lowQualScore : 444444444444444444 1 22222 111111111 111111111111 1 1111 11111 3333333333
lowQualScore : 333333333333333333 1 3 00000 2 2 2 8888 2 66666 111111111 55555 2 3 444444444444 5 2 5 3333 33 5555 33 5555 3 2 3 33333 44 3 5555555555 6666 6 6
lowQualScore : .................. . . ..... . . . .... . ..... ......... ..... . . ............ . . . .... .. .... .. .... . . . ..... .. . .......... .... . .
lowQualScore : 333333333333333333 2 1 33333 5 5 5 6666 5 22222 222222222 99999 4 5 444444444444 3 4 0 9999 44 7777 77 7777 7 9 1 66666 22 1 5555555555 2222 7 6
consensus : GTTTTCCA-------TGACC-TCAC-AAATT-TTGC-G--T-T-T-T--G-TCA-C-----A-----CT-TTT-----T-AATCAAATGAC------------CCTTAAAATTC-T-C-CAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G-ACAAA-TG-A-----C-C--CC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Reference ( gi|4 ) : GTTTTCCA-------AGAAC-TCAC-AAGTT-TTGT-G--T-T-T-T--G-TCA-C-----A-----TT-ATT-----T-AATCAAATGAC------------CCTAAAAATTC-T-C-AATTCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ACCA-TA-T-G-G-G--G-ACAAACTG-A-----C-C--CC-AATTTCAAAGTGTAAGGGAAAACA
gi|8 : GTTTTCCA-------TGACC-CCTC-AA-TT-TTGC-A--T-T-T-T--TCTCA-C-----A-----TTTCTT-----T-AAACAAATTAC------------CCTTAAAATTC-T-C-CAATCTGCT--T----A--TAAGCTTTA----ATCA-TG-C-G-G-G--G-AC---TTG-A-----C---------TTTCAAAGTTTGAGGGGAAACA
gi|21 : GTTTTCCATGCCCCTAAAAC-T----AAGT----GT----T-T-T-T--G-TCA-C-----AT----TT-TTT-----T-AATCAAATG
gi|20 : gTTTTCCA-------TGA-C-CCGCTGAGTT-TGG--G--T-TCT-T--G-TCA-C-----A-----CT-AAA-----T-AATCAAATGAC------------CCTAAATATTC-ttcttt
gi|5 : gcTTTCCA-------TGACCCTCAG-AA-TT-TTG--------------G-CCA-C-----AATAAATT-ACT-----A-AATTCAGTGGC------------CCTTAAATTTC-T-CCGATT-TGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-TGG-G-G--G-ACAAAA-G-AGCC--C-C--CC-AATTTTTAAATATTAGAAAAAACA
gi|2 : C-TCA--AATTT-TTGC-AGTT-T-T-T--G-TAG-G-----A-----CT-TTT-----T-AATTAAATGCA------------CCTTAAAATTC-C-C-TAATCTGTC--TCATAA--TAATGTCTA----GTTA-CA-TAG-G-G--G-ACAAA-TG-A-----C-C--CCCAATTTCAAAATGTGAGGGAAAAC
gi|1 : ttacagtcatgtccC-TCAA-AA--T-CTGC-G--T-T-T-TT-G-TCA-C-----A-----TT-TTT-----T-AAACAAATGACTACGGGTATGCCCCTTAAAACTC-T-C-AAATCTGGC--T----A--TAAAGTCTC----ATTA-AA-T-T-------------TTT-T-----C-CCTCC-AACTTCAAATTGTGGGAGAAAACA
gi|3 : ggtttgccatgtccC-AAATT-TTGT-GA-T-T-T-T--G-CCA-CTCTTTA-----TT-TTT-----T-TATCAATTGTC------------CCTTAAAATCC-TGC-TAT-CTGCCCTT----A--TATAATCTC----ATTG-TG-T-G-GAG--G-ATAAA-TG-T-----CAT--CC-AATTTCAAAGTGTGCGGGAAAAc
gi|14 : ttgtccatgtccctC-AAATT-TTGT----T-T-T-T--G-TCA-C-----A-----CT-ATT-----T-AATTAAATGAC------------TCTTAAAATTC-T-C-CAATCTGCT--G----A--TAAAGTCTT----GTTATTT-T-G-A-C--G-ACAAA
gi|15 : ctC-AAATTGTTGCAG--T-T-TCT--A-CAA-C-----A-----CT-TCT-----T-AATGAAATGTC------------CCTTTAAATTC-T-C-CAATCTGCC--C----A--TAATGTCTC----At
gi|6 : gccccat-AAATT-TTGCAG--T-T-T-T--G-CCA-C-----A-----TT-ATT-----TTAATCAAATT-C------------CTTTAAAATTC-T-C-CAGTCTGCC--T----A--TAAAGTCTCTGATATCA-TT-T-G-GTG--G-ACAAA-TGTT-----C-C--CC-AATTTCAAAGTGTTA-GGAAAACAttgta
gi|13 : gcatgttccta-AAGTT-T-GT-A--T-T-T-C--A-TCAAC-----G-----CT-TTT-----T-CATTAAACGCCG-----------CTTAAAAGTTT-A-C-AATT-TGCC--T----A--GAAAGTCTC----ACTA-TA-T-GAA-A--G-ACAAA-TG-A-----C-C--
gi|18 : a-AAATT-TTGA-G--T-T-T-TT-A-TCA-C-----A-----CT-TTT-----T-AATCAAATGAC------------CCATACAATTT-T-C-CAGTCTGCC--
gi|7 : gtaatgtcttta-TTGT-G--CAT-T-TAAG-CCA-C-----A-----CT-TTT-----T-TATTAAA-GAC------------TCTTCAAATTC-T-C-CAATCTGCA--T----AATTATAGCCTC----ATTA-TA-T-T-GTG--G-ACAAAC-A-A-----C-A--C---ATTTCAAAGTGTGAAGGAAAAa
gi|9 : ttttacatgtcccttaaa-G--T-T-T-T----CCA-C-----A-----CT-TTT-----T-AATCAAATG--------------CCT-------C-T-C-CAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTG----ATTA-TA-T-G-G-GCAG-ATGTACAG-ATGTCCC-C--CC-AATTTAAAAGTGTGAATGAAAACA
gi|11 : tgtttaccatcgctttcaaca--T-T-T-T--G-TTG-C-----A-----CT-ATT-----T-AATCAAATGAC------------CCTTAAAATTT-G-C-CAATCTGCC--T----G--TAATGTCTC----ACCA-CATT-G-C-G--G-ACAAA-TG-A-----C-C--CA-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAc
gi|10 : attttccataacccttacat--T-T-T-T--G-TTG-C-----A-----CT-CTTCAAGTT-AATCAAATGAC------------CTTTAAACTTCTT-C-AA-TCTGCT--T----A--TAAAATCTC----ATCA-TA-TAG-G-G--G-GCAAA-TA-A-----C-C--CCAAATTTCACAGTATGAGca
gi|19 : ttcatgagcctcaaa-----T-AAT-AAATGAC------------CCTTAAAATTC-TCC-AATT-TGCC--T----T--TAAATTCTC----ATCA-Taaataa
gi|12 : tttcaggggtttccataacccAAATGAC------------CTTTAAAAGTC-T-C-CAATCTGCC--T----G--TAAAATCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--GAACAAATGA-A-----C-A--CT-AATTTCAAAGTGTAAGG
gi|16 : taagtgagtcaa-C--CC-AATTTCAAAGTTTGAGGGagt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GTATTTTCCATGTCCTTCAAATGCAATTTTGTCACTTTTTGCTCAAATATGTCTTAAAATTCTCCAATCTGCTA
Unaligned ( gi|22 ): AGGGTTTTCCATATCCCTCAAATTTTGCATTTTTGTCACA
Alignments
lowQualScore : 222222 22222 1111111111111 11111 111111
lowQualScore : 44 222222 2 11111 2 2 6 22 2 55555 2 555 2 666 3333333333333 2 33 5555 33 5555 0 2 5 8 666 33 8888 00000 777777 2 3
lowQualScore : .. ...... . ..... . . . .. . ..... . ... . ... ............. . .. .... .. .... . . . . ... .. .... ..... ...... . .
lowQualScore : 55 000000 1 77777 0 0 0 44 0 00000 0 888 1 666 2222222222222 1 22 3333 44 3333 1 5 3 6 222 99 9999 00000 555555 9 1
consensus : GTTTTCCATGN-CC-TCA-CAAATT-TTGC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Reference ( family-1177 ) : GTTTTCCATGA-CC-TCA-CAAATT-TTGC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
gi|1 : GTTTGCCATGT-CC--CT-CAAAAT-CTGC-G--TT-T-TTG-TCA-C-----A-TT---T-T---TTAAACAAATGACTACGGGTATGCCCCTTAAAACTCT-CAAATCTGGC--T----A--TAAAGTCTC----AT---------------------TAAATTTTTTC--C---C-TCC-AACTTCAAATTGTGGGAGAAAACA
gi|10 : gTTCATGAGCC-TCA---AATT-TTG--------T-T-G--CA-C-----T-CT---T-CAAGTTAATCAAATGA------------CCTTTAAACTTCT-TCAATCTGCT--T----A--TAAAATCTC----ATCA-TA-TAG-G-G--G----GCAAA-----TA--A---C-CCCAAATTTCACAGTATGAGc
gi|11 : TTTTCCATAA-CCCTTA-CA------T------TT-T-T-G-TTG-C-----A-CT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTTG-CCAATCTGCC--T----G--TAATGTCTC----ACCA-CATT-G-C-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCA-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAaaataa
gi|12 : aAAATGA------------CCTTTAAAAGTCT-CCAATCTGCC--T----G--TAAAATCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--GA---ACAAA-----TGA-A---C-ACT-AATTTCAAAGTGTAAGGca
gi|13 : taagtgagtcaaAAAGT-TTGT-A--TT-T-C-A-TCAAC-----G-CT---T-T---TTCATTAAACGC------------CGCTTAAAAGTTT-ACAATTTGCC--T----A--GAAAGTCTC----ACTA-TA-T-GAA-A--G----ACAAA-----TG--A---C-Cagt
gi|14 : -CAAATT-TTGT----TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---A-T---TTAATTAAATGA------------CTCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--G----A--TAAAGTCTT----GTTATTT-T-G-A-C--G----ACAAA-----T
gi|15 : ct-CC-CCATCAAATTGTTGCAG--TT-TCT-A-CAA-C-----A-CT---T-C---TTAATGAAATGT------------CCCTTTAAATTCT-CCAATCTGCC--C----A--TAATGTCTC----ATTG-TA-
gi|16 : gTTTCCATCA-CC-CTA--AAATT-TTGC---------T-G-----C-----A-TC---T-T---TTAGTCAAACTA------------ACCTTAAAATTCTCCCAATTT
gi|16 : g-CCC-AATTTCAAAGTTTGAGGGcaaagtttgaggg
gi|17 : gtttccatcaccctaaaattttgctgcatcttttagtcaaactaaccttaaaattctTTTTCCATGT-CC-TT--CAAAT----GC-AA-TT-T-T-G-TCA-C--------T---T-T---TTGCTCAAATAT------------GTCTTAAAATTCT-CCAATCTGC
gi|18 : gtaATGT-CT-TTA--AAATT-TTGA-G--TT-T-TTA-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCATACAATTTT-CCAGTCTGCC--ta
gi|19 : gtaTAAT-AAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATTTGCC--T----T--TAAATTCTC----ATCA-Ta
gi|2 : tttcaggggtttccataaccc-CC-TCA--AATTT-TTGC-AGTTT-T-T-G-TAG-G-----A-CT---T-T---TTAATTAAATGC------------ACCTTAAAATTCC-CTAATCTGTC--TCATAA--TAATGTCTA----GTTA-CA-TAG-G-G--G----ACAAA-----TG--AC--C-CCC-AATTTCAAAATGTGAGGGAAAAC
gi|20 : ttacagtcatgtcTTTTCCATGA-CC--CG-CTGAGT-TTGG-G--TTCT-T-G-TCA-C-----A-CT---A-A---ATAATCAAATGA------------CCCTAAATATTC
gi|21 : gcGTTTTCCATGC-CC-CTA--AAACT-AAGT-GT-TT-T-T-G-TCA-C-----ATTT---T-T---TTAATCAAATG
gi|22 : gGTTTTCCAT-A-TC-CCT-CAAATT-TTGC-AT-TT-T-T-G-TCA-C-----A-ttcttt
gi|3 : aggTTGTCCATGT-CC--CT-CAAATT-TTGT-GA-TT-T-T-G-CCA-CTCTTTA-TT---T-T---TTTATCAATTGT------------CCCTTAAAATCCT-GCTATCTGCCCTT----A--TATAATCTC----ATTG-TG-T-G-GAG--G----ATAAA-----TG--T---CATCC-AATTTCAAAGTGTGCGGGAAAA
gi|4 : GTTTTCCAAGA-AC-TCA-CAAGTT-TTGT-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-TT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTAAAAATTCT-CAATTCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ACCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAAC----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTAAGGGAAAACA
gi|5 : TTTCCATGA-CCCTCA--GAATT-TTG------------G-CCA-C-----A-ATAAAT-TAC-TAAATTCAGTGG------------CCCTTAAATTTCT-CCGATTTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-TGG-G-G--G----ACAAA-----AG--AGCCC-CCC-AATTTTTAAATATTAGAAAAAACA
gi|6 : AAATT-TTGCAG--TT-T-T-G-CCA-C-----A-TTA--T-T---TTAATCAAATT-------------CCTTTAAAATTCT-CCAGTCTGCC--T----A--TAAAGTCTCTGATATCA-TT-T-G-GTG--G----ACAAA-----TGT-T---C-CCC-AATTTCAAAGTGTTA-GGAAAACA
gi|7 : gcatgttcctaTTTTACATGT-CC--CT-TAAATT-GTGC-A--TT-T-AAG-CCA-C-----A-CT---T-T---TTTATTAAA-GA------------CTCTTCAAATTCT-CCAATCTGCA--T----AATTATAGCCTC----ATTA-TATT-G-T-G--G----ACAAA-----CA--A---C-AC---ATTTCAAAGTGTGAAGGAAAA
gi|8 : GTTTTCCATGA-CC-CCT-CAA-TT-TTGC-A--TT-T-T-TCTCA-C-----A-TT---TCT---TTAAACAAATTA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--T----A--TAAGCTTTA----ATCA-TG-C-G-G-G--G----AC--T-----TG--A---C-------TTTCAAAGTTTGAGGGGAAACA
gi|9 : -G--TT-T-T---CCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATG--------------CCT-------CT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTG----ATTA-TA-T-G-G-GCAGATGTACAGA-----TGTCC---C-CCC-AATTTAAAAGTGTGAATGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 222222 22222 1111111111111 11111 111111
lowQualScore : 33 666666 2 2 11111 2 2 6 22 2 55555 2 555 2 666 3333333333333 2 33 5555 33 5555 0 2 5 8 666 33 8888 00000 777777 2 3
lowQualScore : .. ...... . . ..... . . . .. . ..... . ... . ... ............. . .. .... .. .... . . . . ... .. .... ..... ...... . .
lowQualScore : 44 888888 1 1 77777 0 0 0 44 0 00000 0 888 1 666 2222222222222 1 22 3333 44 3333 1 5 3 6 222 99 9999 00000 555555 9 1
consensus : GTTTTCCATGN-CC-CCA-CAAATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Reference ( family-1177 ) : GTTTTCCATGN-CC-TCA-CAAATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
gi|1 : GTTTGCCATGT-CC--CT-CAAAAT-CT-GC-G--TT-T-TTG-TCA-C-----A-TT---T-T---TTAAACAAATGACTACGGGTATGCCCCTTAAAACTCT-CAAATCTGGC--T----A--TAAAGTCTC----AT---------------------TAAATTTTTTC--C---C-TCC-AACTTCAAATTGTGGGAGAAAACA
gi|10 : gTTCATGAGCC-TCA---AATT-TT-G--------T-T-G--CA-C-----T-CT---T-CAAGTTAATCAAATGA------------CCTTTAAACTTCT-TCAATCTGCT--T----A--TAAAATCTC----ATCA-TA-TAG-G-G--G----GCAAA-----TA--A---C-CCCAAATTTCACAGTATGAGc
gi|11 : TTTTCCATAA-CCCTTA-CA------T-------TT-T-T-G-TTG-C-----A-CT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTTG-CCAATCTGCC--T----G--TAATGTCTC----ACCA-CATT-G-C-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCA-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAaaataa
gi|12 : aAAATGA------------CCTTTAAAAGTCT-CCAATCTGCC--T----G--TAAAATCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--GA---ACAAA-----TGA-A---C-ACT-AATTTCAAAGTGTAAGGca
gi|13 : taagtgagtcaaAAAGT-TT-GT-A--TT-T-C-A-TCAAC-----G-CT---T-T---TTCATTAAACGC------------CGCTTAAAAGTTT-ACAATTTGCC--T----A--GAAAGTCTC----ACTA-TA-T-GAA-A--G----ACAAA-----TG--A---C-Cagt
gi|14 : -CAAATT-TT-GT----TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---A-T---TTAATTAAATGA------------CTCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--G----A--TAAAGTCTT----GTTATTT-T-G-A-C--G----ACAAA-----T
gi|15 : ct-CC-CCATCAAATTGTT-GCAG--TT-TCT-A-CAA-C-----A-CT---T-C---TTAATGAAATGT------------CCCTTTAAATTCT-CCAATCTGCC--C----A--TAATGTCTC----ATTG-TA-
gi|16 : gTTTCCATCA-CC-CTA--AAATT-TT-GC---------T-G-----C-----A-TC---T-T---TTAGTCAAACTA------------ACCTTAAAATTCTCCCAATTT
gi|16 : g-CCC-AATTTCAAAGTTTGAGGGcaaagtttgaggg
gi|17 : gtttccatcaccctaaaattttgctgcatcttttagtcaaactaaccttaaaattctTTTTCCATGT-CC-TT--CAAAT-----GC-AA-TT-T-T-G-TCA-C--------T---T-T---TTGCTCAAATAT------------GTCTTAAAATTCT-CCAATCTGC
gi|18 : gtaATGT-CT-TTA--AAATT-TT-GA-G--TT-T-TTA-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCATACAATTTT-CCAGTCTGCC--ta
gi|19 : gtaTAAT-AAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATTTGCC--T----T--TAAATTCTC----ATCA-Ta
gi|2 : tttcaggggtttccataacccCATGT-CC--CT-CAAATT-TTTGC-AGTTT-T-T-G-TAG-G-----A-CT---T-T---TTAATTAAATGC------------ACCTTAAAATTCC-CTAATCTGTC--TCATAA--TAATGTCTA----GTTA-CA-TAG-G-G--G----ACAAA-----TG--AC--C-CCC-AATTTCAAAATGTGAGGGAAAAC
gi|20 : ttacagtTTTTCCATGA-CC--CG-CTGAGT-TT-GG-G--TTCT-T-G-TCA-C-----A-CT---A-A---ATAATCAAATGA------------CCCTAAATATTC
gi|21 : gcGTTTTCCATGC-CC-CTA--AAACT-AA-GT-GT-TT-T-T-G-TCA-C-----ATTT---T-T---TTAATCAAATG
gi|22 : gGTTTTCCATAT-CC--CT-CAAATT-TT-GC-AT-TT-T-T-G-TCA-C-----A-ttcttt
gi|3 : aggTTGTCCATGT-CC--CT-CAAATT-TT-GT-GA-TT-T-T-G-CCA-CTCTTTA-TT---T-T---TTTATCAATTGT------------CCCTTAAAATCCT-GCTATCTGCCCTT----A--TATAATCTC----ATTG-TG-T-G-GAG--G----ATAAA-----TG--T---CATCC-AATTTCAAAGTGTGCGGGAAAA
gi|4 : GTTTTCCAAGA-AC-TCA-CAAGTT-TT-GT-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-TT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTAAAAATTCT-CAATTCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ACCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAAC----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTAAGGGAAAACA
gi|5 : TTTCCATGA-CCCTCA--GAATT-TT-G------------G-CCA-C-----A-ATAAAT-TAC-TAAATTCAGTGG------------CCCTTAAATTTCT-CCGATTTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-TGG-G-G--G----ACAAA-----AG--AGCCC-CCC-AATTTTTAAATATTAGAAAAAACA
gi|6 : CATGT-TC-CTA--AAATT-TT-GCAG--TT-T-T-G-CCA-C-----A-TTA--T-T---TTAATCAAATT-------------CCTTTAAAATTCT-CCAGTCTGCC--T----A--TAAAGTCTCTGATATCA-TT-T-G-GTG--G----ACAAA-----TGT-T---C-CCC-AATTTCAAAGTGTTA-GGAAAACA
gi|7 : gTTTTACATGT-CC--CT-TAAATT-GT-GC-A--TT-T-AAG-CCA-C-----A-CT---T-T---TTTATTAAA-GA------------CTCTTCAAATTCT-CCAATCTGCA--T----AATTATAGCCTC----ATTA-TATT-G-T-G--G----ACAAA-----CA--A---C-AC---ATTTCAAAGTGTGAAGGAAAA
gi|8 : GTTTTCCATGA-CC-CCT-CAA-TT-TT-GC-A--TT-T-T-TCTCA-C-----A-TT---TCT---TTAAACAAATTA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--T----A--TAAGCTTTA----ATCA-TG-C-G-G-G--G----AC--T-----TG--A---C-------TTTCAAAGTTTGAGGGGAAACA
gi|9 : -G--TT-T-T---CCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATG--------------CCT-------CT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTG----ATTA-TA-T-G-G-GCAGATGTACAGA-----TGTCC---C-CCC-AATTTAAAAGTGTGAATGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 3333 22222 1111111111111 11111 111111
lowQualScore : 1 0000 2 2 2 00000 2 2 8 22 2 55555 2 555 2 666 3333333333333 2 33 5555 33 5555 0 2 5 8 666 33 8888 00000 777777 2 3
lowQualScore : . .... . . . ..... . . . .. . ..... . ... . ... ............. . .. .... .. .... . . . . ... .. .... ..... ...... . .
lowQualScore : 0 7777 1 1 1 00000 0 0 0 44 0 00000 0 888 1 666 2222222222222 1 22 3333 44 3333 1 5 3 6 222 99 9999 00000 555555 9 1
consensus : GTTTTCCATGNCCCT--CA-AATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Reference ( family-1177 ) : GTTTTCCATGNCCCCA-CA-AATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
gi|1 : GTTTGCCATGTCCCT--CA-AAAT-CT-GC-G--TT-T-TTG-TCA-C-----A-TT---T-T---TTAAACAAATGACTACGGGTATGCCCCTTAAAACTCT-CAAATCTGGC--T----A--TAAAGTCTC----AT---------------------TAAATTTTTTC--C---C-TCC-AACTTCAAATTGTGGGAGAAAACA
gi|10 : gTTCATGAGCCT--CA-AATT-TT-G--------T-T-G--CA-C-----T-CT---T-CAAGTTAATCAAATGA------------CCTTTAAACTTCT-TCAATCTGCT--T----A--TAAAATCTC----ATCA-TA-TAG-G-G--G----GCAAA-----TA--A---C-CCCAAATTTCACAGTATGAGc
gi|11 : TTTTCCATAACCC-----------TT-AC-A--TT-T-TTG-TTG-C-----A-CT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTTG-CCAATCTGCC--T----G--TAATGTCTC----ACCA-CATT-G-C-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCA-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAaaataa
gi|12 : aAAATGA------------CCTTTAAAAGTCT-CCAATCTGCC--T----G--TAAAATCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--GA---ACAAA-----TGA-A---C-ACT-AATTTCAAAGTGTAAGGca
gi|13 : taagtgagtcaaA-AAGT-TT-GT-A--TT-T-C-A-TCAAC-----G-CT---T-T---TTCATTAAACGC------------CGCTTAAAAGTTT-ACAATTTGCC--T----A--GAAAGTCTC----ACTA-TA-T-GAA-A--G----ACAAA-----TG--A---C-Cagt
gi|14 : -CA-AATT-TT-GT----TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---A-T---TTAATTAAATGA------------CTCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--G----A--TAAAGTCTT----GTTATTT-T-G-A-C--G----ACAAA-----T
gi|15 : ctCCCCATCA-AATTGTT-GCAG--TT-TCT-A-CAA-C-----A-CT---T-C---TTAATGAAATGT------------CCCTTTAAATTCT-CCAATCTGCC--C----A--TAATGTCTC----ATTG-TA-
gi|16 : gTTTCCATCACCCTA--A-AATT-TT-GC---------T-G-----C-----A-TC---T-T---TTAGTCAAACTA------------ACCTTAAAATTCTCCCAATTT
gi|16 : g-CCC-AATTTCAAAGTTTGAGGGcaaagtttgaggg
gi|17 : gtttccatcaccctaaaattttgctgcatcttttagtcaaactaaccttaaaattctTTTTCCATGTCCTT--CA-AAT-----GC-AA-TT-T-T-G-TCA-C--------T---T-T---TTGCTCAAATAT------------GTCTTAAAATTCT-CCAATCTGC
gi|18 : gtaATGTCTTTA--A-AATT-TT-GA-G--TT-T-TTA-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCATACAATTTT-CCAGTCTGCC--ta
gi|19 : gtaTAAT-AAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATTTGCC--T----T--TAAATTCTC----ATCA-Ta
gi|2 : tttcaggggtttccataacccCATGTCCCT--CA-AATT-TTTGC-AGTTT-T-T-G-TAG-G-----A-CT---T-T---TTAATTAAATGC------------ACCTTAAAATTCC-CTAATCTGTC--TCATAA--TAATGTCTA----GTTA-CA-TAG-G-G--G----ACAAA-----TG--AC--C-CCC-AATTTCAAAATGTGAGGGAAAAC
gi|20 : ttacagtTTTTCCATGACCC-G-CT-GAGT-TT-GG-G--TTCT-T-G-TCA-C-----A-CT---A-A---ATAATCAAATGA------------CCCTAAATATTC
gi|21 : gcGTTTTCCATGCCCCTA--A-AACT-AA-GT-GT-TT-T-T-G-TCA-C-----ATTT---T-T---TTAATCAAATG
gi|22 : gGTTTTCCATATCCCT--CA-AATT-TT-GC-AT-TT-T-T-G-TCA-C-----A-ttcttt
gi|3 : aggTTGTCCATGTCCCT--CA-AATT-TT-GT-GA-TT-T-T-G-CCA-CTCTTTA-TT---T-T---TTTATCAATTGT------------CCCTTAAAATCCT-GCTATCTGCCCTT----A--TATAATCTC----ATTG-TG-T-G-GAG--G----ATAAA-----TG--T---CATCC-AATTTCAAAGTGTGCGGGAAAA
gi|4 : GTTTTCCAAGAACTCA-CA-AGTT-TT-GT-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-TT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTAAAAATTCT-CAATTCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ACCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAAC----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTAAGGGAAAACA
gi|5 : TTTCCATGACCCT--CAGAATT-TT-G------------G-CCA-C-----A-ATAAAT-TAC-TAAATTCAGTGG------------CCCTTAAATTTCT-CCGATTTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-TGG-G-G--G----ACAAA-----AG--AGCCC-CCC-AATTTTTAAATATTAGAAAAAACA
gi|6 : CATGTTCCTA--A-AATT-TT-GCAG--TT-T-T-G-CCA-C-----A-TTA--T-T---TTAATCAAATT-------------CCTTTAAAATTCT-CCAGTCTGCC--T----A--TAAAGTCTCTGATATCA-TT-T-G-GTG--G----ACAAA-----TGT-T---C-CCC-AATTTCAAAGTGTTA-GGAAAACA
gi|7 : gTTTTACATGTCCCT--TA-AATT-GT-GC-A--TT-T-AAG-CCA-C-----A-CT---T-T---TTTATTAAA-GA------------CTCTTCAAATTCT-CCAATCTGCA--T----AATTATAGCCTC----ATTA-TATT-G-T-G--G----ACAAA-----CA--A---C-AC---ATTTCAAAGTGTGAAGGAAAA
gi|8 : GTTTTCCATGACCCCT-CA-A-TT-TT-GC-A--TT-T-T-TCTCA-C-----A-TT---TCT---TTAAACAAATTA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--T----A--TAAGCTTTA----ATCA-TG-C-G-G-G--G----AC--T-----TG--A---C-------TTTCAAAGTTTGAGGGGAAACA
gi|9 : -G--TT-T-T---CCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATG--------------CCT-------CT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTG----ATTA-TA-T-G-G-GCAGATGTACAGA-----TGTCC---C-CCC-AATTTAAAAGTGTGAATGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 22222 1111111111111 11111 111111
lowQualScore : 33 2 2 2 2 33333 2 2 6 22 2 55555 2 555 2 666 3333333333333 2 33 5555 33 5555 0 2 5 8 666 33 8888 00000 777777 2 3
lowQualScore : .. . . . . ..... . . . .. . ..... . ... . ... ............. . .. .... .. .... . . . . ... .. .... ..... ...... . .
lowQualScore : 22 1 0 0 0 11111 0 0 0 44 0 00000 0 888 1 666 2222222222222 1 22 3333 44 3333 1 5 3 6 222 99 9999 00000 555555 9 1
consensus : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Reference ( family-1177 ) : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
gi|1 : GTTTGCCATGT-CCC-TCA-AAAT-CT-GC-G--TT-T-TTG-TCA-C-----A-TT---T-T---TTAAACAAATGACTACGGGTATGCCCCTTAAAACTCT-CAAATCTGGC--T----A--TAAAGTCTC----AT---------------------TAAATTTTTTC--C---C-TCC-AACTTCAAATTGTGGGAGAAAACA
gi|10 : gTTCATGA-GCC-TCA-AATT-TT-G--------T-T-G--CA-C-----T-CT---T-CAAGTTAATCAAATGA------------CCTTTAAACTTCT-TCAATCTGCT--T----A--TAAAATCTC----ATCA-TA-TAG-G-G--G----GCAAA-----TA--A---C-CCCAAATTTCACAGTATGAGc
gi|11 : TTTTCCATAA-CCC-TTA-CATT-TT------------T-G-TTG-C-----A-CT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTTG-CCAATCTGCC--T----G--TAATGTCTC----ACCA-CATT-G-C-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCA-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAaaataa
gi|12 : aAAATGA------------CCTTTAAAAGTCT-CCAATCTGCC--T----G--TAAAATCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--GA---ACAAA-----TGA-A---C-ACT-AATTTCAAAGTGTAAGGca
gi|13 : taagtgagtcaaA-AAGT-TT-GT-A--TT-T-C-A-TCAAC-----G-CT---T-T---TTCATTAAACGC------------CGCTTAAAAGTTT-ACAATTTGCC--T----A--GAAAGTCTC----ACTA-TA-T-GAA-A--G----ACAAA-----TG--A---C-Cagt
gi|14 : C-TCA-AATT-TT-GT----TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---A-T---TTAATTAAATGA------------CTCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--G----A--TAAAGTCTT----GTTATTT-T-G-A-C--G----ACAAA-----T
gi|15 : GC-CCCATCA-AATTGTT-GCAG--TT-TCT-A-CAA-C-----A-CT---T-C---TTAATGAAATGT------------CCCTTTAAATTCT-CCAATCTGCC--C----A--TAATGTCTC----ATTG-TA-
gi|16 : TTTCCATCA-CCC-TAA-AATT-TT-GC---------T-G-----C-----A-TC---T-T---TTAGTCAAACTA------------ACCTTAAAATTCTCCCAATTT
gi|16 : g-CCC-AATTTCAAAGTTTGAGGGcaaagtttgaggg
gi|17 : gtttccatcaccctaaaattttgctgcatcttttagtcaaactaaccttaaaattctTTTTCCATGT-CCT-TCA-AAT-----GC-AA-TT-T-T-G-TCA-C--------T---T-T---TTGCTCAAATAT------------GTCTTAAAATTCT-CCAATCTGC
gi|18 : gtaATGT-CTT-TAA-AATT-TT-GA-G--TT-T-TTA-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCATACAATTTT-CCAGTCTGCC--ta
gi|19 : gtaTAAT-AAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATTTGCC--T----T--TAAATTCTC----ATCA-Ta
gi|2 : tttcaggggtttccataacccCATGT-CCC-TCA-AATT-TTTGC-AGTTT-T-T-G-TAG-G-----A-CT---T-T---TTAATTAAATGC------------ACCTTAAAATTCC-CTAATCTGTC--TCATAA--TAATGTCTA----GTTA-CA-TAG-G-G--G----ACAAA-----TG--AC--C-CCC-AATTTCAAAATGTGAGGGAAAAC
gi|20 : ttacagtTTTTCCATGA-CCC-GCT-GAGT-TT-GG-G--TTCT-T-G-TCA-C-----A-CT---A-A---ATAATCAAATGA------------CCCTAAATATTC
gi|21 : gcGTTTTCCATGC-CCC-TAA-AACT-AA-GT-GT-TT-T-T-G-TCA-C-----ATTT---T-T---TTAATCAAATG
gi|22 : gGTTTTCCATAT-CCC-TCA-AATT-TT-GC-AT-TT-T-T-G-TCA-C-----A-ttcttt
gi|3 : aggTTGTCCATGT-CCC-TCA-AATT-TT-GT-GA-TT-T-T-G-CCA-CTCTTTA-TT---T-T---TTTATCAATTGT------------CCCTTAAAATCCT-GCTATCTGCCCTT----A--TATAATCTC----ATTG-TG-T-G-GAG--G----ATAAA-----TG--T---CATCC-AATTTCAAAGTGTGCGGGAAAA
gi|4 : GTTTTCCAAGAACTC-ACA-AGTT-TT-GT-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-TT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTAAAAATTCT-CAATTCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ACCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAAC----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTAAGGGAAAACA
gi|5 : TTTCCATGA-CCC-TCAGAATT-TT-G------------G-CCA-C-----A-ATAAAT-TAC-TAAATTCAGTGG------------CCCTTAAATTTCT-CCGATTTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-TGG-G-G--G----ACAAA-----AG--AGCCC-CCC-AATTTTTAAATATTAGAAAAAACA
gi|6 : CATGT-TCC-TAA-AATT-TT-GCAG--TT-T-T-G-CCA-C-----A-TTA--T-T---TTAATCAAATT-------------CCTTTAAAATTCT-CCAGTCTGCC--T----A--TAAAGTCTCTGATATCA-TT-T-G-GTG--G----ACAAA-----TGT-T---C-CCC-AATTTCAAAGTGTTA-GGAAAACA
gi|7 : gTTTTACATGT-CCC-TTA-AATT-GT-GC-A--TT-T-AAG-CCA-C-----A-CT---T-T---TTTATTAAA-GA------------CTCTTCAAATTCT-CCAATCTGCA--T----AATTATAGCCTC----ATTA-TATT-G-T-G--G----ACAAA-----CA--A---C-AC---ATTTCAAAGTGTGAAGGAAAA
gi|8 : GTTTTCCATGA-CCC-CTC-AATT-TT-GC-A--TT-T-T-TCTCA-C-----A-TT---TCT---TTAAACAAATTA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--T----A--TAAGCTTTA----ATCA-TG-C-G-G-G--G----AC--T-----TG--A---C-------TTTCAAAGTTTGAGGGGAAACA
gi|9 : GTTTACCATCG-CTT-TCA-A--------CAG--TT-T-T---CCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATG--------------CCT-------CT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTG----ATTA-TA-T-G-G-GCAGATGTACAGA-----TGTCC---C-CCC-AATTTAAAAGTGTGAATGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 22222 1111111111111 11111 111111
lowQualScore : 33 2 2 2 2 33333 2 2 6 22 2 55555 2 555 2 666 3333333333333 2 33 5555 33 5555 0 2 5 8 666 33 8888 00000 777777 2 3
lowQualScore : .. . . . . ..... . . . .. . ..... . ... . ... ............. . .. .... .. .... . . . . ... .. .... ..... ...... . .
lowQualScore : 22 1 0 0 0 11111 0 0 0 44 0 00000 0 888 1 666 2222222222222 1 22 3333 44 3333 1 5 3 6 222 99 9999 00000 555555 9 1
consensus : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Reference ( family-1177 ) : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
gi|1 : GTTTGCCATGT-CCC-TCA-AAAT-CT-GC-G--TT-T-TTG-TCA-C-----A-TT---T-T---TTAAACAAATGACTACGGGTATGCCCCTTAAAACTCT-CAAATCTGGC--T----A--TAAAGTCTC----AT---------------------TAAATTTTTTC--C---C-TCC-AACTTCAAATTGTGGGAGAAAACA
gi|10 : gTTCATGA-GCC-TCA-AATT-TT-G--------T-T-G--CA-C-----T-CT---T-CAAGTTAATCAAATGA------------CCTTTAAACTTCT-TCAATCTGCT--T----A--TAAAATCTC----ATCA-TA-TAG-G-G--G----GCAAA-----TA--A---C-CCCAAATTTCACAGTATGAGc
gi|11 : TTTTCCATAA-CCC-TTA-CATT-TT------------T-G-TTG-C-----A-CT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTTG-CCAATCTGCC--T----G--TAATGTCTC----ACCA-CATT-G-C-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCA-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAaaataa
gi|12 : aAAATGA------------CCTTTAAAAGTCT-CCAATCTGCC--T----G--TAAAATCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--GA---ACAAA-----TGA-A---C-ACT-AATTTCAAAGTGTAAGGca
gi|13 : taagtgagtcaaA-AAGT-TT-GT-A--TT-T-C-A-TCAAC-----G-CT---T-T---TTCATTAAACGC------------CGCTTAAAAGTTT-ACAATTTGCC--T----A--GAAAGTCTC----ACTA-TA-T-GAA-A--G----ACAAA-----TG--A---C-Cagt
gi|14 : C-TCA-AATT-TT-GT----TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---A-T---TTAATTAAATGA------------CTCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--G----A--TAAAGTCTT----GTTATTT-T-G-A-C--G----ACAAA-----T
gi|15 : GC-CCCATCA-AATTGTT-GCAG--TT-TCT-A-CAA-C-----A-CT---T-C---TTAATGAAATGT------------CCCTTTAAATTCT-CCAATCTGCC--C----A--TAATGTCTC----ATTG-TA-
gi|16 : TTTCCATCA-CCC-TAA-AATT-TT-GC---------T-G-----C-----A-TC---T-T---TTAGTCAAACTA------------ACCTTAAAATTCTCCCAATTT
gi|16 : g-CCC-AATTTCAAAGTTTGAGGGcaaagtttgaggg
gi|17 : gtttccatcaccctaaaattttgctgcatcttttagtcaaactaaccttaaaattctTTTTCCATGT-CCT-TCA-AAT-----GC-AA-TT-T-T-G-TCA-C--------T---T-T---TTGCTCAAATAT------------GTCTTAAAATTCT-CCAATCTGC
gi|18 : gtaATGT-CTT-TAA-AATT-TT-GA-G--TT-T-TTA-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCATACAATTTT-CCAGTCTGCC--ta
gi|19 : gtaTAAT-AAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATTTGCC--T----T--TAAATTCTC----ATCA-Ta
gi|2 : tttcaggggtttccataacccCATGT-CCC-TCA-AATT-TTTGC-AGTTT-T-T-G-TAG-G-----A-CT---T-T---TTAATTAAATGC------------ACCTTAAAATTCC-CTAATCTGTC--TCATAA--TAATGTCTA----GTTA-CA-TAG-G-G--G----ACAAA-----TG--AC--C-CCC-AATTTCAAAATGTGAGGGAAAAC
gi|20 : ttacagtTTTTCCATGA-CCC-GCT-GAGT-TT-GG-G--TTCT-T-G-TCA-C-----A-CT---A-A---ATAATCAAATGA------------CCCTAAATATTC
gi|21 : gcGTTTTCCATGC-CCC-TAA-AACT-AA-GT-GT-TT-T-T-G-TCA-C-----ATTT---T-T---TTAATCAAATG
gi|22 : gGTTTTCCATAT-CCC-TCA-AATT-TT-GC-AT-TT-T-T-G-TCA-C-----A-ttcttt
gi|3 : aggTTGTCCATGT-CCC-TCA-AATT-TT-GT-GA-TT-T-T-G-CCA-CTCTTTA-TT---T-T---TTTATCAATTGT------------CCCTTAAAATCCT-GCTATCTGCCCTT----A--TATAATCTC----ATTG-TG-T-G-GAG--G----ATAAA-----TG--T---CATCC-AATTTCAAAGTGTGCGGGAAAA
gi|4 : GTTTTCCAAGAACTC-ACA-AGTT-TT-GT-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-TT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTAAAAATTCT-CAATTCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ACCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAAC----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTAAGGGAAAACA
gi|5 : TTTCCATGA-CCC-TCAGAATT-TT-G------------G-CCA-C-----A-ATAAAT-TAC-TAAATTCAGTGG------------CCCTTAAATTTCT-CCGATTTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-TGG-G-G--G----ACAAA-----AG--AGCCC-CCC-AATTTTTAAATATTAGAAAAAACA
gi|6 : CATGT-TCC-TAA-AATT-TT-GCAG--TT-T-T-G-CCA-C-----A-TTA--T-T---TTAATCAAATT-------------CCTTTAAAATTCT-CCAGTCTGCC--T----A--TAAAGTCTCTGATATCA-TT-T-G-GTG--G----ACAAA-----TGT-T---C-CCC-AATTTCAAAGTGTTA-GGAAAACA
gi|7 : gTTTTACATGT-CCC-TTA-AATT-GT-GC-A--TT-T-AAG-CCA-C-----A-CT---T-T---TTTATTAAA-GA------------CTCTTCAAATTCT-CCAATCTGCA--T----AATTATAGCCTC----ATTA-TATT-G-T-G--G----ACAAA-----CA--A---C-AC---ATTTCAAAGTGTGAAGGAAAA
gi|8 : GTTTTCCATGA-CCC-CTC-AATT-TT-GC-A--TT-T-T-TCTCA-C-----A-TT---TCT---TTAAACAAATTA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--T----A--TAAGCTTTA----ATCA-TG-C-G-G-G--G----AC--T-----TG--A---C-------TTTCAAAGTTTGAGGGGAAACA
gi|9 : GTTTACCATCG-CTT-TCA-A--------CAG--TT-T-T---CCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATG--------------CCT-------CT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTG----ATTA-TA-T-G-G-GCAGATGTACAGA-----TGTCC---C-CCC-AATTTAAAAGTGTGAATGAAAACA
blockSeqs : AA A G G T CAGT C C T CT A TCTTT T AAA C AAG A C CT CATA AT TGAT T T A AA CA ATGT C AGCC A A
blockSeqs : A . . . . CAG . . A T . . . A . AC A . . . . . . T A GA . A . TCC . .
blockSeqs : A . . . . CAA . . . T . . . . . . A . . . . . . . G GT . . . AA . .
blockSeqs : C . . . . TGT . . . T . . . . . . C . . . . . . . . G . . . AC . .
blockSeqs : A . . . . CAT . . . C . . . . . . A . . . . . . . . C . . . TT . .
blockSeqs : T . . . . TGA . . . T . . . . . . T . . . . . . . . G . . . A . .
blockSeqs : T . . . . CAG . . . T . . . . . . A . . . . . . . . A . . . A . .
blockSeqs : T . . . . CAG . . . T . . . . . . T . . . . . . . . G . . . A . .
blockSeqs : A . . . . TA . . . T . . . . . . A . . . . . . . . G . . . T . .
blockSeqs : C . . . . AG . . . T . . . . . . A . . . . . . . . G . . . A . .
blockSeqs : T . . . . GG . . . T . . . . . . C . . . . . . . . T . . . A . .
blockSeqs : T . . . . TG . . . C . . . . . . A . . . . . . . . G . . . A . .
blockSeqs : A . . . . CA . . . T . . . . . . T . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : T . . . . CA . . . C . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . T . . . C . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : A . . . . C . . . C . . . . . . A . .
blockSeqs : G . . . . . . . . C . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CAG** A************ G** *****
originalCons : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GC-G--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
finalCons : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GCAG--TT-T-T-G-TCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-GG--G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111 11111 111111
lowQualScore : 33 2 2 2 2 444 2 2 4 0 2 55555 2 555 2 666 3333333333333 2 33 5555 33 5555 0 2 2 99999 33 8888 00000 777777 2 3
lowQualScore : .. . . . . ... . . . . . ..... . ... . ... ............. . .. .... .. .... . . . ..... .. .... ..... ...... . .
lowQualScore : 22 1 0 0 0 333 0 0 0 4 0 00000 0 888 1 666 2222222222222 1 22 3333 44 3333 1 5 7 44444 99 9999 00000 555555 9 1
consensus : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GCAGTT-T-T-GTCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
Reference ( family-1177 ) : GTTTTCCATGN-CCC-TCA-AATT-TT-GCAGTT-T-T-GTCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAACA
gi|1 : GTTTGCCATGT-CCC-TCA-AAAT-CT-GCGTTT-T-T-GTCA-C-----A-TT---T-T---TTAAACAAATGACTACGGGTATGCCCCTTAAAACTCT-CAAATCTGGC--T----A--TAAAGTCTC----AT---------------------TAAATTTTTTC--C---C-TCC-AACTTCAAATTGTGGGAGAAAACA
gi|10 : gTTCATGA-GCC-TCA-AATT-TT-G------T-T-G-CA-C-----T-CT---T-CAAGTTAATCAAATGA------------CCTTTAAACTTCT-TCAATCTGCT--T----A--TAAAATCTC----ATCA-TA-TAG-G-G--G----GCAAA-----TA--A---C-CCCAAATTTCACAGTATGAGc
gi|11 : TTTTCCATAA-CCC-TTA----------CATTT-T-T-GTTG-C-----A-CT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTTAAAATTTG-CCAATCTGCC--T----G--TAATGTCTC----ACCA-CATT-G-C-G--G----ACAAA-----TG--A---C-CCA-AATTTCAAAGTGTGAGGGAAAaaataa
gi|12 : aAAATGA------------CCTTTAAAAGTCT-CCAATCTGCC--T----G--TAAAATCTC----ATCA-TA-T-G-G-G--GA---ACAAA-----TGA-A---C-ACT-AATTTCAAAGTGTAAGGca
gi|13 : taagtgagtcaaA-AAGT-TT-GTA-TT-T-C-ATCAAC-----G-CT---T-T---TTCATTAAACGC------------CGCTTAAAAGTTT-ACAATTTGCC--T----A--GAAAGTCTC----ACTA-TA-T-GAA-A--G----ACAAA-----TG--A---C-Cagt
gi|14 : C-TCA-AATT-TT-GT--TT-T-T-GTCA-C-----A-CT---A-T---TTAATTAAATGA------------CTCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--G----A--TAAAGTCTT----GTTATTT-T-G-A-C--G----ACAAA-----T
gi|15 : GC-CCCATCA-AATTGTT-GCAGTT-TCT-ACAA-C-----A-CT---T-C---TTAATGAAATGT------------CCCTTTAAATTCT-CCAATCTGCC--C----A--TAATGTCTC----ATTG-TA-
gi|16 : TTTCCATCA-CCC-TAA-AATT-TT-GC-------T-G----C-----A-TC---T-T---TTAGTCAAACTA------------ACCTTAAAATTCTCCCAATTT
gi|16 : g-CCC-AATTTCAAAGTTTGAGGGcaaagtttgaggg
gi|17 : gtttccatcaccctaaaattttgctgcatcttttagtcaaactaaccttaaaattctTTTTCCATGT-CCT-TCA-AAT-----GCAATT-T-T-GTCA-C--------T---T-T---TTGCTCAAATAT------------GTCTTAAAATTCT-CCAATCTGC
gi|18 : gtaATGT-CTT-TAA-AATT-TT-G-AGTT-T-TTATCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATGA------------CCCATACAATTTT-CCAGTCTGCC--ta
gi|19 : gtaTAAT-AAATGA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATTTGCC--T----T--TAAATTCTC----ATCA-Ta
gi|2 : tttcaggggtttccataacccCATGT-CCC-TCA-AATT-TTTGCAGTT-T-TTGTAG-G-----A-CT---T-T---TTAATTAAATGC------------ACCTTAAAATTCC-CTAATCTGTC--TCATAA--TAATGTCTA----GTTA-CA-TAG-G-G--G----ACAAA-----TG--AC--C-CCC-AATTTCAAAATGTGAGGGAAAAC
gi|20 : ttacagtTTTTCCATGA-CCC-GCT-GAGT-TT-G-GGTTCT-T-GTCA-C-----A-CT---A-A---ATAATCAAATGA------------CCCTAAATATTC
gi|21 : gcGTTTTCCATGC-CCC-TAA-AACT-AA-GTGTTT-T-T-GTCA-C-----ATTT---T-T---TTAATCAAATG
gi|22 : gGTTTTCCATAT-CCC-TCA-AATT-TT-GCATTT-T-T-GTCA-C-----A-ttcttt
gi|3 : aggTTGTCCATGT-CCC-TCA-AATT-TT-GTGATT-T-T-GCCA-CTCTTTA-TT---T-T---TTTATCAATTGT------------CCCTTAAAATCCT-GCTATCTGCCCTT----A--TATAATCTC----ATTG-TG-T-G-GAG--G----ATAAA-----TG--T---CATCC-AATTTCAAAGTGTGCGGGAAAA
gi|4 : GTTTTCCAAGAACTC-ACA-AGTT-TT-GT-GTT-T-T-GTCA-C-----A-TT---A-T---TTAATCAAATGA------------CCCTAAAAATTCT-CAATTCTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ACCA-TA-T-G-G-G--G----ACAAAC----TG--A---C-CCC-AATTTCAAAGTGTAAGGGAAAACA
gi|5 : TTTCCATGA-CCC-TCAGAATT-TT-G----------GCCA-C-----A-ATAAAT-TAC-TAAATTCAGTGG------------CCCTTAAATTTCT-CCGATTTGCC--T----A--TAAAGTCTC----ATCA-TA-TGG-G-G--G----ACAAA-----AG--AGCCC-CCC-AATTTTTAAATATTAGAAAAAACA
gi|6 : CATGT-TCC-TAA-AATT-TT-GCAGTT-T-T-GCCA-C-----A-TTA--T-T---TTAATCAAATT-------------CCTTTAAAATTCT-CCAGTCTGCC--T----A--TAAAGTCTCTGATATCA-TT-T-G-GTG--G----ACAAA-----TGT-T---C-CCC-AATTTCAAAGTGTTA-GGAAAACA
gi|7 : gTTTTACATGT-CCC-TTA-AATT-GT-GCATTT-A-A-GCCA-C-----A-CT---T-T---TTTATTAAA-GA------------CTCTTCAAATTCT-CCAATCTGCA--T----AATTATAGCCTC----ATTA-TA-T-T-GTG--G----ACAAA-----CA--A---C-AC---ATTTCAAAGTGTGAAGGAAAA
gi|8 : GTTTTCCATGA-CCC-CTC-AATT-TT-GCATTT-T-T-CTCA-C-----A-TT---TCT---TTAAACAAATTA------------CCCTTAAAATTCT-CCAATCTGCT--T----A--TAAGCTTTA----ATCA-TG-C-G-G-G--G----AC--T-----TG--A---C-------TTTCAAAGTTTGAGGGGAAACA
gi|9 : GTTTACCATCG-CTT-TCA-A--------CAGTT-T-T--CCA-C-----A-CT---T-T---TTAATCAAATG--------------CCT-------CT-CCAATCTGCC--T----A--TAAAGTCTG----ATTA-TA-T-G-G-GCAGATGTACAGA-----TGTCC---C-CCC-AATTTAAAAGTGTGAATGAAAACA