lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 333333333333 2 2222222222222 44444444444444444444444 2222222 1111 00000000000000000000000000000000000000 3333333333333 11111 1111 11111 22222222222222222222 222222 11111 111111 1111111111111111 11111111111111111111 11 11111111111 2222222222222 1 444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111 1111111 1 2222222 33333
lowQualScore : 44 888 777777777777 5 2 5555 33 66 0000000000000 2 2 99999999999999999999999 33 444 33 8 2 1111111 2 3 1111 22 777 33333333333333333333333333333333333333 7777 4 2 6666666666666 6 3 66666 33 1 66 88888 2 3333 2 2 6666 44 22 99999999 0 0 11111 1 77 8 6 6 8 4 0 77777777777777777777 2 66 1 2 2 4444 2 777777 11111 666666 000000 55555 88 5555555555555555 2 444 2 444 2 00000000000000000000 00 9 99999999999 444 2 8 2 33 2 33 5555 2 3 2 1111111111111 2 7777777 5 2 666666666666666666666666666666666666666666666 33 7777777777777777 2 5 0000000 6 33 33 2 6666666 444 2 77777
lowQualScore : .. ... ............ . . .... .. .. ............. . . ....................... .. ... .. . . ....... . . .... .. ... ...................................... .... . . ............. . . ..... .. . .. ..... . .... . . .... .. .. ........ . . ..... . .. . . . . . . .................... . .. . . . .... . ...... ..... ...... ...... ..... .. ................ . ... . ... . .................... .. . ........... ... . . . .. . .. .... . . . ............. . ....... . . ............................................. .. ................ . . ....... . .. .. . ....... ... . .....
lowQualScore : 00 888 111111111111 6 7 2222 77 33 7777777777777 7 7 77777777777777777777777 44 444 44 1 3 7777777 5 8 0000 88 666 44444444444444444444444444444444444444 9999 3 7 3333333333333 1 7 22222 44 4 88 44444 1 6666 1 1 3333 88 99 77777777 3 1 11111 5 99 1 0 6 5 2 1 11111111111111111111 1 66 4 6 2 7777 1 666666 00000 444444 333333 66666 44 8888888888888888 2 111 8 111 7 99999999999999999999 22 5 22222222222 444 5 8 5 44 5 44 3333 5 9 5 8888888888888 7 3333333 0 5 999999999999999999999999999999999999999999999 44 7777777777777777 5 0 3333333 6 44 44 5 4444444 444 7 66666
consensus : TAAAGG-AGN--GTAT---------ATCAGGA-AA-AAACGCTA--TA--AAT---GT-CTT--A-AAAA-TAA-AATA--A-T-T--A--TT---A-AAATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTA-ATA--AA-TATAAAC--C-GAATGG-TTN---N------GT-----TA-A-TCA--N---ANN--CACC--G-AAACGTGAC-AAAA----------T-CGATATTTNA-----AT--TGGAG-TGGTAAAN-T-TGAAA--CGAAATC-CCCA-TT--CTAAAA-ATAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCTTTCTAAGATGAAAC-AATTTTTAC-TACG---T--GTA--A-ACCTGTATAACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAAATGAAAT-CA---CGCGACTCATTTAATACGTCA--C--AA------AAT------ATG-----TTGCN-ATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTA---GCCC---------A-A--------GTTA-GGAAATCCCTTT---T------CA---ATATA-TTATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TC-----------NTT-T-T-----GGCAATACGGGGTCA-GTG-ATGTAT---A-T-ATAGGCATGATATATT--G-----G----A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAA--T-TTTGA--A-AAAT---C-CCG---ATATATTC
Reference ( gi|2 ) : TAAAGGTAGA--GTAT---------A--AGGATAA-AAACGTTA--TA--AAT---CT-CTT--A-AAAA-TAA-AACA--A-A-T--A--TC---A-ATATGGAT--AA---A--AGGCATCTCATTATCATTA-TTA--TA-TATAAAC--C-GAATAG-TTA---A---A--GT-----TA-A-TCA--T---AAA--CACC--A-AAACATGAC-AAAA----------C-CAATATGTAA-----AT--TGGAA-TGGTATAA-T-TGAAA--CGAAATC-CCCA-TT--TAAAAA-ATAG--ACA--------GCACTTAAATACTGTTTGACGACTTTCGCATTGTCATTTTGATTCTTTTTAAGATGAAGC-AATTTTTCT-TACG---T--GTG--A-ACCTGTATAACAGAT-CAA----ATTGAAATCAAAATGAAAT-CA---TGGGACTCATTTAATACGTCA--T--AA------AAT------ATG-----TTGCC-ATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCATA---GCTC---------A-A--------GTTA-AGAAAGCCCTTT---T------AA---ATATA-TCATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AGATA-TC-----------GTT-T-T-----GGCAATACGGCGTCA-GCGCATATAT---A-T-ATAGGCATGGTATATT--T-----G----A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTGT--AAAA--T-TTGGG--A-AAAT---C-CC----ATATATTC
gi|5 : TAAAGGGAGT--GTAT---------C--AGGA-AA-ACACGCCA--TA--AAT---GT-CTT--A-AAAAATAA-AATA--A-T-T--A--TC---A-AAATTGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATAA-ATG--AA-TATAAAC--C-TAATAG-ATA---A------GT--------A-TAC--C---AAATCCATC--A-AAACGGGAC-AAAA----------T-CTATATGTAA-----AT--TG----------AA-G-TGAAA--CAAAATC-CCCA-TT--CTAAAA-ATAG--ACA--------GCACTTAAGGACTGTTTGATGAC-----CATTGTTATTCTGACTCTTTCTAAGATAAAAC-AATTTTAAC-GGCG---T--GTA--A-ACTTGTATAACAGAT-CAA----ATTAAAATCAAAATAAAAT-CA---TGTGACTCTTTCACTACCTCA--C--AA------AAT------ATG-----TTGCC-ATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCC---AACCTAGGCGCATA---GCCC---------A-A--------GTTA-GGAA--TTTTTT---T------CA---ATATA-TTATT-TTG--G-TATGT--TT----AAAT-ATACA-TC-----------TTT-T-T-----GGCAATACGGGGTCA-GTGAGTACAT---A-T-A-----ACCATATA---------------A--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCTAATTTT--AAAA--TGTTGAG----AAAT---C-TTG---ATATATTC
gi|1 : tTAAAG--AGA--GTATTTCAGGAAAA--AGGA-AA-AAACGCTT--TAC-AAT---GC-CTT--A-GAAA-TAA-AACA--G---------TT---A-AAATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCAGTA---A--TA-GATAAA-------ATAC-TTA---T---A--AT-----TT-G-GCA--TGTCAAATCCACC--A-AAACGTGAC-AAAA---------------------------AT--TGGAG-TGGT-TAACT-TGACA--CGATATT-CCCA-TT--CTAAAA-ATAG--ACA--------TCACTTAAATACTACTCGATGTCCTTTACGTTGTTATTCAGAATCTTTCTAAGATAAAAC-TATTTTTAC-TACA---T--GTA--A-ACCTATATAAAGGAT-CAA----ATTGGAATCCAAATGAAAT-CA---CATGACTCATATAATACATCA--C--AA------AAT------ATG-----TTGCA-ATTTTAAGT---A---G--------AAAAT-CTATTTTGGTCT---TACCTAGGCGCATA---GCCCAAGTAATAGA-A--------GTTA-GGAAATCCCTTT---TCAATACAA---ATATA-TTATT-TTG--G-CATGT--TTAAAAAAAA-AAACA-TC-----------CTT-T-T-----GGCAATTCAGAGTCA-GTG-A---GT---A-T-ATAGGTTTGATGGATT--G-----G----A--AAAAAGG-------T-G---T-TT-TGA-----GCAAATT-T--AAAA--T-TTTGA--ATAAAC---C-TG----ATAa
gi|11 : tTAAAGG-GGAC-GTCT---------C--AGGATTA-AA-CACTA--TA--AAA---GT-CTT--A-GAAA-TAA-AA----------------------TATGAAT--AA---A--AAGCATCGCATTATCATTA-ATA--AA-TATAAGT--C-GAATAGATCA---ATATA--GT------A-A-TC------------CACC--A-AAAC-TTAC-AAAA----------T-CGATAGGTAA-----AG--TGTAG-TGGTA-AA-C-TTAAA--CGAAATCACCCT-TC--TGAAAA---------------------------TACTGTTTGACGACCTTCGCATAGTCATTCTGAT------------------------TCT-TAAA---T--GTA--A-ATCTGTATAATGGAG-CAA----ATTGAAATCAAAATGAA-T-CG---CG--------------CCTCA--C--AA------AAT------ATA-----TTGGC-ATTTTAAGC---T---G--------GACAT-ATATTTAAG-CT---AACCTAGGCGCGCA---GCCC---------A-A--------GTTA-CGAAAATCTTTT---C------AATGTATATAGTTGTT-TTT--G-CATTT--TT----ATAT-AGATA-TCAT---------GTT-T-T-------CAATACCGAGTCA-GTG-A-GTAT---A-T-ATAGGCATGGTATATC--G-----GGA--A--AAAA----------T-G---TGTT-T-A-----GCCAATTTT--ATTG--T-TTTAA--A-CAAT---C-CTG---ATATACT
gi|12 : tTAAAGG--GA--ATAT---------ATCATGA-AA-AGACGTTA--TA--AAT---GTATTT--T-AAAA-TGA-TATT--A-T-T--A--TT---A-AAATGGCT--AA---A--A-ACATCTCTTTTTTGTTA-AGA--AA-TAAAATT--T-GAATGG-TTt
gi|17 : TAAAGGGAGCCTGTAT---------T--AGGATAA-AA-CTCTA--TA--TAT---GT-CTT--A-AAAA-TAA-AATA--A-T-T--A--TC---A-AAATGAAT--TA---A--AAGCATCTCATTATCATTA-ATAAGTA-TATAAAC--C-GAATAG-TT----T---A--GT-----AT-G-TCA--A---ATC--CACC--A-AAACGTGA------------------CAATATGTGA-----AT--TAGAG-TGGTAAAC-T-TGAAA--CGAA--T-CCCA-TTC-TAAAAA---AG--CCA--------GCACTTGAATACTGTTTTACAACCTTCACATCGTCATTCTGA--CTTTCTCAAATGAAAC-AATTTTTAC-TATGACTT--GTGTTA-ACTTATATAACGTAT-CAA----ACTGAAATCAAAAtggtatgtcaaatccatcaaattgaaacgaaatccccattgctaaaaaatcgacaacacttaaaaacttcttgacatcatttggacccttgccaagatgaaacatttttactacgtgtaaatctgtgtaacggatcaaattaaattcaaagtggaatcactttaaacatttaatacgtcacaaaatatgttttaaactggaaatctatcttagtcttacctacgcgcgtagcccacttttcaatatattattttagcatgttttaatacctcttccttttggcaaaaccgggtcagtgagtatatatagacatcaaatactggggaaaaacgtgttaagttaattttaaaagttggacaaatcctgatcaatactt
gi|15 : TAAAGG--GA--GTAT---------ATCAGCAAAA-AAGAGTTA--TA--AATAGTTT-TTT--A-AAA--------------------------------TGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTA-ATA--AA-TAAAATC--C-AAATGG-TTT----------GG-----TATA-TCA--A---ATC--CACC--A-AAAAGTGAC-AAAA----------T-CGATGTG--------------------GTAAAC-T-TGAAA--CAAAATC-CCCA-TT--TTTAAA-CTAG--ACA--------GCATTTAAATACTGTATGACGACCTTCACATTGTCATTCAGACTCTTTCAAAGATGTAACAAATTTTTAC-TACA---T--GTA------------AACAGAT-CAA----ATT----CTAAAATGAAAT-CA---CGCGACTCATTAAATACATCA--C--AATGTATGACT------ATG-----TTGCA-ATTTTAAGC---G---T--------GAAAC-CTAT
gi|9 : ctTAAAGGCAGT--GGGT---------C--AGGA-AA-AGTTGTTA--TA--AAT---CT-CT-------AA-TAA-AA-G--A-A-T--AAGTT---A-AAATGAAA--AT---A--AAGCATTTAATTG-----A-TT--------TGGA------AAT---TTC---A---A------------A-TC------------CACC--C-AAATGTGACTAAAA----------A-CAACATTTTA-----AT--CAAAG-TGGTGAAA-T-CAAAA--AGAAATC-TC-A-TT--CTAAAA-ATAACTACATGTGTCATGCA-TTCAGTA---TTTGACAGCCT--------TTATTTAGACACTTTCTAAGATGAACCTAATTAATAA-TATG---T--ACA--A-A-----ATGGCAGAT-CAA----ATAAAAAGCAAACTGAAGT-CA---CACGACTCA----------CA--T--TG------AA---------------TTGCA-ATTTTACGC---A---GATTTAGAAGGAATGTTATTCTAGTGT---AATATGTGCACATA---GGTC---------A-A--------AT---------CC---------------A---ATACA-TCATT-TTG--A-CATGT--TT----CAAT-ACATG-TA-----------GCT-T----------AAT-----GTT---------TTT---A-T-TTAAGCATTATATATT--TTGG--G----G--GAAA----------T-G---T-TT-T-------GCCAATTCC--AAAG--T-ATAAA--A-AAATACCC-CC----ATA
gi|6 : ttTAAAGGCAGT--GTAT---------CC-AGGAAAA-TGAC--TA--TA--AAT---GT--TT--ACAAAA-TAA-AATTTTA-A-T--G--TT---T-AAATTGA---AA---ATTAAGTATTTAATTGTCATT---TA--TA--ATTAA------AATA---TG---A---ACTAT-----T----TCA--G---ATC--TGCC--ATAAACATGAT-AAAA-------------AACATGTTA-----AT--CTGAG-TG-------T-TGAAA--AAAAGTT-TGTA-TT--TACAAG--------CAC-------GCAC--AAAT------TGATGAACTTCGCTTTATCAGTTTGACTATATCTAATTTGAATA-AAATTCAAC-AATA---T--GT---A-AC--G-GTAACAGATGCGA------TGAA-TCAAACT-AAAT-CACG-TGTGACTCATTTGATATGT-A--TTTAA------AATTAAAAAGTA-----TTGC--ATTTTATGC---A-------------AAAA-CTTTTTTAGTGT---AAT----GTGCATGTGTACTC---------A-A--------GTTATATA------TTT---T------CA---GTAAA-TTGTT-TTT--G-CATGT--TG----AAAT-TG-TT-TT-----------GTT-T-TTTGGGGGGAAGAAGGACTCG-GT-CA-GTAG---A-A-A-----ATGGAA-----------------A--AAAG----------T-G---T-TTGT-ATTTTTGCCAATTCT--AAAA--T-TTTAA--A-AAGT---T-ACTATTATATATactgacatac
gi|23 : tTAAAGG--GA--GTAT---------ATCATGA--A-AAACACTACTTA--GGT---AT---T--A-AAAA-TTG-AA----A-T-T--A--TTTGTA-AGACGGAT--AC---A--AAGCATATCTTAATCATAA-ATA--GA-TAAAATC--C-AAATGG-TTT---G------GC-----AA-A-TCA------AAT--CCAC--G-AAATGTGAC-AAAAAAT-------T-AAATATTTAATTTTAATCATGGAA-TGGTA---------AA--C----TT-TCCA-TT--CTAAGA-ACAG--ACA--------CCACTTAAATACTGCTTAACAACATTCAC----TCATTTTattacatt
gi|20 : AAAGG--GA--GTAC---------ATCAGGA-AA-AAATGATA--TA--AAT---TT-C------AAAA-TGA-AA----A-A-TTCA--TT---A-AAATGGAT--GA---A--AACCATCTCATTATCATCA-ATA--AA-TAAAATC--C-AAATGG-TTT----------GG-----TATG-TCA--A---ATC--CACC--A-AAACATGAC-AAAA----------T-CAATACTTAA-----AT--TGGAG-TGGTAAAC-T-TGAAA--C-AAATC-CCCA-TT--CTAAAA-ATAG--ACA--------GCATTTTAATACTGCTTCACG--T----CAT--TCACTT--ATTCTT----------AGT-A-------T-TACG---T--GTA--A-GACTGTATtc
gi|28 : AAAGGTAGT--ATGT---------C--AGGA-AA-AAATGCTA--TA--AATA--CC-TTT--A-AAAA-TTA-A-TA--A-T-T--A--TT---G-AAATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTA-ATA--AA-TAAAATC--C-GAATGG-TTcaat
gi|7 : AAGG--GA--GTAT---------A--A---TAGGAAATGCTA--TA--AAT---GT-C---------G-TAA-GACA--A-AAT--T--TT---AGAAATGGTT--AA---A--AAGCATCTTAGTTTCATAA-ATA--AA-TAAAATC--C-GAATTG-TTTGGTA---C--GT-----CA-AATCA------------ACC--G-ACATGTGCC-AAAA----------AATGATATTTAA-----GT--TGGTG-TGATAAAC-T-TCAAA--CAAAATC-C--A-TT--CTAAAA-TTAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCATGGTGATCTTCGCATCTTCATTCACACCCTTTCTAAGATGAAAC-A--TTTTAC-TACG---TTAATA--ACATCTGAATAACGAAT-CAA----ACTGAAATCAAAATGAAAG-CA---CATGACGCATTTAATACGTCA--C--AA------ACC------ATG-----TTGCA-ATTTTAAGG---G---G--------GAATT-CTATTTTGGACT---AACATAGACTCGTA---GCCA---------G-A--------GTTA-GGAAATCCCTTC---C------CA---ATATA-TTATTATTATTG-CATG---TT----AAAT-AGATA-T------------G---T-A-----GACAATGCGGGGACA-GTTC--GTAT---A-T-ATAGGCATGTCAT--------------------AAA----------T-T---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAA--T-TT-TG--A-AAAT---T-Ctgg
gi|3 : tAGGTGGT--ATAT---------ATCAGGA--A-AAA--TTA--TATCAAT---GT-TT-----AAAA-CAATAACA--ATA-T--T--TCT--A-AACTGAAT--GT---A--AACTATC-CATTGTCATTA-ATA--AA-TA-AAATA-C-AAATGA-TT------------------TG-G-TTT--T---AAA---ATCTGACAAACATGTC-AAAA----------AGCAATATTTTA-----AT--TGGAG-TG----AA-T-TGAAA--TGAAATC-CCCA-TT--CTAAAA-ATAG--ACA--------ACATGCAAGTACTGCTTGGTGACCTTCACCTCATCCTTTGAACTCATTTT---------C-AA-TTCTAT-AACA---T--AT---A-ACCTGTAAGACTGAT-CAATCAGATCACAATCAAAATTGACT-TATTTTGG--CTTGTTCAATACTTCA--T--A---------------------------CCAATTTTAAGC---A---A--------GAAAT-CTATTTAAGTCT---ATCCTGTGTGTGCA---GGTC---------A-A--------GTTA-GGAAATTCCTAT---T------TA---ATCTA-T-ATT-TTG--G-CCTGT--TT----AAAT-AGATA-TCCTTATAATAAAGTTATAT-----AGCAATATGGGCTCA-GTGATTATATCTAA-TCACAGA-ACGATTTATT--G-----G----A--AAAAGATGTATTACT-A---T-TT-T-A------CTAATCCTAAAAAA--T-TTTAA--A-AAGC---C-TG----ATGTAtg
gi|4 : GA--GTAT---------GTCAGGA-AA-AATCACTA--CA--AAT---GT-CTTGGA-AAAG-TAA-AATA--A-T-T--A--TTTTTA-ACATGTAT--AA---A--AAGCATCTCATTATAATCAATTA---A-T-TAAAT--CTGAATGG-TTT---G------GT-----GT-A-TCAAAT---GAA--AACC--G-AAATGGAAC-AAAA----------A-CAATGTTTCA-----AT--TGAAG-TGGTAAAC-T-TGAAA--TGAAATC-CCCA-TT--CTAAAA-ATAG--ACA--------GCACTAAAATATTGCTTGGTGACCTTCACATCATTATTCAGACTTTTTCTAAGATGAAAC-AAATT---T-TAC------------A-A--TGTGT---------AA----ATTGAAATTAAAATGAAAT-AA---TGTGACTAATTTATTACGTCA--C--AA------AAT------TTA-----TTGTA-ATTCTAAGC---A---G--------GAAGT-CGTTTTTAGTCT---GATCTAGGGGCCTA---ACCC---------A-A--------GTAA-GGAAACCCCTTT---T------CA---ATATA-TCATT-TTG--A-CATGT--TT----GAAT-AGATA-TC-----------CTT-T-T-----GGCAACATGGGGTCA-ATG-A-GTGT---A-T-ATGGGCGTGATATATT--G-----G----T--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCAAATTTC--AAAA--C-TATGA--A-TAAT---CATG----ATATATTCc
gi|10 : agc---------A--AGGAATA-ACACGAAA--TA--AAT---GC-CTT--A-AAAA-TAA-AATA--A-T-T--A--TC---G-AAATGGATGAAA---A--AAGCATCTCATTATCATTA-AAA--AAACATCAAC--C-GAATAGCTTA----------GTACATGTATA-TCA--A---ATA--TACC--C-AG-CGTGTC-AAAA----------T--GATATATAA-----AT--TATAG-TGGTAAAC-T-TAAAA--CGACATT-CCCA-TT--GTAAAA-ATAG--ACA--------TTCTTTAAATACTGTTTGCCGACCTTCGCATCGTCATTCTGACTTTTTCTAAGATGAAAC-AATTT----------------TG--A-A------------AT-CAA----AATGAAATCGA---------CG---CGTGACTCATTTAAAACATCA--C--AA------AAT------GTG-----TTGCC-ATTTTAAACAATA---G--------GAAAT-TTATTTTAGTCT---AA--------CATA---G-TC---------G-G--------GT---AGAAAGCCCTTT---T------CA---ATGTA-TTATT-TTG--G-CAGGT--TT----TAAT-AAATA-T-------------TT-T-T-----GTCAATATGGGGCCA-GT---TA--------------GCATGGCAT-TT--T-----GAAAAA--AAAA----------T-G---T-TT-TCA-----GCCAATTTT--AAAT--T-TTTTA--A-AAAT---C-Ccc
gi|25 : TGGTT--AATTTA--AAGCATCTAATTATCAT---TTA--TA-ACTAAACTGC-GAATA---TA---C---T--GT-----GATT-TCA--T---ATC--TGCC--T-AAATGTGAC-AAAC----------G-TCTTATTTTA-----AT--CAGAA-TGGTGAAA-T-CGAAT--AAAAAT-------TT--CTAAAA-ATAA--ATA--------TCATGCATGTACTGGTTAATGACCTT--CATT-TCATtgatac
gi|24 : ttaaagcatggatccagaggtacatgtgctggtgaaactctgag--A-AAACATGAC-AATATCATTTTTTTT-CAATATTTAA-----AT--TTCAG-TAGTAAAC-T-TAAAA--CGAAATC-CACA-TT--CATATA-ATAG--ACA--------GCTCTTTAATACTGTTTGA--GCTTT-ACATCATCATTTTGACTCTGTCTAAGAT-AAAC-CATTTTACTATATG---T--TTG-----CCTTTATATCGGAT-CAA----ATTGAAATTAACATTAAAT-ca
gi|14 : tgatttggtatgtcaaatctatcaA-----AT--TGGGAGTGGTAAAC-T-TGAAA--TGAAATC-CCCA-TT--CTAAAA-ATAG--ACA--------GCAATTAAATATTGTTTGATGACCTTCGTATCGTCATTC--ACTCTTTCTAAGATGAAAC-AATTTTTAT-AACA---T--GTT--A-ACCTGTATAACGGAT-CAA----ACTGAAATCAAAATGAAAC-TA---AATGACTCATTTAATATGTCA--C--AA------AAT------ATG-----TTGCA-ATTTTAAGT---G---T--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGACGCTTA---ACCG---------A-T--------GTTA-GAAAATCCCTTT---C------CA---ATATA-TTATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AAATA-TC-----------CTT-T-T-----GACAATATGGGGTTT-GTG-ATACA----A-T-ATA-------TATA----------A----A--AAAA----------T-G---T-TT-TAA-----GCCAATTTT--ATAA--G-TTTGA--A-ACAT---C-CTG---ATAAATTCacgtcaca
gi|13 : catttagtttttaaaggcagtttatcaggaaataatgctataaaataaaataatAA-TGTGAAA----AAATC-TATA-TA--TATATATATAT--ATA--------GCATTTAAATACTGCATGACGATATTTGCATCGTCATTTGGACTCTTTCTAAGGTGAAAC-AATTTTTAC-TA-G---T--GTA--A-ACCTGTATAATGGAT-CAA----ATTGAAATCAAAATGAAAT-CC---CGCGACTCATTTAATATGTCA--C--AA------AAT------ATG-----TTTCA-ATTTTAAAT---G---G--------GAAA--CTATTTTAAGCTATAAACCTAGACTGGTA---GCCC---------A-T--------GTTA-GGAAATCCCTT------------------------ATT-ATG--G-CATGT--TT----AAAT-GTATA-TA-----------TTT-T-C-----GGCAATATGGGATCA-GTGAGTATAT---A---A-AGACACGATATACT--G-----G----ATTAAAA----------TGG---T-TT-T-A-----GCC-GTTTT--AAAAGTT-TT-----A-AAAT---c
gi|12 : aaaaatcactaaaagtaaaataatcattaaaacgaataaaaagcattattattaataaaaaaatctgaatggttttgtatgtcatatccaccaaAA-T-TGAAA--CGAAATC-CCCA-TTGCTAAAAA-ATCG--ACA--------ACACTTAAAAACTTCTTGACA------------TCATTTGGACCCTTGCCAAGATGAAAC-A-TTTTTAC-TACG---T--GTA--A-ATCTGTGTAACGGAT-CAA----ATTAAATTCAAAGTGGAAT-CACT-TTAAAC--ATTTAATACGTCA--C--AA------AAT------ATG------------TTTTAAAC---T---G--------GAAAT-CTATCTTAGTCT---TACCTACGCGCGTA---GCCC---------A-----------------------CTTT---T------CA---ATATA-TTATT-TTA--G-CATGT--TT----TAAT-ACCTCTTC-----------CTT-T-T-----GGCAAAACCGGGTCA-GTG-A-GTAT---A-T-ATAGACATCAAATACTGGG-----G----A--AAAA----------C-G---T-GT-TAA-----GTTAATTTT--AAAA--G-TTGGA--C-AAAT---C-Ct
gi|8 : taaagggaatatatcatgaaaagacgttataaatgtattttaaaatgatattattattaaaatggctaaaaacatctcttttttgttaagaaataaaatttgaatggtttggtatgtcaaatccatca-T-TGAAAGATGGAATC-CAAAATT--CTAAAA-TTAA--ATA--------TCACACATATACTGCTTGACTATCTTCAACTCATCATATGGACTCTCTCTAAGATAAACC-AATTTCA----ACAA--T--ATCC-A-ACCAAAGTAGCAAAT-CAA----ATCCAAATCAAA--CAAGT-TA---CACAAATCATTTTATGCG-CAC-C--AA------AGTGCA---ATGTATTTTTG-T-ATTTTA--------------------------TATTTTAGTCT---AATTTAGGCAAGTA---GGTA---------A-A--------Gtgatcaatactt
gi|16 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataattaacatTTATATACTGTTTGACGACC------TTGGCATCGTCATTC---------TGA--C-TATTTCT----AAG------ATG--A-A--------ACA-AT-T-------TTGAAATAAAAATGAAAT-CGACGCGTGACTCATTTAGTATGTTA--C--AA------AAT------GTG-----TTGCC-ATTTTAAAC---AACAG--------GAAAT-TTATTTTAGCCT---AACCTCGTCGGGTA---GCCC---------A-A--------GTTA-GGAAAGCCCTTTTCGT------AT---ATATA-T-GTT-TAG--GCCATATCGTT----GATT-ATATA-Tggttatggcaataaacactcagtgagtatatcaaagcatgctgtggattgaaaagaaaaaacgtttttgtcaatattagaattttaaagaa
gi|26 : caatatgtggaggaggtcgaaatgaaaaaaaattatcattttacatatcactaccggattcataggttcacggtTTCTAAGGTGAATC-AATCTCTAC-TACA---T--GTA--A-ACCTGTATAACGGTT-CAA----ATTGAAATCAAAATGAGAC-CA---CGCGACTCATTTCATGCGTAA--C--AA------AAT------ATG-----TTGCC-ATTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTA---GC-C---------ATA--------GTTG-GGAAATCCCTTgcatatttaagtccagtgatttaattaca
gi|21 : TCAGGATAAAACGCA---CATAACTCATTTT-TACGTCA--C--AG------AAT------ATG-----TTGCC-ATTTTAAGC---G---G--------AAAAT-ATATTTAAGTCT---AACTAAGGCGCGTA---GCCC---------A-A----------TA---AAAACATTTT---T------CA---AAATA-TTATT-TTT--G-CATCT--TT----AAAT-ATTTA-TC-----------TTT-T-T-----GGGAATACTGGGACA-GTGGGTATAT---A-T-AC--GCATGGTATA-T--T-----GAGAAA--AAAA----------T-GA--T-TT-T-A-----GTCAATTTT--AAAA--T-TTTGGAAA-AAAA---C-CCATG-ATGTATTC
gi|22 : AAATGAAAC-AA---TACGACTCATTTAATATGTCACTT--AA----------------TG-----TTACA-CTTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CAATTTCAGTCT---AACCCAGGCGAGTA---GCTT---------A-AGTAGATATGTTA-GGAAATCCTTTT---A------AA---ATATA-TTAAT-TAG--G-CATGT--TA----AAATAAGATA-TC-----------ATT-T-C-----GGCAATACGTGGTTATGAG----TAT---A-T-ATAGGCATGATATTTT--G-----G----A--AAAA----------T-ATGTT-TT-T-A-----GCCAATTCT--AAAA--G-TTTGA--A-AAAT---C-Ccc
gi|27 : TA-GGAAAGCCCTTT---T------TA---ATATA-TTATT-TTG--G-GATGT--TT----AAAT-ACATA-TC-----------GCT-T-T-----GATAATATGGGGTCT-GTGAGTATATC--ATT-ATAAGCATGGTATATA--TAGGGGG----A--AAAA----------T-GT--T-TT-T-A-----TCCAAGTTT--AAAA--T-TTTG-----AAAC---C-CCCCG-ATATATTCtgata
gi|30 : -GTGCAAGTAT---A-T-ATAGACATGATATATT--G-----GGA--A--AAAA----------T-G---T-TTAT-A-----GCCAGTTTG--AGAA--T-TTTG-----AAAT---C-CTG---ATATATc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CAATGAATGCATCAGAAAACATATAAATGTCTAAATCAAATTATTTTTTAATGTGAATAAAACCAATCTAGTTATCATTTATAACTGAAATTCGAATGACTTGGAATTTAAAACCGCCATAATGTAACACAAATTGATATTTAATTTAAGTGTGAAGTCGAAATAGAATTCTTATTCCAAGAAATAAGTCACTGCTGGACTACCTTCAACGCGATATTCGGACTCCATATTCGGCAAGAACATGACAATTATAAAGGACTAAACCGAAAAAATATGAAGTCACGTGA
Unaligned ( gi|19 ): TTAAAGGGAGTGTGTCATTTAATTTGCTATAATTTATCAAAGGAATAAGTTTATGTTTGATATGAATATAAAGCACCAATTATTGGAATTTCAAATCTGCTAAAACGTGACATGATTGCCAAAGTGGATAGGTGAAATCAAAACGAAGTCATCAATTAAATATCATGCACGCACTACCTGGTGACCTAAACCTCGTCATTCCAACTTCCAATATCAACTAAATTGCATTAAACGTAGCCAATATGGGGAATGAATCAAACCAAAATTGAATTGGAGTCCCATTGCT
Unaligned ( gi|29 ): CACATGACCCTTAATTGGAGTATATCAGGAAACAATGCTTTAATTGTCTTTAAAAATTTGATAAAGTGCTTCTAATTATCATAAATAAATAAAACTCGAATGG
Alignments
lowQualScore : 22 1111111111 11111111 3333333333333333 2222222222222222 1111111111111111 1111111111111111111 111111111111111111 2 222222222222 1111111111111111
lowQualScore : 77 1 1 2 2 9999999999 2 55 2 555 3333 22 2 33 2 333 0000000000 1 22 333 22 22 22 22 1 9 00000000 1 22 5555555555555555 1 22 22 22 77 1 1 1 1 1 1 3333333333333333 2 5 55555 22 2 2 1 1 1 1 333 88888888 00 1 2 2 8 333 22 333 1 3 33 44 7777777 22 2 666666 3333 1 4444 1 1 1 22 22 22 55 666666 999999 55555 3 4444444444444444 2 333 3333333333333333333 2 666666 2 55555 2 2 33 2 33 4444 2 1 2 2 2 555555555555555555 0 2 6 4444 55555 33 2 333333333333 33 7777777777777777 2 4 8888888 33 33 33 444 2
lowQualScore : .. . . . . .......... . .. . ... .... .. . .. . ... .......... . .. ... .. .. .. .. . . ........ . .. ................ . .. .. .. .. . . . . . . ................ . . ..... .. . . . . . . ... ........ .. . . . . ... .. ... . . .. .. ....... .. . ...... .... . .... . . . .. .. .. .. ...... ...... ..... . ................ . ... ................... . ...... . ..... . . .. . .. .... . . . . . .................. . . . .... ..... .. . ............ .. ................ . . ....... .. .. .. ... .
lowQualScore : 88 0 5 2 2 6666666666 2 33 2 444 7777 99 1 22 1 555 4444444444 9 55 222 55 55 55 55 8 4 77777777 8 00 5555555555555555 0 00 66 66 88 9 9 9 9 9 9 0000000000000000 5 3 00000 88 0 3 8 8 8 8 888 44444444 66 7 0 3 1 222 55 222 7 6 33 33 5555555 55 5 333333 9999 9 0000 7 8 8 66 00 88 00 111111 777777 33333 8 4444444444444444 1 999 9999999999999999999 2 444444 2 66666 2 2 11 2 11 7777 2 0 2 6 4 111111111111111111 1 4 4 7777 66666 11 2 000000000000 11 5555555555555555 2 4 2222222 11 11 44 333 7
consensus : TAAAGG-AGAGTATATCAGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GT-C-TT--A-AAA--A-T-AA-AAT---AATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAAT--A--A--A-TANAA-A---C--C-GAATG-GTTTG-G-T-----NT-G-TCAAATCC--A--CCA-AAA-CGT-G-AC-A-AA-A---TCG----------ATATTTAA-----AT--TGG-AGTGGTAAACTTGAAACGAAATCCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
Reference ( family-48 ) : TAAAGG-AGNGTATATCAGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GT-C-TT--A-AAA--A-T-AA-AAT---AATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAAT--A--A--A-TATAA-A---C--C-GAATG-GTTNN-G-T-----TA-A-TCANANNC--A--CCG-AAA-CGT-G-AC-A-AA-A---TCG----------ATATTTNA-----AT--TGG-AGTGGTAAANTTGAAACGAAATCCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-ATGTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
gi|1 : AAAG-AGAGTATTTCAGGA-A-AAAGGAAAAAAC-G-CTTTAC-AAT-GC-C-TT--A-GAA--A-T-AA-AAC---AGTT-A--------AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCAGTAAT--A--G--A-TAAAATA---C--T-TA-TA-ATTTG-G-C-----AT-G-TCAAATCC--A--CCA-AAA-CGT-G-AC-A-AA-A-----------------------------AT--TGG-AGTGGTTAACTTGACACGATATTCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------TCACTTAAATACTACTCGATGTCCTTTACGTTGTTATTCAGAATCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-TATTTT-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTATAT----AAAGGAT-CAA----ATTGGAATCCAA-ATGAAAT-C-AC--AT-G--ACTCATATAATACATCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---A---G--------AAAAT-CTATTTTGGTCT---TACCTAGGCGCATAGCCCAAGTAATAGAA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTCAATACAA-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TTAAAAAAAA-AAACA-TCCTT-T------------T-----GGCAATTCAGAGTCAGTG-A---GTA----TATA-----GGTTTGATGG--AT-T-----G---G--A--AAAAAGG-------T-G---T-TT-T-G-----AGCAAATTT--AAAATTTTG--AATAAA--CCT--GA-TA
gi|10 : ttAGGA-ATAAC-------AC-G-AAATA--AAT-GC-C-TT--A-AAA--A-T-AA-AAT---AATT-A-TC---G-AA-ATGGATGAAA---A--AAGCATCTCATTATCATTAAA--A--A--AACATCA-A---C--C-GAATA-GCTTA-G-TACATGTATA-TCAAATAT--A--CCC-AG--CGT-G-TC-A-AA-A---T-G----------ATATATAA-----AT--TAT-AGTGGTAAACTTAAAACGACATTCCCAT-T-GT-AA-AAATAG--ACA--------TTCTTTAAATACTGTTTGCCGACCTTCGCATCGTCATTCTGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTT------------------TGA-A----------------AT-CAA----AATGAAATCGA----------C-GC--GT-G--ACTCATTTAAAACATCA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAACAATA---G--------GAAAT-TTATTTTAGTCT---AACATAGTCGGGTA-----------------------------GAAAGCCCTTTTC------A-ATGTA-----T-TATT-TTG--G-CAGGT--TT----TAAT-AAATA-T--TT-T------------T-----GTCAATATGGGGCCAGT-----TA----------------GCATGGCAT--TT-T-----GAAAA--A--AAAA----------T-G---T-TT-TCA-----GCCAATTTT--AAATTTTTT--AAAAAT--CCT--GA-TA
gi|11 : aTAAAGG-GGA-CGTCTCAGGA-T-TAA-------AC-A-CTATA--AAA-GT-C-TT--A-GAA--A-T-AA-AAT---A-----------------TGAAT--AA---A--AAGCATCGCATTATCATTAAT--A--A--A-TATAA-G---T--C-GAATA-GATCA-A-TA----TA-G-T--AATCC--A--CCA-AAA-CTT---AC-A-AA-A---TCG----------ATAGGTAA-----AG--TGT-AGTGGTAAACTT-AAACGAAATCACCCT-T-CT-GA-AAATA-------------------------CTGTTTGACGACCTTCGCATAGTCATTCTGATTCT---T--------------AAA---------------------T--GTAA-ATCTGTAT----AATGGAG-CAA----ATTGAAATCAAA-ATG-AAT-C-GC--GC-----C------------TCA--CAA------AAT------ATA-----TTGGCATTTTAAGC---T---G--------GACAT-ATATTTAAG-CT---AACCTAGGCGCGCAGCCC---------AA--------GTTACGAAAAT--CTTTTC------A-ATGTATATAGT-TGTT-TTT--G-CATTT--TT----ATAT-AGATA-TCATG-T------------T-----TTCAATACCGAGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-C-----G---GGAA--AAAA----------T-G---TGTT-T-A-----GCCAATTTT--ATTGTTTTA--AACAAT--CCT--GA-TATACTc
gi|12 : tTAAAGG--GAATATATCATGA-A-AAG-------AC-G-TTATA--AAT-GTAT-TT--T-AAA--A-T-GA-TAT---TATT-A-TT---A-AA-ATGGCT--AA---A--AA-CATCTCTTTTTTGTTAAG--A--A--A-TAAAA-T---T--T-GAATG-GTTTG-G-T-----AT-G-TCAAATCC--A--TCA-AAT-TGA-A-AC-G-AA-A---TCt
gi|12 : AAATTGAAACGAAATCCCCAT-TGCTAAA-AAATCG--ACA--------ACACTTAAAAACTTCTTGA------------CATCATTTGGACCCT---TGC--CAAG---ATGAAAC--ATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ATCTGTGT----AACGGAT-CAA----ATTAAATTCAAA-GTGGAAT-C-AC--TT-T--AAACATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----------TTTTAAAC---T---G--------GAAAT-CTATCTTAGTCT---TACCTACGCGCGTAGCCC---------A----------------------CTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTA--G-CATGT--TT----TAAT-ACCTCTTCCTT-T------------T-----GGCAAAACCGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GACATCAAAT--AC-TGG---G---G--A--AAAA----------C-G---T-GT-TAA-----GTTAATTTT--AAAAGTTGG--ACAAAT--CCT--GA-cccattgctaaaaaatcgacaacacttaaaaacttcttgacatcatttggacccttgccaagatgaaacatttttactacgtgtaaatctgtgtaacggatcaaattaaattcaaagtggaatcactttaaacatttaatacgtcacaaaatatgttttaaactggaaatctatcttagtcttacctacgcgcgtagcccacttttcaatatattattttagcatgttttaatacctcttccttttggcaaaaccgggtcagtgagtatatatagacatcaaatactggggaaaaacgtgttaagttaattttaaaagttggacaaatcctgatcaatactt
gi|13 : taaagggaatatatcatgaaaagacgttataaatgtattttaaaatgatattattattaaaatggctaaaaacatctcttttttgttaagaaataaaatttgaatggtttggtatgtcaaatccatcT--A-AAA--G-T-AA-AAT---AATC-A-TT---A-AA-ACGAAT--AA---A--AAG-----CATTATTATTAAT--A--A--A--AAAA-T---C--T-GAATG-GTTTT-G-T-----AT-G-TCATATCC--A--CCA-AAA-TGT-G-AA-A-AA-A---TCT----------ATATcaatactt
gi|13 : aaaaatcacAAATGTGAAA--AAATCTATATAT-AT-AT-ATATAT--ATA--------GCATTTAAATACTGCATGACGATATTTGCATCGTCATTTGGACTCT---TTC--TAAG---GTGAAAC-AATTTT-TACTA------GT--GTAA-ACCTGTAT----AATGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-CC--GC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTTCAATTTTAAAT---G---G--------GAAA--CTATTTTAAGCTATAAACCTAGACTGGTAGCCC---------AT--------GTTA-GGAAATCCCT---------------TA-----T-TA----TG--G-CATGT--TT----AAAT-GTATA-TATTT-T------------C-----GGCAATATGGGATCAGTG-A-GTATA----TAAA-----GACACGATAT--AC-T-----G---G--ATTAAAA----------TGG---T-TT-T-A-----GCC-GTTTT--AAAAGTTTT--AAAAatatatatatatatagcatttaaatactgcatgacgatatttgcatcgtcatttggactctttctaaggtgaaacaatttttactagtgtaaacctgtataatggatcaaattgaaatcaaaatgaaatcccgcgactcatttaatatgtcacaaaatatgtttcaattttaaatgggaaactattttaagctataaacctagactggtagcccatgttaggaaatcccttattatggcatgtttaaatgtatatattttcggcaatatgggatcagtgagtatataaagacacgatatactggattaaaatggttttagccgttttaaaagttttaaaatt
gi|14 : aaaaatcactaaaagtaaaataatcattaaaacgaataaaaagcattattattaataaaaaaatctgaatggttttgtatgtcatatccaccaA-----AT--TGGGAGTGGTAAACTTGAAATGAAATCCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------GCAATTAAATATTGTTTGATGACCTTCGTATCGTCATTC--ACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TATAA-----CAT--GTTA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAC-T-AA--AT-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---G---T--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGACGCTTAACCG---------AT--------GTTA-GAAAATCCCTTTCC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AAATA-TCCTT-T------------T-----GACAATATGGGGTTTGTG-ATACA-A----TAT------------ATAT--A------------A--A--AAAA----------T-G---T-TT-TAA-----GCCAATTTT--ATAAGTTTG--AAACAT--CCT--GA-TAAATTCtt
gi|15 : catttagtttttaaaggcagtttatcaggaaataatgctataaaataaaataatTAAAGG--GAGTATATCAGCA-A-AAA-------AGAG-TTATA--AATAGT-T-TT-----------------------------TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAAT--A--A--A-TAAAA-T---C--C-AAATG-GTTTG-G-T-----AT-A-TCAAATCC--A--CCA-AAA-AGT-G-AC-A-AA-A---TCG----------AT--------------------GTGGTAAACTTGAAACAAAATCCCCAT-T-TT-TA-AACTAG--ACA--------GCATTTAAATACTGTATGACGACCTTCACATTGTCATTCAGACTCT---TTC--AAAG---ATGTAACAAATTTT-TACTA-----CAT--GTA--------------AACAGAT-CAA----ATT----CTAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTAAATACATCA--CAATGTATGACT------ATG-----TTGCAATTTTAAGC---G---T--------GAAAC-CTATc
gi|16 : ctTTATATACTGTTTGACGACCTTGGCA-------TCG---TCA---TTC--TGA----------C-TATTTC-TA--A-----GAT--G-AA-AC--------------AAT-T-------TTGAAATAAAA-ATGAAAT-CGAC--GC-GTGACTCATTTAGTATGTTA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAAC---AACAG--------GAAAT-TTATTTTAGCCT---AACCTCGTCGGGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAAGCCCTTTTC------GTATATA-----TATGTT-TAG--GCCATATCGTT----GATT-ATATA-T
gi|17 : caatatgtggaggaggtcgaaatgaaaaaaaattatcattttacatatcactaccggattcataggttcacggtAAGGG-AGCCTGTATTAGGA-T-AAA-------AC-T-CTATA--TAT-GT-C-TT--A-AAA--A-T-AA-AAT---AATT-A-TC---A-AA-ATGAAT--TA---A--AAGCATCTCATTATCATTAAT--A--AGTA-TATAA-A---C--C-GAATA-GTTTA-G-T-----AT-G-TCAAATCC--A--CCA-AAA-CGT-G-AC-A---------------------ATATGTGA-----AT--TAG-AGTGGTAAACTTGAAACGAA--TCCCAT-T-CT-AA-AAA-AG--CCA--------GCACTTGAATACTGTTTTACAACCTTCACATCGTCATTCTGA--CT---TTC--TCAA---ATGAAAC-AATTTT-TACTATGACTTGT--GTTA-ACTTATAT----AACGTAT-CAA----ACTGAAATCAAA-Agcatatttaagtccagtgatttaattaca
gi|18 : taATCAG-----AAA-------AC-A--TATA--AAT-GT-C-T------AA--A-T-CA-AAT---TATT-T-TT---T-AATGTGAAT--AA---A--ACCAATCTAGTTATCATTTAT--A--A--C-TGAAA-T---T--C-GAATG-ACTTG-G--------A-ATTTAAAACC--G--CCA-TAA-TGT-A-AC-ACAA-A---TTG----------ATATTT-A-----AT--TTA-AGT-GTGAAGTCGAAATAGAATTCTTAT-T-CC-AAGAAATA-----A--------GT-------CACTGCTGGACTACCTTCAACGCGATATTCGGACTCCATATTCGGCAAGAACATG--AC-AAT-----------------------------TAT----AAAGGAC-TAA----ACCGAAA--AAATATGAAGT-C-AC--GT-G--A
gi|19 : caatgaatgcAT---AATTTA-TC---A-AA---GGA----A---T--AAGT------TTATGTTTGAT--ATGA--A-TATAA-AGCAC--C--AATT-ATTGG-AAT-----T----TCAAATCT--G--CTA-AAA-CGT-G-AC-A-TG-A---TTG----------CCA----A-----AG--TGG-ATAGGTGAAATCAAAACGAAGTCATCAA-T--T-AA-ATAT-----CAT-------GCAC----GCACTACCTGGTGACCTAAACCTCGTCATTCCAAC------TTC--CAAT---ATCAACT-AAATTG-CATTA-----AAC--GT-A-GCCAATATGGGGAATGAAT-CAA----ACCAAAATTGAA-TTGGAGT-C-
gi|2 : ttaaagggagtgtgtcatttaatttgctTAAAGGTAGAGTATA--AGGATA-AAA-------AC-G-TTATA--AAT-CT-C-TT--A-AAA--A-T-AA-AAC---AAAT-A-TC---A-AT-ATGGAT--AA---A--AGGCATCTCATTATCATTATT--A--T--A-TATAA-A---C--C-GAATA-GTTAAAG-T-----TA-A-TCATAAAC--A--CCA-AAA-CAT-G-AC-A-AA-A---CCA----------ATATGTAA-----AT--TGG-AATGGTATAATTGAAACGAAATCCCCAT-T-TA-AA-AAATAG--ACA--------GCACTTAAATACTGTTTGACGACTTTCGCATTGTCATTTTGATTCT---TTT--TAAG---ATGAAGC-AATTTT-TCTTA-----CGT--GTGA-ACCTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AT--GG-G--ACTCATTTAATACGTCA--TAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCATAGCTC---------AA--------GTTA-AGAAAGCCCTTTTA------A-ATATA-----T-CATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AGATA-TCGTT-T------------T-----GGCAATACGGCGTCAGCGCATATATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-T-----T---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTGT--AAAATTTGG--GAAAAT--CCC---A-TATATTCccattgct
gi|20 : AAAGG--GAGTACATCAGGA-A-AAA-------AT-G-ATATA--AAT-TT-C-------AAA--A-T-GA-AA----AATTCA-TT---A-AA-ATGGAT--GA---A--AACCATCTCATTATCATCAAT--A--A--A-TAAAA-T---C--C-AAATG-GTTTG-G-T-----AT-G-TCAAATCC--A--CCA-AAA-CAT-G-AC-A-AA-A---TCA----------ATACTTAA-----AT--TGG-AGTGGTAAACTTGAAAC-AAATCCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------GCATTTTAATACTGCTT-----------CA-CGTCATTC--ACTTA---TTC--TTAG------------------TATTA-----CGT--GTAA-GACTGTAT----
gi|21 : TCAGG-ATAAAACGC-AC--AT-A--ACTCATTTT-TACGTCA--CAG------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------AAAAT-ATATTTAAGTCT---AACTAAGGCGCGTAGCCC---------AA----------TA---AAAACATTTTTC------A-AAATA-----T-TATT-TTT--G-CATCT--TT----AAAT-ATTTA-TCTTT-T------------T-----GGGAATACTGGGACAGTG-G-GTATA----TATA-----CGCATGGTAT--AT-T-----GAGAA--A--AAAA----------T-GA--T-TT-T-A-----GTCAATTTT--AAAATTTTGGAAAAAAA--CCCATGA-TGTATTCcaat
gi|22 : AA-ATGAAAC-A-AT--AC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CTT------AAT--------G-----TTACACTTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CAATTTCAGTCT---AACCCAGGCGAGTAGCTT---------AAGTAGATATGTTA-GGAAATCCTTTTAA------A-ATATA-----T-TAAT-TAG--G-CATGT--TA----AAATAAGATA-TCATT-T------------C-----GGCAATACGTGGTTA-TG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--TT-T-----G---G--A--AAAA----------T-ATGTT-TT-T-A-----GCCAATTCT--AAAAGTTTG--AAAAAT--CCT--GA-TAcc
gi|23 : TAAAGG--GAGTATATCATGA-A-AAA--------C-A-CTACT--TAG-GT-A-TT--A-AAA--A-TTGA-AAT---TATT-T-GT---A-AG-ACGGAT--AC---A--AAGCATATCTTAATCATAAAT--A--G--A-TAAAA-T---C--C-AAATG-GTTTG-G-C-----AA-A-TCAAATCC--A--C-G-AAA-TGT-G-AC-A-AA-AAATTAA----------ATATTTAATTTTAATCATGG-AATGGTAAACTT-----------TCCAT-T-CT-AA-GAACAG--ACA--------CCACTTAAATACTGCTTAACAACATTCAC----TCATT
gi|24 : TG-ATTTG-G-T-----AT-G-TCAAATCT--A--TCA-AAAACAT-G-AC-A-AT-A---TCATTTTTTTTCAATATTTAA-----AT--TTC-AGTAGTAAACTTAAAACGAAATCCACAT-T-CA-TA-TAATAG--ACA--------GCTCTTTAATACTGTTTGA-G--CTTTACATCATCATTTTGACTCT---GTC--TAAG---ATAAACC-A--TTT-TACTA-----TAT--GTTT-GCCTTTAT----ATCGGAT-CAA----ATTGAAATTAAC-ATTAAAT---AC--Gtttc
gi|25 : A-GTGGTT--AATTTA--AAGCATCTAATTATCATTTAT--A--A-----CTAA-A---CTGC-GAATATACTGT-GAT-----T----TCATATCT--G--CCT-AAA-TGT-G-AC-A-AACG---TCT-----------TATTTTA-----AT--CAG-AATGGTGAAATCGAATAAAAAT-----T-T-CT-AA-AAATAA--ATA--------TCATGCATGTACTGGTTAATGACCTTCATTTCATCAtcaca
gi|26 : ttaaagcatggatccagaggtacatgtgctggtgaaactctg---TTC--TAAG---GTGAATC-AATCTC-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGTT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAGAC-C-AC--GC-G--ACTCATTTCATGCGTAA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCA---------TA--------GTTG-GGAAATCCCTT
gi|27 : TA-GGAAAGCCCTTTTT------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-GATGT--TT----AAAT-ACATA-TCGCT-T------------T-----GATAATATGGGGTCTGTG-A-GTATATCATTATA-----AGCATGGTAT--ATATAGGG-G---G--A--AAAA----------T-GT--T-TT-T-A-----TCCAAGTTT--AAAATTTTG--AAACCC--CCC--GA-TATATTC
gi|28 : AAAGG--TAGTATGTCAGGA-A-AAA-------AT-G-CTATA--AAT-AC-CTTT--A-AAA--A-T--T-AAT---AATT-A-TT---G-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAAT--A--A--A-TAAAA-T---C--C-GAATG-GTTTG-G-c
gi|29 : GAGTATATCAGGA-A-ACA-------AT-G-CTTTA--ATT-GT-CTTT--A-AAA--A-T------------TT----------------GAT--AA---A--GTGCTTCTAATTATCATAAAT--A--A--A-TA-AA-A---CT-C-GAATG-G
gi|3 : cacatgacccttaattgGTATATATCAGGA-A-AAA------------TTATATCAAT-GT---TT--A-AAACAA-T-AACAAT---ATTT---CT---A-AA-CTGAAT--GT---A--AACTATC-CATTGTCATTAAT--A--A--A-TA-AA-A---TA-C-AAATG-ATTTG-G-T-----T----TTAAAATCTGA--C---AAA-CAT-G-TC-A-AA-AA--GCA----------ATATTTTA-----AT--TGG-AGTG----AATTGAAATGAAATCCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------ACATGCAAGTACTGCTTGGTGACCTTCACCTCATCCTTTGAACTCA---TTT--T------------C-AATTCTATA--A-----CAT--ATAA--CCTGTAA----GACTGAT-CAATCAGATCACAATCAAA-ATTGACT-T-AT--TTTG--GCTTGTTCAATACTTCA-------------T------AC---------CAATTTTAAGC---A---A--------GAAAT-CTATTTAAGTCT---ATCCTGTGTGTGCAGGTC---------AA--------GTTA-GGAAATTCCTATTT------A-ATCTA-------TATT-TTG--G-CCTGT--TT----AAAT-AGATA-TCCTTATAATAAAGTTATAT-----AGCAATATGGGCTCAGTG-AT-TATA----TCTAATCACAGAACGATTT--AT-T-----G---G--A--AAAAGATGTATTACT-A---T-TT-T-A------CTAATCCTAAAAAATTTT---AAAAAG--CCT--GA-TGTA
gi|30 : aggtgGTATA----TATA-----GACATGATAT--AT-T-----G---GGAA--AAAA----------T-G---T-TTAT-A-----GCCAGTTTG--AGAATTTTG----AAAT--CCT--GA-TATATc
gi|4 : ataaatctatatattcaaaacttgtgcaaGAGTATGTCAGGA-A-AAA-------TC-A-CTACA--AAT-GT-C-TTGGA-AAA--G-T-AA-AAT---AATT-A-TTTTTA-AC-ATGTAT--AA---A--AAGCATCTCATTATAATCAAT--T--A--A-T-TAA-A---T--CTGAATG-GTTTG-G-T-----GT-A-TCAAATGA--AAACCG-AAA-TGG-A-AC-A-AA-A---ACA----------ATGTTTCA-----AT--TGA-AGTGGTAAACTTGAAATGAAATCCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------GCACTAAAATATTGCTTGGTGACCTTCACATCATTATTCAGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AAATTT-TACAA-----TGT--GT------------------------AA----ATTGAAATTAAA-ATGAAAT-A-AT--GT-G--ACTAATTTATTACGTCA--CAA------AAT------TTA-----TTGTAATTCTAAGC---A---G--------GAAGT-CGTTTTTAGTCT---GATCTAGGGGCCTAACCC---------AA--------GTAA-GGAAACCCCTTTTC------A-ATATA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----GAAT-AGATA-TCCTT-T------------T-----GGCAACATGGGGTCAATG-A-GTGTA----TATG-----GGCGTGATAT--AT-T-----G---G--T--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCAAATTTC--AAAACTATG--AATAAT--CAT--GA-TATATTC
gi|5 : agcTAAAGG--GAGTGTATCAGGA-A-AAC-------AC-G-CCATA--AAT-GT-C-TT--A-AAA--AAT-AA-AAT---AATT-A-TC---A-AA-ATTGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATAAAT--G--A--A-TATAA-A---C--C-TAATA-GATAA-G-T-----AT-A-CCAAATCC--A--TCA-AAA-CGG-G-AC-A-AA-A---TCT----------ATATGTAA-----AT--TGA-AGTG---------AAACAAAATCCCCAT-T-CT-AA-AAATAG--ACA--------GCACTTAAGGACTGTTTGATGACC-----ATTGTTATTCTGACTCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-AATTTT-AACGG-----CGT--GTAA-ACTTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTAAAATCAAA-ATAAAAT-C-AT--GT-G--ACTCTTTCACTACCTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCC---AACCTAGGCGCATAGCCC---------AA--------GTTA-GGAATT--TTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-TATGT--TT----AAAT-ATACA-TCTTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTACA----TATA-----ACCAT-ATA-------------------A--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCTAATTTT--AAAATGTTG--AGAAAT--CTT--GA-TATATTCcc
gi|6 : tTAAAGGCAGTGTAT-CCAGGA-A-AA---------T-GACTATA--AAT-GT---TT--ACAAA--A-T-AA-AATTTTAAT--G-TT---T-AA-ATTGA---AA---ATTAAGTATTTAATTGTCATTTAT--A--A--T-TA-AA-A---TA-T-GAACT-ATT----------------TCAGATCT--G--CCATAAA-CAT-G-AT-A-AA-A-----A----------ACATGTTA-----AT--CTG-AGTG------TTGAAAAAAAGTTTGTAT-T--T-AC-AAGCA----C---------GCAC--AAAT------TGATGAACTTCGCTTTATCAGTTTGACTAT---ATC--TAAT---TTGAATA-AAATTC-AACAA-----TAT--GTAA---CGGTA------ACAGATGCGA------TGAA-TCAAA-CT-AAAT-C-ACGTGT-G--ACTCATTTGATATGT-ATTTAA------AATTAAAAAGTA-----TTGC-ATTTTATGC----------------AAAAA-CTTTTTTAGTGT---AATGTGCATGTGTA-CTC---------AA--------GTT------ATATATTTTC------A-GTAAA-----T-TGTT-TTT--G-CATGT--TG----AAAT--TGTT-TTGTT-T------------TTTGGGGGGAAGAAGGACTCGGTC-A-GTA--------------------GA-A---AA-T-----G---G--A--AAAAAG--------T-G---T-TTGT-ATTTTTGCCAATTCT--AAAATTTTA--AAAAGT--TAC--TATTATATa
gi|7 : tAAGG--GAGTATAATAGGA-A-A----------T-G-CTATA--AAT-GT-C-GT--A-AGA----C-AA-AAT------T---TT---AGAA-ATGGTT--AA---A--AAGCATCTTAGTTTCATAAAT--A--A--A-TAAAA-T---C--C-GAATT-GTTTG-G-T-----AC-G-TCAAATCA--A--CCG-ACA-TGT-G-CC-A-AA-AAA-T-G----------ATATTTAA-----GT--TGG-TGTGATAAACTTCAAACAAAATCC--AT-T-CT-AA-AATTAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCATGGTGATCTTCGCATCTTCATTCACACCCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-A--TTT-TACTA-----CGTTAATAACATCTGAAT----AACGAAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAG-C-AC--AT-G--ACGCATTTAATACGTCA--CAA------ACC------ATG-----TTGCAATTTTAAGG---G---G--------GAATT-CTATTTTGGACT---AACATAGACTCGTAGCCA---------GA--------GTTA-GGAAATCCCTTCCC------A-ATATA-----T-TATTATTATTG-CATG---TT----AAAT-AGATA----TG-T------------A-----GACAATGCGGGGACAGTT--CGTATA----TATA-----GGCATGTCAT----------------------AAA----------T-T---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAATT--Catattacatt
gi|8 : t--AA---A--AAATATCTAATT-----TAATTGA--A--G-CATAA-A---C------AT---TTT----T-----TA-A-TTAAAATT--A--C-----A-CATTGTAT-A-TA-A---TTA----------ACATTTGA-----A--------------AGATGGAATCCAAA-----AT-T-CT-AA-AATTAA--ATA--------TCACACATATACTGCTTGACTATCTTCAACTCATCATATGGACTCT---CTC--TAAG---ATAAACC-AATTTC-AACAA-----TAT---CCA-ACCAAAGT----AGCAAAT-CAA----ATCCAAATCAAA---CAAGT-T-AC--AC-A--AATCATTTTATGCG-CAC-CAA------AGTGCA---ATGTATTTTTG-TATTTTA--------------------------TATTTTAGTCT---AATTTAGGCAAGTAGtg
gi|8 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcTTTT------A-GTCTA--------ATT-TAG--G-CAAGT--------AGGT-AAAGG---GTT-A------------T-----GGCAATAAACACTCAGTG-A-GTATA----TCAA-----AGCATGCTGTGGAT-TGAAAAG---A--A--AAAA----------C-G---T-TT-T-T-----GTCAATATT--AGAATTTTA--AAGAAgtaaagggttatggcaataaacactcagtgagtatatcaaagcatgctgtggattgaaaagaaaaaacgtttttgtcaatattagaattttaaagaa
gi|9 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataattaacatttgaaagatggaatccaaaattctaaaattaaatatcacacatatactgcttgactatcttcaactcatcatatggactctctctaagataaaccaatttcaacaatatccaaccaaagtagcaaatcaaatccaaatcaaacaagttacacaaatcattttatgcgcaccaaagtgcaatgtatttttgtattttataTAAAGGCAGTGGGT--CAGGA-A-AAG-------TT-G-TTATA--AAT-CT-C-T-------A--A-T-AA-AAG---AATA-AGTT---A-AA-ATGAAA--AT---A--AAGCATTTAATTG--ATT-------------------------------TG-G--AA-A-T-----T----TCAAATCC--A--CCC-AAA-TGT-G-ACTA-AA-A---ACA----------ACATTTTA-----AT--CAA-AGTGGTGAAATCAAAAAGAAATCTC-AT-T-CT-AA-AAATAACTACATGTGTCATGCA-TTCAGTA---TTTGACAGCCT--------TTATTTAGACACT---TTC--TAAG---ATGAACCTAATTAA-TAATA-----TGT--ACAA-A-----AT----GGCAGAT-CAA----ATAAAAAGCAAA-CTGAAGT-C-AC--AC-G--ACTCA----------CA--TTG------AA---------------TTGCAATTTTACGC---A---GATTTAGAAGGAATGTTATTCTAGTGT---AATATGTGCACATAG----------------------GTC----AAATC------C------A-ATACA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----CAAT-ACATG-TAGCT-T---------------------AAT-----GTT--------TTTA----TTTA-----AGCATTATAT--AT-TTTG--G---G--G--GAAA----------T-G---T-TT-T-------GCCAATTCC--AAAGTATAA--AAAAATACCCC--CA-TA
Alignments
lowQualScore : 22 1111111111 11111 1111111111111 2222222222222 1111111111111111 1111111111111111111 111111111111111111 222222222222 1111111111111111
lowQualScore : 99 33 2 2 2 7777777777777 55 2 4 22 2 22 4 1 2 333 1 2222222222 1 22 333 22 0 0 22 22 22 1 2 11111 22 00 1 2222222222222 333 22 2 2 2 2 2 2 1111111111111 44 777777 22 2 1 2 333 0 1 1 1 1 1 222 88888888 00 1 2 2 8 333 22 333 1 3 33 44 7777777 22 2 7777777 3333 1 4444 1 1 1 22 22 22 55 666666 999999 55555 3 4444444444444444 2 333 3333333333333333333 2 666666 2 55555 2 2 33 2 33 4444 2 1 2 2 2 555555555555555555 0 2 2 4444 666666 33 4 222222222222 33 7777777777777777 2 4 8888888 33 33 33 444 2
lowQualScore : .. .. . . . ............. .. . . .. . .. . . . ... . .......... . .. ... .. . . .. .. .. . . ..... .. .. . ............. ... .. . . . . . . ............. .. ...... .. . . . ... . . . . . . ... ........ .. . . . . ... .. ... . . .. .. ....... .. . ....... .... . .... . . . .. .. .. .. ...... ...... ..... . ................ . ... ................... . ...... . ..... . . .. . .. .... . . . . . .................. . . . .... ...... .. . ............ .. ................ . . ....... .. .. .. ... .
lowQualScore : 11 22 2 2 2 3333333333333 33 2 4 99 1 99 2 1 1 555 6 9999999999 9 66 333 66 3 3 66 66 66 9 3 66666 66 88 9 2222222222222 555 88 0 0 0 0 0 0 7777777777777 88 888888 66 0 8 8 000 1 8 8 8 8 8 666 44444444 66 7 0 3 1 222 55 222 7 6 33 33 5555555 55 5 3333333 9999 9 0000 7 8 8 66 00 88 00 111111 777777 33333 8 4444444444444444 1 999 9999999999999999999 2 444444 2 66666 2 2 11 2 11 7777 2 0 2 6 4 111111111111111111 1 2 2 7777 999999 11 4 555555555555 11 5555555555555555 2 4 2222222 11 11 44 333 7
consensus : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--A-TAAAA-N---C--CGAATGGTTTG-GTA------T-G---TCAA---ATCCG--CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
Reference ( family-48 ) : TAAAGG-AGAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--A-TANAA-A---C--CGAATGGTTTG-GTN------T-G---TCAA---ATCCA--CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
gi|1 : AAAG-AGAG--TATTTC-AGGA-A-AAAGGAAAAAAC-G-CTTTAC-AAT-GCC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---CAGTT-A--------AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCAGTAA--TA--G--A-TAAAATA---C--TTA-TAATTTG-GCA------T-G---TCAA---ATCCA--CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A---------------------------AT--TGG-AGTGGTTA-ACTTGACA--CGATATTCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------TCACTTAAATACTACTCGATGTCCTTTACGTTGTTATTCAGAATCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-TATTTT-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTATAT----AAAGGAT-CAA----ATTGGAATCCAA-ATGAAAT-C-AC--AT-G--ACTCATATAATACATCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---A---G--------AAAAT-CTATTTTGGTCT---TACCTAGGCGCATAGCCCAAGTAATAGAA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTCAATACAA-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TTAAAAAAAA-AAACA-TCCTT-T------------T-----GGCAATTCAGAGTCAGTG-A-G--TA----TATA-----GGTTTGATGG--AT-T-----G---G--A--AAAAAGG-------T-G---T-TT-T-G-----AGCAAATTT--AAAATTTTG--AATAAA--CCT--GA-TA
gi|10 : tt-AGGA-ATAAC-------AC-G-AAATA--AAT-GCC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---G-AA-ATGGATGAAA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--AA--A--AACATCA-A---C--CGAATAGCTTA-GTACATGTAT-A---TCAA---ATATA--CC-C-AG--CGTGTC-A-AA-A----------T-GATAT-ATA-----AAT--TAT-AGTGGTAA-ACTTAAAA--CGACATTCCCA-T-T-GTAA-AAA-TAG--ACA--------TTCTTTAAATACTGTTTGCCGACCTTCGCATCGTCATTCTGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTT------------------TGA-A----------------AT-CAA----AATGAAATCGA----------C-GC--GT-G--ACTCATTTAAAACATCA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAACAATA---G--------GAAAT-TTATTTTAGTCT---AACATAGTCGGGTA-----------------------------GAAAGCCCTTTTC------A-ATGTA-----T-TATT-TTG--G-CAGGT--TT----TAAT-AAATA-T--TT-T------------T-----GTCAATATGGGGCCAGT-----TA----------------GCATGGCAT--TT-T-----GAAAA--A--AAAA----------T-G---T-TT-TCA-----GCCAATTTT--AAATTTTTT--AAAAAT--CCT--GA-TA
gi|11 : aTAAAGG-GGA---CGTCTC-AGGA-T-TAA-------AC-A-CTATA--AAA-GTC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---TA-----------------TGAAT--AA---A--AAGCATCGCATTATCATTAA--TA--A--A-TATAA-G---T--CGAATAGATCA-ATA------TAG---T--A---ATCCA--CC-A-AA-ACTT-AC-A-AA-A----------TCGATAG-GTA-----AAG--TGT-AGTGGTAA-ACTT-AAA--CGAAATCACCC-T-T-CTGA-AAA-TA-------------------------CTGTTTGACGACCTTCGCATAGTCATTCTGATTCT---T--------------AAA---------------------T--GTAA-ATCTGTAT----AATGGAG-CAA----ATTGAAATCAAA-ATG-AAT-C-GC--GC-----C------------TCA--CAA------AAT------ATA-----TTGGCATTTTAAGC---T---G--------GACAT-ATATTTAAG-CT---AACCTAGGCGCGCAGCCC---------AA--------GTTACGAAAAT--CTTTTC------A-ATGTATATAGT-TGTT-TTT--G-CATTT--TT----ATAT-AGATA-TCATG-T------------T-----TTCAATACCGAGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-C-----G---GGAA--AAAA----------T-G---TGTT-T-A-----GCCAATTTT--ATTGTTTTA--AACAAT--CCT--GA-TATACTc
gi|12 : tTAAAGG--GAA--TATATC-ATGA-A-AAG-------AC-G----------------TT--A-TAA--A-TG-------TA-TT---TT---A-AA-ATG-----------------AT---ATTATTATTAAAATG--G--C-TAAAA-A---C-----ATCTCTTT--TT------T-G---TTAAGAAAT--------A-AA-ATTTGAA-T-GG-T----------TTGGTATGTCA-----AAT--CCA------TCA-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-TGCTAA-AAAATCG--ACA--------ACACTTAAAAACTTCTTGA------------CATCATTTGGACCCT---TGC--CAAG---ATGAAAC--ATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ATCTGTGT----AACGGAT-CAA----ATTAAATTCAAA-GTGGAAT-C-AC--TT-T--AAACATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----------TTTTAAAC---T---G--------GAAAT-CTATCTTAGTCT---TACCTACGCGCGTAGCCC---------A----------------------CTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTA--G-CATGT--TT----TAAT-ACCTCTTCCTT-T------------T-----GGCAAAACCGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GACATCAAAT--AC-TGG---G---G--A--AAAA----------C-G---T-GT-TAA-----GTTAATTTT--AAAAGTTGG--ACAAAT--CCT--GA-t
gi|13 : T--A-AAA--G-TAA-AA---TAATC-A-TT---A-AA-ACGAAT--AA---A--AAGCAT-----TATTATTAA--TA--A--A--AAAA-T---C--TGAATGGTTTT-GTA------T-G---TCAT---ATCCA--CC-A-AA-ATGTGAA-A-AA-A----------TCTATAT-ATA-----TAT--caatactt
gi|13 : aaaaatcacAA-ATGTGAAA----AAATCTATA-TAT-ATAT-ATA-TAT--ATA--------GCATTTAAATACTGCATGACGATATTTGCATCGTCATTTGGACTCT---TTC--TAAG---GTGAAAC-AATTTT-TACTA------GT--GTAA-ACCTGTAT----AATGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-CC--GC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTTCAATTTTAAAT---G---G--------GAAA--CTATTTTAAGCTATAAACCTAGACTGGTAGCCC---------AT--------GTTA-GGAAATCCCT---------------TA-----T-TA----TG--G-CATGT--TT----AAAT-GTATA-TATTT-T------------C-----GGCAATATGGGATCAGTG-A-GTATA----TAAA-----GACACGATAT--AC-T-----G---G--ATTAAAA----------TGG---T-TT-T-A-----GCC-GTTTT--AAAAGTTTT--AAAAatatatatagcatttaaatactgcatgacgatatttgcatcgtcatttggactctttctaaggtgaaacaatttttactagtgtaaacctgtataatggatcaaattgaaatcaaaatgaaatcccgcgactcatttaatatgtcacaaaatatgtttcaattttaaatgggaaactattttaagctataaacctagactggtagcccatgttaggaaatcccttattatggcatgtttaaatgtatatattttcggcaatatgggatcagtgagtatataaagacacgatatactggattaaaatggttttagccgttttaaaagttttaaaatt
gi|14 : aaaaatcactaaaagtaaaataatcattaaaacgaataaaaagcattattattaataaaaaaatctgaatggttttgtatgtcatatccacca-----AAT--TGGGAGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCAATTAAATATTGTTTGATGACCTTCGTATCGTCATTC--ACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TATAA-----CAT--GTTA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAC-T-AA--AT-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---G---T--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGACGCTTAACCG---------AT--------GTTA-GAAAATCCCTTTCC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AAATA-TCCTT-T------------T-----GACAATATGGGGTTTGTG-A----------TACA-----------ATAT--ATAT-----A---A--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-AA----GCCAATTTT--ATAAGTTTG--AAACAT--CCT--GA-TAAATTCtt
gi|15 : catttagtttttaaaggcagtttatcaggaaataatgctataaaataaaataatTAAAGG--GAG--TATATC-AGCA-A-AAA-------AGAG-TTATA--AATAGTT-TT----------------------------TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--A-TAAAA-T---C--CAAATGGTTTG-GTA------T-A---TCAA---ATCCA--CC-A-AA-AAGTGAC-A-AA-A----------TCGAT---------------------GTGGTAA-ACTTGAAA--CAAAATCCCCA-T-T-TTTA-AAC-TAG--ACA--------GCATTTAAATACTGTATGACGACCTTCACATTGTCATTCAGACTCT---TTC--AAAG---ATGTAACAAATTTT-TACTA-----CAT--GTA--------------AACAGAT-CAA----ATT----CTAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTAAATACATCA--CAATGTATGACT------ATG-----TTGCAATTTTAAGC---G---T--------GAAAC-CTATc
gi|16 : ctTTATATACTGTTTGACGACCTTGGCA-------TCG---TCA---TTC--TGA----------C-TATTTC-TA--A-----GAT--G-AA-AC--------------AAT-T-------TTGAAATAAAA-ATGAAAT-CGAC--GC-GTGACTCATTTAGTATGTTA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAAC---AACAG--------GAAAT-TTATTTTAGCCT---AACCTCGTCGGGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAAGCCCTTTTC------GTATATA-----TATGTT-TAG--GCCATATCGTT----GATT-ATATA-T
gi|17 : caatatgtggaggaggtcgaaatgaaaaaaaattatcattttacatatcactaccggattcataggttcacggtTAAAGG--GAGCCTGTATT-AGGA-T-AAA-------AC-T-CTATA--TAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATGAAT--TA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--AGTA-TATAA-A---C--CGAATAGTTTA-GTA------T-G---TCAA---ATCCA--CC-A-AA-ACGTGAC-A------------------ATAT-GTG-----AAT--TAG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAA--TCCCA-T-T-CTAA-AAA--AG--CCA--------GCACTTGAATACTGTTTTACAACCTTCACATCGTCATTCTGA--CT---TTC--TCAA---ATGAAAC-AATTTT-TACTATGACTTGT--GTTA-ACTTATAT----AACGTAT-CAA----ACTGAAATCAAA-Agcatatttaagtccagtgatttaattaca
gi|18 : GAA--TGCATC-AG-----AAA-------AC-A--TATA--AAT-GTC-T------AA--A-TCA-AA---TTATT-T-TT---T-AATGTGAAT--AA---A--ACCAATCTAGTTATCATTTA--TA--A--C-TGAAA-T---T--CGAATGACTTG-GAA------T-----TTAA---AACCG--CC-A-TA-ATGTAAC-ACAA-A----------TTGATAT-TT------AAT--TTA-AGT-GTGA-AGTCGAAA--TAGAATTCTTA-T-T-CCAAGAAA-TA-----A--------GT-------CACTGCTGGACTACCTTCAACGCGATATTCGGACTCCATATTCGGCAAGAACATG--AC-AAT-----------------------------TAT----AAAGGAC-TAA----ACCGAAA--AAATATGAAGT-C-AC--GT-G--A
gi|19 : caatA---TAATTTA-TC---A-AA---GGA----A---T--AAGT------TTATGTTTGA--TATGA--A-TATAA-AGCAC--CAATTA--TTG-GAA------T-T---TCAA---ATCTG--CT-A-AA-ACGTGAC-A-TG-A----------TTG-----CCA-----AAG--TGG-ATAGGTGA-AATCAAAA--CGAAGTCATCA-A-T--TAA-ATA-T-----CAT-------GCAC----GCACTACCTGGTGACCTAAACCTCGTCATTCCAAC------TTC--CAAT---ATCAACT-AAATTG-CATTA-----AAC--GT-A-GCCAATATGGGGAATGAAT-CAA----ACCAAAATTGAA-TTGGAGT-C-
gi|2 : ttaaagggagtgtgtcatttaatttgctTAAAGGTAGAG--TATA---AGGATA-AAA-------AC-G-TTATA--AAT-CTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---CAAAT-A-TC---A-AT-ATGGAT--AA---A--AGGCATCTCATTATCATTAT--TA--T--A-TATAA-A---C--CGAATAGTTAAAGTT------A-A---TCAT---AAACA--CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------CCAATAT-GTA-----AAT--TGG-AATGGTAT-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-TAAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGTTTGACGACTTTCGCATTGTCATTTTGATTCT---TTT--TAAG---ATGAAGC-AATTTT-TCTTA-----CGT--GTGA-ACCTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AT--GG-G--ACTCATTTAATACGTCA--TAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCATAGCTC---------AA--------GTTA-AGAAAGCCCTTTTA------A-ATATA-----T-CATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AGATA-TCGTT-T------------T-----GGCAATACGGCGTCAGCGCATATATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-T-----T---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTGT--AAAATTTGG--GAAAAT--CCC---A-TATATTCccattgct
gi|20 : AAAGG--GAG--TACATC-AGGA-A-AAA-------AT-G-ATATA--AAT-TTC-------AAA--A-TGA-AA----AATTCA-TT---A-AA-ATGGAT--GA---A--AACCATCTCATTATCATCAA--TA--A--A-TAAAA-T---C--CAAATGGTTTG-GTA------T-G---TCAA---ATCCA--CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------TCAATAC-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--C-AAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCATTTTAATACTGCTT-----------CA-CGTCATTC--ACTTA---TTC--TTAG------------------TATTA-----CGT--GTAA-GACTGTAT----
gi|21 : TCAGG-ATAAAACGC-AC--AT-A--ACTCATTTT-TACGTCA--CAG------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------AAAAT-ATATTTAAGTCT---AACTAAGGCGCGTAGCCC---------AA----------TA---AAAACATTTTTC------A-AAATA-----T-TATT-TTT--G-CATCT--TT----AAAT-ATTTA-TCTTT-T------------T-----GGGAATACTGGGACAGTG-G-GTATA----TATA-----CGCATGGTAT--AT-T-----GAGAA--A--AAAA----------T-GA--T-TT-T-A-----GTCAATTTT--AAAATTTTGGAAAAAAA--CCCATGA-TGTATTCcaat
gi|22 : AA-ATGAAAC-A-AT--AC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CTT------AAT--------G-----TTACACTTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CAATTTCAGTCT---AACCCAGGCGAGTAGCTT---------AAGTAGATATGTTA-GGAAATCCTTTTAA------A-ATATA-----T-TAAT-TAG--G-CATGT--TA----AAATAAGATA-TCATT-T------------C-----GGCAATACGTGGTTA-TG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--TT-T-----G---G--A--AAAA----------T-ATGTT-TT-T-A-----GCCAATTCT--AAAAGTTTG--AAAAAT--CCT--GA-TAcc
gi|23 : TAAAGG--GAG--TATATC-ATG--A-AAA-------AC-A-CTACT--TAG-GTA-TT--A-AAA--ATTGA-AA---TTATT-T-GT---A-AG-ACGGAT--AC---A--AAGCATATCTTAATCATAAA--TA--G--A-TAAAA-T---C--CAAATGGTTTG-GCA------A-A---TCAA---ATCCA---C-G-AA-ATGTGAC-A-AA-AAAT-------TAAATAT-TTAATTTTAATCATGG-AATGGTAA-ACTT-------------TCCA-T-T-CTAA-GAA-CAG--ACA--------CCACTTAAATACTGCTTAACAACATTCAC----TCATT
gi|24 : TGATTTG-GTA------T-G---TCAA---ATCTA--TCAA-AA-ACATGAC-A-AT-ATCATTTTTTTTCAATAT-TTA-----AAT--TTC-AGTAGTAA-ACTTAAAA--CGAAATCCACA-T-T-CATA-TAA-TAG--ACA--------GCTCTTTAATACTGTTTGA-G--CTTTACATCATCATTTTGACTCT---GTC--TAAG---ATAAACC-A--TTT-TACTA-----TAT--GTTT-GCCTTTAT----ATCGGAT-CAA----ATTGAAATTAAC-ATTAAAT---AC--Gtttc
gi|25 : A-GTGGTT--AATTTA--AAGCATCTAATTATCATTTA--TA--A--C-T--AA-A---CTGCGAATA---TA-CTG------T-GATTTCAT---ATCTG--CC-T-AA-ATGTGAC-A-AACG----------TCT-TAT-TTT-----AAT--CAG-AATGGTGA-AATCGAAT--AAAAAT------T-T-CTAA-AAA-TAA--ATA--------TCATGCATGTACTGGTTAATGACCTTCATTTCATCAtcaca
gi|26 : ttaaagcatggatccagaggtacatgtgctggtgaaactctg---TTC--TAAG---GTGAATC-AATCTC-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGTT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAGAC-C-AC--GC-G--ACTCATTTCATGCGTAA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCA---------TA--------GTTG-GGAAATCCCTT
gi|27 : TA-GGAAAGCCCTTTTT------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-GATGT--TT----AAAT-ACATA-TCGCT-T------------T-----GATAATATGGGGTCTGTG-A-GTATATCATTATA-----AGCATGGTAT--ATATAGGG-G---G--A--AAAA----------T-GT--T-TT-T-A-----TCCAAGTTT--AAAATTTTG--AAACCC--CCC--GA-TATATTC
gi|28 : AAAGG--TAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------AT-G-CTATA--AAT-ACCTTT--A-AAA--A-T-T-AA---TAATT-A-TT---G-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--A-TAAAA-T---C--CGAATGGTTTG-Gc
gi|29 : GAG--TATATC-AGGA-A-ACA-------AT-G-CTTTA--ATT-GTCTTT--A-AAA--A-T-----------TT----------------GAT--AA---A--GTGCTTCTAATTATCATAAA--TA--A--A-TAAAA-C---T--CGAATGG
gi|3 : cacatgacccttaattg--TATATC-AGGA-A-AAA------------TTATATCAAT-GT--TT--A-AAACAA-TAACAA---TATTT---CT---A-AA-CTGAAT--GT---A--AACTATC-CATTGTCATTAA--TA--A--A-TAAAA-T---A--CAAATGATTTG-GTT------T-----TAAA---ATCTG--AC-A-AACATGTCA--A-AA-A----------GCAATAT-TTT-----AAT--TGG-AGTG---A-A-TTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------ACATGCAAGTACTGCTTGGTGACCTTCACCTCATCCTTTGAACTCA---TTT--T------------C-AATTCTATA--A-----CAT--ATAA--CCTGTAA----GACTGAT-CAATCAGATCACAATCAAA-ATTGACT-T-AT--TTTG--GCTTGTTCAATACTTCA-------------T------AC---------CAATTTTAAGC---A---A--------GAAAT-CTATTTAAGTCT---ATCCTGTGTGTGCAGGTC---------AA--------GTTA-GGAAATTCCTATTT------A-ATCTA-------TATT-TTG--G-CCTGT--TT----AAAT-AGATA-TCCTTATAATAAAGTTATAT-----AGCAATATGGGCTCAGTG-A-TTATA----TCTAATCACAGAACGATTT--AT-T-----G---G--A--AAAAGATGTATTACT-A---T-TT-T-A------CTAATCCTAAAAAATTTT---AAAAAG--CCT--GA-TGTA
gi|30 : aggtggta-A-GTATA----TATA-----GACATGATAT--AT-T-----G---GGAA--AAAA----------T-G---T-TTAT-A-----GCCAGTTTG--AGAATTTTG----AAAT--CCT--GA-TATATc
gi|4 : ataaatctatatattcaaaacttgtgcaGAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------TC-A-CTACA--AAT-GTC-TTGGA-AAA--G-TAA-AA---TAATT-A-TTTTTA-AC-ATGTAT--AA---A--AAGCATCTCATTATAATCAA--TT--A--A-TTAAA-T---C--TGAATGGTTTG-GTG------T-A---TCAA---ATGAAAACC-G-AA-ATGGAAC-A-AA-A----------ACAATGT-TTC-----AAT--TGA-AGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTAAAATATTGCTTGGTGACCTTCACATCATTATTCAGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AAATTT-TACAA-----TGT--GT------------------------AA----ATTGAAATTAAA-ATGAAAT-A-AT--GT-G--ACTAATTTATTACGTCA--CAA------AAT------TTA-----TTGTAATTCTAAGC---A---G--------GAAGT-CGTTTTTAGTCT---GATCTAGGGGCCTAACCC---------AA--------GTAA-GGAAACCCCTTTTC------A-ATATA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----GAAT-AGATA-TCCTT-T------------T-----GGCAACATGGGGTCAATG-A-GTGTA----TATG-----GGCGTGATAT--AT-T-----G---G--T--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCAAATTTC--AAAACTATG--AATAAT--CAT--GA-TATATTC
gi|5 : agcTAAAGG--GAG--TGTATC-AGGA-A-AAC-------AC-G-CCATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--AATAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATTGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATAAA--TG--A--A-TATAA-A---C--CTAATAGATAA-GTA------T-A---CCAA---ATCCA--TC-A-AA-ACGGGAC-A-AA-A----------TCTATAT-GTA-----AAT--TGA-AGTG----------AAA--CAAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAGGACTGTTTGATGACC-----ATTGTTATTCTGACTCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-AATTTT-AACGG-----CGT--GTAA-ACTTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTAAAATCAAA-ATAAAAT-C-AT--GT-G--ACTCTTTCACTACCTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCC---AACCTAGGCGCATAGCCC---------AA--------GTTA-GGAATT--TTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-TATGT--TT----AAAT-ATACA-TCTTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTACA----TATA-----ACCAT-ATA-------------------A--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCTAATTTT--AAAATGTTG--AGAAAT--CTT--GA-TATATTCcc
gi|6 : tTAAAGG-C-AG--TGTATCCAGGA-A-AA---------T-GACTATA--AAT-GT--TT--ACAAA--A-TAA-AATTTTAA-T-G-TT---T-AA-ATTGA---AA---ATTAAGTATTTAATTGTCATTTA--TA--A--T-TAAAA-T---A--TGAAC--------TA------T-T---TCAG---ATCTG--CC-ATAA-ACATGAT-A-AA-A------------AACAT-GTT-----AAT--CTG-AGTG-------TTGAAA--AAAAGTTTGTA-T-T--TAC-AAG-C----AC---------GCAC--AAA------TTGATGAACTTCGCTTTATCAGTTTGACTAT---ATC--TAAT---TTGAATA-AAATTC-AACAA-----TAT--GTAA---CGG--T----AACAGATGCGA------TG-AATCAAA-CT-AAAT-C-ACGTGT-G--ACTCATTTGATATGT-ATTTAA------AATTAAAAAGTA-----TTGC-ATTTTATGC----------------AAAAA-CTTTTTTAGTGT---AATGTGCATGTGTA-CTC---------AA--------GTT------ATATATTTTC------A-GTAAA-----T-TGTT-TTT--G-CATGT--TG----AAAT--TGTT-TTGTT-T------------TTTGGGGGGAAGAAGGACTCGGTC-A-GTA--------------------GA-A---AA-T-----G---G--A--AAAAAG--------T-G---T-TTGT-ATTTTTGCCAATTCT--AAAATTTTA--AAAAGT--TAC--TATTATATa
gi|7 : tAAGG--GAG--TATAAT-AGGA-A-A----------T-G-CTATA--AAT-GTC-GT--A-AGA----CAA-AA---T---T---TT---AGAA-ATGGTT--AA---A--AAGCATCTTAGTTTCATAAA--TA--A--A-TAAAA-T---C--CGAATTGTTTG-GTA------C-G---TCAA---ATCAA--CC-G-AC-ATGTGCC-A-AA-AAA--------T-GATAT-TTA-----AGT--TGG-TGTGATAA-ACTTCAAA--CAAAATCC--A-T-T-CTAA-AAT-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCATGGTGATCTTCGCATCTTCATTCACACCCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-A--TTT-TACTA-----CGTTAATAACATCTGAAT----AACGAAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAG-C-AC--AT-G--ACGCATTTAATACGTCA--CAA------ACC------ATG-----TTGCAATTTTAAGG---G---G--------GAATT-CTATTTTGGACT---AACATAGACTCGTAGCCA---------GA--------GTTA-GGAAATCCCTTCCC------A-ATATA-----T-TATTATTATTG-CATG---TT----AAAT-AGATA----TG-T------------A-----GACAATGCGGGGACAGTT-C-GTATA----TATA-----GGCATGTCAT----------------------AAA----------T-T---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAATT--Catattacatt
gi|8 : tTAACATTTGAAAGATGGAATCCAAAAT-T-CTAA-AAT-TAA--ATA--------TCACACATATACTGCTTGACTATCTTCAACTCATCATATGGACTCT---CTC--TAAG---ATAAACC-AATTTC-AACAA-----TAT---CCA-ACCAAAGT----AGCAAAT-CAA----ATCCAAATCAAA---CAAGT-T-AC--AC-A--AATCATTTTATGCG-CAC-CAA------AGTGCA---ATGTATTTTTG-TATTTTA--------------------------TATTTTAGTCT---AATTTAGGCAAGTAGtg
gi|8 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataatTTTT------A-GTCTA--------ATT-TAG--G-CAAGT--------AGGT-AAAGG---GTT-A------------T-----GGCAATAAACACTCAGTG-A-GTATA----TCAA-----AGCATGCTGTGGAT-TGAAAAG---A--A--AAAA----------C-G---T-TT-T-T-----GTCAATATT--AGAATTTTA--AAGAAgtaaagggttatggcaataaacactcagtgagtatatcaaagcatgctgtggattgaaaagaaaaaacgtttttgtcaatattagaattttaaagaa
gi|9 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataattaacatttgaaagatggaatccaaaattctaaaattaaatatcacacatatactgcttgactatcttcaactcatcatatggactctctctaagataaaccaatttcaacaatatccaaccaaagtagcaaatcaaatccaaatcaaacaagttacacaaatcattttatgcgcaccaaagtgcaatgtatttttgtattttataTAAAGG-C-AG--TGGGTC-AGGA-A-AAG-------TT-G-TTATA--AAT-CTC-T-------A--A-TAA-AA---GAATA-AGTT---A-AA-ATGAAA--AT---A--AAGCAT----------TTAA--T-------------------------TGATTTG-GAAA-----T-T---TCAA---ATCCA--CC-C-AA-ATGTGACTA-AA-A----------ACAACAT-TTT-----AAT--CAA-AGTGGTGA-AATCAAAA--AGAAAT-CTCA-T-T-CTAA-AAA-TAACTACATGTGTCATGCA-TTCAGTA---TTTGACAGCCT--------TTATTTAGACACT---TTC--TAAG---ATGAACCTAATTAA-TAATA-----TGT--ACAA-A-----AT----GGCAGAT-CAA----ATAAAAAGCAAA-CTGAAGT-C-AC--AC-G--ACTCA----------CA--TTG------AA---------------TTGCAATTTTACGC---A---GATTTAGAAGGAATGTTATTCTAGTGT---AATATGTGCACATAG----------------------GTC----AAATC------C------A-ATACA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----CAAT-ACATG-TAGCT-T---------------------AAT-----GTT--------TTTA----TTTA-----AGCATTATAT--AT-TTTG--G---G--G--GAAA----------T-G---T-TT-T-------GCCAATTCC--AAAGTATAA--AAAAATACCCC--CA-TA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111 2222222222222 1111111111111111 1111111111111111111 111111111111111111 222222222222 1111111111111111
lowQualScore : 33 33 2 2 2 6666666 2 33 55 2 44 3333 22 4 0 2 333 1 3333333333 1 22 333 22 0 0 22 22 22 1 22 1 6666 0 0 22 000000000 55555 2 2 2 2 2 2 1111111111111 44 777777 22 2 1 2 333 1 1 1 1 1 222 88888888 00 1 2 2 8 333 22 333 1 3 33 44 7777777 22 2 7777777 3333 1 4444 1 1 1 22 22 22 55 666666 999999 55555 3 4444444444444444 2 333 3333333333333333333 2 666666 2 55555 2 2 33 2 33 4444 2 1 2 2 2 555555555555555555 0 2 2 4444 666666 33 4 222222222222 33 7777777777777777 2 4 8888888 33 33 33 444 2
lowQualScore : .. .. . . . ....... . .. .. . .. .... .. . . . ... . .......... . .. ... .. . . .. .. .. . .. . .... . . .. ......... ..... . . . . . . ............. .. ...... .. . . . ... . . . . . ... ........ .. . . . . ... .. ... . . .. .. ....... .. . ....... .... . .... . . . .. .. .. .. ...... ...... ..... . ................ . ... ................... . ...... . ..... . . .. . .. .... . . . . . .................. . . . .... ...... .. . ............ .. ................ . . ....... .. .. .. ... .
lowQualScore : 22 11 1 1 1 8888888 1 44 00 1 33 0000 88 0 6 0 333 0 2222222222 8 55 222 55 3 3 66 66 66 9 66 7 0000 2 8 66 111111111 99999 0 0 0 0 0 0 7777777777777 88 888888 66 0 8 8 000 8 8 8 8 8 666 44444444 66 7 0 3 1 222 55 222 7 6 33 33 5555555 55 5 3333333 9999 9 0000 7 8 8 66 00 88 00 111111 777777 33333 8 4444444444444444 1 999 9999999999999999999 2 444444 2 66666 2 2 11 2 11 7777 2 0 2 6 4 111111111111111111 1 2 2 7777 999999 11 4 555555555555 11 5555555555555555 2 4 2222222 11 11 44 333 7
consensus : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--ATA-AA--ATC----CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
Reference ( family-48 ) : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--ATA-AA--ANC----CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
gi|1 : TAAAGA--GAG--TATTTC-AGGA-A-AAAGGAAAAAAC-G-CTTTAC-AAT-GCC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---CAGTT-A--------AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCAGTAA--TA--G--ATA-AA--ATA----CTTATAATTT--GGCA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A---------------------------AT--TGG-AGTGGTTA-ACTTGACA--CGATATTCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------TCACTTAAATACTACTCGATGTCCTTTACGTTGTTATTCAGAATCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-TATTTT-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTATAT----AAAGGAT-CAA----ATTGGAATCCAA-ATGAAAT-C-AC--AT-G--ACTCATATAATACATCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---A---G--------AAAAT-CTATTTTGGTCT---TACCTAGGCGCATAGCCCAAGTAATAGAA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTCAATACAA-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TTAAAAAAAA-AAACA-TCCTT-T------------T-----GGCAATTCAGAGTCAGTG-A-G--TA----TATA-----GGTTTGATGG--AT-T-----G---G--A--AAAAAGG-------T-G---T-TT-T-G-----AGCAAATTT--AAAATTTTG--AATAAA--CCT--GA-TA
gi|10 : t-AGGA-ATAAC-------AC-G-AAATA--AAT-GCC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---G-AA-ATGGATGAAA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--AA--A--A-A-CATCAAC----CGAATAGCTT--AGTACATGTAT-ATCAAATATA----CC-C-AG--CGTGTC-A-AA-A----------T-GATAT-ATA-----AAT--TAT-AGTGGTAA-ACTTAAAA--CGACATTCCCA-T-T-GTAA-AAA-TAG--ACA--------TTCTTTAAATACTGTTTGCCGACCTTCGCATCGTCATTCTGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTT------------------TGA-A----------------AT-CAA----AATGAAATCGA----------C-GC--GT-G--ACTCATTTAAAACATCA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAACAATA---G--------GAAAT-TTATTTTAGTCT---AACATAGTCGGGTA-----------------------------GAAAGCCCTTTTC------A-ATGTA-----T-TATT-TTG--G-CAGGT--TT----TAAT-AAATA-T--TT-T------------T-----GTCAATATGGGGCCAGT-----TA----------------GCATGGCAT--TT-T-----GAAAA--A--AAAA----------T-G---T-TT-TCA-----GCCAATTTT--AAATTTTTT--AAAAAT--CCT--GA-TA
gi|11 : aTAAAGG--GGA--CGTCTC-AGGA-T-TAA-------AC-A-CTATA--AAA-GTC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---TA-----------------TGAAT--AA---A--AAGCATCGCATTATCATTAA--TA--A--ATA-TA--AGT----CGAATAGATC--AATA------TAGT--AATCCA----CC-A-AA-ACTT-AC-A-AA-A----------TCGATAG-GTA-----AAG--TGT-AGTGGTAA-ACTT-AAA--CGAAATCACCC-T-T-CTGA-AAA-TA-------------------------CTGTTTGACGACCTTCGCATAGTCATTCTGATTCT---T--------------AAA---------------------T--GTAA-ATCTGTAT----AATGGAG-CAA----ATTGAAATCAAA-ATG-AAT-C-GC--GC-----C------------TCA--CAA------AAT------ATA-----TTGGCATTTTAAGC---T---G--------GACAT-ATATTTAAG-CT---AACCTAGGCGCGCAGCCC---------AA--------GTTACGAAAAT--CTTTTC------A-ATGTATATAGT-TGTT-TTT--G-CATTT--TT----ATAT-AGATA-TCATG-T------------T-----TTCAATACCGAGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-C-----G---GGAA--AAAA----------T-G---TGTT-T-A-----GCCAATTTT--ATTGTTTTA--AACAAT--CCT--GA-TATACTc
gi|12 : tTAAAGG--GAA--TATATC-ATGA-A-AAG-------AC-G----------------TT--A-TAA--A-TG-------TA-TT---TT---A-AA-ATG-----------------AT---ATTATTATTAAAATG--G--CTA-AA--AACATCTC---TTTTTT--GTTA------A-G--AAAT----------A-AA-ATTTGAA-T-GG-T----------TTGGTATGTCA-----AAT--CCA------TCA-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-TGCTAA-AAAATCG--ACA--------ACACTTAAAAACTTCTTGA------------CATCATTTGGACCCT---TGC--CAAG---ATGAAAC--ATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ATCTGTGT----AACGGAT-CAA----ATTAAATTCAAA-GTGGAAT-C-AC--TT-T--AAACATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----------TTTTAAAC---T---G--------GAAAT-CTATCTTAGTCT---TACCTACGCGCGTAGCCC---------A----------------------CTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTA--G-CATGT--TT----TAAT-ACCTCTTCCTT-T------------T-----GGCAAAACCGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GACATCAAAT--AC-TGG---G---G--A--AAAA----------C-G---T-GT-TAA-----GTTAATTTT--AAAAGTTGG--ACAAAT--CCT--GA-t
gi|13 : T--A-AAA--G-TAA-AA---TAATC-A-TT---A-AA-ACGAAT--AA---A--AAGCAT-----TATTATTAA--TA--A--A-A-AA--ATC----TGAATGGTTT--TGTA------T-GTCATATCCA----CC-A-AA-ATGTGAA-A-AA-A----------TCTATAT-ATA-----TAT--caatactt
gi|13 : aaaaatcacAA-ATGTGAAA----AAATCTATA-TAT-ATAT-ATA-TAT--ATA--------GCATTTAAATACTGCATGACGATATTTGCATCGTCATTTGGACTCT---TTC--TAAG---GTGAAAC-AATTTT-TACTA------GT--GTAA-ACCTGTAT----AATGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-CC--GC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTTCAATTTTAAAT---G---G--------GAAA--CTATTTTAAGCTATAAACCTAGACTGGTAGCCC---------AT--------GTTA-GGAAATCCCT---------------TA-----T-TA----TG--G-CATGT--TT----AAAT-GTATA-TATTT-T------------C-----GGCAATATGGGATCAGTG-A-GTATA----TAAA-----GACACGATAT--AC-T-----G---G--ATTAAAA----------TGG---T-TT-T-A-----GCC-GTTTT--AAAAGTTTT--AAAAatatatatagcatttaaatactgcatgacgatatttgcatcgtcatttggactctttctaaggtgaaacaatttttactagtgtaaacctgtataatggatcaaattgaaatcaaaatgaaatcccgcgactcatttaatatgtcacaaaatatgtttcaattttaaatgggaaactattttaagctataaacctagactggtagcccatgttaggaaatcccttattatggcatgtttaaatgtatatattttcggcaatatgggatcagtgagtatataaagacacgatatactggattaaaatggttttagccgttttaaaagttttaaaatt
gi|14 : aaaaatcactaaaagtaaaataatcattaaaacgaataaaaagcattattattaataaaaaaatctgaatggttttgtatgtcatatccaccaTAAAGG--CAG--TTTATC-AGGA-A-ATA-------AT-G-CTAT-----------------AAA--A-TAA-AA---TAATA-A-TTG--G-GA-GTGG-T--AA---A--tt
gi|14 : catttagtttt-----AAT--TGGGAGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCAATTAAATATTGTTTGATGACCTTCGTATCGTCATTC--ACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TATAA-----CAT--GTTA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAC-T-AA--AT-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---G---T--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGACGCTTAACCG---------AT--------GTTA-GAAAATCCCTTTCC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AAATA-TCCTT-T------------T-----GACAATATGGGGTTTGTG-A----------TACA-----------ATAT--ATAT-----A---A--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-AA----GCCAATTTT--ATAAGTTTG--AAACAT--CCT--GA-TAAATTCcttgaaatgaaatccccattctaaaaatagacagcaattaaatattgtttgatgaccttcgtatcgtcattcactctttctaagatgaaacaatttttataacatgttaacctgtataacggatcaaactgaaatcaaaatgaaactaaatgactcatttaatatgtcacaaaatatgttgcaattttaagtgtgaaatctattttagtctaacctagacgcttaaccgatgttagaaaatccctttccaatatattattttggcatgtttaaataaatatccttttgacaatatggggtttgtgatacaatatatataaaaaaatgttttaagccaattttataagtttgaaacatcctgataaattcc
gi|15 : catttagtttttaaaggcagtttatcaggaaataatgctataaaataaaataatTAAAGG--GAG--TATATC-AGCA-A-AAA-------AGAG-TTATA--AATAGTT-TT----------------------------TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--ATA-AA--ATC----CAAATGGTTT--GGTA------T-ATCAAATCCA----CC-A-AA-AAGTGAC-A-AA-A----------TCGAT---------------------GTGGTAA-ACTTGAAA--CAAAATCCCCA-T-T-TTTA-AAC-TAG--ACA--------GCATTTAAATACTGTATGACGACCTTCACATTGTCATTCAGACTCT---TTC--AAAG---ATGTAACAAATTTT-TACTA-----CAT--GTA--------------AACAGAT-CAA----ATT----CTAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTAAATACATCA--CAATGTATGACT------ATG-----TTGCAATTTTAAGC---G---T--------GAAAC-CTATc
gi|16 : ctTTATATACTGTTTGACGACCTTGGCA-------TCG---TCA---TTC--TGA----------C-TATTTC-TA--A-----GAT--G-AA-AC--------------AAT-T-------TTGAAATAAAA-ATGAAAT-CGAC--GC-GTGACTCATTTAGTATGTTA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAAC---AACAG--------GAAAT-TTATTTTAGCCT---AACCTCGTCGGGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAAGCCCTTTTC------GTATATA-----TATGTT-TAG--GCCATATCGTT----GATT-ATATA-T
gi|17 : caatatgtggaggaggtcgaaatgaaaaaaaattatcattttacatatcactaccggattcataggttcacggtTAAAGG--GAGCCTGTATT-AGGA-T-AAA-------AC-T-CTATA--TAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATGAAT--TA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--AGTATA-TA--AAC----CGAATAGTTT--AGTA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACGTGAC-A------------------ATAT-GTG-----AAT--TAG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAA--TCCCA-T-T-CTAA-AAA--AG--CCA--------GCACTTGAATACTGTTTTACAACCTTCACATCGTCATTCTGA--CT---TTC--TCAA---ATGAAAC-AATTTT-TACTATGACTTGT--GTTA-ACTTATAT----AACGTAT-CAA----ACTGAAATCAAA-Agcatatttaagtccagtgatttaattaca
gi|18 : --GAA--TGCATC-AG-----AAA-------AC-A--TATA--AAT-GTC-T------AA--A-TCA-AA---TTATT-T-TT---T-AATGTGAAT--AA---A--ACCAATCTAGTTATCATTTA--TA--A--CTG-AA--ATT----CGAATGACTT--GGAA------T--TTAAAACCG----CC-A-TA-ATGTAAC-ACAA-A----------TTGATAT-TT------AAT--TTA-AGT-GTGA-AGTCGAAA--TAGAATTCTTA-T-T-CCAAGAAA-TA-----A--------GT-------CACTGCTGGACTACCTTCAACGCGATATTCGGACTCCATATTCGGCAAGAACATG--AC-AAT-----------------------------TAT----AAAGGAC-TAA----ACCGAAA--AAATATGAAGT-C-AC--GT-G--A
gi|19 : caatA---TAATTTA-TC---A-AA---GGA----A---T--AAGT------TTATGTTTGA--TATGA--ATATAA--AGCA---CCAATTATT---GGAA------T-TTCAAATCTG----CT-A-AA-ACGTGAC-A-TG-A----------TTG-----CCA-----AAG--TGG-ATAGGTGA-AATCAAAA--CGAAGTCATCA-A-T--TAA-ATA-T-----CAT-------GCAC----GCACTACCTGGTGACCTAAACCTCGTCATTCCAAC------TTC--CAAT---ATCAACT-AAATTG-CATTA-----AAC--GT-A-GCCAATATGGGGAATGAAT-CAA----ACCAAAATTGAA-TTGGAGT-C-
gi|2 : ttaaagggagtgtgtcatttaatttgctTAAAGGTAGAG--TATA---AGGATA-AAA-------AC-G-TTATA--AAT-CTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---CAAAT-A-TC---A-AT-ATGGAT--AA---A--AGGCATCTCATTATCATTAT--TA--T--ATA-TA--AAC----CGAATAGTTAAAGTTA--------ATCATAAACA----CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------CCAATAT-GTA-----AAT--TGG-AATGGTAT-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-TAAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGTTTGACGACTTTCGCATTGTCATTTTGATTCT---TTT--TAAG---ATGAAGC-AATTTT-TCTTA-----CGT--GTGA-ACCTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AT--GG-G--ACTCATTTAATACGTCA--TAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCATAGCTC---------AA--------GTTA-AGAAAGCCCTTTTA------A-ATATA-----T-CATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AGATA-TCGTT-T------------T-----GGCAATACGGCGTCAGCGCATATATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-T-----T---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTGT--AAAATTTGG--GAAAAT--CCC---A-TATATTCccattgct
gi|20 : AAAGG--GAG--TACATC-AGGA-A-AAA-------AT-G-ATATA--AAT-TTC-------AAA--A-TGA-AA----AATTCA-TT---A-AA-ATGGAT--GA---A--AACCATCTCATTATCATCAA--TA--A--ATA-AA--ATC----CAAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------TCAATAC-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--C-AAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCATTTTAATACTGCTT-----------CA-CGTCATTC--ACTTA---TTC--TTAG------------------TATTA-----CGT--GTAA-GACTGTAT----
gi|21 : TCAGG-ATAAAACGC-AC--AT-A--ACTCATTTT-TACGTCA--CAG------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------AAAAT-ATATTTAAGTCT---AACTAAGGCGCGTAGCCC---------AA----------TA---AAAACATTTTTC------A-AAATA-----T-TATT-TTT--G-CATCT--TT----AAAT-ATTTA-TCTTT-T------------T-----GGGAATACTGGGACAGTG-G-GTATA----TATA-----CGCATGGTAT--AT-T-----GAGAA--A--AAAA----------T-GA--T-TT-T-A-----GTCAATTTT--AAAATTTTGGAAAAAAA--CCCATGA-TGTATTCcaat
gi|22 : AA-ATGAAAC-A-AT--AC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CTT------AAT--------G-----TTACACTTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CAATTTCAGTCT---AACCCAGGCGAGTAGCTT---------AAGTAGATATGTTA-GGAAATCCTTTTAA------A-ATATA-----T-TAAT-TAG--G-CATGT--TA----AAATAAGATA-TCATT-T------------C-----GGCAATACGTGGTTA-TG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--TT-T-----G---G--A--AAAA----------T-ATGTT-TT-T-A-----GCCAATTCT--AAAAGTTTG--AAAAAT--CCT--GA-TAcc
gi|23 : TAAAGG--GAG--TATATC-ATG--A-AAA-------AC-A-CTACT--TAG-GTA-TT--A-AAA--ATTGA-AA---TTATT-T-GT---A-AG-ACGGAT--AC---A--AAGCATATCTTAATCATAAA--TA--G--ATA-AA--ATC----CAAATGGTTT--GGCA------A-ATCAAATCCA-----C-G-AA-ATGTGAC-A-AA-AAAT-------TAAATAT-TTAATTTTAATCATGG-AATGGTAA-ACTT-------------TCCA-T-T-CTAA-GAA-CAG--ACA--------CCACTTAAATACTGCTTAACAACATTCAC----TCATT
gi|24 : TGATTT--GGTA------T-GTCAAATCTA----TCAA-AA-ACATGAC-A-AT-ATCATTTTTTTTCAATAT-TTA-----AAT--TTC-AGTAGTAA-ACTTAAAA--CGAAATCCACA-T-T-CATA-TAA-TAG--ACA--------GCTCTTTAATACTGTTTGA-G--CTTTACATCATCATTTTGACTCT---GTC--TAAG---ATAAACC-A--TTT-TACTA-----TAT--GTTT-GCCTTTAT----ATCGGAT-CAA----ATTGAAATTAAC-ATTAAAT---AC--Gtttc
gi|25 : A-GTGGTT--AATTTA--AAGCATCTAATTATCATTTA--TA--A--CTA-AA--CTG----CGAATATACT--GTGA------T-TTCATATCTG----CC-T-AA-ATGTGAC-A-AACG----------TCT-TAT-TTT-----AAT--CAG-AATGGTGA-AATCGAAT--AAAAAT------T-T-CTAA-AAA-TAA--ATA--------TCATGCATGTACTGGTTAATGACCTTCATTTCATCAtcaca
gi|26 : ttaaagcatggatccagaggtacatgtgctggtgaaactctg---TTC--TAAG---GTGAATC-AATCTC-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGTT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAGAC-C-AC--GC-G--ACTCATTTCATGCGTAA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCA---------TA--------GTTG-GGAAATCCCTT
gi|27 : TA-GGAAAGCCCTTTTT------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-GATGT--TT----AAAT-ACATA-TCGCT-T------------T-----GATAATATGGGGTCTGTG-A-GTATATCATTATA-----AGCATGGTAT--ATATAGGG-G---G--A--AAAA----------T-GT--T-TT-T-A-----TCCAAGTTT--AAAATTTTG--AAACCC--CCC--GA-TATATTC
gi|28 : AAAGG--TAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------AT-G-CTATA--AAT-ACCTTT--A-AAA--A-T-T-AA---TAATT-A-TT---G-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA--TA--A--ATA-AA--ATC----CGAATGGTTT--GGc
gi|29 : G--GAG--TATATC-AGGA-A-ACA-------AT-G-CTTTA--ATT-GTCTTT--A-AAA--A-T-----------TT----------------GAT--AA---A--GTGCTTCTAATTATCATAAA--TA--A--ATA-AA--ACT----CGAATGG
gi|3 : cacatgacccttaatt--TATATC-AGGA-A-AAA------------TTATATCAAT-GT--TT--A-AAACAA-TAACAA---TATTT---CT---A-AA-CTGAAT--GT---A--AACTATC-CATTGTCATTAA--TA--A--ATA-AA--ATA----CAAATGATTT--GGT-------T-TTAAAATCTG----AC-A-AACATGTCA--A-AA-A----------GCAATAT-TTT-----AAT--TGG-AGTG---A-A-TTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------ACATGCAAGTACTGCTTGGTGACCTTCACCTCATCCTTTGAACTCA---TTT--T------------C-AATTCTATA--A-----CAT--ATAA--CCTGTAA----GACTGAT-CAATCAGATCACAATCAAA-ATTGACT-T-AT--TTTG--GCTTGTTCAATACTTCA-------------T------AC---------CAATTTTAAGC---A---A--------GAAAT-CTATTTAAGTCT---ATCCTGTGTGTGCAGGTC---------AA--------GTTA-GGAAATTCCTATTT------A-ATCTA-------TATT-TTG--G-CCTGT--TT----AAAT-AGATA-TCCTTATAATAAAGTTATAT-----AGCAATATGGGCTCAGTG-A-TTATA----TCTAATCACAGAACGATTT--AT-T-----G---G--A--AAAAGATGTATTACT-A---T-TT-T-A------CTAATCCTAAAAAATTTT---AAAAAG--CCT--GA-TGTA
gi|30 : aggtggta-A-GTATA----TATA-----GACATGATAT--AT-T-----G---GGAA--AAAA----------T-G---T-TTAT-A-----GCCAGTTTG--AGAATTTTG----AAAT--CCT--GA-TATATc
gi|4 : ataaatctatatattcaaaacttgtgcaAGC--GAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------TC-A-CTACA--AAT-GTC-TTGGA-AAA--G-TAA-AA---TAATT-A-TTTTTA-AC-ATGTAT--AA---A--AAGCATCTCATTATAATCAA--TT--A--ATT-AA--ATC----TGAATGGTTT--GGTG------T-ATCAAAT--GAAAACC-G-AA-ATGGAAC-A-AA-A----------ACAATGT-TTC-----AAT--TGA-AGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTAAAATATTGCTTGGTGACCTTCACATCATTATTCAGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AAATTT-TACAA-----TGT--GT------------------------AA----ATTGAAATTAAA-ATGAAAT-A-AT--GT-G--ACTAATTTATTACGTCA--CAA------AAT------TTA-----TTGTAATTCTAAGC---A---G--------GAAGT-CGTTTTTAGTCT---GATCTAGGGGCCTAACCC---------AA--------GTAA-GGAAACCCCTTTTC------A-ATATA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----GAAT-AGATA-TCCTT-T------------T-----GGCAACATGGGGTCAATG-A-GTGTA----TATG-----GGCGTGATAT--AT-T-----G---G--T--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCAAATTTC--AAAACTATG--AATAAT--CAT--GA-TATATTC
gi|5 : TAAAGG--GAG--TGTATC-AGGA-A-AAC-------AC-G-CCATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--AATAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATTGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATAAA--TG--A--ATA-TA--AAC----CTAATAGATA--AGTA------T-ACCAAATCCA----TC-A-AA-ACGGGAC-A-AA-A----------TCTATAT-GTA-----AAT--TGA-AGTG----------AAA--CAAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAGGACTGTTTGATGACC-----ATTGTTATTCTGACTCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-AATTTT-AACGG-----CGT--GTAA-ACTTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTAAAATCAAA-ATAAAAT-C-AT--GT-G--ACTCTTTCACTACCTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCC---AACCTAGGCGCATAGCCC---------AA--------GTTA-GGAATT--TTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-TATGT--TT----AAAT-ATACA-TCTTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTACA----TATA-----ACCAT-ATA-------------------A--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCTAATTTT--AAAATGTTG--AGAAAT--CTT--GA-TATATTCcc
gi|6 : tTAAAGG--CAG--TGTATCCAGGA-A-AA---------T-GACTATA--AAT-GT--TT--ACAAA--A-TAA-AATTTTAA-T-G-TT---T-AA-ATTGA---AA---ATTAAGTATTTAATTGTCATTTA--TA--A--TTA-AA--ATA----TGAAC---------TA------T-TTCAGATCTG----CC-ATAA-ACATGAT-A-AA-A------------AACAT-GTT-----AAT--CTG-AGTG-------TTGAAA--AAAAGTTTGTA-T-T--TAC-AAG-C----AC---------GCAC--AAA------TTGATGAACTTCGCTTTATCAGTTTGACTAT---ATC--TAAT---TTGAATA-AAATTC-AACAA-----TAT--GTAA---CGG--T----AACAGATGCGA------TG-AATCAAA-CT-AAAT-C-ACGTGT-G--ACTCATTTGATATGT-ATTTAA------AATTAAAAAGTA-----TTGC-ATTTTATGC----------------AAAAA-CTTTTTTAGTGT---AATGTGCATGTGTA-CTC---------AA--------GTT------ATATATTTTC------A-GTAAA-----T-TGTT-TTT--G-CATGT--TG----AAAT--TGTT-TTGTT-T------------TTTGGGGGGAAGAAGGACTCGGTC-A-GTA--------------------GA-A---AA-T-----G---G--A--AAAAAG--------T-G---T-TTGT-ATTTTTGCCAATTCT--AAAATTTTA--AAAAGT--TAC--TATTATATa
gi|7 : tAAGG--GAG--TATAAT-AGGA-A-A----------T-G-CTATA--AAT-GTC-GT--A-AGA----CAA-AA---T---T---TT---AGAA-ATGGTT--AA---A--AAGCATCTTAGTTTCATAAA--TA--A--ATA-AA--ATC----CGAATTGTTT--GGTA------C-GTCAAATCAA----CC-G-AC-ATGTGCC-A-AA-AAA--------T-GATAT-TTA-----AGT--TGG-TGTGATAA-ACTTCAAA--CAAAATCC--A-T-T-CTAA-AAT-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCATGGTGATCTTCGCATCTTCATTCACACCCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-A--TTT-TACTA-----CGTTAATAACATCTGAAT----AACGAAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAG-C-AC--AT-G--ACGCATTTAATACGTCA--CAA------ACC------ATG-----TTGCAATTTTAAGG---G---G--------GAATT-CTATTTTGGACT---AACATAGACTCGTAGCCA---------GA--------GTTA-GGAAATCCCTTCCC------A-ATATA-----T-TATTATTATTG-CATG---TT----AAAT-AGATA----TG-T------------A-----GACAATGCGGGGACAGTT-C-GTATA----TATA-----GGCATGTCAT----------------------AAA----------T-T---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAATT--Catattacatt
gi|8 : tTAACATTTGAAAGATGGAATCCAAAAT-T-CTAA-AAT-TAA--ATA--------TCACACATATACTGCTTGACTATCTTCAACTCATCATATGGACTCT---CTC--TAAG---ATAAACC-AATTTC-AACAA-----TAT---CCA-ACCAAAGT----AGCAAAT-CAA----ATCCAAATCAAA---CAAGT-T-AC--AC-A--AATCATTTTATGCG-CAC-CAA------AGTGCA---ATGTATTTTTG-TATTTTA--------------------------TATTTTAGTCT---AATTTAGGCAAGTAGtg
gi|8 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataatTTTT------A-GTCTA--------ATT-TAG--G-CAAGT--------AGGT-AAAGG---GTT-A------------T-----GGCAATAAACACTCAGTG-A-GTATA----TCAA-----AGCATGCTGTGGAT-TGAAAAG---A--A--AAAA----------C-G---T-TT-T-T-----GTCAATATT--AGAATTTTA--AAGAAgtaaagggttatggcaataaacactcagtgagtatatcaaagcatgctgtggattgaaaagaaaaaacgtttttgtcaatattagaattttaaagaa
gi|9 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataattaacatttgaaagatggaatccaaaattctaaaattaaatatcacacatatactgcttgactatcttcaactcatcatatggactctctctaagataaaccaatttcaacaatatccaaccaaagtagcaaatcaaatccaaatcaaacaagttacacaaatcattttatgcgcaccaaagtgcaatgtatttttgtattttataTAAAGG--CAG--TGGGTC-AGGA-A-AAG-------TT-G-TTATA--AAT-CTC-T-------A--A-TAA-AA---GAATA-AGTT---A-AA-ATGAAA--AT---A--AAGCAT----------TTAA--T-------------------------TGATTT--GGAAA-----T-TTCAAATCCA----CC-C-AA-ATGTGACTA-AA-A----------ACAACAT-TTT-----AAT--CAA-AGTGGTGA-AATCAAAA--AGAAATCTC-A-T-T-CTAA-AAA-TAACTACATGTGTCATGCA-TTCAGTA---TTTGACAGCCT--------TTATTTAGACACT---TTC--TAAG---ATGAACCTAATTAA-TAATA-----TGT--ACAA-A-----AT----GGCAGAT-CAA----ATAAAAAGCAAA-CTGAAGT-C-AC--AC-G--ACTCA----------CA--TTG------AA---------------TTGCAATTTTACGC---A---GATTTAGAAGGAATGTTATTCTAGTGT---AATATGTGCACATAG----------------------GTC----AAATC------C------A-ATACA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----CAAT-ACATG-TAGCT-T---------------------AAT-----GTT--------TTTA----TTTA-----AGCATTATAT--AT-TTTG--G---G--G--GAAA----------T-G---T-TT-T-------GCCAATTCC--AAAGTATAA--AAAAATACCCC--CA-TA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111 2222222222222 1111111111111111 111111111111111111 222222222222 1111111111111111
lowQualScore : 33 33 2 2 2 6666666 2 33 55 2 44 3333 22 4 0 2 333 1 2222222222 1 22 333 22 555555 22 555 0 22 000000000 55555 2 2 2 2 2 2 1111111111111 44 777777 22 2 1 2 333 1 1 1 1 1 222 88888888 00 1 2 2 8 333 22 333 1 3 33 44 7777777 22 2 7777777 3333 1 4444 1 1 1 22 22 22 55 666666 999999 55555 3 4444444444444444 2 333 999999999 88888888 2 666666 2 55555 2 2 33 2 33 4444 2 1 2 2 2 555555555555555555 0 2 2 4444 666666 33 4 222222222222 33 7777777777777777 2 4 8888888 33 33 33 444 2
lowQualScore : .. .. . . . ....... . .. .. . .. .... .. . . . ... . .......... . .. ... .. ...... .. ... . .. ......... ..... . . . . . . ............. .. ...... .. . . . ... . . . . . ... ........ .. . . . . ... .. ... . . .. .. ....... .. . ....... .... . .... . . . .. .. .. .. ...... ...... ..... . ................ . ... ......... ........ . ...... . ..... . . .. . .. .... . . . . . .................. . . . .... ...... .. . ............ .. ................ . . ....... .. .. .. ... .
lowQualScore : 22 11 1 1 1 8888888 1 44 00 1 33 0000 88 0 6 0 555 6 9999999999 9 66 333 66 888888 88 555 1 66 111111111 99999 0 0 0 0 0 0 7777777777777 88 888888 66 0 8 8 000 8 8 8 8 8 666 44444444 66 7 0 3 1 222 55 222 7 6 33 33 5555555 55 5 3333333 9999 9 0000 7 8 8 66 00 88 00 111111 777777 33333 8 4444444444444444 1 999 444444444 11111111 2 444444 2 66666 2 2 11 2 11 7777 2 0 2 6 4 111111111111111111 1 2 2 7777 999999 11 4 555555555555 11 5555555555555555 2 4 2222222 11 11 44 333 7
consensus : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
Reference ( family-48 ) : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
gi|1 : TAAAGA--GAG--TATTTC-AGGA-A-AAAGGAAAAAAC-G-CTTTAC-AAT-GCC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---CAGTT-A--------AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCAGTAA------TAG--ATAAAATA---CTTATAATTT--GGCA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A---------------------------AT--TGG-AGTGGTTA-ACTTGACA--CGATATTCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------TCACTTAAATACTACTCGATGTCCTTTACGTTGTTATTCAGAATCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-TATTTT-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTATAT----AAAGGAT-CAA----ATTGGAATCCAA-ATGAAAT-C-AC--AT-G--ACTCATATAATACATCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---A---G--------AAAAT-CTATTTTGGTCT---TACCTAGGCGCATAGCCCAAGTAATAGAAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTCAATACAA-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TTAAAAAAAA-AAACA-TCCTT-T------------T-----GGCAATTCAGAGTCAGTG-A-G--TA----TATA-----GGTTTGATGG--AT-T-----G---G--A--AAAAAGG-------T-G---T-TT-T-G-----AGCAAATTT--AAAATTTTG--AATAAA--CCT--GA-TA
gi|10 : t-AGGA-ATAAC-------AC-G-AAATA--AAT-GCC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---G-AA-ATGGATGAAA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA-------AA--A-AACATCAACCGAATAGCTT--AGTACATGTAT-ATCAAATATA----CC-C-AG--CGTGTC-A-AA-A----------T-GATAT-ATA-----AAT--TAT-AGTGGTAA-ACTTAAAA--CGACATTCCCA-T-T-GTAA-AAA-TAG--ACA--------TTCTTTAAATACTGTTTGCCGACCTTCGCATCGTCATTCTGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTT------------------TGA-A----------------AT-CAA----AATGAAATCGA----------C-GC--GT-G--ACTCATTTAAAACATCA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAACAATA---G--------GAAAT-TTATTTTAGTCT---AACATAGTCGGGTA-----------------------------GAAAGCCCTTTTC------A-ATGTA-----T-TATT-TTG--G-CAGGT--TT----TAAT-AAATA-T--TT-T------------T-----GTCAATATGGGGCCAGT-----TA----------------GCATGGCAT--TT-T-----GAAAA--A--AAAA----------T-G---T-TT-TCA-----GCCAATTTT--AAATTTTTT--AAAAAT--CCT--GA-TA
gi|11 : aTAAAGG--GGA--CGTCTC-AGGA-T-TAA-------AC-A-CTATA--AAA-GTC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---TA-----------------TGAAT--AA---A--AAGCATCGCATTATCATTAA------TAA--ATATAAGT---CGAATAGATC--AATA------TAGT--AATCCA----CC-A-AA-ACTT-AC-A-AA-A----------TCGATAG-GTA-----AAG--TGT-AGTGGTAA-ACTT-AAA--CGAAATCACCC-T-T-CTGA-AAA-TA-------------------------CTGTTTGACGACCTTCGCATAGTCATTCTGATTCT---T--------------AAA---------------------T--GTAA-ATCTGTAT----AATGGAG-CAA----ATTGAAATCAAA-ATG-AAT-C-GC--GC-----C------------TCA--CAA------AAT------ATA-----TTGGCATTTTAAGC---T---G--------GACAT-ATATTTAAG-CT---AACCTAGGCGCGCAGCCC---------AAGT--------TACGAAAAT--CTTTTC------A-ATGTATATAGT-TGTT-TTT--G-CATTT--TT----ATAT-AGATA-TCATG-T------------T-----TTCAATACCGAGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-C-----G---GGAA--AAAA----------T-G---TGTT-T-A-----GCCAATTTT--ATTGTTTTA--AACAAT--CCT--GA-TATACTc
gi|12 : tTAAAGG--GAA--TATATC-ATGA-A-AAG-------AC-G----------------TT--A-TAA--A-TG-------TA-TT---TT---A-AA-ATG-----------------AT---ATTATTATTAAAATGGCTAA--A-AACATCT--C---TTTTTT--GTTA------A-G--AAAT----------A-AA-ATTTGAA-T-GG-T----------TTGGTATGTCA-----AAT--CCA------TCA-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-TGCTAA-AAAATCG--ACA--------ACACTTAAAAACTTCTTGA------------CATCATTTGGACCCT---TGC--CAAG---ATGAAAC--ATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ATCTGTGT----AACGGAT-CAA----ATTAAATTCAAA-GTGGAAT-C-AC--TT-T--AAACATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----------TTTTAAAC---T---G--------GAAAT-CTATCTTAGTCT---TACCTACGCGCGTAGCCC---------A----------------------CTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTA--G-CATGT--TT----TAAT-ACCTCTTCCTT-T------------T-----GGCAAAACCGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GACATCAAAT--AC-TGG---G---G--A--AAAA----------C-G---T-GT-TAA-----GTTAATTTT--AAAAGTTGG--ACAAAT--CCT--GA-t
gi|13 : T--A-AAA--G-TAA-AA---TAATC-A-TT---A-AA-ACGAAT--AA---A--AAGCAT-----TATTATTAA------TAA--A-AAAATC---TGAATGGTTT--TGTA------T-GTCATATCCA----CC-A-AA-ATGTGAA-A-AA-A----------TCTATAT-ATA-----TAT--caatactt
gi|13 : aaaaatcacAA-ATGTGAAA----AAATCTATA-TAT-ATAT-ATA-TAT--ATA--------GCATTTAAATACTGCATGACGATATTTGCATCGTCATTTGGACTCT---TTC--TAAG---GTGAAAC-AATTTT-TACTA------GT--GTAA-ACCTGTAT----AATGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-CC--GC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTTCAATTTTAAAT---G---G--------GAAA--CTATTTTAAGCTATAAACCTAGACTGGTAGCCC---------ATGT--------TA-GGAAATCCCT---------------TA-----T-TA----TG--G-CATGT--TT----AAAT-GTATA-TATTT-T------------C-----GGCAATATGGGATCAGTG-A-GTATA----TAAA-----GACACGATAT--AC-T-----G---G--ATTAAAA----------TGG---T-TT-T-A-----GCC-GTTTT--AAAAGTTTT--AAAAatatatatagcatttaaatactgcatgacgatatttgcatcgtcatttggactctttctaaggtgaaacaatttttactagtgtaaacctgtataatggatcaaattgaaatcaaaatgaaatcccgcgactcatttaatatgtcacaaaatatgtttcaattttaaatgggaaactattttaagctataaacctagactggtagcccatgttaggaaatcccttattatggcatgtttaaatgtatatattttcggcaatatgggatcagtgagtatataaagacacgatatactggattaaaatggttttagccgttttaaaagttttaaaatt
gi|14 : aaaaatcactaaaagtaaaataatcattaaaacgaataaaaagcattattattaataaaaaaatctgaatggttttgtatgtcatatccaccaTAAAGG--CAG--TTTATC-AGGA-A-ATA-------AT-G-CTAT-----------------AAA--A-TAA-AA---TAATA-A-TTG--G-GA-GTGG-T--AA---A--tt
gi|14 : catttagtttt-----AAT--TGGGAGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCAATTAAATATTGTTTGATGACCTTCGTATCGTCATTC--ACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TATAA-----CAT--GTTA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAC-T-AA--AT-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---G---T--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGACGCTTAACCG---------ATGT--------TA-GAAAATCCCTTTCC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AAATA-TCCTT-T------------T-----GACAATATGGGGTTTGTG-A----------TACA-----------ATAT--ATAT-----A---A--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-AA----GCCAATTTT--ATAAGTTTG--AAACAT--CCT--GA-TAAATTCcttgaaatgaaatccccattctaaaaatagacagcaattaaatattgtttgatgaccttcgtatcgtcattcactctttctaagatgaaacaatttttataacatgttaacctgtataacggatcaaactgaaatcaaaatgaaactaaatgactcatttaatatgtcacaaaatatgttgcaattttaagtgtgaaatctattttagtctaacctagacgcttaaccgatgttagaaaatccctttccaatatattattttggcatgtttaaataaatatccttttgacaatatggggtttgtgatacaatatatataaaaaaatgttttaagccaattttataagtttgaaacatcctgataaattcc
gi|15 : catttagtttttaaaggcagtttatcaggaaataatgctataaaataaaataatTAAAGG--GAG--TATATC-AGCA-A-AAA-------AGAG-TTATA--AATAGTT-TT----------------------------TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGTA------T-ATCAAATCCA----CC-A-AA-AAGTGAC-A-AA-A----------TCGAT---------------------GTGGTAA-ACTTGAAA--CAAAATCCCCA-T-T-TTTA-AAC-TAG--ACA--------GCATTTAAATACTGTATGACGACCTTCACATTGTCATTCAGACTCT---TTC--AAAG---ATGTAACAAATTTT-TACTA-----CAT--GTA--------------AACAGAT-CAA----ATT----CTAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTAAATACATCA--CAATGTATGACT------ATG-----TTGCAATTTTAAGC---G---T--------GAAAC-CTATc
gi|16 : ctTTATATACTGTTTGACGACCTTGGCA-------TCG---TCA---TTC--TGA----------C-TATTTC-TA--A-----GAT--G-AA-AC--------------AAT-T-------TTGAAATAAAA-ATGAAAT-CGAC--GC-GTGACTCATTTAGTATGTTA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAAC---AACAG--------GAAAT-TTATTTTAGCCT---AACCTCGTCGGGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAAGCCCTTTTC------GTATATA-----TATGTT-TAG--GCCATATCGTT----GATT-ATATA-T
gi|17 : caatatgtggaggaggtcgaaatgaaaaaaaattatcattttacatatcactaccggattcataggttcacggtTAAAGG--GAGCCTGTATT-AGGA-T-AAA-------AC-T-CTATA--TAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATGAAT--TA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAAGTATATAAAC---CGAATAGTTT--AGTA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACGTGAC-A------------------ATAT-GTG-----AAT--TAG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAA--TCCCA-T-T-CTAA-AAA--AG--CCA--------GCACTTGAATACTGTTTTACAACCTTCACATCGTCATTCTGA--CT---TTC--TCAA---ATGAAAC-AATTTT-TACTATGACTTGT--GTTA-ACTTATAT----AACGTAT-CAA----ACTGAAATCAAA-Agcatatttaagtccagtgatttaattaca
gi|18 : --GAA--TGCATC-AG-----AAA-------AC-A--TATA--AAT-GTC-T------AA--A-TCA-AA---TTATT-T-TT---T-AATGTGAAT--AA---A--ACCAATCTAGTTATCATTTA------TAA--CTGAAATT---CGAATGACTT--GGAA------T--TTAAAACCG----CC-A-TA-ATGTAAC-ACAA-A----------TTGATAT-TT------AAT--TTA-AGT-GTGA-AGTCGAAA--TAGAATTCTTA-T-T-CCAAGAAA-TA-----A--------GT-------CACTGCTGGACTACCTTCAACGCGATATTCGGACTCCATATTCGGCAAGAACATG--AC-AAT-----------------------------TAT----AAAGGAC-TAA----ACCGAAA--AAATATGAAGT-C-AC--GT-G--A
gi|19 : caatTT--GGAA------T-TTCAAATCTG----CT-A-AA-ACGTGAC-A-TG-A----------TTG-----CCA-----AAG--TGG-ATAGGTGA-AATCAAAA--CGAAGTCATCA-A-T--TAA-ATA-T-----CAT-------GCAC----GCACTACCTGGTGACCTAAACCTCGTCATTCCAAC------TTC--CAAT---ATCAACT-AAATTG-CATTA-----AAC--GT-A-GCCAATATGGGGAATGAAT-CAA----ACCAAAATTGAA-TTGGAGT-C-
gi|2 : ttaaagggagtgtgtcatttaatttgctataatttatcaaaggaataagtttatgtttgatatgaatataaagcaccaattaTAAAGGTAGAG--TATA---AGGATA-AAA-------AC-G-TTATA--AAT-CTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---CAAAT-A-TC---A-AT-ATGGAT--AA---A--AGGCATCTCATTATCATTAT------TAT--ATATAAAC---CGAATAGTTAAAGTTA--------ATCATAAACA----CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------CCAATAT-GTA-----AAT--TGG-AATGGTAT-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-TAAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGTTTGACGACTTTCGCATTGTCATTTTGATTCT---TTT--TAAG---ATGAAGC-AATTTT-TCTTA-----CGT--GTGA-ACCTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AT--GG-G--ACTCATTTAATACGTCA--TAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCATAGCTC---------AAGT--------TA-AGAAAGCCCTTTTA------A-ATATA-----T-CATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AGATA-TCGTT-T------------T-----GGCAATACGGCGTCAGCGCATATATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-T-----T---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTGT--AAAATTTGG--GAAAAT--CCC---A-TATATTCccattgct
gi|20 : AAAGG--GAG--TACATC-AGGA-A-AAA-------AT-G-ATATA--AAT-TTC-------AAA--A-TGA-AA----AATTCA-TT---A-AA-ATGGAT--GA---A--AACCATCTCATTATCATCAA------TAA--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------TCAATAC-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--C-AAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCATTTTAATACTGCTT-----------CA-CGTCATTC--ACTTA---TTC--TTAG------------------TATTA-----CGT--GTAA-GACTGTAT----
gi|21 : TCAGG-ATAAAACGC-AC--AT-A--ACTCATTTT-TACGTCA--CAG------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------AAAAT-ATATTTAAGTCT---AACTAAGGCGCGTAGCCC---------AA----------TA---AAAACATTTTTC------A-AAATA-----T-TATT-TTT--G-CATCT--TT----AAAT-ATTTA-TCTTT-T------------T-----GGGAATACTGGGACAGTG-G-GTATA----TATA-----CGCATGGTAT--AT-T-----GAGAA--A--AAAA----------T-GA--T-TT-T-A-----GTCAATTTT--AAAATTTTGGAAAAAAA--CCCATGA-TGTATTCcaat
gi|22 : AA-ATGAAAC-A-AT--AC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CTT------AAT--------G-----TTACACTTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CAATTTCAGTCT---AACCCAGGCGAGTAGCTT---------AAGTAGATATGTTA-GGAAATCCTTTTAA------A-ATATA-----T-TAAT-TAG--G-CATGT--TA----AAATAAGATA-TCATT-T------------C-----GGCAATACGTGGTTA-TG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--TT-T-----G---G--A--AAAA----------T-ATGTT-TT-T-A-----GCCAATTCT--AAAAGTTTG--AAAAAT--CCT--GA-TAcc
gi|23 : TAAAGG--GAG--TATATC-ATG--A-AAA-------AC-A-CTACT--TAG-GTA-TT--A-AAA--ATTGA-AA---TTATT-T-GT---A-AG-ACGGAT--AC---A--AAGCATATCTTAATCATAAA------TAG--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGCA------A-ATCAAATCCA-----C-G-AA-ATGTGAC-A-AA-AAAT-------TAAATAT-TTAATTTTAATCATGG-AATGGTAA-ACTT-------------TCCA-T-T-CTAA-GAA-CAG--ACA--------CCACTTAAATACTGCTTAACAACATTCAC----TCATT
gi|24 : TGATTT--GGTA------T-GTCAAATCTA----TCAA-AA-ACATGAC-A-AT-ATCATTTTTTTTCAATAT-TTA-----AAT--TTC-AGTAGTAA-ACTTAAAA--CGAAATCCACA-T-T-CATA-TAA-TAG--ACA--------GCTCTTTAATACTGTTTGA-G--CTTTACATCATCATTTTGACTCT---GTC--TAAG---ATAAACC-A--TTT-TACTA-----TAT--GTTT-GCCTTTAT----ATCGGAT-CAA----ATTGAAATTAAC-ATTAAAT---AC--Gtttc
gi|25 : A-GTGGTT--AATTTA--AAGCATCTAATTATCATTTA------TAA--CTAAACTG---CGAATATACT--GTGA------T-TTCATATCTG----CC-T-AA-ATGTGAC-A-AACG----------TCT-TAT-TTT-----AAT--CAG-AATGGTGA-AATCGAAT--AAAAAT------T-T-CTAA-AAA-TAA--ATA--------TCATGCATGTACTGGTTAATGACCTTCATTTCATCAtcaca
gi|26 : ttaaagcatggatccagaggtacatgtgctggtgaaactctg---TTC--TAAG---GTGAATC-AATCTC-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGTT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAGAC-C-AC--GC-G--ACTCATTTCATGCGTAA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCA---------TAGT--------TG-GGAAATCCCTT
gi|27 : --------TA-GGAAAGCCCTTTTT------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-GATGT--TT----AAAT-ACATA-TCGCT-T------------T-----GATAATATGGGGTCTGTG-A-GTATATCATTATA-----AGCATGGTAT--ATATAGGG-G---G--A--AAAA----------T-GT--T-TT-T-A-----TCCAAGTTT--AAAATTTTG--AAACCC--CCC--GA-TATATTC
gi|28 : AAAGG--TAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------AT-G-CTATA--AAT-ACCTTT--A-AAA--A-T-T-AA---TAATT-A-TT---G-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGc
gi|29 : G--GAG--TATATC-AGGA-A-ACA-------AT-G-CTTTA--ATT-GTCTTT--A-AAA--A-T-----------TT----------------GAT--AA---A--GTGCTTCTAATTATCATAAA------TAA--ATAAAACT---CGAATGG
gi|3 : cacatgacccttaatt--TATATC-AGGA-A-AAA------------TTATATCAAT-GT--TT--A-AAACAA-TAACAA---TATTT---CT---A-AA-CTGAAT--GT---A--AACTATC-CATTGTCATTAA------TAA--ATAAAATA---CAAATGATTT--GGT-------T-TTAAAATCTG----AC-A-AACATGTCA--A-AA-A----------GCAATAT-TTT-----AAT--TGG-AGTG---A-A-TTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------ACATGCAAGTACTGCTTGGTGACCTTCACCTCATCCTTTGAACTCA---TTT--T------------C-AATTCTATA--A-----CAT--ATAA--CCTGTAA----GACTGAT-CAATCAGATCACAATCAAA-ATTGACT-T-AT--TTTG--GCTTGTTCAATACTTCA-------------T------AC---------CAATTTTAAGC---A---A--------GAAAT-CTATTTAAGTCT---ATCCTGTGTGTGCAGGTC---------AAGT--------TA-GGAAATTCCTATTT------A-ATCTA-------TATT-TTG--G-CCTGT--TT----AAAT-AGATA-TCCTTATAATAAAGTTATAT-----AGCAATATGGGCTCAGTG-A-TTATA----TCTAATCACAGAACGATTT--AT-T-----G---G--A--AAAAGATGTATTACT-A---T-TT-T-A------CTAATCCTAAAAAATTTT---AAAAAG--CCT--GA-TGTA
gi|30 : aggtggta-A-GTATA----TATA-----GACATGATAT--AT-T-----G---GGAA--AAAA----------T-G---T-TTAT-A-----GCCAGTTTG--AGAATTTTG----AAAT--CCT--GA-TATATc
gi|4 : ataaatctatatattcaaaacttgtgcaAGC--GAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------TC-A-CTACA--AAT-GTC-TTGGA-AAA--G-TAA-AA---TAATT-A-TTTTTA-AC-ATGTAT--AA---A--AAGCATCTCATTATAATCAA------TTA--ATTAAATC---TGAATGGTTT--GGTG------T-ATCAAAT--GAAAACC-G-AA-ATGGAAC-A-AA-A----------ACAATGT-TTC-----AAT--TGA-AGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTAAAATATTGCTTGGTGACCTTCACATCATTATTCAGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AAATTT-TACAA-----TGT--GT------------------------AA----ATTGAAATTAAA-ATGAAAT-A-AT--GT-G--ACTAATTTATTACGTCA--CAA------AAT------TTA-----TTGTAATTCTAAGC---A---G--------GAAGT-CGTTTTTAGTCT---GATCTAGGGGCCTAACCC---------AAGT--------AA-GGAAACCCCTTTTC------A-ATATA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----GAAT-AGATA-TCCTT-T------------T-----GGCAACATGGGGTCAATG-A-GTGTA----TATG-----GGCGTGATAT--AT-T-----G---G--T--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCAAATTTC--AAAACTATG--AATAAT--CAT--GA-TATATTC
gi|5 : TAAAGG--GAG--TGTATC-AGGA-A-AAC-------AC-G-CCATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--AATAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATTGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATAAA------TGA--ATATAAAC---CTAATAGATA--AGTA------T-ACCAAATCCA----TC-A-AA-ACGGGAC-A-AA-A----------TCTATAT-GTA-----AAT--TGA-AGTG----------AAA--CAAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAGGACTGTTTGATGACC-----ATTGTTATTCTGACTCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-AATTTT-AACGG-----CGT--GTAA-ACTTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTAAAATCAAA-ATAAAAT-C-AT--GT-G--ACTCTTTCACTACCTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCC---AACCTAGGCGCATAGCCC---------AAGT--------TA-GGAATT--TTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-TATGT--TT----AAAT-ATACA-TCTTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTACA----TATA-----ACCAT-ATA-------------------A--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCTAATTTT--AAAATGTTG--AGAAAT--CTT--GA-TATATTCcc
gi|6 : tTAAAGG--CAG--TGTATCCAGGA-A-AA---------T-GACTATA--AAT-GT--TT--ACAAA--A-TAA-AATTTTAA-T-G-TT---T-AA-ATTGA---AA---ATTAAGTATTTAATTGTCATTTA------TAA--TTAAAATA---TGAAC---------TA------T-TTCAGATCTG----CC-ATAA-ACATGAT-A-AA-A------------AACAT-GTT-----AAT--CTG-AGTG-------TTGAAA--AAAAGTTTGTA-T-T--TAC-AAG-C----AC---------GCAC--AAA------TTGATGAACTTCGCTTTATCAGTTTGACTAT---ATC--TAAT---TTGAATA-AAATTC-AACAA-----TAT--GTAA---CGG--T----AACAGATGCGA------TG-AATCAAA-CT-AAAT-C-ACGTGT-G--ACTCATTTGATATGT-ATTTAA------AATTAAAAAGTA-----TTGC-ATTTTATGC----------------AAAAA-CTTTTTTAGTGT---AATGTGCATGTGTA-CTC---------AAGT--------T------ATATATTTTC------A-GTAAA-----T-TGTT-TTT--G-CATGT--TG----AAAT--TGTT-TTGTT-T------------TTTGGGGGGAAGAAGGACTCGGTC-A-GTA--------------------GA-A---AA-T-----G---G--A--AAAAAG--------T-G---T-TTGT-ATTTTTGCCAATTCT--AAAATTTTA--AAAAGT--TAC--TATTATATa
gi|7 : tAAGG--GAG--TATAAT-AGGA-A-A----------T-G-CTATA--AAT-GTC-GT--A-AGA----CAA-AA---T---T---TT---AGAA-ATGGTT--AA---A--AAGCATCTTAGTTTCATAAA------TAA--ATAAAATC---CGAATTGTTT--GGTA------C-GTCAAATCAA----CC-G-AC-ATGTGCC-A-AA-AAA--------T-GATAT-TTA-----AGT--TGG-TGTGATAA-ACTTCAAA--CAAAATCC--A-T-T-CTAA-AAT-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCATGGTGATCTTCGCATCTTCATTCACACCCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-A--TTT-TACTA-----CGTTAATAACATCTGAAT----AACGAAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAG-C-AC--AT-G--ACGCATTTAATACGTCA--CAA------ACC------ATG-----TTGCAATTTTAAGG---G---G--------GAATT-CTATTTTGGACT---AACATAGACTCGTAGCCA---------GAGT--------TA-GGAAATCCCTTCCC------A-ATATA-----T-TATTATTATTG-CATG---TT----AAAT-AGATA----TG-T------------A-----GACAATGCGGGGACAGTT-C-GTATA----TATA-----GGCATGTCAT----------------------AAA----------T-T---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAATT--Catattacatt
gi|8 : tTAACATTTGAAAGATGGAATCCAAAAT-T-CTAA-AAT-TAA--ATA--------TCACACATATACTGCTTGACTATCTTCAACTCATCATATGGACTCT---CTC--TAAG---ATAAACC-AATTTC-AACAA-----TAT---CCA-ACCAAAGT----AGCAAAT-CAA----ATCCAAATCAAA---CAAGT-T-AC--AC-A--AATCATTTTATGCG-CAC-CAA------AGTGCA---ATGTATTTTTG-TATTTTA--------------------------TATTTTAGTCT---AATTTAGGCAAGTAGtg
gi|8 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataatTTTT------A-GTCTA--------ATT-TAG--G-CAAGT--------AGGT-AAAGG---GTT-A------------T-----GGCAATAAACACTCAGTG-A-GTATA----TCAA-----AGCATGCTGTGGAT-TGAAAAG---A--A--AAAA----------C-G---T-TT-T-T-----GTCAATATT--AGAATTTTA--AAGAAgtaaagggttatggcaataaacactcagtgagtatatcaaagcatgctgtggattgaaaagaaaaaacgtttttgtcaatattagaattttaaagaa
gi|9 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataattaacatttgaaagatggaatccaaaattctaaaattaaatatcacacatatactgcttgactatcttcaactcatcatatggactctctctaagataaaccaatttcaacaatatccaaccaaagtagcaaatcaaatccaaatcaaacaagttacacaaatcattttatgcgcaccaaagtgcaatgtatttttgtattttataTAAAGG--CAG--TGGGTC-AGGA-A-AAG-------TT-G-TTATA--AAT-CTC-T-------A--A-TAA-AA---GAATA-AGTT---A-AA-ATGAAA--AT---A--AAGCAT----------TTAA------T-------------------TGATTT--GGAAA-----T-TTCAAATCCA----CC-C-AA-ATGTGACTA-AA-A----------ACAACAT-TTT-----AAT--CAA-AGTGGTGA-AATCAAAA--AGAAATCTC-A-T-T-CTAA-AAA-TAACTACATGTGTCATGCA-TTCAGTA---TTTGACAGCCT--------TTATTTAGACACT---TTC--TAAG---ATGAACCTAATTAA-TAATA-----TGT--ACAA-A-----AT----GGCAGAT-CAA----ATAAAAAGCAAA-CTGAAGT-C-AC--AC-G--ACTCA----------CA--TTG------AA---------------TTGCAATTTTACGC---A---GATTTAGAAGGAATGTTATTCTAGTGT---AATATGTGCACATAG--------------GT--------C----AAATC------C------A-ATACA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----CAAT-ACATG-TAGCT-T---------------------AAT-----GTT--------TTTA----TTTA-----AGCATTATAT--AT-TTTG--G---G--G--GAAA----------T-G---T-TT-T-------GCCAATTCC--AAAGTATAA--AAAAATACCCC--CA-TA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111 2222222222222 1111111111111111 111111111111111111 222222222222 1111111111111111
lowQualScore : 33 33 2 2 2 6666666 2 33 55 2 44 3333 22 4 0 2 333 1 2222222222 1 22 333 22 555555 22 555 0 22 000000000 55555 2 2 2 2 2 2 1111111111111 44 777777 22 2 1 2 333 1 1 1 1 1 222 88888888 00 1 2 2 8 333 22 333 1 3 33 44 7777777 22 2 7777777 3333 1 4444 1 1 1 22 22 22 55 666666 999999 55555 3 4444444444444444 2 333 999999999 88888888 2 666666 2 55555 2 2 33 2 33 4444 2 1 2 2 2 555555555555555555 0 2 2 4444 666666 33 4 222222222222 33 7777777777777777 2 4 8888888 33 33 33 444 2
lowQualScore : .. .. . . . ....... . .. .. . .. .... .. . . . ... . .......... . .. ... .. ...... .. ... . .. ......... ..... . . . . . . ............. .. ...... .. . . . ... . . . . . ... ........ .. . . . . ... .. ... . . .. .. ....... .. . ....... .... . .... . . . .. .. .. .. ...... ...... ..... . ................ . ... ......... ........ . ...... . ..... . . .. . .. .... . . . . . .................. . . . .... ...... .. . ............ .. ................ . . ....... .. .. .. ... .
lowQualScore : 22 11 1 1 1 8888888 1 44 00 1 33 0000 88 0 6 0 555 6 9999999999 9 66 333 66 888888 88 555 1 66 111111111 99999 0 0 0 0 0 0 7777777777777 88 888888 66 0 8 8 000 8 8 8 8 8 666 44444444 66 7 0 3 1 222 55 222 7 6 33 33 5555555 55 5 3333333 9999 9 0000 7 8 8 66 00 88 00 111111 777777 33333 8 4444444444444444 1 999 444444444 11111111 2 444444 2 66666 2 2 11 2 11 7777 2 0 2 6 4 111111111111111111 1 2 2 7777 999999 11 4 555555555555 11 5555555555555555 2 4 2222222 11 11 44 333 7
consensus : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
Reference ( family-48 ) : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
gi|1 : TAAAGA--GAG--TATTTC-AGGA-A-AAAGGAAAAAAC-G-CTTTAC-AAT-GCC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---CAGTT-A--------AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCAGTAA------TAG--ATAAAATA---CTTATAATTT--GGCA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A---------------------------AT--TGG-AGTGGTTA-ACTTGACA--CGATATTCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------TCACTTAAATACTACTCGATGTCCTTTACGTTGTTATTCAGAATCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-TATTTT-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTATAT----AAAGGAT-CAA----ATTGGAATCCAA-ATGAAAT-C-AC--AT-G--ACTCATATAATACATCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---A---G--------AAAAT-CTATTTTGGTCT---TACCTAGGCGCATAGCCCAAGTAATAGAAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTCAATACAA-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TTAAAAAAAA-AAACA-TCCTT-T------------T-----GGCAATTCAGAGTCAGTG-A-G--TA----TATA-----GGTTTGATGG--AT-T-----G---G--A--AAAAAGG-------T-G---T-TT-T-G-----AGCAAATTT--AAAATTTTG--AATAAA--CCT--GA-TA
gi|10 : t-AGGA-ATAAC-------AC-G-AAATA--AAT-GCC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---G-AA-ATGGATGAAA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA-------AA--A-AACATCAACCGAATAGCTT--AGTACATGTAT-ATCAAATATA----CC-C-AG--CGTGTC-A-AA-A----------T-GATAT-ATA-----AAT--TAT-AGTGGTAA-ACTTAAAA--CGACATTCCCA-T-T-GTAA-AAA-TAG--ACA--------TTCTTTAAATACTGTTTGCCGACCTTCGCATCGTCATTCTGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTT------------------TGA-A----------------AT-CAA----AATGAAATCGA----------C-GC--GT-G--ACTCATTTAAAACATCA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAACAATA---G--------GAAAT-TTATTTTAGTCT---AACATAGTCGGGTA-----------------------------GAAAGCCCTTTTC------A-ATGTA-----T-TATT-TTG--G-CAGGT--TT----TAAT-AAATA-T--TT-T------------T-----GTCAATATGGGGCCAGT-----TA----------------GCATGGCAT--TT-T-----GAAAA--A--AAAA----------T-G---T-TT-TCA-----GCCAATTTT--AAATTTTTT--AAAAAT--CCT--GA-TA
gi|11 : aTAAAGG--GGA--CGTCTC-AGGA-T-TAA-------AC-A-CTATA--AAA-GTC-TT--A-GAA--A-TAA-AA---TA-----------------TGAAT--AA---A--AAGCATCGCATTATCATTAA------TAA--ATATAAGT---CGAATAGATC--AATA------TAGT--AATCCA----CC-A-AA-ACTT-AC-A-AA-A----------TCGATAG-GTA-----AAG--TGT-AGTGGTAA-ACTT-AAA--CGAAATCACCC-T-T-CTGA-AAA-TA-------------------------CTGTTTGACGACCTTCGCATAGTCATTCTGATTCT---T--------------AAA---------------------T--GTAA-ATCTGTAT----AATGGAG-CAA----ATTGAAATCAAA-ATG-AAT-C-GC--GC-----C------------TCA--CAA------AAT------ATA-----TTGGCATTTTAAGC---T---G--------GACAT-ATATTTAAG-CT---AACCTAGGCGCGCAGCCC---------AAGT--------TACGAAAAT--CTTTTC------A-ATGTATATAGT-TGTT-TTT--G-CATTT--TT----ATAT-AGATA-TCATG-T------------T-----TTCAATACCGAGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-C-----G---GGAA--AAAA----------T-G---TGTT-T-A-----GCCAATTTT--ATTGTTTTA--AACAAT--CCT--GA-TATACTc
gi|12 : tTAAAGG--GAA--TATATC-ATGA-A-AAG-------AC-G----------------TT--A-TAA--A-TG-------TA-TT---TT---A-AA-ATG-----------------AT---ATTATTATTAAAATGGCTAA--A-AACATCT--C---TTTTTT--GTTA------A-G--AAAT----------A-AA-ATTTGAA-T-GG-T----------TTGGTATGTCA-----AAT--CCA------TCA-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-TGCTAA-AAAATCG--ACA--------ACACTTAAAAACTTCTTGA------------CATCATTTGGACCCT---TGC--CAAG---ATGAAAC--ATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ATCTGTGT----AACGGAT-CAA----ATTAAATTCAAA-GTGGAAT-C-AC--TT-T--AAACATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----------TTTTAAAC---T---G--------GAAAT-CTATCTTAGTCT---TACCTACGCGCGTAGCCC---------A----------------------CTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTA--G-CATGT--TT----TAAT-ACCTCTTCCTT-T------------T-----GGCAAAACCGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GACATCAAAT--AC-TGG---G---G--A--AAAA----------C-G---T-GT-TAA-----GTTAATTTT--AAAAGTTGG--ACAAAT--CCT--GA-t
gi|13 : T--A-AAA--G-TAA-AA---TAATC-A-TT---A-AA-ACGAAT--AA---A--AAGCAT-----TATTATTAA------TAA--A-AAAATC---TGAATGGTTT--TGTA------T-GTCATATCCA----CC-A-AA-ATGTGAA-A-AA-A----------TCTATAT-ATA-----TAT--caatactt
gi|13 : aaaaatcacAA-ATGTGAAA----AAATCTATA-TAT-ATAT-ATA-TAT--ATA--------GCATTTAAATACTGCATGACGATATTTGCATCGTCATTTGGACTCT---TTC--TAAG---GTGAAAC-AATTTT-TACTA------GT--GTAA-ACCTGTAT----AATGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-CC--GC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTTCAATTTTAAAT---G---G--------GAAA--CTATTTTAAGCTATAAACCTAGACTGGTAGCCC---------ATGT--------TA-GGAAATCCCT---------------TA-----T-TA----TG--G-CATGT--TT----AAAT-GTATA-TATTT-T------------C-----GGCAATATGGGATCAGTG-A-GTATA----TAAA-----GACACGATAT--AC-T-----G---G--ATTAAAA----------TGG---T-TT-T-A-----GCC-GTTTT--AAAAGTTTT--AAAAatatatatagcatttaaatactgcatgacgatatttgcatcgtcatttggactctttctaaggtgaaacaatttttactagtgtaaacctgtataatggatcaaattgaaatcaaaatgaaatcccgcgactcatttaatatgtcacaaaatatgtttcaattttaaatgggaaactattttaagctataaacctagactggtagcccatgttaggaaatcccttattatggcatgtttaaatgtatatattttcggcaatatgggatcagtgagtatataaagacacgatatactggattaaaatggttttagccgttttaaaagttttaaaatt
gi|14 : aaaaatcactaaaagtaaaataatcattaaaacgaataaaaagcattattattaataaaaaaatctgaatggttttgtatgtcatatccaccaTAAAGG--CAG--TTTATC-AGGA-A-ATA-------AT-G-CTAT-----------------AAA--A-TAA-AA---TAATA-A-TTG--G-GA-GTGG-T--AA---A--tt
gi|14 : catttagtttt-----AAT--TGGGAGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCAATTAAATATTGTTTGATGACCTTCGTATCGTCATTC--ACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TATAA-----CAT--GTTA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAC-T-AA--AT-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---G---T--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGACGCTTAACCG---------ATGT--------TA-GAAAATCCCTTTCC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AAATA-TCCTT-T------------T-----GACAATATGGGGTTTGTG-A----------TACA-----------ATAT--ATAT-----A---A--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-AA----GCCAATTTT--ATAAGTTTG--AAACAT--CCT--GA-TAAATTCcttgaaatgaaatccccattctaaaaatagacagcaattaaatattgtttgatgaccttcgtatcgtcattcactctttctaagatgaaacaatttttataacatgttaacctgtataacggatcaaactgaaatcaaaatgaaactaaatgactcatttaatatgtcacaaaatatgttgcaattttaagtgtgaaatctattttagtctaacctagacgcttaaccgatgttagaaaatccctttccaatatattattttggcatgtttaaataaatatccttttgacaatatggggtttgtgatacaatatatataaaaaaatgttttaagccaattttataagtttgaaacatcctgataaattcc
gi|15 : catttagtttttaaaggcagtttatcaggaaataatgctataaaataaaataatTAAAGG--GAG--TATATC-AGCA-A-AAA-------AGAG-TTATA--AATAGTT-TT----------------------------TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGTA------T-ATCAAATCCA----CC-A-AA-AAGTGAC-A-AA-A----------TCGAT---------------------GTGGTAA-ACTTGAAA--CAAAATCCCCA-T-T-TTTA-AAC-TAG--ACA--------GCATTTAAATACTGTATGACGACCTTCACATTGTCATTCAGACTCT---TTC--AAAG---ATGTAACAAATTTT-TACTA-----CAT--GTA--------------AACAGAT-CAA----ATT----CTAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTAAATACATCA--CAATGTATGACT------ATG-----TTGCAATTTTAAGC---G---T--------GAAAC-CTATc
gi|16 : ctTTATATACTGTTTGACGACCTTGGCA-------TCG---TCA---TTC--TGA----------C-TATTTC-TA--A-----GAT--G-AA-AC--------------AAT-T-------TTGAAATAAAA-ATGAAAT-CGAC--GC-GTGACTCATTTAGTATGTTA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAAC---AACAG--------GAAAT-TTATTTTAGCCT---AACCTCGTCGGGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAAGCCCTTTTC------GTATATA-----TATGTT-TAG--GCCATATCGTT----GATT-ATATA-T
gi|17 : caatatgtggaggaggtcgaaatgaaaaaaaattatcattttacatatcactaccggattcataggttcacggtTAAAGG--GAGCCTGTATT-AGGA-T-AAA-------AC-T-CTATA--TAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATGAAT--TA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAAGTATATAAAC---CGAATAGTTT--AGTA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACGTGAC-A------------------ATAT-GTG-----AAT--TAG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAA--TCCCA-T-T-CTAA-AAA--AG--CCA--------GCACTTGAATACTGTTTTACAACCTTCACATCGTCATTCTGA--CT---TTC--TCAA---ATGAAAC-AATTTT-TACTATGACTTGT--GTTA-ACTTATAT----AACGTAT-CAA----ACTGAAATCAAA-Agcatatttaagtccagtgatttaattaca
gi|18 : --GAA--TGCATC-AG-----AAA-------AC-A--TATA--AAT-GTC-T------AA--A-TCA-AA---TTATT-T-TT---T-AATGTGAAT--AA---A--ACCAATCTAGTTATCATTTA------TAA--CTGAAATT---CGAATGACTT--GGAA------T--TTAAAACCG----CC-A-TA-ATGTAAC-ACAA-A----------TTGATAT-TT------AAT--TTA-AGT-GTGA-AGTCGAAA--TAGAATTCTTA-T-T-CCAAGAAA-TA-----A--------GT-------CACTGCTGGACTACCTTCAACGCGATATTCGGACTCCATATTCGGCAAGAACATG--AC-AAT-----------------------------TAT----AAAGGAC-TAA----ACCGAAA--AAATATGAAGT-C-AC--GT-G--A
gi|19 : caatTT--GGAA------T-TTCAAATCTG----CT-A-AA-ACGTGAC-A-TG-A----------TTG-----CCA-----AAG--TGG-ATAGGTGA-AATCAAAA--CGAAGTCATCA-A-T--TAA-ATA-T-----CAT-------GCAC----GCACTACCTGGTGACCTAAACCTCGTCATTCCAAC------TTC--CAAT---ATCAACT-AAATTG-CATTA-----AAC--GT-A-GCCAATATGGGGAATGAAT-CAA----ACCAAAATTGAA-TTGGAGT-C-
gi|2 : ttaaagggagtgtgtcatttaatttgctataatttatcaaaggaataagtttatgtttgatatgaatataaagcaccaattaTAAAGGTAGAG--TATA---AGGATA-AAA-------AC-G-TTATA--AAT-CTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---CAAAT-A-TC---A-AT-ATGGAT--AA---A--AGGCATCTCATTATCATTAT------TAT--ATATAAAC---CGAATAGTTAAAGTTA--------ATCATAAACA----CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------CCAATAT-GTA-----AAT--TGG-AATGGTAT-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-TAAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGTTTGACGACTTTCGCATTGTCATTTTGATTCT---TTT--TAAG---ATGAAGC-AATTTT-TCTTA-----CGT--GTGA-ACCTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AT--GG-G--ACTCATTTAATACGTCA--TAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCATAGCTC---------AAGT--------TA-AGAAAGCCCTTTTA------A-ATATA-----T-CATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AGATA-TCGTT-T------------T-----GGCAATACGGCGTCAGCGCATATATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-T-----T---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTGT--AAAATTTGG--GAAAAT--CCC---A-TATATTCccattgct
gi|20 : AAAGG--GAG--TACATC-AGGA-A-AAA-------AT-G-ATATA--AAT-TTC-------AAA--A-TGA-AA----AATTCA-TT---A-AA-ATGGAT--GA---A--AACCATCTCATTATCATCAA------TAA--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCA----CC-A-AA-ACATGAC-A-AA-A----------TCAATAC-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--C-AAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCATTTTAATACTGCTT-----------CA-CGTCATTC--ACTTA---TTC--TTAG------------------TATTA-----CGT--GTAA-GACTGTAT----
gi|21 : TCAGG-ATAAAACGC-AC--AT-A--ACTCATTTT-TACGTCA--CAG------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------AAAAT-ATATTTAAGTCT---AACTAAGGCGCGTAGCCC---------AA----------TA---AAAACATTTTTC------A-AAATA-----T-TATT-TTT--G-CATCT--TT----AAAT-ATTTA-TCTTT-T------------T-----GGGAATACTGGGACAGTG-G-GTATA----TATA-----CGCATGGTAT--AT-T-----GAGAA--A--AAAA----------T-GA--T-TT-T-A-----GTCAATTTT--AAAATTTTGGAAAAAAA--CCCATGA-TGTATTCcaat
gi|22 : AA-ATGAAAC-A-AT--AC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CTT------AAT--------G-----TTACACTTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CAATTTCAGTCT---AACCCAGGCGAGTAGCTT---------AAGTAGATATGTTA-GGAAATCCTTTTAA------A-ATATA-----T-TAAT-TAG--G-CATGT--TA----AAATAAGATA-TCATT-T------------C-----GGCAATACGTGGTTA-TG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--TT-T-----G---G--A--AAAA----------T-ATGTT-TT-T-A-----GCCAATTCT--AAAAGTTTG--AAAAAT--CCT--GA-TAcc
gi|23 : TAAAGG--GAG--TATATC-ATG--A-AAA-------AC-A-CTACT--TAG-GTA-TT--A-AAA--ATTGA-AA---TTATT-T-GT---A-AG-ACGGAT--AC---A--AAGCATATCTTAATCATAAA------TAG--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGCA------A-ATCAAATCCA-----C-G-AA-ATGTGAC-A-AA-AAAT-------TAAATAT-TTAATTTTAATCATGG-AATGGTAA-ACTT-------------TCCA-T-T-CTAA-GAA-CAG--ACA--------CCACTTAAATACTGCTTAACAACATTCAC----TCATT
gi|24 : TGATTT--GGTA------T-GTCAAATCTA----TCAA-AA-ACATGAC-A-AT-ATCATTTTTTTTCAATAT-TTA-----AAT--TTC-AGTAGTAA-ACTTAAAA--CGAAATCCACA-T-T-CATA-TAA-TAG--ACA--------GCTCTTTAATACTGTTTGA-G--CTTTACATCATCATTTTGACTCT---GTC--TAAG---ATAAACC-A--TTT-TACTA-----TAT--GTTT-GCCTTTAT----ATCGGAT-CAA----ATTGAAATTAAC-ATTAAAT---AC--Gtttc
gi|25 : A-GTGGTT--AATTTA--AAGCATCTAATTATCATTTA------TAA--CTAAACTG---CGAATATACT--GTGA------T-TTCATATCTG----CC-T-AA-ATGTGAC-A-AACG----------TCT-TAT-TTT-----AAT--CAG-AATGGTGA-AATCGAAT--AAAAAT------T-T-CTAA-AAA-TAA--ATA--------TCATGCATGTACTGGTTAATGACCTTCATTTCATCAtcaca
gi|26 : ttaaagcatggatccagaggtacatgtgctggtgaaactctg---TTC--TAAG---GTGAATC-AATCTC-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGTT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAGAC-C-AC--GC-G--ACTCATTTCATGCGTAA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCA---------TAGT--------TG-GGAAATCCCTT
gi|27 : --------TA-GGAAAGCCCTTTTT------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-GATGT--TT----AAAT-ACATA-TCGCT-T------------T-----GATAATATGGGGTCTGTG-A-GTATATCATTATA-----AGCATGGTAT--ATATAGGG-G---G--A--AAAA----------T-GT--T-TT-T-A-----TCCAAGTTT--AAAATTTTG--AAACCC--CCC--GA-TATATTC
gi|28 : AAAGG--TAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------AT-G-CTATA--AAT-ACCTTT--A-AAA--A-T-T-AA---TAATT-A-TT---G-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGc
gi|29 : G--GAG--TATATC-AGGA-A-ACA-------AT-G-CTTTA--ATT-GTCTTT--A-AAA--A-T-----------TT----------------GAT--AA---A--GTGCTTCTAATTATCATAAA------TAA--ATAAAACT---CGAATGG
gi|3 : cacatgacccttaatt--TATATC-AGGA-A-AAA------------TTATATCAAT-GT--TT--A-AAACAA-TAACAA---TATTT---CT---A-AA-CTGAAT--GT---A--AACTATC-CATTGTCATTAA------TAA--ATAAAATA---CAAATGATTT--GGT-------T-TTAAAATCTG----AC-A-AACATGTCA--A-AA-A----------GCAATAT-TTT-----AAT--TGG-AGTG---A-A-TTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------ACATGCAAGTACTGCTTGGTGACCTTCACCTCATCCTTTGAACTCA---TTT--T------------C-AATTCTATA--A-----CAT--ATAA--CCTGTAA----GACTGAT-CAATCAGATCACAATCAAA-ATTGACT-T-AT--TTTG--GCTTGTTCAATACTTCA-------------T------AC---------CAATTTTAAGC---A---A--------GAAAT-CTATTTAAGTCT---ATCCTGTGTGTGCAGGTC---------AAGT--------TA-GGAAATTCCTATTT------A-ATCTA-------TATT-TTG--G-CCTGT--TT----AAAT-AGATA-TCCTTATAATAAAGTTATAT-----AGCAATATGGGCTCAGTG-A-TTATA----TCTAATCACAGAACGATTT--AT-T-----G---G--A--AAAAGATGTATTACT-A---T-TT-T-A------CTAATCCTAAAAAATTTT---AAAAAG--CCT--GA-TGTA
gi|30 : aggtggta-A-GTATA----TATA-----GACATGATAT--AT-T-----G---GGAA--AAAA----------T-G---T-TTAT-A-----GCCAGTTTG--AGAATTTTG----AAAT--CCT--GA-TATATc
gi|4 : ataaatctatatattcaaaacttgtgcaAGC--GAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------TC-A-CTACA--AAT-GTC-TTGGA-AAA--G-TAA-AA---TAATT-A-TTTTTA-AC-ATGTAT--AA---A--AAGCATCTCATTATAATCAA------TTA--ATTAAATC---TGAATGGTTT--GGTG------T-ATCAAAT--GAAAACC-G-AA-ATGGAAC-A-AA-A----------ACAATGT-TTC-----AAT--TGA-AGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTAAAATATTGCTTGGTGACCTTCACATCATTATTCAGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AAATTT-TACAA-----TGT--GT------------------------AA----ATTGAAATTAAA-ATGAAAT-A-AT--GT-G--ACTAATTTATTACGTCA--CAA------AAT------TTA-----TTGTAATTCTAAGC---A---G--------GAAGT-CGTTTTTAGTCT---GATCTAGGGGCCTAACCC---------AAGT--------AA-GGAAACCCCTTTTC------A-ATATA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----GAAT-AGATA-TCCTT-T------------T-----GGCAACATGGGGTCAATG-A-GTGTA----TATG-----GGCGTGATAT--AT-T-----G---G--T--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCAAATTTC--AAAACTATG--AATAAT--CAT--GA-TATATTC
gi|5 : TAAAGG--GAG--TGTATC-AGGA-A-AAC-------AC-G-CCATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--AATAA-AA---TAATT-A-TC---A-AA-ATTGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATAAA------TGA--ATATAAAC---CTAATAGATA--AGTA------T-ACCAAATCCA----TC-A-AA-ACGGGAC-A-AA-A----------TCTATAT-GTA-----AAT--TGA-AGTG----------AAA--CAAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAGGACTGTTTGATGACC-----ATTGTTATTCTGACTCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-AATTTT-AACGG-----CGT--GTAA-ACTTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTAAAATCAAA-ATAAAAT-C-AT--GT-G--ACTCTTTCACTACCTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCC---AACCTAGGCGCATAGCCC---------AAGT--------TA-GGAATT--TTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-TATGT--TT----AAAT-ATACA-TCTTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTACA----TATA-----ACCAT-ATA-------------------A--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCTAATTTT--AAAATGTTG--AGAAAT--CTT--GA-TATATTCcc
gi|6 : tTAAAGG--CAG--TGTATCCAGGA-A-AA---------T-GACTATA--AAT-GT--TT--ACAAA--A-TAA-AATTTTAA-T-G-TT---T-AA-ATTGA---AA---ATTAAGTATTTAATTGTCATTTA------TAA--TTAAAATA---TGAAC---------TA------T-TTCAGATCTG----CC-ATAA-ACATGAT-A-AA-A------------AACAT-GTT-----AAT--CTG-AGTG-------TTGAAA--AAAAGTTTGTA-T-T--TAC-AAG-C----AC---------GCAC--AAA------TTGATGAACTTCGCTTTATCAGTTTGACTAT---ATC--TAAT---TTGAATA-AAATTC-AACAA-----TAT--GTAA---CGG--T----AACAGATGCGA------TG-AATCAAA-CT-AAAT-C-ACGTGT-G--ACTCATTTGATATGT-ATTTAA------AATTAAAAAGTA-----TTGC-ATTTTATGC----------------AAAAA-CTTTTTTAGTGT---AATGTGCATGTGTA-CTC---------AAGT--------T------ATATATTTTC------A-GTAAA-----T-TGTT-TTT--G-CATGT--TG----AAAT--TGTT-TTGTT-T------------TTTGGGGGGAAGAAGGACTCGGTC-A-GTA--------------------GA-A---AA-T-----G---G--A--AAAAAG--------T-G---T-TTGT-ATTTTTGCCAATTCT--AAAATTTTA--AAAAGT--TAC--TATTATATa
gi|7 : tAAGG--GAG--TATAAT-AGGA-A-A----------T-G-CTATA--AAT-GTC-GT--A-AGA----CAA-AA---T---T---TT---AGAA-ATGGTT--AA---A--AAGCATCTTAGTTTCATAAA------TAA--ATAAAATC---CGAATTGTTT--GGTA------C-GTCAAATCAA----CC-G-AC-ATGTGCC-A-AA-AAA--------T-GATAT-TTA-----AGT--TGG-TGTGATAA-ACTTCAAA--CAAAATCC--A-T-T-CTAA-AAT-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCATGGTGATCTTCGCATCTTCATTCACACCCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-A--TTT-TACTA-----CGTTAATAACATCTGAAT----AACGAAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAG-C-AC--AT-G--ACGCATTTAATACGTCA--CAA------ACC------ATG-----TTGCAATTTTAAGG---G---G--------GAATT-CTATTTTGGACT---AACATAGACTCGTAGCCA---------GAGT--------TA-GGAAATCCCTTCCC------A-ATATA-----T-TATTATTATTG-CATG---TT----AAAT-AGATA----TG-T------------A-----GACAATGCGGGGACAGTT-C-GTATA----TATA-----GGCATGTCAT----------------------AAA----------T-T---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAATT--Catattacatt
gi|8 : tTAACATTTGAAAGATGGAATCCAAAAT-T-CTAA-AAT-TAA--ATA--------TCACACATATACTGCTTGACTATCTTCAACTCATCATATGGACTCT---CTC--TAAG---ATAAACC-AATTTC-AACAA-----TAT---CCA-ACCAAAGT----AGCAAAT-CAA----ATCCAAATCAAA---CAAGT-T-AC--AC-A--AATCATTTTATGCG-CAC-CAA------AGTGCA---ATGTATTTTTG-TATTTTA--------------------------TATTTTAGTCT---AATTTAGGCAAGTAGtg
gi|8 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataatTTTT------A-GTCTA--------ATT-TAG--G-CAAGT--------AGGT-AAAGG---GTT-A------------T-----GGCAATAAACACTCAGTG-A-GTATA----TCAA-----AGCATGCTGTGGAT-TGAAAAG---A--A--AAAA----------C-G---T-TT-T-T-----GTCAATATT--AGAATTTTA--AAGAAgtaaagggttatggcaataaacactcagtgagtatatcaaagcatgctgtggattgaaaagaaaaaacgtttttgtcaatattagaattttaaagaa
gi|9 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataattaacatttgaaagatggaatccaaaattctaaaattaaatatcacacatatactgcttgactatcttcaactcatcatatggactctctctaagataaaccaatttcaacaatatccaaccaaagtagcaaatcaaatccaaatcaaacaagttacacaaatcattttatgcgcaccaaagtgcaatgtatttttgtattttataTAAAGG--CAG--TGGGTC-AGGA-A-AAG-------TT-G-TTATA--AAT-CTC-T-------A--A-TAA-AA---GAATA-AGTT---A-AA-ATGAAA--AT---A--AAGCAT----------TTAA------T-------------------TGATTT--GGAAA-----T-TTCAAATCCA----CC-C-AA-ATGTGACTA-AA-A----------ACAACAT-TTT-----AAT--CAA-AGTGGTGA-AATCAAAA--AGAAATCTC-A-T-T-CTAA-AAA-TAACTACATGTGTCATGCA-TTCAGTA---TTTGACAGCCT--------TTATTTAGACACT---TTC--TAAG---ATGAACCTAATTAA-TAATA-----TGT--ACAA-A-----AT----GGCAGAT-CAA----ATAAAAAGCAAA-CTGAAGT-C-AC--AC-G--ACTCA----------CA--TTG------AA---------------TTGCAATTTTACGC---A---GATTTAGAAGGAATGTTATTCTAGTGT---AATATGTGCACATAG--------------GT--------C----AAATC------C------A-ATACA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----CAAT-ACATG-TAGCT-T---------------------AAT-----GTT--------TTTA----TTTA-----AGCATTATAT--AT-TTTG--G---G--G--GAAA----------T-G---T-TT-T-------GCCAATTCC--AAAGTATAA--AAAAATACCCC--CA-TA
blockSeqs : TA CC C T T . A AC TC A CT GGA CA T C TTT A ATTTTTA T GA TTT TT AATGGC GT AAC AA CATGTATA GAAAA A T C T C C TCATTTTTTTTCA GT AATTTT CA G C C GAT A A G G A ACT TGTGTCAT C G A T ATA GG AAC A A TA CT TGACTTG TA G CATCTGA GGGG G TCAG T G G GT TT TG TT TGTATG TAAAAA TATTT C AGATTTAGAA G ATA . AGATATGT C . T TATAG A A TT C CG . A A T A A AATAAAGTTATAT C T TCAT ATCACA GG A GAAAAGA TT GATGTATTACTA G A ATTTTT AA GA AC CAT T
blockSeqs : . . . . . . . A . . CT AC . A . . A ATTGG . . . . . . T . TAG A . . . . . . AATTAA A A . . . C C . . . . . G T C G A T . . . A T T CT CG . A ATCTGT . . . . . . . T . C . GCA . C AATAG . . . . . . . . . . . . . . . G . C . TTTGGG . . . G . A AGGGGG . TATGT . G CA . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C A . . . . A CATTA . . . . . . . . ATT A . . . . . . AATG G A . . . A C . . . . . G . C G A G . . . A . T TA CA . A ATCTGT . . . . . . . C . . . . . A AACAG . . . . . . . . . . . . . . . C . T . T . . . G . . GAAAA . AGTG . . AA . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C A . . . . A AGTTA . . . . . . . . AG A . . . . . . TCG A A . . . T C . . . . . T . T G A G . . . A . T CT CA . A ACCTGT . . . . . . . T . . . . . A TG . . . . . . . . . . . . . . . T . C . T . . . G . . GAGAA . TGG . . AA . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . T . . T A . . . . A ATCG . . . . . . . . TG A . . . . . . TTG G A . . . C T . . . . . G . C A A A . . . A . T CT GA . T ACCTGT . . . . . . . C . . . . . A TG . . . . . . . . . . . . . . . A . G . T . . . G . . TTGGG . TGA . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C A . . . . A ATTA . . . . . . . . TA A . . . . . . TCT T G . . . C C . . . . . G . C G A G . . . A . C TT AA . A ACTTAT . . . . . . . T . . . . . C GG . . . . . . . . . . . . . . . T . T . C . . . C . . GGGA . TGT . . A . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . T . . C A . . . . A ATCA . . . . . . . . TG G . . . . . . TCG C A . . . C C . . . . . G . C A A T . . . A . T TT CG . A GCCAAT . . . . . . . C . . . . . C GT . . . . . . . . . . . . . . . G . A . T . . . G . . GGGG . TGT . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . A . . C A . . . . A TTTT . . . . . . . . TT G . . . . . . TTG G A . . . G T . . . . . G . C A C G . . . A . G TT CG . T ACCTGT . . . . . . . C . . . . . C GT . . . . . . . . . . . . . . . T . G . T . . . A . . GGGA . TGT . . A . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C A . . . . A ATCA . . . . . . . . TG A . . . . . . TTG T A . . . A C . . . . . G . T A C C . . . C . T CT TA . G GACTGT . . . . . . . T . . . . . A GG . . . . . . . . . . . . . . . G . C . T . . . G . . GG . TG . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . C . . A A . . . . T TGTA . . . . . . . . AA A . . . . . . CCA T A . . . A C . . . . . G . C G A T . . . G . T CT CA . A GCCTTT . . . . . . . G . . . . . C GG . . . . . . . . . . . . . . . C . C . C . . . G . . AA . TG . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C A . . . . A ATTG . . . . . . . . TG A . . . . . . TCA T T . . . C C . . . . . G . C A A T . . . C . C CA CA . T ACCTGT . . . . . . . T . . . . . A AG . . . . . . . . . . . . . . . G . T . T . . . A . . TG . CG . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . T . . C A . . . . A ATCA . . . . . . . . TT A . . . . . . TCT T T . . . C C . . . . . A . T A A G . . . T . T CG TG . A ACTTGT . . . . . . . C . . . . . A AG . . . . . . . . . . . . . . . G . G . T . . . G . . GG . TG . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C A . . . . A GTTT . . . . . . . . TT G . . . . . . GCA T C . . . C A . . . . . G . T A T A . . . A . T CA CG . A ACCAAA . . . . . . . C . . . . . C AA . . . . . . . . . . . . . . . T . G . T . . . A . . GG . TG . . A . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C A . . . . A TTAG . . . . . . . . TA G . . . . . . ACA T A . . . A T . . . . . G . T A C T . . . A . C CT TA . A CCTGT . . . . . . . T . . . . . A AG . . . . . . . . . . . . . . . T . G . A . . . A . . GG . TG . . A . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . TTA . . . . . . . . TA A . . . . . . TCT G T . . . C T . . . . . G . T A A T . . . T . T CA CG . A CGG . . . . . . . T . . . . . T GG . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . . . . GG . TT . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . TTA . . . . . . . . TT G . . . . . . ACA G A . . . C C . . . . . G . T G A A . . . A . C AT TA . A AC . . . . . . . T . . . . . A GG . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . CG . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CTA . . . . . . . . CG A . . . . . . TG T T . . . T A . . . . . A . T G T G . . . C . A . TG . C A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . A T . . . . A C . . . . . . . C A A A . . . C . . . G . A T . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ******* ** ATCG****** TCG********** N* A***** ********* ****** **** TG**************
originalCons : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---A-AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-A----------TCGATAT-TTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
finalCons : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GTC-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATTATCG------AA-ATGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA------TAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CC-A-AA-ACGTGAC-A-AA-ATCG----------ATATN-TA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AAGT--------TA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAATG--------------T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
Alignments
lowQualScore : 222222222 2222222222222222 1111111111111111 1111111111111111111 111111111111111111 222222222222 1111111111111111
lowQualScore : 33 33 2 2 2 6666666 2 2 55 2 555 4444 22 4 0 2 333 0 222222222 1 1 22 333 22 22 333 22 888888888 55555 2 2 2 2 2 2 2222222222222222 2 888888 22 2 1 2 333 1 1 1 1 1 222 88888888 00 1 2 2 8 333 22 333 1 3 33 44 7777777 22 2 7777777 3333 1 4444 1 1 1 22 22 22 55 666666 999999 55555 3 4444444444444444 2 333 3333333333333333333 2 666666 2 55555 2 2 33 2 33 4444 2 1 2 2 2 555555555555555555 0 2 2 4444 666666 33 4 222222222222 33 7777777777777777 2 4 8888888 33 33 33 444 2
lowQualScore : .. .. . . . ....... . . .. . ... .... .. . . . ... . ......... . . .. ... .. .. ... .. ......... ..... . . . . . . ................ . ...... .. . . . ... . . . . . ... ........ .. . . . . ... .. ... . . .. .. ....... .. . ....... .... . .... . . . .. .. .. .. ...... ...... ..... . ................ . ... ................... . ...... . ..... . . .. . .. .... . . . . . .................. . . . .... ...... .. . ............ .. ................ . . ....... .. .. .. ... .
lowQualScore : 22 11 1 1 1 8888888 1 1 00 1 999 3333 88 0 6 0 555 2 111111111 9 9 66 333 66 88 555 66 888888888 44444 0 0 0 0 0 0 0000000000000000 5 666666 88 1 8 8 000 8 8 8 8 8 666 44444444 66 7 0 3 1 222 55 222 7 6 33 33 5555555 55 5 3333333 9999 9 0000 7 8 8 66 00 88 00 111111 777777 33333 8 4444444444444444 1 999 9999999999999999999 2 444444 2 66666 2 2 11 2 11 7777 2 0 2 6 4 111111111111111111 1 2 2 7777 999999 11 4 555555555555 11 5555555555555555 2 4 2222222 11 11 44 333 7
consensus : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GT-C-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TT---AAA-A-TGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAATAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CCA-AA-A-CGTGAC-A-AA-A---TCG----------ATATNTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
Reference ( family-48 ) : TAAAGG--GAG--TATATC-AGGA-A-AAA-------AC-G-CTATA--AAT-GT-C-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---GAA-A-TGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAATAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCG----CCA-AA-A-CGTGAC-A-AA-A---TCG----------ATATNTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCTTGACGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCNATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-ANATA-TCNTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--AT-T-----G---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAAAT--CCC--GA-TATATTC
gi|1 : TAAAGA--GAG--TATTTC-AGGA-A-AAAGGAAAAAAC-G-CTTTAC-AAT-GC-C-TT--A-GAA--A-TAA-AA---CAGTT-A-------AA-A-TGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCAGTAATAG--ATAAAATA---CTTATAATTT--GGCA------T-GTCAAATCCA----CCA-AA-A-CGTGAC-A-AA-A-----------------------------AT--TGG-AGTGGTTA-ACTTGACA--CGATATTCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------TCACTTAAATACTACTCGATGTCCTTTACGTTGTTATTCAGAATCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-TATTTT-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTATAT----AAAGGAT-CAA----ATTGGAATCCAA-ATGAAAT-C-AC--AT-G--ACTCATATAATACATCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---A---G--------AAAAT-CTATTTTGGTCT---TACCTAGGCGCATAGCCCAAGTAATAGAA--------GTTA-GGAAATCCCTTTTCAATACAA-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TTAAAAAAAA-AAACA-TCCTT-T------------T-----GGCAATTCAGAGTCAGTG-A-G--TA----TATA-----GGTTTGATGG--AT-T-----G---G--A--AAAAAGG-------T-G---T-TT-T-G-----AGCAAATTT--AAAATTTTG--AATAAA--CCT--GA-TA
gi|10 : t-AGGA-ATAAC-------AC-G-AAATA--AAT-GC-C-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---GAA-A-TGGATGAAA---A--AAGCATCTCATTATCATTAA-AA--A-AACATCAACCGAATAGCTT--AGTACATGTAT-ATCAAATATA----CCC-AG---CGTGTC-A-AA-A---T-G----------ATATATA-----AAT--TAT-AGTGGTAA-ACTTAAAA--CGACATTCCCA-T-T-GTAA-AAA-TAG--ACA--------TTCTTTAAATACTGTTTGCCGACCTTCGCATCGTCATTCTGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTT------------------TGA-A----------------AT-CAA----AATGAAATCGA----------C-GC--GT-G--ACTCATTTAAAACATCA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAACAATA---G--------GAAAT-TTATTTTAGTCT---AACATAGTCGGGTA-----------------------------GAAAGCCCTTTTC------A-ATGTA-----T-TATT-TTG--G-CAGGT--TT----TAAT-AAATA-T--TT-T------------T-----GTCAATATGGGGCCAGT-----TA----------------GCATGGCAT--TT-T-----GAAAA--A--AAAA----------T-G---T-TT-TCA-----GCCAATTTT--AAATTTTTT--AAAAAT--CCT--GA-TA
gi|11 : aTAAAGG--GGA--CGTCTC-AGGA-T-TAA-------AC-A-CTATA--AAA-GT-C-TT--A-GAA--A-TAA-AA---TA-----------------TGAAT--AA---A--AAGCATCGCATTATCATTAATAA--ATATAAGT---CGAATAGATC--AATA------TAGT--AATCCA----CCA-AA-A-CTT-AC-A-AA-A---TCG----------ATAGGTA-----AAG--TGT-AGTGGTAA-ACTT-AAA--CGAAATCACCC-T-T-CTGA-AAA-TA-------------------------CTGTTTGACGACCTTCGCATAGTCATTCTGATTCT---T--------------AAA---------------------T--GTAA-ATCTGTAT----AATGGAG-CAA----ATTGAAATCAAA-ATG-AAT-C-GC--GC-----C------------TCA--CAA------AAT------ATA-----TTGGCATTTTAAGC---T---G--------GACAT-ATATTTAAG-CT---AACCTAGGCGCGCAGCCC---------AA--------GTTACGAAAAT--CTTTTC------A-ATGTATATAGT-TGTT-TTT--G-CATTT--TT----ATAT-AGATA-TCATG-T------------T-----TTCAATACCGAGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-C-----G---GGAA--AAAA----------T-G---TGTT-T-A-----GCCAATTTT--ATTGTTTTA--AACAAT--CCT--GA-TATACTc
gi|12 : tTAAAGG--GAA--TATATC-ATGA-A-AAG-------AC-G-TTATA--AAT-GTAT-TT--T-AAA--A-TGA-TA---TTATT-A-TT---AAA-A-TGGCT--AA---A--AA-CATCTCTTTTTTGTTAAGAA--ATAAAATT---TGAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCA----TCA-AA-T-TGAAAC-G-AA-A---TCt
gi|12 : A-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-TGCTAA-AAAATCG--ACA--------ACACTTAAAAACTTCTTGA------------CATCATTTGGACCCT---TGC--CAAG---ATGAAAC--ATTTT-TACTA-----CGT--GTAA-ATCTGTGT----AACGGAT-CAA----ATTAAATTCAAA-GTGGAAT-C-AC--TT-T--AAACATTTAATACGTCA--CAA------AAT------ATG-----------TTTTAAAC---T---G--------GAAAT-CTATCTTAGTCT---TACCTACGCGCGTAGCCC---------A----------------------CTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTA--G-CATGT--TT----TAAT-ACCTCTTCCTT-T------------T-----GGCAAAACCGGGTCAGTG-A-GTATA----TATA-----GACATCAAAT--AC-TGG---G---G--A--AAAA----------C-G---T-GT-TAA-----GTTAATTTT--AAAAGTTGG--ACAAAT--CCT--GA-cccattgctaaaaaatcgacaacacttaaaaacttcttgacatcatttggacccttgccaagatgaaacatttttactacgtgtaaatctgtgtaacggatcaaattaaattcaaagtggaatcactttaaacatttaatacgtcacaaaatatgttttaaactggaaatctatcttagtcttacctacgcgcgtagcccacttttcaatatattattttagcatgttttaatacctcttccttttggcaaaaccgggtcagtgagtatatatagacatcaaatactggggaaaaacgtgttaagttaattttaaaagttggacaaatcctgatcaatactt
gi|13 : taaagggaatatatcatgaaaagacgttataaatgtattttaaaatgatattattattaaaatggctaaaaacatctcttttttgttaagaaataaaatttgaatggtttggtatgtcaaatccatcT--A-AAA--G-TAA-AA---TAATC-A-TT---AAA-A-CGAAT--AA---A--AAGCAT-----TATTATTAATAA--A-AAAATC---TGAATGGTTT--TGTA------T-GTCATATCCA----CCA-AA-A-TGTGAA-A-AA-A---TCT----------ATATATA-----TAT--caatactt
gi|13 : aaaaatcacAA-ATGTGAAA----AAATCTATA-TAT-ATAT-ATA-TAT--ATA--------GCATTTAAATACTGCATGACGATATTTGCATCGTCATTTGGACTCT---TTC--TAAG---GTGAAAC-AATTTT-TACTA------GT--GTAA-ACCTGTAT----AATGGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-CC--GC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTTCAATTTTAAAT---G---G--------GAAA--CTATTTTAAGCTATAAACCTAGACTGGTAGCCC---------AT--------GTTA-GGAAATCCCT---------------TA-----T-TA----TG--G-CATGT--TT----AAAT-GTATA-TATTT-T------------C-----GGCAATATGGGATCAGTG-A-GTATA----TAAA-----GACACGATAT--AC-T-----G---G--ATTAAAA----------TGG---T-TT-T-A-----GCC-GTTTT--AAAAGTTTT--AAAAatatatatagcatttaaatactgcatgacgatatttgcatcgtcatttggactctttctaaggtgaaacaatttttactagtgtaaacctgtataatggatcaaattgaaatcaaaatgaaatcccgcgactcatttaatatgtcacaaaatatgtttcaattttaaatgggaaactattttaagctataaacctagactggtagcccatgttaggaaatcccttattatggcatgtttaaatgtatatattttcggcaatatgggatcagtgagtatataaagacacgatatactggattaaaatggttttagccgttttaaaagttttaaaatt
gi|14 : aaaaatcactaaaagtaaaataatcattaaaacgaataaaaagcattattattaataaaaaaatctgaatggttttgtatgtcatatccaccaTAAAGG--CAG--TTTATC-AGGA-A-ATA-------AT-G-CTAT------------------AAA--A-TAA-AA---TAATA-A-TTG--GGA-G-TGG-T--AA---A--tt
gi|14 : catttagtttt-----AAT--TGGGAGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCAATTAAATATTGTTTGATGACCTTCGTATCGTCATTC--ACTCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AATTTT-TATAA-----CAT--GTTA-ACCTGTAT----AACGGAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAC-T-AA--AT-G--ACTCATTTAATATGTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCAATTTTAAGT---G---T--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGACGCTTAACCG---------AT--------GTTA-GAAAATCCCTTTCC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AAATA-TCCTT-T------------T-----GACAATATGGGGTTTGTG-A----------TACA-----------ATAT--ATAT-----A---A--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-AA----GCCAATTTT--ATAAGTTTG--AAACAT--CCT--GA-TAAATTCcttgaaatgaaatccccattctaaaaatagacagcaattaaatattgtttgatgaccttcgtatcgtcattcactctttctaagatgaaacaatttttataacatgttaacctgtataacggatcaaactgaaatcaaaatgaaactaaatgactcatttaatatgtcacaaaatatgttgcaattttaagtgtgaaatctattttagtctaacctagacgcttaaccgatgttagaaaatccctttccaatatattattttggcatgtttaaataaatatccttttgacaatatggggtttgtgatacaatatatataaaaaaatgttttaagccaattttataagtttgaaacatcctgataaattcc
gi|15 : catttagtttttaaaggcagtttatcaggaaataatgctataaaataaaataatTAAAGG--GAG--TATATC-AGCA-A-AAA-------AGAG-TTATA--AATAGT-T-TT-----------------------TT-A-------AA-A-TGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAATAA--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGTA------T-ATCAAATCCA----CCA-AA-A-AGTGAC-A-AA-A---TCG----------AT--------------------GTGGTAA-ACTTGAAA--CAAAATCCCCA-T-T-TTTA-AAC-TAG--ACA--------GCATTTAAATACTGTATGACGACCTTCACATTGTCATTCAGACTCT---TTC--AAAG---ATGTAACAAATTTT-TACTA-----CAT--GTA--------------AACAGAT-CAA----ATT----CTAAA-ATGAAAT-C-AC--GC-G--ACTCATTAAATACATCA--CAATGTATGACT------ATG-----TTGCAATTTTAAGC---G---T--------GAAAC-CTATc
gi|16 : ctTTATATACTGTTTGACGACCTTGGCA-------TCG---TCA---TTC--TGA----------C-TATTTC-TA--A-----GAT--G-AA-AC--------------AAT-T-------TTGAAATAAAA-ATGAAAT-CGAC--GC-GTGACTCATTTAGTATGTTA--CAA------AAT------GTG-----TTGCCATTTTAAAC---AACAG--------GAAAT-TTATTTTAGCCT---AACCTCGTCGGGTAGCCC---------AA--------GTTA-GGAAAGCCCTTTTC------GTATATA-----TATGTT-TAG--GCCATATCGTT----GATT-ATATA-T
gi|17 : caatatgtggaggaggtcgaaatgaaaaaaaattatcattttacatatcactaccggattcataggttcacggtTAAAGG--GAGCCTGTATT-AGGA-T-AAA-------AC-T-CTATA--TAT-GT-C-TT--A-AAA--A-TAA-AA---TAATT-A-TC---AAA-A-TGAAT--TA---A--AAGCATCTCATTATCATTAATAAGTATATAAAC---CGAATAGTTT--AGTA------T-GTCAAATCCA----CCA-AA-A-CGTGAC-A---------------------ATATGTG-----AAT--TAG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--CGAA--TCCCA-T-T-CTAA-AAA--AG--CCA--------GCACTTGAATACTGTTTTACAACCTTCACATCGTCATTCTGA--CT---TTC--TCAA---ATGAAAC-AATTTT-TACTATGACTTGT--GTTA-ACTTATAT----AACGTAT-CAA----ACTGAAATCAAA-Agcatatttaagtccagtgatttaattaca
gi|18 : --GAA--TGCATC-AG-----AAA-------AC-A--TATA--AAT-GT-C-T------AA--A-TCA-AA---TTATT-T-TT---TAATG-TGAAT--AA---A--ACCAATCTAGTTATCATTTATAA--CTGAAATT---CGAATGACTT--GGAA------T--TTAAAACCG----CCA-TA-A-TGTAAC-ACAA-A---TTG----------ATATTT------AAT--TTA-AGT-GTGA-AGTCGAAA--TAGAATTCTTA-T-T-CCAAGAAA-TA-----A--------GT-------CACTGCTGGACTACCTTCAACGCGATATTCGGACTCCATATTCGGCAAGAACATG--AC-AAT-----------------------------TAT----AAAGGAC-TAA----ACCGAAA--AAATATGAAGT-C-AC--GT-G--A
gi|19 : caatTT--GGAA------T-TTCAAATCTG----CTA-AA-A-CGTGAC-A-TG-A---TTG--------------CCA-----AAG--TGG-ATAGGTGA-AATCAAAA--CGAAGTCATCA-A-T--TAA-ATA-T-----CAT-------GCAC----GCACTACCTGGTGACCTAAACCTCGTCATTCCAAC------TTC--CAAT---ATCAACT-AAATTG-CATTA-----AAC--GT-A-GCCAATATGGGGAATGAAT-CAA----ACCAAAATTGAA-TTGGAGT-C-
gi|2 : ttaaagggagtgtgtcatttaatttgctataatttatcaaaggaataagtttatgtttgatatgaatataaagcaccaattaTAAAGGTAGAG--TATA---AGGATA-AAA-------AC-G-TTATA--AAT-CT-C-TT--A-AAA--A-TAA-AA---CAAAT-A-TC---AAT-A-TGGAT--AA---A--AGGCATCTCATTATCATTATTAT--ATATAAAC---CGAATAGTTAAAGTTA--------ATCATAAACA----CCA-AA-A-CATGAC-A-AA-A---CCA----------ATATGTA-----AAT--TGG-AATGGTAT-AATTGAAA--CGAAATCCCCA-T-T-TAAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGTTTGACGACTTTCGCATTGTCATTTTGATTCT---TTT--TAAG---ATGAAGC-AATTTT-TCTTA-----CGT--GTGA-ACCTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAAAT-C-AT--GG-G--ACTCATTTAATACGTCA--TAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCATAGCTC---------AA--------GTTA-AGAAAGCCCTTTTA------A-ATATA-----T-CATT-TTG--G-CATGT--TT----AAAT-AGATA-TCGTT-T------------T-----GGCAATACGGCGTCAGCGCATATATA----TATA-----GGCATGGTAT--AT-T-----T---G--A--AAAA----------T-G---T-TT-T-A-----GCCAATTGT--AAAATTTGG--GAAAAT--CCC---A-TATATTCccattgct
gi|20 : AAAGG--GAG--TACATC-AGGA-A-AAA-------AT-G-ATATA--AAT-TT-C-------AAA--A-TGA-AA----AATTCA-TT---AAA-A-TGGAT--GA---A--AACCATCTCATTATCATCAATAA--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGTA------T-GTCAAATCCA----CCA-AA-A-CATGAC-A-AA-A---TCA----------ATACTTA-----AAT--TGG-AGTGGTAA-ACTTGAAA--C-AAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCATTTTAATACTGCTT-----------CA-CGTCATTC--ACTTA---TTC--TTAG------------------TATTA-----CGT--GTAA-GACTGTAT----
gi|21 : TCAGG-ATAAAACGC-AC--AT-A--ACTCATTTT-TACGTCA--CAG------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------AAAAT-ATATTTAAGTCT---AACTAAGGCGCGTAGCCC---------AA----------TA---AAAACATTTTTC------A-AAATA-----T-TATT-TTT--G-CATCT--TT----AAAT-ATTTA-TCTTT-T------------T-----GGGAATACTGGGACAGTG-G-GTATA----TATA-----CGCATGGTAT--AT-T-----GAGAA--A--AAAA----------T-GA--T-TT-T-A-----GTCAATTTT--AAAATTTTGGAAAAAAA--CCCATGA-TGTATTCcaat
gi|22 : AA-ATGAAAC-A-AT--AC-G--ACTCATTTAATATGTCA--CTT------AAT--------G-----TTACACTTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CAATTTCAGTCT---AACCCAGGCGAGTAGCTT---------AAGTAGATATGTTA-GGAAATCCTTTTAA------A-ATATA-----T-TAAT-TAG--G-CATGT--TA----AAATAAGATA-TCATT-T------------C-----GGCAATACGTGGTTA-TG-A-GTATA----TATA-----GGCATGATAT--TT-T-----G---G--A--AAAA----------T-ATGTT-TT-T-A-----GCCAATTCT--AAAAGTTTG--AAAAAT--CCT--GA-TAcc
gi|23 : TAAAGG--GAG--TATATC-ATG--A-AAA-------AC-A-CTACT--TAG-GT-A-TT--A-AAA--ATTGA-AA---TTATT-T-GT---AAG-A-CGGAT--AC---A--AAGCATATCTTAATCATAAATAG--ATAAAATC---CAAATGGTTT--GGCA------A-ATCAAATCCA-----CG-AA-A-TGTGAC-A-AA-AAATTAA----------ATATTTAATTTTAATCATGG-AATGGTAA-ACTT-------------TCCA-T-T-CTAA-GAA-CAG--ACA--------CCACTTAAATACTGCTTAACAACATTCAC----TCATT
gi|24 : TGATTT--GGTA------T-GTCAAATCTA----TCA-AA-AACATGAC-A-AT-A---TCATTTTTTTTCAATATTTA-----AAT--TTC-AGTAGTAA-ACTTAAAA--CGAAATCCACA-T-T-CATA-TAA-TAG--ACA--------GCTCTTTAATACTGTTTGA-G--CTTTACATCATCATTTTGACTCT---GTC--TAAG---ATAAACC-A--TTT-TACTA-----TAT--GTTT-GCCTTTAT----ATCGGAT-CAA----ATTGAAATTAAC-ATTAAAT---AC--Gtttc
gi|25 : A-G-TGGTT--AATTTA--AAGCATCTAATTATCATTTATAA--CTAAACTG---CGAATATACT--GTGA------T-TTCATATCTG----CCT-AA-A-TGTGAC-A-AACG---TCT-----------TATTTT-----AAT--CAG-AATGGTGA-AATCGAAT--AAAAAT------T-T-CTAA-AAA-TAA--ATA--------TCATGCATGTACTGGTTAATGACCTTCATTTCATCAtcaca
gi|26 : ttaaagcatggatccagaggtacatgtgctggtgaaactctg---TTC--TAAG---GTGAATC-AATCTC-TACTA-----CAT--GTAA-ACCTGTAT----AACGGTT-CAA----ATTGAAATCAAA-ATGAGAC-C-AC--GC-G--ACTCATTTCATGCGTAA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---A---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCT---AACCTAGGCGCGTAGCCA---------TA--------GTTG-GGAAATCCCTT
gi|27 : TA-GGAAAGCCCTTTTT------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-GATGT--TT----AAAT-ACATA-TCGCT-T------------T-----GATAATATGGGGTCTGTG-A-GTATATCATTATA-----AGCATGGTAT--ATATAGGG-G---G--A--AAAA----------T-GT--T-TT-T-A-----TCCAAGTTT--AAAATTTTG--AAACCC--CCC--GA-TATATTC
gi|28 : AAAGG--TAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------AT-G-CTATA--AAT-AC-CTTT--A-AAA--A-T-T-AA---TAATT-A-TT---GAA-A-TGGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATTAATAA--ATAAAATC---CGAATGGTTT--GGc
gi|29 : G--GAG--TATATC-AGGA-A-ACA-------AT-G-CTTTA--ATT-GT-CTTT--A-AAA--A-T-----------TT----------------GAT--AA---A--GTGCTTCTAATTATCATAAATAA--ATAAAACT---CGAATGG
gi|3 : cacatgacccttaatt--TATATC-AGGA-A-AAA------------TTATATCAAT-GT---TT--A-AAACAA-TAACAA---TA-TT---TC---TAA-ACTGAAT--GT---A--AACTATC-CATTGTCATTAATAA--ATAAAATA---CAAATGATTT--GGT-------T-TTAAAATCTG----ACA-AACA-TGTCA--A-AA-A---GCA----------ATATTTT-----AAT--TGG-AGTG---A-A-TTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------ACATGCAAGTACTGCTTGGTGACCTTCACCTCATCCTTTGAACTCA---TTT--T------------C-AATTCTATA--A-----CAT--ATAA--CCTGTAA----GACTGAT-CAATCAGATCACAATCAAA-ATTGACT-T-AT--TTTG--GCTTGTTCAATACTTCA-------------T------AC---------CAATTTTAAGC---A---A--------GAAAT-CTATTTAAGTCT---ATCCTGTGTGTGCAGGTC---------AA--------GTTA-GGAAATTCCTATTT------A-ATCTA-------TATT-TTG--G-CCTGT--TT----AAAT-AGATA-TCCTTATAATAAAGTTATAT-----AGCAATATGGGCTCAGTG-A-TTATA----TCTAATCACAGAACGATTT--AT-T-----G---G--A--AAAAGATGTATTACT-A---T-TT-T-A------CTAATCCTAAAAAATTTT---AAAAAG--CCT--GA-TGTA
gi|30 : aggtggta-A-GTATA----TATA-----GACATGATAT--AT-T-----G---GGAA--AAAA----------T-G---T-TTAT-A-----GCCAGTTTG--AGAATTTTG----AAAT--CCT--GA-TATATc
gi|4 : ataaatctatatattcaaaacttgtgcaAGC--GAG--TATGTC-AGGA-A-AAA-------TC-A-CTACA--AAT-GT-C-TTGGA-AAA--G-TAA-AA---TAATT-A-TTTTTAAC-A-TGTAT--AA---A--AAGCATCTCATTATAATCAATTA--ATTAAATC---TGAATGGTTT--GGTG------T-ATCAAAT--GAAAACCG-AA-A-TGGAAC-A-AA-A---ACA----------ATGTTTC-----AAT--TGA-AGTGGTAA-ACTTGAAA--TGAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTAAAATATTGCTTGGTGACCTTCACATCATTATTCAGACTTT---TTC--TAAG---ATGAAAC-AAATTT-TACAA-----TGT--GT------------------------AA----ATTGAAATTAAA-ATGAAAT-A-AT--GT-G--ACTAATTTATTACGTCA--CAA------AAT------TTA-----TTGTAATTCTAAGC---A---G--------GAAGT-CGTTTTTAGTCT---GATCTAGGGGCCTAACCC---------AA--------GTAA-GGAAACCCCTTTTC------A-ATATA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----GAAT-AGATA-TCCTT-T------------T-----GGCAACATGGGGTCAATG-A-GTGTA----TATG-----GGCGTGATAT--AT-T-----G---G--T--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCAAATTTC--AAAACTATG--AATAAT--CAT--GA-TATATTC
gi|5 : TAAAGG--GAG--TGTATC-AGGA-A-AAC-------AC-G-CCATA--AAT-GT-C-TT--A-AAA--AATAA-AA---TAATT-A-TC---AAA-A-TTGAT--AA---A--AAGCATCTCATTATCATAAATGA--ATATAAAC---CTAATAGATA--AGTA------T-ACCAAATCCA----TCA-AA-A-CGGGAC-A-AA-A---TCT----------ATATGTA-----AAT--TGA-AGTG----------AAA--CAAAATCCCCA-T-T-CTAA-AAA-TAG--ACA--------GCACTTAAGGACTGTTTGATGACC-----ATTGTTATTCTGACTCT---TTC--TAAG---ATAAAAC-AATTTT-AACGG-----CGT--GTAA-ACTTGTAT----AACAGAT-CAA----ATTAAAATCAAA-ATAAAAT-C-AT--GT-G--ACTCTTTCACTACCTCA--CAA------AAT------ATG-----TTGCCATTTTAAGC---G---G--------GAAAT-CTATTTTAGTCC---AACCTAGGCGCATAGCCC---------AA--------GTTA-GGAATT--TTTTTC------A-ATATA-----T-TATT-TTG--G-TATGT--TT----AAAT-ATACA-TCTTT-T------------T-----GGCAATACGGGGTCAGTG-A-GTACA----TATA-----ACCAT-ATA-------------------A--AGAA----------T-GT--T-TT-T-A-----GCTAATTTT--AAAATGTTG--AGAAAT--CTT--GA-TATATTCcc
gi|6 : tTAAAGG--CAG--TGTATCCAGGA-A-AA---------T-GACTATA--AAT-GT---TT--ACAAA--A-TAA-AATTTTAA-T-G-TT---TAA-A-TTGA---AA---ATTAAGTATTTAATTGTCATTTATAA--TTAAAATA---TGAAC---------TA------T-TTCAGATCTG----CCATAA-A-CATGAT-A-AA-A-----A----------ACATGTT-----AAT--CTG-AGTG-------TTGAAA--AAAAGTTTGTA-T-T--TAC-AAG-C----AC---------GCAC--AAA------TTGATGAACTTCGCTTTATCAGTTTGACTAT---ATC--TAAT---TTGAATA-AAATTC-AACAA-----TAT--GTAA---CGG--T----AACAGATGCGA------TG-AATCAAA-CT-AAAT-C-ACGTGT-G--ACTCATTTGATATGT-ATTTAA------AATTAAAAAGTA-----TTGC-ATTTTATGC----------------AAAAA-CTTTTTTAGTGT---AATGTGCATGTGTA-CTC---------AA--------GTT------ATATATTTTC------A-GTAAA-----T-TGTT-TTT--G-CATGT--TG----AAAT--TGTT-TTGTT-T------------TTTGGGGGGAAGAAGGACTCGGTC-A-GTA--------------------GA-A---AA-T-----G---G--A--AAAAAG--------T-G---T-TTGT-ATTTTTGCCAATTCT--AAAATTTTA--AAAAGT--TAC--TATTATATa
gi|7 : tAAGG--GAG--TATAAT-AGGA-A-A----------T-G-CTATA--AAT-GT-C-GT--A-AGA----CAA-AA---T--TT---TA---GAA-A-TGGTT--AA---A--AAGCATCTTAGTTTCATAAATAA--ATAAAATC---CGAATTGTTT--GGTA------C-GTCAAATCAA----CCG-AC-A-TGTGCC-A-AA-AAA-T-G----------ATATTTA-----AGT--TGG-TGTGATAA-ACTTCAAA--CAAAATCC--A-T-T-CTAA-AAT-TAG--ACA--------GCACTTAAATACTGCATGGTGATCTTCGCATCTTCATTCACACCCT---TTC--TAAG---ATGAAAC-A--TTT-TACTA-----CGTTAATAACATCTGAAT----AACGAAT-CAA----ACTGAAATCAAA-ATGAAAG-C-AC--AT-G--ACGCATTTAATACGTCA--CAA------ACC------ATG-----TTGCAATTTTAAGG---G---G--------GAATT-CTATTTTGGACT---AACATAGACTCGTAGCCA---------GA--------GTTA-GGAAATCCCTTCCC------A-ATATA-----T-TATTATTATTG-CATG---TT----AAAT-AGATA----TG-T------------A-----GACAATGCGGGGACAGTT-C-GTATA----TATA-----GGCATGTCAT----------------------AAA----------T-T---T-TT-T-A-----GCCAATTTT--AAAATTTTG--AAAATT--Catattacatt
gi|8 : tTAACATTTGAAAGATGGAATCCAAAAT-T-CTAA-AAT-TAA--ATA--------TCACACATATACTGCTTGACTATCTTCAACTCATCATATGGACTCT---CTC--TAAG---ATAAACC-AATTTC-AACAA-----TAT---CCA-ACCAAAGT----AGCAAAT-CAA----ATCCAAATCAAA---CAAGT-T-AC--AC-A--AATCATTTTATGCG-CAC-CAA------AGTGCA---ATGTATTTTTG-TATTTTA--------------------------TATTTTAGTCT---AATTTAGGCAAGTAGtg
gi|8 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataatTTTT------A-GTCTA--------ATT-TAG--G-CAAGT--------AGGT-AAAGG---GTT-A------------T-----GGCAATAAACACTCAGTG-A-GTATA----TCAA-----AGCATGCTGTGGAT-TGAAAAG---A--A--AAAA----------C-G---T-TT-T-T-----GTCAATATT--AGAATTTTA--AAGAAgtaaagggttatggcaataaacactcagtgagtatatcaaagcatgctgtggattgaaaagaaaaaacgtttttgtcaatattagaattttaaagaa
gi|9 : caggcgcagtttaaattgatataaatcagtttcaagggaaagtgtggtacaacatctctatacaatttctttcatcatagacctatttttgtttaaaggcagtgtgtcaaaaaatatctaatttaattgaagcataaacattttttaattaaaattacacattgtatataattaacatttgaaagatggaatccaaaattctaaaattaaatatcacacatatactgcttgactatcttcaactcatcatatggactctctctaagataaaccaatttcaacaatatccaaccaaagtagcaaatcaaatccaaatcaaacaagttacacaaatcattttatgcgcaccaaagtgcaatgtatttttgtattttataTAAAGG--CAG--TGGGTC-AGGA-A-AAG-------TT-G-TTATA--AAT-CT-C-T-------A--A-TAA-AA---GAATA-AGTT---AAA-A-TGAAA--AT---A--AAGCAT----------TTAAT-------------------TGATTT--GGAAA-----T-TTCAAATCCA----CCC-AA-A-TGTGACTA-AA-A---ACA----------ACATTTT-----AAT--CAA-AGTGGTGA-AATCAAAA--AGAAATCTC-A-T-T-CTAA-AAA-TAACTACATGTGTCATGCA-TTCAGTA---TTTGACAGCCT--------TTATTTAGACACT---TTC--TAAG---ATGAACCTAATTAA-TAATA-----TGT--ACAA-A-----AT----GGCAGAT-CAA----ATAAAAAGCAAA-CTGAAGT-C-AC--AC-G--ACTCA----------CA--TTG------AA---------------TTGCAATTTTACGC---A---GATTTAGAAGGAATGTTATTCTAGTGT---AATATGTGCACATAG----------------------GTC----AAATC------C------A-ATACA-----T-CATT-TTG--A-CATGT--TT----CAAT-ACATG-TAGCT-T---------------------AAT-----GTT--------TTTA----TTTA-----AGCATTATAT--AT-TTTG--G---G--G--GAAA----------T-G---T-TT-T-------GCCAATTCC--AAAGTATAA--AAAAATACCCC--CA-TA