lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 333333 1 1 2222 11111 11 11111111111 1 777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11111 222222 11 22222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666 1 33333333333 11 1
lowQualScore : 7 4 7 666666 1 2 6 7 4444 6 22222 5 33 77777777777 4 4 0 4 666666666666666666666666666666666666666666666 000 0 99 4 6 9999999 4 0 7 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00000 4 3 3 66666 2 333333 8 3 77 4 44444444444444444 3 4 1111111111111111111111111111111111111111111 7 4 00000000000 4 4 33 2 7
lowQualScore : . . . ...... . . . . .... . ..... . .. ........... . . . . ............................................. ... . .. . . ....... . . . . .............................................................................................................................................. ..... . . . ..... . ...... . . .. . ................. . . ........................................... . . ........... . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 777777 0 0 0 0 3333 7 77777 7 66 55555555555 4 0 1 4 111111111111111111111111111111111111111111111 777 1 88 7 2 0000000 4 1 2 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00000 0 6 6 00000 6 111111 8 9 88 1 44444444444444444 1 0 7777777777777777777777777777777777777777777 5 0 77777777777 0 1 55 2 1
consensus : NNTTTTAATTNTATTTTA----AGCGCATGTAA-CAACTCTAAANT--T-GTTATAA-AATGAAAT-GGGTCATGTCATATACA-A------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-ATT--T------T-------A-------AA---ANTTA-AGN------CTC-C-TTGGC-AGTAACCATCATG-N-ATGGGGTACTTTTACT-GGTTTCAGAAATCAT--------T----TTT-CAT-TAATAG--ATAAT------GAT--A-CTTNATGCTGA--AA----GTT--TG-T-A-TTNTT-T--TG--T---------C---T--------------TTTANAGCACAC--TT-----AATA-----TGC-AGGCT-TG-T--A--ATTACT-TC-TNCACTTGAACTGCATCAATA-TANCATACAT--GGC-CANG----T--TTG-ATCATTTT-CTAT-AC--AAACAA-TCAAG--CA-AT-----GG-CAATTTTAAGA-A---ANC-----T-GAATTCTAAGATG-GCTGTGACATNACATTCA
Reference ( gi|1 ) : AATTATAATTTTTTTTTA----AACATAGGTAATCAACTATAAAAT--T-GTTATAA-AATTAAAT-GAGTCATACCATATTCA-A------CAGAAAA-TACTGCATTTAAATTG-ATT--T------T-------A-------AA---ACTCA-AGA------CTC-C-TTGGT-AGTAACCGTCATG-A-ATGGGGTACTTTTACT-GTTTCCAAAAATCAT--------T----TTT-CAT-TAATAGTTATAAT------GAT--A-CTTTTTGCTTC--AA----GTT--TA-T-A-TTGTT-T--TA--T---------C---T--------------TTTAAAG--------------GATA-----TGC-AGGCT-TG-T--A--ATTACT-TT-TTCACTTGAACTGTATCAACA-GATTATACAT--GAC-TACA----T--TTG-ATCATATT-CTATTAT--AAACAA-TCCAG--CA-AT-----GG-CACTTTTCAGA-A---AAT-----T-GAATTCTAAGATT-GCTCTGACATAACATTCA
gi|2 : TTTTAATTATATTTTAGGACAATGTAAAGAA--AACTCTAAA----T-GTTGTGATAGTGAAAT-GGATCATGTCATATACA-A------CA--AAA-TA----AAATAAATTG-ATT--TCTTTTTT-------A-------AAGAAAAT-A-AGC------ATG-C-TTGAC-AGTAATCTTCATG-C-ATCAGTTACATTTGCT-GGTTTCAGAAATCAT--------T----TTA-CAT-CTATA---AAAAT------AAT--AACTGT---------------GTT--T--T-A-TTGTT-T--TA--TAAAGCACAAT---T--------------TTTACAT--------------AATA-----TGC-AGAAT-TG-TGTA--ACTACT-TA-TACACTTTAACTGCATCAACA-GAGCATACAT--GG--TCCG----G--CTG-A--ATA--------AT--AACTAA---------A-CT-----GGACACTTTTAAGGTA---CATGTATCT-GAATTCTAAAAAG-ACTGTGAAATTACATTCA
gi|3 : TAATTTTATTTTA----G-CACATGTCATCAACTCTAAGTTG-T-GTTATAA-AA----A--GGGTCATGTCTTATACA-AAAGAAACAGAAAA-TAGTGCATTTAAATCG-ATT--T------T-------ATTCATACAA---A-TTA-TGC------TTT-C-TTCGC-AGTAACCAT-GTT-A-AT--GATACTTTTCCT-GGTTACTGAAATAA---------T----TTT-CAT-TTATAATAGTAAT------GAT--A--TTGATACTGA--AA----GTT--TG-TGA-TCGTTCT--TAGCT---------CACAT--------------TTTACAA--------------AATA-----TGC-AGGTT-TT-T--A--ATTATTATTATACACTTAAACTACATCAATA----TAAATATCCGACATACA--------TG-GTCAAGTT-TT-----------------GG--CA-A-------------TTTAAGA-A---ATC-----T-GAATTCTTAGCTA-GCTGTGACATAACATTCAccct
gi|8 : TTTA----AGCACATGTAAACAACTATACAGT--TTGTTATAA-AATGAAAT-GGATTATGTCATATGTA-A------CAGAAAA-TGGTGCATTTAAAATGTATT--T------T-------C-------AT---A-TAA-AGAAATTATCTCTC-TTGCC-AGTAATCATCGTG-T-ATGGGGTGCTTTCACT-GGTTCCAGAAATCAT--------T----TTA-CAT-T--TA--TATAAT------AATTCA-GATTATGCTAA--AT----GTT--TT-T-G-TCCTT-TAATA--T---------C---T--------------CATACAT--------------GAC--------CAAGATT-TG-T--T--ATTATT-TTGTTCccttaatg
gi|10 : caAAATGGT-GTTATAA-ATTAAAAT-GGGTCATGTTATACACA-G------CAGAAAAATAGTCAATTTGAATTG--TT--T------T-------A-------TAT--ATATA-AAG------CTC-CCTTGGC-AGTAAACATCATG-T-ATGTGGTACTATTACT-GATTTCAAAAATCAT--------T----TTtataatatgacaattacaagaaatctgaatcacaagatggctgtgacaatacattcactttaa
gi|4 : aaataaatatattttagcccatctcctcaaatctT--T-GTTATAA-ACTGAAAT-GAGTCATTTGATAAACA-A------CAGAAAA-TACTGCATTCAAATTG-ATT--A------T-------A-------AA---AGTTA-AGA------TTC-A-TTGAC-AGTAACCCCCACGCATATGGGGTACTTTTATT-GTTTTCACAAACCAT--------T----TTT-TATATAA-AGAAGTAAT------GAT--A-C-TTTTGTTGT--AA----AT------T-A-TTTTT-T--TA--T---------T---T--------------TTTAAAGCACACAATTTACGAAATA-----TGC-AGGCT-TA-T-----ACTA--------CACTTGATC---ATCAACA-TATTATACAT--GAC-TACG----T--TTG-ATCATATT-CTGTAAC--ACAAAA-TCAAG--AT-AT-----GA-CAATTTTAAGA-ACTCAA---------AATTCTAA-ATCAACTCTGACATAACAATCA
gi|7 : gT--T-GTTATAA-TATGAAAT-GAGTCATGTCATAATTATA------TAACAGA-TTTTTTTTTTAATTTG-ATT--T------TTTTT---A-------AA---AC----AGG------CTC-C-CT----------TGTCAGG-A-----GGTACTTTTACT-GGTTTCAGAAATCATATTAAATGT----TTTATAT-AAATGGTAATAAT-------AT--G-C---CTGCTGA--AA----GTTGGTA-T-G-TTTTT-T--TG--T---------C---T--------------TTTAAAGCACACGTTTACTA-AATA-----TGA-ATGCT-GGCT------TTACT-TC-TACACTTGAACTGCATCAATA-TAGCATACAT--GGT-CAAG----T--TTG-ATCATTTT-Cccttaaaataaaaacatttca
gi|14 : ctatttttagcacatgtgaaaaactctttattA-AACTGAATTGAGATATGTCATATAAG-A------TAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-AGT--T------T-------C-------AC---ACAAATAAA------CTT-CGTCGGC-AGTAA-CATCATG-T-ATAGGGTACGCTTAATCGTTT-CAGAAATCGT--------T----Taaaaaaaaaaaagaaaagtat
gi|6 : tATATTAA-AG-----CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTA-ATTAAT------T-------ACA-----AA---AATTA-AGC------TTT-G-TCGGC-AGTAACCATCATGTA-AT-GGGTACTGATACT-CAATCCAGAAATCAC--------T---------A----------ACAAT------GAT--A--TTCATGCTGA--AAGATGGTG--TGTT-A-TTTTT-T--TG--T---------C---TTTCATTGCACACACTTTACGA--------------AATA-----TGC-AAGCT-TG-T--GGTATTTTT-TC-TTCACTTGATCTGCATCAGTT-TATCATACAT--GAC-CA-AGTTTT--TTA-ATT-TTTT-CTAACA---AAATAA-T-AAA--CATAT-----TG-CAATTCTAAGA-A---ATC-----T-GAATTGTAACATT-Gacttaaaaaagca
gi|5 : tgccatacatgaaA-A------AAGAACA-TGGCACATTTTAATTG-ATT--T------TTTTTCATA-------AA---ATT-A-AG-------CTT-T-CTAGTGAGTAACCATCATG-T-ATGAGGTACTTTTACT-GGATTCAGCACTCAT--------T---------A---AATA---AGGAT------AAT--A-GTTATCATCTCGAAA----GTT--TG-T-GTTTATT-T--TG--T---------C---T--------------TTTAAAGCACACATTTTACTAAATA-----TAC-AGACT-TG-T--T--ATTATT-TC-TACACCTGAACTGCATCAAAA-TAGTATACAT--GGC-AAAG----T--TTA-AT-A--------------AAAAAA-TCAAG--TT-AT-----GG-CAATTTT-AGG-A---CATC----T-GAACTTTAAGATG-GCTGT-ACATTGTATTCaccttaaatggttatgtatta
gi|9 : tctatgtttaacacatgtaaacaattcttaatttggttatataTCAT--------TCAAATTT-CCTGTAATTGTTATAATAATTGTGAT--A--TGCATGCTGA--AA----GTT--TG-T-A-GTTTT-T--TG--T---------T---T--------------TTCAAAG--------------CAAACATTTTAC-AAAATATG-T--A--CTTACT-AT-TCCTCTTGAACTGCATCAATA-TAGTATACAT--G-C-CAAG----T--TTG-ATCATTTT-CTATtcc
gi|11 : ctttgatataatttATA-----TGC-AGGGT-TG-T--A--ATTACG-TC-TACACTTGAACTGAATCGATA-TATCACACAT--GGC-CAGG----T--TTG-GTCATTTT-CTATAACA-AAACAA-TCAAG--AT-AG-----GG-CAA-TTTAAAA-A---AATC----T-GAATTCTAATATG-GCAGTGACATGACACTCAaaca
gi|19 : aaacgcacattttacaatatATA-----TGC-AAGCC-TG-T--A--ATTAGT---------TTGAACTTAATCAATATAATTATA-----GCC-TA-G----T--TTG-AT-AT-TT-CTATAACA-AAACAA-cc
gi|15 : GGCT-TG-T--A--ATTACT-TC-ACCACTTGAACTGCATTAATA-TATCCTACAT--AGC-CAAG----T--TTG-ATTGTTTT-CTA-TA---AAACAaaaaga
gi|13 : AACTGCCTCAATA-CAGCATACAT------TGCG----TAGTTATATCATTTTTCTATATT--AAATAA-AACAAGATA-AT-----G--CAATTTTAAAA-A---ATT-----T-GAATTCTAATATT-GCTGTGACATTACATTCAtttaaaaacaatatgaagtctaaaatggttgtaagatatatatatagcattaacctta
gi|18 : acattttactacatatgatgatttgtaattA----T--TTG-ATAGTTTC-CCAT------AGCAAATCCAT--CA-ATAAATGGA-AAATTTTAAGA-A---ATC-----T-GAATTCTGAGACG-GCTGTGACGTTACATT
gi|12 : ----T--TTG-ATCATTTT-CTAT-ATCAAAACAA-TCAA----A-ATAC---GG-CAATTTTAAAA-AC--AAT-----CCGAATTCTAAGATG-GCTGTGCCATTACATTCAgacccta
gi|16 : caaagtttacaaatgtggcaaagT-----GG-CAATTTTAAGA-A---ATC-----T-AATTTCTAAGATG-GCTATGTCGTAACATTccgtaactaaacatatttcagtacttcatttacacaaaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCCCTGCATCAATATAGCATTCATCGCCAAGTTTGATTATTCTATATAACAAATAATCAAGATATTACAATTTTAATAATATCCAACTGTATTGTGAATACAT
Alignments
lowQualScore : 33333 111 111111 5555555555555555555555 33333333333333333333333333333333 33333 777777777777777777777777 111111111 33333333 22222 11111111
lowQualScore : 4 1 5 8888 5 55555 5 333 5 444 0 8888 4 0 111111 4 2 4 4 55 2222222222222222222222 55 999 11 999 0 3 777 1 33333333333333333333333333333333 4 66 11111 2 9999 1 44 4 88888 66666 66 777777777777777777777777 3 55 77 3 555 44 2 444444444 1 666 33 4 0 666 00000000 2 55 22 66666 33 55 2 99999999 2 1 1
lowQualScore : . . . .... . ..... . ... . ... . .... . . ...... . . . . .. ...................... .. ... .. ... . . ... . ................................ . .. ..... . .... . .. . ..... ..... .. ........................ . .. .. . ... .. . ......... . ... .. . . ... ........ . .. .. ..... .. .. . ........ . . .
lowQualScore : 0 0 7 7777 7 77777 7 666 0 666 1 5555 0 7 555555 0 5 0 0 55 1111111111111111111111 55 888 55 555 7 2 999 6 55555555555555555555555555555555 4 11 66666 0 4444 8 66 4 44444 22222 11 555555555555555555555555 6 00 99 3 222 66 3 111111111 0 999 44 9 2 999 88888888 7 33 99 00000 99 22 9 44444444 0 4 0
consensus : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAGCACATGT-AATC---AACTCTA-AATT-T-GTTATAA-ANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AAT-TAAGCCTC-C-TTGGCAGTAACCATCATG--TATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAAT-GAT--A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--TT-TTTTGTCTTTTAAAG--CA--CA-C---T-------T-----A----ATATG-C--AGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAG-NN-AT--GG-CAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
Reference ( family-1033 ) : NNTTTTAATTNTAT-TTTAAGCGCATGT-AA-C---AACTCTA-AANT-T-GTTATAA-AATGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--ANT-TAAGNCTC-C-TTGGCAGTAACCATCATG--NATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAAT-GAT--ACTTNATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--TN-TTTTGTCTTTTANAG--CA--CA-C---T-------T-----A----ATATG-C--AGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTNCACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCANG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAG-CA-AT--GG-CAA-TTTTAAGA--A-----ANCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
gi|1 : TTATAATTTTTT-TTTAAACATAGGT-AATC---AACTATA-AAAT-T-GTTATAA-AATTAAATGAGTCATACCATA----T-TCAA------CAGAAAA-TACTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--ACT-CAAGACTC-C-TTGGTAGTAACCGTCATG--AATGGGGTACTTTTACTGTTTCCAAAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--GTTA--TAAT-GAT--ACTTTTTGCTTCAA----GTTTA-T-AT--TG-TTTTATCTTTTAAAG---------------------------G----ATATG-C--AGGCT--TG-TA--ATTAC--TTTTTCACTTGAACTGTATCAACAGA--------TTATACATGACTACA---TTTG--ATCATATT---CTATT-A-T--AA-A-CAAT-CCAG-CA-AT--GG-CAC-TTTTCAGA--A-----AATTGAATTCTAAGATTGCTCTGACATAACATTCA
gi|10 : aaTAAATATAT-TTTA-GCCCATCT-CCTC---AAATCTA-AATGGT-GTTATAA-ATTAAAATGGGTCATGTTATA----C-ACAG------CAGAAAAATAGTCAATTTGAATTG---TT--T------T-------A---T---A--TATATAAAGCTC-CCTTGGCAGTAAACATCATG--TATGTGGTACTATTACTGATTTCAAAAATCAT--------TTT
gi|11 : aaa----ATATG-C--AGGGT--TG-TA--ATTAC--GTCTACACTTGAACTGAATCGATATA--------TCACACATGGCCAGG---TTTG--GTCATTTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAT-CAAG-AT-AG--GG-CAA-TTTAAAAA--A-----ATCTGAATTCTAATATGGCAGTGACATGACACTCA
gi|12 : aaacgcacattttacaatatTGGCAAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-TCAAA-A-CAAT-CAA---A-ATACGG-CAA-TTTTAAAA--ACA---ATCCGAATTCTAAGATGGCTGTGCCATTACATTCAcc
gi|13 : caaagtttacaaatgAACTGCCTCAATACA--------GCATACATTGCGTAG---TTAT--ATCATTTTT--CTA-T-A-TT-AA-A-TAAAACAAGATA-AT--G--CAA-TTTTAAAA--A-----ATTTGAATTCTAATATTGCTGTGACATTACATTCAccgtaactaaacatatttcagtacttcatttacacaaaaa
gi|14 : acattttactacatatgatgatttgtaattTAA-ACTGAATTGAGATATGTCATA----T-AAGA------TAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-AGTT--T------C-------ACACA---A--A---TAAACTTC-G-TCGGCAGTAA-CATCATG--TATAGGGTACGCTTAATCGTTTCAGAAATCGT--------TT
gi|15 : GGCT--TG-TA--ATTAC--TTCACCACTTGAACTGCATTAATATA--------TCCTACATAGCCAAG---TTTG--ATTGTTTT---CTA-T-A----AA-A-CA-----------------------TTTAAAAACA-----ATATGAAGTCTAAAATGGTTGTAAGATacttaaaaaagca
gi|16 : TA-T-AAC--AAGA-AAAT-CAAG-AT-TT--GG-CAA-TTTTAAGA--A-----ATCTAATTTCTAAGATGGCTATGTCGTAACATTatatatatagcattaacctta
gi|17 : CTGCATCAATATA--------GCATTCATCGCCAAG---TTTG--ATTATTCT---ATA-TAA-C--AA-A-TAAT-CAAG-AT-AT--TA-CAA-TTTTAATA--ATATCCAACTGTATTtgcaattatcatgttgtttttttttaaaaaaaaaa
gi|18 : tcc---TTTG--ATAGTTTC---CCA-T-AGC--AA-ATCCAT-CAAT-AA-AT--GG-AAAATTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTGAGACGGCTGTGACGTTACATTgtgaatacat
gi|19 : a----ATATG-C--AAGCC--TG-TA--ATTAG--T-------TTGAACTTAATCAATATA----------AT-TATAGCCTAG---TTTG--AT-A-TTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAgacccta
gi|2 : TTTTAATTATAT-TTTAGGACAATGT-AA-AGAAAACTCTA-AA---T-GTTGTGATAGTGAAATGGATCATGTCATA----T-ACAA------CA--AAA-TA----AAATAAATTG-A-TT--TCTTTTTT-------A---A---AGAAAA-TAAGCATG-C-TTGACAGTAATCTTCATG--CATCAGTTACATTTGCTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---CTATA--A--A---AAT-AAT--A------ACTG--T----GTTT--T-AT--TG-TTTTA-----TAAAG--CA--CA-A---TTTTTACAT-----A----ATATG-C--AGAATTGTG-TA--ACTAC--TTATACACTTTAACTGCATCAACAGA--------GCATACATGGTCCGG---CTGA--AT---------------------A-A-TAAC-TAAA-C---T--GGACAC-TTTTAAGGT-ACATGTATCTGAATTCTAAAAAGACTGTGAAATTACATTCAaaaaga
gi|3 : TAATTTTAT-TTTA-GCACATGT-CATC---AACTCTA-AGTTGT-GTTATAA-AA----A-GGGTCATGTCTTA----T-ACAAAAGAAACAGAAAA-TAGTGCATTTAAATCG-A-TT--T------T-------ATTCATACA--AAT-TATGCTTT-C-TTCGCAGTAACCAT-GTT--AAT--GATACTTTTCCTGGTTACTGAAATAA---------TTTT-CATTTATAATA--G-----TAAT-GAT--A-TTGATACTGAAA----GTTTG-TGAT--CG-T------TCTTAGCT--CA--CA-T---T-------TTACAAA----ATATG-C--AGGTT--TT-TA--ATTATTATTATACACTTAAACTACATCAATATAAATATCCGACATACATGGTCAAG---TTTT--GGCAATTT--------------AA-G-AAAT-C--------T--G---AA-TTCTTAG------------------CTA-----GCTGTGACATAACATTCAccct
gi|4 : T-T-GTTATAA-ACTGAAATGAGTCATTTGATA----A-ACAA------CAGAAAA-TACTGCATTCAAATTG-A-TT--A------T-------A---A---A--AGT-TAAGATTC-A-TTGACAGTAACCCCCACGCATATGGGGTACTTTTATTGTTTTCACAAACCAT--------TTTT-TATA--TAA-A--G--AAGTAAT-GAT--ACTTT-TGTTGTAA----AT----T-AT--TT-TTTTATTTTTTAAAG--CA--CA-CAA-T-------TTACGAA----ATATG-C--AGGCT--TA-TA-----------CTACACTTGA--T-CATCAACATA--------TTATACATGACTACG---TTTG--ATCATATT---CTG-TAA-C--AC-A-AAAT-CAAG-AT-AT--GA-CAA-TTTTAAGA--A-----CTCAAAATTCTAAATCAACTCTGACATAACAATCAccttaatg
gi|5 : gTCTATGTTTAA-CACATGT-AAAC---AATTCTT-AATT-T-G----------------------GTTATA----T-AAAA-------AGAACA-TGGCACATTTTAATTG-A-TT--T------TTTTTC--AT--A---A--AAT-TAAGCTTT-C-TAGTGAGTAACCATCATG--TATGAGGTACTTTTACTGGATTCAGCACTCAT--------T-----A-----AATAAGG--A--TAATAGTT--A--TCATCTCGAAA----GTTTG-T-GT--TTATTTTGTCTTTTAAAG--CA--CA-CATTT-------T-----ACTAAATATA-C--AGACT--TG-TT--ATTAT--TTCTACACCTGAACTGCATCAAAATA--------GTATACATGGCAAAG---TTTA--AT-A------------------AA-A-AAAT-CAAG-TT-AT--GG-CAA-TTTTAGGA--C-----ATCTGAACTTTAAGATGGCTGT-ACATTGTATTCccttaaaataaaaacatttca
gi|6 : CATGAAATA----TTAAAG------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTA-A-TTAAT------T-------ACA-A---A--AAT-TAAGCTTT-G-TCGGCAGTAACCATCATG--TAATGGGTACTGATACTCAATCCAGAAATCAC--------T-----------------A--A--CAAT-GAT--A-TTCATGCTGAAAGATGGTGTGTT-AT--TT-TTTTGTCTTTCATTGCACA--CA-C---T-------TTACGAA----ATATG-C--AAGCT--TG-TGGTATTTT--TTCTTCACTTGATCTGCATCAGTTTA--------TCATACATGACCAAGTTTTTTA--ATT-TTTT---CTA---A-CA-AA-A-TAAT--AAA-CATAT--TG-CAA-TTCTAAGA--A-----ATCTGAATTGTAACATtcc
gi|7 : tgccataTAT-TTTTAGCACATGTGAA-A---AACTCTT-TATT-TTGTTATAA-TATGAAATGAGTCATGTCATAATTAT-ATAA------CAGA----TTTTTTTTTTAATTTG-A-TT--T------TTTTT---A---A---A--AC----AGGCTC-CCTTGTCAG----------------GAGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCATATTAAATGTTTTATAT---AAATG--G-----TAAT-AAT--A-TGCCTGCTGAAA----GTTGG-T-ATGTTT-TTTTGTCTTTTAAAG--CA--CA-CGT-T-------T-----ACTAAATATG-A--ATGCT--GGCT----TTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------GCATACATGGTCAAG---TTTG--ATCATTTT---Ctgaccttaaatggttatgtatta
gi|8 : c-TTTAAGCACATGT-AAAC---AACTATACAGTT-T-GTTATAA-AATGAAATGGATTATGTCATA----T-GTAA------CAGAAAA-TGGTGCATTTAAAATGTA-TT--T------TCATATAAA---G---A--AAT-TA--TCTCTC-TTGCCAGTAATCATCGTG--TATGGGGTGCTTTCACTGGTTCCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---T--TA--T--A--TAAT-AATTCAGATTATGCTAAA--------TG-T--------TTTTGTCCTTTA------A--TATC---T-------C-----AT---ACATGACCAAGATT--TG-TT--ATTAT--TTaaaaaaaaaaaagaaaagtat
gi|8 : caTTAATATC--------TCATACATGACCAAGA--TTTGTTATTATTTTGTTCTA-T-A-----------AT---------AT--GA-CAA-TTACAAGA--A-----ATCTGAATCACAAGATGGCTGTGACAATACATTCAtgttctataatatgacaattacaagaaatctgaatcacaagatggctgtgacaatacattcactttaa
gi|9 : catttaagcacatgtaaacaactatacagtttgttataaaatgaaatggattatgtcatatgtaacagaaaatggtgcatttaaaatgtattttcatataaagaaattatctctcttgccagtaatcatcgtgtatggggtgctttcactggttccagaaatcattttacatttatataataattcagattatgctaaatgtttttgtcct---TAATA-----A--TTGT-GAT--A-TGCATGCTGAAA----GTTTG-T-AG--TT-TTTTGTTTTTCAAAG--CAAACA-T---T-------T-------------TA-C--AAAATA-TG-TA--CTTAC--TATTCCTCTTGAACTGCATCAATATA--------GTATACAT-GCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-ctttaa
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111 5555555555555555555555 33333333333333333333333333333333 1111111111 88888888888888888888888 111111111 33333333 111 11111111
lowQualScore : 1 1 5 222 5 77 5 5 0 5 6 0 8888 4 0 111111 4 2 4 4 55 3333333333333333333333 55 3 4 0 3 2 88888 1 33333333333333333333333333333333 4444444444 9999 4 555 66 4 4 4 77777 66666666666666666666666 3 55 44 3 777 555 4 444444444 666 33 3 0 666 00000000 2 66 2 000 2 2 55555555 1 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . .... . . ...... . . . . .. ...................... .. . . . . . ..... . ................................ .......... .... . ... .. . . . ..... ....................... . .. .. . ... ... . ......... ... .. . . ... ........ . .. . ... . . ........ . .
lowQualScore : 0 0 7 333 9 99 7 0 0 0 9 1 5555 0 7 555555 0 5 0 0 55 1111111111111111111111 55 7 0 7 2 3 55555 6 55555555555555555555555555555555 6666666666 4444 4 333 11 4 4 4 88888 00000000000000000000000 6 00 66 3 222 444 5 111111111 999 44 4 2 999 88888888 7 99 9 000 9 9 11111111 4 0
consensus : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTC-CTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAA-AG--C--ACAC---T-------TTAC-AA----ATATG-C--AGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGG-CAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
Reference ( family-1033 ) : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAATCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCCTC-CTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAA-AG--C--ACAC---T-------T-----A----ATATG-C--AGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGNNATGG-CAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
gi|1 : TTATAATTTTTT-TTTAAA-CATAGGTAATCAA--CTATA-AAA-T-T-GTTATAAAATTAAATGAGTCATACCATA----T-TCAA------CAGAAAA-TACTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--ACTCAAGACTC-CTTGGTAGTAACCGTCATG--A--ATGGGGTACTTTTACTGTTTCCAAAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--GTTA--TAATGAT----ACTTTTTGCTTCAA----GTTTA-T-AT--T-G-TTTTATCTTTTAA-AG--------------------------G----ATATG-C--AGGCT--TG-TA--ATTAC--TTTTTCACTTGAACTGTATCAACAGA--------TTATACATGACTACA---TTTG--ATCATATT---CTATT-A-T--AA-A-CAAT-CCAGCAATGG-CAC-TTTTCAGA--A-----AATTGAATTCTAAGATTGCTCTGACATAACATTCA
gi|10 : aaTAAATATAT-TTTA-G-CCCATCTCCTCAA--ATCTA-AAT-GGT-GTTATAAATTAAAATGGGTCATGTTATA----C-ACAG------CAGAAAAATAGTCAATTTGAATTG-T-TT--TA-----T-------A---T---A--TATAAAGCTCC-CTTGGCAGTAAACATCATG--T--ATGTGGTACTATTACTGATTTCAAAAATCAT--------TTT
gi|11 : aaa----ATATG-C--AGGGT--TG-TA--ATTAC--GTCTACACTTGAACTGAATCGATATA--------TCACACATGGCCAGG---TTTG--GTCATTTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAT-CAAGATAGGG-CAA-TTTAAAAA--A-----ATCTGAATTCTAATATGGCAGTGACATGACACTCA
gi|12 : aaacgcacattttacaatatTGGCAAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-TCAAA-A-CAAT-CAAAATACGG-CAA-TTTTAAAA--ACA---ATCCGAATTCTAAGATGGCTGTGCCATTACATTCAcc
gi|13 : caaagtttacaaatgAACTGCCTCAATACA--------GCATACATTGCGTAG---TTAT--ATCATTTTT--CTA-T-A-TT-AA-A-TAAAACAAGATAATG-CAA-TTTTAAAA--A-----ATTTGAATTCTAATATTGCTGTGACATTACATTCAccgtaactaaacatatttcagtacttcatttacacaaaaa
gi|14 : acattttactacatatgatgatttgtaattTAAACTGAATTGAGATATGTCATA----T-AAGA------TAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-AGTT--T------C-------AC--A---C--AAATAAACTTC-GTCGGCAGTAA-CATCATG--T--ATAGGGTACGCTTAATCGTTTCAGAAATCGT--------TT
gi|15 : GGCT--TG-TA--ATTAC--TTCACCACTTGAACTGCATTAATATA--------TCCTACATAGCCAAG---TTTG--ATTGTTTT---CTA-T-A----AA-A-CA-------------------TTTAAAAACA-----ATATGAAGTCTAAAATGGTTGTAAGATacttaaaaaagca
gi|16 : TA-T-AAC--AAGA-AAAT-CAAGATTTGG-CAA-TTTTAAGA--A-----ATCTAATTTCTAAGATGGCTATGTCGTAACATTatatatatagcattaacctta
gi|17 : CTGCATCAATATA--------GCATTCATCGCCAAG---TTTG--ATTATTCT---ATA-TAA-C--AA-A-TAAT-CAAGATATTA-CAA-TTTTAATA--AT----ATCtgcaattatcatgttgtttttttttaaaaaaaaaa
gi|18 : tcc---TTTG--ATAGTTTC---CCA-T-AGC--AA-ATCCAT-CAATAAATGG-AAAATTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTGAGACGGCTGTGACGTTACATTcaactgtattgtgaatacat
gi|19 : a----ATATG-C--AAGCC--TG-TA--ATTAG--T-------TTGAACTTAATCAATATA----------AT-TATAGCCTAG---TTTG--AT-A-TTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAgacccta
gi|2 : TTTTAATTATAT-TTTAGGACA-ATGTAAAGAAAACTCTA-AATGT-T-GTGATA--GTGAAATGGATCATGTCATA----T-ACAA------CA--AAA-TA----AAATAAATTG-A-TT--TCTTTTTT-------A---A---AGAAAATAAGCATG-CTTGACAGTAATCTTCATG--C--ATCAGTTACATTTGCTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---CTATA--A--A---AATAAT----A------AC------------TG-T-GT--T-T-TATTGTTTTATAA-AG--C--ACAA---TTTTTACAT-----A----ATATG-C--AGAATTGTG-TA--ACTAC--TTATACACTTTAACTGCATCAACAGA--------GCATACATGGTCCGG---CTGA--AT---------------------A-A-TAAC-TAAAC--TGGACAC-TTTTAAGGT-ACATGTATCTGAATTCTAAAAAGACTGTGAAATTACATTCAaaaaga
gi|3 : TAATTTTAT-TTTA-G-CACATGTCATCAA--CTCTA-AGT-TGT-GTTATAAA----AA-GGGTCATGTCTTA----T-ACAAAAGAAACAGAAAA-TAGTGCATTTAAATCG-A-TT--T------T-------ATTCATACA--AATTATGCTTT-CTTCGCAGTAAC---CATG--TTAAT--GATACTTTTCCTGGTTACTGAAATAA---------TTTT-CATTTATAATA--G-----TAATGAT----A-TTGATACTGAAA----GTTTG-TGAT--CGT-TCTTAGCT----------C--ACAT---T-------TTACAAA----ATATG-C--AGGTT--TT-TA--ATTATTATTATACACTTAAACTACATCAATATAAATATCCGACATACATGGTCAAG---TTTT--GGCAATTT--------------AA-G-AAAT-C------TG---AA-TTCTTAG------------------CTA-----GCTGTGACATAACATTCAccct
gi|4 : -T-T-GTTATAAACTGAAATGAGTCATTTGATA----A-ACAA------CAGAAAA-TACTGCATTCAAATTG-A-TT--A------T-------A---A---A--AGTTAAGATTC-ATTGACAGTAACCCCCACGCAT--ATGGGGTACTTTTATTGTTTTCACAAACCAT--------TTTT-TATA--TAA-A--G--AAGTAATGAT----A-CTTTTGTTGTAA----AT----T-AT--T-T-TTTTATTTTTTAA-AG--C--ACACAA-T-------TTACGAA----ATATG-C--AGGCT--TA-TA-----------CTACACTTGA--T-CATCAACATA--------TTATACATGACTACG---TTTG--ATCATATT---CTG-TAA-C--AC-A-AAAT-CAAGATATGA-CAA-TTTTAAGA--A-----CTCAAAATTCTAAATCAACTCTGACATAACAATCAccttaatg
gi|5 : gTCTATGTTTAA--CACATGTAAACAA--TTCTT-AAT-T-T-G---------------------GTTATA----T-AAAA-------AGAACA-TGGCACATTTTAATTG-A-TT--T------TTTTTC--AT--A---A--AATTAAGCTTT-CTAGTGAGTAACCATCATG--T--ATGAGGTACTTTTACTGGATTCAGCACTCAT--------T-----A-----AATAAGG--A--TAATAGT----T-ATCATCTCGAAA----GTTTG-T-GT--T-TATTTTGTCTTTTAA-AG--C--ACACATTT-------T-----ACTAAATATA-C--AGACT--TG-TT--ATTAT--TTCTACACCTGAACTGCATCAAAATA--------GTATACATGGCAAAG---TTTA--ATAA------------------AA-A--AAT-CAAGTTATGG-CAA-TTTTAGGA--C-----ATCTGAACTTTAAGATGGCTGT-ACATTGTATTCccttaaaataaaaacatttca
gi|6 : CATGAAATA----TTAAAG------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTA-A-TTAAT------T-------ACA-A---A--AATTAAGCTTT-GTCGGCAGTAACCATCATG--T--AATGGGTACTGATACTCAATCCAGAAATCAC--------T-----------------A--A--CAATGAT----A-TTCATGCTGAAAGATGGTGTGTT-AT--T-T-TTTTGTCTTTCAT-TGCAC--ACAC---T-------TTACGAA----ATATG-C--AAGCT--TG-TGGTATTTT--TTCTTCACTTGATCTGCATCAGTTTA--------TCATACATGACCAAGTTTTTTA--ATT-TTTT---CTA---A-CA-AA-A-TAAT-AAACATATTG-CAA-TTCTAAGA--A-----ATCTGAATTGTAACATtcc
gi|7 : tgccataTAT-TTTTAG-CACATGTGAAAAA--CTCTT-TAT-T-TTGTTATAATATGAAATGAGTCATGTCATAATTAT-ATAA------CAGA----TTTTTTTTTTAATTTG-A-TT--T------TTTTT---A---A---A--A--CAGGCTCC-CTTGTCAG------------------GAGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCATATTAAATGTTTTATAT---AAATG--G-----TAATAAT----A-TGCCTGCTGAAA----GTTGG-T-ATGTT-T-TTTTGTCTTTTAA-AG--C--ACACGT-T-------T-----ACTAAATATG-A--ATGCT--GGCT----TTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------GCATACATGGTCAAG---TTTG--ATCATTTT---Ctgaccttaaatggttatgtatta
gi|8 : c-TTTAAG-CACATGTAAACAA--CTATACAGT-T-T-GTTATAAAATGAAATGGATTATGTCATA----T-GTAA------CAGAAAA-TGGTGCATTTAAAATGTA-TT--T------TCATATAAA---G---A--AATTA--TCTCTCTTGCCAGTAATCATCGTG--T--ATGGGGTGCTTTCACTGGTTCCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---T--TA--T--A--TAATAATTCAGA-TT-ATGCTAAA--------TG---------T-TTTTGTCCTTTAATAT--C--TCAT----------------------ACATGACCAAGATT--TG-TT--ATTAT--TTaaaaaaaaaaaagaaaagtat
gi|8 : caTTAATATC--------TCATACATGACCAAGA--TTTGTTATTATTTTGTTCTA-T-A------------------ATATGA-CAA-TTACAAGA--A-----ATCTGAATCACAAGATGGCTGTGACAATACATTCAtgttctataatatgacaattacaagaaatctgaatcacaagatggctgtgacaatacattcactttaa
gi|9 : catttaagcacatgtaaacaactatacagtttgttataaaatgaaatggattatgtcatatgtaacagaaaatggtgcatttaaaatgtattttcatataaagaaattatctctcttgccagtaatcatcgtgtatggggtgctttcactggttccagaaatcattttacatttatataataattcagattatgctaaatgtttttgtcct---TAATA-----A--TTGTGAT----A-TGCATGCTGAAA----GTTTG-T-AG--T-T-TTTTGTTTTTCAA-AG--CAAACAT---T-------TTACAAA----ATATG-T--A--CT--T------ACTAT--TCCT---CTTGAACTGCATCAATATA--------GTATACAT-GCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-ctttaa
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111 5555555555555555555555 33333333333333333333333333333333 1111111111 22222 2 111111111 33333333 11111111
lowQualScore : 1 1 5 222 1 77 5 5 0 5 6 0 8888 4 0 111111 4 2 4 4 55 3333333333333333333333 55 0 3 2 88888 1 33333333333333333333333333333333 4444444444 9999 4 555 66 4 4 77777 11111 8 4 666 44 3 555 888 0 5 444444444 666 33 3 0 666 00000000 2 66 22 2 2 55555555 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . .... . . ...... . . . . .. ...................... .. . . . ..... . ................................ .......... .... . ... .. . . ..... ..... . . ... .. . ... ... . . ......... ... .. . . ... ........ . .. .. . . ........ .
lowQualScore : 0 0 7 333 0 99 7 0 0 0 9 1 5555 0 7 555555 0 5 0 0 55 1111111111111111111111 55 7 2 3 55555 6 55555555555555555555555555555555 6666666666 4444 4 333 11 4 4 22222 00000 0 0 444 66 3 111 222 3 4 111111111 999 44 4 2 999 88888888 7 99 99 6 9 11111111 0
consensus : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--C--TTTACNA-A---ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
Reference ( family-1033 ) : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--C--TTTAC-A-A---ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
gi|1 : TTATAATTTTTT-TTTAAA-CATAGGTAATCAA--CTATA-AAA-T-T-GTTATAAAATTAAATGAGTCATACCATA----T-TCAA------CAGAAAA-TACTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--ACTCAAGACTCCTTGGTAGTAACCGTCATG--A--ATGGGGTACTTTTACTGTTTCCAAAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--GTTA--TAATGAT----ACTTTTTGCTTCAA----GTTTA-T-AT--T-G-TTTTATCTTTTAAAG---------------------G---ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTTTTCACTTGAACTGTATCAACAGA--------TTATACATGACTACA---TTTG--ATCATATT---CTATT-A-T--AA-A-CAAT-CCAGCAATGGCAC-TTTTCAGA--A-----AATTGAATTCTAAGATTGCTCTGACATAACATTCA
gi|10 : aaTAAATATAT-TTTA-G-CCCATCTCCTCAA--ATCTA-AAT-GGT-GTTATAAATTAAAATGGGTCATGTTATA----C-ACAG------CAGAAAAATAGTCAATTTGAATTG-T-TT--TA-----T-------A---T---A--TATAAAGCTCCCTTGGCAGTAAACATCATG--T--ATGTGGTACTATTACTGATTTCAAAAATCAT--------TTT
gi|11 : aaaAACG--C--ACA--T--TTTAC-A-ATATATATGCAGGGT--TG-TA--ATTAC--GTCTACACTTGAACTGAATCGATATA--------TCACACATGGCCAGG---TTTG--GTCATTTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAT-CAAGATAGGGCAA-TTTAAAAA--A-----ATCTGAATTCTAATATGGCAGTGACATGACACTCA
gi|12 : aTGGCAAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-TCAAA-A-CAAT-CAAAATACGGCAA-TTTTAAAA--ACA---ATCCGAATTCTAAGATGGCTGTGCCATTACATTCAcc
gi|13 : caaagtttacaaatg--ACA--T--TTTACTA-C---ATATGATGATT--TG-TA--ATTA---------------ACTGCCTCAATACA--------GCATACATTGCGTAG---TTAT--ATCATTTTT--CTA-T-A-TT-AA-A-TAAAACAAGATAATGCAA-TTTTAAAA--A-----ATTTGAATTCTAATATTGCTGTGACATTACATTCAccgtaactaaacatatttcagtacttcatttacacaaaaa
gi|14 : TAAACTGAATTGAGATATGTCATA----T-AAGA------TAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-AGTT--T------C-------AC--A---C--AAATAAACTTCGTCGGCAGTAA-CATCATG--T--ATAGGGTACGCTTAATCGTTTCAGAAATCGT--------TT
gi|15 : GGCT--TG-TA--ATTAC--TTCACCACTTGAACTGCATTAATATA--------TCCTACATAGCCAAG---TTTG--ATTGTTTT---CTA-T-A----AA-A-CA------------------TTTAAAAACA-----ATATGAAGTCTAAAATGGTTGTAAGATacttaaaaaagca
gi|16 : TA-T-AAC--AAGA-AAAT-CAAGATTTGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTAATTTCTAAGATGGCTATGTCGTAACATTatatatatagcattaacctta
gi|17 : CTGCATCAATATA--------GCATTCATCGCCAAG---TTTG--ATTATTCT---ATA-TAA-C--AA-A-TAAT-CAAGATATTACAA-TTTTAATA--AT----ATCtgcaattatcatgttgtttttttttaaaaaaaaaa
gi|18 : tcc---TTTG--ATAGTTTC---CCA-T-AGC--AA-ATCCAT-CAATAAATGGAAAATTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTGAGACGGCTGTGACGTTACATTcaactgtattgtgaatacat
gi|19 : a---ATATGCAAGCC--TG-TA--ATTAG--T-------TTGAACTTAATCAATATA----------AT-TATAGCCTAG---TTTG--AT-A-TTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAA-AAAGAgacccta
gi|2 : TTTTAATTATAT-TTTAGGACA-ATGTAAAGAAAACTCTA-AATGT-T-GTGATA--GTGAAATGGATCATGTCATA----T-ACAA------CA--AAA-TA----AAATAAATTG-A-TT--TCTTTTTT-------A---A---AGAAAATAAGCATGCTTGACAGTAATCTTCATG--C--ATCAGTTACATTTGCTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---CTATA--A--A---AATAAT----A------AC------------TG-T-GT--T-T-TATTGTTTTATAAAG--C--ACAATT--TTTAC-ATA---ATATGCAGAATTGTG-TA--ACTAC--TTATACACTTTAACTGCATCAACAGA--------GCATACATGGTCCGG---CTGA--AT---------------------A-A-TAAC-TAAACTG-GACAC-TTTTAAGGT-ACATGTATCTGAATTCTAAAAAGACTGTGAAATTACATTCA
gi|3 : TAATTTTAT-TTTA-G-CACATGTCATCAA--CTCTA-AGT-TGT-GTTATAAA----AA-GGGTCATGTCTTA----T-ACAAAAGAAACAGAAAA-TAGTGCATTTAAATCG-A-TT--T------T-------ATTCATACA--AATTATGCTTTCTTCGCAGTAAC---CATG--TTAAT--GATACTTTTCCTGGTTACTGAAATAA---------TTTT-CATTTATAATA--G-----TAATGAT----A-TTGATACTGAAA----GTTTG-TGAT--CGT-TCTTAGCT---------C--ACA--T--TTTACAA-A---ATATGCAGGTT--TT-TA--ATTATTATTATACACTTAAACTACATCAATATAAATATCCGACATACATGGTCAAG---TTTT--GGCAATTT-------------------------AAGA------AA-TCT-----------------GAATTCTTAGCTAGCTGTGACATAACATTCAccct
gi|4 : -T-T-GTTATAAACTGAAATGAGTCATTTGATA----A-ACAA------CAGAAAA-TACTGCATTCAAATTG-A-TT--A------T-------A---A---A--AGTTAAGATTCATTGACAGTAACCCCCACGCAT--ATGGGGTACTTTTATTGTTTTCACAAACCAT--------TTTT-TATA--TAA-A--G--AAGTAATGAT----A-CTTTTGTTGTAA----AT----T-AT--T-T-TTTTATTTTTTAAAG--C--ACA--CAATTTACGA-A---ATATGCAGGCT--TA-TA-----------CTACACTTGA--T-CATCAACATA--------TTATACATGACTACG---TTTG--ATCATATT---CTG-TAA-C--AC-A-AAAT-CAAGATATGACAA-TTTTAAGA--A-----CTCAAAATTCTAAATCAACTCTGACATAACAATCAccttaatg
gi|5 : gTCTATGTTTAA--CACATGTAAACAA--TTCTT-AAT-T-T-G---------------------GTTATA----T-AAAA-------AGAACA-TGGCACATTTTAATTG-A-TT--T------TTTTTC--AT--A---A--AATTAAGCTTTCTAGTGAGTAACCATCATG--T--ATGAGGTACTTTTACTGGATTCAGCACTCAT--------T-----A-----AATAAGG--A--TAATAGT----T-ATCATCTCGAAA----GTTTG-T-GT--T-TATTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--CATTTTACTA-A---ATATACAGACT--TG-TT--ATTAT--TTCTACACCTGAACTGCATCAAAATA--------GTATACATGGCAAAG---TTTA--ATAA------------------AA-A--AAT-CAAGTTATGGCAA-TTTTAGGA--C-----ATCTGAACTTTAAGATGGCTGT-ACATTGTATTCccttaaaataaaaacatttca
gi|6 : CATGAAATA----TTAAAG------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTA-A-TTAAT------T-------ACA-A---A--AATTAAGCTTTGTCGGCAGTAACCATCATG--T--AATGGGTACTGATACTCAATCCAGAAATCAC--------T-----------------A--A--CAATGAT----A-TTCATGCTGAAAGATGGTGTGTT-AT--T-T-TTTTGTCTTTCATTGCAC--ACA--C--TTTACGA-A---ATATGCAAGCT--TG-TGGTATTTT--TTCTTCACTTGATCTGCATCAGTTTA--------TCATACATGACCAAGTTTTTTA--ATT-TTTT---CTA---A-CA-AA-A-TAAT-AAACATATTGCAA-TTCTAAGA--A-----ATCTGAATTGTAACATtcc
gi|7 : tgccataTAT-TTTTAG-CACATGTGAAAAA--CTCTT-TAT-T-TTGTTATAATATGAAATGAGTCATGTCATAATTAT-ATAA------CAGA----TTTTTTTTTTAATTTG-A-TT--T------TTTTT---A---A---A--A--CAGGCTCCCTTGTCAG------------------GAGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCATATTAAATGTTTTATAT---AAATG--G-----TAATAAT----A-TGCCTGCTGAAA----GTTGG-T-ATGTT-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--CG-TTTACTA-A---ATATGAATGCT--GGCT----TTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------GCATACATGGTCAAG---TTTG--ATCATTTT---Ctgaccttaaatggttatgtatta
gi|8 : c-TTTAAG-CACATGTAAACAA--CTATACAGT-T-T-GTTATAAAATGAAATGGATTATGTCATA----T-GTAA------CAGAAAA-TGGTGCATTTAAAATGTA-TT--T------TCATATAAA---G---A--AATTA-TCTCTCTTGCCAGTAATCATCGTG--T--ATGGGGTGCTTTCACTGGTTCCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---T--TA--T--A--TAATAATTCAGA-TT-ATGCTAAA--------TG---------T-TTTTGTCCTTTAAaaaaaaaaaaaagaaaagtat
gi|8 : caTTAATATC--------TCATACATGACCAAGA--TTTGTTATTATTTTGTTCTA-T-A------------------ATATGACAA-TTACAAGA--A-----ATCTGAATCACAAGATGGCTGTGACAATACATTCAtatctcatacatgaccaagatttgttattattttgttctataatatgacaattacaagaaatctgaatcacaagatggctgtgacaatacattcactttaa
gi|9 : catttaagcacatgtaaacaactatacagtttgttataaaatgaaatggattatgtcatatgtaacagaaaatggtgcatttaaaatgtattttcatataaagaaattatctctcttgccagtaatcatcgtgtatggggtgctttcactggttccagaaatcattttacatttatataataattcagattatgctaaatgtttttgtcct---TAATA-----A--TTGTGAT----A-TGCATGCTGAAA----GTTTG-T-AG--T-T-TTTTGTTTTTCAAAG--CAAACA--T--TTTACAA-A---ATATGTA--CT--T------ACTAT--TCCT---CTTGAACTGCATCAATATA--------GTATACAT-GCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-ctttaa
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111 5555555555555555555555 33333333333333333333333333333333 1111111111 22222 111111111 33333333 11111111
lowQualScore : 1 1 5 222 1 77 5 5 0 5 6 0 8888 4 0 111111 4 2 4 4 55 3333333333333333333333 55 0 3 2 88888 1 33333333333333333333333333333333 4444444444 9999 4 555 66 4 4 77777 11111 2 4 3 44 3 555 888 0 5 444444444 666 33 3 0 666 00000000 2 66 22 2 2 55555555 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . .... . . ...... . . . . .. ...................... .. . . . ..... . ................................ .......... .... . ... .. . . ..... ..... . . . .. . ... ... . . ......... ... .. . . ... ........ . .. .. . . ........ .
lowQualScore : 0 0 7 333 0 99 7 0 0 0 9 1 5555 0 7 555555 0 5 0 0 55 1111111111111111111111 55 7 2 3 55555 6 55555555555555555555555555555555 6666666666 4444 4 333 11 4 4 22222 00000 4 0 6 66 3 111 222 3 4 111111111 999 44 4 2 999 88888888 7 99 99 6 9 11111111 0
consensus : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--C--TTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
Reference ( family-1033 ) : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--C--TTTACNA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
gi|1 : TTATAATTTTTT-TTTAAA-CATAGGTAATCAA--CTATA-AAA-T-T-GTTATAAAATTAAATGAGTCATACCATA----T-TCAA------CAGAAAA-TACTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--ACTCAAGACTCCTTGGTAGTAACCGTCATG--A--ATGGGGTACTTTTACTGTTTCCAAAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--GTTA--TAATGAT----ACTTTTTGCTTCAA----GTTTA-T-AT--T-G-TTTTATCTTTTAAAG---------------------G-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTTTTCACTTGAACTGTATCAACAGA--------TTATACATGACTACA---TTTG--ATCATATT---CTATT-A-T--AA-A-CAAT-CCAGCAATGGCAC-TTTTCAGA--A-----AATTGAATTCTAAGATTGCTCTGACATAACATTCA
gi|10 : aaTAAATATAT-TTTA-G-CCCATCTCCTCAA--ATCTA-AAT-GGT-GTTATAAATTAAAATGGGTCATGTTATA----C-ACAG------CAGAAAAATAGTCAATTTGAATTG-T-TT--TA-----T-------A---T---A--TATAAAGCTCCCTTGGCAGTAAACATCATG--T--ATGTGGTACTATTACTGATTTCAAAAATCAT--------TTT
gi|11 : aaaAACG--C--ACA--T--TTTACAATATATATGCAGGGT--TG-TA--ATTAC--GTCTACACTTGAACTGAATCGATATA--------TCACACATGGCCAGG---TTTG--GTCATTTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAT-CAAGATAGGGCAA-TTTAAAAA--A-----ATCTGAATTCTAATATGGCAGTGACATGACACTCA
gi|12 : aTGGCAAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-TCAAA-A-CAAT-CAAAATACGGCAA-TTTTAAAA--ACA---ATCCGAATTCTAAGATGGCTGTGCCATTACATTCAcc
gi|13 : caaagtttacaaatg--ACA--T--TTTACTA-C-ATATGATGATT--TG-TA--ATTA---------------ACTGCCTCAATACA--------GCATACATTGCGTAG---TTAT--ATCATTTTT--CTA-T-A-TT-AA-A-TAAAACAAGATAATGCAA-TTTTAAAA--A-----ATTTGAATTCTAATATTGCTGTGACATTACATTCAccgtaactaaacatatttcagtacttcatttacacaaaaa
gi|14 : TAAACTGAATTGAGATATGTCATA----T-AAGA------TAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-AGTT--T------C-------AC--A---C--AAATAAACTTCGTCGGCAGTAA-CATCATG--T--ATAGGGTACGCTTAATCGTTTCAGAAATCGT--------TT
gi|15 : GGCT--TG-TA--ATTAC--TTCACCACTTGAACTGCATTAATATA--------TCCTACATAGCCAAG---TTTG--ATTGTTTT---CTA-T-A----AA-A-CA------------------TTTAAAAACA-----ATATGAAGTCTAAAATGGTTGTAAGATacttaaaaaagca
gi|16 : TA-T-AAC--AAGA-AAAT-CAAGATTTGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTAATTTCTAAGATGGCTATGTCGTAACATTatatatatagcattaacctta
gi|17 : CTGCATCAATATA--------GCATTCATCGCCAAG---TTTG--ATTATTCT---ATA-TAA-C--AA-A-TAAT-CAAGATATTACAA-TTTTAATA--AT----ATCtgcaattatcatgttgtttttttttaaaaaaaaaa
gi|18 : tcc---TTTG--ATAGTTTC---CCA-T-AGC--AA-ATCCAT-CAATAAATGGAAAATTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTGAGACGGCTGTGACGTTACATTcaactgtattgtgaatacat
gi|19 : a-ATATGCAAGCC--TG-TA--ATTAG--T-------TTGAACTTAATCAATATA----------AT-TATAGCCTAG---TTTG--AT-A-TTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAA-AAAGAgacccta
gi|2 : TTTTAATTATAT-TTTAGGACA-ATGTAAAGAAAACTCTA-AATGT-T-GTGATA--GTGAAATGGATCATGTCATA----T-ACAA------CA--AAA-TA----AAATAAATTG-A-TT--TCTTTTTT-------A---A---AGAAAATAAGCATGCTTGACAGTAATCTTCATG--C--ATCAGTTACATTTGCTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---CTATA--A--A---AATAAT----A------AC------------TG-T-GT--T-T-TATTGTTTTATAAAG--C--ACAATT--TTTACAT-A-ATATGCAGAATTGTG-TA--ACTAC--TTATACACTTTAACTGCATCAACAGA--------GCATACATGGTCCGG---CTGA--AT---------------------A-A-TAAC-TAAACTG-GACAC-TTTTAAGGT-ACATGTATCTGAATTCTAAAAAGACTGTGAAATTACATTCA
gi|3 : TAATTTTAT-TTTA-G-CACATGTCATCAA--CTCTA-AGT-TGT-GTTATAAA----AA-GGGTCATGTCTTA----T-ACAAAAGAAACAGAAAA-TAGTGCATTTAAATCG-A-TT--T------T-------ATTCATACA--AATTATGCTTTCTTCGCAGTAAC---CATG--TTAAT--GATACTTTTCCTGGTTACTGAAATAA---------TTTT-CATTTATAATA--G-----TAATGAT----A-TTGATACTGAAA----GTTTG-TGAT--CGT-TCTTAGCT---------C--ACA--T--TTTACAA-A-ATATGCAGGTT--TT-TA--ATTATTATTATACACTTAAACTACATCAATATAAATATCCGACATACATGGTCAAG---TTTT--GGCAATTT-------------------------AAGA------AA-TCT-----------------GAATTCTTAGCTAGCTGTGACATAACATTCAccct
gi|4 : -T-T-GTTATAAACTGAAATGAGTCATTTGATA----A-ACAA------CAGAAAA-TACTGCATTCAAATTG-A-TT--A------T-------A---A---A--AGTTAAGATTCATTGACAGTAACCCCCACGCAT--ATGGGGTACTTTTATTGTTTTCACAAACCAT--------TTTT-TATA--TAA-A--G--AAGTAATGAT----A-CTTTTGTTGTAA----AT----T-AT--T-T-TTTTATTTTTTAAAG--C--ACA--CAATTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TA-TA-----------CTACACTTGA--T-CATCAACATA--------TTATACATGACTACG---TTTG--ATCATATT---CTG-TAA-C--AC-A-AAAT-CAAGATATGACAA-TTTTAAGA--A-----CTCAAAATTCTAAATCAACTCTGACATAACAATCAccttaatg
gi|5 : gTCTATGTTTAA--CACATGTAAACAA--TTCTT-AAT-T-T-G---------------------GTTATA----T-AAAA-------AGAACA-TGGCACATTTTAATTG-A-TT--T------TTTTTC--AT--A---A--AATTAAGCTTTCTAGTGAGTAACCATCATG--T--ATGAGGTACTTTTACTGGATTCAGCACTCAT--------T-----A-----AATAAGG--A--TAATAGT----T-ATCATCTCGAAA----GTTTG-T-GT--T-TATTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--CATTTTACTA-A-ATATACAGACT--TG-TT--ATTAT--TTCTACACCTGAACTGCATCAAAATA--------GTATACATGGCAAAG---TTTA--ATAA------------------AA-A--AAT-CAAGTTATGGCAA-TTTTAGGA--C-----ATCTGAACTTTAAGATGGCTGT-ACATTGTATTCccttaaaataaaaacatttca
gi|6 : CATGAAATA----TTAAAG------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTA-A-TTAAT------T-------ACA-A---A--AATTAAGCTTTGTCGGCAGTAACCATCATG--T--AATGGGTACTGATACTCAATCCAGAAATCAC--------T-----------------A--A--CAATGAT----A-TTCATGCTGAAAGATGGTGTGTT-AT--T-T-TTTTGTCTTTCATTGCAC--ACA--C--TTTACGA-A-ATATGCAAGCT--TG-TGGTATTTT--TTCTTCACTTGATCTGCATCAGTTTA--------TCATACATGACCAAGTTTTTTA--ATT-TTTT---CTA---A-CA-AA-A-TAAT-AAACATATTGCAA-TTCTAAGA--A-----ATCTGAATTGTAACATtcc
gi|7 : tgccataTAT-TTTTAG-CACATGTGAAAAA--CTCTT-TAT-T-TTGTTATAATATGAAATGAGTCATGTCATAATTAT-ATAA------CAGA----TTTTTTTTTTAATTTG-A-TT--T------TTTTT---A---A---A--A--CAGGCTCCCTTGTCAG------------------GAGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCATATTAAATGTTTTATAT---AAATG--G-----TAATAAT----A-TGCCTGCTGAAA----GTTGG-T-ATGTT-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--CG-TTTACTA-A-ATATGAATGCT--GGCT----TTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------GCATACATGGTCAAG---TTTG--ATCATTTT---Ctgaccttaaatggttatgtatta
gi|8 : c-TTTAAG-CACATGTAAACAA--CTATACAGT-T-T-GTTATAAAATGAAATGGATTATGTCATA----T-GTAA------CAGAAAA-TGGTGCATTTAAAATGTA-TT--T------TCATATAAA---G---A--AATT-ATCTCTCTTGCCAGTAATCATCGTG--T--ATGGGGTGCTTTCACTGGTTCCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---T--TA--T--A--TAATAATTCAGA-TT-ATGCTAAA--------TG---------T-TTTTGTCCTTTAAaaaaaaaaaaaagaaaagtat
gi|8 : caTTAATATC--------TCATACATGACCAAGA--TTTGTTATTATTTTGTTCTA-T-A------------------ATATGACAA-TTACAAGA--A-----ATCTGAATCACAAGATGGCTGTGACAATACATTCAtatctcatacatgaccaagatttgttattattttgttctataatatgacaattacaagaaatctgaatcacaagatggctgtgacaatacattcactttaa
gi|9 : catttaagcacatgtaaacaactatacagtttgttataaaatgaaatggattatgtcatatgtaacagaaaatggtgcatttaaaatgtattttcatataaagaaattatctctcttgccagtaatcatcgtgtatggggtgctttcactggttccagaaatcattttacatttatataataattcagattatgctaaatgtttttgtcct---TAATA-----A--TTGTGAT----A-TGCATGCTGAAA----GTTTG-T-AG--T-T-TTTTGTTTTTCAAAG--CAAACA--T--TTTACAA-A-ATATGTA--CT--T------ACTAT--TCCT---CTTGAACTGCATCAATATA--------GTATACAT-GCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-ctttaa
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111 5555555555555555555555 33333333333333333333333333333333 1111111111 22222 111111111 33333333 11111111
lowQualScore : 1 1 5 222 1 77 5 5 0 5 6 0 8888 4 0 111111 4 2 4 4 55 3333333333333333333333 55 0 3 2 88888 1 33333333333333333333333333333333 4444444444 9999 4 555 66 4 4 77777 11111 6 4 3 44 3 555 888 0 5 444444444 666 33 3 0 666 00000000 2 66 22 2 2 55555555 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . .... . . ...... . . . . .. ...................... .. . . . ..... . ................................ .......... .... . ... .. . . ..... ..... . . . .. . ... ... . . ......... ... .. . . ... ........ . .. .. . . ........ .
lowQualScore : 0 0 7 333 0 99 7 0 0 0 9 1 5555 0 7 555555 0 5 0 0 55 1111111111111111111111 55 7 2 3 55555 6 55555555555555555555555555555555 6666666666 4444 4 333 11 4 4 22222 00000 4 0 6 66 3 111 222 3 4 111111111 999 44 4 2 999 88888888 7 99 99 6 9 11111111 0
consensus : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--C--TTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
Reference ( family-1033 ) : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--C--TTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
gi|1 : TTATAATTTTTT-TTTAAA-CATAGGTAATCAA--CTATA-AAA-T-T-GTTATAAAATTAAATGAGTCATACCATA----T-TCAA------CAGAAAA-TACTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--ACTCAAGACTCCTTGGTAGTAACCGTCATG--A--ATGGGGTACTTTTACTGTTTCCAAAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--GTTA--TAATGAT----ACTTTTTGCTTCAA----GTTTA-T-AT--T-G-TTTTATCTTTTAAAG---------------------G-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTTTTCACTTGAACTGTATCAACAGA--------TTATACATGACTACA---TTTG--ATCATATT---CTATT-A-T--AA-A-CAAT-CCAGCAATGGCAC-TTTTCAGA--A-----AATTGAATTCTAAGATTGCTCTGACATAACATTCA
gi|10 : aaTAAATATAT-TTTA-G-CCCATCTCCTCAA--ATCTA-AAT-GGT-GTTATAAATTAAAATGGGTCATGTTATA----C-ACAG------CAGAAAAATAGTCAATTTGAATTG-T-TT--TA-----T-------A---T---A--TATAAAGCTCCCTTGGCAGTAAACATCATG--T--ATGTGGTACTATTACTGATTTCAAAAATCAT--------TTT
gi|11 : aaaAACG--C--ACA--T--TTTACAATATATATGCAGGGT--TG-TA--ATTAC--GTCTACACTTGAACTGAATCGATATA--------TCACACATGGCCAGG---TTTG--GTCATTTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAT-CAAGATAGGGCAA-TTTAAAAA--A-----ATCTGAATTCTAATATGGCAGTGACATGACACTCA
gi|12 : aTGGCAAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-TCAAA-A-CAAT-CAAAATACGGCAA-TTTTAAAA--ACA---ATCCGAATTCTAAGATGGCTGTGCCATTACATTCAcc
gi|13 : caaagtttacaaatg--ACA--T--TTTACTA-C-ATATGATGATT--TG-TA--ATTA---------------ACTGCCTCAATACA--------GCATACATTGCGTAG---TTAT--ATCATTTTT--CTA-T-A-TT-AA-A-TAAAACAAGATAATGCAA-TTTTAAAA--A-----ATTTGAATTCTAATATTGCTGTGACATTACATTCAccgtaactaaacatatttcagtacttcatttacacaaaaa
gi|14 : TAAACTGAATTGAGATATGTCATA----T-AAGA------TAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-AGTT--T------C-------AC--A---C--AAATAAACTTCGTCGGCAGTAA-CATCATG--T--ATAGGGTACGCTTAATCGTTTCAGAAATCGT--------TT
gi|15 : GGCT--TG-TA--ATTAC--TTCACCACTTGAACTGCATTAATATA--------TCCTACATAGCCAAG---TTTG--ATTGTTTT---CTA-T-A----AA-A-CA------------------TTTAAAAACA-----ATATGAAGTCTAAAATGGTTGTAAGATacttaaaaaagca
gi|16 : TA-T-AAC--AAGA-AAAT-CAAGATTTGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTAATTTCTAAGATGGCTATGTCGTAACATTatatatatagcattaacctta
gi|17 : CTGCATCAATATA--------GCATTCATCGCCAAG---TTTG--ATTATTCT---ATA-TAA-C--AA-A-TAAT-CAAGATATTACAA-TTTTAATA--AT----ATCtgcaattatcatgttgtttttttttaaaaaaaaaa
gi|18 : tcc---TTTG--ATAGTTTC---CCA-T-AGC--AA-ATCCAT-CAATAAATGGAAAATTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTGAGACGGCTGTGACGTTACATTcaactgtattgtgaatacat
gi|19 : a-ATATGCAAGCC--TG-TA--ATTAG--T-------TTGAACTTAATCAATATA----------AT-TATAGCCTAG---TTTG--AT-A-TTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAA-AAAGAgacccta
gi|2 : TTTTAATTATAT-TTTAGGACA-ATGTAAAGAAAACTCTA-AATGT-T-GTGATA--GTGAAATGGATCATGTCATA----T-ACAA------CA--AAA-TA----AAATAAATTG-A-TT--TCTTTTTT-------A---A---AGAAAATAAGCATGCTTGACAGTAATCTTCATG--C--ATCAGTTACATTTGCTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---CTATA--A--A---AATAAT----A------AC------------TG-T-GT--T-T-TATTGTTTTATAAAG--C--ACAATT--TTTACAT-A-ATATGCAGAATTGTG-TA--ACTAC--TTATACACTTTAACTGCATCAACAGA--------GCATACATGGTCCGG---CTGA--AT---------------------A-A-TAAC-TAAACTG-GACAC-TTTTAAGGT-ACATGTATCTGAATTCTAAAAAGACTGTGAAATTACATTCA
gi|3 : TAATTTTAT-TTTA-G-CACATGTCATCAA--CTCTA-AGT-TGT-GTTATAAA----AA-GGGTCATGTCTTA----T-ACAAAAGAAACAGAAAA-TAGTGCATTTAAATCG-A-TT--T------T-------ATTCATACA--AATTATGCTTTCTTCGCAGTAAC---CATG--TTAAT--GATACTTTTCCTGGTTACTGAAATAA---------TTTT-CATTTATAATA--G-----TAATGAT----A-TTGATACTGAAA----GTTTG-TGAT--CGT-TCTTAGCT---------C--ACA--T--TTTACAA-A-ATATGCAGGTT--TT-TA--ATTATTATTATACACTTAAACTACATCAATATAAATATCCGACATACATGGTCAAG---TTTT--GGCAATTT-------------------------AAGA------AA-TCT-----------------GAATTCTTAGCTAGCTGTGACATAACATTCAccct
gi|4 : -T-T-GTTATAAACTGAAATGAGTCATTTGATA----A-ACAA------CAGAAAA-TACTGCATTCAAATTG-A-TT--A------T-------A---A---A--AGTTAAGATTCATTGACAGTAACCCCCACGCAT--ATGGGGTACTTTTATTGTTTTCACAAACCAT--------TTTT-TATA--TAA-A--G--AAGTAATGAT----A-CTTTTGTTGTAA----AT----T-AT--T-T-TTTTATTTTTTAAAG--C--ACA--CAATTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TA-TA-----------CTACACTTGA--T-CATCAACATA--------TTATACATGACTACG---TTTG--ATCATATT---CTG-TAA-C--AC-A-AAAT-CAAGATATGACAA-TTTTAAGA--A-----CTCAAAATTCTAAATCAACTCTGACATAACAATCAccttaatg
gi|5 : gTCTATGTTTAA--CACATGTAAACAA--TTCTT-AAT-T-T-G---------------------GTTATA----T-AAAA-------AGAACA-TGGCACATTTTAATTG-A-TT--T------TTTTTC--AT--A---A--AATTAAGCTTTCTAGTGAGTAACCATCATG--T--ATGAGGTACTTTTACTGGATTCAGCACTCAT--------T-----A-----AATAAGG--A--TAATAGT----T-ATCATCTCGAAA----GTTTG-T-GT--T-TATTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--CATTTTACTA-A-ATATACAGACT--TG-TT--ATTAT--TTCTACACCTGAACTGCATCAAAATA--------GTATACATGGCAAAG---TTTA--ATAA------------------AA-A--AAT-CAAGTTATGGCAA-TTTTAGGA--C-----ATCTGAACTTTAAGATGGCTGT-ACATTGTATTCccttaaaataaaaacatttca
gi|6 : CATGAAATA----TTAAAG------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTA-A-TTAAT------T-------ACA-A---A--AATTAAGCTTTGTCGGCAGTAACCATCATG--T--AATGGGTACTGATACTCAATCCAGAAATCAC--------T-----------------A--A--CAATGAT----A-TTCATGCTGAAAGATGGTGTGTT-AT--T-T-TTTTGTCTTTCATTGCAC--ACA--C--TTTACGA-A-ATATGCAAGCT--TG-TGGTATTTT--TTCTTCACTTGATCTGCATCAGTTTA--------TCATACATGACCAAGTTTTTTA--ATT-TTTT---CTA---A-CA-AA-A-TAAT-AAACATATTGCAA-TTCTAAGA--A-----ATCTGAATTGTAACATtcc
gi|7 : tgccataTAT-TTTTAG-CACATGTGAAAAA--CTCTT-TAT-T-TTGTTATAATATGAAATGAGTCATGTCATAATTAT-ATAA------CAGA----TTTTTTTTTTAATTTG-A-TT--T------TTTTT---A---A---A--A--CAGGCTCCCTTGTCAG------------------GAGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCATATTAAATGTTTTATAT---AAATG--G-----TAATAAT----A-TGCCTGCTGAAA----GTTGG-T-ATGTT-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--CG-TTTACTA-A-ATATGAATGCT--GGCT----TTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------GCATACATGGTCAAG---TTTG--ATCATTTT---Ctgaccttaaatggttatgtatta
gi|8 : c-TTTAAG-CACATGTAAACAA--CTATACAGT-T-T-GTTATAAAATGAAATGGATTATGTCATA----T-GTAA------CAGAAAA-TGGTGCATTTAAAATGTA-TT--T------TCATATAAA---G---A--AATT-ATCTCTCTTGCCAGTAATCATCGTG--T--ATGGGGTGCTTTCACTGGTTCCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---T--TA--T--A--TAATAATTCAGA-TT-ATGCTAAA--------TG---------T-TTTTGTCCTTTAAaaaaaaaaaaaagaaaagtat
gi|8 : caTTAATATC--------TCATACATGACCAAGA--TTTGTTATTATTTTGTTCTA-T-A------------------ATATGACAA-TTACAAGA--A-----ATCTGAATCACAAGATGGCTGTGACAATACATTCAtatctcatacatgaccaagatttgttattattttgttctataatatgacaattacaagaaatctgaatcacaagatggctgtgacaatacattcactttaa
gi|9 : catttaagcacatgtaaacaactatacagtttgttataaaatgaaatggattatgtcatatgtaacagaaaatggtgcatttaaaatgtattttcatataaagaaattatctctcttgccagtaatcatcgtgtatggggtgctttcactggttccagaaatcattttacatttatataataattcagattatgctaaatgtttttgtcct---TAATA-----A--TTGTGAT----A-TGCATGCTGAAA----GTTTG-T-AG--T-T-TTTTGTTTTTCAAAG--CAAACA--T--TTTACAA-A-ATATGTA--CT--T------ACTAT--TCCT---CTTGAACTGCATCAATATA--------GTATACAT-GCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-ctttaa
blockSeqs : T A G GGA T AA C G G T T ATTA T AAGAAA A G T G AA TCATATAAAG GA A A TTA G ATTAAATGTTTTATATAAATGG TCAGATTA GATG T TG GT G A CAC ATT A T T TG C GGT TTA A AATATCCGA TTT TT C GTT TAACA G TC AA G A TACATGT G
blockSeqs : A . AG A . . . G . C . . . . G . . . CTTTTTTAA . T A CAT A TTTTCATTTATAATAG ATTGA . T TT . . . CAA CAA T . . . . A C C T A . C T TATCA . C T C . ACA T
blockSeqs : T . AG T . . . . . G . . . . G . . . TATTCATAC . C T T C TTTTTATATAAAGAAG ACTTT . G T . . . C CAT A . . . . A C A G . . C . TAACA . C T A . ACA T
blockSeqs : C . G A . . . . . C . . . . C . . . TTTTTCATA . C C T G TTTACATCTATAAA TATCA . T T . . . C CG A . . . . A G A T . . T . TATT . T T T . AT A
blockSeqs : . G A . . . . . A . . . . G . . . TTTTTAA . C A C G TTTACATTTATA ATTCA . T T . . . C T G . . . . A C A G . . T . TAAC . C T T . A T
blockSeqs : . A A . . . . . A . . . . G . . . TACAA . C A T T TAAATAAGGA ATGCC . . T . . . C T T . . . . A T A G . . A . TAAC . A T T . A T
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . ATAT . T A T G TAA ATGCA . . T . . . C T G . . . . A T T T . . C . TAGC . T A T . A A
blockSeqs : . . . . . G . . . CACA . . . T G A . . . . . . C C T . . . . A C A G . . C . TAAC . C C T . A A
blockSeqs : . . . . . . . . TAA . . . . . T A . . . . T T . T . . A . ACA . T T T . A T
blockSeqs : . . . . . . G . . T . TA . A T T . C T
blockSeqs : . . . . . T . . C . TA . T T . . A
blockSeqs : G . . T . . . . . . . A
blockSeqs : . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AG* TNTTTAA*************** ATTCA***** C**** T****
originalCons : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--T------T-------A---A---A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--C--TTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
finalCons : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-A-TT--TTNTTTAA---------------A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGATATTCA-----TGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAGC----ACAT----TTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111 22222222222 33333333333333333333333333333333 1111111111 11111 111111111 33333333 11111111
lowQualScore : 1 1 5 222 1 77 5 5 0 5 6 0 8888 4 0 111111 4 2 4 22222222222 7777 55 5 0 3 2 88888 1 33333333333333333333333333333333 4444444444 9999 4 555 66 4 4 77777 88888 6 4 3 44 3 555 888 0 5 444444444 666 33 3 0 666 00000000 2 66 22 2 2 55555555 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . .... . . ...... . . . ........... .... .. . . . . ..... . ................................ .......... .... . ... .. . . ..... ..... . . . .. . ... ... . . ......... ... .. . . ... ........ . .. .. . . ........ .
lowQualScore : 0 0 7 333 0 99 7 0 0 0 9 1 5555 0 7 555555 0 5 0 44444444444 9999 55 8 7 2 3 55555 6 55555555555555555555555555555555 6666666666 4444 4 333 11 4 4 22222 44444 4 0 6 66 3 111 222 3 4 111111111 999 44 4 2 999 88888888 7 99 99 6 9 11111111 0
consensus : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-ATTT--T-NTN--T-A-A--A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--T--TTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
Reference ( family-1033 ) : NNTTNTAATTNTAT-TTTAAG-CACATGTAANCAA--CTCTA-AAT-T-T-GTTATAAANTGAAATGGGTCATGTCATA----T-ACAA------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-ATTT--T-NTT--T-A-A--A--AATTAAGCTTCCTTGGCAGTAACCATCATG--T--ATGGGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--G--A--TAATGAT----A-TTCATGCTGAAA----GTTTG-T-AT--T-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--T--TTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------NCATACATGGCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-C--AA-A-CAAT-CAAGATATGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTAAGATGGCTGTGACATNACATTCA
gi|1 : TTATAATTTTTT-TTTAAA-CATAGGTAATCAA--CTATA-AAA-T-T-GTTATAAAATTAAATGAGTCATACCATA----T-TCAA------CAGAAAA-TACTGCATTTAAATTG-ATTT--T--------A-A--A--ACTCAAGACTCCTTGGTAGTAACCGTCATG--A--ATGGGGTACTTTTACTGTTTCCAAAAATCAT--------TTTT-CAT---TAATA--GTTA--TAATGAT----ACTTTTTGCTTCAA----GTTTA-T-AT--T-G-TTTTATCTTTTAAAG---------------------G-ATATGCAGGCT--TG-TA--ATTAC--TTTTTCACTTGAACTGTATCAACAGA--------TTATACATGACTACA---TTTG--ATCATATT---CTATT-A-T--AA-A-CAAT-CCAGCAATGGCAC-TTTTCAGA--A-----AATTGAATTCTAAGATTGCTCTGACATAACATTCA
gi|10 : aaTAAATATAT-TTTA-G-CCCATCTCCTCAA--ATCTA-AAT-GGT-GTTATAAATTAAAATGGGTCATGTTATA----C-ACAG------CAGAAAAATAGTCAATTTGAATTG--TTT--T-ATA--T-A-T--A--TA--AAGCTCCCTTGGCAGTAAACATCATG--T--ATGTGGTACTATTACTGATTTCAAAAATCAT--------TTT
gi|11 : aaaAACG--C--ACA--T--TTTACAATATATATGCAGGGT--TG-TA--ATTAC--GTCTACACTTGAACTGAATCGATATA--------TCACACATGGCCAGG---TTTG--GTCATTTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAT-CAAGATAGGGCAA-TTTAAAAA--A-----ATCTGAATTCTAATATGGCAGTGACATGACACTCA
gi|12 : aTGGCAAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-TCAAA-A-CAAT-CAAAATACGGCAA-TTTTAAAA--ACA---ATCCGAATTCTAAGATGGCTGTGCCATTACATTCAcc
gi|13 : caaagtttacaaatg--ACA--T--TTTACTA-C-ATATGATGATT--TG-TA--ATTA---------------ACTGCCTCAATACA--------GCATACATTGCGTAG---TTAT--ATCATTTTT--CTA-T-A-TT-AA-A-TAAAACAAGATAATGCAA-TTTTAAAA--A-----ATTTGAATTCTAATATTGCTGTGACATTACATTCAccgtaactaaacatatttcagtacttcatttacacaaaaa
gi|14 : TAAACTGAATTGAGATATGTCATA----T-AAGA------TAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTG-AGTT--T-C-A--C-A-C--A--AA-TAAACTTCGTCGGCAGTAA-CATCATG--T--ATAGGGTACGCTTAATCGTTTCAGAAATCGT--------TT
gi|15 : GGCT--TG-TA--ATTAC--TTCACCACTTGAACTGCATTAATATA--------TCCTACATAGCCAAG---TTTG--ATTGTTTT---CTA-T-A----AA-A-CA------------------TTTAAAAACA-----ATATGAAGTCTAAAATGGTTGTAAGATacttaaaaaagca
gi|16 : TA-T-AAC--AAGA-AAAT-CAAGATTTGGCAA-TTTTAAGA--A-----ATCTAATTTCTAAGATGGCTATGTCGTAACATTatatatatagcattaacctta
gi|17 : CTGCATCAATATA--------GCATTCATCGCCAAG---TTTG--ATTATTCT---ATA-TAA-C--AA-A-TAAT-CAAGATATTACAA-TTTTAATA--AT----ATCtgcaattatcatgttgtttttttttaaaaaaaaaa
gi|18 : tcc---TTTG--ATAGTTTC---CCA-T-AGC--AA-ATCCAT-CAATAAATGGAAAATTTTAAGA--A-----ATCTGAATTCTGAGACGGCTGTGACGTTACATTcaactgtattgtgaatacat
gi|19 : a-ATATGCAAGCC--TG-TA--ATTAG--T-------TTGAACTTAATCAATATA----------AT-TATAGCCTAG---TTTG--AT-A-TTT---CTA-TAA-CA-AA-A-CAAA-AAAGAgacccta
gi|2 : TTTTAATTATAT-TTTAGGACA-ATGTAAAGAAAACTCTA-AATGT-T-GTGATA--GTGAAATGGATCATGTCATA----T-ACAA------CA--AAA-TA----AAATAAATTG-ATTTCTT-TTT--T-A-A--AGAAAATAAGCATGCTTGACAGTAATCTTCATG--C--ATCAGTTACATTTGCTGGTTTCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---CTATA--A--A---AATAAT----A------AC------------TG-T-GT--T-T-TATTGTTTTATAAAG--C--ACAATT--TTTACAT-A-ATATGCAGAATTGTG-TA--ACTAC--TTATACACTTTAACTGCATCAACAGA--------GCATACATGGTCCGG---CTGA--AT---------------------A-A-TAAC-TAAACTG-GACAC-TTTTAAGGT-ACATGTATCTGAATTCTAAAAAGACTGTGAAATTACATTCA
gi|3 : TAATTTTAT-TTTA-G-CACATGTCATCAA--CTCTA-AGT-TGT-GTTATAAA----AA-GGGTCATGTCTTA----T-ACAAAAGAAACAGAAAA-TAGTGCATTTAAATCG-ATTT--T-ATTCAT-A-C--A--AATTATGCTTTCTTCGCAGTAAC---CATG--TTAAT--GATACTTTTCCTGGTTACTGAAATAA---------TTTT-CATTTATAATA--G-----TAATGAT----A-TTGATACTGAAA----GTTTG-TGAT--CGT-TCTTAGCT---------C--ACA--T--TTTACAA-A-ATATGCAGGTT--TT-TA--ATTATTATTATACACTTAAACTACATCAATATAAATATCCGACATACATGGTCAAG---TTTT--GGCAATTT-------------------------AAGA------AA-TCT-----------------GAATTCTTAGCTAGCTGTGACATAACATTCAccct
gi|4 : -T-T-GTTATAAACTGAAATGAGTCATTTGATA----A-ACAA------CAGAAAA-TACTGCATTCAAATTG-AT-------TA--T-A-A--A--AGTTAAGATTCATTGACAGTAACCCCCACGCAT--ATGGGGTACTTTTATTGTTTTCACAAACCAT--------TTTT-TATA--TAA-A--G--AAGTAATGAT----A-CTTTTGTTGTAA----AT----T-AT--T-T-TTTTATTTTTTAAAG--C--ACA--CAATTTACGA-A-ATATGCAGGCT--TA-TA-----------CTACACTTGA--T-CATCAACATA--------TTATACATGACTACG---TTTG--ATCATATT---CTG-TAA-C--AC-A-AAAT-CAAGATATGACAA-TTTTAAGA--A-----CTCAAAATTCTAAATCAACTCTGACATAACAATCAccttaatg
gi|5 : gTCTATGTTTAA--CACATGTAAACAA--TTCTT-AAT-T-T-G---------------------GTTATA----T-AAAA-------AGAACA-TGGCACATTTTAATTG-ATTT--T-TTT--TCATA--A--AATTAAGCTTTCTAGTGAGTAACCATCATG--T--ATGAGGTACTTTTACTGGATTCAGCACTCAT--------T-----A-----AATAAGG--A--TAATAGT----T-ATCATCTCGAAA----GTTTG-T-GT--T-TATTTTGTCTTTTAAAG--C--ACACAT--TTTACTA-A-ATATACAGACT--TG-TT--ATTAT--TTCTACACCTGAACTGCATCAAAATA--------GTATACATGGCAAAG---TTTA--ATAA------------------AA-A--AAT-CAAGTTATGGCAA-TTTTAGGA--C-----ATCTGAACTTTAAGATGGCTGT-ACATTGTATTCccttaaaataaaaacatttca
gi|6 : CATGAAATA----TTAAAG------CAGAAAA-TAGTGCATTTAAATTA-ATTA--A-TTA--C-A-A--A--AATTAAGCTTTGTCGGCAGTAACCATCATG--T--AATGGGTACTGATACTCAATCCAGAAATCAC--------T-----------------A--A--CAATGAT----A-TTCATGCTGAAAGATGGTGTGTT-AT--T-T-TTTTGTCTTTCATTGCAC--ACA--C--TTTACGA-A-ATATGCAAGCT--TG-TGGTATTTT--TTCTTCACTTGATCTGCATCAGTTTA--------TCATACATGACCAAGTTTTTTA--ATT-TTTT---CTA---A-CA-AA-A-TAAT-AAACATATTGCAA-TTCTAAGA--A-----ATCTGAATTGTAACATtcc
gi|7 : tgccataTAT-TTTTAG-CACATGTGAAAAA--CTCTT-TAT-T-TTGTTATAATATGAAATGAGTCATGTCATAATTAT-ATAA------CAGA----TTTTTTTTTTAATTTG-ATTT--T-TTT--T-A-A--A--A--CAGGCTCCCTTGTCAG------------------GAGGTACTTTTACTGGTTTCAGAAATCATATTAAATGTTTTATAT---AAATG--G-----TAATAAT----A-TGCCTGCTGAAA----GTTGG-T-ATGTT-T-TTTTGTCTTTTAAAG--C--ACA--CG-TTTACTA-A-ATATGAATGCT--GGCT----TTAC--TTCTACACTTGAACTGCATCAATATA--------GCATACATGGTCAAG---TTTG--ATCATTTT---Ctgaccttaaatggttatgtatta
gi|8 : c-TTTAAG-CACATGTAAACAA--CTATACAGT-T-T-GTTATAAAATGAAATGGATTATGTCATA----T-GTAA------CAGAAAA-TGGTGCATTTAAAATGTATTT--TCATA--T-A-AAGA--AATT-ATCTCTCTTGCCAGTAATCATCGTG--T--ATGGGGTGCTTTCACTGGTTCCAGAAATCAT--------TTTA-CAT---T--TA--T--A--TAATAATTCAGA-TT-ATGCTAAA--------TG---------T-TTTTGTCCTTTAAaaaaaaaaaaaagaaaagtat
gi|8 : caTTAATATC--------TCATACATGACCAAGA--TTTGTTATTATTTTGTTCTA-T-A------------------ATATGACAA-TTACAAGA--A-----ATCTGAATCACAAGATGGCTGTGACAATACATTCAtatctcatacatgaccaagatttgttattattttgttctataatatgacaattacaagaaatctgaatcacaagatggctgtgacaatacattcactttaa
gi|9 : catttaagcacatgtaaacaactatacagtttgttataaaatgaaatggattatgtcatatgtaacagaaaatggtgcatttaaaatgtattttcatataaagaaattatctctcttgccagtaatcatcgtgtatggggtgctttcactggttccagaaatcattttacatttatataataattcagattatgctaaatgtttttgtcct---TAATA-----A--TTGTGAT----A-TGCATGCTGAAA----GTTTG-T-AG--T-T-TTTTGTTTTTCAAAG--CAAACA--T--TTTACAA-A-ATATGTA--CT--T------ACTAT--TCCT---CTTGAACTGCATCAATATA--------GTATACAT-GCCAAG---TTTG--ATCATTTT---CTA-T-A-ctttaa