lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 1 1 11 33333333333333333333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 3333 777
lowQualScore : 55555 888 4 6666 33 77 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 5555 2 33 2 33 5555 3 44 222 0 44 444 5 3 666 6 11 1 99999999999999999999999999999 0 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 6 333 7777 000
lowQualScore : ..... ... . .... .. .. ............................................................................................ . .... . .. . .. .... . .. ... . .. ... . . ... . .. . ............................. . . . .............................................................. . . ... .... ...
lowQualScore : 55555 888 4 5555 22 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 7777 7 77 7 44 7777 1 22 777 1 66 222 0 3 888 7 00 0 77777777777777777777777777777 9 7 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 0 888 5555 000
consensus : ACATACGGTGTAGAC---CTGGCTTCTGTTTCACCAACAT---AT--T--TAA---G---TAT--------A---T--------ACTT--A------A-AT------ACTT--------AA--------A----------T-CTAAGA----AAAGCAT-C--CA-GG--TGATCA----TGAT-TTT--A-GACTGGTTC--CAG-TAAAACTGCATATGGT--TTCAT-------T-GACATTGATTAAAGAAT-GATTAAA-TAACCAGTCAAA----A-TTAAG---T---AA-GTTTTTAAGTAT------TTA-AGT--A-ACTT-AGAA--GATGTTGGTGAAACAGAAGCCTGGTTANNTTAATATACATTCGTTAAC
Reference ( gi|4 ) : ACATACA-TA-AAAC---CTGGCTTCCGTTTCACCAACAT---AT--T--TAA---A---TAT--------A---T--------ACTTG-A------A-AT------ACTT--------AA--------A----------T-CTGAGA----AAAGCAT-C--CA-GG--TGATCA----TGAT-TTT--A-ACCTGATTC--CAG-TACAATTGCACATAGT--TTTAA-------T-GACATTGATCAAAGAAT-GATTAAA-TAGCCAGTCAAA----A-TTAAG--AT---AA-GTTTTAAAGTAT------GTA-AGTAAA-ACTTAAGAA--AATGTTGATGAAACAGAAGCTTGGTTAGATTAAAATACAT---TTAACCCTTGTTGTCATAGTAAC
gi|12 : ACATACGGTGTAGAT---CTGTCTTCCGGTTCACAAACAT---AT--T--TCA---A--------------------------------------------------ACTT--------GA--------A----------T-CTTAGA----AAAGCAG-A--CA-GT--TGATCAATCATGAT-TTT--A-GACTGGTTC--CAG-TAAAACTGTATGTGGT--CT
gi|13 : ca-TA-AAACAATCTGGCTTCTGTTTCATCAACATTTAAC--T--TAA---A----A----------------------ACTT--A------A-AC------ACTT--------A
gi|3 : acaacaactaaataaccagtcaaaacttaagC---CTGGCTTCTGTTTCACCAATAT---AT--T--TAA---G---TAT--------A---T--------ACTTA-A------ATATTAAAAAACTT--------AA--------A----------T-CAAATA----AAAGCAT-C--AA-GG--TGATCA----TGAT-TTT--A-GACTGGCTC--TAG-AAGAACTGTTTTTGGT--TTCAT-------T-GACATTGGTTAAAGAA--AATTAAG-TAACCAGTCAAA----A-T--AG--GTTTGAA-GTATTTAAGTATTTACAGGTAGAGTACA-ACCTGAGAA--GATGTTGGTGAAACAGAAACcattcgttaacattagctttaccaagtgacc
gi|9 : gtcaactccggtctC---CTGGTTTCTGCTTCACCAACCT---AT--T--TAA---A---TAT--------G---T--------GCTC--A------A-AT------ACTT--------GG--------A----------T-CTTAAA----AAAGGCTGT--CA-GG--TGATCA----TGAT-TTT--A-GACTGGCTC--CAA-TAAAGCTGCAcagcagatactagtataagtatataaataatgagcaacac
gi|2 : ttatttaactccattattgatgtattataaataattttgtcatcttatC---CAGGCTCCTGTTTCACCGACAT---AT---------------------------------------ACTTG-A------A-A-------ACTT--------AA--------A----------T-ATAACA----AAATCAG-A--CA-GACCTTATCA----TGAT-TTT--A-GACTGGTTC--CTT-TTAAACTGCATATGGT--ACCAT-------T-GATATTGAT------AT-A--TAAA-----CAGTCAA-----------------------TTTTTAAGCAT------TTA-AGC-----------GA--GATGTTGGTAAAATAGGAGTCTGGTTA
gi|3 : agccgtttcaatttgttaaattttgcttacttaacactagctgatatctattttcagttgttgtgactggt---CTGGTTTCTGTTTCACCAACAT---CT--TC-TCA---GGT-TGT--------ACTCT--------ACCTGTA------A-AT------ACTT--------AA--------A----------T-ctagatatattaataataaaaacactcaataactatttgtttt
gi|14 : gtcaactccggtctcctggcttctgtttcaccaatatatttaagtatatacttaaatattaaaaaacttaaatcaaataaaagcatcaaggtgatcatgattttagactggctctagaagaactgtttttggtttcattgacattggttaaagaaaattaagtaaccagtcaaaataggtttgaagt---CCGGCTCCTATTTCACCAACAA---AT--C--TAA---G---TAT--------G---A--------ACTTG-AAT----A-ATTAAAA-ATTT--------AA--------A----------T-CAAAGA----AAAGCAT-C--TA-AG--TGATCA----cagatactagtataagtatataaataatgagcaacac
gi|10 : aaccagtcaatgacataacttcaaatagtccca---CTCGCTTCAATTTCACCAACAT----T--T--TAATGAA---TGT--------A---C--------ACTTC-ATTACCAA-AC------ACTTT-------AA--------A----------T-CAAAGA----CAAACAT-C--CA-GG--TGATAA----TGA
gi|11 : gtcaactactatatagcagtttcataTGGTGTCTGTTTTACGAACAT---AT--T--TAA---A---GATTTGCCTTCA---TA-------ACTTA-A------A-AT--------TT--------AG--------A----------T-A-AAAA----AAAATAT-C--CA-TA--TTATTA----TGATATGT--G-A-CTGTCTC--CAGAAAAAAATGCGTTTGAT--TTCAT-------T-GGCAATGATTAACGAAaactggactgaaaaactagaagttttt
gi|1 : GGCTTCTGTATCACCAACAT----T--T--TAC---C---TAA--------A---T--------ACTTT-A------A-AA------AC
gi|5 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctccgactcctttcaccaacatatacttaagtactaaaaaagtaatactaaagaaagcagccatgatttttttagacaggttccaggaaaattgcatatggtttcattgatgtttaatataaaatagataaataaccggttaatacttagttgttGGCTTTTGTTTCACCAACAT---taaacactatttacattccaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|5 : atgcttctgatttatcaacattttaattgtatgttcatcaacttaaaaaacttaatcttattaaatattccaggtcatcacgtttttttaaattgactcaaacagatttgtatattgtaatttaaaaaaacctgaatgacaaagtagagcaagtaatcagtcaaaggcaattataatgtttcgacatctaaacaaaaataaaggagaGCTTCTGATTTATCAACAT----T--T--TAA---T---TGT--------A---TGTTCATCAACTTA-A------A-AA------ACTT--------AA-------------------T-CTTATT----AAATATT-C--CA-GG--TCATCA----CGTT-TTTTTA-AATTGACTC--AAA-CAGATTTGTATATTGTAATTTAAAAAAACCT-GA-AT-GA-CAAAGTA--GAGCAAG-TAATCAGTCAAAGGCAA-TTA-----T---AATGTTTCGA--CAT------CTA-AACAAA-AATAAAGGAG-AATGTTGGTGAAACAAAAGC
gi|17 : atTTCTGTTTCATCAACAT---AT--T--TTA---G---TAT--------A---T--------ACTTA-A------A-AC-------CTT--------AG--------A----------T-CTAATA----AAAACAG-C--CA-AG--AGATCc
gi|1 : TCC-TTTCACCAACAT---ATACT--TAA---G---TAC------------------------TA-A------A-AA------AGT----------A--------A----------TACTAAAG----AAAGCAG-C--CA-----TGATT-----T--T-TTT--A-GACAGGTTC--CAG-GAAAATTGCATATGGT--TTCAT-------T-GATGTTTAATATAAAAT-AGATAAA-TAACCGGTTAAT----A-CTTAGTTGT---TG-TTTTTAAAGTAT------TTA-GGT-----------AA--AATGTTGGTGATACAGAAGCCT
gi|6 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctccgacGTTCCACCAGCAT---AT--T--TAA---G---TGT--------A---TCAT-----ACT-G-A------A-CA------ACTT--------CA--------T----------T-GTAATT----AAAGCTT-C--CA-GG--TGATCA----GCAT-TTT--AGACCAG-TTG--AAA-TAAAGTTGCATATTGT--ATTAC-------TAGA-----ATCACAGAATAGATTAAAGTGGT---TTAAACAC-A-GTA----AC---AA-AC----AAGTAT------ATC-AGTTAA-ATTTCA-AACTGATTTTGA-GAAACAGAAGTCTGGTGACATTAATATaaacactatttacattccaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|7 : TTTCACCAACAT---TT--TCCTAA---A---AAT--------T---T--------ACTTC-A------A--------------------------------------------C---GA----AAAGTAT-C--CA-GA--TGTTTA----TGAT-TAA--A-GACTGGTTC--CAG-TA-AATC-----TGGT--TTCAT-------T-TGTATATATTATATAA---ATT-AA-TAACCAGTCAAA----A-C-------T---GA-GTTTT-AAGTTT------------------TTTCAGAA--AATGTCAGTGAAACAGAA
gi|16 : cgtTTTCA--AACAC---AG--T---AG---AGTGTAT--------A---T--------ACTT--A------A-AT------ACCT--------AACAACTTCTA----------T-CAAAGA----CAAGCAT-T--CA-GG--TGATCA----TGAT-TTT--A-----GATTT--CA---ACAAatg
gi|15 : AT---AT--TA-TAT---A---CAT--------G---T--------ACTT--A------A-AT------ACTT--------AA--------AAAAACTATAAT-CCAAGT----AAAGCAT-C--CA-AG--TAATCA----TGAT-TTT--aa
gi|8 : atgaaatcatctaggcccctgttttttggcaacatgt---TAT--------A---C--------AGTT--A------A-AT------ACTTCTTTTATAAA--------A----------G-TTAAGATAAAAAAACAG-CGGCAAGG--TGATCA----TGAT-TTT--A-GTCTG--TCGTCAG-TAAAA-TGT-CATAGTGCTTCAT-------T-GTTATGGGTTA---AAT-GAT
gi|18 : --TGATCG----TGAT-TTT--A-GACTGGTTT--CAG-TAAAATTGCATATGAT--TTTA-----------GCATTGATTAAA-AGT--ATTAAatatacttaacggctttaaaaacgtaaggttttaag
gi|13 : gtAAC-AACTAAA-TAACCAGTCAAA----ACTTAAG---T---AA-GTGTTTAAGTTT------TTA-AGT------T-----A--AATGTTGATGAAACAGAAGCCAGATT-GTTT----TACATTCGTTAAC
gi|3 : acT---AA-GTTTTTTAATAT------TTA-AGTATATACTTAA--A--TATATTGGTGAAACAGAAGCattagctttaccaagtgacc
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333 1111111 1111111111 22222222222222222222222222222 1111111 1111111111 11111111111 3333333333333333333333 9999999999999999999999999999 222222
lowQualScore : 9999 33 1 888 1 6666666666666666666666666 2 0000000 2 2222222222 00000000000000000000000000000 2 55 0 5555 33 2 33 5555 33 0 44 88 3 55 3333333 6666666666 99999999999 66 2 66 8888888888888888888888 4 7777777777777777777777777777 5 11 333333 22 888
lowQualScore : .... .. . ... . ......................... . ....... . .......... ............................. . .. . .... .. . .. .... .. . .. .. . .. ....... .......... ........... .. . .. ...................... . ............................ . .. ...... .. ...
lowQualScore : 5555 77 8 333 9 9999999999999999999999999 5 6666666 5 5555555555 11111111111111111111111111111 5 66 8 3333 44 5 22 3333 77 2 22 33 3 00 0000000 5555555555 11111111111 11 9 11 9999999999999999999999 4 0000000000000000000000000000 0 44 000000 00 222
consensus : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAACCAG--TCAAAA--TAAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTT------A-------AGT--AACT--AGAAG-ATGTTGGTGAAACAGAAGCCTGGTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
Reference ( family-40 ) : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AATA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAACCAG--TCAAAA-TTAAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTT------A-------AGT--AACTT-AGAAG-ATGTTGGTGAAACAGAAGCCTGGTTANNTTA-ATATACATTCGTTAAC
gi|1 : CCGACTCCT--TTC--ACCAACATATAC-TTAA---GT--A-------------------CTA-------A-AAAA--------GT----------A--------A----------TAC-TAAAG----AAAGCAGC--CA-----TGATT-----T----TTTTAGACAGGTTC--CAGGAAAAT-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AT---GTTTAATATAAAATAG-A-TAAA--TAACCGG--TTAATA-CTTAG-T---T----GTTGTTTTTAAAGTATTT------A-------GGT----------AAA-ATGTTGGTGATACAGAAGCCTAA--ACACT--ATTTACATTC
gi|10 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctCTCGCTTCAATTTC--ACCAACAT-T---TTAATGAAT--GT--------AC------A-CTTCATTACCA-AACA--------CTTT-------AA--------A----------T-C-AAAGA----CAAACATC--CA-GG--TGATAA----TG--AAACTGGACTGcaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|11 : gtcaactactatatagcagtttcataTGGTGTCTGTTTT--ACGAACATAT---TTAA---AG--ATTTGCCTTCAT------AACTT-------A-AA-A--------TTT--------AG--------A----------T-A--AAAA----AAAATATC--CA-TA--TTATTA----TG--ATATGTGACTGTCTC--CAGAAAAAAATG-CGTTTGAT--TTCA-------TTG-----GC---AATGATTAACGAAaaaaactagaagttttt
gi|12 : ACATACGGTGTAGATCTGTCTTCCGGTTC--ACAAACATAT---TT-------------------------------C-------A-AA----------CTT--------GA--------A----------T-C-TTAGA----AAAGCAGA--CA-GT--TGATCAATCATG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-TATGTGGT--CT
gi|13 : caAACAA-C-TAAA--TAACCAG--TCAAAACTTAAG-T---A----A--GTGTTT-AAGTTTTT------A-------AGT-----T-----AA-ATGTTGATGAAACAGAAGCCAGATTGTTT------TACATTCGTTAAC
gi|14 : acCCGGCTCCTATTTC--ACCAACAAAT---CTAA---GT--ATGAACTTGAAT------A-ATT-------A-AAAA--------TTT--------AA--------A----------T-C-AAAGA----AAAGCATC--TA-AG--TGATCA----attagctttaccaagtgacc
gi|15 : aaccagtcaatgacataacttcaaatagtcccaGGCCCCTGTTTTTTGGCAACATGTATATTAT---AT--AC--------ATGT----A-CTT-------A-AATA--------CTT--------AA--------AAAAACTATAAT-C-CAAGT----AAAGCATC--CA-AG--TAATCA----TG--ATTTT
gi|16 : atgaaatcatctaTTTC--A--AACACAG---TAGA---GTGTAT--------AT------A-CTT-------A-AATA--------CCT--------AACAACTTCTA----------T-C-AAAGA----CAAGCATT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGA----TTT--CAACAAAA
gi|17 : TTCTGTTTC--ATCAACATAT---TTTA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AAAC--------CTT--------AG--------A----------T-C-TAATA----AAAACAGC--CA-AG--AGATC
gi|18 : --TGATCG----TG--ATTTTAGACTGGTTT--CAGTAAAAT-TG-CATATGAT--T----------TTA-----GC---ATTGATTAAA-AGT-A-T-TAA
gi|2 : gtCCAGGCTCCTGTTTC--ACCGACATAT--------------------------------A-CTT-------G-AAAA--------CTT--------AA--------A----------T-A-TAACA----AAATCAGA--CA-GACCTTATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CTTTTAAAC-TG-CATATGGT--ACCA-------TTG-----AT---ATTGAT------AT--------A--TAAACAG--TCAA----------------------TTTTT-AAGCATTT------A-------AGC----------GAG-ATGTTGGTAAAATAGGAGTCTGGTTAC--TAGATATA
gi|3 : agccgtttcaatttgttaaattttgcttacttaacactagctgatatctattttcagttgttgtgactggtCCTGGCTTCTGTTTC--ACCAATATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AATATTAAAAAACTT--------AA--------A----------T-C-AAATA----AAAGCATC--AA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--TAGAAGAAC-TG-TTTTTGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGGTTAAAGAA-AA-T-TAAG--TAACCAG--TCAAAA--TAGG-TTTGA----A--GTATTT-AAGTATTT------ACAGGTAGAGTACAACCTGAGAAG-ATGTTGGTGAAACAGAAACCttaataataaaaacactcaataactatttgtttt
gi|4 : gtcaactccggtctACATACA-TA-AAACCTGGCTTCCGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---AT--AT--------AT------A-CTTG------A-AATA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TGAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAACCTGATTC--CAGTACAAT-TG-CACATAGT--TTTA-------ATG-----AC---ATTGATCAAAGAATGA-T-TAAA--TAGCCAG--TCAAAA-TTAAGAT---A----A--GTTTTA-AAGTATGT------A-------AGTAAAACTTAAGAAA-ATGTTGATGAAACAGAAGCTTGGTTAGATTA-AAATACAT---TTAACagcagatactagtataagtatataaataatgagcaacac
gi|5 : GCTTCTGATTT--ATCAACAT-T---TTAATT-GT--AT--------GTTCATCAA-CTT-------AAAAAA--------CTT---------A--------A----------T-C-TTATT----AAATATTC--CA-GG--TCATCA----CGTTTTTTTAAATTGACTC--AAACAGATT-TG-TATATTGTAATTTAAAAAAACCTG-----A----A-TGA-CAAAGTA-GA-G-CAAG--TAATCAG--TCAAAG-GCAAT-T---AT---A--ATGTTT-CGACATCTAAACAAA-------AAT--AA----AGGAGAATGTTGGTGAAACAAAAGCCccttgttgtcatagtaac
gi|6 : atGTTCC--ACCAGCATAT---TTAA---GT--GT--------ATCAT---A-CTG-------A-ACAA--------CTT--------CA--------T----------T-G-TAATT----AAAGCTTC--CA-GG--TGATCA----GC--ATTTTAGACCAGTTG--AAATAAAGT-TG-CATATTGT--ATTA-------CTAGAATCACAGAATAGATTAAAG--TGGTT-TAAA--CA--CAG--TAACAA-ACAAG-T---ATATCA--G---TT-AA--ATTT------C-------A----AACT------G-ATTTTGA-GAAACAGAAGTCTGGTGACATTA-ATAT
gi|7 : TTTC--ACCAACAT-T---TT-----------------------------CCT-------A-AAAA--------TTT--------AC--------T----------T-C-AACGA----AAAGTATC--CA-GA--TGTTTA----TG--ATTAAAGACTGGTTC--CAGTAA--------ATCTGGT--TTCA-------TTT-----GT---ATATATTATATAA--A-T-T-AA--TAACCAG--TCAAAA-CTGAG---------------TTTT-AAGTTTTT----------------------TC-AGAAA-ATGTCAGTGAAACAGAA
gi|8 : cgtT--AT--------AC------A-GTT-------A-AATA--------CTTCTTTTATAAA--------A----------G-T-TAAGATAAAAAAACAGCGGCAAGG--TGATCA----TG--ATTTTAGTCTG--TCGTCAGTAAAA--TGTCATAGTGC--TTCA-------TTG-----TT---ATGGGTTA---AATGA-TATATACTTAA-CGGCTTTAAAA---ACG-T---A----A--GGTTTT-AAGatg
gi|9 : CCTGGTTTCTGCTTC--ACCAACCTAT---TTAA---AT--AT--------GT------G-CTC-------A-AATA--------CTT--------GG--------A----------T-CTTAAAA----AAGGCTGT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--CAATAAAGC-TG-CA
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333 1111111 22222222222222222222222222222 1111111 1111111111 1111111 33333333333333333333333333 888888888888888888888888 22222
lowQualScore : 9999 33 1 888 1 6666666666666666666666666 2 0000000 2 3 99999999 00000000000000000000000000000 2 55 0 5555 33 2 33 5555 33 0 44 88 3 55 3333333 6666666666 6666666 555 66 2 66 4 99999999999999999999999999 4 222222222222222222222222 33 99 3 22222 888
lowQualScore : .... .. . ... . ......................... . ....... . . ........ ............................. . .. . .... .. . .. .... .. . .. .. . .. ....... .......... ....... ... .. . .. . .......................... . ........................ .. .. . ..... ...
lowQualScore : 5555 77 8 333 9 9999999999999999999999999 5 6666666 5 4 11111111 11111111111111111111111111111 5 66 8 3333 44 5 22 3333 77 2 22 33 3 00 0000000 5555555555 9999999 555 11 9 11 4 44444444444444444444444444 4 666666666666666666666666 11 22 5 00000 222
consensus : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAACCAG--TCA-A-A-A--CAAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-------AGTA-AACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
Reference ( family-40 ) : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAACCAG--TCA-A-A-A--TAAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-------AGT--AACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
gi|1 : CCGACTCCT--TTC--ACCAACATATAC-TTAA---GT--A-------------------CTA-------A-AAAA--------GT----------A--------A----------TAC-TAAAG----AAAGCAGC--CA-----TGATT-----T----TTTTAGACAGGTTC--CAGGAAAAT-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AT---GTTTAATATAAAATAG-A-TAAA--TAACCGG--TTA-ATA-C--TTAG-T---T----GTTGTTTTTAAAGTATTTA-------GGT-------------AAAATGTTGGTGATACAGAAGCCTA--A--ACACT--ATTTACATTC
gi|10 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctCTCGCTTCAATTTC--ACCAACAT-T---TTAATGAAT--GT--------AC------A-CTTCATTACCA-AACA--------CTTT-------AA--------A----------T-C-AAAGA----CAAACATC--CA-GG--TGATAA----TG--AAACTGGACTGcaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|11 : gtcaactactatatagcagtttcataTGGTGTCTGTTTT--ACGAACATAT---TTAA---AG--ATTTGCCTTCAT------AACTT-------A-AA-A--------TTT--------AG--------A----------T-A--AAAA----AAAATATC--CA-TA--TTATTA----TG--ATATGTGACTGTCTC--CAGAAAAAAATG-CGTTTGAT--TTCA-------TTG-----GC---AATGATTAACGAAaaaaactagaagttttt
gi|12 : ACATACGGTGTAGATCTGTCTTCCGGTTC--ACAAACATAT---TT-----------------------------C------------AAA--------CTT--------GA--------A----------T-C-TTAGA----AAAGCAGA--CA-GT--TGATCAATCATG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-TATGTGGT--CT
gi|13 : caAACAA-C-TAAA--TAACCAG--TCA-A-A-ACTTAAG-T---A----A--GTGTTT-AAGTTTTTA-------AGT-----T--A---AA---TGTTGATGAAACAGAAGCCAG--ATTGT-TT-----TACATTCGTTAAC
gi|14 : acCCGGCTCCTATTTC--ACCAACAAAT---CTAA---GT--ATGAACTTGAAT------A-ATT-------A-AAAA--------TTT--------AA--------A----------T-C-AAAGA----AAAGCATC--TA-AG--TGATCA----attagctttaccaagtgacc
gi|15 : aaccagtcaatgacataacttcaaatagtcccaGGCCCCTGTTTTTTGGCAACATGTATATTAT---AT--AC--------ATGT----A-CTT-------A-AATA--------CTT--------AA--------AAAAACTATAAT-C-CAAGT----AAAGCATC--CA-AG--TAATCA----TG--ATTTT
gi|16 : atgaaatcatctaTTTC--A--AACACAG---TAGA---GTGTAT--------AT------A-CTT-------A-AATA--------CCT--------AACAACTTCTA----------T-C-AAAGA----CAAGCATT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGA----TTT--CAACAAAA
gi|17 : TTCTGTTTC--ATCAACATAT---TTTA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AAAC--------CTT--------AG--------A----------T-C-TAATA----AAAACAGC--CA-AG--AGATC
gi|18 : --TGATCG----TG--ATTTTAGACTGGTTT--CAGTAAAAT-TG-CATATGAT--T----------TTA-----GC---ATTGATTAAA-AGT-A-T-TAA
gi|2 : gtCCAGGCTCCTGTTTC--ACCGACATAT--------------------------------A-CTT-------G-AAAA--------CTT--------AA--------A----------T-A-TAACA----AAATCAGA--CA-GACCTTATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CTTTTAAAC-TG-CATATGGT--ACCA-------TTG-----AT---ATTGAT---------A-T----A--TAAACAG--TCA-A------------------------TTTTT-AAGCATTTA-------AGC-------------GAGATGTTGGTAAAATAGGAGTCTG--GTTAC--TAGATATA
gi|3 : agccgtttcaatttgttaaattttgcttacttaacactagctgatatctattttcagttgttgtgactggtCCTGGCTTCTGTTTC--ACCAATATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AATATTAAAAAACTT--------AA--------A----------T-C-AAATA----AAAGCATC--AA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--TAGAAGAAC-TG-TTTTTGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGGTTAAAGAA-AA-T-TAAG--TAACCAG--TCA-A-A-A--TAGG-TTTGA----A--GTATTT-AAGTATTTACAGGTAGAGTACAACCTGA---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAACCAGCAGATAC--TA-GTATAttaataataaaaacactcaataactatttgtttt
gi|4 : gtcaactccggtctACATACA-TA-AAACCTGGCTTCCGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---AT--AT--------AT------A-CTTG------A-AATA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TGAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAACCTGATTC--CAGTACAAT-TG-CACATAGT--TTTA-------ATG-----AC---ATTGATCAAAGAATGA-T-TAAA--TAGCCAG--TCA-A-A-AT-TAAGAT---A----A--GTTTTA-AAGTATGTA-------AGTAAAACTTAA---GAAAATGTTGATGAAACAGAAGCTTG--GTTAGATTA-AAATACAT---TTAACagtatataaataatgagcaacac
gi|5 : GCTTCTGATTT--ATCAACAT-T---TTAATT-GT--AT--------GTTCATCAA-CTT-------AAAAAA--------CTT---------A--------A----------T-C-TTATT----AAATATTC--CA-GG--TCATCA----CGTTTTTTTAAATTGACTC--AAACAGATT-TG-TATATTGTAATTTAAAAAAACCTG-----A----A-TGA-CAAAGTA-GA-G-CAAG--TAATCAG--TCA-A-AGG--CAAT-T---AT---A--ATGTTT-CGACATCTA-------AACAAAAAT--AAAGGAGAATGTTGGTGAAACAAAAGCCccttgttgtcatagtaac
gi|6 : atGTTCC--ACCAGCATAT---TTAA---GT--GT--------ATCAT---A-CTG-------A-ACAA--------CTT--------CA--------T----------T-G-TAATT----AAAGCTTC--CA-GG--TGATCA----GC--ATTTTAGACCAGTTG--AAATAAAGT-TG-CATATTGT--ATTA-------CTAGAATCACAGAATAGATTAAAG--TGGTT-TAAA--CA--CAG--TAACA-A-A--CAAG-T---ATATCA--G---TT-AA--ATTTC-------A----AACT---------GATTTTGA-GAAACAGAAGTCTG--GTGACATTA-ATAT
gi|7 : TTTC--ACCAACAT-T---TT-----------------------------CCT-------A-AAAA--------TTT--------AC--------T----------T-C-AACGA----AAAGTATC--CA-GA--TGTTTA----TG--ATTAAAGACTGGTTC--CAGTAA--------ATCTGGT--TTCA-------TTT-----GT---ATATATTATATAA--A-T-T-AA--TAACCAG--TCA-A-A-A--C----T---G----A--G-TTTT-AAGTTTTT---------------TC--A---GAAAATGTCAGTGAAACAGAA
gi|8 : cgtT--AT--------AC------A-GTT-------A-AATA--------CTTCTTTTATAAA--------A----------G-T-TAAGATAAAAAAACAGCGGCAAGG--TGATCA----TG--ATTTTAGTCTG--TCGTCAGTAAAA--TGTCATAGTGC--TTCA-------TTG-----TT---ATGGGTTA---AATGA-TATATACTTAA-CGGCTTTA-A-A-A---ACG-T---A----A--GGTTTT-AAGatg
gi|9 : CCTGGTTTCTGCTTC--ACCAACCTAT---TTAA---AT--AT--------GT------G-CTC-------A-AATA--------CTT--------GG--------A----------T-CTTAAAA----AAGGCTGT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--CAATAAAGC-TG-CA
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333 1111111 22222222222222222222222222222 1111111 1111111111 1111111 33333333333333333333333 8888888888888888888888888888 22222
lowQualScore : 9999 33 1 888 1 6666666666666666666666666 2 0000000 2 3 99999999 00000000000000000000000000000 2 55 0 5555 33 2 33 5555 33 0 44 88 3 55 3333333 6666666666 6666666 555 66 66 4 4 88888888888888888888888 4 0000000000000000000000000000 99 3 22222 888
lowQualScore : .... .. . ... . ......................... . ....... . . ........ ............................. . .. . .... .. . .. .... .. . .. .. . .. ....... .......... ....... ... .. .. . . ....................... . ............................ .. . ..... ...
lowQualScore : 5555 77 8 333 9 9999999999999999999999999 5 6666666 5 4 11111111 11111111111111111111111111111 5 66 8 3333 44 5 22 3333 77 2 22 33 3 00 0000000 5555555555 9999999 555 11 11 4 4 22222222222222222222222 4 2222222222222222222222222222 22 5 00000 222
consensus : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C--AAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-------AGC-A-AACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
Reference ( family-40 ) : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C--AAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-------AGT-A-AACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
gi|1 : CCGACTCCT--TTC--ACCAACATATAC-TTAA---GT--A-------------------CTA-------A-AAAA--------GT----------A--------A----------TAC-TAAAG----AAAGCAGC--CA-----TGATT-----T----TTTTAGACAGGTTC--CAGGAAAAT-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AT---GTTTAATATAAAATAG-A-TAAA--TAAC--CGGTTA-AT-A-CT-TAG-T---T----GTTGTTTTTAAAGTATTTA-------GGT-A-AA------------ATGTTGGTGATACAGAAGCCTA--A--ACACT--ATTTACATTC
gi|10 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctCTCGCTTCAATTTC--ACCAACAT-T---TTAATGAAT--GT--------AC------A-CTTCATTACCA-AACA--------CTTT-------AA--------A----------T-C-AAAGA----CAAACATC--CA-GG--TGATAA----TG--AAACTGGACTGcaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|11 : gtcaactactatatagcagtttcataTGGTGTCTGTTTT--ACGAACATAT---TTAA---AG--ATTTGCCTTCAT------AACTT-------A-AA-A--------TTT--------AG--------A----------T-A--AAAA----AAAATATC--CA-TA--TTATTA----TG--ATATGTGACTGTCTC--CAGAAAAAAATG-CGTTTGAT--TTCA-------TTG-----GC---AATGATTAACGAAaaaaactagaagttttt
gi|12 : ACATACGGTGTAGATCTGTCTTCCGGTTC--ACAAACATAT---TT-----------------------------C------------AAA--------CTT--------GA--------A----------T-C-TTAGA----AAAGCAGA--CA-GT--TGATCAATCATG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-TATGTGGT--CT
gi|13 : caAACAA-C-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-CTTAAG-T---A----A--GTGTTT-AAGTTTTTA-------AGT-T-AA------------ATGTTGATGAAACAGAAGCCAG--ATTGT-TT-----TACATTCGTTAAC
gi|14 : acCCGGCTCCTATTTC--ACCAACAAAT---CTAA---GT--ATGAACTTGAAT------A-ATT-------A-AAAA--------TTT--------AA--------A----------T-C-AAAGA----AAAGCATC--TA-AG--TGATCA----attagctttaccaagtgacc
gi|15 : aaccagtcaatgacataacttcaaatagtcccaGGCCCCTGTTTTTTGGCAACATGTATATTAT---AT--AC--------ATGT----A-CTT-------A-AATA--------CTT--------AA--------AAAAACTATAAT-C-CAAGT----AAAGCATC--CA-AG--TAATCA----TG--ATTTT
gi|16 : atgaaatcatctaTTTC--A--AACACAG---TAGA---GTGTAT--------AT------A-CTT-------A-AATA--------CCT--------AACAACTTCTA----------T-C-AAAGA----CAAGCATT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGA----TTT--CAACAAAA
gi|17 : TTCTGTTTC--ATCAACATAT---TTTA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AAAC--------CTT--------AG--------A----------T-C-TAATA----AAAACAGC--CA-AG--AGATC
gi|18 : --TGATCG----TG--ATTTTAGACTGGTTT--CAGTAAAAT-TG-CATATGAT--T----------TTA-----GC---ATTGATTAAA-AGT-A-T-TAA
gi|2 : gtCCAGGCTCCTGTTTC--ACCGACATAT--------------------------------A-CTT-------G-AAAA--------CTT--------AA--------A----------T-A-TAACA----AAATCAGA--CA-GACCTTATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CTTTTAAAC-TG-CATATGGT--ACCA-------TTG-----AT---ATTGAT---------A-T----A--TAAA--CAGTCA-A------------------------TTTTT-AAGCATTTA-------AGC--------------GAGATGTTGGTAAAATAGGAGTCTG--GTTAC--TAGATATA
gi|3 : agccgtttcaatttgttaaattttgcttacttaacactagctgatatctattttcagttgttgtgactggtCCTGGCTTCTGTTTC--ACCAATATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AATATTAAAAAACTT--------AA--------A----------T-C-AAATA----AAAGCATC--AA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--TAGAAGAAC-TG-TTTTTGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGGTTAAAGAA-AA-T-TAAG--TAAC--CAGTCA-AA-A-T--AGG-TTTGA----A--GTATTT-AAGTATTTACAGGTAGAGT-ACAACCTGA---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAACCAGCAGATAC--TA-GTATAttaataataaaaacactcaataactatttgtttt
gi|4 : gtcaactccggtctACATACA-TA-AAACCTGGCTTCCGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---AT--AT--------AT------A-CTTG------A-AATA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TGAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAACCTGATTC--CAGTACAAT-TG-CACATAGT--TTTA-------ATG-----AC---ATTGATCAAAGAATGA-T-TAAA--TAGC--CAGTCA-AA-ATT--AAGAT---A----A--GTTTTA-AAGTATGTA-------AGTAA-AACTTAA---GAAAATGTTGATGAAACAGAAGCTTG--GTTAGATTA-AAATACAT---TTAACagtatataaataatgagcaacac
gi|5 : GCTTCTGATTT--ATCAACAT-T---TTAATT-GT--AT--------GTTCATCAA-CTT-------AAAAAA--------CTT---------A--------A----------T-C-TTATT----AAATATTC--CA-GG--TCATCA----CGTTTTTTTAAATTGACTC--AAACAGATT-TG-TATATTGTAATTTAAAAAAACCTG-----A----A-TGA-CAAAGTA-GA-G-CAAG--TAAT--CAGTCA-AAGG-C--AAT-T---AT---A--ATGTTT-CGACATCTA-------AACAA-AAAT--AAAGGAGAATGTTGGTGAAACAAAAGCCccttgttgtcatagtaac
gi|6 : atGTTCC--ACCAGCATAT---TTAA---GT--GT--------ATCAT---A-CTG-------A-ACAA--------CTT--------CA--------T----------T-G-TAATT----AAAGCTTC--CA-GG--TGATCA----GC--ATTTTAGACCAGTTG--AAATAAAGT-TG-CATATTGT--ATTA-------CTAGAATCACAGAATAGATTAAAG--TGGTT-TAAA--CA----CAGTAACAA-A-C--AAG-T---ATATCA--G---TT-AA--ATTT----------C-A-AACT---------GATTTTGA-GAAACAGAAGTCTG--GTGACATTA-ATAT
gi|7 : TTTC--ACCAACAT-T---TT-----------------------------CCT-------A-AAAA--------TTT--------AC--------T----------T-C-AACGA----AAAGTATC--CA-GA--TGTTTA----TG--ATTAAAGACTGGTTC--CAGTAA--------ATCTGGT--TTCA-------TTT-----GT---ATATATTATATAA--A-T-T-AA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C------T---G----A--G-TTTT-AAGTTTTT----------------TC--A---GAAAATGTCAGTGAAACAGAA
gi|8 : cgtT--AT--------AC------A-GTT-------A-AATA--------CTTCTTTTATAAA--------A----------G-T-TAAGATAAAAAAACAGCGGCAAGG--TGATCA----TG--ATTTTAGTCTG--TCGTCAGTAAAA--TGTCATAGTGC--TTCA-------TTG-----TT---ATGGGTTA---AATGA-TATATACTTAACGGCTTTAA-AA-A-C----G-T---A----A--GGTTTT-AAGatg
gi|9 : CCTGGTTTCTGCTTC--ACCAACCTAT---TTAA---AT--AT--------GT------G-CTC-------A-AATA--------CTT--------GG--------A----------T-CTTAAAA----AAGGCTGT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--CAATAAAGC-TG-CA
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333 1111111 22222222222222222222222222222 1111111 1111111111 1111111 33333333333333333333333 88888888888888888888888888888 22222
lowQualScore : 9999 33 1 888 1 6666666666666666666666666 2 0000000 2 3 99999999 00000000000000000000000000000 2 55 0 5555 33 2 33 5555 33 0 44 88 3 55 3333333 6666666666 6666666 555 66 66 4 4 88888888888888888888888 4 00000000000000000000000000000 99 3 22222 888
lowQualScore : .... .. . ... . ......................... . ....... . . ........ ............................. . .. . .... .. . .. .... .. . .. .. . .. ....... .......... ....... ... .. .. . . ....................... . ............................. .. . ..... ...
lowQualScore : 5555 77 8 333 9 9999999999999999999999999 5 6666666 5 4 11111111 11111111111111111111111111111 5 66 8 3333 44 5 22 3333 77 2 22 33 3 00 0000000 5555555555 9999999 555 11 11 4 4 22222222222222222222222 4 99999999999999999999999999999 22 5 00000 222
consensus : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C--AAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-AG--------C-AAACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
Reference ( family-40 ) : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C--AAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-AG--------C-AAACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
gi|1 : CCGACTCCT--TTC--ACCAACATATAC-TTAA---GT--A-------------------CTA-------A-AAAA--------GT----------A--------A----------TAC-TAAAG----AAAGCAGC--CA-----TGATT-----T----TTTTAGACAGGTTC--CAGGAAAAT-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AT---GTTTAATATAAAATAG-A-TAAA--TAAC--CGGTTA-AT-A-CT-TAG-T---T----GTTGTTTTTAAAGTATTTA-GG--------T-AAA------------ATGTTGGTGATACAGAAGCCTA--A--ACACT--ATTTACATTC
gi|10 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctCTCGCTTCAATTTC--ACCAACAT-T---TTAATGAAT--GT--------AC------A-CTTCATTACCA-AACA--------CTTT-------AA--------A----------T-C-AAAGA----CAAACATC--CA-GG--TGATAA----TG--AAACTGGACTGcaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|11 : gtcaactactatatagcagtttcataTGGTGTCTGTTTT--ACGAACATAT---TTAA---AG--ATTTGCCTTCAT------AACTT-------A-AA-A--------TTT--------AG--------A----------T-A--AAAA----AAAATATC--CA-TA--TTATTA----TG--ATATGTGACTGTCTC--CAGAAAAAAATG-CGTTTGAT--TTCA-------TTG-----GC---AATGATTAACGAAaaaaactagaagttttt
gi|12 : ACATACGGTGTAGATCTGTCTTCCGGTTC--ACAAACATAT---TT-----------------------------C------------AAA--------CTT--------GA--------A----------T-C-TTAGA----AAAGCAGA--CA-GT--TGATCAATCATG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-TATGTGGT--CT
gi|13 : caAACAA-C-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-CTTAAG-T---A----A--GTGTTT-AAGTTTTTA-AG--------T-TAA------------ATGTTGATGAAACAGAAGCCAG--ATTGT-TT-----TACATTCGTTAAC
gi|14 : acCCGGCTCCTATTTC--ACCAACAAAT---CTAA---GT--ATGAACTTGAAT------A-ATT-------A-AAAA--------TTT--------AA--------A----------T-C-AAAGA----AAAGCATC--TA-AG--TGATCA----attagctttaccaagtgacc
gi|15 : aaccagtcaatgacataacttcaaatagtcccaGGCCCCTGTTTTTTGGCAACATGTATATTAT---AT--AC--------ATGT----A-CTT-------A-AATA--------CTT--------AA--------AAAAACTATAAT-C-CAAGT----AAAGCATC--CA-AG--TAATCA----TG--ATTTT
gi|16 : atgaaatcatctaTTTC--A--AACACAG---TAGA---GTGTAT--------AT------A-CTT-------A-AATA--------CCT--------AACAACTTCTA----------T-C-AAAGA----CAAGCATT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGA----TTT--CAACAAAA
gi|17 : TTCTGTTTC--ATCAACATAT---TTTA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AAAC--------CTT--------AG--------A----------T-C-TAATA----AAAACAGC--CA-AG--AGATC
gi|18 : --TGATCG----TG--ATTTTAGACTGGTTT--CAGTAAAAT-TG-CATATGAT--T----------TTA-----GC---ATTGATTAAA-AGT-A-T-TAA
gi|2 : gtCCAGGCTCCTGTTTC--ACCGACATAT--------------------------------A-CTT-------G-AAAA--------CTT--------AA--------A----------T-A-TAACA----AAATCAGA--CA-GACCTTATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CTTTTAAAC-TG-CATATGGT--ACCA-------TTG-----AT---ATTGAT---------A-T----A--TAAA--CAGTCA-A------------------------TTTTT-AAGCATTTA-AG--------C-------------GAGATGTTGGTAAAATAGGAGTCTG--GTTAC--TAGATATA
gi|3 : agccgtttcaatttgttaaattttgcttacttaacactagctgatatctattttcagttgttgtgactggtCCTGGCTTCTGTTTC--ACCAATATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AATATTAAAAAACTT--------AA--------A----------T-C-AAATA----AAAGCATC--AA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--TAGAAGAAC-TG-TTTTTGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGGTTAAAGAA-AA-T-TAAG--TAAC--CAGTCA-AA-A-T--AGG-TTTGA----A--GTATTT-AAGTATTTACAGGTAGAGTAC-AACCTG-A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAACCAGCAGATAC--TA-GTATAttaataataaaaacactcaataactatttgtttt
gi|4 : gtcaactccggtctACATACA-TA-AAACCTGGCTTCCGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---AT--AT--------AT------A-CTTG------A-AATA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TGAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAACCTGATTC--CAGTACAAT-TG-CACATAGT--TTTA-------ATG-----AC---ATTGATCAAAGAATGA-T-TAAA--TAGC--CAGTCA-AA-ATT--AAGAT---A----A--GTTTTA-AAGTATGTA-AG--------TAAAACTTAA---GAAAATGTTGATGAAACAGAAGCTTG--GTTAGATTA-AAATACAT---TTAACagtatataaataatgagcaacac
gi|5 : GCTTCTGATTT--ATCAACAT-T---TTAATT-GT--AT--------GTTCATCAA-CTT-------AAAAAA--------CTT---------A--------A----------T-C-TTATT----AAATATTC--CA-GG--TCATCA----CGTTTTTTTAAATTGACTC--AAACAGATT-TG-TATATTGTAATTTAAAAAAACCTG-----A----A-TGA-CAAAGTA-GA-G-CAAG--TAAT--CAGTCA-AAGG-C--AAT-T---AT---A--ATGTTT-CGACATCTA-AA--------CAAAAAT--AAAGGAGAATGTTGGTGAAACAAAAGCCccttgttgtcatagtaac
gi|6 : atGTTCC--ACCAGCATAT---TTAA---GT--GT--------ATCAT---A-CTG-------A-ACAA--------CTT--------CA--------T----------T-G-TAATT----AAAGCTTC--CA-GG--TGATCA----GC--ATTTTAGACCAGTTG--AAATAAAGT-TG-CATATTGT--ATTA-------CTAGAATCACAGAATAGATTAAAG--TGGTT-TAAA--CA----CAGTAACAA-A-C--AAG-T---ATATCA--G---TT-AA--ATTT------------C-AAACT---------GATTTTGA-GAAACAGAAGTCTG--GTGACATTA-ATAT
gi|7 : TTTC--ACCAACAT-T---TT-----------------------------CCT-------A-AAAA--------TTT--------AC--------T----------T-C-AACGA----AAAGTATC--CA-GA--TGTTTA----TG--ATTAAAGACTGGTTC--CAGTAA--------ATCTGGT--TTCA-------TTT-----GT---ATATATTATATAA--A-T-T-AA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C------T---G----A--G-TTTT-AAGTTTTT-----------------TC--A---GAAAATGTCAGTGAAACAGAA
gi|8 : cgtT--AT--------AC------A-GTT-------A-AATA--------CTTCTTTTATAAA--------A----------G-T-TAAGATAAAAAAACAGCGGCAAGG--TGATCA----TG--ATTTTAGTCTG--TCGTCAGTAAAA--TGTCATAGTGC--TTCA-------TTG-----TT---ATGGGTTA---AATGA-TATATACTTAACGGCTTTAA-AA-A-C----G-T---A----A--GGTTTT-AAGatg
gi|9 : CCTGGTTTCTGCTTC--ACCAACCTAT---TTAA---AT--AT--------GT------G-CTC-------A-AATA--------CTT--------GG--------A----------T-CTTAAAA----AAGGCTGT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--CAATAAAGC-TG-CA
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333 1111111 22222222222222222222222222222 1111111 1111111111 1111111 33333333333333333333333 88888888888888888888888888888 22222
lowQualScore : 9999 33 1 888 1 6666666666666666666666666 2 0000000 2 3 99999999 00000000000000000000000000000 2 55 0 5555 33 2 33 5555 33 0 44 88 3 55 3333333 6666666666 6666666 555 66 66 4 4 88888888888888888888888 4 00000000000000000000000000000 99 3 22222 888
lowQualScore : .... .. . ... . ......................... . ....... . . ........ ............................. . .. . .... .. . .. .... .. . .. .. . .. ....... .......... ....... ... .. .. . . ....................... . ............................. .. . ..... ...
lowQualScore : 5555 77 8 333 9 9999999999999999999999999 5 6666666 5 4 11111111 11111111111111111111111111111 5 66 8 3333 44 5 22 3333 77 2 22 33 3 00 0000000 5555555555 9999999 555 11 11 4 4 22222222222222222222222 4 99999999999999999999999999999 22 5 00000 222
consensus : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C--AAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-AG--------C-AAACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
Reference ( family-40 ) : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C--AAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-AG--------C-AAACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
gi|1 : CCGACTCCT--TTC--ACCAACATATAC-TTAA---GT--A-------------------CTA-------A-AAAA--------GT----------A--------A----------TAC-TAAAG----AAAGCAGC--CA-----TGATT-----T----TTTTAGACAGGTTC--CAGGAAAAT-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AT---GTTTAATATAAAATAG-A-TAAA--TAAC--CGGTTA-AT-A-CT-TAG-T---T----GTTGTTTTTAAAGTATTTA-GG--------T-AAA------------ATGTTGGTGATACAGAAGCCTA--A--ACACT--ATTTACATTC
gi|10 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctCTCGCTTCAATTTC--ACCAACAT-T---TTAATGAAT--GT--------AC------A-CTTCATTACCA-AACA--------CTTT-------AA--------A----------T-C-AAAGA----CAAACATC--CA-GG--TGATAA----TG--AAACTGGACTGcaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|11 : gtcaactactatatagcagtttcataTGGTGTCTGTTTT--ACGAACATAT---TTAA---AG--ATTTGCCTTCAT------AACTT-------A-AA-A--------TTT--------AG--------A----------T-A--AAAA----AAAATATC--CA-TA--TTATTA----TG--ATATGTGACTGTCTC--CAGAAAAAAATG-CGTTTGAT--TTCA-------TTG-----GC---AATGATTAACGAAaaaaactagaagttttt
gi|12 : ACATACGGTGTAGATCTGTCTTCCGGTTC--ACAAACATAT---TT-----------------------------C------------AAA--------CTT--------GA--------A----------T-C-TTAGA----AAAGCAGA--CA-GT--TGATCAATCATG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-TATGTGGT--CT
gi|13 : caAACAA-C-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-CTTAAG-T---A----A--GTGTTT-AAGTTTTTA-AG--------T-TAA------------ATGTTGATGAAACAGAAGCCAG--ATTGT-TT-----TACATTCGTTAAC
gi|14 : acCCGGCTCCTATTTC--ACCAACAAAT---CTAA---GT--ATGAACTTGAAT------A-ATT-------A-AAAA--------TTT--------AA--------A----------T-C-AAAGA----AAAGCATC--TA-AG--TGATCA----attagctttaccaagtgacc
gi|15 : aaccagtcaatgacataacttcaaatagtcccaGGCCCCTGTTTTTTGGCAACATGTATATTAT---AT--AC--------ATGT----A-CTT-------A-AATA--------CTT--------AA--------AAAAACTATAAT-C-CAAGT----AAAGCATC--CA-AG--TAATCA----TG--ATTTT
gi|16 : atgaaatcatctaTTTC--A--AACACAG---TAGA---GTGTAT--------AT------A-CTT-------A-AATA--------CCT--------AACAACTTCTA----------T-C-AAAGA----CAAGCATT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGA----TTT--CAACAAAA
gi|17 : TTCTGTTTC--ATCAACATAT---TTTA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AAAC--------CTT--------AG--------A----------T-C-TAATA----AAAACAGC--CA-AG--AGATC
gi|18 : --TGATCG----TG--ATTTTAGACTGGTTT--CAGTAAAAT-TG-CATATGAT--T----------TTA-----GC---ATTGATTAAA-AGT-A-T-TAA
gi|2 : gtCCAGGCTCCTGTTTC--ACCGACATAT--------------------------------A-CTT-------G-AAAA--------CTT--------AA--------A----------T-A-TAACA----AAATCAGA--CA-GACCTTATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CTTTTAAAC-TG-CATATGGT--ACCA-------TTG-----AT---ATTGAT---------A-T----A--TAAA--CAGTCA-A------------------------TTTTT-AAGCATTTA-AG--------C-------------GAGATGTTGGTAAAATAGGAGTCTG--GTTAC--TAGATATA
gi|3 : agccgtttcaatttgttaaattttgcttacttaacactagctgatatctattttcagttgttgtgactggtCCTGGCTTCTGTTTC--ACCAATATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AATATTAAAAAACTT--------AA--------A----------T-C-AAATA----AAAGCATC--AA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--TAGAAGAAC-TG-TTTTTGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGGTTAAAGAA-AA-T-TAAG--TAAC--CAGTCA-AA-A-T--AGG-TTTGA----A--GTATTT-AAGTATTTACAGGTAGAGTAC-AACCTG-A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAACCAGCAGATAC--TA-GTATAttaataataaaaacactcaataactatttgtttt
gi|4 : gtcaactccggtctACATACA-TA-AAACCTGGCTTCCGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---AT--AT--------AT------A-CTTG------A-AATA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TGAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAACCTGATTC--CAGTACAAT-TG-CACATAGT--TTTA-------ATG-----AC---ATTGATCAAAGAATGA-T-TAAA--TAGC--CAGTCA-AA-ATT--AAGAT---A----A--GTTTTA-AAGTATGTA-AG--------TAAAACTTAA---GAAAATGTTGATGAAACAGAAGCTTG--GTTAGATTA-AAATACAT---TTAACagtatataaataatgagcaacac
gi|5 : GCTTCTGATTT--ATCAACAT-T---TTAATT-GT--AT--------GTTCATCAA-CTT-------AAAAAA--------CTT---------A--------A----------T-C-TTATT----AAATATTC--CA-GG--TCATCA----CGTTTTTTTAAATTGACTC--AAACAGATT-TG-TATATTGTAATTTAAAAAAACCTG-----A----A-TGA-CAAAGTA-GA-G-CAAG--TAAT--CAGTCA-AAGG-C--AAT-T---AT---A--ATGTTT-CGACATCTA-AA--------CAAAAAT--AAAGGAGAATGTTGGTGAAACAAAAGCCccttgttgtcatagtaac
gi|6 : atGTTCC--ACCAGCATAT---TTAA---GT--GT--------ATCAT---A-CTG-------A-ACAA--------CTT--------CA--------T----------T-G-TAATT----AAAGCTTC--CA-GG--TGATCA----GC--ATTTTAGACCAGTTG--AAATAAAGT-TG-CATATTGT--ATTA-------CTAGAATCACAGAATAGATTAAAG--TGGTT-TAAA--CA----CAGTAACAA-A-C--AAG-T---ATATCA--G---TT-AA--ATTT------------C-AAACT---------GATTTTGA-GAAACAGAAGTCTG--GTGACATTA-ATAT
gi|7 : TTTC--ACCAACAT-T---TT-----------------------------CCT-------A-AAAA--------TTT--------AC--------T----------T-C-AACGA----AAAGTATC--CA-GA--TGTTTA----TG--ATTAAAGACTGGTTC--CAGTAA--------ATCTGGT--TTCA-------TTT-----GT---ATATATTATATAA--A-T-T-AA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C------T---G----A--G-TTTT-AAGTTTTT-----------------TC--A---GAAAATGTCAGTGAAACAGAA
gi|8 : cgtT--AT--------AC------A-GTT-------A-AATA--------CTTCTTTTATAAA--------A----------G-T-TAAGATAAAAAAACAGCGGCAAGG--TGATCA----TG--ATTTTAGTCTG--TCGTCAGTAAAA--TGTCATAGTGC--TTCA-------TTG-----TT---ATGGGTTA---AATGA-TATATACTTAACGGCTTTAA-AA-A-C----G-T---A----A--GGTTTT-AAGatg
gi|9 : CCTGGTTTCTGCTTC--ACCAACCTAT---TTAA---AT--AT--------GT------G-CTC-------A-AATA--------CTT--------GG--------A----------T-CTTAAAA----AAGGCTGT--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGCTC--CAATAAAGC-TG-CA
blockSeqs : TA TT A ATA A AGATTTGCCTTCAT A CATTACC A C TTAAAAAA AAAAAAACTATAA . TT TAAA GG A CC ATCA TT GT AA T AA AAAAAAC GAATCACAGA AAGAATG TT CT GG C G TAGGTTTGAAGTA . ACAGGTAGAGTACAACCTGAGAAG CA T ATTA .
blockSeqs : . A . A GTATGAACTTGAAT . G . A . AACAACTTCTA . A . . . . . . . C . . . GC AAGAAA TA . . . . CTTAAGTAAGTG . AAACAAAAATAAAGGAGA . T ATTA
blockSeqs : . A . A TTGTATGTTCATCA . . . A . CTTTTATAAAA . T . . . . . . . T . . . GC AAGTAG C . . . . TTAAGATAAGTT . AAGTAAAACTTAAGAAA . A TAG
blockSeqs : . G . A TGAATGTAC . . . T . TAAA . A . . . . . . . C . . . AT AAAGT T . . . . CAAGTATATCAG . AAGTTAA . T TT
blockSeqs : . A . G GTGTATCAT . . . T . AGA . C . . . . . . . C . . . AC AAGTG T . . . . CAATTATAATG . AAGCGAG . T TA
blockSeqs : . A . T ATACATGT . . . A . GAA . A . . . . . . . T . . . AC TATAA T . . . . CGTAAGGT . CAAACTG
blockSeqs : . A . A GTGTATAT . . . A . AAA . T . . . . . . . T . . . GT AATG T . . . . CTGAGT . TCAGAAA
blockSeqs : . A . A GTATAT . . . T . AGA . T . . . . . . . T . . . TT . G . . . . TT .
blockSeqs : . A . A GTATAT . . . T . AAA . A . . . . . . . C . . . A T
blockSeqs : . A . A ATATAT . . . A . AAA . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . A ATATGT . . . A . AAA . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . CAT . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . ACT . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . GGA . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** GTATAT******************* AAA************************** AAGTAG* CTTAAGTAAGT************ ATTA*
originalCons : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------A-AANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGAATGA-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-A-C--AAG-T---A----A--GTTTTT-AAGTATTTA-AG--------C-AAACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
finalCons : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAAGTATAT-------------------A-CTT-------A-AANA--------CTTAAA--------------------------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TG--ATTTTAGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---ATTGATTAAAGTAG-A-T-TAAA--TAAC--CAGTCA-AA-ACTTAAGTAAGT------------TTT-AAGTATTTA-AG--------C-AAACT--A---GAAGATGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333 1111111 11111111 22222222222222222222222222222 1111111 1111111111 111111 44444444444444444444 11 777777777777777777777777777 22222
lowQualScore : 9999 33 1 888 1 6666666666666666666666666 2 0000000 3 11111111 00000000000000000000000000000 2 55 0 5555 33 2 33 5555 33 0 44 88 3 55 3333333 6666666666 4 3 66 666666 4 66 4 44444444444444444444 8 66 00 1 222222222222222222222222222 888 99 3 22222 888
lowQualScore : .... .. . ... . ......................... . ....... . ........ ............................. . .. . .... .. . .. .... .. . .. .. . .. ....... .......... . . .. ...... . .. . .................... . .. .. . ........................... ... .. . ..... ...
lowQualScore : 5555 77 8 333 9 9999999999999999999999999 5 6666666 4 66666666 11111111111111111111111111111 5 66 8 3333 44 5 22 3333 77 2 22 33 3 00 0000000 5555555555 0 5 33 111111 0 11 4 33333333333333333333 9 11 66 1 111111111111111111111111111 888 22 5 00000 222
consensus : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------AAANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TGATTTT--AGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---A-TTGAT-TAAAGTA-G-AT-TAAATAAC--CAGTCA-AA---ACTTAA--G-T---AA-GT-T--TT--AAGTATTTA-AG--------C-AAAC-T--AGAAGA---TGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
Reference ( family-40 ) : ACATACGGTGTAGACCTGGCTTCTGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------AAANA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TAAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TGATTTT--AGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AC---A-TTGAT-TAAAGTA-G-AT-TAAATAAC--CAGTCA-AA---ACTTAA--G-T---AA-GT-T--TT--AAGTATTTA-AG--------C-AAAC-T--AGAAGA---TGTTGGTGAAACAGAAGCCTG--GTTACATTA-ATATACATTCGTTAAC
gi|1 : CCGACTCCT--TTC--ACCAACATATAC-TTAA---GT--A-------------------CTA-------AAAAA--------GT----------A--------A----------TAC-TAAAG----AAAGCAGC--CA-----TGATT-----T--TTTT--AGACAGGTTC--CAGGAAAAT-TG-CATATGGT--TTCA-------TTG-----AT---GTTTAATATAAAATA-G-A--TAAATAAC--CGGTTA-AT---ACTTAGTTG-T----T-GT-T--TTTAAAGTATTTA-GG--------T-AAA----------A---TGTTGGTGATACAGAAGCCTA--A--ACACT--ATTTACATTC
gi|10 : ggcagtttcaatctcttcacaaatttttttaaaaactattgttttcttttgtattccctCTCGCTTCAATTTC--ACCAACAT-T---TTAATGAAT--GT--------AC------A-CTTCATTACCAAACA--------CTTT-------AA--------A----------T-C-AAAGA----CAAACATC--CA-GG--TGATAA----TGAAACT--GGACTGcaagaagtgttagaaaacaaccaaagacatatatgtttt
gi|11 : gtcaactactatatagcagtttcataTGGTGTCTGTTTT--ACGAACATAT---TTAA---AG--ATTTGCCTTCAT------AACTT-------AAA-A--------TTT--------AG--------A----------T-A--AAAA----AAAATATC--CA-TA--TTATTA----TGATATG--TGACTGTCTC--CAGAAAAAAATG-CGTTTGAT--TTCA-------TTG-----GC---A-ATGAT-TAAaaaaactagaagttttt
gi|12 : ACATACGGTGTAGATCTGTCTTCCGGTTC--ACAAACATAT---TT-----------------------------C-----------AAA--------CTT--------GA--------A----------T-C-TTAGA----AAAGCAGA--CA-GT--TGATCAATCATGATTTT--AGACTGGTTC--CAGTAAAAC-TG-TATGTGGT--CTcgaa
gi|13 : ca-AC-TAAATAAC--CAGTCA-AA---ACTTAA--G-T---AA-GTGT--TT--AAGTTTTTA-AG--------T-TAA----------A---TGTTGATGAAACAGAAGCCAG--ATTGT-TT-----TACATTCGTTAAC
gi|14 : acaacaCCGGCTCCTATTTC--ACCAACAAAT---CTAA---GT--ATGAACTTGAAT------A-ATT-------AAAAA--------TTT--------AA--------A----------T-C-AAAGA----AAAGCATC--TA-AG--TGATCA----attagctttaccaagtgacc
gi|15 : aaccagtcaatgacataacttcaaatagtcccaGGCCCCTGTTTTTTGGCAACATGTATATTAT---AT--AC--------ATGT----A-CTT-------AAATA--------CTT--------AA--------AAAAACTATAAT-C-CAAGT----AAAGCATC--CA-AG--TAATCA----TGATTTT--
gi|16 : atgaaatcatctaTTTC--A--AACACAG---TAGA---GTGTAT--------AT------A-CTT-------AAATA--------CCT--------AACAACTTCTA----------T-C-AAAGA----CAAGCATT--CA-GG--TGATCA----TGATTTT--AGA----TTT--CAACAAAA
gi|17 : TTCTGTTTC--ATCAACATAT---TTTA---GT--AT--------AT------A-CTT-------AAAAC--------CTT--------AG--------A----------T-C-TAATA----AAAACAGC--CA-AG--AGATC
gi|18 : --TGATCG----TGATTTT--AGACTGGTTT--CAGTAAAAT-TG-CATATGAT--T----------TTA-----GC---A-TTGAT-TAAA--A-GTAT-TAA
gi|2 : gtCCAGGCTCCTGTTTC--ACCGACATAT--------------------------------A-CTT-------GAAAA--------CTT--------AA--------A----------T-A-TAACA----AAATCAGA--CA-GACCTTATCA----TGATTTT--AGACTGGTTC--CTTTTAAAC-TG-CATATGGT--ACCA-------TTG-----AT---A-TTGAT-----------AT----ATAAA--CAGTCA-A------T---------------T-T--TT--AAGCATTTA-AG--------C-----------GAGA---TGTTGGTAAAATAGGAGTCTG--GTTAC--TAGATATA
gi|3 : agccgtttcaatttgttaaattttgcttacttaacactagctgatatctattttcagttgttgtgactggtCCTGGCTTCTGTTTC--ACCAATATAT---TTAA---GT--AT--------AT------A-CTT-------AAATATTAAAAAACTT--------AA--------A----------T-C-AAATA----AAAGCATC--AA-GG--TGATCA----TGATTTT--AGACTGGCTC--TAGAAGAAC-TG-TTTTTGGT--TTCA-------TTG-----AC---A-TTGGT-TAAAGAA-A-AT-TAAGTAAC--CAGTCA-AA---A--TAG--G-TTTGAA-GTAT--TT--AAGTATTTACAGGTAGAGTAC-AACC-TG-AGAAGA---TGTTGGTGAAACAGAAACCAGCAGATAC--TA-GTATAttaataataaaaacactcaataactatttgtttt
gi|4 : gtcaactccggtctACATACA-TA-AAACCTGGCTTCCGTTTC--ACCAACATAT---TTAA---AT--AT--------AT------A-CTTG------AAATA--------CTT--------AA--------A----------T-C-TGAGA----AAAGCATC--CA-GG--TGATCA----TGATTTT--AACCTGATTC--CAGTACAAT-TG-CACATAGT--TTTA-------ATG-----AC---A-TTGAT-CAAAGAATG-AT-TAAATAGC--CAGTCA-AA---A-TTAA--GAT---AA-GT-T--TTA-AAGTATGTA-AG--------TAAAAC-TTAAGAAAA---TGTTGATGAAACAGAAGCTTG--GTTAGATTA-AAATACAT---TTAACagtatataaataatgagcaacac
gi|5 : GCTTCTGATTT--ATCAACAT-T---TTAATT-GT--AT--------GTTCATCAA-CTT-------AAAAAA-------CTT--------AA-------------------T-C-TTATT----AAATATTC--CA-GG--TCATCA----CGTTTTTTTAAATTGACTC--AAACAGATT-TG-TATATTGTAATTTAAAAAAACCTG-----A----A-T-GAC--AAAGTA-G-AG-CAAGTAAT--CAGTCA-AAGGCAATTA-----T---AATGT-T--TC--GA-CATCTA-AA--------C-AAAAAT--AAAGGAGAATGTTGGTGAAACAAAAGCCccttgttgtcatagtaac
gi|6 : atGTTCC--ACCAGCATAT---TTAA---GT--GT--------ATCAT---A-CTG-------AACAA--------CTT--------CA--------T----------T-G-TAATT----AAAGCTTC--CA-GG--TGATCA----GCATTTT--AGACCAGTTG--AAATAAAGT-TG-CATATTGT--ATTA-------CTAGAATCACAGAA-TAGAT-TAAAGTG-G-TT-TAAACA----CAGTAACAA---AC--AA--G-T---AT-AT-CAGTT--AA--ATTT------------C-AAAC-T------GA---TTTTGA-GAAACAGAAGTCTG--GTGACATTA-ATAT
gi|7 : TTTC--ACCAACAT-T---TT-----------------------------CCT-------AAAAA--------TTT--------AC--------T----------T-C-AACGA----AAAGTATC--CA-GA--TGTTTA----TGATTAA--AGACTGGTTC--CAGTAA--------ATCTGGT--TTCA-------TTT-----GT---A-TATAT-TATA-TA-A-AT-T-AATAAC--CAGTCA-AA---AC--------T---GA-GT-T--TT--AAGTTTTT-----------------T-C--AGAAAA---TGTCAGTGAAACAGAA
gi|8 : cgtT--AT--------AC------A-GTT-------AAATA--------CTTCTTTTATAAA--------A----------G-T-TAAGATAAAAAAACAGCGGCAAGG--TGATCA----TGATTTT--AGTCTG--TCGTCAGTAAAA--TGTCATAGTGC--TTCA-------TTG-----TT---A-TGGGT-TAAATGA-T-ATATACTTAACGGCTTTAA-AA---ACGTAA--G--------GT-T--TT--AAGatg
gi|9 : CCTGGTTTCTGCTTC--ACCAACCTAT---TTAA---AT--AT--------GT------G-CTC-------AAATA--------CTT--------GG--------A----------T-CTTAAAA----AAGGCTGT--CA-GG--TGATCA----TGATTTT--AGACTGGCTC--CAATAAAGC-TG-CA