lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666 1 11111 66666666666666666 11111111 22222222222222222222 11 888888888888888888888888888888888888888888 2222 11111111 1 1111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333 111111 3333333333 111
lowQualScore : 111 5 6 6 99999 2 4 44444444444444444 66666666 0 888888 999999 6666 11111111111111111111 33 3 77 88 3 0 2 777777777777777777777777777777777777777777 2 555 2 0 33 444444 3 66 9999 2 33 3 33 0 66 1 6666 3 66666666 2 0 3 555 77777777 1 1 3 4444444444444 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9999 666 1 4 4 8888888888888888 0 55 3 55 444444 8888888888 5 9999999 111
lowQualScore : ... . . . ..... . . ................. ........ . ...... ...... .... .................... .. . .. .. . . . .......................................... . ... . . .. ...... . .. .... . .. . .. . .. . .... . ........ . . . ... ........ . . . ............. .. ................................................................................................................................................................................... .... ... . . . ................ . .. . .. ...... .......... . ....... ...
lowQualScore : 000 0 0 7 00000 5 2 55555555555555555 55555555 3 222222 000000 1111 66666666666666666666 77 1 88 11 6 4 0 777777777777777777777777777777777777777777 3 000 9 2 99 333333 2 88 3333 9 99 2 22 5 33 1 1111 3 88888888 5 2 6 888 44444444 9 5 6 9999999999999 55 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111 4 7 4 4444444444444444 7 55 6 00 666666 8888888888 0 4444444 555
consensus : TACAGACTACTCCAACAACAT--AA-TNGTGAAA----TA----TAGGT-TAGAT-----TATAAGAA------TCT---TNCA----TGGGTTTG--A-G--GT-TC-G-GA--TA--GAAAATTCCGTCC-CGAGGGAT-AACTGT-TTTGGCGGGAA------CGAGGCTCTGC-G-GTT-CTGC-A-AAACAGTT--ATCCCGAGG---GA-CGG--A--AT--TTTCNATCCGAAC--CGAAAAANC-C-ATG--AANGATT-CTTTT--TCTTGCATA----CC-AA--------ACACAT-TA---A----AT--AATTATT-TTA-----ATTTAN-TTTAT--CA----TTATA----TT---TTTAC--A-ACA-ATC---GCT--TTTA--A--GACGT--TAAATT--ATAT--AAT-----TTACGTCA----TN----T-AT-TT-TAT----ACG-------TCA---CGTCACAA--AT---GANT-----CCGA----A--CGGCA-TA-GC----GCANG--A-ATTTTATCTCGGCCC-TA----G---GGNG---AGA--TAGAA-ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-A---TA-GCAGATAT-CCTT--AT---CC--GGTATGCAAGAA
Reference ( gi|1 ) : TACAA--TAGTTCAACAACAT--AG-TGGTGGAA----TA----TAGGT-TAGAT-----TATAAGAA------TCT---TACA----TGGGTTTG--A-G--GT-TT-G-GA--GA--GAAAATTCCGTCC-CGAGGGAA-AACTGT-TTTGGCAGGAA------TGAGGCTCTGCAGAGTTCCTGC-ATAAACAGTT--GTCCCAAGG---GA-CAG--A--AT--TTTCTATCTGAAC--CGAAAAGGC-C-ATG--AATGATT-CTTTT--TCTTGCATA----CC-AA--------ATATAT-TA---A----AT--AATTGTT-TTA-----ACTTAT-TTTAT--CA----TTATA----TT---TTTAC--A-ACA-GTT---GCT--TTTA--A--GACGT--TAAATT--ATAT--GAT-----TTACGTCA----TC----T-AT-TT-TAT----ACG-------TTA---TGTCATAA--AT---AAGT-----CTAA----A--CAGCA-TA-GT----GCATG--A-ATTTTATCTCAGCCC-TA----G---GGAT---AGA--TAGAA-ATATC--TAAC---CCCGGTATA-A---TG-GCAGATAT-CCTT--AT---CT--GGTGTGCAAGAA
gi|11 : TACAGACTACTCCAA-AACAT--AA-TTATGCAA-------------GT-TAAACAATCATATAAGAA------TCT---TCCA----CGAGTCTG--ACGATGC-TT-A-TA--TA--AAAAATTCTGTTT-AAAATGAT-AACGGT-TGTGGTTGGAT------CAACAATTTGCCAAGTTAATAC-A-AAA-AGTTAAGT----AGG---G----G--A--AT--TTTCTATTCTAAC--AGAAAAAGT-C-ACG--AAAGATT-CTTTT--TCTTGAATA----CC-AA--------ACACGT-T
gi|7 : AACAATTT--AA-TGATGAA---------------T-TAAAT-----TAAAATAA------CTT---TTCAATAATGTGTTTG-------GT-AT-A-CA--AA--TAAAATTCCGTAC-CTTGGG-----------TTACTAGGCA-------GAGTCTC------ATTTCTGC-TTAAACA-TT---TCCTTGGG---GA-CAG--A--AT--TTCCTATCTGGACA-TGTAAA--C-C-ATG--ggtcttcattttaatacatcattttg
gi|8 : acaaaaatttgaACTACATGCAGCTGGTGGAAACTCTATCCGTAAGTATATGT-----TGTGAGAC------TCG---TACA----TTGATTGG--A-T--GT-TA-G-GA--TA--GAAAAGAAAGTCC-TTAAGGAT-AATTG--TTTGACTGGAA------CGAGACTGTGTAG------TG--------------ATCCCAAGGTTTG---AG--A------TTTCAATTGGAAG--CGTAAAAGT-C-ATG--AACGATT-ATTTT--CCTTGCATA----AT-AA--------AACTAC-TC---G----ATCAAAATGTTGTTG-----AC------------CAGGGTTTACA----TA---TTGAC--ATAC---------CT--TTTA--A------C--TAAATT---TATCAAAT-----TT-----A----TC----TAAT-TT-GAT----Atatcccgatctcattcaagactaattatgttatttacatcatattttttttttatattcactccacagctggttctaacaccacagagcaagaatttaacgagatagaaatatgtaataaacccgataaaa
gi|2 : AT--AT-TTGTGAAA-----A----TGG---TAGAC-----TATAAGA--------CTAGATA-A----TGGGTGTG--A-G--GT-TA-C-GA--TA--GAATATTGCATTTACG--GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAG------TGAGG---------------AC-ATA--C--CT--ATTTCAAGG---AA-TGG--G--CA--TTTCTATCTTATT--CGAAAAAATAC-ATG--AATTATT-AATTT--TCTTGCTTA----TC-AA--------ACAAAT-CA---A----TT--AATTATT-TTA-----ATTTAC-TTCAT--CA----TTATC----TT---ATAACC-A-ATA--TC---GCC--TTGA--A--GACGT--CACATC--ATAT--AAT-----TTACGTCA----TA----T-AT-TTGTAT----ACG-------TCA---
gi|3 : tA----TA----TATAT-TA--T-----TATAAGAA------TTA---TTCA----TGACTTTTTCA-G-----TT-GAGA--TA--GAAAATTCCATCC-CTTGGGAT-AACTGT-TTCTACAGGAACACGACTGAGCCTC------GTTCCTGC--CAAACAGTT--ATCCCTCGG---GA-TGA--A--AC--CTTCTATCCGAAT--CTCAAA--C-CTATG--TTAGATT-CTTATAGTCTT---TA----CC-Acagcgcgaggagtgcaggaaaggcacgagaaggtgtagaaagaaatttccactgccggtgaaaaacttggaaatgtctggtaagcaagaaac
gi|9 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatattattataaaatatattgataaattaagttgaaatatttat----TAGGG-TA-ATA----TACAAGAAAAGATGTCG---TCCA----TAGGTTTTTCA-G---T-GC-G-GATTGA--AAATATTACGTCC-CTCTGGAT-AACTGT-TCTGGCGGTAA-----------CTCGACAAAATTTTT-C-ACCAACAgtcttaatttttactttctcattttca
gi|3 : attatacgtatctttcatgcgtttgaggAGAC-----TATAAGAA------TCT---AACA----TAGGTTTG--A-G--AT-TC-G-GA--TA--GAAGGTTTCATCC-CGAGGGAT-AACTGT-TT-GGCAGGAA------CGAGGCTCAGTCGTGTTCCTGT-AGAAACAGTT--ATCCCAAGG---GA-TGG--A--AT--TTTCTATCTCAAC--TGAAAAAGT-C-ATG--AATAATT-CTT----------ATA----AT-AAT-------ATATATATA---A----AT--A----TT-TCA-----ACTTAA-TTTAT--CA----ATATA-----T---TTTAT--A-ATA-ATgctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTA------TCA---TTCA----TGGGTTTG--A-G--GG-CC-G-AA--TG--GAAAATTCCAATC-CGAGGGAT-AACTGT----------------------GCCTTG-----TTACCGCCATAA-CAGTC--ATCCCGAGG---GA-CAG--A--AT--TTTCAATCTGCAT--CTTAAAACT-C-ATG--AAAGATA-CTTAT--TCTTGCATA-----C-AA--------CTCT-T-TA---ACTGTGT--GATT-TT-TCA-----AGAT-T-TTTATTCCG----GTTCA----TT---TTT-T--A-TCA-CTT---GGC--GCGA--G--GATACCATAGACTCCATAG--TAT-----TTATGT-A----TA------A------AT----ACA-------TCA---TAGCACAAGGAT----ATT-----ATGA----A--TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAATTTATCTTAGCCC-TA----G---AGTG---AGAATTAG-A-ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|9 : AT-----TATACGTA------TCT---TTCA----TGCGTTTG--A-G--GTGTT-G-GT--GA---AAAATTTTGTC
gi|23 : -----TAGAAGAA------TTA---AACA----TGGGCT-G--A-G--AT-TT-G-GA--TG--AAAAACTCAGTTC-AAAGAGAT-ATTTTA-TTTTGCGGCGA------TGAGGCTCTGCCGAATCCCgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
gi|15 : -----TATAGGTA------TCT---TTCA----CGGGTTTG--A-A--GT------GA--TG--AAAAATTCC
gi|4 : ATAAGTA------TCT---TTCA----TGAGTTTT--A-A--GA-T--G-CA--GATTGAAAATTCTGTCC-CTCGGGAT-GACTGT-TATGGCGGTAA------CAAGGC---------------------ACAGTT--ATCCCTCGG---AT-TGG--A--AT--TTTCCATTCGGCC--CTCAAA-CC-C-ATG--AATGATA-CTTCT--aacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|12 : attATAAGTA------TCA---TTCA----TGGGTTTG--A-G--GT-AA-G-AA--TG--GAAAATTCCAACC-CGAGGGtcttgcatacaactctttaactgtgtgatttttcaagatttttattccggttcattttttatcacttggcgcgaggataccatagactccatagtatttatgtataaatacatcatagcacaaggatattatgaatggcattatgtcacagcatgagaatttatcttagccctagagtgagaattagaatacctaa
gi|5 : AAAAA------T-T---TACA----GGGCTTTT--T-C--AT-TTCA-GA--TA--GAAAATTCCGTCC-Ccatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|5 : gaatattccgtcccaactgatgactgtatttggaaggaacaaggctctccaa--GAATATTCCGTCC-CAACTGAT-GACTGTATTTGGAAGGAA------CAAGGCTCT-----------------------------CCAAGG---GA-CGG--A--AT--TTTCTATCTGAAA--TGAAAAAGC-C-CTGTAAAT--TT-TTTTT--TCTTGCATA----CC-GA--------AAACAT-TG---A----AT--ATTTATT-CTA-----ATTTGA-ATTAT--TA----TTAAA----TTAAATTT-C--A-----------------TTA---------T--TAAATT--A-AA--AATA----TTACTTTA----AA----T-GT-TT-AAT----ATG-------CAG---CATCATAA--AT---CGTT-----CCAATGTCA--CAGCA--A-G-----GTAGG--A---------TGAGCCCATG----GAGTGGGTGTCGGA--TGCAA-AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-A---TATGCGGAAGT-CATT--GC---CT--GGTATGCAAGAAttttcttgcataccgaaaacattgaatatttattctaatttgaattattattaaattaaatttcattattaaattaaaaatattactttaaatgtttaatatgcagcatcataaatcgttccaatgtcacagcaaggtaggatgagcccatggagtgggtgtcggatgcaaattctgtacccagtaaaatatgcggaagtcattgcctggtatgcaagaa
gi|9 : TTTGTCGAGTTACCGC-CAGAACAGTT--ATCCAGAGG---GA-CGT--A--ATATTTTCAATCCGCAC--TGAAAAACC-T-ATG--GACGACA-TCTTT--TCTTGTATATTACCC-TAGCTTTGTGGTTTCT-TA---A--------GATT-TT-TTATTCCGGTTTATGTTTAT---A----GTATA---------TATAC----ATA-GTTATAGTT--TTTATGAATGACG---TGGATT--TTAT--GATTGGCGTTACGTCA----
gi|22 : attatacgtatctttcatgcgtttgaggtgttggtgaaaaatAAATAGTT--GTTCCAAGG---GA-TAGTAAGCAT--GTTCAGGCTGAACATCAAACA----T-ATA--AGTGGTTTCTTTTA-TTTTGTATA----CC-AA--------GCACAT-TA---A----AT--GATTATT-Tatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
gi|15 : AAACATTT--ATTCCGAAG---TA-CGG--A--AT--TTTGAATCCACAC--TGAAAA----------------TA-CTTTT--TCTTGTGTA----C
gi|6 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctcT--GTCTCAAGG---GATCAG--A---C--TTTCTACCTAAAC--AGAAAAAAA-C-ATA--AATGATT-ATTTT--TCTTGCATA----CC-AA--------ACACAT-T----G----GT--AGTTAGT-TTA-----GTTT-T-CTTG---CA--------------------TACCAA-ACACATT---GGTAGTTTA--------GT------TT--ACAT--GTT-----ATACATAT----TT----T-AT-TT-TATC---ACGATCGTATTTAAGGTGTC--AA--AT---TAGTTGATGCTGG----ATCCTGGA-TG-GTA---GCATGAAA-ACTTTATCTCAGCCC-TATAGTG---GAAT---A-----AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGA---T--GCAGATAT-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAAaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|13 : GG---GA-CAG--A--AT--TTTAAACCTGCAC--CGAAAACCC-C-TGG--AAAGATT-ATTAT--ACTTGTATA----a
gi|7 : TTTT--ATTTGTATA----CC-AA--------ACACAT-TATTGA----AA--AGTTATT-TTA-----ATTTAA-TTCAT--CA----TTAAA----TTG--TTTAT--C-CCG-ATC---TCA--TTCA--A--GAC-T----AATT--ATGT--TAT-----TTACATCATATTTT----T-TT-TT-TAT----AT--------TCA---CTCCACAG--CT---GGTT-----CT-A----A--CACCA-CA-GA----GCAAG--A-ATTT------AAC---------G----------AGA--TAGAA-ATATG--TAATAAACCCGATAAA-A---aaaccctgtgtgatttgtaaggatactattctggttaaaccatttattttttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|6 : acaaaaatttgacatggtttacatgtccagataggaaattctgtccccaaggaaatgtttaagcagaaatgagactctgcctagtaacccaaggtacggaaTT--TCTTGCATA----CCTAA--------GTATAT-TA---A----A
gi|14 : tgtctcaagggatcagactttctacctaaacagaaaaaaacataaatgattatttttcttgcataccaaacacattggtagttagtttagttttcttgcataccaaacacattggtagtttagtttacatgttatacatattttattttatcacgatcgtatttaaggtgtcaaattagttgatgctggatcctggatggtagcatgaaaactttatctcagccctatagtggaataaaaatatatctggccccaggaaagatgcagatatcc---A----AT--AATTATT-TTA-----ATTTAC-TTTAT--CA----TTAT-------------------------C---GCT--T--A--A--GATGT--AAAATC--ATAT--AAT-----TTATGCCA----TTACTTT-AT-TT-TAT----ACG-------TTA---CCTCACA
gi|10 : aaactag---A----AT--AGTTATT----------CCTAT-ATAATT-CA----TCATACCTTTT---TTTAC--C-ATA-AAA---GCT--TTTG--A--AATGT--CAAATCTGATAT----T-----TTACGTCA----TA----T-ATGTT-TAT----ACG-------TCA---CAACATAgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|3 : aaaccT--AAT-----TTA--TCAA---TA----T-AT-TT-TATAATAATA-------TTA---CGTCGTAA--AT---GAGT-----CTTA----A--CGTCA-TA-GC----GCGAG--A-ATATTATCTTGGCCC-T---------------------------ATATC--T-----------T-----------GCAGATAT-CCTT--AT---CC--GGTGTGCAAGAAgcaagaggagggttacattctgcagatacacggtatgttacatggagtgcatgtagtatgaaatttccgtacctggtaaaaatctggtagtccatgtctggtatgcaagagatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|19 : gttagatgtgtcacttAT----ATG-------TTA---CATCATAG--ATTATGAGT-----CCAA----------------GT----GCGGA--A-GTTTTATCTCAGCTC-TG----G---GGTG---AGA--TAGAA-ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-A---TA-ACAGATAT-CCTT--AT---C---GGTATGCGTGAAagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|21 : A-GC----GCAAG--A-ATTTTATCTCGGTCC-TA----G---GGTG---AGA--TAGAA-ATATC--AAAC---CCTGGTA-A-A---TATGCAGATAT-ACTT--AT---CC--GGTGTGCAAGAAa
gi|24 : ttaggatcagtctTCTAGGTCC-TA----G---AAAG---AAA--TAGAA-ATATC--TAAC---CCTGGTA-A-A---T--GCACATAT-CCTT--AT---CC--CGTGTGCAAGAA
gi|17 : TCTAGGTCC-TA----G---AAAG---AAA--TAGAA-ATATC--TAtaagaatgttttattcta
gi|16 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatcatagcgcgagcattttatgaatggtgttatgtagtGAA---AGA--AAGAA-ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-A---TA-TCAAATATACTTT--A----CC--GATATGTAAGAA
gi|10 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatGAA-ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-AATCTG-GTAG---T-CCAT--GT---CT--GGTATGCAAGAa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AACTCCGTGAAAGATACCTTTTCTTGTATACAACCCGAACTGTGTTATTTTTAAGAATTTTTATTCCGATTTATTGTCTATAAAATTCAAATTCAAATAGTTTATTTCGGCATATGA
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|25 ): GGAGGGTAGAATAAGCGCGTGAAGGGTGTGTAGAATGAAAATTCCGTACCCGGTAAAACACATGGAGATCCTTGTCCGGTATGTAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 444444444 11111 11 999999999999999999999999 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333 4444444444444444444444444444444 2222222222222222222 111111 111111111 1111
lowQualScore : 88 2 6 1 1 0 333333333 00000 555 1 7777 5555 888 3 1 0 22 7 1 333333333333333333333333 2 0 00 3 33 33 33 66 1 2 6666 66 666 5 44 2 2 2 5 3 1 3 777777777 555555 6666 555 2 55 8888 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 44 66666 4 11 2222222222222 4 4 8888 4 4 8888888888888888888888888888888 777 1 4 8888888888888888888 4 3 555 2 777777 77 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . . ......... ..... ... . .... .... ... . . . .. . . ........................ . . .. . .. .. .. .. . . .... .. ... . .. . . . . . . . ......... ...... .... ... . .. .... . ................................................... . .. ..... . .. ............. . . .... . . ............................... ... . . ................... . . ... . ...... .. .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 5 7 2 0 8 999999999 00000 888 0 1111 5555 999 6 2 7 33 1 4 111111111111111111111111 3 4 55 7 77 77 77 33 0 1 1111 88 999 1 55 9 9 9 9 1 3 3 333333333 444444 5555 444 1 55 5555 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 44 11111 0 00 7777777777777 4 4 5555 4 4 3333333333333333333333333333333 000 0 7 9999999999999999999 3 6 444 1 333333 33 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATAATNGTGAAA-ATAGGT-TAGAT-----TATAAGAATCT---TNCA----TGGGTTTGA-G--GT-TCGGATAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTCTG-C--------TT-C-TGC-A-A-AACAGTTATCCCGAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCGA----AC--CGAAAAANC-CATGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATACCAA-ACAC-ATTA---A----AT-AA---TTATTTTAA----T---TTANTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-A-CA--ATCGCT--T----TTA----AGACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA----T-------ATAT-TT-TATA----CGTCACGTCA-CAA--AT----GATTCTGAACGGCAT--------AGC---GCGAGAATTTTAT------------------CTCGGCCC-TAG--GGTG------AGA--TAGAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTACTCCAACAACATAATNGTGAAATATAGGT-TAGAT-----TATAAGAATCT---TNCA----TGGGTTTGA-G--GT-TCGGATAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCGGGAACGAGGCTCTG-C--G-G---TT-C-TGC-A-A-AACAGTTATCCCGAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCGA----AC--CGAAAAANC-CATGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATACCAA-ACAC-ATTA---A----AT-AA---TTATTTTAA----T---TTANTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-A-CA--ATCGCT--T----TTA----AGACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA----T-------NTAT-TT-TATA----CGTCACGTCA-CAA--AT----GANTCCGAACGGCAT--------AGC---GCANGAATTTTAT------------------CTCGGCCC-TAG--GGNG------AGA--TAGAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGT-TAGAT-----TATAAGAATCT---TACA----TGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT-TTTGGCAGGAATGAGGCTCTG-C--A-GAGTTC-C-TGC-ATA-AACAGTTGTCCCAAG--GGACAG--A--AT--TTTCTATCTGA----AC--CGAAAAGGC-CATGAATGATT-CTTT-T-TCTTGCATACCAA-ATAT-ATTA---A----AT-AA---TTGTTTTAA----C---TTATTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-A-CA--GTTGCT--T----TTA----AGACGT--TAAATTATAT--G--AT-TTACGTCA----T-------CTAT-TT-TATA----CGTTATGTCA-TAA--AT----AAGTCTAAACAGCAT--------AGT---GCATGAATTTTAT------------------CTCAGCCC-TAG--GGAT------AGA--TAGAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : ---A----AT-AG---TTATTCCTA----T---ATAATTCA--TCA----TACCTTTT---TTTAC--C-A-TA--AAAGCT--T----TTG----AAATGT--CAAATCTGAT--A--TT-TTACGTCA----T-------ATATGTT-TATA----CGTCAC
gi|10 : aaaccGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGAaacatagcaagaggagggttacattctgcagatacacggtatgttacatggagtgcatgtagtatgaaatttccgtacctggtaaaaatctggtagtccatgtctggtatgcaagagatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|11 : aaaccaatagttattcctatataattcatcatacctttttttaccataaaagcttttgaaatgtcaaatctgatattttacgtcatatatgtttatacgtcacaacatagcaagaggagggttacattctgcagatacacggtatgttacatggagtgcatgtagtatTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GT-TAAACAATCATATAAGAATCT---TCCA----CGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT-TGTGGTTGGATCAACAATTTG-CCAA-G---TT-AATAC-A-A-AA-AGTTA-----AGTAGG--GG--A--AT--TTTCTATTCTA----AC--AGAAAAAGT-CACGAAAGATT-CTTT-T-TCTTGAATACCAA-ACAC-GTT----G----GT-CT---TCATTTTAA----TACATCATTTTgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCA----TGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGg
gi|12 : AA--GAATGG--A--AAA-TTCCAACCCGAGGGCAT--CGAAAAATC-TATGAA-GATT-TTTTAT-TCTTG--TAC--A-AC-T-GTGC---A----AT-TT---TTATTCCGG----T---TTATTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG--A--AT--TTTAAACCTGC----AC--CGAAAACCC-CTGGAAAGATT-ATTA-T-ACTTGTATA--AA-ACctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : ---A----AT-AA---TTATTTTAA----T---TTACTTTA--TCA----T-TAT-----------------------CGCT--T------A----AGATGT--AAAATCATAT--A--AT-TTATGCCATTACT-------TTAT-TT-TATA----CGTTACCTCA-CAcctgtgtgatttgtaaggatactattctggttaaaccatttattttttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCA----CGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : -A-AACATTTATTCCGAA--GTACGG--A--AT--TTTGAATCCAC----AC--TGAAA-------------ATA-CTTT-T-TCTTGTGTAC--A-AC-C--TTA---ACT--GT-GAGTTTTATTCCGG----T---TTATTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctcGAA------AGA--AAGAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatCAT--------AGC---GCGAGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAGGTCC-TAG--AAAG------AAA--TAGAA--ATATC--TAa
gi|19 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatATA----TGTTACATCA-TAG--ATTAT-GAGTCCAA----------------GT---GCGGAAGTTTTAT------------------CTCAGCTC-TGG--GGTG------AGA--TAGAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAA
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG---TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-A----TGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAGTGAGG--------------------------A-CATACCTATTTCAAG--GAATGG--G--CA--TTTCTATCTTA----TT--CGAAAAAATACATGAATTATT-AATT-T-TCTTGCTTATCAA-ACAA-ATCA---A----TT-AA---TTATTTTAA----T---TTACTTCA--TCA----T-TA---T---CTTAT--A-ACCAATATCGCC--T----TGA----AGACGT--CACATCATAT--A--AT-TTACGTCA----T-------ATAT-TTGTATA----CGTCACAGCG-CGA------------------GG-----------AGT---GCAGGAA----A----------------------GGCAC-GAGAAGGTGT-----AGA--AAGAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGC---GCAAGAATTTTAT------------------CTCGGTCC-TAG--GGTG------AGA--TAGAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct-A-AATAGTTGTTCCAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTGA----ACATC---AAACA-TATAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATACCAA-GCAC-ATTA---A----AT-GA---TTATTT
gi|23 : -----TAGAAGAATTA---AACA----TGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA-TTTTGCGGCGATGAGGCTCTG-C--
gi|24 : T------------------CTAGGTCC-TAG--AAAG------AAA--TAGAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAAcgaatccc
gi|25 : AG--GGTGTGT---AGAA-TGAAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaT--A--AT-TTA--TCAA---T-------ATAT-TT-TATAATAATATTACGTCG-TAA--AT----GAGTCTTAACGTCAT--------AGC---GCGAGAATATTAT------------------CTTGGCCC-T--------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACA----TAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTG--TTTGGCAGGAACGAGGCTCAGTC--GTG---TTCC-TGT-AGA-AACAGTTATCCCAAG--GGATGG--A--AT--TTTCTATCTCA----AC--TGAAAAAGT-CATGAATAATT-CTT----------ATAATAATATAT-AT----------AT-AA---ATATTTCAA----C---TTAATTTA--TCA----A-TATA-T---TTTAT--A-A-TA--ATagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTATCA---TTCA----TGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGT----------------GCCTTG----------TTAC-CGC-C-ATAACAGTCATCCCGAG--GGACAG--A--AT--TTTCAATCTGC----AT--CTTAAAACT-CATGAAAGATA-CTTA-T-TCTTGCATAC--A-ACTC-TTTA---ACTGTGT-GA---TT-TTTCAAGATTT---TTATTCCGGTTCA----T-T---TT---TT-------------ATCACT--TGGCGCGA----GGATACCATAGACTCCAT--AGTAT-TTATGT-A----T-------A-A------ATA----CATCATAGCA-CAAGGAT-----ATTATGAATGGCATTATGTCACAGC---ATGAGAA-TTTAT------------------CTTAGCCC-TAG--AGTG------AGAATTAG-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTATTTGGAAGGAACAAGGCTCT----------------------------------CCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCTATCTGA----AA--TGAAAAAGC-CCTGTAAATTT-TTTT-T-TCTTGCATACCGA-AAAC-ATTG---A----AT-AT---TTATTCTAA----T---TTGAATTA--TTA----T-TAAATTAAATTT-C--A--------------------TTA---------T--TAAATTA-AA--A--ATATTACTTTA----A-------ATGT-TT-AATA----TGCAGCATCA-TAA--AT----CGTTCC-AATGTCAC--------AGCAAGGTAGGA--------------------------TGAGCCCATGG--AGTGGGTGTCGGA--TGCAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TGTCTCAAG--GGATCA--G--AC--TTTCTACCTAA----AC--AGAAAAAAA-CATAAATGATT-ATTT-T-TCTTGCATACCAA-ACAC-ATT----G----GT-AG---TTAGTTTAG----T---TT--------TC-----T-TGCA-------TACCAA-A-CAC-ATTGGTAGT----TTAGTTTACATGT--TA---TACAT--A--TT-TTATTTTA----TCACGATCGTAT-TT-AAGG----TGTCAAATTAGTTG--ATGCTGGATCCTGGATGG--T--------AGC---ATGAAAACTTTAT------------------CTCAGCCC-TAT--AGTG------GAA--TAAAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACA----TGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT-TTAAGCAGAAATGAGACTCTG-C-----------C-T----------AGTAA-CCCAAG--GTACGG--A--AT--TTTa
gi|7 : AACAATTTAATGATGAA-------T-TAAAT-----TAAAATAACTT---TTCAATAATGTGTTTGG-T--AT-ACAAATA--AAATTCCGTAC-CTTGGG-TTACTA-----GGCA-----GAG--TCT--C--A-T---TT-C-TGCTT-A-AACA-TT-TCCTTGG--GGACAG--A--AT--TTCCTATCTGG----ACA-TGTAAA--C-CATGatttgtataccaaacacattattgaaaagttattttaatttaattcatcattaaattgtttatcccgatctcattcaagactaattatgttatttacatcatattttttttttatattcactccacagctggttctaacaccacagagcaagaatttaacgagatagaaatatgtaataaacccgataaaa
gi|7 : acaaaaatttgaTTT-T-ATTTGTATACCAA-ACAC-ATTATTGA----AA-AG---TTATTTTAA----T---TTAATTCA--TCA----T-TAAATTG--TTTAT--C-C-CG--ATCTCA--T----TCA----AGAC-T----AATTATGT--T--AT-TTACATCATATTT-------TTTT-TT-TATA----T-TCACTCCA-CAG--CT----GGTTCT-AACACCAC--------AGA---GCAAGAATTTAA-----------------------------------CG------AGA--TAGAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Atatcccgatctcattcaagactaattatgttatttacatcatattttttttttatattcactccacagctggttctaacaccacagagcaagaatttaacgagatagaaatatgtaataaacccgataaaa
gi|8 : acaaaaatttgacatggtttacatgtccagataggaaattctgtccccaaggaaatgtttaagcagaaatgagactctgcctagtaacccaaggtacggaaTAAGTATATGT-----TGTGAGACTCG---TACA----TTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTG--TTTGACTGGAACGAGACTGTG-------------------------TAGTGATCCCAAG--GTTTGA--G--A---TTTCAATTGGA----AG--CGTAAAAGT-CATGAACGATT-ATTT-T-CCTTGCATAATAA-A-ACTACTC---G----ATCAA----------AA----T---GTTGTTGA--CCAGGGTT-TACATA---TTGAC--ATA-C-------CT--T----TTA----A----C--TAAATT-TATCAA--AT-TTA
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgAT-----TATACGTATCT---TTCA----TGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTCtctaatttgata
gi|9 : C-A-G-AACAGTTATCCAGAG--GGACGT--A--ATATTTTCAATCCGC----AC--TGAAAAACC-TATGGACGACA-TCTT-T-TCTTGTATAgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AACTCCGTGAAAGATACCTTTTCTTGTATACAACCCGAACTGTGTTATTTTTAAGAATTTTTATTCCGATTTATTGTCTATAAAATTCAAATTCAAATAGTTTATTTCGGCATATGA
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222222 11111 777777777777777777777777777 33333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111
lowQualScore : 88 1 5 4 1 4 88888888 11111 0 6666 1 3 55 999 4 1 99 1 888888888888888888888888888 1 2 33 33 33 66 2 2 999999 33 777 2 4 55 2 2 3 44444444444444444444444444444444444 666666 0 6666 555 77 55 7777 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 44 66666 3 44 2 777777777777777 3 55 7777 666 33 222222222222222222222222222222222222222222222222 44 22 666666666666666666666666666666666666666666 66 2 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . . ........ ..... . .... . . .. ... . . .. . ........................... . . .. .. .. .. . . ...... .. ... . . .. . . . ................................... ...... . .... ... .. .. .... . ..................................................... . .. ..... . .. . ............... . .. .... ... .. ................................................ .. .. .......................................... .. . .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 0 0 7 0 0 22222222 11111 5 6666 0 6 00 111 0 9 22 1 111111111111111111111111111 2 8 99 99 99 88 0 1 666666 99 111 9 8 22 9 9 5 77777777777777777777777777777777777 333333 1 1111 000 66 00 7777 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 88 11111 6 00 0 555555555555555 6 99 1111 444 77 000000000000000000000000000000000000000000000000 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 88 9 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATAGGT-TAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC-----TCC-TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---------AC-ATTAA----A--T-AA---TTATTTCAA----T---TTA-NTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-A-CA--ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--AT----G---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTANTCCAACAACATAATNGTGAAA-ATAGGT-TAGAT-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC-----TTC-TGCA-A-AACAGTTATCCCGAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---------AC-ATTAA----A--T-AA---TTATTTTAA----T---TTA-NTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-A-CA--ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--AT----G---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGT-TAGAT-----TATAAGAATCT---TACATGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT-TTTGGCAGGAATGAGGCTC-----TGCAGAGTTCC-TGCATA-AACAGTTGTCCCAAG--GGACAG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AC--CGAAAAGGC-CA-TGAATGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AT---------AT-ATTAA----A--T-AA---TTGTTTTAA----C---TTA-TTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-A-CA--GTTGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--G--AT-TTACGTCA-T-------C----TAT-TT-TATA----CGTTA---TGTCA---TAA--AT----A---------AGTC-TAAA-CAGCAT--------AGTGCA--TGAATTTTAT------------------CTCA-GCCC-TAGGGAT------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : A----A--T-AG---TTATTCCTA----T---ATA-ATTCA--TCA----TACCTTTT---TTTAC--C-A-TA--AAAGCT--T----TTG----A--AATGT--CAAATCTGAT--A--TT-TTACGTCA-T-------A----TATGTT-TATA----CGTCA---CAACATAGCAA--GA----GGAGGGTTACATTC-TG---CAG-AT--------A-CACG---GTATGTTA--------------------------CA-TGGAGTGCATGT-AG---TATGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGA
gi|11 : aaaccTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GT-TAAACAATCATATAAGAATCT---TCCACGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT-TGTGGTTGGATCAACAATT-----TGCCAAG-TTAATACA-A-AA-AGTTA-----AGTAGG--GG--A--AT--TTTCTATTCT-A----AC--AGAAAAAGT-CA-CGAAAGATT-CTTT-T-TCTTGAATA----CCAA-AC---------AC-GTT-G----G--T-CT---TCATTTTAA----TACATCA-TTTTgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGg
gi|12 : AA--GAATGG--A--AAA-TTCCAACCCG-AGGGCAT--CGAAAAATC-TA-TGAA-GATT-TTTTAT-TCTTG--TA----C--A-AC----------T-GTGCA----A--T-TT---TTATTCCGG----T---TTA-TTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG--A--AT--TTTAAACCTG-C----AC--CGAAAACCC-CT-GGAAAGATT-ATTA-T-ACTTGTATA------AA-AC---------ctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : A----A--T-AA---TTATTTTAA----T---TTA-CTTTA--TCA----T-TAT-----------------------CGCT--T------A----A--GATGT--AAAATCATAT--A--AT-TTATGCCATT-------ACTT-TAT-TT-TATA----CGTTA---CCTCA---CAcctgtgtgatttgtaaggatactattctggttaaaccatttattttttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCACGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : -A-AACATTTATTCCGAA--GTACGG--A--AT--TTTGAATCCA-C----AC--TGAAA--------------ATA-CTTT-T-TCTTGTGTA----C--A-AC----------C--TTAACT--G--T-GAGTTTTATTCCGG----T---TTA-TTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctc------AGA--AA-GAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatgaaCAT--------AGCGCG--AGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAa
gi|19 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatATA----TGTTA---CATCA---TA---------G---------ATTA-TGAGTC--CA---------AGTGCG--GAAGTTTTAT------------------CTCA-GCTC-TGGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAA
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG---TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-ATGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAGTGAGG-------------------------A-CATACCTATTTCAAG--GAATGG--G--CA--TTTCTATCTT-A----TT--CGAAAAAATACA-TGAATTATT-AATT-T-TCTTGCTTA----TCAA-AC---------AA-ATCAA----T--T-AA---TTATTTTAA----T---TTA-CTTCA--TCA----T-TA---T---CTTAT--A-ACCAATATCGCC--T----TGA----A--GACGT--CACATCATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TTGTATA----CGTCA---CAGCG---CGA--GG----A---------GTGCAGGAA-AGGCA-------------CG--AGAA-------------------------------------GGTGT-----AGA--AA-GAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGCGCA--AGAATTTTAT------------------CTCG-GTCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct-A-AATAGTTGTTCCAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTG-A----ACATC---AAACA-TA-TAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATA----CCAA-GC---------AC-ATTAA----A--T-GA---TTATTT
gi|23 : -----TAGAAGAATTA---AACATGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA-TTTTGCGGCGATGAGGCTC-----TGC-----
gi|24 : T------------------CTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAAcgaatccc
gi|25 : AGGGTGTGT---AGAA-TG-AAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaT--A--AT-TTA--TCAAT-------A----TAT-TT-TATAATAATATTA---CGTCG---TAA--AT----G---------AGTC-TTAA-CGTCAT--------AGCGCG--AGAATATTAT------------------CTTG-GCCC-T-------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACATAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTG--TTTGGCAGGAACGAGGCTCAGTCGTGT-----TCC-TGTAGA-AACAGTTATCCCAAG--GGATGG--A--AT--TTTCTATCTC-A----AC--TGAAAAAGT-CA-TGAATAATT-CTT----------ATA----ATAATAT---------AT-AT-------A--T-AA---ATATTTCAA----C---TTA-ATTTA--TCA----A-TATA-T---TTTAT--A-A-TA--ATagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGT----------------GCCT-----TGT-----TAC-CGCC-ATAACAGTCATCCCGAG--GGACAG--A--AT--TTTCAATCTG-C----AT--CTTAAAACT-CA-TGAAAGATA-CTTA-T-TCTTGCATA----C--A-AC---------TC-TTTAACTGTG--T-GA---TT-TTTCAAGATTT---TTA-TTCCGGTTCA----T-T---TT---TT-------------ATCACT--TGGCGCGA----G--GATACCATAGACTCCAT--AGTAT-TTATGT-A-T-------A-----A------ATA----CATCA---TAGCA---CAAGGAT--------------ATTA-TGAA-TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAA-TTTAT------------------CTTA-GCCC-TAGAGTG------AGAATTA-G-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTATTTGGAAGGAACAAGGCTC-----T----------------------------CCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AA--TGAAAAAGC-CC-TGTAAATTT-TTTT-T-TCTTGCATA----CCGA-AA---------AC-ATTGA----A--T-AT---TTATTCTAA----T---TTG-AATTA--TTA----T-TAAATTAAATTT-C--A--------------------TTA-----------T--TAAATTA-AA--A--ATATTACTTTA-A-------A----TGT-TT-AATA----TGCAG---CATCA---TAA--AT----C---------GTTC-C-AA-TGTCAC--------AGCAAGGTAGGAT--------------------------GAGCCCATGGAGTGGGTGTCGGA--TG-CAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TGTCTCAAG--GGATCA--G--AC--TTTCTACCTA-A----AC--AGAAAAAAA-CA-TAAATGATT-ATTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---------AC-ATT-G----G--T-AG---TTAGTTTAG----T---TT---------TC-----T-TGCA-------TACCAA-A-CAC-ATTGGTAGT----TTAGTTTA--CATGT--TA---TACAT--A--TT-TTATTTTA-TCACGATCG----TAT-TT-AAGG----TGTCA---AATTAG--TTG--ATGCTGG---------ATCC-TGGA-TGG--T--------AGCATG--AAAACTTTAT------------------CTCA-GCCC-TATAGTG------GAA--TA-AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACATGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT-TTAAGCAGAAATGAGACTC-----TGC-----CT------------AGTAA-CCCAAG--GTACGG--A--AT--TTT--ATTTGTAT---AC--CAAACACAT-TATTGAAAAGTT-ATTT-----------------------------------------------T-AA---TT----TAA----T---TCA--------TCA----T-TAAATTG--TTTAT--C-C-CG--ATCTCA--T----TCA----A--GAC-T----AATTATGT--T--AT-TTACATCA-T-------ATTTTTTT-TT-TATA----T-TCA---CTCCA---CAG--CT----G---------GTTC-T-AA-CACCAC--------AGAGCA--AGAATTTAA----------------------------------CG------AGA--TA-GAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Aa
gi|8 : TAAGTATATGT-----TGTGAGACTCG---TACATTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTG--TTTGACTGGAACGAGACTG-----TG-------------------TAGTGATCCCAAG--GTTTGA--G--A---TTTCAATTGG-A----AG--CGTAAAAGT-CA-TGAACGATT-ATTT-T-CCTTGCATA----ATAA-A----------ACTACTCG----A--TCAA----------AA----T---GTT-GTTGA--CCAGGGTT-TACATA---TTGAC--ATA-C-------CT--T----TTA----A------C--TAAATT-TATCAA--AT-TTA--TC--T-------A-----AT-TT-GATA----
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgAT-----TATACGTATCT---TTCATGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTC
gi|9 : CA-G-AACAGTTATCCAGAG--GGACGT--A--ATATTTTCAATCCG-C----AC--TGAAAAACC-TA-TGGACGACA-TCTT-T-TCTTGTATATTACCCTA-GCTTTGTGGTTTC--TTAA----GATT-TT---TTATTCCGG----T---TTATGTTTA--T-A----G-TATATA---TACAT--A-G-TT--ATAGTT--T----TTATG--AATGACG---TGGATTTTAT--G--AT-TGGCGT-------------------------TA----CGTCAATGCGCGA---GAA--AT---------------TTT-T-------CAT--------AGCGCG--AGAATgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AACTCCGTGAAAGATACCTTTTCTTGTATACAACCCGAACTGTGTTATTTTTAAGAATTTTTATTCCGATTTATTGTCTATAAAATTCAAATTCAAATAGTTTATTTCGGCATATGA
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 4444444 11111 11111 777777777777777777777777 111111 333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111
lowQualScore : 88 1 6 1 3 1 3333333 00000 555 1 7777 5555 888 2 3 1 0 00000 0 1 111111111111111111111111 3 0 00 33 2 444 66 1 2 6666 66 5555 4 2 0 2 2 3 222222 2 333333333333333333333333333333333333 1 5555 33 44 7777 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 44 66666 3 44 2 777777777777777 3 55 7777 666 33 222222222222222222222222222222222222222222222222 44 22 666666666666666666666666666666666666666666 66 2 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . . ....... ..... ... . .... .... ... . . . . ..... . . ........................ . . .. .. . ... .. . . .... .. .... . . . . . . ...... . .................................... . .... .. .. .... . ..................................................... . .. ..... . .. . ............... . .. .... ... .. ................................................ .. .. .......................................... .. . .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 0 7 0 0 0 5555555 00000 888 0 1111 5555 999 2 6 2 7 22222 1 4 444444444444444444444444 1 4 55 77 7 777 33 0 1 1111 88 9999 8 9 6 7 7 1 999999 7 111111111111111111111111111111111111 1 7777 77 66 1111 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 88 11111 6 00 0 555555555555555 6 99 1111 444 77 000000000000000000000000000000000000000000000000 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 88 9 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATAATNGTGAAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCA----TGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC-----T-CTGC-A-A-AACAGTTATCCCGAG--GGACGG-A---AT--TTTCNATCCGA----AC--CGAAAAANC-CATGAANGA-TTCTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---------AC-GTTA-----A----A--T-AA---TTATTCCAA----TTTA-NTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-AC--A-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--AT----G---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATAGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCA----TGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC-----TCCTGC-A-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG-A---AT--TTTCNATCCGA----AC--CGAAAAANC-CATGAANGA-TTCTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---------AC-ATTA-----A----A--T-AA---TTATTTCAA----TTTA-NTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-AC--A-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--AT----G---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGTTAGAT-----TATAAGAATCT---TACA----TGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT-TTTGGCAGGAATGAGGCTC-----TGCAGAGTTCCTGC-ATA-AACAGTTGTCCCAAG--GGACAG-A---AT--TTTCTATCTGA----AC--CGAAAAGGC-CATGAATGA-TTCTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AT---------AT-ATTA-----A----A--T-AA---TTGTTTTAA----CTTA-TTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-AC--A-GTTGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--G--AT-TTACGTCA-T-------C----TAT-TT-TATA----CGTTA---TGTCA---TAA--AT----A---------AGTC-TAAA-CAGCAT--------AGTGCA--TGAATTTTAT------------------CTCA-GCCC-TAGGGAT------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : -----A----A--T-AG---TTATTCCTA----TATA-ATTCA--TCA----TACCTTTT---TTTAC--C-AT--A-AAAGCT--T----TTG----A--AATGT--CAAATCTGAT--A--TT-TTACGTCA-T-------A----TATGTT-TATA----CGTCA---CAACATAGCAA--GA----GGAGGGTTACATTC-TG---CAG-AT--------A-CACG---GTATGTTA--------------------------CA-TGGAGTGCATGT-AG---TATGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGA
gi|11 : aaaccTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GTTAAACAATCATATAAGAATCT---TCCA----CGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT-TGTGGTTGGATCAACAATT-----TGCCAAGTTAATAC-A-A-AA-AGTTA-----AGTAGG--GG-A---AT--TTTCTATTCTA----AC--AGAAAAAGT-CACGAAAGA-TTCTTT-T-TCTTGAATA----CCAA-AC---------AC-GTT------G----G--T---------CTTCAT----TTTA-ATACA--TCA----T-Tgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCA----TGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGttg
gi|12 : AA--GAATGG-A---AAA-TTCCAACCCGAGGGCAT--CGAAAAATC-TATGAA-GA-TTTTTTAT-TCTTG--TA----C--A-AC----------T-GTGC-----A----A--T-TT---TTATTCCGG----TTTA-TTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG-A---AT--TTTAAACCTGC----AC--CGAAAACCC-CTGGAAAGA-TTATTA-T-ACTTGTATA------AA-AC---------ctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : -----A----A--T-AA---TTATTTTAA----TTTA-CTTTA--TCA----T-TAT-----------------------CGCT--T------A----A--GATGT--AAAATCATAT--A--AT-TTATGCCATT-------ACTT-TAT-TT-TATA----CGTTA---CCTCA---CAcctgtgtgatttgtaaggatactattctggttaaaccatttattttttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCA----CGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : -A-AACATTTATTCCGAA--GTACGG-A---AT--TTTGAATCCAC----AC--TGAAA-------------A-TACTTT-T-TCTTGTGTA----C--A-AC----------C--TTA-----ACT--G--T-GAGTTTTATTCCGG----TTTA-TTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctc------AGA--AA-GAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatgaaCAT--------AGCGCG--AGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAa
gi|18 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatAACTC-CGTGAAAGA-TACCTT-T-TCTTGTATACAACCCGA-ACT--------GT-GTTATTTTTA----A--G-AATTTTTATTCCGA----TTTA-TT
gi|19 : ATA----TGTTA---CATCA---TA---------G---------ATTA-TGAGTC--CA---------AGTGCG--GAAGTTTTAT------------------CTCA-GCTC-TGGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAAgtctataaaattcaaattcaaatagtttatttcggcatatga
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG--TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-A----TGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAGTGAGG-------------------------A-CATACCTATTTCAAG--GAATGG-G---CA--TTTCTATCTTA----TT--CGAAAAAATACATGAATTA-TTAATT-T-TCTTGCTTA----TCAA-AC---------AA-ATCA-----A----T--T-AA---TTATTTTAA----TTTA-CTTCA--TCA----T-TAT------CTTAT--A-ACCAATATCGCC--T----TGA----A--GACGT--CACATCATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TTGTATA----CGTCA---CAGCG---CGA--GG----A---------GTGCAGGAA-AGGCA-------------CG--AGAA-------------------------------------GGTGT-----AGA--AA-GAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGCGCA--AGAATTTTAT------------------CTCG-GTCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct-A-AATAGTTGTTCCAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTGA----ACATC---AAACA-TATAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATA----CCAA-GC---------AC-ATTA-----A----A--T-GA---TTATTT
gi|23 : -----TAGAAGAATTA---AACA----TGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA-TTTTGCGGCGATGAGGCTC-----TGC-----
gi|24 : T------------------CTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAAcgaatccc
gi|25 : AGGGTGTGT---AGAA-TG-AAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaT--A--AT-TTA--TCAAT-------A----TAT-TT-TATAATAATATTA---CGTCG---TAA--AT----G---------AGTC-TTAA-CGTCAT--------AGCGCG--AGAATATTAT------------------CTTG-GCCC-T-------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACA----TAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTG--TTTGGCAGGAACGAGGCTCAGTCGTGT-----TCCTGT-AGA-AACAGTTATCCCAAG--GGATGG-A---AT--TTTCTATCTCA----AC--TGAAAAAGT-CATGAATAA-TTCTT----------ATA----ATAATAT---------AT-AT------------A--T-AA---ATATTTCAA----CTTA-ATTTA--TCA----A-TATA-T---TTTAT--A-AT--A-ATagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTATCA---TTCA----TGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGT----------------GCCT-----TGT-----TACCGC-C-ATAACAGTCATCCCGAG--GGACAG-A---AT--TTTCAATCTGC----AT--CTTAAAACT-CATGAAAGA-TACTTA-T-TCTTGCATA----C--A-AC---------TC-TTTA-----ACTGTG--T-GA---TT-TTTCAAGATTTTTA-TTCCGGTTCA----T-T---TT---TT-------------ATCACT--TGGCGCGA----G--GATACCATAGACTCCAT--AGTAT-TTATGT-A-T-------A-----A------ATA----CATCA---TAGCA---CAAGGAT--------------ATTA-TGAA-TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAA-TTTAT------------------CTTA-GCCC-TAGAGTG------AGAATTA-G-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTATTTGGAAGGAACAAGGCTC-----T----------------------------CCAAG--GGACGG-A---AT--TTTCTATCTGA----AA--TGAAAAAGC-CCTGTAAAT-TTTTTT-T-TCTTGCATA----CCGA-AA---------AC-ATTG-----A----A--T-AT---TTATTCTAA----TTTG-AATTA--TTA----T-TAAATTAAATTT-C--A--------------------TTA-----------T--TAAATTA-AA--A--ATATTACTTTA-A-------A----TGT-TT-AATA----TGCAG---CATCA---TAA--AT----C---------GTTC-C-AA-TGTCAC--------AGCAAGGTAGGAT--------------------------GAGCCCATGGAGTGGGTGTCGGA--TG-CAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TGTCTCAAG--GGATCA-G---AC--TTTCTACCTAA----AC--AGAAAAAAA-CATAAATGA-TTATTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---------AC-ATT------G----G--T-AG---TT-----AG----TTTA-GTTT---TC-----T-TGCA-------TACCAA-AC--ACATTGGTAGT----TTAGTTTA--CATGT--TA---TACAT--A--TT-TTATTTTA-TCACGATCG----TAT-TT-AAGG----TGTCA---AATTAG--TTG--ATGCTGG---------ATCC-TGGA-TGG--T--------AGCATG--AAAACTTTAT------------------CTCA-GCCC-TATAGTG------GAA--TA-AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACA----TGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT-TTAAGCAGAAATGAGACTC-----TGC-------CT----------AGTAA-CCCAAG--GTACGG-A---AT--TTTa
gi|7 : AACAATTTAATGATGAA-------TTAAAT-----TAAAATAACTT---TTCAATAATGTGTTTGG-T--AT-ACAAAT--AAAATTCCGTAC-CTTGGG-TTACTA-----GGCA-----GAGTCTC------AT-----TTCTGCTT-A-AACA-TT-TCCTTGG--GGACAG-A---AT--TTCCTATCTGG----ACA-TGTAAA--C-CATGatttgtataccaaacacattattgaaaagttattttaatttaattcatcattaaattgtttatcccgatctcattcaagactaattatgttatttacatcatattttttttttatattcactccacagctggttctaacaccacagagcaagaatttaacgagatagaaatatgtaataaacccgataaaa
gi|7 : acaaaaatttgaTTT-T-ATTTGTATA----CCAA-AC---------AC-ATTATTG--A----A--A-AG---TTATTTTAA----TTTA-ATTCA--TCA----T-TAAATTG--TTTAT--C-CC--G-ATCTCA--T----TCA----A--GAC-T----AATTATGT--T--AT-TTACATCA-T-------ATTTTTTT-TT-TATA----T-TCA---CTCCA---CAG--CT----G---------GTTC-T-AA-CACCAC--------AGAGCA--AGAATTTAA----------------------------------CG------AGA--TA-GAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Atatcccgatctcattcaagactaattatgttatttacatcatattttttttttatattcactccacagctggttctaacaccacagagcaagaatttaacgagatagaaatatgtaataaacccgataaaa
gi|8 : acaaaaatttgacatggtttacatgtccagataggaaattctgtccccaaggaaatgtttaagcagaaatgagactctgcctagtaacccaaggtacggaa-----TGTGAGACTCG---TACA----TTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTGT-TT-GACTGGAACGAGACTG-----TGT-------------------AGTGATCCCAAG--GTTTGA-G---AT--TT-CAATTGGA----AG--CGTAAAAGT-CATGAACGA-TTATTT-T-CCTTGCATA----ATAA-A----------ACTACTC-----G----A--TCAA----------AA----TGTT-GTTGA--CCAGGGTT-TACATA---TTGAC--ATAC--------CT--T----TTA----A------C--TAAATT-TATCAA--AT-TTA--TC--T-------A-----AT-TT-GATA----
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgtaagtatatgtAT-----TATACGTATCT---TTCA----TGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTC
gi|9 : C-A-G-AACAGTTATCCAGAG--GGACGT-A---ATATTTTCAATCCGC----AC--TGAAAAACC-TATGGACGA-CATCTT-T-TCTTGTATATTACCCTA-GCTTTGTGGTTTC--TTA-----A----GATT-TT---TTATTCCGG----TTTATGTTTA--T-A----G-TATATA---TACAT--A-GT--T-ATAGTT--T----TTATG--AATGACG---TGGATTTTAT--G--AT-TGGCGT-------------------------TA----CGTCAATGCGCGA---GAA--AT---------------TTT-T-------CAT--------AGCGCG--AGAATgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 11111 88888888888888888888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111
lowQualScore : 88 1 5 4 1 4 888888 11111 0 6666 1 3 55 999 4 1 4 9 1 33333333333333333333333333333 1 2 33 33 33 66 2 2 999999 33 666 2 4 44 2 2 3 99999999999999999999999999999999999999999999 5 5555 33 44 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 44 66666 3 44 2 777777777777777 3 55 7777 666 33 22222222222222222222222222222222222222222222 44 22 666666666666666666666666666666666666666666 66 2 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . . ...... ..... . .... . . .. ... . . . . . ............................. . . .. .. .. .. . . ...... .. ... . . .. . . . ............................................ . .... .. .. ............................................................. . .. ..... . .. . ............... . .. .... ... .. ............................................ .. .. .......................................... .. . .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 0 0 7 0 0 333333 11111 5 6666 0 6 00 111 0 9 4 1 1 77777777777777777777777777777 2 8 99 99 99 88 0 1 666666 99 000 7 5 22 7 7 7 44444444444444444444444444444444444444444444 3 7777 77 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 88 11111 6 00 0 555555555555555 6 99 1111 444 77 00000000000000000000000000000000000000000000 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 88 9 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACG-----TTA-----A----A--TAA---TTATTCCAA----TTTA-NTTTA--TCA----T-TATAT----TTTAC--A-AC--A-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTANTCCAACAACATAATNGTGAAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCGAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACG-----TTA-----A----A--TAA---TTATTCCAA----TTTA-NTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-AC--A-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGTTAGAT-----TATAAGAATCT---TACATGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT-TTTGGCAGGAATGAGGCTC-----TGCAGAGTTC-C--TGCATA-AACAGTTGTCCCAAG--GGACAG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AC--CGAAAAGGC-CA-TGAATGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AT---ATA-----TTA-----A----A--TAA---TTGTTTTAA----CTTA-TTTTA--TCA----T-TATATT---TTTAC--A-AC--A-GTTGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATAT--G--AT-TTACGTCA-T-------C----TAT-TT-TATA----CGTTA---TGTCA---TAA--ATA---------AGTC-TAAA-CAGCAT--------AGTGCA--TGAATTTTAT------------------CTCA-GCCC-TAGGGAT------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : -----A----A--TAG---TTATTCCTA----TATA-ATTCA--TCA----TACCTTTT---TTTAC--C-AT--A-AAAGCT--T----TTG----A--AATGT--CAAATCTGAT--A--TT-TTACGTCA-T-------A----TATGTT-TATA----CGTCA---CAACATAGCAA--GAGGAGGGTTACATTC-TG---CAG-AT--------A-CACG---GTATGTTA--------------------------CA-TGGAGTGCATGT-AG---TATGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGA
gi|11 : aaaccTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GTTAAACAATCATATAAGAATCT---TCCACGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT-TGTGGTTGGATCAACAATT-----TGCCAAG--T-TAATACA-A-AA-AGTTA-----AGTAGG--GG--A--AT--TTTCTATTCT-A----AC--AGAAAAAGT-CA-CGAAAGATT-CTTT-T-TCTTGAATA----CCAA-AC---ACG-----TTG-----G--------------TCTT-CAT----TTTA-ATACA--TCA----T-Tgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGttg
gi|12 : AA--GAATGG--A--AAA-TTCCAACCCG-AGGGCAT--CGAAAAATC-TA-TGAA-GATT-TTTTAT-TCTTG--TA----C--A-AC----TG-----TGC-----A----A--TTT---TTATTCCGG----TTTA-TTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG--A--AT--TTTAAACCTG-C----AC--CGAAAACCC-CT-GGAAAGATT-ATTA-T-ACTTGTATA------AA-AC---ctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : -----A----A--TAA---TTATTTTAA----TTTA-CTTTA--TCA----T-TAT-----------------------CGCT--T------A----A--GATGT--AAAATCATAT--A--AT-TTATGCCATT-------ACTT-TAT-TT-TATA----CGTTA---CCTCA---CAcctgtgtgatttgtaaggatactattctggttaaaccatttattttttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCACGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : -A-AACATTTATTCCGAA--GTACGG--A--AT--TTTGAATCCA-C----AC--TGAAA--------------ATA-CTTT-T-TCTTGTGTA----C--A-AC----C------TTA-----ACT--G--TGAGTTTTATTCCGG----TTTA-TTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctc------AGA--AA-GAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatgaaCAT--------AGCGCG--AGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAa
gi|18 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatAACTC-CG-TGAAAGATA-CCTT-T-TCTTGTATACAACCCGA-ACT--GTG-----TTATTTTTA----A--GAATTTTTATTCCGA----TTTA-TT
gi|19 : ATA----TGTTA---CATCA---TA-----G---------ATTA-TGAGTC--CA---------AGTGCG--GAAGTTTTAT------------------CTCA-GCTC-TGGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAAgtctataaaattcaaattcaaatagtttatttcggcatatga
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG--TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-ATGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAGTGAGG---------------------------A-CATACCTATTTCAAG--GAATGG--G--CA--TTTCTATCTT-A----TT--CGAAAAAATACA-TGAATTATT-AATT-T-TCTTGCTTA----TCAA-AC---AAA-----TCA-----A----T--TAA---TTATTTTAA----TTTA-CTTCA--TCA----T-TAT------CTTAT--A-ACCAATATCGCC--T----TGA----A--GACGT--CACATCATAT--A--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TTGTATA----CGTCA---CAGCG---CGA--GGA---------GTGCAGGAA-AGGCA-------------CG--AGAA-------------------------------------GGTGT-----AGA--AA-GAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGCGCA--AGAATTTTAT------------------CTCG-GTCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct-A-AATAGTTGTTCCAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTG-A----ACATC---AAACA-TA-TAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATA----CCAA-GC---ACA-----TTA-----A----A--TGA---TTATT
gi|23 : -----TAGAAGAATTA---AACATGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA-TTTTGCGGCGATGAGGCTC-----TGC------t
gi|24 : T------------------CTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAAcgaatccc
gi|25 : AGGGTGTGT---AGAA-TG-AAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaT--A--AT-TTA--TCAAT-------A----TAT-TT-TATAATAATATTA---CGTCG---TAA--ATG---------AGTC-TTAA-CGTCAT--------AGCGCG--AGAATATTAT------------------CTTG-GCCC-T-------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACATAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTGT-TT-GGCAGGAACGAGGCTCAGTCGTGT------T-CC-TGTAGA-AACAGTTATCCCAAG--GGATGG--A--AT--TTTCTATCTC-A----AC--TGAAAAAGT-CA-TGAATAATT-CTT----------ATA----ATAATAT---A--------TA-----T----A--TAA---ATATTTCAA----CTTA-ATTTA--TCA----A-TATAT----TTTAT--A-AT--A-ATagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGT----------------GCCT-----TGT------TAC--CGCC-ATAACAGTCATCCCGAG--GGACAG--A--AT--TTTCAATCTG-C----AT--CTTAAAACT-CA-TGAAAGATA-CTTA-T-TCTTGCATA----C--A-AC---TCT-----TTA-----ACTGTG--TGA---TT-TTTCAAGATTTTTA-TTCCGGTTCA----T-T---TT---TT-------------ATCACT--TGGCGCGA----G--GATACCATAGACTCCAT--AGTAT-TTATGT-A-T-------A-----A------ATA----CATCA---TAGCA---CAAGGAT----------ATTA-TGAA-TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAA-TTTAT------------------CTTA-GCCC-TAGAGTG------AGAATTA-G-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTATTTGGAAGGAACAAGGCTC-----T------------------------------CCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AA--TGAAAAAGC-CC-TGTAAATTT-TTTT-T-TCTTGCATA----CCGA-AA---ACA-----TTG-----A----A--TAT---TTATTCTAA----TTTG-AATTA--TTA----T-TAAATTAAATTT-C--A--------------------TTA-----------T--TAAATTA-AA--A--ATATTACTTTA-A-------A----TGT-TT-AATA----TGCAG---CATCA---TAA--ATC---------GTTC-C-AA-TGTCAC--------AGCAAGGTAGGAT--------------------------GAGCCCATGGAGTGGGTGTCGGA--TG-CAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TGTCTCAAG--GGATCA--G--AC--TTTCTACCTA-A----AC--AGAAAAAAA-CA-TAAATGATT-ATTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACA-----TTG-----G-------TAG---TTA-----G----TTTA-GTTT---TC-----T-TGCAT-------ACCAA-AC--ACATTGGTAGT----TTAGTTTA--CATGT--TA---TACAT--A--TT-TTATTTTA-TCACGATCG----TAT-TT-AAGG----TGTCA---AATTAG--TTG--ATGCTGG-----ATCC-TGGA-TGG--T--------AGCATG--AAAACTTTAT------------------CTCA-GCCC-TATAGTG------GAA--TA-AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACATGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT-TTAAGCAGAAATGAGACTC-----TGC--------C--T---------AGTAA-CCCAAG--GTACGG--A--AT--TTT--ATTTGTAT---AC--CAAACACAT-TATTGAAAAGTT-ATTT-T-----------------A-AT-----------TTA-----A----T--TCA---TCATT-AAA----TT---GTTTA--TC--------------------C-----C--G-ATCTCA--T----TCA----A--GAC-T----AATTATGT--T--AT-TTACATCA-T-------ATTTTTTT-TT-TATA----T-TCA---CTCCA---CAG--CTG---------GTTC-T-AA-CACCAC--------AGAGCA--AGAATTTAA----------------------------------CG------AGA--TA-GAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Aa
gi|8 : -----TGTGAGACTCG---TACATTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTGT-TT-GACTGGAACGAGACTG-----TGT---------------------AGTGATCCCAAG--GTTTGA--G--AT--TT-CAATTGG-A----AG--CGTAAAAGT-CA-TGAACGATT-ATTT-T-CCTTGCATA----ATAA-A----AC-------TA-----C----T--CGA---TCA---AAA----TGTT-GTTGA--CCAGGGTT-TACATA---TTGAC--ATAC--------CT--T----TTA----A------C--TAAATT-TATCAA--AT-TTA--TC--T-------A-----AT-TT-GATA----
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgtaagtatatgtAT-----TATACGTATCT---TTCATGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTC
gi|9 : CA-G-AACAGTTATCCAGAG--GGACGT--A--ATATTTTCAATCCG-C----AC--TGAAAAACC-TA-TGGACGACA-TCTT-T-TCTTGTATATTACCCTA-GCTTTGTGGTTTCTTA-----A----GATTTT---TTATTCCGG----TTTATGTTTA--T-A----G-TATATA---TACAT--A-GT--T-ATAGTT--T----TTATG--AATGACG---TGGATTTTAT--G--AT-TGGCGT-------------------------TA----CGTCAATGCGCGA---GAA--AT-----------TTT-T-------CAT--------AGCGCG--AGAATgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 11111 88888888888888888888888888888 1111111 333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666 22222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111
lowQualScore : 88 1 5 1 1 888888 11111 0 6666 1 3 55 999 4 1 4 9 1 33333333333333333333333333333 1 33 33 33 66 2 2 999999 33 666 2 4 44 2 2 3 7777777 2 666666666666666666666666666666666 4 6666 33 55 666 55555555555555555555555555555555555555555 0 888 2 2 55 4 3 99999999999999 4 55 7777 666 33 22222222222222222222222222222222222222222222 44 22 666666666666666666666666666666666666666666 66 2 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . ...... ..... . .... . . .. ... . . . . . ............................. . .. .. .. .. . . ...... .. ... . . .. . . . ....... . ................................. . .... .. .. ... ......................................... . ... . . .. . . .............. . .. .... ... .. ............................................ .. .. .......................................... .. . .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 0 0 0 0 333333 11111 5 6666 0 6 00 111 0 9 4 1 1 77777777777777777777777777777 2 99 99 99 88 0 1 666666 99 000 7 5 22 7 7 7 3333333 7 111111111111111111111111111111111 6 1111 99 00 444 55555555555555555555555555555555555555555 1 888 4 4 55 0 2 88888888888888 0 00 7777 444 77 00000000000000000000000000000000000000000000 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 88 9 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACG-----TTA-----A----A--TAA---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATAT-TTT-A--CAACA-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACG-----TTA-----A----A--TAA---TTATTCCAA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATAT-TTT-A--CAACA-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGTTAGAT-----TATAAGAATCT---TACATGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT-TTTGGCAGGAATGAGGCTC-----TGCAGAGTTC-C--TGCATA-AACAGTTGTCCCAAG--GGACAG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AC--CGAAAAGGC-CA-TGAATGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AT---ATA-----TTA-----A----A--TAA---TTGTTTTAA----CTTA-TTTTA--TCAT---TATAT-TTTTA--CAACA-GTTGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATG--AT-TTACGTCA-T-------C----TAT-TT-TATA----CGTTA---TGTCA---TAA--ATA---------AGTC-TAAA-CAGCAT--------AGTGCA--TGAATTTTAT------------------CTCA-GCCC-TAGGGAT------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : -----A----A--TAG---TTATTCCTA----TATA-ATTCA--TCATACCTTT-T-TTT-A--CCATA-AAAGCT--T----TTG----A--AATGT--CAAATCTGATA--TT-TTACGTCA-T-------A----TATGTT-TATA----CGTCA---CAACATAGCAA--GAGGAGGGTTACATTC-TG---CAG-AT--------A-CACG---GTATGTTA--------------------------CA-TGGAGTGCATGT-AG---TATGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGA
gi|11 : aaaccTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GTTAAACAATCATATAAGAATCT---TCCACGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT-TGTGGTTGGATCAACAATT-----TGCCAAG--T-TAATACA-A-AA-AGTTA-----AGTAGG--GG--A--AT--TTTCTATTCT-A----AC--AGAAAAAGT-CA-CGAAAGATT-CTTT-T-TCTTGAATA----CCAA-AC---ACG-----TTG-----G--------------TCTT-CAT----TTTA-ATACA--TCAT---Tgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGttg
gi|12 : AA--GAATGG--A--AAA-TTCCAACCCG-AGGGCAT--CGAAAAATC-TA-TGAA-GATT-TTTTAT-TCTTG--TA----C--A-AC----TG-----TGC-----A----A--TTT---TTATTCCGG----TTTA-TTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG--A--AT--TTTAAACCTG-C----AC--CGAAAACCC-CT-GGAAAGATT-ATTA-T-ACTTGTATA------AA-AC---ctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : -----A----A--TAA---TTATTTTAA----TTTA-CTTTA--TCAT---TAT------------------CGCT--T------A----A--GATGT--AAAATCATATA--AT-TTATGCCATT-------ACTT-TAT-TT-TATA----CGTTA---CCTCA---CAcctgtgtgatttgtaaggatactattctggttaaaccatttattttttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCACGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : -A-AACATTTATTCCGAA--GTACGG--A--AT--TTTGAATCCA-C----AC--TGAAA--------------ATA-CTTT-T-TCTTGTGTA----C--A-AC----C------TTA-----ACT--G--TGAGTTTTATTCCGG----TTTA-TTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctc------AGA--AA-GAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatgaaCAT--------AGCGCG--AGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAa
gi|18 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatAACTC-CG-TGAAAGATA-CCTT-T-TCTTGTATACAACCCGA-ACT--GTG-----TTATTTTTA----A--GAATTTTTATTCCGA----TTTA-TT
gi|19 : ATA----TGTTA---CATCA---TA-----G---------ATTA-TGAGTC--CA---------AGTGCG--GAAGTTTTAT------------------CTCA-GCTC-TGGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAAgtctataaaattcaaattcaaatagtttatttcggcatatga
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG--TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-ATGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAGTGAGG---------------------------A-CATACCTATTTCAAG--GAATGG--G--CA--TTTCTATCTT-A----TT--CGAAAAAATACA-TGAATTATT-AATT-T-TCTTGCTTA----TCAA-AC---AAA-----TCA-----A----T--TAA---TTATTTTAA----TTTA-CTTCA--TCAT---TATCT-TAT-AACCAAT--ATCGCC--T----TGA----A--GACGT--CACATCATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TTGTATA----CGTCA---CAGCG---CGA--GGA---------GTGCAGGAA-AGGCA-------------CG--AGAA-------------------------------------GGTGT-----AGA--AA-GAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGCGCA--AGAATTTTAT------------------CTCG-GTCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct-A-AATAGTTGTTCCAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTG-A----ACATC---AAACA-TA-TAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATA----CCAA-GC---ACA-----TTA-----A----A--TGA---TTATT
gi|23 : -----TAGAAGAATTA---AACATGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA-TTTTGCGGCGATGAGGCTC-----TGC------t
gi|24 : T------------------CTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAAcgaatccc
gi|25 : AGGGTGTGT---AGAA-TG-AAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaTA--AT-TTA--TCAAT-------A----TAT-TT-TATAATAATATTA---CGTCG---TAA--ATG---------AGTC-TTAA-CGTCAT--------AGCGCG--AGAATATTAT------------------CTTG-GCCC-T-------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACATAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTGT-TT-GGCAGGAACGAGGCTCAGTCGTGT------T-CC-TGTAGA-AACAGTTATCCCAAG--GGATGG--A--AT--TTTCTATCTC-A----AC--TGAAAAAGT-CA-TGAATAATT-CTT----------ATA----ATAATAT---A--------TA-----T----A--TAA---ATATTTCAA----CTTA-ATTTA--TCAA---TATAT-TTT-A--TAATA-ATagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGT----------------GCCT-----TGT------TAC--CGCC-ATAACAGTCATCCCGAG--GGACAG--A--AT--TTTCAATCTG-C----AT--CTTAAAACT-CA-TGAAAGATA-CTTA-T-TCTTGCATA----C--A-AC---TCT-----TTA-----ACTGTG--TGA---TT-TTTCAAGATTTTTA-TTCCGGTTCAT---T---T-TTT----------ATCACT--TGGCGCGA----G--GATACCATAGACTCCATAGTAT-TTATGT-A-T-------A-----A------ATA----CATCA---TAGCA---CAAGGAT----------ATTA-TGAA-TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAA-TTTAT------------------CTTA-GCCC-TAGAGTG------AGAATTA-G-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTATTTGGAAGGAACAAGGCTC-----T------------------------------CCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AA--TGAAAAAGC-CC-TGTAAATTT-TTTT-T-TCTTGCATA----CCGA-AA---ACA-----TTG-----A----A--TAT---TTATTCTAA----TTTG-AATTA--TTAT---TAAA---TT-A------A-AT---T--TCA--TTA-----------T--TAAATTA-AAA--ATATTACTTTA-A-------A----TGT-TT-AATA----TGCAG---CATCA---TAA--ATC---------GTTC-C-AA-TGTCAC--------AGCAAGGTAGGAT--------------------------GAGCCCATGGAGTGGGTGTCGGA--TG-CAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TGTCTCAAG--GGATCA--G--AC--TTTCTACCTA-A----AC--AGAAAAAAA-CA-TAAATGATT-ATTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACA-----TTG-----G-------TAG---TTA-----G----TTTA-GTTT---TC-T---TGCAT-ACC-A---AACACATTGGTAGT----TTAGTTTA--CATGT--TA---TACATA--TT-TTATTTTA-TCACGATCG----TAT-TT-AAGG----TGTCA---AATTAG--TTG--ATGCTGG-----ATCC-TGGA-TGG--T--------AGCATG--AAAACTTTAT------------------CTCA-GCCC-TATAGTG------GAA--TA-AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACATGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT-TTAAGCAGAAATGAGACTC-----TGC--------C--T---------AGTAA-CCCAAG--GTACGG--A--AT--TTT--ATTTGTAT---AC--CAAACACAT-TATTGAAAAGTT-ATTT-T-----------------A-AT-----------TTA-----A----T--TCA---TCATT-AAA----TT---GTTTA--TC------------------C--CG-ATCTCA--T----TCA----A--GAC-T----AATTATGTT--AT-TTACATCA-T-------ATTTTTTT-TT-TATA----T-TCA---CTCCA---CAG--CTG---------GTTC-T-AA-CACCAC--------AGAGCA--AGAATTTAA----------------------------------CG------AGA--TA-GAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Aa
gi|8 : -----TGTGAGACTCG---TACATTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTGT-TT-GACTGGAACGAGACTG-----TGT---------------------AGTGATCCCAAG--GTTTGA--G--AT--TT-CAATTGG-A----AG--CGTAAAAGT-CA-TGAACGATT-ATTT-T-CCTTGCATA----ATAA-A
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgtaagtatatgtAT-----TATACGTATCT---TTCATGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTCactactcgatcaaaatgttgttgaccagggtttacatattgacataccttttaactaaatttatcaaatttatctaatttgata
gi|9 : CA-G-AACAGTTATCCAGAG--GGACGT--A--ATATTTTCAATCCG-C----AC--TGAAAAACC-TA-TGGACGACA-TCTT-T-TCTTGTATATTACCCTA-GCTTTGTGGTTTCTTA-----A----GATTTT---TTATTCCGG----TTTATGTTTA--T-AG---TATATATAC-A--TAGTT-ATAGTT--T----TTATG--AATGACG---TGGATTTTATG--AT-TGGCGT-------------------------TA----CGTCAATGCGCGA---GAA--AT-----------TTT-T-------CAT--------AGCGCG--AGAATgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 11111 88888888888888888888888888888 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666666666666 22222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111
lowQualScore : 88 1 5 1 1 888888 11111 0 6666 1 3 55 999 4 1 4 9 1 33333333333333333333333333333 1 33 33 33 66 2 2 999999 33 666 2 4 44 2 2 3 7777777 2 2222222222222222222222222222222222222222222 111 6666 66 55 666 22222222222222222222222222222222222222222 0 888 2 2 55 4 3 99999999999999 4 55 7777 666 33 22222222222222222222222222222222222222222222 44 22 666666666666666666666666666666666666666666 66 2 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . ...... ..... . .... . . .. ... . . . . . ............................. . .. .. .. .. . . ...... .. ... . . .. . . . ....... . ........................................... ... .... .. .. ... ......................................... . ... . . .. . . .............. . .. .... ... .. ............................................ .. .. .......................................... .. . .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 0 0 0 0 333333 11111 5 6666 0 6 00 111 0 9 4 1 1 77777777777777777777777777777 2 99 99 99 88 0 1 666666 99 000 7 5 22 7 7 7 3333333 7 0000000000000000000000000000000000000000000 999 1111 66 00 444 33333333333333333333333333333333333333333 1 888 4 4 55 0 2 88888888888888 0 00 7777 444 77 00000000000000000000000000000000000000000000 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 88 9 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATAT-TTT-A--CAACA-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATAT-TTT-A--CAACA-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGTTAGAT-----TATAAGAATCT---TACATGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT-TTTGGCAGGAATGAGGCTC-----TGCAGAGTTC-C--TGCATA-AACAGTTGTCCCAAG--GGACAG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AC--CGAAAAGGC-CA-TGAATGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AT---AT-A-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTGTTTTAA----CTTA-TTTTA--TCAT---TATAT-TTTTA--CAACA-GTTGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATG--AT-TTACGTCA-T-------C----TAT-TT-TATA----CGTTA---TGTCA---TAA--ATA---------AGTC-TAAA-CAGCAT--------AGTGCA--TGAATTTTAT------------------CTCA-GCCC-TAGGGAT------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : -----A----A--TA-G---TTATTCCTA----TATA-ATTCA--TCATACCTTT-T-TTT-A--CCATA-AAAGCT--T----TTG----A--AATGT--CAAATCTGATA--TT-TTACGTCA-T-------A----TATGTT-TATA----CGTCA---CAACATAGCAA--GAGGAGGGTTACATTC-TG---CAG-AT--------A-CACG---GTATGTTA--------------------------CA-TGGAGTGCATGT-AG---TATGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGA
gi|11 : aaaccTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GTTAAACAATCATATAAGAATCT---TCCACGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT-TGTGGTTGGATCAACAATT-----TGCCAAG--T-TAATACA-A-AA-AGTTA-----AGTAGG--GG--A--AT--TTTCTATTCT-A----AC--AGAAAAAGT-CA-CGAAAGATT-CTTT-T-TCTTGAATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------Tgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGggtcttcattttaatacatcattttg
gi|12 : AA--GAATGG--A--AAA-TTCCAACCCG-AGGGCAT--CGAAAAATC-TA-TGAA-GATT-TTTTAT-TCTTG--TA----C--A-AC----T-G-----T--------GC-----A----A--TT-T---TTATTCCGG----TTTA-TTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG--A--AT--TTTAAACCTG-C----AC--CGAAAACCC-CT-GGAAAGATT-ATTA-T-ACTTGTATA------AA-AC---CCTG-----TGTGATTTGTA-----A----G--GATA---CTATTCTGG----TTAA-----A--CCAT---T-TAT-TTT-ctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : -----A----A--TA-A---TTATTTTAA----TTTA-CTTTA--TCAT---TAT------------------CGCT--T------A----A--GATGT--AAAATCATATA--AT-TTATGCCATT-------ACTT-TAT-TT-TATA----CGTTA---CCTCA---CAttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCACGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : -A-AACATTTATTCCGAA--GTACGG--A--AT--TTTGAATCCA-C----AC--TGAAA--------------ATA-CTTT-T-TCTTGTGTA----C--A-AC----C-------T--------TA-----ACT--G--TG-AGTTTTATTCCGG----TTTA-TTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctc------AGA--AA-GAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatgaaCAT--------AGCGCG--AGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAa
gi|18 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatAACTC-CG-TGAAAGATA-CCTT-T-TCTTGTATACAACCCGA-ACT--GT-G-----T--------TATTTTTA----A--GA-ATTTTTATTCCGA----TTTA-TT
gi|19 : ATA----TGTTA---CATCA---TA-----G---------ATTA-TGAGTC--CA---------AGTGCG--GAAGTTTTAT------------------CTCA-GCTC-TGGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAAgtctataaaattcaaattcaaatagtttatttcggcatatga
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG--TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-ATGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAGTGAGG---------------------------A-CATACCTATTTCAAG--GAATGG--G--CA--TTTCTATCTT-A----TT--CGAAAAAATACA-TGAATTATT-AATT-T-TCTTGCTTA----TCAA-AC---AA-A-----T--------CA-----A----T--TA-A---TTATTTTAA----TTTA-CTTCA--TCAT---TATCT-TAT-AACCAAT--ATCGCC--T----TGA----A--GACGT--CACATCATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TTGTATA----CGTCA---CAGCG---CGA--GGA---------GTGCAGGAA-AGGCA-------------CG--AGAA-------------------------------------GGTGT-----AGA--AA-GAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGCGCA--AGAATTTTAT------------------CTCG-GTCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct-A-AATAGTTGTTCCAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTG-A----ACATC---AAACA-TA-TAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATA----CCAA-GC---AC-A-----T--------TA-----A----A--TG-A---TTATT
gi|23 : -----TAGAAGAATTA---AACATGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA-TTTTGCGGCGATGAGGCTC-----TGC------t
gi|24 : T------------------CTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAAcgaatccc
gi|25 : AGGGTGTGT---AGAA-TG-AAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaTA--AT-TTA--TCAAT-------A----TAT-TT-TATAATAATATTA---CGTCG---TAA--ATG---------AGTC-TTAA-CGTCAT--------AGCGCG--AGAATATTAT------------------CTTG-GCCC-T-------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACATAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTGT-TT-GGCAGGAACGAGGCTCAGTCGTGT------T-CC-TGTAGA-AACAGTTATCCCAAG--GGATGG--A--AT--TTTCTATCTC-A----AC--TGAAAAAGT-CA-TGAATAATT-CTT----------ATA----ATAATAT---A-----------------TA-----T----A--TA-A---ATATTTCAA----CTTA-ATTTA--TCAA---TATAT-TTT-A--TAATA-ATagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGT----------------GCCT-----TGT------TAC--CGCC-ATAACAGTCATCCCGAG--GGACAG--A--AT--TTTCAATCTG-C----AT--CTTAAAACT-CA-TGAAAGATA-CTTA-T-TCTTGCATA----C--A-AC---TC-T-----T--------TA-----ACTGTG--TG-A---TT-TTTCAAGATTTTTA-TTCCGGTTCAT---T---T-TTT----------ATCACT--TGGCGCGA----G--GATACCATAGACTCCATAGTAT-TTATGT-A-T-------A-----A------ATA----CATCA---TAGCA---CAAGGAT----------ATTA-TGAA-TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAA-TTTAT------------------CTTA-GCCC-TAGAGTG------AGAATTA-G-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTATTTGGAAGGAACAAGGCTC-----T------------------------------CCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AA--TGAAAAAGC-CC-TGTAAATTT-TTTT-T-TCTTGCATA----CCGA-AA---AC-A-----T--------TG-----A----A--TA-T---TTATTCTAA----TTTG-AATTA--TTAT---TAAA---TT-A------A-AT---T--TCA--TTA-----------T--TAAATTA-AAA--ATATTACTTTA-A-------A----TGT-TT-AATA----TGCAG---CATCA---TAA--ATC---------GTTC-C-AA-TGTCAC--------AGCAAGGTAGGAT--------------------------GAGCCCATGGAGTGGGTGTCGGA--TG-CAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TGTCTCAAG--GGATCA--G--AC--TTTCTACCTA-A----AC--AGAAAAAAA-CA-TAAATGATT-ATTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-A-----T--------TG-----G-------TA-G---TTA-----G----TTTA-GTTT---TC-T---TGCAT-ACC-A---AACACATTGGTAGT----TTAGTTTA--CATGT--TA---TACATA--TT-TTATTTTA-TCACGATCG----TAT-TT-AAGG----TGTCA---AATTAG--TTG--ATGCTGG-----ATCC-TGGA-TGG--T--------AGCATG--AAAACTTTAT------------------CTCA-GCCC-TATAGTG------GAA--TA-AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACATGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT-TTAAGCAGAAATGAGACTC-----TGC--------C--T---------AGTAA-CCCAAG--GTACGG--A--AT--TTT--ATTTGTAT---AC--CAAACACAT-TATTGAAAAGTT-ATTT-T-----------------A-AT------------T--------TA-----A----T--TC-A---TCATT-AAA----TT---GTTTA--TC------------------C--CG-ATCTCA--T----TCA----A--GAC-T----AATTATGTT--AT-TTACATCA-T-------ATTTTTTT-TT-TATA----T-TCA---CTCCA---CAG--CTG---------GTTC-T-AA-CACCAC--------AGAGCA--AGAATTTAA----------------------------------CG------AGA--TA-GAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Aa
gi|8 : -----TGTGAGACTCG---TACATTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTGT-TT-GACTGGAACGAGACTG-----TGT---------------------AGTGATCCCAAG--GTTTGA--G--AT--TT-CAATTGG-A----AG--CGTAAAAGT-CA-TGAACGATT-ATTT-T-CCTTGCATA----ATAA-A
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgtaagtatatgtAT-----TATACGTATCT---TTCATGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTCactactcgatcaaaatgttgttgaccagggtttacatattgacataccttttaactaaatttatcaaatttatctaatttgata
gi|9 : CA-G-AACAGTTATCCAGAG--GGACGT--A--ATATTTTCAATCCG-C----AC--TGAAAAACC-TA-TGGACGACA-TCTT-T-TCTTGTATATTACCCTA-GCTTTGT-GGTTTCT--------TA-----A----GATTT-T---TTATTCCGG----TTTATGTTTA--T-AG---TATATATAC-A--TAGTT-ATAGTT--T----TTATG--AATGACG---TGGATTTTATG--AT-TGGCGT-------------------------TA----CGTCAATGCGCGA---GAA--AT-----------TTT-T-------CAT--------AGCGCG--AGAATgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 11111 88888888888888888888888888888 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666666666666 22222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111
lowQualScore : 88 1 5 1 1 888888 11111 0 6666 1 3 55 999 4 1 4 9 1 33333333333333333333333333333 1 33 33 33 66 2 2 999999 33 666 2 4 44 2 2 3 7777777 2 2222222222222222222222222222222222222222222 111 6666 66 55 666 22222222222222222222222222222222222222222 0 888 2 2 55 4 3 99999999999999 4 55 7777 666 33 22222222222222222222222222222222222222222222 44 22 666666666666666666666666666666666666666666 66 2 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . ...... ..... . .... . . .. ... . . . . . ............................. . .. .. .. .. . . ...... .. ... . . .. . . . ....... . ........................................... ... .... .. .. ... ......................................... . ... . . .. . . .............. . .. .... ... .. ............................................ .. .. .......................................... .. . .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 0 0 0 0 333333 11111 5 6666 0 6 00 111 0 9 4 1 1 77777777777777777777777777777 2 99 99 99 88 0 1 666666 99 000 7 5 22 7 7 7 3333333 7 0000000000000000000000000000000000000000000 999 1111 66 00 444 33333333333333333333333333333333333333333 1 888 4 4 55 0 2 88888888888888 0 00 7777 444 77 00000000000000000000000000000000000000000000 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 88 9 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATAT-TTT-A--CAACA-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATAT-TTT-A--CAACA-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGTTAGAT-----TATAAGAATCT---TACATGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT-TTTGGCAGGAATGAGGCTC-----TGCAGAGTTC-C--TGCATA-AACAGTTGTCCCAAG--GGACAG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AC--CGAAAAGGC-CA-TGAATGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AT---AT-A-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTGTTTTAA----CTTA-TTTTA--TCAT---TATAT-TTTTA--CAACA-GTTGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATG--AT-TTACGTCA-T-------C----TAT-TT-TATA----CGTTA---TGTCA---TAA--ATA---------AGTC-TAAA-CAGCAT--------AGTGCA--TGAATTTTAT------------------CTCA-GCCC-TAGGGAT------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : -----A----A--TA-G---TTATTCCTA----TATA-ATTCA--TCATACCTTT-T-TTT-A--CCATA-AAAGCT--T----TTG----A--AATGT--CAAATCTGATA--TT-TTACGTCA-T-------A----TATGTT-TATA----CGTCA---CAACATAGCAA--GAGGAGGGTTACATTC-TG---CAG-AT--------A-CACG---GTATGTTA--------------------------CA-TGGAGTGCATGT-AG---TATGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGA
gi|11 : aaaccTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GTTAAACAATCATATAAGAATCT---TCCACGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT-TGTGGTTGGATCAACAATT-----TGCCAAG--T-TAATACA-A-AA-AGTTA-----AGTAGG--GG--A--AT--TTTCTATTCT-A----AC--AGAAAAAGT-CA-CGAAAGATT-CTTT-T-TCTTGAATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------Tgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGggtcttcattttaatacatcattttg
gi|12 : AA--GAATGG--A--AAA-TTCCAACCCG-AGGGCAT--CGAAAAATC-TA-TGAA-GATT-TTTTAT-TCTTG--TA----C--A-AC----T-G-----T--------GC-----A----A--TT-T---TTATTCCGG----TTTA-TTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG--A--AT--TTTAAACCTG-C----AC--CGAAAACCC-CT-GGAAAGATT-ATTA-T-ACTTGTATA------AA-AC---CCTG-----TGTGATTTGTA-----A----G--GATA---CTATTCTGG----TTAA-----A--CCAT---T-TAT-TTT-ctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : -----A----A--TA-A---TTATTTTAA----TTTA-CTTTA--TCAT---TAT------------------CGCT--T------A----A--GATGT--AAAATCATATA--AT-TTATGCCATT-------ACTT-TAT-TT-TATA----CGTTA---CCTCA---CAttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCACGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : -A-AACATTTATTCCGAA--GTACGG--A--AT--TTTGAATCCA-C----AC--TGAAA--------------ATA-CTTT-T-TCTTGTGTA----C--A-AC----C-------T--------TA-----ACT--G--TG-AGTTTTATTCCGG----TTTA-TTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctc------AGA--AA-GAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatgaaCAT--------AGCGCG--AGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAa
gi|18 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatAACTC-CG-TGAAAGATA-CCTT-T-TCTTGTATACAACCCGA-ACT--GT-G-----T--------TATTTTTA----A--GA-ATTTTTATTCCGA----TTTA-TT
gi|19 : ATA----TGTTA---CATCA---TA-----G---------ATTA-TGAGTC--CA---------AGTGCG--GAAGTTTTAT------------------CTCA-GCTC-TGGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAAgtctataaaattcaaattcaaatagtttatttcggcatatga
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG--TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-ATGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT-CTCGGCAGGAGTGAGG---------------------------A-CATACCTATTTCAAG--GAATGG--G--CA--TTTCTATCTT-A----TT--CGAAAAAATACA-TGAATTATT-AATT-T-TCTTGCTTA----TCAA-AC---AA-A-----T--------CA-----A----T--TA-A---TTATTTTAA----TTTA-CTTCA--TCAT---TATCT-TAT-AACCAAT--ATCGCC--T----TGA----A--GACGT--CACATCATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TTGTATA----CGTCA---CAGCG---CGA--GGA---------GTGCAGGAA-AGGCA-------------CG--AGAA-------------------------------------GGTGT-----AGA--AA-GAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGCGCA--AGAATTTTAT------------------CTCG-GTCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct-A-AATAGTTGTTCCAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTG-A----ACATC---AAACA-TA-TAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATA----CCAA-GC---AC-A-----T--------TA-----A----A--TG-A---TTATT
gi|23 : -----TAGAAGAATTA---AACATGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA-TTTTGCGGCGATGAGGCTC-----TGC------t
gi|24 : T------------------CTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAAcgaatccc
gi|25 : AGGGTGTGT---AGAA-TG-AAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaTA--AT-TTA--TCAAT-------A----TAT-TT-TATAATAATATTA---CGTCG---TAA--ATG---------AGTC-TTAA-CGTCAT--------AGCGCG--AGAATATTAT------------------CTTG-GCCC-T-------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACATAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTGT-TT-GGCAGGAACGAGGCTCAGTCGTGT------T-CC-TGTAGA-AACAGTTATCCCAAG--GGATGG--A--AT--TTTCTATCTC-A----AC--TGAAAAAGT-CA-TGAATAATT-CTT----------ATA----ATAATAT---A-----------------TA-----T----A--TA-A---ATATTTCAA----CTTA-ATTTA--TCAA---TATAT-TTT-A--TAATA-ATagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaatAT-----TAGAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGT----------------GCCT-----TGT------TAC--CGCC-ATAACAGTCATCCCGAG--GGACAG--A--AT--TTTCAATCTG-C----AT--CTTAAAACT-CA-TGAAAGATA-CTTA-T-TCTTGCATA----C--A-AC---TC-T-----T--------TA-----ACTGTG--TG-A---TT-TTTCAAGATTTTTA-TTCCGGTTCAT---T---T-TTT----------ATCACT--TGGCGCGA----G--GATACCATAGACTCCATAGTAT-TTATGT-A-T-------A-----A------ATA----CATCA---TAGCA---CAAGGAT----------ATTA-TGAA-TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAA-TTTAT------------------CTTA-GCCC-TAGAGTG------AGAATTA-G-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTATTTGGAAGGAACAAGGCTC-----T------------------------------CCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AA--TGAAAAAGC-CC-TGTAAATTT-TTTT-T-TCTTGCATA----CCGA-AA---AC-A-----T--------TG-----A----A--TA-T---TTATTCTAA----TTTG-AATTA--TTAT---TAAA---TT-A------A-AT---T--TCA--TTA-----------T--TAAATTA-AAA--ATATTACTTTA-A-------A----TGT-TT-AATA----TGCAG---CATCA---TAA--ATC---------GTTC-C-AA-TGTCAC--------AGCAAGGTAGGAT--------------------------GAGCCCATGGAGTGGGTGTCGGA--TG-CAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TGTCTCAAG--GGATCA--G--AC--TTTCTACCTA-A----AC--AGAAAAAAA-CA-TAAATGATT-ATTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-A-----T--------TG-----G-------TA-G---TTA-----G----TTTA-GTTT---TC-T---TGCAT-ACC-A---AACACATTGGTAGT----TTAGTTTA--CATGT--TA---TACATA--TT-TTATTTTA-TCACGATCG----TAT-TT-AAGG----TGTCA---AATTAG--TTG--ATGCTGG-----ATCC-TGGA-TGG--T--------AGCATG--AAAACTTTAT------------------CTCA-GCCC-TATAGTG------GAA--TA-AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACATGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT-TTAAGCAGAAATGAGACTC-----TGC--------C--T---------AGTAA-CCCAAG--GTACGG--A--AT--TTT--ATTTGTAT---AC--CAAACACAT-TATTGAAAAGTT-ATTT-T-----------------A-AT------------T--------TA-----A----T--TC-A---TCATT-AAA----TT---GTTTA--TC------------------C--CG-ATCTCA--T----TCA----A--GAC-T----AATTATGTT--AT-TTACATCA-T-------ATTTTTTT-TT-TATA----T-TCA---CTCCA---CAG--CTG---------GTTC-T-AA-CACCAC--------AGAGCA--AGAATTTAA----------------------------------CG------AGA--TA-GAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Aa
gi|8 : -----TGTGAGACTCG---TACATTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTGT-TT-GACTGGAACGAGACTG-----TGT---------------------AGTGATCCCAAG--GTTTGA--G--AT--TT-CAATTGG-A----AG--CGTAAAAGT-CA-TGAACGATT-ATTT-T-CCTTGCATA----ATAA-A
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgtaagtatatgtAT-----TATACGTATCT---TTCATGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTCactactcgatcaaaatgttgttgaccagggtttacatattgacataccttttaactaaatttatcaaatttatctaatttgata
gi|9 : CA-G-AACAGTTATCCAGAG--GGACGT--A--ATATTTTCAATCCG-C----AC--TGAAAAACC-TA-TGGACGACA-TCTT-T-TCTTGTATATTACCCTA-GCTTTGT-GGTTTCT--------TA-----A----GATTT-T---TTATTCCGG----TTTATGTTTA--T-AG---TATATATAC-A--TAGTT-ATAGTT--T----TTATG--AATGACG---TGGATTTTATG--AT-TGGCGT-------------------------TA----CGTCAATGCGCGA---GAA--AT-----------TTT-T-------CAT--------AGCGCG--AGAATgagttaccgccagaacagttatccagagggacgtaatattttcaatccgcactgaaaaacctatggacgacatcttttcttgtatattaccctagctttgtggtttcttaagattttttattccggtttatgtttatagtatatatacatagttatagtttttatgaatgacgtggattttatgattggcgttacgtcaatgcgcgagaaatttttcatagcgcgagaat
blockSeqs : AC C . A C ATGG AATCA TAGA C C AT GTT A C A T T AGTCGTGTTCCTGTAGAAAC T TA TA GC AT T C AGGGC AT ATA T A TC A A A CAACCCG T CCTGTGTGATTTGTAAGGATA CCT GATT TG GT ACC GCATACCAAACACATTGGTAGTTTAGTTTA CAT A G GT A C TCACGATCG G GT ATAA ATG AA TAGCAAGAGGAGGGTTACATTCTGCAGAT GT TG TGAATGGTGTTATGTAGTTCTAGGTCCTAGAAAG AT T AT T TAATAAA A G TATG TTG G A TTAA TTA
blockSeqs : T A G . T T . . TT . A . C A TGCCAAGTTAATACAAAA T . . . A A C TAT . GT . A C . . T TTACCCT . TTTGTGGTTTCTTAAGATTTT CCG . A . . ATATATACATAGTTATAGTTTTTATGAAT C A T . . C TTACTT . T . . CT CAAGGATATTATGAATGGCATTATGTCAC . TT GAGCCCATGGAGTGGGTGTC A . . A CGTA A . TATG ATG . . . .
blockSeqs : . A T . . AA . T . T G TGTTACCGCCATAAC T . . . . A T A . TC . A T . . T CCA . TGTGTTATTTTTAAGAATTT CTG . T . . ATCTTATAACCAATATCGCCTTGAA A C T . . C TATTTT . T . . AT GTTGATGCTGGATCCTGGATGGT . TT TCTCAGCTCTGGGGTG . . . A TCAC A . TAT T . . . .
blockSeqs : . T A . . TA . C . T A TGCCT T . . . . A C C . CC . T A . . T TCA . TCTTTAACTGTGTGA TTA . C . . TTTTTTACCATAAAAGCTTTTGA C G C . . C ATA . T . . AG CGAGGAGTGCAGGAAAGGCA . TT TCTCGGTCCTAGGGTG . . . A TCAT G . TAA A . . . .
blockSeqs : . A A . . TT . C . A A ACAT T . . . . T T C . TC . T C . . C CCA . CTTAACTGTGAGTT CCG . T . . TTTTATCACTTGGCGCGAG T A C . . T TA . A . . GT TAAATGAGTCTTAACGTCAT . TA TCTAGGTCCTAGAAAG . . . T CACT A . AT A . . . .
blockSeqs : . T A . . TC . C . . A TGT T . . . . A T A . CA . T C . . T ATA . AAATCAATTAA CCG . T . . AAATTAAATTTCATTA T A T . . T TA . A . . AG TAAATCGTTCCAATGTCAC . CT TCTTAGCCCTAGAGTG . . . A AAAC A . AA A . . . .
blockSeqs : . A T . . CC . T . . T T T . . . . T T A . GT . A A . . C CCG . ACATTAAATGA TTA . C . . CCGATCTCATTCAA T G T . . C TA . T . . AT CAGCTGGTTCTAACACCAC . TT TCTCAGCCCTATAGTG . . . A TAAC A . TG A . . . .
blockSeqs : . T A . . CC . . . . . T . . . . A T A . CT . A C . . C CCA . ACATTGAATAT TCA . A . . ATCGCTTAA . . . . . . AA . . . . AT TAGATTATGAGTCCA . T CATGGAGTGCATGT . . . A CGTA A . CA A . . . .
blockSeqs : G A . . TA . . . . . . T T C . GC . T C . . C ATA . TGTGCAATTT TCA . T . . . . . . . . . . TC GAAATTTTTCAT . T TCTTGGCCCT . . . A TGTA . . TG G . . . .
blockSeqs : T T . . . . . . . . T T A . AA . A T . . C C . ACATTGGTAG CTA . A . . . . GC . . GGTGT . . . A TGGC . . G A . . . .
blockSeqs : . . . . . A T A . AT . C A . . T A . ATATATAA CCG . G . CG . . . A T . .
blockSeqs : . . . . A G A . GT . C A . . . C . TTAATTCA AA . G . . . .
blockSeqs : . . . . . C C . CC . . A . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqCons : TGCCT************************ ATNTTATACCAATNTCGCTTTGAA***************** TAG*
originalCons : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TGC------T-C--TGCA-A-AACAGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATAT-TTT-A--CAACA-ATCGCT--T----TTA----A--GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
finalCons : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT-TTTGGCAGGAACGAGGCTCTGCCT------------------------AGTTATCCCAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---AC-G-----T--------TA-----A----A--TA-A---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TCAT---TATNTTATACCAATNTCGCTTTGAA-----------------GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-T-------A----TAT-TT-TATA----CGTCA---CGTCA---CAA--ATG---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATAG-C--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 11111 5555555555555555555555555555555 1111111 1111111 333333333333333333333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111
lowQualScore : 88 1 5 1 1 888888 11111 0 6666 1 3 55 999 3 0 0 99 2 1 0 5555555555555555555555555555555 33 0000000 33 33 33 66 2 2 999999 33 666 2 4 44 2 2 3 7777777 2 000000000000000000000000000000000 333 6666 44 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999 2 55 4 888888888 4 4 3 7777 3 1111111 666 22 666 00000000000000000000000000000000000000000000000000 44 22 666666666666666666666666666666666666666666 66 2 33 1 555555555 4 3 6666 66666 3 3 7777 666
lowQualScore : .. . . . . ...... ..... . .... . . .. ... . . . .. . . . ............................... .. ....... .. .. .. .. . . ...... .. ... . . .. . . . ....... . ................................. ... .... .. .. ................................................. . .. . ......... . . . .... . ....... ... .. ... .................................................. .. .. .......................................... .. . .. . ......... . . .... ..... . . .... ...
lowQualScore : 00 0 0 0 0 333333 11111 5 6666 0 6 00 111 6 5 7 55 4 6 7 4444444444444444444444444444444 22 0000000 99 99 99 88 0 1 666666 99 000 7 5 22 7 7 7 3333333 7 888888888888888888888888888888888 222 5555 11 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444 4 55 0 000000000 0 0 6 7777 6 8888888 444 33 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 88 9 99 7 444444444 5 3 2222 11111 6 6 7777 444
consensus : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT--TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TG--C-------C----T--------AGTTA-TCC-------CAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACG-----TTA-----A----A--TAA---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TC-AT---TATNTTAT-A-CCAA--TA-TCGCTT---TGA-A-GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-TA----TAT-TT-TAT-A----CG-TC-------A---CGTCA---CAA--AT------------G---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
Reference ( family-234 ) : TACAGACTANTCCAACAACATANTTGTGNAA-ATGGGTTAGAC-----TATAAGAATCT---TNCATGGGTTTGA-G--GT-TCGGATGGAAAATTCCGTCC-CGAGGGATAACTGT--TTTGGCAGGAACGAGGCTC-----TG--C-------C----T--------AGTTA-TCC-------CAAG--GGACGG--A--AT--TTTCNATCCG-A----AC--CGAAAAANC-CA-TGAANGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACG-----TTA-----A----A--TAA---TTATTCCGA----TTTA-NTTTA--TC-AT---TATNTTAT-A-CCAA--TN-TCGCTT---TGA-A-GACGT--TAAATTATATA--AT-TTACGTCA-TA----TAT-TT-TAT-A----CG-TC-------A---CGTCA---CAA--AT------------G---------ATTC-TGAA-CGGCAT--------AGCGCG--AGAATTTTAT------------------CTCG-GCCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTAAA-ATA-GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTATGCAAGAA
gi|1 : TACAA--TAGTTCAACAACATAGTGGTGGAATATAGGTTAGAT-----TATAAGAATCT---TACATGGGTTTGA-G--GT-TTGGAGAGAAAATTCCGTCC-CGAGGGAAAACTGT--TTTGGCAGGAATGAGGCTC-----TG--CAGAGTTCC----TGCATAAACAGTTG-TCC-------CAAG--GGACAG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AC--CGAAAAGGC-CA-TGAATGATT-CTTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AT---ATA-----TTA-----A----A--TAA---TTGTTTTAA----CTTA-TTTTA--TC-AT---TATATTTT-T-ACAA--CAGTTGCTT---TTA-A-GACGT--TAAATTATATG--AT-TTACGTCA-TC----TAT-TT-TAT-A----CG-TT-------A---TGTCA---TAA--AT------------A---------AGTC-TAAA-CAGCAT--------AGTGCA--TGAATTTTAT------------------CTCA-GCCC-TAGGGAT------AGA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCCGGTATA-ATG-GC--A--GATA-T-CCT----TATCT---GGTGTGCAAGAA
gi|10 : -----A----A--TAG---TTATTCCTA----TATA-ATTCA--TC-ATACCTTTTTT-T-A-CCAT--AA-AAGCTT---TTG-A-AATGT--CAAATCTGATA--TT-TTACGTCA-TA----TATGTT-TAT-A----CG-TC-------A---CAACATAGCAA--GA------------GGAGGGTTACATTC-TG---CAG-AT--------A-CACG---GTATGTTA--------------------------CA-TGGAGTGCATGT-AG---TATGAA--ATTTCCGTA-----CCTGGTAAA-A-A-TC--T--GGTAGT-CCA----TGTCT---GGTATGCAAGA
gi|11 : aaaccTACAGACTACTCCAA-AACATAATTATGCAA-----GTTAAACAATCATATAAGAATCT---TCCACGAGTCTGACGATGC-TTATATAAAAAATTCTGTTT-AAAATGATAACGGT--TGTGGTTGGATCAACAATT-----TG--C-------C----A--------AGTTAATACAAAAAGTTAAGTAGG--GG--A--AT--TTTCTATTCT-A----AC--AGAAAAAGT-CA-CGAAAGATT-CTTT-T-TCTTGAATA----CCAA-AC---ACG-----TTgatttctcgcacacttggggttagagatatatagctttatc
gi|12 : ATAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GT-AAGAATGGAAAATTCCAACC-CGAGGGggtcttcattttaatacatcattttg
gi|12 : AA--GAATGG--A--AAA-TTCCAACCCG-AGGGCAT--CGAAAAATC-TA-TGAA-GATT-TTTTAT-TCTTG--TA----C--A-AC----TG-----TGC-----A----A--TTT---TTATTCCGG----TTTA-TTTTcatcgaaaaatctatgaagattttttattcttgtacaactgtgcaatttttattccggtttattttctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|13 : ataagtatcattcatgggtttgaggtG--GGACAG--A--AT--TTTAAACCTG-C----AC--CGAAAACCC-CT-GGAAAGATT-ATTA-T-ACTTGTATA------AA-AC---ctgtagtagcgcaagtatagcatagcatttatgaatgaatatgtaatagcacaaaaattttatgaaaggcgttaagtcttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaat
gi|14 : -----A----A--TAA---TTATTTTAA----TTTA-CTTTA--TC-AT---TAT------------------CGCTT-----A-A-GATGT--AAAATCATATA--AT-TTATGCCATTACTT-TAT-TT-TAT-A----CG-TT-------A---CCTCA---CAcctgtgtgatttgtaaggatactattctggttaaaccatttattttttatagtagtgcaagattaccatagtattgatgaatgaataaggtataacgcgaggaatttgccattattggcgcaaggattttgtgaaagtcgttatgctatagtgcgagga
gi|15 : aaactag-----TATAGGTATCT---TTCACGGGTTTGA-A--GT----GATGAAAAATTCCgcgcaaggagggtaggaaagccaggtagaagggatgtaatgtttaatatcagtaccctgtaaaaatccatggaatccatgt
gi|15 : TTA-TTC-------CGAA--GTACGG--A--AT--TTTGAATCCA-C----AC--TGAAA--------------ATA-CTTT-T-TCTTGTGTA----C--A-AC----C------TTA-----ACT--G--TGAGTTTTATTCCGG----TTTA-TTTTaacacgctcaaacatttattccgaagtacggaattttgaatccacactgaaaatactttttcttgtgtacaaccttaactgtgagttttattccggtttatttttttgattgtagctcaaggataccata
gi|16 : tataggtatctttcacgggtttgaagtgatgaaaaattccaacacgctcaaacat------AGA--AA-GAA--ATATC--TCAC---ATTGGTAGA-ATA-TC--A--AATA-TACTT----TA-CC---GATATGTAAGAAtttgattgtagctcaaggataccata
gi|17 : acttggagggtacgtaggatgaaatttctgaacccgggaaaataattacaaaatctatgcttggtatgaaCAT--------AGCGCG--AGCATTTTATGAATGGTGTTATGTAGTTCTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAa
gi|18 : cttgacgtgaggaatttgtcaaagcatgagaattttatgaatagtgttacatAACTC-CG-TGAAAGATA-CCTT-T-TCTTGTATACAACCCGA-ACT--GTG-----TTATTTTTA----A--GAATTTTTATTCCGA----TTTA-TT
gi|19 : AT-A----TG-TT-------A---CATCA---TA-----------------G---------ATTA-TGAGTC--CA---------AGTGCG--GAAGTTTTAT------------------CTCA-GCTC-TGGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--TCAT---ACCAGTAAA-ATA-AC--A--GATA-T-CCT----TAT-C---GGTATGCGTGAAgtctataaaattcaaattcaaatagtttatttcggcatatga
gi|2 : ATATTTGTGAAA-ATGG--TAGAC-----TATAAGA--CTAGATA-ATGGGTGTGA-G--GT-TACGATAGAATATTGCATTTACG-GGAATAAATGT--CTCGGCAGGAGTGAGGACA-----TA--C-------C----T--------ATTT------------CAAG--GAATGG--G--CA--TTTCTATCTT-A----TT--CGAAAAAATACA-TGAATTATT-AATT-T-TCTTGCTTA----TCAA-AC---AAA-----TCA-----A----T--TAA---TTATTTTAA----TTTA-CTTCA--TC-AT---TATCTTAT-AACCAA--TA-TCGCCT---TGA-A-GACGT--CACATCATATA--AT-TTACGTCA-TA----TAT-TTGTAT-A----CG-TC-------A---CAGCG---CGA--GG------------A---------GTGCAGGAA-AGGCA-------------CG--AGAA-------------------------------------GGTGT-----AGA--AA-GAA--ATTTC--CACT---GCCGGTGAA-A-A-ACTTG--GAAA----------TGTCT---GGTAAGCAAGAAa
gi|21 : t--------AGCGCA--AGAATTTTAT------------------CTCG-GTCC-TAGGGTG------AGA--TA-GAA--ATATC--AAAC---CCTGGT-AA-ATATGC--A--GATA-T-ACT----TATCC---GGTGTGCAAGAAac
gi|22 : ttaggatcagtct----T--------AGTTG-TTC-------CAAG--GGATAGTAAGCAT--GTTCAGGCTG-A----ACATC---AAACA-TA-TAAGTGGTTTCTTT-TATTTTGTATA----CCAA-GC---ACA-----TTA-----A----A--TGA---TTATT
gi|23 : aaa-----TAGAAGAATTA---AACATGGGCT-GA-G--AT-TTGGATGAAAAACTCAGTTC-AAAGAGATATTTTA--TTTTGCGGCGATGAGGCTC-----TG--C-------C----G--------A---A-TCC-------Ct
gi|24 : T------------------CTAG-GTCC-TAGAAAG------AAA--TA-GAA--ATATC--TAAC---CCTGGT-AA-AT--GC--A--CATA-T-CCT----TATCC---CGTGTGCAAGAA
gi|25 : AGGGTGTGT---AGAA-TG-AAA--AT-TCCGTA-----CCCGGTAAA-ACA--C--ATGGAGA-T-CCT----TGTCC---GGTATGTAAGAtaagaatgttttattcta
gi|3 : ggagggtagaataagcgcgtgaTA--AT-TTA--TCAATA----TAT-TT-TAT-AATAATA-TT-------A---CGTCG---TAA--AT------------G---------AGTC-TTAA-CGTCAT--------AGCGCG--AGAATATTAT------------------CTTG-GCCC-T-------------------------ATATC--T-----------T--------GC--A--GATA-T-CCT----TATCC---GGTGTGCAAGAA
gi|3 : gttagatgtgtcacttAGAC-----TATAAGAATCT---AACATAGGTTTGA-G--AT-TCGGATAGAAGGTTTCATCC-CGAGGGATAACTG---TTTGGCAGGAACGAGGCTCAGTCGTGTTC-------C----TGTAGAAACAGTTA-TCC-------CAAG--GGATGG--A--AT--TTTCTATCTC-A----AC--TGAAAAAGT-CA-TGAATAATT-CTT----------ATA----ATAATAT---A--------TA-----T----A--TAA---ATATTTCAA----CTTA-ATTTA--TCAATA--TATTTTAT-A-ATAA--TA-Tagttgaaatatttatatatatattattataagaattattcatgactttttcagttgagatagaaaattccatcccttgggataactgtttctacaggaacacgactgagcctcgttcctgccaaacagttatccctcgggatgaaaccttctatccgaatctcaaacctatgttagattcttatagtctttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|4 : gttagatgtgtcacttttcttgcacaccggataaggatatctgcaagatatagggccaagataatattctcgcgctatgacgttaagactcatttacgacgtaAT-----TAGAAGTATCA---TTCATGGGTTTGA-G--GG-CCGAATGGAAAATTCCAATC-CGAGGGATAACTGTGCCTTGTTA-----------C-----CG--C-------CATAAC--------AGTCA-TCC-------CGAG--GGACAG--A--AT--TTTCAATCTG-C----AT--CTTAAAACT-CA-TGAAAGATA-CTTA-T-TCTTGCATA----C--A-AC---TCT-----TTA-----ACTGTG--TGA---TT-TTTCAAGATTTTTA-TTCCGGTTC-AT---T-TTTTATCA-CT----TG-GCGC------GA-G-GATACCATAGACTCCATAGTAT-TTATGT-A-TA-----A------AT-A----CA-TC-------A---TAGCA---CAAGGAT----------------------ATTA-TGAA-TGGCATTATGTCACAGCATG--AGAA-TTTAT------------------CTTA-GCCC-TAGAGTG------AGAATTA-G-A--ATACC--TAAttaccagtcttaatttttactttctcattttca
gi|5 : GAATATTCCGTCC-CAACTGATGACTGTA-TTTGGAAGGAACAAGGCTC-----T---------------------------------C-------CAAG--GGACGG--A--AT--TTTCTATCTG-A----AA--TGAAAAAGC-CC-TGTAAATTT-TTTT-T-TCTTGCATA----CCGA-AA---ACA-----TTG-----A----A--TAT---TTATTCTAA----TTTG-AATTA--TT-AT---TAAATTA------AA--TT-TCATT-------------AT--TAAATTA-AAA--ATATTACTTTA-AA----TGT-TT-AAT-A----TG-CA-------G---CATCA---TAA--AT------------C---------GTTC-C-AA-TGTCAC--------AGCAAGGTAGGAT--------------------------GAGCCCATGGAGTGGGTGTCGGA--TG-CAA--AT-TC--TGTA---CCCAGTAAA-ATATGC--G--GAAG-T-CAT----TGCCT---GGTATGCAAGAA
gi|6 : TG-TCT-------CAAG--GGATCA--G--AC--TTTCTACCTA-A----AC--AGAAAAAAA-CA-TAAATGATT-ATTT-T-TCTTGCATA----CCAA-AC---ACA-----TT------G----G--TAG---TTA-----G----TTTA-GTTT---TC--------TTGCAT-A-CCAA-----ACACAT---TGGTA-G--TT--TAGTTTACATG--TT-ATACATAT-TT----TAT-TT-TATCA----CGATCGTATTTAA---GGTGT---CAA--ATTAGTTGATGCTGG---------ATCC-TGGA-TGG--T--------AGCATG--AAAACTTTAT------------------CTCA-GCCC-TATAGTG------GAA--TA-AAAATATATC--TGGC---CCCAGGAAAGAT--GC--A--GATA-T-CCTTTAATATACTTAGGTATGCAAGAA
gi|7 : ACAAAAATTT---GACATGGTTTACA-T--GT-CCAGATAGGAAATTCTGTCC-CCAAGGA-AA-TGT--TTAAGCAGAAATGAGACTC-----TG--C-------C----T--------AG-TA-ACC-------CAAG--GTACGG--A--AT--TTT--ATTTGTAT---AC--CAAACACAT-TATTGAAAAGTT-ATTT-T-----------------A-AT-----------TTA-----A----T--TCA---TCATT-AAA----TT---GTTTA--TC-----------------CCGA--TC-TCA--T---TCA-A-GAC-T----AATTATGTT--AT-TTACATCA-TATTTTTTT-TT-TAT-A----T--TC-------A---CTCCA---CAG--CT------------G---------GTTC-T-AA-CACCAC--------AGAGCA--AGAATTTAA----------------------------------CG------AGA--TA-GAA--ATATG--TAATAAACCCGATAAA-Aa
gi|8 : -----TGTGAGACTCG---TACATTGATTGGA-T--GT-TAGGATAGAAAAGAAAGTCC-TTAAGGATAATTGT--TT-GACTGGAACGAGACTG-----TG---------------T--------AGTGA-TCC-------CAAG--GTTTGA--G--AT--TT-CAATTGG-A----AG--CGTAAAAGT-CA-TGAACGATT-ATTT-T-CCTTGCATA----ATAA-A
gi|9 : actacatgcagctggtggaaactctatccgtaagtatatgtAT-----TATACGTATCT---TTCATGCGTTTGA-G--GTGTTGG-TGAAAAATTTTGTC---GAG---TTACCGC-------CAG-AAC--------------------------------------AGTTA-TCC-------AGAG--GGACGT--A--ATATTTTCAATCCG-C----AC--TGAAAAACC-TA-TGGACGACA-TCTT-T-TCTTGTATATTACCCTA-GCTTTGTGGTTTCTTA-----A----GATTTT---TTATTCCGG----TTTATGTTTA--T--AG---TATA-TAT-A-CATAGTTA-TAGTTTTTATGA-ATGACG---TGGATTTTATG--AT-TGGCGT------------------T-A----CG-TC-------AATGCGCGA---GAA--AT-----------------------TTT-T-------CAT--------AGCGCG--AGAATactactcgatcaaaatgttgttgaccagggtttacatattgacataccttttaactaaatttatcaaatttatctaatttgata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACATCAAAACGCGGGAAGTGCAGGAAAGGCACGTGGAAGGGTAGATCGATTAGATACAATTTCCGTACTCGATAAACATTGGAAATCAACGGGTACTGAGTAGTATGCAAGA
Unaligned ( gi|26 ): GATATTTTTTCTTGCATACAACCCTAACTGTGTGATTTTTTAAAGATTGATTTTTATTTTCTTTTATAGTAGCGCAAGACTACCATA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGCATGAAGGGGGTGCATGATGGAAATTCCATACCTGGTAAAA