lowQualScore : 111 111111111 1111 11111111 3333333333 111111111 1111 1 555555555555555555555555555 1 22222222 777777 1
lowQualScore : 666 2 5 0 1 111111111 22 3 888 1 8888 7777 7 33333333 555 0000000000 0 000000000 1 2 5555 5555 2 2 444 5 4444 777777 555555555555555555555555555 3 555 0 5 55 7 2 77777777 4 6 333333 7 6
lowQualScore : ... . . . . ......... .. . ... . .... .... . ........ ... .......... . ......... . . .... .... . . ... . .... ...... ........................... . ... . . .. . . ........ . . ...... . .
lowQualScore : 555 5 0 8 1 555555555 99 7 333 9 4444 4444 4 55555555 444 7777777777 8 777777777 8 4 2222 7777 7 7 777 3 9999 777777 333333333333333333333333333 1 444 2 1 00 3 2 88888888 0 0 000000 0 0
consensus : CTATCCCAGAA--CCTGAT-ATCTCCCGAATCAGGTCTATTAA-NCCC-CAATGAA---AAAAGCAGGG---AAT---TCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TTGAAC---GCTTACT-A-------AACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-T----G-AAGC-AACTGAC---CAATCA---GCGT------GCT----C----G---T-CGC------A--AT-TGC---TATTTAACGGACCC--AATC-GGGAGAGCTGGGTC----CG-TNCTGCAGTCCATCTATATATATT
Reference ( gi|1 ) : CTATCCCAGAT--CCTGAT-ACCTCCCAAATCAGGTCTATTAA-ACAC-CAATGAA---AAAAGCAGGA---AAG---TCTATGCCTGTCCCATAATTCATAGCAA-------TTGAAC---GCTTACT-T-------AACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-CT-T----G-AAGC-AACTGAC---CTATCA---GCGT------GCT----T----G---T-TAC------A--AT-TGC---TATTTAACGGATCC--AATC-GGGAGATCTGGGTT----CA-TTCTACAG---ACTTAAATATGTTGCAATTTCGAGCGAAAAGCTTATATAAGTGTTGCCTAGGCGCGTAGCCAAATTTAGGAAAACCCTTTTCATAATATTATTTTGGCATGTTCAAATATATTTCCTTTTGACAATATAGGGTCAGTGAGTATACATTGGCATGATAAATTATGAAAAAGTGTTTTAAGCCAATTTCAAAATTTTGAAATATCTTGATATATTCCCTTTAAAGAACTTATTTCGAATAAACGGGTGTAACAATAT
gi|8 : CTATCCCAGAA--CCTGAT-ATCTGCCAAATCAG-----TCAA-CCCT-CAATGAA---AAAAGCAGGG---AAT---GCTATGCCCGTCCCACAATTCATAGCAA-------TTGAAC---GCTTACT-A-------AACGATGACGTCAT---------TCAAA-TTTC-CC-T----GTAAGC-AACTGAC---CAATCA---ACAG------GCT----C----A--------------A--ATGTGCTGATATTTAACGGACCC--AATC-GGGAGAGCTGGGTC----C
gi|2 : CTATCCCAGAA--CCTGGT-TTATCCCGAATCAGGTCTAGTAA-CCCC-AAATGAA---AAAAGCAGGG---AAT---TGTATGCCTGTTCCACAATTCACAGCAA-------TTGAAC---GCGTGCT-A-------AACAGTGACGTCAT---------TCAAAATTTC-ATAT----G-AAAC-AACTGAC---CAATTA---ACGT------GCT----TAGATG---T-TGCTTTCTCAGCAT-TGC---TATTTAACGGATCA--AATC-TAGAGAGCTGG
gi|10 : gtCTATCCCAGAA--TCTGAT-ATCTCCCGAATCAG----------ACA---GACTAA---CAAGGCAGGG---AC----TCTATGCCTTTCTCGCAACTCATGGCAA-------TTGAAC---GTTTGCC-A-------AACTATGACATCTT---------TCAAACTTTT-CC-T----A-AAGC-ACCTGAC---CAATCA---GCGT------GCT----T----G---T-AAC------A--AT-TGC---TATTTAATGGACCC--AATC-TGGAAAGCTGtccgta
gi|5 : gtCTATCCAAGAA--CCTGTT-ATCTCTCAAATCAGGACTATCAA-CCCC-AAATGAA---CCC-GCAGGG---AAT---TATATGCCTGTTCCACAATTCATAGCAA-------TAAAAC---AATTACT-A-------AACTGTGACGGCAT---------TCAAATTTTCAGT-T----G-AAGT-AACTGAC---CAATCA---ACGCAATGTGGCT----T--------T-CCC------AACAT-TGC---CATTTACCGGACCA--AATC-GGGAGActtac
gi|6 : tCTATCCCAGTA--CCTGAT-TTCTCCCAAATTAGGTCTGTTCATACGC-AAA--GA---AAAAGCAGGG---AAT---TCTATGCCTGTCCCACAATTCAAAGTAC-------TTGAAT---GCTTACCAA-------AACTGTGAAGTAA----------ACGAACTGAT-GA-T----G-ATGC-AACTGAC---CAATCA---GCAT------GCC----C----A---TATCT------C--AC-TGT---TATGTAACAGACCC--AAGCAGGGAGA
gi|20 : CTATCCCAGAA--CATGAT-ATCTCCCACATGGGGTCTATTAA-CCAC-CAATGAA---AAATGTAGGG---AAT---TCTATGgtcatg
gi|26 : atCTATTCCAGAT--CCTGAT-ATTTCCCAAATCGG
gi|14 : tCTATCTCA-ATTCCCTGAT-ATGTCCAGATTCAGGTCTGTTAT-ACCC-TGGTG-G---AAAAGCAGGG---AAT---TC
gi|23 : cttggtCTATCCCAGTC--TCTGGTTGCATCCCGAATCAGGTCTATTctcaaacaactcacagcttttatgttgtcatgtggtttcacgtttggttgaagtcaatatac
gi|3 : aatgtTATCCCAGAA--CCTGAT-ATCTCC-AGATCAGGTCTATTAA-TCAC-CAATGGA---AAA-GCAGGG---AAT---TCTAAGCCTATCCCACAATTCATAGCAA-------TTGAAC---GCAAACG-A-------AAATGTGACGTCAT---------TTAAACTTTCAGT-T----G-AAGCTAATAAACACGCTGTTAAGGATGT------GGT----T----T---T-CCC------AACAT-TAC---TATTTAACGGAACC--AGTC-TGAAGATCTGGGTC----CG-TACTtacccc
gi|12 : tagtaTATCCCAGCA--CCTTAC-ATCTCC-GAATCTGGTCTGTCAT-ACTC-CAATGTA---A----CAGAA---AAGAATTCCTTGCATGT-----AAGT-AT-GCGA-------TTACAA---GATTA----------------TGACGTCAT---------TCAG-CTTTC-GT-T----G-GAAC-AACTGAC---CAATCA---CCGT------TAT----C----G---TATGC------C--AC-TGT---TATGTAACGGTCCC--CATC-GGAAGAACTAGG
gi|7 : gttTCCAAGAA--CCTGAT-ATCTCCTGAATCAGGTCTATTTA-CC-C-CAATCAA---ATAAGCAGAG---AAT---TCCATGCCTGTCTCTGAATTCATAGCTA-------TTGAAA---GCTTACT-A-------AACTGTGACATCAT---------TCAAACTTTC-TC-T----G-AAGC-AGCTGAC---CAATCA---ACAT------GCT----A----AAACT-CAC------A--GT-TG------TGTAATGGACCC--AAAT-GGGATAGCTGTGTaccg
gi|21 : tCCCAGAA--CCTGAT-ATCTCCCGAATC---TC--------CCC-CAATG-A---AAAAGCAGGG---AAA---TC
gi|11 : AGAA--CCTGAT-ATCTCCCGAGT-----------A-ACCCTCAATGAA---AAAAGCAGGG---AAT---TCTATGCCTATTCAACAATTCATACCAT-------TTAAAT---GCTTACT-A-------AACTATGACGTCAT---------TCAAACTTTG-CC-T----A-AAGT-AACTGAC---CAATCA---ACGT------GC-----T----G---T-------------GT-TGC---TATTTGAAGGAGCC--AATC-GGGAGAGCTGGGTC----CA-ccacacgtcatagaacagaa
gi|13 : catatatatAGAA--CCTGAT-ATCTCCTGAGTCAGGTCTAATAA-CCCC-AAATGAACA-AAAAGCAAAT---AAT---TCTATTCCGGTCACACAATTCATAGCAA-------TAGAAC---GCTCACT-------------ATGACGTTAT---------TCAAACTTTC-TC-T----G-AAGC-AACTGAC---CAATCA---GTG-------GCT----C----G---T-ACC------A--AT-TGT---TATTTAA
gi|9 : atatGAC-ATCTCTTACATCAGAACTGC--A-ATAC-CCAC--ATTTAAAAGCAGGAGGGAAT---TCTATAACTGTCCCACATTTCACGGCACT------TTAAACAATGCTTACA-TCGTACCAAACTGTGATGTCAT---------TC-AACTTCC-GC-T----G-AAGC-AAATGAC---AAATCA---GTGT------ACTCATAT----G---T-CGC------------TAC---TATGTGCCGGACTC--AAGCAGGGAG
gi|4 : c---AAAAGCATAA---AAG---TCCCTGTCCGTCCCACAATTCAAAGTACCCTGTCTTTTA------TTTACT-A-------AATCGTGACGTAATAATAATAGTTCAA-CTTCC-GC-T----G-AAGC-AACTGAC---CAATGA---ACAT------GGT----C----G---TATGC------A--AC-TAC---CATGTAACGG-TCCCTAGGG-GGGAG----GGGTTGGACCGTTTCTGCAGTCCATCTATATATATT
gi|16 : ATGCCTGTCCTACAATTCAATGTAC-------TTTAAT---GCTTACA-A-------AACGGTGACGTCAT---------TC-AACTTTT-GC-T----G-AAGC-AACTGAC---CAACCA---ATGT------ttgaaatgctataaataata
gi|19 : ATTGTCACGTAGT---------TC-----TCC-CT-CCACGG-AAGC-AACTGAC---CAATGA---GCGT------ACT----C----G---T-aaccaatggcaaccccaagtaggaag
gi|18 : cacaatgtattcatTGACGCTAT---------TCAA-TTTCC-CC-T----T-AAGT-AACTGGC---CAATCA---GAAT------AGT----C----G---TATGT------C--AC-TGC---TATTTAATGatgtcactgca
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTCCATGGTTGGAAGTACCACAAGACATAGTATTTTAACGTTTGCTAAACTGTAACGTTATTCGACTATCGCTGACTTATAAACGTGCTCAGATCTCACTGCTTTGTGACGGAATCAAGCGTAGAGAGA
Unaligned ( gi|17 ): TATTAGTTTTGTGATCAATAAGAACGTACATACTGTTGCTCTAGTTACGTATTTTGTATATAAATGAAAACCATCGTTAGCTTATTTTCCAAATATCTTATGCAATAT
Unaligned ( gi|22 ): TCAAATTGTCACGTGGTTCGCCTTCCGTTGAAACTATTGACCAATAAGCATATTACTATGTAACGGTC
Unaligned ( gi|24 ): TAAAGACTACTTCTTTTCAAGCACAATTAATATAATTGT
Unaligned ( gi|25 ): TCAGTGTGCTCATAACAGTTACTATATAATGGACCCAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 555555555555555555555555 222
lowQualScore : 444 2 4 2 3 33 666 1 22222222 2 444 000000000 888888888 7 7777 2 4444 333 666666 000000000000000000000000 2 444 2 66666 33 2 0 5 2 0 8 1 000 4
lowQualScore : ... . . . . .. ... . ........ . ... ......... ......... . .... . .... ... ...... ........................ . ... . ..... .. . . . . . . . ... .
lowQualScore : 444 4 3 7 6 44 222 1 88888888 7 777 222222222 999999999 3 7777 2 7777 777 111111 111111111111111111111111 4 111 4 22222 44 7 8 7 9 7 0 0 555 0
consensus : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTAACCCCCA-ATGAA--AAA--AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----C----GT-CGC------A--AT-TGC---TATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
Reference ( family-72 ) : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTAANCCCCA-ATGAA--AAA--AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----C----GT-CGC------A--AT-TGC---TATTTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TNCTGCAGTCCATCTATATATATT
gi|1 : CTATCCCAGAT---CCTGATACC-TCCCAAATCAGGTCTATTAAACACCA-ATGAA--AAA--AGCAGGAAAGTCTATGCCTGTCCCATAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-TAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-CT-TG-AAGCAACTGACCT----ATCA---GCGT------GCT----T----GT-TAC------A--AT-TGC---TATTTAACG-----G--ATCC-AATC-G-GGAGATCTGGGTTCA-TTCTACAG---ACTTAAATATGTT
gi|10 : CTATCCCAGAA---TCTGATATC-TCCCGAATCAGACAGACTAAC--------------AA--GGCAGGGA-CTCTATGCCTTTCTCGCAACTCATGGCAA-------TT-GAAC---GTTTGC-------C-AAACTATGACATCTT---------TCAAACTTTT-CC-TA-AAGCACCTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----T----GT-AAC------A--AT-TGC---TATTTAATG-----G--ACCC-AATC-T-GGAAAGCTGgcaatttcgagcgaaaagcttatataagtgttgcctaggcgcgtagccaaatttaggaaaacccttttcataatattattttggcatgttcaaatatatttccttttgacaatatagggtcagtgagtatacattggcatgataaattatgaaaaagtgttttaagccaatttcaaaattttgaaatatcttgatatattccctttaaagaacttatttcgaataaacgggtgtaacaatat
gi|11 : gtAGAA---CCTGATATC-TCCCGAGT----------AACCCTCA-ATGAA--AAA--AGCAGGGAATTCTATGCCTATTCAACAATTCATACCAT-------TT-AAAT---GCTTAC-------T-AAACTATGACGTCAT---------TCAAACTTTG-CC-TA-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGT------GCT---------GT-------------GT-TGC---TATTTGAAG-----G--AGCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCcttac
gi|12 : catatatatTATCCCAGCA---CCTTACATC-TCC-GAATCTGGTCTGTCATACTCCA-ATGTA--ACA---GAAAAGAATTCCTTGCATGT----------A-AGTA---------T-G--C---GATTAC-------A-AGATTATGACGTCAT---------TCAG-CTTTC-GT-TG-GAACAACTGACCA----ATCA---CCGT------TAT----C----GTATGC------C--AC-TGT---TATGTAACG-----G--TCCC-CATC-G-GAAGAACTAGGACCG-a
gi|13 : gttAGAA---CCTGATATC-TCCTGAGTCAGGTCTAATAACCCCAA-ATGAACAAAA--AGCAAATAATTCTATTCCGGTCACACAATTCATAGCAA-------TA-GAAC---GCTCAC-------T-A-----TGACGTTAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GTG-------GCT----C----GT-ACC------A--AT-TGT---TATTTAA
gi|14 : atatCTATCTCA--ATTCCCTGATATG-TCCAGATTCAGGTCTGTTATACCCTG-GTG-G--AAA--AGCAGGGAATTCC-------TCAAACAACTCACAGC
gi|15 : cttggtGTACCACAAGACATAGTAT-------TT-TAAC---GTTTGC-------T-AAACTGTAACGTTAT---------TC-GACTATC-G-----------CTGACTT----ATAA---ACGT------GCT----CAG--AT-CTC---------AC-TGC---TTTGTGACG-----G--AATC-AAGC-GTAGAGAGttttatgttgtcatgtggtttcacgtttggttgaagtcaatatac
gi|16 : actccatggttggaaATGCCTGTCCTACAATTCAATGTAC-------TT-TAAT---GCTTAC-------A-AAACGGTGACGTCAT---------TC-AACTTTT-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ACCA---ATGT------a
gi|18 : TGACGCTAT---------TCAA-TTTCC-CC-TT-AAGTAACTGGCCA----ATCA---GAAT------AGT----C----GTATGT------C--AC-TGC---TATTTAATGTTAATGGTACCC-AGCG-A-GGAGAGCCAGGaaccaatggcaaccccaagtaggaag
gi|19 : tATTGTCACGTAGT---------TCTC-CCTCC-AC-GG-AAGCAACTGACCA----ATGA---GCGT------ACT----C----GT-gc
gi|2 : cacaatgtattcatCTATCCCAGAA---CCTGGTTTA-TCCCGAATCAGGTCTAGTAACCCCAA-ATGAA--AAA--AGCAGGGAATTGTATGCCTGTTCCACAATTCACAGCAA-------TT-GAAC---GCGTGC-------T-AAACAGTGACGTCAT---------TCAAAATTTC-ATATG-AAACAACTGACCA----ATTA---ACGT------GCT----TAGATGT-TGCTTTCTCAGCAT-TGC---TATTTAACG-----G--ATCA-AATC-T-AGAGAGCT-GGTCCG-Tatgtcactgca
gi|20 : gtCTATCCCAGAA---CATGATATC-TCCCACATGGGGTCTATTAACCACCA-ATGAA--AAA--TGTAGGGAATTCTATGa
gi|21 : atCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATC---TC-------CCCCA-ATG-A--AAA--AGCAGGGAA----------ATCCCACACGTCATAG
gi|22 : -AAATTGTCACGTGGT---------TCGC-CTTCC-GT-TG-AAACTATTGACCA----ATAA---GCAT---------------------------------AT-TAC---TATGTAACG-----G--aacagaa
gi|23 : tcCTATCCCAGTC---TCTGGTTGCATCCCGAATCAGGTCTATTTACCCCtc
gi|25 : aatgtTCA---GTGT------GCT----C----AT-AAC------A--GT-TAC---TATATAATG-----G--ACCC-AA
gi|26 : CTATTCCAGAT---CCTGATATT-TCCCAAATCGG
gi|3 : tTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCAGA-TCAGGTCTATTAATCACCA-ATGGA--AAA---GCAGGGAATTCTAAGCCTATCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCAAAC-------G-AAAATGTGACGTCAT---------TTAAACTTTCAGT-TG-AAGCTAATAAACACGCTGTTAAGGATGT------GGT----T----TT-CCC------AACAT-TAC---TATTTAACG-----G--AACC-AGTC-T-GAAGATCTGGGTCCG-TACT
gi|4 : tagta--AAA--AGCATAAAAGTCCCTGTCCGTCCCACAATTCAAAGTACCCTGTCTTT-TA------TTTAC-------T-AAATCGTGACGTAATAATAATAGTTCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATGA---ACAT------GGT----C----GTATGC------A--AC-TAC---CATGTAACG-----G--TCCCTAGGG-G-GGAGGGGTTGGACCGTTTCTGCAGTCCATCTATATATATT
gi|5 : CTATCCAAGAA---CCTGTTATC-TCTCAAATCAGGACTATCAACCCCAA-ATGAA--CCC---GCAGGGAATTATATGCCTGTTCCACAATTCATAGCAA-------TA-AAAC---AATTAC-------T-AAACTGTGACGGCAT---------TCAAATTTTCAGT-TG-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGCAATGTGGCT----T-----T-CCC------AACAT-TGC---CATTTACCG-----G--ACCA-AATC-G-GGAGAttgaaatgctataaataata
gi|6 : tCTATCCCAGTA---CCTGATTTC-TCCCAAATTAGGTCTGTTCATACGCA-AAGAA--AA---AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCAAAGTAC-------TT-GAAT---GCTTAC-------CAAAACTGTGAAGTAA----------ACGAACTGAT-GA-TG-ATGCAACTGACCA----ATCA---GCAT------GCC----CAT--AT-CTC---------AC-TGT---TATGTAACA-----G--ACCC-AAGCAG-GGAGAG
gi|7 : TCCAAGAA---CCTGATATC-TCCTGAATCAGGTCTATTTA-CCCCA-ATCAA--ATA--AGCAGAGAATTCCATGCCTGTCTCTGAATTCATAGCTA-------TT-GAAA---GCTTAC-------T-AAACTGTGACATCAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAGCTGACCA----ATCA---ACAT------GCTAAAAC-----T-CAC------A--GT-TG------TGTAATG-----G--ACCC-AAAT-G-GGATAGCTGTGTtcatg
gi|8 : tCTATCCCAGAA---CCTGATATC-TGCCAAATCAG-----TCAACCCTCA-ATGAA--AAA--AGCAGGGAATGCTATGCCCGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACGATGACGTCAT---------TCAAA-TTTC-CC-TGTAAGCAACTGACCA----ATCA---ACAG------GCT----C----A-----------A--ATGTGCTGATATTTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCC
gi|9 : GACATC-TCTTACATCAGAACTGC-AATACCCACATTTA--AAAGCAGGAGGGAATTCTATAACTGTCCCACATTTCACGGCAC-------TTTAAACAATGCTTACATCGTACC-AAACTGTGATGTCAT---------TCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAAATGACAA----ATCA---GTGT------ACT----CATATGT-CGC------------TAC---TATGTGCCG-----G--ACTC-AAGCAG-GGAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTAGTTTTGTGATCAATAAGAACGTACATACTGTTGCTCTAGTTACGTATTTTGTATATAAATGAAAACCATCGTTAGCTTATTTTCCAAATATCTTATGCAATAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAAGACTACTTCTTTTCAAGCACAATTAATATAATTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 555555555555555555555555 222
lowQualScore : 444 2 2 1 1 33 55 1 22222222 2 444 000000000 888888888 7 7777 2 4444 333 666666 000000000000000000000000 2 444 1 66666 33 2 0 5 2 0 8 000 1
lowQualScore : ... . . . . .. .. . ........ . ... ......... ......... . .... . .... ... ...... ........................ . ... . ..... .. . . . . . . ... .
lowQualScore : 444 4 5 1 9 44 22 1 88888888 7 777 222222222 999999999 3 7777 2 7777 777 111111 111111111111111111111111 4 111 0 22222 44 7 8 7 9 7 0 555 0
consensus : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----C----GT-CGC------A--AT-TGC---TATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
Reference ( family-72 ) : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----C----GT-CGC------A--AT-TGC---TATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
gi|1 : CTATCCCAGAT---CCTGATACC-TCCCAAATCAGGTCTATTA-AACACCAATGAA--AAA-AGCAGGAAAGTCTATGCCTGTCCCATAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-TAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-CT-TG-AAGCAACTGACCT----ATCA---GCGT------GCT----T----GT-TAC------A--AT-TGC---TATTTAACG-----G--ATCC-AATC-G-GGAGATCTGGGTTCA-TTCTACAG---ACTTAAATATGTT
gi|10 : CTATCCCAGAA---TCTGATATC-TCCCGAATCAGACAGACTA-AC-------------AA-GGCAGGGA-CTCTATGCCTTTCTCGCAACTCATGGCAA-------TT-GAAC---GTTTGC-------C-AAACTATGACATCTT---------TCAAACTTTT-CC-TA-AAGCACCTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----T----GT-AAC------A--AT-TGC---TATTTAATG-----G--ACCC-AATC-T-GGAAAGCTGgcaatttcgagcgaaaagcttatataagtgttgcctaggcgcgtagccaaatttaggaaaacccttttcataatattattttggcatgttcaaatatatttccttttgacaatatagggtcagtgagtatacattggcatgataaattatgaaaaagtgttttaagccaatttcaaaattttgaaatatcttgatatattccctttaaagaacttatttcgaataaacgggtgtaacaatat
gi|11 : gtAGAA---CCTGATATC-TCCCGAGT----------A-ACCCTCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTATTCAACAATTCATACCAT-------TT-AAAT---GCTTAC-------T-AAACTATGACGTCAT---------TCAAACTTTG-CC-TA-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGT------GCT---------GT-------------GT-TGC---TATTTGAAG-----G--AGCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCcttac
gi|12 : catatatatTATCCCAGCA---CCTTACATC-TCC-GAATCTGGTCTGTCA-TACTCCAATGTA--ACA--GAAAAGAATTCCTTGCATGT----------A-AGTA---------T-G--C---GATTAC-------A-AGATTATGACGTCAT---------TCAG-CTTTC-GT-TG-GAACAACTGACCA----ATCA---CCGT------TAT----C----GTATGC------C--AC-TGT---TATGTAACG-----G--TCCC-CATC-G-GAAGAACTAGGACCG-a
gi|13 : gttAGAA---CCTGATATC-TCCTGAGTCAGGTCTAATA-ACCCCAAATGAACAAAA-AGCAAATAATTCTATTCCGGTCACACAATTCATAGCAA-------TA-GAAC---GCTCAC-------T-A-----TGACGTTAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GTG-------GCT----C----GT-ACC------A--AT-TGT---TATTTAA
gi|14 : atatCTATCTCA--ATTCCCTGATATG-TCCAGATTCAGGTCTGTTA-TACCCTGGTG-G--AAA-AGCAGGGAATTCC-------TCAAACAACTCACAGC
gi|15 : cttggtGTACCACAAGACATAGTAT-------TT-TAAC---GTTTGC-------T-AAACTGTAACGTTAT---------TC-GACTATC-G-----------CTGACTT----ATAA---ACGT------GCT----CAG--AT-CTC---------AC-TGC---TTTGTGACG-----G--AATC-AAGC-GTAGAGAGttttatgttgtcatgtggtttcacgtttggttgaagtcaatatac
gi|16 : actccatggttggaaATGCCTGTCCTACAATTCAATGTAC-------TT-TAAT---GCTTAC-------A-AAACGGTGACGTCAT---------TC-AACTTTT-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ACCA---ATGT------a
gi|18 : TGACGCTAT---------TCAA-TTTCC-CC-TT-AAGTAACTGGCCA----ATCA---GAAT------AGT----C----GTATGT------C--AC-TGC---TATTTAATGTTAATGGTACCC-AGCG-A-GGAGAGCCAGGaaccaatggcaaccccaagtaggaag
gi|19 : tATTGTCACGTAGT---------TCTC-CCTCC-AC-GG-AAGCAACTGACCA----ATGA---GCGT------ACT----C----GT-gc
gi|2 : cacaatgtattcatCTATCCCAGAA---CCTGGTTTA-TCCCGAATCAGGTCTAGTA-ACCCCAAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTGTATGCCTGTTCCACAATTCACAGCAA-------TT-GAAC---GCGTGC-------T-AAACAGTGACGTCAT---------TCAAAATTTC-ATATG-AAACAACTGACCA----ATTA---ACGT------GCT----TAGATGT-TGCTTTCTCAGCAT-TGC---TATTTAACG-----G--ATCA-AATC-T-AGAGAGCT-GGTCCG-Tatgtcactgca
gi|20 : gtCTATCCCAGAA---CATGATATC-TCCCACATGGGGTCTATTA-ACCACCAATGAA--AAA-TGTAGGGAATTCTATGa
gi|21 : atCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATC---T--------CCCCCAATG-A--AAA-AGCAGGGAA----------ATCCCACACGTCATAG
gi|22 : -AAATTGTCACGTGGT---------TCGC-CTTCC-GT-TG-AAACTATTGACCA----ATAA---GCAT---------------------------------AT-TAC---TATGTAACG-----G--aacagaa
gi|23 : tcCTATCCCAGTC---TCTGGTTGCATCCCGAATCAGGTCTATTT-ACCCCtc
gi|25 : aatgtTCA---GTGT------GCT----C----AT-AAC------A--GT-TAC---TATATAATG-----G--ACCC-AA
gi|26 : CTATTCCAGAT---CCTGATATT-TCCCAAATCGG
gi|3 : tTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCAGA-TCAGGTCTATTA-ATCACCAATGGA--AAA--GCAGGGAATTCTAAGCCTATCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCAAAC-------G-AAAATGTGACGTCAT---------TTAAACTTTCAGT-TG-AAGCTAATAAACACGCTGTTAAGGATGT------GGT----T----TT-CCC------AACAT-TAC---TATTTAACG-----G--AACC-AGTC-T-GAAGATCTGGGTCCG-TACT
gi|4 : tagta--AAA-AGCATAAAAGTCCCTGTCCGTCCCACAATTCAAAGTACCCTGTCTTT-TA------TTTAC-------T-AAATCGTGACGTAATAATAATAGTTCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATGA---ACAT------GGT----C----GTATGC------A--AC-TAC---CATGTAACG-----G--TCCCTAGGG-G-GGAGGGGTTGGACCGTTTCTGCAGTCCATCTATATATATT
gi|5 : CTATCCAAGAA---CCTGTTATC-TCTCAAATCAGGACTATCA-ACCCCAAATGAA--CCC--GCAGGGAATTATATGCCTGTTCCACAATTCATAGCAA-------TA-AAAC---AATTAC-------T-AAACTGTGACGGCAT---------TCAAATTTTCAGT-TG-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGCAATGTGGCT----T-----T-CCC------AACAT-TGC---CATTTACCG-----G--ACCA-AATC-G-GGAGAttgaaatgctataaataata
gi|6 : tCTATCCCAGTA---CCTGATTTC-TCCCAAATTAGGTCTGTTC-ATACGCAAAGAA--AA--AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCAAAGTAC-------TT-GAAT---GCTTAC-------CAAAACTGTGAAGTAA----------ACGAACTGAT-GA-TG-ATGCAACTGACCA----ATCA---GCAT------GCC----CAT--AT-CTC---------AC-TGT---TATGTAACA-----G--ACCC-AAGCAG-GGAGAG
gi|7 : TCCAAGAA---CCTGATATC-TCCTGAATCAGGTCTATTT-ACCCC-AATCAA--ATA-AGCAGAGAATTCCATGCCTGTCTCTGAATTCATAGCTA-------TT-GAAA---GCTTAC-------T-AAACTGTGACATCAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAGCTGACCA----ATCA---ACAT------GCTAAAAC-----T-CAC------A--GT-TG------TGTAATG-----G--ACCC-AAAT-G-GGATAGCTGTGTtcatg
gi|8 : tCTATCCCAGAA---CCTGATATC-TGCCAAATCAG-----TCA-ACCCTCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATGCTATGCCCGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACGATGACGTCAT---------TCAAA-TTTC-CC-TGTAAGCAACTGACCA----ATCA---ACAG------GCT----C----A-----------A--ATGTGCTGATATTTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCC
gi|9 : GACATC-TCTTACATCAGAACTGCAATACCCACATTTAA--AAGCAGGAGGGAATTCTATAACTGTCCCACATTTCACGGCAC-------TTTAAACAATGCTTACATCGTACC-AAACTGTGATGTCAT---------TCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAAATGACAA----ATCA---GTGT------ACT----CATATGT-CGC------------TAC---TATGTGCCG-----G--ACTC-AAGCAG-GGAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTAGTTTTGTGATCAATAAGAACGTACATACTGTTGCTCTAGTTACGTATTTTGTATATAAATGAAAACCATCGTTAGCTTATTTTCCAAATATCTTATGCAATAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAAGACTACTTCTTTTCAAGCACAATTAATATAATTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 555555555555555555555555 222
lowQualScore : 444 2 2 1 1 33 55 1 22222222 2 444 000000000 888888888 7 7777 2 4444 333 666666 000000000000000000000000 2 444 1 66666 33 2 0 5 2 0 8 000 1
lowQualScore : ... . . . . .. .. . ........ . ... ......... ......... . .... . .... ... ...... ........................ . ... . ..... .. . . . . . . ... .
lowQualScore : 444 4 5 1 9 44 22 1 88888888 7 777 222222222 999999999 3 7777 2 7777 777 111111 111111111111111111111111 4 111 0 22222 44 7 8 7 9 7 0 555 0
consensus : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----C----GT-CGC------A--AT-TGC---TATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
Reference ( family-72 ) : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----C----GT-CGC------A--AT-TGC---TATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
gi|1 : CTATCCCAGAT---CCTGATACC-TCCCAAATCAGGTCTATTA-AACACCAATGAA--AAA-AGCAGGAAAGTCTATGCCTGTCCCATAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-TAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-CT-TG-AAGCAACTGACCT----ATCA---GCGT------GCT----T----GT-TAC------A--AT-TGC---TATTTAACG-----G--ATCC-AATC-G-GGAGATCTGGGTTCA-TTCTACAG---ACTTAAATATGTT
gi|10 : CTATCCCAGAA---TCTGATATC-TCCCGAATCAGACAGACTA-AC-------------AA-GGCAGGGA-CTCTATGCCTTTCTCGCAACTCATGGCAA-------TT-GAAC---GTTTGC-------C-AAACTATGACATCTT---------TCAAACTTTT-CC-TA-AAGCACCTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----T----GT-AAC------A--AT-TGC---TATTTAATG-----G--ACCC-AATC-T-GGAAAGCTGgcaatttcgagcgaaaagcttatataagtgttgcctaggcgcgtagccaaatttaggaaaacccttttcataatattattttggcatgttcaaatatatttccttttgacaatatagggtcagtgagtatacattggcatgataaattatgaaaaagtgttttaagccaatttcaaaattttgaaatatcttgatatattccctttaaagaacttatttcgaataaacgggtgtaacaatat
gi|11 : gtAGAA---CCTGATATC-TCCCGAGT----------A-ACCCTCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTATTCAACAATTCATACCAT-------TT-AAAT---GCTTAC-------T-AAACTATGACGTCAT---------TCAAACTTTG-CC-TA-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGT------GCT---------GT-------------GT-TGC---TATTTGAAG-----G--AGCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCcttac
gi|12 : catatatatTATCCCAGCA---CCTTACATC-TCC-GAATCTGGTCTGTCA-TACTCCAATGTA--ACA--GAAAAGAATTCCTTGCATGT----------A-AGTA---------T-G--C---GATTAC-------A-AGATTATGACGTCAT---------TCAG-CTTTC-GT-TG-GAACAACTGACCA----ATCA---CCGT------TAT----C----GTATGC------C--AC-TGT---TATGTAACG-----G--TCCC-CATC-G-GAAGAACTAGGACCG-a
gi|13 : gttAGAA---CCTGATATC-TCCTGAGTCAGGTCTAATA-ACCCCAAATGAACAAAA-AGCAAATAATTCTATTCCGGTCACACAATTCATAGCAA-------TA-GAAC---GCTCAC-------T-A-----TGACGTTAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GTG-------GCT----C----GT-ACC------A--AT-TGT---TATTTAA
gi|14 : atatCTATCTCA--ATTCCCTGATATG-TCCAGATTCAGGTCTGTTA-TACCCTGGTG-G--AAA-AGCAGGGAATTCC-------TCAAACAACTCACAGC
gi|15 : cttggtGTACCACAAGACATAGTAT-------TT-TAAC---GTTTGC-------T-AAACTGTAACGTTAT---------TC-GACTATC-G-----------CTGACTT----ATAA---ACGT------GCT----CAG--AT-CTC---------AC-TGC---TTTGTGACG-----G--AATC-AAGC-GTAGAGAGttttatgttgtcatgtggtttcacgtttggttgaagtcaatatac
gi|16 : actccatggttggaaATGCCTGTCCTACAATTCAATGTAC-------TT-TAAT---GCTTAC-------A-AAACGGTGACGTCAT---------TC-AACTTTT-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ACCA---ATGT------a
gi|18 : TGACGCTAT---------TCAA-TTTCC-CC-TT-AAGTAACTGGCCA----ATCA---GAAT------AGT----C----GTATGT------C--AC-TGC---TATTTAATGTTAATGGTACCC-AGCG-A-GGAGAGCCAGGaaccaatggcaaccccaagtaggaag
gi|19 : tATTGTCACGTAGT---------TCTC-CCTCC-AC-GG-AAGCAACTGACCA----ATGA---GCGT------ACT----C----GT-gc
gi|2 : cacaatgtattcatCTATCCCAGAA---CCTGGTTTA-TCCCGAATCAGGTCTAGTA-ACCCCAAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTGTATGCCTGTTCCACAATTCACAGCAA-------TT-GAAC---GCGTGC-------T-AAACAGTGACGTCAT---------TCAAAATTTC-ATATG-AAACAACTGACCA----ATTA---ACGT------GCT----TAGATGT-TGCTTTCTCAGCAT-TGC---TATTTAACG-----G--ATCA-AATC-T-AGAGAGCT-GGTCCG-Tatgtcactgca
gi|20 : gtCTATCCCAGAA---CATGATATC-TCCCACATGGGGTCTATTA-ACCACCAATGAA--AAA-TGTAGGGAATTCTATGa
gi|21 : atCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATC---T--------CCCCCAATG-A--AAA-AGCAGGGAA----------ATCCCACACGTCATAG
gi|22 : -AAATTGTCACGTGGT---------TCGC-CTTCC-GT-TG-AAACTATTGACCA----ATAA---GCAT---------------------------------AT-TAC---TATGTAACG-----G--aacagaa
gi|23 : tcCTATCCCAGTC---TCTGGTTGCATCCCGAATCAGGTCTATTT-ACCCCtc
gi|25 : aatgtTCA---GTGT------GCT----C----AT-AAC------A--GT-TAC---TATATAATG-----G--ACCC-AA
gi|26 : CTATTCCAGAT---CCTGATATT-TCCCAAATCGG
gi|3 : tTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCAGA-TCAGGTCTATTA-ATCACCAATGGA--AAA--GCAGGGAATTCTAAGCCTATCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCAAAC-------G-AAAATGTGACGTCAT---------TTAAACTTTCAGT-TG-AAGCTAATAAACACGCTGTTAAGGATGT------GGT----T----TT-CCC------AACAT-TAC---TATTTAACG-----G--AACC-AGTC-T-GAAGATCTGGGTCCG-TACT
gi|4 : tagta--AAA-AGCATAAAAGTCCCTGTCCGTCCCACAATTCAAAGTACCCTGTCTTT-TA------TTTAC-------T-AAATCGTGACGTAATAATAATAGTTCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATGA---ACAT------GGT----C----GTATGC------A--AC-TAC---CATGTAACG-----G--TCCCTAGGG-G-GGAGGGGTTGGACCGTTTCTGCAGTCCATCTATATATATT
gi|5 : CTATCCAAGAA---CCTGTTATC-TCTCAAATCAGGACTATCA-ACCCCAAATGAA--CCC--GCAGGGAATTATATGCCTGTTCCACAATTCATAGCAA-------TA-AAAC---AATTAC-------T-AAACTGTGACGGCAT---------TCAAATTTTCAGT-TG-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGCAATGTGGCT----T-----T-CCC------AACAT-TGC---CATTTACCG-----G--ACCA-AATC-G-GGAGAttgaaatgctataaataata
gi|6 : tCTATCCCAGTA---CCTGATTTC-TCCCAAATTAGGTCTGTTC-ATACGCAAAGAA--AA--AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCAAAGTAC-------TT-GAAT---GCTTAC-------CAAAACTGTGAAGTAA----------ACGAACTGAT-GA-TG-ATGCAACTGACCA----ATCA---GCAT------GCC----CAT--AT-CTC---------AC-TGT---TATGTAACA-----G--ACCC-AAGCAG-GGAGAG
gi|7 : TCCAAGAA---CCTGATATC-TCCTGAATCAGGTCTATTT-ACCCC-AATCAA--ATA-AGCAGAGAATTCCATGCCTGTCTCTGAATTCATAGCTA-------TT-GAAA---GCTTAC-------T-AAACTGTGACATCAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAGCTGACCA----ATCA---ACAT------GCTAAAAC-----T-CAC------A--GT-TG------TGTAATG-----G--ACCC-AAAT-G-GGATAGCTGTGTtcatg
gi|8 : tCTATCCCAGAA---CCTGATATC-TGCCAAATCAG-----TCA-ACCCTCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATGCTATGCCCGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACGATGACGTCAT---------TCAAA-TTTC-CC-TGTAAGCAACTGACCA----ATCA---ACAG------GCT----C----A-----------A--ATGTGCTGATATTTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCC
gi|9 : GACATC-TCTTACATCAGAACTGCAATACCCACATTTAA--AAGCAGGAGGGAATTCTATAACTGTCCCACATTTCACGGCAC-------TTTAAACAATGCTTACATCGTACC-AAACTGTGATGTCAT---------TCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAAATGACAA----ATCA---GTGT------ACT----CATATGT-CGC------------TAC---TATGTGCCG-----G--ACTC-AAGCAG-GGAG
blockSeqs : TTC A T C A CA CA T CCCTGTCT T AAT ATCGTACC AATAATAGT A ATA T CGCT AGG AATGTG TAGATGTTGCTTTCTCAGC G TGA T TTAAT GT T A T T TCC T
blockSeqs : . . . C T . G T A . . CA . A AGT . . . . AAAACTCACA . . T . . . A . .
blockSeqs : . . . A A . A T T . . C . A AGT . . . . CATATGTCGC . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . T A . A C A . . T . A CC . . . . TTTCCCAAC . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . A A . A T T . . A . A CC . . . . CGTATGCC . . G . . . . .
blockSeqs : . . . C G . A A C . . T . A GT . . . . CAGATCTC . . T . . . . .
blockSeqs : . . . C A . T C A . . T . A TC . . . . CGTATGTC . . T . . . . .
blockSeqs : . . . C A . A T A . . A . A GC . . . . CGTATGCA . . G . . . . .
blockSeqs : . . . A A . A T A . . T . A CC . . . . TTCCCAAC . . A . . . . .
blockSeqs : . . . C A . A A C . . G . A AC . . . . CATATCTC . . T . . . . .
blockSeqs : . . . C A . A T A . . T . A GT . . . . TGTAACA . . G . . . . .
blockSeqs : . . . C . . A A A . . T . . GC . . . . CGTACCA . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T C . . T . . GA . . . . CATAACA . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . T . . TC . . . . CAA . . G . . .
blockSeqs : . . . . . C . . CC . . . . GT . . T . .
blockSeqs : . . . . GC . . . . . . . G
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CGTATCCC****************
originalCons : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCT----C----GT-CGC------A--AT-TGC---TATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
finalCons : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCTCGTATCCC----------------AT-TGC---TATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTAGTTTTGTGATCAATAAGAACGTACATACTGTTGCTCTAGTTACGTATTTTGTATATAAATGAAAACCATCGTTAGCTTATTTTCCAAATATCTTATGCAATAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAAGACTACTTCTTTTCAAGCACAATTAATATAATTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 333333333333333333 222
lowQualScore : 444 2 2 1 1 33 55 1 22222222 2 444 000000000 888888888 7 7777 2 4444 333 666666 666666666666666666 2 1 66666 33 2 0 5 2 0 8 000 1
lowQualScore : ... . . . . .. .. . ........ . ... ......... ......... . .... . .... ... ...... .................. . . ..... .. . . . . . . ... .
lowQualScore : 444 4 5 1 9 44 22 1 88888888 7 777 222222222 999999999 3 7777 2 7777 777 111111 222222222222222222 2 0 22222 44 7 8 7 9 7 0 555 0
consensus : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCTCGTAT----NC-------CA-CTGCTATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
Reference ( family-72 ) : CTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATCAGGTCTATTA-ACCCCCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GCGT------GCTCGTAT----CC-------CA-TTGCTATNTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCG-TTCTGCAGTCCACCTANATATGTT
gi|1 : CTATCCCAGAT---CCTGATACC-TCCCAAATCAGGTCTATTA-AACACCAATGAA--AAA-AGCAGGAAAGTCTATGCCTGTCCCATAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-TAACTGTGACGTCAT---------TCAAACTTTC-CT-TG-AAGCAACTGACCT----ATCA---GCGT------GCTTGT-T----AC-------AA-TTGCTATTTAACG-----G--ATCC-AATC-G-GGAGATCTGGGTTCA-TTCTACAG---ACTTAAATATGTT
gi|10 : CTATCCCAGAA---TCTGATATC-TCCCGAATCAGACAGACTA-AC-------------AA-GGCAGGGA-CTCTATGCCTTTCTCGCAACTCATGGCAA-------TT-GAAC---GTTTGC-------C-AAACTATGACATCTT---------TCAAACTTTT-CC-TA-AAGCACCTGACCA----ATCA---GCGT------GCTTGTA-----AC-------AA-TTGCTATTTAATG-----G--ACCC-AATC-T-GGAAAGCTGgcaatttcgagcgaaaagcttatataagtgttgcctaggcgcgtagccaaatttaggaaaacccttttcataatattattttggcatgttcaaatatatttccttttgacaatatagggtcagtgagtatacattggcatgataaattatgaaaaagtgttttaagccaatttcaaaattttgaaatatcttgatatattccctttaaagaacttatttcgaataaacgggtgtaacaatat
gi|11 : gtAGAA---CCTGATATC-TCCCGAGT----------A-ACCCTCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTCTATGCCTATTCAACAATTCATACCAT-------TT-AAAT---GCTTAC-------T-AAACTATGACGTCAT---------TCAAACTTTG-CC-TA-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGT------GCT-GT----------------G-TTGCTATTTGAAG-----G--AGCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCCcttac
gi|12 : catatatatTATCCCAGCA---CCTTACATC-TCC-GAATCTGGTCTGTCA-TACTCCAATGTA--ACA--GAAAAGAATTCCTTGCATGT----------A-AGTA---------T-G--C---GATTAC-------A-AGATTATGACGTCAT---------TCAG-CTTTC-GT-TG-GAACAACTGACCA----ATCA---CCGT------TATCGTAT----GC-------CA-CTGTTATGTAACG-----G--TCCC-CATC-G-GAAGAACTAGGACCG-a
gi|13 : gttAGAA---CCTGATATC-TCCTGAGTCAGGTCTAATA-ACCCCAAATGAACAAAA-AGCAAATAATTCTATTCCGGTCACACAATTCATAGCAA-------TA-GAAC---GCTCAC-------T-A-----TGACGTTAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAACTGACCA----ATCA---GTG-------GCTCGTA-----CC-------AA-TTGTTATTTAA
gi|14 : atatCTATCTCA--ATTCCCTGATATG-TCCAGATTCAGGTCTGTTA-TACCCTGGTG-G--AAA-AGCAGGGAATTCC-------TCAAACAACTCACAGC
gi|15 : cttggtGTACCACAAGACATAGTAT-------TT-TAAC---GTTTGC-------T-AAACTGTAACGTTAT---------TC-GACTATC-G-----------CTGACTT----ATAA---ACGT------GCTCAGAT----CT-------CA-CTGCTTTGTGACG-----G--AATC-AAGC-GTAGAGAGttttatgttgtcatgtggtttcacgtttggttgaagtcaatatac
gi|16 : actccatggttggaaATGCCTGTCCTACAATTCAATGTAC-------TT-TAAT---GCTTAC-------A-AAACGGTGACGTCAT---------TC-AACTTTT-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ACCA---ATGT------a
gi|18 : TGACGCTAT---------TCAA-TTTCC-CC-TT-AAGTAACTGGCCA----ATCA---GAAT------AGTCGTAT----GT-------CA-CTGCTATTTAATGTTAATGGTACCC-AGCG-A-GGAGAGCCAGGaaccaatggcaaccccaagtaggaag
gi|19 : tATTGTCACGTAGT---------TCTC-CCTCC-AC-GG-AAGCAACTGACCA----ATGA---GCGT------ACTCGTAT----GT-------CA-CTGCgc
gi|2 : cacaatgtattcatCTATCCCAGAA---CCTGGTTTA-TCCCGAATCAGGTCTAGTA-ACCCCAAATGAA--AAA-AGCAGGGAATTGTATGCCTGTTCCACAATTCACAGCAA-------TT-GAAC---GCGTGC-------T-AAACAGTGACGTCAT---------TCAAAATTTC-ATATG-AAACAACTGACCA----ATTA---ACGT------GCTTAGATGTTGCTTTCTCAGCA-TTGCTATTTAACG-----G--ATCA-AATC-T-AGAGAGCT-GGTCCG-Ta
gi|20 : gtCTATCCCAGAA---CATGATATC-TCCCACATGGGGTCTATTA-ACCACCAATGAA--AAA-TGTAGGGAATTCTATGa
gi|21 : atCCCAGAA---CCTGATATC-TCCCGAATC---T--------CCCCCAATG-A--AAA-AGCAGGGAA----------ATCCCACACGTCATAG
gi|22 : -AAATTGTCACGTGGT---------TCGC-CTTCC-GT-TG-AAACTATTGACCA----ATAA---GCAT----------------------------A-TTACTATGTAACG-----G--aacagaa
gi|23 : tcCTATCCCAGTC---TCTGGTTGCATCCCGAATCAGGTCTATTT-ACCCCtc
gi|25 : aatgtTCA---GTGT------GCTCATA------A-------CAGTTACTATATAATG-----G--ACCC-AA
gi|26 : CTATTCCAGAT---CCTGATATT-TCCCAAATCGG
gi|3 : tTATCCCAGAA---CCTGATATC-TCCAGA-TCAGGTCTATTA-ATCACCAATGGA--AAA--GCAGGGAATTCTAAGCCTATCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCAAAC-------G-AAAATGTGACGTCAT---------TTAAACTTTCAGT-TG-AAGCTAATAAACACGCTGTTAAGGATGT------GGT--TTT----CCCAA----CA-TTACTATTTAACG-----G--AACC-AGTC-T-GAAGATCTGGGTCCG-TACT
gi|4 : tagta--AAA-AGCATAAAAGTCCCTGTCCGTCCCACAATTCAAAGTACCCTGTCTTT-TA------TTTAC-------T-AAATCGTGACGTAATAATAATAGTTCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAACTGACCA----ATGA---ACAT------GGTCGTAT----GC-------AA-CTACCATGTAACG-----G--TCCCTAGGG-G-GGAGGGGTTGGACCGTTTCTGCAGTCCATCTATATATATT
gi|5 : CTATCCAAGAA---CCTGTTATC-TCTCAAATCAGGACTATCA-ACCCCAAATGAA--CCC--GCAGGGAATTATATGCCTGTTCCACAATTCATAGCAA-------TA-AAAC---AATTAC-------T-AAACTGTGACGGCAT---------TCAAATTTTCAGT-TG-AAGTAACTGACCA----ATCA---ACGCAATGTGGCTT---T----CCCAA----CA-TTGCCATTTACCG-----G--ACCA-AATC-G-GGAGAttgaaatgctataaataata
gi|6 : tCTATCCCAGTA---CCTGATTTC-TCCCAAATTAGGTCTGTTC-ATACGCAAAGAA--AA--AGCAGGGAATTCTATGCCTGTCCCACAATTCAAAGTAC-------TT-GAAT---GCTTAC-------CAAAACTGTGAAGTAA----------ACGAACTGAT-GA-TG-ATGCAACTGACCA----ATCA---GCAT------GCCCATAT----CT-------CA-CTGTTATGTAACA-----G--ACCC-AAGCAG-GGAGAG
gi|7 : TCCAAGAA---CCTGATATC-TCCTGAATCAGGTCTATTT-ACCCC-AATCAA--ATA-AGCAGAGAATTCCATGCCTGTCTCTGAATTCATAGCTA-------TT-GAAA---GCTTAC-------T-AAACTGTGACATCAT---------TCAAACTTTC-TC-TG-AAGCAGCTGACCA----ATCA---ACAT------GCTAA-AA----CT-------CA-CAGTTGTGTAATG-----G--ACCC-AAAT-G-GGATAGCTGTGTtcatg
gi|8 : tCTATCCCAGAA---CCTGATATC-TGCCAAATCAG-----TCA-ACCCTCAATGAA--AAA-AGCAGGGAATGCTATGCCCGTCCCACAATTCATAGCAA-------TT-GAAC---GCTTAC-------T-AAACGATGACGTCAT---------TCAAA-TTTC-CC-TGTAAGCAACTGACCA----ATCA---ACAG------GCTCAAAT-----G-------TG-CTGATATTTAACG-----G--ACCC-AATC-G-GGAGAGCTGGGTCC
gi|9 : GACATC-TCTTACATCAGAACTGCAATACCCACATTTAA--AAGCAGGAGGGAATTCTATAACTGTCCCACATTTCACGGCAC-------TTTAAACAATGCTTACATCGTACC-AAACTGTGATGTCAT---------TCAA-CTTCC-GC-TG-AAGCAAATGACAA----ATCA---GTGT------ACTCATAT----GT-------CG-CTACTATGTGCCG-----G--ACTC-AAGCAG-GGAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTAGTTTTGTGATCAATAAGAACGTACATACTGTTGCTCTAGTTACGTATTTTGTATATAAATGAAAACCATCGTTAGCTTATTTTCCAAATATCTTATGCAATAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAAGACTACTTCTTTTCAAGCACAATTAATATAATTGT