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Reference ( gi|1 )            :   TGTCTTTTTTTTTTAATAAGGTTTTTGTT-ATT--TTCA-AC--ATG-TAAC-AGATTAT--AGG--CATAGTACCACCATTGCAAAAAGGAAGTGCTTCCGTGGGGTAGTTGCATGATGGCGGTTATAAATAATC-CTCAT-TTCTTC---TTTTTTAAAAA-TTTATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTGTTTTGAACATTTTGATAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAAT---TGATGCTTGGA-AATTGTGGTATGAATACATGATTTCGGAAGTCTACTTTCACTTTGTCACCAGTGT-ATACACTGAGCAGAAA-AAAAATCTCTTATATGACACATGACCCCTACTTTTATCA-TCATATTTTGATAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAGGTTTCACTTCTTTCATTTG---GGAT---TCTCTATGAATGACAAGCCTTCA--AACT-TTTATTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGGTTAAACCTATATATGACATATCCAGTTTTATTGGTCTATAGAGGAAGACCTTGGAATTAATCTGGATAGAACTACCGCACTTCTGCAAGTAACTTCCCCATATAAAACTTTTGGAACAAACTAAGCTTGAATTCTCAACCTTAGCTGTGAGAGGTAAGTGGTCAGTAGTTAGTAGTTGGTAGGTGACAGCACTTAAACCATTCTGCCCACAGAAGACCCAATTTTTCTCTTTCAGCATTTCTTGGAAATTGTTGGTAGTTTTTAAATATTTTTG
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gi|4                          :               taagtccttggTTAGTTCATTAGTTCAGACGGATG-TAATGATATTTTTAAGG--CAAAGTACCACCTTTGCAAACAGGAAATGCTTCCG-------------------CAGTTACAAATAATC-CTTGT-TACTTC---TTTTTT-------------TCCTTATTTTAATGCTCATTTCTTT-TTATTTGAATGCCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTCAAAGCAT-TTTCATGTTGGATTTGTGGATTAAGAA-AAAA---A--------ATGTATGGATAAGAGTACAATG--TACATGATTTGGGAAGTTTACTTTCACTTTGTCAACAGTGT-ACACACTGGACTGAGATAAACATTTCTAGAGTGACACATCATCCCAACTTTTCTCA-TTATATTTTTGTAGTACAGAGGTTGGCAAACAATCAACTGT--GTATC------------------------TCTCTATGAATGACAAGCATGCA--AACT-TTT-TT-TTTATT-TAG-GAAATATTAAAGAACAACAATCAATGGTCGGCTTACACca
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gi|5                          :                                                          tTTGC--AGG--CACAACACGCCAAATGGGAGCAGGAAATGTTTCCATGAGGTAGTCGCATAACGGCAGTGATAAATAGTC----AT-TGTTTC---TTATTTAAAAA-CGCATTTTCCCTAATTTAATGCTC-----------ATTT---------------TGTGATTTGAA-----TGA---CAT-TGTCATATT-------TGAATT----------------------------GGA-AATTGGGGTATGAATACATAATTTCTGAAATCTACTTTCACTTTGACAACGGTGT-ACACACTGAAC---AA-AAAAATATCTTAGATAAAACATGACCA--ATTTTTCCTACTGATATTTTGGCACTGCAGATATCAACAAACAATAAAATGTAAGTTTC---TCTTTGATTTG---AG-----TCTTTATGAATGACATGCTTTTA--AAAA-TGTTTCATTTGGCATAGAAA-----TAAA-AAGGAACATCAATGGTGG
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gi|11                         :                                                                                                                   acATAACGGCGGTGATATGTAATA-CTTTT-TTCTTC---TCATTTAGAAA---------------------ACACATTT--TTGTTAGTTGAGTCACATTATTTATGTTTTTGGAACATTTTG-------------------AAGTATGAAATTAGAA-AACA---AA-T---TGATGCTTGGA-AATTGGGGTATGGATACAATACTTCTGATGTCTACTTTCACATTTTTAACAGTGC-AAACACTAAACA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGT-ATACACTGAACAGAAA-CAA--TATCTTGTACGATACATGGCACCTACCTTTCTCA-TCATATTTTTATATTGTAGAGGTTGACA--C-------------TTACACTTCTTTCATTAG---GGCC---TCTCTATGAATGGCAAGCCTTCA--AACT-TGTATTATTTACTATAG-AC-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGTTTA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-479 )      :                       NNNNNTTTTTTTTCAATAAAGTTT-T-GTTCATT--TTCA-AC--ATGTAATNGAT----TANAGG--CANAGCACCACCATTGGAAACAGGAAGTGCTTCCGTGGGGTAGTCGCATAATGGCGGTNATAAATAATC-CTCGTTTCTTC---TTNTTT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTGAAAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAANTGATGCTTGGA-AATTGGGGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACTTTCACTTTGTCAACAGTG-TACACACTGAACAGAAA-AAAAATNTCTTGNA--TGA--CACATGACCCCTACTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAAGTTTCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACGAAAATCAATGGTGGGCTTACACCTATA
gi|1                          :                            TTTTTTTTTAATAAGGTTT-TTGTT-ATT--TTCA-AC--ATGTAACAGAT----TATAGG--CATAGTACCACCATTGCAAAAAGGAAGTGCTTCCGTGGGGTAGTTGCATGATGGCGGTTATAAATAATC-CTCATTTCTTC---TTTTTT-AAAAATTTATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTGTTTTGAACATTTTGATAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAATTGATGCTTGGA-AATTGTGGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACTTTCACTTTGTCACCAGTG-TATACACTGAGCAGAAA-AAAAATCTCTTATA--TGA--CACATGACCCCTACTTTTATCA-TCATATTTTGATAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAGGTTTCACTTCTTTCATTTGGG--A---TTCTCTATGA-ATGACAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGGTTAAACCTATA
gi|10                         :                                                                                                                                           tgtctGCGGTTATAAATAATC-CTCATTTCTTC---TTCTTT-AAAA-TGCATTTTCCTCACTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTGTAAACAT-TACCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAAATGATGTTTGGA-AATTGGGGCAtatgacatatccagttttattggtctatagaggaagaccttggaattaatctggatagaactaccgcacttctgcaagtaacttccccatataaaacttttggaacaaactaagcttgaattctcaaccttagctgtgagaggtaagtggtcagtagttagtagttggtaggtgacagcacttaaaccattctgcccacagaagacccaatttttctctttcagcatttcttggaaattgttggtagtttttaaatatttttg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GAAAAAAAA-AATGATGTTTGGAAATTGGGGCACATGACCCCTAATTTTCTCA-TCATATTTTGGAAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTTAAATGTAAGTGTCACTTGTTTCATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACACGCTTTCA--AAA---T-TTTACTATTAACTATAG-AA-----TAAAAAACAAAAATCGATGGTGGACcatgacccctaattttctcatcatattttggaagtgcagaggttgacaaacagttaaatgtaagtgtcacttgtttcatttgggtctctctatgaatgacacgctttcaaaattttactattaactatagaataaaaaacaaaaatcgatggtggacat
gi|11                         : gcggttataaataatcctcatttcttcttctttaaaatgcattttcctcactttaatgctcatttttttatttgaatggcattattgatgtattttgaacattttgtaaacattaccatgtttgaattgtgaatttaATAACGGCGGTGATATGTAATA-CTTTTTTCTTC---TCATTT-AGAAA-ACA-------------------CATTT--TTGTTAGTTGAGTCACATTATTTATGTTTTTGGAACATTTTGAAG-------------------TATGAAATTAGAA-AACA---AA-TTGATGCTTGGA-AATTGGGGTATGG-ATACAATACTTCTGATGTCTACTTTCACATTTTTAACAGTG-CAAACACTAAACAat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCCTACTTTACTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATTTAAGTTTCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCTACAA-ATGACAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACTACAG-AA-----TAAAGAACGAAAat
gi|14                         :                                                                        AGTTGTT----TGAAGG--CATAGTGCCACCATTGCAAAAAGGAAGTGCTTCCGTGGG
gi|15                         :                     taaaggataaaatcaccacttgaaacggtttaattttaattaaaaaaggtgtagaGAT----TAGAGGGGCATAACACACCCATTAGAAACAGGAAGTTTATCCGTGGGACAGTCGTATAATGGCGGTGGCAAATAACC-ATCGTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tTATGA-ATATTTAACCTTTA--AAA---TGTTTA--ATTCACCATAG-AA-----ATAAGAAGTAAAATCAATGGTGAACTTACACATA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caaATGATATGAAAAGACTTTA--AAAAGGT-TTCATT---CAAAATGG-AA-----ATAAGAAGGAAAATCAATGGTGTG-TTACACTT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GAACGAAAATCAATGGTGGTCTTACACCTATAt
gi|2                          :                                  TTCAATAAAGGTCAT-AT--ATT--TTTA-AA--A-GT--TCGAT----TATAGG--CAAAGTACCACCATTGGAAA-AGGAAACGCTCCAGTGGAGTAGTCGCATAATGGCGGTTATAAATAATCATTTGTTTCTTC---TTATTTAAAAAATGCATTTTCCTTAGTTTAATGCTC--TT--TT-TTATTTCAATGGCATTATTGGTGTATTTTGAACATTTTGAAATCAT-TGTCTTATTTGAATTGTGAATTTTGAA-AAAA---AAA-TGATGCTTGGA-AATTTGGGT-TAA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACCTTCATTTTCGCAACAGTGTTACACACTGAAT--AAA-AAAAATT-----------A--CTCAAGGCTTTAAGTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACGAACAATATAATGTAAGTATCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCAATGA-ACGACAAGCCTTCA--AAC---T-TGTTTTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGCTTACAa
gi|3                          :                 taagtccttggTTTTTTTT---TAAA--TT-T-GTTTATT--CACA-TC--AT--AATAACG----TAAAGG--CAGAACACAACAACTGGAAACAGGAAATGCTTCAGTGGAGTAGTCACATAATGCCGGTGATAAATAATC-CTTATATCTTC---TTGTTT-AAAAAGACATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TG-TGATATGACTGGCATTATTGATGTACTTGGAACATTCTGAAAGTAA-TATCATGTTTGAATTGTGAATC---AATAAAA---AATTTGATGCTTGGA-AATTAGGTTATGA-ATACATTATATCTGAAGT---CTTTCACTTTATTGACAGAG-TACACACTGAACAG-AA-ACAAATTTCTTGGA--TAA--CACATGACCCCTACTTTTCTGA-TGATATTTTGGCAAT----------------------ATGTAAGTTTCTTTTCTTAGATTTGGG--T---CTTTCTATGA-ATGACAATCCTTTA--AAA---T-GTT-TCATTCATTATAA-AA-----ATAAGAAGGAAAATCAATGGTGGGCTTACAC
gi|4                          :                                         gttgTT-A-GTTCATTAGTTCAGACGGATGTAAT-GATATTTTTAAGG--CAAAGTACCACCTTTGCAAACAGGAAATGCTTCCG-------------------CAGTTACAAATAATC-CTTGTTACTTC---TTTTTT-------------TCCTTATTTTAATGCTCATTTCTTT-TTATTTGAATGCCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTCAAAGCAT-TTTCATGTTGGATTTGTGGATTAAGAA-AAAA---A-----ATGTATGGATAA---GAGTACAATGTACATGATTTGGGAAGTTTACTTTCACTTTGTCAACAGTG-TACACACTGGACTGAGATAAACATTTCTAGAG--TGA--CACATCATCCCAACTTTTCTCA-TTATATTTTTGTAGTACAGAGGTTGGCAAACAATCAACTGT--GT------------------A--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCATGCA--AAC---T-TTT-TT-TTTATT-TAG-GAAATATTAAAGAACAACAATCAATGGTCGGCTTACAC
gi|5                          :                                                                              T----TGCAGG--CACAACACGCCAAATGGGAGCAGGAAATGTTTCCATGAGGTAGTCGCATAACGGCAGTGATAAATAGTC-ATTGTTTCTT------ATTT-AAAAACGC---------ATTTT----CCC---------TAATTT-AATG-C-TCATTT-TGTGATTTGAA-----TGA---CAT-TGTCATATT-------TGAATT-------------------------GGA-AATTGGGGTATGA-ATACATAATTTCTGAAATCTACTTTCACTTTGACAACGGTG-TACACACTGAAC---AA-AAAAATATCTTAGA--TAA--AACATGACCA--ATTTTTCCTACTGATATTTTGGCACTGCAGATATCAACAAACAATAAAATGTAAGTTTC---TCTTTGATTTGAG-------TCTTTATGA-ATGACATGCTTTTA--AAA---A-TGTTTCATTTGGCATAGAAA-----TAAA-AAGGAACATCAATGGTGGAC
gi|6                          :                                                                                 catgtagatttatcagttatCCATTAAAAACAAGACGTTCCTGTATAGTGTAGTGGCATAATGGCGGTAATAAATAATC-ATTGTATCTTC---TCATTT-AAAAATGTGTTTTCCTTATTTTAATGCT-ATTT--TTATGATTTAAATTGCATTGTCGGTATATATTAAATATTATGAAAAAATATGTCATGTTTGAATTGTGAATCTAGAA-AAAAGCGAGAATGGTGCTTGGA-AATTGGGGTGTAA-GTATAATATTTCTGAAATCTATCTTAACTTTGTCAACTTTG-T-------------------------CTTGGA--TGA--AACATGACCCCTACTTTTCT-----ATATTTTGGCA---------TTG-----CAGT----TTTAAGTT----TTCCTTGATTTGTT--TTTATTTTCTATGA-ATTGCAAGTCTTTATGAAT---A-TT--TTATTCAAGATAG-AA------AAAAAA-GAAGGTCAATGGTGGG
gi|7                          :                                                                                    acAGA--CATTGTACCACCATTGGAAAAAGGAAGTG-TTCCGTGGGGTAGTCGCATACTGGCGGTTTTAAATAATC-CTCGTTTTTTC---TTCTTT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCAAAGTTGATGTATTTTGAACATTTTGACAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAAGTTAG-A-TAAA---ATATTGATGCTTGCA-AATTGGTGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCAACTTTCACTTTGTCACCAGTG-TTCAC---------------AAATCTCTTATA--TGA--CACATCACCCCTACTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAATAGTAAAATGCAAGTTTCACTTCTTTTATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCCTg
gi|8                          :                                                                                                                                                                    tcTTCTTTATATTCTTT-ATAAATGCATTTTCCTTTCTTTTATGCTCATTT--CT-TTATTAGAATGG-ATTTTTGATGTATTTTGAA-ATTGTGAAA-------------TTAAA----------AAAA-AAAA---AAAATGATGCTTGGA-AATTGGGGCATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACTTCAACTT-GTCAACAGTG-TACACACTGAGTAGAAA-CAAAATCTCTTATA--TGA--CACGTGACCCCTACTTTTCTCA-TTGTATTTTGATAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAAGTTTCACTTATTTCATTTGGGTCT---CTCTCTATGA-ATGGCAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACACTAG-AA-----TAAAGAACAAAAGTCAATGGTGGGTTTACACCaa
gi|9                          :                                                                            tattctttataGA--CACGGCACCAC-ATTGGGAACAGGATGGTCTTCCGTGGGGTAGTCACATAATGGCGTTTATGAATAATC-CTTG----TTC---TTTTGT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCA-AT--CT-TTATTTGAATGTCATTGTTGATGTATTTTAAAAATT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atTG-TATACACTGAACAGAAA-CAA--TATCTTGTA--CGA--TACATGGCACCTACCTTTCTCA-TCATATTTTTATATTGTAGAGGTTGACA--C-------------TTACACTTCTTTCATTAGGG--C---CTCTCTATGA-ATGGCAAGCCTTCA--AAC---T-TGTATTATTTACTATAG-AC-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGTTTACgtatacactgaacagaaacaatatcttgtacgatacatggcacctacctttctcatcatatttttatattgtagaggttgacacttacacttctttcattagggcctctctatgaatggcaagccttcaaacttgtattatttactatagactaaagaacaaaaatcaatggtgggtttac
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Unaligned ( gi|13 ): GTTTCTGTAATCTCGGTTATTTGATATATTTTAATATAGATAATTAACCCTTAAAATGGTTTATTTACTAAAGAAATAAGAAGAAAAATTAATAGCAGACTCACACAT






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gi|6                          :                                                                                 catgtagatttatcagttatCCATTAAAAACAAGACGTTCCTGTATAGTGTAGTGGCATAATGGCGGTAATAAATAATC-ATTGTATCTTC---TCATTT-AAAAATGTGTTTTCCTTATTTTAATGCT-ATTT--TTATGATTTAAATTGCATTGTCGGTATATATTAAATATTATGAAAAAATATGTCATGTTTGAATTGTGAATCTAGAA-AAAAGCGAGAATGGTGCTTGGA-AATTGGGGTGTAA-GTATAATATTTCTGAAATCTATCTTAACTTTGTCAACTTTG-T-------------------------CTTGGA--TGA--AACATGACCCCTACTTTTCT-----ATATTTTGGCA---------TTG-----CAGT----TTTAAGTT----TTCCTTGATTTGTT--TTTATTTTCTATGA-ATTGCAAGTCTTTATGAAT---A-TT--TTATTCAAGATAG-AA------AAAAAA-GAAGGTCAATGGTGGG
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gi|14                         :                                                                        AGTTGTT----TGAAGG--CATAGTGCCACCATTGCAAAAAGGAAGTGCTTCCGTGGG
gi|15                         :                     taaaggataaaatcaccacttgaaacggtttaattttaattaaaaaaggtgtagaGAT----TAGAGGGGCATAACACACCCATTAGAAACAGGAAGTTTATCCGTGGGACAGTCGTATAATGGCGGTGGCAAATAACC-ATCGTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tTATGA-ATATTTAACCTTTA--AAA---TGTTTA--ATTCACCATAG-AA-----ATAAGAAGTAAAATCAATGGTGAACTTACACATA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caaATGATATGAAAAGACTTTA--AAAAGGT-TTCATT---CAAAATGG-AA-----ATAAGAAGGAAAATCAATGGTGTG-TTACACTT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GAACGAAAATCAATGGTGGTCTTACACCTATAt
gi|2                          :                                    TTCAATAAAGGTCAT-ATATT--TTTA-AA--A-GT--TCGAT----TATAGG--CAAAGTACCACCATTGGAAA-AGGAAACGCTCCAGTGGAGTAGTCGCATAATGGCGGTTATAAATAATCATTTGTTTCTTC---TTATTTAAAAAATGCATTTTCCTTAGTTTAATGCTC--TT--TT-TTATTTCAATGGCATTATTGGTGTATTTTGAACATTTTGAAATCAT-TGTCTTATTTGAATTGTGAATTTTGAA-AAAA---AAA-TGATGCTTGGA-AATTTGGGT-TAA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACCTTCATTTTCGCAACAGTGTTACACACTGAAT--AAA-AAAAATT-----------A--CTCAAGGCTTTAAGTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACGAACAATATAATGTAAGTATCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCAATGA-ACGACAAGCCTTCA--AAC---T-TGTTTTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGCTTACAa
gi|3                          :                   taagtccttggTTTTTTTT---TAAA-TTTGT-TTATT--CACA-TC--AT--AATAACG----TAAAGG--CAGAACACAACAACTGGAAACAGGAAATGCTTCAGTGGAGTAGTCACATAATGCCGGTGATAAATAATC-CTTATATCTTC---TTGTTT-AAAAAGACATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TG-TGATATGACTGGCATTATTGATGTACTTGGAACATTCTGAAAGTAA-TATCATGTTTGAATTGTGAATC---AATAAAA---AATTTGATGCTTGGA-AATTAGGTTATGA-ATACATTATATCTGAAGT---CTTTCACTTTATTGACAGAG-TACACACTGAACAG-AA-ACAAATTTCTTGGA--TAA--CACATGACCCCTACTTTTCTGA-TGATATTTTGGCAAT----------------------ATGTAAGTTTCTTTTCTTAGATTTGGG--T---CTTTCTATGA-ATGACAATCCTTTA--AAA---T-GTT-TCATTCATTATAA-AA-----ATAAGAAGGAAAATCAATGGTGGGCTTACAC
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gi|6                          :                                                                                 catgtagatttatcagttatCCATTAAAAACAAGACGTTCCTGTATAGTGTAGTGGCATAATGGCGGTAATAAATAATC-ATTGTATCTTC---TCATTT-AAAAATGTGTTTTCCTTATTTTAATGCT-ATTT--TTATGATTTAAATTGCATTGTCGGTATATATTAAATATTATGAAAAAATATGTCATGTTTGAATTGTGAATCTAGAA-AAAAGCGAGAATGGTGCTTGGA-AATTGGGGTGTAA-GTATAATATTTCTGAAATCTATCTTAACTTTGTCAACTTTG-T-------------------------CTTGGA--TGA--AACATGACCCCTACTTTTCT-----ATATTTTGGCA---------TTG-----CAGT----TTTAAGTT----TTCCTTGATTTGTT--TTTATTTTCTATGA-ATTGCAAGTCTTTATGAAT---A-TT--TTATTCAAGATAG-AA------AAAAAA-GAAGGTCAATGGTGGG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                         NNNNNTTTTTTTTCAATAAAGTTCGT-TTATT--TTCA-AC--ATGTAATNGAT----TANAGG--CANAGCACCACCATTGGAAACAGGAAGTGCTTCCGTGGGGTAGTCGCATAATGGCGGTNATAAATAATC-CTCGTTTCTTC---TTNTTT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTGAAAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAANTGATGCTTGGA-AATTGGGGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACTTTCACTTTGTCAACAGTG-TACACACTGAACAGAAA-AAAAATNTCTTGNA--TGA--CACATGACCCCTACTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAAGTTTCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACGAAAATCAATGGTGGGCTTACACCTATA
Reference ( family-479 )      :                         NNNNNTTTTTTTTCAATAAAGTTCGT-TTATT--TTCA-AC--ATGTAATNGAT----TANAGG--CANAGCACCACCATTGGAAACAGGAAGTGCTTCCGTGGGGTAGTCGCATAATGGCGGTNATAAATAATC-CTCGTTTCTTC---TTNTTT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTGAAAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAANTGATGCTTGGA-AATTGGGGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACTTTCACTTTGTCAACAGTG-TACACACTGAACAGAAA-AAAAATNTCTTGNA--TGA--CACATGACCCCTACTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAAGTTTCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACGAAAATCAATGGTGGGCTTACACCTATA
gi|1                          :                              TTTTTTTTTAATAAGGTTTTTGTTATT--TTCA-AC--ATGTAACAGAT----TATAGG--CATAGTACCACCATTGCAAAAAGGAAGTGCTTCCGTGGGGTAGTTGCATGATGGCGGTTATAAATAATC-CTCATTTCTTC---TTTTTT-AAAAATTTATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTGTTTTGAACATTTTGATAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAATTGATGCTTGGA-AATTGTGGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACTTTCACTTTGTCACCAGTG-TATACACTGAGCAGAAA-AAAAATCTCTTATA--TGA--CACATGACCCCTACTTTTATCA-TCATATTTTGATAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAGGTTTCACTTCTTTCATTTGGG--A---TTCTCTATGA-ATGACAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGGTTAAACCTATA
gi|10                         :                                                                                                                                           tgtctGCGGTTATAAATAATC-CTCATTTCTTC---TTCTTT-AAAA-TGCATTTTCCTCACTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTGTAAACAT-TACCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAA-AAAA---AAAATGATGTTTGGA-AATTGGGGCAtatgacatatccagttttattggtctatagaggaagaccttggaattaatctggatagaactaccgcacttctgcaagtaacttccccatataaaacttttggaacaaactaagcttgaattctcaaccttagctgtgagaggtaagtggtcagtagttagtagttggtaggtgacagcacttaaaccattctgcccacagaagacccaatttttctctttcagcatttcttggaaattgttggtagtttttaaatatttttg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GAAAAAAAA-AATGATGTTTGGAAATTGGGGCACATGACCCCTAATTTTCTCA-TCATATTTTGGAAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTTAAATGTAAGTGTCACTTGTTTCATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACACGCTTTCA--AAA---T-TTTACTATTAACTATAG-AA-----TAAAAAACAAAAATCGATGGTGGACcatgacccctaattttctcatcatattttggaagtgcagaggttgacaaacagttaaatgtaagtgtcacttgtttcatttgggtctctctatgaatgacacgctttcaaaattttactattaactatagaataaaaaacaaaaatcgatggtggacat
gi|11                         : gcggttataaataatcctcatttcttcttctttaaaatgcattttcctcactttaatgctcatttttttatttgaatggcattattgatgtattttgaacattttgtaaacattaccatgtttgaattgtgaatttaATAACGGCGGTGATATGTAATA-CTTTTTTCTTC---TCATTT-AGAAA-ACA-------------------CATTT--TTGTTAGTTGAGTCACATTATTTATGTTTTTGGAACATTTTGAAG-------------------TATGAAATTAGAA-AACA---AA-TTGATGCTTGGA-AATTGGGGTATGG-ATACAATACTTCTGATGTCTACTTTCACATTTTTAACAGTG-CAAACACTAAACAat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCCTACTTTACTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATTTAAGTTTCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCTACAA-ATGACAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACTACAG-AA-----TAAAGAACGAAAat
gi|14                         :                                                                        AGTTGTT----TGAAGG--CATAGTGCCACCATTGCAAAAAGGAAGTGCTTCCGTGGG
gi|15                         :                     taaaggataaaatcaccacttgaaacggtttaattttaattaaaaaaggtgtagaGAT----TAGAGGGGCATAACACACCCATTAGAAACAGGAAGTTTATCCGTGGGACAGTCGTATAATGGCGGTGGCAAATAACC-ATCGTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tTATGA-ATATTTAACCTTTA--AAA---TGTTTA--ATTCACCATAG-AA-----ATAAGAAGTAAAATCAATGGTGAACTTACACATA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caaATGATATGAAAAGACTTTA--AAAAGGT-TTCATT---CAAAATGG-AA-----ATAAGAAGGAAAATCAATGGTGTG-TTACACTT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GAACGAAAATCAATGGTGGTCTTACACCTATAt
gi|2                          :                                    TTCAATAAAGGTCAT-ATATT--TTTA-AA--A-GT--TCGAT----TATAGG--CAAAGTACCACCATTGGAAA-AGGAAACGCTCCAGTGGAGTAGTCGCATAATGGCGGTTATAAATAATCATTTGTTTCTTC---TTATTTAAAAAATGCATTTTCCTTAGTTTAATGCTC--TT--TT-TTATTTCAATGGCATTATTGGTGTATTTTGAACATTTTGAAATCAT-TGTCTTATTTGAATTGTGAATTTTGAA-AAAA---AAA-TGATGCTTGGA-AATTTGGGT-TAA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACCTTCATTTTCGCAACAGTGTTACACACTGAAT--AAA-AAAAATT-----------A--CTCAAGGCTTTAAGTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACGAACAATATAATGTAAGTATCACTTCTTTCATTTGGG--T---CTCTCAATGA-ACGACAAGCCTTCA--AAC---T-TGTTTTATTTACTATAG-AA-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGCTTACAa
gi|3                          :                   taagtccttggTTTTTTTT---TAAA-TTTGT-TTATT--CACA-TC--AT--AATAACG----TAAAGG--CAGAACACAACAACTGGAAACAGGAAATGCTTCAGTGGAGTAGTCACATAATGCCGGTGATAAATAATC-CTTATATCTTC---TTGTTT-AAAAAGACATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TG-TGATATGACTGGCATTATTGATGTACTTGGAACATTCTGAAAGTAA-TATCATGTTTGAATTGTGAATC---AATAAAA---AATTTGATGCTTGGA-AATTAGGTTATGA-ATACATTATATCTGAAGT---CTTTCACTTTATTGACAGAG-TACACACTGAACAG-AA-ACAAATTTCTTGGA--TAA--CACATGACCCCTACTTTTCTGA-TGATATTTTGGCAAT----------------------ATGTAAGTTTCTTTTCTTAGATTTGGG--T---CTTTCTATGA-ATGACAATCCTTTA--AAA---T-GTT-TCATTCATTATAA-AA-----ATAAGAAGGAAAATCAATGGTGGGCTTACAC
gi|4                          :                                          gttgTTAGT-TCATTAGTTCAGACGGATGTAAT-GATATTTTTAAGG--CAAAGTACCACCTTTGCAAACAGGAAATGCTTCCG-------------------CAGTTACAAATAATC-CTTGTTACTTC---TTTTTT-------------TCCTTATTTTAATGCTCATTTCTTT-TTATTTGAATGCCATTATTGATGTATTTTGAACATTTTCAAAGCAT-TTTCATGTTGGATTTGTGGATTAAGAA-AAAA---A-----ATGTATGGATAA---GAGTACAATGTACATGATTTGGGAAGTTTACTTTCACTTTGTCAACAGTG-TACACACTGGACTGAGATAAACATTTCTAGAG--TGA--CACATCATCCCAACTTTTCTCA-TTATATTTTTGTAGTACAGAGGTTGGCAAACAATCAACTGT--GT------------------A--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCATGCA--AAC---T-TTT-TT-TTTATT-TAG-GAAATATTAAAGAACAACAATCAATGGTCGGCTTACAC
gi|5                          :                                                                              T----TGCAGG--CACAACACGCCAAATGGGAGCAGGAAATGTTTCCATGAGGTAGTCGCATAACGGCAGTGATAAATAGTC-ATTGTTTCTT------ATTT-AAAAACGC---------ATTTT----CCC---------TAATTT-AATG-C-TCATTT-TGTGATTTGAA-----TGA---CAT-TGTCATATT-------TGAATT-------------------------GGA-AATTGGGGTATGA-ATACATAATTTCTGAAATCTACTTTCACTTTGACAACGGTG-TACACACTGAAC---AA-AAAAATATCTTAGA--TAA--AACATGACCA--ATTTTTCCTACTGATATTTTGGCACTGCAGATATCAACAAACAATAAAATGTAAGTTTC---TCTTTGATTTGAG-------TCTTTATGA-ATGACATGCTTTTA--AAA---A-TGTTTCATTTGGCATAGAAA-----TAAA-AAGGAACATCAATGGTGGAC
gi|6                          :                                                                                 catgtagatttatcagttatCCATTAAAAACAAGACGTTCCTGTATAGTGTAGTGGCATAATGGCGGTAATAAATAATC-ATTGTATCTTC---TCATTT-AAAAATGTGTTTTCCTTATTTTAATGCT-ATTT--TTATGATTTAAATTGCATTGTCGGTATATATTAAATATTATGAAAAAATATGTCATGTTTGAATTGTGAATCTAGAA-AAAAGCGAGAATGGTGCTTGGA-AATTGGGGTGTAA-GTATAATATTTCTGAAATCTATCTTAACTTTGTCAACTTTG-T-------------------------CTTGGA--TGA--AACATGACCCCTACTTTTCT-----ATATTTTGGCA---------TTG-----CAGT----TTTAAGTT----TTCCTTGATTTGTT--TTTATTTTCTATGA-ATTGCAAGTCTTTATGAAT---A-TT--TTATTCAAGATAG-AA------AAAAAA-GAAGGTCAATGGTGGG
gi|7                          :                                                                                    acAGA--CATTGTACCACCATTGGAAAAAGGAAGTG-TTCCGTGGGGTAGTCGCATACTGGCGGTTTTAAATAATC-CTCGTTTTTTC---TTCTTT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCAAAGTTGATGTATTTTGAACATTTTGACAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAAGTTAG-A-TAAA---ATATTGATGCTTGCA-AATTGGTGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCAACTTTCACTTTGTCACCAGTG-TTCAC---------------AAATCTCTTATA--TGA--CACATCACCCCTACTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAATAGTAAAATGCAAGTTTCACTTCTTTTATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCCTg
gi|8                          :                                                                                                                                                                    tcTTCTTTATATTCTTT-ATAAATGCATTTTCCTTTCTTTTATGCTCATTT--CT-TTATTAGAATGG-ATTTTTGATGTATTTTGAA-ATTGTGAAA-------------TTAAA----------AAAA-AAAA---AAAATGATGCTTGGA-AATTGGGGCATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCTACTTCAACTT-GTCAACAGTG-TACACACTGAGTAGAAA-CAAAATCTCTTATA--TGA--CACGTGACCCCTACTTTTCTCA-TTGTATTTTGATAGTGCAGAGGTTGACAAACAGTAAAATGTAAGTTTCACTTATTTCATTTGGGTCT---CTCTCTATGA-ATGGCAAGCCTTCA--AAC---T-TTTATTATTTACACTAG-AA-----TAAAGAACAAAAGTCAATGGTGGGTTTACACCaa
gi|9                          :                                                                            tattctttataGA--CACGGCACCAC-ATTGGGAACAGGATGGTCTTCCGTGGGGTAGTCACATAATGGCGTTTATGAATAATC-CTTG----TTC---TTTTGT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCA-AT--CT-TTATTTGAATGTCATTGTTGATGTATTTTAAAAATT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atTG-TATACACTGAACAGAAA-CAA--TATCTTGTA--CGA--TACATGGCACCTACCTTTCTCA-TCATATTTTTATATTGTAGAGGTTGACA--C-------------TTACACTTCTTTCATTAGGG--C---CTCTCTATGA-ATGGCAAGCCTTCA--AAC---T-TGTATTATTTACTATAG-AC-----TAAAGAACAAAAATCAATGGTGGGTTTACgtatacactgaacagaaacaatatcttgtacgatacatggcacctacctttctcatcatatttttatattgtagaggttgacacttacacttctttcattagggcctctctatgaatggcaagccttcaaacttgtattatttactatagactaaagaacaaaaatcaatggtgggtttac


blockSeqs                     :                                      C      G  CA .     AG    GACGG TG    T   ATTT  A   GG  T                 A                                     T          A           ATA  C   A     T                           CT  G                                C         A   A                      T    T    GCGAGAA           T             T            T                            T            AAA  TA  G  G     A AT   GG                      C                                  T             A               TTTA            T              TG  AAGG G   A             A  AATATT      C
blockSeqs                     :                                      .      .  TG .     .     AA    G     C   .     G   .   T                 C                                     G          .           .    A   .     T                           .   A                                C         T   .                      T    .    AAAA              .             .            G                            .            TGA  A   A  T     G .    .                       .                                  A             A               TCT             .              .   A    .   A             .  T           C
blockSeqs                     :                                                AG .     .     TC    T     A   .     T   .   A                 C                                     G          .           .    A   .     G                           .   .                                C         G   .                      T    .    AATT              .             .            T                            .            AGA  A   A  T     A .    .                       .                                  A             A               T               .              .   C    .   A             .  T           G
blockSeqs                     :                                                                           .   .     A   .   G                 C                                     T          .           .    G   .     C                           .   .                                C         G   .                      A    .    ATAT              .             .            G                            .            AGA  A   C  T     G .    .                       .                                  C             T               T               .              .   A    .   A             .  A           G
blockSeqs                     :                                                                               .     A   .   A                 C                                     G          .           .    T   .     T                           .   .                                C         A   .                      T    .    AAAA              .             .            T                            .            AG   A   A  A     G .    .                       .                                  A             A               T               .              .   C    .   T             .  A           C
blockSeqs                     :                                                                               .     C   .   C                 C                                     T          .           .    A   .     T                           .   .                                T         G   .                      T    .    AAT               .             .            T                            .            A    C   A  C     T .    .                       .                                  A             A               T               .              .   A    .   T             .  T           C
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blockSeqs                     :                                                                                         .   C                 C                                     A          .           .    C   .     T                           .   .                                A         .   .                      .    .    A                 .             .            G                            .            .    .   .  A     T .    .                       .                                  .             .               T               .              .   A    .   A             .  T           C
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTTTCTGTAATCTCGGTTATTTGATATATTTTAATATAGATAATTAACCCTTAAAATGGTTTATTTACTAAAGAAATAAGAAGAAAAATTAATAGCAGACTCACACAT






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gi|6                          :                                                                                 catgtagatttatcagttatCCATTAAAAACAAGACGTTCCTGTATAGTGTAGTGGCATAATGGCGGTAATAAATAATC-ATTGTATCTTC---TCATTT-AAAAATGTGTTTTCCTTATTTTAATGCT-ATTT--TTATGATTTAAATTGCATTGTCGGTATATATTAAATATTATGAAAAAATATGTCATGTTTGAATTGTGAATCTAGAA-AAAAGCGAGAATGGTGCTTGGA-AATTGGGGTGTAA-GTATAATATTTCTGAAATCTATCTTAACTTTGTCAACTTTG-T-------------------------CTTGGA--TGA--AACATGACCCCTACTTTTCT-----ATATTTTGGCA---------TTG-----CAGT----TTTAAGTT----TTCCTTGATTTGTT--TTTATTTTCTATGA-ATTGCAAGTCTTTATGAAT---A-TT--TTATTCAAGATAG-AA------AAAAAA-GAAGGTCAATGGTGGG
gi|7                          :                                                                                    acAGA--CATTGTACCACCATTGGAAAAAGGAAGTG-TTCCGTGGGGTAGTCGCATACTGGCGGTTTTAAATAATC-CTCGTTTTTTC---TTCTTT-AAAAATGCATTTTCCTTATTTTAATGCTCATTT--TT-TTATTTGAATGGCAAAGTTGATGTATTTTGAACATTTTGACAGCAT-TGTCATGTTTGAATTGTGAAGTTAG-A-TAAA---ATATTGATGCTTGCA-AATTGGTGTATGA-ATACATGATTTCGGAAGTCAACTTTCACTTTGTCACCAGTG-TTCAC---------------AAATCTCTTATA--TGA--CACATCACCCCTACTTTTCTCA-TCATATTTTGGTAGTGCAGAGGTTGACAAATAGTAAAATGCAAGTTTCACTTCTTTTATTTGGG--T---CTCTCTATGA-ATGACAAGCCTg
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