lowQualScore : 2222 111111 3333333 11111 33333333 1 11 2222222 11111 11111111 222222222222222222222222 2 222
lowQualScore : 77 3 33 77777 0 5555 444 2 6 2 3 99999999 444 5555 2222 33 999999 2222222 8888888888 2 1 44 66 2 6 88888 44444444 11 2 99999999 1 7 33 6 88 77 2 1111111 2 99999999 66666 2 99999 6666 2 33 6 2 2 3 3 5 1 2 00000000 555555555555555555555555 33 2 5 8 7 6 111
lowQualScore : .. . .. ..... . .... ... . . . . ........ ... .... .... .. ...... ....... .......... . . .. .. . . ..... ........ .. . ........ . . .. . .. .. . ....... . ........ ..... . ..... .... . .. . . . . . . . . ........ ........................ .. . . . . . ...
lowQualScore : 77 1 99 11111 5 7777 777 7 9 7 6 11111111 444 3333 6666 44 444444 9999999 3333333333 7 1 77 11 7 3 22222 44444444 55 4 11111111 6 7 77 0 99 33 7 2222222 7 77777777 77777 7 22222 1111 9 99 6 7 7 8 9 7 9 9 44444444 666666666666666666666666 99 9 4 1 5 9 777
consensus : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAANAA-CAGTGGTTATTTATGA--------TAT---GCAG----TCGG-CCATT--T-TGATTTTTTCCTAGTA-----T-ACA------T---ATT-ACCGCGAATCGGC-CANTCAGACGGC-TAGAAATGGTGGTGTCATCAGGAAAAATA-CTGGTACTG--------GACTAAA--CTTTCAAATAATATTAAGCAA-GTCC-TGT------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CATAAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTTTTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCCCCTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
Reference ( gi|3 ) : CTAAAAACTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAATAA-CAATGGTTATTTATGA--------TAT---GCAG----TCAA-TAATT--T-AGATATTTTCCTAGTA-----A-ACA------T---ATT-ACCGTGAATTAGC-CATTCAGAAGGT-TAGAAATGGTGGTGTCATCAGGAAAAATA-CTGGTACTG--------GATTTAA--CTTTCGAATAATGGTAAGCAA-ATCC-TGA------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGGTCCAAAT----CA-A--CACAAACAGTAAG-TTTGTACACTTAAGAACTCTTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACACAGATGTTGACCCCCCCCCCAAGAAATCTTACAGTTGT
gi|6 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGATAATGAAA----A---ACACATG-AAAAAT-CAGCAGTTATTTATGACAACATATTAT---GCAG----TCAG-CCATT--T-TGATTTTTTCCTAGTACCTGTATACA------T---ATT-ACCGCAAATTGG-------AAA------AAAAATGG------------------TA-CT------G--------GAATAAA--CTTTCAAATACTATTAAGCAA-ATCC-TGT------ATAAAAAAAC--------ATAA-----T-TAAAGAT-TAAAT----TA-A--CATATACAGTGAG-TTTTGAAACTTTAGAATTCTTGCACCGGTTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-ACACA-ATGTTGA-CACCCTCTAAAGAAATCT
gi|11 : tCTAAAAGTTATTTGT-GTAAAT--ATTACT-----TTGGGAATGATG----A---ACTCGTG-A--TAA-AACTGGTTATTTATGA--------TAT---GCAG----TCAG-CCATT--T-TGATTTTTCCTTAGTT-----T-ACA------G---CTT-ATCACAATTTGGC-CAATCAGATGGC-TGGAAA---TGGTGTCATCA-TAAAAATA-CTGGTTCTG--------CACTAAA--CTTCCAAATAATACTAAGTAA-GCCC-TTT------AT-GAAAAATGTAATTAAATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CATAAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAAATTTTTTGTACaattgg
gi|13 : CTGAAAGCTTTTTATTGTA-----------------TGAAAA----A----A---ATGCATG-AAAAAA-CAGTGGTTATTTATGA--------TAT---GCAG----TCAG-CCTTTGTT-A-ATTTTTTCCTAGCA-----T-ACA------T---ATC-ACCGTGAATCGGC-CATTCAGAAGAC-TAGAAA---AGGTGTCGTCAGG-AAAATA-CTAATACTG--------TATagttttt
gi|5 : gtTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACTT-----TTGAAAA-----------------------GT---CAGTGGTTATTTATGA--------TAC---ACAG----TCGG-CCATT--TTAAATTTTTTCC-ATCA-----ATACA------T---ATC-ACAGCGAATCGAC-CATTCAGACAGC-TAGAAATGGTG---TCATCAGGAAAAGTA-CTGATACAG--------GATT-AA--TTTTCAAATAATTTTAAGCAAGACCCATTACCGCATAT-TAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-C--CATAAACAGTGAG-TTTGTACACTTAGTCATTTTTGCACTGATTCTAG-T--------GTCACT-------------A----------AA--AGAGGGC-ACACTAATGTTGA--CCCCTCCCAAGAAATCTTAgcaaaatataattaaaatcaacataaacagtgaatttgtacacttaagaattcttgcattgattctaattttgctaaaaaaagggcacacagatgttggccctct
gi|2 : AAAAATTATTTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AATCATG-ACATAAACAACGGTTATTAATTG--------TAT---GCAGCGACTCAG-CCATT--T-TGATTTTTTCCTAGTATGC--ATACA------T---ATT-ACTGCGAACTGGC-CAATTATACTGA-TAGAAATGGTA---TCATCAG-AAAAATA-CTGGTACTG--------AACTAAA--ATTTCAAATAATAGTAAGCAA-GTCA-TGT------AT-AAAAGAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCATAT----CA-A--CATAAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTTTTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-ACAAACATGTTGA-CCCACTCCCAAGATATCTTACAttggtgt
gi|9 : AAAAGTTATTTCTTGCAAATTGAAAATTGTAAATTAAAAATGACA----A---ACGTATG-TAAAGA-CAATGGTTGTTTTCGG--------TAC---ACAG----TCGG-CCATT--T-TGA-ATTGTCCTAGCA----------------------T-ACCGCGAATTGGC-CATTCAGACGGC-TAGAAATGGAAGT---ATTTGAAAAAAAG-CTGATACTG--------GATTAAA--GTTTCAAA-AA--GTAA--AA-------GA------AA-AAAAAAT-----------A-----T-TG-------AAAT----AA-A--CATGAACAG-AAA-TTCATAC--------ACTCTT------------G-T--------TTAGCTA-----------AA----------AAAGAGAGGGA-ACATAAATTTTGA-CCTCCTCCAAAGAAATCTTACTGGTGTtgtg
gi|15 : tcgAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCGTGAAAAAAA-CAGTAGTTATTTATGA--------TAT---GCAG----TAAG-CCATT--T-TGAT-TTTTGCTAATA-----T-AC
gi|23 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAC--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---ACtggttatatctattaccaccagtctaaaacttcaacagccatgtaaatgatgacatcagtattaaacattaataatgctaatttattgtcttggataa
gi|18 : AAAGTTAATTCCGGTAAAT--ATACCA-----TTAAAAGTTATA----T---ACTCGTG-GAAAAC-CAGTGACTATTTATGA--------TAT---GCAG----TCAG-CCATT--T----TA----CCTATTA-----T-ACA------T---ATT-ATCGCGAATCGAC-CATTTAGACAGC-TAGAAA---TGGTGTCATCAGG-AAAATA-CCGGTACTT--------AATTAAA--CTTTCAAATAAag
gi|4 : tcAAGTTATTTCTTGTAACT--ATACCT-----TTGAAAACGATA----A---ACTCATG-AAAAGA-CAGTGGTAATTTATGA--------TACAAAGAAG----GCAA-T--TT--T-A-ATTTGTTCCTAGTA-----A-ACAATGTCAT---ATT-ACCGCGAATTGGC-CATTCAGACGGC-TAGAAATGGT---GTCATCAGGAAAAATA-CTGATACTG--------GATTAAA--GTTTCAAGTAATTTAAAGTAA-GTTC-TGT------AT-GAAAAAT--------ATAA-----TATAAA-ATTAAAAT----CA-A--CATAAACAGTGAGTTTTGTACACTTAATAATTTTTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--TGCGGGT-ACAAAAATG-TGA-CCCCCTGCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|1 : ccAAGTTAATTCTGGTAAAT--ATACTT-----TTAAAAACAATA----A---AATTATG-AAATGA-CAGCGGTTATTCG-GA--------TGT---GCAG----TCAG-TCGTA--T-TGATTTTATCCCGGGA-----T-ACT------T---GTT-ACCGCGAATCAGC-CAATCAGATGGC-TTGGAAT--T-GTGCCAGCAAGAAACCTA-CTGGTACCA--------GCCCAAA--CATCCAACTAATTTGAAGCAA-GTCC-TGT------AT-GAAAAAT--------AT-A-----T-TAAACATCTAAAA----CA-A--CATAAACCGTTTG-TTTGTACATTTAAT--TTGTTTTAATGATTATAT-T--------TTTATCACTTTATTTGTCAC----------AG--AGGGGGC-ACACAAATGATGA
gi|7 : ttTAATTCTTGTAAAT--ATACAT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATT-ATATAA-CAGTAATTATTT--GA--------TAT---GCAG----TCAG-CCATT--T-TGATCTTTTCCTAATA----------------T---ATT-ACCACAAATCTTC-CATTCAGACAGC-TAGAAAT--TG-TGTCATCAGGAAAAATA-CTGGTACTG--------GATTAAA--CTTTCAAATAATATTGAGCAA-GTCC-TGT------AT-GAAATAT--------ATAA-----A-TAA-GATTCAAAT----CA-A--CATAAGCAGTGGG---------------AATTTTTGCATTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--A-AGGGC-ACAAAAATGTTGACCCCACTCTTAAGACATCTTACTGGTGTacatcttctgagaactgttacttacgt
gi|16 : agtTATATCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAATTGATATACCAGGTACTCAAG-AAAAGA-CAGTGGTTATTTATGA--------TAT---GCAG----TTGG-CCATT--T-TGATTTTTTCCTAGTT-----T-ACA------A---ATT-GC--TGAA-------AATCAGACGGC-TAGAAATGGTGA---CATCAAGAAAAATA-CTGGTAC
gi|19 : gtTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAAATA-CAGTGGTTATTTATGA--------TAA---ACAG----TTGGCCAATT--T--GATTTTTTACTAGTG-----T-ACA------T---ATT-ACAGCAGATGGGC-CAATCAGACAGC-TAaagggaaacaaacgaaaattacaagt
gi|8 : AAAACAATA----A---AATCATG-AAACAA-CAATAGCTATCCAT-------------------------CCA-TA--T--T--GATTTTCCCCCAGTA----------------T---ATC--CCAT--ATTGGC-AAATCA--ATGTCTACAAATG-T--TGTTATCAGGAAAATTA-CTGGTACTACTCTAAACTACTCAAATCTTCCAACTAATGTTAAGAAA-ATCA-TTT------AG-GAAAAAT--------AAAG-----T-TAAACATTTAAAA----TA-A--CATAAACAGTAAG-TTTGTATGCTTAA-AACT-GTGTACTGACTCTAG-TTTTTACAGTTTATTA-----------AATTTTTGTCACAA--AGAGGGC-ACAC
gi|10 : ctcaaatttaatcctgtttcatatttaaATG-AAACAA-CAGTGGTTAATTGTGA--------TAT---GCAG----TCAG-CTATT--T-TGATTTTTTCCCAGTA-----T-ATA------T---ATT-AC--------AGCACATCTGGAA-------AAATACTGGT-----------------CCTGTACTA-------------AA--CTTCCAAATAATATTAAGCAT-GGTC-TAT------AC-G-AAAAT--------ATAATAAATT-TAAACATTTAAAA----CATT--TATAAACATTAAA-CTTGTACACTTAAGAATTTTTTAACTGATTCTAG-G--------TTTGC-A-----------AA----------CA--AGAGGGC-ACAAAAAAGTTGA-CCCCTTCCTAAGAATTCTTA
gi|12 : taaaaacaaaagtaaaagaaagtA--------TGT---GCAG----TCAG-TCACT--A-TGATTTTTTTCCAGTA-----T-ACA------TTATATTTACCAAAAATCAGC-CA--AAGACGGG-AAGAAAC--TG-TGTCGTCAGGAAAAATA-CTGGTACTA--------GTCTAAA--CTTCCAAATAATATTGAACAA-ATTT-TTT------AT-GAAAAAT--------AAAA-----T-TCAACATTTAAAA----AA-G--TTAAAACCGTATG-TTTATACA--TACAATTTTTTGTACTGATTCTAGCT--------TTCGCAA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAAGTTTGA-CCCCCTCCTAAGAACTCTTACTGGTGTttggtgt
gi|14 : TCAGACAGT-TATACATA-T--TGTCATCAGCAAAAATA-CTAGTACTA--------GACTAAA--CTTTCAAATAATA------------C-TGT------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAACGATTAAAATAAACCA-AAACATAAACAGTGAG-TTTGTATACTTAAGAATTTTTGTATCGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--CGAGGGCAAAAAAAATGTTGA-AAACCTTCCAAGAAATCTTAC--TTGT
gi|17 : GTGTCATCAGAAAAAAAAACTGGTACTG--------GACTAAA--CTGCCAAACAATATCAAATAA-TTCT-TGT------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-CAAAGATTCAAAT----CA-A--CATTAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTTGTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--AGAAAGC-ACAAAAACATTTACCCACCgt
gi|22 : -CTTGTACTG--------GACTAAA--ATTTCAAATAATAGTAAGCAA-GTCA-AGT------AT-GAAAACT--------ATAA-----T-TAttactc
gi|13 : A-ATAC-TGT------AT-GCAAAAT--------ATAA-----T-TAAA-------AT----CA-A--CATAAACAGTGAA-TTTGTACACTTAAGAATTCTTGCATTGATTCTAA-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--A-AGGGC-ACACAGATGTTGGCCCTC
gi|20 : gtctgaaagctttttattgtatgaaaaaaatgcatgaaaaaacagtggttatttatgatatgcagtcagcctttgttaattttttcctagcatacatatcaccgtgaatcggccattcagaagactagaaaaggtgtcgtcaggaaaatactTGAG-TTTGTTCTCTTAAGAATTTTTGTACTGATTCTAG-T--------TTTCGT------------AA----------AA--AGAAGGA-ACAAAAATGCTGA-CCCACATCCAAGAAATCTTACTGGTGTt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAATACAACATAAACAATACGTGTACACGCTTACTTTTTTTGTACCGATATAGTTTGCAGTTTATGGACTTTCTTTGTCACAAAAATGGCA
Unaligned ( gi|24 ): TAGACGGTCATAAAGTTACTTTATTGTGCTGAATAATCCTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 222222222222 1111111111
lowQualScore : 2 33 66666 5555 444 2 1 2 88888888 5555 1 2 2 7777777 33 666666 2 5555 444 7777777777 2 00 2 2 2 77777777 222 2 2 999999999 1 1 99999999 2 99999999 66666 2 5 4 7777 2 33 33 2 0 2 2 99999999 333333333333 1111111111 33 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ..... .... ... . . . ........ .... . . . ....... .. ...... . .... ... .......... . .. . . . ........ ... . . ......... . . ........ . ........ ..... . . . .... . .. .. . . . . ........ ............ .......... .. . . . .
lowQualScore : 3 77 77777 3333 444 5 9 5 55555555 0000 8 4 4 6666666 22 888888 4 0000 111 6666666666 4 22 6 2 4 55555555 888 1 5 444444444 9 8 11111111 5 11111111 22222 5 0 3 8888 5 44 44 4 2 4 5 11111111 333333333333 7777777777 77 7 9 9 9
consensus : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAAAAA-CAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
Reference ( family-125 ) : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAANAA-CAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|1 : AAGTTAATTCTGGTAAAT--ATACTT-----TTAAAAACAATA----A---AATTATG-AAATGA-CAGCGGTTATTCG-GA--------TGTGCAG----TCAGTCGTA-TTGA-TTTTATC-------C--CG------G-GAT----A---CT------T---GTT-ACCGCGAATCAGCCAATCAGATGGCTT-G-GAAT--T-GTGCCAGCAAGA-AACCTA-CTGGTACCAGCCCAAACA-TCCAACT---------AATTTGAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------AT-A-----T-TAAACATCTAAAA----CA-A--CAT--AAACCGTTTG-TTTGTACATTT---AATTTGTTTTAATGATTATAT-T--------TTTATCACTTTATTTGTCAC----------AG--AGGGGGC-ACACAAATGATGA-ACA-T-CTTCTGAGAACTGTTACT
gi|10 : ttATG-AAACAA-CAGTGGTTAATTGTGA--------TATGCAG----TCAGCTATT-TTGA-TTTTTTC-------C--CA------G-TAT----A---TA------T---ATT-ACAGCACATC-----------TGG--A-A-AAATACTGGT------------------CCTGTACT-----AAACT-TCCAAAT---------AATATTAAGCATGGTCTAT--------AC-G-AAAAT--------ATAATAAATT-TAAACATTTAAAA----CATT--TAT--AAACATTAAA-CTTGTACACTTAAGAATTT-TTTAACTGATTCTAG-G--------TTTGC-A-----------AA----------CA--AGAGGGC-ACAAAAAAGTTGA-CCC-C-TTCCTAAGAATTCTTATTGGTGTtacgt
gi|11 : taaaaacaaaagtaaaagaaagtCTAAAAGTTATTTGT-GTAAAT--ATTACT-----TTGGGAATGATG----A---ACTCGTG-ATAAAA-C--TGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTCC-------T--TA------G-TTT----A---CA------G---CTT-ATCACAATTTGGCCAATCAGATGGCTG-G-AAA---TGGTGTCATCA-TA-AAAATA-CTGGTTCTGCACTAAACT-TCCAAAT---------AATACTAAGTAAGCCCTTT--------AT-GAAAAATGTAATTAAATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAAATTTT-TTGTAC
gi|12 : A--------TGTGCAG----TCAGTCACT-ATGA-TTTTTTT-------C--CA------G-TAT----A---CA------TTATATTTACCAAAAATCAGCCAA--AGACGGGAA-G-AAAC--TG-TGTCGTCAGGA-AAAATA-CTGGTACTAGTCTAAACT-TCCAAAT---------AATATTGAACAAATTTTTT--------AT-GAAAAAT--------AAAA-----T-TCAACATTTAAA------A-A--AGTTAAAACCGTATG-TTTATACA--TACAATTTT-TTGTACTGATTCTAGCT--------TTCGCAA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAAGTTTGA-CCC-C-CTCCTAAGAACTCTTACTGGTGTagttttt
gi|13 : CTGAAAGCTTTTTATTGTA-----------------TGAAAA----A----A---ATGCATG-AAAAAA-CAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCTTTGTTAA-TTTTTTC-------C--TA------G-CAT----A---CA------T---ATC-ACCGTGAATCGGCCATTCAGAAGACTA-G-AAA---AGGTGTCGTCAGG--AAAATA-CTAATACTG
gi|13 : gt---------AATACTAA-----TACTGT--------AT-GCAAAAT--------ATAA-----T-TAAA-------AT----CA-A--CAT--AAACAGTGAA-TTTGTACACTTAAGAATTC-TTGCATTGATTCTAA-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--A-AGGGC-ACACAGATGTTGG-CCC-T-CTtatgcaaaatataattaaaatcaacataaacagtgaatttgtacacttaagaattcttgcattgattctaattttgctaaaaaaagggcacacagatgttggccctct
gi|14 : gtctgaaagctttttattgtatgaaaaaaatgcatgaaaaaacagtggttatttatgatatgcagtcagcctttgttaattttttcctagcatacatatcaccgtgaatcggccattcagaagactagaaaaggtgtcgtcaggaaTCAGACAGTTA-T-ACATA-T--TGTCATCAGCA-AAAATA-CTAGTACTAGACTAAACT-TTCAAAT---------AATA-----------CTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAACGATTAAAATAAACCA-AAACAT--AAACAGTGAG-TTTGTATACTTAAGAATTT-TTGTATCGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--CGAGGGCAAAAAAAATGTTGA-AAA-C-CTTCCAAGAAATCTTACTTGTGT
gi|15 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCGTGAAAAAAA-CAGTAGTTATTTATGA--------TATGCAG----TAAGCCATT-TTGA-TTTTTGCTAATATAC--TG------GTTAT----A---TC------T---ATT-ACCACCAGTCTAAAACTTCAACAGCCATGTAAATGATGA---CATCAGTATTAAACA-TTAATAATG--CTAA
gi|16 : GTTATATCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAATTGATATACCAGGTACTCAAG-AAAAGA-CAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TTGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TTT----A---CA------A---ATT-GC--TGAA------AATCAGACGGCTA-G-AAATGGTGA---CATCAAGA-AAAATA-CTGGTACtttattgtcttggataa
gi|17 : GTGTCATCAGAA-AAAAAAACTGGTACTGGACTAAACT-GCCAAAC---------AATATCAAATAATTCTTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-CAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--TAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-GTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--AGAAAGC-ACAAAAACATTTA-CCCAC-CTaagggaaacaaacgaaaattacaagt
gi|18 : AAAGTTAATTCCGGTAAAT--ATACCA-----TTAAAAGTTATA----T---ACTCGTG-GAAAAC-CAGTGACTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTA--------C-------C--TA------T-TAT----A---CA------T---ATT-ATCGCGAATCGACCATTTAGACAGCTA-G-AAA---TGGTGTCATCAGG--AAAATA-CCGGTACTTAATTAAACT-TTCAAAT---------AAtactc
gi|19 : tcTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAAATA-CAGTGGTTATTTATGA--------TAAACAG----TTGGCCAAT-TTGA-TTTTTTA-------C--TA------G-TGT----A---CA------T---ATT-ACAGCAGATGGGCCAATCAGACAGCTA-
gi|2 : AAAAATTATTTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AATCATG-ACATAAACAACGGTTATTAATTG--------TATGCAGCGACTCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TATGCATA---CA------T---ATT-ACTGCGAACTGGCCAATTATACTGATA-G-AAATGGTA---TCATCAG-A-AAAATA-CTGGTACTGAACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCATGT--------AT-AAAAGAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCATAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-ACAAACATGTTGA-CCC-A-CTCCCAAGATATCTTAC
gi|20 : TGAG-TTTGTTCTCTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTCGT------------AA----------AA--AGAAGGA-ACAAAAATGCTGA-CCC-A-CATCCAAGAAATCTTACTGGTGTatgtg
gi|21 : AAATA---CA-A--CAT--AAACAATACG-TGTACACGCTTACT-TTTT-TTGTACCGA-TATAG-T--------TT
gi|22 : a-CTTGTACTGGACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCAAGT--------AT-GAAAACT--------ATAA-----T-TAgcagtttatggactttctttgtcacaaaaatggca
gi|23 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAC--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AC
gi|3 : CTAAAAACTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAATAA-CAATGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAATAATT-TAGA-TATTTTC-------C--TA------G-TAA----A---CA------T---ATT-ACCGTGAATTAGCCATTCAGAAGGTTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTTAACT-TTCGAAT---------AATGGTAAGCAAATCCTGA--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGGTCCAAAT----CA-A--CAC--AAACAGTAAG-TTTGTACACTTAAGAACTC-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACACAGATGTTGACCCC-C-CCCCCAAGAAATCTTACAGTTGTag
gi|4 : AAGTTATTTCTTGTAACT--ATACCT-----TTGAAAACGATA----A---ACTCATG-AAAAGA-CAGTGGTAATTTATGA--------TACAAAG----AAGGCAATT-TTAA-TTTGTTC-------C--TA------G-TAA----A---CAATGTCAT---ATT-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGT---GTCATCAGGA-AAAATA-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAGT---------AATTTAAAGTAAGTTCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----TATAAA-ATTAAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAGTTTTGTACACTTAATAATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--TGCGGGT-ACAAAAATG-TGA-CCC-C-CTGCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|5 : ccTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACTT-----TTGAAAA-----------------GT---------CAGTGGTTATTTATGA--------TACACAG----TCGGCCATT-TTAAATTTTTTC-------CATCA---------AT----A---CA------T---ATC-ACAGCGAATCGACCATTCAGACAGCTA-G-AAATGGTG---TCATCAGGA-AAAGTA-CTGATACAGGATTAA-TT-TTCAAAT---------AATTTTAAGCAAGACCCATTACCGCATAT-TAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-C--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAGTCATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------GTCACT-------------A----------AA--AGAGGGC-ACACTAATGTTGA--CC-C-CTCCCAAGAAATCTTATTGGTGT
gi|6 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGATAATGAAA----A---ACACATG-AAAAAT-CAGCAGTTATTTATGACAACATATTATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TAGTACCTG-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCAAATTGG------AAA-----A-A-AAATGG-------------------TA-CT------GGAATAAACT-TTCAAAT---------ACTATTAAGCAAATCCTGT--------ATAAAAAAAC--------ATAA-----T-TAAAGATT-AAAT----TA-A--CAT--ATACAGTGAG-TTTTGAAACTTTAGAATTC-TTGCACCGGTTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-AC-ACAATGTTGA-CAC-C-CTCTAAAGAAATCTAATTGG
gi|7 : tAGTTAATTCTTGTAAAT--ATACAT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATT-ATATAA-CAGTAATTATTT--GA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TCTTTTC-------C--TA------A-TAT----A----------------TT-ACCACAAATCTTCCATTCAGACAGCTA-G-AAAT--TG-TGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTAAACT-TTCAAAT---------AATATTGAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAATAT--------ATAA-----A-T-AAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAGCAGTG---------------GGAATTT-TTGCATTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--A-AGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-CACTCTTAAGACATCTTACTGGTGT
gi|8 : AAAACAATA----A---AATCATG-AAACAA-CAATAGCTATCCAT-------------------------CCATA-TTGA-TTTTCCC-------C--CA------G-TAT----ATCCCA------T---ATT-----------GGCAAATCA-ATGTCTA-C-AAATG-T--TGTTATCAGGA-AAATTA-CTGGTACTACTCTAAACTACTCAAATCTTCCAACTAATGTTAAGAAAATCATTT--------AG-GAAAAAT--------AAAG-----T-TAAACATTTAAAA----TA-A--CAT--AAACAGTAAG-TTTGTATGCTTAAAA--CT-GTGTACTGACTCTAG-TTTTTACAGTTTATTA-----------AATTTTTGTCACAA--AGAGGGC-ACA
gi|9 : ctcaaatttaatcctgtttcatatttaaAAAAGTTATTTCTTGCAAATTGAAAATTGTAAATTAAAAATGACA----A---ACGTATG-TAAAGA-CAATGGTTGTTTTCGG--------TACACAG----TCGGCCATT-TTGA--ATTGTC-------C--TA------G-CA-----------------------T-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGAAGT---ATTTGAA-AAAAAG-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAA----------------AAGTAA---------------AA-GAAAAA---------A-----------AAATATTGAAAT----AA-A--CAT--GAACAG-AAA-TTCATACAC---------------------TCTTG-T--------TTAGCTA-----------AA----------AAAGAGAGGGA-ACATAAATTTTGA-CCT-C-CTCCAAAGAAATCTTACTGGTGTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGACGGTCATAAAGTTACTTTATTGTGCTGAATAATCCTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 222222222222 1111111111
lowQualScore : 2 33 66666 5555 444 2 22 88888888 5555 1 2 2 7777777 33 666666 2 5555 444 7777777777 2 00 2 2 2 77777777 222 2 2 999999999 1 1 99999999 2 99999999 66666 2 5 4 7777 2 33 33 2 0 2 2 99999999 333333333333 1111111111 33 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ..... .... ... . .. ........ .... . . . ....... .. ...... . .... ... .......... . .. . . . ........ ... . . ......... . . ........ . ........ ..... . . . .... . .. .. . . . . ........ ............ .......... .. . . . .
lowQualScore : 3 77 77777 3333 444 5 99 55555555 0000 8 4 4 6666666 22 888888 4 0000 111 6666666666 4 22 6 2 4 55555555 888 1 5 444444444 9 8 11111111 5 11111111 22222 5 0 3 8888 5 44 44 4 2 4 5 11111111 333333333333 7777777777 77 7 9 9 9
consensus : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
Reference ( family-125 ) : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|1 : AAGTTAATTCTGGTAAAT--ATACTT-----TTAAAAACAATA----A---AATTATG-AAA-TGACAGCGGTTATTCG-GA--------TGTGCAG----TCAGTCGTA-TTGA-TTTTATC-------C--CG------G-GAT----A---CT------T---GTT-ACCGCGAATCAGCCAATCAGATGGCTT-G-GAAT--T-GTGCCAGCAAGA-AACCTA-CTGGTACCAGCCCAAACA-TCCAACT---------AATTTGAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------AT-A-----T-TAAACATCTAAAA----CA-A--CAT--AAACCGTTTG-TTTGTACATTT---AATTTGTTTTAATGATTATAT-T--------TTTATCACTTTATTTGTCAC----------AG--AGGGGGC-ACACAAATGATGA-ACA-T-CTTCTGAGAACTGTTACT
gi|10 : ttATG-AAA-CAACAGTGGTTAATTGTGA--------TATGCAG----TCAGCTATT-TTGA-TTTTTTC-------C--CA------G-TAT----A---TA------T---ATT-ACAGCACATC-----------TGG--A-A-AAATACTGGT------------------CCTGTACT-----AAACT-TCCAAAT---------AATATTAAGCATGGTCTAT--------AC-G-AAAAT--------ATAATAAATT-TAAACATTTAAAA----CATT--TAT--AAACATTAAA-CTTGTACACTTAAGAATTT-TTTAACTGATTCTAG-G--------TTTGC-A-----------AA----------CA--AGAGGGC-ACAAAAAAGTTGA-CCC-C-TTCCTAAGAATTCTTATTGGTGTtacgt
gi|11 : taaaaacaaaagtaaaagaaagtCTAAAAGTTATTTGT-GTAAAT--ATTACT-----TTGGGAATGATG----A---ACTCGTG-ATA-AAAC--TGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTCC-------T--TA------G-TTT----A---CA------G---CTT-ATCACAATTTGGCCAATCAGATGGCTG-G-AAA---TGGTGTCATCA-TA-AAAATA-CTGGTTCTGCACTAAACT-TCCAAAT---------AATACTAAGTAAGCCCTTT--------AT-GAAAAATGTAATTAAATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAAATTTT-TTGTAC
gi|12 : A--------TGTGCAG----TCAGTCACT-ATGA-TTTTTTT-------C--CA------G-TAT----A---CA------TTATATTTACCAAAAATCAGCCAA--AGACGGGAA-G-AAAC--TG-TGTCGTCAGGA-AAAATA-CTGGTACTAGTCTAAACT-TCCAAAT---------AATATTGAACAAATTTTTT--------AT-GAAAAAT--------AAAA-----T-TCAACATTTAAA------A-A--AGTTAAAACCGTATG-TTTATACA--TACAATTTT-TTGTACTGATTCTAGCT--------TTCGCAA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAAGTTTGA-CCC-C-CTCCTAAGAACTCTTACTGGTGTagttttt
gi|13 : CTGAAAGCTTTTTATTGTA-----------------TGAAAA----A----A---ATGCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCTTTGTTAA-TTTTTTC-------C--TA------G-CAT----A---CA------T---ATC-ACCGTGAATCGGCCATTCAGAAGACTA-G-AAA---AGGTGTCGTCAGG--AAAATA-CTAATACTG
gi|13 : gt---------AATACTAA-----TACTGT--------AT-GCAAAAT--------ATAA-----T-TAAA-------AT----CA-A--CAT--AAACAGTGAA-TTTGTACACTTAAGAATTC-TTGCATTGATTCTAA-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--A-AGGGC-ACACAGATGTTGG-CCC-T-CTtatgcaaaatataattaaaatcaacataaacagtgaatttgtacacttaagaattcttgcattgattctaattttgctaaaaaaagggcacacagatgttggccctct
gi|14 : gtctgaaagctttttattgtatgaaaaaaatgcatgaaaaaacagtggttatttatgatatgcagtcagcctttgttaattttttcctagcatacatatcaccgtgaatcggccattcagaagactagaaaaggtgtcgtcaggaaTCAGACAGTTA-T-ACATA-T--TGTCATCAGCA-AAAATA-CTAGTACTAGACTAAACT-TTCAAAT---------AATA-----------CTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAACGATTAAAATAAACCA-AAACAT--AAACAGTGAG-TTTGTATACTTAAGAATTT-TTGTATCGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--CGAGGGCAAAAAAAATGTTGA-AAA-C-CTTCCAAGAAATCTTACTTGTGT
gi|15 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCGTGAAAA-AAACAGTAGTTATTTATGA--------TATGCAG----TAAGCCATT-TTGA-TTTTTGCTAATATAC--TG------GTTAT----A---TC------T---ATT-ACCACCAGTCTAAAACTTCAACAGCCATGTAAATGATGA---CATCAGTATTAAACA-TTAATAATG--CTAA
gi|16 : GTTATATCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAATTGATATACCAGGTACTCAAG-AAA-AGACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TTGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TTT----A---CA------A---ATT-GC--TGAA------AATCAGACGGCTA-G-AAATGGTGA---CATCAAGA-AAAATA-CTGGTACtttattgtcttggataa
gi|17 : GTGTCATCAGAA-AAAAAAACTGGTACTGGACTAAACT-GCCAAAC---------AATATCAAATAATTCTTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-CAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--TAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-GTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--AGAAAGC-ACAAAAACATTTA-CCCAC-CTaagggaaacaaacgaaaattacaagt
gi|18 : AAAGTTAATTCCGGTAAAT--ATACCA-----TTAAAAGTTATA----T---ACTCGTG-GAA-AACCAGTGACTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTA--------C-------C--TA------T-TAT----A---CA------T---ATT-ATCGCGAATCGACCATTTAGACAGCTA-G-AAA---TGGTGTCATCAGG--AAAATA-CCGGTACTTAATTAAACT-TTCAAAT---------AAtactc
gi|19 : tcTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-ATACAGTGGTTATTTATGA--------TAAACAG----TTGGCCAAT-TTGA-TTTTTTA-------C--TA------G-TGT----A---CA------T---ATT-ACAGCAGATGGGCCAATCAGACAGCTA-
gi|2 : AAAAATTATTTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AATCATG-ACATAAACAACGGTTATTAATTG--------TATGCAGCGACTCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TATGCATA---CA------T---ATT-ACTGCGAACTGGCCAATTATACTGATA-G-AAATGGTA---TCATCAG-A-AAAATA-CTGGTACTGAACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCATGT--------AT-AAAAGAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCATAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-ACAAACATGTTGA-CCC-A-CTCCCAAGATATCTTAC
gi|20 : TGAG-TTTGTTCTCTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTCGT------------AA----------AA--AGAAGGA-ACAAAAATGCTGA-CCC-A-CATCCAAGAAATCTTACTGGTGTatgtg
gi|21 : AAATA---CA-A--CAT--AAACAATACG-TGTACACGCTTACT-TTTT-TTGTACCGA-TATAG-T--------TT
gi|22 : a-CTTGTACTGGACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCAAGT--------AT-GAAAACT--------ATAA-----T-TAgcagtttatggactttctttgtcacaaaaatggca
gi|23 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAC--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AC
gi|3 : CTAAAAACTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-TAACAATGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAATAATT-TAGA-TATTTTC-------C--TA------G-TAA----A---CA------T---ATT-ACCGTGAATTAGCCATTCAGAAGGTTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTTAACT-TTCGAAT---------AATGGTAAGCAAATCCTGA--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGGTCCAAAT----CA-A--CAC--AAACAGTAAG-TTTGTACACTTAAGAACTC-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACACAGATGTTGACCCC-C-CCCCCAAGAAATCTTACAGTTGTag
gi|4 : AAGTTATTTCTTGTAACT--ATACCT-----TTGAAAACGATA----A---ACTCATG-AAA-AGACAGTGGTAATTTATGA--------TACAAAG----AAGGCAATT-TTAA-TTTGTTC-------C--TA------G-TAA----A---CAATGTCAT---ATT-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGT---GTCATCAGGA-AAAATA-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAGT---------AATTTAAAGTAAGTTCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----TATAAA-ATTAAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAGTTTTGTACACTTAATAATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--TGCGGGT-ACAAAAATG-TGA-CCC-C-CTGCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|5 : ccTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACTT-----TTGAAAA-----------------GT---------CAGTGGTTATTTATGA--------TACACAG----TCGGCCATT-TTAAATTTTTTC-------CATCA---------AT----A---CA------T---ATC-ACAGCGAATCGACCATTCAGACAGCTA-G-AAATGGTG---TCATCAGGA-AAAGTA-CTGATACAGGATTAA-TT-TTCAAAT---------AATTTTAAGCAAGACCCATTACCGCATAT-TAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-C--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAGTCATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------GTCACT-------------A----------AA--AGAGGGC-ACACTAATGTTGA--CC-C-CTCCCAAGAAATCTTATTGGTGT
gi|6 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGATAATGAAA----A---ACACATG-AAA-AATCAGCAGTTATTTATGACAACATATTATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TAGTACCTG-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCAAATTGG------AAA-----A-A-AAATGG-------------------TA-CT------GGAATAAACT-TTCAAAT---------ACTATTAAGCAAATCCTGT--------ATAAAAAAAC--------ATAA-----T-TAAAGATT-AAAT----TA-A--CAT--ATACAGTGAG-TTTTGAAACTTTAGAATTC-TTGCACCGGTTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-AC-ACAATGTTGA-CAC-C-CTCTAAAGAAATCTAATTGG
gi|7 : tAGTTAATTCTTGTAAAT--ATACAT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATT-ATA-TAACAGTAATTATTT--GA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TCTTTTC-------C--TA------A-TAT----A----------------TT-ACCACAAATCTTCCATTCAGACAGCTA-G-AAAT--TG-TGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTAAACT-TTCAAAT---------AATATTGAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAATAT--------ATAA-----A-T-AAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAGCAGTG---------------GGAATTT-TTGCATTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--A-AGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-CACTCTTAAGACATCTTACTGGTGT
gi|8 : AAAACAATA----A---AATCATG-AAA-CAACAATAGCTATCCAT-------------------------CCATA-TTGA-TTTTCCC-------C--CA------G-TAT----ATCCCA------T---ATT-----------GGCAAATCA-ATGTCTA-C-AAATG-T--TGTTATCAGGA-AAATTA-CTGGTACTACTCTAAACTACTCAAATCTTCCAACTAATGTTAAGAAAATCATTT--------AG-GAAAAAT--------AAAG-----T-TAAACATTTAAAA----TA-A--CAT--AAACAGTAAG-TTTGTATGCTTAAAA--CT-GTGTACTGACTCTAG-TTTTTACAGTTTATTA-----------AATTTTTGTCACAA--AGAGGGC-ACA
gi|9 : ctcaaatttaatcctgtttcatatttaaAAAAGTTATTTCTTGCAAATTGAAAATTGTAAATTAAAAATGACA----A---ACGTATG-TAA-AGACAATGGTTGTTTTCGG--------TACACAG----TCGGCCATT-TTGA--ATTGTC-------C--TA------G-CA-----------------------T-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGAAGT---ATTTGAA-AAAAAG-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAA----------------AAGTAA---------------AA-GAAAAA---------A-----------AAATATTGAAAT----AA-A--CAT--GAACAG-AAA-TTCATACAC---------------------TCTTG-T--------TTAGCTA-----------AA----------AAAGAGAGGGA-ACATAAATTTTGA-CCT-C-CTCCAAAGAAATCTTACTGGTGTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGACGGTCATAAAGTTACTTTATTGTGCTGAATAATCCTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 222222222222 1111111111
lowQualScore : 2 33 66666 5555 444 2 22 88888888 5555 1 2 2 7777777 33 666666 2 5555 444 7777777777 2 00 2 2 2 77777777 222 2 2 999999999 1 1 99999999 2 99999999 66666 2 5 4 7777 2 33 33 2 0 2 2 99999999 333333333333 1111111111 33 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ..... .... ... . .. ........ .... . . . ....... .. ...... . .... ... .......... . .. . . . ........ ... . . ......... . . ........ . ........ ..... . . . .... . .. .. . . . . ........ ............ .......... .. . . . .
lowQualScore : 3 77 77777 3333 444 5 99 55555555 0000 8 4 4 6666666 22 888888 4 0000 111 6666666666 4 22 6 2 4 55555555 888 1 5 444444444 9 8 11111111 5 11111111 22222 5 0 3 8888 5 44 44 4 2 4 5 11111111 333333333333 7777777777 77 7 9 9 9
consensus : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
Reference ( family-125 ) : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|1 : AAGTTAATTCTGGTAAAT--ATACTT-----TTAAAAACAATA----A---AATTATG-AAA-TGACAGCGGTTATTCG-GA--------TGTGCAG----TCAGTCGTA-TTGA-TTTTATC-------C--CG------G-GAT----A---CT------T---GTT-ACCGCGAATCAGCCAATCAGATGGCTT-G-GAAT--T-GTGCCAGCAAGA-AACCTA-CTGGTACCAGCCCAAACA-TCCAACT---------AATTTGAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------AT-A-----T-TAAACATCTAAAA----CA-A--CAT--AAACCGTTTG-TTTGTACATTT---AATTTGTTTTAATGATTATAT-T--------TTTATCACTTTATTTGTCAC----------AG--AGGGGGC-ACACAAATGATGA-ACA-T-CTTCTGAGAACTGTTACT
gi|10 : ttATG-AAA-CAACAGTGGTTAATTGTGA--------TATGCAG----TCAGCTATT-TTGA-TTTTTTC-------C--CA------G-TAT----A---TA------T---ATT-ACAGCACATC-----------TGG--A-A-AAATACTGGT------------------CCTGTACT-----AAACT-TCCAAAT---------AATATTAAGCATGGTCTAT--------AC-G-AAAAT--------ATAATAAATT-TAAACATTTAAAA----CATT--TAT--AAACATTAAA-CTTGTACACTTAAGAATTT-TTTAACTGATTCTAG-G--------TTTGC-A-----------AA----------CA--AGAGGGC-ACAAAAAAGTTGA-CCC-C-TTCCTAAGAATTCTTATTGGTGTtacgt
gi|11 : taaaaacaaaagtaaaagaaagtCTAAAAGTTATTTGT-GTAAAT--ATTACT-----TTGGGAATGATG----A---ACTCGTG-ATA-AAAC--TGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTCC-------T--TA------G-TTT----A---CA------G---CTT-ATCACAATTTGGCCAATCAGATGGCTG-G-AAA---TGGTGTCATCA-TA-AAAATA-CTGGTTCTGCACTAAACT-TCCAAAT---------AATACTAAGTAAGCCCTTT--------AT-GAAAAATGTAATTAAATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAAATTTT-TTGTAC
gi|12 : A--------TGTGCAG----TCAGTCACT-ATGA-TTTTTTT-------C--CA------G-TAT----A---CA------TTATATTTACCAAAAATCAGCCAA--AGACGGGAA-G-AAAC--TG-TGTCGTCAGGA-AAAATA-CTGGTACTAGTCTAAACT-TCCAAAT---------AATATTGAACAAATTTTTT--------AT-GAAAAAT--------AAAA-----T-TCAACATTTAAA------A-A--AGTTAAAACCGTATG-TTTATACA--TACAATTTT-TTGTACTGATTCTAGCT--------TTCGCAA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAAGTTTGA-CCC-C-CTCCTAAGAACTCTTACTGGTGTagttttt
gi|13 : CTGAAAGCTTTTTATTGTA-----------------TGAAAA----A----A---ATGCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCTTTGTTAA-TTTTTTC-------C--TA------G-CAT----A---CA------T---ATC-ACCGTGAATCGGCCATTCAGAAGACTA-G-AAA---AGGTGTCGTCAGG--AAAATA-CTAATACTG
gi|13 : gt---------AATACTAA-----TACTGT--------AT-GCAAAAT--------ATAA-----T-TAAA-------AT----CA-A--CAT--AAACAGTGAA-TTTGTACACTTAAGAATTC-TTGCATTGATTCTAA-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--A-AGGGC-ACACAGATGTTGG-CCC-T-CTtatgcaaaatataattaaaatcaacataaacagtgaatttgtacacttaagaattcttgcattgattctaattttgctaaaaaaagggcacacagatgttggccctct
gi|14 : gtctgaaagctttttattgtatgaaaaaaatgcatgaaaaaacagtggttatttatgatatgcagtcagcctttgttaattttttcctagcatacatatcaccgtgaatcggccattcagaagactagaaaaggtgtcgtcaggaaTCAGACAGTTA-T-ACATA-T--TGTCATCAGCA-AAAATA-CTAGTACTAGACTAAACT-TTCAAAT---------AATA-----------CTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAACGATTAAAATAAACCA-AAACAT--AAACAGTGAG-TTTGTATACTTAAGAATTT-TTGTATCGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--CGAGGGCAAAAAAAATGTTGA-AAA-C-CTTCCAAGAAATCTTACTTGTGT
gi|15 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCGTGAAAA-AAACAGTAGTTATTTATGA--------TATGCAG----TAAGCCATT-TTGA-TTTTTGCTAATATAC--TG------GTTAT----A---TC------T---ATT-ACCACCAGTCTAAAACTTCAACAGCCATGTAAATGATGA---CATCAGTATTAAACA-TTAATAATG--CTAA
gi|16 : GTTATATCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAATTGATATACCAGGTACTCAAG-AAA-AGACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TTGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TTT----A---CA------A---ATT-GC--TGAA------AATCAGACGGCTA-G-AAATGGTGA---CATCAAGA-AAAATA-CTGGTACtttattgtcttggataa
gi|17 : GTGTCATCAGAA-AAAAAAACTGGTACTGGACTAAACT-GCCAAAC---------AATATCAAATAATTCTTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-CAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--TAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-GTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--AGAAAGC-ACAAAAACATTTA-CCCAC-CTaagggaaacaaacgaaaattacaagt
gi|18 : AAAGTTAATTCCGGTAAAT--ATACCA-----TTAAAAGTTATA----T---ACTCGTG-GAA-AACCAGTGACTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTA--------C-------C--TA------T-TAT----A---CA------T---ATT-ATCGCGAATCGACCATTTAGACAGCTA-G-AAA---TGGTGTCATCAGG--AAAATA-CCGGTACTTAATTAAACT-TTCAAAT---------AAtactc
gi|19 : tcTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-ATACAGTGGTTATTTATGA--------TAAACAG----TTGGCCAAT-TTGA-TTTTTTA-------C--TA------G-TGT----A---CA------T---ATT-ACAGCAGATGGGCCAATCAGACAGCTA-
gi|2 : AAAAATTATTTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AATCATG-ACATAAACAACGGTTATTAATTG--------TATGCAGCGACTCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TATGCATA---CA------T---ATT-ACTGCGAACTGGCCAATTATACTGATA-G-AAATGGTA---TCATCAG-A-AAAATA-CTGGTACTGAACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCATGT--------AT-AAAAGAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCATAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-ACAAACATGTTGA-CCC-A-CTCCCAAGATATCTTAC
gi|20 : TGAG-TTTGTTCTCTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTCGT------------AA----------AA--AGAAGGA-ACAAAAATGCTGA-CCC-A-CATCCAAGAAATCTTACTGGTGTatgtg
gi|21 : AAATA---CA-A--CAT--AAACAATACG-TGTACACGCTTACT-TTTT-TTGTACCGA-TATAG-T--------TT
gi|22 : a-CTTGTACTGGACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCAAGT--------AT-GAAAACT--------ATAA-----T-TAgcagtttatggactttctttgtcacaaaaatggca
gi|23 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAC--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AC
gi|3 : CTAAAAACTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-TAACAATGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAATAATT-TAGA-TATTTTC-------C--TA------G-TAA----A---CA------T---ATT-ACCGTGAATTAGCCATTCAGAAGGTTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTTAACT-TTCGAAT---------AATGGTAAGCAAATCCTGA--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGGTCCAAAT----CA-A--CAC--AAACAGTAAG-TTTGTACACTTAAGAACTC-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACACAGATGTTGACCCC-C-CCCCCAAGAAATCTTACAGTTGTag
gi|4 : AAGTTATTTCTTGTAACT--ATACCT-----TTGAAAACGATA----A---ACTCATG-AAA-AGACAGTGGTAATTTATGA--------TACAAAG----AAGGCAATT-TTAA-TTTGTTC-------C--TA------G-TAA----A---CAATGTCAT---ATT-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGT---GTCATCAGGA-AAAATA-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAGT---------AATTTAAAGTAAGTTCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----TATAAA-ATTAAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAGTTTTGTACACTTAATAATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--TGCGGGT-ACAAAAATG-TGA-CCC-C-CTGCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|5 : ccTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACTT-----TTGAAAA-----------------GT---------CAGTGGTTATTTATGA--------TACACAG----TCGGCCATT-TTAAATTTTTTC-------CATCA---------AT----A---CA------T---ATC-ACAGCGAATCGACCATTCAGACAGCTA-G-AAATGGTG---TCATCAGGA-AAAGTA-CTGATACAGGATTAA-TT-TTCAAAT---------AATTTTAAGCAAGACCCATTACCGCATAT-TAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-C--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAGTCATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------GTCACT-------------A----------AA--AGAGGGC-ACACTAATGTTGA--CC-C-CTCCCAAGAAATCTTATTGGTGT
gi|6 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGATAATGAAA----A---ACACATG-AAA-AATCAGCAGTTATTTATGACAACATATTATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TAGTACCTG-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCAAATTGG------AAA-----A-A-AAATGG-------------------TA-CT------GGAATAAACT-TTCAAAT---------ACTATTAAGCAAATCCTGT--------ATAAAAAAAC--------ATAA-----T-TAAAGATT-AAAT----TA-A--CAT--ATACAGTGAG-TTTTGAAACTTTAGAATTC-TTGCACCGGTTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-AC-ACAATGTTGA-CAC-C-CTCTAAAGAAATCTAATTGG
gi|7 : tAGTTAATTCTTGTAAAT--ATACAT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATT-ATA-TAACAGTAATTATTT--GA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TCTTTTC-------C--TA------A-TAT----A----------------TT-ACCACAAATCTTCCATTCAGACAGCTA-G-AAAT--TG-TGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTAAACT-TTCAAAT---------AATATTGAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAATAT--------ATAA-----A-T-AAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAGCAGTG---------------GGAATTT-TTGCATTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--A-AGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-CACTCTTAAGACATCTTACTGGTGT
gi|8 : AAAACAATA----A---AATCATG-AAA-CAACAATAGCTATCCAT-------------------------CCATA-TTGA-TTTTCCC-------C--CA------G-TAT----ATCCCA------T---ATT-----------GGCAAATCA-ATGTCTA-C-AAATG-T--TGTTATCAGGA-AAATTA-CTGGTACTACTCTAAACTACTCAAATCTTCCAACTAATGTTAAGAAAATCATTT--------AG-GAAAAAT--------AAAG-----T-TAAACATTTAAAA----TA-A--CAT--AAACAGTAAG-TTTGTATGCTTAAAA--CT-GTGTACTGACTCTAG-TTTTTACAGTTTATTA-----------AATTTTTGTCACAA--AGAGGGC-ACA
gi|9 : ctcaaatttaatcctgtttcatatttaaAAAAGTTATTTCTTGCAAATTGAAAATTGTAAATTAAAAATGACA----A---ACGTATG-TAA-AGACAATGGTTGTTTTCGG--------TACACAG----TCGGCCATT-TTGA--ATTGTC-------C--TA------G-CA-----------------------T-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGAAGT---ATTTGAA-AAAAAG-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAA----------------AAGTAA---------------AA-GAAAAA---------A-----------AAATATTGAAAT----AA-A--CAT--GAACAG-AAA-TTCATACAC---------------------TCTTG-T--------TTAGCTA-----------AA----------AAAGAGAGGGA-ACATAAATTTTGA-CCT-C-CTCCAAAGAAATCTTACTGGTGTc
blockSeqs : T TG GTAAA TACC GGT A TA CAACATAT CGAC A G A TAATATA AT GTACCT T GCAT TCC ATGTCAT T A T T TGGTGGTG TAT A A CTTCCAACT T G TACCGCAT A GTAATTAA TAAAT A C T AAAC T AA TA T . C TTTTACAG A TTTTTGTCAC AG A C A A
blockSeqs : T . . . . . C . . A . . . . . . . . TTAT . A . . TACTGGT TA . . . C G . . . . . G C A . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . A . . A . . . . . . . . T . T . . TGGAAGT GA . . . T A . . . . . C T . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . A . . A . . . . . . . . G . C . . TGATGA CA . . . C T . . . . . G A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . A . . A . . . . . . . . T . A . . TGGTGA GA . . . T G . . . . . G C . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . A . . G . . . . . . . . T . T . . TGGTG AA . . . G G . . . . . G C . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . A . . A . . . . . . . . A . A . . CTGTG GA . . . G A . . . . . G C . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . A . . G . . . . . . . . T . A . . AGGTG GA . . . G G . . . . . G A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . T . . A . . . . . . . . T . T . . TATTG GA . . . T G . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . A . . A . . . . . . . . T . T . . TGGTG GA . . . T A . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . A . . G . . . . . . . . T . T . . TGGTA GA . . . T G . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . T . . G . . . . . . . . T . T . . TGGTG AA . . . T A . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . C . . A . . . . . . . . T . A . . TGGTG G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . A . . . . . . . . T . T . . TTGTG G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . TGTTG A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGG . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A***********
originalCons : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
finalCons : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGACGGTCATAAAGTTACTTTATTGTGCTGAATAATCCTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 222222222222 1111111111
lowQualScore : 2 33 66666 5555 444 2 22 88888888 5555 1 2 2 7777777 33 666666 2 5555 444 7777777777 2 00 2 2 2 77777777 222 2 2 999999999 1 1 99999999 2 99999999 66666 2 5 4 7777 2 33 33 2 0 2 2 99999999 333333333333 1111111111 33 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ..... .... ... . .. ........ .... . . . ....... .. ...... . .... ... .......... . .. . . . ........ ... . . ......... . . ........ . ........ ..... . . . .... . .. .. . . . . ........ ............ .......... .. . . . .
lowQualScore : 3 77 77777 3333 444 5 99 55555555 0000 8 4 4 6666666 22 888888 4 0000 111 6666666666 4 22 6 2 4 55555555 888 1 5 444444444 9 8 11111111 5 11111111 22222 5 0 3 8888 5 44 44 4 2 4 5 11111111 333333333333 7777777777 77 7 9 9 9
consensus : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
Reference ( family-125 ) : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGACTAAACT-TTCAAAT---------AATATTAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-C-CTCCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|1 : AAGTTAATTCTGGTAAAT--ATACTT-----TTAAAAACAATA----A---AATTATG-AAA-TGACAGCGGTTATTCG-GA--------TGTGCAG----TCAGTCGTA-TTGA-TTTTATC-------C--CG------G-GAT----A---CT------T---GTT-ACCGCGAATCAGCCAATCAGATGGCTT-G-GAAT--T-GTGCCAGCAAGA-AACCTA-CTGGTACCAGCCCAAACA-TCCAACT---------AATTTGAAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAAAAT--------AT-A-----T-TAAACATCTAAAA----CA-A--CAT--AAACCGTTTG-TTTGTACATTT---AATTTGTTTTAATGATTATAT-T--------TTTATCACTTTATTTGTCAC----------AG--AGGGGGC-ACACAAATGATGA-ACA-T-CTTCTGAGAACTGTTACT
gi|10 : ttATG-AAA-CAACAGTGGTTAATTGTGA--------TATGCAG----TCAGCTATT-TTGA-TTTTTTC-------C--CA------G-TAT----A---TA------T---ATT-ACAGCACATC-----------TGG--A-A-AAATACTGGT------------------CCTGTACT-----AAACT-TCCAAAT---------AATATTAAGCATGGTCTAT--------AC-G-AAAAT--------ATAATAAATT-TAAACATTTAAAA----CATT--TAT--AAACATTAAA-CTTGTACACTTAAGAATTT-TTTAACTGATTCTAG-G--------TTTGC-A-----------AA----------CA--AGAGGGC-ACAAAAAAGTTGA-CCC-C-TTCCTAAGAATTCTTATTGGTGTtacgt
gi|11 : taaaaacaaaagtaaaagaaagtCTAAAAGTTATTTGT-GTAAAT--ATTACT-----TTGGGAATGATG----A---ACTCGTG-ATA-AAAC--TGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTCC-------T--TA------G-TTT----A---CA------G---CTT-ATCACAATTTGGCCAATCAGATGGCTG-G-AAA---TGGTGTCATCA-TA-AAAATA-CTGGTTCTGCACTAAACT-TCCAAAT---------AATACTAAGTAAGCCCTTT--------AT-GAAAAATGTAATTAAATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAAATTTT-TTGTAC
gi|12 : A--------TGTGCAG----TCAGTCACT-ATGA-TTTTTTT-------C--CA------G-TAT----A---CA------TTATATTTACCAAAAATCAGCCAA--AGACGGGAA-G-AAAC--TG-TGTCGTCAGGA-AAAATA-CTGGTACTAGTCTAAACT-TCCAAAT---------AATATTGAACAAATTTTTT--------AT-GAAAAAT--------AAAA-----T-TCAACATTTAAA------A-A--AGTTAAAACCGTATG-TTTATACA--TACAATTTT-TTGTACTGATTCTAGCT--------TTCGCAA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACAAAAAGTTTGA-CCC-C-CTCCTAAGAACTCTTACTGGTGTagttttt
gi|13 : CTGAAAGCTTTTTATTGTA-----------------TGAAAA----A----A---ATGCATG-AAA-AAACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCTTTGTTAA-TTTTTTC-------C--TA------G-CAT----A---CA------T---ATC-ACCGTGAATCGGCCATTCAGAAGACTA-G-AAA---AGGTGTCGTCAGG--AAAATA-CTAATACTG
gi|13 : gt---------AATACTAA-----TACTGT--------AT-GCAAAAT--------ATAA-----T-TAAA-------AT----CA-A--CAT--AAACAGTGAA-TTTGTACACTTAAGAATTC-TTGCATTGATTCTAA-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--A-AGGGC-ACACAGATGTTGG-CCC-T-CTtatgcaaaatataattaaaatcaacataaacagtgaatttgtacacttaagaattcttgcattgattctaattttgctaaaaaaagggcacacagatgttggccctct
gi|14 : gtctgaaagctttttattgtatgaaaaaaatgcatgaaaaaacagtggttatttatgatatgcagtcagcctttgttaattttttcctagcatacatatcaccgtgaatcggccattcagaagactagaaaaggtgtcgtcaggaaTCAGACAGTTA-T-ACATA-T--TGTCATCAGCA-AAAATA-CTAGTACTAGACTAAACT-TTCAAAT---------AATA-----------CTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAACGATTAAAATAAACCA-AAACAT--AAACAGTGAG-TTTGTATACTTAAGAATTT-TTGTATCGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--CGAGGGCAAAAAAAATGTTGA-AAA-C-CTTCCAAGAAATCTTACTTGTGT
gi|15 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCGTGAAAA-AAACAGTAGTTATTTATGA--------TATGCAG----TAAGCCATT-TTGA-TTTTTGCTAATATAC--TG------GTTAT----A---TC------T---ATT-ACCACCAGTCTAAAACTTCAACAGCCATGTAAATGATGA---CATCAGTATTAAACA-TTAATAATG--CTAA
gi|16 : GTTATATCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAATTGATATACCAGGTACTCAAG-AAA-AGACAGTGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TTGGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TTT----A---CA------A---ATT-GC--TGAA------AATCAGACGGCTA-G-AAATGGTGA---CATCAAGA-AAAATA-CTGGTACtttattgtcttggataa
gi|17 : GTGTCATCAGAA-AAAAAAACTGGTACTGGACTAAACT-GCCAAAC---------AATATCAAATAATTCTTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-CAAAGATTCAAAT----CA-A--CAT--TAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-GTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--AGAAAGC-ACAAAAACATTTA-CCCAC-CTaagggaaacaaacgaaaattacaagt
gi|18 : AAAGTTAATTCCGGTAAAT--ATACCA-----TTAAAAGTTATA----T---ACTCGTG-GAA-AACCAGTGACTATTTATGA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTA--------C-------C--TA------T-TAT----A---CA------T---ATT-ATCGCGAATCGACCATTTAGACAGCTA-G-AAA---TGGTGTCATCAGG--AAAATA-CCGGTACTTAATTAAACT-TTCAAAT---------AAtactc
gi|19 : tcTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-ATACAGTGGTTATTTATGA--------TAAACAG----TTGGCCAAT-TTGA-TTTTTTA-------C--TA------G-TGT----A---CA------T---ATT-ACAGCAGATGGGCCAATCAGACAGCTA-
gi|2 : AAAAATTATTTCTGGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AATCATG-ACATAAACAACGGTTATTAATTG--------TATGCAGCGACTCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TA------G-TATGCATA---CA------T---ATT-ACTGCGAACTGGCCAATTATACTGATA-G-AAATGGTA---TCATCAG-A-AAAATA-CTGGTACTGAACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCATGT--------AT-AAAAGAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCATAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-ACAAACATGTTGA-CCC-A-CTCCCAAGATATCTTAC
gi|20 : TGAG-TTTGTTCTCTTAAGAATTT-TTGTACTGATTCTAG-T--------TTTCGT------------AA----------AA--AGAAGGA-ACAAAAATGCTGA-CCC-A-CATCCAAGAAATCTTACTGGTGTatgtg
gi|21 : AAATA---CA-A--CAT--AAACAATACG-TGTACACGCTTACT-TTTT-TTGTACCGA-TATAG-T--------TT
gi|22 : a-CTTGTACTGGACTAAAAT-TTCAAAT---------AATAGTAAGCAAGTCAAGT--------AT-GAAAACT--------ATAA-----T-TAgcagtttatggactttctttgtcacaaaaatggca
gi|23 : AAAAGTTATTTCTTGTAAAC--ATACCT-----TTGAAAATAATA----A---AC
gi|3 : CTAAAAACTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATG-AAA-TAACAATGGTTATTTATGA--------TATGCAG----TCAATAATT-TAGA-TATTTTC-------C--TA------G-TAA----A---CA------T---ATT-ACCGTGAATTAGCCATTCAGAAGGTTA-G-AAATGGTGGTGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTTAACT-TTCGAAT---------AATGGTAAGCAAATCCTGA--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGGTCCAAAT----CA-A--CAC--AAACAGTAAG-TTTGTACACTTAAGAACTC-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AA--AGAGGGC-ACACAGATGTTGACCCC-C-CCCCCAAGAAATCTTACAGTTGTag
gi|4 : AAGTTATTTCTTGTAACT--ATACCT-----TTGAAAACGATA----A---ACTCATG-AAA-AGACAGTGGTAATTTATGA--------TACAAAG----AAGGCAATT-TTAA-TTTGTTC-------C--TA------G-TAA----A---CAATGTCAT---ATT-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGT---GTCATCAGGA-AAAATA-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAGT---------AATTTAAAGTAAGTTCTGT--------AT-GAAAAAT--------ATAA-----TATAAA-ATTAAAAT----CA-A--CAT--AAACAGTGAGTTTTGTACACTTAATAATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------TTTGCT------------AA----------AA--TGCGGGT-ACAAAAATG-TGA-CCC-C-CTGCCAAGAAATCTTACTGGTGT
gi|5 : ccTAAAAGTTATTTCTTGTAAAT--ATACTT-----TTGAAAA-----------------GT---------CAGTGGTTATTTATGA--------TACACAG----TCGGCCATT-TTAAATTTTTTC-------CATCA---------AT----A---CA------T---ATC-ACAGCGAATCGACCATTCAGACAGCTA-G-AAATGGTG---TCATCAGGA-AAAGTA-CTGATACAGGATTAA-TT-TTCAAAT---------AATTTTAAGCAAGACCCATTACCGCATAT-TAAAAAT--------ATAA-----T-TAAAGATTCAAAT----CA-C--CAT--AAACAGTGAG-TTTGTACACTTAGTCATTT-TTGCACTGATTCTAG-T--------GTCACT-------------A----------AA--AGAGGGC-ACACTAATGTTGA--CC-C-CTCCCAAGAAATCTTATTGGTGT
gi|6 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAAT--ATACCT-----TTGATAATGAAA----A---ACACATG-AAA-AATCAGCAGTTATTTATGACAACATATTATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TTTTTTC-------C--TAGTACCTG-TAT----A---CA------T---ATT-ACCGCAAATTGG------AAA-----A-A-AAATGG-------------------TA-CT------GGAATAAACT-TTCAAAT---------ACTATTAAGCAAATCCTGT--------ATAAAAAAAC--------ATAA-----T-TAAAGATT-AAAT----TA-A--CAT--ATACAGTGAG-TTTTGAAACTTTAGAATTC-TTGCACCGGTTCTAG-T--------TTTGCT------------AG----------AA--AGAGGGC-AC-ACAATGTTGA-CAC-C-CTCTAAAGAAATCTAATTGG
gi|7 : tAGTTAATTCTTGTAAAT--ATACAT-----TTGAAAATGATA----A---ACTCATT-ATA-TAACAGTAATTATTT--GA--------TATGCAG----TCAGCCATT-TTGA-TCTTTTC-------C--TA------A-TAT----A----------------TT-ACCACAAATCTTCCATTCAGACAGCTA-G-AAAT--TG-TGTCATCAGGA-AAAATA-CTGGTACTGGATTAAACT-TTCAAAT---------AATATTGAGCAAGTCCTGT--------AT-GAAATAT--------ATAA-----A-T-AAGATTCAAAT----CA-A--CAT--AAGCAGTG---------------GGAATTT-TTGCATTGATTCTAG-T--------TTTGCTA-----------AA----------AT--A-AGGGC-ACAAAAATGTTGA-CCC-CACTCTTAAGACATCTTACTGGTGT
gi|8 : AAAACAATA----A---AATCATG-AAA-CAACAATAGCTATCCAT-------------------------CCATA-TTGA-TTTTCCC-------C--CA------G-TAT----ATCCCA------T---ATT-----------GGCAAATCA-ATGTCTA-C-AAATG-T--TGTTATCAGGA-AAATTA-CTGGTACTACTCTAAACTACTCAAATCTTCCAACTAATGTTAAGAAAATCATTT--------AG-GAAAAAT--------AAAG-----T-TAAACATTTAAAA----TA-A--CAT--AAACAGTAAG-TTTGTATGCTTAAAA--CT-GTGTACTGACTCTAG-TTTTTACAGTTTATTA-----------AATTTTTGTCACAA--AGAGGGC-ACA
gi|9 : ctcaaatttaatcctgtttcatatttaaAAAAGTTATTTCTTGCAAATTGAAAATTGTAAATTAAAAATGACA----A---ACGTATG-TAA-AGACAATGGTTGTTTTCGG--------TACACAG----TCGGCCATT-TTGA--ATTGTC-------C--TA------G-CA-----------------------T-ACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGCTA-G-AAATGGAAGT---ATTTGAA-AAAAAG-CTGATACTGGATTAAAGT-TTCAAA----------------AAGTAA---------------AA-GAAAAA---------A-----------AAATATTGAAAT----AA-A--CAT--GAACAG-AAA-TTCATACAC---------------------TCTTG-T--------TTAGCTA-----------AA----------AAAGAGAGGGA-ACATAAATTTTGA-CCT-C-CTCCAAAGAAATCTTACTGGTGTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGACGGTCATAAAGTTACTTTATTGTGCTGAATAATCCTT