacacctccgtgattgtttacacagacacatggtgt
gi|14 : G-----ACTTTA------TAT--TGCA-GTGATTTATTTAT--TCTTATGATGTGTT--AA------------ATA-GTCAATATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTTATGCTGATATCAAA---TTTCTAGACA-ATC-C-TGTTT--C--ATTTTAGATTA-G-ATGGGTGGAATGGTATTG------AATTGTTGGCA---TAT--TATTTCTCTGGACA--TTGGAG----GGTC-CTGCAAAACCTTTGAATT--T---AAA---AAAA--AA-CAAAACCTGGTCAACA----TATATC--TAAAT-ATTTTG-TTTATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTCAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTGG-------AT-TTTTCACAGT---GTTGTT--------GACAA--TAATGTTAC----A-AAGGAGCCCTATGGTGTATTTAAATGTGGTGTGAGAa
gi|15 : GGACT-CACACCACTATTTTCTCCCTTGACTACTCCGGAC----AAATGAAGGAGGTA-----GAAATAGA-AAT---GT---T--TT-----TTCTAGAT--TT-C-TT-TT------TT---GT--CTGT-----GCTTTG------TAT--GGCA-GTGATCTATTTTT--TCCTACCAAGTGTT--AA------------ATG-GACAGACTTTTA---GAAATCAGTACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTTTAGACA-GTT-C-TGTGT--T--ATTTTAGAATT-A-CTCATTCGAACCGCATCATGATTAAATAGTTGATA---TAT--TATTACTGTGGAAA--TT--------GGTG-TCCTCAAACCATTTAATC--T---AAA---ATGA--A---AA--CCTGGTCAAGA----CACGA-------T-GTTTTC-TTTATAACTGGATATCTTG---A
gi|16 : ataCATGTGTTTTAA------------GT---TCAGTATTTAA---GGAATCA--------AATTCGATTCCGATACCAGA---TTTCTAGCCA-ATT-C-TGTGCAAC--ATTTCAAAACT-G-AAAGGTCAAATAGCATTGTGGGTTAATTGTTGATA---TCTAGTATAACTCTGAAAA--TTGATACAACAATAATCACAAAATTATTGAATT--T---TAC---AAAA-----TAA--TG-GGTTAATG----AATG--------T-ATGGTC-TTTATAATTGCAGATCTTG---A----------------AGCCTAGACACATACTGCAGGTTTTGT------TT-TTTTTACTGA---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCCATGGGAAATGTAGAAGTGATGCAAGACG
gi|17 : GTCGACA---TAT--TATTATTCTGGAAA--TTGATA----GGTA-TCACAAAACTATTCAATT------AAA---AAAA--A---AA--CCTGGCCAATG----CATGCT--T---T-TTCCCG-TTAATAATTGCAGATCTTG---GACCAGCGAAGAATTTGAGCACAGACACATGCTGCAGATTTTGT------TT-TTTTCACTGT---TTTTTG--------GACAT--TAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTTTTGGAAATGTAATTGTGGTGTGAGACG
gi|18 : GGTCACGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-GTTATAATTACAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCTGGACACATGTTACAGATTTTGCAATGGCGC-CTTTGACCACACGGCCATGGAGGACCTGACAT--AAATTTTACAATTA-ATGGAGCTCTATGGGAAATGTAATAATGGTGTGAGATG
gi|19 : T--T---T-TTTCCC-TTTGTAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAACT-GAGCCCTGACACATGCTGCAGAATTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GATGT--GCATGTTAC----A-ATTGAACTC--TGGGAAATGTAATTGT
gi|2 : GGACT-CAAGCCAATAGTATCTCCCATGAATACTCTTGACTTGCAAATAATGGAGCTA-----GAAGTA-A-TAT---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTT------TT---TTGATAAG-----GCTTAA------TAT--AACA-GT-CTTTACTTAT--AACTACCGTGTGTT--AGTATTTCCCTACCATGTGTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATGCC-GA---TTTCTAGACA-AGT-T-TGTGT--C--ATTTTACAATT-A-ATGGTTCGAACCGCATCGTGGGCAAGTAGTTGACA---TAT--TATAACTCTGTAAA--TTGATA----GGTC-TCACAAAGCAATTGAATT--G---AAA---ACAA--A---AT--CTTAATCAATG----TATGAT--T---T-AGTTTC-TCTATAATTTCAGATCTTG---AACCAGTGAATGATTTAAACCCAGACACATGCTGCAGG--TTGC------TT-TTTTCACTGT---GTTTAA--------GTAAT--GAATGTTAT----ATTTGGAGCACTATGGGAAATGTAATGGTGTTGTGAGACGacagtgat
gi|20 : tTGCAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTATG-------AG-ATTTCACTGTC--ATTCTG--------AACAT--TAACATTAC----A-ATAAA-----ATGTGAACAGTTATAGTGATGTGAGAC
gi|21 : GGAAT-CACAC-ATTGTTATCTTTCTTGAGTATTCCGGAC----AGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AACG--TT---TA-TT-----CTCT--TT--TT-C-TGCTT------TT---
gi|23 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCAGTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGgcagtgc
gi|24 : aaAATGCTAC----A-ATT-AGCCGTTTGAGAGATGTAATAGTGGTGTTAGACG
gi|25 : GGACT-CACACCACTATTATCTTCCTTGAACATTCtaat
gi|26 : aGGACT-CACATTACAATTATCTCCCTTGAGTACnnnnnnnnnngtaa
gi|3 : ttgaGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGGACCTTCAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCAT------TT---TT--CGGG-----GCTTTG------TTC--TGCA-TTTTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-CTCATTATTTTA---GGAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAAC---TTTCTGGACA-ACT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCAAGGGTGAATAGTTGACA---TAT--TATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGTC-TCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AATAAA--ATTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGAATATCTTG---AACCAGAAAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GGCAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaaccatt
gi|4 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCAGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGCT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-GTGTTTTGTTTTT--TGCTAGCACGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCTAGGGCGAATAGTTGACA---TAT--CATCACTCTGGAAA--TTGATA----GGTC-TCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AC-CAA--CCTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|5 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGAC--ATAGATGATGGAGGTA-----AAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------AT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TTCA-GTGATT-ATT-AT--TTTTAC-ATGTGTT--AG------------ATG-GTCAGTATTTTT---TAAATCACCACTGAAG-TTTGATGCTGATACCAGA---TCTCTGGGCA-ATT-C-TTTGT--C--ATTTAAGAATT-G-TTAATTAGAACCCCATCGTGGACGAATAGTTGACA---TAT--TATTGCTCTGGAAA--TTGATA----GGTC-TCACAAAA-GATTGAA-T--T---AAA---TAAATCG--CAA--CCTGATTAATGTAACTATGCT--T---T-TTTCCC-TTTAAAACAGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACAAATGGTTGATATTTTG-------TTATTTTCACTGT---GATTTA--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGGGCCCTATGAAAAATGTTATAGAGGTGTGAGA
gi|6 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGGGTACTCCGGACCTCCAGATAAAGAAGGTA-----GAAGTT-A-AAC---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTTCTTTTTTT---TT--CGGG-----GCT-------------------GTGATGTATTTTT--TCCTACCGTGTGTT--AA------------ATG-GGTAGTATTCTA---GAAACCACCACTGGAAATGTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGAGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTTAGAATT-G-TTGGTTCGAACAGCAACGTGAGCGAATAG--------------------TCTGTAAA--TTAATA----GGTA-TCGCAAAACCACTGAATTAAA---AAA---AAAA--A--CAA--TCAGGTCAATG----TCTGCT--T---T-TTTCCC-TTTATAACTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATACTAC----A-TTGGAGCCCTATGGGAAATATAATAGTGGTGTGAGA
gi|7 : aGGACTTCACACCGCTATTGGCTCCCTTGAA-AC---GGACCTACAGGTGAAGGAGGTT-----AAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTGT--GT--TT-C-TTTTT------TT---CC--TAGA-----GATTTG------TAT--TGTA-GATATTTATATGT--TCCTATCATGTGTT--GA------------ATG-GTCAGTATTTAA---GGAATCACCACTGACAATTTGACGCTGTTTCCAGA---TTTCTAGACA------------------TTTAAGAACT-G-TTGGTTTAAACAGCATTGTAGGCTAATAGTTAACA---TAG--TATTACCCTGGAAA--TCGATA----GGTA-TCACATAACCATTAAATT-------AA---AAAA--A--GAA-----GGTCGATG----TAAG----T---T-TTTTTC-TTAATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATGTGAGCCCAGGCACATGCTGCAGATGTT---------T-TTGTCACTGT---GTTTTG--------GCCAT--AAATGCTTC----A-ATGGAGCCCTATGGGAATTGTAATAGTGATGTGAGAC
gi|8 : aGGACT-CACATCACTATTATCTCCCTTGAGTACACCGGACCTACATATGGAAGGGGTA-----GACATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--CT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAAG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATT---------------CATGT-------------------------------TTT----GAAA-----ACTGAAAAGTTGATGCTGATAACAGC---TGTTTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--AATTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACTGTGTCGTGGGCGAATAGTTGACA---TAA--TATTACTATAGAAA--TTGATA----GGTA-TCACAAAAGTTTTGAATT--T---AAA---AAAG--T--TAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTATCTTTTATAATTGCTTATCTTGCATAACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACATATGCTGCAAATTTTG--------T-TTTTCACTGT---CTTCAG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGTCATATGGGGAATGTAACAGTGGTGTGAGA
gi|9 : aAGATGAAGAAGGTT-----GAAGTA-A-AAAAAATTATATAGTT-----CCCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TG--CAGA-----GCTTTA------TAT--TGCA-GTGATCTGTTTAT--TCCTACAATGTGTT--AA------------ATG-GTCAATATTTTA---AATATCACCAATTAAAATTT-ATGCTGATACCAAA---TTTCTAGTCA-TTT-CTTTTGT--C--ATTTTAGATTT-G--AAGATCGAATAGCATCATGGGCGGATTATTGACATATTAT--TATTACTCTAGAAA--TTGATA----GGTG-TTACCAAACAATTGTATT--T---AAA---AATATCC--CAA--CCTAATCAAGA----TTTGAT--T---T-TTATGT-TTT-TCATTGCATATCTTG---AATCAGT---GAATTTGAGCGCAGGCACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTGTG--------GACATTCATGTGTTAC----T-ATGGAATCCTATGTGAATTGTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGTTGCAATGCCCAGAGTAGATGTAAACGCTGATGGTTGTGCGTAAGACGTGCCCCGCAATACGGACGTCGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111 11111111
lowQualScore : 2 0 0 3 0 66666 2 2 666 444 66666 33 33 2 2 777777 444 33 66666 777777 33 2 0 2 5555 33 222222222222 2 444 444 1 2 2 2 33 33 1 2 44 1 22 777 33 5555 33 2 777777 444 666666 333 1 5555 9999 333 2 2 1 333 88888888 2 666 88888888 33 4444 2
lowQualScore : . . . . . ..... . . ... ... ..... .. .. . . ...... ... .. ..... ...... .. . . . .... .. ............ . ... ... . . . . .. .. . . .. . .. ... .. .... .. . ...... ... ...... ... . .... .... ... . . . ... ........ . ... ........ .. .... .
lowQualScore : 7 2 1 5 5 22222 5 5 999 444 22222 44 44 5 5 222222 444 77 22222 222222 44 5 4 9 0000 44 888888888888 5 444 444 7 5 5 5 44 44 7 5 00 4 33 444 22 0000 66 7 111111 111 444444 888 8 0000 0000 999 2 2 0 999 88888888 4 555 55555555 22 7777 2
consensus : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
Reference ( family-1465 ) : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|1 : GGACT-CGCACCATTATTATCTCCCTTGA------------------TGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATGA
gi|1 : ttcaCTGCA-ATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATGTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCCCCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TATGT--C--ATTTCAGAATTGG-TTGGTTCGAA-CGCATCTAGGGCGAATAATTGACA---TCTTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--TAAAAAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATAC---T---T-TTTTTC-TTTATAACTGTATATCT----------------AATTTGAGCCCAAACAAATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GATAT--AAATGTTAC----A-GTGGAGCCCTATAGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaggaggtagaaataaaacttaagttctctttttcttcttttttcagggctttgtactgcaatgttttgttttttgctagcatgagttaaatggtcagtattttagaaatccccactgaaaatttgatgctgataccagctttctggacaattctatgtcatttcagaattggttggttcgaacgcatctagggcgaataattgacatcttattactctggaaattgataggtctcacaaaagcattgaatttaaaaaaaaaaacaacctggtcaaggtatactttttttctttataactgtatatctaatttgagcccaaacaaatgctgcagaatttaatttttcactctgttttggatataaatgttacagtggagccctataggaaatgtaatagtggtgtgagacg
gi|10 : ttcaggactcgcaccattattatctcccttgatgaaggaggtagaaataaaactttagttctctttttcttcttttttcagggctttgtaCTACAGATGACGGAGGTA-----GAAGTA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TTTC-TTCTT------TT---T---CATG-----GCTTTA------TAT--TGCA-TTGATTTATTTCC---CCGACCATGTGTT--AA------------ATT-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAATTTTGATGCTGATCGCAGA---TGTCTAGGTA-ATTTC-TGTGC--C--ATTTTAGAATT-G-AGGGTTCGAACTGCATTGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTGTTACTCTGTCAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAAACATTGAAAT--T---AAA---AAAA--A--C------TGGTCAAGG----TATGAT--T---T-TTTTTG-TTC----TTGTATATCTTG---AACTAGAAAGGAATTTGAACTCAAGCACATGCTGCAGATTTTG-------TT-TTTTTGCTGT---GTTTTT--------GACAT--AAATATAAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTATGAGAC
gi|11 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGATCTACAGGTGAAGGAGGTA-----TAAATT-A-AAC---TT---TAGTT-----CT-T--TTAATT-C-TTCTA------TT---TA--C-GG-----GCTTTG------T-T--T--------TTTA-----------ACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCATCACTGAACATTTGATGCGGATAGAAGA---TTCCTGGGCGCAT----TGTGG--C--------GAATA-G-TTGAT--------------------ATA-TT--------ATTA---CTCTGGAAA--TCG--A----GGT-AACACAAAAGCATTGAATT--T---AGAAATAAAA--A--CGA--CCTGGTGACGG----TATGAC--G---T-CCCCCT-TTTATAATTACATATCTTG---AACTAGTGAAGAATTTGAGCCAAGACCCATGCAGTAGATTTTC-------A--TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--A------------A-ATGGAGTCTTAAAGGAAATGTAATAGTACTGTGAGA
gi|12 : taGGACT-CGCATCACTATTATCTCC------------GGACCTATAGATGAAGGAAGTA-----GAAATA-A-AAG---TT---TGGTT-----CTCT--TT--AT-C-TTCTT------TT---TT--CCGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATGTATTTTT--TCCTACCATGTGTT--GA-------------TG-GTCAGTGTTTCA---GAAATCACTGCTGAATATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTTT--C--ATTTCAGAATT-A-TTGGTTCGCACCGCATCTTGGGCGAATAGTTGCCA------TATTACTCAGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACTATTGCATT--T---GAA---A
gi|13 : TGTTATCACCATTGAATACTCAGAA---A-AAATGATGGGGATACCAGTAAACTA-ATAGT---TT---TCGTTTTTTTCCCC--TT--TT-CGCTCCT------TTATATT--GAAGTATTTAATTTGAATTCCTATCATGTATGCAATTAATTTGTATTTCTACTATGTATG--GA------------ATA-GACAGT--TTTACCTAAAGTTGGTACTGAAAGTAATATGCTGATATGAGAGTTTTTCTATCCA-ATT-C-TGTCT--TGAATTTT-GACTT-GGTTAGT-AGACTCAGATTAAGTTCAAAATGTTCATA---TATTAATAATGTGAAAAAATT-ATA----GGT-ATTGCGGAACCATGAAATT--T---AAA---TTGA--A--AAA--CCTGGTCA--G----TATGTTCGT---TGTTTTTA-ATTAAAATTGTAGATCGTG---GACCAttggtacaaagattaacatttataatatgattattaatataagtttaatagttttaaactttattaacacctccgtgattgtttacacagacacatggtgt
gi|14 : G-----ACTTTA------TAT--TGCA-GTGATTTATTTAT--TCTTATGATGTGTT--AA------------ATA-GTCAATATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTTATGCTGATATCAAA---TTTCTAGACA-ATC-C-TGTTT--C--ATTTTAGATTA-G-ATGGGTGGAATGGTATTG------AATTGTTGGCA---TATTATTTCTCTGGACA--TTGGAG----GGT-CCTGCAAAACCTTTGAATT--T---AAA---AAAA--AA-CAAAACCTGGTCAACA----TATATC--TAAAT-ATTTTG-TTTATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTCAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTGG-------AT-TTTTCACAGT---GTTGTT--------GACAA--TAATGTTAC----A-AAGGAGCCCTATGGTGTATTTAAATGTGGTGTGAGAa
gi|15 : GGACT-CACACCACTATTTTCTCCCTTGACTACTCCGGAC----AAATGAAGGAGGTA-----GAAATAGA-AAT---GT---T--TT-----TTCTAGAT--TT-C-TT-TT------TT---GT--CTGT-----GCTTTG------TAT--GGCA-GTGATCTATTTTT--TCCTACCAAGTGTT--AA------------ATG-GACAGACTTTTA---GAAATCAGTACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTTTAGACA-GTT-C-TGTGT--T--ATTTTAGAATT-A-CTCATTCGAACCGCATCATGATTAAATAGTTGATA---TATTATTACTGTGGAAA--TT--------GGT-GTCCTCAAACCATTTAATC--T---AAA---ATGA--A---AA--CCTGGTCAAGA----CACGA-------T-GTTTTC-TTTATAACTGGATATCTTG---A
gi|16 : ataCATGTGTTTTAA------------GT---TCAGTATTTAA---GGAATCA--------AATTCGATTCCGATACCAGA---TTTCTAGCCA-ATT-C-TGTGCAAC--ATTTCAAAACT-G-AAAGGTCAAATAGCATTGTGGGTTAATTGTTGATATC-TAGTATAACTCTGAAAA--TTGATACAACAATAATCACAAAATTATTGAATT--T----TA---CAAA--A--TAA---TGGGTTAATG----AATG--------T-ATGGTC-TTTATAATTGCAGATCTTG---A----------------AGCCTAGACACATACTGCAGGTTTTGT------TT-TTTTTACTGA---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCCATGGGAAATGTAGAAGTGATGCAAGACG
gi|17 : GTCGACA---TATTATTATTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACTATTCAATT------AAA---AAAA--A---AA--CCTGGCCAATG----CATGCT--T---T-TTCCCG-TTAATAATTGCAGATCTTG---GACCAGCGAAGAATTTGAGCACAGACACATGCTGCAGATTTTGT------TT-TTTTCACTGT---TTTTTG--------GACAT--TAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTTTTGGAAATGTAATTGTGGTGTGAGACG
gi|18 : GGTCACGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-GTTATAATTACAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCTGGACACATGTTACAGATTTTGCAATGGCGC-CTTTGACCACACGGCCATGGAGGACCTGACAT--AAATTTTACAATTA-ATGGAGCTCTATGGGAAATGTAATAATGGTGTGAGATG
gi|19 : T--T---T-TTTCCC-TTTGTAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAACT-GAGCCCTGACACATGCTGCAGAATTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GATGT--GCATGTTAC----A-ATTGAACTC--TGGGAAATGTAATTGT
gi|2 : GGACT-CAAGCCAATAGTATCTCCCATGAATACTCTTGACTTGCAAATAATGGAGCTA-----GAAGTA-A-TAT---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTT------TT---TTGATAAG-----GCTTAA------TAT--AACA-GTC-TTTACTTAT--AACTACCGTGTGTT--AGTATTTCCCTACCATGTGTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATGCC-GA---TTTCTAGACA-AGT-T-TGTGT--C--ATTTTACAATT-A-ATGGTTCGAACCGCATCGTGGGCAAGTAGTTGACA---TATTATAACTCTGTAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAGCAATTGAATT--G---AAA---ACAA--A---AT--CTTAATCAATG----TATGAT--T---T-AGTTTC-TCTATAATTTCAGATCTTG---AACCAGTGAATGATTTAAACCCAGACACATGCTGCAGG--TTGC------TT-TTTTCACTGT---GTTTAA--------GTAAT--GAATGTTAT----ATTTGGAGCACTATGGGAAATGTAATGGTGTTGTGAGACGacagtgat
gi|20 : tTGCAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTATG-------AG-ATTTCACTGTC--ATTCTG--------AACAT--TAACATTAC----A-ATAAA-----ATGTGAACAGTTATAGTGATGTGAGAC
gi|21 : GGAAT-CACAC-ATTGTTATCTTTCTTGAGTATTCCGGAC----AGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AACG--TT---TA-TT-----CTCT--TT--TT-C-TGCTT------TT---
gi|23 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCAGTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGgcagtgc
gi|24 : aaAATGCTAC----A-ATT-AGCCGTTTGAGAGATGTAATAGTGGTGTTAGACG
gi|25 : GGACT-CACACCACTATTATCTTCCTTGAACATTCtaat
gi|26 : aGGACT-CACATTACAATTATCTCCCTTGAGTACnnnnnnnnnngtaa
gi|3 : ttgaGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGGACCTTCAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCAT------TT---TT--CGGG-----GCTTTG------TTC--TGCA-TTTTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-CTCATTATTTTA---GGAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAAC---TTTCTGGACA-ACT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCAAGGGTGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AATAAA--ATTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGAATATCTTG---AACCAGAAAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GGCAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaaccatt
gi|4 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCAGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGCT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-GTGTTTTGTTTTT--TGCTAGCACGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCTAGGGCGAATAGTTGACA---TATCATCACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AC-CAA--CCTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|5 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGAC--ATAGATGATGGAGGTA-----AAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------AT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TTCA-GTGATT-ATT-AT--TTTTAC-ATGTGTT--AG------------ATG-GTCAGTATTTTT---TAAATCACCACTGAAG-TTTGATGCTGATACCAGA---TCTCTGGGCA-ATT-C-TTTGT--C--ATTTAAGAATT-G-TTAATTAGAACCCCATCGTGGACGAATAGTTGACA---TATTATTGCTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAA-GATTGAA-T--T---AAA---TAAATCG--CAA--CCTGATTAATGTAACTATGCT--T---T-TTTCCC-TTTAAAACAGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACAAATGGTTGATATTTTG-------TTATTTTCACTGT---GATTTA--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGGGCCCTATGAAAAATGTTATAGAGGTGTGAGA
gi|6 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGGGTACTCCGGACCTCCAGATAAAGAAGGTA-----GAAGTT-A-AAC---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTTCTTTTTTT---TT--CGGG-----GCT-------------------GTGATGTATTTTT--TCCTACCGTGTGTT--AA------------ATG-GGTAGTATTCTA---GAAACCACCACTGGAAATGTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGAGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTTAGAATT-G-TTGGTTCGAACAGCAACGTGAGCGAATAG------------------TCTGTAAA--TTAATA----GGT-ATCGCAAAACCACTGAATTAAA---AAA---AAAA--A--CAA--TCAGGTCAATG----TCTGCT--T---T-TTTCCC-TTTATAACTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATACTAC----A-TTGGAGCCCTATGGGAAATATAATAGTGGTGTGAGA
gi|7 : aGGACTTCACACCGCTATTGGCTCCCTTGAA-AC---GGACCTACAGGTGAAGGAGGTT-----AAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTGT--GT--TT-C-TTTTT------TT---CC--TAGA-----GATTTG------TAT--TGTA-GATATTTATATGT--TCCTATCATGTGTT--GA------------ATG-GTCAGTATTTAA---GGAATCACCACTGACAATTTGACGCTGTTTCCAGA---TTTCTAGACA------------------TTTAAGAACT-G-TTGGTTTAAACAGCATTGTAGGCTAATAGTTAACA---TAGTATTACCCTGGAAA--TCGATA----GGT-ATCACATAACCATTAAATT-------AA---AAAA--A--GAA-----GGTCGATG----TAAG----T---T-TTTTTC-TTAATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATGTGAGCCCAGGCACATGCTGCAGATGTT---------T-TTGTCACTGT---GTTTTG--------GCCAT--AAATGCTTC----A-ATGGAGCCCTATGGGAATTGTAATAGTGATGTGAGAC
gi|8 : aGGACT-CACATCACTATTATCTCCCTTGAGTACACCGGACCTACATATGGAAGGGGTA-----GACATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--CT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAAG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATT---------------CATGT-------------------------------TTT----GAAA-----ACTGAAAAGTTGATGCTGATAACAGC---TGTTTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--AATTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACTGTGTCGTGGGCGAATAGTTGACA---TAATATTACTATAGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAAGTTTTGAATT--T---AAA---AAAG--T--TAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTATCTTTTATAATTGCTTATCTTGCATAACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACATATGCTGCAAATTTTG--------T-TTTTCACTGT---CTTCAG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGTCATATGGGGAATGTAACAGTGGTGTGAGA
gi|9 : aAGATGAAGAAGGTT-----GAAGTA-A-AAAAAATTATATAGTT-----CCCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TG--CAGA-----GCTTTA------TAT--TGCA-GTGATCTGTTTAT--TCCTACAATGTGTT--AA------------ATG-GTCAATATTTTA---AATATCACCAATTAAAATTT-ATGCTGATACCAAA---TTTCTAGTCA-TTT-CTTTTGT--C--ATTTTAGATTT-G--AAGATCGAATAGCATCATGGGCGGATTATTGACATATTATTATTACTCTAGAAA--TTGATA----GGT-GTTACCAAACAATTGTATT--T---AAA---AATATCC--CAA--CCTAATCAAGA----TTTGAT--T---T-TTATGT-TTT-TCATTGCATATCTTG---AATCAGT---GAATTTGAGCGCAGGCACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTGTG--------GACATTCATGTGTTAC----T-ATGGAATCCTATGTGAATTGTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGTTGCAATGCCCAGAGTAGATGTAAACGCTGATGGTTGTGCGTAAGACGTGCCCCGCAATACGGACGTCGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111 11111111
lowQualScore : 2 0 0 3 0 66666 2 2 666 444 66666 33 33 2 2 777777 444 33 66666 777777 33 2 0 2 5555 33 222222222222 2 444 444 1 2 2 2 33 33 1 2 44 1 22 777 33 5555 33 2 777777 444 666666 333 1 5555 9999 333 2 2 1 333 88888888 2 666 88888888 33 4444 2
lowQualScore : . . . . . ..... . . ... ... ..... .. .. . . ...... ... .. ..... ...... .. . . . .... .. ............ . ... ... . . . . .. .. . . .. . .. ... .. .... .. . ...... ... ...... ... . .... .... ... . . . ... ........ . ... ........ .. .... .
lowQualScore : 7 2 1 5 5 22222 5 5 999 444 22222 44 44 5 5 222222 444 77 22222 222222 44 5 4 9 0000 44 888888888888 5 444 444 7 5 5 5 44 44 7 5 00 4 33 444 22 0000 66 7 111111 111 444444 888 8 0000 0000 999 2 2 0 999 88888888 4 555 55555555 22 7777 2
consensus : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
Reference ( family-1465 ) : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|1 : GGACT-CGCACCATTATTATCTCCCTTGA------------------TGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATGA
gi|1 : ttcaCTGCA-ATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATGTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCCCCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TATGT--C--ATTTCAGAATTGG-TTGGTTCGAA-CGCATCTAGGGCGAATAATTGACA---TCTTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--TAAAAAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATAC---T---T-TTTTTC-TTTATAACTGTATATCT----------------AATTTGAGCCCAAACAAATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GATAT--AAATGTTAC----A-GTGGAGCCCTATAGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaggaggtagaaataaaacttaagttctctttttcttcttttttcagggctttgtactgcaatgttttgttttttgctagcatgagttaaatggtcagtattttagaaatccccactgaaaatttgatgctgataccagctttctggacaattctatgtcatttcagaattggttggttcgaacgcatctagggcgaataattgacatcttattactctggaaattgataggtctcacaaaagcattgaatttaaaaaaaaaaacaacctggtcaaggtatactttttttctttataactgtatatctaatttgagcccaaacaaatgctgcagaatttaatttttcactctgttttggatataaatgttacagtggagccctataggaaatgtaatagtggtgtgagacg
gi|10 : ttcaggactcgcaccattattatctcccttgatgaaggaggtagaaataaaactttagttctctttttcttcttttttcagggctttgtaCTACAGATGACGGAGGTA-----GAAGTA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TTTC-TTCTT------TT---T---CATG-----GCTTTA------TAT--TGCA-TTGATTTATTTCC---CCGACCATGTGTT--AA------------ATT-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAATTTTGATGCTGATCGCAGA---TGTCTAGGTA-ATTTC-TGTGC--C--ATTTTAGAATT-G-AGGGTTCGAACTGCATTGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTGTTACTCTGTCAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAAACATTGAAAT--T---AAA---AAAA--A--C------TGGTCAAGG----TATGAT--T---T-TTTTTG-TTC----TTGTATATCTTG---AACTAGAAAGGAATTTGAACTCAAGCACATGCTGCAGATTTTG-------TT-TTTTTGCTGT---GTTTTT--------GACAT--AAATATAAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTATGAGAC
gi|11 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGATCTACAGGTGAAGGAGGTA-----TAAATT-A-AAC---TT---TAGTT-----CT-T--TTAATT-C-TTCTA------TT---TA--C-GG-----GCTTTG------T-T--T--------TTTA-----------ACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCATCACTGAACATTTGATGCGGATAGAAGA---TTCCTGGGCGCAT----TGTGG--C--------GAATA-G-TTGAT--------------------ATA-TT--------ATTA---CTCTGGAAA--TCG--A----GGT-AACACAAAAGCATTGAATT--T---AGAAATAAAA--A--CGA--CCTGGTGACGG----TATGAC--G---T-CCCCCT-TTTATAATTACATATCTTG---AACTAGTGAAGAATTTGAGCCAAGACCCATGCAGTAGATTTTC-------A--TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--A------------A-ATGGAGTCTTAAAGGAAATGTAATAGTACTGTGAGA
gi|12 : taGGACT-CGCATCACTATTATCTCC------------GGACCTATAGATGAAGGAAGTA-----GAAATA-A-AAG---TT---TGGTT-----CTCT--TT--AT-C-TTCTT------TT---TT--CCGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATGTATTTTT--TCCTACCATGTGTT--GA-------------TG-GTCAGTGTTTCA---GAAATCACTGCTGAATATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTTT--C--ATTTCAGAATT-A-TTGGTTCGCACCGCATCTTGGGCGAATAGTTGCCA------TATTACTCAGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACTATTGCATT--T---GAA---A
gi|13 : TGTTATCACCATTGAATACTCAGAA---A-AAATGATGGGGATACCAGTAAACTA-ATAGT---TT---TCGTTTTTTTCCCC--TT--TT-CGCTCCT------TTATATT--GAAGTATTTAATTTGAATTCCTATCATGTATGCAATTAATTTGTATTTCTACTATGTATG--GA------------ATA-GACAGT--TTTACCTAAAGTTGGTACTGAAAGTAATATGCTGATATGAGAGTTTTTCTATCCA-ATT-C-TGTCT--TGAATTTT-GACTT-GGTTAGT-AGACTCAGATTAAGTTCAAAATGTTCATA---TATTAATAATGTGAAAAAATT-ATA----GGT-ATTGCGGAACCATGAAATT--T---AAA---TTGA--A--AAA--CCTGGTCA--G----TATGTTCGT---TGTTTTTA-ATTAAAATTGTAGATCGTG---GACCAttggtacaaagattaacatttataatatgattattaatataagtttaatagttttaaactttattaacacctccgtgattgtttacacagacacatggtgt
gi|14 : G-----ACTTTA------TAT--TGCA-GTGATTTATTTAT--TCTTATGATGTGTT--AA------------ATA-GTCAATATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTTATGCTGATATCAAA---TTTCTAGACA-ATC-C-TGTTT--C--ATTTTAGATTA-G-ATGGGTGGAATGGTATTG------AATTGTTGGCA---TATTATTTCTCTGGACA--TTGGAG----GGT-CCTGCAAAACCTTTGAATT--T---AAA---AAAA--AA-CAAAACCTGGTCAACA----TATATC--TAAAT-ATTTTG-TTTATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTCAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTGG-------AT-TTTTCACAGT---GTTGTT--------GACAA--TAATGTTAC----A-AAGGAGCCCTATGGTGTATTTAAATGTGGTGTGAGAa
gi|15 : GGACT-CACACCACTATTTTCTCCCTTGACTACTCCGGAC----AAATGAAGGAGGTA-----GAAATAGA-AAT---GT---T--TT-----TTCTAGAT--TT-C-TT-TT------TT---GT--CTGT-----GCTTTG------TAT--GGCA-GTGATCTATTTTT--TCCTACCAAGTGTT--AA------------ATG-GACAGACTTTTA---GAAATCAGTACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTTTAGACA-GTT-C-TGTGT--T--ATTTTAGAATT-A-CTCATTCGAACCGCATCATGATTAAATAGTTGATA---TATTATTACTGTGGAAA--TT--------GGT-GTCCTCAAACCATTTAATC--T---AAA---ATGA--A---AA--CCTGGTCAAGA----CACGA-------T-GTTTTC-TTTATAACTGGATATCTTG---A
gi|16 : ataCATGTGTTTTAA------------GT---TCAGTATTTAA---GGAATCA--------AATTCGATTCCGATACCAGA---TTTCTAGCCA-ATT-C-TGTGCAAC--ATTTCAAAACT-G-AAAGGTCAAATAGCATTGTGGGTTAATTGTTGATATC-TAGTATAACTCTGAAAA--TTGATACAACAATAATCACAAAATTATTGAATT--T----TA---CAAA--A--TAA---TGGGTTAATG----AATG--------T-ATGGTC-TTTATAATTGCAGATCTTG---A----------------AGCCTAGACACATACTGCAGGTTTTGT------TT-TTTTTACTGA---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCCATGGGAAATGTAGAAGTGATGCAAGACG
gi|17 : GTCGACA---TATTATTATTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACTATTCAATT------AAA---AAAA--A---AA--CCTGGCCAATG----CATGCT--T---T-TTCCCG-TTAATAATTGCAGATCTTG---GACCAGCGAAGAATTTGAGCACAGACACATGCTGCAGATTTTGT------TT-TTTTCACTGT---TTTTTG--------GACAT--TAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTTTTGGAAATGTAATTGTGGTGTGAGACG
gi|18 : GGTCACGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-GTTATAATTACAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCTGGACACATGTTACAGATTTTGCAATGGCGC-CTTTGACCACACGGCCATGGAGGACCTGACAT--AAATTTTACAATTA-ATGGAGCTCTATGGGAAATGTAATAATGGTGTGAGATG
gi|19 : T--T---T-TTTCCC-TTTGTAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAACT-GAGCCCTGACACATGCTGCAGAATTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GATGT--GCATGTTAC----A-ATTGAACTC--TGGGAAATGTAATTGT
gi|2 : GGACT-CAAGCCAATAGTATCTCCCATGAATACTCTTGACTTGCAAATAATGGAGCTA-----GAAGTA-A-TAT---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTT------TT---TTGATAAG-----GCTTAA------TAT--AACA-GTC-TTTACTTAT--AACTACCGTGTGTT--AGTATTTCCCTACCATGTGTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATGCC-GA---TTTCTAGACA-AGT-T-TGTGT--C--ATTTTACAATT-A-ATGGTTCGAACCGCATCGTGGGCAAGTAGTTGACA---TATTATAACTCTGTAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAGCAATTGAATT--G---AAA---ACAA--A---AT--CTTAATCAATG----TATGAT--T---T-AGTTTC-TCTATAATTTCAGATCTTG---AACCAGTGAATGATTTAAACCCAGACACATGCTGCAGG--TTGC------TT-TTTTCACTGT---GTTTAA--------GTAAT--GAATGTTAT----ATTTGGAGCACTATGGGAAATGTAATGGTGTTGTGAGACGacagtgat
gi|20 : tTGCAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTATG-------AG-ATTTCACTGTC--ATTCTG--------AACAT--TAACATTAC----A-ATAAA-----ATGTGAACAGTTATAGTGATGTGAGAC
gi|21 : GGAAT-CACAC-ATTGTTATCTTTCTTGAGTATTCCGGAC----AGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AACG--TT---TA-TT-----CTCT--TT--TT-C-TGCTT------TT---
gi|23 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCAGTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGgcagtgc
gi|24 : aaAATGCTAC----A-ATT-AGCCGTTTGAGAGATGTAATAGTGGTGTTAGACG
gi|25 : GGACT-CACACCACTATTATCTTCCTTGAACATTCtaat
gi|26 : aGGACT-CACATTACAATTATCTCCCTTGAGTACnnnnnnnnnngtaa
gi|3 : ttgaGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGGACCTTCAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCAT------TT---TT--CGGG-----GCTTTG------TTC--TGCA-TTTTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-CTCATTATTTTA---GGAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAAC---TTTCTGGACA-ACT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCAAGGGTGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AATAAA--ATTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGAATATCTTG---AACCAGAAAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GGCAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaaccatt
gi|4 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCAGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGCT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-GTGTTTTGTTTTT--TGCTAGCACGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCTAGGGCGAATAGTTGACA---TATCATCACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AC-CAA--CCTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|5 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGAC--ATAGATGATGGAGGTA-----AAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------AT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TTCA-GTGATT-ATT-AT--TTTTAC-ATGTGTT--AG------------ATG-GTCAGTATTTTT---TAAATCACCACTGAAG-TTTGATGCTGATACCAGA---TCTCTGGGCA-ATT-C-TTTGT--C--ATTTAAGAATT-G-TTAATTAGAACCCCATCGTGGACGAATAGTTGACA---TATTATTGCTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAA-GATTGAA-T--T---AAA---TAAATCG--CAA--CCTGATTAATGTAACTATGCT--T---T-TTTCCC-TTTAAAACAGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACAAATGGTTGATATTTTG-------TTATTTTCACTGT---GATTTA--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGGGCCCTATGAAAAATGTTATAGAGGTGTGAGA
gi|6 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGGGTACTCCGGACCTCCAGATAAAGAAGGTA-----GAAGTT-A-AAC---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTTCTTTTTTT---TT--CGGG-----GCT-------------------GTGATGTATTTTT--TCCTACCGTGTGTT--AA------------ATG-GGTAGTATTCTA---GAAACCACCACTGGAAATGTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGAGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTTAGAATT-G-TTGGTTCGAACAGCAACGTGAGCGAATAG------------------TCTGTAAA--TTAATA----GGT-ATCGCAAAACCACTGAATTAAA---AAA---AAAA--A--CAA--TCAGGTCAATG----TCTGCT--T---T-TTTCCC-TTTATAACTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATACTAC----A-TTGGAGCCCTATGGGAAATATAATAGTGGTGTGAGA
gi|7 : aGGACTTCACACCGCTATTGGCTCCCTTGAA-AC---GGACCTACAGGTGAAGGAGGTT-----AAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTGT--GT--TT-C-TTTTT------TT---CC--TAGA-----GATTTG------TAT--TGTA-GATATTTATATGT--TCCTATCATGTGTT--GA------------ATG-GTCAGTATTTAA---GGAATCACCACTGACAATTTGACGCTGTTTCCAGA---TTTCTAGACA------------------TTTAAGAACT-G-TTGGTTTAAACAGCATTGTAGGCTAATAGTTAACA---TAGTATTACCCTGGAAA--TCGATA----GGT-ATCACATAACCATTAAATT-------AA---AAAA--A--GAA-----GGTCGATG----TAAG----T---T-TTTTTC-TTAATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATGTGAGCCCAGGCACATGCTGCAGATGTT---------T-TTGTCACTGT---GTTTTG--------GCCAT--AAATGCTTC----A-ATGGAGCCCTATGGGAATTGTAATAGTGATGTGAGAC
gi|8 : aGGACT-CACATCACTATTATCTCCCTTGAGTACACCGGACCTACATATGGAAGGGGTA-----GACATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--CT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAAG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATT---------------CATGT-------------------------------TTT----GAAA-----ACTGAAAAGTTGATGCTGATAACAGC---TGTTTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--AATTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACTGTGTCGTGGGCGAATAGTTGACA---TAATATTACTATAGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAAGTTTTGAATT--T---AAA---AAAG--T--TAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTATCTTTTATAATTGCTTATCTTGCATAACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACATATGCTGCAAATTTTG--------T-TTTTCACTGT---CTTCAG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGTCATATGGGGAATGTAACAGTGGTGTGAGA
gi|9 : aAGATGAAGAAGGTT-----GAAGTA-A-AAAAAATTATATAGTT-----CCCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TG--CAGA-----GCTTTA------TAT--TGCA-GTGATCTGTTTAT--TCCTACAATGTGTT--AA------------ATG-GTCAATATTTTA---AATATCACCAATTAAAATTT-ATGCTGATACCAAA---TTTCTAGTCA-TTT-CTTTTGT--C--ATTTTAGATTT-G--AAGATCGAATAGCATCATGGGCGGATTATTGACATATTATTATTACTCTAGAAA--TTGATA----GGT-GTTACCAAACAATTGTATT--T---AAA---AATATCC--CAA--CCTAATCAAGA----TTTGAT--T---T-TTATGT-TTT-TCATTGCATATCTTG---AATCAGT---GAATTTGAGCGCAGGCACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTGTG--------GACATTCATGTGTTAC----T-ATGGAATCCTATGTGAATTGTAATA
blockSeqs : T C CCAGT G T AAA ATA TTTTT AG AA T G CTTTTT ATA GA TATTT AATTCC CA T C ATTT TT TATTTCCCTACC T CCT GTT G C T T AA GA T . GT T GT TAT AA CAAC AA A AAA AAT AATA AAC G TAAC TTCG AAA G T T CAT CAATGGCG A ACG GAGGACCT TC AATT T
blockSeqs : . C . . . G . . . . . . . . . . . . . T TC . . . . . G . . . . . C . A C TT TC . . A G T . TCGC C G . AT . . . T . TT . C . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G TC . . . . . G . . . . . T . T C AA . . . A C T . TCCC C C . AC . . . G . TT . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A TC . . . . . C . . . . . T . T G AT . . . A C T . AAC C G . TC . . . G . CT . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T AA . . . . . A . . . . . T . A C GT . . . A C T . ACC C T . CT . . . T . T . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A TG . . . . . A . . . . . C . C A GT . . . C C T . AC C T . CT . . . G . A . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T TG . . . . . C . . . . . T . A C AA . . . G T T . AC A G . AT . . . G . A . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T TT . . . . . A . . . . . C . A C TA . . . A C T . AA C T . CT . . . G . T . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A TC . . . . . A . . . . . C . T C GT . . . C C G . AT C G . CT . . . G . A . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T TC . . . . . A . . . . . A . T C GT . . . C G T . AC T G . CT . . . G . A . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G TC . . . . . G . . . . . T . T A GT . . . C G T . AG C T . CT . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . . . . . G . . . . . A . T A GT . . . C C T . TT C T . CT . . . T . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . T T AT . . . A C T . A . T . AT . . . T . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . T A G . . . A G T . A . G . A . . . G . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A C . . A . G . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . .
blockSeqCons : T***** CT**
originalCons : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
finalCons : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATTT-----AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGTTGCAATGCCCAGAGTAGATGTAAACGCTGATGGTTGTGCGTAAGACGTGCCCCGCAATACGGACGTCGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111 11111111
lowQualScore : 2 0 0 3 0 66666 2 2 666 444 66666 33 33 2 2 777777 444 33 66666 777777 33 2 0 2 5555 33 222222222222 2 444 444 1 2 2 2 33 33 1 2 44 1 22 777 33 5555 33 2 777777 444 666666 333 1 5555 9999 333 2 2 1 333 88888888 2 666 88888888 33 4444 2
lowQualScore : . . . . . ..... . . ... ... ..... .. .. . . ...... ... .. ..... ...... .. . . . .... .. ............ . ... ... . . . . .. .. . . .. . .. ... .. .... .. . ...... ... ...... ... . .... .... ... . . . ... ........ . ... ........ .. .... .
lowQualScore : 7 2 1 5 5 22222 5 5 999 444 22222 44 44 5 5 222222 444 77 22222 222222 44 5 4 9 0000 44 888888888888 5 444 444 7 5 5 5 44 44 7 5 00 4 33 444 22 0000 66 7 111111 111 444444 888 8 0000 0000 999 2 2 0 999 88888888 4 555 55555555 22 7777 2
consensus : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
Reference ( family-1465 ) : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATTTATTTNT--TCCTACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACCATTGAATT--T---AAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCANATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTTG-------NT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|1 : GGACT-CGCACCATTATTATCTCCCTTGA------------------TGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATGA
gi|1 : ttcaCTGCA-ATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-ATGTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCCCCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TATGT--C--ATTTCAGAATTGG-TTGGTTCGAA-CGCATCTAGGGCGAATAATTGACA---TCTTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--TAAAAAA---AAAA--A--CAA--CCTGGTCAAGG----TATAC---T---T-TTTTTC-TTTATAACTGTATATCT----------------AATTTGAGCCCAAACAAATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GATAT--AAATGTTAC----A-GTGGAGCCCTATAGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaggaggtagaaataaaacttaagttctctttttcttcttttttcagggctttgtactgcaatgttttgttttttgctagcatgagttaaatggtcagtattttagaaatccccactgaaaatttgatgctgataccagctttctggacaattctatgtcatttcagaattggttggttcgaacgcatctagggcgaataattgacatcttattactctggaaattgataggtctcacaaaagcattgaatttaaaaaaaaaaacaacctggtcaaggtatactttttttctttataactgtatatctaatttgagcccaaacaaatgctgcagaatttaatttttcactctgttttggatataaatgttacagtggagccctataggaaatgtaatagtggtgtgagacg
gi|10 : ttcaggactcgcaccattattatctcccttgatgaaggaggtagaaataaaactttagttctctttttcttcttttttcagggctttgtaCTACAGATGACGGAGGTA-----GAAGTA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--TT--TTTC-TTCTT------TT---T---CATG-----GCTTTA------TAT--TGCA-TTGATTTATTTCC---CCGACCATGTGTT--AA------------ATT-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAATTTTGATGCTGATCGCAGA---TGTCTAGGTA-ATTTC-TGTGC--C--ATTTTAGAATT-G-AGGGTTCGAACTGCATTGTGGGCGAATAGTTGACA---TATTGTTACTCTGTCAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAAACATTGAAAT--T---AAA---AAAA--A--C------TGGTCAAGG----TATGAT--T---T-TTTTTG-TTC----TTGTATATCTTG---AACTAGAAAGGAATTTGAACTCAAGCACATGCTGCAGATTTTG-------TT-TTTTTGCTGT---GTTTTT--------GACAT--AAATATAAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTATGAGAC
gi|11 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGATCTACAGGTGAAGGAGGTA-----TAAATT-A-AAC---TT---TAGTT-----CT-T--TTAATT-C-TTCTA------TT---TA--C-GG-----GCTTTG------T-T--T--------TTTA-----------ACCATGTGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCATCACTGAACATTTGATGCGGATAGAAGA---TTCCTGGGCGCAT----TGTGG--C--------GAATA-G-TTGAT--------------------ATA-TT--------ATTA---CTCTGGAAA--TCG--A----GGT-AACACAAAAGCATTGAATT--T---AGAAATAAAA--A--CGA--CCTGGTGACGG----TATGAC--G---T-CCCCCT-TTTATAATTACATATCTTG---AACTAGTGAAGAATTTGAGCCAAGACCCATGCAGTAGATTTTC-------A--TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--A------------A-ATGGAGTCTTAAAGGAAATGTAATAGTACTGTGAGA
gi|12 : taGGACT-CGCATCACTATTATCTCC------------GGACCTATAGATGAAGGAAGTA-----GAAATA-A-AAG---TT---TGGTT-----CTCT--TT--AT-C-TTCTT------TT---TT--CCGG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATGTATTTTT--TCCTACCATGTGTT--GA-------------TG-GTCAGTGTTTCA---GAAATCACTGCTGAATATTTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGGGCA-ATT-C-TGTTT--C--ATTTCAGAATT-A-TTGGTTCGCACCGCATCTTGGGCGAATAGTTGCCA------TATTACTCAGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACTATTGCATT--T---GAA---A
gi|13 : TGTTATCACCATTGAATACTCAGAA---A-AAATGATGGGGATACCAGTAAACTA-ATAGT---TT---TCGTTTTTTTCCCC--TT--TT-CGCTCCT------TTATATT--GAAGTATTTAATTTGAATTCCTATCATGTATGCAATTAATTTGTATTTCTACTATGTATG--GA------------ATA-GACAGT--TTTACCTAAAGTTGGTACTGAAAGTAATATGCTGATATGAGAGTTTTTCTATCCA-ATT-C-TGTCT--TGAATTTT-GACTT-GGTTAGT-AGACTCAGATTAAGTTCAAAATGTTCATA---TATTAATAATGTGAAAAAATT-ATA----GGT-ATTGCGGAACCATGAAATT--T---AAA---TTGA--A--AAA--CCTGGTCA--G----TATGTTCGT---TGTTTTTA-ATTAAAATTGTAGATCGTG---GACCAttggtacaaagattaacatttataatatgattattaatataagtttaatagttttaaactttattaacacctccgtgattgtttacacagacacatggtgt
gi|14 : G-----ACTTTA------TAT--TGCA-GTGATTTATTTAT--TCTTATGATGTGTT--AA------------ATA-GTCAATATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTTATGCTGATATCAAA---TTTCTAGACA-ATC-C-TGTTT--C--ATTTTAGATTA-G-ATGGGTGGAATGGTATTG------AATTGTTGGCA---TATTATTTCTCTGGACA--TTGGAG----GGT-CCTGCAAAACCTTTGAATT--T---AAA---AAAA--AA-CAAAACCTGGTCAACA----TATATC--TAAAT-ATTTTG-TTTATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTCAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGATTTGG-------AT-TTTTCACAGT---GTTGTT--------GACAA--TAATGTTAC----A-AAGGAGCCCTATGGTGTATTTAAATGTGGTGTGAGAa
gi|15 : GGACT-CACACCACTATTTTCTCCCTTGACTACTCCGGAC----AAATGAAGGAGGTA-----GAAATAGA-AAT---GT---T--TT-----TTCTAGAT--TT-C-TT-TT------TT---GT--CTGT-----GCTTTG------TAT--GGCA-GTGATCTATTTTT--TCCTACCAAGTGTT--AA------------ATG-GACAGACTTTTA---GAAATCAGTACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGA---TTTTTAGACA-GTT-C-TGTGT--T--ATTTTAGAATT-A-CTCATTCGAACCGCATCATGATTAAATAGTTGATA---TATTATTACTGTGGAAA--TT--------GGT-GTCCTCAAACCATTTAATC--T---AAA---ATGA--A---AA--CCTGGTCAAGA----CACGA-------T-GTTTTC-TTTATAACTGGATATCTTG---A
gi|16 : ataCATGTGTTTTAA------------GT---TCAGTATTTAA---GGAATCA--------AATTCGATTCCGATACCAGA---TTTCTAGCCA-ATT-C-TGTGCAAC--ATTTCAAAACT-G-AAAGGTCAAATAGCATTGTGGGTTAATTGTTGATATC-TAGTATAACTCTGAAAA--TTGATACAACAATAATCACAAAATTATTGAATT--T----TA---CAAA--A--TAA---TGGGTTAATG----AATG--------T-ATGGTC-TTTATAATTGCAGATCTTG---A----------------AGCCTAGACACATACTGCAGGTTTTGT------TT-TTTTTACTGA---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCCATGGGAAATGTAGAAGTGATGCAAGACG
gi|17 : GTCGACA---TATTATTATTCTGGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAACTATTCAATT------AAA---AAAA--A---AA--CCTGGCCAATG----CATGCT--T---T-TTCCCG-TTAATAATTGCAGATCTTG---GACCAGCGAAGAATTTGAGCACAGACACATGCTGCAGATTTTGT------TT-TTTTCACTGT---TTTTTG--------GACAT--TAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTTTTGGAAATGTAATTGTGGTGTGAGACG
gi|18 : GGTCACGG----TATGCT--T---T-TTTTTC-GTTATAATTACAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCTGGACACATGTTACAGATTTTGCAATGGCGC-CTTTGACCACACGGCCATGGAGGACCTGACAT--AAATTTTACAATTA-ATGGAGCTCTATGGGAAATGTAATAATGGTGTGAGATG
gi|19 : T--T---T-TTTCCC-TTTGTAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAACT-GAGCCCTGACACATGCTGCAGAATTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GATGT--GCATGTTAC----A-ATTGAACTC--TGGGAAATGTAATTGT
gi|2 : GGACT-CAAGCCAATAGTATCTCCCATGAATACTCTTGACTTGCAAATAATGGAGCTA-----GAAGTA-A-TAT---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTT------TT---TTGATAAG-----GCTTAA------TAT--AACA-GTC-TTTACTTAT--AACTACCGTGTGTT--AGTATTTCCCTACCATGTGTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATGCC-GA---TTTCTAGACA-AGT-T-TGTGT--C--ATTTTACAATT-A-ATGGTTCGAACCGCATCGTGGGCAAGTAGTTGACA---TATTATAACTCTGTAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAGCAATTGAATT--G---AAA---ACAA--A---AT--CTTAATCAATG----TATGAT--T---T-AGTTTC-TCTATAATTTCAGATCTTG---AACCAGTGAATGATTTAAACCCAGACACATGCTGCAGG--TTGC------TT-TTTTCACTGT---GTTTAA--------GTAAT--GAATGTTAT----ATTTGGAGCACTATGGGAAATGTAATGGTGTTGTGAGACGacagtgat
gi|20 : tTGCAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTATG-------AG-ATTTCACTGTC--ATTCTG--------AACAT--TAACATTAC----A-ATAAA-----ATGTGAACAGTTATAGTGATGTGAGAC
gi|21 : GGAAT-CACAC-ATTGTTATCTTTCTTGAGTATTCCGGAC----AGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AACG--TT---TA-TT-----CTCT--TT--TT-C-TGCTT------TT---
gi|23 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCAGTGAGTACTCCGGACCTACAGATGAAGgcagtgc
gi|24 : aaAATGCTAC----A-ATT-AGCCGTTTGAGAGATGTAATAGTGGTGTTAGACG
gi|25 : GGACT-CACACCACTATTATCTTCCTTGAACATTCtaat
gi|26 : aGGACT-CACATTACAATTATCTCCCTTGAGTACnnnnnnnnnngtaa
gi|3 : ttgaGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGGACCTTCAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCAT------TT---TT--CGGG-----GCTTTG------TTC--TGCA-TTTTTTTGTTTTT--TGCTAGCATGAGTT--AA------------ATG-CTCATTATTTTA---GGAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAAC---TTTCTGGACA-ACT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCAAGGGTGAATAGTTGACA---TATTATTACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AATAAA--ATTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGAATATCTTG---AACCAGAAAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GGCAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACGaaccatt
gi|4 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCAGGACCTACAGATGAAGGAGGTA-----GAAATA-A-AAC---TT---TAGCT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TGCA-GTGTTTTGTTTTT--TGCTAGCACGAGTT--AA------------ATG-GTCAGTATTTTA---GAAATCACCACTGAAAATTTGATGCTGATACCAGC---TTTCTGGACA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACCGCATCTAGGGCGAATAGTTGACA---TATCATCACTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAAGCATTGAATT--T---AAA---AAAA--AC-CAA--CCTGGTCAAGG----TATACT--T---T-TTTTTC-TTTATAATTGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACACATGCTGCAGAATTTA-------AT-TTTTCACTCT---GTTTTG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGTGTGAGACG
gi|5 : GGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGGAC--ATAGATGATGGAGGTA-----AAAATA-A-AAC---TT---AAGTT-----CTCT--TT--TT-C-TTCTT------AT---TT--CAGG-----GCTTTG------TAC--TTCA-GTGATT-ATT-AT--TTTTAC-ATGTGTT--AG------------ATG-GTCAGTATTTTT---TAAATCACCACTGAAG-TTTGATGCTGATACCAGA---TCTCTGGGCA-ATT-C-TTTGT--C--ATTTAAGAATT-G-TTAATTAGAACCCCATCGTGGACGAATAGTTGACA---TATTATTGCTCTGGAAA--TTGATA----GGT-CTCACAAAA-GATTGAA-T--T---AAA---TAAATCG--CAA--CCTGATTAATGTAACTATGCT--T---T-TTTCCC-TTTAAAACAGCATATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACAAATGGTTGATATTTTG-------TTATTTTCACTGT---GATTTA--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGGGCCCTATGAAAAATGTTATAGAGGTGTGAGA
gi|6 : aGGACT-CACACCACTATTATCTCCCTTGGGTACTCCGGACCTCCAGATAAAGAAGGTA-----GAAGTT-A-AAC---TT---TAGTT-----CTTT--TT--TT-T-TTCTTCTTTTTTT---TT--CGGG-----GCT-------------------GTGATGTATTTTT--TCCTACCGTGTGTT--AA------------ATG-GGTAGTATTCTA---GAAACCACCACTGGAAATGTGATGCTGATACCAGA---TTTCTGAGCA-ATT-C-TGTGT--C--ATTTTAGAATT-G-TTGGTTCGAACAGCAACGTGAGCGAATAG------------------TCTGTAAA--TTAATA----GGT-ATCGCAAAACCACTGAATTAAA---AAA---AAAA--A--CAA--TCAGGTCAATG----TCTGCT--T---T-TTTCCC-TTTATAACTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATTTAAGCCCAGAAACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTTTG--------GACAT--AAATACTAC----A-TTGGAGCCCTATGGGAAATATAATAGTGGTGTGAGA
gi|7 : aGGACTTCACACCGCTATTGGCTCCCTTGAA-AC---GGACCTACAGGTGAAGGAGGTT-----AAAATA-A-AAC---TT---TATTT-----CTGT--GT--TT-C-TTTTT------TT---CC--TAGA-----GATTTG------TAT--TGTA-GATATTTATATGT--TCCTATCATGTGTT--GA------------ATG-GTCAGTATTTAA---GGAATCACCACTGACAATTTGACGCTGTTTCCAGA---TTTCTAGACA------------------TTTAAGAACT-G-TTGGTTTAAACAGCATTGTAGGCTAATAGTTAACA---TAGTATTACCCTGGAAA--TCGATA----GGT-ATCACATAACCATTAAATT-------AA---AAAA--A--GAA-----GGTCGATG----TAAG----T---T-TTTTTC-TTAATAATTGCAGATCTTG---AACCAGTGAAGAATGTGAGCCCAGGCACATGCTGCAGATGTT---------T-TTGTCACTGT---GTTTTG--------GCCAT--AAATGCTTC----A-ATGGAGCCCTATGGGAATTGTAATAGTGATGTGAGAC
gi|8 : aGGACT-CACATCACTATTATCTCCCTTGAGTACACCGGACCTACATATGGAAGGGGTA-----GACATA-A-AAC---TT---TAGTT-----CTCT--CT--TT-C-TTCTT------TT---TT--CAAG-----GCTTTG------TAT--TGCA-GTGATT---------------CATGT-------------------------------TTT----GAAA-----ACTGAAAAGTTGATGCTGATAACAGC---TGTTTGGGCA-ATT-C-TGTGT--C--AATTCAGAATT-G-TTGGTTCGAACTGTGTCGTGGGCGAATAGTTGACA---TAATATTACTATAGAAA--TTGATA----GGT-ATCACAAAAGTTTTGAATT--T---AAA---AAAG--T--TAA--CCTGGTCAAGG----TATGCT--T---T-TTTATCTTTTATAATTGCTTATCTTGCATAACCAGTGAAGAATTTGAGCCCAGACATATGCTGCAAATTTTG--------T-TTTTCACTGT---CTTCAG--------GACAT--AAATGTTAC----A-ATGGAGTCATATGGGGAATGTAACAGTGGTGTGAGA
gi|9 : aAGATGAAGAAGGTT-----GAAGTA-A-AAAAAATTATATAGTT-----CCCT--TT--TT-C-TTCTT------TT---TG--CAGA-----GCTTTA------TAT--TGCA-GTGATCTGTTTAT--TCCTACAATGTGTT--AA------------ATG-GTCAATATTTTA---AATATCACCAATTAAAATTT-ATGCTGATACCAAA---TTTCTAGTCA-TTT-CTTTTGT--C--ATTTTAGATTT-G--AAGATCGAATAGCATCATGGGCGGATTATTGACATATTATTATTACTCTAGAAA--TTGATA----GGT-GTTACCAAACAATTGTATT--T---AAA---AATATCC--CAA--CCTAATCAAGA----TTTGAT--T---T-TTATGT-TTT-TCATTGCATATCTTG---AATCAGT---GAATTTGAGCGCAGGCACATGCTGTAGATTTTG-------TT-TTTTCACTGT---GTTGTG--------GACATTCATGTGTTAC----T-ATGGAATCCTATGTGAATTGTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TGTTGCAATGCCCAGAGTAGATGTAAACGCTGATGGTTGTGCGTAAGACGTGCCCCGCAATACGGACGTCGGCA