lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333 222222222222 111111111111111111 666666666666666666666666666 11111 222222222222 111 11111111111 44444444444444444444444444444444444444 11 1111111111 222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666666 3333333333 11111
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Reference ( gi|1 ) : TAATATG------ACGACGA--GGGA----A--GAGCGAGGTT-GG--------G--TA--C--A----T-CCA--A---TA-AC-----C-AG-------G--TT----T----AAGCTCCCCA--GT--T-G-CATG--T--TTTGCT-ACTGTAT-A-AT---T--ATAA---G------ACGACGA--GGGA----A--GAGCGAGG-T-T--GG----AA-----ACA-TCCA--A-----TA-ACC-A--G-ATT----T----AAGC--T-CC--A--CAGT----GAT-AT-AT--T--T----TGCT-A-CT-GTAT--AATA---ATATG------ACGAC-----------GG---GA--GAGGAGCA--A--TGTGCGG-G--GCAC-----C--CG-G-----TA-A--C-----CAG-G------TT----T----AAGCTCC-TCAG-TGG---C-G--TATTTTGCTA----TTGGTCG-TTCC-AA--AATG--AT-GAT-C-CACG-TTGT-TATTTC------GT--ATCTAT---C---A---TGTA--------T-GTAT--T---C--AT----TG--ATT--AT-A---A-----T-TA--------------A--G----T---ATGTGTA---T-------GC----TGC-A--T----T--G-GTC--------GTTGTGTTCT-TTG-AA-TGCTGCGTC-C-----------C-GTCTCCTATTG---AT-----T--ATGT--T--TTCT
gi|8 : TGATGTG------ATAACGG--GGGA----A--GAGCGGGGTG-AG--------G--TA--A--A----C-CCG--T---TA-AC-----C-AG-------G--TG----T----AAATTTCCCT--GTGGT-GTCATT--T--ATTGCTGACCGT
gi|2 : cgtcataTGATGTG------ACGACGGTTGGGATGGGA--GAGCGAGGTTTGA--------G--TG--C--ACACGT-GCA--TGT-TA-AG-----G-AG-------G--TT----T----AGGTTGCCCA--AC--A-G-C-TG--T--TCTGCT-ACTGtccaaggtggtgaccccagttaccacttcttctctatgtatgtattgtccttattgtttatatttattatatagtatggagttgttcccttcatatatgtgatcgttccgccattgcagcaaaagagtactggctaaataatttaatgataaatcaagttaactcc
gi|27 : tgtagatctatgtacttttatgcgatcattgcttcgtatgaTAATGTG------ACGACG---GGGA----A--GAACGAGGAT-TG--------G--TA--C--A------CCA--T---TC-AT-----CGAG-------A--TTAAAGC----AAGCGCCCCA--GT--G-G-CGTA--T--TTTGactgtttccaagcgatggtgattcctgttttcgcatcttctgaatgtatgtattgtgtatagtataatataactattttatgtgtgtattatgttcatgcttttgttgtgtcctgttacatctgagtgctacgacgcctgttggttatattacttcttattttctgtgaaaactgctttatttattaaatttatcattatgtataaacta
gi|16 : atttacacagtttagttTAATCTG------GTGACGG--GGGA----A--GAGCCAAGTT-AG--------G--TG--C--A----C-CC---T---TA-AA-----G-TG-------G--TT----T----AAGTTGCCAA--CT--T-G-CGTC--T--TTTGCT-
gi|26 : ataaaagtttatcttatacatctgtgtttagcattcatttttttccatttacgcacgcacgcatttgttttatttacaccgtctcttaaTGATATG------ACG------GGTA----A--GAATGAGGAC-AA--------A--TG--C-------T-CTC--G---TACAC-----C-AG-------G--CT----T----AAGCTCCCCA--GT--T-G-TG-G--T--TTTGTA-ACTGTCTCA-A-------ATAA---G------Agttacagggtggtgttcccatgttgtca
gi|34 : tgatattaTGATGTG------ACGGAGA--TGGA----A--GAGCGAGGTT-TG--------G--TAAGC--A----T-C---------A-AC-----C-TGCTGGCTAG--TT----T----AAGCTCTCCG--GT--A-G-C
gi|11 : caTGATGTG------ACGGCTG--GGTA----A--GTACGAGGTT-AG------------A--G--G----T-TAAGGA---TA-AC-----C-AG-------G--TT----A----GGGGTCCCCA--GT--G-GTCACG--TCCTTTGCT-AATGg
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gi|31 : ctttTGATATG------ACGACGG--GGAA----A--TAAC-AAGTT-TG--------G--TAG-C--A----T-CCA--C---TA-AT-----C-AG-------G--TT----ctccgtccaa
gi|3 : tgggtacatttttgtaaacaccgtctcgtcttaTGATATG------ATAACGT--TGGT----A--GAGCGATGTT-GA------------A--CCAA----C-CCG--T---TT-AC-----C-AA-------G--TT----A----AAGGTCGCTA--GT--A-G-C--G--T--CTTACT-GCTGa
gi|17 : atttgtataatagcattctggcgctgccacataaatatgcggactgtctcgctttaTGATGCG------ACGACAA--GGGA----A--GAGCGAGGgcctttctgtctgttatcacttcttctatgtatatgttgtatttattgtaattattttatatatccattatggcattgctactgtgatggcaggtccatgtctctgctacgtcgtctactatgtgaattttcttaattttaatgaatatgaaatagtttgctataactttaataatatttgcc
gi|36 : atacatataaaggtacaatacatatttaactaacaagcaaatgcatgtattaaataagcatgctgccgcatttgtcagaaaatagtctagggatggtacttatattttacactgtctcgttttaTGATGTG------ATGAAAG--GGGA----A--GAACGAGGTT-AG--------G--TG--C--attaagttctaaatttatacaccaaacaactttaa
gi|6 : atgataacatttgtatttattctgtctagttttaAATATGTTTGTCATAACGG--GGGC----A--GAGTGAGGCT-GG--------C--TG--C--A----A-CCG--C---TA-TC-----C-AG-------G--TT----T----AAGCT--CCA--TT--TGG-CGTA--T--TCTGCT-ACTG
gi|14 : ttattggtcgttttattatgtatacATGTG------ATGACAT--GGGA----A--TAGCGGTGTT-GAT-------G--T---C--A----C-TCG--T---TA-AC-----C-AG-------A--TA----T----AAAATACTCAGTGT--C-G-CATccggctccaaggcggtgaaccatatactcgcttcctctgtgtgtgtataatgtacttatatttgtattctgtataatgatcatgttactgctgttgttgtgttctttgaatgcaacgtctcttgttggttgtatatttttggtatttttttactgtata
gi|30 : tcattATAGG------ACAAC-A--GGGA----AAAGAGCGAGGTC-CG--------G--TG--A--A------CCA--ACGTTA-AC-----C-AG-------G--TT----tatgctggatgtggtgatcgcaatcgtcatttattttacatgtatgtattatattttcaatatgtcaatactttcatgctgttacagtggctgtgtcccttgaattcaacgtctcctgttg
gi|13 : atcgttctataccgtcgcatcgtatgatgtgcTGTG------ATGACTA--GGGA----A--GAGCGAGTTT-AG--------G--TG--A--A----T-CC---A---TA-AA-----C-AAT------G--TT----T----AAGCTCCCCG--GT--aa
gi|28 : agtctgctggtactacttgtattcacactctgtcgttttatcggTGTG------ATGACGG--GGGA----T--GAGCGAGGCT-GG--------G--CA--C--A------CTG--G---TA-TC-----C-AA-------GGCTT----T----AGGTTTCAT---GT--A-G-CG-G--T--CTTACT-ACTACAT-ggatcccctcccccccccccccctttattcctgctttcacatcctcagtatgtttgtattgttcctattgtaaattagtttgtgtatgtattacg
gi|10 : TGTG------ATGTCGT--AGGA----A--GAGCGATATC-AT--------G--TA--T--A----T--CA--G---TACAC-----C-AG-------G--TT----T----TAATCCCCTA--GT--G-G-TG-G--T--TTTGCT-gtttcatggcaatg
gi|7 : taatgtagtaaattatatgtttctcaattgttggccccgcctacatttacttacaccgtcttgtcttatgtTG------ATGACGG--GAGA----A--GAGCGAGATT-TGCTTTACACGTTTA--C--A----TGTTA--A---CA-A--------AA-------G--TT----T-----GGCTCCCCA--G------------------TGCT-ACTGAAC-ATAT---T---TAA---G------cttgacgtgaccctttttgtcacttttttctgtatgtatttcttatgctattatgctacgtgtggttttatataatata
gi|4 : tcatttccgctatttcatctcgtgcg------ATGATGA--GGGG----A--GCACGATGTT-GG--------G--TA--A--AA---T-TTA--A------AC-----C-AT-------G--TT----T----AAGTGCCCGA--GT-------AAGGAT--CTCG---------T-A-AT---C--ATGA---G-----------GA--GGGG----A--GCACGATG-T-CAAGT----AA-----A-A-TGTA--A--------ACC-A--A-GTT----A----AAGT--G-CC--C--GAGT----AGC-AT--T--C--T----TG-----------T--GAT-----TATG------A----------------G---GA--GGGGATCACGA--TGT-CGG-G--TAAA-----A--TG-T-----AA-A--C-----CAA-G------TT----T----AAGTGCC-CGAG-TAG---G-G--GACTTT-CCC----CTGATCC-TTCC-AA--GACG--GT-GAA-C-CCCGTTTCT-TTTTCC------GG--AC---T---C---A---TG-A--------T-GCTT--T---T--AC----TG--TTT--AT-C---ACTATTT-TA--------------A--A----T---AT-TGTC---T-------CC----TAT-A--T----T--tgttgacccctggcgtcacttcgtgtctgtgtatgtattgttattaatattatcatatcaccattatgtgttttcattgtgtttgtgccgcttttgaggataaataagtgtcttcgtttggacaatttaataaaagaaaattagtttc
gi|9 : tt--GGAA----A--GAGTGAGGTT-TG--------G--TG--C--A----A-CCT--A---AA-CC-----C-AA-------A--AA----T----CAGCTCCCAA--AT--T-G-CG-A--T--TTTGCC-ACT-TAT-
gi|12 : gctgttttatgatgtgatgacttgttgtggccg---TA-AC-----C-AG-------G--TT----T----AAGCT-TCCG--GT--T-G-GCGG--T--ATTGCT-ACTGcgttcccatgctgtgaccgatgttgtgtattgctaattatgattgtaatttttcctattaattaatcggggttttttttttttgctgttttgtatggtagttgtttcctttgaatgttacgtcgccagtttgacatatatttta
gi|35 : gcatgcgt---TA-AC-----C-AG-------G--TT----TTTAAAAGCCCTCCA--CT--G-G-TGTA--T--TTCGCT-ACTGaccggtacgaggcggtcacatatgttgtcatttcttcagtttgtatgtacgtgttcttcacgtgattattctacatgttgattataatttgttatttacaattgctgcttcctttgcattgtacgtctcctgctggacatgatagtatgtttg
gi|17 : tggctgtcgtATA--T--TTTAC--ACTGTCT-C-GT---TTTATGATGCG------ACGACAA--GGGA----A--GAGCGAGG-agctgtccaagaccgtgaac
gi|6 : atacatataaaggtacaatacatatttaactaacaagcaaatgcatgtattaaataagcatgctgccgcatttgtcagaaaatagtctagggatggtacttG--T--TTTATT-A-TGTAT-ACAA---T--AT-----GTTTGTCATAACGG--GGGC----A--GAGTGAGG-C-T--GG----CT-----GCA-ACCG--C-----TA-TCC-A--G-GTT----T----AAGC--T-CC--A--T-TT----GGC-GT-AT--T--C----TGCT-A-CT-Gattaagttctaaatttatacaccaaacaactttaa
gi|27 : ttattggtc--TTTAC--ACAGTTT-A-GT---T---TAATGTG------ACGACG---GGGA----A--GAACGAGGAT-T--GG----TA------CA--CCA--T-----TC-ATCGA--G-ATTAAAGC----AAGC--G-CC--C--CAGT----GGC-GT-AT--T--T----TGccggctccaaggcggtgaaccatatactcgcttcctctgtgtgtgtataatgtacttatatttgtattctgtataatgatcatgttactgctgttgttgtgttctttgaatgcaacgtctcttgttggttgtatatttttggtatttttttactgtata
gi|2 : aTTGCT-TC-GTAT-G-AT---G--ATGT---G------ACGACGGTTGGGATGGGA--GAGCGAGG-T-T--TG----AGTGCACACG-TGCATGT-----TA-AGG-A--G-GTT----T----AGGT--TGCCCAA--CAGC---------T-GT--T--C----TGCT-A-CT-G
gi|11 : tgtagatctatgtacttttatgcgatcaGTAT-T-AT---G--ATGT---G------ACGGCTG--GGTA----A--GTACGAGG-T-T--AG----AG-----G---TTAAGGA-----TA-ACC-A--G-GTT----A----GGGG--T-CC--C--CAGT----GGTCAC-GTCCT--T----TGCT-A-AT-Gactgtttccaagcgatggtgattcctgttttcgcatcttctgaatgtatgtattgtgtatagtataatataactattttatgtgtgtattatgttcatgcttttgttgtgtcctgttacatctgagtgctacgacgcctgttggttatattacttcttattttctgtgaaaactgctttatttattaaatttatcattatgtataaacta
gi|30 : gcaaatatacgtttcaaatgcgaagtgtttgtcacttgactattattatgttagagaataatctggcaatgaaacgtatatctatatttacactggtatctcGTAT-G-ATGTGC--ATAG---G------ACAAC-A--GGGA----AAAGAGCGAGG-TCC--GGT---GA-----A----CCA--ACGT--TA-ACC-A--G-GTT----accgtgatagaatggtgtcc
gi|14 : atcgttctataccgtcgcatc-AT---T--ATGT---G------ATGACAT--GGGA----A--TAGCGGTG-T-T--GA----TG-----TCA-CTCG--T-----TA-ACC-A--G-ATA----T----AAAA--T-AC--T--CAGT----GTC-GC-AT--T--A----TGCT-aa
gi|26 : tc-AT---T--ATGA---T------ATGACG---GGTA----A--GAATGAGG------AC----AA-----ATGCTCTC--G-----TACACC-A--G-GCT----T----AAGC--T-CC--C--CAGT----TGT-G--GT--T--T----TGTA-A-CT-GTCTCAAATA---Aggatgtggtgatcgcaatcgtcatttattttacatgtatgtattatattttcaatatgtcaatactttcatgctgttacagtggctgtgtcccttgaattcaacgtctcctgttg
gi|31 : tgat-AT---G--ATAT---G------ACGACGG--GGAA----A--TAACAAGT-T-T--GG----TA-----GCA-TCCA--C-----TA-ATC-A--G-GTT----ga
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gi|13 : cgtcatatgatgt---G------ATGACTA--GGGA----A--GAGCGAGT-T-T--AG----GT-----GAA-TCC---A-----TA-AAC-A--ATGTT----T----AAGC--T-CC--C--CGGT----Gtccaaggtggtgaccccagttaccacttcttctctatgtatgtattgtccttattgtttatatttattatatagtatggagttgttcccttcatatatgtgatcgttccgccattgcagcaaaagagtactggctaaataatttaatgataaatcaagttaactcc
gi|34 : agtctgctggtactacttgtattcacactctgtcgttttatcggtgt---G------ACGGAGA--TGGA----A--GAGCGAGGTT-T--GGT---AA-----GCA-T-CA--ACCTGCTG-GCT-A--G--TT----T----AAGC--T-CT--C--CGGT----gatcccctcccccccccccccctttattcctgctttcacatcctcagtatgtttgtattgttcctattgtaaattagtttgtgtatgtattacg
gi|28 : catgatgt---G------ATGACGG--GGGA----T--GAGCGAGG-C-T--GG----GC-----ACA--CTG--G-----TA-TCC-AAGG-CTT----T----AGGT--T-TC--ATGTAGC----G------GT--C--T----TACT-A-CT-ACAT--agcg
gi|7 : tgt---G------ATGACGG--GAGA----A--GAGCGAGA-T-T--TGCTTTAC-----ACG-TTTAC-ATGT--TA-ACA-A--A-AGT----T----TGGC--T-CC--C--CAGT----GCT-Agtttcatggcaatg
gi|23 : tcatttccgctatttcatctcgtgcgt-----TA-AAC-A--G-GGT----T----TATC--T-CC--A--CAGT----GGC-GT-AT--T--T----TGTT-A-CT-Gctgaacatatttaagtgttgacccctggcgtcacttcgtgtctgtgtatgtattgttattaatattatcatatcaccattatgtgttttcattgtgtttgtgccgcttttgaggataaataagtgtcttcgtttggacaatttaataaaagaaaattagtttc
gi|12 : -----TA-ACC-A--G-GTT----T----AAGC--T-TC-----CGGTTGGCGGT-A---------T----TGCT-A-CT-Ggcggtgcaatgacccttgtttttatttcttctctgtatgaactgtacgtatcataattattcaatatatcaattgtgtt
gi|35 : gcatgcgt-----TA-ACC-A--G-GTT----TTTAAAAGCCCT-CC--A--C--T----GGT-GT-AT--T--T----CGCT-A-CT-Gaccggtacgaggcggtcacatatgttgtcatttcttcagtttgtatgtacgtgttcttcacgtgattattctacatgttgattataatttgttatttacaattgctgcttcctttgcattgtacgtctcctgctggacatgatagtatgtttg
gi|11 : tggctgtcgtT-AT-AT--T--TACACTGGT-ATCTCGTAT--TATG---ATGTG------ACGGC-----------TG---GG--TAAGTACG--A--GGTTAGA-G--GTTA-----A--GG-A-----TA-A--C-----CAG-G------TT----A----GGGGTCC-CCAG-TGGTCAC-G--TCCTTTGCTA----ATGACCG-TGAT-AG--AATG--GT-G-T-C-Cagctgtccaagaccgtgaac
gi|6 : gcaaatatacgtttcaaatgcgaagtgtttgtcacttgactattattatgttagagaataatctggcaatgaaacgtatatcT--T--T----TATT-A--T-GTAT--A-CA---ATATGTTTGTCATAAC-----------GG---GG--GCAGAGTG--A---G-GCTG-GCTGCAA-----C--CG-C-----TA-T--C-----CAG-G------TT----T----AAGCTCCATT---TGG---C-G--TATTCTGCTA----CTGCCGG-CTCC-AA--GGCG--GT-GAA-C-CATA-TACT-CGCTTCCTCTGTGT--GTGTAT---A---A---TGTACTTATATTT-GTAT--T---C--------TG----T--AT-A---A-----T--G--------------A--T----C---ATGT------T-------AC----TGC---------T--G--TT--------GTTGTGTTCT-TTG-AA-TGCAA-----------------C-GTCTCTTGTTG---GTTG---T--ATAT--T--TT
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|15 : ATT-----ATG---AC-GTCATGAC-----------------A----A-GAGCGATGTCAG--------GTG-C--ACC--C------G-----------------G------T-------------GCTCC--AGTGG---C----TCGTGCGA----CTAACCA-A-T-TCAA--GGTTGT-G-A--------------TTTC---TT--A--C--CTG---TGCGCGAAG-TGT---A-----GTAT-----A---CC---T----TG-------------------------T-A-------T-T--A--------------AT--T--GTGT---CTA---T-------GC----TG-------------------G---------TTG-----G-T--GTC-C-------TTTAAATGCTA-G--------CTCCTATTGGT--TGAATAT--TG-TTCT
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-11 ) : TGATGTGACGACGAGGGAAGAGCGAGGTTGGGTA--CAT----CCGNT--AACCANG--TTTAAGCTCCCCGGTAGCG-GTCTCGCTACTGCATAATCATGAGACGACGAGGGGAGCGCGANGTCGGAAGCAAAATCCGNNAACCAGGTTNAAGCGCCNNAGTGGCATATTT----TG-CTA-CT--GTNT-----T---AT-GAT-GTG------ACGAC--------G--G--GGGA----A-GAGCGAGG-TT--NG--------GT-G-CACC--CGT------TAA--C-----CAGG------T-T----T----A-AGCTCCCCA-GTGG---CG-TATTTTGCTA----CTGACCGT-T-CCAAG--GCGGT-G--ACCCNTGTTGT-CACTTC---TT--A-T--CTG---T---CA----TGT---A---T-GTAT-----T---CA---T----TG-----AT----T--A----------T-A-A-----T-T--A--------------AN--T--ATGT---NTA---T-------GC----TGC-A--T----T--G-----G---------TNG---TTG-T--GTC-C-------TTTGAATGCTACGT--CGTCTCCTGTTGG--T--T--ATAT--T--TTCT
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gi|7 : ttattggtcgttttattatgtatacaatatgtt-----TTC-ATCTC---GT-G-----CGTGATGAC--------G--G--GAGA----A-GAGCGAGA-TT--TGCTTTACACGT-T-TACA--T------GT-TAA--CA----AAAG------T-T----T------GGCTCCCCA-G--------------TGCTA----CTGAACA-TAT-TTAA---GTGTT-G--ACCCCTGGCGT-CACTTC---GT--G-T--CTG-------------TGT---A---T-GTATTG---T---TA---T----TAAT---AT----T--A----------TCATA-----T-C--ACC------------AT--T--ATGT---GT-------------T----TTC-A--T----T--------G---------TGT---TTG-T--GCCGC-------TTTtggtatttttttactgtata
gi|8 : tcatttccgctatC-GTCAT---AT-G---A-TGTGATAAC--------G--G--GGGA----A-GAGCGGGG-TG--AG--------GT-A-AACC--C------GT-TAA--C-----CAGG------T-G----T----A-AATTTCCCT-GTGG---TG-TCATTTATTG----CTGACCG-T-T-CCAA--GGTGGT-G--ACCCCAGTTAC-CACTTC---TT--C-T--CT---------A----TGT---A---T-GTATTGTCCT---TA---T----TG-----TT----T--A----------T---A-----T-T--T--------------AT--T--ATATA--GTA---T-------Gtgaggataaataagtgtcttcgtttggacaatttaataaaagaaaattagtttc
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Unaligned ( gi|37 ): GTCATTGTCCGAAAAATGCGTGGTTTATATATAACGGAATATTGAACGTATAAAC