lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 1 22 333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 1 333333333333333333333333333333333 33333333333333333333 3333333 11111111 2222 2222222222 22222222222222222222222222 1111111111 11111 1111 1111111 11111111111111 11111111 5555555555555555555555555555555 33333333333333333333 22222222222 11 3333333333333 1111111111111 1 1 88888888888888888888 22 1
lowQualScore : 22222222 7 2 88 2 11 111111 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 888 66 4 88 2 6 44 888 4 888888888888888888888888888888888 77 11111111111111111111 2 1 9999999 44444444 44 5555 3 5 2 2 2 8888888888 5555 33 33333333333333333333333333 4 6666666666 33 5 55555 0 33 1111 0 8888888 666 999 1 55555 99999999999999 888 77777777 2 1 88888888 66 2 4444444444444444444444444444444 44444 333 44444444444444444444 22 1 4444 00000000000 4444 77777 2 33 2 22 4 2 22 22 2 22 777777777 9999999999999 4 2 77 2 0 2 55555 0 8888888888888 3 2 2 3 6666 1 6666 44 4 00000000000000000000 44 4 00 5 0 0 6
lowQualScore : ........ . . .. . .. ...... . .............................................................................................................................................................. . ... .. . .. . . .. ... . ................................. .. .................... . . ....... ........ .. .... . . . . . .......... .... .. .......................... . .......... .. . ..... . .. .... . ....... ... ... . ..... .............. ... ........ . . ........ .. . ............................... ..... ... .................... .. . .... ........... .... ..... . .. . .. . . .. .. . .. ......... ............. . . .. . . . ..... . ............. . . . . .... . .... .. . .................... .. . .. . . . .
lowQualScore : 00000000 0 5 55 5 00 333333 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 888 11 3 44 0 0 66 666 1 000000000000000000000000000000000 99 22222222222222222222 5 8 4444444 22222222 22 7777 5 2 1 2 2 0000000000 3333 66 22222222222222222222222222 8 6666666666 22 2 11111 8 22 3333 6 6666666 555 111 8 66666 88888888888888 666 33333333 2 0 11111111 55 4 5555555555555555555555555555555 88888 333 66666666666666666666 99 3 0000 11111111111 7777 88888 2 11 2 77 4 2 66 88 5 99 222222222 1111111111111 4 2 55 2 1 2 66666 5 3333333333333 2 9 9 1 5555 4 5555 22 1 99999999999999999999 22 3 33 0 0 7 0
consensus : NNNNNNNNNNNTGTC-ATATCAATAAACAAGANGNCCANGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGACANTGGANACAATGC-AAA-GA-GGC-GT-TTTTT------GATAATGCA--AG---CC----C------------GATTTGGNCA------------GTTCG-----AG-AT--AN---T-ATAGA------TAT-ATAA---CTA-----CTG-G--NTAAGT----TTGG---T--GAGGATCAAATGAAAACTGCGGGT-GCTA--GAGTGCACA---T--A-AGNTC-AAAT-----AACGNN----ATTTT--T---GNCGAT---TCAA-G-GGCCA-TAACTCT--A--ACATTAA-TTAT---CCGATTTGG--CCAGTTCAAGAA-C-TTG-TC-CG--A----GA----TAT-TATGGT--NAT------A------T-----AACTACTGT--G-----TAAGTTTG--GTG----AAGAT--CAAA---TGAAAACTGCGGGT-G-CTA--GAGCGCACA-----CAA---G----GT-C--AAATAATG-CA-AT--T-TTTGA-CGAT--------TCAAGGGC-CATAACTC-----N-GAC--ATTAAT-----T--TCCAGATTTGG-----CCAGTTC---AAGAAC----T---TGT-C--CG-A-GA--TATTATGG---T------NA---TATAACT----AC-----TG-T--G-TA-A-G-TTTGGTGAAG-AT--CAA--AT------G--AAA--N-----CTGC-GGT-GCT-A--GA-GCGC-A-----CACAAGG-------T---CAAATAACGCA-AT-TT----TTGA-CGATTCAAGGG--CCATAACTC--GAC--A--AATAAT---TATCCGATTTGGCCAGTTCAAAAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
Reference ( gi|2 ) : TGCCACACAGATGTCTATAT-ATTATACAAGAGGGTCAGATTGGTACTAAATTGCTCACCTGTTGTACGGGAGACAATGCGAAA-GATGGC-AT-TTTTT------GATAAGGCA--AG---CC----C------------AATTTGGTCA------------GTT-G-----AG-AT--AG---T-ATAGA------TAT-ATAA---TTA-----ATG-G--CTAAGT----GTTG---T--GAAGATCAAACAAAAACTACAGGT-GCTG--GAGTGTACA---T--A-AATTC-ATGT-----AATGAA----ATTTT--T---GTCAAT---TCAA-T-AGCCA-TAACTCT--AC-ACATTAA-TGAT---CCGATTTGG--AAAGTTCAAGAA-C-TTG-TC-TA--C----GA----TAT-TATGGT--AAC------A------T-----AATTACTAT--G-----TAAGTTTG--GCG----GAAAT--CAAG---TGAAAGTTGCGAGT-A-CTA--AAGTGCACA-----CAA---A----GT-T--AAATAATG-CA-AT--T-CTTGA-TGAT--------TCAAGGGT-CATAATTC-----A-GAT--CTTAAT-----T--TCCAGATTTGG-----CCAGTTC---AAGAAC----T---TAC-C--CA-C-GA--TATTATGG---T------AA---TATAACT----AC-----TG-T--G-TC-A-G-TTTGGTGAAG-AT--CAA--AT------G--AAA--T-----TTGTCGGT-GCT-A--GA-GTGC-A-----CACAACA-------T---CAAATTACACA-AT-TT----TTGA-TGATTCAAGGG--CCATTACTTC-GA---A--AGTGTT---TATCCAATTTGGCTAGTTCATAAAC-TTGTTCAAGATGTTATAG
gi|5 : TGTC-ATATCAATAAACAAGATGGCCATGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCAAGTGAAATAATGTCAAA-AATGACAATATTTTT------GATAATGCAAGAG---CCATATCTTGGACATTTAAAATTT-GTCA------------GTT-G-----AT-AT--AT---A-ACAGA------TTT-ATGA---CTA-----CTG-A--GAAAGT----TTGG---T--GAAGAACAAAT-AAAACAATGGGT-GCTA--GATTATATAATTT--ATAATAT-ATGCTGTCAAACAAC----ACATT--T---GTTTATGAGTCGG-T---TTA-TAACTC---AG-ACATTAA-CTAT---CCAATTTGG--TCAGTTCAAAAA-C-TTC-TC-
gi|8 : gccagtccacACAAGAGGTCCAGATTAGCCCTTAAGTGCTCACCTGTGACAGTGGAGACAA------A-GAAGGT-GT-TTTTTTTCCCGGACAATGCA--AG---AC---------------------TGTATA------------CCT-C-----AG-AT--A-------TA--------TGT-ATAA---CTA-----CTGTG--TCAGAT-----TGG---T--GAGGACCAAATGAAAACTACAAGT-ACTA--GAGAG--CA---T--A-ACTTC-AAGT-----AATGCA----GTTTT--T---GACAGT---TCCA-G-TGCCA-TAATTCC--A--ACAACAT-TTAT---CTTATTTGG--CCAGCTCTAAAA-C-TTG-TC-----C----AA----TATATAAGG-----C------A------T-----AGT
gi|1 : CTAAATAGCTCACTTGTGACATTGGATACTGTGCAAACTGA-AGC-AA-TATTT------GATATTTCA--AGGGTTA----C------------AATTTGGACA------------TTT-ATTACCAA-ATT-AGGACT-ATACAAAACATTAT-CCAAGATTTT-----ATG-GTACTAGGTTACTGTTG---TTTGGTGATTCAATAATAAATACTGGT-TTTA--GAGTG--CA---T--A-----CGATGT-----GAAAAAGCACATTTTA-T---AT-GAT---TCAA-G-TGCCA-TAATTAT---C-AGAGT---TGG----CCAATTTG---ATATTTTA--------TA-TCATA-------GA----TAT-TATAGT--TTT------A------T-----AACTATCAT--GATGTGTACGTTTT--GTG----AAGAC--CCAA---TCAAAACTGTGGGT-G-CTG--GAGCACATT-----CAA---G----GT-C--AAATAA---CA-ATA-TATTTGA-TGAT--------TCAATGGT-TATAAATC-----A-TAT--ATTAAC-----TA-TCCA-ATTTTG-----CCAAATC---AAGGAC----T---TGT-G--CG-A-GATGTATTAT-----T------TC---TGTAACT----AT-----TA-T--A-CT-A-ACTTTTGTGAGGAAT--CAATGAT------G--A-----------TGTAGGC-ATA-A--GA-GAGG-A-----CACAAGG-------T---AAAATAATTCA-AT-AA----TTGA-CAATTTGAGGGTCTCAATACT---GACATA--AA---T---TAACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGGTTA
gi|4 : atatcaaaactgccacaatagct--AG---TC----C------------GATTTGGCCATTTCAAGAACTTGTTCG-----AG-AT--AC---T-ATGAT------TAT-ATAA---TTA-----CTGTG--C-AAGT----TTGG---T--GAGGATCAAATGAATACTGT-GGTGGCTA--GAGCGCACA---C--A-ATTTC-AAAT-----AATG-C----ATTTTAAT---GTTA-------AA-G-GGCCA-TAACTCT--G--ACATTAA-TAAT---CCAATTTAG--CTAGTTC---AA-C-TTG-TC-CG--A----GA----AAT-TATGGT--TTT------A------T-----AACTACTAT--------TAAGTTTC--GTG----AAAAT--CCAA---TGAAAAATGCAGGT-G-CTA--GAGCGCACA-----CAA---gggtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|11 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtttcaagtgccataactccgacattaat---CT----C------------GATTTGGCCA------------GTTCA-----AGCATCAAG---TCAGAGA------TATCATGG---TCAT----ATA-A--CTC-GT----GTTAGCCT--GA---TAAAATATGATTTGCAGGT-GCTGCCGAGTGCACA---T--G-GGGCT-AGAT-----AATG-C----ATATT--T---G----------------GCCA-TAACTCCTGAT-A-ACTTA-TTAT---CGGATTTGG--CCAGATCAAAAA-caaaaagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|1 : tcaattaatcagtcaatcaatctttacattaaata-----AG-AT--AT---T-ATAGT------TTT-ATAA---CTATCATGATG-T--GTACGT----TTTG---T--GAAGACCCAATCAAAACTGTGGGT-GCTG--GAGC--ACA---TTCA-AGGTC-AAAT-----AACAAT----ATATT--T---GATGAT---TCAA-T-GGTTA-TAAATC---AT-ATATTAA-CTAT---CCAATTTTGCCAAA--TCAAGGA-C-TTG-T---G--C----GAGATGTAT-TAT--T--TCT------G------T-----AACTATTAT--AC----TAACTTTT--GTGA---GGAAT--CAA----TGAT-GATGTAGGC-A-TAA--GAGAGGACA-----CAA---G----GT-A--AAATAATT-CA-AT--A-ATTGA-CAAT--------TTGAGGGT-CTCAATAC-----T-GAC--ATAAAT-----T--AACTGATTTGG-----CCAGTTC---GAGAACAGTGT---GA----------GA--GGTTAGGG---T------AA---TATAACT----AC-----TT-T--A-TA-G-G-TATTGTGAGG-AA--CCA--AT------T--AAA--gaaatgctaccactatatt
gi|3 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcaatatttgatatttcaagggttacaatttggacatttattaccaaattaggactatacaaaacattatccaagattttatggtactaggttactgttgtttggtgattcaataataaatactggttttagagtgcatacgatgtgaaaaagcacattttatatgattcaagtgccataattatcagagttggccaatttgatattttatatcat------TAT-ATAA---CTA-----CTG-T--GTAAGA----TTGG---T--AAAGATCAAA-GGTAACTGCGAGT-GTTA--GAATGCACA---T--C-AGATC-AAAT-----AGCATC----ATTTT--T---TATGAT---CCAA-G-GACCA-TAATT---------ATCAA-----------ATTTAG--CCA-TTCAAAAA-C-TTA-TT-TA--A----GA----TAT-TTTGGTTAAAT------A------T-----AACTACTGT--G-----TTAGTTTG--ATT----CAGAT--CAAA---TGAAAACGGACAGA-G-CTA--GAGTGCAGA-----CCA---A----ATAT--AAAACATA-CA-AA--A-TTTGA-CAAT--------TCgctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|13 : aatgatAGT----TTGG---T--GAATATTTAATTAAAACTCCATGT-TCTA--CAATGAGCA---C--A-AGATC-AAAT-----AAAACA----ATTTT--T----CC--T---TCAA-G-GGCCA-TTACTTT--G--ACATTAA-TAATAATCAGATTTGG--CCAGTTCAAGAA-T-ATG-TC-TG--A----GA----TAT-GATGGT--TAT------A------T-----AAATAcgattttgccagttcacaaacttgtatgtttggagaggatcaaatgaaaaatgtgggttctaaagtacacacaaggtcaaatagagcaattttttatgtttcaagtgttcatttattacagtatccgatattgctagttcaagaacttgtccgagatattatggttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|3 : --GAGGATCAAATGAAAAATGTGGGT-TCTA--AAGTACACA---C--A-AGGTC-AAAT-----AGAGCA----ATTTT--TTATGT---T---TCAAGT-GTTCA-T----TT--ATTACAGTA-----T---CCGATATTG--CTAGTTCAAGAA-C-TTG-TC-CG--A----GA----TAT-TATGGT--TAT------A------T-----AACTACTGG--G-----TAAGTTTG--GTG----AAAAT--CCAA---TGAAAAATGCAGGT-G-CTA--GAAAGCATA-----CAA---taacttgtgctg
gi|1 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaatttgacaattccgattttgccagttcacaaacttgtatgtttggaA----ATATT--T---GATATT---TCAA-G-GGTTA-CAATT-T--GG-ACATTTA-TTAC---CAAATTAGG--ACTATACAA-AA-CATTA-TC-CA--A----GA----TTT-TATGGT--ACT------A------------GGTTACTGT--------T--GTTTG--GTG------ATT--CAA----TAATAAATACTGGT-T-TTA--GAGTGCATA-----CGA---T----GT-G--AAA-AA-G-CACAT--T-TTATA-TGAT--------TCAAGTGC-CATAATT---------AT------------------CAGAGTTGG-----CCAATTT---GATATT----T---TATAT--CA-TAGA--TATTATAG---T------TT---TATAACT----ATCATGATG-T--G-TA-C-G-TTTTGTGAAG-AC--CCA--AT------C--AAA--A-----CTGTGGGT-GCT-G--GA-GCAC-A-----TTCAAGG-------T---CAAATAACAAT-AT-AT----TTGA-TGATTCAATGG--TTATAAATC-------A--TATATTAACTATCCAATTTTGCCAAATCAAGGAC-TTGTGCGAGATGTcaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|9 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcA----ATTCT--T---GAAAAT---TTAA-G-GTCCG-CAAATC---AA-ACATTTA-TTGT---C--ATTTA-------TT--AGAA-C-TTT-TC-AAAAC----GG----TA------GC--AAT------A------TCTTGGAATTG--A---G-----TAA-CTTG--GCG----AGAAT--TAAAAAATACAAACTGTTATT-A--TA--GCGTGCATA-----TAA---G----GT-A--AAATAACG-CC-ATA-T-AATGA-CGAT--------TCAAAGAC-CACAATTattatttctgtaactattatactaacttttgtgaggaatcaatgatgatgtaggcataagagaggacacaaggtaaaataattcaataattgacaatttgagggtctcaatactgacataaattaactgatttggccagttcgagaacagtgtgagaggttagggtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|5 : tatcaagagtgcatcgatagccataagtcgttcatatgtgacatcatgctgatttaaat----ATTTT--T---GATAAT---GCAA-G-AGCCA-TA---------------------T---C----TTGG--ACA-TTTAA-AA-T-TTG-TC--AGTT----GA----TAT-----AT--AAC------AGATTTAT-----GACTACTGA--G-----AAAGTTTG--GTG----AAGAA--CAAA---TAAAA-CAATGGGT-G-CTA--GATTATATAATTTATAATATATGCTGT-C--AAACAACA-CA-TT--T-GTTTA-TGAG--------TC--GGTT-TATAACTC-----A-GAC--ATTAAC-----TA-TCCA-ATTTGG-----TCAGTTC---AAAAAC----T---Tgt
gi|11 : gccagtccactgtcatatcaataaacaagatggccatgttggccctaaattgctcacctgtggcaagtgaaataatgtcaaaaatgacaatTCAAT---T-AA-TCAGTCAATCAATCT--TT-ACATTAA-ATAC---TCGATTTGG--CCAGTTCAAGCATC-AAG-TC-AG--A----GA----TAT-CATGGT--CAT------A------T-----AACT--CGT--G-----TTAGCCTG------------AT--AAAA---TATGATTTGCAGGT-G-CTGCCGAGTGCACA-----TGG---G----GC-T--AGATAATG-CATAT--T-T----------------------GGC-CATAACTC-----CTGATAACTT-AT-----T--ATCGGATTTGG-----CCAGATCAAAAAGAAA----TGC-TA--C--CA-C-TA--TATTctc
gi|12 : AAC---TCAA-A-AGCCA-GAACTC---AG-ACATAAA-TTAT---CTGATTTAG--CCAGTACAA-AA-C-TTG-TC-CA--
gi|4 : ataacttaaacataaaataagtcgatttggccagtttatctaaaattttataaacttgagtatagttattattagtctaattctgaagtgaactgaaatggtgaaggtccgatgaaaaatgctcaaaataagaccgtttaagtT---TCAA-G-TGCCA-TAACTCC--G--ACATTAA-TAGT---CCGATTTGG--CCATTTCAAGAA-C-TTG-TT-CG--A----GA----TAC-TATGAT--TAT------A------T-----AATTACTGT--G-----CAAGTTTG--GTG----AGGAT--CAAA---TGAATACTGTG-GTGG-CTA--GAGCGCACA-----CAA---T----TT-C--AAATAATG-CA-----T-TTTAA-TG-T--------TAAAGGGC-CATAACTC-----T-GAC--ATTAATA----A--TCCA-ATTTAG-----CTAGTTC------AAC----T---TGT-C--CG-A-GA--AATTATGG---T------TT---TATAACT----AC-----TA-T----TA-A-G-TTTCGTGAAA-AT--CCA--AT------G--AAA--A-----ATGCAGGT-GCT-A--GA-GCGC-A-----CACAACA-------
gi|12 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtA-TAACT-T--AA-ACATAAAATAAG---TCGATTTGG--CCAGT----------TTA-TC-TA--A----AA----TTT-TATA----AACTTGAGTA------T-----AGTTATTATTAGTC---TAATTCTGAAGTGAACTGAAAT----GG---TGAAGGTC-CGATG-A---A--AAATGCTCA----------------------AAATAAGA-CC-GT-----TTAAGTAAC--------TCAAAAGC-CAGAACTC-----A-GAC--ATAAAT-----T--ATCTGATTTAG-----CCAGTAC---AA-AAC----T---TGT-C--CA-aaaagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : TAA-TTAT---CCGACTTGA--CCAGTTCAAGCA-C-TTT-TC-AA--A----AA----TCA-TATGGG--GAT------T------T-----AAGTACAAG--G-----TAGGTTTG--GTG----AATAT--CATG---CTAATTCTGTG-GC-AGCTA--TAGTGTATT-----CAA--------GT-TCAAAATAATT-TA-AA--T--TTGA-TGAT--------TCAAGGG--CATACCTT-----A-CATA-C--AAT-----T-------AT---G-----CCA-TTA---AAGGAC----T---TCT-C--CG-A-GA--TCATATCG---T------TA---TAAAACT----AC-----TG-T--G-TA-C-G-TTTGGGGAAC-AT--
gi|7 : TTTGG--CCAGTTCAAGGA-C-GTGACC-CA--C-----A----TAT-TGTGAT--TAT------A------A-----AACCACTTT--G-----TAAGGATG--GCT----TAAAT--CCAG---TAAAATCTGC---T-A-CTAT-AAGTGAAAA-----CAC---T----AT-T--NNNNNNNN-NN-NN--N-NNNNN-NNNN--------NNNNNNNN-NNNNNNNN-----N-NNN--NNNNNN-----N--NNNNNNNNNNN-----NNNNNNN---NNNNNN----N---NNN-N--NN-N-NN--NNNNNNNN---N------NN---TATAAC-----ACT----TGTT--G-TT-ACG-TTTAGTGAAT-AA--CAA--ATACAAAAG--AAA--A-----TTG-GGGT-GCCAA--GA-CAGC-A-----CAAAAAG-------T---CAAACTactatgatgaattgcatacagggtcaaataatagtttatttcgtaaaatgggcaaaactccaaatattaata
gi|8 : GG--ACAATGCAAGA----CTG-TA-TA--CCTCAGA----TAT--ATG------T------A------T-----AACTACTGT--G-----TCAGATTG--GTG----AGGAC--CAAA---TGAAAACTACAAGT-A-CTA--GAGAGCATA-----------A----CT-TC-AAGTAATG-CA-GT--T-TTTGA-CAGT--------TCCAGTGC-CATAATTCCAACAA-CAT---TTATC-----T--T----ATTTGG-----CCAGCTC---TAAAAC----T---TGT-C--CA----A--TAT
gi|3 : acaagaggtccagattagcccttaagtgctcacctgtgacagtggagacaaagaaggtgttttttttcccC------A------C-----AA--ACT-T--G-----TATGTTTG--GAG----AGGAT--CAAA---TGAAAAATGTGGGT-T-CTA--AAGTACACA-----CAA---G----GT-C--AAATAGAG-CA-AT--T-TTTTA-TGTT--------TCAAGTGTTCAT--TT---------AT--TACAGT-----A--TCC-GATATTG-----CTAGTTC---AAGAAC----T---TGT-C--CG-A-GA--TATTATGG---T------TA---TATAACT----AC-----TG-G--G-TA-A-G-TTTGGTGAAA-AT--CCA--AT------G--AAA--A-----ATGCAGGT-GCT-A--GA-AAGC-A-----TACAACA-------ataaggcatagt
gi|13 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaatttgacaattccgattttgccagttAGTTTG--GTG----AATAT--TTAA---TTAAAACTCCATGT-T-CTA--CAATGAGCA-----CAA---G----AT-C--AAATAAAA-CA-AT--T-TTTCC-T-----------TCAAGGGC-CATTACTT-----T-GAC--ATTAATAATAAT----CAGATTTGG-----CCAGTTC---AAGAAT----A---TGT-C--TG-A-GA--TATGATGG---TTATATAAA---TATAACT-----------TG-T--G-aaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|16 : TG--ATG----AAAATTTCAAA---TCAAA-TTGTTAGT-A-ATA--GAGCACACA-----CAA---G----GT-C--AGTTAATA-CA-AA--T-TCGGA-CAAT--------GCAAGGGC-Cctg
gi|5 : --AAGTGAA-A-----TAA---T----GT-C--AAA-AATGACA-ATATT-TTTGA-TAAT--------GCAAGAGC-CATATCTT-----G-GAC------AT-----T--TA-AAATTTG------TCAGTT------------------------------GA--TAT-ATAA---C------AGATTTATGACT----AC-----TG-A--G-AA-A-G-TTTGGTGAAG-AA--CAA--AT------A--AAA--CA----ATG--GGT-GCT-A--GA-TTAT-ATAATTTATAATATATGCTGT---CAAACAACACA-TT-TG----TTTA-TGAGTC--GGT--TTATAACTCA-GA---C--ATTAAC---TATCCAATTTGGTCAGTTCAAAAAC-TT
gi|9 : gccagtccactgtcatatcaataaacaagatggccatgttggccctaaattgctcacctgtggcT-T--AAATAAT---------T-CTTGA-AAAT--------TTAAGGTC-CGCAAATC-----A-AAC--ATTTAT-----TG-TC---ATTT----------ATT-----AGAAC----T---TTT-CAAAA-C-GG--TA-----G---C------AA---TAT--CTTGGAAT-----TG-A--G-T--A-A-CTTGGCGAGA-AT--TAA--A----------AAA--TACAAACTGTTATT-A-T-A--GC-GTGC-A-----TATAAGG-------T---AAAATAACGCC-ATATA----ATGA-CGATTCAAAGA--CCActc
gi|4 : tatcaagagtgcatcgatagccataagtcgttcatatgtgacatcatgctgat-AT--C-CTTGC-TGATCCATGGTTTCAAGTGC-CATAACTC-----C-GAC--ATTAATA----G--TCC-GATTTGG-----CCATTTC---AAGAAC----T---TGT-T--CG-A-GA--TACTATGA---T------TA---TATAATT----AC-----TG-T--G-CA-A-G-TTTGGTGAGG-AT--CAA--AT------G--AAT--A-----CTGT-GGTGGCT-A--GA-GCGC-A-----CACAATT-------T---CAAATAATGCA----TT----TTAA-TG-TTAAAGGG--CCATAACTCT-GA---C--ATTAAT---AATCCAATTTAGCTAGTTC---AAC-TTGTCCGAGAAATTATGcaattgt
gi|10 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatC-----A-TAT--CTTTAT-----TGCTTCTGATCTGATCTCACCAGTTC---AAAAAC----G---GAT-T--GG-A-GC--TCTCATGA---TC-----AA---T-TA--T----AT-----TT-T--GATC-AAG-TTTGGTCACA-AT--CCA--GT------G--AAA--A-----CTAATGGT-GCT-AT-GATGTTA-A-----CGAAGCA-----------AAAAT--CAGC-AT-TT----TTAA-----TCAAGGG--CCATAACTttttataactactattaagtttcgtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagagcgcacacaacaaaaagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttttttaatgccatatctttgacTAAT-----TA-TCC-GACTTGA-----CCAGTTC---AAGCAC----T---TTT-C--AA-A-AA--TCATATGG---G------GA---TTTAAGT----AC-----AA-G--G-TA-G-G-TTTGGTGAAT-AT--CA----T------GCTAAT--T-----CTGT-GGCAGCT-A--TA-GTGT-A-----TTCAAGT-------T---CAAA----ATA-AT-TTAAATTTGA-TGATTCAAGGG--Cgtgtcca
gi|11 : GATTTGG-----CCAGTTC---AAGCAT----C---AAG-T--CAGA-GA--TATCATGG---T------CA---TATAACT-----------CG-T--G-TT-A-G-CCTGAT-AAA-AT-------AT------G----A--T-----TTGCAGGT-GCT-GCCGA-GTGC-A-----CATGGGG-------C---TAGATAATGCATAT-TT------------------GG--CCATAACTCCTGAT--A--ACTTAT---TATCGGATTTGGCCAGATCAAAAAataccttacatacaattatgccattaaaggacttctccgagatcatatcgttataaaactactgtgtacgtttggggaacatactatgatgaattgcatacagggtcaaataatagtttatttcgtaaaatgggcaaaactccaaatattaata
gi|12 : tcaattaatcagtcaatcaatctttacattaaatactcGATTTGG-----CCAGTT------------------TAT-C--TA-A-AA--TTTTATAAACTT------GAG--TATAGTT----AT-----TA-TTAG-TCTA-A-TTC--TGAAG--T--GAA--CT------G--AAA--T----------GGT-G---A--AG-GTCCGA-----TGAAAAA-------TGCTCAAAATA-AGA-CC-GT----TTAAGTAACTCAAAAG--CCAGAACTCA-GACATA--AAT------TATCTGATTTAGCCAGTACA-AAAC-TTGTCCAgaaatgctaccactatatt
gi|7 : ataacttaaacataaaataagtcTTTGG-----CCAGTTC---AAGGACG---T---GAC-C--CA-C--A--TATTGTGA---T------TA---TAAAACC----AC-----TT-T--G-TA-A-G-GATGGCTTAA-AT--CCA--GT------A--AAA--T-----CTGC---T-ACT-AT-AA-GTGA-A-----AACA
gi|8 : GG-----ACAATGC---AAGA-C----TGTATAC-CT-CA---GA--TAT-ATG----------------TATAACT----AC-----TG-T--G-TC-A-G-ATTGGTGAGG-AC--CAA--AT------G--AAA--A-----CTACAAGT-ACT-A--GA-GAGC-A-----TA--ACT-------T---CAAGTAATGCA-GT-TT----TTGA-CAGTTCCAGTG--CCATAATTCC-AA---C--AACATT---TATCTTATTTGGCCAGCTCTAAAAC-TTGTCCAATATATctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataacacttgttgttacgtttagtgaataacaaatacaaaagaaaattggggtgccaagacagcacaaaaagtcaaact
gi|3 : acaagaggtccagattagcccttaagtgctcacctgtgacagtggagacaaagaaggtgttttttttcccATGA---T------TA---TATAACT----AC-----TG-T--G-TA-A-G-ATTGGTAAAG-AT--CAA--AG------G--TAA--C-----T-GCGAGT-GTT-A--GA-ATGC-A-----CATCAGA-------T---CAAATAGCATC-AT-TT----TTTA-TGATCCAAGGA--CCAT--------A---A-------T---TATCAAATTTAGCCA-TTCAAAAAC-TTATTTAAGATATTaaggcatagt
gi|13 : a-A-G-TTTGGTGAAT-AT--TTA--AT------T--AAAACT-----CCAT--GT-TCT-A--CA-ATGA-G-----CACAAGA-------T---CAAATAAAACA-AT-TT----T----TCCTTCAAGGG--CCATTACTTT-GAC--ATTAATAAT---AATCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAT-ATGTCTGAGATATGATGttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaatttgacaattccgattttgccagttcacaaacttgtatgtttggagaggatcaaatgaaaaatgtgggttctaaagtacacacaaggtcaaatagagcaattttttatgtttcaagtgttcatttattacagtatccgatattgctagttcaagaacttgtccgagatattatggttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|16 : TGATGAAA-ATTTCAA--AT------C--AAA--T-----T-GTTAGT-AAT-A--GA-GCAC-A-----CACAAGG-------T---CAGTTAATACA-AA-TT----CGGA-CAATGCAAGGG--CCttatataaatataacttgtgctg
gi|14 : AG-AG--CCA--AT------G--AA---T-----ATGCAGGT-GCT-A--GA-GTAC-A-----CACTACA-----------AAAAGTACACA-
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCAATGAAAAATGCATGTGCCAAAGTGGACAAAACTAAAAGTTTACAAACAGACTGACAACCAATATAAGGCAACATAATAGATCACCTAGAGC
Unaligned ( gi|17 ): ATAACCCTGACGTTGATAATACGGTATAGCCATTTCAAGAAATTGTCGGAGATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 111 111111111111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1111111111 11111 222222222 111 11111 11111 111 1111 11 333333333333 11111111111 4444444444444444444444444444444 11111111 111111111 111111111 1111111111 1111 1111111 44444444444 1 1
lowQualScore : 0 2 1 1 222 11 1 3 444 888888888888 999999 6 6 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 5 44444 8888888888 2 66 3 2 1 0 22222 77 222222222 000 5 666 0 44 2 99999 3 555 44 1 0 555 555 77777 44 2 3 44 3 666 4 2 00000 4 99 7777 3 44 7 44 888 888 33 4 0 1 555 3 1111 9999 00 1 3 4 33 222222222222 2 3 3 3 55 1 2 777 22222222222 3 2 7777777777777777777777777777777 4 0 22222222 66 777777777 4 666666666 7 5 5555555555 2222 5 1 1111111 5 55555555555 1 1 0 3 2 1
lowQualScore : . . . . ... .. . . ... ............ ...... . . .. ............................................................................................ . . ..... .......... . .. . . . . ..... .. ......... ... . ... . .. . ..... . ... .. . . ... ... ..... .. . . .. . ... . . ..... . .. .... . .. . .. ... ... .. . . . ... . .... .... .. . . . .. ............ . . . . .. . . ... ........... . . ............................... . . ........ .. ......... . ......... . . .......... .... . . ....... . ........... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 000 66 0 8 222 444444444444 222222 7 7 22 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 33333 4444444444 7 99 4 2 4 2 55555 99 666666666 999 7 777 1 66 8 00000 3 888 66 0 2 444 444 77777 22 3 3 66 3 555 0 3 00000 0 55 1111 1 22 8 22 222 888 22 4 2 4 999 1 3333 0000 55 2 0 9 88 222222222222 2 6 6 8 55 1 4 000 55555555555 9 9 2222222222222222222222222222222 4 1 66666666 11 888888888 4 222222222 6 7 3333333333 1111 7 7 1111111 7 22222222222 4 4 8 3 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-C-AAA--AATGGC-AT-TTTTT------G-ATAATGCA--AG---T-CC----------GAT-TTGGNCA----------GT---T--------------------CG--------------AGATATTAT---AGATNT-ATAACTAC-----TGNGTAA-----GTTTGGTGAAGATCAA--ATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAG-GGCCATAACTCCG-ACATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAAC---TT-----GT--CCGAG-A--TA-TTATGGT--TA-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAG-AT--CCA--ATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA-GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCAAT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACTCNGACAT-TAAT-----T-NCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAA-C-TTGTCCGAGA--TATTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----A--GAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCA-AT-TNTTGACGATTC----AAG-GGCC---A-TAAC-TC--GACAANT-ATTATCCGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
Reference ( family-27 ) : NNNNNNNNNNNTGTC-ATATCAATAAACAAGANGNCCANGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGACANTGGANACAATG-C-AAA--GA-GGC-GT-TTTTT------G-ATAATGCA--AG---C-CC----------GAT-TTGGNCA----------GT---T--------------------CG--------------AGATANTAT---AGATAT-ATAACTAC-----TGGNTAA-----GTTTGGTGAGGATCAA--ATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--NTCAAATAACGNNATTT-TTGNCGATTCAAG-GGCCATAACTCTA-ACATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAAC---TT-----GT--CCGAG-A--TA-TTATGGT--NA-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAG-AT--CAA--ATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA-GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCAAT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACTCNGACAT-TAAT-----T-TCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAA-C-TTGTCCGAGA--TATTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAANCTG-C-G-GTGCT-----A--GAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCA-AT-TTTTGACGATTC----AAG-GGCC---A-TAAC-TC--GACAAATAATTATCCGATTTGGCCAGTTCAAAAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
gi|1 : CAAAACTGCCACAATAGCTCTAAATAGCTCACTTGTGACATTGGATACTGTG-C-AAACTGA-AGC-AA-TATTT------G-ATATTTCA--AGGGTT-AC----------AAT-TTGGACA----------TT---TATTACCAAATTAGGACTATACA--------------AAACATTATCCAAGATTTTATGG-TAC-----TAGGTTACTGTTGTTTGGTGAT--TCAATAATAAATACTG---GTTTTAGAGTGCA-----TAC--GA-----T--GTGAAAAAGC-ACATTT-TATATGATTCAAG-TGCCATAA--------------TT---A--TCAGAGTTGGCCAATTTG---ATATT---TT-----ATATCATAG-A--TA-TTATAGT--TT-TATAACTATCATGATGT-G--TACGTT----TTGTGAAG-AC--CCA--ATCAAAA--CTG-TGGGTGCTG-GAGCACATTCAAGGTC-AAATAA----CAATATATTTGATGATTCAATGGTTATAAATCATATAT-TAAC-----TATCCA-ATTTTGCCAAATCAAGGA-C-TTGTGCGAGATGTATTAT--TTCTGTAAC---T----ATTATACTAACTTTTGTGAGGAATCAATGA---T------GA----TG-TAG-GCATA-----A--GAGA-GGAC---------ACA-AG--------GTAAAATAATTCA-AT-AATTGACAATTT----GAG-GGTCTCAA-T-AC-T---GACATA-AATTAACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGGTTAGGG
gi|1 : atatAGTGCATACGATG-T-GAA--AA-AGC-AC-ATTTT------ATATGATTCA--AG---TGCCATAATTATCAGAG-TTGGCCA----------AT---T--------------------TGATATTTTATATCATAGATATTAT---AGTTTT-ATAACTATCATGATGTGTAC-----GTTTTGTGAAGACCCA--ATCAAAACTGTGGGTGCTGGA--GCA-----CATTCAA-----G--GTCAAATAACAATATAT-TTGATGATTCAAT-GGTTATAAATCAT-ATATTA-ACT---A--TCCAATTTTGCCAAATCA---AGGAC---TT-----GT--GCGAG-ATGTA-TTAT--T--TC-TGTAACTAT-----TAT-AC-TAACTT----TTGTGAGGAAT--CAATGATGA------TG-TAGGCATAA-GAGAGGACACAAGGTA-AAATAAT--TCAAT-A-ATTGACAATTTGAGGGTCTCAATACTGACAT-AAAT-----T-AACTGATTTGGCCAGTTCGAGAA-CAGTGT--GAGA--GGTTAGGGTAATATAAC---T----ACTTTA-TAGGTATTGTGAGG-AACCA--A---T------TAAAGCTA-C-GCATACTTCAGAA--GAGC-ACACCTGTCAAATACAGAGCACACACTGTCAAATAATGCA-AC-TATCAACTACTC----ATG-GGGC---A-CAAA-TCT-GAC-ACTTATTAACTGACT--GCCAATTtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|10 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcaatatttgatatttcaagggttacaatttggacatttattaccaaattaggactatacaaaacattatccaagattttatggtactaggttactgttgtttggtgattcaataataaatactggttttagATTAAAAAACAAGAGGGCCAAGATGGCCCTATATCGCTCAt
gi|10 : -GACCATATCTTTA----TTG-CTTCTGA--TCTGATCTCACCAGTTCA---AAAACGGATT-----G-----GAG-C--TC-TCATGAT--CA--ATTA-TAT-----TTT-GATCAAGTT----TGGTCACA-AT--CCA--GTGAAAA--CTA-ATGGTGCTA-TGATGTTAACGAAG-C-AAA-AATCAGC-AT-T-TTTAA----TCAAGGGCCATAACTgccatatctttgaccatatctttattgcttctgatctgatctcaccagttcaaaaacggattggagctctcatgatcaattatattttgatcaagtttggtcacaatccagtgaaaactaatggtgctatgatgttaacgaagcaaaaatcagcatttttaatcaagggccataactgtgtcca
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttttttaatgccatatctttACAT-TAAA-----T-ACTCGATTTGGCCAGTTCAAGCATC-AAGTCAGAGA--TATCATGGTCATATAAC---T------CGTG-TTAGCCTGATAAA--AT-----A---T------GA--TTTG-CAG-GTGCT-----GCCGAGT-GCAC---------ATG-GG--------GCTAGATAATGCATAT-TT------------------GGCC---A-TAAC-TCCTGATAACTTATTATCGGATTTGGCCAGATCAAAAAgtgtcca
gi|12 : tcaattaatcagtcaatcaatctttATAACTTAA-ACATAA-AAT---AAGTC-GATTTGGCCAGTTTATCTAAAAT---TTTATAAAC--TTGAGTA--TAGTTATTAT--TAGTCTAATT-C-----TGAAG--TGAACTGAAATGGTGAAG-GT--CCG--ATGAAAA---------ATGCT-----------CAA------AATAAG--ACCGT-T-TAAG-TAACTCAAAAGCCAGAACTCAGACAT-AAAT-----T-ATCTGATTTAGCCAGTACAA-AA-C-TTGTCCgaaatgctaccactatatt
gi|13 : AGTT----TGGTGAAT-AT--TTA--ATTAAAA--CTC-CATGTTCTA-CAATGAGCACAAGATC-AAATAAA--ACAAT-T-TTT--C-CTTCAAGGGCCATTACTTTGACAT-TAATAATAAT---CAGATTTGGCCAGTTCAAGAA-T-ATGTCTGAGA--TATGATGGTTATATAAA---T----Aa
gi|14 : AG-AG--CCA--ATGAATA---TG-CAGGTGCTA-GAGTACACACTA---C-AAAAAGT--ACAtaacttgtgctg
gi|14 : A--ATGAATA-TGCAGGTGCTAGAGTACA-----CAcagacagacaacggacaaaaagtgatcagatttacttaacttgagctatgcccaagtgagctaaaa
gi|16 : agagcc----TGATGAAA-ATTTCAA--ATCAAA---TTG-TTAGTAATA-GAGCACACACAAGGTC-AGTTAAT--ACAAA-T-TCGGACAATGCAAGGGCCctacaaaaagtacacagacagacaacggacaaaaagtgatcagatttacttaacttgagctatgcccaagtgagctaaaa
gi|17 : ATAACCCTG-ACGTTG-ATA---A--TACGGTATAGCCATTTCA---AGAAA---TT-----GT--CGGAG-A--TA-
gi|2 : TGTCTATAT-ATTATACAAGAGGGTCAGATTGGTACTAAATTGCTCACCTGTTGTACGGGAGACAATG-CGAAA--GATGGC-AT-TTTTT------G-ATAAGGCA--AG---C-CC----------AAT-TTGGTCA----------GT---T---------------------G--------------AGATAGTAT---AGATAT-ATAATTAA-----TGGCTAA-----GTGTTGTGAAGATCAA--ACAAAAACTACAGGTGCTGGAGTGTA-----CAT--AA-----A--TTCATGTAATGAAATTT-TTGTCAATTCAAT-AGCCATAACTCTACACATTA-ATG---A--TCCGATTTGGAAAGTTCA---AGAAC---TT-----GT--CTACG-A--TA-TTATGGT--AA-CATAATTAC-----TAT-G--TAAGTT----TGGCGGAA-AT--CAA--GTGAAAG--TTG-CGAGTACTA-AAGTGCACACAAAGTT-AAATAAT--GCAAT-T-CTTGATGATTCAAGGGTCATAATTCAGATCT-TAAT-----T-TCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAA-C-TTACCCACGA--TATTATGGTAATATAAC---T----ACTGTG-TCAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAATTTGTC-G-GTGCT-----A--GAGT-GCAC---------ACA-AC--------ATCAAATTACACA-AT-TTTTGATGATTC----AAG-GGCC---A-TTACTTC--GA-AAGTGTTTATCCAATTTGGCTAGTTCATAAAC-TTGTTCAAGATGTTATAG
gi|3 : tgccacacagaTAT-ATAACTAC-----TGTGTAA-----GATTGGTAAAGATCAA--A-GGTAACTGCGAGTGTTAGAATGCA-----CAT--CA-----G--ATCAAATAGCATCATTT-TTTATGATCCAAG-GACCA-------------TA-ATT---A--TCAAATTTAGCCA-TTCA---AAAAC---TT-----AT--TTAAG-A--TA-TTTTGGTTAAA-TATAACTAC-----TGT-G--TTAGTT----TGATTCAG-AT--CAA--ATGAAAA--CGGACAGA-GCTA-GAGTGCAGAC-----C-AAATA-----TAA-------AAC-ATACAA-------AA-TTTGAC----AAT-----T-CC--GATTTTGCCAGTTCACAAA-C-TTGT-----A--TGTT-TGG--AGAGGAT---C----A-------AA------TGAA-----AA--A---T------G-----TG---G-GTTCT-----A--AAGT-ACAC---------ACA-AG--------GTCAAATAGAGCA-AT-TTTTTATGTTTC----AAGTGTTC---ATTTAT-T----ACAG-----TATCCGATATTGCTAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
gi|3 : aatgatTTT------G-ACAAT----------T-CC----------GAT-TTTGCCA----------GT---T--------------------C-------------------------------AC-A-AACT-------TG--TAT-----GTTTGGAGAGGATCAA--ATGAAAAATGTGGGTTCTAAAGTACA-----CAC--AA-----G--GTCAAATAGAGCAATTT-TTTATGTTTCAAGTGTTCAT---T-----TATTACAGT---A--TCCGATATTGCTAGTTCA---AGAAC---TT-----GT--CCGAG-A--TA-TTATGGT--TA-TATAACTAC-----TGG-G--TAAGTT----TGGTGAAA-AT--CCA--ATGAAAA--ATG-CAGGTGCTA-GAAAGCATACAA---C-AAAttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|4 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaaTTCAAG-TGCCATAACTCCG-ACATTA-ATA---G--TCCGATTTGGCCATTTCA---AGAAC---TT-----GT--TCGAG-A--TA-CTATGAT--TA-TATAATTAC-----TGT-G--CAAGTT----TGGTGAGG-AT--CAA--ATGAATA--CTG-TGGTGGCTA-GAGCGCACACAATTTC-AAATAAT--GCA---T-TTTAATG-TTAAAGGGCCATAACTCTGACAT-TAATA----A-TCCA-ATTTAGCTAGTTC---AA-C-TTGTCCGAGA--AATTATGGTTTTATAAC---T----ACTAT--TAAGTTTCGTGAAA-ATCCA--A---T------GAAAAATG-CAG-GTGCT-----A--GAGC-GCAC---------ACA-A-----------CAAAaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|5 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtTGTC-ATATCAATAAACAAGATGGCCATGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCAAGTGAAATAATGTC-AAA--AATGACAATATTTTT------G-ATAATGCAAGAG---C-CA----------TATCTTGGACATTTAAAATTTGTCAGT--------------------TG--------------ATATATAAC---AGATTT-ATGACTAC-----TGAGAAA-----GTTTGGTGAAGAACAA--AT-AAAACAATGGGTGCTAGATTATATAATTTAT--AATATATGCTGTCAAACAAC-ACATTTGTTTATGAGTC--G-GTTTATAACTCAG-ACATTA-ACT---A--TCCAATTTGGTCAGTTCA---AAAAC---TT-----CT--Caagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : gccagtccacTA-ATT---A--TCCGACTTGACCAGTTCA---AGCAC---TT-----TT--CAAAA-A--TC-ATATGGG--GA-TTTAAGTAC-----AAG-G--TAGGTT----TGGTGAAT-AT--C----ATGCTAATTCTG-TGGCAGCTA-TAGTGTATTCAAGTTCAAAATAAT--TTAA--A-TTTGATGATTCAAGGG-CATACCTT--ACATACAAT-----T------AT---GCCA-TTAAAGGA-C-TTCTCCGAGA--TCATATCGTTATAAAAC---T----ACTGTG-TACGTTTGGGGAAC-AT--------------------ACTA-T-G-ATG----------AATT-GCAT---------ACA-GG--------GTCAAATAA--TA-GT-TTAT-----TTCGTAAAAT-GGGC---A-AAAC-TC----CAAAT-ATTA
gi|7 : TTTGGCCAGTTCA---AGGAC---GT-----GA--CCCAC-A--TA-TTGTGAT--TA-TAAAACCAC-----TTT-G--TAAGGA----TGGCTTAA-AT--CCA--GTAAAAT--CTG-C---TACTATAAGTGAAAACACTATT-NNNNNNN--NNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNTATAACACTT----GTTGT--TACGTTTAGTGAAT-AACAA--A---TACAAAAGAAAATTG-G-G-GTGCC-----A--AGACAGCAC---------AAA-AA--------GTCAAAata
gi|8 : ACAAGAGGTCCAGATTAGCCCTTAAGTGCTCACCTGTGACAGTGGAGACA------AAG--AA-GGT-GT-TTTTTTTCCCGG-ACAATGCA--AG---A-C----------------TGTATA----------CC---T--------------------C---------------AGATAT--------ATGT-ATAACTAC-----TGTGTCA-----GATTGGTGAGGACCAA--ATGAAAACTACAAGTACTAGAGAG-------CAT--AA-----C--TTCAAGTAATGCAGTTT-TTGACAGTTCCAG-TGCCATAATTCCA-ACAACA-TTT---A--TCTTATTTGGCCAGCTCT---AAAAC---TT-----GT--CCAAT-A--TA-Tct
gi|9 : AAT-T-CTTGAAAATTTAAGGTCCGCAAATCAAACAT-TTAT-----T-GTCA--TTTA-----TT--AGAA-C-TT-TTCAAAA--CGGTA--GCAATAT--C---TTGGAATTGAG-TAA-CTTGGCGAGA-ATTAA--AAAAT------ACAAACTG-T-T-ATTAT-----A--GCGT-GCAT---------ATA-AG--------GTAAAATAACGCC-ATATAATGACGATTC----AAA-GACC---A-CAAT-Taaggcatagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCAATGAAAAATGCATGTGCCAAAGTGGACAAAACTAAAAGTTTACAAACAGACTGACAACCAATATAAGGCAACATAATAGATCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 22222222222222222222 111 22222222222222 111 111111111111 111111 11 3333333333333333333333333333333333333333333 222222222 111111111 1111 3333333333333333333333 1 1
lowQualScore : 5 6 9 0 1 1 11 1 0 8 1 222222222 8 8 999999 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 5 6 44444 1 44444 2 55 1 22222222222222222222 111 5 6 1 5 4 2 55555555555555 3 555 44 0 555 2 555 77777 4444 3 44 3 55 3 1 99999 3 88 6666 0 33 3 999 777 66 4 0 333 2 8888 2 777777777777 0 1 3 4 55 33 55 777777 2 0 4 0 5 66 22 2 99999999 2 0 44 5 4 5555555555555555555555555555555555555555555 66 000000000 5 999999999 88 6 1 5 1 4444 6 3 6666666666666666666666 4 55 3 2
lowQualScore : . . . . . . .. . . . . ......... . . ...... . .............................................................................................. . . . ..... . ..... . .. . .................... ... . . . . . . .............. . ... .. . ... . ... ..... .... . .. . .. . . ..... . .. .... . .. . ... ... .. . . ... . .... . ............ . . . . .. .. .. ...... . . . . . .. .. . ........ . . .. . . ........................................... .. ......... . ......... .. . . . . .... . . ...................... . .. . .
lowQualScore : 5 5 8 8 0 4 66 0 8 0 8 888888888 0 0 222222 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 6 33333 0 33333 3 44 7 77777777777777777777 444 0 2 8 7 4 8 00000000000000 1 444 22 2 000 9 000 11111 2222 1 22 1 00 6 2 11111 6 66 5555 4 99 6 999 999 88 5 6 888 9 9999 9 333333333333 3 9 3 5 00 88 00 777777 2 7 0 2 2 11 66 6 99999999 2 2 66 6 5 0000000000000000000000000000000000000000000 11 000000000 0 555555555 88 7 0 2 0 2222 7 7 1111111111111111111111 0 88 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAA---A-ATG-GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAG---N-CC----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGA--------------GATATTAT---AGATNT-ATAACTAC-----TGTGTAA-----GTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGNGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-ATCNGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGA--TGTTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
Reference ( family-27 ) : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CAAA---A-ATG-GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAG---T-CC----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGA--------------GATATTAT---AGATNT-ATAACTAC-----TGNGTAA-----GTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGGGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-NCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGA--TATTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGCC---A-TAAC-TC-GACAANTA-TTATCCGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
gi|1 : ATATCAA--AAC-----TGCCACAATAGCTCTAAATAGCTCACTTGTGACATTGGATACTGTG-CAAACTGA-A---GC-AA-TATTT------GATATTTCAAGGGTT-AC----------AAT---TTGGACA----------TT---TATTACCAAATTAGGACTATACAA--------------AACATTATCCAAGATTTTATGG-TAC-----TAGGTTACTGTTGTTTGGTGA---TTCAATAATAAATACTGGTTTTAGAGTGCA-----TAC--GA-----T--GTGAAAAAGC-ACATTT-TATATGATTCAAGTGC-CATAA-----------------------TT---A--TCAGAGTTGGCCAATTTG---ATAT-T---TT-----ATATCATAG-AT--A-TTATAGTT--T-TATAACTATCATGATGT-G--TACGTT----TTGTGAAGAC--CCAATCAAAA--CTG-TGGGTGCTG--GAGCACATTCAAGGTC-AAATAA----CA-ATATATTTGATGATTCAATGGTTATAAAT-CATATA--T-TAAC--T-ATCCAATTTTGCCAAATCAAGGAC-TTGTGCGAGATGTATTAT--TTCTGTAAC---T----ATTATACTAACTTTTGTGAGGAATCAATGA---T------GA----TG-TAG-GCATA-----AGAGA-GGAC---------ACA-AG--------GTAAAATAATTCAAT-AATTGACAATTT----GAG-GGTCTCAA-T-AC-T--GACATAAA-TTAACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGGTTAGGG
gi|1 : AGTGCATACGATG-TGAA---A-AAGCAC-AT-TTTAT-------ATGATTCAAG---TGCCATAATTATCAGAG---TTGGCCA----------AT---T--------------------TGATATTTTATATCATAGATATTAT---AGTTTT-ATAACTATCATGATGTGTAC-----GTTTTGTGAAGACCCAATCAAAACTGTGGGTGCTGGAG--CA-----CATTCAA-----G--GTCAAATAACAATATAT-TTGATGATTCAATGGT-TATAAATCAT-AT---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTTGCCAAATCA---AGGA-C---TT-----GT--GCGAG-ATGTA-TTAT--TT--C-TGTAACTAT-----TAT-AC-TAACTT----TTGTGAGGAA--TCAATGATGA---TG-TAGGCATAA--GAGAGGACACAAGGTA-AAATAAT--TCA-AT-A-ATTGACAATTTGAGGGTCTCAATA-CTGACA--T-AAAT--T-AACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGA--GGTTAGGGTAATATAAC---T----ACTTTA-TAGGTATTGTGAGG-AACCA--A---T------TAAAGCTA-C-GCATACTTCAGAAGAGC-ACACCTGTCAAATACAGAGCACACACTGTCAAATAATGCAAC-TATCAACTACTC----ATG-GGGC---A-CAAA-TCTGACACTTA-TTAACTGACT--GCCAATTtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|10 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcaatatttgatatttcaagggttacaatttggacatttattaccaaattaggactatacaaaacattatccaagattttatggtactaggttactgttgtttggtgattcaataataaatactggttttagATTAAAAAACAAGAGGGCCAAGATGGCCCTATATCGCTCAt
gi|10 : TTT-TTTA--AT------GC-CATATCTTTG-ACCATATCTTTATTG-CTTCTGA--TCTGATCTCACCAGTTCA---AAAA-CGGATT-----G-----GAG-CT--C-TCATGATC--A--ATTA-TAT-----TTT-GATCAAGTT----TGGTCACAAT--CCAGTGAAAA--CTA-ATGGTGCTA--TGATGTTAACGAAG-C-AAA-AATCAGC--AT-T-TTTAA----TCAAGGGCCATAACT-gccatatctttgaccatatctttattgcttctgatctgatctcaccagttcaaaaacggattggagctctcatgatcaattatattttgatcaagtttggtcacaatccagtgaaaactaatggtgctatgatgttaacgaagcaaaaatcagcatttttaatcaagggccataactgtgtcca
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttg-AC---------ATTA-AAT---A--CTCGATTTGGCCAGTTCA---AGCATC---AA-----GT--CAGAG-AT--A-TCATGGTC--A-TATAACT-------CGT-G--TTAGCC----TGAT-AAAAT-----ATG--AT--TTG-CAGGTGCTGCCGAGTGCACATGGGGCT-AGATAAT--GCATAT-T-T-------------GGCCATAACTCCTGATAACT-T-AT--T-ATCGGATTTGGCCAGATCAAAAAgtgtcca
gi|12 : tcaattaatcagtcaatcaatctttATAACTTAA-AC---------ATAA-AAT---AAGTC-GATTTGGCCAGTTTATCTAAAA-T---TTTATAAAC--TTGAGTAT--AGTTATTATT--AGTCTAATT-C-----TGAAG--TGAACTGAAATGGTGAAGGT--CCGATGAAAA---------ATGCT------------CAA------AATAAG--ACC-GT-T-TAAG-TAACTCAAAAGCCAGAACT-CAGACA--T-AAAT--T-ATCTGATTTAGCCAGTACAA-AAC-TTGTCCgaaatgctaccactatatt
gi|13 : AGTT----TGGTGAATAT--TTAATTAAAA--CTC-CATGTTCTA--CAATGAGCACAAGATC-AAATAAA--ACA-AT-T-TTT--C-CTTCAAGGGCCATTACT-TTGACA--T-TAATAATAATCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAT-ATGTCTGAGA--TATGATGGTTATATAAA---T----Aa
gi|14 : AGAG--CCAATGAATA---TG-CAGGTGCTA--GAGTACACACTA---C-AAAAAGT--ACA-taacttgtgctg
gi|16 : ----TGATGAAAATTTCAAATCAAA---TTG-TTAGTAATA--GAGCACACACAAGGTC-AGTTAAT--ACA-AA-T-TCGGACAATGCAAGGGCCcagacagacaacggacaaaaagtgatcagatttacttaacttgagctatgcccaagtgagctaaaa
gi|17 : ATAACCCTG-AC---------GTTG-ATA---A--TACGGTATAGCCATTTCA---AGAA-A---TT-----GT--CGGAG-AT--A-
gi|2 : TGTCTATAT-ATTATACAAGAGGGTCAGATTGGTACTAAATTGCTCACCTGTTGTACGGGAGACAATG-CGAA---AGATG-GC-AT-TTTTT------GATAAGGCAAG---C-CC----------AAT---TTGGTCA----------GT---T---------------------GA--------------GATAGTAT---AGATAT-ATAATTAA-----TGGCTAA-----GTGTTGTGAAGATCAAACAAAAACTACAGGTGCTGGAGTGTA-----CAT--AA-----A--TTCATGTAATGAAATTT-TTGTCAATTCAATAGC-CATAACTCTACAC---------ATTA-ATG---A--TCCGATTTGGAAAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CTACG-AT--A-TTATGGTA--A-CATAATTAC-----TAT-G--TAAGTT----TGGCGGAAAT--CAAGTGAAAG--TTG-CGAGTACTA--AAGTGCACACAAAGTT-AAATAAT--GCA-AT-T-CTTGATGATTCAAGGGTCATAATT-CAGATC--T-TAAT--T-TCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTACCCACGA--TATTATGGTAATATAAC---T----ACTGTG-TCAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAATTTGTC-G-GTGCT-----AGAGT-GCAC---------ACA-AC--------ATCAAATTACACAAT-TTTTGATGATTC----AAG-GGCC---A-TTACTTC-GA-AAGTGTTTATCCAATTTGGCTAGTTCATAAAC-TTGTTCAAGATGTTATAG
gi|3 : tgccacacagaTAT-ATAACTAC-----TGTGTAA-----GATTGGTAAAGATCAAA-GGTAACTGCGAGTGTTAGAATGCA-----CAT--CA-----G--ATCAAATAGCATCATTT-TTTATGATCCAAGGAC-CA----------------------TA-ATT---A--TCAAATTTAGCCA-TTCA---AAAA-C---TT-----AT--TTAAG-AT--A-TTTTGGTTAAA-TATAACTAC-----TGT-G--TTAGTT----TGATTCAGAT--CAAATGAAAA--CGGACAGA-GCTA--GAGTGCAGAC-----C-AAATA-----TA-A-------AAC-ATACAA-------AA-T-TTGAC------AAT--T-CC--GATTTTGCCAGTTCACAAAC-TTGT-----A--TGTT-TGG--AGAGGAT---C----A-------AA------TGAA-----AA--A---T------G-----TG---G-GTTCT-----AAAGT-ACAC---------ACA-AG--------GTCAAATAGAGCAAT-TTTTTATGTTTC----AAGTGTTC---ATTTAT-T---ACAG-----TATCCGATATTGCTAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
gi|3 : aatgatTTT------GACAAT--------T-CC----------GAT---TTTGCCA----------GT---T--------------------C----------------------------------ACAA--AC-----T-TGTAT-----GTTTGGAGAGGATCAAATGAAAAATGTGGGTTCTAAAGTACA-----CAC--AA-----G--GTCAAATAGAGCAATTT-TTTATGTTTCAAGTGTTCAT---TT--------------ATTACAGT---A--TCCGATATTGCTAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGG-G--TAAGTT----TGGTGAAAAT--CCAATGAAAA--ATG-CAGGTGCTA--GAAAGCATACAA---C-AAAttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|4 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaaTTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATA---G--TCCGATTTGGCCATTTCA---AGAA-C---TT-----GT--TCGAG-AT--A-CTATGATT--A-TATAATTAC-----TGT-G--CAAGTT----TGGTGAGGAT--CAAATGAATA--CTG-TGGTGGCTA--GAGCGCACACAATTTC-AAATAAT--GCA----T-TTTAATG-TTAAAGGGCCATAACT-CTGACA--T-TAAT--A-ATCCAATTTAGCTAGTTC---AAC-TTGTCCGAGA--AATTATGGTTTTATAAC---T----ACTAT--TAAGTTTCGTGAAA-ATCCA--A---T------GAAAAATG-CAG-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-A-----------CAAAaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|5 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtTGTC-ATATCAATAAACAAGATGGCCATGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCAAGTGAAATAATGTCAAA---A-ATG-ACAATATTTTT------GATAATGCAAG---A-GC----------CATATCTTGGACATTTAAAATTTGTCAGT--------------------TGA--------------TATATAAC---AGATTT-ATGACTAC-----TGAGAAA-----GTTTGGTGAAGAACAAAT-AAAACAATGGGTGCTAGATTATATAATTTAT--AATATATGCTGTCAAACAAC-ACATTTGTTTATGAGTC--GGTT-TATAACTCAG-AC---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTGGTCAGTTCA---AAAA-C---TT-----CT--Caagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : gccagtccacTA-ATT---A--TCCGACTTGACCAGTTCA---AGCA-C---TT-----TT--CAAAA-AT--C-ATATGGGG--A-TTTAAGTAC-----AAG-G--TAGGTT----TGGTGAATAT--C--ATGCTAATTCTG-TGGCAGCTA--TAGTGTATTCAAGTTCAAAATAAT--TTA-A--A-TTTGATGATTCAAGGG-CATACCT-T--ACA--TACAAT--T------AT---GCCA-TTAAAGGAC-TTCTCCGAGA--TCATATCGTTATAAAAC---T----ACTGTG-TACGTTTGGGGAAC-AT--------------------ACTA-T-G-ATG--------AATT-GCAT---------ACA-GG--------GTCAAATAA--TAGT-TTAT-----TTCGTAAAAT-GGGC---A-AAAC-TC---CAAATA-TTA
gi|7 : TTTGGCCAGTTCA---AGGA-C---GT-----GA--CCCAC-AT--A-TTGTGATT--A-TAAAACCAC-----TTT-G--TAAGGA----TGGCTTAAAT--CCAGTAAAAT--CTG-C---TACTAT-AAGTGAAAACACTATT-NNNNNNN--NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNTATAACACTT----GTTGT--TACGTTTAGTGAAT-AACAA--A---TACAAAAGAAAATTG-G-G-GTGCC-----AAGACAGCAC---------AAA-AA--------GTCAAAata
gi|8 : ACAAGAGGTCCAGATTAGCCCTTAAGTGCTCACCTGTGACAGTGGAGACAA-----AG---A-A-G-GT-GT-TTTTTTTCCCGGACAATGCAAG---A-C------------------TGTATA----------CC---T--------------------C-A--------------GATAT--------ATGT-ATAACTAC-----TGTGTCA-----GATTGGTGAGGACCAAATGAAAACTACAAGTACTAGAGAGCA-------T--AA-----C--TTCAAGTAATGCAGTTT-TTGACAGTTCCAGTGC-CATAATTCCA-AC---------AACA-TTT---A--TCTTATTTGGCCAGCTCT---AAAA-C---TT-----GT--CCAAT-AT--A-Tct
gi|9 : A-AT-T-CTTGAAAATTTAAGGTCCGCAAAT-CAAACA--T-TTAT--T-GTCA--TTTA-----TT--AGAAC-TT-TTCAAAA--CGGTA--GCAATAT--C---TTGGAATTGAG-TAA-CTTGGCGAGA-ATTAA--AAAAT------ACAAACTG-T-T-ATTAT-----AGCGT-GCAT---------ATA-AG--------GTAAAATAACGCCATATAATGACGATTC----AAA-GACC---A-CAAT-Taaggcatagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCAATGAAAAATGCATGTGCCAAAGTGGACAAAACTAAAAGTTTACAAACAGACTGACAACCAATATAAGGCAACATAATAGATCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 11111 22222222 111 22222222222222 111 111111111111 11111111111111111111111 1111111111111 222222222222222 222222222 111111111 1111 3333333333333333333333 1 1
lowQualScore : 5 6 9 0 1 1 11 1 0 444 999 99 8 8 999999 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 5 77 44444444444 0 33 2 55 3 1 44444 77 11111111 111 5 1 1 22 4 2 55555555555555 3 555 44 0 555 2 555 77777 4444 3 44 3 55 3 1 99999 3 88 6666 0 33 3 999 777 66 4 0 333 2 8888 2 777777777777 0 1 3 4 55 33 55555 5 2 0 4 0 5 66 22 22 55555555555555555555555 2 55 8888888888888 0 3 111111111111111 66 000000000 5 999999999 88 6 1 5 1 4444 6 1 3333333333333333333333 1 55 0 3 2
lowQualScore : . . . . . . .. . . ... ... .. . . ...... . .............................................................................................. . . .. ........... . .. . .. . . ..... .. ........ ... . . . .. . . .............. . ... .. . ... . ... ..... .... . .. . .. . . ..... . .. .... . .. . ... ... .. . . ... . .... . ............ . . . . .. .. ..... . . . . . . .. .. .. ....................... . .. ............. . . ............... .. ......... . ......... .. . . . . .... . . ...................... . .. . . .
lowQualScore : 5 5 8 8 0 4 66 0 8 444 888 00 0 0 222222 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 99 44444444444 7 00 3 44 0 7 33333 99 66666666 444 7 3 4 11 4 8 00000000000000 1 444 22 2 000 9 000 11111 2222 1 22 1 00 6 2 11111 6 66 5555 4 99 6 999 999 88 5 6 888 9 9999 9 333333333333 3 9 3 5 00 88 22222 8 2 7 0 2 2 11 66 99 77777777777777777777777 8 22 0000000000000 1 4 444444444444444 11 000000000 0 555555555 88 7 0 2 0 2222 7 0 3333333333333333333333 0 88 7 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANATATTAT-----AGA---------TNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-A--TA-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--TA-TCCGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATA------AC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
Reference ( family-27 ) : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGAGATATTAT-----AGA---------TNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGNGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-A--TA-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--TA-TCNGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATA------AC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
gi|1 : ATATCAA--AAC-----TGCCACAATAGCTCTAAATAGCTCACTTGTGACATTGGATACTGTG-C-AAA-CTGAAGC-AA-TATTT------GATATTTCAAGG-GTTAC----------AAT---TTGGACA----------TT---TATTACCAAATTAGGACTATACAAAACATTATCCA--AGA---------TTTTATGGTACTAGGTTAC-----TGT-T--GTTTGGTGA---TTCAATAATAAATACTGGTTTTAGAGTGCA-----TAC--GA-----T--GTGAAAAAGC-ACATTT-TATATGATTCAAGTGC-CATAA-----------------------TT---A--TCAGAGTTGGCCAATTTG---ATAT-T---TT-----ATATCATAG-A--TA-TTATAGTT--T-TATAACTATCATGATGT-G--TACGTT----TTGTGAAGAC--CCAATCAAAA--CTG-TGGGTGCTG--GAGCACATTCAAGGTC-AAATAA----CA-ATATATTTGATGATTCAATGGTTATAAAT-CATATA--T-TAAC--TA-TCCAATTTTGCCAAATCAAGGAC-TTGTGCGAGATGTATTAT--TTCTGTA------AC---T----ATTATACTAACTTTTGTGAGGAATCAATGA---T------GA----TG-TAG-GCATA-----AGAGA-GGAC---------ACA-AG--------GTAAAATAATTCAAT-AATTGACAATTT----GAG-GGTCTCAA-T-AC-T--GACATAAA-TTAACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGGTTAGGG
gi|1 : AGTGCATACGATG-TGAAA-AAGC-AC-AT-TTTAT-------ATGATTCAAGTGC---CATAATTATCAGAG---TTGGCCA----------AT---T--------------------TGATATTTTATATCATAGATATTATAGTTTT-ATA--ACTA-----TCATGATGTGTACGTTTTGTGAAGACCCAATCAAAACTGTGGGTGCTGGA--GCA-----CATTCAA-----G--GTCAAATAACAATATAT-TTGATGATTCAATGGT-TATAAATCAT-AT---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTTGCCAAATCA---AGGA-C---TT-----GT--GCGAG-ATGTA-TTAT--TT--C-TGTAACTAT-----TAT-AC-TAACTT----TTGTGAGGAA--TCAATGATGA---TG-TAGGCATAA--GAGAGGACACAAGGTA-AAATAAT--TCA-AT-A-ATTGACAATTTGAGGGTCTCAATA-CTGACA--T-AAAT--TA-ACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGG--TTAGGGTAATATA------AC---T----ACTTTA-TAGGTATTGTGAGG-AACCA--A---T------TAAAGCTA-C-GCATACTTCAGAAGAGC-ACACCTGTCAAATACAGAGCACACACTGTCAAATAATGCAAC-TATCAACTACTC----ATG-GGGC---A-CAAA-TCTGACACTTA-TTAACTGACT--GCCAATTtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|10 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcaatatttgatatttcaagggttacaatttggacatttattaccaaattaggactatacaaaacattatccaagattttatggtactaggttactgttgtttggtgattcaataataaatactggttttagATTAAAAAACAAGAGGGCCAAGATGGCCCTATATCGCTCAt
gi|10 : TTTAA-TGC-CATATCTTTG-ACCATATCTTTATTG-CTTCTGA--TCTGATCTCACCAGTTCA---AAAA-CGGATT-----G-----GAG-C--TC-TCATGATC--A--ATTA-TAT-----TTT-GATCAAGTT----TGGTCACAAT--CCAGTGAAAA--CTA-ATGGTGCTA--TGATGTTAACGAAG-C-AAA-AATCAGC--AT-T-TTTAA----TCAAGGGCCATAACT-gccatatctttgaccatatctttattgcttctgatctgatctcaccagttcaaaaacggattggagctctcatgatcaattatattttgatcaagtttggtcacaatccagtgaaaactaatggtgctatgatgttaacgaagcaaaaatcagcatttttaatcaagggccataactgtgtcca
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttt-AC---------ATTA-AAT---A--CTCGATTTGGCCAGTTCA---AGCATC---AA-----GT--CAGAG-A--TA-TCATGGTC--A-TATAACT-------CGT-G--TTAGCC----TGAT-AAAAT-----ATG--AT--TTG-CAGGTGCTGCCGAGTGCACATGGGGCT-AGATAAT--GCATAT-T-T-------------GGCCATAACTCCTGATAACT-T-AT--TA-TCGGATTTGGCCAGATCAAAAAgtgtcca
gi|12 : tcaattaatcagtcaatcaatctttATAACTTAA-AC---------ATAA-AAT---AAGTC-GATTTGGCCAGTTTATCTAAAA-T---TTTATAAAC--TTGAGTA--TAGTTATTATT--AGTCTAATT-C-----TGAAG--TGAACTGAAATGGTGAAGGT--CCGATGAAAA---------ATGCT------------CAA------AATAAG--ACC-GT-T-TAAG-TAACTCAAAAGCCAGAACT-CAGACA--T-AAAT--TA-TCTGATTTAGCCAGTACAA-AAC-TTGTCCgaaatgctaccactatatt
gi|13 : AGTT----TGGTGAATAT--TTAATTAAAA--CTC-CATGTTCTA--CAATGAGCACAAGATC-AAATAAA--ACA-AT-T-TTTC-C--TTCAAGGGCCATTACT-TTGACA--T-TAATAATAATCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAT-ATGTCTGAGATA--TGATGGTTATATAAATATAAC---T------TGTG-a
gi|14 : AGAG--CCAATGAATA---TG-CAGGTGCTA--GAGTACACACTA---C-AAAAAGT--ACA-ctg
gi|16 : ----TGATGAAAATTTCAAATCAAA---TTG-TTAGTAATA--GAGCACACACAAGGTC-AGTTAAT--ACA-AA-T-TCGGACAATGCAAGGGCCcagacagacaacggacaaaaagtgatcagatttacttaacttgagctatgcccaagtgagctaaaa
gi|17 : ATAACCCTG-AC---------GTTG-ATA---A--TACGGTATAGCCATTTCA---AGAA-A---TT-----GT--CGGAG-A--TA-
gi|2 : TGTCTATAT-ATTATACAAGAGGGTCAGATTGGTACTAAATTGCTCACCTGTTGTACGGGAGACAATG-CGAAAGATG--GC-AT-TTTTT------GATAAGGCAAGC-C---C----------AAT---TTGGTCA----------GT---T---------------------GAGATAGTAT-----AGA---------TAT-ATA--ATTA-----A-----TGGCTAAGTGTTGTGAAGATCAAACAAAAACTACAGGTGCTGGAGTGTA-----CAT--AA-----A--TTCATGTAATGAAATTT-TTGTCAATTCAATAGC-CATAACTCTACAC---------ATTA-ATG---A--TCCGATTTGGAAAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CTACG-A--TA-TTATGGTA--A-CATAATTAC-----TAT-G--TAAGTT----TGGCGGAAAT--CAAGTGAAAG--TTG-CGAGTACTA--AAGTGCACACAAAGTT-AAATAAT--GCA-AT-T-CTTGATGATTCAAGGGTCATAATT-CAGATC--T-TAAT--TT-CCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTACCCACGATA--TTATGGTAATATA------AC---T----ACTGTG-TCAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAATTTGTC-G-GTGCT-----AGAGT-GCAC---------ACA-AC--------ATCAAATTACACAAT-TTTTGATGATTC----AAG-GGCC---A-TTACTTC-GA-AAGTGTTTATCCAATTTGGCTAGTTCATAAAC-TTGTTCAAGATGTTATAG
gi|3 : tgccacacaga---------TAT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGATTGGTAAAGATCAAA-GGTAACTGCGAGTGTTAGAATGCA-----CAT--CA-----G--ATCAAATAGCATCATTT-TTTATGATCCAAGGAC-CA----------------------TA-ATT---A--TCAAATTTAGCCA-TTCA---AAAA-C---TT-----AT--TTAAG-A--TA-TTTTGGTTAAA-TATAACTAC-----TGT-G--TTAGTT----TGATTCAGAT--CAAATGAAAA--CGGACAGA-GCTA--GAGTGCAGAC-----C-AAATA-----TA-A-------AAC-ATACAA-------AA-T-TTGAC------AAT-----TCCGATTTTGCCAGTTCACAAAC-TTGT-----ATG--TT-TGG--------------------------------AG-------AGG-ATCAA--A---T------GAAAAATG-TGG-GTTCT-----AAAGT-ACAC---------ACA-AG--------GTCAAATAGAGCAAT-TTTTTATGTTTC----AAGTGTTC---ATTTAT-T---ACAG-----TATCCGATATTGCTAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
gi|3 : aatgatTTT------GACAAT-----T-C---C----------GAT---TTTGCCA----------GT---T--------------------C-------------------------------ACA--A--A-----C-----T-TGTATGTTTGGAGAGGATCAAATGAAAAATGTGGGTTCTAAAGTACA-----CAC--AA-----G--GTCAAATAGAGCAATTT-TTTATGTTTCAAGTGTTCAT---TT--------------ATTACAGT---A--TCCGATATTGCTAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-A--TA-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGG-G--TAAGTT----TGGTGAAAAT--CCAATGAAAA--ATG-CAGGTGCTA--GAAAGCATACAA---C-AAAttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|4 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaaTTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATA---G--TCCGATTTGGCCATTTCA---AGAA-C---TT-----GT--TCGAG-A--TA-CTATGATT--A-TATAATTAC-----TGT-G--CAAGTT----TGGTGAGGAT--CAAATGAATA--CTG-TGGTGGCTA--GAGCGCACACAATTTC-AAATAAT--GCA----T-TTTAATG-TTAAAGGGCCATAACT-CTGACA--T-TAAT--AA-TCCAATTTAGCTAGTTC---AAC-TTGTCCGAGAAA--TTATGGTTTTATA------AC---T----ACTAT--TAAGTTTCGTGAAA-ATCCA--A---T------GAAAAATG-CAG-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-A-----------CAAAaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|5 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtTGTC-ATATCAATAAACAAGATGGCCATGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCAAGTGAAATAATGTCAAAA-ATG--ACAATATTTTT------GATAATGCAAGA-G---C----------CATATCTTGGACATTTAAAATTTGTCAGT--------------------TGATATATAAC-----AGA---------TTT-ATG--ACTA-----C-----TGAGAAAGTTTGGTGAAGAACAAAT-AAAACAATGGGTGCTAGATTATATAATTTAT--AATATATGCTGTCAAACAAC-ACATTTGTTTATGAGTC--GGTT-TATAACTCAG-AC---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTGGTCAGTTCA---AAAA-C---TT-----CT--Caagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : gccagtccacTA-ATT---A--TCCGACTTGACCAGTTCA---AGCA-C---TT-----TT--CAAAA-A--TC-ATATGGGG--A-TTTAAGTAC-----AAG-G--TAGGTT----TGGTGAATAT--C--ATGCTAATTCTG-TGGCAGCTA--TAGTGTATTCAAGTTCAAAATAAT--TTA-A--A-TTTGATGATTCAAGGG-CATACCT-T--ACA--TACAAT--TA-T--------GCCA-TTAAAGGAC-TTCTCCGAGATC--ATATCGTTATAAA------AC---T----ACTGTG-TACGTTTGGGGAAC-AT--------------------ACTA-T-G-ATG--------AATT-GCAT---------ACA-GG--------GTCAAATAA--TAGT-TTAT-----TTCGTAAAAT-GGGC---A-AAAC-TC---CAAATA-TTA
gi|7 : TTTGGCCAGTTCA---AGGA-C---GT-----GA--CCCAC-A--TA-TTGTGATT--A-TAAAACCAC-----TTT-G--TAAGGA----TGGCTTAAAT--CCAGTAAAAT--CTG-C---TACTAT-AAGTGAAAACACTATT-NNNNNNN--NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNTATA------ACACTT----GTTGT--TACGTTTAGTGAAT-AACAA--A---TACAAAAGAAAATTG-G-G-GTGCC-----AAGACAGCAC---------AAA-AA--------GTCAAAata
gi|8 : ACAAGAGGTCCAGATTAGCCCTTAAGTGCTCACCTGTGACAGTGGAGACAA-----AGA-A-G--GT-GT-TTTTTTTCCCGGACAATGCAAGA-C---------------------TGTATA----------CC---T--------------------C-AGATAT----------A---------TGT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTCAGATTGGTGAGGACCAAATGAAAACTACAAGTACTAGAGAG-------CAT--AA-----C--TTCAAGTAATGCAGTTT-TTGACAGTTCCAGTGC-CATAATTCCA-AC---------AACA-TTT---A--TCTTATTTGGCCAGCTCT---AAAA-C---TT-----GT--CCAAT-A--TA-Tct
gi|9 : A-AT-T-CTTGAAAATTTAAGGTCCGCAAAT-CAAACA--T-TTAT--TG-TC--ATTTA-----TT--AGAAC-TT-TTCAAAACG--GTA--GCAATAT--------C---TTGGAATTGAG-TAA-CTTGGCGAGA-ATTAA--AAAAT------ACAAACTG-T-T-ATTAT-----AGCGT-GCAT---------ATA-AG--------GTAAAATAACGCCATATAATGACGATTC----AAA-GACC---A-CAAT-Taaggcatagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCAATGAAAAATGCATGTGCCAAAGTGGACAAAACTAAAAGTTTACAAACAGACTGACAACCAATATAAGGCAACATAATAGATCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 22222222222222222222 111 22222222222222 111 111111111111 11111111 11 1111111111111 222222222222222 222222222 111111111 1111 3333333333333333333333 1 1
lowQualScore : 5 6 9 0 1 1 11 1 0 444 999 99 8 8 999999 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 5 77 88888888888 0 33 2 55 1 22222222222222222222 111 5 1 1 1 4 2 55555555555555 3 555 44 0 555 2 555 77777 4444 3 44 3 55 3 1 99999 3 88 6666 0 33 3 999 777 66 4 0 333 2 8888 2 777777777777 1 3 4 55 33 7777 88 2 0 4 0 5 66 22 22 00000000 0 44 2 55 8888888888888 0 3 111111111111111 66 000000000 5 999999999 88 6 1 5 1 4444 6 1 3333333333333333333333 1 55 0 3 2
lowQualScore : . . . . . . .. . . ... ... .. . . ...... . .............................................................................................. . . .. ........... . .. . .. . .................... ... . . . . . . .............. . ... .. . ... . ... ..... .... . .. . .. . . ..... . .. .... . .. . ... ... .. . . ... . .... . ............ . . . .. .. .... .. . . . . . .. .. .. ........ . .. . .. ............. . . ............... .. ......... . ......... .. . . . . .... . . ...................... . .. . . .
lowQualScore : 5 5 8 8 0 4 66 0 8 444 888 00 0 0 222222 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 99 00000000000 7 00 3 44 7 77777777777777777777 444 7 3 4 1 4 8 00000000000000 1 444 22 2 000 9 000 11111 2222 1 22 1 00 6 2 11111 6 66 5555 4 99 6 999 999 88 5 6 888 9 9999 9 333333333333 9 3 5 00 88 4444 99 2 7 0 2 2 11 66 99 99999999 2 66 8 22 0000000000000 1 4 444444444444444 11 000000000 0 555555555 88 7 0 2 0 2222 7 0 3333333333333333333333 0 88 7 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTCAAA-TAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-ATCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
Reference ( family-27 ) : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTCAAA-TAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-ATCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
gi|1 : ATATCAA--AAC-----TGCCACAATAGCTCTAAATAGCTCACTTGTGACATTGGATACTGTG-C-AAA-CTGAAGC-AA-TATTT------GATATTTCAAGG-GTTAC----------AAT---TTGGACA----------TT---TATTACCAAATTAGGACTATACAAAAC--------------ATTATCCAAGATTTTATGGTACTAGGTTAC-----TGT-T--GTTTGGTGA---TTCAATAATAAATACTGGTTTTAGAGTGCA-----TAC--GA-----T--GTGAAAAAGC-ACATTT-TATATGATTCAAGTGC-CATAA-----------------------TT---A--TCAGAGTTGGCCAATTTG---ATAT-T---TT-----ATATCATAG-AT--A-TTATAGTT--T-TATAACTATCATGATGT-G--TACGTT----TTGTGAAGAC--CCAATCAAAA--CTG-TGGGTGCTG--GAGCACATTCAAGGTCAAA-TAA----CA-ATATATTTGATGATTCAATGGTTATAAAT-CATATA--T-TAAC--T-ATCC-AATTTTGCCAAATCAAGGAC-TTGTGCGAGATGTATTAT--TTCTGTAAC---T----ATTATACTAACTTTTGTGAGGAATCAATGA---T------GA----TG-TAG-GCATA-----AGAGA-GGAC---------ACA-AG--------GTAAAATAATTCAAT-AATTGACAATTT----GAG-GGTCTCAA-T-AC-T--GACATAAA-TTAACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGGTTAGGG
gi|1 : AGTGCATACGATG-TGAAA-AAGC-AC-AT-TTTAT-------ATGATTCAAGTGC---CATAATTATCAGAG---TTGGCCA----------AT---T--------------------TGATATTTTATATCATAGATATTAT---AGTTTT-ATA--ACTA-----TCATGATGTGTACGTTTTGTGAAGACCCAATCAAAACTGTGGGTGCTGGAG--CA-----CATTCAA-----G--GTCAAATAACAATATAT-TTGATGATTCAATGGT-TATAAATCAT-AT---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTTGCCAAATCA---AGGA-C---TT-----GT--GCGAG-ATGTA-TTAT--TT--C-TGTAACTAT-----TAT-AC-TAACTT----TTGTGAGGAA--TCAATGATGA---TG-TAGGCATAA--GAGAGGACACAAGGTAAAA-TAAT--TCA-AT-A-ATTGACAATTTGAGGGTCTCAATA-CTGACA--T-AAAT--T-AACT-GATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGG--TTAGGGTAATATAAC---T----ACTTTA-TAGGTATTGTGAGG-AACCA--A---T------TAAAGCTA-C-GCATACTTCAGAAGAGC-ACACCTGTCAAATACAGAGCACACACTGTCAAATAATGCAAC-TATCAACTACTC----ATG-GGGC---A-CAAA-TCTGACACTTA-TTAACTGACT--GCCAATTtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|10 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcaatatttgatatttcaagggttacaatttggacatttattaccaaattaggactatacaaaacattatccaagattttatggtactaggttactgttgtttggtgattcaataataaatactggttttagATTAAAAAACAAGAGGGCCAAGATGGCCCTATATCGCTCAt
gi|10 : TTTAA-TGC-CATATCTTTG-ACCATATCTTTATTG-CTTCTGA--TCTGATCTCACCAGTTCA---AAAA-CGGATT-----G-----GAG-CT--C-TCATGATC--A--ATTA-TAT-----TTT-GATCAAGTT----TGGTCACAAT--CCAGTGAAAA--CTA-ATGGTGCTA--TGATGTTAACGAAG-CAAA--AATCAGC--AT-T-TTTAA----TCAAGGGCCATAACT-gccatatctttgaccatatctttattgcttctgatctgatctcaccagttcaaaaacggattggagctctcatgatcaattatattttgatcaagtttggtcacaatccagtgaaaactaatggtgctatgatgttaacgaagcaaaaatcagcatttttaatcaagggccataactgtgtcca
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttt-AC---------ATTA-AAT---A--CTCGATTTGGCCAGTTCA---AGCATC---AA-----GT--CAGAG-AT--A-TCATGGTC--A-TATAACT-------CGT-G--TTAGCC----TGAT-AAAAT-----ATG--AT--TTG-CAGGTGCTGCCGAGTGCACATGGGGCTAGA-TAAT--GCATAT-T-T-------------GGCCATAACTCCTGATAACT-T-AT--T-ATCG-GATTTGGCCAGATCAAAAAgtgtcca
gi|12 : tcaattaatcagtcaatcaatctttATAACTTAA-AC---------ATAA-AAT---AAGTC-GATTTGGCCAGTTTATCTAAAA-T---TTTATAAAC--TTGAGTAT--AGTTATTATT--AGTCTAATT-C-----TGAAG--TGAACTGAAATGGTGAAGGT--CCGATGAAAA---------ATGCT------------CAA-----AA-TAAG--ACC-GT-T-TAAG-TAACTCAAAAGCCAGAACT-CAGACA--T-AAAT--T-ATCT-GATTTAGCCAGTACAA-AAC-TTGTCCgaaatgctaccactatatt
gi|13 : AGTT----TGGTGAATAT--TTAATTAAAA--CTC-CATGTTCTA--CAATGAGCACAAGATCAAA-TAAA--ACA-AT-T-TTT--C-CTTCAAGGGCCATTACT-TTGACA--T-TAATAATAATCA-GATTTGGCCAGTTCAAGAAT-ATGTCTGAGATA--TGATGGTTATATAAA---T----Aa
gi|14 : AGAG--CCAATGAATA---TG-CAGGTGCTA--GAGTACACACTA---CAAA-AAGT--ACA-taacttgtgctg
gi|16 : ----TGATGAAAATTTCAAATCAAA---TTG-TTAGTAATA--GAGCACACACAAGGTCAGT-TAAT--ACA-AA-T-TCGGACAATGCAAGGGCCcagacagacaacggacaaaaagtgatcagatttacttaacttgagctatgcccaagtgagctaaaa
gi|17 : ATAACCCTG-AC---------GTTG-ATA---A--TACGGTATAGCCATTTCA---AGAA-A---TT-----GT--CGGAG-AT--A-
gi|2 : TGTCTATAT-ATTATACAAGAGGGTCAGATTGGTACTAAATTGCTCACCTGTTGTACGGGAGACAATG-CGAAAGATG--GC-AT-TTTTT------GATAAGGCAAGC-C---C----------AAT---TTGGTCA----------GT---T---------------------GAGAT--------------AGTAT---AGATAT-ATA--ATTA-----A-----TGGCTAAGTGTTGTGAAGATCAAACAAAAACTACAGGTGCTGGAGTGTA-----CAT--AA-----A--TTCATGTAATGAAATTT-TTGTCAATTCAATAGC-CATAACTCTACAC---------ATTA-ATG---A--TCCGATTTGGAAAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CTACG-AT--A-TTATGGTA--A-CATAATTAC-----TAT-G--TAAGTT----TGGCGGAAAT--CAAGTGAAAG--TTG-CGAGTACTA--AAGTGCACACAAAGTTAAA-TAAT--GCA-AT-T-CTTGATGATTCAAGGGTCATAATT-CAGATC--T-TAAT--T--TCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTACCCACGATA--TTATGGTAATATAAC---T----ACTGTG-TCAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAATTTGTC-G-GTGCT-----AGAGT-GCAC---------ACA-AC--------ATCAAATTACACAAT-TTTTGATGATTC----AAG-GGCC---A-TTACTTC-GA-AAGTGTTTATCCAATTTGGCTAGTTCATAAAC-TTGTTCAAGATGTTATAG
gi|3 : tgccacacagaTAT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGATTGGTAAAGATCAAA-GGTAACTGCGAGTGTTAGAATGCA-----CAT--CA-----G--ATCAAATAGCATCATTT-TTTATGATCCAAGGAC-CA----------------------TA-ATT---A--TCAAATTTAGCCA-TTCA---AAAA-C---TT-----AT--TTAAG-AT--A-TTTTGGTTAAA-TATAACTAC-----TGT-G--TTAGTT----TGATTCAGAT--CAAATGAAAA--CGGACAGA-GCTA--GAGTGCAGAC-----CAAA-TA-----TA-A-------AAC-ATACAA-------AA-T-TTGAC------AAT-----TCC-GATTTTGCCAGTTCACAAAC-TTGT-----ATG--TT-TGG--------------------------AG-------AGG-ATCAA--A---T------GAAAAATG-TGG-GTTCT-----AAAGT-ACAC---------ACA-AG--------GTCAAATAGAGCAAT-TTTTTATGTTTC----AAGTGTTC---ATTTAT-T---ACAG-----TATCCGATATTGCTAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
gi|3 : aatgatTTT------GACAAT-----T-C---C----------GAT---TTTGCCA----------GT---T--------------------C-ACA--------------------------------A--ACT--------------TGTATGTTTGGAGAGGATCAAATGAAAAATGTGGGTTCTAAAGTACA-----CAC--AA-----G--GTCAAATAGAGCAATTT-TTTATGTTTCAAGTGTTCAT---TT--------------ATTACAGT---A--TCCGATATTGCTAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGG-G--TAAGTT----TGGTGAAAAT--CCAATGAAAA--ATG-CAGGTGCTA--GAAAGCATACAA---CAAA-ttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|4 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaaTTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATA---G--TCCGATTTGGCCATTTCA---AGAA-C---TT-----GT--TCGAG-AT--A-CTATGATT--A-TATAATTAC-----TGT-G--CAAGTT----TGGTGAGGAT--CAAATGAATA--CTG-TGGTGGCTA--GAGCGCACACAATTTCAAA-TAAT--GCA----T-TTTAATG-TTAAAGGGCCATAACT-CTGACA--T-TAAT--A-ATCC-AATTTAGCTAGTTC---AAC-TTGTCCGAGAAA--TTATGGTTTTATAAC---T----ACTAT--TAAGTTTCGTGAAA-ATCCA--A---T------GAAAAATG-CAG-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-A-----------CAAAaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|5 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtTGTC-ATATCAATAAACAAGATGGCCATGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCAAGTGAAATAATGTCAAAA-ATG--ACAATATTTTT------GATAATGCAAGA-G---C----------CATATCTTGGACATTTAAAATTTGTCAGT--------------------TGATAT--------------ATAAC---AGATTT-ATG--ACTA-----C-----TGAGAAAGTTTGGTGAAGAACAAAT-AAAACAATGGGTGCTAGATTATATAATTTAT--AATATATGCTGTCAAACAAC-ACATTTGTTTATGAGTC-GGT-T-TATAACTCAG-AC---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTGGTCAGTTCA---AAAA-C---TT-----CT--Caagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : gccagtccacTA-ATT---A--TCCGACTTGACCAGTTCA---AGCA-C---TT-----TT--CAAAA-AT--C-ATATGGGG--A-TTTAAGTAC-----AAG-G--TAGGTT----TGGTGAATAT--C--ATGCTAATTCTG-TGGCAGCTA--TAGTGTATTCAAGTTCAAAATAAT--TTA-AA-T-TT-GATGATTCAAGGGC-ATACCT-T--ACA--TACAAT--T-AT---------GCCA-TTAAAGGAC-TTCTCCGAGATC--ATATCGTTATAAAAC---T----ACTGTG-TACGTTTGGGGAAC-AT--------------------ACTA-T-G-ATG--------AATT-GCAT---------ACA-GG--------GTCAAATAA--TAGT-TTAT-----TTCGTAAAAT-GGGC---A-AAAC-TC---CAAATA-TTA
gi|7 : TTTGGCCAGTTCA---AGGA-C---GT-----GA--CCCAC-AT--A-TTGTGATT--A-TAAAACCAC-----TTT-G--TAAGGA----TGGCTTAAAT--CCAGTAAAAT--CTG-C---TACTAT-AAGTGAAAACACTATTNNN-NNNN--NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNN--N-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNTATAACACTT----GTTGT--TACGTTTAGTGAAT-AACAA--A---TACAAAAGAAAATTG-G-G-GTGCC-----AAGACAGCAC---------AAA-AA--------GTCAAAata
gi|8 : ACAAGAGGTCCAGATTAGCCCTTAAGTGCTCACCTGTGACAGTGGAGACAA-----AGA-A-G--GT-GT-TTTTTTTCCCGGACAATGCAAGA-C---------------------TGTATA----------CC---T--------------------C-AGAT--------------AT--------ATGT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTCAGATTGGTGAGGACCAAATGAAAACTACAAGTACTAGAGAGCA-------T--AA-----C--TTCAAGTAATGCAGTTT-TTGACAGTTCCAGTGC-CATAATTCCA-AC---------AACA-TTT---A--TCTTATTTGGCCAGCTCT---AAAA-C---TT-----GT--CCAAT-AT--A-Tct
gi|9 : A-AT-T-CTTGAAAATTTAAGGTCCGCAAAT-CAAACA--T-TTAT--T-GTC---ATTTA-----TT--AGAAC-TT-TTCAAAACG--GTA--GCAATAT--C---TTGGAATTGAG-TAA-CTTGGCGAGA-ATTAA--AAAAT------ACAAACTG-T-T-ATTAT-----AGCGT-GCAT---------ATA-AG--------GTAAAATAACGCCATATAATGACGATTC----AAA-GACC---A-CAAT-Taaggcatagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCAATGAAAAATGCATGTGCCAAAGTGGACAAAACTAAAAGTTTACAAACAGACTGACAACCAATATAAGGCAACATAATAGATCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 22222222222222222222 111 22222222222222 111 111111111111 11111111 11 1111111111111 222222222222222 222222222 111111111 1111 3333333333333333333333 1 1
lowQualScore : 5 6 9 0 1 1 11 1 0 444 999 99 8 8 999999 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 5 77 88888888888 0 33 2 55 1 22222222222222222222 111 5 1 1 1 4 2 55555555555555 3 555 44 0 555 2 555 77777 4444 3 44 3 55 3 1 99999 3 88 6666 0 33 3 999 777 66 4 0 333 2 8888 2 777777777777 1 3 4 55 33 7777 88 2 0 4 0 5 66 22 22 00000000 0 44 2 55 8888888888888 0 3 111111111111111 66 000000000 5 999999999 88 6 1 5 1 4444 6 1 3333333333333333333333 1 55 0 3 2
lowQualScore : . . . . . . .. . . ... ... .. . . ...... . .............................................................................................. . . .. ........... . .. . .. . .................... ... . . . . . . .............. . ... .. . ... . ... ..... .... . .. . .. . . ..... . .. .... . .. . ... ... .. . . ... . .... . ............ . . . .. .. .... .. . . . . . .. .. .. ........ . .. . .. ............. . . ............... .. ......... . ......... .. . . . . .... . . ...................... . .. . . .
lowQualScore : 5 5 8 8 0 4 66 0 8 444 888 00 0 0 222222 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 99 00000000000 7 00 3 44 7 77777777777777777777 444 7 3 4 1 4 8 00000000000000 1 444 22 2 000 9 000 11111 2222 1 22 1 00 6 2 11111 6 66 5555 4 99 6 999 999 88 5 6 888 9 9999 9 333333333333 9 3 5 00 88 4444 99 2 7 0 2 2 11 66 99 99999999 2 66 8 22 0000000000000 1 4 444444444444444 11 000000000 0 555555555 88 7 0 2 0 2222 7 0 3333333333333333333333 0 88 7 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTCAAA-TAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-ATCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
Reference ( family-27 ) : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTCAAA-TAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-ATCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
gi|1 : ATATCAA--AAC-----TGCCACAATAGCTCTAAATAGCTCACTTGTGACATTGGATACTGTG-C-AAA-CTGAAGC-AA-TATTT------GATATTTCAAGG-GTTAC----------AAT---TTGGACA----------TT---TATTACCAAATTAGGACTATACAAAAC--------------ATTATCCAAGATTTTATGGTACTAGGTTAC-----TGT-T--GTTTGGTGA---TTCAATAATAAATACTGGTTTTAGAGTGCA-----TAC--GA-----T--GTGAAAAAGC-ACATTT-TATATGATTCAAGTGC-CATAA-----------------------TT---A--TCAGAGTTGGCCAATTTG---ATAT-T---TT-----ATATCATAG-AT--A-TTATAGTT--T-TATAACTATCATGATGT-G--TACGTT----TTGTGAAGAC--CCAATCAAAA--CTG-TGGGTGCTG--GAGCACATTCAAGGTCAAA-TAA----CA-ATATATTTGATGATTCAATGGTTATAAAT-CATATA--T-TAAC--T-ATCC-AATTTTGCCAAATCAAGGAC-TTGTGCGAGATGTATTAT--TTCTGTAAC---T----ATTATACTAACTTTTGTGAGGAATCAATGA---T------GA----TG-TAG-GCATA-----AGAGA-GGAC---------ACA-AG--------GTAAAATAATTCAAT-AATTGACAATTT----GAG-GGTCTCAA-T-AC-T--GACATAAA-TTAACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGGTTAGGG
gi|1 : AGTGCATACGATG-TGAAA-AAGC-AC-AT-TTTAT-------ATGATTCAAGTGC---CATAATTATCAGAG---TTGGCCA----------AT---T--------------------TGATATTTTATATCATAGATATTAT---AGTTTT-ATA--ACTA-----TCATGATGTGTACGTTTTGTGAAGACCCAATCAAAACTGTGGGTGCTGGAG--CA-----CATTCAA-----G--GTCAAATAACAATATAT-TTGATGATTCAATGGT-TATAAATCAT-AT---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTTGCCAAATCA---AGGA-C---TT-----GT--GCGAG-ATGTA-TTAT--TT--C-TGTAACTAT-----TAT-AC-TAACTT----TTGTGAGGAA--TCAATGATGA---TG-TAGGCATAA--GAGAGGACACAAGGTAAAA-TAAT--TCA-AT-A-ATTGACAATTTGAGGGTCTCAATA-CTGACA--T-AAAT--T-AACT-GATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGG--TTAGGGTAATATAAC---T----ACTTTA-TAGGTATTGTGAGG-AACCA--A---T------TAAAGCTA-C-GCATACTTCAGAAGAGC-ACACCTGTCAAATACAGAGCACACACTGTCAAATAATGCAAC-TATCAACTACTC----ATG-GGGC---A-CAAA-TCTGACACTTA-TTAACTGACT--GCCAATTtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|10 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcaatatttgatatttcaagggttacaatttggacatttattaccaaattaggactatacaaaacattatccaagattttatggtactaggttactgttgtttggtgattcaataataaatactggttttagATTAAAAAACAAGAGGGCCAAGATGGCCCTATATCGCTCAt
gi|10 : TTTAA-TGC-CATATCTTTG-ACCATATCTTTATTG-CTTCTGA--TCTGATCTCACCAGTTCA---AAAA-CGGATT-----G-----GAG-CT--C-TCATGATC--A--ATTA-TAT-----TTT-GATCAAGTT----TGGTCACAAT--CCAGTGAAAA--CTA-ATGGTGCTA--TGATGTTAACGAAG-CAAA--AATCAGC--AT-T-TTTAA----TCAAGGGCCATAACT-gccatatctttgaccatatctttattgcttctgatctgatctcaccagttcaaaaacggattggagctctcatgatcaattatattttgatcaagtttggtcacaatccagtgaaaactaatggtgctatgatgttaacgaagcaaaaatcagcatttttaatcaagggccataactgtgtcca
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttt-AC---------ATTA-AAT---A--CTCGATTTGGCCAGTTCA---AGCATC---AA-----GT--CAGAG-AT--A-TCATGGTC--A-TATAACT-------CGT-G--TTAGCC----TGAT-AAAAT-----ATG--AT--TTG-CAGGTGCTGCCGAGTGCACATGGGGCTAGA-TAAT--GCATAT-T-T-------------GGCCATAACTCCTGATAACT-T-AT--T-ATCG-GATTTGGCCAGATCAAAAAgtgtcca
gi|12 : tcaattaatcagtcaatcaatctttATAACTTAA-AC---------ATAA-AAT---AAGTC-GATTTGGCCAGTTTATCTAAAA-T---TTTATAAAC--TTGAGTAT--AGTTATTATT--AGTCTAATT-C-----TGAAG--TGAACTGAAATGGTGAAGGT--CCGATGAAAA---------ATGCT------------CAA-----AA-TAAG--ACC-GT-T-TAAG-TAACTCAAAAGCCAGAACT-CAGACA--T-AAAT--T-ATCT-GATTTAGCCAGTACAA-AAC-TTGTCCgaaatgctaccactatatt
gi|13 : AGTT----TGGTGAATAT--TTAATTAAAA--CTC-CATGTTCTA--CAATGAGCACAAGATCAAA-TAAA--ACA-AT-T-TTT--C-CTTCAAGGGCCATTACT-TTGACA--T-TAATAATAATCA-GATTTGGCCAGTTCAAGAAT-ATGTCTGAGATA--TGATGGTTATATAAA---T----Aa
gi|14 : AGAG--CCAATGAATA---TG-CAGGTGCTA--GAGTACACACTA---CAAA-AAGT--ACA-taacttgtgctg
gi|16 : ----TGATGAAAATTTCAAATCAAA---TTG-TTAGTAATA--GAGCACACACAAGGTCAGT-TAAT--ACA-AA-T-TCGGACAATGCAAGGGCCcagacagacaacggacaaaaagtgatcagatttacttaacttgagctatgcccaagtgagctaaaa
gi|17 : ATAACCCTG-AC---------GTTG-ATA---A--TACGGTATAGCCATTTCA---AGAA-A---TT-----GT--CGGAG-AT--A-
gi|2 : TGTCTATAT-ATTATACAAGAGGGTCAGATTGGTACTAAATTGCTCACCTGTTGTACGGGAGACAATG-CGAAAGATG--GC-AT-TTTTT------GATAAGGCAAGC-C---C----------AAT---TTGGTCA----------GT---T---------------------GAGAT--------------AGTAT---AGATAT-ATA--ATTA-----A-----TGGCTAAGTGTTGTGAAGATCAAACAAAAACTACAGGTGCTGGAGTGTA-----CAT--AA-----A--TTCATGTAATGAAATTT-TTGTCAATTCAATAGC-CATAACTCTACAC---------ATTA-ATG---A--TCCGATTTGGAAAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CTACG-AT--A-TTATGGTA--A-CATAATTAC-----TAT-G--TAAGTT----TGGCGGAAAT--CAAGTGAAAG--TTG-CGAGTACTA--AAGTGCACACAAAGTTAAA-TAAT--GCA-AT-T-CTTGATGATTCAAGGGTCATAATT-CAGATC--T-TAAT--T--TCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTACCCACGATA--TTATGGTAATATAAC---T----ACTGTG-TCAGTTTGGTGAAG-ATCAA--A---T------GAAATTTGTC-G-GTGCT-----AGAGT-GCAC---------ACA-AC--------ATCAAATTACACAAT-TTTTGATGATTC----AAG-GGCC---A-TTACTTC-GA-AAGTGTTTATCCAATTTGGCTAGTTCATAAAC-TTGTTCAAGATGTTATAG
gi|3 : tgccacacagaTAT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGATTGGTAAAGATCAAA-GGTAACTGCGAGTGTTAGAATGCA-----CAT--CA-----G--ATCAAATAGCATCATTT-TTTATGATCCAAGGAC-CA----------------------TA-ATT---A--TCAAATTTAGCCA-TTCA---AAAA-C---TT-----AT--TTAAG-AT--A-TTTTGGTTAAA-TATAACTAC-----TGT-G--TTAGTT----TGATTCAGAT--CAAATGAAAA--CGGACAGA-GCTA--GAGTGCAGAC-----CAAA-TA-----TA-A-------AAC-ATACAA-------AA-T-TTGAC------AAT-----TCC-GATTTTGCCAGTTCACAAAC-TTGT-----ATG--TT-TGG--------------------------AG-------AGG-ATCAA--A---T------GAAAAATG-TGG-GTTCT-----AAAGT-ACAC---------ACA-AG--------GTCAAATAGAGCAAT-TTTTTATGTTTC----AAGTGTTC---ATTTAT-T---ACAG-----TATCCGATATTGCTAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
gi|3 : aatgatTTT------GACAAT-----T-C---C----------GAT---TTTGCCA----------GT---T--------------------C-ACA--------------------------------A--ACT--------------TGTATGTTTGGAGAGGATCAAATGAAAAATGTGGGTTCTAAAGTACA-----CAC--AA-----G--GTCAAATAGAGCAATTT-TTTATGTTTCAAGTGTTCAT---TT--------------ATTACAGT---A--TCCGATATTGCTAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGG-G--TAAGTT----TGGTGAAAAT--CCAATGAAAA--ATG-CAGGTGCTA--GAAAGCATACAA---CAAA-ttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|4 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaaTTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATA---G--TCCGATTTGGCCATTTCA---AGAA-C---TT-----GT--TCGAG-AT--A-CTATGATT--A-TATAATTAC-----TGT-G--CAAGTT----TGGTGAGGAT--CAAATGAATA--CTG-TGGTGGCTA--GAGCGCACACAATTTCAAA-TAAT--GCA----T-TTTAATG-TTAAAGGGCCATAACT-CTGACA--T-TAAT--A-ATCC-AATTTAGCTAGTTC---AAC-TTGTCCGAGAAA--TTATGGTTTTATAAC---T----ACTAT--TAAGTTTCGTGAAA-ATCCA--A---T------GAAAAATG-CAG-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-A-----------CAAAaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|5 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtTGTC-ATATCAATAAACAAGATGGCCATGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCAAGTGAAATAATGTCAAAA-ATG--ACAATATTTTT------GATAATGCAAGA-G---C----------CATATCTTGGACATTTAAAATTTGTCAGT--------------------TGATAT--------------ATAAC---AGATTT-ATG--ACTA-----C-----TGAGAAAGTTTGGTGAAGAACAAAT-AAAACAATGGGTGCTAGATTATATAATTTAT--AATATATGCTGTCAAACAAC-ACATTTGTTTATGAGTC-GGT-T-TATAACTCAG-AC---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTGGTCAGTTCA---AAAA-C---TT-----CT--Caagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : gccagtccacTA-ATT---A--TCCGACTTGACCAGTTCA---AGCA-C---TT-----TT--CAAAA-AT--C-ATATGGGG--A-TTTAAGTAC-----AAG-G--TAGGTT----TGGTGAATAT--C--ATGCTAATTCTG-TGGCAGCTA--TAGTGTATTCAAGTTCAAAATAAT--TTA-AA-T-TT-GATGATTCAAGGGC-ATACCT-T--ACA--TACAAT--T-AT---------GCCA-TTAAAGGAC-TTCTCCGAGATC--ATATCGTTATAAAAC---T----ACTGTG-TACGTTTGGGGAAC-AT--------------------ACTA-T-G-ATG--------AATT-GCAT---------ACA-GG--------GTCAAATAA--TAGT-TTAT-----TTCGTAAAAT-GGGC---A-AAAC-TC---CAAATA-TTA
gi|7 : TTTGGCCAGTTCA---AGGA-C---GT-----GA--CCCAC-AT--A-TTGTGATT--A-TAAAACCAC-----TTT-G--TAAGGA----TGGCTTAAAT--CCAGTAAAAT--CTG-C---TACTAT-AAGTGAAAACACTATTNNN-NNNN--NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNN--N-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNTATAACACTT----GTTGT--TACGTTTAGTGAAT-AACAA--A---TACAAAAGAAAATTG-G-G-GTGCC-----AAGACAGCAC---------AAA-AA--------GTCAAAata
gi|8 : ACAAGAGGTCCAGATTAGCCCTTAAGTGCTCACCTGTGACAGTGGAGACAA-----AGA-A-G--GT-GT-TTTTTTTCCCGGACAATGCAAGA-C---------------------TGTATA----------CC---T--------------------C-AGAT--------------AT--------ATGT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTCAGATTGGTGAGGACCAAATGAAAACTACAAGTACTAGAGAGCA-------T--AA-----C--TTCAAGTAATGCAGTTT-TTGACAGTTCCAGTGC-CATAATTCCA-AC---------AACA-TTT---A--TCTTATTTGGCCAGCTCT---AAAA-C---TT-----GT--CCAAT-AT--A-Tct
gi|9 : A-AT-T-CTTGAAAATTTAAGGTCCGCAAAT-CAAACA--T-TTAT--T-GTC---ATTTA-----TT--AGAAC-TT-TTCAAAACG--GTA--GCAATAT--C---TTGGAATTGAG-TAA-CTTGGCGAGA-ATTAA--AAAAT------ACAAACTG-T-T-ATTAT-----AGCGT-GCAT---------ATA-AG--------GTAAAATAACGCCATATAATGACGATTC----AAA-GACC---A-CAAT-Taaggcatagt
blockSeqs : . T A A A GT T TCA GAT C A A TTCCCG T TGCCATAATTATCAGAGTTGGCCAATTTGATATTTTATATCATAGATATTAT T . . TCATGA AC A TC T TAATTTATAATATATGCT AAT G G T T T A TGACCATATCTTT C CTG AG TCT T GGA TATAA GC T GT G AA G C . A AT GAAA TT C TTC ACA CC A GGT A TCAG T TAATTGACAA T C T AC AC AATA CA G A C . GG AA TTGGA A T G ATACAAAA C CGCATACTTCAGA CA CTGTCAAAT G GCACACACT TG A A A T GTAA T G ACAAATCTGACACTTA A TG . T
blockSeqs : C T G T CG G TG AA . . . . G AGCCATATCTTGGACATTTAAAATTTGTCAGTTGATATATAAC A . . A AA A CA T CATTCAAG GAA . G C T . C TACAC . . . . . . . CA . . . . . C . . C . . C C TA T T GGC . TT . ATTCGGACAA C . T . A T T G . C . TG TA ACTT G G G AAAAT T TCGGTGCT C . . C CA . T G G . . C ATTACTTCGAAAGTGT T TT . C
blockSeqs : . T T T AG A CG AT . . . . G CCCAATTTGGTCAGTTGAGATAGTAT A . . C AA A TG T CATAAA ATC . T T G . C ATAT . . . . . . . TT . . . . . T . . . . . C T AT . T GAT . TG . TTCTTGATGA C . A . T T G A . C . TG AA T G C G AT A TGGGTTCT T . . G AG . T T G . . T AAAACTCCAAATA T .
blockSeqs : G T GT G . A . . . . G TCCGATTTTGCCAGTTCACA T . . C AT G TG T CATCAG GCA . T T G . C AAAC . . . . . . . CG . . . . . T . . . . . T C CA . T GGT . GA . NNNNNNNNNN C . T . A T T G . C . TG TT T G G A AT A CAGGTGCT T . . G CG . T G G . . G ATTTATTACAG
blockSeqs : . . ACTGTATACCTCAGATAT G . . C AA A G A CACAAG GCA . T T G . C TGAC . . . . . . . CT . . . . . C . . . . . C T CA . T AGT . AA . TTCTTGAAAA C . A . T T A G . C . TG TA T . A C AT C GGGTGCC C . . A . . A . . . . C
blockSeqs : . . . . CA G T . TAAC AC . G C G . C CGAC . . . . . . . TT . . . . . C . . . . . A T CA . C TTT . TA . TTTAAGTAA T . T . T A C T . N . TC NN T . G T AT T TTATTAT T . . G
blockSeqs : G . C AGAC . . . . . . . CC . . . . . T . . . . . A C TT . T GTT . TA . ATTTGATGA C . T . T T C A . T . NN AA T . . A . C TGATG T . . .
blockSeqs : . . T CAAC . . . . . . . TC . . . . . G . . . . . A A CG . T TAT . TG . TTTTAATG C . N . N N N N . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CA . . . . . C . . . . . C C CA . A AG . TG . TTTTTAA N . A . T T . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . A C TG . C . . TT . TTTTTCC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CC . . . . . C . TG . T . . NN . AACA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . TTT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CG* ** ** C********** AA GNA CGAC********** CC** ***** TG** TTTTTGANAA** ** TG G* G* AT***********
originalCons : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGANATTT-TTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTCAAA-TAAT--GCA-AT-T-TTTGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-ATCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATCAA--A---T------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
finalCons : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATGCG-AAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTAC----------TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGNAATTT-TTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCGAC----------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GTCC--GAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTCAAA-TAATG--CA-ATTTTTGANAA--TTCAAGGGCCATAACT-CNGACA--T-TAAT--T-ATCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATAAC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATCAAAT-----------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCAATGAAAAATGCATGTGCCAAAGTGGACAAAACTAAAAGTTTACAAACAGACTGACAACCAATATAAGGCAACATAATAGATCACCTAGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 22222222222222222222 22222222222222 111 11111111111111111111 11111111111111111111111 111111 222222222222222 222222222 111111111 1111 3333333333333333333333 1 1
lowQualScore : 5 6 9 0 1 1 11 1 0 444 999 99 8 8 999999 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 5 77 88888888888 0 33 2 55 1 22222222222222222222 1 3 1 1 1 4 2 55555555555555 3 555 44 0 555 2 555 77777 4444 3 44 3 55 3 1 99999 3 88 6666 2 33 3 999 777 66 4 0 333 2 77777777777777777777 0 1 88 55 33 77777 88 5 0 4 0 5 66 22 22 55555555555555555555555 2 55 9999999 444444 0 3 111111111111111 66 000000000 5 999999999 88 6 1 5 1 4444 6 1 3333333333333333333333 1 55 0 3 2
lowQualScore : . . . . . . .. . . ... ... .. . . ...... . .............................................................................................. . . .. ........... . .. . .. . .................... . . . . . . . .............. . ... .. . ... . ... ..... .... . .. . .. . . ..... . .. .... . .. . ... ... .. . . ... . .................... . . .. .. .. ..... .. . . . . . .. .. .. ....................... . .. ....... ...... . . ............... .. ......... . ......... .. . . . . .... . . ...................... . .. . . .
lowQualScore : 5 5 8 8 0 4 66 0 8 444 888 00 0 0 222222 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 99 00000000000 7 00 3 44 7 77777777777777777777 0 9 3 4 1 4 8 00000000000000 1 444 22 2 000 9 000 11111 2222 1 22 1 00 6 2 11111 6 66 5555 9 99 6 999 999 88 5 6 888 9 22222222222222222222 3 9 22 00 88 33333 99 3 7 0 2 2 11 66 99 77777777777777777777777 8 22 6666666 444444 1 4 444444444444444 11 000000000 0 555555555 88 7 0 2 0 2222 7 0 3333333333333333333333 0 88 7 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGCAATTTTTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCA-AT-T-TTTGACG-ATTCAAGGGCCATAACTCN-GACA--T-TAAT--TA-TCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATA------AC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATC---AA--AT------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
Reference ( family-27 ) : NNNNNNNNNNNTGTCTATATCAATAAACAAGAGGGCCANATTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCANTGGANACAATG-CGAAA-ATG--GC-AT-TTTTT------GATAATGCAAGN-C---C----------GAT---TTGGNCA----------GT---T--------------------CGANAT--------------ATTAT---AGATNT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGTTTGGTGAAGATCAAATGAAAACTGCGGGTGCTAGAGTGCA-----CAT--AA-----G--GTCAAATAGCGNAATTTTTTACGATTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATT---A--TCCGATTTGGCCAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGT-G--TAAGTT----TGGTGAAGAT--CCAATGAAAA--CTG-CGGGTGCTA--GAGCGCACACAAGGTC-AAATAAT--GCA-AT-T-TTTGANA-ATTCAAGGGCCATAACTCN-GACA--T-TAAT--TA-TCC-GATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATG--TTATGGTNATATA------AC---T----ACTGTG-TAAGTTTNGTGAGG-ATC---AA--AT------GAAAACTG-C-G-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-AG--------GTCAAATAACGCAAT-TNTTGACGATTC----AAG-GGNC---A-TAAC-TC-GACANATA-TTANCCGATTTGGCCAGTTCGAGAAC-TTGTCCGAGATGTTATGG
gi|1 : ATATCAA--AAC-----TGCCACAATAGCTCTAAATAGCTCACTTGTGACATTGGATACTGTG-C-AAA-CTGAAGC-AA-TATTT------GATATTTCAAGG-GTTAC----------AAT---TTGGACA----------TT---TATTACCAAATTAGGACTATACAAAAC--------------ATTATCCAAGATTTTATGGTACTAGGTTAC-----TGT-T--GTTTGGTGA---TTCAATAATAAATACTGGTTTTAGAGTGCA-----TAC--GA-----T--GTGAAAAAGCACA-TTTTATATGATTCAAGTGC-CATAA-----------------------TT---A--TCAGAGTTGGCCAATTTG---ATAT-T---TT-----ATATCATAG-AT--A-TTATAGTT--T-TATAACTATCATGATGT-G--TACGTT----TTGTGAAGAC--CCAATCAAAA--CTG-TGGGTGCTG--GAGCACATTCAAGGTC-AAATAA----CA-ATATATTTGATG-ATTCAATGGTTATAAATCA-TATA--T-TAAC--TA-TCC-AATTTTGCCAAATCAAGGAC-TTGTGCGAGATGTATTAT--TTCTGTA------AC---T----ATTATACTAACTTTTGTGAGGAATC---AATGAT------GA----TG-TAG-GCATA-----AGAGA-GGAC---------ACA-AG--------GTAAAATAATTCAAT-AATTGACAATTT----GAG-GGTCTCAA-T-AC-T--GACATAAA-TTAACTGATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGGTTAGGG
gi|1 : AGTGCATACGATG-TGAAA-AAGC-AC-AT-TTTAT-------ATGATTCAAGTGC---CATAATTATCAGAG---TTGGCCA----------AT---T--------------------TGATATTTTATATCATAGATATTAT---AGTTTT-ATA--ACTA-----TCATGATGTGTACGTTTTGTGAAGACCCAATCAAAACTGTGGGTGCTGGAG--CA-----CATTCAA-----G--GTCAAATAACAATATATTTGATGATTCAATGGT-TATAAATCAT-AT---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTTGCCAAATCA---AGGA-C---TT-----GT--GCGAG-ATGTA-TTAT--TT--C-TGTAACTAT-----TAT-AC-TAACTT----TTGTGAGGAA--TCAATGATGA---TG-TAGGCATAA--GAGAGGACACAAGGTA-AAATAAT--TCA-AT-A-ATTGACA-ATTTGAGGGTCTCAATACT-GACA--T-AAAT--TA-ACT-GATTTGGCCAGTTCGAGAACAGTGT--GAGAGG--TTAGGGTAATATA------AC---T----ACTTTA-TAGGTATTGTGAGG-AAC---CA--AT------TAAAGCTA-C-GCATACTTCAGAAGAGC-ACACCTGTCAAATACAGAGCACACACTGTCAAATAATGCAAC-TATCAACTACTC----ATG-GGGC---A-CAAA-TCTGACACTTA-TTAACTGACT--GCCAATTtaatataactactttataggtattgtgaggaaccaattaaagctacgcatacttcagaagagcacacctgtcaaatacagagcacacactgtcaaataatgcaactatcaactactcatggggcacaaatctgacacttattaactgactgccaattt
gi|10 : atatcaaaactgccacaatagctctaaatagctcacttgtgacattggatactgtgcaaactgaagcaatatttgatatttcaagggttacaatttggacatttattaccaaattaggactatacaaaacattatccaagattttatggtactaggttactgttgtttggtgattcaataataaatactggttttagATTAAAAAACAAGAGGGCCAAGATGGCCCTATATCGCTCAt
gi|10 : TTTAA-TGC-CATATCTTTG-ACCATATCTTTATTG-CTTCTGA--TCTGATCTCACCAGTTCA---AAAA-CGGATT-----G-----GAG-CT--C-TCATGATC--A--ATTA-TAT-----TTT-GATCAAGTT----TGGTCACAAT--CCAGTGAAAA--CTA-ATGGTGCTA--TGATGTTAACGAAG-C-AAA-AATCAGC--AT-T-TTTAA-----TCAAGGGCCATAACTgccatatctttgaccatatctttattgcttctgatctgatctcaccagttcaaaaacggattggagctctcatgatcaattatattttgatcaagtttggtcacaatccagtgaaaactaatggtgctatgatgttaacgaagcaaaaatcagcatttttaatcaagggccataactgtgtcca
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttt-AC---------ATTA-AAT---A--CTCGATTTGGCCAGTTCA---AGCATC---AA-----GT--CAGAG-AT--A-TCATGGTC--A-TATAACT-------CGT-G--TTAGCC----TGATAAA-AT-----ATGAT----TTG-CAGGTGCTGCCGAGTGCACATGGGGCT-AGATAAT--GCATAT-T-T--------------GGCCATAACTCCTGATAACT-TA-T--TA-TCG-GATTTGGCCAGATCAAAAAgtgtcca
gi|12 : tcaattaatcagtcaatcaatctttATAACTTAA-AC---------ATAA-AAT---AAGTC-GATTTGGCCAGTTTATCTAAAA-T---TTTATAAAC--TTGAGTAT--AGTTATTATT--AGTCTAATT-C-----TGAAG--TGAACTGAAATGGTGAAGGT--CCGATGAAAA---------ATGCT------------CAA------AATAAG--ACC-GT-T-TAAG-TA-ACTCAAAAGCCAGAACTCA-GACA--T-AAAT--TA-TCT-GATTTAGCCAGTACAA-AAC-TTGTCCgaaatgctaccactatatt
gi|13 : AGTT----TGGTGAATAT--TTAATTAAAA--CTC-CATGTTCTA--CAATGAGCACAAGATC-AAATAAA--ACA-AT-T-TTTCC----TTCAAGGGCCATTACTTT-GACA--T-TAATAATAATCA-GATTTGGCCAGTTCAAGAAT-ATGTCTGAGATA--TGATGGTTATATAAATATAAC---T------TGTG-a
gi|14 : AGAG--CCAATGAATA---TG-CAGGTGCTA--GAGTACACACTA---C-AAAAAGT--ACA-ctg
gi|16 : ----TGATGAAAATTTCAAATCAAA---TTG-TTAGTAATA--GAGCACACACAAGGTC-AGTTAAT--ACA-AA-T-TCGGACA-ATGCAAGGGCCcagacagacaacggacaaaaagtgatcagatttacttaacttgagctatgcccaagtgagctaaaa
gi|17 : ATAACCCTG-AC---------GTTG-ATA---A--TACGGTATAGCCATTTCA---AGAA-A---TT-----GT--CGGAG-AT--A-
gi|2 : TGTCTATAT-ATTATACAAGAGGGTCAGATTGGTACTAAATTGCTCACCTGTTGTACGGGAGACAATG-CGAAAGATG--GC-AT-TTTTT------GATAAGGCAAGC-C---C----------AAT---TTGGTCA----------GT---T---------------------GAGAT--------------AGTAT---AGATAT-ATA--ATTA-----A-----TGGCTAAGTGTTGTGAAGATCAAACAAAAACTACAGGTGCTGGAGTGTA-----CAT--AA-----A--TTCATGTAATGAAATTTTTGTCAATTCAATAGC-CATAACTCTACAC---------ATTA-ATG---A--TCCGATTTGGAAAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CTACG-AT--A-TTATGGTA--A-CATAATTAC-----TAT-G--TAAGTT----TGGCGGAAAT--CAAGTGAAAG--TTG-CGAGTACTA--AAGTGCACACAAAGTT-AAATAAT--GCA-AT-T-CTTGATG-ATTCAAGGGTCATAATTCA-GATC--T-TAAT--T--TCCAGATTTGGCCAGTTCAAGAAC-TTACCCACGATA--TTATGGTAATATA------AC---T----ACTGTG-TCAGTTTGGTGAAG-ATC---AA--AT------GAAATTTGTC-G-GTGCT-----AGAGT-GCAC---------ACA-AC--------ATCAAATTACACAAT-TTTTGATGATTC----AAG-GGCC---A-TTACTTC-GA-AAGTGTTTATCCAATTTGGCTAGTTCATAAAC-TTGTTCAAGATGTTATAG
gi|3 : tgccacacagaTAT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTAAGATTGGTAAAGATCAAA-GGTAACTGCGAGTGTTAGAATGCA-----CAT--CA-----G--ATCAAATAGCATCATTTTTTATGATCCAAGGAC-CA----------------------TA-ATT---A--TCAAATTTAGCCA-TTCA---AAAA-C---TT-----AT--TTAAG-AT--A-TTTTGGTTAAA-TATAACTAC-----TGT-G--TTAGTT----TGATTCAGAT--CAAATGAAAA--CGGACAGA-GCTA--GAGTGCAGAC-----C-AAATA---------------TAAAACATACAA-------AA-TTT-GAC------AAT-----TCC-GATTTTGCCAGTTCACAAAC-TTGT-----ATG--TT-TGG--------------------------------AG-------AGG-ATC---AA--AT------GAAAAATG-TGG-GTTCT-----AAAGT-ACAC---------ACA-AG--------GTCAAATAGAGCAAT-TTTTTATGTTTC----AAGTGTTC---ATTTAT-T---ACAG-----TATCCGATATTGCTAGTTCAAGAAC-TTGTCCGAGATATTATGG
gi|3 : aatgatTTT------GACAAT-----T-C---C----------GAT---TTTGCCA----------GT---T--------------------C-ACA--------------------------------A--ACT--------------TGTATGTTTGGAGAGGATCAAATGAAAAATGTGGGTTCTAAAGTACA-----CAC--AA-----G--GTCAAATAGAGCAATTTTTTATGTTTCAAGTGTTCAT---TT--------------ATTACAGT---A--TCCGATATTGCTAGTTCA---AGAA-C---TT-----GT--CCGAG-AT--A-TTATGGTT--A-TATAACTAC-----TGG-G--TAAGTT----TGGTGAAAAT--CCAATGAAAA--ATG-CAGGTGCTA--GAAAGCATACAA---C-AAAttatataactactgggtaagtttggtgaaaatccaatgaaaaatgcaggtgctagaaagcatacaacaaaaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|4 : aatgattatataactactgtgtaagattggtaaagatcaaaggtaactgcgagtgttagaatgcacatcagatcaaatagcatcattttttatgatccaaggaccataattatcaaatttagccattcaaaaacttatttaagatattttggttaaatataactactgtgttagtttgattcagatcaaatgaaaacggacagagctagagtgcagaccaaatataaaacatacaaaaTTCAAGTGC-CATAACTCCG-AC---------ATTA-ATA---G--TCCGATTTGGCCATTTCA---AGAA-C---TT-----GT--TCGAG-AT--A-CTATGATT--A-TATAATTAC-----TGT-G--CAAGTT----TGGTGAGGAT--CAAATGAATA--CTG-TGGTGGCTA--GAGCGCACACAATTTC-AAATAAT--GCA----T-TTTAAT--GTTAAAGGGCCATAACTCT-GACA--T-TAAT--AA-TCC-AATTTAGCTAGTTC---AAC-TTGTCCGAGAAA--TTATGGTTTTATA------AC---T----ACTAT--TAAGTTTCGTGAAA-ATC---CA--AT------GAAAAATG-CAG-GTGCT-----AGAGC-GCAC---------ACA-A-----------CAAAaagttcagacggtcgatggacacagggagattagaatagctcaccttgatctttgctcaagtgagttaaaaaaaatggttcttctcacat
gi|5 : aacttctattaaatctctctgtctgggtaatcaaccttggtgatgttggtataggacaataagcgacataaacatatccttgctgatccatggtTGTC-ATATCAATAAACAAGATGGCCATGTTGGCCCTAAATTGCTCACCTGTGGCAAGTGAAATAATGTCAAAA-ATG--ACAATATTTTT------GATAATGCAAGA-G---C----------CATATCTTGGACATTTAAAATTTGTCAGT--------------------TGATAT--------------ATAAC---AGATTT-ATG--ACTA-----C-----TGAGAAAGTTTGGTGAAGAACAAAT-AAAACAATGGGTGCTAGATTATATAATTTAT--AATATATGCTGTCAAACAACACATTTGTTTATGAGTC-GGT-T-TATAACTCAG-AC---------ATTA-ACT---A--TCCAATTTGGTCAGTTCA---AAAA-C---TT-----CT--Caagttctcagacgcacaacaggcgataagaatagctcaccttgagctttactcaggcgaactaaaa
gi|6 : gccagtccacTA-ATT---A--TCCGACTTGACCAGTTCA---AGCA-C---TT-----TT--CAAAA-AT--C-ATATGGGG--A-TTTAAGTAC-----AAG-G--TAGGTT----TGGTGAATAT--C--ATGCTAATTCTG-TGGCAGCTA--TAGTGTATTCAAGTTCAAAATAAT--TTA-A--A-TTTGATG-ATTCAAGGG-CATACCTT---ACA--TACAAT--TA-T---------GCCA-TTAAAGGAC-TTCTCCGAGATC--ATATCGTTATAAA------AC---T----ACTGTG-TACGTTTGGGGAAC-AT--------------------ACTA-T-G-ATG--------AATT-GCAT---------ACA-GG--------GTCAAATAA--TAGT-TTAT-----TTCGTAAAAT-GGGC---A-AAAC-TC---CAAATA-TTA
gi|7 : TTTGGCCAGTTCA---AGGA-C---GT-----GA--CCCAC-AT--A-TTGTGATT--A-TAAAACCAC-----TTT-G--TAAGGA----TGGCTTAAAT--CCAGTAAAAT--CTG-C---TACTAT-AAGTGAAAACACTATT-NNNNNNN--NNN-NN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--N-NNNN--NN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNTATA------ACACTT----GTTGT--TACGTTTAGTGAAT-AAC---AA--ATACAAAAGAAAATTG-G-G-GTGCC-----AAGACAGCAC---------AAA-AA--------GTCAAAata
gi|8 : ACAAGAGGTCCAGATTAGCCCTTAAGTGCTCACCTGTGACAGTGGAGACAA-----AGA-A-G--GT-GT-TTTTTTTCCCGGACAATGCAAGA-C---------------------TGTATA----------CC---T--------------------C-AGAT--------------AT--------ATGT-ATA--ACTA-----C-----TGTGTCAGATTGGTGAGGACCAAATGAAAACTACAAGTACTAGAGAGCA-------T--AA-----C--TTCAAGTAATGCAGTTTTTGACAGTTCCAGTGC-CATAATTCCA-AC---------AACA-TTT---A--TCTTATTTGGCCAGCTCT---AAAA-C---TT-----GT--CCAAT-AT--A-Tct
gi|9 : A-AT-T-CTTGAAA-ATTTAAGGTCCGCAAATCA-AACA--T-TTAT--TG-TC---ATTT-----ATT--AGAAC-TT-TTCAAAACG--GTA--GCAATAT--------C---TTGGAATTGAG-TAA-CTTGGCGAGA-ATTAAAAA--AT------ACAAACTG-T-T-ATTAT-----AGCGT-GCAT---------ATA-AG--------GTAAAATAACGCCATATAATGACGATTC----AAA-GACC---A-CAAT-Taaggcatagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCAATGAAAAATGCATGTGCCAAAGTGGACAAAACTAAAAGTTTACAAACAGACTGACAACCAATATAAGGCAACATAATAGATCACCTAGAGC