lowQualScore : 4444 222222222 1 2222222222222222222222 1111 22222222 1111 22222222222222222222 11111111 3333333333333333333333333333333 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 22
lowQualScore : 33 5555 444 0 111111111 2 2 2 88888 33 0000000000000000000000 444 3 5 66 0 9999 77777777 1111 44444444444444444444 5 444 2 00000000 7 0 33 1 2 1111111111111111111111111111111 6 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 888888 1 1 1 1 0 7 33 2 2 44 0 6 77 6
lowQualScore : .. .... ... . ......... . . . ..... .. ...................... ... . . .. . .... ........ .... .................... . ... . ........ . . .. . . ............................... . ... ................................................................................................................................................ . ...... . . . . . . .. . . .. . . .. .
lowQualScore : 44 6666 444 2 000000000 7 5 5 00000 44 8888888888888888888888 555 1 3 55 2 4444 99999999 1111 77777777777777777777 7 777 7 77777777 4 5 88 9 0 1111111111111111111111111111111 5 000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 111111 7 7 0 7 7 9 11 2 2 44 8 0 55 0
consensus : NNNAACTAGAAATGTGTC--TGT--CG---ACACGAATGCCCCCG-CTATTGATCGG-AAAC-CAAT--TTTT--TTANCG-A-A-A-TTAAG-TC---GAAAAGGGGCCACAACTCCTGTAAAATTTGACCGACGT---TG----ACA--AA-T-ATC--GA-ACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGN-------TACACACNAAATATTAA-TT-AAATA-CAT-----------AGACN------CCTTCA--GAAGTT---ATTGATC---GG-A--A---A----C---C--ATT-----TTT-------TT--AC--C--GGAC--GG----A------------C-------GGACA----G--------A------------GGT-N---A--C--------------ACTTAA------TGC-C-CCTTCACC-ATTCTTCGAATGGCGGGGG--C-AT-AAAAAGTGTTCAGACTTCTG
Reference ( gi|6 ) : AATAACTAGAAATGTGTC--T----CG---ACACGAATGCTTCCT-CTTTTGATCTG-AAAC-CAAT--TTTT--TTAACG-A-A-A-TTAAA-TC---AAAAAGGAACCATAACTCTTGTAACATATGACCACCAA---TG----ACA--CA-T-GTC--AA-CCTTTACCTGTGTT---TT-ATAATTATACAGG-------TACACACGAAATATTAA-CT-AAATA-CAA-----------AGACA------CCTTTT--GAACTT---ATTGATC---TG-A--A---A----T---T--ATT-----TTT-------TT--AC--C--GGAC--GG----A------------T-------GGACA----G--------A------------GGT-T---A--T--------------ATTTAA------TGC-C-CCTTCACC-ATTCTTCAAATGGCGGGTG--C-AT-ATGAAGTGTCCAG--TTTTGT
gi|1 : AAATAGAAATATGTC--TGT--TG---ACACCAATGCCTCCG-CTGTTGATTGG-CAAC-CAAC--TTTT--TTAACA-ACA-A-TTAAG-TT---CAAAAGGAGCCACAACTTTTGTTAAGTTTGACCCACAA---AG----ACA--AA-T-ACC--AA-ACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGG-------TACACACGAAATA---A-CT-AAATA-TAATTAATAATTAAAAACATAATCCCCTTTA--GAAGCT---ATTGACC----G-G--A---A----T---C--AAT-----TTT-------T---AC--T--T--C--GG----A------------T-------GGACA----G--------ACGGACGGACAGGGGT-A---A--C--------------AGTTAT------TTC-C-CAATCACC-AGTCTTCGAATGGTGGAGG--T-AT-AAAAAG
gi|3 : tacagAGCTGGAAATGTGTC--TGG--TG---ACATGAAGGCCACCT-CTTTTGATCAG-AAAT-CAAT--GTTT--T----------------A-CC---AA----GAATTA-AGCTCA-GTAAAATTTGACCGACAT---TG----ACA--AA-T-ATC--AA-GCTTTGTCTGTATT---CT-ATATTTATACAGC-------TACACACCAAGTTTT---------TA-TCA-----------AG---------------------TT---ATTTATC---AG-A--A---A----C---CA-ATT-----TTT-------TT--ACATT--GGAA--GG----A------------C-------AAACT----GATGCATGCA------------AGC-A---A--C--------------ACTTAA------TGCTT-CCTTCATC-ATTCTCCAAATGGTGATGG--C-AC-AAGAAatcaattaactgaaacaataataattaacaccaacagaacaaaattatacctttagtcaaaacaatatatgtaagtataaagtacctttagtcaaaacaatacatgtaagtttgaatgtaaaaaagtatctcatctctcctgtggaaacaattcttt
gi|4 : AACTAGAAATGTGTC--TGT--CA---ACACAAATGCCCCCA-CTATTGATCAG-GAAC-AAAT--TTTG--T-AACG-A-A-AATTCTG-TT---GAAAAT-AACTGCAACTCCGGTAAAATTCGAC-A--AA---TGTTA-ACAAGCAAT-G----AA-C-TTGATCCGTTTT---TT-AAAATTATACAGA-------TAGGCA-GGGGTGCC-A-CT-TAATG-C---------------------------TCT--GAATTTG--ATCGATA---TT-AACA---A----A---T--AT------------------------C--GGACTTGG----A------------G-------GAACA----A--------A------------CGA-C---A--TAAGGACTGGATGCCACTTAA------TTC-C-CCTTCCTC-ATTCTTCGAATGACGGGGG--C-AT-Atagatgggattttacatacataataacatggtttagtgaataactgcaaa
gi|13 : AACTAGAAAGGTGTC--TGT--CG---CCACAAATGCTTGCG-TTATTGATC-A-AAAA-CAAT--TTTT--aaaaacaaaggctaataattattatactg
gi|37 : caAACTCAAAATGTGTA--TGT--CG---ATACGAATGCTCACTGCTATTGATCAG-AAAC-C-AT--TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaatattaattaaatacataaaccccttcagaggttaatgatcagaaaccattttttttaaacctcagat
gi|2 : ATTAGATATGTGTC--TGT--CG---AAACGGATGCCCCTG-ATATTGATCAG-AAAC-CA-----TTT--TTACCG-AGA-A-TCTAG-TT---TAAAAGGGGCCATGAC---TGT---GTTTGACCGACGT---TA----ACA--CA-C-ATC--GA-ACTTGACCGATATC---TT-ACAGCTATACAAA-------TACGTATTCACTATTAA-TT-ACATA-CAT-----------AGAAC------CCTTCT--AAAGTA---AGTGTAC---GG-A--A---A----C---A--GTT-----GTT-------TT--AT--C--G--T--GG----A------------T-------G
gi|16 : ACAAGAAATGTGTT--TGT--CA---ACACGAACGCCACAG-CTATTGA-ATGCAAAC-C-AC--TTCT--TTACCG-A-A-AGTTAAG-CT---GAAAAAGGGTCACAACTCCTGTAATATCGGACATACGT---TG----GCA--AA-T-ATC--GA-ATTTAATCTGTATT---TA-AACATCATACAAA-------CACACGCGAAATAGTAA-TT-Acaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggatgaacggacggacataggtgacatttaatgcctctttacctctcttccaatgtcaggggcataaaaacgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|32 : tACTAGAAATGTGTC--TTTGTCA---ACATGAATGCCTTCA-CCATTGATCGG-AAAC-CAA---TATT--TTACCG-A-A-A-ATAAAGTC---TAAAAc
gi|36 : gACAAGGAATGTGTC--TGC--CG---ACACGAATGTTCTCG-CTTTCGACTGG-AAAC-C-AT--TTAT--GTAA
gi|38 : ACCAGAAATGTGTC--T-----GTAAACATGAATGCCTCCG-CT
gi|11 : tCTAGAAACAAGTC--TGT--CG---AAATAAATGCTT---------GAAAGG-AAACTCAATATTTTT--TTGA---A-A-A-TTAAG-TTGAAAAAAAGAGGCAATTACTTGTGTAAAACTTGACCA---A---TGTTAAAAA--CA-TTGTT------CTTGACCGGTATT---TT-ATACTTGTACAGG-------TACACGCAAAATAATAT-TT-AAAAA-CAT-----------GGACA------TCTTCA--TAAGTT---ATTGAgctggctggtaatc
gi|10 : TAGAAATATGTC--TG---TG---ACAC---CGCTTA------TTGATCAG-AAA----AT--CATT--TTACCG-A-ATA-T-----------AAAAG------------TTG-AA-ATTTGACCGATAT---TG----ACA--AA-T-ATTGTAA---TGGACCTGTGTT---G--ATAAT-ATCCATG-------TACACAGGAAATACTTA-TT-AAATA-CAT-----------A-CCA-------CTTCA--GAAGTT---ATTGATT---GG-C--AGCCA----T---T--TTT-----TTT-------TT--ACTTC--GGAT--GG----A------------C-------AAACA----G--------A------------caataaacaaattttttc
gi|29 : TAGAAATGTGTA--TGT--CA---ACACAAATCACCCCA-CTATTGGTCGG-AAAC-CA----TTTT--TTACCGAA-A-A-TTACA-TT--------GGAACCcaaaggaacgaacagacagggg
gi|7 : ttaAGAGATATGTC--TGT--CA---ACAGGAATGCCCCCG-CTATTAATCTG-AAAC-CA-----------------A-A-A-CTAAG-TA---AAAAAGAGGCCATAACTTCTGTACAATTTGAGCATTGT---TG----ACA--AA-A-ATT--GA-ACTTGCCCTGTA-C---TT-ATAATTATACAGA-------TAC------AATATTTA-TT-AAATA-TAT-----------ACACC------CCTTCA--GAAGTA---ACTGATC---AG-A--A---A----C---C--AAT-----TTT------------C--G--GGAC--GGACAAA------------T-------GGACA----A--------G------------GGT-A---A--C--------------GCTTAA------TGC-C-CC--------TTCTTTAAATGGTGGGgatgttgacaaatgt
gi|39 : aAGAAATGTGTCTGT----CG---GCACTTATGCCCTCA-CTATTAATAGG-AAAC-ccacaaaaaaggtctaaataaagttttattgtatt
gi|8 : --T----TG---ACACGAATACCCCCA-TTATTGATCGG-AAAC-CAAC--TTTTTATTGA---A-A-A-TTAAG-AC---AAA
gi|5 : ctgCTG-GAAA-CAAT--TTTT--TTACCA-A-A-AATTAAG-TC---GAAAAGGGGC----A----TGTAAAATTTGACCACCAT---TG----AAA--AG-T-ATT--GA-ATATAACCTGTGTT---TTCATGATTATACAGC-------TACAGACTAAACAcattgaacttaccctgtaatttgaaattatacagacacatgcaaaatattaattaaatacagagacccttcagaagaattgattcgaaaccaagggtagcactcaatgtccgtttaccattctgtgattggcggggacataaaaataaactgaagaaaacaatgagtgac
gi|12 : tttgtacgacacggacgactcggacggttgatttcgccagccT--CTTG--TTAA---A-A-A-TTAAT-TT---AAAAAGGAGCCATAACTCCTGTAAAATTTGACCAACTT---TG----ACA--AA-T-ATC--AA------ACCTGTATT---TT-GTTATTATACAGG-------TATGTATGAAATATTAA-TT-AAATA-TAT-----------AAATC------CCTTCA--GAAATT---ATCGGACAGAGG-A--A---A----------------------------------------GGGT--GA----A------------T-------GGACA-------------A------------GGTAA---A--C--------------ACTTAA------TAC-C-CCcatacactattcgagaggttgaatcagatacccaattttctacaaatagatagatgaacaaacagacgaatgaatggatattctttgaatggcagaggcataaaaattattatgaagaattaactttattgtatacatattgta
gi|9 : tataaactagaaatgtTTT--GTATTG-A-AGA-TTAAC-TA---GAAAAGGGGCAACAACTCTGGTTAAATTT------------TG----GCA--AA-T-ATC--AA-TCGTGTTCTGTATT---TT-ATAATTATACAGC-------TAAAAACCAAATATTTA-TT-AAATacct
gi|14 : agaaaaatgtttcctattaggacatggataccgctgctatatacaagtaaGACCATTGG---TG----ACT--CC-T-G----AA-T-TTGACCCGCTTTCCATT-ATAGTTATACAGATAGTATTTACACACAAGTTATGAA-TA-AAAGG-CAT-----------TGACA------CC-TTA--GAATTT---ATTAATC---GG-A--G---A----CCAAT--ACT-----TTT---------------C--GGACGAGG----A------------TAC-----GAACAATCGG--------AC-----------GG------G--C--------------GCTTAA------CGG-C-CCTTCACT-ATTCTTCGCACGACTGGGG--C-GT-tattaaattaaagaagttattcaagcggacagacagacgaatgcatggacaggagcaacattaaa
gi|26 : ACCAACGTTG----ACA--AA-T-ATC--AAACTTTTA-------T---TT-ATAATTATACATG-------T-----C--AATATTAA-CT-AAACA-CAC-----------AGtaaaaaat
gi|8 : tgtctgttgacacaaatgtccccactttttataggaaatcaG----ACA--AA-C-ATT--GA-ACTTACCCTGTAAT---TT-GAAATTATACAGA-------CACATGCAAAATATTAA-TT-AAATA-CAG-----------AGAC-------CCTTCA--GAA-GA---ATTGATT---CG-A--A---A----C-----------------------------------------------------------------------CA----A--------G------------GGT-A---G--C--------------ACTCAA------TGT-C-CGTTTACC-ATTCTGTGATTGGCGGGGA--C-AT-A
gi|22 : ctgttgacacgaatacccccattattgatcggaaaccaactttttattgaaaattaa--AA-ACTTGACCAGTATT---TT-ACAATAACAAAGC-------TATACACTAAAT--TA--TT-AAATA-CAA-----------AGACA------AGTTCA--GAAGTT---ATTGATC---TG-A--A---A--------C--AAT-----TTT-------TT--AC--CTTGGAC--GG----A------------CTAACGAAGGACA----G--------G------------GGG-C---A--T--------------Aaaaataaactgaagaaaacaatgagtgac
gi|17 : -------TACTCACCAAATATTAA-TT-AAATA-CAT-----------TTAC-------CCTTTC--AGA------AGTGATT---TG-A--C---A---------------------------------GC--C--GGAC--GA----A------------C-------GAACG----G--------ACCAAC-------AGTGT---AAAC--------------AGTCAA------TGC-C-CTTTCACC-ATTCGTCGAATGACTGG-G--CTATAATAAAGT
gi|19 : ggtacacacgttttcgtcgc-------TACACAGCAAATAT-AA-TT-TGATA-CA-------------GACT------TCGTCA--GAAGTC---ATTGATC---AG-A--A---A----C---A--AAT-----TGT-------TT--TC------GTC--AG----A------------T-------GCTCA----------------------------------A--C--------------GCTTAA------TGC-C-CCTCTGTA-ATTCTTCGAATGGTGGGGGAAC-A--AAAAAGGGTTCAGACTTCTGaatgataataatagaagc
gi|25 : ACAAATTAAATAT-AT-CTTAACTA-CAAT----------AGACC------GGTTCA--GAGGTT---ATTGATC------A--A---A----A---T--CTT-----GTT-------TG--AA--C--GAAC--TG----A------------C-------GGACG----G--------A----------------C---A--A--------------GTGTAA------C-C-C-CCTTCACA-AATCTTCAAAgcata
gi|28 : ACACCAAACATTAA-TC-AAATA-CAT-----------AGACT------CTTTTA--GAAGTT---AT----C---TG-A--------------------------------------------T--GGAT--GG----A------------T-------GGACA----A--------ACAG---------GGA-C---A--T--------------ATTTAA------TAC-C-CCTCC-TC-ATTCTT
gi|13 : GGAATATTAA-TT-AAATA-CAT-----------AAACC------CCTTCA--GAGGTT---AATGATC---AG-A--A---A----C---C--ATT-----TTT-------TT--tg
gi|15 : caaactagaaaggtgtctgtcgccacaaatgcttgcgttattgatcaaaaacaatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATATTAATCA-AAATT-CAT-----------AGAT-------CTTTTTA-GAAGTT---ATTCATC----A-A--A---A----T---CCAACT-----T-------------GA--C--GGAT--GG----AAGCACATACTAAT-------GGACA----G--------G------------GGC-A---A--C--------------ACTTAA------CGC-T-CCTTCAAC-CTTCTTCGCATGGTGGGGA--C-AT-Ataaacctcagat
gi|18 : ttatattagacatctacaagcgtaaattttAG-CT-AAATAGCAA-----------TAAAA------TCTCTT--TAAGATGTAATTAATC---GGGA--A---A----T---A--AGT-----T---------------------GAT--GC----A------------T-------GGACA----G--------ATGG---------GGG-TGCAA--C--------------ACTTTG------TGC-C-CAATCACC-TTTTTTCGAATAGCGGGGA--T-AT-AAAAAGCGATCAG--Tacaaattagtgaatta
gi|21 : ttgagAACA-CAC-----------AGACA------CTTTCA--GAAGTT---ATTGATC---C-----A---A----T---T--GTTATAATTTT-------CT--AC--CTCAGAC--AGTTGAA------------G-------GGACA----G--------ACATG--------GGT-A---A--C--------------ACTCAAA-----TGC-C-CTTCCACC-ATTCTTCAgtgatcgagac
gi|30 : ttcA------CCCTTTCAAAAGTT---ATTCAGT---GG-A--A---A----T---T--GTT-----TT----------------------C--AG----A------------T-------GGACA----G--------A-----------------------C--------------ATTCAA------TAC-G-C-TTCACCCATACTTCAAATAGAGGGGG--C-AT-ctgggacttaataaa
gi|27 : TTA--GAAGTT---GTTAATA---GG-A--A---AA---C---G--ATT-----TTT-------TTTAAC--T-----C--A-----A------------T-------GGACA----G--------AAG----------GGG-T---A--TC-------------ACTTAA------TGC-C-CAATCACT-AGTCTTTAAATGAAGGTGG--C-AT-
gi|24 : a--GAAGTT---ATTGATA---GT-A--A---AGCCTT---T--ATT-----TTTACCTCTCTC--ACA-C--AAAC--AG----A------------T-------GGAC-----G--------A------------GCC-A---A--T--------------ATTTAAA-----TGC-C-CCATTACC-ATTCTTCAAATGGCAGGGG--A-AT-AACAAGTGT
gi|23 : ttca--C--AGAC--AG----A------------C-------GGACA----A--------G------------GGT-T---A--C--------------TCTTAA------TAT-C-TCTTCAAC-ATTATTCAAATGGCTTGGA--C-AT-AT
gi|31 : atttggaagatgttcgcttgaaaccaatttgacagatgaa--C--GAAC--GG----A------------T-------GAACA----G--------AT-----------GGA-C---A--C--------------A-TTAACACTTGTGC-T-CATTTACA-TTTCTCTGAAGGGCAGGAG--C-AT-Aacaaatgaattgaa
gi|2 : a--GAAC--GG----A------------C-------GGACA----T--------A------------GGT-G---A--C--------------ATTTAA------TGC-C-TCTTTACC-TCTCTTCCAATGTCAGGGG--C-AT-Aatacaaaagatt
gi|34 : attagatatgtgtctgtcgaaacggatgcccctgatattgatcagaaaccatttttaccgagaatctagtttaaaaggggccatgactgtgtttgaccgacgttaacacacatcgaacttgaccgatatcttacagctatacaaatacgtattcactattaattacatacatagaacccttctaaagtaagtgtacggaaacagttgttttatcgtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggat--GAAC--AA----A------------T-------GGACA----G---------------------GGT-T---AA-C--------------ATTTAC------TGC-T-CCTTCACC-ATTATTTGACTGGTGGGGC--C-AT-Aaaaacgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|20 : cat--GGAT--GG----A------------T-------GGACA----G--------G------------CGT-A---A--C--------------ACTTGT------TGC-C-CA-TCATC-ATTGTTACAATAATGGGGG--C-AT-Aatt
gi|35 : cctttaaaaagtttatttattggatcaattatttatcttgggcatatgaatgctaggagggacatacacatGAC--AG----A------------T-------AGGCA----G--------G------------GGT-A---A--G--------------GCTTAG------TAC-C-CTTTCGCA-GTTGTT-AAATGGCGGG-G--C-AT-Aacaaggtaat
gi|33 : -------GAACA----G--------G------------GGT-A---A--A--------------ACTTGA------TGC-CACTTTCACC-GTTCTTCGAATGGCGGaaaatag
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111 111111111111111111111111 11
lowQualScore : 2 22 2 22 33 2 2 2 99999999999 2 6 1 111 5 5 66 00000000000 999999 1 4 0 1 444 2 1 6666666 22 4 44444 22 888888888888 1 5555 4 0 1 1 3 222 4444 3 77 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777 3333 33333333333333333333 333333333333333333333333 3333 1 1 1 8888888888 11 1 22 1 2 88
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ........... . . . ... . . .. ........... ...... . . . . ... . . ....... .. . ..... .. ............ . .... . . . . . ... .... . .. ...................................................... ........ .... .................... ........................ .... . . . .......... .. . .. . . ..
lowQualScore : 0 88 0 88 11 0 0 0 55555555555 0 2 9 333 3 3 77 00000000000 777777 8 4 8 8 111 4 0 5555555 66 0 33333 44 999999999999 7 0000 5 3 6 6 2 888 3333 1 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444444 1111 66666666666666666666 666666666666666666666666 3333 5 5 6 6666666666 00 7 66 9 2 00
consensus : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---AC-------C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACA----G--------G----GGT--AAC----ACTT-AA-TGC-C----------CCTTCACC-ATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
Reference ( family-308 ) : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTANCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACNCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---AC-------C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACA----G--------A----GGT--NAC----ACTT-AA-TGC-C----------CCTTCACC-ATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
gi|1 : AAATAGAAATATGTC-T--GT-T--GACACCAATGCCT-CCG-CT-GTTGAT-T-----------GGCAAC-CAACTTTTTTAACA-ACA-A-TTAAGTTCAAAA---GGAGCCACAACT---TTTGTTAAGTTTGACCCACAAAGACAAATACCAAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATAACTAAATATAATTAATAATTAAA-AACA-TAATCCCCTT-TAGAAGCTAT-T-GAC---C---GG-A--AT-CA-A---T-----T-TTTAC---TTCGGATGGA----C----------A----GAC--------GG----A------------C-------GGACA----G--------G----GGT--AAC----AGTT-AT-TTC-C----------CAATCACC-AGTCTTCGAATGGTGGAGG--TA-TAA-AAAG
gi|10 : tacagTAGAAATATGTC-T--GT----GACAC----------CG-CTTATTGAT-C-----------AGAAA----ATCATTTTACCG-A-ATA-T-------AAAA---G---------------TTG--AAATTTGACCGATATTGACAAATATTGTAATGGACCTGTG-T---TG-ATAA-TATCCATGTA-------CA--CAGGAA-----ATA--C------------TTATTAAA-TACA-T--ACCACTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---T---GG-C--AG-CC-ATTTT-----T-TTT-----TT---ACTT-----C----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACA----G--------A----atcaattaactgaaacaataataattaacaccaacagaacaaaattatacctttagtcaaaacaatatatgtaagtataaagtacctttagtcaaaacaatacatgtaagtttgaatgtaaaaaagtatctcatctctcctgtggaaacaattcttt
gi|11 : CTAGAAACAAGTC-T--GT-C--GAAATAAATGC-----------TTGAA-A-----------GGAAACTCAATATTTTTTTGA-A-A-A-TTAAGTTGAAAAAAAGAGGCAATTACT---TGTGTAAAACTTGACCAATGTTAA-AAACATTGTTCTTGACCGGTATT---TT-ATACTTGTACAGGTA-------CA--CGCAAA-----ATA--A------------TATTTAAA-AACA-TGGACATCTT-CATAAGTTAT-T-GAC---A---AT-A--AA-CA-A---A-----T-TTT-----TT---caaaggaacgaacagacagggg
gi|12 : TCTTGTTAA---A-A-A-TTAATTTAAAAA---GGAGCCATAACT---CCTGTAAAATTTGACCAACTTTGACAAATATCAAAC-----CTGTATT---TT-GTTATTATACAGGTA-------TG--TATGAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TATA-TAAATCCCTT-CAGAAATTAT-C-GGA---CAGAGG-A--AA-------------------------------------------------G----GGT--------GA----A------------T-------GGACA-------------A----GGTA-AAC----ACTT-AA-TAC-C----------CCc
gi|13 : tataaactagaaatgtAACTAGAAAGGTGTC-T--GT-C--GCCACAAATGCTT-GCG-TT-ATTGAT-C-----------AAAAA--CAATTTTTacct
gi|13 : caA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAAACCCCTT-CAGAGGTTAA-T-GAT---C---AG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaatattaattaaatacataaaccccttcagaggttaatgatcagaaaccattttttttaaacctcagat
gi|14 : caaactagaaaggtgtctgtcgccacaaatgcttgcgttattgatcaaaaacaatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggGAATTTGACCCGCTTTCCATT-ATAGTTATACAGATAGTATTTACA--CACAAG-----TTA--T------------GAATAAAA-GGCA-TTGACACCTT--AGAATTTAT-T-AAT---C---GG-A--GA-CC-A---A-----TACTT-----TT------------C----------G----GAC--------GAGGATA------------C-------GAACAATCGG--------A----CG---GGC----GCTT-AA-CGG-C----------CCTTCACT-ATTCTTCGCACGACTGGGG--CGTTAA-AAAATtaaacctcagat
gi|15 : gaccattggtgactcct---TT-ATA-TTAGACATCTA-------CAAGCGTAAATTTTAATA--T------------TAATCAAAATTCA-TAGATCTTTT-TAGAAGTTAT-T-CAT---C---AA-A--AT-CC-A---A-----C-TT-----------GA-------C----------G----GAT--------GG----AAGCACATACTAAT-------GGACA----G--------G----GGC--AAC----ACTT-AA-CGC-T----------CCTTCAAC-CTTCTTCGCATGGTGGGGA--CA-TAA-CAAAT
gi|16 : ACAAGAAATGTGTT-T--GT-C--AACACGAACGCCA-CAG-CT-ATTGAA-T-----------GCAAAC-CA-CTTCTTTACCG-A-A-AGTTAAGCTGAAAA---AGGGTCACAACT---CCTGTAATATCGGACATACGTTGGCAAATATCGAATTTAATCTGTATT---TA-AACATCATACAAACA-------CA--CGCGAA-----ATA--G------------TAATTAtagtgaatta
gi|17 : tGCTA-------CT--CACCAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TTTACCCTTT-CAGAAGTGAT-TTGACAGCC---GG-ACGAA-C-----------------------------------------------G----AAC--------GG----A------------C-------CAACA----G--------T----GTA--AAC----AGTC-AA-TGC-C----------CTTTCACC-ATTCGTCGAATGACTGGGC--TA-TAATAAAGTc
gi|18 : ggtacacacgttttcgtcCTAA-----ATA--G------------CAATAAAA-T--------CTCTTT-AAGATGTAAT-T-AAT---C---GGGA--AA-TA-A---G-----T-T-------------------------------------GAT--------GC----A------------T-------GGACA----G--------ATGGGGGTGCAAC----ACTT-TG-TGC-C----------CAATCACC-TTTTTTCGAATAGCGGGGA--TA-TAA-AAAGCGATCAGaatgataataatagaagc
gi|19 : ttgagagTA-------CA--CAGCAA-----ATA--T-------------AATTTGA-TACA---GACTTCGT-CAGAAGTCAT-T-GAT---C---AG-A--AA-CA-A---A-----T-TGT-----TT---TC-----------------------GTC--------AG----A------------T-------GCTCA------------------------AC----GCTT-AA-TGC-C----------CCTCTGTA-ATTCTTCGAATGGTGGGGGAACA--AA-AAAGGGTTCAGACTTCTGtgtgatcgagac
gi|2 : ATTAGATATGTGTC-T--GT-C--GAAACGGATGCCC-CTG-AT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-CA---TTTTTACCG-AGA-A-TCTAGTTTAAAA---GGGGCCATGACT------GTG---TTTGACCGACGTTAACACACATCGAACTTGACCGATATC---TT-ACAGCTATACAAATA-------CG--TATTCA-----CTA--T------------TAATTACA-TACA-TAGAACCCTT-CTAAAGTAAG-T-GTA---C---GG-A--AA-CA-G---T-----T-GTT-----TT---AT-------C----------G----gcata
gi|2 : ----------G----AAC--------GG----A------------C-------GGACA----T--------A----GGT--GAC----ATTT-AA-TGC-C----------TCTTTACC-TCTCTTCCAATGTCAGGGG--CA-TAA-AAAtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggatgaacggacggacataggtgacatttaatgcctctttacctctcttccaatgtcaggggcataaaaacgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|20 : attagatatgtgtctgtcgaaacggatgcccctgatattgatcagaaaccatttttaccgagaatctagtttaaaaggggccatgactgtgtttgaccgacgttaacacacatcgaacttgaccgatatcttacagctatacaaatacgtattcactattaattacatacatagaacccttctaaagtaagtgtacggaaacagttgttttatcgtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggat----------G----GAT--------GG----A------------T-------GGACA----G--------G----CGT--AAC----ACTT-GT-TGC-C----------CA-TCATC-ATTGTTACAATAATGGGGG--CA-TAA-CAAGcgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|21 : cctttaaaaagtttatttattggatcaattatttatcttgggcatatgaatgctaggagggacatacacatTTCAA-CACA-CAGACACTTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C------C--AA-TT-G---TTATAAT-TTT-----CT---ACCT-----C----------A----GACAGTTGAAGGG----A------------C-------AGACA----T--------G----GGT--AAC----ACTCAAA-TGC-C----------CTTCCACC-ATTCTTCgtaat
gi|22 : AACTTGACCAGTATT---TT-ACAATAACAAAGCTA-------TA--CACTAA-----AT----------------TA-TTAAA-TACA-AAGACAAGTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---TG-A--AA-CA-A---------T-TTT-----TT---AC-------CTT--------G----GAC--------GG----A------------CTAACGAAGGACA----G--------G----GGactgggacttaataaa
gi|23 : aG-A--AA-CC-A---A-----T-TTGACAGATG---AA-------C----------A----GAC--------AG----A------------C-------GGACA----A--------G----GGT--TAC----TCTT-AA-TAT-C----------TCTTCAAC-ATTATTCAAATGGCTTGGA--CA-TAgcata
gi|24 : atttggaagatgttcgcttTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---A---GT-A--AAGCC-T---T-----TATTT-----TT---AC-------CTCTCTCACACA----AAC--------AG----A------------T-------GGAC-----G--------A----GCC--AAT----ATTT-AAATGC-C----------CCATTACC-ATTCTTCAAATGGCAGGGG--AA-TAA-CAAGTGTtacaaatgaattgaa
gi|25 : A-------CA--AATTAA-----ATA--T------------ATCTTAAC-TACAATAGACCGGTT-CAGAGGTTAT-T-GAT---C----A-A--AA-TC-----T-----T-GTT-----TG---AA-------C----------GAACTGAC--------GG----A------------C-------GGACA----A--------G----TGT--AAC--------------C-C----------CCTTCACA-AATCTTCAAA
gi|26 : TGTC-T--GT-T--GACACAAATGTCC-CCA-CT-TTTTAT-A-----------GGAAAT-CAA
gi|26 : ACCAACGTTGACAAATATCAAACTT----T-TA-T---TT-ATAATTATACATGT--------C--------A-----ATA--T------------TAACTAAA-CACA-CAGccaacgttgacaaatatcaaacttttatttataattatacatgtcaatattaactaaacacacag
gi|27 : tgtctgttgacacaaatgtccccactttttataggaaatcaT-TAGAAGTTGT-T-AAT---A---GG-A--AA-ACGA---T-----T-TTT-----TTTA-AC-------T----------C----AAT--------GG----A------------C-------AGA-A----G--------G----GGT--ATC----ACTT-AA-TGC-C----------CAATCACT-AGTCTTTAAATGAAGGTGG--CA-T
gi|28 : aA--CACCAA-----ACA--T------------TAATCAAA-TACA-TAGACTCTTT-TAGAAGTTATCT-GAT-------GG-A------------------------------------------T----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACA----G-------------GGA--CAT----ATTT-AA-TAC-C----------CCTCC-TC-ATTCTTTG
gi|29 : TAGAAATGTGTA-T--GT-C--AACACAAATCACC-CCA-CT-ATTGGT-C-----------GGAAAC-CA--TTTTTTACCGAA-A-A-TTACATTGGAA
gi|3 : ttaAGCTGGAAATGTGTC-T--GG-T--GACATGAAGGCCA-CCT-CT-TTTGAT-C-----------AGAAAT-CAATGTTTT-ACCA-AGA-A-TTAAG--------------------CT---CA-GTAAAATTTGACCGACATTGACAAATATCAAGCTTTGTCTGTATT---CT-ATATTTATACAGCTA-------CA--CACCAA-----GT---T------------T--TTA-----------------T-C--AAGTTAT-T-TAT---C---AG-A--AA-CCAA---T-----T-TTT-----TT---ACAT-----T----------G----GAA--------GG----A------------C-------AAACT----GATGCATGCA----AGC--AAC----ACTT-AA-TGCTT----------CCTTCATC-ATTCTCCAAATGGTGATGG--CA-CAA-GAAccgatgttgacaaatgt
gi|30 : ACCCTTT-CAAAAGTTAT-T-CAG---T---GG-A--AA--------T-----T-GTT-----TT------------------------------C--------AG----A------------T-------GGACA----G--------A-----------C----ATTC-AA-TAC-G----------C-TTCACCCATACTTCAAATAGAGGGGG--CA-Ttagatgggattttacatacataataacatggtttagtgaataactgcaaa
gi|32 : ACTAGAAATGTGTC-TTTGT-C--AACATGAATGCCT-TCA-CC-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-TATTTTACCGAA-A-A-TAAAGTCTAAAA---
gi|33 : g-------GAACA----G--------G----GGT--AAA----ACTT-GA-TGC-CA---------CTTTCACC-GTTCTTCGAATGGCGGCGG--CA-AAA-CAA
gi|34 : ----------G----AAC--------AA----A------------T-------GGACA----G--------G----GTT--AAC----ATTT-AC-TGC-T----------CCTTCACC-ATTATTTGACTGGTGGGGC--CA-TAA-ccataaaaaat
gi|35 : cat----GAC--------AG----A------------T-------AGGCA----G--------G----GGT--AAG----GCTT-AG-TAC-C----------CTTTCGCA-GTTGTT-AAATGGCGGGG---CA-TAA-AAAtt
gi|36 : ACAAGGAATGTGTC-T--GC-C--GACACGAATGTTC-TCG-CT-TTCGAC-T-----------GGAAAC-C-ATTTtag
gi|37 : AACTCAAAATGTGTA-T--GT-C--GATACGAATGCTCACTG-CT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-C-ATTTatgtaa
gi|38 : ACCAGAAATGTGTC-T--GT-A--AACATGAATGCCT-CCG-CT-GCTGGC-T-----------GGTAAT-C
gi|39 : tAGAAATGTGTC-T--GT-C--GGCACTTATGCCC-TCA-CT-ATTAAT-A-----------GGAAAC-
gi|4 : AACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--AACACAAATGCCC-CCA-CT-ATTGAT-C-----------AGGAAC-AAA-TTTTGTAACGAA-A-A-TTCTGTTGAAAA----TAACTGCAACT---CCGGTAAAATTCGACAAATGTTAACAAGCAATGAACTTGATCCGTTTT---TT-AAAATTATACAGATA-------GG--CA-GGG-----GTG--C------------CACTT-AA-TGC-----------T-CTGAA-T--T-T-GAT---C---GATATTAA-CA-A-------------------AT---AT-------C----------G----GACTT------GG----A------------G-------GAACA----A--------A----CGA--CATAAGGACTG-GA-TGC-CACTTAATTCCCCTTCCTC-ATTCTTCGAATGACGGGGG--CA-TAA-AAA
gi|5 : TT-T--GTAC--GACACGGACGACT-CGGACG-GTTGAT-TTCGCCAGCCCTGGAAAC--AATTTTTTTACCA-A-A-AATTAAGTCGAAAA---GGGGC----A-------TGTAAAATTTGACCACCATTGAAAAGTATTGAATATAACCTGTGTT---TTCATGATTATACAGCTA-------CA--GAC------------------------------TAAA-CACA-TACACTATTC-GAGAGGTTG----AAT---C---AG-AT-AC-CC-A---A-----T-TTT-----CT---ACAAATAGAT----------A----GAT--------GA----A------------C-------AAACA----G--------A----CG----------AATG-AA-TG------------------GAT-ATTCTTTGAATGGCAGAGG--CA-TAA-AAATTATTacaaaggctaataattattatactg
gi|6 : AACTAGAAATGTGTC-T-----C--GACACGAATGCTT-CCT-CT-TTTGAT-C-----------TGAAAC-CAATTTTTTTAACG-A-A-A-TTAAATCAAAAA---GGAACCATAACT---CTTGTAACATATGACCACCAATGACACATGTCAACCTTTACCTGTGTT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATA--T------------TAACTAAA-TACA-AAGACACCTT-TTGAACTTAT-T-GAT---C---TG-A--AA-TT-A---T-----T-TTT-----TT---AC-------C----------G----GAC--------GG----A------------T-------GGACA----G--------A----GGT--TAT----ATTT-AA-TGC-C----------CCTTCACC-ATTCTTCAAATGGCGGGTG--CA-TAT-GAAGTGTCCAG--TTTTGatgaagaattaactttattgtatacatattgta
gi|7 : aatAGAGATATGTC-T--GT-C--AACAGGAATGCCC-CCG-CT-ATTAAT-C-----------TGAAAC-CAA--------------A-A-CTAAGTAAAAAA---GAGGCCATAACT---TCTGTACAATTTGAGCATTGTTGACAAAAATTGAACTTGCCCTGTA-C---TT-ATAATTATACAGATA-------C--------A-----ATA--T------------TTATTAAA-TATA-TACACCCCTT-CAGAAGTAAC-T-GAT---C---AG-A--AA-CC-A---A-----T-TTT-----------C-------G----------G----GAC--------GG----A------------CAAAT---GGACA----A--------G----GGT--AAC----GCTT-AA-TGC-C----------CC--------TTCTTTAAATGGT-GGGC--CA-CAA-AAAt
gi|8 : aC-T--GT-T--GACACGAATACCC-CCA-TT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-CTTTTTATTGAA-A-A-TTAAGACAAACA---TTG-----AACTTACCCTGT--AATTTGAaggtctaaataaagttttattgtatt
gi|8 : GACAAACATTGAACTTACCCTGTAAT---TT-GAAATTATACAGACA-------CA--TGCAAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-GAGAC-CCTT-CAGAAG-AAT-T-GAT---T---CG-A--AA-CC-A-------------------------------------------------------------------------------------------A----G-------------GGT--AGC----ACTC-AA-TGT-C----------CGTTTACC-ATTCTGTGATTGGCGGGGA--CA-TAA-AAAaattatacagacacatgcaaaatattaattaaatacagagacccttcagaagaattgattcgaaaccaagggtagcactcaatgtccgtttaccattctgtgattggcggggacataaaaataaactgaagaaaacaatgagtgac
gi|9 : ctgttgacacgaatacccccattattgatcggaaaccaactttttattgaaaattaaAAAAATGTTTCCT--AT-TAGGACATGGATACCG-CTG-CT-AT--ATAC--------------AAG-TAATTTGT--ATTG-A-AGA-TTAACTAGAAAA---GGGGCAACAACT---CTGGTTAAATTT---------TGGCAAATATCAATCGTGTTCTGTATT---TT-ATAATTATACAGCTA-------AA--AACCAA-----ATA--T------------TTATTAAA-T-TATTAAA----TTAAAGAAGTTAT-TCAAG---C---GG-AC-AG-AC-A------------------------GA-------C----------G----AAT--------GC----A------------T-------GGACA----G--------G----AGC--AAC----A-TT-AA-taaactgaagaaaacaatgagtgac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ACGAACGGATGAACAGATGGACACATTAACACTTGTGCTCATTTACATTTCTCTGAAGGGCAGGAGCATAATACAAAAGATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111 111111111111 11
lowQualScore : 2 22 2 22 33 2 2 2 99999999999 2 4 888 5 5 66 00000000000 999999 1 4 0 444 2 1 6666666 22 5 44444 22 888888888888 1 44 1 1 0 1 1 3 222 4444 1 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000 77777777 3333 33333333333333333333 000000000000 222 1 22 222 1 1 1 1 77777777777 1 0 22 1 2 88
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ........... . . ... . . .. ........... ...... . . . ... . . ....... .. . ..... .. ............ . .. . . . . . . ... .... . .. .................................................. ........ .... .................... ............ ... . .. ... . . . . ........... . . .. . . ..
lowQualScore : 0 88 0 88 11 0 0 0 55555555555 0 2 666 3 3 77 00000000000 777777 8 4 8 111 4 0 5555555 66 2 33333 44 999999999999 7 33 5 5 3 6 6 2 888 3333 5 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444 1111 66666666666666666666 666666666666 777 5 11 777 5 5 6 6 77777777777 7 6 66 9 2 00
consensus : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AC---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
Reference ( family-308 ) : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AC---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
gi|1 : AAATAGAAATATGTC-T--GT-T--GACACCAATGCCT-CCG-CT-GTTGAT-T-----------GGCAAC-CAACTTTTTTAACA-ACA-A-TTAAGTTCAAAA---GGAGCCACAACT---TTTGTTAAGTTTGACCCACAAAGACAAATACCAAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATAACTAAATATAATTAATAATTAAA-AACA-TAATCCCCTT-TAGAAGCTAT-T-GAC---C---GG-A--AT-CA-A---T-----T-TTTAC---TTCGGATGGAC----------A----GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AG---TT-AT-TTC-C-CAA----------TCA-CCAGTCTTCGAATGGTGGAGG--TA-TAA-AAAG
gi|10 : tacagTAGAAATATGTC-T--GT----GACAC----------CG-CTTATTGAT-C-----------AGAAA----ATCATTTTACCG-A-ATA-T-------AAAA---G---------------TTG--AAATTTGACCGATATTGACAAATATTGTAATGGACCTGTGTT---G--ATAAT-ATCCATGTA-------CA--CAGGAA-----ATA--C------------TTATTAAA-TACA-TA--CCACTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---T---GG-C--AG-CC-ATTTT-----T-TTT-----TT---ACTT-C----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACA---G--------atcaattaactgaaacaataataattaacaccaacagaacaaaattatacctttagtcaaaacaatatatgtaagtataaagtacctttagtcaaaacaatacatgtaagtttgaatgtaaaaaagtatctcatctctcctgtggaaacaattcttt
gi|11 : CTAGAAACAAGTC-T--GT-C--GAAATAAATGC-----------TTGAA-A-----------GGAAACTCAATATTTTTTTGA-A-A-A-TTAAGTTGAAAAAAAGAGGCAATTACT---TGTGTAAAACTTGACCAATGTTAA-AAACATTGTTCTTGACCGGTATT---TT-ATACTTGTACAGGTA-------CA--CGCAAA-----ATA--A------------TATTTAAA-AACA-TGGACATCTT-CATAAGTTAT-T-GAC---A---AT-A--AA-CA-A---A-----T-TTT-----TT---acaaaggaacgaacagacagggg
gi|12 : -A-A-A-TTAATTTAAAAA---GGAGCCATAACT---CCTGTAAAATTTGACCAACTTTGACAAATATCAAAC-----CTGTATT---TT-GTTATTATACAGGTA-------TG--TATGAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TATA-TAAATCCCTT-CAGAAATTAT-C-GGA---CAGAGG-A--AA---------------------------------------------G----GGT--------GA----A------------T-------GGACA---A--------GGTA--AA-C--AC---TT-AA-TAC-C-CCc
gi|13 : tataaactagaaatgttcttgttaaAACTAGAAAGGTGTC-T--GT-C--GCCACAAATGCTT-GCG-TT-ATTGAT-C-----------AAAAA--CAATTTTTacct
gi|13 : caA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAAACCCCTT-CAGAGGTTAA-T-GAT---C---AG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaatattaattaaatacataaaccccttcagaggttaatgatcagaaaccattttttttaaacctcagat
gi|14 : caaactagaaaggtgtctgtcgccacaaatgcttgcgttattgatcaaaaacaatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggGAATTTGACCCGCTTTCCATT-ATAGTTATACAGATAGTATTTACA--CACAAG-----TTA--T------------GAATAAAA-GGCA-TTGACACCTT--AGAATTTAT-T-AAT---C---GG-A--GA-CC-A---A-----TACTT-----TT--------C----------G----GAC--------GAGGATA------------C-------GAACA---ATCGGAC--GGG------C--GC---TT-AA-CGG-C-CCT----------TCA-CTATTCTTCGCACGACTGGGG--CGTTAA-AAAATtaaacctcagat
gi|15 : gaccattggtgactcct---TT-ATA-TTAGACATCTA-------CAAGCGTAAATTTTAATA--T------------TAATCAAAATTCA-TAGATCTTTT-TAGAAGTTAT-T-CAT---C---AA-A--AT-CC-A---A-----C-TT-----------GA---C----------G----GAT--------GG----AAGCACATACTAAT-------GGACA---G--------GGGC--AA-C--AC---TT-AA-CGC-T-CCT----------TCA-ACCTTCTTCGCATGGTGGGGA--CA-TAA-CAAAT
gi|16 : ACAAGAAATGTGTT-T--GT-C--AACACGAACGCCA-CAG-CT-ATTGAA-T-----------GCAAAC-CA-CTTCTTTACCG-A-A-AGTTAAGCTGAAAA---AGGGTCACAACT---CCTGTAATATCGGACATACGTTGGCAAATATCGAATTTAATCTGTATT---TA-AACATCATACAAACA-------CA--CGCGAA-----ATA--G------------TAATTAtagtgaatta
gi|17 : tGCTA-------CT--CACCAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TTTACCCTTT-CAGAAGTGAT-TTGACAGCC---GG-ACGAA-C-------------------------------------------G----AAC--------GG----A------------C-------CAACA---G--------TGTA--AA-C--AG---TC-AA-TGC-C-CTT----------TCA-CCATTCGTCGAATGACTGGGC--TA-TAATAAAGTc
gi|18 : ggtacacacgttttcgtcCTAA-----ATA--G------------CAATAAAA-T--------CTCTTT-AAGATGTAAT-T-AAT---C---GG-G--AA-AT-A---A-----G-TTG-----AT---GC--------------------AT--------GG----A------------C-------AGATG---G--------GGGTGCAA-C--AC---TT-TG-TGC-C-CAA----------TCA-CCTTTTTTCGAATAGCGGGGA--TA-TAA-AAAGCGATCAGaatgataataatagaagc
gi|19 : ttgagagTA-------CA--CAGCAA-----ATA--T-------------AATTTGA-TACA---GACTTCGT-CAGAAGTCAT-T-GAT---C---AG-A--AA-CA-A---A-----T-TGT-----TT---TC-------------------GTC--------AG----A------------T-------GCTCA-------------------A-C--GC---TT-AA-TGC-C-CCT----------CTG-TAATTCTTCGAATGGTGGGGGAACA--AA-AAAGGGTTCAGACTTCTGtgtgatcgagac
gi|2 : ATTAGATATGTGTC-T--GT-C--GAAACGGATGCCC-CTG-AT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-CA---TTTTTACCG-AGA-A-TCTAGTTTAAAA---GGGGCCATGACT------GTG---TTTGACCGACGTTAACACACATCGAACTTGACCGATATC---TT-ACAGCTATACAAATA-------CG--TATTCA-----CTA--T------------TAATTACA-TACA-TAGAACCCTT-CTAAAGTAAG-T-GTA---C---GG-A--AA-CA-G---T-----T-GTT-----TT---AT---C----------G----gcata
gi|2 : ----------G----AAC--------GG----A------------C-------GGACA---T--------AGGT--GA-C--AT---TT-AA-TGC-C-TCT----------TTA-CCTCTCTTCCAATGTCAGGGG--CA-TAA-AAAtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggatgaacggacggacataggtgacatttaatgcctctttacctctcttccaatgtcaggggcataaaaacgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|20 : attagatatgtgtctgtcgaaacggatgcccctgatattgatcagaaaccatttttaccgagaatctagtttaaaaggggccatgactgtgtttgaccgacgttaacacacatcgaacttgaccgatatcttacagctatacaaatacgtattcactattaattacatacatagaacccttctaaagtaagtgtacggaaacagttgttttatcgtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggat----------G----GAT--------GG----A------------T-------GGACA---G--------GCGT--AA-C--AC---TT-GT-TGC-C-CA-----------TCA-TCATTGTTACAATAATGGGGG--CA-TAA-CAAGcgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|21 : cctttaaaaagtttatttattggatcaattatttatcttgggcatatgaatgctaggagggacatacacatTTCAA-CACA-CAGACACTTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C------C--AA-TT-G---TTATAAT-TTT-----CT---ACCT-C----------A----GACAGTTGAAGGG----A------------C-------AGACA---T--------GGGT--AA-C--AC---TCAAA-TGC-C-CTT----------CCA-CCATTCTTCgtaat
gi|22 : AACTTGACCAGTATT---TT-ACAATAACAAAGCTA-------TA--CACTAA-----AT----------------TA-TTAAA-TACA-AAGACAAGTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---TG-A--AA-CA-A---------T-TTT-----TT---AC---CTT--------G----GAC--------GG----A------------CTAACGAAGGACA---G--------GGGactgggacttaataaa
gi|23 : aG-A--AA-CC-A---A-----T-TTGACAGATG---AA---C----------A----GAC--------AG----A------------C-------GGACA---A--------GGGT--TA-C--TC---TT-AA-TAT-C-TCT----------TCA-ACATTATTCAAATGGCTTGGA--CA-TAgcata
gi|24 : atttggaagatgttcgcttTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---A---GT-A--AAGCC-T---T-----TATTT-----TT---AC---CTCTCTCACACA----AAC--------AG----A------------T-------GGAC----G--------AGCC--AA-T--AT---TT-AAATGC-C-CCA----------TTA-CCATTCTTCAAATGGCAGGGG--AA-TAA-CAAGTGTtacaaatgaattgaa
gi|25 : A-------CA--AATTAA-----ATA--T------------ATCTTAAC-TACAATAGACCGGTT-CAGAGGTTAT-T-GAT---C----A-A--AA-TC-----T-----T-GTT-----TG---AA---C----------GAACTGAC--------GG----A------------C-------GGACA---A--------GTGT--AA-C---------------C-C-CCT----------TCA-CAAATCTTCAAA
gi|26 : TGTC-T--GT-T--GACACAAATGTCC-CCA-CT-TTTTAT-A-----------GGAAAT-CAA
gi|26 : ACCAACGTTGACAAATATCAAACTT----T-TATT---T--ATAATTATACATGT--------------C--A-----ATA--T------------TAACTAAA-CACA-CAGccaacgttgacaaatatcaaacttttatttataattatacatgtcaatattaactaaacacacag
gi|27 : tgtctgttgacacaaatgtccccactttttataggaaatcaT-TAGAAGTTGT-T-AAT---A---GG-A--AA-ACGA---T-----T-TTT-----TTTA-AC---T----------C----AAT--------GG----A------------C-------AGA-A---G--------GGGT--AT-C--AC---TT-AA-TGC-C-CAA----------TCA-CTAGTCTTTAAATGAAGGTGG--CA-T
gi|28 : aA--CACCAA-----ACA--T------------TAATCAAA-TACA-TAGACTCTTT-TAGAAGTTATCT-GAT-------GG-A--------------------------------------T----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACA---G--------GGAC---A-T--AT---TT-AA-TAC-C-CCT----------CC--TCATTCTTTG
gi|29 : TAGAAATGTGTA-T--GT-C--AACACAAATCACC-CCA-CT-ATTGGT-C-----------GGAAAC-CA--TTTTTTACCGAA-A-A-TTACATTGGAA
gi|3 : ttaAGCTGGAAATGTGTC-T--GG-T--GACATGAAGGCCA-CCT-CT-TTTGAT-C-----------AGAAAT-CAATGTTTT-ACCA-AGA-A-TTAAG--------------------CT---CA-GTAAAATTTGACCGACATTGACAAATATCAAGCTTTGTCTGTATT---CT-ATATTTATACAGCTA-------CA--CACCAA-----GT---T------------T--TTA-----------------T-C--AAGTTAT-T-TAT---C---AG-A--AA-CCAA---T-----T-TTT-----TT---ACAT-T----------G----GAA--------GG----A------------C-------AAACT---GATGCATGCAAGC--AA-C--AC---TT-AA-TGCTT-CCT----------TCA-TCATTCTCCAAATGGTGATGG--CA-CAA-GAAccgatgttgacaaatgt
gi|30 : ACCCTTT-CAAAAGTTAT-T-CAG---T---GG-A--A-----A---T-----T-GTT-----TT--------------------------C--------AG----A------------T-------GGACA---G---------------A-C--AT---TC-AA-TA--C-GCT----------TCACCCATACTTCAAATAGAGGGGG--CA-Ttagatgggattttacatacataataacatggtttagtgaataactgcaaa
gi|32 : ACTAGAAATGTGTC-TTTGT-C--AACATGAATGCCT-TCA-CC-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-TATTTTACCGAA-A-A-TAAAGTCTAAAA---
gi|33 : g-------GAACA---G--------GGGT--AA-A--AC---TT-GA-TGC-CACTT----------TCA-CCGTTCTTCGAATGGCGGCGG--CA-AAA-CAA
gi|34 : ----------G----AAC--------AA----A------------T-------GGACA---G--------GGTT--AA-C--AT---TT-AC-TGC-T-CCT----------TCA-CCATTATTTGACTGGTGGGGC--CA-TAA-ccataaaaaat
gi|35 : cat----GAC--------AG----A------------T-------AGGCA---G--------GGGT--AA-G--GC---TT-AG-TAC-C-CTT----------TCG-CAGTTGTT-AAATGGC-GGGG--CA-TAA-AAAtt
gi|36 : ACAAGGAATGTGTC-T--GC-C--GACACGAATGTTC-TCG-CT-TTCGAC-T-----------GGAAAC-C-ATTTtag
gi|37 : AACTCAAAATGTGTA-T--GT-C--GATACGAATGCTCACTG-CT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-C-ATTTatgtaa
gi|38 : ACCAGAAATGTGTC-T--GT-A--AACATGAATGCCT-CCG-CT-GCTGGC-T-----------GGTAAT-C
gi|39 : tAGAAATGTGTC-T--GT-C--GGCACTTATGCCC-TCA-CT-ATTAAT-A-----------GGAAAC-
gi|4 : AACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--AACACAAATGCCC-CCA-CT-ATTGAT-C-----------AGGAAC-AAATTTTGTAACGA-A-A-A-TTCTGTTGAAAA----TAACTGCAACT---CCGGTAAAATTCGACAAATGTTAACAAGCAATGAACTTGATCCGTTTT---TT-AAAATTATACAGATA-------GG--CA-GGG-----GTG--C------------CACTT-AA-TGC-----------T-CTGAA-T--T-T-GAT---C---GATATTAA-CA-A-------------------AT---AT---C----------G----GACTT------GG----A------------G-------GAACAAACG--------ACAT--AAGG--AC---TG-GA-TGC-C-ACTTAATTCCCCTTCC-TCATTCTTCGAATGACGGGGG--CA-TAA-AAA
gi|5 : TT-T--GTAC--GACACGGACGACT-CGGACG-GTTGAT-TTCGCCAGCCCTGGAAAC--AATTTTTTTACCA-A-A-AATTAAGTCGAAAA---GGGGC----A-------TGTAAAATTTGACCACCATTGAAAAGTATTGAATATAACCTGTGTT---TTCATGATTATACAGCTA-------CA--GAC------------------------------TAAA-CACA-TACACTATTC-GAGAGGTTG----AAT---C---AG-AT-AC-CC-A---A-----T-TTT-----CT---ACAAAT----------A----GAT--------AG----A------------T-------GAACA------------------AA-CAGACGAATG-AA-TG-------------------G-ATATTCTTTGAATGGCAGAGG--CA-TAA-AAATTATTacaaaggctaataattattatactg
gi|6 : AACTAGAAATGTGTC-T-----C--GACACGAATGCTT-CCT-CT-TTTGAT-C-----------TGAAAC-CAATTTTTTTAACG-A-A-A-TTAAATCAAAAA---GGAACCATAACT---CTTGTAACATATGACCACCAATGACACATGTCAACCTTTACCTGTGTT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATA--T------------TAACTAAA-TACA-AAGACACCTT-TTGAACTTAT-T-GAT---C---TG-A--AA-TT-A---T-----T-TTT-----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------T-------GGACA---G--------AGGT--TA-T--AT---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCAAATGGCGGGTG--CA-TAT-GAAGTGTCCAG--TTTTGatgaagaattaactttattgtatacatattgta
gi|7 : aatAGAGATATGTC-T--GT-C--AACAGGAATGCCC-CCG-CT-ATTAAT-C-----------TGAAAC-CAA--------------A-A-CTAAGTAAAAAA---GAGGCCATAACT---TCTGTACAATTTGAGCATTGTTGACAAAAATTGAACTTGCCCTGTA-C---TT-ATAATTATACAGATA-------C--------A-----ATA--T------------TTATTAAA-TATA-TACACCCCTT-CAGAAGTAAC-T-GAT---C---AG-A--AA-CC-A---A-----T-TTT-----------C---G----------G----GAC--------GG----A------------CAAAT---GGACA---A--------GGGT--AA-C--GC---TT-AA-TGC-C-CC------------------TTCTTTAAATGGT-GGGC--CA-CAA-AAAt
gi|8 : aC-T--GT-T--GACACGAATACCC-CCA-TT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-CTTTTTATTGAA-A-A-TTAAGACAAACA---TTG-----AACTTACCCTGT--AATTTGAaggtctaaataaagttttattgtatt
gi|8 : GACAAACATTGAACTTACCCTGTAAT---TT-GAAATTATACAGACA-------CA--TGCAAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-GAGA-CCCTT-CAGAAG-AAT-T-GAT---T---CG-A--AA-C-----------------------------------------------------------------------------------------CA---A--------GGGT--AG-C--AC---TC-AA-TGT-C-CGT----------TTA-CCATTCTGTGATTGGCGGGGA--CA-TAA-AAAaattatacagacacatgcaaaatattaattaaatacagagacccttcagaagaattgattcgaaaccaagggtagcactcaatgtccgtttaccattctgtgattggcggggacataaaaataaactgaagaaaacaatgagtgac
gi|9 : ctgttgacacgaatacccccattattgatcggaaaccaactttttattgaaaattaaAAAAATGTTTCCT--AT-TAGGACATGGATACCG-CTG-CT-AT--ATAC--------------AAG-TAATTTGT--ATTG-A-AGA-TTAACTAGAAAA---GGGGCAACAACT---CTGGTTAAATTT---------TGGCAAATATCAATCGTGTTCTGTATT---TT-ATAATTATACAGCTA-------AA--AACCAA-----ATA--T------------TTATTAAA-T-TATTAAA----TTAAAGAAGTTAT-TCAAG---C---GG-AC-AG-AC-A------------------------GA---C----------G----AAT--------GC----A------------T-------GGACA---G--------GAGC--AA-C--A----TT-AA-taaactgaagaaaacaatgagtgac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ACGAACGGATGAACAGATGGACACATTAACACTTGTGCTCATTTACATTTCTCTGAAGGGCAGGAGCATAATACAAAAGATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111 111111111111 11
lowQualScore : 2 22 2 22 33 2 2 2 99999999999 2 4 888 5 5 66 00000000000 999999 1 4 0 444 2 1 6666666 22 5 44444 22 888888888888 1 44 1 1 0 1 1 3 222 4444 1 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000 77777777 3333 33333333333333333333 000000000000 222 1 22 222 1 1 1 1 77777777777 1 0 22 1 2 88
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ........... . . ... . . .. ........... ...... . . . ... . . ....... .. . ..... .. ............ . .. . . . . . . ... .... . .. .................................................. ........ .... .................... ............ ... . .. ... . . . . ........... . . .. . . ..
lowQualScore : 0 88 0 88 11 0 0 0 55555555555 0 2 666 3 3 77 00000000000 777777 8 4 8 111 4 0 5555555 66 2 33333 44 999999999999 7 33 5 5 3 6 6 2 888 3333 5 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444 1111 66666666666666666666 666666666666 777 5 11 777 5 5 6 6 77777777777 7 6 66 9 2 00
consensus : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AC---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
Reference ( family-308 ) : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AC---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
gi|1 : AAATAGAAATATGTC-T--GT-T--GACACCAATGCCT-CCG-CT-GTTGAT-T-----------GGCAAC-CAACTTTTTTAACA-ACA-A-TTAAGTTCAAAA---GGAGCCACAACT---TTTGTTAAGTTTGACCCACAAAGACAAATACCAAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATAACTAAATATAATTAATAATTAAA-AACA-TAATCCCCTT-TAGAAGCTAT-T-GAC---C---GG-A--AT-CA-A---T-----T-TTTAC---TTCGGATGGAC----------A----GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AG---TT-AT-TTC-C-CAA----------TCA-CCAGTCTTCGAATGGTGGAGG--TA-TAA-AAAG
gi|10 : tacagTAGAAATATGTC-T--GT----GACAC----------CG-CTTATTGAT-C-----------AGAAA----ATCATTTTACCG-A-ATA-T-------AAAA---G---------------TTG--AAATTTGACCGATATTGACAAATATTGTAATGGACCTGTGTT---G--ATAAT-ATCCATGTA-------CA--CAGGAA-----ATA--C------------TTATTAAA-TACA-TA--CCACTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---T---GG-C--AG-CC-ATTTT-----T-TTT-----TT---ACTT-C----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACA---G--------atcaattaactgaaacaataataattaacaccaacagaacaaaattatacctttagtcaaaacaatatatgtaagtataaagtacctttagtcaaaacaatacatgtaagtttgaatgtaaaaaagtatctcatctctcctgtggaaacaattcttt
gi|11 : CTAGAAACAAGTC-T--GT-C--GAAATAAATGC-----------TTGAA-A-----------GGAAACTCAATATTTTTTTGA-A-A-A-TTAAGTTGAAAAAAAGAGGCAATTACT---TGTGTAAAACTTGACCAATGTTAA-AAACATTGTTCTTGACCGGTATT---TT-ATACTTGTACAGGTA-------CA--CGCAAA-----ATA--A------------TATTTAAA-AACA-TGGACATCTT-CATAAGTTAT-T-GAC---A---AT-A--AA-CA-A---A-----T-TTT-----TT---acaaaggaacgaacagacagggg
gi|12 : -A-A-A-TTAATTTAAAAA---GGAGCCATAACT---CCTGTAAAATTTGACCAACTTTGACAAATATCAAAC-----CTGTATT---TT-GTTATTATACAGGTA-------TG--TATGAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TATA-TAAATCCCTT-CAGAAATTAT-C-GGA---CAGAGG-A--AA---------------------------------------------G----GGT--------GA----A------------T-------GGACA---A--------GGTA--AA-C--AC---TT-AA-TAC-C-CCc
gi|13 : tataaactagaaatgttcttgttaaAACTAGAAAGGTGTC-T--GT-C--GCCACAAATGCTT-GCG-TT-ATTGAT-C-----------AAAAA--CAATTTTTacct
gi|13 : caA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAAACCCCTT-CAGAGGTTAA-T-GAT---C---AG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaatattaattaaatacataaaccccttcagaggttaatgatcagaaaccattttttttaaacctcagat
gi|14 : caaactagaaaggtgtctgtcgccacaaatgcttgcgttattgatcaaaaacaatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggGAATTTGACCCGCTTTCCATT-ATAGTTATACAGATAGTATTTACA--CACAAG-----TTA--T------------GAATAAAA-GGCA-TTGACACCTT--AGAATTTAT-T-AAT---C---GG-A--GA-CC-A---A-----TACTT-----TT--------C----------G----GAC--------GAGGATA------------C-------GAACA---ATCGGAC--GGG------C--GC---TT-AA-CGG-C-CCT----------TCA-CTATTCTTCGCACGACTGGGG--CGTTAA-AAAATtaaacctcagat
gi|15 : gaccattggtgactcct---TT-ATA-TTAGACATCTA-------CAAGCGTAAATTTTAATA--T------------TAATCAAAATTCA-TAGATCTTTT-TAGAAGTTAT-T-CAT---C---AA-A--AT-CC-A---A-----C-TT-----------GA---C----------G----GAT--------GG----AAGCACATACTAAT-------GGACA---G--------GGGC--AA-C--AC---TT-AA-CGC-T-CCT----------TCA-ACCTTCTTCGCATGGTGGGGA--CA-TAA-CAAAT
gi|16 : ACAAGAAATGTGTT-T--GT-C--AACACGAACGCCA-CAG-CT-ATTGAA-T-----------GCAAAC-CA-CTTCTTTACCG-A-A-AGTTAAGCTGAAAA---AGGGTCACAACT---CCTGTAATATCGGACATACGTTGGCAAATATCGAATTTAATCTGTATT---TA-AACATCATACAAACA-------CA--CGCGAA-----ATA--G------------TAATTAtagtgaatta
gi|17 : tGCTA-------CT--CACCAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TTTACCCTTT-CAGAAGTGAT-TTGACAGCC---GG-ACGAA-C-------------------------------------------G----AAC--------GG----A------------C-------CAACA---G--------TGTA--AA-C--AG---TC-AA-TGC-C-CTT----------TCA-CCATTCGTCGAATGACTGGGC--TA-TAATAAAGTc
gi|18 : ggtacacacgttttcgtcCTAA-----ATA--G------------CAATAAAA-T--------CTCTTT-AAGATGTAAT-T-AAT---C---GG-G--AA-AT-A---A-----G-TTG-----AT---GC--------------------AT--------GG----A------------C-------AGATG---G--------GGGTGCAA-C--AC---TT-TG-TGC-C-CAA----------TCA-CCTTTTTTCGAATAGCGGGGA--TA-TAA-AAAGCGATCAGaatgataataatagaagc
gi|19 : ttgagagTA-------CA--CAGCAA-----ATA--T-------------AATTTGA-TACA---GACTTCGT-CAGAAGTCAT-T-GAT---C---AG-A--AA-CA-A---A-----T-TGT-----TT---TC-------------------GTC--------AG----A------------T-------GCTCA-------------------A-C--GC---TT-AA-TGC-C-CCT----------CTG-TAATTCTTCGAATGGTGGGGGAACA--AA-AAAGGGTTCAGACTTCTGtgtgatcgagac
gi|2 : ATTAGATATGTGTC-T--GT-C--GAAACGGATGCCC-CTG-AT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-CA---TTTTTACCG-AGA-A-TCTAGTTTAAAA---GGGGCCATGACT------GTG---TTTGACCGACGTTAACACACATCGAACTTGACCGATATC---TT-ACAGCTATACAAATA-------CG--TATTCA-----CTA--T------------TAATTACA-TACA-TAGAACCCTT-CTAAAGTAAG-T-GTA---C---GG-A--AA-CA-G---T-----T-GTT-----TT---AT---C----------G----gcata
gi|2 : ----------G----AAC--------GG----A------------C-------GGACA---T--------AGGT--GA-C--AT---TT-AA-TGC-C-TCT----------TTA-CCTCTCTTCCAATGTCAGGGG--CA-TAA-AAAtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggatgaacggacggacataggtgacatttaatgcctctttacctctcttccaatgtcaggggcataaaaacgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|20 : attagatatgtgtctgtcgaaacggatgcccctgatattgatcagaaaccatttttaccgagaatctagtttaaaaggggccatgactgtgtttgaccgacgttaacacacatcgaacttgaccgatatcttacagctatacaaatacgtattcactattaattacatacatagaacccttctaaagtaagtgtacggaaacagttgttttatcgtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggat----------G----GAT--------GG----A------------T-------GGACA---G--------GCGT--AA-C--AC---TT-GT-TGC-C-CA-----------TCA-TCATTGTTACAATAATGGGGG--CA-TAA-CAAGcgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|21 : cctttaaaaagtttatttattggatcaattatttatcttgggcatatgaatgctaggagggacatacacatTTCAA-CACA-CAGACACTTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C------C--AA-TT-G---TTATAAT-TTT-----CT---ACCT-C----------A----GACAGTTGAAGGG----A------------C-------AGACA---T--------GGGT--AA-C--AC---TCAAA-TGC-C-CTT----------CCA-CCATTCTTCgtaat
gi|22 : AACTTGACCAGTATT---TT-ACAATAACAAAGCTA-------TA--CACTAA-----AT----------------TA-TTAAA-TACA-AAGACAAGTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---TG-A--AA-CA-A---------T-TTT-----TT---AC---CTT--------G----GAC--------GG----A------------CTAACGAAGGACA---G--------GGGactgggacttaataaa
gi|23 : aG-A--AA-CC-A---A-----T-TTGACAGATG---AA---C----------A----GAC--------AG----A------------C-------GGACA---A--------GGGT--TA-C--TC---TT-AA-TAT-C-TCT----------TCA-ACATTATTCAAATGGCTTGGA--CA-TAgcata
gi|24 : atttggaagatgttcgcttTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---A---GT-A--AAGCC-T---T-----TATTT-----TT---AC---CTCTCTCACACA----AAC--------AG----A------------T-------GGAC----G--------AGCC--AA-T--AT---TT-AAATGC-C-CCA----------TTA-CCATTCTTCAAATGGCAGGGG--AA-TAA-CAAGTGTtacaaatgaattgaa
gi|25 : A-------CA--AATTAA-----ATA--T------------ATCTTAAC-TACAATAGACCGGTT-CAGAGGTTAT-T-GAT---C----A-A--AA-TC-----T-----T-GTT-----TG---AA---C----------GAACTGAC--------GG----A------------C-------GGACA---A--------GTGT--AA-C---------------C-C-CCT----------TCA-CAAATCTTCAAA
gi|26 : TGTC-T--GT-T--GACACAAATGTCC-CCA-CT-TTTTAT-A-----------GGAAAT-CAA
gi|26 : ACCAACGTTGACAAATATCAAACTT----T-TATT---T--ATAATTATACATGT--------------C--A-----ATA--T------------TAACTAAA-CACA-CAGccaacgttgacaaatatcaaacttttatttataattatacatgtcaatattaactaaacacacag
gi|27 : tgtctgttgacacaaatgtccccactttttataggaaatcaT-TAGAAGTTGT-T-AAT---A---GG-A--AA-ACGA---T-----T-TTT-----TTTA-AC---T----------C----AAT--------GG----A------------C-------AGA-A---G--------GGGT--AT-C--AC---TT-AA-TGC-C-CAA----------TCA-CTAGTCTTTAAATGAAGGTGG--CA-T
gi|28 : aA--CACCAA-----ACA--T------------TAATCAAA-TACA-TAGACTCTTT-TAGAAGTTATCT-GAT-------GG-A--------------------------------------T----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACA---G--------GGAC---A-T--AT---TT-AA-TAC-C-CCT----------CC--TCATTCTTTG
gi|29 : TAGAAATGTGTA-T--GT-C--AACACAAATCACC-CCA-CT-ATTGGT-C-----------GGAAAC-CA--TTTTTTACCGAA-A-A-TTACATTGGAA
gi|3 : ttaAGCTGGAAATGTGTC-T--GG-T--GACATGAAGGCCA-CCT-CT-TTTGAT-C-----------AGAAAT-CAATGTTTT-ACCA-AGA-A-TTAAG--------------------CT---CA-GTAAAATTTGACCGACATTGACAAATATCAAGCTTTGTCTGTATT---CT-ATATTTATACAGCTA-------CA--CACCAA-----GT---T------------T--TTA-----------------T-C--AAGTTAT-T-TAT---C---AG-A--AA-CCAA---T-----T-TTT-----TT---ACAT-T----------G----GAA--------GG----A------------C-------AAACT---GATGCATGCAAGC--AA-C--AC---TT-AA-TGCTT-CCT----------TCA-TCATTCTCCAAATGGTGATGG--CA-CAA-GAAccgatgttgacaaatgt
gi|30 : ACCCTTT-CAAAAGTTAT-T-CAG---T---GG-A--A-----A---T-----T-GTT-----TT--------------------------C--------AG----A------------T-------GGACA---G---------------A-C--AT---TC-AA-TA--C-GCT----------TCACCCATACTTCAAATAGAGGGGG--CA-Ttagatgggattttacatacataataacatggtttagtgaataactgcaaa
gi|32 : ACTAGAAATGTGTC-TTTGT-C--AACATGAATGCCT-TCA-CC-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-TATTTTACCGAA-A-A-TAAAGTCTAAAA---
gi|33 : g-------GAACA---G--------GGGT--AA-A--AC---TT-GA-TGC-CACTT----------TCA-CCGTTCTTCGAATGGCGGCGG--CA-AAA-CAA
gi|34 : ----------G----AAC--------AA----A------------T-------GGACA---G--------GGTT--AA-C--AT---TT-AC-TGC-T-CCT----------TCA-CCATTATTTGACTGGTGGGGC--CA-TAA-ccataaaaaat
gi|35 : cat----GAC--------AG----A------------T-------AGGCA---G--------GGGT--AA-G--GC---TT-AG-TAC-C-CTT----------TCG-CAGTTGTT-AAATGGC-GGGG--CA-TAA-AAAtt
gi|36 : ACAAGGAATGTGTC-T--GC-C--GACACGAATGTTC-TCG-CT-TTCGAC-T-----------GGAAAC-C-ATTTtag
gi|37 : AACTCAAAATGTGTA-T--GT-C--GATACGAATGCTCACTG-CT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-C-ATTTatgtaa
gi|38 : ACCAGAAATGTGTC-T--GT-A--AACATGAATGCCT-CCG-CT-GCTGGC-T-----------GGTAAT-C
gi|39 : tAGAAATGTGTC-T--GT-C--GGCACTTATGCCC-TCA-CT-ATTAAT-A-----------GGAAAC-
gi|4 : AACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--AACACAAATGCCC-CCA-CT-ATTGAT-C-----------AGGAAC-AAATTTTGTAACGA-A-A-A-TTCTGTTGAAAA----TAACTGCAACT---CCGGTAAAATTCGACAAATGTTAACAAGCAATGAACTTGATCCGTTTT---TT-AAAATTATACAGATA-------GG--CA-GGG-----GTG--C------------CACTT-AA-TGC-----------T-CTGAA-T--T-T-GAT---C---GATATTAA-CA-A-------------------AT---AT---C----------G----GACTT------GG----A------------G-------GAACAAACG--------ACAT--AAGG--AC---TG-GA-TGC-C-ACTTAATTCCCCTTCC-TCATTCTTCGAATGACGGGGG--CA-TAA-AAA
gi|5 : TT-T--GTAC--GACACGGACGACT-CGGACG-GTTGAT-TTCGCCAGCCCTGGAAAC--AATTTTTTTACCA-A-A-AATTAAGTCGAAAA---GGGGC----A-------TGTAAAATTTGACCACCATTGAAAAGTATTGAATATAACCTGTGTT---TTCATGATTATACAGCTA-------CA--GAC------------------------------TAAA-CACA-TACACTATTC-GAGAGGTTG----AAT---C---AG-AT-AC-CC-A---A-----T-TTT-----CT---ACAAAT----------A----GAT--------AG----A------------T-------GAACA------------------AA-CAGACGAATG-AA-TG-------------------G-ATATTCTTTGAATGGCAGAGG--CA-TAA-AAATTATTacaaaggctaataattattatactg
gi|6 : AACTAGAAATGTGTC-T-----C--GACACGAATGCTT-CCT-CT-TTTGAT-C-----------TGAAAC-CAATTTTTTTAACG-A-A-A-TTAAATCAAAAA---GGAACCATAACT---CTTGTAACATATGACCACCAATGACACATGTCAACCTTTACCTGTGTT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATA--T------------TAACTAAA-TACA-AAGACACCTT-TTGAACTTAT-T-GAT---C---TG-A--AA-TT-A---T-----T-TTT-----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------T-------GGACA---G--------AGGT--TA-T--AT---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCAAATGGCGGGTG--CA-TAT-GAAGTGTCCAG--TTTTGatgaagaattaactttattgtatacatattgta
gi|7 : aatAGAGATATGTC-T--GT-C--AACAGGAATGCCC-CCG-CT-ATTAAT-C-----------TGAAAC-CAA--------------A-A-CTAAGTAAAAAA---GAGGCCATAACT---TCTGTACAATTTGAGCATTGTTGACAAAAATTGAACTTGCCCTGTA-C---TT-ATAATTATACAGATA-------C--------A-----ATA--T------------TTATTAAA-TATA-TACACCCCTT-CAGAAGTAAC-T-GAT---C---AG-A--AA-CC-A---A-----T-TTT-----------C---G----------G----GAC--------GG----A------------CAAAT---GGACA---A--------GGGT--AA-C--GC---TT-AA-TGC-C-CC------------------TTCTTTAAATGGT-GGGC--CA-CAA-AAAt
gi|8 : aC-T--GT-T--GACACGAATACCC-CCA-TT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-CTTTTTATTGAA-A-A-TTAAGACAAACA---TTG-----AACTTACCCTGT--AATTTGAaggtctaaataaagttttattgtatt
gi|8 : GACAAACATTGAACTTACCCTGTAAT---TT-GAAATTATACAGACA-------CA--TGCAAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-GAGA-CCCTT-CAGAAG-AAT-T-GAT---T---CG-A--AA-C-----------------------------------------------------------------------------------------CA---A--------GGGT--AG-C--AC---TC-AA-TGT-C-CGT----------TTA-CCATTCTGTGATTGGCGGGGA--CA-TAA-AAAaattatacagacacatgcaaaatattaattaaatacagagacccttcagaagaattgattcgaaaccaagggtagcactcaatgtccgtttaccattctgtgattggcggggacataaaaataaactgaagaaaacaatgagtgac
gi|9 : ctgttgacacgaatacccccattattgatcggaaaccaactttttattgaaaattaaAAAAATGTTTCCT--AT-TAGGACATGGATACCG-CTG-CT-AT--ATAC--------------AAG-TAATTTGT--ATTG-A-AGA-TTAACTAGAAAA---GGGGCAACAACT---CTGGTTAAATTT---------TGGCAAATATCAATCGTGTTCTGTATT---TT-ATAATTATACAGCTA-------AA--AACCAA-----ATA--T------------TTATTAAA-T-TATTAAA----TTAAAGAAGTTAT-TCAAG---C---GG-AC-AG-AC-A------------------------GA---C----------G----AAT--------GC----A------------T-------GGACA---G--------GAGC--AA-C--A----TT-AA-taaactgaagaaaacaatgagtgac
blockSeqs : C TT A AG CA A T A TCGCCAGCCCT T T AG T G TG AAAGAGGCAAT TACCCT A G CCA C G GTATTTA AG G TTTTA . . A AT G C A C T AGC AGAG T CG GCCTTTATTTTTACCTCTCTCACACA AGTTGAAG GGAT AGCACATACTAAT GATGCATGC TGC G AG GAA A A T A TTAATTCCCCT C AA T T .
blockSeqs : . . . . T . . . . . T AA G A TA GGAGCCAT TGT A A . . G . . A . . . . TT A A . . C . G . TT TTGTTATAATTTTCTACCTCA TT . CTAACGAA ATCGGAC A . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . T AG . . TG AGGGTCAC CCT A A . . G . . G . . . . T A C . . . . A . T CCATTTTTTTTTTACTTCG . . CAAAT AACG C . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . C AA . . TT GGGGCCAT CCT G T . . A . . A . . . . T G C . . . . A . C CCAATTTGACAGATGAACA . . C G A . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . T AA . . TG GGAACCAT CCG A G . . C . . A . . . . T G A . . . . G . . TCTTGTTTGAACGAACT . . T A T . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . T A . . CT GAGGCCAT CTT A A . . A . . G . . . . T T C . . . . A . . ACGATTTTTTTTAACTC . . C G T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . T A . . TG GGGGCAAC TCT A G . . C . . C . . . . T G C . . . . G . . CCAATTTTTTTACATTG . . C G T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . T A . . CG TAACTGC CTG A A . . A . . T . . . . T G T . . . . G . . CCAATTTTCTACAAATA . . C G T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . T A . . CA GGGGC TT A A . . C . . C . . . . T G T . . . . A . . CAATTTTTTACCTTG . . T T C . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . T A . . AA TTG CA T A . . G . . T . . . . T G C . . . . G . . CAGTTGTTTTATCG . . C G T . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . T A . . CA G T . A . . C . . T . . . . C G A . . . . T . . TTATTTTTTTACCG . . T T T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . A . . AG . . . . . . A . . T . . . . A G A . . . . G . . CCAATACTTTTCG . . C G C . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . A . . . . . C . . C . . . . C G C . . . . G . . ATAAGTTGATGC . . C A C . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . T C T . . . . G . . CAAATTGTTTTC . . T G T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . A . . G . . . . T G C . . . . A . . CCAACTTGACG . . C A T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . A . . G . . . . A C T . . . . G . . CCAATTTTCGG . . C G T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . C . . A . . . . T G A . . . . G . . CAAATATCG . . C G T . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . G A C . . . . A . . ATTGTTTT . . C G T . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . ACAGACG . . T G T . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . CG . . T G T . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . TG . . T G C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . G . . G G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . T A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A** ** ************ CCAATTTTTTTACCG***********************************
originalCons : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AA-CC-A---T-----T-TTT-----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AC---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
finalCons : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCGA--A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AACCAATTTTTTTACCG-----------------------------------GAC--------GG----A------------C-------GGACA---G--------GGGT--AA-C--AC---TT-AA-TGC-C-CCT----------TCA-CCATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ACGAACGGATGAACAGATGGACACATTAACACTTGTGCTCATTTACATTTCTCTGAAGGGCAGGAGCATAATACAAAAGATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111111 11111111111111 11
lowQualScore : 2 22 2 22 33 2 2 2 99999999999 2 4 888 5 5 66 00000000000 999999 1 4 0 444 2 1 6666666 22 4 44444 22 888888888888 1 5555 1 0 1 1 3 55555555 1 22 444444444444444444444444444444444444444444444 3333 77777777 3333 33333333333333333333 77777777777777 222 22 222 1 1 1 1 11 1 0 22 1 2 88
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ........... . . ... . . .. ........... ...... . . . ... . . ....... .. . ..... .. ............ . .... . . . . . ........ . .. ............................................. .... ........ .... .................... .............. ... .. ... . . . . .. . . .. . . ..
lowQualScore : 0 88 0 88 11 0 0 0 55555555555 0 2 666 3 3 77 00000000000 777777 8 4 8 111 4 0 5555555 66 0 33333 44 999999999999 7 0000 5 3 6 6 2 00000000 5 11 888888888888888888888888888888888888888888888 0000 44444444 1111 00000000000000000000 77777777777777 777 11 777 5 5 6 6 00 7 6 66 9 2 00
consensus : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AACCA--AT--------T-TTT----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACAG--------------GGGT--AAC--AC---TT-AA-TGC-C-CCTTCACC-ATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
Reference ( family-308 ) : NNNAACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--GACACGAATGCCC-CCG-CT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAATTTTTTTACCG-A-A-A-TTAAGTCGAAAA---GGGGCCACAACT---CCTGTAAAATTTGACCGACGTTGACAAATATCGAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGNTA-------CA--CACNAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAGACCCCTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---GG-A--AACCA--AT--------T-TTT----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------C-------GGACAG--------------GGGT--AAC--AC---TT-AA-TGC-C-CCTTCACC-ATTCTTCGAATGGCGGGGG--CA-TAA-AAAGTGTTCAGACTTCTG
gi|1 : AAATAGAAATATGTC-T--GT-T--GACACCAATGCCT-CCG-CT-GTTGAT-T-----------GGCAAC-CAACTTTTTTAACA-ACA-A-TTAAGTTCAAAA---GGAGCCACAACT---TTTGTTAAGTTTGACCCACAAAGACAAATACCAAACTTGACCTGTATT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATAACTAAATATAATTAATAATTAAA-AACA-TAATCCCCTT-TAGAAGCTAT-T-GAC---C---GG----AATCA--AT--------T-TTTAC--TTCGGATGGAC----------A----GAC--------GG----A------------C-------GGACAG--------------GGGT--AAC--AG---TT-AT-TTC-C-CAATCACC-AGTCTTCGAATGGTGGAGG--TA-TAA-AAAG
gi|10 : tacagTAGAAATATGTC-T--GT----GACAC----------CG-CTTATTGAT-C-----------AGAAA----ATCATTTTACCG-A-ATA-T-------AAAA---G---------------TTG--AAATTTGACCGATATTGACAAATATTGTAATGGACCTGTG-T---TG-ATAA-TATCCATGTA-------CA--CAGGAA-----ATA--C------------TTATTAAA-TACA-T--ACCACTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---T---GG-C--AGCCATTTT--------T-TTT----TT---ACTT-C----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACAG--------------atcaattaactgaaacaataataattaacaccaacagaacaaaattatacctttagtcaaaacaatatatgtaagtataaagtacctttagtcaaaacaatacatgtaagtttgaatgtaaaaaagtatctcatctctcctgtggaaacaattcttt
gi|11 : CTAGAAACAAGTC-T--GT-C--GAAATAAATGC-----------TTGAA-A-----------GGAAACTCAATATTTTTTTGA-A-A-A-TTAAGTTGAAAAAAAGAGGCAATTACT---TGTGTAAAACTTGACCAATGTTAA-AAACATTGTTCTTGACCGGTATT---TT-ATACTTGTACAGGTA-------CA--CGCAAA-----ATA--A------------TATTTAAA-AACA-TGGACATCTT-CATAAGTTAT-T-GAC---A---AT-A--AACAA--AT--------T-TTT----Tacaaaggaacgaacagacagggg
gi|12 : -A-A-A-TTAATTTAAAAA---GGAGCCATAACT---CCTGTAAAATTTGACCAACTTTGACAAATATCAA-----ACCTGTATT---TT-GTTATTATACAGGTA-------TG--TATGAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TATA-TAAATCCCTT-CAGAAATTAT-C-GGA---CAGAGG-A--AA---------------------------------------------G----GGT--------GA----A------------T-------GGACAA--------------GGTA--AAC--AC---TT-AA-TAC-C-CCc
gi|13 : tataaactagaaatgttcttgttaaAACTAGAAAGGTGTC-T--GT-C--GCCACAAATGCTT-GCG-TT-ATTGAT-C-----------AAAAA--CAATTTTTacct
gi|13 : caA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TAAACCCCTT-CAGAGGTTAA-T-GAT---C---AG-A--AACCA--TT--------T-TTT----TT---Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaatattaattaaatacataaaccccttcagaggttaatgatcagaaaccattttttttaaacctcagat
gi|14 : caaactagaaaggtgtctgtcgccacaaatgcttgcgttattgatcaaaaacaatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggGAATTTGACCCGCTTTCCATT-ATAGTTATACAGATAGTATTTACA--CACAAG-----TTA--T------------GAATAAAA-GGCA-TTGACACCTT--AGAATTTAT-T-AAT---C---GG-A--GACCA--AT--------A-CTT----TT--------C----------G----GAC--------GAGGATA------------C-------GAACAATCGGAC--------GGG-----C--GC---TT-AA-CGG-C-CCTTCACT-ATTCTTCGCACGACTGGGG--CGTTAA-AAAATaacctcagat
gi|15 : gaccattggtgactcct---TT-ATA-TTAGACATCTA-------CAAGCGTAAATTTTAATA--T------------TAATCAAAATTCA-TAGATCTTTT-TAGAAGTTAT-T-CAT---C---AA-A--ATCCA--AC--------T-T-----------GA---C----------G----GAT--------GG----AAGCACATACTAAT-------GGACAG--------------GGGC--AAC--AC---TT-AA-CGC-T-CCTTCAAC-CTTCTTCGCATGGTGGGGA--CA-TAA-CAAAT
gi|16 : ACAAGAAATGTGTT-T--GT-C--AACACGAACGCCA-CAG-CT-ATTGAA-T-----------GCAAAC-CA-CTTCTTTACCG-A-A-AGTTAAGCTGAAAA---AGGGTCACAACT---CCTGTAATATCGGACATACGTTGGCAAATATCGAATTTAATCTGTATT---TA-AACATCATACAAACA-------CA--CGCGAA-----ATA--G------------TAATTAtagtgaatta
gi|17 : tGCTA-------CT--CACCAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-TTTACCCTTT-CAGAAGTGAT-TTGACAGCC---GG-A----CGA--A----------------------------C----------G----AAC--------GG----A------------C-------CAACAG--------------TGTA--AAC--AG---TC-AA-TGC-C-CTTTCACC-ATTCGTCGAATGACTGGGC--TA-TAATAAAGTc
gi|18 : ggtacacacgttttcgtcCTAA-----ATA--G------------CAATAAAA-T--------CTCTTT-AAGATGTAAT-T-AAT---C---GG-G--AAATA--AG--------T-TGA----T--------------------G----CAT--------GG----A------------C-------AGATGG--------------GGGTGCAAC--AC---TT-TG-TGC-C-CAATCACC-TTTTTTCGAATAGCGGGGA--TA-TAA-AAAGCGATCAGaatgataataatagaagc
gi|19 : ttgagagTA-------CA--CAGCAA-----ATA--T-------------AATTTGA-TACA---GACTTCGT-CAGAAGTCAT-T-GAT---C---AG-A--AACAA--AT--------TGTTT----TC---GT---C----------A----GAT--------GC----T------------C---------------------------------AAC--GC---TT-AA-TGC-C-CCTCTGTA-ATTCTTCGAATGGTGGGGGAACA--AA-AAAGGGTTCAGACTTCTGtgtgatcgagac
gi|2 : ATTAGATATGTGTC-T--GT-C--GAAACGGATGCCC-CTG-AT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-CA---TTTTTACCG-AGA-A-TCTAGTTTAAAA---GGGGCCATGACT------GTG---TTTGACCGACGTTAACACACATCGAACTTGACCGATATC---TT-ACAGCTATACAAATA-------CG--TATTCA-----CTA--T------------TAATTACA-TACA-TAGAACCCTT-CTAAAGTAAG-T-GTA---C---GG-A--AA-CA--GT--------T-GTT----TT---AT---C----------G----gcata
gi|2 : ----------G----AAC--------GG----A------------C-------GGACAT--------------AGGT--GAC--AT---TT-AA-TGC-C-TCTTTACC-TCTCTTCCAATGTCAGGGG--CA-TAA-AAAtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggatgaacggacggacataggtgacatttaatgcctctttacctctcttccaatgtcaggggcataaaaacgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|20 : attagatatgtgtctgtcgaaacggatgcccctgatattgatcagaaaccatttttaccgagaatctagtttaaaaggggccatgactgtgtttgaccgacgttaacacacatcgaacttgaccgatatcttacagctatacaaatacgtattcactattaattacatacatagaacccttctaaagtaagtgtacggaaacagttgttttatcgtggatgcaagaccaaatggacaaaagaacggacgaacggacggat----------G----GAT--------GG----A------------T-------GGACAG--------------GCGT--AAC--AC---TT-GT-TGC-C-CA-TCATC-ATTGTTACAATAATGGGGG--CA-TAA-CAAGcgaacggttagattagataaataataaaaaataaataatgtaaatataaacatttaaaataattatgaag
gi|21 : cctttaaaaagtttatttattggatcaattatttatcttgggcatatgaatgctaggagggacatacacatTTCAA-CACA-CAGACACTTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---------------CCA--ATTGTTATAAT-TTT----CT---ACCT-C----------A----GACAGTTGAAGGG----A------------C-------AGACAT--------------GGGT--AAC--AC---TCAAA-TGC-C-CTTCCACC-ATTCTTCgtaat
gi|22 : AACTTGACCAGTATT---TT-ACAATAACAAAGCTA-------TA--CACTAA-----AT----------------TA-TTAAA-TACA-AAGACAAGTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---C---TG-A--AA-CA--A---------T-TTT----TT---AC---CTT--------G----GAC--------GG----A------------CTAACGAAGGACAG--------------GGGactgggacttaataaa
gi|23 : aG-A--AACCA--AT--------T-TGACAGATG---AA---C----------A----GAC--------AG----A------------C-------GGACAA--------------GGGT--TAC--TC---TT-AA-TAT-C-TCTTCAAC-ATTATTCAAATGGCTTGGA--CA-TAgcata
gi|24 : atttggaagatgttcgcttTT-CAGAAGTTAT-T-GAT---A---GT-A--AAGCC--TT--------TATTT----TT---AC---CTCTCTCACACA----AAC--------AG----A------------T-------GGAC-G--------------AGCC--AAT--AT---TT-AAATGC-C-CCATTACC-ATTCTTCAAATGGCAGGGG--AA-TAA-CAAGTGTtacaaatgaattgaa
gi|25 : A-------CA--AATTAA-----ATA--T------------ATCTTAAC-TACAATAGACCGGTT-CAGAGGTTAT-T-GAT---C----A-A--AATC----T--------T-GTT----TG---AA---C----------GAACTGAC--------GG----A------------C-------GGACAA--------------GTGT--AAC---------------C-C-CCTTCACA-AATCTTCAAA
gi|26 : TGTC-T--GT-T--GACACAAATGTCC-CCA-CT-TTTTAT-A-----------GGAAAT-CAA
gi|26 : ACCAACGTTGACAAATATCAAACTT----T-TA-T---TT-ATAATTATACATGT--------C--------A-----ATA--T------------TAACTAAA-CACA-CAGccaacgttgacaaatatcaaacttttatttataattatacatgtcaatattaactaaacacacag
gi|27 : tgtctgttgacacaaatgtccccactttttataggaaatcaT-TAGAAGTTGT-T-AAT---A---GG-A--AAACG--AT--------T-TTT----TTTA-AC---T----------C----AAT--------GG----A------------C-------AGA-AG--------------GGGT--ATC--AC---TT-AA-TGC-C-CAATCACT-AGTCTTTAAATGAAGGTGG--CA-T
gi|28 : aA--CACCAA-----ACA--T------------TAATCAAA-TACA-TAGACTCTTT-TAGAAGTTATCT-GAT-------GG-A--------------------------------------T----------G----GAT--------GG----A------------C-------AAACAG--------------GGAC---AT--AT---TT-AA-TAC-C-CCTCC-TC-ATTCTTTG
gi|29 : TAGAAATGTGTA-T--GT-C--AACACAAATCACC-CCA-CT-ATTGGT-C-----------GGAAAC-CA--TTTTTTACCGAA-A-A-TTACATTGGAA
gi|3 : ttaAGCTGGAAATGTGTC-T--GG-T--GACATGAAGGCCA-CCT-CT-TTTGAT-C-----------AGAAAT-CAATGTTTT-ACCA-AGA-A-TTAAG--------------------CT---CA-GTAAAATTTGACCGACATTGACAAATATCAAGCTTTGTCTGTATT---CT-ATATTTATACAGCTA-------CA--CACCAA-----GT---T------------T--TTA-----------------T-C--AAGTTAT-T-TAT---C---AG-A--AACCA--AT--------T-TTT----TT---ACAT-T----------G----GAA--------GG----A------------C-------AAACTGATGCATGC------AAGC--AAC--AC---TT-AA-TGCTT-CCTTCATC-ATTCTCCAAATGGTGATGG--CA-CAA-GAAccgatgttgacaaatgt
gi|30 : ACCCTTT-CAAAAGTTAT-T-CAG---T---GG-A--AA------T--------T-GTT----TT--------------------------C--------AG----A------------T-------GGACAG---------------------AC--AT---TC-AA-TAC-G-C-TTCACCCATACTTCAAATAGAGGGGG--CA-Ttagatgggattttacatacataataacatggtttagtgaataactgcaaa
gi|32 : ACTAGAAATGTGTC-TTTGT-C--AACATGAATGCCT-TCA-CC-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-TATTTTACCGAA-A-A-TAAAGTCTAAAA---
gi|33 : g-------GAACAG--------------GGGT--AAA--AC---TT-GA-TGC-CACTTTCACC-GTTCTTCGAATGGCGGCGG--CA-AAA-CAA
gi|34 : ----------G----AAC--------AA----A------------T-------GGACAG--------------GGTT--AAC--AT---TT-AC-TGC-T-CCTTCACC-ATTATTTGACTGGTGGGGC--CA-TAA-ccataaaaaat
gi|35 : cat----GAC--------AG----A------------T-------AGGCAG--------------GGGT--AAG--GC---TT-AG-TAC-C-CTTTCGCA-GTTGTT-AAATGGC-GGGG--CA-TAA-AAAtt
gi|36 : ACAAGGAATGTGTC-T--GC-C--GACACGAATGTTC-TCG-CT-TTCGAC-T-----------GGAAAC-C-ATTTtag
gi|37 : AACTCAAAATGTGTA-T--GT-C--GATACGAATGCTCACTG-CT-ATTGAT-C-----------AGAAAC-C-ATTTatgtaa
gi|38 : ACCAGAAATGTGTC-T--GT-A--AACATGAATGCCT-CCG-CT-GCTGGC-T-----------GGTAAT-C
gi|39 : tAGAAATGTGTC-T--GT-C--GGCACTTATGCCC-TCA-CT-ATTAAT-A-----------GGAAAC-
gi|4 : AACTAGAAATGTGTC-T--GT-C--AACACAAATGCCC-CCA-CT-ATTGAT-C-----------AGGAAC-AAATTTTGTAACGA-A-A-A-TTCTGTTGAAAA----TAACTGCAACT---CCGGTAAAATTCGACAAATGTTAACAAGCAATGAACTTGATCCGTTTT---TT-AAAATTATACAGATA-------GG--CA-GGG-----GTG--C------------CACTT-AA-TGC-----------T-CTGAA-T--T-T-GAT---C---GATATTAACAA--A-------------------T---AT---C----------G----GACTT------GG----A------------G-------GAACAAACGACATAAGGACTGGAT--GCC--AC---TT-AA-TTC-C-CCTTCCTC-ATTCTTCGAATGACGGGGG--CA-TAA-AAA
gi|5 : TT-T--GTAC--GACACGGACGACT-CGGACG-GTTGAT-TTCGCCAGCCCTGGAAAC--AATTTTTTTACCA-A-A-AATTAAGTCGAAAA---GGGGC----A-------TGTAAAATTTGACCACCATTGAAAAGTATTGAATATAACCTGTGTT---TTCATGATTATACAGCTA-------CA--GAC------------------------------TAAA-CACA-TACACTATTC-GAGAGGTTG----AAT---C---AG-A--TACCC--AA--------T-TTT----CT---ACAAAT----------A----GAT--------AG----A------------T-------GAACA---------------------AACAGACGAATG-AA-TG---------GAT-ATTCTTTGAATGGCAGAGG--CA-TAA-AAATTATTacaaaggctaataattattatactg
gi|6 : AACTAGAAATGTGTC-T-----C--GACACGAATGCTT-CCT-CT-TTTGAT-C-----------TGAAAC-CAATTTTTTTAACG-A-A-A-TTAAATCAAAAA---GGAACCATAACT---CTTGTAACATATGACCACCAATGACACATGTCAACCTTTACCTGTGTT---TT-ATAATTATACAGGTA-------CA--CACGAA-----ATA--T------------TAACTAAA-TACA-AAGACACCTT-TTGAACTTAT-T-GAT---C---TG-A--AATT---AT--------T-TTT----TT---AC---C----------G----GAC--------GG----A------------T-------GGACAG--------------AGGT--TAT--AT---TT-AA-TGC-C-CCTTCACC-ATTCTTCAAATGGCGGGTG--CA-TAT-GAAGTGTCCAG--TTTTGatgaagaattaactttattgtatacatattgta
gi|7 : aatAGAGATATGTC-T--GT-C--AACAGGAATGCCC-CCG-CT-ATTAAT-C-----------TGAAAC-CAA--------------A-A-CTAAGTAAAAAA---GAGGCCATAACT---TCTGTACAATTTGAGCATTGTTGACAAAAATTGAACTTGCCCTGTACT---T--ATAATTATACAGATA-------CA-------------ATA--T------------TTATTAAA-TATA-TACACCCCTT-CAGAAGTAAC-T-GAT---C---AG-A--AACCA--AT--------T-TT-----------C---G----------G----GAC--------GG----A------------CAAAT---GGACAA--------------GGGT--AAC--GC---TT-AA-TGC-C-CC--------TTCTTTAAATGGT-GGGC--CA-CAA-AAAt
gi|8 : aC-T--GT-T--GACACGAATACCC-CCA-TT-ATTGAT-C-----------GGAAAC-CAA-CTTTTTATTGAA-A-A-TTAAGACAAACA---TTG-----AACTTACCCTGT--AATTTGAaggtctaaataaagttttattgtatt
gi|8 : GACAAACATTGAACTTACCCTGTAAT---TT-GAAATTATACAGACA-------CA--TGCAAA-----ATA--T------------TAATTAAA-TACA-GAGA-CCCTT-CAGAAG-AAT-T-GAT---T---CG-A--AACCA--A------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGT--AGC--AC---TC-AA-TGT-C-CGTTTACC-ATTCTGTGATTGGCGGGGA--CA-TAA-AAAaattatacagacacatgcaaaatattaattaaatacagagacccttcagaagaattgattcgaaaccaagggtagcactcaatgtccgtttaccattctgtgattggcggggacataaaaataaactgaagaaaacaatgagtgac
gi|9 : ctgttgacacgaatacccccattattgatcggaaaccaactttttattgaaaattaaAAAAATGTTTCCT--AT-TAGGACATGGATACCG-CTG-CT-AT--ATAC--------------AAG-TAATTTGT--ATTG-A-AGA-TTAACTAGAAAA---GGGGCAACAACT---CTGGTTAAATTT---------TGGCAAATATCAATCGTGTTCTGTATT---TT-ATAATTATACAGCTA-------AA--AACCAA-----ATA--T------------TTATTAAA-T-TATTAAA----TTAAAGAAGTTAT-TCAAG---C---GG-A-----CA--G-----------------------ACAGAC----------G----AAT--------GC----A------------T-------GGACAG--------------GAGC--AAC--A----TT-AA-taaactgaagaaaacaatgagtgac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ACGAACGGATGAACAGATGGACACATTAACACTTGTGCTCATTTACATTTCTCTGAAGGGCAGGAGCATAATACAAAAGATT