lowQualScore : 4 11 1 555555 44444 2222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 222222222222222 11 222222222222 44444444444444444444444 3333 1111111111 33333333333333333 11111111111111 1111111 1111111 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 11 1 333 4444 77777777 4 1
lowQualScore : 6 6 6 0 6 6 22 6 6 5 777777 3 3 6 11111 0 2 1 9 6666666666 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 22 22 5555 1 888888888888888 333 22 1 55 33 44444 1 1 22 333333333333 1 22 88888 222 44 1 4 4 22 22 1 1 1 4 1 3333 0 44 33333333333333333333333 1 66666666 6666 1 444444 777777777 6666 3 2 88888888 4444 1 6 1 22 222 1111111111 0 555 22 11 2 5 8 22 7777777777 44 88888 1 3 333 666666 1 1 66666666 22 33333333333333333 1 3333 9999 33333333333333 5555555 1 1 66666666 8 9999999 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 6 1 00000000 0 99 6 33 5 333 1111 99999999 6 6 0 5
lowQualScore : . . . . . . .. . . . ...... . . . ..... . . . . .......... . ...................................................................... ... .. .. .... . ............... ... .. . .. .. ..... . . .. ............ . .. ..... ... .. . . . .. .. . . . . . .... . .. ....................... . ........ .... . ...... ......... .... . . ........ .... . . . .. ... .......... . ... .. .. . . . .. .......... .. ..... . . ... ...... . . ........ .. ................. . .... .... .............. ....... . . ........ . ....... . ......................................................................... . . . ........ . .. . .. . ... .... ........ . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 00 0 0 0 555555 0 0 7 33333 7 8 0 2 2222222222 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 55 55 5555 7 333333333333333 222 55 8 55 66 55555 8 9 66 999999999999 8 55 33333 999 00 7 0 1 33 33 7 7 2 8 6 4444 4 44 77777777777777777777777 7 00000000 5555 7 888888 000000000 2222 8 4 88888888 1111 7 2 7 33 999 1111111111 4 222 33 99 6 0 9 77 6666666666 88 44444 7 3 000 555555 7 7 33333333 44 11111111111111111 7 5555 7777 88888888888888 5555555 7 7 33333333 5 1111111 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 0 88888888 3 22 7 44 0 555 0000 00000000 0 0 0 0
consensus : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGNTGNAAACTTTTTTT-ANN-TAATGGTGATCAGTTTACAGAATCAAT-A-NTATTATTGAAAAACAAA--------A-TTGAT-T-------AAAAA--AA----------------A-------A----AA----T-CAAAC---CCGAGCT--AAAC--AAAAAA-CT-TTAACCTA----A----GG----TT---T--TAGAGC-CCAA-----AGTATGGAA-A-T--T----TA-----TGTAAGTT--AGCT---A-TA---TAC--ATTGT-TTNTATAA--CAT--AAT-A-TGAATGTGTT-TATGA----AGTTTA--GTCACC--A----ATA-N-ATG------A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAA----AAA-GC------TGAGC---------TAAACA---TAAAA-CTTTAA-CAAA-----ACCC--GAG-CTAAACAAAAAA-C--TTTA---ACCTA--------AGGT---TT--TAG-AGCCCAAAGTATGGAAA-TT----------TA-GGTA-----AGTTAGC---TA------TATAC-ATTGT-TTGTATA--------A--CAT---A---T---A---TG-AATGT----GTTTATGAAGTTTAGTCACCGT-AAC----AC---G----AGT-----A-GTTTGTTCAGAAACA-GAG-AAA--------AAGCT-G-----AGCTAAACATAAAACTTTAACCAGCC------GA---------CA-ACG------------------AC------------G---CC---------AGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--A-AAAG-ACGAGCTAATTAAAAGTGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACAT
Reference ( gi|2 ) : AAAAAAGAATGGGCAACAGGGTGGGG-TCTTGGTTGGGCTCAGGCAGAAAAATTCATTCAATAGGTCA------GTGATGTAAACTTTTTTTTAGT-TGATGGTGATCAGCTTACAGAATTAAT-A-GTATTTCTGAAAAATAAA--------A-TTGAT-T-------AAAAA--AA----------------A-------A----AA----T-CAAAC---CCGAGCT--AAAC--AAAATA-TT-TTAACCTA----C----GA----TT---T--TAAAGT-CAGA-----AGTATGGAA-A-T--T----AA-----TGTAAGTT--AGCT---G-TA---TAC--ATTGT-TTCTACAA--CAT--AAT-A-TAAACGTGTT-TATGA----AGTTTA--GTCACC--A----ATA-G-ATG------A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAA----AAA-GC------TGAGC---------TAAAC----TAAAA-CTTTAA-CAAA-----ACCC--GAG-CTAAACAAAGAA-C--TTTA---ACCCA--------AGGT---TT--TAG-AGCCCAAAGTATGTAAA-TT----------TA-GGTA-----AGTTAGC---TA------TATAC-ATTGT-TTGTATA--------A--C-----A---T---A---TG-AATGT----GTTTATGAAGTTTAGTCACCGT-AAC----AC---G----AGT-----T-GTTTGTTCAGAAACA-GAG-AAA--------AGGCT-T-----AGCTTAACATAAAACTTTAACCAGTG------GA---------CA-ATG------------------AC------------G---TC---------AGGGTCACGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--A-AAAT-ACGAGCGAAC--AAAGT-ACGAAATA--GACAGGGAAATAATTCTGCCAT
gi|1 : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGTAAACTTTTTTT-GGT-TAATGGTGATCAGCTTACCGAATTAAT-A-GTATTACTGAAAAATAAA--------A-TTGAT-TTAAAAAAAAAAA--AA----------------A-------A----AA----TTCAATC---CCGAGCT--AAAC--AAAAAA-CT-TTAACCTA----A----GG----TT---T--TAAAGC-CCAT-----AGTATGGAC-A-T--T----TA-----TGTTAGTT--AGCT---A-TA---TAC--ATTGT-TTCTACAA--CAT--AAT-A-TAAATATGTT-TTTGA----AGTTAA--GTCACC--A----AAA-C-ATG------A-GTAGTTTGTTC--------ACAAACAGAGAA----AAT-GC------TGAGC---------TAAACA---TAAAA-CTTTAACCAAA-----ACCC--AAG-CTAAACAAAAAA-C--TTTA---ACCGA--------AGGT---TT--TAG-AACCCAAAGTATGTAAA-TT----------TA-GGTA-----AGTTAGC---TA------TATTC-ATTGT-TTGCATA--------A--CATG--A---T---A---TA-AATGT----GTTTATGAAGTTTAGTCAACGT-AGC----AT---G----AGT-----T-GTTTGTTCAGAAACA-GAG-ATA--------AAGTT-G-----AGCTAAACATAAAACTTTAACCAGCGGAAGACGA---------CA-ACGATGATGACGACGCCGACAAC------------G---CC---------AGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTCTTC--A-AAATGACGAG
gi|5 : aAGGTCA------GTGCTGGAAA--TTTTTTTAACATAATGGTGATAAATTTATAGAATCAAT-A-CAAATACTGAAAATCAAA--------A-TAAAT-T-------TTAAA--AA----------------A-------T----------T-CAAAC---ATAAGTT--ATAC--TAAAAA-CT-TTAACCTA----A----GC----TT---T--TAAAGC-CCAA-----AGTAAGGAA-T-T--TCGGTAT-----TACAACTA--AGTT---A-TA---TAC--TTTGT-CTGTATAAAACAT--AAT-A-TGAACGTGTT-TATGA----GGTTTG--GCCACT--A-----TA-ACATA------A-GGAGTTTCTTC--------AGAAACAGAGAA----AAAGGC------TGACA---------TAAACA---TAAAA-CTataaaaagg
gi|3 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaAAACTTTTTTG-ACA-TGATGATGATCAGTTTAGAGAATCAAT-ATTTGTTATTGAAAAACAAA--------ATTTCAT-G-------AAAAT--AA----------------ATAACTATA----AATAATT-AAAAC---CCCAGCA--AACC--AAAAAA-CT-TTCACCTA----A----TG----TT---T--TCGAGT-CAAG-----AGTTTGGGA-A-C--T-------------TTGGGT--AACT---G-TA---TAG--ATTGA-TTGTAT-A--CAT---AT-----AACATG-G-TATGAAATGAGTTTA--A--AC--------ATATT-ATA------A-GTAGTTTGTTC--------TGAAACAGGGGA----AAA-GC------TGAGC---------TTAACA---TAAAACCTTTCA-C------------------CTAA------TG-T--TTT-------CA--------AG-----TC--CAG-AG-------TATTGAAACTT----------TG-GGTA-----A-----C---TG------TATAC-ATTGA-TTGTATA--------A--C-----ATGGT---A---TG-AATAT----GTTAATGAAGTTTAGTCACTAT-AAC----ACATTA----AGT-----A-GTTTATTCTGAAACAGGAG-AAA--------A-GCT-G-----AGCTAAACATAAAACTTTCACgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|23 : gATGGTGATCAGTTTAAAGACTCAAT-A-CTATAAATAGAAAACAAA--------A-T-AAT-C-------AAAAA--AA----------------G--------------------TAAAC---CCGAGCT--AAAC--GGCAAA-CT-TTAATCCA----ttaatgtttttaagtccagaatatggaaactttgggtaactgtatacattgattgtataacatggtatgaatgtgtttatgaagtttagtcattataacatattaagtagtctattctgacacggtaaaagctgagcta
gi|10 : accTGATTAGTTTACAGAATCAAC-------TTTTGAAGAAAAAA--------A---GAT-TTAA----AGAAA--AATACACGTTCTTTTTTGA-------A----AA----TTCAAAC---AAGAGTT--AAAC--AAATAA-CT-TTAACCTA----T----GAAAGGCT---C--TAAAGA-CAAA-----AGTTAGGAA-ACT--T----AA--------AAGT--------------------------------AAAA--CAT--AAT-A-TGAATGTGCT-TATGA----AGTTTA--GTCAC---------TA-T-GTT------A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAGGCTAAA-AA------TGAACGGGTGTCATTAAACTATATAAAA-TTGTGA-CAAA-----GCa
gi|12 : aTTACAGAAT--ATGA-GTGTTCTTTGAAAATAAAGAACAGATA-TT--T-T-------GAAAATCAA----------------A-------G----AA----T-AAAAAGGACTGA-CTGTAACC--ACAACA------AACCAC----C----CA----C--------AAAGT-CAAA-----ATTACC--A-G-TCGT----AG-----TA-AAATA--AGCT---G-TA---TGTCGATTGTATTTTA-------T--TAT-T-TAAATGTGTT-TGTGA----AGTTTA--GTCACT-------GTA---ACT------A-GTAGTTTGTTC--------CGAAATAGAGAA----Aaatcttgccaaccccatga
gi|6 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttatttGAGAAA--AA--------G-CTGACCT-------AAACAT-AA----------------A-------ACTTTAA----C-CAAAC---CTGAGCT--AAAC--AAAAAA-CT-TTTACCTA----A----AG----TT---T--TAGAGC-CCAA-----AGTATGTAA-A-T--T----TA-----TGTAAGTT--AGCT---A-TA---TAC--ATTGT-TTGTATAA--CAT--AAT-A-TGAATGTGTT-TATGA----CGTTTA--GTCACCGTA----ATA-C-A--------A-GTTGTTTGTTCAGAAACAGAGAAACAGAGAA----AAA-GC------TGAGC---------TTAACA---TAAAA-CTTTAA-C
gi|11 : ctttaacctaaagttttaaagcccaaagtatggaaatttttgtaatttagctatagtcgttgtttctacaacataatataaacgtgtttatgaagtttagtcaacaaaacatgagtagtttgttcaggaaca--AA----------------A-------A----AA----T-CAAAC---TCTAGCT--AAAG--AATAAA-CT-TTA-CCTA----A----G-----TT---T--GAAAGC-CCAA-----GGTATGGAA-A-T--T----TA-----GGTAAGTG--AGCT---A-TA---TAC--ATTGT-T-CTATAA--CATTTAAT-A-TGAATGTGTT-TATAA----AGTT-ACTGTAAC-------------------------GTGGTTT-CTC--------AGAACCAGAGGA----AA--GC------TGAG----------TAAcagcagacgccgacgacaacgacaacaccactgctgtcgacaacaccagggtcatgacaatagctcttcgttttttcaaaaagacaagctaattaaaagttttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|18 : gctgaagtgagct----T-CAAAC---CTGA-------AG--AAAAAA-CT-TTAACCTA----A----GG----TT---T--TAAAGC-CCAA-----AGTATGGAA-A-T--T----TA-----CGTAAGTT--AGCT---A-TA---GAC--ATTGT-TACTACAA--CAT--AAT-A-TTAATGTGTT-TATGA----AGTTTA--GTTACC--A----AAA-C-ATG------A-GTAGTTTGCAT--------AGAAAC--AGAA----AAA-GC------TGAGC---------Tcaacaacgacgccaccaaggtcatgacggtagctttttcccccttgaaaagatgagctaataaaatgaataaatactaatattggaacaatttgacatg
gi|17 : AAAC---ATGAGCT--AAACAAAAAACA-TT-TTA---------------------T---T--TA-----CTAA-----AGTATGGAA-A-T--T----TT-----GGTAACTT--AGCT---A-TA---TACA-AATGT-TTGTATAA--CAT--AATAA-TA-------T-TATGA----A-------------------------------------------TATTG--------AGAAACAGAGTA----AAA-GC------TGAAC---------AAGACA---TAAAA-CTTTAA-ta
gi|28 : attgAAAC---TTGAGCT--AAAC--AAAAAG-CT-TTAACCTA----A----GG----TT---T--TAGAattgacaacaacgacaatgaca
gi|15 : aAAC---TTGAACT--AAAC--AAAAAAACC-TTAACCTA----T----AG----TT---T--TAGAGC-CAAATTTATAGTA-GGTT-A-C--T----AAGCTTTTATAAATT--GTTT---G-TA---TAC--AT-GT-TTC--------AT--AAT-A-CGAATGTGTC-CATGA----AGTTTA--GCCACT--A----AAA-C-ATA------A-GTATTTTGATC--------TTAAACAATGAA----AAA-AT------TTAGC---------TAAACA---TAAAA-CTATAt
gi|19 : AAC---CTGAGCT--GAAC--AAAA-A-TCCTTAATCT---------------------T--TAGAGA-CTAA-----ACTATGAAA-A-C--TC---AA-----GGTAACTT--AGCT---A-TA---TAC--ATT
gi|7 : AC---CCGCGCT--AAAC--AAAAAA-CT-TTAACCTA----A----GG----TT---T--TAAAGC-CCAA-----AGTATGGAA-A-T--T----TA-----TGTAAGTT--AGCT---A-TA---TAC--ATAGT-TGCTACAA--CAT--AAC-A-TAAATGTGTT-TATGA----AGTTTA--GTCACC--A----AAA-C-ATA------A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAA----AAA-GC------AGAGC---------TAAACA---TAAAA-CTTTAA-CCAA-----ACCT--GAG-CTAAACAAAAAA-C--TTTA---ACCTA--------AGGT---TT--TAG-AGCCAAAAGTATGTAAA-TT----------TA-GGTA-----AGTTAGC---TA------TCTAC-ATTGT-TTGTATA--------A--CATG--A---T---A---TG-AATGTATAAATTTATGAAGTTTAGTCACAGT-AAC----AT---G----AGT-----T-GTTTGTTCAGAAACA-GAG-AAA--------AAGCT-G-----AACTAAATATAAAACTTTAACaaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|4 : AC---CCGAGCT--AGGC--AAA-TA-CT-TTAACCTA----A----GT----TT---TCTTCGAGT-AACA-------CACGGGA-A-C--G----TA-----GGCAACTT--AACT---A-TA---TAC--AGTGT-TTGTATAA--CAT--AAT-A-CGAATATGCC-TATGA----CATTTA--GTCATT--G-----TA-ACATA------A-GTAGTTTGTCG--------AGAAATAAAGAA----TAA-ACTGTCAGTGAGC---------GAAATA---TAAAA-CTTTAA-CCAG-----AC
gi|16 : t---CTGAGCT--AAAC--AAAAAA-CT---AACTTA----A----GG----TT---T--TAAAGT-CCAA-----AGTATGGAAGA-T--T----AG------ATAAGTT--AGCT---A-TA---TAC--ATTTC-TTCTATAA--CAT--AAT-A-TGAATGTGTT-TATGA----AGTTCA--GTCACC--A----AAA-C-ATG------A-GTCGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAA----AAA-GC------TGAGC---------TGAACA---TAAAA-CTTTAA-Caatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|9 : CGAGCT--AAAC--AAAAAC-CT-TTAACCTA----A----GG----TT---T--TAAAGC-CCAA-----AGTATGGAA-A-T--T----TA-----TGTAAGTT--AGCT---A-TA---AAC--ATTGT-TTCTACAA--CAT--AAT-A-TAAATGTGTT-TATGA----AGTTTA--CTCACC--A----AAA-C-ATGAGTACCA-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAA----AAT-GC------TGAGC---------TGAACA---TAAAC-ATTTAA-CCAA-----ACCC--GAG-CTAAACAAAAAA-C--TCTACCTACATA--------A------TT--AAT-AAACAAAATTGTGTAAA-AT----------TG----A-----AAATA------A------T---C-ATTTT-TGGTACA------------------------------G-A---------TTTATTAGGATTAGCAAC--T-A------AC---G----A-------T-GTTTG--CAGAAAc
gi|27 : CAAGCT--GAAC--AAAATA-CT-TTAACCTAACTACATTAGG----TTCGTT--TAGAGC-CTAA-----AGTATGGAA-t
gi|13 : GAGCT--AAGC--AAAAAA-CT-TAAACATA----A----GG----TT---T--GAGAGC-TTAA-----AATATAGAC-A-C--T----TA-----GGTATTTT--ATCT---A-TA---GAC--ATTGT-TTGTATAA--CAT--AAT-A-TGAATGTGTT-CATGA----AGGTTA--GTCAAT--ATAATATG-T-ATA------A-GTAGTTTGTTC--------TGAAGCAAATAA----AAA-GC------TGAAC---------TAAACA---TAAAA-CTTAAA-Ctctta
gi|20 : aGAGCT--AAAC--AATAAA-CT-TTAACCCA----A----AG----TT---T--TAGAGC-CTAA-----AGCATATAA-A-C--T----AA-----GGTAACTT--CGTT---A-CA---AAA--ATTGA-TTGTATAA--CAT--GAT-A-TAAATGTGTT-TATGA----AGTTTAATGTCTGT--A----AC----AT-------A-GTAGTTAGTTC--------AGAGAC--AGAA----AAA-GT------AGAGT---------Tcgatcgacgacgacaacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|8 : GAG-T--AAAC--AATAAA-CT-GTAACCTA----T----GG----TT---T--TTGAGT-CTAA-----AGTATAGAA-A-T--T----TA-----GGTAACTT--ACCA---AATA---TAC--ATTGT-TTCTATAA--CAT--GAT-A-TAAGTGTTTT-TATGA----ATTTAA--GTCACT-------ATA-ACATA------A-GTAGTTTGTTG--------AGAAATAGAAAA----A
gi|21 : GCT--TAAC--AAAAAA-CT-TTAACCTC----A----GG----TT---T--TA-----CAG-----------------------------------TAAG------CT---A-TA---AAC--ATTGT-TTTTATAA--CAT--AAT-A-TGAATGTGTT-TACAA----AGTTTA--GTCACC--A-----TA-CCACA------A-GTAGTTTGTCC--------AGAAACAGAGAA----AAA-AC------TGAGC---------TAAACG---TGAAA-CTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc
gi|6 : gT-TTAACCTA----A----AG----TT---T--TAAAGC-CCAA-----AGTATGGAA-A-T--T----TT-----TGTAATTT--AGCT---A-TA---GTC--GTTGT-TTCTACAA--CAT--AAT-A-TAAACGTGTT-TATGA----AGTTTA--GTCAAC--A----AAA-C-ATG------A-GTAGTTTGTTC--------AGGAACAGAGAA----AAA-GC------TGACC---------TAAACA---TAAAA-CTTTAA-CCAA-----ACCT--GAG-CTAAACAAAAAA-C--TTTT---ACCTA--------AAGT---TT--TAG-AGCCCAAAGTATGTAAA-TT----------TA-TGTA-----AGTTAGC---TA------TATAC-ATTGT-TTGTATA--------A--C-----A---T---AATATG-AATGT----GTTTATGACGTTTAGTCACCGT-AAT----AC---A----AGT-----T-GTTTGTTCAGAAACA-GAG-AAACAGAGAAAAAGCT-G-----AGCTTAACATAAAACTTTAACCAGCA------GACGCCGACGACA-ACG------------------ACAACACCACTGCTG---TCGACAACACCAGGGTCATGACAATAGCTCTTCG-----------TTTTTTCA--A-AAAG-ACAAGCTAATTAAAAGT-
gi|12 : cAAGTGTAAA-----AGTATGG--------C----AA-----TATAAATTTCATCTTCGG-TAAAATAC---TTAT-TTTTACAG-------AAT-A-TGA--GTGTTCTTTGA----A----A--ATAAAG--A----ACA-G-AT-----------ATTTTG-----------AAAATCAAAGAATAA-AAA-G--------GA-C---------TGA-C----TGTAA-CCACAA-CAAACC---ACCC----------ACAAAG-------TCA---A---A--------A-------T--TACCAGTC----GTA-GTAAA-----------------ATA-----AGCTG-----TA------TGTCG-ATTGTATTTTAT------------T-----A---T---T---TA-AATGT----GTTTGTGAAGTTTAGTCACTGT-A------AC---T----AGT-----A-GTTTGTTCCGAAATA-GAG-AAA--------tttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|22 : t--AGCT---A-TA---TTC--ATTGT-TTGTATAA--CAT--GAT-A-TAA-TGTGTT-TATGA----AGT-------CACC--G-----TA-ACATG------A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAT----AAA-GC------TGAGC---------TAAACA---TAAA
gi|19 : CT---A-TA---TAC--ATTAT-TTGTATAA--CAT--AAC-A-TGAGTGTGGT-TATAA----AGTTTA--GTCA-C--A----ATA-A-A
gi|25 : aacctgagctgaacaaaaatccttaatctttagagactaaactatgaaaactcaaggtaacttagctatatacattaaaaacacactgcatactataatt-TA---TAC--ATAGT-TAGTATAA--CAT--GAT-A-TGAATCCGTC-TATGA----AG-------------------------------------TAGTTTGTTG--------AAAAGCAGAGAA----TAA-GC------TGa
gi|14 : a--CAT--ATT-ACTGACTGTGTT-TATGA----AGTTTA--GTTACT-------ATA-A-CCG------AGGTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAA----AAA-AT------TGAGC---------TAAACA---TAAAA-ATTTAA-
gi|26 : gtcgtctttatcaaagtcTT-TATGA----AGT-----G--AAC--A----ATA-A-A--------A-GTAGTTTGTTT--------AGAAACAAGTAA----AAT-GC------TGAAC---------TAAACA---CAAAA-CTTTAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|19 : AA-CC------TGAGC---------TGAAC----AAAAATCCTTAA-T---------CTTTAGAGACTAAACTATGAA-------A---ACTCA--------AGGTAA-CT--TAG-----C----TATATACA-TTAAAAACACACTG-CATACTAT-AATT--C---TA------TATAC-ATTAT-TTGTATA--------A--C-----A---TAACA---TG-AGTGT----GGTTATAAAGTTTAGTCACAAT-AA
gi|11 : -GC------TGAAG---------TGAGC----TAAAA-----AA-TCAA-----ACTC--TAG-CTAAAGAATAAA-C--TTTA----CCTA--------AG-T---TT--GAA-AGCCCAAGGTATGGAAA-TT----------TA-GGTA-----AGTGAGC---TA------TATAC-ATTGT-TC-TATA--------A--CATTTAA---T---A---TG-AATGT----GTTTATAAAGTT-----ACTGT-AAC---------------GT-----G-GTTT-CTCAGAACCA-GAG-GAA--------A-GCT-G-----AG--TAACA------------------------A---------CA-ACG------------------AC------------GCCACC---------AAGGTCATGACGGTAGCT-----TT------T-TCCCCCTTG--A-AAAG-ATGAGCTAAT--AAAATGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACATaa
gi|10 : AAAA-TTCAAA-CAA------------GAG-TTAAACAAATAA-C--TTTA---ACCTATGAA----AGGC---TC--TAA-AGACAAAAGTTAGGAAA-CT----------TA-A--A-----AGTAAA-----A------CATA--------------------------------A---T---A---TG-AATGT----GCTTATGAAGTTTAGTCACT----AT----GT---T----AGT-----A-GTTTGTTCAGAAACA-GAG---A--------AGGCT-g
gi|5 : atgattagtttacagaatcaacttttgaagaaaaaaagatttaaagaaaaatacacgttcttttttgAAA-TTTTAA-AAAATTCAAACAT--AAG-TTATACTAAAAA-C--TTTA---ACCTA--------AGCT---TT--TAA-AGCCCAAAGTAAG-GAA-TT----------TC-GGTATTACAACTAAGT---TA------TATAC-TTTGT-CTGTATA--------AAAC-----A---T---AATATG-AACGT----GTTTATGAGGTTTGGCCACTAT-AAC----AT---A----AGG-----A-GTTTCTTCAGAAACA-GAGAAAA--------AGGCT-G-----ACATAAACATAAAACTGAAACCAGAT------GA---------CA----------------------AC------------G---TC---------ATGATCATGACAATAGCACTTCGTTATCTCGT-TGTTTTTTACCA-AAAG-ATAAGCaaaaatgaacgggtgtcattaaactatataaaattgtgacaaagcaatcttgccaaccccatga
gi|28 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaatAAA-----ACTT--GAG-CTAAACAAAAAG-C--TTTA---ACCTA--------AGGT---TT--TAG-Attaaaa
gi|17 : AA-----ACAT--GAG-CTAAACAAAAAA-CATTTTA-----------------------TT--TA-----CTAAAGTATGGAAA-TT----------TT-GGTA-----ACTTAGC---TA------TATACAAATGT-TTGTATA--------A--C-----A---T---A---AT-AATA-------TTATGAA--------------------------------------------TATTGAGAAACA-GAG-TAA--------AAGCT-G-----AACAAGACATAAAACTTTA---AATT------GA---------CA-ACA------------------AC------------G---AC---------At
gi|15 : attgA-----ACTT--GAA-CTAAACAAAAAAAC--CTTA---ACCTA--------TAGT---TT--TAG-AGCC----------AAA-TT----------TATAGTA-----GGTTA-C---TAAGCTTTTATAA-ATTGT-TTGTATACATGTTTCA--T-----AA--T---A---CG-AATGT----GTCCATGAAGTTTAGCCACTAA-AAC----AT---A----AGT-----A-TTTTGATCTTAAACA-ATG-AAA--------AAATT-T-----AGCTAAACATAAAACTATAatgaca
gi|19 : A-----ACCT--GAG-CTGAACAAAAAT-C--CTTA---ATC-----------------TT--TAG-AGACTAAACTATGAAAA-CT----------CAAGGTA-----ACTTAGC---TA------TATAC-ATT
gi|4 : -----ACCC--GAG-CTAGGCAAATA--C--TTTA---ACCTA--------AGTT---TTCTTCG-AGT--AACACACGGGAA-CG----------TA-GGCA-----ACTTAAC---TA------TATAC-AGTGT-TTGTATA--------A--C-----A---T---AATACG-AATAT----GCCTATGACATTTAGTCATTGT-AAC----AT---A----AGT-----A-GTTTGTCGAGAAATA-AAG-AAT--------AAACTGTCAGTGAGCGAAATATAAAACTTTAACCA---------GA---------CA-ATG------------------aaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|4 : t-----ACTT--GAC-TTAAACAAACAT-C--TTTA---ATCTC--------AGGT---AT--GAG-AGACAAAACTATCGAAA-CT----------TA-AGTA-----AGTTAGCTAGTA------TATAC-ATTGT-TTGTATA--------A--CATG--A---T---A---TG-AATGT----GTTTATAAAGATCAGTCACATTAAACTTTAAC---A----AGN-----N-NNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNN--------NNNNN-N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----GC---------CG-CCG------------------CC------------G---CC---------AGGGTCATACCAGTG--TCTTTGTT------TGTTTTTTCCA--AGAAAT-ATAAGctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|16 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcCT--GAG-CTAAACAAAAAA-C--T--A---ACTTA--------AGGT---TT--TAA-AGTCCAAAGTATGGAAG-AT----------TA-GATA-----AGTTAGC---TA------TATAC-ATTTC-TTCTATA--------A--C-----A---T---AATATG-AATGT----GTTTATGAAGTTCAGTCACCAA-AAC----AT---G----AGT-----C-GTTTGTTCAGAAACA-GAG-AAA--------AAGCT-G-----AGCTGAACATAAAACTTTAACCata
gi|9 : C--GAG-CTAAACAAAAAC-C--TTTA---ACCTA--------AGGT---TT--TAA-AGCCCAAAGTATGGAAA-TT----------TA-TGTA-----AGTTAGC---TA------TAAAC-ATTGT-TTCTACA--------A--CATA--A---T---A---TA-AATGT----GTTTATGAAGTTTACTCACCAA-AAC----AT---G----AGTACCAGTAGTTTGTTCAGAAACA-GAG-AAA--------ATGCT-G-----AGCTGAACATAAACATTTAACCA
gi|27 : C--AAG-CTGAACAAAATA-C--TTTA---ACCTAACTACATTAGGTTCGTT--TAG-AGCCTAAAGTATGGAAT-CT----------TA-aacccgagctaaacaaaaaactctacctacataattaataaacaaaattgtgtaaaattgaaaataatcatttttggtacagatttattaggattagcaactaacgatgtttgcagaaat
gi|13 : --GAG-CTAAGCAAAAAA-C--TTAA---ACATA--------AGGT---TT--GAG-AGCTTAAAATATAGACA-CT----------TA-GGTA-----TTTTATC---TA------TAGAC-ATTGT-TTGTATA--------A--CATA--A---T---A---TG-AATGT----GTTCATGAAGGTTAGTCAATAT-AAT----AT---GTATAAGT-----A-GTTTGTTCTGAAGCA-AAT-AAA--------AAGCT-G-----AACTAAACATAAAACTTAAACCGATC------GA---------CG-ACG------------------AC------------
gi|20 : a--GAG-CTAAACAATAAA-C--TTTA---ACCCA--------AAGT---TT--TAG-AGCCTAAAGCATATAAA-CT----------AA-GGTA-----ACTTCGT---TA------CAAAA-ATTGA-TTGTATA--------A--CATG--A---T---A---TA-AATGT----GTTTATGAAGTTTAATGTCTGT-AAC----AT--------AGT-----A-GTTAGTTCAGAGACA-GAA-AAA--------aacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|8 : --GAG--TAAACAATAAA-C--TGTA---ACCTA--------TGGT---TT--TTG-AGTCTAAAGTATAGAAA-TT----------TA-GGTA-----ACTTACC---AAA-----TATAC-ATTGT-TTCTATA--------A--C-----A---TGATA---TA-AGTGT----TTTTATGAATTTAAGTCACTAT-AAC----AT---A----AGT-----A-GTTTGTTGAGAAATA-GAA-AAA--------gtagagtt
gi|21 : G-CTTAACAAAAAA-C--TTTA---ACCTC--------AGGT---TT--TA------CA----------------------------GTA-----AG----C---TA------TAAAC-ATTGT-TTTTATA--------A--C-----A---T---AATATG-AATGT----GTTTACAAAGTTTAGTCACCAT-ACC----AC---A----AGT-----A-GTTTGTCCAGAAACA-GAG-AAA--------AAACT-G-----AGCTAAACGTGAAACTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc
gi|18 : g-CTGAAGAAAAAA-C--TTTA---ACCTA--------AGGT---TT--TAA-AGCCCAAAGTATGGAAA-TT----------TA-CGTA-----AGTTAGC---TA------TAGAC-ATTGT-TACTACA--------A--CATA--A---T---A---TT-AATGT----GTTTATGAAGTTTAGTTACCAA-AAC----AT---G----AGT-----A-GTTTGCATAGAAAC---AG-AAA--------AAGCT-G-----AGCTTA
gi|22 : tcaaacAGC---TA------TATTC-ATTGT-TTGTATA--------A--C-----A---TG--A---TATAATGT----GTTTATGAAGT-----CACCGT-AAC----AT---G----AGT-----T-GTTTGTTCAGAAACA-GAG-ATA--------AAGCT-G-----AGCTAAACATAAA
gi|25 : A------TATAC-ATAGT-TAGTATA--------A--CATG--A---T---A---TG-AATCC----GTCTATGAAG--TA------------------------------------GTTTGTTGAAAAGCA-GAG-AAT--------AAGCT-
gi|14 : ---TG-ACTGT----GTTTATGAAGTTTAGTTACTAT-AAC-----C---G----AGG-----TAGTTTGTTCAGAAACA-GAG-AAA--------AAATT-G-----AGCTAAACATAAAAATTTAAg
gi|26 : gtcgtctttatcaaagtccatattacTTTATGAAGT---G--AAC---AAT----AA---A----AGT-----A-GTTTGTTTAGAAACA-AGT-AAA--------ATGCT-G-----AACTAAACACAAAACTTTAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|24 : TTAACATAAAACTTTAACTGGTGCTA---AA---------CATAAA------------------AC----------------TC---------A-AACCATGA-AATAGCTCTTGGTT------T-TTTTCTCAA--A-AAA
Alignments
lowQualScore : 1 111 11111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 111111111 11111111 111111111 222 222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 222222 1 11 2
lowQualScore : 5 7 1 11 99 22 99 111 2 44444 5555 444444 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 7777 555 33 33 2 2 33333333 444 1 2 000000000 0 2 444 666666 33 2 1 33 5 66666 5555 666666 44 44444444 5555 2 000000000 444 1 88 66666 5555 2 22 22 4444 33 0 2 1 0 444 0 4 55555 8 555 9999999999 55 2 22 777 6 2 2 4444 2 6666666 3 000000000 2 0 88888888 2 666666 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 66666666 77 5 111111 5 66 88 66 0 3
lowQualScore : . . . .. .. .. .. ... . ..... .... ...... . ................................................ . . .... ... .. .. . . ........ ... . . ......... . . ... ...... .. . . .. . ..... .... ...... .. ........ .... . ......... ... . .. ..... .... . .. .. .... .. . . . . ... . . ..... . ... .......... .. . .. ... . . . .... . ....... . ......... . . ........ . ...... . ........................................................ . ........ .. . ...... . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 3 0 88 00 00 22 777 2 99999 4444 444444 0 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 1111 000 44 44 5 4 55555555 444 0 9 333333333 1 7 444 888888 22 5 9 44 0 22222 0000 888888 44 00000000 7777 5 777777777 777 4 77 22222 3333 1 99 99 2222 11 5 2 1 1 111 3 7 66666 9 888 2222222222 00 1 88 555 0 0 0 2222 0 8888888 2 777777777 2 9 11111111 4 888888 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 66666666 99 7 888888 0 00 00 00 0 0
consensus : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTTACT-GAAAA------ACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA--------AGGT---TTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TATAC--ATTGT-TTNTAT--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--ANAC-AT-G------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCC--GAG-CTAAACAA--AAAAC--TT----TAACCTAAGGTT--TTAGA-GCCCAAAGTA---TGGAAA-TTTAGGTA-----ANTTAGC---TA----------TATAC--ATTGT-TTGTATAA--CATG--A-T-A-TGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---CG----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
Reference ( family-91 ) : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGNTGNAAACTTTTTTT-ANNTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-ATTATT-GAAAA------ACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA--------AGGT---TTTAGAGCCCAAAGTATGGAAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TATAC--ATTGT-TTNTAT--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--ATAN-AT-G------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCC--GAG-CTAAACAA--AAAAC--TT----TAACCTAAGGTT--TTAGA-GCCCAAAGTA---TGGAAA-TTTAGGTA-----AGTTAGC---TA----------TATAC--ATTGT-TTGTATAA--CAT---A-T-A-TGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---CG----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACAT
gi|1 : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGTAAACTTTTTTT-GGTTAA--TG---GTGATCAGCTTACCGAATTAAT-AGT-ATTACT-GAAAA------ATAAA-ATTG-ATTTAAAAAAAAAAA--AA----------------A-------AAATTCA----ATC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA--------AGGT---TTTAAAGCCCATAGTATGGACATT---T-A-T-GTTAGTTA-GC---TA------TATAC--ATTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATATAAATATGTTTTTGAA----GTTAAGTCACCA--AAAC-AT-G------AGTAGTTTGTTCACAAACAGAGAA----AAT-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAACCAAA-----ACCC--AAG-CTAAACAA--AAAAC--TT----TAACCGAAGGTT--TTAGA-ACCCAAAGTA---TGTAAA-TTTAGGTA-----AGTTAGC---TA----------TATTC--ATTGT-TTGCATAA--CATG--A-T-A-TAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------AACGTAGCA---TG----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GT------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGCGGAAGA---CGACAACGATGATGACGACGCCGACAACG---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTCTTC--AAAATGACGAGATA---AAAAG
gi|10 : aTGATTAGTTTACAGAATCAAC------TT-TT-GAAGA------AAAAA-A--G-ATTTAA----AGAAA--AATACACGTTCTTTTTTGA-------AAATTCA----AAC---AAGA--GTTAA--ACA-AATAA-CTTTAACCTATGAA----AGGC---TCTAAAGACAAAAGTTAGGAAACT---T-A-----AA---A-G----------------------------TAA--A-A-----CATAATATGAATGTGCTTATGAA----GTTTAGTCAC-----TAT-GT-T------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAAGGCTAAA-AATGAACGGGTGTCATTAAACTATATAAAATTGTGAC-AAA-----GCg
gi|11 : a-GCTGAAG---------TGAGC----TAAAA----AAT-CAA-----ACTC--TAG-CTAAAGAA--TAAAC--TT----TA-CCTAAG-TT--TGAAA-GCCCAAGGTA---TGGAAA-TTTAGGTA-----AGTGAGC---TA----------TATAC--ATTGT-TC-TATAA--CATTTAA-T-A-TGAATGT----GT-TTATAAAGTT------------ACTGTAAC------------GTGGTTT-CTC--------AGAACCAGAG-GAAA-GC------TGA-G-TAA----------------------------CAACAACGA---------C---------GCCAC------------CAAGGTCATGACGGTAGCT-----TT------T-TCCCCCTTG--AAAA-GATGAGCTAAT--AAAATGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACATaatcttgccaaccccatga
gi|12 : TTTACAGAAT--ATGAGT-GTTCTTTGAAAATAAAGAACAGATATT---TT-------GAAAATCAA----------------A-------GAAT-AA----AAAGGACTGACTG-TAACCACA-ACAAA-CC---ACCCA-----------------CAAAGTCAAAATTACC--AGTCG--T-A---GTAAAATAAGC---TG------TATGTCGATTGTATTTTAT------------TATT-TAAATGTGTTTGTGAA----GTTTAGTCACT---GTAA-CT--------AGTAGTTTGTTCCGAAATAGAGAA----Ag
gi|12 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttattA-----AATAAGC---TG----------TATGTCGATTGTATTTTAT------T---A-T-T-TAAATGT----GT-TTGTGAAGTTTAGTC-------ACTGTA--A---CT----A-GTAGTTTGTTC--------CGAAATAGAGAAA
gi|13 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttatttttacagaatatgagtgttctttgaaaataaagaacagatattttgaaaatcaaagaataaaaaggactgactgtaaccacaacaaaccacccacaaagtcaaaattaccagtcgtagta--GAG-CTAAGCAA--AAAAC--TT----AAACATAAGGTT--TGAGA-GCTTAAAATA---TAGACA-CTTAGGTA-----TTTTATC---TA----------TAGAC--ATTGT-TTGTATAA--CATA--A-T-A-TGAATGT----GT-TCATGAAGGTTAGTC-------AATATAATA---TGTATAA-GTAGTTTGTTC--------TGAAGCAAATAAAAA-GC------TGA-ACTAAACATAAAACTTAAACCGAT---------CGACGACGA---------C---------
gi|14 : a--CAT---A-TTACTGACTGT----GT-TTATGAAGTTTAGTT-------ACTATAAC----CG----AGGTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-AT------TGA-GCTAAACATAAAAATTTAAaacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|15 : gtcgtctttatcaaagtc----AAC---TTGA--ACTAA--ACA-AAAAAACCTTAACCTA--------TAGT---TTTAGAGCC----------AAATT---T-A-TAGTAGGTTA--C---TAAGCTTTTATAA--ATTGT-TTGTAT--ACATGTTTCATAATACGAATGTGTCCATGAA----GTTTAGCCACTA--AAAC-AT-A------AGTATTTTGATCTTAAACAATGAA----AAA-ATTTAGC---------TAAAC---ATAAAACTATAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|16 : ---CTGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CT--AACTTA--------AGGT---TTTAAAGTCCAAAGTATGGAAGAT---T-A-G-ATAAGTTA-GC---TA------TATAC--ATTTC-TTCTAT--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAA----GTTCAGTCACCA--AAAC-AT-G------AGTCGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAAACTTTAAC-
gi|17 : AA-----ACAT--GAG-CTAAACAA--AAAACATTT----TA---------T--TTA-----CTAAAGTA---TGGAAA-TTTTGGTA-----ACTTAGC---TA----------TATACA-AATGT-TTGTATAA--CAT---A---A-T-AATA--------TTATGAA-----------------------------------------TATTG--------AGAAACAGAGTAAAA-GC------TGA-ACAAGACATAAAACTTTA---AAT---------TGACAACAA---------C---------G---A------------CA-----ATGACAc
gi|18 : attgT-CA----AAC---CTGA---------AGA-AAAAA-CTTTAACCTA--------AGGT---TTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---T-A-C-GTAAGTTA-GC---TA------TAGAC--ATTGT-TACTAC--A-A-----CATAATATTAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTTACCA--AAAC-AT-G------AGTAGTTTGCATAGAAAC--AGAA----AAA-GCTGAGC---------T
gi|19 : ----AAC---CTGA--GCTGA--ACA-AAAAT-CCTTAATC-----------------TTTAGAGACTAAACTATGAAAACT---CAA-G-GTAACTTA-GC---TA------TATAC--ATTta
gi|19 : AA-CCTGAGC---------TGAAC---AAAAATCCTTAAT----------CTTTAGAGACTAAACTATGAAAAC--TCAAGGTAACTTA--GCT--ATATACATTAAAAACACACTGCATA-CT---ATA-----A-TT--C---TA----------TATAC--ATTAT-TTGTATAA--CATA--A-C-A-TGAGTGT----GG-TTATAAAGTTTAGTC-------ACAATAAaaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|19 : C---TA------TATAC--ATTAT-TTGTAT--A-A-----CATAACATGAGTGTGGTTATAAA----GTTTAGTCA-CA--ATAA-Aaa
gi|2 : aacctgagctgaacaaaaatccttaatctttagagactaaactatgaaaactcaaggtaacttagctatatacattaaaaacacactgcatactataattAAAAAAGAATGGGCAACAGGGTGGGG-TCTTGGTTGGGCTCAGGCAGAAAAATTCATTCAATAGGTCA------GTGATGTAAACTTTTTTTTAGTTGA--TG---GTGATCAGCTTACAGAATTAAT-AGT-ATTTCT-GAAAA------ATAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAATA-TTTTAACCTA--------CGAT---TTTAAAGTCAGAAGTATGGAAATT---A-A-T-GTAAGTTA-GC---TG------TATAC--ATTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--ATAG-AT-G------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC----TAAAACTTTAAC-AAA-----ACCC--GAG-CTAAACAA--AGAAC--TT----TAACCCAAGGTT--TTAGA-GCCCAAAGTA---TGTAAA-TTTAGGTA-----AGTTAGC---TA----------TATAC--ATTGT-TTGTATAA--C-----A-T-A-TGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---CG----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAG-GC------TTA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGT---------GGACAATGA---------C---------G---T------------CAGGGTCACGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-TACGAGCGAAC--AAAGT-ACGAAATA--GACAGGGAAATAATTCTGCCATa
gi|20 : --GAG-CTAAACAA--TAAAC--TT----TAACCCAAAGTT--TTAGA-GCCTAAAGCA---TATAAA-CTAAGGTA-----ACTTCGT---TA----------CAAAA--ATTGA-TTGTATAA--CATG--A-T-A-TAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAATG-------TCTGTAACA---T-----A-GTAGTTAGTTC--------AGAGAC--AGAAAAA-GT------AGA-GTT
gi|21 : G-CTTAACAA--AAAAC--TT----TAACCTCAGGTT--TTA------CA--------------------GTA-----AG----C---TA----------TAAAC--ATTGT-TTTTATAA--CAT---AAT-A-TGAATGT----GT-TTACAAAGTTTAGTC-------ACCATACCA---CA----A-GTAGTTTGTCC--------AGAAACAGAGAAAAA-AC------TGA-GCTAAACGTGAAACTTT
gi|22 : gAGC---TA----------TATTC--ATTGT-TTGTATAA--CATG--A-T-A-T-AATGT----GT-TTATGAAGT-----C-------ACCGTAACA---TG----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAA
gi|23 : A--TG---GTGATCAGTTTAAAGACTCAAT-ACT-ATAAAT-AGAAA------ACAAA-A-TA-ATC-------AAAAA--AA----------------G------------TA----AAC---CCGA--GCTAA--ACG-GCAAA-CTTTAATCCA--------A
gi|24 : accAAC---ATAAAACTTT------A-----ACTG--GTG-CTAAACAT--AAAAC--TC----AAACC
gi|24 : ttA-AC------TGGTGCTAAACATAAAACT-----CA---------------AAC--------------------------------------------CATGA-AATAGCTCTTGGTT------T-TTTTCTCAA--AAAA-atgaaatagctcttggtttttttctcaaaaaa
gi|25 : ttaacataaaactttA------TATAC--ATAGT-TAGTAT--A-A-----CATGATATGAATCCGTCTATGA----------------------------------AGTAGTTTGTTGAAAAGCAGAGAA----TAA-GCTG
gi|26 : TTTATGAA----GT---G--AACA--ATAA-A---------AGTAGTTTGTTTAGAAACAAGTAA----AAT-GCTGAAC---------TAAAC---ACAAAACTTTA
gi|27 : CAA--GCTGA--ACA-AAATA-CTTTAACCTAACTACATTAGGTTCGTTTAGAGCCTAAAGTATGGAATCT---T-A-
gi|28 : -AAA-----ACTT--GAG-CTAAACAA--AAAGC--TT----TAACCTAAGGTT--TTAGA-
gi|3 : AAACTTTTTTG-ACATGA--TG---ATGATCAGTTTAGAGAATCAAT-ATTTGTTATT-GAAAA------ACAAA-ATTTCATG-------AAAAT--AA----------------ATAACTATAAAT-AATTAAAAC---CCCA--GCAAA--CCA-AAAAA-CTTTCACCTA--------ATGT---TTTCGAGTCAAGAGTTTGGGAACT---T---T-G---GGTA-AC---TG------TATAG--ATTGA-TTGTAT--ACA-----TATAACATGG-------TATGAAATGAGTTTAA--AC----ATATTAT-A------AGTAGTTTGTTCTGAAACAGGGGA----AAA-GCTGAGC-------------------------TTAAC-A------------------TAAA-------ACC--TT----TCACCTAATGTT--TTCAA-GTCCAGAGTA---TTGAAACTTTGGGTA-----A-----C---TG----------TATAC--ATTGA-TTGTATAA--CAT---GGT-A-TGAATAT----GT-TAATGAAGTTTAGTC-------ACTATAACA---CATTA-A-GTAGTTTATTC--------TGAAACAGGAGAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTCACt
gi|3 : gA----AAG---CTGA--GCTTA--ACATAAAAC-CTTTCACCTA--------ATGT---TTTCAAGTCCAGAGTATTGAAACT---T---T-G---GGTA-AC---TG------TATAC--ATTGA-TTGTAT--A-A-----CATGGTATGAATATGTTAATGAA----GTTTAGTCACTATAACAC-ATTA------AGTAGTTTATT----------------------CTGA-------------AAC---AGGAGA---------AA-----AGCT--GAG-CTAAACAT--AAAAC--TT----TCACTTAATGTT--TTTAA-GTCCAGAATA---TGGAAACTTTGGGTA-----A-----C---TG----------TATAC--ATTGA-TTGTATAA--CATG--G-T-A-TGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ATTATAACATATTA----A-GTAGTCTATTC--------TG--ACACGGTAAAA-GC------TGA-GCTAttaatgtttttaagtccagaatatggaaactttgggtaactgtatacattgattgtataacatggtatgaatgtgtttatgaagtttagtcattataacatattaagtagtctattctgacacggtaaaagctgagcta
gi|4 : gaaacttttttgacatgatgatgatcagtttagagaatcaatatttgttattgaaaaacaaaatttcatgaaaataaataactataaataattaaaaccccagcaaaccaaaaaactttcacctaatgttttcgagtcaagagtttgggaactttgggtaactgtatagattgattgtatacatataacatggtatgaaatgagtttaaacatattataagtagtttgttctgaaacagggga-----ACCC--GAG-CTAGGC-A--AATAC--TT----TAACCTAAGTTTTCTTCGA-G--TAACACA---CGGGAA-CGTAGGCA-----ACTTAAC---TA----------TATAC--AGTGT-TTGTATAA--CATA--A-T-A-CGAATAT----GC-CTATGACATTTAGTC-------ATTGTAACA---TA----A-GTAGTTTGTCG--------AGAAATAAAGAATAA-ACTGTCAGTGA-GCGAAATATAAAACTTTAACCA------------GACAATG
gi|4 : tTCAGTGATGA-----TCTTTT-ATTTAACATGAACGTGATTATTTTACAGAATTAA------GTCAT-------------ACAGG-AT-------------------------------------------------T-CA------C---TTGA--CTTAA--ACA-AACAT-CTTTAATCTC--------AGGT---ATGAGAGACAAAACTATCGAAACT---T-A-A-GTAAGTTA-GCTAGTA------TATAC--ATTGT-TTGTAT--A-A-----CATGATATGAATGTGTTTATAAA----GATCAGTCACctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|4 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaac-----ACTT--GAC-TTAAACAA--ACATC--TT----TAATCTCAGGTA--TGAGA-GACAAAACTA---TCGAAA-CTTAAGTA-----AGTTAGCTAGTA----------TATAC--ATTGT-TTGTATAA--CATG--A-T-A-TGAATGT----GT-TTATAAAGATCAGTCACATTAAACTTTAACAAG-NN----N-NNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC---------CG-C--CGC---------C---------G---C------------CAGGGTCATACCAGTG--TCTTTGTT------TGTTTTTTCCA--AGAA-attaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|5 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattc----TAATCTGAGGTT--TTAGA-ACCTAAAGTA---TGGAAG-TTCAGATT-----ACCTAGC---TATAAACTGGCCTATGC--ATTGT-TTGTATAA--CATA--A-T-A-TGATTAT----ATAATATGAatataagata
gi|5 : CCATTAACTAGGTCAAGGTCAGTGCTGGAAATTTTTTTA-ACATAA--TG---GTGATAAATTTATAGAATCAAT-ACA-AATACT-GAAAA------TCAAA-ATAA-ATT---------TTA--AA----------------A-------AATT-CA----AAC---ATAA--GTTAT--ACT-AAAAA-CTTTAACCTA--------AGCT---TTTAAAGCCCAAAGTAAGGAATTTCGGT-ATT-ACAACTAA-GT---TA------TATAC--TTTGT-CTGTATAAA-A-----CATAATATGAACGTGTTTATGAG----GTTTGGCCACTA--TAAC-AT-A------AGGAGTTTCTTCAGAAACAGAGAA----AAAGGCTGACA---------TAAAC---ATAAAACTtatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaataaattttaaaaaattcaaacataagttatactaaaaactttaacctaagcttttaaagcccaaagtaaggaatttcggtattacaactaagttatatactttgtctgtataaaacataatatgaacgtgtttatgaggtttggccactataacataaggagtttcttcagaaacagagaaaaaggctgacataaacataaaactgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|5 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaAAATTTTAAA-AAATTCAAACAT--AAG-TTATACTA--AAAAC--TT----TAACCTAAGCTT--TTAAA-GCCCAAAGTA---AGGAA--TTTCGGTATTACAACTAAGT---TA----------TATAC--TTTGT-CTGTATAAAACAT---AAT-A-TGAACGT----GT-TTATGAGGTTTGGCC-------ACTATAACA---TA----A-GGAGTTTCTTC--------AGAAACAGAGAAAAAGGC------TGA-CATAAACATAAAACTGAAACCAGA---------TGACA---A---------C---------G---T------------CATGATCATGACAATAGCACTTCGTTATCTCGT-TGTTTTTTACCAAAA-GATAAGC---TTAAAAgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|6 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaat-CTTTAACCTA--------AAGT---TTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---T-T-T-GTAATTTA-GC---TA------TAGTC--GTTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAA----GTTTAGTCAACA--AAAC-AT-G------AGTAGTTTGTTCAGGAACAGAGAA----AAA-GCTGACC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCT--GAG-CTAAACAA--AAAAC--TT----TTACCTAAAGTT--TTAGA-GCCCAAAGTA---TGTAAA-TTTATGTA-----AGTTAGC---TA----------TATAC--ATTGT-TTGTATAA--CATA--A-T-A-TGAATGT----GT-TTATGACGTTTAGTC-------ACCGTAATA---CA----A-GTTGTTTGTTCAGAAACAGAGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGCAGACGCCGACGACAACGA---------CAACACCACTG---CTGTCGACAACACCAGGGTCATGACAATAGCTCTTCG-----------TTTTTTCA--AAAA-GACAAGCTAATTAAAAGT
gi|7 : AC---CCGC--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA--------AGGT---TTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TATAC--ATAGT-TGCTAC--A-A-----CATAACATAAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--AAAC-AT-A------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCAGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCT--GAG-CTAAACAA--AAAAC--TT----TAACCTAAGGTT--TTAGA-GCCAAAAGTA---TGTAAA-TTTAGGTA-----AGTTAGC---TA----------TCTAC--ATTGT-TTGTATAA--CATG--A-T-A-TGAATGTATAAAT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACAGTAACA---TG----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-ACTAAATATAAAACTTTAACtttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|8 : --GAG--TAAACAA--TAAAC--TG----TAACCTATGGTT--TTTGA-GTCTAAAGTA---TAGAAA-TTTAGGTA-----ACTTACCA--AA----------TATAC--ATTGT-TTCTATAA--CATG--A-T-A-TAAGTGT----TT-TTATGAATTTAAGTC-------ACTATAACA---TA----A-GTAGTTTGTTG--------AGAAATAGAAAAA
gi|9 : CGA--GCTAA--ACA-AAAAC-CTTTAACCTA--------AGGT---TTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TAAAC--ATTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATATAAATGTGTTTATGAA----GTTTACTCACCA--AAAC-AT-GAGTACCAGTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAT-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAACATTTAAC-CAA-----ACCC--GAG-CTAAACAA--AAAAC--TC----T-ACCTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc
Alignments
lowQualScore : 1 111 22222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 111 2222222222222222222222 11111 11111111 111111111 1111111111 222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 222222 1 11 1
lowQualScore : 5 7 11 99 22 99 111 2 55555555555555555 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 7777 555 0 33 33 2 2 000000000 5555 1 222 777 0 2 3333333333333333333333 444 777777 33 2 1 66 5 00000 2 5555 1 33 1 2 22222222 2 5555 2 000000000 444 2 66 66666 1 22 77777777 333 22 1 4 2 55555 7 4444444444 2 22 22 4444 2 6666666 3 111111111111 2 0 77777777 2 666666 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 66666666 77 5 111111 5 22 88 22 5 1
lowQualScore : . . .. .. .. .. ... . ................. . ................................................ . . .... ... . .. .. . . ......... .... . ... ... . . ...................... ... ...... .. . . .. . ..... . .... . .. . . ........ . .... . ......... ... . .. ..... . .. ........ ... .. . . . ..... . .......... . .. .. .... . ....... . ............ . . ........ . ...... . ........................................................ . ........ .. . ...... . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 3 88 00 44 22 777 2 22222222222222222 0 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 1111 000 2 77 77 7 5 000000000 3333 7 000 222 1 7 7777777777777777777777 777 777777 77 5 9 99 0 66666 5 0000 2 44 0 7 33333333 7 7777 7 777777777 777 9 11 22222 1 88 22222222 777 99 0 4 2 66666 5 2222222222 0 99 99 2222 0 8888888 2 222222222222 1 4 66666666 2 444444 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 66666666 99 7 888888 0 00 00 00 0 0
consensus : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---TA-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TTCTAT--A-A-----CATAATA-TGAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--AAAC-AT-G------A-GTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
Reference ( family-91 ) : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---TA-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TTNTAT--A-A-----CATAATA-TGAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--ANAC-AT-G------A-GTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
gi|1 : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGTAAACTTTTTTT-GGTTAA--TG---GTGATCAGCTTACCGAATTAAT-AGT-ATT-------ACTGAAAAATAAA-ATTG-ATTTAAAAAAAAAAA--AA----------------A-------AAATTCA----ATC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCATAGTATGGACATT---TA-T-GTTAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATA-TAAATATGTTTTTGAA----GTTAAGTCACCA--AAAC-AT-G------A-GTAGTTTGTTCACAAACAGAGAA----AAT-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAACCAAA-----ACCCAAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCGA--------AGGT---T--TTAGAACCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGCATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------AACGTAGCA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GT------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGCGGAAGA---CGACAACGATGATGACGACGCCGACAACG---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTCTTC--AAAATGACGAGATA---AAAAG
gi|10 : aTGATTAGTTTACAGAATCAAC------TT--------TTGAAGAAAAAA-A--G-ATTTAA----AGAAA--AATACACGTTCTTTTTTGA-------AAATTCA----AAC---AAGA--GTTAA--ACA-AATAA-CTTTAAC---------CTATGAAAGGCTCTAAAGACAAAAGTTAGGAAACT---TA-----AA---A-G--------------------------------------------------TAA--A-A-----CATAATA-TGAATGTGCTTATGAA----GTTTAGTCAC-----TAT-GT-T------A-GTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAAGGCTAAA-AATGAACGGGTGTCATTAAACTATATAAAATTGTGAC-AAA-----GCg
gi|11 : a-GCTGAAG---------TGAGC----TAAAA----AAT-CAA-----ACTCTAGCTAAAGAATAAAC--TTTA-CCTA--------AG-T---T--TGAAAGCCCAAGGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----AGTGAGCTA----------TATAC-ATTGTTC-TATAA--CATTTAATATGAATGT----GT-TTATAAAGTT------------ACTGTAAC---------------GTGGTTT-CTC--------AGAACCAGAG-GAAA-GC------TGA-G-TAA----------------------------CAACAACGA---------C---------GCCAC------------CAAGGTCATGACGGTAGCT-----TT------T-TCCCCCTTG--AAAA-GATGAGCTAAT--AAAATGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACATaatcttgccaaccccatga
gi|12 : TTTACAGAAT--ATGAGT-GTTCTTTGAAAATAAAGAACAGATATT---TT-------GAAAATCAA----------------A-------GAAT-AA----AAAGGACTGACTG-TAACCACA-ACAAA-CC---AC---------CCA----------CAAAGTCAAAATTACC--AGTCG--TA---GTAAAATAAG----------------------C---TG------TATGTCGATTGTATTTTAT------------TATT--TAAATGTGTTTGTGAA----GTTTAGTCACTG--TAAC--T--------A-GTAGTTTGTTCCGAAATAGAGAA----Ag
gi|12 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttattA-----AATAAGCTG----------TATG---TCGATTGTATTT--TA--TTATTTAAATGT----GT-TTGTGAAGTTTAGTC-------ACTGTA--A---C---T----A-GTAGTTTGTTC--------CGAAATAGAGAAA
gi|13 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttatttttacagaatatgagtgttctttgaaaataaagaacagatattttgaaaatcaaagaataaaaaggactgactgtaaccacaacaaaccacccacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaGAGCTAAGCAAAAAAC--TTAAACATA--------AGGT---T--TGAGAGCTTAAAATATAGACA-CTT-AGGTA-----TTTTATCTA----------TAGAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TCATGAAGGTTAGTC-------AATATAATA---T---GTATAA-GTAGTTTGTTC--------TGAAGCAAATAAAAA-GC------TGA-ACTAAACATAAAACTTAAACCGAT---------CGACGACGA---------C---------
gi|14 : aTCGT-CTTTATCAA-AGTC--CATATTACTGACTGTGTTTATGAA----GTTTAGTTACTA--TAAC--C-G------AGGTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-ATTGAGC---------TAAAC---ATAAAAATTTAAaacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|14 : gTGACTGT----GT-TTATGAAGTTTAGTT-------ACTATAAC----C---G----AGGTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-AT------TGA-GCTAAACATAAAAATTTAAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|15 : gtcgtctttatcaaagtccatattac----AAC---TTGA--ACTAA--ACA-AAAAAACCTTAAC---------CTA----TAGTTTTAGAGCC----------AAATT---TA-TAGTAGGTTA------------------------C---TAAGCTTTTATAA--ATTGT-TTGTAT--ACATGTTTCATAATA-CGAATGTGTCCATGAA----GTTTAGCCACTA--AAAC-AT-A------A-GTATTTTGATCTTAAACAATGAA----AAA-ATTTAGC---------TAAAC---ATAAAACTATAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|16 : ---CTGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CT--AAC---------TTA----AGGTTTTAAAGTCCAAAGTATGGAAGAT---TA-G-ATAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTTC-TTCTAT--A-A-----CATAATA-TGAATGTGTTTATGAA----GTTCAGTCACCA--AAAC-AT-G------A-GTCGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAAACTTTAAC-
gi|17 : AA-----ACATGAGCTAAACAAAAAACATTTTA--------------------T--TTA----CTAAAGTATGGAAA-TTT-TGGTA-----ACTTAGCTA----------TATACAAATGTTTGTATAA--CA--TAAT---AATA--------TTATGAA--------------------------------------------TATTG--------AGAAACAGAGTAAAA-GC------TGA-ACAAGACATAAAACTTTA---AAT---------TGACAACAA---------C---------G---A------------CA-----ATGACAc
gi|18 : attgT-CA----AAC---CTGA---------AGA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---TA-C-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TAGAC--ATTGT-TACTAC--A-A-----CATAATA-TTAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTTACCA--AAAC-AT-G------A-GTAGTTTGCATAGAAAC--AGAA----AAA-GCTGAGC---------T
gi|19 : A-----ACCTGAGCTGAACAAAAATC--CTTAATC-----------------T--TTAGAGACTAAACTATGAAAA-CTCAAGGTA-----ACTTAGCTA----------TATAC-ATTta
gi|19 : ----AAC---CTGA--GCTGA--ACA-AAAAT-CCTTAATCTTTAGAGACTA----AACTATGAAAACTCAAGGT----AACTTAGCTA-T-ATACATTA-AAAACACACTGCATACTATAATTC---TA------TATAC--ATTAT-TTGTAT--A-A-----CATAACA-TGAGTGTGGTTATAAA----GTTTAGTCA-CA--ATAaaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|2 : AAAAAAGAATGGGCAACAGGGTGGGG-TCTTGGTTGGGCTCAGGCAGAAAAATTCATTCAATAGGTCA------GTGATGTAAACTTTTTTTTAGTTGA--TG---GTGATCAGCTTACAGAATTAAT-AGT-ATT-------TCTGAAAAATAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAATA-TTTTAAC---------CTA----CGATTTTAAAGTCAGAAGTATGGAAATT---AA-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TG------TATAC--ATTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATA-TAAACGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--ATAG-AT-G------A-GTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC----TAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAGAAC--TTTAACCCA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--C-----ATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAG-GC------TTA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGT---------GGACAATGA---------C---------G---T------------CAGGGTCACGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-TACGAGCGAAC--AAAGT-ACGAAATA--GACAGGGAAATAATTCTGCCATaaa
gi|20 : GAGCTAAACAATAAAC--TTTAACCCA--------AAGT---T--TTAGAGCCTAAAGCATATAAA-CTA-AGGTA-----ACTTCGTTA----------CAAAA-ATTGATTGTATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAATG-------TCTGTAACA---T--------A-GTAGTTAGTTC--------AGAGAC--AGAAAAA-GT------AGA-GTT
gi|21 : GCTTAACAAAAAAC--TTTAACCTC--------AGGT---T--TTA-----CA------------------GTA-----A----GCTA----------TAAAC-ATTGTTTTTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTACAAAGTTTAGTC-------ACCATACCA---C---A----A-GTAGTTTGTCC--------AGAAACAGAGAAAAA-AC------TGA-GCTAAACGTGAAACTTT
gi|22 : gAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATAT-AATGT----GT-TTATGAAGT-----C-------ACCGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAA
gi|23 : A--TG---GTGATCAGTTTAAAGACTCAAT-ACT-ATA-------AATAGAAAACAAA-A-TA-ATC-------AAAAA--AA----------------G------------TA----AAC---CCGA--GCTAA--ACG-GCAAA-CTTTAAT---------CCA----A
gi|24 : accAAC---ATAAAACTTT------A-----ACTGGTGCTAAACATAAAAC--TCAAACC
gi|24 : ttA-AC------TGGTGCTAAACATAAAACT-----CA---------------AAC--------------------------------------------CATGA-AATAGCTCTTGGTT------T-TTTTCTCAA--AAAA-atgaaatagctcttggtttttttctcaaaaaa
gi|25 : ttaacataaaactttA----------TATAC-ATAGTTAGTATAA--CA--TGATATGAATCC----GT-CTATGA-------------------------------------A-GTAGTTTGTTG--------AAAAGCAGAGAATAA-GC------TG
gi|26 : TTTATGAA----GT---G--AACA--ATAA-A---------A-GTAGTTTGTTTAGAAACAAGTAA----AAT-GCTGAAC---------TAAAC---ACAAAACTTTA
gi|27 : CAAGCTGAACAAAATAC--TTTAACCTAACTACATTAGGTTCGT--TTAGAGCCTAAAGTATGGAAT-CTT-A
gi|28 : -AAA-----ACTTGAGCTAAACAAAAAGC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGA
gi|3 : AAACTTTTTTG-ACATGA--TG---ATGATCAGTTTAGAGAATCAAT-ATTTGTT-------ATTGAAAAACAAA-ATTTCATG-------AAAAT--AA----------------ATAACTATAAAT-AATTAAAAC---CCCA--GCAAA--CCA-AAAAA-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCGAGTCAAGAGTTTGGGAACT---T--T-G---GGTA-A----------------------C---TG------TATAG--ATTGA-TTGTAT--ACA-----TATAACA-TGG-------TATGAAATGAGTTTAA--AC----ATATTAT-A------A-GTAGTTTGTTCTGAAACAGGGGA----AAA-GCTGAGC-------------------------TTAAC-A---------------TAAA-----ACC--TTTCACCTA--------ATGT---T--TTCAAGTCCAGAGTATTGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATAT----GT-TAATGAAGTTTAGTC-------ACTATAACA---CATTA----A-GTAGTTTATTC--------TGAAACAGGAGAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTCACt
gi|3 : gA----AAG---CTGA--GCTTA--ACATAAAAC-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCAAGTCCAGAGTATTGAAACT---T--T-G---GGTA-A----------------------C---TG------TATAC--ATTGA-TTGTAT--A-A-----CATGGTA-TGAATATGTTAATGAA----GTTTAGTCACTATAACAC-ATTA------A-GTAGTTTATT----------------------CTGA-------------AAC---AGGAGA---------AA-----AGCTGAGCTAAACATAAAAC--TTTCACTTA--------ATGT---T--TTTAAGTCCAGAATATGGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ATTATAACATATT---A----A-GTAGTCTATTC--------TG--ACACGGTAAAA-GC------TGA-GCTAttaatgtttttaagtccagaatatggaaactttgggtaactgtatacattgattgtataacatggtatgaatgtgtttatgaagtttagtcattataacatattaagtagtctattctgacacggtaaaagctgagcta
gi|4 : gaaacttttttgacatgatgatgatcagtttagagaatcaatatttgttattgaaaaacaaaatttcatgaaaataaataactataaataattaaaaccccagcaaaccaaaaaactttcacctaatgttttcgagtcaagagtttgggaactttgggtaactgtatagattgattgtatacatataacatggtatgaaatgagtttaaacatattataagtagtttgttctgaaacagggga-----ACCCGAGCTAGGCAAATA-C--TTTAACCTA--------AGTT---TTCTTCGAG--TAACACACGGGAA-CGT-AGGCA-----ACTTAACTA----------TATAC-AGTGTTTGTATAA--CA--TAATACGAATAT----GC-CTATGACATTTAGTC-------ATTGTAACA---T---A----A-GTAGTTTGTCG--------AGAAATAAAGAATAA-ACTGTCAGTGA-GCGAAATATAAAACTTTAACCA------------GACAATG
gi|4 : tTCAGTGATGA-----TCTTTT-ATTTAACATGAACGTGATTATTTTACAGAATTAA------GTC-------AT------ACAGG-AT-------------------------------------------------T-CA------C---TTGA--CTTAA--ACA-AACAT-CTTTAAT---------CTC----AGGTATGAGAGACAAAACTATCGAAACT---TA-A-GTAAGTTA-G----------------------CTAGTA------TATAC--ATTGT-TTGTAT--A-A-----CATGATA-TGAATGTGTTTATAAA----GATCAGTCACctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|4 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaac-----ACTTGACTTAAACAAACATC--TTTAATCTC--------AGGT---A--TGAGAGACAAAACTATCGAAA-CTT-AAGTA-----AGTTAGCTAGTA-------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATAAAGATCAGTCACATTAAACTTTAACAAG-N---N----N-NNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC---------CG-C--CGC---------C---------G---C------------CAGGGTCATACCAGTG--TCTTTGTT------TGTTTTTTCCA--AGAA-attaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|5 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcTAATCTG--------AGGT---T--TTAGAACCTAAAGTATGGAAG-TTC-AGATT-----ACCTAGCTATAAACTGGCCTATGC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGATTAT----ATAATATGAatataagata
gi|5 : CCATTAACTAGGTCAAGGTCAGTGCTGGAAATTTTTTTA-ACATAA--TG---GTGATAAATTTATAGAATCAAT-ACA-AAT-------ACTGAAAATCAAA-ATAA-ATT---------TTA--AA----------------A-------AATT-CA----AAC---ATAA--GTTAT--ACT-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGCTTTTAAAGCCCAAAGTAAGGAATTTCGGTATT-ACAACTAA-G----------------------T---TA------TATAC--TTTGT-CTGTATAAA-A-----CATAATA-TGAACGTGTTTATGAG----GTTTGGCCACTA--TAAC-AT-A------A-GGAGTTTCTTCAGAAACAGAGAA----AAAGGCTGACA---------TAAAC---ATAAAACTtatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaataaattttaaaaaattcaaacataagttatactaaaaactttaacctaagcttttaaagcccaaagtaaggaatttcggtattacaactaagttatatactttgtctgtataaaacataatatgaacgtgtttatgaggtttggccactataacataaggagtttcttcagaaacagagaaaaaggctgacataaacataaaactgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|5 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaAAATTTTAAA-AAATTCAAACATAAGTTATACTAAAAAC--TTTAACCTA--------AGCT---T--TTAAAGCCCAAAGTAAGGAA--TTT-CGGTATTACAACTAAGTTA----------TATAC-TTTGTCTGTATAAAACA--TAATATGAACGT----GT-TTATGAGGTTTGGCC-------ACTATAACA---T---A----A-GGAGTTTCTTC--------AGAAACAGAGAAAAAGGC------TGA-CATAAACATAAAACTGAAACCAGA---------TGACA---A---------C---------G---T------------CATGATCATGACAATAGCACTTCGTTATCTCGT-TGTTTTTTACCAAAA-GATAAGC---TTAAAAgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|6 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaat-CTTTAAC---------CTA----AAGTTTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---TT-T-GTAATTTA-G----------------------C---TA------TAGTC--GTTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATA-TAAACGTGTTTATGAA----GTTTAGTCAACA--AAAC-AT-G------A-GTAGTTTGTTCAGGAACAGAGAA----AAA-GCTGACC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTTACCTA--------AAGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-ATGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTATGACGTTTAGTC-------ACCGTAATA---C---A----A-GTTGTTTGTTCAGAAACAGAGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGCAGACGCCGACGACAACGA---------CAACACCACTG---CTGTCGACAACACCAGGGTCATGACAATAGCTCTTCG-----------TTTTTTCA--AAAA-GACAAGCTAATTAAAAGT
gi|7 : AC---CCGC--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---TA-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATAGT-TGCTAC--A-A-----CATAACA-TAAATGTGTTTATGAA----GTTTAGTCACCA--AAAC-AT-A------A-GTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAA-GCAGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCAAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TCTAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGTATAAAT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACAGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-ACTAAATATAAAACTTTAACtttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|8 : GAG-TAAACAATAAAC--TGTAACCTA--------TGGT---T--TTTGAGTCTAAAGTATAGAAA-TTT-AGGTA-----ACTTACCAAA---------TATAC-ATTGTTTCTATAA--CA--TGATATAAGTGT----TT-TTATGAATTTAAGTC-------ACTATAACA---T---A----A-GTAGTTTGTTG--------AGAAATAGAAAAA
gi|9 : CGA--GCTAA--ACA-AAAAC-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGGAAATT---TA-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TAAAC--ATTGT-TTCTAC--A-A-----CATAATA-TAAATGTGTTTATGAA----GTTTACTCACCA--AAAC-AT-GAGTACCA-GTAGTTTGTTCAGAAACAGAGAA----AAT-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAACATTTAAC-CAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TCT-ACCTA--------gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc
Alignments
lowQualScore : 1 111 22222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 11111111111 111111111 11111111111111 11111111111 111111111 1111111111 222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 222222 1 11 1
lowQualScore : 5 7 11 99 22 99 111 2 55555555555555555 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 7777 555 0 33 33 2 2 5555 0 2 777777 111111111 0 2 444 777777 33 11111111111 222222222 8888888 33 5 66666 44444444444444 0 00000000000 444 5555 2 3 000000000 4444 1 44 99999 0 22 77777777 333 22 1 4 2 55555 7 4444444444 2 22 22 4444 2 6666666 3 111111111111 2 0 77777777 2 666666 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 66666666 77 5 111111 5 22 88 22 5 1
lowQualScore : . . .. .. .. .. ... . ................. . ................................................ . . .... ... . .. .. . . .... . . ...... ......... . . ... ...... .. ........... ......... ....... .. . ..... .............. . ........... ... .... . . ......... .... . .. ..... . .. ........ ... .. . . . ..... . .......... . .. .. .... . ....... . ............ . . ........ . ...... . ........................................................ . ........ .. . ...... . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 3 88 00 44 22 777 2 22222222222222222 0 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 1111 000 2 77 77 7 5 3333 3 7 222222 999999999 4 5 444 222222 44 99999999999 555555555 6666666 44 0 22222 77777777777777 5 22222222222 777 7777 7 2 777777777 8888 4 99 11111 5 88 22222222 777 99 0 4 2 66666 5 2222222222 0 99 99 2222 0 8888888 2 222222222222 1 4 66666666 2 444444 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 66666666 99 7 888888 0 00 00 00 0 0
consensus : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TATAC--AT-----------TGT---------TT-----C-TAC--A-A-----CAT--------------AATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
Reference ( family-91 ) : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TATAC--AT-----------TGT---------TT-----C-TAT--A-A-----CAT--------------AATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
gi|1 : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGTAAACTTTTTTT-GGTTAA--TG---GTGATCAGCTTACCGAATTAAT-AGT-ATT-------ACTGAAAAATAAA-ATTG-ATTTAAAAAAAAAAA--AA----------------A-------AAATTCA----ATC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA----AGGTTTTAAAGCCCATAGTATGG------ACATT---T-A-T-GTTAGTTA-GC---TA------TATAC--AT-----------TGT---------TT-----C-TAC--A-A-----CAT--------------AATATAAATATGTTTTTGAAGTTAAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCACAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAACCAAA-----ACCCAAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCGA--------AGGT---T--TTAGAACCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGCATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------AACGTAGCA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GT------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGCGGAAGA---CGACAACGATGATGACGACGCCGACAACG---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTCTTC--AAAATGACGAGATA---AAAAG
gi|10 : aTGATTAGTTTACAGAATCAAC------TT--------TTGAAGAAAAAA-A--G-ATTTAA----AGAAA--AATACACGTTCTTTTTTGA-------AAATTCA----AAC---AAGA--GTTAA--ACA-AATAA-CTTTAACCTATGAAAGGCTCTAAAGACAAAAGTTAGG------AAACT---T-A-----AA---A-G-----------------------------------------------------TAA--A-A-----CAT--------------AATATGAATGTGCTTATGAAGTTTAGTCACT---ATG---TT------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AAGGCTAAA-AATGAACGGGTGTCATTAAACTATATAAAATTGTGAC-AAA-----GCg
gi|11 : a-GCTGAAG---------TGAGC----TAAAA----AAT-CAA-----ACTCTAGCTAAAGAATAAAC--TTTA-CCTA--------AG-T---T--TGAAAGCCCAAGGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----AGTGAGCTA----------TATAC-ATTGTTC-TATAA--CATTTAATATGAATGT----GT-TTATAAAGTT------------ACTGTAAC---------------GTGGTTT-CTC--------AGAACCAGAG-GAAA-GC------TGA-G-TAA----------------------------CAACAACGA---------C---------GCCAC------------CAAGGTCATGACGGTAGCT-----TT------T-TCCCCCTTG--AAAA-GATGAGCTAAT--AAAATGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACATaatcttgccaaccccatga
gi|12 : AAAGTATGGCAATATAAATT---TCA-T-CT---TCG-GT---AA------AATAC---T-----------TAT---------TT-----T-T------A-----CAG--------------AATATGAGTGTTCTT-TGAA----AATAA--AGAACA----G------A-TATTTTG---AAAATCAAAGAATAA----AAA-G--GA-C---------TGACT---GT--AACCACAAC-AAACC---ACCCg
gi|12 : taagtgtaTTTACAGAAT--ATGAGT-GTTCTTTGAAAATAAAGAACAGATATT---TT-------GAAAATCAA----------------A-------GAAT-AA----AAAGGACTGACTG-TAACCACA-ACAAA-CC---ACCCA----------CAAAGTCAAAATTACC--------AGTCG--T-A---GTAAAATAAGC---TG------TATGTCGAT-----------TGTA--------TT-----T-TAT------------T--------------ATT-TAAATGTGTTTGTGAAGTTTAGTCACTGTAAC----T-------AGTAGTTTGTTCCGAAATAGAG---AA----Aacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaaaataagctgtatgtcgattgtattttattatttaaatgtgtttgtgaagtttagtcactgtaactagtagtttgttccgaaatagagaaa
gi|12 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttattA-----AATAAGCTG----------TATG---TCGATTGTATTT--TA--TTATTTAAATGT----GT-TTGTGAAGTTTAGTC-------ACTGTA--A---C---T----A-GTAGTTTGTTC--------CGAAATAGAGAAA
gi|13 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttatttttacagaatatgagtgttctttgaaaataaagaacagatattttgaaaatcaaagaataaaaaggactgactgtaaccacaacaaaccacccacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaGAGCTAAGCAAAAAAC--TTAAACATA--------AGGT---T--TGAGAGCTTAAAATATAGACA-CTT-AGGTA-----TTTTATCTA----------TAGAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TCATGAAGGTTAGTC-------AATATAATA---T---GTATAA-GTAGTTTGTTC--------TGAAGCAAATAAAAA-GC------TGA-ACTAAACATAAAACTTAAACCGAT---------CGACGACGA---------C---------
gi|14 : aTGACTGT----GT-TTATGAAGTTTAGTT-------ACTATAAC----C---G----AGGTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-AT------TGA-GCTAAACATAAAAATTTAAaacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|15 : gtcgtctttatcaaagtccatattac----AAC---TTGA--ACTAA--ACA-AAAAAACCTTAACCTA----TAGTTTTAGAGCC----------------AAATT---T-A-TAGTAGGTTA--C---TAAGCTTTTATAA--AT-----------TGT---------TT-----G-TAT--ACATGTTTCAT--------------AATACGAATGTGTCCATGAAGTTTAGCCACTAAAACA---TA------AGTATTTTGATCTTAAACAATG---AA----AAA-ATTTAGC---------TAAAC---ATAAAACTATAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|16 : ---CTGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CT--AACTTA----AGGTTTTAAAGTCCAAAGTATGG------AAGAT---T-A-G-ATAAGTTA-GC---TA------TATAC--AT-----------TTC---------TT-----C-TAT--A-A-----CAT--------------AATATGAATGTGTTTATGAAGTTCAGTCACCAAAACA---TG------AGTCGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAAACTTTAAC-
gi|17 : AA-----ACATGAGCTAAACAAAAAACATTTTA--------------------T--TTA----CTAAAGTATGGAAA-TTT-TGGTA-----ACTTAGCTA----------TATACAAATGTTTGTATAA--CA--TAAT---AATA--------TTATGAA--------------------------------------------TATTG--------AGAAACAGAGTAAAA-GC------TGA-ACAAGACATAAAACTTTA---AAT---------TGACAACAA---------C---------G---A------------CA-----ATGACAc
gi|18 : attgT-CA----AAC---CTGA---------AGA-AAAAA-CTTTAACCTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-C-GTAAGTTA-GC---TA------TAGAC--AT-----------TGT---------TA-----C-TAC--A-A-----CAT--------------AATATTAATGTGTTTATGAAGTTTAGTTACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGCATAGAAAC--AG---AA----AAA-GCTGAGC---------T
gi|19 : A-----ACCTGAGCTGAACAAAAATC--CTTAATC-----------------T--TTAGAGACTAAACTATGAAAA-CTCAAGGTA-----ACTTAGCTA----------TATAC-ATTta
gi|19 : ----AAC---CTGA--GCTGA--ACA-AAAAT-CCTTAATC----------TTTAGAGACTAAACTATGA------AAACT---CAA-G-GTAACTTA-GC---TA------TATAC--ATTAAAAACACACTGCATACTATAATT-----C-TAT--ATA-----CATTATTTGTATAACATAACATGAGTGTGGTTATAAAGTTTAGTCACaaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|2 : AAAAAAGAATGGGCAACAGGGTGGGG-TCTTGGTTGGGCTCAGGCAGAAAAATTCATTCAATAGGTCA------GTGATGTAAACTTTTTTTTAGTTGA--TG---GTGATCAGCTTACAGAATTAAT-AGT-ATT-------TCTGAAAAATAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAATA-TTTTAACCTA----CGATTTTAAAGTCAGAAGTATGG------AAATT---A-A-T-GTAAGTTA-GC---TG------TATAC--AT-----------TGT---------TT-----C-TAC--A-A-----CAT--------------AATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAATAGA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC----TAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAGAAC--TTTAACCCA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--C-----ATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAG-GC------TTA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGT---------GGACAATGA---------C---------G---T------------CAGGGTCACGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-TACGAGCGAAC--AAAGT-ACGAAATA--GACAGGGAAATAATTCTGCCATaataaaa
gi|20 : GAGCTAAACAATAAAC--TTTAACCCA--------AAGT---T--TTAGAGCCTAAAGCATATAAA-CTA-AGGTA-----ACTTCGTTA----------CAAAA-ATTGATTGTATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAATG-------TCTGTAACA---T--------A-GTAGTTAGTTC--------AGAGAC--AGAAAAA-GT------AGA-GTT
gi|21 : GCTTAACAAAAAAC--TTTAACCTC--------AGGT---T--TTA-----CA------------------GTA-----A----GCTA----------TAAAC-ATTGTTTTTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTACAAAGTTTAGTC-------ACCATACCA---C---A----A-GTAGTTTGTCC--------AGAAACAGAGAAAAA-AC------TGA-GCTAAACGTGAAACTTT
gi|22 : gAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATAT-AATGT----GT-TTATGAAGT-----C-------ACCGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAA
gi|23 : A--TG---GTGATCAGTTTAAAGACTCAAT-ACT-ATA-------AATAGAAAACAAA-A-TA-ATC-------AAAAA--AA----------------G------------TA----AAC---CCGA--GCTAA--ACG-GCAAA-CTTTAATCCA----A
gi|24 : accAAC---ATAAAACTTT------A-----ACTGGTGCTAAACATAAAAC--TCAAACC
gi|24 : ttA-AC------TGGTGCTAAACATAAAACT-----CA---------------AAC--------------------------------------------CATGA-AATAGCTCTTGGTT------T-TTTTCTCAA--AAAA-atgaaatagctcttggtttttttctcaaaaaa
gi|25 : ttaacataaaactttA----------TATAC-ATAGTTAGTATAA--CA--TGATATGAATCC----GT-CTATGA-------------------------------------A-GTAGTTTGTTG--------AAAAGCAGAGAATAA-GC------TG
gi|26 : TTTATGAAGTGAA--CAATAAAA--------------GTAGTTTGTTTAGAAACAAGT---AA----AAT-GCTGAAC---------TAAAC---ACAAAACTTTA
gi|27 : CAAGCTGAACAAAATAC--TTTAACCTAACTACATTAGGTTCGT--TTAGAGCCTAAAGTATGGAAT-CTT-A
gi|28 : -AAA-----ACTTGAGCTAAACAAAAAGC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGA
gi|3 : AAACTTTTTTG-ACATGA--TG---ATGATCAGTTTAGAGAATCAAT-ATTTGTT-------ATTGAAAAACAAA-ATTTCATG-------AAAAT--AA----------------ATAACTATAAAT-AATTAAAAC---CCCA--GCAAA--CCA-AAAAA-CTTTCACCTA----ATGTTTTCGAGTCAAGAGTTTGG------GAACT---T---T-G---GGTA-AC---TG------TATAG--AT-----------TGA---------TTGTATACATAT--A-A-----CAT--------------GGTATGAA-------ATGA-GTTTA---AACATATTA---TA------AGTAGTTTGTTCTGAAACAGGG---GA----AAA-GCTGAGC-------------------------TTAAC-A---------------TAAA-----ACC--TTTCACCTA--------ATGT---T--TTCAAGTCCAGAGTATTGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATAT----GT-TAATGAAGTTTAGTC-------ACTATAACA---CATTA----A-GTAGTTTATTC--------TGAAACAGGAGAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTCACt
gi|3 : gA----AAG---CTGA--GCTTA--ACATAAAAC-CTTTCACCTA----ATGTTTTCAAGTCCAGAGTATTG------AAACT---T---T-G---GGTA-AC---TG------TATAC--AT-----------TGA---------TT-----G-TAT--A-A-----CAT--------------GGTATGAATATGTTAATGAAGTTTAGTCACTATAACACATTA------AGTAGTTTATT-------------------------CTGA-------------AAC---AGGAGA---------AA-----AGCTGAGCTAAACATAAAAC--TTTCACTTA--------ATGT---T--TTTAAGTCCAGAATATGGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ATTATAACATATT---A----A-GTAGTCTATTC--------TG--ACACGGTAAAA-GC------TGA-GCTAttaatgtttttaagtccagaatatggaaactttgggtaactgtatacattgattgtataacatggtatgaatgtgtttatgaagtttagtcattataacatattaagtagtctattctgacacggtaaaagctgagcta
gi|4 : gaaacttttttgacatgatgatgatcagtttagagaatcaatatttgttattgaaaaacaaaatttcatgaaaataaataactataaataattaaaaccccagcaaaccaaaaaactttcacctaatgttttcgagtcaagagtttgggaactttgggtaactgtatagattgattgtatacatataacatggtatgaaatgagtttaaacatattataagtagtttgttctgaaacagggga-----ACCCGAGCTAGGCAAATA-C--TTTAACCTA--------AGTT---TTCTTCGAG--TAACACACGGGAA-CGT-AGGCA-----ACTTAACTA----------TATAC-AGTGTTTGTATAA--CA--TAATACGAATAT----GC-CTATGACATTTAGTC-------ATTGTAACA---T---A----A-GTAGTTTGTCG--------AGAAATAAAGAATAA-ACTGTCAGTGA-GCGAAATATAAAACTTTAACCA------------GACAATG
gi|4 : tTCAGTGATGA-----TCTTTT-ATTTAACATGAACGTGATTATTTTACAGAATTAA------GTC-------AT------ACAGG-AT-------------------------------------------------T-CA------C---TTGA--CTTAA--ACA-AACAT-CTTTAATCTC----AGGTATGAGAGACAAAACTATCG------AAACT---T-A-A-GTAAGTTA-GCTAGTA------TATAC--AT-----------TGT---------TT-----G-TAT--A-A-----CAT--------------GATATGAATGTGTTTATAAAGATCAGTCACctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|4 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaac-----ACTTGACTTAAACAAACATC--TTTAATCTC--------AGGT---A--TGAGAGACAAAACTATCGAAA-CTT-AAGTA-----AGTTAGCTAGTA-------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATAAAGATCAGTCACATTAAACTTTAACAAG-N---N----N-NNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC---------CG-C--CGC---------C---------G---C------------CAGGGTCATACCAGTG--TCTTTGTT------TGTTTTTTCCA--AGAA-attaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|5 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcTAATCTG--------AGGT---T--TTAGAACCTAAAGTATGGAAG-TTC-AGATT-----ACCTAGCTATAAACTGGCCTATGC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGATTAT----ATAATATGAatataagata
gi|5 : CCATTAACTAGGTCAAGGTCAGTGCTGGAAATTTTTTTA-ACATAA--TG---GTGATAAATTTATAGAATCAAT-ACA-AAT-------ACTGAAAATCAAA-ATAA-ATT---------TTA--AA----------------A-------AATT-CA----AAC---ATAA--GTTAT--ACT-AAAAA-CTTTAACCTA----AGCTTTTAAAGCCCAAAGTAAGG------AATTTCGGT-ATT-ACAACTAA-GT---TA------TATAC--TT-----------TGT---------CT-----G-TATAAA-A-----CAT--------------AATATGAACGTGTTTATGAGGTTTGGCCACTATAACA---TA------AGGAGTTTCTTCAGAAACAGAG---AA----AAAGGCTGACA---------TAAAC---ATAAAACTtatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaataaattttaaaaaattcaaacataagttatactaaaaactttaacctaagcttttaaagcccaaagtaaggaatttcggtattacaactaagttatatactttgtctgtataaaacataatatgaacgtgtttatgaggtttggccactataacataaggagtttcttcagaaacagagaaaaaggctgacataaacataaaactgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|5 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaAAATTTTAAA-AAATTCAAACATAAGTTATACTAAAAAC--TTTAACCTA--------AGCT---T--TTAAAGCCCAAAGTAAGGAA--TTT-CGGTATTACAACTAAGTTA----------TATAC-TTTGTCTGTATAAAACA--TAATATGAACGT----GT-TTATGAGGTTTGGCC-------ACTATAACA---T---A----A-GGAGTTTCTTC--------AGAAACAGAGAAAAAGGC------TGA-CATAAACATAAAACTGAAACCAGA---------TGACA---A---------C---------G---T------------CATGATCATGACAATAGCACTTCGTTATCTCGT-TGTTTTTTACCAAAA-GATAAGC---TTAAAAgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|6 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaat-CTTTAACCTA----AAGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-T-T-GTAATTTA-GC---TA------TAGTC--GT-----------TGT---------TT-----C-TAC--A-A-----CAT--------------AATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCAACAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGGAACAGAG---AA----AAA-GCTGACC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTTACCTA--------AAGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-ATGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTATGACGTTTAGTC-------ACCGTAATA---C---A----A-GTTGTTTGTTCAGAAACAGAGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGCAGACGCCGACGACAACGA---------CAACACCACTG---CTGTCGACAACACCAGGGTCATGACAATAGCTCTTCG-----------TTTTTTCA--AAAA-GACAAGCTAATTAAAAGT
gi|7 : AC---CCGC--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAACCTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TATAC--AT-----------AGT---------TG-----C-TAC--A-A-----CAT--------------AACATAAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TA------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCAGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCAAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TCTAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGTATAAAT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACAGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-ACTAAATATAAAACTTTAACtttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|8 : GAG-TAAACAATAAAC--TGTAACCTA--------TGGT---T--TTTGAGTCTAAAGTATAGAAA-TTT-AGGTA-----ACTTACCAAA---------TATAC-ATTGTTTCTATAA--CA--TGATATAAGTGT----TT-TTATGAATTTAAGTC-------ACTATAACA---T---A----A-GTAGTTTGTTG--------AGAAATAGAAAAA
gi|9 : CGA--GCTAA--ACA-AAAAC-CTTTAACCTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-GC---TA------TAAAC--AT-----------TGT---------TT-----C-TAC--A-A-----CAT--------------AATATAAATGTGTTTATGAAGTTTACTCACCAAAACA---TGAGTACCAGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAACATTTAAC-CAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TCT-ACCTA--------gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc
Alignments
lowQualScore : 1 111 22222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 111111111 2222222222222222222222 1111111 11111111111 111111111 1111111111 222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 222222 1 11 1
lowQualScore : 5 7 11 99 22 99 111 2 55555555555555555 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 7777 555 0 33 33 2 2 000000000 5555 1 777777 111111111 2 2222222222222222222222 444 777777 33 2 0000000 555 2 66666 0 00000000000 444 5555 2 3 000000000 4444 1 44 99999 0 22 77777777 333 22 1 4 2 55555 7 4444444444 2 22 22 4444 2 6666666 3 111111111111 2 0 77777777 2 666666 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 66666666 77 5 111111 5 22 88 22 5 1
lowQualScore : . . .. .. .. .. ... . ................. . ................................................ . . .... ... . .. .. . . ......... .... . ...... ......... . ...................... ... ...... .. . ....... ... . ..... . ........... ... .... . . ......... .... . .. ..... . .. ........ ... .. . . . ..... . .......... . .. .. .... . ....... . ............ . . ........ . ...... . ........................................................ . ........ .. . ...... . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 3 88 00 44 22 777 2 22222222222222222 0 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 1111 000 2 77 77 7 5 000000000 3333 7 222222 333333333 5 2222222222222222222222 444 222222 44 5 1111111 111 5 22222 5 22222222222 777 7777 7 2 777777777 8888 4 99 11111 5 88 22222222 777 99 0 4 2 66666 5 2222222222 0 99 99 2222 0 8888888 2 222222222222 1 4 66666666 2 444444 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 66666666 99 7 888888 0 00 00 00 0 0
consensus : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
Reference ( family-91 ) : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
gi|1 : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGTAAACTTTTTTT-GGTTAA--TG---GTGATCAGCTTACCGAATTAAT-AGT-ATT-------ACTGAAAAATAAA-ATTG-ATTTAAAAAAAAAAA--AA----------------A-------AAATTCA----ATC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCATAGTATGG------ACATT---T-A-T-GTTAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAATATGTTTTTGAAGTTAAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCACAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAACCAAA-----ACCCAAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCGA--------AGGT---T--TTAGAACCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGCATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------AACGTAGCA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GT------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGCGGAAGA---CGACAACGATGATGACGACGCCGACAACG---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTCTTC--AAAATGACGAGATA---AAAAG
gi|10 : aTGATTAGTTTACAGAATCAAC------TT--------TTGAAGAAAAAA-A--G-ATTTAA----AGAAA--AATACACGTTCTTTTTTGA-------AAATTCA----AAC---AAGA--GTTAA--ACA-AATAA-CTTTAAC---------CTATGAAAGGCTCTAAAGACAAAAGTTAGG------AAACT---T-A-----AA---A-G--------------------------------------------------------TAA--A-A-----CATAATATGAATGTGCTTATGAAGTTTAGTCACT---ATG---TT------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AAGGCTAAA-AATGAACGGGTGTCATTAAACTATATAAAATTGTGAC-AAA-----GCg
gi|11 : a-GCTGAAG---------TGAGC----TAAAA----AAT-CAA-----ACTCTAGCTAAAGAATAAAC--TTTA-CCTA--------AG-T---T--TGAAAGCCCAAGGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----AGTGAGCTA----------TATAC-ATTGTTC-TATAA--CATTTAATATGAATGT----GT-TTATAAAGTT------------ACTGTAAC---------------GTGGTTT-CTC--------AGAACCAGAG-GAAA-GC------TGA-G-TAA----------------------------CAACAACGA---------C---------GCCAC------------CAAGGTCATGACGGTAGCT-----TT------T-TCCCCCTTG--AAAA-GATGAGCTAAT--AAAATGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACATaatcttgccaaccccatga
gi|12 : AAAGTATGGCAATATAAATT---TCA-T-CT---TCG-G----------------------T---AA------AATAC---TTAT-TT-----T-TAC--A-G--------AATATGAGTGTTCTT-TGAA----AATAA--AGAACA----G------A-TATTTTG---AAAATCAAAGAATAA----AAA-G--GA-C---------TGACT---GT--AACCACAAC-AAACC---ACCCg
gi|12 : taagtgtaTTTACAGAAT--ATGAGT-GTTCTTTGAAAATAAAGAACAGATATT---TT-------GAAAATCAA----------------A-------GAAT-AA----AAAGGACTGACTG-TAACCACA-ACAAA-CC---AC---------CCA----------CAAAGTCAAAATTACC--------AGTCG--T-A---GTAAAATAAG----------------------C---TG------TATGTCGATTGTATT-----T-TA-------------TTATTTAAATGTGTTTGTGAAGTTTAGTCACTGTAAC----T-------AGTAGTTTGTTCCGAAATAGAG---AA----Aacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaaaataagctgtatgtcgattgtattttattatttaaatgtgtttgtgaagtttagtcactgtaactagtagtttgttccgaaatagagaaa
gi|12 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttattA-----AATAAGCTG----------TATG---TCGATTGTATTT--TA--TTATTTAAATGT----GT-TTGTGAAGTTTAGTC-------ACTGTA--A---C---T----A-GTAGTTTGTTC--------CGAAATAGAGAAA
gi|13 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttatttttacagaatatgagtgttctttgaaaataaagaacagatattttgaaaatcaaagaataaaaaggactgactgtaaccacaacaaaccacccacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaGAGCTAAGCAAAAAAC--TTAAACATA--------AGGT---T--TGAGAGCTTAAAATATAGACA-CTT-AGGTA-----TTTTATCTA----------TAGAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TCATGAAGGTTAGTC-------AATATAATA---T---GTATAA-GTAGTTTGTTC--------TGAAGCAAATAAAAA-GC------TGA-ACTAAACATAAAACTTAAACCGAT---------CGACGACGA---------C---------
gi|14 : aTGACTGT----GT-TTATGAAGTTTAGTT-------ACTATAAC----C---G----AGGTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-AT------TGA-GCTAAACATAAAAATTTAAaacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|15 : gtcgtctttatcaaagtccatattac----AAC---TTGA--ACTAA--ACA-AAAAAACCTTAAC---------CTA----TAGTTTTAGAGCC----------------AAATT---T-A-TAGTAGGTTA------------------------C---TAAGCTTTTATAA--ATTGT-TT-----G-TAT--ACATGTTTCATAATACGAATGTGTCCATGAAGTTTAGCCACTAAAACA---TA------AGTATTTTGATCTTAAACAATG---AA----AAA-ATTTAGC---------TAAAC---ATAAAACTATAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|16 : ---CTGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CT--AAC---------TTA----AGGTTTTAAAGTCCAAAGTATGG------AAGAT---T-A-G-ATAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTTC-TT-----C-TAT--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTCAGTCACCAAAACA---TG------AGTCGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAAACTTTAAC-
gi|17 : AA-----ACATGAGCTAAACAAAAAACATTTTA--------------------T--TTA----CTAAAGTATGGAAA-TTT-TGGTA-----ACTTAGCTA----------TATACAAATGTTTGTATAA--CA--TAAT---AATA--------TTATGAA--------------------------------------------TATTG--------AGAAACAGAGTAAAA-GC------TGA-ACAAGACATAAAACTTTA---AAT---------TGACAACAA---------C---------G---A------------CA-----ATGACAc
gi|18 : attgT-CA----AAC---CTGA---------AGA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-C-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TAGAC--ATTGT-TA-----C-TAC--A-A-----CATAATATTAATGTGTTTATGAAGTTTAGTTACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGCATAGAAAC--AG---AA----AAA-GCTGAGC---------T
gi|19 : A-----ACCTGAGCTGAACAAAAATC--CTTAATC-----------------T--TTAGAGACTAAACTATGAAAA-CTCAAGGTA-----ACTTAGCTA----------TATAC-ATTta
gi|19 : ----AAC---CTGA--GCTGA--ACA-AAAAT-CCTTAATCTTTAGAGACTA----AACTATGAAAACTCAAGGT----------AACTTAGCT-A-T-ATACATTA-AAAACACACTGCATACTATAATTC---TA------TATAC--ATTAT-TT-----G-TAT--A-A-----CATAACATGAGTGTGGTTATAAAGTTTAGTCACaaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|2 : AAAAAAGAATGGGCAACAGGGTGGGG-TCTTGGTTGGGCTCAGGCAGAAAAATTCATTCAATAGGTCA------GTGATGTAAACTTTTTTTTAGTTGA--TG---GTGATCAGCTTACAGAATTAAT-AGT-ATT-------TCTGAAAAATAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAATA-TTTTAAC---------CTA----CGATTTTAAAGTCAGAAGTATGG------AAATT---A-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TG------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAATAGA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC----TAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAGAAC--TTTAACCCA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--C-----ATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAG-GC------TTA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGT---------GGACAATGA---------C---------G---T------------CAGGGTCACGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-TACGAGCGAAC--AAAGT-ACGAAATA--GACAGGGAAATAATTCTGCCATaataaaa
gi|20 : GAGCTAAACAATAAAC--TTTAACCCA--------AAGT---T--TTAGAGCCTAAAGCATATAAA-CTA-AGGTA-----ACTTCGTTA----------CAAAA-ATTGATTGTATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAATG-------TCTGTAACA---T--------A-GTAGTTAGTTC--------AGAGAC--AGAAAAA-GT------AGA-GTT
gi|21 : GCTTAACAAAAAAC--TTTAACCTC--------AGGT---T--TTA-----CA------------------GTA-----A----GCTA----------TAAAC-ATTGTTTTTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTACAAAGTTTAGTC-------ACCATACCA---C---A----A-GTAGTTTGTCC--------AGAAACAGAGAAAAA-AC------TGA-GCTAAACGTGAAACTTT
gi|22 : gAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATAT-AATGT----GT-TTATGAAGT-----C-------ACCGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAA
gi|23 : A--TG---GTGATCAGTTTAAAGACTCAAT-ACT-ATA-------AATAGAAAACAAA-A-TA-ATC-------AAAAA--AA----------------G------------TA----AAC---CCGA--GCTAA--ACG-GCAAA-CTTTAAT---------CCA----A
gi|24 : accAAC---ATAAAACTTT------A-----ACTGGTGCTAAACATAAAAC--TCAAACC
gi|24 : ttA-AC------TGGTGCTAAACATAAAACT-----CA---------------AAC--------------------------------------------CATGA-AATAGCTCTTGGTT------T-TTTTCTCAA--AAAA-atgaaatagctcttggtttttttctcaaaaaa
gi|25 : ttaacataaaactttA----------TATAC-ATAGTTAGTATAA--CA--TGATATGAATCC----GT-CTATGA-------------------------------------A-GTAGTTTGTTG--------AAAAGCAGAGAATAA-GC------TG
gi|26 : TTTATGAAGTGAA--CAATAAAA--------------GTAGTTTGTTTAGAAACAAGT---AA----AAT-GCTGAAC---------TAAAC---ACAAAACTTTA
gi|27 : CAAGCTGAACAAAATAC--TTTAACCTAACTACATTAGGTTCGT--TTAGAGCCTAAAGTATGGAAT-CTT-A
gi|28 : -AAA-----ACTTGAGCTAAACAAAAAGC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGA
gi|3 : AAACTTTTTTG-ACATGA--TG---ATGATCAGTTTAGAGAATCAAT-ATTTGTT-------ATTGAAAAACAAA-ATTTCATG-------AAAAT--AA----------------ATAACTATAAAT-AATTAAAAC---CCCA--GCAAA--CCA-AAAAA-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCGAGTCAAGAGTTTGG------GAACT---T---T-G---GGTA-A----------------------C---TG------TATAG--ATTGA-TTGTATACATAT--A-A-----CATGGTATGAA-------ATGA-GTTTA---AACATATTA---TA------AGTAGTTTGTTCTGAAACAGGG---GA----AAA-GCTGAGC-------------------------TTAAC-A---------------TAAA-----ACC--TTTCACCTA--------ATGT---T--TTCAAGTCCAGAGTATTGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATAT----GT-TAATGAAGTTTAGTC-------ACTATAACA---CATTA----A-GTAGTTTATTC--------TGAAACAGGAGAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTCACt
gi|3 : gA----AAG---CTGA--GCTTA--ACATAAAAC-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCAAGTCCAGAGTATTG------AAACT---T---T-G---GGTA-A----------------------C---TG------TATAC--ATTGA-TT-----G-TAT--A-A-----CATGGTATGAATATGTTAATGAAGTTTAGTCACTATAACACATTA------AGTAGTTTATT-------------------------CTGA-------------AAC---AGGAGA---------AA-----AGCTGAGCTAAACATAAAAC--TTTCACTTA--------ATGT---T--TTTAAGTCCAGAATATGGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ATTATAACATATT---A----A-GTAGTCTATTC--------TG--ACACGGTAAAA-GC------TGA-GCTAttaatgtttttaagtccagaatatggaaactttgggtaactgtatacattgattgtataacatggtatgaatgtgtttatgaagtttagtcattataacatattaagtagtctattctgacacggtaaaagctgagcta
gi|4 : gaaacttttttgacatgatgatgatcagtttagagaatcaatatttgttattgaaaaacaaaatttcatgaaaataaataactataaataattaaaaccccagcaaaccaaaaaactttcacctaatgttttcgagtcaagagtttgggaactttgggtaactgtatagattgattgtatacatataacatggtatgaaatgagtttaaacatattataagtagtttgttctgaaacagggga-----ACCCGAGCTAGGCAAATA-C--TTTAACCTA--------AGTT---TTCTTCGAG--TAACACACGGGAA-CGT-AGGCA-----ACTTAACTA----------TATAC-AGTGTTTGTATAA--CA--TAATACGAATAT----GC-CTATGACATTTAGTC-------ATTGTAACA---T---A----A-GTAGTTTGTCG--------AGAAATAAAGAATAA-ACTGTCAGTGA-GCGAAATATAAAACTTTAACCA------------GACAATG
gi|4 : tTCAGTGATGA-----TCTTTT-ATTTAACATGAACGTGATTATTTTACAGAATTAA------GTC-------AT------ACAGG-AT-------------------------------------------------T-CA------C---TTGA--CTTAA--ACA-AACAT-CTTTAAT---------CTC----AGGTATGAGAGACAAAACTATCG------AAACT---T-A-A-GTAAGTTA-G----------------------CTAGTA------TATAC--ATTGT-TT-----G-TAT--A-A-----CATGATATGAATGTGTTTATAAAGATCAGTCACctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|4 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaac-----ACTTGACTTAAACAAACATC--TTTAATCTC--------AGGT---A--TGAGAGACAAAACTATCGAAA-CTT-AAGTA-----AGTTAGCTAGTA-------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATAAAGATCAGTCACATTAAACTTTAACAAG-N---N----N-NNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC---------CG-C--CGC---------C---------G---C------------CAGGGTCATACCAGTG--TCTTTGTT------TGTTTTTTCCA--AGAA-attaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|5 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcTAATCTG--------AGGT---T--TTAGAACCTAAAGTATGGAAG-TTC-AGATT-----ACCTAGCTATAAACTGGCCTATGC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGATTAT----ATAATATGAatataagata
gi|5 : CCATTAACTAGGTCAAGGTCAGTGCTGGAAATTTTTTTA-ACATAA--TG---GTGATAAATTTATAGAATCAAT-ACA-AAT-------ACTGAAAATCAAA-ATAA-ATT---------TTA--AA----------------A-------AATT-CA----AAC---ATAA--GTTAT--ACT-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGCTTTTAAAGCCCAAAGTAAGG------AATTTCGGT-ATT-ACAACTAA-G----------------------T---TA------TATAC--TTTGT-CT-----G-TATAAA-A-----CATAATATGAACGTGTTTATGAGGTTTGGCCACTATAACA---TA------AGGAGTTTCTTCAGAAACAGAG---AA----AAAGGCTGACA---------TAAAC---ATAAAACTtatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaataaattttaaaaaattcaaacataagttatactaaaaactttaacctaagcttttaaagcccaaagtaaggaatttcggtattacaactaagttatatactttgtctgtataaaacataatatgaacgtgtttatgaggtttggccactataacataaggagtttcttcagaaacagagaaaaaggctgacataaacataaaactgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|5 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaAAATTTTAAA-AAATTCAAACATAAGTTATACTAAAAAC--TTTAACCTA--------AGCT---T--TTAAAGCCCAAAGTAAGGAA--TTT-CGGTATTACAACTAAGTTA----------TATAC-TTTGTCTGTATAAAACA--TAATATGAACGT----GT-TTATGAGGTTTGGCC-------ACTATAACA---T---A----A-GGAGTTTCTTC--------AGAAACAGAGAAAAAGGC------TGA-CATAAACATAAAACTGAAACCAGA---------TGACA---A---------C---------G---T------------CATGATCATGACAATAGCACTTCGTTATCTCGT-TGTTTTTTACCAAAA-GATAAGC---TTAAAAgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|6 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaat-CTTTAAC---------CTA----AAGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-T-T-GTAATTTA-G----------------------C---TA------TAGTC--GTTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCAACAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGGAACAGAG---AA----AAA-GCTGACC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTTACCTA--------AAGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-ATGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTATGACGTTTAGTC-------ACCGTAATA---C---A----A-GTTGTTTGTTCAGAAACAGAGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGCAGACGCCGACGACAACGA---------CAACACCACTG---CTGTCGACAACACCAGGGTCATGACAATAGCTCTTCG-----------TTTTTTCA--AAAA-GACAAGCTAATTAAAAGT
gi|7 : AC---CCGC--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATAGT-TG-----C-TAC--A-A-----CATAACATAAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TA------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCAGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCAAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TCTAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGTATAAAT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACAGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-ACTAAATATAAAACTTTAACtttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|8 : GAG-TAAACAATAAAC--TGTAACCTA--------TGGT---T--TTTGAGTCTAAAGTATAGAAA-TTT-AGGTA-----ACTTACCAAA---------TATAC-ATTGTTTCTATAA--CA--TGATATAAGTGT----TT-TTATGAATTTAAGTC-------ACTATAACA---T---A----A-GTAGTTTGTTG--------AGAAATAGAAAAA
gi|9 : CGA--GCTAA--ACA-AAAAC-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TAAAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAATGTGTTTATGAAGTTTACTCACCAAAACA---TGAGTACCAGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAACATTTAAC-CAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TCT-ACCTA--------gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc
Alignments
lowQualScore : 1 111 22222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 111111111 2222222222222222222222 1111111 11111111111 111111111 1111111111 222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 222222 1 11 1
lowQualScore : 5 7 11 99 22 99 111 2 55555555555555555 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 7777 555 0 33 33 2 2 000000000 5555 1 777777 111111111 2 2222222222222222222222 444 777777 33 2 0000000 555 2 66666 0 00000000000 444 5555 2 3 000000000 4444 1 44 99999 0 22 77777777 333 22 1 4 2 55555 7 4444444444 2 22 22 4444 2 6666666 3 111111111111 2 0 77777777 2 666666 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 66666666 77 5 111111 5 22 88 22 5 1
lowQualScore : . . .. .. .. .. ... . ................. . ................................................ . . .... ... . .. .. . . ......... .... . ...... ......... . ...................... ... ...... .. . ....... ... . ..... . ........... ... .... . . ......... .... . .. ..... . .. ........ ... .. . . . ..... . .......... . .. .. .... . ....... . ............ . . ........ . ...... . ........................................................ . ........ .. . ...... . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 3 88 00 44 22 777 2 22222222222222222 0 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 1111 000 2 77 77 7 5 000000000 3333 7 222222 333333333 5 2222222222222222222222 444 222222 44 5 1111111 111 5 22222 5 22222222222 777 7777 7 2 777777777 8888 4 99 11111 5 88 22222222 777 99 0 4 2 66666 5 2222222222 0 99 99 2222 0 8888888 2 222222222222 1 4 66666666 2 444444 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 66666666 99 7 888888 0 00 00 00 0 0
consensus : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
Reference ( family-91 ) : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
gi|1 : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGTAAACTTTTTTT-GGTTAA--TG---GTGATCAGCTTACCGAATTAAT-AGT-ATT-------ACTGAAAAATAAA-ATTG-ATTTAAAAAAAAAAA--AA----------------A-------AAATTCA----ATC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCATAGTATGG------ACATT---T-A-T-GTTAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAATATGTTTTTGAAGTTAAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCACAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAACCAAA-----ACCCAAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCGA--------AGGT---T--TTAGAACCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGCATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------AACGTAGCA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GT------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGCGGAAGA---CGACAACGATGATGACGACGCCGACAACG---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTCTTC--AAAATGACGAGATA---AAAAG
gi|10 : aTGATTAGTTTACAGAATCAAC------TT--------TTGAAGAAAAAA-A--G-ATTTAA----AGAAA--AATACACGTTCTTTTTTGA-------AAATTCA----AAC---AAGA--GTTAA--ACA-AATAA-CTTTAAC---------CTATGAAAGGCTCTAAAGACAAAAGTTAGG------AAACT---T-A-----AA---A-G--------------------------------------------------------TAA--A-A-----CATAATATGAATGTGCTTATGAAGTTTAGTCACT---ATG---TT------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AAGGCTAAA-AATGAACGGGTGTCATTAAACTATATAAAATTGTGAC-AAA-----GCg
gi|11 : a-GCTGAAG---------TGAGC----TAAAA----AAT-CAA-----ACTCTAGCTAAAGAATAAAC--TTTA-CCTA--------AG-T---T--TGAAAGCCCAAGGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----AGTGAGCTA----------TATAC-ATTGTTC-TATAA--CATTTAATATGAATGT----GT-TTATAAAGTT------------ACTGTAAC---------------GTGGTTT-CTC--------AGAACCAGAG-GAAA-GC------TGA-G-TAA----------------------------CAACAACGA---------C---------GCCAC------------CAAGGTCATGACGGTAGCT-----TT------T-TCCCCCTTG--AAAA-GATGAGCTAAT--AAAATGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACATaatcttgccaaccccatga
gi|12 : AAAGTATGGCAATATAAATT---TCA-T-CT---TCG-G----------------------T---AA------AATAC---TTAT-TT-----T-TAC--A-G--------AATATGAGTGTTCTT-TGAA----AATAA--AGAACA----G------A-TATTTTG---AAAATCAAAGAATAA----AAA-G--GA-C---------TGACT---GT--AACCACAAC-AAACC---ACCCg
gi|12 : taagtgtaTTTACAGAAT--ATGAGT-GTTCTTTGAAAATAAAGAACAGATATT---TT-------GAAAATCAA----------------A-------GAAT-AA----AAAGGACTGACTG-TAACCACA-ACAAA-CC---AC---------CCA----------CAAAGTCAAAATTACC--------AGTCG--T-A---GTAAAATAAG----------------------C---TG------TATGTCGATTGTATT-----T-TA-------------TTATTTAAATGTGTTTGTGAAGTTTAGTCACTGTAAC----T-------AGTAGTTTGTTCCGAAATAGAG---AA----Aacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaaaataagctgtatgtcgattgtattttattatttaaatgtgtttgtgaagtttagtcactgtaactagtagtttgttccgaaatagagaaa
gi|12 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttattA-----AATAAGCTG----------TATG---TCGATTGTATTT--TA--TTATTTAAATGT----GT-TTGTGAAGTTTAGTC-------ACTGTA--A---C---T----A-GTAGTTTGTTC--------CGAAATAGAGAAA
gi|13 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttatttttacagaatatgagtgttctttgaaaataaagaacagatattttgaaaatcaaagaataaaaaggactgactgtaaccacaacaaaccacccacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaGAGCTAAGCAAAAAAC--TTAAACATA--------AGGT---T--TGAGAGCTTAAAATATAGACA-CTT-AGGTA-----TTTTATCTA----------TAGAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TCATGAAGGTTAGTC-------AATATAATA---T---GTATAA-GTAGTTTGTTC--------TGAAGCAAATAAAAA-GC------TGA-ACTAAACATAAAACTTAAACCGAT---------CGACGACGA---------C---------
gi|14 : aTGACTGT----GT-TTATGAAGTTTAGTT-------ACTATAAC----C---G----AGGTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-AT------TGA-GCTAAACATAAAAATTTAAaacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|15 : gtcgtctttatcaaagtccatattac----AAC---TTGA--ACTAA--ACA-AAAAAACCTTAAC---------CTA----TAGTTTTAGAGCC----------------AAATT---T-A-TAGTAGGTTA------------------------C---TAAGCTTTTATAA--ATTGT-TT-----G-TAT--ACATGTTTCATAATACGAATGTGTCCATGAAGTTTAGCCACTAAAACA---TA------AGTATTTTGATCTTAAACAATG---AA----AAA-ATTTAGC---------TAAAC---ATAAAACTATAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|16 : ---CTGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CT--AAC---------TTA----AGGTTTTAAAGTCCAAAGTATGG------AAGAT---T-A-G-ATAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTTC-TT-----C-TAT--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTCAGTCACCAAAACA---TG------AGTCGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAAACTTTAAC-
gi|17 : AA-----ACATGAGCTAAACAAAAAACATTTTA--------------------T--TTA----CTAAAGTATGGAAA-TTT-TGGTA-----ACTTAGCTA----------TATACAAATGTTTGTATAA--CA--TAAT---AATA--------TTATGAA--------------------------------------------TATTG--------AGAAACAGAGTAAAA-GC------TGA-ACAAGACATAAAACTTTA---AAT---------TGACAACAA---------C---------G---A------------CA-----ATGACAc
gi|18 : attgT-CA----AAC---CTGA---------AGA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-C-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TAGAC--ATTGT-TA-----C-TAC--A-A-----CATAATATTAATGTGTTTATGAAGTTTAGTTACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGCATAGAAAC--AG---AA----AAA-GCTGAGC---------T
gi|19 : A-----ACCTGAGCTGAACAAAAATC--CTTAATC-----------------T--TTAGAGACTAAACTATGAAAA-CTCAAGGTA-----ACTTAGCTA----------TATAC-ATTta
gi|19 : ----AAC---CTGA--GCTGA--ACA-AAAAT-CCTTAATCTTTAGAGACTA----AACTATGAAAACTCAAGGT----------AACTTAGCT-A-T-ATACATTA-AAAACACACTGCATACTATAATTC---TA------TATAC--ATTAT-TT-----G-TAT--A-A-----CATAACATGAGTGTGGTTATAAAGTTTAGTCACaaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|2 : AAAAAAGAATGGGCAACAGGGTGGGG-TCTTGGTTGGGCTCAGGCAGAAAAATTCATTCAATAGGTCA------GTGATGTAAACTTTTTTTTAGTTGA--TG---GTGATCAGCTTACAGAATTAAT-AGT-ATT-------TCTGAAAAATAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAATA-TTTTAAC---------CTA----CGATTTTAAAGTCAGAAGTATGG------AAATT---A-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TG------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAATAGA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC----TAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAGAAC--TTTAACCCA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--C-----ATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAG-GC------TTA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGT---------GGACAATGA---------C---------G---T------------CAGGGTCACGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-TACGAGCGAAC--AAAGT-ACGAAATA--GACAGGGAAATAATTCTGCCATaataaaa
gi|20 : GAGCTAAACAATAAAC--TTTAACCCA--------AAGT---T--TTAGAGCCTAAAGCATATAAA-CTA-AGGTA-----ACTTCGTTA----------CAAAA-ATTGATTGTATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAATG-------TCTGTAACA---T--------A-GTAGTTAGTTC--------AGAGAC--AGAAAAA-GT------AGA-GTT
gi|21 : GCTTAACAAAAAAC--TTTAACCTC--------AGGT---T--TTA-----CA------------------GTA-----A----GCTA----------TAAAC-ATTGTTTTTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTACAAAGTTTAGTC-------ACCATACCA---C---A----A-GTAGTTTGTCC--------AGAAACAGAGAAAAA-AC------TGA-GCTAAACGTGAAACTTT
gi|22 : gAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATAT-AATGT----GT-TTATGAAGT-----C-------ACCGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAA
gi|23 : A--TG---GTGATCAGTTTAAAGACTCAAT-ACT-ATA-------AATAGAAAACAAA-A-TA-ATC-------AAAAA--AA----------------G------------TA----AAC---CCGA--GCTAA--ACG-GCAAA-CTTTAAT---------CCA----A
gi|24 : accAAC---ATAAAACTTT------A-----ACTGGTGCTAAACATAAAAC--TCAAACC
gi|24 : ttA-AC------TGGTGCTAAACATAAAACT-----CA---------------AAC--------------------------------------------CATGA-AATAGCTCTTGGTT------T-TTTTCTCAA--AAAA-atgaaatagctcttggtttttttctcaaaaaa
gi|25 : ttaacataaaactttA----------TATAC-ATAGTTAGTATAA--CA--TGATATGAATCC----GT-CTATGA-------------------------------------A-GTAGTTTGTTG--------AAAAGCAGAGAATAA-GC------TG
gi|26 : TTTATGAAGTGAA--CAATAAAA--------------GTAGTTTGTTTAGAAACAAGT---AA----AAT-GCTGAAC---------TAAAC---ACAAAACTTTA
gi|27 : CAAGCTGAACAAAATAC--TTTAACCTAACTACATTAGGTTCGT--TTAGAGCCTAAAGTATGGAAT-CTT-A
gi|28 : -AAA-----ACTTGAGCTAAACAAAAAGC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGA
gi|3 : AAACTTTTTTG-ACATGA--TG---ATGATCAGTTTAGAGAATCAAT-ATTTGTT-------ATTGAAAAACAAA-ATTTCATG-------AAAAT--AA----------------ATAACTATAAAT-AATTAAAAC---CCCA--GCAAA--CCA-AAAAA-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCGAGTCAAGAGTTTGG------GAACT---T---T-G---GGTA-A----------------------C---TG------TATAG--ATTGA-TTGTATACATAT--A-A-----CATGGTATGAA-------ATGA-GTTTA---AACATATTA---TA------AGTAGTTTGTTCTGAAACAGGG---GA----AAA-GCTGAGC-------------------------TTAAC-A---------------TAAA-----ACC--TTTCACCTA--------ATGT---T--TTCAAGTCCAGAGTATTGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATAT----GT-TAATGAAGTTTAGTC-------ACTATAACA---CATTA----A-GTAGTTTATTC--------TGAAACAGGAGAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTCACt
gi|3 : gA----AAG---CTGA--GCTTA--ACATAAAAC-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCAAGTCCAGAGTATTG------AAACT---T---T-G---GGTA-A----------------------C---TG------TATAC--ATTGA-TT-----G-TAT--A-A-----CATGGTATGAATATGTTAATGAAGTTTAGTCACTATAACACATTA------AGTAGTTTATT-------------------------CTGA-------------AAC---AGGAGA---------AA-----AGCTGAGCTAAACATAAAAC--TTTCACTTA--------ATGT---T--TTTAAGTCCAGAATATGGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ATTATAACATATT---A----A-GTAGTCTATTC--------TG--ACACGGTAAAA-GC------TGA-GCTAttaatgtttttaagtccagaatatggaaactttgggtaactgtatacattgattgtataacatggtatgaatgtgtttatgaagtttagtcattataacatattaagtagtctattctgacacggtaaaagctgagcta
gi|4 : gaaacttttttgacatgatgatgatcagtttagagaatcaatatttgttattgaaaaacaaaatttcatgaaaataaataactataaataattaaaaccccagcaaaccaaaaaactttcacctaatgttttcgagtcaagagtttgggaactttgggtaactgtatagattgattgtatacatataacatggtatgaaatgagtttaaacatattataagtagtttgttctgaaacagggga-----ACCCGAGCTAGGCAAATA-C--TTTAACCTA--------AGTT---TTCTTCGAG--TAACACACGGGAA-CGT-AGGCA-----ACTTAACTA----------TATAC-AGTGTTTGTATAA--CA--TAATACGAATAT----GC-CTATGACATTTAGTC-------ATTGTAACA---T---A----A-GTAGTTTGTCG--------AGAAATAAAGAATAA-ACTGTCAGTGA-GCGAAATATAAAACTTTAACCA------------GACAATG
gi|4 : tTCAGTGATGA-----TCTTTT-ATTTAACATGAACGTGATTATTTTACAGAATTAA------GTC-------AT------ACAGG-AT-------------------------------------------------T-CA------C---TTGA--CTTAA--ACA-AACAT-CTTTAAT---------CTC----AGGTATGAGAGACAAAACTATCG------AAACT---T-A-A-GTAAGTTA-G----------------------CTAGTA------TATAC--ATTGT-TT-----G-TAT--A-A-----CATGATATGAATGTGTTTATAAAGATCAGTCACctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|4 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaac-----ACTTGACTTAAACAAACATC--TTTAATCTC--------AGGT---A--TGAGAGACAAAACTATCGAAA-CTT-AAGTA-----AGTTAGCTAGTA-------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATAAAGATCAGTCACATTAAACTTTAACAAG-N---N----N-NNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC---------CG-C--CGC---------C---------G---C------------CAGGGTCATACCAGTG--TCTTTGTT------TGTTTTTTCCA--AGAA-attaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|5 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcTAATCTG--------AGGT---T--TTAGAACCTAAAGTATGGAAG-TTC-AGATT-----ACCTAGCTATAAACTGGCCTATGC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGATTAT----ATAATATGAatataagata
gi|5 : CCATTAACTAGGTCAAGGTCAGTGCTGGAAATTTTTTTA-ACATAA--TG---GTGATAAATTTATAGAATCAAT-ACA-AAT-------ACTGAAAATCAAA-ATAA-ATT---------TTA--AA----------------A-------AATT-CA----AAC---ATAA--GTTAT--ACT-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGCTTTTAAAGCCCAAAGTAAGG------AATTTCGGT-ATT-ACAACTAA-G----------------------T---TA------TATAC--TTTGT-CT-----G-TATAAA-A-----CATAATATGAACGTGTTTATGAGGTTTGGCCACTATAACA---TA------AGGAGTTTCTTCAGAAACAGAG---AA----AAAGGCTGACA---------TAAAC---ATAAAACTtatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaataaattttaaaaaattcaaacataagttatactaaaaactttaacctaagcttttaaagcccaaagtaaggaatttcggtattacaactaagttatatactttgtctgtataaaacataatatgaacgtgtttatgaggtttggccactataacataaggagtttcttcagaaacagagaaaaaggctgacataaacataaaactgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|5 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaAAATTTTAAA-AAATTCAAACATAAGTTATACTAAAAAC--TTTAACCTA--------AGCT---T--TTAAAGCCCAAAGTAAGGAA--TTT-CGGTATTACAACTAAGTTA----------TATAC-TTTGTCTGTATAAAACA--TAATATGAACGT----GT-TTATGAGGTTTGGCC-------ACTATAACA---T---A----A-GGAGTTTCTTC--------AGAAACAGAGAAAAAGGC------TGA-CATAAACATAAAACTGAAACCAGA---------TGACA---A---------C---------G---T------------CATGATCATGACAATAGCACTTCGTTATCTCGT-TGTTTTTTACCAAAA-GATAAGC---TTAAAAgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|6 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaat-CTTTAAC---------CTA----AAGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-T-T-GTAATTTA-G----------------------C---TA------TAGTC--GTTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCAACAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGGAACAGAG---AA----AAA-GCTGACC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTTACCTA--------AAGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-ATGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTATGACGTTTAGTC-------ACCGTAATA---C---A----A-GTTGTTTGTTCAGAAACAGAGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGCAGACGCCGACGACAACGA---------CAACACCACTG---CTGTCGACAACACCAGGGTCATGACAATAGCTCTTCG-----------TTTTTTCA--AAAA-GACAAGCTAATTAAAAGT
gi|7 : AC---CCGC--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATAGT-TG-----C-TAC--A-A-----CATAACATAAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TA------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCAGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCAAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TCTAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGTATAAAT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACAGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-ACTAAATATAAAACTTTAACtttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|8 : GAG-TAAACAATAAAC--TGTAACCTA--------TGGT---T--TTTGAGTCTAAAGTATAGAAA-TTT-AGGTA-----ACTTACCAAA---------TATAC-ATTGTTTCTATAA--CA--TGATATAAGTGT----TT-TTATGAATTTAAGTC-------ACTATAACA---T---A----A-GTAGTTTGTTG--------AGAAATAGAAAAA
gi|9 : CGA--GCTAA--ACA-AAAAC-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TAAAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAATGTGTTTATGAAGTTTACTCACCAAAACA---TGAGTACCAGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAACATTTAAC-CAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TCT-ACCTA--------gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc
blockSeqs : . A TA TT GT CA AAC C GAGTGTTCTTTGAAAA T GATTTAAAGAAAAATACACGTTCTTTTTTGAA T TTAA GGA CT CC T A CTTTAGAGA TGAA A CAATAT CGGTATT A AAACACACTGCATACTATAATT TAG AGCTTT CG A GTATACA TAA C TGTTT TGAGTACC AAT GGCT G A GGGTGTCAT TATA T A TTCAA AT ACTACATT TCG TC C C A TTACA G TAAACTGGCC A AA TT ATAA A ACATTAA T TGTATA G AGAAACAG G TGTCAG T GCAGACGCCGACGACAACGACAACACCACTGCTGTCGACAACAC A ATCTCGT CC . TAATTA . CG . GG C C
blockSeqs : . GA G CA . . T ATTTGTTAT . TTTCATGAAAATAAATAACTATA . . . . . . . . . A . AGCTAT . . . . . . T A . . CATTA . . . A . G C C CC . . . . C C . . A GTA . . . . . . T CATTA . . . . . CAACAACGACGCCAC G TG . . TAAT
blockSeqs : A T TT . . C AGTATTTC . TTTTGAAAATCAAAG . . . . . . . . . C . TCAT . . . . . . T C . . TT . . . G . A C A . . . . . A . . . T A . . . . . . T TATTA . . . . . ATTGACAACAACGA G T . . GAAC
blockSeqs : A CA . . C ACTATAAA . TTGATTAAAAAAAAA . . . . . . . . . C . TATA . . . . . . G T . . TA . . . G . A C A . . . . . C . . . C . . . . . . . T AGNN . . . . . GTGGACAATGACGT T T . . TTA
blockSeqs : . . T ACAAATAC . TAATCAAAAAAAG . . . . . . . . . C . GTA . . . . . . C T . . TG . . . G . A C A . . . . . C . . . C . . . . . . . C CT . . . . . GCCGCCGCCGC G T . .
blockSeqs : C GTCAT . TAAATTTTAAAAA . . . . . . . . . A . TAG . . . . . . C C . . TG . . . G . A C A . . . . . C . . . G . . . . . . . T CG . . . . . GATGACAACGT . . . .
blockSeqs : . TTT . T . . . . . . . . . A . TAC . . . . . . G T . . TG . . . A . A C A . . . . . T . . . C . . . . . . . C CG . . . . . AAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . AAT . . . . . . C C . . TA . . . G . A C C . . . . . T . . . C . . . . . . . C CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . TAA . . . . . . G T . . TA . . . C . A T C . . . . . A . . . G . . . . . . . T TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . TTT . . . . . . G T . . TG . . . C . A C C . . . . . C . . . C . . . . . . . T TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . TAT . . . . . . G T . . TA . . . G . A C . . . . . . C . . . C . . . . . . . T TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . TAT . . . . . . C C . . G . . . G . . A . . . . . . C . . . G . . . . . . . T CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . TA . . . . . . C C . . T . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . T TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TT . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . C TA . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : TAATTAAAAAAAAA********************************** A* TAAC**
originalCons : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATTG-ATT-------AAAAA--AA----------------A-------AAAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAATTAAAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
finalCons : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTT-------ACTGAAAAACAAA-ATAATTAAAAAAAAA----------------------------------AAT-CA----AAC---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------C---TA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAACA-AA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAAC--AAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
Alignments
lowQualScore : 1 111 111111 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111 111111111 2222222222222222222222 111111 1111111 11111111111 111111111 1111111111 222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 222 1 11 1
lowQualScore : 5 7 11 99 22 99 111 2 666666 44 444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 3 555 0 33 33 2 2 000000000 5555 1 777777 111111111 2 2222222222222222222222 111111 33 2 0000000 555 2 66666 0 00000000000 444 5555 2 3 000000000 4444 1 44 99999 0 22 77777777 333 22 1 4 2 55555 7 4444444444 2 22 22 4444 2 6666666 3 111111111111 2 0 77777777 2 666666 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 66666666 77 5 444 5 22 88 22 5 1
lowQualScore : . . .. .. .. .. ... . ...... .. ...... ......................................................... . . ... . .. .. . . ......... .... . ...... ......... . ...................... ...... .. . ....... ... . ..... . ........... ... .... . . ......... .... . .. ..... . .. ........ ... .. . . . ..... . .......... . .. .. .... . ....... . ............ . . ........ . ...... . ........................................................ . ........ .. . ... . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 3 88 00 44 22 777 2 000000 55 444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 000 2 77 77 7 5 000000000 3333 7 222222 333333333 5 2222222222222222222222 666666 44 5 1111111 111 5 22222 5 22222222222 777 7777 7 2 777777777 8888 4 99 11111 5 88 22222222 777 99 0 4 2 66666 5 2222222222 0 99 99 2222 0 8888888 2 222222222222 1 4 66666666 2 444444 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 66666666 99 7 222 0 00 00 00 0 0
consensus : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTTACTGAAAAACAAA------ATT------AN---TT-AAAAA--A----AAA------------------AA-------T-CAAA-C---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------CTA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAAT--AAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
Reference ( family-91 ) : AAAAAAGAATGGGCAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGGCTCGGGCAGGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGNAAACTTTTTTT-ANTTAA--TG---GTGATCAGTTTACAGAATCAAT-ANT-GTTACTGAAAAACAAA------AT-------AA---TT-AAAAA--A----AAA------------------AA-------T-CAAA-C---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------CTA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----ANTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGC---------CGACAACGA---------C---------G---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-GACGAGCTAAC--AAAGTGANNAAATACTGACANNGGAACAATTCTGNCAT
gi|1 : AAAAAAAAATGGGTAGCAGGGTGGGGGTCTTGGTTGGACTCGGGCAAGAAAGTCCATTAAATAGGTCAAGGTCAGTGATGTAAACTTTTTTT-GGTTAA--TG---GTGATCAGCTTACCGAATTAAT-AGT-ATTACTGAAAAATAAA------ATTG-----AT---TT-AAAAA--A----AAA------------------AAAAAAAATT-CAAT-C---CCGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCATAGTATGG------ACATT---T-A-T-GTTAGTTA-G----------------------CTA------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAATATGTTTTTGAAGTTAAGTCACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCACAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAACCAAA-----ACCCAAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCGA--------AGGT---T--TTAGAACCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGCATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------AACGTAGCA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GT------TGA-GCTAAACATAAAACTTTAACCAGCGGAAGA---CGACAACGATGATGACGACGCCGACAACG---C------------CAGGGTCATGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTCTTC--AAAATGACGAGATAA---AAAG
gi|10 : aTGATTAGTTTACAGAATCAAC------TT-TTGAAGAAAAAA------AG-------AT---TT-AAAGA--A----AAATACACGTTCTTTTTTGAAAA-------TTCAAA-C---AAGA--GTTAA--ACA-AATAA-CTTTAAC---------CTATGAAAGGCTCTAAAGACAAAAGTTAGG------AAACT---T-A-----AA---A-G-----------------------------------------------------TAA--A-A-----CATAATATGAATGTGCTTATGAAGTTTAGTCACT---ATG---TT------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AAGGCTAAA-AATGAACGGGTGTCATTAAACTATATAAAATTGTGAC-AAA-----GCg
gi|11 : a-GCTGAAG---------TGAGC----TAAAA----AAT-CAA-----ACTCTAGCTAAAGAATAAAC--TTTA-CCTA--------AG-T---T--TGAAAGCCCAAGGTATGGAAA-TTT-AGGTA-----AGTGAGCTA----------TATAC-ATTGTTC-TATAA--CATTTAATATGAATGT----GT-TTATAAAGTT------------ACTGTAAC---------------GTGGTTT-CTC--------AGAACCAGAG-GAAA-GC------TGA-G-TAA----------------------------CAACAACGA---------C---------GCCAC------------CAAGGTCATGACGGTAGCT-----TT------T-TCCCCCTTG--AAAA-GATGAGCTAAT--AAAATGAATAAATACTAATATTGGAACAATT-TGACATaatcttgccaaccccatga
gi|12 : AAAGTATGGCAATATAAATT---TCA-T-CT---TCG-G----------------------TAA------AATAC---TTAT-TT-----T-TAC--A-G--------AATATGAGTGTTCTT-TGAA----AATAA--AGAACA----G------A-TATTTTG---AAAATCAAAGAATAA----AAA-G--GA-C---------TGACT---GT--AACCACAAC-AAACC---ACCCg
gi|12 : taagtgtaTTTACAGAAT--ATGAGT-GTTCTTTGAAAATAAAGAACAGAT-------AT---TTTGAAAATCA----AAG------------------AA-------T-AAAA-AGGACTGACTG-TAACCACA-ACAAA-CC---AC---------CCA----------CAAAGTCAAAATTACC--------AGTCG--T-A---GTAAAATAAG----------------------CTG------TATGTCGATTGTATT-----T-TA-------------TTATTTAAATGTGTTTGTGAAGTTTAGTCACTGTAAC----T-------AGTAGTTTGTTCCGAAATAGAG---AA----Aacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaaaataagctgtatgtcgattgtattttattatttaaatgtgtttgtgaagtttagtcactgtaactagtagtttgttccgaaatagagaaa
gi|12 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttattA-----AATAAGCTG----------TATG---TCGATTGTATTT--TA--TTATTTAAATGT----GT-TTGTGAAGTTTAGTC-------ACTGTA--A---C---T----A-GTAGTTTGTTC--------CGAAATAGAGAAA
gi|13 : taagtgtaaaagtatggcaatataaatttcatcttcggtaaaatacttatttttacagaatatgagtgttctttgaaaataaagaacagatattttgaaaatcaaagaataaaaaggactgactgtaaccacaacaaaccacccacaaagtcaaaattaccagtcgtagtaGAGCTAAGCAAAAAAC--TTAAACATA--------AGGT---T--TGAGAGCTTAAAATATAGACA-CTT-AGGTA-----TTTTATCTA----------TAGAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TCATGAAGGTTAGTC-------AATATAATA---T---GTATAA-GTAGTTTGTTC--------TGAAGCAAATAAAAA-GC------TGA-ACTAAACATAAAACTTAAACCGAT---------CGACGACGA---------C---------
gi|14 : aTGACTGT----GT-TTATGAAGTTTAGTT-------ACTATAAC----C---G----AGGTAGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-AT------TGA-GCTAAACATAAAAATTTAAaacgatggcagcagcaacgtcgacgactacacgtctgaca
gi|15 : gtcgtctttatcaaagtccatattacAA-C---TTGA--ACTAA--ACA-AAAAAACCTTAAC---------CTA----TAGTTTTAGAGCC----------------AAATT---T-A-TAGTAGGTTA------------------------CTAAGCTTTTATAA--ATTGT-TT-----G-TAT--ACATGTTTCATAATACGAATGTGTCCATGAAGTTTAGCCACTAAAACA---TA------AGTATTTTGATCTTAAACAATG---AA----AAA-ATTTAGC---------TAAAC---ATAAAACTATAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|16 : ---CTGA--GCTAA--ACA-AAAAA-CT--AAC---------TTA----AGGTTTTAAAGTCCAAAGTATGG------AAGAT---T-A-G-ATAAGTTA-G----------------------CTA------TATAC--ATTTC-TT-----C-TAT--A-A-----CATAATATGAATGTGTTTATGAAGTTCAGTCACCAAAACA---TG------AGTCGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAAACTTTAAC-
gi|17 : AA-----ACATGAGCTAAACAAAAAACATTTTA--------------------T--TTA----CTAAAGTATGGAAA-TTT-TGGTA-----ACTTAGCTA----------TATACAAATGTTTGTATAA--CA--TAAT---AATA--------TTATGAA--------------------------------------------TATTG--------AGAAACAGAGTAAAA-GC------TGA-ACAAGACATAAAACTTTA---AAT---------TGACAACAA---------C---------G---A------------CA-----ATGACAc
gi|18 : attg-------T-CAAA-C---CTGA---------AGA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-C-GTAAGTTA-G----------------------CTA------TAGAC--ATTGT-TA-----C-TAC--A-A-----CATAATATTAATGTGTTTATGAAGTTTAGTTACCAAAACA---TG------AGTAGTTTGCATAGAAAC--AG---AA----AAA-GCTGAGC---------T
gi|19 : A-----ACCTGAGCTGAACAAAAATC--CTTAATC-----------------T--TTAGAGACTAAACTATGAAAA-CTCAAGGTA-----ACTTAGCTA----------TATAC-ATTta
gi|19 : AA-C---CTGA--GCTGA--ACA-AAAAT-CCTTAATCTTTAGAGACTA----AACTATGAAAACTCAAGGT----------AACTTAGCT-A-T-ATACATTA-AAAACACACTGCATACTATAATTCTA------TATAC--ATTAT-TT-----G-TAT--A-A-----CATAACATGAGTGTGGTTATAAAGTTTAGTCACaaaaacacactgcatactataattctatatacattatttgtataacataacatgagtgtggttataaagtttagtcacaataaaa
gi|2 : AAAAAAGAATGGGCAACAGGGTGGGG-TCTTGGTTGGGCTCAGGCAGAAAAATTCATTCAATAGGTCA------GTGATGTAAACTTTTTTTTAGTTGA--TG---GTGATCAGCTTACAGAATTAAT-AGT-ATTTCTGAAAAATAAA------ATT------GA---TT-AAAAA--A----AAA------------------AA-------T-CAAA-C---CCGA--GCTAA--ACA-AAATA-TTTTAAC---------CTA----CGATTTTAAAGTCAGAAGTATGG------AAATT---A-A-T-GTAAGTTA-G----------------------CTG------TATAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAATAGA---TG------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCTGAGC---------TAAAC----TAAAACTTTAAC-AAA-----ACCCGAGCTAAACAAAGAAC--TTTAACCCA--------AGGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--C-----ATATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACCGTAACA---C---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAG-GC------TTA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGT---------GGACAATGA---------C---------G---T------------CAGGGTCACGACAATAGCTCTTCGTT------T-TTTTTTTTA--AAAA-TACGAGCGAAC--AAAGT-ACGAAATA--GACAGGGAAATAATTCTGCCATaataaaa
gi|20 : GAGCTAAACAATAAAC--TTTAACCCA--------AAGT---T--TTAGAGCCTAAAGCATATAAA-CTA-AGGTA-----ACTTCGTTA----------CAAAA-ATTGATTGTATAA--CA--TGATATAAATGT----GT-TTATGAAGTTTAATG-------TCTGTAACA---T--------A-GTAGTTAGTTC--------AGAGAC--AGAAAAA-GT------AGA-GTT
gi|21 : GCTTAACAAAAAAC--TTTAACCTC--------AGGT---T--TTA-----CA------------------GTA-----A----GCTA----------TAAAC-ATTGTTTTTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTACAAAGTTTAGTC-------ACCATACCA---C---A----A-GTAGTTTGTCC--------AGAAACAGAGAAAAA-AC------TGA-GCTAAACGTGAAACTTT
gi|22 : gAGCTA----------TATTC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATAT-AATGT----GT-TTATGAAGT-----C-------ACCGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGATAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAA
gi|23 : A--TG---GTGATCAGTTTAAAGACTCAAT-ACT-ATAAATAGAAAACAAA------AT-------AA---TC-AAAAA--A----AG------------------------------TAAA-C---CCGA--GCTAA--ACG-GCAAA-CTTTAAT---------CCA----A
gi|24 : accAAC---ATAAAACTTT------A-----ACTGGTGCTAAACATAAAAC--TCAAACC
gi|24 : ttA-AC------TGGTGCTAAACATAAAACT-----CA---------------AAC--------------------------------------------CATGA-AATAGCTCTTGGTT------T-TTTTCTCAA--AAAA-atgaaatagctcttggtttttttctcaaaaaa
gi|25 : ttaacataaaactttA----------TATAC-ATAGTTAGTATAA--CA--TGATATGAATCC----GT-CTATGA-------------------------------------A-GTAGTTTGTTG--------AAAAGCAGAGAATAA-GC------TG
gi|26 : TTTATGAAGTGAA--CAATAAAA--------------GTAGTTTGTTTAGAAACAAGT---AA----AAT-GCTGAAC---------TAAAC---ACAAAACTTTA
gi|27 : CAAGCTGAACAAAATAC--TTTAACCTAACTACATTAGGTTCGT--TTAGAGCCTAAAGTATGGAAT-CTT-A
gi|28 : -AAA-----ACTTGAGCTAAACAAAAAGC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGA
gi|3 : AAACTTTTTTG-ACATGA--TG---ATGATCAGTTTAGAGAATCAAT-ATTTGTTATTGAAAAACAAA------ATTTCATGAAA---AT-AAATA--ACTATAAAT-----------------AA-------T-TAAAAC---CCCA--GCAAA--CCA-AAAAA-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCGAGTCAAGAGTTTGG------GAACT---T---T-G---GGTA-A----------------------CTG------TATAG--ATTGA-TTGTATACATAT--A-A-----CATGGTATGAA-------ATGA-GTTTA---AACATATTA---TA------AGTAGTTTGTTCTGAAACAGGG---GA----AAA-GCTGAGC-------------------------TTAAC-A---------------TAAA-----ACC--TTTCACCTA--------ATGT---T--TTCAAGTCCAGAGTATTGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATAT----GT-TAATGAAGTTTAGTC-------ACTATAACA---CATTA----A-GTAGTTTATTC--------TGAAACAGGAGAAAA-GC------TGA-GCTAAACATAAAACTTTCACt
gi|3 : gAAA-G---CTGA--GCTTA--ACATAAAAC-CTTTCAC---------CTA----ATGTTTTCAAGTCCAGAGTATTG------AAACT---T---T-G---GGTA-A----------------------CTG------TATAC--ATTGA-TT-----G-TAT--A-A-----CATGGTATGAATATGTTAATGAAGTTTAGTCACTATAACACATTA------AGTAGTTTATT-------------------------CTGA-------------AAC---AGGAGA---------AA-----AGCTGAGCTAAACATAAAAC--TTTCACTTA--------ATGT---T--TTTAAGTCCAGAATATGGAAACTTT-GGGTA-----A-----CTG----------TATAC-ATTGATTGTATAA--CA--TGGTATGAATGT----GT-TTATGAAGTTTAGTC-------ATTATAACATATT---A----A-GTAGTCTATTC--------TG--ACACGGTAAAA-GC------TGA-GCTAttaatgtttttaagtccagaatatggaaactttgggtaactgtatacattgattgtataacatggtatgaatgtgtttatgaagtttagtcattataacatattaagtagtctattctgacacggtaaaagctgagcta
gi|4 : gaaacttttttgacatgatgatgatcagtttagagaatcaatatttgttattgaaaaacaaaatttcatgaaaataaataactataaataattaaaaccccagcaaaccaaaaaactttcacctaatgttttcgagtcaagagtttgggaactttgggtaactgtatagattgattgtatacatataacatggtatgaaatgagtttaaacatattataagtagtttgttctgaaacagggga-----ACCCGAGCTAGGCAAATA-C--TTTAACCTA--------AGTT---TTCTTCGAG--TAACACACGGGAA-CGT-AGGCA-----ACTTAACTA----------TATAC-AGTGTTTGTATAA--CA--TAATACGAATAT----GC-CTATGACATTTAGTC-------ATTGTAACA---T---A----A-GTAGTTTGTCG--------AGAAATAAAGAATAA-ACTGTCAGTGA-GCGAAATATAAAACTTTAACCA------------GACAATG
gi|4 : tTCAGTGATGA-----TCTTTT-ATTTAACATGAACGTGATTATTTTACAGAATTAA------GTCAT------ACAGG------AT---------------------------------------------------------T-CA---C---TTGA--CTTAA--ACA-AACAT-CTTTAAT---------CTC----AGGTATGAGAGACAAAACTATCG------AAACT---T-A-A-GTAAGTTA-G----------------------CTAGTA---TATAC--ATTGT-TT-----G-TAT--A-A-----CATGATATGAATGTGTTTATAAAGATCAGTCACctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcacttgacttaaacaaacatctttaatctcaggtatgagagacaaaactatcgaaacttaagtaagttagctagtatatacattgtttgtataacatgatatgaatgtgtttataaagatcagtcacattaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|4 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaac-----ACTTGACTTAAACAAACATC--TTTAATCTC--------AGGT---A--TGAGAGACAAAACTATCGAAA-CTT-AAGTA-----AGTTAGCTAGTA-------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGT----GT-TTATAAAGATCAGTCACATTAAACTTTAACAAG-N---N----N-NNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC---------CG-C--CGC---------C---------G---C------------CAGGGTCATACCAGTG--TCTTTGTT------TGTTTTTTCCA--AGAA-attaaactttaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccgccgccgccagggtcataccagtgtctttgtttgttttttccaagaaatataagata
gi|5 : tacccgagctaggcaaatactttaacctaagttttcttcgagtaacacacgggaacgtaggcaacttaactatatacagtgtttgtataacataatacgaatatgcctatgacatttagtcattgtaacataagtagtttgtcgagaaataaagaataaactgtcagtgagcgaaatataaaactttaaccagacaatgctagtatcaactcagtgatgatcttttatttaacatgaacgtgattattttacagaattaagtcatacaggattcTAATCTG--------AGGT---T--TTAGAACCTAAAGTATGGAAG-TTC-AGATT-----ACCTAGCTATAAACTGGCCTATGC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGATTAT----ATAATATGAatataagata
gi|5 : CCATTAACTAGGTCAAGGTCAGTGCTGGAAATTTTTTTA-ACATAA--TG---GTGATAAATTTATAGAATCAAT-ACA-AATACTGAAAATCAAA------AT-------AAATTTT-----A--A----AAA------------------AT-------T-CAAA-C---ATAA--GTTAT--ACT-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGCTTTTAAAGCCCAAAGTAAGG------AATTTCGGT-ATT-ACAACTAA-G----------------------TTA------TATAC--TTTGT-CT-----G-TATAAA-A-----CATAATATGAACGTGTTTATGAGGTTTGGCCACTATAACA---TA------AGGAGTTTCTTCAGAAACAGAG---AA----AAAGGCTGACA---------TAAAC---ATAAAACTtatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaataaattttaaaaaattcaaacataagttatactaaaaactttaacctaagcttttaaagcccaaagtaaggaatttcggtattacaactaagttatatactttgtctgtataaaacataatatgaacgtgtttatgaggtttggccactataacataaggagtttcttcagaaacagagaaaaaggctgacataaacataaaactgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|5 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaAAATTTTAAA-AAATTCAAACATAAGTTATACTAAAAAC--TTTAACCTA--------AGCT---T--TTAAAGCCCAAAGTAAGGAA--TTT-CGGTATTACAACTAAGTTA----------TATAC-TTTGTCTGTATAAAACA--TAATATGAACGT----GT-TTATGAGGTTTGGCC-------ACTATAACA---T---A----A-GGAGTTTCTTC--------AGAAACAGAGAAAAAGGC------TGA-CATAAACATAAAACTGAAACCAGA---------TGACA---A---------C---------G---T------------CATGATCATGACAATAGCACTTCGTTATCTCGT-TGTTTTTTACCAAAA-GATAAGCTgaaaccagatgacaacgtcatgatcatgacaatagcacttcgttatctcgttgttttttaccaaaagataagcttaaaa
gi|6 : taatctgaggttttagaacctaaagtatggaagttcagattacctagctataaactggcctatgcattgtttgtataacataatatgattatataatatgatatcaaactttaaatgatcaaggtgaacaccattaactaggtcaaggtcagtgctggaaatttttttaacataatggtgataaatttatagaatcaatacaaatactgaaaatcaaaat-CTTTAAC---------CTA----AAGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-T-T-GTAATTTA-G----------------------CTA------TAGTC--GTTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAACGTGTTTATGAAGTTTAGTCAACAAAACA---TG------AGTAGTTTGTTCAGGAACAGAG---AA----AAA-GCTGACC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTTACCTA--------AAGT---T--TTAGAGCCCAAAGTATGTAAA-TTT-ATGTA-----AGTTAGCTA----------TATAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TAATATGAATGT----GT-TTATGACGTTTAGTC-------ACCGTAATA---C---A----A-GTTGTTTGTTCAGAAACAGAGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-GCTTAACATAAAACTTTAACCAGCAGACGCCGACGACAACGA---------CAACACCACTG---CTGTCGACAACACCAGGGTCATGACAATAGCTCTTCG-----------TTTTTTCA--AAAA-GACAAGCTAATTAAAAGTtaaaa
gi|7 : A-C---CCGC--GCTAA--ACA-AAAAA-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------CTA------TATAC--ATAGT-TG-----C-TAC--A-A-----CATAACATAAATGTGTTTATGAAGTTTAGTCACCAAAACA---TA------AGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAA-GCAGAGC---------TAAAC---ATAAAACTTTAAC-CAA-----ACCTGAGCTAAACAAAAAAC--TTTAACCTA--------AGGT---T--TTAGAGCCAAAAGTATGTAAA-TTT-AGGTA-----AGTTAGCTA----------TCTAC-ATTGTTTGTATAA--CA--TGATATGAATGTATAAAT-TTATGAAGTTTAGTC-------ACAGTAACA---T---G----A-GTTGTTTGTTC--------AGAAACAGAGAAAAA-GC------TGA-ACTAAATATAAAACTTTAACtttgtttacaagagatacatactttgacatgg
gi|8 : GAG-TAAACAATAAAC--TGTAACCTA--------TGGT---T--TTTGAGTCTAAAGTATAGAAA-TTT-AGGTA-----ACTTACCAAA---------TATAC-ATTGTTTCTATAA--CA--TGATATAAGTGT----TT-TTATGAATTTAAGTC-------ACTATAACA---T---A----A-GTAGTTTGTTG--------AGAAATAGAAAAA
gi|9 : CGA--GCTAA--ACA-AAAAC-CTTTAAC---------CTA----AGGTTTTAAAGCCCAAAGTATGG------AAATT---T-A-T-GTAAGTTA-G----------------------CTA------TAAAC--ATTGT-TT-----C-TAC--A-A-----CATAATATAAATGTGTTTATGAAGTTTACTCACCAAAACA---TGAGTACCAGTAGTTTGTTCAGAAACAGAG---AA----AAT-GCTGAGC---------TGAAC---ATAAACATTTAAC-CAA-----ACCCGAGCTAAACAAAAAAC--TCT-ACCTA--------gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc