lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 88888888888888888 3333333333333333333333333333333333333333333333 1 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 111 1 1 1111
lowQualScore : 66666666666666666 6 6666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 9 3 77777 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 5 999999 3 3 888 3 6 666 0 4 2 1 5555 444 0 444 1111 2 33 4
lowQualScore : ................. . .............................................. . . . . ..... . ....................................................................................................................................... . . ...... . . ... . . ... . . . . .... ... . ... .... . .. .
lowQualScore : 99999999999999999 5 1111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 5 5 88888 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 4 888888 3 3 555 3 7 888 2 2 8 7 7777 777 2 777 7777 7 77 7
consensus : TACTGAACGGAACAGCT--------AACCC-CC-CCCGNCATTT----------TAT--------GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-C-TCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTT-GAATAA----GAA-----AG--------G--C-----G-T-----C---G-TAA------AATCAA-----------TAC-G--TAA---TT-------GTCTGTTAATGTCGT-ATAC--------A--A--TTTT-AATAA-CG---CT-A-C-T-A-A-TATTTTGACGAAGATATTGGAAATACAAAA----G---TGGC---GGG---TTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
Reference ( gi|6 ) : TACTGAACGGAACAGCT--------A--------CCTGACATTT----------TAT--------GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-C-TCAAACAATATCAAAGTAATATCCTTGAAATTTGAACTC-AAGTAAGC-CGAA-----AG--------G--C-----G-T-----C---A-TAA------AATTAA-----------TAT-A--TAA---TT-------GTCTGTTAACGTGGT-TTAC--------A--A--TTTT-AACAA-CA---CT-A-C-T-A-A-TATTTTAAGGAAGATAATGGAAATATAAAA----G---TTGC---GGA---TTAGC-TGTTC--CGTTCAGTGTAC
gi|10 : TACTGAATGGAACAGCT--------AA-------CCTG-CAGTT----------TCT--------GTA------------CCT-------GACATTTTATGTA-------------AGTATCAAAGCA--GTCCTTGAAATTTGGACTT-GAATAA----GAA-----AG--------A--CCACTAG-TA----T---G-TAA------AATCAA-----------TAC-A--TAA---TT-------GTCTGTTTATGTCAT-CTAC--------ACCA---TTT-AATAA-TG---CT-A-C-TCA-A-TATTTTA-------------AAATATAAAA----G---TGGT---AGG---TTAGC-TGTTG--TGTTCAATATA
gi|8 : aTACTGAACGGACCAGCT--------AACCCGCCACTTGACATTT----------AAT--------GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-T-TTAAA----ATTAATGCAA-----TTGAAATTTGAACTT-GAGTA----CGCA-----AG--------A--C-------------C---ATTAA------GACT-A-----------TAT-A--AAA---TA-------A---AAAAATGTCGT-ATACA-------A--A--TTGT-AATAA-CA---CT-A-C-TAA-A-TATATCGACAAATATATTTAAAATACAAAA----G---TGGC---GGG---TAAGC-CG-TC--CGTTCAGTATAC
gi|7 : TATTGAACGGAACAGCTGACCTTCAA--------CCTAACCTTT----------TGT--------ATA------------CCT-------GGCCTTTTATGTATTTTTC-TCAAA------------AATAACTTTAACACTT-----C-A-GTAAG----AA-----AG--------------------------------AA------TATTTAGGC--------TATTG--TAA---TT-------GCTAGTTAATGTCGCATTACTTGTACATA--A--TTTTTAATAA-CG---CTCA-T-C-G-A-TATTTTGAAGAAGATATTGGAAATACAAAA----G---TTGC---GGG---TTAGC-TGTTC--TGTTCAGTATA
gi|11 : taTACTGAACGGAACAGCT--------AACCGCCA-CTTGTCATTT----------TGT--------GTA------------CCG-------GACATTTTATTTATTTT-C-CCAAAAAATATCAAAACAATTTCCTTGAAATTTGCACTT-GGATA-----GAA-----AA--------GAACATTTAG-T-----CTCTG-CAA------A---AA-----------TAC-A--CAA---TT-------ATGTGTAAATGTCGT-ATAC--------A--ATTTTTT-TATAG-CG---CT-A-C-T-ACA-TATCTTGACGAAGATt
gi|2 : ataTACTGAACGTAACAGCTA-------A--------CCCGCCACTT----------T-T--------GTA------------T-------------TTCCAT-TATTAT-CGTCAA--AATATT-AAGTA
gi|3 : tagctaatccgccacctgacatgtattaaagcaatttcagttaaccggccacttaatattttttgtattttcttaaaaaatctaaaagcaatttccttgaaaattggacttgaaaaagaatagttttttagcaaaacagtgactactcgggtctatgtaagttgtctgttaatgccggatagacacgttaataacgcTACTGAACAGAAAAGCA--------AA-------CCCGCCATCTGGTTTGTATGTATCTAATCCGGTA------------CCT-------GACATTTTAAGAATTTT-C-TCAAAAAGTATCAAAGCA-T-TTTTTTATATATGGACTT-GAAAAAGAACTAATATTTAG--------G--------A-T-----A---A-CAATGACTAAGTCAA-----------TAT-TCTTAAAATTT-------GCCAGT--ACTTG-T-ATAC--------AG-A--TTTG-AATAA-CG---CT-A-C-TCA-A-TATTTTGACGAAGATTTAGGTAATACAAAA----G---TTGC---GGT---TTAGC-TGTTC--CCTTTAGTATAtat
gi|13 : taTACTATACCGAACAGCT--------AACCCACCACCTGACATTT----------TAC--------GAA------------TCT-------GACATTTTATGTATTTT-C-TTAAAAAGTATCAAAGCAAGTTCACTGAAATTTGGACT
gi|5 : tgTACTGAACAGAACAGCT--------AACACTCCACCAGATATTT----------TAT--------ATATCTAACCCGCCACCT-------GACATTTTAAGTATTTT-C-TTAAAAAGCATCAAAGC-ATTTCCTTGAAATTTTGACTT-GACTAAggaaacagtaagaacatttaagatatgtaaaaatacatcatattttgtcaatggcaactt
gi|4 : TACCGAACGGAATAGCTA-------A--------CCCGCCATAT----------T-T--------GTA---------------------------TTTCCGTATTTT-C-ttagttaacaatgaccaagtatcatataagtttaaactaagtatcatatgtattattaaatttgacagtaattgttgtataaaaaatttgatatcacaagtgaaaggctagctgttcagtata
gi|12 : acggagcagcttacccgccacttgacattttatgtagtttctcaaaaagtatcaaagcaatttccttgaaatttgcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatgttaaatcaataaaaagtgtctttgaatgtcgtataatgataatgctattcactactttgccTGAACGGAACAGCT--------AAACCGCCACTTGACATTT----------TAT--------GCA------------GATAAGAAAGGACATTTTAtat
gi|4 : aACGGAGCAGCTT-------A--------CCCGCCA---------------------------------------CTT-------GACATTTTATGTAGTTT-C-TCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGggctatgtaaaataattacataattttttattgtcttttaatgtcgtatataaattttaataatcatagctatttaataatttgacaaagatatttgaaatacaaacgtgacgggttagcttttcctttgagtata
gi|2 : A------------CTT-------AATATTTTTTGTATTTT-C-TTAAAAAATCTAAAAGCAATTTCCTTGAAAATTGGACTT-GAAAAA----GAA-----TA--------G--T-----T-TTTTAGC---A-AAA------CAGTGACTACTCGGGTCTAT-G--TAAG--TT-------GTCTGTTAATGCCGG-ATAG--------AC-A--CGTT-AATAA-CG---CT-A-C-TTA-A-TATTTTGACGATAATAATGGAAATACAAAA----G---TGGC---GGG---TTAGC-TGTTA--CGTTCAGTATAcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatgttaaatcaataaaaagtgtctttgaatgtcgtataatgataatgctattcactactttgccgaaaatacggaaatacaaatatggcgggttagctattccgttcggtatat
gi|1 : tagctaatccgccacctgacatgtattaaagcaatttcagttaaccggccTTT-C-TCAAAAAGTATCTAAGCAATTTTCTTAAAATTTGGACTTGAATTAGAT-AGAA-----AGAACATGTTG--G-----GTT-----T---G-TAA------AATCAA-----------TTC-A--TAA---TT-------GTC----------GC-ATAC--------------TTTT-TATAA-CG---TT-A-T-TCA-A-TATTCTGATGAAAATATTTGAAATACACAA----G---TGGTAAAGGA----TAACATGTTTAATGTTCAATGTAt
gi|9 : -TAC------AATCAA-----------TTC-A--TAA---TT-------GTCTGTTAATGTCGT-ATAC--------A--GACTTTT-GATAA-TG---CT-A-C-A-A-AATGTTTTGACGAAGATATTGGAAATACCAAA----G---TGGC---GGG---TAAGA-TGTTC--CGTTCAGTATAaatgaaattatagcatttaaaaaattagtttgaggaaacctcaagttgagatgtttagtgaaactagggctagatgcaatcaattta
gi|12 : tgaagggagcagctaacccgtcacctgatcttacaattccgttaaactctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctg-TAA------AATAAT-----------TAC-A--TAA---TTTTTTATTGTCTTTTAATGTCGT-ATATA-------A--A--TTTT-AATAATCATAGCT-ATT-T-A-A-TAATTTGACAAAGATATTTGAAATACAAAC----G---TGAC---GGG---TTAGC-TTTTC--CTTTGAGTATA
gi|4 : atgaacggaacagctaaaccgccacttgacattttatgcagataagaaaggacattttaggctatgA------AATCAA-----------TAA-A---AA---GT-------GTCTTTGAATGTCGT---AT--------A--A--T----GATAA-TG---CT-A-T-T-C-ACTACTTTGCCGAAAATA-CGGAAATACAAAT----A---TGGC---GGG---TTAGC-TATTC--CGTTCGGTATA
gi|8 : acggagcagcttacccgccacttgacattttatgtagtttctcaaaaagtatcaaagcaatttccttgaaatttgcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatgtt--------A--A--TTTT-AAAAA-AA----T-A-CAT-A-A-AATGTCA-GGTACAT--T--AAATGTCAA-----G---TGGC---GGG---TTAGC-TGGTC--CGTTCAGTt
gi|14 : tT-AACGA-TT---CT-C-C-----A-TATTTTGACGAAGATATTGGAAATACGAAA----G---TGAC---GGG---TTAAC-TGTTC--TGTACAGTATACaatgcaattgaaatttgaacttgagtacgcaagaccattaagactatataaaataaaaaaatgtcgtatacaaattgtaataacactactaaatatatcgacaaatatatttaaaatacaaaagtggcgggtaagccgtccgttcagtatac
gi|9 : taaTAACGGAATTGTAAGATCAGG---TGAC---GGG---TTAGC-TGCTC--CCTTCAa
gi|5 : TAGATATATAAAA----TATCTGGT---GGAGTGTTAGC-TGTTC--TGTTCAGTaactctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
gi|10 : tTACAGAA----A---CTGC---AGG---TTAGC-TGTTC--CATTCAGTAacccgccacctgacattttaagtattttcttaaaaagcatcaaagcatttccttgaaattttgacttgactaattagttaacaatgaccaagtatcatataagtttaaactaagtatcatatgtattattaaatttgacagtaattgttgtataaaaaatttgatatcacaagtgaaaggctagctgttcagtata
gi|11 : AA----G---TGGC---GG----TTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAcctgacattttatgtaagtatcaaagcagtccttgaaatttggacttgaataagaaagaccactagtatgtaaaatcaatacataattgtctgtttatgtcatctacaccatttaataatgctactcaatattttaaaatataaaagtggtaggttagctgttgtgttcaatata
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATGGTCAATGTAAACGACATTTAAAAAAAATTAAGTTTAGGAAAATCTCAAGTAGAGATGAGTCGTGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): CGGTAGTGGCTATATCATAGACTATGTCATAAGCTCACCAGCATGTAAGTAATGATCAGTATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AAGAACAATTGTAAGAAGTATGAAAGCCATAAAGTCATTTTCAACCCAATACAGATT
Unaligned ( gi|18 ): TGAACAAAGGTTAACTCATCAGTCTGTAATGGATACCATGCACAAATATCAATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTGAAGTTCTGGCTTTTCAAAATTTGACTTGATGATATTTAGTGAAACTGGGAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555555555 111111111111 1111111 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 22222222222222222 222
lowQualScore : 66666666666666666666666 777 888888888888 1111111 3 1 22 555 111111111 2 555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333 444 3 3 33333333333333333 3 3 555 6666 3 000 6 2 1 3 44 3 44
lowQualScore : ....................... ... ............ ....... . . .. ... ......... . ... ............................................................................................. ............ ... . . ................. . . ... .... . ... . . . . .. . ..
lowQualScore : 55555555555555555555555 000 666666666666 8888888 6 2 22 444 999999999 9 000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 888 5 1 88888888888888888 3 1 444 5555 1 555 2 9 7 1 22 1 22
consensus : TACTGAACGGAACAGCTAACCC-GC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----T----A-AG---A------A---------AG--------G-C-----GT-C---------GTAA------AA----------T---CA-A----TA--C------ATAA---TT-------GTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-ACT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
Reference ( family-911 ) : TACTGAACGGAACAGCTAACCC-CC--C--CC--GNC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----T----A-AG---A------A---------AG--------G-C-----GT-C---------GTAA------AA----------T---CA-A----TA--C------GTAA---TT-------GTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-ACT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
gi|1 : TTT-CTCAAAAAGTATCTAAGCAATTTTCTTAAAATTTGGACTTG---AA----TTAG-ATAG---A------A---------AGAACATGTTG-G-----GT-TT--------GTAA------AA----------T---CA-A----TT--C------ATAA---TT-------GTC-------------GCAT---------AC------T-TTT-TA---TAAC----GTT-ATTCA-A-TATTCTG-ATGAAAATATTTGAA-ATACACAAGTGGTAAAGGATAACATGTTTAATGTTCAATGTA
gi|10 : TACTGAATGGAACAGCTAACCT-------------GC--------AGTTTCT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTA------------AGTATCAAAGCAGT--CCTTGAAATTTGGACTTG---AA----T----A-AG---A------A---------AG--------A-CCACTAGTAT---------GTAA------AA----------T---CA-A----TA--C------ATAA---TT-------GTCT--GTTTA-TGTCATCT---------AC-A-C--CATTT-AA---TAAT----GCT-ACTCA-A-TATTTT--------------AAA-ATATAAAAGTGGT--AGGTTAGC-TGTTG--TGTTCAATATAaatgaaattatagcatttaaaaaattagtttgaggaaacctcaagttgagatgtttagtgaaactagggctagatgcaatcaattta
gi|11 : aTACTGAACGGAACAGCTAACCG-CCA-C--TT--GTC--------ATTTTGT---GTA------------CCG-------GACATTTTATTTATTTT-CCCAAAAAATATCAAAACAATTTCCTTGAAATTTGCACTTG---GA----T----A-GA---A------A---------AGA-------A-CATTTAGT-CTCT------GCAA------A----------------A-A----TA--C------ACAA---TT-------ATGT--GTAAA-TGTCGTAT---------AC-A-ATTT-TTT-TA---TAGC----GCT-ACT-ACA-TATCTTG-ACGAAGAT
gi|12 : ataTGAACGGAACAGCTAAACC-GC--C--ACTTGAC--------ATTTTAT---GCA------------GATAAGAAAGGACATTTTA
gi|12 : aA----T----A-AG---A------A---------AG--------GAC-----AT-TTTAGGCTATGTAA------AA----------T---AA-T----TA--C------ATAA---TTTTTTATTGTCT--TTTAA-TGTCGTAT---------AT-A-AA-T-TTT-AA---TAATCATAGCT-ATTTA-A-TAATTTG-ACAAAGATATTTGAA-ATACAAACGTGAC--GGGTTAGC-TTTTC--CTTTGAGTATAggctatgtaaaataattacataattttttattgtcttttaatgtcgtatataaattttaataatcatagctatttaataatttgacaaagatatttgaaatacaaacgtgacgggttagcttttcctttgagtata
gi|13 : atgaacggaacagctaaaccgccacttgacattttatgcagTACTATACCGAACAGCTAACCCACCA-C--CT--GAC--------ATTTTAC---GAA------------TCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTTAAAAAGTATCAAAGCAAGTTCACTGAAATTTGGACTGG---AAACAGT----A-AG---AACATTTA---------AG--------A-T-----AT-----------GTAA------A----------------A-A----TA--C------ATCA---TA-------TTTT--GTCAA-TG
gi|14 : tgT-AA---TAAC----GAT-TCT-CCA-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACGAAAGTGAC--GGGTTAAC-TGTTC--TGTACAGTATACgcaactt
gi|2 : A------------CTT-------AATATTTTTTGTATTTT-CTTAAAAAATCTAAAAGCAATTTCCTTGAAAATTGGACTTG---AA----A----A-AG---A------A---------TA--------G-T-----TT-TTTA------GCAA------AACAGTGACTACT---CG-GGTC-TA--T------GTAAG--TT-------GTCT--GTTAA-TGCCGGAT---------AG-ACA--C-GTT-AA---TAAC----GCT-ACTTA-A-TATTTTG-ACGATAATAATGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTA--CGTTCAGTATAa
gi|3 : tagctaatccgccacctgacatgtattaaagcaatttcagttaaccggccTACTGAACAGAAAAGCAAACCC-GC--CATCT--GGTTTGTATGTATCTAATCCGGTA------------CCT-------GACATTTTAAGAATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCATTTT--TTTATATATGGACTTG---AA----A----A-AG---A------ACTAATATTTAG--------G-------AT-A---------ACAATGACTAAG----------T---CA-A----TATTC------TTAAAATTT-------GCCA--GT--A-C-TTGTAT---------AC-AGA--T-TTG-AA---TAAC----GCT-ACTCA-A-TATTTTG-ACGAAGATTTAGGTA-ATACAAAAGTTGC--GGTTTAGC-TGTTC--CCTTTAGTATAt
gi|4 : taACGGAGCAGCTTACCC-GC--C-----------------------------A------------CTT-------GACATTTTATGTAGTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGCGCGTGCAAAA----T----A-AG---T------A---------TT--------T-C-----GT-G---------CTAA------A---------------CAGA----TA--CGCACGAGTAA---TT-------GT
gi|4 : ---------GTTA------AA----------T---CA-A----TA--A------A-AA---GT-------GTCT--TTGAA-TGTCGTAT---------A----A--T-----GA---TAAT----GCT-ATT-C-ACTACTTTG-CCGAAAATAC-GGAA-ATACAAATATGGC--GGGTTAGC-TATTC--CGTTCGGTATAatagaaattcacaatcgggctatgttaaatcaataaaaagtgtctttgaatgtcgtataatgataatgctattcactactttgccgaaaatacggaaatacaaatatggcgggttagctattccgttcggtatat
gi|5 : acggagcagcttacccgccacttgacattttatgtagtttctcaaaaagtatcaaagcaatttccttgaaatttgcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatTACTGAACAGAACAGCTAACAC-TC--CA-CCA-GAT--------ATTTTAT---ATATCTAACCCGCCACCT-------GACATTTTAAGTATTTT-CTTAAAAAGCATCAAAGC-ATTTCCTTGAAATTTTGACTTG---AC----T----A-AT---T------A---------------------------GT------------TAAC-----AA----------TGACCA-AGTATCA--T------ATAA------------GTTTAAACTAAGTATCATAT---------GT-A-T--T-ATT-AAATTTGAC--------AGT-A-A-T-TGTTGTATAAAAA-ATTTGAT-AT-CACAAGTGAA--AGGCTAGC-T-------GTTCAGTATAt
gi|6 : TACTGAACGGAACAGCTA---------C--CT--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAACAATATCAAAGTAATATCCTTGAAATTTGAACTCA---AG----T----A-AGCCGA------A---------AG--------G-C-----GT-C---------ATAA------AA----------T---TA-A----TA--T------ATAA---TT-------GTCT--GTTAA-CGTGGTTT---------AC-A-A--T-TTT-AA---CAAC----ACT-ACT-A-A-TATTTTA-AGGAAGATAATGGAA-ATATAAAAGTTGC--GGATTAGC-TGTTC--CGTTCAGTGTAC
gi|7 : TATTGAACGGAACAGCTGACCT-TCAAC--CT--AAC--------CTTTTGT---ATA------------CCT-------GGCCTTTTATGTATTTTTCTCAAAAA-TA-------ACTTT------AAC----ACTTC---AG----T----A-AG---A------A---------AG-------------------------------AA------TA----------T---TT-AGGC-TA--TT-----GTAA---TT-------GCTA--GTTAA-TGTCGCATTACTTGTACAT-A-A--T-TTTTAA---TAAC----GCTCATC-G-A-TATTTTG-AAGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTTGC--GGGTTAGC-TGTTC--TGTTCAGTATA
gi|8 : taTACTGAACGGACCAGCTAACCC-GC--C--ACTTGAC--------ATTTAAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-TTTAAA----ATTAATGCAA-----TTGAAATTTGAACTTG---AG----TACGCA-AG---ACCATT-A---------AG--------A-C-----TA-T---------ATAA------AA----------T---AA-A-----------------AA---------------------AA-TGTCGTAT---------ACAA-A--T-TGT-AA---TAAC----ACT-ACTAA-A-TATATCG-ACAAATATATTTAAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTAAGC-CG-TC--CGTTCAGTATACt
gi|9 : TTTA-ACGGA---ATTGTAAGAT-CAG--GTGAC--GGGTTAGC-TGCTC--CCTTCA
gi|9 : CAATTCCGTTAAACTCTGGACTTG---AA----T----A-AG---A------A---------Actctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
gi|9 : tgaagggagcagctaacccgtcacctgatcttaG---AA----T----A-AC---A------A---------TG--------A-CCAA--GT-CT--------GTAC------AA----------T---CA-A----TT--C------ATAA---TT-------GTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-GACT-TTT-GA---TAAT----GCT-ACA-A-AATGTTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACCAAAGTGGC--GGGTAAGA-TGTTC--CGTTCAGTATAaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATGGTCAATGTAAACGACATTTAAAAAAAATTAAGTTTAGGAAAATCTCAAGTAGAGATGAGTCGTGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): CGGTAGTGGCTATATCATAGACTATGTCATAAGCTCACCAGCATGTAAGTAATGATCAGTATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AAGAACAATTGTAAGAAGTATGAAAGCCATAAAGTCATTTTCAACCCAATACAGATT
Unaligned ( gi|18 ): TGAACAAAGGTTAACTCATCAGTCTGTAATGGATACCATGCACAAATATCAATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTGAAGTTCTGGCTTTTCAAAATTTGACTTGATGATATTTAGTGAAACTGGGAC
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555 111111111111 1111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 22222222222222222 222
lowQualScore : 0 11111111111111111111 777 888888888888 1111111 3 1 22 555 6666 555 2 555 888888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555 111111111111 444 3 3 33333333333333333 3 3 555 6666 3 000 6 2 1 3 44 3 44
lowQualScore : . .................... ... ............ ....... . . .. ... .... ... . ... ...... ......................................................................... .... ............ ... . . ................. . . ... .... . ... . . . . .. . ..
lowQualScore : 7 66666666666666666666 000 666666666666 8888888 6 2 22 444 1111 000 9 000 888888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444 999999999999 888 6 1 88888888888888888 3 1 444 5555 1 555 2 9 7 1 22 1 22
consensus : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----T---A-AG---A------A---------AG--------G-C-----GT-CT--------GTAA------AA----------T---CAA----TA--C-ATAA---TT-------GTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-ACT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
Reference ( family-911 ) : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----T---A-AG---A------A---------AG--------G-C-----GT-C---------GTAA------AA----------T---CAA----TA--C-ATAA---TT-------GTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-ACT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
gi|1 : TTT-CTCAAAAAGTATCTAAGCAATTTTCTTAAAATTTGGACTTG---AA----TTAGATAG---A------A---------AGAACATGTTG-G-----GT-TT--------GTAA------AA----------T---CAA----TT--C-ATAA---TT-------GTC-------------GCAT---------AC------T-TTT-TA---TAAC----GTT-ATTCA-A-TATTCTG-ATGAAAATATTTGAA-ATACACAAGTGGTAAAGGATAACATGTTTAATGTTCAATGTA
gi|10 : TACTGAATGGAACAGCTAACCTGC--------------------AGTTTCT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTA------------AGTATCAAAGCAGT--CCTTGAAATTTGGACTTG---AA----T---A-AG---A------A---------AG--------A-CCACTAGTAT---------GTAA------AA----------T---CAA----TA--C-ATAA---TT-------GTCT--GTTTA-TGTCATCT---------AC-A-C--CATTT-AA---TAAT----GCT-ACTCA-A-TATTTT--------------AAA-ATATAAAAGTGGT--AGGTTAGC-TGTTG--TGTTCAATATAaatgaaattatagcatttaaaaaattagtttgaggaaacctcaagttgagatgtttagtgaaactagggctagatgcaatcaattta
gi|11 : aTACTGAACGGAACAGCTAACC-GC--C--ACTTGTC--------ATTTTGT---GTA------------CCG-------GACATTTTATTTATTTT-CCCAAAAAATATCAAAACAATTTCCTTGAAATTTGCACTTG---GA----T---A-GA---A------A---------AGA-------A-CATTTAGT-CTCT------GCAA------A----------------AA----TA--C-ACAA---TT-------ATGT--GTAAA-TGTCGTAT---------AC-A-ATTT-TTT-TA---TAGC----GCT-ACT-ACA-TATCTTG-ACGAAGAT
gi|12 : ataTGAACGGAACAGCTAAACCGC--C--ACTTGAC--------ATTTTAT---GCA------------GATAAGAAAGGACATTTTA
gi|12 : aA----T---A-AG---A------A---------AG--------GAC-----AT-TTTAGGCTATGTAA------AA----------T---AAT----TA--C-ATAA---TTTTTTATTGTCT--TTTAA-TGTCGTAT---------AT-A-AA-T-TTT-AA---TAATCATAGCT-ATTTA-A-TAATTTG-ACAAAGATATTTGAA-ATACAAACGTGAC--GGGTTAGC-TTTTC--CTTTGAGTATAggctatgtaaaataattacataattttttattgtcttttaatgtcgtatataaattttaataatcatagctatttaataatttgacaaagatatttgaaatacaaacgtgacgggttagcttttcctttgagtata
gi|13 : atgaacggaacagctaaaccgccacttgacattttatgcagTACTATACCGAACAGCTAACCCAC--CACCT--GAC--------ATTTTAC---GAA------------TCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTTAAAAAGTATCAAAGCAAGTTCACTGAAATTTGGACTGG---AAACAGT---A-AG---AACATTTA---------AG--------A-T-----AT-----------GTAA------A----------------AA----TA--C-ATCA---TA-------TTTT--GTCAA-TG
gi|14 : tgT-AA---TAAC----GAT-TCT-CCA-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACGAAAGTGAC--GGGTTAAC-TGTTC--TGTACAGTATACgcaactt
gi|2 : A------------CTT-------AATATTTTTTGTATTTT-CTTAAAAAATCTAAAAGCAATTTCCTTGAAAATTGGACTTG---AA----A---A-AG---A------A---------TA--------G-T-----TT-TTTA------GCAA------AACAGTGACTACT---CGGGTC-TA--T-GTAAG--TT-------GTCT--GTTAA-TGCCGGAT---------AG-ACA--C-GTT-AA---TAAC----GCT-ACTTA-A-TATTTTG-ACGATAATAATGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTA--CGTTCAGTATAa
gi|3 : tagctaatccgccacctgacatgtattaaagcaatttcagttaaccggccTACTGAACAGAAAAGCAAACCCGC--CATCT--GGTTTGTATGTATCTAATCCGGTA------------CCT-------GACATTTTAAGAATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCATTTT--TTTATATATGGACTTG---AA----A---A-AG---A------ACTAATATTTAG--------G-------AT-A---------ACAATGACTAAG----------T---CAA----TATTC-TTAAAATTT-------GCCA--GT--A-C-TTGTAT---------AC-AGA--T-TTG-AA---TAAC----GCT-ACTCA-A-TATTTTG-ACGAAGATTTAGGTA-ATACAAAAGTTGC--GGTTTAGC-TGTTC--CCTTTAGTATAt
gi|4 : taACGGAGCAGCTTACCCGC--C-----------------------------A------------CTT-------GACATTTTATGTAGTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGCGCGTGCAAAA----T---A-AG---
gi|4 : ---------GTTA------AA----------T---CAA----TA--A-A-AA---GT-------GTCT--TTGAA-TGTCGTAT---------A----A--T-----GA---TAAT----GCT-ATT-C-ACTACTTTG-CCGAAAATAC-GGAA-ATACAAATATGGC--GGGTTAGC-TATTC--CGTTCGGTATAtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatgttaaatcaataaaaagtgtctttgaatgtcgtataatgataatgctattcactactttgccgaaaatacggaaatacaaatatggcgggttagctattccgttcggtatat
gi|5 : acggagcagcttacccgccacttgacattttatgtagtttctcaaaaagtatcaaagcaatttccttgaaatttgcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatTACTGAACAGAACAGCTAACACTC--CA-CCA-GAT--------ATTTTAT---ATATCTAACCCGCCACCT-------GACATTTTAAGTATTTT-CTTAAAAAGCATCAAAGC-ATTTCCTTGAAATTTTGACTTG---AC----T---A-AT---T------A---------------------------GT------------TAAC-----AA----------TGACCAAGTATCA--T-ATAA------------GTTTAAACTAAGTATCATAT---------GT-A-T--T-ATT-AAATTTGAC--------AGT-A-A-T-TGTTGTATAAAAA-ATTTGAT-AT-CACAAGTGAA--AGGCTAGC-T-------GTTCAGTATAt
gi|6 : TACTGAACGGAACAGCTA--------C--CT--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAACAATATCAAAGTAATATCCTTGAAATTTGAACTCA---AG----T---A-AGCCGA------A---------AG--------G-C-----GT-C---------ATAA------AA----------T---TAA----TA--T-ATAA---TT-------GTCT--GTTAA-CGTGGTTT---------AC-A-A--T-TTT-AA---CAAC----ACT-ACT-A-A-TATTTTA-AGGAAGATAATGGAA-ATATAAAAGTTGC--GGATTAGC-TGTTC--CGTTCAGTGTAC
gi|7 : TATTGAACGGAACAGCTGACCTTCAAC--CT--AAC--------CTTTTGT---ATA------------CCT-------GGCCTTTTATGTATTTTTCTCAAAAA-TA-------ACTTT------AAC----ACTTC---AG----T---A-AG---A------A---------AG-------------------------------AA------TA----------T---TTAGGC-TA--TTGTAA---TT-------GCTA--GTTAA-TGTCGCATTACTTGTACAT-A-A--T-TTTTAA---TAAC----GCTCATC-G-A-TATTTTG-AAGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTTGC--GGGTTAGC-TGTTC--TGTTCAGTATA
gi|8 : taTACTGAACGGACCAGCTAACCCGC--C--ACTTGAC--------ATTTAAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-TTTAAA----ATTAATGCAA-----TTGAAATTTGAACTTG---AG----T---A-CG---C------A---------AG--------A-C--------C---------ATTA------AG----------A---CTA----TA--T-AAAA---TA-------A-----AAAAA-TGTCGTAT---------ACAA-A--T-TGT-AA---TAAC----ACT-ACTAA-A-TATATCG-ACAAATATATTTAAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTAAGC-CG-TC--CGTTCAGTATACt
gi|9 : TTTA-ACGGA---ATTGTAAGAT-CAG--GTGAC--GGGTTAGC-TGCTC--CCTTCA
gi|9 : CAATTCCGTTAAACTCTGGACTTG---AA----T---A-AG---A------A---------Actctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
gi|9 : tgaagggagcagctaacccgtcacctgatcttaG---AA----T---A-AC---A------A---------TG--------A-CCAA--GT-CT--------GTAC------AA----------T---CAA----TT--C-ATAA---TT-------GTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-GACT-TTT-GA---TAAT----GCT-ACA-A-AATGTTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACCAAAGTGGC--GGGTAAGA-TGTTC--CGTTCAGTATAaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATGGTCAATGTAAACGACATTTAAAAAAAATTAAGTTTAGGAAAATCTCAAGTAGAGATGAGTCGTGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): CGGTAGTGGCTATATCATAGACTATGTCATAAGCTCACCAGCATGTAAGTAATGATCAGTATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AAGAACAATTGTAAGAAGTATGAAAGCCATAAAGTCATTTTCAACCCAATACAGATT
Unaligned ( gi|18 ): TGAACAAAGGTTAACTCATCAGTCTGTAATGGATACCATGCACAAATATCAATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTGAAGTTCTGGCTTTTCAAAATTTGACTTGATGATATTTAGTGAAACTGGGAC
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555 111111111111 1111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 22222222222222222 111
lowQualScore : 0 11111111111111111111 777 888888888888 1111111 3 1 22 555 8888 555 555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 0000000000000 44 3 3 33333333333333333 3 3 555 6666 3 3 777 6 2 1 3 44 3 44
lowQualScore : . .................... ... ............ ....... . . .. ... .... ... ... ............................................................................ .. ............. .. . . ................. . . ... .... . . ... . . . . .. . ..
lowQualScore : 7 66666666666666666666 000 666666666666 8888888 6 2 22 444 9999 000 000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 3333333333333 22 5 1 88888888888888888 3 1 444 5555 1 1 444 2 9 7 1 22 1 22
consensus : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
Reference ( family-911 ) : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
gi|1 : TTT-CTCAAAAAGTATCTAAGCAATTTTCTTAAAATTTGGACTTG---AAT---TAGATAG---AA---------AGAACATGTTG-------G------GTT--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TT--CATA-------A---T-------------TGTCGCAT---------AC------T-TTT-TA---TAAC----GTT-A-TTCA-A-TATTCTG-ATGAAAATATTTGAA-ATACACAAGTGGTAAAGGATAACATGTTTAATGTTCAATGTA
gi|10 : TACTGAATGGAACAGCTAACCTGC--------------------AGTTTCT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTA------------AGTATCAAAGCAGT--CCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------A-------CCACTA-GTA--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTTA-TGTCATCT---------AC-A-C--CATTT-AA---TAAT----GCT-A-CTCA-A-TATTTT--------------AAA-ATATAAAAGTGGT--AGGTTAGC-TGTTG--TGTTCAATATAaatgaaattatagcatttaaaaaattagtttgaggaaacctcaagttgagatgtttagtgaaactagggctagatgcaatcaattta
gi|11 : aTACTGAACGGAACAGCTAACC-GC--C--ACTTGTC--------ATTTTGT---GTA------------CCG-------GACATTTTATTTATTTT-CCCAAAAAATATCAAAACAATTTCCTTGAAATTTGCACTTG---GA----TA---GA---AA---------AGAACATTTAG-------T------CTC--------T--GCAA-A----------------AA----TA--CACA-------A---TTATGT--GTAAA-TGTCGTAT---------AC-A-ATTT-TTT-TA---TAGC----GCT-A-CT-ACA-TATCTTG-ACGAAGAT
gi|12 : ataTGAACGGAACAGCTAAACCGC--C--ACTTGAC--------ATTTTAT---GCA------------GATAAGAAAGGACATTTTA
gi|12 : aA----TA---AG---AA---------AG--------GA------C------ATTTTAGGCTAT--GTAA-AA----------T---AAT----TA--CATAATTTTTTA---TTGTCT--TTTAA-TGTCGTAT---------ATAA-A--T-TTT-AA---TAATCATAGCT-ATTT-A-A-TAATTTG-ACAAAGATATTTGAA-ATACAAACGTGAC--GGGTTAGC-TTTTC--CTTTGAGTATAggctatgtaaaataattacataattttttattgtcttttaatgtcgtatataaattttaataatcatagctatttaataatttgacaaagatatttgaaatacaaacgtgacgggttagcttttcctttgagtata
gi|13 : atgaacggaacagctaaaccgccacttgacattttatgcagTACTATACCGAACAGCTAACCCAC--CACCT--GAC--------ATTTTAC---GAA------------TCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTTAAAAAGTATCAAAGCAAGTTCACTGAAATTTGGACTGG---AAACAGTA---AG---AACATTT----AA--------G--------------ATA--------T--GTAA-A----------------AA----TA--CATC-------A---TATTTT--GTCAA-TG
gi|14 : tgT-AA---TAAC----GAT-T-CT-CCA-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACGAAAGTGAC--GGGTTAAC-TGTTC--TGTACAGTATACgcaactt
gi|2 : A------------CTT-------AATATTTTTTGTATTTT-CTTAAAAAATCTAAAAGCAATTTCCTTGAAAATTGGACTTG---AA----AA---AG---AA---------TA--------G-------T------TTT--------TTAGCAA-AACAGTGACTACT---CGGGTC-TA--TGTA-------AG--TTGTCT--GTTAA-TGCCGGAT---------AG-ACA--C-GTT-AA---TAAC----GCT-A-CTTA-A-TATTTTG-ACGATAATAATGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTA--CGTTCAGTATAa
gi|3 : tagctaatccgccacctgacatgtattaaagcaatttcagttaaccggccTACTGAACAGAAAAGCAAACCCGC--CATCT--GGTTTGTATGTATCTAATCCGGTA------------CCT-------GACATTTTAAGAATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCATTTT--TTTATATATGGACTTG---AA----AA---AG---AACTAATATTTAG--------GATAACAAT------GAC--------T-----A-AG----------T---CAA----TATTCTTA-------AAATTTGCCA--GT--A-C-TTGTAT---------AC-AGA--T-TTG-AA---TAAC----GCT-A-CTCA-A-TATTTTG-ACGAAGATTTAGGTA-ATACAAAAGTTGC--GGTTTAGC-TGTTC--CCTTTAGTATAt
gi|4 : taACGGAGCAGCTTACCCGC--C-----------------------------A------------CTT-------GACATTTTATGTAGTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGCGCGTGCAAAA----TA---AG---
gi|4 : --------T--GTTA-AA----------T---CAA----TA--AA-A-------A---GTGTCT--TTGAA-TGTCGTAT---------A----A--T-----GA---TAAT----GCT-A-TT-C-ACTACTTTG-CCGAAAATAC-GGAA-ATACAAATATGGC--GGGTTAGC-TATTC--CGTTCGGTATAtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatgttaaatcaataaaaagtgtctttgaatgtcgtataatgataatgctattcactactttgccgaaaatacggaaatacaaatatggcgggttagctattccgttcggtatat
gi|5 : acggagcagcttacccgccacttgacattttatgtagtttctcaaaaagtatcaaagcaatttccttgaaatttgcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctaTACTGAACAGAACAGCTAACACTC--CA-CCA-GAT--------ATTTTAT---ATATCTAACCCGCCACCT-------GACATTTTAAGTATTTT-CTTAAAAAGCATCAAAGC-ATTTCCTTGAAATTTTGACTTG---AC----TA---AT---TA----------------------------------GT-------------TAACAA----------TGACCAAGTATCA--TATA-------A-----GTTTAAACTAAGTATCATAT---------GT-A-T--T-ATT-AAATTTGAC--------A-GT-A-A-T-TGTTGTATAAAAA-ATTTGAT-AT-CACAAGTGAA--AGGCTAGC-T-------GTTCAGTATAt
gi|6 : TACTGAACGGAACAGCTA--------C--CT--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAACAATATCAAAGTAATATCCTTGAAATTTGAACTCA---AG----TA---AGCCGAA---------AG--------G-------C------GTC-----------ATAA-AA----------T---TAA----TA--TATA-------A---TTGTCT--GTTAA-CGTGGTTT---------AC-A-A--T-TTT-AA---CAAC----ACT-A-CT-A-A-TATTTTA-AGGAAGATAATGGAA-ATATAAAAGTTGC--GGATTAGC-TGTTC--CGTTCAGTGTAC
gi|7 : TATTGAACGGAACAGCTGACCTTCAAC--CT--AAC--------CTTTTGT---ATA------------CCT-------GGCCTTTTATGTATTTTTCTCAAAAA-TA-------ACTTT------AAC----ACTTC---AG----TA---AG---AA---------AG--------A--------------ATA--------T--TTAG-GC----------T-----A----T---TGTA-------A---TTGCTA--GTTAA-TGTCGCATTACTTGTACAT-A-A--T-TTTTAA---TAAC----GCTCA-TC-G-A-TATTTTG-AAGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTTGC--GGGTTAGC-TGTTC--TGTTCAGTATA
gi|8 : taTACTGAACGGACCAGCTAACCCGC--C--ACTTGAC--------ATTTAAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-TTTAAA----ATTAATGCAA-----TTGAAATTTGAACTTG---AG----TA---CG---CA---------AG--------A-------CCATTAAGAC--------T--ATAT-AA---------------AA----TA--AA-A-------A--------------AA-TGTCGTAT---------ACAA-A--T-TGT-AA---TAAC----ACT-A-CTAA-A-TATATCG-ACAAATATATTTAAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTAAGC-CG-TC--CGTTCAGTATACt
gi|9 : TTTA-ACGGA---ATTGTAAGAT-CAG--GTGAC--GGGTTAGC-TGCTC--CCTTCA
gi|9 : CAATTCCGTTAAACTCTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------Actctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
gi|9 : tgaagggagcagctaacccgtcacctgatcttaG---AA----TA---AC---AA---------TG--------A-------CCAA---GTC--------T--GTAC-AA----------T---CAA----TT--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-GACT-TTT-GA---TAAT----GCT-A-CA-A-AATGTTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACCAAAGTGGC--GGGTAAGA-TGTTC--CGTTCAGTATAaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATGGTCAATGTAAACGACATTTAAAAAAAATTAAGTTTAGGAAAATCTCAAGTAGAGATGAGTCGTGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): CGGTAGTGGCTATATCATAGACTATGTCATAAGCTCACCAGCATGTAAGTAATGATCAGTATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AAGAACAATTGTAAGAAGTATGAAAGCCATAAAGTCATTTTCAACCCAATACAGATT
Unaligned ( gi|18 ): TGAACAAAGGTTAACTCATCAGTCTGTAATGGATACCATGCACAAATATCAATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTGAAGTTCTGGCTTTTCAAAATTTGACTTGATGATATTTAGTGAAACTGGGAC
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555 111111111111 1111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 22222222222222222 111
lowQualScore : 0 11111111111111111111 777 888888888888 1111111 3 1 22 555 8888 555 555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 0000000000000 44 3 3 33333333333333333 3 3 555 6666 3 3 777 6 2 1 3 44 3 44
lowQualScore : . .................... ... ............ ....... . . .. ... .... ... ... ............................................................................ .. ............. .. . . ................. . . ... .... . . ... . . . . .. . ..
lowQualScore : 7 66666666666666666666 000 666666666666 8888888 6 2 22 444 9999 000 000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 3333333333333 22 5 1 88888888888888888 3 1 444 5555 1 1 444 2 9 7 1 22 1 22
consensus : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
Reference ( family-911 ) : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
gi|1 : TTT-CTCAAAAAGTATCTAAGCAATTTTCTTAAAATTTGGACTTG---AAT---TAGATAG---AA---------AGAACATGTTG-------G------GTT--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TT--CATA-------A---T-------------TGTCGCAT---------AC------T-TTT-TA---TAAC----GTT-A-TTCA-A-TATTCTG-ATGAAAATATTTGAA-ATACACAAGTGGTAAAGGATAACATGTTTAATGTTCAATGTA
gi|10 : TACTGAATGGAACAGCTAACCTGC--------------------AGTTTCT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTA------------AGTATCAAAGCAGT--CCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------A-------CCACTA-GTA--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTTA-TGTCATCT---------AC-A-C--CATTT-AA---TAAT----GCT-A-CTCA-A-TATTTT--------------AAA-ATATAAAAGTGGT--AGGTTAGC-TGTTG--TGTTCAATATAaatgaaattatagcatttaaaaaattagtttgaggaaacctcaagttgagatgtttagtgaaactagggctagatgcaatcaattta
gi|11 : aTACTGAACGGAACAGCTAACC-GC--C--ACTTGTC--------ATTTTGT---GTA------------CCG-------GACATTTTATTTATTTT-CCCAAAAAATATCAAAACAATTTCCTTGAAATTTGCACTTG---GA----TA---GA---AA---------AGAACATTTAG-------T------CTC--------T--GCAA-A----------------AA----TA--CACA-------A---TTATGT--GTAAA-TGTCGTAT---------AC-A-ATTT-TTT-TA---TAGC----GCT-A-CT-ACA-TATCTTG-ACGAAGAT
gi|12 : ataTGAACGGAACAGCTAAACCGC--C--ACTTGAC--------ATTTTAT---GCA------------GATAAGAAAGGACATTTTA
gi|12 : aA----TA---AG---AA---------AG--------GA------C------ATTTTAGGCTAT--GTAA-AA----------T---AAT----TA--CATAATTTTTTA---TTGTCT--TTTAA-TGTCGTAT---------ATAA-A--T-TTT-AA---TAATCATAGCT-ATTT-A-A-TAATTTG-ACAAAGATATTTGAA-ATACAAACGTGAC--GGGTTAGC-TTTTC--CTTTGAGTATAggctatgtaaaataattacataattttttattgtcttttaatgtcgtatataaattttaataatcatagctatttaataatttgacaaagatatttgaaatacaaacgtgacgggttagcttttcctttgagtata
gi|13 : atgaacggaacagctaaaccgccacttgacattttatgcagTACTATACCGAACAGCTAACCCAC--CACCT--GAC--------ATTTTAC---GAA------------TCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTTAAAAAGTATCAAAGCAAGTTCACTGAAATTTGGACTGG---AAACAGTA---AG---AACATTT----AA--------G--------------ATA--------T--GTAA-A----------------AA----TA--CATC-------A---TATTTT--GTCAA-TG
gi|14 : tgT-AA---TAAC----GAT-T-CT-CCA-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACGAAAGTGAC--GGGTTAAC-TGTTC--TGTACAGTATACgcaactt
gi|2 : A------------CTT-------AATATTTTTTGTATTTT-CTTAAAAAATCTAAAAGCAATTTCCTTGAAAATTGGACTTG---AA----AA---AG---AA---------TA--------G-------T------TTT--------TTAGCAA-AACAGTGACTACT---CGGGTC-TA--TGTA-------AG--TTGTCT--GTTAA-TGCCGGAT---------AG-ACA--C-GTT-AA---TAAC----GCT-A-CTTA-A-TATTTTG-ACGATAATAATGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTA--CGTTCAGTATAa
gi|3 : tagctaatccgccacctgacatgtattaaagcaatttcagttaaccggccTACTGAACAGAAAAGCAAACCCGC--CATCT--GGTTTGTATGTATCTAATCCGGTA------------CCT-------GACATTTTAAGAATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCATTTT--TTTATATATGGACTTG---AA----AA---AG---AACTAATATTTAG--------GATAACAAT------GAC--------T-----A-AG----------T---CAA----TATTCTTA-------AAATTTGCCA--GT--A-C-TTGTAT---------AC-AGA--T-TTG-AA---TAAC----GCT-A-CTCA-A-TATTTTG-ACGAAGATTTAGGTA-ATACAAAAGTTGC--GGTTTAGC-TGTTC--CCTTTAGTATAt
gi|4 : taACGGAGCAGCTTACCCGC--C-----------------------------A------------CTT-------GACATTTTATGTAGTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGCGCGTGCAAAA----TA---AG---
gi|4 : --------T--GTTA-AA----------T---CAA----TA--AA-A-------A---GTGTCT--TTGAA-TGTCGTAT---------A----A--T-----GA---TAAT----GCT-A-TT-C-ACTACTTTG-CCGAAAATAC-GGAA-ATACAAATATGGC--GGGTTAGC-TATTC--CGTTCGGTATAtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatgttaaatcaataaaaagtgtctttgaatgtcgtataatgataatgctattcactactttgccgaaaatacggaaatacaaatatggcgggttagctattccgttcggtatat
gi|5 : acggagcagcttacccgccacttgacattttatgtagtttctcaaaaagtatcaaagcaatttccttgaaatttgcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctaTACTGAACAGAACAGCTAACACTC--CA-CCA-GAT--------ATTTTAT---ATATCTAACCCGCCACCT-------GACATTTTAAGTATTTT-CTTAAAAAGCATCAAAGC-ATTTCCTTGAAATTTTGACTTG---AC----TA---AT---TA----------------------------------GT-------------TAACAA----------TGACCAAGTATCA--TATA-------A-----GTTTAAACTAAGTATCATAT---------GT-A-T--T-ATT-AAATTTGAC--------A-GT-A-A-T-TGTTGTATAAAAA-ATTTGAT-AT-CACAAGTGAA--AGGCTAGC-T-------GTTCAGTATAt
gi|6 : TACTGAACGGAACAGCTA--------C--CT--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAACAATATCAAAGTAATATCCTTGAAATTTGAACTCA---AG----TA---AGCCGAA---------AG--------G-------C------GTC-----------ATAA-AA----------T---TAA----TA--TATA-------A---TTGTCT--GTTAA-CGTGGTTT---------AC-A-A--T-TTT-AA---CAAC----ACT-A-CT-A-A-TATTTTA-AGGAAGATAATGGAA-ATATAAAAGTTGC--GGATTAGC-TGTTC--CGTTCAGTGTAC
gi|7 : TATTGAACGGAACAGCTGACCTTCAAC--CT--AAC--------CTTTTGT---ATA------------CCT-------GGCCTTTTATGTATTTTTCTCAAAAA-TA-------ACTTT------AAC----ACTTC---AG----TA---AG---AA---------AG--------A--------------ATA--------T--TTAG-GC----------T-----A----T---TGTA-------A---TTGCTA--GTTAA-TGTCGCATTACTTGTACAT-A-A--T-TTTTAA---TAAC----GCTCA-TC-G-A-TATTTTG-AAGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTTGC--GGGTTAGC-TGTTC--TGTTCAGTATA
gi|8 : taTACTGAACGGACCAGCTAACCCGC--C--ACTTGAC--------ATTTAAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-TTTAAA----ATTAATGCAA-----TTGAAATTTGAACTTG---AG----TA---CG---CA---------AG--------A-------CCATTAAGAC--------T--ATAT-AA---------------AA----TA--AA-A-------A--------------AA-TGTCGTAT---------ACAA-A--T-TGT-AA---TAAC----ACT-A-CTAA-A-TATATCG-ACAAATATATTTAAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTAAGC-CG-TC--CGTTCAGTATACt
gi|9 : TTTA-ACGGA---ATTGTAAGAT-CAG--GTGAC--GGGTTAGC-TGCTC--CCTTCA
gi|9 : CAATTCCGTTAAACTCTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------Actctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
gi|9 : tgaagggagcagctaacccgtcacctgatcttaG---AA----TA---AC---AA---------TG--------A-------CCAA---GTC--------T--GTAC-AA----------T---CAA----TT--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-GACT-TTT-GA---TAAT----GCT-A-CA-A-AATGTTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACCAAAGTGGC--GGGTAAGA-TGTTC--CGTTCAGTATAaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
blockSeqs : CATCTGGTTTGTATGT CCG TCTAACCCGCCA AAGAAAG T G CC CAA ACAG . CCG TAGTTTTTTAGCAAAACAGTGACTACTCGGGTC TT ATTTTTTATT AA T G TACTTGTACATAA A T ATT CATA C T CA C T G G . . .
blockSeqs : CACTTGTC . . . . A CC . . . . CTAATATTTAGGATAACAATGACTAAGTCAA . AAATTT . A . ACAATT . . . . . . AC A . G . . . .
blockSeqs : CACTTGAC . . . . G CA . . . . AGGACATTTTAGGCTATGTAAAATAAT . AGTT . T . ACAGAC . . . . . . CC . . G . . . .
blockSeqs : CACCTGAC . . . . A CC . . . . AGACCACTAGTATGTAAAATCAA . ATT . C . ATAAA . . . . . . TA . . A . . . .
blockSeqs : CACCAGAT . . . . G CC . . . . AGAACATTTAGTCTCTGCAAAAA . ATT . T . AGACA . . . . . . CA . . G . . . .
blockSeqs : AACCTAAC . . . . G CC . . . . AGACCATTAAGACTATATAAAA . ATA . G . ACAGA . . . . . . AA . . A . . . .
blockSeqs : CACTTGAC . . . . G CC . . . . TGACCAAGTCTGTACAATCAA . AGT . T . ACAAA . . . . . . A . . A . . . .
blockSeqs : CCTGAC . . . . A CG . . . . CATTTAAGATATGTAAAAA . ATT . T . ACAC . . . . . . C . . G . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . GTTAACAATGACCAAGTAT . ATT . T . GTAT . . . . . . A . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGGCGTCATAAAATTAA . ATT . T . ACAA . . . . . . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AGAATATTTAGGCTA . A . . . AA . . . . . . G . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CACCTGAC************ **** *** ATT********** ACAA************* ** **
originalCons : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGC--C--CC--GAC--------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
finalCons : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGCCACCTGAC------------ATTTTAT---GTA------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATAATT----------GTCT--GTTAA-TGTCGTATACAA-------------T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATGGTCAATGTAAACGACATTTAAAAAAAATTAAGTTTAGGAAAATCTCAAGTAGAGATGAGTCGTGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): CGGTAGTGGCTATATCATAGACTATGTCATAAGCTCACCAGCATGTAAGTAATGATCAGTATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AAGAACAATTGTAAGAAGTATGAAAGCCATAAAGTCATTTTCAACCCAATACAGATT
Unaligned ( gi|18 ): TGAACAAAGGTTAACTCATCAGTCTGTAATGGATACCATGCACAAATATCAATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTGAAGTTCTGGCTTTTCAAAATTTGACTTGATGATATTTAGTGAAACTGGGAC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 22222222222222222 111
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 3 1 22 555 8888 555 555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 0000000000000 44 3 3 33333333333333333 3 3 555 6666 3 3 777 6 2 1 3 44 3 44
lowQualScore : ...................................................... ....... . . .. ... .... ... ... ............................................................................ .. ............. .. . . ................. . . ... .... . . ... . . . . .. . ..
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888888 6 2 22 444 9999 000 000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 3333333333333 22 5 1 88888888888888888 3 1 444 5555 1 1 444 2 9 7 1 22 1 22
consensus : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGCCACCTGAC--------AT------------TTTAT---GT---------A------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
Reference ( family-911 ) : TACTGAACGGAACAGCTAACCCGCCACCTGAC--------AT------------TTTAT---GT---------A------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------G-------C------GTC--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-A--T-TTT-AA---TAAC----GCT-A-CT-A-A-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTC--CGTTCAGTATAC
gi|1 : TTT-CTCAAAAAGTATCTAAGCAATTTTCTTAAAATTTGGACTTG---AAT---TAGATAG---AA---------AGAACATGTTG-------G------GTT--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TT--CATA-------A---T-------------TGTCGCAT---------AC------T-TTT-TA---TAAC----GTT-A-TTCA-A-TATTCTG-ATGAAAATATTTGAA-ATACACAAGTGGTAAAGGATAACATGTTTAATGTTCAATGTA
gi|10 : TACTGAATGGAACAGCTAACCTGC----------------AG------------TTTCT---GT---------A------------CCT-------GACATTTTATGTA------------AGTATCAAAGCAGT--CCTTGAAATTTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------AG--------A-------CCACTA-GTA--------T--GTAA-AA----------T---CAA----TA--CATA-------A---TTGTCT--GTTTA-TGTCATCT---------AC-A-C--CATTT-AA---TAAT----GCT-A-CTCA-A-TATTTT--------------AAA-ATATAAAAGTGGT--AGGTTAGC-TGTTG--TGTTCAATATAaatgaaattatagcatttaaaaaattagtttgaggaaacctcaagttgagatgtttagtgaaactagggctagatgcaatcaattta
gi|11 : aTACTGAACGGAACAGCTAACC-GCCACTTGTC--------AT------------TTTGT---GT---------A------------CCG-------GACATTTTATTTATTTT-CCCAAAAAATATCAAAACAATTTCCTTGAAATTTGCACTTG---GA----TA---GA---AA---------AGAACATTTAG-------T------CTC--------T--GCAA-A----------------AA----TA--CACA-------A---TTATGT--GTAAA-TGTCGTAT---------AC-A-ATTT-TTT-TA---TAGC----GCT-A-CT-ACA-TATCTTG-ACGAAGAT
gi|12 : ataTGAACGGAACAGCTAAACCGCCACTTGAC--------AT------------TTTAT---GC---------A------------GATAAGAAAGGACATTTTA
gi|12 : aA----TA---AG---AA---------AG--------GA------C------ATTTTAGGCTAT--GTAA-AA----------T---AAT----TA--CATAATTTTTTA---TTGTCT--TTTAA-TGTCGTAT---------ATAA-A--T-TTT-AA---TAATCATAGCT-ATTT-A-A-TAATTTG-ACAAAGATATTTGAA-ATACAAACGTGAC--GGGTTAGC-TTTTC--CTTTGAGTATAggctatgtaaaataattacataattttttattgtcttttaatgtcgtatataaattttaataatcatagctatttaataatttgacaaagatatttgaaatacaaacgtgacgggttagcttttcctttgagtata
gi|13 : atgaacggaacagctaaaccgccacttgacattttatgcagTACTATACCGAACAGCTAACCCACCACCTGAC--------AT------------TTTAC---GA---------A------------TCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTTAAAAAGTATCAAAGCAAGTTCACTGAAATTTGGACTGG---AAACAGTA---AG---AACATTT----AA--------G--------------ATA--------T--GTAA-A----------------AA----TA--CATC-------A---TATTTT--GTCAA-TG
gi|14 : tgT-AA---TAAC----GAT-T-CT-CCA-TATTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACGAAAGTGAC--GGGTTAAC-TGTTC--TGTACAGTATACgcaactt
gi|2 : AGCTAATCCGCCACCTGAC--------ATGTATTAAAGCAATTTCA---GTTAACCGGCCA------------CTT-------AATATTTTTTGTATTTT-CTTAAAAAATCTAAAAGCAATTTCCTTGAAAATTGGACTTG---AA----AA---AG---AA---------TA--------G-------T------TTT--------TTAGCAA-AACAGTGACTACT---CGGGTC-TA--TGTA-------AG--TTGTCT--GTTAA-TGCCGGAT---------AG-ACA--C-GTT-AA---TAAC----GCT-A-CTTA-A-TATTTTG-ACGATAATAATGGAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTTAGC-TGTTA--CGTTCAGTATAa
gi|3 : tTACTGAACAGAAAAGCAAACCCGCCATCTGGTTTGTATGTAT------------CTAATCCGGT---------A------------CCT-------GACATTTTAAGAATTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCATTTT--TTTATATATGGACTTG---AA----AA---AG---AACTAATATTTAG--------GATAACAAT------GAC--------T-----A-AG----------T---CAA----TATTCTTA-------AAATTTGCCA--GT--A-C-TTGTAT---------AC-AGA--T-TTG-AA---TAAC----GCT-A-CTCA-A-TATTTTG-ACGAAGATTTAGGTA-ATACAAAAGTTGC--GGTTTAGC-TGTTC--CCTTTAGTATAt
gi|4 : taACGGAGCAGCTTACCCGCCACTTGAC-------------------------------------------------------------------ATTTTATGTAGTTT-CTCAAAAAGTATCAAAGCAATTTCCTTGAAATTTGCGCGTGCAAAA----TA---AG---
gi|4 : --------T--GTTA-AA----------T---CAA----TA--AA-A-------A---GTGTCT--TTGAA-TGTCGTAT---------A----A--T-----GA---TAAT----GCT-A-TT-C-ACTACTTTG-CCGAAAATAC-GGAA-ATACAAATATGGC--GGGTTAGC-TATTC--CGTTCGGTATAtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctatgttaaatcaataaaaagtgtctttgaatgtcgtataatgataatgctattcactactttgccgaaaatacggaaatacaaatatggcgggttagctattccgttcggtatat
gi|5 : acggagcagcttacccgccacttgacattttatgtagtttctcaaaaagtatcaaagcaatttccttgaaatttgcgcgtgcaaaataagtatttcgtgctaaacagatacgcacgagtaattgtatagaaattcacaatcgggctaTACTGAACAGAACAGCTAACACTCCACCAGAT--------AT------------TTTAT---AT---------ATCTAACCCGCCACCT-------GACATTTTAAGTATTTT-CTTAAAAAGCATCAAAGC-ATTTCCTTGAAATTTTGACTTG---AC----TA---AT---TA----------------------------------GT-------------TAACAA----------TGACCAAGTATCA--TATA-------A-----GTTTAAACTAAGTATCATAT---------GT-A-T--T-ATT-AAATTTGAC--------A-GT-A-A-T-TGTTGTATAAAAA-ATTTGAT-AT-CACAAGTGAA--AGGCTAGC-T-------GTTCAGTATAt
gi|6 : TACTGAACGGAACAGCTA--------CCTGAC--------AT------------TTTAT---GT---------A------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-CTCAAACAATATCAAAGTAATATCCTTGAAATTTGAACTCA---AG----TA---AGCCGAA---------AG--------G-------C------GTC-----------ATAA-AA----------T---TAA----TA--TATA-------A---TTGTCT--GTTAA-CGTGGTTT---------AC-A-A--T-TTT-AA---CAAC----ACT-A-CT-A-A-TATTTTA-AGGAAGATAATGGAA-ATATAAAAGTTGC--GGATTAGC-TGTTC--CGTTCAGTGTAC
gi|7 : TATTGAACGGAACAGCTGACCTTCAACCTAAC--------CT------------TTTGT---AT---------A------------CCT-------GGCCTTTTATGTATTTTTCTCAAAAA-TA-------ACTTT------AAC----ACTTC---AG----TA---AG---AA---------AG--------A--------------ATA--------T--TTAG-GC----------T-----A----T---TGTA-------A---TTGCTA--GTTAA-TGTCGCATTACTTGTACAT-A-A--T-TTTTAA---TAAC----GCTCA-TC-G-A-TATTTTG-AAGAAGATATTGGAA-ATACAAAAGTTGC--GGGTTAGC-TGTTC--TGTTCAGTATA
gi|8 : taTACTGAACGGACCAGCTAACCCGCCACTTGAC--------AT------------TTAAT---GT---------A------------CCT-------GACATTTTATGTATTTT-TTTAAA----ATTAATGCAA-----TTGAAATTTGAACTTG---AG----TA---CG---CA---------AG--------A-------CCATTAAGAC--------T--ATAT-AA---------------AA----TA--AA-A-------A--------------AA-TGTCGTAT---------ACAA-A--T-TGT-AA---TAAC----ACT-A-CTAA-A-TATATCG-ACAAATATATTTAAA-ATACAAAAGTGGC--GGGTAAGC-CG-TC--CGTTCAGTATACt
gi|9 : TGAAGGGAGCAGCTAACCCGTCACCTGA
gi|9 : TTTA-ACGGA---ATTGTAAGAT-CAG--GTGAC--GGGTTAGC-TGCTC--CCTTCAtcttacaattccgttaaactctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
gi|9 : CAATTCCGTTAAACTCTGGACTTG---AA----TA---AG---AA---------Actctggacttgaataagaaaaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
gi|9 : tgaagggagcagctaacccgtcacctgatcttaG---AA----TA---AC---AA---------TG--------A-------CCAA---GTC--------T--GTAC-AA----------T---CAA----TT--CATA-------A---TTGTCT--GTTAA-TGTCGTAT---------AC-A-GACT-TTT-GA---TAAT----GCT-A-CA-A-AATGTTTTG-ACGAAGATATTGGAA-ATACCAAAGTGGC--GGGTAAGA-TGTTC--CGTTCAGTATAaaaaacccatttagaataacaatgaccaagtctgtacaatcaattcataattgtctgttaatgtcgtatacagacttttgataatgctacaaaatgttttgacgaagatattggaaataccaaagtggcgggtaagatgttccgttcagtata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATGGTCAATGTAAACGACATTTAAAAAAAATTAAGTTTAGGAAAATCTCAAGTAGAGATGAGTCGTGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): CGGTAGTGGCTATATCATAGACTATGTCATAAGCTCACCAGCATGTAAGTAATGATCAGTATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AAGAACAATTGTAAGAAGTATGAAAGCCATAAAGTCATTTTCAACCCAATACAGATT
Unaligned ( gi|18 ): TGAACAAAGGTTAACTCATCAGTCTGTAATGGATACCATGCACAAATATCAATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTGAAGTTCTGGCTTTTCAAAATTTGACTTGATGATATTTAGTGAAACTGGGAC