lowQualScore : 222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 444 1 5555555 222222222222 222222222222222222222222 1 22 444444 11111 1 22222222222222222222 1 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 1 1111111 111 4444444444444444444 3333 4
lowQualScore : 7 5 777 6 7 9999999 999999999999 6 333333333333333333333333 7 6 33 333333 6 6 9 8 77 44444 7 5 11111111111111111111 33 2 9999 3 1 1 0 1 1 1 5555 222 44444 6 3333 33333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 3333 222 4 11 2222 11 1 1 1 2 22 0 5 1 1 1 44444444 3 1 0 4444444 5 3333 1 44444 333 1 9999999 22 2 5555 2 222 0 6666666666666666666 9 3 7777 4 0 6
lowQualScore : . . ... . . ....... ............ . ........................ . . .. ...... . . . . .. ..... . . .................... .. . .... . . . . . . . .... ... ..... . .... ........ ................................................................ ... .... ... . .. .... .. . . . . .. . . . . . ........ . . . ....... . .... . ..... ... . ....... .. . .... . ... . ................... . . .... . . .
lowQualScore : 0 0 000 0 0 0000000 000000000000 0 000000000000000000000000 0 0 00 000000 0 5 8 0 88 88888 1 6 11111111111111111111 44 4 5555 6 8 5 6 7 7 7 2222 888 00000 9 3333 33333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666 1111 333 9 99 9999 99 4 4 4 5 00 6 2 3 3 3 88888888 6 8 1 8888888 2 1111 5 22222 333 9 3333333 99 4 7777 7 777 6 3333333333333333333 0 0 0000 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATNNNNNTATTTGAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT--GATAATGAGACGCAA-TGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGAC--------TGTTGCCGGGC-GGGGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TA--A-CCGACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----GG-C---AAC-----AGTAAA-AA--TGAAGAATATNTCTNAATNAAACAAGTGG
Reference ( gi|2 ) : TTCTGTTTCACCAACATTTCACTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT--GATAATGGGACACAA-TGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGAC--------TGTTGCCGGGCGGGGGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TA--G-CCGACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----GG-C---AAC-----AGTAAACAA--TGGAGAATGTAT-TGAATAAAA-AAGCGGAAGGTCCCATTCGAGATGA
gi|33 : TAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTAT
gi|15 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgactTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGT------T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA--AATAATGAGACACGA-TGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGAC--------T-TT-CCAGGT-GGGGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTa
gi|38 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagtTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-
gi|10 : AGGAT-CATTAAGTA-AACGCT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----------T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT--GCTAATGAGACACAC-TGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGAC--------TGTTGCTGGGT-GGGGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TA--A-CCGACTGAGCTA--ATC-GTGCAC----GG-T---A
gi|8 : agataactgcgGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTT-CCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT--GATAATGAGACACAA-TGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGAC--------TGTTGCCGGGC-GGGGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TA--A-CCGACTGAGGTA--ATCGGGGCCC----GG-CCA-AAC----------ACAC--TGAATAATATATCTAAATTAAtaataagttaacatatcaaaaagttcaaacaatg
gi|11 : A-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----------T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTT-TCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT--GACAATGAGACCCAA-TTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAAC--------TGTAGCTAAGCAGGGttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
gi|9 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagTGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT--GATAATGAGACACAA-TGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGAC--------TGTTGCCGGGCGGGGGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TA--A-CCGACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----GG-CTCTGACAA---AGTAAA-AA--T-AAGAATATagtggaattattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|1 : aaaacaatcatttaataaatcttaacatcatttacccaataatgcttctgtgaagcaaaaaaGT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--------T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT--GATAATGAGACACAC-TATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGAC--------TGTTGCCGGGC-GGGGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TA--A-CTGACTGAGCTA--ATC-TGGCCT----GT-C---Ataatctcttataatcg
gi|4 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaAGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--C--CAG----GTAACTAA--TAACTTTCCCC-GCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT--GATAATGAGACATAA-TTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACAC--------TGTTTCCGGGC-GGGGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TA--A-CCGACTGAGCTA--ATT-GGGCCC----GG-C---caattatatgttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|32 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatagT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATT-T-TAT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--------T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTT-CCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAtgaaaattggaaatatcaaaatgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|23 : tatgggtatcactatcacaaacagttactt------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GATATTGGAAAGT-----------T----------AACC---AGT----AATGGAGTA------------------------------------ACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA------AATGGGATGCAG-TGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGAC--------TGtaagaca
gi|21 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----------TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTT-TCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT--GATAATGAGACACAA-TGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATAC--------TGTTGCCGGGC-GAGGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAatcaggcaaagagt
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----------T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTT-CTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT--GATAATGAGACGCAA-TGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGAC--------tgtatataggcactgta
gi|14 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgccTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----------TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTT-CTC-ACTTGAAT-CAGTGGT--GAGACAAAA--GACAACGAGACGCAA-TG-----TATCAATT-A-TTAGGCAGAC--------TGTGGCCGGAT-GAGAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CT--A-CCGACAGAGCTA--ACC-AGGCCC----GG-C---aggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|18 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcg
gi|7 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTT-CCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT--GATAATGAGACACCA-T---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA---------TGTTGCCTGGC-GGGAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TA--A-CCGACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----GG-caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTT-CTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAtttgtaatgataaatatagcaaaaacacacacacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|34 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaa-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatct----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----------TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGT-CAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT--TGCAATGGGACTTAA-TATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGAT--------TATGGCCGGGCGTGGT-TTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-TA----CCGGCTG
gi|5 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgca----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATT-T-TAT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----------TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTT-TCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAATAAAATAATGAGACGCAA-TGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGTTGAC---------ATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CT--A-CCAACTGAACCACCACC-GGGTCC----GGAC---AAcac
gi|26 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataGA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAG----------------------------------------------------------------------------------T-----------T----------AACC---AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTT-CCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT--GATACAGAGACTCAA-TGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGAC--------TGTTGCCAGGC-AGAGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTA--A--CAACTGAGCTA--ATT-Gtttagcgacaagacaacttacaaacaatatttcaatcaaacatataatcaactatgtgta
gi|3 : -TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATT-T-TAT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACA---TTCATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTT-TCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC-AAT--GA-AATG-----CAA-TGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGAC--------TATGATCCGGT-GAGGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|27 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagtttttttt-TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTTTA---TT-----TAACCActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|13 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----------T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTC-CCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA--GAAAATGAGACGCAA-TGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGAC--------TGTCGCCGGACGGAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA-------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAAGTAG-C---AGC-----AGTAgtacttgaccacacaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ataatgcggatgataatgcctataaATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----------TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTT-CCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT--GTTAATGAGACGCAA-TGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGAT--------TGTTGCCGGGC-GGGGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----taggaatattgctgtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|12 : ATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTT-CTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT--CACAGTGAGCCGCAT-TATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTAC--------TTTGGTTTGGCGGGT--TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTgt
gi|17 : cGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----------T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTT-CCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT--GATGATGAGACACAA-TGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGAC--------TGTTGCCGGGC-AGGGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TA--A-CCGACTGAACTA--ATC-GGGCCC----GG-C---tcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|16 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataa---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----------TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTT-CTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT--GACACTGAGACGCAA-TATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATAT--------TGTGGGCGGGC-GGGGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CT--A-CCGACCGAGCTA--ACT-GGGCCC----GG-C---ATC-----AGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|24 : tttaatatttagcgtattttatgTGT----TTGG------CCT-----------------------------------------T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTT-ACC-ACTTGAAT-CAGTGA----------------------GACACAA-TATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGAC--------AGTGGCCAGTTGGGG-ATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CT--A-CTGACTGAGCTA--ATC-AAACCT----GG-ccatatgtaaaacaagctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|30 : tactacactggcagtaaaT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----------TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTC-CCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCAT--CTCCGTAGAACAAAAATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGAT--------AGTGAACGGGC-----AT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CT--A-TCGACTGCGCTA--TCC-GGATCC----GG-C---TTCA----AGTA---AA--TGAAGAAacttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|29 : c----------GG----------T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGC-CCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT--GGCCGTAGAACA--A-TGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGAC--------TG--GCTGGAT-GGGGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTca
gi|37 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggtCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACC--T-GCC-ATAACAAT---GTGGTAAGAAATG
gi|25 : gaaggttaatacaacCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTT-CTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT--GACTGTGATGCACAA-TGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAAC--------TGTGGGCGGGTGAGAGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-ACTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC----GA-C---
gi|27 : TAACCAG--TA-CTTG-ACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT--GACAATGAGAAGCAA-TATCATATATCAATC-A-TCATGGAGAC--------TGT------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------TA----CAGACTGAGCTA--Atttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|6 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattAAT--GATAATGAGACACAC-TGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAAC--------TGTTGCCGGATGGGG-ATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AA--A-CTGACTCAGCTT--ATC-GGGCCc
gi|36 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatAATGAGATGCAA-TGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGAC--------AATGGCCAGGC-AGAGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcacaattaaattgcttttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|31 : tagaaaaACAG-CGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGAC--------TGTTACCGAGCTGGGG-TTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G--------CTATT-ACCTA--ATC--GGCCC----AA-CT--AACTTTGTATTAAAGAAATTTGAGATTTTCT-TT-ATAAAACAAGTGGgtt
gi|18 : CAA-TGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGAC--------TGTGACCGGACGGGAAATAAGA--------CTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CT--A-CCAAATGAGCTA--tggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ACACATGGATAATTAATATTAAACTATATTTTGCAAGCTTTTATGGGATTCTGGAAAGTATACCGGTACTTTAGTGCGCCATCTCTGCAAGTATATCATATAT
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 2 11 333333 22222 222 2 11 111 1 11111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 4 2 000 4 0 88 2 2 2 2 4 000000 77777 000 4 4 66 0 55555 0 11 8 1 111 0 5 3 44444444444 0 666 33 2 9999 3 1 1 1 1 1 5555 222 33333 4 3333 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 2222 11 6 11 2222 33 2 1 3 3333 1 22 22 1 1 5 2 1 1 4444444 3333 1 44444 333 1 888 4444 22 2 5555 999999999 1111111111111111111111111111111111 1 77 444 1 2
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . ...... ..... ... . . .. . ..... . .. . . ... . . . ........... . ... .. . .... . . . . . . .... ... ..... . .... ........ .......................................................... ... .... .. . .. .... .. . . . .... . .. .. . . . . . . ....... .... . ..... ... . ... .... .. . .... ......... .................................. . .. ... . .
lowQualScore : 0 5 000 0 0 00 5 5 5 5 0 000000 00000 555 0 0 55 0 00000 7 88 0 0 777 3 0 9 33333333333 9 333 22 2 0000 5 7 1 6 6 6 0000 777 88888 5 1111 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 8888 88 4 88 7777 22 8 4 0 0000 4 00 11 3 3 0 8 4 4 5555555 0000 5 00000 222 8 777 0000 88 2 0000 444444444 8888888888888888888888888888888888 0 33 000 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC-----AGTAAA-A---A----TGAAG--AATATNTCTAAA---TNAAACAAGCGG
Reference ( family-30 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATNNNNNTATTTGAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC-----AGTAAA-A---A----TGAAG--AATATNTCTNAA---TNAAACAAGTGG
gi|1 : GT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT----G-A--TAATGAGAC-ACACTATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TAACT----GACTGAGCTA--ATC-TGGCCT----G---------TC---A
gi|10 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT----G-C--TAATGAGAC-ACACTGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCTGGGT-G-G-GGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GTGCAC----G---------GT---A---------T----A---A----T-AAGTTAACATATCAAAAAGTTCAAACAAcaattatatgttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|11 : agataactgcgaggatcattaagtaaacgcA-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTTTCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT----G-A--CAATGAGAC-CCAATTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAACTGTAGCTAAGC-A-G-GGAGTGGA-------ATTtg
gi|12 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTTCTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT----C-A--CAGTGAGCC-GCATTATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTACTTTGGTTTGGC-G-G-GT-TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|13 : cT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTCCCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA----G-A--AAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGACTGTCGCCGGAC-G-GAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA--------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAAGTA---------GC---AGC-----AGT--------A----T-AGG--AATATTGCTtcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|14 : ataatgcggatgataatgcctataaTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTTCTC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGA--CAAAA----G-A--CAACGAGAC-GCAATGT-----ATCAATT-A-TTAGGCAGACTGTGGCCGGAT-G-A-GAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CTACC----GACAGAGCTA--ACC-AGGCCC----G---------GC---gtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|15 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGTT-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA----A-A--TAATGAGAC-ACGATGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGACT-TT-CCAGGT-G-G-GGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTtcg
gi|16 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagt---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTTCTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT----G-A--CACTGAGAC-GCAATATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATATTGTGGGCGGGC-G-G-GGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CTACC----GACCGAGCTA--ACT-GGGCCC----G---------GC---ATC-----AG
gi|17 : tttaatatttagcgtattttatgGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT----G-A--TGATGAGAC-ACAATGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGACTGTTGCCGGGC-A-G-GGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TAACC----GACTGAACTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---ccatatgtaaaacaagctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|18 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataaTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|18 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcGAAACTGCAATGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGACTGTGACCGGAC-G-G-GAAATAAG-------ACTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CTACC----AAATGAGCTA--caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : aggtgagttctacgtgtatctgagttctggctgatggttgcttattttaccagcatttttatataatcaagggctaacaggcaatcagttaaactaacccctctttcctaggaacctggaatgttaacctgaaaactcccatctccgcaaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTTCTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAcctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|2 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaaTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGGGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAGCC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC-----AGTAAACA---A----TGGAG--AATGTAT-TGAA---TAAAA-AAGCGGtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : ttctgtttcaccaacatttcac----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGTCAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT----T-G--CAATGGGAC-TTAATATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGATTATGGCCGGGC-G-T-GGTTTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-T-ACC----GGCTGaaggtcccattcgagatga
gi|21 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgcaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATACTGTTGCCGGGC-G-A-GGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAcac
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGACtgtatataggcactgta
gi|23 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgcc------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------------------ATT---GGA----A----AGTTAAC--C-------------A----GTAATGGAG-TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA-----------AATGGGAT-GCAGTGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGACTGaggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|24 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaa----T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTTACC-ACTTGAAT-CAG---------------------------TGAGAC-ACAATATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGACAGTGGCCAGTT-G-G-GGATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CTACT----GACTGAGCTA--ATC-AAACCT----G---------Gatcaggcaaagagt
gi|25 : tactacactggcagtaaatgtttggcctCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTTCTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT----G-A--CTGTGATGC-ACAATGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAACTGTGGGCGGGT-GAG-AGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-A-CTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC----G---------AC---acttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|26 : GA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAGTTAA---CC-------------------------------------------------------------------------------------------------AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT----G-A--TACAGAGAC-TCAATGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCAGGC-A-G-AGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTAA-C----AACTGAGCTA--ATT-Gtttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|27 : -TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTT-------------------TAT----TT---------------------------------------------------------------------AACC---AGT----ACTTGACCACAC--
gi|27 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtTAACCAG--TA-CTTGACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT----G-A--CAATGAGAA-GCAATATCATATATCAATC-A-TCATGGAGACTGT--------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------T-ACA----GACTGAGCTA--Aaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTTCCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-T--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGATTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----c
gi|29 : ----------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGCCCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT----G-G--CCGT-AGA--ACAATGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGACTG--GCTGGAT-G-G-GGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTgt
gi|3 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggt-TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATTTT--AT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACAT--TC-ATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC--------------AATGAAAT-GCAATGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGACTATGATCCGGT-G-A-GGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|30 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagttttttttT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTCCCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCATCTCCGTA--GAACAAAA-----ATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGATAGT----GAAC-G-G-GCAT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CTATC----GACTGCGCTA--TCC-GGATCC----G---------GC---TTCA----AGT--A-A---A----TGAAG--AACActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|31 : cCAGCGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGACTGTTACCGAGC-T-G-GGGTTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G-----C----TATT-ACCTA--ATC--GGCCC----A---------ACT--AACTTTGTATTAAA-G---AAATTTGA----GAT-TTTCTTTA---TAAAACAAGTGG
gi|32 : aT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATTTT--AT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAtggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
gi|33 : tatgggtatcactatcacaaacagttacttTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATtaagaca
gi|34 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgact-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACa
gi|35 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatctACC---GGT----ACTTTAGTGCGC--C--ATCT--CTGCAA----GTA
gi|36 : acacatggataattaatattaaactatattttgcaagcttttatgggattctggaaagtatAATGAGAT-GCAATGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGACAATGGCCAGGC-A-G-AGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcatatat
gi|37 : tagaaaaCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACCTgtt
gi|38 : gaaggttaatacaacTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-gccataacaatgtggtaagaaatg
gi|4 : AGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--CC--AG----GTAACTAA--TAACTTTCCCCGCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ATAATTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACACTGTTTCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATT-GGGCCC----G---------GC-------------TGAA-A---A----TTGGA--AATAT
gi|5 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatag----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATTTT--AT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTTTCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----A-AAATAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGT-T-G-ACATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CTACC----AACTGAACCACCACC-GGGTCC----GGACAATTTAGC---GAC-----AAGACA-ACTTA----CAAAC--AATATTTC--AA---TCAAACcaaaatgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|6 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataAAT----G-A--TAATGAGAC-ACACTGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAACTGTTGCCGGAT-G-G-GGATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AAACT----GACTCAGCTT--ATC-GGGCCT----A---------TC----AC-----AATTAA-A---T----TGtataatcaactatgtgta
gi|7 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACCAT---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA-TGTTGCCTGGC-G-G-GAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------Gcttttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|8 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGGTA--ATCGGGGCCC----G---------GCCA-AAC---------AC-A---C----TGAAT--AATATATCTAAA---TTAAtttgtaatgataaatatagcaaaaacacacacacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|9 : TGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GCTCTGACAA---AGTAAA-A---A----T-AAG--AATATttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 333333 22222 222 1 11 111 1 11111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 1 1 333 1 5 66 1 1 1 1 1 000000 77777 000 1 1 22 5 11 8 1 111 0 5 3 44444444444 0 666 33 2 9999 3 1 1 1 1 1 5555 222 33333 4 3333 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 2222 11 6 11 2222 33 2 1 3 3333 1 22 22 1 1 5 2 1 1 4444444 3333 1 44444 333 1 888 4444 22 2 5555 999999999 999999999999999999999999999999999999 1 77 000 1
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . ...... ..... ... . . .. . .. . . ... . . . ........... . ... .. . .... . . . . . . .... ... ..... . .... ........ .......................................................... ... .... .. . .. .... .. . . . .... . .. .. . . . . . . ....... .... . ..... ... . ... .... .. . .... ......... .................................... . .. ... .
lowQualScore : 0 0 000 0 5 55 0 0 0 0 0 000000 00000 555 0 0 00 0 88 0 0 777 3 0 9 33333333333 9 333 22 2 0000 5 7 1 6 6 6 0000 777 88888 5 1111 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 8888 88 4 88 7777 22 8 4 0 0000 4 00 11 3 3 0 8 4 4 5555555 0000 5 00000 222 8 777 0000 88 2 0000 444444444 777777777777777777777777777777777777 0 22 000 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC-----AGTAAA-A---A----T--GAAG--AATATATCNAAA---TCAAACAAGCGG
Reference ( family-30 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC-----AGTAAA-A---A----T--GAAG--AATATNTCTAAA---TNAAACAAGCGG
gi|1 : GT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT----G-A--TAATGAGAC-ACACTATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TAACT----GACTGAGCTA--ATC-TGGCCT----G---------TC---A
gi|10 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT----G-C--TAATGAGAC-ACACTGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCTGGGT-G-G-GGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GTGCAC----G---------GT---A---------T----A---A----T---AAGTTAACATATCAAAAAGTTCAAACAAcaattatatgttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|11 : agataactgcgaggatcattaagtaaacgcA-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTTTCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT----G-A--CAATGAGAC-CCAATTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAACTGTAGCTAAGC-A-G-GGAGTGGA-------ATTtg
gi|12 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTTCTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT----C-A--CAGTGAGCC-GCATTATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTACTTTGGTTTGGC-G-G-GT-TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|13 : cT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTCCCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA----G-A--AAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGACTGTCGCCGGAC-G-GAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA--------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAAGTA---------GC---AGC-----AGT--------A----T---AGG--AATATTGCTtcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|14 : ataatgcggatgataatgcctataaTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTTCTC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGA--CAAAA----G-A--CAACGAGAC-GCAATGT-----ATCAATT-A-TTAGGCAGACTGTGGCCGGAT-G-A-GAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CTACC----GACAGAGCTA--ACC-AGGCCC----G---------GC---gtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|15 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGTT-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA----A-A--TAATGAGAC-ACGATGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGACT-TT-CCAGGT-G-G-GGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTtcg
gi|16 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagt---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTTCTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT----G-A--CACTGAGAC-GCAATATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATATTGTGGGCGGGC-G-G-GGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CTACC----GACCGAGCTA--ACT-GGGCCC----G---------GC---ATC-----AG
gi|17 : tttaatatttagcgtattttatgGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT----G-A--TGATGAGAC-ACAATGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGACTGTTGCCGGGC-A-G-GGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TAACC----GACTGAACTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---ccatatgtaaaacaagctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|18 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataaTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|18 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcGAAACTGCAATGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGACTGTGACCGGAC-G-G-GAAATAAG-------ACTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CTACC----AAATGAGCTA--caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : aggtgagttctacgtgtatctgagttctggctgatggttgcttattttaccagcatttttatataatcaagggctaacaggcaatcagttaaactaacccctctttcctaggaacctggaatgttaacctgaaaactcccatctccgcaaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTTCTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAcctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|2 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaaTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGGGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAGCC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC-----AGTAAACA---A----T--GGAG--AATGTAT-TGAA---TAAAA-AAGCGGtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : ttctgtttcaccaacatttcac----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGTCAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT----T-G--CAATGGGAC-TTAATATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGATTATGGCCGGGC-G-T-GGTTTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-T-ACC----GGCTGaaggtcccattcgagatga
gi|21 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgcaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATACTGTTGCCGGGC-G-A-GGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAcac
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGACtgtatataggcactgta
gi|23 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgcc------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------------------ATT---GGA----A----AGTTAAC--C-------------A----GTAATGGAG-TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA-----------AATGGGAT-GCAGTGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGACTGaggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|24 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaa----T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTTACC-ACTTGAAT-CAG---------------------------TGAGAC-ACAATATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGACAGTGGCCAGTT-G-G-GGATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CTACT----GACTGAGCTA--ATC-AAACCT----G---------Gatcaggcaaagagt
gi|25 : tactacactggcagtaaatgtttggcctCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTTCTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT----G-A--CTGTGATGC-ACAATGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAACTGTGGGCGGGT-GAG-AGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-A-CTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC----G---------AC---acttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|26 : GA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAGTTAA---CC-------------------------------------------------------------------------------------------------AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT----G-A--TACAGAGAC-TCAATGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCAGGC-A-G-AGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTAA-C----AACTGAGCTA--ATT-Gtttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|27 : -TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTT-------------------TAT----TT---------------------------------------------------------------------AACC---AGT----ACTTGACCACAC--
gi|27 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtTAACCAG--TA-CTTGACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT----G-A--CAATGAGAA-GCAATATCATATATCAATC-A-TCATGGAGACTGT--------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------T-ACA----GACTGAGCTA--Aaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTTCCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-T--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGATTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----c
gi|29 : ----------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGCCCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT----G-G--CCGT-AGA--ACAATGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGACTG--GCTGGAT-G-G-GGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTgt
gi|3 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggt-TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATTTT--AT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACAT--TC-ATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC--------------AATGAAAT-GCAATGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGACTATGATCCGGT-G-A-GGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|30 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagttttttttT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTCCCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCATCTCCGTA--GAACAAAA-----ATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGATAGT----GAAC-G-G-GCAT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CTATC----GACTGCGCTA--TCC-GGATCC----G---------GC---TTCA----AGT--A-A---A----T--GAAG--AACActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|31 : cCAGCGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGACTGTTACCGAGC-T-G-GGGTTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G-----C----TATT-ACCTA--ATC--GGCCC----A---------ACT--AACTTTGTATTAAA-G---AAATTT--GA----GAT-TTTCTTTA---TAAAACAAGTGG
gi|32 : aT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATTTT--AT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAtggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
gi|33 : tatgggtatcactatcacaaacagttacttTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATtaagaca
gi|34 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgact-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACa
gi|35 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatctACC---GGT----ACTTTAGTGCGC--C--ATCT--CTGCAA----GTA
gi|36 : acacatggataattaatattaaactatattttgcaagcttttatgggattctggaaagtatAATGAGAT-GCAATGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGACAATGGCCAGGC-A-G-AGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcatatat
gi|37 : tagaaaaCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACCTgtt
gi|38 : gaaggttaatacaacTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-gccataacaatgtggtaagaaatg
gi|4 : AGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--CC--AG----GTAACTAA--TAACTTTCCCCGCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ATAATTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACACTGTTTCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATT-GGGCCC----G---------GC-------------TGAA-A---A----TTGGAA------ATATCAAAA---T
gi|5 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatag----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATTTT--AT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTTTCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----A-AAATAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGT-T-G-ACATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CTACC----AACTGAACCACCACC-GGGTCC----GGACAATTTAGC---GAC-----AAGACA-ACTTA----C--AAAC--AATATTTC--AA---TCAAACAgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|6 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataAAT----G-A--TAATGAGAC-ACACTGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAACTGTTGCCGGAT-G-G-GGATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AAACT----GACTCAGCTT--ATC-GGGCCT----A---------TC----AC-----AATTAA-A---T----T--Gtataatcaactatgtgta
gi|7 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACCAT---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA-TGTTGCCTGGC-G-G-GAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GT-----T-----TGT----A---A----T--GATA--AATATAGCAAAA---ACACACActtttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|8 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGGTA--ATCGGGGCCC----G---------GCCA-AAC---------AC-A---C----T--GAAT--AATATATCTAAA---TTAAcacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|9 : TGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GCTCTGACAA---AGTAAA-A---A----T---AAG--AATATttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 333333 22222 222 1 11 111 1 11111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444444444444444444444 111
lowQualScore : 1 1 333 1 5 66 1 1 1 1 1 000000 77777 000 1 1 22 5 11 8 1 111 0 5 3 44444444444 0 666 33 2 9999 3 1 1 1 1 1 5555 222 33333 4 3333 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 2222 11 6 11 2222 33 2 1 3 3333 1 22 22 1 1 5 2 1 1 4444444 3333 1 44444 333 1 888 4444 22 2 5555 999999999 888888888888888888888888 999 7 111
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . ...... ..... ... . . .. . .. . . ... . . . ........... . ... .. . .... . . . . . . .... ... ..... . .... ........ .......................................................... ... .... .. . .. .... .. . . . .... . .. .. . . . . . . ....... .... . ..... ... . ... .... .. . .... ......... ........................ ... . ...
lowQualScore : 0 0 000 0 5 55 0 0 0 0 0 000000 00000 555 0 0 00 0 88 0 0 777 3 0 9 33333333333 9 333 22 2 0000 5 7 1 6 6 6 0000 777 88888 5 1111 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 8888 88 4 88 7777 22 8 4 0 0000 4 00 11 3 3 0 8 4 4 5555555 0000 5 00000 222 8 777 0000 88 2 0000 444444444 444444444444444444444444 000 5 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC--AGT-AA-A---AT--GAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
Reference ( family-30 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC--AGTAAA-A---AT--GAAG--AATATATCNAAA---TCAAACAAGCGG
gi|1 : GT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT----G-A--TAATGAGAC-ACACTATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TAACT----GACTGAGCTA--ATC-TGGCCT----G---------TC---A
gi|10 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT----G-C--TAATGAGAC-ACACTGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCTGGGT-G-G-GGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GTGCAC----G---------GT---A------T----A---AT---AAGTTAACATATCAAAAAGTTCAAACAAcaattatatgttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|11 : agataactgcgaggatcattaagtaaacgcA-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTTTCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT----G-A--CAATGAGAC-CCAATTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAACTGTAGCTAAGC-A-G-GGAGTGGA-------ATTtg
gi|12 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTTCTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT----C-A--CAGTGAGCC-GCATTATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTACTTTGGTTTGGC-G-G-GT-TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|13 : cT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTCCCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA----G-A--AAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGACTGTCGCCGGAC-G-GAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA--------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAAGTA---------GC---AGC--AGT--------AT---AGG--AATATtcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|14 : ataatgcggatgataatgcctataaTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTTCTC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGA--CAAAA----G-A--CAACGAGAC-GCAATGT-----ATCAATT-A-TTAGGCAGACTGTGGCCGGAT-G-A-GAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CTACC----GACAGAGCTA--ACC-AGGCCC----G---------GC---tgctgtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|15 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGTT-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA----A-A--TAATGAGAC-ACGATGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGACT-TT-CCAGGT-G-G-GGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTtcg
gi|16 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagt---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTTCTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT----G-A--CACTGAGAC-GCAATATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATATTGTGGGCGGGC-G-G-GGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CTACC----GACCGAGCTA--ACT-GGGCCC----G---------GC---ATC--AG
gi|17 : tttaatatttagcgtattttatgGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT----G-A--TGATGAGAC-ACAATGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGACTGTTGCCGGGC-A-G-GGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TAACC----GACTGAACTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---ccatatgtaaaacaagctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|18 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataaTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|18 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcGAAACTGCAATGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGACTGTGACCGGAC-G-G-GAAATAAG-------ACTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CTACC----AAATGAGCTA--caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : aggtgagttctacgtgtatctgagttctggctgatggttgcttattttaccagcatttttatataatcaagggctaacaggcaatcagttaaactaacccctctttcctaggaacctggaatgttaacctgaaaactcccatctccgcaaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTTCTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAcctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|2 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaaTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGGGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAGCC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GC---AAC--AGTAAACA---AT--GGAG--AATGTATTGAA-----TAAAAAAGCGGtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : ttctgtttcaccaacatttcac----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGTCAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT----T-G--CAATGGGAC-TTAATATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGATTATGGCCGGGC-G-T-GGTTTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-T-ACC----GGCTGaaggtcccattcgagatga
gi|21 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgcaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATACTGTTGCCGGGC-G-A-GGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAcac
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGACtgtatataggcactgta
gi|23 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgcc------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------------------ATT---GGA----A----AGTTAAC--C-------------A----GTAATGGAG-TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA-----------AATGGGAT-GCAGTGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGACTGaggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|24 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaa----T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTTACC-ACTTGAAT-CAG---------------------------TGAGAC-ACAATATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGACAGTGGCCAGTT-G-G-GGATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CTACT----GACTGAGCTA--ATC-AAACCT----G---------Gatcaggcaaagagt
gi|25 : tactacactggcagtaaatgtttggcctCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTTCTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT----G-A--CTGTGATGC-ACAATGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAACTGTGGGCGGGT-GAG-AGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-A-CTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC----G---------AC---acttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|26 : GA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAGTTAA---CC-------------------------------------------------------------------------------------------------AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT----G-A--TACAGAGAC-TCAATGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCAGGC-A-G-AGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTAA-C----AACTGAGCTA--ATT-Gtttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|27 : -TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTT-------------------TAT----TT---------------------------------------------------------------------AACC---AGT----ACTTGACCACAC--
gi|27 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtTAACCAG--TA-CTTGACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT----G-A--CAATGAGAA-GCAATATCATATATCAATC-A-TCATGGAGACTGT--------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------T-ACA----GACTGAGCTA--Aaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTTCCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-T--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGATTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----c
gi|29 : ----------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGCCCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT----G-G--CCGT-AGA--ACAATGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGACTG--GCTGGAT-G-G-GGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTgt
gi|3 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggt-TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATTTT--AT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACAT--TC-ATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC--------------AATGAAAT-GCAATGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGACTATGATCCGGT-G-A-GGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|30 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagttttttttT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTCCCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCATCTCCGTA--GAACAAAA-----ATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGATAGT----GAAC-G-G-GCAT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CTATC----GACTGCGCTA--TCC-GGATCC----G---------GC---TTCA-AGT--A-A---AT--GAAG--AACActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|31 : cCAGCGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGACTGTTACCGAGC-T-G-GGGTTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G-----C----TATT-ACCTA--ATC--GGCCC----A---------ACT--AAC--
gi|32 : aT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATTTT--AT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAtttgtattaaagaaatttgagattttctttataaaacaagtggtggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
gi|33 : tatgggtatcactatcacaaacagttacttTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATtaagaca
gi|34 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgact-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACa
gi|35 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatctACC---GGT----ACTTTAGTGCGC--C--ATCT--CTGCAA----GTA
gi|36 : acacatggataattaatattaaactatattttgcaagcttttatgggattctggaaagtatAATGAGAT-GCAATGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGACAATGGCCAGGC-A-G-AGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcatatat
gi|37 : tagaaaaCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACCTgtt
gi|38 : gaaggttaatacaacTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-gccataacaatgtggtaagaaatg
gi|4 : AGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--CC--AG----GTAACTAA--TAACTTTCCCCGCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ATAATTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACACTGTTTCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATT-GGGCCC----G---------GC----------TGAA-A---ATTGGAA------ATATCAAAA---
gi|5 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatag----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATTTT--AT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTTTCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----A-AAATAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGT-T-G-ACATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CTACC----AACTGAACCACCACC-GGGTCC----GGACAATTTAGC---GAC--AAGACA-ACTTAC--AAAC--AATATTTC--AA---TCAAACAgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|6 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataAAT----G-A--TAATGAGAC-ACACTGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAACTGTTGCCGGAT-G-G-GGATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AAACT----GACTCAGCTT--ATC-GGGCCT----A---------TC----AC--AATTAA-A---TT--Gtataatcaactatgtgta
gi|7 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACCAT---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA-TGTTGCCTGGC-G-G-GAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GT-----T--TGT----A---AT--GATA--AATATAGCAAAA---ACACACActtttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|8 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGGTA--ATCGGGGCCC----G---------GCCA-AAC------AC-A---CT--GAAT--AATATATCTAAA---TTAAcacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|9 : TGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC----G---------GCTCTGACAAAGTAAA-A---AT---AAG--AATATttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 333333 22222 222 1 11 111 1 11111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333 33333333333333
lowQualScore : 1 1 333 1 5 66 1 1 1 1 1 000000 77777 000 1 1 22 5 11 8 1 111 0 5 3 44444444444 0 666 33 2 9999 3 1 1 1 1 1 5555 222 33333 4 3333 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 2222 11 6 11 2222 33 2 1 3 3333 1 22 22 1 1 5 2 1 1 4444444 3333 1 44444 333 1 888 4444 22 2 2 999999999 222222222222222222222222 4 55 4 1 7 22222222222222
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . ...... ..... ... . . .. . .. . . ... . . . ........... . ... .. . .... . . . . . . .... ... ..... . .... ........ .......................................................... ... .... .. . .. .... .. . . . .... . .. .. . . . . . . ....... .... . ..... ... . ... .... .. . . ......... ........................ . .. . . . ..............
lowQualScore : 0 0 000 0 5 55 0 0 0 0 0 000000 00000 555 0 0 00 0 88 0 0 777 3 0 9 33333333333 9 333 22 2 0000 5 7 1 6 6 6 0000 777 88888 5 1111 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 8888 88 4 88 7777 22 8 4 0 0000 4 00 11 3 3 0 8 4 4 5555555 0000 5 00000 222 8 777 0000 88 2 4 444444444 000000000000000000000000 3 00 0 7 6 88888888888888
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---A--TGAAG--AATATATCGAAA---TC---------AAACAAGCGG
Reference ( family-30 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---AAC--A-GTA-A--A---A--TGAAG--AATATATCGAAA---TC---------AAACAAGCGG
gi|1 : GT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT----G-A--TAATGAGAC-ACACTATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TAACT----GACTGAGCTA--ATC-TGGCCT-G---------TC---A
gi|10 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT----G-C--TAATGAGAC-ACACTGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCTGGGT-G-G-GGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GTGC-------------------AC--G-GTA-T--A---A--T-AAGTTAACATATCAAAAAGTTC---------AAACAAcaattatatgttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|11 : agataactgcgaggatcattaagtaaacgcA-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTTTCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT----G-A--CAATGAGAC-CCAATTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAACTGTAGCTAAGC-A-G-GGAGTGGA-------ATTtg
gi|12 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTTCTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT----C-A--CAGTGAGCC-GCATTATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTACTTTGGTTTGGC-G-G-GT-TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|13 : cT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTCCCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA----G-A--AAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGACTGTCGCCGGAC-G-GAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA--------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAA---------GT---AGC--A-GCA-G--T---A--T-AGG--AATATtcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|14 : ataatgcggatgataatgcctataaTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTTCTC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGA--CAAAA----G-A--CAACGAGAC-GCAATGT-----ATCAATT-A-TTAGGCAGACTGTGGCCGGAT-G-A-GAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CTACC----GACAGAGCTA--ACC-AGGCCC-G---------GC---tgctgtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|15 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGTT-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA----A-A--TAATGAGAC-ACGATGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGACT-TT-CCAGGT-G-G-GGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTtcg
gi|16 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagt---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTTCTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT----G-A--CACTGAGAC-GCAATATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATATTGTGGGCGGGC-G-G-GGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CTACC----GACCGAGCTA--ACT-GGGCCC-G---------GC---ATC--A-GCC-A--T---A--TGTAA--AACA
gi|17 : tttaatatttagcgtattttatgGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT----G-A--TGATGAGAC-ACAATGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGACTGTTGCCGGGC-A-G-GGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TAACC----GACTGAACTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---agctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|18 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataaTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|18 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcGAAACTGCAATGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGACTGTGACCGGAC-G-G-GAAATAAG-------ACTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CTACC----AAATGAGCTA--caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : aggtgagttctacgtgtatctgagttctggctgatggttgcttattttaccagcatttttatataatcaagggctaacaggcaatcagttaaactaacccctctttcctaggaacctggaatgttaacctgaaaactcccatctccgcaaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTTCTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAcctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|2 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaaTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGGGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAGCC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---AAC--A-GTA-AACA---A--TGGAG--AATGTATTGAA-----T---------AAAAAAGCGGtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : ttctgtttcaccaacatttcac----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGTCAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT----T-G--CAATGGGAC-TTAATATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGATTATGGCCGGGC-G-T-GGTTTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-T-ACC----GGCTGaaggtcccattcgagatga
gi|21 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgcaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATACTGTTGCCGGGC-G-A-GGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAcac
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGACtgtatataggcactgta
gi|23 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgcc------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------------------ATT---GGA----A----AGTTAAC--C-------------A----GTAATGGAG-TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA-----------AATGGGAT-GCAGTGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGACTGaggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|24 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaa----T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTTACC-ACTTGAAT-CAG---------------------------TGAGAC-ACAATATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGACAGTGGCCAGTT-G-G-GGATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CTACT----GACTGAGCTA--ATC-AAACCT-G---------Gatcaggcaaagagt
gi|25 : tactacactggcagtaaatgtttggcctCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTTCTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT----G-A--CTGTGATGC-ACAATGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAACTGTGGGCGGGT-GAG-AGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-A-CTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC-G---------AC---acttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|26 : GA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAGTTAA---CC-------------------------------------------------------------------------------------------------AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT----G-A--TACAGAGAC-TCAATGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCAGGC-A-G-AGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTAA-C----AACTGAGCTA--ATT-Gtttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|27 : -TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTT-------------------TAT----TT---------------------------------------------------------------------AACC---AGT----ACTTGACCACAC--
gi|27 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtTAACCAG--TA-CTTGACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT----G-A--CAATGAGAA-GCAATATCATATATCAATC-A-TCATGGAGACTGT--------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------T-ACA----GACTGAGCTA--Aaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTTCCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-T--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGATTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----c
gi|29 : ----------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGCCCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT----G-G--CCGT-AGA--ACAATGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGACTG--GCTGGAT-G-G-GGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTgt
gi|3 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggt-TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATTTT--AT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACAT--TC-ATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC--------------AATGAAAT-GCAATGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGACTATGATCCGGT-G-A-GGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|30 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagttttttttT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTCCCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCATCTCCGTA--GAACAAAA-----ATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGATAGT----GAAC-G-G-GCAT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CTATC----GACTGCGCTA--TCC-GGATCC-G---------GC---TTC--AAGTA-A--A------TGAAG--AACActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|31 : cCAGCGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGACTGTTACCGAGC-T-G-GGGTTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G-----C----TATT-ACCTA--ATC--GGCCC-A---------ACT--AAC--T-TTG-T--A---T--TAAAG--AA-AT-TTGAGA---TTTTCTTTATAAAACAAGTGG
gi|32 : aT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATTTT--AT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAtggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
gi|33 : tatgggtatcactatcacaaacagttacttTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATtaagaca
gi|34 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgact-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACa
gi|35 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatctACC---GGT----ACTTTAGTGCGC--C--ATCT--CTGCAA----GTA
gi|36 : acacatggataattaatattaaactatattttgcaagcttttatgggattctggaaagtatAATGAGAT-GCAATGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGACAATGGCCAGGC-A-G-AGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcatatat
gi|37 : tagaaaaCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACCTgtt
gi|38 : gaaggttaatacaacTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-gccataacaatgtggtaagaaatg
gi|4 : AGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--CC--AG----GTAACTAA--TAACTTTCCCCGCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ATAATTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACACTGTTTCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATT-GGGCCC-G---------GC-----------TG-A--A---AATTG--G--AA-ATATCAAAA---T
gi|5 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatag----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATTTT--AT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTTTCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----A-AAATAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGT-T-G-ACATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CTACC----AACTGAACCACCACC-GGGTCC-GGACAATTTAGC---GAC--A-AGACA--ACTTA--CAAAC--AATATTTC--AA---TC---------AAACAgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|6 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataAAT----G-A--TAATGAGAC-ACACTGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAACTGTTGCCGGAT-G-G-GGATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AAACT----GACTCAGCTT--ATC-GGGCCT-A---------TC----AC--A-ATT-A--A---A--Ttataatcaactatgtgta
gi|7 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACCAT---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA-TGTTGCCTGGC-G-G-GAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GT-----T--T-GT-----A---A--TGATA--AATATAGCAAAA---AC---------ACACAtgcttttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|8 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGGTA--ATCGGGGCCC-G---------GC---CA---A-ACA-C--A---C--TGAAT--AATATATCTAAA---TT---------AAcacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|9 : TGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GCTCTGACAAA-GTA-A--A---A--ATAAG--AATATttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 333333 22222 222 1 11 111 1 11111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 222222222222222222222 1 111
lowQualScore : 1 1 333 1 5 66 1 1 1 1 1 000000 77777 000 1 1 22 5 11 8 1 111 0 5 3 44444444444 0 666 33 2 9999 3 1 1 1 1 1 5555 222 33333 4 3333 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 2222 11 6 11 2222 33 2 1 3 3333 1 22 22 1 1 5 2 1 1 4444444 3333 1 44444 333 1 888 4444 22 2 2 000000000 999999999999999999999 2 55 0 0 111
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . ...... ..... ... . . .. . .. . . ... . . . ........... . ... .. . .... . . . . . . .... ... ..... . .... ........ .......................................................... ... .... .. . .. .... .. . . . .... . .. .. . . . . . . ....... .... . ..... ... . ... .... .. . . ......... ..................... . .. . . ...
lowQualScore : 0 0 000 0 5 55 0 0 0 0 0 000000 00000 555 0 0 00 0 88 0 0 777 3 0 9 33333333333 9 333 22 2 0000 5 7 1 6 6 6 0000 777 88888 5 1111 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 8888 88 4 88 7777 22 8 4 0 0000 4 00 11 3 3 0 8 4 4 5555555 0000 5 00000 222 8 777 0000 88 2 5 000000000 999999999999999999999 8 55 4 5 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
Reference ( family-30 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
gi|1 : GT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT----G-A--TAATGAGAC-ACACTATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TAACT----GACTGAGCTA--ATC-TGGCCT-G---------TC----AC--A-ATT-A--T---ATG
gi|10 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT----G-C--TAATGAGAC-ACACTGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCTGGGT-G-G-GGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GTGC-------------------AC--G-GTA-T--A---AT-AAGTTAACATATCAAAAAGTTCAAACAAttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|11 : agataactgcgaggatcattaagtaaacgcA-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTTTCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT----G-A--CAATGAGAC-CCAATTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAACTGTAGCTAAGC-A-G-GGAGTGGA-------ATTtg
gi|12 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTTCTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT----C-A--CAGTGAGCC-GCATTATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTACTTTGGTTTGGC-G-G-GT-TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|13 : cT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTCCCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA----G-A--AAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGACTGTCGCCGGAC-G-GAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA--------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAA---------GT---AGC--A-GCA-G--T---AT-AGG--AATATtcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|14 : ataatgcggatgataatgcctataaTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTTCTC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGA--CAAAA----G-A--CAACGAGAC-GCAATGT-----ATCAATT-A-TTAGGCAGACTGTGGCCGGAT-G-A-GAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CTACC----GACAGAGCTA--ACC-AGGCCC-G---------GC---tgctgtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|15 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGTT-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA----A-A--TAATGAGAC-ACGATGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGACT-TT-CCAGGT-G-G-GGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTtcg
gi|16 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagt---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTTCTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT----G-A--CACTGAGAC-GCAATATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATATTGTGGGCGGGC-G-G-GGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CTACC----GACCGAGCTA--ACT-GGGCCC-G---------GC---ATC--A-GCC-A--T---ATGTAA--AACA
gi|17 : tttaatatttagcgtattttatgGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT----G-A--TGATGAGAC-ACAATGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGACTGTTGCCGGGC-A-G-GGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TAACC----GACTGAACTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---agctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|18 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataaTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|18 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcGAAACTGCAATGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGACTGTGACCGGAC-G-G-GAAATAAG-------ACTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CTACC----AAATGAGCTA--caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : aggtgagttctacgtgtatctgagttctggctgatggttgcttattttaccagcatttttatataatcaagggctaacaggcaatcagttaaactaacccctctttcctaggaacctggaatgttaacctgaaaactcccatctccgcaaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTTCTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAcctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|2 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaaTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGGGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAGCC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---AAC--A-GTA-AACA---ATGGAG--AATGTATTGAA-----TAAAAAAGCGGtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : ttctgtttcaccaacatttcac----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGTCAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT----T-G--CAATGGGAC-TTAATATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGATTATGGCCGGGC-G-T-GGTTTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-T-ACC----GGCTGaaggtcccattcgagatga
gi|21 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgcaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATACTGTTGCCGGGC-G-A-GGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAcac
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGACtgtatataggcactgta
gi|23 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgcc------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------------------ATT---GGA----A----AGTTAAC--C-------------A----GTAATGGAG-TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA-----------AATGGGAT-GCAGTGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGACTGaggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|24 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaa----T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTTACC-ACTTGAAT-CAG---------------------------TGAGAC-ACAATATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGACAGTGGCCAGTT-G-G-GGATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CTACT----GACTGAGCTA--ATC-AAACCT-G---------Gatcaggcaaagagt
gi|25 : tactacactggcagtaaatgtttggcctCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTTCTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT----G-A--CTGTGATGC-ACAATGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAACTGTGGGCGGGT-GAG-AGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-A-CTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC-G---------AC---acttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|26 : GA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAGTTAA---CC-------------------------------------------------------------------------------------------------AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT----G-A--TACAGAGAC-TCAATGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCAGGC-A-G-AGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTAA-C----AACTGAGCTA--ATT-Gtttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|27 : -TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTT-------------------TAT----TT---------------------------------------------------------------------AACC---AGT----ACTTGACCACAC--
gi|27 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtTAACCAG--TA-CTTGACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT----G-A--CAATGAGAA-GCAATATCATATATCAATC-A-TCATGGAGACTGT--------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------T-ACA----GACTGAGCTA--Aaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTTCCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-T--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGATTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----c
gi|29 : ----------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGCCCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT----G-G--CCGT-AGA--ACAATGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGACTG--GCTGGAT-G-G-GGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTgt
gi|3 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggt-TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATTTT--AT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACAT--TC-ATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC--------------AATGAAAT-GCAATGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGACTATGATCCGGT-G-A-GGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|30 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagttttttttT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTCCCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCATCTCCGTA--GAACAAAA-----ATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGATAGT----GAAC-G-G-GCAT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CTATC----GACTGCGCTA--TCC-GGATCC-G---------GC---TTC--AAGTA-A--A----TGAAG--AACActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|31 : cCAGCGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGACTGTTACCGAGC-T-G-GGGTTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G-----C----TATT-ACCTA--ATC-GGCCC
gi|32 : aT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATTTT--AT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAaactaactttgtattaaagaaatttgagattttctttataaaacaagtggtggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
gi|33 : tatgggtatcactatcacaaacagttacttTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATtaagaca
gi|34 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgact-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACa
gi|35 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatctACC---GGT----ACTTTAGTGCGC--C--ATCT--CTGCAA----GTA
gi|36 : acacatggataattaatattaaactatattttgcaagcttttatgggattctggaaagtatAATGAGAT-GCAATGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGACAATGGCCAGGC-A-G-AGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcatatat
gi|37 : tagaaaaCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACCTgtt
gi|38 : gaaggttaatacaacTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-gccataacaatgtggtaagaaatg
gi|4 : AGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--CC--AG----GTAACTAA--TAACTTTCCCCGCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ATAATTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACACTGTTTCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATT-GGGCCC-G---------GCT--GA-------A-A--A---TTG--G--AA-ATATCAAAA---
gi|5 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatag----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATTTT--AT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTTTCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----A-AAATAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGT-T-G-ACATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CTACC----AACTGAACCACCACC-GGGTCC-GGACAATTTAGC---GAC--A-AGACA--ACTTACAAAC--AATATTTC--AA---TCAAACAgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|6 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataAAT----G-A--TAATGAGAC-ACACTGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAACTGTTGCCGGAT-G-G-GGATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AAACT----GACTCAGCTT--ATC-GGGCCT-A---------TC----AC--A-ATT-A--A---ATtataatcaactatgtgta
gi|7 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACCAT---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA-TGTTGCCTGGC-G-G-GAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GT-----T--T-GT-----A---ATGATA--AATATAGCAAAA---ACACACAtgcttttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|8 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGGTA--ATCGGGGCCC-G---------GC---CA---A-ACA-C--A---CTGAAT--AATATATCTAAA---TTAAcacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|9 : TGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GCTCTGACAAA-GTA-A--A---AATAAG--AATATttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 333333 22222 222 1 11 111 1 11111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 222222222222222222222 1 111
lowQualScore : 1 1 333 1 5 66 1 1 1 1 1 000000 77777 000 1 1 22 5 11 8 1 111 0 5 3 44444444444 0 666 33 2 9999 3 1 1 1 1 1 5555 222 33333 4 3333 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 2222 11 6 11 2222 33 2 1 3 3333 1 22 22 1 1 5 2 1 1 4444444 3333 1 44444 333 1 888 4444 22 2 2 000000000 999999999999999999999 2 55 0 0 111
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . ...... ..... ... . . .. . .. . . ... . . . ........... . ... .. . .... . . . . . . .... ... ..... . .... ........ .......................................................... ... .... .. . .. .... .. . . . .... . .. .. . . . . . . ....... .... . ..... ... . ... .... .. . . ......... ..................... . .. . . ...
lowQualScore : 0 0 000 0 5 55 0 0 0 0 0 000000 00000 555 0 0 00 0 88 0 0 777 3 0 9 33333333333 9 333 22 2 0000 5 7 1 6 6 6 0000 777 88888 5 1111 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 8888 88 4 88 7777 22 8 4 0 0000 4 00 11 3 3 0 8 4 4 5555555 0000 5 00000 222 8 777 0000 88 2 5 000000000 999999999999999999999 8 55 4 5 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
Reference ( family-30 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
gi|1 : GT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT----G-A--TAATGAGAC-ACACTATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TAACT----GACTGAGCTA--ATC-TGGCCT-G---------TC----AC--A-ATT-A--T---ATG
gi|10 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT----G-C--TAATGAGAC-ACACTGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCTGGGT-G-G-GGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GTGC-------------------AC--G-GTA-T--A---AT-AAGTTAACATATCAAAAAGTTCAAACAAttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|11 : agataactgcgaggatcattaagtaaacgcA-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTTTCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT----G-A--CAATGAGAC-CCAATTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAACTGTAGCTAAGC-A-G-GGAGTGGA-------ATTtg
gi|12 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTTCTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT----C-A--CAGTGAGCC-GCATTATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTACTTTGGTTTGGC-G-G-GT-TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|13 : cT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTCCCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA----G-A--AAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGACTGTCGCCGGAC-G-GAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA--------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAA---------GT---AGC--A-GCA-G--T---AT-AGG--AATATtcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|14 : ataatgcggatgataatgcctataaTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTTCTC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGA--CAAAA----G-A--CAACGAGAC-GCAATGT-----ATCAATT-A-TTAGGCAGACTGTGGCCGGAT-G-A-GAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CTACC----GACAGAGCTA--ACC-AGGCCC-G---------GC---tgctgtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|15 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGTT-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA----A-A--TAATGAGAC-ACGATGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGACT-TT-CCAGGT-G-G-GGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTtcg
gi|16 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagt---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTTCTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT----G-A--CACTGAGAC-GCAATATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATATTGTGGGCGGGC-G-G-GGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CTACC----GACCGAGCTA--ACT-GGGCCC-G---------GC---ATC--A-GCC-A--T---ATGTAA--AACA
gi|17 : tttaatatttagcgtattttatgGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT----G-A--TGATGAGAC-ACAATGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGACTGTTGCCGGGC-A-G-GGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TAACC----GACTGAACTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---agctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|18 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataaTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|18 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcGAAACTGCAATGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGACTGTGACCGGAC-G-G-GAAATAAG-------ACTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CTACC----AAATGAGCTA--caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : aggtgagttctacgtgtatctgagttctggctgatggttgcttattttaccagcatttttatataatcaagggctaacaggcaatcagttaaactaacccctctttcctaggaacctggaatgttaacctgaaaactcccatctccgcaaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTTCTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAcctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|2 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaaTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGGGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAGCC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---AAC--A-GTA-AACA---ATGGAG--AATGTATTGAA-----TAAAAAAGCGGtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : ttctgtttcaccaacatttcac----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGTCAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT----T-G--CAATGGGAC-TTAATATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGATTATGGCCGGGC-G-T-GGTTTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-T-ACC----GGCTGaaggtcccattcgagatga
gi|21 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgcaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATACTGTTGCCGGGC-G-A-GGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAcac
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGACtgtatataggcactgta
gi|23 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgcc------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------------------ATT---GGA----A----AGTTAAC--C-------------A----GTAATGGAG-TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA-----------AATGGGAT-GCAGTGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGACTGaggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|24 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaa----T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTTACC-ACTTGAAT-CAG---------------------------TGAGAC-ACAATATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGACAGTGGCCAGTT-G-G-GGATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CTACT----GACTGAGCTA--ATC-AAACCT-G---------Gatcaggcaaagagt
gi|25 : tactacactggcagtaaatgtttggcctCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTTCTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT----G-A--CTGTGATGC-ACAATGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAACTGTGGGCGGGT-GAG-AGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-A-CTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC-G---------AC---acttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|26 : GA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAGTTAA---CC-------------------------------------------------------------------------------------------------AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT----G-A--TACAGAGAC-TCAATGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCAGGC-A-G-AGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTAA-C----AACTGAGCTA--ATT-Gtttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|27 : -TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTT-------------------TAT----TT---------------------------------------------------------------------AACC---AGT----ACTTGACCACAC--
gi|27 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtTAACCAG--TA-CTTGACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT----G-A--CAATGAGAA-GCAATATCATATATCAATC-A-TCATGGAGACTGT--------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------T-ACA----GACTGAGCTA--Aaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTTCCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-T--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGATTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----c
gi|29 : ----------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGCCCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT----G-G--CCGT-AGA--ACAATGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGACTG--GCTGGAT-G-G-GGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTgt
gi|3 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggt-TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATTTT--AT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACAT--TC-ATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC--------------AATGAAAT-GCAATGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGACTATGATCCGGT-G-A-GGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|30 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagttttttttT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTCCCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCATCTCCGTA--GAACAAAA-----ATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGATAGT----GAAC-G-G-GCAT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CTATC----GACTGCGCTA--TCC-GGATCC-G---------GC---TTC--AAGTA-A--A----TGAAG--AACActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|31 : cCAGCGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGACTGTTACCGAGC-T-G-GGGTTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G-----C----TATT-ACCTA--ATC-GGCCC
gi|32 : aT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATTTT--AT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAaactaactttgtattaaagaaatttgagattttctttataaaacaagtggtggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
gi|33 : tatgggtatcactatcacaaacagttacttTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATtaagaca
gi|34 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgact-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACa
gi|35 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatctACC---GGT----ACTTTAGTGCGC--C--ATCT--CTGCAA----GTA
gi|36 : acacatggataattaatattaaactatattttgcaagcttttatgggattctggaaagtatAATGAGAT-GCAATGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGACAATGGCCAGGC-A-G-AGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcatatat
gi|37 : tagaaaaCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACCTgtt
gi|38 : gaaggttaatacaacTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-gccataacaatgtggtaagaaatg
gi|4 : AGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--CC--AG----GTAACTAA--TAACTTTCCCCGCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ATAATTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACACTGTTTCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATT-GGGCCC-G---------GCT--GA-------A-A--A---TTG--G--AA-ATATCAAAA---
gi|5 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatag----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATTTT--AT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTTTCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----A-AAATAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGT-T-G-ACATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CTACC----AACTGAACCACCACC-GGGTCC-GGACAATTTAGC---GAC--A-AGACA--ACTTACAAAC--AATATTTC--AA---TCAAACAgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|6 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataAAT----G-A--TAATGAGAC-ACACTGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAACTGTTGCCGGAT-G-G-GGATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AAACT----GACTCAGCTT--ATC-GGGCCT-A---------TC----AC--A-ATT-A--A---ATtataatcaactatgtgta
gi|7 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACCAT---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA-TGTTGCCTGGC-G-G-GAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GT-----T--T-GT-----A---ATGATA--AATATAGCAAAA---ACACACAtgcttttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|8 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGGTA--ATCGGGGCCC-G---------GC---CA---A-ACA-C--A---CTGAAT--AATATATCTAAA---TTAAcacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|9 : TGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GCTCTGACAAA-GTA-A--A---AATAAG--AATATttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
blockSeqs : T G ATA T . TC C G C C T GTTTAA ATACA TCG T A CT . AT G T ATA A G CAATTGAA TAG AT A GGTT C T A A . . T TGT GTATA G AAAA TCTTGGAT CAGATATATTGTAACCTGGAATGTT TGG GTTA TA C GT GTTT CA C T C CTCC T AA TG C A T G A A AGTGGTG CTTG A ATACC GCA A CTA GTCT CC G A GACAATTTA TCTGACAAAGTAAA G . G .
blockSeqs : AT . C . G T AAATG A . . AA A . T . . . . . . T . CTTGATAA GGAATCCTACTTAAGTT . . . C . . G C . C . . . A . . A G . . . . . . . . TA . . . . . GACAAGACAACTT G . A .
blockSeqs : A . A . G C AG T . . G . . A . . . . . . C . . GGAATCCTGAAAGATT . . . C . . . . . A . . . C . . G . . . . . . . . . CT . . . . . AACAGTAAACA G . A .
blockSeqs : . A . . G AA G . . . . . T . . . . . . C . . GGTATCCTGAAAGTTT . . . C . . . . . T . . . G . . C . . . . . . . . . CT . . . . . TTCAAGTAAA G . T .
blockSeqs : . . G AA G . . . . . A . . . . . . C . . TGGATCCTGGTACGCT . . . C . . . . . T . . . G . . G . . . . . . . . . TA . . . . . AGCAGCAGT A . . .
blockSeqs : . G AA G . . . . . C . . . . . . G . . GGGATTCTGAAAGGTT . . . C . . . . . T . . . G . . T . . . . . . . . . CT . . . . . ATCAGCCAT G .
blockSeqs : . T AT A . . . . . A . . . . . . T . . AGGATCGTGGAAGGTT . . . C . . . . . C . . . A . . G . . . . . . . . . TA . . . . . ACGGTATA G .
blockSeqs : G GA A . . . . . A . . . . . . G . . GAGATCCTGTAAGGTT . . . C . . . . . C . . . G . . T . . . . . . . . . CT . . . . . ACAATTAA T .
blockSeqs : TA G . . . . . T . . . . . . C . . GGGATCCTGAAAGGTT . . . C . . . . . T . . . A . . G . . . . . . . . . CT . . . . . CAAACACA . .
blockSeqs : . G . . . . . A . . . . . . G . . GGGATTCCGGAAC . . . C . . . . . T . . . A . . T . . . . . . . . . CT . . . . . TGAAAA .
blockSeqs : G . . . . . A . . . . . . G . . TGGATACGCTAGT . . . C . . . . . T . . . T . . G . . . . . . . . . TA . . . . . TTGTA
blockSeqs : A . . . . . T . . . . . . C . . GGAAGGTT . . . C . . . . . C . . . A . . T . . . . . . . . . CT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . A . . GGAAGGTT . . . C . . . . . T . . . G . . G . . . . . . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . T . . GGGAGGTT . . . T . . . . . A . . . G . . G . . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . C . . GGGATT . . . T . . . . . C . . . A . . T . . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . GGGATT . . . C . . . . . C . . . A . . T . . . . . . . . . TA . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . A . . GGGATT . . . C . . . . . C . . . T . . G . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . C . . GGGATT . . . C . . . . . A . . . G . . T . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . G . . GGGATA . . . C . . . . . T . . . G . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . A . . GGGATT . . . . . . . . . A . . . A . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . G . . GGGATT . . . . . . . . . C . . . G . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . G . . GGGAT . . . . . . . . . C . . . G . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGG . . . . . . . . . T . . . A . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . G . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : G** **** ** ***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATGG--TT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 333333 22222 222 1 11 111 1 11111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 222222222222222222222 1 111
lowQualScore : 1 1 333 1 5 66 1 1 1 1 1 000000 77777 000 1 1 22 5 11 8 1 111 0 5 3 44444444444 0 666 33 2 9999 3 1 1 1 1 1 5555 222 33333 4 3333 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 2222 11 6 11 2222 33 2 1 3 3333 1 22 22 1 1 5 2 1 1 4444444 3333 1 44444 333 1 888 4444 22 2 2 000000000 999999999999999999999 2 55 0 0 111
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . ...... ..... ... . . .. . .. . . ... . . . ........... . ... .. . .... . . . . . . .... ... ..... . .... ........ .......................................................... ... .... .. . .. .... .. . . . .... . .. .. . . . . . . ....... .... . ..... ... . ... .... .. . . ......... ..................... . .. . . ...
lowQualScore : 0 0 000 0 5 55 0 0 0 0 0 000000 00000 555 0 0 00 0 88 0 0 777 3 0 9 33333333333 9 333 22 2 0000 5 7 1 6 6 6 0000 777 88888 5 1111 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 8888 88 4 88 7777 22 8 4 0 0000 4 00 11 3 3 0 8 4 4 5555555 0000 5 00000 222 8 777 0000 88 2 5 000000000 999999999999999999999 8 55 4 5 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
Reference ( family-30 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAANCTNAANNNAATTTTGACNGGTTAATTTATNTATTNTNTANTNAANGTCAGTGAAAGTTTAACCATATACATTTCTGTCGGAACCAGTCTNAAAGCATGNTCACCTGGNNGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCGTCACCTA-TANCTT---TTTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTNT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---GAC--A-GTA-A--A---ATGAAG--AATATATCGAAA---TCAAACAAGCGG
gi|1 : GT-TTA-T------GA---ACAAT-----T--AA-T-----GG-TT-GATTTAATATTTAGCATCATTTT-TTTTATCATCAAGGGCTTACTGTACATATGTTCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GA----------AAAG--T-----------T----------TACC---AGT----AGTCCAGCACAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGC--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCTGTGAGAGACAAGT----G-A--TAATGAGAC-ACACTATTGTATGTCAATC-A-TCACAGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCGTGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-A-TAACT----GACTGAGCTA--ATC-TGGCCT-G---------TC----AC--A-ATT-A--T---ATG
gi|10 : caataaattaaattgcctattgattataaaattaataaaatgaT---TTTGCATCAGA------AG---TTAATG--ATT--GA-T----CGA-TT-GATTGAATATTAAGCGTTAATTT-TAT-GCCATCGAAGGCT-A----ACAGACGATCAGTCAA---CC-----TGACCATTGT----TTTCTTGGATCCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACTGGAGCA-ACTACCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TTACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGATGAGATGCGAAT----G-C--TAATGAGAC-ACACTGTCGTATATTAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCTGGGT-G-G-GGATCCAA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGACGCAGC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GTGC-------------------AC--G-GTA-T--A---AT-AAGTTAACATATCAAAAAGTTCAAACAAttttttatttgtatttcaataataaagtttagataccatatcattttcacaccttatagtttgacataacctcttctttttattattaccgtaattgaattatcgcacctgtttaatcagcatgcagttataacattgtgaaagtttgctataacattttcgcaatatttggaaaagtatataaaattataaattaaatttcagaaatcagttgagctattaagtgttataagcacattttttgagagcttcctactggataatataca
gi|11 : agataactgcgaggatcattaagtaaacgcA-TATCTT---AATGT-TCATT------AA----CTATGTAGTTATGA-C----AGA-TTTGTTTGAATATTTAACGTAATTTC-TAT-GCCA---------------ACAGACAACCAGTTAA---CC-----TAACCATTTT----TTCTTGATAACCT-----------------GGAA--------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACCCAAGCACA---CCCATCT--CTGC------------------ACTTTTCC-CCTTGAAT-CAACAGTGAGAGACTAAT----G-A--CAATGAGAC-CCAATTTTGTATACCAATC-A-TGACAGAAACTGTAGCTAAGC-A-G-GGAGTGGA-------ATTtg
gi|12 : ttttattttcatatttaactggcttttaactagaggagctgtattttgagtacaaataagATTTAGCGCCATTTG-TAT-GTCATCGAGGGCC-A----ACATATTATCAGTCAA---CC-----TGA-CACTCT----TT--------CCT-----------------G------------------------------------------C------T----ACTCCAGCACA----CCATCT--TCGCAA----GTAAC-------AGTTTCTT-ACATAAAT-CATATGCGATAGACGAAT----C-A--CAGTGAGCC-GCATTATCGTATATCAATC-A-CCATGGCTACTTTGGTTTGGC-G-G-GT-TTTGA-------ACTCACGGCC----CTTGG-ATTattatgatggaatatgtcatgtgaacgtgcagcagtaatacctgattaatatgtaaatagttct
gi|13 : cT-AATTGCATATTTAGC--------------CCGTCGAGGGCT-A----ACAGA-GA---GT--A---TG-----TAAACACTCT----TT--------CCT-----------------GGAATCCTGAAAGA----T-----------T----------AACC---GGT----ACTCTGGCACAC--CC-ATCT--TCAAAA----GTAGCTGA--TAATTTCCCCCACTTGAAA-CAGTGGTGAGTGACGAAA----G-A--AAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TTACGGAGACTGTCGCCGGAC-G-GAAGATTCGT-------ACTCGCGATC----CCTGG-AATTA-----TAGTCA--------------------GACTAAGCTA--ATC-AGCCCCAA---------GT---AGC--A-GCA-G--T---AT-AGG--AATATtcaaccattaacagttgctatgctactaaatatgttgaacggtagaaacaagtggttgttgataaatctcaataatttatcttagtttatataattaatataatcgtacgacttaccttctcattcaaaattatatgaacagataga
gi|14 : ataatgcggatgataatgcctataaTG--TTT--GA-T----TGA-TT-GTTTGAATATTAAGCATCATTTG-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGATGATTAGTTAA---CCGTATATAACCACTCT----TT--------CCTCAGATATATTGTAACCTGG----------AA----TGT---------T----------AACC---AGT----ATTCGAGCACAT--CC-ATCT--CTGCAA----GAAACTTG--TAACTTTCTC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGA--CAAAA----G-A--CAACGAGAC-GCAATGT-----ATCAATT-A-TTAGGCAGACTGTGGCCGGAT-G-A-GAATTCCA-------ACTCACAACA----CCTGA-ATGGA-----TAGTCCAAC---AT-A-CTACC----GACAGAGCTA--ACC-AGGCCC-G---------GC---tgctgtggtttataatgatgcagtgtgatattgattatgccaagaattaatt
gi|15 : tagttgttaatgagatgagttcgttgtttgtttgttTATTTGAAGATATGACACCTAGTGTTTT---TTTGTGTCACT------------TTGTT--GTT--GA-T----TGACTT-GATTGAATATTTAGCGTAATTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGATGGTCAATTAA---TC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GGTATCCT----GAAAGTT-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGTAAAC--CCCATCT--CTGCAAGTTTGTAATATA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAAAAACGAAA----A-A--TAATGAGAC-ACGATGTC--ATATTAATC-A-TCACGGAGACT-TT-CCAGGT-G-G-GGATTCGA-------ACTCACAACC----CCTtcg
gi|16 : taattttctattttcttatgtgacctttaatatgagaataccagt---CC-----TAAACACTTT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TCCTGGTACGC-T----------AACC---AGA----ACTCGAACACAT--CC-ATTA--CCTTAA----ATAACTAA--TAACTTTCTC-ATTTATAT-CAGCGGCGAAAGACAGAT----G-A--CACTGAGAC-GCAATATCGTGTAGCAATC-A-TCACGTATATTGTGGGCGGGC-G-G-GGATTCAA-------ACTCACGACC----CTTGA-ATGTA-----TAGTAAGTC---GC-G-CTACC----GACCGAGCTA--ACT-GGGCCC-G---------GC---ATC--A-GCC-A--T---ATGTAA--AACA
gi|17 : tttaatatttagcgtattttatgGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----CT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCTGAAAGGTTAACC---AGA----ACTCTAGCACAC--CCCATCT--CCAAAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACCTGAAT-CAGCAGTGAGAGATGAAT----G-A--TGATGAGAC-ACAATGCTGTATATCAATC-G-TCATGGAGACTGTTGCCGGGC-A-G-GGATTCAA-------ACTCACAACC----TTTGG-ATTGA-----TAGCCAGAT---GC-A-TAACC----GACTGAACTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---agctcaaatgcctatactcgtatagaaattaacactttacgtttctaagtatctacttgact
gi|18 : acaattttaaacatattatttgagaactaactgacaaatgacactcaaaccaaccaataaTG--GCT--GA-T-----GG-TT-GCTT--AT-TTTACCAGCATTTT-TAT-ATAATCAAGGGCT-A----ACAGGCAATCAGTTAA---AC-----TAACCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------G----------------------------AACCTGGAATGTTAACCTGAAAAC-T--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGtcatttgataaaaaaaacttgaataaat
gi|18 : aggtgagttctacgtgtatctgagttcGAAACTGCAATGTCATATATCAGTCCA-TCATCGAGACTGTGACCGGAC-G-G-GAAATAAG-------ACTCACAACC----CCTGA-ATTGA-----TAGTGAAAC---GT-G-CTACC----AAATGAGCTA--caatgtcatatatcagtccatcatcgagactgtgaccggacgggaaataagactcacaacccctgaattgatagtgaaacgtgctaccaaatgagctacctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|19 : aggtgagttctacgtgtatctgagttctggctgatggttgcttattttaccagcatttttatataatcaagggctaacaggcaatcagttaaactaacccctctttcctaggaacctggaatgttaacctgaaaactcccatctccgcaaT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATCGTTAGCGTCATGTT-TAT-GCCAACGAGGGCT-A----TCAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GAAACTGA--TAACTTTCTC-ATTTGAAT-CAGTGGTGAcctggttccaaaccacctattgtaacatttgacgaagaatttctgaaatattgtacataacaatataaaaca
gi|2 : tatacaaccatacacagtttatgatttaatgttaaacatttaccctcattgagcttcatttttaaacgagttatttaaacgagttatttactttgcatacacctagtactaataagatcgataagtcgataattgaaTAAAAACTCAACGTAATTTTGACAGGTTAATTTA-ATATTATTTAATAAAAGTCAGTGAAA------CCAT-----TTTCTA---GAACCAGTCTAAAAGTATATTCACCTGGAAGCTGTTTTTATTTAAGTGTTTAAAGATGCATCACCTA-TACCTT---TCTGT-TCAGT------AA---ACAATG--GTT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTCT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGGGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCAAGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAGCC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GC---AAC--A-GTA-AACA---ATGGAG--AATGTATTGAA-----TAAAAAAGCGGtgctcaatcgatagataacggatatac
gi|20 : ttctgtttcaccaacatttcac----TGA-TT-GTTTGGACATTCAGAGTCATTTTATAT-GATATAGAGGGTC-A----ACAGACGATTAGTTAA---CC-----TAATCCCTCT----TT--------CCT-----------------AG----------GA----TCGTGGAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACGC--C--ATCA--TCGCAA----GTAATTGA--TAACTGTCAC-ACTTGAAT-GAGTGGTACGAGATGAAT----T-G--CAATGGGAC-TTAATATCGTATATCAATA-A-TCACGGAGATTATGGCCGGGC-G-T-GGTTTCAT-------ACTCACGACCCTTGCCTGG-ATTGG-----CACTCAGAC---GCAG-T-ACC----GGCTGaaggtcccattcgagatga
gi|21 : aaaaacaacaacacaacagttgtattctcgatgcaATG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATTGAATAATTAGCGTAATTTT-CAT-GCCATGAATGGCT-A-----CATACGATAAGTTAA---CC-----TAACAACTAT----TT--------GCT-----------------GA----------GA----TCCTGTAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGCCT--CCGCAA----GAAACTGACATAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGATGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TTATGGATACTGTTGCCGGGC-G-A-GGATTCGA-------ACTCACGATC----CCTGGAATGGA-----TAcac
gi|22 : acctttaattaaataaattataaaattgaatTG--ATT--GA-T----TGA-TT-GATCGAATATTTAGCATCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-A----ACAGACGATGAGTTAG---CT-----TAACCACTTT----TT--------CTT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT-----TTCGAGCAGAC--CCCATAT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCTT-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----G-A--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATT-A-TCACGGAGACtgtatataggcactgta
gi|23 : cataatttgtgtcacacatcaaatcagttgcc------AA---ATAATA---TT--GA-TGGTTTGT-TT-GTTTGAATCTTAAGTTTCATTTT-TAT-GCCATCAAGGGCT-A----ACAGACAATTAGTTAA---CC-----GAACCGCTCT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------------------ATT---GGA----A----AGTTAAC--C-------------A----GTAATGGAG-TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGAGGTGAGTGATAGA-----------AATGGGAT-GCAGTGTTGTATATTAATC-A-CCACAGAGACTGaggaagtaattcactccacaagattaagtgcaagggcaataactctacatggaattaagtcgg
gi|24 : atataataattaattatgtttaaacaaaaggtttaaccacagaaggacatgattatcaatatagaaataacaatcaagagtgtcaa----T-----------T----------AAAC---AGT----ATTCAA-CACAC--CC-ATCT--TCTCAA----GTAACTAA--TAACTTTACC-ACTTGAAT-CAG---------------------------TGAGAC-ACAATATTCTATATCAATC-A-TCATGGAGACAGTGGCCAGTT-G-G-GGATTCGA-------ACAAATGACC----TCTGA-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-CTACT----GACTGAGCTA--ATC-AAACCT-G---------Gatcaggcaaagagt
gi|25 : tactacactggcagtaaatgtttggcctCATCT--CCACAA----GTTACTGA--TAACTTTCTA-CCTTGAAT-CAGCAAAGAGAAACGAAT----G-A--CTGTGATGC-ACAATGCTGTATACCGATC-A-TCACGAAAACTGTGGGCGGGT-GAG-AGATTCGA-------ACTTACGGTC----CCTGG-ATTAA-----TAGTCAGAC---GC-A-CTACCGTCTGCCTGAGTTA--ACC-CGGTTC-G---------AC---acttgattgtatagattaagttacccatggaactaaatcttagacattattatctttcagtttgtttctgttactttcaaact
gi|26 : GA-TT-AATTGAATATTTAGCAACACTTT-TAT-GCCATCAAGGACT-A----ACAGACGATAAGTTAA---CC-------------------------------------------------------------------------------------------------AAT----ATTCTAGCACAT--CACATCT--CCGCAA----GTAGCTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACAAAT----G-A--TACAGAGAC-TCAATGTCGTTTATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCAGGC-A-G-AGATTTGAAGTGGTGAGTCATTACT----TCTGG-ATTTA-----CAGTCAGAC---AC-GCTAA-C----AACTGAGCTA--ATT-Gtttattgacggaggaagacgtcatgatgaatctgagtagagcaaacgtcgcgtttttccccaagttactgtcaaac
gi|27 : -TT-GTTTGAATATTTACCATCATTTT-TAT-GCCTTTGAGGGCC-A----ACAGACAATCAGTT-------------------TAT----TT---------------------------------------------------------------------AACC---AGT----ACTTGACCACAC--
gi|27 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtTAACCAG--TA-CTTGACC-ACACAAATTCAG--GTGAGAGACGAAT----G-A--CAATGAGAA-GCAATATCATATATCAATC-A-TCATGGAGACTGT--------------GA----A-------ACTCACTACC----CCTGG-ATTGA---------CACAC--------T-ACA----GACTGAGCTA--Aaaattcaggtgagagacgaatgacaatgagaagcaatatcatatatcaatcatcatggagactgtgaaactcactacccctggattgacacactacagactgagctaac
gi|28 : ggttgttaagaatgatgtaactagttcatgataaactggtttgatgtgtctgcttagtttgtttgaatatttaccatcatttttatgcctttgagggccaacagacaatcagtttattATTTAGCGTCAGTTT-TAT-GCAATCGAGGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACT-T----TT--------CCT-----------------GG----------GA----TCCTGAAAGGT-T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAATTTTCCC-ACTTTAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-T--TAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAACC-A-TCACAGAGATTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCATGACC----CCTGG-ATTGA-----c
gi|29 : ----------GG----T-----------T----------AACC---AGT----ACT---ACACAA--ACTGTTTGTCTGCAA----ATCACTGA--CTACTGCCCC-TCAT-ATT-CATAGGTGGGAAACTCAT----G-G--CCGT-AGA--ACAATGTTCAAGACCAATC-A-TCACAGAGACTG--GCTGGAT-G-G-GGATAC-A-------ACTCATGA------CATGG-ACTGA-----CAGTgt
gi|3 : taatgccagttattcatcagttatttaacaaaactcattactccttatcatcattactaggttataatccacaggt-TT-GTTTGAAT---T-GCGTCATTTT--AT-GCTATCGAGGGCT-A----AGCGACAATCAGTTAG---CC-----TATCAACTAT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------TCCGGAAC---AACA---ACT----ACTCGAATACAT--TC-ATTT--CCGATA----GTAACTGA--TAACTTTTCC-ACTTGAAT-CAATGGTTAGAGAC--------------AATGAAAT-GCAATGTTGTATATCAATT-A-TAGCAGAGACTATGATCCGGT-G-A-GGATTCAA-------ACTCACGATC----CCCAG-ACTAAATACCTGACCAGAC---AC-A-T
gi|30 : agaaaatcttttatttataccctaaacaaaaaaatggttcttataatttcaaattagaaatattgccgttctttaatgcaatttttcaatacatttgaatttagttttttttT----TT--------CCT-----------------TG----------GA----TACGCTAG----T----------AACC---AGT----TATAGA-CACAC--GTTATCT--ATTCAA----CCATCTTA--CTACTTCCCT-ACAT-ATT-CAGAGGTGGGAGACTCATCTCCGTA--GAACAAAA-----ATG----ATAAGAATC-AATCACAAAGATAGT----GAAC-G-G-GCAT--GG-------ACTCTGGATC----CATGG-ATTGA-----CCTTTAGGC---GC-G-CTATC----GACTGCGCTA--TCC-GGATCC-G---------GC---TTC--AAGTA-A--A----TGAAG--AACActcagttgatgcattacatctgatatgattggtacttgaagatctcagatgcataatatacgtatttaatttagtaaaaccacaatcttactaactgattcaattttactttcacattcaatgtggaaaatgaaaacaaatag
gi|31 : cCAGCGTTGTACATCAGTC-A-TCATGGAGACTGTTACCGAGC-T-G-GGGTTCAA-------ACTCACAACC----TCTGA-ATTGA-----CAGTCAAAC---AT-G-----C----TATT-ACCTA--ATC-GGCCC
gi|32 : aT------AT---ATAAAG--GTT--GT-TG---TGT-TT-GTTTGAATATTTAGCATTATTTT--AT-GCCATCTATG-CC-AT---ACAGATGAGTAGCTGA---TC-----TCTCCACTCTAAAATT--------C-T-----------------GG----------GAGG--T-----------T----------AACC---AGC----GCTCGAGCACAC--CA-ATCT--CTGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAGAAT-CAGCAGTGAGAGAaactaactttgtattaaagaaatttgagattttctttataaaacaagtggtggcatcttgcaaatttttttttaacacaagttttaaaaatcattataaacacaaactgatatt
gi|33 : tatgggtatcactatcacaaacagttacttTAAAATCTGAAATAAATTTTAACTGGTTA-TTTATCTATTCTGTACTCAATATCAATGAAAGTTTAACCATATACATTTTTGTCGGAACCAGTCTTAAAGCATGATCACCTGGCTGCT-TTTTTATtaagaca
gi|34 : tgtttcaacatcttatttaaatacagtgact-T----TGA-TT-GATTAACTGTTTAGCGTCAGTTT-AAT-GCCATCGAAGGCT-T----ACAAACa
gi|35 : aatcctgcaggaacctgtaacttatttccggcttctctctatattttctatctACC---GGT----ACTTTAGTGCGC--C--ATCT--CTGCAA----GTA
gi|36 : acacatggataattaatattaaactatattttgcaagcttttatgggattctggaaagtatAATGAGAT-GCAATGTT---TATTCATC-A-TCACAGAGACAATGGCCAGGC-A-G-AGATCAGA-------ACTCATGGCC----CCTGA-Atatcatatat
gi|37 : tagaaaaCTCGAGCACAA--CA-ATCT--CCGTCA----GTAACTGA--TACCTgtt
gi|38 : gaaggttaatacaacTAAAGATGCATCACCTA-TAACTT---TCTTC-TCAGT------AAATGACAA-A--GTT--TA-T----TGA-gccataacaatgtggtaagaaatg
gi|4 : AGT------GA---AAATTG--GAT--TT-T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGGGCT-T----ACAGACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGGGCACAC--CCCATAT--CC--AG----GTAACTAA--TAACTTTCCCCGCTTGAAT-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ATAATTTCGTATATCAATC-A-TCACGGACACTGTTTCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TATTCAAAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATT-GGGCCC-G---------GCT--GA-------A-A--A---TTG--G--AA-ATATCAAAA---
gi|5 : tatgcaacgagttccagctcagactcaatctcgaaagcaattagtataacctctgagctttctttgcaaccgagctaaattaaataagtataaactaaaccgaaaaaataagatttctcaaaatatag----TGT-TT-GTTTGAATATTAAGTTTCATTTT--AT-GTCATCGAAGGCT-A----ACAGA--A-CAG--AATGTCA-----TAACCACT-T----AT--------CCT-----------------GG----------AA----TCCTACTTAAGTT----------AACC---AGC----AGTCGAGCACAC--CC-ATCC--CTGCGA----GTAACTTA--TAATGTTTCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACAAAT----A-AAATAATGAGAC-GCAATGTCGTATATCAATC-A-TGATGAAGACTTAAACAGTGT-T-G-ACATTCGA-------ACTCATGATC----CTTAA-ATTGA-----TAGTCAGAT---AC-G-CTACC----AACTGAACCACCACC-GGGTCC-GGACAATTTAGC---GAC--A-AGACA--ACTTACAAAC--AATATTTC--AA---TCAAACAgcagtataaatgcaaagatattcatcttcaatgtatcaagaatgtaatt
gi|6 : ctatatagatagctcatgattaatttaattaaacagattaattacacagatgaacattttttcaatatggcctgagtatccattcacattataacggaagggttatgcttttaggtcaagtagtattttagtaatataAAT----G-A--TAATGAGAC-ACACTGTTGTATGTCAGTC-A-TCACAGAAACTGTTGCCGGAT-G-G-GGATTCGA-------ACTCGCGACA----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---AC-G-AAACT----GACTCAGCTT--ATC-GGGCCT-A---------TC----AC--A-ATT-A--A---ATtataatcaactatgtgta
gi|7 : ttgcatatctgccaatttcaatctatgtgatgatTT--GA-TAA--TGA-TT-GATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGAGAGCT-A----ACAGACGATCAGTAAA---CC-----TAACCACTAT----T---------CCT-----------------GG----------GA----T-----------A----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCATCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTAAAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACCAT---GTATATCAATC-A-TCACGGAGA-TGTTGCCTGGC-G-G-GAATTTGA-------ACTCACGACC----CATGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GT-----T--T-GT-----A---ATGATA--AATATAGCAAAA---ACACACAtgcttttacaaatgtatttgtattttaaaaataaattttagataccatgtcgttttcacagcttatgttttggcattaacctcttctttttattgtttattggattatcacacctgtttaatcagcatgcaattataacatagtgaacgttggcaatattaatttcgcaatattttggaagagtatataaaattacaaattaaatttcagaaatcagttgagctataaagtgttattagcacatttttaagagcattccactggataatatgcg
gi|8 : ttaatcagatttgtctttattatgtttaatactgtgactatcactattacaactactattacacattattccttatgtgtaGATGCA-CACCTG-TAATTTATATTTGTGCCATT------TA---ACA-------T--G--T----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATCGACGGCT-A----ACAAACGATCAGTTAA---CC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCAAGCACAC--TCCATCT--CCGCAA----ATAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAA-CAGCGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCGTATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGC-G-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CCTGG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GC-G-TAACC----GACTGAGGTA--ATCGGGGCCC-G---------GC---CA---A-ACA-C--A---CTGAAT--AATATATCTAAA---TTAAcacacacacacaaaacaacataacaacaatgttgta
gi|9 : TGT-TCAGTCAATTGAA---ACAA-G--ATT--GAAT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TAT-GCCATTGAGGGCT-A----ACAGACGATCAGTTAA---GC-----TAACCACTGT----TT--------CCT-----------------GG----------GA----T-----------T----------AACC---AGT----ACTCGAGCACAC--CCCGTCT--CCGCAA----GTAACTGA--TAACTTTCCC-ACTTGAAT-CAGTGGTGAGAGACGAAT----G-A--TAATGAGAC-ACAATGTCATATATCAATC-A-TCACGGAGACTGTTGCCGGGCGG-G-GGATTCGA-------ACTCACGACC----CATAG-ATTGA-----TAGTCAGAC---GT-G-TAACC----GACTGAGCTA--ATC-GGGCCC-G---------GCTCTGACAAA-GTA-A--A---AATAAG--AATATttcattattatattttcccattatcactttaaaaatgtcaagttaacatgtattcataaaaacaaccacatcctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACAATAACTTGGCGTGTTATGTAATAGTGTTAA