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Reference ( gi|2 )            : GGCGCTGAATACTTATCTACGTCTT-ACTGTACACTAAACTCTTATTTT---CTTACTGATAATACTTCTGCACAGTCTTTT-G-----CACATCTACGCATAGCGTCACTTGTATTTGT------T---ATTGAG-ATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTTACACCATTCAAATGTGAA-TATCGGCGCATT--TAA-ACATAGGGT-GCTTGGATTTGGTAG-TACTACT-TT-------AATTTAA-AC-CGT---TCAGTTTTATGATGAGAT--TGGGTGGGGTG----TGATA-ATG--TG-GAGGGACACTGA---TGGGTGCA----ACCCGTAAGTGAGGTTTAAGTTC-C----TAACAAGT--TGT---TTTGCTACTGACTGTTCC--AA-G-------ACATTGA----CCCCTGTTGCTA---CTTG-----TGGATGTTTA-TAT--T-TGTATTGTTAC--ATA-TTATGATTG-------CGTT--------GGTTGT-TTT-T--GTGCTGTTGTGATAGA---TGTCAGTACGTTGAATCCTA---C---TGCTGTT-AATATA---ATAC-T--TTTCTTTTC
gi|11                         :             TTATCAGCGTCTTGACTTAATATT----TATTACTTTGCGCTTGTTGGTCCCACTTCTGCA--G-CTATA-GAGGAGTGCATCAGCACATAGCACCACTTGTCTGTGT------T---ATAGAATATTTA---CCTGGGCAT-----GTTTG
gi|4                          :                                                                  CTTCTCCAAAGCCATCGAG-----TACATCTGCATATATCACCACTTGTTTATGTTCTTTAT---ATTAAT-ATTTA---CTTGAGCTT-----GTTGGTGCTGTACAACCTTTAAATGTACATTGTCGTAGCATTTGTGA-A---AGGGTAGTCTGG---TGG--G-TA-TACT-TTTATCGGCAATATAT-ATATATATATCA-TTTTGTGATGTGACGATGGGAGAAGAG----TGA---------G-GTTGGTCGCTGC---CGGAAACA----AGCCGTGAACAATGTCTTATTTC-CCCTGTGAC-------GG---TTTGTTACTCCCCGTTCC--GA-G-------GAACT------CCTCTGT
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                            ctgccatttgcaaatgggatgatggatcgttaatacatcgGGT-G-TTCTATTGTT-------A--TTAACAC-TGT---CTTATTTCATGATGTG----CGGACAAGTTGACAATGATACAAG---G-GAGGGA-AC-GACGTTGGGGGCA-----CCTGCAAACCAGGTTTATGTTAAC----TAACCGGTGGTGT---TTTTGTGGTGACTGTTCC--AA-AGTGGTTTGCATTGA---------GTT--CA---CT-----------TCTCTA--AT--TATGTATT-TTACGAATACTTATGATTGTCTTATATATT--------GGTTAG-GTT-T--ATATTGTTATGGT-GATTTTGTCCTTTCATTGAATGCTAAATC---TGCTTTT-GAAAAA---ATAT-T--TTTTTTTctcctgtgtcctttacgagcgtccgagtccctgttttacagtgaaatagatacacattttattgtacaaggaatttaattatttaaaatgatctgagagaaacattcctaggttcaaattattttagaactggtttggaaatggcacaaccatcagccgaatagaagtgattgactcaaatgata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tg----TGATA-A-A--CG-GAG------TGC---TGGGTGTA----ACT-GTATACCAGATTTAAGTTT-C----GCATAGGT--TAT---TTCGATACTGACCGTCCC--AA-atattttgtttacaattaattttaaagtattgacatttgttaaattaaattgtttgctttgtttgcgtaaatacacatgcgccatcagaagtaattgatataccacgtgata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttGGTACAGTCTACTCGTAAACCAGGTTTAAGTTC-C-------CAATT--TGCGGATTTGCTATTGACCGTTCC--AC-G-------GCCTTGATTTTTTTCTGTCAGTT---CTT------TG--TATTTA--AT--A-TGTATTTGTGC--ATA-TCATGATCA-------CTTTATCTATC-AGTTAT-TTTATTAATGCTGTCATGACAGC---TGTTTTTA--TTGAATGTTACGTC---TCCTATC-GAGA-A---ATGTAT--TTTCTT
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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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lowQualScore                  :                  .       .   ..     .... .       ...   .   .  ..      .  ...............                          . ..   .........  .     ...         .....      .. ...  . . . ..        .    ..       ....      .  . ......  .   ....  ...       .....     .  ...     . ...    .    ......................................................      . ..   .               .   .  ....................    .                  ...........    ................... . .  .  .... ..      ............         ......................  .  .....  . ..             ..........    .  ...       ..  . ..  .   . . . . .   . .         
lowQualScore                  :                  0       0   00     5555 0       000   7   7  33      0  111111111111111                          8 00   000000000  0     555         00000      33 777  0 0 0 77        7    77       3333      7  3 333333  0   2222  777       22222     0  888     0 888    0    333333333333333333333333333333333333333333333333333333      6 44   6               0   0  11111111111111111111    0                  55555555555    9999999999999999999 0 8  6  6666 99      888888888888         3333333333333333333333  7  11111  7 99             0000000000    4  000       00  0 22  8   0 0 0 0 3   0 3         
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Reference ( family-131 )      : NNNNNNNNNNNNTTATCAGCGTCTTGACTTAATATT----TATTACTTTGCGCTTGTTGGTCCCACTTCTNCAAAGCCNNT-----N-GTACATCTGCGCATAGCACCACTTGTCTNCGTT----ATA--AANATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTGCTNNGCANCNTNTGNATGTGCATTGTCGCNGCATTTGTGGTAGATAGGGTAGTCNGNATTNGGT-G--TA---CTATTTT----AATTTANAC---TGTCTNG---TTTT-ATGA-TGTG-CCG--GG--GAG-G-------TGAT--AA-GCG-GAG---GG-TCGCTGCTGGGNGCAACCCGTAAACCAGGTTTAA-GTT-CC----TNACGG-GT----TGTTTTGNTACTGACCGTTCCAAGGCG--TTGACCT-CTGT-TGCCA---CTT-T--GA-TNTTTGTAT--T-T--GTATTGTTAC--AT--A-TTATGATTA-------CGTT-TA------GGTT-GT-T---TT-T--ATGCTGTTATGAC----GGA---TGTCCTT--NTTGAATG--CT-A-GTCTCCTNTCG-ANA-AATNT-TTTTCTTTT
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                     acatgttaactatT-G--TAAGGCCACTTT----AACTTACAG---TGTTTTGCCCTTTT-A-AA-TGTG-TTG-------AT-G-------TTAG--AA-GCG-AAG------------TTGGACGAAAC--GTAAATCAGGCTTAATATT-CC-----CATTG-GC----GATATTGTTGTTGACCGTATCGAGGC------ACC--CTGT-TAATA---CAT-T-----TCCATGTGT--T-TTAATATTG--AC---C--A-TTAT--TTG-------TATG-TA--------TT-GT-T---TT-T--ATttttcagcatgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgtctttgactccatatatttacggatgttaccgcatctgatattaACTCGTAAACCAGGTTTAA-GTT-CC----CAATTT-GC----GGATTTGCTATTGACCGTTCCACGGCC--TTGATTT-TTTTCTGTCAGTTCTT-T--G--TATTTA-AT--A-T--GTATTTGTGC--AT--A-TCATGATCA-------C-TT-TATCTATCAGTT-AT-T---TTATTAATGCTGTCATGAC----AGC---TGTTTTT--ATTGAATG--TT-ACGTCTCCTATCG-AGA-AATGTATTTTCTT
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                acttatgtgtatgtatactgctta---TT-T--GT----GCTGATGTAGTCAC----TG----TGTCC-TT------TGAATGCCACGTCTCCTGATTA---ATA-AACAT-
gi|2                          :           tgTTATCTACGTCTT-ACTGTACACTAAACTCTTATTTT---CTTACTGATAATACTTCTGCACAGTC-TTTTG-----CACATCTACGCATAGCGTCACTTGTATTTGTT----ATT--GAGATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTTACACCATTCAAATGTGAA-TATCGGCGCATTTA--AACATAGGGT-GCTTGGATTTGGTAG--TA---CTACTTT------AATTTAAAC---CGTTCAG---TTTT-ATG-ATGAGATTGGGTGGGG-------TGTGAT--AATGTG-GAG--GG-ACA-CTGATGGGTGCAACCCGTAAGTGAGGTTTAA-GTT-CC----TAACAA-GT----TGTTTTGCTACTGACTGTTCCAAGACA--TTGACCC-CTGT-TGCTA---CTTGTG-GA-TGTTTATAT--T-----T--GTATTGTTAC--AT--A-TTATGATT-------GCGTT---------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AT----AGA---TGTCA-GTAC-GT-TGAATCCTA---CTGCTG-TTA---ATATAATAC-TTTTCTTTTa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                 ggcgctgaatacTGGGT-G--TT---CTATTGT------TATTAACAC---TGTCTTA---TTTC-ATG-ATGTG-C--GGACAAGTTGACAATG--ATACAA-G-G-GAG--GGAACGAC-GTTGGGGGC-ACCTGCAAACCAGGTTTAT-GTTAAC----TAACCG-GTGG--TGTTTTTGTGGTGACTGTTCCAAAGTGGTTTGCATT-GAGT-T--CA---CTT-C-----TCTA---AT--TA----T--GTATT-TTACGAAT--ACTTATGATT-------GTCTTATA------TATTGGT-TAGGTT-T--AT----ATTGTTATG---GT-----GATTTTGTCCTTT-C-AT-TGAATGCTAAATCTGCTT-TTGA--AAA-AATAT-TTTTTTTTc
gi|4                          :                                                     CTTATTGCTCTGGCTTCTCCAAAGCCATCGAG-----TACATCTGCATATATCACCACTTGTTTATGTTCTTTATATTAATATTTA---CTTGAGCTT-----GTTGGTGCTGTACAACCTTTAAATGTACATTGTCGTAGCATTTG--TG-AAAGGGTAGTCTGG--TGGGT-A--TA---CT--TTTATCGGCAATATATATATATATATCA---TTTT-GTG-ATGTGAC---GATGGG-------AG--AA--GA-GTG-AGGTTGG-TCG-CTGCCGGAAACAAGCCGTGAACAATGTCTTA-TTT-CCCCTGTGACGG----------TTTGTTACTCCCCGTTCCGAGGAA--CT--CCT-CTGT---CCG---TTT-T--atattttgtttacaattaattttaaagtattgacatttgttaaattaaattgtttgctttgtttgcgtaaatacacatgcgccatcagaagtaattgatataccacgtgata
gi|5                          :                                                                                                                                                  acatgttaactatTGTCTTTGACTCCATATATTTACGGA-TGTTACCGCATCTG--AT-AT----TA------------T-G--TAAGGCCACTTT------AACTTACAG---TGTTTTGCCCTTTT-A-A-ATGTGTT--G---ATG-------TT--AG--AA-GCG-AAG------------TTGGACGAAAC--GTAAATCAGGCTTAATATT-CC-----CATTG-GC----GATATTGTTGTTGACCGTATCGAGGC------ACC--CTGT-TAATA---CAT-T-----TCCATGTGT--T-----TTAATATTG--AC---C--A-TTAT--TT-------GTATG-TA--------TT-GT-T---TT-T--AT----ttttcagcatgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACTCGTAAACCAGGTTTAA-GTT-CC----CAATTT-GC----GGATTTGCTATTGACCGTTCCACGGCC--TTGATTT-TTTTCTGTCA---GT--------TCTTTGTAT--TTAATAT--GTATTTGTGC--AT--A-TCATGATC-------AC-TT-TATCTATCAGTT-AT-T---TTATTAAT----GCTGTCATG---AC----AGC---TGT-T-TT-T-AT-TGAATGTTACGTCTCCTA-TCG---AGA-AATGTATTTTCTT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-131 )      : NNNNNNNNNNNNTTATCNGCGTCTTGACTNNACACTAAACTNTTACTTTGCGCTTATTGNTCNNACTTCTGCANAGC--C-TNTNG-----TACATCTGCGCATAGCACCA-CTTG---TTTNTG--TT----ATATAAATATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTNACACCATNTANATGTGNA-TGTCGCCGCATTTG--AG-ATAGGGTAGCCTGGATTGGGT-G--TA---CTACTTT------NATTTACAC---TGTCTCG---TTTT-ATGA-TGTGNC-GGANGGG---TGANAA----GC---G-GAG--GG-TCG-C-GCTGGGCGCAACCCGTAAACCAGGTTTAA-GTT-CCTNATNG--GCCG---T-TTTGC-TACTGACCGTTCCAAGGCG--TTGACCT-CTGT-TGCCA---CTT-T--ATC----TNTGTAT--T-----T--GTA-T-TG-TAC--ATA-TTATGATT-------G-CGTT-TA------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AC----GGA---TGTCC-TT-CAT-T-GAATG-CTACGTCTCCTG-TTG---ATA-AATAT-TTTTCTTTT
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lowQualScore                  :                  .       .   ..     .... .       ...       .  ..         ..................                 .  .    ...   .  ....    ...  .     ...         .....      .   .       .  .     . .     .        .....................     ....  ...       .......        ...     . ...    . .  ...   ...............  .  ........................ .    .  .   .                . ..  ..   ..    .......    .                  ...........    ..................  .... .      ..... ...  . .  .   ...  . .      ........................  .  . ...  . ..  ....         .............................      .   .        .   ...   .     .         
lowQualScore                  :                  0       0   00     0000 0       000       0  88         666666666666666666                 4  0    000   0  0000    000  8     555         00000      8   0       0  0     0 0     2        888888888888888888888     2222  777       0000000        888     1 888    0 2  999   666666666666666  0  333333333333333333333333 7    7  8   6                6 55  55   55    4444444    5                  55555555555    444444444444444444  5555 0      00000 222  0 0  0   333  4 9      888888888888888888888888  4  4 000  0 55  5555         44444444444444444444444444444      0   5        0   333   7     3         
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Reference ( family-131 )      : NNNNNNNNNNNNTTATCNGCGTCTTGACTNNACACTAAACTNTTACTTTGCGCTTATTGNTCCGGCTTCTGCANAGT--C-TNTNG-----TACATCTGCGCATAGCACCA-CTTG---TTTNTG----TTATATGAATATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTNACACCATNTANATGTGNA-TGTCGCCGCATTTG--AG-ATAGGGTAGCCTGGATTGGGT-G--TA---CTACTTT------NATTTACAC---TGTCTCG---TTTT-ATGA--TGTGAC-GGAC-GGG---TGANAA----GC---GGAG--GG-TCG-C-GCTGGGCGCAACCCGTAAACCAGGTTTAAGTT--CC--CCATNGGCG----GT-TTTGCTACTGACCGTTCCAAGGCG--TTGACCT-CTGT-TGCCA---CT-T-T---TC----TNTGTATT-----T--GTA-T-TG-TACG--TA-TTATGATT-------G-CGTT-TA------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AC----GGA---TGTCC-TT-CA-T-TGAATG-CTACGTCTCCTG-TTG---ATA-AATAT-TTTTCTTTT
gi|1                          :                                                                                    TTA-----TACATCTGCGCTTTGCATCC-TTTG---TTTCGT----TTATATAAACGTTTATAACCTAAATATTTTTCGTTTATATTTAGCACTATATGTATGTGCA-TGTCACCGCATTTGGTAG-ATA--GTAGC----ATTGAGT-GGCTA---CCATTTT------TATTTACAC---TGTCTCG---TTTT-ATGAATCTTGAG-TAAT-GAC---TGAGAA---------------GA-TCGAT-GTTGGACGTAG-CCGTAAATCGGGTTTACGCT--TC--TCAGGGGCG----CT-TTTGTTACTGATCGTTCCAAGGCG--GTGA--TACTGT----------T-C-T---TC----TGTGTATTA----T--GTA-T-CG-TAC------TTCCGATT-------A--GTT-TAAATAAGGATT-GTAT---TT-T--AT----GCTATTGTG---ACTCCTG-----TGTCC-TT-TA---CGAGCGTCCGAGTC-CCTG-TT
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gi|2                          :           tgTTATCTACGTCTT-ACTGTACACTAAACTCTTATTTT---CTTACTGATAATACTTCTGCACAGT--C-TTTTG-----CACATCTACGCATAGCGTCA-CTTG---TATTTG----TTAT-TGAG-ATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTTACACCATTCAAATGTGAA-TATCGGCGCATTTA--AACATAGGGT-GCTTGGATTTGGTAG--TA---CTACTTT------AATTTAAAC---CGTTCAG---TTTT-ATGA--TGAGATTGGGT-GGGGTGTGATAAT---GT---GGAG--GG-ACA-CTGATGGGTGCAACCCGTAAGTGAGGTTTAAGTT--CC--TAACAAGTT----GT-TTTGCTACTGACTGTTCCAAGACA--TTGACCC-CTGT-TGCTA---CT-TGTGGATG----TTTATATT-----T--GTA-T-TGTTACA--TA-TTATGATT-------G-CGTT---------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AT----AGA---TGTCA-GTACG-T-TGAATC-CTA---CTGCTG-TTA---ATATAATAC-TTTTCTTTTa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                       ggcgctgaatacTGGGT-G--TT---CTATTGT------TATTAACAC---TGTCTTA---TTTC-ATGA--TGTG-C-GGAC-AAGT--TGACAATGATACAAGGGAG--GGAACGAC-GTTGGGGGC-ACCTGCAAACCAGGTTTATGTTAACTAACCGGTGGTG----TT-TTTG-TGGTGACTGTTCCAAAGTGGTTTGCATT-GAGT-T--CA---CT-T-C---TC----TA---ATTA----T--GTA-T-TT-TACGAATACTTATGATT-------G-TCTTATA------TATTGGT-TAGGTT-T--AT----ATTGTTATG---GT-----GATTTTGTCCTTT-CA-T-TGAATG-CTAAATCTGCTT-TTGA--AAA-AATAT-TTTTTTTTc
gi|4                          :                                                     CTTATTGCTCTGGCTTCTCCAAAGC--CATCGAG-----TACATCTGCATATATCACCA-CTTG---TTTATGTTCTTTATATTAATATTTA---CTTGAGCTT-----GTTGGTGCTGTACAACCTTTAAATGTACATTGTCGTAGCATTTG--TG-AAAGGGTAGTCTGG--TGGGT-A--TA---CT--TTTATCGGCAATATATATATATATATCA---TTTT-GTGA--TGTGAC--GAT-GGG---AGAAGA----GT---GAGGTTGG-TCG-CTGCCGGAAACAAGCCGTGAACAATGTCTTATTT--CC--CCTGTGACG----G--TTTGTTACTCCCCGTTCCGAGGAA--CT--CCT-CTGT---CCG---TT-T-T---TT----Tatattttgtttacaattaattttaaagtattgacatttgttaaattaaattgtttgctttgtttgcgtaaatacacatgcgccatcagaagtaattgatataccacgtgata
gi|5                          :                                                                                                                                                        acatgttaactatTGTCTTTGACTCCATATATTTACGGA-TGTTACCGCATCTG--AT-AT----TA------------T-G--TAAGGCCACTTT------AACTTACAG---TGTTTTGCCCTTTT-A-AA--TGTG-T-TGAT-G-----TTAGAA----GC---GAAG------------TTGGACGAAAC--GTAAATCAGGCTTAATAT--TC--CCATTGGCG----AT-ATTGTTGTTGACCGTATCGAGGC------ACC--CTGT-TAATA---CA-T-T---TC----CATGTGTT-----TTAATA-T-TG--AC---CA-TTAT--TT-------G-TATG-TA--------TT-GT-T---TT-T--AT----tcagcatgta
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Reference ( family-131 )      : NNNNNNNNNNNNTTATCNGCGTCTTGACTNNACACTAAACTNTTACTTTGCGCTTATTGNTCCGGCTTCTGCANAGT--C-TNT-----NGTACATCTGCGCATAGCACCA-CTTG---TTTNTGTT--TTATATGAATATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTNACACCATNTANATGTGNAT-GTCGCCGCATTTG--AG-ATAGGGTAGCCTGGATTGGGT-G--TA---CTACTTTN--------ATTTACAC-TGTCTCG---TTTT-ATGA--TGTGAC-GGAC-GGG---TGANAA----GC---GGAG--GG-TCG-C-GCTGGGCGCAACCCGTAAACCAGGTTTAAGTT--CC--CCANTGGCG----GT-TTTGCTACTGACCGTTCCAAGGCG--TTGACCT-CTGT-TGCCA---CT-T-T---TC----TNTGTATT-----T--GTA-T-TG-TACG--TA-TTATGATT-------G-CGTT-TA------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AC----GGA---TGTCC-TT-CA-T-TGAATG-CTACGTCTCCTG-TTG---ATA-AATAT-TTTTCTTTT
gi|1                          :                                                                                    T-----TATACATCTGCGCTTTGCATCC-TTTG---TTTC-GTT--T-ATATAAACGTTTATAACCTAAATATTTTTCGTTTATATTTAGCACTATATGTATGTGCAT-GTCACCGCATTTGGTAG-ATAG--TAGC----ATTGAGT-GGCTA---CCATTTTT--------ATTTACAC-TGTCTCG---TTTT-ATGAATCTTGAG-TAAT-GAC---TGAGAA---------------GA-TCGAT-GTTGGACGTAG-CCGTAAATCGGGTTTACGCT--TC--TCAGGGGCG----CT-TTTGTTACTGATCGTTCCAAGGCG--GTGA--TACTGT----------T-C-T---TC----TGTGTATTA----T--GTA-T-CG-TAC------TTCCGATT-------A--GTT-TAAATAAGGATT-GTAT---TT-T--AT----GCTATTGTG---ACTCCTG-----TGTCC-TT-TA---CGAGCGTCCGAGTC-CCTG-TT
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gi|16                         :                                                        ttTACTCTGGCTTCTGCACAATAAC-CG------GGTACATTTGCATATATCAACACCTTGGTATTTGTATT--TTATACAAATGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TA-TGTG-TATG--TA-T----ACT-------G-C--T-TA---------T-GT-T---TT-T--G------CTGCTATG---AT----GGAAG-TGTCC-T--CA----GAATA-CTGCATCTCCTG-TTc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         act---TT-T--GT----GCTGATGTAGTCAC----TG----TGTCC-TT------TGAATG-CCACGTCTCCTGATTA---ATA-AACAT-
gi|2                          :           tgTTATCTACGTCTT-ACTGTACACTAAACTCTTATTTT---CTTACTGATAATACTTCTGCACAGT--C-TTT-----TGCACATCTACGCATAGCGTCA-CTTG---TATTTGTT----AT-TGAG-ATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTTACACCATTCAAATGTGAAT-ATCGGCGCATTTA--AACATAGGGT-GCTTGGATTTGGTAG--TA---CTACTTTA--------ATTTAAAC-CGTTCAG---TTTT-ATGA--TGAGATTGGGT-GGGGTGTGATAAT---GT---GGAG--GG-ACA-CTGATGGGTGCAACCCGTAAGTGAGGTTTAAGTT--CC--TAACAAGTT----GT-TTTGCTACTGACTGTTCCAAGACA--TTGACCC-CTGT-TGCTA---CT-TGTGGATG----TTTATATT-----T--GTA-T-TGTTACA--TA-TTATGATT-------G-CGTT---------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AT----AGA---TGTCA-GTACG-T-TGAATC-CTA---CTGCTG-TTA---ATATAATAC-TTTTCTTTTa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                       ggcgctgaatacTGGGT-G--TT---CTATTGTT--------ATTAACAC-TGTCTTA---TTTC-ATGA--TGTG-C-GGAC-AAGT--TGACAATGATACAAGGGAG--GGAACGAC-GTTGGGGGC-ACCTGCAAACCAGGTTTATGTTAACTAACCGGTGGTG----TT-TTTG-TGGTGACTGTTCCAAAGTGGTTTGCATT-GAGT-T--CA---CT-T-C---TC----TA---ATTA----T--GTA-T-TT-TACGAATACTTATGATT-------G-TCTTATA------TATTGGT-TAGGTT-T--AT----ATTGTTATG---GT-----GATTTTGTCCTTT-CA-T-TGAATG-CTAAATCTGCTT-TTGA--AAA-AATAT-TTTTTTTTc
gi|4                          :                                                     CTTATTGCTCTGGCTTCTCCAAAGC--CATCG-----AGTACATCTGCATATATCACCA-CTTG---TTTATGTTCTTTATATTAATATTTA---CTTGAGCTT-----GTTGGTGCTGTACAACCTTTAAATGTACATTGTCGTAGCATTTG--TG-AAAGGGTAGTCTGG--TGGGT-A--TA---CT--TTTATCGGCAATATATATATATATATCA---TTTT-GTGA--TGTGAC--GAT-GGG---AGAAGA----GT---GAGGTTGG-TCG-CTGCCGGAAACAAGCCGTGAACAATGTCTTATTT--CC--CCTGTGACG----G--TTTGTTACTCCCCGTTCCGAGGAA--CT--CCT-CTGT---CCG---TT-T-T---TT----Tatattttgtttacaattaattttaaagtattgacatttgttaaattaaattgtttgctttgtttgcgtaaatacacatgcgccatcagaagtaattgatataccacgtgata
gi|5                          :                                                                                                                                                        acatgttaactatTGTCTTTGACTCCATATATTTACGGAT-GTTACCGCATCTG--AT-AT----TA------------T-G--TAAGGCCACTTTA--------ACTTACAG-TGTTTTGCCCTTTT-A-AA--TGTG-T-TGAT-G-----TTAGAA----GC---GAAG------------TTGGACGAAAC--GTAAATCAGGCTTAATAT--TC--CCATTGGCG----AT-ATTGTTGTTGACCGTATCGAGGC------ACC--CTGT-TAATA---CA-T-T---TC----CATGTGTT-----TTAATA-T-TG--AC---CA-TTAT--TT-------G-TATG-TA--------TT-GT-T---TT-T--AT----tcagcatgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTCGTAAACCAGGTTTAAGTT--CC--CAATTTGCG----GA-TTTGCTATTGACCGTTCCACGGCC--TTGATTT-TTTTCTGTCA------G-T---TC----TTTGTATTTAATAT--GTATT-TG-TGCA--TA-TCATGATC-------A-C-TT-TATCTATCAGTT-AT-T---TTATTAAT----GCTGTCATG---AC----AGC---TGT-T-TT-TA-T-TGAATG-TTACGTCTCCTA-TCG---AGA-AATGTATTTTCTT
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Reference ( family-131 )      : NNNNNNNNNNNNTTATCNGCGTCTTGACTNNACACTAAACTNTTACTTTGCGCTTATTGNTCCGGCTTCTGCANAGT--C-TNT-----NGTACATCTGCGCATAGCACCA-CTTG---TTTNTGTT--TTATATGAATATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTNACACCATNTANATGTGNAT-GTCGCCGCATTTG--AG-ATAGGGTAGCCTGGATTGGGT-G--TA---CTACTTTN--------ATTTACAC-TGTCTCG---TTTT-ATGA--TGTGAC-GGAC-GGG---TGANAA----GC---GGAG--GG-TCG-C-GCTGGGCGCAACCCGTAAACCAGGTTTAAGTT--CC--CCANTGGCG----GT-TTTGCTACTGACCGTTCCAAGGCG--TTGACCT-CTGT-TGCCA---CT-T-T---TC----TNTGTATT-----T--GTA-T-TG-TACG--TA-TTATGATT-------G-CGTT-TA------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AC----GGA---TGTCC-TT-CA-T-TGAATG-CTACGTCTCCTG-TTG---ATA-AATAT-TTTTCTTTT
gi|1                          :                                                                                    T-----TATACATCTGCGCTTTGCATCC-TTTG---TTTC-GTT--T-ATATAAACGTTTATAACCTAAATATTTTTCGTTTATATTTAGCACTATATGTATGTGCAT-GTCACCGCATTTGGTAG-ATAG--TAGC----ATTGAGT-GGCTA---CCATTTTT--------ATTTACAC-TGTCTCG---TTTT-ATGAATCTTGAG-TAAT-GAC---TGAGAA---------------GA-TCGAT-GTTGGACGTAG-CCGTAAATCGGGTTTACGCT--TC--TCAGGGGCG----CT-TTTGTTACTGATCGTTCCAAGGCG--GTGA--TACTGT----------T-C-T---TC----TGTGTATTA----T--GTA-T-CG-TAC------TTCCGATT-------A--GTT-TAAATAAGGATT-GTAT---TT-T--AT----GCTATTGTG---ACTCCTG-----TGTCC-TT-TA---CGAGCGTCCGAGTC-CCTG-TT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                      ctgccatttgcaaatgggatgatggatcgttaatacatcg---CTACTTTT--------ATTTACAC-TGTTTTG---TTTTCATGA------AC-GGCCAAAG---AGAAAA----------GAG--GT-TC--------GACGC-ATTCATAAACCAGGTTTGAGAT--TC--TCAGTGACG----GT-TTGG--------CGTTTTAAGGCA--CTGG-CT-C--T-TGCCG------------TC----CTTGTATT-----ttacagtgaaatagatacacattttattgtacaaggaatttaattatttaaaatgatctgagagaaacattcctaggttcaaattattttagaactggtttggaaatggcacaaccatcagccgaatagaagtgattgactcaaatgata
gi|11                         :             TTATCAGCGTCTTGACTTAATATT----TATTACTTTGCGCTTGTTGGTCCCACTTCTGCAG-----C-TATAGAGGAGTGCATCAGCACATAGCACCA-CTTG---TCTGTG----TTATA-GAATATTTA---CCTGGGCAT-----GTTTGat
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---TGATAA----AC---GGAG---------T-GCTGGGTGTAACT-GTATACCAGATTTAAGTT--TC--GCATAGGTT----AT-TTCGATACTGACCGTCCCAAtt
gi|16                         :                                                        ttTACTCTGGCTTCTGCACAATAAC-CG------GGTACATTTGCATATATCAACACCTTGGTATTTGTATT--TTATACAAATGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TA-TGTG-TATG--TA-T----ACT-------G-C--T-TA---------T-GT-T---TT-T--G------CTGCTATG---AT----GGAAG-TGTCC-T--CA----GAATA-CTGCATCTCCTG-TTc
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gi|2                          :           tgTTATCTACGTCTT-ACTGTACACTAAACTCTTATTTT---CTTACTGATAATACTTCTGCACAGT--C-TTT-----TGCACATCTACGCATAGCGTCA-CTTG---TATTTGTT----AT-TGAG-ATTTA---CCTGAGCAT-----GTTTGTATTTTACACCATTCAAATGTGAAT-ATCGGCGCATTTA--AACATAGGGT-GCTTGGATTTGGTAG--TA---CTACTTTA--------ATTTAAAC-CGTTCAG---TTTT-ATGA--TGAGATTGGGT-GGGGTGTGATAAT---GT---GGAG--GG-ACA-CTGATGGGTGCAACCCGTAAGTGAGGTTTAAGTT--CC--TAACAAGTT----GT-TTTGCTACTGACTGTTCCAAGACA--TTGACCC-CTGT-TGCTA---CT-TGTGGATG----TTTATATT-----T--GTA-T-TGTTACA--TA-TTATGATT-------G-CGTT---------GGTT-GT-T---TT-T--GT----GCTGTTGTG---AT----AGA---TGTCA-GTACG-T-TGAATC-CTA---CTGCTG-TTA---ATATAATAC-TTTTCTTTTa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                       ggcgctgaatacTGGGT-G--TT---CTATTGTT--------ATTAACAC-TGTCTTA---TTTC-ATGA--TGTG-C-GGAC-AAGT--TGACAATGATACAAGGGAG--GGAACGAC-GTTGGGGGC-ACCTGCAAACCAGGTTTATGTTAACTAACCGGTGGTG----TT-TTTG-TGGTGACTGTTCCAAAGTGGTTTGCATT-GAGT-T--CA---CT-T-C---TC----TA---ATTA----T--GTA-T-TT-TACGAATACTTATGATT-------G-TCTTATA------TATTGGT-TAGGTT-T--AT----ATTGTTATG---GT-----GATTTTGTCCTTT-CA-T-TGAATG-CTAAATCTGCTT-TTGA--AAA-AATAT-TTTTTTTTc
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gi|5                          :                                                                                                                                                        acatgttaactatTGTCTTTGACTCCATATATTTACGGAT-GTTACCGCATCTG--AT-AT----TA------------T-G--TAAGGCCACTTTA--------ACTTACAG-TGTTTTGCCCTTTT-A-AA--TGTG-T-TGAT-G-----TTAGAA----GC---GAAG------------TTGGACGAAAC--GTAAATCAGGCTTAATAT--TC--CCATTGGCG----AT-ATTGTTGTTGACCGTATCGAGGC------ACC--CTGT-TAATA---CA-T-T---TC----CATGTGTT-----TTAATA-T-TG--AC---CA-TTAT--TT-------G-TATG-TA--------TT-GT-T---TT-T--AT----tcagcatgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTCGTAAACCAGGTTTAAGTT--CC--CAATTTGCG----GA-TTTGCTATTGACCGTTCCACGGCC--TTGATTT-TTTTCTGTCA------G-T---TC----TTTGTATTTAATAT--GTATT-TG-TGCA--TA-TCATGATC-------A-C-TT-TATCTATCAGTT-AT-T---TTATTAAT----GCTGTCATG---AC----AGC---TGT-T-TT-TA-T-TGAATG-TTACGTCTCCTA-TCG---AGA-AATGTATTTTCTT
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ctgtattatacatttacgtgtgactggttgtgaag----GT-TTT-CTATTGACCGTTCCTTAGTG--GCGGCGT-CTGC-TGCCA---CGAT-T---TT----TGTATGTT-----T--GTA-T-TG-CACT--TA-TAAGGATT-------A-TATT-TAT-----GGTT-GT-G---TT-T--GT----GCTATTGTG---AT----GGA---TGT---GT-CATT-TGAATG-CTACGTTTCCTG-TTGAACATA-GGCAT-TCTTATTTa
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blockSeqs                     :                                                            A  AT         AAGCCATCGA                         A  .    .     GT   TT    ATT  T     .           .              T       T  A     C  .             TGAAAGGGTAGTCTGG          G     .         T                .     A .      . T  T     ACGGCCAAAGA      T  GTGAGGTTGGTCGCT          A    T  A   C                T .   .    T     TTA        A                  GTCGATCC       TATCATTTCTTT        .    C      A     T    . .  .   G    . A      ACTTTATCTATCAG            .  . .    . .   .            ATAGATGTCAGTACGT                   .   C        .   A     .     .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTATGCTTACGATGTCCATGCTGTTTTAATGGCTCTGTCATTTAAATAATACGTCTCCTGTGGGACCTATGTGTTCTTGTTT






Alignments
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lowQualScore                  :                  .       .   ..     .... .       ...       .  ..         ..................                 .   .   ...   .  .....   ...  .    ...          .....      .   .       .  .     . .     .        .....................     ....  ...       .......        ...     . ...    . .  ...   ...............  .  ........................ .    .  .   .                . ..  ..   .     .......    .                .......  .........   ..................  .... .      ..... ...  . .  .   ....... . . .    ....................  .. ..  . ...   .....  ....           . .   ...  . ....  ..     .   .        .   ...   .     .         
lowQualScore                  :                  0       0   00     0000 0       000       0  88         666666666666666666                 4   0   000   2  22222   888  8    555          00000      8   0       0  0     0 0     2        888888888888888888888     2222  777       0000000        888     1 888    0 2  999   666666666666666  0  666666666666666666666666 7    7  3   6                6 55  55   0     4444444    5                8888888  666666666   444444444444444444  5555 0      00000 222  0 0  0   0000000 4 9 8    00000000000000000000  11 77  4 000   00000  7777           0 1   111  0 4444  11     4   1        4   333   7     3         
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Reference ( family-131 )      : NNNNNNNNNNNNTTATCNGCGTCTTGACTNNACACTAAACTNTTACTTTGCGCTTATTGNTCCGGCTTCTGCANAGT--C-TNTNG-----TACATCTGCGCATAGCACCAC-TTG---TTTGTGTT--TTATACGAATATTT---ACCTGAGCAT-----GTTTGTATTTNACACCATNTANATGTGNA-TGTCGCCGCATTTG--AG-ATAGGGTAGCCTGGATTGGGT-G--TA---CTACTTT------NATTTACAC---TGTCTCG---TTTT-ATGA--TGTGAC-GGACGG-G---TGANAA----GC---GGAG--GG-TCG-C-GCTGGGCGCAACCCGTAAACCAGGTTTAAGTT--CC--CCANTGGCG----GT-TTTGCTACTGACCGTTCCAAG-------GCNTCGACCCCTGT-TGCCA---CT-T-T---TC----TNTGTATT-----T--GTA-T-TG-TAC--NT---A-TTATGATT-------G---C---AT--NTA--TT-GT-T---TTT-----GT----GCTGTTGTGATNGCTGT--NTCNT----TT--GAATG-CTACGTCTCCTG-TTG---ATA-AATAT-TTTTCTTTT
gi|1                          :                                                                                    TTA-----TACATCTGCGCTTTGCATCCT-TTG---TTT-CG-T--TTATATAAACGTTTATAACCTAAATATTTTTCGTTTATATTTAGCACTATATGTATGTGCA-TGTCACCGCATTTGGTAG-ATA--GTAGC----ATTGAGT-GGCTA---CCATTTT------TATTTACAC---TGTCTCG---TTTT-ATGAATCTTGAG-TAATGA-C---TGAGAA---------------GA-TCGAT-GTTGGACGTAG-CCGTAAATCGGGTTTACGCT--TC--TCAGGGGCG----CT-TTTGTTACTGATCGTTCCAAG-------GCGGTGA-TACTGT----------T-C-T---TC----TGTGTATTA----T--GTA-T-CG-TAC--TTCCGA-TTA-GTTT-------A---A---ATAAGGA--TT-GTAT---TTT-----AT----GCTATTGTGACTCCTGT--GTCCT----TTACGAGCGTCCGAGTC-CCTG-TT
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gi|11                         :             TTATCAGCGTCTTGACTTAATATT----TATTACTTTGCGCTTGTTGGTCCCACTTCTGCAG-----C-TATAGAGGAGTGCATCAGCACATAGCACCAC-TTG---TCTGTG----TTATA-GAATATTT---ACCTGGGCAT-----GTTTGat
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gi|2                          :           tgTTATCTACGTCTT-ACTGTACACTAAACTCTTATTTT---CTTACTGATAATACTTCTGCACAGT--C-TTTTG-----CACATCTACGCATAGCGTCAC-TTG---TATTTGTT----AT-TGAG-ATTT---ACCTGAGCAT-----GTTTGTATTTTACACCATTCAAATGTGAA-TATCGGCGCATTTA--AACATAGGGT-GCTTGGATTTGGTAG--TA---CTACTTT------AATTTAAAC---CGTTCAG---TTTT-ATGA--TGAGATTGGGTGG-GGTGTGATAAT---GT---GGAG--GG-ACA-CTGATGGGTGCAACCCGTAAGTGAGGTTTAAGTT--CC--TAACAAGTT----GT-TTTGCTACTGACTGTTCCAAG-------ACATTGACCCCTGT-TGCTA---CT-TGTGGATG----TTTATATT-----T--GTA-T-TGTTAC--AT---A-TTATGATT-------G---C---GT--TGG--TT-GT-T---TTT-----GT----GCTGTTGTGATAGATGTCAGTACG----TT--GAATC-CTA---CTGCTG-TTA---ATATAATAC-TTTTCTTTTa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                       ggcgctgaatacTGGGT-G--TT---CTATTGT------TATTAACAC---TGTCTTA---TTTC-ATGA--TGTG-C-GGACAA-GT--TGACAATGATACAAGGGAG--GGAACGAC-GTTGGGGGC-ACCTGCAAACCAGGTTTATGTTAACTAACCGGTGGTG----TT-TTTG-TGGTGACTGTTCCAAAGTGGTTTGCATTGA-----GT-T--CA---CT-T-C---TC----TA---ATTA----T--GTA-T-TT-TACGAAT---ACTTATGATT-------GTCTT---AT--ATA--TTGGT-TAGGTTT-----AT----ATTGTTATGGTGATTTT--GTCCTTTCATT--GAATG-CTAAATCTGCTT-TTGA--AAA-AATAT-TTTTTTTTc
gi|4                          :                                                     CTTATTGCTCTGGCTTCTCCAAAGC--CATCGAG-----TACATCTGCATATATCACCAC-TTG---TTTATGTTCTTTATATTAATATTT---ACTTGAGCTT-----GTTGGTGCTGTACAACCTTTAAATGTACATTGTCGTAGCATTTG--TG-AAAGGGTAGTCTGG--TGGGT-A--TA---CT--TTTATCGGCAATATATATATATATATCA---TTTT-GTGA--TGTGAC--GATGG-G---AGAAGA----GT---GAGGTTGG-TCG-CTGCCGGAAACAAGCCGTGAACAATGTCTTATTT--CC--CCTGTGACG----G--TTTGTTACTCCCCGTTCCGAG-------GAACT--CCTCTGT---CCG---TT-T-T---TT----Tatattttgtttacaattaattttaaagtattgacatttgttaaattaaattgtttgctttgtttgcgtaaatacacatgcgccatcagaagtaattgatataccacgtgata
gi|5                          :                                                                                                                                                        acatgttaactatTGTCTTTGACTCCATATATTTACGGA-TGTTACCGCATCTG--AT-AT----TA------------T-G--TAAGGCCACTTT------AACTTACAG---TGTTTTGCCCTTTT-A-AA--TGTG-T-TGATG------TTAGAA----GC---GAAG------------TTGGACGAAAC--GTAAATCAGGCTTAATAT--TC--CCATTGGCG----AT-ATTGTTGTTGACCGTATCGAG-------GCA-----CCCTGT-TAATA---CA-T-T---TC----CATGTGTT-----TTAATA-T-TG--AC--C----A-TTAT--TT-------G---T---AT--GTA--TT-GT-T---TTT-----AT----tcagcatgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTCGTAAACCAGGTTTAAGTT--CC--CAATTTGCG----GA-TTTGCTATTGACCGTTCCACG-------GCCTTGATTTTTTTCTGTCA------G-T---TC----TTTGTATTTAATAT--GTATT-TG-TGC--AT---A-TCATGATC-------A---CTTTAT--CTA--TCAGT-TA--TTTTATTAAT----GCTGTCATGACAGCTGT--TTTTA----TT--GAATG-TTACGTCTCCTA-TCG---AGA-AATGTATTTTCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                          aggtacagtctAC---TGTCTCG---TTTC-ATGA--TGTGAC-GAAAGG-G---CGAGAA-----C----GAG-----------GCCGGGTGC-ACCATTTAGCTAGGGTTAA-----CC--CCATTGGTGCCATAT-TTTCATATTGACCGTTTCAAG-------GCCTTGGGCCCTGT-TATCATTTCT-T-T---TCAACATATGTA-T-----T--GTA-T-TG-TAgttt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ctgtattatacatttacgtgtgactggttgtgaag----GT-TTT-CTATTGACCGTTCCTTA-------GTGGCGGCGTCTGC-TGCCA---CGAT-T---TT----TGTATGTT-----T--GTA-T-TG-CAC--TT---A-TAAGGATT-------A---T---AT--TTA--TG-GT-TGTGTTT-----GT----GCTATTGTGATGGATGT--GTCAT----TT--GAATG-CTACGTTTCCTG-TTGAACATA-GGCAT-TCTTATTTa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                  tACTCT-------ATTTACAC---TCTCTTG---TTTT-A-------TGAC-AAAAAA-G----GAAA-----------GAG--AG-T-G---GTTGGATAT-ACCCTT-AGTCAGGTTGAGGCT--CC--GTAGTGGCA----TTATTTGCTTCTGAGCGTTGCAAG-------GCctgtttatt