lowQualScore : 1 1 99999999999999999999999999999999 11 2222222222222222222222222222 222222 1 1111111111111 11111111 1111111111111 111 11 2222 11111111 888888888888888888888888888888888 33333333333333333333333333333 111111111111 111 1111111 2222 4
lowQualScore : 5 5 22222222222222222222222222222222 22 99 8888888888888888888888888888 2 22 5 444444 1 1 22 33333 1 1 1 1 66666 11 1 4 3 1 1111111111111 1 1 99 2 6 33333 888 99999999 1 0000000000000 222 99 33333 1 6666 2 1 44444444 1 1 222 999999999999999999999999999999999 3333 1 77777777777777777777777777777 3333 222 111111111111 77777777777 22 444444 3333 6 3333 1 22 22 22 44 444 2 4444 7 777 66 333 333 33 2222222 1 6 2222 6 6 6 0
lowQualScore : . . ................................ .. .. ............................ . .. . ...... . . .. ..... . . . . ..... .. . . . . ............. . . .. . . ..... ... ........ . ............. ... .. ..... . .... . . ........ . . ... ................................. .... . ............................. .... ... ............ ........... .. ...... .... . .... . .. .. .. .. ... . .... . ... .. ... ... .. ....... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 0 33333333333333333333333333333333 22 22 2222222222222222222222222222 6 44 3 555555 1 7 22 88888 4 4 4 4 44444 99 4 1 5 4 7777777777777 3 3 00 1 9 44444 444 44444444 4 5555555555555 666 33 11111 3 8888 5 2 55555555 3 3 333 555555555555555555555555555555555 1111 5 22222222222222222222222222222 4444 333 000000000000 66666666666 22 666666 4444 1 5555 7 33 33 66 55 555 1 5555 1 999 00 777 777 77 3333333 3 0 3333 0 0 0 0
consensus : AATTTTAATAT-TTTA-TGCACGATATAGTTC----ATACA-CTACGNTTT--ATATT---TTG--ATA-C-GT-GAA----GA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCTAAGGCGC---CGTC-T--CAA-----GATC-AC-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAG-GTCGT---------GGGT-T-CGAGTCCC-GCTCGNTC-----C--AAA--A-----A-C--T-TT-------ATG--NGAGAAA--G--T-TTG-C-C-A-GTTACTTGCGG--A---A-GG-ACGGTG---GTTCTA----C--T-CN--G---A-----TTCAT--T-CTGAG----GTC-TTCCT---------CC-------ACC--AGT--AAA----ACTGG--ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGT----G-T--TG--AAAAT--GGCG--T--TAAAC-C----CCAT---TC-A---A---AAAA--AAAAT------TAAAAAATAAAAA-T-ATACATAAATA-TATAA
Reference ( gi|6 ) : AAGTTTACTATATCTACTGTCC-ATATGGTT-----ATACAGTTATAATTT--ATATT---TTG--ATA-T-GT-GAA----GG--GGGTCCTCCGTGGCTGAGTAGTCTAAGGGGC---CATC-T--CAA-----GATC-AC-T-T-AC-----C--TC-TCACGGCTAAG-GTCAT---------AGGT-T-CGAGTCCT-GCTCGCTC-----C--GAA--C-----A-C--T-TT-------ATG--AGAGTAA--G--T-TT--C-C-A-GTTACTTGCAG--G---A-GG-ACGGTG---GTTCTA--AACAGT-CT--G---A-----CTCAG--T-CTGAG----GTC-TTCCT---------TT-------ACC--TGT--CAA----ACTGG--ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AATCTGAAATGT----G-T--TG--AAAAT--GGCG--T--AAAAC-C----CCGT---TC-A---A---AAAA--AAAAT------TAAAAAATAAAAA-TGATATGTGAACATTATAA
gi|19 : AATTTTAATAT-TTTA-TGCACGATATAGTTCCGGAATAT--CTACATTTT--ATACA---GTG--TTACT-GT-TGT----GG--AAATCCTCTGCGG--------TCTAAGG--CA--CATC-T--CAA-----GA------T-T-AC-----T--TC-TCACTGCCGA--GTCCT---------GTAC-T-CAAGTTCA-GCTCAGTA-----C--AAA--A-----AGC--TGTT-------GTG--TGAGAAA--A--T-TTG-C-C-T-GTTATTTTCAA--A---A-GT-ACAGTG---GTTTT----AC--C-CT--G---A-----TTT----------G----GTC-ATACT-------------------CC--TGTAATAA----ACTTA--ATA--CA------------AT-----------G--TA------T--------TAAAAAAT----G-T--T----AAAC--ACTG--T--AAAAC-CAGAGCTGTTTGTC-A---A---AA
gi|16 : -ATATG-TT-----AT-CA--TATGGTGT--ATATA---T----ATA-T-AT-A------------GTCCTCCTTGGTCTAGTGGTTTATGGCTT---CATC-T--CAT-----TATC-AC-TGC-AC-----C--TC-ACACCGCTAAG-GTAGT---------AGAT-T-CGAGTCTC-ACTTGCTC-----C--AAA--A-----A-C--T-TT-------ATG--TAAGAAT--G--T-TTG-C-C-A-GC---------------------CGATG---GTTCTA----C--T-CA--G---A-----TTCAT--T-CCGAG----GTC-TACAT---------CC-------ACC--AAT--AAA----ACTGT--ATATGAC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGT----G-T--TT--GAAAT--GGCG--T--TAAAC-C----C--T---CC-A---A---AAcgt
gi|40 : tttactagttgaATAGTTCA---ATACAATTATCTTTA--ATCTT---TTG--AT--C-GTAGAA----GA---------CCCTGGTTGAATGGTCTAAGGTGC---AATC-T--CTA-----GACA-AC-T-T-GC-----C--TA-TCAcactatgtcaacattcatcttatatcaa
gi|36 : TATGATTTGAATATTATCTTGTAATA-C-AC-GAA----GA--GTGTTAGCCATGGCCAAATAGTCTAA--GAC---CATG-TACCTA-----GA-C-AA-A-T-AT-----C--TC-TCACCGCTGAG-GACA----------GGGC-TATGAATCCttgc
gi|33 : TTT--ATGTT---TTA--TTA-TTAT-GAACTGAAA--GGATCCTCCGTGGCTGAGTGGTTTAAGGTGT---C---------------------------GC-----C--TC-TCACCACTAAG-GTTGT---------AGGT-T-CAAGTCAT-GCTTGCCC-----C--GAA--A-----A-T--T-TT-------ATG--TGAGAAA--G--T-TTG-C-A-A-GTTA
gi|13 : aagtatt--ATATT---CTA--ACA-T-TT-AAA----TAATGGATCCTC--------AGTGGTCTAAGGTGC---CCTC-T--CAA-----GATC-AC-T-T-GG-----C--TC-TCA------------------------GGT-A-CGAGTCCC-CCTTGCTC-----C--AAA--A-----A-C--T-TT-------GTGTAAAAGTAA--G--------G-C-A-GCTATTTCCGG--A---A-GG-ACGATA---GTTCTA---------CTTAG---G-----TTTAT--T-TTGAT----GTC-CT-----------------------C--TG---AAA----AGTGA--ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATAT----G-T--TG--CAAAT--GGCA--T--TAAtatgtgga
gi|20 : gcaacttttttaacaaaatgtaccagagatagctcattaccctccaaacatccgttagtaA-T-GT-TAC----GA--GGGTCATCCGTGGCCGACTGGTGTAAAGCAC---CGTC-C--CGA-----TATC-AT-T-TCACTTCT-C--TC-TCACCGCTAAG-GTAGT---------AGGT-T-CGAGTACT-GCCCGCTC-----T--AAA--A-----A-C--T-TT-------ATGT-AAA--AA--A--T-TTG-C-A-A-GTTACTTG---------------CGGTG---GTTCT----AC--T-CA--G---A-----TTCAT--T-CTGAG----ATC-TTCCT---------CA-------ACC--AAT--ACA----ACTGG--ATATGCC------------GT-----------A--TA------T----AGCCGGAAAAGT----G-T--TG--AAAAT--GGCG--T--TAAgatttttttttgatttttttttgat
gi|7 : ctagtctggatacatgtgaatgtattcT-GAA----GT--TGATCCTGCATGGTAGAGTGGTCTAAGGCAC---TGTC-T--CAA-----GGTC-AC-T-G-AC-----C--TC-TCACCACTGGG-GTTGG---------GGGT-T-CAAGCCCA-GCTTGATTTAAGAT--AAA--C-----A-C--A-TTCAAAA--ATG--TGAGAAA--G--T-TTG-C-C-A-GTTACTTGCA---A---A-GG-ATGGTG---GTTTT------------------A-----CTTAGATT-TTGAG----GTC-TTCCT---------CT-------ACC--AAT--AAA----ACTGA--ATACACCACATAATGGCATAT-----------A--TA------T----AACATGCAATGT----G-T--TG--AAAGT--GGCG--A--TAAAC-A----CCAT---TT-A---A---AATA--AAGAT------tttaaacttatttatttttacattgatt
gi|2 : aagtgcaaattatgactttaattggttttcgccaaaataaaatttcagcaaaaAA----AA--GGTTCCTCTGAGGACGACTGGTCTAAGGCGC---CGAC-T--CAA-----GATC-AC-T-T-TC-----C--TC-TCATTGCTAAG-GTTGT---------AGGT-T-TGAGTCCA-GCTCTC-C-----C--AAA--A-----A-C--T----------GTG--AAAG-AA--A--T-TTGAC-C-A-GTTACTTGCAG--A---A-AG-ACGGCG---GTTCTA----C--T-CA--G---A-----TTCAT--T-CTGAG----GTC-TTCTT---------CC-------ACC--GAT--AAA----ACTAA--ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACGTGAAATGT----G-T--TG--AAAAT--GGCT--T--TAAAC-C----CATT---CC-A---A---AATA--AAAAT------TAAAACATaattctgatgtcttaaagag
gi|9 : gcaaccttttgttattaatagagtttcaaaaatattttctcaactacatgtaaataaattcttacaaacttG--GAGTCCTCC-TGGGCGAGTGGTATACGGCACTGTCGTC-T--TGC-----GACG-AT-T-T-AC-----C--TT-TCACCGCAGAG-GTCAT---------GGGT-T-CGAGTCAT-GCTCGCTT-----C--AAA--A-----A-C--A-TA-------ATG--TAAGTAA--G--T-TT--C-CTA-GTTACTTG--A--G---A-AA-ACGATT---GTTCTA--ATAAG-------------------AG-----TAAA----GTC-TTGCT---------CC-------TCC--TAT--AAA----ACTGA--ATATGCC------------TT-----------A--CA------T----AACCTGACATGT----G-C--TG--ATAGT--TACG--T--TAAAC-C----CCAT---TC-A---A---ACAA--AAACCTTTGCGTAAAAAA-GCAAA-T--TACATAAATA-TATAAgcagaaacatgtactgattttactataataaatttaaatgcgaaacacattattttaaaactttttaactattgacttg
gi|10 : cggtggcgatgtaaaacaacacatataataactttcatcactgc--GGGTTCTCCGTAGCCGAGTTGTCTAAGG------CATG-T--CGGATAGCGACC-AT-T-T-TC-----C--TC-TTACCGTTGAG-CTCGTTTTTTTTTTAGAC-A-GAAG--CT---TTGATC-----C--AAA--A-----A-T--T-TA-------AAG--TGAGTAA--T--T-TTG-T-C-A-GTTACTTGT-GTTA---A-GG-ATGGCG---GTTCTA----C--T-CT--G---G-----TTCAT--T-CTGAG----ATC-TTCCT---------TC-------ACC--AAT--AAA----ACTGT--ATATGCC------------AT-----------ATGTA------T----AACCTGTCATGT----G-T--TG--AAAAT--GGCG--T--TAAAC-C----CTGTA--TT-A---ATTTAAAA--Acaattcttacc
gi|30 : tctatgtaatgtctatatttcattttaaaacaat--GAGTCCTGCCTTTCTGAGTTGTCTAAGGTGC---AGTC-T--CAA-----GATC-AC-T-T-AT-----C--TC-TCGCTGCAAAG-TTCAT---------AGG--T-CAAGTCCC-ACTTGTTC-----T--AAA--A-----A-T--T-TC-------ATT--TGAGAAA--T--T-TTG-T-C-A-GTTATTTGCGG--A---A-GG-ACGGTG---GTTcggtgtcctctgtgacgtgactgaatggtgcaagat
gi|4 : tctgtacatttttgtcttgtttatttcactttacagtta--GGGTCCACCATGGCTGAGTGGTCCAAGGTTA---TATC-T--CAA-----GATC-AC-T-T-GT-----C--TC-CCATTGCTGAG-GTTGT---------GTGT-A-CAAGCCAA-GATCAGTC-----CTTAAA--CTGTATA-CA-T-GT-------ATG--TGTGAAA--G--T-TTG-C-C-A-GTTAATTGCTG--A---A-GC-AAGATG---ATTCT
gi|3 : aaaaaaaaaaaattcgggatGATCCTCTGTTGCCGAGTGGTCTAAAGCAC---TGTC-T--CAA-----GGTC-AC-T-T-AC-----T--TC-TCACTGCTAAG-GTCGT---------AGGT-T-TGAGTC----------C-----C--AAA--A-----A-C--T-TTTAA----GTG--AGA--AA--A--T-TTG-T-C-A-GTTACTTGCGG--A---A-GG-AGGGTG---GTTCTA--CTCAGT---------------TTCAT--T-TCGAG----GT--TTCCT---------CC-------A-C--TGA--TAA----A------ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAA--GT----G-T--TG--AGAAT--GGTT--T--TAAAC-T----CCAT---T------A---AAGA--AAGTT------TACCAAAAAAACA-TGtctcagaaacatgtgtatataatataactggatactatatataatctgtaatgtggggggaaatctcattaaaaaatcaattaagtgacagagatgttaccccttgaatttcaggaaaaccctgcttgaacaatggtagctgttcctggatggggagtgatcgttacatttgtgcctgtaaaacgccatttcgtggtacacactgccaggaaaaatacg
gi|15 : atgaacatgagattaaatggaagtctatcctgcagtgctgaaattcaatttttttatatgctagtacataatattatttgtaagtttatcaaagtataGGACCTCTGTGACCGAGTAGTCTAAGGCGG---TATC-T--CCA-----GATCAAT-T-T-AC-----C--TC-TCACTGC-AGGTGTCAT---------TAATAT----GTCCCAGCTCAGTC-----C--AGA--------A-C--T-TT-------ATG--TGAGAAA--T--T-TTG-C-C-A-GCTTTTTGTGG--A---T-GG-ATGGTG---TTTTTA---------CTTAG---A-----TTC-G--TACTGAG----GTC-TTCCT---------TC-------AC-----T--AAA----ACTAG----ATGCC------------AT-----------A--TG------T----CATTTGTTTTGT----G-C--TG--AAAAT--GACA--T--AAAGG-T----CT-T---TT-A---A---AAAA--AACAT------TAcaattagtagatctgtaattgatatacacttcatcatgtgcggacattactcatattaa
gi|23 : ttgaaaaggtaacagataacaaaaagacaaacttgatgacaGGTCGCCAATGGCTGAGTGGTCTATGGCGC---TGTTGT--CTA------ATG-AC-T-T-AC-----C--TC-TTATTGCTGAG-GTCCT---------AGGT-A-CAAGCCTT-GTTAAGTT-----T--GAA--A-----A-C--T-TT-------TTG--AGA--AA--A--T-TTG-G-C-A-GCTATTTGCGA--G---A-GA-ATGATG---GTTCT------------------G-----CTCAG------G----------TTCCT---------CC-------ACC--AAT--AAA----ACTGG--ATATTCT------------AT-----------A--T-------T----AAtttatatcaaagtttt
gi|37 : tttaaaattaagccctgtcacaaatggatgaattatggaaaaaaaaaGGTCCTCTTTAACTTAGTGGTCTTGGG---------C-T--CAA-----TATT-ACTT-T-AC-----C---C-TCACTGCTGAG-ATTGT---------GTGT-T-agacaatttctatatatatataaagggagataattaaatt
gi|14 : aaaacaaacaatcaatttggaatacaaGTCCTCCGTGGCCGAAAGGTCTAAGG------CACT-T--CAA-----GATC-AT-T-A-AA-----T--TT-TCACCAAAAAG-ATCGT---------AGGT-T-CAAGACCA-GCTTGTTC-----A--AAA--C-----A-C--T-TT-------ATG--TGAG-AA--------------------ACTTGC--------------CAGT--------TA--ATCG---CG--G---A--------AG------GAC----GTC-TTTAT---------CC-------ACT--AAT--AAA----ACTGG--ATATACC------------AT-----------A--TG------T----TATCTGAACTGT----G-T--TG--AAAAT--GGCG--G--TAAAC-C----CCAT---TC-A---A---AAAtaaagccgaaacttatcct
gi|8 : gtccgtgatttggtagctggtctagttagaaagtgtaagtTCAGTGTTTGAGAGGTTTTTGGAGCAT-CATC-T--CAA-----GATT-AC-T-T-ACATGTAC--CCGTCACTGCTGAG-GTCCT---------GGGT-T-CAATTCAA-ACTTGGTC-----C--AAA--G-----A-C-----T-------GTG--ACA--AA--G--T-TTA-C-C-A-TTTACTTGATA--G---A-GA-ATATTA---GTTCTACTGAGATTCCT--GTATA-----TTTA---T-CAGAG----TTCTTTTCT---------TT-------ACT--AAT--AAA----ACTGA--ATGCCTC------------AT-----------A--TA------CCCAAAACTTGTGATAT----T-C--TA--AAAAT--TGCA--T--TAAAT-T----TCAT---TA-A---A---AAAA--Agtaagacaatggaacaacttttgacccctttatccaatggtacgtaaattct
gi|12 : taagtttaaatatactagtatatatttctatacatacaataaatgtattaaaaaattagaattagaatgagtggGGTCAAGTGGTGTATGGCAC---TGTC-T--CAA-----GATC-GC-T-T-CC-----A--TC-TCACCATTTGC-GTTGT---------GGGT-T-CAAACTCC-AATGGTTC-----C--AAA--C-----A-C-------------ATT--GGGGCAA--G--T-TT--G-C-ATGTTAAATGT-G--A---A-GGAACAGTG---CTTCT----AC--T-CA--G---A-----TTCA------TG-G----ATC-TTCTT---------CCAAAAGAAAAC--TGT--TAA----ACAAA--GAATGAC------------A------------A--TA------A----AA---GTAATGTCTGAG-T--TG--AAGAtg
gi|5 : actgacatctaatctgggttgtgaAATAATCTAAAGCGC---TGTT-T--CAA-----GATC-AC-T-T-GC-----C--TC-TCTCTGTTAA------T-----------GT-T-CGAGTCCC-ACTGGCTC-----T--AAA--G-----G-C--T-TT-------TTG--TGAGAAA--G--T-TTGCT-C-A--TTACCTGTTG--G---A-GG-ACAGTG---GTTCTA--CCCAGG-TT--C---A------TCA------TGAG----GGG-TTCCT--------------------C--CGA--CAATAATAATGG--ATATGCC------------AT-----------A--TA------C----GGCATGAAATGT----G-T--TA--AAAAT--GGCA--T--TAAAC-C----CCAT---TCAA---A---AAAA--AAAAT------CAAAAaagcttttggtataatcttagttgtgaaggacgtaaagcttgctatttgtggtaaatgtgaactgatagacac
gi|17 : attgagatttgtgatttcagtgaattatttttggtaatttaactatttaaaatgaatgataattccactgtcttcaatgaaaaatacaaaaataaaataagtttcagtgaaaggtcTTTATGGCAC---CATC-T--AAA-----AA-A-AC-T-C-GC-----C--TC-TCACCGCTGAT-GTCAA---------AACT-T-CGGGGCCC-GCTCGCTC-----C--AAA--A-----A-CT-T-TT-------ATG--AGAGAAATTT--T-TT--C-C-A-GTTATTTGCGA--A---A-AG-ACGGTG---GTTCT----AC--T-CA--G---A-----TTCAT--T-CTGAGCTCAGTT-TTTAT---------TT-------GAC--TGC--CAtttctttgtcactttgtggtcagtgtaattaggacttt
gi|18 : tatccactgtactaccgcaatacttctaaatgtacatattgtgtgcattatcctcaatATC-T--CAA-----GATC-AC-T-T-AT-----C--AC-TGACCACT----GTCGT---------ATGT-T-CGAATCCC-G-TGGTTC-----C--AAA--------A-CA-T-TT-------ATG--TGAGAAG--G--T-TTG-C-C-A-GTAACTTGCGG--A---A-GA-ACAGTG---GGTCTA----C--T-CA--G---A-----CTCAT--T-CTGAG----GTC-TATTT---------CA-------ACCAAAG---AAA----ACTGG--ATAT-TT------------AT-----------T--TA------T----TAACTGAAATAT----G-T--TG--AAAAT--ACCG--T--TAAAC-C----CCAT---TT-G---A---AAAT--ACATA------TAAATAACAAAAttattgatgtatttcgaactttttgaaagcattgttacgtttcaattgagaatttaaagagatggatacata
gi|32 : tTC-T--CAA-----TATA-AC-C-T-GT-----CAGTC--CACG-TTGAA-GTTATTGT------AGGT-T-TGAGCCCA-GCCTGGCC-----T--AAA--C-----A-CGTT-TTGTAATAAATG--ATA-TAA--GAATGTT--T-G-A-GTTACTAGCGG--A---G-GG-ACGGTT---GTTttattggttaccttgcatataacaatatacaattatctatatattttgtctattaacccccaatg
gi|1 : g--CAA-----TATC-GC-G-T-AC-----C--AC-TCGCTGCTG-------------------------GAATCCC-ACTCGGTC-----C--AAA--A-----T-C--T-TT-------ATG--TGAGAAA--G--T-TT--GAC-A-GTTGCTTG-AC--G---ATGG-ACGGTT---GTTCTA----C--T-CA--G---A-----TTCAT--C-CTGAG----GTC-TTCAT---------CA-------ACC--AGT--AAA----ACTGG--ACATGCC------------ATAAATAGATTTGA--TA------T----AACCTGAAATAT----A-T--CG--AAATG--GGCT--T---AAAT-C----CCAT---TA-A---A---AAAA--AAAAgaaccgaaattcattttcagatattcc
gi|28 : ttaaaaggcctgtggagaagcctgAA-----GGTC-AT-G-T-AC-----G--TC-ACACTCTTCAG-GTGAT---------GGGT-T-TGAGCCCA-GCTTGGTC-----CA-GAA--T-----G-T--TACC-------ATG--TGA--AA-----------C-C-A-ATTACTTGCAG--A---A-GG-AAGATG---TTTCT----AC--T-GT--G---T-----TTCAT--T-CTGAG----GTC-CTCCT---------CC-------AC--------CAA----AATAATTAGATGTC------------AT-----------G--TA--------------CTGGAA-GT----GAT--TG--CAAAgcttgtacacaagtatgttgttcatatttcgaaaccaaattatataggaatcttttatttttagtggaagactggtgctgccatcactaagaatgaggcctagctatgtagaggaaagaatctttactttcagaatcattctgtaaagagcatatttctaaatgttcaatttatatagagtttgtgtg
gi|25 : attaACC-AC-T-T-AC-----C--TC-TCATCGTTGAA-GTTGT---------TGGT-T-CGAG-CGC-GCTCGGTC-----T--AAA--A-----A-C--T-TA-------ATG--TGAGAAA--G--T-TTG-C-C-A-GTTATTTGCGG--A---A-GG-ACGGGGGCCGTTC---------T-TT--G---A-----TTCCT--T-CTAAG----GTctctgtta
gi|22 : ttgaagagtaacaattacagaaggatttaatcatataattcgagtggtctcaattgattccgtctgttaTC-AC-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAT-GTTGT---------AGGT-T-CAAGTCCA-A---G-TC-----C--AAAT-T-----T-C--T-AT-------ATA--AGA--AA--G--T-TTG-C-C-T-GTTACATGCAG--A---A-GG-ACGTTG---GTTCT----AC--T-CG--G---A-----TTTAT--T-CTGAG----GTC-TTCATGCAAAGGCACC-------ATC--AGT--AAA----ACTAG--ATTTGCCATA---------AT-----------A--TA------T----AACCCGAAAAGT----G-T--TG--AAAATCATGTG--T--TTAAC-C----CCAT---T-----------AAA--AAAAC--------ACAAATAAAAACTTATATagagacctacccca
gi|21 : cctgagatgtatacag-T-AC-----C--TC-TCACTTGTGAG-GTTGT---------TGGT-A-CAAGTCCC-ATTTGGTC-----CT-GAA--------A-C--T-TT-------ATGTTAGA-TA---G--T-TTG-C-C-A-GTTACTTGC-G--GTCCA-GG-ACAGTG---GTTCTA----C--T-CT--G---A-----TTAAT--C-CTGAA----GTC-TTCCT---------CC-------ACC--ATT--AAA----ACTGG--ATATGCC------------AT-----------A--TATACCAGT----AACCTGAAATGT----G-T--TA--AAAAT--AATA--TTAAAAAC-C----CCAG---TC-ATACA---AAAA--AAAtgtcccattgttgttcatgcatattacaatttttg
gi|24 : ACCGCTGAG-GTCGC---------GGGT-T-CAAGTCTC-ATTCGGTC-----C--AAA--------A-C--T-GT-------ATAT-AAAACA---G--T-TT--GAC-A-GTCACTTGCAG--A---C-AG-ACGGTG---GATTT------------------A-----CTC---------AG----GTT-TTTCG---------TC-------ACC--AAT--AAA----ACTGG--ATATGCC------------AT-----------A--TA------A----AACCTTTCATGT----G-TCATGTTTAAAT--GGTGTTT--AAATC-C----CCAT---TC-A---A---ACAATTAAAAT------GAActgcaatgttgatagtcttaattaatttttttagtacatgtaaattcatcaattcaaacatatctattaattt
gi|38 : GGT-T-CGAACCAA-GCTAGGTC-----T--AAAACC-----A-T--T-AT-------GTG--AGAA-AA--A--T-GT--A-C-A-GTTATTTGCGA--A---A-GG-GTGGTG---GTTCCA--Agttatagaccccttgtgtgcttcatgtggcatgcacaaatatcacatttttg
gi|11 : accgcagaaatcag-GCTCGCTT-----C--AAA--A-----A-C--T-GT-------ATG--TGAAAAT--G--T-TTG-C-C-A-GTTACTTGCGG--A---A-GG-ACGGTT---GTTCTA----C--T-CA--G---A-----TTCAT--T-TTGAG----GTT-TTCCT---------CC-------ACC--AAT--TAA----ACTGG--ATATACC------------TT-----------A--TA------T----AACCTGAAAAGT----G-T--TG--AAAAT--GGCG--T--TAAACTC----CCAT---TG-A---A---AAtatagag
gi|26 : tccgagacagata-------ATG--TGAAAAA--G--T-TT--C-C-A-GTTACTTGCGG--A---A-GG-ACAGTC---GCTCTA-----------------------CTCAG--T-CTGAG----GTC-TTCCT---------CC-------ACC--AGT--AAA----ACTGT--ATATGCC------------AT-----------A--CA------T----AACCTGAAATGT----G-T--TG--AAAAT--GGCA--T--TAAAC-C----CCAT---TA-A---A---AAAA--Actgagtataaaatgactcactacagaattccaccccttttaaattacggtaggttcattcttgcgacttgaaagtgtgcatttggctcatacagatcgtgatttcttgctgcagatgctgaggaagcataaataag
gi|27 : taAA--G--T-TT--T-CTG-GTTACTTGCGG--A---A-AG-ATGGTT---GTTCTA--CACAGT-TT--C---ATATACCTGAA--T-CTGAG----GTT-TTCAT---------CC-------AGA--AAC--TAA----ACTGG---TA-GT--------------T-----------G--TA------T----AATATGAAACAC----A-T--TA--AAAtgtggatagagactaagtagaaccaacctcctactgcaagtcactatcttgttta
gi|26 : gttgtgtaagatcacttataccattcatttttggtcaagcttagtacataatattatatgttttagtgac-A-GTGACTTGCAG--T---A-GG-AGGTTG---GTTCTA--CTTAGT-CT--c
gi|34 : taatgtgaaaaagtttccagttacttgcggaaggacagtcgctctactcagtctgaggtcttcctccaccagtaaaactgtatatgccatacataacctgaaatgtgttgaaaatggcattaaaccccattaaaaaaaatgtggatagT-CA--G---A-----TTCAT--T-CTGAG----GTC-TG---------------------ACT--CAT--C---------GT--ATATGCC------------AT-----------A--GA------T----AATATTTTTTTT----G-T--TG--AAAAT--GGCGC-T--AAAA---------ATA--AC-T---A---AAAA--AAAGT------TAACAAATatcttgttta
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CATTGCTGAGGTCATGGGTTCAAGAAGCTCATGGTCAGTTAAAAAATTTGCGTGTATTTGCTAAAGGACGTAGGTTCTACTTGGACTCGTATGTATGCTTTCTTGATATTCCTCATTCGTAAATTCTTTCCTGAACCAAAAGCATTGGATGCGATGATACAACATGTCATGTTTTGGAAA
Unaligned ( gi|31 ): GATACAAATTAGTGAATTACTTGCAGACGATCGGTGGTTTTCTGGTTTACTCAAATTCTTTCTGAAATCTCCACCAATGACACTCACGGGGTTTCATATATAACTTGCAAAGTGTTTGACAAACGAGTTAAATTATTTTAAAGGTAGAGTATAAGGATAAAAACGT
Unaligned ( gi|35 ): ATTATAAATTGGTGCTGTTTGTCGTCACATAATGACATGTTATGTATAATGCCAAAAGTCTGAAGTTTAAATGTCAAGGTTGCACTTATTTCTGAAATTTAACATATAAGCTACAGTAGGTTGTGTG
Unaligned ( gi|39 ): AGGACTCATGAATATGCATACATCTGGAAGGATTTGTGAATATGTATACATTTGGAAGTACTCATGAATATGCATACATGTGGAAGGACTCATGA
Unaligned ( gi|41 ): TTAAGGTCACTTTTGTCTAACCACCAAGGTTGTGGGTTATGAGCCAAGCTAAGTCTTTAAAAAAATTATGTGAAAAAATT
Alignments
lowQualScore : 111111111 1 222 4444444444444444444 1111111111 111111111111111111 111111111111 111111 2
lowQualScore : 777777777 3 888 1111111111111111111 5 3 3333333333 4 0 777 4 1 22 6666666 1 1 1 1 1 66666 11 1 222 0 1 2 44444444 0 555 444 1 11 222 1 555 2 444444444444444444 2 1 2 1 22 3333333 11 11 3 0 2222 9999999999 1 555555555 22 3 3333 000000000000 77777777777 22 444444 3333 3 22 33 22 44 222 555555 000000 2 888888 3 1 666 77 0
lowQualScore : ......... . ... ................... . . .......... . . ... . . .. ....... . . . . . ..... .. . ... . . . ........ . ... ... . .. ... . ... . .................. . . . . .. ....... .. .. . . .... .......... . ......... .. . .... ............ ........... .. ...... .... . .. .. .. .. ... ...... ...... . ...... . . ... .. .
lowQualScore : 000000000 3 777 8888888888888888888 7 7 1111111111 0 2 777 5 7 33 3333333 5 3 3 3 3 00000 88 3 111 8 2 4 55555555 9 222 777 4 77 222 2 222 5 777777777777777777 6 1 4 1 77 7777777 66 77 8 2 7777 3333333333 3 777777777 00 0 0000 222222222222 00000000000 00 333333 1111 1 11 77 33 00 666 555555 999999 1 888888 3 1 888 22 0
consensus : AATTTTA-TAT-TT-TA-TGC-C-ATATAGTTC----A-TA-CAGTTATATTTTAT-ATTNTGAT--AC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGAAAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC--AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT--AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
Reference ( family-75 ) : AATTTTAATAT-TT-TA-TGCACGATATAGTTC----A-TA-CA-CTACGNTTTAT-ATTTTGAT--AC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GNTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGNGAGAAAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCNGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC--AGTAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT--AAAAAT-ATACATAAATA-TATAA
gi|1 : CAATATCG-C-G-T-AC-----C--AC-TCGCTGCTG--------------------------GAATCCC-ACTC--GGTC--CAA---AAT-C---T-T-------T----------ATGTGAGAAAGTTTG-ACAGT-TGCTTGACG--ATGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------CCTGAGGTC-TTCAT---------CAACC--AGTAAAACT----GGACATGCC------------ATAAATAGATTTGA--TA------T----AACCTGAAATATA-T--CG---AAAT--GGGCTT--AAA-T-CCC------ATTA-A---AAAA-AAAAA
gi|10 : ttaaaaggcctgtggagaagcctg--GGGTTCTCCGTAGCCGAGTTGTCT-AA--GGCATGT---CGGA-TAGCGACCA-T-T-T-TC-----C--TC-TTACCGTTGAGCTC---GTTTTT-T-TTTTAGACAGAA-----GCTTT-GATC--CAA---AAA-T---T-T-------A----------AAGTGAGTAATTTTG-TCAGT-TACTTGTGTT-AAGGATGGCGGT-------TCT--AC--TCTGGTTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------TCACC--AATAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------ATGTA------T----AACCTGTCATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCTGTATTAATTT-A---AAAA-gcttgtacacaagtatgttgttcatatttcgaaaccaaattatataggaatcttttatttttagtggaagactggtgctgccatcactaagaatgaggcctagctatgtagaggaaagaatctttactttcagaatcattctgtaaagagcatatttctaaatgttcaatttatatagagtttgtgtg
gi|11 : tctatgtaatgtctatatttcattttaaaacaat-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---T-G-------T----------ATGTGAAAATGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TTTGAGGTT-TTCCT---------CCACC--AATTAAACT----GGATATACC------------TT-----------A--TA------T----AACCTGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-CTCCC------ATTG-A---AAAcggtgtcctctgtgacgtgactgaatggtgcaagat
gi|12 : tccgagacagataGGTCAAGTGGTGT-AT--GGC--AC---TGTC-TCAAGATCG-C-T-T-CC-----A--TC-TCACCATTTGCGTT---GTGGGT-T-C--------AAACTCC-AATG--GTTC--CAA---ACA-C------------------------ATTGGGGCAAGTTTG-CATGT-TAAATGTGA--AGGAACAGTGCT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT-------------GGATC-TTCTT---------CCAAA--AG-AAAACT----Gctgagtataaaatgactcactacagaattccaccccttttaaattacggtaggttcattcttgcgacttgaaagtgtgcatttggctcatacagatcgtgatttcttgctgcagatgctgaggaagcataaataag
gi|13 : actgacatctaatctgggttgtgaAT-ATTCTAAC--AT----TT-AAATAATGGATCCTC--------AGTGGTCT-AA--GGT--GC---CCTC-TCAAGATCA-C-T-T-GG-----C--TC-TCA-----------------GGT-A-C--------GAGTCCC-CCTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------GTGTAA--AAGTAAG-GCAGC-TATTTCCGG--AAGGACGATAGT-------TCT--AC--TTAGGTTT----AT---------TTTGATGTC-CTCT------------------G-AAAAGT----GAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATATG-T--TGC--AAAT--GGCATT--AAttaaacaaagaatgacaataaaagtaatgtctgagttgaagaaagcttttggtataatcttagttgtgaaggacgtaaagcttgctatttgtggtaaatgtgaactgatagacac
gi|14 : gcaacttttttaacaaaatgtaccagagatagctcattaccctccaaacatccgttagtaA--GTGTCCTCCGTGGCCGAAAGGTCT-AA--GGC--AC---T----TCAAGATCA-T-T-A-AA-----T--TT-TCACCAAAAAGATC---GTAGGT-T-C--------AAGACCA-GCTT--GTTC--AAA---ACA-C---T-T-------T----------ATGTGAGAAA-CTTG-CCAGT-TAATCGCGG--AAGGACG------------TC------------TTT----AT---------------------------------CCACT--AATAAAACT----GGATATACC------------AT-----------A--TG------T----TATCTGAACTGTG-T--TGA--AAAT--GGCGGT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-gatttttttttgatttttttttgat
gi|15 : gtccgtgatttggtagctggtctagttagaaagtgta--AC----TT-GATGAC-AGGACCTCTGTGACCGAGTAGTCT-AA--GGC--GG---TATC-TCCAGATCAAT-T-T-AC-----C--TC-TCACTGCAGGTGTC---ATTAATAT------------GTCCCAGCTC--AGTC--CAG---AA--C---T-T-------T----------ATGTGAGAAATTTTG-CCAGC-TTTTTGTGG--ATGGATGGTGTT-------TTT--AC--TTAGATTC----GT---------ACTGAGGTC-TTCCT---------TCAC-----TAAAACT----AG--ATGCC------------AT-----------A--TG------T----CATTTGTTTTGTG-C--TGA--AAAT--GACA-T--AAA-G-GTC------TTTT-A---AAAA-AAACAT------TA-gtaagacaatggaacaacttttgacccctttatccaatggtacgtaaattct
gi|16 : ttgaaaaggtaacagataacaaaaagacaaGTCCTCCTTGGTCTAGTGGTTT-AT--GGC--TT---CATC-TCATTATCA-C-TGC-AC-----C--TC-ACACCGCTAAGGTA---GTAGAT-T-C--------GAGTCTC-ACTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAGAATGTTTG-CCAGC-----------------CGATGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCCGAGGTC-TACAT---------CCACC--AATAAAACT----GTATATGAC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TTG--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CC--------TCC-A---AAAtttatatcaaagtttt
gi|17 : tttactagttgaatatgttatcatatggtgtatatatatatataTTT-AT--GGC--AC---CATC-TAAAAA-AA-C-T-C-GC-----C--TC-TCACCGCTGATGTC---AAAACT-T-C--------GGGGCCC-GCTC--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------TT---------ATGAGAGAAATTTTTTCCAGT-TATTTGCGA--AAAGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGCTC-cactatgtcaacattcatcttatatcaa
gi|18 : tatccactgtactaccgcaatacttctaaatgtacatattgtgtgcattatcctcaatTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--AC-TGACCACTG---TC---GTATGT-T-C--------GAATCCC-G-TG--GTTC--CAA---AAC-A---T-T-------T----------ATGTGAGAAGGTTTG-CCAGT-AACTTGCGG--AAGAACAGTGGG-------TCT--AC--TCAGACTC----AT---------TCTGAGGTC-TATTT---------CAACCAAAG-AAAACT----GGATAT-TT------------AT-----------T--TA------T----TAACTGAAATATG-T--TGA--AAAT--ACCGTT--AAA-C-CCC------ATTT-G---AAAA-TACATA------TA-AATAAC--AAAATT-ATagtttttatttgactgccattattgatgtatttcgaactttttgaaagcattgttacgtttcaattgagaatttaaagagatggatacata
gi|19 : taAATTTTAATAT-TT-TA-TGCACGATATAGTTCCGGAA-TA-T--CTACATTTTAT-ACAGTGTT--ACTGTTGT-GGAAA-----TCCTCT--------GCGGTCT-AA--GGC--A----CATC-TCAAGA------T-T-AC-----T--TC-TCACTGCCGA-GTC---CTGTAC-T-C--------AAGTTCA-GCTC--AGTA--CAA---AAAGC---TGT-------T----------GTGTGAGAAAATTTG-CCTGT-TATTTTCAA--AAGTACAGTGGT-------TTT--AC--CCTGATTT--------------------GGTC-ATACT---------CCTGT--AAT-AAACT----TAATA--CA------------AT-----------G--TA------T--------TAAAAAATG-T--T----AAAC--ACTGTA--AAA-C-Ctggttaccttgcatataacaatatacaattatctatatattttgtctattaacccccaatg
gi|2 : AAAA--GGTTCCTCTGAGGACGACTGGTCT-AA--GGC--GC---CGAC-TCAAGATCA-C-T-T-TC-----C--TC-TCATTGCTAAGGTT---GTAGGT-T-T--------GAGTCCA-GCTC---TCC--CAA---AAA-C---T--------------------GTGAAAGAAA-TTTGACCAGT-TACTTGCAG--AAAGACGGCGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCTT---------CCACC--GATAAAACT----AAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACGTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCTTT--AAA---CCC------ATTC-C---AAAATAAAAAT------TA-AAACATGCAGAAAC-ATagagctgtttgtcaaaacgt
gi|20 : gcaaccttttgttattaatagagtttcaaaaatattttctcaactacatgtaaataaattcttacaaactt--AT----GT-TACGA--GGGTCATCCGTGGCCGACTGGTGT-AA--AGC--AC---CGTC-CCGATATCA-T-T-TCACTTCT-C--TC-TCACCGCTAAGGTA---GTAGGT-T-C--------GAGTACT-GCCC--GCTC--TAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAAAAA-TTTG-CAAGT-TACTTGCGG----------TGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------CAACC--AATACAACT----GGATATGCC------------GT-----------A--TA------T----AGCCGGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAgtactgattttactataataaatttaaatgcgaaacacattattttaaaactttttaactattgacttg
gi|21 : ctagtctggatacatgtgaatgtattc-T-AC-----C--TC-TCACTTGTGAGGTT---GTTGGT-A-C--------AAGTCCC-ATTT--GGTC--CTG---AAA-C---T-T-------T----------ATGTTAGATAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGGTCCAGGACAGTGGT-------TCT--AC--TCTGATTA----AT---------CCTGAAGTC-TTCCT---------CCACC--ATTAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TATACCAGT----AACCTGAAATGTG-T--TAA--AAAT--AATATTAAAAA-C-CCC------AGTC-ATACAAAA-AAAAtttaaacttatttatttttacattgatt
gi|22 : TCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGATGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCCA-A------GTC--CAA---A---T---T-TC------T----------ATATAAGAAAGTTTG-CCTGT-TACATGCAG--AAGGACGTTGGT-------TCT--AC--TCGGATTT----AT---------TCTGAGGTC-TTCATGCAAAGGCACCATC--AGTAAAACT----AGATTTGCCATA---------AT-----------A--TA------T----AACCCGAAAAGTG-T--TGA--AAATCATGTGTT--TAA-C-CCC------ATT--------AA-AAAAAC---------ACAAAT--AAAAAC-TTATATctgcaatgttgatagtcttaattaatttttttagtacatgtaaattcatcaattcaaacatatctattaattt
gi|23 : cctgagatgtatacagAAAA--AGGTCGCCAATGGCTGAGTGGTCT-AT--GGC--GC---TGTTGTCTA-ATGA-C-T-T-AC-----C--TC-TTATTGCTGAGGTC---CTAGGT-A-C--------AAGCCTT-GTTA--AGTT--TGA---AAA-C---T-T-------T----------TTG--AGAAAATTTG-GCAGC-TATTTGCGA--GAGAATGATGGT-------TCT--GC--TC-------------------------AGGT---TCCT---------CCACC--AATAAAACT----GGATATTCT------------AT-----------A--T-------T----AAtgtcccattgttgttcatgcatattacaatttttg
gi|24 : tttaaaattaagccctgtcacaaatggatgaattatggaaaaACCGCTGAGGTC---GCGGGT-T-C--------AAGTCTC-ATTC--GGTC--CAA---AA--C---T-G-------T----------ATATAAAACAGTTTG-ACAGT-CACTTGCAG--ACAGACGGTGGA-------TTT--AC--TC-------------------------AGGTT-TTTCG---------TCACC--AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------A----AACCTTTCATGTG-TCATGTTTAAAT--GGTGTTT-AAATC-CCC------ATTC-A---AACA-A----T------TA---AAAT--GAAGTT-ATAagacaatttctatatatatataaagggagataattaaatt
gi|25 : CGAGTGGTCTCAATTGAT--TC---CGTC-TGTTAACCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCATCGTTGAAGTT---GTTGGT-T-C--------GAG-CGC-GCTC--GGTC--TAA---AAA-C---T-T-------A----------ATGTGAGAAAGTTTG-CCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGGGGC-------CGT--TC--TTTGATTC----CT---------TCTAAGGTgaccccttgtgtgcttcatgtggcatgcacaaatatcacatttttg
gi|26 : ttgaagagtaacaattacagaaggatttaatcatataatt----------ATGTGAAAAAGTTT--CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACAGTCGC-------TCT--AC--TCAG-------------------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC--AGTAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------A--CA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTA-A---AAAA-AAagagacctacccca
gi|26 : taAGT-GACTTGCAG--TAGGAGGTTGGT-------TCT--AC--TTAGtgtggatagagactaagtagaaccaacctcctactgcaagtcactatcttgttta
gi|27 : taatgtgaaaaagtttccagttacttgcggaaggacagtcgctctactcagtctgaggtcttcctccaccagtaaaactgtatatgccatacataacctgaaatgtgttgaaaatggcattaaaccccattaaaaaaaatgtggatagagaAAGTTTT-CTGGT-TACTTGCGG--AAAGATGGTTGT-------TCT--AC--ACAGTTTC----ATATACCTGAATCTGAGGTT-TTCAT---------CCAGA--AACTAAACT----GG-TA-GT--------------T-----------G--TA------T----AATATGAAACACA-T--TAA--AAatcttgttta
gi|28 : gttgtgtaagatcacttataccattcatttttggtcaagcttagtacataatattatatgttttagtgacAAGGTCA-T-G-T-AC-----G--TC-ACACTCTTCAGGTG---ATGGGT-T-T--------GAGCCCA-GCTT--GGTC--CAG---AAT-G---T-TAC-----C----------ATGTGAAA--------CCAAT-TACTTGCAG--AAGGAAGATGTT-------TCT--AC--TGTGTTTC----AT---------TCTGAGGTC-CTCCT---------CCACC--AAAATAATT----AG--ATGTC------------AT-----------G--TA--------------CTGGAA-GTGAT--TGC--AAAc
gi|29 : attaCATTGCTGAGGTC---ATGGGT-T-C--------AAG--AA-GCTCATGGTC----------A-G---T-T-----------------------AAAAAATTTG-C--GTGTATTTGCTA--AAGGACGTAGGT-------TCT--AC--TTGGACTC----GT---------ctctgtta
gi|3 : AATTTT----T-TTATA-TGC------TAGTAC----A-TAATA-TTA---TTTGT-AAGTTTATCAAA----GT-ATAGA-----TCCTCTGTTGCCGAGTGGTCT-AA--AGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-T-AC-----T--TC-TCACTGCTAAGGTC---GTAGGT-T-T--------GAGTC------------C--CAA---AAA-CT--T-T-------T----------AAGTGAGAAAATTTG-TCAGT-TACTTGCGG--AAGGAGGGTGGT-------TCT--AC--TCAGTTTC----AT---------TTCGAGGT--TTCCT---------CCACT--GATAAA---------ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAA--GTG-T--TGA--GAAT--GGTTTT--AAA-C-TCC------ATT------AAAG-AAAGTT------TA-CCAA----AAAAAC-ATGCAatgtatgctttcttgatattcctcattcgtaaattctttcctgaaccaaaagcattggatgcgatgatacaacatgtcatgttttggaaa
gi|30 : atgaacatgagattaaatggaagtctatcctgcagtgctgaaattcA--GAGTCCTGCCTTTCTGAGTTGTCT-AA--GGT--GC---AGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--TC-TCGCTGCAAAGTTC---ATAGGT---C--------AAGTCCC-ACTT--GTTC--TAA---AAA-T---T-T-------C----------ATTTGAGAAATTTTG-TCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------Tattagtagatctgtaattgatatacacttcatcatgtgcggacattactcatattaa
gi|31 : tctgtacatttttgtcttgtttatttcactttacagttAAATTAG-TGAAT-TACTTGCAG--ACGATCGGTGGTTTTCTGGTTT--AC--TCAAATTC----TT---------TCTGAAAT-----CT---------CCACC--AATGACACTCACGGGGTTT--C------------AT-----------A--TA------T----AACTTGCAAAGTGTT--TGAC-AAAC--GA-GTT--AAA----TT------ATTT-T---AAAG-GTAGAG------TATAAGGAT--AAAAA
gi|32 : gatacGTC-TCAATATAA-C-C-T-GT-----CAGTC--CAC-GTTGAAGTTATTGTAGGT-T-T--------GAGCCCA-GCCT--GGCC--TAA---ACA-CGT-T-T-------TGTAATAAATGATATAAGAATGTTTG---AGT-TACTAGCGG--AGGGACGGTTGT-------TGA--AC--CGAAATTC----AT---------TTTCAGATA-TTCCcgt
gi|33 : TATGTTTTATTATTATGA---AC-----T-GAA-A--GGATCCTCCGTGGCTGAGTGGTTT-AA--GGT--GT---CG--------------------C-----C--TC-TCACCACTAAGGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCAT-GCTT--GCCC--CGA---AAA-T---T-T-------T----------ATGTGAGAAAGTTTG-CAAGT-TATATGTGG--A
gi|34 : aagtattttGAT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TGACT---------C------------ATC----GTATATGCC------------AT-----------A--GA------T----AATATTTTTTTTG-T--TGA--AAAT--GGCGCT--AAA-A-ATA------ACT------AAAA-AAAAGT------TA-ACAAAT--
gi|36 : TTAT-CTTGTAAT--AC----AC-GAAGA--GTGTTAGCCATGGCCAAATAGTCT-AA--GAC--CA---TGTA-CCTAGA-CA-A-A-T-AT-----C--TC-TCACCGCTGAGGAC---A-GGGC-TAT--------GAATCCgcaccatagtcatttgactttaa
gi|37 : tatgatttgaataA--AGGTCCTCTTTAACTTAGTGGTCT-TG--GG-----------C-TCAATATTA-CTT-T-AC-----C---C-TCACTGCTGAGATT---GTGTGT-T-
gi|38 : aaaacaaacaatcaatttggaatacACCGCAGAAATC---A-GGGT-T-C--------GAACCAA-GCTA--GGTC--TAA---AAC-C---A-T-------T----------ATGTGAGAAAAATGT-ACAGT-TATTTGCGA--AAGGGTGGTGGT-------TCC--Ataaagccgaaacttatcct
gi|4 : --GGGTCCACCATGGCTGAGTGGTCC-AA--GGT--TA---TATC-TCAAGATCA-C-T-T-GT-----C--TC-CCATTGCTGAGGTT---GTGTGT-A-C--------AAGCCAA-GATC--AGTC--CTT---AAA-C---TGTATACATGT----------ATGTGTGAAAGTTTG-CCAGT-TAATTGCTG--AAGCAAGATGAT-------TCT--TC--TCAGAAAC----AT---------------GTG-TATAT----------------AATATAACT----GGATA--CT------------AT-----------A--TA------T----AATCTGTAATGTG-----G---------GGGG----AAA-T-CTC------ATT--A---AAAA-ATCAAT------TA-AGTGAC--AGAGAT-GTatatagag
gi|40 : aaaaaaaaaaaattcgggatATAGTTC----AATA-CAATTATCTTTAAT-CTTTTGAT---C----GTAGAAGA---------CCCTGGTTGAATGGTCT-AA--GGT--GC---AATC-TCTAGACAA-C-T-T-GC-----C--TA-TCATTGCtaccccttgaatttcaggaaaaccctgcttgaacaatggtagctgttcctggatggggagtgatcgttacatttgtgcctgtaaaacgccatttcgtggtacacactgccaggaaaaatacg
gi|41 : -TTAAGGTCA-C-T-T-TT-----G--TC-TAACCACCAAGGTT---GTGGGT-TAT--------GAGCCAA-GCTA--AGTCTTTAA---AAA-A---A-T-------T----------ATGTGAAAAAATT
gi|5 : TCT-AA--AGC--GC---TGTT-TCAAGATCA-C-T-T-GC-----C--TC-TCTCTGTTAA--------TG--T-T-C--------GAGTCCC-ACTG--GCTC--TAA---AGG-C---T-T-------T----------TTGTGAGAAAGTTTG-CTCAT-TACCTGTTG--GAGGACAGTGGT-------TCT--AC--CCAGGTTC----AT---------CATGAGGGG-TTCCT---------CCGAC--AATAATAAT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------C----GGCATGAAATGTG-T--TAA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTCAA---AAAA-AAAAAT------CA-AAA
gi|6 : attgagatttgtgatttcagtgaattatttttggtaatttaactatttaaaatgaatgataattccactgtcttcaatgaaaaatacaaaaataaaataagtttcagtgaaaggtcaataaAAGTTTACTATATC-TACTGTCC-ATATGGTT-----A-TA-CAGTTATAATTTAT-ATTTTGAT--AT----GT-GAAGG--GGGTCCTCCGTGGCTGAGTAGTCT-AA--GGG--GC---CATC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACGGCTAAGGTC---ATAGGT-T-C--------GAGTCCT-GCTC--GCTC--CGA---ACA-C---T-T-------T----------ATGAGAGTAAGTTT--CCAGT-TACTTGCAG--GAGGACGGTGGT-------TCTAAACAGTCTGACTC----AG---------TCTGAGGTC-TTCCT---------TTACC--TGTCAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AATCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTA--AAA-C-CCC------GTTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT--AAAAATGATATGTGAACATTATAAtttctttgtcactttgtggtcagtgtaattaggacttt
gi|7 : T-GAAGT--TGATCCTGCATGGTAGAGTGGTCT-AA--GGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-G-AC-----C--TC-TCACCACTGGGGTT---GGGGGT-T-C--------AAGCCCA-GCTT--GATT--TAAGATAAA-CACAT-T-------CAAAA------ATGTGAGAAAGTTTG-CCAGT-TACTTGC-A--AAGGATGGTGGT-------TTT--AC--TTAG--------AT---------TTTGAGGTC-TTCCT---------CTACC--AATAAAACT----GAATACACCACATAATGGCATAT-----------A--TA------T----AACATGCAATGTG-T--TGA--AAGT--GGCGAT--AAA-C-ACC------ATTT-A---AAAT-AAAGAT------
gi|8 : aagtgcaaattatgactttaattggttttcgccaaaataaaatttcagcaaaaTCAGTGTTTGAGAGGTTT-TT--GGA--GCAT-CATC-TCAAGATTA-C-T-T-ACATGTAC--CCGTCACTGCTGAGGTC---CTGGGT-T-C--------AATTCAA-ACTT--GGTC--CAA---AGA-C-------------------------TGTGACAAAGTTTA-CCATT-TACTTGATA--GAGAATATTAGT-------TCT--AC--TGAGATTCCTGTATATTTA----TCAGAGTTCTTTTCT---------TTACT--AATAAAACT----GAATGCCTC------------AT-----------A--TA------CCCAAAACTTGTGATATT-C--TAA--AAAT--TGCATT--AAA-T-TTC------ATTA-A---AAAA-AAaattctgatgtcttaaagag
gi|9 : taagtttaaatatactagtatatatttctatacatacaataaatgtattaaaaaattagaattagaatgagtgg--GAGTCCTCC-TGGGCGAGTGGTAT-AC--GGC--ACTGTCGTC-TTGCGACGA-T-T-T-AC-----C--TT-TCACCGCAGAGGTC---ATGGGT-T-C--------GAGTCAT-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---A-T-------A----------ATGTAAGTAAGTTTC-CTAGT-TACTTGAGA--AA--ACGATTGT-------TCT--AA--TAAGA-------------------GTAAAGTC-TTGCT---------CCTCC--TATAAAACT----GAATATGCC------------TT-----------A--CA------T----AACCTGACATGTG-C--TGA--TAGT--TACGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AACA-AAAACCTTTGCGTA-AAAAA---GCAAAT--TACATAAATA-TATAAtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATTATAAATTGGTGCTGTTTGTCGTCACATAATGACATGTTATGTATAATGCCAAAAGTCTGAAGTTTAAATGTCAAGGTTGCACTTATTTCTGAAATTTAACATATAAGCTACAGTAGGTTGTGTG
Unaligned ( gi|39 ): AGGACTCATGAATATGCATACATCTGGAAGGATTTGTGAATATGTATACATTTGGAAGTACTCATGAATATGCATACATGTGGAAGGACTCATGA
Alignments
lowQualScore : 22 1 33333 222222222222 11 11111 11111 111111111111111111111111 111111111111 111111 1
lowQualScore : 00 3 66666 999999999999 11 44444 1 4 6 44444 3 1 888 2 1 22 222 6666 1 1 1 1 1 66666 11 1 222 0 1 2 44444444 0 555 444 2 11 222 1 222222222222222222222222 1 0 2 1 22 3333333 11 11 0 2222 9999999999 1 555555555 1 3333 000000000000 77777777777 22 444444 3333 3 22 33 22 44 222 555555 000000 2 888888 3 1 99999 99 3 5
lowQualScore : .. . ..... ............ .. ..... . . . ..... . . ... . . .. ... .... . . . . . ..... .. . ... . . . ........ . ... ... . .. ... . ........................ . . . . .. ....... .. .. . .... .......... . ......... . .... ............ ........... .. ...... .... . .. .. .. .. ... ...... ...... . ...... . . ..... .. . .
lowQualScore : 77 3 77777 000000000000 99 00000 0 4 4 33333 3 7 111 0 7 33 888 4444 5 3 3 3 3 00000 88 3 111 8 2 4 55555555 9 222 777 7 77 222 2 999999999999999999999999 1 1 4 1 77 7777777 66 77 7 7777 3333333333 3 777777777 4 0000 222222222222 00000000000 00 333333 1111 1 11 77 33 00 666 555555 999999 1 888888 3 1 88888 11 8 5
consensus : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTAT-A---TTNTG-ATAC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
Reference ( family-75 ) : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTAT-A---TTNTG-ATAC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
gi|1 : CAATATCG-C-G-T-AC-----C--AC-TCGCTGCTG--------------------------GAATCCC-ACTC--GGTC--CAA---AAT-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-ACAGT-TGCTTGACG--ATGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------CCTGAGGTC-TTCAT---------CAACC-AGTAAAACT----GGACATGCC------------ATAAATAGATTTGA--TA------T----AACCTGAAATATA-T--CG---AAAT--GGGCTT--AAA-T-CCC------ATTA-A---AAAA-AAAAA
gi|10 : ttaaaaggcctgtggagaagcctgTATATT--TCAT------TTTA-AAAC---------AAT--GGGTTCTCCGTAGCCGAGTTGTCT-AA--GGCATGT---CGGA-TAGCGACCA-T-T-T-TC-----C--TC-TTACCGTTGAGCTC---GTTTTT-T-TTTTAGACAGAA-----GCTTT-GATC--CAA---AAA-T---T-T-------A----------AAGTGAGT-AATTTTG-TCAGT-TACTTGTGTT-AAGGATGGCGGT-------TCT--AC--TCTGGTTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------TCACC-AATAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------ATGTA------T----AACCTGTCATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCTGTATTAATTT-A---AAAA-gcttgtacacaagtatgttgttcatatttcgaaaccaaattatataggaatcttttatttttagtggaagactggtgctgccatcactaagaatgaggcctagctatgtagaggaaagaatctttactttcagaatcattctgtaaagagcatatttctaaatgttcaatttatatagagtttgtgtg
gi|11 : tctatgtaatgtc-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---T-G-------T----------ATGTGAAA-ATGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TTTGAGGTT-TTCCT---------CCACC-AATTAAACT----GGATATACC------------TT-----------A--TA------T----AACCTGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-CTCCC------ATTG-A---AAAcggtgtcctctgtgacgtgactgaatggtgcaagat
gi|12 : tccgagacagataGGTCAAGTGGTGT-AT--GGC--AC---TGTC-TCAAGATCG-C-T-T-CC-----A--TC-TCACCATTTGCGTT---GTGGGT-T-C--------AAACTCC-AATG--GTTC--CAA---ACA-C---A-T-------T----------G---GGGC-AAGTTTG-CATGT-TAAATGTGA--AGGAACAGTGCT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT-------------GGATC-TTCTT---------CCA-A-AAGAAAACT----Gctgagtataaaatgactcactacagaattccaccccttttaaattacggtaggttcattcttgcgacttgaaagtgtgcatttggctcatacagatcgtgatttcttgctgcagatgctgaggaagcataaataag
gi|13 : actgacatctaatctgggttgtgaAT-A---TTCTA-ACAT----TT-AAATAATGGATCCTC--------AGTGGTCT-AA--GGT--GC---CCTC-TCAAGATCA-C-T-T-GG-----C--TC-TCA-----------------GGT-A-C--------GAGTCCC-CCTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------GTGTAA---AAGTAAG-GCAGC-TATTTCCGG--AAGGACGATAGT-------TCT--AC--TTAGGTTT----AT---------TTTGATGTC----CT---------CTG------AAAAGT----GAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATATG-T--TGC--AAAT--GGCATT--AAttaaacaaagaatgacaataaaagtaatgtctgagttgaagaaagcttttggtataatcttagttgtgaaggacgtaaagcttgctatttgtggtaaatgtgaactgatagacac
gi|14 : gcaacttttttaacaaaatgtaccagagatagctcattaccctccaaacatccgttagtaA--GTGTCCTCCGTGGCCGAAAGGTCT-AA--GGC--AC---T----TCAAGATCA-T-T-A-AA-----T--TT-TCACCAAAAAGATC---GTAGGT-T-C--------AAGACCA-GCTT--GTTC--AAA---ACA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AA-CTTG-CCAGT-TAATCGCGG--AAGGACG------------TC------------TTT----AT---------------------------------CCACT-AATAAAACT----GGATATACC------------AT-----------A--TG------T----TATCTGAACTGTG-T--TGA--AAAT--GGCGGT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-gatttttttttgatttttttttgat
gi|15 : gtccgtgatttggtagctggtctagttagaaagtgtaAC----TT-GATGAC-AGGACCTCTGTGACCGAGTAGTCT-AA--GGC--GG---TATC-TCCAGATCAAT-T-T-AC-----C--TC-TCACTGCAGGTGTC---ATTAATAT------------GTCCCAGCTC--AGTC--CAG---AA--C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AATTTTG-CCAGC-TTTTTGTGG--ATGGATGGTGTT-------TTT--AC--TTAGATTC----GT---------ACTGAGGTC-TTCCT---------TCAC----TAAAACT----AG--ATGCC------------AT-----------A--TG------T----CATTTGTTTTGTG-C--TGA--AAAT--GACA-T--AAA-G-GTC------TTTT-A---AAAA-AAACAT------TA-gtaagacaatggaacaacttttgacccctttatccaatggtacgtaaattct
gi|16 : ttgaaaaggtaacagataacaaaaagacaaTATGTTA-TCAT-A---TGGTGTATAT----AT-ATATA--TAGTCCTCCTTGGTCTAGTGGTTT-AT--GGC--TT---CATC-TCATTATCA-C-TGC-AC-----C--TC-ACACCGCTAAGGTA---GTAGAT-T-C--------GAGTCTC-ACTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAGA-ATGTTTG-CCAGC-----------------CGATGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCCGAGGTC-TACAT---------CCACC-AATAAAACT----GTATATGAC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TTG--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CC--------TCC-A---AAAtttatatcaaagtttt
gi|17 : tttactagttgaaTTT-AT--GGC--AC---CATC-TAAAAA-AA-C-T-C-GC-----C--TC-TCACCGCTGATGTC---AAAACT-T-C--------GGGGCCC-GCTC--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------TT---------ATGAGAGA-AATTTTTTCCAGT-TATTTGCGA--AAAGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGCTC-cactatgtcaacattcatcttatatcaa
gi|18 : tatccactgtactaccgcaatacttctaaatgtacatattgtgtgcattatcctcaatTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--AC-TGACCACTG---TC---GTATGT-T-C--------GAATCCC-GT----GGTT--CCA---AAA-CA--T-T-------T----------ATGTGAGA-AGGTTTG-CCAGT-AACTTGCGG--AAGAACAGTGGG-------TCT--AC--TCAGACTC----AT---------TCTGAGGTC-TATTT---------CAACCAAAGAAAACT----GGATAT-TT------------AT-----------T--TA------T----TAACTGAAATATG-T--TGA--AAAT--ACCGTT--AAA-C-CCC------ATTT-G---AAAA-TACATA------TA-AATAAC----AAAATT-ATagtttttatttgactgccattattgatgtatttcgaactttttgaaagcattgttacgtttcaattgagaatttaaagagatggatacata
gi|19 : taAATTTTAATATTT-TATG-CACGATATAGTTCCGGAA-TAT--CTACATT--TTAT-A---CAGTG-TTACTGTTGT-GGAAA-----TCCTCTGCGG--------TCT-AA--GGC--AC----ATC-TCAAGATTA-C-T-T------------C-TCACTGCCGAG-TC---CTGTAC-T-C--------AAGTTCA-GCTC--AGTA--CAA---AAAGC---TGT-------T----------GTGTGAGA-AAATTTG-CCTGT-TATTTTCAA--AAGTACAGTGGT-------TTT--AC--CCTGATTT--------------------GGTC-ATACT---------CCTGT-AAT-AAACT----TAATA--CA------------AT-----------G--TA------T--------TAAAAAATG-T--T----AAAC--ACTGTA--AAA-C-Ctggttaccttgcatataacaatatacaattatctatatattttgtctattaacccccaatg
gi|2 : AAAA--GGTTCCTCTGAGGACGACTGGTCT-AA--GGC--GC---CGAC-TCAAGATCA-C-T-T-TC-----C--TC-TCATTGCTAAGGTT---GTAGGT-T-T--------GAGTCCA-GCTC--T-CC--CAA---AAA-C---T----------------------GTGAAAGAAATTTGACCAGT-TACTTGCAG--AAAGACGGCGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCTT---------CCACC-GATAAAACT----AAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACGTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCTTT--AAA---CCC------ATTC-C---AAAATAAAAAT------TA-AAACATGCAGAAACAT-GTAC-TGAagagctgtttgtcaaaacgt
gi|20 : gcaaccttttgttattaatagagtttcaaaaatattttctcaactacatgtaaataaattcttacaaacttAT----GT-TACGA--GGGTCATCCGTGGCCGACTGGTGT-AA--AGC--AC---CGTC-CCGATATCA-T-T-TCACTTCT-C--TC-TCACCGCTAAGGTA---GTAGGT-T-C--------GAGTACT-GCCC--GCTC--TAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAAA-AA-TTTG-CAAGT-TACTTGCGG----------TGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------CAACC-AATACAACT----GGATATGCC------------GT-----------A--TA------T----AGCCGGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAttttactataataaatttaaatgcgaaacacattattttaaaactttttaactattgacttg
gi|21 : ctagtctggatacatgtgaatgtattc-T-AC-----C--TC-TCACTTGTGAGGTT---GTTGGT-A-C--------AAGTCCC-ATTT--GGTC--CTG---AAA-C---T-T-------T----------ATGTTAGA-TAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGGTCCAGGACAGTGGT-------TCT--AC--TCTGATTA----AT---------CCTGAAGTC-TTCCT---------CCACC-ATTAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TATACCAGT----AACCTGAAATGTG-T--TAA--AAAT--AATATTAAAAA-C-CCC------AGTC-ATACAAAA-AAAAtttaaacttatttatttttacattgatt
gi|22 : TCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGATGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCCA-A------GTC--CAA---A---T---T-TC------T----------ATATAAGA-AAGTTTG-CCTGT-TACATGCAG--AAGGACGTTGGT-------TCT--AC--TCGGATTT----AT---------TCTGAGGTC-TTCATGCAAAGGCACCATC-AGTAAAACT----AGATTTGCCATA---------AT-----------A--TA------T----AACCCGAAAAGTG-T--TGA--AAATCATGTGTT--TAA-C-CCC------ATT--------AA-AAAAAC---------ACAAAT----AAAAAC-TTATATctgcaatgttgatagtcttaattaatttttttagtacatgtaaattcatcaattcaaacatatctattaattt
gi|23 : cctgagatgtatacagAAAA--AGGTCGCCAATGGCTGAGTGGTCT-AT--GGC--GC---TGTTGTCTA-ATGA-C-T-T-AC-----C--TC-TTATTGCTGAGGTC---CTAGGT-A-C--------AAGCCTT-GTTA--AGTT--TGA---AAA-C---T-T-------T-----------T-TGAGA-AAATTTG-GCAGC-TATTTGCGA--GAGAATGATGGT-------TCT--GC--TCAGG----------------------------TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATTCT------------AT-----------A--T-------T----AAtgtcccattgttgttcatgcatattacaatttttg
gi|24 : tttaaaattaagccctgtcacaaatggatgaattatggaaaaACCGCTGAGGTC---GCGGGT-T-C--------AAGTCTC-ATTC--GGTC--CAA---AA--C---T-G-------T----------ATATAAAA-CAGTTTG-ACAGT-CACTTGCAG--ACAGACGGTGGA-------TTT--AC--TCAG-------------------------GTT-TTTCG---------TCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------A----AACCTTTCATGTG-TCATGTTTAAAT--GGTGTTT-AAATC-CCC------ATTC-A---AACA-A----T------TA---AAAT----GAAGTT-ATAagacaatttctatatatatataaagggagataattaaatt
gi|25 : CGAGTGGTCTCAATTGAT--TC---CGTC-TGTTAACCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCATCGTTGAAGTT---GTTGGT-T-C--------GAG-CGC-GCTC--GGTC--TAA---AAA-C---T-T-------A----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGGGGC-------CGT--TC--TTTGATTC----CT---------TCTAAGGTgaccccttgtgtgcttcatgtggcatgcacaaatatcacatttttg
gi|26 : ttgaagagtaacaattacagaaggatttaatcatataatt----------ATGTGAAA-AAGTTT--CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACAGTCGC-------TCT--AC--TCAG-------------------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AGTAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------A--CA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTA-A---AAAA-AAagagacctacccca
gi|26 : taAGT-GACTTGCAG--TAGGAGGTTGGT-------TCT--AC--TTAGtgtggatagagactaagtagaaccaacctcctactgcaagtcactatcttgttta
gi|27 : taatgtgaaaaagtttccagttacttgcggaaggacagtcgctctactcagtctgaggtcttcctccaccagtaaaactgtatatgccatacataacctgaaatgtgttgaaaatggcattaaaccccattaaaaaaaatgtggatagaga---T-T-------T----------A-GTGACA-A-GTTTT-CTGGT-TACTTGCGG--AAAGATGGTTGT-------TCT--AC--ACAGTTTC----ATATACCTGAATCTGAGGTT-TTCAT---------CCAGA-AACTAAACT----GG-TA-GT--------------T-----------G--TA------T----AATATGAAACACA-T--TAA--AAatcttgttta
gi|28 : gttgtgtaagatcacttataccattcatttttggtcaagcttagtacataatattatatgtAAGGTCA-T-G-T-AC-----G--TC-ACACTCTTCAGGTG---ATGGGT-T-T--------GAGCCCA-GCTT--GGTC--CAG---AAT-G---T-TAC-----C----------ATGTGAAA---------CCAAT-TACTTGCAG--AAGGAAGATGTT-------TCT--AC--TGTGTTTC----AT---------TCTGAGGTC-CTCCT---------CCACC-AAAATAATT----AG--ATGTC------------AT-----------G--TA--------------CTGGAA-GTGAT--TGC--AAAc
gi|29 : attaCATTGCTGAGGTC---ATGGGT-T-C--------AAG--AA-GCTCATGGTC-------------------------------------A-GTTAAA-AAATTTG-C--GTGTATTTGCTA--AAGGACGTAGGT-------TCT--AC--TTGGACTC----GT---------ctctgtta
gi|3 : AATTTT----TTTATATG-C------TAGTAC----A-TA-----ATATTATTTGT-AAGTTTATC-A-AA----GT-ATAGA-----TCCTCTGTTGCCGAGTGGTCT-AA--AGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-T-AC-----T--TC-TCACTGCTAAGGTC---GTAGGT-T-T--------GAGTC------------C--CAA---AAA-CT--T-T-------T----------AAGTGAGA-AAATTTG-TCAGT-TACTTGCGG--AAGGAGGGTGGT-------TCT--AC--TCAGTTTC----AT---------TTCGAGGT--TTCCT---------CCACT-GATAAA---------ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAA--GTG-T--TGA--GAAT--GGTTTT--AAA-C-TCC------ATT------AAAG-AAAGTT------TA-CCAA------AAAAAC-ATGCAatgtatgctttcttgatattcctcattcgtaaattctttcctgaaccaaaagcattggatgcgatgatacaacatgtcatgttttggaaa
gi|30 : atgaacatgagattaaatggaagtctatcctgcagtgctgaaattcA--GAGTCCTGCCTTTCTGAGTTGTCT-AA--GGT--GC---AGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--TC-TCGCTGCAAAGTTC---ATAGGT---C--------AAGTCCC-ACTT--GTTC--TAA---AAA-T---T-T-------C----------ATTTGAGA-AATTTTG-TCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------Tattagtagatctgtaattgatatacacttcatcatgtgcggacattactcatattaa
gi|31 : tctgtacatttttgtcttgtttatttcactttacagtt-AAATTAG-TGAAT-TACTTGCAG--ACGATCGGTGGTTTTCTGGTTT--AC--TCAAATTC----TT---------TCTGAAAT-----CT---------CCACC-AATGACACTCACGGGGTTT--C------------AT-----------A--TA------T----AACTTGCAAAGTGTT--TGAC-AAAC--GA-GTT--AAA----TT------ATTT-T---AAAG-GTAGAG------TATAAGGAT----AAAAA
gi|32 : gatacGTC-TCAATATAA-C-C-T-GT-----CAGTC--CAC-GTTGAAGTTATTGTAGGT-T-T--------GAGCCCA-GCCT--GGCC--TAA---ACA-CGT-T-T-------TGTAATAAATGATATAAGA-ATGTTTG---AGT-TACTAGCGG--AGGGACGGTTGT-------TGA--AC--CGAAATTC----AT---------TTTCAGATA-TTCCcgt
gi|33 : TTATGTT--TTATTA---TTATG-A-AC-----T-GAA-A--GGATCCTCCGTGGCTGAGTGGTTT-AA--GGT--GT---CG--------------------C-----C--TC-TCACCACTAAGGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCAT-GCTT--GCCC--CGA---AAA-T---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CAAGT-TATATGTGG--A
gi|34 : aagtatttGAT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TGACT---------C-----------ATC----GTATATGCC------------AT-----------A--GA------T----AATATTTTTTTTG-T--TGA--AAAT--GGCGCT--AAA-A-ATA------ACT------AAAA-AAAAGT------TA-ACAAAT----
gi|36 : ATA--TTAT-C---TTGTA-ATAC----AC-GAAGA--GTGTTAGCCATGGCCAAATAGTCT-AA--GAC--CA---TGTA-CCTAGA-CA-A-A-T-AT-----C--TC-TCACCGCTGAGGAC---A-GGGC-TAT--------GAATCCgcaccatagtcatttgactttaa
gi|37 : tatgatttgaA--AGGTCCTCTTTAACTTAGTGGTCT-TG--GG-----------C-TCAATATTA-CTT-T-AC-----C---C-TCACTGCTGAGATT---GTGTGT-T-
gi|38 : aaaacaaacaatcaatttggaatacACCGCAGAAATC---A-GGGT-T-C--------GAACCAA-GCTA--GGTC--TAA---AAC-C---A-T-------T----------ATGTGAGA-AAAATGT-ACAGT-TATTTGCGA--AAGGGTGGTGGT-------TCC--Ataaagccgaaacttatcct
gi|4 : --GGGTCCACCATGGCTGAGTGGTCC-AA--GGT--TA---TATC-TCAAGATCA-C-T-T-GT-----C--TC-CCATTGCTGAGGTT---GTGTGT-A-C--------AAGCCAA-GATC--AGTC--CTT---AAA-C---TGTATACATGT----------ATGTGTGA-AAGTTTG-CCAGT-TAATTGCTG--AAGCAAGATGAT-------TCT--TC--TCAGAAAC----AT---------------GTG-TATAT---------------AATATAACT----GGATA--CT------------AT-----------A--TA------T----AATCTGTAATGTG-----G---------GGGG----AAA-T-CTC------ATT--A---AAAA-ATCAAT------TA-AGTGAC----AGAGAT-GTatatagag
gi|40 : aaaaaaaaaaaattcgggatATAGTTC----AATACAATTATCTT--TAAT-C---TTTTG-AT-C----GTAGAAGA---------CCCTGGTTGAATGGTCT-AA--GGT--GC---AATC-TCTAGACAA-C-T-T-GC-----C--TA-TCATTGCtaccccttgaatttcaggaaaaccctgcttgaacaatggtagctgttcctggatggggagtgatcgttacatttgtgcctgtaaaacgccatttcgtggtacacactgccaggaaaaatacg
gi|41 : -TTAAGGTCA-C-T-T-TT-----G--TC-TAACCACCAAGGTT---GTGGGT-TAT--------GAGCCAA-GCTA--AGTCTTTAA---AAA-A---A-T-------T----------ATGTGAAA-AAATT
gi|5 : TCT-AA--AGC--GC---TGTT-TCAAGATCA-C-T-T-GC-----C--TC-TCTCTGTTAA--------TG--T-T-C--------GAGTCCC-ACTG--GCTC--TAA---AGG-C---T-T-------T----------TTGTGAGA-AAGTTTG-CTCAT-TACCTGTTG--GAGGACAGTGGT-------TCT--AC--CCAGGTTC----AT---------CATGAGGGG-TTCCT---------CCGAC-AATAATAAT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------C----GGCATGAAATGTG-T--TAA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTCAA---AAAA-AAAAAT------CA-AAA
gi|6 : attgagatttgtgatttcagtgaattatttttggtaatttaactatttaaaatgaatgataattccactgtcttcaatgaaaaatacaaaaataaaataagtttcagtgaaaggtcaataaTA-TATCT-ACTGTC-C-ATATGGTT-----A-TACAGTTATAAT--TTAT-A---TTTTG-ATAT----GT-GAAGG--GGGTCCTCCGTGGCTGAGTAGTCT-AA--GGG--GC---CATC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACGGCTAAGGTC---ATAGGT-T-C--------GAGTCCT-GCTC--GCTC--CGA---ACA-C---T-T-------T----------ATGAGAGT-AAGTTT--CCAGT-TACTTGCAG--GAGGACGGTGGT-------TCTAAACAGTCTGACTC----AG---------TCTGAGGTC-TTCCT---------TTACC-TGTCAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AATCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTA--AAA-C-CCC------GTTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAATGATATGTGAACATTATAAtttctttgtcactttgtggtcagtgtaattaggacttt
gi|7 : aagtttacT-GAAGT--TGATCCTGCATGGTAGAGTGGTCT-AA--GGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-G-AC-----C--TC-TCACCACTGGGGTT---GGGGGT-T-C--------AAGCCCA-GCTT--GATT--TAAGATAAA-CACAT-T-------CAAAA------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGC-A--AAGGATGGTGGT-------TTT--AC--TTAG--------AT---------TTTGAGGTC-TTCCT---------CTACC-AATAAAACT----GAATACACCACATAATGGCATAT-----------A--TA------T----AACATGCAATGTG-T--TGA--AAGT--GGCGAT--AAA-C-ACC------ATTT-A---AAAT-AAAGAT------
gi|8 : aagtgcaaattatgactttaattggttttcgccaaaataaaatttcagcaaaaTCAGTGTTTGAGAGGTTT-TT--GGA--GCAT-CATC-TCAAGATTA-C-T-T-ACATGTAC--CCGTCACTGCTGAGGTC---CTGGGT-T-C--------AATTCAA-ACTT--GGTC--CAA---AGA-C-------------------------TGTGACA-AAGTTTA-CCATT-TACTTGATA--GAGAATATTAGT-------TCT--AC--TGAGATTCCTGTATATTTA----TCAGAGTTCTTTTCT---------TTACT-AATAAAACT----GAATGCCTC------------AT-----------A--TA------CCCAAAACTTGTGATATT-C--TAA--AAAT--TGCATT--AAA-T-TTC------ATTA-A---AAAA-AAaattctgatgtcttaaagag
gi|9 : taagtttaaatatactagtatatatttctatacatacaataaatgtattaaaaaattagaattagaatgagtgg--GAGTCCTCC-TGGGCGAGTGGTAT-AC--GGC--ACTGTCGTC-TTGCGACGA-T-T-T-AC-----C--TT-TCACCGCAGAGGTC---ATGGGT-T-C--------GAGTCAT-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---A-T-------A----------ATGTAAGT-AAGTTTC-CTAGT-TACTTGAGA--AA--ACGATTGT-------TCT--AA--TAAGA-------------------GTAAAGTC-TTGCT---------CCTCC-TATAAAACT----GAATATGCC------------TT-----------A--CA------T----AACCTGACATGTG-C--TGA--TAGT--TACGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AACA-AAAACCTTTGCGTA-AAAAA-----GCAAAT--TACATAAATA-TATAAtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATTATAAATTGGTGCTGTTTGTCGTCACATAATGACATGTTATGTATAATGCCAAAAGTCTGAAGTTTAAATGTCAAGGTTGCACTTATTTCTGAAATTTAACATATAAGCTACAGTAGGTTGTGTG
Unaligned ( gi|39 ): AGGACTCATGAATATGCATACATCTGGAAGGATTTGTGAATATGTATACATTTGGAAGTACTCATGAATATGCATACATGTGGAAGGACTCATGA
Alignments
lowQualScore : 22 1 33333 222222222222 11 11111 11111 111111111111111111111111 111111111111 111111 1
lowQualScore : 00 3 66666 999999999999 11 44444 1 4 6 44444 3 1 888 2 1 22 222 6666 1 1 1 1 1 66666 11 1 222 0 1 2 44444444 0 555 444 2 11 222 1 222222222222222222222222 1 0 2 1 22 3333333 11 11 0 2222 9999999999 1 555555555 1 3333 000000000000 77777777777 22 444444 3333 3 22 33 22 44 222 555555 000000 2 888888 3 1 99999 99 3 5
lowQualScore : .. . ..... ............ .. ..... . . . ..... . . ... . . .. ... .... . . . . . ..... .. . ... . . . ........ . ... ... . .. ... . ........................ . . . . .. ....... .. .. . .... .......... . ......... . .... ............ ........... .. ...... .... . .. .. .. .. ... ...... ...... . ...... . . ..... .. . .
lowQualScore : 77 3 77777 000000000000 99 00000 0 4 4 33333 3 7 111 0 7 33 888 4444 5 3 3 3 3 00000 88 3 111 8 2 4 55555555 9 222 777 7 77 222 2 999999999999999999999999 1 1 4 1 77 7777777 66 77 7 7777 3333333333 3 777777777 4 0000 222222222222 00000000000 00 333333 1111 1 11 77 33 00 666 555555 999999 1 888888 3 1 88888 11 8 5
consensus : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTAT-A---TTNTG-ATAC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
Reference ( family-75 ) : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTAT-A---TTNTG-ATAC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
gi|1 : CAATATCG-C-G-T-AC-----C--AC-TCGCTGCTG--------------------------GAATCCC-ACTC--GGTC--CAA---AAT-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-ACAGT-TGCTTGACG--ATGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------CCTGAGGTC-TTCAT---------CAACC-AGTAAAACT----GGACATGCC------------ATAAATAGATTTGA--TA------T----AACCTGAAATATA-T--CG---AAAT--GGGCTT--AAA-T-CCC------ATTA-A---AAAA-AAAAA
gi|10 : ttaaaaggcctgtggagaagcctgTATATT--TCAT------TTTA-AAAC---------AAT--GGGTTCTCCGTAGCCGAGTTGTCT-AA--GGCATGT---CGGA-TAGCGACCA-T-T-T-TC-----C--TC-TTACCGTTGAGCTC---GTTTTT-T-TTTTAGACAGAA-----GCTTT-GATC--CAA---AAA-T---T-T-------A----------AAGTGAGT-AATTTTG-TCAGT-TACTTGTGTT-AAGGATGGCGGT-------TCT--AC--TCTGGTTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------TCACC-AATAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------ATGTA------T----AACCTGTCATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCTGTATTAATTT-A---AAAA-gcttgtacacaagtatgttgttcatatttcgaaaccaaattatataggaatcttttatttttagtggaagactggtgctgccatcactaagaatgaggcctagctatgtagaggaaagaatctttactttcagaatcattctgtaaagagcatatttctaaatgttcaatttatatagagtttgtgtg
gi|11 : tctatgtaatgtc-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---T-G-------T----------ATGTGAAA-ATGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TTTGAGGTT-TTCCT---------CCACC-AATTAAACT----GGATATACC------------TT-----------A--TA------T----AACCTGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-CTCCC------ATTG-A---AAAcggtgtcctctgtgacgtgactgaatggtgcaagat
gi|12 : tccgagacagataGGTCAAGTGGTGT-AT--GGC--AC---TGTC-TCAAGATCG-C-T-T-CC-----A--TC-TCACCATTTGCGTT---GTGGGT-T-C--------AAACTCC-AATG--GTTC--CAA---ACA-C---A-T-------T----------G---GGGC-AAGTTTG-CATGT-TAAATGTGA--AGGAACAGTGCT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT-------------GGATC-TTCTT---------CCA-A-AAGAAAACT----Gctgagtataaaatgactcactacagaattccaccccttttaaattacggtaggttcattcttgcgacttgaaagtgtgcatttggctcatacagatcgtgatttcttgctgcagatgctgaggaagcataaataag
gi|13 : actgacatctaatctgggttgtgaAT-A---TTCTA-ACAT----TT-AAATAATGGATCCTC--------AGTGGTCT-AA--GGT--GC---CCTC-TCAAGATCA-C-T-T-GG-----C--TC-TCA-----------------GGT-A-C--------GAGTCCC-CCTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------GTGTAA---AAGTAAG-GCAGC-TATTTCCGG--AAGGACGATAGT-------TCT--AC--TTAGGTTT----AT---------TTTGATGTC----CT---------CTG------AAAAGT----GAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATATG-T--TGC--AAAT--GGCATT--AAttaaacaaagaatgacaataaaagtaatgtctgagttgaagaaagcttttggtataatcttagttgtgaaggacgtaaagcttgctatttgtggtaaatgtgaactgatagacac
gi|14 : gcaacttttttaacaaaatgtaccagagatagctcattaccctccaaacatccgttagtaA--GTGTCCTCCGTGGCCGAAAGGTCT-AA--GGC--AC---T----TCAAGATCA-T-T-A-AA-----T--TT-TCACCAAAAAGATC---GTAGGT-T-C--------AAGACCA-GCTT--GTTC--AAA---ACA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AA-CTTG-CCAGT-TAATCGCGG--AAGGACG------------TC------------TTT----AT---------------------------------CCACT-AATAAAACT----GGATATACC------------AT-----------A--TG------T----TATCTGAACTGTG-T--TGA--AAAT--GGCGGT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-gatttttttttgatttttttttgat
gi|15 : gtccgtgatttggtagctggtctagttagaaagtgtaAC----TT-GATGAC-AGGACCTCTGTGACCGAGTAGTCT-AA--GGC--GG---TATC-TCCAGATCAAT-T-T-AC-----C--TC-TCACTGCAGGTGTC---ATTAATAT------------GTCCCAGCTC--AGTC--CAG---AA--C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AATTTTG-CCAGC-TTTTTGTGG--ATGGATGGTGTT-------TTT--AC--TTAGATTC----GT---------ACTGAGGTC-TTCCT---------TCAC----TAAAACT----AG--ATGCC------------AT-----------A--TG------T----CATTTGTTTTGTG-C--TGA--AAAT--GACA-T--AAA-G-GTC------TTTT-A---AAAA-AAACAT------TA-gtaagacaatggaacaacttttgacccctttatccaatggtacgtaaattct
gi|16 : ttgaaaaggtaacagataacaaaaagacaaTATGTTA-TCAT-A---TGGTGTATAT----AT-ATATA--TAGTCCTCCTTGGTCTAGTGGTTT-AT--GGC--TT---CATC-TCATTATCA-C-TGC-AC-----C--TC-ACACCGCTAAGGTA---GTAGAT-T-C--------GAGTCTC-ACTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAGA-ATGTTTG-CCAGC-----------------CGATGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCCGAGGTC-TACAT---------CCACC-AATAAAACT----GTATATGAC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TTG--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CC--------TCC-A---AAAtttatatcaaagtttt
gi|17 : tttactagttgaaTTT-AT--GGC--AC---CATC-TAAAAA-AA-C-T-C-GC-----C--TC-TCACCGCTGATGTC---AAAACT-T-C--------GGGGCCC-GCTC--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------TT---------ATGAGAGA-AATTTTTTCCAGT-TATTTGCGA--AAAGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGCTC-cactatgtcaacattcatcttatatcaa
gi|18 : tatccactgtactaccgcaatacttctaaatgtacatattgtgtgcattatcctcaatTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--AC-TGACCACTG---TC---GTATGT-T-C--------GAATCCC-GT----GGTT--CCA---AAA-CA--T-T-------T----------ATGTGAGA-AGGTTTG-CCAGT-AACTTGCGG--AAGAACAGTGGG-------TCT--AC--TCAGACTC----AT---------TCTGAGGTC-TATTT---------CAACCAAAGAAAACT----GGATAT-TT------------AT-----------T--TA------T----TAACTGAAATATG-T--TGA--AAAT--ACCGTT--AAA-C-CCC------ATTT-G---AAAA-TACATA------TA-AATAAC----AAAATT-ATagtttttatttgactgccattattgatgtatttcgaactttttgaaagcattgttacgtttcaattgagaatttaaagagatggatacata
gi|19 : taAATTTTAATATTT-TATG-CACGATATAGTTCCGGAA-TAT--CTACATT--TTAT-A---CAGTG-TTACTGTTGT-GGAAA-----TCCTCTGCGG--------TCT-AA--GGC--AC----ATC-TCAAGATTA-C-T-T------------C-TCACTGCCGAG-TC---CTGTAC-T-C--------AAGTTCA-GCTC--AGTA--CAA---AAAGC---TGT-------T----------GTGTGAGA-AAATTTG-CCTGT-TATTTTCAA--AAGTACAGTGGT-------TTT--AC--CCTGATTT--------------------GGTC-ATACT---------CCTGT-AAT-AAACT----TAATA--CA------------AT-----------G--TA------T--------TAAAAAATG-T--T----AAAC--ACTGTA--AAA-C-Ctggttaccttgcatataacaatatacaattatctatatattttgtctattaacccccaatg
gi|2 : AAAA--GGTTCCTCTGAGGACGACTGGTCT-AA--GGC--GC---CGAC-TCAAGATCA-C-T-T-TC-----C--TC-TCATTGCTAAGGTT---GTAGGT-T-T--------GAGTCCA-GCTC--T-CC--CAA---AAA-C---T----------------------GTGAAAGAAATTTGACCAGT-TACTTGCAG--AAAGACGGCGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCTT---------CCACC-GATAAAACT----AAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACGTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCTTT--AAA---CCC------ATTC-C---AAAATAAAAAT------TA-AAACATGCAGAAACAT-GTAC-TGAagagctgtttgtcaaaacgt
gi|20 : gcaaccttttgttattaatagagtttcaaaaatattttctcaactacatgtaaataaattcttacaaacttAT----GT-TACGA--GGGTCATCCGTGGCCGACTGGTGT-AA--AGC--AC---CGTC-CCGATATCA-T-T-TCACTTCT-C--TC-TCACCGCTAAGGTA---GTAGGT-T-C--------GAGTACT-GCCC--GCTC--TAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAAA-AA-TTTG-CAAGT-TACTTGCGG----------TGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------CAACC-AATACAACT----GGATATGCC------------GT-----------A--TA------T----AGCCGGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAttttactataataaatttaaatgcgaaacacattattttaaaactttttaactattgacttg
gi|21 : ctagtctggatacatgtgaatgtattc-T-AC-----C--TC-TCACTTGTGAGGTT---GTTGGT-A-C--------AAGTCCC-ATTT--GGTC--CTG---AAA-C---T-T-------T----------ATGTTAGA-TAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGGTCCAGGACAGTGGT-------TCT--AC--TCTGATTA----AT---------CCTGAAGTC-TTCCT---------CCACC-ATTAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TATACCAGT----AACCTGAAATGTG-T--TAA--AAAT--AATATTAAAAA-C-CCC------AGTC-ATACAAAA-AAAAtttaaacttatttatttttacattgatt
gi|22 : TCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGATGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCCA-A------GTC--CAA---A---T---T-TC------T----------ATATAAGA-AAGTTTG-CCTGT-TACATGCAG--AAGGACGTTGGT-------TCT--AC--TCGGATTT----AT---------TCTGAGGTC-TTCATGCAAAGGCACCATC-AGTAAAACT----AGATTTGCCATA---------AT-----------A--TA------T----AACCCGAAAAGTG-T--TGA--AAATCATGTGTT--TAA-C-CCC------ATT--------AA-AAAAAC---------ACAAAT----AAAAAC-TTATATctgcaatgttgatagtcttaattaatttttttagtacatgtaaattcatcaattcaaacatatctattaattt
gi|23 : cctgagatgtatacagAAAA--AGGTCGCCAATGGCTGAGTGGTCT-AT--GGC--GC---TGTTGTCTA-ATGA-C-T-T-AC-----C--TC-TTATTGCTGAGGTC---CTAGGT-A-C--------AAGCCTT-GTTA--AGTT--TGA---AAA-C---T-T-------T-----------T-TGAGA-AAATTTG-GCAGC-TATTTGCGA--GAGAATGATGGT-------TCT--GC--TCAGG----------------------------TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATTCT------------AT-----------A--T-------T----AAtgtcccattgttgttcatgcatattacaatttttg
gi|24 : tttaaaattaagccctgtcacaaatggatgaattatggaaaaACCGCTGAGGTC---GCGGGT-T-C--------AAGTCTC-ATTC--GGTC--CAA---AA--C---T-G-------T----------ATATAAAA-CAGTTTG-ACAGT-CACTTGCAG--ACAGACGGTGGA-------TTT--AC--TCAG-------------------------GTT-TTTCG---------TCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------A----AACCTTTCATGTG-TCATGTTTAAAT--GGTGTTT-AAATC-CCC------ATTC-A---AACA-A----T------TA---AAAT----GAAGTT-ATAagacaatttctatatatatataaagggagataattaaatt
gi|25 : CGAGTGGTCTCAATTGAT--TC---CGTC-TGTTAACCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCATCGTTGAAGTT---GTTGGT-T-C--------GAG-CGC-GCTC--GGTC--TAA---AAA-C---T-T-------A----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGGGGC-------CGT--TC--TTTGATTC----CT---------TCTAAGGTgaccccttgtgtgcttcatgtggcatgcacaaatatcacatttttg
gi|26 : ttgaagagtaacaattacagaaggatttaatcatataatt----------ATGTGAAA-AAGTTT--CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACAGTCGC-------TCT--AC--TCAG-------------------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AGTAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------A--CA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTA-A---AAAA-AAagagacctacccca
gi|26 : taAGT-GACTTGCAG--TAGGAGGTTGGT-------TCT--AC--TTAGtgtggatagagactaagtagaaccaacctcctactgcaagtcactatcttgttta
gi|27 : taatgtgaaaaagtttccagttacttgcggaaggacagtcgctctactcagtctgaggtcttcctccaccagtaaaactgtatatgccatacataacctgaaatgtgttgaaaatggcattaaaccccattaaaaaaaatgtggatagaga---T-T-------T----------A-GTGACA-A-GTTTT-CTGGT-TACTTGCGG--AAAGATGGTTGT-------TCT--AC--ACAGTTTC----ATATACCTGAATCTGAGGTT-TTCAT---------CCAGA-AACTAAACT----GG-TA-GT--------------T-----------G--TA------T----AATATGAAACACA-T--TAA--AAatcttgttta
gi|28 : gttgtgtaagatcacttataccattcatttttggtcaagcttagtacataatattatatgtAAGGTCA-T-G-T-AC-----G--TC-ACACTCTTCAGGTG---ATGGGT-T-T--------GAGCCCA-GCTT--GGTC--CAG---AAT-G---T-TAC-----C----------ATGTGAAA---------CCAAT-TACTTGCAG--AAGGAAGATGTT-------TCT--AC--TGTGTTTC----AT---------TCTGAGGTC-CTCCT---------CCACC-AAAATAATT----AG--ATGTC------------AT-----------G--TA--------------CTGGAA-GTGAT--TGC--AAAc
gi|29 : attaCATTGCTGAGGTC---ATGGGT-T-C--------AAG--AA-GCTCATGGTC-------------------------------------A-GTTAAA-AAATTTG-C--GTGTATTTGCTA--AAGGACGTAGGT-------TCT--AC--TTGGACTC----GT---------ctctgtta
gi|3 : AATTTT----TTTATATG-C------TAGTAC----A-TA-----ATATTATTTGT-AAGTTTATC-A-AA----GT-ATAGA-----TCCTCTGTTGCCGAGTGGTCT-AA--AGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-T-AC-----T--TC-TCACTGCTAAGGTC---GTAGGT-T-T--------GAGTC------------C--CAA---AAA-CT--T-T-------T----------AAGTGAGA-AAATTTG-TCAGT-TACTTGCGG--AAGGAGGGTGGT-------TCT--AC--TCAGTTTC----AT---------TTCGAGGT--TTCCT---------CCACT-GATAAA---------ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAA--GTG-T--TGA--GAAT--GGTTTT--AAA-C-TCC------ATT------AAAG-AAAGTT------TA-CCAA------AAAAAC-ATGCAatgtatgctttcttgatattcctcattcgtaaattctttcctgaaccaaaagcattggatgcgatgatacaacatgtcatgttttggaaa
gi|30 : atgaacatgagattaaatggaagtctatcctgcagtgctgaaattcA--GAGTCCTGCCTTTCTGAGTTGTCT-AA--GGT--GC---AGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--TC-TCGCTGCAAAGTTC---ATAGGT---C--------AAGTCCC-ACTT--GTTC--TAA---AAA-T---T-T-------C----------ATTTGAGA-AATTTTG-TCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------Tattagtagatctgtaattgatatacacttcatcatgtgcggacattactcatattaa
gi|31 : tctgtacatttttgtcttgtttatttcactttacagtt-AAATTAG-TGAAT-TACTTGCAG--ACGATCGGTGGTTTTCTGGTTT--AC--TCAAATTC----TT---------TCTGAAAT-----CT---------CCACC-AATGACACTCACGGGGTTT--C------------AT-----------A--TA------T----AACTTGCAAAGTGTT--TGAC-AAAC--GA-GTT--AAA----TT------ATTT-T---AAAG-GTAGAG------TATAAGGAT----AAAAA
gi|32 : gatacGTC-TCAATATAA-C-C-T-GT-----CAGTC--CAC-GTTGAAGTTATTGTAGGT-T-T--------GAGCCCA-GCCT--GGCC--TAA---ACA-CGT-T-T-------TGTAATAAATGATATAAGA-ATGTTTG---AGT-TACTAGCGG--AGGGACGGTTGT-------TGA--AC--CGAAATTC----AT---------TTTCAGATA-TTCCcgt
gi|33 : TTATGTT--TTATTA---TTATG-A-AC-----T-GAA-A--GGATCCTCCGTGGCTGAGTGGTTT-AA--GGT--GT---CG--------------------C-----C--TC-TCACCACTAAGGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCAT-GCTT--GCCC--CGA---AAA-T---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CAAGT-TATATGTGG--A
gi|34 : aagtatttGAT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TGACT---------C-----------ATC----GTATATGCC------------AT-----------A--GA------T----AATATTTTTTTTG-T--TGA--AAAT--GGCGCT--AAA-A-ATA------ACT------AAAA-AAAAGT------TA-ACAAAT----
gi|36 : ATA--TTAT-C---TTGTA-ATAC----AC-GAAGA--GTGTTAGCCATGGCCAAATAGTCT-AA--GAC--CA---TGTA-CCTAGA-CA-A-A-T-AT-----C--TC-TCACCGCTGAGGAC---A-GGGC-TAT--------GAATCCgcaccatagtcatttgactttaa
gi|37 : tatgatttgaA--AGGTCCTCTTTAACTTAGTGGTCT-TG--GG-----------C-TCAATATTA-CTT-T-AC-----C---C-TCACTGCTGAGATT---GTGTGT-T-
gi|38 : aaaacaaacaatcaatttggaatacACCGCAGAAATC---A-GGGT-T-C--------GAACCAA-GCTA--GGTC--TAA---AAC-C---A-T-------T----------ATGTGAGA-AAAATGT-ACAGT-TATTTGCGA--AAGGGTGGTGGT-------TCC--Ataaagccgaaacttatcct
gi|4 : --GGGTCCACCATGGCTGAGTGGTCC-AA--GGT--TA---TATC-TCAAGATCA-C-T-T-GT-----C--TC-CCATTGCTGAGGTT---GTGTGT-A-C--------AAGCCAA-GATC--AGTC--CTT---AAA-C---TGTATACATGT----------ATGTGTGA-AAGTTTG-CCAGT-TAATTGCTG--AAGCAAGATGAT-------TCT--TC--TCAGAAAC----AT---------------GTG-TATAT---------------AATATAACT----GGATA--CT------------AT-----------A--TA------T----AATCTGTAATGTG-----G---------GGGG----AAA-T-CTC------ATT--A---AAAA-ATCAAT------TA-AGTGAC----AGAGAT-GTatatagag
gi|40 : aaaaaaaaaaaattcgggatATAGTTC----AATACAATTATCTT--TAAT-C---TTTTG-AT-C----GTAGAAGA---------CCCTGGTTGAATGGTCT-AA--GGT--GC---AATC-TCTAGACAA-C-T-T-GC-----C--TA-TCATTGCtaccccttgaatttcaggaaaaccctgcttgaacaatggtagctgttcctggatggggagtgatcgttacatttgtgcctgtaaaacgccatttcgtggtacacactgccaggaaaaatacg
gi|41 : -TTAAGGTCA-C-T-T-TT-----G--TC-TAACCACCAAGGTT---GTGGGT-TAT--------GAGCCAA-GCTA--AGTCTTTAA---AAA-A---A-T-------T----------ATGTGAAA-AAATT
gi|5 : TCT-AA--AGC--GC---TGTT-TCAAGATCA-C-T-T-GC-----C--TC-TCTCTGTTAA--------TG--T-T-C--------GAGTCCC-ACTG--GCTC--TAA---AGG-C---T-T-------T----------TTGTGAGA-AAGTTTG-CTCAT-TACCTGTTG--GAGGACAGTGGT-------TCT--AC--CCAGGTTC----AT---------CATGAGGGG-TTCCT---------CCGAC-AATAATAAT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------C----GGCATGAAATGTG-T--TAA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTCAA---AAAA-AAAAAT------CA-AAA
gi|6 : attgagatttgtgatttcagtgaattatttttggtaatttaactatttaaaatgaatgataattccactgtcttcaatgaaaaatacaaaaataaaataagtttcagtgaaaggtcaataaTA-TATCT-ACTGTC-C-ATATGGTT-----A-TACAGTTATAAT--TTAT-A---TTTTG-ATAT----GT-GAAGG--GGGTCCTCCGTGGCTGAGTAGTCT-AA--GGG--GC---CATC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACGGCTAAGGTC---ATAGGT-T-C--------GAGTCCT-GCTC--GCTC--CGA---ACA-C---T-T-------T----------ATGAGAGT-AAGTTT--CCAGT-TACTTGCAG--GAGGACGGTGGT-------TCTAAACAGTCTGACTC----AG---------TCTGAGGTC-TTCCT---------TTACC-TGTCAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AATCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTA--AAA-C-CCC------GTTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAATGATATGTGAACATTATAAtttctttgtcactttgtggtcagtgtaattaggacttt
gi|7 : aagtttacT-GAAGT--TGATCCTGCATGGTAGAGTGGTCT-AA--GGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-G-AC-----C--TC-TCACCACTGGGGTT---GGGGGT-T-C--------AAGCCCA-GCTT--GATT--TAAGATAAA-CACAT-T-------CAAAA------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGC-A--AAGGATGGTGGT-------TTT--AC--TTAG--------AT---------TTTGAGGTC-TTCCT---------CTACC-AATAAAACT----GAATACACCACATAATGGCATAT-----------A--TA------T----AACATGCAATGTG-T--TGA--AAGT--GGCGAT--AAA-C-ACC------ATTT-A---AAAT-AAAGAT------
gi|8 : aagtgcaaattatgactttaattggttttcgccaaaataaaatttcagcaaaaTCAGTGTTTGAGAGGTTT-TT--GGA--GCAT-CATC-TCAAGATTA-C-T-T-ACATGTAC--CCGTCACTGCTGAGGTC---CTGGGT-T-C--------AATTCAA-ACTT--GGTC--CAA---AGA-C-------------------------TGTGACA-AAGTTTA-CCATT-TACTTGATA--GAGAATATTAGT-------TCT--AC--TGAGATTCCTGTATATTTA----TCAGAGTTCTTTTCT---------TTACT-AATAAAACT----GAATGCCTC------------AT-----------A--TA------CCCAAAACTTGTGATATT-C--TAA--AAAT--TGCATT--AAA-T-TTC------ATTA-A---AAAA-AAaattctgatgtcttaaagag
gi|9 : taagtttaaatatactagtatatatttctatacatacaataaatgtattaaaaaattagaattagaatgagtgg--GAGTCCTCC-TGGGCGAGTGGTAT-AC--GGC--ACTGTCGTC-TTGCGACGA-T-T-T-AC-----C--TT-TCACCGCAGAGGTC---ATGGGT-T-C--------GAGTCAT-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---A-T-------A----------ATGTAAGT-AAGTTTC-CTAGT-TACTTGAGA--AA--ACGATTGT-------TCT--AA--TAAGA-------------------GTAAAGTC-TTGCT---------CCTCC-TATAAAACT----GAATATGCC------------TT-----------A--CA------T----AACCTGACATGTG-C--TGA--TAGT--TACGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AACA-AAAACCTTTGCGTA-AAAAA-----GCAAAT--TACATAAATA-TATAAtg
blockSeqs : A A TCC CAATACAA AT AAGT C T C TGTTG A T ATG G C TT A TGTC G A T G C ATGTA AG G ATT A A TTTAGACA CCA CAT A TT GAT G GTTTTGTAATAAATG G T G TC TTTCTGG AA AG CTGT ATACCTGAAT T GCAAAGGCA A CACG ACATAATGGCAT . TG TACCAG CCAA A CA TT CA AA CT GTATTA CATAC T TTTGCG T A TGCAG GA A .
blockSeqs : . . C ATACAG A TA G . T T . G CA G . . G ATC . . . . . TTCT . . . . A . CC TT C . . . TGTATACATGT . A . T . . . . ATTTAT . . . . ATA . . . . T . C . T TC . CAA . . . C T G A
blockSeqs : CATA . A G . T T . T G T . . A T . . . . . . . . . . . . CC C T . . . ACATTCAAAA . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . TA . . . C T T G
blockSeqs : . A A . T A . A T G . . G C . . . . . . . . . . . . CA G C . . . TTACC . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . GA . . . A T A A
blockSeqs : . A A . T G . A G G . . T T . . . . . . . . . . . . TC T T . . . TTTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . CA . . . C T A
blockSeqs : . C G . T G . G G G . . A T . . . . . . . . . . . . CC T G . . . ATTT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . TA . . . G C G
blockSeqs : . C T . . A . A A A . . A C . . . . . . . . . . . . CC C C . . . TGTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . A T .
blockSeqs : A T . . G . G G G . . G C . . . . . . . . . . . . CA T C . . . TTCT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . TG . . . A .
blockSeqs : G . G G C . . A C . . . . . . . . . . . . CA C G . . . TTTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . CC . . . A .
blockSeqs : . . G G G . . G C . . . . . . . . . . . . CT C G . . . TTA . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . .
blockSeqs : . G A A . . T T . . . . . . . . . . . . CC C C . . . TGT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . AA . . .
blockSeqs : G G T . . A C . . . . . . . . . . . . CA C G . . . ATT . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . TT . .
blockSeqs : . G A . . G T . . . . . . . . . . . . TT T G . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . CA .
blockSeqs : T C . . G A . . . . . . . . . . . . TC A G . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . TA .
blockSeqs : G G . . C C . . . . . . . . . . . . GC C G . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . AA .
blockSeqs : . A . . T T . . . . . . . . . . . . CA C G . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . CA .
blockSeqs : . G . . G T . . . . . . . . . . . . AA T G . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . A .
blockSeqs : . . . . G A . . . . . . . . . . . . CC T G . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . G T . . . . . . . . . . . . CA T T . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A C . . . . . . . . . . . . AT T G . . . TGT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G T . . . . . . . . . . . . AA A C . . . TTA . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . AA C G . . . TTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AA A G . . . TTC . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CC G G . . . TTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CT C C . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CA T C . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA T A . . . TTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT C G . . . TTT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . ATA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : A**** G**** G** ***********
originalCons : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTAT-A---TTNTG-ATAC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
finalCons : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTATA----TTNTG-ATACG----T-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGCG--C---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATTATAAATTGGTGCTGTTTGTCGTCACATAATGACATGTTATGTATAATGCCAAAAGTCTGAAGTTTAAATGTCAAGGTTGCACTTATTTCTGAAATTTAACATATAAGCTACAGTAGGTTGTGTG
Unaligned ( gi|39 ): AGGACTCATGAATATGCATACATCTGGAAGGATTTGTGAATATGTATACATTTGGAAGTACTCATGAATATGCATACATGTGGAAGGACTCATGA
Alignments
lowQualScore : 22 1 33333 222222222222 11 11111 11111 111111111111111111111111 111111111111 111111 1
lowQualScore : 00 3 66666 999999999999 11 44444 1 4 6 44444 3 1 888 2 1 22 222 6666 1 1 1 1 1 66666 11 1 222 0 1 2 44444444 0 555 444 2 11 222 1 222222222222222222222222 1 0 2 1 22 3333333 11 11 0 2222 9999999999 1 555555555 1 3333 000000000000 77777777777 22 444444 3333 3 22 33 22 44 222 555555 000000 2 888888 3 1 99999 99 3 5
lowQualScore : .. . ..... ............ .. ..... . . . ..... . . ... . . .. ... .... . . . . . ..... .. . ... . . . ........ . ... ... . .. ... . ........................ . . . . .. ....... .. .. . .... .......... . ......... . .... ............ ........... .. ...... .... . .. .. .. .. ... ...... ...... . ...... . . ..... .. . .
lowQualScore : 77 3 77777 000000000000 99 00000 0 4 4 33333 3 7 111 0 7 33 888 4444 5 3 3 3 3 00000 88 3 111 8 2 4 55555555 9 222 777 7 77 222 2 999999999999999999999999 1 1 4 1 77 7777777 66 77 7 7777 3333333333 3 777777777 4 0000 222222222222 00000000000 00 333333 1111 1 11 77 33 00 666 555555 999999 1 888888 3 1 88888 11 8 5
consensus : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTAT-A---TTNTG-ATAC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
Reference ( family-75 ) : AATTTTA-TATTT-TATG-C-C-ATATAGTTC----A-TACAGTTATATT--TTAT-A---TTNTG-ATAC----GT-GAAGA--GGGTCCTCCGTGGCCGAGTGGTCT-AA--GGC--GC---CGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGAGGTC---GTGGGT-T-C--------GAGTCCC-GCTC--GGTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAAT-ATACATGAACATTATAA
gi|1 : CAATATCG-C-G-T-AC-----C--AC-TCGCTGCTG--------------------------GAATCCC-ACTC--GGTC--CAA---AAT-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-ACAGT-TGCTTGACG--ATGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------CCTGAGGTC-TTCAT---------CAACC-AGTAAAACT----GGACATGCC------------ATAAATAGATTTGA--TA------T----AACCTGAAATATA-T--CG---AAAT--GGGCTT--AAA-T-CCC------ATTA-A---AAAA-AAAAA
gi|10 : ttaaaaggcctgtggagaagcctgTATATT--TCAT------TTTA-AAAC---------AAT--GGGTTCTCCGTAGCCGAGTTGTCT-AA--GGCATGT---CGGA-TAGCGACCA-T-T-T-TC-----C--TC-TTACCGTTGAGCTC---GTTTTT-T-TTTTAGACAGAA-----GCTTT-GATC--CAA---AAA-T---T-T-------A----------AAGTGAGT-AATTTTG-TCAGT-TACTTGTGTT-AAGGATGGCGGT-------TCT--AC--TCTGGTTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------TCACC-AATAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------ATGTA------T----AACCTGTCATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CCTGTATTAATTT-A---AAAA-gcttgtacacaagtatgttgttcatatttcgaaaccaaattatataggaatcttttatttttagtggaagactggtgctgccatcactaagaatgaggcctagctatgtagaggaaagaatctttactttcagaatcattctgtaaagagcatatttctaaatgttcaatttatatagagtttgtgtg
gi|11 : tctatgtaatgtc-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---T-G-------T----------ATGTGAAA-ATGTTTG-CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACGGTTGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TTTGAGGTT-TTCCT---------CCACC-AATTAAACT----GGATATACC------------TT-----------A--TA------T----AACCTGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAA-CTCCC------ATTG-A---AAAcggtgtcctctgtgacgtgactgaatggtgcaagat
gi|12 : tccgagacagataGGTCAAGTGGTGT-AT--GGC--AC---TGTC-TCAAGATCG-C-T-T-CC-----A--TC-TCACCATTTGCGTT---GTGGGT-T-C--------AAACTCC-AATG--GTTC--CAA---ACA-C---A-T-------T----------G---GGGC-AAGTTTG-CATGT-TAAATGTGA--AGGAACAGTGCT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT-------------GGATC-TTCTT---------CCA-A-AAGAAAACT----Gctgagtataaaatgactcactacagaattccaccccttttaaattacggtaggttcattcttgcgacttgaaagtgtgcatttggctcatacagatcgtgatttcttgctgcagatgctgaggaagcataaataag
gi|13 : actgacatctaatctgggttgtgaAT-A---TTCTA-ACAT----TT-AAATAATGGATCCTC--------AGTGGTCT-AA--GGT--GC---CCTC-TCAAGATCA-C-T-T-GG-----C--TC-TCA-----------------GGT-A-C--------GAGTCCC-CCTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------GTGTAA---AAGTAAG-GCAGC-TATTTCCGG--AAGGACGATAGT-------TCT--AC--TTAGGTTT----AT---------TTTGATGTC----CT---------CTG------AAAAGT----GAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATATG-T--TGC--AAAT--GGCATT--AAttaaacaaagaatgacaataaaagtaatgtctgagttgaagaaagcttttggtataatcttagttgtgaaggacgtaaagcttgctatttgtggtaaatgtgaactgatagacac
gi|14 : gcaacttttttaacaaaatgtaccagagatagctcattaccctccaaacatccgttagtaA--GTGTCCTCCGTGGCCGAAAGGTCT-AA--GGC--AC---T----TCAAGATCA-T-T-A-AA-----T--TT-TCACCAAAAAGATC---GTAGGT-T-C--------AAGACCA-GCTT--GTTC--AAA---ACA-C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AA-CTTG-CCAGT-TAATCGCGG--AAGGACG------------TC------------TTT----AT---------------------------------CCACT-AATAAAACT----GGATATACC------------AT-----------A--TG------T----TATCTGAACTGTG-T--TGA--AAAT--GGCGGT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AAAA-gatttttttttgatttttttttgat
gi|15 : gtccgtgatttggtagctggtctagttagaaagtgtaAC----TT-GATGAC-AGGACCTCTGTGACCGAGTAGTCT-AA--GGC--GG---TATC-TCCAGATCAAT-T-T-AC-----C--TC-TCACTGCAGGTGTC---ATTAATAT------------GTCCCAGCTC--AGTC--CAG---AA--C---T-T-------T----------ATGTGAGA-AATTTTG-CCAGC-TTTTTGTGG--ATGGATGGTGTT-------TTT--AC--TTAGATTC----GT---------ACTGAGGTC-TTCCT---------TCAC----TAAAACT----AG--ATGCC------------AT-----------A--TG------T----CATTTGTTTTGTG-C--TGA--AAAT--GACA-T--AAA-G-GTC------TTTT-A---AAAA-AAACAT------TA-gtaagacaatggaacaacttttgacccctttatccaatggtacgtaaattct
gi|16 : ttgaaaaggtaacagataacaaaaagacaaTATGTTA-TCAT-A---TGGTGTATAT----AT-ATATA--TAGTCCTCCTTGGTCTAGTGGTTT-AT--GGC--TT---CATC-TCATTATCA-C-TGC-AC-----C--TC-ACACCGCTAAGGTA---GTAGAT-T-C--------GAGTCTC-ACTT--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAGA-ATGTTTG-CCAGC-----------------CGATGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCCGAGGTC-TACAT---------CCACC-AATAAAACT----GTATATGAC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAAATGTG-T--TTG--AAAT--GGCGTT--AAA-C-CC--------TCC-A---AAAtttatatcaaagtttt
gi|17 : tttactagttgaaTTT-AT--GGC--AC---CATC-TAAAAA-AA-C-T-C-GC-----C--TC-TCACCGCTGATGTC---AAAACT-T-C--------GGGGCCC-GCTC--GCTC--CAA---AAA-C---T-T-------TT---------ATGAGAGA-AATTTTTTCCAGT-TATTTGCGA--AAAGACGGTGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGCTC-cactatgtcaacattcatcttatatcaa
gi|18 : tatccactgtactaccgcaatacttctaaatgtacatattgtgtgcattatcctcaatTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--AC-TGACCACTG---TC---GTATGT-T-C--------GAATCCC-GT----GGTT--CCA---AAA-CA--T-T-------T----------ATGTGAGA-AGGTTTG-CCAGT-AACTTGCGG--AAGAACAGTGGG-------TCT--AC--TCAGACTC----AT---------TCTGAGGTC-TATTT---------CAACCAAAGAAAACT----GGATAT-TT------------AT-----------T--TA------T----TAACTGAAATATG-T--TGA--AAAT--ACCGTT--AAA-C-CCC------ATTT-G---AAAA-TACATA------TA-AATAAC----AAAATT-ATagtttttatttgactgccattattgatgtatttcgaactttttgaaagcattgttacgtttcaattgagaatttaaagagatggatacata
gi|19 : taAATTTTAATATTT-TATG-CACGATATAGTTCCGGAA-TAT--CTACATT--TTAT-A---CAGTG-TTACTGTTGT-GGAAA-----TCCTCTGCGG--------TCT-AA--GGC--AC----ATC-TCAAGATTA-C-T-T------------C-TCACTGCCGAG-TC---CTGTAC-T-C--------AAGTTCA-GCTC--AGTA--CAA---AAAGC---TGT-------T----------GTGTGAGA-AAATTTG-CCTGT-TATTTTCAA--AAGTACAGTGGT-------TTT--AC--CCTGATTT--------------------GGTC-ATACT---------CCTGT-AAT-AAACT----TAATA--CA------------AT-----------G--TA------T--------TAAAAAATG-T--T----AAAC--ACTGTA--AAA-C-Ctggttaccttgcatataacaatatacaattatctatatattttgtctattaacccccaatg
gi|2 : AAAA--GGTTCCTCTGAGGACGACTGGTCT-AA--GGC--GC---CGAC-TCAAGATCA-C-T-T-TC-----C--TC-TCATTGCTAAGGTT---GTAGGT-T-T--------GAGTCCA-GCTC--T-CC--CAA---AAA-C---T----------------------GTGAAAGAAATTTGACCAGT-TACTTGCAG--AAAGACGGCGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TTCTT---------CCACC-GATAAAACT----AAATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACGTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCTTT--AAA---CCC------ATTC-C---AAAATAAAAAT------TA-AAACATGCAGAAACAT-GTAC-TGAagagctgtttgtcaaaacgt
gi|20 : gcaaccttttgttattaatagagtttcaaaaatattttctcaactacatgtaaataaattcttacaaacttAT----GT-TACGA--GGGTCATCCGTGGCCGACTGGTGT-AA--AGC--AC---CGTC-CCGATATCA-T-T-TCACTTCT-C--TC-TCACCGCTAAGGTA---GTAGGT-T-C--------GAGTACT-GCCC--GCTC--TAA---AAA-C---T-T-------T----------ATGTAAAA-AA-TTTG-CAAGT-TACTTGCGG----------TGGT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGATC-TTCCT---------CAACC-AATACAACT----GGATATGCC------------GT-----------A--TA------T----AGCCGGAAAAGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTT--AAttttactataataaatttaaatgcgaaacacattattttaaaactttttaactattgacttg
gi|21 : ctagtctggatacatgtgaatgtattc-T-AC-----C--TC-TCACTTGTGAGGTT---GTTGGT-A-C--------AAGTCCC-ATTT--GGTC--CTG---AAA-C---T-T-------T----------ATGTTAGA-TAGTTTG-CCAGT-TACTTGCGGTCCAGGACAGTGGT-------TCT--AC--TCTGATTA----AT---------CCTGAAGTC-TTCCT---------CCACC-ATTAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TATACCAGT----AACCTGAAATGTG-T--TAA--AAAT--AATATTAAAAA-C-CCC------AGTC-ATACAAAA-AAAAtttaaacttatttatttttacattgatt
gi|22 : TCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACCGCTGATGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCCA-A------GTC--CAA---A---T---T-TC------T----------ATATAAGA-AAGTTTG-CCTGT-TACATGCAG--AAGGACGTTGGT-------TCT--AC--TCGGATTT----AT---------TCTGAGGTC-TTCATGCAAAGGCACCATC-AGTAAAACT----AGATTTGCCATA---------AT-----------A--TA------T----AACCCGAAAAGTG-T--TGA--AAATCATGTGTT--TAA-C-CCC------ATT--------AA-AAAAAC---------ACAAAT----AAAAAC-TTATATctgcaatgttgatagtcttaattaatttttttagtacatgtaaattcatcaattcaaacatatctattaattt
gi|23 : cctgagatgtatacagAAAA--AGGTCGCCAATGGCTGAGTGGTCT-AT--GGC--GC---TGTTGTCTA-ATGA-C-T-T-AC-----C--TC-TTATTGCTGAGGTC---CTAGGT-A-C--------AAGCCTT-GTTA--AGTT--TGA---AAA-C---T-T-------T-----------T-TGAGA-AAATTTG-GCAGC-TATTTGCGA--GAGAATGATGGT-------TCT--GC--TCAGG----------------------------TTCCT---------CCACC-AATAAAACT----GGATATTCT------------AT-----------A--T-------T----AAtgtcccattgttgttcatgcatattacaatttttg
gi|24 : tttaaaattaagccctgtcacaaatggatgaattatggaaaaACCGCTGAGGTC---GCGGGT-T-C--------AAGTCTC-ATTC--GGTC--CAA---AA--C---T-G-------T----------ATATAAAA-CAGTTTG-ACAGT-CACTTGCAG--ACAGACGGTGGA-------TTT--AC--TCAG-------------------------GTT-TTTCG---------TCACC-AATAAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------A----AACCTTTCATGTG-TCATGTTTAAAT--GGTGTTT-AAATC-CCC------ATTC-A---AACA-A----T------TA---AAAT----GAAGTT-ATAagacaatttctatatatatataaagggagataattaaatt
gi|25 : CGAGTGGTCTCAATTGAT--TC---CGTC-TGTTAACCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCATCGTTGAAGTT---GTTGGT-T-C--------GAG-CGC-GCTC--GGTC--TAA---AAA-C---T-T-------A----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGGGGC-------CGT--TC--TTTGATTC----CT---------TCTAAGGTgaccccttgtgtgcttcatgtggcatgcacaaatatcacatttttg
gi|26 : ttgaagagtaacaattacagaaggatttaatcatataatt----------ATGTGAAA-AAGTTT--CCAGT-TACTTGCGG--AAGGACAGTCGC-------TCT--AC--TCAG-------------------TCTGAGGTC-TTCCT---------CCACC-AGTAAAACT----GTATATGCC------------AT-----------A--CA------T----AACCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTA-A---AAAA-AAagagacctacccca
gi|26 : taAGT-GACTTGCAG--TAGGAGGTTGGT-------TCT--AC--TTAGtgtggatagagactaagtagaaccaacctcctactgcaagtcactatcttgttta
gi|27 : taatgtgaaaaagtttccagttacttgcggaaggacagtcgctctactcagtctgaggtcttcctccaccagtaaaactgtatatgccatacataacctgaaatgtgttgaaaatggcattaaaccccattaaaaaaaatgtggatagaga---T-T-------T----------A-GTGACA-A-GTTTT-CTGGT-TACTTGCGG--AAAGATGGTTGT-------TCT--AC--ACAGTTTC----ATATACCTGAATCTGAGGTT-TTCAT---------CCAGA-AACTAAACT----GG-TA-GT--------------T-----------G--TA------T----AATATGAAACACA-T--TAA--AAatcttgttta
gi|28 : gttgtgtaagatcacttataccattcatttttggtcaagcttagtacataatattatatgtAAGGTCA-T-G-T-AC-----G--TC-ACACTCTTCAGGTG---ATGGGT-T-T--------GAGCCCA-GCTT--GGTC--CAG---AAT-G---T-TAC-----C----------ATGTGAAA---------CCAAT-TACTTGCAG--AAGGAAGATGTT-------TCT--AC--TGTGTTTC----AT---------TCTGAGGTC-CTCCT---------CCACC-AAAATAATT----AG--ATGTC------------AT-----------G--TA--------------CTGGAA-GTGAT--TGC--AAAc
gi|29 : attaCATTGCTGAGGTC---ATGGGT-T-C--------AAG--AA-GCTCATGGTC-------------------------------------A-GTTAAA-AAATTTG-C--GTGTATTTGCTA--AAGGACGTAGGT-------TCT--AC--TTGGACTC----GT---------ctctgtta
gi|3 : AATTTT----TTTATATG-C------TAGTAC----A-TA-----ATATTATTTGT-AAGTTTATC-A-AA----GT-ATAGA-----TCCTCTGTTGCCGAGTGGTCT-AA--AGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-T-AC-----T--TC-TCACTGCTAAGGTC---GTAGGT-T-T--------GAGTC------------C--CAA---AAA-CT--T-T-------T----------AAGTGAGA-AAATTTG-TCAGT-TACTTGCGG--AAGGAGGGTGGT-------TCT--AC--TCAGTTTC----AT---------TTCGAGGT--TTCCT---------CCACT-GATAAA---------ATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AACCTGAA--GTG-T--TGA--GAAT--GGTTTT--AAA-C-TCC------ATT------AAAG-AAAGTT------TA-CCAA------AAAAAC-ATGCAatgtatgctttcttgatattcctcattcgtaaattctttcctgaaccaaaagcattggatgcgatgatacaacatgtcatgttttggaaa
gi|30 : atgaacatgagattaaatggaagtctatcctgcagtgctgaaattcA--GAGTCCTGCCTTTCTGAGTTGTCT-AA--GGT--GC---AGTC-TCAAGATCA-C-T-T-AT-----C--TC-TCGCTGCAAAGTTC---ATAGGT---C--------AAGTCCC-ACTT--GTTC--TAA---AAA-T---T-T-------C----------ATTTGAGA-AATTTTG-TCAGT-TATTTGCGG--AAGGACGGTGGT-------Tattagtagatctgtaattgatatacacttcatcatgtgcggacattactcatattaa
gi|31 : tctgtacatttttgtcttgtttatttcactttacagtt-AAATTAG-TGAAT-TACTTGCAG--ACGATCGGTGGTTTTCTGGTTT--AC--TCAAATTC----TT---------TCTGAAAT-----CT---------CCACC-AATGACACTCACGGGGTTT--C------------AT-----------A--TA------T----AACTTGCAAAGTGTT--TGAC-AAAC--GA-GTT--AAA----TT------ATTT-T---AAAG-GTAGAG------TATAAGGAT----AAAAA
gi|32 : gatacGTC-TCAATATAA-C-C-T-GT-----CAGTC--CAC-GTTGAAGTTATTGTAGGT-T-T--------GAGCCCA-GCCT--GGCC--TAA---ACA-CGT-T-T-------TGTAATAAATGATATAAGA-ATGTTTG---AGT-TACTAGCGG--AGGGACGGTTGT-------TGA--AC--CGAAATTC----AT---------TTTCAGATA-TTCCcgt
gi|33 : TTATGTT--TTATTA---TTATG-A-AC-----T-GAA-A--GGATCCTCCGTGGCTGAGTGGTTT-AA--GGT--GT---CG--------------------C-----C--TC-TCACCACTAAGGTT---GTAGGT-T-C--------AAGTCAT-GCTT--GCCC--CGA---AAA-T---T-T-------T----------ATGTGAGA-AAGTTTG-CAAGT-TATATGTGG--A
gi|34 : aagtatttGAT-------TCT--AC--TCAGATTC----AT---------TCTGAGGTC-TGACT---------C-----------ATC----GTATATGCC------------AT-----------A--GA------T----AATATTTTTTTTG-T--TGA--AAAT--GGCGCT--AAA-A-ATA------ACT------AAAA-AAAAGT------TA-ACAAAT----
gi|36 : ATA--TTAT-C---TTGTA-ATAC----AC-GAAGA--GTGTTAGCCATGGCCAAATAGTCT-AA--GAC--CA---TGTA-CCTAGA-CA-A-A-T-AT-----C--TC-TCACCGCTGAGGAC---A-GGGC-TAT--------GAATCCgcaccatagtcatttgactttaa
gi|37 : tatgatttgaA--AGGTCCTCTTTAACTTAGTGGTCT-TG--GG-----------C-TCAATATTA-CTT-T-AC-----C---C-TCACTGCTGAGATT---GTGTGT-T-
gi|38 : aaaacaaacaatcaatttggaatacACCGCAGAAATC---A-GGGT-T-C--------GAACCAA-GCTA--GGTC--TAA---AAC-C---A-T-------T----------ATGTGAGA-AAAATGT-ACAGT-TATTTGCGA--AAGGGTGGTGGT-------TCC--Ataaagccgaaacttatcct
gi|4 : --GGGTCCACCATGGCTGAGTGGTCC-AA--GGT--TA---TATC-TCAAGATCA-C-T-T-GT-----C--TC-CCATTGCTGAGGTT---GTGTGT-A-C--------AAGCCAA-GATC--AGTC--CTT---AAA-C---TGTATACATGT----------ATGTGTGA-AAGTTTG-CCAGT-TAATTGCTG--AAGCAAGATGAT-------TCT--TC--TCAGAAAC----AT---------------GTG-TATAT---------------AATATAACT----GGATA--CT------------AT-----------A--TA------T----AATCTGTAATGTG-----G---------GGGG----AAA-T-CTC------ATT--A---AAAA-ATCAAT------TA-AGTGAC----AGAGAT-GTatatagag
gi|40 : aaaaaaaaaaaattcgggatATAGTTC----AATACAATTATCTT--TAAT-C---TTTTG-AT-C----GTAGAAGA---------CCCTGGTTGAATGGTCT-AA--GGT--GC---AATC-TCTAGACAA-C-T-T-GC-----C--TA-TCATTGCtaccccttgaatttcaggaaaaccctgcttgaacaatggtagctgttcctggatggggagtgatcgttacatttgtgcctgtaaaacgccatttcgtggtacacactgccaggaaaaatacg
gi|41 : -TTAAGGTCA-C-T-T-TT-----G--TC-TAACCACCAAGGTT---GTGGGT-TAT--------GAGCCAA-GCTA--AGTCTTTAA---AAA-A---A-T-------T----------ATGTGAAA-AAATT
gi|5 : TCT-AA--AGC--GC---TGTT-TCAAGATCA-C-T-T-GC-----C--TC-TCTCTGTTAA--------TG--T-T-C--------GAGTCCC-ACTG--GCTC--TAA---AGG-C---T-T-------T----------TTGTGAGA-AAGTTTG-CTCAT-TACCTGTTG--GAGGACAGTGGT-------TCT--AC--CCAGGTTC----AT---------CATGAGGGG-TTCCT---------CCGAC-AATAATAAT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------C----GGCATGAAATGTG-T--TAA--AAAT--GGCATT--AAA-C-CCC------ATTCAA---AAAA-AAAAAT------CA-AAA
gi|6 : attgagatttgtgatttcagtgaattatttttggtaatttaactatttaaaatgaatgataattccactgtcttcaatgaaaaatacaaaaataaaataagtttcagtgaaaggtcaataaTA-TATCT-ACTGTC-C-ATATGGTT-----A-TACAGTTATAAT--TTAT-A---TTTTG-ATAT----GT-GAAGG--GGGTCCTCCGTGGCTGAGTAGTCT-AA--GGG--GC---CATC-TCAAGATCA-C-T-T-AC-----C--TC-TCACGGCTAAGGTC---ATAGGT-T-C--------GAGTCCT-GCTC--GCTC--CGA---ACA-C---T-T-------T----------ATGAGAGT-AAGTTT--CCAGT-TACTTGCAG--GAGGACGGTGGT-------TCTAAACAGTCTGACTC----AG---------TCTGAGGTC-TTCCT---------TTACC-TGTCAAACT----GGATATGCC------------AT-----------A--TA------T----AATCTGAAATGTG-T--TGA--AAAT--GGCGTA--AAA-C-CCC------GTTC-A---AAAA-AAAAAT------TA-AAAAAT----AAAAATGATATGTGAACATTATAAtttctttgtcactttgtggtcagtgtaattaggacttt
gi|7 : aagtttacT-GAAGT--TGATCCTGCATGGTAGAGTGGTCT-AA--GGC--AC---TGTC-TCAAGGTCA-C-T-G-AC-----C--TC-TCACCACTGGGGTT---GGGGGT-T-C--------AAGCCCA-GCTT--GATT--TAAGATAAA-CACAT-T-------CAAAA------ATGTGAGA-AAGTTTG-CCAGT-TACTTGC-A--AAGGATGGTGGT-------TTT--AC--TTAG--------AT---------TTTGAGGTC-TTCCT---------CTACC-AATAAAACT----GAATACACCACATAATGGCATAT-----------A--TA------T----AACATGCAATGTG-T--TGA--AAGT--GGCGAT--AAA-C-ACC------ATTT-A---AAAT-AAAGAT------
gi|8 : aagtgcaaattatgactttaattggttttcgccaaaataaaatttcagcaaaaTCAGTGTTTGAGAGGTTT-TT--GGA--GCAT-CATC-TCAAGATTA-C-T-T-ACATGTAC--CCGTCACTGCTGAGGTC---CTGGGT-T-C--------AATTCAA-ACTT--GGTC--CAA---AGA-C-------------------------TGTGACA-AAGTTTA-CCATT-TACTTGATA--GAGAATATTAGT-------TCT--AC--TGAGATTCCTGTATATTTA----TCAGAGTTCTTTTCT---------TTACT-AATAAAACT----GAATGCCTC------------AT-----------A--TA------CCCAAAACTTGTGATATT-C--TAA--AAAT--TGCATT--AAA-T-TTC------ATTA-A---AAAA-AAaattctgatgtcttaaagag
gi|9 : taagtttaaatatactagtatatatttctatacatacaataaatgtattaaaaaattagaattagaatgagtgg--GAGTCCTCC-TGGGCGAGTGGTAT-AC--GGC--ACTGTCGTC-TTGCGACGA-T-T-T-AC-----C--TT-TCACCGCAGAGGTC---ATGGGT-T-C--------GAGTCAT-GCTC--GCTT--CAA---AAA-C---A-T-------A----------ATGTAAGT-AAGTTTC-CTAGT-TACTTGAGA--AA--ACGATTGT-------TCT--AA--TAAGA-------------------GTAAAGTC-TTGCT---------CCTCC-TATAAAACT----GAATATGCC------------TT-----------A--CA------T----AACCTGACATGTG-C--TGA--TAGT--TACGTT--AAA-C-CCC------ATTC-A---AACA-AAAACCTTTGCGTA-AAAAA-----GCAAAT--TACATAAATA-TATAAtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATTATAAATTGGTGCTGTTTGTCGTCACATAATGACATGTTATGTATAATGCCAAAAGTCTGAAGTTTAAATGTCAAGGTTGCACTTATTTCTGAAATTTAACATATAAGCTACAGTAGGTTGTGTG
Unaligned ( gi|39 ): AGGACTCATGAATATGCATACATCTGGAAGGATTTGTGAATATGTATACATTTGGAAGTACTCATGAATATGCATACATGTGGAAGGACTCATGA