lowQualScore                  :                                44444444444444     1                                    
lowQualScore                  :          1       888888  7     44444444444444     4               2  0                 
lowQualScore                  :          .       ......  .     ..............     .               .  .                 
lowQualScore                  :          5       222222  6     88888888888888     8               1  1                 
consensus                     :   ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATT-AGTCTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
Reference ( gi|4 )            :   ATTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--CCTAATTAAGTCTAATAACGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|3                          :   ACTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATTGAGTCTAATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCAAGTATGTACGATT
gi|8                          :   ATTCGGAACACCTCG------CCGATTAT--CTTAATTAA------TACCGAATGATGACGGAA-TTTACCGAGTATGTACGCTT
gi|6                          :  cACTCGGAACACCTTG------GCTATTAC--------TACGTATGATACCGAAGGATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATTg
gi|11                         : tcATTAGAAACACCTCG------TCAACTAT--CC-A---------AATACCGAAGGCTGGCGCAT-TTTGCCGAATGTGTACGACTg
gi|1                          : ttACTCGGAACACCTTG------GCTATTACTACGTAATAACGT-TATTATCCAAGCATGCCGGAG-ATCGCCGAGTAGTTACGA
gi|7                          :   cTTCGGACCACCTCG------CCTGTTAT--CCTAATTA--TCTAATACCAAAGGGTGAAGGAA-TTGGTCGAGTATGTACGAacgtatgcaga
gi|16                         :  cgTTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--CCTCATT-ATCCTAATACCGAAGGATGACAGAATTTGGC
gi|15                         :    TTCGGACC-CCTCG------CCGATTAT--C--------GTCC-----CGAATGATGACGGGA-TTGGCCGAGTATGTACGAT
gi|10                         :    TTCGGACCACCTCA------CCGATTAT--CGCAAT---GCC-------GAATGATGGCGGCA-TTGGCCGAGTATGTACGTTT
gi|12                         :    tTCGGACCACCTCA------CCGTTTAT----------A--CTAATACCGAATGATGGCGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATTaa
gi|2                          :    cTCGGAACAACTCGGAATAGCCGATTAT--CCTA-TT---TCTAATATCGAAGAATGACGGAA-TTGACTGAGTATGCACGATga
gi|9                          :  caaTCGGACTACCTCG-------------------------GTATAATTGCGACGGATCTCGGAA-TAAGCCGAGTATGCACGATTg
gi|20                         : gcaaTCGGAACACCTCG------CCTATTAT--CCTAATTAAggccaga
gi|13                         :      gcatcaACCTCA------CTGATTAT--CCTAA---------ATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|17                         :                               cgaaagAATTCAGCTTAATATCGGAGGTTCGCGGAA-TTGACCGAGTATGTACGATTga
gi|18                         :                                         ttcaCTAATACCGAAAAATTCCGGAA-ATGGCCGAGTATGTACGATg
gi|14                         :                                             cTAATACCGAAG-ATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATT
gi|5                          :                        gcactcggaacaccttggctatTAATACCGAAAGATGGCGGAT-TT-----AGTATGTACGATTg
gi|19                         :             cactgggaatccggttacatcccaaaccgaagtgtccagCGAAG-ATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATTg
gi|21                         :                                                         acTGACGGAA-TTGGCCGAATATGTACGATTg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACTCGGAACACCTTGGCTATTACTACGTAATA






Alignments
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lowQualScore                  :                                               0       777777  1     999999999999999                     2                    
lowQualScore                  :                                               .       ......  .     ...............                     .                    
lowQualScore                  :                                               7       777777  5     999999999999999                     0                    
consensus                     :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATT-A-GTCTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
Reference ( family-149 )      :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATT-A-GTCTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|1                          :                                        ACTCGGAACACCTTG------GCTATTACTACGTAATA-ACGT-TATTATCCAAGCATGCCGGAG-ATCGCCGAGTAGTTACGA
gi|10                         :                                        cTTCGGACCACCTCA------CCGATTAT--C---------GC--AATGCCGAATGATGGCGGCA-TTGGCCGAGTATGTACGTTTacgtatgcaga
gi|11                         :                                       tATTAGAAACACCTCG------TCAACTAT--CC------A-----AATACCGAAGGCTGGCGCAT-TTTGCCGAATGTGTACGACTaa
gi|12                         :                                        ttTCGGACCACCTCA------CCGTTTAT----------A---CTAATACCGAATGATGGCGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|13                         :                                                cACCTCA------CTGATTAT--CCTAA----------ATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATTga
gi|14                         :                                                                              cgaaagTAATACCGAAG-ATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATTga
gi|15                         :                   gcactcggaacaccttggctatTTCGGACC-CCTCG------CCGATTAT--C---------GTC-----CCGAATGATGACGGGA-TTGGCCGAGTATGTACGATg
gi|16                         :                                         TTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--CCTCATT-A-TCCTAATACCGAAGGATGACAGAATTTGGC
gi|17                         :                                                                          AATTCA-GCTTAATATCGGAGGTTCGCGGAA-TTGACCGAGTATGTACGATT
gi|18                         :                                                                               ttcaCTAATACCGAAAAATTCCGGAA-ATGGCCGAGTATGTACGATg
gi|19                         :                                                                                       cACCGAAG-ATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|2                          :                                          TCGGAACAACTCGGAATAGCCGATTAT--CCTA-TT----TCTAATATCGAAGAATGACGGAA-TTGACTGAGTATGCACGATg
gi|20                         :                                       caaTCGGAACACCTCG------CCTATTAT--CCTAATT-A-g
gi|21                         :                                                                                           gcatcaTGACGGAA-TTGGCCGAATATGTACGATTa
gi|3                          :                                        ACTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATTGA-GTCTAATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCAAGTATGTACGATTgccgacg
gi|4                          :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--CCTAATT-AAGTCTAATAACGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|5                          :                                                                                    TAATACCGAAAGATGGCGGAT-TT-----AGTATGTACGATT
gi|6                          : cactgggaatccggttacatcccaaaccgaagtgtccagACTCGGAACACCTTG------GCTATTA----CTAC-----GTATGATACCGAAGGATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATTg
gi|7                          :                                       tcTTCGGACCACCTCG------CCTGTTAT--CCTAATT-A--TCTAATACCAAAGGGTGAAGGAA-TTGGTCGAGTATGTACGAg
gi|8                          :                                      cgATTCGGAACACCTCG------CCGATTAT--CTTAATT-A------ATACCGAATGATGACGGAA-TTTACCGAGTATGTACGCTT
gi|9                          :                                         cTCGGACTACCTCG--------------------------GTATAATTGCGACGGATCTCGGAA-TAAGCCGAGTATGCACGATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACTCGGAACACCTTGGCTATTACTACGTAATA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                     333333333333333                                          
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lowQualScore                  :                                               .       ......  .     ...............                     .                    
lowQualScore                  :                                               7       777777  5     999999999999999                     0                    
consensus                     :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATT-A-GTCTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
Reference ( family-149 )      :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATT-A-GTCTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|1                          :                                        ACTCGGAACACCTTG------GCTATTACTACGTAATA-ACGT-TATTATCCAAGCATGCCGGAG-ATCGCCGAGTAGTTACGA
gi|10                         :                                        cTTCGGACCACCTCA------CCGATTAT--C---------GC--AATGCCGAATGATGGCGGCA-TTGGCCGAGTATGTACGTTTacgtatgcaga
gi|11                         :                                       tATTAGAAACACCTCG------TCAACTAT--CC------A-----AATACCGAAGGCTGGCGCAT-TTTGCCGAATGTGTACGACTaa
gi|12                         :                                        ttTCGGACCACCTCA------CCGTTTAT----------A---CTAATACCGAATGATGGCGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|13                         :                                                cACCTCA------CTGATTAT--CCTAA----------ATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATTga
gi|14                         :                                                                              cgaaagTAATACCGAAG-ATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATTga
gi|15                         :                   gcactcggaacaccttggctatTTCGGACC-CCTCG------CCGATTAT--C---------GTC-----CCGAATGATGACGGGA-TTGGCCGAGTATGTACGATg
gi|16                         :                                         TTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--CCTCATT-A-TCCTAATACCGAAGGATGACAGAATTTGGC
gi|17                         :                                                                          AATTCA-GCTTAATATCGGAGGTTCGCGGAA-TTGACCGAGTATGTACGATT
gi|18                         :                                                                               ttcaCTAATACCGAAAAATTCCGGAA-ATGGCCGAGTATGTACGATg
gi|19                         :                                                                                       cACCGAAG-ATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|2                          :                                          TCGGAACAACTCGGAATAGCCGATTAT--CCTA-TT----TCTAATATCGAAGAATGACGGAA-TTGACTGAGTATGCACGATg
gi|20                         :                                       caaTCGGAACACCTCG------CCTATTAT--CCTAATT-A-g
gi|21                         :                                                                                           gcatcaTGACGGAA-TTGGCCGAATATGTACGATTa
gi|3                          :                                        ACTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATTGA-GTCTAATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCAAGTATGTACGATTgccgacg
gi|4                          :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--CCTAATT-AAGTCTAATAACGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|5                          :                                                                                    TAATACCGAAAGATGGCGGAT-TT-----AGTATGTACGATT
gi|6                          : cactgggaatccggttacatcccaaaccgaagtgtccagACTCGGAACACCTTG------GCTATTA----CTAC-----GTATGATACCGAAGGATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATTg
gi|7                          :                                       tcTTCGGACCACCTCG------CCTGTTAT--CCTAATT-A--TCTAATACCAAAGGGTGAAGGAA-TTGGTCGAGTATGTACGAg
gi|8                          :                                      cgATTCGGAACACCTCG------CCGATTAT--CTTAATT-A------ATACCGAATGATGACGGAA-TTTACCGAGTATGTACGCTT
gi|9                          :                                         cTCGGACTACCTCG--------------------------GTATAATTGCGACGGATCTCGGAA-TAAGCCGAGTATGCACGATTg


blockSeqs                     :                                                       GAATAG  G     CCTAATTGAGTC                        T
blockSeqs                     :                                                       .       A     CCTAATTAAGTC                        .
blockSeqs                     :                                                       .       G     CCTCATTATCC                         .
blockSeqs                     :                                                       .       G     CCTAATTATC                          .
blockSeqs                     :                                                       .       G     CCTATTTC                            .
blockSeqs                     :                                                       .       A     CTTAATTA                            .
blockSeqs                     :                                                       .       G     CTACGTA                             .
blockSeqs                     :                                                       .       T     CCTAA                               .
blockSeqs                     :                                                       .       G     CGTC                                .
blockSeqs                     :                                                       .       A     CGC                                 .
blockSeqs                     :                                                       .       T     CCA                                 .
blockSeqs                     :                                                       .       T     GTA                                 .
blockSeqs                     :                                                       .       G     AC                                  .
blockSeqs                     :                                                       .       .                                         .
blockSeqs                     :                                                                                                         .
blockSeqs                     :                                                                                                         .
blockSeqs                     :                                                                                                         .
blockSeqs                     :                                                                                                         .
blockSeqs                     :                                                                                                         .


blockSeqCons                  :                                                                     CCTAATTATC*****
originalCons                  :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--CCTAATT-A-GTCTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
finalCons                     :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTATCCTAATTATC-----TAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACTCGGAACACCTTGGCTATTACTACGTAATA






Alignments
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lowQualScore                  :                                               0       7777777       66666666666666666                    2                    
lowQualScore                  :                                               .       .......       .................                    .                    
lowQualScore                  :                                               7       6666666       66666666666666666                    0                    
consensus                     :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--C-CTAATTA--T-CTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
Reference ( family-149 )      :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--C-CTAATTA--T-CTAATACCGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|1                          :                                        ACTCGGAACACCTTG------GCTATTACTAC-GTAATAA--CGTTATTATCCAAGCATGCCGGAG-ATCGCCGAGTAGTTACGA
gi|10                         :                                        cTTCGGACCACCTCA------CCGATTAT--CGC------------AATGCCGAATGATGGCGGCA-TTGGCCGAGTATGTACGTTTacgtatgcaga
gi|11                         :                                       tATTAGAAACACCTCG------TCAACTAT--C-C-----A------AATACCGAAGGCTGGCGCAT-TTTGCCGAATGTGTACGACTaa
gi|12                         :                                        ttTCGGACCACCTCA------CCGTTTAT----------A----CTAATACCGAATGATGGCGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|13                         :                                                cACCTCA------CTGATTAT--C-CTAA----------ATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATTga
gi|14                         :                                             cgaaagCTCG--------GAACAC--C-TTGGCTA--T--TAATACCGAAG-ATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATTga
gi|15                         :                                      gcaTTCGGACC-CCTCG------CCGATTAT--C-------G--T-C-----CCGAATGATGACGGGA-TTGGCCGAGTATGTACGATg
gi|16                         :                                         TTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--C-CTCATTA--TCCTAATACCGAAGGATGACAGAATTTGGC
gi|17                         :                                                                                     TAATATCGGAGGTTCGCGGAA-TTGACCGAGTATGTACGATT
gi|18                         :                                                                      ttcaaattcagct-CTAATACCGAAAAATTCCGGAA-ATGGCCGAGTATGTACGATg
gi|19                         :                                                                                        cACCGAAG-ATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|2                          :                                          TCGGAACAACTCGGAATAGCCGATTAT--C-CTA-TT---T-CTAATATCGAAGAATGACGGAA-TTGACTGAGTATGCACGATg
gi|20                         :                                       caaTCGGAACACCTCG------CCTATTAT--C-CTAATTA--g
gi|21                         :                                                                                            gcatcaTGACGGAA-TTGGCCGAATATGTACGATTa
gi|3                          :                                        ACTCGGACCACCTCG------CCGATTAT--C-CTAATTGAGT-CTAATACCGAAAGATGACGGAA-TTGGCCAAGTATGTACGATTgccgacg
gi|4                          :                                        ATTCGGACCACCTCG------CCAATTAT--C-CTAATTAAGT-CTAATAACGAAGGATGACGGAA-TTGGCCGAGTATGTACGATT
gi|5                          :                                                                                     TAATACCGAAAGATGGCGGAT-TT-----AGTATGTACGATT
gi|6                          : cactgggaatccggttacatcccaaaccgaagtgtccagACTCGGAACACCTTG------GCTATTA-----CTACGTA--T---GATACCGAAGGATGACGGAA-TTTGCCGAGTATGTACGATTg
gi|7                          :                                       tcTTCGGACCACCTCG------CCTGTTAT--C-CTAATTA--T-CTAATACCAAAGGGTGAAGGAA-TTGGTCGAGTATGTACGAg
gi|8                          :                                      cgATTCGGAACACCTCG------CCGATTAT--C-TTAATTA-------ATACCGAATGATGACGGAA-TTTACCGAGTATGTACGCTT
gi|9                          :                                         cTCGGACTACCTCG--------G--TAT------AATTG-----------CGACGGATCTCGGAA-TAAGCCGAGTATGCACGATTg
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Unaligned ( gi|22 ): ACTCGGAACACCTTGGCTATTACTACGTAATA