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Reference ( gi|2 )            :                                                                                                                                 TAATGCATTCAACTGACAT--CA-CATTGTCCTGTTTCACATTTATCTA--GC-TGAG-ATATACATGTAAAGCATGTGTTATAT--------ATCAT---TAAGGTGA-A--GA---TGAAC--T--CG-------A-CGGCAA-ATATTACACCTTTTGTT--TACT--ACCCGTTGCTT-CATG-ACGTCAAAA-AATTTTTATA-GTTACAACGTTT---TTTA----CATTGT---AA--CCAATCACAGATCT--TGAACAAGGTTGATTTTTATCCAAA--TT-TAGTCC---CAAA-GCTAAAA-AC--AAA--GGTTCGTG-GA-A-----A----------TGT---------GTTCAT-GAGA-------AAAACTAATGCCAACATTCTGAATAGGCTCATTGG--A--AGTCA---T---AAG--TGTGAATATTTATCTCTGATTGCTGAGATTGTGGGTTCAAGCCTAACTGGGTTAAAAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                 TAATGTACTTGATAAACAC--CATCAT-GTCCTGTTTTGCTTTTATCAA--GC-ATTG-ATACACATGTCAA-------TTATAT--------GGCATCCCTAAGGTAA-A--GAAGTTGAAGAAT--GG-------AATGGCAACAAGCTATGTCTCTTGTA--TGCG--ACTGGTTGCTT-CATG-ATGCCAAAA-ACTATTGATA-ATTGTGACGATT---ATAA----AGTTAT---AA--TTAATTGCAAATTT--AGAACAATTTAGA-TTTTATTCAAA--AT-TATTCC---C-AA-GCTAAAA-AT--GAC--CTTTCATG-GGTACCAGTA----------TGT---------GTTAAT-GAG--------AAAATGAATGACAAAATT
gi|7                          :                                                                                                                              tttTACTGCACTCGGTTCACACTCCA-CCATGT---GTTTTATATATATC-A--GG-CGCGTATAGACATGTGATGTAGGTTTTGTAT--------A-CAT---CA-GTTAA-A--GT---TGA-C--TAACGGAAGGGAA-CGGCAA-ATGTTATGCCGTCCGTT--TCCT--AACCGTTGCTT-CATG-GTGTCAAAC-ACCGTTAATA-CT-----CGTAT---TTTG----AATTTT---GG--T--ATTAC-GACAT--T-CACAAA--TG-TTTTTATT--AA--TGATAATTT---CAGATGTTAAAT-AT--GAA--GGTTCATG-GA-T-----A----------TGC---------ATTCAT--AGA-------AAAATAGGCGTCAACATTCt
gi|4                          :                                                                                                                               atTAATGCATTCGATTAACTC--CA-CCAAGTCCTGTTTATTGTTTATCTA--GTATAAG--TTTACACGTACATTATGTGTTACATGACTGTTAATCCT---TTAGTTGA-A--AG---TGA-------TG-------A-----AA-GGAT--CGTCATTAGCTAATACT--AT------------TA-ACGTC--AT-ACTATTAATA-ATTGCGACGTTT---ACGA----CAATGT---AA--TCAGTCGCAAATCT--CAAACAACGTTGa
gi|13                         :                     catataaagttacatgtaacacgtgcgaagtaaccaaactacgttgactttgctaattacatgtaagttcaaatatcatgaactatcaatattttttatttatgttatTATTGTACTTGATTTATAC--CG-TAATGCCCTGTTTCCAATTCATCTA--AC-TCAG-ATCTACCCGTAAA-CATATTTTA-A---------GTCCT---TAAGTTTATATTGG---TGAAC--G--GG-------A-CAGCAA-AACCCACACCACTTGTT--t
gi|9                          :                                                                                                                                              TGACAT--CA-TAATGTCGTGTATAACATTTATCTA--GA-ACAG-ATAAACATATAAAATATGCCTTGTAT--------aaaccaacagtttttttat
gi|1                          : aattatttgatgaatattgataagaaatgacagtacactcacacgtgtaaggtaagagaaccgcgaaagggattacgtaatctttggtggtaacatttaagttaatttcttatatcctatattaaattaacaaaatactctttACAA--CA-CCATGTCCTGTTTTGTATTTATCTGGTGC-T--G-ATACACATGTAAAGTATGTGT--TGC--------ATCAC---TAAAGTT-----GA---TGAAA--G--GA-------G-AGGTAA-AACTTACGCCTCTTG----AACTCAATCTGCGGCTT-CTTC-TTATCAAAA-----------------AACGTTT---TTGA----TGTTCT---AA--TCAAATGCAAATCT--TGAACATTATTGA--TTTATTTAAA------AGTATGGGCAAA-GCTAAAA-AT--GAG--CGTTCATGAGA-A-----AGTGAATGAATTGTTTTAAATAGGTTC-T-AAGA-------AAGATTAATGTC-ACATc
gi|6                          :                           gtattcgttgaaggatcatgagagatgaacttacatgtgacacatgcaaagtaagtaaaattctgaatgcgttaatgtaaattttgctgtcacatgcaagttaatatctcatgaatgttcatgttcacttgtgatatttagttttaatgtactaggtaaG-ATGAACATATAAAGTATGTATTGT-T---------TCTT---CAAGTTGATA--AA---TGTA---------------G-CAGCA-----TTAC--CTTTTGTT--TGCT--ATCTTTTGTTTTCCCA-ATGGCAAAA-AATC---ATA-AT-AAAAAATTTGACTTTGATGGCGTTAT---GA--TCAATTGCTAATCT--CAAACACAGTTGATTTC-ATCCAAA--AT-TATGCC---CAAA-GCTAAAACAT--AAAATGGTTCATG-AA-A-----T----------TGT---------ATTCAT--AAA-------AAAATGTACGTCAAAATTCTATATGAGATTATTGA--AGCAGTCA---TGTCAAA--TGTgtaaatacaatgtaaataatgtcttgataaattatatgaatatatgaatgactattttttgttgag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    tacttatccaaaccG-------A-CGGCAA-AAGTTACGGCTTTTGTT--TACT--CGACGTTGTTT-CATT-ACGTTAAAA-ACTGTAAATA-ATTGTGACGATT---Tagttt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                             aaattggtgagtga-CGGAAA-ACA---CATCTCTTGTG--CATT--CCCTGTTGCTC-TATG-ACGTCAAAAGAATTA--ATA-CTTATGACATG-------A----CAGTGT---GATTCCA-TTGCAAATCT--TGA-CATGGCTGA----------AA--TTATA--TC---TAAA-CCTAAAA-AT--GAC--TGTTCATG-GG-T-----G----------CGT---------GTTCAT-GGAA-------AAAATGAAAGACAAAATTCTGTACAGGTCAAATGATTA--AGTTACGTT---AAGAATGTATATATTGGTCT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                            tatctataatattacagtacttgattaataccacaatgtttccttttttctttatctatagcactaatatagctgtaaacaatgtgtT--TACT--AC---TTGCAT--ATGCATGTTATAA-AACTTTGAAAAGATATGACGTTC---T--------GTTGTCCTAA--TCAATCGCAAATCT--CGG-CAAGACAGATTTTTATTCAAAAGTA-TAAT-----CGAA-GCCAAGA-AT--GAC--CATTCATG-GG-T-----A----------TGC---------GTTCAT-GGGA-------aattagatacattata
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --ACACGTTGTTT-CATG-ACGTCAAGA-CAGTTTAAAA-AT-ATCACTTTT---TTT-----CATATC---AA--CCAATCACAAATCT--TGAACAACCTTGA----TATAAAAA--TA-T-GCCC---GAAA-TC----A-ACTTAAA--TGTTCGTG-AG-A-----A----------TGT---------GTACATCGGGAAAAATACAAAATTCATGACAAAATTCTATACAGGCTCAtatgaacaataaaatactttat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTTGCTT-CATG-ATGGC-AAA-AAT--------GTTGTGACATTC---TTAA----TATTAT---AA--TCAACTACAAATCTAGTCAGTGAG---GA-TTTTGTCCAAA--AT-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgtATCT--CGAAC---GTC-AGTTTTATCCCTC--TT-TA-TGC---CGAA-GCTAAAA-AT--CGA--GGTTCAT----------------------TG----------GT----------------AGATCT-AT-CCAA-ATTCTATATAGGTTTATT-G--A--AGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caatgatgtaTATTTAAA--AT-TATGAC---GAAA-GCTTAAA-AT--GAA--AGTTCATG-GT-T-----A----------TGC---------GTTCAT-G-GG-------TAGGTTAATGACAAAATTagttccgtcacgaatgta
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|12 ): ATGAGGAAATAAAAATTGTGTTTACGGAGTTTTATTTCATTTGTTATTAGTTCATAAGATATGAACTTACATATACCACGTGCAAAGTAAGTGAACCTCAAATGAGTTCATGGGCTGAATGCCTATATATCATATCTCACGAATGTTCAACAAATGAAAT
Unaligned ( gi|14 ): AGGAATGAATTGTATTTGTTGAACGTTCACGTGATTTGAACGTGCATGTAGCATGTGCAGGGTTAATGAACCCCGATGGGTAAATGCAATTTCTGGTCGTAAACATGTAAGTTCATAGCTAGTGAATATTTAA
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGAAATGAACTTTCTTTGTTCAACATTAACTTAATGAAATGAACACAGTTTGCATGAACCCCTTTTGGGATTCTTATACATGACACATGTTATGTTAGTTCATATCTCATGAATATTCAA
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blockSeqs                     :                                                                                                                           A    .    A    .        AT           TATA    G        AT     G  TTAAG            A   .  .     AAGTGATGAAAGGAT                    AAG     AC            ACCC         .    .          CTG  A T AA      G            C   G    .         .      A   AGG    T      C         GA GA         .    CC          GT              .  GGAA      TA        T A                  T T GAA A  .   CGTTAAG         .  
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-498 )      :                                                                                                             TAATGCACTCGATTAACAC--CACNATGT--CCTGTTTCGTATTTATCTAGCGCNGATANACACGTAAAGTATGTGTTGTAT--------A--TCN-TTAA-GTTGANA----TGATG-AANGGAACGGCAA-AAGTTACGCCTCTTGTTTACT--ACCCGTTGCTT-CATG-ACGTCA-AAAANTNTTAATAA----TTGTGACGTTTTTGACGTTNTAAT-CAATCGCAA-ATCTCGAACAANGTTGA-TTTTATCCAAAATTATGCCCGAAGCTAAAA-ATGAA--NGTTCATGG------GTATGCGTTC-AT-GGGAAAAATG----A---ACGACAAAATTCTATATAGGTTCATTGAAGNAGTTACGTCAAGAATGT---ATATATCGGTCT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATTTAAAATTATGACGAAAGCTTAAA-ATGAA--AGTTCATGG------TTATGCGTTC-AT-GGG-TAGGTT----A---ATGACAAAATTGTATAAAGGTAAAAC-AAGGAGTAACGT-AAAAAGGTAAAATGTATCGGTaaaccaacagtttttttat
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gi|2                          :                                                                                                         aaatTAATGCATTCAACTGACAT--CACATTGT--CCTGTTTCACATTTATCTAGCTGAGATATACATGTAAAGCATGTGTTATAT--------A--TCA-TTAA-GGTGAA------GATG-AACTCGACGGCAA-ATATTACACCTTTTGTTTACT--ACCCGTTGCTT-CATG-ACGTCA-AAAAATTTTTATAG----TTACAACGTTTTTTACATTGTAAC-CAATCACAG-ATCTTGAACAAGGTTGATTTTTATCCAAATTTAGTCCCAAAGCTAAAA-ACAAA--GGTTCGTGG------AAATGTGTTC-AT-GAGAAAAACT----A---ATGCCAACATTCTGAATAGGCTCATTG--GAAGTCA---TAAGTGTGA---ATAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             GTTGCTT-CATG-ATGGCA-AAAAT--------G----TTGTGACATTCTTAATATTATAAT-CAACTACAA-ATCTAG-TCAGTGAGGA-TTTTGTCCAAAATTttatctctgattgctgagattgtgggttcaagcctaactgggttaaaaaaa
gi|3                          :                                                                                                              tgtGTACTTGATTAATAC--CACAATGTTTCCTTTTT--TCTTTATCT-------ATAG-CAC-TAA-----------TAT--------A--GCT-GTAA-------A----CAATG-TGT----CGG-AA-AA--CACATCTCTTGTGCATT--CCCTGTTGCTC-TATG-ACGTCA-AAAGA-ATTAATAC----TTATGACAT----GACAGTGTGATTCCATTGCAA-ATCTTGA-CATGGCTGA-----------AATTATATCTAAACCTAAAA-ATGAC--TGTTCATGG------GTGCGTGTTC-AT-GGAAAAAATG----A---AAGACAAAATTCTGTACAGGTCAAATGATTAAGTTACGTTAAGAATGT---ATATATTGGTCT
gi|4                          :                                                                                             tatctataatattacaTAATGCATTCGATTAACTC--CACCAAGT--CCTGTTTATTGTTTATCTAGTATAAGTTTACACGTACATTATGTGTTACATGACTGTTAA--TCC-TTTA-GTTGAAAG---TGATG-AAAGGATCGTCAT-TAGCTAA----------TACT--AT------------TA-ACGTC---ATACTATTAATAA----TTGCGACGTTTACGACAATGTAAT-CAGTCGCAA-ATCTCAAACAACGTTGaattagatacattata
gi|5                          : catataaagttacatgtaacacgtgcgaagtaaccaaactacgttgactttgctaattacatgtaagttcaaatatcatgaactatcaatattttttatttatgttatTAATGTACTTGATAAACAC--CATCATGT--CCTGTTTTGCTTTTATCAAGCATTGATACACATGTCAATTATATG----GC--------A--TCC-CTAA-GGTAAAGAAGTTGAAG-AATGGAATGGCAACAAGCTATGTCTCTTGTATGCG--ACTGGTTGCTT-CATG-ATGCCA-AAAACTATTGATAA----TTGTGACGATTATAAAGTTATAAT-TAATTGCAA-ATTTAGAACAATTTAGA-TTTTATTCAAAATTATTCCC-AAGCTAAAA-ATGAC--CTTTCATGGGTACCAGTATGTGTTA-AT-GAG-AAAATG----A---ATGACAAAATTt
gi|6                          :                                                                                                                                                  tttTACTTATCCAA-ACCGATGAACATATAAAGTATGTATTGT-T-----------TCT-TCAA-GTTGATA----------AATGTAGCAGCA-----TTAC--CTTTTGTTTGCT--ATCTTTTGTTTTCCCA-ATGGCA-AAAAATCATAATAAAAAATT-TGACTTTGATGGCGTTATGAT-CAATTGCTA-ATCTCAAACACAGTTGA-TTTCATCCAAAATTATGCCCAAAGCTAAAACATAAAATGGTTCATGA------AATTGTATTC-AT--AAAAAAATG----T---ACGTCAAAATTCTATATGAGATTATTGAAGCAGTCATGTCA--AATGT---t
gi|7                          :                                                                                                             TACTGCACTCGGTTCACACTCCACCATGT-----GTTTTATATATATCAGGCGCGTATAGACATGTGATGTAGGTTTTGTAT--------ACATCAGTTAAAGTTGAC-----TAACGGAAGGGAACGGCAA-ATGTTATGCCGTCCGTTTCCT--AACCGTTGCTT-CATG-GTGTCA-AACACCGTTAATAC----TCGTA----TTTTGA-ATTTTGGT---ATTACGACAT-TC--ACAAA--TGT-TTTTATTAATGATAATTTCAGATGTTAAAT-ATGAA--GGTTCATGG------ATATGCATTC-AT--AGAAAAATA----G---GCGTCAACATTCgttt
gi|9                          :                                                                                                                 atACTCTTTTGACAT--CATAATGT--CGTGTATAACATTTATCTAGAACAGATAAACATATAAAATATGCCTTGTAT--------a
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|12 ): ATGAGGAAATAAAAATTGTGTTTACGGAGTTTTATTTCATTTGTTATTAGTTCATAAGATATGAACTTACATATACCACGTGCAAAGTAAGTGAACCTCAAATGAGTTCATGGGCTGAATGCCTATATATCATATCTCACGAATGTTCAACAAATGAAAT
Unaligned ( gi|14 ): AGGAATGAATTGTATTTGTTGAACGTTCACGTGATTTGAACGTGCATGTAGCATGTGCAGGGTTAATGAACCCCGATGGGTAAATGCAATTTCTGGTCGTAAACATGTAAGTTCATAGCTAGTGAATATTTAA
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGAAATGAACTTTCTTTGTTCAACATTAACTTAATGAAATGAACACAGTTTGCATGAACCCCTTTTGGGATTCTTATACATGACACATGTTATGTTAGTTCATATCTCATGAATATTCAA
Unaligned ( gi|18 ): TTGATGAGATGCGAATTTACAAGTATCACGTGTAAGATAAACGAACCCCGAAATTTTGACTCATTTCATGAAATATATTTATGACAGTTCAACAAATGAAA