lowQualScore : 1 2222222 55555555555555555555555555555555 111111111 1111111 55555555555555555555555555 11111 111111111111111
lowQualScore : 0 0 8888 3 2 3 0 44 44 44 1 5 2 3 44 1111111 5 33 8 3 444 44444444444444444444444444444444 2 555555555 8 0 4444 0 33 7 33 8 4 5555555 2 444 5555 22222222222222222222222222 33 33 6 7 2 2 2 555 88888 33 2 1 777777777777777 0 1 999999
lowQualScore : . . .... . . . . .. .. .. . . . . .. ....... . .. . . ... ................................ . ......... . . .... . .. . .. . . ....... . ... .... .......................... .. .. . . . . . ... ..... .. . . ............... . . ......
lowQualScore : 7 8 0000 3 8 3 4 66 66 66 4 0 2 3 66 0000000 7 77 2 9 555 00000000000000000000000000000000 7 333333333 2 9 2222 1 77 2 77 0 9 1111111 5 777 7777 88888888888888888888888888 66 99 9 4 9 9 9 000 11111 66 4 6 111111111111111 2 0 555555
consensus : TTATATAACCATACTTGT-CTTTTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-T--AATAN------TATAT--ATGTAGCTTTATGATCACT--TA-NTTTN-GNT--GGAA-CTT-CT-AT--A---GT-ACC---------AGNATTTC-TATATGG--CATA--T-CGTNTGG---NATNATGATTGGATCAA---GA----ATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGT--GGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G---AT-AAGTGAGTT--TAAG-GT-TAA-TATATCTTTTAG-----GTTATGGAATG
Reference ( gi|36360 ) : TTGTATAACCATATTTGT-CTTTTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-T--AATAG------TATAT--ATGTTGCTTTATGATCACT--TA-AGTTC-GCT--AGAT-CTT-CT-AT--A---GT-ACC---------AGCATTTC-TATATGG--CGTA--T-CATATGG---TACAATGATTGGATCAA---GA----ATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGT--GAGCTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G---AT-AAGTGAGTT--TAAG-GT-TTA-TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36359 : TTGTATAACCATATTTGT-CTTTTATATGTA-TT-T--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-T--AATAT------TATAT--ATGTTGCTTTATGATCACT--TA-TGTTA-GCT--GGAA-CTT-CT-AG--A---GT-ACC---------AGTATTTT-TATATGG--CATA--T-CATATGG---TACAATGATTGGATCAA---GA----ATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGT--GGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G---AT-AAGTGAGTT--CAAG-GT-TAA-TATATCTTTCAG-----GTTATTGAATG
gi|36361 : TTGTATAATCATATTTGT-ATTTTATATATA-GAAT--TTA--G--CTCGTATGGGAATGG-T--AATAT------TATAT--ATGTTGCTTTATGATCACT--TA-TGTTA-GCT--GGAA-CTT-CT-AT--A---GT-ACC---------AGCATTTC-TATATGG--CATA--T-CATATGG---T--GATGATTAGATCAA---GA----ATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GCT--GGGTTC-AAT-T-ATAGTA---TT-A---AT-AAGTAACTT--TAAG-GT-CAA-TGTATCTTTCAT-----GTTATAGAATG
gi|36362 : TTGAATAACCATATTTGT-CTTTTATATGTA-GAAT--TTA--G--CATGTACGGGAATGC-T--TATAG------TTTAT--ATGTTGCTTTAAGATCACT--TA-TTTTA-GCT--TGAA-CTT-CT-AT--A---GT-ACA---------AGCATAAC-TGTATGG--CATA--T-CATATGG---CACGATGATTGGATCAA---GA----ATGGC-T----AGAT-------------T--TCC-GGT--GGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G---AT-AAGTGAGTT--TAAG-GT-TAA-TGTATCTTTCAC-----GTTATGGAATG
gi|36363 : TTATATAACCATACTGTT-CTTTCATAACTG-GCAT--GTA--T--CTGATACGGAAAAGG-C--AAAAC------GATGT--ATGTAGCATTATGGTCACT--TACAGT-A-GAC--AGAA-TTT-TG-AT--T---AT-GCC---------TGTGTCTG-TATAAGG--CATA--T-CTTGTGG---AATAATTATGGGGTCAA---GA----ATGGCAT----TGA--------------T--TCT-TGT--GGGCTC-ATG-T-ATAGTA---TT-GTGCATGGAGTTAATT--AAAA-G------TACTTTTTTTAA-----GTTAT
gi|36364 : TTATATTGCCAAACGTTT-CGTTTACATGCA-CAAT--GTA--G--ACTGTACGCGAAAGG-T--ATTAT------TAAAT--ATGAAGCACTGTGGTCGCT--TA-TTTCT-GGT--GGAA-CTA-GT-AT-------T-ACCCCT------AA-ATTTA-AATAAGA--CATA--T-CATCTGG---GATAATAAAAGGATCTA---GG----AGAGC-G----TGCT-------------G--TCTCGGT--G-GTTC-ATG-T-AAAGTA---TT-T---AC-CACTGAGTT--TGTA-AT-TAG-AATATCTTTTAG-----ATTATGGAA
gi|36366 : TTATATAACCAAACGTTA-CGATTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTAAGGGAACGG-T--ATTCC------TAAAT--ATGTAGCCCAATGATCAC---TA-ATTT---CT---GAT-TGTACTGATTAA---AT-CCC---------AGAATCTA-TATAAGA--CATA--T-CATCTGG---TATTATAACTGGATGGA---AA----AGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTTGGAG--T-AGT-T-ATTGTA---TT-A---AC-CAATGAGTT--T
gi|36365 : TTATATAACCAAACGTTA-CGCTTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTATGGAAACGG-T--ATTCT------TAAAT--ATGTAGC-ACATGGTCAC---TA-ATTTCTGAT--GGTA-CTG-GT-AA--A---AT-CCC---------AGAATCTA-TATAAGA--CATG--T-CATCTGG---TATTATAACTGGATCTA---AA----AGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGT--GAGAGT-AGT-T-ATTATA---TT-A---AC-CAATGAATT--TGTA-AT-CAG-AATATTTTTTAA-----ATTTTGAAA
gi|36367 : TTATATAACCAGA-CGGTCCTTTCATATGAT-GAGT--TGA--G--TTCAAAAGTAAATGGTT--AATA-------TATAT--AAGTTGCATTATGGTCACT--TA-TTTCT-GAT--GGGT--TA-CA-AT--GT--GT-CTC---------TGC--CTC-AATATAAACCATA--T-CATTGGG---AATAAGAATAGGGTCAA---GA----ATAGC-G----TGTT-------------G--TCT-TGT--TGGTGT-ATT-T-ATCACG---TT-AC--AT-AA-TGAATT--AGTG-AA-TAA-AATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36368 : TTATATAGCCATACT-GT------GTGAGTA-TAAG--TTG--G--CT-GTA----AATTG-T--AAGAAAAAGGTTATAT--ATGTGGCACTAGGATCACT--GA-TGTCA-GGTG-GGA------CT-AG--AAGCGT-ACC---------AG-A-TTC-GATATAA--CGAAGGT-CCTCTGGAATTAAAATG---GGATCTA---AA----ATAGC-TCCC-ATAC-------------G--T----GT--GGGTTC-ATT-T-ACTGTA---TT-T---AT-TAATGAGTT--T--GTGT-TCAGCACTTCTCTTAG-----ATTGTG
gi|36369 : TACAACCATATAATT-CTTTCAAA---A-GAATGCTCAATG--CT-GTATGAAAAAGG-TAAAATAG------TG-A---ATGTAGCATTATGGTCACTAATA-CGT---GAT--GGAA-CTG-C--A---A---GTGACCCTGAAGTTAAGTAATTCATAT-TGG--C----------ACGG----ATAATTACTGGATCAA---AA----ATAGT-T----CTAC-------------C--TCT-GGT--AGGCTC-AGC-T-ATAACATTTTT-C---AT-A---GAATT--C-AG-GTATAA-TATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36370 : TAGAGCCATACTGAT-CTTTCATAAGTATGA----TCA--GTACT-ATATAAAAAAGG-T--AA-AA------TA-ATGAAAGTAGCTTTATGATCAC---TA-ATATC-AGG--AGGTACAC-GG-AT--A---GT-ACC---------TGCATTAA-GATAAGA--TAAA--T-CGTAAGG---GATGATTACTGGATCAA---GT----ATAGC-
gi|36371 : ACATTTGT-CTTTTATACGAA-GAAT--TTA--G--CTCTTATGGGAATGA-T--AATAT------CATAT--ATGTTGCTTTATGGTCACT--TA-TTTTA-TCT--GGAA-CT---T-AT--A---GT-ACC---------AGCATTTC-TCTGT----CATA--T-CAAATAG---TTTAATGGTTGGATCAA---GA----ATGGC-T----AAAT-------------T---------------TC-ATT-TAATAGT-----------------TGAGCT--TAAG-GT-TAA-TACATATATCAG-----GCTATAGAA
gi|36372 : ACAT--ATGTAGCTTTATGATCACT--TA--TTTC-GTTTGGGA--CAT-GT-AA--A---GT-ACC---------AGAATT-C-AAACTGG--TATA--TGTGTCTGA---GATTATAATTGGGTCAA---TA----AGAGT-TGATGAGGTACGCTTG------T--TCT-GGT--GGGTTC-AGT-T-ATAACA---TTAG---TT-AAGT
gi|36374 : ACAT--ATGTAGCTTTATGATCACT-----------------GAT--TT-CT-AA--A---GT-ACC---------AGAA-TTC-AAACTGG--TATA--TGTGTCTGA---GATTATAATTGTGTCAA---TA----AGAGT-T-----GATGACGTACGCGTTGT--TCT-GGT--GGGTTC-ATT-T-ACAACA---TTAG---TT-AAGT
gi|36373 : ACAT--ATGTAGCTTTATGATCACT---G-ATTTC-GTTTGGGA--CAT-CT-AA--A---GT-ACC---------AGAATT-C-TAACTGG--TATA--TGTGTCTGA---GATTATAATTGAGTCAATAAGAGTTGATGACGT----ACGTGTTG---------T--TCT-GGT--GGGTTCTGTTGT-ATAACA---TTAG---TT-AAGTTA-TTGATAAG-CA-TGA-CAT-TCTTTAAGTGATAGTTATTGA
Alignments
lowQualScore : 111 111111111111 55555555555555555555555555 1111
lowQualScore : 555 3 3 1 3 1 444 44 44 7 1 1 3 0 5 2 1 3 3 55 33 1 1 000 77777 2 000000000000 1 0 9999999 2 33 33 7 3 1 3 1 2 66666666666666666666666666 2 2 2 2 444 2222 0 2 0 44 0 0 3 555 88888
lowQualScore : ... . . . . . ... .. .. . . . . . . . . . . .. .. . . ... ..... . ............ . . ....... . .. .. . . . . . . .......................... . . . . ... .... . . . .. . . . ... .....
lowQualScore : 555 1 1 9 1 5 555 22 22 2 9 0 1 6 1 5 7 1 6 22 44 0 1 666 66666 5 777777777777 0 2 1111111 5 44 44 5 7 9 4 0 7 00000000000000000000000000 7 7 7 7 777 7777 1 6 7 22 1 2 3 888 33333
consensus : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTA-TATATGTAGCTTTATGATCACTTATNTCNGNTGGAACTT-CTANA---GT-ACC---------A--GNATTTCT------ATA-TGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
Reference ( family-903 ) : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATANTA-TATATGTAGCTTTATGATCACTTANTTTNGNTGGAACTT-CTATA---GT-ACC---------A--GNATTTCT------ATA-TGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATGATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTTAG-----GTTATGGAATG
gi|36359 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-TT-T--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATATTA-TATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTT-CTAGA---GT-ACC---------A--GTATTTTT------ATA-TGG--C--ATAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--CAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATTGAATG
gi|36360 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATAGTA-TATATGTTGCTTTATGATCACTTAAGTTCGCTAGATCTT-CTATA---GT-ACC---------A--GCATTTCT------ATA-TGG--C--GTAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGAGCTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TTA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36361 : TTGTATAATCATATTTGT-ATT-TTATATATA-GAAT--TTA--G--CTCGTATGGGAATGG-TAATATTA-TATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTT-CTATA---GT-ACC---------A--GCATTTCT------ATA-TGG--C--ATAT-CATATGG--TGATGATTAGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GCTGGGTTC-AAT-T-ATAGTA---TT-A-ATAAGTAACTT--TAAGGT-CAA---TGTATCTTTCAT-----GTTATAGAATG
gi|36362 : ATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CATGTACGGGAATGC-TTATAGTT-TATATGTTGCTTTAAGATCACTTATTTTAGCTTGAACTT-CTATA---GT-ACA---------A--GCATAACT------GTA-TGG--C--ATAT-CATATGGCACGATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCC-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TGTATCTTTCAC-----GTTATGGAATG
gi|36363 : ttgaTTATATAACCATACTGTT-CTT-TCATAACTG-GCAT--GTA--T--CTGATACGGAAAAGG-CAAAACGA-TGTATGTAGCATTATGGTCACTTACAGTAGACAGAATTT-TGATT---AT-GCC---------T--GTGTCTGT------ATA-AGG--C--ATAT-CTTGTGGAATAATTATGGGGTCAAGAATGGCAT----TGA--------------T--TCT-TGTGGGCTC-ATG-T-ATAGTA---TT-G--TGCATGGAGT--TAA--T-TAAAAGTACTTTTTTTAA-----GTTAT
gi|36364 : TTATATTGCCAAACGTTT-CGT-TTACATGCA-CAAT--GTA--G--ACTGTACGCGAAAGG-TATTATTA-AATATGAAGCACTGTGGTCGCTTATTTCTGGTGGAACTA-GTAT-----T-ACC---------CCTAAATTTAA------ATA-AGA--C--ATAT-CATCTGGGATAATAAAAGGATCTAGGAGAGC-G----TGCT-------------G--TCTCGGTGG-TTC-ATG-T-AAAGTA---TT-T-ACCACTGAGTT--TGTAAT-TAG---AATATCTTTTAG-----ATTATGGAA
gi|36365 : TTATATAACCAAACGTTA-CGC-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTATGGAAACGG-TATTCTTA-AATATGTAGC-ACATGGTCACTAATTTCTGATGGTACTG-GTAAA---AT-CCC---------A--GAATCTAT------ATA-AGA--C--ATGT-CATCTGGTATTATAACTGGATCTAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTGAGAGT-AGT-T-ATTATA---TT-A-ACCAATGAATT--TGTAAT-CAG---AATATTTTTTAA-----ATTTTGAAA
gi|36366 : TTATATAACCAAACGTTA-CGA-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTAAGGGAACGG-TATTCCTA-AATATGTAGCCCAATGATCACTAATTTCTGATTGTACTGATTA-A---AT-CCC---------A--GAATCTAT------ATA-AGA--C--ATAT-CATCTGGTATTATAACTGGATGGAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTTGGAGT-AGT-T-ATTGTA---TT-A-ACCAATGAGTT--T
gi|36367 : TTATATAACCAGAC-GGTCCTT-TCATATGAT-GAGT--TGA--G--TTCAAAAGTAAATGGTTAATA-TA-TATAAGTTGCATTATGGTCACTTATTTCTGATGGG-----TTACA---AT----------------GTGTCTCTGCCTCAATA-TAAACC--ATAT-CATTGGGAATAAGAATAGGGTCAAGAATAGC-G----TGTT-------------G--TCT-TGTTGGTGT-ATT-T-ATCACG---TT-ACATAA-TGAATT--AGTGAA-TAA---AATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36368 : TTATATAGCCATACT-GT-GTGAGTATAAGTT-GGCT--GTA--A--ATTGTAAGAAAAAGG-T-----TA-TATATGTGGCACTAGGATCACTGATGTCAGGTGGGACT----AGAAGCGT-ACC---------A--GA--TTCG------ATA-TAA--CGAAGGT-CCTCTGGAATTAAAATGGGATCTAAAATAGC-TCCC-ATAC-------------G--T----GTGGGTTC-ATT-T-ACTGTA---TT-T-ATTAATGAGTT--TGTGTT-CAG---CACTTCTCTTAG-----ATTGTG
gi|36369 : TACAACCATATAATT-CTT-TCAAA---A-GAATGCTCAATG--CT-GTATGAAAAAGG-TAA-AATAGTGAATGTAGCATTATGGTCACTAATACGTGATGGAACTG-C-A-A---GTGACCCTGAAGTTAA--GTAATTC-------ATATTGG--C--AC---------GGATAATTACTGGATCAAAAATAGT-T----CTAC-------------C--TCT-GGTAGGCTC-AGC-T-ATAACATTTTT-C-ATA---GAATT--C-AGGTATAA---TATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36370 : TAGAGCCATACTGAT-CTT-TCATAAGTATGA----TCA--GTACT-ATATAAAAAAGG-TAAAATAA-TGAAAGTAGCTTTATGATCACTAATATCAGGAGGTACAC-GGATA---GT-ACC---------T--GCATTAAG------ATA-AGA--T--AAAT-CGTAAGGGATGATTACTGGATCAAGTATAGC-
gi|36371 : ACATTTGT-CTT-TTATACGAA-GAAT--TTA--G--CTCTTATGGGAATGA-TAATATCA-TATATGTTGCTTTATGGTCACTTATTTTATCTGGAACT---TATA---GT-ACC---------A--GCATTTCT------CTG-T----C--ATAT-CAAATAGTTTAATGGTTGGATCAAGAATGGC-T----AAAT--------------------------TTC-ATT-TAATAGT--------------TGAGCT--TAAGGT-TAA---TACATATATCAG-----GCTATAGAA
gi|36372 : A-CATATGTAGCTTTATGATCACTTATTTCGTTTGGGACAT-GTAAA---GT-ACC---------A--GAATT-CA------AAC-TGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGGGTCAATAAGAGT-TGATGAGGTACGCTTG------T--TCT-GGTGGGTTC-AGT-T-ATAACA---TTAG-TTAAGT
gi|36373 : A-CATATGTAGCTTTATGATCACTGATTTCGTTTGGGACAT-CTAAA---GT-ACC---------A--GAA-TTCT------AAC-TGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGAGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGTGTTGT--TCT-GGTGGGTTCTGTTGT-ATAACA---TTAG-TTAAGTTA-TTGATAAGCA-TGA---CAT-TCTTTAAGTGATAGTTATTGA
gi|36374 : A-CATATGTAGCTTTATGATCACT-------GAT-----TT-CTAAA---GT-ACC---------A--GAA-TTCA------AAC-TGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGTGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGCGTTGT--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ACAACA---TTAG-TTAAGT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 55555555555555555555555555 1111
lowQualScore : 555 3 3 1 3 1 444 44 44 7 1 1 3 2 1 3 2 3 1 1 1 000 1 444 6666666 000000000 1 0 9999999 2 33 33 7 3 1 3 1 0 66666666666666666666666666 2 2 2 2 444 2222 0 2 0 44 0 0 3 555 0 88888
lowQualScore : ... . . . . . ... .. .. . . . . . . . . . . . . ... . ... ....... ......... . . ....... . .. .. . . . . . . .......................... . . . . ... .... . . . .. . . . ... . .....
lowQualScore : 555 1 1 9 1 5 555 22 22 2 9 0 1 6 7 1 0 4 9 9 1 111 9 444 8888888 000000000 0 2 1111111 5 44 44 5 7 9 4 0 6 00000000000000000000000000 7 7 7 7 777 7777 1 6 7 22 1 2 3 888 1 33333
consensus : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTCT------ATA-TGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
Reference ( family-903 ) : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTTATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTCT------ATA-TGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36359 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-TT-T--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTAGA---GT-A-----CC---------AGTATTTTT------ATA-TGG--C--ATAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--CAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATTGAATG
gi|36360 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATAGTATATATGTTGCTTTATGATCACTTAAGTTCGCTAGATCTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTCT------ATA-TGG--C--GTAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGAGCTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TTA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36361 : TTGTATAATCATATTTGT-ATT-TTATATATA-GAAT--TTA--G--CTCGTATGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTCT------ATA-TGG--C--ATAT-CATATGG--TGATGATTAGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GCTGGGTTC-AAT-T-ATAGTA---TT-A-ATAAGTAACTT--TAAGGT-CAA---TGTATCTTTCAT-----GTTATAGAATG
gi|36362 : ATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CATGTACGGGAATGC-TTATAGTTTATATGTTGCTTTAAGATCACTTATTTTAGCTTGAACTTCTATA---GT-A-----CA---------AGCATAACT------GTA-TGG--C--ATAT-CATATGGCACGATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCC-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTA---TT-G-ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TGTATCTTTCAC-----GTTATGGAATG
gi|36363 : ttgaTTATATAACCATACTGTT-CTT-TCATAACTG-GCAT--GTA--T--CTGATACGGAAAAGG-CAAAACGATGTATGTAGCATTATGGTCACTTACAGTAGACAGAATTTTGATT---AT-G-----CC---------TGTGTCTGT------ATA-AGG--C--ATAT-CTTGTGGAATAATTATGGGGTCAAGAATGGCAT----TGA--------------T--TCT-TGTGGGCTC-ATG-T-ATAGTA---TT-G--TGCATGGAGT--TAA--T-TAAAAGTACTTTTTTTAA-----GTTAT
gi|36364 : TTATATTGCCAAACGTTT-CGT-TTACATGCA-CAAT--GTA--G--ACTGTACGCGAAAGG-TATTATTAAATATGAAGCACTGTGGTCGCTTATTTCTGGTGGAACT-----A---GT-ATTACCCC---------TAAATTTAA------ATA-AGA--C--ATAT-CATCTGGGATAATAAAAGGATCTAGGAGAGC-G----TGCT-------------G--TCTCGGTGG-TTC-ATG-T-AAAGTA---TT-T-ACCACTGAGTT--TGTAAT-TAG---AATATCTTTTAG-----ATTATGGAA
gi|36365 : TTATATAACCAAACGTTA-CGC-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTATGGAAACGG-TATTCTTAAATATGTAGC-ACATGGTCACTAATTTCTGATGGTACTGGTAAA---AT-C-----CC---------AGAATCTAT------ATA-AGA--C--ATGT-CATCTGGTATTATAACTGGATCTAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTGAGAGT-AGT-T-ATTATA---TT-A-ACCAATGAATT--TGTAAT-CAG---AATATTTTTTAA-----ATTTTGAAA
gi|36366 : TTATATAACCAAACGTTA-CGA-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTAAGGGAACGG-TATTCCTAAATATGTAGCCCAATGATCACTAATTTCTGATTGTACTGATTAA---AT-C-----CC---------AGAATCTAT------ATA-AGA--C--ATAT-CATCTGGTATTATAACTGGATGGAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTTGGAGT-AGT-T-ATTGTA---TT-A-ACCAATGAGTT--T
gi|36367 : TTATATAACCAGAC-GGTCCTT-TCATATGAT-GAGT--TGA--G--TTCAAAAGTAAATGGTTAATA-TATATAAGTTGCATTATGGTCACTTATTTCTGATGGG----TTACA---AT-------------------GTGTCTCTGCCTCAATA-TAAACC--ATAT-CATTGGGAATAAGAATAGGGTCAAGAATAGC-G----TGTT-------------G--TCT-TGTTGGTGT-ATT-T-ATCACG---TT-ACATAA-TGAATT--AGTGAA-TAA---AATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36368 : TTATATAGCCATACT-GT-GTGAGTATAAGTT-GGCT--GTA--A--ATTGTAAGAAAAAGG-T-----TATATATGTGGCACTAGGATCACTGATGTCAGGTGGGACT---AGAAGCGT-A-----CC---------AGA--TTCG------ATA-TAA--CGAAGGT-CCTCTGGAATTAAAATGGGATCTAAAATAGC-TCCC-ATAC-------------G--T----GTGGGTTC-ATT-T-ACTGTA---TT-T-ATTAATGAGTT--TGTGTT-CAG---CACTTCTCTTAG-----ATTGTG
gi|36369 : TACAACCATATAATT-CTT-TCAAA---A-GAATGCTCAATG--CT-GTATGAAAAAGG-TAAAATAGTGAATGTAGCATTATGGTCACTAATACGTGATGGAACTGC--AA---GTGA-----CCCTGAAGTTAAGTAATTC-------ATATTGG--C--AC---------GGATAATTACTGGATCAAAAATAGT-T----CTAC-------------C--TCT-GGTAGGCTC-AGC-T-ATAACATTTTT-C-ATA---GAATT--C-AGGTATAA---TATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36370 : TAGAGCCATACTGAT-CTT-TCATAAGTATGA----TCA--GTACT-ATATAAAAAAGG-TAAAATAATGAAAGTAGCTTTATGATCACTAATATCAGGAGGTACACGGATA---GT-A-----CC---------TGCATTAAG------ATA-AGA--T--AAAT-CGTAAGGGATGATTACTGGATCAAGTATAGC-
gi|36371 : ACATTTGT-CTT-TTATACGAA-GAAT--TTA--G--CTCTTATGGGAATGA-TAATATCATATATGTTGCTTTATGGTCACTTATTTTATCTGGAACT--TATA---GT-A-----CC---------AGCATTTCT------CTG-T----C--ATAT-CAAATAGTTTAATGGTTGGATCAAGAATGGC-T----AAAT--------------------------TTC-ATT-TAATAGT--------------TGAGCT--TAAGGT-TAA---TACATATATCAG-----GCTATAGAA
gi|36372 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTTATTTCGTTTGGGACATGTAAA---GT-A-----CC---------AGAATT-CA------AAC-TGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGGGTCAATAAGAGT-TGATGAGGTACGCTTG------T--TCT-GGTGGGTTC-AGT-T-ATAACA---TTAG-TTAAGT
gi|36373 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGATTTCGTTTGGGACATCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTCT------AAC-TGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGAGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGTGTTGT--TCT-GGTGGGTTCTGTTGT-ATAACA---TTAG-TTAAGTTA-TTGATAAGCA-TGA---CAT-TCTTTAAGTGATAGTTATTGA
gi|36374 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGAT------------TTCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTCA------AAC-TGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGTGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGCGTTGT--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ACAACA---TTAG-TTAAGT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 55555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 555 3 3 1 3 1 444 44 44 7 1 1 3 2 1 1 1 3 1 1 1 000 1 444 6666666 000000000 1 0 88888888 33 33 7 3 1 3 1 0 66666666666666666666666666 2 2 2 2 777777 0 2 0 44 3 0 3 555 0 88888
lowQualScore : ... . . . . . ... .. .. . . . . . . . . . . . . ... . ... ....... ......... . . ........ .. .. . . . . . . .......................... . . . . ...... . . . .. . . . ... . .....
lowQualScore : 555 1 1 9 1 5 555 22 22 2 9 0 1 6 7 7 0 4 9 9 1 111 9 444 8888888 000000000 0 2 66666666 44 44 5 7 9 4 0 6 00000000000000000000000000 7 7 7 7 333333 1 6 7 22 8 2 3 888 1 33333
consensus : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
Reference ( family-903 ) : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36359 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-TT-T--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTAGA---GT-A-----CC---------AGTATTTT-T------ATATGG--C--ATAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--CAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATTGAATG
gi|36360 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATAGTATATATGTTGCTTTATGATCACTTAAGTTCGCTAGATCTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------ATATGG--C--GTAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGAGCTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TTA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36361 : TTGTATAATCATATTTGT-ATT-TTATATATA-GAAT--TTA--G--CTCGTATGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CATATGG--TGATGATTAGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GCTGGGTTC-AAT-T-ATAGTATT-A---ATAAGTAACTT--TAAGGT-CAA---TGTATCTTTCAT-----GTTATAGAATG
gi|36362 : ATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CATGTACGGGAATGC-TTATAGTTTATATGTTGCTTTAAGATCACTTATTTTAGCTTGAACTTCTATA---GT-A-----CA---------AGCATAAC-T------GTATGG--C--ATAT-CATATGGCACGATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCC-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TGTATCTTTCAC-----GTTATGGAATG
gi|36363 : ttgaTTATATAACCATACTGTT-CTT-TCATAACTG-GCAT--GTA--T--CTGATACGGAAAAGG-CAAAACGATGTATGTAGCATTATGGTCACTTACAGTAGACAGAATTTTGATT---AT-G-----CC---------TGTGTCTG-T------ATAAGG--C--ATAT-CTTGTGGAATAATTATGGGGTCAAGAATGGCAT----TGA--------------T--TCT-TGTGGGCTC-ATG-T-ATAGTATT-G----TGCATGGAGT--TAA--T-TAAAAGTACTTTTTTTAA-----GTTAT
gi|36364 : TTATATTGCCAAACGTTT-CGT-TTACATGCA-CAAT--GTA--G--ACTGTACGCGAAAGG-TATTATTAAATATGAAGCACTGTGGTCGCTTATTTCTGGTGGAACT-----A---GT-ATTACCCC---------TAAATTTA-A------ATAAGA--C--ATAT-CATCTGGGATAATAAAAGGATCTAGGAGAGC-G----TGCT-------------G--TCTCGGTGG-TTC-ATG-T-AAAGTATT-T---ACCACTGAGTT--TGTAAT-TAG---AATATCTTTTAG-----ATTATGGAA
gi|36365 : TTATATAACCAAACGTTA-CGC-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTATGGAAACGG-TATTCTTAAATATGTAGCAC-ATGGTCACTAATTTCTGATGGTACTGGTAAA---AT-C-----CC---------AGAATCTA-T------ATAAGA--C--ATGT-CATCTGGTATTATAACTGGATCTAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTGAGAGT-AGT-T-ATTATATT-A---ACCAATGAATT--TGTAAT-CAG---AATATTTTTTAA-----ATTTTGAAA
gi|36366 : TTATATAACCAAACGTTA-CGA-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTAAGGGAACGG-TATTCCTAAATATGTAGCCCAATGATCACTAATTTCTGATTGTACTGATTAA---AT-C-----CC---------AGAATCTA-T------ATAAGA--C--ATAT-CATCTGGTATTATAACTGGATGGAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTTGGAGT-AGT-T-ATTGTATT-A---ACCAATGAGTT--T
gi|36367 : TTATATAACCAGAC-GGTCCTT-TCATATGAT-GAGT--TGA--G--TTCAAAAGTAAATGGTTAATA-TATATAAGTTGCATTATGGTCACTTATTTCTGATGGG----TTACA---AT-------------------GTGTCTC-TGCCTCAATATAAACC--ATAT-CATTGGGAATAAGAATAGGGTCAAGAATAGC-G----TGTT-------------G--TCT-TGTTGGTGT-ATT-T-ATCACGTT-AC--ATAA-TGAATT--AGTGAA-TAA---AATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36368 : TTATATAGCCATACT-GT-GTGAGTATAAGTT-GGCT--GTA--A--ATTGTAAGAAAAAGG-T-----TATATATGTGGCACTAGGATCACTGATGTCAGGTGGGACT---AGAAGCGT-A-----CC---------AGA--TTC-G------ATATAA--CGAAGGT-CCTCTGGAATTAAAATGGGATCTAAAATAGC-TCCC-ATAC-------------G--T----GTGGGTTC-ATT-T-ACTGTATT-T---ATTAATGAGTT--TGTGTT-CAG---CACTTCTCTTAG-----ATTGTG
gi|36369 : TACAACCATATAATT-CTT-TCAAA---A-GAATGCTCAATG--CT-GTATGAAAAAGG-TAAAATAGTGAATGTAGCATTATGGTCACTAATACGTGATGGAACTGC--AA---GTGA-----CCCTGAAGTTAAGTAATTCAT------AT-TGG--C--AC---------GGATAATTACTGGATCAAAAATAGT-T----CTAC-------------C--TCT-GGTAGGCTC-AGC-T-ATAACATT-TTTCATA---GAATT--CA-GGTATAA---TATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36370 : TAGAGCCATACTGAT-CTT-TCATAAGTATGA----TCA--GTACT-ATATAAAAAAGG-TAAAATAATGAAAGTAGCTTTATGATCACTAATATCAGGAGGTACACGGATA---GT-A-----CC---------TGCATTAA-G------ATAAGA--T--AAAT-CGTAAGGGATGATTACTGGATCAAGTATAGC-
gi|36371 : ACATTTGT-CTT-TTATACGAA-GAAT--TTA--G--CTCTTATGGGAATGA-TAATATCATATATGTTGCTTTATGGTCACTTATTTTATCTGGAACT--TATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------CTGT----C--ATAT-CAAATAGTTTAATGGTTGGATCAAGAATGGC-T----AAAT--------------------------TTC-ATT-TAATAGT-------------TGAGCT--TAAGGT-TAA---TACATATATCAG-----GCTATAGAA
gi|36372 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTTATTTCGTTTGGGACATGTAAA---GT-A-----CC---------AGAATT-C-A------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGGGTCAATAAGAGT-TGATGAGGTACGCTTG------T--TCT-GGTGGGTTC-AGT-T-ATAACATTAG---TTAAGT
gi|36373 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGATTTCGTTTGGGACATCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTC-T------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGAGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGTGTTGT--TCT-GGTGGGTTCTGTTGT-ATAACATTAG---TTAAGTTA-TTGATAAGCA-TGA---CAT-TCTTTAAGTGATAGTTATTGA
gi|36374 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGAT------------TTCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTC-A------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGTGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGCGTTGT--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ACAACATTAG---TTAAGT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 55555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 555 3 3 1 3 1 444 44 44 7 1 1 3 2 1 1 1 3 1 1 1 000 1 444 6666666 000000000 1 0 88888888 33 33 7 3 1 3 1 0 66666666666666666666666666 2 2 2 2 777777 0 2 0 44 3 0 3 555 0 88888
lowQualScore : ... . . . . . ... .. .. . . . . . . . . . . . . ... . ... ....... ......... . . ........ .. .. . . . . . . .......................... . . . . ...... . . . .. . . . ... . .....
lowQualScore : 555 1 1 9 1 5 555 22 22 2 9 0 1 6 7 7 0 4 9 9 1 111 9 444 8888888 000000000 0 2 66666666 44 44 5 7 9 4 0 6 00000000000000000000000000 7 7 7 7 333333 1 6 7 22 8 2 3 888 1 33333
consensus : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
Reference ( family-903 ) : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36359 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-TT-T--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTAGA---GT-A-----CC---------AGTATTTT-T------ATATGG--C--ATAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--CAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATTGAATG
gi|36360 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATAGTATATATGTTGCTTTATGATCACTTAAGTTCGCTAGATCTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------ATATGG--C--GTAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGAGCTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TTA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36361 : TTGTATAATCATATTTGT-ATT-TTATATATA-GAAT--TTA--G--CTCGTATGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CATATGG--TGATGATTAGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GCTGGGTTC-AAT-T-ATAGTATT-A---ATAAGTAACTT--TAAGGT-CAA---TGTATCTTTCAT-----GTTATAGAATG
gi|36362 : ATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CATGTACGGGAATGC-TTATAGTTTATATGTTGCTTTAAGATCACTTATTTTAGCTTGAACTTCTATA---GT-A-----CA---------AGCATAAC-T------GTATGG--C--ATAT-CATATGGCACGATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCC-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TGTATCTTTCAC-----GTTATGGAATG
gi|36363 : ttgaTTATATAACCATACTGTT-CTT-TCATAACTG-GCAT--GTA--T--CTGATACGGAAAAGG-CAAAACGATGTATGTAGCATTATGGTCACTTACAGTAGACAGAATTTTGATT---AT-G-----CC---------TGTGTCTG-T------ATAAGG--C--ATAT-CTTGTGGAATAATTATGGGGTCAAGAATGGCAT----TGA--------------T--TCT-TGTGGGCTC-ATG-T-ATAGTATT-G----TGCATGGAGT--TAA--T-TAAAAGTACTTTTTTTAA-----GTTAT
gi|36364 : TTATATTGCCAAACGTTT-CGT-TTACATGCA-CAAT--GTA--G--ACTGTACGCGAAAGG-TATTATTAAATATGAAGCACTGTGGTCGCTTATTTCTGGTGGAACT-----A---GT-ATTACCCC---------TAAATTTA-A------ATAAGA--C--ATAT-CATCTGGGATAATAAAAGGATCTAGGAGAGC-G----TGCT-------------G--TCTCGGTGG-TTC-ATG-T-AAAGTATT-T---ACCACTGAGTT--TGTAAT-TAG---AATATCTTTTAG-----ATTATGGAA
gi|36365 : TTATATAACCAAACGTTA-CGC-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTATGGAAACGG-TATTCTTAAATATGTAGCAC-ATGGTCACTAATTTCTGATGGTACTGGTAAA---AT-C-----CC---------AGAATCTA-T------ATAAGA--C--ATGT-CATCTGGTATTATAACTGGATCTAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTGAGAGT-AGT-T-ATTATATT-A---ACCAATGAATT--TGTAAT-CAG---AATATTTTTTAA-----ATTTTGAAA
gi|36366 : TTATATAACCAAACGTTA-CGA-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTAAGGGAACGG-TATTCCTAAATATGTAGCCCAATGATCACTAATTTCTGATTGTACTGATTAA---AT-C-----CC---------AGAATCTA-T------ATAAGA--C--ATAT-CATCTGGTATTATAACTGGATGGAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTTGGAGT-AGT-T-ATTGTATT-A---ACCAATGAGTT--T
gi|36367 : TTATATAACCAGAC-GGTCCTT-TCATATGAT-GAGT--TGA--G--TTCAAAAGTAAATGGTTAATA-TATATAAGTTGCATTATGGTCACTTATTTCTGATGGG----TTACA---AT-------------------GTGTCTC-TGCCTCAATATAAACC--ATAT-CATTGGGAATAAGAATAGGGTCAAGAATAGC-G----TGTT-------------G--TCT-TGTTGGTGT-ATT-T-ATCACGTT-AC--ATAA-TGAATT--AGTGAA-TAA---AATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36368 : TTATATAGCCATACT-GT-GTGAGTATAAGTT-GGCT--GTA--A--ATTGTAAGAAAAAGG-T-----TATATATGTGGCACTAGGATCACTGATGTCAGGTGGGACT---AGAAGCGT-A-----CC---------AGA--TTC-G------ATATAA--CGAAGGT-CCTCTGGAATTAAAATGGGATCTAAAATAGC-TCCC-ATAC-------------G--T----GTGGGTTC-ATT-T-ACTGTATT-T---ATTAATGAGTT--TGTGTT-CAG---CACTTCTCTTAG-----ATTGTG
gi|36369 : TACAACCATATAATT-CTT-TCAAA---A-GAATGCTCAATG--CT-GTATGAAAAAGG-TAAAATAGTGAATGTAGCATTATGGTCACTAATACGTGATGGAACTGC--AA---GTGA-----CCCTGAAGTTAAGTAATTCAT------AT-TGG--C--AC---------GGATAATTACTGGATCAAAAATAGT-T----CTAC-------------C--TCT-GGTAGGCTC-AGC-T-ATAACATT-TTTCATA---GAATT--CA-GGTATAA---TATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36370 : TAGAGCCATACTGAT-CTT-TCATAAGTATGA----TCA--GTACT-ATATAAAAAAGG-TAAAATAATGAAAGTAGCTTTATGATCACTAATATCAGGAGGTACACGGATA---GT-A-----CC---------TGCATTAA-G------ATAAGA--T--AAAT-CGTAAGGGATGATTACTGGATCAAGTATAGC-
gi|36371 : ACATTTGT-CTT-TTATACGAA-GAAT--TTA--G--CTCTTATGGGAATGA-TAATATCATATATGTTGCTTTATGGTCACTTATTTTATCTGGAACT--TATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------CTGT----C--ATAT-CAAATAGTTTAATGGTTGGATCAAGAATGGC-T----AAAT--------------------------TTC-ATT-TAATAGT-------------TGAGCT--TAAGGT-TAA---TACATATATCAG-----GCTATAGAA
gi|36372 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTTATTTCGTTTGGGACATGTAAA---GT-A-----CC---------AGAATT-C-A------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGGGTCAATAAGAGT-TGATGAGGTACGCTTG------T--TCT-GGTGGGTTC-AGT-T-ATAACATTAG---TTAAGT
gi|36373 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGATTTCGTTTGGGACATCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTC-T------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGAGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGTGTTGT--TCT-GGTGGGTTCTGTTGT-ATAACATTAG---TTAAGTTA-TTGATAAGCA-TGA---CAT-TCTTTAAGTGATAGTTATTGA
gi|36374 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGAT------------TTCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTC-A------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGTGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGCGTTGT--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ACAACATTAG---TTAAGT
blockSeqs : TTG C A T T A GCT AT TA C C T T G T T T G C C A TCT T AGC ATTACC CTGAAGTTA C TGCCTCA AC GA G A A T A TGATGACGTACGTGTTGT C T G A TTTCA G GA A A AAG TGATA
blockSeqs : TTG . . T . A T . . C T T . T T T T G A C A TCT T . GA . C AT . . G A A C G TGATGACGTACGCGTTGT . . . . ACA G . A . . .
blockSeqs : TTG . . T . A T . . T C T . G T T T T A C A TCT T . A . C T . . G A A A G TGATGAGGTACGCTTGT . . . . AGT G . A . . .
blockSeqs : TGT . . A . A T . . G C A . C A A T A A A A TTG T . A . T T . . . T G G A TCCCATACG . . . . AGT A . A . . .
blockSeqs : GTT . . T . A G . . T C A . T A A T T T G A GGT A . A . A T . . . A C T A TAGATT . . . . AGT C . T . . .
blockSeqs : GTT . . T . A G . . G T C . T A A A T T A T GAT A . G . A T . . . A C T T TAGATT . . . . GA A . T . . .
blockSeqs : GTT . . T . A G . . G A C . C A C A T T A T CGG C . C . A A . . . A C A T TAGATT . . . . AA A . T . . .
blockSeqs : AAT . . T . G G . . C A T . T T A T T T A G TGT G . C . T T . . . A T A A ATTGAT . . . . GA A . T . . .
blockSeqs : TGA . . A . C T . . T A A . T G A G G A G G TCT A . A . A T . . . C C G T GTGCTG . . . . TA G . A . . .
blockSeqs : TTG . . A . A G . . C T A . T A A A A T A A TCT T . A . T G . . . G A G A GTTTTG . . . . AA G . A . . .
blockSeqs : GG . . C . A T . . . T A . . A T A A A G T TT T . A . C G . . . A A T G GTTTTG . . . . AA G . . . . .
blockSeqs : TG . . . . . T . . . T T . . T T T T A C A GC A . A . C T . . . G C G A GTGTTG . . . . TA . .
blockSeqs : A T T T G T G T A . A . A A . . . G C G T TCTACC . . . . G .
blockSeqs : A T G T G T G . A . A . A T . . . G C G T TAAAT . . . . . .
blockSeqs : A T G . . . . . . . . . A A . . . . . . T
blockSeqCons :
originalCons : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
finalCons : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 55555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 555 3 3 1 3 1 444 44 44 7 1 1 3 2 1 1 1 3 1 1 1 000 1 444 6666666 000000000 1 0 88888888 33 33 7 3 1 3 1 0 66666666666666666666666666 2 2 2 2 777777 0 2 0 44 3 0 3 555 0 88888
lowQualScore : ... . . . . . ... .. .. . . . . . . . . . . . . ... . ... ....... ......... . . ........ .. .. . . . . . . .......................... . . . . ...... . . . .. . . . ... . .....
lowQualScore : 555 1 1 9 1 5 555 22 22 2 9 0 1 6 7 7 0 4 9 9 1 111 9 444 8888888 000000000 0 2 66666666 44 44 5 7 9 4 0 6 00000000000000000000000000 7 7 7 7 333333 1 6 7 22 8 2 3 888 1 33333
consensus : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
Reference ( family-903 ) : TTATATAACCATACTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAANGG-TAATATTATATATGTAGCTTTATGATCACTNATNTCNGNTGGAACTTCTANA---GT-A-----CC---------AGNATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CGTNTGGNATNATAATTGGATCAAGAATAGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36359 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-TT-T--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTAGA---GT-A-----CC---------AGTATTTT-T------ATATGG--C--ATAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--CAAGGT-TAA---TATATCTTTCAG-----GTTATTGAATG
gi|36360 : TTGTATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CTCGTACGGGAATGG-TAATAGTATATATGTTGCTTTATGATCACTTAAGTTCGCTAGATCTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------ATATGG--C--GTAT-CATATGGTACAATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GGTGAGCTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TTA---TATATCTTTCAG-----GTTATGGAATG
gi|36361 : TTGTATAATCATATTTGT-ATT-TTATATATA-GAAT--TTA--G--CTCGTATGGGAATGG-TAATATTATATATGTTGCTTTATGATCACTTATGTTAGCTGGAACTTCTATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------ATATGG--C--ATAT-CATATGG--TGATGATTAGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCT-GCTGGGTTC-AAT-T-ATAGTATT-A---ATAAGTAACTT--TAAGGT-CAA---TGTATCTTTCAT-----GTTATAGAATG
gi|36362 : ATAACCATATTTGT-CTT-TTATATGTA-GAAT--TTA--G--CATGTACGGGAATGC-TTATAGTTTATATGTTGCTTTAAGATCACTTATTTTAGCTTGAACTTCTATA---GT-A-----CA---------AGCATAAC-T------GTATGG--C--ATAT-CATATGGCACGATGATTGGATCAAGAATGGC-T----AGAT-------------T--TCC-GGTGGGTTC-ATT-T-ATAGTATT-G---ATAAGTGAGTT--TAAGGT-TAA---TGTATCTTTCAC-----GTTATGGAATG
gi|36363 : ttgaTTATATAACCATACTGTT-CTT-TCATAACTG-GCAT--GTA--T--CTGATACGGAAAAGG-CAAAACGATGTATGTAGCATTATGGTCACTTACAGTAGACAGAATTTTGATT---AT-G-----CC---------TGTGTCTG-T------ATAAGG--C--ATAT-CTTGTGGAATAATTATGGGGTCAAGAATGGCAT----TGA--------------T--TCT-TGTGGGCTC-ATG-T-ATAGTATT-G----TGCATGGAGT--TAA--T-TAAAAGTACTTTTTTTAA-----GTTAT
gi|36364 : TTATATTGCCAAACGTTT-CGT-TTACATGCA-CAAT--GTA--G--ACTGTACGCGAAAGG-TATTATTAAATATGAAGCACTGTGGTCGCTTATTTCTGGTGGAACT-----A---GT-ATTACCCC---------TAAATTTA-A------ATAAGA--C--ATAT-CATCTGGGATAATAAAAGGATCTAGGAGAGC-G----TGCT-------------G--TCTCGGTGG-TTC-ATG-T-AAAGTATT-T---ACCACTGAGTT--TGTAAT-TAG---AATATCTTTTAG-----ATTATGGAA
gi|36365 : TTATATAACCAAACGTTA-CGC-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTATGGAAACGG-TATTCTTAAATATGTAGCAC-ATGGTCACTAATTTCTGATGGTACTGGTAAA---AT-C-----CC---------AGAATCTA-T------ATAAGA--C--ATGT-CATCTGGTATTATAACTGGATCTAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTGAGAGT-AGT-T-ATTATATT-A---ACCAATGAATT--TGTAAT-CAG---AATATTTTTTAA-----ATTTTGAAA
gi|36366 : TTATATAACCAAACGTTA-CGA-TTGTATGTA-GAAT--GTA--A--ACGGTAAGGGAACGG-TATTCCTAAATATGTAGCCCAATGATCACTAATTTCTGATTGTACTGATTAA---AT-C-----CC---------AGAATCTA-T------ATAAGA--C--ATAT-CATCTGGTATTATAACTGGATGGAAAAGAGC-------GTT-------------TTGTCT-TGTTGGAGT-AGT-T-ATTGTATT-A---ACCAATGAGTT--T
gi|36367 : TTATATAACCAGAC-GGTCCTT-TCATATGAT-GAGT--TGA--G--TTCAAAAGTAAATGGTTAATA-TATATAAGTTGCATTATGGTCACTTATTTCTGATGGG----TTACA---AT-------------------GTGTCTC-TGCCTCAATATAAACC--ATAT-CATTGGGAATAAGAATAGGGTCAAGAATAGC-G----TGTT-------------G--TCT-TGTTGGTGT-ATT-T-ATCACGTT-AC--ATAA-TGAATT--AGTGAA-TAA---AATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36368 : TTATATAGCCATACT-GT-GTGAGTATAAGTT-GGCT--GTA--A--ATTGTAAGAAAAAGG-T-----TATATATGTGGCACTAGGATCACTGATGTCAGGTGGGACT---AGAAGCGT-A-----CC---------AGA--TTC-G------ATATAA--CGAAGGT-CCTCTGGAATTAAAATGGGATCTAAAATAGC-TCCC-ATAC-------------G--T----GTGGGTTC-ATT-T-ACTGTATT-T---ATTAATGAGTT--TGTGTT-CAG---CACTTCTCTTAG-----ATTGTG
gi|36369 : TACAACCATATAATT-CTT-TCAAA---A-GAATGCTCAATG--CT-GTATGAAAAAGG-TAAAATAGTGAATGTAGCATTATGGTCACTAATACGTGATGGAACTGC--AA---GTGA-----CCCTGAAGTTAAGTAATTCAT------AT-TGG--C--AC---------GGATAATTACTGGATCAAAAATAGT-T----CTAC-------------C--TCT-GGTAGGCTC-AGC-T-ATAACATT-TTTCATA---GAATT--CA-GGTATAA---TATATCTTTTAA-----ATTATG
gi|36370 : TAGAGCCATACTGAT-CTT-TCATAAGTATGA----TCA--GTACT-ATATAAAAAAGG-TAAAATAATGAAAGTAGCTTTATGATCACTAATATCAGGAGGTACACGGATA---GT-A-----CC---------TGCATTAA-G------ATAAGA--T--AAAT-CGTAAGGGATGATTACTGGATCAAGTATAGC-
gi|36371 : ACATTTGT-CTT-TTATACGAA-GAAT--TTA--G--CTCTTATGGGAATGA-TAATATCATATATGTTGCTTTATGGTCACTTATTTTATCTGGAACT--TATA---GT-A-----CC---------AGCATTTC-T------CTGT----C--ATAT-CAAATAGTTTAATGGTTGGATCAAGAATGGC-T----AAAT--------------------------TTC-ATT-TAATAGT-------------TGAGCT--TAAGGT-TAA---TACATATATCAG-----GCTATAGAA
gi|36372 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTTATTTCGTTTGGGACATGTAAA---GT-A-----CC---------AGAATT-C-A------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGGGTCAATAAGAGT-TGATGAGGTACGCTTG------T--TCT-GGTGGGTTC-AGT-T-ATAACATTAG---TTAAGT
gi|36373 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGATTTCGTTTGGGACATCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTC-T------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGAGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGTGTTGT--TCT-GGTGGGTTCTGTTGT-ATAACATTAG---TTAAGTTA-TTGATAAGCA-TGA---CAT-TCTTTAAGTGATAGTTATTGA
gi|36374 : ACATATGTAGCTTTATGATCACTGAT------------TTCTAAA---GT-A-----CC---------AGAA-TTC-A------AACTGG--T--ATATGTGTCTGAGATTATAATTGTGTCAATAAGAGT-T-----GATGACGTACGCGTTGT--TCT-GGTGGGTTC-ATT-T-ACAACATTAG---TTAAGT