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Reference ( gi|2 ) : TCACCCC--GTCCAACGTATACGTCACATAAACGGCGGCTACGCCGCATTTTCGACG----CTACACACGATAAAC-GGTACTTCCTGTTATTT--GGG---AA-GCGGTTGGGCACTGAGGTAAGACAATCTCATTATTTCCATATTATTATTTCGTTTTCAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGGGCATGTGTTTTTGAATGTGAACATGACCGTTTCCTAAAACATTCGAGAAAAGTTGCGGTTTGAACCACTTTCAGATTGAAAAGGTG-TCATTTA-CAGGTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTCTGGAACTACTTTATGGGTTTT-AC-A-----TT--TGTTTAATATATATCAATATAC-CAA------ATTATGTCATTAAAAAAAAATCCAAGTCGAGGTTACAATGGTTCTAAACGCCAAAGTTAGCTTAGTGC--GTAGCATAAGTA-GGTACCTCGTACATT--GTACGCTACATAAGTCGGCATATTGTGGCATGTAGCGGTA--TTCT-AATAACATGAAATAA-TAATAC-TAT--C--CAACTAA----TTGAGTTTTTT-TATTCAGTTTATAAGCTAC-ATCTTAATTAACACTTTGCA--AATAAT-GTT-TTATTTTCGTT-TTAGAACATTA--GT--ATC-CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACTGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGTTACCTATTCTTTGTGTAATACA--TGAACACTACTTACATTGTACTTTTCGTCTATCGGCA
gi|6 : TCACCCC--AACCAACGTATACGTTACATGAGCGGCTACTACGCCGCATTTACGGGGATAACTACACACGATAAACCGGTACTTCCTTTTATTTTTGTG---CACGCGGTCGAACAGTGAGGTAAGAAAACCGCTTTATTTTCATATCATTATTTAGTTTTTAAATAAAAAATTTAGCCGATACGAGCGGCATTATAATTAAGTTTCAAGCGGAAATGTGTTTTTGAATGGGAACAATACTGTTTCCTCAAACATTCGAAAAAAGTGACAGATTGATTCA-TTTCAGATTGAAAAA-------------AGCTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTATGGGACTACTTTATGTGTTTT-AC-ATTAATTT--TGTT---TATGTATCAATATACACAA------ATTATATCAGT----AAACTTACAAGTTGATGTTATAAGGCTGCTAAACGCCAAAACTTGATTAGTAT--GTTGCATAAGTA-GGTGCCTTGTACATT--GTACACTACATAAGTCGGTGTATTGTGTCA-------------TCT-AATAACATGAAATAAGTAGT---TAT--C--
gi|10 : tCACCCC--GTTCAACGTCTACGTTACATAAGCGGCGACTA------ATT-------------ACACACGATAAGC-GGTACTTCCTGTTATTTTTGTG---CACGCGGTTGGGCA-----GTGAGACAATCTCATTATTTCCATATATTTATTTCGTTTACAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGAGCATATGTTTTTGAATGGGAACATGGCCGTTTCCTCAAACATTCGAGAAAAGTGGCGGTTaccg
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gi|5 : TTCATTTTCATACT---GATATTGCCGATTATAGTGGTAATGTATTTAAATTTTAACCATTTATGTGTTTTTGACCAGGAATATGACATTTTCCTAAATTATTCAAGAAAAGTGACAGGTTGCAATGCTTTT-GGTTGATAAAATGAGCTTTTA-CAGATCAATTTATTTATTCAAAAGCATTTATGG-------TGATG----CT-ACGA-----TTAATGTTTGA-A-ATACCAATAAAT-TAA------ACTGTATTAT------AATATTCATGATGATGTAATACTGGTATTGAATATCAAAAT--GTGTCGTGTAAACAGCATAA-TATTGCACTTC--ATATTAAGTATGCTACATA--CC------TTGTGTCAGCTACC--TAAGTGCTAAACAACATGAAATGC-CGTCAT-CAT--C--AAATTAAGCTTTTGAGTCATTT-T-CCCATCTT-TGATGTAT-AT-TGGGTTAACACTATCCACGAATGAA-GTTAATGTTTTCGCTATTAGGAC-CTA-----------ACTACTCTGATATAATCATAT--TAACCATCTCAc
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gi|13 : aTAAGTCGGTGTATTTTGTCATTTAGCGGTA--ATCT-AATAACATAAAATAA-TACTAC-TAT--C--CAACTcggatttaaattatttttaaaaacactttaatagctatttaaaggcgatccggaaccgagttcatccttcttgtaagttacatcatgtgtcactcctatttacacggatgtaagcgtgtaaacatgctatcattgtaatgcat
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gi|16 : ttAGCGATA--TTCT-AATTACATGAAATAC-TACTTC-TAT--C--TAACTAC----TTGAGGGTTGT-TATTcagggtt
gi|19 : cGCGGTA--TTCT-AATAACATGAAATAA-TACTAC-TAT--C--CAACTAT----TTCAG
gi|3 : -CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACTGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGTTACCTATTCTTTGTGTAATACA--TGAACACTACTTACATTGTACTTTTCGTCTATCGGCAggt
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGATGTTTTCGTTGGCGTAAGATTTAAAAATAGGTAGGCTATGATTACGAGCCAGTGCGGATAAGGAACTGATTGGCATAAACGAGGTCACTGACCCCGACTATTTAAAACACATATACGATATATTTTTTAGACAAATTCAGTTTGAATGTTGATATTTGCAACATCTTATCGTTCAAAAGAATACATGATTCCAGCCT
Unaligned ( gi|12 ): TATTAGCCCTCGATGGCATTAACCGACTCTAAATATTCAAACAAAACATTGTTCTAATAATCTTTCTTGTAGCTGTAAAGAGTCGAAGATTATAAGAATCTATTATCATGAACGTA
Unaligned ( gi|14 ): TTTTAAGTTGTATCGTTGTTTATGCTTCACAAATAAACAAAGTATTTTTTCCCCGTTTTAGAATATTATTA
Unaligned ( gi|15 ): TCAGCGGTATTCTAAGTAAATGTAGTACTTCTTCTGCTGAACTATTTGAGGGTTGTTATTCAGT
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lowQualScore : .. . ... . . .... .. . . . .. . . . . . .. . .. . . . . . . . ...... . . . . . . .. ....... .. . .. . ...... ... ...... . . . . . .. . . .. .. . . . . ...... .... .. ...... . . . .................................... ..... ... .. .......... . . . .. .......... . . . . . .. .. . .
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Reference ( family-317 ) : TCACCCC--GTCCAACGTATACGTTACATAAGCGGCTACTACGCCGCATT-TACGG-G-ATAGCTACACACGATAAACCGGTACTTCCTGTTATTTTTGTG--CACGCGGTCGGGCAGTGAGGCGAGAAAACCTCTTTATTTTCATATNATTATTTCGTTTTCAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGAGCATGTGTTTTTGAACGGGAACATGACCGTTTCCT-CAAACATTCGAGAAAAGTGACGGNTTGAACCGCTTTCAGATTGAAAANACG-TCATTTA-CAGNTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTNTGGGACTACTTNATGTGTTTTAC-A-----TT--TGTTT--TATATATCAATATAC-CAA------ATTATATCAGTAAAAAAAA--TCAAGTTGAGGTTATAAGGGTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTAGTACGTAGCATAAGTA-GGTGCCTCGTATATT--GTACGCTACGTAAGTCGGTGCATTGTGTCATTTAGCGGTA--TTCT-AA-TAACATGAAATAATACTAC-TAT--C--CAACTA----T--TTGAGTTT------TTT-TATTCAG-------C-TT----GTTAT-A-------TCT----TTA-TT-ACACTTT--ACAAA--TA---AAGTT-ATGTTTNCGTT-TTAGGACACTATCGTCCATC-CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACCGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGCTACCTATTCTTCGTGTAATACA--TGTACACTACTTACATTGTACTATTCGTCTATCGGCA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|2 : TCACCCC--GTCCAACGTATACGTCACATAAACGGCGGCTACGCCGCATT-TTCG----ACG-CTACACACGATAAAC-GGTACTTCCTGTTATTT--GGG--AA-GCGGTTGGGCACTGAGGTAAGACAATCTCATTATTTCCATATTATTATTTCGTTTTCAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGGGCATGTGTTTTTGAATGTGAACATGACCGTTTCCT-AAAACATTCGAGAAAAGTTGCGGTTTGAACCACTTTCAGATTGAAAAGGTG-TCATTTA-CAGGTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTCTGGAACTACTTTATGGGTTTTAC-A-----TT--TGTTTAATATATATCAATATAC-CAA------ATTATGTCATTAAAAAAAAATCCAAGTCGAGGTTACAATGGTTCTAAACGCCAAAGTTAGCTTAGTGCGTAGCATAAGTA-GGTACCTCGTACATT--GTACGCTACATAAGTCGGCATATTGTGGCATGTAGCGGTA--TTCT-AA-TAACATGAAATAATAATAC-TAT--C--CAACTA----A--TTGAGTTT------TTT-TAT----TCA-G-------T-TTATAA-GCTACAT-------CTTAATTA-ACACTTT--GCAAA--T----AATGTT-TTATTTT---CGTT-TTAGAACATTA--GT--ATC-CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACTGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGTTACCTATTCTTTGTGTAATACA--TGAACACTACTTACATTGTACTTTTCGTCTATCGGCAggt
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gi|6 : TCACCCC--AACCAACGTATACGTTACATGAGCGGCTACTACGCCGCATT-TACGG-GGATAACTACACACGATAAACCGGTACTTCCTTTTATTTTTGTG--CACGCGGTCGAACAGTGAGGTAAGAAAACCGCTTTATTTTCATATCATTATTTAGTTTTTAAATAAAAAATTTAGCCGATACGAGCGGCATTATAATTAAGTTTCAAGCGGAAATGTGTTTTTGAATGGGAACAATACTGTTTCCT-CAAACATTCGAAAAAAGTGACAGATTGATTCA-TTTCAGATTGAAAAA-------------AGCTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTATGGGACTACTTTATGTGTTTTAC-ATTAATTT--TG-TT--TATGTATCAATATACACAA------ATTATATCAGTAAACTTA----CAAGTTGATGTTATAAGGCTGCTAAACGCCAAAACTTGATTAGTATGTTGCATAAGTA-GGTGCCTTGTACATT--GTACACTACATAAGTCGGTGTATTGTGTCA-------------TCT-AA-TAACATGAAATAA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore : .. . ... . . .... .. . . . .. . . . . . .. . . . . . ...... . . . . . . . ....... .. . .. . ...... .. ...... . . . . . .. . . .. .. . . . . ...... .... .. ...... . . .... .................. ....... . ... ....... .... . ... . . .......... . . . . . .. .. . .
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Reference ( family-317 ) : TCACCCC--GTCCAACGTATACGTTACATAAGCGGCNACTACGCCGCATT-TACGG-G-ATAACTACACACGATAAACCGGTACTTCCTGTTATTTTTGTG--CACGCGGTTGGGCAGTGAGGTAAGAAAACCTCTTTATTTTCATATTATTATTTCGTTTTCAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGGGCATGTGTTTTTGAATGGGAACATGACCGTTTCCT-CAAACATTCGAGAAAAGTGGCGGNTTGAACCACTTTCAGATTGAAAANACG-TCATTTA-CAGNTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTNTGGAACTACTTNATGTGTTTTAC-A-----TT--TGTTT--TATATATCAATATAC-CAA------ATTATGTCAGTAAAAAAAA--TCAAGTTGAGGTTATAAGGGTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTAGTACGTAGCATAAGTA-GGTGCCTCGTATATT--GTACGCTACGTAAGTCGGTGCATTGTGTCATTTAGCGGTA--TTCT-AA-TAACATGAAATAATACTAC-TAT--C--CAACTA----T--TTGAGTTT------TTT-TAT----TCA-G-------C-TT-----GTTGTAT-------CTTTATTT-ACACTTT--ACGAA--T----AAAGTT-ATNTTTT---CGTT-TTAGAACATTA--GT--ATC-CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACCGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGTTACCTATTCTTCGTGTAATACA--TGNACACTACTTACATTGTACTNTTCGTCTATCGGCA
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gi|6 : TCACCCC--AACCAACGTATACGTTACATGAGCGGCTACTACGCCGCATT-TACGG-GGATAACTACACACGATAAACCGGTACTTCCTTTTATTTTTGTG--CACGCGGTCGAACAGTGAGGTAAGAAAACCGCTTTATTTTCATATCATTATTTAGTTTTTAAATAAAAAATTTAGCCGATACGAGCGGCATTATAATTAAGTTTCAAGCGGAAATGTGTTTTTGAATGGGAACAATACTGTTTCCT-CAAACATTCGAAAAAAGTGACAGATTGATTCA-TTTCAGATTGAAAAA-------------AGCTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTATGGGACTACTTTATGTGTTTTAC-ATTAATTT--TG-TT--TATGTATCAATATACACAA------ATTATATCAGTAAACTTA----CAAGTTGATGTTATAAGGCTGCTAAACGCCAAAACTTGATTAGTATGTTGCATAAGTA-GGTGCCTTGTACATT--GTACACTACATAAGTCGGTGTATTGTGTCA-------------TCT-AA-TAACATGAAATAA
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finalCons : TCACCCC--GTCCAACGTATACGTTACATAAGCGGCNACTACGCCGCATT-TACGG---ATAACTACACACGATAAACCGGTACTTCCTGTTATTTTTGTG--CACGCGGTTGGGCAGTGAGGTAAGAAAACCTCTTTATTTTCATATTATTATTTCGTTTTCAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGGGCATGTGTTTTTGAATGGGAACATGACCGTTTCCT-CAAACATTCGAGAAAAGTGGCGGNTTGAACCACTTTCAGATTGAAAAAACG--CATTTA-CAGNTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTNTGGAACTACTTNATGTGTTTTAC-A-----TT--TGTTT--TATATATCAATATAC-CAA------ATTATGTCAGTAAAAAAAAT--CAAGTTGAGGTTATAAGGGTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTAGTACGTAGCATAAGTA-GGTGCCTCGTATATT--GTACGCTACGTAAGTCGGTGCATTGTGTCATTTAGCGGTA--TTCT-AA-TAACATGAAATAATACTAC-TATCC----AACTA----T--TTGAGTTT------TTT-TAT----TCAGTCTTTATN---------GTTGTAT-------CTTTATTT-ACACTTT--ACGAATT-----AAAGTT-ATNTTTT---CGTT-TTAGAACATTA--GT--ATC-CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACCGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGTTACCTATTCTTCGTGTAATACA--TGNACACTACTTACATTGTACTNTTCGTCTATCGGCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore : .. . ... . . ..... .. . . . .. . . . . . .. . . . . . ....... . . . . . . .. ....... .. . .. . ...... ... ...... . . . . . .. . . .. .. . . . . ...... .... .. ...... . . .... .............. ............... . ... .... . ... . ... . . .......... . . . . . .. .. . .
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consensus : TCACCCC--GTCCAACGTATACGTTACATAAGCGGCNACTACGCCGCATT-TACG--G--ATAACTACACACGATAAACCGGTACTTCCTGTTATTTTTGTG--CACGCGGTTGGGCAGTGAGGTAAGAAAACCTCTTTATTTTCATATTATTATTTCGTTTTCAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGGGCATGTGTTTTTGAATGGGAACATGACCGTTTCCT-CAAACATTCGAGAAAAGTGGCGGNTTGAACCACTTTCAGATTGAAAANAC--GTCATTTA-CAGNTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTNTGGAACTACTTNATGTGTTTTAC-A-----TT--TGTTT--TATATATCAATATAC-CAA------ATTATGTCAGTAAAAAAAA--TCAAGTTGAGGTTATAAGGGTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTAGTACGTAGCATAAGTA-GGTGCCTCGTATATT--GTACGCTACGTAAGTCGGTGCATTGTGTCATTTAGCGGTA--TTCT-AA-TAACATGAAATAATACTAC-TAT--C--CAACTA----T--TTGAGTTT------TTT-TAT----TCA--G-TCTTTA-T--GTTGTA-------T-------CTTTATTT-ACACTTT--ACGAAT---TNAAGTT-ATNTTTT---CGTT-TTAGAACATTA--GT--ATC-CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACCGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGTTACCTATTCTTCGTGTAATACA--TGNACACTACTTACATTGTACTNTTCGTCTATCGGCA
Reference ( family-317 ) : TCACCCC--GTCCAACGTATACGTTACATAAGCGGCNACTACGCCGCATT-TACG--G--ATAACTACACACGATAAACCGGTACTTCCTGTTATTTTTGTG--CACGCGGTTGGGCAGTGAGGTAAGAAAACCTCTTTATTTTCATATTATTATTTCGTTTTCAAATTAAAGATATAGCCGATACGAGCGGCATTGTATTTAAGTTTCAAGCGGGCATGTGTTTTTGAATGGGAACATGACCGTTTCCT-CAAACATTCGAGAAAAGTGGCGGNTTGAACCACTTTCAGATTGAAAAAAC--G-CATTTA-CAGNTCAATTTATTACTTCGGAAGCATTTNTGGAACTACTTNATGTGTTTTAC-A-----TT--TGTTT--TATATATCAATATAC-CAA------ATTATGTCAGTAAAAAAAA--TCAAGTTGAGGTTATAAGGGTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTAGTACGTAGCATAAGTA-GGTGCCTCGTATATT--GTACGCTACGTAAGTCGGTGCATTGTGTCATTTAGCGGTA--TTCT-AA-TAACATGAAATAATACTAC-TAT--C--CAACTA----T--TTGAGTTT------TTT-TAT----TCA--G-TCTTTA-T-NGTTGTA-------T-------CTTTATTT-ACACTTT--ACGAAT---TAAAGTT-ATNTTTT---CGTT-TTAGAACATTA--GT--ATC-CACTATGCTG-TACGA-CATATCGCAACCGTTTCAGACCCGAAGACCTTAGGTTACCTATTCTTCGTGTAATACA--TGNACACTACTTACATTGTACTNTTCGTCTATCGGCA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGATGTTTTCGTTGGCGTAAGATTTAAAAATAGGTAGGCTATGATTACGAGCCAGTGCGGATAAGGAACTGATTGGCATAAACGAGGTCACTGACCCCGACTATTTAAAACACATATACGATATATTTTTTAGACAAATTCAGTTTGAATGTTGATATTTGCAACATCTTATCGTTCAAAAGAATACATGATTCCAGCCT
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