lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1111 111 2 111 22222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222 11 22222222 44444444 222222222 11 1 222222 111 4444444444444444444444444444444444444444444444 1 22 111 1111 1111 1111
lowQualScore : 1 6 7 6 2 4444 77 000 5 1 6 3 0 111 6 44444 99 6 1 6 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 66 6 0 8 99999999 3 7 6 33333333 3 8 888888888 1 11 22 0 7 22 8 0 222222 222 7 4 8888888888888888888888888888888888888888888888 77 6 0 88 3 6 3 55 222 2222 99 8888 55 66 4 2 66 2222
lowQualScore : . . . . . .... .. ... . . . . . ... . ..... .. . . . . ......................................................................... .... .. . . . ........ . . . ........ . . ......... . .. .. . . .. . . ...... ... . . .............................................. .. . . .. . . . .. ... .... .. .... .. .. . . .. ....
lowQualScore : 0 0 5 7 2 2222 77 000 2 5 4 0 8 333 7 33333 22 4 4 8 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 66 6 6 0 00000000 0 0 0 00000000 2 0 888888888 4 44 88 8 0 66 8 6 444444 222 8 0 4444444444444444444444444444444444444444444444 77 3 5 88 5 7 0 22 555 1111 11 9999 44 11 4 2 33 2222
consensus : AGGACTTATATAGAGAAGGAA-ANGCAA----CT-GATTCAGATNTTATGAANGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGGAATACAAAGCAAA----A-T--T--------------------TN-------------------TCTAC----------------AAAACGAGACC--ATTCCCAGCAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-------TTGTATACTGCAACT-AAA-AA--T--CAAGGAAAGTACTTGAAATTTTACTTCAAACTGCAATGTTTTNAATTCAAGATCATNTTA-CGTGTTTAAAACATTNTAAAACATCTAAGGTTA-T----TACATAG--TACACCTTACATTTT------A-TGT-A-AAG-AAATCAGTTGCCTATGAAATN-TGAATGATTAATTTGCCAAATTATNAATNCTTCGCGTGCTATTTT----AT-NAAN-ATT-TAGTA--GA-GAGATGC-AAGTTTCCTATCCTTCTCTATATAAGTCCTTG
Reference ( gi|3 ) : AAGACTTACATAGAGAACGAA-AAGCAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGTTCGCGTATTCACGCAAAAACTCGC-AAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----A-T--T--------------------TC-------------------TCTAC----------------AAAACGAGATA--ATTCCCATTAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTACAAAGT-------CTGTATACTGCAACT-AAATAA--T--CAAGGAAAGTGTTTGAAATTTTACTTCTAACTGCAATATTTTAAATTCAAGATCTTATTG-CGTGTTTAAAACATTATAAAACATCTAAGGTTAATTG--TACATAA--TACACCATATATTTT------A-TGT-A-AAA-AAATCAGTTGCCTGTGAGATT-TGAATAATTCATTTGCCAAATTATTAATAATTCGCACGCTATTTT----AT-AAAA-A-T-TAGTA--GA-GAGATGC-AAGTTTCCTATCCTTCTTTATACAAGTCCTTG
gi|4 : AGGACTTATATAGAGAA-GGA-AAGCAA----CT-GATTTAGATGTTATGAATACTGGGATATTCACCCAAAATTTCGC-AGAATCTCATTTTCA-AATATCC--------ATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----AGTCAT--------------------TA-------------------TCTAC----------------AAAATGAGACC--ATTCCCATCAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTGCAAAAT-------TTGTATACTGCAACT-AAA-AATGT--AAAGGAAAGTACTTGAAATTTCACTTCAAACAGCAATATTTTGAATTCAATACCATTTTA-TGTGTTTAAAACAGTTTAAAACATCT--------TTGGCTAC---A--TACATCTTACATTTT------A-TGTGA-AAG-AAATCAGTTGCCTATGAAATT-TGAATGATTAATTTGCTTAATTATTAATTCATCACATGTTATTTT----AT-AAAC-ATT-TAGAA--GA-GTGATGCAAAGTTTCCTATTCTTC--TATATAAGTCCT
gi|2 : aAGGACTTATATAGAGAAGGAA-ATGCAA----CT-CATCCACATTTTCAGAAAGTTTGTGTATTCACGCATACTCTCTC-GAAATCTTGTTTTCA-ATTATCTTAACTTCCTTTTATCTCATGAATACAAAGCAAA----A-TG-T--------------------TTTTGTTTGCAAAATGACATATCTAC----------------AGAATGAGACC--CTTCCCAGCCATTTGTGTTTACAACTGATTACCGGTAGGAAGTATTC---ACTACAAAATGTATACACTG-ATACTGCCATT-AAA-AA--T-----GAGCATTACTTGAATTTTTACCACAAGCTGTAATGTTTTAAGTACAAA---TAATCA-AAAG----AAACACCATAAAAAA-ATAAAGGCAAC----------A--TGCAACTTACATTTTTTCTCCACTAC-A-AGA-AAA-CAGTTGCCTATGA-ATTGTGAATGGTTAATTTGCCAAATAATGAATCCTTCCTTTGGTATTTTTTTAAC-AAAATA-T-AAGTATGGA-G-GGTTC-AAGTTTCCTTTCCTTATCTACACAAATCC
gi|15 : AGACTTATATAGAGAA-GGA-AAGCAAATTTCT-AATTTAGATGTTATAA
gi|5 : GAATTATATAGAGAAGGAA-AGGCAA----CT-GATT----------GAACACTCGCGTATTCACGCAAAATCTCTT-AATATCTCGTTTTCA-ATTATCTTA-CTTCCATTCATCTATGGAACACAAATCAAA----A-T--TCTTGCATCGCAGAATGAAATTC-------------------TCGTC----------------AGAACAA-ATACCATTCCCAGAAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTGTGATTACAAAAT-------TTGTATACTGCAGCCAAAATAA--TGGCAAATAA--TGAT--AAATTTTCCTCCAAACCTCAATATCTTCAATTCAAGATCATTTTA-TGAGATCGAAACATGTTTAAACGTTTAAGAT--------TACATAG-----AATTTAGAGTTT------A-TAT-ATAAG-AAATC-------------ATA-TGAATGATTAATTTG-AAAATTATGAATACTTTGTGTGCTATTTC----ATCAACG-A-T-TAGTC--AG-GAGATGC-AAGTTTCCTATCCTTCTC--TACAAGTCCgtcct
gi|10 : gGACTTATATAGGGAAGGAT-ATGCAA----CT-CATTCTCGTTTCGTGAAAGCTCACGTATTCAAACAAACTCTCGC-GAAATCTCATTTTCA-GTTAT-----CTTTTATTTAACTCAGAAATTCAAAGCAAACTGTA-T--T--------------------AC-------------------TTTGCATAATAACATATACAGAAAATGAGAT---ATTAACAGCAATTTATGTTTACAATTG-GC--------GAAGTA
gi|8 : gTTATACAAAGAA-GATTGAGTAA----CTTGATTGAGATATTATAAATGCTCGTGTATTCATGCAAAATCTCATAAAAATCTCGTTATCA-ATTATCCTgtgtgtaaaatgccacataaaaattagaaaaaatacccctttagacttac
gi|1 : atcacataataTCGCCTATTCACGCAAAA-----------TCTCGTTTTCATATTG----AAATTC--TT--TCTTTG---CACAATGTAG----------T--------------------TA-------------------TC-AC----------------CAAACACGAAC--ACTCCCACCAAATTGTGTTTAACATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTAAAATAT--------TGTATACTCAAACA-AAACAA--T--CAAGGAAAGAACTTGCAATTTAACTTCAAACTGCAA--------AGTCAAGTTCATTTTG-TGTATTTAAACCGTTTAAAAACATATAAGGTTA--------CATA-----CACCTTAT---CT------A-TGT-A-AAAGAAATCAGTTGCCCTTGGAATT-TGATTGATTAATTTGCCAAATTATTAATTCTTCGTAAGCTATTTT----AT-CAAC-ATT-TA--A--GA-AAGATGT-AAGTTTCATATACTTC--TATATAAGTCATTgttatctctttatcaattatgttgtatgtttataacattacaaatcatctaaggttgcatacagcttacacttctataagaattcagttgcctgtgaaatctaaataattcatttgccaagttaataatgccttgcgagctatttaatcagtatatagtagagagatgtaagcatttatttattttatcta
gi|12 : tgtttagtctgagggattaaactaaatgagatacagattgagtcatggcatttaaaattacatttcgtttcgctcggaaaggctgaaatgaaagtagggtctaactgaaaatcaatcaaatatatatttaaatatatagccattgactcaggaccggagccaaggactaacatagagaaggaaattcT-AAAAAA--T---AACAACAGTTCTTGACAATTTATTTCAAACTGCAATGTTTTTAAGTTAAG-TCTAATTAACATGAACAAAACATTATAAAACATCTAAGGTTAtgccgtagacaaagtttggttttacaggaggcacaataccaactttgataggactacagtggggtcactttgtgttcaaagaatgtctggaatgtgttgacgtcattgacatgttcacacacgtttcgttatattgagtaattccaacgagttcaaacgagtttttttaaatgattgctgacgagactttattttgctataaggacgtgtttttaaacctgaagcttattatccaaattgggacatacggttatgttttatatttaatcgagaaacataagaggttttaaa
gi|8 : TGTTG-TATGTTTATAACATTACAAATCATCTAAGGTT----G--CATACAGCTTACAC------TTCT------A-T-----AAG-AATTCAGTTGCCTGTGAAATC-TAAATAATTCATTTGCCAAGTTAATAATGCCTTGCGAGCTATTTA----AT-CAGT-A-TATAGTA--GA-GAGATGT-AAGtgca
gi|9 : atcacataatattatacaaagaagattgagtaacttgattgagatattataaatgctcgtgtattcatgcaaaatctcataaaaatctcgttatcaattatcctgttatctctttatcaattaAAACATCTAAGATT--TCT--TAC--------CAC--------TT------A-TGT-T-GAG-AAATCAGTTGACTATGAGTTA-TGAATGATTCATTTACCAAATAATGAATCCTTTGTGTGCTGTTTT----AT-CAAC-ATT-TAGTC--AG-GTGATGA-AAGTTTCCTATCCT--TTTAAACAAGTCCATGcatttatttattttatcta
gi|2 : gtccaagaaaatgcttatggagcaaagggttACTTT----CT-GAAA-A-T---GTG--GATGAGTTGC-A---TT----TCCTTCTCTATATAAGTCCTcttgtgtgatatttatacaagatgatatattttctacagccattctacaattatttagataaatctaaatcaaaaacagttt
gi|14 : -T-TGGCA--GA-GAGATGC-ACGTTTCCTATCCT--TTTATATAAGTCCTTGttgtgtattcacgcatactctctcgaaatcttgttttcaattatcttaacttccttttatctcatgaatacaaagcaaaatgtttttgtttgcaaaatgacatatctacagaatgagacccttcccagccatttgtgtttacaactgattaccggtaggaagtattcactacaaaatgtatacactgatactgccattaaaaatgagcattacttgaatttttaccacaagctgtaatgttttaagtacaaataatcaaaagaaacaccataaaaaaataaaggcaacatgcaacttacattttttctccactacaagaaaacagttgcctatgaattgtgaatggttaatttgccaaataatgaatccttcctttggtatttttttaacaaaatataagtatggagggttcaagtttcctttccttatctacacaaatcc
gi|10 : tatataagttc--GA-GA-ATG---AGTTGCATATCCTTCCCTATATAAGTCC
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATACTTCGACAGTAACATCGTCATATTGATACAGTTAGTTTTAAAATCTAGTGTGAAGCCTGCCAATGAGAGGATATAACTACAGTGGGGTCGCTTTGGCGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCAACATGTTCAGACACGTTTCGCTATATTAAGTAATGTCGGAAATCCCCGTACAACGAGTTCAAACGAGTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTACAAGGACGTGTTTTTTAAACCTGAAGCGTATTGTTTAATTTGCGACATACGGTTAAACAAATTAATGTTTTATATTTAATCGAGAAACATAAGGAATGTTTAAA
Unaligned ( gi|7 ): CTACAGTGGGGTCGCTTTGTGGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCGACATGTTTAGACACGTTTCGCTATATTTAGTTATATCGGAAATCCCCGATTAGCTATATTTAGTAATGTCGGAAATCCACGAACGAGTTCAAACGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTATAAGGATGTGTTTTTTAAACCTGAAGTGCATTATCAAAATTGGGACATACGGTTAAAAGGGTAATGTTTTATGTTTAATCGAGACACATAAGGAGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): CTACAGTGGGACCCCTTTGGCCCCAAAGAGTGTCTTGAATGTGAACGTTTCGATATATTTACTAACGTTGGAAACATGAAAAATGAAAGCCGAAATTATTTTTTTTTTTAGATAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTAATAATCAGGATTTGATATGAATTATATTTATTATTTCCTATATTTGTTACCTTAAGATGGTATATTTAGAGTTGTAAAAAATAAATTT
Unaligned ( gi|16 ): AAATTAAACAAAACTCATTGAGGTGATCATGTTTACAGAATCAATTCCTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 111111 111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222 111111 1 1111 6666666666666666 2222222 111 22
lowQualScore : 5 0000 66 111111 55 3 000 5 33333 5 3 6 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 5 2 4 6 44444444 1 4 2 88 999999 5 1 1111 0 99 4 3 11 99 1 2 1 1 1 6666666666666666 5 444 5 3 9999999 5 2 1 1 1 1 11 000 1 1 77 66 3 5 66
lowQualScore : . .... .. ...... .. . ... . ..... . . . . .......................................................................... . . . . . ........ . . . .. ...... . . .... . .. . . .. .. . . . . . ................ . ... . . ....... . . . . . . .. ... . . .. .. . . ..
lowQualScore : 6 6666 44 666666 22 0 111 7 55555 2 7 3 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 2 5 0 7 22222222 0 2 5 22 222222 7 4 4444 3 22 0 0 44 77 0 7 7 9 0 3333333333333333 3 666 7 0 6666666 7 4 0 3 0 0 00 000 0 0 22 99 6 0 99
consensus : AGGACTTATATAGAGAAGGAAA-GCAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAAGATCATTTTGCGTGTTTAAAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TACATA-T-CANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTA---TTTTATCAACAT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAGTTTCCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
Reference ( family-1047 ) : AGGACTTATATAGAGAAGGAAANGCAA----CT-GATTCAGATNTTATGAANGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGGAATACAAAGCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCAGCAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TCAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATGTTTTNAATTCAAGATCATNTTACGTGTTTAAAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TACATAGTACACCTTACATTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATNAATNCTTCGCGTGCTA---TTTTATNAANAT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAGTTTCCTATCCTTCTCTATATAAGTCCTTG
gi|1 : AGGACTAACATAGAGAAGGAAA----------------------TT-------CTCGCCTATTCACGCAAAATCTCG-----------TTTTCATATTG----AAATTC--TT--TCTTTG---CACAATGTAG-------------T--------------------TATC-AC----------------CA----------------AACACG-AACACTCCCACCAAATTGTGTTTAACATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTA--AAATATTGT------ATACTCAAAC-AAAACAA--TCAAGGAAAGAACTTG--CAATTTAACTTCAAACTGCAA--------AGTCAAGTTCATTTTGTGTATTTAAACCGTTTAAAAACATATAAGGTT-A-----CATA---CACCTTA---TC-TATGT--A----AAAGAAATCAGTTGCCCTTGGAATTTGATTGATTAATTTGCCAAATTATTAATTCTTCGTAAGCTA---TTTTATCAACAT-TTA--A--GAAAGATGT-AAGTTTCATATACT--TCTATATAAGTCATT
gi|10 : tgtttagtctgagggattaaactaaatgagatacagattgagtcatggcatttaaaattacatttcgtttcgctcggaaaggctgaaatgaaagtagggtctaactgaaaatcaatcaaatatatatttaaatatatagccattgactcaggaccggagccaGGACTTATATAGGGAAGGATATGCAA----CT-CATTCTCGTTTCGTGAAAGCTCACGTATTCAAACAAACTCTCGC-GAAATCTCATTTTCA-GTTAT-----CTTTTATTTAACTCAGAAATTCAAAGCAAACTGTA----T--T--------------------ACTTTGCATAATAACATATACAGAA----------------AATGAG-A-TATTAACAGCAATTTATGTTTACAATTG-GC--------GAAGTA---GTG------------TGT------AAAATGCCACATAAA-AA--TTAGAAAAAATACtgccgtagacaaagtttggttttacaggaggcacaataccaactttgataggactacagtggggtcactttgtgttcaaagaatgtctggaatgtgttgacgtcattgacatgttcacacacgtttcgttatattgagtaattccaacgagttcaaacgagtttttttaaatgattgctgacgagactttattttgctataaggacgtgtttttaaacctgaagcttattatccaaattgggacatacggttatgttttatatttaatcgagaaacataagaggttttaaa
gi|12 : -TAAA-AA--ATAACAACAGTTCTTG--ACAATTTATTTCAAACTGCAATGTTTTTAAGTTAAGTCTAATTAACATGAACAAAACATTATAAAACATCTAAGGTT-AT--ccctttagacttac
gi|14 : TATAAGTTC-TTGGCA--GAGAGATGC-ACGTTTCCTATCCT--TTTATATAAGTCCTTGgca
gi|15 : taGACTTATATAGAGAAGGAAA-GCAAATTTCT-AATTTAGATGTTATAA
gi|2 : aAGGACTTATATAGAGAAGGAAATGCAA----CT-CATCCACATTTTCAGAAAGTTTGTGTATTCACGCATACTCTCTC-GAAATCTTGTTTTCA-ATTATCTTAACTTCCTTTTATCTCATGAATACAAAGCAAA----ATGTTT--T--------------------TGTTTGC----------------AAAATGACATATCTACAGAATGAG-ACCCTTCCCAGCCATTTGTGTTTACAACTGATTACCGGTAGGAAGTATTC---ACTACAAAAT-GTATACACTGATACTGCCAT-TAAA-AA--T---GAGCATTACTTG--AATTTTTACCACAAGCTGTAATGTTTTAAGTACAA-ATAATCAAAAG------AAACACCATAAAAAA-ATAAAGGC-A----ACA---TGCAACTTACATTT-TTTCTCCACTACAA-GAAAACAGTTGCCTATGAATTGTGAATGGTTAATTTGCCAAATAATGAATCCTTCCTTTGGTATTTTTTTAACAAAATATAAGTATGGAG-GGTTC-AAGTTTCCTTTCCTTATCTACACAAATCCgtcct
gi|3 : AAGACTTACATAGAGAACGAAAAGCAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGTTCGCGTATTCACGCAAAAACTCGC-AAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----A----T--T--------------------TCTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ATAATTCCCATTAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTACAAAGT-CTGT------ATACTGCAAC-TAAATAA--TCAAGGAAAGTGTTTG--AAATTTTACTTCTAACTGCAATATTTTAAATTCAAGATCTTATTGCGTGTTTAAAACATTATAAAACATCTAAGGTTAATTGTACATAATACACCATATATTT-TATGT--A----AA-AAAATCAGTTGCCTGTGAGATTTGAATAATTCATTTGCCAAATTATTAATAATTCGCACGCTA---TTTTATAAAAA--TTAGTA--GAGAGATGC-AAGTTTCCTATCCTTCTTTATACAAGTCCTTG
gi|4 : AGGACTTATATAGAGAAGGAAA-GCAA----CT-GATTTAGATGTTATGAATACTGGGATATTCACCCAAAATTTCGC-AGAATCTCATTTTCA-AATATCC--------ATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----AG---TCAT--------------------TATCTAC----------------AA----------------AATGAG-ACCATTCCCATCAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTGCAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AATGTAAAGGAAAGTACTTG--AAATTTCACTTCAAACAGCAATATTTTGAATTCAATACCATTTTATGTGTTTAAAACAGTTTAAAACATCTTTGG----C--TACA---TACATCTTACATTT-TATGTG-A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATTTGAATGATTAATTTGCTTAATTATTAATTCATCACATGTTA---TTTTATAAACAT-TTAGAA--GAGTGATGCAAAGTTTCCTATTCT--TCTATATAAGTCCT
gi|5 : aGGAATTATATAGAGAAGGAAAGGCAA----CT-GATT----------GAACACTCGCGTATTCACGCAAAATCTCTT-AATATCTCGTTTTCA-ATTATCTTA-CTTCCATTCATCTATGGAACACAAATCAAA----A----T--TCTTGCATCGCAGAATGAAATTCTCGTC----------------AG----------------AACAAATACCATTCCCAGAAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTGTGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAGC-C-AA-AA--TAATGGCAAATAA-TGATAAATTTTCCTCCAAACCTCAATATCTTCAATTCAAGATCATTTTATGAGATCGAAACATGTTTAAACGTTTAAG----AT--TACATAG---AATTTAGAGTT-TATAT--AT---AA-GAAATC-------------ATATGAATGATTAATTTG-AAAATTATGAATACTTTGTGTGCTA---TTTCATCAACGA-TTAGTC--AGGAGATGC-AAGTTTCCTATCCTTCTC--TACAAGTCC
gi|8 : TTATACAAAGAAGATTGAGTAA----CTTGATTGAGATATTATAAATGCTCGTGTATTCATGCAAAATCTCATAAAAATCTCGTTATCA-ATTATCCT
gi|8 : atcacataataCTGTTATCTCTTTA--TCAA--TTATGTTGTATGTTTATAACATTACAAATCATCTAAGGTT-G-----CATA---CAGCTTACACTTCTAT---------AA-GAATTCAGTTGCCTGTGAAATCTAAATAATTCATTTGCCAAGTTAATAATGCCTTGCGAGCTA---TTTAATCAGTAT-ATAGTA--GAGAGATGT-AAGgttatctctttatcaattatgttgtatgtttataacattacaaatcatctaaggttgcatacagcttacacttctataagaattcagttgcctgtgaaatctaaataattcatttgccaagttaataatgccttgcgagctatttaatcagtatatagtagagagatgtaagcatttatttattttatcta
gi|9 : atcacataatattatacaaagaagattgagtaacttgattgagatattataaatgctcgtgtattcatgcaaaatctcataaaaatctcgttatcaattatcAAACATCTAAGATT----------------TCTTACCACT-TATGT--T----GA-GAAATCAGTTGACTATGAGTTATGAATGATTCATTTACCAAATAATGAATCCTTTGTGTGCTG---TTTTATCAACAT-TTAGTC--AGGTGATGA-AAGTTTCCTATCCT--TTTAAACAAGTCCATGcatttatttattttatcta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATACTTCGACAGTAACATCGTCATATTGATACAGTTAGTTTTAAAATCTAGTGTGAAGCCTGCCAATGAGAGGATATAACTACAGTGGGGTCGCTTTGGCGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCAACATGTTCAGACACGTTTCGCTATATTAAGTAATGTCGGAAATCCCCGTACAACGAGTTCAAACGAGTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTACAAGGACGTGTTTTTTAAACCTGAAGCGTATTGTTTAATTTGCGACATACGGTTAAACAAATTAATGTTTTATATTTAATCGAGAAACATAAGGAATGTTTAAA
Unaligned ( gi|7 ): CTACAGTGGGGTCGCTTTGTGGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCGACATGTTTAGACACGTTTCGCTATATTTAGTTATATCGGAAATCCCCGATTAGCTATATTTAGTAATGTCGGAAATCCACGAACGAGTTCAAACGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTATAAGGATGTGTTTTTTAAACCTGAAGTGCATTATCAAAATTGGGACATACGGTTAAAAGGGTAATGTTTTATGTTTAATCGAGACACATAAGGAGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): CTACAGTGGGACCCCTTTGGCCCCAAAGAGTGTCTTGAATGTGAACGTTTCGATATATTTACTAACGTTGGAAACATGAAAAATGAAAGCCGAAATTATTTTTTTTTTTAGATAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTAATAATCAGGATTTGATATGAATTATATTTATTATTTCCTATATTTGTTACCTTAAGATGGTATATTTAGAGTTGTAAAAAATAAATTT
Unaligned ( gi|16 ): AAATTAAACAAAACTCATTGAGGTGATCATGTTTACAGAATCAATTCCTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111 111111 111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222 111111 1 1111 111 5555555555555555 2222222 111 111
lowQualScore : 5 66 111 0000 66 000000 55 5 000 5 33333 5 3 4 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 5 1 1 6 44444444 1 4 2 88 999999 5 1 77 1 3 99 2 3 11 2222 33 33 1 000 1 6666666666666666 1 333 5 3 9999999 5 2 1 1 1 1 11 000 66 66 3 5 66 5 333 4
lowQualScore : . .. ... .... .. ...... .. . ... . ..... . . . . .......................................................................... . . . . . ........ . . . .. ...... . . .. . . .. . . .. .... .. .. . ... . ................ . ... . . ....... . . . . . . .. ... .. .. . . .. . ... .
lowQualScore : 0 99 222 6666 44 000000 22 3 111 7 55555 2 7 2 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 2 0 0 7 22222222 0 2 5 22 222222 7 4 99 0 9 22 1 0 44 7777 33 11 9 000 0 0000000000000000 0 999 7 0 6666666 7 4 0 3 3 0 00 000 77 99 6 0 99 0 666 5
consensus : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TACAT-A--CANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
Reference ( family-1047 ) : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TACAT-AT-CANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
gi|1 : AGGACTAACATAGAGAA-GGA--AA-----------------------TT-------CTCGCCTATTCACGCAAAATCTCG-----------TTTTCATATTG----AAATTC--TT--TCTTTG---CACAATGTAG-------------T--------------------TATC-AC----------------CA----------------AACACG-AACACTCCCACCAAATTGTGTTTAACATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTA--AAATATTGT------ATACTCAAAC-AAAACAA--TCAAGGAAAGAACTTG--CAATTTAACTTCAAACTGCAA--------AGTCAA--GTTCATTTTGTGTATTTA---AACCGTTTAAAAACATATAAGGTT-A-----CAT-A--CACCTTA---TC-TATGT--A----AAAGAAATCAGTTGCCCTTGGAATTTGATTGATTAATTTGCCAAATTATTAATTCTTCGTAAGCTATTTTATCAAC---AT-TTA--A--GAAAGATGT-AAG--TTT-CATATAC-T-TCTATATAAGTCATT
gi|10 : tgtttagtctgagggattaaactaaatgagatacagattgagtcatggcatttaaaattacatttcgtttcgctcggaaaggctgaaatgaaagtagggtctaactgaaaatcaatcaaatatatatttaaatatatagccattgactcaggaccggagccaGGACTTATATAGGGAA-GGA--TATG-CAA----CT-CATTCTCGTTTCGTGAAAGCTCACGTATTCAAACAAACTCTCGC-GAAATCTCATTTTCA-GTTAT-----CTTTTATTTAACTCAGAAATTCAAAGCAAACTGTA----T--T--------------------ACTTTGCATAATAACATATACAGAA----------------AATGAG-A-TATTAACAGCAATTTATGTTTACAATTG-GC--------GAAGTA---GTG------------TGT------AAAATGCCACATAAA-AA--TTAGAAAAAATACtgccgtagacaaagtttggttttacaggaggcacaataccaactttgataggactacagtggggtcactttgtgttcaaagaatgtctggaatgtgttgacgtcattgacatgttcacacacgtttcgttatattgagtaattccaacgagttcaaacgagtttttttaaatgattgctgacgagactttattttgctataaggacgtgtttttaaacctgaagcttattatccaaattgggacatacggttatgttttatatttaatcgagaaacataagaggttttaaa
gi|12 : -TAAA-AA--ATAACAACAGTTCTTG--ACAATTTATTTCAAACTGCAATGTTTTTAAGTTAA--GTCTAATTAACATGAACA---AAACATTATAAAACATCTAAGGTT-AT--ccctttagacttac
gi|14 : -TTGGCA--GAGAGATGC-ACG--TTT-CCTATCCTT-T-TATATAAGTCCTTGgca
gi|15 : tatataagttcGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAAATTTCT-AATTTAGATGTTATAA
gi|2 : aAGGACTTATATAGAGAA-GGA--AATG-CAA----CT-CATCCACATTTTCAGAAAGTTTGTGTATTCACGCATACTCTCTC-GAAATCTTGTTTTCA-ATTATCTTAACTTCCTTTTATCTCATGAATACAAAGCAAA----ATGTTT--T--------------------TGTTTGC----------------AAAATGACATATCTACAGAATGAG-ACCCTTCCCAGCCATTTGTGTTTACAACTGATTACCGGTAGGAAGTATTC---ACTACAAAAT-GTATACACTGATACTGCCAT-TAAA-AA--TGA---GCATTACTTG--AATTTTTACCACAAGCTGTAATGTTTTAAGTACAAATAATCA------------AAAGAAACACCATAAAAAA-ATAAAGGC-A----ACAT-G--CAACTTACATTT-TTTCTCCACTACAA-GAAAACAGTTGCCTATGAATTGTGAATGGTTAATTTGCCAAATAATGAATCCTTCCTTTGGTATTTTTTTAACAAAATATAAGTATGGAG-GGTTC-AAG--TTT-CCTTTCCTTATCTACACAAATCCgtcct
gi|3 : AAGACTTACATAGAGAACGAA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGTTCGCGTATTCACGCAAAAACTCGC-AAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----A----T--T--------------------TCTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ATAATTCCCATTAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTACAAAGT-CTGT------ATACTGCAAC-TAAATAA--TCAAGGAAAGTGTTTG--AAATTTTACTTCTAACTGCAATATTTTAAATTCAA--GATCTTATTGCGTGTTTA---AAACATTATAAAACATCTAAGGTTAATTGTACATAATACACCATATATTT-TATGT--A----AA-AAAATCAGTTGCCTGTGAGATTTGAATAATTCATTTGCCAAATTATTAATAATTCGCACGCTATTTTATAAAA---A--TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTTCTTTATACAAGTCCTTG
gi|4 : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAATACTGGGATATTCACCCAAAATTTCGC-AGAATCTCATTTTCA-AATATCC--------ATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----AG---TCAT--------------------TATCTAC----------------AA----------------AATGAG-ACCATTCCCATCAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTGCAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AATGTAAAGGAAAGTACTTG--AAATTTCACTTCAAACAGCAATATTTTGAATTCAA--TACCATTTTATGTGTTTA---AAACAGTTTAAAACATCTTTGG----C--TACAT-A--CATCTTACATTT-TATGTG-A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATTTGAATGATTAATTTGCTTAATTATTAATTCATCACATGTTATTTTATAAAC---AT-TTAGAA--GAGTGATGCAAAG--TTT-CCTATTC-T-TCTATATAAGTCCT
gi|5 : aGGAATTATATAGAGAA-GGA--AA-GGCAA----CT-GATT----------GAACACTCGCGTATTCACGCAAAATCTCTT-AATATCTCGTTTTCA-ATTATCTTA-CTTCCATTCATCTATGGAACACAAATCAAA----A----T--TCTTGCATCGCAGAATGAAATTCTCGTC----------------AG----------------AACAAATACCATTCCCAGAAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTGTGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAGC-C-AA-AA--TAATGGCAAATAA-TGATAAATTTTCCTCCAAACCTCAATATCTTCAATTCAA--GATCATTTTATGAGATCG---AAACATGTTTAAACGTTTAAG----AT--TACAT-A--GAATTTAGAGTT-TATAT--AT---AA-GAAATC-------------ATATGAATGATTAATTTG-AAAATTATGAATACTTTGTGTGCTATTTCATCAAC---GA-TTAGTC--AGGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCC-T-TCTCTACAAGTCC
gi|8 : TTATACAAAGAA-G-ATTGA-G-TAA----CTTGATTGAGATATTATAAATGCTCGTGTATTCATGCAAAATCTCATAAAAATCTCGTTATCA-ATTATCCT
gi|8 : atcacataataCTGTTATCTCTTTA--TCAA----TTATGTTGTATGTTTA---TAACATTACAAATCATCTAAGGTT-G-----CAT-A--CAGCTTACACTTCTAT---------AA-GAATTCAGTTGCCTGTGAAATCTAAATAATTCATTTGCCAAGTTAATAATGCCTTGCGAGCTATTTAATCAGT---AT-ATAGTA--GAGAGATGT-AAGCATTTATTTATTTTA-TCTAgttatctctttatcaattatgttgtatgtttataacattacaaatcatctaaggttgcatacagcttacacttctataagaattcagttgcctgtgaaatctaaataattcatttgccaagttaataatgccttgcgagctatttaatcagtatatagtagagagatgtaagcatttatttattttatcta
gi|9 : atcacataatattatacaaagaagattgagtaacttgattgagatattataaatgctcgtgtattcatgcaaaatctcataaaaatctcgttatcaattatcAAACATCTAAGATT----------------TCTTACCACT-TATGT--T----GA-GAAATCAGTTGACTATGAGTTATGAATGATTCATTTACCAAATAATGAATCCTTTGTGTGCTGTTTTATCAAC---AT-TTAGTC--AGGTGATGA-AAG--TTT-CCTATCCTT-T-TAAACAAGTCCATG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATACTTCGACAGTAACATCGTCATATTGATACAGTTAGTTTTAAAATCTAGTGTGAAGCCTGCCAATGAGAGGATATAACTACAGTGGGGTCGCTTTGGCGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCAACATGTTCAGACACGTTTCGCTATATTAAGTAATGTCGGAAATCCCCGTACAACGAGTTCAAACGAGTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTACAAGGACGTGTTTTTTAAACCTGAAGCGTATTGTTTAATTTGCGACATACGGTTAAACAAATTAATGTTTTATATTTAATCGAGAAACATAAGGAATGTTTAAA
Unaligned ( gi|7 ): CTACAGTGGGGTCGCTTTGTGGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCGACATGTTTAGACACGTTTCGCTATATTTAGTTATATCGGAAATCCCCGATTAGCTATATTTAGTAATGTCGGAAATCCACGAACGAGTTCAAACGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTATAAGGATGTGTTTTTTAAACCTGAAGTGCATTATCAAAATTGGGACATACGGTTAAAAGGGTAATGTTTTATGTTTAATCGAGACACATAAGGAGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): CTACAGTGGGACCCCTTTGGCCCCAAAGAGTGTCTTGAATGTGAACGTTTCGATATATTTACTAACGTTGGAAACATGAAAAATGAAAGCCGAAATTATTTTTTTTTTTAGATAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTAATAATCAGGATTTGATATGAATTATATTTATTATTTCCTATATTTGTTACCTTAAGATGGTATATTTAGAGTTGTAAAAAATAAATTT
Unaligned ( gi|16 ): AAATTAAACAAAACTCATTGAGGTGATCATGTTTACAGAATCAATTCCTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111 111111 111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222 111111 1 1111 111 3333333333333 2222222 111 111
lowQualScore : 5 66 111 0000 66 000000 55 5 000 5 33333 5 3 4 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 5 1 1 6 44444444 1 4 2 88 999999 5 1 77 1 3 99 2 3 11 2222 33 33 1 000 1 9999999999999 1 333 5 3 9999999 5 2 1 1 1 1 11 000 66 66 3 5 66 5 333 4
lowQualScore : . .. ... .... .. ...... .. . ... . ..... . . . . .......................................................................... . . . . . ........ . . . .. ...... . . .. . . .. . . .. .... .. .. . ... . ............. . ... . . ....... . . . . . . .. ... .. .. . . .. . ... .
lowQualScore : 0 99 222 6666 44 000000 22 3 111 7 55555 2 7 2 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 2 0 0 7 22222222 0 2 5 22 222222 7 4 99 0 9 22 1 0 44 7777 33 11 9 000 0 7777777777777 0 999 7 0 6666666 7 4 0 3 3 0 00 000 77 99 6 0 99 0 666 5
consensus : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TAC---ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
Reference ( family-1047 ) : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TAC---ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
gi|1 : AGGACTAACATAGAGAA-GGA--AA-----------------------TT-------CTCGCCTATTCACGCAAAATCTCG-----------TTTTCATATTG----AAATTC--TT--TCTTTG---CACAATGTAG-------------T--------------------TATC-AC----------------CA----------------AACACG-AACACTCCCACCAAATTGTGTTTAACATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTA--AAATATTGT------ATACTCAAAC-AAAACAA--TCAAGGAAAGAACTTG--CAATTTAACTTCAAACTGCAA--------AGTCAA--GTTCATTTTGTGTATTTA---AACCGTTTAAAAACATATAAGGTT-A-----C---ATACACCTTA---TC-TATGT--A----AAAGAAATCAGTTGCCCTTGGAATTTGATTGATTAATTTGCCAAATTATTAATTCTTCGTAAGCTATTTTATCAAC---AT-TTA--A--GAAAGATGT-AAG--TTT-CATATAC-T-TCTATATAAGTCATT
gi|10 : tgtttagtctgagggattaaactaaatgagatacagattgagtcatggcatttaaaattacatttcgtttcgctcggaaaggctgaaatgaaagtagggtctaactgaaaatcaatcaaatatatatttaaatatatagccattgactcaggaccggagccaGGACTTATATAGGGAA-GGA--TATG-CAA----CT-CATTCTCGTTTCGTGAAAGCTCACGTATTCAAACAAACTCTCGC-GAAATCTCATTTTCA-GTTAT-----CTTTTATTTAACTCAGAAATTCAAAGCAAACTGTA----T--T--------------------ACTTTGCATAATAACATATACAGAA----------------AATGAG-A-TATTAACAGCAATTTATGTTTACAATTG-GC--------GAAGTA---GTG------------TGT------AAAATGCCACATAAA-AA--TTAGAAAAAATACtgccgtagacaaagtttggttttacaggaggcacaataccaactttgataggactacagtggggtcactttgtgttcaaagaatgtctggaatgtgttgacgtcattgacatgttcacacacgtttcgttatattgagtaattccaacgagttcaaacgagtttttttaaatgattgctgacgagactttattttgctataaggacgtgtttttaaacctgaagcttattatccaaattgggacatacggttatgttttatatttaatcgagaaacataagaggttttaaa
gi|12 : -TAAA-AA--ATAACAACAGTTCTTG--ACAATTTATTTCAAACTGCAATGTTTTTAAGTTAA--GTCTAATTAACATGAACA---AAACATTATAAAACATCTAAGGTT-AT--ccctttagacttac
gi|14 : -TTGGCA--GAGAGATGC-ACG--TTT-CCTATCCTT-T-TATATAAGTCCTTGgca
gi|15 : tatataagttcGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAAATTTCT-AATTTAGATGTTATAA
gi|2 : aAGGACTTATATAGAGAA-GGA--AATG-CAA----CT-CATCCACATTTTCAGAAAGTTTGTGTATTCACGCATACTCTCTC-GAAATCTTGTTTTCA-ATTATCTTAACTTCCTTTTATCTCATGAATACAAAGCAAA----ATGTTT--T--------------------TGTTTGC----------------AAAATGACATATCTACAGAATGAG-ACCCTTCCCAGCCATTTGTGTTTACAACTGATTACCGGTAGGAAGTATTC---ACTACAAAAT-GTATACACTGATACTGCCAT-TAAA-AA--TGA---GCATTACTTG--AATTTTTACCACAAGCTGTAATGTTTTAAGTACAAATAATCA------------AAAGAAACACCATAAAAAA-ATAAAGGC-A----AC---ATGCAACTTACATTT-TTTCTCCACTACAA-GAAAACAGTTGCCTATGAATTGTGAATGGTTAATTTGCCAAATAATGAATCCTTCCTTTGGTATTTTTTTAACAAAATATAAGTATGGAG-GGTTC-AAG--TTT-CCTTTCCTTATCTACACAAATCCgtcct
gi|3 : AAGACTTACATAGAGAACGAA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGTTCGCGTATTCACGCAAAAACTCGC-AAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----A----T--T--------------------TCTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ATAATTCCCATTAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTACAAAGT-CTGT------ATACTGCAAC-TAAATAA--TCAAGGAAAGTGTTTG--AAATTTTACTTCTAACTGCAATATTTTAAATTCAA--GATCTTATTGCGTGTTTA---AAACATTATAAAACATCTAAGGTTAATTGTACATAATACACCATATATTT-TATGT--A----AA-AAAATCAGTTGCCTGTGAGATTTGAATAATTCATTTGCCAAATTATTAATAATTCGCACGCTATTTTATAAAA---A--TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTTCTTTATACAAGTCCTTG
gi|4 : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAATACTGGGATATTCACCCAAAATTTCGC-AGAATCTCATTTTCA-AATATCC--------ATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----AG---TCAT--------------------TATCTAC----------------AA----------------AATGAG-ACCATTCCCATCAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTGCAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AATGTAAAGGAAAGTACTTG--AAATTTCACTTCAAACAGCAATATTTTGAATTCAA--TACCATTTTATGTGTTTA---AAACAGTTTAAAACATCTTTGG----C--TAC---ATACATCTTACATTT-TATGTG-A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATTTGAATGATTAATTTGCTTAATTATTAATTCATCACATGTTATTTTATAAAC---AT-TTAGAA--GAGTGATGCAAAG--TTT-CCTATTC-T-TCTATATAAGTCCT
gi|5 : aGGAATTATATAGAGAA-GGA--AA-GGCAA----CT-GATT----------GAACACTCGCGTATTCACGCAAAATCTCTT-AATATCTCGTTTTCA-ATTATCTTA-CTTCCATTCATCTATGGAACACAAATCAAA----A----T--TCTTGCATCGCAGAATGAAATTCTCGTC----------------AG----------------AACAAATACCATTCCCAGAAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTGTGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAGC-C-AA-AA--TAATGGCAAATAA-TGATAAATTTTCCTCCAAACCTCAATATCTTCAATTCAA--GATCATTTTATGAGATCG---AAACATGTTTAAACGTTTAAG----AT--TAC---ATAGAATTTAGAGTT-TATAT--AT---AA-GAAATC-------------ATATGAATGATTAATTTG-AAAATTATGAATACTTTGTGTGCTATTTCATCAAC---GA-TTAGTC--AGGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCC-T-TCTCTACAAGTCC
gi|8 : TTATACAAAGAA-G-ATTGA-G-TAA----CTTGATTGAGATATTATAAATGCTCGTGTATTCATGCAAAATCTCATAAAAATCTCGTTATCA-ATTATCCT
gi|8 : atcacataataCTGTTATCTCTTTA--TCAA----TTATGTTGTATGTTTA---TAACATTACAAATCATCTAAGGTT-G-----C---ATACAGCTTACACTTCTAT---------AA-GAATTCAGTTGCCTGTGAAATCTAAATAATTCATTTGCCAAGTTAATAATGCCTTGCGAGCTATTTAATCAGT---AT-ATAGTA--GAGAGATGT-AAGCATTTATTTATTTTA-TCTAgttatctctttatcaattatgttgtatgtttataacattacaaatcatctaaggttgcatacagcttacacttctataagaattcagttgcctgtgaaatctaaataattcatttgccaagttaataatgccttgcgagctatttaatcagtatatagtagagagatgtaagcatttatttattttatcta
gi|9 : atcacataatattatacaaagaagattgagtaacttgattgagatattataaatgctcgtgtattcatgcaaaatctcataaaaatctcgttatcaattatcAAACATCTAAGATT----------------TCTTACCACT-TATGT--T----GA-GAAATCAGTTGACTATGAGTTATGAATGATTCATTTACCAAATAATGAATCCTTTGTGTGCTGTTTTATCAAC---AT-TTAGTC--AGGTGATGA-AAG--TTT-CCTATCCTT-T-TAAACAAGTCCATG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATACTTCGACAGTAACATCGTCATATTGATACAGTTAGTTTTAAAATCTAGTGTGAAGCCTGCCAATGAGAGGATATAACTACAGTGGGGTCGCTTTGGCGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCAACATGTTCAGACACGTTTCGCTATATTAAGTAATGTCGGAAATCCCCGTACAACGAGTTCAAACGAGTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTACAAGGACGTGTTTTTTAAACCTGAAGCGTATTGTTTAATTTGCGACATACGGTTAAACAAATTAATGTTTTATATTTAATCGAGAAACATAAGGAATGTTTAAA
Unaligned ( gi|7 ): CTACAGTGGGGTCGCTTTGTGGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCGACATGTTTAGACACGTTTCGCTATATTTAGTTATATCGGAAATCCCCGATTAGCTATATTTAGTAATGTCGGAAATCCACGAACGAGTTCAAACGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTATAAGGATGTGTTTTTTAAACCTGAAGTGCATTATCAAAATTGGGACATACGGTTAAAAGGGTAATGTTTTATGTTTAATCGAGACACATAAGGAGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): CTACAGTGGGACCCCTTTGGCCCCAAAGAGTGTCTTGAATGTGAACGTTTCGATATATTTACTAACGTTGGAAACATGAAAAATGAAAGCCGAAATTATTTTTTTTTTTAGATAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTAATAATCAGGATTTGATATGAATTATATTTATTATTTCCTATATTTGTTACCTTAAGATGGTATATTTAGAGTTGTAAAAAATAAATTT
Unaligned ( gi|16 ): AAATTAAACAAAACTCATTGAGGTGATCATGTTTACAGAATCAATTCCTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111 111111 111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222 111111 1 1111 111 3333333333333 2222222 111 111
lowQualScore : 5 66 111 0000 66 000000 55 5 000 5 33333 5 3 4 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 5 1 1 6 44444444 1 4 2 88 999999 5 1 77 1 3 99 2 3 11 2222 33 33 1 000 1 9999999999999 1 333 5 3 9999999 5 2 1 1 1 1 11 000 66 66 3 5 66 5 333 4
lowQualScore : . .. ... .... .. ...... .. . ... . ..... . . . . .......................................................................... . . . . . ........ . . . .. ...... . . .. . . .. . . .. .... .. .. . ... . ............. . ... . . ....... . . . . . . .. ... .. .. . . .. . ... .
lowQualScore : 0 99 222 6666 44 000000 22 3 111 7 55555 2 7 2 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 2 0 0 7 22222222 0 2 5 22 222222 7 4 99 0 9 22 1 0 44 7777 33 11 9 000 0 7777777777777 0 999 7 0 6666666 7 4 0 3 3 0 00 000 77 99 6 0 99 0 666 5
consensus : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TAC---ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
Reference ( family-1047 ) : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TAC---ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
gi|1 : AGGACTAACATAGAGAA-GGA--AA-----------------------TT-------CTCGCCTATTCACGCAAAATCTCG-----------TTTTCATATTG----AAATTC--TT--TCTTTG---CACAATGTAG-------------T--------------------TATC-AC----------------CA----------------AACACG-AACACTCCCACCAAATTGTGTTTAACATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTA--AAATATTGT------ATACTCAAAC-AAAACAA--TCAAGGAAAGAACTTG--CAATTTAACTTCAAACTGCAA--------AGTCAA--GTTCATTTTGTGTATTTA---AACCGTTTAAAAACATATAAGGTT-A-----C---ATACACCTTA---TC-TATGT--A----AAAGAAATCAGTTGCCCTTGGAATTTGATTGATTAATTTGCCAAATTATTAATTCTTCGTAAGCTATTTTATCAAC---AT-TTA--A--GAAAGATGT-AAG--TTT-CATATAC-T-TCTATATAAGTCATT
gi|10 : tgtttagtctgagggattaaactaaatgagatacagattgagtcatggcatttaaaattacatttcgtttcgctcggaaaggctgaaatgaaagtagggtctaactgaaaatcaatcaaatatatatttaaatatatagccattgactcaggaccggagccaGGACTTATATAGGGAA-GGA--TATG-CAA----CT-CATTCTCGTTTCGTGAAAGCTCACGTATTCAAACAAACTCTCGC-GAAATCTCATTTTCA-GTTAT-----CTTTTATTTAACTCAGAAATTCAAAGCAAACTGTA----T--T--------------------ACTTTGCATAATAACATATACAGAA----------------AATGAG-A-TATTAACAGCAATTTATGTTTACAATTG-GC--------GAAGTA---GTG------------TGT------AAAATGCCACATAAA-AA--TTAGAAAAAATACtgccgtagacaaagtttggttttacaggaggcacaataccaactttgataggactacagtggggtcactttgtgttcaaagaatgtctggaatgtgttgacgtcattgacatgttcacacacgtttcgttatattgagtaattccaacgagttcaaacgagtttttttaaatgattgctgacgagactttattttgctataaggacgtgtttttaaacctgaagcttattatccaaattgggacatacggttatgttttatatttaatcgagaaacataagaggttttaaa
gi|12 : -TAAA-AA--ATAACAACAGTTCTTG--ACAATTTATTTCAAACTGCAATGTTTTTAAGTTAA--GTCTAATTAACATGAACA---AAACATTATAAAACATCTAAGGTT-AT--ccctttagacttac
gi|14 : -TTGGCA--GAGAGATGC-ACG--TTT-CCTATCCTT-T-TATATAAGTCCTTGgca
gi|15 : tatataagttcGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAAATTTCT-AATTTAGATGTTATAA
gi|2 : aAGGACTTATATAGAGAA-GGA--AATG-CAA----CT-CATCCACATTTTCAGAAAGTTTGTGTATTCACGCATACTCTCTC-GAAATCTTGTTTTCA-ATTATCTTAACTTCCTTTTATCTCATGAATACAAAGCAAA----ATGTTT--T--------------------TGTTTGC----------------AAAATGACATATCTACAGAATGAG-ACCCTTCCCAGCCATTTGTGTTTACAACTGATTACCGGTAGGAAGTATTC---ACTACAAAAT-GTATACACTGATACTGCCAT-TAAA-AA--TGA---GCATTACTTG--AATTTTTACCACAAGCTGTAATGTTTTAAGTACAAATAATCA------------AAAGAAACACCATAAAAAA-ATAAAGGC-A----AC---ATGCAACTTACATTT-TTTCTCCACTACAA-GAAAACAGTTGCCTATGAATTGTGAATGGTTAATTTGCCAAATAATGAATCCTTCCTTTGGTATTTTTTTAACAAAATATAAGTATGGAG-GGTTC-AAG--TTT-CCTTTCCTTATCTACACAAATCCgtcct
gi|3 : AAGACTTACATAGAGAACGAA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGTTCGCGTATTCACGCAAAAACTCGC-AAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----A----T--T--------------------TCTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ATAATTCCCATTAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTACAAAGT-CTGT------ATACTGCAAC-TAAATAA--TCAAGGAAAGTGTTTG--AAATTTTACTTCTAACTGCAATATTTTAAATTCAA--GATCTTATTGCGTGTTTA---AAACATTATAAAACATCTAAGGTTAATTGTACATAATACACCATATATTT-TATGT--A----AA-AAAATCAGTTGCCTGTGAGATTTGAATAATTCATTTGCCAAATTATTAATAATTCGCACGCTATTTTATAAAA---A--TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTTCTTTATACAAGTCCTTG
gi|4 : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAATACTGGGATATTCACCCAAAATTTCGC-AGAATCTCATTTTCA-AATATCC--------ATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----AG---TCAT--------------------TATCTAC----------------AA----------------AATGAG-ACCATTCCCATCAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTGCAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AATGTAAAGGAAAGTACTTG--AAATTTCACTTCAAACAGCAATATTTTGAATTCAA--TACCATTTTATGTGTTTA---AAACAGTTTAAAACATCTTTGG----C--TAC---ATACATCTTACATTT-TATGTG-A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATTTGAATGATTAATTTGCTTAATTATTAATTCATCACATGTTATTTTATAAAC---AT-TTAGAA--GAGTGATGCAAAG--TTT-CCTATTC-T-TCTATATAAGTCCT
gi|5 : aGGAATTATATAGAGAA-GGA--AA-GGCAA----CT-GATT----------GAACACTCGCGTATTCACGCAAAATCTCTT-AATATCTCGTTTTCA-ATTATCTTA-CTTCCATTCATCTATGGAACACAAATCAAA----A----T--TCTTGCATCGCAGAATGAAATTCTCGTC----------------AG----------------AACAAATACCATTCCCAGAAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTGTGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAGC-C-AA-AA--TAATGGCAAATAA-TGATAAATTTTCCTCCAAACCTCAATATCTTCAATTCAA--GATCATTTTATGAGATCG---AAACATGTTTAAACGTTTAAG----AT--TAC---ATAGAATTTAGAGTT-TATAT--AT---AA-GAAATC-------------ATATGAATGATTAATTTG-AAAATTATGAATACTTTGTGTGCTATTTCATCAAC---GA-TTAGTC--AGGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCC-T-TCTCTACAAGTCC
gi|8 : TTATACAAAGAA-G-ATTGA-G-TAA----CTTGATTGAGATATTATAAATGCTCGTGTATTCATGCAAAATCTCATAAAAATCTCGTTATCA-ATTATCCT
gi|8 : atcacataataCTGTTATCTCTTTA--TCAA----TTATGTTGTATGTTTA---TAACATTACAAATCATCTAAGGTT-G-----C---ATACAGCTTACACTTCTAT---------AA-GAATTCAGTTGCCTGTGAAATCTAAATAATTCATTTGCCAAGTTAATAATGCCTTGCGAGCTATTTAATCAGT---AT-ATAGTA--GAGAGATGT-AAGCATTTATTTATTTTA-TCTAgttatctctttatcaattatgttgtatgtttataacattacaaatcatctaaggttgcatacagcttacacttctataagaattcagttgcctgtgaaatctaaataattcatttgccaagttaataatgccttgcgagctatttaatcagtatatagtagagagatgtaagcatttatttattttatcta
gi|9 : atcacataatattatacaaagaagattgagtaacttgattgagatattataaatgctcgtgtattcatgcaaaatctcataaaaatctcgttatcaattatcAAACATCTAAGATT----------------TCTTACCACT-TATGT--T----GA-GAAATCAGTTGACTATGAGTTATGAATGATTCATTTACCAAATAATGAATCCTTTGTGTGCTGTTTTATCAAC---AT-TTAGTC--AGGTGATGA-AAG--TTT-CCTATCCTT-T-TAAACAAGTCCATG
blockSeqs : C TT TG ATTT TG CTCGTT GT A TAA . CTTAA T T A G CTGTATTACTTTGCATAATAACATATACAGAA T C G T A ACCGGTAG T G C G ACACTG A T TG T G AT G T AG ATAA AT AC A AAG A TTAATTGTACATA A CAT C C CCACTAC . A G A G C TT AAA TA TG A A CA A TTA C
blockSeqs : . . TG . C TAGATG AT A CG . CCTAA C T G G ATGTTTTTGTTTGCAAAATGACATATCTACAG . T G T . . C A C C . . . . T A . G A GT GT TA GC T . A GCAAC C TAT . G GA . G T C T A AC . T . A . . . TTC T
blockSeqs : . . GG . A CACATT CA C CG . CTTA C C A T ATTCTTGCATCGCAGAATGAAATTCTCGTCAG . C T A . . C A C T . . . . G A . A A AT GA TT AT T . A ATTAC T CAT . G AT . A T A T T AT . A . T . . . TT C
blockSeqs : . . G . C TAGATG AT T CA . CC C C A T AGTCATTATCTACAA . C T A . . C G C T . . . . C A . A G AT TA TT AT A . T CTAC A GAG . A A . G A A G A GT . T . A . . . TA C
blockSeqs : . . G . G TAGATG AT C CA . . . C G T ATTTCTCTACAA . . G T . . . . . . . . . . A T . A C AT GA TG GT T . T TTGC G CAC . G T . A C C T G GA . T . A . . . TT C
blockSeqs : . . G . G GAGATA AT T TA . . . . A . C T . . . . . . A TT T CCA . . . . . A C G C GT . . . T . . . T .
blockSeqs : . . G . G . . . . . . . T .
blockSeqCons : G** G* TAGATG AT CG* CCTA* T* TTAC********* CAN TT*
originalCons : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTAACTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTT-AT--TAC---ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
finalCons : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AAG--CAA----CTG-ATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGCG-AAATCTCGTTTTCA-ATTATCCTA-CTTCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAATT-TGT------ATACTGCAAC-TAAA-AA--TNAAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGTTAC---------ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATACTTCGACAGTAACATCGTCATATTGATACAGTTAGTTTTAAAATCTAGTGTGAAGCCTGCCAATGAGAGGATATAACTACAGTGGGGTCGCTTTGGCGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCAACATGTTCAGACACGTTTCGCTATATTAAGTAATGTCGGAAATCCCCGTACAACGAGTTCAAACGAGTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTACAAGGACGTGTTTTTTAAACCTGAAGCGTATTGTTTAATTTGCGACATACGGTTAAACAAATTAATGTTTTATATTTAATCGAGAAACATAAGGAATGTTTAAA
Unaligned ( gi|7 ): CTACAGTGGGGTCGCTTTGTGGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCGACATGTTTAGACACGTTTCGCTATATTTAGTTATATCGGAAATCCCCGATTAGCTATATTTAGTAATGTCGGAAATCCACGAACGAGTTCAAACGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTATAAGGATGTGTTTTTTAAACCTGAAGTGCATTATCAAAATTGGGACATACGGTTAAAAGGGTAATGTTTTATGTTTAATCGAGACACATAAGGAGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): CTACAGTGGGACCCCTTTGGCCCCAAAGAGTGTCTTGAATGTGAACGTTTCGATATATTTACTAACGTTGGAAACATGAAAAATGAAAGCCGAAATTATTTTTTTTTTTAGATAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTAATAATCAGGATTTGATATGAATTATATTTATTATTTCCTATATTTGTTACCTTAAGATGGTATATTTAGAGTTGTAAAAAATAAATTT
Unaligned ( gi|16 ): AAATTAAACAAAACTCATTGAGGTGATCATGTTTACAGAATCAATTCCTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111 111111 111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222 111111 1 1111 111 111111 111 2222222 111 111
lowQualScore : 5 66 111 0000 66 000000 55 5 000 0 88888 5 66 4 4 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 5 1 1 6 44444444 1 4 2 88 999999 5 1 888 3 99 2 3 11 2222 33 33 1 000 1 444444 000 1 333 5 3 9999999 5 2 1 1 1 1 11 000 66 66 3 5 66 5 333 4
lowQualScore : . .. ... .... .. ...... .. . ... . ..... . .. . . . .......................................................................... . . . . . ........ . . . .. ...... . . ... . .. . . .. .... .. .. . ... . ...... ... . ... . . ....... . . . . . . .. ... .. .. . . .. . ... .
lowQualScore : 0 99 222 6666 44 000000 22 3 111 1 33333 7 99 0 2 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 2 0 0 7 22222222 0 2 5 22 222222 7 4 999 9 22 1 0 44 7777 33 11 9 000 0 444444 000 0 999 7 0 6666666 7 4 0 3 3 0 00 000 77 99 6 0 99 0 666 5
consensus : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCAATTATCCT-A-CT-TCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AATN--AAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGT------TAC---ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
Reference ( family-1047 ) : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGCTCGCGTATTCACGCAAAATCTCGC-GAAATCTCGTTTTCAATTATCCT-A-CT-TCCATTCATCTCAGAAATACAAANCAAA----A----T--T--------------------TNTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ACCATTCCCANCAANTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AATN--AAGGAAAGTACTTG--AAATTTTACTTCAAACTGCAATATTTTNAATTCAA--GATCATTTTGCGTGTTTA---AAACATTNTAAAACATCTAAGGT------TAC---ATACANCTTACANTT-TATGT--A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATNTGAATGATTAATTTGCCAAATTATTAATNCTTCGCGTGCTATTTTATCAAC---AT-TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTT-TCTATACAAGTCCTTG
gi|1 : AGGACTAACATAGAGAA-GGA--AA-----------------------TT-------CTCGCCTATTCACGCAAAATCTCG-----------TTTTCA--TATTGA-A-AT-TC--TT--TCTTTG---CACAATGTAG-------------T--------------------TATC-AC----------------CA----------------AACACG-AACACTCCCACCAAATTGTGTTTAACATTG-TT--------GAAGTACTTATGATTA--AAATATTGT------ATACTCAAAC-AAAACAATC--AAGGAAAGAACTTG--CAATTTAACTTCAAACTGCAA--------AGTCAA--GTTCATTTTGTGTATTTA---AACCGTTTAAAAACATATAAGGT------TAC---ATACACCTTA---TC-TATGT--A----AAAGAAATCAGTTGCCCTTGGAATTTGATTGATTAATTTGCCAAATTATTAATTCTTCGTAAGCTATTTTATCAAC---AT-TTA--A--GAAAGATGT-AAG--TTT-CATATAC-T-TCTATATAAGTCATT
gi|10 : tgtttagtctgagggattaaactaaatgagatacagattgagtcatggcatttaaaattacatttcgtttcgctcggaaaggctgaaatgaaagtagggtctaactgaaaatcaatcaaatatatatttaaatatatagccattgactcaggaccggagccaGGACTTATATAGGGAA-GGA--TATG-CAA----CT-CATTCTCGTTTCGTGAAAGCTCACGTATTCAAACAAACTCTCGC-GAAATCTCATTTTCAGTTAT------CT-TTTATTTAACTCAGAAATTCAAAGCAAACTGTA----T--T--------------------ACTTTGCATAATAACATATACAGAA----------------AATGAG-A-TATTAACAGCAATTTATGTTTACAATTG-GC--------GAAGTA---GTG------------TGT------AAAATGCCACATAAA-AATT--AGAAAAAATACtgccgtagacaaagtttggttttacaggaggcacaataccaactttgataggactacagtggggtcactttgtgttcaaagaatgtctggaatgtgttgacgtcattgacatgttcacacacgtttcgttatattgagtaattccaacgagttcaaacgagtttttttaaatgattgctgacgagactttattttgctataaggacgtgtttttaaacctgaagcttattatccaaattgggacatacggttatgttttatatttaatcgagaaacataagaggttttaaa
gi|12 : -TAAA-AAAT--AACAACAGTTCTTG--ACAATTTATTTCAAACTGCAATGTTTTTAAGTTAA--GTCTAATTAACATGAACA---AAACATTATAAAACATCTAAGGT------TAccctttagacttac
gi|14 : -TTGGCA--GAGAGATGC-ACG--TTT-CCTATCCTT-T-TATATAAGTCCTTGtgca
gi|15 : tatataagttcGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAAATTTCT-AATTTAGATGTTATAA
gi|2 : aAGGACTTATATAGAGAA-GGA--AATG-CAA----CT-CATCCACATTTTCAGAAAGTTTGTGTATTCACGCATACTCTCTC-GAAATCTTGTTTTCAATTATCTTAA-CT-TCCTTTTATCTCATGAATACAAAGCAAA----ATGTTT--T--------------------TGTTTGC----------------AAAATGACATATCTACAGAATGAG-ACCCTTCCCAGCCATTTGTGTTTACAACTGATTACCGGTAGGAAGTATTC---ACTACAAAAT-GTATACACTGATACTGCCAT-TAAA-AATG--A---GCATTACTTG--AATTTTTACCACAAGCTGTAATGTTTTAAGTACAAATAATCA------------AAAGAAACACCATAAAAAAATAAAGGC------AAC---ATGCAACTTACATTT-TTTCTCCACTACAA-GAAAACAGTTGCCTATGAATTGTGAATGGTTAATTTGCCAAATAATGAATCCTTCCTTTGGTATTTTTTTAACAAAATATAAGTATGGAG-GGTTC-AAG--TTT-CCTTTCCTTATCTACACAAATCCgtcct
gi|3 : AAGACTTACATAGAGAACGAA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAACGTTCGCGTATTCACGCAAAAACTCGC-AAAATCTCGTTTTCAATTATCCT-AACT-TCCATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----A----T--T--------------------TCTCTAC----------------AA----------------AACGAG-ATAATTCCCATTAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTACAAAGT-CTGT------ATACTGCAAC-TAAATAATC--AAGGAAAGTGTTTG--AAATTTTACTTCTAACTGCAATATTTTAAATTCAA--GATCTTATTGCGTGTTTA---AAACATTATAAAACATCTAAGGTTAATTGTACATAATACACCATATATTT-TATGT--A----AA-AAAATCAGTTGCCTGTGAGATTTGAATAATTCATTTGCCAAATTATTAATAATTCGCACGCTATTTTATAAAA---A--TTAGTA--GAGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCCTTCTTTATACAAGTCCTTG
gi|4 : AGGACTTATATAGAGAA-GGA--AA-G-CAA----CT-GATTTAGATGTTATGAATACTGGGATATTCACCCAAAATTTCGC-AGAATCTCATTTTCAAATATCC----------ATTCATCTCAGAAATACAAATTAAA----AG---TCAT--------------------TATCTAC----------------AA----------------AATGAG-ACCATTCCCATCAAATTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAATACTTATGATTGCAAAAT-TTGT------ATACTGCAAC-TAAA-AATGTAAAGGAAAGTACTTG--AAATTTCACTTCAAACAGCAATATTTTGAATTCAA--TACCATTTTATGTGTTTA---AAACAGTTTAAAACATCTTTGGC------TAC---ATACATCTTACATTT-TATGTG-A----AA-GAAATCAGTTGCCTATGAAATTTGAATGATTAATTTGCTTAATTATTAATTCATCACATGTTATTTTATAAAC---AT-TTAGAA--GAGTGATGCAAAG--TTT-CCTATTC-T-TCTATATAAGTCCT
gi|5 : aGGAATTATATAGAGAA-GGA--AA-GGCAA----CT-GATT----------GAACACTCGCGTATTCACGCAAAATCTCTT-AATATCTCGTTTTCAATTATCTT-A-CT-TCCATTCATCTATGGAACACAAATCAAA----A----T--TCTTGCATCGCAGAATGAAATTCTCGTC----------------AG----------------AACAAATACCATTCCCAGAAATTTGTGTTTAAAATTG-TT--------GAAGTACTTGTGATTACAAAAT-TTGT------ATACTGCAGC-C-AA-AATA--ATGGCAAATAA-TGATAAATTTTCCTCCAAACCTCAATATCTTCAATTCAA--GATCATTTTATGAGATCG---AAACATGTTTAAACGTTTAAGAT------TAC---ATAGAATTTAGAGTT-TATAT--AT---AA-GAAATC-------------ATATGAATGATTAATTTG-AAAATTATGAATACTTTGTGTGCTATTTCATCAAC---GA-TTAGTC--AGGAGATGC-AAG--TTT-CCTATCC-T-TCTCTACAAGTCC
gi|8 : TTATACAAAGAA-G-ATTGA-G-TAA----CTTGATTGAGATATTATAAATGCTCGTGTATTCATGCAAAATCTCATAAAAATCTCGTTATCAATTATCCT-G-TTATCTCTTTATC
gi|8 : atcacataataCTGTTATCTCTTTA--TCAA----TTATGTTGTATGTTTA---TAACATTACAAATCATCTAAGGT------TGC---ATACAGCTTACACTTCTAT---------AA-GAATTCAGTTGCCTGTGAAATCTAAATAATTCATTTGCCAAGTTAATAATGCCTTGCGAGCTATTTAATCAGT---AT-ATAGTA--GAGAGATGT-AAGCATTTATTTATTTTA-TCTAaattatgttgtatgtttataacattacaaatcatctaaggttgcatacagcttacacttctataagaattcagttgcctgtgaaatctaaataattcatttgccaagttaataatgccttgcgagctatttaatcagtatatagtagagagatgtaagcatttatttattttatcta
gi|9 : atcacataatattatacaaagaagattgagtaacttgattgagatattataaatgctcgtgtattcatgcaaaatctcataaaaatctcgttatcaattatcAAACATCTAAGAT------T----------TCTTACCACT-TATGT--T----GA-GAAATCAGTTGACTATGAGTTATGAATGATTCATTTACCAAATAATGAATCCTTTGTGTGCTGTTTTATCAAC---AT-TTAGTC--AGGTGATGA-AAG--TTT-CCTATCCTT-T-TAAACAAGTCCATG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATACTTCGACAGTAACATCGTCATATTGATACAGTTAGTTTTAAAATCTAGTGTGAAGCCTGCCAATGAGAGGATATAACTACAGTGGGGTCGCTTTGGCGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCAACATGTTCAGACACGTTTCGCTATATTAAGTAATGTCGGAAATCCCCGTACAACGAGTTCAAACGAGTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTACAAGGACGTGTTTTTTAAACCTGAAGCGTATTGTTTAATTTGCGACATACGGTTAAACAAATTAATGTTTTATATTTAATCGAGAAACATAAGGAATGTTTAAA
Unaligned ( gi|7 ): CTACAGTGGGGTCGCTTTGTGGGCAAAGAATGTCTGGAATGTGATGACGTCATCGACATGTTTAGACACGTTTCGCTATATTTAGTTATATCGGAAATCCCCGATTAGCTATATTTAGTAATGTCGGAAATCCACGAACGAGTTCAAACGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGATTGCTGACGAGACATTATTGTGCTATAAGGATGTGTTTTTTAAACCTGAAGTGCATTATCAAAATTGGGACATACGGTTAAAAGGGTAATGTTTTATGTTTAATCGAGACACATAAGGAGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): CTACAGTGGGACCCCTTTGGCCCCAAAGAGTGTCTTGAATGTGAACGTTTCGATATATTTACTAACGTTGGAAACATGAAAAATGAAAGCCGAAATTATTTTTTTTTTTAGATAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTAATAATCAGGATTTGATATGAATTATATTTATTATTTCCTATATTTGTTACCTTAAGATGGTATATTTAGAGTTGTAAAAAATAAATTT
Unaligned ( gi|16 ): AAATTAAACAAAACTCATTGAGGTGATCATGTTTACAGAATCAATTCCTATA