lowQualScore : 11 22 222 22222 2222222222222222222222222 22222222222222222222222 2222222222222222 1111111111 2222222222
lowQualScore : 2 99999 44 99 55 3 3 5 2 2 00 2 444 3 0 2 4 44 22222 33 2 1 8888888888888888888888888 2 3 44444444444444444444444 3 4 1 4444444444444444 9 777 6666 2 77777 555 5 3 3333333333 1111111111 9999 999999 44 3 3 1
lowQualScore : . ..... .. .. .. . . . . . .. . ... . . . . .. ..... .. . . ......................... . . ....................... . . . ................ . ... .... . ..... ... . . .......... .......... .... ...... .. . . .
lowQualScore : 8 11111 22 66 00 6 6 1 8 5 11 6 777 1 5 5 1 22 44444 99 5 8 6666666666666666666666666 9 9 88888888888888888888888 1 2 4 3333333333333333 2 999 1111 1 11111 444 4 1 5555555555 2222222222 4444 666666 66 3 3 4
consensus : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCGC-ANAAGTACCTATA-AGAAACATAAGTTTAA-AGAAATATATTCTANGTAACC--GTGNTGGTTT--GCACTGGATT-------------------------CA-GNAAAACTGC-----G-T-T------ACT--T-TTNATT----C----------CCANTGGTTAC--NGA----ATAGNTGA-----ATCACC---ATTCTANAATC-GGTT----------AAG----------AC---GGTA------A--A-CCAAAG-AAAATGTTGGTGAAA
Reference ( gi|26631 ) : AACAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-GCACA--CTCGGGTAT-TCGC-AGAAGTATCTATA-CGAAACATAGGATTAA-AGAAATATATTCTATGTAACC--GTAATGGTTT--GCACTGGATT-------------------------CA-GAAAAACTTC-----A-T-T------ACT--T-TTTATT----C----------CCAGTGGTTAC--TGA----ATAGTTGA-----ATCACC---ATTCTACAATC-GGTT----------AAG----------AC---GGTA------A--A-CCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
gi|26632 : AAAAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCGC-AGAAGTATCTATA-AAAAACATAAGTTTAA-AGCAATACATTCTATGTAACC--GTGGTGGTTT--GCACTGGATT-------------------------CA-GCAAAACTGC-----G-T-T------ACT--T-TTAATT----C----------CCAGTGGTTAC--TGA----ATTGTTGA-----ATCACC---ATTCTACAATC-GGTT----------AAG----------AC---GATA------A--A-CCAAAG-AAAATGCGGATGAAA
gi|26633 : AACAGAGA-TAGGCTTG-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TTGC-AGAAGTATCTATA-AGAAA--TAAGTTTAA-AGAAATATATTCTATATAACTAAGTGGTGGTTT--GCACTGGATT-------------------------CA-GAAAAACTGC-----G-T-T------ACT--T-TTTATT----C----------CCAGTGGTAAC--TGA----ATAGTTGA-----ATCACC---ATTCTTCAATC-GGTT----------AGG----------AC---GGTA------A--A-CTAAAG-AAAATGCTGACAAAA
gi|26634 : AACAGAGAGCAGACTTA-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCGT-AGAAGTATCTATA-ATAAACTTAAGTTTAA-AGAAATA-----TATGTAACC--GTGGTGGTTT--GCACTGGATTAAAAAAACACACCAAAAAAAAACAACA-AAAAAACTGC-----G-T-T------AC---T-TTTACT----------------------TTACTTTTA----ATAGTTGA-----ATCACC---ATTCTACAATC-GGTT----------AAA----------AC---GGTA------A--A-CCAAAG-AAAATACTGGTAAAA
gi|26635 : AACAGAAAACAGGCTTA-----CATCTCACACACACACA--CTCGGGTAT-TCAC-TCAAATGCCTATC-GGAAACATATGTTTAA-AGAAATATATTCTAGGTAACC--G---TGGTTT--TAACTTAATT-------------------------CA-GTGAAACTGC-----A-T-T------ATG--T-TTAATT----C----------ACACTGGTTAC--AGA----ATAGACGA-----ATCATCACAATGCTGAGATC-GGTT----------AAG----------AC---GGTA------A--A-CCAAAG-AGAACATTGACGAAA
gi|26636 : AACAGAGAGCAGGCTTA-----CGCCTCAC-CA-AAACAAACACGGTCAT-TCGC-ACTAGTACCTAAAGTAAAAAAAAAGTTTAC-AGAAATATATTCTAGGTAACC--ATGTT--TTT--GCACTGAATT-------------------------CT-GTATTATTGC-----A-G-T------ACA--T-TTAAGT----A----------CTATTGGTTAC--AGA----ATAGACGA-----ACCGCA---ATTCTAAAATC-AGTT----------AAA----------AC---AGTA------A--A-CCAAGG-AAAGTGTTAGTGAAA
gi|26637 : AACAGAGAGCAGGCTAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAACTCGGTCAT-TCGC-ATTAGAACCTCAA-GGAAACATAAC-TTAACAGAAATATATTCTAAGTTACC--GCGTT--TTT--GCACTGGATT-------------------------CT-GTAGAATTGC-----A-G-T------ACA--T-TTAAGT----T----------CCATTGGTTAC--AGA----ATAGACGA-----AT
gi|26638 : ACAGAGAACATGCTTA-----TACTTCGT-CA-ACACA--CTCGGGTCT-TCGC-AGAAGTATATATA-AGAAACATAAGTTTAA-AGAAATATATCCTTTGTAACC--GTGGTGGTTT--GCACTGGATT-------------------------CA-GAAAAACTGC-----C-T-T------TCT--T-TTAATT----C----------CCAGTGGTTAC--TGA----ATAATTGA-----ATCACC---ATTCTACAATC-GGTT----------AAG----------AC---GGTA------A--A-CCAGAG-AAAATGATGGTGAAA
gi|26639 : AAAACAGGCAAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAATTCGATAAT-TGGC-ACAAGTACCTAAA-GGAAACATAAGTTTAC-AGAAATATATTCTAGGTAACT--GTGTT--TTT--GCTCTGGATT-------------------------TT-GTAGAACTACAGTAGA-T-TTAAGTGACT--TACTTAGT----C----------ACACTAGTTAC--AGA----ATAGACGA-----ACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT----------CAG----------A
gi|26640 : GACCAGGCTCC-----TGATTCAC-CA-ACATA--TTTAGGTATATAGTTAAAAATACTTA----AAAACTTAA-ATCAG-AGAAAAGCATCCAGT-TGATC--CTGAT--TTT--AGACTGGTTC-------------------------CA-GAAAAACTGC-----A-T-T------
gi|26641 : AACAGACCTAGCTCCTGTTTCAC-CA-ACACA--TTTAAGTAT-TTAC-ATAAATAT--ATA--AAAACTTAA-ATCTA-AGAAAAGCATTC-AGGTGATC--ATGAT--TTT--AGACTGGTTC-------------------------CA-GTAAAACTGC-----A-T--------ATT--G-TTT-------------------CA-TAGATAT--TGATTATATAATTAATAAATATCA-----AGTCTAAATTA-AGTT----------AAATTTTTAGTTTATTTAGGTA------A--AACTTAAG-AAAATGTTGGTGAAA
gi|26642 : GGCTTC-----TGTTTCAC-CA-ATATA--TTTAAGTAT-ATAC-TTAAATAT---TA-AAAAACTTAA-ATCAA-ATAAAAGCAT-CAAGGTGATC--ATGAT--TTT--AGACTGGCTC-------------------------TA-GAAGAACT-------G-T-T------TTTGGT-TTCATT----G----------ACATTGGTTAA--AGA----A-AATTAA-----GTAACC---AGTC-AAAATA-GGTTTGAAGTATTTAAGTATTT-----ACA--GGTAGAGTACA--A-CCTGAG-AAGATGTTGGTGAAA
gi|26644 : AA-AGAAAAGCATTC-ATGCAA-----TAATGGTTTTAG-ACTGG-TT-------------------------CATGAAAAACTGA-----ATT-T------GGT--T-TTTATTAAAACATTTAAGCAACCAGTCATAAT--T-------TAGTTAA-----GT--------TTTTA-AGTA-GATT----------AAG----------AC---------------------AAG-AAAATGTTGGTGAAA
gi|26643 : -AGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGTT--TTT--GCACTGGATT-------------------------CT-GTAGAATTAC-----A-G-T------ACA--T-TTAAGT----C----------CCACTGGTTAC--AGA----ATAGATGA-----ACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT----------AAG----------AC---AGTA------A--T-TTAGAG-AAAGTATTGGTGAAA
gi|26645 : acaaaaaccacaaaacTTT--AAACTGGTTC-------------------------CA-GAAAAACTGC-----A-TAT------G-G--T-TTTATT----G----------ATATTGGTTAT--ATA----ATAGATGA-----ATAACC---AGAC-ACAGTTAAGTT----------AAG---------------TGTA------AGTA-TTTAAGTAAAATGTTGGCGAAA
gi|26646 : GGTTAC--TGA----ATAGTTGA-----ATCACC---ATTCTACAATC-GGTT----------AAG----------AC---AGTA------A--A-CCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
Alignments
lowQualScore : 11 22 111111111111 1111111111111 11111111111111 3333333333333
lowQualScore : 1 999999 3 3 33 3 3 1 2 1 444 0 2 44 1 66 0 444444444444 1 5555555555555 88888888888888 33 3 7 0 22 1 444 1 555 1 3 44 0000000000000 999 3 999999 44 3
lowQualScore : . ...... . . .. . . . . . ... . . .. . .. . ............ . ............. .............. .. . . . .. . ... . ... . . .. ............. ... . ...... .. .
lowQualScore : 7 000000 3 3 88 3 3 0 2 8 999 5 1 22 0 22 7 666666666666 0 7777777777777 88888888888888 88 1 0 2 44 0 999 0 444 0 1 22 4444444444444 222 3 666666 66 3
consensus : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGNTGGTTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
Reference ( family-905 ) : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTANGTAACC--GTGNTGGTTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTANAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGTTGGTGAAA
gi|26631 : AACAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-GCACA--CTCGGGTAT-TCG-CAGAAGTATCTATACG--AAACATAGGATTAAAGAAATATATTCTATGTAACC--GTAATGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTTC-----------AT-TACT-T-TTTATTCCCAGTGGTTAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
gi|26632 : AAAAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CAGAAGTATCTATAAA--AAACATAAGTTTAAAGCAATACATTCTATGTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGCAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTAATTCCCAGTGGTTAC--TGAATTGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GAT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCGGATGAAA
gi|26633 : AACAGAGA-TAGGCTTG-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TTG-CAGAAGTATCTATAAG--AA--ATAAGTTTAAAGAAATATATTCTATATAACTAAGTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTTATTCCCAGTGGTAAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTTCAATC-GGTT--AGG-------------AC---GGT-A------A--ACTAAAG-AAAATGCTGACAAAA
gi|26634 : AACAGAGAGCAGACTTA-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-TAGAAGTATCTATAAT--AAACTTAAGTTTAAAGAAATATAT-----GTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATTAAAAAAACACACCAAAAAAAAACAACAAAAAAACTGC-----------GT-TACT-T-TT-------ACT--TTACTTTTAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAA-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATACTGGTAAAA
gi|26635 : AACAGAAAACAGGCTTA-----CATCTCACACACACACA--CTCGGGTAT-TCA-CTCAAATGCCTATCGG--AAACATATGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGGT--TTTA-ACTTAATT------------CAGTGAA-------------ACTGC-----------AT-TATG-T-TTAATTCACACTGGTTAC--AGAATAGACGAATCATCACAATGCTGAGATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AGAACATTGACGAAA
gi|26636 : AACAGAGAGCAGGCTTA-----CGCCTCAC-CA-AAACAAACACGGTCAT-TCG-CACTAGTACCTA-AAGTAAAAAAAAAGTTTACAGAAATATATTCTAGGTAACC--ATGTT--TTTGCACTGAATT------------CTGTATT-------------ATTGC-----------AG-TACA-T-TTAAGTACTATTGGTTAC--AGAATAGACGAACCGCA---ATTCTAAAATC-AGTT--AAA-------------AC---AGT-A------A--ACCAAGG-AAAGTGTTAGTGAAA
gi|26637 : AACAGAGAGCAGGCTAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAACTCGGTCAT-TCG-CATTAGAACCTCAAGG--AAACATAACTTAACAGAAATATATTCTAAGTTACC--GCGTT--TTTGCACTGGATT------------CTGTAGA-------------ATTGC-----------AG-TACA-T-TTAAGTTCCATTGGTTAC--AGAATAGACGAAT
gi|26638 : ACAGAGAACATGCTTA-----TACTTCGT-CA-ACACA--CTCGGGTCT-TCG-CAGAAGTATATATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATCCTTTGTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------CT-TTCT-T-TTAATTCCCAGTGGTTAC--TGAATAATTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAGAG-AAAATGATGGTGAAA
gi|26639 : AAAACAGGCAAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAATTCGATAAT-TGG-CACAAGTACCTAAAGG--AAACATAAGTTTACAGAAATATATTCTAGGTAACT--GTGTT--TTTGCTCTGGATT------------TTGTAGA-------------ACTACAGTAGATTTAAGT-GACT-TACTTAGTCACACTAGTTAC--AGAATAGACGAACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT--CAG-------------A
gi|26640 : GACCAGGCTCC-----TGATTCAC-CA-ACATA--TTTAGGTATATAGTTAAAAATACTT---AA--AAACTTAAA-TCAGAGAAAAGCA-TCCAGTTGATC--CTGAT--TTTAGACTGGTTC------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------AT-T
gi|26641 : AACAGACCTAGCTCCTGTTTCAC-CA-ACACA--TTTAAGTAT-TTA-CATAAATA--TATAA---AAACTTAAATCT-AAGAAAAGCATTC-AGGTGATC--ATGAT--TTTAGACTGGTTC------------CAGTAAA-------------ACTGC-----------A--TATTGT-TTCATAGATATTGATTAT--ATAATTAATAAATATCA---AGTCTAAATTA-AGTT--AAATTTTTAGTTT---ATTTAGGTAA------A--ACTTAAG-AAAATGTTGGTGAAA
gi|26642 : GGCTTC-----TGTTTCAC-CA-ATATA--TTTAAGTAT-ATA-CTTAAATAT---TAAA--AAACTTAAATC-AAATAAAAGCAT-CAAGGTGATC--ATGAT--TTTAGACTGGCTC------------TAGAAGA-------------ACTGT-----------TT-TTGG-T-TTCATTGACATTGGTTAA--AGAA-AATTAAGTAACC---AGTC-AAAATA-GGTTTGAAGTATTTAAGTATTTACA--GGT-AGAGTACA--ACCTGAG-AAGATGTTGGTGAAA
gi|26643 : ACAAA--AACCACAAA---ACAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGTT--TTTGCACTGGATT------------CTGTAGA-------------ATTAC-----------AG-TACA-T-TTAAGTCCCACTGGTTAC--AGAATAGATGAACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT--AAG-------------AC---AGT-A------A--TTTAGAG-AAAGTATTGGTGAAA
gi|26645 : TTTAAACTGGTTC------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------ATATGGT-T-TT-ATTGATATTGGTTAT--ATAATAGATGAATAACC---AGAC-ACAGTTAAGTT--AAG------------------TGT-A------AGTATTTAAGTAAAATGTTGGCGAAA
gi|26646 : GGTTAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---AGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26644 ): AAAGAAAAGCATTCATGCAATAATGGTTTTAGACTGGTTCATGAAAAACTGAATTTGGTTTTTATTAAAACATTTAAGCAACCAGTCATAATTTAGTTAAGTTTTTAAGTAGATTAAGACAAGAAAATGTTGGTGAAA
Alignments
lowQualScore : 11 22 111111111111 1111111111111 11111111111111 3333333333333
lowQualScore : 1 999999 3 3 33 3 3 1 2 1 444 0 0 44 1 66 0 444444444444 1 5555555555555 88888888888888 33 3 7 0 22 1 444 1 555 1 3 44 0000000000000 999 3 999999 44 3 0
lowQualScore : . ...... . . .. . . . . . ... . . .. . .. . ............ . ............. .............. .. . . . .. . ... . ... . . .. ............. ... . ...... .. . .
lowQualScore : 7 000000 3 3 88 3 3 0 2 8 999 5 8 22 0 22 7 666666666666 0 7777777777777 88888888888888 88 1 0 2 44 0 999 0 444 5 1 22 4444444444444 222 3 666666 66 3 1
consensus : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGNTGGTTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
Reference ( family-905 ) : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGNTGGTTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
gi|26631 : AACAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-GCACA--CTCGGGTAT-TCG-CAGAAGTATCTATACG--AAACATAGGATTAAAGAAATATATTCTATGTAACC--GTAATGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTTC-----------AT-TACT-T-TTTATTCCCAGTGGTTAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
gi|26632 : AAAAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CAGAAGTATCTATAAA--AAACATAAGTTTAAAGCAATACATTCTATGTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGCAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTAATTCCCAGTGGTTAC--TGAATTGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GAT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCGGATGAAA
gi|26633 : AACAGAGA-TAGGCTTG-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TTG-CAGAAGTATCTATAAG--AA--ATAAGTTTAAAGAAATATATTCTATATAACTAAGTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTTATTCCCAGTGGTAAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTTCAATC-GGTT--AGG-------------AC---GGT-A------A--ACTAAAG-AAAATGCTGACAAAA
gi|26634 : AACAGAGAGCAGACTTA-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-TAGAAGTATCTATAAT--AAACTTAAGTTTAAAGAAATATAT-----GTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATTAAAAAAACACACCAAAAAAAAACAACAAAAAAACTGC-----------GT-TACT-T-TT-------ACT--TTACTTTTAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAA-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATACTGGTAAAA
gi|26635 : AACAGAAAACAGGCTTA-----CATCTCACACACACACA--CTCGGGTAT-TCA-CTCAAATGCCTATCGG--AAACATATGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGGT--TTTA-ACTTAATT------------CAGTGAA-------------ACTGC-----------AT-TATG-T-TTAATTCACACTGGTTAC--AGAATAGACGAATCATCACAATGCTGAGATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AGAACATTGACGAAA
gi|26636 : AACAGAGAGCAGGCTTA-----CGCCTCAC-CA-AAACAAACACGGTCAT-TCG-CACTAGTACCTA-AAGTAAAAAAAAAGTTTACAGAAATATATTCTAGGTAACC--ATGTT--TTTGCACTGAATT------------CTGTATT-------------ATTGC-----------AG-TACA-T-TTAAGTACTATTGGTTAC--AGAATAGACGAACCGCA---ATTCTAAAATC-AGTT--AAA-------------AC---AGT-A------A--ACCAAGG-AAAGTGTTAGTGAAA
gi|26637 : AACAGAGAGCAGGCTAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAACTCGGTCAT-TCG-CATTAGAACCTCAAGG--AAACATAACTTAACAGAAATATATTCTAAGTTACC--GCGTT--TTTGCACTGGATT------------CTGTAGA-------------ATTGC-----------AG-TACA-T-TTAAGTTCCATTGGTTAC--AGAATAGACGAAT
gi|26638 : ACAGAGAACATGCTTA-----TACTTCGT-CA-ACACA--CTCGGGTCT-TCG-CAGAAGTATATATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATCCTTTGTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------CT-TTCT-T-TTAATTCCCAGTGGTTAC--TGAATAATTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAGAG-AAAATGATGGTGAAA
gi|26639 : AAAACAGGCAAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAATTCGATAAT-TGG-CACAAGTACCTAAAGG--AAACATAAGTTTACAGAAATATATTCTAGGTAACT--GTGTT--TTTGCTCTGGATT------------TTGTAGA-------------ACTACAGTAGATTTAAGT-GACT-TACTTAGTCACACTAGTTAC--AGAATAGACGAACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT--CAG-------------A
gi|26640 : GACCAGGCTCC-----TGATTCAC-CA-ACATA--TTTAGGTATATAGTTAAAAATACTT---AA--AAACTTAAA-TCAGAGAAAAGCA-TCCAGTTGATC--CTGAT--TTTAGACTGGTTC------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------AT-T
gi|26641 : AACAGACCTAGCTCCTGTTTCAC-CA-ACACA--TTTAAGTAT-TTA-CATAAATA--TATAA---AAACTTAAATCT-AAGAAAAGCATTC-AGGTGATC--ATGAT--TTTAGACTGGTTC------------CAGTAAA-------------ACTGC-----------A--TATTGT-TTCATAGATATTGATTAT--ATAATTAATAAATATCA---AGTCTAAATTA-AGTT--AAATTTTTAGTTT---ATTTAGGTAA------A--ACTTAAG-AAAATGTTGGTGAAA
gi|26642 : GGCTTC-----TGTTTCAC-CA-ATATA--TTTAAGTAT-ATA-CTTAAATAT---TAAA--AAACTTAAATC-AAATAAAAGCAT-CAAGGTGATC--ATGAT--TTTAGACTGGCTC------------TAGAAGA-------------ACTGT-----------TT-TTGG-T-TTCATTGACATTGGTTAA--AGAA-AATTAAGTAACC---AGTC-AAAATA-GGTTTGAAGTATTTAAGTATTTACA--GGT-AGAGTACA--ACCTGAG-AAGATGTTGGTGAAA
gi|26643 : ACAAA--AACCACAAA---ACAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGTT--TTTGCACTGGATT------------CTGTAGA-------------ATTAC-----------AG-TACA-T-TTAAGTCCCACTGGTTAC--AGAATAGATGAACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT--AAG-------------AC---AGT-A------A--TTTAGAG-AAAGTATTGGTGAAA
gi|26645 : TTTAAACTGGTTC------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------ATATGGT-T-TT-ATTGATATTGGTTAT--ATAATAGATGAATAACC---AGAC-ACAGTTAAGTT--AAG------------------TGT-A------AGTATTTAAGTAAAATGTTGGCGAAA
gi|26646 : GGTTAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---AGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
blockSeqs : A GCTCCT A C AA A T G T T GTA AA G GG AAAAAAACACAC C AAACAACAAAAAA AGTAGATTTAAGT TG A A CC G TTT T ACA C A TG TATTTAAGTATTT TTA A GAGTAC GT T
blockSeqs : G T . . AA . . G T T A . G GG . A . ATA T . T CC G T T . C . . TTTTTAGTTT A . . . .
blockSeqs : A T . . AA . . G T T G . G GG . A . GT T . A CA C T T . C . . . . . . . .
blockSeqs : G T . . . . . C C T T . G GG . T . GT T . A AC C A A . A . . . . . . . .
blockSeqs : G C . . . . . C C A G . T . . T . GT G . A TC T A A . A . . . . . . . .
blockSeqs : A C . . . . . T C T G . T . . T . AT A . A CC T A A . C . . . . . . . .
blockSeqs : A C . . . . . G T A G . G . . A . AG A . T CA G T T . A . . . . . . . .
blockSeqs : C T . . . . . C C T G . T . . T . AG T . C GA C A A . A . . . . . . . .
blockSeqs : A C . . . . . A C T A . A . . A . CT T . C GA T A A . A . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . T T C A . A . . T . AT G . A CC T A T . A . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . T . . A . A . . A . TT A . . GA C A A . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . T . AG T . . . T A A . C . . .
blockSeqs : . A . A T T
blockSeqCons : **
originalCons : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGNTGGTTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
finalCons : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCG-CANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGNT--TTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26644 ): AAAGAAAAGCATTCATGCAATAATGGTTTTAGACTGGTTCATGAAAAACTGAATTTGGTTTTTATTAAAACATTTAAGCAACCAGTCATAATTTAGTTAAGTTTTTAAGTAGATTAAGACAAGAAAATGTTGGTGAAA
Alignments
lowQualScore : 11 11 111111111111 1111111111111 11111111111111 3333333333333
lowQualScore : 1 999999 3 3 33 3 3 1 2 3 444 0 0 2 0 44 1 99 0 444444444444 1 5555555555555 88888888888888 33 3 7 0 22 1 444 1 555 1 3 44 0000000000000 999 3 999999 44 3 0
lowQualScore : . ...... . . .. . . . . . ... . . . . .. . .. . ............ . ............. .............. .. . . . .. . ... . ... . . .. ............. ... . ...... .. . .
lowQualScore : 7 000000 3 3 88 3 3 0 2 7 999 8 5 4 8 22 0 66 7 666666666666 0 7777777777777 88888888888888 88 1 0 2 44 0 999 0 444 5 1 22 4444444444444 222 3 666666 66 3 1
consensus : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCGC-ANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGNT--TTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
Reference ( family-905 ) : AACAGAGAACAGGCTTA-----CGCTTCAC-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCGC-ANAAGTACCTATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGNT--TTTGCACTGGATT------------CAGNAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTNATTCCCANTGGTTAC--NGAATAGNTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
gi|26631 : AACAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-GCACA--CTCGGGTAT-TCGC-AGAAGTATCTATACG--AAACATAGGATTAAAGAAATATATTCTATGTAACC--GTAATGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTTC-----------AT-TACT-T-TTTATTCCCAGTGGTTAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
gi|26632 : AAAAGAGAACAGGCTTA-----TGCTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCGC-AGAAGTATCTATAAA--AAACATAAGTTTAAAGCAATACATTCTATGTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGCAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTAATTCCCAGTGGTTAC--TGAATTGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GAT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCGGATGAAA
gi|26633 : AACAGAGA-TAGGCTTG-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TTGC-AGAAGTATCTATAAG--AAA--TAAGTTTAAAGAAATATATTCTATATAACTAAGTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------GT-TACT-T-TTTATTCCCAGTGGTAAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTTCAATC-GGTT--AGG-------------AC---GGT-A------A--ACTAAAG-AAAATGCTGACAAAA
gi|26634 : AACAGAGAGCAGACTTA-----TGTTTCAT-CA-ACACA--CTCGGGTAT-TCGT-AGAAGTATCTATAAT--AAACTTAAGTTTAAAGAAATATAT-----GTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATTAAAAAAACACACCAAAAAAAAACAACAAAAAAACTGC-----------GT-TACT-T-TT-------ACT--TTACTTTTAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAA-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AAAATACTGGTAAAA
gi|26635 : AACAGAAAACAGGCTTA-----CATCTCACACACACACA--CTCGGGTAT-TCAC-TCAAATGCCTATCGG--AAACATATGTTTAAAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGGT--TTTA-ACTTAATT------------CAGTGAA-------------ACTGC-----------AT-TATG-T-TTAATTCACACTGGTTAC--AGAATAGACGAATCATCACAATGCTGAGATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAAAG-AGAACATTGACGAAA
gi|26636 : AACAGAGAGCAGGCTTA-----CGCCTCAC-CA-AAACAAACACGGTCAT-TCGC-ACTAGTACCTA-AAGTAAAAAAAAAGTTTACAGAAATATATTCTAGGTAACC--ATGTT--TTTGCACTGAATT------------CTGTATT-------------ATTGC-----------AG-TACA-T-TTAAGTACTATTGGTTAC--AGAATAGACGAACCGCA---ATTCTAAAATC-AGTT--AAA-------------AC---AGT-A------A--ACCAAGG-AAAGTGTTAGTGAAA
gi|26637 : AACAGAGAGCAGGCTAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAACTCGGTCAT-TCGC-ATTAGAACCTCAAGG--AAACATAACTTAACAGAAATATATTCTAAGTTACC--GCGTT--TTTGCACTGGATT------------CTGTAGA-------------ATTGC-----------AG-TACA-T-TTAAGTTCCATTGGTTAC--AGAATAGACGAAT
gi|26638 : ACAGAGAACATGCTTA-----TACTTCGT-CA-ACACA--CTCGGGTCT-TCGC-AGAAGTATATATAAG--AAACATAAGTTTAAAGAAATATATCCTTTGTAACC--GTGGTGGTTTGCACTGGATT------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------CT-TTCT-T-TTAATTCCCAGTGGTTAC--TGAATAATTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---GGT-A------A--ACCAGAG-AAAATGATGGTGAAA
gi|26639 : AAAACAGGCAAA-----CGCCTCAC-CA-ACACAAATTCGATAAT-TGGC-ACAAGTACCTAAAGG--AAACATAAGTTTACAGAAATATATTCTAGGTAACT--GTGTT--TTTGCTCTGGATT------------TTGTAGA-------------ACTACAGTAGATTTAAGT-GACT-TACTTAGTCACACTAGTTAC--AGAATAGACGAACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT--CAG-------------A
gi|26640 : GACCAGGCTCC-----TGATTCAC-CA-ACATA--TTTAGGTATATAGTTAAAAATACTTA---A--AAACTTAAATC-AGAGAAAAGCATCC-AGTTGATC--CTGAT--TTTAGACTGGTTC------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------AT-T
gi|26641 : AACAGACCTAGCTCCTGTTTCAC-CA-ACACA--TTTAAGTAT-TTAC-ATAAATA--TATAA---AAACTTAAATCTAA-GAAAAGCATTC-AGGTGATC--ATGAT--TTTAGACTGGTTC------------CAGTAAA-------------ACTGC-----------A--TATTGT-TTCATAGATATTGATTAT--ATAATTAATAAATATCA---AGTCTAAATTA-AGTT--AAATTTTTAGTTT---ATTTAGGTAA------A--ACTTAAG-AAAATGTTGGTGAAA
gi|26642 : GGCTTC-----TGTTTCAC-CA-ATATA--TTTAAGTAT-ATAC-TTAAATAT---TAAA--AAACTTAAA-TCAAATAAAAGCA-TCAAGGTGATC--ATGAT--TTTAGACTGGCTC------------TAGAAGA-------------ACTGT-----------TT-TTGG-T-TTCATTGACATTGGTTAA--AGAA-AATTAAGTAACC---AGTC-AAAATA-GGTTTGAAGTATTTAAGTATTTACA--GGT-AGAGTACA--ACCTGAG-AAGATGTTGGTGAAA
gi|26643 : ACAAA--AACCACAAA---ACAGAAATATATTCTAGGTAACC--GTGTT--TTTGCACTGGATT------------CTGTAGA-------------ATTAC-----------AG-TACA-T-TTAAGTCCCACTGGTTAC--AGAATAGATGAACCACC---ATTCTAAAATC-AGTT--AAG-------------AC---AGT-A------A--TTTAGAG-AAAGTATTGGTGAAA
gi|26645 : --TTTAAACTGGTTC------------CAGAAAA-------------ACTGC-----------ATATGGT-T-TT-ATTGATATTGGTTAT--ATAATAGATGAATAACC---AGAC-ACAGTTAAGTT--AAG------------------TGT-A------AGTATTTAAGTAAAATGTTGGCGAAA
gi|26646 : GGTTAC--TGAATAGTTGAATCACC---ATTCTACAATC-GGTT--AAG-------------AC---AGT-A------A--ACCAAAG-AAAATGCTGGTGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26644 ): AAAGAAAAGCATTCATGCAATAATGGTTTTAGACTGGTTCATGAAAAACTGAATTTGGTTTTTATTAAAACATTTAAGCAACCAGTCATAATTTAGTTAAGTTTTTAAGTAGATTAAGACAAGAAAATGTTGGTGAAA