lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 111 11111111111 111111 22222222 1 1 1 333333333333 6666666666666666666 1 1
lowQualScore : 6 1 1 8888 66666666666666666 2 66 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 0 99 1111111 99 3 111 55555555555 99999 888888 3 44444444 555 0 6 8 0 4 0 3 0 3 222222222222 3333333333333333333 5 5
lowQualScore : . . . .... ................. . .. ........................................................................... .. . .. ....... .. . ... ........... ..... ...... . ........ ... . . . . . . . . . ............ ................... . .
lowQualScore : 0 2 4 5555 66666666666666666 4 88 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 2 22 7777777 22 2 777 88888888888 77777 888888 0 22222222 888 8 4 0 0 2 0 2 0 2 888888888888 3333333333333333333 0 0
consensus : GGGCCCAGTTGTTCAAAGCTCCGTTA----GCTTAA--C-C-AC-NTG-TNAGATGAA-NTTCCG--T-T---ACTNCAATATGTTTTA-ATA--TTTAATA-A--T--T----------TTA----AAT-----GCATT--TTTA--GAA-------ACA--AAATGGC---ATATTTTT-A---TAANT-TTCAATAAAATA--ATN-----ACNTA--------AAATGTTGTAAATCTNAAA-A-TATCGTGATTCGAAAATTTCG-CTTAACCCAGG--GTT--AAGCT--A--NAA--GAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( gi|4 ) : GGGCCCAATTGTTCAAAGCTCTGTTA----GCTTGA--C-C-AC-CTG-TAAAATGGA-ATTCCG--T-T---ACTGCAGTATGTTCTA-AT---TTTAATG-A--T--T----------TTA----AAT-----GCATT--TTTA--GAA-------ACA--AAATGGC---ATATTTTT-A---TAGTT-TTCAATAAAATA--ATA-----ACATA--------AAATGCTGTAAATCTCAAA-A-TATCGTGATTAGAAAATTTCA-CTTAACCGAGG--GTG--AAGCT--A--CAA--GAACATTATACAACTGCACACTG
gi|1 : GGGTCCGGTTGTTCAAAGCTTGGTTA----GCTT-A--T-C-AG-TGGGTTAAGCAAA-ATT-----T-TCAAATCACAATAT-TTTTAGAT---TT--ACA-ACTT--T----------TTA----GGT------TATTATTTTATTGAACATTATGAAA--ATATACC---ATATTGTT-C---TAAAAATTCATTTAATT----TG-----ACATA--------CAATCAT-TAAGTATAAAA-AATATTGAAGTTACAAAATTTCA-CTTAACCCAAG--GTT--AAGCTTAA--TAACCAAGCTTTGAACAACTG
gi|12 : ggccGGACCCAGTTATTCAAAGCTCTGTTA----GCTTAA--C-C-AC-CTG-TTAAATGAA-CTTTTG--T-A---ACTTCAACA-GTTTTT-ATA--CTTAATA-A--A--T----------TTATGGCAATTTTTTGCATT--TTTA--GAA-------ACA--AAATGGC---ATATTTTC-A---TATTT-TTTAATAAAACA--ATATAATTACCCA--------AATTGCTGTAAATCTTAAA-tg
gi|14 : GGGTCCAGTTGTTTAGAGCTCTGTTC----GCTCAA--CACGAC-CTA--AAGATGAA-TTTTCGAAT-T---ATTG-----TGTTTTG-AGA--TTTAATACA--T--T----------TGA----AAT-----ACAgc
gi|5 : cactgggttgtagaaatagactgacatttttttacggctgtcgttaaataattacatgGGGCTGAGTTGTTAATAGCGCTGTTA----GTTTAA--C-T-AT-CCG-TAAAATTGA-AATCTG--------------GTATGTTC-A-ATATCTTTAA-A-A--C--T----------CTA----AA--------GTT--TTTagctgaa
gi|3 : aactGGGCCCGGTTGTTCAGAACACTGTTG----GCTTAATGC-A-AC-GTG--AAGATTAA-TTTTCG--T-gtattaagtacaatgggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatatcccaatttgaaaattcacataaacattgtgttaagctaacagat
gi|15 : atccaagttctgttatctaaatgctctattaggtaatattttgtatgttcagtatgtttataattagacagtttttatatcaagagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataccacgacGGGCAGAGTTGTTCAAAACACCGCTA----GGTTTACGC-T-AC-AT--TAAGATGAATATTCGG--------ATCAAAGT---------AT---TTTAATA-------T----------TTA----ATT-----ACATT--------GAA-------ATAGCAAATGACTGAAAATTGTTAA---CAAAT-GTCAATAAATTACTATA-----GCATA--------tggacttgatcagatg
gi|1 : agtacaaGGCCCAGTTGTTCAAAGCTTGGTTATTAAGCTTAA--C-C-TT-GGG-TTAAGTGAA-ATTTTG--T-A---ACTTCAATATTTTTTA-TA---CTTAATG-A--T--TGTATGTCAAATTA----AAT-----GAATT--TTTA--GAA--------CA--ATATGGT---ATATTTTC-A---TAATG-TTCAATAAAATA--ATA-----ACCTA--------AAAAGTTGTAAATCTAAAA-A-TATTGTGATTTGAAAATTTTG-CTTAACCCACT--GAT--AAGCT--AACCAA--G--CTTTGAACAACCGGACCCTGttttgaat
gi|2 : GACCCAGTTGTTCAAAGCACCGTT----------A--C-T-AC-GT--TAAGATGGA-TTT
gi|9 : tggtcgagttattcaaagctgttagcttagcgctccgtgaggtgattgtttatgctgaatatctttaaaatataaaaattttcatatcaagtgccacagaataaaaaataagaatgacatgtattacgaatgcaagttaattgctgctccaatgttttaaatcaccaaataccagctttctaAGTTGTTCAAATCTCAGTTA----GTTTGA----C-ACTCTG-CTAGATGAA-ATGCTG--TAT---GCT-CA-----TTCT---C---TTTAACG----T--T----------CTA----AA--------ACT--TTTacaggcaaatgaat
gi|17 : gTTGTCCAAAGCTCTGTTA----GCcatactgataacaattagtgaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataccaccattcgaaaattcatttaaacgtggcgtaaagatagcag
gi|13 : ggt-AT---TTTTATA-A--CAAT----------TCA----CAT-----GCACT--TAAA--GAA-------ACA--AA-TGGC---ATTTTTTT-AAAATAATT-TTCAACATAATA--TTT-----ACCTA--------AAATGTTGTATA-CTTAAACA-TATCGTGACTTGAAAATTTCA-CTTAACACAGA--GTT--AAGCgctatactccgctatgtgaaattttgaatgttaatatctttataatttaaaagtgtccatatcaagaac
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtttctgtactttatT--TGTA--GAA-------ATA--GACTGAC---ATTTTTTT-A---CGGCT-GTCGTTAAA-TA--ATT-----ACATGTGTATTTCAAATGTATTAAATCTCAAA-A-CACAATAATTCGAAAA-TTCATCTT----TAGGTCGTGTTGAGCG--A--ACA--GAGCTCTAAACAACTGGACc
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGTTCAAAGCTAACAGAGCTTAACACCCTTTGTATGTTCAATTTTATTTAAATTTTAAAACTCATATCATATCAAGTACAATGGTTTATAGGTTTATAGAAGTAGAATGACATTTTGTTACACTTTCCAGTCAATATTTTATTAAATTTTAAAAAATATTATGATTTGAAAATTCATCTAAATGTGGTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCAAGATG
Unaligned ( gi|7 ): GCCTGAGTTGTTCAAGGTTCCATAAACTTGATAATTCGTTAGGTGAAACTTTGTATCTTCGATAGTTTTAAAATTTTAAGTTTTTTATATTATTCACAATAGGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCTAAATTCCAAGATTCCAAAACTCATCTTAACGTGGCGTTAGGCTAACAGTGCTAG
Unaligned ( gi|8 ): AGCTCTGTTGCTTTACCCTCCGTTTGGTGAAATTTCATATTTTCAATTTCTTTAAATTTTATACTGTTTAAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATCATGATCGGAAAATTCACCTACTTGGTGTTAAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGGTGTTTAAACAGA
Unaligned ( gi|10 ): TAAGTTGTTTGAAGCCCTGTCAACTTAACACTATGTTAGGTTGAATACTGTGTTCAATATTTTGAAAATTTCTTAACAAATTCAATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATACCAAGATTCTGAAAGTCATTATAACGTTTCGTTGAGGTAAAAGTGCACTGAACAT
Unaligned ( gi|11 ): GTTGTCATAACTCAACGCTACGTCATGTGATATTTTGTGTGTTAAGTATCTTTAAAATTCAACGTTGTCATAGTCAAGTACAATGGGCTATCACAGTAAAATGACATATTGTAAAGATTGCCAATAAATTGTTACCATGCATGTATTAAATCTCAAAATGCCATTAATTGAAAATTCGGCATAACTTGGCTCTTTGAACAACTGGGCCT
Unaligned ( gi|16 ): ATTTATTTCCACATCTGAGTTGTTCAAATCTCTGTTAGCATTACACTCCATAAGGCAGAAACTAGTATTTTCAATATCTTAAAAATAGTTGTGAATTAAGTTCAATAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 2222222 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 111111 1111111111111 11111 444444444444 111
lowQualScore : 1 5 8888 2 0000000000 99 1 1 2 2 77 55 3333333 44 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000000 44 3 0 555 555 3 555 1 4 0 444444 44 5555555555555 1 3 1 333 88 00000 55 333333333333 3 0 3 333 1 4
lowQualScore : . . .... . .......... .. . . . . .. .. ....... .. . ............................................................... ...... .. . . ... ... . ... . . . ...... .. ............. . . . ... .. ..... .. ............ . . . ... . .
lowQualScore : 2 6 9999 9 3333333333 66 9 0 9 9 22 66 4444444 22 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555555 66 3 2 888 888 3 888 0 8 3 222222 33 0000000000000 5 3 0 777 55 66666 55 666666666666 6 4 6 111 2 8
consensus : GGGCCCAGTTGTTCAAAGCTCTGTTA----GC-TT--A-A--C--CAC-CCGTNAGG-T-GAA-ATTCCGT-NAC-TTC--AATAT-TTTTAANATT-T----AATAAT-T----------TT------A----AA-----TG---CATT---T-TTAGA------AACA--A-AATGGC---A---TATTTTT-A---TAATTNTCAATAAA-----NTAAT-TAC--NTA--------AAATGTTGTAAATC-TCAAAATATCGTGATTC-GAAAATT--TCACN-TAAC---NCA--GN--GT-TAA-GCTAACGGAGCTTTGAACAACTGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCCCAGTTGTTCAAAGCTCCGTTA----GC-TT--A-A--C--CAC-NTGTNAGA-T-GAA-NTTCCGT-TAC-TNC--AATATGTTTTAATATT-T----AATAAT-T----------TT------A----AA-----TG---CATT---T-TTAGA------AACA--A-AATGGC---A---TATTTTT-A---TAANTTTCAATAAA-----ATAAT-NAC--NTA--------AAATGTTGTAAATC-TNAAAATATCGTGATTC-GAAAATT--TCGCT-TAAC---CCA--GG--GT-TAA-GCTANAAGAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|1 : GGCCCAGTTGTTCAAAGCTTGGTTATTAAGC-TT--A-A--C--CTT-GGGTTAAG-T-GAA-ATTTTGT-AAC-TTC--AATATTTTTTA-TACT-T----AATGAT-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TG---AATT---T-TTAGA------A-CA--A-TATGGT---A---TATTTTC-A---TAATGTTCAATAAA-----ATAAT-AAC--CTA--------AAAAGTTGTAAATC-TAAAAATATTGTGATTT-GAAAATT--TTGCT-TAAC---CCA--CT--GA-TAA-GCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCCCTGTCA----AC-TT--A-A-----CACTATGTTAGG-T-TGA-ATACTGT---G-TTC--AATAT-TTTGAAAATT-T----CTTAA--------------C------A----AA-----TT---CAATGGGT-NNNNN------NNNN--N-NNNNNN---N---NNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-NNN--NNN--------NNNNNNNNNNNNNN-NNNAAATACCAAGATTCTGAAAG----TCATTATAACGTTTC-------GT-TGA-GGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taA--A-AATGAC---A---TATTGTA-A---AGATTGCCAATAAA-----TTGTT-ACC--ATG--------CA-TGTATTAAATC-TCAAAATGCCATTAATT-GAAAATT--CGGCA-TAAC-------------T-T-G-GCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcataactcaacgctacgtcatgtgatattttgtgtgttaagtatctttaaaattcaacgttgtcatagtcaagtacaatgggctatcacagtGGACCCAGTTATTCAAAGCTCTGTTA----GC-TT--A-A--C--CAC-CTGTTAAA-T-GAA-CTTTTGT-AAC-TTC--AACA-GTTTTTATACT-T----AATAAA-T----------TT------ATGGCAATTTTTTG---CATT---T-TTAGA------AACA--A-AATGGC---A---TATTTTC-A---TATTTTTTAATAAAACAATATAAT-TAC--CCA--------AATTGCTGTAAATC-TTAAAt
gi|13 : AG-TTTCTGT--AC-TTT--A-TAT-TTTTA------T----AACAAT-T----------C-------A----CA-----TG---CACT---T-AAAGA------AACA--A-A-TGGC---A---TTTTTTT-AAAATAATTTTCAACATA-----ATATT-TAC--CTA--------AAATGTTGTATACT-TAAACATATCGTGACTT-GAAAATT--TCACT-TAAC---ACA--GA--GT-TAA-GCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatT---T-GTAGA------AATA--G-ACTGAC---A---TTTTTTT-A---CGGCTGTCGTTAAA------TAAT-TAC--ATGTGTATTTCAAATGTATTAAATC-TCAAAACACAATAATTC-GAAAATTCATC-TT-TAGG---TC---GT--GT-TGA-GCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggGGGCAGAGTTGTTCAAAACACCGCTAG---GT-TT--ACG--C--TAC-AT-TAAGA-T-GAATATTCGGA-T-----C--AAAGTATTTTAATATT-T----AAT-----------------------------------TA---CATT--------GA------AATAGCA-AATGACTGAA---AATTGTTAA---CAAATGTCAATA---------AAT-TACT-ATA--------GCATATTGTAagctgaa
gi|16 : agAGTTGTTCAAATCTCTGTTA----GCATT--A-------CACTCCATAAGG-CAGAA----------AC-T----AGTAT-TTTCAATATC-TTAAAAATAGT-T----------GT------G----AA-----Tttttgaat
gi|17 : atttatttccacatctgTTTTAAATTATAAAGATATTAACATTC--AAAATT--TCACA-TAGC-----G--GA--GTATAGCGCTAACAGAGCTTTGGACAAtaagttcaatag
gi|2 : ggtGGTCGAGTTATTCAAAGCT--GTTA----GC-TT--A-G--C--GCT-CCGTGAGG-T-GA---TT--GT-TTA-TGCTGAATAT-CTTTAAAATA-T----AAAAAT-T----------TTCATATCA----AG-----TGCCACAGA---A-TAAAA------AATA--AGAATGAC---A---TG-TATT-A---CGAAT----GCAAG-----TTAAT-TGCTGCTC--------CAATGTTTTAAATC-ACCAAATACCAGCTTTC-TAAAATC--CATCT-TAAC---GTA--G------------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGgtgtccatatcaagaac
gi|3 : tGGGCCCGGTTGTTCAGAACACTGTTG----GC-TT--A-ATGC--AAC-GTG-AAGA-T-TAA-TTTTCGT-gtcacaggcaaatgaat
gi|4 : atccaagttctgttatctaaatgctctattaggtaatattttgtatgttcagtatgtttataattagacagtttttatatcaagagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataccacgacGGGCCCAATTGTTCAAAGCTCTGTTA----GC-TT--G-A--C--CAC-CTGTAAAA-T-GGA-ATTCCGT-TAC-TGC--AGTATGTTCTAAT-TT-T----AATGAT-T----------TT------A----AA-----TG---CATT---T-TTAGA------AACA--A-AATGGC---A---TATTTTT-A---TAGTTTTCAATAAA-----ATAAT-AAC--ATA--------AAATGCTGTAAATC-TCAAAATATCGTGATTA-GAAAATT--TCACT-TAAC---CGA--GG--GT-GAA-GCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGtggacttgatcagatg
gi|5 : GGGCTGAGTTGTTAATAGCGCTGTTA----GT-TT--A-A--C--TAT-CCGTAAAATT-GAA-A-TCTGG-TATGTTC--AATATCTTTAAAACTC-T----AA-AGT-TTTTGTA----TT------A----AG-----TA---CAATGGGC-NNNNN------NNNN--N-NNNNNN---N---NNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-NNN--NNN--------NNNNNNNNNNNNNN-NNNAAATATCCCAATTT-GAAAA-T--TCACA-TAA----ACATTGT--GT-TAA-GCTAACAGA
gi|6 : aactGGTCCTGTTGTTCAAAGAATTATTA----GC-TTCAACA--C--CAC-AT-TTAGA-T-GAA-TTTTCAA--AT-CAT--AATATTTTTTAAAATT-T----AATA----------------------A----AA-----T-----ATT---GACTGGAAAGTGTAACA--A-AATGTC---ATTCTACTTCT-A---TAAACCT--ATAAA-----CCATTGTAC--TTG--------ATATGATATGAGTT-TTAAAAT-T--TAAAT---AAAATT--GAACA-T-AC---AAA--GGGTGT-TAA-GCTCTGTTAGCTTTGAACAt
gi|7 : AGTTGTTCAAGGTTCCATAA----AC-TT--G-A--T--AAT-TCGTTAGG-T-GAA-ACTTTGT-ATC-TTC--GATA-GTTTTAA-------------AAT-T----------TT------A----AG-----T------TT---T-TTAaagatg
gi|7 : gcctgAGCACTGTTA----GC-CT--A-A--CGCCAC-GT-TAAGA-T-GAG-TTTtattattcacaataggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttctaaattccaagattccaaaactcatcttaacgtggcgttaggctaacagtgctag
gi|8 : gcctgagttgttcaaggttccataaacttgataattcgttaggtgaaactttgtatcttcgatagttttaaaattttaagttttttatattattcacaataggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttctaaattccaagattccaAGCTCTGTT-----GC-TT--T-A--C--CCT-CCGTTTGG-T-GAA-ATTTCAT-ATT-TTC--AAT-TTCTTTAA-ATT-T----TATACTGT----------TT------A----AA-----T------TT---C-ANNNN------NNNN--N-NNNNNN---N---NNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-NNN--NNN--------NNNNNNNNNNNNNN-NNNGAATATCATGATCG-GAAAATT---CACC-TA-C---TTG--GT--GT-TAA-GCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : AGTTGTTCAAATCTCAGTTA----GT-TT--G-A-----CACTCTGCTAGA-T-GAA-ATGCTGTATGC-T-C--ATTCT-CTTTAACGTTCT----AA-AAC-T----------TT------gtgtttaaacaga
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 2222222222222 111111 1111111
lowQualScore : 44 6666 5 2 22222 2 444 2 2 7777777 33 33 888 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 3 2 6666 0 1 33 1111111111 0000000000000 8888 3 11 2 3 3 666666 1 3 4444444 3 3 8 0
lowQualScore : .. .... . . ..... . ... . . ....... .. .. ... . . ............................................................................ . . . . . .... . . .. .......... ............. .... . .. . . . ...... . . ....... . . . .
lowQualScore : 22 1111 7 9 99999 9 999 9 9 8888888 77 99 333 7 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 1 5 1 1 4444 3 0 99 4444444444 1111111111111 6666 6 33 9 7 1 222222 0 1 9999999 1 5 2 1
consensus : GGGCCCAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCAC-C-CGTT--AGG-T-GAAATTTTGTANNTTC--AATAT-CTTTAAAA-TT-TA-A-----TAA---T-T----------TT------A----AA-----TG---CA------------TT---------TNTAGAAACAA-AATGGCATNTTTTNA---CAATTTTCAAT--AAA-----NTA--ATTAC--CTN--------AAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACCGTGATTC-GAAAATTTCATCTT-AACGTA--GCGTT-AAGCTAACGGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCCCAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCAC-C-CGTN--AGG-T-GAAATTCCGTNACTTC--AATAT-TTTTAANA-TT-TA-A-----TAA---T-T----------TT------A----AA-----TG---CA------------TT---------TTTAGAAACAA-AATGGCATATTTTTA---TAATTNTCAAT--AAA-----NTA--ATTAC--NTA--------AAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATATCGTGATTC-GAAAATTTCA-CNT-AACNCA--GNGTT-AAGCTAACGGAGCTTTGAACAACTGGACCCTG
gi|1 : GGCCCAGTTGTTCAAAGCT--TGGTTATTAAGC-TTA-ACCTT-G-GGTT--AAG-T-GAAATTTTGTAACTTC--AATAT-TTTTTATA-CT-TA-A-----TGA---T-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TG---AA------------TT---------TTTAGAA-CAA-TATGGTATATTTTCA---TAATGTTCAAT--AAA-----ATA--ATAAC--CTA--------AAAAGT--TGTAAATCTAAAA-ATATTGTGATTT-GAAAATTTTG-CTT-AACCCA--CTGAT-AAGCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCC--CTGTCA----AC-TTA-A-CAC-TATGTT--AGG-T-TGAATACTGTG--TTC--AATAT-TTTGAAAA-TT-TC-T-----TAA-----------------C------A----AA-----TT---CA------------ATGGG------TNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNN-----NNN--NNNNN--NNN--------NNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACCAAGATTCTGAAAG--TCATTAT-AACGTT--TCGTT-GAGGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taTA----AC-TCA-ACGCT-A-CGTC--ATG-T-GATATTTTGTGTGTTA--AGTAT-CTTTAAAA-TT-CA-ACGTTGTCA---TAG----------TC------A----AG-----TA---CA------------ATGGGC-----TATCACAGTAA-AATGACATATTGTAA---AGATTGCCAAT--AAA-----TTG---TTAC--CAT--------GCATGT--ATTAAATCTCAAA-ATGCCATTAATT-GAAAATTCGG-CAT-AAC--------TT--GGCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcaGGACCCAGTTATTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCAC-C-TGTT--AAA-T-GAACTTTTGTAACTTC--AACAG-TTTTTATA-CT-TA-A-----TAA---A-T----------TT------ATGGCAATTTTTTG---CA------------TT---------TTTAGAAACAA-AATGGCATATTTTCA---TATTTTTTAAT--AAAACAATATA--ATTAC--CCA--------AATTGC--TGTAAATCTTAAA-t
gi|13 : TTCTGT-ACTTT--A-TAT-TTTTA-------TA-A-----CAA---T-T----------C-------A----CA-----TG---CA------------CT---------TAAAGAAACAA-A-TGGCATTTTTTTAAAATAATTTTCAAC--ATA-----ATA--TTTAC--CTA--------AAATGT--TGTATA-CTTAAACATATCGTGACTT-GAAAATTTCA-CTT-AACACA--GAGTT-AAGCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtT---------TGTAGAAATAG-ACTGACATTTTTTTA---CGGCTGTCGTT--AAA------TA--ATTAC--ATGTGTATTTCAAATGT--ATTAAATCTCAAA-ACACAATAATTC-GAAAA-TTCATCTT-TAGGTC--GTGTT-GAGCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggTGACATTTGTTAA---CAATTTTCAGT--CAT-----TTGCTATTTC--------------AATGTAAT-TAAATATTAAA-ATACTTTGATCC-GAATATT-CATCTT-AATGTA--GCGTA-AACCTAGCGGTGTTTTGAACAACTCTGCCCTagctgaa
gi|16 : agtacaatatgctatagtaatttatAGTTGTTCAAATCT--CTGTTA----GCATTA---CACTC-CATA--AGG-CAGAAACT-AGTATTTTC--AATAT-CTTAAA-------A-A-----TAG---T-T----------GT------G----AA-----Ttttgaat
gi|17 : atttatttccacatctgTTGTCCAAAGCT--CTGTTA----GCGCTATAC--T-C-CGCT--ATG-T-GAAATTTTG-AATGTT--AATAT-CTTTATAA-TT-TA-A-----taagttcaatag
gi|2 : ggtGGTCGAGTTATTCAAAGCT----GTTA----GC-TTA-GCGCT-C-CGTG--AGG-T-G--ATT--GTTTATGCTGAATAT-CTTTAAAA-TA-TA-A-----AAA---T-T----------TTCATATCA----AG-----TGCCACA------------GA---------ATAAAAAATAAGAATGACATGT----------ATTACGAATGCAAG-----TTA--ATTGCTGCTC--------CAATGT--TTTAAATCACCAA-ATACCAGCTTTC-TAAAA-TCCATCTT-AACGTA--G---------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGaagtgtccatatcaagaac
gi|3 : tTCCAAGTT--CTGTTA----TC-TAA-ATGCT-C-TATT--AGG-T-AATATTTTGTATGTTC--AGTAT-GTTTATAA-TT-AG-A-----CAG---T-T----------TTTATATCA----AG-----AG---CN------------NN---------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNN-----NNN--NNNNN--NNN--------NNNNNN--NNNNNN-----AA-ATACCACGACAC-GAAAATTAAT-CTT-CACGTT--GCATT-AAGCCAACAGTGTTCTGAACAACCGGGCCCTGgtcacaggcaaatgaat
gi|4 : aGGGCCCAATTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTG-ACCAC-C-TGTA--AAA-T-GGAATTCCGTTACTGC--AGTATGTTCTAAT--TT-TA-A-----TGA---T-T----------TT------A----AA-----TG---CA------------TT---------TTTAGAAACAA-AATGGCATATTTTTA---TAGTTTTCAAT--AAA-----ATA--ATAAC--ATA--------AAATGC--TGTAAATCTCAAA-ATATCGTGATTA-GAAAATTTCA-CTT-AACCGA--GGGTG-AAGCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGgacttgatcagatg
gi|5 : GGGCTGAGTTGTTAATAGCG--CTGTTA----GT-TTA-ACTAT-C-CGTA--AAATT-GAAATCTGGTATGTTC--AATAT-CTTTAAAACTC-TA-A------AG---T-TTTTGTA----TT------A----AG-----TA---CA------------ATGGG------CNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNN-----NNN--NNNNN--NNN--------NNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATATCCCAATTT-GAAAA-TTCA-CAT-AA-ACATTGTGTT-AAGCTAACAGA
gi|6 : aactTGTTCAAAGCTAACAG--A----GC-TTA-AC-AC-C-CTTTGTATG-T-TCAATT---TTATTTA--AAT----TTTAAAA-CT-CATA-----TCA---T-A----------TC------A----AG-----TA---CAATGGTTTATAGGTT---------TATAGAAGTAG-AATGACATTTTGTTA---CACTTTCCAGT--CAA-----T----ATTTT--ATT--------AAAT-T--T-TAAA-----AA-ATATTATGATTT-GAAAA-TTCA-TCTAAATGTG--GTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCt
gi|7 : AGTTGTTCAAGGTT--CCATAA----AC-TTG-ATAAT-T-CGTT--AGG-T-GAAACTTTGTATCTTC--GATAG-TTTTAAAA-TT-T--------TAAGTTT-T----------TT------A----TA-----T----TA------------TTCACAATAGGTCNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNN-----NNN--NNNNN--NNN--------NNNNNN--NNNTATTTTCTAA-ATTCCAAGATTC-CAAAA-CTCATCTT-AACGTG--GCGTT-AGGCTAACAGTGCTaagatg
gi|8 : gcctgAGCT--CTGTT-----GC-TTT-ACCCT-C-CGTT--TGG-T-GAAATTTCATATTTTC--AATTT-CTTTAA-A-TT-TT-A-----TAC---TGT----------TT------A----AA-----T------------------TT---------CANNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNN-----NNN--NNNNN--NNN--------NNNNNN--NNNNNNNNNNNGA-ATATCATGATCG-GAAAATT-CA-CCT-A-CTTG--GTGTT-AAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : AGTTGTTCAAATCT--CAGTTA----GT-TTG-A-CACTC-TGCT--AGA-T-GAAATGCTGTATGCTC--ATTCT-CTTTAACG-TTCTA-A------AA---C-T----------TT------gtgtttaaacaga
Alignments
lowQualScore : 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 1111111111111111111111 111
lowQualScore : 2 33 0 5555 5 2 33333 2 5555 2 77 0 33 2 2 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000 33 2 0 444 1 2 1 5555 0 5555555555555555555555 1 6666 0 2 3 2 555 5 0 1 4 4 2 3 0 4
lowQualScore : . .. . .... . . ..... . .... . .. . .. . . . ........................................................................................ .............. .. . . ... . . . .... . ...................... . .... . . . . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 5 99 3 7777 3 7 88888 7 1111 7 99 9 44 8 5 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666666666666 77 7 1 444 0 5 0 6666 8 7777777777777777777777 0 5555 2 7 9 9 444 4 1 2 3 6 9 7 3 2
consensus : GGGCCGAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCAT-C-CGT--T-AGG-TGAAATTTTGTATNTTCAA--TATCTTTAAAA-TT-TA-A-----TAA---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AGA------A------ACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACCGCGATTC-GAAAATTTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCCCAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCAC-C-CGT--T-AGG-TGAAATTTTGTANNTTCAA--TATCTTTAAAA-TT-TA-A-----TAA---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AGA------A------ACA--A-AATGGC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACCGTGATTC-GAAAATTTCATCTTAACGTAGCGTT-AAGCTAACGGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|1 : GGCCCAGTTGTTCAAAGCT--TGGTTATTAAGC-TTA-ACCTT-G-GGT--T-AAG-TGAAATTTTGTAACTTCAA--TATTTTTTATA-CT-TA-A-----TGA---T-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TGA--------A------------TT---------TTT----AGA------A-------CA--A-TATGGT---ATATT-TTCA---TAATGTTCAATAAA-----ATAATAAC--------CTAAAAAGT--TGTAAATCTAAAA-ATATTGTGATTT-GAAAATTTTG-CTTAACCCACTGAT-AAGCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCC--CTGTCA----AC-TTA-A-CAC-TATGT--T-AGG-TTGAATACTGT--GTTCAA--TATTTTGAAAA-TT-TC-T-----TAA-----------------C------A----AA-----TTC--------A------------ATGGG------TNN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACCAAGATTCTGAAAG--TCATTATAACGTTTCGTT-GAGGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taTA----AC-TCA-ACGCT-A-CGT--C-ATG-TGATATTTTGTGTGTTAAG--TATCTTTAAAA-TT-CA-ACGTTGTCA---TAG----------TC------A----AG-----TAC--------A------------ATGGGC-----TAT----CAC------A------GTA--A-AATGAC---ATATT-GTAA---AGATTGCCAATAAA-----TTG-TTAC--------CATGCATGT--ATTAAATCTCAAA-ATGCCATTAATT-GAAAA-TTCGGCATAAC------TT--GGCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcaGGACCCAGTTATTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCAC-C-TGT--T-AAA-TGAACTTTTGTAACTTCAA--CAGTTTTTATA-CT-TA-A-----TAA---A-T----------TT------ATGGCAATTTTTTGC--------A------------TT---------TTT----AGA------A------ACA--A-AATGGC---ATATT-TTCA---TATTTTTTAATAAAACAATATAATTAC--------CCAAATTGC--TGTAAATCTTAAA-t
gi|13 : TTCTGTACTTT--A--TATTTTTA-------TA-A-----CAA---T-T----------C-------A----CA-----TGC--------A------------CT---------TAA----AGA------A------ACA--A-A-TGGC---ATTTT-TTTAAAATAATTTTCAACATA-----ATATTTAC--------CTAAAATGT--TGTATA-CTTAAACATATCGTGACTT-GAAAATTTCA-CTTAACACAGAGTT-AAGCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtT---------TGT----AGA------A------ATA--G-ACTGAC---ATTTT-TTTA---CGGCTGTCGTTAAA------TAATTACATGTGTATTTCAAATGT--ATTAAATCTCAAA-ACACAATAATTC-GAAAATT-CATCTTTAGGTCGTGTT-GAGCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggGGGCAGAGTTGTTCAAAACA--CCGCTA----GG-TTT-ACGCT-A-CAT--TAAGA-TGAATATTCGGA---TCAAAGTAT---------TT-TA-A-----TA------T----------TT------A----AT-----TAC--------A------------TT-----------------GA------A------ATAGCA-AATGACTGAAAATTGTTAA---CAAATGTCAATAAA-----TT-ACTA----------TAGCATAT--TGTAagctgaa
gi|15 : agTGAC---ATTTG-TTAA---CAATTTTCAGTCAT-----TTG-CTAT--------TTCAA-TGTAAT-TAAATATTAAA-ATACTTTGATCC-GAATATT-CATCTTAATGTAGCGTA-AACCTAGCGGTGTTTTGAACAACttttgaat
gi|16 : agtacaatatgctatagtaatttatAGTTGTTCAAATCT--CTGTTA----GCATTA---CACTC-CAT--A-AGG-CAGAAACTAGTATTTTCAA--TATCTTAAAAA-Ttctgcccttttgaat
gi|17 : atttatttccacatctgTTGTCCAAAGCT--CTGTTA----GCGCTATAC--T-C-CGC--T-ATG-TGAAATTTTGAATGTT-AA--TATCTTTATAA-TT-TA-A-----agttgtgaattaagttcaatag
gi|2 : ggtGGTCGAGTTATTCAAAGCT----GTTA----GC-TTA-GCGCT-C-CGT--G-AGG-TGA--TTGTTTATGCTGAA--TATCTTTAAAA-TA-TA-A-----AAA---T-T----------TTCATATCA----AG-----TGC--------------------------------CAC----AGA------ATAAAAAATA--AGAATGAC---ATGTA-TTAC---GAAT-----GCAAG-----TTAATTGCTG------CTCCAATGT--TTTAAATCACCAA-ATACCAGCTTTC-TAAAATC-CATCTTAACGTAG---------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGaagtgtccatatcaagaac
gi|3 : tTCCAAGTT--CTGTTA----TC-TAA-ATGCT-C-TAT--T-AGG-TAATATTTTGTATGTTCAG--TATGTTTATAA-TT-AG-A-----CAG---T-T----------TT--------------------T--------A------------TA---------TCA----AGAGCNNNNN------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACCACGACAC-GAAAATT-AATCTTCACGTTGCATT-AAGCCAACAGTGTTCTGAACAACCGGGCCCTGgtcacaggcaaatgaat
gi|4 : aGGGCCCAATTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTG-ACCAC-C-TGT--A-AAA-TGGAATTCCGTTACTGCAG--TATGTTCTAAT-TT-TA-A-----TGA---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TTT----AGA------A------ACA--A-AATGGC---ATATT-TTTA---TAGTTTTCAATAAA-----ATAATAAC--------ATAAAATGC--TGTAAATCTCAAA-ATATCGTGATTA-GAAAATTTCA-CTTAACCGAGGGTG-AAGCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGgacttgatcagatg
gi|5 : GGGCTGAGTTGTTAATAGCG--CTGTTA----GT-TTA-ACTAT-C-CGT--A-AAATTGAAATCTGGTATGTTCAA--TATCTTTAAAACTC-TA-A------AG---T-TTTTGTA----TT------A----AG-----TAC--------A------------ATGGG------CNN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATATCCCAATTT-GAAAA-TTCACATAAACATTGTGTT-AAGCTAACAG
gi|6 : aactTGTTCAAAGCTAACAG--A----GC-TTA-A-CAC-C-CTTTGT-ATG-TTCAATTTTAT---TTAAA--T---TTTAAAA-CT-CATA-----TCA---T-A----------TC------A----AG-----TAC--------AATGGTTTATAGGTT---------TAT----AGA------A------GTA--G-AATGAC---ATTTT-GTTA---CACTTTCCAGTCAA-----T--ATTTT--------ATTAAAT-T--T-TAA-----AAA-ATATTATGATTT-GAAAA-TTCATCTAAATGTGGTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCat
gi|7 : AGTTGTTCAAGGTT--CCATAA----AC-TTG-ATAAT-T-CGT--T-AGG-TGAAACTTTGTATCTTCGA--TAGTTTTAAAA-TT-T--------TAAGTTT-T----------TT------A----TA-----T-T--------A------------TTCACAATAGGTCN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNTATTTTCTAA-ATTCCAAGATTC-CAAAA-CTCATCTTAACGTGGCGTT-AGGCTAACAGTGCTaagatg
gi|8 : gcctgAGCT--CTGTT-----GC-TTT-ACCCT-C-CGT--T-TGG-TGAAATTTCATATTTTCAA--TTTCTTTAAAT-TT-TA-------TAC---TGT----------TT------A----AA-----T-----------------------TT---------CAN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNGA-ATATCATGATCG-GAAAATT-CACCT--ACTTGGTGTT-AAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : AGTTGTTCAAATCT--CAGTTA----GT-TTG-A-CACTC-TGC--T-AGA-TGAAATGCTGTATGCTCAT--TCTCTTTAACG-TTCTA-A------AA---C-T----------TT------T----CA-----TACTGATAACAA------------TT---------AGTGAGGANN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACCACCATTC-GAAAA-TTCATTTAAACGTGGCGTA-AAGATAGCAGgtgtttaaacaga
Alignments
lowQualScore : 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111111111111 2
lowQualScore : 4 33 0 5555 5 2 777 66 2 2 33 33 2 0 2 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 33 2 444 1 2 1 5555 0 5555555555555555555555 1 6666 0 2 888 2 2 5 0 1 1 6 2 0 4
lowQualScore : . .. . .... . . ... .. . . .. .. . . . . . ..................................................................................................... . .. . ... . . . .... . ...................... . .... . . ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 4 99 3 7777 3 7 666 33 7 8 44 44 8 4 5 7 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 7 444 0 5 0 6666 8 7777777777777777777777 0 5555 2 7 333 9 5 4 1 2 0 4 9 3 2
consensus : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACNC-TCCGTT--AGG-TGAAATTTTGTATGTT-CAA--TATCTTTAAAA-TT-TA-A-----TAA---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTC-GAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCA-TCCGTT--AGG-TGAAATTTTGTATNTT-CAA--TATCTTTAAAA-TT-TA-A-----TAA---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTC-GAAAATTTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|1 : GGCC-CAGTTGTTCAAAGCT--TGGTTATTAAGC-TTA-ACCT-TGGGTT--AAG-TGAAATTTTGTAACTT-CAA--TATTTTTTATA-CT-TA-A-----TGA---T-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TGA--------A------------TT---------TTT----AG------A------A-CA--A-TATGGT---ATATT-TTCA---TAATGTTCAATAAA-----ATAATAAC--------CTAAAAAGT--TGTAAATCTAAAA-ATATT-GTGATTT-GAAAATTTTG-CTTAACCCACTGAT-AAGCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCC--CTGTCA----AC-TTA-ACAC-TATGTT--AGG-TTGAATACTG--TGTT-CAA--TATTTTGAAAA-TT-TC-T-----TAA-----------------C------A----AA-----TTC--------A------------ATGGG------TNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-AAGATTCTGAAAG--TCATTATAACGTTTCGTT-GAGGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taTA----AC-TCA-ACGC-TACGTC--ATG-TGATATTTTGTGTGTT-AAG--TATCTTTAAAA-TT-CA-ACGTTGTCA---TAG----------TC------A----AG-----TAC--------A------------ATGGGC-----TAT----CA------C------AGTA--A-AATGAC---ATATT-GTAA---AGATTGCCAATAAA-----TT-GTTAC--------CATGCATGT--ATTAAATCTCAAA-ATGCC-ATTAATT-GAAAA-TTCGGCATAAC-TTG-------GCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcaGGACC-CAGTTATTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTA-ACCA-CCTGTT--AAA-TGAACTTTTGTAACTT-CAA--CAGTTTTTATA-CT-TA-A-----TAA---A-T----------TT------ATGGCAATTTTTTGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTCA---TATTTTTTAATAAAACAATATAATTAC--------CCAAATTGC--TGTAAATCTTAAA-t
gi|13 : TTCTGTACTTT---A--TATTTTTA-------TA-A-----CAA---T-T----------C-------A----CA-----TGC--------A------------CT---------TAA----AG------A------AACA--A-A-TGGC---ATTTT-TTTAAAATAATTTTCAACATA-----ATATTTAC--------CTAAAATGT--TGTATA-CTTAAACATATC-GTGACTT-GAAAATTTCA-CTTAACACAGAGTT-AAGCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtT---------TGT----AG------A------AATA--G-ACTGAC---ATTTT-TTTA---CGGCTGTCGTTAAA------TAATTACATGTGTATTTCAAATGT--ATTAAATCTCAAA-ACACA-ATAATTC-GAAAATT-CATCTTTAGGTCGTGTT-GAGCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggGGGCA-GAGTTGTTCAAAACA--CCGCTA----GG-TTT-ACGC-TACATTA-AGA-TGAATATTCGGA---T-CAAAGTAT---------TT-TA-A-----TA------T----------TT------A----AT-----TAC--------A------------TT-----------------G------A------AATAGCA-AATGACTGAAAATTGTTAA---CAAATGTCAATAAA-----TT-ACTA----------TAGCATAT--TGTAagctgaa
gi|15 : agTGAC---ATTTG-TTAA---CAATTTTCAGTCAT-----TTG-CTAT--------TTCAA-TGTAAT-TAAATATTAAA-ATACT-TTGATCC-GAATATT-CATCTTAATGTAGCGTA-AACCTAGCGGTGTTTTGAACAACttttgaat
gi|16 : agtacaatatgctatagtaatttatCT-GAGTTGTTCAAATCT--CTGTTA----GCATTA---CACTCCATA--AGG-CAGAAACTAGTATTTT-CAA--TATCTTAAAAA-Ttctgcccttttgaat
gi|17 : atttatttccacatTTGTCCAAAGCT--CTGTTA----GCGCTATAC---TCCGCT--ATG-TGAAATTTTGAATGTT--AA--TATCTTTATAA-TT-TA-A-----agttgtgaattaagttcaatag
gi|2 : ggtGGTC-GAGTTATTCAAAGCT----GTTA----GC-TTA-GCGC-TCCGTG--AGG-TGA--TTGTTTATGCT-GAA--TATCTTTAAAA-TA-TA-A-----AAA---T-T----------TTCATATCA----AG-----TGC--------------------------------CAC----AGAATAAAA------AATA--AGAATGAC---ATGTA-TTAC---GAAT-----GCAAG-----TTAATTGCTG------CTCCAATGT--TTTAAATCACCAA-ATACCAGCT-TTC-TAAAA-TCCATCTTAACGTAG---------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGaagtgtccatatcaagaac
gi|3 : tTCCAAGTT--CTGTTA----TC-TAA-ATGC-TCTATT--AGG-TAATATTTTGTATGTT-CAG--TATGTTTATAA-TT-AG-A-----CAG---T-T----------TT--------------------T--------A------------TA---------TCA----AG------AGCNNNNNNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACGACAC-GAAAA-TTAATCTTCACGTTGCATT-AAGCCAACAGTGTTCTGAACAACCGGGCCCTGgtcacaggcaaatgaat
gi|4 : aGGGCC-CAATTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GC-TTG-ACCA-CCTGTA--AAA-TGGAATTCCGT-TACTGCAG--TATGTTCTAAT-TT-TA-A-----TGA---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTTA---TAGTTTTCAATAAA-----ATAATAAC--------ATAAAATGC--TGTAAATCTCAAA-ATATC-GTGATTA-GAAAATTTCA-CTTAACCGAGGGTG-AAGCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGgacttgatcagatg
gi|5 : GGGCT-GAGTTGTTAATAGCG--CTGTTA----GT-TTA-ACTA-TCCGTA--AAATTGAAATCTGGTATGTT-CAA--TATCTTTAAAACTC-TA-A------AG---T-TTTTGTA----TT------A----AG-----TAC--------A------------ATGGG------CNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATATC-CCAATTT-GAAAA-TTCACATAAACATTGTGTT-AAGCTAACAG
gi|6 : aactTGTTCAAAGCTAACAG--A----GC-TTA-AC-A-CCCTTTGTATG-TTCAATTTTAT---TT-AAA--T---TTTAAAA-CT-CATA-----TCA---T-A----------TC------A----AG-----TAC--------AATGGTTTATAGGTT---------TAT----AG------A------AGTA--G-AATGAC---ATTTT-GTTA---CACTTTCCAGTCAA-----T--ATTTT--------ATTAAAT-T--T-TAA-----AAA-ATATT-ATGATTT-GAAAA-TTCATCTAAATGTGGTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCat
gi|7 : GCCTGAGTTGTTCAAGGTT--CCATAA----AC-TTG-ATAA-TTCGTT--AGG-TGAAACTTTGTATCTT-CGA--TAGTTTTAAAA-TT-T--------TAAGTTT-T----------TT------A----TA-----T-T--------A------------TTCACAATAGGTCN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNTATTTTCTAA-ATTCC-AAGATTC-CAAAA-CTCATCTTAACGTGGCGTT-AGGCTAACAGTGCTaagatg
gi|8 : AGCT--CTGTT-----GC-TTT-ACCC-TCCGTT--TGG-TGAAATTTCATATTTT-CAA--TTTCTTT-AAA-TT-TT-A-----TAC---TGT----------TT------A----AA-----T-----------------------TT---------CAN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNGA-ATATC-ATGATCG-GAAAA-TTCACCT--ACTTGGTGTT-AAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : -GAGTTGTTCAAATCT--CAGTTA----GT-TTG-ACAC-TCTGCT--AGA-TGAAATGCTGTATGCT-CAT--TCTCTTTAACG-TTCTA-A------AA---C-T----------TT------T----CA-----TACTGATAACAA------------TT---------AGTGAGGAN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACCATTC-GAAAA-TTCATTTAAACGTGGCGTA-AAGATAGCAGgtgtttaaacaga
Alignments
lowQualScore : 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 4 33 0 5555 0 1 0 33 2 1 2 33 44 0 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000 33 2 444 1 2 1 5555 0 5555555555555555555555 1 6666 0 2 888 5 3 0 1 1 6 2 0 4
lowQualScore : . .. . .... . . . .. . . . .. .. . . . ......................................................................................... .............. .. . ... . . . .... . ...................... . .... . . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 4 99 3 7777 9 0 3 11 7 9 5 44 88 4 5 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666 77 7 444 0 5 0 6666 8 7777777777777777777777 0 5555 2 7 333 7 6 1 2 0 4 9 3 2
consensus : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AGA------A------ACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACNCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AGA------A------ACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|1 : GGCC-CAGTTGTTCAAAGCT--TGGTTATTAAGCTTAACCTTGGGTT-AAGT-GAAATTTTGTAACTT-CAA--TATT-TTTTATA-CT-TAA------TG--A---T-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TGA--------A------------TT---------TTT----AGA------A-------CA--A-TATGGT---ATATT-TTCA---TAATGTTCAATAAA-----ATAATAAC--------CTAAAAAGT--TGTAAATCTAAAA-ATATT-GTGATTTGAAAA-TTTTGCTTAACCCACTGAT-AAGCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCC--CTGTCA----ACTTAACACTATGTT-AGGT-TGAATACTG--TGTT-CAA--TATT-TTGAAAA-TT-TCT------TA--A-----------------C------A----AA-----TTC--------A------------ATGGG------TNN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-AAGATTCTGAAA-GTCATTATAACGTTTCGTT-GAGGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taTA----ACTCAACGCTACGTC-ATGT-GATATTTTGTGTGTT-AAG--TATC-TTTAAAA-TT-CAACGTTG-TC--A---TAG----------TC------A----AG-----TAC--------A------------ATGGGC-----TAT----CAC------A------GTA--A-AATGAC---ATATT-GTAA---AGATTGCCAATAAA-----TTG-TTAC--------CATGCATGT--ATTAAATCTCAAA-ATGCC-ATTAATTGAAAA-TTCGGCATAAC-TTG-------GCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcaGGACC-CAGTTATTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACCACCTGTT-AAAT-GAACTTTTGTAACTT-CAA--CAGT-TTTTATA-CT-TAA------TA--A---A-T----------TT------ATGGCAATTTTTTGC--------A------------TT---------TTT----AGA------A------ACA--A-AATGGC---ATATT-TTCA---TATTTTTTAATAAAACAATATAATTAC--------CCAAATTGC--TGTAAATCTTAAA-t
gi|13 : TTCTGTACTTT---A--TATT-TTTA-------TAA------CA--A---T-T----------C-------A----CA-----TGC--------A------------CT---------TAA----AGA------A------ACA--A-A-TGGC---ATTTT-TTTAAAATAATTTTCAACATA-----ATATTTAC--------CTAAAATGT--TGTATA-CTTAAACATATC-GTGACTTGAAAATTTCA-CTTAACACAGAGTT-AAGCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtT---------TGT----AGA------A------ATA--G-ACTGAC---ATTTT-TTTA---CGGCTGTCGTTAAA------TAATTACATGTGTATTTCAAATGT--ATTAAATCTCAAA-ACACA-ATAATTCGAAAA-TTCATCTTTAGGTCGTGTT-GAGCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggGGGCA-GAGTTGTTCAAAACA--CCGCTA----GGTTTACGCTACATTAAGAT-GAATATTCGGA---T-CAAAGTAT----------TT-TAA------TA--------T----------TT------A----AT-----TAC--------A------------TT-----------------GA------A------ATAGCA-AATGACTGAAAATTGTTAA---CAAATGTCAATAAA-----TT-ACTA----------TAGCATAT--TGTAagctgaa
gi|15 : agTGAC---ATTTG-TTAA---CAATTTTCAGTCAT-----TTG-CTAT--------TTCAA-TGTAAT-TAAATATTAAA-ATACT-TTGATCCGAATA-TTCATCTTAATGTAGCGTA-AACCTAGCGGTGTTTTGAACAACttttgaat
gi|16 : agtacaatatgctatagtaatttatCT-GAGTTGTTCAAATCT--CTGTTA----GCATTACACTCCATA-AGGC-AGAAACTAGTATTTT-CAA--TATC-TTAAAAA-Ttctgcccttttgaat
gi|17 : atttatttccacatTTGTCCAAAGCT--CTGTTA----GCGCTATACTCCGCT-ATGT-GAAATTTTGAATGTT--AA--TATC-TTTATAA-TT-TAA------agttgtgaattaagttcaatag
gi|2 : ggtGGTC-GAGTTATTCAAAGCT----GTTA----GCTTAGCGCTCCGTG-AGGT-GA--TTGTTTATGCT-GAA--TATC-TTTAAAA-TA-TAA------AA--A---T-T----------TTCATATCA----AG-----TGC--------------------------------CAC----AGA------ATAAAAAATA--AGAATGAC---ATGTA-TTAC---GAAT-----GCAAG-----TTAATTGCTG------CTCCAATGT--TTTAAATCACCAA-ATACCAGCT-TTCTAAAA-TCCATCTTAACGTAG---------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGaagtgtccatatcaagaac
gi|3 : tTCCAAGTT--CTGTTA----TCTAAATGCTCTATT-AGGT-AATATTTTGTATGTT-CAG--TATG-TTTATAA-TT-AGA------CA--G---T-T----------TT--------------------T--------A------------TA---------TCA----AGAGCNNNNN------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACGACACGAAAA-TTAATCTTCACGTTGCATT-AAGCCAACAGTGTTCTGAACAACCGGGCCCTGgtcacaggcaaatgaat
gi|4 : aGGGCC-CAATTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTGACCACCTGTA-AAAT-GGAATTCCGT-TACTGCAG--TATG-TTCTAAT-TT-TAA------TG--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TTT----AGA------A------ACA--A-AATGGC---ATATT-TTTA---TAGTTTTCAATAAA-----ATAATAAC--------ATAAAATGC--TGTAAATCTCAAA-ATATC-GTGATTAGAAAATTTCA-CTTAACCGAGGGTG-AAGCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGgacttgatcagatg
gi|5 : GGGCT-GAGTTGTTAATAGCG--CTGTTA----GTTTAACTATCCGTA-AAATTGAAATCTGGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAACTC-TAA-------A--G---T-TTTTGTA----TT------A----AG-----TAC--------A------------ATGGG------CNN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATATC-CCAATTTGAAAA-TTCACATAAACATTGTGTT-AAGCTAACAG
gi|6 : aactTGTTCAAAGCTAACAG--A----GCTTAACACCC---------------TTTGTATGTT-CAA--TTTTATTTAAAT-TT-TAAAACTCATATCA---T-A----------TC------A----AG-----TAC--------AATGGTTTATAGGTT---------TAT----AGA------A------GTA--G-AATGAC---ATTTT-GTTA---CACTTTCCAGTCAA-----T--ATTTT--------ATTAAAT-T--T-TAA-----AAA-ATATT-ATGATTTGAAAA-TTCATCTAAATGTGGTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCat
gi|7 : GCCTGAGTTGTTCAAGGTT--CCATAA----ACTTGATAATTCGTT-AGGT-GAAACTTTGTATCTT-CGA--TAGT-TTTAAAA-TT-T--------TA--AGTTT-T----------TT------A----TA-----T-T--------A------------TTCACAATAGGTCN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNTATTTTCTAA-ATTCC-AAGATTCCAAAA-CTCATCTTAACGTGGCGTT-AGGCTAACAGTGCTaagatg
gi|8 : AGCT--CTGTT-----GCTTTACCCTCCGTT-TGGT-GAAATTTCATATTTT-CAA--TTTC-TTT-AAA-TT-TTA------TA--C---TGT----------TT------A----AA-----T-----------------------TT---------CAN----NNN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNGA-ATATC-ATGATCGGAAAA-TTCACCT--ACTTGGTGTT-AAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : -GAGTTGTTCAAATCT--CAGTTA----GTTTGACACTCTGCT-AGAT-GAAATGCTGTATGCT-CAT--TCTC-TTTAACG-TTCTAA-------A--A---C-T----------TT------T----CA-----TACTGATAACAA------------TT---------AGTGAGGANN------N------NNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACCATTCGAAAA-TTCATTTAAACGTGGCGTA-AAGATAGCAGgtgtttaaacaga
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111111111
lowQualScore : 4 33 0 5555 0 4 0 33 2 1 2 33 44 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 33 2 444 1 2 1 5555 0 5555555555555555555555 1 6666 0 0 2 888 5 3 0 1 1 6 2 0 4
lowQualScore : . .. . .... . . . .. . . . .. .. . . ........................................................................................................ . .. . ... . . . .... . ...................... . .... . . . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 4 99 3 7777 9 7 3 11 7 9 5 44 88 5 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 77 7 444 0 5 0 6666 8 7777777777777777777777 0 5555 9 2 7 333 7 6 1 2 0 4 9 3 2
consensus : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|1 : GGCC-CAGTTGTTCAAAGCT--TGGTTATTAAGCTTAACCTTGGGTT-AAGT-GAAATTTTGTAACTT-CAA--TATT-TTTTATA-CT-TAA------TG--A---T-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TGA--------A------------TT---------TTT----AG------A------A-CA--A-TATGGT---ATATT-TTCA---TAATGTTCAATAAA-----ATAATAAC--------CTAAAAAGT--TGTAAATCTAAAA-ATATT-GTGATTTGAAAA-TTTTGCTTAACCCACTGAT-AAGCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCC--CTGTCA----ACTTAACACTATGTT-AGGT-TGAATACTG--TGTT-CAA--TATT-TTGAAAA-TT-TCT------TA--A-----------------C------A----AA-----TTC--------A------------ATGGG------TNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-AAGATTCTGAAA-GTCATTATAACGTTTCGTT-GAGGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taTA----ACTCAACGCTACGTC-ATGT-GATATTTTGTGTGTT-AAG--TATC-TTTAAAA-TT-CAACGTTG-TC--A---TAG----------TC------A----AG-----TAC--------A------------ATGGGC-----TAT----CA------C------AGTA--A-AATGAC---ATATT-GTAA---AGATTGCCAATAAA-----TT-GTTAC--------CATGCATGT--ATTAAATCTCAAA-ATGCC-ATTAATTGAAAA-TTCGGCATAAC-TTG-------GCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcaGGACC-CAGTTATTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACCACCTGTT-AAAT-GAACTTTTGTAACTT-CAA--CAGT-TTTTATA-CT-TAA------TA--A---A-T----------TT------ATGGCAATTTTTTGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTCA---TATTTTTTAATAAAACAATATAATTAC--------CCAAATTGC--TGTAAATCTTAAA-t
gi|13 : TTCTGTACTTT---A--TATT-TTTA-------TAA------CA--A---T-T----------C-------A----CA-----TGC--------A------------CT---------TAA----AG------A------AACA--A-A-TGGC---ATTTT-TTTAAAATAATTTTCAACATA-----ATATTTAC--------CTAAAATGT--TGTATA-CTTAAACATATC-GTGACTTGAAAATTTCA-CTTAACACAGAGTT-AAGCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtT---------TGT----AG------A------AATA--G-ACTGAC---ATTTT-TTTA---CGGCTGTCGTTAAA------TAATTACATGTGTATTTCAAATGT--ATTAAATCTCAAA-ACACA-ATAATTCGAAAA-TTCATCTTTAGGTCGTGTT-GAGCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggGGGCA-GAGTTGTTCAAAACA--CCGCTA----GGTTTACGCTACATTAAGAT-GAATATTCGGA---T-CAAAGTAT----------TT-TAA------TA--------T----------TT------A----AT-----TAC--------A------------TT-----------------G------A------AATAGCA-AATGACTGAAAATTGTTAA---CAAATGTCAATAAA-----TT-ACTA----------TAGCATAT--TGTAagctgaa
gi|15 : agTGAC---ATTTG-TTAA---CAATTTTCAGTCAT-----TTG-CTAT--------TTCAA-TGTAAT-TAAATATTAAA-ATACT-TTGATCCGAATA-TTCATCTTAATGTAGCGTA-AACCTAGCGGTGTTTTGAACAACttttgaat
gi|16 : agtacaatatgctatagtaatttatCT-GAGTTGTTCAAATCT--CTGTTA----GCATTACACTCCATA-AGGC-AGAAACTAGTATTTT-CAA--TATC-TTAAAAA-Ttctgcccttttgaat
gi|17 : atttatttccacatTTGTCCAAAGCT--CTGTTA----GCGCTATACTCCGCT-ATGT-GAAATTTTGAATGTT--AA--TATC-TTTATAA-TT-TAA------agttgtgaattaagttcaatag
gi|2 : ggtGGTC-GAGTTATTCAAAGCT----GTTA----GCTTAGCGCTCCGTG-AGGT-G--ATTGTTTATGCT-GAA--TATC-TTTAAAA-TA-TAA------AA--A---T-T----------TTCATATCA----AG-----TGC--------------------------------CAC----AGAATAAAA------AATA--AGAATGAC---ATGTA-TTAC---GAAT-----GCAAG-----TTAATTGCTG------CTCCAATGT--TTTAAATCACCAA-ATACCAGCT-TTCTAAAA-TCCATCTTAACGTAG---------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGaagtgtccatatcaagaac
gi|3 : tTCCAAGTT--CTGTTA----TCTAAATGCTCTATT-AGGT-AATATTTTGTATGTT-CAG--TATG-TTTATAA-TT-AGA------CA--G---T-T----------TT--------------------T--------A------------TA---------TCA----AG------AGCNNNNNNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACGACACGAAAA-TTAATCTTCACGTTGCATT-AAGCCAACAGTGTTCTGAACAACCGGGCCCTGgtcacaggcaaatgaat
gi|4 : aGGGCC-CAATTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTGACCACCTGTA-AAAT-GGAATTCCGT-TACTGCAG--TATG-TTCTAAT-TT-TAA------TG--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTTA---TAGTTTTCAATAAA-----ATAATAAC--------ATAAAATGC--TGTAAATCTCAAA-ATATC-GTGATTAGAAAATTTCA-CTTAACCGAGGGTG-AAGCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGgacttgatcagatg
gi|5 : GGGCT-GAGTTGTTAATAGCG--CTGTTA----GTTTAACTATCCGTA-AAATTGAAATCTGGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAACTC-TAA-------A--G---T-TTTTGTA----TT------A----AG-----TAC--------A------------ATGGG------CNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATATC-CCAATTTGAAAA-TTCACATAAACATTGTGTT-AAGCTAACAG
gi|6 : aactTGTTCAAAGCTAACAG--A----GCTTAACACCC---------------TTTGTATGTT-CAA--TTTTATTTAAAT-TT-TAAAACTCATATCA---T-A----------TC------A----AG-----TAC--------AATGGTTTATAGGTT---------TAT----AG------A------AGTA--G-AATGAC---ATTTT-GTTA---CACTTTCCAGTCAA-----T--ATTTT--------ATTAAAT-T--T-TAAA-----AA-ATATT-ATGATTTGAAAA-TTCATCTAAATGTGGTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCat
gi|7 : GCCTGAGTTGTTCAAGGTT--CCATAA----ACTTGATAATTCGTT-AGGT-GAAACTTTGTATCTT-CGA--TAGT-TTTAAAA-TT-T--------TA--AGTTT-T----------TT------A----TA-----T-T--------A------------TTCACAATAGGTCN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNTATTTTCTAA-ATTCC-AAGATTCCAAAA-CTCATCTTAACGTGGCGTT-AGGCTAACAGTGCTaagatg
gi|8 : AGCT--CTGTT-----GCTTTACCCTCCGTT-TGGT-GAAATTTCATATTTT-CAA--TTTC-TTTAAAT-TT-TA-------TA--C---TGT----------TT------A----AA-----T-----------------------TT---------CAN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNGA-ATATC-ATGATCGGAAAA-TTCACCT--ACTTGGTGTT-AAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : -GAGTTGTTCAAATCT--CAGTTA----GTTTGACACTCTGCT-AGAT-GAAATGCTGTATGCT-CAT--TCTC-TTTAACG-TTCTAA-------A--A---C-T----------TT------T----CA-----TACTGATAACAA------------TT---------AGTGAGGAN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACCATTCGAAAA-TTCATTTAAACGTGGCGTA-AAGATAGCAGgtgtttaaacaga
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111111111
lowQualScore : 4 33 0 5555 0 4 0 33 2 1 2 33 44 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 33 2 444 1 2 1 5555 0 5555555555555555555555 1 6666 0 0 2 888 5 3 0 1 1 6 2 0 4
lowQualScore : . .. . .... . . . .. . . . .. .. . . ........................................................................................................ . .. . ... . . . .... . ...................... . .... . . . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 4 99 3 7777 9 7 3 11 7 9 5 44 88 5 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 77 7 444 0 5 0 6666 8 7777777777777777777777 0 5555 9 2 7 333 7 6 1 2 0 4 9 3 2
consensus : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|1 : GGCC-CAGTTGTTCAAAGCT--TGGTTATTAAGCTTAACCTTGGGTT-AAGT-GAAATTTTGTAACTT-CAA--TATT-TTTTATA-CT-TAA------TG--A---T-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TGA--------A------------TT---------TTT----AG------A------A-CA--A-TATGGT---ATATT-TTCA---TAATGTTCAATAAA-----ATAATAAC--------CTAAAAAGT--TGTAAATCTAAAA-ATATT-GTGATTTGAAAA-TTTTGCTTAACCCACTGAT-AAGCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCC--CTGTCA----ACTTAACACTATGTT-AGGT-TGAATACTG--TGTT-CAA--TATT-TTGAAAA-TT-TCT------TA--A-----------------C------A----AA-----TTC--------A------------ATGGG------TNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-AAGATTCTGAAA-GTCATTATAACGTTTCGTT-GAGGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taTA----ACTCAACGCTACGTC-ATGT-GATATTTTGTGTGTT-AAG--TATC-TTTAAAA-TT-CAACGTTG-TC--A---TAG----------TC------A----AG-----TAC--------A------------ATGGGC-----TAT----CA------C------AGTA--A-AATGAC---ATATT-GTAA---AGATTGCCAATAAA-----TT-GTTAC--------CATGCATGT--ATTAAATCTCAAA-ATGCC-ATTAATTGAAAA-TTCGGCATAAC-TTG-------GCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcaGGACC-CAGTTATTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACCACCTGTT-AAAT-GAACTTTTGTAACTT-CAA--CAGT-TTTTATA-CT-TAA------TA--A---A-T----------TT------ATGGCAATTTTTTGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTCA---TATTTTTTAATAAAACAATATAATTAC--------CCAAATTGC--TGTAAATCTTAAA-t
gi|13 : TTCTGTACTTT---A--TATT-TTTA-------TAA------CA--A---T-T----------C-------A----CA-----TGC--------A------------CT---------TAA----AG------A------AACA--A-A-TGGC---ATTTT-TTTAAAATAATTTTCAACATA-----ATATTTAC--------CTAAAATGT--TGTATA-CTTAAACATATC-GTGACTTGAAAATTTCA-CTTAACACAGAGTT-AAGCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtT---------TGT----AG------A------AATA--G-ACTGAC---ATTTT-TTTA---CGGCTGTCGTTAAA------TAATTACATGTGTATTTCAAATGT--ATTAAATCTCAAA-ACACA-ATAATTCGAAAA-TTCATCTTTAGGTCGTGTT-GAGCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggGGGCA-GAGTTGTTCAAAACA--CCGCTA----GGTTTACGCTACATTAAGAT-GAATATTCGGA---T-CAAAGTAT----------TT-TAA------TA--------T----------TT------A----AT-----TAC--------A------------TT-----------------G------A------AATAGCA-AATGACTGAAAATTGTTAA---CAAATGTCAATAAA-----TT-ACTA----------TAGCATAT--TGTAagctgaa
gi|15 : agTGAC---ATTTG-TTAA---CAATTTTCAGTCAT-----TTG-CTAT--------TTCAA-TGTAAT-TAAATATTAAA-ATACT-TTGATCCGAATA-TTCATCTTAATGTAGCGTA-AACCTAGCGGTGTTTTGAACAACttttgaat
gi|16 : agtacaatatgctatagtaatttatCT-GAGTTGTTCAAATCT--CTGTTA----GCATTACACTCCATA-AGGC-AGAAACTAGTATTTT-CAA--TATC-TTAAAAA-Ttctgcccttttgaat
gi|17 : atttatttccacatTTGTCCAAAGCT--CTGTTA----GCGCTATACTCCGCT-ATGT-GAAATTTTGAATGTT--AA--TATC-TTTATAA-TT-TAA------agttgtgaattaagttcaatag
gi|2 : ggtGGTC-GAGTTATTCAAAGCT----GTTA----GCTTAGCGCTCCGTG-AGGT-G--ATTGTTTATGCT-GAA--TATC-TTTAAAA-TA-TAA------AA--A---T-T----------TTCATATCA----AG-----TGC--------------------------------CAC----AGAATAAAA------AATA--AGAATGAC---ATGTA-TTAC---GAAT-----GCAAG-----TTAATTGCTG------CTCCAATGT--TTTAAATCACCAA-ATACCAGCT-TTCTAAAA-TCCATCTTAACGTAG---------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGaagtgtccatatcaagaac
gi|3 : tTCCAAGTT--CTGTTA----TCTAAATGCTCTATT-AGGT-AATATTTTGTATGTT-CAG--TATG-TTTATAA-TT-AGA------CA--G---T-T----------TT--------------------T--------A------------TA---------TCA----AG------AGCNNNNNNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACGACACGAAAA-TTAATCTTCACGTTGCATT-AAGCCAACAGTGTTCTGAACAACCGGGCCCTGgtcacaggcaaatgaat
gi|4 : aGGGCC-CAATTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTGACCACCTGTA-AAAT-GGAATTCCGT-TACTGCAG--TATG-TTCTAAT-TT-TAA------TG--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTTA---TAGTTTTCAATAAA-----ATAATAAC--------ATAAAATGC--TGTAAATCTCAAA-ATATC-GTGATTAGAAAATTTCA-CTTAACCGAGGGTG-AAGCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGgacttgatcagatg
gi|5 : GGGCT-GAGTTGTTAATAGCG--CTGTTA----GTTTAACTATCCGTA-AAATTGAAATCTGGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAACTC-TAA-------A--G---T-TTTTGTA----TT------A----AG-----TAC--------A------------ATGGG------CNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATATC-CCAATTTGAAAA-TTCACATAAACATTGTGTT-AAGCTAACAG
gi|6 : aactTGTTCAAAGCTAACAG--A----GCTTAACACCC---------------TTTGTATGTT-CAA--TTTTATTTAAAT-TT-TAAAACTCATATCA---T-A----------TC------A----AG-----TAC--------AATGGTTTATAGGTT---------TAT----AG------A------AGTA--G-AATGAC---ATTTT-GTTA---CACTTTCCAGTCAA-----T--ATTTT--------ATTAAAT-T--T-TAAA-----AA-ATATT-ATGATTTGAAAA-TTCATCTAAATGTGGTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCat
gi|7 : GCCTGAGTTGTTCAAGGTT--CCATAA----ACTTGATAATTCGTT-AGGT-GAAACTTTGTATCTT-CGA--TAGT-TTTAAAA-TT-T--------TA--AGTTT-T----------TT------A----TA-----T-T--------A------------TTCACAATAGGTCN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNTATTTTCTAA-ATTCC-AAGATTCCAAAA-CTCATCTTAACGTGGCGTT-AGGCTAACAGTGCTaagatg
gi|8 : AGCT--CTGTT-----GCTTTACCCTCCGTT-TGGT-GAAATTTCATATTTT-CAA--TTTC-TTTAAAT-TT-TA-------TA--C---TGT----------TT------A----AA-----T-----------------------TT---------CAN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNGA-ATATC-ATGATCGGAAAA-TTCACCT--ACTTGGTGTT-AAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : -GAGTTGTTCAAATCT--CAGTTA----GTTTGACACTCTGCT-AGAT-GAAATGCTGTATGCT-CAT--TCTC-TTTAACG-TTCTAA-------A--A---C-T----------TT------T----CA-----TACTGATAACAA------------TT---------AGTGAGGAN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACCATTCGAAAA-TTCATTTAAACGTGGCGTA-AAGATAGCAGgtgtttaaacaga
blockSeqs : T AA . A TA T G G AG TA C C AACTCATATCATATCAAGTACAATGGTTTATAGGTTTATAGA GC G TGA N G N AAAT TAATTACATGTGTATT N AAT C AGC T T G T C G T
blockSeqs : . . . G T . G . . T . . TAAGTTTTTTATATTATTCACAATAGGTCNNNN . . . A . A N ACAATATAATTACC T NN . AA T G A T A . T
blockSeqs : . . . C C . C . . C . . AACTTTTCATACTGATAACAATTAGTGAGGANN . . . A . C A TTAATTGCTGC A AT . AT . T G A T . T
blockSeqs : . . . G T . T . . T . . CGTTGTCATAGTCAAGTACAATGGGCTATCAC . . . T . T T NNNNNNNNN A TG . GT . T G C C . C
blockSeqs : . . . A A . T . . T . . TAAATTTATGGCAATTTTTTGCATTTTTAGA . . . T . T C ATATTTACC C TG . AT . T G A C . T
blockSeqs : . . . A T . G . . C . . AAATTTTCATATCAAGTGCCACAGAATAAAA . . . A . A C NNNNNNNNN A AT . TT . T G A G . A
blockSeqs : . . . G G . G . . C . . AGTTTTTGTATTAAGTACAATGGGCNNNNN . . . T . A C ATAATAACA C TG . AC . C C T T . A
blockSeqs : . . . G T . G . . C . . CAGTTTTTATATCAAGAGCNNNN . . . G . A G NNNNNNNNN C TT . GT . T A A T .
blockSeqs : . . C A . A . . G . . TAACAAATTCAATGGGTNNNNN . . . N . N N NNNNNNNNN N NN . CC . T G T C .
blockSeqs : . . T A . G . . G . . TGATTTTAAATGCATTTTTAGA . . . A . T T NNNNNNNNN A TG . AT . C G G T .
blockSeqs : . . A T . G . . C . . CAATTCACATGCACTTAAAGA . . . N . N N NNNNNNNNN N NN . AA . T T G C .
blockSeqs : . . A T . C . . T . . TACTGTTTAAATTTCANNNN . . . T . T C TTGTTACC T NN . AT . . G G . .
blockSeqs : . . C T . T . . C . . TATTTAATTACATTGA . . . N . N N TTGCTATT N NN . AC . . . G . .
blockSeqs : . A . . G . . C . . . . . N . N N TATTTTA N NN .
blockSeqs : . . . . . . N . N N TTACTA N T
blockSeqCons : ****
originalCons : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
finalCons : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111111111
lowQualScore : 4 33 0 5555 0 4 0 33 2 1 2 33 44 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 33 2 444 1 2 1 5555 0 5555555555555555555555 1 6666 0 0 2 888 5 3 0 1 1 6 2 0 4
lowQualScore : . .. . .... . . . .. . . . .. .. . . ........................................................................................................ . .. . ... . . . .... . ...................... . .... . . . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 4 99 3 7777 9 7 3 11 7 9 5 44 88 5 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 77 7 444 0 5 0 6666 8 7777777777777777777777 0 5555 9 2 7 333 7 6 1 2 0 4 9 3 2
consensus : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
Reference ( family-67 ) : GGGCC-GAGTTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACGCTCCGTT-AGGT-GAAATTTTGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAA-TT-TAA------TA--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TNT----AG------A------AACA--A-AATGAC---ATNTT-TTNA---CAATTTTCAATAAA-----NTAATTAC--------CTNAAATGT--TGTAAATCTCAAA-ATACC-GCGATTCGAAAA-TTCATCTTAACGTNGCGTT-AAGCTAACAGTGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|1 : GGCC-CAGTTGTTCAAAGCT--TGGTTATTAAGCTTAACCTTGGGTT-AAGT-GAAATTTTGTAACTT-CAA--TATT-TTTTATA-CT-TAA------TG--A---T-TGTATGTCAAATT------A----AA-----TGA--------A------------TT---------TTT----AG------A------A-CA--A-TATGGT---ATATT-TTCA---TAATGTTCAATAAA-----ATAATAAC--------CTAAAAAGT--TGTAAATCTAAAA-ATATT-GTGATTTGAAAA-TTTTGCTTAACCCACTGAT-AAGCTAACCAAGCTTTGAACAACCGGACCCTG
gi|10 : AGTTGTTTGAAGCC--CTGTCA----ACTTAACACTATGTT-AGGT-TGAATACTG--TGTT-CAA--TATT-TTGAAAA-TT-TCT------TA--A-----------------C------A----AA-----TTC--------A------------ATGGG------TNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-AAGATTCTGAAA-GTCATTATAACGTTTCGTT-GAGGTAAAAGTGCACTGAACA
gi|11 : taTA----ACTCAACGCTACGTC-ATGT-GATATTTTGTGTGTT-AAG--TATC-TTTAAAA-TT-CAACGTTG-TC--A---TAG----------TC------A----AG-----TAC--------A------------ATGGGC-----TAT----CA------C------AGTA--A-AATGAC---ATATT-GTAA---AGATTGCCAATAAA-----TT-GTTAC--------CATGCATGT--ATTAAATCTCAAA-ATGCC-ATTAATTGAAAA-TTCGGCATAAC-TTG-------GCT-------CTTTGAACAACTGGGCCt
gi|12 : gttgtcaGGACC-CAGTTATTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTAACCACCTGTT-AAAT-GAACTTTTGTAACTT-CAA--CAGT-TTTTATA-CT-TAA------TA--A---A-T----------TT------ATGGCAATTTTTTGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTCA---TATTTTTTAATAAAACAATATAATTAC--------CCAAATTGC--TGTAAATCTTAAA-t
gi|13 : TTCTGTACTTT---A--TATT-TTTA-------TAA------CA--A---T-T----------C-------A----CA-----TGC--------A------------CT---------TAA----AG------A------AACA--A-A-TGGC---ATTTT-TTTAAAATAATTTTCAACATA-----ATATTTAC--------CTAAAATGT--TGTATA-CTTAAACATATC-GTGACTTGAAAATTTCA-CTTAACACAGAGTT-AAGCgc
gi|14 : tttgtgacgtcaatagtT---------TGT----AG------A------AATA--G-ACTGAC---ATTTT-TTTA---CGGCTGTCGTTAAA------TAATTACATGTGTATTTCAAATGT--ATTAAATCTCAAA-ACACA-ATAATTCGAAAA-TTCATCTTTAGGTCGTGTT-GAGCGAACAGAGCTCTAAACAACTGGACCCc
gi|15 : cactgggGGGCA-GAGTTGTTCAAAACA--CCGCTA----GGTTTACGCTACATTAAGAT-GAATATTCGGA---T-CAAAGTAT----------TT-TAA------TA--------T----------TT------A----AT-----TAC--------A------------TT-----------------G------A------AATAGCA-AATGACTGAAAATTGTTAA---CAAATGTCAATAAA-----TT-ACTA----------TAGCATAT--TGTAagctgaa
gi|15 : agTGAC---ATTTG-TTAA---CAATTTTCAGTCAT-----TTG-CTAT--------TTCAA-TGTAAT-TAAATATTAAA-ATACT-TTGATCCGAATA-TTCATCTTAATGTAGCGTA-AACCTAGCGGTGTTTTGAACAACttttgaat
gi|16 : agtacaatatgctatagtaatttatCT-GAGTTGTTCAAATCT--CTGTTA----GCATTACACTCCATA-AGGC-AGAAACTAGTATTTT-CAA--TATC-TTAAAAA-Ttctgcccttttgaat
gi|17 : atttatttccacatTTGTCCAAAGCT--CTGTTA----GCGCTATACTCCGCT-ATGT-GAAATTTTGAATGTT--AA--TATC-TTTATAA-TT-TAA------agttgtgaattaagttcaatag
gi|2 : ggtGGTC-GAGTTATTCAAAGCT----GTTA----GCTTAGCGCTCCGTG-AGGT-G--ATTGTTTATGCT-GAA--TATC-TTTAAAA-TA-TAA------AA--A---T-T----------TTCATATCA----AG-----TGC--------------------------------CAC----AGAATAAAA------AATA--AGAATGAC---ATGTA-TTAC---GAAT-----GCAAG-----TTAATTGCTG------CTCCAATGT--TTTAAATCACCAA-ATACCAGCT-TTCTAAAA-TCCATCTTAACGTAG---------TAACGGTGCTTTGAACAACTGGaagtgtccatatcaagaac
gi|3 : tTCCAAGTT--CTGTTA----TCTAAATGCTCTATT-AGGT-AATATTTTGTATGTT-CAG--TATG-TTTATAA-TT-AGA------CA--G---T-T----------TT--------------------T--------A------------TA---------TCA----AG------AGCNNNNNNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACGACACGAAAA-TTAATCTTCACGTTGCATT-AAGCCAACAGTGTTCTGAACAACCGGGCCCTGgtcacaggcaaatgaat
gi|4 : aGGGCC-CAATTGTTCAAAGCT--CTGTTA----GCTTGACCACCTGTA-AAAT-GGAATTCCGT-TACTGCAG--TATG-TTCTAAT-TT-TAA------TG--A---T-T----------TT------A----AA-----TGC--------A------------TT---------TTT----AG------A------AACA--A-AATGGC---ATATT-TTTA---TAGTTTTCAATAAA-----ATAATAAC--------ATAAAATGC--TGTAAATCTCAAA-ATATC-GTGATTAGAAAATTTCA-CTTAACCGAGGGTG-AAGCTACAAGAACATTATACAACTGCACACTGgacttgatcagatg
gi|5 : GGGCT-GAGTTGTTAATAGCG--CTGTTA----GTTTAACTATCCGTA-AAATTGAAATCTGGTATGTT-CAA--TATC-TTTAAAACTC-TAA-------A--G---T-TTTTGTA----TT------A----AG-----TAC--------A------------ATGGG------CNN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATATC-CCAATTTGAAAA-TTCACATAAACATTGTGTT-AAGCTAACAG
gi|6 : aactTGTTCAAAGCTAACAG--A----GCTTAACACCC---------------TTTGTATGTT-CAA--TTTTATTTAAAT-TT-TAAAACTCATATCA---T-A----------TC------A----AG-----TAC--------AATGGTTTATAGGTT---------TAT----AG------A------AGTA--G-AATGAC---ATTTT-GTTA---CACTTTCCAGTCAA-----T--ATTTT--------ATTAAAT-T--T-TAAA-----AA-ATATT-ATGATTTGAAAA-TTCATCTAAATGTGGTGTTGAAGCTAATAATTCTTTGAACAACAGGACCat
gi|7 : GCCTGAGTTGTTCAAGGTT--CCATAA----ACTTGATAATTCGTT-AGGT-GAAACTTTGTATCTT-CGA--TAGT-TTTAAAA-TT-T--------TA--AGTTT-T----------TT------A----TA-----T-T--------A------------TTCACAATAGGTCN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNTATTTTCTAA-ATTCC-AAGATTCCAAAA-CTCATCTTAACGTGGCGTT-AGGCTAACAGTGCTaagatg
gi|8 : AGCT--CTGTT-----GCTTTACCCTCCGTT-TGGT-GAAATTTCATATTTT-CAA--TTTC-TTTAAAT-TT-TA-------TA--C---TGT----------TT------A----AA-----T-----------------------TT---------CAN----NN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNGA-ATATC-ATGATCGGAAAA-TTCACCT--ACTTGGTGTT-AAGCTAACGGTGATTTGAACAACAGGACCCTGag
gi|9 : -GAGTTGTTCAAATCT--CAGTTA----GTTTGACACTCTGCT-AGAT-GAAATGCTGTATGCT-CAT--TCTC-TTTAACG-TTCTAA-------A--A---C-T----------TT------T----CA-----TACTGATAACAA------------TT---------AGTGAGGAN------N------NNNN--N-NNNNNN---NNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA-ATACC-ACCATTCGAAAA-TTCATTTAAACGTGGCGTA-AAGATAGCAGgtgtttaaacaga