lowQualScore : 11111 22222222222 11 11111111 2 22222222222 11111111 333333333333 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222 11 111111 11 111 3333333333 11111111 3333333 222 222
lowQualScore : 33333 77 33333333333 55 55 00 666 11111111 1 1 7777 4 88888888888 44 2 11111111 0 555555555555 222 33 2 4 7 444 2 444 2 1 99999999999999999999999999999999999999999999 33 6666666 444 33 66 00 444 0 444444 5555 33 555 44 44 0000000000 44 2 11111111 444 7777777 2 000 111 444 444 2 7 2
lowQualScore : ..... .. ........... .. .. .. ... ........ . . .... . ........... .. . ........ . ............ ... .. . . . ... . ... . . ............................................ .. ....... ... .. .. .. ... . ...... .... .. ... .. .. .......... .. . ........ ... ....... . ... ... ... ... . . .
lowQualScore : 22222 22 00000000000 00 00 22 444 11111111 2 0 1111 4 11111111111 22 1 22222222 1 999999999999 777 77 0 9 8 777 7 111 4 1 99999999999999999999999999999999999999999999 55 8888888 777 44 88 11 777 9 555555 7777 55 777 66 99 2222222222 22 1 22222222 000 3333333 7 666 777 777 777 7 0 7
consensus : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TN-AA---CT-AA-----ATTTTGACTGGTTATTT----ATCTATT-C-TAT-AATNAATA--TCAAT--------GAAACCA--TATGC--A-NTTTTACT--GGAACCAGTCTAAAATCATGA---T-CACCTGG---CTGCT-TTTC-------TT----A-----NA-----TTT--A------T-----AA-GTA--T----A---A--AC--TN-AA---CTAAN-----T----TTTGACTG-GTT--NTT--TATC-TATT-C-TNTAATNAATA--TCAAT--------GAAACCAT--ATGC--N--T-TTTACCTGGAACCAGTCTAAAA---TCATGA---T-CACCTGGCTGCT-TTTCTT
Reference ( gi|1 ) : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TG-AA---CT-AA-----ATTATGACTGGTTATTT----ATCTATT-C-TGT-ACTGAATA--TCAAT--------GAAACCA--TTTAC--C-TTTTCATT--GAAACCAGTCTTAAATCGTGA---T-CACCTGG---CTGCT-TTTC-------TT----A-----TA-----TTT--A------T-----AA-GTA--T----A---A--AC--TG-AA---CTAAC-----T----TTTGACTG-TTT--TTT--TATC-TATT-C-TGTACTGAATA--TCAAT--------GAAACCAT--ATAC--C--T-TTTACCTGGAACCAGTCTTGAA---TCATGA---T-CACCTGACTGCT-TTTCTT
gi|11 : TTACATTA--A--TACT-TA--A----A---A--AC--TT-AA---CT-AA-----GTCTTGACTGGTT---T----CTCTATC-A-TATTATCGA-TA--TGAAT--------GAAACAA--TATGC--A-GTTTTACT--GGAGCCAGTCA-AAATCATGA---T-CACTTGT---CTGCG-TTTC-------GT----A-----GA-----TT
gi|6 : ttctgctttacaaacgctATATTT--ACATAAC-TA--TTTAAA---A--AC--TTTAG---TT-AA-----GTT-TGACTGGTTATTT----ATCTGTT-A-T-C-ATTAACT---TTAAT--------GAAACTA--TATGT--A-GTTTTACT--GGTACATGTC-TAAATCCTCA---T-AATA-AA---CTGAT-TTTC-------TT----AGACTGTA-----ATT--G------TG----AA-GTA--T----
gi|3 : accaagctcctgttttaccaatatgtatctacTATTTACT--TAAG-TACTT----A---AGAAT--TA-AA---CT-TA-----ATTGTGACTGGTTACTTTAATATC-ATT-T-AAT-AATTAATG--TCAAT--------GAAACCA--ATGGCGGT-TTTTC--T--GGAACTAGTCTAAATTCATGA---T-TACCTGG---ATGCT-TTCC-------TTTGAAA-----TAAAGGTTTT--AAGTGTTT-----AA-GTA--A----A---G--AC--TT-AA---ATAtggtgacacataggcctgt
gi|9 : gtttctgtttcaccaacataagtttttactTGTTT--T--TAAACTA--T----ACTTA--AA--TG-AA---CT-CA-----GTTTTGACTGGTTGTTG----AAATATT-C-TTT-A---AACAATTTAAA--------GAAACCA--AGTACA-T-TTTTC--T--GGATCCAGTCTAAAATCATGA---T-CACCCGG---ATGCG-TTAT-------TT----------CA-----TTTAAA------T-----AC-GTT--T----A---T--AC--TT-AA-----AAC-----T----GTTGtgtgagacagaagcct
gi|13 : ctgttccacttacattTTC--T--TAAA-TA---------------C--TG-AA---CT----------T-TGACTGGTTATTT----ATCTTTT-T-TAT-AATCAATT--TCAAT--------GAAACAA--AATGC--A-ATTTTACT--AGAACCATTCTAAAATCATGA---T-CATTTGG---CTTTT-TTTgtgaaacacgat
gi|10 : gttccggtttcaccaacgttt--T--TAAA-TACTT----A---A--ACACTG-AA---CT-AA-----CTTTTTACTGGTTATTT----ATTTATT-C-TAT-AATCAATA--TCAAT--------GAAACCA--TATGC--A-GATTTACT--GGAACCAGTCTAAATTCAGGA---T-CATCTGG---CTGCT-TTTC-------TT----T-----GA-----TT----------T-----AA-GTA--T----
gi|16 : --T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TG-AA---CT-AA-----ATTATGACTGGTttaaatgtatgttggtgaaacaggagcca
gi|4 : --TAAG-TT--T----A---A--AC--TT-AAATACT-AACCTCCATTTTGTCTGCTTTCGT----AAATATT-C-ATT-AATCAATA--T-AATTTTTAAAAAAAATAA--TTTATG-C-TATTTTTTCCAGAACCAGTCTAAAATCATAA---T-CACCTGA---ATGTT-TTTC-------TC----A-----GAT----TTT--A------T-----AATATA--T----A---A--
gi|2 : gttcctgtttcacaaacattatca----A---A--AC--TT-AA---CT-GAT----ATT-TGACTGGTTATTT----AT-TGT--C-T-C-A-TGAATA--TCAAT--------AGAACCA--TGAGC--A-GTTTTACT--GACACCAGTC-TAAATCATGA---T-CACATGACTTCTGCT-TCAC-------CA----A-----CA-----TTT---------T-----AC-TTA--A----A---A--AC--TT-AA---gtatactgcttacatacatatattattggtgaaacaggagt
gi|5 : tga----A---A--AA--TA-AA---CT-TA-----ATTTTGACTGGTTACTT----AAATATT-C-TTT-AAT---CA--CCAAT--------GAAATCAAATGCAC--A-TTGTC--T--GGAATCAATCTTAAATCACGG---T-CACCCAG---ATGCT-TTAC-------TC----C-----GA-----TT----------T-----AA-GTA--T----aaaatgaattcaagtttatgttggtgaaacagacgtcatgtgatcatgatttagactggtgtcagtaaaaacttgagtattcgactttat
gi|14 : tctgctgcaccaacatttgtttttaaactctactaaaatacattcta--AC--T--AA---CTCAA-----ATT-TGACTGGTTGTTT----ATTCATT-A-TAT-AATTAATA--TAAAT--------G-----G--TT--C--C-ATTTTACT--GGAACCAGTCTAAAA---TGAACTT-CACCTGG---CTGCT-ttaaatatttaagtacgtacttcaatatgctggcgaaagcaagctc
gi|8 : gcttctgtttcaccagcA-----ATTTTGACTGGTTATTT----ATTTATTACATGT-A-TAAATA--TCAAT--------AAAACCA--TATGC--A-TTTTTACT--GAAACCAGTCTAAAATCATGA---T-CATCCCA---CTGCT-TTTC-------AC----A-----GA-----TTT--A------
gi|12 : gatcaggcctctgtttcacaaacacatttaagtataaacttaaatatttgaaaatt-----ATTTTGACTGGTTGTTT----ATCGATT-T-TAT-AATCAAGA--TCAAT--------TAAACAA--TATGT--A-GTTTTACT--GGAACCAGTCTAAAAACATGA---T-CACCTAG---CTGCT-TTAT-------TT----A-----AA-----Tgaaacagaagtcagatatgtta
gi|7 : ttttcgaacgttgcattttaaaggaaactatacgaggcttttAATA--TGAAC--------GAAAACA--TAAAA--T-GGTTGACT--GGAACCAGTCTAACATTTTGA---T-CACCTAT---CTGCT-TTTC-------TT----
gi|15 : tggcgtctgtttcaccaacagtttatttacacacttaaaaacatacatatgttattaatgttatatataaacAAACCA--TATGC--AGTTTTTACT--GAAACCAGTCTAAAATCAGGA---TATACTT-G---CTGTT-TGTC-------TT----A-----CA-----TTT--A------A-----AT-TTA--T----A---A--Ataggtttaagatttttagtattttttatatgttggtaaaacaggagct
gi|2 : ttctaaacatttttaaaattgtcacaca-TTTTTACT--GACACCAGTCT-AAATCATGA---T-CACATGA---CGTCTGTTTC-------------------------------A------C-----CA-ACA--T----A---A--ACT-TG-AA---TTCAT-----T----TTTTAA-G-TTT--TT
gi|11 : tgaaaacttaactgatatttgactggttatttattgtctcatgaatatcaatagaaccatgagcagttttactgacaccagtctaaatcatgatcacatgacttctgcttcaccaacattttactt---CTGCT-TTACAAACGCTTT----A-----CA-----TTA--A------T-----AC-TTA--A----A---A--AC--TT-AA---CTAAG-----T----CTTGACTGGTTT--CTC--TATCATATT------ATCGA-TA--TGAAT--------GAAACAAT--ATGCA-G--T-TTTA-CTGGAGCCAGTC-AAAA---TCATGA---T-CACTTGTCTGCG-TTTCcttgagtattcgactttat
gi|9 : tt---CTGTT-CCAC-------TT----A-----CA-----TTT--G------TTTTTAAA-CTA--T----ACTTA--AA--TG-AA---CTCAG-----T----TTTGACTG-GTT--GTT--GAAA-TATT-C-TTTA---AACAATTTAAA--------GAAACCAA--GTAC--A--T-TTT-TCTGGATCCAGTCTAAAA---TCATGA---T-CACCCGGATGCG-TTgtagatt
gi|3 : TTT-------TT----ACT---TA-----TTT--ACT----T-----AA-GTACTT----A---AGAAT--TA-AA---CTTAA-----T----TGTGACTG-GTTACTTTAATATC--ATT-T-AATAATTAATG--TCAAT--------GAAACCA---ATGG--CGGT-TTT-TCTGGAACTAGTCTAAAT---TCATGA---T-TACCTGGATGCT-TTCCTTatttcatttaaatacgtttatacttaaaactgttggtgaaacacgat
gi|5 : gtttctgtttcaccaacataagT----A-----CA-----TTC---------T-----AA-AAA--T----A---A--AC--T--------TAA------T----TTTGACTG-GTT--ACT--TAAA-TATT-C-TTTAAT---CA--CCAAT--------GAAATCAA--ATGC--A--C-ATTGTCTGGAATCAATCTTAAA---TCACGG---T-CACCCAGATGCT-TTACTtgaaataaaggttttaagtgtttaagtaaagacttaaatatgtgagacagaagcct
gi|6 : tctgctgcaccaacatttgtttttaaactctactaaaa----A-----TA-----TTT--ACA----T-----AA-CTA--TTTAAA---A--AC--TTTAG---TTAAG-----T----TT-GACTG-GTT--ATT--TATC-TGTT-A-T-CATTAACT---TTAAT--------GAAACTAT--ATGTA-G--T-TTTA-CTGGTACATGTC-TAAATCCTCATAA---T-AA----ACTGAT-TTTCTTccgatttaagtatttaaatatttaagtacgtacttcaatatgctggcgaaagcaagctc
gi|4 : accaagctcctgttttaccaatatgtatctacatacttcacaattacagtctTC--A------T-----AA-GTT--T----A---A--AC--TT-AAATACTAACCTCCAT----TTTGTCTG-CTT--TCG--TAAA-TATT-C-ATTAATCAATA--T-AATTTTTAAAAAAAATAATTTATGC--TA-T-TTTTTCCAGAACCAGTCTAAAA---TCATAA---T-CACCTGAATGTT-TTTCTtggtgacacataggcctgt
gi|10 : gttcctgtttcacaaacatta------T-----AA-ATACTT----A---A--ACACTG-AA---CTAAC-----T----TTTTACTG-GTT--ATT--TATT-TATT-C-TATAATCAATA--TCAAT--------GAAACCAT--ATGC--A--GATTTA-CTGGAACCAGTCTAAAT---TCAGGA---T-CATCTGGCTGCT-TTTCTTcagattttataatatataagtatactgcttacatacatatattattggtgaaacaggagt
gi|16 : t------T-----AA-GTA--T----A---A--AC--TG-AA---CTAAA-----T----TATGACTG-tgatttaagtatttaaatgtatgttggtgaaacaggagcca
gi|2 : t----A---A--AC--TT-AA---CTGAT-----A----TTTGACTG-GTT--------ATT-TATT-G-TCTCATGAATA--TCAAT--------AGAACCAT--G-AG--CAGT-TTTA-CTGACACCAGTC-TAAA---TCATGA---T-CACATGACTTCT-gt
gi|13 : tga--AC--TG-AA---CT--------------TTGACTG-GTT--ATT--TATC-TTTT-T-TATAATCAATT--TCAAT--------GAAACAAA--ATGC--AA-T-TTTAC-TAGAACCATTCTAAAA---TCATGA---T-CATTTG---GCT-TTTTTTgcttcaccaacattttacttaaaaacttaaaaaatgaattcaagtttatgttggtgaaacagacgtcatgtgatcatgatttagactggtgtcagtaaaaacttgagtattcgactttat
gi|14 : gttccggtttcaccaacgtttttcttaaatA---CTAAC-----TCAAATTTGACTG-GTT--GTT--TATT-CATT-A-TATAATTAATA--TAAAT--------GGTTCCAT-------------TTTAC-TGGAACCAGTC-TAAA-----ATGAACTT-CACCTGGCTGCT-
gi|8 : gcttctgtttcaccagc-----T----TTTGACTG-GTT--ATT--TATT-TATTACATGTA-TAAATA--TCAAT--------AAAACCAT--ATGC--A--T-TTTTACTGAAACCAGTCTAAAA---TCATGA---T-CATCCCACTGCT-TTTC
gi|12 : gatcaggcctctgtttcacaaacacatttaagtataaacttaaatatttgaaaatttaaatctgt-----T----TTTGACTG-GTT--GTT--TATC-GATT-T-TATAATCAAGA--TCAAT--------TAAACAAT--ATGT--AG-T-TTTAC-TGGAACCAGTCTAAAA---ACATGA---T-CACCTAGCTGCT-TTttgaaacagaagtcagatatgtta
gi|7 : ttttcgaacgttgcattttaaaggaaactatacgaggcttttaAATA--TGAAC--------GAAAACAT--AAAA--T--G-GTTGACTGGAACCAGTCTAACA---TTTTGA---T-CACCTATCTGCT-TTTCTTatttaaat
gi|15 : tggcgtctgtttcaccaacagtttatttacacacttaaaaacatacatatgttattaatgttatatataaacAAACCAT--ATGCAGT--T-TTTAC-TGAAACCAGTCTAAAA---TCAGGA---TATACTTG-CTGTT-TGTCTTtaggtttaagatttttagtattttttatatgttggtaaaacaggagct
gi|2 : ttctaaacatttttaaaattgtcacacatttataaatttaaatgt--T-TTTAC-TGACACCAGTCT-AAA---TCATGA---T-CACATGACGTCTGTTTC
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 111111 11111111 1111111111111111111111111 1 1
lowQualScore : 00000 4 9999999 666 44 44 4 555 3 555555 6666 66 5 2 1 1 1 00000000 33 2 2 1 33 2 0 33 444 2 444 2 0 2 4444 9999999999999999999999999 55 777 6 1 8 0 1 6 1 3 66 1 888 5 4 4 6 1 5 4 4 2 3
lowQualScore : ..... . ....... ... .. .. . ... . ...... .... .. . . . . . ........ .. . . . .. . . .. ... . ... . . . .... ......................... .. ... . . . . . . . . .. . ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 55555 4 3333333 444 66 66 2 444 0 444444 1111 44 9 9 0 0 2 44444444 77 7 7 9 44 5 4 44 444 5 111 4 1 7 8888 0000000000000000000000000 66 888 7 0 2 6 0 7 0 0 55 0 000 5 0 0 0 0 5 0 0 5 0
consensus : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---CTNA------ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-AGT--TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCT-TTTC-TT--AGA-------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
Reference ( family-7 ) : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---CTAA------ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTCTATA-ATNAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-ANT--TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCT-TTTC-TT--ANA-------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAANTTTTGACTGGTTNTTTATCTATTCTNTAATNAATATCAATGAAACCATATGCNTTTTACCTGGAACCAGTCTAAAATCATGATCACCTGGCTGCTTTTCTT
gi|1 : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---CTAA------ATTATGACTGGTTATTT----AT-CTATTCTGTA-CTGAATATCAAT--------GAAACCAT--TT-AC-CTT--TTC-ATTGAAACCAGTCTTAA--ATCGTGA---T-CACCTGG---CTGCT-TTTC-TT--ATA-------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TGAACTAACTTTTGACTGTTTTTTTATCTATTCTGTACTGAATATCAATGAAACCATATACCTTTTACCTGGAACCAGTCTTGAATCATGATCACCTGACTGCTTTTCTT
gi|10 : --T--TAAA-TACTT----A---A--ACACTGAA---CTAA------CTTTTTACTGGTTATTT----AT-TTATTCTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-AGA--TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--TTCAGGA---T-CATCTGG---CTGCT-TTTC-TT--TGA-------TT----------T-----AA-GTAT
gi|11 : TTACATTA--A--TACT-TA--A----A---A--AC--TTAA---CTAA------GTCTTGACTGGTT---T----CT-CTATCATATT-ATCGATATGAAT--------GAAACAAT--AT-GC-AGT--TTT-ACTGGAGCCAGTC-AAA--ATCATGA---T-CACTTGT---CTGCG-TTTC-GT--AGA-------TTttaaatgtatgttggtgaaacaggagcca
gi|12 : ttctgctttacaaacgctTTGCATTT--T--AAAG-GA-----------A--AC--TATA---CGAGGCTTTTATTTTGACTGGTTGTTT----AT-CGATTTTATA-ATCAAGATCAAT--------TAAACAAT--AT-GT-AGT--TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--AACATGA---T-CACCTAG---CTGCT-TTAT-TT--AAA-------T
gi|13 : ttttcgaacgA---CTGA------ACTTTGACTGGTTATTT----AT-CTTTTTTATA-ATCAATTTCAAT--------GAAACAAA--AT-GC-AAT--TTT-ACTAGAACCATTCTAAA--ATCATGA---T-CATTTGG---CTTTT-TTT
gi|14 : gttccggtttcaccaacgtttttcttaaat--AC--T-AA---CTCA------AATTTGACTGGTTGTTT----AT-TCATTATATA-ATTAATATAAAT--------GGTTCCAT-------------TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA-----ATGAACTT-CACCTGG---CTGCT-
gi|15 : gcttctgtttcaccagcAAACCAT--AT-GC-AGT--TTTTACTGAAACCAGTCTAAA--ATCAGGA---TATACTT-G---CTGTT-TGTC-TT--ACA-------TTT--A------A-----AT-TTATA---AA
gi|16 : ttctaaacatttttaaaattgtcacaca--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---CTAA------ATTATGACTGGT
gi|2 : ----A---A--AC--TTAA---CTGA------TATTTGACTGGTTATTT----AT-----TGTCTC-ATGAATATCAAT--------AGAACCAT--GA-GC-AGT--TTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGACTTCTGCT-TCAC-CA--ACA-------TTT---------T-----AC-TTAAA---AAC-TTAA
gi|2 : tgaT--TTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGA---CGTCTGTTTC--------------------A------C-----CA-ACATA---AACTTGAATTCATTTTTTA--AGTTTTTaaaatgaattcaagtttatgttggtgaaacagacgtcatgtgatcatgatttagactggtgtcagtaaaaacttgagtattcgactttat
gi|3 : tgaaaacttaactgatatttgactggttatttattgtctcatgaatatcaatagaaccatgagcagttttactgacaccagtctaaatcatgatcacatgacttctgcttcaccaacattttacttTATTTACT--TAAG-TACTT----A---AGAAT--TAAA---CTTA------ATTGTGACTGGTTACTTTAATAT-C-ATTTAATA-ATTAATGTCAAT--------GAAACCA---ATGGC-GGT--TTT-TCTGGAACTAGTCTAAA--TTCATGA---T-TACCTGG---ATGCT-TTCC-TTTGAAATAAAGGTTTT--AAGTGTTT-----AA-GTAAA---GAC-TTAAATAacttgagtattcgactttat
gi|4 : gtttctgtttcaccaacataagtttttact--TAAG-TT--T----A---A--AC--TTAAATACTAACCTCC-ATTTTGTCTGCTTTCGT----AA-ATATTCATTA-ATCAATAT-AATTTTTAAAAAAAATAATTTAT-GCTATT--TTT-TCCAGAACCAGTCTAAA--ATCATAA---T-CACCTGA---ATGTT-TTTC-TC--AGAT------TTT--A------T-----AATATATA---Atgtgagacagaagcct
gi|5 : gttcctgtttcacaaacattatca----A---A--AA--TAAA---CTTA------ATTTTGACTGGTTACTT----AA-ATATTCTTTA-ATCA---CCAAT--------GAAATCAA--AT-GC-ACA--TTG-TCTGGAATCAATCTTAA--ATCACGG---T-CACCCAG---ATGCT-TTAC-TC--CGA-------TT----------T-----AA-GTATgtatactgcttacatacatatattattggtgaaacaggagt
gi|6 : tctgctgcaccaacatttgtttttaaactctactaaaatacattctaATATTT--ACATAAC-TA--TTTAAA---A--AC--TTTA---GTTA------AGTTTGACTGGTTATTT----AT-CTGTT--ATC-ATTAACTTTAAT--------GAAACTAT--AT-GT-AGT--TTT-ACTGGTACATGTCTAAATCCTCATAA---T-AA----A---CTGAT-TTTC-TT--AGA--------CT--G------T-----AA-TTGTG---AAttaaatatttaagtacgtacttcaatatgctggcgaaagcaagctc
gi|7 : accaagctcctgttttaccaatatgtatctacatacGTTATTA----ATGTTAT-ATATA-AACAATATGAAC--------GAAAACAT--A---A-AATGGTTG-ACTGGAACCAGTCTAAC--ATTTTGA---T-CACCTAT---CTGCT-TTTCTTT--AGG-------TTT--A------tggtgacacataggcctgt
gi|8 : tggcgtctgtttcaccaacagtttatttacacacttaaaaacatacatatA------ATTTTGACTGGTTATTT----AT-TTATTACATGTATAAATATCAAT--------AAAACCAT--AT-GC-ATT--TTT-ACTGAAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CATCCCA---CTGCT-TTTC-AC--AGA-------TTT--A------agatttttagtattttttatatgttggtaaaacaggagct
gi|9 : gatcaggcctctgtttcacaaacacatttaagtataaacttaaatatttgaaaatt---CTGTT-CCAC-TT--ACA-------TTT--G------TTTTTAAA-CTATACTTAAA-TGAACTCAGTTTTGACTGGTTGTTGAAATATTCTTTAAACAAT-TTAAAGAAACCAAGTACATTTT-TCTGGATCCAGTCTAAAATCATGATCACCCGGATGCGTTgaaacagaagtcagatatgtta
gi|9 : TGTTT--T--TAAACTA--T----ACTTA--AA--TGAA---CTCA------GTTTTGACTGGTTGTTG----AA-ATATTCTTTA-AACAAT-TTAAA--------GAAACCAA--GT-AC-ATT--TTT--CTGGATCCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCCGG---ATGCG-TTAT-TT---CA-------TTTAAA------T-----AC-GTTTA---TAC-TTAA--AACTGTTGatttcatttaaatacgtttatacttaaaactgttggtgaaacacgat
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 111111111 111111111111111 1 1
lowQualScore : 00000 4 9999999 666 44 44 4 555 888888 1 77777 6666 66 3 2 1 1 00000000 33 2 2 33 22 0 33 444 2 444 0 2 0 333333333 777777777777777 55 777 6 1 8 0 0 6 1 22 1 333 5 1 1 1 5 1 1 1 1
lowQualScore : ..... . ....... ... .. .. . ... ...... . ..... .... .. . . . . ........ .. . . .. .. . .. ... . ... . . . ......... ............... .. ... . . . . . . . .. . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 55555 4 3333333 444 66 66 2 444 222222 0 11111 1111 44 8 9 0 2 44444444 77 7 7 11 99 4 44 444 5 111 1 7 9 333333333 777777777777777 66 888 7 0 2 6 2 7 0 00 0 000 5 0 0 0 5 0 0 0 0
consensus : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
Reference ( family-7 ) : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
gi|1 : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---C------TAA-----ATTATGACTGGTTATTT----AT-CTATTCTGTA-CTGAATATCAAT--------GAAACCAT--TT-AC-C-TTTTC-ATTGAAACCAGTCTTAA--ATCGTGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTATA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TGAACTAACTTTTGACTGTTTTTTTATCTATTCTGTACTGAATATCAATGAAACCATATACCTTTTACCTGGAACCAGTCTTGAATCATGATCACCTGACTGCTTTTCTT
gi|10 : --T--TAAA-TACTT----A---A--ACACTGAA---C------TAA-----CTTTTTACTGGTTATTT----AT-TTATTCTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GATTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--TTCAGGA---T-CATCTGG---CTGCTTTTC-TTTGA---------TT----------T-----AA-GTAT
gi|11 : TTACATTA--A--TACT-TA--A----A---A--AC--TTAA---C------TAA-----GTCTTGACTGGTT---T----CT-CTATCATATT-ATCGATATGAAT--------GAAACAAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAGCCAGTC-AAA--ATCATGA---T-CACTTGT---CTGCGTTTC-GTAGA---------TTttaaatgtatgttggtgaaacaggagcca
gi|12 : ttctgctttacaaacgctTTGCATTT--T--AAAG-GA-----------A--AC--TATA---CGAGGCTTTT-----ATTTTGACTGGTTGTTT----AT-CGATTTTATA-ATCAAGATCAAT--------TAAACAAT--AT-GT-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--AACATGA---T-CACCTAG---CTGCTTTAT-TTAAA---------T
gi|13 : ttttcgaacgA---C------TGA-----ACTTTGACTGGTTATTT----AT-CTTTTTTATA-ATCAATTTCAAT--------GAAACAAA--AT-GC-A-ATTTT-ACTAGAACCATTCTAAA--ATCATGA---T-CATTTGG---CTTTTTTT
gi|14 : gttccggtttcaccaacgtttttcttaaat--AC--T-AA---C------TCA-----AATTTGACTGGTTGTTT----AT-TCATTATATA-ATTAATATAAAT--------GGTTCCAT------------TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA-----ATGAACTT-CACCTGG---CTGCT
gi|15 : gcttctgtttcaccagcAAACCAT--AT-GC-A-GTTTTTACTGAAACCAGTCTAAA--ATCAGGA---TATACTT-G---CTGTTTGTC-TTACA---------TTT--A------A-----AT-TTATA---AA
gi|16 : ttctaaacatttttaaaattgtcacaca--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---C------TAA-----ATTATGACTGGT
gi|2 : ----A---A--AC--TTAA---C------TGA-----TATTTGACTGGTTATTT----AT-----TGTCTC-ATGAATATCAAT--------AGAACCAT--GA-GC-A-GTTTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGACTTCTGCTTCAC-CAACA---------TTT---------T-----AC-TTAAA---AAC-TTAA
gi|2 : tgaTTTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGA---C-G----TC-T--GT---------TTC--A------C-----CA-ACATA---AACTTGAATTCATTTTTTA--AGTTTTTAAaaaatgaattcaagtttatgttggtgaaacagacgtcatgtgatcatgatttagactggtgtcagtaaaaacttgagtattcgactttat
gi|3 : tgaaaacttaactgatatttgactggttatttattgtctcatgaatatcaatagaaccatgagcagttttactgacaccagtctaaatcatgatcacatgacttctgcttcaccaacattttacTATTTACT--TAAG-TACTT----A---AGAAT--TAAA---C------TTA-----ATTGTGACTGGTTACTTTAATAT-C-ATTTAATA-ATTAATGTCAAT--------GAAACCA---ATGGC-G-GTTTT-TCTGGAACTAGTCTAAA--TTCATGA---T-TACCTGG---ATGCTTTCC-TTTGAAATAAAGGTTTT--AAGTGTTT-----AA-GTAAA---GAC-TTAAATAacttgagtattcgactttat
gi|4 : gtttctgtttcaccaacataagtttttact--TAAG-TT--T----A---A--AC--TTAAATAC------TAACCTCCATTTTGTCTGCTTTCGT----AA-ATATTCATTA-ATCAATAT-AATTTTTAAAAAAAATAATTTAT-GCTA-TTTTT-TCCAGAACCAGTCTAAA--ATCATAA---T-CACCTGA---ATGTTTTTC-TCAGAT--------TTT--A------T-----AATATATA---Atgtgagacagaagcct
gi|5 : gttcctgtttcacaaacattatca----A---A--AA--TAAA---C------TTA-----ATTTTGACTGGTTACTT----AA-ATATTCTTTA-ATCA---CCAAT--------GAAATCAA--AT-GC-ACATTGT--CTGGAATCAATCTTAA--ATCACGG---T-CACCCAG---ATGCTTTAC-TCCGA---------TT----------T-----AA-GTATgtatactgcttacatacatatattattggtgaaacaggagt
gi|6 : tctgctgcaccaacatttgtttttaaactctactaaaatacattctaATATTT--ACATAAC-TA--TTTAAA---A--AC--TTTA---G------TTA-----AGTTTGACTGGTTATTT----AT-CTGTT--ATC-ATTAACTTTAAT--------GAAACTAT--AT-GT-A-GTTTT-ACTGGTACATGTCTAAATCCTCATAA---T-AA----A---CTGATTTTC-TTAGA----------CT--G------T-----AA-TTGTG---AAttaaatatttaagtacgtacttcaatatgctggcgaaagcaagctc
gi|7 : accaagctcctgttttaccaatatgtatctacatacGTTATTA----ATGTTAT-ATATA-AACAATATGAAC--------GAAAACAT--AA-AA-T-GGTTG-ACTGGAACCAGTCTAAC--ATTTTGA---T-CACCTAT---CTGCTTTTCTTTAGG---------TTT--A------tggtgacacataggcctgt
gi|8 : tggcgtctgtttcaccaacagtttatttacacacttaaaaacatacatat------TCA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-TTATTACATGTATAAATATCAAT--------AAAACCAT--AT-GC-A-TTTTT-ACTGAAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CATCCCA---CTGCTTTTC-ACAGA---------TTT--A------agatttttagtattttttatatgttggtaaaacaggagct
gi|9 : gatcaggcctctgtttcacaaacacatttaagtataaacttaaatatttgaaaatt---CTGTTCCAC-TTACA---------TTT--G------TTTTTAAA-CTATACTTAAA-TGAACTCAGTTTTGACTGGTTGTTGAAATATTCTTTAAACAAT-TTAAAGAAACCAAGTACATTTT-TCTGGATCCAGTCTAAAATCATGATCACCCGGATGCGTTaacagaagtcagatatgtta
gi|9 : TGTTT--T--TAAACTA--T----ACTTA--AA--TGAA---C------TCA-----GTTTTGACTGGTTGTTG----AA-ATATTCTTTA-AACAAT-TTAAA--------GAAACCAA--GT-AC-A-TTTTT--CTGGATCCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCCGG---ATGCGTTAT-TT-CA---------TTTAAA------T-----AC-GTTTA---TAC-TTAA--AACTGTTGatttcatttaaatacgtttatacttaaaactgttggtgaaacacgat
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 111111111 111111111111111 1 1
lowQualScore : 00000 4 9999999 666 44 44 4 555 888888 1 77777 6666 66 3 2 1 1 00000000 33 2 2 33 22 0 33 444 2 444 0 2 0 333333333 777777777777777 55 777 6 1 8 0 0 6 1 22 1 333 5 1 1 1 5 1 1 1 1
lowQualScore : ..... . ....... ... .. .. . ... ...... . ..... .... .. . . . . ........ .. . . .. .. . .. ... . ... . . . ......... ............... .. ... . . . . . . . .. . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 55555 4 3333333 444 66 66 2 444 222222 0 11111 1111 44 8 9 0 2 44444444 77 7 7 11 99 4 44 444 5 111 1 7 9 333333333 777777777777777 66 888 7 0 2 6 2 7 0 00 0 000 5 0 0 0 5 0 0 0 0
consensus : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
Reference ( family-7 ) : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
gi|1 : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---C------TAA-----ATTATGACTGGTTATTT----AT-CTATTCTGTA-CTGAATATCAAT--------GAAACCAT--TT-AC-C-TTTTC-ATTGAAACCAGTCTTAA--ATCGTGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTATA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TGAACTAACTTTTGACTGTTTTTTTATCTATTCTGTACTGAATATCAATGAAACCATATACCTTTTACCTGGAACCAGTCTTGAATCATGATCACCTGACTGCTTTTCTT
gi|10 : --T--TAAA-TACTT----A---A--ACACTGAA---C------TAA-----CTTTTTACTGGTTATTT----AT-TTATTCTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GATTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--TTCAGGA---T-CATCTGG---CTGCTTTTC-TTTGA---------TT----------T-----AA-GTAT
gi|11 : TTACATTA--A--TACT-TA--A----A---A--AC--TTAA---C------TAA-----GTCTTGACTGGTT---T----CT-CTATCATATT-ATCGATATGAAT--------GAAACAAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAGCCAGTC-AAA--ATCATGA---T-CACTTGT---CTGCGTTTC-GTAGA---------TTttaaatgtatgttggtgaaacaggagcca
gi|12 : ttctgctttacaaacgctTTGCATTT--T--AAAG-GA-----------A--AC--TATA---CGAGGCTTTT-----ATTTTGACTGGTTGTTT----AT-CGATTTTATA-ATCAAGATCAAT--------TAAACAAT--AT-GT-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--AACATGA---T-CACCTAG---CTGCTTTAT-TTAAA---------T
gi|13 : ttttcgaacgA---C------TGA-----ACTTTGACTGGTTATTT----AT-CTTTTTTATA-ATCAATTTCAAT--------GAAACAAA--AT-GC-A-ATTTT-ACTAGAACCATTCTAAA--ATCATGA---T-CATTTGG---CTTTTTTT
gi|14 : gttccggtttcaccaacgtttttcttaaat--AC--T-AA---C------TCA-----AATTTGACTGGTTGTTT----AT-TCATTATATA-ATTAATATAAAT--------GGTTCCAT------------TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA-----ATGAACTT-CACCTGG---CTGCT
gi|15 : gcttctgtttcaccagcAAACCAT--AT-GC-A-GTTTTTACTGAAACCAGTCTAAA--ATCAGGA---TATACTT-G---CTGTTTGTC-TTACA---------TTT--A------A-----AT-TTATA---AA
gi|16 : ttctaaacatttttaaaattgtcacaca--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---C------TAA-----ATTATGACTGGT
gi|2 : ----A---A--AC--TTAA---C------TGA-----TATTTGACTGGTTATTT----AT-----TGTCTC-ATGAATATCAAT--------AGAACCAT--GA-GC-A-GTTTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGACTTCTGCTTCAC-CAACA---------TTT---------T-----AC-TTAAA---AAC-TTAA
gi|2 : tgaTTTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGA---C-G----TC-T--GT---------TTC--A------C-----CA-ACATA---AACTTGAATTCATTTTTTA--AGTTTTTAAaaaatgaattcaagtttatgttggtgaaacagacgtcatgtgatcatgatttagactggtgtcagtaaaaacttgagtattcgactttat
gi|3 : tgaaaacttaactgatatttgactggttatttattgtctcatgaatatcaatagaaccatgagcagttttactgacaccagtctaaatcatgatcacatgacttctgcttcaccaacattttacTATTTACT--TAAG-TACTT----A---AGAAT--TAAA---C------TTA-----ATTGTGACTGGTTACTTTAATAT-C-ATTTAATA-ATTAATGTCAAT--------GAAACCA---ATGGC-G-GTTTT-TCTGGAACTAGTCTAAA--TTCATGA---T-TACCTGG---ATGCTTTCC-TTTGAAATAAAGGTTTT--AAGTGTTT-----AA-GTAAA---GAC-TTAAATAacttgagtattcgactttat
gi|4 : gtttctgtttcaccaacataagtttttact--TAAG-TT--T----A---A--AC--TTAAATAC------TAACCTCCATTTTGTCTGCTTTCGT----AA-ATATTCATTA-ATCAATAT-AATTTTTAAAAAAAATAATTTAT-GCTA-TTTTT-TCCAGAACCAGTCTAAA--ATCATAA---T-CACCTGA---ATGTTTTTC-TCAGAT--------TTT--A------T-----AATATATA---Atgtgagacagaagcct
gi|5 : gttcctgtttcacaaacattatca----A---A--AA--TAAA---C------TTA-----ATTTTGACTGGTTACTT----AA-ATATTCTTTA-ATCA---CCAAT--------GAAATCAA--AT-GC-ACATTGT--CTGGAATCAATCTTAA--ATCACGG---T-CACCCAG---ATGCTTTAC-TCCGA---------TT----------T-----AA-GTATgtatactgcttacatacatatattattggtgaaacaggagt
gi|6 : tctgctgcaccaacatttgtttttaaactctactaaaatacattctaATATTT--ACATAAC-TA--TTTAAA---A--AC--TTTA---G------TTA-----AGTTTGACTGGTTATTT----AT-CTGTT--ATC-ATTAACTTTAAT--------GAAACTAT--AT-GT-A-GTTTT-ACTGGTACATGTCTAAATCCTCATAA---T-AA----A---CTGATTTTC-TTAGA----------CT--G------T-----AA-TTGTG---AAttaaatatttaagtacgtacttcaatatgctggcgaaagcaagctc
gi|7 : accaagctcctgttttaccaatatgtatctacatacGTTATTA----ATGTTAT-ATATA-AACAATATGAAC--------GAAAACAT--AA-AA-T-GGTTG-ACTGGAACCAGTCTAAC--ATTTTGA---T-CACCTAT---CTGCTTTTCTTTAGG---------TTT--A------tggtgacacataggcctgt
gi|8 : tggcgtctgtttcaccaacagtttatttacacacttaaaaacatacatat------TCA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-TTATTACATGTATAAATATCAAT--------AAAACCAT--AT-GC-A-TTTTT-ACTGAAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CATCCCA---CTGCTTTTC-ACAGA---------TTT--A------agatttttagtattttttatatgttggtaaaacaggagct
gi|9 : gatcaggcctctgtttcacaaacacatttaagtataaacttaaatatttgaaaatt---CTGTTCCAC-TTACA---------TTT--G------TTTTTAAA-CTATACTTAAA-TGAACTCAGTTTTGACTGGTTGTTGAAATATTCTTTAAACAAT-TTAAAGAAACCAAGTACATTTT-TCTGGATCCAGTCTAAAATCATGATCACCCGGATGCGTTaacagaagtcagatatgtta
gi|9 : TGTTT--T--TAAACTA--T----ACTTA--AA--TGAA---C------TCA-----GTTTTGACTGGTTGTTG----AA-ATATTCTTTA-AACAAT-TTAAA--------GAAACCAA--GT-AC-A-TTTTT--CTGGATCCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCCGG---ATGCGTTAT-TT-CA---------TTTAAA------T-----AC-GTTTA---TAC-TTAA--AACTGTTGatttcatttaaatacgtttatacttaaaactgttggtgaaacacgat
blockSeqs : ACT C TTTAA CTT GA AC G ATA GAGGCT A CCTCC TAAT GT C T A C TTTTAAAA TT G T CA TA TC ACT A CTT T AATAAAGGT AAGTGTTT TA CTT T T T C A AA T AAC . A A A . T A A G
blockSeqs : ACA . CTT . . . T . . A . . T A . A G . . . . G A . . . . . T GTTTTTA G . . G A . G
blockSeqs : T . CTT . . . A . . T . . C T . A C . . . . G A . . . . . . AAAT T . . T C
blockSeqs : A . A . . . G . . G . . C T . T C . . . . G A . . . . . . AA T . . G .
blockSeqs : T . T . . . T . . C . . C A . A A . . . . A A . . . . . . AC A . . T
blockSeqs : T . T . . . A . . A . . T G . A C . . . . G A . . . . . . AT G .
blockSeqs : T . T . . . T . . G . . C T . G C . . . . G A . . . . . . GT G .
blockSeqs : . . . . . A . . T . . A C . A C . . . . G A . . . . . . T T .
blockSeqs : . . . T . . A . . A C . T T . . . . T T . . . . . . T C
blockSeqs : . . . G . . T . . C A . A G . . . . G T . . . . . . T G
blockSeqs : . . . . . T . . T A . A C . . . . G A . . . . . .
blockSeqs : . . C . . A C . . T . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
finalCons : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 111111111 111111111111111 1 1
lowQualScore : 00000 4 9999999 666 44 44 4 555 888888 1 77777 6666 66 3 2 1 1 00000000 33 2 2 33 22 0 33 444 2 444 0 2 0 333333333 777777777777777 55 777 6 1 8 0 0 6 1 22 1 333 5 1 1 1 5 1 1 1 1
lowQualScore : ..... . ....... ... .. .. . ... ...... . ..... .... .. . . . . ........ .. . . .. .. . .. ... . ... . . . ......... ............... .. ... . . . . . . . .. . ... . . . . . . . . .
lowQualScore : 55555 4 3333333 444 66 66 2 444 222222 0 11111 1111 44 8 9 0 2 44444444 77 7 7 11 99 4 44 444 5 111 1 7 9 333333333 777777777777777 66 888 7 0 2 6 2 7 0 00 0 000 5 0 0 0 5 0 0 0 0
consensus : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
Reference ( family-7 ) : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TNAA---C------TNA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-CTATTNTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTAGA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TNAACTAACTTTTGACTGGTTTTTNANNTATTCTNTANNNAATATCAANGAAACCANGTACNTTTTACCTGGANCCAGTCTNGAATCATGATCACCCGGNTGCNTTTCTT
gi|1 : TTATATTT--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---C------TAA-----ATTATGACTGGTTATTT----AT-CTATTCTGTA-CTGAATATCAAT--------GAAACCAT--TT-AC-C-TTTTC-ATTGAAACCAGTCTTAA--ATCGTGA---T-CACCTGG---CTGCTTTTC-TTATA---------TTT--A------T-----AA-GTATA---AAC-TGAACTAACTTTTGACTGTTTTTTTATCTATTCTGTACTGAATATCAATGAAACCATATACCTTTTACCTGGAACCAGTCTTGAATCATGATCACCTGACTGCTTTTCTT
gi|10 : --T--TAAA-TACTT----A---A--ACACTGAA---C------TAA-----CTTTTTACTGGTTATTT----AT-TTATTCTATA-ATCAATATCAAT--------GAAACCAT--AT-GC-A-GATTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--TTCAGGA---T-CATCTGG---CTGCTTTTC-TTTGA---------TT----------T-----AA-GTAT
gi|11 : TTACATTA--A--TACT-TA--A----A---A--AC--TTAA---C------TAA-----GTCTTGACTGGTT---T----CT-CTATCATATT-ATCGATATGAAT--------GAAACAAT--AT-GC-A-GTTTT-ACTGGAGCCAGTC-AAA--ATCATGA---T-CACTTGT---CTGCGTTTC-GTAGA---------TTttaaatgtatgttggtgaaacaggagcca
gi|12 : ttctgctttacaaacgctTTGCATTT--T--AAAG-GA-----------A--AC--TATA---CGAGGCTTTT-----ATTTTGACTGGTTGTTT----AT-CGATTTTATA-ATCAAGATCAAT--------TAAACAAT--AT-GT-A-GTTTT-ACTGGAACCAGTCTAAA--AACATGA---T-CACCTAG---CTGCTTTAT-TTAAA---------T
gi|13 : ttttcgaacgA---C------TGA-----ACTTTGACTGGTTATTT----AT-CTTTTTTATA-ATCAATTTCAAT--------GAAACAAA--AT-GC-A-ATTTT-ACTAGAACCATTCTAAA--ATCATGA---T-CATTTGG---CTTTTTTT
gi|14 : gttccggtttcaccaacgtttttcttaaat--AC--T-AA---C------TCA-----AATTTGACTGGTTGTTT----AT-TCATTATATA-ATTAATATAAAT--------GGTTCCAT------------TTT-ACTGGAACCAGTCTAAA-----ATGAACTT-CACCTGG---CTGCT
gi|15 : gcttctgtttcaccagcAAACCAT--AT-GC-A-GTTTTTACTGAAACCAGTCTAAA--ATCAGGA---TATACTT-G---CTGTTTGTC-TTACA---------TTT--A------A-----AT-TTATA---AA
gi|16 : ttctaaacatttttaaaattgtcacaca--T--TAAG-TA--T----A---A--AC--TGAA---C------TAA-----ATTATGACTGGT
gi|2 : ----A---A--AC--TTAA---C------TGA-----TATTTGACTGGTTATTT----AT-----TGTCTC-ATGAATATCAAT--------AGAACCAT--GA-GC-A-GTTTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGACTTCTGCTTCAC-CAACA---------TTT---------T-----AC-TTAAA---AAC-TTAA
gi|2 : tgaTTTT-ACTGACACCAGTCT-AA--ATCATGA---T-CACATGA---C-G----TC-T--GT---------TTC--A------C-----CA-ACATA---AACTTGAATTCATTTTTTA--AGTTTTTAAaaaatgaattcaagtttatgttggtgaaacagacgtcatgtgatcatgatttagactggtgtcagtaaaaacttgagtattcgactttat
gi|3 : tgaaaacttaactgatatttgactggttatttattgtctcatgaatatcaatagaaccatgagcagttttactgacaccagtctaaatcatgatcacatgacttctgcttcaccaacattttacTATTTACT--TAAG-TACTT----A---AGAAT--TAAA---C------TTA-----ATTGTGACTGGTTACTTTAATAT-C-ATTTAATA-ATTAATGTCAAT--------GAAACCA---ATGGC-G-GTTTT-TCTGGAACTAGTCTAAA--TTCATGA---T-TACCTGG---ATGCTTTCC-TTTGAAATAAAGGTTTT--AAGTGTTT-----AA-GTAAA---GAC-TTAAATAacttgagtattcgactttat
gi|4 : gtttctgtttcaccaacataagtttttact--TAAG-TT--T----A---A--AC--TTAAATAC------TAACCTCCATTTTGTCTGCTTTCGT----AA-ATATTCATTA-ATCAATAT-AATTTTTAAAAAAAATAATTTAT-GCTA-TTTTT-TCCAGAACCAGTCTAAA--ATCATAA---T-CACCTGA---ATGTTTTTC-TCAGAT--------TTT--A------T-----AATATATA---Atgtgagacagaagcct
gi|5 : gttcctgtttcacaaacattatca----A---A--AA--TAAA---C------TTA-----ATTTTGACTGGTTACTT----AA-ATATTCTTTA-ATCA---CCAAT--------GAAATCAA--AT-GC-ACATTGT--CTGGAATCAATCTTAA--ATCACGG---T-CACCCAG---ATGCTTTAC-TCCGA---------TT----------T-----AA-GTATgtatactgcttacatacatatattattggtgaaacaggagt
gi|6 : tctgctgcaccaacatttgtttttaaactctactaaaatacattctaATATTT--ACATAAC-TA--TTTAAA---A--AC--TTTA---G------TTA-----AGTTTGACTGGTTATTT----AT-CTGTT--ATC-ATTAACTTTAAT--------GAAACTAT--AT-GT-A-GTTTT-ACTGGTACATGTCTAAATCCTCATAA---T-AA----A---CTGATTTTC-TTAGA----------CT--G------T-----AA-TTGTG---AAttaaatatttaagtacgtacttcaatatgctggcgaaagcaagctc
gi|7 : accaagctcctgttttaccaatatgtatctacatacGTTATTA----ATGTTAT-ATATA-AACAATATGAAC--------GAAAACAT--AA-AA-T-GGTTG-ACTGGAACCAGTCTAAC--ATTTTGA---T-CACCTAT---CTGCTTTTCTTTAGG---------TTT--A------tggtgacacataggcctgt
gi|8 : tggcgtctgtttcaccaacagtttatttacacacttaaaaacatacatat------TCA-----ATTTTGACTGGTTATTT----AT-TTATTACATGTATAAATATCAAT--------AAAACCAT--AT-GC-A-TTTTT-ACTGAAACCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CATCCCA---CTGCTTTTC-ACAGA---------TTT--A------agatttttagtattttttatatgttggtaaaacaggagct
gi|9 : gatcaggcctctgtttcacaaacacatttaagtataaacttaaatatttgaaaatt---CTGTTCCAC-TTACA---------TTT--G------TTTTTAAA-CTATACTTAAA-TGAACTCAGTTTTGACTGGTTGTTGAAATATTCTTTAAACAAT-TTAAAGAAACCAAGTACATTTT-TCTGGATCCAGTCTAAAATCATGATCACCCGGATGCGTTaacagaagtcagatatgtta
gi|9 : TGTTT--T--TAAACTA--T----ACTTA--AA--TGAA---C------TCA-----GTTTTGACTGGTTGTTG----AA-ATATTCTTTA-AACAAT-TTAAA--------GAAACCAA--GT-AC-A-TTTTT--CTGGATCCAGTCTAAA--ATCATGA---T-CACCCGG---ATGCGTTAT-TT-CA---------TTTAAA------T-----AC-GTTTA---TAC-TTAA--AACTGTTGatttcatttaaatacgtttatacttaaaactgttggtgaaacacgat