lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 555555555555 444444444444444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 1 11 2 22222222
lowQualScore : 0 000000000000 3 888888888888888 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 3 77777777 5 88 5 3 1 11 0 88888888 1 8
lowQualScore : . ............ . ............... . ....................................................................................................................................................................................... . . ........ . .. . . . .. . ........ . .
lowQualScore : 7 444444444444 7 222222222222222 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 88888888 0 88 0 2 4 00 0 00000000 8 8
consensus : NACGGTGGCGAACCCACGTGAC---NTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AATCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTNAN-ATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA--------------CAAAGACGA--A--------CCGT--CTG-GC-GAT--ATCA-A---------N---T----AT--NAAGCGGCCATG-------GAAAA-GTGNAA-GG---T---TTTTTTTGTA-AATTGCACCGCTCCAT-A-CCATAATTTTTTCAACTGAGCACAAAAC--GCCGTTGC-CCTTTTGCAAAATAAGTACGAGTTTTGCATGGCC
Reference ( gi|1 ) : CACGGTGGCGAACCCACGTGAC---ATTATGCAATGGAGTGGTGCAACAATCTTAGGAATATGTG-CCCGCTTCACGTTAA-ATTTTT--CAGATAACTTATTTACTATTTCATGAAAATTCAC-AGA--------------CAAAGACGA--A--------CTGTAACCG-GT-GAT--ATCA-A---------G---T----AT--AAAGTGGTCATG-------AAAAAAGTGCAACAACGGT---TTTTTGTGTA-AATTGCACCGTTCCAT-A-C-ATAATTGTCCCAAATGAGCACAAAAT--GTCGTTGC-CCTTTTACAAAATAAATACAAGTTTTCCATGGTC
gi|4 : ACAGTGGCAAACTCACTTGAC-------TGCTATGGAGGGGTGCAA-AA-------AAT-TGTGTCCCGCTTCAGGTTA-----------------------TA-TATTT---GAAAATTCATGATA--------------TAGAGATGA--A--------CC---ACTG-GT-GAT--ATCA-A-----------------------------------------------GTGCAAAAA------------GTGTA-AATTGCATCGCTCTAT-A-CCATAGTTGTCTCAACTGAGCACAAAAT--GCCATTGCTCCTTTTGCAGA--AAATACAAGTTTTGCATGGT
gi|16 : ACGGTGTCGAACCCATGTGAC---TTTATGCTATGGAGTGGTGCAAAAA
gi|7 : ACGGTGGCGAACCCACGTGAC---Aat
gi|3 : ctTGGCGAATCCATGTGAC---CTTATGC--TAAAGT-------CGA----AGGAA-ATGTT-CCCGTTT-ATGG-AA-AT-------AG--------TTT--TA---CATGAAAAATCAC-AAAACGCCGTCGCTGTATAAAGACGA--A--------CCAT---CA-GC-GCT--ATCA-A---------C---TTGACATGCAAAAC--TCATATTTGTTTGCAAAAGTAAAACGGCGATGTTTTTT--TGTC-AATTTCACCATTC----------GATCTTTTCAACTGGGCAAAGTAC--GTCAATGCACTTTTTGC--AATTAGTACGAATGTTGCATGGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgctttctaatgacgatactaaaaaac
gi|5 : aGGCAAACCCATGTGAC---CT----------AATGATGTAA-AATCGGAGGAAAA-GTG-CCCGCTTC-TGGTAACATTTCTA-CTGATAACTCTCTTAATATTTCATGAAAAGACATGAAA--------------CAAAGATGA--ACACCTTTTCTGTA--TA-GA-GATAAACCACA---------GTGCT----AT--CAAGTGGCCATG-------CAAAAa
gi|2 : GCGAACCCATACGGCCTAATTGT---ATGGTGTGGTGTAAAAATCGGAGGAAAA-GTG-CTCGCTTT-CGTAAC-ATTTTTTCCAGATATCTTTCTCAATATTTCATGAAAATTCCCGAAA--------------CGATGAGGA--tttgtacttttgacctaaagtg
gi|6 : tGGAGTGGTGAAATAATCGGAGGAAAA-GTG-CCTGCT-AACGTAAC-ATTTTTG-TAGATAAATTTCTTAATATTTCATGAAAATTAACAAAA--------------CAAAGACGACCG--------CTGTCTCTGTGTAGAG--ATGA-AACGCCGATTA---T----GT--GAAGTGACCATG-------GAAAACTTGTA-------T---TTATTTTGTA-AAttgccatctctctgtgtatatatatgtatcatcggtcttatcaagtggacatgcaaaactcttaatttgaagaaaaaaatgtaacgtcgttagtatttgataatttcatacaacactccctaccaaatctttttcaactgagc
gi|9 : ---TTTTCAT-TACAATTGCACCACTCCTTAA-C-ATATTTTTTTCAACTTGATAAAGAAC--ACCATTGCACTTTTTGCAAAAC-AGTACGAATagggcaacg
gi|11 : agtaTTTTTTGTA-AACTGCGCCACTCAAT-A-CCATAATTGTTTGAACTGAACACAATAC--ATGGTTAC-ACTTTTG----------GCAAGTTTTATATGGCCgtctacataacc
gi|13 : TTTTGTA-CATTGCACCGCTCCAT-ACC-ATAATATTTTCAACTGAG--CAAAATGCGCCGTTGC-ACTTTT
gi|6 : gtgtacCGTTGC-CCTTTTACAAAATAAATACAAGTTTTCCATGGTCtgcag
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GGAAAGATATCTGCATTTAACCGGGTATAGATATTTCTATCTCACTCTATATATTTCACGAAAACATAAACGACCACCGGCTCTGTATAGATAGGTATCATCGGTACTATCAAGTGGTCATTAAAA
Unaligned ( gi|10 ): AAAACAACAACGTTTATTTGTCAATTGTATCACTCGCCATATCGTTTTTCAATAAGTAAAATACGCCGGTACACCATTTGCCAACGTTTAACATGGCCACA
Unaligned ( gi|12 ): GATGAACCATCCGTGCTATCAAGTGGCCATGCTAAACTAGTATTTTTTTCAAACAAGTGAAGGCTTTTCTTAGTTCAGCGGTTCGA
Unaligned ( gi|14 ): TCTGCACAGAGATCAGTACTATCAAGCGGCTATGCTTAACTTGTATTTTTGGCAAAATACG
Unaligned ( gi|15 ): AATTTACTACAAATACACCGTTGCACTTTCTACAGAAAATACGAGTTTTGCATGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11 3333333333333333 3333333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 222
lowQualScore : 000 3 1 1 5 1 99 6 999 1 1 1111111111111111 7 3 6666666666666 99 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 888 8888 4 0 5 3 77 0 4 0 111 3 0 4
lowQualScore : ... . . . . . .. . ... . . ................ . . ............. .. .............................................................................................................................................. . ... .... . . . . .. . . . ... . . .
lowQualScore : 000 2 7 4 7 0 00 7 777 0 0 3333333333333333 2 7 7777777777777 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 888 5555 5 1 0 9 00 0 0 7 888 0 5 0
consensus : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTNACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAAC-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GNG---------AT-----A--TCA-----ANT----A--TN--AAGTGGCCAT--------G---------------NAA-----AA-GTGTAAC---GGT----TTTT----TTTG-TAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGCANAAN-ACGCCGTTGCACCTTT-TGCAAAA-AAATACGAGT-TTTGCATGGCC
Reference ( family-544 ) : NACGGTGGCGAACCCACGTGACNTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTNANATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAAC-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GCG---------AT-----A--TCA-----ANT----A--TN--AAGCGGCCAT--------G---------------GAA-----AA-GTGNAA----GGT----TTTT----TTTG-TAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGCACAAA-ACGCCGTTGC-CCTTT-TGCAAAATAAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
gi|1 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACATTATGCAATGGAGTGGTGCAACAA-TCTTAGGAATATGTG-CCCGCTTCACGTTAAATTTTT--CAGATAACTTATTTACTATTTCATGAAAATTCAC-AGAC-------------AAAGACGA--AC--------TG-----TAACC---G----GTG---------AT-----A--TCA-----AGT----A--TA--AAGTGGTCAT--------GA--------------AAA-----AA-GTGCAACAACGGT----TTTT----TGTG-TAAAT---TGCACCGTTC--CATA-CATAAT-TGTCCCAAATGAGCACAAA-ATGTCGTTGC-CCTTT-TACAAAATAAATACAAGT-TTTCCATGGTC
gi|10 : c----TTTA----TTTG-TCAAT---TGTATCACTCGCCATATCGT-----TTTTCAA-TAAGTAAAAT-ACGCCGGTACACCATT-TGCCAA-------CG--T-TTAACATGGCC
gi|11 : aaaacaacaacgTTT----TTTG-TAAAC---TGCGCCACTC--AATACCATAAT-TGTTTGAACTGAACACAAT-ACATGGTTAC-ACTTT-TG----------GCAAGT-TTTATATGGCCaca
gi|12 : AACTAAG---AAA-A-GCCTTCAC-TTGTT-TG-AAAA-AAATACTAGT-TTAGCATGGCC
gi|13 : gatgaaccatccgtgctatcaagtT----TTTG-TACAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-ATTTTCAACTGAGCAAAAT-GCGCCGTTGCACTTTT-TGCAcagcggttcga
gi|15 : gtgtacACAAATACACCGTTGC-ACTTTCTACAGAA--AATACGAGT-TTTGCATGGg
gi|16 : aatttactACGGTGTCGAACCCATGTGACTTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-
gi|2 : GCGAACCCATACGGCCTAATTGTATGGTGTGGTGTAA-AAATCGGAGGAAAA-GTG-CTCGCTTT-CGTAACATTTTTTCCAGATATCTTTCTCAATATTTCATGAAAATTCCCGAAAC-------------GATGAGGATTGC--------CA-----T--CTCTCT----GTGTATATATATGT-----A--TCATCGGTCTT----A--TC--AAGTGGACAT--------GCAAAACTCTTAATTTGAAGAAAAAA-ATGTAA----CGT----CGTTAGTATTTGATAATTTCATACAACACTC--CCTACCA-AATCTTTTTCAACTGAGCaat
gi|3 : tTGGCGAATCCATGTGACCTTATGCTA------------A-AG-TCGAAGGAAA-TGTT-CCCGTTT-ATG-GAAAT-------AG-------TTTTA------CATGAAAAATCACAAAACGCCGTCGCTGTATAAAGACGA--AC--------CA-----T--C----A----GCG---------CT-----A--TCA-----ACTTGACA--TGCAAAAC--TCATATTTGTTTG---------------CAA-----AA-GTAAAAC---GGCGATGTTTT----TTTG-TCAAT---TTCACCATTC----------GAT-CTTTTCAACTGGGCAAAGT-ACGTCAATGCACTTTT-TGC--AATTAGTACGAAT-GTTGCATGGCC
gi|4 : aACAGTGGCAAACTCACTTGAC----TGCTATGGAGGGGTGCAA-AA---------AATTGTGTCCCGCTTCAGGTTATAT-----------------------ATTT---GAAAATTCATGATAT-------------AGAGATGA--AC--------CA--------CT---G----GTG---------AT-----A--TCA-----AGT----------------GC---------------------------AAA-----AA-GTG---------------------------TAAAT---TGCATCGCTC--TATACCATAGT-TGTCTCAACTGAGCACAAA-ATGCCATTGCTCCTTT-TGCAGA--AAATACAAGT-TTTGCATGGa
gi|5 : GGCAAACCCATGTGACCT----------AATGATGTAA-AA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCCGCTTCTGGTAACATTTCTA-CTGATAACTCTCTTAATATTTCATGAAAAGACATGAAAC-------------AAAGATGA--ACACCTTTTCTG-----T--AT---A----GAG---------AT-----AAACCACAGT-GCT----A--TC--AAGTGGCCAT--------G---------------CAA-----AA-t
gi|5 : AAGTACAAAT-TTTGCATGGCCtttgtacttttgacctaaagtg
gi|6 : ggcaaacccatgtgacctaatgatgtaaaatcggaggaaaagtgcccgcttctggtaacatttctactgataactctcttaatatttcatgaaaagacatgaaacaaagatgaacaccttttctgtatagagataaaccacagtgctatcaagtGGAGTGGTGAAATAA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCTGCT-AACGTAACATTTTTG-TAGATAAATTTCTTAATATTTCATGAAAATTAACAAAAC-------------AAAGACG---AC--------CGCTGTCT--CT---GTGTAGAG---------ATGAAACG--CCG-----ATT----ATGTG--AAGTGACCAT--------G---------------GAA-----AACTTGTA-------T----TTAT----TTTG-TAAAttgacctaaagtg
gi|6 : CGTTGC-CCTTT-TACAAAATAAATACAAGT-TTTCCATGGTCagggcaacg
gi|7 : ggagtggtgaaataatcggaggaaaagtgcctgctaacgtaacatttttgtagataaatttcttaatatttcatgaaaattaacaaaacaaagacgaccgctgtctctgtgtagagatgaaacgccgattatgtgaagtACGGTGGCGAACCCACGTGAC
gi|9 : ctAAT---TGCACCACTC--CTTAACATATT-TTTTTCAACTTGATAAAGA-ACACCATTGCACTTTT-TGCAAAAC-AGTACGAATGTCTACATAACCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgctttctaatgacgatactaaaaaac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GGAAAGATATCTGCATTTAACCGGGTATAGATATTTCTATCTCACTCTATATATTTCACGAAAACATAAACGACCACCGGCTCTGTATAGATAGGTATCATCGGTACTATCAAGTGGTCATTAAAA
Unaligned ( gi|14 ): TCTGCACAGAGATCAGTACTATCAAGCGGCTATGCTTAACTTGTATTTTTGGCAAAATACG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 777 3 1 1 5 1 99 6 999 1 5 99999999 22 66666 5 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 888 8888 4 0 5 66 1 1 0 0 4 4 11111 0 4
lowQualScore : ... . . . . . .. . ... . . ........ .. ..... . . .................................................................................................................................................................... . ... .... . . . .. . . . . . . ..... . .
lowQualScore : 777 2 7 4 7 0 00 7 777 0 2 55555555 88 00000 1 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 888 5555 5 1 0 11 0 0 9 7 4 6 44444 9 4
consensus : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAAC-------------AAAGACGA--A--------CCG-----T--CT---G----G--NG---------AT-----ATCA--G--ACTA--TNAAGTG----GC-CAT--------G-NA--------------------AAA-GTG---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
Reference ( family-544 ) : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTNACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAAC-------------AAAGACGA--A--------CCG-----T--CT---G----G--NG---------AT-----ATCA-----ANTA--TNAAGTG----GC-CAT--------G-NA--------------------AAA-GTG---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACCT-TTTGCAAAA-AAATACGAGT-TTTGCATGGCC
gi|1 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACATTATGCAATGGAGTGGTGCAACAA-TCTTAGGAATATGTG-CCCGCTTCACGTTAAATTTTT--CAGATAACTTATTTACTATTTCATGAAAATTCAC-AGAC-------------AAAGACGA--A--------CTG-----TAACC---G----G--TG---------AT-----ATCA-----AGTA--TAAAGTG----GT-CAT--------GAAA--------------------AAA-GTGCAACAACG--GT----T--TTTTGTGTAAAT---TGCACCGTTC--CATA-CATAAT-TGTCCCAAATGAGC--ACAAAATGTCGTTGC-CCT-TTTACAAAATAAATACAAGT-TTTCCATGGTC
gi|10 : cAACG--------T--TTATTTGTCAAT---TGTATCACTCGCCATATCGT-----TTTTCAA-TAAGT--AAAATACGCCGGTACACCA-TTTGCCAA-------CG--T-TTAACATGGCC
gi|11 : aaaacaac--TTTTTTGTAAAC---TGCGCCACTC--AATACCATAAT-TGTTTGAACTGAAC--ACAATACATGGTTACACTT-TTGGCA-----------AGT-TTTATATGGCCaca
gi|12 : CTGAACTAAGAAAA-GCC-TT-CACTTGTTTG-AAAA-AAATACTAGT-TTAGCATGGCC
gi|13 : gatgaaccatccgtgctatcaagtTTTTGTACAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-ATTTTCAACTGAGC--AAAATGCGCCGTTGCACTT-TTTGCAcggttcga
gi|15 : gtgtacAATACACCGTTGCACTT-TCTACAGAA-AA-TACGAGT-TTTGCATGGg
gi|16 : aatttactacaACGGTGTCGAACCCATGTGACTTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-
gi|2 : GCGAACCCATACGGCCTAATTGTATGGTGTGGTGTAA-AAATCGGAGGAAAA-GTG-CTCGCTTT-CGTAACATTTTTTCCAGATATCTTTCTCAATATTTCATGAAAATTCCCGAAAC-------------GATGAGGATTG--------CCA-----T--CTCTCT----G--TGTATATATATGT-----ATCATCGGTCTTA--TCAAGTG----GA-CAT--------G-CAAAACTCTTAATTTGAAGAAAAAA-ATG---TAACGTCGT----TAGTATTTGATAATTTCATACAACACTC--CCTACCA-AATCTTTTTCAACTGAGC--aat
gi|3 : tTGGCGAATCCATGTGACCTTATGCTA------------A-AG-TCGAAGGAAA-TGTT-CCCGTTT-ATGGAA------------ATAGTTTT------A---CATGAAAAATCACAAAACGCCGTCGCTGTATAAAGACGA--A--------CCA-----T--C----A----G--CG---------CT-----ATCA-----ACT---TGACATGCAAAACTCATATTTGTTTG-CA--------------------AAA-GTA---AAACG--GCGATGT--TTTTTTGTCAAT---TTCACCATTC----------GAT-CTTTTCAACTGGGC--AAAGTACGTCAATGCACTT-TTTGC-AAT-TAGTACGAAT-GTTGCATGGCC
gi|4 : aACAGTGGCAAACTCACTTGAC----TGCTATGGAGGGGTGCAA-AA---------AATTGTGTCCCGCTTCAGGTTATAT-----------------------ATTT---GAAAATTCATGATAT-------------AGAGATGA--A--------CCA--------CT---G----G--TG---------AT-----ATCA-----A---------GTG-------CA------------A--------------------AAA-GTG---TA-----------------------AAT---TGCATCGCTC--TATACCATAGT-TGTCTCAACTGAGC--ACAAAATGCCATTGCTCCT-TTTGC-AGA-AAATACAAGT-TTTGCATGGa
gi|5 : GGCAAACCCATGTGACCT----------AATGATGTAA-AA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCCGCTTCTGGTAACATTTCTA-CTGATAACTCTCTTAATATTTCATGAAAAGACATGAAAC-------------AAAGATGA--ACACCTTTTCTG-----T--AT---A----G--AG---------ATAA---ACCACAGT-GCTA--TCAAGTG----GC-CAT--------G-CA--------------------AAA-t
gi|5 : AA-AAGTACAAAT-TTTGCATGGCCtttgtacttttgacctaaagtg
gi|6 : ggcaaacccatgtgacctaatgatgtaaaatcggaggaaaagtgcccgcttctggtaacatttctactgataactctcttaatatttcatgaaaagacatgaaacaaagatgaacaccttttctgtatagagataaaccacagtgctatcaagtGGAGTGGTGAAATAA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCTGCT-AACGTAACATTTTTG-TAGATAAATTTCTTAATATTTCATGAAAATTAACAAAAC-------------AAAGACG---A--------CCGCTGTCT--CT---GTGTAG--AG---------ATGAAACGCCG-----ATTATGTGAAGTG----AC-CAT--------G-GA--------------------AAACTTG---TA------T----T--TATTTTGTAAAgacctaaagtg
gi|7 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACagggcaacg
gi|8 : ctATATTTCACGAAAA--CAT-AAAC----------------GAC-C--A--------CCGGC---T--CT---GTATAGATAG---------GT-----ATCATCGGTACTA--TCAAGTG----GT-CAT--------T-AA--------------------AAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgctttctaatgacgatactaaaaaac
gi|9 : ggaaagatatctgcatttaaccgggtatagatatttctatctcactctatAAT---TGCACCACTC--CTTAACATATT-TTTTTCAACTTGAT--AAAGAACACCATTGCACTT-TTTGCAAAA-CAGTACGAATGTCTACATAACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCTGCACAGAGATCAGTACTATCAAGCGGCTATGCTTAACTTGTATTTTTGGCAAAATACG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222222 33333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 777 3 1 1 5 1 99 6 999 3 5 99999999 22 555 5 8 11111111111111 777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 888 8888 4 0 5 66 1 1 0 4 0 44444 0 4
lowQualScore : ... . . . . . .. . ... . . ........ .. ... . . .............. ... ................................................................................................................................................. . ... .... . . . .. . . . . . ..... . .
lowQualScore : 777 2 7 4 7 0 00 7 777 5 2 55555555 88 777 1 9 66666666666666 000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 888 5555 5 1 0 11 0 0 9 4 9 99999 9 4
consensus : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAAC-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----G--NG-AT-----------A--T-CA--G--A---C-TA--TCAAGTG----GC-CAT--------G-CA--------------------AAA-GT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
Reference ( family-544 ) : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAAC-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----G--NG-AT-----------A--T-CA--G--A---C-TA--TNAAGTG----GC-CAT--------G-NA--------------------AAA-GT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
gi|1 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACATTATGCAATGGAGTGGTGCAACAA-TCTTAGGAATATGTG-CCCGCTTCACGTTAAATTTTT--CAGATAACTTATTTACTATTTCATGAAAATTCAC-AGAC-------------AAAGACGA--AC--------TG-----TAACC---G----G--TG-AT-----------A--T-CA-----A---G-TA--TAAAGTG----GT-CAT--------GAAA--------------------AAA-GT-GCAACAACG--GT----T--TTTTGTGTAAAT---TGCACCGTTC--CATA-CATAAT-TGTCCCAAATGAGC--ACAAAATGTCGTTGC-CCT-TTTACAAAATAAATACAAGT-TTTCCATGGTC
gi|10 : cAACG--------T--TTATTTGTCAAT---TGTATCACTCGCCATATCGT-----TTTTCAA-TAAGT--AAAATACGCCGGTACACCA-TTTGCCAA-------CG--T-TTAACATGGCC
gi|11 : aaaacaac--TTTTTTGTAAAC---TGCGCCACTC--AATACCATAAT-TGTTTGAACTGAAC--ACAATACATGGTTACACTT-TTGGCA-----------AGT-TTTATATGGCCaca
gi|12 : GATGA--AC--------CA-----T--CC---G-------TG------------------------------C-TA--TCAAGTG----GC-CAT--------G-CT--------------------AAA-CTAG---TA------T----T--TTTTT
gi|12 : CTGAACTAAGAAAA-GCC-TT-CACTTGTTTG-AAAA-AAATACTAGT-TTAGCATGGCCcaaacaagtgaaggcttttcttagttcagcggttcga
gi|13 : gatgaaccatccgtgctatcaagtTTTTGTACAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-ATTTTCAACTGAGC--AAAATGCGCCGTTGCACTT-TTTGCAcggttcga
gi|15 : gtgtacAATACACCGTTGCACTT-TCTACAGAA-AA-TACGAGT-TTTGCATGGg
gi|16 : aatttactacaACGGTGTCGAACCCATGTGACTTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-
gi|2 : GCGAACCCATACGGCCTAATTGTATGGTGTGGTGTAA-AAATCGGAGGAAAA-GTG-CTCGCTTT-CGTAACATTTTTTCCAGATATCTTTCTCAATATTTCATGAAAATTCCCGAAAC-------------GATGAGGATTGC--------CA-----T--CTCTCT----G--TGTATATATATGTATCA--T-CG--G--T---CTTA--TCAAGTG----GA-CAT--------G-CAAAACTCTTAATTTGAAGAAAAAA-AT-G---TAACGTCGT----TAGTATTTGATAATTTCATACAACACTC--CCTACCA-AATCTTTTTCAACTGAGC--aat
gi|3 : tTGGCGAATCCATGTGACCTTATGCTA------------A-AG-TCGAAGGAAA-TGTT-CCCGTTT-ATGGAA------------ATAGTTTT------A---CATGAAAAATCACAAAACGCCGTCGCTGTATAAAGACGA--AC--------CA-----T--C----A----G--CG-CT-----------A--T-CA-----A---C-T---TGACATGCAAAACTCATATTTGTTTG-CA--------------------AAA-GT-A---AAACG--GCGATGT--TTTTTTGTCAAT---TTCACCATTC----------GAT-CTTTTCAACTGGGC--AAAGTACGTCAATGCACTT-TTTGC-AAT-TAGTACGAAT-GTTGCATGGCC
gi|4 : aACAGTGGCAAACTCACTTGAC----TGCTATGGAGGGGTGCAA-AA---------AATTGTGTCCCGCTTCAGGT--TAT---------------------ATATTT---GAAAATTCATGATAT-------------AGAGATGA--AC--------CA--------CT---G----G--TG-AT-----------A--T-CA------------------AGTG-------CA------------A--------------------AAA-GT-G---TA-----------------------AAT---TGCATCGCTC--TATACCATAGT-TGTCTCAACTGAGC--ACAAAATGCCATTGCTCCT-TTTGCAGAA-AA-TACAAGT-TTTGCATGGa
gi|5 : GGCAAACCCATGTGACCT----------AATGATGTAA-AA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCCGCTTCTGGTAACATTTCTA-CTGATAACTCTCTTAATATTTCATGAAAAGACATGAAAC-------------AAAGATGA--ACACCTTTTCTG-----T--AT---A----G--AG-AT-----------AAAC-CA--C--AGTGC-TA--TCAAGTG----GC-CAT--------G-CA--------------------AAA-t
gi|5 : AA-AAGTACAAAT-TTTGCATGGCCtttgtacttttgacctaaagtg
gi|6 : ggcaaacccatgtgacctaatgatgtaaaatcggaggaaaagtgcccgcttctggtaacatttctactgataactctcttaatatttcatgaaaagacatgaaacaaagatgaacaccttttctgtatagagataaaccacagtgctatcaagtGGAGTGGTGAAATAA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCTGCT-AACGTAACATTTTTG-TAGATAAATTTCTTAATATTTCATGAAAATTAACAAAAC-------------AAAGACG---AC--------CGCTGTCT--CT---GTGTAG--AG-ATGAA--------A--CGCC--G--A---T-TATGTGAAGTG----AC-CAT--------G-GA--------------------AAACTT-G---TA------T----T--TATTTTGTAAAgacctaaagtg
gi|7 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACagggcaacg
gi|8 : ctATATTTCACGAAAA--CAT-AAAC----------------GAC-C--AC--------CGGC---T--CT---GTATAGATAG-GT-----------A--T-CATCGGTA---C-TA--TCAAGTG----GT-CAT--------T-AA--------------------AAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgctttctaatgacgatactaaaaaac
gi|9 : ggaaagatatctgcatttaaccgggtatagatatttctatctcactctatAAT---TGCACCACTC--CTTAACATATT-TTTTTCAACTTGAT--AAAGAACACCATTGCACTT-TTTGCAAAA-CAGTACGAATGTCTACATAACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCTGCACAGAGATCAGTACTATCAAGCGGCTATGCTTAACTTGTATTTTTGGCAAAATACG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222222 3333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 777 3 1 1 5 1 99 6 999 3 5 99999999 22 555 1 5 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 888 8888 4 0 5 66 1 1 0 4 0 2222 6 4
lowQualScore : ... . . . . . .. . ... . . ........ .. ... . . ............. .................................................................................................................................................. . ... .... . . . .. . . . . . .... . .
lowQualScore : 777 2 7 4 7 0 00 7 777 5 2 55555555 88 777 7 7 4444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 5555 5 1 0 11 0 0 9 4 9 9999 4 4
consensus : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
Reference ( family-544 ) : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
gi|1 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACATTATGCAATGGAGTGGTGCAACAA-TCTTAGGAATATGTG-CCCGCTTCACGTTAAATTTTT--CAGATAACTTATTTACTATTTCATGAAAATTCAC-AGA-C-------------AAAGACGA--AC--------TG-----TAACC---G----GT--G-AT-----------A--T-CA------A---G-TAT-A--AAGTGGT-CAT--------GAAA--------------------AAAGT-GCAACAACG--GT----T--TTTTGTGTAAAT---TGCACCGTTC--CATA-CATAAT-TGTCCCAAATGAGC--ACAAAATGTCGTTGC-CCT-TTTACAAAATAAATACAAGT-TTTCCATGGTC
gi|10 : cAACG--------T--TTATTTGTCAAT---TGTATCACTCGCCATATCGT-----TTTTCAA-TAAGT--AAAATACGCCGGTACACCA-TTTGCCA-------AC--GT-TTAACATGGCC
gi|11 : aaaacaac--TTTTTTGTAAAC---TGCGCCACTC--AATACCATAAT-TGTTTGAACTGAAC--ACAATACATGGTTACACTT-TTGGCA-----------AGT-TTTATATGGCCaca
gi|12 : GATGA--AC--------CA-----T--CC---G-----T--G-------------------------------C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CT--------------------AAACTAG---TA------T----T--TTTTT
gi|12 : CTGAACTAAGAAAA-GCC-TT-CACTTGTTTG-AAAA-AAATACTAGT-TTAGCATGGCCcaaacaagtgaaggcttttcttagttcagcggttcga
gi|13 : gatgaaccatccgtgctatcaagtTTTTGTACAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-ATTTTCAACTGAGC--AAAATGCGCCGTTGCACTT-TTTGCAcggttcga
gi|14 : gtgtac--G-AG-----------A--T-CA----GTA---C-TAT-C--AAGCGGC-TAT--------G-Cg
gi|15 : tctgcacaAATACACCGTTGCACTT-TCTACAGAA-AA-TACGAGT-TTTGCATGGttaacttgtatttttggcaaaatacg
gi|16 : aatttactacaACGGTGTCGAACCCATGTGACTTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-
gi|2 : GCGAACCCATACGGCCTAATTGTATGGTGTGGTGTAA-AAATCGGAGGAAAA-GTG-CTCGCTTT-CGTAACATTTTTTCCAGATATCTTTCTCAATATTTCATGAAAATTCCCGAAA-C-------------GATGAGGATTGC--------CA-----T--CTCTCT----GT--GTATATATATGTATCA--T-CG----G-T---CTTAT-C--AAGTGGA-CAT--------G-CAAAACTCTTAATTTGAAGAAAAAAAT-G---TAACGTCGT----TAGTATTTGATAATTTCATACAACACTC--CCTACCA-AATCTTTTTCAACTGAGC--aat
gi|3 : tTGGCGAATCCATGTGACCTTATGCTA------------A-AG-TCGAAGGAAA-TGTT-CCCGTTT-ATGGAA------------ATAGTTTT------A---CATGAAAAATCACAAAA-CGCCGTCGCTGTATAAAGACGA--AC--------CA-----T--C----A----GC--G-CT-----------A--T-CAACTTG-A---C--ATGC--AAA--ACTCATATTTGTTTG-CA--------------------AAAGT-A---AAACG--GCGATGT--TTTTTTGTCAAT---TTCACCATTC----------GAT-CTTTTCAACTGGGC--AAAGTACGTCAATGCACTT-TTTGC-AAT-TAGTACGAAT-GTTGCATGGCC
gi|4 : aACAGTGGCAAACTCACTTGAC----TGCTATGGAGGGGTGCAA-AA---------AATTGTGTCCCGCTTCAGGT--TAT---------------------ATATTT---GAAAATTCATGATA-T-------------AGAGATGA--AC--------CA--------CT---G----GT--G-AT-----------A--T-CA--------------------AGTG---CA------------A--------------------AAAGT-G---TA-----------------------AAT---TGCATCGCTC--TATACCATAGT-TGTCTCAACTGAGC--ACAAAATGCCATTGCTCCT-TTTGCAGAA-AA-TACAAGT-TTTGCATGGa
gi|5 : GGCAAACCCATGTGACCT----------AATGATGTAA-AA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCCGCTTCTGGTAACATTTCTA-CTGATAACTCTCTTAATATTTCATGAAAAGACATGAAA-C-------------AAAGATGA--ACACCTTTTCTG-----T--AT---A----GA--G-AT-----------AAAC-CA----C-AGTGC-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAt
gi|5 : AA-AAGTACAAAT-TTTGCATGGCCtttgtacttttgacctaaagtg
gi|6 : ggcaaacccatgtgacctaatgatgtaaaatcggaggaaaagtgcccgcttctggtaacatttctactgataactctcttaatatttcatgaaaagacatgaaacaaagatgaacaccttttctgtatagagataaaccacagtgctatcaagtGGAGTGGTGAAATAA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCTGCT-AACGTAACATTTTTG-TAGATAAATTTCTTAATATTTCATGAAAATTAACAAAA-C-------------AAAGACGA---C--------CGCTGTCT--CT---GTGTAGA--G-ATGAA--------A--CGCC----G-A---T-TAT-GTGAAGTGAC-CAT--------G-GA--------------------AAACTTG---TA------T----T--TATTTTGTAAAgacctaaagtg
gi|7 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACagggcaacg
gi|8 : ctTTCACGAAAAC-------------ATAAACGACCAC--------CGGC---T--CT---GTATAGATAG-GT-----------A--T-CATCG-GTA---C-TAT-C--AAGTGGT-CAT----------TA--------------------AAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgctttctaatgacgatactaaaaaac
gi|9 : ggaaagatatctgcatttaaccgggtatagatatttctatctcactctatatatAAT---TGCACCACTC--CTTAACATATT-TTTTTCAACTTGAT--AAAGAACACCATTGCACTT-TTTGCAAAA-CAGTACGAATGTCTACATAACC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222222 3333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 777 3 1 1 5 1 99 6 999 3 5 99999999 22 555 1 5 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 888 8888 4 0 5 66 1 1 0 4 0 2222 6 4
lowQualScore : ... . . . . . .. . ... . . ........ .. ... . . ............. .................................................................................................................................................. . ... .... . . . .. . . . . . .... . .
lowQualScore : 777 2 7 4 7 0 00 7 777 5 2 55555555 88 777 7 7 4444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 5555 5 1 0 11 0 0 9 4 9 9999 4 4
consensus : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
Reference ( family-544 ) : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
gi|1 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACATTATGCAATGGAGTGGTGCAACAA-TCTTAGGAATATGTG-CCCGCTTCACGTTAAATTTTT--CAGATAACTTATTTACTATTTCATGAAAATTCAC-AGA-C-------------AAAGACGA--AC--------TG-----TAACC---G----GT--G-AT-----------A--T-CA------A---G-TAT-A--AAGTGGT-CAT--------GAAA--------------------AAAGT-GCAACAACG--GT----T--TTTTGTGTAAAT---TGCACCGTTC--CATA-CATAAT-TGTCCCAAATGAGC--ACAAAATGTCGTTGC-CCT-TTTACAAAATAAATACAAGT-TTTCCATGGTC
gi|10 : cAACG--------T--TTATTTGTCAAT---TGTATCACTCGCCATATCGT-----TTTTCAA-TAAGT--AAAATACGCCGGTACACCA-TTTGCCA-------AC--GT-TTAACATGGCC
gi|11 : aaaacaac--TTTTTTGTAAAC---TGCGCCACTC--AATACCATAAT-TGTTTGAACTGAAC--ACAATACATGGTTACACTT-TTGGCA-----------AGT-TTTATATGGCCaca
gi|12 : GATGA--AC--------CA-----T--CC---G-----T--G-------------------------------C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CT--------------------AAACTAG---TA------T----T--TTTTT
gi|12 : CTGAACTAAGAAAA-GCC-TT-CACTTGTTTG-AAAA-AAATACTAGT-TTAGCATGGCCcaaacaagtgaaggcttttcttagttcagcggttcga
gi|13 : gatgaaccatccgtgctatcaagtTTTTGTACAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-ATTTTCAACTGAGC--AAAATGCGCCGTTGCACTT-TTTGCAcggttcga
gi|14 : gtgtac--G-AG-----------A--T-CA----GTA---C-TAT-C--AAGCGGC-TAT--------G-Cg
gi|15 : tctgcacaAATACACCGTTGCACTT-TCTACAGAA-AA-TACGAGT-TTTGCATGGttaacttgtatttttggcaaaatacg
gi|16 : aatttactacaACGGTGTCGAACCCATGTGACTTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-
gi|2 : GCGAACCCATACGGCCTAATTGTATGGTGTGGTGTAA-AAATCGGAGGAAAA-GTG-CTCGCTTT-CGTAACATTTTTTCCAGATATCTTTCTCAATATTTCATGAAAATTCCCGAAA-C-------------GATGAGGATTGC--------CA-----T--CTCTCT----GT--GTATATATATGTATCA--T-CG----G-T---CTTAT-C--AAGTGGA-CAT--------G-CAAAACTCTTAATTTGAAGAAAAAAAT-G---TAACGTCGT----TAGTATTTGATAATTTCATACAACACTC--CCTACCA-AATCTTTTTCAACTGAGC--aat
gi|3 : tTGGCGAATCCATGTGACCTTATGCTA------------A-AG-TCGAAGGAAA-TGTT-CCCGTTT-ATGGAA------------ATAGTTTT------A---CATGAAAAATCACAAAA-CGCCGTCGCTGTATAAAGACGA--AC--------CA-----T--C----A----GC--G-CT-----------A--T-CAACTTG-A---C--ATGC--AAA--ACTCATATTTGTTTG-CA--------------------AAAGT-A---AAACG--GCGATGT--TTTTTTGTCAAT---TTCACCATTC----------GAT-CTTTTCAACTGGGC--AAAGTACGTCAATGCACTT-TTTGC-AAT-TAGTACGAAT-GTTGCATGGCC
gi|4 : aACAGTGGCAAACTCACTTGAC----TGCTATGGAGGGGTGCAA-AA---------AATTGTGTCCCGCTTCAGGT--TAT---------------------ATATTT---GAAAATTCATGATA-T-------------AGAGATGA--AC--------CA--------CT---G----GT--G-AT-----------A--T-CA--------------------AGTG---CA------------A--------------------AAAGT-G---TA-----------------------AAT---TGCATCGCTC--TATACCATAGT-TGTCTCAACTGAGC--ACAAAATGCCATTGCTCCT-TTTGCAGAA-AA-TACAAGT-TTTGCATGGa
gi|5 : GGCAAACCCATGTGACCT----------AATGATGTAA-AA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCCGCTTCTGGTAACATTTCTA-CTGATAACTCTCTTAATATTTCATGAAAAGACATGAAA-C-------------AAAGATGA--ACACCTTTTCTG-----T--AT---A----GA--G-AT-----------AAAC-CA----C-AGTGC-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAt
gi|5 : AA-AAGTACAAAT-TTTGCATGGCCtttgtacttttgacctaaagtg
gi|6 : ggcaaacccatgtgacctaatgatgtaaaatcggaggaaaagtgcccgcttctggtaacatttctactgataactctcttaatatttcatgaaaagacatgaaacaaagatgaacaccttttctgtatagagataaaccacagtgctatcaagtGGAGTGGTGAAATAA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCTGCT-AACGTAACATTTTTG-TAGATAAATTTCTTAATATTTCATGAAAATTAACAAAA-C-------------AAAGACGA---C--------CGCTGTCT--CT---GTGTAGA--G-ATGAA--------A--CGCC----G-A---T-TAT-GTGAAGTGAC-CAT--------G-GA--------------------AAACTTG---TA------T----T--TATTTTGTAAAgacctaaagtg
gi|7 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACagggcaacg
gi|8 : ctTTCACGAAAAC-------------ATAAACGACCAC--------CGGC---T--CT---GTATAGATAG-GT-----------A--T-CATCG-GTA---C-TAT-C--AAGTGGT-CAT----------TA--------------------AAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgctttctaatgacgatactaaaaaac
gi|9 : ggaaagatatctgcatttaaccgggtatagatatttctatctcactctatatatAAT---TGCACCACTC--CTTAACATATT-TTTTTCAACTTGAT--AAAGAACACCATTGCACTT-TTTGCAAAA-CAGTACGAATGTCTACATAACC
blockSeqs : TTT T C T A G TT T CAG A C TTTTTCCA TC CTC G A GCCGTCGCTGTAT TTGCCATCTCTCTGTGTATATATATGTATCATCGGTCTTATCAAGTGGACATGCAAAACTCTTAATTTGAAGAAAAAAATGTAACGTCGTTAG TCA GCCA T C TA A T G AAA T G
blockSeqs : CTA T T . . A A . CTG A T TTCTACT GT CTT A . . ACCATCAGCGCTATCAACTTGACATGCAAAACTCATATTTGTTTGCAAAAGTAAAACGGCGATGT . AA C . . C T . TAG G .
blockSeqs : CTT T C . . G T . AAC A C TTTTGTA AC CTT G . . CCGCTGTCTCTGTGTAGAGATGAAACGCCGATTATGTGAAGTGACCATGGAAAACTTGTATT . CA C . . G A . AAG G .
blockSeqs : CT . T . . G A . TC A C . AA . G . . ACCATCCGTGCTATCAAGTGGCCATGCTAAACTAGTATT . CC C . . A T . CAG A .
blockSeqs : . . A . . . A . AT . . . . . A . . ACCACTGGTGATATCAAGTGCAAAAAGTGTA . TA C . . A T . AA A .
blockSeqs : . . . G . . . CT A . . C T . AA G .
blockSeqs : . . . . . A A . . . .
blockSeqs : . A . . . .
blockSeqCons : A* TTCTC*** AA**
originalCons : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAATGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--CAGATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAA-AAGTACGAGT-TTTGCATGGCC
finalCons : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAAAA-GTG-CCCGCTTCACGTAACATTTCTC---GATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAAAAA--TACGAGT-TTTGCATGGCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 5555555555 3333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 777 3 1 1 5 1 6 4 6 999 3 5 2222222222 22 555 1 5 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 888 8888 4 0 5 66 1 1 0 3 0000 0 1 4
lowQualScore : ... . . . . . . . . ... . . .......... .. ... . . ............. .................................................................................................................................................. . ... .... . . . .. . . . . .... . . .
lowQualScore : 777 2 7 4 7 0 7 0 7 777 5 2 0000000000 88 777 7 7 4444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 5555 5 1 0 11 0 0 9 6 4444 3 4 0
consensus : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAA-ANGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTTT--C---GATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAA--A-AATACGAGT-TTTGCATGGCC
Reference ( family-544 ) : NACGGTGGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-TCGGAGGAA-AAGTG-CCCGCTTCACGTAACATTTCT--C---GATAACTTTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAAA-C-------------AAAGACGA--AC--------CG-----T--CT---G----GN--G-AT-----------A--T-CA----G-A---C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAGT-G---TAACG--GT----T--TTTTTTGTAAAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-TTTTTCAACTGAGC--ANAANACGCCGTTGCACTT-TTTGCAAA--A-AATACGAGT-TTTGCATGGCC
gi|1 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACATTATGCAATGGAGTGGTGCAACAA-TCTTAGGAATATGTG-CCCGCTTCACGTTAAATTTTT--CA--GATAACTTATTTACTATTTCATGAAAATTCAC-AGA-C-------------AAAGACGA--AC--------TG-----TAACC---G----GT--G-AT-----------A--T-CA------A---G-TAT-A--AAGTGGT-CAT--------GAAA--------------------AAAGT-GCAACAACG--GT----T--TTTTGTGTAAAT---TGCACCGTTC--CATA-CATAAT-TGTCCCAAATGAGC--ACAAAATGTCGTTGC-CCT-TTTACAAAATA-AATACAAGT-TTTCCATGGTC
gi|10 : cAACG--------T--TTATTTGTCAAT---TGTATCACTCGCCATATCGT-----TTTTCAA-TAAGT--AAAATACGCCGGTACACCA-TTTGCCAA--------CG--T-TTAACATGGCC
gi|11 : aaaacaac--TTTTTTGTAAAC---TGCGCCACTC--AATACCATAAT-TGTTTGAACTGAAC--ACAATACATGGTTACACTT-TTGGCA------------AGT-TTTATATGGCCaca
gi|12 : GATGA--AC--------CA-----T--CC---G-----T--G-------------------------------C-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CT--------------------AAACTAG---TA------T----T--TTTTT
gi|12 : CTGAACTAAGAAAA-GCC-TT-CACTTGTTTGAAAA--A-AATACTAGT-TTAGCATGGCCcaaacaagtgaaggcttttcttagttcagcggttcga
gi|13 : gatgaaccatccgtgctatcaagtTTTTGTACAT---TGCACCGCTC--CATACCATAAT-ATTTTCAACTGAGC--AAAATGCGCCGTTGCACTT-TTTGCAcggttcga
gi|14 : gtgtac--G-AG-----------A--T-CA----GTA---C-TAT-C--AAGCGGC-TAT--------G-Cg
gi|14 : tctgcacaT-TTTGCCAA--A-AATACAAGT-TAAGCATAGCCttaacttgtatttttggcaaaatacg
gi|15 : tctgcacagagatcagtactatcaagcAATACACCGTTGCACTT-TCTACAGA--A-AATACGAGT-TTTGCATGGtacg
gi|16 : aatttactacaACGGTGTCGAACCCATGTGACTTTATGCTATGGAGTGGTGCAA-AA-
gi|2 : GCGAACCCATACGGCCTAATTGTATGGTGTGGTGTAA-AAATCGGAGGAA-AAGTG-CTCGCTTT-CGTAACATTTTT--TCCAGATATCTTTCTCAATATTTCATGAAAATTCCCGAAA-C-------------GATGAGGATTGC--------CA-----T--CTCTCT----GT--GTATATATATGTATCA--T-CG----G-T---CTTAT-C--AAGTGGA-CAT--------G-CAAAACTCTTAATTTGAAGAAAAAAAT-G---TAACGTCGT----TAGTATTTGATAATTTCATACAACACTC--CCTACCA-AATCTTTTTCAACTGAGC--aat
gi|3 : tTGGCGAATCCATGTGACCTTATGCTA------------A-AG-TCGAAGGAA-ATGTT-CCCGTTT-ATGGAA--------------ATAGTTTT------A---CATGAAAAATCACAAAA-CGCCGTCGCTGTATAAAGACGA--AC--------CA-----T--C----A----GC--G-CT-----------A--T-CAACTTG-A---C--ATGC--AAA--ACTCATATTTGTTTG-CA--------------------AAAGT-A---AAACG--GCGATGT--TTTTTTGTCAAT---TTCACCATTC----------GAT-CTTTTCAACTGGGC--AAAGTACGTCAATGCACTT-TTTGCAAT--T-AGTACGAAT-GTTGCATGGCC
gi|4 : aACAGTGGCAAACTCACTTGAC----TGCTATGGAGGGGTGCAA-AA--------AA-TTGTGTCCCGCTTCAGGT--TAT-----------------------ATATTT---GAAAATTCATGATA-T-------------AGAGATGA--AC--------CA--------CT---G----GT--G-AT-----------A--T-CA--------------------AGTG---CA------------A--------------------AAAGT-G---TA-----------------------AAT---TGCATCGCTC--TATACCATAGT-TGTCTCAACTGAGC--ACAAAATGCCATTGCTCCT-TTTGCAGA--A-AATACAAGT-TTTGCATGGa
gi|5 : GGCAAACCCATGTGACCT----------AATGATGTAA-AA-TCGGAGGAA-AAGTG-CCCGCTTCTGGTAACATTTCTACT---GATAACTCTCTTAATATTTCATGAAAAGACATGAAA-C-------------AAAGATGA--ACACCTTTTCTG-----T--AT---A----GA--G-AT-----------AAAC-CA----C-AGTGC-TAT-C--AAGTGGC-CAT--------G-CA--------------------AAAt
gi|5 : CACTT-TAGGTCAA--A-AGTACAAAT-TTTGCATGGCCtttgtacttttgacctaaagtg
gi|6 : ggcaaacccatgtgacctaatgatgtaaaatcggaggaaaagtgcccgcttctggtaacatttctactgataactctcttaatatttcatgaaaagacatgaaacaaagatgaacaccttttctgtatagagataaaccacagtgctatcaagtGGAGTGGTGAAATAA-TCGGAGGAA-AAGTG-CCTGCT-AACGTAACATTTTT--GTA-GATAAATTTCTTAATATTTCATGAAAATTAACAAAA-C-------------AAAGACGA---C--------CGCTGTCT--CT---GTGTAGA--G-ATGAA--------A--CGCC----G-A---T-TAT-GTGAAGTGAC-CAT--------G-GA--------------------AAACTTG---TA------T----T--TATTTTGTAAA
gi|7 : ACGGTGGCGAACCCACGTGACagggcaacg
gi|8 : ctTTCACGAAAAC-------------ATAAACGACCAC--------CGGC---T--CT---GTATAGATAG-GT-----------A--T-CATCG-GTA---C-TAT-C--AAGTGGT-CAT----------TA--------------------AAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgctttctaatgacgatactaaaaaac
gi|9 : ggaaagatatctgcatttaaccgggtatagatatttctatctcactctatatatAAT---TGCACCACTC--CTTAACATATT-TTTTTCAACTTGAT--AAAGAACACCATTGCACTT-TTTGCAAA--ACAGTACGAATGTCTACATAACC