lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 11 2222222222
lowQualScore : 55 1 1 00000000 1 666666 44 2 2 4 4444 4444 333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 888888 2 33 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 999 0 1 33 4 7 6 555555 22 22 55555 6666666666 1
lowQualScore : .. . . ........ . ...... .. . . . .... .... ... ........................................................... ... ...... . .. .. ......................................................... . . ... . . .. . . . ...... .. .. ..... .......... .
lowQualScore : 55 7 7 22222222 7 555555 99 1 0 7 2222 2222 555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 777777 4 22 99 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 444 5 9 99 8 1 3 888888 44 22 22222 1111111111 5
consensus : CCATC-CTTAA-AAA-A--TA-TT-T-G------TTTGCTGTGCTCCG-ACCCAGTAT-TTT-TCATGTG----GGTAG----GTAGGT---AGC---TA-----------------------TT-T--TTT--------GC------------CA--AATTTTGATTTT-CATAGTCATTTT-AA--A-GAAAAATGGACAGAA-----------ATC-TAA-----AT-AAAAAAA--------A--A---AACGCTTTGAAAGTCAA-T-AAAAAG-TTTGGGT-AGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--T-A---GGAGCACGGCAAACA--A--AT-N-TTTT-TTAAGGAC
Reference ( gi|3 ) : CCATC-TTTAA-AAA-A--TA-GT-T-G------TTTGCTGTGCTCCA-ACCCAGTAT-TTT-TTATGTG----GGTAG----GTAGGT---AGC---TAAAAA--------------A---ATT-T--TGT--------GT------------CA--GATTTTGATTTTGTATGGTCATTTT-AA--A-GAAAAATGGACAGAA-----------GGCTTAA-----AT-AAAAAAA--------A--A---AACGCTTTGAAAGTCAA-T-AAAACGTTTTGAGA-AGTTGCAGTTTTGAATGA------G--TAGG--T-A---GGAGCACGGCAAACA--A--AT-C-TTTT-TTAAGGAC
gi|2 : CCATC-CTTAA-AAA-AAATA-TT-T-G------TTTGCTGTACTCAA-ACACAGTAT-TTT-TCATGTG----GGTAG----GTA--T-----C---TAAT---------------------TT-T--TGTTTGTT---GC------------CA--AATTTTGATTTTGCATAGTCATTTT-TA--A-GAAAAATGGATATAA-----------ATCATGA-----A--AAAAAAA--------ATTA---AACGTTTTGAAAGTCAA-T-AAAAAAGTTTGGGT-AGCGTCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--T-A---GGAGCACGGCAAAAA--T--TT-C-TTCT-TTAAGGAC
gi|2 : CCGTC-CTTAA-AGA-A--GA-AA-T-T------TTTGCCGTGCTCCT-ACCTAgg
gi|5 : ccatccttaaaaaaaatatttgtttgctgtactcaaacacagtatttttcatgtgggtaggtatctaatttttgtttgttgccaaattttgattttgcatagtcatttttaagaaaaatggatataaatcatgaaaaaaaaaattaaacgttttgaaagtcaataaaaaagtttgggtagcgtcaattttgagtgagCCATC-CTTAA-AAA-A--TA-TT-T-G------TTTGCTGTGCTCCA-ACCCGGTAA-TTT-TCATGTG----GGTAG----GTAGCT---ATT---T------------------------TT-TG-TGT--------GC------------TA--AATTTTGATTTTGCGTAGTCATTTT-AA--A-GAAAAATGGACAG------------------AA-----AT-CATGATATTTTTTTTT--A---AATGCTTAGAAGGTCAA-T-AAAAAG-TTTGGGT-AGGGCCAACTTTGAGTGA------G--TAGG--T-A---GGTGCACGGTAAACA--GT-AT-A-TTTT-TTAAGGA
gi|1 : ggCCATC-CTTAA-AAA-A--TA-TT-T-G------TTTGCTGTGCTCAG-TCTCAGTAT-TTT-TCATGTG----AGTAG----G----T---AGG---TAGATACTATTTTTTTATTTA---TTT-T--TTT--------GA------------TA--AGTTTTTATTTT-CATAGTCATTTT-AC--A-GGAAAATGAACAGGA-----------ATCATAA-----AA-ATAAAAT--------T--A---AACACTTTGAAAGTCAA-T-AAAG---TTGGGGT-AGCTGCTATTTTGAGTGAGTACATG--TAGG--T-A---GGAGCACGACAAACA--A--------TTT-TTAt
gi|7 : CTATC-CTTAA-AAA----TA-TG-T-G------TTTGCTGTGCTACA-ATCT-GTAT-TTT-TT--GTG----GATAG----ACAGGT---AGT---TA-----------------------TT-TC-TTT--------TT------------TACTGATTTTGATTTT--ATTGTCATTTG-AA--A-AAAAAA--GACA--A-----------G----AA-----ATGAAAAAAA--------A--C---AATGCTTTCAACGTCAC-T-AAAAAAGTGTGGGC-AGCTGCAA-TTTAAGTAG------G--TAGG--T-A---GAGACATGGCAAACT--C--AT-A-TCAT-TTAAGtg
gi|19 : CCATCCTTTAA-AAT-A--T--GTGT-G------TTTGCTGTGCTCTG-ACTCGGTAT-TTT-TCATGTG----GGTAG----GTAGAT---AGC---------------------------ATT-TTCTTT--------GC------------CA--GATTTTGATTTAACATAGTCATTTG-AA--A-AAAAcat
gi|19 : CCATT-CTTAA-AAA-A--TA----T--------TTTACTGTGCTCCA-ACCttttttgagtgaacaggttggagcacagtaaaatattttttaagaatggcc
gi|17 : ccatcctttaaaatatgtgtgtttgctgtgctctgactcggtatttttcatgtgggtaggtagatagcattttctttgccagattttgatttaacatagtcatttgaaaaaaattttttgagtgaacaCCATA-CTTAATAAA-A--T-----T-G------CTTGCTGCG-TCCG-ATCCAGAAT-ATT-TCATGTGTGAAGGCAG----GTAGGT---Acc
gi|6 : atacacacttagaCATC-CTAAA-AAA-A--T--GT-TAG------TTTGCTCTGCTCCA-ACCCAGTAT-TTC-TCATGTG----GGTAGGTAAGTAGGT---AGC---T-----------------------ATT-T--TTT--------TTTTTTTAG-----CA--GATTCTGATTT--TACAGTCATTTT-AA--A-CAAAAATGGACAGAA-----------ATC---------AT-GAAAAAA--------T--ATTCAATGCCTTGGTAGTCTA-T-AAAAAAGTTTGGGT-AGCTGCAATTTTGAATGA------C--TAGG--C-A---GGACAACGGCTAACA--G--AT-ttgacagaaatcacgaaagagagcattgcttcgaaaatcaatattaagaaataagaaatttaaggtagttgcaaatctaagtcagcagatag
gi|11 : CATC-CTTAA-AAA-AA-TA-TT-T-G------TTTGCTGTGCTCCG-ACCTAGTAT-TTT-TCATGTG----GGTAG----GTAGGT---AGC---T----A--------------A---TTT-T--TGT--------GA------------CA--AA-----A--------AGTCATTTTAAA--A-AAAAAATGGACAGAA-----------ATC---A-----TT-AAAAAAA--------ATTA---AATGTTTTCCAAGTCAA-T-AGAATAGTTTGGGT-AGCTGCAATTTGGAGTGA------G--TAGG--T-A---GGAACAg
gi|12 : gtCATC-CTTAT-AAA-A--T-----T-G------GTTGCTTTGCTCCT-ACGCGGTTT-TGT-TTATGTG----GATAA----ATAGGTTACAGC---TTATTT--------------A---TTT-T--TTTG-------GC------------CA--AATTTTGATTTTGTA-AGTCATTTT-AA--ACAAAAAATAAACAGAA-----------ATCTT------------AAAAA--------A--A---ATC-----------CAA-T-CA-----TTTGA-----TTTTAGTT-------A------G--TAGG--T-A---TGAGTATGGC-AATA--A--AT-T-TCTT-TTAAGAAatttatttttta
gi|23 : CATC-CTTGA-TAA-A--AA-GT-T-TC-----TTTGCTGTTTTCCG-ACCCAGTATATTTATTATGT------GTGA----GTAG-----AAC----AAAAA--------------A---A------TG---------GT------------CA--GA
gi|5 : gtagggtgttATC-CTTAA-AAA-A--TATAC-T-G------TTTACCGTGCACCT-ACCTAaatcatgaaaaaattaataaaaaattttggttagccgcaatt
gi|13 : ggccatccttaaaaaatatttgtttgctgtgctccaacccggtaattttcatgtgggtaggtagctattttttgtgtgctaaattttgattttgcgtagtcattttaaagaaaaatggacagaaatcatgatatttttttttaaatgcttagaaggtcaataaaaagtttgggtagggccaactttgagtgagATC-CTTAA-AAA-AA-TA-TT-T-G------TTTGCTATGCTCCG-ACC-AGTAT-TTT-TCATGAG----GTTAG----GAAGCT---AGC---------------------------ATT-T--TTTTTTCATTAGC------------CA--AATTTTGACTTT-----------TT-AA--A-CAAACATGGACAG------------------AA-----AT-CA---------------------------TGAAAGTCAA-T-AAAAAG-TTTGGGT-AGCTGCAATTGTGAGTGA------G--TTGG--T-A---GGAGCACAGCAATCA--------T-TTTT-TTAAGAAC
gi|24 : ttATC-ATTAA-AAA-AA-TA--T-T-G------TTTGTTGTGCTCTG-ACCCAGTAT-TTT-TCATGTG----GGTA-----GTAGGT---AGG---TAGCAA--------------ATTTATT-T--T-T--------GC------------AA--TATTTTGATTTT
gi|25 : ATT-CTTAA-AAA-A--T-------G------TTTGCCATGCTCCT-ACCtgatattgcaaaca
gi|10 : agttTC-CTCAA-AAA-A--TA-CT-T-G------TTTGCTGTGTCCTC-ACCCAATAT-TTT-TCATGTG----GGTAG----GTAGGT---AGC---------------------------ATT-T--T-T----------------------------TTTTGATTATTCA--ATCTTTTT-AA--A-GAAAAATGGACAGAAAGGGGGTGGGGGGATTAA-----AT-GA-------------------------TTTGAAAGTCGA-T-------TTTAAAAA-AGCTGCAATTTTGAGTGA------GTATAGC--T-A---GGAGCAGGGCGAACA--A--TT-TATTTT-TTAAGG
gi|4 : C-TTAAA-AAA-A--TA-TT-T-G------TTTGCTGTGC-CTACACCCAGTAT-TTT-TCATGTC----AGTAG----GTAGGT---AGC---TA-----------------------TT-T--TTT--------TTGGGAGGGGGGAGCA--AATTTTGATTTTGCATAGTCATTTT-AA--A-GAAAAATGGACATAA-----------ATCGTAA-----AA-AAAAAAT--------C--A---AACACTTTGAAAGTCAATT-AAAAAG-TTTGGGT-AGCCGCAATTTTGAGTGA------A--TAGG--T-------AGCATGGCAAACA--A--
gi|9 : C-TTTAA-AAG----TA-TT-T-GCTGCAGTTTGCTGTGCTCTG-ACCCAGTAT-TTT-T-AGGTG----GGTAG----GTAGGT---AGC---TAAAGT--------------A---TTTGT--TTT--------GC------------CA--GATTTTGATTT---------------AA--A-CAAAAATGGACACAA--------------TTAT-----TG-AAAAGAA--------A--ATTCAAGGCTTTGAGAGTCAA-TAAAAAAGTTTT-AGT-AGCTGCAATTTTTAGTGG------G--TAGG--T-T---AGAGCATGGCAAACA--------C-TTTT-TTtgaattatctaatgat
gi|14 : -TCTAA-AAACA--TG-TT-T-G------TTTGTTGTGCTCCG-ATTCAGTAT-TTT-TCATGCA----TGAAA----GAAGCT---AGT---T-----------------------ATT-T--TTTTTCATTA-GC------------CA--AATTTTGATT-----------TTTT-AA--A-CAAAAATGGACAG------------------AA-----AT-CA---------------------------TGAAAGTCAA-T-AAAACG-TTTGGGT-AGCTGTAATTGTGAGTGA------G--TTTA--T-A---GGAGCATGGCAAACA----------TTTT-TTAAtt
gi|15 : atTTAA-AAA-A--TG-TT-T-A------TTTGCTGTGCT
gi|16 : ctgtgctctgacccagtaatttcatgggggcaggaagggagcccttttttccgccagatttcaatattttattgtcattttgaacaattaacagaaattatgaggaaaaaattgacgtaaaaaaagttaggtaactgcaatttgagtgagtacgtattgaaTAA-AAA-A--AA----T-G------TTTGCTGTGCTCCA-AACCAGTAC-TTT-CCATGTG----GGTAG----GTAGGT---AGC---TAAgaac
gi|9 : ccAA-AAA-A--AA-GT---G------TTTGCCATGCTCTA-ACCTAttttctggggttttcaaactaaaacggagacagaaatcatgagagagggggggggatcagcgcataaaaagtctcaagtagctgcaattttgagcgagtaggtgcatggcaaacaatttt
gi|8 : ctttaaaagtatttgctgcagtttgctgtgctctgacccagtatttttaggtgggtaggtaggtagctaaagtatttgttttgccagattttgatttaaacaaaaatggacacaattattgaaaagaaaattcaaggctttgagagtcaataaaaaagttttagtagctgcaatttttagtgggA-AAA-A--TA-TT-T-G------TTTGCTGTGTTCTG-ATCCAGTGT-TTT-TCATGTG----GGTAG----GTAGGC---AGC---TAA-----------------------T-T--TGTTTTG----GC------------TA--TATTTTTATTTTAAATAGTCATTTT-TA--A-G-AAAATAGACAGAA-----------A--T--G-----AC-AAACAAA--------ATTA---AATGC-----AAGTCAA-T-AAAAAGGTTTGTGT-AGCGATAAATTTGAGTGA------C--TAGG--T-A---GTAGCACAGTAAAAA--A--A-----ATT-TTAAGG
gi|15 : ccttCTGTGCTCTG-ACCCAGTA--ATT-TCATGGG----GGCAG----GAAGGG---AGCCCTT------------------------TT-T--TCC--------GC------------CA--GATTTCAATATTTTATTGTCATTTT-------GAACAATTAACAGAA-----------A--TT-------AT-GAGGAAA--------A--A---A-----TTG-ACGT-AA---AAAAAGTT---AGGTAACTGCAA-TTTGAGTGA------G--TACG--T-ATTGAAAGCACAGCAAATA--A--AC-A-TTTT-TTAAGAAC
gi|21 : T-TTATGTG----GGTAG----GTAGGT---AGC---------------------------------------------------------------AATTTTGATTTTGCATAGTCAATTT-AA--A-GAAAACTGGTCATAA-----------ATCAT--------T-AAAAAAT--------T--A---AATGCTTTTAAAGT--------AA-------AGA-AGCTGCAATTTCAAGTGA------G--TAGGTAT-A---GGAACACTGTAAACAATA--AT---TGTT-TTAAGGAC
gi|18 : gTC-T--TTT--------GC------------CA--AATTTGGATTTTTCATTGTCATTAT-AGCCA-AAAAAATGGACA-AC-----------TATTCAATATATAT-ATAAAAA--------A--A---AAC-CTTTAAAGGGCAA-T-TAAAAGTTT---GA-A-TAGCA-TTTTAGTTGA---------TAGG--T-A---GGACCACGACAAACA--A--AC-A-TTTCATTAAGAA
gi|16 : tatgtagcA-T-AAAAAGTCTCAAGT-AGCTGCAATTTTGAGCGA------G--TAGG--T--------GCATGGCAAACA--A-------TTTT-
gi|19 : cctaaaaaaaatgtttgctgtgctccaaaccagtactttccatgtgggtaggtaggtagctaattttctggggttttcaaactaaaacggagacagaaatcatgagagagggggggggatcagcgcTTTTGAGTGA------A--CAGG--T-T---GGAGCACAGTA---A--A--AT-A-TTTT-TTAAGAA
gi|4 : ccatcctttaaaatatgtgtgtttgctgtgctctgactcggtatttttcatgtgggtaggtagatagcattttctttgccagattttgatttaacatagtcatttgaaaaaaattTGG------G--T--G--T-A---GG--CACAGCAAACA--A--ATAT-TTTT-TTAAGtggcc
gi|25 : A------G--TTGG--T-A---GGAGCATGGCAAACA----------TTTT-TTAAGAAgtatttttcatgtcagtaggtaggtagctattttttttgggaggggggagcaaattttgattttgcatagtcattttaaagaaaaatggacataaatcgtaaaaaaaaaatcaaacactttgaaagtcaattaaaaagtttgggtagccgcaattttgagtgaataggtagcatggcaaacaatgaattatctaatgat
gi|11 : --TAGG--T-C---GGAGCACAGCAAACA--A--ATAT-TTTT-TTAAGGAt
gi|10 : gtca--TGGG--TGA---GGA-CACAGCAAACA--A--GT-A-TTTT-TTGAGGAgtatttttcatgtgggtaggtaggtagctaatttttgtgacaaaaagtcattttaaaaaaaaaatggacagaaatcattaaaaaaaattaaatgttttccaagtcaatagaatagtttgggtagctgcaatttggagtgagtaggtaggaacaatttatttttta
gi|24 : --TGGG--T-C---AGAGCACAACAAACA--AT-AT---TTTT-TTAATGAatatttttcatgtgggtaggtaggtagcatttttttttgattattcaatctttttaaagaaaaatggacagaaagggggtggggggattaaatgatttgaaagtcgattttaaaaaagctgcaattttgagtgagtatagctaggagcagggcgaacaatttattttttaagg
gi|5 : aGG--T-T---GGAGCACAGCAAACA--A--AT-A-TTTT-TTAAGGAgtatttttcatgtgggtagtaggtaggtagcaaatttatttttgcaatattttgatttttgatattgcaaaca
gi|13 : ggccaGG--T-C---GGAGCATAGCAAACA--A--ATAT-TTTT-TTAAGGAcggtaattttcatgtgggtaggtagctattttttgtgtgctaaattttgattttgcgtagtcattttaaagaaaaatggacagaaatcatgatatttttttttaaatgcttagaaggtcaataaaaagtttgggtagggccaactttgagtgagtaggtaggtgcacggtaaacagtatattttttaaggat
gi|16 : tta---GGAGCACAGCAAAC------AT-T-TTTT-TTAGGagtatttttcatgaggttaggaagctagcatttttttttcattagccaaattttgactttttaaacaaacatggacagaaatcatgaaagtcaataaaaagtttgggtagctgcaattgtgagtgagttggtaggagcacagcaatcatttttttaagaac
gi|2 : GAGTACAGCAAACA--AATAT-T-TTTT-TTAAGGAaaaccagtactttccatgtgggtaggtaggtagctaattttctggggttttcaaactaaaacggagacagaaatcatgagagagggggggggatcagcgcataaaaagtctcaagtagctgcaattttgagcgagtaggtgcatggcaaacaatttt
gi|1 : ccaGAGCACAGCAAACA--A--AT-A-TTTT-TTAAGGAaaacacagtatttttcatgtgggtaggtatctaatttttgtttgttgccaaattttgattttgcatagtcatttttaagaaaaatggatataaatcatgaaaaaaaaaattaaacgttttgaaagtcaataaaaaagtttgggtagcgtcaattttgagtgagtaggtaggagcacggcaaaaatttcttctttaaggacgg
gi|8 : ccaGAACACAGCAAACA--A--AT-A--TTT-TTAAGGagtctcagtatttttcatgtgagtaggtaggtagatactatttttttatttatttttttgataagtttttattttcatagtcattttacaggaaaatgaacaggaatcataaaaataaaattaaacactttgaaagtcaataaagttggggtagctgctattttgagtgagtacatgtaggtaggagcacgacaaacaatttttatg
gi|7 : AGCACAGCAAACA--C--AT-A--TTT-TTAAGGAtgatccagtgtttttcatgtgggtaggtaggcagctaatttgttttggctatatttttattttaaatagtcatttttaagaaaatagacagaaatgacaaacaaaattaaatgcaagtcaataaaaaggtttgtgtagcgataaatttgagtgactaggtagtagcacagtaaaaaaaattttaagg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTTGCCACTCATATTCAATTTGAAATGCTGGGTCACCCATAAAAATGTTTTTTCGCTGCTTCCGACCTATACCATGTTAGGGTGGGTAGATAGGAAGGTAATTTCTTTTTTCAATTTGAGAATTTTTTTGCACCTAAAAATGCTGACTGAATCATCAGAAG
Unaligned ( gi|22 ): TAAAAAAATGTTTGTTTGCAGTATTTTTCATTTGGGTAGGTAGCTAATTTTCATGAAATAATGAAAAAAAAGTTGAAAGTTTTAAGACATTTAAAATGTTTCTCACTTTAATGCCATATTTTGAGTTGATGC
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555 222222 7777777777777777777777777777777777777777 11111
lowQualScore : 3 1 1 88 555555 44 1 333 3333 333 333 11111111111111111111111111111111111111111111111 3333 333 1 1 1 444444 22 33 2 22 2 22 333 2222222222222222222222222222222222222222 2 8888888888 4444 333 6 4 555 2 2 555555 22 22 333 77777 2
lowQualScore : . . . .. ...... .. . ... .... ... ... ............................................... .... ... . . . ...... .. .. . .. . .. ... ........................................ . .......... .... ... . . ... . . ...... .. .. ... ..... .
lowQualScore : 8 9 9 33 555555 33 7 000 7777 000 000 66666666666666666666666666666666666666666666666 4444 333 9 9 9 888888 88 11 0 88 0 88 555 5555555555555555555555555555555555555555 2 8888888888 2222 555 0 0 999 0 0 555555 66 66 333 77777 5
consensus : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTG---AT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A-GAAAAA-TG--GACA-G--A---AATC----ATAAAAA-AA-A---------A---A----A-CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
Reference ( family-172 ) : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTG---AT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A-GAAAAA-TG--GACA-G--A---AATC-TAAATAAAAA-AA-A---------A---A----A-CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
gi|1 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCAGTCTCAGTAT--TTT-TCATGTGA---GTAG----GTAGGT---AGATAC-----T------A------TT-T----TT----TTATTTATTTTTTTGA--TAAGTTTTT---AT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAC--A-GGAAAA-TG--AACA-G--G---AATC----ATAAAAATAA-AATT------A---A----A-CACTTTGAAAGTC----------A----A---T---AA-A-G-T-TG-GGGTAGCTGCTATTTTGAGTGAGTACATG--TAGG--TA---GGAGCACGACAAACAA-----TTT-TTA
gi|10 : TCCTCAA-AA-A-A--TACTTG------TTTGCTGTGTCCTCACCCAATAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C------------A------TT-T----TT--------------------------TTTTG---AT-TAT-T-C---AATCTTTTTAA--A-GAAAAA-TG--GACA-G--A---AA-G-GGGGTGGGGG-GATT---------A---A----A-TGATTTGAAAGTC----------G----ATTTT-AAAA-A------------AGCTGCAATTTTGAGTGA------GTATAGC--TA---GGAGCAGGGCGAACAATTTATTTT-TTAAGGtg
gi|11 : CATCCTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCTAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------AT-T----TT----T-------------GTGACAAA------------------A--AGTCATTTTAA--A-AAAAAAATG--GACA-G--A---AATC---ATTAAAAA-AA-ATT-------A---A----A-TGTTTTCCAAGTC----------A----A---T-AGAATA-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTGGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAACA
gi|12 : gtCATCCTTAT-AA-A-A--T---TG------GTTGCTTTGCTCCTACGCGGTTT--TGT-TTATGTGG---ATAA----ATAGGTTACAG---C-----TTATTT-A------TT-T----TT----TTG-----------GC--CAAATTTTG---AT-T-T-T--GTAAGTCATTTTAA--ACAAAAAA-TA--AACA-G--A---AATC-T---TAAAAA-AA-A------------------------TCCAA--TC----------A-------------------T-TT-G----------ATTTT-AGTTA------G--TAGG--TA---TGAGTATGGC-AATAA-ATTTCTT-TTAAGAAatttatttttta
gi|13 : ATCCTTAA-AAAA-A--TATTTG------TTTGCTATGCTCCGA-CCAGTAT--TTT-TCATGAGG---TTAG----GAAGCT---AG---C------------A------TT-T----TT----TTTTCATTA-----GC--CAAATTTTG---AC-T--------------TTTTAA--A-CAAACA-TG--GACA-G--A---AATC--A--------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTGTGAGTGA------G--TTGG--TA---GGAGCACAGCAATCA----TTTTT-TTAAGAAC
gi|14 : ttATTCTAAA-AA-C-A--TGTTTG------TTTGTTGTGCTCCGATTCAGTAT--TTT-TCATGCAT---GAAA----GAAGCT---AG---T-----T------A------TT-T----TT----TTTCATTA------GC--CAAATTTTG---AT-T--------------TTTTAA--A-CAAAAA-TG--GACA-G--A---AATC--A--------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-G-T-TT-GGGTAGCTGTAATTGTGAGTGA------G--TTTA--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAA
gi|15 : CTGTGCTCTGACCCAGTAA--TTT--CATGGGG---GCAG----GAAGGG---AG---C-----C------C------TT-T----TT----TCC-----------GC--CAGATTTCA---ATAT-T-T-TAT-TGTCATTTT------GAACAA-TT--AACA-G--A---AATT----ATGAGGA-AA-A---------A---A----------TTGAC-GT-----------A----A-----AAAA-A-G-T-T--AGGTAACTGCAATTT-GAGTGA------G--TACG--TATTGAAAGCACAGCAAATAA-ACATTTT-TTAAGAAC
gi|16 : CCTAA-AA-A-A--AAT--G------TTTGCTGTGCTCCAAACCAGTAC--TTT-CCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TA-----A------TT-T----TC----T-------------G----------GG---GT-T-T-T-C------------AA--A-CTAAAA-CGGAGACA-G--A---AATC----ATGAGAG-AG-G---------G---G----G-GG----GGA--TC----------AGCGCA---T-AAAA-A-G-TCTC-AAGTAGCTGCAATTTTGAGCGA------G--TAGG--T-------GCATGGCAAAC-A-ATTTT
gi|17 : CCATACTTAATAA-A-A--T---TG------CTTGCTGCG-TCCGATCCAGAAT--ATT-TCATGTGT---GAAG----GCAGGT---AG---G-----T------A------TT-
gi|17 : atacacacttagaA-TT--GACA-G--A---AATC----ACGAAAG-AG-A---------G---C----ATTGCTTCGAAAATCAATATTAAGAA----A---T-AAGA-A-A-T-TTAAGGTAGTTGCAAATCTAAGTCA------G--CAGA--TA---Ggacagaaatcacgaaagagagcattgcttcgaaaatcaatattaagaaataagaaatttaaggtagttgcaaatctaagtcagcagatag
gi|18 : atacacacttagaccatacttaataaaattgcttgctgcgtccgatccagaatatttcatgtgtgaaggcaggtaggtTATGT---AG---C-----T--------------C-T----TT----T-------------GC--CAAATTTGG---AT-T-T-TTCAT-TGTCATTATAGCCA-AAAAAA-TG--GACA-ACTATTCAATA-TATATATAAA-AA-A---------A---A----A-C-CTTTAAAGGGC----------A----A---T-TAAA-A-G-T-TT-GAATAGC----ATTTT-AGTTG------A--TAGG--TA---GGACCACGACAAACAA-ACATTTCATTAAGAA
gi|19 : CCATCCTTTA-AA-ATA--TGTGTG------TTTGCTGTGCTCTGACTCGGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGAT---AG---C------------A------TT-TTC--TT----T-------------GC--CAGATTTTG---AT-T-TAA-CAT-AGTCATTTGAA--A-AAAA
gi|19 : TTTTGAGTGA------A--CAGG--TT---GGAGCACAGTA---AA-ATATTTT-TTAAGAAttttttgagtgaacaggttggagcacagtaaaatattttttaagaatggcc
gi|2 : ccatcctttaaaatatgtgtgtttgctgtgctctgactcggtatttttcatgtgggtaggtagatagcattttctttgccagattttgatttaacatagtcatttgaaaaaaattCCATCCTTAA-AA-A-AAATATTTG------TTTGCTGTACTCAAACACAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTATCT---AA---T-----TTTT---G------TT-T----GT----T-------------GC--CAAATTTTG---AT-T-T-TGCAT-AGTCATTTTTA--A-GAAAAA-TG--GATA-T--A---AATCATGAA-AAAAA-AA-ATT-------A---A----A-CGTTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAAAA-G-T-TT-GGGTAGCGTCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAAAAT-TTCTTCT-TTAAGGACtggcc
gi|20 : A-AA-A-A--TGTTTT------TTCGCTGC-TTCCGACCTA-TACCATGT-TAGGGTGG---GTAG----ATAGGA---AG---G-----T------AATT---TC-T----TT----T-------------TT--CAA--TTTGAGAAT-T-T-T-gg
gi|21 : atgttgccactcatattcaatttgaaatgctgggtcacccatT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----------------------------------------------------AATTTTG---AT-T-T-TGCAT-AGTCAATTTAA--A-GAAAAC-TG--GTCA-T--A---AATC---ATTAAAAA-AT-T---------A---A----A-TGCTTTTAAAG---------------------T-AAAG-A------------AGCTGCAATTTCAAGTGA------G--TAGGTATA---GGAACACTGTAAACAATAATTGTT-TTAAGGACtttgcacctaaaaatgctgactgaatcatcagaag
gi|22 : gAA-AA-A-A--TGTTTG------TTTGC-------------AGTAT--TTT-TCATTTGG---GTAG----GTAGCT---A-----------------A------TT-T----T
gi|23 : taCATCCTTGATAA-A-A--AGTTTC------TTTGCTGTTTTCCGACCCAGTATA-TTTATTATGT-----GTGA----GTAGcatgaaataatgaaaaaaaagttgaaagttttaagacatttaaaatgtttctcactttaatgccatattttgagttgatgc
gi|23 : gtagggtgtt--A-AAAAAA-TG--GTCA-G--A---AATC----ATGAAAA-AA---------------------------------TT----------A----A---T-AAAA-A-ATT-TT-GGTTAGCCGCAATTaacaaaaaaatggtcagaaatcatgaaaaaattaataaaaaattttggttagccgcaatt
gi|24 : gtagggtgttcatccttgataaaaagtttctttgctgttttccgacccagtatatttattatgtgtgagtagaacATCATTAA-AA-A-AA-TATT-G------TTTGTTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGGGTAGTAG----GTAGGT---AG---CAAATTT------A-------T-T----TT----T-------------GC--AATATTTTG---AT-T-T-T-
gi|25 : A------G--TTGG--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAAGAAtgatattgcaaaca
gi|3 : CCATCTTTAA-AA-A-A--TAGTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCAGTAT--TTT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TAAAAAAA------TT-T----TG----T-------------GT--CAGATTTTG---AT-T-T-TGTAT-GGTCATTTTAA--A-GAAAAA-TG--GACA-G--A---AGGCTTAAATAAAAA-AA-A---------A---A----A-CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-GTT-TT-GAGAAGTTGCAGTTTTGAATGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATCTTTT-TTAAGGACt
gi|4 : CTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCCTACACCCAGTAT--TTT-TCATGTCA---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTGGGAGGGGGGAGC---AAATTTTG---AT-T-T-TGCAT-AGTCATTTTAA--A-GAAAAA-TG--GACA-T--A---AATCGTAAAAAAAAA-AT-C---------A---A----A-CACTTTGAAAGTC----------A----A---TTAAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCCGCAATTTTGAGTGA------A--TAGG--T------AGCATGGCAAACAA-
gi|5 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCGGTAA--TTT-TCATGTG-------G----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TTTGTGT-------------GC--TAAATTTTG---AT-T-T-TGCGT-AGTCATTTTAA--A-GAAAAA-TG--GACA-G--A---AATC----AT----G-AT-ATTTTTTTTTA---A----A-TGCTTAGAAGGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGGGCCAACTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGTGCACGGTAAACAGTATATTTT-TTAAGGAtgaattatctaatgat
gi|6 : ggCATCCTAAA-AA-A-A--TGTTAG------TTTGCTCTGCTCCAACCCAGTAT--TTC-TCATGTGG---GTAGGTAAGTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTTTTTTA-----G---CAGATTCTG---AT-T-T-T--AC-AGTCATTTTAA--A-CAAAAA-TG--GACA-G--A---AATC----ATGAAAA-AA-T---------ATTCA----A-TGCCTTGGTAGTC----------T----A---TAAAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAATGA------C--TAGG--CA---GGACAACGGCTAACAG-ATt
gi|7 : CTATCCTTAA-AA-A----TATGTG------TTTGCTGTGCTACAATCT-GTAT--TTT-T--TGTGG---ATAG----ACAGGT---AG---T-----T------A------TT-TCTTTTT----T-------------AC--TGA-TTTTG---AT-T-T-T--AT-TGTCATTTGAA--A-AAAAAA-----GACAAG--A---AATG------AAAAA-AA-A---------C---A----A-TGCTTTCAACGTC----------A----C---TAAAAA-A-G-T-GT-GGGCAGCTGCAA-TTTAAGTAG------G--TAGG--TA---GAGACATGGCAAACTC-ATATCAT-TTAAGg
gi|8 : CCTTAA-AA---A--TATTTG------TTTGCTGTGTTCTGATCCAGTGT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGC---AG---C-----TA-----A------TT-TG---TT----TTG-----------GC--TATATTTTT---AT-T-T-TAAAT-AGTCATTTTTA--A-G-AAAA-TA--GACA-G--A---AAT----GACAAACA-AA-ATT-------A---A----A-TGC-----AAGTC----------A----A---T-AAAA-AGG-T-TT-GTGTAGCGATAAATTTGAGTGA------C--TAGG--TA---GTAGCACAGTAAAAAA-A---ATT-TTAAGGcat
gi|9 : CTTTA-AA-A-G--TATTTGCTGCAGTTTGCTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-T-AGGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------AAAGTATTTGT----TT----T-------------GC--CAGATTTTG---AT-T-T----------------AA--A-CAAAAA-TG--GACA-C--A---ATTA-T---TGAAAA-GA-A---------A---ATTCAA-GGCTTTGAGAGTC----------A----A---T-AAAA-AAG-T-TT-TAGTAGCTGCAATTTTTAGTGG------G--TAGG--TT---AGAGCATGGCAAAC-A-CTTTTTT-TT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 44444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 3 1 1 88 555555 44 1 333 3333 333 333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 1 1 1 1 222222 22 666 1 55 1 22 333 22 333 4444 88888 1 22222222222222222222222222 2 8888888888 55555555 4 4 555 2 2 555555 22 22 333 77777 2
lowQualScore : . . . .. ...... .. . ... .... ... ... .................................................... . . . . . ...... .. ... . .. . .. ... .. ... .... ..... . .......................... . .......... ........ . . ... . . ...... .. .. ... ..... .
lowQualScore : 8 9 9 33 555555 33 7 000 7777 000 000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 9 9 9 9 999999 66 222 9 22 9 66 333 66 333 0000 88888 9 88888888888888888888888888 2 8888888888 66666666 0 0 999 0 0 555555 66 66 333 77777 5
consensus : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGA-T-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACA-G--A---AA--T---C----A-T--GAAAA-AA-A---------A---AA-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
Reference ( family-172 ) : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGA-T-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACA-G--A---AA--T---C----A-T--AAAAA-AA-A---------A---AA-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
gi|1 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCAGTCTCAGTAT--TTT-TCATGTGA---GTAG----GTAGGT---AGATAC-----T------A------TT-T----TT----TTATTTATTTTTTTGA--TAAGTTTTTA-T-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAC--A--GGAAAA-TG--AACA-G--G---AA--T---C----A-T--AAAAATAA-AATT------A---AA-----CACTTTGAAAGTC----------A----A---T---AA-A-G-T-TG-GGGTAGCTGCTATTTTGAGTGAGTACATG--TAGG--TA---GGAGCACGACAAACAA-----TTT-TTA
gi|10 : TCCTCAA-AA-A-A--TACTTG------TTTGCTGTGTCCTCACCCAATAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C------------A------TT-T----TT--------------------------TTTTGA-T-TAT-T-C---AATCTTTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACA-G--A---AAGGG---G----G-T--GGGGG-GATT---------A---AA-----TGATTTGAAAGTC----------G----ATTTT-AAAA-A------------AGCTGCAATTTTGAGTGA------GTATAGC--TA---GGAGCAGGGCGAACAATTTATTTT-TTAAGGtg
gi|11 : CATCCTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCTAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------AT-T----TT----T-------------GTGACAAA----------------A--AGTCATTTTAA--A--AAAAAAATG--GACA-G--A---AA--T---C----A-TT-AAAAA-AA-ATT-------A---AA-----TGTTTTCCAAGTC----------A----A---T-AGAATA-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTGGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAACA
gi|12 : gtCATCCTTAT-AA-A-A--T---TG------GTTGCTTTGCTCCTACGCGGTTT--TGT-TTATGTGG---ATAA----ATAGGTTACAG---C-----TTATTT-A------TT-T----TT----TTG-----------GC--CAAATTTTGA-T-T-T-T--GTAAGTCATTTTAA--AC-AAAAAA-TA--AACA-G--A---AA--T---C----T-T--AAAAA-AA-A------------------------TCCAA--TC----------A-------------------T-TT-G----------ATTTT-AGTTA------G--TAGG--TA---TGAGTATGGC-AATAA-ATTTCTT-TTAAGAAatttatttttta
gi|13 : ATCCTTAA-AAAA-A--TATTTG------TTTGCTATGCTCCGA-CCAGTAT--TTT-TCATGAGG---TTAG----GAAGCT---AG---C------------A------TT-T----TT----TTTTCATTA-----GC--CAAATTTTGA-C-T--------------TTTTAA--A--CAAACA-TG--GACA-G--A---AA--T---C----A---------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTGTGAGTGA------G--TTGG--TA---GGAGCACAGCAATCA----TTTTT-TTAAGAAC
gi|14 : ttATTCTAAA-AA-C-A--TGTTTG------TTTGTTGTGCTCCGATTCAGTAT--TTT-TCATGCAT---GAAA----GAAGCT---AG---T-----T------A------TT-T----TT----TTTCATTA------GC--CAAATTTTGA-T-T--------------TTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACA-G--A---AA--T---C----A---------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-G-T-TT-GGGTAGCTGTAATTGTGAGTGA------G--TTTA--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAA
gi|15 : CTGTGCTCTGACCCAGTAA--TTT--CATGGGG---GCAG----GAAGGG---AG---C-----C------C------TT-T----TT----TCC-----------GC--CAGATTTCAA-TAT-T-T-TAT-TGTCATTTT-------GAACAA-TT--AACA-G--A---AA--T---T----A-T--GAGGA-AA-A---------A---A----------TTGAC-GT-----------A----A-----AAAA-A-G-T-T--AGGTAACTGCAATTT-GAGTGA------G--TACG--TATTGAAAGCACAGCAAATAA-ACATTTT-TTAAGAAC
gi|16 : CCTAA-AA-A-A--AAT--G------TTTGCTGTGCTCCAAACCAGTAC--TTT-CCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TA-----A------TT-T----TC----T-------------G----------GGG-T-T-T-T-C------------AA--A--CTAAAA-CGGAGACA-G--A---AA--T---C----A-T--GAGAG-AG-G---------G---GG-----GG----GGA--TC----------AGCGCA---T-AAAA-A-G-TCTC-AAGTAGCTGCAATTTTGAGCGA------G--TAGG--T-------GCATGGCAAAC-A-ATTTT
gi|17 : CCATACTTAATAA-A-A--T---TG------CTTGCTGCG-TCCGATCCAGAAT--ATT-TCATGTGT---GAAG----GCAGGT---AG---G-----T------A------TT-
gi|17 : atacacacttagaA-TT--GACA-G--A---AA--T---C----A-C--GAAAG-AG-A---------G---CAT----TGCTTCGAAAATCAATATTAAGAA----A---T-AAGA-A-A-T-TTAAGGTAGTTGCAAATCTAAGTCA------G--CAGA--TA---Ggacagaaatcacgaaagagagcattgcttcgaaaatcaatattaagaaataagaaatttaaggtagttgcaaatctaagtcagcagatag
gi|18 : atacacacttagaccatacttaataaaattgcttgctgcgtccgatccagaatatttcatgtgtgaaggcaggtaggtTATGT---AG---C-----T--------------C-T----TT----T-------------GC--CAAATTTGGATT-T-T-T-CAT-TGTCATTATAGCCA--AAAAAA-TG--GACA-ACTATTCAA--TATAT----A-T--ATAAA-AA-A---------A---AA-----C-CTTTAAAGGGC----------A----A---T-TAAA-A-G-T-TT-GAATAGC----ATTTT-AGTTG------A--TAGG--TA---GGACCACGACAAACAA-ACATTTCATTAAGAA
gi|19 : CCATCCTTTA-AA-ATA--TGTGTG------TTTGCTGTGCTCTGACTCGGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGAT---AG---C------------A------TT-TTC--TT----T-------------GC--CAGATTTTGA-T-T-TAA-CAT-AGTCATTTGAA--A--AAAA
gi|19 : TTTTGAGTGA------A--CAGG--TT---GGAGCACAGTA---AA-ATATTTT-TTAAGAAttttttgagtgaacaggttggagcacagtaaaatattttttaagaatggcc
gi|2 : ccatcctttaaaatatgtgtgtttgctgtgctctgactcggtatttttcatgtgggtaggtagatagcattttctttgccagattttgatttaacatagtcatttgaaaaaaattCCATCCTTAA-AA-A-AAATATTTG------TTTGCTGTACTCAAACACAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTATCT---AA---T-----TTTT---G------TT-T----GT----T-------------GC--CAAATTTTGA-T-T-T-TGCAT-AGTCATTTTTA--A--GAAAAA-TG--GATA-T--A---AA--T---C----A-T--GAAAA-AA-A---------A---AATTAAACGTTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAAAA-G-T-TT-GGGTAGCGTCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAAAAT-TTCTTCT-TTAAGGACtggcc
gi|20 : A-AA-A-A--TGTTTT------TTCGCTGC-TTCCGACCTA-TACCATGT-TAGGGTGG---GTAG----ATAGGA---AG---G-----TA-----A------TT-T----CT----T---------------------TTTTCA-A-T-T-T-GAG-AATTTTTTTGC--ACCTAAAAA-TGCTGACT-G------AA--T---C----A-T--CAGAA-gg
gi|21 : atgttgccactcatattcaatttgaaatgctgggtcacccatT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----------------------------------------------------AATTTTGA-T-T-T-TGCAT-AGTCAATTTAA--A--GAAAAC-TG--GTCA-T--A---AA--T---C----ATT--AAAAA-AT-T---------A---AA-----TGCTTTTAAAG---------------------T-AAAG-A------------AGCTGCAATTTCAAGTGA------G--TAGGTATA---GGAACACTGTAAACAATAATTGTT-TTAAGGACg
gi|22 : gAA-AA-A-A--TGTTTG------TTTGC-------------AGTAT--TTT-TCATTTGG---GTAG----GTAGCT---A-----------------A------TT-T----T
gi|23 : taCATCCTTGATAA-A-A--AGTTTC------TTTGCTGTTTTCCGACCCAGTATA-TTTATTATGT-----GTGA----GTAGcatgaaataatgaaaaaaaagttgaaagttttaagacatttaaaatgtttctcactttaatgccatattttgagttgatgc
gi|23 : gtagggtgtt--A--AAAAAA-TG--GTCA-G--A---AA--T---C----A-T--GAAAA-AA---------------------------------TT----------A----A---T-AAAA-A-ATT-TT-GGTTAGCCGCAATTaacaaaaaaatggtcagaaatcatgaaaaaattaataaaaaattttggttagccgcaatt
gi|24 : gtagggtgttcatccttgataaaaagtttctttgctgttttccgacccagtatatttattatgtgtgagtagaacATCATTAA-AA-A-AA-TATT-G------TTTGTTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGGGTAGTAG----GTAGGT---AG---CAAATTT------A-------T-T----TT----T-------------GC--AATATTTTGA-T-T-T-T-
gi|25 : A------G--TTGG--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAAGAAtgatattgcaaaca
gi|3 : CCATCTTTAA-AA-A-A--TAGTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCAGTAT--TTT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TAAAAAAA------TT-T----TG----T-------------GT--CAGATTTTGA-T-T-T-TGTAT-GGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACA-G--A---AG--G---CTTAAA-T--AAAAA-AA-A---------A---AA-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-GTT-TT-GAGAAGTTGCAGTTTTGAATGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATCTTTT-TTAAGGACt
gi|4 : CTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCCTACACCCAGTAT--TTT-TCATGTCA---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTGGGAGGGGGGAGC---AAATTTTGA-T-T-T-TGCAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACA-T--A---AA--T---C----G-T--AAAAA-AA-AAATC-----A---AA-----CACTTTGAAAGTC----------A----AT--T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCCGCAATTTTGAGTGA------A--TAGG--T------AGCATGGCAAACAA-
gi|5 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCGGTAA--TTT-TCATGTG-------G----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TTTGTGT-------------GC--TAAATTTTGA-T-T-T-TGCGT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACA-G--A---AA--T---C----A-T------G-AT-ATTTTTTTTTA---AA-----TGCTTAGAAGGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGGGCCAACTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGTGCACGGTAAACAGTATATTTT-TTAAGGAtgaattatctaatgat
gi|6 : ggCATCCTAAA-AA-A-A--TGTTAG------TTTGCTCTGCTCCAACCCAGTAT--TTC-TCATGTGG---GTAGGTAAGTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTTTTTTA-----G---CAGATTCTGA-T-T-T-T--AC-AGTCATTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACA-G--A---AA--T---C----A-T--GAAAA-AA-T---------ATTCAA-----TGCCTTGGTAGTC----------T----A---TAAAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAATGA------C--TAGG--CA---GGACAACGGCTAACAG-ATt
gi|7 : CTATCCTTAA-AA-A----TATGTG------TTTGCTGTGCTACAATCT-GTAT--TTT-T--TGTGG---ATAG----ACAGGT---AG---T-----T------A------TT-TCTTTTT----T-------------AC--TGA-TTTTGA-T-T-T-T--AT-TGTCATTTGAA--A--AAAAAA-----GACAAG--A---AA--T---G----A-----AAAA-AA-A---------C---AA-----TGCTTTCAACGTC----------A----C---TAAAAA-A-G-T-GT-GGGCAGCTGCAA-TTTAAGTAG------G--TAGG--TA---GAGACATGGCAAACTC-ATATCAT-TTAAGg
gi|8 : CCTTAA-AA---A--TATTTG------TTTGCTGTGTTCTGATCCAGTGT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGC---AG---C-----TA-----A------TT-TG---TT----TTG-----------GC--TATATTTTTA-T-T-T-TAAAT-AGTCATTTTTA--A--G-AAAA-TA--GACA-G--A---AA--T---G----A-C--AAACA-AA-ATT-------A---AA-----TGC-----AAGTC----------A----A---T-AAAA-AGG-T-TT-GTGTAGCGATAAATTTGAGTGA------C--TAGG--TA---GTAGCACAGTAAAAAA-A---ATT-TTAAGGcat
gi|9 : CTTTA-AA-A-G--TATTTGCTGCAGTTTGCTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-T-AGGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------AAAGTATTTGT----TT----T-------------GC--CAGATTTTGA-T-T-T----------------AA--A--CAAAAA-TG--GACA-C--A---A---T---T----A-TTGAAAAG-AA-A---------ATTCAA-----GGCTTTGAGAGTC----------A----A---T-AAAA-AAG-T-TT-TAGTAGCTGCAATTTTTAGTGG------G--TAGG--TT---AGAGCATGGCAAAC-A-CTTTTTT-TT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 444444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 3 1 1 88 555555 44 1 333 3333 333 333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 1 1 1 444444 22 666 1 55 555555 1 22 1 4444 44 1 333333333333333333333333333333 1 8888888888 4444 555 2 4 777 2 2 555555 22 22 333 77777 2
lowQualScore : . . . .. ...... .. . ... .... ... ... .................................................... . . . . ...... .. ... . .. ...... . .. . .... .. . .............................. . .......... .... ... . . ... . . ...... .. .. ... ..... .
lowQualScore : 8 9 9 33 555555 33 7 000 7777 000 000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 9 9 9 888888 66 222 9 22 555555 9 66 9 0000 00 9 555555555555555555555555555555 0 8888888888 2222 555 0 0 999 0 0 555555 66 66 333 77777 5
consensus : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-A---------A---A----A-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
Reference ( family-172 ) : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-A---------A---A----A-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
gi|1 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCAGTCTCAGTAT--TTT-TCATGTGA---GTAG----GTAGGT---AGATAC-----T------A------TT-T----TT----TTATTTATTTTTTTGA--TAAGTTTTTAT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAC--A--GGAAAA-TG--AACAG------GA-A--T-C----AT-AAAAATAA-AATT------A---A----A-----CACTTTGAAAGTC----------A----A---T---AA-A-G-T-TG-GGGTAGCTGCTATTTTGAGTGAGTACATG--TAGG--TA---GGAGCACGACAAACAA-----TTT-TTA
gi|10 : TCCTCAA-AA-A-A--TACTTG------TTTGCTGTGTCCTCACCCAATAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C------------A------TT-T----TT--------------------------TTTTGAT-TAT-T-C---AATCTTTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-AGGG-G----GT-GGGGG-GATT---------A---A----A-----TGATTTGAAAGTC----------G----ATTTT-AAAA-A------------AGCTGCAATTTTGAGTGA------GTATAGC--TA---GGAGCAGGGCGAACAATTTATTTT-TTAAGGtg
gi|11 : CATCCTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCTAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------AT-T----TT----T-------------GTGACAAA---------------A--AGTCATTTTAA--A--AAAAAAATG--GACAG------AA-A--T-C----AT-TAAAA-AA-A---------ATTAA----A-----TGTTTTCCAAGTC----------A----A---T-AGAATA-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTGGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAACA
gi|12 : gtCATCCTTAT-AA-A-A--T---TG------GTTGCTTTGCTCCTACGCGGTTT--TGT-TTATGTGG---ATAA----ATAGGTTACAG---C-----TTATTT-A------TT-T----TT----TTG-----------GC--CAAATTTTGAT-T-T-T--GTAAGTCATTTTAA--AC-AAAAAA-TA--AACAG------AA-A--T-C----TT---AAA-AA-A---------A---A----T-----C-----------C----------A----A---T-CA-------T-TT-G----------ATTTT-AGTTA------G--TAGG--TA---TGAGTATGGC-AATAA-ATTTCTT-TTAAGAAatttatttttta
gi|13 : ATCCTTAA-AAAA-A--TATTTG------TTTGCTATGCTCCGA-CCAGTAT--TTT-TCATGAGG---TTAG----GAAGCT---AG---C------------A------TT-T----TT----TTTTCATTA-----GC--CAAATTTTGAC-T--------------TTTTAA--A--CAAACA-TG--GACAG------AA-A--T-C----A-----------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTGTGAGTGA------G--TTGG--TA---GGAGCACAGCAATCA----TTTTT-TTAAGAAC
gi|14 : ttATTCTAAA-AA-C-A--TGTTTG------TTTGTTGTGCTCCGATTCAGTAT--TTT-TCATGCAT---GAAA----GAAGCT---AG---T-----T------A------TT-T----TT----TTTCATTA------GC--CAAATTTTGAT-T--------------TTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----A-----------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-G-T-TT-GGGTAGCTGTAATTGTGAGTGA------G--TTTA--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAA
gi|15 : CTGTGCTCTGACCCAGTAA--TTT--CATGGGG---GCAG----GAAGGG---AG---C-----C------C------TT-T----TT----TCC-----------GC--CAGATTTCAATAT-T-T-TAT-TGTCATTTT-------GAACAA-TT--AACAG------AA-A--T-T----AT-GAGGA-AA-A---------A---A--------------TTGAC-GT-----------A----A-----AAAA-A-G-T-T--AGGTAACTGCAATTT-GAGTGA------G--TACG--TATTGAAAGCACAGCAAATAA-ACATTTT-TTAAGAAC
gi|16 : CCTAA-AA-A-A--AAT--G------TTTGCTGTGCTCCAAACCAGTAC--TTT-CCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TA-----A------TT-T----TC----T-------------G----------GGGT-T-T-T-C------------AA--A--CTAAAA-CGGAGACAG------AA-A--T-C----AT-GAGAG-AG-G---------G---G----G-----GG----GGA--TC----------AGCGCA---T-AAAA-A-G-TCTC-AAGTAGCTGCAATTTTGAGCGA------G--TAGG--T-------GCATGGCAAAC-A-ATTTT
gi|17 : CCATACTTAATAA-A-A--T---TG------CTTGCTGCG-TCCGATCCAGAAT--ATT-TCATGTGT---GAAG----GCAGGT---AG---G-----T------A------TT-
gi|17 : atacacacttagaA-TT--GACAG------AA-A--T-C----AC-GAAAG-AG-A---------G---C----AT----TGCTTCGAAAATCAATATTAAGAA----A---T-AAGA-A-A-T-TTAAGGTAGTTGCAAATCTAAGTCA------G--CAGA--TA---Ggacagaaatcacgaaagagagcattgcttcgaaaatcaatattaagaaataagaaatttaaggtagttgcaaatctaagtcagcagatag
gi|18 : atacacacttagaccatacttaataaaattgcttgctgcgtccgatccagaatatttcatgtgtgaaggcaggtaggtTATGT---AG---C-----T--------------C-T----TT----T-------------GC--CAAATTTGGAT-T-T-TTCAT-TGTCATTATAGCCA--AAAAAA-TG--GACAACTATTCAATA--TAT----AT-ATAAA-AA-A---------A---A----A-----C-CTTTAAAGGGC----------A----A---T-TAAA-A-G-T-TT-GAATAGC----ATTTTAGTTGA---------TAGG--TA---GGACCACGACAAACAA-ACATTTCATTAAGAA
gi|19 : CCATCCTTTA-AA-ATA--TGTGTG------TTTGCTGTGCTCTGACTCGGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGAT---AG---C------------A------TT-TTC--TT----T-------------GC--CAGATTTTGAT-T-TAA-CAT-AGTCATTTGAA--A--AAAA
gi|19 : TTTTGAGTGA------A--CAGG--TT---GGAGCACAGTA---AA-ATATTTT-TTAAGAAttttttgagtgaacaggttggagcacagtaaaatattttttaagaatggcc
gi|2 : ccatcctttaaaatatgtgtgtttgctgtgctctgactcggtatttttcatgtgggtaggtagatagcattttctttgccagattttgatttaacatagtcatttgaaaaaaattCCATCCTTAA-AA-A-AAATATTTG------TTTGCTGTACTCAAACACAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTATCT---AA---T-----TTTT---G------TT-T----GT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-TGCAT-AGTCATTTTTA--A--GAAAAA-TG--GATAT------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-A---------A---A----ATTAAACGTTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAAAA-G-T-TT-GGGTAGCGTCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAAAAT-TTCTTCT-TTAAGGACtggcc
gi|20 : A-AA-A-A--TGTTTT------TTCGCTGC-TTCCGACCTA-TACCATGT-TAGGGTGG---GTAG----ATAGGA---AG---G-----TA-----A------TT-T----CT----T---------------------TTTTCAA-T-T-T-GAG-AATTTTTTTGC--ACCTAAAAA-TGCTGACTG-------A-A--T-C----AT-CAGAA-gg
gi|21 : atgttgccactcatattcaatttgaaatgctgggtcacccatT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----------------------------------------------------AATTTTGAT-T-T-TGCAT-AGTCAATTTAA--A--GAAAAC-TG--GTCAT------AA-A--T-C----AT-TAAAA-AATT---------A---A----A-----TGCTTTTAAAG---------------------T-AAAG-A------------AGCTGCAATTTCAAGTGA------G--TAGGTATA---GGAACACTGTAAACAATAATTGTT-TTAAGGACg
gi|22 : gAA-AA-A-A--TGTTTG------TTTGC-------------AGTAT--TTT-TCATTTGG---GTAG----GTAGCT---A-----------------A------TT-T----T
gi|23 : taCATCCTTGATAA-A-A--AGTTTC------TTTGCTGTTTTCCGACCCAGTATA-TTTATTATGT-----GTGA----GTAGcatgaaataatgaaaaaaaagttgaaagttttaagacatttaaaatgtttctcactttaatgccatattttgagttgatgc
gi|23 : gtagggtgtt--A--AAAAAA-TG--GTCAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-------------------------------------TT----------A----A---T-AAAA-A-ATT-TT-GGTTAGCCGCAATTaacaaaaaaatggtcagaaatcatgaaaaaattaataaaaaattttggttagccgcaatt
gi|24 : gtagggtgttcatccttgataaaaagtttctttgctgttttccgacccagtatatttattatgtgtgagtagaacATCATTAA-AA-A-AA-TATT-G------TTTGTTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGGGTAGTAG----GTAGGT---AG---CAAATTT------A-------T-T----TT----T-------------GC--AATATTTTGAT-T-T-T-
gi|25 : A------G--TTGG--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAAGAAtgatattgcaaaca
gi|3 : CCATCTTTAA-AA-A-A--TAGTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCAGTAT--TTT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TAAAAAAA------TT-T----TG----T-------------GT--CAGATTTTGAT-T-T-TGTAT-GGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-G--G-CTTAAAT-AAAAA-AA-A---------A---A----A-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-GTT-TT-GAGAAGTTGCAGTTTTGAATGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATCTTTT-TTAAGGACt
gi|4 : CTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCCTACACCCAGTAT--TTT-TCATGTCA---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTGGGAGGGGGGAGC---AAATTTTGAT-T-T-TGCAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAT------AA-A--T-C----GT-AAAAA-AA-AAATC-----A---A----A-----CACTTTGAAAGTC----------A----AT--T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCCGCAATTTTGAGTGA------A--TAGG--T------AGCATGGCAAACAA-
gi|5 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCGGTAA--TTT-TCATGTG-------G----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TTTGTGT-------------GC--TAAATTTTGAT-T-T-TGCGT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-G-----AT-ATTTTTTTTTA---A----A-----TGCTTAGAAGGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGGGCCAACTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGTGCACGGTAAACAGTATATTTT-TTAAGGAtgaattatctaatgat
gi|6 : ggCATCCTAAA-AA-A-A--TGTTAG------TTTGCTCTGCTCCAACCCAGTAT--TTC-TCATGTGG---GTAGGTAAGTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTTTTTTA-----G---CAGATTCTGAT-T-T-T--AC-AGTCATTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-T---------ATTCA----A-----TGCCTTGGTAGTC----------T----A---TAAAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAATGA------C--TAGG--CA---GGACAACGGCTAACAG-ATt
gi|7 : CTATCCTTAA-AA-A----TATGTG------TTTGCTGTGCTACAATCT-GTAT--TTT-T--TGTGG---ATAG----ACAGGT---AG---T-----T------A------TT-TCTTTTT----T-------------AC--TGA-TTTTGAT-T-T-T--AT-TGTCATTTGAA--A--AAAAAA-----GACAA------GA-A---------AT-GAAAA-AA-A---------AC--A----A-----TGCTTTCAACGTC----------A----C---T-AAAA-AAG-T-GT-GGGCAGCTGCAATTT-AAGTAG------G--TAGG--TA---GAGACATGGCAAACTC-ATATCAT-TTAAGg
gi|8 : CCTTAA-AA---A--TATTTG------TTTGCTGTGTTCTGATCCAGTGT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGC---AG---C-----TA-----A------TT-TG---TT----TTG-----------GC--TATATTTTTAT-T-T-TAAAT-AGTCATTTTTA--A--G-AAAA-TA--GACAG------AA-A--T-G----AC-AAACA-AA-ATT-------A---A----A-----TGC-----AAGTC----------A----A---T-AAAA-AGG-T-TT-GTGTAGCGATAAATTTGAGTGA------C--TAGG--TA---GTAGCACAGTAAAAAA-A---ATT-TTAAGGcat
gi|9 : CTTTA-AA-A-G--TATTTGCTGCAGTTTGCTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-T-AGGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------AAAGTATTTGT----TT----T-------------GC--CAGATTTTGAT-T-T----------------AA--A--CAAAAA-TG--GACAC------AA----T-T----ATTGAAAA-GA-A---------A---ATTCAA-----GGCTTTGAGAGTC----------A----A---T-AAAA-AAG-T-TT-TAGTAGCTGCAATTTTTAGTGG------G--TAGG--TT---AGAGCATGGCAAAC-A-CTTTTTT-TT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 444444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 3 1 1 88 555555 44 1 333 3333 333 333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 1 1 1 444444 22 666 1 55 555555 1 22 1 4444 44 1 333333333333333333333333333333 1 8888888888 4444 555 2 4 777 2 2 555555 22 22 333 77777 2
lowQualScore : . . . .. ...... .. . ... .... ... ... .................................................... . . . . ...... .. ... . .. ...... . .. . .... .. . .............................. . .......... .... ... . . ... . . ...... .. .. ... ..... .
lowQualScore : 8 9 9 33 555555 33 7 000 7777 000 000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 9 9 9 888888 66 222 9 22 555555 9 66 9 0000 00 9 555555555555555555555555555555 0 8888888888 2222 555 0 0 999 0 0 555555 66 66 333 77777 5
consensus : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-A---------A---A----A-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
Reference ( family-172 ) : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-A---------A---A----A-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
gi|1 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCAGTCTCAGTAT--TTT-TCATGTGA---GTAG----GTAGGT---AGATAC-----T------A------TT-T----TT----TTATTTATTTTTTTGA--TAAGTTTTTAT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAC--A--GGAAAA-TG--AACAG------GA-A--T-C----AT-AAAAATAA-AATT------A---A----A-----CACTTTGAAAGTC----------A----A---T---AA-A-G-T-TG-GGGTAGCTGCTATTTTGAGTGAGTACATG--TAGG--TA---GGAGCACGACAAACAA-----TTT-TTA
gi|10 : TCCTCAA-AA-A-A--TACTTG------TTTGCTGTGTCCTCACCCAATAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C------------A------TT-T----TT--------------------------TTTTGAT-TAT-T-C---AATCTTTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-AGGG-G----GT-GGGGG-GATT---------A---A----A-----TGATTTGAAAGTC----------G----ATTTT-AAAA-A------------AGCTGCAATTTTGAGTGA------GTATAGC--TA---GGAGCAGGGCGAACAATTTATTTT-TTAAGGtg
gi|11 : CATCCTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCTAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------AT-T----TT----T-------------GTGACAAA---------------A--AGTCATTTTAA--A--AAAAAAATG--GACAG------AA-A--T-C----AT-TAAAA-AA-A---------ATTAA----A-----TGTTTTCCAAGTC----------A----A---T-AGAATA-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTGGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAACA
gi|12 : gtCATCCTTAT-AA-A-A--T---TG------GTTGCTTTGCTCCTACGCGGTTT--TGT-TTATGTGG---ATAA----ATAGGTTACAG---C-----TTATTT-A------TT-T----TT----TTG-----------GC--CAAATTTTGAT-T-T-T--GTAAGTCATTTTAA--AC-AAAAAA-TA--AACAG------AA-A--T-C----TT---AAA-AA-A---------A---A----T-----C-----------C----------A----A---T-CA-------T-TT-G----------ATTTT-AGTTA------G--TAGG--TA---TGAGTATGGC-AATAA-ATTTCTT-TTAAGAAatttatttttta
gi|13 : ATCCTTAA-AAAA-A--TATTTG------TTTGCTATGCTCCGA-CCAGTAT--TTT-TCATGAGG---TTAG----GAAGCT---AG---C------------A------TT-T----TT----TTTTCATTA-----GC--CAAATTTTGAC-T--------------TTTTAA--A--CAAACA-TG--GACAG------AA-A--T-C----A-----------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTGTGAGTGA------G--TTGG--TA---GGAGCACAGCAATCA----TTTTT-TTAAGAAC
gi|14 : ttATTCTAAA-AA-C-A--TGTTTG------TTTGTTGTGCTCCGATTCAGTAT--TTT-TCATGCAT---GAAA----GAAGCT---AG---T-----T------A------TT-T----TT----TTTCATTA------GC--CAAATTTTGAT-T--------------TTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----A-----------------------------------------TGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-G-T-TT-GGGTAGCTGTAATTGTGAGTGA------G--TTTA--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAA
gi|15 : CTGTGCTCTGACCCAGTAA--TTT--CATGGGG---GCAG----GAAGGG---AG---C-----C------C------TT-T----TT----TCC-----------GC--CAGATTTCAATAT-T-T-TAT-TGTCATTTT-------GAACAA-TT--AACAG------AA-A--T-T----AT-GAGGA-AA-A---------A---A--------------TTGAC-GT-----------A----A-----AAAA-A-G-T-T--AGGTAACTGCAATTT-GAGTGA------G--TACG--TATTGAAAGCACAGCAAATAA-ACATTTT-TTAAGAAC
gi|16 : CCTAA-AA-A-A--AAT--G------TTTGCTGTGCTCCAAACCAGTAC--TTT-CCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TA-----A------TT-T----TC----T-------------G----------GGGT-T-T-T-C------------AA--A--CTAAAA-CGGAGACAG------AA-A--T-C----AT-GAGAG-AG-G---------G---G----G-----GG----GGA--TC----------AGCGCA---T-AAAA-A-G-TCTC-AAGTAGCTGCAATTTTGAGCGA------G--TAGG--T-------GCATGGCAAAC-A-ATTTT
gi|17 : CCATACTTAATAA-A-A--T---TG------CTTGCTGCG-TCCGATCCAGAAT--ATT-TCATGTGT---GAAG----GCAGGT---AG---G-----T------A------TT-
gi|17 : atacacacttagaA-TT--GACAG------AA-A--T-C----AC-GAAAG-AG-A---------G---C----AT----TGCTTCGAAAATCAATATTAAGAA----A---T-AAGA-A-A-T-TTAAGGTAGTTGCAAATCTAAGTCA------G--CAGA--TA---Ggacagaaatcacgaaagagagcattgcttcgaaaatcaatattaagaaataagaaatttaaggtagttgcaaatctaagtcagcagatag
gi|18 : atacacacttagaccatacttaataaaattgcttgctgcgtccgatccagaatatttcatgtgtgaaggcaggtaggtTATGT---AG---C-----T--------------C-T----TT----T-------------GC--CAAATTTGGAT-T-T-TTCAT-TGTCATTATAGCCA--AAAAAA-TG--GACAACTATTCAATA--TAT----AT-ATAAA-AA-A---------A---A----A-----C-CTTTAAAGGGC----------A----A---T-TAAA-A-G-T-TT-GAATAGC----ATTTTAGTTGA---------TAGG--TA---GGACCACGACAAACAA-ACATTTCATTAAGAA
gi|19 : CCATCCTTTA-AA-ATA--TGTGTG------TTTGCTGTGCTCTGACTCGGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGAT---AG---C------------A------TT-TTC--TT----T-------------GC--CAGATTTTGAT-T-TAA-CAT-AGTCATTTGAA--A--AAAA
gi|19 : TTTTGAGTGA------A--CAGG--TT---GGAGCACAGTA---AA-ATATTTT-TTAAGAAttttttgagtgaacaggttggagcacagtaaaatattttttaagaatggcc
gi|2 : ccatcctttaaaatatgtgtgtttgctgtgctctgactcggtatttttcatgtgggtaggtagatagcattttctttgccagattttgatttaacatagtcatttgaaaaaaattCCATCCTTAA-AA-A-AAATATTTG------TTTGCTGTACTCAAACACAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTATCT---AA---T-----TTTT---G------TT-T----GT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-TGCAT-AGTCATTTTTA--A--GAAAAA-TG--GATAT------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-A---------A---A----ATTAAACGTTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAAAA-G-T-TT-GGGTAGCGTCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAAAAT-TTCTTCT-TTAAGGACtggcc
gi|20 : A-AA-A-A--TGTTTT------TTCGCTGC-TTCCGACCTA-TACCATGT-TAGGGTGG---GTAG----ATAGGA---AG---G-----TA-----A------TT-T----CT----T---------------------TTTTCAA-T-T-T-GAG-AATTTTTTTGC--ACCTAAAAA-TGCTGACTG-------A-A--T-C----AT-CAGAA-gg
gi|21 : atgttgccactcatattcaatttgaaatgctgggtcacccatT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----------------------------------------------------AATTTTGAT-T-T-TGCAT-AGTCAATTTAA--A--GAAAAC-TG--GTCAT------AA-A--T-C----AT-TAAAA-AATT---------A---A----A-----TGCTTTTAAAG---------------------T-AAAG-A------------AGCTGCAATTTCAAGTGA------G--TAGGTATA---GGAACACTGTAAACAATAATTGTT-TTAAGGACg
gi|22 : gAA-AA-A-A--TGTTTG------TTTGC-------------AGTAT--TTT-TCATTTGG---GTAG----GTAGCT---A-----------------A------TT-T----T
gi|23 : taCATCCTTGATAA-A-A--AGTTTC------TTTGCTGTTTTCCGACCCAGTATA-TTTATTATGT-----GTGA----GTAGcatgaaataatgaaaaaaaagttgaaagttttaagacatttaaaatgtttctcactttaatgccatattttgagttgatgc
gi|23 : gtagggtgtt--A--AAAAAA-TG--GTCAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-------------------------------------TT----------A----A---T-AAAA-A-ATT-TT-GGTTAGCCGCAATTaacaaaaaaatggtcagaaatcatgaaaaaattaataaaaaattttggttagccgcaatt
gi|24 : gtagggtgttcatccttgataaaaagtttctttgctgttttccgacccagtatatttattatgtgtgagtagaacATCATTAA-AA-A-AA-TATT-G------TTTGTTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGGGTAGTAG----GTAGGT---AG---CAAATTT------A-------T-T----TT----T-------------GC--AATATTTTGAT-T-T-T-
gi|25 : A------G--TTGG--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAAGAAtgatattgcaaaca
gi|3 : CCATCTTTAA-AA-A-A--TAGTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCAGTAT--TTT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TAAAAAAA------TT-T----TG----T-------------GT--CAGATTTTGAT-T-T-TGTAT-GGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-G--G-CTTAAAT-AAAAA-AA-A---------A---A----A-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-C-GTT-TT-GAGAAGTTGCAGTTTTGAATGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATCTTTT-TTAAGGACt
gi|4 : CTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCCTACACCCAGTAT--TTT-TCATGTCA---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTGGGAGGGGGGAGC---AAATTTTGAT-T-T-TGCAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAT------AA-A--T-C----GT-AAAAA-AA-AAATC-----A---A----A-----CACTTTGAAAGTC----------A----AT--T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCCGCAATTTTGAGTGA------A--TAGG--T------AGCATGGCAAACAA-
gi|5 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCGGTAA--TTT-TCATGTG-------G----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TTTGTGT-------------GC--TAAATTTTGAT-T-T-TGCGT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-G-----AT-ATTTTTTTTTA---A----A-----TGCTTAGAAGGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGGGCCAACTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGTGCACGGTAAACAGTATATTTT-TTAAGGAtgaattatctaatgat
gi|6 : ggCATCCTAAA-AA-A-A--TGTTAG------TTTGCTCTGCTCCAACCCAGTAT--TTC-TCATGTGG---GTAGGTAAGTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTTTTTTA-----G---CAGATTCTGAT-T-T-T--AC-AGTCATTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-T---------ATTCA----A-----TGCCTTGGTAGTC----------T----A---TAAAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAATGA------C--TAGG--CA---GGACAACGGCTAACAG-ATt
gi|7 : CTATCCTTAA-AA-A----TATGTG------TTTGCTGTGCTACAATCT-GTAT--TTT-T--TGTGG---ATAG----ACAGGT---AG---T-----T------A------TT-TCTTTTT----T-------------AC--TGA-TTTTGAT-T-T-T--AT-TGTCATTTGAA--A--AAAAAA-----GACAA------GA-A---------AT-GAAAA-AA-A---------AC--A----A-----TGCTTTCAACGTC----------A----C---T-AAAA-AAG-T-GT-GGGCAGCTGCAATTT-AAGTAG------G--TAGG--TA---GAGACATGGCAAACTC-ATATCAT-TTAAGg
gi|8 : CCTTAA-AA---A--TATTTG------TTTGCTGTGTTCTGATCCAGTGT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGC---AG---C-----TA-----A------TT-TG---TT----TTG-----------GC--TATATTTTTAT-T-T-TAAAT-AGTCATTTTTA--A--G-AAAA-TA--GACAG------AA-A--T-G----AC-AAACA-AA-ATT-------A---A----A-----TGC-----AAGTC----------A----A---T-AAAA-AGG-T-TT-GTGTAGCGATAAATTTGAGTGA------C--TAGG--TA---GTAGCACAGTAAAAAA-A---ATT-TTAAGGcat
gi|9 : CTTTA-AA-A-G--TATTTGCTGCAGTTTGCTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-T-AGGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------AAAGTATTTGT----TT----T-------------GC--CAGATTTTGAT-T-T----------------AA--A--CAAAAA-TG--GACAC------AA----T-T----ATTGAAAA-GA-A---------A---ATTCAA-----GGCTTTGAGAGTC----------A----A---T-AAAA-AAG-T-TT-TAGTAGCTGCAATTTTTAGTGG------G--TAGG--TT---AGAGCATGGCAAAC-A-CTTTTTT-TT
blockSeqs : T A T AA CTGCAG CA A GTA GTAA TAC . TATTTTTTTTGGGAGGGGGGAGC A A A TCATT CC CCT A GA CTATTC T GG A TTAA TG . ATTTTTTTTTAAATGCT A AATATTAAGA GCGC TTT A T AT C A . TA TA TTG ATTTA A
blockSeqs : T . . A . A . . . . . TTATTTATTTTTTTGGCC . . . GCATA . CA . CT . . . . . G . AAAATTAAACGTT A . . T . A GT . . . . . . ATAAT .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . ATTTTTTTTTCATTAGCC . . . GCATA . G . . . . . . . T . AAATCAAACACT A . . . . . AG . . . . . . GTATA .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TATTTTTTTTCATTAGCC . . . GTATG . A . . . . . . . G . AAATTCAAGGCT A . . . . . GG . . . . . . AATT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTTTTTTTTTTTTAGC . . . GCATA . C . . . . . . . G . AATTAAATGTT A . . . . . AG . . . . . . AACA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAAAGTATTTGTTTTGCC . . . GCGTA . C . . . . . . . G . TATTCAATGCC G . . . . . G . . . . . . AATT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAAAAAAATTTTGTGTC . . . AAATA . G . . . . . . . A . TTAAATGAT A . . . . . G . . . . . . AACA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AAATTTATTTTTGCA . . . GTAA . C . . . . . . . G . AGCATTGCT A . . . . . G . . . . . . AATA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTTTTTGTGTGCT . . . TATT . A . . . . . . . C . TTAAATGCT A . . . . . G . . . . . . TTTC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTTCTTTTTTACT . . . CATA . A . . . . . . . T . AACAATGCT A . . . . . G . . . . . . AATC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAATTTGTTTTGGCT . . . GAGA . G . . . . . . . G . ATTAAATGC G . . . . . A . . . . . . CATA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TTTTGTTTGTTGCC . . . ACA . G . . . . . . . A . AAAACGCT A . . . . . G . . . . . . ACTT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAATTTTTGTGAC . . . ATT . A . . . . . . . A . AAAACCT C . . . . . G . . . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CCTTTTTTCCGCC . . . CA . G . . . . . . . G . GGGGGG A . . . . . G . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATTTTCTTTGCC . . . AA . G . . . . . . . G . AAATC A . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAATTTTCTG . . . C . G . . . . . . . G . AAA . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TCTTTTGCC . . . . . C . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAATTTCTT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATTTTT . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : *** GCATA* TTAAACGCT********************* ****** AATN*
originalCons : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-T-CAT-AGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AA-A---------A---A----A-----CGCTTTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
finalCons : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGAT-T-T-TGCATA-GTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA-A--T-C----AT-GAAAA-AATTAAACGCT---------------------TTGAAAGTC----------A----A---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAAATN-TTTT-TTAAGGAC
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 333333333333333333333333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 3 1 1 88 555555 44 1 333 3333 333 333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 6666 22 666 1 55 555555 333 22 1 4444 333333333333333333333333333333333333333333333 8888888888 555 4 2 777 2 2 555555 22 22 333 77777 2
lowQualScore : . . . .. ...... .. . ... .... ... ... .................................................... . .... .. ... . .. ...... ... .. . .... ............................................. .......... ... . . ... . . ...... .. .. ... ..... .
lowQualScore : 8 9 9 33 555555 33 7 000 7777 000 000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 8888 66 222 9 22 555555 333 66 9 0000 000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888 555 0 0 999 0 0 555555 66 66 333 77777 5
consensus : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGATTTTGCATAGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA---A--T-C----AT---G----AA---AA---A---------A-------TTAAACGCTTTGAAAGTC----------AA---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
Reference ( family-172 ) : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----T-------------GC--CAAATTTTGATTTTGCATAGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA---A--T-C----AT---G----AA---AA---A---------A-------TTAAACGCTTTGAAAGTC----------AA---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATNTTTT-TTAAGGAC
gi|1 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCAGTCTCAGTAT--TTT-TCATGTGA---GTAG----GTAGGT---AGATAC-----T------A------TT-T----TT----TTATTTATTTTTTTGA--TAAGTTTTTATTTT-CATAGTCATTTTAC--A--GGAAAA-TG--AACAG------GA---A--T-C----AT---A----AAAATAA---A---------A-------TTAAACACTTTGAAAGTC----------AA---T---AA-A-G-T-TG-GGGTAGCTGCTATTTTGAGTGAGTACATG--TAGG--TA---GGAGCACGACAAACAA-----TTT-TTA
gi|10 : TCCTCAA-AA-A-A--TACTTG------TTTGCTGTGTCCTCACCCAATAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C------------A------TT-T----TT--------------------------TTTTGATTATTC--AATCTTTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA---AGGG-G----GT---G----GG---GG---G---------A-------TTAAATGATTTGAAAGTC----------GATTTT-AAAA-A------------AGCTGCAATTTTGAGTGA------GTATAGC--TA---GGAGCAGGGCGAACAATTTATTTT-TTAAGGtg
gi|11 : CATCCTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCTCCGACCTAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------AT-T----TT----T-------------GTGACAAA------------A-AGTCATTTTAA--A--AAAAAAATG--GACAG------AA---A--T-C----ATTA-A----AA---AA---A---------A-------TTAAATGTTTTCCAAGTC----------AA---T-AGAATA-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTGGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAACA
gi|12 : gtCATCCTTAT-AA-A-A--T---TG------GTTGCTTTGCTCCTACGCGGTTT--TGT-TTATGTGG---ATAA----ATAGGTTACAG---C-----TTATTT-A------TT-T----TT----TTG-----------GC--CAAATTTTGATTTTGTA-AGTCATTTTAA--AC-AAAAAA-TA--AACAG------AA---A--T-C----TT---A----AA---AA---------------------------------AAATCC----------AA---T-CA-------T-TT-G----------ATTTT-AGTTA------G--TAGG--TA---TGAGTATGGC-AATAA-ATTTCTT-TTAAGAAatttatttttta
gi|13 : ATCCTTAA-AAAA-A--TATTTG------TTTGCTATGCTCCGA-CCAGTAT--TTT-TCATGAGG---TTAG----GAAGCT---AG---C------------A------TT-T----TT----TTTTCATTA-----GC--CAAATTTTGACT-----------TTTTAA--A--CAAACA-TG--GACAG------AA---A--T-C----A-----------------------------------------------TGAAAGTC----------AA---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTGTGAGTGA------G--TTGG--TA---GGAGCACAGCAATCA----TTTTT-TTAAGAAC
gi|14 : ttATTCTAAA-AA-C-A--TGTTTG------TTTGTTGTGCTCCGATTCAGTAT--TTT-TCATGCAT---GAAA----GAAGCT---AG---T-----T------A------TT-T----TT----TTTCATTA------GC--CAAATTTTGATT-----------TTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACAG------AA---A--T-C----A-----------------------------------------------TGAAAGTC----------AA---T-AAAA-C-G-T-TT-GGGTAGCTGTAATTGTGAGTGA------G--TTTA--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAA
gi|15 : CTGTGCTCTGACCCAGTAA--TTT--CATGGGG---GCAG----GAAGGG---AG---C-----C------C------TT-T----TT----TCC-----------GC--CAGATTTCAATATTTTATTGTCATTTT-------GAACAA-TT--AACAG------AA---A--T-T----AT---G----AG---GA---A---------A---------AAA----TTGAC-GT-----------AA-----AAAA-A-G-T-T--AGGTAACTGCAATTT-GAGTGA------G--TACG--TATTGAAAGCACAGCAAATAA-ACATTTT-TTAAGAAC
gi|16 : CCTAA-AA-A-A--AAT--G------TTTGCTGTGCTCCAAACCAGTAC--TTT-CCATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TA-----A------TT-T----TC----T-------------G-----------G---------GGT--TTTCAA--A--CTAAAA-CGGAGACAG------AA---A--T-C----AT---G----AG---AG---AGGGGGGGGGA-------TC-AGCGC---------------------A---T-AAAA-A-G-TCTC-AAGTAGCTGCAATTTTGAGCGA------G--TAGG--T-------GCATGGCAAAC-A-ATTTT
gi|17 : CCATACTTAATAA-A-A--T---TG------CTTGCTGCG-TCCGATCCAGAAT--ATT-TCATGTGT---GAAG----GCAGGT---AG---G-----T------A------TT-
gi|17 : atacacacttagaA-TT--GACAG------AA---A--T-C----AC---G----AA---AG---AGAGC-----A-------TT----GCTTCGAAAATCAATATTAAGAAA---T-AAGA-A-A-T-TTAAGGTAGTTGCAAATCTAAGTCA------G--CAGA--TA---Ggacagaaatcacgaaagagagcattgcttcgaaaatcaatattaagaaataagaaatttaaggtagttgcaaatctaagtcagcagatag
gi|18 : atacacacttagaccatacttaataaaattgcttgctgcgtccgatccagaatatttcatgtgtgaaggcaggtaggtTATGT---AG---C-----T--------------C-T----TT----T-------------GC--CAAATTTGGATTTTTCATTGTCATTATAGCCA--AAAAAA-TG--GACAACTATTCAATATA--TAT----AT---A----AA---AA---A---------A----------AAC-CTTTAAAGGGC----------AA---T-TAAA-A-G-T-TT-GAATAGC----ATTTTAGTTGA---------TAGG--TA---GGACCACGACAAACAA-ACATTTCATTAAGAA
gi|19 : CCATCCTTTA-AA-ATA--TGTGTG------TTTGCTGTGCTCTGACTCGGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGAT---AG---C------------A------TT-TTC--TT----T-------------GC--CAGATTTTGATTTAACATAGTCATTTGAA--A--AAAA
gi|19 : TTTTGAGTGA------A--CAGG--TT---GGAGCACAGTA---AA-ATATTTT-TTAAGAAttttttgagtgaacaggttggagcacagtaaaatattttttaagaatggcc
gi|2 : ccatcctttaaaatatgtgtgtttgctgtgctctgactcggtatttttcatgtgggtaggtagatagcattttctttgccagattttgatttaacatagtcatttgaaaaaaattCCATCCTTAA-AA-A-AAATATTTG------TTTGCTGTACTCAAACACAGTAT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTATCT---AA---T-----TTTT---G------TT-T----GT----T-------------GC--CAAATTTTGATTTTGCATAGTCATTTTTA--A--GAAAAA-TG--GATAT------AA---A--T-C----AT---GAAAAAA---AA---A---------A-------TTAAACGTTTTGAAAGTC----------AA---TAAAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCGTCAATTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAAAAT-TTCTTCT-TTAAGGACtggcc
gi|20 : A-AA-A-A--TGTTTT------TTCGCTGC-TTCCGACCTA-TACCATGT-TAGGGTGG---GTAG----ATAGGA---AG---G-----TA-----A------TT-T----CT----T---------------------TTTTCAATTTG-AGAATTTTTTTGC--ACCTAAAAA-TGCTGACTG-------A---A--T-C----AT---C----AG---AA---gg
gi|21 : atgttgccactcatattcaatttgaaatgctgggtcacccatT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----------------------------------------------------AATTTTGATTTTGCATAGTCAATTTAA--A--GAAAAC-TG--GTCAT------AA---A--T-C----AT---T----AA---AA---A---------A-------TTAAATGCTTTTAAAG-----------------T-AAAG-A------------AGCTGCAATTTCAAGTGA------G--TAGGTATA---GGAACACTGTAAACAATAATTGTT-TTAAGGACg
gi|22 : gAA-AA-A-A--TGTTTG------TTTGC-------------AGTAT--TTT-TCATTTGG---GTAG----GTAGCT---A-----------------A------TT-T----T
gi|23 : taCATCCTTGATAA-A-A--AGTTTC------TTTGCTGTTTTCCGACCCAGTATA-TTTATTATGT-----GTGA----GTAGcatgaaataatgaaaaaaaagttgaaagttttaagacatttaaaatgtttctcactttaatgccatattttgagttgatgc
gi|23 : gtagggtgtt--A--AAAAAA-TG--GTCAG------AA---A--T-C----AT---G----AA---AA---A---------A-------TT--------------------------AA---T-AAAA-A-ATT-TT-GGTTAGCCGCAATTaacaaaaaaatggtcagaaatcatgaaaaaattaataaaaaattttggttagccgcaatt
gi|24 : gtagggtgttcatccttgataaaaagtttctttgctgttttccgacccagtatatttattatgtgtgagtagaacATCATTAA-AA-A-AA-TATT-G------TTTGTTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-TCATGTGGGTAGTAG----GTAGGT---AG---CAAATTT------A-------T-T----TT----T-------------GC--AATATTTTGATTTT
gi|25 : A------G--TTGG--TA---GGAGCATGGCAAACA-----TTTT-TTAAGAAtgatattgcaaaca
gi|3 : CCATCTTTAA-AA-A-A--TAGTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCAGTAT--TTT-TTATGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----TAAAAAAA------TT-T----TG----T-------------GT--CAGATTTTGATTTTGTATGGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA---G--G-CTTAAAT---A----AA---AA---A---------A--------AAAACGCTTTGAAAGTC----------AA---T-AAAA-C-GTT-TT-GAGAAGTTGCAGTTTTGAATGA------G--TAGG--TA---GGAGCACGGCAAACAA-ATCTTTT-TTAAGGACt
gi|4 : CTTAA-AA-A-AA-TATTTG------TTTGCTGTGCCTACACCCAGTAT--TTT-TCATGTCA---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTGGGAGGGGGGAGC---AAATTTTGATTTTGCATAGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAT------AA---A--T-C----GTAAAA----AA---AA---A---------A-------TCAAACACTTTGAAAGTC----------AAT--T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCCGCAATTTTGAGTGA------A--TAGG--T------AGCATGGCAAACAA-
gi|5 : CCATCCTTAA-AA-A-A--TATTTG------TTTGCTGTGCTCCAACCCGGTAA--TTT-TCATGTG-------G----GTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TTTGTGT-------------GC--TAAATTTTGATTTTGCGTAGTCATTTTAA--A--GAAAAA-TG--GACAG------AA---A--T-C----AT---G----------A---T---------ATTTTTTTTTAAATGCTTAGAAGGTC----------AA---T-AAAA-A-G-T-TT-GGGTAGGGCCAACTTTGAGTGA------G--TAGG--TA---GGTGCACGGTAAACAGTATATTTT-TTAAGGAtgaattatctaatgat
gi|6 : ggCATCCTAAA-AA-A-A--TGTTAG------TTTGCTCTGCTCCAACCCAGTAT--TTC-TCATGTGG---GTAGGTAAGTAGGT---AG---C-----T------A------TT-T----TT----TTTTTTTTA-----G---CAGATTCTGATTTTAC--AGTCATTTTAA--A--CAAAAA-TG--GACAG------AA---A--T-C----AT---G----AA---AA---AAT-------A-------TTCAATGCCTTGGTAGTC----------TA---TAAAAA-A-G-T-TT-GGGTAGCTGCAATTTTGAATGA------C--TAGG--CA---GGACAACGGCTAACAG-ATt
gi|7 : CTATCCTTAA-AA-A----TATGTG------TTTGCTGTGCTACAATCT-GTAT--TTT-T--TGTGG---ATAG----ACAGGT---AG---T-----T------A------TT-TCTTTTT----T-------------AC--TGA-TTTTGATTTT--ATTGTCATTTGAA--A--AAAAAA-----GACAA------GA---A---------AT---G----AA---AA---A---------A-------AACAATGCTTTCAACGTC----------AC---T-AAAA-AAG-T-GT-GGGCAGCTGCAA-TTTAAGTAG------G--TAGG--TA---GAGACATGGCAAACTC-ATATCAT-TTAAGg
gi|8 : CCTTAA-AA---A--TATTTG------TTTGCTGTGTTCTGATCCAGTGT--TTT-TCATGTGG---GTAG----GTAGGC---AG---C-----TA-----A------TT-TG---TT----TTG-----------GC--TATATTTTTATTTTAAATAGTCATTTTTA--A--G-AAAA-TA--GACAG------AA---A--T-G----AC---A----AAC--AA---A---------A-------TTAAATGC-----AAGTC----------AA---T-AAAA-AGG-T-TT-GTGTAGCGATAAATTTGAGTGA------C--TAGG--TA---GTAGCACAGTAAAAAA-A---ATT-TTAAGGcat
gi|9 : CTTTA-AA-A-G--TATTTGCTGCAGTTTGCTGTGCTCTGACCCAGTAT--TTT-T-AGGTGG---GTAG----GTAGGT---AG---C-----T------AAAGTATTTGT----TT----T-------------GC--CAGATTTTGATTT--------------AA--A--CAAAAA-TG--GACAC------AA------T-T----ATT--G----AA---AAGAAA---------A-------TTCAAGGCTTTGAGAGTC----------AA---T-AAAA-AAG-T-TT-TAGTAGCTGCAATTTTTAGTGG------G--TAGG--TT---AGAGCATGGCAAAC-A-CTTTTTT-TT