lowQualScore : 444444444 111 11 44444444 1 1
lowQualScore : 2 333 1 1 3 1 444444 222 222 1 2222 1 11 1 22 2222 44444 11 1 3 22 33 444444444 1 5555555 222 22 1 333 44444 44444 66666666 22 333 44444 66 2 2 33 6666 2 2 55555 11111111 33 2 1 2 6 7 7 33 2 2 3 5 5 2 66666 666
lowQualScore : . ... . . . . ...... ... ... . .... . .. . .. .... ..... .. . . .. .. ......... . ....... ... .. . ... ..... ..... ........ .. ... ..... .. . . .. .... . . ..... ........ .. . . . . . . .. . . . . . . ..... ...
lowQualScore : 1 555 8 7 3 7 666666 777 555 5 3333 1 44 1 88 2222 55555 99 5 0 00 55 444444444 7 7777777 222 55 4 222 55555 22222 66666666 55 222 55555 66 1 4 22 1111 5 4 99999 22222222 22 4 1 5 0 8 7 44 7 7 4 1 2 5 22222 222
consensus : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACAGGAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-N-A-A---AAA-A-------AA--A--CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGG---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCGGAGGATT-CCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
Reference ( gi|4 ) : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACAGGAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-T-A-A-TCAAA-A-------AA--A--CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----ATTAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGG---TATTTAT--TCTT-GCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACCACGCAGGGGTTGATAATTTAACCGCAATAGTGAACAAGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTCAGAGGAAT-CCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACAGGC
gi|3 : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACATGAACA----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACT-----AAA--ACAAC-AA-ATTT--ACATACA--GATT-T-A-AACCAAA-A-------AT--A--CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACATGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TATCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGG---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCATACGGCT-CTCTGAAACCACACAGGGGTTGATAACTTAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCGGAGGATT-CCTAA-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACAACACGGGC
gi|7 : aATGAATAAAT-AGG---ATTTTA-CAG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGATT---ATT-C-GACGC-CAACAGGAAGG----AA-GATTC--AAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTT--ACATACA--TATT---A-A---AAA-A-------AT--A--CATCCA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTTCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGA---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTAATAATTTAACCTCAATAATGAACATGAC-AAAA-AATGTT-AAAATGAACATGACACCCATTCGAAGGATT-CCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGACAGTGATTCTATTCTAAGCCGGAACCACACAGt
gi|9 : gtATGGATGAAT-GGT---GTTTTA-CAG-CTGAC-CAAC------ATATAATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACTGGAAGA----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-A-A-A-AAAAA-A-------AT--A--CACCTA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GA----------GTT---TC-----AGCAAATTC-TATCGCATT-ACT--CAAAAT-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGG---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCATATGGCT-CCATGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTTGGAGGATT-CCTAC-----CCCTCTGCAGAGACCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACGCGG
gi|14 : aATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACACTATAGGT----GTT---GACGC-CAACAGGAAGG----CA-GATTC--CAG-GCTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT----------AA-A-------AA--A--CA---A---CA-----AATGTATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCAGCA--------GAACCG-AGA--GTT---TC-----AGCAAGTTA-AATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACCACATGCATGCGCCACAGTGA---T-CCTAT--TCTT-ACCATCACTAATGTGGCT-CCTTGGAACCACACAGTGGTTCGTAATTTTACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAATTTGACACCCATTCGGAGGATT-CCTA----------------AAATTA----------TATTCTAAGTTGGAACCACACGGGC
gi|12 : aACGAACGAGTTAGG---AATTTAACAG-TGTACTCAAC------ACATAA-AAGTT---ATA-C-GACTT-CAACAGAATGG----AA-AATTC--AAG-ACTCATTTTC-C----ATATACA-----TGT--ACAAT-AACATTA--ACATACA--GATT-G-A-A---AAA-A-------AC--A--CACCAAAAACA-----AATGAATACGCAGAATGAACTTACAACCTTGA-----TATCTGTA--------GAACTTCAG------------------CAAA--------GT-TT-ACC--CAA-------TG-CTT--------ACGACATGCCTGAGATACAGT------ATTCATAGTCTT-ACAATAATTCA-ATTGATACCCTGACACCACATAAGGATT---AGTTTAACAATAATAATGAACATGAC-AAAATAAACAT-AAAATGAACATGA-AACAATTTGAAAGATT-CTTACCTGGGCCCTCTGCAGAGA----CAGTAATCTGATACTTACCCGGAACCAC
gi|24 : aaATGAATTTAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-------------ATTGAAGGTT---ACT-C-GACGC-CAACTGGAAGG----TA-AGTTC--CAG-GTTCGCTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ATAAC-AA-ATTA--AAATACA--GACT-G-A-----AAA-C-------AC--A--CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCGTGA-----TACCTGCA--------GAAATGCAGA--GTT---CC-----ATt
gi|25 : ATGATTGAAT-GGG---GTTTTG-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACAGGAAGG----AAGGAACC--TGGAGTTCACTCTA-C----ATGTATA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-T-A-A-
gi|31 : aATGGATGAAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAT-CAAT-------CATTGTAAGTT---ATT-C-GACGC-CAACTGGAAGG----AA-AATTC--CAG-GTTCATTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACGTACG--GATT-TAA-A-TCAatgctatgtagaaatatatcaagatcggcagcataaatcttacttgaaacttaactgc
gi|32 : gaATGAACGAAT-ATA---GTTTTA-C---------------------ATTGTAGGTT---GTT-C-GACGC-CAACAGGAGTG----AA-GATTG--CAG-GTTAGCTTTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTG--ACATACA--GATTAA-A-A-TCAAG-A-------
gi|8 : taTGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-T-GACGC-CAACAGGAAAG----AA-GATTA--CAG-GTTCACTCTA-T----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACT--GATT-A-A-A---AAA-A-------AAT-A--CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAGTGAACCTAGAACCCTGA-----TACCTGCA--------GAACTGTAGA--GTT---TC-----AGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGA---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACAGGACACCCATTCGGAGGATT-CCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGCACCACA-AGGtat
gi|5 : GAATGAAT-AGG---GTTTTA-TGG-CGTAC-CAAC------ACAATAGAGGTT---ATT-T-GACGC-CAACAGGAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-T-A-A---AAA-A-------AA--A--CACCAA---CA-----CATGAATGTGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCAAATTTATATCGTATC-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGAC--GTATGAGCCACAGTGG---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCGTACGGCT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCATAATAGTGAACAGAAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACTCATTCGGAGGATT-CCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCAGAACCACACAGGCg
gi|6 : taacaaGAATGAAT-AGG----TTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATACTAGATT---ATT-C-AACGC-CAACAGGAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-T-A-A-AAAAA-A-------AAT-A--CACAAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTAA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCAAAATC-TATCGTATT-ACT--CAAG-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGTCACAGTGG---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCATATGGTT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAGTTTAACC-CGATAGTGAACATGACAAAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCTATTCGAAGGATT-TTTAC-----CCCTCTGCAGAGACCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGGACCAAACGGGC
gi|10 : GAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACAGGAAGG----AA-TATTT--CAG-GTTCACTCTA-G----ATGTACA-----AAA--ACAAA-AA-AATA--ACATACA--GA-------A-TAAAA-A-------AAT-A--CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACAGCAGA--GTT---TC-----AGCAAATTC-CATCGTATT-GCT--CAAT-T-TGTCG-CTCCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGA---T-CCTAT--TCCT-GCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCGGAG--------AC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCATAGCCGGGACCACACGGGC
gi|11 : ataGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-C-AACGC-CAACAGGAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTT-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT----------AA-A-------AATTA--CATTAA---CA-----AATGATTATGCAGAATGAACCTAGA-TATTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAC-G-TGTCG-CTTCC-----TACG-CGTGCATAAGCCACAGCGA---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGCTGATAATTTAACCACAGTAGTGAACATGTC-AAAA-AATGAT-AAAATGAAAATGACACCCATTCGGAGGATT-CCTAC-----CCTTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAAGCAC
gi|16 : GAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACAGGAAGA----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-A-A-A---AAT-A-------AA--ATTCACCAA---CA-----AATGAATATGGAGAATGAAACTTGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCCAATTC-TATCGTATT-ACT--TCAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACGACATGTATGAACCACAGTGA---TA-CTAT--TTTT-GCCATCACTCATATGACT-CCCTGAAAtcgt
gi|21 : aGAAAGAAT-GGGTGAGTTT----GG----AT-CAAC------ATTTGAT-TGTT---ACA-T-GATGC-CAAACGGAAA-----AA-GATCA--CAG-AATCACCCTT-C----ATGTACA-----AAA--GAAACTAA-ATTA--ACATGCA--GATT-G------CGAG-A-------AA--A--TATCAA---CA-----AATGAATATGCATAATGAATCTAGAATCTTGttcagtttcagagaagatgaattttgataataatgcagcctagctaaaagtagac
gi|34 : agAATGAAT-AGG---GTTTAA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-T-GACAC-CAACAGGAAGG----AA-GCTTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAAggagagcaattgaaagtaacattcagagaactatatttact
gi|33 : aatTGGAT-TAG---ATTTTA-CGG-CATAT-CAAC------AAAGTGT---TC---AAT---GGCAC-CAACAGGAAAT----AG-CATTA--AAT-GCTTACT-TACC----GTGTACGAAT--AAA--ACGAC-A----TA--ATATGCA--GA
gi|30 : atatAT-ACG---GTTTTA-TGG-CGAAC-CAAC------AAATTATAGGTT---ATT-C-GACGC-CAACAGGAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTAA---------------A-A-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACAT-G--T-T-A-A---AAA-A-------AT--A--TATCAA---CA-----AACGAATATGCAGAataaaa
gi|22 : aataaattatggcG---GTTTTA-TGGGTGTTC-TGTC------ACAGT-TAGGTT---AC-----ATGA-TAGCAGGAACA----AT-GATTC--CAG-ACTGGCTCTC-C----ATGTACA-----AAAAGACAAC-AC-ATT----CAT-------TT-T-ACA-TTGAT-ATTCTTTGAA--A--TATTAA---GA-----A---AATA---ATAATTAA--TGGAAT----------TATCTGTA--------GCATTTGAGA--GTT---TCAGCATATTAAAT
gi|23 : acaactggatttaTTTA-CAG-CATAC-CAAC------ACA-CAAAAGTTGCAATTAT-GATGC-CAATGTGCAGG----AA-GATTC--TGA-GCCCATTCT--C----------------------CAAC-AA-ATTA--ACATACA--AATcgaat
gi|13 : TA-CGG-CGTAC-CTTA------ACATTATAGGTT---ATT-C-GATGC-CAATAGGAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--CATT-T-A-A---AAA-A-------AAT-A--CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGACTGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTACA--------GAAATGCTTA--GTT---TC-----AGCAAATTC-TACCGTATT-ACT--CAAA-A-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGCCACAATCG---T-CCTAT--TCTT-TCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACAACACAGGGGTTGATTACTTAACCGC------GAACATG-----AA-CATGAT-AAAATGAACACGACACCTATTCGGAGGATT-CCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGTTTCTATGCTTAGCCAGAACCACACatgcagagctgcattctgttgtatcagcaaattctgtacaatactctctgtcacctttacagcttgtatgagctatagtgggtgtatccttcccatcactcata
gi|26 : -CATAC-CAACTCGTGAACATTATA---T---A------AAAT-CAACGGGAAAG----AA-TGTTC--CAG-GCCCATCCT--C----ATGTTCACTTCCAAA--AC-------ATTACGATATACATTGA-----A-A-GTAAA-A-------CC--A--CACTAA---CC-----AGTGAATGTGCAAAATTGCCCTTGGGTTTCAA-----TACCGGAA--------AACCT--AGA--ATT----------AATAAATg
gi|19 : AAT------ACA--ATAGAAT---TTT-CTGACGCTCTGCAGGTATC----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----A
gi|2 : tattAT------ACATTGT---TT---ATA-C-AACCC-CAACACAAAGG----AA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----TAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACT--GATT---------AAA-A-------AT--A--CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACTTCGA-----TACCTGCA--------GAACGGCAGA--GTT---TC-----AGAAAATTA-TATCGCATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TTCGACATGCATGAGCCACAGTGG---T-CCTAT--TCTT-GCCATTTCTCATATG--T-CCCTGGAACCACAGAGGCGTTGGTAATTCAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATAAT-AAAATGAACACGACACCCATTCGGATGATT-CC-AA-----CTCTCTGCAGAGATAGACAGTGATTATATTCTTAGTCGGAACCTCACAGactgaaattgttgcttcttataacatgcatgagccatcactcatatgtttccctggtaccacaaaggggttggtaatttaaccacaatagcgaacacaacaaaaattaataaaataaatatgacacccattcggaggattcctactcctctgcagaattctattcttaccaagaaccacacaggt
gi|37 : tcaaacccaagctaaataaaaaaaaatttaacctaagttttagagcccaaaagaacggacatttaggcaacttacatctagctatGTT---GTT-T-ATCAC-CAGCAGGA--------A-GATTC--CAG-GGTCACTCTA-C----GTGTACA-----AAA--
gi|27 : c-CAACAGGAAGG----AA-CAGTC--CAG-ACCCAATTTT-A----ATGTA-A-----AAG--AAAAC--C-GCTA--ACATACA--TATT-G-A-A--------------------------AA---TA-----TATAAATATGCAGAATAAAACTAAATCATAAA-----CACCTTTA--------GAAATGCAGG--GTT---CC-----AGTGAATTC-g
gi|8 : tgaatgttttttatttacggggtaccatCAGGTATC----AG-GGTTC--TAG-GTTCACTCTG-C----ATATTCA-----
gi|6 : tgaatgaatagggttttacggcataccaacacattataggttatttgacgccaacaggaaagaagattacaggttcactctatatgtacaaaaacaacaaattaacatactgattaaaaaaaaatacatcaacaaaCAGGTATT----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----ATATTCA-----cagaactgtagagtttcagcaaattctattgtattactcaatttgtcgcttcttacgacatgcataagccacagtgatcctattcttgccatcactcatggctccctggaaccacacaggggttgataatttaaccacaatagtgaacatgacaaaaaatgataaaatgaacaggacacccattcggaggattcctacccctctgcagagatcgacagtgattctattcttagccggcaccacaaggg
gi|9 : gaatgaataggttttacggcgtaccaacacatactagattattcaacgccaacaggaaggaagattccaggttcactctacatgaacaaaaacaacaaattaacatacagatttaaaaaaaaaatacacaaacaaaCAGGTATC----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----ATATTCA-----cagaactgcagagtttcagcaaaatctatcgtattactcaagttgtcgcttcttacgacatgtatgagtcacagtggtcctattcttgccatcactcatatggttccctgaaaccacacaggggttgatagtttaacccgatagtgaacatgacaaaaaaatgataaaatgaacatgacacctattcgaaggatttttacccctctgcagagaccggcagtgattctattcttagccgggaccaaacgggc
gi|10 : aatggatgaatggtgttttacagctgaccaacatataataggttattcgacgccaactggaagaaagattccaggttcactctacatgtacaaaaacaacaaattaacatacagattaaaaaaaaaatacacctacaaaCAGGTATC----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----ATATTCA-----cagagtttcagcaaattctatcgcattactcaaaattgttgcttcttacgacatgcatgagccacagtggtcctattcttgccatcactcatatggctccatgaaaccacacaggggttgataatttaaccacaatagtgaacatgacaaaaaatgataaaatgaacacgacacccatttggaggattcctacccctctgcagagaccagcagtgattctattcttagccggaaccacgcgg
gi|17 : atagaatgaatagggttttacggcgtaccaacacattataggttattcgacgccaacaggaaggaatatttcaggttcactctagatgtacaaaaacaaaaaaataacatacagaataaaaaaatacatcaacaaaCAGGTATC----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----ATATTCA-----cagaacagcagagtttcagcaaattccatcgtattgctcaatttgtcgctccttacgacatgcataagccacagtgatcctattcctgccatcactcatggctccctggaaccacacaggggttgataatttaaccacaatagtgaacatgacaaaaaatgataaaatgaacatgacacccattcggagacccctctgcagagatcgacagtgattctattcatagccgggaccacacgggc
gi|7 : gtacaaaaacaacaaattaacatacagattaaaaaaaatacatcaacaaaGAAGGTATCAA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----ATATTCA-----cagaactgcagagtttcagcaaattctatcgtattactcaatttgtcgcttcttacgacatgcataagccacagtgatcctattcttgccatcactcatggctccctggaaccacacaggggttgataatttaaccacaatagtgaacatgataaaaaatgataaaaatgagcatgacacccattcagaggattcctacctctctgcagagatcgacagtgatttaattgttagccggaaccacacggg
gi|1 : gtatgaataaataggattttacagcgtaccaacacattatagattattcgacgccaacaggaaggaagattcaaggttcactctacatgtacaaaaacaacaaatttacatacatattaaaaaaatacatccacaaaAGG----AA-GATTCACCCG-ACTCATTGTC-C----ATGTACA-----AAG--ACAAA-AAGACTA--ATATATT--AACT-G-ATA-TCAAATA-------CA--A--TTTCAA---CATATTTAATGATTTTAAAGAATGAACCTAGAACCGTGA-----TACCTGTAGTAATTCCGAACTGCAGT--GTA---TC-----ATCAAAT---TATTATATTCACTACCCAA-TATGTTACCTTATACATGTACAATATGTATATGTCACAGTGATCCTGTTTTT--TTTTCGACATTACagaactgcagagtttcagcaaattctattgtattactcaatttgtcgcttcttacgacatgcataagccacagtgatcctattcttgccatcactcatggctccctggaaccacacaggggttaataatttaacctcaataatgaacatgacaaaaaatgttaaaatgaacatgacacccattcgaaggattcctacccctctgcagagattgacagtgattctattctaagccggaaccacacag
gi|3 : ttattttgaatcagtattacgccatatttaacatattacagtttttaaggatatccaggattcacgaccattaacacgagttacggaatagaaccgacgtccttcacaggtaaatggcaaactgtgttacatagctggtcacaaacccgcgacctcaggggcgaagggtaagtgatcttgggatcatttaccttagaccacgtagaaccgcatgatcaccccaccctt----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----ATATTCA-----
gi|14 : aatgaatgaatagggttttacggcataccaacacattataggttattcgacgccaacatgaacaaagattccaggttcactctacatgtactaaaacaacaaatttacatacagatttaaaccaaaaatacaccaacaaa----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTG-C----ATATACA-----gatacatgcagaactgcagagtttcagcaaattctatcgtattactcaaattatcgcttcttacgacatgcatgagccacagtggtcctattcttgccatcactcatacggctctctgaaaccacacaggggttgataacttaaccacaatagtgaacatgacaaaaatgataaaatgaacatgacacccattcggaggattcctaaccctctgcagagatcggcagtgattctattcttagccggaacaacacgggct
gi|28 : aatgaatgaatagggttttacggcataccaacacactataggtgttgacgccaacaggaaggcagattccaggctcactctacacgtacaaaaacaacaaattaacatacagattaaaaaacaacaaa----AA-GGTTC--TAG-GTTCATTCTA-C----GTATTCA-----gataccagcagaaccgagagtttcagcaagttaaatcgtattactcaaattgtcgcttcctaccacatgcatgcgccacagtgatcctattcttaccatcactaatgtggctccttggaaccacacagtggttcgtaattttaccacaatagtgaacatgacaaaaaatgataaaatgaatttgacacccattcggaggattcctaaaattatattctaagttggaaccacacgggc
gi|28 : gctaccctgcacatgcatcctcggttcatacgcctatgtacatcaataacagattatcgtgcagattaaaaaaacgcatgcaagATCC--TCG-GTTCA---TA-CGCCTATGTACA-----TCA--ATAAC-AG-ATTA--TCGTGCA--GATT---------AAA-A-------AA--A--CGCATG---CA-----AGTGAATACGTAGAATGAACCTAGAACCTTGATACTGTACCTGTA--------TATCTTAATA--GTT---TT-----AGCAAATTA-TAgatactgtacctgtatatcttaatagttttagcaaattata
gi|17 : gctaccctgcacatgcGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTA--ACATACA--GATT-A-A-A---AAA-A-------AT--A--CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TC-----AGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGA---T-CCTAT--TCTT-GCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAT-AAAA-AATGATAAAAATGAGCATGACACCCATTCAGAGGATT-CCTAC-----CTCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTTAATTGTTAGCCGGAACCACACGGG
gi|2 : ATGTACATGTAGAGTGAACCTGGAATCTT
gi|5 : tcaaacccaagctaaataaaaaaaaatttaacctaagttttagagcccaaaagaacggacatttaggcaacttacatctagctatatacattgtttatacaaccccaacacaaaggTGTACATGTAGAGTGAACCTGGAATCTTCC-----TTCCTGaaacaacaaattaacatactgattaaaaatacatcaacaaatgaatatgcagaatgaacctagaacttcgatacctgcagaacggcagagtttcagaaaattatatcgcattactcaaattgtcgcttccttcgacatgcatgagccacagtggtcctattcttgccatttctcatatgtccctggaaccacagaggcgttggtaattcaaccacaatagtgaacatgacaaaaataataaaatgaacacgacacccattcggatgattccaactctctgcagagatagacagtgattatattcttagtcggaacctcacag
gi|9 : taacaagaatgaatagggttttatggcgtaccaacacaatagaggttatttgacgccaaTGTACATGTAGAGTGAACCTGGAATCTTaaaacaacaaattaacatacagatttaaaaaaaaacaccaacacatgaatgtgcagaatgaacctagaaccttgatacctgcagaactgcagagtttcagcaaatttatatcgtatcactcaaattgtcgcttcttacgacgtatgagccacagtggtcctattcttgccatcactcgtacggctccctgaaaccacacaggggttgataatttaaccataatagtgaacagaacaaaaaatgataaaatgaacatgacactcattcggaggattcctacccctctgcagagatcagcagtgattctattcttagccagaaccacacaggc
gi|13 : aatggatgaatggtgttttacagctgaccaacatataataggttattcgacgccaactggaagaTGTACATGTAGAGTGAACCTGGAATCTTaaaacaacaaattaacatacagattaaaaaaaaaatacacctacaaatgaatatgcagaatgaacctagaaccttgatacctgcagagtttcagcaaattctatcgcattactcaaaattgttgcttcttacgacatgcatgagccacagtggtcctattcttgccatcactcatatggctccatgaaaccacacaggggttgataatttaaccacaatagtgaacatgacaaaaaatgataaaatgaacacgacacccatttggaggattcctacccctctgcagagaccagcagtgattctattcttagccggaaccacgcgg
gi|16 : tacggcgtaccttaacattataggttattcgatgccaataggaaggTGTACATGTAGAGTGAACCTGGAATCTTTC-----TTCCTGaaaacaacaaattaacatacacatttaaaaaaaatacaccaacaaatgaatatgcagactgaacctagaaccttgatacctacagaaatgcttagtttcagcaaattctaccgtattactcaaaatgtcgcttcttacgacatgtatgagccacaatcgtcctattctttccatcactcatatggctccctgaaacaacacaggggttgattacttaaccgcgaacatgaacatgataaaatgaacacgacacctattcggaggattcctacccctctgcagagatcggcagtgtttctatgcttagccagaaccacacg
gi|19 : agaatgaatagggttttacggcgtaccaacacattataggttattcgacgccaaATTTGCAGAATGAACCTAGAACCTTGA-----TACCTGCA--------GAGCGTCAGA------------------AAATTC-TATTGTATT-ACT--GAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TATAACATGCATGAGC---------------------------CATCACTCATATGTTT-CCCTGGTACCACAAAGGGGTTGGTAATTTAACCACAATAGCGAACACAAC-AAAA-ATTAAT-AAAATAAATATGACACCCATTCGGAGGATT-CCTAC-----TCCTCTGCAGA-----------ATTCTATTCTTACCAAGAACCACACAGGaaaacaacaaattaacatacagattaaaaataaaattcaccaacaaatgaatatggagaatgaaacttgaaccttgatacctgcagaactgcagagtttcagccaattctatcgtattacttcaattgtcgcttcctacgacatgtatgaaccacagtgatactatttttgccatcactcatatgactccctgaaattcagtttcagagaagatgaattttgataataatgcagcctagctaaaagtagac
gi|6 : tATGTAGAGTGAACCTGGAATCTTCC-----TTCCTGt
gi|23 : gaatgaataggttttacggcgtaccaacacatactagattattcaacgccaaTGCA--------GAGCTGCATTCTGTTGTATC-----AGCAAATTC-TGT-ACAAT-ACT--C----TCTGTCA-CCT-T-----TACAGCTTGTATGAGCTATAGTGG----GTGTAT--CCTT-CCCATCACTCATAgaacaaaaacaacaaattaacatacagatttaaaaaaaaaatacacaaacaaatgaatatgcagaatgaacctagaaccttaatacctgcagaactgcagagtttcagcaaaatctatcgtattactcaagttgtcgcttcttacgacatgtatgagtcacagtggtcctattcttgccatcactcatatggttccctgaaaccacacaggggttgatagtttaacccgatagtgaacatgacaaaaaaatgataaaatgaacatgacacctattcgaaggatttttacccctctgcagagaccggcagtgattctattcttagccgggaccaaacgggc
gi|29 : tttacagcataccaacacacaaaagttgcaattatgatgccaatgtgcaggaagattctgagcccattctccaacaaattaacatacaaataTGGCT-CCTTGGAACCGCACAGGGGTTGGTAATTTAACCACATTAACGAACA------------TGAC-AAAACGATCATGAGACGCATTCGGAGGATT-ATTGT-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTATCCGGAACCACACGGG
gi|36 : attcgCCCATTTGTGGGAATTCCTAT-----CTCTCTGTAGAGATCG--AGAGATCATACTCCTAG----AACCACA
gi|38 : CCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTATATTC
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAGGGAGGTAGGTTCTCGTTTGTTTACCATAGATGATATTTTTTTTTTTTTGAATGGGGTTTAACACCATTTTCAACTTATTTCAGGTTATATATTATGGCATATCCAGTTTTATTAGTGGAGACCTCAGAATGAATCTGAGTAGAACCAATGTCCTTCTGCCAGTAACTTGCAAACTTTCTCACATAAAGACTTTGGAGTGAGAGGGACTCGAGCCTATGACCTGAGTGATGAGTGATAAGTAATCTTGAGACAGCGCCTTAGACCACTCGGCCACAGAACACCCACCATAGATGATACCTGGAACTGATCTGGTCACGTTTTTACACATAGATACAAATATGATGGGTCATGGTGAAAATT
Unaligned ( gi|18 ): AAAGGGGTAAACGCCATTTATTTTGCACACAACAGTTTATATAATTATCCAGTTTTATTTACAGAGGATGATTTCGGAATAAATTTGAGTGCAACAACCTTCCTTCCCCATGTAATTGTCAAATATTGTCACATTAAGTTTTTGGACAGAGCTGGACTCAAACCCACAACTTTAGTGAAGTGCGGGAAGTGTTCTTAAGTGGACAGTGCTTTAAACCACTTGGATTATGAACAAGGCAACCTCTAAATGTCACCTAACGATACTAGTCTACTGTTTAATACTGAAAACACATATTGGAACAT
Unaligned ( gi|20 ): AAGGGGTTGAACATAATTTTCAAAACGTACATGGTAACATGATTATGTGACCAAGTTTTGCTGATGGGGGACCACCCCTCAGATGCATATATGTTAATCTAGGTAAAACTTCCTTCAGTAAGTACTTGGAAAATATTTCACTTAAAATCCTTAGACCAAGCTGCTTGCCTCAAACCTAACAAATCTGTGGTGAGTTGGGATGGTGCTTTTGACCTCTCGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGAATTACAGATAATACCTTGACAAAACCAAAATTGTACACCACAAAATGAGGGTTAACATCTGAT
Unaligned ( gi|39 ): TAAATTGACTATGCAAAATCAAAATTGCTACCTACCTACCCACA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111
lowQualScore : 2 333 1 1 1 444444 222 1 1 11 1 11 2222 55555 11 1 2 222 22 33333 111111 22 22 1 0000000 333 44444 1 44444 66666666 22 333 1 2 33 55 4 2 55555 2 0 2 2 2 2 2 55555 3
lowQualScore : . ... . . . ...... ... . . .. . .. .... ..... .. . . ... .. ..... ...... .. .. . ....... ... ..... . ..... ........ .. ... . . .. .. . . ..... . . . . . . . ..... .
lowQualScore : 0 333 7 7 7 666666 777 5 4 99 4 88 9999 77777 88 4 9 555 00 66666 999999 00 00 7 5555555 000 33333 7 55555 33333333 44 000 9 2 11 22 4 2 66666 2 5 4 5 5 5 4 99999 2
consensus : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
Reference ( family-345 ) : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
gi|1 : AGGAA-GATTCACCCG-ACTCATTGTC-C----ATGTACA-----AAG--ACAAA-AAGACTAATA---TATT--AA-----CTGATATCA--A--A-TACA--A---TTTCAA---CATATTTAATGATTTTAAAGAATGAACCTAGA-ACCGTGA-----TACCTGTAGTAATTCCGAACTGCAGT--GTA---TCATCAAAT---TATTATATTCACTACCCAA-TATGTTACCTTATACATGTACAATATGTATATGTCACAGTGAT-CCTGTTTTT
gi|10 : ttattttgaatcagtattacgccatatttaacatattacagtttttaaggatatccaggattcacgaccattaacacgagttacggaatagaaccgacgtccttcacaggtaaatggcaaactgtgttacatagctggtcacaaacccgcgacctcaggggcgaagggtaagtgatcttgggatcatttaccttagaccacgtagaaccgcatgatcaccccacccttGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-TATTT--CAG-GTTCACTCTA-G----ATGTACA-----AAA--ACAAA-AA-AATAACA---TACA--GA-----AT-A----A--A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACAGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-CATCGTATT-GCT--CAAT-T-TGTCG-CTCCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCCTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAG-------AC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCATAGCCGGGACCACACGGGCttttcgacattac
gi|11 : ataGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CAACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTT-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TT------A--A--A-AATT--A---CATTAA---CA-----AATGATTATGCAGAATGAACCTAGATA--TTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAC-G-TGTCG-CTTCC-----TACG-CGTGCATAAGCCACAGCGAT-CCTATTCTTGCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGCTGATAATTTAACCACAGTAGTGAACATGTC-AAAA-AATGAT-AAAATGAAAATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCTTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAAGCACTCG
gi|12 : ACGAACGAGTTAGG---AATTTAACAG-TGTACTCAAC------ACATAA-AAGTT---ATA-CGACTTCAACAGAATGGAA-AATTC--AAG-ACTCATTTTC-C----ATATACA-----TGT--ACAAT-AACATTAACA---TACA--GA-----TTGA----A--A--A-AAAC--A---CACCAAAAACA-----AATGAATACGCAGAATGAACTTACA-ACCTTGA-----TATCTGTA--------GAACT-------------TCAGCAAA--------GT-TT-ACC--CAA----TG-------CT-----TACGACATGCCTGAGATACAGTATT-CATAGTCTTACAATAATTCA-ATTGATACCCTGACACCACATAAGGAT---TAGTTTAACAATAATAATGAACATGAC-AAAATAAACAT-AAAATGAACATGA-AACAATTTG-AAAGATTCTTACCTGGGCCCTCTGCAGAGA----CAGTAATCTGATACTTACCCGGAACCACt
gi|13 : aaTA-CGG-CGTAC-CTTA------ACATTATAGGTT---ATT-CGATGCCAATAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--CA-----TTTA----A--A--A-AAAAT-A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGACTGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTACA--------GAAATGCTTA--GTT---TCAGCAAATTC-TACCGTATT-ACT--CAAA-A-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGCCACAATCGT-CCTATTCTTTCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACAACACAGGGGTTGATTACTTAACC------GCGAACATG-----AA-CATGAT-AAAATGAACACGACACCTATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGTTTCTATGCTTAGCCAGAACCACACGt
gi|14 : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACACTATAGGT----GTT--GACGCCAACAGGAAGGCA-GATTC--CAG-GCTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-A------------CAA---CA-----AATGTATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCAGCA--------GAACCG-AGA--GTT---TCAGCAAGTTA-AATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACCACATGCATGCGCCACAGTGAT-CCTATTCTTACCATCACTAATGTGGCT-CCTTGGAACCACACAGTGGTTCGTAATTTTACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAATTTGACACCCATTCG-GAGGATTCCTA--------------A------------AATTATATTCTAAGTTGGAACCACACGGGC
gi|16 : aGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-TAAA--ATT-CACCAA---CA-----AATGAATATGGAGAATGAAACTTGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCCAATTC-TATCGTATT-ACT--TCAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACGACATGTATGAACCACAGTGAT-ACTATTTTTGCCATCACTCATATGACT-CCCTGAAA
gi|17 : aGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAT-AAAA-AATGATAAAAATGAGCATGACACCCATTCA-GAGGATTCCTAC-----CTCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTTAATTGTTAGCCGGAACCACACGGGttcagtttcagagaagatgaattttgataataatgcagcctagctaaaagtagac
gi|19 : ATTTGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAGC--------GT-----CAGAAAATTC-TATTGTATT-ACT--GAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TATAACATGCATGAGCCA---------------------TCACTCATATGTTT-CCCTGGTACCACAAAGGGGTTGGTAATTTAACCACAATAGCGAACACAAC-AAAA-ATTAAT-AAAATAAATATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----TCCTCTGCAGA-----------ATTCTATTCTTACCAAGAACCACACAGG
gi|2 : tAT------ACATTGT---TT---ATA-CAACCCCAACACAAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----TAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACT--GA-----TT---------A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACTTCGA-----TACCTGCA--------GAACGGCAGA--GTT---TCAGAAAATTA-TATCGCATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TTCGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATTTCTCATATG--T-CCCTGGAACCACAGAGGCGTTGGTAATTCAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATAAT-AAAATGAACACGACACCCATTCG-GATGATTCC-AA-----CTCTCTGCAGAGATAGACAGTGATTATATTCTTAGTCGGAACCTCACAGt
gi|21 : tcaaacccaagctaaataaaaaaaaatttaacctaagttttagagcccaaaagaacggacatttaggcaacttacatctagctatGAAAGAAT-GGGTGAGTTT----GG----AT-CAAC------ATTTGAT-TGTT---ACA-TGATGCCAAACGGAAA-AA-GATCA--CAG-AATCACCCTT-C----ATGTACA-----AAA--GAAACTAA-ATTAACA---TGCA--GA-----TTG-----C--G--A-GAAA--A---TATCAA---CA-----AATGAATATGCATAATGAATCTAGA-ATCTTG
gi|22 : agG---GTTTTA-TGGGTGTTC-TGTC------ACAGT-TAGGTT---AC----ATGATAGCAGGAACAAT-GATTC--CAG-ACTGGCTCTC-C----ATGTACA-----AAAAGACAAC-AC-ATT--CATTTTACATTGATATTCTTT--------------GAA--A---TATTAA---GA-----A---AATA---ATAATTAA--TGGA-AT----------TATCTGTA--------GCATTTGAGA--GTT---TCAGCATATTA-AATCGAATggagagcaattgaaagtaacattcagagaactatatttact
gi|23 : acaactggatttaTTTA-CAG-CATAC-CAAC------ACA-CAAAAGTTGCAATTATGATGCCAATGTGCAGGAA-GATTC--TGA-GCCCATTCT--C----------------------CAAC-AA-ATTAACA---TACA--AA-----T
gi|23 : TGCA--------GAGCTGCATTCTGTTGTATCAGCAAATTC-TGT-ACAAT-ACT--C----TCTGTCA-CCT-T-----TACAGCTTGTATGAGCTATAGTGGG-TGTATCCTTCCCATCACTCATAatgcagagctgcattctgttgtatcagcaaattctgtacaatactctctgtcacctttacagcttgtatgagctatagtgggtgtatccttcccatcactcata
gi|24 : tttacagcataccaacacacaaaagttgcaattatgatgccaatgtgcaggaagattctgagcccattctccaacaaattaacatacaaataATGAATTTAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-------------ATTGAAGGTT---ACT-CGACGCCAACTGGAAGGTA-AGTTC--CAG-GTTCGCTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ATAAC-AA-ATTAAAA---TACA--GA-----CTG-----A--A--A-ACAC--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCGTGA-----TACCTGCA--------GAAATGCAGA--GTT---CCA
gi|25 : ATGATTGAAT-GGG---GTTTTG-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAAGGAACC--TGGAGTTCACTCTA-C----ATGTATA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--t
gi|26 : a-CATAC-CAACTCGTGAACATTATA---T---A-----AAATCAACGGGAAAGAA-TGTTC--CAG-GCCCATCCT--C----ATGTTCACTTCCAAA--AC-------ATTACGA---TATA--CA-----TTGA----A--A--GTAAAACCA---CACTAA---CC-----AGTGAATGTGCAAAATTGCCCTTGG-GTTTCAA-----TACCGGAA--------AACCT--AGA--ATT-----AATAAATtgctatgtagaaatatatcaagatcggcagcataaatcttacttgaaacttaactgc
gi|27 : CAACAGGAAGGAA-CAGTC--CAG-ACCCAATTTT-A----ATGTAAA-----AGA--A-AAC-CG--CTAACA---TACA--TA-----TTGA----A--A--A--------------------TA-----TATAAATATGCAGAATAAAACTAAA-TCATAAA-----CACCTTTA--------GAAATGCAGG--GTT---CCAGTGAATTC-
gi|28 : tgaatgttttttatttacggggtaccatATCC--TCG-GTTCA---TA-CGCCTATGTACA-----TCA--ATAAC-AG-ATTATCG---TGCA--GA-----TT---------A--A-AAAA--A---CGCATG---CA-----AGTGAATACGTAGAATGAACCTAGA-ACCTTGATACTGTACCTGTA--------TATCTTAATA--GTT---TTAGCAAATTA-TA
gi|29 : gctaccctgcacatgcTGGCT-CCTTGGAACCGCACAGGGGTTGGTAATTTAACCACATTAACGAACATGAC-AAAA---CGAT---------CATGAGACGCATTCG-GAGGATTATTGT-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTATCCGGAACCACACGGG
gi|3 : attcgATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACATGAACAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACT-----AAA--ACAAC-AA-ATTTACA---TACA--GA-----TTTA----A--ACCA-AAAAT-A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACATGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TATCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATACGGCT-CTCTGAAACCACACAGGGGTTGATAACTTAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAA-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACAACACGGGC
gi|30 : aAT-ACG---GTTTTA-TGG-CGAAC-CAAC------AAATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTAA---------------A-A-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--TG-----TT-A----A--A--A-AAAT--A---TATCAA---CA-----AACGAATATGCAGAt
gi|31 : aataaattatggcATGGATGAAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAT-CAAT-------CATTGTAAGTT---ATT-CGACGCCAACTGGAAGGAA-AATTC--CAG-GTTCATTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACG---TACG--GA-----TTTA----A--A--
gi|32 : gaATGAACGAAT-ATA---GTTTTA-C---------------------ATTGTAGGTT---GTT-CGACGCCAACAGGAGTGAA-GATTG--CAG-GTTAGCTTTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTGACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--tca
gi|33 : taTGGAT-TAG---ATTTTA-CGG-CATAT-CAAC------AAAGTGT---TC---AAT--GGCACCAACAGGAAATAG-CATTA--AAT-GCTTACT-TACC----GTGTACGAAT--AAA--ACGAC-A----TAATA---TGCA--GA-----ATAA----A--A--tcaagatat
gi|34 : atatAATGAAT-AGG---GTTTAA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-TGACACCAACAGGAAGGAA-GCTTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAA
gi|36 : aatCCCATTTGTGGGAATTCCTAT-----CTCTCTGTAGAGATCG--AGAGATCATACTCCTA----GAACCACA
gi|37 : GTT---GTT-TATCACCAGCAGGA----A-GATTC--CAG-GGTCACTCTA-C----GTGTACA-----AAA--
gi|38 : cCCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTATATTCg
gi|4 : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----ATCA--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCATTAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGTATTTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACCACGCAGGGGTTGATAATTTAACCGCAATAGTGAACAAGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTCA-GAGGAATCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACAGGCcaacatgggttcattcaaaat
gi|5 : GAATGAAT-AGG---GTTTTA-TGG-CGTAC-CAAC------ACAATAGAGGTT---ATT-TGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----CATGAATGTGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTTATATCGTATC-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGAC--GTATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCGTACGGCT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCATAATAGTGAACAGAAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACTCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCAGAACCACACAGGC
gi|6 : taacaaGAATGAAT-AGG----TTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATACTAGATT---ATT-CAACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--A-AAAA--AATACACAAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTAA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAAATC-TATCGTATT-ACT--CAAG-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGTCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGTT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAGTTTAACC-CGATAGTGAACATGACAAAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCTATTCG-AAGGATTTTTAC-----CCCTCTGCAGAGACCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGGACCAAACGGGC
gi|7 : ATGAATAAAT-AGG---ATTTTA-CAG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGATT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--AAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTTACA---TACA--TA-----TT-A----A--A--A-AAAT--A---CATCCA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTTCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTAATAATTTAACCTCAATAATGAACATGAC-AAAA-AATGTT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-AAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGACAGTGATTCTATTCTAAGCCGGAACCACACAG
gi|8 : gtTGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-TGACGCCAACAGGAAAGAA-GATTA--CAG-GTTCACTCTA-T----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACT--GA-----TTAA----A--A--A-AAAAT-A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAGTGAACCTAGA-ACCCTGA-----TACCTGCA--------GAACTGTAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACAGGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGCACCACAAGGG
gi|9 : ATGGATGAAT-GGT---GTTTTA-CAG-CTGAC-CAAC------ATATAATAGGTT---ATT-CGACGCCAACTGGAAGAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-AAAA--ATA-CACCTA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GA----------GTT---TCAGCAAATTC-TATCGCATT-ACT--CAAAAT-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCATGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTTG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGACCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACGCGG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAGGGAGGTAGGTTCTCGTTTGTTTACCATAGATGATATTTTTTTTTTTTTGAATGGGGTTTAACACCATTTTCAACTTATTTCAGGTTATATATTATGGCATATCCAGTTTTATTAGTGGAGACCTCAGAATGAATCTGAGTAGAACCAATGTCCTTCTGCCAGTAACTTGCAAACTTTCTCACATAAAGACTTTGGAGTGAGAGGGACTCGAGCCTATGACCTGAGTGATGAGTGATAAGTAATCTTGAGACAGCGCCTTAGACCACTCGGCCACAGAACACCCACCATAGATGATACCTGGAACTGATCTGGTCACGTTTTTACACATAGATACAAATATGATGGGTCATGGTGAAAATT
Unaligned ( gi|18 ): AAAGGGGTAAACGCCATTTATTTTGCACACAACAGTTTATATAATTATCCAGTTTTATTTACAGAGGATGATTTCGGAATAAATTTGAGTGCAACAACCTTCCTTCCCCATGTAATTGTCAAATATTGTCACATTAAGTTTTTGGACAGAGCTGGACTCAAACCCACAACTTTAGTGAAGTGCGGGAAGTGTTCTTAAGTGGACAGTGCTTTAAACCACTTGGATTATGAACAAGGCAACCTCTAAATGTCACCTAACGATACTAGTCTACTGTTTAATACTGAAAACACATATTGGAACAT
Unaligned ( gi|20 ): AAGGGGTTGAACATAATTTTCAAAACGTACATGGTAACATGATTATGTGACCAAGTTTTGCTGATGGGGGACCACCCCTCAGATGCATATATGTTAATCTAGGTAAAACTTCCTTCAGTAAGTACTTGGAAAATATTTCACTTAAAATCCTTAGACCAAGCTGCTTGCCTCAAACCTAACAAATCTGTGGTGAGTTGGGATGGTGCTTTTGACCTCTCGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGAATTACAGATAATACCTTGACAAAACCAAAATTGTACACCACAAAATGAGGGTTAACATCTGAT
Unaligned ( gi|39 ): TAAATTGACTATGCAAAATCAAAATTGCTACCTACCTACCCACA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111
lowQualScore : 2 333 1 1 1 444444 222 1 1 11 1 11 2222 55555 11 1 2 222 22 33333 111111 22 22 1 0000000 333 44444 1 44444 66666666 22 333 1 2 33 55 4 2 55555 2 0 2 2 2 2 2 55555 3
lowQualScore : . ... . . . ...... ... . . .. . .. .... ..... .. . . ... .. ..... ...... .. .. . ....... ... ..... . ..... ........ .. ... . . .. .. . . ..... . . . . . . . ..... .
lowQualScore : 0 333 7 7 7 666666 777 5 4 99 4 88 9999 77777 88 4 9 555 00 66666 999999 00 00 7 5555555 000 33333 7 55555 33333333 44 000 9 2 11 22 4 2 66666 2 5 4 5 5 5 4 99999 2
consensus : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
Reference ( family-345 ) : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
gi|1 : AGGAA-GATTCACCCG-ACTCATTGTC-C----ATGTACA-----AAG--ACAAA-AAGACTAATA---TATT--AA-----CTGATATCA--A--A-TACA--A---TTTCAA---CATATTTAATGATTTTAAAGAATGAACCTAGA-ACCGTGA-----TACCTGTAGTAATTCCGAACTGCAGT--GTA---TCATCAAAT---TATTATATTCACTACCCAA-TATGTTACCTTATACATGTACAATATGTATATGTCACAGTGAT-CCTGTTTTT
gi|10 : ttattttgaatcagtattacgccatatttaacatattacagtttttaaggatatccaggattcacgaccattaacacgagttacggaatagaaccgacgtccttcacaggtaaatggcaaactgtgttacatagctggtcacaaacccgcgacctcaggggcgaagggtaagtgatcttgggatcatttaccttagaccacgtagaaccgcatgatcaccccacccttGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-TATTT--CAG-GTTCACTCTA-G----ATGTACA-----AAA--ACAAA-AA-AATAACA---TACA--GA-----AT-A----A--A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACAGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-CATCGTATT-GCT--CAAT-T-TGTCG-CTCCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCCTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAG-------AC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCATAGCCGGGACCACACGGGCttttcgacattac
gi|11 : ataGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CAACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTT-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TT------A--A--A-AATT--A---CATTAA---CA-----AATGATTATGCAGAATGAACCTAGATA--TTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAC-G-TGTCG-CTTCC-----TACG-CGTGCATAAGCCACAGCGAT-CCTATTCTTGCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGCTGATAATTTAACCACAGTAGTGAACATGTC-AAAA-AATGAT-AAAATGAAAATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCTTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAAGCACTCG
gi|12 : ACGAACGAGTTAGG---AATTTAACAG-TGTACTCAAC------ACATAA-AAGTT---ATA-CGACTTCAACAGAATGGAA-AATTC--AAG-ACTCATTTTC-C----ATATACA-----TGT--ACAAT-AACATTAACA---TACA--GA-----TTGA----A--A--A-AAAC--A---CACCAAAAACA-----AATGAATACGCAGAATGAACTTACA-ACCTTGA-----TATCTGTA--------GAACT-------------TCAGCAAA--------GT-TT-ACC--CAA----TG-------CT-----TACGACATGCCTGAGATACAGTATT-CATAGTCTTACAATAATTCA-ATTGATACCCTGACACCACATAAGGAT---TAGTTTAACAATAATAATGAACATGAC-AAAATAAACAT-AAAATGAACATGA-AACAATTTG-AAAGATTCTTACCTGGGCCCTCTGCAGAGA----CAGTAATCTGATACTTACCCGGAACCACt
gi|13 : aaTA-CGG-CGTAC-CTTA------ACATTATAGGTT---ATT-CGATGCCAATAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--CA-----TTTA----A--A--A-AAAAT-A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGACTGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTACA--------GAAATGCTTA--GTT---TCAGCAAATTC-TACCGTATT-ACT--CAAA-A-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGCCACAATCGT-CCTATTCTTTCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACAACACAGGGGTTGATTACTTAACC------GCGAACATG-----AA-CATGAT-AAAATGAACACGACACCTATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGTTTCTATGCTTAGCCAGAACCACACGt
gi|14 : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACACTATAGGT----GTT--GACGCCAACAGGAAGGCA-GATTC--CAG-GCTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-A------------CAA---CA-----AATGTATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCAGCA--------GAACCG-AGA--GTT---TCAGCAAGTTA-AATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACCACATGCATGCGCCACAGTGAT-CCTATTCTTACCATCACTAATGTGGCT-CCTTGGAACCACACAGTGGTTCGTAATTTTACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAATTTGACACCCATTCG-GAGGATTCCTA--------------A------------AATTATATTCTAAGTTGGAACCACACGGGC
gi|16 : aGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-TAAA--ATT-CACCAA---CA-----AATGAATATGGAGAATGAAACTTGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCCAATTC-TATCGTATT-ACT--TCAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACGACATGTATGAACCACAGTGAT-ACTATTTTTGCCATCACTCATATGACT-CCCTGAAA
gi|17 : aGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAT-AAAA-AATGATAAAAATGAGCATGACACCCATTCA-GAGGATTCCTAC-----CTCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTTAATTGTTAGCCGGAACCACACGGGttcagtttcagagaagatgaattttgataataatgcagcctagctaaaagtagac
gi|19 : ATTTGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAGC--------GT-----CAGAAAATTC-TATTGTATT-ACT--GAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TATAACATGCATGAGCCA---------------------TCACTCATATGTTT-CCCTGGTACCACAAAGGGGTTGGTAATTTAACCACAATAGCGAACACAAC-AAAA-ATTAAT-AAAATAAATATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----TCCTCTGCAGA-----------ATTCTATTCTTACCAAGAACCACACAGG
gi|2 : tAT------ACATTGT---TT---ATA-CAACCCCAACACAAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----TAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACT--GA-----TT---------A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACTTCGA-----TACCTGCA--------GAACGGCAGA--GTT---TCAGAAAATTA-TATCGCATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TTCGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATTTCTCATATG--T-CCCTGGAACCACAGAGGCGTTGGTAATTCAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATAAT-AAAATGAACACGACACCCATTCG-GATGATTCC-AA-----CTCTCTGCAGAGATAGACAGTGATTATATTCTTAGTCGGAACCTCACAGt
gi|21 : tcaaacccaagctaaataaaaaaaaatttaacctaagttttagagcccaaaagaacggacatttaggcaacttacatctagctatGAAAGAAT-GGGTGAGTTT----GG----AT-CAAC------ATTTGAT-TGTT---ACA-TGATGCCAAACGGAAA-AA-GATCA--CAG-AATCACCCTT-C----ATGTACA-----AAA--GAAACTAA-ATTAACA---TGCA--GA-----TTG-----C--G--A-GAAA--A---TATCAA---CA-----AATGAATATGCATAATGAATCTAGA-ATCTTG
gi|22 : agG---GTTTTA-TGGGTGTTC-TGTC------ACAGT-TAGGTT---AC----ATGATAGCAGGAACAAT-GATTC--CAG-ACTGGCTCTC-C----ATGTACA-----AAAAGACAAC-AC-ATT--CATTTTACATTGATATTCTTT--------------GAA--A---TATTAA---GA-----A---AATA---ATAATTAA--TGGA-AT----------TATCTGTA--------GCATTTGAGA--GTT---TCAGCATATTA-AATCGAATggagagcaattgaaagtaacattcagagaactatatttact
gi|23 : acaactggatttaTTTA-CAG-CATAC-CAAC------ACA-CAAAAGTTGCAATTATGATGCCAATGTGCAGGAA-GATTC--TGA-GCCCATTCT--C----------------------CAAC-AA-ATTAACA---TACA--AA-----T
gi|23 : TGCA--------GAGCTGCATTCTGTTGTATCAGCAAATTC-TGT-ACAAT-ACT--C----TCTGTCA-CCT-T-----TACAGCTTGTATGAGCTATAGTGGG-TGTATCCTTCCCATCACTCATAatgcagagctgcattctgttgtatcagcaaattctgtacaatactctctgtcacctttacagcttgtatgagctatagtgggtgtatccttcccatcactcata
gi|24 : tttacagcataccaacacacaaaagttgcaattatgatgccaatgtgcaggaagattctgagcccattctccaacaaattaacatacaaataATGAATTTAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-------------ATTGAAGGTT---ACT-CGACGCCAACTGGAAGGTA-AGTTC--CAG-GTTCGCTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ATAAC-AA-ATTAAAA---TACA--GA-----CTG-----A--A--A-ACAC--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCGTGA-----TACCTGCA--------GAAATGCAGA--GTT---CCA
gi|25 : ATGATTGAAT-GGG---GTTTTG-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAAGGAACC--TGGAGTTCACTCTA-C----ATGTATA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--t
gi|26 : a-CATAC-CAACTCGTGAACATTATA---T---A-----AAATCAACGGGAAAGAA-TGTTC--CAG-GCCCATCCT--C----ATGTTCACTTCCAAA--AC-------ATTACGA---TATA--CA-----TTGA----A--A--GTAAAACCA---CACTAA---CC-----AGTGAATGTGCAAAATTGCCCTTGG-GTTTCAA-----TACCGGAA--------AACCT--AGA--ATT-----AATAAATtgctatgtagaaatatatcaagatcggcagcataaatcttacttgaaacttaactgc
gi|27 : CAACAGGAAGGAA-CAGTC--CAG-ACCCAATTTT-A----ATGTAAA-----AGA--A-AAC-CG--CTAACA---TACA--TA-----TTGA----A--A--A--------------------TA-----TATAAATATGCAGAATAAAACTAAA-TCATAAA-----CACCTTTA--------GAAATGCAGG--GTT---CCAGTGAATTC-
gi|28 : tgaatgttttttatttacggggtaccatATCC--TCG-GTTCA---TA-CGCCTATGTACA-----TCA--ATAAC-AG-ATTATCG---TGCA--GA-----TT---------A--A-AAAA--A---CGCATG---CA-----AGTGAATACGTAGAATGAACCTAGA-ACCTTGATACTGTACCTGTA--------TATCTTAATA--GTT---TTAGCAAATTA-TA
gi|29 : gctaccctgcacatgcTGGCT-CCTTGGAACCGCACAGGGGTTGGTAATTTAACCACATTAACGAACATGAC-AAAA---CGAT---------CATGAGACGCATTCG-GAGGATTATTGT-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTATCCGGAACCACACGGG
gi|3 : attcgATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACATGAACAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACT-----AAA--ACAAC-AA-ATTTACA---TACA--GA-----TTTA----A--ACCA-AAAAT-A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACATGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TATCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATACGGCT-CTCTGAAACCACACAGGGGTTGATAACTTAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAA-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACAACACGGGC
gi|30 : aAT-ACG---GTTTTA-TGG-CGAAC-CAAC------AAATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTAA---------------A-A-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--TG-----TT-A----A--A--A-AAAT--A---TATCAA---CA-----AACGAATATGCAGAt
gi|31 : aataaattatggcATGGATGAAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAT-CAAT-------CATTGTAAGTT---ATT-CGACGCCAACTGGAAGGAA-AATTC--CAG-GTTCATTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACG---TACG--GA-----TTTA----A--A--
gi|32 : gaATGAACGAAT-ATA---GTTTTA-C---------------------ATTGTAGGTT---GTT-CGACGCCAACAGGAGTGAA-GATTG--CAG-GTTAGCTTTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTGACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--tca
gi|33 : taTGGAT-TAG---ATTTTA-CGG-CATAT-CAAC------AAAGTGT---TC---AAT--GGCACCAACAGGAAATAG-CATTA--AAT-GCTTACT-TACC----GTGTACGAAT--AAA--ACGAC-A----TAATA---TGCA--GA-----ATAA----A--A--tcaagatat
gi|34 : atatAATGAAT-AGG---GTTTAA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-TGACACCAACAGGAAGGAA-GCTTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAA
gi|36 : aatCCCATTTGTGGGAATTCCTAT-----CTCTCTGTAGAGATCG--AGAGATCATACTCCTA----GAACCACA
gi|37 : GTT---GTT-TATCACCAGCAGGA----A-GATTC--CAG-GGTCACTCTA-C----GTGTACA-----AAA--
gi|38 : cCCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTATATTCg
gi|4 : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----ATCA--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCATTAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGTATTTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACCACGCAGGGGTTGATAATTTAACCGCAATAGTGAACAAGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTCA-GAGGAATCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACAGGCcaacatgggttcattcaaaat
gi|5 : GAATGAAT-AGG---GTTTTA-TGG-CGTAC-CAAC------ACAATAGAGGTT---ATT-TGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----CATGAATGTGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTTATATCGTATC-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGAC--GTATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCGTACGGCT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCATAATAGTGAACAGAAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACTCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCAGAACCACACAGGC
gi|6 : taacaaGAATGAAT-AGG----TTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATACTAGATT---ATT-CAACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--A-AAAA--AATACACAAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTAA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAAATC-TATCGTATT-ACT--CAAG-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGTCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGTT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAGTTTAACC-CGATAGTGAACATGACAAAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCTATTCG-AAGGATTTTTAC-----CCCTCTGCAGAGACCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGGACCAAACGGGC
gi|7 : ATGAATAAAT-AGG---ATTTTA-CAG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGATT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--AAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTTACA---TACA--TA-----TT-A----A--A--A-AAAT--A---CATCCA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTTCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTAATAATTTAACCTCAATAATGAACATGAC-AAAA-AATGTT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-AAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGACAGTGATTCTATTCTAAGCCGGAACCACACAG
gi|8 : gtTGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-TGACGCCAACAGGAAAGAA-GATTA--CAG-GTTCACTCTA-T----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACT--GA-----TTAA----A--A--A-AAAAT-A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAGTGAACCTAGA-ACCCTGA-----TACCTGCA--------GAACTGTAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACAGGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGCACCACAAGGG
gi|9 : ATGGATGAAT-GGT---GTTTTA-CAG-CTGAC-CAAC------ATATAATAGGTT---ATT-CGACGCCAACTGGAAGAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-AAAA--ATA-CACCTA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GA----------GTT---TCAGCAAATTC-TATCGCATT-ACT--CAAAAT-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCATGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTTG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGACCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACGCGG
blockSeqs : T TGA A G T TCGTGA GCA A G . A AC GCCT CTTCC AG T C TTT TT TATTC GA TC CC T AAATA AAA . T TACTG . CT GTA A . . AA C . . A A A T A T CTGGG A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . AAT . . . . . . TA . . . AATT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . ACCA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . AA . . . AATA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AA . . . ATA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . TA . . . ATA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . GA . . . ATA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . GA . . . TA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . TA . . . TA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . TA . . . CA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AA . . . TA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AA . . . TA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . TA . . . AA . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . TA . . . AA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . TA . . . CA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AA . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AA . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . TA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** NA**** ***** ******** ** *****
originalCons : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
finalCons : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAGGGAGGTAGGTTCTCGTTTGTTTACCATAGATGATATTTTTTTTTTTTTGAATGGGGTTTAACACCATTTTCAACTTATTTCAGGTTATATATTATGGCATATCCAGTTTTATTAGTGGAGACCTCAGAATGAATCTGAGTAGAACCAATGTCCTTCTGCCAGTAACTTGCAAACTTTCTCACATAAAGACTTTGGAGTGAGAGGGACTCGAGCCTATGACCTGAGTGATGAGTGATAAGTAATCTTGAGACAGCGCCTTAGACCACTCGGCCACAGAACACCCACCATAGATGATACCTGGAACTGATCTGGTCACGTTTTTACACATAGATACAAATATGATGGGTCATGGTGAAAATT
Unaligned ( gi|18 ): AAAGGGGTAAACGCCATTTATTTTGCACACAACAGTTTATATAATTATCCAGTTTTATTTACAGAGGATGATTTCGGAATAAATTTGAGTGCAACAACCTTCCTTCCCCATGTAATTGTCAAATATTGTCACATTAAGTTTTTGGACAGAGCTGGACTCAAACCCACAACTTTAGTGAAGTGCGGGAAGTGTTCTTAAGTGGACAGTGCTTTAAACCACTTGGATTATGAACAAGGCAACCTCTAAATGTCACCTAACGATACTAGTCTACTGTTTAATACTGAAAACACATATTGGAACAT
Unaligned ( gi|20 ): AAGGGGTTGAACATAATTTTCAAAACGTACATGGTAACATGATTATGTGACCAAGTTTTGCTGATGGGGGACCACCCCTCAGATGCATATATGTTAATCTAGGTAAAACTTCCTTCAGTAAGTACTTGGAAAATATTTCACTTAAAATCCTTAGACCAAGCTGCTTGCCTCAAACCTAACAAATCTGTGGTGAGTTGGGATGGTGCTTTTGACCTCTCGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGAATTACAGATAATACCTTGACAAAACCAAAATTGTACACCACAAAATGAGGGTTAACATCTGAT
Unaligned ( gi|39 ): TAAATTGACTATGCAAAATCAAAATTGCTACCTACCTACCCACA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111
lowQualScore : 2 333 1 1 1 444444 222 1 1 11 1 11 2222 55555 11 1 2 222 22 33333 111111 22 22 1 0000000 333 44444 1 44444 66666666 22 333 1 2 33 55 4 2 55555 2 0 2 2 2 2 2 55555 3
lowQualScore : . ... . . . ...... ... . . .. . .. .... ..... .. . . ... .. ..... ...... .. .. . ....... ... ..... . ..... ........ .. ... . . .. .. . . ..... . . . . . . . ..... .
lowQualScore : 0 333 7 7 7 666666 777 5 4 99 4 88 9999 77777 88 4 9 555 00 66666 999999 00 00 7 5555555 000 33333 7 55555 33333333 44 000 9 2 11 22 4 2 66666 2 5 4 5 5 5 4 99999 2
consensus : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
Reference ( family-345 ) : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTNA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACGGGC
gi|1 : AGGAA-GATTCACCCG-ACTCATTGTC-C----ATGTACA-----AAG--ACAAA-AAGACTAATA---TATT--AA-----CTGATATCA--A--A-TACA--A---TTTCAA---CATATTTAATGATTTTAAAGAATGAACCTAGA-ACCGTGA-----TACCTGTAGTAATTCCGAACTGCAGT--GTA---TCATCAAAT---TATTATATTCACTACCCAA-TATGTTACCTTATACATGTACAATATGTATATGTCACAGTGAT-CCTGTTTTT
gi|10 : ttattttgaatcagtattacgccatatttaacatattacagtttttaaggatatccaggattcacgaccattaacacgagttacggaatagaaccgacgtccttcacaggtaaatggcaaactgtgttacatagctggtcacaaacccgcgacctcaggggcgaagggtaagtgatcttgggatcatttaccttagaccacgtagaaccgcatgatcaccccacccttGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-TATTT--CAG-GTTCACTCTA-G----ATGTACA-----AAA--ACAAA-AA-AATAACA---TACA--GA-----AT-A----A--A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACAGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-CATCGTATT-GCT--CAAT-T-TGTCG-CTCCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCCTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAG-------AC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCATAGCCGGGACCACACGGGCttttcgacattac
gi|11 : ataGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CAACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTT-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TT------A--A--A-AATT--A---CATTAA---CA-----AATGATTATGCAGAATGAACCTAGATA--TTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAC-G-TGTCG-CTTCC-----TACG-CGTGCATAAGCCACAGCGAT-CCTATTCTTGCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGCTGATAATTTAACCACAGTAGTGAACATGTC-AAAA-AATGAT-AAAATGAAAATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCTTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAAGCACTCG
gi|12 : ACGAACGAGTTAGG---AATTTAACAG-TGTACTCAAC------ACATAA-AAGTT---ATA-CGACTTCAACAGAATGGAA-AATTC--AAG-ACTCATTTTC-C----ATATACA-----TGT--ACAAT-AACATTAACA---TACA--GA-----TTGA----A--A--A-AAAC--A---CACCAAAAACA-----AATGAATACGCAGAATGAACTTACA-ACCTTGA-----TATCTGTA--------GAACT-------------TCAGCAAA--------GT-TT-ACC--CAA----TG-------CT-----TACGACATGCCTGAGATACAGTATT-CATAGTCTTACAATAATTCA-ATTGATACCCTGACACCACATAAGGAT---TAGTTTAACAATAATAATGAACATGAC-AAAATAAACAT-AAAATGAACATGA-AACAATTTG-AAAGATTCTTACCTGGGCCCTCTGCAGAGA----CAGTAATCTGATACTTACCCGGAACCACt
gi|13 : aaTA-CGG-CGTAC-CTTA------ACATTATAGGTT---ATT-CGATGCCAATAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--CA-----TTTA----A--A--A-AAAAT-A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGACTGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTACA--------GAAATGCTTA--GTT---TCAGCAAATTC-TACCGTATT-ACT--CAAA-A-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGCCACAATCGT-CCTATTCTTTCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACAACACAGGGGTTGATTACTTAACC------GCGAACATG-----AA-CATGAT-AAAATGAACACGACACCTATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGTTTCTATGCTTAGCCAGAACCACACGt
gi|14 : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACACTATAGGT----GTT--GACGCCAACAGGAAGGCA-GATTC--CAG-GCTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-A------------CAA---CA-----AATGTATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCAGCA--------GAACCG-AGA--GTT---TCAGCAAGTTA-AATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACCACATGCATGCGCCACAGTGAT-CCTATTCTTACCATCACTAATGTGGCT-CCTTGGAACCACACAGTGGTTCGTAATTTTACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAATTTGACACCCATTCG-GAGGATTCCTA--------------A------------AATTATATTCTAAGTTGGAACCACACGGGC
gi|16 : aGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-TAAA--ATT-CACCAA---CA-----AATGAATATGGAGAATGAAACTTGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCCAATTC-TATCGTATT-ACT--TCAA-T-TGTCG-CTTCC-----TACGACATGTATGAACCACAGTGAT-ACTATTTTTGCCATCACTCATATGACT-CCCTGAAA
gi|17 : aGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAT-AAAA-AATGATAAAAATGAGCATGACACCCATTCA-GAGGATTCCTAC-----CTCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTTAATTGTTAGCCGGAACCACACGGGttcagtttcagagaagatgaattttgataataatgcagcctagctaaaagtagac
gi|19 : ATTTGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAGC--------GT-----CAGAAAATTC-TATTGTATT-ACT--GAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TATAACATGCATGAGCCA---------------------TCACTCATATGTTT-CCCTGGTACCACAAAGGGGTTGGTAATTTAACCACAATAGCGAACACAAC-AAAA-ATTAAT-AAAATAAATATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----TCCTCTGCAGA-----------ATTCTATTCTTACCAAGAACCACACAGG
gi|2 : tAT------ACATTGT---TT---ATA-CAACCCCAACACAAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----TAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACT--GA-----TT---------A--A-AAAT--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACTTCGA-----TACCTGCA--------GAACGGCAGA--GTT---TCAGAAAATTA-TATCGCATT-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCC-----TTCGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATTTCTCATATG--T-CCCTGGAACCACAGAGGCGTTGGTAATTCAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATAAT-AAAATGAACACGACACCCATTCG-GATGATTCC-AA-----CTCTCTGCAGAGATAGACAGTGATTATATTCTTAGTCGGAACCTCACAGt
gi|21 : tcaaacccaagctaaataaaaaaaaatttaacctaagttttagagcccaaaagaacggacatttaggcaacttacatctagctatGAAAGAAT-GGGTGAGTTT----GG----AT-CAAC------ATTTGAT-TGTT---ACA-TGATGCCAAACGGAAA-AA-GATCA--CAG-AATCACCCTT-C----ATGTACA-----AAA--GAAACTAA-ATTAACA---TGCA--GA-----TTG-----C--G--A-GAAA--A---TATCAA---CA-----AATGAATATGCATAATGAATCTAGA-ATCTTG
gi|22 : agG---GTTTTA-TGGGTGTTC-TGTC------ACAGT-TAGGTT---AC----ATGATAGCAGGAACAAT-GATTC--CAG-ACTGGCTCTC-C----ATGTACA-----AAAAGACAAC-AC-ATT--CATTTTACATTGATATTCTTT--------------GAA--A---TATTAA---GA-----A---AATA---ATAATTAA--TGGA-AT----------TATCTGTA--------GCATTTGAGA--GTT---TCAGCATATTA-AATCGAATggagagcaattgaaagtaacattcagagaactatatttact
gi|23 : acaactggatttaTTTA-CAG-CATAC-CAAC------ACA-CAAAAGTTGCAATTATGATGCCAATGTGCAGGAA-GATTC--TGA-GCCCATTCT--C----------------------CAAC-AA-ATTAACA---TACA--AA-----T
gi|23 : TGCA--------GAGCTGCATTCTGTTGTATCAGCAAATTC-TGT-ACAAT-ACT--C----TCTGTCA-CCT-T-----TACAGCTTGTATGAGCTATAGTGGG-TGTATCCTTCCCATCACTCATAatgcagagctgcattctgttgtatcagcaaattctgtacaatactctctgtcacctttacagcttgtatgagctatagtgggtgtatccttcccatcactcata
gi|24 : tttacagcataccaacacacaaaagttgcaattatgatgccaatgtgcaggaagattctgagcccattctccaacaaattaacatacaaataATGAATTTAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAC-------------ATTGAAGGTT---ACT-CGACGCCAACTGGAAGGTA-AGTTC--CAG-GTTCGCTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ATAAC-AA-ATTAAAA---TACA--GA-----CTG-----A--A--A-ACAC--A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCGTGA-----TACCTGCA--------GAAATGCAGA--GTT---CCA
gi|25 : ATGATTGAAT-GGG---GTTTTG-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAAGGAACC--TGGAGTTCACTCTA-C----ATGTATA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--t
gi|26 : a-CATAC-CAACTCGTGAACATTATA---T---A-----AAATCAACGGGAAAGAA-TGTTC--CAG-GCCCATCCT--C----ATGTTCACTTCCAAA--AC-------ATTACGA---TATA--CA-----TTGA----A--A--GTAAAACCA---CACTAA---CC-----AGTGAATGTGCAAAATTGCCCTTGG-GTTTCAA-----TACCGGAA--------AACCT--AGA--ATT-----AATAAATtgctatgtagaaatatatcaagatcggcagcataaatcttacttgaaacttaactgc
gi|27 : CAACAGGAAGGAA-CAGTC--CAG-ACCCAATTTT-A----ATGTAAA-----AGA--A-AAC-CG--CTAACA---TACA--TA-----TTGA----A--A--A--------------------TA-----TATAAATATGCAGAATAAAACTAAA-TCATAAA-----CACCTTTA--------GAAATGCAGG--GTT---CCAGTGAATTC-
gi|28 : tgaatgttttttatttacggggtaccatATCC--TCG-GTTCA---TA-CGCCTATGTACA-----TCA--ATAAC-AG-ATTATCG---TGCA--GA-----TT---------A--A-AAAA--A---CGCATG---CA-----AGTGAATACGTAGAATGAACCTAGA-ACCTTGATACTGTACCTGTA--------TATCTTAATA--GTT---TTAGCAAATTA-TA
gi|29 : gctaccctgcacatgcTGGCT-CCTTGGAACCGCACAGGGGTTGGTAATTTAACCACATTAACGAACATGAC-AAAA---CGAT---------CATGAGACGCATTCG-GAGGATTATTGT-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTATCCGGAACCACACGGG
gi|3 : attcgATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACATGAACAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACT-----AAA--ACAAC-AA-ATTTACA---TACA--GA-----TTTA----A--ACCA-AAAAT-A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACATGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TATCG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATACGGCT-CTCTGAAACCACACAGGGGTTGATAACTTAACCACAATAGTGAACATGAC--AAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAA-----CCCTCTGCAGAGATCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACAACACGGGC
gi|30 : aAT-ACG---GTTTTA-TGG-CGAAC-CAAC------AAATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTAA---------------A-A-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--TG-----TT-A----A--A--A-AAAT--A---TATCAA---CA-----AACGAATATGCAGAt
gi|31 : aataaattatggcATGGATGAAT-GGG---GTTTTA-CGG-CGTAT-CAAT-------CATTGTAAGTT---ATT-CGACGCCAACTGGAAGGAA-AATTC--CAG-GTTCATTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACG---TACG--GA-----TTTA----A--A--
gi|32 : gaATGAACGAAT-ATA---GTTTTA-C---------------------ATTGTAGGTT---GTT-CGACGCCAACAGGAGTGAA-GATTG--CAG-GTTAGCTTTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTGACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--tca
gi|33 : taTGGAT-TAG---ATTTTA-CGG-CATAT-CAAC------AAAGTGT---TC---AAT--GGCACCAACAGGAAATAG-CATTA--AAT-GCTTACT-TACC----GTGTACGAAT--AAA--ACGAC-A----TAATA---TGCA--GA-----ATAA----A--A--tcaagatat
gi|34 : atatAATGAAT-AGG---GTTTAA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-TGACACCAACAGGAAGGAA-GCTTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ACGTACA-----AAA--ACAA
gi|36 : aatCCCATTTGTGGGAATTCCTAT-----CTCTCTGTAGAGATCG--AGAGATCATACTCCTA----GAACCACA
gi|37 : GTT---GTT-TATCACCAGCAGGA----A-GATTC--CAG-GGTCACTCTA-C----GTGTACA-----AAA--
gi|38 : cCCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTATATTCg
gi|4 : ATGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----ATCA--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCATTAAATTC-TATCGTATT-ACT--CAAA-T-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGTATTTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCCTGAAACCACGCAGGGGTTGATAATTTAACCGCAATAGTGAACAAGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTCA-GAGGAATCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACACAGGCcaacatgggttcattcaaaat
gi|5 : GAATGAAT-AGG---GTTTTA-TGG-CGTAC-CAAC------ACAATAGAGGTT---ATT-TGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--A-AAAA--A---CACCAA---CA-----CATGAATGTGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTTATATCGTATC-ACT--CAAA-T-TGTCG-CTTCT-----TACGAC--GTATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCGTACGGCT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCATAATAGTGAACAGAAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACTCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCAGAACCACACAGGC
gi|6 : taacaaGAATGAAT-AGG----TTTTA-CGG-CGTAC-CAAC------ACATACTAGATT---ATT-CAACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGAACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTTA----A--A--A-AAAA--AATACACAAA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTAA-----TACCTGCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAAATC-TATCGTATT-ACT--CAAG-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGTATGAGTCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGTT-CCCTGAAACCACACAGGGGTTGATAGTTTAACC-CGATAGTGAACATGACAAAAA-AATGAT-AAAATGAACATGACACCTATTCG-AAGGATTTTTAC-----CCCTCTGCAGAGACCGGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGGACCAAACGGGC
gi|7 : ATGAATAAAT-AGG---ATTTTA-CAG-CGTAC-CAAC------ACATTATAGATT---ATT-CGACGCCAACAGGAAGGAA-GATTC--AAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTTACA---TACA--TA-----TT-A----A--A--A-AAAT--A---CATCCA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTTCA--------GAACTGCAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTC--ATGGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTAATAATTTAACCTCAATAATGAACATGAC-AAAA-AATGTT-AAAATGAACATGACACCCATTCG-AAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATTGACAGTGATTCTATTCTAAGCCGGAACCACACAG
gi|8 : gtTGAATGAAT-AGG---GTTTTA-CGG-CATAC-CAAC------ACATTATAGGTT---ATT-TGACGCCAACAGGAAAGAA-GATTA--CAG-GTTCACTCTA-T----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACT--GA-----TTAA----A--A--A-AAAAT-A---CATCAA---CA-----AATGAATATGCAGAGTGAACCTAGA-ACCCTGA-----TACCTGCA--------GAACTGTAGA--GTT---TCAGCAAATTC-TATTGTATT-ACT--CAAT-T-TGTCG-CTTCT-----TACGACATGCATAAGCCACAGTGAT-CCTATTCTTGCCATCACTCAT--GGCT-CCCTGGAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACAGGACACCCATTCG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGATCGACAGTGATTCTATTCTTAGCCGGCACCACAAGGG
gi|9 : ATGGATGAAT-GGT---GTTTTA-CAG-CTGAC-CAAC------ATATAATAGGTT---ATT-CGACGCCAACTGGAAGAAA-GATTC--CAG-GTTCACTCTA-C----ATGTACA-----AAA--ACAAC-AA-ATTAACA---TACA--GA-----TTAA----A--A--A-AAAA--ATA-CACCTA---CA-----AATGAATATGCAGAATGAACCTAGA-ACCTTGA-----TACCTGCA--------GA----------GTT---TCAGCAAATTC-TATCGCATT-ACT--CAAAAT-TGTTG-CTTCT-----TACGACATGCATGAGCCACAGTGGT-CCTATTCTTGCCATCACTCATATGGCT-CCATGAAACCACACAGGGGTTGATAATTTAACCACAATAGTGAACATGAC-AAAA-AATGAT-AAAATGAACACGACACCCATTTG-GAGGATTCCTAC-----CCCTCTGCAGAGACCAGCAGTGATTCTATTCTTAGCCGGAACCACGCGG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAGGGAGGTAGGTTCTCGTTTGTTTACCATAGATGATATTTTTTTTTTTTTGAATGGGGTTTAACACCATTTTCAACTTATTTCAGGTTATATATTATGGCATATCCAGTTTTATTAGTGGAGACCTCAGAATGAATCTGAGTAGAACCAATGTCCTTCTGCCAGTAACTTGCAAACTTTCTCACATAAAGACTTTGGAGTGAGAGGGACTCGAGCCTATGACCTGAGTGATGAGTGATAAGTAATCTTGAGACAGCGCCTTAGACCACTCGGCCACAGAACACCCACCATAGATGATACCTGGAACTGATCTGGTCACGTTTTTACACATAGATACAAATATGATGGGTCATGGTGAAAATT
Unaligned ( gi|18 ): AAAGGGGTAAACGCCATTTATTTTGCACACAACAGTTTATATAATTATCCAGTTTTATTTACAGAGGATGATTTCGGAATAAATTTGAGTGCAACAACCTTCCTTCCCCATGTAATTGTCAAATATTGTCACATTAAGTTTTTGGACAGAGCTGGACTCAAACCCACAACTTTAGTGAAGTGCGGGAAGTGTTCTTAAGTGGACAGTGCTTTAAACCACTTGGATTATGAACAAGGCAACCTCTAAATGTCACCTAACGATACTAGTCTACTGTTTAATACTGAAAACACATATTGGAACAT
Unaligned ( gi|20 ): AAGGGGTTGAACATAATTTTCAAAACGTACATGGTAACATGATTATGTGACCAAGTTTTGCTGATGGGGGACCACCCCTCAGATGCATATATGTTAATCTAGGTAAAACTTCCTTCAGTAAGTACTTGGAAAATATTTCACTTAAAATCCTTAGACCAAGCTGCTTGCCTCAAACCTAACAAATCTGTGGTGAGTTGGGATGGTGCTTTTGACCTCTCGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGAATTACAGATAATACCTTGACAAAACCAAAATTGTACACCACAAAATGAGGGTTAACATCTGAT
Unaligned ( gi|39 ): TAAATTGACTATGCAAAATCAAAATTGCTACCTACCTACCCACA