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lowQualScore                  :     9   33  3  999 6 0   88 6666666666666666666666666   66666   777 6          88888   111111111111111111111111111111111111111111111111     4 2   00000000000         4444  22     2   8  4 0  22   4 2  22 22 111111111111111111   44   33      
lowQualScore                  :     .   ..  .  ... . .   .. .........................   .....   ... .          .....   ................................................     . .   ...........         ....  ..     .   .  . .  ..   . .  .. .. ..................   ..   ..      
lowQualScore                  :     0   00  7  777 0 7   00 6666666666666666666666666   00000   666 2          88888   000000000000000000000000000000000000000000000000     7 4   44444444444         5555  99     3   0  7 7  99   5 1  99 99 555555555555555555   44   33      
consensus                     : CTTGAAATTNTGNAGCTCATTTAGTATTGTTTGAAA----ACAAAA---T---ACCGC-TTAAGCCGGTGCTAGGGGGCG----TGA---------G----G---N--------A-T-------G--T-------TTCAT-T-ACC---CN-TC---ATGAACAGA----CT--CAATAAAACCGAGTCTG--CTATT-TT--C--T------TTTC-T------TGG-TTGC-GTTCTGT
Reference ( gi|3 )            : CTTGGAATCATGGAGCTAACTCAGTGCTGTTTCAGA----ATAAAA---T---ACCAC-TAAAGCCAGCGCTAGGGGGCG----TGA---------G----A---A--------A-T-------A--T-------TTCAT-T-ACC---CA-TT---ATGAACAGA----CT--CAATACAACTGAATATG--CTAGT-TT--C--T------TCTG-T------TGG-TTGC-GTTCTGT
gi|1                          : CTTAAAATTGTGGAGCCAATTTAGTATTGT-----------------------ACCGC-TTAAATCGGTGCT-GGAAGCG----TGAAGAATCTAGG----A---A--------C-T-------G--T-------TTTAT-T-ACC---CC-TC---AAGAACAGA----CG--CGACAAAACCGAGTCTG--ATATT-TT--CTGT------TCT--C------TGG-ACGC-TTTCTAT
gi|2                          : CTTGAAATACTGTAG-TCATTTAGTATTGCTCGATACTATACAAAA---T---ACCGCGTTAAGC-GGTGCAAGGGGTTG----TGA---------G----G---G--------AGT-------G--T-------TGCATGT-TCG---CC-TC---AAGAACAGA----TT--CAATCAAACCTAGTCTG--CCATT-TT--C--T------CTTT-TTTTTTATGG--TGC-GTTCTGgtttccttccaggggacccttttgtcaaa
gi|4                          : CCTGCAATTATGACGCTCATTCTGTACT--CTGAAA----ACAAAAGAAT---ACCGA-TTAAGTAAGAGATACGGGTT-----TGA---------G----G---A--------G-T-------G--T-------TACAC---ATT---TA-CT---ATTACCC------CT--CAGTAAAACCGAGTCTA---TATT-TT--C--T------TCTT-T------TGG-TTGC-ATTTTAT
gi|13                         :                       AGTATTGTTTGAAA----ATAGAA---TCATGCCAA-TAA-GTCAGTTCTGGATCACC----TGA---------G----A---GGTTTTTGCA-T-------A--T-------CTTAC-T-ACC---CAATC---ATGAACATA----CC--CAATGTAACCGAGAATG--CTTTT-TT--C--T------TCg
gi|5                          :                               TTGAAA----ATAAAA---T---GTCTC-TTAAG---GCGATACGGGGCGAAAATGA---------C----ATTGC--------A-T-------A--T-------TTTAT-T-ACC---AG-TT---ATGAATAGA----CG--TAATA-AAC--AATGT---CTAATATTTAC--T------TTTC-T------TGT-AAGC-ATTCTAT
gi|8                          :                                                              AAGCCTGTGCTAGGGACCG----TGA---------G----G---G--------A-T-------ATTT-------TTCAT-T-ACCG--CA--C---GCGAACAGA----CT--CAAAACAAC--AATCTGATTTGTT-TT--C--T------CTTC-T------TGG-gctaccaagaaatcatt
gi|6                          :                                                             ttAGCCAGAGCTTCGTGGCG----TCA---------GTGGTG---ATGC-----A-T-------A--T-------TTCAT-T-AAC---TC-TC---GTAAACAGG----TT--CAATACAACCGATTCTG--CTA-T-TT--T--T------GCTGAT------TGG-ATGT-GTTCTATattagatctatgattccaagggatacttttatccgtaaa
gi|12                         :                                                                GCCGGTACTAGGGGACA----TGA---------G----G---G--------G-TGTTGCGCA--T-------TTCAT-TCATC------TC---ATGAACAGAAAGACTGGCAAAAAAATCGAGTACG--CCATT-TT--C--T------TCCT-T------TGG-TTGC-ATTgcgtccaatgaagtttttatcagatattat
gi|21                         :                                                     aaataaaaatggatgatGCTAGGGTGTG----TGA---------G----A---A--------A-TGTTGAGCA--T-------TTTAT-T-ACT---AC-TC---ATGAACAAA----TT--CAATATAAC----------CCAGT-TC--C--T--------CA-T------TTG-TTGC-GTTCTG
gi|10                         :                                                                     tGTTAGGGGGAT----TGA---------C----G---C--------G-T-------G--T-------TTCAT-T-GTCTCTCA-TTCTCATGTATAAG----CT--CAATAAAACCAAGTCTG--CTATT-TT--C--T------T-TC-T------TGG-ACGA-ATTCTGT
gi|11                         :                                                                      GCTAAGGGGCT----TGA---------C----G---T--------G-T-------G--T-------TGCATAT-TCT---AA-TTTC-ATGAACAAA----TT--TAATAAAACTGAGCCTG--CTCCT-TT--C--T------GTTC-T------TGG-ttttcaaagagatccctttatgagatgtt
gi|19                         :                                                                           GGAGCG----TGA---------G----C---T--------A-T-------G--TTGTATGATTCAT-T-GTC---C--TC---ATGAACCAA----CT--AGATAAAACTGAGTCTG--ATATT-TC--C--T------TCTacgcttgcaataataccgtttccattatcccatcatgagct
gi|17                         :                                                                                    tgtgttgcttaagtcgatggtta--------A-T-------G--T-------TTCAT-T-ATT---CG-TC---ATGGACAGT----TT--CAATATAACCGAATCTG--CTAGT-TT--C--C------TTTA-T------TAGTTTGC-GTTCTATt
gi|16                         :                                                                                                                                          CAT-C-ATT---CA-TC---ATAAACCGA----CT--CAATAAAACATAGTCTG--CTATT-TT--C--T------TTTC-G------TGG-TTGC-TTTCTgctgcatatggttcgtttgtaagatgcttttat
gi|24                         :                                                                                                          gtgctggatggccgtatggtatgtagcacttaaAT-T-ACC---CC-CTC--ATGAACAGA----TC--CAATAAAACTGAGTATG--ATGTT-TT--C--tctttccttc
gi|14                         :                                                                                                                          ggagcgtgttatattaaga-T-GCT---CA-TA---ATGAACAGA----CT--CAATAAACCCGAGTCTG--CTATT-TT--T--T------GGTT-T------TGG-TTAC-ACTCTGTat
gi|15                         :                                                                                                                               ttgtgacctcaaca-T-ACC---CT-TT---ATGAACAGA----AT--CAATAAAATCGGGTCTG--CTGCT-GG--C--T------TTTC-T------TGG-TTAC-ATTgctttcaaaatatccctttatctgataatattgg
gi|7                          :                                                                                                                                                 tgtgattttacaggTGAACAGG----CT--AAATAAAACTGAGTCTG--TTATT-TT--C--TTTTTC-TTTG-T------T-T-TTGT-GTTCTatatgcttaatgggatcattttatcagatattac
gi|23                         :                                                                                                                                                                GAACAGT----CT--CAACAAAACTGAGTCTG--TTA-T-TT--T--TATTTTATTTG-T------TGG-TTGCAGTTCcggcttcctgacggttgtttgatcagattgtaatatactactatgtcacatttggagatccaccaaaacacccca
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTACAGTTTGAATATAACCGAGTCTGCCGTTTTGTTTTTATTTAATTTGTGTTCTGTGCATCCCAAGGATTCTTTTTTCAGATGTTGTTGACAATTACCACAACAACCACCACAACAACCACCAT
Unaligned ( gi|18 ): ACCCCATAACTGTCCATAAATAAACTCAACAATACCGAGTCTGCTATTTCCTTCTTTTGATCACGTACTGTGCTTCTTAGCGATTTGATAAGGTATTATTGGTT
Unaligned ( gi|20 ): ACAGACTCGATAAAACTATGTCTGCTTTGGTCATTTCTTGATTGTATTTTGTACTCCCAAAGGATGCATCCTTTTATCTGATATAATTGACATAC
Unaligned ( gi|22 ): AAAAGAGATGATGGTGGTACCAGGCAGCTTAAGGGATGTTGCGTGTTCCATTATCCCCCATTTTCCCTCATAGAAAGACT
Unaligned ( gi|25 ): CTCATGAATATACTCAGTAAAGCCGAAACTGATATGTTTTTGTTGTAGTGGCATTCTGTGCATTCA






Alignments
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lowQualScore                  :           0   22  1  2 2            1   0 2222 2    1111     4 66            0      999999   333333333333 1 2 000000000 33 66666 6666666 33  444 2    222222    555555       3333  22            1     222       1    111111111111111   777    2       
lowQualScore                  :           .   ..  .  . .            .   . .... .    ....     . ..            .      ......   ............ . . ......... .. ..... ....... ..  ... .    ......    ......       ....  ..            .     ...       .    ...............   ...    .       
lowQualScore                  :           8   22  0  5 5            7   3 1111 7    4444     4 11            9      000000   666666666666 0 7 777777777 77 77777 0000000 44  111 1    555555    222222       5555  33            7     666       7    111111111111111   111    1       
consensus                     :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------G--T-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
Reference ( family-137 )      :       CTTGAAATTNTGNAGCTCATTTAGTATTGTTTGAAA----ACAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------G--T-----T-------T--CA---T-TACCCN----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
gi|1                          :       CTTAAAATTGTGGAGCCAATTTAGTATTGT--------------------ACCGC-T--TAAATCGGTGCT-GGAAGC-G----TGA---A--------GAA-TCTAGGAACTG--T-----T-------T--TA---T-TACCCC----TCAA------GAACAGA----CG--CGACAAAACCGA-GTCTG--ATATTTTC-TGTT--C-----TC-----TGG---ACGC-TTTCTAT
gi|10                         :                                                                           GTTAGGGGGA-T----TGA---C--------GCG-T---------G--T-----T-------T--CA---T-TGTCTC----TCATTCTCATGTATAAG----CT--CAATAAAACCAA-GTCTG--CTATTTTC--TTT--C-----T------TGG---ACGA-ATTCTGTgtttccttccaggggacccttttgtcaaa
gi|11                         :                                                                           GCTAAGGGGC-T----TGA---C--------GTG-T---------G--T-----T-------G--CA---T--ATTCTAATTTCAT------GAACAAA----TT--TAATAAAACTGA-GCCTG--CTCCTTTC-TGTT--C-----T------TGG---ttttcaaagagatccctttatgagatgtt
gi|12                         :                                         AA----ATAAAA----ATGGA-T--GATGCCGGTACTAGGGGAC-A----TGA---G--------GGG-T---------G--T-----TGCGCATTT--CA---T-T-CATC----TCAT------GAACAGAAAGACTGGCAAAAAAATCGA-GTACG--CCATTTTC-TTCC--T-----T------TGG---TTGC-ATTacgcttgcaataataccgtttccattatcccatcatgagct
gi|13                         :                             AGTATTGTTTGAAA----ATAGAA---TCATGC-CAATAAGTCAGTTCTGGATCAC-C----TGA---GAGGTTTTTGCA-T---------A--T-----C-------T--TA---C-TACCCAA---TCAT------GAACATA----CC--CAATGTAACCGA-GAATG--CTTTTTTC-TT
gi|14                         :                                                                                                                                                  -TGCTCA----TAAT------GAACAGA----CT--CAATAAACCCGA-GTCTG--CTATTTTT-TGGT--T-----T------TGG---TTAC-ACTCTGTc
gi|15                         :                                                                                                                                    ttgtgacctcaaca-TACCCT----TTAT------GAACAGA----AT--CAATAAAATCGG-GTCTG--CTGCTGGC-TTTT--C-----T------TGG---TTAC-ATTgctttcaaaatatccctttatctgataatattgg
gi|16                         :                                                           tgtgattttacaggGTGCTGGATGGCCG----TAT---G--------GTA-T---------G--TAGCACT-------TAACA---T-CATTCA----TCAT------AAACCGA----CT--CAATAAAACATA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----G------TGG---TTGC-TTTCTatatgcttaatgggatcattttatcagatattac
gi|17                         :                                                                                                            A-T---------G--T-----T-------T--CA---T-TATTCG----TCAT------GGACAGT----TT--CAATATAACCGA-ATCTG--CTAGTTTC-CTTT--A-----T------TAGT--TTGC-GTTCTATtctttccttc
gi|18                         :                                                                                                                                          --CA---T-AACTGT----CCAT------AAATAAA----CT--CAACAATACCGA-GTCTG--CTATTTCC-TTCT--T-----T------TGA---TCAC-GTACTGTgctgcatatggttcgtttgtaagatgcttttat
gi|19                         :                                                        acccGC-T--TAAGTCGATGGTTAGGAGC-G----TGA---G--------CTA-T---------G--T-----TGTATGATT--CA---T-TGTCC-----TCAT------GAACCAA----CT--AGATAAAACTGA-GTCTG--ATATTTCC-TTCT--gcttcttagcgatttgataaggtattattggtt
gi|2                          : tgtgttCTTGAAATACTGTAG-TCATTTAGTATTGCTCGATACTATACAAAA---TACCGCGT--TAAGC-GGTGCAAGGGGTT-G----TGA---G--------GGAGT---------G--T-----T-------G--CA---TGTTCGCC----TCAA------GAACAGA----TT--CAATCAAACCTA-GTCTG--CCATTTTC-TCTT--T-----TTTTTTATGG----TGC-GTTCTGt
gi|20                         :                                                                                                                                                                         ACAGA----CT--CGATAAAACTAT-GTCTG--CTTTGGTC-ATTT--C-----T------TGA---TTGT-ATTTTGT
gi|21                         :                                                                          TGCTAGGGTGT-G----TGA---G--------AAA-T---------G--T-----TGAGCATTT--TA---T-TACTAC----TCAT------GAACAAA----TT--CAATATAACCCA-GT--------TCCTC-ATTT-----------------G---TTGC-GTTCTGactcccaaaggatgcatccttttatctgatataattgacatac
gi|23                         :                                                                                                                                                                 ------GAACAGT----CT--CAACAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTT-ATTT--TATTTGT------TGG---TTGCAGTTC
gi|24                         :                                                                                                                                            cA---T-TACCCCC---TCAT------GAACAGA----TC--CAATAAAACTGA-GTATG--ATGTTTTC-gtgattccaaa
gi|25                         :                                                                                                                                      ggagcgtgttatattaaga----TCAT------GAATATA----CT--CAGTAAAGCCGA-AACTG--ATATGTTT-TTGT--T-----G------TAG---TGGC-ATTCTGTat
gi|3                          :      cCTTGGAATCATGGAGCTAACTCAGTGCTGTTTCAGA----ATAAAA---TACCAC-T--AAAGCCAGCGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------AAA-T---------A--T-----T-------T--CA---T-TACCCA----TTAT------GAACAGA----CT--CAATACAACTGA-ATATG--CTAGTTTC-TTCT--G-----T------TGG---TTGC-GTTCTGTgcattca
gi|4                          :       CCTGCAATTATGACGCTCATTCTGTACT--CTGAAA----ACAAAAGAATACCGA-T--TAAGTAAGAGATACGGGTT------TGA---G--------GAG-T---------G--T-----T-------A--CACATT-TACT--------AT------TACCC------CT--CAGTAAAACCGA-GTCTA---TATTTTC-TTCT--T-----T------TGG---TTGC-ATTTTAT
gi|5                          :                                     TTGAAA----ATAAAA---TGTCTC-T--TAAGGCGATAC---GGGGC-GAAAATGACATT--------GCA-T---------A--T-----T-------T--TA---T-TACCAG----TTAT------GAATAGA----CG--TAATAAA--CAATGTCTA--ATATTTAC-TTTT--C-----T------TGT---AAGC-ATTCTATg
gi|6                          :                                                                                     -G----TGA---T--------GCA-T---------A--T-----T-------T--CA---T-TAACTC----TCGT------AAACAGG----TT--CAATACAACCGA-TTCTG--CTATTTTT-GCTG--A-----T------TGG---ATGT-GTTCTATgctaccaagaaatcatt
gi|7                          :                                                                                                                                        agccagagcttcgtggcgtcagtgT------GAACAGG----CT--AAATAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTCTTTTT--C-----T------TTGTTTTTGT-GTTCTgcgtccaatgaagtttttatcagatattat
gi|8                          :                                                              -T--TAAGCCTGTGCTAGGGACC-G----TGA---G--------GGA-T---------ATTT-----T-------T--CA---T-TACCGC----ACGC------GAACAGA----CT--CAAAACAAC--A-ATCTGATTTGTTTTC-TCTT--C-----T------TGG---cggcttcctgacggttgtttgatcagattgtaatatactactatgtcacatttggagatccaccaaaacacccca
gi|9                          :                                                                                                                                                                         ACAGT----TT--GAATATAACCGA-GTCTG--CCGTTTTG-TTTTTAT-----T------TAAT--TTGT-GTTCTGTattagatctatgattccaagggatacttttatccgtaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAAAGAGATGATGGTGGTACCAGGCAGCTTAAGGGATGTTGCGTGTTCCATTATCCCCCATTTTCCCTCATAGAAAGACT






Alignments
lowQualScore                  :                                           1111      1111                                     111111111111     111111111        2222222222           111111                                                          111111111111111                  
lowQualScore                  :           0   88  0  2 1            1   0 2222      1111     4 66            0      999999   333333333333 1 2 000000000  66666 9999999999  444 2    222222    555555       3333  22            1     222       1    111111111111111   777    2       
lowQualScore                  :           .   ..  .  . .            .   . ....      ....     . ..            .      ......   ............ . . .........  ..... ..........  ... .    ......    ......       ....  ..            .     ...       .    ...............   ...    .       
lowQualScore                  :           8   55  2  5 0            7   3 1111      4444     4 11            9      000000   666666666666 0 7 777777777  77777 3333333333  444 4    222222    222222       5555  33            7     666       7    111111111111111   111    1       
consensus                     :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
Reference ( family-137 )      :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
gi|1                          :       CTTAAAATTGTGGAGCCAATTTAGTATTGT--------------------ACCGC-T--TAAATCGGTGCT-GGAAGC-G----TGA---A--------GAA-TCTAGGAACTGT-----T-------T--TA---T-TACCCC----TCAA------GAACAGA----CG--CGACAAAACCGA-GTCTG--ATATTTTC-TGTT--C-----TC-----TGG---ACGC-TTTCTAT
gi|10                         :                                                                           GTTAGGGGGA-T----TGA---C--------GCG-T---------GT-----T-------T--CA---T-TGTCTC----TCATTCTCATGTATAAG----CT--CAATAAAACCAA-GTCTG--CTATTTTC--TTT--C-----T------TGG---ACGA-ATTCTGTgtttccttccaggggacccttttgtcaaa
gi|11                         :                                                                           GCTAAGGGGC-T----TGA---C--------GTG-T---------GT-----T-------G--CA---T--ATTCTAATTTCAT------GAACAAA----TT--TAATAAAACTGA-GCCTG--CTCCTTTC-TGTT--C-----T------TGG---ttttcaaagagatccctttatgagatgtt
gi|12                         :                                         AA----ATAAAA----ATGGA-T--GATGCCGGTACTAGGGGAC-A----TGA---G--------GGG-T---------GT-----TGCGCATTT--CA---T-T-CATC----TCAT------GAACAGAAAGACTGGCAAAAAAATCGA-GTACG--CCATTTTC-TTCC--T-----T------TGG---TTGC-ATTacgcttgcaataataccgtttccattatcccatcatgagct
gi|13                         :                             AGTATTGTTTGAAA----ATAGAA---TCATGC-CAATAAGTCAGTTCTGGATCAC-C----TGA---GAGGTTTTTGCA-T---------AT-----C-------T--TA---C-TACCCAA---TCAT------GAACATA----CC--CAATGTAACCGA-GAATG--CTTTTTTC-TT
gi|14                         :                                                                                                                                                             AT------GAACAGA----CT--CAATAAACCCGA-GTCTG--CTATTTTT-TGGT--T-----T------TGG---TTAC-ACTCTGTc
gi|15                         :                                                                                                                          ttgtgacctcaacatgctcata-TACCCT----TTAT------GAACAGA----AT--CAATAAAATCGG-GTCTG--CTGCTGGC-TTTT--C-----T------TGG---TTAC-ATTgctttcaaaatatccctttatctgataatattgg
gi|16                         :                                                           tgtgattttacaggGTGCTGGATGGCCG----TAT---G--------GTA-T---------GTAGCACT-------TAACA---T-CATTCA----TCAT------AAACCGA----CT--CAATAAAACATA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----G------TGG---TTGC-TTTCTatatgcttaatgggatcattttatcagatattac
gi|17                         :                                                                                                            A-T---------GT-----T-------T--CA---T-TATTCG----TCAT------GGACAGT----TT--CAATATAACCGA-ATCTG--CTAGTTTC-CTTT--A-----T------TAGT--TTGC-GTTCTATtctttccttc
gi|18                         :                                                                                                                                                            CAT------AAATAAA----CT--CAACAATACCGA-GTCTG--CTATTTCC-TTCT--T-----T------TGA---TCAC-GTACTGTgctgcatatggttcgtttgtaagatgcttttat
gi|19                         :                                              accccataactgtcGC-T--TAAGTCGATGGTTAGGAGC-G----TGA---G--------CTA-T---------GT-----TGTATGATT--CA---T-TGTCC-----TCAT------GAACCAA----CT--AGATAAAACTGA-GTCTG--ATATTTCC-TTCT--gcttcttagcgatttgataaggtattattggtt
gi|2                          : tgtgttCTTGAAATACTGTAG-TCATTTAGTATTGCTCGATACTATACAAAA---TACCGCGT--TAAGC-GGTGCAAGGGGTT-G----TGA---G--------GGAGT---------GT-----T-------G--CA---TGTTCGCC----TCAA------GAACAGA----TT--CAATCAAACCTA-GTCTG--CCATTTTC-TCTT--T-----TTTTTTATGG----TGC-GTTCTGt
gi|20                         :                                                                                                                                                                       ACAGA----CT--CGATAAAACTAT-GTCTG--CTTTGGTC-ATTT--C-----T------TGA---TTGT-ATTTTGT
gi|21                         :                                                                          TGCTAGGGTGT-G----TGA---G--------AAA-T---------GT-----TGAGCATTT--TA---T-TACTAC----TCAT------GAACAAA----TT--CAATATAACCCA-GT--------TCCTC-ATTT-----------------G---TTGC-GTTCTGactcccaaaggatgcatccttttatctgatataattgacatac
gi|23                         :                                                                                                                                                               ------GAACAGT----CT--CAACAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTT-ATTT--TATTTGT------TGG---TTGCAGTTC
gi|24                         :                                                                                                                                          cA---T-TACCCCC---TCAT------GAACAGA----TC--CAATAAAACTGA-GTATG--ATGTTTTC-gtgattccaaa
gi|25                         :                                                                                                                                   ggagcgtgttatattaagaC----TCAT------GAATATA----CT--CAGTAAAGCCGA-AACTG--ATATGTTT-TTGT--T-----G------TAG---TGGC-ATTCTGTat
gi|3                          :       CTTGGAATCATGGAGCTAACTCAGTGCTGTTTCAGA----ATAAAA---TACCAC-T--AAAGCCAGCGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------AAA-T---------AT-----T-------T--CA---T-TACCCA----TTAT------GAACAGA----CT--CAATACAACTGA-ATATG--CTAGTTTC-TTCT--G-----T------TGG---TTGC-GTTCTGTgcattca
gi|4                          :       CCTGCAATTATGACGCTCATTCTGTACT--CTGAAA----ACAAAAGAATACCGA-T--TAAGTAAGAGATACGGGTT------TGA---G--------GAG-T---------GT-----T-------A--CACATT-TACT--------AT------TACCC------CT--CAGTAAAACCGA-GTCTA---TATTTTC-TTCT--T-----T------TGG---TTGC-ATTTTAT
gi|5                          :                                     TTGAAA----ATAAAA---TGTCTC-T--TAAGGCGATAC---GGGGC-GAAAATGACATT--------GCA-T---------AT-----T-------T--TA---T-TACCAG----TTAT------GAATAGA----CG--TAATAAA--CAATGTCTA--ATATTTAC-TTTT--C-----T------TGT---AAGC-ATTCTATg
gi|6                          :                                                                                     -G----TGA---T--------GCA-T---------AT-----T-------T--CA---T-TAACTC----TCGT------AAACAGG----TT--CAATACAACCGA-TTCTG--CTATTTTT-GCTG--A-----T------TGG---ATGT-GTTCTATgctaccaagaaatcatt
gi|7                          :                                                                                                                                      agccagagcttcgtggcgtcagtgT------GAACAGG----CT--AAATAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTCTTTTT--C-----T------TTGTTTTTGT-GTTCTgcgtccaatgaagtttttatcagatattat
gi|8                          :                                                              -T--TAAGCCTGTGCTAGGGACC-G----TGA---G--------GGA-T---------AT-----T-------TTTCA---T-TACCGC----ACGC------GAACAGA----CT--CAAAACAAC--A-ATCTGATTTGTTTTC-TCTT--C-----T------TGG---cggcttcctgacggttgtttgatcagattgtaatatactactatgtcacatttggagatccaccaaaacacccca
gi|9                          :                                                                                                                                                                       ACAGT----TT--GAATATAACCGA-GTCTG--CCGTTTTG-TTTTTAT-----T------TAAT--TTGT-GTTCTGTattagatctatgattccaagggatacttttatccgtaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAAAGAGATGATGGTGGTACCAGGCAGCTTAAGGGATGTTGCGTGTTCCATTATCCCCCATTTTCCCTCATAGAAAGACT






Alignments
lowQualScore                  :                                           1111      1111                                     111111111111     111111111        2222222222           111111                                                          111111111111111                  
lowQualScore                  :           0   88  0  2 1            1   0 2222      1111     4 66            0      999999   333333333333 1 2 000000000  66666 9999999999  444 2    222222    555555       3333  22            1     222       1    111111111111111   777    2       
lowQualScore                  :           .   ..  .  . .            .   . ....      ....     . ..            .      ......   ............ . . .........  ..... ..........  ... .    ......    ......       ....  ..            .     ...       .    ...............   ...    .       
lowQualScore                  :           8   55  2  5 0            7   3 1111      4444     4 11            9      000000   666666666666 0 7 777777777  77777 3333333333  444 4    222222    222222       5555  33            7     666       7    111111111111111   111    1       
consensus                     :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
Reference ( family-137 )      :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
gi|1                          :       CTTAAAATTGTGGAGCCAATTTAGTATTGT--------------------ACCGC-T--TAAATCGGTGCT-GGAAGC-G----TGA---A--------GAA-TCTAGGAACTGT-----T-------T--TA---T-TACCCC----TCAA------GAACAGA----CG--CGACAAAACCGA-GTCTG--ATATTTTC-TGTT--C-----TC-----TGG---ACGC-TTTCTAT
gi|10                         :                                                                           GTTAGGGGGA-T----TGA---C--------GCG-T---------GT-----T-------T--CA---T-TGTCTC----TCATTCTCATGTATAAG----CT--CAATAAAACCAA-GTCTG--CTATTTTC--TTT--C-----T------TGG---ACGA-ATTCTGTgtttccttccaggggacccttttgtcaaa
gi|11                         :                                                                           GCTAAGGGGC-T----TGA---C--------GTG-T---------GT-----T-------G--CA---T--ATTCTAATTTCAT------GAACAAA----TT--TAATAAAACTGA-GCCTG--CTCCTTTC-TGTT--C-----T------TGG---ttttcaaagagatccctttatgagatgtt
gi|12                         :                                         AA----ATAAAA----ATGGA-T--GATGCCGGTACTAGGGGAC-A----TGA---G--------GGG-T---------GT-----TGCGCATTT--CA---T-T-CATC----TCAT------GAACAGAAAGACTGGCAAAAAAATCGA-GTACG--CCATTTTC-TTCC--T-----T------TGG---TTGC-ATTacgcttgcaataataccgtttccattatcccatcatgagct
gi|13                         :                             AGTATTGTTTGAAA----ATAGAA---TCATGC-CAATAAGTCAGTTCTGGATCAC-C----TGA---GAGGTTTTTGCA-T---------AT-----C-------T--TA---C-TACCCAA---TCAT------GAACATA----CC--CAATGTAACCGA-GAATG--CTTTTTTC-TT
gi|14                         :                                                                                                                                                             AT------GAACAGA----CT--CAATAAACCCGA-GTCTG--CTATTTTT-TGGT--T-----T------TGG---TTAC-ACTCTGTc
gi|15                         :                                                                                                                          ttgtgacctcaacatgctcata-TACCCT----TTAT------GAACAGA----AT--CAATAAAATCGG-GTCTG--CTGCTGGC-TTTT--C-----T------TGG---TTAC-ATTgctttcaaaatatccctttatctgataatattgg
gi|16                         :                                                           tgtgattttacaggGTGCTGGATGGCCG----TAT---G--------GTA-T---------GTAGCACT-------TAACA---T-CATTCA----TCAT------AAACCGA----CT--CAATAAAACATA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----G------TGG---TTGC-TTTCTatatgcttaatgggatcattttatcagatattac
gi|17                         :                                                                                                            A-T---------GT-----T-------T--CA---T-TATTCG----TCAT------GGACAGT----TT--CAATATAACCGA-ATCTG--CTAGTTTC-CTTT--A-----T------TAGT--TTGC-GTTCTATtctttccttc
gi|18                         :                                                                                                                                                            CAT------AAATAAA----CT--CAACAATACCGA-GTCTG--CTATTTCC-TTCT--T-----T------TGA---TCAC-GTACTGTgctgcatatggttcgtttgtaagatgcttttat
gi|19                         :                                              accccataactgtcGC-T--TAAGTCGATGGTTAGGAGC-G----TGA---G--------CTA-T---------GT-----TGTATGATT--CA---T-TGTCC-----TCAT------GAACCAA----CT--AGATAAAACTGA-GTCTG--ATATTTCC-TTCT--gcttcttagcgatttgataaggtattattggtt
gi|2                          : tgtgttCTTGAAATACTGTAG-TCATTTAGTATTGCTCGATACTATACAAAA---TACCGCGT--TAAGC-GGTGCAAGGGGTT-G----TGA---G--------GGAGT---------GT-----T-------G--CA---TGTTCGCC----TCAA------GAACAGA----TT--CAATCAAACCTA-GTCTG--CCATTTTC-TCTT--T-----TTTTTTATGG----TGC-GTTCTGt
gi|20                         :                                                                                                                                                                       ACAGA----CT--CGATAAAACTAT-GTCTG--CTTTGGTC-ATTT--C-----T------TGA---TTGT-ATTTTGT
gi|21                         :                                                                          TGCTAGGGTGT-G----TGA---G--------AAA-T---------GT-----TGAGCATTT--TA---T-TACTAC----TCAT------GAACAAA----TT--CAATATAACCCA-GT--------TCCTC-ATTT-----------------G---TTGC-GTTCTGactcccaaaggatgcatccttttatctgatataattgacatac
gi|23                         :                                                                                                                                                               ------GAACAGT----CT--CAACAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTT-ATTT--TATTTGT------TGG---TTGCAGTTC
gi|24                         :                                                                                                                                          cA---T-TACCCCC---TCAT------GAACAGA----TC--CAATAAAACTGA-GTATG--ATGTTTTC-gtgattccaaa
gi|25                         :                                                                                                                                   ggagcgtgttatattaagaC----TCAT------GAATATA----CT--CAGTAAAGCCGA-AACTG--ATATGTTT-TTGT--T-----G------TAG---TGGC-ATTCTGTat
gi|3                          :       CTTGGAATCATGGAGCTAACTCAGTGCTGTTTCAGA----ATAAAA---TACCAC-T--AAAGCCAGCGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------AAA-T---------AT-----T-------T--CA---T-TACCCA----TTAT------GAACAGA----CT--CAATACAACTGA-ATATG--CTAGTTTC-TTCT--G-----T------TGG---TTGC-GTTCTGTgcattca
gi|4                          :       CCTGCAATTATGACGCTCATTCTGTACT--CTGAAA----ACAAAAGAATACCGA-T--TAAGTAAGAGATACGGGTT------TGA---G--------GAG-T---------GT-----T-------A--CACATT-TACT--------AT------TACCC------CT--CAGTAAAACCGA-GTCTA---TATTTTC-TTCT--T-----T------TGG---TTGC-ATTTTAT
gi|5                          :                                     TTGAAA----ATAAAA---TGTCTC-T--TAAGGCGATAC---GGGGC-GAAAATGACATT--------GCA-T---------AT-----T-------T--TA---T-TACCAG----TTAT------GAATAGA----CG--TAATAAA--CAATGTCTA--ATATTTAC-TTTT--C-----T------TGT---AAGC-ATTCTATg
gi|6                          :                                                                                     -G----TGA---T--------GCA-T---------AT-----T-------T--CA---T-TAACTC----TCGT------AAACAGG----TT--CAATACAACCGA-TTCTG--CTATTTTT-GCTG--A-----T------TGG---ATGT-GTTCTATgctaccaagaaatcatt
gi|7                          :                                                                                                                                      agccagagcttcgtggcgtcagtgT------GAACAGG----CT--AAATAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTCTTTTT--C-----T------TTGTTTTTGT-GTTCTgcgtccaatgaagtttttatcagatattat
gi|8                          :                                                              -T--TAAGCCTGTGCTAGGGACC-G----TGA---G--------GGA-T---------AT-----T-------TTTCA---T-TACCGC----ACGC------GAACAGA----CT--CAAAACAAC--A-ATCTGATTTGTTTTC-TCTT--C-----T------TGG---cggcttcctgacggttgtttgatcagattgtaatatactactatgtcacatttggagatccaccaaaacacccca
gi|9                          :                                                                                                                                                                       ACAGT----TT--GAATATAACCGA-GTCTG--CCGTTTTG-TTTTTAT-----T------TAAT--TTGT-GTTCTGTattagatctatgattccaagggatacttttatccgtaaa


blockSeqs                     :               AC     C C            T     CTAT      GAAT     G AA                   GAAAA    GAGGTTTTT    C G .          AGCAC GCGCATTT    CAT G    CTAATT    TCTCAT       AAGA  GG            T     ATT       T    TTTTTTTA          TTT    A
blockSeqs                     :               CA     C A            T     .         T        . .                    CG       CATT         T . .          .     GTATGATT    .   .    CAA       .            .     .             .     C         .    TATTTGT           T      .
blockSeqs                     :               TA     . C            T     .         T        . .                    T        C            G . .          .     GAGCATTT    .   .    CCC       .            .     .             .     C         .    TATT              T      .
blockSeqs                     :                                     C     .         T        . .                    T        C            C . .          .     TAA         .   .    TC        .            .     .             .     C         .    CT                .      .
blockSeqs                     :                                     T     .         T        . .                    A        G            T . .          .     TTT         .   .    TC        .            .     .             .     C         .    CT                .      .
blockSeqs                     :                                           .         .        . .                    C        G            T . .          .     T           .   .    CT        .            .     .             .     C         .    TT                .      .
blockSeqs                     :                                                              . .                    G        G            G . .          .     G           .   .    CA        .            .     .             .     C         .    TT                .      .
blockSeqs                     :                                                              . .                    G        G            A . .          .     T           .   .    CG        .            .     .             .     C         .    CT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                     G        G            A . .          .     T           .   .    CC        .            .     .             .     C         .    CG                .      .
blockSeqs                     :                                                                                     G        G            A . .          .     G           .   .    AC        .            .     .             .     C         .    AT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                     G        G            C . .          .     T           .   .    CA        .            .     .             .     A         .    TT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                     G        T            C . .          .     A           .   .    AG        .            .     .             .     C         .    CT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                     .        G            G . .          .     T           .   .    TC        .            .     .             .     C         .    TG                .      .
blockSeqs                     :                                                                                                             . .          .     T           .   .    GC        .            .     .             .     T         .    GT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                            .   .    C         .            .     .             .     A         .    TT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .    .         .            .     .             .     A         .    CT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .            .     .             .     C         .    AT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .            .     .             .     A         .    CT                .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .            .     .             .     C         .    CT                .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .            .     .             .     T         .    .                 .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .            .     .             .     C         .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                            .     .             .     .         .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                            .     .             .     .         .                              


blockSeqCons                  :                                                     T***                                                      *********                                                                                             CT*************
originalCons                  :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
finalCons                     :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAAT---ACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTTCT-------------TGG---TTGC-GTTCTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAAAGAGATGATGGTGGTACCAGGCAGCTTAAGGGATGTTGCGTGTTCCATTATCCCCCATTTTCCCTCATAGAAAGACT






Alignments
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lowQualScore                  :           0   88  0  2 1            1   0 2222      1111     4 66            0      999999   333333333333 1 2 000000000  66666 9999999999  444 2    222222    555555       3333  22            1     222       1    111111111111111   777    2       
lowQualScore                  :           .   ..  .  . .            .   . ....      ....     . ..            .      ......   ............ . . .........  ..... ..........  ... .    ......    ......       ....  ..            .     ...       .    ...............   ...    .       
lowQualScore                  :           8   55  2  5 0            7   3 1111      4444     4 11            9      000000   666666666666 0 7 777777777  77777 3333333333  444 4    222222    222222       5555  33            7     666       7    111111111111111   111    1       
consensus                     :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
Reference ( family-137 )      :       CTTGAAATCGTGGAGCTNATTCAGTATTGTTTGAAA----ATAAAA---TACCGC-T--TAAGCCGGTGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------GNA-T---------GT-----T-------T--CA---T-TACCCC----TCAT------GAACAGA----CT--CAATAAAACCGA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----T------TGG---TTGC-GTTCTGT
gi|1                          :       CTTAAAATTGTGGAGCCAATTTAGTATTGT--------------------ACCGC-T--TAAATCGGTGCT-GGAAGC-G----TGA---A--------GAA-TCTAGGAACTGT-----T-------T--TA---T-TACCCC----TCAA------GAACAGA----CG--CGACAAAACCGA-GTCTG--ATATTTTC-TGTT--C-----TC-----TGG---ACGC-TTTCTAT
gi|10                         :                                                                           GTTAGGGGGA-T----TGA---C--------GCG-T---------GT-----T-------T--CA---T-TGTCTC----TCATTCTCATGTATAAG----CT--CAATAAAACCAA-GTCTG--CTATTTTC--TTT--C-----T------TGG---ACGA-ATTCTGTgtttccttccaggggacccttttgtcaaa
gi|11                         :                                                                           GCTAAGGGGC-T----TGA---C--------GTG-T---------GT-----T-------G--CA---T--ATTCTAATTTCAT------GAACAAA----TT--TAATAAAACTGA-GCCTG--CTCCTTTC-TGTT--C-----T------TGG---ttttcaaagagatccctttatgagatgtt
gi|12                         :                                         AA----ATAAAA----ATGGA-T--GATGCCGGTACTAGGGGAC-A----TGA---G--------GGG-T---------GT-----TGCGCATTT--CA---T-T-CATC----TCAT------GAACAGAAAGACTGGCAAAAAAATCGA-GTACG--CCATTTTC-TTCC--T-----T------TGG---TTGC-ATTacgcttgcaataataccgtttccattatcccatcatgagct
gi|13                         :                             AGTATTGTTTGAAA----ATAGAA---TCATGC-CAATAAGTCAGTTCTGGATCAC-C----TGA---GAGGTTTTTGCA-T---------AT-----C-------T--TA---C-TACCCAA---TCAT------GAACATA----CC--CAATGTAACCGA-GAATG--CTTTTTTC-TT
gi|14                         :                                                                                                                                                             AT------GAACAGA----CT--CAATAAACCCGA-GTCTG--CTATTTTT-TGGT--T-----T------TGG---TTAC-ACTCTGTc
gi|15                         :                                                                                                                          ttgtgacctcaacatgctcata-TACCCT----TTAT------GAACAGA----AT--CAATAAAATCGG-GTCTG--CTGCTGGC-TTTT--C-----T------TGG---TTAC-ATTgctttcaaaatatccctttatctgataatattgg
gi|16                         :                                                           tgtgattttacaggGTGCTGGATGGCCG----TAT---G--------GTA-T---------GTAGCACT-------TAACA---T-CATTCA----TCAT------AAACCGA----CT--CAATAAAACATA-GTCTG--CTATTTTC-TTTT--C-----G------TGG---TTGC-TTTCTatatgcttaatgggatcattttatcagatattac
gi|17                         :                                                                                                            A-T---------GT-----T-------T--CA---T-TATTCG----TCAT------GGACAGT----TT--CAATATAACCGA-ATCTG--CTAGTTTC-CTTT--A-----T------TAGT--TTGC-GTTCTATtctttccttc
gi|18                         :                                                                                                                                                            CAT------AAATAAA----CT--CAACAATACCGA-GTCTG--CTATTTCC-TTCT--T-----T------TGA---TCAC-GTACTGTgctgcatatggttcgtttgtaagatgcttttat
gi|19                         :                                              accccataactgtcGC-T--TAAGTCGATGGTTAGGAGC-G----TGA---G--------CTA-T---------GT-----TGTATGATT--CA---T-TGTCC-----TCAT------GAACCAA----CT--AGATAAAACTGA-GTCTG--ATATTTCC-TTCT--gcttcttagcgatttgataaggtattattggtt
gi|2                          : tgtgttCTTGAAATACTGTAG-TCATTTAGTATTGCTCGATACTATACAAAA---TACCGCGT--TAAGC-GGTGCAAGGGGTT-G----TGA---G--------GGAGT---------GT-----T-------G--CA---TGTTCGCC----TCAA------GAACAGA----TT--CAATCAAACCTA-GTCTG--CCATTTTC-TCTT--T-----TTTTTTATGG----TGC-GTTCTGt
gi|20                         :                                                                                                                                                                       ACAGA----CT--CGATAAAACTAT-GTCTG--CTTTGGTC-ATTT--C-----T------TGA---TTGT-ATTTTGT
gi|21                         :                                                                          TGCTAGGGTGT-G----TGA---G--------AAA-T---------GT-----TGAGCATTT--TA---T-TACTAC----TCAT------GAACAAA----TT--CAATATAACCCA-GT--------TCCTC-ATTT-----------------G---TTGC-GTTCTGactcccaaaggatgcatccttttatctgatataattgacatac
gi|23                         :                                                                                                                                                               ------GAACAGT----CT--CAACAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTT-ATTT--TATTTGT------TGG---TTGCAGTTC
gi|24                         :                                                                                                                                          cA---T-TACCCCC---TCAT------GAACAGA----TC--CAATAAAACTGA-GTATG--ATGTTTTC-gtgattccaaa
gi|25                         :                                                                                                                                   ggagcgtgttatattaagaC----TCAT------GAATATA----CT--CAGTAAAGCCGA-AACTG--ATATGTTT-TTGT--T-----G------TAG---TGGC-ATTCTGTat
gi|3                          :       CTTGGAATCATGGAGCTAACTCAGTGCTGTTTCAGA----ATAAAA---TACCAC-T--AAAGCCAGCGCTAGGGGGC-G----TGA---G--------AAA-T---------AT-----T-------T--CA---T-TACCCA----TTAT------GAACAGA----CT--CAATACAACTGA-ATATG--CTAGTTTC-TTCT--G-----T------TGG---TTGC-GTTCTGTgcattca
gi|4                          :       CCTGCAATTATGACGCTCATTCTGTACT--CTGAAA----ACAAAAGAATACCGA-T--TAAGTAAGAGATACGGGTT------TGA---G--------GAG-T---------GT-----T-------A--CACATT-TACT--------AT------TACCC------CT--CAGTAAAACCGA-GTCTA---TATTTTC-TTCT--T-----T------TGG---TTGC-ATTTTAT
gi|5                          :                                     TTGAAA----ATAAAA---TGTCTC-T--TAAGGCGATAC---GGGGC-GAAAATGACATT--------GCA-T---------AT-----T-------T--TA---T-TACCAG----TTAT------GAATAGA----CG--TAATAAA--CAATGTCTA--ATATTTAC-TTTT--C-----T------TGT---AAGC-ATTCTATg
gi|6                          :                                                                                     -G----TGA---T--------GCA-T---------AT-----T-------T--CA---T-TAACTC----TCGT------AAACAGG----TT--CAATACAACCGA-TTCTG--CTATTTTT-GCTG--A-----T------TGG---ATGT-GTTCTATgctaccaagaaatcatt
gi|7                          :                                                                                                                                      agccagagcttcgtggcgtcagtgT------GAACAGG----CT--AAATAAAACTGA-GTCTG--TTATTTTCTTTTT--C-----T------TTGTTTTTGT-GTTCTgcgtccaatgaagtttttatcagatattat
gi|8                          :                                                              -T--TAAGCCTGTGCTAGGGACC-G----TGA---G--------GGA-T---------AT-----T-------TTTCA---T-TACCGC----ACGC------GAACAGA----CT--CAAAACAAC--A-ATCTGATTTGTTTTC-TCTT--C-----T------TGG---cggcttcctgacggttgtttgatcagattgtaatatactactatgtcacatttggagatccaccaaaacacccca
gi|9                          :                                                                                                                                                                       ACAGT----TT--GAATATAACCGA-GTCTG--CCGTTTTG-TTTTTAT-----T------TAAT--TTGT-GTTCTGTattagatctatgattccaagggatacttttatccgtaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAAAGAGATGATGGTGGTACCAGGCAGCTTAAGGGATGTTGCGTGTTCCATTATCCCCCATTTTCCCTCATAGAAAGACT