lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111               1                 111              2222222222222222222222222            44444444      1                                                                                                                       111                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                           44           77 2222222      2   5    1 666      3      111     33  3    5555555555555555555555555            99999999      7            66666                 4               8               4           1         2   2  7777777     2   777  2  000      888   3  7 0   4444       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                           ..           .. .......      .   .    . ...      .      ...     ..  .    .........................            ........      .            .....                 .               .               .           .         .   .  .......     .   ...  .  ...      ...   .  . .   ....       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                           22           33 1111111      5   7    4 444      4      999     88  3    7777777777777777777777777            99999999      0            44444                 5               7               9           5         4   4  6666666     7   444  1  777      444   9  0 4   7777       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                             ACCCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----GGACACCTCTAAT-ATAG-AC--GCCTTTAGACACCT--AATAT-AGA-AGGCTTTTGAAT--------TAT------TGGGTGAATTATG-TT----TATATTAACTGACAGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGNGTTCAGATTGCTCGTNACGAGCAATCTGAACNCTTCCTGCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGCCGGAAAACGCGTATCTATGGAGT----AAAGGGT
Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                                                                                                                                                             ACCCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----GGACACCTCTAAT-ATAG-AC--GCCTTTGGACACCT--AATAT-AGA-AAGCTTTTGAAT--------TAT------TGGGTGAATTAT--TA----TATATTTACTGACAGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGTCAGAAAACACCTATCTACGAAGT----AAAGGGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                             ACCCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----GGACACCTCTAAT-AAAG-AC--ACCTTTAGACACCT--AATAT-AGA-AGGCTTTTGAAT--------TAT------TGGGTGAATTATG-TT----TATATTAACTGACAGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGCGGGAAAACGCGTTTCCGTGGAGT----AAAGGGT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                           taACCCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----GGACACCTCTAAT-ACAG-AC--ACCTTTAGACACCT--AATAT-AGA-AGGCTTTTGAAT--------TAT------TGGGTGAATTATG-TT----TATATTAACAGACTGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTTCACT-GTTTTCTAA-AGC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGT----AAAGGGTt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                             ACCCTTTACTCCAT--AGATACGCGTT--TTCCCG--CACC---AATCACAG-AA--GGCTTTAGAt
gi|7                          :                                                                        accctttacttcatatagacgcctttggacacctctaatacagacacctttagacacctaatatagaaggcttttgaattattgggtgaattatgtttatattaacagactgagtggaaaacagtgcaggaagtgttcagattgctcgttacgagcaatctgaactcttccttcactgtttACCCTTTACTTCAT--ATAAACGCCTT--T----GGACATCTCTAAT-ATTGAAA--GCATTAATTCACCA--CGTATCAGC-AA---------------------------TGGGTGAATTATG-TT----TATATTAACTGACATAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCAGCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGCGGGAAAAAACGTATCTATGGAGT----AAAGGGt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                          ttaACCCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----TGACACCTCTAAT-ATTGAAA--GCATTAATTCACC------AC-GGATCAGC-----AA------------------TGGGTGAATTATG-TT----TATATCAACTGACAGAGCA-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAT-AAC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGCGGGAAAACGCGTATCTATGAAGT----AAAGGGTct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                            aACCCTTTACTTC-----CAAATGCCTT--T----GGACACCTCTAAT-ATTGAAA--GCATTAATTCACCA--CGTAT-----CAGC-----------------AT------TAAGTGAATCATG-TT----TATATTAACTGACAGAGTG-----GAAAAC--TGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGTGATT---GA-TGCCGGAAAACGCGTATCTATGAAGT----AAAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                        tattaACCCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----GGACACC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                            aACCCTTTGCTCCAT--A-AG-CATTTTCTT----GGACTCTTCCAAA-TTGA-AA--GCATTAATTCACCA--CATAT-C----AGC-----AAT------------------GGGTGAATTATGTTA-----ATATTAACTGACAGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTTGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCTCT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TTTGTGATT---GG-TGCAGGAAAACGCGTATCTAAGGAGA----AAAGGGTaaatatagaaggcttttgaattattgggtgaattatgtttatattaactgacagagtggaaaacagtgcaggatgttacaagcaatctgaactcttcctgcactgttttcaacggcattctgtgattggtgcgggaaaacacgtatctatgaagtaaacgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                          ttaACCCTTTACTCCATAGATAGGCGTTTTCCT----G--CACCTATCAC-AGA--AG--GCCTTTGAAAAC
gi|20                         :                                                                                                                                         ttaaccctttatcttaaccctaatatagaaggcttttgaattatcgggtgaattatgtttatattaactgacagagtgaaaaaacaatgcaggaagtgttcagattgctcagcactACCCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----TGACACCTCT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                             aCTCTTTACTTCAT--ATAGACGCCTT--T----GGACACCTCTAAT-ATAA-GC--GCCTTTTGACAACT--AATAT-AGA-AGGCTTTTGAAC--------TAT------TGGGTGAATTAT--TGGGTTTATATTAACTGACAGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTAAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGCGGGAAAACACATATCCATGGAGT----AAAGGG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                              CCCTTTACTTCAT--ATAAACGCCTT--T----GAACGCCTCTAAT-ATAG-AC--GCTTTTTGACACCTCTAATAT-AGA-AGGCTTTTGAAT--------TAT------TTGGTGAATTATG-TT----TATATTAACTGACAAAGTG-----GAATACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCATTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAA-GAC-CTTCTTCAGTCTGTGATT-----------GAA-------ATCTATGGAGT----TAAGGGTat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                CTTTACTTCAT--AGATACGCGTT--TTCC-GG-CATC---AATCACAGAAG--GCCTTTGAAAAC----AGTGC-AGG-AAGt
gi|13                         :                                                                                                                         tattaaccctttacttccaaatgcctttggacacctctaatattgaaagcattaattcaccacgtatcagcattaagtgaatcatgtttatattaactgacagagtggaaaactgcaggaagtgttcagattgctcgttacgagcaatctgaactCCTT--T--------ACTTC--AT-ATAG-AC--GCCTTTGGACACCA--AATAT-AGA-AGGCTTTTGAAT--------TAT------TGGGTGAATTATG-TT----TATATTAACTGACAGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGA---------------TGTTACAAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAC-GGC-AT-------TCTGTGATT---GG-TGCGGGAAAACACGTATCTATGAAGT----AAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 aacCCTT--T--------ACTTC--AT-ATAG-AC--GCCTTTTGACACCT--cgat
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aacAT-ATAA-GCATGTTCTTGGACTCTTC-AAAAT-TGA-AAGCATT--AATACACCACTTATCAGCAATGGGTGAATTATG-TT----TATATTAACTGACTGAGTG-----GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATT-------ACAAGGAATCTGAACTCTTCCTGCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGATATT---GG-TGCGGGAAAACGCGTATCTATG-GGT----AAAGGGTct
gi|14                         :     ttatttttattttaagggacataacattaatggttaaagcagtaaaatagatgtttggtaatcggtgacaaaaaggtgctaaaatactttccagtttctacagttttaatttgtatgacagaaaaaaatgcaacgaaataccaatttgtattttttaagataggttactcatattttgaaagcgacacctctagttttgcaaaaaaattttaataacttcctaaatatgaaattacacttagagaatatagatatatagtcaaacctgtgtaagtagtcacctctattaagcagccgcctgtcttaaccctttgctCCT--AATAT-AGA-AGGCTTTTGAAT--------TAT------CGGGTGAATTATG-TT----TATATTAACTGACAGAGTGA----AAAAACAATGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCA------------------------GCACT-GTTTTCAAA-GGC-CT-------TCTGTGATA---GG-TGCAGGAAAACGCCTATCTATGGAGT----AAAGGGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttaaccctttatcttaac------TGGGTGAATTATG-TT----TTTATTAACTAACAGGGTG-----GAAAGCGGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTATGAGCAATCTGAACTCTACCTGCACT-G-TTTCAAA-GCC-CT-------TCTGTGATT---GG-TGAGGGAAAACG-----CTATGGAGT----AAAGGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaccctttgctccataagcattatcttggactcttccaaattcaccacatatcagcaaACAGAATGCCGTTGAAAACAGTGCAGGAAGAGTTCAGATTGCTTGT----AACA-----------TCCTGCACT-GTTTTC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaccctttacttcatatagacgcctttggacaccaaatatagaaggcttttgaattattgggtgaattatgtttatattaactgacagagtgTA-----GAAAACAGTGAAGGAAGAGTTCAGATTGCTCGTAACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACT-GTTTTCgattggtgcgggaaaacacgtatctatgaagtaaacgat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                accctttacttcatatagacgcctttggacacctctaatacagacacctttagacacctaatatagaaggcttttgaattattgggtgaattatgtttatattaacagactgagtg-----GAAAACAGTGCAGGAAGAGTTCAGATTGCTCGTGACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACT-GTTTTCaagccttctgtgattggtgcgggaaaacgcgtatctatggagtaaagggtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaccctttacttcatatagacgcctttggacacctctaataaagacacctttagacacctaatatagaaggcttttgaattattgggtgaattatgtttatattaactgacagagtg-----GAAAACAGTGCAGGAAGAGTTTAGATTGCTCGTAACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACT-GTTTTCaaaggccttctgtgattggtgcgggaaaacgcgtttccgtggagtaaagggtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctctttacttcatatagacgcctttggacacctctaatataagcgccttttgacaactaatatagaaggcttttgaactattgggtgaattattgggtttatattaactgacagagtg-----GAAAACAGTGCAGGAAGAGTTCAGATTGCTCGTAATGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACT-GTATTCaaaggccttctgtgattggtgcgggaaaacacatatccatggagtaaagggat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ccctttacttcatataaacgcctttgaacgcctctaatatagacgctttttgacacctctaatatagaaggcttttgaattatttggtgaattatgtttatattaactgacaaagtg-----GAAAACAGTGCTGGAAGAGTTCAGATTGCTCGTAACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACT-GTTTTCaaagaccttcttcagtctgtgattgaaatctatggagttaagggtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttaaccctttacttcatataaacgcctttggacatctctaatattgaaagcattaattcaccacgtatcagcaatgggtgaattatgtttatattaactgacatagtg-----GAAAACAGTGCAGGAAGAGTTCAGATTGCTCGTGACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACT-GTTTTCaaaggccttctgtgattggtgcgggaaaaaacgtatctatggagtaaagggct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaccctttacttcatatagacgccttttgacacctctaatattgaaagcattaattcaccacggatcagcaatgggtgaattatgtttatatcaactgacagagca-----GAAAACAGTGCAGGAAGAGTTCAGATTGCTCGTAACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCA---GTTTTCaataaccttctgtgattggtgcgggaaaacgcgtatctatgaagtaaagggt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tattaaccctttacttccaaatgcctttggacacctctaatattgaaagcattaattcaccacgtatcagcattaagtgaatcatgtttatattaactgacagagtg-----GAAAACAGAGCAGGAAGAGTTCAGATTGCTCGTAACAAGCAATCTGAACACTTCCTGCACT-GTTTTCaaaggccttctgtgattgatgccggaaaacgcgtatctatgaagtaaag
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttaaccctttgctccataagcattttcttggactcttccaaattgaaagcattaattcaccacatatcagcaatgggtgaattatgttaatattaactgacagagtg-----GAAAACAGTGCAGGAAGAGTTCAGATTCCTTGT-------AATCTGAACACTTCCTGCACT-GTTTTCaaaggccttttgtgattggtgcaggaaaacgcgtatctaaggagaaaagggt
gi|12                         : ttatttttattttaagggacataacattaatggttaaagcagtaaaatagatgtttggtaatcggtgacaaaaaggtgctaaaatactttccagtttctacagttttaatttgtatgacagaaaaaaatgcaacgaaataccaatttgtattttttaagataggttactcatattttgaaagcgacacctctagttttgcaaaaaaattttaataacttcctaaatatgaaattacacttagagaatatagatatatagtcaaacctgtgtaagtagtcacctctattaagcagccgcctgtcttaaccctttgctatataagcatgttcttggactcttcaaaattgaaagcattaatacaccacttatcagcaatgggtgaattatgtttatattaactgactgagtgAAACAGTGCAGGTAGAGTTCAGATTGCTCATAACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACC-GCTTTCaaaggccttctgatattggtgcgggaaaacgcgtatctatgggtaaagggt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaccctttgctccataagcattatcttggactcttccaaattcaccacatatcagcaatgggtgaattatgtttttattaactaacagggtgGAGCAATCTGAACACTTCCTGCATT-GTTTTcaaagcccttctgtgattggtgagggaaaacgctatggagtaaagggt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttaaccctttatcttaaccctaatatagaaggcttttgaattatcgggtgaattatgtttatattaactgacagagtgaaCCTTCTATATTAGTTGTCAAAAGGCGCT-------TATATTAGA---GG-TGTCCAAAGGCGTCTAT--ATGAAGT----AAAGAGagcactgttttcaaaggccttctgtgataggtgcaggaaaacgcctatctatggagtaaagggt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -GTGTCTAAA-GGT-GT--------CTGT-ATTAGAGG-TGTCCAAAGGCGTCTAT--ATGAAGT----AAAGGGTcttttgaactattgggtgaattattgggtttatattaactgacagagtggaaaacagtgcaggaagtgttcagattgctcgttacgagcaatctaaactcttcctgcactgttttcaaaggccttctgtgattggtgcgggaaaacacatatccatggagtaaagggat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTCAAA-AGC-CT-------TCTAT-ATT---AGTTGTCAAAAGGCGCTTATATTAGAGGTGTCCAAAGGctaatatagaaggcttttgaattattgggtgaattatgtttatattaacagactgagtggaaaacagtgcaggaagtgttcagattgctcgttacgagcaatctgaactcttccttcactgttttctaaagccttctgtgattggtgcgggaaaacgcgtatctatggagtaaagggtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctctttacttcatatagacgTTCAAA-AGC-CT-------TCTAT-ATTAGAGG-TGTCAAAAAGCGTCTATctattgggtgaattattgggtttatattaactgacagagtggaaaacagtgcaggaagtgttcagattgctcgttacgagcaatctaaactcttcctgcactgttttcaaaggccttctgtgattggtgcgggaaaacacatatccatggagtaaagggat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccctttacttcatataaacgcctttgaacgcctctaatTTCAAA-AGC-CT-------TCTATATTT---GG-TGTCCAAAGGCGTCTA--TATGAAGT----AAAGGGTttatttggtgaattatgtttatattaactgacaaagtggaatacagtgcaggaagtgttcagattgctcattacgagcaatctgaactcttcctgcactgttttcaaagaccttcttcagtctgtgattgaaatctatggagttaagggtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a---GG-TGTCAAAAGGCGTCTAT--ATGAAGT----AAAGGGTttattgggtgaattatgtttatattaactgacagagtggaaaacagtgcaggatgttacaagcaatctgaactcttcctgcactgttttcaacggcattctgtgattggtgcgggaaaacacgtatctatgaagtaaacgat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a---GG-TGTCAAAAGGCGTCTAT--ATGAAGT----AAAGGGTtctaatattgaaagcattaattcaccacggatcagcaatgggtgaattatgtttatatcaactgacagagcagaaaacagtgcaggaagtgttcagattgctcgtcacgagcaatctgaactcttcctgcactgttttcaataaccttctgtgattggtgcgggaaaacgcgtatctatgaagtaaagggt
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAAACTAAAATATTATTTCCATTTTGGAATTGGGGACAACACTGATAAATAACTGAAAGGCATCATATATCACAAAATTGTGGTAAAATATGGAATATTTAAATTTCATCAATTTTTATCAATGACAGTAAAAATATTTAATAAAAAATCCAATTTCTATTTTTTAAAGTTTTAACTCATATTTTCAAAACTACTGGGACACCATTAGTTTTGCAGACAAA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAACAGTTTATTTACATTTTGATAAATGTCTCTGGTGCAAACATATTTATATTCATCACATATTTTAACGTTTTCATATAACATAAAGAAATGTACACATCATGAACTACCACCTTTTCT
Unaligned ( gi|16 ): TAAAAGTACTATGAATATATGTTGGTTTATGTTTACCATGATTTTTGTCGCAAGTTTTTTTGTCAAACGCATCC
Unaligned ( gi|17 ): TACTGTTAAACCGGTGTAAGTAGTCGCCTAAGGCTATATTAGCAACCGGCTGTTTTAA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAACACTTTCAATATTGATAAATGTTTTTTTCCATTTATTTAACA
Unaligned ( gi|19 ): AATATACAGAGAGCAAACGTATATTGAAATTATGAATCAACCTTT
Unaligned ( gi|21 ): CACAAGAGAAATTTAACCACAGAAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGACATGTGAACTTTCATTGAAGCCTGGCTTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11                 1111                                                                                                                                                       1                             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       55     44                0  22  1  1 88888     9999       44  8 555 0   6  1           555                      3                 2               3               2                                       0                             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ..     ..                .  ..  .  . .....     ....       ..  . ... .   .  .           ...                      .                 .               .               .                                       .                             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       00     66                8  33  8  8 88888     2222       66  0 444 4   7  5           444                      1                 1               2               1                                       5                             
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
Reference ( family-585 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGNGTTCAGATTGCTCGTNACGAGCAATCTGAACNCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATTGGTGCCGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTGCT--ATATAAGCATGTTCT--TGGACTCTTCAAAATTGAAA-GCATTAA----TACACC---------------ACTTATCAGCAAT-GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATT-------ACAAGGAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGATATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGG-GTAAAGGGT
gi|11                         : ttatttttattttaagggacataacattaatggttaaagcagtaaaatagatgtttggtaatcggtgacaaaaaggtgctaaaatactttccagtttctacagttttaatttgtatgacagaaaaaaatgcaacgaaataccaatttgtattttttaagataggttactcatattttgaaagcgacacctctagttttgcaaaaaaattttaataacttcctaaatatgaaattacacttagagaatatagatatatagtcaaacctgtgtaagtagtcacctctattaagcagccgcctgtcttaACCCTTTACTTC---CAAAT--GCCTT--TGGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG----------CATTAAGTGAATCAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAAC--TGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATTGATGCCGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tattaTGGGTGAATTAT---GTTTTTATTAACTAACAGGGTG-GAAAGCGGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTATGAGCAATCTGAACTCTACCTGCACTG-TTTCAAAGCCCTTCTGTGATTGGTGAGGGAAAACG-----CTATGGAGTAAAGGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               taaccctttgctccataagcattatcttggactcttccaaattcaccacatatcagcaaCCTT--T----ACTTC--ATATAGAC-GCCTTTG----GACACCA--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGA---------------TGTTACAAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAACGGCATTCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACGTATCTATGAAGTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aacCCTTTATCTTAAC-CCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATCGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTGAAAAAACAATGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCA------------------------GCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATAGGTGCAGGAAAACGCCTATCTATGGAGTAAAGGGTcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttaacCTCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAAGC-GCCTTTT----GACAACT--AATATAGA--AGGCTTTTGAACTATTGGGTGAATTATTGGGTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTAAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACATATCCATGGAGTAAAGGG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATAAAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTTTCCGTGGAGTAAAGGGT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATACAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACAGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTTCACTGTTTTCTAAAGCCTTCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGTt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTG----GACACCT--AATATAGA--AAGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT----TATATATTTACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATTGGTGTCAGAAAACACCTATCTACGAAGTAAAGGGTt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGAACGCCTCTAATATAGAC-GCTTTTT----GACACCTCTAATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTTGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAAAGTG-GAATACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCATTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGACCTTCTTCAGTCTGTGATTGAA-------ATCTATGGAGTTAAGGGT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGGACATCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACATAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCAGCACTGTTTTCAAAGGCCTTCTGTGATTGGTGCGGGAAAAAACGTATCTATGGAGTAAAGGGt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTGCTCCATA-AG-C--ATTTTCTTGGACTCTTCCAAATTGAAA-GCATTAA----TTCACC----ACATATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTAATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTTGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCTCTGTTTTCAAAGGCCTTTTGTGATTGGTGCAGGAAAACGCGTATCTAAGGAGAAAAGGGTct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC------ACGGATCAG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATCAACTGACAGAGCA-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAATAACCTTCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAGGGT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAAACTAAAATATTATTTCCATTTTGGAATTGGGGACAACACTGATAAATAACTGAAAGGCATCATATATCACAAAATTGTGGTAAAATATGGAATATTTAAATTTCATCAATTTTTATCAATGACAGTAAAAATATTTAATAAAAAATCCAATTTCTATTTTTTAAAGTTTTAACTCATATTTTCAAAACTACTGGGACACCATTAGTTTTGCAGACAAA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAACAGTTTATTTACATTTTGATAAATGTCTCTGGTGCAAACATATTTATATTCATCACATATTTTAACGTTTTCATATAACATAAAGAAATGTACACATCATGAACTACCACCTTTTCT
Unaligned ( gi|16 ): TAAAAGTACTATGAATATATGTTGGTTTATGTTTACCATGATTTTTGTCGCAAGTTTTTTTGTCAAACGCATCC
Unaligned ( gi|17 ): TACTGTTAAACCGGTGTAAGTAGTCGCCTAAGGCTATATTAGCAACCGGCTGTTTTAA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAACACTTTCAATATTGATAAATGTTTTTTTCCATTTATTTAACA
Unaligned ( gi|19 ): AATATACAGAGAGCAAACGTATATTGAAATTATGAATCAACCTTT
Unaligned ( gi|21 ): CACAAGAGAAATTTAACCACAGAAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGACATGTGAACTTTCATTGAAGCCTGGCTTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11                 1111                                                                                                                                         1111111                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       55     44                0  22  1  1 88888     9999       44  8 555 0   6  1           555                      3                                                                           0000000                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ..     ..                .  ..  .  . .....     ....       ..  . ... .   .  .           ...                      .                                                                           .......                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       00     66                8  33  8  8 88888     2222       66  0 444 4   7  5           444                      1                                                                           0000000                                            
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
Reference ( family-585 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTGCT--ATATAAGCATGTTCT--TGGACTCTTCAAAATTGAAA-GCATTAA----TACACC---------------ACTTATCAGCAAT-GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATT-------ACAAGGAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGATATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGG-GTAAAGGGT
gi|11                         : ttatttttattttaagggacataacattaatggttaaagcagtaaaatagatgtttggtaatcggtgacaaaaaggtgctaaaatactttccagtttctacagttttaatttgtatgacagaaaaaaatgcaacgaaataccaatttgtattttttaagataggttactcatattttgaaagcgacacctctagttttgcaaaaaaattttaataacttcctaaatatgaaattacacttagagaatatagatatatagtcaaacctgtgtaagtagtcacctctattaagcagccgcctgtcttaACCCTTTACTTC---CAAAT--GCCTT--TGGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG----------CATTAAGTGAATCAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAAC--TGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGATGCCGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tattaTGGGTGAATTAT---GTTTTTATTAACTAACAGGGTG-GAAAGCGGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTATGAGCAATCTGAACTCTACCTGCACTG-TTTCAAAGCCCT-------TCTGTGATTGGTGAGGGAAAACG-----CTATGGAGTAAAGGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               taaccctttgctccataagcattatcttggactcttccaaattcaccacatatcagcaaCCTT--T----ACTTC--ATATAGAC-GCCTTTG----GACACCA--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGA---------------TGTTACAAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAACGGCAT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACGTATCTATGAAGTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aacCCTTTATCTTAAC-CCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATCGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTGAAAAAACAATGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCA------------------------GCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATAGGTGCAGGAAAACGCCTATCTATGGAGTAAAGGGTcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttaacCTCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAAGC-GCCTTTT----GACAACT--AATATAGA--AGGCTTTTGAACTATTGGGTGAATTATTGGGTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTAAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACATATCCATGGAGTAAAGGG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATAAAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTTTCCGTGGAGTAAAGGGT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATACAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACAGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTTCACTGTTTTCTAAAGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGTt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTG----GACACCT--AATATAGA--AAGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT----TATATATTTACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGTCAGAAAACACCTATCTACGAAGTAAAGGGTt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGAACGCCTCTAATATAGAC-GCTTTTT----GACACCTCTAATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTTGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAAAGTG-GAATACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCATTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGACCTTCTTCAGTCTGTGATT-------GAA-------ATCTATGGAGTTAAGGGT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGGACATCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACATAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCAGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAAAACGTATCTATGGAGTAAAGGGt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTGCTCCATA-AG-C--ATTTTCTTGGACTCTTCCAAATTGAAA-GCATTAA----TTCACC----ACATATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTAATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTTGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCTCTGTTTTCAAAGGCCT-------TTTGTGATTGGTGCAGGAAAACGCGTATCTAAGGAGAAAAGGGTct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC------ACGGATCAG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATCAACTGACAGAGCA-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAATAACCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAGGGT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAAACTAAAATATTATTTCCATTTTGGAATTGGGGACAACACTGATAAATAACTGAAAGGCATCATATATCACAAAATTGTGGTAAAATATGGAATATTTAAATTTCATCAATTTTTATCAATGACAGTAAAAATATTTAATAAAAAATCCAATTTCTATTTTTTAAAGTTTTAACTCATATTTTCAAAACTACTGGGACACCATTAGTTTTGCAGACAAA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAACAGTTTATTTACATTTTGATAAATGTCTCTGGTGCAAACATATTTATATTCATCACATATTTTAACGTTTTCATATAACATAAAGAAATGTACACATCATGAACTACCACCTTTTCT
Unaligned ( gi|16 ): TAAAAGTACTATGAATATATGTTGGTTTATGTTTACCATGATTTTTGTCGCAAGTTTTTTTGTCAAACGCATCC
Unaligned ( gi|17 ): TACTGTTAAACCGGTGTAAGTAGTCGCCTAAGGCTATATTAGCAACCGGCTGTTTTAA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAACACTTTCAATATTGATAAATGTTTTTTTCCATTTATTTAACA
Unaligned ( gi|19 ): AATATACAGAGAGCAAACGTATATTGAAATTATGAATCAACCTTT
Unaligned ( gi|21 ): CACAAGAGAAATTTAACCACAGAAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGACATGTGAACTTTCATTGAAGCCTGGCTTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11                 1111                                                                                                                                         1111111                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       55     44                0  22  1  1 88888     9999       44  8 555 0   6  1           555                      3                                                                           0000000                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ..     ..                .  ..  .  . .....     ....       ..  . ... .   .  .           ...                      .                                                                           .......                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       00     66                8  33  8  8 88888     2222       66  0 444 4   7  5           444                      1                                                                           0000000                                            
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
Reference ( family-585 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTGCT--ATATAAGCATGTTCT--TGGACTCTTCAAAATTGAAA-GCATTAA----TACACC---------------ACTTATCAGCAAT-GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATT-------ACAAGGAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGATATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGG-GTAAAGGGT
gi|11                         : ttatttttattttaagggacataacattaatggttaaagcagtaaaatagatgtttggtaatcggtgacaaaaaggtgctaaaatactttccagtttctacagttttaatttgtatgacagaaaaaaatgcaacgaaataccaatttgtattttttaagataggttactcatattttgaaagcgacacctctagttttgcaaaaaaattttaataacttcctaaatatgaaattacacttagagaatatagatatatagtcaaacctgtgtaagtagtcacctctattaagcagccgcctgtcttaACCCTTTACTTC---CAAAT--GCCTT--TGGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG----------CATTAAGTGAATCAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAAC--TGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGATGCCGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tattaTGGGTGAATTAT---GTTTTTATTAACTAACAGGGTG-GAAAGCGGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTATGAGCAATCTGAACTCTACCTGCACTG-TTTCAAAGCCCT-------TCTGTGATTGGTGAGGGAAAACG-----CTATGGAGTAAAGGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               taaccctttgctccataagcattatcttggactcttccaaattcaccacatatcagcaaCCTT--T----ACTTC--ATATAGAC-GCCTTTG----GACACCA--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGA---------------TGTTACAAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAACGGCAT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACGTATCTATGAAGTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aacCCTTTATCTTAAC-CCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATCGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTGAAAAAACAATGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCA------------------------GCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATAGGTGCAGGAAAACGCCTATCTATGGAGTAAAGGGTcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttaacCTCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAAGC-GCCTTTT----GACAACT--AATATAGA--AGGCTTTTGAACTATTGGGTGAATTATTGGGTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTAAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACATATCCATGGAGTAAAGGG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATAAAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTTTCCGTGGAGTAAAGGGT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATACAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACAGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTTCACTGTTTTCTAAAGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGTt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTG----GACACCT--AATATAGA--AAGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT----TATATATTTACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGTCAGAAAACACCTATCTACGAAGTAAAGGGTt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGAACGCCTCTAATATAGAC-GCTTTTT----GACACCTCTAATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTTGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAAAGTG-GAATACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCATTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGACCTTCTTCAGTCTGTGATT-------GAA-------ATCTATGGAGTTAAGGGT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGGACATCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACATAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCAGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAAAACGTATCTATGGAGTAAAGGGt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTGCTCCATA-AG-C--ATTTTCTTGGACTCTTCCAAATTGAAA-GCATTAA----TTCACC----ACATATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTAATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTTGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCTCTGTTTTCAAAGGCCT-------TTTGTGATTGGTGCAGGAAAACGCGTATCTAAGGAGAAAAGGGTct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC------ACGGATCAG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATCAACTGACAGAGCA-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAATAACCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAGGGT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      CT                   AA  A  A TCTTA     TCTA       TC  G TTT     C  T           TGG                      A                                                                           TCTTCAG
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    AA  C  T T         AA         .   G TTT     T  T           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    AA  C  T G         TA         .   G TTT     T  T           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    C   C  T G         TA         .   G TTT     T  C           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    C   C  T G         TA         .   G TTT     T  T           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    C   C  T G         TA         .   G TTT     T  T           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    C   C  T G         TA         .   G TTT     T  T           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    C   T  T G         .          .   . .       T  T           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    C   A  A T         .          .   . .       .  T           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .      .                    A   A  A T         .          .   . .       .  .           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                        A  A T         .          .   . .       .  .           .                        .                                                                           .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .           .                        .                                                                           .      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       **                                             TA**
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCTA--ATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAAACTAAAATATTATTTCCATTTTGGAATTGGGGACAACACTGATAAATAACTGAAAGGCATCATATATCACAAAATTGTGGTAAAATATGGAATATTTAAATTTCATCAATTTTTATCAATGACAGTAAAAATATTTAATAAAAAATCCAATTTCTATTTTTTAAAGTTTTAACTCATATTTTCAAAACTACTGGGACACCATTAGTTTTGCAGACAAA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAACAGTTTATTTACATTTTGATAAATGTCTCTGGTGCAAACATATTTATATTCATCACATATTTTAACGTTTTCATATAACATAAAGAAATGTACACATCATGAACTACCACCTTTTCT
Unaligned ( gi|16 ): TAAAAGTACTATGAATATATGTTGGTTTATGTTTACCATGATTTTTGTCGCAAGTTTTTTTGTCAAACGCATCC
Unaligned ( gi|17 ): TACTGTTAAACCGGTGTAAGTAGTCGCCTAAGGCTATATTAGCAACCGGCTGTTTTAA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAACACTTTCAATATTGATAAATGTTTTTTTCCATTTATTTAACA
Unaligned ( gi|19 ): AATATACAGAGAGCAAACGTATATTGAAATTATGAATCAACCTTT
Unaligned ( gi|21 ): CACAAGAGAAATTTAACCACAGAAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGACATGTGAACTTTCATTGAAGCCTGGCTTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11                 1111                                                                                                                                         1111111                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       55     44                0  22  1  1 88888     9999       44  8 555 0   6  1           555                      3                                                                           0000000                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ..     ..                .  ..  .  . .....     ....       ..  . ... .   .  .           ...                      .                                                                           .......                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       00     66                8  33  8  8 88888     2222       66  0 444 4   7  5           444                      1                                                                           0000000                                            
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
Reference ( family-585 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTGCT--ATATAAGCATGTTCT--TGGACTCTTCAAAATTGAAA-GCATTAA----TACACC---------------ACTTATCAGCAAT-GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATT-------ACAAGGAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGATATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGG-GTAAAGGGT
gi|11                         : ttatttttattttaagggacataacattaatggttaaagcagtaaaatagatgtttggtaatcggtgacaaaaaggtgctaaaatactttccagtttctacagttttaatttgtatgacagaaaaaaatgcaacgaaataccaatttgtattttttaagataggttactcatattttgaaagcgacacctctagttttgcaaaaaaattttaataacttcctaaatatgaaattacacttagagaatatagatatatagtcaaacctgtgtaagtagtcacctctattaagcagccgcctgtcttaACCCTTTACTTC---CAAAT--GCCTT--TGGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG----------CATTAAGTGAATCAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAAC--TGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGATGCCGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tattaTGGGTGAATTAT---GTTTTTATTAACTAACAGGGTG-GAAAGCGGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTATGAGCAATCTGAACTCTACCTGCACTG-TTTCAAAGCCCT-------TCTGTGATTGGTGAGGGAAAACG-----CTATGGAGTAAAGGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               taaccctttgctccataagcattatcttggactcttccaaattcaccacatatcagcaaCCTT--T----ACTTC--ATATAGAC-GCCTTTG----GACACCA--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGA---------------TGTTACAAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAACGGCAT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACGTATCTATGAAGTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aacCCTTTATCTTAAC-CCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATCGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTGAAAAAACAATGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCA------------------------GCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATAGGTGCAGGAAAACGCCTATCTATGGAGTAAAGGGTcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttaacCTCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAAGC-GCCTTTT----GACAACT--AATATAGA--AGGCTTTTGAACTATTGGGTGAATTATTGGGTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTAAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACACATATCCATGGAGTAAAGGG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATAAAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTTTCCGTGGAGTAAAGGGT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATACAGAC-ACCTTTA----GACACCT--AATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT---GTTTATATTAACAGACTGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTTCACTGTTTTCTAAAGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGTt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TGGACACCTCTAATATAGAC-GCCTTTG----GACACCT--AATATAGA--AAGCTTTTGAATTATTGGGTGAATTAT----TATATATTTACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGTCAGAAAACACCTATCTACGAAGTAAAGGGTt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGAACGCCTCTAATATAGAC-GCTTTTT----GACACCTCTAATATAGA--AGGCTTTTGAATTATTTGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACAAAGTG-GAATACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCATTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAAAGACCTTCTTCAGTCTGTGATT-------GAA-------ATCTATGGAGTTAAGGGT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACCCTTTACTTCATATAAAC--GCCTT--TGGACATCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC----ACGTATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATTAACTGACATAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCAGCACTGTTTTCAAAGGCCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAAAACGTATCTATGGAGTAAAGGGt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTGCTCCATA-AG-C--ATTTTCTTGGACTCTTCCAAATTGAAA-GCATTAA----TTCACC----ACATATC--AG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTAATATTAACTGACAGAGTG-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTTGTTACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCTCTGTTTTCAAAGGCCT-------TTTGTGATTGGTGCAGGAAAACGCGTATCTAAGGAGAAAAGGGTct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaACCCTTTACTTCATATAGAC--GCCTT--TTGACACCTCTAATATTGAAAGCATTAA----TTCACC------ACGGATCAG-C-----AAT----GGGTGAATTAT---GTTTATATCAACTGACAGAGCA-GAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTCACGAGCAATCTGAACTCTTCCTGCACTGTTTTCAATAACCT-------TCTGTGATTGGTGCGGGAAAACGCGTATCTATGAAGTAAAGGGT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAAACTAAAATATTATTTCCATTTTGGAATTGGGGACAACACTGATAAATAACTGAAAGGCATCATATATCACAAAATTGTGGTAAAATATGGAATATTTAAATTTCATCAATTTTTATCAATGACAGTAAAAATATTTAATAAAAAATCCAATTTCTATTTTTTAAAGTTTTAACTCATATTTTCAAAACTACTGGGACACCATTAGTTTTGCAGACAAA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAACAGTTTATTTACATTTTGATAAATGTCTCTGGTGCAAACATATTTATATTCATCACATATTTTAACGTTTTCATATAACATAAAGAAATGTACACATCATGAACTACCACCTTTTCT
Unaligned ( gi|16 ): TAAAAGTACTATGAATATATGTTGGTTTATGTTTACCATGATTTTTGTCGCAAGTTTTTTTGTCAAACGCATCC
Unaligned ( gi|17 ): TACTGTTAAACCGGTGTAAGTAGTCGCCTAAGGCTATATTAGCAACCGGCTGTTTTAA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAACACTTTCAATATTGATAAATGTTTTTTTCCATTTATTTAACA
Unaligned ( gi|19 ): AATATACAGAGAGCAAACGTATATTGAAATTATGAATCAACCTTT
Unaligned ( gi|21 ): CACAAGAGAAATTTAACCACAGAAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGACATGTGAACTTTCATTGAAGCCTGGCTTGG