lowQualScore : 55555555555555555555555555555 2222222222222 1 22222222222 111111 22222222222222222222222222 3333333333333333333333 111111111 22222 1111111111111 333333333333 1111111 1111 1
lowQualScore : 888 0 5555 4 444 66 444 444 66 66666666666666666666666666666 33 2 55 0 6666666666666 7 333 1 333 2 444 0 0 00000000000 3333 555 555555 11 11 66666 11 222 222 111111 1 222 222 8888888888 222 222 44444444444444444444444444 1 222 9999999999999999999999 22 444444444 44 1 00000 77 55555 222 55 4 11 222 444444 444444444 222 5555555555555 333333 222 222 0 1 222 66666 444 6666666666 222 99999 0 333 444 33 777777777 222222222222 3 6666666 0 777 66 9999 0 2
lowQualScore : ... . .... . ... .. ... ... .. ............................. .. . .. . ............. . ... . ... . ... . . ........... .... ... ...... .. .. ..... .. ... ... ...... . ... ... .......... ... ... .......................... . ... ...................... .. ......... .. . ..... .. ..... ... .. . .. ... ...... ......... ... ............. ...... ... ... . . ... ..... ... .......... ... ..... . ... ... .. ......... ............ . ....... . ... .. .... . .
lowQualScore : 888 9 1111 6 111 88 111 111 99 99999999999999999999999999999 22 4 66 3 7777777777777 5 555 9 333 3 000 1 8 88888888888 4444 444 222222 99 99 66666 99 444 333 777777 2 111 111 0000000000 111 111 33333333333333333333333333 5 777 4444444444444444444444 11 777777777 66 8 22222 55 22222 555 44 5 77 111 666666 777777777 111 8888888888888 555555 111 111 8 2 333 44444 888 8888888888 999 66666 6 999 444 99 444444444 000000000000 5 6666666 8 000 11 3333 8 7
consensus : GTAGTGGTGGTG---GTGGTTGTGGTAGT-G--GTGATAGTAG---TAGTAGTANTA---GT---AGNAGTAG---NAGCAGT------------TGTT-A-TAG--TA-GT--ATT--T----GTNGN-AGTNGT---A-GT---AGTG--GTGGTGGTGAC-----T-G----TAG-CAGTA------GT--A--GTAG-N---A--GTA---GTA---GT--T-G-T-A---G---TAGTA------G---T---AG---TAGCAGNAG--------TAGC---AGTANTAAT-AG---TA--GT----------NG-TAGNAGTA--GTAGTGN-------TGGTG--GTGGTAGT-GACNGTN-G----CAG---T-NGTAGTAGTAGT--AGT---AGTA------GTA---------GT---AG---TAG-------T------AG---TA---GTAGCA-G---TAGTA---GTG---GT---------GGTA---GTTGTAGTAGTA---GTG---GTG--GT-NG-TGGTGGTGG-----T-GTAATAGCAG---T---ATTA---GT--AG---TAGTAGTAGTGGTAGTGGCGGTG
Reference ( gi|5 ) : GTAGTAGTGGTG---GTGGTTGTGGTAGT-G--GTGATAGTAG---TAGTAGTATTA---GT---AGAAGTAG---AAGCAGT------------TGTT-A-TAA--TA-GT--ATT--T----GTCGA-AGTTGT---A-GT---ATTG--GTGGTGGTGAC-----T-G----TAA-CAGTA------GT--A--GTAG-A---A--GTA---GTA---GT--T-A-T-A---G---TAGTA------A---T---AG---TAGCAGAAG--------TAAA---AATACTAAT-AG---TA--AT----------TG-TAGACGTA--GTAGTGT-------TGGTG--GTGGTGGT-GACTGTT-G----CAG---T-TGTAGTGGTAGT--AGT---AGTA------GTA---------GT---AG---AAA-------T------AG---TA---GCAGCA-G---TAGTG---ATG---GT---------GGTA---GTTGTATTAGTA---GTG---GTG--GT-TG-TGGTGGTGG-----T-GTGATAACAG---T---ATTA---GT--AT---TAGAAGTAGTGGTGGTGGTGGTG
gi|3 : GTAGTGGTGGTG---GTGGTTCTAGTCGT-A--GTCGTAGTAA---TAGTAGTAGTA---GT---AG
gi|8 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctgttgtagttgttgttgtagcagcagcagcaacaacaaaagcagcagcagtaGCAGTAGTAATA---GCTGTGGTGGTGGT-G--GGGGTTGTGG---TAGTATTATTA---AT---AAAAGCGG---TGGTGGTGNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNN--NN-NN--NNN--N----NNNNN-NNNNNN---N-NN---NNNN--ATGGTGGTGAC-----T-G----TAG-CAGTATTGGTGGT--G--GTAA-T---A--GTA---GTA---AT--T-A-T-T---G---TTGTA------T---T---AG---TAGTAGTAGC-------T-------GTAGTGAT-AG---TG---------------G-TATATGTA--GTA---T-------TTGTG--GTGGTGAT-GG-TGTT-G----tgaa
gi|10 : gtagtacgatggtggtcGTAGTAGAAGAA---GTAGTTATAGTAGT-G--G---TAGCAG---TAG------TA---GC---AGAAGTA------------------------GTT-A-TAG--TA-GTG-GTN--N----NNNNN-NNNTAT---A-GT---A-----GTGGTAG--------------------CAGTA------GT--A--GCAG-A--------A---GTA---GT--T-A-T-A---G---TAGTG------G---T---AG---TAAC--AAG--------TAgtggt
gi|6 : caGTAGTGGTGGTG---GCGGTGGCGGCGGC-G--GCGAAAGCGA---CAGCGGGNNNN---NN---NNNNNNNN---NNNNNNN------------NNNN-N-NNN--NN-NN--NNN--N----NNNNN-NNNNNN---N-NN---NNNN--NNNNNNNNNNN-----N-N----NNNTCA----------T--A--GTAA-A---A--ATA---GCA---------A-T-A---G---TAGTA------A---T---AGTATTAGCNNNNN--------NNNN---NNNNNNNNN-NN---NN--NN----------NN-NNNNNNNN--ATAGTAG-------TAGTA--GTAGTTGTAGNNNNNN-N----NNN---T-AGTAGTAGTAGT--AGC---AGTA------GTA---------GTTACAG---TAA-------T------AGCAATA---ATAGCA-G---TAGTA---ATA---GT---------AGCA---Gctcgtagtatatattaataatc
gi|18 : attattatcattattattagtagtaGTAGTGGTTGTA---GTGGTAGAGGTAGT-A--GT-ATAATGG---TAGTAGTAGTA---GT---ACATGTAG---AAGGAGT------------TGcattat
gi|2 : AGTGGTGGTG---GTGGTCGTGGTAGT-G--GTAGTAGTAG---TGGTGGTAGTAGTTGT---AGTAATAGTATAAATAGT------------AG---A-AAAGGTA-GA--ATT--G----GCAGT-GGTCGT---A-GA---GGAG--GTGGTAACAAC-----A-G----TAA-AAGTA------GTAGA--GTAG-A---A--GTA---GTG---GTAGT-AGC-A---G---TAGTA------A---T---AG---CAATAGAAGTCTAGTATTAAA---ATTATTAGT-AGGGTTATTAT----------TGATATAAATA--GAAATAA-------AAGTA--GCCGTAGT-G---GTT-G----AAGTGAT-TGTAATACTACT--AGC---AGTATTTAATGTT---------GT---AC---TAA-------C------AT---TA---ATGGAA-G---TAGTA---ATG---Gcagtaac
gi|9 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattataAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGATA------ATGATAATGG---TAATGGTATCG---GT---TGGTGTAG---TGGTAG-------------TG---A-CAG--TG-GC--ATT--G----GT----AGTGGC---A-GTTGAGTTGTTGTGATGGTGTT-----T-G----TAG-TAGTG------AC--A--GTGG-C---A--GTG---GTT---GT--C-G-T-A---A---TGGTA------A---T---GA---TAaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|1 : cggtagtggtaatggtagtggtagctgtgattgtgatattgtttatgatggttgaGTAGTGGCA---GTTGTTATCGTAGTTGTTGTGATAGTAG---TGGTAGTAGTA---GT---AGTGACAG---TGGCAGTGAA---------TGTG-G-TAA--TG-GT--AATGGT----ATCG---GTTGA---ACGT---A-----GTGGTAGTGAC-----A-G----TGG-CAGTG------GT--T--GTGGTA---ATGGTATCGGTA---GG--T-G-T-AGTGG---TAGTG------A---C---AG---TGGCATAGG--------------------TAAT-GG---CA--GT----------TG-T-----TACTGTAGTTT-------TTGTG--ATAGTAGT-G---------------------GTAGTAGTAGT--AGT---AGTA------GTG---------AC---AG---TGA-------C------AG---TG---GCAGTG-GTTTTAGTA---ATG---GTAATGGTATCGGTA---GGTGTAGTGGTA---GTGACAGTG--GC-AT-TGAAAGTGG-----TAATGATAATAGAATT---GTTAATGGT--ACGTGTAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTatgctaatat
gi|12 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagTGTAGTAGT-G--GTAATAATAATACTAATAGTAATA---GT---AGTAGTAG---TAGTAGT------------GGTG-G-TAG--TG-GT--agattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|9 : aatgataataataaaGGTAGT-G--GTAATGGTAG---TGGT---------------------------AGCTGT------------GATT-G-TGA--TA-TT--GTT--T----AT-GATGGTTGA---A-GT---AGTG--GTGATAGTGTT-----T-G----TGA-TAATG------AT--A--ATGG-T---A--ATG---GTATCGGT--T-G-G-T---G---TAGTG------G---T---AG---TGAC---AG--------TGGC---ATTGGTAGT-GG---CA--GT----------TG--AGTTGTT--GTGATGG-------TGTTT--GTAGTAGT-GACAGTG-G----CAG---T-GGTTGTCGTAAT--GGT---AATG------ATA---------AT---ggtggcggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcggtagc
gi|7 : cAGT-A--ATTATAGAAG---TAGTAATAT-A---GA---ATAAGCAG---AAGTAGTAA----------TATT-AGTAG--TA-GTTAATT--TAGTTGTAGA-AGTTGT---A-GT---AGTC--GTAGTAA-AAC-----TAG----GAG-CAATA------GT--A--GAAG-A---A--GTA---ATA---AT--A-A-T-A---G---TAGTA------A---TAGAAG---TCGTAGAAG--------T------ACTACTAGT-AT---TA--ATATCATTATCATN-NNNNNNNN--NNNNNNN-------NNNNN--NNNNNNNC-G-TTGTT-G----TTA---T-TGTTGTTGTAGT--AGT---AGCT------GTT---------GT---AG---TTG-------T------AG---TA---GCCGAA-G---TAGTA---A------------------TA---GTAGTATTAATA---Ggctaatat
gi|6 : agaAAT-A--GCAATAGTAG---TAATAGTATTA---GC---NNNNNNNN---NNNNNNN------------NNNN-N-NNN--NN-NN--NNN--N----NNNAT-AGTAGT---A-GT---AGTA--GTTGTAGNNNN-----N-NNNNNTAG-TAGTA------GT--A--GTAG-C---A--GTA---GTA---GT--T-A-C-A---GTAATAGCA------A---T---AA---TAGCAGTAG--------TAAT---AGTA
gi|14 : attattatcattattattagtagtagtagtggtggtggcggtggcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaT-A--GTAGTAGTAG---TAGTATTAAAA---GTTTCAGAAGCAG---CAGCAG-------------TATCAA-TAA--TA-GT--AAT--T----GT----AGTAGT---A-GT---ACTG--GAAGTAG---C-----T-G----CAG-CAATAT-----GT-----GTAG-C---A--GTA---TTA---Ggcagcattat
gi|15 : --GTGA---TAG---TAGTAGTATTA---GT---ATTAGTAG-----------------------------TAA--TA-GT--ATT--A----GTGGT-AGTAGTAACA-GT---AGTA--GCTGTGGTG-C-----T-G----------ATG------TT--A--GTAG-A---A--GTA---GTA---AT--T-G-T-G---G---TGGTaagcagcagcagca
gi|2 : ATAGTAG---TAGTAATATTA---GT---A----------------T------------TATT-A-T----TA-TT--ATT-------AT--A-AGTGGT---G-GT---GGTG--GTCGTGGTA---------G----TGG-TAGTA------GT--A--GTGG-T---G--GTA---GTA---GT--T-G-T-A---G---TAATAGTATAAA---T---AG---TAGAAAAGG--------TAGA---A---TTGGC-AG---TG--GT----------CG-TAGA---------------------GGAG--GTGGTAAC-AACAGTA-A----AAG---T-AGTAG-AGTAGA--AGT---AGTG------GTA---------GT---AG---CAG-------T------AG---TA---ATAGCA-A---TAGAA---GTC----T---------AGTA---TTAAAATTATTA---GTA---G-G--GT-TA-TTAT--TGA-----T-ATAA--ATAG---A---AATA---AA--AG---TAGCCGTAGTGGTTGAAGTGATgtggtggtggtgg
gi|13 : cagtaacaatttagaaATAGTAG---TAGTAGTTGCA---GC---AGCAGTAG---TAGCGGTAGATG-------TGTT-AGTAG--TA-GT--GCT--T----GCGGA-AATAGC---A-AT---ATT---GTAGT-----------T-G----TAG-TAGTA------Gtgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|11 : TAGCAG---TAGTAGCAAAA---GT---AGTAGTAG---AA----------------------A-TAG--TA-GT--AAT--T----GT----AGT------A-GT---ATTG--ATAGCAGCAACATTATTAG----CAT-CAGTA------TT--A--ATGT-A---A--GTA---GTA---GT--T-G-T-A---G---TAGTA------G---T---AG---TAACATCAG--------CAAC---AGTA-TAAatttactactattattattatcatcatcatcct
gi|3 : gTT-A-TAA--TATGT--TTT--T----GTTGC-TGTTGT---A-GT-----TG--TTGTTG-TAGC-----A-G----CAG-CAGCA------AC--A--ACAA-A---A--GCA---GCA---GC--A-G-T-A---G---TAGTG------G---T---GG---TGGTGGTTC--------TAGT---CGTAGTCGT-AG---TA--AT----------AG-TAGTAGTA--GTAGTG
gi|19 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcaT-G-TAA--TA-GT--AAT--A----GTAAA-AGTAGC---A-GT---AGTA--GTGGTGGTGAT-----G-G----TGA-TGGTT------GT--G--GTaa
gi|8 : actagtaaga----GTCGC-AGTAGT---A-AT---AGCT--GTGGTGGTG---------G----TGG-GGGTT------GT--G--GTAG-T---A--TTA---TTA---------A-T-A---A---AAGCG------G---T---GG---TGGTGNNNN--------NNNN---NNNNNNNNN-NN---NN--NN----------NN-NNNNNNNN--NNNNNNN-------NNNNN--ATGGTGGT-GACTGTA-G----CAG---T-ATTGGTGGTGGT--AAT---AGTA------GTAATTATTGTTGT---AT---TAG-------T------AG---TA---GTAGCT-G---TAGTG---ATA---GT---------GGTATATGTAGTATTTGTG---GTG---GTG--AT-GG-TGTTGGTGG-----T-
gi|9 : gtagtacgatggtgGTAGT---G-GT---AATG--GTAGTGGTAGC-----T-G----TGA-TTGTG------AT--ATTGTTT-A-------TG---ATG---GT--T-G-A-A---G---TAGTG------G---T---GA---TAGTGTTTG--------TGAT---AATGATAAT-GG---TA--AT----------GG-TAT-CG---------GT-------TGGTGTAGTGGTAGT-GACAGTG-G----CAT---T-GGTAGTGGCAGTTGAGT---TGTT------GTG---------AT---GG---TGT-------T------TG---TA---GTAGTG-A---CAGTG---GCA---GT---------GGTT---GTCGTAATGGTA---ATG---AT
gi|12 : cgTGT---A-GT---AGTG--GTAATAATAAT-----A-C----TAA-TAGTA------AT--A--GTAG-T---A--GTA---GTA---GT--A-G-T-G---G---TGGTA------G---T---GG---TGGTGGCGG--------TANN---NNNNNNNNN-NN---NN--NN----------NN-NNNNNNNN--NTAGCGaatgctaatat
gi|3 : aatgataataataaaGC---A-GT---AGTA--GTGGTGGTGGT-----G-G----TTC-TAGTC------GT--A--GTCG-T---A--GTA---ATA---G-------T-A---G---TAGTA------G---T---AG---Tgtagc
gi|18 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctgttgtagttgttgttgtagcagcagcagcaacaacaaaagcagca-GT---AGTG--GTTGTAGTG---------G----TAG-AGGTA------GT--A--GTAT-A---A---TG---GTA---GT--A-G-T-A---G---TAGTAC-----A---T----G---TAGAAGGAG--------Tgaa
gi|13 : TA--GTAGTAGTAGT-----T-G----CAG-CAGCA------GT--A--GTAG-C---G--GTA---GAT---GT--G-T-T-A---G---TAGTA------G---T---GC---TTGCGGAAA--------TAGC---AATATT-----G---TA--GT----------TG-TA---GTA--GTAGtgcagtaac
gi|15 : aGTGAT-----A-G----TAG-TAGTA------TT--A--GTAT-T---A--GTA---GTA---ATAGT-A-TTA---G---TGGTA------G---T---AG---TAACAGTAG--------TAGCTGTGGTGCTGAT-GT---TA---------------G-TAGAAGTA--GTAATTG-------TGGTGGTGTGGTGGT-Gatttactactattattattatcatcatcatcct
gi|19 : -----T-G----TAA-TAGTA------AT--A--GTAA-A---A--GTA---GCA---GT--------A---G---TAGTG------G---T---GG---Tgtgg
gi|6 : actagtaaga----TAG-CAATA------GT--A--GTAA-T---A--GTA---TTA---GC--N-N-N-N---N---NNNNN------N---N---NN---NNNNNNNNN--------NNNN---NNNNNNNAT-AG---TA--GT----------AG-TAGTAGTT--GTAGNNNNNNNNNNTAGTA--GTAGTAGT-AGCAGTA-G----TAG---T-TACAGTAATAGC--AAT---AATA------GCA---------GT---AG---TAA-------T------AG---TA---GCAGCA-T---TAgatggtgatggttgtggt
gi|17 : attattatcattattattagtagtagtagtggtggtggcggtggcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaaAA-CAGTA------GT--A--GTAG-ATATA--GTA---ATG---GT--A-A-T-A---A---TAGTA------G---T---AG---TAATAGTAA--------CAAC---AACAC-AATCAG---TA--t
gi|18 : actttagcagtaacattaaaGTA------GT--G--GTAG-A---G--GTA---GTA---GTA-TAA-T-G---G---TAGTA------G---T---AG---TAGTACATG--------TAGA---Atcagttgcagcaacag
gi|12 : gtagtggttTA------AT--A--ATAA-A---T--GTA---GTA---GT--G-G-T-A---A---TAATA------A---T---AC---T-----------------------AATAGTAAT-AG---TA--GT----------AG-TA---GTA--GTAGTGG-------TGGTA--GTGGTGGT-GGCGGTggagttgcagtaac
gi|14 : aatgaTA------GT--A--GTAG-T---A--GTA---GTA---TT--A-A-A-A---G---TTTCA------G---A---AG---CAGCAGCAG--------TATC---AA---TAAT-AG---TA--AT----------TG-TA---GTA--GTAGTAC-------TGGAA--GTAG-------CTGCA-G----CAA---TATGT------------GT---AGCA------GTA---------TT---AG---AAG-------C------AG---CA---GCAGCA-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcggtagc
gi|10 : A------GT--A--GTAG-A---A--GAA---GTA---GT--T-A-T-A---G---TAGTG------G---T---AG---CAGTAGTAG--------CAGA---AGTAGTTAT-AG---TA--GTGG--------TN-NNNNNNNN--NTA-----------TAGTA--GTGGTA-----------G----CAG---T-AGTAGCAGAAGT--AGT---TATA------GTA---------GT---GG-------------T------AG---TA---ACA---------AGTA---CTC---GT---------AGTA-----TATATTAATA---AT
gi|2 : c---A--GTA---ACA---AT--T-------------TAGAA------A---T---AG---TAGTAGTAA--------TATT---AGTATTATT-AT---TATTAT----------TA-TAA--GTG--GTGGTGG-------TGGTC--GTGGTAGT-GGTAGTA-G----TAG---T-GGTGGTAGTAGT--TGT---AGTA------ATA---------GT---AT---AAA-------T------AG---TA---GAAAAG-G---TAG-------------------------A---ATTG-----GCA---GTG---GTC--GT-AG-AGGAGGTG--------GTAACAACAG---TAAAAGTA---GTAGAG---TAGAAGTAGTGGTAGTAGCAGTc
gi|3 : c---GT--T-G-T-A---G---TTGTT------G---T---TG---TAGCAGCAG--------CAGC---AACAACAAA-AG---CA---------------G-CAGCAGTA--GTAGTG---------------GTGGTGGT-G--------------G---T-TCTAGTCGTAGT--CGT---AGTA------------------------------A-------T------AG---TA---GTAGTA-G---TAGTG---Aagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|15 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgct---GT--G-A-T-A---G---TAGTA------G---T---AT---TAG-----------------------TATTAGT-AG---TA--A-------------------------TAGTAT-------TAGTG--GTAGTAGT-AACAGTA-G----TAG---C-TGTGGTGCTGAT--GTT---AGTA------GAA---------GT---AG---TAA-------T------TG---TG---GTGGT--G---TGGTG---GTG---GT---------GGa
gi|12 : -A-T-A---A---TAATA------AATGT---AG---TAGTGGTAA--------TAAT---AATACTAAT-AG---TA--AT----------AG-TAGTAGTA--GTAGTAG-------TGGTG--GTAGTGGT-G---GTG-G----CGG---T-ANNNNNNNNNNN--NNN---NNNN------NNN---------NN---NN---NNN-------T------AG---CG---GTAGC
gi|13 : aatg-A-T-A---G---TAGTA------G---T---AG---TTGCAGCAG--------C------AGTAGTAGC-GG---TA--GA----------TG-TGTTAGTA--GTAGTGC-------TTGCG--GAAATAGC-AA-TATT-G----TAG---T-TGTAGTAGTAG
gi|11 : ---G---TAGCA------G---T---AG---TAGCAAAAG--------TAGT---AGTAGAAAT-AG---TA---------------G-TAATTGTA--GTAGTAT-------TGATA--GCAGCAAC--ATTATT-AGCATCAG---T-ATTAATGTAAGT--AGT---AGTT------GTA---------GT---AG---TAG-------T------AG---TA---ACATCA-G---CAatttactactattattattatcatcatcatcct
gi|19 : ---T---AG---TA--AGATG--------TAA------TAGTAAT-AG---TA--AA----------AG-TAGCAGTA--GTAGTGG-------TGGTG--ATGGTGAT-GGTTGTacagtataa
gi|6 : acAG--------TAAA---AATAGCAAT-AG---TA--GT----------AA-TAGTATTA--GCNNNNN-------NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNN-N----NNN---N-NNNNATAGTAGT--AGT---AGTA------GTT---------GT---AG---NNNNNNNNNNT------AG---TA---GTAGTA-G---TAG------CA---GT---------AGTA---GTTACAGTAATA---GCA---ATA--AT-AG-CAGTAGTA--------ATAGTAGCAG---C---ATTA---ggt
gi|11 : attattatcattattattagtagtagtagtggtggtggcggtggcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatG-TAGCAGTA--GTAGCAA-------AAGTA--GTAGTAGA-AATAGTA-G----TAA---T-TGTAGT---AGT--ATT---GATA------GCA---------GC---AA---CAT-------T------AT---TA---GCATCA-G---TATTA---ATGTAAGT---------AGTA---GTTGTAGTAGTA---GTA---GTt
gi|15 : GTG--ATAGTAGT--AGTATTAG----TAT---T-AGTAGTAATAGT--ATT---AGTG------GTA---------GT---AG---TAA-------C------AG---TA---GTAGCT-G---TGGTG---CTG---AT---------GTTA---GTAGAAGTAGTAATTGTG---GTG--GTGTGGTGGTGGTGG-----aacatcagcaacagtataa
gi|18 : GTAGT-G---GTT-G----TAG---T-GGTAGAGGTAGT--AGT---A-TA------ATG---------GT---AG---TAG-------T------AG---TA---GTA-CATG---TAG
gi|3 : CTGTT-G----TAG---T-TGTTGTTGTAGC--AGC---AGCA------GCA---------AC---AACAAAAG-------C------AG---CA---GCAGTA-G---TAGTG---GTG---GT---------GGTG---GTTCTAGTCGTA---GTC---GTA--GT-AA-TAGTAGTAG-----T-aaggagttgcagtaac
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgCTGTT-G----TAG---T-TGTTGTTGTAGC--AAC---AGCA------ACA---------AC---AA---AAG-------C------AG---CA---GCAGTA-G---TACTG---GTG---GT---------GGT----GTTagtagtgaa
gi|17 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactataatatgatttttgttgGTA-G----TAG---A-TATAGTAATGGT--AAT---AATA------GTA---------GT---AG---TAA-------T------AG---TA---ACAACA-acttgtc
gi|10 : actttagcagtaacattaaaaacagta----CAG---T-AGTAGAAGAAGT--AGTTATAGTA------GTG---------GT---AG---CAG-------T------AG---TA---GCAGAA-G---TAGTT---ATA---GT---------AGTG---GT--------NN---NNN---NNN--NN-TA-TAGTAGTGG-----------TAGCAG---------TA---GT--AG---CAGAAGTAGTTATAGTAGTGGTacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|19 : AG---A-TGTAATAGTAAT--AGT---AAAA------GTA---------GC---AG---TAG-------T------AG---TG---GTGGTG-A---TGGTG---ATG---GT---------TGTG---GTagtaacaagtactcgtagtatatattaataatc
gi|12 : actagtaG---T-AGTAGTGGTAAT--AAT---AATA------CTA---------AT---AG---TAA-------T------AG---TA---GTAGTA-G---TAGTA---GTG---GT---------GGTA---G------TGGTG---GTG---GCG--GT-
gi|18 : aatgataataataaatG---T-TGTAGTGGTAGA--GGT---AGTA------GTA----------T---------AA-------T------GG---TA---GTAGTA-G---TAGTAC--ATGTA-GA---------AGGA---GTTGCAGTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcggtagc
gi|15 : gtagtgGTGATAGT--AGT---AGTA------TTA---------GT---AT-------------T------AG---TA---GTAATA-G---TATTA---GTG---GT---------AGTA---GT------AACA---GTA---GTA--GC-TG-TGGTGCTGA-----T-GT--TAGTAG---A---AGTA---GT--AA---TTGTGGTGGTG-TGGTGGTGGTGac
gi|14 : TAGTAGT--AGT---AGTA------GTA---------TT---AA---AAG-------TTTCAGAAG---CA---GCAGCA-G---TATCA---ATA---AT---------AGTA---ATTGTAGTAGTA---GTA---CTG--GA-AG-TAGCTGCAGCAATAT-GTG-TAGCAG---T---ATTA---GA--AG---CAGCAGCAGg
gi|11 : GT--AGC---AGTA------GTA---------GC---AA---AAG-------T------AG---TA---GTAGAA-A---TAGTA---GTA---AT---------TGTA---GTAGTATTGATA---GCA---GCAACAT-TA-T-----TAG-----C-AT-----CAG---T---ATTA---AT--GT---AAGTAGTAGTTGTAGTAGTAGTca
gi|19 : GT--AAT---AGTA------ATA---------GT---AA---AAG-------T------AG---CA---GTAGTA-G---TGGTGGTGATG---GT---------GATG---GTTGTagtaacatcagcaacagtataa
gi|19 : actagtaagatT--AGT---AAGAT-----GTA---------AT---AG---TAA-------T------AG---TAAAAGTAGCA-G---TAGTA---GTG---GT---------GGT----GATG-----------GTG---ATG--GT-TG-TGGTggt
gi|17 : ac---AGTA------GTA---------GT---AG---ATA-------T------AG---TA---ATGGTA-A---TAATA---GTA---GT---------AGTA---ATAGTA
gi|13 : actttagcagtaacattaaaaacTA------GTA---------GT---AG-------------T------AG---TT---GCAGCA-G---CAGTA---GTA---GC---------GGTA---GATGTGTTAGTA---GTA---GTG--CT-TG-CG--------------GAAATAGCAA---T---ATT----GT--AG---TTGTAGTAGTAGacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|6 : aTATCAT---T---ATTA---TT--AG---TAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTGatttactactattattattatcatcatcatcct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTAGCGGTAGCGGTAGTGGTAATGGTAATGGTAGTGGCAGTGATTGAAGATAGTATTAGATGATAGAGATTTTGGCAATGGCAGTGGTTGTGGTAGTCATAGCTATAAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111 111111 111111 11111 11111111111111111111111111111 111111 111111111111 111111111 111111111 11111 111 1111111
lowQualScore : 444 0 6 5 888 99999 5 4444444444 5 1 2 444444 66 44 5 888888 9999 1 1 1 2 222 88 111111 666 44 1 555 11111 2 444 0 1 1 777 3 777777 99999999999999999999999999999 1 888 5555 444 22 222222 444 2 1 444444444444 555 888888 0 000000000 999999999 2 999999999 444 666666 3 111111111 33 1 666 5 33333 5 3 99 3 6 111 6666666
lowQualScore : ... . . . ... ..... . .......... . . . ...... .. .. . ...... .... . . . . ... .. ...... ... .. . ... ..... . ... . . . ... . ...... ............................. . ... .... ... .. ...... ... . . ............ ... ...... . ......... ......... . ......... ... ...... . ......... .. . ... . ..... . . .. . . ... .......
lowQualScore : 000 4 1 4 888 88888 9 8888888888 0 0 5 444444 99 66 0 888888 4444 0 0 0 7 555 66 555555 444 66 0 000 66666 5 777 2 2 0 555 4 222222 11111111111111111111111111111 0 333 7777 777 11 333333 777 5 0 444444444444 666 222222 5 000000000 444444444 4 444444444 111 888888 0 444444444 99 7 444 9 11111 0 7 22 7 7 777 8888888
consensus : GTAGTG---GTGGTGGCGGTNGCGGTAGTGGTGATAGTA---GT---A-GTAGTAGTAGTG---GAA---G-TAGNAGTA------GT--TGTTA-TAGTA--GT--ATTT----GTNGNAGTNGTAGTAGTNGTGGTGGCGACN-GTAGCG------GTA---GTAG--TAGNAGTAGTA---GTN----GTAG-TAGTA---GTAGTAGCAGTAGTAGT--AGTAGTAA------TAGTAG--------TAG-------TA---------GTAGTA---G----T---AGTGGTGGTGG------T---GGTAGTGGCNGT------A-----GTA-GT-NG---TAGTA---------GTA---------GTAGTA-GTAGTA---------GT---A------GTAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGTGG---------TAG--TTGTAGTAGTA---GTGGTGGTGGCGGTGG----TGG-TGTAAT--ANCA-GTA---TTAGTAG--T----AGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTG---GTGGTGGTGGTTGTGGTAGTGGTGATAGTA---GT---A-GTAGTANTAGTA---GNA---G-TAGNAGCA------GT--TGTTA-TAGTA--GT--ATTT----GTNGNAGTNGTAGTAGTGGTGGTGGTGACT-GTAGCA------GTA---GTAG--TAGNAGTAGTA---GTT----GTAG-TAGTA---GTAGTAGCAGNAGTAGC--AGTANTAA------TAGTAG--------TNG-------TA---------GNAGTA---G----T---AGTGNTGGTGG------T---GGTAGTGACNGT------N-----GCA-GT-NG---TAGTA---------GTA---------GTAGTA-GTAGTA---------GT---A------GTAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTGGTGG---------TAG--TTGTAGTAGTA---GTGGTGGTNGTGGTGG----TGG-TGTAAT--AGCA-GTA---TTAGTAG--T----AGTAGTAGTGGTAGTGGCGGTG
gi|1 : GTTGTTATCGTAGTTGTTGTGATAGTA---NN---N-NNNNNNNCAGAG---GCATAGG-TAGTGGCA------GT--TGTTA-TCGTA--GT--TGTT----GTGATAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGACA-GTGGCAGTGAATGTG---GTAA--TGGTAATGGTATCGGTTGAACGTAG-TGGTA---GTGACAGTGGCAGTGGT--TGTGGTAA------TGGTAT--------CGG-------TAGGT------GTAGTG---G----T---AGTGACAGTGG------CATAGGTAATGGCAGTTGTTACT-----GTA-GT-TT---TTGTG---------ATA---------GTAGTG-GTAGTA---------GT---A------GTAGTAGTAGTGACAGTGACAGTGGCAG---------TGG--TTTTAGTAATG---GTAATGGTATCGGTA------GG-TGTAGT--GGTA-GTG---ACAGTGG--C----ATTGAAAGTGGTAATG
gi|1 : gcaGTAGTGACAGTGGCAGTGAATGTGGTAATGGTAATGGTATCGGTTGAACGTAGTGGTAGTG---ACA---G-TGGCAGTG------GT--TGTGG-TAATG--GT--ATCG----GTAGGTGTAGTGGTAGTGACAGTGGCATAG-GTAATG------GCA---GTTG--TTACTGTAGTT---TTT----GTGA-TAGTA---GTGGTAGTAGTAGTAGT--AGTAGTGA------CAGTGA--------CAG-------TG---------GCAGTG---G----TTTTAGTAATGGTAA------T---GGTATCGGTAGG------T-----GTA-GT-GG---TAGTG---------ACA---------GTGGCA-TTGAAA---------GT---G------GTAATGATAATAG-AATTGT--TAATGG---------TAC--GTGTAGTAGTA---ATGGTAGTGGTGGTAGATTATGGCTAAAATTCATTATGTA---TAAGGAG--TTTAAAGTAGTAGataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtaA---GTAG--TAGAAGAAGTA---GTT----ATAG-TAGTG---GTAGCAGTAGTAGCAGA--AGTAGTTA------TAGTAG--------TGG-------TN---------NNNNNN---NNNTAT---AGTAGTGGTAG------C---AGTAGTAGCAGA------A-----GTA-GT-TA---TAGTA---------GTG---------GTAGTA-ACA--A---------GT---A------CTCGTAGTA
gi|11 : cG-TAGCA---GTAGTAGCAAAAGTAGT--AGTAGAAA------TAGTAG--------TAA-------TT---------GTAGTA---G----T---ATTGATAGCAGCAACATT---ATTAGCATCAGT------ATTAATGTAAGT-AG---TAGTT---------GTA---------GTAGTA-GTAGTA---------AC---A------TCAGCAACAGTAtatattaataatc
gi|12 : TAA-TAATAAATGTAGTAGTGGTAATAAT--AATACTAA------TAGTAA--------TAG-------TA---------GTAGTA---G----T---AG---TAGTGG------T---GGTAGTGGTGGT------G-----GCG-GT-AN---NNNNN---------NNN---------NNNNNN-NNNNNN---------NN---N------NNNNTAGCGGTAGCtaa
gi|13 : aatgaTA---------GT---A------GTAGTAGTTGCAGCAGCAGTAGTAGCGG---------TAG--ATGTGTTAGTA---GTAGTGCTTGCG-------------GAAAT--AGCA-ATA---TT-GTAG--T----TGTAGTAGTAG
gi|14 : a--TAGTAGTAGTA---GTA----GTAT-TAAAA---GTTTCAGAAGCAGCAGC--AGTATCAA------TAATAG--------TAA-------TT---------GTAGTA---G----T---AGTACTGGAAG------T---AG------CTGC------A-----GCA-ATATG---T-GTA---------GCA---------GTATTA-GAAGCA---------GC---A------GCAGCAatttactactattattattatcatcatcatcct
gi|15 : GTGATAGT------A-----GTA-GT-AT---TAGTA---------TTA---------GTAGTA-ATAGTA---------TT---A------GTGGTAGTAGTAACAGTAGTAGCTGTGGTGCTGATGTTAG--TAGAAGTAGTAATTGTGGTGGT-GTGGTGG----TGG-TG
gi|16 : GGTAGCGGTAGCGGTAGTGGTAATGGTA---AT---G-GTAGTGGCAGTGATTGAA---GATAGTATTA------GA--TG--A-TAG-A--G---ATTT-----TGGCAATGGCAGTGGTTGTGGTAGTg
gi|17 : ACT-TTAGCA------GTA---ACAT--TAAAAACAGTA---GTA----GTAGATA-TA---GTAATGGTAATAATAGT--AGTAGTAA------TAGTAcatagctataat
gi|17 : ACAGT------A-----GTA-GT-AGATATAGTA---------ATG---------GTAATA-ATAGTA---------GT---A------GTAATAGTAACAACAACACAATCAGTAT---------CAG--TTGCAGCAACA---Gacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : actttagcagtaacattaaaaGTAGTG---GTTGTAGTGGTAGAGGTAGTAGT-ATAATG---GT---A-GTAGTAGTAGTA---CAT---G-TAGAAGGA------GT--TG
gi|19 : TA---------GTAAGATGTAATA---------GT---A------ATAGTAAAAGTAGCAGTAGTAGTGGTGG---------TGA--TGGTGATGGTT---GTGGTcagtaac
gi|2 : acAGAAATAGT--AGTAGTAA------TATTAG--------TAT-------TA---------TTATTA---T----T---ATTATAAGTGG------T---GGTGGTGGTCGT------G-----GTA-GT-GG---TAGTA---------GTA---------GTGGTG-GTAGTA---------GT---T------GTAGTAATAGTATAAATAGTAGAAAAGG---------TAGAATTG-----GCA---GTGGTCGTAGAGGAGG----TGG-T--AAC--AACA-GTAAAAGTAGTAGAGT----AGAAGTAGTGGTAGTAGCAGT
gi|2 : cagtaacaatttAGTG---GTGGTGGTGGTCGTGGTAGTGGTAGTAGTA---GT---G-GTGGTAGTAGTT---GTA---G-TAATAGTATAAATAGT--AGAAA-AGGTA--GA--ATTG----GCAGTGGTCGTAGAGGAGGTGGTAACAACA-GTAAAA------GTA---GTAGAGTAGAAGTAGTG---GTA----GTAG-CAGTA---GTAATAGCAATAGAAGTCTAGTATTAAAATTATTAGTAGGGTTATTATTGATATAAATA---------GAAATAAAAG----T---AGCCGTAGTGG------T---TGAAGTGATTGT------A-----ATA-CT-AC---TAGCA---------GTATTTAATGTTGTACTA-ACATTA---------ATGGAA------GTAGTAATGGAAGAAGAAGAAGCAGCGG----------AG--Tagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata---GTT----GTAG-TTGTT---GTTGTAGCAGCAGCAGC--AACAACAA------AAGCAG--------CAG-------CA---------GTAGTA---G----T---GGTGGTGGTGG------T---TCTAGT---CGT------A-----GTC-GT-AG---TAATA---------GTA---------GTAGTA-GTAGTattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctTA-TAATATGAT--TTTT----GTTGCTGTTGTAGTTGTTGTTGTAGCAACA-GCAACA------ACAAAAGCAG--CAGCAGTAGTA---CTG----GTGG-TGGTgaa
gi|4 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcac---GTT----GTAG-TTGTT---GTTGTAGCAACAGCAAC--AACA--AA----------AG--------CAG-------CA---------GCAGTA---G----T---ACTGGTGGTGG------T---GTTAgttacttgtc
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactataatatgatttttgttgctGTAGTA---GTGGTGGTGGTTGTGGTAGTGGTGATAGTA---GT---A-GTAGTATTAGTA---GAA---G-TAGAAGCA------GT--TGTTA-TAATA--GT--ATTT----GTCGAAGTTGTAGTATTGGTGGTGGTGACT-GTAACA------GTA---GTAG--TAGAAGTAGTA---GTT----ATAG-TAGTA---ATAGTAGCAGAAGTAAA--AATACTAA------TAGTAA--------TTG-------TA---------GACGTA---G----T---AGTGTTGGTGG------T---GGTGGTGACTGT------T-----GCA-GT-TG---TAGTG---------GTA---------GTAGTA-GTAGTA---------GT---A------GAAATAGTAGCAGCAGTAGTGATGGTGG---------TAG--TTGTATTAGTA---GTGGTGGTTGTGGTGG----TGG-TGTGAT--AACA-GTA---TTAGTAT--T----AGAAGTAGTGGTGGTGGTGGTGcttgtc
gi|6 : TATT--ATCA-TTA---TTATTAG--T----AGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|6 : at---------TAG--TAGTAGTAGTG---GTGGTGGCGGTGGCGG----CGG-CGgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcattattatGTAGTG---GTGGTGGCGGTGGCGGCGGCGGCGAAAGCG---AC---A-GCGGGNNNNNNN---NNN---N-NNNNNNNN------NN--NNNNN-NNNNN--NN--NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNTC------ATA---GTAA--AAATAGCAATA---GTA----GTAA-TAGTA---TTAGCNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN------NNNNNN--------NNN-------NN---------NNNATA---G----T---AGTAGTAGTAG------T---TGTAGNNNNNNN------N-----NN----------TAGTA---------GTA---------GTAGTA-GCAGTA---------GT---A------GTTACAGTAATAGCAATAATAGCAGTAG---------TAA--TAGTAGCAGCA---gcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAATTATAGAA---GT---A-GTAATA-TAGAA---TAA---G-CAGAAGTA------GTAATATTAGTAGTA--GTTAATTTAGTTGTAGAAGTTGTAGTAGTCGTAGTAA-AACTAGGAGCA------ATA---GTAG--AAGAAGTAATA---AT-------AA-TAGTA---GTAATAGAAGTCGTAGA--AGTACTAC------TAGTAT--------TAA-------TA---------TCATTATC-A----T---NNNNNNNNNNN------N---NNNNNNNNNNNN------N-----NNNCGT-TG---TTGTT---------ATT---------GTTGTT-GTAGTA---------GT---AGCTGTTGTAGTTGTAGTAGCCGAAGTAGTAATAG---------TAG--TATTAATAGttat
gi|8 : aga----GTCGCAGTAGTAATAGCTGTGGTGGTG----GTGGGG------GTT---GTGG--TAGTATTATTA---ATA----AAAG-CGGTG---GTGGTGNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN------NNNNNN--------NNN-------NN---------NNNNNN---N----N---NNNNNNNATGG------T---G---GTGACTGT------A-----GCA-GT-AT---TGGTG---------GTG---------GTAATA-GTAGTAATTATTGTTGT---A------TTAGTAGTAGTAGCTGTAGTGATAGTGG---------TAT--ATGTAGTATTT---GTGGTGGTGATGGTGT----TGG-TG
gi|9 : gtagtacgatggtgGTAGTGGTAATGGTAGTGGTAGCT-GTGATT------GTG---ATAT--TGTTTATGATG---GTT----GAAG-TAGTG---GTGATAGTGTTTGTGAT--AATGATAA------TGGTAA--------TGG-------TATCGGTTGGTGTAGTG---G----T---AGTGACAGTGGCAT---T---GGTAGTGGCAGT------T-----G-A-GT-TG---TTGTGATGGTGTTTGTA---------GTAGTG-ACAGTG---------GC---A------GTGGTTGTCGTAATGGTAATGATAATGC---------TAA--Tgt
Alignments
lowQualScore : 111 11111 222222222222222222222222222 111111111111111111 111111 111 111
lowQualScore : 1 000 0 77777 5 1 000000000000000000000000000 9999 1 1 1 11 1 1 5 99999 55 55 1 1 666 55555555 666666 888888888888888888 2 22 5555 0 444 1 0 44444 1 999999999 2 777 444 2 1 0 2 1 666 666666 0 99 5 1 1 111 1 99 111
lowQualScore : . ... . ..... . . ........................... .... . . . .. . . . ..... .. .. . . ... ........ ...... .................. . .. .... . ... . . ..... . ......... . ... ... . . . . . ... ...... . .. . . . ... . .. ...
lowQualScore : 0 000 7 66666 7 0 888888888888888888888888888 4444 0 0 0 44 0 9 6 99999 00 55 0 0 999 66666666 888888 444444444444444444 2 88 0000 2 111 0 2 88888 1 444444444 4 888 444 5 0 7 3 4 555 444444 3 66 0 0 0 777 7 22 777
consensus : GTAGTGGCGGTGGCGGTCGCGGTAGTGGTGATAGTAGT---GGTAGTGGTAGTG---GAAG-TAGNAGTA------GT--TGTNA-TAGTA--GT--ATTT----GTNGCGGTTGTAGTAGTNGTGGTAGCGACNG---TAGCAGTAGTAG--TAGAAGTAGTAGTNGTAG---TAGTAGTAGTAGCAGTAGTA----GT--AGTAGTAA------TAGTAG------------------TAGTAG-TAGTAG----TAGTGGTGGTGGTGG---TAGTGGCAGTAGTAGTNG---TAGTAGTA---------GTAGTAGT-A---GTAGT---AGT-AGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGCGGTAG-TTGTAGTAGTAGTGGCGGTGGCG------GTGGTGGTG-TAATAACAGT---ATTAGT--AGTA---GTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGTGGTGGCGGTNGCGGTAGTGGTGATAGTAGT---AGTAGTAGTAGTG---GAAG-TAGNAGTA------GT--TGTTA-TAGTA--GT--ATTT----GTNGNAGTNGTAGTAGTNGTGGTGGCGACNG---TAGCGGTAGTAG--TAGNAGTAGTAGTNGTAG---TAGTAGTAGTAGCAGTAGTA----GT--AGTAGTAA------TAGTAG------------------TAGTAG-TAGTAG----TAGTGGTGGTGGTGG---TAGTGGCNGTAGTAGTNG---TAGTAGTA---------GTAGTAGT-A---GTAGT---AGT-AGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGTGGTAG-TTGTAGTAGTAGTGGTGGTGGCG------GTGGTGGTG-TAATANCAGT---ATTAGT--AGTA---GTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|1 : GCAGTTGTTA---TCGTAGTTGTTGTGATAGTA----NN--NNNNNNNN------CAGAGG------------------CA-TAGGTAGTGG----CAGTTGTTATCGTAG---TTGTTGTGATAGTAGTGG---TAGTAGTA---------GTAGTGAC-A---GTGGC---AGTGAAT-GTGGTAATGGTAATGGTATCGGTTGAACGTAGTGGTAGTGACAGTGGCA------GTGGT--TG-TGGTAATGGT---ATCGGT--AG-----GT-GTAGTGGTAGTGACAGTG
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGTTATCGTAGTTGTTGTGATAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTG---ACAG-TGGCAGTG------AA--TGTGG-TAATG--GT--AATG----GTATCGGTTGAAC--GTAGTGGTAGTGACAG---TGGCAGTGGTTG--TGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAGTGGTAGTGACAGTGGCA-----T--AG--GTAA------TGGCAG------------------TTGT---TACT-G----TAGTTTTTGTGATAG---TAGTGGTAGTAGTAGTAG---TAGTAGTG---------ACAGTGAC-A---GTGGC---AGT-GGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAG-GTGTAGTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGTGGTAATGATAATAGAATT---GTTAAT--GGTACGTGTAGTAGTAATGGTAGTGGTGgcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTAG--TAGAAGAAGTAGTTATAG---TAGTGGTAGCAGTAGTAGCA----GA--AGTAGTTA------TAGTAG------------------TGGTNN-NNNNNNNNTATAGTAGTGGTAGCAG---TAGTAGCAGAAGTAGTTA---TAGTAGTG---------GTAGTAAC-A-----AGT---ACT-CGTAGTAgtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|11 : cG---TAGCAGTAGTAGCAAAAGTA----GT--AGTAGAAA------TAGTAG------------------TAATTG-TAGTAG----TATTGATAGCAGCAACATTATTAGCATCAGTATTAA---T-GTA--A---------GTAGTAGT-T---GTAGT---AGT-AGTAGTAACATCAGCAACAGTAtatattaataatc
gi|12 : GTAGTAGTGGTAATAATA----AT--ACTAATAG------TAATAG------------------TAGTAG-TAGTAG----TAGTGGTGGTAGTGG---TGGTGGCGGTANNNNNNN---NNNNNNNN---------NNNNNNNN-N---NNNNT---AGC-GGTAGtaa
gi|13 : aatgataataataaatTAGT---AGT-AGTAGTTGCAGCAGCAGTAGTAGCGGTAG-ATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGCG--------------G-AAATAGCAAT---ATT-GT--AGTT---GTAGTAGTAGc
gi|14 : aAGTAGTAGTAGTAG---TATTAAAAGTTTCAGAAGCA----GC--AGCAGTAT------CAATAA------------------TAGTAA-TTGTAG----TAGTAGTACTGGAAG---TAGCTGCAGCAATATGTG---TAGCAGTA---------TTAGAAGC-A---GCAGC---AGC-Aatttactactattattattatcatcatcatcct
gi|15 : tGTGATAGTAGTAG---TATTAGTATTAGTAGTAATA----GT--ATTAGTGG------TAGTAG------------------TAACAG-TAGTAG----CTGTGGTGCTGATGT---TAGTAGAAGTAGTAATTG---TGGTGGT----------GTGGTGGT-G---GTGG
gi|16 : GGTAGCGGTAGCGGTAGTGGTAATGGTAAT---GGTAGTGGCAGTGATTGAAGATAGTATTA------GA--TG--A-TAG-A--G---ATTT-----TGGCAATGGCAGTGGTTGTGGTAG
gi|17 : ACTT---TAGCAGTAACAT--TAAAAACAGTAGTAGTAGA--TA-TAGTAATGGTAATAATA----GT--AGTAGTAA------TAGTAtcatagctataat
gi|17 : CAGTAGTAGTAGATATAGTAATG---------GTAATAAT-A---GTAGT---AGT-AATAGTAACAACAACACAATCAGTATCAG-TTGCAGCAACAGacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : actttagcagtaacattaaaaaG----TAGTGGTTGTAGTGG---TAGAGGTAGTAGTA-TAA---TGGTAGTA---------GTAGTAGT-ACATGTAGA---AGG-AGTTGCAGTAAC
gi|19 : TAGTAAGATGT--AATAGTAA------TAGTAA------------------AAGTAG-CAGTAG----TAGTGGTGGTGATGG---TGATGGTTGTGGT
gi|2 : acAGTAACAATT-TAG---AAATAGTAGTAGTAATATTA----GT--ATTATTAT------TATTAT------------------TA-TA---AGTGG----TGGTGGTGGTCGTGG---TAGTGGTAGTAGTAGTGG---TGGTAGTA---------GTTGTAGT-A---ATAGT---A-T-A--AATAGTAGAAA-AG--GTAG----AA-TTG-----GCAGTGGTCGTAGAG------GAGGTG--G-TAACAACAGTAAAAGTAGTAGAGTA---GAAGTAGTGGTAGTAGCAGT
gi|2 : cAGTGGTGGTGGTGGTCGTGGTAGTGGTAGTAGTAGT---GGTGGTAGTAGTT---GTAG-TAATAGTATAAATAGT--AGAAA-AGGTA--GA--ATTG----GCAGTGGTCGTAGAGGAGGTGGTAACAACAG---TAAAAGTAGTAGAGTAGAAGTAGTGGTAGTAG---CAGTAGTAATAGCAATAGAA----GTCTAGTATTAAAATTATTAGTAGGGTTATTATTGATATAAATAGAAA-TAAAAG----TAGCCGTAGTGGTTG---AAGTGATTGTAATACTAC---TAGCAGTATTTAATGTTGTACTAAC-A---TTAATGGAAGT-AGTAATGGAAGAAGAAGAAGCAGCGG-AG-Tagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattataGTTGTAG---TTGTTGTTGTAGCAGCAGCA----GC--AACAACAA------AAGCAG------------------CAGCAG-TAGTAG----TGGTGGTGGTGGTTC---TAGTCGTAGTCGTAGTAA---TAGTAGTA---------GTAGTAGT-attcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctTA-TAATATGAT--TTTT----GTTGCTGTTGTAGTTGTTGTTGTAGCAACAG---CAACAACAAAAG--CAGCAGCAGTAGTACTGG---TGGTGGTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcacGTAGTAGTGGTGGTGGTTGTGGTAGTGGTGATAGTAGT---AGTAGTATTAGTA---GAAG-TAGAAGCA------GT--TGTTA-TAATA--GT--ATTT----GTCGAAGTTGTAGTATTGGTGGTGGTGACTG---TAACAGTAGTAG--TAGAAGTAGTAGTTATAG---TAGTAATAGTAGCAGAAGTA----AA--AATACTAA------TAGTAA------------------TTGTAG-ACGTAG----TAGTGTTGGTGGTGG---TGGTGACTGTTGCAGTTG---TAGTGGTA---------GTAGTAGT-A---GTAGT---AGA-AATAGTAGCAGCAGTAGTGATGGTGGTAG-TTGTATTAGTAGTGGTGGTTGTG------GTGGTGGTG-TGATAACAGT---ATTAGT--ATTA---GAAGTAGTGGTGGTGGTGGTGgttacttgtc
gi|6 : -TATTATCATT---ATTATT--AGTA---GTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|6 : atTATTATCATTATTATTAGTAGTAG-T---AGTGGTGGTGGCGGTGGCG------GCGGCGGCG-AAAgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : atGTAGTGGTGGTGGCGGTGGCGGCGGCGGCGA-A--AGC---GACAGCGGGNNNN---NNNN-NNNNNNNN------NN--NNNNN-NNNNN--NN--NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNTCATAG--TAAAAATAGCAATAGTAG---TAATAGTATTAGCNNNNNNN----NN--NNNNNNNN------NNNNNN------------------NNNNNN-NNNNNA----TAGTAGTAGTAGTAG---TTGTAGNNNNNNNNNN-----TAGTAGTA---------GTAGTAGC-A---GTAGT---AGT-TACAGTAATAGCAATAATAGCAGTAGTAA-TAGTAGCAGCAgcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAATTATAGAAGT---AGTAATA-TAGAA---TAAG-CAGAAGTA------GTAATATTAGTAGTA--GTTAATTTAGTTGTAGAAGTTGTAGTAGTCGTAGTAA-AAC-----TAGGAGCAATAG--TAGAAGAAGTAATAATAA---TAGTAGTAATAGAAGTCGTA----GA--AGTACTAC------TAGTAT------------------TAATAT-CATTAT----CATNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNCG---TTGTTGT-----------TATT-GT-T---GTTGT---AGT-AGTAGCTGTTGTAGTTGTAGTAGCCGAAG-TAGTAATAGTAGTttat
gi|8 : aga----GTCGCAGTAGTAATAGCTGTGGTGGTGGTGG---GGGTTGTGGTAG--TATTATTAATAAAAGCGG---TGGTGGTGNNNNNNNNNNNN----NN--NNNNNNNN------NNNNNN------------------NNNNNN-NNNNNN----NNNNNATGGTGGTGA---CTGTAGCAGTATTGGTGG---TGGTAATA---------GTAGTAATTATT-GTTGT---ATT-AGTAGTAGTAGCTGTAGTGATAGTGGTAT-ATGTAGTATTTGTGGTGGTGATG------GTGTTGGTG-attaatag
gi|9 : gtagtacgatggtgGTAGT---GGTAATGGTAGTG------G-TAGCTGTG------AT--TGTGA-TA-T----T--GTTT----ATGATGGTTGAAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGATAATGATAATGG--TAATGGTATCGGTTGGTG---TAGTGGTAGTGACAGTGGCA----TT--GGTAGTGG------CAGTTG----------------------AG-TTGTTG----TGATGGTGTTTGTAG---TAGTGACAGTGGCAGTGG---TTGTCGTA---------ATGGTAAT-G---ATAAT---GCT-AATAgt
Alignments
lowQualScore : 1111 111 111 22222222 111111111 11111 222222222222222 1111111111111111111 22222222222222 111111 111111
lowQualScore : 2222 5 0 111 000 55555555 5 1 777777777 1 33333 44 1 2 777 11 1 0 1 000000000000000 3 44 44 5 5555 444 1 666 0 2 999999999 0 22 2 888888888 4444 333 333 44444 0 2 5555 4444 444 888 0 9999999 111 0 3333333333333333333 4 4 00000000000000 1 555555 777 777 8888 888888 888
lowQualScore : .... . . ... ... ........ . . ......... . ..... .. . . ... .. . . . ............... . .. .. . .... ... . ... . . ......... . .. . ......... .... ... ... ..... . . .... .... ... ... . ....... ... . ................... . . .............. . ...... ... ... .... ...... ...
lowQualScore : 3333 2 7 777 000 33333333 0 0 444444444 0 77777 33 0 1 888 44 0 1 0 888888888888888 1 22 22 5 7777 444 0 555 2 2 999999999 1 99 0 000000000 0000 555 555 00000 6 1 1111 5555 111 888 6 9999999 666 5 9999999999999999999 2 2 88888888888888 0 444444 888 888 8888 888888 888
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGCGGTAGTGGT---GATAG---TAGTGGTAGTGGTAGTG---G--A-AG-TAGNAGTG------GTTGTGATAATAGNATTNGTAGCGGT---TGTAGTAGTGGTGGTAGCGACGGTAG---------------CAGTA-GT--AGT--AGAAGT----AGTA---GTNGTAG---TAGTAGTAGTAGCA-GTAGTA------G--TAGTA--GTAAT-AGTAGTAG---------TAGTAGTAG----TAGTGGT---GGTGG---TGG---TAGTGGC-AGTAGTAGT---NGTAGTAGTA---GTAGT---AGTA---GTAGCAGTAGTA------GTAGTAGCAGTAGTAGTAGCGGTAG--TTGTA---GTA------GTAGTGGCGGTAGCGGTG---GTGGT-G-TAATAG-----CAG---T---ATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTCGCGGTAGTGGT---GATAG---TAGTGGTAGTGGTAGTG---G--A-AG-TAGNAGTA------GTTGTNATAGTAGTATTTGTNGCGGT---TGTAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAG---------------CAGTA-GT--AGT--AGAAGT----AGTA---GTNGTAG---TAGTAGTAGTAGCA-GTAGTA------G--TAGTA--GTAAT-AGTAGTAG---------TAGTAGTAG----TAGTGGT---GGTGG---TGG---TAGTGGC-AGTAGTAGT---NGTAGTAGTA---GTAGT---AGTA---GTAGTAGTAGTA------GTAGTAGCAGTAGTAGTAGCGGTAG--TTGTA---GTA------GTAGTGGCGGTGGCGGTG---GTGGT-G-TAATAA-----CAG---T---ATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGGCGGTG
gi|1 : GCAG---------TTGTTATCG----TAGTTGT---TGTGA---TAG---TANNNNN-NNNNNCAGA---GGCA-TAG-----GTAGT---GGCA---GTTGT--TA-TC------GTAGTTGTTGTGATAGTAGTGGTAG--T---A---GTA------GTAGTGACAGTGGCAGTGAATGTGGTAA-TGGTAA-----TGG---T---ATCG---GTTGAAC-GTAGTGGTAGTG---ACAGTGGCAGTG
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAGTGGTAGTAGTAGTA---GTGACAG-TGGCAGTG------AATGTGGTAATGGTAATGGTATCGGT---TGAAC--GTAGTGGTAGTGACAGTGG---------------CAGTG-GT--TGT--GGTAAT----GGTA---TCGGTAGGTGTAGTGGTAGTGACA-GTGGCA---------TAG----GTAAT-GGCAGTTG---------T--TACT-G----TAGTTTT---TGTGA---TAG---TAGTGGT-AGTAGTAGT---AGTAGTAGTG---ACAGT---GACA---GTGGCAGTGGTT------TTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAG--GTGTA---GTG------GTAGTGACAGTGGCATTGAAAGTGGT-AATGATAA-----TAGAATT---GTTAATGGT--ACGTGTAGTAGTAATG---GTAGTGGTGGTgttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAGTGGTAGTGACAGTG---G--C-AT-TGAAAGTG------GTAATGATAATAGAATTGTTAATGGTACGTGTAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTAGATTATGGCTAAAATTCATTATGT--ATA--AGGAGTTTAAAGTA---GTAGagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacA-GT--AGT--AGAAGA----AGTA---GTTATAG---TAGTGGTAGCAGTA-GTAGCA------G--AAGTA--GTTAT-AGTAGTGG---------TNNNNNNNNNNTATAGTAGT---GGTAG---CAG---TAGTAGC-AGAAGTAGT---TATAGTAGTG---GTAGT---AACA-----AGTACTCGTA------GTA
gi|11 : cG---TAGCAGTAGTAGCA-AAAGTA------G--TAGTA--GAAAT-AGTAGTAA---------TTGTAGTAG----TATTGAT---AGCAG---CAACATTATTAGC-ATCAGTATT---AAT-GTA--A---GTAGT---AGTT---GTAGTAGTAGTA------GTAACATCAGCAACAGTAtatattaataatc
gi|12 : G---TAGTAGTGGTAATA-ATAATA------C--TAATA--GTAAT-AGTAGTAG---------TAGTAGTAG----TGGTGGT---AGTGG---TGG---TGGCGGT-ANNNNNNNN---NNNNNNNNNN---NNNNN---NNNN---NTAGCGGTAGtaa
gi|13 : aatgataataataaatTAGTAGTAGTA------GTTGCAGCAGCAGTAGTAGCGGTAG--ATGTG---TTA------GTAGTAGTGCTTGCG------------G-AAATAG-----CAA---T---ATT----GT--A---GTTGTAGTAGTA---c
gi|14 : aAGT----AGTA---GTAGTAG---TATTAAAAGTTTCA-GAAGCA------G--CAGCA--GTATC-AATAATAG---------TAATTGTAG----TAGTAGT---ACTGG---AAG---TAGCTGC-AGCAATATG---TGTAGCAGTA---TTAGA---AGCA---GCAGCAGCAatttactactattattattatcatcatcatcct
gi|15 : tGT----GATA---GTAGTAG---TATTAGTATTAGTA-GTAATA------G--TATTA--GTGGT-AGTAGTAA---------CAGTAGTAG----CTGTGGT---GCTGA---TGT---TAGTAGA-AGTAGTAAT---TGTGGTGGT----GTGGT---GGTG---GTGG
gi|16 : GGTAGC---GGTAGCGGTAGTGGT---AATGG---TAATGGTAGTGGCAGTGATTG--A-AGATAGTATTA------G--ATGATAG-AG-ATTT-TGGCAAT---GGCAGTGGTTGTGGTAG
gi|17 : ACTTTAG---------------CAGTA-AC--ATT--AAAAAC----AGTA---GTAGTAGA--TA-TAGTAATGGTA-ATAATA------G--TAGTA--GTAAT-AGTAtcatagctataat
gi|17 : AA---------------CAGTA-GT--AGT--AGATAT----AGTA---ATGGTAA---TAATAGTAGTAGTA-ATAGTA------A--CAACAACACAATCAGTATCAG---------TTGCAGCAA----CAGacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : actttagcagtaacattaaaG----TAGTGGT---TGTAG---TGG---TAGAGGT-AGTAGTA-T---AATGGTAGTA---GTAGT---AGTACATGTAGAAGGAGTT------GCAGTAAC
gi|19 : TAGTAAGATGTAATA------G--TAATA--GTAAA-AGTAGCAG---------TAGTAGTGG----TGGTGAT---GGTGA---TGG---TTGTGG
gi|2 : ac---------------CAGTA-AC--AATTTAGAAAT----AGTA---GTAGTAA---TATTAGTATTATTA-TTATTATTATAAG--TGGTG--GTGGT-GGTCGTGG---------TAGTGGTAG----TAGTAGT---GGTGG---TAG---TAGTTGT-AGTAATAGTATAAATAGTAGAAAAGGTAGA---ATTG---GCAGTGGTCGTAGAGGAGGTGGTAACAACAGTAAAAGTAGTAG---AGTA---GAA------GTAGTGGTAGTAGCAGTA---GTAATAG-CAATAGAAGTCTAG---T---ATTA---AA--A---TTATTAGTAG-G---GTt
gi|2 : TAGAAATAGTA-GTAGTA------A--TATTA--GTATT-ATTATTAT---------TATTATAAG----TGGTGGT---GGTGG---T-----------C--GTGGTAGT---GGTAGTAGTA---GTGGT---GGTA---GTAGTTGTAGTA------ATAGTATAAATAGTAGAAAAGGTAGAATTG--------------GCAGTGGTCGTAGAGGAG---GTG---G-TAACAA-----CAG---TAAAAGTA---GTAGA---GTAGAAGTAGTG---GTAGTAGCAGTtattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|2 : cagtaacaattAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAGTGGTGGTAGTAGTT---G--T-AG-TAATAGTATAAATAGTAGAAAAGGTAGAATTGGCAGTGGT---CGTAGAGGAGGTGGTAACAACAGTAA---------------AAGTA-GTAGAGT--AGAAGT----AGTG---GTAGTAG---CAGTAGTAATAGCA-ATAGAA------GTCTAGTA--TTAAA-ATTATTAG---------TAGGGTTAT----TATTGATATAAATAGAAATAA---AAGTAGC-CGTAGTGGT---TGAAGTGATT---GTAAT---ACTA---CTAGCAGTATT--------TAAT----GTTGTACTAACATTAA--TGGAA---GTA------GTAATGGagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata---GTTGTAG---TTGTTGTTGTAGCA-GCAGCA------G--CAACA--ACAAA-AGCAGCAG---------CAGTAGTAG----TGGTGGT---GGTGG---TTC---TAGTCGT-AGTCGTAGT---AATAGTAGTA---GTAGT---AGTaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctTATAATA-TGATTTTTGTTGCTGT---TGTAGTTGTTGTTGTAGCAACAGCAA---------------CAACA-AA--AGC--AGCAGC----AGTA---GTACTGG---TGGTGGTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcacGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAGTAGTAGTATTAGTA---G--A-AG-TAGAAGCA------GTTGTTATAATAGTATTTGTCGAAGT---TGTAGTATTGGTGGTGGTGACTGTAA---------------CAGTA-GT--AGT--AGAAGT----AGTA---GTTATAG---TAGTAATAGTAGCA-GAAGTA------A--AAATA--CTAAT-AGTAATTG---------TAGACGTAG----TAGTGTT---GGTGG---TGG---TGGTGAC-TGTTGCAGT---TGTAGTGGTA---GTAGT---AGTA---GTAGTAGAAATA------GTAGCAGCAGTAGTGATGGTGGTAG--TTGTA---TTA------GTAGTGGTGGTTGTGGTG---GTGGT-G-TGATAA-----CAG---T---ATTA---GT--A---TTAGAAGTAGTG---GTGGTGGTGGTGgttacttgtc
gi|6 : -TATTAT-----CAT---T---ATTA---TT--A---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGGCGGTG
gi|6 : atTATT-ATTAGTAG---------TAGTAGTGG----TGGTGGC---GGTGG---CGG---CGGCGGC-gcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatTA------T--TATTA--GTAGT-AGTAGTGG---------TGGTGGCGG----TGGCGGC---GGCGG---CGA---AAGCGAC-AGgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AGCGACAGCGGGNNNN---N--N-NN-NNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNTC-AT--AGT--AAAAAT----AGCA---ATAGTAG---TAATAGTATTAGCN-NNNNNN------N--NNNNN--NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNATAGTAGTAG----TAGTAGT---TGTAG---NNN---NNNNNNNTAGTAGTAGT---AGTAGCAGTA---GTAGTTACAGTA---ATAGCAATAATA------GCAGTAGTAATAGTAGCAGCcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagta-TAGAAGTA------GT---AATA-TAGAATAAGCAGAAGT---AGTAATATTAGTAGTAGTTAATTTAG---------------TTGTA-GA--AGT--TG---T----AGTA---GTCGTAG---TAAAACTAGGAGCA-ATAGTA------G--AAGAA--GTAAT-AATAATAG---------TAGTAATAG----AAGTCGT---AGAAG---TAC---TACTAGT-ATTAATATC---ATTATCATNN---NNNNN---NNNN---NNNNNNNNNNNN------NNNNNCGTTGTTGTTATTGTTGTTG--TAGTA---GTAGCTGTTGTAGTTGTAGTAGCCGAA---GTA---G-TAATAG-----TAG---T---ATTA---AT--A---Gattat
gi|8 : agaagtaattaGTAGTA-CGATGGTGG---------------TCGCA-GT--AGT--AA---T----AGCT---GTGGTGG---TGGTGGGGGTTGTG-GTAGTA------T--TATTA--ATAAA-AGCGGTGG---------TGGTGNNNN----NNNNNNN---NNNNN---NNN---NNNNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNNNNN---ATGGT---GGTGACTGTAGCAGTATTG------GTGGTGGTAATAGTAGTAATTATTG--TTGTATTAGTA------GTAGTAGCTGTAGTGATA---GTGGT-A-TA-TG------TAG---T---ATTT---GT--G---GTGGTGATGGTGTTGGTGGT
gi|9 : G---TAGTGGTAATGGTAGTG---------G-TAGCTGTG------ATTGTGATA-T--TGTTTATGATGGT---TGAAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGA---------------TAATG-AT--AAT--GGTAAT----GGTATCGGTTGGTG---TAGTGGTAGTGACA-GTGGCA------T--TGGTA--GTGGC-AGTTG-------------AGTTGTTG----TGATGGT---GTTTG---TAG---TAGTGAC-AGTGGCAGT---GGTTGTCGTA---ATGGT---AATG---ATAATGCTAATA------
Alignments
lowQualScore : 1111 111 222222222 11111111 111 111111 11111111111 111111111 111111111111111111 111111111111111 111111 2222222222222 1111 111 111 111
lowQualScore : 2222 1 0 000 888 1 000000000 5 1 22222222 5 4 66 333 777777 1 2 777 11 3 88888888888 4 3 0 44 3 333333333 1 2 2 55555 666 55555555 0 2 33 0 777777777777777777 000000000000000 333 333 2 0 2 1 444 444 000000 444 2 1 0 3 777 777 0 2 5555555555555 55 5 6 0 1 3333 000 000 777
lowQualScore : .... . . ... ... . ......... . . ........ . . .. ... ...... . . ... .. . ........... . . . .. . ......... . . . ..... ... ........ . . .. . .................. ............... ... ... . . . . ... ... ...... ... . . . . ... ... . . ............. .. . . . . .... ... ... ...
lowQualScore : 3333 0 7 000 888 4 222222222 0 0 11111111 0 4 11 111 999999 0 1 888 44 1 22222222222 9 0 8 66 3 333333333 4 7 5 66666 555 22222222 1 5 22 3 444444444444444444 888888888888888 999 999 3 2 4 8 111 111 888888 777 7 8 7 7 888 888 7 2 8888888888888 33 7 0 1 7 9999 000 000 555
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGCGGTAGTGGT---GATAG---TAGTGGTAGTGGTAGTG---G--A-AG-TAGNAGTG---GT--TGT-GA-TAA--TAGN--ATTT----GTAGCGGT---TGTAGTAGTNGTGGTAGCG---------ACGGTAGCAGTAGT--AG-TA---------GAAGT-AGTA-GTAG---TAG---TAGT----A---GTAGTAGCA-GTAGTAG--TAGTAGTA------------------ATAGTAGTAGTAGTAGT---A------G----TAGTGGT---GGTGG---TGGTAGTGGCAGTAG-TAGTNG---TAGTA---GT---A--GTAGTAGTA---GTAGCA-GTAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGCGGTAGT---TGTA---GTAGTAGTGGCGGTNGC------GGT---GGTAGTG-TAATAGCAGTATTA---GTA---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGG---CGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGCGGTAGTGGT---GATAG---TAGTGGTAGTGGTAGTG---G--A-AG-TAGNAGTG---GT--TGT-GA-TAA--TAGN--ATTN----GTAGCGGT---TGTAGTAGTGGTGGTAGCG---------ACGGTAGCAGTAGT--AG-TA---------GAAGT-AGTA-GTNG---TAG---TAGT----A---GTAGTAGCA-GTAGTAG--TAGTAGTA------------------ATAGTAGTAGTAGTAGT---A------G----TAGTGGT---GGTGG---TGGTAGTGGCAGTAG-TAGTNG---TAGTA---GT---A--GTAGTAGTA---GTAGCA-GTAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGCGGTAGT---TGTA---GTAGTAGTGGCGGTAGC------GGT---GGTGGTG-TAATAGCAGTATTA---GTA---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGG---CGGTG
gi|1 : GTAGTTGTTGT---G------A----TAGTANN---NNNNN---NNNCAGAGGCA-TAGGTAGTGG---CAGTT---GTT--ATCGTAGTTGTT---GTGATA-GTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGACAGTGGCAGTGAATGTG---GTAATGGTAATGGTATC------GGT---TG-AACG-TAGTGGTAGTGACA---GTG---GCAGTGGTTGTG---GTAATGGTATCGGT
gi|1 : gcagttgttatcGTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAGTGGTAGTAGTAGTA---GTGACAG-TGGCAGTG---AA--TGT-GG-TAA--TGGT--AATG----GTATCGGT---TGAAC--GTAGTGGTAGTG---------ACAGTGGCAGTGGT--TG-TG---------GTAAT-GGTA-TCGG---TAGGTGTAGT----G---GTAGTGACA-GTGGCA---TAG--GTA------------------ATGGCAGTTGT--TACT----------G----TAGTTTT---TGTGA---TAGTAGTGGTAGTAG-TAGTAG---TAGTA---GT---G--ACAGTGACA---GTGGCA-GTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGG---TGTA---GTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGT---GGTAATGATAATAGAATTGTTAATGGTACGTGTAGTAGTAATG---GTAGTGG---TGGTaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAGTGGTAGTGACAGTG---G--C-AT-TGAAAGTG---GT--AAT-GA-TAA--TAGA--ATTG----TTAATGGTACGTGTAGTAGTAATGGTAGTG---------GTGGTAG-ATTA-T--GGCTA---------AAATTCATTATGTAT---AAG---GAGTTTAAA---GTAGTAGagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacAGT--AG-TA---------GAAGA-AGTA-GTTA---TAG---TAGT----G---GTAGCAGTA-GTAGCAG--AAGTAGTT------------------ATAGTAGTGGTNNNNNN---N------NNNTATAGTAGT---GGTAG---CAGTAGTAGCAGAAG-TAGTTA---TAGTA---GT---G--GTAGTAACA-----AGTA-CTCGTAGTA
gi|11 : cGTAGCAGTAGT--AG-CA---------AAAGT-AGTA-GTAGAAATAG---TAGT----A---ATTGTAGTA-GTATTGA--TAGCAGCA------------------ACATTATTAGCATCAGT---A------T----TAAT----------------GTA-----AGTAG-TAGTTG---TAGTA---GT---A--GTAGTAACA---TCAGCA-ACAGTAtatattaataatc
gi|12 : G---TAGT----A---GTGGTAATA-ATAATAC--TAATAGTA------------------ATAGTAGTAGTAGTAGT---A------G----TGGTGGT---AGTGG---TGGTGGCGGTANNNN-NNNNNN---NNNNN---NN---N--NNNNNNNNN---NTAGCG-GTAGtaa
gi|13 : aatgataataataaatTAGTA-GTAGTAGTTGCAGCAGCAGTAGTAGCGGTAGA---TGTG---TTAGTAGTAGTGCTTGC------G-----------G-AAATAGCAATATT----GTA---GTTGTAGTAGTA---Gc
gi|14 : aAGT-AGTA-GTAG---TAG---TATT----A---AAAGTTTCA-GAAGCAG--CAGCAGTA------------------TCAATAATAGTAATTGT---A------G----TAGTAGT---ACTGG---AAGTAGCTGCAGCAA-TATGTG---TAGCA---GT---A--TTAGAAGCA---GCAGCA-GCAatttactactattattattatcatcatcatcct
gi|15 : tGT-GATA-GTAG---TAG---TATT----A---GTATTAGTA-GTAATAG--TATTAGTG------------------GTAGTAGTAACAGTAGT---A------G----CTGTGGT---GCTGA---TGTTAGTAGAAGTAG-TAATTG---TGGTG---GT------GTGGTGGTG---GTGG
gi|16 : GGTAGC---GGTAGCGGTAGTGGT---AATGG---TAATGGTAGTGGCAGTGATTG--A-AGATAGTA-------T--TA--GA-TGA--TAGAG-ATTT-----TGGCAAT---GGCAGTGGTTGTGGTAG
gi|17 : TAGCAGTAAC--AT-TA---------AAAAC-AGTA-GTAG---TAGA--TA-T----A---GTAATGGTA-ATAATAG--TAGTAGTA------------------ATAGTAtcatagctataat
gi|17 : acttCAGTAG-TAGTAGATATAGTAATGGT---A--ATAATAGTA---GTAGTA-ATAGTAACAACAACACAATCAGTATC---AGT---TGCA---GCAACAGacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : actttagcagtaacattaaaaa------G----TAGTGGT---TGTAG---TGGTAGAGGTAGTAG-TA-------TAATG---GT---A--GTAGTAGTA---GTA-CATGTAGAAGGAGTTGCAGTA
gi|19 : TAGTAAGATGTAATAG--TAATAGTA------------------AAAGTAGCAGTAGTAGT---G------G----TGGTGAT---GGTGA---TGGTTGTGGac
gi|2 : acAGT-AACA-ATT----TAG---AAAT----A---GTAGTAGTA-ATATTAG--TATTATTA------------------TTATTATTA-TA--AGT---G------G----TGGTGGT---GGTCG---TGGTAGTGGTAGTAG-TAGTGG---TGGTA---GT---A--GTTGTAGTA---ATAGTA-TAAATAGTAGAAAAGGTAGAATTGGCAGTGGT---CGTA---GAGGAGGTGGTAACAAC------AGTAAAAGTAGTA-GAGTAGAAGTAGTG---GTA---GTAGCAGTAGTA---ATAGt
gi|2 : cAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAGTGGTGGTAGTAGTT---G--T-AG-TAATAGTATAAAT--AGTAGA-AAAGGTAGA--ATTG----GCAGTGGT---CGTAGAGGAGGTGGTAACA---------ACAGTAAAAGTAGTAGAG-TA---------GAAGT-AGTG-GTAG---TAG---CAGT----A---GTAATAGCA-ATAGAAGTCTAGTATTA------------------AAATTATTAGTAGGGTT---A------T----TATTGATATAAATAGAAATAAAAGTAGCCGTAG-TGGTTG---AAGTG---AT---T--GTAATACTA---CTAGCA-GTATT--TAAT----GTTGTACTAACATTAAT---GGAA---GTAGTAATGGcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata-GTTG---TAG---TTGT----T---GTTGTAGCA-GCAGCAG--CAACAACA------------------AAAGCAGCAGCAGTAGT---A------G----TGGTGGT---GGTGG---TTCTAGTCGTAGTCG-TAGTAA---TAGTA---GT---A--GTAGTAGTaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctA-TAA--TATG--ATTTTT--GTTGCTGT---TGTAGTTGTTGTTGTAGCA---------ACAGCAACAACAAA--AG-CA---------GCAGC-AGTA-GTAC---TGG---TGGT----G---GTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAGTAGTAGTATTAGTA---G--A-AG-TAGAAGCA---GT--TGT-TA-TAA--TAGT--ATTT----GTCGAAGT---TGTAGTATTGGTGGTGGTG---------ACTGTAACAGTAGT--AG-TA---------GAAGT-AGTA-GTTA---TAG---TAGT----A---ATAGTAGCA-GAAGTAA--AAATACTA------------------ATAGTAATTGTAGACGT---A------G----TAGTGTT---GGTGG---TGGTGGTGACTGTTG-CAGTTG---TAGTG---GT---A--GTAGTAGTA---GTAGTA-GAAATAGTAGCAGCAGTAGTGATGGTGGTAGT---TGTA---TTAGTAGTGGTGGTTGT------GGT---GGTGGTG-TGATAACAGTATTA---GTA---TTAGAAGTAGTG---GTGGTGG---TGGTGgttacttgtc
gi|6 : -TATTATCATTATTA---TTA---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGG---CGGTG
gi|6 : atTAT--TATTAGTA------------------GTAGTAGTGGTGGTGGC---G------G----TGGCGGC---GGCGG---CGAAAGCGACAGgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AGCGACAGCGGGNNNN---N--N-NN-NNNNNNNN---NN--NNN-NN-NNN--NNNN--NNNN----NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNTCAT--AG-TA---------AAAAT-AGCA-ATAG---TAG---TAAT----A---GTATTAGCN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTAGTAGTAGTAGT---T------G----TAGNNNN---NNNNN---N--TAGTAGTAGTAG-TAGCAG---TAGTA---GTTACA--GTAATAGCA---ATAATA-GCAGTAGTAATAGTAGCAGCATTAcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAAT---TATAG---AAGTAGTAATA-TAGAA---T--A-AG-CAGAAGTA---GTAATAT-TAGTAG--TAGTTAATTTAGTTGTAGAAGT---TGTAGTAGTCGTAGTAA-A---------AC--TAGGAGCAAT--AG-TA---------GAAGA-AGTA-ATAA---TAA---TAGT----A---GTAATAGAA-GTCGTAG--AAGTACTA------------------CTAGTATTAATATCATT---ATCATNNN----NNNNNNN---NNNNN---NNNNNNNNNNNNNCG-TTGTTG---TTATT---GT---T--GTTGTAGTA---GTAGCT-GTTGTAGTTGTAGTAGCCGAAGTAGTAATAGT---AGTA---TTAATAGt
gi|8 : agaGTAGTA-CG---------ATGGTGGTCGCAGT--AG-TA---------A---T-AGCT-GTGG---TGG---TGGT----G---GGGGTTGTG-GTAGTAT--TATTAATA------------------AAAGCGGTGGTGGTGNN---N------N----NNNNNNN---NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNNN---NN---N--ATGGTGGTGACTGTAGCA-GTATTGGTGGTGGTAATAGTAGTAATTATTGT---TGTATTAGTAGTAGTAGCTGTAGT------GAT---AGTGGTA-TA-T-GTAGTATTT---GTG---GTGGTGATGGTGTTGGTGGT
gi|9 : G---TAGTGGTAATGGTAGTG---G-------TAGCTGTG---AT--TGT-GA-TAT--TG-----TTT----ATGATGGT---TGAAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGATAATGATAATGGTAAT--GG-TATCGGTTGGTGTAGT-GGTA-GTGA---CAG---TGGC----ATTGGTAGTGGCA-GTTG-AG--TTGTTGTG------------------ATGGTGTTTGTAGTAGTGACA------G----TGGCAGT---GGTTG---TCGTAATGGTAATGA-TAATGC---TAATA---
Alignments
lowQualScore : 1111 111 111 11111111 111111111111111 11111 111111111111111111 111111 222222222
lowQualScore : 0 2222 1 1 000 000 55555555 4 1 111111111111111 666 55 9999 0 0 55555 3 0 1 0 77777 444 44 3 0 2 666 333 333 2 1 4444 333 2 55555 33 444 777777777777777777 444 33 2 5555 444 444 444 3 0 0 1 444 444 444 3 0 3 5 1 77777 777 99999999 1 2 1 444444 2 888888888 888 888 66 888 2
lowQualScore : . .... . . ... ... ........ . . ............... ... .. .... . . ..... . . . . ..... ... .. . . . ... ... ... . . .... ... . ..... .. ... .................. ... .. . .... ... ... ... . . . . ... ... ... . . . . . ..... ... ........ . . . ...... . ......... ... ... .. ... .
lowQualScore : 7 7777 0 4 000 000 88888888 0 0 111111111111111 000 99 2222 1 9 55555 6 1 0 1 77777 999 22 1 7 7 111 999 999 2 0 7777 777 2 99999 22 111 444444444444444444 444 44 9 0000 111 111 111 0 7 8 9 444 444 444 1 2 6 8 4 66666 000 99999999 5 2 0 444444 2 000000000 888 888 99 888 1
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAGTGGTAGTGGTAGTG---G--N-AG-TAGNA---GTG---GTTGT-GATAA--TAG-NATTN--GTAGCGGT-----TGT-AGTAGTGGTGGTAGCGACNGTAGCAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TAG---TAG-TAGT----AG---TAGTAGCA-GT-----AGTAG--TA---GTAGTA------------------ATAGTAGTA---GTAGT--AGTAG----TAGTGGT---GGTG---G---TGGTAGTGGCAGTAGTAGTNG---TAGTA---GT---AGTAGTAGTAGTAGCA-GTAGTAGT-AGTAGCGGTAGTAGTA--GCGGTA---G--TT----GTAGTAGTAGTGGCGGTGGC------GGTGGT---GGT-G-TAATAGCAGT---ATTA---GT--A---GTAGNAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGCGGTAGTGGT---GATAG---TAGTGGTAGTGGTAGTG---G--A-AG-TAGNA---GTG---GTTGT-GATAA--TAG-NATTT--GTAGCGGT-----TGT-AGTAGTNGTGGTAGCGACGGTAGCAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TAG---TAG-TAGT----AG---TAGTAGCA-GT-----AGTAG--TA---GTAGTA------------------ATAGTAGTA---GTAGT--AGTAG----TAGTGGT---GGTG---G---TGGTAGTGGCAGTAGTAGTNG---TAGTA---GT---AGTAGTAGTAGTAGCA-GTAGTAGT-AGTAGCAGTAGTAGTA--GCGGTA---G--TT----GTAGTAGTAGTGGCGGTNGC------GGTGGT---AGT-G-TAATAGCAGT---ATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|1 : ---G---CAG---TTG-TTAT----CG---TAGTTGTT-GT-----GATAG--TA---NNNNNN------------------NNNNCAGAG---GCA-T--AG--G----TAGTGGC---AGTT---G---TTATCGTAGTTGTTGTGATAG---TAGTG---GT---AGTAGTAGTAGTGACA-GTGGCAGTGAAT-GTGGTAATGGTA--ATGGTATCGG--TTGAACGTAGTGGTAGTGACAGTGGC------AGTGGT-----T-G-TGGTAATGGT---ATCG---GT--A---G--GT-GTAGTGGTAGTGACAGTG
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAGTGGTAGTAGTAGTA---GTGACAG-TGGCA---GTG---AATGT-GGTAA--TGG-TAATG--GTATCGGT-----TGA-AC--GTAGTGGTAGTGACAGTGGCAGTG--GT--TG-TGGTAAT-GGTATCGG---TAG---GTG-TAGT----GG---TAGTGACA-GT-----GGCA---TA---G--GTA------------------ATGGCAGTT---GT--T--ACT-G----TAGTTTT---TGTG---A---TAGTAGTGGTAGTAGTAGTAG---TAGTA---GT---GACAGTGACAGTGGCA-GTGGTTTT-AGTAATGGTAATGGTA--TCGGTA---G--GT----GTAGTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGTGGT---AAT-GATAATAGAATT---GTTAATGGT--ACGTGTAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTgcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAGTGGTAGTGACAGTG---G--C-AT-TGAAA---GTG---GTAAT-GATAA--TAG-AATTG--TTAATGGTACG--TGT-AGTAGTAATGGTAGTGGTGGTAG-ATTA---T--GGCTAAAATTCATTAT--G---TAT---AAG-GAGTTTAAAG---TAGTAGagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacA--GT--AG-TAGAAGA-AGTA---G---TTA---TAG-TAGT----GG---TAGCAGTA-GT-----AGCAG--AA---GTAGTT------------------ATAGTAGTG---GTNNN--NNNNNNNTATAGTAGT---GGTA---G---CAGTAGTAGCAGAAGTAGTTA---TAGTA---GT---GGTAGTAACA--AGTA-CTCGTAGT-A
gi|11 : cGTAGCAGTA--GT--AG-CAAAAGT-AGTA---G---TAGAAATAG-TAGT----AA---TTGTAGTA-GT-----ATTGA--TA---GCAGCA------------------ACATTATTA---GCATC--AGTAT----TAAT-------------------GTA-----AGTAGTAGTTG---TAGTA---GT---AGTAGTAACATCAGCA-ACAGTAtatattaataatc
gi|12 : ---G---TAG---TAG-TGGT----AA---TAATAATA-CT-----AATAG--TA---ATAGTA------------------GTAGTAGTA---GTAGT--GGTGG----TAGTGGT---GGTG---G---CGGTANNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---NN---NNNNNTAGCGGTAGCtaa
gi|13 : aatgataataataaatTAGTAGTA-GTAGTTGC-AGCAGCA---GTAGTA--GCGGTA---G--AT----GTGTTAGTAGTAGTGCTTGC------GG-------A------AATAGCAAT---ATT----GT--A---GTTGTAGTAGTAG
gi|13 : a-AG-TAGTA---GTA---GTTGC-AGCAG--CAG-TA-----GTAGCGGTAGATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGCGGAAATAGCAATATTGT--AG-TTGTAGT-AGTA---GATTTAC---TAC-TATT----AT---TATTATCA-atttactactattattattatcatcatcatcct
gi|14 : atAGT-AGTA---G---TAG---TAG-TATT----AA---AAGTTTCA-GA-----AGCAG--CA---GCAGTA------------------TCAATAATA---GTAAT--TGTAG----TAGTAGT---ACTG---G---AAGTAGCTGCAGCAATATGTG---TAGCA---GT---ATTAGAAGCAGCAGCA-GCAtcatcatcct
gi|15 : tGT-GATA---G---TAG---TAG-TATT----AG---TATTAGTA-GT-----AATAG--TA---TTAGTG------------------GTAGTAGTA---ACAGT--AGTAG----CTGTGGT---GCTG---A---TGTTAGTAGAAGTAGTAATTG---TGGTG---GT----GTGGTGGTGGTGG
gi|16 : GGTAGC---GGTAGCGGTAGTGGT---AATGG---TAATGGTAGTGGCAGTGATTG--A-AGATAGTA----------TTA--GATGA--TAGAGATTT---TGGCAAT-----GGC-AGTGGTTGTGGTAG
gi|17 : TAGCAGTA--AC--AT-TAAAAAC-AGTA---G---TAG---TAGATA-T----AG---TAATGGTA-AT-----AATAG--TA---GTAGTA------------------ATAGTAtcatagctataat
gi|17 : acttCAGTAGTAGTAGATATAGTAATGGT---AATAATAGTAGTAGTA-ATAGTAAC-AACAACACAATCAGTA--TC---A---G--TT----GCAGCAACAGacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : actttagcagtaacattaaaaaG----TAGTGGT---TGTA---G---TGGTAGAGGTAGTAGTA-------TAATG---GT---AGTAGTAGTAGTA-CATGTAGAAGG-AGTTGCAGTA
gi|19 : ---TAGTAAGATGT-----AATAG--TA---ATAGTA------------------AAAGTAGCA---GTAGT--AGTGG----TGGTGAT---GGTG---A---TGGTTGTGGac
gi|2 : acAGTAACA-ATTTAGAAATAG--TA---GTAGTA------------------ATATTAGTA---TTATT--ATTAT----TATTATA---AGTG---G---TGGTGGTGGTCGTGGTAGTGG---TAGTA---GT---AGTGGTGGTAGTAGTT-GTAGTAAT-AGTATAAATAGTAGAA--AAGGTA---GAATT----G-----GCAGTGGTCGTAGA------GGAGGT---G---G-TAACAACAGTAAAAGTA---GTAGA---GTAGAAGTAGTGGTAGTAGCAGTt
gi|2 : cAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAGTGGTGGTAGTAGTT---G--T-AG-TAATA---GTATAAATAGTAGAAAAGGTAG-AATTG--GCAGTGGT-----CGT-AGAGGAGGTGGTAACAACAGTAAAAGTA--GTAGAG-TAGAAGT-AGTG---G---TAG---TAG-CAGT----AG---TAATAGCA-AT-----AGAAGTCTA---GTATTA------------------AAATTATTA---GTAGG--GTTAT----TATTGATATAAATA---GAAATAAAAGTAGCCGTAGTGGTTG---AAGTG---AT---TGTAATACTACTAGCA-GTATT--T-AAT----GTTGTACTA--ACATTA---A--TG----GAAGTAGTAATGGagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata---G---TTG---TAG-TTGT----TG---TTGTAGCA-GC-----AGCAG--CA---ACAACA------------------AAAGCAGCA---GCAGT--AGTAG----TGGTGGT---GGTG---G---TTCTAGTCGTAGTCGTAGTAA---TAGTA---GT---AGTAGTAGTaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctATAA--TAT-GATTTTTGTTGCTGT-----TGT-AGTTGTTGTTGTAGCAACAGCAACAACA--AA--AG-CAGCAGC-AGTA---G---TAC---TGG-TGGT----GG---Tgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAGTAGTAGTATTAGTA---G--A-AG-TAGAA---GCA---GTTGT-TATAA--TAG-TATTT--GTCGAAGT-----TGT-AGTATTGGTGGTGGTGACTGTAACAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TTA---TAG-TAGT----AA---TAGTAGCA-GA-----AGTAA--AA---ATACTA------------------ATAGTAATT---GTAGA--CGTAG----TAGTGTT---GGTG---G---TGGTGGTGACTGTTGCAGTTG---TAGTG---GT---AGTAGTAGTAGTAGTA-GAAATAGT-AGCAGCAGTAGTGATG--GTGGTA---G--TT----GTATTAGTAGTGGTGGTTGT------GGTGGT---GGT-G-TGATAACAGT---ATTA---GT--A---TTAGAAGTAGTGGTGGTGGTGGTGgttacttgtc
gi|6 : -TATTATCATT---ATTA---TT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|6 : atTATTAGTA--GTAGTA---G--TG----GTGGTGGCGGTGGCGGCGGC------GGCGAA---AGC-G---ACAGCGGgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcattatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AGCGACAGCGGGNNNN---N--N-NN-NNNNN---NNN---NNNNN-NNNNN--NNN-NNNNN--NNNNNNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC--AT--AG-TAAAAAT-AGCA---A---TAG---TAG-TAAT----AG---TATTAGCN-NN-----NNNNN--NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTAGTA---GTAGT--AGTTG----TAGNNNN---NNNN---N---N--TAGTAGTAGTAGTAGCAG---TAGTA---GTTACAGTAATAGCAATAATA-GCAGTAGT-AATAGTAGCAGCATTA--gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagta-TAGAA---GTA---GT----AATA---TAG-AATAA--GCAGAAGT-----AGT-AATATTAGTAGTAGT-----TAAT-TTA--GT--TG-TAGAAGT-TGTA---G---TAG---TCG-TAGT----AAAACTAGGAGCA-AT-----AGTAG--AA---GAAGTA------------------ATAATAATA---GTAGT--AATAG----AAGTCGT---AGAA---G---TACTACTAGTATTAATATCAT---TATCA---TN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNCGTTGTTGTTATT--GTTGTT---G--TA----GTAGTAGCTGTTGTAGTTGT------AGTAGCCGAAGTAG-TAATAGTAGT---ATTA---AT--A---Gt
gi|8 : agaagtaattaGTAGTACGATGGTG---G--TC----GCAGTAGTAATAGCTGTGGT------GGTGGT---GGG-GGTTGTGGTAGT---ATTA---TT--A---ATAAAAGCGGTGGTGGTG
gi|8 : GTGGTGGTGGTGGG---GGTTGTGGTAGTATT---ATTAA---TAAAAGCGGTGGTGGTG---N--N-NN-NNNNN---NNN---NNNNN-NNNNN--NNN-NNNNN--NNNNNNNN-----NNN-NNNNATGGTGGT---GACTGTAGCAGTA--TT--GG-TGGTGGT-AATA---G---TAG---TAA-TTAT----TG---TTGTATTA-GT-----AGTAG--TAGCTGTAGTG------------------ATAGTGGTATATGTAGT--ATTTG----TGGTGGT---GATG---G---TGTTGGTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtggtgactgtagcagtattggtggtggtaatagtagtaattattgttgtattagtagtagtagctgtagtgatagtggtatatgtagtatttgtggtggtgatggtgttggtggt
gi|9 : gtagtacgatggtggtcgcagtagtaatagctGGTAGTGGTAATG---G--T-AG-TGGTAGCTGTG---ATTGT-GATAT--T----GTTT--ATGATGGT-----TGA-AGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGATAATG--AT--AA-T---GGT-AATG---G---TAT---CGG-T--T----GG---T-GTAGTG-GT-----AGTGA--CA---GTGGCA------------------TTGGTAGTG---GCAGTTGAGTTG----TTGTGAT---GGTGTTTG---TAGTAGTGACAGTGGCAGTGG---TTGTC---GT---AATGGTAATGATAt
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 11111111 1111111111111111 11111 1111111111111111111 33333333333333333333333 111 1111 111
lowQualScore : 0 2222 1 888 3333 66 4 00000000 4 1 0000000000000000 55 999999 6666 0 0 55555 3 0 2 0 5 4 0 666 44 3 0 2 666 444 444 333 2 33 55555555 0 2 333 5555555555555555555 2 2 22 7777777 4444 333 4444444 1 0 1 5555 444 555 1 1 33 0 888 7 2 1 11111111111111111111111 1 000 2222 77 777 1
lowQualScore : . .... . ... .... .. . ........ . . ................ .. ...... .... . . ..... . . . . . . . ... .. . . . ... ... ... ... . .. ........ . . ... ................... . . .. ....... .... ... ....... . . . .... ... ... . . .. . ... . . . ....................... . ... .... .. ... .
lowQualScore : 7 7777 0 888 2222 99 4 00000000 0 0 9999999999999999 00 666666 3333 1 9 55555 6 1 2 1 0 5 6 222 22 1 7 7 555 111 111 999 2 11 88888888 5 2 111 6666666666666666666 1 1 99 8888888 2222 555 1111111 1 3 0 7777 777 000 5 6 11 1 444 1 2 0 66666666666666666666666 7 000 3333 99 999 0
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAGTG---GT---AG-TAGTA---GT---GGTTGT-GATAA--T--AG-NATTN--GTAGCGGT-----TGT-AGTAGTGGTGGTAGCGACNGTAGCAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TAG---TAG---T-A--GT----A---GTAGTAGCA-GTAGTAG--TAGTAGTA------------------ATAGTAGTAGTA-G-T--AGTA------G----TAGTGGT---GGTG---G---TGGTAGTGGCAGTAGTAGTNGTAGTAGT---AGTAGTAGCA---GTAGC---AGNAGTAGTAGTAGCGGTAGTAGTA--GCGGTAGTCGTAGTAGTAGTGGCGGTGGC------GGT---G---GTGGTG-TAATAGCA---GTATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAGTG---GN---AG-TAGNA---GT---GGTTGT-GATAA--T--AG-NATTN--GTAGCGGT-----TGT-AGTAGTGGTGGTAGCGACNGTAGCAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TAG---TAG---T-A--GT----A---GTAGTAGCA-GTAGTAG--TAGTAGTA------------------ATAGTAGTAGTA-G-T--AGTA------G----TAGTGGT---GGTG---G---TGGTAGTGGCAGTAGTAGTNGTAGTAGT---AGTAGTAGTA---GTAGC---AGTAGTAGTAGTAGCGGTAGTAGTA--GCGGTAGTTGTAGTAGTAGTGGCGGTGGC------GGT---G---GTGGTG-TAATAGCA---GTATTA---GT--A---GTAGNAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|1 : GCAGTT-G-T--TATC------G----TAGTTGT---TGTG---A---TAGTANNNNNNNNNNCAGAGGCA-TAG-----GTAGTGGCA---GTTGT---TATCGTAGTTGTTGTGATAGTAGT-----GGTAGT---AGTAGTAGTGACAGTGGC------AGT---GAATGTG--G-TAATGGTAATGGTATCG---GTTGAAC-GTAGTGGTAGTGACAGTGGCAGTG
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTAGTAGTA---GTGACAG-TGGCA---GT---GAATGT-GGTAA--T--GG-TAATG--GTATCGGT-----TGA-AC--GTAGTGGTAGTGACAGTGGCAGTG--GT--TG-TGGTAAT-GGTATCGG---TAG---GTG---T-A--GT----G---GTAGTGACA-GTGGCA---TAG--GTA------------------ATGGCAGTTGT----T--ACT-------G----TAGTTTT---TGTG---A---TAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGT---GACAGTGACA---GTGGC---AGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTA--TCGGTAGGTGTAGTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGT---G---GTAATGATAATAGAA---TTGTTAATGGT--ACGTGTAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTgttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAG--TG-GTAGTGACAGTG---GC---AT-TGAAA---GT---GGTAAT-GATAA--T--AG-AATTG--TTAATGGTACG--TGT-AGTAGTAATGGTAGTGGTGGTAG-ATTA---T--GGCTAAAATTCATTAT--G---TAT---AAG---G-A--GTTTAAA---GTAGTAGagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacA--GT--AG-TAGAAGA-AGTA---G---TTA---TAG---T-A--GT----G---GTAGCAGTA-GTAGCAG--AAGTAGTT------------------ATAGTAGTGGTN-N-N--NNNN------NNNTATAGTAGT---GGTA---G---CAGTAGTAGCAGAAGTAGTTATAGTAGT---GGTAGTAACA-----AGT---ACTCGTAGTA
gi|11 : cGTAGCAGTA--GT--AG-CAAAAGT-AGTA---G---TAGAAATAG---T-A--GT----A---ATTGTAGTA-GTATTGA--TAGCAGCA------------------ACATTATTAGCA-T-C--AGTA------T----TAAT-------------------GTA-----AGTAGTAGTTGTAGTAGT---AGTAGTAACA---TCAGC---AACAGTAtatattaataatc
gi|12 : ---G---TAG---TAG---T-G--GT----A---ATAATAATA-CTAATAG--TAATAGTA------------------GTAGTAGTAGTA-G-T--GGTG------G----TAGTGGT---GGTG---G---CGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNTAGCG---GTAGC---taa
gi|13 : aatgataataataaatTAGT---AGTAGTAGTTGCAGCAGCAGTAGTA--GCGGTAGATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGC------G--------------G-AAATAGCA---ATATT----GT--A---GTTGTAGTAGTAG
gi|13 : a---AG-TAGTA---GT---AGTTGC----AG--C--AG-CAGTA--GTAGCGGTAGATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGCGGAAATAGCAATATTGT--AG-TTGTAGT-AGTA---GATTTAC---TAC---T-A--TT----A---TTATTATCA-atttactactattattattatcatcatcatcct
gi|14 : atAGT-AGTA---G---TAG---TAG---T-A--TT----A---AAAGTTTCA-GAAGCAG--CAGCAGTA------------------TCAATAATAGTA-A-T--TGTA------G----TAGTAGT---ACTG---G---AAGTAGCTGCAGCAATATGTGTAGCAGT---ATTAGAAGCA---GCAGC---AGCAtcatcatcct
gi|15 : tGT-GATA---G---TAG---TAG---T-A--TT----A---GTATTAGTA-GTAATAG--TATTAGTG------------------GTAGTAGTAACA-G-T--AGTA------G----CTGTGGT---GCTG---A---TGTTAGTAGAAGTAGTAATTGTGGTGGT----GTGGTGGTG---GTGG
gi|16 : GGTAGC---GGTAGCGGTAGTGGT---AATGG---TAA--TG-GTAGTGGCAGTGATTGA---AGATAGTA----------TTA--GATGA--T--AGAGATTT---TGGCAAT-----GGC-AGTGGTTGTGGTAG
gi|17 : ACTTTAGCAGTA--AC--AT-TAAAAAC-AGTA---G---TAG---TAGATAT-A--GT----AATGGTAATAATA-GTAGTAG--TAATAGTA------------------ACAtcatagctataat
gi|17 : A-GCAGTAA--CATTAAAA------------------ACAGTAGTAGTA-GAT--A-TA------G----TAATGGT---AATA---A---TAGTAGTAGTAATAGTAACAACAACACA---ATCAGTATCA---GTTGC---AGCAACAGacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : acttt------G----TAGTGGT---TGTA---G---TGGTAGAGGTAGTAGTA-TAATGGTAGT---AGTAGTAGTACATGTAGA---AGGAGTTGCAGTAAC
gi|19 : TAGTAAGATGTAATAG--TAATAGTA------------------AAAGTAGCAGTA-G-T--AGTG------G----TGGTGAT---GGTG---A---TGGTTGTGG
gi|2 : ac---T-A--GA----A---ATAGTAGTA-GTAATAT--TAGTATTA------------------TTATTATTATTA-T-A--AGTG------G----TGGTGGT---GGTC---G---TGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTAGT---AGTTGTAGTA---ATAGT---ATAAATAGTAGAAAAGGTAGAATTG--GCAGTGGTCGTAGAGGAGGTGGTAACAAC------AGTAAAA---GTAGTA-GAGTAGAA---GTAGTG---GT--A---GTAGCAGTAGTAATAGt
gi|2 : cagtaacaattAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAG--TG-GTGGTAGTAGTT---GT---AG-TAATA---GTATAAATAGTAGAAAAGGT--AG-AATTG--GCAGTGGT-----CGT-AGAGGAGGTGGTAACAACAGTAAAAGTA--GTAGAG-TAGAAGT-AGTG---G---TAG---TAG---C-A--GT----A---GTAATAGCA-ATAGAAGTCTAGTATTA------------------AAATTATTAGTA-G-G--GTTA------T----TATTGATATAAATA---GAAATAAAAGTAGCCGTAGTGGTTGAAGTGAT---TGTAATACTA---CTAGC---AGTATT--TAAT----GTTGTACTA--ACATTAATGGAAGTAGTAATGGcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata---G---TTG---TAG---T-T--GT----T---GTTGTAGCA-GCAGCAG--CAACAACA------------------AAAGCAGCAGCA-G-T--AGTA------G----TGGTGGT---GGTG---G---TTCTAGTCGTAGTCGTAGTAATAGTAGT---AGTAGTAGTaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctATAA--T--AT-GATTTTTGTTGCTGT-----TGT-AGTTGTTGTTGTAGCAACAGCAACAACA--AA--AG-CAGCAGC-AGTA---G---TAC---TGG---T-G--GT----G---GTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TA-GTAGTATTAGTA---GA---AG-TAGAA---GC---AGTTGT-TATAA--T--AG-TATTT--GTCGAAGT-----TGT-AGTATTGGTGGTGGTGACTGTAACAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TTA---TAG---T-A--GT----A---ATAGTAGCA-GAAGTAA--AAATACTA------------------ATAGTAATTGTA-G-A--CGTA------G----TAGTGTT---GGTG---G---TGGTGGTGACTGTTGCAGTTGTAGTGGT---AGTAGTAGTA---GTAGT---AGAAATAGTAGCAGCAGTAGTGATG--GTGGTAGTTGTATTAGTAGTGGTGGTTGT------GGT---G---GTGGTG-TGATAACA---GTATTA---GT--A---TTAGAAGTAGTGGTGGTGGTGGTGgttacttgtc
gi|6 : -TATTATCA---TTATTA---TT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|6 : atTA------------------TTATTAGTAGTA-G-T--AGTG------G----TGGTGGC---GGTG---G---CGGCGGCGGCgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatTAT--TATTAGTA------------------GTAGTAGTGGTG-G-T--GGCG------G----TGGCGGC---GGCG---G---CGAAAGCGACAGgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AG--CG-ACAGCGGGNNNN---NN---NN-NNNNN---NN---NNNNNN-NNNNN--N--NN-NNNNN--NNNNNNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC--AT--AG-TAAAAAT-AGCA---A---TAG---TAG---T-A--AT----A---GTATTAGCN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTAGTAGTA-G-T--AGTT------G----TAGNNNN---NNNN---N---N--TAGTAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTTACAGTAATAGCA---ATAAT---AGCAGTAGTAATAGTAGCAGCATTA--cgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAGT---AATA----TAGAATAAGCAGAAGTAGTA---AT---AT-TAGTA---GT---AGTT------AA--TTTAG----TT--GTAGAAGT-----TGT-AGTAGTCGTAGTAA-AAC--TAGGAGCA--AT--AG-TAGAAGA-AGTA---A---TAA---TAA---T-A--GT----A---GTAATAGAA-GTCGTAG--AAGTACTA------------------CTAGTATTAATA-T-C--ATTATCATNNN----NNNNNNN---NNNN---N---NNNNNNNNNNNNNCGTTGTTGTTATTGT---TGTTGTAGTA---GTAGCTGTTGTAGTTGTAGTAGCCGAAGTAGTA--ATAGTAGTATTAATAGt
gi|8 : agaagtaattatagaGTAGTACGATGGTGGTCGCAGTAGTAATAGCTGTGGT------GGT---G---GTGGGGGTTGTGGTA---GTATTA---TT--A---ATAAAAGCGGTGGTGGTG
gi|8 : GTGGTGGTGGTGGG---GGTTGTGGTAGTATT---ATTAA---TAA--AA-GCGGTGGTGGTG---NN---NN-NNNNN---NN---NNNNNN-NNNNN--N--NN-NNNNN--NNNNNNNN-----NNN-NNNNATGGTGGT---GACTGTAGCAGTA--TT--GG-TGGTGGT-AATA---G---TAG---TAA---TTATTGT----T---GTATTAGTA-GTAGTAG--CTGTAGTG------------------ATAGTGGTA-TATG-T--AGTA------T----TTGTGGT---GGTG---A---TGGTGTTGGTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtggtgactgtagcagtattggtggtggtaatagtagtaattattgttgtattagtagtagtagctgtagtgatagtggtatatgtagtatttgtggtggtgatggtgttggtggt
gi|9 : gtagtacgatggtggtcgcagtagtaatagctG-GTAGTGGTAATG---GT---AG-TGGTAGCTGT---GATTGT-GATAT--T------GTTT--ATGATGGT-----TGA-AGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGATAATG--AT--AA-T---GGT-AATG---G---TAT---CGG---T-----T----G---GT-GTAGTG-GTAGTGA--CAGTGGCA------------------TTGGTAGTGGCA-G-TTGAGTT------G----TTGTGAT---GGTGTTTG---TAGTAGTGACAGTGGCAGTGGTTGTCGT---AATGGTAATG---ATA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 111111111111111 11 111 222222222222222 111111111111111111 111111111111111 3333333333333333 111 111111111111 111
lowQualScore : 2222 1 000 4444 77 5 1 777 4 555555555555555 55 55 00 6666 0 444 777 3 2 4 000000000000000 77 44 1 5555 444 444 444 444 444 0 2 444 0 666666666666666666 3333 8888888 4444 333 000000000000000 0 0 33 1 5555 0 2 444 1 1 44 0 2 77 888 2 3 6666666666666666 5 5 3 0 1 000 999999999999 000
lowQualScore : .... . ... .... .. . . ... . ............... .. .. .. .... . ... ... . . . ............... .. .. . .... ... ... ... ... ... . . ... . .................. .... ....... .... ... ............... . . .. . .... . . ... . . .. . . .. ... . . ................ . . . . . ... ............ ...
lowQualScore : 3333 0 000 3333 99 0 1 888 4 333333333333333 55 55 33 7777 9 000 000 4 5 5 888888888888888 33 22 8 7777 111 111 111 111 111 5 2 222 1 444444444444444444 3333 4444444 5555 777 666666666666666 5 6 22 0 7777 9 7 777 0 9 11 1 2 66 888 2 7 0000000000000000 2 7 9 1 7 000 444444444444 000
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGCGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAGTGGT---AGTAG-TA---GT---GGTTGT-GATAA--T--AG-NATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACGGTAG---------------CAGTA--GT--AGTAGAAGT----AGTA---G---TAG---TAG---TAGTA---GTAGTAGCA-GTAGTAG--TAGTAGTA------------------ATAGTAGTAGTAG-T--AGTA------G----TAGTGGT---GGTG---G---T----G--GTAGTGGCAGTAG--TAGTNGTAGTAGT---AGTAGTAGCA-GTAGC---AGTAGTAGTAGTAGCGGTAGTAGTAGCGGTAGTTGTA---GTAGTAGTGGCGGTNGC------GGT---G---GTGGTG-TAATAGCA---GTATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAGTGGT---AGTAG-TA---GT---GGTTGT-GATAA--T--AG-NATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTGGTGGTAGCGACNGTAG---------------CAGTA--GT--AGTAGAAGT----AGTA---G---TAG---TAG---TAGTA---GTAGTAGCA-GTAGTAG--TAGTAGTA------------------ATAGTAGTAGTAG-T--AGTA------G----TAGTGGT---GGTG---G---T----G--GTAGTGGCAGTAG--TAGTNGTAGTAGT---AGTAGTAGCA-GTAGC---AGNAGTAGTAGTAGCGGTAGTAGTAGCGGTAGTCGTA---GTAGTAGTGGCGGTGGC------GGT---G---GTGGTG-TAATAGCA---GTATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGGCGGTG
gi|1 : GCAGTTG-T--TATC------G----TAGTTGT---TGTG---A---T----A--GTANNNNNNNNNN--CAGAGGCA-TAG-----GTAGTGGCA-GTTGT---TATCGTAGTTGTTGTGATAGTAGT---GGTA---GTA---GTAGTAGTGACAGTGGC------AGT---GAATGTG--G-TAATGGTAATGGTATCG---GTTGAAC-GTAGTGGTAGTG---ACAGTGGCAGTG
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTAGTAGTAGTGACAGTGG-CA---GT---GAATGT-GGTAA--T--GG-TAATG--GTATCGGT---TG---AAC--GTAGTGGTAGTGACAGTGG---------------CAGTG--GT--TGTGGTAAT----GGTATCGG---TAG---GTG---TAGTG---GTAGTGACA-GTGGCA---TAG--GTA------------------ATGGCAGTTGT---T--ACT-------G----TAGTTTT---TGTG---A---T----A--GTAGTGGTAGTAG--TAGTAGTAGTAGT---GACAGTGACA-GTGGC---AGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTA---GTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGT---G---GTAATGATAATAGAA---TTGTTAATGGT--ACGTGTAGTAGTAATG---GTAGTGGTGGTgttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAG--TG-GTAGTGACAGTGGC---ATTGA-AA---GT---GGTAAT-GATAA--T--AG-AATTG--TTAATGGTACGTG---TAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTAGATTATGGCTAAAATTCATTAT-GT--ATAAGGAGTTTAAAGTA---G---TAG---agattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacA--GT--AGTAGAAGA----AGTA---G---TTA---TAG---TAGTG---GTAGCAGTA-GTAGCAG--AAGTAGTT------------------ATAGTAGTGGTNN-N--NNNN------NNNTATAGTAGT---GGTA---G---C----A--GTAGTAGCAGAAG--TAGTTATAGTAGT---GGTAGTAACA---AGT---ACTCGTAGTA
gi|11 : cGTAG---------------CAGTA--GT--AGCAAAAGT----AGTA---G---TAGAAATAG---TAGTA---ATTGTAGTA-GTATTGA--TAGCAGCA------------------ACATTATTAGCAT-C--AGTA------T----TAAT-------------------------GTA-----AGTAG--TAGTTGTAGTAGT---AGTAGTAACA-TCAGC---AACAGTAtatattaataatc
gi|12 : ---G---TAG---TAG---TGGTA---ATAATAATA-CTAATAG--TAATAGTA------------------GTAGTAGTAGTAG-T--GGTG------G----TAGTGGT---GGTG---G---C----G--GTANNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNTAGCG-GTAGC---taa
gi|13 : aatgataataataaatTAGT---AGTAGTAGTTGCAGCAGCAGTAGTAGCGGTAGATGTG---TTAGTAGTAGTGCTTGC------G--------------G-AAATAGCA---ATATT----GT--A---GTTGTAGTAGTA---
gi|13 : aTAGT---AGTAG-TA---------GTTG----CAG--C--AG-CAGTA--GTAGCGGTAGATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGCGGAAATAG---------------CAATATTGT--AGTTGTAGT----AGTA---GATTTAC---TAC---TATTA---TTATTATCA-atttactactattattattatcatcatcatcct
gi|14 : aAGT----AGTA---G---TAG---TAG---TATTA---AAAGTTTCA-GAAGCAG--CAGCAGTA------------------TCAATAATAGTAA-T--TGTA------G----TAGTAGT---ACTG---G---A----A--GTAGCTGCAGCAA--TATGTGTAGCAGT---ATTAGAAGCA-GCAGC---AGCAtcatcatcct
gi|15 : tGT----GATA---G---TAG---TAG---TATTA---GTATTAGTA-GTAATAG--TATTAGTG------------------GTAGTAGTAACAG-T--AGTA------G----CTGTGGT---GCTG---A---T----G--TTAGTAGAAGTAG--TAATTGTGGTGGT----GTGGTGGTG-GTGG
gi|16 : GGTAGC---GGTAGCGGTAGTGGT---AATGG---TAA--TG-GTAGTGGCAGTGAT---TGAAGATA---GT----ATTA--GATGA--T--AGAGATTT---TGGCAAT---GG---CAGTGGTTGTGGTAG
gi|17 : ACTTTAG---------------CAGTA--AC--ATTAAAAAC----AGTA---G---TAG---TAGATATAGTAATGGTAATAATA-GTAGTAG--TAATAGTA------------------ACAtcatagctataat
gi|17 : A-GCAGTAA--CATTAAAA------------------ACAGTAGTAGTAGAT--A-TA------G----TAATGGT---AATA---A---T----A--GTAGTAGTAATAG--TAACAACAACACA---ATCAGTATCA-GTTGC---AGCAACAGacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : acttt------G----TAGTGGT---TGTA---G---T----G--GTAGAGGTAGTAGTATAATGGTAGTAGT---AGTAGTA-CATGTAGA---AGGAGTTGCAGTAAC
gi|19 : TAGTAAGATGTAATAG--TAATAGTA------------------AAAGTAGCAGTAG-T--AGTG------G----TGGTGAT---GGTG---A---T----G--GTTGTGG
gi|2 : ac---TAGAA---ATAGTAGTA-GTAATAT--TAGTATTA------------------TTATTATTATTAT-A--AGTG------G----TGGTGGT---GGTC---G---T----G--GTAGTGGTAGTAG--TAGTGGTGGTAGT---AGTTGTAGTA-ATAGT---ATAAATAGTAGAAAAGGTAGAATTGGCAGTGGTCGTA---GAGGAGGTGGTAACAAC------AGTAAAA---GTAGTA-GAGTAGAA---GTAGTG---GT--A---GTAGCAGTAGTA---ATAGt
gi|2 : cagtaacaattAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAG--TG-GTGGTAGTAGTTGT---AGTAA-TA---GTATAAATAGTAGAAAAGGT--AG-AATTG--GCAGTGGT---CG---TAGAGGAGGTGGTAACAACAGTAA---------------AAGTA--GTAGAGTAGAAGT----AGTG---G---TAG---TAG---CAGTA---GTAATAGCA-ATAGAAGTCTAGTATTA------------------AAATTATTAGTAG-G--GTTA------T----TATTGATATAAATA---GAAAT----A--AAAGTAGCCGTAG--TGGTTGAAGTGAT---TGTAATACTA-CTAGC---AGTATT--TAAT----GTTGTACTAACATTAATGGAA---GTAGTAATGGcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata---G---TTG---TAG---TTGTT---GTTGTAGCA-GCAGCAG--CAACAACA------------------AAAGCAGCAGCAG-T--AGTA------G----TGGTGGT---GGTG---G---TTCTAGTCGTAGTCGTAGTAA--TAGTAGTAGTAGT---AGTaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctATAA--T--AT-GATTTTTGTTGCTGT---TG---TAGTTGTTGTTGTAGCAACAGCAA---------------CAACA--AA--AGCAGCAGC----AGTA---G---TAC---TGG---TGGTG---GTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TA-GTAGTATTAGTAGA---AGTAG-AA---GC---AGTTGT-TATAA--T--AG-TATTT--GTCGAAGT---TG---TAGTATTGGTGGTGGTGACTGTAA---------------CAGTA--GT--AGTAGAAGT----AGTA---G---TTA---TAG---TAGTA---ATAGTAGCA-GAAGTAA--AAATACTA------------------ATAGTAATTGTAG-A--CGTA------G----TAGTGTT---GGTG---G---T----G--GTGGTGACTGTTG--CAGTTGTAGTGGT---AGTAGTAGTA-GTAGT---AGAAATAGTAGCAGCAGTAGTGATGGTGGTAGTTGTA---TTAGTAGTGGTGGTTGT------GGT---G---GTGGTG-TGATAACA---GTATTA---GT--A---TTAGAAGTAGTG---GTGGTGGTGGTGgttacttgtc
gi|6 : -TATTATCA---TTATTA---TT--A---GTAGTAGTAGTG---GTGGTGGCGGTG
gi|6 : atTAT--TATTAGTA------------------GTAGTAGTGGTGG-T--GGCG------G----TGGCGGC---GGCG---G---C----G--AAAGCGACAGgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AG--CG-ACAGCGGGNNNNNN---NNNNN-NN---NN---NNNNNN-NNNNN--N--NN-NNNNN--NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNTC--AT--AGTAAAAAT----AGCA---A---TAG---TAG---TAATA---GTATTAGCN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTAGTAGTAG-T--AGTT------G----TAGNNNN---NNNN---N---N--------TAGTAGTAGTAG--TAGCAGTAGTAGTTACAGTAATAGCA-ATAAT---AGCAGTAGTAATAGTAGCAGCATTAcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAGT---AATA----TAGAATAAGCAGAAGTAGTAAT---ATTAG-TA---GT---AGTT------AA--TTTAG----TT--GTAGAAGT---TG---TAGTAGTCGTAGTAA-AAC--TAG---------------GAGCA--AT--AGTAGAAGA----AGTA---A---TAA---TAA---TAGTA---GTAATAGAA-GTCGTAG--AAGTACTA------------------CTAGTATTAATAT-C--ATTATCATNNN----NNNNNNN---NNNN---N---N----N--NNNNNNNNNNNCG--TTGTTGTTATTGT---TGTTGTAGTA-GTAGCTGTTGTAGTTGTAGTAGCCGAAGTAGTAATAGTAGTATTA---ATAGt
gi|8 : agaagtaattatagaGTAGTA-CGATGGTGG---------------TCGCA--GT--AGTAATAGC----TGTG---G---TGG---TGG---TGGGG---GTTGTGGTA-GTATTAT--TAATAAAA------------------GCGGTGGTGGTGN-N--NNNN------N----NNNNNNN---NNNN---N---N----N--NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAT---GGTGGTGACT-GTAGC---AGTATTGGTGGTGGTAATAGTAGTAATTATTGTTGTATTAGTAGTAGTAGCTGTAGT------GAT---A---GTGGTA-TA-T-GTA---GTATTT---GT--G---GTGGTGATGGTGTTGGTGGT
gi|9 : G-GTAGTGGTAATGGT---AGTGG-TAGCTGT---GATTGT-GATAT--T------GTTT--ATGATGGT---TG---AAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGA---------------TAATG--AT--AAT---GGT----AATG---G---TAT---CGG---T--TG---GT-GTAGTG-GTAGTGA--CAGTGGCA------------------TTGGTAGTGGCAG-TTGAGTT------G----TTGTGAT---GGTGTTTG---T----A--GTAGTGACAGTGG--CAGTGGTTGTCGT---AATGGTA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111 111111111111111 111 1 111111111111111111 1111 22222222222222222222 11111111 1111 222222
lowQualScore : 0 2222 1 1 66666666666 66 4 777 4 444444444444444 55 999999 6666 0 0 222 666 0 1 4 0 0 666 44 3 0 2 666 444 444 2 0 5555 2 55555 33 333 666666666666666666 333 2 33 1 8888888 4444 333 888888888888888 0 33 1 5555 0 2 555 1 55 2222 9999 2 1 3 1 55555555555555555555 00000000 0000 444444 5
lowQualScore : . .... . . ........... .. . ... . ............... .. ...... .... . . ... ... . . . . . ... .. . . . ... ... ... . . .... . ..... .. ... .................. ... . .. . ....... .... ... ............... . .. . .... . . ... . .. .... .... . . . . .................... ........ .... ...... .
lowQualScore : 7 7777 0 4 22222222222 99 4 000 0 666666666666666 00 666666 3333 1 9 777 444 1 0 1 0 6 222 22 1 7 7 555 111 111 4 7 0000 2 99999 11 999 444444444444444444 999 2 11 2 5555555 5555 777 999999999999999 5 44 0 7777 6 9 000 6 11 6666 2222 2 4 7 0 99999999999999999999 44444444 1111 666666 4
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAGTGGT---AGTAG-TA---GTG---GTTGT-GATAA--T--AG-NATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAGCAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TAG---TAG-TAGT----AGTAGTAGCA-GT-----AGTAG--TA---GTAGTA------------------ATAGTAGTA---GTAG-T--AGTA------G----TAGTGGT---GGTG---G---T----G--GTAGTGGCAGTAG--TAGTNGTAGTAGT---AGTAGTAGCA-GTAGC---AGTAGTAGTAGTAGCGGTAGTAGTA--ACGGTAG--TTGTAGTAGTAGTGGCGGTGGC------GGTG---GTGG-G-TAATAGCA---GT---ATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGCGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAGTGGT---AGTAG-TA---GTG---GTTGT-GATAA--T--AG-NATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACGGTAGCAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TAG---TAG-TAGT----AGTAGTAGCA-GT-----AGTAG--TA---GTAGTA------------------ATAGTAGTA---GTAG-T--AGTA------G----TAGTGGT---GGTG---G---T----G--GTAGTGGCAGTAG--TAGTNGTAGTAGT---AGTAGTAGCA-GTAGC---AGTAGTAGTAGTAGCGGTAGTAGTA--GCGGTAG--TTGTAGTAGTAGTGGCGGTNGC------GGTG---GTGGTG-TAATAGCA---GT---ATTA---GT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|1 : GCA---GTTG-T--TATC------G----TAGTTGT---TGTG---A---T----A--GTANNNNNNNNNN--CAGAGGCA-TAG-----GTAGTGGCA-GTTGT---TATCGTAGTTGTTGTGATAGTAGT-----GGTA-----GTAGTAGTAGTGACAGTGGC------AGTGAATGTG--G-TAATGGTAATGGT---ATCG---GTTGAAC-GTAGTGGTAGTGACAGTGGCAGTG
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTAGTAGTAGTGACAGTGG-CA---GTG---AATGT-GGTAA--T--GG-TAATG--GTATCGGT---TG---AAC--GTAGTGGTAGTGACAGTGGCAGTG--GT--TG-TGGTAAT-GGTATCGG---TAG---GTG-TAGT----GGTAGTGACA-GT-----GGCA---TA---G--GTA------------------ATGGCAGTT---GT---T--ACT-------G----TAGTTTT---TGTG---A---T----A--GTAGTGGTAGTAG--TAGTAGTAGTAGT---GACAGTGACA-GTGGC---AGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTA--TCGGTAG--GTGTAGTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGTG---GTAATGATAATAGAA---TT---GTTAATGGT--ACGTGTAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTgttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAG--TG-GTAGTGACAGTGGC---ATTGA-AA---GTG---GTAAT-GATAA--T--AG-AATTG--TTAATGGTACGTG---TAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTAG-ATTA---T--GGCTAAAATTCATTAT--G---TAT---AAG-GAGTTTAAAGTAGTAGagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacA--GT--AG-TAGAAGA-AGTA---G---TTA---TAG-TAGT----GGTAGCAGTA-GT-----AGCAG--AA---GTAGTT------------------ATAGTAGTG---GTNN-N--NNNN------NNNTATAGTAGT---GGTA---G---C----A--GTAGTAGCAGAAG--TAGTTATAGTAGT---GGTAGTAACA---AGT---ACTCGTAGTA
gi|11 : cGTAGCAGTA--GT--AG-CAAAAGT-AGTA---G---TAGAAATAG-TAGT----AATTGTAGTA-GT-----ATTGA--TA---GCAGCA------------------ACATTATTA---GCAT-C--AGTA------T----TAAT-------------------------GTA-----AGTAG--TAGTTGTAGTAGT---AGTAGTAACA-TCAGC---AACAGTAtatattaataatc
gi|12 : ---G---TAG---TAG-TGGT----AATAATAATA-CT-----AATAG--TA---ATAGTA------------------GTAGTAGTA---GTAG-T--GGTG------G----TAGTGGT---GGTG---G---C----G--GTANNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNTAGCG-GTAGC---taa
gi|13 : aatgataataataaatTAGT---AGTAGTAGTTGCAGCAGCAGTAGTA--GCGGTAG--ATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGC------G-----------G-AAATAGCA---AT---ATT----GT--A---GTTGTAGTAGTAG
gi|13 : aTAGT---AGTAG-TA---------GTTG----CAG--C--AG-CAGTA--GTAGCGGTAGATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGCGGAAATAGCAATATTGT--AG-TTGTAGT-AGTA---GATTTAC---TAC-TATT----ATTATTATCA-atttactactattattattatcatcatcatcct
gi|14 : aAGT-AGTA---G---TAG---TAG-TATT----AAAAGTTTCA-GA-----AGCAG--CA---GCAGTA------------------TCAATAATA---GTAA-T--TGTA------G----TAGTAGT---ACTG---G---A----A--GTAGCTGCAGCAA--TATGTGTAGCAGT---ATTAGAAGCA-GCAGC---AGCAtcatcatcct
gi|15 : tGT-GATA---G---TAG---TAG-TATT----AGTATTAGTA-GT-----AATAG--TA---TTAGTG------------------GTAGTAGTA---ACAG-T--AGTA------G----CTGTGGT---GCTG---A---T----G--TTAGTAGAAGTAG--TAATTGTGGTGGT----GTGGTGGTG-GTGG
gi|16 : GGTAGC---GGTAGCGGTAGTGGT---AATGG---TAA--TG-GTAGTGGCAGTGAT---TGAAGATA---GT----ATTA--GATGA--T--AGAGATTT---TGGCAAT---GG---CAGTGGTTGTGGTAG
gi|17 : TAGCAGTA--AC--AT-TAAAAAC-AGTA---G---TAG---TAGATA-T----AGTAATGGTA-AT-----AATAG--TA---GTAGTA------------------ATAGTAtcatagctataat
gi|17 : acttA-GC-----AGTAA--CA---TTAAAA------------------ACAGTAGTA---GTAGAT--A-TA------G----TAATGGT---AATA---A---T----A--GTAGTAGTAATAG--TAACAACAACACA---ATCAGTATCA-GTTGC---AGCAACAGacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : acttt------G----TAGTGGT---TGTA---G---T----G--GTAGAGGTAGTAGTATAATGGTAGTAGT---AGTAGTA-CATGTAGA---AGGAGTTGCAGTAAC
gi|19 : TAGTAAGATGT-----AATAG--TA---ATAGTA------------------AAAGTAGCA---GTAG-T--AGTG------G----TGGTGAT---GGTG---A---T----G--GTTGTGG
gi|2 : acAGTAACA-ATTTAGAAATAG--TA---GTAGTA------------------ATATTAGTA---TTAT-T--ATTA------T----TATTATA---AGTG---G---T----G--GTGGTGGTCGTGG--TAGTGGTAGTAGT---AGTGGTGGTA-GTAGT---TGTAGTAATAGTATAAATAGTAGAA--AAGGTAGAATTG-----GCAGTGGTCGTAGA------GGAG---GTG--G-TAACAACA---GTAAAAGTA---GTAGA---GTAGAAGTAGTGGTAGTAGCAGTt
gi|2 : cAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAG--TG-GTGGTAGTAGTTGT---AGTAA-TA---GTATAAATAGTAGAAAAGGT--AG-AATTG--GCAGTGGT---CG---TAGAGGAGGTGGTAACAACAGTAAAAGTA--GTAGAG-TAGAAGT-AGTG---G---TAG---TAG-CAGT----AGTAATAGCA-AT-----AGAAGTCTA---GTATTA------------------AAATTATTA---GTAG-G--GTTA------T----TATTGATATAAATA---GAAAT----A--AAAGTAGCCGTAG--TGGTTGAAGTGAT---TGTAATACTA-CTAGC---AGTATT--TAAT----GTTGTACTA--ACATTAA--TGGAAGTAGTAATGGagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata---G---TTG---TAG-TTGT----TGTTGTAGCA-GC-----AGCAG--CA---ACAACA------------------AAAGCAGCA---GCAG-T--AGTA------G----TGGTGGT---GGTG---G---TTCTAGTCGTAGTCGTAGTAA--TAGTAGTAGTAGT---AGTaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctATAA--T--AT-GATTTTTGTTGCTGT---TG---TAGTTGTTGTTGTAGCAACAGCAACAACA--AA--AG-CAGCAGC-AGTA---G---TAC---TGG-TGGT----GGTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TA-GTAGTATTAGTAGA---AGTAG-AA---GCA---GTTGT-TATAA--T--AG-TATTT--GTCGAAGT---TG---TAGTATTGGTGGTGGTGACTGTAACAGTA--GT--AG-TAGAAGT-AGTA---G---TTA---TAG-TAGT----AATAGTAGCA-GA-----AGTAA--AA---ATACTA------------------ATAGTAATT---GTAG-A--CGTA------G----TAGTGTT---GGTG---G---T----G--GTGGTGACTGTTG--CAGTTGTAGTGGT---AGTAGTAGTA-GTAGT---AGAAATAGTAGCAGCAGTAGTGATG--GTGGTAG--TTGTATTAGTAGTGGTGGTTGT------GGTG---GTGGTG-TGATAACA---GT---ATTA---GT--A---TTAGAAGTAGTGGTGGTGGTGGTGgttacttgtc
gi|6 : -TATTATCA---TT---ATTA---TT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|6 : atTAT--TA---TTAGTA------------------GTAGTAGTG---GTGG-T--GGCG------G----TGGCGGC---GGCG---G---C----G--AAAGCGACAGgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AG--CG-ACAGCGGGNNNNNN---NNNNN-NN---NNN---NNNNN-NNNNN--N--NN-NNNNN--NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC--AT--AG-TAAAAAT-AGCA---A---TAG---TAG-TAAT----AGTATTAGCN-NN-----NNNNN--NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTAGTA---GTAG-T--AGTT------G----TAGNNNN---NNNN---N---N--------TAGTAGTAGTAG--TAGCAGTAGTAGTTACAGTAATAGCA-ATAAT---AGCAGTAGTAATAGTAGCAGCATTA--cgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAGT---AATA----TAGAATAAGCAGAAGTAGTAAT---ATTAG-TA---GTA---GTT------AA--TTTAG----TT--GTAGAAGT---TG---TAGTAGTCGTAGTAA-AAC--TAGGAGCA--AT--AG-TAGAAGA-AGTA---A---TAA---TAA-TAGT----AGTAATAGAA-GT-----CGTAG--AA---GTACTA------------------CTAGTATTA---ATAT-C--ATTATCATNNN----NNNNNNN---NNNN---N---N----N--NNNNNNNNNNNCG--TTGTTGTTATTGT---TGTTGTAGTA-GTAGCTGTTGTAGTTGTAGTAGCCGAAGTAGTA--ATAGTAG--TATTAATAGt
gi|8 : agaagtaattatagaGTAGTACGATGGTGG--TCGCAGTAGTAATAGCTGTGGT------GGTG---GTGGGGGTTGTGGTA---GT---ATTA---TT--A---ATAA-A--AGCGGTGGTGGTG
gi|8 : GTGGTGGTGGTGGG---GGTTGTGGTAGTATT----AT-----TAA--TA-AAAGCGGTGGTGGT---GNNNN-NN---NNN---NNNNN-NNNNN--N--NN-NNNNN--NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNATGGTGGTGACTGTAGCAGTA--TT--GG-TGGTGGT-AATA---G---TAG---TAA-TTAT----TGTTGTATTA-GT-----AGTAG--TAGCTGTAGTG------------------ATAGTGGTATATGTAG-T--ATTT------G----TGGTGGT---GATG---G---T----G--TTGGTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtggtgactgtagcagtattggtggtggtaatagtagtaattattgttgtattagtagtagtagctgtagtgatagtggtatatgtagtatttgtggtggtgatggtgttggtggt
gi|9 : gtagtacgatggtggtcgcagtagtaatagctG-GTAGTGGTAATGGT---AGTGG-TAGCTGTG---ATTGT-GATAT--T------GTTT--ATGATGGT---TG---AAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGATAATG--AT--AA-T---GGT-AATG---G---TAT---CGG-T--T----GGT-GTAGTG-GT-----AGTGA--CA---GTGGCA------------------TTGGTAGTG---GCAG-TTGAGTT------G----TTGTGAT---GGTGTTTG---T----A--GTAGTGACAGTGG--CAGTGGTTGTCGT---AATGGTAt
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111 111 11111111111 111111 111111111 1111111111111111111 1111111 1111 111111 333333333333333333 111 111 1111 222222
lowQualScore : 2222 1 66666666666 66 4 4 777 777 4 777 0 66 55 77777 1 666 2 222 666 1 4 4 11111111111 33 222222 2 33 444 5555 222222222 333 333 2 0 2 33 5555555555555555555 2 2 22 7777777 4444 333 2 333 333 5555555 333 1 33 1 444 2 0 3 555 999999 0 3333333 1 2222 444444 1 3 1 000000000000000000 77 000 000 0000 77 111111 2
lowQualScore : .... . ........... .. . . ... ... . ... . .. .. ..... . ... . ... ... . . . ........... .. ...... . .. ... .... ......... ... ... . . . .. ................... . . .. ....... .... ... . ... ... ....... ... . .. . ... . . . ... ...... . ....... . .... ...... . . . .................. .. ... ... .... .. ...... .
lowQualScore : 7777 0 22222222222 99 4 4 000 000 0 000 8 22 00 44444 9 000 4 777 444 0 1 5 33333333333 99 111111 9 99 777 3333 888888888 999 999 2 4 2 11 6666666666666666666 1 1 99 8888888 2222 555 0 777 777 2222222 999 6 77 0 777 0 7 1 444 666666 5 9999999 2 1111 444444 4 7 0 888888888888888888 77 000 000 1111 99 666666 1
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAG-TGGT---AGTAGTA---G-TG---GTTGT-GATAA--T--AGNATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAG-------C---AGT--A------GTA-G--TAGA---AGTAGT----A---------G---TAG---TAG-TAGTAGTAGTAGCA-GTAGTAGT--AGTAGTA------------------AT-A-GTAGTAGTAGT--AGTA------G----TA---G-TGGTG---GTG---GC----G--GTA---GTGGCAGTAGTA--GTNGTAGT---AGTAGTAGTAGCA-GTAGC---AGTA------GTAGTAGTAGC------GGTAGTAGTA--ACGGTAG--TTGTAGTAGTAGTGGCGGTGGC------GGTG-GT--G--G-GTAATAGCA---GTA---TTA---GT--A---G--TAGNAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAG-TGGT---AGTAGTA---G-TG---GTTGT-GATAA--T--AGNATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAG-------C---AGT--A------GTA-G--TAGA---AGTAGT----A---------G---TAG---TAG-TAGTAGTAGTAGCA-GTAGTAGT--AGTAGTA------------------AT-A-GTAGTAGTAGT--AGTA------G----TA---G-TGGTG---GTG---GT----G--GTA---GTGGCAGTAGTA--GTNGTAGT---AGTAGTAGTAGCA-GTAGC---AGTA------GTAGTAGTAGC------GGTAGTAGTA--ACGGTAG--TTGTAGTAGTAGTGGCGGTGGC------GGTG-GT--G--G-GTAATAGCA---GTA---TTA---GT--A---G--TAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|1 : GCAGTTGT--TATC------G----TA---G-TTGTT---GTG---AT----A--GTA---NNNNNNNNNNCA--GAGGCA-T---AG--GTAGTGGCA-GTTGT---TATC------GTAGTTGTTGT------GATAGTAGT-----GGTAG--T---AGTAGTAGTGACAGTGGC------AGTGAAT--GT-G-GTAATGGTAATGGTA---TCG---GTTGAAC-G--TAGTGGTAGTGACAGTGGCAGTG
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTAGTAG-TAGTGACAGTGGCA---G-TG---AATGT-GGTAA--T--GGTAATG--GTATCGGT---TG---AAC--GTAGTGGTAGTGACAGTGG-------C---AGT--G------GTT-G--TGGT---AATGGT----ATCG------G---TAG---GTG-TAGTGGTAGTGACA-GTGGCA-T--AG--GTA------------------AT-G-GCAGTTGT--T--ACT-------G----TA---G-TTTTT---GTG---AT----A--GTA---GTGGTAGTAGTA--GTAGTAGT---AGTGACAGTGACA-GTGGC---AGTG------GTTTTAGTAAT------GGTAATGGTA--TCGGTAG--GTGTAGTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGTG-GT--AATG-ATAATAGAA---TTG---TTAATGGT--ACGTG--TAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTgttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAG--TG-GTAGTGACAG-TGGC---ATTGAAA---G-TG---GTAAT-GATAA--T--AGAATTG--TTAATGGTACGTG---TAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTAGATTATGGCTAAAATTCA------TTATG--TATA---AGGAGTTTAAA---------G---TAG---TAG-agattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgac--A------GTA-G--TAGA---AGAAGT----A---------G---TTA---TAG-TAGTGGTAGCAGTA-GTAGCAGA--AGTAGTT------------------AT-A-GTAGTGGTNNN--NNNN------NNNTATA---G-TAGTG---GTA---GC----A--GTA---GTAGCAGAAGTA--GTTATAGT---AGTGGTAGTAACA---AGT---ACTC------GTAGTA
gi|11 : cGTAG-------C---AGT--A------GTA-G--CAAA---AGTAGT----A---------G---TAGAAATAG-TAGTAATTGTAGTA-GTATTGAT--AGCAGCA------------------AC-A-TTATTAGCATC--AGTA------T----TA---A-T----------------------GTA--------AGTAGTA--GTTGTAGT---AGTAGTAGTAACA-TCAGC---AACA------GTAtatattaataatc
gi|12 : ---------G---TAG---TAG-TGGTAATAATAATA-CTAATAGT--AATAGTA------------------GT-A-GTAGTAGTAGT--GGTG------G----TA---G-TGGTG---GTG---GC----G--GTA---NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN---NNNNNNNNTAGCG-GTAGC---taa
gi|13 : aatgataataataaatTAGT---AGTA------GTAGTTGCAGC------AGCAGTAGTA--GCGGTAG--ATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGC------------------G-GAAATAGCA---ATA---TT----GT--A---G--TTGTAGTAGTAG
gi|13 : aT---AGTAGTA---G-TA---GTTGC----AG--C--AGCAGTA--GTAGCGGTAGATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGCGGAAATAG-------C---AAT--ATT----GTA-G--TTGT---AGTAGT----A---------GATTTAC---TAC-TATTATTATTATCA-atttactactattattattatcatcatcatcct
gi|14 : a---AGTAGT----A---------G---TAG---TAG-TATTAAAAGTTTCA-GAAGCAGC--AGCAGTA------------------TC-A-ATAATAGTAAT--TGTA------G----TA---G-TAGTA---CTG---GA----A--GTA---GCTGCAGCAATA--TGTGTAGC---AGTATTAGAAGCA-GCAGC---AGCA------tcatcatcct
gi|15 : tGTGAT----A---------G---TAG---TAG-TATTAGTATTAGTA-GTAATAGT--ATTAGTG------------------GT-A-GTAGTAACAGT--AGTA------G----CT---G-TGGTG---CTG---AT----G--TTA---GTAGAAGTAGTA--ATTGTGGT---GGT-GTGGTGGTG-GTGG
gi|16 : GTAGCGGTAGC---GGTAGTGGTAATGGT---AATGG---TAG--TG-GCAGTGATTGAAGAT---AGTATTA---GATG---ATAGA-GATTT--T--GGCAATG--GCAGTGGT---TG---TGGTAGTCATAG
gi|17 : gACTTTAG-------C---AGT--A------ACA-T--TAAA---AACAGT----A---------G---TAG---TAGATA-TAGTAATGGTA-ATAATAGT--AGTAGTA------------------AT-A-GTActataat
gi|17 : AA-------C---AGT--A------GTA-G--TAGATATAGTAAT----G---------G---TAA---TAA-TAGTAGTAGTAATA-GTAACAAC--AACA-CA------------------ATCA-GTATCAGTTGC--AGCA------A----CA---G-acaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : actttagcagtaacattaaa------G----TA---G-TGGTT---GTA---GT----G--GTA---GAGGTAGTAGTATAATGGTAGT---AGTAGTAGTA-CATGTAGA---AGGA------GTTGCAGTAAC------
gi|19 : TAGTAAGATGTAATAGT--AATAGTA------------------AA-A-GTAGCAGTAGT--AGTG------G----TG---G-TGATG---GTG---AT----G--GTT---GTGG
gi|2 : acTAGAA-ATAGTAGT--AGTAATA------------------TT-A-GTATTATTATT--ATTA------T----TATAAG-TGGTG---GTG---GT----G--GTC---GTGG------TA--GTGGTAGT---AGTAGTGGTGGTA-GTAGT---TGTA------GTAATAGTATA------AATAGTAGAA--AAGGTAGAATTG-----GCAGTGGTCGTAGA------GGAG-GT--G--G--TAACAACA---GTAAAAGTA---GT--A---GAGTAGAAGTAGTGGTAGTAGCAGTt
gi|2 : cagtaacaattAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAG--TG-GTGGTAGTAG-TTGT---AGTAATA---G-TATAAATAGTAGAAAAGGT--AGAATTG--GCAGTGGT---CG---TAGAGGAGGTGGTAACAACAGTAA-------A---AGT--A------GTA-GAGTAGA---AGTAGT----G---------G---TAG---TAG-CAGTAGTAATAGCA-ATAGAAGTCTAGTATTA------------------AA-A-TTATTAGTAGG--GTTA------T----TA---T-TGATATAAATA---GA----A--ATAAAAGTAGCCGTAGTG--GTTGAAGT---GATTGTAATACTA-CTAGC---AGTATTTAATGTTGTACTAACATTAATGGAAGTAGTA--ATGGAAG--AAGAAGAAGCAGCGGagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattata---------G---TTG---TAG-TTGTTGTTGTAGCA-GCAGCAGC--AACAACA------------------AA-A-GCAGCAGCAGT--AGTA------G----TG---G-TGGTG---GTG---GTTCTAGTCGTA---GTCGTAGTAATA--GTAGTAGT---AGTAGTagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattataatatgtttttgttgctATAA--T--ATGATTTTTGTTGCTGT---TG---TAGTTGTTGTTGTAGCAACAGCAA-------C---AAC--A------AAA-G--CAGC---AGCAGT----A---------G---TAC---TGG-TGGTGGTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TA-GTAGTATTAG-TAGA---AGTAGAA---G-CA---GTTGT-TATAA--T--AGTATTT--GTCGAAGT---TG---TAGTATTGGTGGTGGTGACTGTAA-------C---AGT--A------GTA-G--TAGA---AGTAGT----A---------G---TTA---TAG-TAGTAATAGTAGCA-GAAGTAAA--AATACTA------------------AT-A-GTAATTGTAGA--CGTA------G----TA---G-TGTTG---GTG---GT----G--GTG---GTGACTGTTGCA--GTTGTAGT---GGTAGTAGTAGTA-GTAGT---AGAA------ATAGTAGCAGC------AGTAGTGATG--GTGGTAG--TTGTATTAGTAGTGGTGGTTGT------GGTG-GT--G--GTGTGATAACA---GTA---TTA---GT--A---T--TAGAAGTAGTGGTGGTGGTGGTGgttacttgtc
gi|6 : TATTATCA---TTA---TTA---TT--A---G--TAGTAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
gi|6 : atTA------------------TT-A-TTAGTAGTAGT--AGTG------G----TG---G-TGGCG---GTG---GC----G--GCG---GCGGCgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatTATT--ATTAGTA------------------GT-A-GTAGTGGTGGT--GGCG------G----TG---G-CGGCG---GCG---GC----G--AAA---GCGACAGgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AG--CG-ACAGCGGGNN-NNNN---NNNNNNN---N-NN---NNNNN-NNNNN--N--NNNNNNN--NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------N---NNT--C------ATA-G--TAAA---AATAGC----A---------A---TAG---TAG-TAATAGTATTAGCN-NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT-A-GTAGTAGTAGT--AGTT------G----TA---GNNNNNN---NNN---NT----A--GTA---GTAGTAGTAGCA--GTAGTAGTTACAGTAATAGCAATA-ATAGC---AGTA------GTAATAGTAGC------AGCATTAcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAGT---AATA----TAGAATAAGCAGAAGTAG-TAAT---ATTAGTA---G-TA---GTT------AA--TTTAG---TT--GTAGAAGT---TG---TAGTAGTCGTAGTAA-AAC--TAG-------G---AGC--A------ATA-G--TAGA---AGAAGT----A---------A---TAA---TAA-TAGTAGTAATAGAA-GTCGTAGA--AGTACTA------------------CT-A-GTATTAATATC--ATTATCATNNN----NN---N-NNNNN---NNN---NN----N--NNN---NNNNNNNNCGTT--GTTGTTAT---TGTTGTTGTAGTA-GTAGCTGTTGTA------GTTGTAGTAGC------CGAAGTAGTA--ATAGTAG--TATTAATAGt
gi|8 : agaagtaattatagaGTAGTACGATGGTGG--TCGCAGTAGTAATAGCTGTGGT------GGTG-GTGGG--G-GTTGTGGTA---GTA---TTA---TT--A---A--TAAAAGCGGTGGTGGTG
gi|8 : GTGGTGGTGGTGGG---GGTTGTGGTAGTATT----AT-----TAA--TA-AAAGCGGTGG-TGGT---GNNNNNN---N-NN---NNNNN-NNNNN--N--NNNNNNN--NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNATGGTGGTGACTGTAG-------C---AGT--ATTGGTGGTG-G--TAAT---AGTAGT----AATTATTGTTG---TAT---TAG-TAGT---AGTAGCT-GTAGTGAT--AGTGGT-------------------AT-ATGTAGTATTTGT--GGTG------G----TG---A-TGGTG---TTG---GT----G--GTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtggtgactgtagcagtattggtggtggtaatagtagtaattattgttgtattagtagtagtagctgtagtgatagtggtatatgtagtatttgtggtggtgatggtgttggtggt
gi|9 : gtagtacgatggtggtcgcagtagtaatagctG-GTAGTGGTAA-TGGT---AGTGGTAGCTG-TG---ATTGT-GATAT--T-----GTTT--ATGATGGT---TG---AAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGA-------T---AAT--G------ATA-A--T------GGTAAT----G---------G---TAT---CGG-T--TGGT-GTAGTG-GTAGTGAC--AGTGGCA------------------TT-G-GTAGTGGCAGTTGAGTT------G----TT---G-TGATG---GTGTTTGT----A--GTA---GTGACAGTGGCA--GTGGTTGT---CGTAATGGTA
blockSeqs : TTTT A ATCGGTAGGTG AA A A . GCT A TAA AG GG TTAG T TTT T ACG TGT A T G ATTATGGCTAA TC TTGGTG T AG TAT TTAA ATTATTGTT ATT AAA A T CT NNNNNNNNNNNNNNNNNNA C T TG ATCATNN NNTA TAA N TAA TTT TCTAGTC AAA T TA A TAC G T TGT TTTAAT ATTAATG T CGAT AATTG G A G ATTGAAAGTGGTAAT TG . AAA AATG . CGTG T
blockSeqs : C A AATGG . . . . . . . G . AGA G G C AGA . A C A C . TT . . . . . . . . . . A . . . N . . . . . A . C . T . G . . . G C TC GTGT T G T GGTGGTGGG A . . A . GAG T
blockSeqs : T C AGTAG . . . . . . . G . AGC A A T . . C C T C . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . A . N . T . A . . . A T GC ATGT G C A GGAGGTG G . . A . G A
blockSeqs : T T GATAG . . . . . . . T . GGC T G T . . G C A C . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . G . C . N . N . . . A A AA AAGA T G T GGTGGTG G . . A . T A
blockSeqs : C G AATA . . . . . . . N . AGA T G C . . T T A C . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . A . A . T . A . . . A T AT TTGT A T G . . . . A . G T
blockSeqs : G T GAA . . . . . . . N . ATG T T A . . G N T A . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . G . T . T . A . . . A C GT TATT G . . . . A A
blockSeqs : AT . . . . . . . G . AGT N N N . . N T N C . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . G . C . G . A . . . C A AT TCGC .
blockSeqs : . . . . . . . . NNN N T A . . C T T C . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . G . T . G . T . . .
blockSeqs : . . . . . . NNN T N N . . N . T N . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . G . C . T . A . . .
blockSeqs : . . . T T . . G . G . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . A . C . A . A . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . G . C . T . A . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . G . T . A . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . G . N . T . A
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . G . . . . . A . C . G . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . T . . . . . N . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . G . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . T . . . . . A .
blockSeqs : T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : *** ********* AT** NNGT** GGTGGTG*********** *** ** G*****
originalCons : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAG-TGGT---AGTAGTA---G-TG---GTTGT-GATAA--T--AGNATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAG-------C---AGT--A------GTA-G--TAGA---AGTAGT----A---------G---TAG---TAG-TAGTAGTAGTAGCA-GTAGTAGT--AGTAGTA------------------AT-A-GTAGTAGTAGT--AGTA------G----TA---G-TGGTG---GTG---GC----G--GTA---GTGGCAGTAGTA--GTNGTAGT---AGTAGTAGTAGCA-GTAGC---AGTA------GTAGTAGTAGC------GGTAGTAGTA--ACGGTAG--TTGTAGTAGTAGTGGCGGTGGC------GGTG-GT--G--G-GTAATAGCA---GTA---TTA---GT--A---G--TAGNAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
finalCons : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAG-TGGT---AGTAGTA---G-TG---GTTGT-GATAA--T--AGNATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAG-------C---AGT--A------GTA-G--TAGA---AGTAGT----A---------G---TAG---TAG-TAGTAGTAGTAGCA-GTAGTAGT--AGTAGTA------------------AT-A-GTAGTAGTAGT--AGTA------G----TA---G-TGGTG---GTG---GC----G--GTA---GTGGCAGTAGTA--GTNGTAGT---AGTAGTAGTAGCA-GTAGC---AGTA------GTAGTAGTAGC------GGTAGTAGTAAT--GGTAGNNGT--AGTAGTAGTGGCGGTGGCGGTGGTG-----------G-GTAATAGCA---GTA---TTA---GT--AG-----TAGNAGTAGTGGTGGTGGCGGTG
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111 111 11111111111 111111111 111111111 111111 222222222 11111 2222222 33333333 111 111 111111 111
lowQualScore : 2222 1 66666666666 66 4 4 777 777 4 777 0 66 44 888888 1 555 0 1 111 555 0 1 2 4 11111111111 33 555555555 2 33 000000000 5555 444 333 333 2 2 2 99999 22 333 1 22 333 555555 4444 333 333 11 333 22 33 2 33 1 5555 3 555 000000 2 0 333333333 55 44444 7777 44 2 1111111 00000000 0 000 1 000 111111 1 1 000
lowQualScore : .... . ........... .. . . ... ... . ... . .. .. ...... . ... . . ... ... . . . . ........... .. ......... . .. ......... .... ... ... ... . . . ..... .. ... . .. ... ...... .... ... ... .. ... .. .. . .. . .... . ... ...... . . ......... .. ..... .... .. . ....... ........ . ... . ... ...... . . ...
lowQualScore : 7777 0 22222222222 99 4 4 000 000 0 000 8 22 66 666666 0 666 2 3 777 888 2 0 8 2 33333333333 99 444444444 9 99 000000000 3333 111 999 999 2 2 1 44444 88 555 9 88 555 555555 0000 555 555 99 777 44 44 5 44 0 8888 1 888 555555 9 1 444444444 55 11111 9999 33 2 3333333 99999999 4 000 6 000 000000 0 7 000
consensus : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAG-TGGT---AGTAGTA---G-TG---GTTGT-GATAA--T--A-GNATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAG-------C---AGT--A---------GTA-G--TAGAAGTA---------GT----A---G---TAG---TAG-TAGTAGTAGTAGCA-GT-----AGTAGT--AG---TAGTAATA-GTAGTAGTAGT--AG---TA------G----TAGTGGTG---GTG---GCGGTA---G-TGGCAGTA--G-TA--GTTGTAGTAGT-A--GTAGTAGCA-GTAGC---AGTA------GTNGTAGTAGC------GGTAGTAGTA--ATGGTAG---NNGTA---GTAGTAGTGGCGGTAGC------GGTGGTG--G-G--TAATAGCAGT---ATTA---GT--A---GTAGNAGTAGTGGTGGTGG---CGGTG
Reference ( family-129 ) : GTAGTGGCGGTGGC---GGTNGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTGGTAG-TGGT---AGTAGTA---G-TG---GTTGT-GATAA--T--A-GNATTN--GTAGCGGT---TG---TAGTAGTNGTGGTAGCGACNGTAG-------C---AGT--A---------GTA-G--TAGAAGTA---------GT----A---G---TAG---TAG-TAGTAGTAGTAGCA-GT-----AGTAGT--AG---TAGTAATA-GTAGTAGTAGT--AG---TA------G----TAGTGGTG---GTG---GCGGTA---G-TGGCAGTA--G-TA--GTNGTAGTAGT-A--GTAGTAGCA-GTAGC---AGTA------GTAGTAGTAGC------GGTAGTAGTA--ATGGTAG---NNGTA---GTAGTAGTGGCGGTGGC------GGTGGTG--G-G--TAATAGCAGT---ATTA---GT--A---GTAGNAGTAGTGGTGGTGG---CGGTG
gi|1 : GC--AG---TTGTTATC-GTAGTTGTTGT--GA---TA------G----TANNNNNN---NNN---NC---A---G-AGGCA-TA--GGTA--GTGGCAGTTGTTATCGTAGTTGTT-GTGAT---AGTA------GTGGTAGTAGT------AGTAGTGACA--GTGGCAGTGAATGTG---GTAATGGTAATGGTATC------GGTTGAA--C-G--TAGTGGTAGT---GACA---GT--G---GCAGTGGTTGTGGTAATGGTATCGGT
gi|1 : GTAGTGGCAGTTGT---TATCGTAGTTGTTGT---GATAG---TAG--TG-GTAGTAGTAG-TAGTGACAGTGGCA---G-TG---AATGT-GGTAA--T--G-GTAATG--GTATCGGT---TG---AAC--GTAGTGGTAGTGACAGTGG-------C---AGT--G---------GTT-G--TGGTAATG---------GT----ATCGG---TAG---GTG-TAGTGGTAGTGACA-GT-----GGCA-T--AG-----GTAATG-GCAGTTGT--T--AC---T-------G----TAGTTTTT---GTG---ATAGTA---G-TGGTAGTA--G-TA--GTAGTAGTAGT-G--ACAGTGACA-GTGGC---AGTG------GTTTTAGTAAT------GGTAATGGTA--TCGGTAG---GTGTA---GTGGTAGTGACAGTGGCATTGAAAGTGGTAATG-A--TAATAGAATT---GTTAATGGT--ACGTGTAGTAGTAATGGTAGTGG---TGGTaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgacagtggcagtggttttagtaatggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcattgaaagtggtaatgataatagaattgttaatggtacgtgtagtagtaatggtagtggtggtagattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|1 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcatagAGTGGCAGTGGTTTTAGTAATGGTAATGGTATCGGTAGGTGTAG--TG-GTAGTGACAG-TGGC---ATTGAAA---G-TG---GTAAT-GATAA--T--A-GAATTG--TTAATGGTACGTG---TAGTAGTAATGGTAGTGGTGGTAGATTATGGCTAAAATTCA---------TTATG--TATAAGGA---------GTTTAAA---G---TAG---TAG-agattatggctaaaattcattatgtataaggagtttaaagtagtag
gi|10 : gcagttgttatcgtagttgttgtgatagtannnnnnnnnncagaggcataggtagtggcagttgttatcgtagttgttgtgatagtagtggtagtagtagtagtgacagtggcagtgaatgtggtaatggtaatggtatcggttgaacgtagtggtagtgacagtggcagtggttgtggtaatggtatcggtaggtgtagtggtagtgacagtggcataggtaatggcagttgttactgtagtttttgtgatagtagtggtagtagtagtagtagtagtgacagtgac--A---------GTA-G--TAGAAGAA---------GT----A---G---TTA---TAG-TAGTGGTAGCAGTA-GT-----AGCAGA--AG---TAGTTATA-GTAGTGGTNNN--NN---NN------NNNTATAGTAGTG---GTA---GCAGTA---G-TAGCAGAA--G-TA--GTTATAGTAGT-G--GTAGTAACA---AGT---ACTC------GTAGTA-TA----------TATTAATA--AT
gi|11 : cGTAG-------C---AGT--A---------GTA-G--CAAAAGTA---------GT----A---G---TAGAAATAG-TAGTAATTGTAGTA-GT-----ATTGAT--AG---CAGCAACA-TTATTAGCATC--AG---TA------T----TAAT----------------GTA---------AGTA--G-TA--GTTGTAGTAGT-A--GTAGTAACA-TCAGC---AACA------GTAc
gi|12 : A--ATGATAA---TAATAAATGTAGTAGTGGTAATAAT------AATACT---------AATAGTAAT---AGTA---GT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTAG---TGGTGtaa
gi|12 : ---G---TAG---TAG-TGGTAATAATAATA-CT-----AATAGT--AA---TAGTAGTA-GTAGTAGTAGT--GG---TG------G----TAGTGGTG---GTG---GCGGTA---N-NNNNNNNN--N-NN--NNNNNNNNNNN-N--NNNNTAGCG-GTAGC---gtggcggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcggtagc
gi|13 : aatgataataataaatTAGTAGTAGTA-GT-----TGCAGC--AG---CAGTAGTA-GCGGTAGATGT--GT---TA------G----TAGTAGTG---CTT---GCGGAA---A-TAGCAATATTG-TA--GTTGTAGTAGT-A--G
gi|13 : aT---AGTAGTA---G-TA---GTTGC----AG--C--A-GCAGTA--GTAGCGGTAGATGTGTTAGTAGTAGTGCTTGCGGAAATAG-------C---AAT--ATT-------GTA-G--TTGTAGTA---------GT----A---GATTTAC---TAC-TATTATTATTATCA-atttactactattattattatcatcatcatcct
gi|14 : aAGTA---------GT----A---G---TAG---TAG-TATTAAAAGTTTCA-GA-----AGCAGC--AG---CAGTATCA-ATAATAGTAAT--TG---TA------G----TAGTAGTA---CTG---GAAGTA---G-CTGCAGCA--A-TA--TGTGTAGCAGT-A--TTAGAAGCA-GCAGC---AGCA------tcatcatcct
gi|15 : tGTG---------AT----A---G---TAG---TAG-TATTAGTATTAGTA-GT-----AATAGT--AT---TAGTGGTA-GTAGTAACAGT--AG---TA------G----CTGTGGTG---CTG---ATGTTA---G-TAGAAGTA--G-TA--ATTGTGGTGGT----GTGGTGGTG-GTGG
gi|16 : GTAGCGGTAGC---GGTAGTGGTAATGGT---AATGG---TAG--TG-GCAGTGATTGAAGAT---AGTATTA---GATG---ATAGA-GATTT--T--G-GCAATG--GCAGTGGT---TG---TGGTAGTCATAG
gi|17 : gACTTTAG-------C---AGT--A---------ACA-T--TAAAAACA---------GT----A---G---TAG---TAGATA-TAGTAATGGTA-AT-----AATAGT--AG---TAGTAATA-GTActataat
gi|17 : ---TAG---CAG-TAACATTAAAAACA-GT-----AGTAGT--AGATATAGTAATG-GTAATAATAGT--AG---TA------G----TAATAGTA---ACA---ACAACA---C-AATCAGTA--T-CA--GTTGCAGCAAC-A--Gacaacaacacaatcagtatcagttgcagcaacag
gi|18 : actt------G----TAGTGGTT---GTA---GTGGTA---G-AGGTAGTA--G-TATAATGGTAGTAGT-A--GTAGTA-CATGTAGA---AGGA------GTTGCAGTAAC------
gi|19 : TAGTAAGATGT-----AATAGT--AA---TAGTAAAA-GTAGCAGTAGT--AG---TG------G----TGGTGATG---GTG---ATGGTT---G-TGG
gi|2 : acAGTAACA-ATTTAGAAATAGT--AG---TAGTAATA-TTAGTATTATT--AT---TA------T----TATTATAA---GTG---GTGGTG---G-TGGTCGTG--G-TA--GTGGTAGTAGT-A--GTGGTGGTA-GTAGT---TGTA------GTAATAGTATA------AATAGTAGAA--AAGGTAG---A---A---TTGGCAGTGGTCGTAGA------GGAGGT---G-G--TAACAACAGTAAAAGTA---GTAGA---GTAGAAGTAGTGGTAGTAG---CAGTt
gi|2 : cAGTGGTGGTGGT---GGTCGTGGTAGTGGT---AGTAG---TAG--TG-GTGGTAGTAG-TTGT---AGTAATA---G-TATAAATAGTAGAAAAGGT--A-GAATTG--GCAGTGGT---CG---TAGAGGAGGTGGTAACAACAGTAA-------A---AGT--A---------GTA-GAGTAGAAGTA---------GT----G---G---TAG---TAG-CAGTAGTAATAGCA-AT-----AGAAGTCTAG---TATTAAAA-TTATTAGTAGG--GT---TA------T----TATTGATATAAATA---GAAATAAAAG-TAGCCGTA--G-TG--GTTGAAGTGAT-T--GTAATACTA-CTAGC---AGTATTTAATGTTGTACTAACATTAATGGAAGTAGTA--ATGGAAG---AAGAA---GAAGCAGCGGagtaatagcaatagaagtctagtattaaaattattagtagggttattattgatataaatagaaataaaagtagccgtagtggttgaagtgattgtaatactactagcagtatttaatgttgtactaacattaatggaagtagtaatggaagaagaagaagcagcggagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|3 : cagtaacaatttagaaatagtagtagtaatattagtattattattattattataATAA--T--ATGTTTTT--GTTGCTGT---TG---TAGTTGTTGTTGTAGC---AGCAG-------C---AGC--A---------ACA-A--CAAAAGCA---------GC----A---G---CAG---TAG-TAGTGGTGGTGGTG-GTTCT--AGTCGT--AG---TCGTAGTA-ATAGTAGTAGT--AG---TA------G----Tagtattcatttgtatctattttttaagcatttgtactcatattatcaaaactggaatggcttcactaatatt
gi|4 : gtggagggggtgcgtggggggatattgttaaacttaagatggacttttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcactgtttcctaccaattacttattttaaaacgagatttgagtgcaatgtttgaactttaactgatgacaaggctaaatagcagttaccaaaataggtaaacaaaagttaaaattcaccatttattcatttgcaacagctttgaacatgaactatcgatgtgtgtgttggttacttcattATAA--T--A-TGATTTTTGTTGCTGT---TG---TAGTTGTTGTTGTAGCAACAGCAA-------C---AAC--A---------AAA-G--CAGCAGCA---------GT----A---G---TAC---TGG-TGGTGGTgaa
gi|5 : tggggcgggggtggggggtattgataaacttaaggtgaaattttaagagtgaatctgtggtcacaataaacgcgttgtttcctaccaattacttctttttaaaacgcaatttgagcgcaaggtttgaactctaactgatgacaaataagctttaggcttaatagcagttactaaaataggtagacagaagttaaaattcagcatttattcatttgcaacagttttgaacatgaactatcgattgtgttggttacttcactGTAGTAGTGGTGGT---GGTTGTGGTAGTGGT---GATAG---TAG--TA-GTAGTATTAG-TAGA---AGTAGAA---G-CA---GTTGT-TATAA--T--A-GTATTT--GTCGAAGT---TG---TAGTATTGGTGGTGGTGACTGTAA-------C---AGT--A---------GTA-G--TAGAAGTA---------GT----A---G---TTA---TAG-TAGTAATAGTAGCA-GA-----AGTAAA--AA---TACTAATA-GTAATTGTAGA--CG---TA------G----TAGTGTTG---GTG---GTGGTG---G-TGACTGTT--G-CA--GTTGTAGTGGT-A--GTAGTAGTA-GTAGT---AGAA------ATAGTAGCAGC------AGTAGTGATG--GTGGTAG---TTGTA---TTAGTAGTGGTGGTTGT------GGTGGTG--GTG--TGATAACAGT---ATTA---GT--A---TTAGAAGTAGTGGTGGTGG---TGGTGgttacttgtc
gi|6 : --TATTATCATT---ATTA---TT--A---GTAGTAGTAGTGGTGGTGG---CGGTG
gi|6 : atTATTA-TTAGTAGTAGT--AG---TG------G----TGGTGGCG---GTG---GCGGCG---G-CGGCgcggcggcggcgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatTATT--AT---TAGTAGTA-GTAGTGGTGGT--GG---CG------G----TGGCGGCG---GCG---GCGAAA---G-CGACAGgaaagcgacagcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|6 : attattatcatGTAGTGGTGGTGGC---GGTGGCGGCGGCGGC---GA-A-----AG--CG-ACAGCGGGNN-NNNN---NNNNNNN---N-NN---NNNNN-NNNNN--N--N-NNNNNN--NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------N---NNT--C---------ATA-G--TAAAAATA---------GC----A---A---TAG---TAG-TAATAGTATTAGCN-NN-----NNNNNN--NN---NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNATA------G----TAGTAGTA---GTA---GTTGTA---GNNNNNNNNN--N-TA--GTAGTAGTAGT-A--GCAGTAGTA-GTTAC---AGTA------ATAGCAATAAT------AGCAGTAGTA--ATAGTAG---CAGCA---TTAcgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatagtaaaaatagcaatagtagtaatagtattagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtagtagtagtagttgtagnnnnnnnnnntagtagtagtagtagcagtagtagttacagtaatagcaataatagcagtagtaatagtagcagcattat
gi|7 : attattatcattattattagtagtaAGTAGT---AATA----TAGAATAAGCAGAAGTAG-TAAT---ATTAGTA---G-TA---GTT------AA--TTTA-G---TT--GTAGAAGT---TG---TAGTAGTCGTAGTAA-AAC--TAG-------G---AGC--A---------ATA-G--TAGAAGAA---------GT----A---A---TAA---TAA-TAGTAGTAATAGAA-GT-----CGTAGA--AG---TACTACTA-GTATTAATATC--AT---TATCATNNN----NNNNNNNN---NNN---NNNNNN---N-NNNNNNNC--G-TT--GTTGTTATTGT-T--GTTGTAGTA-GTAGCTGTTGTA------GTTGTAGTAGC------CGAAGTAGTA--ATAGTAG---TATTA---ATAGt
gi|8 : agaagtaattatagaGTAGTACGATGGTGG---TCGCA---GTAGTAATAGCTGTGGT------GGTGGTG--G-GGGTTGTGGTAGT---ATTA---TT--A---ATAAAAGC---GGTGGTGG---TG
gi|8 : GTGGTGGTGGTGGG---GGTTGTGGTAGTATT----AT-----TAA--TA-AAAGCGGTGG-TGGT---GNNNNNN---N-NN---NNNNN-NNNNN--N--N-NNNNNN--NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNATGGTGGTGACTGTAG-------C---AGT--ATTGGTGGTGGTA-A--TAGTAGTAATTATTGTTGT----A---T---TAG---TAG-T------AGTAGCT-GT-----AGTGAT--AG---TGGT-ATATGTAGTATTTGT--GG---TG------G----TGATGGTG---TTG---GTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtggtgactgtagcagtattggtggtggtaatagtagtaattattgttgtattagtagtagtagctgtagtgatagtggtatatgtagtatttgtggtggtgatggtgttggtggt
gi|9 : gtagtacgatggtggtcgcagtagtaatagctG-GTAGTGGTAA-TGGT---AGTGGTAGCTG-TG---ATTGT-GATAT--T------GTTT--ATGATGGT---TG---AAGTAGTGGTGATAGTGTTTGTGA-------T---AAT--G---------ATA-A--T---GGTA---------AT----G---G---TAT---CGG-T--TGGT-GTAGTG-GT-----AGTGAC--AG---TGGCATTG-GTAGTGGCAGTTGAG---TT------G----TTGTGATG---GTGTTTGTAGTA---G-TGACAGTG--G-CA--GTGGTTGTCGT-A--ATGGTA