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lowQualScore : 22222 11 222222 33333333333 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 3333333333333333333333333333333 3333333333333333333333 33333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 11 22222
lowQualScore : 3 00000 11 555555 66 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 3 7777 444444444 4444444444444444444444444444444 66 3 666 6666666666666666666666 3 44 44 11111111111111111111111111 44 1 555 888 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 888888 8 2 3 33 88 11111 6
lowQualScore : . ..... .. ...... .. ........... ................................................ .. . . .... ......... ............................... .. . ... ...................... . .. .. .......................... .. . ... ... . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ...... . . . .. .. ..... .
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consensus : CCTAAAGCCT-----TAAACGA--ACGG-----AGGCGCTGGATA-----CT---TGTTNNCA--------TATC------T-CG--CTG-----------------CT--C-CGGCT----T---------CTGCAAAGTCATCG-AGTA-NATC--CGCGTATAG----CATCA-TTTG-T---T----------T----AT-----ATAT-A--T--AC--A--T------GAGCA-TGT---C-TG--TGTT---TTAC---A-ATA---AC-----T-----GCAT-GC-----T------G-----C-CGTATGTGTA-A----GAGAA------T-A---GTNTGNCGGG-----GNT-A-CT-T---T-TA----T-T--------ACACT---GT------------------CTCGTTT--TA-TG----A----------NGTGA--C--GACGG------------------GG-----NAA-G-AGC-----GAGGTTGGGT----GC-ACNC--GTTAA-CCAGG-TTTAAGCTC-CCAA---GTGGC---G--T-NTN-TT---TACTGACC---GT----TCC-A-GN-G---CGGT-----GA-CCCCANT-T-T--------T--TA----T-T-C-T-TAT----C---TATGT-A---T----TA-T---ACT-------TAT--T--TTGATTATTCCTTNT-TTA-ATTGTGTC-CGTA-C--------TGCTT-TGGT-T---GGC----GCGTCNTTTGAATG--CTACGTNTCCTN-TTGGTTA---T-TATTTTCT
Reference ( gi|3 ) : CCTAAAGCTT-----TAAACGG--ACGA-----AGGCGTTGGATA-----CT---TGTTGG-A--------TATC------T-CG--TTG-----------------CT--C-TGGCT----T---------CTGCAAAGGCATCT-AGTA-AATC--TGCGTATAA----CATCA-CTTG-T---T----------T----AT-----ATAT-A--T--AC--A--T------GGGCA-TGT---C-TG--TATT---TTAC---A-ATA---AC-----T-----GCAT-GT-----T------G-----C-CGTATGTGTA-T----GAGTC------T-A---GTCTGGCGGG-----GCT-A-CC-T---T-TA----T-T--------ATACT---GT------------------CTCGTCT--TG-TA----A----------AGTGC--T--GATAG------------------TG-----TAG-G-AGC-----GACGTTGGGT----AC-ATAC--GTTAA-CTAGA-TTCAGGCTC-CCAA---ATGGC---A--T-ATA-TT---TACTGACT---GT----TCC-A-GT-G---CGGT-----GA-CTCCACT-T-T--------T--TA--ACT-T-C-T-TAT----C---TATGC-A---T----TA-T---ACT-------TAT--T--TCGATTATTCCTTTTTTTA-ATTGTCTC-CATA-C--------TACTT-TGGT-T---GGC----GTGTCCTTTGACTG--ATATGTTTCCTT-TTGGTTA---T-TATTTTTT
gi|19 : CTTAAAGCCTAATAATAAACAA--ACGG-----AGGCGATTTATA-----CC---TGTTCTTA--------TATC--------CG--T-G-----------------TT--T-TG-TT----T---------CTACTAA------T-GATA-A--C--GGC--ATAG----CATCA-ATTG-TCTCT----------T----GT-----ATAT-A--T--GT--G--T------GTGTA-TGT---G-AG--TATT---TTTTGTGA-ATA---AT-----A-----CCAT---------------------T-CGTGTGTGTA-T----GA
gi|10 : ctggggacacagtgatggcgaattcctCCTAAAGCCT-----TAAACAA--ACAT-----AGTCGCTGGGT-------T---TGTTTT-ACT------TATC------TCCGCCTTGTCAAATCTTTAGTTCTTCT--C-TCGCT----TCTCTTTTTCCTGAAAAATCCTTG-AGTA-GATT--AGCGAATAGCAACCATCG-TTTG-T---T----------T----AT-----ATAT-G--T--AT--------------GTA-TGTAC-C-TGATTATT---TT-C---A-ATAC--ACATATGT-----GCTT-GC-----T------G-----C-AGTATCTGTA-
gi|37 : tttgatggttaacctttttatattaaaccatcaagttgacatatttaattgtgcgacgaccggatggactggggactcgatgatggcaagttcacCTAAAACCT-----TAAACGA--AAAG-----AGGCACTGGACG-----CT---TGT
gi|32 : tGCCT-----TTAATGG--GCAG-----AGGCGCTAGATCTCCGTCT---TGTCGG-ACCCTTCATTATTGTTCCTT-CG--CTG-----------------TT--C-TGGCT----T---------CTGTTAAGTCATCG-ATTA-CATC--ccttatttgcgtcttgcctcatccttatgtgatatcctctctca
gi|2 : ttctccgatgCTT-----TAATCGGCGACGATCGGAAGGAGT-GGAGA-----CTCGGTGTTGGCA--------AGTT------T-TG--CTG-----------------CT--C-CGACT----T---------CTGCAATGTCATCT--GCA-AAT------GGA--------ATCA-CTTG-T---TTCTCACTCTCT----AT-----ATAT-A--A--AC--T--T------GAGCA-TTT---T-TG--TGTT---TTGC---A-ATATTCACAAG--T-----GCAT-GCA----C------G-----T-CATAT-TTTA-A----GAGAA------G-A---GTACGGAGGG-------T-ATTT-T---T-TA----T-T---------TACC---AT------------------ATCGTTG--TA-TA----A----------AATAG--C--GACGC------------------GG-----AAA-G-AGC-----GAGGTTGGGT-------------GTT-C-CTA----TTAG-----CCAA---GTGAT---A--T-ATC-TTGC-TACTGACC---AT----TCC-A-GG-G---CGGT-----GACCTCTGAT-G-T--------C--TG----T-T-T-T-TAT----C---TATGT-A---TA---TA-TTTGACT-------TAT--T--TTAATAATTCCTAATATAG-ATTGTGAA-AATA-T--------AGATT-TGGC-G---GTT----GTTTCAGTTGAATG--CTACGTATCCTG-TTGGTTG---TGTGTTTTC
gi|1 : tggttacctcctttacggttgctcatcatgttttcct--------TATC------T-TG--CTG-----------------CC--C-TGGCTGGCGT---------CTGCAATGTCATGG-TGTA-CATTATCGTATATAG----CACCT-TTTG-T---T----------TCTTTAT-----ATAT-A--T--ATTTAGCT------GAGTA-TTT---C-TG--TGTT---TTAC---T-ATAT--ACATATGT-----GCATTAT-----T------T-----T-TGCACGTGTA-A----GAGAA------C-A---GTATGGCGGGATACTGTT-A-CA-T---G-TA----T-TTGGGCGGGATGCT---GTTACATGTAATTGCTCTGCCTCGTTT--TA-TG----A----------TGTGA--C--GATGG------------------GG-----AAA-G-AGT-----AAGGTTAGAA----GC-ATCC--GTTAA-CCAGG-TTTAAGCTC-TACA---GTGGC---T--TCATT-TTGC-TACTCATT---GT----TAA-A-AG-G---CAGT-----GA-TTCC-TT-T-T--------G--TA--ATT-T-C-T-TAT----T---CATGT-G---TA---TA-T----CT-------CCT--T--TTGGTTATATATTTTATTA-tatat
gi|18 : tggtggtggtattat--------TATC------T-TT--CTG-----------------CT--C-CAACT----T---------CTGCAAAGTCATCG-AGTG-CATC--TGCGTGTG-----CATCA-TTTG-T---T----------T----CTTT---ATAT-A--T--AC--A--TTTACCTAAACA--GTG--C-AG--TGTT---TTAC---A-ACA----------T-----GCA------------------------CATGTGTGTA-ttcttgaattatatggtacatatcgtatgttttttacacttaaatcgacatgtttcatattcaccaaattcacgtgtttactcatatttc
gi|33 : actcttaaagtctctaaaggaggcgctggatatttgtccttatatccgttttgttatacccttagttatTC------T-TG--CTG-----------------GT--C-GGTCT----T---------CTGCAAAGTTAT----------TC--TACGTAAAG----TATCA-CTTG-T---T----------T----c
gi|5 : tatctcggtcttgctgtaccctgaattactattc--TTG-----------------CTGTCATGACA----T---------TTGCAATGCCATCG-ACTA-A-TC--TGTGTA--------ATCA-TTTA-T---C----------T----AC-----TTAT----T--ACTTA--T------GTACA-TAT---A-TT--TACC---TAACC--A-ATG---TT-----T-----G--T-GT-----T------T-----CACAAAGG-GAA-TCAGAGAGTTAGAGAAT-A---ACCAAGGGGGTTG--GGT-A-TT-T---TATA----TAT--------ACACT---GT------------------TCTGTGT--TA-TG----A----------TTGGA--T--GACGG------------------GG-----GAA-A-AGC-----GATGTTGGGT----GC-ACCA--GTTTA-CCATG-TTTAAGCTC-ACCA---ATGTC---G------G-TT---TGCTG-CTAGCGT----TCC-GTGTGG---CGAT-----GA-CT-TATG-T-T--------G--TC--GTT-T-CAT-TAG----CATATATGG-A---T----TG-C---ATC-------TGT--T--TTAATTATctttttgtaaat
gi|4 : T--C-TGACT----T---------TTGCAAAGCCTTCG-AGTA-CATA--TGTGCATGA----CATAATTTTA-T---T----------T----ATTTCTGATAT-AGTT--AC--A--T------TAGCA-CG-------------T---TTAC-----GTA----------T-----GTAT-AC-----T------T-----C-CGTGTTTGTA-A----GAATA------T-A---ATATGACGGA-----GAT-A-CT-T---T-TGT---T-T--------AAACC---GA------------------CTTGTTT--TT-TG----A----------TGTGA--T--GACCG------------------GG-----TAA-ACAGC-----GAGGTTGAAC----GC-ACAC--ATAAA-CCAGGTTTTAGGTTC-CCAA---A-GGC---G--T-----TT---T------T---GT----------GT-GA--CATT-----AT-CTTCATT-T-C--------T--T----CTAT-T-T-TA---------TATGCTA---T----TG-C---ACA-------TAT--T--ATGATTATT-----------ATAGTTTCGCGTA-TGCTTAGTGTATTTGTGGTGTTGAGGCGATAGCGTCTTTTGAATGACATATATTTCCTT-TT--TTAATGT-TATTTTaatataaataaggcataaatatagtttatac
gi|8 : GGCT----T---------CTGCAAAGTC-CCTGAGTACAAT---TGCATCTAA----CATCA-TTTA-T---TTTCATTG---T----AT-----GTAT-A--TTCAC--T--T------AGACATTGT-----TA--TATT---TTAC---A-TCA---TT-----C-----ACAT-GT---------------------ACATGTTTA-----------------T-A---GTATGAAGGA-----GTA-A-CG-T---T-TATGATT-T--------ATACatt
gi|41 : ----T---------CTGCAAAGTCATTTGAGTT-CAAC--CGCGTGCGA----TATCA-TCTG-T---T----------T----CTTTG--CTAT-A--T--AT--A--T------GTGTA-TAT---C-Tattcaattttttatgtgacgattaggaaacagcgaggtaaaccgtgtttaagatgcccatttttggtaaccctttctgttatttattcagtctttctggattgtacttacatatgttttatattggctgtgcctctgcggctatgtttagatgtgttctgtg
gi|13 : AG----CATCA-CTTGAT---T----------C----TT-----GTAT-A--T--AC--C--T------AAGTA-TTTATTC-TG--CTTT---ATAC---A-CTA----C-----T------CAT-GT-----TCCTGTTG-----C-CACACTTGTA-A----GAG----------AAATGTTTGTCGGG-----GCT-A-CC-TGCATGTA----T-T--------GTATT---GT------------------TTTACGA--TG-TG----A----------AG-AC--TA-AATA---------------------------AA-G-AGC-----GAGGTTGCAT----GC-ACTC--GCTCA-CCAGG-ATTAAACTC-CC-A---GTGGC---GGCT-TTG-AT---TA-TGACC---AT----TCG-A-AA-A---CGCT-----GA-AT-GATA-T-T--------G--TC--AAT-T-C-A-TCT----A---TATGT-A---T----TA-T---ATT-------TGT--T--aaa
gi|11 : c----------T----AT-----ATATGA--T--AT--A--T------TG-CG-TTT---TGTG--TGTTAAATTAT---ATATA---TG-----T-----GCAT-CC-----T------G-----C-AGCATGTGTA-G----GAGAA------T-A---GTATGTGGGG-----GCT-A-CT-G---T-CA----CGT--------GCAA----GT------------------CTCGTTT--AA-TAGCTCG----------ATTGCGAT--GAAAGCTCAAAACTTATATTAACTG-----CAA-G-AGC-----TAGGTTGAAA----ACAATA---ATTGA-ATAGT-TTCAAG-TC-CCCA---ATGCCG--G--T-TTC-GC---TATTAACC---GT----TAA-A-CG-G---CGGC-----GA-CCACAAT-T-C--------T--T-----------T-TAT----C---TGT-------T----TA-T---GC
gi|24 : T-A--T--AC--A--T------GATTA-TGT---C-TT--TGTT---TTAC---A-AAAT--AC-----------ACAT-GTGTATCT------G-----C-ATTAGGTTTA-A----GAGAA------T-A---ATCTGTTGGG---------A-TT-T---T-TAT---T-T--------ATATTATAGT----------------------TCC--TG-TG----A----------TGTGA--C--GACG--------------------G-----TAG-GAAACTGAAAGA-GTTG----------ATCG--GTTAA-TCAGA-TTTA-GCTC-cacgtcatgtgttgacatatgctttt
gi|7 : -TG--TATT---TTA----A-ACT---AC-----TTACACGTAT-GTA----T------GAGCAGC-CATATTCGT-------GAGACAA----T-A---GTTAGGCGT-------CTCA-CC-T---G-TA----T-TT-------ACACA---GA------------------CTTGTATCATGATA----A----------TGTGA--C--GGGAG------------------AG-----TAGAG-AGC-----AAGGTTTGGTTTCCCC-ATAC------A-CCAGG-TTCAAGCTC-TCGA---ATGGC---A----GTA-TC---TGCT-ACT---G-----ACC-T-G--G---CAAT--------CCCCACC-C-TAGTATCACT--TA----T-T-CAT-TAT----G---CATGT-A---T----CA-T---ACT-------TAT--A--ATGATAATTTTGTGCTTTG-GCAGT------TA-C--------GA----TGGT-T----------GCGTCTTTTGA-----ATAAATTCTCTTATTGTTTA---aacag
gi|9 : t--TGTT---TTAT---A-TCA---AA-----C-----ACATTGC-----T------G-----C-CGTGTGTGCAAT----AA--C------TGA---GTCTGACTGG-----GAT-A-CC-T---A-TT----T-T--------TCATT---GT------------------CTCGTCT--TA-T------------------T-C--TTAGACAG---------------------------G-G-AAA-----GAAATTGGGT----GC-ACAC--GTAAA-CTAGG-TTTAA--TCGCTAA---A-GGG---G--T-GTAGTT---CACT-ACT---GTCGCCTCCAA-GT-----CGAT-----GA-CCCC-CTAT-T--------G--AA--ACT-T-C-T-TGT----C---TATGT-A--------TG-T---A-T-------TAT--T--T--A-TATTC----------ATTGTGTT-TTTG-C--------TGTTT-TTGG-G---GGCT---GTGTCATTCGAATG--CCACGCAT--------ATTA---T-TATTTTagtattacca
gi|21 : ttgatacttaattatatttac-A---GTTTGACAAG-----GGT-A-CT-T---C-TAA---T-G--------ACAGT---GT------------------GTCGTTT--TA-TG----ATATGAAACCAAGGGA--T--GGGAG------------------GGGA---TAG-G-AGC-----GAGGTCCAGT----GT-ACCT--GTTAA-CCAGA-GTTAAGCTC-CCAGGTTGTGGC---------TT-TTCGATACTGATT---GT----TCT-A-
gi|45 : aataaaaggaattactagttagagaaaTTTGTCGGG-----GCT-A-CCTT---T-TT----T-T--------ACATT---GT------------------ATCGTTT--TA-TG----A----------TGTGaa
gi|6 : ttT-A-TT-T---T-TA----T-TC-------ACACT---GT------------------CTTGTCT--AA-CG----AT---------AG-GA--T--GGCAG------------------GGGACGGCAA-G-AGAA----GATATTGG-T----GC-ATCC--GT-AA-CTAGG-TT----------AA---GTGGC---G--T-ATT-TTGC-TAATGGTC---GT----TCC-A-AA-G---CGTT-----GA-ACCCGGT-TGT--------T--TA----T-T-C-T-TATAGATC---TATGT-A---TGTATTG-T---ATT-------TAT--T--ATAGCTGTTCCTTATATTA-ATTGTGT----TAGC--------TGCGT-TGGT-T----AC----TTGGCCTTTAAAGG--CTATGTCTCGTG-TTGGTTacgac
gi|17 : gttctcttcatgatcacagtagtttaa----T-T--------ACCCT---GT------------------CTTGTTT--TA-TG----ATCC-------AACGA--C--GAGGG------------------TG------AA-G-AAC------ACGT---AT----AC----C--AATAATCCGGG-TTTAAGCTC-CAAG---ATGGC---AG-T-TTC-AT---TATTGACC---CT----TCG-A-AT-GGGCTGGTCCCCTGT-TTTCACT-T-T--------T--T-----T-T-C-TGTAT----A---TTTGC-ACTGT----TATT---ATT-------TAT--T--TTGtaatacagactattttattttttgtggtaaataatgttacccttattgaaaaccaccatcattttaaca
gi|25 : ctctcatatctttaaataaagtgtat--GACAG------------------GG-----AAA-G-AGC-----TATGTTGGAT----G---TACCAGCTGA-CAATG-TTTAAGTTC-CCCA---GTAGCGAAA--T-ATG-CT---T-CTGACC---GT----TCC-A-AT-G---AGTT-----GA-C-CCATA-T-T--------G--TA--------C-T-TGT----A---T-TG------T----TA-T---ATTCGTGCCATAT--TGCTCATTTTTTGCTTTTTTTcatgtggatggtttgtttgtt
gi|30 : tgtgaaagaTAACG---GT----CCC-A-AT-G---CGGT-----GA-CCCCTAT-T-G--------TGGTA--TGT-T-T-TATAT----T---TGTGT-A---T----TG-T---ATT-------TAT--T--ATGATTATTTTATATCTTATAACG--TC-CACA-C--------TA
gi|16 : ctccatcgaggatgttttgcttt-G---CGGT-----GA-C-CCATG-T-TG-------T--CACCACT-TAC-G-TAT----C---TATGT-A---TA---TA-TTTTACT-------TATACT--T--ATCATTCCTTT----A-ATTGTGTT-CATA-T--------TGCTC-TGG--T---GACT---GTATCCGTTGAATG--CTA-GTTgtgtag
20 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTCAAGAGGAGAACAAATTGGTGGGAATATTTTATGAACTCTGTATCGTTTTATGATGTGATGACGGCGAGCAGAGCGAGGGATTCAGCTACTGACCCTTCCAAGTCGGTGGCCCCTGTTCTCAGATATGCTGCATGTATGTATTTTGTTATACTTAATATATCCATTATATTTATGATGTTTTGGTAGCCGTGTCTTTTTAATGCTACATCCTCTATTTCTTTAATATGTATTTTGTGATATTGATATAATGTCTAGCATACTATGTCAATACGA
Unaligned ( gi|14 ): GTCTCGTTTTATGATGTGAGGACGGGGAAAAGAGATGACCCGTTAACCAAGTATAAGCGCCGCAGTAGTGATGTCCGATGAAGGTGACCCCTGTTGTCATTTTTTTCAGTATGCATGTGCTGTTTTTATTGTGACTATTCTGTACATTTGTTCTGTCTATGCTGTTTTATGACTGTGTCATTTAAACGCTACAATACCACATTGGTTGCTCATATATTTTACTTGTTTTATTATGTAGAAAGGTTCACATTATA
Unaligned ( gi|15 ): AAGATTGTGCTACTGACAGTTCCTGGGCGGTGACCCCTGTTGTCGTTTCTTCGGTATGTATGTACATGTTTATATTGTACCTAGTGTGATTATTCTGTATATATCTATATTGTGTATACTTATACAGTTGTGATGTTCCTGTCATAAGAATGTCATGCCTTTTGTTGGTTACATATCTTCCTATTTTAGTTAATAATAGAGATATACGTTGTATCAAAATACAATTCTA
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12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|23 : tttatgttcagtcattttatgatgtgatgaaagggaaagagcgaggctggtttcatACGG------------------AG--GA-----A--G-AGCTAGAC-ACAGTGCACTCGTAAACCAACA-TTTA-AG---C-CCAACAGTGTC-------AGTT--T---TACT---ACTGT----CCCACTAA--A-GAC-GGT---GATAC---C-C-G-T-----TGTCAGT---T----C-A----TC-T-G---T------GTG--------T--ATG----------T-----A-A--TGT---C-T--TT-GT-TGT--GATCACT-GT--------GTC-CT--TTC-----AAT-GTCT----CTtattcacatatttc
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gi|7 : gttctcttcatgatcacagtagtttaa---TTAC---AC-GTA----------TGTAT-GAGC-A------GCCATATTCGTGAGACAAT-AGTTAGGCGTC------TCAC-----CTG-----------T-A----T-TTA-CA----------CAGACTTGTA-TCAT-----GA-TAATGTGA---C---------GGGAG------------------AG--TAG----A--G-AGCAAGGT-TTGGTTTCCCCATACACCAG-G-TTCA-AGCT-C-TCG--AATGGCAG---T-ATCTG-C---TACTG--ACC-T----------------GGC-AATCCCCACCC---T-A-G-T-----A-----TCACT----T-A----TT-CAT---T------ATG--------C--ATG----------T-----A-T--CAT---A-C--TT-AT-AAT--GATAATT-TT--------GT--GC--TT-----------TGG----C-A-GTTACGATG--GTT----------GCGTCTTTTGAATA----AA-TTCTCTTATTGTT----T----AAG-TATTtaatacagactattttattttttgtggtaaataatgttacccttattgaaaaccaccatcattttaaca
gi|8 : ttgtattttaaactacGGCT----TC---TGCAAAGTCC-CTGAGTACAAT--TGCATC------TAA----C-----ATCA-TTTA----T---TTTCATTGT----------AT-----GTAT-A----T--TC--AC-TTAGACATTGT-----TA--TATT---TTAC---A--TCA---TT-----CACAT-G----T------AC---ATGTTT------AT-AGTATGAAGGA-----GTAAC-----GTT-----------T-ATGATT-T-A-TA----------C-AT-TCAAT-TTTT-----TA-T---GTGA---C---------GATTA------------------GG--AA-----A--C-AGCGAGGT--------A------AACCGT-G-TTTA-AGATGC-CC----------------ATTT--T---T-------------------------------GGT---AACCCTTTC-T-G-T-----TA----T---T----T-A----TT-CAG---T------CTT--------T--CTG----------G-----A-T--TGT---A-C--TT-ACATAT--G----TT-TT--------AT--A---TTG-----GCT-GTGC----CTCTGCGGCTATG--TTTAGA--T----GTGTTCTGTGacca
gi|9 : -A----T--AC--T--TAAT-TA-TAT---T-TAC-TGTT---TTAT---A--TCA---AA-----CACATTG--C-T------GCCGTGTGTGCAATA-ACTGAGTCTGACTGG-----GATAC-----CTA-----------T-T----T-T-T-CA----------TTGTCTCGTC-TTAT--------T---CTTA-------------GACAG------------------GG--AA-----A-------GAAAT-TGGGTGCACACGTAAACTAG-G-TTTA-ATCG-C-TAA--AGGGGT-G---T-A-GT--T---CACT---ACTGTCGCCTCC----A--A-GTC-GAT---GACCC---C-C---T-----A-----T---T----G-AAAC-TT-C-T---T------GTC--------T--ATG----------T-----A----TGT---A----TT-AT-TT----A-TATT-C-------------------------ATT-GTGT----TTTTGCTGTTTTT--GGG-GG--CT---GTGTCATTCGAATG-C-CAC-G
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blockSeqs : C CTCCGTCTTGTCGGACCCTTCATTATTGTTCC . . . G CATCT TAGCAACC T TTTTCATTGTAT . GT . A AA . T ACC C . AATACACATATGTGCTTGCT . T G GC . ATATAT . . A . . . . T TA C G A . . T T GT . . . A GAAATATGCT A CGCCTCCAA . . TTT A . . TGTCGTTTCA TTCAAT C . TATA A . A . T . A G AC . GTATATATCTAT . T T AGGCGATA C T G GG TCTG A
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blockSeqs : . ACTTGTTGGATAT . . . T CAACC TAAC A TCTCTTGT . . . G GA . . G . . ACTACTCATGTTCCTGTT . T T GG . TAATG . . C . . . . G . A . . . . A A G . . . A GAGGATTGC G TAAAC . . . . . . TGTCACCAC CTGC G . . . . . . C . . A TA . ACATATTG . A T GGGGGCT C T T GG T G
blockSeqs : . . . G CAATT AAGT C TTTCTTTG . . . T GG . . T . . ATATATGTGCATCCT . C A GG . TATTT . . A . . . . C . A . . . . T T G . . . A GTATTTTGC G TCGAA . . . . . . TGTGGTATG CGGT G . . . . . . C . . T AA . GTCCTTTC . A C ATGTTC T C T GT T G
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blockSeqs : . . . C TCT CGAT C TTTAT . . . A GT . . C . . ATCAAACACATTGCT . C A GC . TGTTT . . G . . . . C . T . . . . T T A . . . A GGTTTCGC G TCCAG . . . . . . ATCACTTA TTAT C . . . . . . T . . T TA . ATACATTA . C C GCGGTT C A G . T
blockSeqs : . . . G AC TAAC T TTTAT . . . A AA . . C . . GTGAATAATACCAT . A T GA . TATTC . . C . . . . T . A . . . . C A G . . . C AGTTTCAT G TCGAA . . . . . . ATTGAAAC ACTG C . . . . . . T . . G GA . GTATCTTG . T C GTTGGC C C A
blockSeqs : . . . . T TGC C TGTAC . . . A TA . . C . . AATAACTGCATGTT . T G GC . TATTT . . C . . . . C . G . . . . G T G . . . C ATATATT A TCCAA . . . . . . ACTTGTA CATT G . . . . . . C . . T GA . TTATATTA . G C GTAACT C .
blockSeqs : . . . . T . . . C AA . . T . . ATCATTCACATGT . C G GT . TATG . . C . . . . C . A . . . . A T G . . . A GTTTTTG G TCTGT . . . . . . TTTTAAC CAGT T . . . . . . T . . G AA . TTTTTTA . C T TGACT .
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blockSeqs : . CAT . . C . . . . T . T . . . . C T G . . . G ATTTT G TCCAG . . . . . . CGTCTG CCT C . . . . . . C . . T AG . GTGCTT . T
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blockSeqs : . . . . . C . G . . . . C . . . . . . G G TCCAA . . . . . . TGTCA TGT T . . . . . . C . . A G . . . T
blockSeqs : . . . . . . T . . . . C . . . . . . AT . . . . . . GTCTG CTT C . . . . . . T . . T A . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . T . . . . . . TGTCA CTT A . . . . . . T . . A G .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . TATCA ATT G . . . . . . C . . A A .
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originalCons : CCTAAAGCCT-----TAAACGAACGGAGGCGCTGGAT-------A-----C-----------------T---TGTC---------G------TCA------T-A-------T------CTCGCTGCTCTGGCT----TC---TGCAAAGTCA-TCGAGTACATC--CGCGTA------TAG----C-----ATCA-CTTG----T---T-------T----------AT-----ATAT-A----T--AC--A--TGAG-CA-TGT---C-TG--TGTT---TTAC---A--ATA---AC-----TGCAT-G--C-T------GCCGTATGTGTAAGAGAAT-AGTNTGNCGGG-----GNTAC-----TTT-----------T-A----T-T-A-CA----------CTGTCTCGTT-TTAT-----GA-T---GTGA---C---------GACGG------------------GG--NA-----A--G-AGCGAGGT-TGGGTGCACCCGTTAACCAG-G-TTTA-AGCT-C-CCA--AGTGGC-G---T-ATNT--T---TACTG--ACCGT----TCC----A--G-GGC-GGT---GACCC---C-T-G-T-----T-----T---T----T-A----TT-C-T---T------ATN--------T--ATG----------T-----A-T--TGT---A-C--TT-AT-TNT--GATTATT-CT--------GT--AT--TTA-----ATT-GTGT----CTATGCTGCTTTG--GTT-GG--C----GTGTCCTTTGAATG-C-TAC-GTCTCCTGTTGGT----T----ATG-TATTTTCT
finalCons : CCTAAAGCCT-----TAAACGAACGGAGGCGCTGGAT-------A-----C-----------------T---TGTC---------G------TCA------T-A-------T------CTCGCTGCTCTGGCT----TC---TGCAAAGTCA-TCGAGTACATCT--GCGTA------TAG----C-----ATCA-CTTGTTTCTTTAT-------------------------ATAT-A----T--ACN----TGAG-CA-TGT---C-TG--TGTT---TTACAATACACATGTGCATGCT-------------------GCCGTATGTGTAAGAGAAT-AGTNTGNCGGGGN-----TAC-----TTTTATTT-----------------A-CA----------CTGTCTCGTT-TTAT-----GA-T---GTGA---C---------GACGG------------------GG--NA-----A--G-AGCGAGGT-TGGGTGCACCCGTTAACCAG-G-TTTA-AGCT-C-CCA--AGTGGCGATTTTGC---------TACTG--ACCGT----TCC----A--G-GGC-GGT---GACCC---C-T-G-TTGTTTA---------------------TT-C-T---T------ATN--------T--ATG----------T-----A-T--TGT---AC---TT-AT-TNT--GATTATT-CTGTATATTA----------------ATT-GTGT----CTATGCTGCTTTG--GTT-GG--C----GTGTCCTTTGAATG-C-TAC-GTCTCCTGTTGGTT--------ATG-TATTTTCT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|34 ): GTTGTACCCTTAGTTACTATGTTTTTGCAGTTCTGGCATAGGTTATTGGATAAATGCACATGTAGCAGCATCTGTTTCATTTATATATATAT
Unaligned ( gi|39 ): AAAGAGCAATGTTTGACGTACCAGTTGGCTATGTTTAAGTTTATCTGTGCCGATATTTTCTTACTGGTCTTACCAA
Unaligned ( gi|42 ): CTGTTCCGTTCTTGATCCTTCAAACCCCTGGTTATTTTGTTGAGAATCAGTTTGCTGTCTCCGTA
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Reference ( family-10 ) : CCTAAAGCCT-----TAAACGAACGGAGGCGCTGGAT-------A-----C-----------------T---TGTC---------G------TCA------T-A-------T------CTCGCTGCTCTGGCT----TC---TGCAAAGTCATC-GAGTACATC--TGCGTATAGCATC-----ACTT-GTTTC--TT------TA-T-ATAT-A----T--ACNT----GAGCA-TGT---CTG--TGTTTT------A---C--A--A-----TA--CAC--AT--GTGCAT-G--C-TGCCGTATGTGTAAGAGAAT-AGTNTGNCGGG-----GNTACTTT-T---AT---------------TTACA----------CTGTCTCGTT-TTAT-----GAT---GTGA---C---------GACGG--G------------------G--NA-----A--G-AGCGAGGT-TGGGTGCACCCGTTAACCAG-G-TTTA-AGCT-C-CCA--AGT-GGC--G--A--T-T-TTGCTACTGACCG-TTC-CA--G-GGC-GGTGA-CCCC-------T-GTT----G----T------T--TA---T---T-C--T--------T----ATNT--ATG----------T-----A-T--TGT---A-C--TT-AT-TNT--GATTATTCT--------GTATAT---TA-ATT-GTGT----CTATGCTGCTTTG--GTT-GG--C----GTGTCCTTTGAATG-C-TAC-GTCTCCTGTTGGT----T----ATG-TATTTTCT
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gi|14 : cGTCTCGTT-TTAT-----GAT---GTGA---G---------GACGG--G------------------G--AA-----A----AGAGA--------TG-ACCCGTTAACCAA-G-TATA-AGCG-C-CGC--AGT-AGT--G--A--T---------------G-TCC-GA--T-GAA-GGTGA-CCCC-------T-GTT----G----TCA----T--TT---T---T-T--TCAG-----T----ATGC--ATG----------T-----G-C--TGT---T-T--TT-AT-TGT--GACTATTCT--------GTACAT---TT-GTT-CTGT----CTATGCTGTTTTA----T-GA--CT---GTGTCATTTAAACG-C-TACAATACCACATTGGT----TGCTCATA-TATTTT
gi|15 : --G--A--T-T-GTGCTACTGACAG-TTC-CT--G-GGC-GGTGA-CCCC-------T-GTT----G----T------C--GT---T---T-C--TTCGG----T----ATGT--ATGTACATGTTTAT-----A-T--TGT---A-C--CT-AG-TGT--GATTATTCT--------GTATATATCTATATT-GTGTATACTTATACAGTTGTGATGTT-----C----CTGTCATAAGAATG-T-CAT-GCCTTTTGTTGGT----T----ACA-TATCTTCacttgttttattatgtagaaaggttcacattata
gi|16 : aa-CA--T-GGC-GGTGA-CCCA-------T-GTT----G----TCACCACT--TA---CGTAT-C--T-------------ATGT--ATA----------T-----A-T--TTT---A-C--TT-AT-ACT--TATCATTCC-----------T-T---TA-ATT-GTGT----TCATATTGCTCTG--GT--GA--CT---GTATCCGTTGAATG-C-TA--GTTCTGTATT--T----TCTG-ATG-TATTTTCTctattttagttaataatagagatatacgttgtatcaaaatacaattcta
gi|17 : -T---AT---------------TTACC----------CTGTCTTGTT-TTAT-----GAT---CCAA---C---------GACGA--G------------------GGTGA-----A--G-AAC-------ACGTATACCAATAATCCGG-G-TTTA-AGCT-C-CAA--GAT-GGC--A--G--T-T-TCATTATTGACCC-TTC-GAATG-GGCTGGT---CCCC-------T-GTT---------T------T--CAC--T---T-T--T--------T----TTCT--GTA----------T-----ATT--TGC---A-CTGTT-AT-TAT----TTATTTT--------GCATGT---GG-ATG-GTccttccctttatttattatacctccttctgaagtaaacgtatctttaatgtggattttatttgattaatacttgtgttata
gi|18 : ctctcatatctttaaataaagtgCTTAAAGTCTC----TAAA-----GGAGGCGCTGGAT-------A-----TTTGTCCTTATATCCGTTT---TGTTATACCCTTAG------TTA------TTA-------T------CTTTCTGCTCCAACT----TC---TGCAAAGTCATC-GAGTGCATC--TGCGTGT-GCATC-----ATTT-GTTTC--TT------TA-T-ATAT-ACATTT--ACCT----AAACA--GTG--CAG--TGTTTT------A---C--AACA-----TG--CAC--AT--GTGTGT-A--C-ttgtttgtt
gi|19 : actCTTAAAGCCTAATAATAAACAAACGGAGGCGATTTAT-------A-----C-----------------C---TGTT---------C------TTA------T-A-------T------C-CG-TGTTTTG-TT----TC---TACTAA-TGAT--------AAC--GGC--ATAGCATC-----AATT-GTCTC---T------TG-T-ATAT-A----T--GTGT----GTGTA-TGT---GAG--TATTTTTTGTGAA---T--A--A-----TA--C-C--ATTCGTGTGT-G--
gi|2 : ctggggacacagtgatggcgaattcctACGATCGGAAGGAGTGGAG-------A-----C-----------------TCGGTGTT---------G------GCA------A-G-------T------TTTGCTGCTCCGACT----TC---TGCAATGTCATC------------TGCAAATGGAATC-----ACTT-GTTTC--TCACTCTCTA-T-ATAT-A----A--ACTT----GAGCA-TTT---TTG--TGTTTT------G---C--A--A-----TATTCAC--AA--GTGCAT-G--CACGTCATATTT-TAAGAGAAG-AGTACG--GAG-----GGTATTTT-TT--AT---------------TTAC------------CATATCGTT-GTAT-----AAA---ATAG---C---------GACGC--G------------------G--AA-----A--G-AGCGAGGT-TGGGTGTTCCTATTAG-------------------CCA--AGT-GAT--AT-A--T-C-TTGCTACTGACCA-TTC-CA--G-GGC-GGTGA-CCTC-------T-GAT----G----T------C--TG---T---T-T--T--------T----ATCT--ATG----------T-----A-TA-TATTTGA-C--TT-AT-TTT--AATAATTCC--------TAATAT---AG-ATT-GTGA----AAATATAGATTTG--GCG-GT--T----GTTTCAGTTGAATG-C-TAC-GTATCCTGTTGGT----T----GTG-TGTTTTCTtatga
gi|20 : tggttacctcctttacggttgctcatcatgttttcctctttaatcggcgTCTGATT-GTAT-----CAC---GTGA---C---------AAGAG--G------------------G--GA-----A--G-TGCAAGGT-CGAATTCACCAGTTGA-----G-T--ACACCT-C-ACC--GGT-GGC-------------TGCTACTCATCA-TTC-GA--A-GGC-GGTAG-CCCCG------T-GTT----G----T------T--AT---T---T-C--T--------TCC--ATGA--ATT----------TA----A-T--TAT---A-T--TTAAT-TTT--G-TTGTTCT--------ACATAT---TG-ATTAATG-----ATATGTTGTTTTtatat
gi|21 : GTTAGAGAAA-AGTTTGACAAG-----GGTACTTC-T---AA---------------TGACA----------GTGTGTCGTT-TTAT-----GAT---ATGAAACCAAGGGATGGGAGGG--G------------------A--TA-----G--G-AGCGAGGT-CCAGTGTACCTGTTAACCAG-A-GTTA-AGCT-C-CCA--GGT-TGT--G--GCTT-T-TCGATACTGATTG-TTC-TA--
gi|22 : aataaaaggaattactaTCATT-TTAT-----GAT---GTGA---T---------GAAAG--G------------------G--AA-----A--G-AGCGAGGC-TGGaa
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gi|23 : tttatgttcagtcattttatgatgtgatgaaagggaaagagcgaggctggtttcatACGG--A------------------G--GA-----A--G-AGCTAGAC-ACAGTGCACTCGTAAACCAACA-TTTA-AG---C-CCAACAGT-GTC--A--G--T-T-TTACTACTGTCCC-ACT-AA--A-GAC-GGTGA-TACC-------C-GTTGTCAG----T------T--CA---T---C-T--G--------T----GTGT--ATG----------T-----A-A--TGT---C-T--TT-GT-TGT--GATCACTGT--------GTtattcacatatttc
gi|24 : T-A----T--ACAT----GATTA-TGT---CTT--TGTTTT------A---CAAA--A-----TA--CAC--AT--GTGTAT----C-TGCATTAGGTTTAAGAGAAT-AATCTGTTGGG--------ATTTT-T---AT---------------TTATA----------TTA--TAGTTCCTGT-----GAT---GTGA---C---------GACGGTAG------------------G--AA-----ACTG-AAAGA-GT-TG-----ATCGGTTAATCAG-A-TTT--AGCT-C-cctttcaatgtctcttgatga
gi|25 : ---------GACAG--G------------------G--AA-----A--G-AGCTATGT-TGGATGTACCAGCTGACAAT-G-TTTA-AGTT-C-CCC--AGT-AGC--GA-A--A-T-ATGCTTCTGACCG-TTC-CA--A-TGA-GTTGA-CCCA-------T-ATT----G----TAC----TTGTA---T---T-G--T--------T----ATATTCGTGCCA-------T-----A-T--TG------C--TC-AT-TTT--aacag
gi|26 : tgtgaaagaG--G------------------C--AA-----A--G-AGCGAGGT-TTGCTGAACCGA--AAT--G-G-TTGA-AGAT-C-TCC--AGT-AGC--G--A--G-GATTGCTACCAACCG-TTC-TG--T-GGT-GGCGA-CCCC-------TTGTT----G----T------C---A---T---C-T--G--------T----ATGA--ATG----------C-----A-T--TGT---A-T--TT-TG-TGT--TATTGTTCT--------GTATAT---TG-ATT-ATGT----TTttgcttttttt
gi|27 : gagaaAGCC-TTT---CTG--TGATAT------A---C--ACTA-----TA--TAC--GT--GTGCAT-G--A-TGCCGTTTATGCAAAAGAAT-AATCAAACGGA-----AATAATAT-T---GT---------------TTACA----------CTCTCTCGTT-TTAT-----AAC---GTGA---C---------GTTGA--G------------------G--GA-----A--G-AGCGAGGT-CGGGTGCACCTGTTAACCAA-G-TTTA-A
gi|28 : --G-GGC-AAAGA-ACCC-------T-GTT----A----T------C--AC---T---T-T--TG-------T----ATCT--ATG----------T-----G-A--TGT---A-C--TT--T-TTTAAGATTGGTCT--------ATACAT---TA-GTT-ATGT----GTATGCTG--TTG--ATA-GGGAT----ATGTCCTTTGGAa
gi|3 : taaaagcagcaatcatgatCCTAAAGCTT-----TAAACGGACGAAGGCGTTGGAT-------A-----C-----------------T---TGTT---------G------G-A------T-A-------T------CTCGTTGCTCTGGCT----TC---TGCAAAGGCATC-TAGTAAATC--TGCGTATAACATC-----ACTT-GTTT------------A-T-ATAT-A----T--ACAT----GGGCA-TGT---CTG--TATTTT------A---C--A--A-----TA---AC-------TGCAT-G--T-TGCCGTATGTGTATGAGTCT-AGTCTGGCGGG-----GCTACCTT-T---AT---------------T-ATA----------CTGTCTCGTC-TTGT-----AAA---GTGC---T---------GATAG--T------------------G--TA-----G--G-AGCGACGT-TGGGTACATACGTTAACTAG-A-TTCA-GGCT-C-CCA--AAT-GGC--AT-A--T-A-TT--TACTGACTG-TTC-CA--G-TGC-GGTGA-CTCC-------A-CTT---------T------T--TAAC-T---T-C--T--------T----ATCT--ATG----------C-----A-T--TAT---A-C--TT-AT-TTC--GATTATTCC--------TTTTTT---TA-ATT-GTCT----CCATACTACTTTG--GTT-GG--C----GTGTCCTTTGACTG-A-TAT-GTTTCCTTTTGGT----T----AT--TATTTTTTcatt
gi|30 : --T-T-TTGCTTTTAACGG-TCC-CA--A-TGC-GGTGA-CCCC-------T-ATT----G----TGG----TA-TG---T---T-T--TA-------T----ATTT--GTG----------T-----A-T--TGT---A-T--TT-AT-TAT--GATTATTTT--------ATATCT---TA-
gi|31 : ctccatcgaggatgCTCTGGTC----TCAACTACAAAGTCATC-GAGT--GTT--TAAGT---GCACC-----ACTT-TCTTC--taacgtccacactagtgtag
gi|32 : gttggatatgtattcttatctccgccttgtagtgtccttcaattagtttttatcGCCT-----TTAATGGGCAGAGGCGCTAGAT-------CTCCGTC-----------------T---TGTC---------GGACCCTTCAT-----T-A-------TTGTTCCTTCGCTGTTCTGGCT----TC---TGTTAAGTCATC-GATTACATC--gatttt
gi|33 : ttctccgatg-------T------CTTGCTGGTCGGTCT----TC---TGCAAAGTTAT---------TC--TACGTAAAGTATC-----ACTT-GTTTC--TT------TT-T-GTAA-A----T--
gi|34 : tatctcggtcttgctgtaccctgaattactattc-------T------TTTGCAGTTCTGGCA----T--------AGGTTATT-GGATAAATG--CACATGTAGCAGC-----ATCT-GTTTCA-TT------TA-T-ATAT-A----T--A
gi|35 : gttgtacccttagttactatgtTGTTACTAACCG-TTC-AA--A-GCT-GGCGA-CACC-------T-GTT----G-----------C--CA---T---TAC--T--------G----ATTG--GTG----------T-----A-T----T---A-C--TT-GT-TTT---ATTTTACT--------GTATCT---TG-ATA-ATGT----TTGTt
gi|36 : ACCGACGG-ATC-CA--G-GGC-GGCAA-CCAC-------T-GTT----
gi|37 : CTAAAACCT-----TAAACGAAAAGAGGCACTGGAC-------G-----C-----------------T---TGTC---------C------TTA------T-taaccctcggtatacataaatacatgtttatattggagctgtgtattatatagtata
gi|38 : t-T-TTGTCGCTGACTG-TTC-AA--G-GAC-GGTGA-CAGC-------T-GTC----G----T------C--TG---T---C-C--T--------T----ATCT--ATG----------TATATAA-T--CGT---A-C--TC-AT-TGT--AATCATTttgcgtcttgcctcatccttatgtgatatcctctctca
gi|39 : A-----A--G-AGCAATGT-TTGACGTACCAGTTGGCTAT-G-TTTA-AGTT-T-ATC--TGT-GCC--GATA--T-T-TTCTTACTGGTCT-TAC-CA--
gi|4 : aTCTGACT----TT---TGCAAAGCCTTC-GAGTACATA--TGTGCATGACATA-----ATTTTATTTA--TT------TC-TGATAT-AGT--T--ACAT----TAGCA-CGT---TT------------------------------------AC--GT--ATGTAT-A--C-TTCCGTGTTTGTAAGAATAT-AATATGACGGA-----GATACTTT-T---GT---------------TTAAA----------CCGACTTGTT-TTTT-----GAT---GTGA---T---------GACCG--G------------------G--TA-----A--ACAGCGAGGT-TGAACGCACACATAAACCAG-GTTTTA-GGTT-C-CCA--AA--GGC--G--T--T-T-TTG-TG-TGA-CA-TT----------------A-TCT-----------TC----A----T------T--TC---T---T-CTAT--------T----TTAT--ATGC---------T-----A-T--TGC---A-C--AT-AT-TAT--GATTATTATAGTTTCGCGTATGC---TT-AGT-GTAT----TTGTGGTG--TTG--A---GG--CGATAGCGTCTTTTGAATGACATAT-ATTTCCTTTT--T----TA---ATGTTATTTTa
gi|40 : ACCA-TGC-CA--T-GGC-GGCAA-CC---------T-GAT----G----T------C--TT---T---T-T--T--------TCAATATGT--ATG----------C-----A-T--TGT---T-C--TT-AT-TAT--GATAATTCT--------AAATAatt
gi|41 : ----TC---TGCAAAGTCATTTGAGTTCAAC--CGCGTGCGATATC-----ATCT-GTTTC--TT------TGCT-ATAT-A----T--A--T----GTGTA-TAT---CT
gi|45 : TTTGTCGGG-----GCTACCTT-T---TT---------------TTACA----------TTGTATCGTT-TTAT-----GAT---GTGA---C---------GACaaa
gi|5 : ttTTGCTGTCATGACA----TT---TGCAATGCCATC-GACTA-ATC--TGTGTA-ATCATTTATCTACTT-ATTAC--TTATG---TA-C-ATAT-A----TTTACCT----AACCAATGT---TTG--TGTTTC------A---C--A--A--------------AG--G-GAAT---------CAGA-GAGTTAGAGAAT-AACCAAGGGGGTTG--GGTATTTTAT---AT---------------ATACA----------CTGTTCTGTG-TTAT-----GAT---TGGA---T---------GACGG--G------------------G--GA-----A--A-AGCGATGT-TGGGTGCACCAGTTTACCAT-G-TTTA-AGCT-CACCA--A-T-GTC--G--G----T-TTGCTGCT-AGCG-TTC-CGT-GTGGC-GATGA-CTTA-------T-GTT----GTCGTT------T--CA---T---T-A--G--------C----ATAT--ATG----------G-----A-T--TGC---A-T--CT-GT-TTT--AATTAT
gi|6 : TATTTT-T---AT---------------TCACA----------CTGTCTTGTC-TAAC-----GAT---AGGA---T---------GGCAG--G------------------G--GACGGCAA--G-AG-AAGATATTGGTGCATCCGT-AACTAG-G-TT------------A--AGT-GGC--GT-A--T-T-TTGCTAATGGTCG-TTC-CA--A-AGC-GTTGA-ACCC-------G-GTT----G----T------T--TA---T---T-C--TTATAGATCT----ATGT--ATG----------T-----A-T--TGT---A-T--TT-AT-TAT--AGCTGTTCC--------TTATAT---TA-ATT-GTGT-----TA-GCTGCGTTG--GTT--A--C----TTGGCCTTTAAAGG-C-TAT-GTCTCGTGTTGGT----T----aatataaataaggcataaatatagtttatac
gi|7 : gttctcttcatgatcacagtagtttaaTG--TATTTT------A------A--ACTACTTA--CAC--GT--ATGTAT-GAGC-AGCCATATTCGTGAGACAAT-AGTTAGGCGTC------TCACCTG-T---AT---------------TTACA----------CAGACTTGTA-TCAT-----GATAATGTGA---C---------GGGAG--A------------------G--TAG----A--G-AGCAAGGT-TTGGTTTCCCCATACACCAG-G-TTCA-AGCT-C-TCG--AAT-GGC--A--G--TAT-CTGCTACTGACC--T---------GGC-AAT---CCCCACCCTAGT-ATC----A----C------T--TA---T---T-CA-T--------T----ATGC--ATG----------T-----A-T--CAT---A-C--TT-AT-AAT--GATAATTTT--------GTGCTT---TG-GCA-GT-------TACGA-----TG--GTT----------GCGTCTTTTGAATA----AA-TTCTCTTATTGTT----T----AAG-TATTtaatacagactattttattttttgtggtaaataatgttacccttattgaaaaccaccatcattttaaca
gi|8 : tGGCT----TC---TGCAAAGTCCCT-GAGTACAAT--TGCATCTAACATC-----ATTT-ATTTTCATTG-----TA-T-GTAT-A----TTCACTT----AGACATTGT----TA--TATTTT------A---C--ATCA-----TT--CAC--AT--GTACAT-G--T-T----T------------AT-AGTATGAAGGA-----GTAACGTT-TATGAT---------------TTATA----------C-AT-TCAAT-TTTT-----TAT---GTGA---C---------GATTA--G------------------G--AA-----A--C-AGCGAGGT--------A------AACCGT-G-TTTA-AGATGC-CCA----T------------T-T-TTGGTA---ACCC-TT--------------------TC-------T-GTT----A----T------T--TA---T---T-CA-G--------T----CTTT--CTG----------G-----A-T--TGT---A-C--TT-ACATAT--GTTT--------------TATAT---TG-GCT-GTGC----CTCTGCGGCTATG--TTTAGA--T----GTGTTCTGTGacca
gi|9 : -A----T--ACTT----AATTA-TAT---TTAC-TGTTTT------ATATC--A--A------A--CAC--AT-------T-G--C-TGCCGTGTGTGCAATA-ACTGAGTCTGACTGG-----GATACCTA-T---TT---------------TT-CA----------TTGTCTCGTC-TTAT-------T---CTTA-------------GACAG--G------------------G--AA-----A--G-AA----AT-TGGGTGCACACGTAAACTAG-G-TTTA-ATCG-C-TAA--AGG-GGT--GT-A--G-T-TCACTACTG-TCGCCTC-CA--A-GTC-GATGACCCCC-------T-ATT----G---------------AAACT---T-C--T--------T----GTCT--ATG----------T-----A----TGT---A----TT-AT-T----------------------TATAT---TC-ATT-GTGT----TTTTGCTGTTTTT--GGG-GG--CT---GTGTCATTCGAATG-C-CAC-G
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTACCAAATATATCAAGATATTTAAAAGAAGCTATGCTCGTTTGATTTAAGAGTGTGCCGCATCTTTGGTGGTTAACCTATTTATAGTTTACCACCAGGCGTTGATTGTGCGACGAACGAAAGGA
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